я совсем не филолог, и с современной образовательной программой в части корней познакомлюсь через пару лет,  могу высказать свою точку зрения:в этих словах по сути имеются стандартные приставки, встречающиеся во многих других словах. Поэтому это ИСТОРИЧЕСКИ приставки (а значит и фактически - приставки).Они выглядят как приставки, они ведут себя как приставки ) Следовательно корень именно Ём.Остается вопрос - что этот корень означает?вообще говоря этот вопрос можно задать и самому ребенку и подумать вместе с ним.есть явный корень, который используется в этих словах. Что он мог значить?по сути задание на "найдите общее".Я предполагаю (пытаясь найти общее и созвучные слова из текущего русского языка), что слово ЁМ, когда-то существовавшее, имело отношение к слову "емкость"  - размещение, обладание.отъем - (по аналогии с "от-дать" ) -  вынуть из емкости, из "правообладания".объем - (по аналогии с "об-ложить" ) что-то вокруг этого места емкостизаем - по аналогии с "за-дел" - что-то то ли временное, то ли предварительное в смысле "емкости".подъем - по аналогии с "под-ставить" - что-то снизу к емкости...в общем как-то так.Думаю с ребенком провести такую игру будет интересно и полезно, и понимать язык он станет лучше.А что само слово Ём ушло из употребления, оставив нам в наследство лишь "ёмкость" - да ну и шут с ним. Что же теперь, если выпадают из использования отдельные корни, так морфологию всех слов пересматривать?например "подставка"... слово "ставка" в невоенном смысле уже давно не употребляется. Объявить слово "подставка" целиком корнем?