Все равно нужно заявить иск, хотя бы встречный, когда он подаст. И заявить о применении срока с указанием, как и когда он начал течьб и почему пропущен. Без заявления суд вообще не будет рассматривать вопрос. Суду будет проще отказать обоим по сроку давности, так что встречный иск нужен