Не заморачивайтесь, эти имена с  XIX века обособлены друг от друга; после 1917 года все три имени обрели самостоятельный документальный статус; так что, на данный момент Георгий, Юрий и Егор разные имена. А крестить малыша можно по святцам. Считаю, что старший Георгий и младший Юрий это нормально (если конечно Геория сокращенно Юрой не зовете).