Вы правильно рассуждаете. Если завязывать в альтернативу обе ваши квартиры, то или вам нужно продавать хотя бы одну квартиру по очень привлекательной цене, чтоб нашелся покупатель со свободными деньгами + согласился ждать сколько нужно времени. Или вы потратите кучу времени, сил и нервов, при этом без гарантии, что все ваши цепочки срастутся. Лучше разбить сделки, продать А первой. Естественно, начинать искать новую надо сразу (ещё до продажи А).