Работаю на фед. деньгах в госструктуре. У нас всё точно так же делается, чтоб деньги поскорее освоить. Учитывая свой опыт с тендерами и гос.контрактами, то вашей фирме ничего не грозит. Отдуваться за неправильно проведенный тендер будет гос.организация. Вы де-юре работы выполнили, закрыли их КС-ми, деньги вам перечислили (я так понимаю, что вся сумма по тендеру?). То есть, свои обязательства по гос.контракту вы выполнили и деньги за это получили)