Некоторые посольства могут задать вопросы и потребовать подтверждения, что вы все таки посещали их страну.У меня обычно при подачи визы сразу в анкете указано, что транзит (фактически въезд в шенген через другую страну) - так что мне давали визы всегда зная, что я влетаю в одну страну, чтобы попасть в другую. это как раз не проблема. Но автор не писал, что у него был транзит. Я вообще почти всегда транзитом летаю, проблем не было, потому что все честно всегда указывалось. Однажды только австрийцы хотели поартачится- т.к. влетала в Австрию, потом пересадка в Италию и уже потом остановка в Австрии,  и по количеству дней было одинаково пребывание, что в Австрии, что в Италии, но старший коллега сомневающейся девушки в консульстве дал добро на принятие наших документов.