Все равно будет считаться вторым жильем, ведь она собственник двух квартир. И не важно, кто там прописан. Наверное, проще купить квартиру на себя, получить вычет, а затем сделать дарственную на дочь (если не боитесь проблем, связнных с имуществом выросшей дочери).