Как я понимаю, если стопа сформирована, а трубчатых костей нет, то у стопы нет никакой опоры, и потому стопой никак не возможно пользоваться и двигать -- и она атрофируется. При протезировании не делают ноги в полную длину, это невозможно, насколько я понимаю. Но формируют опору для стопы, прямо от таза (ну, смотря, насколько сильное недоразвитие), чтобы ногами можно было пользоваться, хотя бы дома, даже если ходить не получится, то хотя бы стоять. И мышцы туловища будут гораздо лучше развиваться, если туловище можно будет хоть на какие-то ноги ставить. Стоять и ходить хоть немного дома -- это реально большой прогресс, даже если из дома выходить можно будет только в коляске.В общем, у вас работы -- непочатый край!  Освоитесь с мамством -- перейдете к лечению. Удачи!