А в каком вагоне ехали? В спальных вагонах нельзя, вроде, животных перевозить. А в остальных, чтобы перевести кошку надо иметь при себе действующее по срокам ветеринарное свидетельство, вет. паспорт и билет на кошку (богажная квитанция - получают в день отъезда). Если билета не было, то проводник, действительно мог не пускать.