Я обычно фарширую небольшие целые кабачки, вырезав из них зерна. Потом ставлю их столбиком в кастрюлю, прикрываю сверху срез помидоркой (чтобы вода вовнутрь не попадала), наливаю водички и тушу.Но я думаю, что Вы можете попробовать запечь целые кабачки с начинкой в духовке, и тоже может получиться.