Постоянные намеки окружающих на то, что они - пара связаны не столько с ориентацией Моффата, сколько с довольно продолжительной легендой о том, что они таки были парой. К тому же, есть очень популярная теория, что Ватсон на самом деле был женщиной. Были статьи на эту тему, поиск намеков и несостыковок в текстах Дойла и т.д. И потом, в современном мире мужская дружба вызывает именно такие ассоциации. Возьми хоть Хауса с Уилсоном.