Я бы попробовала с учителями поговорить и с классной, и с учителем физры. Понятно конечно, что у физрука куча других забот, но может быть, он просто подойдет к мальчику и скажет ему пару фраз дружелюбно ободряющих, что бы ваш сын перестал его боятся. ну и может классная поговорит с мальчиком про учителя физры успокоит как-нибудь.