Если зарплата начислялась, налоги на зарплату платились, то пособие по беременности и родам (140 дней) и пособие до 1,5 лет будет выплачиваться за счет средств Фонда социального страхования, в который компания платит налоги (взносы). Т.е. на сумму вашего пособия можно будет уменьшить уплачиваемый ежемесячно компанией налог (страховой взнос). При превышении можно и возместить за счет фонда,  - это лишняя работа для бухгалтера и  есть некоторые заморочки.