Протокол № 1 собрания учредителей остается прежним, ничего с нми делать не нужно. Я бы, если бы оказалась на Вашем месте, коды ОКВЭД в новый устав по тексту больше не вносила бы (ну опишите общими словами основные несколько видов деятельности, и хватит), а  добавила их в ЕГРЮЛ через Р14001 (там есть специальный лист на добавление кодов). Коды всегда проще и дешевле через ЕГРЮЛ поменять, недели через учредительные документы.