Нет, если отец умрет, автоматически никто и никуда их не выпишет. А вот если после его смерти родственники подадут в суд и докажут, что дети живут с матерью, то юридическое положение дел приведут в соответствие с реаьностью,  т.е. детей обяжут прописать по месту их фактического проживания с матерью.  Это самый вероятный сценарий.