Ну вы же сами на свой вопрос ответили  Конечно полы сначала.Только  снимите двери вместе  с коробками и посмотрите какова высота проема на данном этапе. Просто стандартный проем под двухметровую дверь это 206мм. Чтобы потом вы не столкнулись с поиском дверей ниже или отпиливанием двухметровых. Либо с поднятием проема для них.