Заявит она отказ, ТА ей выставят счёт за фактически понесённые расходы от туроператора, комисс агентский (10-15%), правда, скорей всего сразу вернут, тут зависит от того, в какой форме сотрудничают с ТО. Остальная сумма -  когда ТО вернёт в ТА, тогда и ТА вернёт туристам. О каких сроках Вы говорите? Со сроками ответа на претензию точно не путаете?