Я переустанавливаю систему достаточно часто. Именно поэтому мои документы хранятся не на диске С как обычно а на другом (это запросто делается через контекстное меню (через правую кнопку мыши) на моих документах), ну и соответственно все что нужно мне (базы сохранялки паролей, архивные базы почты(если есть), архивы аськи(если нужно)и др. нужности которые сидят в диске с) и все собственно, я копирую в архивную папку другого диска. Диск С надо отформатировать, что бы нигде потом ничего не вылезло лишнее, в противном случае до 90% что система встанет криво.