конечно,начинайте с Иерусалима,закажите экскурсию однодневную можно "Город трех религий",можно отдельно "Христианский Иерусалим"-мы ездили именно на нее и очень остались довольны.Если главное для вас древности,то и базироваться лучше в Иерусалиме.В Вифлием,в Нацерет тоже хорошо съездить,но в Вифлием нужно заранее озаботиться,если хотите организованную экскурсию-не все туда могут и хотят ездить.В окрестностях Мертвого моря и в Кейсарии есть древности,в Яффо-это юг Тель-Авива.