К. С. Мельников завещал свой дом детям, Виктору и Людмиле. После смерти отца в особняке поселился В. К. Мельников. В 1988 году Людмила Константиновна потребовала раздела дома с тем, чтобы она также могла в нём проживать. В. Мельников отказался, и тогда Л. Мельникова подала в суд. Тяжба между братом и сестрой продолжалась восемь лет. В конце концов, Мосгорсуд присудил Л. К. Мельниковой половину дома-мастерской, но без права проживания в нём.В 2003 году В. К. Мельников оформил дарственную своей доли дома на одну из своих дочерей, Елену. Однако, в начале 2005 года Виктор Константинович заподозрил дочь в том, что она «обманным путём» вынудила его подписать дарственную на дом. В присутствии прессы и представителей архитектурной общественности Виктор Мельников заявил, что исключил младшую дочь из завещания. Своей душеприказчицей он назначил старшую дочь, Екатерину Каринскую, но в начале марта 2005 года объявил, что завещает дом Константина Мельникова, всю коллекцию его произведений, а также всю коллекцию собственных произведений государству, лишая обеих дочерей наследства.[23] Между В. К. Мельниковым и его дочерью Еленой начался судебный процесс по оспариванию завещания. В сентябре Виктор Мельников процесс выиграл и 13 декабря 2005 года судебное решение вступило в законную силу.[24] Уже после смерти отца Е. В. Мельникова обратилась в Президиум Московского городского суда с надзорной жалобой на это решение. Однако на судебном заседании 16 марта 2006 года Елена отказалась от дальнейших судебных разбирательств о праве собственности на особняк и заявила, что поддерживает идею создания в доме государственного музея.[9][25]Наследственное дело В. К. Мельникова до сих пор не закончено. В его результате 1/8 дома может перейти в собственность Е. В. Мельниковой, 1/8 — в собственность Е. В. Каринской, 1/4 — в собственность Российского государства.[26]Вторая наследница К. С. Мельникова, его дочь Людмила (скончалась в 2003 году[27]), завещала принадлежащую ей 1/2 долю в собственности своему сыну Алексею Ильганаеву. Через несколько дней после кончины В. К. Мельникова стало известно, что указанная доля продана А. Ильганаевым сенатору Совета Федерации от Усть-Ордынского Бурятского автономного округа С. Э. Гордееву, имеющему неоднозначную репутацию и известному своей прежней рейдерской деятельностью.[24][28] Сенатор намеревался в ближайшее после покупки время передать принадлежащую ему часть здания в государственную собственность,[29][30] однако, согласно заявлению на сайте музея «Дом Мельникова», указанная доля в настоящее время принадлежит Фонду «Русский авангард», возглавляемому С. Э. Гордеевым.[26]В марте 2006 года Мэр Москвы Ю. М. Лужков провёл совещание, посвящённое правовой ситуации с домом Мельникова, в котором приняли участие представители Москомнаследия, Москомархитектуры, префектуры Центрального административного округа, а также собственник половины дома сенатор Сергей Гордеев. По итогам совещания Ю. Лужков поручил подготовить письмо на имя Председателя Правительства РФ с просьбой передать в собственность города часть дома Константина Мельникова, которую его сын, Виктор Мельников, завещал Российской Федерации. При этом Префект Центрального административного округа С. Байдаков заявил:«…если правительство РФ удовлетворит просьбу города и передаст дом в его собственность, желательно, чтобы к столичному правительству перешла и доля сенатора. Нельзя, чтобы половина дома была городской, а вторая половина — федеральной».[30]В 2011 году появилась информация о получении половины дома Мельникова в оперативное управление Музеем архитектуры им. Щусева. Однако судебные разбирательства вокруг собственности на здание до сих пор не прекращены.[31]википедия все знает