Проблемы будут, потому и невыгодно мат.капитал использовать (это чаще всего просто себе в убыток). Я  решила не использовать мат.капитал на ипотеку, т.к. в итоге не приобрету, а потеряю. Причём проблемы возникнуть могут и из-за маленьких детей, и из-за больших. Станет ваш несовершеннолетний ребёнок совершеннолетним, может сделать со своей долей всё, что захочет (продать/подарить), будет у него/неё жена/муж и дети -- он их (и не только их) может на свою долю прописать. А пока есть несовершеннолетний собственник вы от опёки зависите до его 18 лет. И продать такую квартиру сложнее (а следовательно, чтобы продать, нужно будет снижать цену). Так что если о московских ценах говорить, это очень невыгодно. Если речь не Москве, возможны варианты, но тоже выгода очень сомнительна.