Вы не написали полный состав семей. Если кроме многодетной семьи, в квартире прописаны двое совершеннолетних, то их как раз могли оставить в этой квартире (как вы верно указали, из расчета максимум по комнате на человека). Если же, как в вашем случае, в двушке остается всего один совершеннолетний, то получается большое превышение метража, поэтому оставить очередника одного в квартире не смогут, и субсидию считают на всех членов семьи.