То есть у вас на три семьи (родители, сестра и вы) имеются три квартиры? Тогда вообще не вижу проблемы. Единственной проблемой может оказаться желание вашего отца находиться по месту прописки, то есть с вашей семьёй. Но и это, возможно, решаемо, хотя и через суд.