Перелет и проживание надо мониторить одновременно. У нас до фига случаев, когда звонят самостоятельные туристы и просят найти хоть что-то где жить. Билеты-то они купили, а что в городе выставка проходит или какой-то праздник не учли. Потому только одновременно. Виза - через консульство. Нормальная турфирма не возьмется делать визу с вашим бронированием, а та, что возьмется... Ну почитайте истории в инете  Сейчас визу сделать не проблема. По поводу трансфера - такси, поезд (часто самый удобный вариант в Европе), автобус или же заказывается трансфер у местных принимающих.