У Вас собственность в одной квартире и постоянное право пользования в другой квартире. Значит, у Вас более чем одно жильё, и не важно, что второе жильё не в собственности, Вы всё равно имеете  право пользоваться этим жильём. Поэтому на льготы по оплате коммунальных платежей, предоставляемых имеющим единственное  жильё Правительством Москвы, Вы и теряете право. Соответственно Вы и платите больше, чем платят имеющие единственное жильё.