Против плесени и прочих микроорганизмов есть специальные средства (к коим лимонная кислота не относится, она только от накипи). Заливаете/засыпаете в пустую СМА и вперед.  Так же почистить фильтр помпы.  Но средства выбирайте с учетом того, что в СМА куча резиновых уплотнителей и шлангов, плюс сальники в подшипниках.  А то разъест. Запах из канализации невозможен при наличии гидравлического затвора в сливе. Если его нет, то, естественно, будет пахнуть. Это ж очевидно.