Take MTA NYC Transit’s “A”. MTA fare is $2.25 (cash or MetroCard). On the MetroCard include $5 to enter the AirTrain system. Disembark from the subway at the AirTrain JFK Howard Beach Station. Follow the signs to AirTrain and swipe your AirTrain MetroCard to enter the system. Travel time via subway and AirTrain is approximately 60–75 minutes from midtown Manhattan to JFK. Travel time from Howard Beach Station to JFK is approximately 15 minutes.Берите вот этот вариант, мы маму так встречаем. Садитесь на айр-трейн бесплатно, потом на выходе купите карточку за $5 на 1 человека чтобы выйти из аэропорта и за 2.25 для метро. Садитесь в А поезд и без пересадок едите до Пен.ст. По времени займёт где-то полтора часа.Если брать Е трейн, то к нему идём другой эйр-трейн, я не знаю как там.