Они платили 1,0 млн. за квартиру и остальное за ремонт или неотделимые улучшения, это не запрещено. Продавец по любому обязан был уплатить налог и 1,0 млн., и с остальной суммы. И то, что он не заплатил НДФЛ с неотделимых улучшений, только его вина.