Ничего страшного, у меня в старой кухне столешница была тоньше чем варка-делают пропилы в ящиках, над которыми будет варка располагаться. Лучше, если ширина варки будет меньше, чем ширина ящика-тогда не придется пилить боковины. И еще вероятно, что 50 мм это общий размер, то есть реально под столешницей значительно меньшее расстояние.