От аэропорта до главного вокзала Мюнхена и обратно ходит городская электричка (S-Bahn), линии S1 (направление Muenchen Ostbahnhof, поезда ходят  каждые 20 мин. с 06:00 до 24:00)  и S8 (направление Muenchen Pasing, поезда ходят каждые 20 мин. с 04:00 до 01:00). Городская электричка в центр Мюнхена отходит с вокзала,расположенного между терминалами 1 и 2, в центральной части аэропорта (Zentralbereich/Central Area). Время в пути - ок. 40 мин. Стоимость проезда до центра города - 8,00 евро.Вот здесь посмотрите очень много информации http://www.tourister.ru/world/europe/germany/city/munchen#block_20