Возможно, просто мышцы спины слабые, вот и побаливают. На поздних сроках часто спина болит, потому что нагрузка на нее увеличивается пропорционально росту веса малыша. Если противопоказаний нет, можно легкие наклоны делать и спинку выгибать по-кошачьи, только регулярно. Обычно хорошо помогает.