Квартира у мужа в частной собственности, муж сестры к этой собственности отношения не имеет. Никакого риска для мужа вашего нет. Ну разве что выписывать потом по суду придется, если родственнички заартачатся. Так что почему бы и не прописать, тем более, что квартира мужнина, а не ваша супружеская - ему и решать. А что свекровь не прописала - ну так у нее может муниципальное жилье. В этом случае правильно и делает. Пропишет - потом зятек стопудово часть собственности отпилит.