Ну, почему думаете, что он жил в клетке? Совсем не обязательно.Описанное Вами поведение - оно, в целом, нормальное для котенка, которого только что привезли в новый дом.Мне кажется, Вам нужно оставить его в покое и не теребить. Он освоится и вылезет сам. Важно, чтобы туалет был недалеко от того места, куда он спрятался. А вот еда и вода не должны стоять рядом с туалетом. Пусть тоже будут недалеко, но в другой стороне.