Обработайте пораженные места раствором формалина из расчёта 0,25 л 40%-ого формалина на 10 литров воды,а так же можно обработать пораженные мест 10-% раствором медного купороса. Также можно воспользоваться  смесью “Стромикс”. Но захотите вы потом хранить в ней овощи-сомневаюсь.