Ну тут если только рассматривать поддержку нтфс-ом транзакций операций чтения-записи (у фата нет поддержки транзакций), то, конечно, это может оказать влияние на надежность... Хотя, при НОРМАЛЬНОМ носителе это не должно иметь значения... Короче, все сводится к простому - флешки нужны до 8Гб и чтобы только файлики от ворда или песенки мп3 таскать, а для больших файлов от 1Гб и выше нужны внешние жесткие диски. с нтфс.