Спрашиваете просто так?  Думаю, что никто не задумывался, ибо если бы задумывались, то ТАК не сделали. Поэтому там никакой не дуб и не ольха, а обычные сосновые доски. Ладно, не суть. Правильно, - надо все переделывать. Вода не должна течь на дерево, даже и пропитанное антисептиком, это не спасет ситуацию, только растянет агонию. Пол нужно гидроизолировать. Те доски, что сейчас черные, - если нет возможности заменить, нужно убивать плесень.  Выше правильно посоветовали, но есть ли возможность  ВСЕ убрать механическим способом? Есть ли доступ? Да и в пОры уже все попало... Думаю, что без химии, убивающей плесень, не обойтись. Потом все сушить, потом ТЩАТЕЛЬНО покрывать антисептиком, снова сушить... Потом я бы закрыл поры, - т.е. загрунтовал и покрасил. Внизу (под полом) должно все проветриваться, т.е. нужны продухи (они сейчас есть? Возможно, их недостаточно). Сверху настилать черновой пол, гидроизолировать (с заходом на стены), стелить водостойкий чистовой пол. Ну и следить, конечно, за протечками...