ПОхоже, вам оплаитили отработанные дни. Так и происходит в нормальных компаниях - з.п. 2 раза в месяц, первая з.п. за отработанные дни как правило невелика. Другое дело, как вы договаривались при приеме на работу о совокупном окладе.  Что в вашем договоре обозначенно? Какие суммы, условия?