Раз вы летите транзитом, то при посадке в первый самолет проходите регистрацию на оба рейса. вам вообще не надо проходить ч-з паспортный контроль в Мюнхене и выходит на территорию Германии, вы должны пройти ч-з транзитную зону сразу на терминал отправления своего следюще6го рейса. Спросите стюардесс на рейса, куда вам высаживаться!