Сходите на консультацию в Мосжилинспекцию по своему району. Они Вам скажут что надо делать. Ваша перепланировка уже совершена - это усложняет ситуацию. Но ничего нарушающего возможное согласование не сделано, поэтому по проекту согласуете, я думаю. Скорее всего будет не дёшево и не быстро.