Микроволновый сканер можно сравнить с излучением от мобильного телефона, а рентгеновский дает такое же облучение, как 2 минуты полета на самолете. Несмотря на подобные заверения, рентгеновский сканер используется в аэропортах намного реже, а детей и беременных не проводят через него. При этом больших исследований по проверке безопасности для здоровья микроволновых и рентгеновских сканеров не проводилось. Последнение публикации от ученых разных стран выражают обеспокоенность возможным влиянием сканеров на образование опухолей и мутаций в днк. Но никаких документальных подтверждений нет.