Так ребенок и прописан с отцом. Вы регистрируйтесь на сайте, первую школу ставите школу по прописке отца (и ребенка), а вторые две на выбор. Но в школах по выбору пишете-фактическое место проживания. Ничего страшного не вижу. Ну вот захотелось нашим законодателям привязать к прописке, это проще, чем разбираться. кто где и на каком основании живет и как это доказывать.