на сколько знаю, обычно откачивают воду когда колодец только вырыт (это просто желательный момент перед вводом в эксплуатацию),и если есть какая-то причина (например, у нас весной появилась какая-то плёночка, типа масляной, на поверхности, пару раз откачали - не стало), а так достаточно просто им пользоваться, чтобы вода постепенно обновлялась