Мы летаем через медпункт. Регистрацию проходим сами, а таможню- спецконтролем в медпункте. Приходит таможенник и делает досмотр. Потом на спец авто везут в самолет до посадки остальных пассажиров. Коляску забирают у трапа (хотя она и не нужна была)И сразу уточнить вопрос с бортпроводниками, чтобы вызвали при посадке медсопровождение. По прилету вас  снова встретят (теперь уже после выхода всех пассажиров из салона)со своим инв креслом, помогут с ручной кладью и проводят до получения багажа. Насчет очереди не сталкивалась, всегда быстро проходили, но думаю, что лучше подойти к представителю авиакомпании и сказать о проблеме, думаю, всегда пойдут на встречу.