Это не квартира родителей, а государственное/муниципальное имущество. И все наниматели в ней имеют равные права независимо от того, кто и когда был прописан. Так что выписать детей и в особенности при отсутствии судебного решения о месте проживания детей с матерью - практически нереально. Если только выпишется отец.