Если в будущем соберетесь продавать и покупать больше, то лучше двушку -дети ещё не настолько большие, чтобы заморачиваться на тему раздельных комнат. Тем более - двушку легче продать. Ведь по идее, вам ведь отнюдь не трешка нужна, а как минимум 4комнатная.  А вот если считаете, что покупаете квартиру надолго, тогда трешку. Хотя надо внимательно ещё смотреть планировку. Вполне вероятно, что двушку можно очень красиво переделать в трешку.