Квартиру по субсидии вы покупаете на "свободном" рынке. При покупке ограничения есть - дом должен удовлетворять санитарным нормам, если это новостройка, то минимум 70% строительства (не котлован) и т.п. Если юристы документы пропустили, то квартиру вы покупаете за субсидию + свои деньги (обычно стоимость квартиры больше, чем субсидия) и сразу после получения свидетельства о собственности можете делать с ней все, что угодно, как и с обычной купленной квартирой.