Стоит ли оно того? Если бюджет позволяет и не боитесь возможных проблем, которые периодически с ними буду возникать -  то стоит. А про дыхание деревянных окон это скорее всего так называемый эффект плацебо: ой, у меня деревянные и мне совсем не душно. Технология их производства шансов на дыхание не оставляет. Наши старые советские дышали через щели как периметру рамы, так и по периметру стекла. Это вот такая естественная вентиляция была заложена по проекту. А мы потом эту вентиляцию затыкали и заклеивали нещадно. Просто дерево красиво по себе и к тому же определенный стиль ремонта обязывает к нему.