Вообще-то паспортный контроль во Франкфурте проходить не надо, идете сразу на транзит. Паспортный контроль пройдете в Праге. Кстати, это даже лучше, если у вас виза Чешская, а в папорте будет стоять штамп прилета - Франкфурт, то могут быть вопросы при получении следующей визы. Если таки будете проходить паспортный контроль во Франкфурте (так тоже можно), то сохраните посадочный талон на рейс Франкфурт-Прага. Если вы не успеваете к рейсу, вас посадят на следующий, не обязательно Люфтганзы, а любой компании в которыми у них альянс. Даже не сомневайтесь, берите короткое окно. Удачи