Я конечно могу что-то путать, сто лет пикасой не пользовалась, но там разве надо что-то сохранять "как" и пр? Там вроде бы предупреждают, что будут сохранены изменения. Загляните в папку после изменений. Там будут все те же оригиналы. А изменения видны только в программе. Чтобы получить отдельно измененную картинку, надо делать экспорт.