Микроорганизмы у вас не на фильтре, а на испарителе кондиционера и на воздуховодах с заслонками. Но фильтр все равно снимать в процессе дизинфекции, вот и оцЕните его "чистоту".  Можно и самостоятельно, ничего сложного там нет, на полчаса процесс. Хотя ваших возможностей я не знаю.  Можно и в сервисе. Давайте, удачи в борьбе.