ИМХО дело секретаря - зарегистрировать письмо - от кого, кому, дать ему внутренний номер (проставить прямо на конверте) т передать тому, кому оно предназначалось. Разбираться, что там внутри - не ее дело. Ее дело получить и вручить и в журнале отметить, что она получила и вручила. И никакой мат. ответственности! У нее и договора о мат. ответственности нет! А что касается хранения у нее  уставных доков, то в первый раз слышу, что они хранятся у секретаря. Обычно и директора или гл. буха. Она может взять себе копии некоторых документов и давать их с письменного разрешения руководителя или бухгалтера (а мало ли кому они и для чего понадобятся, она будет крайней!). Пусть поставит эти вопросы перед руководством обязательно.