Попробую для вас немного прояснить ситуацию, как я это понимаю, хотя сама и не суперспециалист в этой области. Для начала обучения чтению по системе Зайцева вовсе не обязательно знать все буквы. Сама методика основана именно на зрительном восприятии, поскольку оно лучше развито у человека. Плюс ко всему, сама операция синтез (чтение по слогам), которая используется в традиционном подходе (например, у Жуковой) сложнее, чем анализ (увидел слово  и запомнил, как оно пишется, потом прочитал). Игровая форма проведения занятий также облегчает ребенку обучение. Если хотите разобраться, в чем суть и преимущества методики, почитайте об этом. Например, хотя бы здесь в общих чертах http://jili-bili.ru/lib/libkonkurs/metodiki_zaiceva/metodiki_zaiceva_konstantinova/http://jili-bili.ru/lib/libkonkurs/metodiki_zaiceva/metodiki_zaiceva_kuzmina/http://jili-bili.ru/lib/libkonkurs/metodiki_zaiceva/metodiki_zaiceva_sviridova/