медицина не привязана территориально к опекам, форма мед заключения единая, требования, тоже, едины. И место жительства с местом регистрации могут быть совершенно разные. Зарегистрируете(по месту пребывания) малыша в Москве, жить и контролироваться будете в МО по месту жительства. Заключение получайте в МО, если так удобнее, если удобнее в Москве, то получайте в Москве.