-Как происходит пополнение товаров в интернет-магазинах? - вы что имеете ввиду под пополнением? сайт? или склад?  как правило 99% всех интернет-магазинов работают под заказ, склада своего нет. Если повезет, то вам могут дать поставщики товар на реализацию, но в начале деятельности это маловероятно, естественно по договору, если нормальные поставщики, при закупках на рынках договор никому не нужен. Сертификация аналогично: у нормальных поставщиков уже есть сертификаты. Лучше ООО.