Врачи всегда рекомендуют кислое и щелочное (минералка) питье при таких состояниях. Ничего с флорой не будет - гораздо страшнее интоксикация и обезвоживание организма. Пусть пьет больше и сухарики грызут.  Выздоравливайте поскорее!