а зачем вы в минфин запрос делали? Нужно было сразу в фнс. а вообще вы сами себе придумали проблему и теперь самоотвержено ее решаете  перестаньте нервничать из-за того , что тетки из налоговой вам смололи чепуху, они часто это делают. спокойно продавайте квартиру, спокойно не подавайте декларацию. если придет письмо с просьбой отчитаться в ответ пошлете "прошу исключить из налогооблагаемой базы доход, полученный от продажи квартиры, поскольку в собственности имущество находилось более 3-х лет". прикладываете документы, на этом ваша эпопея закончится.