На будущее, чтоб избежать подобных проблем, на 100% не уверена есть ли это в ваших бланках на получение паспорта, но у меня была малюсенькая графа "желаемое написание вашей фамилии на латинице", вот если ее заполнить, то такой ерунды с фамилиями не происходит не зависимо от времени получения документа. В самом крайнем случае надо идти к начальнику паспортного стола и писать заявление и указывать вескую причину именно такого написания фамилии, как вам хочется (достаточно указать о совместных поездках ребенка с папой и проблем в аэропорту). Я так дочке даже написание имени меняла, писала, что в стране проживания папы имя произносится неправильно из-за неверного написания.