Если я правильно поняла описанную Вами схему, все оборудование стоит на балансе у головной бюджетной организации. (Кстати, каким образом Вы отдельный центр? ООО?)Скорее всего, Вам необходимо платить 1)либо за техническое обслуживание 2) либо за аренду оборудования.За амортизацию не платят . Амортизация это (по русски, не для финансистов) постепенное списание расходов, т.е. Вы один раз оборудование оплатили, а потом несколько периодов постепенно на его стоимость уменьшаете свою прибыль.Рекомендую уточнить, за что Вам бюджетная организация предлагает платить.и потом, если она бюджетная, у нее нет права принимать деньги не из бюджета  Куда Вы будете платить?