Ну что сказать лопухнулось ваше ЕИРЦ, частенько делают так - пропиывают по паспортному столу а по расчетном центру не проводят, да и лопухи конечно что выписку из домовой вам дали полную. В заявлении начальнику паспортного стола надо написать о предоставлении копий документов на основании которых этот человек был прописан по вашему адресу, в заявлении должна быть подпись собственников квартиры ( имею в виду заявление на прописку). Я бы конечно написала не начальнику паспортного стола, а начальнику ГБУ ИС вашего района. По закону обязаны ответить в течении 1 месяца. Ваше требование о 3-х днях ни начем  не основано. А вот заявление о неправомерных действиях написала бы я сразу и в местное отделение милиции и в прокуратуру.