Если ваш следующий рейс летит из одной шенгенской страны в другую (как в вашем случае), то разумеется, Вам надо сначала войти в шенгенскую зону, для этого пройти границу в Италии. Терминал вылета внутри шенгена будет в шенгенской зоне.Если бы из Италии Вы летели в какую-то другую страну, не входящую в шенгенскую зону (например, Турцию, Хорватию, США), то Вам не надо было бы проходить границу, Вы бы просто прошли в другой терминал.