Хороший вопрос. Я лично с программой субсидий для госслужащих не сталкивалась, но могу предположить, что если вы возьмете квартиру в ипотеку, затем продадите свою и зарегистрируетесь в ипотечной, то субсидии это не помешает. А вот если вы свою продадите, а в ипотечной зарегистрироваться не сможете, то останетесь без прописки, видимо. Не знаю, как это повлияет на субсидию. В любом случае, лучше это уточнить у вашего инспектора по программе либо на работе в отделе, где вас ставили на учет по субсидии.