Ну вот у меня две учетки, и на каждом устройстве (айфон и айпад) стоят приложения, скачанные под разными учетками. Когда выходят обновления, они соответственно появляются в аппсторе (все как обычно), но обновлять приходится в два этапа - сначала приложения под одну учетку, потом разлогиниваться (все в том же аппсторе), потом приложения под вторую учетку.