Я с маркером давно не сталкиваюсь, размечаю мононитью. Да, более муторно и медленно, зато надежно  А на схеме можно и карандашом простым цифры нарисовать. Да любые метки придумать можно. Хоть булавочки на ткани вколоть, хоть стежков по краю сделать ровно столько, каков номер линиии  А вообще - каждый делает так, как именно ему удобно , желаю не промахиваться с любым удобным ВАМ способом