Если Ваша деятельность попадает под вмененку, то независимо от того, куда поступают Ваши доходы от "вмененной" деятельности, ЕНВД считается одинаково. А если на р/с ИП будут попадать доходы от других видов деятельности, не попадающих под "вмененку", то тогда появляется вести раздельный учет и платить с иных (не вмененных) доходов так, как прдполагает выбранная Вами при регистрации ИП система налогобложения.