Если в ответах налоговой  начнешь копаться, то можно найти два противоположных мнения, как взыскивать налог в этом случае. В связи с чем неприятно будет для вас, если именно у вас будет эта проблема с начислением налога. В случае подсчета вам налога, в любом случае решать только через суд. Так что варианты - продать ниже 1000 000 рублей (причем стоимость всей квартиры ниже этой суммы), либо ждать три года, либо продавать за любую сумму, если начислят налог, то обращаться в суд и доказывать свою позицию. Несмотря на то, что право собственности на долю было зарегистрировано только сейчас, но в  данном случае определение долей в собственности не прерывает срока нахождения данного жилого помещения в вашей собственности и в  собственности бывшего супруга, так как собственником является одно и то же лицо.Это подтверждается и Определением Конституционного суда РФ  от 2 ноября 2006 г. N 444-О  По жалобе уполномоченного по правам человека в РФ на нарушение конституционных прав граждански Астаховой И.А. положением пп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ». В данном постановлении указано определения владения при определении доли пережившего супруга, тем не менее принцип один и тот же – исчисление срока владения супружеским имуществом должно идти с даты приобретения, а не с даты определения долей супругов.Но  налоговые органы могут иметь свое мнение по этому вопросу, поскольку налоговые органы ЧАСТО считают, что дата владения расценивается с даты регистрации собственности за исключением наследования, поскольку на основании пункта 2 статьи 8 Гражданского кодекса Российской Федерации права на имущество, подлежащие государственной регистрации, возникают с момента регистрации соответствующих прав на него, если иное не установлено законом.