Расскажите мне, причем тут iPad, если Вы берете несовместимый по умолчанию формат, а затем запихиваете его в программу стороннего производителя? Как производитель Short Book написал синхронизацию с компом, так и делаете. Я использую epub и iBooks - никаких проблем и сложностей.Навскидку онлайн-конвертер в epub - http://ebook.online-convert.com/convert-to-epub