Ну перекодируют они как-то тот флэш, наверное. Сейчас вот какая-то компания заявила о выпуске приложения, которое будет любое флэш видео конвертировать. Они его будут прогонять через свой сервер, там переводить в html5 и потом уже проигрывать на айпэде. Как технически работает ютюбовское приложение для айподов-айфонов-айпэдов я не знаю, может так же...