в Протарасе будет точно теплее, чем в Айя-Напе. Мы тоже были во 2й половине апреля, под конец начали активно купаться, НО в это время на Кипре могут быть сильные ветры, да такие, что капюшончик или шапку хочется надеть ).. В Айя-Напе волны больше, Протарас более пологий, что ли.