Могут, особенно если это первая шенгенская виза у человека и однократная. Он потом замучится доказывать, что нарушений не было. По отметкам в паспорте все будет выглядеть однозначно: визу сделал во франц.посольстве, а поехал в Германию. Он же у Вас дома будет жить, так? Т.е. подтверждения о проживании на территории Франции = что он вообще въезжал во Францию - ПО ДОКУМЕНТАМ не будет. Лучше ему лететь через Францию. Если это неудобно, попробуйте подстраховаться: сделайте ему подтверждение от местной гостиницы (потом аннулируете, если что).