Все верно. Комиссия агентству - отдельно, за регистрацию - отдельно. Но прежде чем подписывать договор риэлтор должна была объяснить вам это. Вы до подписания этот момент оговаривали? Говорили о дополнительных расходах, помимо комиссии или говорили о сумме "за все"?