13 февраля 2004 года Яндарбиев был убит в результате подрыва его автомобиля, когда он возвращался домой после пятничной молитвы в центральной мечети Дохи. Взрывное устройство было заложено под днище его личного джипа. В момент взрыва вместе с Яндарбиевым в салоне автомобиля находились его 13-летний сын Дауд (получил тяжелые ранения) и два охранника.По обвинению в организации этой акции были арестованы и приговорены к пожизненному тюремному заключению два сотрудника российского посольства, известные как Анатолий Белашков и Василий Богачев (возможно, это вымышленные имена). Однако МИД России в конце 2004 года удалось добиться их экстрадиции в РФ в рамках соглашения о передаче осужденных для отбывания наказания в России; 23 декабря 2004 года они прибыли в Россию и были встречены с воинскими почестями.[6] Их дальнейшая судьба неизвестна; по словам руководителя Федеральной службы исполнения наказаний Ю. Калинина, он не располагает данными об их местонахождении.[7]Существуют также другие версии убийства Яндарбиева: кровная месть или конфликты между самими сепаратистами из-за контроля над финансовыми потоками[8][9].