Я имею оба варианта (и вписанного в свидетельство о рождении фиктивного отца, и прочерк), на практике знаю как с тем и с другим жить, поэтому соглашусь с работником ЗАГСа -- прочерк однозначно лучше. Но если вписан фиктивный отец -- это не страшно совсем, просто лишний гемор для матери.