Если директор поставил задачу, ради которой постепенно поменяется коллектив, то конфликт в любом случае неизбежен. Люди без удовольствия увольняются с насиженных мест  Учитывая, что директор еще хочет с Вашей помощью "навести порядок с понятиями субординации и выполнением обязанностей", то опять же поводов для внутренних конфликтов будет море. При наличии Васи конфликт будет просто чуть острее. Поэтому наверное важно понять, а готовы ли Вы работать в конфликтной ситуации в принципе. Вам предстоит многое поменять, часто против воли сотрудников  Для этого нужна толстая кожа и крепкая психика.