У меня было  так, прописана была в СПб, муж в МО, временная регистрация у меня в кв.мужа в МО, реально жили в Москве в новой квартире, на которую еще не было собственности и даже врем.регистрацию туда сделать было нельзя. Я обращалась во все 3 опеки, Москва, СПб, МО, самая адекватная оказалась в Москве где мы были вроде как на птичьих правах, с договором о долевом строительстве и квартирой без документов, в итоге в ней и получили заключение и встали на учет, документы я собирала на себя только, медицину и несудимость в СПб по месту постоянной прописки (при этом медицину я могла пройти и в Москве или в МО, но в СПб мне было удобнее и если бы допустим в Москве проходила бы диспансеры, то московские диспансеры по месту проживания запрашивали бы диспансеры СПБ  по месту постоянной прописки, а это долго, около месяца), из СПб привезла справкки ф.7 и ф.9 (аналог московских Выписки из домовой книги и Фин.лицевого счета), квартиру обследовали в Москве, предоставляла свид.о собственности на все квартиры и в СПб и в МО, ребенка нашли в Москве, и на учет встали в Москве, выплаты в Москве, если бы официально уведомили опеку о том, что живем большую часть времени в МО, моментом дело бы передали в опеку МО, выплаты по опеке были бы МО, а не Москва. Подумайте, как вам лучше и удобнее, решите для себя заранее, и продумав легенду, действуйте.Кстати, опека МО, куда мы обратились сначала, тоже требовала акты обследования всех квартир, то есть в МО, в СПб и в Москве, при этом опеки СПб и Москвы были не против придти и составить акты обследования и переслать его в МО.