Вы не могли за Трансаэро переплачивать - у операторов стандартные туры с Трансаэро стОят так же как   с другими авиакомпаниями, кроме Аэрофлота. Странно, что у вас в договоре рейс прописан, но если агентство прописало - значит требуйте с них объяснения ситуации.