Не чистили зубы во время стоматита, это было просто невозможно, ограничивались полосканиями. Начали чистить через несколько дней после болезни, то есть в сумме дней 10 где-то не чистили, на зубах это никак не сказалось - кариес и налет не появились. А почему вы думаете, что это на несколько недель затянется? Как только афты пройдут, боли уже не будет и можно будет начинать чистить, они обычно в течение недели заживают при правильном лечении.