Вам было бы удобно конечно 2 разных заключения, и 2 пакета документов отдельных. По опыту при оформлении опеки все ваши документы подшиваются в папку той опекой, где ребенок, и все это передается в вашу опеку потом, все подлинники можно забрать себе. А вот при усыновлении могут как взять копии в суде, так и не взять, требовать подлинники, но в общем это все решаемо, судьи тоже люди, объясните что второго ребенка будете еще искать, возьмет он думаю у вас копии без проблем.