Вы заблудились)))Теоретические и методологические основы вы пишете во введении , после актуальности темы и перед целями и задачами исследования. В теоретических аспектах вы  рассматриваете понятие прибыли у разных авторов ( не забудьте про ссылки). Первую, теоретическую часть диплома, можно написать так:1. Теоретические аспекты ананлиза прибыли предприятия.1.1 Экономическая сущность прибыли( Сюда пишете  две трактовки прибыли - эконом и бухгалтерскую)и все определения, которые вы будете использовать в главе "Факторный анализ"( прибыль реализации товарной продукции , результата (прибыли или убытка) от прочей реализации, доходов и расходов от внереализационных операций.1.2 Факторный анализ как метод экономической оценки деятельности предприятия. Тут виды факторных моделей(детерминированные и стохастические), ососбенности факторного анализа как метода,достоинства и недостатки. Можно кратко прерчислить другие методы и сравнить с ними 1.3 Прогнозирование прибыли на основе факторной модели...( как модели факторного анализа применяются в жизни,например, в прогнозировании) Даже если план диплома вы уже утвердили у научного руководителя, вы имеете полноге право передумать. Удачи вам, если нужно будет практически помочь в написании, стучитесь в личку.