Я заметила, что в нашем случае такая путаница может быть из-за программы. Мы учимся по "Гармонии". По этой программе дети  с начала года учатся рисовать схемы слов, различая глухие-звонкие, твердые-мягкие, ударные и безударные. Так вот, мой ребенок  четко усвоил, что где "И" там перед ним мягкий, и, наоборот, если мягкий, то после него  "и". Он слышит, что "ж" и "ш" твердые  и пишет спокойно "ы".  Правило "жи-ши", по-моему, с них еще не спрашивают, но  такие ошибки  он делает постоянно, хотя я ему пытаюсь втолковать это правило.