Дело в том, что по закону надо платить налог на доходы независимо от того, как эти доходы получены. И агенство тут совсем ни при чем, если оно выступает в роли посредника. Если агенство выступает в роли арендатора (чего практически никогда не бывает), имея доход от сдачи квартиры в субаренду, то оно же выполняет и роль налогового агента, удерживая подоходный налог автоматически. Но случай этот гипотетический, в реальной жизни не встречающийся.