Подождут. Если самолет, на котором хоть сколько-то транзитников уже на подлете или на посадке - проще и дешевле задержать следующее "плечо" на полчаса-час, чем обеспечивать транзитников кормежкой, ночлегом и т.д. Не будут ждать только если задержка очень серьезна и приведет к соответствующим компенсациям всему задержанному самолету.