Если продавать отдельно наборами в дальнейшем не планируете, то нет смысла хранить коробки. Мы не храним. Довольно долго искали удобную систему хранения и наконец нашли  наиболее удобным оказалось отсортировать детальки по цвету и разложить в однотипные прозрачные контейнеры разного размера: http://cdn.eva.ru/eva/100000-110000/109015/photoalbum/4050725624000250.jpg + пара чемоданчиков с отделениями для мелочёвки. В таком виде и дитю сортировать удобно и взрослому сразу видно каким именно материалом располагаешь для воплощения задумки... Кстати, леговские коробки сложить можно