Согласно европейскому визовому кодексу дети до 6 лет не платят консульский сбор, это не зависит от того вместе или не вместе, это в агенстве какие- то свои тарифы, или они путают консульский сбор со стоимостью услуг визового центра, эти услуги оплачиваются независимо от возраста. Вообще позвоните в Консульство Греции, Вам там все расскажут.