У нас была похожая ситуация. Собирали доки на конкретного ребенка (сразу говорили), прописаны в Мск, а живем сейчас в Королеве МО( кв-ра в собственности). Из Королевской опеки нас отфутболили в Московскую. В итоге заключение получали в Мск., а на учет встали по месту жительства. Росэпиднадзор приезжал в обе кв-ры, опека приходила только по месту жительства. У нас получилось только так.