По закону к договорам мены применяются общие правила договоров купли-продажи, п.2, ст. 567 ГК. Т.е. договор мены это два договора купли-продажи. Соответственно, доходом будет не доплата, а полная цена квартиры (стоимость другой квартиры + доплата).