Вычет пройдет, если вы хотите им воспользоваться. Причем тут то что квартира стоила меньше миллиона ? Ограничивается только верхняя граница, до 2008г это 1млн, после - 2млн. А вот с процентами будет пролет, если не успеете подать документы в налоговую до продажи.