Транзитная зона, действительно, нипричем. Обратный штамп вам поставят именно в Мюнхене, т.к. между Францией и Германией нет пограничного контроля. Вы сядете на "внутренний" рейс Париж-Мюнхен и полетите как любой обычный европеец. В мюнхене уже получите штам в паспорт, когда будете проходить погранконтроль между шенгеном и нешенгеном.