В основном это происходит при съемке в темное время суток или в темном помещении, т.к. в темноте зрачки расширены. Красные глаза получаются из-за отражения света фотовспышке от глазного дна человека. Это основная причина, иногда правда и причиной может быть и просто напрвленый поток света в глаза. Вот как-то так