Мы ставили штамп тоже недавно (перед поездкой в Крым, т.е. в начале мая этого года). Это делают в обычном паспортном столе (единственное, штамп о гражданстве детям ставит непосредственно начальник паспортного стола лично, по крайней мере так в подмосковье).