ИМХО в вашем случае  - все равно чем, выбирайте по времени рейса, как удобно или если бонусы собираете аэрофлотовские.Если выбор между аэрофлотом и запопинскими авиалиниями  - то аэрофлот бы выбрала.Как в Ш не помню, но в Домодедово давка на регистрации Трансов была, мы в очереди проторчали минут 40.