К сожалению, такая ситуация не только с вами происходит. Я сегодня как раз пыталась выяснить,где мой соц вычет на лечение. Дозвонилась не с первой недели. Уже вся на взводе, с двумя маленькими детьми должна сутками туда дозваниваться  долго выясняли,оказывается потеряли заявление,потом нашли, потом еще сто-то, короче 2 месяца прошло. Но я за такое заставляю мне пени платить и платят касательно вашей ситуации поясню. Извещение о переплате приходит,когда обращаются с декларацие 3ндфл на вычет. После камеральной проверки приходит извещение о возникшей переплате. То есть налоговая готова вернуть вам ваши деньги,но вы должны написать заявление на возврат.Но вы же пишете,что писали заявление на возврат у работодателя..странно. На основании такого заявления не позднее 30 дней вам должны выдать уведомление,которые вы принесете в свою бухгалтерию для пересчета и возврата НДФЛ, удержанного с вашей ЗА за 2010год