http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D1%82%D0%BE%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D1%82Стоматит имеет МНОЖЕСТВЕННУЮ основу. И грибковую и вирусную и бактериальную - какую хотите, по выбору.  При лечении стоматита самое важное понять причину ео возниковения и основу. И тогда уж подобрать наиболее эффективное лечение. От грибкового поможет, например, дифлюкан, от вирусного - противовирусные препараты, от бактериального - антибиотики.Ну а то, что вам провела стоматолог - это санирование ротовой поверхности. Таким образом лечили стоматит - восновном бактериальной  и грибковой природы еще наши родители. Это не значит что это лечение плохое, отнюдь. Просто чуть более длительное, так как Вы воздейтвуете фктически на последствие болезни, а не на причины, не позволяя ей распротраняться, ждете когда организм сам подавит возбудитель.