Проект - утверждение - бюджет. Установленные не по проекту окна никто оплачивать подрядчику не будет. Если у вас уже стоят окна, никто слова не скажет. Равно как вы можете отказаться от остекления балкона вообще или если у вас уже стоит свое. Но с вас возьмут акт отказа от выполнения работ. Вотысе. Или составят многосторонний акт об отказе в доступе в квартиру для производства работ. Это если вы не подписали отказ сами. В конце концов, ремонт по программе - это, в первую очередь, энергосбережение. Если вы сами уже все сделали - вопросов нет.