Обычный пользователь не сидит под root-пользователем Работать надо только от обычного пользователя, а административные задачи выполнять через sudo. Если sudo не настроено - лучше сделать именно так. Тем более с графикой... Лично я не понимаю, зачем там GUI - все серверные задачи превосходно и намного быстрее управляется через консоль или, например, WebMin