ООО действительно сложно, если нет никакого опыта. Москва? Если да, то 46 инспекция сильно придирается к документам. При отказе госпошлина (4000 и 412 руб) не возвращается, услуги нотариуса тоже. Но, конечно, ничего нереального нет, если вы уверены, что ошибок нет, то подавайте  Обратите внимание на юридический адрес, это сейчас самая распространенная причина отказа. Ставить на учет в фонды не нужно, постановка на учет в фонды происходит автоматически, а вот чтоб узнать регистрационные номера можно съездить в фонды получить уведомление либо через две недели после регистрации заказать выписку из ЕГРЮЛ и посмотреть все присвоенные номера там.