Ну Пардубице собственно и не есть полноценный аэропорт, бывший военный аэродромчик, насколько помню, только с чартерами вроде и работает. А с ручной кладью такая фигня часто встречается, не только там, так что на будущее лучше изначально раскладывать все соответственно, либо уточнять правила заранее.