Выпустят безо всяких проблем. По Российскому законодательству если ребенок выезжает с одним из родителей, согласие другого не требуется. Проверено неоднократно, в том числе и лично мною. Едиственно, должен быть с собой оригинал свидетельства о рождении, даже если фамилии одинаковые, но это теперь и на внутренних рейсах так