Если вас не устраивает только это, то скажите ей это один раз, но достаточно жестко - что вам не нравятся ее комментарии. А если у вас  претензии к ее профессионализму, то тогда может лучше сменить врача? В той же пол-ке выбираете того, кто вас устраивает и у заведующей напишите заявление. Самое главное что б на работе относились с пониманием .Я тоже работающая, и у меня их тоже сразу двое, правда мы поменьше, но мои в сад не ходят, а сидят дома с няней, поэтому проблем такого рода у меня нет.