Если лететь в Португалию через Мадрид, то да долго. Посмотрите рейсы Iberia - там пересадки неудачные, будете в Бадахосе куковать. Прямой рейс - 5,5 часов, а через Мадрид 8-12.Можно рассмотреть такой вариант: летите до Мадрида, берете там напрокат авто (заказывать через инет и заранее), смотрите окрестности испанской столицы (Толедо, Сеговия и что там еще душа пожелает), а потом тихо перемещаетесь через Саламанку и Гуарду в Лиссабон или Порту. Осматриваете там то, что интересно, а затем возвращаететсь в Испанию перед возвращением домой.