Я тоже считаю,что налога быть не должно.Мы сами купили квартиру в 1998году на первичном рынке.Свидетельства о собственности тогда не выдавали, был только зарегистрированный договор купли-продажи.С другой стороны , налоговая 99% может привязаться,т.к. выданы новые свидетельства о собственности этим годом, а подход налоговой всегда чисто формальный. Как советует Отто, тоже обложилась бы документами и отстаивала свои позиции вплоть до суда.