Я вышиваю икону бисером, шью рядами - как в инструкции.  Мне кажется, если вышивать сначала одним цветом, потом другим - может быть не очень удобно потом подбираться к не зашитому участку, все же бисер выпуклый, в отличие от мулине. Да и на изнанке будет путаница, а так все аккуратно.