Обычно в оба паспорта вписывают. При этом у нас в паспортном столе требовали личного присутствия, то есть вариант, когда папа приносит все-все документы и 2 паспорта (свой + мамы) не проходил, нужно, чтобы мама сама шла со своим паспортом. Но ... может быть сейчас уже другие правила.Если бумажные вопросы для вас серьезны, то просто заранее узнавайте, так как с младенцем на руках сложно отлучаться из дома и 100 раз бегать в одну и ту же контору.