самое простое - на сайте ФНС РФ есть "Проверьте не рискует ли Ваш бизнес", там пишете название компании вместе с организационно-прововой формой ( например, Общество с ограниченной ответственностью" и поиск Вам выдаст компании с такими названиями и субъект, в котором они зарегистрированы.Но сейчас необязательно проверять компании по названию, т.к. даже при уже наличии такой компании, отказать в регистрации Вам по этой причине не могут. Чтобы различать компании и придумали идентификационные номера - ИНН, ОГРН.