Шенгенская виза, выданная  посольством Германии, и национальная германская виза - это разные типы визы. Почитать подробнее можно на оф.сайте посольства Германии в России http://www.moskau.diplo.de/Vertretung/moskau/ru/01/Visabestimmungen/__FAQ.html Столкнулись в апреле с этой проблемой при продлении шенгенской визы в Германии. Немцы нам выдали национальную германскую, особо подчеркнув, что она действует только на территории Германии и попасть в Россию  законным путем мы теперь можем только самолетом (а самолеты-то как раз и не летали тогда ).