Ну вначале июня в Хорватии Вы вряд ли встретите большое скопление туристов даже в самых раскрученных местах: сезон только начинается. Я бы на Вашем месте ехала куда-нибудь южнее Пулы (больше шансов, что погода и температура воды позволят Вам купаться). Посмотрите что-нибудь в окрестностях Сплита (чтобы с ребёнком далеко от аэропорта не ехать). А чтобы в горах в Хорватии люди останавливались, я вообще не встречала. Есть какие-то гостиницы (или кемпинги) около Плитвицких озёр, но на неделю, думаю, вряд ли имеет смысл туда ехать, тем более с маленьким ребёнком.