В отношении Джона спорить не стану, эти имена давно разошлись и стали совершенно несозвучны с оригиналом, получили разное написание и т.д. Что совершенно не отменяет их общего происхождения. Просто эти имена в русской действительности обычно не пересекаются и вопрос их общности не стоит совершенно.  Отрицать общее происхождение Ксении, Аксиньи и Оксаны так же странно, как отрицать общее происхождение Джона и Ивана. Насколько разные эти имена - личное дело каждого, юридически - разные, фактически - одно имя. Слишком часто в обычной жизни эти имена пересекаются, перемешиваются. Оксан часто называют Ксюшами, это факт. Вот если бы Оксану кто-то попытался назвать Машей - это было бы странно.