По согласовании с руководителем делаю следующим образом: вы приносите больничный и официально числитесь в декрете, и за каждый отработанный месяц вы сдаете в отдел кадров заявление за подписью начальника "Прошу выплатить вознаграждение за работу с такого-то по такое-то число". В нашей организации вознаграждение высчитывается на основании оклада. В любом случае вам надо проконсультироваться в вашем отделе кадров.