Если вас не смущает вероятность заражения вашего непривитого ребенка от привитого, то напишите заявление от том, что вы осведомлены о такой вероятности, осознаете последствия, но ребенка в сад водить будете и несете личную за это ответственность. Договор и заявление правомерны, а приказы, как Вы понимаете, не обсуждаются. Заведующая  в данном случае подневольный человек, ей нужен документ для вышестоящей инстанции о том, что Вы предупреждены и берете ответственность на себя. Дайте ей этот документ и ситуация исчерпана.