Они правы. Льготы носят заявительный характер. Т.е. пока вы их не оформили, платить должны 100 %. И никаких перерасчётов не предусмотрено. В Мосэнерго, кстати, раньше (когда я льготы оормляла) тоже только с даты оформления льгот их считали (даже объявление об этом в Мосэнерго висело), вам, видимо с Мосэнерго просто  повезло.