Да, ржавчина (оксид железа) вступает в реакцию нейтрализации с кислотой. Средства от накипи тоже содержат кислоту, кстати. Поэтому при чистке чайника убиваются оба зайца. А если не помогло, ржавчина проступает на самом металле чайника, то значит проржавел он сам, его лучше заменить на нержавеющий и для профилактики всех этих проблем никогда не держать в нем воду. Вскипятили - слили.