расскажу, как я делаю при поездках из Голландии(тоже страна ЕС) в Россию..............при выезде из Голландии показываю голландский паспорт и иногда российский при регистрации билетов, при вьезде в РФ - российский паспорт................при вылете из РФ - оба паспорта при регистрации билетов и россисйкий на погранконтроле.............летаю так уже больше 10 лет, никогда не было проблем..................на российской границе к 2м паспортам относятся абсолютно безразлично...............