С коленями сложно. Смотрите, скорее всего как-то вбок они у вас во время занятий уходят. На несколько дней прекратите тренировку. На ночь после душа (хорошо с мылом больные места помыть) вольторен эмульгель намазать на суставы не до сухости (сильно очень втирать не надо) и пленкой не туго пищевой обмотать. Так дня 3 хотя бы. Если пройдет, по крайней мере в наколенниках лучше туда ходить. Скорее всего со связками что-то не то, как-то подрастянули их. Не пройдет - к хирургу.