Описанные Вами симптомы после начала кормления, свидетельствуют о дисбактериозе минимум. У нас было тоже самое, но по другой причине: мне давали сильные антибиотики и уверяли, что кормить можно(. Мучились животом до 6мес, может дольше, постоянные запоры. Кстати, как у Вашего малыша со стулом - в этом возрасте один из важнейших показателей.