Если у Вас есть официальный документ, утверждённый компанией "о порядке компенсации проезда" (ЛНА компании) с которым Вас, как работника , знакомили под роспись (т.е. есть официальный РЕГЛАМЕНТ и выполнялись соответствующие  правила налогообложения, как "доход в натуральной форме" или "авансовый отчёт" )То у Вас есть шанс получить свои деньги. Если это было "чёрным налом", то "хозяин-барин" доказать Вы ничего не сможете.