То, что непрямым рейсом, это однозначно. Как добраться с Укр. до М-вы, Вам, наверное лучше известно, а вот из М-вы до Иркутска билеты надо брать заранее (желательно не меньше, чем за месяц до поездки), тогда очень хорошие скидки и у S7, и у  UtAir, и иногда бывает у Аэрофлота. Мне в прошлом году удалось сибирью за 11 тыс в обе стороны билет купить. По туроператору могу порекомендовать http://www.russiadiscovery.ru/, насчет цен не знаю, у каждого свои определения дороговизны, (на сайте указаны цены за туры) но что касается организации, насыщенности и интересности тура, могу ручаться. Они вообще, честно говоря, в основном ориентированы на прием зарубежных туристов больше, чем на наших, потому и стараются в грязь лицом не ударить (ИМХО)