http://lingvodet.ru/224/"Таким образом, если раньше это слово делилось на вы-н-я-ть (< выяти по аналогии с въняти, съняти с заменой -/- на -н-), то сейчас оно делится на морфемы уже следующим образом: вы-н-у-ть, т. е. приставка вы-, непроизводная основа -н- («чередующаяся» с -ним-, -ем-, ср. вынимать, выемка), суффикс однократного действия -н-, суффикс -у-, выступающий как классовый показатель, подобный -а-, -о-, -е- в словах звать, колдть, тереть, и инфинитивное -тъ; корень -н- и суффикс -н- накладываются друг на друга, все остальные морфемы располагаются в «принятой» линейной последовательности, одна за другой.Таким образом, слово вынуть и имеет корень (если понимать под ним непроизводную основу как ядро его лексического значения) и не имеет его (если понимать под корнем исходный «основный» материал слова). Такой своеобразный и, казалось бы, парадоксальный факт вполне понятен и исторически оправдан."