Такую "мелкоту", когда маркер все равно толще ниточек, размечаю мононитью. Она потом и вытаскивается легко, и ошибиться сложно при вышивании  В данном случае размечала бы однозначно по всем значимым линиям. П.С. А наборчик очень интересный, мне не встречался пока. Удачи