Вам говорили  не о вычетах не из Вашей зарплаты , а о вычетах из налогооблагаемой суммы. Вам нужно от цены квартиры отнять 1 миллион руб  , или отнять стоимость по которой она была куплена.Посмотрите, что вам выгоднее. От  этой разницы 13 % платите. Не торопитесь, разберитесь, а то не туда пошлете или переплатите, потом оббегаетесь.