Из личного опыта. Отчество ребенок сможет поменять только после получения паспорта, т.е. в 14 лет. Ситуация похожая: БИО лишен родительских прав, фамилия ребенку сразу же после лишения была изменена, а вот с отчеством вышла загвоздка. Получил первый паспорт с отчеством БИО, а затем в ЗАГС в сопровождении мамы - писать заявление о перемене отчества + заявление от мамы, что не возражаю. Да, еще и причина перемены отчества должна быть весомой (у нас - отчество отчима + еще заявление от отчима, что не возражает).