Самое главное не пугаться. Никуда Ваши 5/6 долей квартиры от Вас не денутся, и в доход государства не поступят. Нотариус, не выдав Вам полностью долю дедушки,  признал Вашу бабушку обзательным наследником (хотя и не очень понятно почему не затребовал свидетельство о браке), а Вы в свою очередь являетесь ее наследником, таким образом для Вас проще всего найти их свидетельство о браке и представить нотариусу, если же его нет, то обратиться в суд за установлением факта родственных отношений.