Миндалины могут быть небольшие, но кармашки, например, глубокие, там могут оседать бектерии. Хотя, была бы инфекция, анализы бы показали. Может, со слизистой что-то? Может был ожог в прошлом и сейчас легкораздражаемая слизистая... Сложно сказать. Пусть к хорошему лору сходит на консультацию.