Откачать воду, вычерпать со дна ил и щебень. Щебень промыть и назад опустить. Смыть слизь со стен. Если нужно обеззаразить воду, то можно засыпать немного хлорки или другие какие-то есть специальные составы. Но это все уж по совсем полной программе. Мы откачиваем воду, раз в 3 года промываем щебень, иногда стены. В сети полно инфрмации по очистке колодцев, есть специалисты.