Из муницпальной квартиры вы сможете снять ее с регистрационного учета, в судебном порядке признав ее  утратившей право пользорвания на основании ст. 83 ЖК РФ.Безвестно отсутствующей не стоит. Появится, восстановиться в своих правах, оспорит приватизацию и т.п.ПО ст. 83 ЖК РФ сейчас хорошая практика, но у вас будут проблемы с ее извещением, если она неизвестно где. Сроки рассмотрения дела затянутся, но можно будет рассмотреть при неизвестности ее места жительства с назначенным адвокатом от ее имени (это суд назначит, вам платить не нужно будет).