Я так понимаю, что АР было много, а физическая где-то одна. Да , они вернулись, как и Элоиза и Уидмор (они же тоже были острове) (значит где-то теоретически эта брешь есть) и они вывезли с острова Арона. А когда он родился второй раз, то он родился в АР, где не было его настоящего физического тела, а вот то, что он был в церкви в конце, значит , что он все-таки уже умер в той реальности, куда его увезли (может уже от старости). Отец же сказал Джеку, что не важно кто когда умер - одни раньше, другие позже, но поскольку самое важное время в их жизни было на острове, то они должны быть вместе и только вместе могут двигаться дальше. Кейт и Сойер могли и улететь , и могли разбиться , это неважно. Они вообще могли даже пожениться и родить кучу детей.  Важно, что потом, когда они умерли, чтобы двигаться дальше они должны были найти тех, кто им был нужен и кто был с ними в самое важное время в их жизни.