статья 73 семейного кодекса, почитайте. Выглядеть это может по-разному, начиная с того, что подать заявление в органы опеки может кто-то другой(например, соседи по даче или воспитатель), и тогда могут ограничить в правах обоих родителей, т.к. не имеет значения кто избивает ребенка, если второй покрывает - то виноват не меньше, таким образом, сначала могут ограничить в правах, а потом и вовсе лишить, в том числе второго родителя, который закрывает на это глаза. Если же один из родителей подаст подобное заявление в органы опеки и будет продолжать жить с супругом, то это будет решать орган опеки, но, если честно, это как-то странно жить с человеком, который избивает ребенка, подавать на него заявление в милицию...