Да в общем то нет такого понятия лучшая система бронирования - т.к. их много, у всех есть свои преимущества и часто выбор той или иной системы тупо зависит от места куда вы едите. Мне нравится более других букинг -  все таки по Европе у них действительно едва ли не лучшие предложения,а вот по Азии есть масса других сайтов с более разнообразным выбором, хотя и с букингом ездила на Бали.Их большой плюс также в том, что не берут предоплаты. разные цены в разных системах бронирования - ну так конкуренция на рынке, кто как сумел договориться о спецусловиях и скидках.Если звонить напрямую в отель - всегда выкатят дорогущий ценник.