Если какашки детки на ГВ полежат в памперсе чуток, даже минут 20, то начинают зеленеть - это норма. В течение дня неспящему ребенку памперс меняется после покака, а ночью вы же его не будите, меняете утром, вот какашки и зеленоватые. Дизбактериоз не бывает только по утрам  и не лечится коррекцией питания мамы.