Ну переболеет ребенок коклюшем, выработается специфический иммунитет. Не вижу проблем вообще - коклюш ни разу не смертельная болезнь. В чем трагедия-то? Организм будет защищаться также, как от прочих болезней, от которых прививок никогда не было - типа ОРВИ, скарлатины и т.д. В ответ на внедрение вируса/бактерии иммунная система начнет вырабатывать собственные антитела, как это обычно и бывает. Если в целом иммунитет хороший, ребенок переболеет легко и без осложнений.