Мдя... Сама некоторое время работала в конторе со сложным соподчинением. Всем угодить сложно.Ответственность лежит не на Вас - Вы технический исполнитель. Протокол тендерной комиссии имеется, договор подписан - какие претензии?Попытайтесь сейчас переговорить со всеми  сразу - непосредственным начальником, руководителем проекта, подрядчиком. Работа уже есть, сейчас требуется понять - оставлять, как есть, то есть принимать работу и оплачивать. Либо - договариваться о доработке и последующей оплате.Спрятать голову в песок сейчас - не получится, увы.Ну, и на будущее - чем больше людей знает о Вашем проекте, тем лучше. Потому что они не смогут сказать "Мы не знали", ответственность придется разделить даже в случае провала.