Если они будут проводить через увольнение, то выплатят за неиспользованный отпуск в день увольнения, они не забыли об этом?  Так что отпуск не потеряете в любом случае: либо деньги, либо дни. Напомните им об этом. Но скорее всего будет просто просто приказ об изменении срока договора и внесении изменении в договор. Такую запись внесут в трудовую.