да не зависимо от титра условно-патогенный. Насколько я помню эпидермальный  не стоит лечить до 10 в пятой степени. Флора не становится патогенной, а может себя вести как патогенная, т.е. вызывать клинику . Насчет лечить высокий титр: в кишечнике человека по различным источникам до 3-3.5 кг микроорганизмов (нормальной флоры), но Вы же её не лечите?! А кроме стафилококка в анализе были и другие микроорганизмы на которые стоит обратить внимание.