В  таком  случае подавайте  в  суд.Она без расчета ведь ушла, заработка ее не хватает  на покрытие  недостачи ?Хотя, в любом  случае,зарплату ей обязаны  выплатить ( если  она  потребует) а недостачу  взыскивать через  суд.