А может Вам попробовать поспать вместе в одной комнате, но на разных кроватях?Просыпается именно потому, что беспокоит страх, что одна. У меня самой такое было в 4 года Видимо Вы рано перевели в отдельную комнату- все же детки по разному реагируют, от нервной системы зависит.