Если в ЗАГСЕ запишут со слов матери, то просто в графе гражданство отца будет прочерк. На выезд ваша запись не повлияет никак. В том же загсе берете справку, что отец записан со слов матери. Все. Никаких юридических последствий эта запись не несет. Попросите в суде указать отца со слов матери, без конкретики, в загсе укажете кого надо. А то еще суд откажет в конкретной фамилии и загс потом заупирается.