Нет, прочерка не будет в такой ситуации, потому что даже если отец лишён род.прав, он всё равно ребёнку с точки зрения закона отец (и теоретически может восстановить свои род.права). Так что если просто поменять ребёнку фамилию, в свидетельстве о рождении будет указан "старый отец".