% от чего? от стоимости материалов (слышала про такое - по-моему, это полный бред). Обговариваете объем работ (фундамент, стены и т.д.) и ....вперёд. Фиксированная оплата. Хотя в процессе постройки ЛЮБЫЕ рабочие выдумают ещё много всяких "надбавок" (земля "тяжелая", копать трудно, сказали мне, надо бы накинуть), не ведитесь на это.