Во-первых, ездить через Германию во Францию боле-менее логично, с учетом того, что туда дешевые авиа и это соседние страны. Так делают многие, это не редкость. Лететь же через Швейцарию в Грецию - это как-то более загадочно.Во-вторых, при получении следующего шенгена действительно не будут доказывать что вас там не было. Обычно просят предъявить какие-нибудь чеки, означающие, что вы там были. Могут и не попросить. Но, опять же, при больших сомнениях в маршруте шансы на то что попросят значительно вырастают.