противоречия нет, в п.3 ст.614 ГК РФ указано, "3. Если иное не предусмотрено договором, размер арендной платы может изменяться по соглашению сторон в сроки, предусмотренные договором, но не чаще одного раза в год". В п.11 ИП ВАС РФ идет речь о способах  исчисления арендной платы, если например, ставка установлена в валюте или на ставку арплаты начисляется определенный процент, в таком случае ставка арендной платы будет всегда разной, в зависимости от курса валюты или инфляции или иного применяемого сторонами договора фактора. В договоре также может быть установлено, что например, на период ремонта (иного действия или фактора), ставка арплаты, составляет одну сумму, а по завершении ремонта другую, более высокую сумму и это будет не изменение арплаты, а условие исчисления арендной платы.