Вам в любом случае нужно идти в комиссию по месту фактического проживания и вставать на учёт. Мы с ребёнком прописаны в Московской области, проживаем в Москве, проблем не было, про регистрацию даже вопроса не задали, только паспорт и св-во о рождении спросили. А дальше уже как повезёт.