Требование регпалаты к договорам мены - указание стоимости обмениваемых объектов. Налоги высчитываются так же, как при купле-продаже. Поэтому оценивайте квартиру меньше 3-х лет в собственности по той стоимости, за которую купили. Тогда налогов не будет.