"Скрипя сердцем" - это одно из шутливых выражений, сначала случайно, а потом специально, ради шутки, употребляемых в "перекрученном виде". Туда же относятся напр. "две большие разницы", "такова селяви" - то есть несмотря на "рперекрученность" смысл остается тем же.е