Протаргол назначают при  лечении воспалительных заболеваний глаз и  при аллергии.Протаргол назначается при конъюнктивитах, блефаритах (воспалении краев век), в том числе гнойных, в виде 1-3% раствора. Кроме того, всем новорожденным детям непосредственно после рождения обязательно проводится закапывание глаз протарголом для профилактики гонорейного блефарита.