Через тонкие стенки кишечника или лимфатические сосуды кишечная палочка не проникает. Все гораздо проще. Попала она туда в результате попадания каловых масс в отверстие мочеиспускательного канала. А сам этот канал у девочек (в отличие от мальчиков) относительно короткий и широкий. Возможно, Вы ее не совсем правильно подмывали (нужно всегда спереди назад), либо у Вашей дочери есть какие-то анатомические предпосылки для развития пиелонефрита.