Не надо страдать. Это всё так и должно быть. Открывая новый файл, Вы переходите на новую картинку. На ней нужно взять то, что необходимо при помощи выделения, скопировать, вернуться на прежнюю картинку (в данном случае, основу коллажа) и туда вставить.