Все-таки самым лучшим вариантом, мне кажется,  хотя и самым долгим, будет зашить фон подходящим цветом. Долго, зато и пятна скроются, и вид улучшитсяВышивка стоит того, чтобы на нее потратить время. Наверное в цвет ткани нитки подобрать. Это мулине или шерсть?