То есть судя по всему, проблема именно в ферментативной недостаточности или аллергической реакции на обычную смесь, а не в кишечной флоре.  Если есть явная связь изменения питания и сыпи, то к чему тогда лечение фагами? Мне кажется, Вам со смесями разобраться надо. Вы Ненни начали после очищения кожи? Может, рано еще смесь с лактозой вводить?