Если честно - то я не понимаю, в чем проблема. Отпрашиваются же у вас, так ведь? Ну так вы и смотрите - Вася уходит раз в месяц, значит Васю можно отпускать и на опоздания глаза закрывать изредка. А Маша только и делает, что отпрашивается и опаздывает, значит Маше после 3 раза надо сказать, что на этот месяц ее лимит окончен, в следующем думать будет - стоит отпрашиваться или нет. Но в целом я бы ввела такой порядок, если реально это мешает работе или ухудшает настроение других работников. А если работа делается и при этом Васе и прочим пофиг, что Маша уже 25 раз уходит пораньше - то пусть все будет по старому, к чему закручивать гайки и вызывать общее недовольство?