Такие пятна могут возникнуть от ожога от подкомки если поливаете с таковой, или просто от холодной воды при поливе, а также от резкого перепада температуры. Если не соблюдается темпереатурный режим, то фиалки просто мерзнут или наоборот вянут (пятна на листьях) от чрезмерно-сухого воздуха.