Дефицит фолиевой кислоты при беременности затрагивает в первую очередь нервную систему плода, повышается риск развития гидроцефалии, анэнцефалии (отсутствия головного мозга), мозговых грыж, задержка умственного и физического развития будущего ребенка. Высок риск дефектов позвоночного столба, например его незаращения («открытая спина»). Кроме того, дефицит этого витамина может вызывать преждевременное прерывание беременности, плацентарную недостаточность.