Мы столкнулись с подобным в школе. Сын ничего не говорил, а оказалось его запугали и булили. Мой вам совет, напишите официальное посьмо на имя директора школы  с просьбой разобраться в ситуации, напишите, что сын отказывается ходить в школу, что обращаетесь за помощью. Разберутся и помогут точно.