Согласно ст 138 НК РФ можно сразу в суд.делаете расчет , прикладываете все свои доки, декларацию, заявления, пишите иск, оплачиваете гос пошлину 100руб и в суд.Т.к за задержку возврата налога пени они должны были самостоятельно расчитать и перечислить.Обжаловать в Управлении МФ РФ можно,но это лишнее время.___________Почитайте НК РФ в части обжалования действий и бездействий должностных лицРаздел VII. ОБЖАЛОВАНИЕ АКТОВ НАЛОГОВЫХ ОРГАНОВИ ДЕЙСТВИЙ ИЛИ БЕЗДЕЙСТВИЯ ИХ ДОЛЖНОСТНЫХ ЛИЦГлава 19. ПОРЯДОК ОБЖАЛОВАНИЯ АКТОВ НАЛОГОВЫХ ОРГАНОВИ ДЕЙСТВИЙ ИЛИ БЕЗДЕЙСТВИЯ ИХ ДОЛЖНОСТНЫХ ЛИЦ