Ребенок обязан быть прописан вместе с родителями(одним из родителей), поэтому, если Вы с супругом будете прописаны в ипотечной квартире, то ребенок просто обязан быть прописан там же. В любом случае, внимательно читайте все условия договора, возможен пункт о невозможности регистрации в квартире, в принципе, до погашения определенной суммы, либо всей суммы. По крайней мере, на заре ипотечного кредитования, такие условия были.