Если по разным комнатам в целях незаразиться, то ИМХО смысла нет. Ну и вообще, младшая ещё слишком мала, чтобы понимать такое. Да и старшая тоже невелика. С одной ложки просто не давать есть и не только во время болезней. У меня с этим всегда строго, никто ни за кем никогда не доедает, не облизывает и не пьёт из одной чашки/бутылки. Поэтому и в болезни таких проблем не возникает. А вообще, оградить от инфекций ИМХО не реально в пределах одной квартиры.