Пени там оказываются потому, что они начисляются после прихода денег на счет налоговой. Например, заплатили не день в день как в квитанции, а чуть позже, вот и пени. У меня, кстати, по базе вообще ничего не было, а пришла в налоговую за справкой, оказалось почти тыща рублей задолженность!