Риски применения плазмафереза очень существенны. Возвращение плазмы в организм (реинфузия) может вызвать анафилаксию – опасную аллергическую реакцию. Анафилаксия проявляется падением давления, нарушением дыхания и может привести к смерти. Могут возникнуть реакции и осложнения в виде судорог, кровотечения, рвоты, и др. Данный метод «очищения» оправдан лишь при состояниях, угрожающих жизни пациента, но не как рядовая процедура, как это зачастую преподносится в ряде клиник. Основным недостатком плазмафереза является то, что этот метод удаляет токсичные вещества только из крови. При этом основное количество токсинов находится в кишечнике. Поэтому после плазмафереза токсины вновь поступают в кровь из кишечника.