Хронически тонзиллит часть авторов связываютт с иммунологической толерантностью, то есть отсутствием реакции на проникновение болезнетворных микроорганизмов в небольших количествах. То есть иммунный ответ следует не сразу, а когда "бяка" уже размножилась и тогда уже развивает "бурный" воспалительный процесс. Какова причина этого -  однозначного ответа нет, частично наследственная, частично - индуцированная извне, но опять-таки, всё на уровне гипотез.