Счет-фактуру вы отдаете вашему покупателю и она является основанием для принятия к вычету ндс у него, тоесть на пальцах если - покупатель эту сумму зачтет в счет оплаты своих платежей по НДС (тоесть применит вычет по НДС).Без разницы что это, услуга, товар и т.д. Схема одна и таже.