Такое восприятие христианства как угрозы для турецкой нации привело к дискриминации и даже насилию по отношению к церквям, церковным лидерам и отдельным верующим. Одно из самых ужасающих проявлений агрессии против христиан выразилось в геноциде против армян. С начала 20 столетия число христиан в Турции уменьшилось с 3,1 миллионов до 100 000.