Разница лишь в цене и способе регистрации. Особенно если на юридическое лицо. Без проблем обычно регистрируется .orgА вообще разница лишь в том, что как бы мир поделен на зоны, каждой из них условно присвоен домен первого уровня, типа .ru - Россия, .com - Америка и т.д. Некоторые домены без зоны, но условно принадлежат какой-то области деятельности, типа .org - некоммерческие организации и т.п. Разделение это не более, чем условное. Но на практике люди из России (если магазин будет в России) ищут адрес в домене .ru, и видя .com могут смущатся, впрочем не всегда... Посмотрите кстати на освобождающиеся домены, на многих регистраторах иногда происходят аукционы доменов, которые ежедневно освобождаются - вполне может быть, что-то себе поймаете.