На амоксиклав понос- обычное дело. Либо меняйте АБ, асли понос мешает жить, либо потерпите, курс АБ обычно дней 5-7, после дадите линнекс или нормофлорин и все пройдет. Давать одновременно АБ и линнекс  бесполезно.