При приеме вагинально противопоказаний  меньше, но есть, например, повышается вероятность развития вагинальных инфекций,  в том числе молочницы и бактериального вагиноза. Конечно, если прогестерон ниже нормы, то этими противопоказаниями вполне можно пренебречь. Но если показатели укладываются в норму, то к чему искусственно менять свой естесственный гормональный фон?