Думаю, что "вычеркнуть из базы" налоговая не может, только в случае, если автомобиль снимут с учета в гибдд, ведь база транспорта в налоговой зависит от базы гибдд - гибдд каждые 10 дней сливает им базу. А машина может и найтись, и тогда надо опять платить налоги, если она не снята с учета.