Если  у вас именно шенгенская виза, выданная немецким посольством, то транзитные визы для Литвы и Польши не нужны, т.к. эти страны "в шенгене". А вот если национальная немецкая виза, то первый въезд  по ней должен быть через Германию, т.е. для других стран "шенгена" надо делать визу (шегенскую, конечно) http://www.moskau.diplo.de/Vertretung/moskau/ru/01/Visabestimmungen/__FAQ.html