af-s означает,  что в объективе есть собственный моторчик, ответственный за автофокус. есть еще af объективы, которые такого моторчика не имеют и приводятся в фокусирующееся состояние моторчиком камеры. В д40 такого внутреннего моторчика нет, значит только af  объективы придется наводить вручную. А af-s будет работать нормально. Может, есть еще какие-то подводные камни, глубже вопрос не изучала.