Да не произошло ничего страшного, ребенок все равно должен был рано или поздно узнать о существовании такого явления, как религия. Меня в детстве бабушка тоже и в церковь водила, и креститься учила, мне нравилось - в смысле, в церквях было красиво и приятно пахло. И никакой моральной травмы мне это не принесло - как растили меня родители неверующей, так и вырастили  Разовое посещение музея никоим образом на мировоззрение ребенка не повлияет.