А где высевается? В глотке и полости рта? Я бы в таком случае сделала посев ДО антибиотика и через пару недель после. Если есть выраженные изменения плюс клиника, тогда проводила бы нормальный полноценный курс дифлюкана, а не такую странную схему.Даже в случае профилактики при нейтропении, например(думаю, это не Ваш случай) назначается раз в сутки, а не через день.