Мне кажется никакой проблемы нет вообще. У меня тоже в паспортах разные фамилии, точнее там одна буква отличается, но по факту фамилии как-бы разные. Я беру билет всегда на фамилию которая написана в канадском паспорте. Когда вы будете выезжать то смело показывайте этот паспорт. А в России на таможне если надо будет то покажете оба паспорта, да и вообще если где еще спросят. Я так всегда делаю и никаких проблем не было.