Правомерно вычитать на любом этапе.Только надо четко понимать что именно Вы заказывали.А вообще,опытный прораб всегда скажет,что ровнять надо у плинтусов обязательно,даже если заказчик и не хочет ровнять стены.Он должен был предупредить,что будет такая проблема.А если Вы оплатили именно выравнивание стен,то вычитать надо однозначно,т.к. это большой косяк и это не Ваша проблема,что Вы проверять не умеете профессионально.Опять же под "выравниванием" понимают разное(По уровню,по правилу) и всегда цена разная.Если Ваш прораб работает без лицензии и без фирмы,то никакой ответственности он нести не будет даже если что-то и подпишет.Люди поэтому и платят фирмам по более высоким расценкам,чтобы потом было с кого спросить.Гарантия тоже ведь денег стоит.