Ну так правильно,у ноутбука экран меньше,соответственно буквы мельче и глаза больше напрягаются.И ещё настройки могут быть более резкие для глаз.Вы проверьте,не слишком ли сильные контраст и резкость там стоят.И ещё, вы зрение давно проверяли? Может быть,у вас со зрением проблемы и Вам уже очки для работы требуются?