Программа одна (клиентская часть), баз может быть сколько угодно. А точнее сколько Вам нужно. Вы только определитесь какая Вам платформа нужна (с работодателем обговорите, 8.0, 8.1, а многие до сих пор на 7.7 работают). Можете купить коробочку и сами установить (там ичего сложного, в коробочке платформа и конфигурация для баз). Далее создаете базу нужной конфигурации (опять с работодателем обговорите какая нужна конфигурация, например для 8.0 и 8.1 "Бухгалтерия Предприятия", "Торговля", "УПП" ).