В вашем случае виза однозначно чешская, т.к. Чехия основная цель вашей поездки. Заночевать, скорей всего, придется в мотеле на территории Польши. Для визы лучше забронировать что-то, хотя и необязательно (чехи дают обычно по 3 дня туда и обратно на "доезд", если у вас как вид транспорта  указан автомобиль, без подтверждения). Отели - это уж кому что нравится. Майские мегавысокий сезон что для Берлина что для Праги, поэтому, вероятно, выбор уже не столь велик. Обратите внимание на новые правила подачи подтверждающих документов. Раньше чехи требовали факсовые подтверждения из отелей, сейчас не знаю как это будет.