Ну, на поезд тоже их проблема найти. Тот, который в Прагу идет - там прицепной вагон до Братиславы, и этот прицепной вагон тоже, скорее всего, не каждый день недели ходит. Еще минус этого поезда - время в пути, он оооочень долго идет, через Польшу, Прагу, а потом уже прицепной вагон в Словакию едет, и купе при этом там 3-местные. Я изучала эту тему несколько лет назад - наиболее привлекательным мне показался вариант с пересадкой: сначала из Москвы сесть на поезд до Жилины (он идет более коротким путем, через Украину), на станции Кошице (могу ошибаться, лучше уточнить где-нибудь на сайте словацких ж/д) сделать пересадку на поезд до Братиславы. Но на поезд до Жилины даже сильно заранее я тоже не смогла найти билетов. У меня дело закончилось тем, что купила в турфирме тур с чартером (меня интересовала горнолыжка, дело было зимой). В вашем случае, я бы порекомендовала лететь сначала в Будапешт (у Малева были копеечные спецпредложения, хотя июнь уже не за горами, да и популярно летом это направление, может уже не быть в наличии интересных вариантов), а оттуда уже недалеко до Братиславы поездом или автобусом.