на счетчике уведомления о новых ЛС появляются только когда вы логинитесь, причес с главной страницы евы. а если вы залогинены и вам вдруг пришло ЛС, то оно не отобразится на счетчике моментально, а вы увидите его в следующий раз, когда будете логиниться.