Наиболее часто гипотиреоз развивается вследствие аутоиммунного тиреоидита, и именно этот, медленно и подспудно развивающийся гипотиреоз представляет наибольшую проблему для выявления. Аутоиммунный тиреоидит — достаточно сложное заболевание. Суть его заключается в том, что, по не вполне понятной причине, иммунная система дает сбой, в результате которого направляет всю свою мощь против собственных клеток, в данном случае, против клеток щитовидной железы. В результате в щитовидной железе развивается воспаление в исходе которого щитовидная железа разрушается и перестает вырабатывать достаточно тироксина. Это разрушение, в большинстве случаев, происходит медленно — много лет и даже десятилетий. В крови у большинства пациентов с аутоиммунным тиреоидитом обнаруживаются антитела к щитовидной железе — белки, участвующие в развитии этого заболевания. Важно отметить, что обратное утверждение не будет правильным — то есть обнаружение антител к щитовидной железе далеко не всегда свидетельствует о наличии аутоиммунного тиреоидита и, уж тем более, гипотиреоза. К сожалению методы лечения, которые бы могли воздействовать на сам процесс иммунного воспаления в щитовидной железе, в настоящее время не разработаны. Разработано лишь лечение конечного результата аутоиммунного тиреоидита — гипотиреоза, о котором пойдет речь дальше.