У вас совершенно правильно забрали миграционку. Теперь Вы, типа резидент уже!  Поэтому на границе Вам не нужно оформлять миграционку. Иногда погранцы об этом забывают, настаивайте, потому что иначе в ФМС пойдете по двум разным разделам. ПыСы. Сама езжу с РВП, знаю, что говорю.