У моего младшего после антибов накрылся ЖКТ, недостаток ферментов был сильный. Тоже ночами просыпался каждый час, плакал по полчаса, опять засыпал... После анализа на копрологию начала давать ферменты, в ту же ночь деть спал беспробудно  Может, и у вас реакция идет на а/б.