Вы совершенно правильно сделали. Вы переквалифицировали трудовой договор в договор подряда (хорошо бы и в заголовке этот договор был так обозначен). В этом случае все налоговые последствия от этого договора несет исполнитель услуг, а не заказчик. И договор этот находится в рамках гражданского кодекса, а не трудового