Тут видимо еще от работников ЗАГСа зависит, у меня у знакомых ребенок родился в Москве, они проживали с временной регистрацией, постоянная регистрация была в другом крупном российском городе. Ребенка зарегистрировали по месту жительства родителей и местом рождения записали город, где находился ЗАГС.