Как лечить молочницу не знаю у малыша, а вот как восстановить микрофлору подскажу. Есть отличный препарат Нормофлорин, он идет Л - лактобактерии, Б - бифидобактерии, Д - и те и другие. Он конечно противный на вкус, но помогает реально. У меня малышу 1 мес, и у нас дисбак после антибиотиков (пупок  был нехороший),так вот сейчас восстанавливаем, улучшения заметны.