А как налогоплательщику определить, что находится у него в собственности: комната, выделенная в натуре, или доля в праве общей долевой собственности? В этом случае поможет свидетельство о праве собственности. В нем сделана запись в соответствии с Единым государственным реестром прав на недвижимое имущество и сделок с ним, содержащим описание объекта недвижимого имущества.Именно такими сведениями руководствуются налоговые органы при предоставлении имущественного вычета. Данные разъяснения содержатся в Письме ФНС России от 16.01.2008 N ВЕ-9-04/2.Кроме того, стоит отметить, что Минфин России считает, что имущественный вычет предоставляется именно по имуществу, указанному в свидетельстве о государственной регистрации права (Письмо от 07.03.2008 N 03-04-05-01/60).Я думаю, что комната в коммуналке считается выделенной долей, при продаже комнаты соответственно будет вычет 1 млн, все остальное-Вашими словами :"доля в каждом миллиметре всей квартиры", и таким образом-не выделенная