Это не белки, это могут быть мыши-полевки (они как раз корни растений любят грызть, особенно цветов), еще могут быть кроты - после них обычно горки земли побольше, и корни они не едят, а просто роются везде.  У нас и с теми и с другими беда.  Полевок довольно легко ловить специально поставленными мышеловками - если надо, поищите советы на ютубе, а вот с кротами посложнее, мы пока ничего эффективного не нашли, хотя уже третий год с ними воюем.