Для того,чтобы обратиться в суд вы должны получить официальный отказ от вашей налоговой, у вас его пока нет. Для этого надо подать декларацию и все доки на основании акта., получить отказ, а потом уже в суд.Но согласно ст 219 ГК право на вновь созданное имущество возникает только с момента гос.регистрации,может они это хотели вам сказать.Ведь изменения, которые внес Федеральный  закон от 26.11.2008 № 224-ФЗ в НК РФ ,говорит о том ,что вычет увеличен до 2млн на имущество правоотношения на которое возникло с 01янв 2008года. Вот и получается,что право у вас на вашу квартиру возникает с момента гос.регистрации. Но некоторые налоговые все таки выплачивают на основании акта. Надо пробовать.Статья 219. Возникновение права собственности на вновь создаваемое недвижимое имуществоПраво собственности на здания, сооружения и другое вновь создаваемое недвижимое имущество, подлежащее государственной регистрации, возникает с момента такой регистрации.