Если МRI - это мрт - магнитно-резонансная томограмма - то там наркоз не общий, просто колят в вену препарат снотворный (не помню как называется), и ребенок засыпает. Мы делали дочке в 1г 5 мес. - все прошло хорошо. Возможно вам еще стоит сделать доплер сосудов гол. мозга - может нарушен кровоток и из-за этого головные боли. Вообще, вам к неврологу хорошему надо.