Считаться будет площадь (по прописке и в собственности) всех, прописанных в квартире. То есть, если прописываться вы будете втроем, то неважно, на кого будет оформлена вторая квартира - она будет плюсоваться. Но у вас и на троих-то много метража, так что не вижу смысла придумывать хитрые варианты