Не ждите, что щели уменьшаться во время усадки, бревно ещё подсохнет и щели скорей всего увеличатся, я так понимаю что у вас не выбраны чаши как следует в ентих местах,в связи с этим происходит зависание бревна, значит надо чаши углублять ещё.По поводу конопатки , что значит легче конопатить,бред какой-то,чем больше щели, тем больше вероятность сквозняков, даже при хорошей конопатке.