А Вы не разрешайте ему официально. Вы сказали ему, что "дорогой, ты понимаешь, что трогать себя можно только чистыми руками, потому что можно занести инфекцию, и только когда тебя не видят. Конечно, ничего плохого нет, что ты так делаешь, но нельзя это делать на виду". Как-то так. не уверены в возможности это сказать - лучше вообще молчите. Я помню, что он уже пять лет так делает. И я думаю, что раз это началось так рано, то, вероятно, есть некие физиологические причины. Проверяли ребенка на инфекции? Глисты, аллергены? если после сна всегда - он нормально писает, не очень много пьет перед сном? Как вариант: установите очень четкий режим, по которому Вы будете сами его будить после сна, всегда сами. Подошли, поцеловали, обняли, пусть даже покачали сонного еще, расслабленного, поболтали или почитали, отвлекли, сразу же переключили на что-то интересное. Уберите самостоятельные пробуждения. Конечно, несколько накладно вам, но может сработать. И главное - не ругайте и не стыдите. Опять таки, ИМХО.