Подаете декларацию, указываете проданную квартиру и купленную квартиру. В налоговой пишете 2 заявления: первое о предоставлении вычета на проданную квартиру, т.к. в собственности более трех лет и на предоставление вычета в связи с приобретением квартиры. Формы в налоговой есть.