Приходные накладные и сф в одну папку. Отдельно кассовая книга и отчеты кассира (с приходниками, расходниками). Отдельно выписки из банка с платежками. Отдельно отчетность в ИФНС и фонды. Если у вас наемн.работников нет, то отчетность у вас раз в год.