Причём в рамках одной программы, к примеру  04.05.01 (фундаментальная химия) в одном конкретном вузе (например, МГУ) можно подаваться по всем программам вуза (в МГУ их три) и это будет считаться как 1 направление. И запасе в МГУ останутся ещё 4 направления для подачи.