Это как раз нормально, почему они вдруг должны быть одинаковыми? Даже у близкородственных видов животных и то уже есть различия в геноме, и чем дальше эти виды отстоят друг от друга по времени образования, тем различий больше вплоть до полной генетической несовместимости. Паук, скорпион, мушка дрозофила - геномы разные, а предки общие.