Да, можно по любому предмету в любой момент, без всяких переговоров с классным руководителем топаете  с заявлением к  замдиректору по учебной части. Результаты МЦКО школа засчитать обязана, но обязать проходить МЦКО не может.  Возможно, с мелкими детьми возникнет вопрос о  местонахождении ребенка и ответственности за него во время учебного времени. У меня был уже большой, ходил/выходил/ даже на уроке отказном сидел своими делами занимался