Чаще по имени, и частенько называют полным именем (Николай, Екатерина, Тимофей...). И фамилию к имени прибавляют регулярно, не только для тезок, всем ("Коля Петров, не разбрасывай конструктор!" ). Если бы только по фамилии, мне бы не понравилось - грубо это по отношению к детям, а вот как наши делают - спокойно отношусь, и имя называют, и к фамилии тоже приучают. А по себе помню, так неприятно было, когда в школе стали нас звать по фамилии, после детского сада такой контраст был... Так что пусть привыкает к "взрослому" обращению.