Учите матчасть. От того, что место работы - филиал московской организации - налоги в Москву не идут. Федеральные что там, что там поступают в общий, федеральный бюджет. А местные распределяются именно в местные бюджеты. Любой филиал, начиная работать вне места основного офиса, обязан зарегистрировать в налоговой т.н. "обособленное подразделение". Это делается именно для того, чтобы налоги этого ОП шли по месту нахождения филиала.