Я только что купила квартиру с ипотекой. Сделка проходит в банке, где открыта ипотека. Открывается аккредитив с трансферацией. Вы кладете всю сумму за квартиру на аккредитив, после регистрации в Росреестре, банк гасит ипотеку продавца и переводит ему остаток. Вам как покупателю ничего дополнительно делать не надо. Только проверить все документы, как обычно при покупке квартиры.