Да, нужно сравнивать учебные планы. Если брать МГУ, то там лингвистика относится к ФИЯР, а прикладная лингвистика к Филологическому факультету. Это определяющий момент. Они даже в разных зданиях. В МГУ на ФиПЛ  стоит идти, если потом в науку или с прицелом на преподавание. ИТ преподается слабо и на устаревшей технике, зато есть  естествознание и нейробиология, по которой куча пересдач. Одним словом, для тех, кто хочет собирать и анализировать языки "от моря до моря" - это ваше.  Располагается филфак в самом плохом корпусе с плохой столовой (гум), где деревянные окна, в которые залетает снег, а в некоторых аудиториях идёт дождь. Говорят, на некоторых этажах окна заменили, но мало. А ещё там тоскливо. (со слов студентки перешедшей на ФиПЛ в другой ВУЗ)