На работу охотнее и раньше берут выпускников Вышки именно из-за прикладного характера обучения. Поэтому у БВИ шников этот вуз ценится больше, конкурс туда выше. Кстати, там есть разные потоки. Есть, так называемые пилотные  - М+ и П+. Там программа ничуть не легче, чем в МГУ.  В МФТИ, кстати, тоже очень много групп разного уровня (продвинутый, основной, базовый). И в этом безусловный плюс этих вузов. Студент находит индивидуальную образовательную траекторию в зависимости от способностей и намерений. В МГУ  есть дифференциация?