Пока никак не ходи. Жди повестку. Повестка придет - вот тогда и пойдешь. Там уже , по идее, электронный реестр заработает. То , что на документы не посмотрели - объяснимо.  Он у тебя еще ДО призывник.  Храни доки нежно и бережно, проверь .чтобы после 18 лет все ! было отражено в ЕМИАС. В военкомат ты имеешь полное право идти с сыном.  А вот на комиссию он пойдет один.  С копиями всех документов.