Мы тоже обычно ездим на 3 дня. Останавливаемся в отеле Ибис на Лиговском проспекте, от Московского вокзала минут 10 пешком. Бронируем у них на сайте. Завтраки у низ Шведский стол, подросткам нравится. Рекомендую сначала зарегистрироваться в программе лояльности (она международная, потом скидку будете в других отелях получать) https://ibishotelspb.ru/loyality/ Проживание в Ибисе для участников программы дешевле.По экскурсиям распишу по пунктам, куда ходили мы последний раз и что видели1. Петропавловская крепость (заказывали экскурсию на трипстере), понравилось. На территории крепости есть прекрасный интерактивный музей денег (туда без экскурсии, если эта тема ребенку интересна) Напротив крепости расположен очень хороший музей артиллерии (мы там были неоднократно, мальчишкам нравится), недалеко, минутах в 10 пешком крейсер Аврора.2. Музей Петровская акватория https://peteraqua.ru/  на сайте можно заказать посещение с экскурсией в сборной группе (оплачивала сразу на сайте). Там интересно, музей представляет историю возникновения, строительства и интересные моменты из истории города.3. Выездной день в Царское село (мы ехали электричкой с Витебского вокзала). Бронировала и оплачивала заранее посещение с экскурсией в Царскосельском лицее на официальном сайте  http://www.museumpushkin.ru/kulturno-prosvetitelskie_programmy/ekskursii/obzornye_ekskursii.htmlПотом мы гуляли по парку Екатерининского дворца, потом пошли на сборную экскурсию в сам дворец, тоже покупала на оф сайте https://tzar.ru/objects/ekaterininsky4. Музей военно-морского флота, Эрмитаж также все бронировала и заказывала экскурсии в сборных группах на официальных сайтах.5. Музей Грандмакет России без экскурсии в последний день после обеда, чтобы отдохнуть от истории и увидеть что то развлекательно-познавательное. Больше у вас в 3 дня ничего не уместится))