Ерунду говорите. Как можно при сканировании паспорта выяснить, что сотрудник был в декрете? Можно было выяснить лишь то, что сотрудница рожала. А она брала декрет, ее муж,ее мама (что по закону возможно) или вообще никто не брал, в паспорте не указывается. Декрет - это право,а не обязанность работницы. И даже отпуск по беременности оформляют не все,  кто-то из офиса в роддом едет. Кстати, почему Вы считаете,что декрет - это обязательно три года? Из него в любой момент можно выйти, наняв няню или определив ребенка в платные ясли. Была она в декрете или нет,можно узнать, посмотрев выписку из пенсионки. Вот там указаны все финансовые поступления, поэтому понятно, в какие периоды сотрудник получал зарплату, а в какие - нет.