Странно, вообще-то их не должно волновать, почему у Вас не было дохода. 2-НДФЛ подтверждает наличие/отсутствие дохода, а запись в трудовой подтверждает, что Вы там числились/работали по основному месту работы. Их задача предоставить вычеты за отработанное у них время, если совокупный доход с начала года не превышает ограничения. Бухгалтерию, похоже, смущают нулевые значения, которые смахивают на то, что Вы работали не с начала года, но работу сначала года подтверждает запись в трудовой, копию которой(соответствующие листы) можно приложить тоже к справке 2-НДФЛ и заявлению на вычет вместе с остальными документами.