В стрессовой обстановке как раз животные практически не едят и не пьют, и, соответственно, не гадят.  Но тут собак бывалая путешественница, поэтому не вижу проблем выводить ее на долгих остановках, предупредив проводниц (те сами скажут, где удобнее это сделать), ну или в тамбуре пеленку.