По ощущению на ПМИ ВШЭ меньше обязательного  загруза теорией.  То есть если хочется более легкой учебы из этих двух, то ВШЭ.   Если хочется впахивать дружно в компании, то МФТИ.Ну и еще ВШЭ Москва, не надо жить в общежитии (если москвич).