Думаю, если вы придёте забирать документы, то об итоговой тройке договоритесь. Школа у вас скорее всего готовит к обучению в вузе, а в вузе нельзя забить на какой-то предмет и не сдавать его. Но если вам эта подготовка не нужна, то без проблем переведетесь, сейчас экстернатов, где особо напрягаться не надо, полно, и не очень дорого.