МФТИ даёт возможность применять знания на практике уже 3-его курса. Они гораздо более ориентированы на реальную работу, у нмих все на базовых предприятиях задействованы.  МГУ - чистая теория, идти после Физфака можно либо в их лаборатории, либо преподавать.