С непосредственным шефом могут быть самые дружеские отношения. Но если дисциплина обязательна и все отлучки оформляют кадры, то шеф не будет из-за работника подставляться. Если принято ВСЕ оформлять, то и шеф и его шеф, и генеральный все официально оформляют, без исключений.