посмотрите свои справки 2НДФЛ в лк, совпадают ли суммы налога исчисленного с суммами удержанного,  и нет ли сумм по строке "суммы налога, не удержанные налоговым агентом". Потом сравните эти данные с данными в отправленной декларации (приложение 1 и раздел 2). Может некорректно данные в декларацию попали .