Да оплатят в установленном законом порядке, в случае предоставления справки о беременности, ежегодный отпуск предоставляется работнику по его требованию и с указанной даты в заявлении. Кстати можно взять авансом за весь год вперёд. Обычно многие так делают, берут ежегодный отпуск перед декретом.