У вас в договоре должно быть указано кто за что несет ответственность и чем именно ограничивается работа. Согласно разработанному  типовому договору, утвержденному приказом Минэкономразвития России, агент не несет за это ответственность. Возможно у Вас иной договор с агентством , это надо смотреть.По существу если вас проинформировали, то  это ваша ответственность, по какой причине вы не заполнили ее ?В данной электронной декларации которая заполняется не ранее чем за 72 часа(3 суток) и не позднее чем за 1 час до отлета), необходимо были данные как внесение фото паспорта, селфи фото.Получив такую информацию от агентства и испытывая затруднения в заполнении, вы могли бы обратиться к ним за помощью , полагаю нашелся бы компромисс.Мне искренне жаль, что вы не смогли оказаться на Сейшелах, возможно была возможность взять билеты и улететь позже?И не совсем поняла что вы оплачивали в Аэрофлоте, если тур у вас куплен в агентстве, за что они вам выдали чек?