Это не вопрос веры, кстати, просто это ещё мало изучено. В книге "Очаровательный кишечник" пишут, что примерно на 65% изучено, и лучше всего известны лактобактерии и бифидобактерии. Так вот, они не независимы, а живут как бы в симбиозе, в определенном соотношении. Участвуют в пищеварении. Если всю их колонию убить антибиотиками, то потом их трудно восстановить, т.к. они там были далеко не одни, и их место быстро заняли другие виды, более устойчивые к антибиотику - и все, предыдущий баланс нарушен, пищеварение страдает.