Я думаю, когда вы начнете ходить на полный день, все наладится. На стульчике он сидит, потому что ждет вас - он ведь знает, что мама вот-вот придет. А когда уже на подольше будете оставлять, он будет постепенно входить в общий ритм. У нас в яслях на полный день когда водим: с утра пришли, чуть-чуть поиграли - завтрак, после завтрака сразу гулять, пришли с прогулки -обедать, потом сразу спать, проснулись - полдник, и сразу на улицу одеваются, это уже где-то 16.00, тут и мамы приходят. И при этом каждый час по команде на горшок  так что сидеть просто так там вроде как и некогда. Так что не переживайте, все наладится, хорошо, что не плачет -это огромный плюс.