Чешские авиалинии практически не летают самостоятельно (если речь идет о рейсах в Чехию). Продают билеты, а потом всех купивших отправляют по этим билетам на совместном рейсе Аэрофлотом. Так что нет смысла переплачивать: покупайте Аэрофлот и летите.