Не придётся. Если сразу после бакалавриата поступить  в магистратуру и после магистратуры сразу в аспирантуру, нужно со справкой из Вуза подойти в военкомат на каждом этапе и дадут отсрочку. Это касается дневного / бюджет. Про другие формы обучения не в курсе