Ни больничных, ни отпускных, ни мед.страховки, ничего нет у самозанятого. Разве что налог с прибыли (читай с зарплаты)  6%. С Пенс.фондом вообще не знаю, со стажем тоже не знаю. На моем предприятии многих так "попросили" уйти на самозанятые, люди сдуру, услышав чуть большие суммы (вместо 80 на 100, например), согласились, а потом, с наступлением отпуска или больничного, притухли и прикуели чутка.