Если слов в сочинение точно больше 250, пусть настаивает на апелляции. В прошлом году у знакомого была такая же ситуация. Подал на апелляцию, сочинение засчитали, результаты класса никто не аннулировал. Проверяющего это сочинение оштрафовали. Думаю ,что поэтому школа и пытается свалить свой косяк на ребенка.