Экономика отличается от точных наук, можно сказать везде своя экономика. Очень грубо можно сравнить с историей, которая тоже везде преподается по разному. Поэтому и не так важно, где учиться, в МГУ или ВШЭ. Почти все будет познаваться на практике, а из вуза главное выйти специалистом, который умеет учиться и имеет широкий кругозор. А это оба обсуждаемых вуза обеспечат.