Не будут. Им об этом уже сказали несколько раз, что они доучатся по программе бакалаврияат - магистратура. Магистратура и спец-высшее - это по сути своей одно и то же. Как это называть вообще не важно, для уже учащихся это будут называть магистратурой, а когда появятся те, кто закончил базовое для них магистратуру переименуют в специальное. Делать специальное раньше смысла нет, на него пойдут только выпускники базового, выпускники бакалавриата пойдут в магистратуру. С чего вы взяли, что уровни разные? Где такое написано? Это у специалитета и бакалавриата уровни разные, а базовое - это по сути бакалавриат, только местами он будет на год удлинен.