Нам ВУЗ (в который подавали через сайт) подтвердил, что галочку можно ставить на ГУ. И данные все подгружены. Но на словах рекомендуют привезти лично. Но тут видимо нужно в каждой ситуации решать самостоятельно. У нас явный приоритет в одном вузе (бюджет либо договор). А если бы вопрос стоял про выбор между бюджетами разных ВУЗов, то тогда однозначно оригинал заявляли через галочку на ГУ.