Для правильного ответа мало информации. Что за самодельный поддон, где, из чего выложен и как выполнен слив воды?...  Боюсь, что в ванной комнате нужно нормально весь пол гидроизолировать, а не только поддон. Гидрофлекс после высыхания достаточно эластичен, чего не скажешь про Аквастоп.