Ммм, думаю, иммунной системе совершенно все равно, реакция-то идет на чужеродный белок, антигены. А к чему они приделаны - к вириону и просто отдельно в крови плавают - на механизм иммунного ответа по идее влиять не должны. Вот, придумала, что может быть отличие в большем количестве антигенов на вирусе? Хотя основой иммунитета является как правило небольшое количество антигенов, в случае гриппа - гемагглютинин и нейраминидаза, а они в наличии в субъединичной вакцине.