Нет, вычитаются как деньги за больничный, так и дни, когда была на больничном, из расчёта среднего заработка. Я понимаю, что вы не бухгалтер, но вроде вы работодатель, и причем с математическим образованием, насколько я помню, даже странно, что вы не в курсе таких вещей, они совершенно элементарны в принципе