У меня на упаковке (пробиотика) написано принимать через полчаса после еды или натощак за 20 минут до еды, запить водой (полстакана, 120 мл).  Я не знаю, годятся ли эти рекомендации для любых пробиотиков или только для моего препарата. По идее, пробиотик не мешает антибиотику разбираться с плохими бактериями. Задача пробиотика сохранить хорошие. При отсутствии другой информации, я бы принамала каждый препарат в наиболее благоприятном для каждого режиме.  Вам врач сказал, как принимать антибиотик?  еще в аптеке и фармацефта спросить можно. Они такие вещи должны знать.