Целевые расходы (в т.ч.капитальный ремонт) всегда идут по отдельным статьям расходов. Каждый вуз получает такие деньги по необходимости, например МГУ получил их при передаче главного здания и других корпусов. А бюджетное финансирование на студента да, одинаковое.