Вам не мог нотариус ничего оформить без выделения долей. Должно было быть так: сначала нотариус выделяет 3 доли, потом на долю умершей матери отец и сестра пишут отказ от наследства и Вы вступаете в наследство за матерью. После Вы везете документы в МФЦ, ждете несколько дней и получаете уже оформленные. Сейчас снова идите к нотариусу и выделяйте доли.