В нормально поставленных задачах это ясно из условия задачи. Например, там дана величина атмосферного давления. Или, наоборот, сказано, что речь о колбе, которая сверху чем-то закрыта (и тогда атмосферного давления сверху нет).  Или сказано атмосферное давление не учитывать.  Или просят найти разность давлений воды в двух точках, а она будет зависеть исключительно от глубины, потому что атмосферное давление одинаковое.А в ненормально поставленных задачах может быть что угодно.В таком случае если хочется написать на полный балл, можно решить в двух вариантах - с учетом и без.  Приведите задачи, с которыми у вас вопросы.UPD:  Нашла похожие задачи в интернете, решебник  Перышкина:Вот 2 задачи:Задача 1. Каково давление, созданное только столбом воды, на дверцу шлюзовых ворот на глубине 12 м (см. рис.)?Задачи 2. Подводная лодка опустилась в морс на глубину 60 м. Каково давление на поверхность лодки на данной глубине?В первой  прямо сказано "только столбом воды", то есть предлагают атмосферное давление не учитывать. Во второй такого указания нет, значит  атмосферное давление следует учитывать, и в решебнике решено именно так, с учетом атмосферного давления  (несмотря на то, что это подводная лодка, то есть с воздухом!)Ну и в конце задачника обычно есть ответы, можно сравнить свой ответ.