Только то, что попадает на карту, привязанную в приложении самозанятости считается доходом. Можно самой туда класть. С этой суммы надо будет оплатить налог. В приложении Сбера, например, автоматически формируются чеки и сумма налога тоже рассчитывается автоматически, её надо оплатить до определенного числа.