Когда не знаешь, как поступать, поступай по закону. Никаких отпрашиваний, берете за свой счет, официально день,  и все.  Не надо никаких "в счет отпуска", нет такого понятия в трудовом законодательстве.В остальном тоже, "я же отпросилась" - это вообще при желании могут оформить как прогул. Любые переработки должны быть оплачены