Подаете в ту в которой стоите на учете. Документ  из ПФ нужно отправить вместе со остальными документами. Единым пакетом. При отправке по почте (это возможность прямо предусмотрена законом) обязательно нужно отправлять ценным письмом с описью вложения. В описи подробнейшим образом нужно прописать все документы. По получении этих документов от вас, налоговая (на следующий день после их получения) вышлет вам расписку в получении документов с указанием перечня и даты их получения. Предоставления иных документов (кроме заявления, документа, подтверждающего оплату пошлины, документа из пенсионного фонда) требовать не могут. Если есть желание можете сами почитать в законе: Федеральный закон от 8 августа 2001 года N 129-ФЗо государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей. Посмотреть можно на сайте Консультант плюс:  http://base.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc;base=LAW;n=89642