В целом, все правильно пишете, что сильный вуз (если студент учился самостоятельно) это хорошая репутация для выпускника. Просто к МФТИ меньше вопросов, что там можно сдувать работы. Но многие студенты и в вузах проще тоже учатся самостоятельно и получают самый важный навык - умение учиться, преодолевать себя, справляться с трудностями. Знания вторичны и любой уважаемый вуз (а это все упомянутые и Фихтех, и МИФИ, и Бауманка, и ВШЭ, и др) даст хорошие знания, если студент усердно учится. Спорить, где лучше или хуже, почти бесполезно. Именно поэтому из регионального вуза может выйти выпускник, который обойдет по успешности в развитии карьеры выпускника физтеха.