МИЭМ и МФТИ - разные весовые категории. Если МФТИ вуз мечты и получилось, надо туда и идти. Ваш репетитор, возможно, перепутал прикладную математику (МИЭМ)  и ПМИ (ФКН).  На прикладной математике программирования не слышала, но идти в МИЭМ, имея проход на желаемую специальность в МФТИ - странная мысль.