Оплачивать сверх, конечно. Оплачивается отпуск 28 дней,  все остальное (если работодатель увез ребёнка)- оплачивать тоже. Не вина няни, что вы в ее услугах в данный момент не нуждаетесь. Сверх рабочего времени компенсировать по взаимной договоренности. В нашей семье есть ещё вариант "взаимозачета". Работа фактически без выходных в поездке на отдых, но затем няня свободна сколько то дней.