Отвечу ненаучным языком, как я это понимаю. В вакцине в маленькой дозе содержатся микробы, вызывающие соответствующую болезнь. Иногда они ещё живые, тогда процент осложнений больше - ребёнок может заболеть этой болезнью от вакцины. Лучше, когда вакцина "убитая" - то есть эти микробы уже обезопасили и заболеть от них нельзя - но аллергия всё равно не исключена.