Ну какой минус. На всех ДОД в МФТИ говорят, если нужна тебе  военная кафедра, то 4 курс бакалавриата+1 курс магистратуры. Т.е. ты должен заранее планировать магистратуру в МФТИ. Программа Сколково к этому никакого отношения не имеет.