В мое время после комисси было только отчисление. У сына в ВШЭ, если один предмет не сдан, то после несданной комиссии слетаешь с бюджета, а на этот предмет оформляется ИУП. Комиссия-это тот же экзамен, просто сдается не одному преподавателю, а нескольким.  Академ после несданной комиссии с сохранением бюджетного места оформляют только в очень лояльных ВУЗах. Если она сомневается, что сдаст, возможно академ стоит оформить ДО  комиссии. Узнавайте в вашем ВУЗе.