У нас и в первом классе детей ругали за опоздание, нарушение формы одежды и т.п. В 5-7 кл. было правило приходить каждый день на 15 минут раньше -  в кабинет к классному руководителю. В мои школьные годы у нас было 2 раза в неделю, когда приходили на 30 мин раньше - политинформация и классный час,хотя это тоже была просто формальность, но никто не игнорировал и не возмущался.  Вы нарушили требование школы, школа попросила объяснительную. Если не хотите, чтобы ребенок попадал в такие ситуации, значит поступайте так, чтобы они не возникали, решите этот вопрос с руководством школы, если проблема приезжать раньше.