Если смотреть со стороны, вам, как линейному сотруднику вообще ничего делать было не надо.Написали заявление на отпуск, подписали приказ и всё. Чтобы конфликтов не было, далее ваш руководитель сам должен был с коллегой поговорить, сообщить, что вас не будет три недели и вот так он предлагает решить вопрос частичной замены. Если она согласна на оплату, подписать доп соглашение и договориться с вами обеими, что вы в день перед отпуском передаете коллеге дела, помечаете срочное и важное. Если возможность есть, можно еще о связи по ватсап или в телеге договориться. А так выходит, что вы ничего плохого не сделали, и отпуск не для развлечения брали, а в санаторий наверное сопровождать. А чувствуете себя виноватой на ровном месте.Знаете, когда приходят увольняться плохие работники, весь коллектив кричит ура. А когда приходят хорошие с увольнением, все грустят, а непосредственный руководитель даже не считает нужным спросить о причине ухода. Потому что он надеется, что быстро найдут замену, а пока он работу на  оставшихся бесплатно раскидает. То есть он даже не задумывается, что это вообще то его обязанности. Причем больше чем в половине случаев хорошие работники уходят именно из-за руководителя. Конечно, такому не выгодно разбираться и конфликты разруливать.  Вдруг все догадаются, что он баран.