Из ваших периодов выбрала бы начало-середина сентября. Говорю как человек, который бывает в Петербурге несколько раз в год. В мае и летом для меня очень много людей. А погода не имеет значения, если город нравится.  Сколько дней? Рекомендую набросать план, что и как хотите смотреть, какие у вас физические ресурсы, что в приоритетах и от этого уже рассчитывать дни.