Удержать ничего не могут, поставят отсутствие по невыясненной причине и не оплатят последний рабочий день. Все расчеты производятся в последний рабочий день. Книжку можете забрать позже или попросить выслать почтой. Заявление автоматически не аннулируется.  Для увольнения за прогул у вас должны запросить объяснения, но вы уже будете уволены по собственному желанию на основании вашего заявления. У вас копия заявления с отметкой о получении осталась? Для собственного спокойствия лучше взять больничный и предупредить руководителя, что вы болеете.