В работах МЦКО на компьютерах бывают проблемы, к сожалению. Например, в работе по  математике важен разделитель целой и десятичной части: правильный ответ, написанный не с тем разделителем, засчитывается как неверный.Также дети иногда лишние пробелы вводят, например 1 2 3, а надо 123. Тоже неверным ответ будет. Нюансов много.Так что на вашем месте (хотя бы для себя) я бы нашла сейчас варианты нынешнего мцко и дала бы сыну дома сделать пару-тройку. Возможно, у него действительно есть проблемы, а возможно, что ошибки при сдаче на компьютере не связаны со знаниями.