Ваш сын может жить с просроченным российским внутренним паспортом хоть до морковкиного заговения, пока находится вне РФ. На получение в посольствах РФ новых загранников это никак не влияет. Как приедет домой - обменяет просроченный внутренний без штрафа. Разница между прописанными и нет лишь в сроках изготовления самого паспорта.