Да, именно в 11 классе не смогут аттестовать ребенка, если у него больше определенного % пропусков. Просто система не позволит. Соответственно до ЕГЭ ваш ребенок не будет допущен. Во всех остальных классах это значения не имеет. И именно поэтому в 11 классе многие на ИУП уходят. Вам всего лишь нужно было сентябре написать от руки одно заявление в свободной форме. Почему не написали?