Всё-таки высоковата температура для того, чтобы совсем не было причины. Может есть и другие жалобы, остаточный кашель или остаточный отек носа, синусит, он тоже может давать субфибрилитет. Где-то что-то точно осталось недолеченным. Рентген давно делали? Для пневмонии тоже нужно некоторое время вызреть, если рано сделать, рентген может ещё ее не показать. На аутоиммунку проверьтесь, только если совсем не найдется причин. Хоть и редко, но бывает, что ОРВИ могут запустить этот процесс. Но это если всё затянется и вот прям неблагополучно, и особенно если ещё суставы добавятся или ломота в мышцах, тогда обязательно. И советую именно АНФ. А общий анализ крови: лейкоциты, тромбоциты, СОЭ в норме?