ФУ посерьезнее вуз. Но тут вопрос личных предпочтений. Кому-то строгая дисциплина подходит, кому-то она как кость в горле. Некоторые любят делать презентации, другие ненавидят. Вопрос территориальной близости к дому или общежития или наличия военной кафедры может вообще стать решающим при поступлении. Нет однозначного ответа - где лучше.