В подобной ситуации моего школьника подходила к физруку. Но результат сразу был. Если бы не нашли  общее мнение, обратилась бы письменно к директору. Не устроит ответ, обращаться выше в Департамент. Здоровье одно и терять из-за рьяного учителя не стали бы. Тем более, что справки у Вас есть и есть реальные печальные случаи на уроках физры.