если они с самого начала подавали на вас "сведения в о начисленной заработной плате и взносах" в налоговую инспекцию, и они не зарегистрировалмись в социальном и медицинском фонде,а сейчас зарегистрируются, то должны задним числом пересчитать взносы в эти фонды. Другой вопрос что скорее всего та фирма,на которую вас зачислили - это фирма-однодневка и закрытся может в любой момент, поэтому и устраивать на ней разборки потом будет оочень сложно.