Визу ставит консул, а не визовый центр. И ему все равно в каком городе сданы документы. Для всех пакет документов одинаковый и как оплачены билеты его не интересует, его интересует только их наличие.  У ваших знакомых был формальный отказ. Дело не в том как оплачивали. Какая формулировка отказа стоит? Какой штамп поставили в паспорт?