Затраты идут из единого кармана, в который складываются деньги  и от государства и от платников.Не уверена, что зарплата это бюджетные выплаты, но даже если и так, то во многих гос.компаниях значительную часть зарплаты составляют премии. А они, думаю, уже не обязаны быть бюджетными. Иначе как люди получают гранты.