Не путайте право на жилье и определение места жительства детей с одним из родителей. Одно автоматически не предполагает другое. Скорей всего, суд определит место жительства детей с матерью, если по этому вопросу возникнет спорт между родителями. Но постоянную регистрацию они будут иметь в квартире отца. Что во-первых не дает лично Вам право на проживание в этой квартире, а во-вторых не обязует детей проживать в ней (то есть они могут фактически проживать, а могут и не проживать).