Если в вузе А стоит галка, а в вузе Б лежит бумажный аттестат, будет считаться, что аттестат в вузе Б.Именно поэтому сейчас во всех списках есть две разные отметки об аттестате  - отдельно про аттестат через ГУ и отдельно аттестат бумажный. Чтобы их различать,  чтобы бумажный был важнее. Но это играет роль ТОЛЬКО для того человека, у которого поданы И  бумажный И ГУ.Если у вас подан только ГУ, а бумажный лежит дома, значит для вас  метки "ГУ" достаточно. Ваш аттестат там, где метка. Ничего другого вам делать не нужно.Для оценки тех, кто выше вас, нужно учитывать обе метки - и аттестат ГУ, и аттестат бумажный. Любая из этих меток означает аттестат в данном вузе.  (Точнее, если есть метка  ГУ, а бумажный в другом вузе, то будет считаться что он в другом, но таких людей будет мало, ну и оценить это крайне сложно, только через агрегатора. Поэтому для простоты оценки лучше  считать, что где ГУ, там и аттестат. )