Можно делать всё что угодно, просто дерево недолговечно. Алюминиевое остекление гораздо легче деревянного и совершенно не портится от времени. Очень рекомендую и отделку балкона из пластика, легко помыть и совершенно не меняется. Дерево самый непрактичный вариант, посмотрите на старые деревянные балконы. Их не построили такими страшными, они стали такими очень быстро.