Здравствуйте!По Вашему описанию, основная проблема у ребёнка связана с состоянием кишечника.Возможно, ферментной недостаточностью.Очень хорошо, что Вы подобрали чувствительность  микробов к бактериофагам.Курсы бактериофагов нужно повторять несколько месяцев под контролем флоры кишечника( в стадии ремиссии).Нужно сдать кал на биохимию(как переваривается молоко).Очень хорошо, если бы Вы сдали кровь на  IgE общий.Т е определили есть ли истинная аллергия.Вам самой нужно сделать УЗИ желчного пузыря, печени, поджелудочной железы.При необходимости, восстановит ьфункцию этих органов, попринимать дней 10 сорбенты, не принимать аллергенные продукты.Если IgE повышенный, тогда можно определить аллергию на те продукты, которые Вы употребляете, но, в основном, надо заниматься кишечником.