Берут. Указываются только критерии по профильным предметам для поступления в 10 кл  (сдают профильные экзамены при поступлении; на каждый профиль-свой экзамен). У моего тройка по русскому в лицее стабильно. ОГЭ сдал на 5. Что в аттестате-не знаю, не видела, в руки не давали)