Сугубо имхо, лучше доехать до Петрозаводска, снять там квартиру поближе к гостинице Северная и ездить везде с экскурсиями на автобусах. В той же Северной базируется турагентство Онего-Тур, у них отправная точка прям от этой гостиницы. В чем  плюс - пока вас везут до места и обратно, экскурсоводы рассказывают много интересного и познавательного о Карелии. Рускеала - достаточно одного дня. Подземную экскурсию надо бронировать заранее.Водопад Кивач - очень красиво, по дороге завозят к заячьей скале. На территории заповедника есть музей. Обзорная экскурсия по Петрозаводску, частично на автобусе, частично пешком.Там же в Петрозаводске очень интересный Археологический музей.