Автор, если выбираете речные прогулки - берите прогулку по Неве с выходом к Финскому, основные дворцы увидите и мосты пройдете. А если будете по каналам кататься - это в разы менее зрелищно. Эрмитаж нужно планировать заранее залы, которые посетить хотите, маршрут построить, иначе устанете и не насладитесь в полной мере. В Петропавловскую крепость обязательно прогуляйтесь - это место силы) - можно пешком от стрелки Васильевского острова к Петропавловке - очень живописно. На Васильевском кстати  можно посетить Ледокол Красин, тем более у вас сын. Напротив Петропавловки есть артиллерийский музей под открытым небом. Интересно увлекающимся мальчикам и военным, девочкам совсем скучно будет)  Если у вас дней немного, я бы на вашем месте поехала в Петергоф однозначно и в Пушкин (Царское Село). Туда кстати можно на метеорах быстро из центра добраться по воде, только цена "кусается", на семью около 10 тыс. руб кажется было. В Царское Село из центра на электричке  30 минут (быстро и дешево), там обязательна к посещению во Дворце  Янтарная комната, ну и Парк знаменательный. Ораниенбаум и Выборг - далеко, времени много потратите, хотя Выборг нежно люблю. В Кронштадт я бы съездила, там форты многие открылись, экспозиции интересные, в самом городе храм морской величественный и очень красивый. И если попадете на день ВМФ, учитывайте, что в Питере на набережных будет очень много людей. Можно промониторить и попасть лучше на репетицию парада кораблей, все тоже самое, но обычно в будни и народа в разы меньше. В Кронштадте в этом году не планируют парад кораблей ко дню ВМФ, но туда не жителям и не попасть, закрывают город. Из нового интересного: Лахта Центр, набережная вдоль него,  можно прогуляться по пешеходному Яхтенному мосту и попасть в парк аттракционов "Диво Остров" и мимо него пройти в  ЦПКиО, в нем Елагиноостровский дворец красивый, на выходе из парка буддийский храм (дацан) - в нем интересная экскурсия и  вкусные бурятские буузы! Там же кстати и недалеко пешком Старая Деревня, у которой расположено новое здание (фондохранилище) Эрмитажа, но там сама не была, не знаю как там. Пишите, если что, подскажу конкретнее