Вот теперь ситуация стала понятней. Этому студенту не грозило отчисление. В результате вмешательства его отца зав.кафедрой исправил  отметки с 3-х  и 4-х  баллов на 10 без ведома преподавателя. То есть на карту было поставлено только недовольство  студента (и его родителя, видимо) выставленными отметками.  И из-за этого с кафедры ушел сильный преподаватель, который проработал в МФТИ 8 лет.