А дышит нормально носом? Просто вот у меня когда насморк, например, иногда тоже лежа голова болеть начинает... Ну, еще если спину подсорву или застужу, то бывает спина сильно болит, но такое вряд ли может быть у ребенка. А то тут все на неврологию говорят, а может ребенка что-то другое именно в лежачем положении беспокоит, вот он и просыпается сильно сердитый.