О каких налогах речь? Налог на прибыль и ндфл? По второму понятно. Где человек физически работает, там и платит. То что у начальства в москве очень высокие зарплаты, вроде как, внутреннее дело компании. По прибыли не знаю насколько однозначно. Чья прибыль - того кто произвел или того, кто сидя в Москве удачно продал? Регион что-то купил из продукции или все Москва и заграница купили? То есть проблема понятна, но не знаю как это жестко регулировать