По поводу уровня теории я не уверена, что будет такое уж большое различие. Еще вопрос с том, сколько и на каком уровне студент может и готов взять. И может получится так, что отучившись на  100% в МИФИ, будешь круче, чем сумев взять 30% от того, что дают в МФТИ. Но в МФТИ нравится то, что есть 2 года на самоопределение и выбор дальнейшей траектории.