У вас был вынос координат в натуре? Остались межквые колья?К меня была похожая ситуация, что оказались существующие фактически границы участка заехали вместе с крыльцо дома (зарегистрированным на тут момент) на участок соседа. Вносить изменения в реестр по фактическим границам стало невозможно, мы получили отказ, так как попали в новую Москву . Пришлось проходить процедуру добровольного переспределения земель с соседом (огромное ему спасибо, уступил мне 2 сотки). Иначе получался само*** земель. И доказать, что земля выделялась именно в таких границах - невозможно оказалось. Мы 2 ГОДА  приводили документы в порядок.