Кому лучше? У каждого свои приоритеты.Если (в общем), очень упрощенно:09.03.04 Программная инженерия - это разработка программного обеспечения, так сказать в "чистом виде".01.03.02 Прикладная математика и информатика  - это применение математики и "программирования" для решения конкретных задач. Каких?  Да любых, специализации очень широки: моделирование чего угодно (в биологии, технике, медицине, электронике, экономике, ....), вычислительные задачи, системы, математическое и программное обеспечения различных систем управления, ....09.03.01 Информатика и вычислительная техника. Это как бы ближе к "железу", к компьютерам, вычислителям", к сетям,  системам передачи и хранения данных, ... Как правило, "программирования" тоже достаточно.Как мне кажется, рассматривать отдельно от вуза - дело неблагодарное. Программы в разных вузах отличаются и "могут быть похожи" на родственные в других вузах. Чтобы понять какие курсы будут прочитаны - смотрите учебные планы конкретного вуза.Если выбирать, не оглядываясь ни на что (на баллы и прочее)В МИФИ мой выбор был бы однозначен - ПМИ - 22 кафедра (а не ИВТ - 12 кафедра)В Бауманке - ПМИ (01.03.02) или программная инженерия (09.03.04)В МИСиС (насколько я понимаю) - Все 09.*.*   направления объединены, распределение по специализациям будет позже.В МАИ, наверное, выбор бы был 01.03.*В МИЭТ - программная инженерия (09.03.04) или  Прикладная математика (01.03.04) - но это лично "мои тараканы", возможно, кому-то этот выбор покажется странным.