Есть заболевания, которые не вылечить без антибиотиков, у вас такой случай, кишечник надо лечить, именно поэтому с антибиотиками обычно сразу назначают пребиотики и пробиотики, в вашем случае их придется пить долго и возможно поиметь последствия от приема антибиотиков, но отказаться от их приема нельзя, это случай, который может перерасти в опасный для жизни.