Сначала пишите обращение в свою налоговую с описанием ситуации и дат, через месяц получаете ответ. Если за этот период ничего не получите, пишите в УФНС обращение и жалуетесь на бездействие налоговой и нарушение сроков, описываете опять ситуацию с датами подачи декларации, обращения и прикладываете документы. Через месяц придет ответ, если не помогло в решении, то пишите все тоже самое и просьбу разобраться в ситуации в центральный аппарат (на сайте есть форма обращения) и через месяц получаете ответ и практически сразу решение вопроса. Эта схема проверена уже не раз.