Это все от специальности зависит. Сейчас ВШЭ один из топов в экономике(тут лучший) , IT  и математике. А вот, например,  физика в ВШЭ совсем не котируется, физика однозначно МФТИ, тут даже МГУ уже второй эшелон. Бауманка - это инженерный вуз, как инженерный он очень сильный,  для  IT  специальностей он сейчас вполе топ-уровень, но его сравнивать с ВШЭ не совсем корректно, направления разные в основном.