МИЭМ - это вообще не то, что нужно сравнивать с МФТИ. Если у неё желание именно в физику, пусть идет, вырулить из физики, особенно после МФТИ можно куда угодно. Прикладная математика - это различная аналитика , в том числе банковская, но и программирования там будет очень много. У меня дочь с теми же вводными, только нам в следующем году этот выбор делать. Она однозначно настроена на МФТИ, если получится, конечно, сдать всё удачно. Но у вас уж какой-то совсем странный разброс. Прикладная математика и ЛФИ - это настолько разные вещи... Моя бы точно при таком раскладе пошла на ЛФИ, всегда можно потом направление магистратурой подправить.