В сильные вузы никогда не поступали на базе школьной программы.  Общеобразовательные школы, задача которых научить 100% детей, не могут обеспечить  в обычном классе уровень для верхних нескольких процентов. А вот это "по хорошему в ЕГЭ не должно" и есть одна из главных проблем ЕГЭ.  Эту проблему и решали раздельные экзамены.  Школа выпускает на основе своей программы, а вуз набирает на основе своей. Дельту абитуриенты добирают сами, если хотят и могут.