Зачем с зарплаты нелегалов платить налоги? Выдавать в конверте и проще и дешевле. А вот начислять сотруднику официально и платить с этого налоги, но не иметь ни одного подтверждения, что сотрудник эти деньги получал - вот это большая опасность для руководителя. Она спокойно может подать в суд и взыскать всю эту зарплату в полном размере, плюс компенсацию за неиспользуемые отпуска.