Из транскрипции поливанова они пошли. На самом деле, в них есть смысл. В японском языке слоговые, а не буквенные азбуки.Слоговые ряды выглядят как: ka/ка, ki/ки, ku/ку, ke/кэ, ko/ко в таком порядке. Соответственно с буквами т и с в русском языке возникают расхождения с реальным произношением:  sa/са, shi/СИ, su/су, se/сэ, so/со. Транскрипция поливанова сохраняет логику языка в ущерб произношению (там более, что звук действительно на границе между с и ш)Хотя в случае с «т» логику таки пришлось поломать. Так возникло написание «цу» вместо «тсу/tsu»