Сквозные - это включая другие вузы? Ну да - еще раз - у тех у кого ПИ второй проиоритет среди всех вузов (по вашей терминоологии как я понял сквозной) то им зеленая на ПМИ в этом же вузе и не нужна. Но пригодится зеленая на ПИ!!!!А если Пи третий по сквозному ,а между ними второй приоритет в другом вузе - то да - абитуриент  уже не может сраховать ПМИ вышки и скажем ПМИ физтеха с помощью ПИ вышки. значит будет страховаться не ПИ вышки а другим вузом - тем же физтехом еще какой нибудь специальностью либо третьим вузомПо какому варианту ему идти если первый приоритет в вышке, второй в др вузе, а третий опять в вышке - это решать самому абитуриенту - использовать зеленую чтобы поймать ппрвый приоритет но лишиться возможности попасть на третий приоритет или же не использовать зеленую но более надежно попасть хоть куда - на первый или на третитй приоритет.