Ничего не делать. У нас было то же самое, лечили-лечили, пили всякие фаги, нормофлорины и прочее, в итоге стафилококка стало на порядок больше, нормальная флора стала еще хуже. Если ребенок развивается нормально, забейте на все это. Стафилококк не убьешь ничем, так и будет жить в организме. Думаю, он у 90% населения живет.