Вы путаете холодное с синим. Раздельный учёт организовывать сложно и предприятию это лишний АУП и накладные. Раздельный учёт означает что каждый!!!! Гвоздь купленный предприятием на кг должен быть отнесён на определенный контракт , а ещё лучше куплен из средств конкретного контракта, при авансе 50% что вообще то не реально. Это целый отдел разрабатывает политику раздельного учета, покупают программу и человек 10 ( материальщиков, зарплатников) разносят все по конкретному договору. При отсутствии ГОЗ ведётся котловой метод затрат( все иностранные предприятия на нем). А то что вы пишите у предприятия вообще невозможно, приемку осуществляет ВП / отдельное ведомство/, командир части - отдельное ведомство, и само МО другой департамент. В сговор трёх не состыкованных ведомств я не верю. Поэтому если товарная накладная подписана - товар был.  Что с ним дальше не дело предприятия. И им этот гемор не нужен.