Мне кажется, что Вы загоняетесь на ровном месте.Дома Вы гуляете, скажем, в 8, в 13 и в 20 часов. И собаке этого хвататет.Погуляйте перед посадкой в поезд, дальше смотрите расписание-всегда два-три и более раз есть остановки по 15-30 минут.Если вдруг приспичит (Вы же увидите это по поведению собаки)-идите в тамбур с пеленкой.Мне, как соседке по купе было бы очень неприятно нюхать собачьи  экскременты.Или берите купе/СВ.