Оплатчивают компенсацию за неиспользованный отпуск, если он не использован. По-поводу индексации, смотрите, что у вас в трудовом договоре об этом написано. Если  оклад, согласно, штат. расписанию и оклады менялись, то да должны изменять, а если просто оклад - нет.