Брать документы, почему был в академе, справку и нести в военкомат.  Если в законе прописано, что академ не является причиной потери отсрочки, то всё в порядке. Просто у них в военкомате стандартный срок явки стоит, когда предположительно должен завершить обучение, вот и всё.