В каждом вузе не на 5 факультетов, а до 5 направлений подготовки, это разные вещи!Например, в МФТИ направление подготовки "прикладная математика и физика" реализуется на нескольких факультетах. Подавая заявление на даже все из них вы "тратите" ОДНО направление подготовки и можете подать ещё и на ПМИ и на ИВТ, например