Если сравнивать ФПМИ МФТИ  и ВМК, то как минимум в МФТИ современная программа, созданная недавно под современные потребности. И взаимодействие с ведущими айти компаниями, в которых начинают работать студенты курса с третьего.Если сравнивать ЛФИ с физфаком, то  там более высокий уровень студентов как минимум.  Более детально издали не знаю. Ну и в целом в  МГУ  сейчас наблюдается застой, потому что слишком старый ректор.