Грузия хочет вступить в ЕС, а ЕС ввел  полный запрет на полеты российских самолетов над всей его территорией, таким образом, разрешение на полеты в Грузию является отступлением от ожидаемого единства с ЕС, то есть шажком назад, поэтому и протестуют против этих рейсов.