Думаю, это просто неврологическая реакция. Поговорите с ребенком, комфортно ли ему в саду, не обижают ли его. Попросите воспитателей проследить, чтобы он сходил в туалет перед сном. Возможно, детям не разрешают вставать во время тихого часа, бывает и такое. Еще вполне себе может быть, что это реакция ребенкиного ЖКТ на новый тип питания, вот и срабатывает желудок неурочно.