В принципе, если очень хочется, то реально добраться до Тобы за один день (отбросив идею с корабликом). Если утром перелететь из Джакарты в Медан (2 часа). Оттуда на автобусе 4-5 часов до города Парапат, потом еще 40 минут паромом на о-в Самосир. Вечером будете на месте. Но, имхо, озеро хоть и красивое, но не стоит таких безумных перемещений.