К директору со справкой о группе здоровья и письменным заявлением о необходимости нагрузок, соответствующих группе здоровья (100% 3 группа это "без сдачи нормативов", кроссов и прочих длительных физнагрузок). Пусть разбираются внутри школы. Не знаю, по какому диагнозу у Вашей дочери 3 группа, но после заявления директору хорошо бы ещё подойти к учителю, объяснить ситуацию и оставить копию справки и ему тоже.