ЗУП после изменений очень плохо работает, ошибки в расчете и удержании налогов, при обращении в 1с проблемы не решаются абсолютно. Проверки у вас были до изменения законодательства, сейчас не получается как раньше. Вы наверное очень далеки от проблем бухгалтера, раз считаете, что ему только на срок уплаты ориентироваться надо. Период выплаты и схема расчета аванса устанавливается внутренними документами ( положение об оплате труда, договор, правила внутреннего трудового распорядка) а не каждый раз решением. Так что нарушения у вас есть и пройденные проверки не гарантия их отсутствия.