Успокойте ребенка, ничего страшного совершенно не произошло, в вашей ситуации даже несданный ЕГЭ по истории вам никак картину не испортит. Медаль получается по другим основаниям - оценки в аттестате итоговые + русский на 60+ или  70+ в зависимости от вида медали и еще один предмет на 60+ или 70+, либо базовая математика на 5, если кроме русского и базы ничего больше не сдавалаЯ могу предположить, что единственное место, где это будет замечено - сводный отчет в вашей школе по итогам прошедшей выпускной кампании с отметкой и разбором недочетов и ошибок из-за которых выпускники не прошли порог ЕГЭ. Все. Это внутренняя история глубоко и к вам уже никаким боком не будет относится.