Я спросила у своего турагента, она сказала, что в новых у всех в основном Nataliia уже пишут, в старых встречается ya. Но судя по госуслугам это не будет являться ошибкой в паспорте - транслитерацию могут изменить по заявлению (чтобы совпадало с банковскими картами, например)