ЕГЭ - это недорогое и выгодное мероприятие. Во-первых, большую часть расходов (все региональные траты по проведению, сканированию и т.д.) несут регионы. На федеральном уровне остаётся только разработка заданий и обработка результатов. Так что для федерального бюджета это немного. Во-вторых, ЕГЭ - это экономия на вступительных экзаменах в вузы. Вероятно, суммарная экономия не меньше, чем расходы на его проведение. А поскольку вузы финансируются в основном из федерального бюджета, то это как раз экономия федерального бюджета, за счёт региональных. Так что не отменят.