Не вычитается, выясняла этот момент.  Только если ножками до МФЦ дойдете, вам сделают другой ЕПД с учетом переплаты. Они не могут просто тупо уменьшить итоговую сумму. Там каждая позиция перерассчитывается, вернее не каждая может быть перерассчитана