То есть деньги у вас(предоплата), товар вам вернули тоже, а 500р за порчу вернули почему-то не вам, а покупателю? Тут зависит от вашего сайта и от покупателя. Никто же не знает ваших условий. Может вам можно просто вернуть покупателю 2500 ( ведь 500 ему уже вернули), а вам получается как раз возмещение на 500р. А может это надо все документально как-то проводить и разбираться  с сайтом. Или покупатель потом может отказаться, что вы ему что-то вернули сами. Я бы позвонила.Или вы хотите деньги покупателю не возвращать в принципе?