Если на работе декретный больничный вам доплачивают до 100% размера Вашей зарплаты,то вы получите все деньги за больничный. Какая разница, что вы его оформили позже. Это ваше право.  Если зарплата серая, то работодатель может и не оплатить больницный, съэкономив на деньгах.