Мой в свое время поступил как раз на ФУПМ МФТИ. И тоже не после математической школы. Все так же было, как вы описываете. Преподы ориентируются на математические топы, на их программу. Дорогу осилит идущий. Мой осилил, и ваш выдержит. Пусть обращается за помощью к старшим курсам. он ведь в общаге? Там можно попросить старшекурсников объяснить тему. В Физтехе ребята всегда друг другу помогают. Уверена что и вас так. Адаптируется, сложно в самом начале, потом будет легче. Главное что ему интересно и нравится, это важно. Удачи!