Выводите на счет, какая вам разница? Если это другой налог, то перезачесть будет сложнее, чем вывести, а вывод денег вы хотя бы проконтролируете точно. А переплата действительно была? А то в этом личном кабинете фнс  все чересчур коряво, какие-то мнимые переплаты периодически возникают. На госуслугах все  прозрачнее