Если заводик в Костроме и фактическое место работы там же, то по закону там должна быть зарегистрирована обособка и НДФЛ платится в Костроме. По остальным налогам зависит от того, как оформлена обособка. Если она выделена на  отдельный баланс со своим расчетным счетом, тогда региональная (бОльшая) часть налога на прибыль, имущественный налог - все это платится в региональный бюджет того региона, где обособка. Если не выделена, тогда все налоги будут по месту  юр адреса. Транспортный налог и торговый сбор тоже местный, смотря на какой адрес оформлена та машина.Зачем могут держать офис в Москве - по-моему очевидно. Но строго говоря, офис в Москве не равно юр адрес в Москве. Можно снимать в Москве комнатушку 20 кв м, и на нее оформить юр адрес, а можно иметь юр адрес в другом городе, а в Москве большой офис и оформить на этот адрес обособку.Зачем держат юр адрес в Москве - интересуйтесь у компании. Конкретно в нашем случае это банально удобно, просто все собственники, директор, вся бухгалтерия в Москве.