Вот именно, в самом по себе переспрашивании, уточнении  никакой агрессии нет. Агрессия может заключаться в тоне или выражениях. Но  и здесь больше зависит от обидчивости того, кого переспрашивают, чем от сути вопроса.А так-то, любое предложение можно произнести и мягко, и жёстко. Даже "я тебя люблю" можно сказать таким тоном, что объекту любви страшно станет.