Двигало банальное желание "замести под ковер", скорее всего. Она не имела право чего-то додумывать за участника экзамена, если не  поняла, следовало уточнить: вы хотите подавать апелляцию на нарушение порядка проведения или...? Все знают, что после выхода из ППЭ права участника экзамена превращаются в тыкву. Поэтому вероятность продолжения метаний была минимальна, человек ушел, его все устраивает. Но он словами сказал, что не устраивает, ему начали объяснять, что время упущено. Это не в компетенции организаторов ППЭ вообще, делать такие заявления, вопрос решает конфликтная комиссия, а не они.