Ну, отсюда и запах. Вообще,то что собака может спать там же, где ходит в туалет - это ужас лично для меня,т.к. формирует нежелательное привычное поведение, и очень плохая рекомендация заводчику. Собаки очень чистоплотные и обычно там где спят, не гадят. Я бы убрала пеленки вообще и начала бы приучать к улице. Можно сделать то, что должна была сделать заводчица, т.е. зональное разделение помещения, где щенок находится. Параллельно я бы сменила корм, чтобы было меньше "выхода". Все имхо.