И не только в МГУ, во всех университетах это было, у кого был статус университет. Там ещё отличие было, что университет это фундаментальные науки и типа будущие научный кадры или преподаватели.  А вот институты это прикладные науки, которые дальше шли уже на работу по профилю. Как-то так.