Он выступал против Беловежского соглашения, был арестован и обвинен в организации массовых беспорядков, призывал к штурму мэрии Москвы. Во время событий августа 1991 года Руцкой был одним из главных организаторов обороны Белого дома. Спустя много лет Руцкой заявил, что во время августовского путча у Ельцина был трехсуточный запой, и он неоднократно пытался сбежать в посольство США.Конфликты с Ельциным у Руцкого начались из-за критики Беловежского соглашения. Также Руцкой критиковал президента за назначение на высокие посты «не имеющих опыта никчемных людишек» и называл кабинет Егора Гайдара «мальчиками в розовых штанишках».В октябре 1993 года, когда Ельцин обнародовал указ о конституционной реформе, Руцкой начал призывать летчиков «поднять самолеты» против «банды, засевшей в Кремле». После этого его уволили с поста вице-президента и из армии, а после штурма войсками Дома Советов арестовали по обвинению в организации массовых беспорядков, но в 1994-м амнистировал.