В ночь на 7 мая 2022 года, в ходе СВО, музей сгорел от ракетного обстрела российскими войсками. При этом пострадал один человек. По словам главы Харьковской областной администрации Олега Синегубова, самые ценные экспонаты из музея были заблаговременно вывезены.