На студенческую социальную карту записывается льготный проездной на месяц или три месяца ("Тройка" по льготной цене)  и он действителен и в автобусах, и в маршрутках. По Москве, конечно, в МО свои билеты и свои льготы . Платить отдельно за маршрутку не надо. Вот на метро отдельный проездной. И на электрички . https://mosgortrans.ru/student/