Ей и сейчас обязаны платить в рамках договора только то, что в 2НДФЛ указано. Остальное - предмет личной договоренности с ее работодателем. Если работодатель не дурак, то у нее на руках нет документов в которых работодатель обязуется ей платить что-то сверх официального договора.