Если ваша организация относится к перечню, которым обязательно вакцинироваться и проходить медосмотры (образование, общепит и проч.), то отстранение будет законным. Если нет - отстранить не смогут, но смогут воздействовать иными методами (например, оплачивать только оклад по ТД).