Есть общее правило употребления предлогов В / ИЗ и НА / С применительно к географическим понятиям. Когда мы говорим про государства, то употребляем В и ИЗ . Мы же не говорим НА Германию или НА Францию. Исключение составляют только государства - острова НА Кубу, НА Кипр. Но и здесь важен контекст: едете ли вы на определенную территорию или с визитом в страну. С Украиной та же самая история. Украина - это страна, а не регион, поэтому согласно общим правилам В Украину и ИЗ Украины. А употребление НА и С - это дань традиции и тем временам, когда под Украиной понималась территория, а не государство. Любое правило стремится избавиться от исключений. В этом и заключено развитие языка.