Вы путаете две абсолютно разные вещи. Когда выяснились проблемы, он мог досрочно завершить экзамен (это не апелляция). И автоматически пойти писать в резервный день, без всякий дополнительный выяснений, кто прав, кто виноват. И вот это после окончания экзамена он уже не мог проделать. И организатор права в этом. А написать апелляцию на порядок проведения он мог в любом случае. Причем на любом экзамене ему это говорили (а это наверняка уже как минимум третий экзамен, т.е. должен был выучить наизусть). Для написания он должен был обратиться к члену ГЭК. Попросив организатора его пригласить и дать ему бланк.