Если не знаете как поступить, делайте как положено. Квартиру не вам оставили, а сыну. Она не ваша. Вы должны распоряжаться ею исключительно в интересах ребёнка, вот и нечего в неё родственников вселять. Станет сын взрослым - решит хочет кого-го туда пускать или нет. Если уж очень сестре помочь хотите, и материальное положение позволяет, то давайте ей часть денег на съем или полностью оплачивайте из денег не от сдачи квартиры, а своих собственных.