В армию не забирают, если есть отсрочка или учебная, или медицинская (ну или семейная, это реже встречается). Без разницы, целевое или нет. До 2008 г.  еще было приятное условие для целевиков, что с некоторых предприятий ВПК тоже не забирали выпускников, т.е. отработка на предприятии давала отсрочку как минимум. Если студент поступает в магистратуру (или сразу на специалитет) по той же специальности и в том же вузе, что в целевом договоре указано и это договором в принципе допускается, то можно сначала отучиться, а не бежать на отработку после бакалавриата.