В резюме обычно не указывают направление в вузе. Поэтому работодатель будет видеть  просто МФТИ или Бауманку.Учитывая, что Бауманка больше, разброс уровня выпускников в ней больше. Поэтому средний уровень Бауманки будет слабее среднего уровня физтеха.  Из этого и будет работодатель исходить.А дальше-то конечно уже проверят и поймут, кто есть кто, и  сильный бауманец вполне может обойти физтеха.