Вы что, свой трудовой договор не читали что-ли до обращения в ГИТ и не знали из чего зарплата складывается.  Да, вам сделали все законно, в вас и отпускные будут ниже теперь. Вы не доверяли руководству и не захотели пойти навстречу, вот вам и показали , как по закону бывает