Наткнулся на одну из ссылок по биоинформатике- вот что изучают у частности на фбб мгу в курсе молекулярного моделирования биополимеров https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Main/Modelling/CourseContent:ВведениеСовременное молекулярное моделирование.Для чего используют модели?В молекулярном моделировании используются все четыре типа моделейЗавершающий этап: конструированиеПолезные понятияСистема координатПоверхность потенциальной энергииВизуализация молекулПоверхностиВычислительные мощности и программное обеспечение.Введение в квантовую механикуОдноэлектронные атомы.Полиэлектронные атомыРасчёт молекулярной орбиталиУравнения Хатри-ФокаБазисные наборыРасчёт свойств молекулы.Теории расчёта молекулярных орбиталейПолуэмпирические методыТеория ХукеляПроизводительность полуэмпирических методовСовременные методы abinitio расчётов.Системы с неспаренными электронамиЭлектронная корреляцияТеория функционала плотностиЭмпирические силовые поля: Молекулярная механикаГлавные особенности молекулярно механических силовых полей.Потенциалы взаимодействий через ковалентные связиТипы силовых полейВведение в нековалентные взаимодействияЭлектростатические взаимодействияВан дер Ваальсовы взаимодействия.Потенциал эффективной парыВодородные связиПараметры для описания водыРедуцированные силовые поляРасчёт термодинамических свойств используя силовые поля.Создание силового поляСовместимость силовых полей.Трактование делокализованных π системСиловые поля для неорганических молекулСиловые поля для систем образующих фазуМинимизация энергии и подобные методы для исследования энергетической поверхности.Методы минимизации энергии без вычисления производныхМетоды минимизации энергии с использованием производныхМетоды с использованием первых производныхМетоды с использованием вторых производных, метод Ньютона-РапсонаКвази-Ньютоновские методыПроблема выбора методаПрименение методов минимизации энергииОпределение переходных состояний и пути реакцииМетоды компьютерного моделированияРасчёт простых термодинамических свойствФазовое пространствоПрактические аспекты компьютерного моделирования.ОграниченияНаблюдение и уравновешиваниеОбрезание потенциалаУдаленные взаимодействияАнализ результатов и оценка ошибокМетоды моделирования молекулярной динамикиПростые моделиСоздание системы и запуск молекулярной динамикиДинамика с ограничениямиСвойства зависящие от времениМолекулярная динамика при постоянном давлении и температуреВведение эффектов растворителяКонформационные измененияМолекулярная динамика амфифильных молекулНаправленная молекулярная динамикаМетод обмена реплик.Гибридый метод QM/MММетоды моделирования Монте-КарлоРасчёт свойств интегрированиемТеоретические основы метода МетрополисаПрименение метода Метрополиса Монте-КарлоМонте-Карло моделирование молекулМодели используемые Монте-Карло моделировании полимеров«склонные» методы Монте-КарлоИсследование проблемы квази-эргодичности: J-перебор и мультиканоничный Монте-Карло.Монте-Карло выборка из из различных ансамблейРасчёт химического потенциалаМоделирование фазового равновесия с помощью Монте-Карло метода Гибссового анасамбляЧто использовать: Монте-Карло или молекулярную динамику?Анализ конформацийСистематические методы исследования конформационного пространстваПодходы к построению модели.Методы случайного поискаГеометрия расстоянийИсследование конформационного ландшафта используя методы моделированияСравнение подходовПоиск энергии глобального минимума: эволюционные алгоритмы и моделирование отжигаОпределение структур белков используя ограниченную МД и моделирование отжигаБазы данных структурСуперпозиция структурАлгоритмы кластеризации и методы определения патернаУменьшение набора данныхКлассическая проблема: предсказание структур в кристалах.Предсказание структуры белков, анализ последовательностей и самосборка белка.Методы предсказания структуры из первых принциповСравнительное моделированиеПостроение и развитие модели.Предсказание структуры белка методом протягивания нитиСамосборка и денатурация структуры белка.Применение метода обмена реплик в молекулярной динамике при моделировании самосборки белка.Четыре задачи молекулярного моделирования: Свободные энергии, Растворение, Реакции и дефекты твердого состояния.Расчёты свободной энергииРасчёт изменения свободной энергииПрименение расчёта изменения свободной энергииРазбиение свободной энергииПотенциалы средней силыБыстрые методыНеявное представление растворителяЭлектростатический вклад в энергию растворенияНеэлектростатические вклады в энергию растворенияОчень простые модели растворителяМоделирование химических реакцийМоделирование дефектов твердого состоянияИспользование молекулярного моделирования и химоинформатики для поиска и создания новых молекул.Молекулярное моделирование поиск лекарствКомпьютерное представление молекул, SMILES, SMARTSПоиск по базам данных структурОпределение и использование 3D фармакофораИсточники данных для баз данных структурМолекулярный докингПрименение поиска по базам данных структур и докингаМолекулярные дескрипторыВыбор представленного набора соединенийПостроение лиганда de novo на основе структуры белкаКоличественное описание структура-активностьСравнительный анализ молекулярного поляКомбинаторные библиотеки