Я так понимаю, что сын там не прописан? Регистрируйте временно сына в квартиру, а её снимайте с регистрации. Дети должны быть прописаны с одним из родителей, в данном случае будут с отцом. А дальше посмотрите как и что, но по документам её там быть не должно, для начала.