Что то мне кажется, что это не от аквы... Ну нет же там ударной нагрузки на колени так то... Возможно, суставы начинают хандрить или наоборот "подстраиваться" под новый вид нагрузки. Можно пропить курсом хондроитин глюкозамин, а в суставы повтирать что то типа вольтарена. У меня  так тазобедренный шалил, когда я дала силовую нагрузку на йоге. Мне обьяснили, что так бывает при неожиданных нагрузках, к которым организм еще не привык.