В расчетах нет, но пени, уже начисленные на эту задолженность могут висеть как неоплаченные. Например: задолженность за январь 5000 рублей плюс пени за неуплату 1500 рублей ( считаются до даты оплаты задолженности).1 вариант:  Вы оплатили 5000 рублей за январь. По правилам, из этих 5000 рублей должны были сначала погасить пени, а 3500 пойти на погашение основной задолженности. Тогда на непогашенную задолженность 1500 рублей будут начисляться пени.2 вариант: Вы оплатили те же 5000 рублей, но бухгалтер по какой то своей логике направил их на погашение основного долга. Тогда у вас нет задолженности за январь по основному долгу, пени начислять не на что, но непогашенной сумма пени (1500 рублей) продолжает за вами числиться.3 вариант: вы погасили за январь 6500 рублей, из которых 1500 рублей пени, а 5000 рублей основная задолженность. В этом случае задолженности за январь у вас вообще нет и пени на январскую задолженность отсутствуют ( новые не начисляются, начисленные вы погасили).