Из своего опыта скажу, что работать надо и там, и там, но в Москве много времени забирает дорога + возможностей сменить работу не в пример больше, если зп не устраивает. В небольших городках в регионах  работодатель барин и податься особо некуда. В больших городах возможностей для манёвра больше, и в принципе в коммерческой сфере зп сравнимы с московскими, но вот региональных плюшек и доплат нет.