Про КТ ИТМО знаю из первых рук, про ВШЭ и МФТИ только по обрывкам отзывов. Я считаю, что таких мест у нас в стране буквально с пяток (еще СпбГУ и Иннополис, пожалуй), все они хороши. В МФТИ вроде как самая жесть с нагрузкой. Так что выбирать надо больше не по обучению, а по каким-то другим факторам, у каждого они свои.