Я - дефектолог со специализацией по олигофренопедагогике.Ну, пока он учится читать - он это делает не совсем про себя, а просто тихо. И потом, у него остаётся в памяти тот звуковой образ, который он произносит, и он сам себя путает. Когда  ребёнок  проговаривает слово "молоко" при письме или чтении, он произносит "мо-ло-ко". Если он читает - он проговаривает: "мо-ло-ко" и потом только говорит: мАлАко. И если вы посмотрите букварь - там, по крайней мере в начале, практически нет орфограмм, потому что сначала ребёнок читает то, что слышится как пишется: мама мыла раму, у Луши лук  и т.д.  А когда он учит слово "молоко" - ему объясняют, что  оно пишется как  "мОлОкО. Заикание - вообще отдельная проблема я сейчас не берусь анализировать  проблемы заикающихся детей в письменной речи,  потому что не изучала этот вопрос.