Учитель вынужден это делать. Ведь такую программу придумал не он. В 5 классе  не проходят ни биологию, ни географию. Вместо них-окружающий мир по материалам школы. Это смесь физики, химии и астрономии. Поэтому в 6 классе не только по биологии проходят 2 учебника, но и по географии.) Вернее, по географии он один, но с маркировкой 5-6. То есть два класса в одном.