В этом вполне может быть причина. Вы пишите : "Второй человек должен быть в офисе, когда первый берет выходные"  и " им надо договориться между собой" если это не регулируется сверху, то один из двоих сотрудников всегда будет злоупотреблять. Либо даже в силу обстоятельств.. Вот я отработала 5 дней, но в выходные надо опять быть на работе. ОК, я работаю, но хочу взять среду и четверг выходные, допустим. А воторой сотрудник приболел... Взять выходные не получается, а на след неделе уже опять не получится взять выходные - ибо выходные положены второму сотруднику который тоже отработал выходные... Ну и все же мне кажется, что там есть и другие подводные камни.