С сентября 2008 года Чубайс является генеральным директором Государственной корпорации "Роснанотех".[3]Официальной деятельностью корпорации является содействие инновациям и модернизации российской экономики в нескольких областях. Например, РОСНАНО является важной частью стратегии правительства по поиску экономических альтернатив ископаемому топливу. Корпорация поставила цель увеличить объем продаж на 900 миллиардов рублей к 2015 году.[29] В прошлом Чубайс сравнивал РОСНАНО с садом, в котором корпорация выращивает инновационные предприятия. За восемь лет своей деятельности (2007-2015) РОСНАНО завершило более 100 инвестиционных проектов, в результате которых было открыто 68 новых заводов и 28 научно-исследовательских центров. Как указано в годовом финансовом отчете группы РОСНАНО, стоимость портфеля РОСНАНО в 2015 году оценивалась в 227,7 млрд рублей, а чистая прибыль - в 17 млрд рублей.[30]Чубайс является членом Совета фонда "Сколково" с 2010 года, а в 2011 году был избран председателем правления ООО "РОСНАНО"[31].Он покинул организацию в декабре 2020 года[4].