Не совсем правда, что в МФТИ на первых трех курсах одна и та же программа. На словах это так. Но на практике нет. Берем вами выше указанный ФУПМ. На первых трех курсах у них есть куча специфических математических дисциплин от кафедры МОУ (Математические основы управления). Это сугубо фупмовская кафедра. А в это же время, пока будущие аналитики мучаются со сдачей предметов моу, фивты прогают. И прогают они в 10 раз больше, чем на ФАКИ.Второй нюанс - как выше правильно написали, что преподаватели и соответственно глубина курса, а главное требования на сдачах и экзаменах разные. Лучшие преподаватели по матану у фупмов. За матан с них сдирают 3 шкуры. Зато физику принимают лайтово. У энергетиков будет наоборот. А у фопфов будут топ преподаватели по матану и по физике. И спрос с них будет по гамбургскому счету. А на ФАКИ все будет лайтово. Но если захочешь, возьмешь сколько надо. Короче программы примерно одни, а на выходе знания и  углубления разные.