Строчными. Нас в школе так учили (97 год) и на работе в документах всегда пишем вуз, в т.ч. руководящих. Исключение есть, конечно, но оно ничем не обосновано, просто потому, что так красивше - в протокольных документах типа поздравительных адресов в высшие учебные заведения ВУЗ пишем прописными, так как конкретный ВУЗ, мы им делаем реверанс и все такое