Зиничев был одним из инициаторов возбуждения уголовного дела по экологической катастрофе,  котору устроило руководство Норильского никеля.Сообщение о произошедшей катастрофе передали в органы власти 29 мая[15][43]. При этом 1 июня глава Росприроднадзора Светлана Радионова писала в своих социальных сетях о том, что сотрудников Енисейского управления Росприроднадзора, приехавших на место аварии, не пропустила охрана ТЭЦ[44]. Глава МЧС Евгений Зиничев утверждал, что его ведомство узнало о ЧП только 31 мая, спустя двое суток после происшествия[45]. По информации красноярского губернатора Александра Усса, хотя сообщение о ЧП поступило из Норильска ещё 29 мая, информация была недостоверной, а масштабы аварии скрывались (из сообщения о происшествии, которое поступило от городской службы 112, нельзя было определить истинные размеры). В то же время на сайте МЧС сообщение об утечке топлива из цистерны появилось в день происшествия, причём сотрудники ведомства тогда же сняли видео, на котором видны масштабы катастрофы. Одновременно в течение нескольких часов в диспетчерскую Минэнерго были направлены последовательные донесения по формам 1чс — 4чс (то есть задействованы все формы по степени опасности)[46][47]После того как появились сообщения в соцсетях, последовала реакция органов власти. 1 июня по инициативе губернатора Красноярского края Александра Усса сложившаяся ситуация обсуждалась на заседании краевого оперативного штаба. На место ЧП выехал заместитель председателя правительства Красноярского края, возглавивший рабочую группу. Впоследствии глава региона неоднократно вылетал в Норильск, чтобы на месте координировать работу по устранению последствий ЧП.3 июня президент России В. В. Путин согласился с предложением главы МЧС России Зиничева по объявлению чрезвычайной ситуации федерального масштаба в связи с утечкой в Норильске, несмотря на то, что это должно было произойти ещё 29 мая в соответствии с законом, а не личным согласием должностных лиц[48].