Так это не проблема, это, наоборот, преимущество. Всех слабых или немотивированных  детей собрали в одном месте. Все, что теперь  нужно, отправить в это место специалистов по работе с подобными детьми.   От этих специалистов не требуется, чтобы они научили этих детей писать профильную математику на 80 баллов. От них требуется базовая на 60  (например).  И если они обеспечат этот минимум гарантировано всем, кто остался в этой школе, это будет прекрасный результат. Каждым детям - свои специалисты.  Вроде простая идея.