Еще одним вариантом исследования является эндоскопическая рН-метрия. Измерение проводится с помощью специального эндоскопического рН-зонда, вводимого через инструментальный канал эндоскопа. Измеряют кислотность в определённых точках желудка и двенадцатиперстной кишки, реже в сигмовидной кишке.