Из Москвы гораздо   длиннее   будет маршрут, дней на 12, из которых на Кижи отводится  4 часа, на Валаам полдня и, понятно,  в целом вояж  гораздо дороже, чем из Питера. При ограниченном времени-средствах и желании подольше остановиться  на  Валааме-Кижах я бы из  Питера  выбрала.  Тогда скорее всего  Водоход. На сайтах около каждого теплохода есть его статус - скажем, у Мостурфлота - лоукостер,  винтаж,  комфорт, премуим, люкс.   В Водохода тоже свои градации, на сайте все указано. Смотрите по подходящим вам датам и средствам.  По каждому теплоходу существуют  отзывы, вполне можно уяснить заранее, что тебя ожидает. River-forum.ru и riverforum.net вам в помощь.