Ну так пусть устроит скандал в МФЦ/УФМС и в прокуратуру заодно заявление накатает, чтобы устроили проверку в конкретном отделе УФМС, сотрудники которого не внесли её в базу. Конечно, если у неё есть постоянная или хотя бы временная регистрация, и паспорт при этом не просрочен.