Диплом престижный, знакомства нужные будущем, часть в науку пойдёт, а там дальше вуз и преподаватели имеют значение для дальнейшей учёбы.  Много почему. Но в прикладном выиграет тот, кто умеет сам копать и на практике применять. Кто-то может совмещать с топ вузов, кто-то нет