Кинулась проверять информацию . И правда. Надо же, я даже и не знала."В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 24 января 1992 г. N 48 "О Московском государственном университете имени М.В. Ломоносова" Московский университет имеет статус самоуправляемого государственного высшего учебного заведения России, осуществляющего свою деятельность на основе законодательства Российской Федерации и собственного устава....Учредителем и собственником имущества Московского университета является Российская Федерация."То есть действительно МГУ и СПбУ могут теоретически не подчиняться приказу Минобрнауки  .https://base.garant.ru/6386587/#friends