Есть они вечером, просто они спать рано ложатся (я серьёзно ).  Вечером и ночью  мухи прячутся, спят, поэтому вы их не видите, а рано утром, на рассвете, просыпаются и начинают летать. Комары - наоборот, днём прячутся, а ночью летают.