"Вместо вычета сумму налога можно уменьшить на сумму фактически понесенных расходов на приобретение жилья (пп. 2 п. 2 ст. 220 НК). Например, 2 года назад вы купили квартиру за 3 млн рублей и теперь продаете ее за 3,5 млн рублей. Если вы сможете подтвердить сумму при покупке документально (например, тем же договором купли-продажи), налог будете платить лишь с 500 тыс. руб. (3,5 млн - 3 млн). Соответственно, если сумма при продаже будет ниже, чем сумма при покупке квартиры, налог платить не придется"Официальная статья на Правоведе. Если она завысит сумму при продаже меньше 1 млн, то платить налог она будет только с суммы меньше 1 млн.