Ну, самое главное - это будет товар. Собираете его стоимость, по готовности определяете стоимость квартир. НДС входной - тоже в стоимость (на отдельном субсчете, к вычету не возьмёте). Насчёт денег под расписку в счет будущей квартиры - надо внимательно изучать последние изменения законодательства (привлечение заемных средств от физических лиц).