Могу рассказать, как понимаю я. Вирус состоит из нескольких белков. Чтобы включить защиту организма при встрече с вирусом, достаточно иметь антитела к одному из типов. Если прививать целиком вирус, то уже можно реально заболеть. Собственно, так же работают, ну или почти так же, и др вакцины, от гриппа, например, когда прививают поверхностные белки.