Определяют люди. Ориентируются на известные критерии: рейтинг, качество профессуры, количество высокобальников, востребованность на  рынке труда, места поступления выпускников на дальнейшую учебу, репутация в профессиональной среде...Как вы определяете, что лучше - МФТИ или физфак педа?