договор подряда не может перейти в разряд трудового. договор подряда заключается на выполнение конкретных видов работ за определенный срок,  хоть на год, оплата может производиться либо в конце срока, либо частями (но тогда по каждой части нужно оформлять отчеты о выполнении работы и акты приема-передачи). при договоре подряда нет оплаты отпусков и больничных. в организации какой-то непрофессиональный кадровик, если он этого не знает.