Я ходила после второй прививки в поликлинику, где делала обе прививки. Госуслуги в упор не "видели" мою вторую прививку, все про первую вопросы присылали. Поликлиника тупо не отправила данные по второй прививке. При мне все отправили и сертификат пришел в течение 15 минут.  В Минздраве можно ждать долго и то не факт.