Позже, в 40-е годы, был испробован еще один метод, который заключался в уничтожении растительности. Муха цеце большую часть своей жизни проводит на деревьях. Поэтому отсутствие деревьев приводит к уменьшению популяции насекомого. Таким образом, было решено в некоторых районах создать невозможные условия для обитания мухи. Однако применение этого метода оказалось опасным для экологии, и к нему прибегали лишь в случаях, когда мухами цеце была заражена территория, на которой проживает большое количество людей.