Фраза звучит "в случае отсутствия в образовательной организации в течение пяти и менее дней" (кстати, какой знаток языка так писал...).При пятидневке в субботу и воскресенье ученики и так отсутствуют, поэтому как можно эти дни включить?Для учебных суббот, у кого они есть, остается только воскресенье.