Верная мысль, что надо смотреть по направлениям. МГУ сильно фундаментальными дисциплинами. ВШЭ новыми направлениями, активно развивающимися последние 10-15 лет. Экономика, айти, медиа - лучше в ВШЭ. Физика и математика в МФТИ. Медицина, биология, химия, история, филология - МГУ. Ну и темперамент абитуриента можно учитывать. В ВШЕ культ конкуренции, активной деятельности вне учебы и т.д. В МГУ преподаватели постарше, более консервативны, весь темп учебного процесса спокойнее, глубже, но эта глубина может быть как во благо, так и в минус (на айти и экономике, например).