тут объяснить легко, если написал Ч, Ш, Щ - проверь, не поставил ли после Ы или Я. Вот и все проблемы. Вы его концентрируете на Ы, но он же пишет в других местах Ы и не может уследить за всеми И-Ы в тексте, а когда вы его натаскаете на то, что рядом с Ч, Ш,Щ никогда не бывает Ы или Я - то он начнет видеть эти ситуации. Написал Ч - проверяй, нет ли Ы или я