На лапках и крылышках она переносит на себе множество бактерий. На теле комнатной мухи насчитывали до 6 млн. бактерий, а в ее кишечнике — до 28 млн. Известны случаи, когда в нем находилось до 660 млн. бактерий. Среди этих бактерий бывают возбудители таких опасных болезней, как брюшной тиф, дизентерия, холера, детские летние поносы, дифтерия, сибирская язва и др. На своих лапках комнатные мухи переносят яйца паразитических червей, в частности солитёров, аскарид, остриц и т. п., а также цисты кишечных простейших.