За 3 дня платить  не ФСС, а работодатель. "остальное в зп как обычно заплатили"-что-то вы неверно написали, такое не может быть,т.к. остальные по больничному листу как раз оплачивает ФСС. Возможно,  поступление денег на лицевой счет по б/л совпало с датой поступления денег по з/п.