Я могу сказать, как происходит в Москве. Если вы гасите долговую платежку в полной сумме через банк, в котором у УК счет (это можно делать через ВТБ, у них все платежки разбиты по месяцам), то погашается та задолженность, которую вы оплачиваете. И пени на нее начисляться не могут. Но если вы оплачиваете задолженность по Q-коду в бумажной платежке, то ваши деньги они направляют на погашение задолженности по своему усмотрению.