Нет, не огребете. Вам некуда ставить отметку о выдаче загранпаспорте, на границе это знают. Да и штампа этого у вас не будет, так как в анкете вы укажете, что внутреннего паспорта не имеете. На вашем месте, я бы удивилась, что консульство использует такие фразы - могут возникнуть проблемы. Проблемы или возникают (если нарушен закон) или нет (если закон не нарушен)