С тем, что суммируются два показателя - отношение числа учащихся, набравших за три ЕГЭ по любым (!) предметам  220+ баллов к числу участников, набравших 160+ баллов и число победителей и призёров заключительного этапа (!) ВсОШ только по физике и математике (!). В общем, сложили две совершенно разные величины, вот это и называется "с потолка". Почему результаты ЕГЭ берутся в таком виде? Потому что только эти данные и опубликованы. Взяли самые банальные опубликованные данные, просто сложили с какими-то там коэффициентами и назвали это "рейтингом". Если они это называют "лучшие физмат-школы", то какое отношение к этому рейтингу имеет сумма баллов за три любых экзамена?