И что? Для контроля дней по конкретной визе понятно. Это взамен того, что им раньше приходилось вручную считать по штампам. А в случае двух паспортов - Приехала Маша Иванова, гражданка РФ, виза номер ХХХХ, прожила 89 дней и уехала. После  в страну приехала Маша Иванова, гражданка Израиля, паспорт номер YYYY и живет еще 90 дней.