В 1990-х выполнял в основном международные перевозки, но по мере того, как остальные авиакомпании прекращали свою деятельность из-за нерентабельности в связи со значительным уменьшением пассажиропотока, «Аэрофлот» постепенно расширял внутрироссийскую маршрутную сеть, покрывая все свои убытки в неконкурентной борьбе с помощью роялти, получаемых от иностранных авиаперевозчиков за пролёт над Россией по транссибирскому маршруту как преемник по международным договорам СССР.Airbus A310-300, в ливрее, использовавшейся в 1990-е годыВ 1992 году создана дочерняя авиакомпания «Российские авиационные линии (РАЛ)», которая первой в России начала эксплуатацию магистральных самолётов иностранного производства Airbus A310; все 5 самолётов в ней были окрашены в особую ливрею (цвета российского флага) и носили имена известных композиторов (Tchaikovsky — F-OGQQ, Rachmaninov — F-OGQR, Glinka — F-OGQS, Mousorgsky — F-OGQT и Borodin — F-OGQU). Но после авиакатастрофы борта F-OGQS под Междуреченском в 1994 году, в следующем году «РАЛ» была закрыта, а её флот был переведён в материнскую авиакомпанию.В 1994 году «Аэрофлот» реорганизован в открытое акционерное общество и подвергся частичной приватизации. 51 % акций остался за государством.В 2000 года авиакомпания переименована в «Аэрофлот — Российские авиалинии»СобственникиПо состоянию на июнь 2019 года:51,17 % акций ПАО «Аэрофлот» принадлежит Российской Федерации в лице Федерального агентства по управлению государственным имуществом;Более 45 % акций находится в свободном обращении у институциональных и частных инвесторов;Акции ПАО «Аэрофлот» обращаются на Московской бирже (MCX: AFLT) и внебиржевых рынках в виде глобальных депозитарных расписок, удостоверяющих права в отношении обыкновенных акций.