Я не в курсе сегодняшних программ (мои уже закончили школу), могу только предположение написать...  Наша младшая училась читать в 3-4 года по кубикам Зайцева... там действительно немного другой принцип обучения чтению, не по складам, а по складам... Но в школу она шла уже свободно читающей, так что это никак не мешало, наоборот, многое из этой системы было полезно (фонетический разбор, ударения и пр.)... Может и сейчас разные системы обучения? Но я думаю, что если и так, то немножко путаницы может быть только в самом начале, когда ребенок еще не свободно читает (типа как наша по складам начинала, или по буквам...)