Именно так и делали. И продляли так же. Для этого нужно, чтобы у организации не было запрета на работу. У нашей организации есть личный кабинет на мос.ру. И электронная подпись есть. Там пропуска не делаются. Даже эта кнопка не открывается. Проверьте ИНН вашей организации на https://i.moscow/covid, она может быть включена в перечень организаций, работа которых запрещена. Даже в разъяснениях по пропускам было сказано, что работник у работодателя запрашивает только ИНН, остальное оформляет сам. Московская область может вроде как-то подавать перечень работников через Госуслуги (через ЛК организации). Москва только на мос.ру.  Мы в самом начале всей этой катавасии подавали перечень работающих своему Департаменту. Не знаю, насколько это влияет. Это был конец марта. И количество работающих на organization_size@mos.ru (без личных данных)тоже подавали.