Значительным нареканиям деятельность ВОЗ подверглась в связи с ситуацией вокруг свиного гриппа в 2009 году, который в Совете Европы охарактеризовали как «медицинскую аферу»[20]. Тогда ВОЗ настаивало на массовой иммунизации населения[21]. Только в России на закупку вакцины от несуществующей пандемии было потрачено 4 млрд рублей, в США невостребованными оказались 138 млн доз вакцины. В ЕС прибыль фармацевтов достигла 7 млрд евро. Организацию заподозрили в сговоре с фармацевтами Roche Holding[22][23].К периоду после пандемии критики утверждали, что ВОЗ преувеличивала опасность, распространяя «страх и путаницу», а не «немедленную информацию»[24]. Отраслевые эксперты возразили, что пандемия 2009 года привела к «беспрецедентному сотрудничеству между мировыми органами здравоохранения, учёными и производителями, что привело к наиболее всеобъемлющему ответу на пандемию, когда число вакцин было одобрено для использования через три месяца после объявления пандемии. Этот ответ был возможен только благодаря обширной подготовке, предпринятой в течение последнего десятилетия.»[25].Врачи без границ подвергли критике в 2015 году ВОЗ за игнорирование угрозы лихорадки Эбола[26].Минздрав России и Роспотребнадзор в 2018 году раскритиковали доклад ВОЗ об эпидемии СПИДа в России, сочтя содержащиеся в нём данные необоснованными и завышенными[27].В мае 2020 года президент США Дональд Трамп подверг критике ВОЗ за отказ от реформ и обвинил руководство организации в тесных связях с Пекином, в связи с чем разорвал отношения и лишил финансирования[28][11][16].