То есть отпуск официально оформляется и оплачивается, а секретарь отдельно ведет учет фактически отгулянных дней. Все нормально, так многие делают. НО!!!! При этом никто не позволит календарные дни превратить в рабочие. Хотите по 1 дню отгуливать - пожалуйста, вот Ваши 20 РАБОЧИХ дней.Если отпуск 28 дней официально оформлялся каждый год, то никакие денежные компенсации за неиспользованный отпуск при увольнении не положены. Работник перед увольнением отгуливает  неиспользованные дни отпуска.