Есть разница. Чем сильнее студент, тем на более сильную программу он может пойти ТОГО же профиля. Так оно и есть при выборе вуза. Если ты супер крутой  прикладной математик - идешь к примеру на ФПМИ физтеха, несколько менее крутой - на ВМК , еще менее кроутой - в бауманку на ПМ итд. Но не так чтобы - если ты не такой крутой, как те, кто поступил на ПМИ в физтех, то идешь уже не на ВМК а к примеру на  физхим биологию физтеха, то есть меняешь "ориентацию"Я конечно преувеличил - в пределах специальности профили конечно не так сильно отличаются учебным планом, как скажем прикладная математика и физхим биология (как то по другому она называется на физтехе), но это я для иллюстрации моей мысли.