Это связано с повреждением сосудов головного мозга и общей гипоксией, как раз из-за микротромбоза. Ну или еще одна теория - персистенция вируса и соответсвенно закрепление его в определенных местах. Хотя изначально утверждали, что РНК вирусы не персистируют