На моей работе делают так:Заключаем договор аренды квартиры. Там прописываем все условия, кто будет проживать, срок, сумму и т.п. Сумма указана уже с учётом НДФЛ.И раз в год (ну, с этого года раз в квартал) подаём в ИФНС 2-НДФЛ по этому физику, с которым заключён договор. И налог удерживаем и платим мы как налоговый агент.Например, аренда квартиры 40 тыс., в договоре ставим сумму 45977. Т.е., доход физлица по коду 1400 будет 45977 за месяц.Сами договоры в налоговую не передаются и за 14 лет моей работы тут ни разу не запрашивались для проверки.