Так таймер в итоге звонит, когда время подходит? Вы написали, что  он как звонок в школе и для мотивации. Я не очень поняла, в чём именно заключается мотивация.Берите ребёнку что-нибудь интереснее. Он же не может читать запоем, поэтому может и чтение возненавидеть.  Те же Денискины рассказы, например. Или рассказы Носова. Можно читать по очереди: абзац читаете вы, абзац - он. Хорошо ещё что-нибудь в стихах читать потому что там ритм есть. Я почему про звуки спрашиваю: тот метод, который вы используете, основан на проговаривании. Когда ребёнок проговаривает неправильно, у него формируется неправильный  звуковой образ слова - и здравствуй, дисграфия! Хотя если зрительное восприятие нарушено, то с этой стороны тоже проблемы могут быть. Читать  по Эльконину  вы, естественно, уже не будете, но какие-то упражнения можно у него взять. У него методика направлена на формирование целостного образа слова, и это в вашем случае лучшее, что можно придумать.