Если стыковочный рейс в едином билете, то ничего не аннулируется, вас даже поселят в гостиницу и накормят и отправят куда нужно следующим самолетом. А вот если вы покупали отдельно билеты, то никого не волнует по какой причине вы опоздали на другой рейс, и тут уже надо читать правила конкретной авиакомпании. У меня в таком случае (неявке на рейс туда) билет обратно был аннулирован.