Вы половину додумали. Исходя из написанного автором, заявление на ЕГЭ по русскому и математике было подано успешно. На два других экзамена - нет. После чего в некий момент регистрация на ЕГЭ сменилась на ГВЭ. Учитывая косячность всех их электронных систем, такое вполне могло произойти. Просто система решила за ребёнка, что ему не нужен вуз.