Если целевик хочет участвовать в общем конкурсе, он подает заявление отдельно на целевое и отдельно но на общий поток. Он участвует в 2-х конкурсах. Прсле окончания приёма заявлений целевики уже появиться не могут. Более того, приказы о зачислении на целевое обычно на пару дней раньше.Чтобы целевик не прошел на целевое, но прошел на тот же факультет на общих основаниях, это вряд ли  - на целевое конкурс обычно меньше. Но некоторые целевики целевое держат про запас и, если видят, что проходят по общему конкурсу, могут целевым просто не воспользоваться, чтобы не отрабатывать его потом.