Каждый выбирает то, что ему больше нужно. на ФБ свои плюсы, на ФББ - свои.На ФББ значительно больше математики, значительно больше программирования, по сравнению с ФБ, конечно, а не с мехматом или ВМК. Но меньше полевой практики. Кому-то это плюсы, кому-то минусы. За рубеж после ФББ  поступают в phd, это тоже не плохой и вполне реальный вариант, со Сколково - аналогично.Выбор интересной кафедры (в случае фбб - лабы) возможен и там, и там. Тот факт, что после 4 лет обучения нельзя резко поменять направление, но зато и поступать заново не надо, тоже для кого-то плюс, для кого-то - минус.Еще из плюсов - некоторая камерность и в среднем выше процент всероссников на единицу "населения". Хотя и это кому плюс, кому минус, наверное.А по большому счету, не так важно, что закончить, ФБ или ФББ, главное, что в голове и не сидеть на попе ровно.