Я не знаю как работает программа. Я знаю, как считать налоги и заявлять вычет. Если вы исключите часть доходов, то исключится и НДФЛ, а именно он и подлежит возврату. Наверное, в программе есть какая-то возможность добавить вид доходов или добавить строки. Заполните бумажный вариант, в конце концов.