Все зависит от направления, ВШЭ, МИФИ, 1й мед, РАНХиГС, МГЛУ, ФУ, список можно продолжать. В МГУ хорош хим.фак и био.фак, ББ, как ни странно почвоведение, гео.фак. если интересует именно наука, и даже мех.мат не плох, если чистую математику рассматривать. Во всех останых направлениях есть места явно лучше или как минимум не хуже, с лучшими преподавателями, материальной базой и стажировками.