В вашем случае от резкого перехода с натуралки на сушку хуже не будет. Хуже уже некуда, микрофлора итак убита. Мои собаки были приучены к такому рациону с детства. До 2 лет кормила абсолютно разнообразной едой. Потом меняла в зависимости от аппетита. Переставал есть сушку, давала в следующее кормление кашу с овощами и мясом. Переставал есть мясо (даже посыпанное сыром), в следующее кормление получал сушку. К сожалению, это не ваш вариант. Сколько раз в день кормите? Если 2, поделите дневную норму на 3-4 раза и понаблюдайте.  С желчным все в порядке? Посев лучше сдать. Для этого нужно отменить антибиотик и через дней 10 сдать соскоб с самых плохо выглядящих мест на чувствительность к различным антибиотикам. Уже на основании результатов и назначать лечение. Про-колин и фортифлору - как написано в инструкции.