А. Чубайс активно участвовал в разработке «Концепции развития рынка ценных бумаг в Российской Федерации», утверждённого Б. Ельциным. Выполнение этого документа при выпуске ГКО привело к дефолту в 1998 г. Расследование, проведённое Генеральной прокуратурой, на основании компьютерного анализа заключённых сделок, выявило участие Чубайса в операциях на рынке ГКО, хотя он и заявил, что будучи вице-премьером, в этом не участвовал.[122] Директор Института экономического анализа считает, что в период обострения проблем ЦБ РФ поддерживал не столько правительство, сколько коммерческие банки: "Львиная же доля валюты … была продана непосредственно банкам, минуя биржевой рынок[123]