Вы продаете квартиру за те деньги, сколько она сейчас стоит, обычно за несколько лет рыночная стоимость квартиры увеличивается. Покупатель Вам платит, Вы полностью закрываете из этих денег ипотеку, после этого квартира переходит в собственность покупателя. Остаток денег (между суммой за продажу квартиры и остатком выплат по ипотеке) - Ваш.