А какая-то мадам слишком нервная это к психиатру. Вызов в военкомат не может считаться прогулом, это официальная повестка. То что вы проигнорируете явку военкомат совершенно не означает что письмо заменяет подачу документов.  Скорее всего в деле окажется, что он не явился по повестке.