Много причин:1) не всем можно летать (моей тете по здоровью нельзя было)2) бывает, что садятся на промежуточных станциях, и у них либо поезд+самолет, либо только поезд, а второе проще3) боятся летать - я при сравнимом времени выбрала бы поезд (то есть сутки поезд вместо перелет и точно Сапсан вместо перелета), трое суток мне лично уже жалко, но всякое бывает - у моего двоюродного дяди сын в самолете разбился, он только поездом ездит4) бывает, что билеты на поезд оплачивают, а на самолет - нет - у меня так было несколько раз, можно фирменный купе с питанием взять, и это оплатят, а самолет - фигушки, тк это по работе поездки были, то выбрала поезд (поезд включается в командировочные дни в таком случае)5) вы вот про пересадку пишете, моя троюродная сестра так летала - с пересадкой через Москву, там пересадка была сутки  , она у нас их провела, но реально это дополнительная засада, тк ездить до фига, и где-то еще проживать в это время