III BOB. 
BIOLOGIK KETMA–KETLIKLARNI MA’LUMOT BAZALARI

3
KIRISH
Mavzuning dolzarbligi. Ma’lumotlar bazasining yaratilishi va ularning
intensiv ravishda to‘ldirilishi XX asrning 80-yillaridan boshlangan va juda tez
sur'atlarda o‘smoqda. Ma’lumotlar bazasining hajmi uch-yilda mobaynida ikki
marotaba ortadi. Birgina ma’lumotlar bazasini yaratuvchilar tomonidan
kiritilayotgan axborotlarning tuzilmasiga va sifatiga yetarli darajada e’tibor
qaratishmayapti. Genetik matnlar ma’lumotlar bazasining tuzilish prinsiplari turli
bahslarga olib kelmoqda. DNK ning birlamchi strukturasi
va aminokislotalarning
ketma – ketligi haqidagi axborotlarni saqlovchi EMBL, GenBank, DDBJ, SWISS-
PROT singari yirik ma’lumotlar bazalari yangi olingan axborotlarni internet tizimida
avtomatlashtirilgan to‘ldiruvchi sistemalar yordamida doimo to‘ldirib boriladi. Bir
turdagi axborotlarni to‘plovchi ko‘plab ma’lumotlar bazalari xalqaro mehnat
taqsimoti tizimida ishlashadi [10].
Mavzuning ahamiyati. Biologik ma’lumotlar bazalari –ilmiy tajribalar, nashr
etilgan adabiyotlar, tadqiqot texnologiyasi va hisoblash ishlari natijasida to‘plangan
bilimlardan saralangan hayot haqidagi fanga tegishli bo‘lgan ma’lumotlar
kutubxonasidir [5, 6].
Mavzu bo‘yicha qisqacha adabiyotlar tahlili. Biologik ma’lumotlar bazasini
tushunishda informatikaning relyasion (qo‘shnilar xaqida ma’lumot beruvchi)
ma’lumot bazalari va raqamli kutubxonar qidiruviga doir axborot tushunchalari
muxim sanaladi (Leinonen R, Sugawara H, Shumway M, 2011). Ma’lumotlar
bazasining
biologik loyixalashtirilishi, rivojlanishi va uzoq muddatli boshqaruvi
bioinformatika fani soxasining asosiy yo‘nalishlaridan biri sanaladi (Kaminuma E,
Mashima J, Kodama Y, Gojobori T, Ogasawara O, Okubo K, Takagi T, Nakamura
Y., 2010) [4, 7-10].
Ma’lumotlar bazasining tarkibiga genlar ketma–ketligi, matnli tavsiflar,
ontologiyalarning belgilari va klassifikasiyasi, sitatalar va jadvalli ma’lumotlar
kiradi. Biologik ma’lumotlar bazasi olimlarga biomolekulalarning strukturasi va
o‘zoro ta’siri, butun organizm darajasida ro‘y beruvchi metabolizmlar,
turlarning
4
rivojlanishini anglashga ko‘maklashuvchi vosita bo‘lib hisoblanadi. Bunday
ma’lumotlarga ega bo‘lish kasalliklarga qarshi kurashishni osonlashtiradi, effektiv
dori vositalarini ishlab chiqishga ko‘maklashadi hamda hayotning tarixiy
taraqqiyotida organizmlar o‘rtasidagi o‘zoro munosabatlarni aniqlashga yordam
beradi (Leinonen R, Birney E, Bower L, Cerdeno-Tarraga A, Cheng Y, Cleland I,
Faruque N, Goodgame N, Gibson R, Jang M, et al., 2011) [8, 9].
Biologik bilimlar turli–tuman, ixtisoslashgan ma’lumotlar bazalari orasida
taqsimlangan bo‘ladi. Bu ba’zan ketma–ketlik to‘g‘risidagi axborotning
ishonchliligiga xalaqit beradi (Benson DA, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, Ostell J,
Sayers EW., 2010) [15].
Aminokislota va nukleotid ketma-ketligini solishtirish xozirgi kun molekulyar
biologiyasining muxim
soxalaridan biri hisoblanib, ular yordamida genlar oilasini
aniqlash, ularga sekvenirlangan ketma-ketliklarni keltirish va strukturaviy xamda
funksional munosabatlarini o‘rnatish mumkin. Ko‘plab organizmlar genomlarini
sekvenirlanganligini inobatga oladigan bo‘lsak, bu kabi tadqiqotlarga talab kundan
kunga ortib bormoqda (Brunak S, Danchin A, Hattori M, Nakamura H, Shinozaki
K, Matise T, Preuss D., 2002) [14, 16].
Hozirgi kunda bioinformatika fani tomonidan biomolekulalarning ketma-
ketliklarini aniqlash bo‘yicha ko‘plab eksperimental usullar ishlab chiqilgan.
Biomolekulalar ya’ni
oqsillar, nuklein kislotalarning ketma-ketliklarini analiz qilish
ularning tabiati haqidagi tasavvurlarning kengayishiga, ularning funksiyasini
to‘laqonli ravishda tushunishga, ularning fazoviy modellarni yaratishga zamin
yaratadi. Turli organizmlarga xos bo‘lgan
genomlarning aniqlanishi, ularning
vazifalarining o‘rganilishi esa bu organizmlarning evolutsion kelib chiqishi haqidagi
ma’lumotlarning yanada boyishiga olib keladi (Barrett T, Troup DB, Wilhite SE,
Ledoux P, Rudnev D, Evangelista C, Kim IF, Soboleva A, Tomashevsky M,
Marshall KA, et al., 2009) [2].
Zamonaviy fan sifatida yaqin-yillarda paydo bo‘lgan
genomikaning tez
rivojlanishini birinchi tomondan DNK dagi nukleotidlar ketma-ketliklarining
aniqlanishi ya’ni sekvinirlanish usullarining takomillashib borishi bilan bo‘lsa,
5
ikkinchi tomondan biomolekulalar ketma – ketliklari haqidagi juda katta hajmdagi
axborotlarning paydo bo‘lishi natijasida ularni tahlil qilish uchun zarur bo‘lgan
zamonaviy kompyuter usullarining yaratilishi bilan tushuntirish mumkin (Parkinson
H, Kapushesky M, Kolesnikov N, Rustici G, Shojatalab M, Abeygunawardena N,
Berube H, Dylag M, Emam I, Farne A, et al., 2009).