RNK-bog‘lovchi oqsillar bazasi

|
RNK-bog‘lovchi oqsillar bazasi
|
bet | 16/18 | Sana | 17.02.2024 | Hajmi | 1,73 Mb. | | #158021 |
Bog'liq Biologik ketma-ketlikni taqqoslash. Gomologik ketma-ketliklar
O‘zaro ta’sir qiluvchi oqsillar ma’lumotlar bazasi (Kaliforniya universiteti)
IntAct: molekulyar o‘zaro ta’sirlar uchun ochiq manba ma’lumotlar bazasi (EMBL-EBI)
String: oqsillar orasidagi o‘zaro ta’sirlarni o‘rganish uchun ochiq manba molekulyar o‘zaro ta’sir ma’lumotlar bazasi
Protein ifodasi ma’lumotlar bazalari
Inson oqsillari atlasi: hujayralar, to‘qimalar va organlardagi barcha inson oqsillarini xaritalash maqsadi
7-rasm. Protein ifodasi ma’lumotlar bazalari XULOSA
Biologik ma’lumotlar bazasini tushunishda informatikaning relyasion (qo‘shnilar xaqida ma’lumot beruvchi) ma’lumot bazalari va raqamli kutubxonar qidiruviga doir axborot tushunchalari muxim sanaladi. Ma’lumotlar bazasining biologik loyixalashtirilishi, rivojlanishi va uzoq muddatli boshqaruvi bioinformatika fani soxasining asosiy y'nalishlaridan biri sanaladi.
Ma’lumotlar bazasining tarkibiga genlar ketma–ketligi, matnli tavsiflar, ontologiyalarning belgilari va klassifikasiyasi, sitatalar va jadvalli ma’lumotlar kiradi. Biologik ma’lumotlar bazasi olimlarga biomolekulalarning strukturasi va o‘zoro ta’siri, butun organizm darajasida ro‘y beruvchi metabolizmlar, turlarning rivojlanishini anglashga ko‘maklashuvchi vosita bo‘lib hisoblanadi. Bunday ma’lumotlarga ega bo‘lish kasalliklarga qarshi kurashishni osonlashtiradi, effektiv dori vositalarini ishlab chiqishga ko‘maklashadi hamda hayotning tarixiy taraqqiyotida organizmlar o‘rtasidagi o‘zoro munosabatlarni aniqlashga yordam beradi.
Biologik bilimlar turli–tuman, ixtisoslashgan ma’lumotlar bazalari orasida taqsimlangan bo‘ladi. Bu ba’zan ketma–ketlik to‘g‘risidagi axborotning ishonchliligiga xalaqit beradi.
Aminokislota va nukleotid ketma-ketligini solishtirish xozirgi kun molekulyar biologiyasining muxim soxalaridan biri hisoblanib, ular yordamida genlar oilasini aniqlash, ularga sekvenirlangan ketma-ketliklarni keltirish va strukturaviy xamda funksional munosabatlarini o‘rnatish mumkin. Ko‘plab organizmlar genomlarini sekvenirlanganligini inobatga oladigan bo‘lsak, bu kabi tadqiqotlarga talab kundan kunga ortib bormoqda.
Hozirgi kunda bioinformatika fani tomonidan biomolekulalarning ketma- ketliklarini aniqlash bo‘yicha ko‘plab eksperimental usullar ishlab chiqilgan. Biomolekulalar ya’ni oqsillar, nuklein kislotalarning ketma-ketliklarini analiz qilish ularning tabiati haqidagi tasavvurlarning kengayishiga, ularning funksiyasini
to‘laqonli ravishda tushunishga, ularning fazoviy modellarni yaratishga zamin yaratadi.
Ma’lumotlar bazasining yaratilishi va ularning intensiv ravishda to‘ldirilishi XX asrning 80-yillaridan boshlangan va juda tez sur'atlarda o‘smoqda. Ma’lumotlar bazasining hajmi uch-yilda mobaynida ikki marotaba ortadi. Birgina ma’lumotlar bazasini yaratuvchilar tomonidan kiritilayotgan axborotlarning tuzilmasiga va sifatiga yetarli darajada e’tibor qaratishmayapti.
Genetik matnlar ma’lumotlar bazasining tuzilish prinsiplari turli bahslarga olib kelmoqda. DNK ning birlamchi strukturasi va aminokislotalarning ketma – ketligi haqidagi axborotlarni saqlovchi EMBL, GenBank, DDBJ, SWISS-PROT singari yirik ma’lumotlar bazalari yangi olingan axborotlarni internet tizimida avtomatlashtirilgan to‘ldiruvchi sistemalar yordamida doimo to‘ldirib boriladi. Bir turdagi axborotlarni to‘plovchi ko‘plab ma’lumotlar bazalari xalqaro mehnat taqsimoti tizimida ishlashadi. Masalan, nukleotid ketma- ketliklari bo‘yicha axborotlarni to‘plovchi EMBL (Evropa), GenBank (AQSh), DDBJ (Yaponiya) kabi ma’lumotlar bazalarining faoliyatini shunga misol qilib keltirish mumkin.
Biologik ma’lumotlar bazalari –ilmiy tajribalar, nashr etilgan adabiyotlar, tadqiqot texnologiyasi va hisoblash ishlari natijasida to‘plangan bilimlardan saralangan hayot haqidagi fanga tegishli bo‘lgan ma’lumotlar kutubxonasidir. Bu yerda genomika, proteomika, metabolomika, genlar ekspresiyasi va filogenetika kabi tadqiqot yo‘nalishlariga tegishli bo‘lgan axborotlar saqlanadi. Ushbu axborotlar genlarning vazifasi, strukturasi, joylashishi (hujayra va xromasoma darajalarida), biologik ketma–ketlik va strukturalarning umumiy hususiyatlari bilan bir qatorda mutasiyalarning ham klinik effektlarini o‘z ichiga oladi.
Turli organizmlarga xos bo‘lgan genomlarning aniqlanishi, ularning vazifalarining o‘rganilishi esa bu organizmlarning evolutsion kelib chiqishi haqidagi ma’lumotlarning yanada boyishiga olib keladi.
|
| |