-rasm - Aniq va tabiiy fanlar

14
parallel chiqishning ushbu darajasini to‘g‘ridan-to‘g‘ri
bitta molekula ketma-
ketligiga etkazishni va’da qiladi. Parallel chiqish darajasi o‘z-o‘zidan ma’lumotlar
hajmining ta’sirchan bosqichma-bosqich o‘zgarishiga olib kelgan bo‘lsa-da, biz
hozirgacha ko‘rgan o‘tkazish qobiliyatining misli ko‘rilmagan o‘sishi, ehtimol,
qiyinroqdir. Haddan tashqari holatlarda biz yangi avlod platformasi uchun
tajovuzkor texnologiya yaxshilanishlariga guvoh bo‘ldik, rentabellikni ikki baravar
oshirish muddati 5 oygacha. Taxminan ikki baravar ko‘paygan
vaqtdan farqli
o‘laroq, masalan, birlik narxiga disk zichligi - 18 oy, barqaror iqtisodiy model ostida
keyingi avlod ma’lumotlarini arzon saqlash vositalarida saqlash asosiy texnik
muammo ekanligi ayon bo‘ladi. Manfaatdor tomonlar sifatida INSDC hamkorlari
tajovuzkor ketma-ketlik texnologiyasi o‘sishi
muammosini hal qilish uchun
ma’lumotlarni qisqartirish, siqish va boshqa metodologiyalarni
ishlab chiqish
bo‘yicha mahalliy va jamoat harakatlariga hissa qo‘shmoqda va ular bilan ishtirok
etmoqda. Ushbu faoliyatning bir qismi algoritmik ishlab chiqish va usullarni
optimallashtirish bilan shug‘ullanadi, ikkinchisi arxivimizda saqlaydigan turli
ma’lumotlar komponentlarining qiymatiga oid muhim savollarni beradi.
Nuklein kislotalar ketma-ketligining butun tarixi davomida eksperimentalistlar
va ma’lumotlar resurslari provayderlari avtomatlashtirishning kuchayishi va
molekulyar usullarning asosiy hayot fanlarida keng qo‘llanilishi natijasida
ma’lumotlarning eksponentsial o‘sishiga o‘rganib qolgan (1-rasm). Ushbu an'anaviy
eksponentsial o‘sish texnik, ijtimoiy va iqtisodiy darajalarda qiyinchiliklar
tug‘dirgan bo‘lsa-da, so‘nggi texnologiyaning "keyingi avlod" sekvensiya
platformalariga o‘tishi o‘sish tabiatiga bosqichma-bosqich o‘zgarishlar kiritdi, bu
INSDC uchun bugungi kunga qadar eng katta qiyinchilik tug‘diradi. hamkorlar.
Yangi avlod texnologiyalari yangi texnik muammolarni keltirib chiqaradi.
Mikro-suyuqlik va tasvirlash texnologiyasidagi so‘nggi yutuqlardan foydalanish
hozirgi yangi avlod platformalarini, xususan, Roche/454, Illumina va Life
Technologies/SOLiD-ni klonal ravishda kuchaytirilgan yagona molekulalardan ko‘p
sonli parallel o‘qishlarni olish imkoniyatini beradi. "Keyingi avlod" deb ataladigan
platformalar ilg‘or tasvirlash va boshqa sensor texnologiyalaridan foydalanish orqali
15
parallel chiqishning ushbu darajasini to‘g‘ridan-to‘g‘ri bitta molekula ketma-
ketligiga etkazishni va’da qiladi. Parallel chiqish darajasi o‘z-o‘zidan ma’lumotlar
hajmining ta’sirchan bosqichma-bosqich o‘zgarishiga olib kelgan bo‘lsa-da, biz
hozirgacha ko‘rgan o‘tkazish qobiliyatining misli ko‘rilmagan o‘sishi, ehtimol,
qiyinroqdir. Haddan tashqari holatlarda biz yangi avlod platformasi uchun
tajovuzkor texnologiya yaxshilanishlariga guvoh bo‘ldik, rentabellikni ikki baravar
oshirish muddati 5 oygacha. Taxminan ikki baravar ko‘paygan vaqtdan farqli
o‘laroq, masalan, birlik narxiga disk zichligi - 18 oy, barqaror iqtisodiy model ostida
keyingi avlod ma’lumotlarini arzon saqlash vositalarida saqlash asosiy texnik
muammo ekanligi ayon bo‘ladi. Manfaatdor tomonlar sifatida INSDC hamkorlari
tajovuzkor ketma-ketlik texnologiyasi o‘sishi muammosini hal qilish uchun
ma’lumotlarni qisqartirish, siqish va boshqa metodologiyalarni ishlab chiqish
bo‘yicha mahalliy va jamoat harakatlariga hissa qo‘shmoqda va ular bilan ishtirok
etmoqda. Ushbu faoliyatning bir qismi algoritmik ishlab chiqish va usullarni
optimallashtirish bilan shug‘ullanadi, ikkinchisi arxivimizda saqlaydigan turli
ma’lumotlar komponentlarining qiymatiga oid muhim savollarni beradi.
Keyingi avlod ketma-ketlik texnologiyasining paydo bo‘lishi
yana bir
qiyinchilik tug‘diradi, buning uchun echimlar ilg‘or texnik ishlanmalardan kamroq,
balki ijtimoiy va tashkiliy innovatsiyalardan kelib chiqadi. Xarajatlarning sezilarli
darajada pasayishi funktsional izohlash uchun an'anaviy genom va transkriptom
sekvensiyasidan tashqarida keng ko‘lamli ilovalar bo‘ylab ketma-ketlikni keng
qo‘llashga olib keldi. Keyingi avlod ketma-ketligiga asoslangan epigenomika,
sekvensiya, metatranskriptomika va miqdoriy ifoda kabi yangi yondashuvlarning
mavjudligi tufayli sekvensiya endi hayot olimi
uchun asosiy umumiy tahlil
platformasiga aylandi. Bundan tashqari, ko‘p hollarda foydalanuvchi o‘z ishining
ketma-ketlikka asoslangan tarkibiy qismlarining nozik tomonlarini to‘liq tushunishi
endi kerak emas. Xo‘sh, INSDC qanday qilib kengayayotgan foydalanuvchilar
bazasiga eng yaxshi xizmat ko‘rsatishni davom ettira oladi? Trening va yangi ishga
yollash orqali INSDC doirasidagi barcha yangi ketma-ketlik bilan bog‘liq ilovalar
bo‘yicha tajribani rivojlantirish barqaror bo‘lishi dargumon. INSDC tomonidan
16
qabul qilingan strategiya funktsional genomik tajribalar uchun GEO (6) va
ArrayExpress kabi maxsus tajribaga ega bo‘lgan guruhlar bilan yaqin hamkorlikni
o‘rnatishdan iborat. Ushbu kelishuvlarda INSDC ma’lumotlariga
kirish
ixtisoslashtirilgan ma’lumotlarni taqdim etish, taqdim etish va integratsiya vositalari
bilan ta’minlash uchun yaxshiroq joylashtirilgan ushbu hamkorlik guruhlari orqali
ta’minlanadi. Yana bir misolda, Hayotning shtrix kodlash konsorsiumi va Genomik
standartlar konsorsiumi bilan ishlash INSDC tomonidan taqdim etilgan kalit so‘zni
shtrix-kod ma’lumotlari standarti va jamiyat tomonidan ishlab chiqilgan Minimal
ma’lumot kabi standartlarga mos keladigan yozuvlarga qo‘llashga olib keldi. Genom
ketma-ketligi (MIGS) standarti.
Ushbu model nafaqat ishni to‘g‘ri taqsimlagani uchun (umumiy bioinformatika
va ma’lumotlar infratuzilmasi bo‘yicha ishlar INSDCga o‘tadi va ixtisoslashgan
biologik sohalardagi ishlar faqat tegishli mutaxassislarga topshiriladi), balki
moliyachilarga asoslanish va boshqaruv protokollariga rioya qilish uchun
javobgarlikni taqsimlagani uchun ham barqarordir. ushbu vazifalar uchun eng ko‘p
jihozlanganlarga - domendagi mutaxassislarga.