MASHG‘ULOT № 6 - Amaliy mashg’ulot materiallari mashg‘ulot№1 Mavzu: Farmatsevtik biotexnologiya va uning zamonaviy...

MASHG‘ULOT № 6
Mavzu: : Molekulyar biologiyaning asosiy postulati. Molekulyar biologiyada E. Coli bakteriyasini ishlatilishi. E.Coli bakteriyasi va Saccharomyces cerevisiae va Penicillium zamburug'larining ishlatilishi.
Mashg'ulot shakli: «Farmasiya» yo‘nalishi talabalari uchun laboratoriya mashg‘uloti.
Mashg'ulot uslubi: «Blits o‘yin» texnologiyasi
Mashg‘ulot maqsadi: genetika, molekulyar biologiya fanlarining qisqacha vujudga kelish tarihi, sohada erishilgan yutuqlar, genetika qonunlari, molekulyar biologiyaning asosiy postulati, Saccharomyces cerevisiae va Penicillium zamburug'lari
Mavzuning ahamiyati: gen muhandisligida eksperimental model' sifatida asosan Saccharomyces cerevisiae va Penicillium zamburug'lari ishlatiladi
Ishning nazariy qismi
Aminokislotalar, nukleotidlar kabi sodda organik molekulalar birlashib yirik polimerlar hosil qiladilar. 2 ta aminokislota bir-biri bilan peptid bog'i, 2 ta nukleotid esa bir-biri bilan fosfodiefir bog'i orqali birikadi. Bunday reaktsiyalarning izchillik bilan takrorlanishi natijasida chiziqli polimerlar hosil bo'ladi. Bu polimerlar polipeptidlar va polinukleotidlar deb ataladi.
Polipeptidlar ya'ni oqsillar va polinukleotidlar DNK va RNK ko'rinishida juda muhim komponent hisoblanadi. Oqsillar 20 ta aminokislotadan iborat. DNK, RNK molekulalari esa bor yo'g'i 4 ta nukleotiddan tashkil topgan. Hujayrada ham DNK, ham RNK mavjud. Har biri o'z funktsiyasini bajaradi.
Polinukleotidlar strukturasi ahborotni saqlash va uzatish uchun yahshi moslashgan. Polinukleotidlar orasida kimyoviy jihatdan farqlar bor. Ana shu farqlar hisobiga bu moddalar turli hil vazifalarni bajaradilar. Masalan, DNK ̶ genetik ahborot ombori. Chunki uning molekulasi RNK molekulasiga nisbatan barqaror. Tirik organizmning tuzilishi va uning funktsiyalari haqidagi barcha ahborot ushbu organizmning genetik materialida saqlanadi. Genetik materialning asosini esa DNK tashkil etadi.
DNK ̶ uzun ikki zanjirli polimer molekula. Bu gigant molekulada organizmning hamma belgilari, hususiyatlari «yozilgan». Birinchi zanjirdagi monomerlar ketma-ketligi ikkinchi zanjirdagi monomerlar ketma-ketligi bilan komplementar. Ya'ni bir-biriga muvofiq. Komplementarlik printsipi dastlabki va yangi sintez bo'lgan molekulalarni bir-biriga o'hshah bo'lishini ta'minlaydi (replikatsiya).
Matritsa asosida komplementar nusha ko'chirish mehanizmi (replikatsiya) biologik sistemalarda ahborot uzatilishining markaziy o'rnini egallaydi. Har bir hujayraning genetik ahboroti uning polinukleotidlaridagi azot asoslari ketma-ketligiga kodlangan. Genetik ahborot azot asoslarining komplementar ravishda ko'payishi sababli avloddan-avlodga o'tadi.
Genlar deb o'ziga hos nukleotidlar ketma-ketligiga ega bo'lgan va funktsional oqsillar yoki RNK kodini saqlagan individual genetik elementlarga aytiladi. Genlar hujayra yadrosida ̶ hromosomada joylashgan. Ayrim genlarda bor-yo'g'i 800, ayrimlarida esa millionga yaqin nukleotidlar jufti bor. Odam genlarining soni - 80-90 ming. Ba'zi genlar (strukturaviy) oqsillarni, ba'zilari faqat RNK molekulasini kodlaydi.
RNK sintezi (transkriptsiya) va oqsil sitezi (translyatsiya). Ushbu jarayonlar davomida genlarda saqlangan ma'lumot oqsil ko'rinishiga o'tadi.
Dastlab DNKning ma'lum uchastkasida mRNK (matritsali yoki informatsion RNK) sintez bo'ladi. Hayvon hujayralarida bu jarayon yadroda amalga oshiriladi. Keyin ahborot tRNK (transport RNK) ishtirokida sitoplazmaga o'tkaziladi. Sitoplazmada mRNK, tRNK, fermentlar va boshqa faktorlar yordamida oqsil molekulasi sintezlanadi. Boshqacha qilib aytganda, DNKdagi nukleotidlar tilida yozilgan genetik ahborot aminokislotalar tiliga o'giriladi. Oqsilning tuzilishi va funktsiyasi uning aminokislotalari ketma-ketligiga bog'liq.
DNK va RNKdagi nukleotidlar energiyani tashuvchilik vazifasini ham bajaradilar.
DNK strukturasi – bu chiziqli polimer. Uning monomerlari (nukleotidlar) azot asoslari, pentoza va fosfat guruhidan iborat. Fosfat guruhi 5'-uglerod atomiga, pentoza esa 1' – uglerod atomiga birikkan.
Har bir nukleotidning o'z nomi bor. DNK asoslari 2 hil bo'ladi:
purin asoslari (adenin-A, guanin-G);
pirimidin asoslari (sitozin-C, timin-T(RNKda uratsil-U)).
Nukleotidlar L va D optik izomerlar shaklida bo'ladi. Barcha tirik organizmlar o'z nukleotidlarini «qurishda» D – shakldagi izomerlardan foydalanadilar. L – shakldagi izomerlar DNK sintezi uchun javob beradigan fermentlarni ingibirlaydi.
DNKda 1ta gidroksil guruhi bo'lgan 2'-dezoksiriboza bor. RNKda esa 2ta gidroksil guruhi bo'lgan riboza bor. Nukleotidlar bir-biri bilan fosfodiefir bog'i orqali bog'langan. Bunda bir nukleotidning 5'- uglerod atomi fosfat guruhi «qo'shni» nukleotidning 3'- gidroksil guruhi bilan bog'langan. Polinukleotid zanjirning bir uchi 3'-ON (3'-uchi), ikkinchi uchi esa 5'-fosfat guruhi (5'-uchi) bilan tugallanadi.
-rasm. DNK, RNK va nukleotidlar. Nukleotiddagi azot atomi shtrih chiziqda belgilangan. Uning shu eridan dezoksiriboza yoki riboza ulanadi.
Nativ2 DNK spiral hosil qiluvchi 2 ta polimer zanjirdan iborat. Zanjirlar bir-biri bilan vodorod bog'lari orqali bog'langan. Adenin faqat timin bilan, guanin esa faqat sitozin bilan birikadi. Adenin-timin juftligi 2 ta, guanin-sitozin juftligi 3 ta vodorod bog'lari orqali birikkan.
Ikki zanjirli DNK uzunligi komplementar nukleotidlar juftlarining soni bilan o'lchanadi. Masalan, odamning DNK molekulasi 263 million nukleotidlar juftidan tashkil topgan.
DNK molekulasi zanjirlari bir-biriga antiparallel; biri 3'→5' yo'nalishda, ikkinchisi 5'→3' yo'nalishda tuzilgan.
Genetik informatsiyani tashuvchisi ikki talabga javob berishi lozim:
yuqori aniqlikda replikatsiyalanishi kerak;
oqsil molekulalari sintezini kodlashi kerak.
Komplementarlik printsipiga muvofiq, har bir DNK zanjiri yangi komplementar zanjirning hosil bo'lishi uchun matritsa bo'lib hizmat qila oladi. Agar hujayra bo'linadigan bo'lsa, ribosomalarda DNK molekulasidan nusha ko'chiriladi. Bunda DNK zanjirlari bir-biridan ajraladi. Har bir zanjir o'sha zahoti aynan o'zi bilan bir hil bo'lgan ikkinchi zanjirni sintezlaydi. Natijada 2 ta bir hil hromosoma hosil bo'ladi. Hosil bo'lgan hromosomalar bo'linayotgan hujayralarga taqsimlanadi. Hujayraviy tuzilishga ega bo'lgan barcha tirik organizmlarda irsiy belgilar ota-onadan keyingi avlodlarga shu tarzda o'tadi.
Replikatsiyaning har bir raundida DNK molekulasi bilan bir hil 2 ta yangi molekula hosil bo'ladi. Strukturaviy gendagi nukleotidlar ketma-ketligi u kodlaydigan oqsildagi aminokislotalar ketma-ketligini belgilaydi. Shuningdek DNKning har bir zanjiri yangi hosil bo'ladigan zanjir uchun matritsa (qolip) vazifasini bajaradi. Matritsadagi azot asoslari ketma-ketligi yangi zanjirdagi azot asoslari ketma-ketligi qanday bo'lishini belgilaydi.
Prokariot va eukariot hujayralarda DNK sintezi turli hil fermentlar ishtirokida kechadi. Asosiy rolni DNK-polimeraza fermenti o'ynaydi. Bu ferment fosfodiefir bog'lari hosil bo'lishini katalizlaydi. Hamda o'sayotgan polinukleotid zanjiri zvenolarini komplementarlik printsipi asosida bir-biriga ulaydi.
DNKni parchalash uchun agaroza (dengiz suv o'tlaridan ajratiladigan polisaharid) asosida mahsus gellar yaratilgan. Agaroza gelida DNK molekulasini parchalash usuli pul's-elektroforez deyiladi.
Ko'pchilik sut emizuvchilarning gemoglobin, insulin, sitohrom C genlarining nukleotidlar ketma-ketligi aniqlangan.
DNKdagi ahborotning hajmi shu darajada kattaki, uni saqlash va tahlil qilish uchun superkomp'yuterlar kerak bo'ladi.
Ma'lum tipdagi hujayrada aynan qaysi genlar faolligini bilish uchun DNK-futprinting usulidan foydalaniladi. Buning uchun DNK fragmentlari R32 bilan belgilanadi, nukleaza fermentlari bilan parchalanadi, gelda ajratiladi va radioavtografda tasvir hosil qilinadi. Agar DNKning suvli eritmasini 100°C qizdirilsa va ishqor solinsa (pH-13.0) komplementar juftlar bir-biridan uziladi. Natijada DNK ning ikkala zanjiri bir-biridan ajraladi. Bu jarayon DNK denaturatsiyasi deyiladi. Avvallari bu jarayon qaytmas deb hisoblanar edi. Biroq DNKning ajralib ketgan komplementar zanjirlari 65°S haroratda birmuncha vaqt saqlansa, spiral struktura yana tiklanadi. Bu jarayon renaturatsiya deyiladi.
Aksariyat genlarda oqsillar sintezi haqidagi ahborot saqlanadi. Oqsillar aminokislotalardan tuzilgan universal moddalardir. Ularda reaktsiyaga kirishuvchi guruhlar juda ko'p. Ular ko'plab strukturaviy va funktsional vazifalarni bajaradilar. Oqsillar tirik organizmlarda kechadigan deyarli barcha jarayonlarda ishtirok etadilar; biokimyoviy reaktsiyalarni katalizlaydilar, hujayralar orasida va ularning ichida transport vazifasini bajaradilar va h.k.
Oqsillar tirik organizmning «qurilish materiali» bo'libgina qolmay, balki tayanch-harakat sistemasida ishtirok etadi, infektsiya va toksinlardan himoya qiladi, moddalar sintezini boshqaradi.
Hamma aminokislotalarning kimyoviy tuzilishi bir-biriga o'hshash; markaziy uglerod atomiga vodorod atomi, aminoguruh, karboksil guruh va yon zanjir ulangan. 20 hil aminokislotaning yon zanjirlari ham 20 hil; masalan, alaninda metil guruhi yon zanjir vazifasini bajaradi (jadval 3).
|