Blast. Uning imkoniyatlari

|
Blast. Uning imkoniyatlari
|
bet | 1/2 | Sana | 14.01.2024 | Hajmi | 1,19 Mb. | | #137291 |
Bog'liq blast 1
Blast. Uning imkoniyatlari
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool – asosiylokal tekislanishni izlash vositasi) bu kompyuter dasturlaridan biri bo’lib, u oqsil yoki nuklein kislotalar gomologlarini mavjud bazadan izlab topishga xizmat qiladi. Sodda qilib tushuntirilganda sizda oqsil yoki nuklein kislotalarning ma’lumbir ketma-ketligi bor. Lekin siz bu nuklein kislota qaysi turga tegishli ekanligini bilmaysiz. BLAST sizga mana shu qo’lingizdagi nukleotidlar ketma-ketligi qaysi turga tegishli ekanligini aniqlashga yordam beradi. Albattau bazada mavjud bo’lgan millionlab namunalarga solishtirish asosida sizga kerakli natijani chiqarib beradi. BLAST dasturini 1990-yilda AQSHlik bir guruh tadqiqotchilar ishlab chiqqanlar.
Blast qanday ishlaydi?
Bazida biz ko’p turlarni tashqi ko’rinishiga qarab farqlay olamiz. Ammo shunday turlar borki ular tashqi korinishidan deyarli bir xil ammo boshqa boshqa turdir yoki bo’lmasam ularni lichinkalik yoki voyaga yetmagan davrida uni qaysi turligini aniqlash juda qiyindir.
Masalan bizga biron bir baliq turi nomalum bo’lsin yoki sistematikaga solayotganimizda uni qaysi tur ekanligini aniqlay olmayotgan bo’lsak biz bu holatda uning DNK sidagi ahborotdan foydalanishimiz mumkin. Biz bu holatda mitaxondryadagi gendan foydalanishimiz maqsadga muofiq. Chunki yadrodagi xromasomalarda millionlab, milliardlab genlar joylashganligi uchun ham bu genlardan foydalanish bizni ishimizni ko’paytirishi mumkin shuning uchun ham biz aniqlay olmayotgan turimizni mitaxondryalarining gebidan foydalanishimiz mumkin.
Ustozimning aytishlari bo’yicha u 2017 yil fevral oyida Toshkent viloyatidagi Chiqchiq suv havzasidan baliq namunalari yig’ayotganlarida juda kichkina baliq namunasini olgan ekan. Uning kim ekanligini o’sha vaqtda aniqlay olmagan ekan.
Xitoyda qaytgach laboratoriya sharoitida o’sha baliq namunasining to’qimasidan mitoxondriya DNK ni ajratib olib, mitoxondriyadagi COI genini PZR mashinasida amplifikatsiya qilgan ekan. Elektroforez jarayonida tekshirganda ushbu genni to’g’ri ajratib olganini ko’rsatibdi. natijalarni maxsus kompaniyalarga jo’natgan. Ular esa o’sha noma’lum baliq namunasidan olingan COI genidagi nukleotidlar ketma-ketligini o’qib berishdi. Ular jo’natgan natija taxminan quyida ko’rinishda bo’lgan ekan.
Bu tasvirda DNK ikkala zanjirining ma’lum bir fragmenti va undagi nukleotidlarning spektrlari tasvirlangan. DNK ning ushu holatini ko’rish uchun “ContigExpress Project” bioinformatsion dasturidan foydalangan. Ushbu rasmda DNK ning 5’-3’ (1) va 3’-5’ (2) zanjirlarini ko’rishingiz mumkin. COI geni o’rtacha 700 ta nukleotiddan iborat bo’ladi. DNK zanjirlarining holatini tekshirib ulardan umumiy holatda quyidagi nukleotidlar ketma-ketligini olishgan ekan.
Mana bu yerda 723 ta nukleotiddan tashkil topgan DNK ning bitta zanjiri fragmentining nukleotidlari turibdi.Ana endi buni BLAST yordamida kimga tegishli ekanligini bilib olish mumkin.
BLAST ga qanday kiriladi?
Buning uchun kompyuterda internetni yoqib AQSHning Biotexnologik ma’lumotlar milliy markazi (NCBI) saytiga kiramiz. U yerdan BLAST bo’limi tanlaymiz. Bizda quyidagi oyna ochiladi.
Biz nukleotidlar ketma-ketligini tekshirmoqchi bo’lganimiz uchun chap tomonda turgan Nucleotide BLAST tugmasini bosamiz. Kompyuter ekranida quyidagi oyna ochiladi.
Nukleotidlarimizni birinchi yuqoridagi qizil ko’rsatgichda ko’rsatilgan joyga ko’chirib olib qo’yamiz. Shundan so’ng ikkinchi ko’rsatkich ko’rsatayotgan joy belgilanganligini tekshiramiz. Bu nuqta siz yuklagan nukleotidlarni qaysi ma’lumotlar ba’zasi bilan solishtirish kerakligini aniqlashtirish uchun kerak. U yerda ayni vaqtda Human genomic + transcript – odam genomi va Mouse genomic + transcript – sichqon genomi ma’lumotlar bazasi ko’rsatilmoqda. Biz Others – boshqalar degan bo’limini tanladik. Oxirgi ko’rsatkich Highly similar sequences – ‘juda ham o’xshash ketma-ketlik’ degan tugma tanlanganligini ko’rsatmoqda. Bu bizga biz tekshirayotgan nukleotidlar ketma-ketligiga eng yaqin natijani ko’rsatib berishi uchun kerak. Shulardan keyin pastda chap tomonda turgan BLAST tugmasini bir marotaba bosamiz. Dastur bizga NCBI ma’lumotlar bazasidagi barcha nukleotidlar ketma-ketligi bilan bizning namunamizni solishtirib, biznikiga o’xshash bo’lgan natijalarni ko’rsatib beradi. BLAST bosilganidan so’ng quyidagi oyna ochiladi.
Oynaning yuqori qismida BLAST amalga oshirilgan operatsiya haqida qisqacha ma’lumot va bizning nukleotidlar solishtirilishidan qo’lgan kiritilgan dastlabki 100 ta eng o’xshash natijalarning diagramma holatidagi tasviri ko’rsatiladi. Agar tekshirilayotgan nukleotidlar ketma-ketligidagi 200 tadan ortiq nukleotidlar o’zaro o’xshash chiqsa natijalar qizil rangda tasvirlanadi. Yuqoridagi rasmda 1 dan 700 tagacha bo’lgan moviy tasvir bu bizning nukleotidlar, pastdagilari esa biznikiga mos tushgan natijalarning ko’rinishi. Oynaning pastrog’iga tushsak, natijalarning barcha ko’rsargichlarini ko’rishimiz mumkin bo’ladi.
Ushbu tasvirdagi birinchi raqamda (1) bizning nukleotidlar ketma-ketligiga mos kelgan bazadagi organizmlarning nomi yozilgan. E’tibor bersangiz deyarli barcha natijalarda Pseudorasbora parva organizmiga tegishli ko’rsatkichlar keltirilgan. Ikkinchi raqamda (2) bizning nukleotidlarimiz bazadagi nukleotidlarning qancha foizi bilan o’zaro mos tushganligini ko’rsatadi. Uchinchi raqam (3) esa biz tekshirayotgan turning aniqlanish foizini ko’rsatadi. To’rtinchi raqam (4) esa bazadagi organizm ma’lumotlarining raqami, bu xuddi bizning passport raqamimizga o’xshaydi. Bazadagi har bir organizm ma’lumotlari xuddi mana shunday raqam bilan belgilanadi. E’tibor bersangiz deyarli barcha ko’rsatkichlar (3-raqamdagisi) 98-99 foizni ko’rsatmoqda. Biz tekshirayotgan baliq juda ham yuqori ehtimollik bilan Pseudorasbora parva ekanligi ma’lum bo’ladi.
|
| |