Aniq va tabiiy fanlar

|
Aniq va tabiiy fanlar
|
bet | 1/18 | Sana | 17.02.2024 | Hajmi | 1,73 Mb. | | #158021 |
Bog'liq Biologik ketma-ketlikni taqqoslash. Gomologik ketma-ketliklar
O’ZBEKISTON RESPUBLIKASI OLIY TA’LIM, FAN VA INNOVATSIYALAR VAZIRLIGI
FARG‘ONA DAVLAT UNIVERSITETI SIRTQI BO‘LIM
“ ANIQ VA TABIIY FANLAR” KAFEDRASI
“ Bioinformatika” fanidan
KURS ISHI
Mavzu: Biologik ketma-ketlikni taqqoslash. Gomologik ketma-ketliklar
Bajardi: 20.53 -guruh talabasi Ro‘zimatova Sarvinozxon Akramjon qizi
Tekshirdi:_
Kurs ishi taqrizga topshirilgan sana
“ ” 2024-yil Kurs ishi himoya qilingan sana
“ ” 2024-yil Baxo” ”
Kurs ishi taqrizdan qaytarilgan sana
“ ” 2024-yil Komissiya a’zolari
(imzo)
(imzo) FARG’ONA-2024
MUNDARIJA
KIRISH 3
I BOB. NUKLEOTIDLAR KETMA-KETLIGINI IFODALOVCHI XALQARO
MA’LUMOTLAR BAZASI 6
INSDC nukleotidlar ketma-ketligi bazasi 6
INSDC nukleotidlar bazasining qulaylik va kamchiliklari 13
II BOB. PDB - OQSILLAR KETMA-KETLIGI MA’LUMOTLAR BAZASI VA
DASTURLARI 16
Ketma-ketlik bazalari turlari 16
Sekans identifikatori foizini aniqlash (PID) 19
BlastClust (BLAST) 22
Gomologik ketma-ketlikda ko‘plik taqqoslanish uchun dasturlar 25
XULOSA 34
FOYDALANILGAN ADABIYOTLAR 36
ILOVALAR 39
KIRISH
Mavzuning dolzarbligi. Bioinformatika fanini va sohani rivojlantirish uchun Sh.Mirziyoyev tomonidan 2017-yil 10-fevralda “Genomika va bioinformatika sohasida fundamental va amaliy tadqiqotlarni, shuningdek innovatsiya ishlarini rivojlantirishga doir qo‘shimcha chora-tadbirlar to‘g‘risida”gi PQ-2769-sonli qaror tasdiqlangan [1].
Genetik matnlar ma’lumotlar bazasining tuzilish prinsiplari turli bahslarga olib kelmoqda. DNK ning birlamchi strukturasi va aminokislotalarning ketma – ketligi haqidagi axborotlarni saqlovchi EMBL, GenBank, DDBJ, SWISS-PROT singari yirik ma’lumotlar bazalari yangi olingan axborotlarni internet tizimida avtomatlashtirilgan to‘ldiruvchi sistemalar yordamida doimo to‘ldirib boriladi. Bir turdagi axborotlarni to‘plovchi ko‘plab ma’lumotlar bazalari xalqaro mehnat taqsimoti tizimida ishlashadi. Ma’lumotlar bazasining yaratilishi va ularning intensiv ravishda to‘ldirilishi XX asrning 80-yillaridan boshlangan va juda tez sur'atlarda o‘smoqda. Ma’lumotlar bazasining hajmi uch-yilda mobaynida ikki marotaba ortadi. Birgina ma’lumotlar bazasini yaratuvchilar tomonidan kiritilayotgan axborotlarning tuzilmasiga va sifatiga yetarli darajada e’tibor qaratishmayapti [5, 6].
Mavzu bo‘yicha qisqacha adabiyotlar tahlili. Aminokislota va nukleotid ketma-ketligini solishtirish xozirgi kun molekulyar biologiyasining muxim soxalaridan biri hisoblanib, ular yordamida genlar oilasini aniqlash, ularga sekvenirlangan ketma-ketliklarni keltirish va strukturaviy xamda funksional munosabatlarini o‘rnatish mumkin. Ko‘plab organizmlar genomlarini sekvenirlanganligini inobatga oladigan bo‘lsak, bu kabi tadqiqotlarga talab kundan kunga ortib bormoqda (Brunak S, Danchin A, Hattori M, Nakamura H, Shinozaki K, Matise T, Preuss D., 2002). [10]
Hozirgi kunda bioinformatika fani tomonidan biomolekulalarning ketma- ketliklarini aniqlash bo‘yicha ko‘plab eksperimental usullar ishlab chiqilgan. Biomolekulalar ya’ni oqsillar, nuklein kislotalarning ketma-ketliklarini analiz qilish
ularning tabiati haqidagi tasavvurlarning kengayishiga, ularning funksiyasini to‘laqonli ravishda tushunishga, ularning fazoviy modellarni yaratishga zamin yaratadi. Turli organizmlarga xos bo‘lgan genomlarning aniqlanishi, ularning vazifalarining o‘rganilishi esa bu organizmlarning evolutsion kelib chiqishi haqidagi ma’lumotlarning yanada boyishiga olib keladi (Barrett T, Troup DB, Wilhite SE, Ledoux P, Rudnev D, Evangelista C, Kim IF, Soboleva A, Tomashevsky M, Marshall KA, et al., 2009). [12, 14]
Biologik ma’lumotlar bazasini tushunishda informatikaning relyasion (qo‘shnilar xaqida ma’lumot beruvchi) ma’lumot bazalari va raqamli kutubxonar qidiruviga doir axborot tushunchalari muxim sanaladi (Leinonen R, Sugawara H, Shumway M, 2011). Ma’lumotlar bazasining biologik loyixalashtirilishi, rivojlanishi va uzoq muddatli boshqaruvi bioinformatika fani soxasining asosiy yo‘nalishlaridan biri sanaladi (Kaminuma E, Mashima J, Kodama Y, Gojobori T, Ogasawara O, Okubo K, Takagi T, Nakamura Y., 2010).
Ma’lumotlar bazasining tarkibiga genlar ketma–ketligi, matnli tavsiflar, ontologiyalarning belgilari va klassifikasiyasi, sitatalar va jadvalli ma’lumotlar kiradi. Biologik ma’lumotlar bazasi olimlarga biomolekulalarning strukturasi va o‘zoro ta’siri, butun organizm darajasida ro‘y beruvchi metabolizmlar, turlarning rivojlanishini anglashga ko‘maklashuvchi vosita bo‘lib hisoblanadi. Bunday ma’lumotlarga ega bo‘lish kasalliklarga qarshi kurashishni osonlashtiradi, effektiv dori vositalarini ishlab chiqishga ko‘maklashadi hamda hayotning tarixiy taraqqiyotida organizmlar o‘rtasidagi o‘zoro munosabatlarni aniqlashga yordam beradi (Leinonen R, Birney E, Bower L, Cerdeno-Tarraga A, Cheng Y, Cleland I, Faruque N, Goodgame N, Gibson R, Jang M, et al., 2011). [8, 9]
Zamonaviy fan sifatida yaqin-yillarda paydo bo‘lgan genomikaning tez rivojlanishini birinchi tomondan DNK dagi nukleotidlar ketma-ketliklarining aniqlanishi ya’ni sekvinirlanish usullarining takomillashib borishi bilan bo‘lsa, ikkinchi tomondan biomolekulalar ketma – ketliklari haqidagi juda katta hajmdagi axborotlarning paydo bo‘lishi natijasida ularni tahlil qilish uchun zarur bo‘lgan zamonaviy kompyuter usullarining yaratilishi bilan tushuntirish mumkin (Parkinson
H, Kapushesky M, Kolesnikov N, Rustici G, Shojatalab M, Abeygunawardena N, Berube H, Dylag M, Emam I, Farne A, et al., 2009).
|
| |