-rasm. Nucleic Acids Research

1-rasm. Nucleic Acids Research
INSDC bir qator asosiy hamkorlik vositalarini ishlab chiqish va texnik xizmat
ko‘rsatish orqali ma’lumotlar almashinuvi quvurlarini qo‘llab-quvvatlaydi. Ulardan
eng qadimiysi INSDC Feature Table Document bo‘lib, unda funksional izohlash
konventsiyalari ham sintaktik, ham semantik darajada tasvirlangan. Odatda-yiliga
ikki marta yangilanadi, eng soʻnggi versiyasini quyidagi manzilda topish mumkin:
http://www.insdc.org/documents/feature_table.html. Vaqt o‘tishi bilan ushbu
8
spetsifikatsiya INSDCdan tashqarida ma’lumotlarni taqdim etish, almashish va tahlil
vositalariga kiritish formati darajasida ham, xususiyat kalitiga asoslangan
annotatsiya tizimlari va texnologiyalarini ishlab chiqish uchun boshlang‘ich nuqta
sifatida ishlatiladigan bioinformatika standartini aniqladi. va sifatlovchi ta’riflari.
Hamkorlikning ikkinchi asosiy vositasi bu yagona qo‘shilish tizimidir.
Qo‘shilish nom maydonini almashish orqali INSDC qo‘shilishlari hamkorlar
xizmatlarida universal bo‘lib, so‘rovlar saytidan qat'i nazar, bitta ulanish bir xil
ketma-ketlikni qaytaradi [12].
Uchinchi asosiy hamkorlik vositasi - bu SRA asosidagi ma’lumotlar modeli.
SRAda namuna, eksperimental dizayn, kutubxona yaratish va mashina
konfiguratsiyasiga oid ma’lumotlarga ega metama’lumotlar bir qator XML
hujjatlarida ifodalanadi va almashiladi. Ketma-ket o‘qish, sifat va o‘qishni
moslashtirish ma’lumotlari ikkilik ma’lumotlar fayllarida saqlanadi va SRA
metama’lumotlar qatlami bilan bog‘lanadi.
Muhim ahamiyatga ega bo‘lgan yana bir hamkorlik quroli INSDC maqom
konventsiyasidir (http://www.insdc.org/insdc_status.html), unda INSDC hamkorlari
bo‘ylab berilgan yozuvlar uchun barqaror mavjudlik darajasi saqlanadi. Ushbu tizim
to‘liq ochiq ma’lumotlar, nashrdan oldin maxfiy saqlangan ma’lumotlar va
yangilangan takomillashtirilgan ma’lumotlar mavjud bo‘lganda bostirilgan
ma’lumotlar kabi tushunchalarni qo‘llab-quvvatlaydi [17, 18].
Nihoyat, 2010-yil davomida ma’lumotlar provayderlari va INSDC ma’lumotlar
bazasi kuratorlari to‘liq genomlar, transkriptomlar, transkriptomlar va boshqalarni
maqsad qilib olgan izchil izlanishlar bilan bog‘liq bo‘lgan yuqori darajadagi
ma’lumotlarni jamlaydigan BioProjects ma’lumotlar bazasini yaratishga katta kuch
sarflandi. metagenomika loyihalari, maqsadli lokalizatsiya tadqiqotlari va boshqalar.
INSDC hamkorlari ushbu tashabbus doirasida ma’lumot to‘plashgan bo‘lsa-da,
2011-yilda kutilayotgan asosiy yangi sxema ma’lumotlarga kirish va qazib olish
vositalarini qo‘llab-quvvatlaydi.
INSDC hamkorlari muvofiqlashtirilgan va integratsiyalashgan xizmatlarni
yaqindan ishlaydi. Ma’lumot yuboruvchi uchun faqat sheriklardan biriga ketma-
9
ketlik ma’lumotlarini taqdim etish kerak. Ketma-ketliklar bitta nom maydoni
bo‘ylab qo‘shiladi, shunday qilib qo‘shilish qidiruvi qaysi hamkor institut qidiruv
ob'ektini taqdim etganidan qat'iy nazar bir xil ma’lumotlar mazmunini beradi.
Mahalliy talablarni qondirish va INSDC dan tashqari hamkor institut resurslari bilan
optimal integratsiyani taklif qilish uchun hamkor institutlarda taqdim etish va taqdim
etish vositalari mustaqil ravishda ishlab chiqiladi va saqlanadi. Ushbu vositalarni
quyidagi
manzillarda
topish
mumkin:
http://www.ddbj.nig.ac.jp/,
http://www.ebi.ac.uk/ena/ va http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ DDBJ, ENA va NCBI
uchun mos ravishda va http://www.insdc.org/ dan havola qilingan.
INSDC ma’lumotlar bazalari tomonidan ma’lumotlarga egalik qilishning aniq
tamoyillari ishlab chiqilgan. Muhimi, INSDC ma’lumotlar bazalari egalari emas,
balki ma’lumotlar xostlaridir; kiruvchi ma’lumotlar uchun ma’lum sintaktik va
semantik muvofiqlikni tekshirish mavjud bo‘lsa-da, ma’lumotlarga egalik qilish va
shuning uchun ilmiy tarkibni tahririyat nazorati asl ma’lumot provayderida qoladi.
Bundan tashqari, faqat ma’lumotlar egalari va ularning tasdiqlangan delegatlari o‘z
yozuvlarini yangilashlari mumkin. Hamkorlardan biriga taqdim etilgan ma’lumotlar
qabul qiluvchi INSDC instituti vositachiligida yangilanadi; ya’ni qabul qiluvchi
institut har qanday berilgan yozuv yoki yozuvlar to‘plami bo‘yicha topshiruvchi va
INSDC o‘rtasidagi o‘zaro aloqa uchun doimiy javobgarlikni o‘z zimmasiga oladi.
Shubhasiz, bunday tizim xolislikni ta’minlasa-da, ilmiy sifat nazoratini
ma’lumotlar provayderlari qo‘liga topshiradi, ular ba’zan uzoq vaqt davomida o‘z
yozuvlariga doimiy yangilanishlarni qo‘llab-quvvatlay olmaydilar, odatda diqqat
markazida o‘zgarish natijasida. topshiruvchining laboratoriyasi yoki xodimlarning
ushbu tadqiqot sohasini tark etishi natijasida. Birlamchi arxiv sifatida INSDC
ma’lumotlar provayderlariga imkon qadar kamroq to‘siqlar qo‘yishi muhim, chunki
ularning ma’lumotlari va talqinlari ilmiy yozuvning bir qismi sifatida to‘liq
tarqatiladi. Shu sababli, INSDC tarkibi tahlilga ma’lumotlar tasmasi sifatida
to‘liqlik, puxtalik va pirovardida ishonchlilikning ko‘p darajalarini qamrab oladi.
Ushbu muammoni e’tirof etgan holda, INSDC ma’lumotlar bazalarining siyosati
sifat, to‘liqlik va puxtalik baholanishi va foydalanuvchilarga turli tahlillar ostida turli
10
INSDC yozuvlariga ishonch bo‘yicha eng yaxshi xulosalar chiqarish imkonini
beradigan tizimlarga intilishdir.
Yangi ketma-ketlik tasvirlangan har qanday maqolada maqola mualliflari
tomonidan taqdim etilgan ketma-ketliklar bilan bog‘liq bo‘lgan INSDC kirish
raqamlari keltirilishi bioinformatikadagi asosiy dogma bo‘lsa-da, bu "majburiy
topshirish" tushunchasi passiv tarzda emas, balki sa’y-harakatlar natijasida paydo
bo‘lgan. INSDC a’zo institutlari va ochiq ma’lumotlar almashinuvining boshqa
tarafdorlari. Ommaviy ma’lumotlarni tarqatish bo‘yicha ilg‘or amaliyotga misol
sifatida, INSDC hamkorlari hayot fanlari bo‘yicha yirik jurnallar noshirlarining
ushbu tashabbusda doimiy qo‘llab-quvvatlanayotganini e’tirof etadilar.
INSDC ma’lumotlari foydalanuvchilarga ochiq va bepul taqdim etiladi.
Ko‘pgina yozuvlar topshirilgandan so‘ng darhol ommaga ochiq bo‘lsa-da, nashr
etilishidan oldin maxfiy saqlanganlar asar nashrda taqdim etilishi bilanoq ommaga
e’lon qilinadi. Tartibga solish uchun material taqdim etgan inson donorlarining
rozilik kelishuvlariga rioya qilish uchun ba’zi yozuvlarga kirish huquqini talab qilish
kerak; INSDC institutlari xavfsizlikning tegishli darajalariga erishish uchun tegishli
axloqiy organlar va qo‘mitalar bilan tegishli qonunchilik tizimlari ostida ishlaydi.
INSDC uzoq vaqtdan beri tashkil etilgan Xalqaro maslahat qo‘mitasiga ega
bo‘lib, u INSDCga rivojlanish va siyosat masalalari bo‘yicha ilmiy va strategik
maslahatlar
berish
bilan
shug‘ullanadi
(qarang:
http://www.insdc.org/advisors.html). Qo‘mita tarkibiga kiruvchi katta olimlar
INSDC [http://www.insdc.org/documents/open_letter.txt] himoyachilari sifatida
ham muhim rol o‘ynaydi.
2010-yilda INSDC ma’lumotlar bazalari bazalar soni bo‘yicha umumiy
hisobda taxminan 3 baravar o‘sdi (1-rasm). Ushbu mutlaq o‘sish ortida yig‘ilgan
ketma-ketliklar sonining 19 % ga o‘sishi (164 dan 195 million ketma-ketlikgacha)
va SRAda keyingi avlodga asoslangan tajribalar sonining ikki baravardan ko‘proq
o‘sishi (taxminan 13 000 dan 13 000 gacha) bor. 31 000). INSDC ma’lumotlar
bazalarida ma’lumotlar o‘sishining eng katta komponentiga yangi avlod
sekvensiyasining xom ashyosi hissa qo‘shishi ajablanarli bo‘lmasa-da, yig‘ilgan
11
ketma-ketliklarni to‘plash tezligining biroz, ammo barqaror pasayishi aniq. Buning
sabablari noaniq bo‘lsa-da, ko‘plab mumkin bo‘lgan tushuntirishlar orasida kamroq
to‘liq (an'anaviy ma’noda) genom ketma-ketligi tendentsiyasi va shuning uchun
an'anaviy yig‘ilgan ketma-ketlik va funktsional izohlarni ommaga taqdim etish
uchun ma’lumotlar generatorlariga ehtiyojning pastligi; Darhaqiqat, yig‘ilgan
ketma-ketlik asoslarini taqsimlashdan ko‘rinib turibdiki, butun genom o‘q otishni
o‘rganishdan olingan ketma-ketlik yozuvlari endi yig‘ilgan ketma-ketliklarning
tobora muhim tarkibiy qismiga hissa qo‘shmoqda. Qo‘shimcha tushuntirishlar,
ehtimol, ketma-ket yig‘ish usullariga kamroq mos keladigan kapillyar elektroforez
platformalari bilan solishtirganda, chiqishi haligacha saqlanib qolgan keyingi avlod
sekvensiyalash mashinalari tomonidan ketma-ketlik qobiliyatini to‘yinganligini o‘z
ichiga oladi.
2-rasm. (a) Vaqt o‘tishi bilan INSDC da asosiy juftliklar, Trace Arxive
(kapillyar sekvensiya platformalaridan olingan xom ma’lumotlar) bundan mustasno.
Vaqt o‘tishi bilan tayanch juftliklarda jamlangan ma’lumotlar hajmi. (b) INSDC da
2002-yildan beri vaqt o‘tishi bilan tanlangan ma’lumotlar komponentlariga
12
bo‘lingan asosiy juftliklar. Yig‘ilgan ketma-ketlikka (butun genom ov miltig‘i
usullari va boshqalar) va yangi avlod ketma-ketligining xom ashyosiga bo‘lingan
bazaviy juftlikdagi jami ma’lumotlar hajmi.
INSDC ma’lumotlar bazalariga yig‘ilgan ketma-ketlikni taqdim etishda
o‘sishning sekinlashishiga qaramay, jamoat mulki genomlari katalogi tez sur'atlar
bilan o‘sishda davom etishi aniq (2-rasm). Bundan tashqari, to‘liq genomlarning
taksonomik xilma-xilligi vaqt o‘tishi bilan ortib borayotgan sur'at bilan o‘sib
borayotgan bo‘lsa-da, umumiy taksonomik qamrov, juda siyrak ketma-ketlik vakili
bo‘lgan ko‘plab taksonlar uchun bo‘lsa ham, vaqt o‘tishi bilan ortib borayotgan
o‘sishni boshdan kechirganligi aniq (3-rasm).
3-rasm. To‘liq genomlarda o‘sish. Qatlamli diagramma vaqt o‘tishi bilan
INSDC ma’lumotlar bazalarida mavjud bo‘lgan to‘liq genomlar sonini ko‘rsatadi.
2010-yil oxiri vaqti konservativ (chiziqli) 2010-yil oktabrdagi raqamlardan
ekstrapolyatsiya qilingan bo‘lib, ular taqdim etish vaqtida mavjud bo‘lgan eng oxirgi
hisoblanadi.
|