Problème 1: une vieille maladie qui revient

==Vignette clinique==
Anamnèse:
Jeune demandeur d'asile africain de 24ans consulte pour éruption maculo-papulaire de la paume des mains et des pieds. Il a présenté il y a 6mois une érosion péniene qui avait disparu spontnément. Avant cela il avait eu un contact sexuel non protegé avec une prostituée, en afrique. Il avait aussi remarqué un écoulement urétéral douloureux pendant quelques jours.
Laboratoires:
pas de frottis urétéral, mais un VDRL positif.
Traitement:
injection IM pénicilline. On propose un dépistage HIV, qu'il refuse.
==Réservoir de pathogènes==
==== Contact avec le pathogène ====
Il est important d'entrer en contact avec le pathogène pour que la maladie puisse se développer. Il doit ensuite s'attacher aux cellules de l'hôte, se disséminer (localement ou généralement), endommager les cellules et transmettre la maladie.
==== Infections endogènes et exogènes ====
Une infection endogène se fait par les pathogènes présents dans la flore normale de notre corps (la flore normale est immense).
*Colonisation: présence de bactéries sur notre corps sans manifestations cliniques
*Infection: présence de bactéries sur notre corps avec manifestations cliniques
Une infection exogène se fait par des pathogènes absents de la flore normale.
==== Différents réservoirs: ====
*Air: les pathogènes présents dans l'air peuvent provenir d'un malade qui parle, ou tousse. Ils peuvent aussi provenir de la poussière remuée, de l'eau pulvérisée dans les systèmes de climatisation, etc.
*Eau: elle est source de contamination par ingestion orale, ou dans son utilisation pour la préparation de nourriture
*Terre: elle est source de contamination de la nourriture, mais aussi pour les blessures
*Homme: la flore normale est source de nombreux pathogènes opportunistes. Si l'homme est le seul réservoir, il existe une possibilité d'éradication du pathogène.
*Animaux: transmission par la nourriture, par leur sécrétion dans la nature, par blessure de l'animal, par simple contact avec l'animal, ou par transmission via des vecteurs. Une Zoonose est une maladie transmise de l'animal à l'homme. Les zoonoses sont sources de maladies infectieuses émergentes.
** Exemples: lysteriose (pathogène environnemental présent chez l'animal - contamination par produits laitiers et charcuterie), tuberculose (par micobacterium bovis), borreliose (transmission par les tiques), malaria (transmission par les moustiques), toxoplasmose (transmission par ingestion de viande contaminée - kystes - ou par contamination d'éjections de chat).
==== Latence vs persistance ====
* Latence: pas/peu de pathogènes détectables, mais possibilité de résurgence
* Persistance: pathogène présent mais impossible à éradiquer.
====Rôle de la flore endogène:====
*10^14 bactéries pour 10^13 cellules
*Compétition des bactéries entre elles pour l'espace et la nourriture
*Sécrétion de substances anti-microbienne
*Stimulation du système immunitaire
*Métabolisme (vitamines K, sels biliaires, etc.)
*Développement du système nerveux
*pH acide dans le Vagin (Lactobacilles)
====Infections par la flore endogène:====
*si la bactérie arrive au mauvais endroit (cystite pour E.coli)
*en cas de déséquilibre de la flore normale, par exemple par des antibiotiques (c.difficile)
*en cas d'immunodéficience (candida albicans)
*appendicite
====Défense====
*Induction du système immunitaire inné
*Compétition par colonisation
====Sites stériles====
Dans ces sites, la présence d'un pathogène est signe d'infection.
*Système nerveux, LCR
*Sang
*Articulations
*Tissus profonds
==== Mode de transmission des pathogènes: ====
*ingestion
*inhalation
*MST
*blessures
*vecteurs
*flore normale
==== Barrières physiques et chimiques: ====
*peau: pH(5) acide, desquamation, environnement sec, température 30-34°C
*mucus: avec lysozyme, immunoglobulines, sels, défensine etc.
*actions mécaniques: comme les cils, le péristaltisme, les larmes et les urines
*actions chimiques: lyzozyme (lyse la paroi des Gram -) et pH (peau, vagin, estomac)
*compétition avec la flore (place, nourriture, bacteriocines)
*defensines/peptides antimicrobiens (Les antimicrobial peptides (AMPs) sont conservées dans une différents organismes, comme les plantes, les insectes et vertébrés, et même chez les bactéries. Chez les mamifères, ces peptides protègent contres les pathogènes cellulaires, bactéries, champignons et parasites. Leur activité est parfois très spécifique et les précurseurs sont inactive, pour protéger la cellule elle-même. Le principe est de faire « des trous » dans la membrane du pathogène).
*sels biliaires (les sels biliaires sont aussi utilisés en diagnostique comme ingrédients dans certaines boîtes de Petri (MacConkey). Ce milieu favorise la culture des bactéries Gram-. En même temps que les bactéries fermentent le lactose, le pH du milieu change et ceci est indiqué par un changement de couleur grâce au cristal violet dans le milieu.)
==Maladies Sexuellement Transmissibles==
==== Syphilis- Treponema pallidum ====
Le Treponema pallidum qui cause la Syphilis est un spirochète. On estime à 12 milions le nombre d'infections à la Syphilis chaque année. Il est transmis par contact sexuel, et de manière congénitale (surtout dans les pays en voie de développement). 
La bactérie est toute petite, pas détectable par la coloration Gram (on peut le voir en microscopie a fluorescence durant le stade primaire et secondaire). Elle a une forme de tire-bouchon avec une flagelle périplasmatique qui lui permet de bouger rapidement même dans un milieu visqueux.
Son génome est aussi petit, avec 1'000 gènes. Son temps de génération (temps pour créer une génération) est long, de 30heures. Il est sensible à l'oxygène et à la température, ce qui le rend difficilement cultivable (un médecin un peu fou a trouvé le traitement de la Syphilis par la malaria, qui fait augmenter la température et permet d'éradiquer la syphilis).
Le seul réservoir de la Syphilis est l'homme, ce qui la rend théoriquement éradicable (il ne survit pas bien en dehors de l'homme). Sa surface est faible en antigènes (p.ex il n'a pas de LPS), mais ses lipoprotéines de surfaces interagissent avec TLR2. Il y a en surface une protéine Trp K qui est nécessaire à son attachement (la Trp peut ne plus être exprimée, grâce à une variation de phase). La Trp K a une région V variable responsable de sa variation antigénique.
Son génome code pour des toxines, mais elles ne sont pas sécrétées.
Après l'infection, la bactérie se répand rapidement et envahir une grande variété de tissus (avant le chancre), dont le SNC. Certains de ces organes sont un refuge pour le pathogène car ils ont peu de défense.
La réponse immune initiale semble être importante, avec l'apparition de chancres indolores. Les personnes ré-infectées ne développent pas de chancre. Comme il grandit lentement et peut se cacher, il faut un traitement prolongé en cas de syphilis latente.
Stades de maladie
La maladie comporte trois stades:
*Stade primaire: caractérisé par le chancre (ulcération indolore à base indurée) au point d'inoculation, accompagné d'une adénopathie satellite. Non traité, le chancre guérit spontanément en 4-6semaines. Cette phase est très contagieuse. Le chancre est associé à une augmentation du risque de transmission de HIV.
*Stade secondaire: c'est la phase de dissémination de la bactérie. Commence environ 2mois après l'infection. Elle est caractérisée par des lésions cutanées et muqueuses très contagieuses (roséole syphilitique, plaques muqueuses, condylome, alopécie, atteinte des ongles, éruption maculo-papulaire des mains et des pieds en particulier) et très variables, selon l'endroit touché. Les lésions peuvent s'accompagner de micro-polyadénopathie et de syndrome infectieux (céphalées, fièvre, baisse de l'état général). Elles disparaissent après 1-2ans spontanément. Cette phase est très contagieuse.
*Stade silencieux (latente): pendant laquelle la syphilis est cliniquement asymptomatique, et non contagieuse.
*Stade tertiaire: dans seulement 20-30% des cas non traités, après 2 à 10 ans. Caracterisé par des atteintes viscérales, cardio-vasculaires (aortite ou anévrisme de l'aorte, insuffisance cardiaque) et neurologiques (neurosyphillis: tabès dorsalis, paraysie, pupille d'Argyl-Robertson: pas de réaction à la lumière mais à l'accomodation), associées à des lésions osseuses et cutanéo-muqueuses (gommes - réaction chronique d'inflammation sclérosante).
Le sérodiagnostic de la Syphilis (VDRL Veneral Disease Reference Laboratory Test - test par antigène non Treponema) se fait par mélange de sérum du patient avec des cardiolipines bovins couplées à des globules rouges ou billes de latex (pour que l'agglutination soit visible). Si des anticorps anti-syphilis sont présents (lors d'infection à Treponema), ils vont cross-réagir avec les lipides du coeur (ici bovin) et agglutiner. La sensibilité est élevée (mais pas la spécificité), pouvant détecter des concentrations très basses (surtout dans la deuxième phase de la syphilis). C'est le premier test qui diminue après une guérison.
On peut aussi tester la Syphilis avec des antigènes Treponema. Ils sont très sensibles (et très spécifiques) et aussi positifs après traitement.
* Le TPHA (Treponema Pallidum Hemagglutination Assay) utilise un antigène extrait de Treponema qui induit une agglutination
* Le FTA (Fluorescent Treponemal Antibody Test) utilise des lames de microscope sur lesquelles on fixe des Treponema (bactérie entière) auquel on ajoute du sérum
On peut aussi faire une PCR pour la syphilis primaire. 
Il ne faut pas seulement penser à traiter le patient, mais aussi sa partenaire, sinon effet ping-pong.
La syphilis congénitale est sous-estimée, car une majorité des foetus meurent in-utero. Pour les bébés qui naissent, les manifestations de la maladie peuvent être graves ou asymptomatiques, avec aussi des malformations
Le traitement consiste à donner de la pénicilline à haute dose ou céphtriaxone (céphalosporine de 3è génération), qui peuvent passer dans le cerveau s'il y a une atteinte neurosyphilitique. Attention, la syphilis est souvent associée à d'autres maladies sexuellement transmissibles.
==== Autres bactéries ====
*Borrelia burgdorferi: spirochete, agent de la maladie de Lyme, Zoonose à réservoir animal transmise par les tiques. L'infection a besoin d'un long contact pour que la bactérie change ses protéines de surface et puisse infecter un animal à sang chaud, il suffit donc de se débarasser des tiques après la promenade. L'infection s'observe par des Erythema migrans, et plus tard par des problèmes neurologiques
*Leptospira interogans: spirochète en forme de "?", émise par les urines des animaux infectés, qui survit dans l'environnement (eaux douces). Les réservoirs sont les rats et les sols contaminés. L'homme peut se fait infecter par contact direct avec l'animal, mais le plus souvent par contact indirects avec les eaux ou les sols souillés. Certaines professions sont plus exposées (maladie professionelle). La maladie est souvent bénigne mais peut être sévère et causer une insuffisance rénale et la mort dans 5-20% des cas.
*Chlamydia trachomatis: Bacétrie "Gram-", intracellulaire (pas cultivable). MST bactérienne la plus fréquente. Elle possède un réservoir humain. Elle induit une inflammation importante à deux endroits différents selon le mode d'infection (urogénital ou yeux - trachome). Elle peut rendre stérile. L'infection urogénitale est souvent asymptomatiques (echappe bien à l'hôte) et résulte en une cervicite chez la femme et une urétrite chez l'homme. L'inflammation peut rendre stérile.Son cycle comporte une phase d'infection (corps élémentaire pouvant entrer dans la cellule mais métaboliquement inactif) et une phase de prolifération intracellulaire (corps réticulaires intracellulaires, non infectieux mais métaboliquement actifs, qui se différencient en corps élémentaires pour être relâchés)
*Neisseria gonorrheae (gonocoque): MST, agent de la blennorhagie (ou gonococcie ou gonorrhée). Souvent asymptomatique. Diplocoque Gram- ressemblant beaucoup à Neisseria meningitidis (mais non capsulée). Elle a un réservoir strictement humain, et est la 2ème cause d'urétrite après le Chlamydia trachomatis. Chez l'homme: urétrite aiguë, épididymite et prostatite, chez la femme: urétrite et cervicite passant souvent inaperçu. L'inflammation peut rendre stérile. L'éculement urétral est purulent, contrairement à celui dans la chlamydia. Elle peut acquérir l'ADN d'autres espèces, en particulier des Nisseria locales, qui acquiert souvent des résistances aux antibiotiques qu'elle transmet à la gonorrhée lors d'infection. La Nisseria peut changer ses protéines de surface par variation de phase (cadres de lectures) et par variation antigénique (PiliE et PiliS).
==== Resumé MST ====
*Chlamydia
*Gonorrhée
*Herpès génital
*HPV
* Trichomonas vaginalis
* Candida albicans (mycose)
*HIV
*Syphilis
*Hépatites B et C
La transmission des MST dans une population dépend de leur transmissivité (probabilité d'infection lors d'un rapport avec un partenaire infecté), de la vitesse d'acquisition du nouveau partenaire (le nombre de nouveaux partenaires en un temps donné - maintien la maladie et la transmet) et de la durée de le contagion (temps pendant lequel une personne est capable de transmettre la maladie). Les groupes à plus hauts risques sont les jeunes, les gens à faible revenu, les gens urbains et leur enfants.
La plupart de ces maladies ont un réservoir humain uniquement, mais leur éradication est difficile à cause d'obstacles comportementaux, sociaux et médicaux.
Les symptômes les plus fréquents des MST sont les cervicite et urétrite mucopurulentes et les ulcères génitaux. Les complications les plus fréquentes sont:
* Maladie inflammatoire du pelvis (infection de l'utérus, des trompes et des ovaires) causé par la gonorrhée et le chlamydia, qui peut induire des cicatrisations et adhésions des trompes (grossesse ectopique, infertilité, douleur pelvienne chronique)
* Cancer anogénital dont le cancer cervical (HPV)
* Syphilis secondaire et tertiaire
* Infection herpétique persistante
* Maladies congénitales si la mère est infectée (syphilis, herpès, chlamydia)
* Augmentation du risque de HIV (syphilis, herpès, gonorrhée, chlamydia)
* Augmentation de la sévérité des MST et difficultés de traitement lors d'infection au HIV
* Augmentation du risque de gonorrhée lors d'infection au chlamydia et inversement
* Augmentation du risque de fausse couche, prématurité, retard de croissance intra-utérin, rupture prématurée des membranes, etc
==Infections du tractus urinaire==
Les ITU ne sont pas directement liées aux MST, mais sont très fréquentes (c'est les infection les plus communes chez l'homme). On les retrouve plus souvent chez la femme, à cause de leur urètre plus courte. La source provient généralement de la flore (E.coli en particulier). Les ITU augmentent avec l'âge.
E.coli est le pathogène le plus important. Elle exprime des fimbriae dans les conditions d'infections, pouvant ainsi bien se lier. Souvent c’est une souche particulière d’Escherichia coli. Si elles arrivent à moduler leur capacité d'adhésion, elles peuvent infecter le tractus urinaire. Ces souches expriment des fimbriae P, l’hémolysine (dommages à l'épithélium en lysant les cellules), aérobactine (type de sidérophore pour le captage du fer), résistante au sérum (pas identifiées par le système immunitaire) et sont parfois encapsulées. Certains de ces gènes sont présents sur des ilots de pathogénicité (blocs de gènes virulents dans le génome).
L’origine de l’infection est souvent une colonisation du tractus urinaire par les bactéries de l'intestin qui remontent dans la vessie. Après 2-24h dans le nouvel environnement, ces bactéries induisent la production des fimbriae nécessaire à l’adhésion à l’uroplakin, un récepteur transmembranaire de l’épithélium de l’urètre. La formation de biofilms peut contribuer à des infections récurrentes. Les hémolysines peuvent endommager l’épithélium rénal et le LPS conduit à une inflammation et le recrutement de PMN.
On peut trouver aussi des:
*Proteus mirabilis
*Staphylocoques coagulase negatives
En général, les bactéries qui induisent une infection du tractus urinaire viennent de l'intestin ou du vagin et remontent dans la vessie (normalement, lors de la miction suivante, les bactéries sont évacuées). Pour que l'infection s'installe, les bactéries doivent persister et se reproduire dans la vessie. Les bactéries peuvent ensuite monter plus haut et induire une pyélonéphrite ou entrer dans le canal prostatique et infecter la prostate (plus fréquent lors de flux turbulent lors d'hypertrophie de la prostate). Les infections compliquées (pélonéphrite) dépendent plus de l'état de l'hôte que de la bactérie. Des facteurs de risque sont notamment les sondes urinaires, les néphrostomie ou les stent urinaires où peuvent se déposer des biofilms. Les facteurs de risque de l'hôte sont notamment les facteurs génétiques, les rapports sexuels, l'utilisation de spermicide qui modifie la flore normale, les malformations du tractus uro-génital et la grossesse, où la tête du foetus peut comprimer l'uretère et engendrer une pyélonéphrite.
* Une cystite est une inflammation de la vessie (ou du tractus urinaire bas) qui induit une dysurie, des urgences, une augmentation de la fréquence de la miction et un inconfort suprapubien avec parfois une hématurie.
* Une pyélonéphrite est une inflammation des voies urinaires hautes, touchant le bassinet et le parenchyme rénal, induisant une forte douleur dans le bas du dos, en général unilatérale, accompagnée de fièvre.
Le diagnostic se fait par culture d'urine. Le traitement se fait par thérapie antimicrobienne qui peut durer 3j pour une cystite ou 7-14j pour une pyélonéphrite.