Laboratoire 3: bactériologie

==Intro==
le Labo c'est...
*contact très étroit avec les cliniciens
*développement de nouvelles techniques
*contrôle des infections (MRSA, BLSE)
*Rôle de santé publique (MST, TB, Meningococcus)
Phase pré-analytique (avant d'arriver au Labo)
*Le prélèvement doit se faire de la manière la moins contaminée par la flore endogène possible (expectorations = contaminé par la flore endogène, LBA = lavage broncho-alvéolaire, ponction lombaire)
*Les prélèvements ne seront pas pareil si ils viennent de sites stériles (LCR, articulations, tissus profonds etc) ou sites contaminés
*Importance de la symptomatologie: il faut savoir ce qu'on veut chercher (importance de l'anamnèse, pour pas demander de TOUT chercher)
*Si on demande des analyses pour TOUT, on aura forcément des résultats positifs pour quelque chose, mais ce n'est pas forcément ce qui rend le patient malade, on risque donc de partir sur des mauvaises pistes (et de laisser le vrai problème du patient se développer pendant ce temps). Il faut une probabilité pré test importante pour demander des examens.
*Il faut que le prélèvement soit fait en quantité suffisante
*Il faut choisir le matériel adéquat pour ce qu'on cherche (ex: mycoplasme qui doit être envoyé dans un tube spécial)
*Il faut prélever avant d'administrer des antibiotiques (en général) (attention, important de savoir qui est intracellulaire = chlamydia, mycoplasma...). Sauf pour la méningite où on attend pas pour traiter (et même après un examen direct, on doit attendre la culture pour diminuer le spectre).
*Il faut fournir les renseignements suffisants au pharmacien
*On peut consulter le PRA sur intranet HUG si on a un doute sur un examen
P​hase analytique
*Examen direct
*Culture
*Antibiogramme
*Techniques moleculaires
==Examen direct==
Exemples
Capture d’écran 2014-04-02 à 09.36.31.jpg|pneumocoque
Capture d’écran 2014-04-02 à 09.36.40.jpg|nesseria
Capture d’écran 2014-04-02 à 09.37.55.jpg|H.influenzae
Capture d’écran 2014-04-02 à 09.40.29.jpg|Campylobacter
Capture d’écran 2014-04-02 à 09.41.13.jpg|B.anthracis
Capture d’écran 2014-04-02 à 09.42.43.jpg|BAAR
Capture d’écran 2014-04-02 à 09.47.04.jpg|Candida
Caracteristique
*Simple, doit être fait par des gens compétent
*très utile
*grand impact clinique
*Simple, rapide
Citer 3 CG+
*Pneumocoque
*Enterocoque
*Staphylocoque
Citer 4 BG+
*Listeria
*Diphterie
*Antrhrax
*Clostridium (difficile, tetani, botulinum, perfringens)
Citer 3 BG-
*Ecoli
*Salmonelle, Shigella, Campylobacter
*Pseudomonas (très résistant à tous les médicaments usuels)
Citer 2 CG-
*Méningocoque
*Gonocoque
==Culture==
Fonctionnement
*on met le prélevement sur la culture
*une colonie se développe
*différents milieux de culture (certains Sensibles, certains Selectifs)
*on peut ensuite faire différents tests (biochimiques, spectrométrie de masse = savoir quelle bactérie, antibiogramme = savoir à quel antibiotique la bactérie est sensible)
==Analyse moléculaire==
PCR
*peut se faire avec des bactéries mortes
*pour Méningites (VZV, HSV, Entero, Pneumo, Méningo)
*pour Ostéomyélites
*pour BPN (bronchopneumonie qui ne répond pas au traitement standard) enfant
*pour ce qu'on va devoir traiter longtemps, on veut un diagnostic précis avant de commencer les antibiotiques
*attention à ce qu'on retrouve dans le sang (ADN de staph dans le sang car on s'est brossé les dents)
==Post-analystique==
Transmission des résultats
*Téléphone pour le LCR, le Sang (hémoc) et certains Germes (car important de prévenir vite)
*Classeur rouge: sécurité supplémentaire (les infectiologues passent tous les jours au labo pour vérifier les cultures)
*Epidémiologie: transmission au médecin cantonal
Interprétation des résultats
*bactérie colonisante, ou infection (sonde U, drain pleural)?
*Contaminant VS pathogène (méningo resp)
*attention aux cas particuliers (Ecoli dans urine+sang est pas forcément un urosepsis)
==Au cabinet==
StreptotestA
*le test a une bonne sensibilité analytique (le test au labo)
*le test en cabinet a une moins bonne sensibilité. on parle de sensibilité clinique (le patient a un relfexe nauséeux à chaque fois qu'on tente le prélevement)
*on sur-traite les angines avec des antibiotiques
*critères de Centor S'il y a des critères de Centor, on pense à bacterie plutôt que virus
*on donne quand même un antibiotique si le test de Centor est positif mais pas le StreptotestA. Car d'autres bactéries peuvent poser problème
Urot​ubes
* culture d'urine au cabinet
Gram
* Chauffer pour fixer le corolant
* Puis crytal violet pour colorer
* Iodine pour faire pénétrer le colorant (= "mordant")
* Ensuite on décolore (Gram - part car petite couche de paroi de peptidoglycan)
* Puis on contre colore en rose
* Gram+ = violet et Gram- = rose
Capture d’écran 2014-04-02 à 09.35.07.jpg|marche à suivre
Frottis divers
* pas trop en cabinet
Hémocultures
* pas trop en cabinet