Cours parasites

==Définitions==
Les parasites sont plus grands que les autres pathogènes. C'est des eucaryotes. Ils sont donc plus près de leur hôte point de vue biologie. Ils ont un génôme plus grands que les virus et les bactéries. 
Il y a les protozoaires et métazoaires. 
====Symbioses====
*Mutualisme: association bénéfique pour les deux organismes - le mutualisme peut être obligatoire
*Commensalisme: association bénéfique pour un partenaire, qui n'affecte pas l'autre
*Parasitisme: la relation symbiotique est nocive pour l'hôte
*Prédation: un des organisme est directement phagocyté
====Hôtes (organisme vivant qui héberge un pathogène)====
*Hôte définitif: hôte dans lequel le parasite sera sous sa forme sexuée (adulte)
*Hôte intermédiaire: hôte dans lequel le parasite n'est pas sous sa forme sexuée (larvaire). Le parasite y séjourne afin d'y subit les transformations qui l'amèneront à sa forme infestante.
*Hôte accidentel (aberrant): hôte capable de recevoir le parasite, mais non nécessaire à sa survie (naegleria fowleri). C'est un hôte qui ne fait pas partie du cycle de vie du parasite.
*La transmission se fait souvent entre les vecteurs. La pathogénéicité vient du fait que le parasite doit se transmettre (envahissement et tuer les cellules, perturber les fonctions métaboliques, production de toxines, hyperstimulation de la réponse immunitaire etc). 
*Les parasites peuvent induire de modification de comportement chez les animaux pour arriver à leur fin. 
====Classification des parasites====
Les parasites ne tuent pas l'hôte en général (car sinon il meurt avec). Il y en a beaucoup (et leur génome est plus grand que les virus/bactéries). La très grande majorité des parasitoses sont traitables.
*Protozoaires: eucaryotes unicellulaire, n'induisent pas d'éosinophilie, peuvent se répliquer dans l'hôte (inoculum peut être limité), ne vivent pas bien dans l'environnement, nécessitent d'être transmis par des vecteurs (Trypanosomes, Apicomplexas)
*Helminthes/Vers: multicellulaires, peuvent induire une éosinophilie, ne peuvent pas se répliquer dans l'hôte (à l'exception de Strongyloides stercoralis), se répliquent de manière sexuelle, la charge parasitaire dépend de la durée et de l'intensité de l'exposition 
====Classification des protozoaires====
*Rhizopides
*Flagellés
*Ciliés
*Sporozoaires
====Classification des helminthes====
*Nématodes (vers ronds)
*Cestodes (taenias)
*Trématodes (douves & schistosomes)
====Réservoir====
* Etre vivant chez qui se perpétue l'agent pathogène, lui permettant de se maintenir dans la nature.
* Notion cruciale pour les mesures de contrôle de la maladie.
* On peut éradiquer si c'est les humains qui sont le réservoir.
====Modes de transmission====
* Transmission oro-fécale (aliments, eau, mains contaminées)
* Transmission vectorielle (moustiques, mouches, moucherons, punaises)
* Transmission transcutanée
* Autres: transfusion sanguine, transplantation d'organe, congénitale
====Présentation clinique des parasites====
*souvent asymptomatiques (c'est à leur avantage!)
*symptomes locaux (diarrhées, toux, lésion cutanée, épilepsie)
*symptomes généraux ou à distance (fièvre, fatigue, allergies pour les vers)
====Diagnostic====
*Examen au microscope: on voit directement le parasite (examen du sang, des selles, des urines, du derme, des expectorations etc), attention à la période pré-patente
*Sérologie (détection d'anticorps spécifiques): utile lorsque le parasite est indétectable
** Désavantage: pas disponible pour tous les parasites, ne distingue pas les espèces, ne distingue pas si l'infection est récente ou ancienne. Elle reste longtemps positive malgré un traitement efficace. Il y a des réactions croisées.
** Avantages: les tests rapides peuvent être faits dans les régions reculées.
*Détection d'antigène spécifique: utile pour détecter une infection actuelle
** Utilisé pour la malaria dans le sang et pour les giardia dans les selles
** Désavantage: ne cible qu'un parasite, ne donne qu'une information qualitative
*PCR: très sensible et spécifique
** Peu utilisé en routine (distinguer les amibes entre elles, les leishmanies entre elles)
** En développement
==Trypanosomes==
Trypanosome Brucia
*Trypanosome africain
*Provoque la maladie du sommeil
*Transmis par la mouche Tsé-Tsé
*Le parasite reste dans le sang
*Il peut passer la barrière placentaire, et la BHE à un certain stade
*La personne infectée subit des pics de fièvres, correlés à une parasitémie.
*Chaque pic se fait vaincre par le système immunitaire, mais 1% des parasites ont changé leur manteau de surface (variation antigénique) et sont devenus insensibles, provoquant le prochain pic. 
*A la fin, c'est l'hôte qui meurt.
Trypanosom​e Crusi
*Trypanosome américain
*Provoque la maladie de Chagas
*Réside dans les cellules musculaires (permet d'échaper aux défenses de l'hôte)
*Se transmet par déjections des mouches, qui induisent une réaction urticaire sur la peau La personne se gratte jusqu'au sang, faisant entrer le parasite.
*La maladie comporte une phase aigue et une phase chronique, avec troubles cardiaques, digestifs et neurologiques.
Leishmania
*Fièvre noire, fièvre Dum-Dum, Kala-azar
*Provoque la leishmaniose (surtout dangereux dans les formes viscérale)
*Sévit à plein d'endroit dans le monde
*Le chien est le réservoir
*Plein de formes différentes, avec symptomes différents
==Apicomplexa==
Toxoplasme
*Peut se transmettre de multiples façons
*Hôte définitif: le chat (transmission par contact avec ses selles sous une forme ingérée) 
*Il est intracellulaire obligatoire
*Hôtes intermédiaires nombreux, dont l'homme
*Les hôtes intermédiaires peuvent se le transmettre entre eux (transmission horizontale) en mangeant de la viande contaminée contenant des kystes tissulaires
*Les hôtes intermédiaires peuvent le transmetre par le placenta (transmission verticale)
*Phase active: le parasite traverse les entérocyte, passe dans le sang et se dissémine à travers tout le corps, ou il sera capable d'infecter n'importe quelle cellule dans les tissus
*Le système immunitaire développe une réponse, tuant la forme active, mais il restera une forme latente. En cas d'immunosupression, le parasite peut se ré-activer.
*La forme latente dors dans des kystes dans les tissus. Les kystes peuvent contenir plusieurs miliers de parasites
*Pour entrer dans une cellule, le toxoplasme force lui-même le passage (il utilise l'acide sialique pour entrer dans la cellule).
*Grâce à ses organelles d'injection, il va sécréter dans l'hôte diverses protéines kinses qui vont reprogrammer la cellule à son avantage (plus de MHC classe II, plus d'apoptose, etc.)
*Il est motile grâce à des myosines. Il entre dans des vacuoles pour éviter d'être reconnu par la cellule. Les cellules ont tout de même des défenses (GTPase), qui recrutent des molécules pour lyser la vacuole. Mais les parasites ont des protéines pour bloquer cette défense... (évolution, évolution). 
*La toxoplasmose influence le comportement de la souris pour qu'elle se fasse manger par le chat. 
*La pression du système immunitaire le fait entrer en latence (kystes dans le cerveau et muscles). La paroi du kyste résiste aux médicaments et au système immunitaire.
*Il fait des kystes dans le cerveau et les muscles. Il reste durant toute la vie de l'hôte, résistant au traitement et au système immunitaire.
*L'homme est un hôte intermédiaire. Lors d'immunodéficience, le parasite se développe. Lors de grossesse, ça peut être problématique. L'homme n'a pas de problème sauf lors de déficience immunitiare: le parasite traverse l'intestin, la BHE, la barrière de l'oeil et le placenta. Il infecte les monocytes et les cellules dendritiques pour se répandre dans tout l'organisme. 
*Lors d'infeciton congénitale: au début de la grossesse, il y a une phase aiguë d'infection où le parasite peut atteindre le foetus, ce qui peut endomager le foeuts. 
Plasmodium falciparum
*Provoque la malaria (zones tropicale), ou paludisme
* Il y a d'autre plasmodium qui ne font pas la maladia: P.vivax (cycles de crises avec rechutes par latence dans le foie), P.malariae (fièvre bénigne), P.knowelsi (seul zoonose).
*Entre par les moustiques anophèle dans le sang, puis va dans le foie pendant 7jours
*La forme qui ressort du foie est entièrement différente, et va coloniser les globules rouges, avec des cycles de 48h
* Cycle du parasite: injecte les parasites par la salive du moustique, qui vont dans le foie (où le parasite se développe dans les hépatocytes), qui vont être relâchés dans la circulation et vont entrer dans les globules rouges, où ils se développent puis le globule rouge qui éclate et libère le parasite dans les érythrocytes (où les premiers symptômes apparaissent). Il y a aussi des parasites qui sont repris dans les moustiques, où ils vont avoir un cycle pour de nouveau se retrouver dans la salive.
*La morphologie du globule rouge se fera modifier de telle façon qu'il évitera la route du foie et de la rate (il évite la dégradation) via l'insertion de protéines sur la surface, et finit par être séquestré dans des capillaires, formant des bouchons (coeur, rein, poumons, cerveau, muscle, peau, etc.)
*La séquestration des erythrocytes infectés forme une masse avec des plaquettes et des globules rouges sains (rosetting) qui peut faire le neuropaludisme.
*Comme pour les trypanosome brucia, il induit des cycles de fièvre, avec développement de réponse immunitaire qui éradique 99% des parasites, les 1% restants auront modifiés leur protéines de surface (variaiton antigénique).
*90% des décès sont en Afrique, dont 85% sont des enfants de >5ans (système immunitaire peu développé)
*Toujours suspecter la malaria si un patient présente une fièvre de retour de voyage d'un pays endémique
* Présentation clinique (dépend de l'immunité pré-existante qui est en partie perdue si on sort de la zone endémique):
** Symptômes: fièvre, frisson, sudation, fatigue, céphalée, myalgies, toux, dyspnée, nausées, vomissements, diarrhées, urines foncées, confusion.
** Signes: fièvre, tachycardie, tachypnée, pâleur, jaunisse, hépatomégalie, splénomégalie, trouble de l'état de conscience, convulsion, pas d'adénopathie, pas de rash.
*Diagnostic: par frottis sanguin (bien pour distinction des différentes espèces) ou goutte épaisse de sang (meilleure sensibilité) ou détection d'antigène spécifique (test rapide) ou PCR (pas en pratique courante)
**Si diagnostic de plasmodium falciparum, rechercher des critères de gravité (déterminants pour le traitement) - on parle de malaria sévère ou compliquée si >1 critère de gravité et le traitement se fait par voie I.V.
***Un des critères de gravité le plus emblèmatique est le neuropaludisme (15-20% de mortalité, séquelles chez 10% des enfants, rare chez l'adulte), avec prostration (enfant: impossibilité de s'asseoir ou de boire, adulte: faiblesse extrême), troubles de l'état de conscience et /ou convulsions répétées. Ceci est dû à une séquestration des globules rouges infectés car ils présentent des molécules d'adhésion ce qui les colle entre eux et aux parois endothéliales des petits vaisseaux (ce qui peut faire des micro-infarctus).
*** Il peut y avoir une atteinte rétinienne.
*** La détresse respiratoire (oedème pulmonaire par augmentation de la perméabilité des petits vaisseaux)
*** L'anémie sévère
*** Ictère (secondaire à l'hémolyse)
*** Insuffisance rénale aiguë (rare chez enfant)
*** Etat de choc (avec parfois des nécroses périphériques)
*** Hypoglycémie, acidose lactique (dysfonction hépatique)
*** Parasitémie élevée
*Traitement: agissent surtout sur la dégradation de l'hémoglobine pour produire des ROS à ce niveau pour entrainer la mort des parasites.
** Crise non compliquée: en suisse on donne arteméther-liméfantrine (permet d'associer un médicament incisif qui tue la majorité des parasites de courte demi-vie et un médicament de longue demi-vie qui permet de se débarrasser des parasites résiduels)  
** Crise compliquée: on donne artésunate I.V. (mais effet secondaire: hémolyse post-traitement) 
* Prophylaxie: atovaquone/proguanil (malarone) - doxycycline monohydrate, qui n'empêche pas l'infection mais étouffe le passage dans le cycle érythrocytaire (et donc la survenue des symptômes cliniques) et c'est pour ça qu'on doit continuer pendant 4 semaines après retour la prophylaxie (1 semaine suffit pour la malarone qui agit aussi sur le cycle intra-hépatique).  
* La drépanocytose (anémie falciforme) permet de se protéger contre la malaria. Il y a une nouvelle forme d'hémoglobine mutée qui ne fait pas d'anémie falciforme mais qui évite aussi la malaria (sélection). 
==Helminthes==
Ascaridiase
*Infection à ascaris lumbricoides
*Plus de 1 miliards de personnes infectées
*L'homme est le réservoir principal
*Transmission par aliments ou eau contaminée (ingestion des oeufs)
*Période pré-patente longue de 9-11 semaines
*Localisation du ver adulte dans l'intestin grêle
*Durée de vie du ver adulte de 1an
*Taille du ver: 14-40cm
*Ponte de 200'000 oeufs par jour par la femelle (facile à diagnostiquer) - la sensibilité des tests est bonne grâce à cela.
*Periode de maturation indispensable des oeufs dans la terre
*Les oeufs ingerés s'ouvrent dans l'intestin et libèrent la larve, qui migre dans le foie, puis jusqu'au coeur droit et se dissémine dans les capillaires pulmonaires, avant de les traverser et de remonter l'arbre bronchique, jusqu'à se faire ré-avaler et retourner au niveau de l'intestin.
*Les femelles pondent des oeufs qui sont évacués par les selles et qui ne sont pas tout de suite infectants. Ils prennent du temps dans la terre pour que les oeufs deviennent une larve infectante (phase en dehors de l'humain). 
*Présentation clinique:
**phase asymptomatique
**phase de migration (symptomes pulmonaires comme l'asthme et urticaire rare et éosinophilie lors de première exposition)
**phase de ver adulte (symptomes abdominaux: douleur abdominale, de transit, obstruction intestinale, cholangite rare, pancréatite rare, appendicite rare, malnutrition quantitative et qualitative, retard de développement psychomoteur), la sévérité dépend de la charge parasitaire.
*Diagnostic: peu par la clinique, examen des selles (oeufs), et sérologie (pendant la période pré-patente), l'éosinopilie peut aider à se diriger. 
*Traitement simple par une dose de albendazole ou 2x100mg/j pendant 3j mebendazole (se lie à la beta-tubuline et inhibe la polymérisation des microtubules)
*Contrôle: distribution anti-parasitaire 1-2x/an chez les enfants de 1-14ans dans les pays concernés pour diminuer la charge parasitaire pour éviter les symptômes graves. On améliore aussi l'eau et les latrines. 
Strongyloïdose (anguillulose)
*Infection à Strongyloides strerocalis
*100 milions de personnes infectées
*Transmission par contact cutané avec le sol (contaminé par des selles humaines contenant des larves matures)
*Depuis la peau, le ver entre dans la circulation et se retrouve dans les capillaires pulmonaires, remontent la trachée et atteignent l'intestin
*Localisation du ver adulte dans la paroi de l'intestin grêle, ou la femelle va pondre ses oeufs, qui éclosent rapidement dans l'intestin pour faire des larves
*Exception: reproduction chez l'humain (auto-infection)
*Taille du ver adulte: 2.2m
*Présentation clinique: phase asymptomatique, phase de migration larvaire jusque dans les poumons (symptomes cutanés et pulmonaires), phase de ver adulte après avalement et retour dans les intestins (symptomes abdominaux), phase de dissémination ou hyperinfestation incontrôlée (symptomes généraux avec diarrhées, fièvre, insuffisance pulmonaire, spesis bactérien car le parasit lors de ces cycles amène des bactéries avec lui, mortalité 60-90%)
*Diagnostic: la clinique peut orienter: on diagnostic par examen des selles (qui contienent plutot des larves que des oeufs) et sérologie (mais faible sensibilité chez les immunosupprimés)
*Une larve à peine excretée peut persister au niveau de la marge anale et ré-infecter directement l'homme (auto-infection)
*Traitement efficace par Ivermectine (se donne en 2 dose), antibiothérapie large ors de syndrome d'hyperinfestation.