Introduction bactéries

==Les maladies infectieuses==
Les maladies infectieuses sont très nombreuses. ll y a aussi d'autres maladies qui peuvent être dues indirectement à des bactéries et virus (HPV p.ex). 
====Antibiotiques====
Mais attention, il y a aussi des résistances aux antibiotiques. Les antibiotiques ont permis de transformer la médecine (transplantation p.ex). Les résistances antibiotiques (autrement dit les bactéries résistantes) sont transportés par les gens qui voyagent. Ceci cause un problème car on doit trouver des nouveaux médicament qui sont plus forts, mais dont les effets secondaires sont aussi plus forts. 
====Bactériologie====
Seul une petite partie des bactéries sont pathogènes. Il y en a beaucoup et partout. Cet équilibre entre les micro-organismes et nous est nécessaire. 
==== Réservoir ====
Eau, air, nourriture, animal, personne infectée. 
Pathogène endogène: flore normale, opportuniste
Pathogène exogène: micro-organistes normalement pas présents dans le corps humain. 
On a plus 10x plus de bactéries que de cellules. En effet, environ 10% du métabolite dans le sang sont dues aux bactéries. De plus il y a des différences entre les gens dans la flore bactérienne. 
La flore normale est nécessaire pour la digestion (il y en a beaucoup dans le colon). On en a besoin comme protection (compétition) et pour digérer. Finalement les bactéries stimulent le système immunitaire. 
Les antibiotiques affaiblissent la flore bactérienne normale et le clostridium difficile se propage et fait que les patients ont des diarrhées. 
====Infection====
- Colonisation: présence du micro-organisme sans réaction de l'hôte
- Infection: présence de pathogène avec réaction de l'hôte
- Maladie: changement de l'état normal de l'hôte
==== Sites stériles ====
*urine
*articulation
*LCR
*Sang
*Tissus profonds
====Les bactéries====
*Procaryote
*Relativement petits (retenus par filtre à eau)
*N'ont pas de noyau
*N'ont pas d'organelles
*Se divisent rapidement (30min)
*On peut les filtrer
*Possèdent 1 ou 2 chromosomes (souvent circulaires)
*Ont entre 600 et 5'000 gènes
*Ont une paroi rigide (le peptidoglycan)
*Possèdent 1 ou 2 membranes
*On en trouve 10^30 sur terre, 10^14 sur nous (contre 10^13 cellules)
*Peu sont des pathogènes
*Celles qui sont des pathogènes possèdent des facteurs de virulences 
**​protéines de surface ou pili/fimbriae pour adhérer à des surfaces pour pouvoir entrer et adhérer.
**Pour se multiplier il faut s'adapter à la température ou à l'acidité, capter le fer, trouver une niche (p.ex aérobe ou anaérobe)
**Pour échaper au système immunitaire: se rendre invisible, inactiver le complément, changer les antigpnes de surface, inactiver les anticorps, ne pas se laisser manger (ne pas laisser les anticorps se fixer), s'attaquer au système immunitaire
*Ont des pili qui sont longs longs (ou fimbriae - courts) qui peuvent être contractiles et peuvent être exprimés suivant les conditions. Les fimbriae/pili permettent la conjugaison ce qui permet aux bactéries de se rapporcher. Pour adhérer, la cellule injecte ses propres récepteurs dans la cellule, ce qui modifie le cytosquelette de la membrane pour pouvoir rentrer dans la cellule. 
*Ont des flagelles
*Sont aérobes ou anaérobes
*Sont extracellulaires ou intracellulaires (moins accessible pour les antibiotiques et pour le système immunitaire)
*Peuvent être opportunistes: ils sont toujours présents et peuvent faire une maladie lors d'une faiblesse de l'hôte. 
*Peuvent echanger leur ADN par conjugaison (transfert par contact direct), transduction (transfert par erreur par un phage) ou transformation (incorporation d'un ADN de l'environnement - certaines bactéries sont compétentes pour capturer l'ADN). Ainsi, leur génome est très variable. 
*Peuvent nour rendre malade (réaction inflammatoire en réponse à des PAMPs, production de toxines, entrée dans les cellules et destruction cellulaire. 
====Exemple de bactérie====
* Listeria: Bactéries de l'environnemnet, pousse très bien à faible température, très dangereuse pour les femmes enceintes et les personnes immunosupprimées.
* Borrelia: Pathogène de la maladie de Lyme, transmis par les tiques
* Escherichia Coli: Différentes souches peuvent faire des pyélonéphrites et cystites.
== Enveloppes bactériennes ==
Les bactéries sont des procaryotes: 10-20μm. Elles ont une enveloppe.
L'enveloppe de la cellule est très importante: C'est la première structure vue par le système immunitaire. Elle peut être adhérente (pili, protéines de surface) et mobile (flagelle). Elle peut avoir une capsule. 
Le mimétisme moléculaire leur permet d'échaper au système immunitaire de l'hôte. 
L'enveloppe permet une perméabilité (nutrition) et protection (contre des toxines et notamment antibiotiques)
Finalement l'enveloppe permet d'identifier et classifier les bactéries. 
==== Enveloppe ====
*toutes les bactéries ont une première membrane bi-lipidique
*en-dessus se trouve une couche de peptidoglycan formant la paroi, épaisse chez les Gram+, fine chez les Gram-
*en-dessus se trouve seulement chez les Gram- une seconde membrane bi-lipidique, avec le LPS
*en-dessus peut se trouver de manière facultative une capsule (de sucres généralement)
*l'enveloppe a proprement parler comprend la paroi, la seconde couche et la capsule. Mais pas la première couche
==== Membranes bi-lipidiques bactériennes ====
*toujours présente
*bi-couche de phospholipides
*mais pas de cholesterol
*contient des protéines de transports, canaux, etc.
*point d'ancrage pour les pili ou flagelle
==== Parois Gram+ ====
*Paroi plus épaisse que les Gram-
*Elle est formée par le Peptidoglycan (peptides et sucres) avec des acides lipoteichoid ou techiod. 
*Le Peptidoglycan est une chaine de NAG et de NAM liés par des ponts peptidiques. Ceci donne la structure de la cellule.
*Le Peptidoglycan des Gram+ contient du LTA
*Les ponts peptidiques (tentrapeptides, pentapeptides) peuvent se faire casser par la Lysozyme (on en a dans la salive)
*A la surface du peptidoglycan se trouvent des protéines de surfaces
*Les structures sont synthétisées dans le cytosol, transportées par un transporteur spécifique, puis assemblées dans la paroi
*Deux enzymes sont responsables de ces mecanismes (assembler la paroi): la glycosidase pour ouvrir la paroi, et la transpeptidase pour former les liens après l'insertion
==== Paroi des Gram- ====
*Paroi peptidoglycan plus fine que les Gram+
*Membrane externe avec le LPS
*Il y a des porines pour laisser passer les sucres (pour la nutrition)
*La membrane externe avec phospholipidiques modifiés protège des acides biliaires et des antibiotiques hydrophobes
*La membrane externe contient des porines qui laissent passer les nutriments, ainsi que des transporteurs spécifiques pour les plus grosses molécules
*entre les membranes interne et externe se trouve l'espace periplasmique qui contient des enzymes (lipase, proteases, etc. et aussi la β-lactamase)
*Très faible perméabilité aux molécules hydrophobes.
====LPS====
*seulement chez les bactéries Gram-
*Composé de trois parties
**'Lipide A' (endotoxine) - permet d'ancrer le LPS dans la membrane extérieure.
**Inner et Outer Core
**O-side chain (structure antigénique)
*La O-side chain est l'antigène que l'on reconnait. Il est variable.
*Le Lipide A est reconnu par TLR4. Il est impliqué dans le choc septique. 
====Capsule====
*La capsule est facultative
*Elle est épaisse, visqueuse en général constituée de polysaccharides (antigène K), parfois d'acides aminés
*Elle permet d'éviter la phagocytose. Elle peut aussi faire un mimétisme moléculaire et proétger contre le complément (camouflage). 
*Le type B de N.Meningitidis est non-immunogène (mêmes sucres que dans le cerveau)
==== Pili (ou fimbriae) ====
*Pili ou fimbriae: pour attachemet
**Filaments de monomères de Pilin
**Antigénique
**Il y en a 10-100/cellule
**Avec au bout une adhesin
**Permet d'établir le contact avec la cellule
*F pili : Pili sexuel (plus long) pour transmettre l'information génétique à une autre bactérie (1-10/cellule). Permet la conjugaison.
*(N.meningitidis: pili de type IV)
==== Flagelle (antigène H) ====
*Filaments de monomeres de flagellin
*Structure antigène
*Permet la motilité
*Permet le chemotaxisme
*Peut être simple, ou multiple
*Peut être polaire (du même coté) ou péritriche (tout autour)
*Reconnu par TLR5
==== Structures antigeniques ====
*Antigène H : flagelle
*Antigène O: sur le LPS
*Antigène K: capsule
*Vu qu'il existe différentes versions dans les antigènes, on les précises dans la nommenclature (E.coli O157:H12)
==== Structures induisant une réponse immune ====
*Le LTA et TA  des bactéries Gram+ : Opsonisation (anticorps) et TLR2
*LPS : TLR4
*Flagelle: TLR5
==== Echapper au système immunitaire ====
* La protéine A du staphylocoque neutralise les AC en se liant à leur région Fc
*Le LPS empêche le déploiement de la MAC
*L'Acide Sialique (de l'hôte) ajouté sur le LOS des Neisseria Meningitidis empêche sa reconaissance
==== Mimétisme moléculaire (Mimicry) ====
*Le camouflage implique que la structure de la bactérie soit la même qu'une structure humaine, ce qui fait qu'elle ne se fait pas détecter (comme l'acide sialique sur la capsule de Nesseria Meningiditis qui est le même que sur les cellules neuronales. On peut pas faire de vaccin contre le type B qui est celui qui a l'acide sialique)
*La ressemblance implique que la structure de la bactérie soit presque la même qu'une structure humaine. Elle se fait détecter et induit une réponse, mais la réponse détruit aussi les composés humains qui lui ressemblent (comme certaines protéines M de streptococcus pyogenes qui ressemblent à la myosine cardiaque). 
==== Antibiotiques ====
*Les enveloppes cellulaires (Gram - surtout) ont une faible perméabilité aux molécules hydrophobes
*Les petites molécules hydrophiles (taille des sucres, acides aminés) peuvent entrer, via les porines (gram -) 
*Les parois sont des cibles d'antibiotiques (le β-lactame inhibe la transpeptidase qui fait la synthèse de peptidoglycans)
*La bactérie peut développer des résistances (sécrétion de β-lactamase - dégrade les pénicillines, pompes à efflux - rejette l'antibiotique à la surface, peut inhiber la porine - empêhce l'antibiotique d'entrer dans les gram -)
*Glycopeptides: inhibe l'élongation du peptidoglycan
====Spores====
*Cellule en veille (enveloppe + une copie des chromosomes)
*Très résistants à l'environnement
*Dissémination très efficace
==== Nommenclature ====
*Binomiale (genre-espece): Escherichia-Coli 
*Selon la morphologie: Staphyloccoque Doré
*Selon la maladie: Myobacterium Tuberculosis, Vibrio Cholerae
*Selon le scientifique: Theodor Escherich
==== Coloration de Gram ====
*On colore au violet gentiante
*On fixe par le lugol (fixe le colorant)
*On décolore à l'acétone/alcool
*On re-colore à la fuschine
*Une bactérie Gram+ aura fixé le violet gentiane sur son peptidoglycan, restant de cette couleur (Gram + est bleu-violet)
*Une bactérie Gram- aura décoloré à l'acétone, et sera colorée en rose par la fuschine (Gram - est rose)
==== Formes ====
*Coques: des sphères, comme des grappes de raisins
*Bacilles: des batônnets
*Spiralées (spirochètes): en spirales
*La forme n'indique en rien le fait d'être Gram+ ou Gram-
*Il existe d'autres colorations que la coloration Gram: la coloration orange citrine (plus sensible et moins spécifique => intercalé dans l'ADN et fluorescent), Ziehl-Nissen pour les mycobactéries (tuberculose). 
==== Identification au labo ====
*Prélèvements sites stériles (sang, LCR) ou non (frottis gorge, sputum , plaies, selles)
*Problème: distinguer la flore du pathogène
*30min-8h: Examen direct du spectum ou autre (coloration, sérologie, PCR)
*18-24h: Isolement (culture - pour les streptocoques, on regarde avec la gélose au sang leur capacité d'hémolyse)
*<24h: Tests biochimiques (agglutination, catalase, spectrométrie d'une colonie)
*<30h: antibiogramme (savoir si la souche est susceptible, résistante ou intermédiaire à un antibiotique) 
==== Classification simplifiée ====
class sim.jpg|classification simplifiée