Virologie clinique

==== Introduction ====
*pas de test diagnostic général pour les virus
*en general la présence de symptomes coïncide avec le pic de charge virale
*on peut aussi avoir l’utilisation de la sérologie pour détecter la présence de virus
==== Infections ====
*Infection aigues résolutives
*Infections suivies d’une latence
*Infections chroniques
==== Différencier latence biologique et latence clinique ====
*Une infection peut être silencieuse
*Un virus peut se répliquer sans signes cliniques
==== Infection Respiratoires les plus fréquentes ====
*Rhinovirus
*Grippe
*RSV
*plein d’autres
*causent souvent des maladies des voies respiratoires supérieures
*d’autres ont des symptômes plus élargis
*ils sont une telle variabilité qu'on arrive pas à s'en protéger définitivement
==VIH==
Un patient n'arrive pas avec le diagnostic dans les mains
*les signes sont par exemple fièvre, éruption, adénopathie
*les tests labos ne sont pas très spécifiques (lymphopénies,...)
*plein de Diagnsotics possibles au début, la clinique ne suffit pas
*En début d'infection, certains tests ne détectent encore rien (VIH), cela correspond souvent à la période ou les personnes sont très contagieuses
Western Blot
*test au VIH
*test très spécifique
*permet de détecter les faux positifs
*rassure les gens qui auraient pu croire être infectés
Sida
*en dessous de 200 CD4, seuil d'apparition de beaucoup d'infections opportunistes
*candidose oropharyngé
*pneumocystose
*etc
*a la fin des années 90, arrivée des trithérapies. les décès ont drastiquement chuté
*suivant les antiviraux exposés en patients, différentes quasi-espèces apparaissent
*avec une trithérapie, on s'attend à éliminer le virus en 4semaines à 4mois. Les patients deveiennent non infectieux
*Effets secondaires de la trithérapie, comme la lipodystrophie (accumulation de graisse)
==Rougelole==
Clinique
*Jeune étudiant exposé à d'autres étudiants atteints
*la rougeole est encore un problème. Pas mal de gens ne sont pas vaccinnés
*Le virus est extrêmement infectieux
Diagnostic Rougeole
*peut être fait très précocément
*evolution classique d'infectin virale évolutive (virus detectable, puis Igm, puis IgG)
==Dengue==
Clinique
*fièvre, céphalées, adénopathie, thrombopénie, hépatite, myalgie
*patient qui rentre d'asie
*l'histoire des patients est très importante pour le diagnostic (exposition, activité sexuelle, etc.)
==EBV==
clinique
*etat fébrile, pharyngite, rash
*lymphocytes ...
sérologie EBV
*première vague d'anticorps lors de l'infection aigue
*deuxième vague après 3mois, d'autres anticorps
==HSV-1==
clinique
*primo-infection associée à des aphtes
*présence de boutons de fièvres associée à la réactivation
cas
*homme de 34 ans, retrouvé "bizarre" par sa compagne
*aphasique, pas de méningite, peu fébrile
*Examens: leucocytose, peu de protéines
*On détecte le HSV-1
*atteinte nerveuse du virus, destructives
*en général une méningite se traite avec des antibiotiques immédiatement
*une encéphalite se traite avec acyclovir immédiatement
*le diagnostic se fait après...
==Varicelle==
clinique
*lésion disséminée sur l'ensemble du corps: lésion primaire
*zona: réactivation
==CMV==
clinique
*deux patients avec déficit immunitaire
*réactivation de CMV, seulement si déficit
*chez l'un c'est un transplanté (atteinte plutot disseminée)
*chez l'autre c'est un HIV (atteinte plutot occulaire)
==Hépatites virales==
clinique
*toxicomane, 26 ans, baisse de l'état général
*ALAT suggérant une hépatite
*4 tests pour exclure une hépatite virale
*IgM hépatite A 
*AgHbs hépatite B
*ARN HCV
*IgM hépatite E
== Ebola ==
* Découvert en 1977
* Il y avait <2500cas jusqu'en 2013. 
* C'est un filovirus, ebolavirus. Il y a différents variants: les Zaïre ebolavirus, qui sont divisés et c'est le Makona qui nous concerne actuellement. 
* C'est un virus ARN- simple brin de très grande taille (mais petite région codante)
* Il s'attache sur la cellule (via une GP, mais les récepteurs cellules sont mal connus), entre par endocytose (macropinocytose). 
* La période d'incubation est de 2-21j (moyenne de 4-9j). La cible principale de virus: cellules dendritiques, macrophages et monocytes. Le virus est donc capable de se disséminer avec virémie prolongée. 
* Il y a aussi atteinte des hépatocytes, les cellules endothéliales, les fibroblaste et cellules épithéliales (tropisme large)
* La réplication est très importante avec des virémies très importantes
* C'est un virus à très haute biosécurité (4)
* Atteinte du foie, gastrointestinale (diarrhées profuses qui sont un vecteur de transmission), peau, rein. 
* La gylcoprotéine du virus: elle est exprimée sous différentes formes (bégayage de la polymérase). Il y a une forme soluble, entière (qu'on retrouve à la surface du virus = protéine de structure principale) ou plus petite. Elle est glycosylée (important pour la pathogénicité et rendre difficile l'accès des anticorps à la surface). C'est le site récepteur du virus. C'est la cible principale de la réponse immune. Elle permet d'inactiver les neutrophiles et d'activer les cellules endothéliales et a un effet cytotoxique pour les cellules endothéliales humaines. 
* Forme tronquée
* La forme soluble: est produite en excès et pourrait agir comme leurre (neutraliser les anticorps). Elle a aussi une cytotoxicité. Elle permet aussi d'échapper à la réponse immune. 
* Il y a aussi plein de protéines virals qui échappent à la réponse immune VP35, VP30-40, VP24 qui inhibent à différents niveaux la cascade de l'interféron. 
* Ces virus dysrégulent la réponse immune mais y échappent aussi
* La maladie: 
** Fièvre, faiblesse, odynopahgie, dysphagie
** Diarrhée, nausée vomissements 
** Douleur, arthralgie, myalgie, rash
** Saignement peu fréquents
** => peu spécifiques
* Deshydratation, CIVD peu fréquent, leucopénie et thrombopénie, atteinte hépatique et rénale (cause principale de décès)
* Transmis par les fluides (en très grande quantité dans les fluides). Transmission par contact avec les fluides. 
* Il y a des sanctuaires et on arrive à cultiver du virus dans le sperme plusieurs semaines après le guérison
* Réservoir: chauves souris frugivores probablement et infection des grands singes normalement (on a peur de l'extinction de populations de gorilles)
* Il y a eu une fois/deux fois le passage du monde animal au monde humain, mais maintenant c'est un passage d'homme à homme.
* Plus de 25'000 personnes infectées et plus de 10'000 décès. La transmission est d'humain à humain. 
* Le virus: ancêtre commun avec des virus qui ont fait des épidémies par le passé. Il y a eu adaptation à l'homme grâce à l'évolution dans son réservoir naturel. On est chaque jours exposé à des virus animaux, mais il y a normalement une barrière inter espèce. 
* Il y a eu une autre épidémie en juillet 2014 en réplublique démocratique du Congo qui était comme les autres fois avec auto-limitation. C'était un variant Kikwit qui a quand même 4% de différence avec le Makona. 
* Epidémiologie: les hopitaux étaient désertés, on a installé des camps avec des endroits protégés (en particulier par MSF). Il y a beaucoup d'argent qui a été injecté dans ses pays. Il y a près de 400 soignants qui ont été infectés avec plus de la moitié qui sont décédés. On a donc du mettre des combinaisons particulières. 
* La mortalité est d'un peu près 58%, très élevée, corrélation très claire avec la charge virale. 
* Séquelles des survivants: polyarthralgie +++, myalgie, uvétie/irite (atteinte oculaire avec parfois atteinte de la rétine - cécité si on n'intervient pas immédiatement), douleur abdominale, fatigue, anorexie, perte de cheveux, prurit, desquamation de la peau, susceptibilité aux inefctions, myopéricardite. 
* Conséquences: orpheline, rejet social des patients qui réintègrent leur communauté. 
* Patient ébola au HUG: on fait aussi les tests malaria, dengue, et HIV, ainsi que malaria rtPCR. La seule façon de faire le diagnostic Ebola nécessite une PCR ! On lui a mis une voie veineuse centrale pour protéger le personnel et pas pour soigner les gens. On donne un ZMAb (cocktail d'Anticorps). On fait presque tous les tests dans la chambre. On a donné des médicaments non testés sur l'homme (expérimental). Il y a eu production intense d'IgG. On a détecté les traces d'ARN dans les différents fluides, et le sang était négative bien avant les selles et urines. Le virus a été séquencé et est identique en décembre à celui de juin. Donc il y a des contraintes du virus qui lui empêche une grande variabilité. 
* ZMAb: anticorps pour neutraliser le virus. 
* Vaccin: développer un vaccin était la seule solution. Ceci prend normalement 10ans. Là, on a fait la chose beaucoup plus rapidement. C'est un vaccin recomninant vivant atténué entre un virus animal (VSV) avec la GP Ebola à la surface. Il y a un risque potentiel de reproduire la maladie et de plus le VSV est un virus animal uniquement en Amérique du Nord, on ne veut pas que les animaux en Europe soient infectés. 
* La réponse immune est bonne et induit des anticorps neutralisants.
* Virus vivant atténué: il y a des douleurs articulaires chez 20% des personnes vaccinées. 
* Il a des effets secondaires mais on propose ce vaccin sur place.