การบริหารการจราจรแยกอาจณรงค์ทำได้แย่มาก โดยเฉพาะช่วงที่มีรถออกจากท่าเรือ รถบรรทุกมาจอดขวางการจราจร ทำให้ถึงแม้ว่าเป็นไฟเขียวก็ไม่สามารถผ่านได้