Program: 69211
Project: 69211
Buggy source:
@Override public void endElement(String uri,String localName,String qName) throws SAXException {
  if (qName.equals("String_Node_Str")) {
    in_header=false;
  }
 else   if (qName.equals("String_Node_Str")) {
    software_lists.add(curr_software_list);
    softwares_list_cnt++;
    in_softwares_list=false;
  }
 else   if (qName.equals("String_Node_Str")) {
    curr_software_list.add(curr_software);
    softwares_cnt++;
    in_software=false;
    handler.setProgress(String.format(Messages.getString("String_Node_Str"),softwares_cnt,roms_cnt));
    if (handler.isCancel())     throw new BreakException();
  }
 else   if (qName.equals("String_Node_Str") || qName.equals("String_Node_Str")) {
    machines.add(curr_machine);
    machines_cnt++;
    in_machine=false;
    handler.setProgress(String.format(Messages.getString("String_Node_Str"),machines_cnt,roms_cnt));
    if (handler.isCancel())     throw new BreakException();
  }
 else   if (qName.equals("String_Node_Str")) {
    (in_machine ? curr_machine : curr_software).roms.add(curr_rom);
    roms_cnt++;
    if (curr_rom.crc != null) {
      Rom old_rom=roms_bycrc.put(curr_rom.crc,curr_rom);
      if (old_rom != null) {
        if (old_rom.sha1 != null && curr_rom.sha1 != null)         if (!old_rom.equals(curr_rom))         suspicious_crc.add(curr_rom.crc);
        if (old_rom.md5 != null && curr_rom.md5 != null)         if (!old_rom.equals(curr_rom))         suspicious_crc.add(curr_rom.crc);
      }
    }
  }
 else   if (qName.equals("String_Node_Str")) {
    (in_machine ? curr_machine : curr_software).disks.add(curr_disk);
    disks_cnt++;
  }
 else   if (qName.equals("String_Node_Str") && (in_machine || in_software || in_softwares_list)) {
    in_description=false;
  }
}

Fixed version (ground truth):
@Override public void endElement(String uri,String localName,String qName) throws SAXException {
  if (qName.equals("String_Node_Str")) {
    in_header=false;
  }
 else   if (qName.equals("String_Node_Str")) {
    software_lists.add(curr_software_list);
    softwares_list_cnt++;
    in_softwares_list=false;
  }
 else   if (qName.equals("String_Node_Str")) {
    curr_software_list.add(curr_software);
    softwares_cnt++;
    in_software=false;
    handler.setProgress(String.format(Messages.getString("String_Node_Str"),softwares_cnt,roms_cnt));
    if (handler.isCancel())     throw new BreakException();
  }
 else   if (qName.equals("String_Node_Str") || qName.equals("String_Node_Str")) {
    machines.add(curr_machine);
    machines_cnt++;
    in_machine=false;
    handler.setProgress(String.format(Messages.getString("String_Node_Str"),machines_cnt,roms_cnt));
    if (handler.isCancel())     throw new BreakException();
  }
 else   if (qName.equals("String_Node_Str")) {
    if (curr_rom.getName() != null) {
      (in_machine ? curr_machine : curr_software).roms.add(curr_rom);
      roms_cnt++;
      if (curr_rom.crc != null) {
        Rom old_rom=roms_bycrc.put(curr_rom.crc,curr_rom);
        if (old_rom != null) {
          if (old_rom.sha1 != null && curr_rom.sha1 != null)           if (!old_rom.equals(curr_rom))           suspicious_crc.add(curr_rom.crc);
          if (old_rom.md5 != null && curr_rom.md5 != null)           if (!old_rom.equals(curr_rom))           suspicious_crc.add(curr_rom.crc);
        }
      }
    }
  }
 else   if (qName.equals("String_Node_Str")) {
    if (curr_disk.getName() != null) {
      (in_machine ? curr_machine : curr_software).disks.add(curr_disk);
      disks_cnt++;
    }
  }
 else   if (qName.equals("String_Node_Str") && (in_machine || in_software || in_softwares_list)) {
    in_description=false;
  }
}