Program: 20171
Project: 20171
Buggy source:
public int run(String[] args){
  CommandLineParser parser=new PosixParser();
  CommandLine cmd=null;
  ClusterONEAlgorithmParameters params=new ClusterONEAlgorithmParameters();
  try {
    cmd=parser.parse(this.options,args);
    if (cmd.hasOption("String_Node_Str"))     params.setMinSize(Integer.parseInt(cmd.getOptionValue("String_Node_Str")));
    if (cmd.hasOption("String_Node_Str"))     params.setMinDensity(Double.parseDouble(cmd.getOptionValue("String_Node_Str")));
    if (cmd.hasOption("String_Node_Str"))     params.setMergingMethod("String_Node_Str");
    if (cmd.hasOption("String_Node_Str"))     params.setOverlapThreshold(Double.parseDouble(cmd.getOptionValue("String_Node_Str")));
    if (cmd.hasOption("String_Node_Str"))     params.setOverlapThreshold(Double.parseDouble(cmd.getOptionValue("String_Node_Str")));
    if (cmd.hasOption("String_Node_Str"))     params.setSeedGenerator(cmd.getOptionValue("String_Node_Str").toString());
  }
 catch (  ParseException ex) {
    System.err.println("String_Node_Str" + ex.getMessage());
    return 1;
  }
catch (  InstantiationException ex) {
    System.err.println("String_Node_Str" + cmd.getOptionValue("String_Node_Str").toString());
    ex.printStackTrace();
    return 2;
  }
  if (cmd.getArgList().size() == 0 || cmd.hasOption('h')) {
    usage();
    return 0;
  }
  if (cmd.getArgList().size() > 1) {
    System.err.println("String_Node_Str");
    return 2;
  }
  Graph graph=null;
  try {
    graph=loadGraph(cmd.getArgs()[0]);
  }
 catch (  IOException ex) {
    System.err.println("String_Node_Str" + ex.getMessage());
    return 3;
  }
  System.err.println("String_Node_Str" + graph.getNodeCount() + "String_Node_Str"+ graph.getEdgeCount()+ "String_Node_Str");
  ClusterONE algorithm=new ClusterONE(params);
  algorithm.setTaskMonitor(new ConsoleTaskMonitor());
  algorithm.runOnGraph(graph);
  System.err.println("String_Node_Str" + algorithm.getResults().size() + "String_Node_Str");
  for (  NodeSet nodeSet : algorithm.getResults()) {
    System.out.println(nodeSet);
  }
  return 0;
}

Fixed version (ground truth):
public int run(String[] args){
  CommandLineParser parser=new PosixParser();
  CommandLine cmd=null;
  ClusterONEAlgorithmParameters params=new ClusterONEAlgorithmParameters();
  try {
    cmd=parser.parse(this.options,args);
    if (cmd.hasOption("String_Node_Str"))     params.setMinSize(Integer.parseInt(cmd.getOptionValue("String_Node_Str")));
    if (cmd.hasOption("String_Node_Str"))     params.setMinDensity(Double.parseDouble(cmd.getOptionValue("String_Node_Str")));
    if (cmd.hasOption("String_Node_Str"))     params.setMergingMethod("String_Node_Str");
    if (cmd.hasOption("String_Node_Str"))     params.setHaircutThreshold(Double.parseDouble(cmd.getOptionValue("String_Node_Str")));
    if (cmd.hasOption("String_Node_Str"))     params.setOverlapThreshold(Double.parseDouble(cmd.getOptionValue("String_Node_Str")));
    if (cmd.hasOption("String_Node_Str"))     params.setSeedGenerator(cmd.getOptionValue("String_Node_Str").toString());
  }
 catch (  ParseException ex) {
    System.err.println("String_Node_Str" + ex.getMessage());
    return 1;
  }
catch (  InstantiationException ex) {
    System.err.println("String_Node_Str" + cmd.getOptionValue("String_Node_Str").toString());
    ex.printStackTrace();
    return 2;
  }
  if (cmd.getArgList().size() == 0 || cmd.hasOption('h')) {
    usage();
    return 0;
  }
  if (cmd.getArgList().size() > 1) {
    System.err.println("String_Node_Str");
    return 2;
  }
  Graph graph=null;
  try {
    graph=loadGraph(cmd.getArgs()[0]);
  }
 catch (  IOException ex) {
    System.err.println("String_Node_Str" + ex.getMessage());
    return 3;
  }
  System.err.println("String_Node_Str" + graph.getNodeCount() + "String_Node_Str"+ graph.getEdgeCount()+ "String_Node_Str");
  ClusterONE algorithm=new ClusterONE(params);
  algorithm.setTaskMonitor(new ConsoleTaskMonitor());
  algorithm.runOnGraph(graph);
  System.err.println("String_Node_Str" + algorithm.getResults().size() + "String_Node_Str");
  for (  NodeSet nodeSet : algorithm.getResults()) {
    System.out.println(nodeSet);
  }
  return 0;
}