Program: 18990
Project: 18990
Buggy source:
@Override public boolean execute(Plugin plugin,CommandSender sender,String[] args){
  SMSMenu menu=SMSMenu.getMenu(args[0]);
  menu.ensureAllowedToModify(sender);
  int pos=0;
  if (args[1].startsWith("String_Node_Str")) {
    try {
      pos=Integer.parseInt(args[1].substring(1));
    }
 catch (    NumberFormatException e) {
      throw new SMSException(e.getMessage() + "String_Node_Str");
    }
  }
 else {
    pos=menu.indexOfItem(args[1]);
  }
  SMSMenuItem currentItem=menu.getItemAt(pos,true);
  String label=hasOption("String_Node_Str") ? MiscUtil.parseColourSpec(getStringOption("String_Node_Str")) : currentItem.getLabel();
  String command=hasOption("String_Node_Str") ? getStringOption("String_Node_Str") : currentItem.getCommand();
  String message=hasOption("String_Node_Str") ? MiscUtil.parseColourSpec(getStringOption("String_Node_Str")) : currentItem.getMessage();
  String iconMat=hasOption("String_Node_Str") ? getStringOption("String_Node_Str") : currentItem.getIconMaterial().toString();
  List<String> lore=currentItem.getLoreAsList();
  if (hasOption("String_Node_Str")) {
    String l=getStringOption("String_Node_Str");
    String l1;
    if (l.startsWith("String_Node_Str") && l.length() > 1) {
      l1=l.substring(1);
    }
 else {
      lore.clear();
      l1=l;
    }
    if (!l1.isEmpty()) {
      for (      String s : l1.split("String_Node_Str")) {
        lore.add(s);
      }
    }
  }
  if (!command.isEmpty() && sender instanceof Player && !new CommandParser().verifyCreationPerms((Player)sender,command)) {
    throw new SMSException("String_Node_Str");
  }
  SMSMenuItem newItem=new SMSMenuItem(menu,label,command,message,iconMat,lore.toArray(new String[lore.size()]));
  newItem.setUseLimits(currentItem.getUseLimits());
  if (hasOption("String_Node_Str")) {
    int newPos=getIntOption("String_Node_Str");
    if (newPos < 1 || newPos > menu.getItemCount()) {
      throw new SMSException("String_Node_Str" + newPos);
    }
    menu.removeItem(pos);
    menu.insertItem(newPos,newItem);
    MiscUtil.statusMessage(sender,"String_Node_Str" + label + "String_Node_Str"+ menu.getName()+ "String_Node_Str"+ newPos);
  }
 else {
    menu.replaceItem(pos,newItem);
    MiscUtil.statusMessage(sender,"String_Node_Str" + label + "String_Node_Str"+ menu.getName()+ "String_Node_Str"+ pos);
  }
  menu.notifyObservers(SMSMenuAction.REPAINT);
  return true;
}

Fixed version (ground truth):
@Override public boolean execute(Plugin plugin,CommandSender sender,String[] args){
  SMSMenu menu=getMenu(sender,args[0]);
  menu.ensureAllowedToModify(sender);
  int pos=0;
  if (args[1].startsWith("String_Node_Str")) {
    try {
      pos=Integer.parseInt(args[1].substring(1));
    }
 catch (    NumberFormatException e) {
      throw new SMSException(e.getMessage() + "String_Node_Str");
    }
  }
 else {
    pos=menu.indexOfItem(args[1]);
  }
  SMSMenuItem currentItem=menu.getItemAt(pos,true);
  String label=hasOption("String_Node_Str") ? MiscUtil.parseColourSpec(getStringOption("String_Node_Str")) : currentItem.getLabel();
  String command=hasOption("String_Node_Str") ? getStringOption("String_Node_Str") : currentItem.getCommand();
  String message=hasOption("String_Node_Str") ? MiscUtil.parseColourSpec(getStringOption("String_Node_Str")) : currentItem.getMessage();
  String iconMat=hasOption("String_Node_Str") ? getStringOption("String_Node_Str") : currentItem.getIconMaterial().toString();
  List<String> lore=currentItem.getLoreAsList();
  if (hasOption("String_Node_Str")) {
    String l=getStringOption("String_Node_Str");
    String l1;
    if (l.startsWith("String_Node_Str") && l.length() > 1) {
      l1=l.substring(1);
    }
 else {
      lore.clear();
      l1=l;
    }
    if (!l1.isEmpty()) {
      for (      String s : l1.split("String_Node_Str")) {
        lore.add(s);
      }
    }
  }
  if (!command.isEmpty() && sender instanceof Player && !new CommandParser().verifyCreationPerms((Player)sender,command)) {
    throw new SMSException("String_Node_Str");
  }
  SMSMenuItem newItem=new SMSMenuItem(menu,label,command,message,iconMat,lore.toArray(new String[lore.size()]));
  newItem.setUseLimits(currentItem.getUseLimits());
  if (hasOption("String_Node_Str")) {
    int newPos=getIntOption("String_Node_Str");
    if (newPos < 1 || newPos > menu.getItemCount()) {
      throw new SMSException("String_Node_Str" + newPos);
    }
    menu.removeItem(pos);
    menu.insertItem(newPos,newItem);
    MiscUtil.statusMessage(sender,"String_Node_Str" + label + "String_Node_Str"+ menu.getName()+ "String_Node_Str"+ newPos);
  }
 else {
    menu.replaceItem(pos,newItem);
    MiscUtil.statusMessage(sender,"String_Node_Str" + label + "String_Node_Str"+ menu.getName()+ "String_Node_Str"+ pos);
  }
  menu.notifyObservers(SMSMenuAction.REPAINT);
  return true;
}