Program: 13739
Project: 13739
Buggy source:
protected boolean parseArguments(String[] args,Configuration halvadeConf) throws ParseException {
  createOptions();
  CommandLineParser parser=new GnuParser();
  CommandLine line=parser.parse(options,args);
  in=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  out=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  ref=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  sites=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  halvadeBinaries=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  hdfsSites=sites.split("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    rnaPipeline=true;
    if (line.hasOption("String_Node_Str"))     STARGenome=line.getOptionValue("String_Node_Str");
 else     throw new ParseException("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   tmpDir=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   localRefDir=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   nodes=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   vcores=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   vcores*=2;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   useSharedMemory=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   mem=Double.parseDouble(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    setMapContainers=false;
    mapsPerContainer=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    setReduceContainers=false;
    reducersPerContainer=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   stand_call_conf=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   stand_emit_conf=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   reportAll=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   keepFiles=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   paired=false;
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    justAlign=true;
    combineVcf=false;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   reuseJVM=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   aln=false;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   java=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   exomeBedFile=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    dryRun=true;
    combineVcf=false;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   keepChrSplitPairs=false;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   coverage=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    justCombine=true;
    combineVcf=true;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   useBedTools=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   useGenotyper=false;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   useIPrep=false;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   RGID=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   RGLB=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   RGPL=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   RGPU=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   RGSM=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   chr=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    Properties props=line.getOptionProperties("String_Node_Str");
    Enumeration names=props.propertyNames();
    while (names.hasMoreElements()) {
      String name=(String)names.nextElement();
      addCustomArguments(halvadeConf,name,props.getProperty(name));
    }
  }
  return true;
}

Fixed version (ground truth):
protected boolean parseArguments(String[] args,Configuration halvadeConf) throws ParseException {
  createOptions();
  CommandLineParser parser=new GnuParser();
  CommandLine line=parser.parse(options,args);
  in=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  out=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  ref=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  sites=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  halvadeBinaries=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  hdfsSites=sites.split("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    rnaPipeline=true;
    if (line.hasOption("String_Node_Str"))     STARGenome=line.getOptionValue("String_Node_Str");
 else     throw new ParseException("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   tmpDir=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   localRefDir=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   nodes=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   vcores=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   vcores*=2;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   useSharedMemory=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   mem=Double.parseDouble(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    setMapContainers=false;
    mapsPerContainer=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    setReduceContainers=false;
    reducersPerContainer=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   stand_call_conf=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   stand_emit_conf=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   reportAll=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   keepFiles=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   paired=false;
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    justAlign=true;
    combineVcf=false;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   reuseJVM=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   aln=false;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   java=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   exomeBedFile=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    dryRun=true;
    combineVcf=false;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   keepChrSplitPairs=false;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   coverage=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    justCombine=true;
    combineVcf=true;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   useBedTools=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   useGenotyper=false;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   useBamInput=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   useIPrep=false;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   RGID=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   RGLB=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   RGPL=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   RGPU=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   RGSM=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   chr=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    Properties props=line.getOptionProperties("String_Node_Str");
    Enumeration names=props.propertyNames();
    while (names.hasMoreElements()) {
      String name=(String)names.nextElement();
      addCustomArguments(halvadeConf,name,props.getProperty(name));
    }
  }
  return true;
}