Program: 13740
Project: 13740
Buggy source:
protected void createOptions(){
  Option optIn=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().isRequired(true).withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optOut=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().isRequired(true).withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optBin=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().isRequired(true).withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optRef=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().isRequired(true).withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optNodes=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().isRequired(true).withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optVcores=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().isRequired(true).withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optMem=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().isRequired(true).withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optSites=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().isRequired(true).withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optStarGenome=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optTmp=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optrefdir=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optJava=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optID=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optLB=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optPL=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optPU=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optSM=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optCov=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optScc=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optSec=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optChr=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str" + "String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optEx=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optMpn=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optRpn=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optCustomArgs=OptionBuilder.withLongOpt("String_Node_Str").withArgName("String_Node_Str").hasArgs(2).withValueSeparator().withDescription("String_Node_Str" + "String_Node_Str" + getProgramNames()).create("String_Node_Str");
  Option optSingle=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optBmem=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optCombine=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optPp=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optBed=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optJVM=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optJustAlign=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optSmt=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optKeep=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optHap=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optRna=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optDry=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optDrop=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optReportAll=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optShmem=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  options.addOption(optIn);
  options.addOption(optOut);
  options.addOption(optRef);
  options.addOption(optSites);
  options.addOption(optBin);
  options.addOption(optTmp);
  options.addOption(optrefdir);
  options.addOption(optSingle);
  options.addOption(optBmem);
  options.addOption(optID);
  options.addOption(optLB);
  options.addOption(optPL);
  options.addOption(optPU);
  options.addOption(optSM);
  options.addOption(optPp);
  options.addOption(optBed);
  options.addOption(optHap);
  options.addOption(optScc);
  options.addOption(optSec);
  options.addOption(optChr);
  options.addOption(optJVM);
  options.addOption(optJava);
  options.addOption(optCombine);
  options.addOption(optNodes);
  options.addOption(optVcores);
  options.addOption(optMem);
  options.addOption(optKeep);
  options.addOption(optJustAlign);
  options.addOption(optCov);
  options.addOption(optEx);
  options.addOption(optMpn);
  options.addOption(optRpn);
  options.addOption(optDry);
  options.addOption(optDrop);
  options.addOption(optReportAll);
  options.addOption(optSmt);
  options.addOption(optRna);
  options.addOption(optStarGenome);
  options.addOption(optShmem);
  options.addOption(optCustomArgs);
}

Fixed version (ground truth):
protected void createOptions(){
  Option optIn=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().isRequired(true).withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optOut=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().isRequired(true).withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optBin=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().isRequired(true).withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optRef=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().isRequired(true).withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optNodes=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().isRequired(true).withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optVcores=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().isRequired(true).withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optMem=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().isRequired(true).withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optSites=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().isRequired(true).withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optStarGenome=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optTmp=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optrefdir=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optJava=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optID=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optLB=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optPL=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optPU=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optSM=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optCov=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optScc=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optSec=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optChr=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str" + "String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optEx=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optMpn=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optRpn=OptionBuilder.withArgName("String_Node_Str").hasArg().withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optCustomArgs=OptionBuilder.withLongOpt("String_Node_Str").withArgName("String_Node_Str").hasArgs(2).withValueSeparator().withDescription("String_Node_Str" + "String_Node_Str" + getProgramNames()).create("String_Node_Str");
  Option optSingle=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optBmem=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optCombine=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optPp=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optBed=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optJVM=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optJustAlign=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optSmt=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optKeep=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optHap=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optRna=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optDry=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optDrop=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optReportAll=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optShmem=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  Option optBamIn=OptionBuilder.withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str");
  options.addOption(optIn);
  options.addOption(optOut);
  options.addOption(optRef);
  options.addOption(optSites);
  options.addOption(optBin);
  options.addOption(optTmp);
  options.addOption(optrefdir);
  options.addOption(optSingle);
  options.addOption(optBmem);
  options.addOption(optID);
  options.addOption(optLB);
  options.addOption(optPL);
  options.addOption(optPU);
  options.addOption(optSM);
  options.addOption(optPp);
  options.addOption(optBed);
  options.addOption(optHap);
  options.addOption(optScc);
  options.addOption(optSec);
  options.addOption(optChr);
  options.addOption(optJVM);
  options.addOption(optJava);
  options.addOption(optCombine);
  options.addOption(optNodes);
  options.addOption(optVcores);
  options.addOption(optMem);
  options.addOption(optKeep);
  options.addOption(optJustAlign);
  options.addOption(optCov);
  options.addOption(optEx);
  options.addOption(optMpn);
  options.addOption(optRpn);
  options.addOption(optDry);
  options.addOption(optDrop);
  options.addOption(optReportAll);
  options.addOption(optSmt);
  options.addOption(optRna);
  options.addOption(optStarGenome);
  options.addOption(optShmem);
  options.addOption(optBamIn);
  options.addOption(optCustomArgs);
}