Program: 40096
Project: 40096
Buggy source:
public static void main(String[] args) throws Exception {
  int portCoAP=5683;
  int portHTTP=8080;
  String loc="String_Node_Str";
  String lucene="String_Node_Str";
  Options options=new Options();
  options.addOption("String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
  options.addOption("String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
  options.addOption("String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
  options.addOption("String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
  options.addOption("String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
  CommandLineParser parser=new DefaultParser();
  CommandLine cmd=parser.parse(options,args);
  if (cmd.hasOption("String_Node_Str")) {
    portCoAP=Integer.parseInt(cmd.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (cmd.hasOption("String_Node_Str")) {
    portHTTP=Integer.parseInt(cmd.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (cmd.hasOption("String_Node_Str")) {
    loc=cmd.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (cmd.hasOption("String_Node_Str")) {
    lucene=cmd.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (cmd.hasOption("String_Node_Str")) {
    HelpFormatter formatter=new HelpFormatter();
    formatter.printHelp("String_Node_Str",options);
    System.exit(0);
  }
  Repository.get().init(loc,"String_Node_Str",lucene);
  RESTHandler root=new WelcomePageHandler(servers);
  servers.add(new CoAPServer(portCoAP,root));
  servers.add(new HTTPServer(portHTTP,root));
  for (  RESTServerInstance i : servers) {
    i.add("String_Node_Str" + OpenAPISpecHandler.FILENAME,new OpenAPISpecHandler(servers));
    i.add("String_Node_Str",new TDLookUpHandler(servers));
    i.add("String_Node_Str",new TDLookUpEPHandler(servers));
    i.add("String_Node_Str",new TDLookUpSEMHandler(servers));
    i.add("String_Node_Str",new ThingDescriptionCollectionHandler(servers));
    for (    String td : listThingDescriptions()) {
      i.add("String_Node_Str" + td,new ThingDescriptionHandler(td,servers));
    }
    i.add("String_Node_Str",new VocabularyCollectionHandler(servers));
    for (    String vocab : listThingDescriptions()) {
      i.add("String_Node_Str" + vocab,new VocabularyHandler(vocab,servers));
    }
    i.start();
  }
  String fileName="String_Node_Str";
  InputStream in=Repository.get().getClass().getClassLoader().getResourceAsStream(fileName);
  ThingDescriptionUtils.loadOntology(in);
  for (  RESTServerInstance i : servers) {
    i.join();
  }
  Repository.get().terminate();
}

Fixed version (ground truth):
public static void main(String[] args) throws Exception {
  int portCoAP=5683;
  int portHTTP=8080;
  String loc="String_Node_Str";
  String lucene="String_Node_Str";
  Options options=new Options();
  options.addOption("String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
  options.addOption("String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
  options.addOption("String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
  options.addOption("String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
  options.addOption("String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
  CommandLineParser parser=new DefaultParser();
  CommandLine cmd=parser.parse(options,args);
  if (cmd.hasOption("String_Node_Str")) {
    portCoAP=Integer.parseInt(cmd.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (cmd.hasOption("String_Node_Str")) {
    portHTTP=Integer.parseInt(cmd.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (cmd.hasOption("String_Node_Str")) {
    loc=cmd.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (cmd.hasOption("String_Node_Str")) {
    lucene=cmd.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (cmd.hasOption("String_Node_Str")) {
    HelpFormatter formatter=new HelpFormatter();
    formatter.printHelp("String_Node_Str",options);
    System.exit(0);
  }
  Repository.get().init(loc,"String_Node_Str",lucene);
  RESTHandler root=new WelcomePageHandler(servers);
  servers.add(new CoAPServer(portCoAP,root));
  servers.add(new HTTPServer(portHTTP,root));
  for (  RESTServerInstance i : servers) {
    i.add("String_Node_Str" + OpenAPISpecHandler.FILENAME,new OpenAPISpecHandler(servers));
    i.add("String_Node_Str",new TDLookUpHandler(servers));
    i.add("String_Node_Str",new TDLookUpEPHandler(servers));
    i.add("String_Node_Str",new TDLookUpSEMHandler(servers));
    i.add("String_Node_Str",new ThingDescriptionCollectionHandler(servers));
    for (    String td : listThingDescriptions()) {
      i.add("String_Node_Str" + td,new ThingDescriptionHandler(td,servers));
    }
    i.add("String_Node_Str",new VocabularyCollectionHandler(servers));
    for (    String vocab : listVocabularies()) {
      i.add("String_Node_Str" + vocab,new VocabularyHandler(vocab,servers));
    }
    i.start();
  }
  String fileName="String_Node_Str";
  InputStream in=Repository.get().getClass().getClassLoader().getResourceAsStream(fileName);
  ThingDescriptionUtils.loadOntology(in);
  for (  RESTServerInstance i : servers) {
    i.join();
  }
  Repository.get().terminate();
}