Program: 46487
Project: 46487
Buggy source:
private void createExampleStructure(){
  try {
    File exDir=new File(baseDir,"String_Node_Str");
    exDir.mkdirs();
    System.out.println("String_Node_Str" + exDir.getAbsolutePath());
    File vdi=new File(exDir,"String_Node_Str");
    System.out.println("String_Node_Str" + vdi.getAbsolutePath() + "String_Node_Str");
    fillFile(vdi,1024 * 1024 * 50);
    File cfg=new File(exDir,"String_Node_Str");
    System.out.println("String_Node_Str" + cfg.getAbsolutePath() + "String_Node_Str");
    BufferedWriter bw=new BufferedWriter(new FileWriter(cfg));
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.close();
    File jksFile1=new File(System.getProperty("String_Node_Str"),"String_Node_Str");
    File jksFile0=new File(System.getProperty("String_Node_Str"),"String_Node_Str");
    if (!jksFile0.exists() || !jksFile1.exists()) {
      System.err.println("String_Node_Str");
    }
    Builder builder=KeyStore.Builder.newInstance("String_Node_Str",null,jksFile0,new KeyStore.PasswordProtection("String_Node_Str".toCharArray()));
    KeyStore keystoreTmp=builder.getKeyStore();
    X509Certificate cert=(X509Certificate)keystoreTmp.getCertificate("String_Node_Str");
    File userPemFile=new File(exDir,"String_Node_Str");
    System.out.println("String_Node_Str" + userPemFile.getAbsolutePath() + "String_Node_Str");
    PemToolkit.writePem(cert,userPemFile);
    builder=KeyStore.Builder.newInstance("String_Node_Str",null,jksFile1,new KeyStore.PasswordProtection("String_Node_Str".toCharArray()));
    keystoreTmp=builder.getKeyStore();
    cert=(X509Certificate)keystoreTmp.getCertificate("String_Node_Str");
    userPemFile=new File(exDir,"String_Node_Str");
    System.out.println("String_Node_Str" + userPemFile.getAbsolutePath() + "String_Node_Str");
    PemToolkit.writePem(cert,userPemFile);
    File ca=new File(exDir,"String_Node_Str");
    File crt=new File(exDir,"String_Node_Str");
    File key=new File(exDir,"String_Node_Str");
    System.out.println("String_Node_Str" + ca.getAbsolutePath() + "String_Node_Str");
    System.out.println("String_Node_Str" + crt.getAbsolutePath() + "String_Node_Str");
    System.out.println("String_Node_Str" + key.getAbsolutePath() + "String_Node_Str");
    fillFile(ca,32);
    fillFile(crt,32);
    fillFile(key,32);
  }
 catch (  Exception e) {
    LOG.error("String_Node_Str",e);
  }
  System.out.println("String_Node_Str");
}

Fixed version (ground truth):
private void createExampleStructure(){
  try {
    File exDir=new File(baseDir,"String_Node_Str");
    exDir.mkdirs();
    System.out.println("String_Node_Str" + exDir.getAbsolutePath());
    File vdi=new File(exDir,"String_Node_Str");
    System.out.println("String_Node_Str" + vdi.getAbsolutePath() + "String_Node_Str");
    fillFile(vdi,1024 * 1024 * 50);
    File cfg=new File(exDir,"String_Node_Str");
    System.out.println("String_Node_Str" + cfg.getAbsolutePath() + "String_Node_Str");
    BufferedWriter bw=new BufferedWriter(new FileWriter(cfg));
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.write("String_Node_Str");
    bw.close();
    File jksFile1=new File(TestPKI.getPKIDirectory(),"String_Node_Str");
    File jksFile0=new File(TestPKI.getPKIDirectory(),"String_Node_Str");
    if (!jksFile0.exists() || !jksFile1.exists()) {
      System.err.println("String_Node_Str");
    }
    Builder builder=KeyStore.Builder.newInstance("String_Node_Str",null,jksFile0,new KeyStore.PasswordProtection("String_Node_Str".toCharArray()));
    KeyStore keystoreTmp=builder.getKeyStore();
    X509Certificate cert=(X509Certificate)keystoreTmp.getCertificate("String_Node_Str");
    File userPemFile=new File(exDir,"String_Node_Str");
    System.out.println("String_Node_Str" + userPemFile.getAbsolutePath() + "String_Node_Str");
    PemToolkit.writePem(cert,userPemFile);
    builder=KeyStore.Builder.newInstance("String_Node_Str",null,jksFile1,new KeyStore.PasswordProtection("String_Node_Str".toCharArray()));
    keystoreTmp=builder.getKeyStore();
    cert=(X509Certificate)keystoreTmp.getCertificate("String_Node_Str");
    userPemFile=new File(exDir,"String_Node_Str");
    System.out.println("String_Node_Str" + userPemFile.getAbsolutePath() + "String_Node_Str");
    PemToolkit.writePem(cert,userPemFile);
    File ca=new File(exDir,"String_Node_Str");
    File crt=new File(exDir,"String_Node_Str");
    File key=new File(exDir,"String_Node_Str");
    System.out.println("String_Node_Str" + ca.getAbsolutePath() + "String_Node_Str");
    System.out.println("String_Node_Str" + crt.getAbsolutePath() + "String_Node_Str");
    System.out.println("String_Node_Str" + key.getAbsolutePath() + "String_Node_Str");
    fillFile(ca,32);
    fillFile(crt,32);
    fillFile(key,32);
  }
 catch (  Exception e) {
    LOG.error("String_Node_Str",e);
  }
  System.out.println("String_Node_Str");
}