Program: 5567
Project: 5567
Buggy source:
private void upgradeMetadataDatasetSpec(DatasetId metadataDatasetId){
  DatasetSpecification oldMetadataDatasetSpec=datasetInstanceManager.get(metadataDatasetId);
  if (oldMetadataDatasetSpec == null) {
    LOG.info("String_Node_Str",metadataDatasetId);
    return;
  }
  Gson gson=new Gson();
  JsonObject jsonObject=gson.toJsonTree(oldMetadataDatasetSpec,DatasetSpecification.class).getAsJsonObject();
  JsonObject metadataIndexObject=jsonObject.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject();
  JsonObject properties=metadataIndexObject.get("String_Node_Str").getAsJsonObject();
  properties.addProperty("String_Node_Str",MetadataDataset.COLUMNS_TO_INDEX);
  JsonObject dProperties=metadataIndexObject.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject();
  JsonObject iProperties=metadataIndexObject.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject();
  dProperties.addProperty("String_Node_Str",MetadataDataset.COLUMNS_TO_INDEX);
  iProperties.addProperty("String_Node_Str",MetadataDataset.COLUMNS_TO_INDEX);
  DatasetSpecification newMetadataDatasetSpec=gson.fromJson(jsonObject,DatasetSpecification.class);
  datasetInstanceManager.delete(metadataDatasetId);
  datasetInstanceManager.add(NamespaceId.SYSTEM,newMetadataDatasetSpec);
  LOG.info("String_Node_Str",oldMetadataDatasetSpec,newMetadataDatasetSpec);
}

Fixed version (ground truth):
private void upgradeMetadataDatasetSpec(MetadataScope scope,DatasetId metadataDatasetId){
  DatasetSpecification oldMetadataDatasetSpec=datasetInstanceManager.get(metadataDatasetId);
  if (oldMetadataDatasetSpec == null) {
    LOG.info("String_Node_Str",metadataDatasetId);
    return;
  }
  Gson gson=new Gson();
  JsonObject jsonObject=gson.toJsonTree(oldMetadataDatasetSpec,DatasetSpecification.class).getAsJsonObject();
  JsonObject metadataDatasetProperties=jsonObject.get("String_Node_Str").getAsJsonObject();
  metadataDatasetProperties.addProperty("String_Node_Str",scope.name());
  JsonObject metadataIndexObject=jsonObject.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject();
  JsonObject properties=metadataIndexObject.get("String_Node_Str").getAsJsonObject();
  properties.addProperty("String_Node_Str",MetadataDataset.COLUMNS_TO_INDEX);
  properties.addProperty("String_Node_Str",scope.name());
  JsonObject dProperties=metadataIndexObject.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject();
  JsonObject iProperties=metadataIndexObject.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject();
  dProperties.addProperty("String_Node_Str",MetadataDataset.COLUMNS_TO_INDEX);
  dProperties.addProperty("String_Node_Str",scope.name());
  iProperties.addProperty("String_Node_Str",MetadataDataset.COLUMNS_TO_INDEX);
  iProperties.addProperty("String_Node_Str",scope.name());
  DatasetSpecification newMetadataDatasetSpec=gson.fromJson(jsonObject,DatasetSpecification.class);
  datasetInstanceManager.delete(metadataDatasetId);
  datasetInstanceManager.add(NamespaceId.SYSTEM,newMetadataDatasetSpec);
  LOG.info("String_Node_Str",oldMetadataDatasetSpec,newMetadataDatasetSpec);
}