Program: 8250
Project: 8250
Buggy source:
public static void init(File configFile){
  Configuration config=new Configuration(configFile);
  try {
    config.load();
    enableDebugLog=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    showUnlocalizedNames=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    showODNames=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    showEMCTooltip=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    showStatTooltip=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    showPedestalTooltip=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    showPedestalTooltipInGUI=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    useLootBalls=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    pulsatingOverlay=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    unsafeKeyBinds=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    enableAlcChest=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableITorch=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableCollector=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableCollector2=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableCollector3=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableCondenser=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableCondenser2=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableRelay=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableRelay2=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableRelay3=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableTransTable=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableRedFurnace=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableDarkFurnace=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableDarkPedestal=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableTimeWatch=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    craftableTome=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    altCraftingMat=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    useOldDamage=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    offensiveAbilities=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    config.getCategory("String_Node_Str").setComment("String_Node_Str" + "String_Node_Str");
    archangelPedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",100,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    bodyPedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",10,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    evertidePedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",20,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    harvestPedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",10,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    ignitePedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",40,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    lifePedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",5,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    repairPedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",20,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    swrgPedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",70,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    soulPedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",10,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    volcanitePedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",20,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    zeroPedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",40,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    timePedBonus=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",18,0,256,"String_Node_Str");
    timePedMobSlowness=config.getFloat("String_Node_Str","String_Node_Str",0.10F,0.0F,1.0F,"String_Node_Str");
    interdictionMode=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    pickaxeAoeVeinMining=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    harvBandGrass=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    PELogger.logInfo("String_Node_Str");
  }
 catch (  Exception e) {
    PELogger.logFatal("String_Node_Str");
    e.printStackTrace();
  }
 finally {
    if (config.hasChanged()) {
      config.save();
    }
  }
}

Fixed version (ground truth):
public static void init(File configFile){
  Configuration config=new Configuration(configFile);
  try {
    config.load();
    enableDebugLog=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    showUnlocalizedNames=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    showODNames=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    showEMCTooltip=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    showStatTooltip=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    showPedestalTooltip=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    showPedestalTooltipInGUI=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    useLootBalls=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    pulsatingOverlay=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    unsafeKeyBinds=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    projectileCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",0,0,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    enableAlcChest=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableITorch=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableCollector=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableCollector2=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableCollector3=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableCondenser=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableCondenser2=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableRelay=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableRelay2=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableRelay3=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableTransTable=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableRedFurnace=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableDarkFurnace=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableDarkPedestal=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    enableTimeWatch=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    craftableTome=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    altCraftingMat=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    useOldDamage=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    offensiveAbilities=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    katarDeathAura=config.getFloat("String_Node_Str","String_Node_Str",1000F,0,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    config.getCategory("String_Node_Str").setComment("String_Node_Str" + "String_Node_Str");
    archangelPedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",100,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    bodyPedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",10,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    evertidePedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",20,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    harvestPedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",10,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    ignitePedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",40,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    lifePedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",5,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    repairPedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",20,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    swrgPedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",70,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    soulPedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",10,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    volcanitePedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",20,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    zeroPedCooldown=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",40,-1,Integer.MAX_VALUE,"String_Node_Str");
    timePedBonus=config.getInt("String_Node_Str","String_Node_Str",18,0,256,"String_Node_Str");
    timePedMobSlowness=config.getFloat("String_Node_Str","String_Node_Str",0.10F,0.0F,1.0F,"String_Node_Str");
    interdictionMode=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    pickaxeAoeVeinMining=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    harvBandGrass=config.getBoolean("String_Node_Str","String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
    PELogger.logInfo("String_Node_Str");
  }
 catch (  Exception e) {
    PELogger.logFatal("String_Node_Str");
    e.printStackTrace();
  }
 finally {
    if (config.hasChanged()) {
      config.save();
    }
  }
}