Program: 50989
Project: 50989
Buggy source:
/** 
 * Prepare and write a specific module instance to an HTML page.
 * @param instance
 * @param instanceDir
 */
private void instanceOutput(ModuleInstance instance,File instanceDir,int i) throws IOException {
  Map<String,Object> templateData=new LinkedHashMap<String,Object>();
  templateData.put("String_Node_Str",instance.module().workflow().name());
  templateData.put("String_Node_Str",instance.module().name());
  templateData.put("String_Node_Str",instance.module().name() + "String_Node_Str" + i+ "String_Node_Str");
  templateData.put("String_Node_Str","String_Node_Str");
  templateData.put("String_Node_Str",i);
  List<Map<String,Object>> inputs=new ArrayList<Map<String,Object>>();
  for (  InstanceInput input : instance.inputs()) {
    Map<String,Object> inputMap=new LinkedHashMap<String,Object>();
    inputMap.put("String_Node_Str",input.name());
    inputMap.put("String_Node_Str",input.description());
    inputMap.put("String_Node_Str",input.value());
    inputs.add(inputMap);
  }
  templateData.put("String_Node_Str",inputs);
  List<Map<String,Object>> outputs=new ArrayList<Map<String,Object>>();
  for (  InstanceOutput output : instance.outputs()) {
    Map<String,Object> outputMap=new LinkedHashMap<String,Object>();
    outputMap.put("String_Node_Str",output.name());
    outputMap.put("String_Node_Str",output.description());
    outputMap.put("String_Node_Str",output.value().toString());
    outputs.add(outputMap);
  }
  templateData.put("String_Node_Str",outputs);
  JadeTemplate tpl=getTemplate("String_Node_Str");
  instanceDir.mkdirs();
  try {
    BufferedWriter out=new BufferedWriter(new FileWriter(new File(instanceDir,"String_Node_Str")));
    config.renderTemplate(tpl,templateData,out);
    out.flush();
  }
 catch (  IOException e) {
    Global.log().warning("String_Node_Str" + e.getMessage() + "String_Node_Str"+ Arrays.toString(e.getStackTrace()));
    return;
  }
}

Fixed version (ground truth):
/** 
 * Prepare and write a specific module instance to an HTML page.
 * @param instance
 * @param instanceDir
 */
private void instanceOutput(ModuleInstance instance,File instanceDir,int i) throws IOException {
  Map<String,Object> templateData=new LinkedHashMap<String,Object>();
  templateData.put("String_Node_Str",instance.module().workflow().name());
  templateData.put("String_Node_Str",instance.module().name());
  templateData.put("String_Node_Str",instance.module().name() + "String_Node_Str" + i+ "String_Node_Str");
  templateData.put("String_Node_Str","String_Node_Str");
  templateData.put("String_Node_Str",i);
  List<Map<String,Object>> inputs=new ArrayList<Map<String,Object>>();
  for (  InstanceInput input : instance.inputs()) {
    Map<String,Object> inputMap=new LinkedHashMap<String,Object>();
    inputMap.put("String_Node_Str",input.name());
    inputMap.put("String_Node_Str",input.description());
    inputMap.put("String_Node_Str",input.value());
    inputs.add(inputMap);
  }
  templateData.put("String_Node_Str",inputs);
  List<Map<String,Object>> outputs=new ArrayList<Map<String,Object>>();
  for (  InstanceOutput output : instance.outputs()) {
    Map<String,Object> outputMap=new LinkedHashMap<String,Object>();
    outputMap.put("String_Node_Str",output.name());
    outputMap.put("String_Node_Str",output.description());
    outputMap.put("String_Node_Str",Functions.toString(output.value().toString()));
    outputs.add(outputMap);
  }
  templateData.put("String_Node_Str",outputs);
  JadeTemplate tpl=getTemplate("String_Node_Str");
  instanceDir.mkdirs();
  try {
    BufferedWriter out=new BufferedWriter(new FileWriter(new File(instanceDir,"String_Node_Str")));
    config.renderTemplate(tpl,templateData,out);
    out.flush();
  }
 catch (  IOException e) {
    Global.log().warning("String_Node_Str" + e.getMessage() + "String_Node_Str"+ Arrays.toString(e.getStackTrace()));
    return;
  }
}