Program: 11777
Project: 11777
Buggy source:
public void save(){
  CompoundTag tag=new CompoundTag("String_Node_Str");
  TridentLogger.log("String_Node_Str" + name + "String_Node_Str");
  TridentLogger.log("String_Node_Str");
  tag.addTag(new IntTag("String_Node_Str").setValue((int)spawnPosition.x()));
  tag.addTag(new IntTag("String_Node_Str").setValue((int)spawnPosition.y()));
  tag.addTag(new IntTag("String_Node_Str").setValue((int)spawnPosition.z()));
  tag.addTag(new DoubleTag("String_Node_Str").setValue(borderSize));
  tag.addTag(new ByteTag("String_Node_Str").setValue(difficulty.asByte()));
  tag.addTag(new ByteTag("String_Node_Str").setValue(difficultyLocked ? (byte)1 : (byte)0));
  tag.addTag(new LongTag("String_Node_Str").setValue(time.get()));
  tag.addTag(new LongTag("String_Node_Str").setValue(existed.get()));
  tag.addTag(new ByteTag("String_Node_Str").setValue(raining ? (byte)1 : (byte)0));
  tag.addTag(new IntTag("String_Node_Str").setValue(defaultGamemode.asByte()));
  tag.addTag(new StringTag("String_Node_Str").setValue(type.toString()));
  tag.addTag(new LongTag("String_Node_Str").setValue(loader.generator().seed()));
  tag.addTag(new IntTag("String_Node_Str").setValue(rainTime.get()));
  tag.addTag(new ByteTag("String_Node_Str").setValue(thundering ? (byte)1 : (byte)0));
  tag.addTag(new IntTag("String_Node_Str").setValue(thunderTime.get()));
  ByteArrayOutputStream os=new ByteArrayOutputStream();
  try {
    GZIPOutputStream gzip=new GZIPOutputStream(os);
    CompoundTag root=new CompoundTag("String_Node_Str");
    root.addTag(tag);
    new NBTEncoder(new DataOutputStream(gzip)).encode(root);
    gzip.close();
    Files.write(Paths.get(name,File.separator,"String_Node_Str"),os.toByteArray());
  }
 catch (  IOException|NBTException ex) {
    TridentLogger.warn("String_Node_Str");
    TridentLogger.error(ex);
  }
  for (  TridentChunk chunk : loadedChunks()) {
    chunk.executor.execute(() -> RegionFile.fromPath(name,chunk.location()).saveChunkData(chunk));
  }
  TridentLogger.log("String_Node_Str" + name + "String_Node_Str");
}

Fixed version (ground truth):
public void save(){
  CompoundTag tag=new CompoundTag("String_Node_Str");
  TridentLogger.log("String_Node_Str" + name + "String_Node_Str");
  TridentLogger.log("String_Node_Str");
  tag.addTag(new IntTag("String_Node_Str").setValue((int)spawnPosition.x()));
  tag.addTag(new IntTag("String_Node_Str").setValue((int)spawnPosition.y()));
  tag.addTag(new IntTag("String_Node_Str").setValue((int)spawnPosition.z()));
  tag.addTag(new DoubleTag("String_Node_Str").setValue(borderSize));
  tag.addTag(new ByteTag("String_Node_Str").setValue(difficulty.asByte()));
  tag.addTag(new ByteTag("String_Node_Str").setValue(difficultyLocked ? (byte)1 : (byte)0));
  tag.addTag(new LongTag("String_Node_Str").setValue(time.get()));
  tag.addTag(new LongTag("String_Node_Str").setValue(existed.get()));
  tag.addTag(new ByteTag("String_Node_Str").setValue(raining ? (byte)1 : (byte)0));
  tag.addTag(new IntTag("String_Node_Str").setValue(defaultGamemode.asByte()));
  tag.addTag(new StringTag("String_Node_Str").setValue(type.toString()));
  tag.addTag(new LongTag("String_Node_Str").setValue(seed));
  tag.addTag(new IntTag("String_Node_Str").setValue(rainTime.get()));
  tag.addTag(new ByteTag("String_Node_Str").setValue(thundering ? (byte)1 : (byte)0));
  tag.addTag(new IntTag("String_Node_Str").setValue(thunderTime.get()));
  ByteArrayOutputStream os=new ByteArrayOutputStream();
  try {
    GZIPOutputStream gzip=new GZIPOutputStream(os);
    CompoundTag root=new CompoundTag("String_Node_Str");
    root.addTag(tag);
    new NBTEncoder(new DataOutputStream(gzip)).encode(root);
    gzip.close();
    Files.write(Paths.get(name,File.separator,"String_Node_Str"),os.toByteArray());
  }
 catch (  IOException|NBTException ex) {
    TridentLogger.warn("String_Node_Str");
    TridentLogger.error(ex);
  }
  for (  TridentChunk chunk : loadedChunks()) {
    chunk.executor.execute(() -> RegionFile.fromPath(name,chunk.location()).saveChunkData(chunk));
  }
  TridentLogger.log("String_Node_Str" + name + "String_Node_Str");
}