Program: 84699
Project: 84699
Buggy source:
static void command(RealAdminToolsPlugin plugin,CommandSender sender,String[] args){
  String subCommand=args.length > 0 ? args[0].toLowerCase() : "String_Node_Str";
  try {
    BufferedWriter writer=new BufferedWriter(new FileWriter(plugin.getDataFolder().getPath() + "String_Node_Str"));
    writer.write("String_Node_Str");
    String what=args.length > 1 ? args[1].toLowerCase() : "String_Node_Str";
    int removed_entities=0;
    for (    World world : plugin.getServer().getWorlds()) {
      sender.sendMessage(world.getName() + "String_Node_Str");
      sender.sendMessage("String_Node_Str" + world.getEntities().size() + "String_Node_Str");
      sender.sendMessage("String_Node_Str" + world.getLivingEntities().size() + "String_Node_Str");
      sender.sendMessage("String_Node_Str" + world.getPlayers().size() + "String_Node_Str");
      for (      Entity entity : world.getEntities()) {
        Item item=(entity instanceof Item ? (Item)entity : null);
        writer.write(entity.getClass().getName() + "String_Node_Str" + entity.getEntityId()+ "String_Node_Str"+ (item != null ? item.getItemStack().getTypeId() : "String_Node_Str")+ "String_Node_Str"+ world.getName()+ "String_Node_Str"+ Math.round(Math.floor(entity.getLocation().getX()))+ "String_Node_Str"+ Math.round(Math.floor(entity.getLocation().getY()))+ "String_Node_Str"+ Math.round(Math.floor(entity.getLocation().getZ()))+ "String_Node_Str");
        if (subCommand.equals("String_Node_Str")) {
          if (what.equals(entity.getClass().getName().split("String_Node_Str")[1].toLowerCase()) || what.equals("String_Node_Str")) {
            String id=args.length > 2 ? args[2].toLowerCase() : "String_Node_Str";
            String entityTypeId=(item != null ? "String_Node_Str" + item.getItemStack().getTypeId() : "String_Node_Str");
            if (id.equals(entityTypeId) || id.equals("String_Node_Str")) {
              entity.remove();
              removed_entities++;
            }
          }
        }
      }
    }
    if (subCommand.equals("String_Node_Str")) {
      sender.sendMessage("String_Node_Str" + removed_entities + "String_Node_Str"+ what);
    }
    writer.flush();
    writer.close();
  }
 catch (  Exception e) {
    plugin.getLog().severe("String_Node_Str" + plugin.getDataFolder().getPath() + "String_Node_Str");
  }
}

Fixed version (ground truth):
static void command(RealAdminToolsPlugin plugin,CommandSender sender,String[] args){
  String subCommand=args.length > 0 ? args[0].toLowerCase() : "String_Node_Str";
  try {
    BufferedWriter writer=new BufferedWriter(new FileWriter(plugin.getDataFolder().getPath() + File.separator + "String_Node_Str"));
    writer.write("String_Node_Str");
    String what=args.length > 1 ? args[1].toLowerCase() : "String_Node_Str";
    int removed_entities=0;
    for (    World world : plugin.getServer().getWorlds()) {
      sender.sendMessage(world.getName() + "String_Node_Str");
      sender.sendMessage("String_Node_Str" + world.getEntities().size() + "String_Node_Str");
      sender.sendMessage("String_Node_Str" + world.getLivingEntities().size() + "String_Node_Str");
      sender.sendMessage("String_Node_Str" + world.getPlayers().size() + "String_Node_Str");
      for (      Entity entity : world.getEntities()) {
        Item item=(entity instanceof Item ? (Item)entity : null);
        writer.write(entity.getClass().getName() + "String_Node_Str" + entity.getEntityId()+ "String_Node_Str"+ (item != null ? item.getItemStack().getTypeId() : "String_Node_Str")+ "String_Node_Str"+ world.getName()+ "String_Node_Str"+ Math.round(Math.floor(entity.getLocation().getX()))+ "String_Node_Str"+ Math.round(Math.floor(entity.getLocation().getY()))+ "String_Node_Str"+ Math.round(Math.floor(entity.getLocation().getZ()))+ "String_Node_Str");
        if (subCommand.equals("String_Node_Str")) {
          if (what.equals(entity.getClass().getName().split("String_Node_Str")[1].toLowerCase()) || what.equals("String_Node_Str")) {
            String id=args.length > 2 ? args[2].toLowerCase() : "String_Node_Str";
            String entityTypeId=(item != null ? "String_Node_Str" + item.getItemStack().getTypeId() : "String_Node_Str");
            if (id.equals(entityTypeId) || id.equals("String_Node_Str")) {
              entity.remove();
              removed_entities++;
            }
          }
        }
      }
    }
    if (subCommand.equals("String_Node_Str")) {
      sender.sendMessage("String_Node_Str" + removed_entities + "String_Node_Str"+ what);
    }
    writer.flush();
    writer.close();
  }
 catch (  Exception e) {
    plugin.getLog().severe("String_Node_Str" + plugin.getDataFolder().getPath() + "String_Node_Str");
  }
}