Program: 13774
Project: 13774
Buggy source:
protected void parseArguments(String[] args) throws ParseException {
  createOptions();
  CommandLineParser parser=new GnuParser();
  CommandLine line=parser.parse(options,args);
  in=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  out=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  ref=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  sites=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  hdfsSites=sites.split("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   tmpDir=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   nodes=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   vcores=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   mem=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   mapsPerContainer=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   reducersPerContainer=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    halvadeDir=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   stand_call_conf=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   stand_emit_conf=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   reportAll=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   keepFiles=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   paired=false;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   justAlign=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   reuseJVM=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   aln=false;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   regionSize=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   java=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   manifest=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   justPut=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    exomeBedFile=line.getOptionValue("String_Node_Str");
    coverage=EXOME_COV;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   dryRun=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   keepChrSplitPairs=false;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   coverage=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   justCombine=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   useBedTools=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   useGenotyper=false;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   useIPrep=false;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   RGID=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   RGLB=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   RGPL=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   RGPU=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   RGSM=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   chr=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_bwa_aln=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_bwa_mem=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_bwa_samxe=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_elprep=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_samtools_view=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_bedtools_dbsnp=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_bedtools_exome=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_picard_bai=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_picard_rg=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_picard_dedup=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_picard_clean=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_gatk_rtc=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_gatk_ir=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_gatk_br=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_gatk_pr=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_gatk_cv=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_gatk_vc=line.getOptionValue("String_Node_Str");
}

Fixed version (ground truth):
protected void parseArguments(String[] args) throws ParseException {
  createOptions();
  CommandLineParser parser=new GnuParser();
  CommandLine line=parser.parse(options,args);
  in=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  out=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  ref=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  STARGenome=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  sites=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  hdfsSites=sites.split("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   tmpDir=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   nodes=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   vcores=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   vcores*=2;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   rnaPipeline=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   mem=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   mapsPerContainer=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   reducersPerContainer=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    halvadeBinaries=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   stand_call_conf=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   stand_emit_conf=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   reportAll=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   keepFiles=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   paired=false;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   justAlign=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   reuseJVM=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   aln=false;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   java=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   manifest=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    exomeBedFile=line.getOptionValue("String_Node_Str");
    coverage=EXOME_COV;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   dryRun=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   keepChrSplitPairs=false;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   coverage=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   justCombine=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   useBedTools=true;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   useGenotyper=false;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   useIPrep=false;
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   RGID=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   RGLB=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   RGPL=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   RGPU=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   RGSM=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   chr=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_bwa_aln=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_bwa_mem=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_bwa_samxe=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_elprep=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_samtools_view=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_bedtools_dbsnp=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_bedtools_exome=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_picard_bai=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_picard_rg=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_picard_dedup=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_picard_clean=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_gatk_rtc=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_gatk_ir=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_gatk_br=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_gatk_pr=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_gatk_cv=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str"))   ca_gatk_vc=line.getOptionValue("String_Node_Str");
}