Program: 42334
Project: 42334
Buggy source:
@Override public int run(List<XValue> args) throws Exception {
  boolean opt_delete=false;
  XValue opt_add=null;
  XValue opt_replace=null;
  String opt_matches=null;
  String opt_xpath=null;
  String opt_replacex=null;
  String opt_rename=null;
  Options opts=new Options("String_Node_Str",SerializeOpts.getOptionDefs());
  opts.parse(args);
  setupBuilders();
  XdmNode context=null;
  SerializeOpts serializeOpts=getSerializeOpts(opts);
  if (!opts.hasOpt("String_Node_Str")) {
    OptionValue ov=opts.getOpt("String_Node_Str");
    if (ov != null && ov.getValue().isXExpr()) {
      XdmItem item=ov.getValue().asXdmValue().itemAt(0);
      if (item instanceof XdmNode)       context=importNode((XdmNode)item);
    }
    if (context == null) {
      if (ov != null && !ov.getValue().toString().equals("String_Node_Str"))       context=build(getSource(ov.getValue()));
 else {
        context=build(getStdin().asSource(serializeOpts));
      }
    }
  }
  List<XValue> xvargs=opts.getRemainingArgs();
  if (opts.hasOpt("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < xvargs.size() / 2; i++) {
      String name=xvargs.get(i * 2).toString();
      mCompiler.declareVariable(new QName(name));
    }
  }
  opt_add=opts.getOptValue("String_Node_Str");
  opt_replace=opts.getOptValue("String_Node_Str");
  opt_delete=opts.hasOpt("String_Node_Str");
  opt_replacex=opts.getOptString("String_Node_Str",null);
  opt_rename=opts.getOptString("String_Node_Str",null);
  opt_matches=opts.getOptString("String_Node_Str",null);
  opt_xpath=opts.getOptString("String_Node_Str",null);
  if (opt_matches == null && opt_xpath == null)   throw new InvalidArgumentException("String_Node_Str");
  XPathExecutable expr;
  if (opt_matches == null)   expr=mCompiler.compile(opt_xpath);
 else   expr=mCompiler.compilePattern(opt_matches);
  XPathSelector eval=expr.load();
  if (opts.hasOpt("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < xvargs.size() / 2; i++) {
      String name=xvargs.get(i * 2).toString();
      XValue value=xvargs.get(i * 2 + 1);
      eval.setVariable(new QName(name),value.asXdmValue());
    }
  }
  XPathSelector replacex=null;
  if (opt_replacex != null) {
    XPathExecutable xe=mCompiler.compile(opt_replacex);
    replacex=xe.load();
  }
  if (opt_replace != null || opt_delete || opt_add != null || opt_replacex != null || opt_rename != null) {
    Iterable<XdmItem> results=getResults(eval,context,opt_matches != null);
    for (    XdmItem item : results) {
      Object obj=item.getUnderlyingValue();
      if (obj instanceof MutableNodeInfo) {
        MutableNodeInfo node=(MutableNodeInfo)obj;
        if (opt_replace != null)         replace(node,opt_replace);
        if (replacex != null)         replace(item,node,replacex);
        if (opt_add != null)         add(node,opt_add);
        if (opt_delete)         delete(node);
        if (opt_rename != null)         rename(node,opt_rename);
      }
    }
  }
  OutputPort stdout=getStdout();
  Util.writeXdmValue(context,stdout.asDestination(serializeOpts));
  stdout.writeSequenceTerminator(serializeOpts);
  return 0;
}

Fixed version (ground truth):
@Override public int run(List<XValue> args) throws Exception {
  boolean opt_delete=false;
  XValue opt_add=null;
  XValue opt_replace=null;
  String opt_matches=null;
  String opt_xpath=null;
  String opt_replacex=null;
  String opt_rename=null;
  Options opts=new Options("String_Node_Str",SerializeOpts.getOptionDefs());
  opts.parse(args);
  setupBuilders();
  XdmNode context=null;
  SerializeOpts serializeOpts=getSerializeOpts(opts);
  if (!opts.hasOpt("String_Node_Str")) {
    OptionValue ov=opts.getOpt("String_Node_Str");
    if (ov != null && ov.getValue().isXExpr()) {
      XdmItem item=ov.getValue().asXdmValue().itemAt(0);
      if (item instanceof XdmNode)       context=importNode((XdmNode)item);
    }
    if (context == null) {
      Source src=null;
      InputPort insrc=null;
      if (ov != null && !ov.getValue().toString().equals("String_Node_Str"))       insrc=getInput(ov.getValue());
 else {
        insrc=getStdin();
      }
      try {
        context=build(insrc.asSource(serializeOpts));
      }
  finally {
        insrc.close();
      }
    }
  }
  List<XValue> xvargs=opts.getRemainingArgs();
  if (opts.hasOpt("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < xvargs.size() / 2; i++) {
      String name=xvargs.get(i * 2).toString();
      mCompiler.declareVariable(new QName(name));
    }
  }
  opt_add=opts.getOptValue("String_Node_Str");
  opt_replace=opts.getOptValue("String_Node_Str");
  opt_delete=opts.hasOpt("String_Node_Str");
  opt_replacex=opts.getOptString("String_Node_Str",null);
  opt_rename=opts.getOptString("String_Node_Str",null);
  opt_matches=opts.getOptString("String_Node_Str",null);
  opt_xpath=opts.getOptString("String_Node_Str",null);
  if (opt_matches == null && opt_xpath == null)   throw new InvalidArgumentException("String_Node_Str");
  XPathExecutable expr;
  if (opt_matches == null)   expr=mCompiler.compile(opt_xpath);
 else   expr=mCompiler.compilePattern(opt_matches);
  XPathSelector eval=expr.load();
  if (opts.hasOpt("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < xvargs.size() / 2; i++) {
      String name=xvargs.get(i * 2).toString();
      XValue value=xvargs.get(i * 2 + 1);
      eval.setVariable(new QName(name),value.asXdmValue());
    }
  }
  XPathSelector replacex=null;
  if (opt_replacex != null) {
    XPathExecutable xe=mCompiler.compile(opt_replacex);
    replacex=xe.load();
  }
  if (opt_replace != null || opt_delete || opt_add != null || opt_replacex != null || opt_rename != null) {
    Iterable<XdmItem> results=getResults(eval,context,opt_matches != null);
    for (    XdmItem item : results) {
      Object obj=item.getUnderlyingValue();
      if (obj instanceof MutableNodeInfo) {
        MutableNodeInfo node=(MutableNodeInfo)obj;
        if (opt_replace != null)         replace(node,opt_replace);
        if (replacex != null)         replace(item,node,replacex);
        if (opt_add != null)         add(node,opt_add);
        if (opt_delete)         delete(node);
        if (opt_rename != null)         rename(node,opt_rename);
      }
    }
  }
  OutputPort stdout=getStdout();
  Util.writeXdmValue(context,stdout.asDestination(serializeOpts));
  stdout.writeSequenceTerminator(serializeOpts);
  return 0;
}