Program: 50986
Project: 50986
Buggy source:
private void moduleOutput(Module module,File moduleDir) throws IOException {
  Map<String,Object> templateData=new LinkedHashMap<String,Object>();
  templateData.put("String_Node_Str",module.name());
  templateData.put("String_Node_Str",module.name());
  templateData.put("String_Node_Str","String_Node_Str");
  templateData.put("String_Node_Str",module.workflow().name());
  templateData.put("String_Node_Str",module.instantiated());
  List<Map<String,Object>> instances=new ArrayList<Map<String,Object>>();
  if (module.instantiated()) {
    List<String> inputNames=new ArrayList<String>();
    for (    Input input : module.inputs())     if (input.print())     inputNames.add(input.name());
    templateData.put("String_Node_Str",inputNames);
    int i=0;
    int padding=1 + (int)Math.log10(module.instances().size());
    for (    ModuleInstance instance : module.instances()) {
      List<String> instanceInputs=new ArrayList<String>();
      for (      InstanceInput input : instance.inputs())       if (input.original().print())       instanceInputs.add(input.value().toString());
      Map<String,Object> instanceMap=new LinkedHashMap<String,Object>();
      instanceMap.put("String_Node_Str",String.format("String_Node_Str" + padding + "String_Node_Str",i));
      instanceMap.put("String_Node_Str",instanceInputs);
      instances.add(instanceMap);
      i++;
    }
  }
  templateData.put("String_Node_Str",instances);
  List<Map<String,Object>> outputs=new ArrayList<Map<String,Object>>();
  for (  Output output : module.outputs())   if (output.print()) {
    Map<String,Object> outputMap=new LinkedHashMap<String,Object>();
    outputMap.put("String_Node_Str",output.name());
    outputMap.put("String_Node_Str",output.description());
    List<Map<String,Object>> outputInstances=new ArrayList<Map<String,Object>>();
    List<Object> values=new ArrayList<Object>();
    for (    ModuleInstance instance : module.instances()) {
      Map<String,Object> instanceMap=new LinkedHashMap<String,Object>();
      List<String> inputs=new ArrayList<String>();
      for (      InstanceInput input : instance.inputs())       if (input.original().print())       inputs.add(input.value().toString());
      instanceMap.put("String_Node_Str",inputs);
      Object value=instance.output(output.name()).value();
      instanceMap.put("String_Node_Str",Functions.toString(value));
      values.add(value);
      outputInstances.add(instanceMap);
    }
    outputMap.put("String_Node_Str",outputInstances);
    boolean isNumeric=isNumeric(values);
    outputMap.put("String_Node_Str",isNumeric);
    FrequencyModel<Object> fm=new FrequencyModel<Object>(values);
    outputMap.put("String_Node_Str",Functions.toString(fm.sorted().get(0)));
    outputMap.put("String_Node_Str",fm.frequency(fm.sorted().get(0)));
    outputMap.put("String_Node_Str",values.size());
    outputMap.put("String_Node_Str",fm.entropy());
    if (isNumeric) {
      List<Number> numbers=numbers(values);
      outputMap.put("String_Node_Str",mean(numbers));
      outputMap.put("String_Node_Str",standardDeviation(numbers));
      outputMap.put("String_Node_Str",median(numbers));
    }
    outputs.add(outputMap);
  }
  templateData.put("String_Node_Str",outputs);
  List<Map<String,Object>> inputs=new ArrayList<Map<String,Object>>();
  for (  Input input : module.inputs())   if (input.print()) {
    Map<String,Object> inputMap=new LinkedHashMap<String,Object>();
    inputMap.put("String_Node_Str",input.name());
    inputMap.put("String_Node_Str",input.description());
    List<String> values=new ArrayList<String>();
    for (    ModuleInstance instance : module.instances())     values.add(Functions.toString(instance.input(input.name()).value()));
    inputMap.put("String_Node_Str",values);
    inputs.add(inputMap);
  }
  templateData.put("String_Node_Str",inputs);
  JadeTemplate tpl=getTemplate("String_Node_Str");
  moduleDir.mkdirs();
  try {
    BufferedWriter out=new BufferedWriter(new FileWriter(new File(moduleDir,"String_Node_Str")));
    config.renderTemplate(tpl,templateData,out);
    out.flush();
  }
 catch (  IOException e) {
    Global.log().warning("String_Node_Str" + e.getMessage() + "String_Node_Str"+ Arrays.toString(e.getStackTrace()));
    return;
  }
}

Fixed version (ground truth):
private void moduleOutput(Module module,File moduleDir) throws IOException {
  Map<String,Object> templateData=new LinkedHashMap<String,Object>();
  templateData.put("String_Node_Str",module.name());
  templateData.put("String_Node_Str",module.name());
  templateData.put("String_Node_Str","String_Node_Str");
  templateData.put("String_Node_Str",module.workflow().name());
  templateData.put("String_Node_Str",module.instantiated());
  List<Map<String,Object>> instances=new ArrayList<Map<String,Object>>();
  if (module.instantiated()) {
    List<String> inputNames=new ArrayList<String>();
    for (    Input input : module.inputs())     if (input.print())     inputNames.add(input.name());
    templateData.put("String_Node_Str",inputNames);
    int i=0;
    int padding=1 + (int)Math.log10(module.instances().size());
    for (    ModuleInstance instance : module.instances()) {
      List<String> instanceInputs=new ArrayList<String>();
      for (      InstanceInput input : instance.inputs())       if (input.original().print())       instanceInputs.add(input.value().toString());
      Map<String,Object> instanceMap=new LinkedHashMap<String,Object>();
      instanceMap.put("String_Node_Str",String.format("String_Node_Str" + padding + "String_Node_Str",i));
      instanceMap.put("String_Node_Str",instanceInputs);
      instances.add(instanceMap);
      i++;
    }
  }
  templateData.put("String_Node_Str",instances);
  List<Map<String,Object>> outputs=new ArrayList<Map<String,Object>>();
  for (  Output output : module.outputs())   if (output.print()) {
    Map<String,Object> outputMap=new LinkedHashMap<String,Object>();
    outputMap.put("String_Node_Str",output.name());
    outputMap.put("String_Node_Str",output.description());
    List<Map<String,Object>> outputInstances=new ArrayList<Map<String,Object>>();
    List<Object> values=new ArrayList<Object>();
    for (    ModuleInstance instance : module.instances()) {
      Map<String,Object> instanceMap=new LinkedHashMap<String,Object>();
      List<String> inputs=new ArrayList<String>();
      for (      InstanceInput input : instance.inputs())       if (input.original().print())       inputs.add(input.value().toString());
      instanceMap.put("String_Node_Str",inputs);
      Object value=instance.output(output.name()).value();
      instanceMap.put("String_Node_Str",Functions.toString(value));
      values.add(value);
      outputInstances.add(instanceMap);
    }
    outputMap.put("String_Node_Str",outputInstances);
    boolean isNumeric=isNumeric(values);
    outputMap.put("String_Node_Str",isNumeric);
    FrequencyModel<Object> fm=new FrequencyModel<Object>(values);
    outputMap.put("String_Node_Str",(fm.distinct() > 0) ? Functions.toString(fm.sorted().get(0)) : "String_Node_Str");
    outputMap.put("String_Node_Str",(fm.distinct() > 0) ? fm.frequency(fm.sorted().get(0)) : 0);
    outputMap.put("String_Node_Str",values.size());
    outputMap.put("String_Node_Str",fm.entropy());
    if (isNumeric) {
      List<Number> numbers=numbers(values);
      outputMap.put("String_Node_Str",mean(numbers));
      outputMap.put("String_Node_Str",standardDeviation(numbers));
      outputMap.put("String_Node_Str",median(numbers));
    }
    outputs.add(outputMap);
  }
  templateData.put("String_Node_Str",outputs);
  List<Map<String,Object>> inputs=new ArrayList<Map<String,Object>>();
  for (  Input input : module.inputs())   if (input.print()) {
    Map<String,Object> inputMap=new LinkedHashMap<String,Object>();
    inputMap.put("String_Node_Str",input.name());
    inputMap.put("String_Node_Str",input.description());
    List<String> values=new ArrayList<String>();
    for (    ModuleInstance instance : module.instances())     values.add(Functions.toString(instance.input(input.name()).value()));
    inputMap.put("String_Node_Str",values);
    inputs.add(inputMap);
  }
  templateData.put("String_Node_Str",inputs);
  JadeTemplate tpl=getTemplate("String_Node_Str");
  moduleDir.mkdirs();
  try {
    BufferedWriter out=new BufferedWriter(new FileWriter(new File(moduleDir,"String_Node_Str")));
    config.renderTemplate(tpl,templateData,out);
    out.flush();
  }
 catch (  IOException e) {
    Global.log().warning("String_Node_Str" + e.getMessage() + "String_Node_Str"+ Arrays.toString(e.getStackTrace()));
    return;
  }
}