Program: 57912
Project: 57912
Buggy source:
@Override public void run(){
  try {
    boolean mv=false;
    boolean mw=false;
    if ((Bukkit.getPluginManager().getPlugin("String_Node_Str") != null) && Bukkit.getPluginManager().getPlugin("String_Node_Str").isEnabled()) {
      mv=true;
    }
 else     if ((Bukkit.getPluginManager().getPlugin("String_Node_Str") != null) && Bukkit.getPluginManager().getPlugin("String_Node_Str").isEnabled()) {
      mw=true;
    }
    for (    String worldName : worlds) {
      World world=Bukkit.getWorld(getWorld(worldName));
      if (world == null) {
        sendMessage("String_Node_Str" + worldName);
      }
      String actualWorldName=world.getName();
      sendMessage("String_Node_Str" + actualWorldName + "String_Node_Str");
      PS.get().removePlotAreas(actualWorldName);
      if (mv) {
        Bukkit.getServer().dispatchCommand(Bukkit.getServer().getConsoleSender(),"String_Node_Str" + actualWorldName);
        try {
          Thread.sleep(1000);
        }
 catch (        InterruptedException ex) {
          Thread.currentThread().interrupt();
        }
        Bukkit.getServer().dispatchCommand(Bukkit.getServer().getConsoleSender(),"String_Node_Str" + actualWorldName + "String_Node_Str");
      }
 else       if (mw) {
        Bukkit.getServer().dispatchCommand(Bukkit.getServer().getConsoleSender(),"String_Node_Str" + actualWorldName);
        try {
          Thread.sleep(1000);
        }
 catch (        InterruptedException ex) {
          Thread.currentThread().interrupt();
        }
        Bukkit.getServer().dispatchCommand(Bukkit.getServer().getConsoleSender(),"String_Node_Str" + actualWorldName + "String_Node_Str");
      }
 else {
        Bukkit.getServer().unloadWorld(world,true);
        World myWorld=WorldCreator.name(actualWorldName).generator(new BukkitPlotGenerator(new HybridGen())).createWorld();
        myWorld.save();
      }
    }
  }
 catch (  CommandException e) {
    e.printStackTrace();
  }
  if (done.get()) {
    done();
    sendMessage("String_Node_Str");
    PS.debug("String_Node_Str");
    PS.debug("String_Node_Str");
    PS.debug("String_Node_Str");
    PS.debug("String_Node_Str");
  }
 else {
    sendMessage("String_Node_Str");
    done.set(true);
  }
}

Fixed version (ground truth):
@Override public void run(){
  try {
    boolean mv=false;
    boolean mw=false;
    if ((Bukkit.getPluginManager().getPlugin("String_Node_Str") != null) && Bukkit.getPluginManager().getPlugin("String_Node_Str").isEnabled()) {
      mv=true;
    }
 else     if ((Bukkit.getPluginManager().getPlugin("String_Node_Str") != null) && Bukkit.getPluginManager().getPlugin("String_Node_Str").isEnabled()) {
      mw=true;
    }
    for (    String worldName : worlds) {
      World world=Bukkit.getWorld(getWorld(worldName));
      if (world == null) {
        sendMessage("String_Node_Str" + worldName);
      }
      String actualWorldName=world.getName();
      sendMessage("String_Node_Str" + actualWorldName + "String_Node_Str");
      PS.get().removePlotAreas(actualWorldName);
      if (mv) {
        Bukkit.getServer().dispatchCommand(Bukkit.getServer().getConsoleSender(),"String_Node_Str" + actualWorldName);
        try {
          Thread.sleep(1000);
        }
 catch (        InterruptedException ignored) {
          Thread.currentThread().interrupt();
        }
        Bukkit.getServer().dispatchCommand(Bukkit.getServer().getConsoleSender(),"String_Node_Str" + actualWorldName + "String_Node_Str");
      }
 else       if (mw) {
        Bukkit.getServer().dispatchCommand(Bukkit.getServer().getConsoleSender(),"String_Node_Str" + actualWorldName);
        try {
          Thread.sleep(1000);
        }
 catch (        InterruptedException ignored) {
          Thread.currentThread().interrupt();
        }
        Bukkit.getServer().dispatchCommand(Bukkit.getServer().getConsoleSender(),"String_Node_Str" + actualWorldName + "String_Node_Str");
      }
 else {
        Bukkit.getServer().unloadWorld(world,true);
        World myWorld=WorldCreator.name(actualWorldName).generator(new BukkitPlotGenerator(new HybridGen())).createWorld();
        myWorld.save();
      }
    }
  }
 catch (  CommandException e) {
    e.printStackTrace();
  }
  if (done.get()) {
    done();
    sendMessage("String_Node_Str");
    PS.debug("String_Node_Str");
    PS.debug("String_Node_Str");
    PS.debug("String_Node_Str");
    PS.debug("String_Node_Str");
  }
 else {
    sendMessage("String_Node_Str");
    done.set(true);
  }
}