Program: 42345
Project: 42345
Buggy source:
@Override public int run(List<XValue> args) throws Exception {
  Options opts=new Options("String_Node_Str",args);
  opts.parse();
  Processor processor=Shell.getProcessor();
  XPathCompiler compiler=processor.newXPathCompiler();
  XdmNode context=null;
  if (!opts.hasOpt("String_Node_Str")) {
    OptionValue ov=opts.getOpt("String_Node_Str");
    DocumentBuilder builder=processor.newDocumentBuilder();
    if (ov != null && ov.getValue().isXExpr()) {
      XdmItem item=ov.getValue().asXdmValue().itemAt(0);
      if (item instanceof XdmNode)       context=(XdmNode)item;
    }
    if (context == null) {
      if (ov != null && !ov.getValue().toString().equals("String_Node_Str"))       context=builder.build(getSource(ov.getValue()));
 else {
        context=getStdin().asXdmNode();
      }
    }
  }
  List<XValue> xvargs=opts.getRemainingArgs();
  boolean bQuiet=opts.hasOpt("String_Node_Str");
  OptionValue ov=opts.getOpt("String_Node_Str");
  String xpath=null;
  if (ov != null)   xpath=Util.readString(getURI(ov.getValue()));
 else {
    ov=opts.getOpt("String_Node_Str");
    if (ov != null)     xpath=ov.getValue().toString();
  }
  if (xpath == null)   xpath=xvargs.remove(0).toString();
  if (opts.hasOpt("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < xvargs.size() / 2; i++) {
      String name=xvargs.get(i * 2).toString();
      compiler.declareVariable(new QName(name));
    }
  }
  Namespaces ns=null;
  if (!opts.hasOpt("String_Node_Str"))   ns=getEnv().getNamespaces();
  if (opts.hasOpt("String_Node_Str")) {
    Namespaces ns2=new Namespaces();
    if (ns != null)     ns2.putAll(ns);
    for (    XValue v : opts.getOpt("String_Node_Str").getValues())     ns2.declare(v);
    ns=ns2;
  }
  if (ns != null) {
    for (    String prefix : ns.keySet()) {
      String uri=ns.get(prefix);
      compiler.declareNamespace(prefix,uri);
    }
  }
  XPathExecutable expr=compiler.compile(xpath);
  XPathSelector eval=expr.load();
  if (context != null)   eval.setContextItem(context);
  if (opts.hasOpt("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < xvargs.size() / 2; i++) {
      String name=xvargs.get(i * 2).toString();
      XValue value=xvargs.get(i * 2 + 1);
      eval.setVariable(new QName(name),value.asXdmValue());
    }
  }
  OutputPort stdout=getStdout();
  Destination ser=stdout.asDestination();
  boolean bAnyOutput=false;
  boolean bFirst=true;
  for (  XdmItem item : eval) {
    bAnyOutput=true;
    if (bQuiet)     break;
    if (!bFirst)     stdout.writeSequenceSeperator();
    bFirst=false;
    processor.writeXdmValue(item,ser);
  }
  if (!bQuiet && bAnyOutput)   stdout.writeSequenceTerminator();
  return bAnyOutput ? 0 : 1;
}

Fixed version (ground truth):
@Override public int run(List<XValue> args) throws Exception {
  Options opts=new Options("String_Node_Str",args);
  opts.parse();
  Processor processor=Shell.getProcessor();
  XPathCompiler compiler=processor.newXPathCompiler();
  XdmNode context=null;
  if (!opts.hasOpt("String_Node_Str")) {
    OptionValue ov=opts.getOpt("String_Node_Str");
    DocumentBuilder builder=processor.newDocumentBuilder();
    if (ov != null && ov.getValue().isXExpr()) {
      XdmItem item=ov.getValue().asXdmValue().itemAt(0);
      if (item instanceof XdmNode)       context=(XdmNode)item;
    }
    if (context == null) {
      if (ov != null && !ov.getValue().toString().equals("String_Node_Str"))       context=builder.build(getSource(ov.getValue()));
 else {
        context=getStdin().asXdmNode();
      }
    }
  }
  List<XValue> xvargs=opts.getRemainingArgs();
  boolean bQuiet=opts.hasOpt("String_Node_Str");
  OptionValue ov=opts.getOpt("String_Node_Str");
  String xpath=null;
  if (ov != null)   xpath=Util.readString(getURI(ov.getValue()));
 else {
    ov=opts.getOpt("String_Node_Str");
    if (ov != null)     xpath=ov.getValue().toString();
  }
  if (xpath == null)   xpath=xvargs.remove(0).toString();
  if (opts.hasOpt("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < xvargs.size() / 2; i++) {
      String name=xvargs.get(i * 2).toString();
      compiler.declareVariable(new QName(name));
    }
  }
  Namespaces ns=null;
  if (!opts.hasOpt("String_Node_Str"))   ns=getEnv().getNamespaces();
  if (opts.hasOpt("String_Node_Str")) {
    Namespaces ns2=new Namespaces();
    if (ns != null)     ns2.putAll(ns);
    for (    XValue v : opts.getOpt("String_Node_Str").getValues())     ns2.declare(v);
    ns=ns2;
  }
  if (ns != null) {
    for (    String prefix : ns.keySet()) {
      String uri=ns.get(prefix);
      compiler.declareNamespace(prefix,uri);
    }
  }
  XPathExecutable expr=compiler.compile(xpath);
  XPathSelector eval=expr.load();
  if (context != null)   eval.setContextItem(context);
  if (opts.hasOpt("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < xvargs.size() / 2; i++) {
      String name=xvargs.get(i * 2).toString();
      XValue value=xvargs.get(i * 2 + 1);
      eval.setVariable(new QName(name),value.asXdmValue());
    }
  }
  OutputPort stdout=getStdout();
  Destination ser=stdout.asDestination();
  boolean bAnyOutput=false;
  boolean bFirst=true;
  for (  XdmItem item : eval) {
    bAnyOutput=true;
    if (bQuiet)     break;
    if (!bFirst)     stdout.writeSequenceSeperator();
 else {
      if (item instanceof XdmNode) {
        URI uri=((XdmNode)item).getBaseURI();
        stdout.setSystemId(uri.toString());
      }
    }
    bFirst=false;
    processor.writeXdmValue(item,ser);
  }
  if (!bQuiet && bAnyOutput)   stdout.writeSequenceTerminator();
  return bAnyOutput ? 0 : 1;
}