Program: 13709
Project: 13709
Buggy source:
protected boolean parseArguments(String[] args,Configuration halvadeConf) throws ParseException {
  createOptions();
  CommandLineParser parser=new GnuParser();
  CommandLine line=parser.parse(options,args);
  in=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  out=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (!out.endsWith("String_Node_Str"))   out+="String_Node_Str";
  ref=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  sites=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  halvadeBinaries=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  hdfsSites=sites.split("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    useBamInput=true;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    rnaPipeline=true;
    if (line.hasOption("String_Node_Str"))     STARGenome=line.getOptionValue("String_Node_Str");
    if (!useBamInput && STARGenome == null) {
      throw new ParseException("String_Node_Str");
    }
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    tmpDir=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    localRefDir=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    nodes=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    vcores=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    smtEnabled=true;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    mem=Double.parseDouble(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    setMapContainers=false;
    mapContainersPerNode=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    setReduceContainers=false;
    reducerContainersPerNode=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    overrideMem=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str")) * 1024;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    stand_call_conf=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    stand_emit_conf=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    reportAll=true;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    keepFiles=true;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    redistribute=true;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    paired=false;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    justAlign=true;
    combineVcf=false;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    aln=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
    if (aln < 0 || aln > 3)     aln=0;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    java=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    gff=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    dryRun=true;
    combineVcf=false;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    keepChrSplitPairs=false;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    coverage=Double.parseDouble(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    mergeBam=true;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    justCombine=true;
    combineVcf=true;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    filterDBSnp=true;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    useGenotyper=false;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    useElPrep=false;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    RGID=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    RGLB=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    RGPL=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    RGPU=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    RGSM=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    bedFile=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    filterBed=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    Logger.SETLEVEL(Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str")));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    Properties props=line.getOptionProperties("String_Node_Str");
    Enumeration names=props.propertyNames();
    while (names.hasMoreElements()) {
      String name=(String)names.nextElement();
      addCustomArguments(halvadeConf,name,props.getProperty(name));
    }
  }
  return true;
}

Fixed version (ground truth):
protected boolean parseArguments(String[] args,Configuration halvadeConf) throws ParseException {
  createOptions();
  CommandLineParser parser=new GnuParser();
  CommandLine line=parser.parse(options,args);
  in=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  out=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  if (!out.endsWith("String_Node_Str"))   out+="String_Node_Str";
  ref=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  sites=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  halvadeBinaries=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  hdfsSites=sites.split("String_Node_Str");
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    useBamInput=true;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    rnaPipeline=true;
    if (line.hasOption("String_Node_Str"))     STARGenome=line.getOptionValue("String_Node_Str");
    if (!useBamInput && STARGenome == null) {
      throw new ParseException("String_Node_Str");
    }
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    tmpDir=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    localRefDir=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    nodes=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    vcores=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    smtEnabled=true;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    mem=Double.parseDouble(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    readCountsPerRegionFile=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    setMapContainers=false;
    mapContainersPerNode=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    setReduceContainers=false;
    reducerContainersPerNode=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    overrideMem=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str")) * 1024;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    stand_call_conf=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    stand_emit_conf=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    reportAll=true;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    keepFiles=true;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    redistribute=true;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    paired=false;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    justAlign=true;
    combineVcf=false;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    aln=Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
    if (aln < 0 || aln > 3)     aln=0;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    java=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    gff=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    dryRun=true;
    combineVcf=false;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    keepChrSplitPairs=false;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    coverage=Double.parseDouble(line.getOptionValue("String_Node_Str"));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    mergeBam=true;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    justCombine=true;
    combineVcf=true;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    filterDBSnp=true;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    reorderRegions=true;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    useGenotyper=false;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    useElPrep=false;
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    RGID=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    RGLB=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    RGPL=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    RGPU=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    RGSM=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    bedFile=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    filterBed=line.getOptionValue("String_Node_Str");
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    Logger.SETLEVEL(Integer.parseInt(line.getOptionValue("String_Node_Str")));
  }
  if (line.hasOption("String_Node_Str")) {
    Properties props=line.getOptionProperties("String_Node_Str");
    Enumeration names=props.propertyNames();
    while (names.hasMoreElements()) {
      String name=(String)names.nextElement();
      addCustomArguments(halvadeConf,name,props.getProperty(name));
    }
  }
  return true;
}