Program: 53014
Project: 53014
Buggy source:
public static void main(String[] args) throws DaoException, ConfigurationException {
  Options options=new Options();
  options.addOption(new DefaultOptionBuilder().hasArg().withLongOpt("String_Node_Str").withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str"));
  options.addOption(new DefaultOptionBuilder().hasArg().withLongOpt("String_Node_Str").withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str"));
  options.addOption(new DefaultOptionBuilder().hasArgs().withLongOpt("String_Node_Str").withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str"));
  options.addOption(new DefaultOptionBuilder().hasArg().withLongOpt("String_Node_Str").withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str"));
  options.addOption(new DefaultOptionBuilder().hasArg().withLongOpt("String_Node_Str").withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str"));
  options.addOption(new DefaultOptionBuilder().hasArg().isRequired().withLongOpt("String_Node_Str").withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str"));
  Env.addStandardOptions(options);
  CommandLineParser parser=new PosixParser();
  CommandLine cmd;
  try {
    cmd=parser.parse(options,args);
  }
 catch (  ParseException e) {
    System.err.println("String_Node_Str" + e.getMessage());
    new HelpFormatter().printHelp("String_Node_Str",options);
    return;
  }
  Env env=new Env(cmd);
  Configurator c=env.getConfigurator();
  DatasetDao datasetDao=new DatasetDao();
  if (!cmd.hasOption("String_Node_Str") && !cmd.hasOption("String_Node_Str")) {
    throw new IllegalArgumentException("String_Node_Str");
  }
  Language lang=env.getLanguages().getDefaultLanguage();
  List<Dataset> datasets=new ArrayList<Dataset>();
  for (  String dsName : cmd.getOptionValues("String_Node_Str")) {
    datasets.add(datasetDao.read(lang,dsName));
  }
  List<Dataset> allTrain=new ArrayList<Dataset>();
  List<Dataset> allTest=new ArrayList<Dataset>();
  String mode=cmd.hasOption("String_Node_Str") ? cmd.getOptionValue("String_Node_Str") : "String_Node_Str";
  if (mode.equals("String_Node_Str")) {
    for (    Dataset ds : datasets) {
      allTrain.add(ds);
      allTest.add(ds);
    }
  }
 else   if (mode.equals("String_Node_Str")) {
    int k=cmd.hasOption("String_Node_Str") ? Integer.parseInt(cmd.getOptionValue("String_Node_Str")) : DEFAULT_SPLITS;
    for (    Dataset ds : datasets) {
      makeFolds(ds.split(k),allTrain,allTest);
    }
  }
 else   if (mode.equals("String_Node_Str")) {
    makeFolds(datasets,allTrain,allTest);
  }
 else {
    System.err.println("String_Node_Str" + mode);
    System.exit(1);
  }
  double sumError=0;
  CrossValidation crossValidation=new CrossValidation();
  for (int i=0; i < allTrain.size(); i++) {
    Dataset train=allTrain.get(i);
    Dataset test=allTest.get(i);
    LocalSRMetric sr=null;
    UniversalSRMetric usr=null;
    if (cmd.hasOption("String_Node_Str")) {
      sr=c.get(LocalSRMetric.class,cmd.getOptionValue("String_Node_Str"));
    }
    if (cmd.hasOption("String_Node_Str")) {
      usr=c.get(UniversalSRMetric.class,cmd.getOptionValue("String_Node_Str"));
    }
    if (sr != null) {
      sr.trainDefaultSimilarity(train);
      sr.trainSimilarity(train);
      sumError+=crossValidation.evaluate(sr,test);
    }
 else     if (usr != null) {
      usr.trainSimilarity(train);
      sumError+=crossValidation.evaluate(usr,test);
    }
  }
  System.out.println(sumError / allTrain.size());
  System.out.println(crossValidation.missing + "String_Node_Str" + crossValidation.failed+ "String_Node_Str");
}

Fixed version (ground truth):
public static void main(String[] args) throws DaoException, ConfigurationException {
  Options options=new Options();
  options.addOption(new DefaultOptionBuilder().hasArg().withLongOpt("String_Node_Str").withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str"));
  options.addOption(new DefaultOptionBuilder().hasArg().withLongOpt("String_Node_Str").withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str"));
  options.addOption(new DefaultOptionBuilder().hasArgs().withLongOpt("String_Node_Str").withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str"));
  options.addOption(new DefaultOptionBuilder().hasArg().withLongOpt("String_Node_Str").withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str"));
  options.addOption(new DefaultOptionBuilder().hasArg().withLongOpt("String_Node_Str").withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str"));
  options.addOption(new DefaultOptionBuilder().hasArg().withLongOpt("String_Node_Str").withDescription("String_Node_Str").create("String_Node_Str"));
  Env.addStandardOptions(options);
  CommandLineParser parser=new PosixParser();
  CommandLine cmd;
  try {
    cmd=parser.parse(options,args);
  }
 catch (  ParseException e) {
    System.err.println("String_Node_Str" + e.getMessage());
    new HelpFormatter().printHelp("String_Node_Str",options);
    return;
  }
  Env env=new Env(cmd);
  Configurator c=env.getConfigurator();
  DatasetDao datasetDao=new DatasetDao();
  if (!cmd.hasOption("String_Node_Str") && !cmd.hasOption("String_Node_Str")) {
    throw new IllegalArgumentException("String_Node_Str");
  }
  File datasetPath=new File(c.getConf().get().getString("String_Node_Str"));
  Language lang=env.getLanguages().getDefaultLanguage();
  List<Dataset> datasets=new ArrayList<Dataset>();
  for (  String dsName : cmd.getOptionValues("String_Node_Str")) {
    datasets.add(datasetDao.read(lang,new File(datasetPath,dsName).getAbsolutePath()));
  }
  List<Dataset> allTrain=new ArrayList<Dataset>();
  List<Dataset> allTest=new ArrayList<Dataset>();
  String mode=cmd.hasOption("String_Node_Str") ? cmd.getOptionValue("String_Node_Str") : "String_Node_Str";
  if (mode.equals("String_Node_Str")) {
    for (    Dataset ds : datasets) {
      allTrain.add(ds);
      allTest.add(ds);
    }
  }
 else   if (mode.equals("String_Node_Str")) {
    int k=cmd.hasOption("String_Node_Str") ? Integer.parseInt(cmd.getOptionValue("String_Node_Str")) : DEFAULT_SPLITS;
    for (    Dataset ds : datasets) {
      makeFolds(ds.split(k),allTrain,allTest);
    }
  }
 else   if (mode.equals("String_Node_Str")) {
    makeFolds(datasets,allTrain,allTest);
  }
 else {
    System.err.println("String_Node_Str" + mode);
    System.exit(1);
  }
  double sumError=0;
  CrossValidation crossValidation=new CrossValidation();
  for (int i=0; i < allTrain.size(); i++) {
    Dataset train=allTrain.get(i);
    Dataset test=allTest.get(i);
    LocalSRMetric sr=null;
    UniversalSRMetric usr=null;
    if (cmd.hasOption("String_Node_Str")) {
      sr=c.get(LocalSRMetric.class,cmd.getOptionValue("String_Node_Str"));
    }
    if (cmd.hasOption("String_Node_Str")) {
      usr=c.get(UniversalSRMetric.class,cmd.getOptionValue("String_Node_Str"));
    }
    if (sr != null) {
      sr.trainDefaultSimilarity(train);
      sr.trainSimilarity(train);
      sumError+=crossValidation.evaluate(sr,test);
    }
 else     if (usr != null) {
      usr.trainSimilarity(train);
      sumError+=crossValidation.evaluate(usr,test);
    }
  }
  System.out.println(sumError / allTrain.size());
  System.out.println(crossValidation.missing + "String_Node_Str" + crossValidation.failed+ "String_Node_Str");
}