Program: 9356
Project: 9356
Buggy source:
public static void main(String[] args) throws IOException, ComponentInitException, IllegalArgumentException, SecurityException, InstantiationException, IllegalAccessException, InvocationTargetException, NoSuchMethodException, LearningProblemUnsupportedException {
  SimpleLayout layout=new SimpleLayout();
  ConsoleAppender consoleAppender=new ConsoleAppender(layout);
  Logger.getRootLogger().setLevel(Level.WARN);
  Logger.getLogger("String_Node_Str").setLevel(Level.WARN);
  Logger.getRootLogger().removeAllAppenders();
  Logger.getRootLogger().addAppender(consoleAppender);
  OptionParser parser=new OptionParser();
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str");
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withRequiredArg().ofType(URL.class);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(URI.class);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(URI.class);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(File.class);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(String.class).defaultsTo("String_Node_Str");
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(Double.class).defaultsTo(0.7);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(Integer.class).defaultsTo(10);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(Boolean.class).defaultsTo(false);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(Boolean.class).defaultsTo(false);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withRequiredArg().ofType(File.class);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(Boolean.class).defaultsTo(true);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str"),"String_Node_Str").withRequiredArg().ofType(Integer.class).defaultsTo(1000);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str"),"String_Node_Str").withRequiredArg().ofType(Integer.class).defaultsTo(10);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(Boolean.class).defaultsTo(false);
  OptionSpec<String> allowedNamespacesOption=parser.accepts("String_Node_Str").withRequiredArg().ofType(String.class).withValuesSeparatedBy(',');
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(Boolean.class).defaultsTo(true);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(Boolean.class).defaultsTo(true);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(Boolean.class).defaultsTo(true);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(String.class);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(String.class);
  OptionSet options=null;
  if (args.length == 0) {
    parser.printHelpOn(System.out);
    System.exit(0);
  }
  try {
    options=parser.parse(args);
  }
 catch (  Exception e) {
    System.out.println("String_Node_Str" + e.getMessage() + "String_Node_Str");
    System.exit(0);
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    parser.printHelpOn(System.out);
    String addHelp="String_Node_Str" + "String_Node_Str" + "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str";
    System.out.println();
    System.out.println(addHelp);
  }
 else {
    if (!options.hasArgument("String_Node_Str")) {
      System.out.println("String_Node_Str");
      System.exit(0);
    }
    SparqlEndpointKS ks=null;
    URL endpoint=null;
    try {
      endpoint=(URL)options.valueOf("String_Node_Str");
    }
 catch (    OptionException e) {
      System.out.println("String_Node_Str");
      System.exit(0);
    }
    try {
      if (isLocalFile(endpoint)) {
        File file=new File(endpoint.toURI());
        if (file.exists()) {
          Model kbModel=ModelFactory.createDefaultModel();
          kbModel.read(new FileInputStream(file),null);
          ks=new LocalModelBasedSparqlEndpointKS(kbModel);
        }
      }
 else {
        URI graph=null;
        try {
          graph=(URI)options.valueOf("String_Node_Str");
        }
 catch (        OptionException e) {
          System.out.println("String_Node_Str");
          System.exit(0);
        }
        LinkedList<String> defaultGraphURIs=new LinkedList<String>();
        if (graph != null) {
          defaultGraphURIs.add(graph.toString());
        }
        SparqlEndpoint se=new SparqlEndpoint(endpoint,defaultGraphURIs,new LinkedList<String>());
        String cacheDir=System.getProperty("String_Node_Str") + File.separator + "String_Node_Str";
        ks=new SparqlEndpointKS(se,cacheDir);
      }
    }
 catch (    URISyntaxException e2) {
      e2.printStackTrace();
    }
    URI resourceURI=null;
    try {
      resourceURI=(URI)options.valueOf("String_Node_Str");
    }
 catch (    OptionException e) {
      System.out.println("String_Node_Str");
      System.exit(0);
    }
    if (options.has("String_Node_Str") && options.has("String_Node_Str")) {
      final String username=(String)options.valueOf("String_Node_Str");
      final String password=(String)options.valueOf("String_Node_Str");
      Authenticator.setDefault(new Authenticator(){
        @Override protected PasswordAuthentication getPasswordAuthentication(){
          return new PasswordAuthentication(username,password.toCharArray());
        }
      }
);
    }
    if (ks.isRemote()) {
      String query="String_Node_Str";
      SparqlQuery sq=new SparqlQuery(query,ks.getEndpoint());
      try {
        ResultSet q=sq.send();
        while (q.hasNext()) {
          q.next();
        }
      }
 catch (      QueryExceptionHTTP e) {
        System.out.println("String_Node_Str");
        System.exit(0);
      }
    }
    OWLEntity resource=null;
    if (options.valueOf("String_Node_Str") != null) {
      resource=new SPARQLTasks(((SparqlEndpointKS)ks).getEndpoint()).guessResourceType(resourceURI.toString(),true);
      if (resource == null) {
        throw new IllegalArgumentException("String_Node_Str" + options.valueOf("String_Node_Str") + "String_Node_Str");
      }
    }
    boolean useInference=(Boolean)options.valueOf("String_Node_Str");
    boolean iterativeMode=(Boolean)options.valueOf("String_Node_Str");
    double threshold=(Double)options.valueOf("String_Node_Str");
    int maxNrOfResults=(Integer)options.valueOf("String_Node_Str");
    if (maxNrOfResults == -1) {
      maxNrOfResults=Integer.MAX_VALUE;
    }
    int chunksize=(Integer)options.valueOf("String_Node_Str");
    int maxExecutionTimeInSeconds=(Integer)options.valueOf("String_Node_Str");
    boolean omitExistingAxioms=(Boolean)options.valueOf("String_Node_Str");
    File f=(File)options.valueOf("String_Node_Str");
    if (options.has("String_Node_Str") && (!options.has("String_Node_Str") || options.valueOf("String_Node_Str").equals("String_Node_Str"))) {
      PrintStream printStream=new PrintStream(new FileOutputStream(f));
      System.setOut(printStream);
    }
    List<String> allowedNamespaces=options.valuesOf(allowedNamespacesOption);
    boolean processObjectProperties=(Boolean)options.valueOf("String_Node_Str");
    boolean processDataProperties=(Boolean)options.valueOf("String_Node_Str");
    boolean processClasses=(Boolean)options.valueOf("String_Node_Str");
    Enrichment e=new Enrichment(ks,resource,threshold,maxNrOfResults,useInference,false,chunksize,maxExecutionTimeInSeconds,omitExistingAxioms);
    e.setAllowedNamespaces(allowedNamespaces);
    e.setIterativeMode(iterativeMode);
    e.setProcessObjectProperties(processObjectProperties);
    e.setProcessDataProperties(processDataProperties);
    e.setProcessClasses(processClasses);
    e.start();
    if (options.has("String_Node_Str")) {
      List<AlgorithmRun> runs=e.getAlgorithmRuns();
      List<OWLAxiom> axioms=new LinkedList<OWLAxiom>();
      for (      AlgorithmRun run : runs) {
        axioms.addAll(e.toRDF(run.getAxioms(),run.getAlgorithm(),run.getParameters(),ks));
      }
      Model model=e.getModel(axioms);
      OutputStream os=options.has("String_Node_Str") ? new FileOutputStream((File)options.valueOf("String_Node_Str")) : System.out;
      if (options.valueOf("String_Node_Str").equals("String_Node_Str")) {
        if (options.has("String_Node_Str")) {
          model.write(new FileOutputStream(f),"String_Node_Str");
        }
 else {
          System.out.println("String_Node_Str");
          model.write(System.out,"String_Node_Str");
          System.out.println("String_Node_Str");
        }
      }
 else       if (options.valueOf("String_Node_Str").equals("String_Node_Str")) {
        if (options.has("String_Node_Str")) {
          model.write(new FileOutputStream(f),"String_Node_Str");
        }
 else {
          System.out.println("String_Node_Str");
          model.write(System.out,"String_Node_Str");
          System.out.println("String_Node_Str");
        }
      }
 else       if (options.valueOf("String_Node_Str").equals("String_Node_Str")) {
        if (options.has("String_Node_Str")) {
          model.write(new FileOutputStream(f),"String_Node_Str");
        }
 else {
          System.out.println("String_Node_Str");
          model.write(System.out,"String_Node_Str");
          System.out.println("String_Node_Str");
        }
      }
    }
    if (options.has("String_Node_Str")) {
      File file=(File)options.valueOf("String_Node_Str");
      try {
        OWLOntology ontology=e.getGeneratedOntology(options.has("String_Node_Str"));
        OutputStream os=new BufferedOutputStream(new FileOutputStream(file));
        OWLManager.createOWLOntologyManager().saveOntology(ontology,new RDFXMLOntologyFormat(),os);
      }
 catch (      OWLOntologyStorageException e1) {
        throw new Error("String_Node_Str");
      }
    }
  }
}

Fixed version (ground truth):
public static void main(String[] args) throws IOException, ComponentInitException, IllegalArgumentException, SecurityException, InstantiationException, IllegalAccessException, InvocationTargetException, NoSuchMethodException, LearningProblemUnsupportedException {
  SimpleLayout layout=new SimpleLayout();
  ConsoleAppender consoleAppender=new ConsoleAppender(layout);
  Logger.getRootLogger().setLevel(Level.WARN);
  Logger.getLogger("String_Node_Str").setLevel(Level.WARN);
  Logger.getRootLogger().removeAllAppenders();
  Logger.getRootLogger().addAppender(consoleAppender);
  OptionParser parser=new OptionParser();
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str");
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withRequiredArg().ofType(URL.class);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(URI.class);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(URI.class);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(File.class);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(String.class).defaultsTo("String_Node_Str");
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(Double.class).defaultsTo(0.7);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(Integer.class).defaultsTo(10);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(Boolean.class).defaultsTo(false);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(Boolean.class).defaultsTo(false);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withRequiredArg().ofType(File.class);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(Boolean.class).defaultsTo(true);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str"),"String_Node_Str").withRequiredArg().ofType(Integer.class).defaultsTo(1000);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str"),"String_Node_Str").withRequiredArg().ofType(Integer.class).defaultsTo(10);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(Boolean.class).defaultsTo(false);
  OptionSpec<String> allowedNamespacesOption=parser.accepts("String_Node_Str").withRequiredArg().ofType(String.class).withValuesSeparatedBy(',');
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(Boolean.class).defaultsTo(true);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(Boolean.class).defaultsTo(true);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(Boolean.class).defaultsTo(true);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(String.class);
  parser.acceptsAll(asList("String_Node_Str","String_Node_Str"),"String_Node_Str").withOptionalArg().ofType(String.class);
  OptionSet options=null;
  if (args.length == 0) {
    parser.printHelpOn(System.out);
    System.exit(0);
  }
  try {
    options=parser.parse(args);
  }
 catch (  Exception e) {
    System.out.println("String_Node_Str" + e.getMessage() + "String_Node_Str");
    System.exit(0);
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    parser.printHelpOn(System.out);
    String addHelp="String_Node_Str" + "String_Node_Str" + "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str";
    System.out.println();
    System.out.println(addHelp);
  }
 else {
    if (!options.hasArgument("String_Node_Str")) {
      System.out.println("String_Node_Str");
      System.exit(0);
    }
    SparqlEndpointKS ks=null;
    URL endpoint=null;
    try {
      endpoint=(URL)options.valueOf("String_Node_Str");
    }
 catch (    OptionException e) {
      System.out.println("String_Node_Str");
      System.exit(0);
    }
    try {
      if (isLocalFile(endpoint)) {
        File file=new File(endpoint.toURI());
        if (file.exists()) {
          Model kbModel=ModelFactory.createDefaultModel();
          kbModel.read(new FileInputStream(file),null);
          ks=new LocalModelBasedSparqlEndpointKS(kbModel);
        }
      }
 else {
        URI graph=null;
        try {
          graph=(URI)options.valueOf("String_Node_Str");
        }
 catch (        OptionException e) {
          System.out.println("String_Node_Str");
          System.exit(0);
        }
        LinkedList<String> defaultGraphURIs=new LinkedList<String>();
        if (graph != null) {
          defaultGraphURIs.add(graph.toString());
        }
        SparqlEndpoint se=new SparqlEndpoint(endpoint,defaultGraphURIs,new LinkedList<String>());
        String cacheDir=System.getProperty("String_Node_Str") + File.separator + "String_Node_Str";
        ks=new SparqlEndpointKS(se,cacheDir);
      }
      ks.init();
    }
 catch (    URISyntaxException e2) {
      e2.printStackTrace();
    }
    URI resourceURI=null;
    try {
      resourceURI=(URI)options.valueOf("String_Node_Str");
    }
 catch (    OptionException e) {
      System.out.println("String_Node_Str");
      System.exit(0);
    }
    if (options.has("String_Node_Str") && options.has("String_Node_Str")) {
      final String username=(String)options.valueOf("String_Node_Str");
      final String password=(String)options.valueOf("String_Node_Str");
      Authenticator.setDefault(new Authenticator(){
        @Override protected PasswordAuthentication getPasswordAuthentication(){
          return new PasswordAuthentication(username,password.toCharArray());
        }
      }
);
    }
    if (ks.isRemote()) {
      String query="String_Node_Str";
      SparqlQuery sq=new SparqlQuery(query,ks.getEndpoint());
      try {
        ResultSet q=sq.send();
        while (q.hasNext()) {
          q.next();
        }
      }
 catch (      QueryExceptionHTTP e) {
        System.out.println("String_Node_Str");
        System.exit(0);
      }
    }
    OWLEntity resource=null;
    if (options.valueOf("String_Node_Str") != null) {
      resource=new SPARQLTasks(((SparqlEndpointKS)ks).getEndpoint()).guessResourceType(resourceURI.toString(),true);
      if (resource == null) {
        throw new IllegalArgumentException("String_Node_Str" + options.valueOf("String_Node_Str") + "String_Node_Str");
      }
    }
    boolean useInference=(Boolean)options.valueOf("String_Node_Str");
    boolean iterativeMode=(Boolean)options.valueOf("String_Node_Str");
    double threshold=(Double)options.valueOf("String_Node_Str");
    int maxNrOfResults=(Integer)options.valueOf("String_Node_Str");
    if (maxNrOfResults == -1) {
      maxNrOfResults=Integer.MAX_VALUE;
    }
    int chunksize=(Integer)options.valueOf("String_Node_Str");
    int maxExecutionTimeInSeconds=(Integer)options.valueOf("String_Node_Str");
    boolean omitExistingAxioms=(Boolean)options.valueOf("String_Node_Str");
    File f=(File)options.valueOf("String_Node_Str");
    if (options.has("String_Node_Str") && (!options.has("String_Node_Str") || options.valueOf("String_Node_Str").equals("String_Node_Str"))) {
      PrintStream printStream=new PrintStream(new FileOutputStream(f));
      System.setOut(printStream);
    }
    List<String> allowedNamespaces=options.valuesOf(allowedNamespacesOption);
    boolean processObjectProperties=(Boolean)options.valueOf("String_Node_Str");
    boolean processDataProperties=(Boolean)options.valueOf("String_Node_Str");
    boolean processClasses=(Boolean)options.valueOf("String_Node_Str");
    Enrichment e=new Enrichment(ks,resource,threshold,maxNrOfResults,useInference,false,chunksize,maxExecutionTimeInSeconds,omitExistingAxioms);
    e.setAllowedNamespaces(allowedNamespaces);
    e.setIterativeMode(iterativeMode);
    e.setProcessObjectProperties(processObjectProperties);
    e.setProcessDataProperties(processDataProperties);
    e.setProcessClasses(processClasses);
    e.start();
    if (options.has("String_Node_Str")) {
      List<AlgorithmRun> runs=e.getAlgorithmRuns();
      List<OWLAxiom> axioms=new LinkedList<OWLAxiom>();
      for (      AlgorithmRun run : runs) {
        axioms.addAll(e.toRDF(run.getAxioms(),run.getAlgorithm(),run.getParameters(),ks));
      }
      Model model=e.getModel(axioms);
      OutputStream os=options.has("String_Node_Str") ? new FileOutputStream((File)options.valueOf("String_Node_Str")) : System.out;
      if (options.valueOf("String_Node_Str").equals("String_Node_Str")) {
        if (options.has("String_Node_Str")) {
          model.write(new FileOutputStream(f),"String_Node_Str");
        }
 else {
          System.out.println("String_Node_Str");
          model.write(System.out,"String_Node_Str");
          System.out.println("String_Node_Str");
        }
      }
 else       if (options.valueOf("String_Node_Str").equals("String_Node_Str")) {
        if (options.has("String_Node_Str")) {
          model.write(new FileOutputStream(f),"String_Node_Str");
        }
 else {
          System.out.println("String_Node_Str");
          model.write(System.out,"String_Node_Str");
          System.out.println("String_Node_Str");
        }
      }
 else       if (options.valueOf("String_Node_Str").equals("String_Node_Str")) {
        if (options.has("String_Node_Str")) {
          model.write(new FileOutputStream(f),"String_Node_Str");
        }
 else {
          System.out.println("String_Node_Str");
          model.write(System.out,"String_Node_Str");
          System.out.println("String_Node_Str");
        }
      }
    }
    if (options.has("String_Node_Str")) {
      File file=(File)options.valueOf("String_Node_Str");
      try {
        OWLOntology ontology=e.getGeneratedOntology(options.has("String_Node_Str"));
        OutputStream os=new BufferedOutputStream(new FileOutputStream(file));
        OWLManager.createOWLOntologyManager().saveOntology(ontology,new RDFXMLOntologyFormat(),os);
      }
 catch (      OWLOntologyStorageException e1) {
        throw new Error("String_Node_Str");
      }
    }
  }
}