Program: 52876
Project: 52876
Buggy source:
public void runOrStop(){
  if (process != null) {
    process.destroy();
    appendToLog("String_Node_Str");
    return;
  }
  String ref=new String();
  String dsSelection;
  if (dataSourceSelection.getSelectedIndex() == 0)   dsSelection="String_Node_Str";
 else   dsSelection="String_Node_Str";
  Config defaultConf=new Configuration().get();
  ref=defaultConf.toString().substring(defaultConf.toString().indexOf("String_Node_Str"),defaultConf.toString().lastIndexOf("String_Node_Str") + 1);
  JsonParser jp=new JsonParser();
  JsonObject refObj=new JsonObject();
  refObj.addProperty("String_Node_Str",baseDir.getText());
  refObj.add("String_Node_Str",new JsonObject());
  refObj.add("String_Node_Str",new JsonObject());
  refObj.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().add("String_Node_Str",new JsonObject());
  refObj.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().add("String_Node_Str",new JsonObject());
  refObj.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().add("String_Node_Str",new JsonObject());
  refObj.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().add("String_Node_Str",new JsonObject());
  refObj.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().add("String_Node_Str",new JsonObject());
  refObj.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().add("String_Node_Str",new JsonObject());
  if (dataSourceSelection.getSelectedIndex() == 0)   refObj.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().addProperty("String_Node_Str","String_Node_Str");
 else   refObj.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().addProperty("String_Node_Str","String_Node_Str");
  refObj.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().addProperty("String_Node_Str",String.format("String_Node_Str",h2Path.getText()));
  refObj.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().addProperty("String_Node_Str",String.format("String_Node_Str",postgresHost.getText(),postgresDB.getText()));
  refObj.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().addProperty("String_Node_Str",postgresUser.getText());
  refObj.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().addProperty("String_Node_Str",new String(postgresPass.getPassword()));
  refObj.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().addProperty("String_Node_Str",postgresHost.getText());
  refObj.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().addProperty("String_Node_Str",postgresPort.getText());
  refObj.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().addProperty("String_Node_Str",postgresDB.getText());
  refObj.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().addProperty("String_Node_Str",postgresUser.getText());
  refObj.get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().get("String_Node_Str").getAsJsonObject().addProperty("String_Node_Str",new String(postgresPass.getPassword()));
  Gson gson=new GsonBuilder().setPrettyPrinting().create();
  ref=gson.toJson(refObj);
  try {
    File file=new File("String_Node_Str");
    BufferedWriter output=new BufferedWriter(new FileWriter(file));
    output.write(ref);
    output.close();
  }
 catch (  Exception e) {
    e.printStackTrace();
  }
  try {
    java.util.List<String> argList=new ArrayList<String>();
    argList.add("String_Node_Str");
    argList.add(language.getText());
    if (basicWikipediaButton.isSelected()) {
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
    }
    if (luceneButton.isSelected()) {
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
    }
    if (phrasesButton.isSelected()) {
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
    }
    if (conceptsButton.isSelected()) {
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
    }
    if (univeralButton.isSelected()) {
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
    }
    if (wikidataButton.isSelected()) {
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
    }
    if (spatialButton.isSelected()) {
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
    }
    if (srButton.isSelected()) {
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
    }
    argList.add("String_Node_Str");
    argList.add("String_Node_Str");
    String arg[]=new String[argList.size()];
    arg=argList.toArray(arg);
    OutputStream out=new PrintStream(new LogOutputStream(System.out),true);
    OutputStream err=new PrintStream(new LogOutputStream(System.err),true);
    runLog.setText("String_Node_Str" + StringUtils.join(arg,"String_Node_Str") + "String_Node_Str");
    runButton.setText("String_Node_Str");
    runButton.setBackground(Color.RED);
    defaultButton.setEnabled(false);
    this.process=JvmUtils.launch(org.wikibrain.Loader.class,arg,out,err,heapSize.getText());
    final Timer timer=new Timer();
    timer.schedule(new TimerTask(){
      @Override public void run(){
        if (checkIfProcessHasFinished()) {
          timer.cancel();
        }
      }
    }
,1000,100);
  }
 catch (  Exception e) {
    runLog.append("String_Node_Str");
    runLog.append(ExceptionUtils.getFullStackTrace(e));
    e.printStackTrace();
  }
}

Fixed version (ground truth):
public void runOrStop(){
  if (process != null) {
    process.destroy();
    appendToLog("String_Node_Str");
    return;
  }
  try {
    File file=new File("String_Node_Str");
    BufferedWriter output=new BufferedWriter(new FileWriter(file));
    output.write("String_Node_Str");
    writeHOCONString(output,baseDir.getText());
    if (dataSourceSelection.getSelectedIndex() == 0)     output.write("String_Node_Str");
 else     output.write("String_Node_Str");
    output.write("String_Node_Str");
    writeHOCONString(output,String.format("String_Node_Str",h2Path.getText()));
    output.write("String_Node_Str");
    writeHOCONString(output,String.format("String_Node_Str",postgresHost.getText(),postgresDB.getText()));
    output.write("String_Node_Str");
    writeHOCONString(output,postgresUser.getText());
    output.write("String_Node_Str");
    writeHOCONString(output,postgresPass.getPassword());
    output.write("String_Node_Str");
    writeHOCONString(output,postgresHost.getText());
    output.write("String_Node_Str");
    writeHOCONString(output,postgresPort.getText());
    output.write("String_Node_Str");
    writeHOCONString(output,postgresDB.getText());
    output.write("String_Node_Str");
    writeHOCONString(output,postgresUser.getText());
    output.write("String_Node_Str");
    writeHOCONString(output,postgresPass.getPassword());
    output.write("String_Node_Str");
    output.close();
  }
 catch (  Exception e) {
    e.printStackTrace();
  }
  try {
    java.util.List<String> argList=new ArrayList<String>();
    argList.add("String_Node_Str");
    argList.add(language.getText());
    if (basicWikipediaButton.isSelected()) {
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
    }
    if (luceneButton.isSelected()) {
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
    }
    if (phrasesButton.isSelected()) {
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
    }
    if (conceptsButton.isSelected()) {
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
    }
    if (univeralButton.isSelected()) {
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
    }
    if (wikidataButton.isSelected()) {
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
    }
    if (spatialButton.isSelected()) {
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
    }
    if (srButton.isSelected()) {
      argList.add("String_Node_Str");
      argList.add("String_Node_Str");
    }
    argList.add("String_Node_Str");
    argList.add("String_Node_Str");
    String arg[]=new String[argList.size()];
    arg=argList.toArray(arg);
    OutputStream out=new PrintStream(new LogOutputStream(System.out),true);
    OutputStream err=new PrintStream(new LogOutputStream(System.err),true);
    runLog.setText("String_Node_Str" + StringUtils.join(arg,"String_Node_Str") + "String_Node_Str");
    runButton.setText("String_Node_Str");
    runButton.setBackground(Color.RED);
    defaultButton.setEnabled(false);
    this.process=JvmUtils.launch(org.wikibrain.Loader.class,arg,out,err,heapSize.getText());
    final Timer timer=new Timer();
    timer.schedule(new TimerTask(){
      @Override public void run(){
        if (checkIfProcessHasFinished()) {
          timer.cancel();
        }
      }
    }
,1000,100);
  }
 catch (  Exception e) {
    runLog.append("String_Node_Str");
    runLog.append(ExceptionUtils.getFullStackTrace(e));
    e.printStackTrace();
  }
}