Program: 34012
Project: 34012
Buggy source:
/** 
 * Sets this block's sign data
 * @param tileData
 */
public void setSign(Map<String,Tag> tileData){
  signText=new ArrayList<String>();
  List<String> text=new ArrayList<String>();
  for (int i=1; i < 5; i++) {
    String line=((StringTag)tileData.get("String_Node_Str" + String.valueOf(i))).getValue();
    if (line == null) {
      line="String_Node_Str";
    }
    text.add(line);
  }
  JSONParser parser=new JSONParser();
  ContainerFactory containerFactory=new ContainerFactory(){
    public List creatArrayContainer(){
      return new LinkedList();
    }
    public Map createObjectContainer(){
      return new LinkedHashMap();
    }
  }
;
  for (int line=0; line < 4; line++) {
    String lineText="String_Node_Str";
    if (!text.get(line).equals("String_Node_Str") && !text.get(line).isEmpty()) {
      if (text.get(line).startsWith("String_Node_Str")) {
        try {
          Map json=(Map)parser.parse(text.get(line),containerFactory);
          List list=(List)json.get("String_Node_Str");
          Iterator iter=list.iterator();
          while (iter.hasNext()) {
            Object next=iter.next();
            String format=JSONValue.toJSONString(next);
            if (format.startsWith("String_Node_Str")) {
              Map jsonFormat=(Map)parser.parse(format,containerFactory);
              Iterator formatIter=jsonFormat.entrySet().iterator();
              while (formatIter.hasNext()) {
                Map.Entry entry=(Map.Entry)formatIter.next();
                String key=entry.getKey().toString();
                String value=entry.getValue().toString();
                if (key.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
                  try {
                    lineText+=ChatColor.valueOf(value.toUpperCase());
                  }
 catch (                  Exception noColor) {
                    Bukkit.getLogger().warning("String_Node_Str" + value + "String_Node_Str");
                  }
                }
 else                 if (key.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
                  lineText+=value;
                }
 else {
                  if (key.equalsIgnoreCase("String_Node_Str") && value.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
                    lineText+=ChatColor.MAGIC;
                  }
 else                   if (key.equalsIgnoreCase("String_Node_Str") && value.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
                    lineText+=ChatColor.UNDERLINE;
                  }
 else {
                    try {
                      lineText+=ChatColor.valueOf(key.toUpperCase());
                    }
 catch (                    Exception noFormat) {
                      Bukkit.getLogger().warning("String_Node_Str" + value + "String_Node_Str");
                    }
                  }
                }
              }
            }
 else {
              if (format.length() > 1) {
                lineText+=ChatColor.RESET + format.substring(format.indexOf('"') + 1,format.lastIndexOf('"'));
              }
            }
          }
        }
 catch (        ParseException e) {
          e.printStackTrace();
        }
      }
 else {
        if (text.get(line).length() > 1) {
          try {
            lineText=text.get(line).substring(text.get(line).indexOf('"') + 1,text.get(line).lastIndexOf('"'));
          }
 catch (          Exception e) {
            lineText=text.get(line);
          }
        }
 else {
          lineText=text.get(line);
        }
      }
    }
    signText.add(lineText);
  }
}

Fixed version (ground truth):
/** 
 * Sets this block's sign data
 * @param tileData
 */
public void setSign(Map<String,Tag> tileData){
  signText=new ArrayList<String>();
  List<String> text=new ArrayList<String>();
  for (int i=1; i < 5; i++) {
    String line=((StringTag)tileData.get("String_Node_Str" + String.valueOf(i))).getValue();
    if (line.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      line="String_Node_Str";
    }
    text.add(line);
  }
  JSONParser parser=new JSONParser();
  ContainerFactory containerFactory=new ContainerFactory(){
    public List creatArrayContainer(){
      return new LinkedList();
    }
    public Map createObjectContainer(){
      return new LinkedHashMap();
    }
  }
;
  for (int line=0; line < 4; line++) {
    String lineText="String_Node_Str";
    if (!text.get(line).equals("String_Node_Str") && !text.get(line).isEmpty()) {
      if (text.get(line).startsWith("String_Node_Str")) {
        try {
          Map json=(Map)parser.parse(text.get(line),containerFactory);
          List list=(List)json.get("String_Node_Str");
          Iterator iter=list.iterator();
          while (iter.hasNext()) {
            Object next=iter.next();
            String format=JSONValue.toJSONString(next);
            if (format.startsWith("String_Node_Str")) {
              Map jsonFormat=(Map)parser.parse(format,containerFactory);
              Iterator formatIter=jsonFormat.entrySet().iterator();
              while (formatIter.hasNext()) {
                Map.Entry entry=(Map.Entry)formatIter.next();
                String key=entry.getKey().toString();
                String value=entry.getValue().toString();
                if (key.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
                  try {
                    lineText+=ChatColor.valueOf(value.toUpperCase());
                  }
 catch (                  Exception noColor) {
                    Bukkit.getLogger().warning("String_Node_Str" + value + "String_Node_Str");
                  }
                }
 else                 if (key.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
                  lineText+=value;
                }
 else {
                  if (key.equalsIgnoreCase("String_Node_Str") && value.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
                    lineText+=ChatColor.MAGIC;
                  }
 else                   if (key.equalsIgnoreCase("String_Node_Str") && value.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
                    lineText+=ChatColor.UNDERLINE;
                  }
 else {
                    try {
                      lineText+=ChatColor.valueOf(key.toUpperCase());
                    }
 catch (                    Exception noFormat) {
                      Bukkit.getLogger().warning("String_Node_Str" + value + "String_Node_Str");
                    }
                  }
                }
              }
            }
 else {
              if (format.length() > 1) {
                lineText+=ChatColor.RESET + format.substring(format.indexOf('"') + 1,format.lastIndexOf('"'));
              }
            }
          }
        }
 catch (        ParseException e) {
          e.printStackTrace();
        }
      }
 else {
        if (text.get(line).length() > 1) {
          try {
            lineText=text.get(line).substring(text.get(line).indexOf('"') + 1,text.get(line).lastIndexOf('"'));
          }
 catch (          Exception e) {
            lineText=text.get(line);
          }
        }
 else {
          lineText=text.get(line);
        }
      }
    }
    signText.add(lineText);
  }
}