Program: 18029
Project: 18029
Buggy source:
@Override public void run(){
  if (plugin.syncRunning) {
    Util.message(commandSend,ChatColor.GREEN + "String_Node_Str");
    return;
  }
  plugin.syncRunning=true;
  boolean goNext=true;
  int f=1;
  plugin.last_req=0;
  plugin.lastID=0;
  plugin.timeRecieved=0;
  while (goNext) {
    long startID=plugin.lastID;
    JsonHandler webHandle=new JsonHandler(plugin);
    HashMap<String,String> url_items=new HashMap<String,String>();
    url_items.put("String_Node_Str",String.valueOf(plugin.lastID));
    url_items.put("String_Node_Str",String.valueOf(plugin.timeRecieved));
    url_items.put("String_Node_Str","String_Node_Str");
    JSONObject response=webHandle.hdl_jobj(url_items);
    try {
      if (response.has("String_Node_Str")) {
        if (response.getJSONArray("String_Node_Str").length() > 0) {
          for (int v=0; v < response.getJSONArray("String_Node_Str").length(); v++) {
            String[] plyer=response.getJSONArray("String_Node_Str").getString(v).split("String_Node_Str");
            OfflinePlayer d=plugin.getServer().getOfflinePlayer(plyer[0]);
            if (d.isBanned()) {
              if (plyer[1].equals("String_Node_Str")) {
                d.setBanned(false);
              }
            }
 else {
              if (plyer[1].equals("String_Node_Str")) {
                d.setBanned(true);
              }
            }
          }
        }
      }
      if (plugin.lastID == 0) {
        if (response.has("String_Node_Str")) {
          plugin.timeRecieved=response.getLong("String_Node_Str");
        }
      }
      if (response.has("String_Node_Str")) {
        plugin.lastID=response.getLong("String_Node_Str");
      }
      goNext=response.has("String_Node_Str");
    }
 catch (    JSONException e) {
      if (plugin.getConfigs().isDebug()) {
        e.printStackTrace();
      }
    }
catch (    NullPointerException e) {
      if (plugin.getConfigs().isDebug()) {
        e.printStackTrace();
      }
    }
    if (plugin.lastID == startID) {
      f++;
    }
 else {
      f=1;
    }
    if (f > 5) {
      goNext=false;
    }
    try {
      Thread.sleep(500);
    }
 catch (    InterruptedException ignore) {
    }
  }
  plugin.syncRunning=false;
  Util.message(commandSend,ChatColor.GREEN + "String_Node_Str");
  this.save();
}

Fixed version (ground truth):
@Override public void run(){
  if (plugin.syncRunning) {
    Util.message(commandSend,ChatColor.GREEN + "String_Node_Str");
    return;
  }
  plugin.syncRunning=true;
  try {
    boolean goNext=true;
    int f=1;
    plugin.last_req=0;
    plugin.lastID=0;
    plugin.timeRecieved=0;
    while (goNext) {
      long startID=plugin.lastID;
      JsonHandler webHandle=new JsonHandler(plugin);
      HashMap<String,String> url_items=new HashMap<String,String>();
      url_items.put("String_Node_Str",String.valueOf(plugin.lastID));
      url_items.put("String_Node_Str",String.valueOf(plugin.timeRecieved));
      url_items.put("String_Node_Str","String_Node_Str");
      JSONObject response=webHandle.hdl_jobj(url_items);
      try {
        if (response.has("String_Node_Str")) {
          if (response.getJSONArray("String_Node_Str").length() > 0) {
            for (int v=0; v < response.getJSONArray("String_Node_Str").length(); v++) {
              String[] plyer=response.getJSONArray("String_Node_Str").getString(v).split("String_Node_Str");
              OfflinePlayer d=plugin.getServer().getOfflinePlayer(plyer[0]);
              if (d.isBanned()) {
                if (plyer[1].equals("String_Node_Str")) {
                  d.setBanned(false);
                }
              }
 else {
                if (plyer[1].equals("String_Node_Str")) {
                  d.setBanned(true);
                }
              }
            }
          }
        }
        if (plugin.lastID == 0) {
          if (response.has("String_Node_Str")) {
            plugin.timeRecieved=response.getLong("String_Node_Str");
          }
        }
        if (response.has("String_Node_Str")) {
          plugin.lastID=response.getLong("String_Node_Str");
        }
        goNext=response.has("String_Node_Str");
      }
 catch (      JSONException e) {
        if (plugin.getConfigs().isDebug()) {
          e.printStackTrace();
        }
      }
catch (      NullPointerException e) {
        if (plugin.getConfigs().isDebug()) {
          e.printStackTrace();
        }
      }
      if (plugin.lastID == startID) {
        f++;
      }
 else {
        f=1;
      }
      if (f > 5) {
        goNext=false;
      }
      try {
        Thread.sleep(500);
      }
 catch (      InterruptedException ignore) {
      }
    }
  }
  finally {
    plugin.syncRunning=false;
  }
  Util.message(commandSend,ChatColor.GREEN + "String_Node_Str");
  this.save();
}