Program: 42508
Project: 42508
Buggy source:
public static String snippet(JCas jCas,int snippetBegin,int snippetEnd,Annotation a1,Annotation a2){
  final String T_BEGIN="String_Node_Str";
  final String T_END="String_Node_Str";
  String s=jCas.getDocumentText().substring(snippetBegin,snippetEnd);
  String sError=s;
  try {
    int relA1Begin=a1.getBegin() - snippetBegin;
    int relA1End=a1.getEnd() - snippetBegin;
    int relA2Begin=a2.getBegin() - snippetBegin;
    int relA2End=a2.getEnd() - snippetBegin;
    Position position=BlueCasUtil.isBefore(a1,a2);
    if (position == Position.before) {
      s=s.substring(0,relA2End) + T_END + s.substring(relA2End);
      s=s.substring(0,relA2Begin) + T_BEGIN + a2.getClass().getSimpleName()+ "String_Node_Str"+ s.substring(relA2Begin);
      s=s.substring(0,relA1End) + T_END + s.substring(relA1End);
      s=s.substring(0,relA1Begin) + T_BEGIN + a1.getClass().getSimpleName()+ "String_Node_Str"+ s.substring(relA1Begin);
    }
 else     if (position == Position.after) {
      s=s.substring(0,relA1End) + T_END + s.substring(relA1End);
      s=s.substring(0,relA1Begin) + T_BEGIN + a1.getClass().getSimpleName()+ "String_Node_Str"+ s.substring(relA1Begin);
      s=s.substring(0,relA2End) + T_END + s.substring(relA2End);
      s=s.substring(0,relA2Begin) + T_BEGIN + a2.getClass().getSimpleName()+ "String_Node_Str"+ s.substring(relA2Begin);
    }
 else {
      LOG.warn("String_Node_Str" + getHeaderDocId(jCas));
    }
    return s.replaceAll("String_Node_Str","String_Node_Str");
  }
 catch (  Exception e) {
    LOG.warn("String_Node_Str",new Object[]{getHeaderDocId(jCas),snippetBegin,snippetEnd,To.string(a1),To.string(a2)});
    return sError;
  }
}

Fixed version (ground truth):
public static String snippet(JCas jCas,int snippetBegin,int snippetEnd,Annotation a1,Annotation a2){
  final String T_BEGIN="String_Node_Str";
  final String T_END="String_Node_Str";
  String s=jCas.getDocumentText().substring(snippetBegin,snippetEnd);
  String sError=s;
  try {
    int relA1Begin=a1.getBegin() - snippetBegin;
    int relA1End=a1.getEnd() - snippetBegin;
    int relA2Begin=a2.getBegin() - snippetBegin;
    int relA2End=a2.getEnd() - snippetBegin;
    Position position=BlueCasUtil.isBefore(a1,a2);
    if (position == Position.before) {
      s=s.substring(0,relA2End) + T_END + s.substring(relA2End);
      s=s.substring(0,relA2Begin) + T_BEGIN + a2.getClass().getSimpleName()+ "String_Node_Str"+ s.substring(relA2Begin);
      s=s.substring(0,relA1End) + T_END + s.substring(relA1End);
      s=s.substring(0,relA1Begin) + T_BEGIN + a1.getClass().getSimpleName()+ "String_Node_Str"+ s.substring(relA1Begin);
    }
 else     if (position == Position.after) {
      s=s.substring(0,relA1End) + T_END + s.substring(relA1End);
      s=s.substring(0,relA1Begin) + T_BEGIN + a1.getClass().getSimpleName()+ "String_Node_Str"+ s.substring(relA1Begin);
      s=s.substring(0,relA2End) + T_END + s.substring(relA2End);
      s=s.substring(0,relA2Begin) + T_BEGIN + a2.getClass().getSimpleName()+ "String_Node_Str"+ s.substring(relA2Begin);
    }
 else {
      LOG.warn("String_Node_Str" + getHeaderDocId(jCas),a1.getCoveredText(),a2.getCoveredText());
    }
    return s.replaceAll("String_Node_Str","String_Node_Str");
  }
 catch (  Exception e) {
    LOG.warn("String_Node_Str",new Object[]{getHeaderDocId(jCas),snippetBegin,snippetEnd,To.string(a1),To.string(a2)});
    return sError;
  }
}