Program: 38196
Project: 38196
Buggy source:
/** 
 * Method that runs when the processCommand is executed.
 */
@Override public Response execute(){
  System.out.println("String_Node_Str");
  DatabaseAccessor db=null;
  ProcessHandler processHandler;
  try {
    db=new DatabaseAccessor(DatabaseSettings.username,DatabaseSettings.password,DatabaseSettings.host,DatabaseSettings.database);
    processHandler=new ProcessHandler();
switch (processtype) {
case "String_Node_Str":
      filepaths=db.processRawToProfile(expid);
    if (!db.isConnected()) {
      db=new DatabaseAccessor(DatabaseSettings.username,DatabaseSettings.password,DatabaseSettings.host,DatabaseSettings.database);
    }
  Genome g=db.getGenomeRelease(genomeVersion);
parameters[1]=g.path;
try {
processHandler.executeProcess("String_Node_Str",parameters,filepaths.getKey(),filepaths.getValue());
System.out.println("String_Node_Str");
for (String s : parameters) {
  System.out.println("String_Node_Str" + s);
}
}
 catch (ProcessException e) {
e.printStackTrace();
ResponseLogger.log(username,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e.getMessage());
db.close();
return new ProcessResponse(StatusCode.SERVICE_UNAVAILABLE,e.getMessage());
}
break;
default :
System.err.println("String_Node_Str");
db.close();
ResponseLogger.log(username,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str");
return new ProcessResponse(StatusCode.BAD_REQUEST,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str");
}
}
 catch (SQLException e) {
e.printStackTrace();
ResponseLogger.log(username,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e.getMessage());
try {
db.close();
}
 catch (SQLException e1) {
ResponseLogger.log(username,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e1.getMessage());
e1.printStackTrace();
return new ProcessResponse(StatusCode.SERVICE_UNAVAILABLE,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e.getMessage());
}
}
catch (IOException e1) {
e1.printStackTrace();
ResponseLogger.log(username,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e1.getMessage());
try {
db.close();
}
 catch (SQLException e) {
ResponseLogger.log(username,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e.getMessage());
e.printStackTrace();
}
return new ProcessResponse(StatusCode.SERVICE_UNAVAILABLE,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e1.getMessage());
}
try {
if (!db.isConnected()) {
db=new DatabaseAccessor(DatabaseSettings.username,DatabaseSettings.password,DatabaseSettings.host,DatabaseSettings.database);
}
db.addGeneratedProfiles(expid,filepaths.getValue(),filepaths.getKey(),metadata,genomeVersion,username,false);
}
 catch (SQLException e) {
e.printStackTrace();
ResponseLogger.log(username,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e.getMessage());
try {
db.close();
}
 catch (SQLException e1) {
ResponseLogger.log(username,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e1.getMessage());
e1.printStackTrace();
}
return new ProcessResponse(StatusCode.SERVICE_UNAVAILABLE,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e.getMessage());
}
catch (IOException e) {
e.printStackTrace();
ResponseLogger.log(username,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e.getMessage());
try {
db.close();
}
 catch (SQLException e1) {
ResponseLogger.log(username,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e1.getMessage());
e1.printStackTrace();
}
return new ProcessResponse(StatusCode.SERVICE_UNAVAILABLE,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e.getMessage());
}
try {
db.close();
}
 catch (SQLException e) {
ResponseLogger.log(username,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e.getMessage());
e.printStackTrace();
}
ResponseLogger.log(username,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str");
return new ProcessResponse(StatusCode.CREATED,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str");
}

Fixed version (ground truth):
/** 
 * Method that runs when the processCommand is executed.
 */
@Override public Response execute(){
  System.out.println("String_Node_Str");
  DatabaseAccessor db=null;
  ProcessHandler processHandler;
  try {
    db=new DatabaseAccessor(DatabaseSettings.username,DatabaseSettings.password,DatabaseSettings.host,DatabaseSettings.database);
    processHandler=new ProcessHandler();
switch (processtype) {
case "String_Node_Str":
      filepaths=db.processRawToProfile(expid);
    if (!db.isConnected()) {
      db=new DatabaseAccessor(DatabaseSettings.username,DatabaseSettings.password,DatabaseSettings.host,DatabaseSettings.database);
    }
  Genome g=db.getGenomeRelease(genomeVersion);
parameters[1]=g.folderPath;
try {
processHandler.executeProcess("String_Node_Str",parameters,filepaths.getKey(),filepaths.getValue());
System.out.println("String_Node_Str");
for (String s : parameters) {
  System.out.println("String_Node_Str" + s);
}
}
 catch (ProcessException e) {
e.printStackTrace();
ResponseLogger.log(username,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e.getMessage());
db.close();
return new ProcessResponse(StatusCode.SERVICE_UNAVAILABLE,e.getMessage());
}
break;
default :
System.err.println("String_Node_Str");
db.close();
ResponseLogger.log(username,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str");
return new ProcessResponse(StatusCode.BAD_REQUEST,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str");
}
}
 catch (SQLException e) {
e.printStackTrace();
ResponseLogger.log(username,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e.getMessage());
db.close();
}
catch (IOException e1) {
e1.printStackTrace();
ResponseLogger.log(username,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e1.getMessage());
db.close();
return new ProcessResponse(StatusCode.SERVICE_UNAVAILABLE,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e1.getMessage());
}
try {
if (!db.isConnected()) {
db=new DatabaseAccessor(DatabaseSettings.username,DatabaseSettings.password,DatabaseSettings.host,DatabaseSettings.database);
}
db.addGeneratedProfiles(expid,filepaths.getValue(),filepaths.getKey(),metadata,genomeVersion,username,false);
}
 catch (SQLException e) {
e.printStackTrace();
ResponseLogger.log(username,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e.getMessage());
db.close();
return new ProcessResponse(StatusCode.SERVICE_UNAVAILABLE,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e.getMessage());
}
catch (IOException e) {
e.printStackTrace();
ResponseLogger.log(username,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e.getMessage());
db.close();
return new ProcessResponse(StatusCode.SERVICE_UNAVAILABLE,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str"+ e.getMessage());
}
db.close();
ResponseLogger.log(username,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str");
return new ProcessResponse(StatusCode.CREATED,"String_Node_Str" + processtype + "String_Node_Str"+ expid+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ metadata+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ parameters+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ genomeVersion+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ author+ "String_Node_Str");
}