Program: 1721
Project: 1721
Buggy source:
/** 
 * The application main entry point.
 * @param args           the command-line parameters
 */
public static void main(String[] args){
  if (args.length < 1) {
    printHelp("String_Node_Str");
    System.exit(1);
  }
  ArrayList<Object> queue=new ArrayList<>();
  for (  String arg : args) {
    try {
      if (arg.contains("String_Node_Str")) {
        queue.add(new URL(arg));
      }
 else {
        File file=new File(arg);
        if (!file.exists()) {
          System.out.println("String_Node_Str" + arg + "String_Node_Str");
        }
 else         if (file.isDirectory()) {
          addMibs(file,queue);
        }
 else {
          queue.add(file);
        }
      }
    }
 catch (    MalformedURLException e) {
      System.out.println("String_Node_Str" + arg + "String_Node_Str"+ e.getMessage());
    }
  }
  MibLoader loader=new MibLoader();
  int errors=0;
  int warnings=0;
  for (int i=0; i < queue.size(); i++) {
    Object src=queue.get(i);
    System.out.print(i);
    System.out.print("String_Node_Str");
    System.out.print(queue.size());
    System.out.print("String_Node_Str" + src + "String_Node_Str");
    System.out.flush();
    try {
      loader.unloadAll();
      Mib mib=null;
      if (src instanceof URL) {
        loader.removeAllDirs();
        mib=loader.load((URL)src);
      }
 else {
        File file=(File)src;
        if (!loader.hasDir(file.getParentFile())) {
          loader.removeAllDirs();
          loader.addDir(file.getParentFile());
        }
        mib=loader.load(file);
      }
      System.out.println("String_Node_Str");
      if (mib.getLog().warningCount() > 0) {
        mib.getLog().printTo(System.out);
        warnings++;
      }
    }
 catch (    FileNotFoundException e) {
      System.out.println("String_Node_Str");
      printError(src.toString(),e);
      errors++;
    }
catch (    IOException e) {
      System.out.println("String_Node_Str");
      printError(src.toString(),e);
      errors++;
    }
catch (    MibLoaderException e) {
      System.out.println("String_Node_Str");
      e.getLog().printTo(System.out);
      errors++;
    }
catch (    RuntimeException e) {
      System.out.println();
      printInternalError(e);
      System.exit(1);
    }
  }
  System.out.println();
  System.out.println("String_Node_Str" + queue.size());
  System.out.println("String_Node_Str" + errors);
  System.out.println("String_Node_Str" + warnings);
  if (errors > 0) {
    System.err.println("String_Node_Str");
  }
  System.exit(errors);
}

Fixed version (ground truth):
/** 
 * The application main entry point.
 * @param args           the command-line parameters
 */
public static void main(String[] args){
  if (args.length < 1) {
    printHelp("String_Node_Str");
    System.exit(1);
  }
  ArrayList<Object> queue=new ArrayList<>();
  for (  String arg : args) {
    try {
      if (arg.contains("String_Node_Str")) {
        queue.add(new URL(arg));
      }
 else {
        File file=new File(arg);
        if (!file.exists()) {
          System.out.println("String_Node_Str" + arg + "String_Node_Str");
        }
 else         if (file.isDirectory()) {
          addMibs(file,queue);
        }
 else {
          queue.add(file);
        }
      }
    }
 catch (    MalformedURLException e) {
      System.out.println("String_Node_Str" + arg + "String_Node_Str"+ e.getMessage());
    }
  }
  MibLoader loader=new MibLoader();
  int errors=0;
  int warnings=0;
  for (int i=0; i < queue.size(); i++) {
    Object src=queue.get(i);
    System.out.print(i + 1);
    System.out.print("String_Node_Str");
    System.out.print(queue.size());
    System.out.print("String_Node_Str" + src + "String_Node_Str");
    System.out.flush();
    try {
      loader.unloadAll();
      Mib mib=null;
      if (src instanceof URL) {
        loader.removeAllDirs();
        mib=loader.load((URL)src);
      }
 else {
        File file=(File)src;
        if (!loader.hasDir(file.getParentFile())) {
          loader.removeAllDirs();
          loader.addDir(file.getParentFile());
        }
        mib=loader.load(file);
      }
      System.out.println("String_Node_Str");
      if (mib.getLog().warningCount() > 0) {
        mib.getLog().printTo(System.out);
        warnings++;
      }
    }
 catch (    FileNotFoundException e) {
      System.out.println("String_Node_Str");
      printError(src.toString(),e);
      errors++;
    }
catch (    IOException e) {
      System.out.println("String_Node_Str");
      printError(src.toString(),e);
      errors++;
    }
catch (    MibLoaderException e) {
      System.out.println("String_Node_Str");
      e.getLog().printTo(System.out);
      errors++;
    }
catch (    RuntimeException e) {
      System.out.println();
      printInternalError(e);
      System.exit(1);
    }
  }
  System.out.println();
  System.out.println("String_Node_Str" + queue.size());
  System.out.println("String_Node_Str" + errors);
  System.out.println("String_Node_Str" + warnings);
  if (errors > 0) {
    System.err.println("String_Node_Str");
  }
  System.exit(errors);
}