Program: 126142
Project: 126142
Buggy source:
private void deployFile(File file,Map<String,String> customUriToAdd,IProgressMonitor... monitorWrap){
  try {
    listToUpdate=true;
    if (file.isDirectory()) {
      List<File> jarFiles=FilesUtils.getJarFilesFromFolder(file,null);
      Map<String,String> sourceAndMavenUri=new HashMap<String,String>();
      if (!jarFiles.isEmpty()) {
        for (        File jarFile : jarFiles) {
          String jarName=jarFile.getName();
          String mavenUri=LibrariesIndexManager.getInstance().getMavenLibIndex().getJarsToRelativePath().get(jarName);
          if (mavenUri == null) {
            mavenUri=MavenUrlHelper.generateMvnUrlForJarName(jarName);
            customUriToAdd.put(jarName,mavenUri);
          }
          sourceAndMavenUri.put(jarFile.getAbsolutePath(),mavenUri);
        }
        deployer.deployToLocalMaven(sourceAndMavenUri);
      }
    }
 else {
      String mavenUri=LibrariesIndexManager.getInstance().getMavenLibIndex().getJarsToRelativePath().get(file.getName());
      if (mavenUri == null) {
        mavenUri=MavenUrlHelper.generateMvnUrlForJarName(file.getName());
        customUriToAdd.put(file.getName(),mavenUri);
      }
      deployer.deployToLocalMaven(file.getAbsolutePath(),mavenUri);
    }
  }
 catch (  IOException e) {
    CommonExceptionHandler.process(e);
  }
catch (  Exception e) {
    CommonExceptionHandler.process(e);
  }
}

Fixed version (ground truth):
private void deployFile(File file,String mavenUri,Map<String,String> customUriToAdd,IProgressMonitor... monitorWrap){
  try {
    listToUpdate=true;
    if (file.isDirectory()) {
      List<File> jarFiles=FilesUtils.getJarFilesFromFolder(file,null);
      Map<String,String> sourceAndMavenUri=new HashMap<String,String>();
      if (!jarFiles.isEmpty()) {
        for (        File jarFile : jarFiles) {
          String jarName=jarFile.getName();
          String defaultMavenUri=MavenUrlHelper.generateMvnUrlForJarName(jarName);
          if (mavenUri == null) {
            mavenUri=LibrariesIndexManager.getInstance().getMavenLibIndex().getJarsToRelativePath().get(jarName);
            if (mavenUri == null) {
              mavenUri=defaultMavenUri;
              customUriToAdd.put(jarName,mavenUri);
            }
          }
          sourceAndMavenUri.put(jarFile.getAbsolutePath(),mavenUri);
          if (!defaultMavenUri.equals(mavenUri)) {
            sourceAndMavenUri.put(jarFile.getAbsolutePath(),defaultMavenUri);
          }
        }
        deployer.deployToLocalMaven(sourceAndMavenUri);
      }
    }
 else {
      String defaultMavenUri=MavenUrlHelper.generateMvnUrlForJarName(file.getName());
      if (mavenUri == null) {
        mavenUri=LibrariesIndexManager.getInstance().getMavenLibIndex().getJarsToRelativePath().get(file.getName());
        if (mavenUri == null) {
          mavenUri=MavenUrlHelper.generateMvnUrlForJarName(file.getName());
          customUriToAdd.put(file.getName(),mavenUri);
        }
      }
      Map<String,String> sourceAndMavenUri=new HashMap<String,String>();
      sourceAndMavenUri.put(file.getAbsolutePath(),mavenUri);
      if (!defaultMavenUri.equals(mavenUri)) {
        sourceAndMavenUri.put(file.getAbsolutePath(),defaultMavenUri);
      }
      deployer.deployToLocalMaven(sourceAndMavenUri);
    }
  }
 catch (  IOException e) {
    CommonExceptionHandler.process(e);
  }
catch (  Exception e) {
    CommonExceptionHandler.process(e);
  }
}