Program: 189014
Project: 189014
Buggy source:
@Override public ReturnValue init(){
  if (!(options.has("String_Node_Str") ^ options.has("String_Node_Str") ^ options.has("String_Node_Str")^ options.has("String_Node_Str"))) {
    Log.stdout(this.get_syntax());
    Log.error("String_Node_Str");
    ret.setExitStatus(ReturnValue.INVALIDPARAMETERS);
  }
  try {
    ResourceBundle rb=PropertyResourceBundle.getBundle("String_Node_Str");
    String parents=rb.getString("String_Node_Str");
    String checks=rb.getString("String_Node_Str");
    String wfa=rb.getString("String_Node_Str");
    if (wfa != null && !wfa.trim().isEmpty()) {
      this.setWorkflowAccession(wfa);
    }
    if (parents != null && !parents.trim().isEmpty()) {
      List<String> pas=Arrays.asList(parents.split("String_Node_Str"));
      this.setParentWorkflowAccessions(new TreeSet(pas));
    }
    if (checks != null && !checks.trim().isEmpty()) {
      List<String> cwa=Arrays.asList(checks.split("String_Node_Str"));
      this.setWorkflowAccessionsToCheck(new TreeSet(cwa));
    }
  }
 catch (  MissingResourceException e) {
    Log.debug("String_Node_Str",e);
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    String headerString=(String)options.valueOf("String_Node_Str");
    try {
      header=Header.valueOf(headerString);
    }
 catch (    IllegalArgumentException e) {
      e.printStackTrace();
      StringBuilder sb=new StringBuilder();
      sb.append("String_Node_Str");
      for (      Header h : Header.values()) {
        sb.append("String_Node_Str").append(h.name()).append("String_Node_Str");
      }
      Log.stdout(sb.toString());
      ret.setExitStatus(ReturnValue.INVALIDPARAMETERS);
    }
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    workflowAccession=(String)options.valueOf("String_Node_Str");
  }
 else   if (workflowAccession == null) {
    Log.error("String_Node_Str");
    ret.setExitStatus(ReturnValue.INVALIDPARAMETERS);
  }
  boolean hasFilter=false;
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    String pas=(String)options.valueOf("String_Node_Str");
    for (    String p : pas.split("String_Node_Str")) {
      parentWorkflowAccessions.add(p.trim());
      hasFilter=true;
    }
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    String mt=(String)options.valueOf("String_Node_Str");
    metaTypes=Arrays.asList(mt.split("String_Node_Str"));
    hasFilter=true;
  }
  if (!hasFilter && parentWorkflowAccessions.isEmpty() && metaTypes == null) {
    Log.error("String_Node_Str");
    ret.setExitStatus(ReturnValue.INVALIDPARAMETERS);
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    String pas=(String)options.valueOf("String_Node_Str");
    Log.debug("String_Node_Str" + pas);
    if (pas.contains("String_Node_Str")) {
      for (      String p : pas.split("String_Node_Str")) {
        workflowAccessionsToCheck.add(p.trim());
      }
    }
 else {
      workflowAccessionsToCheck.add(pas.trim());
    }
    workflowAccessionsToCheck.add(workflowAccession);
  }
  if (forceRunAll == null) {
    forceRunAll=options.has("String_Node_Str");
  }
  if (test == null) {
    test=options.has("String_Node_Str");
  }
  if (test) {
    StringWriter writer=new StringWriter();
    try {
      FindAllTheFiles.printHeader(writer,true);
      Log.stdout(writer.toString());
    }
 catch (    IOException ex) {
      Log.error(ex);
    }
  }
  if (skipStuff == null) {
    skipStuff=!options.has("String_Node_Str");
  }
  if (metadataWriteback == null) {
    metadataWriteback=!(options.has("String_Node_Str") || options.has("String_Node_Str"));
  }
  if (runNow == null) {
    if (options.has("String_Node_Str")) {
      runNow=false;
    }
 else {
      runNow=true;
    }
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    try {
      launchMax=Integer.parseInt(options.valueOf("String_Node_Str").toString());
    }
 catch (    NumberFormatException e) {
      Log.error("String_Node_Str" + options.valueOf("String_Node_Str").toString());
    }
    ret.setExitStatus(ReturnValue.INVALIDPARAMETERS);
  }
  if (metadata instanceof MetadataDB) {
    metaws=new MetadataWS();
    ret=metaws.init(config.get("String_Node_Str"),config.get("String_Node_Str"),config.get("String_Node_Str"));
  }
 else   if (metadata instanceof MetadataWS) {
    metaws=(MetadataWS)metadata;
  }
 else {
    ret.setExitStatus(ReturnValue.DBCOULDNOTINITIALIZE);
  }
  return ret;
}

Fixed version (ground truth):
@Override public ReturnValue init(){
  if (!(options.has("String_Node_Str") ^ options.has("String_Node_Str") ^ options.has("String_Node_Str")^ options.has("String_Node_Str"))) {
    Log.stdout(this.get_syntax());
    Log.error("String_Node_Str");
    ret.setExitStatus(ReturnValue.INVALIDPARAMETERS);
  }
  try {
    ResourceBundle rb=PropertyResourceBundle.getBundle("String_Node_Str");
    String parents=rb.getString("String_Node_Str");
    String checks=rb.getString("String_Node_Str");
    String wfa=rb.getString("String_Node_Str");
    if (wfa != null && !wfa.trim().isEmpty()) {
      this.setWorkflowAccession(wfa);
    }
    if (parents != null && !parents.trim().isEmpty()) {
      List<String> pas=Arrays.asList(parents.split("String_Node_Str"));
      this.setParentWorkflowAccessions(new TreeSet(pas));
    }
    if (checks != null && !checks.trim().isEmpty()) {
      List<String> cwa=Arrays.asList(checks.split("String_Node_Str"));
      this.setWorkflowAccessionsToCheck(new TreeSet(cwa));
    }
  }
 catch (  MissingResourceException e) {
    Log.debug("String_Node_Str",e);
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    String headerString=(String)options.valueOf("String_Node_Str");
    try {
      header=Header.valueOf(headerString);
    }
 catch (    IllegalArgumentException e) {
      e.printStackTrace();
      StringBuilder sb=new StringBuilder();
      sb.append("String_Node_Str");
      for (      Header h : Header.values()) {
        sb.append("String_Node_Str").append(h.name()).append("String_Node_Str");
      }
      Log.stdout(sb.toString());
      ret.setExitStatus(ReturnValue.INVALIDPARAMETERS);
    }
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    workflowAccession=(String)options.valueOf("String_Node_Str");
  }
 else   if (workflowAccession == null) {
    Log.error("String_Node_Str");
    ret.setExitStatus(ReturnValue.INVALIDPARAMETERS);
  }
  boolean hasFilter=false;
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    String pas=(String)options.valueOf("String_Node_Str");
    for (    String p : pas.split("String_Node_Str")) {
      parentWorkflowAccessions.add(p.trim());
      hasFilter=true;
    }
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    String mt=(String)options.valueOf("String_Node_Str");
    metaTypes=Arrays.asList(mt.split("String_Node_Str"));
    hasFilter=true;
  }
  if (!hasFilter && parentWorkflowAccessions.isEmpty() && metaTypes == null) {
    Log.error("String_Node_Str");
    ret.setExitStatus(ReturnValue.INVALIDPARAMETERS);
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    String pas=(String)options.valueOf("String_Node_Str");
    Log.debug("String_Node_Str" + pas);
    if (pas.contains("String_Node_Str")) {
      for (      String p : pas.split("String_Node_Str")) {
        workflowAccessionsToCheck.add(p.trim());
      }
    }
 else {
      workflowAccessionsToCheck.add(pas.trim());
    }
    workflowAccessionsToCheck.add(workflowAccession);
  }
  if (forceRunAll == null) {
    forceRunAll=options.has("String_Node_Str");
  }
  if (test == null) {
    test=options.has("String_Node_Str");
  }
  if (test) {
    StringWriter writer=new StringWriter();
    try {
      FindAllTheFiles.printHeader(writer,true);
      Log.stdout(writer.toString());
    }
 catch (    IOException ex) {
      Log.error(ex);
    }
  }
  if (skipStuff == null) {
    skipStuff=!options.has("String_Node_Str");
  }
  if (metadataWriteback == null) {
    metadataWriteback=!(options.has("String_Node_Str") || options.has("String_Node_Str"));
  }
  if (runNow == null) {
    if (options.has("String_Node_Str")) {
      runNow=false;
    }
 else {
      runNow=true;
    }
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    try {
      launchMax=Integer.parseInt(options.valueOf("String_Node_Str").toString());
    }
 catch (    NumberFormatException e) {
      Log.error("String_Node_Str" + options.valueOf("String_Node_Str").toString());
      ret.setExitStatus(ReturnValue.INVALIDPARAMETERS);
    }
  }
  if (metadata instanceof MetadataDB) {
    metaws=new MetadataWS();
    ret=metaws.init(config.get("String_Node_Str"),config.get("String_Node_Str"),config.get("String_Node_Str"));
  }
 else   if (metadata instanceof MetadataWS) {
    metaws=(MetadataWS)metadata;
  }
 else {
    ret.setExitStatus(ReturnValue.DBCOULDNOTINITIALIZE);
  }
  return ret;
}