Program: 16896
Project: 16896
Buggy source:
/** 
 * string representation.
 */
public String toString(){
  String newline=System.getProperty("String_Node_Str");
  StringBuffer str=new StringBuffer();
  str.append("String_Node_Str");
  str.append(name);
  str.append("String_Node_Str");
  str.append(pdb_id);
  str.append("String_Node_Str");
  if (nrModels() > 1) {
    str.append("String_Node_Str");
    str.append(nrModels());
    str.append(newline);
  }
  str.append(pdbHeader.toString());
  str.append(newline);
  for (int i=0; i < nrModels(); i++) {
    if (nrModels() > 1) {
      str.append("String_Node_Str");
      str.append(i);
      str.append("String_Node_Str");
      str.append(newline);
    }
    str.append("String_Node_Str");
    str.append(newline);
    for (int j=0; j < size(i); j++) {
      Chain cha=(Chain)getChain(i,j);
      List<Group> agr=cha.getAtomGroups("String_Node_Str");
      List<Group> hgr=cha.getAtomGroups("String_Node_Str");
      List<Group> ngr=cha.getAtomGroups("String_Node_Str");
      str.append("String_Node_Str" + j + "String_Node_Str"+ cha.getChainID()+ "String_Node_Str");
      if (cha.getHeader() != null) {
        Compound comp=cha.getHeader();
        String molName=comp.getMolName();
        if (molName != null) {
          str.append(molName);
        }
      }
      str.append(newline);
      str.append("String_Node_Str").append(cha.getSeqResLength());
      str.append("String_Node_Str").append(cha.getAtomLength());
      str.append("String_Node_Str").append(agr.size());
      str.append("String_Node_Str").append(hgr.size());
      str.append("String_Node_Str" + ngr.size() + newline);
    }
  }
  str.append("String_Node_Str" + dbrefs.size() + newline);
  for (  DBRef dbref : dbrefs) {
    str.append(dbref.toPDB()).append(newline);
  }
  str.append("String_Node_Str").append(newline);
  Iterator<Compound> iter=compounds.iterator();
  while (iter.hasNext()) {
    Compound mol=iter.next();
    str.append(mol).append(newline);
  }
  return str.toString();
}

Fixed version (ground truth):
/** 
 * string representation.
 */
public String toString(){
  String newline=System.getProperty("String_Node_Str");
  StringBuffer str=new StringBuffer();
  str.append("String_Node_Str");
  str.append(name);
  str.append("String_Node_Str");
  str.append(pdb_id);
  str.append("String_Node_Str");
  if (nrModels() > 1) {
    str.append("String_Node_Str");
    str.append(nrModels());
    str.append(newline);
  }
  str.append(pdbHeader.toString());
  str.append(newline);
  for (int i=0; i < nrModels(); i++) {
    if (nrModels() > 1) {
      str.append("String_Node_Str");
      str.append(i);
      str.append("String_Node_Str");
      str.append(newline);
    }
    str.append("String_Node_Str");
    str.append(newline);
    for (int j=0; j < size(i); j++) {
      Chain cha=(Chain)getChain(i,j);
      List<Group> agr=cha.getAtomGroups("String_Node_Str");
      List<Group> hgr=cha.getAtomGroups("String_Node_Str");
      List<Group> ngr=cha.getAtomGroups("String_Node_Str");
      str.append("String_Node_Str" + j + "String_Node_Str"+ cha.getChainID()+ "String_Node_Str");
      if (cha.getCompound() != null) {
        Compound comp=cha.getCompound();
        String molName=comp.getMolName();
        if (molName != null) {
          str.append(molName);
        }
      }
      str.append(newline);
      str.append("String_Node_Str").append(cha.getSeqResLength());
      str.append("String_Node_Str").append(cha.getAtomLength());
      str.append("String_Node_Str").append(agr.size());
      str.append("String_Node_Str").append(hgr.size());
      str.append("String_Node_Str" + ngr.size() + newline);
    }
  }
  str.append("String_Node_Str" + dbrefs.size() + newline);
  for (  DBRef dbref : dbrefs) {
    str.append(dbref.toPDB()).append(newline);
  }
  str.append("String_Node_Str").append(newline);
  Iterator<Compound> iter=compounds.iterator();
  while (iter.hasNext()) {
    Compound mol=iter.next();
    str.append(mol).append(newline);
  }
  return str.toString();
}