Program: 12725
Project: 12725
Buggy source:
private static Range parseRange(NestedDocument<QName> typeRange){
  URI persistentIdentity=null;
  String displayId=null;
  Integer start=null;
  Integer end=null;
  URI orientation=null;
  String version=null;
  URI wasDerivedFrom=null;
  List<Annotation> annotations=new ArrayList<>();
  for (  NamedProperty<QName> namedProperty : typeRange.getProperties()) {
    String temp;
    if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Range.start)) {
      temp=((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString();
      start=Integer.parseInt(temp);
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Identified.persistentIdentity)) {
      persistentIdentity=URI.create(((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString());
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Documented.displayId)) {
      displayId=((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString();
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Range.end)) {
      temp=((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString();
      end=Integer.parseInt(temp);
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Range.orientation)) {
      orientation=URI.create(((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString());
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Identified.version)) {
      version=((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString();
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(ProvTerms.Prov.wasDerivedFrom)) {
      wasDerivedFrom=URI.create(((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString());
    }
 else {
      annotations.add(new Annotation(namedProperty));
    }
  }
  Range r=new Range(typeRange.getIdentity(),start,end);
  if (displayId != null)   r.setDisplayId(displayId);
  if (persistentIdentity != null)   r.setPersistentIdentity(persistentIdentity);
  if (orientation != null)   r.setOrientation(orientation);
  if (version != null)   r.setVersion(version);
  if (wasDerivedFrom != null)   r.setWasDerivedFrom(wasDerivedFrom);
  if (!annotations.isEmpty())   r.setAnnotations(annotations);
  return r;
}

Fixed version (ground truth):
private static Range parseRange(NestedDocument<QName> typeRange){
  URI persistentIdentity=null;
  String displayId=null;
  Integer start=null;
  Integer end=null;
  URI orientation=null;
  String version=null;
  URI wasDerivedFrom=null;
  List<Annotation> annotations=new ArrayList<>();
  for (  NamedProperty<QName> namedProperty : typeRange.getProperties()) {
    String temp;
    if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Range.start)) {
      temp=((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString();
      start=Integer.parseInt(temp);
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Identified.persistentIdentity)) {
      persistentIdentity=URI.create(((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString());
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Documented.displayId)) {
      displayId=((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString();
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Range.end)) {
      temp=((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString();
      end=Integer.parseInt(temp);
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Range.orientation)) {
      orientation=URI.create(((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString());
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Identified.version)) {
      version=((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString();
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Identified.wasDerivedFrom)) {
      wasDerivedFrom=URI.create(((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString());
    }
 else {
      annotations.add(new Annotation(namedProperty));
    }
  }
  Range r=new Range(typeRange.getIdentity(),start,end);
  if (displayId != null)   r.setDisplayId(displayId);
  if (persistentIdentity != null)   r.setPersistentIdentity(persistentIdentity);
  if (orientation != null)   r.setOrientation(orientation);
  if (version != null)   r.setVersion(version);
  if (wasDerivedFrom != null)   r.setWasDerivedFrom(wasDerivedFrom);
  if (!annotations.isEmpty())   r.setAnnotations(annotations);
  return r;
}