Program: 44065
Project: 44065
Buggy source:
public boolean onCommand(CommandSender cs,Command c,String l,String[] args){
  if (!cs.hasPermission("String_Node_Str")) {
    cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + "String_Node_Str");
    return true;
  }
  Player player;
  if (cs instanceof Player) {
    player=(Player)cs;
  }
 else {
    sendVersionInfo(cs);
    return true;
  }
  if (args.length == 0) {
    togglePixl(player);
    return true;
  }
 else   if (args.length == 1) {
    if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      sendVersionInfo(player);
      return true;
    }
 else     if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      togglePixl(player);
      return true;
    }
 else     if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      sendVersionInfo(player);
      cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
      cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
      cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
      cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
      cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
      return true;
    }
 else     if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (!player.hasPermission("String_Node_Str")) {
        cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + "String_Node_Str");
        return true;
      }
      plugin.setBreak(player,(plugin.breakMode(player) ? false : true));
      cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + (plugin.breakMode(player) ? "String_Node_Str" : "String_Node_Str"));
      if (plugin.shatterMode(player) && !plugin.breakMode(player)) {
        plugin.setShatter(player,false);
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str");
      }
      return true;
    }
 else     if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (!player.hasPermission("String_Node_Str")) {
        cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + "String_Node_Str");
        return true;
      }
      plugin.setBreak(player,(plugin.shatterMode(player) ? false : true));
      cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + (plugin.shatterMode(player) ? "String_Node_Str" : "String_Node_Str"));
      return true;
    }
 else     if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (!player.hasPermission("String_Node_Str")) {
        cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + "String_Node_Str");
        return true;
      }
      if (plugin.isSet(player) != null) {
        plugin.removeValue(player);
        player.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str");
      }
 else {
        player.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str");
      }
      return true;
    }
  }
 else   if (args.length == 2) {
    if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (!player.hasPermission("String_Node_Str")) {
        cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + "String_Node_Str");
        return true;
      }
      try {
        int raw_value=Integer.parseInt(args[1].trim());
        int value=Math.max(0,Math.min(15,raw_value));
        plugin.setValue(player,value);
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + wool[value]+ "String_Node_Str");
        return true;
      }
 catch (      NumberFormatException e) {
        String names="String_Node_Str";
        String sep="String_Node_Str";
        for (int i=0; i < wool.length; i++) {
          if (args[1].equalsIgnoreCase(wool[i])) {
            plugin.setValue(player,i);
            cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + wool[i]+ "String_Node_Str");
            return true;
          }
          names+=sep + wool[i];
          sep="String_Node_Str";
        }
        cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str");
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + names);
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + "String_Node_Str");
        return true;
      }
    }
  }
  return false;
}

Fixed version (ground truth):
public boolean onCommand(CommandSender cs,Command c,String l,String[] args){
  if (!cs.hasPermission("String_Node_Str")) {
    cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + "String_Node_Str");
    return true;
  }
  Player player;
  if (cs instanceof Player) {
    player=(Player)cs;
  }
 else {
    sendVersionInfo(cs);
    return true;
  }
  if (args.length == 0) {
    togglePixl(player);
    return true;
  }
 else   if (args.length == 1) {
    if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      sendVersionInfo(player);
      return true;
    }
 else     if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      togglePixl(player);
      return true;
    }
 else     if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      sendVersionInfo(player);
      cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
      cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
      cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
      cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
      cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
      return true;
    }
 else     if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (!player.hasPermission("String_Node_Str")) {
        cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + "String_Node_Str");
        return true;
      }
      plugin.setBreak(player,(plugin.breakMode(player) ? false : true));
      cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + (plugin.breakMode(player) ? "String_Node_Str" : "String_Node_Str"));
      if (plugin.shatterMode(player) && !plugin.breakMode(player)) {
        plugin.setShatter(player,false);
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str");
      }
      return true;
    }
 else     if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (!player.hasPermission("String_Node_Str")) {
        cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + "String_Node_Str");
        return true;
      }
      plugin.setShatter(player,(plugin.shatterMode(player) ? false : true));
      cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + (plugin.shatterMode(player) ? "String_Node_Str" : "String_Node_Str"));
      return true;
    }
 else     if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (!player.hasPermission("String_Node_Str")) {
        cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + "String_Node_Str");
        return true;
      }
      if (plugin.isSet(player) != null) {
        plugin.removeValue(player);
        player.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str");
      }
 else {
        player.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str");
      }
      return true;
    }
  }
 else   if (args.length == 2) {
    if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (!player.hasPermission("String_Node_Str")) {
        cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + "String_Node_Str");
        return true;
      }
      try {
        int raw_value=Integer.parseInt(args[1].trim());
        int value=Math.max(0,Math.min(15,raw_value));
        plugin.setValue(player,value);
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + wool[value]+ "String_Node_Str");
        return true;
      }
 catch (      NumberFormatException e) {
        String names="String_Node_Str";
        String sep="String_Node_Str";
        for (int i=0; i < wool.length; i++) {
          if (args[1].equalsIgnoreCase(wool[i])) {
            plugin.setValue(player,i);
            cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + wool[i]+ "String_Node_Str");
            return true;
          }
          names+=sep + wool[i];
          sep="String_Node_Str";
        }
        cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str");
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + names);
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + "String_Node_Str");
        return true;
      }
    }
  }
  return false;
}