Program: 23164
Project: 23164
Buggy source:
public static String process(Definitions definitions,BuildWorkerContext workerContext,List<ValidationMessage> validationErrors,String text,String location,String prefix) throws Exception {
  if (Utilities.noString(text))   return "String_Node_Str";
  text=text.replace("String_Node_Str","String_Node_Str");
  while (text.contains("String_Node_Str")) {
    String left=text.substring(0,text.indexOf("String_Node_Str"));
    if (text.indexOf("String_Node_Str") < 0)     throw new Error(location + "String_Node_Str" + text);
    String linkText=text.substring(text.indexOf("String_Node_Str") + 3,text.indexOf("String_Node_Str"));
    String right=text.substring(text.indexOf("String_Node_Str") + 3);
    if (linkText.startsWith("String_Node_Str")) {
      String vsid=linkText.substring(9);
      ValueSet vs=workerContext.fetchResource(ValueSet.class,"String_Node_Str" + vsid);
      ValueSetExpansionOutcome exp=workerContext.expandVS(vs,true,false);
      if (exp.getValueset() != null)       text=left + presentExpansion(exp.getValueset().getExpansion().getContains(),workerContext) + right;
 else       text=left + "String_Node_Str" + vs.getName()+ "String_Node_Str"+ vs.getUserData("String_Node_Str")+ "String_Node_Str"+ right;
    }
 else {
      String url="String_Node_Str";
      String[] parts=linkText.split("String_Node_Str");
      if (parts[0].contains("String_Node_Str")) {
        StructureDefinition ed=workerContext.getExtensionStructure(null,parts[0]);
        if (ed == null)         throw new Error(location + "String_Node_Str" + parts[0]);
        url=ed.getUserData("String_Node_Str") + "String_Node_Str";
      }
      if (Utilities.noString(url)) {
        String[] paths=parts[0].split("String_Node_Str");
        StructureDefinition p=new ProfileUtilities(workerContext,null,null).getProfile(null,paths[0]);
        if (p != null) {
          String suffix=(paths.length > 1) ? "String_Node_Str" + parts[0] : "String_Node_Str";
          if (p.getUserData("String_Node_Str") == null)           url=paths[0].toLowerCase() + suffix;
 else           url=p.getUserData("String_Node_Str") + suffix;
        }
 else         if (definitions.hasResource(linkText)) {
          url=linkText.toLowerCase() + "String_Node_Str";
        }
 else         if (definitions.hasElementDefn(linkText)) {
          url=definitions.getSrcFile(linkText) + "String_Node_Str" + linkText;
        }
 else         if (definitions.hasPrimitiveType(linkText)) {
          url="String_Node_Str" + linkText;
        }
 else         if (definitions.getPageTitles().containsKey(linkText)) {
          url=definitions.getPageTitles().get(linkText);
        }
 else         if (definitions.getLogicalModel(linkText.toLowerCase()) != null) {
          url=definitions.getLogicalModel(linkText.toLowerCase()).getId() + "String_Node_Str";
        }
 else         if (validationErrors != null) {
          validationErrors.add(new ValidationMessage(Source.Publisher,IssueType.BUSINESSRULE,-1,-1,location,"String_Node_Str" + linkText + "String_Node_Str",IssueSeverity.WARNING));
        }
      }
      text=left + "String_Node_Str" + linkText+ "String_Node_Str"+ url+ "String_Node_Str"+ right;
    }
  }
  if (!Utilities.noString(prefix)) {
    int i=text.length() - 3;
    while (i > 0) {
      if (text.substring(i,i + 2).equals("String_Node_Str")) {
        if (!text.substring(i,i + 7).equals("String_Node_Str")) {
          text=text.substring(0,i) + "String_Node_Str" + prefix+ text.substring(i + 2);
        }
      }
      i--;
    }
  }
  return text;
}

Fixed version (ground truth):
public static String process(Definitions definitions,BuildWorkerContext workerContext,List<ValidationMessage> validationErrors,String text,String location,String prefix) throws Exception {
  if (Utilities.noString(text))   return "String_Node_Str";
  text=text.replace("String_Node_Str","String_Node_Str");
  while (text.contains("String_Node_Str")) {
    String left=text.substring(0,text.indexOf("String_Node_Str"));
    if (text.indexOf("String_Node_Str") < 0)     throw new Error(location + "String_Node_Str" + text);
    String linkText=text.substring(text.indexOf("String_Node_Str") + 3,text.indexOf("String_Node_Str"));
    String right=text.substring(text.indexOf("String_Node_Str") + 3);
    if (linkText.startsWith("String_Node_Str")) {
      String vsid=linkText.substring(9);
      ValueSet vs=workerContext.fetchResource(ValueSet.class,"String_Node_Str" + vsid);
      ValueSetExpansionOutcome exp=workerContext.expandVS(vs,true,false);
      if (exp.getValueset() != null)       text=left + presentExpansion(exp.getValueset().getExpansion().getContains(),workerContext) + right;
 else       text=left + "String_Node_Str" + vs.getName()+ "String_Node_Str"+ vs.getUserData("String_Node_Str")+ "String_Node_Str"+ right;
    }
 else {
      String url="String_Node_Str";
      String[] parts=linkText.split("String_Node_Str");
      if (parts[0].contains("String_Node_Str")) {
        StructureDefinition ed=workerContext.getExtensionStructure(null,parts[0]);
        if (ed == null)         throw new Error(location + "String_Node_Str" + parts[0]);
        url=ed.getUserData("String_Node_Str") + "String_Node_Str";
      }
      if (Utilities.noString(url)) {
        String[] paths=parts[0].split("String_Node_Str");
        StructureDefinition p=new ProfileUtilities(workerContext,null,null).getProfile(null,paths[0]);
        if (p != null) {
          String suffix=(paths.length > 1) ? "String_Node_Str" + parts[0] : "String_Node_Str";
          if (p.getUserData("String_Node_Str") == null)           url=paths[0].toLowerCase() + suffix;
 else           url=p.getUserData("String_Node_Str") + suffix;
        }
 else         if (definitions.hasResource(linkText)) {
          url=linkText.toLowerCase() + "String_Node_Str";
        }
 else         if (definitions.hasResource(paths[0])) {
          url=paths[0].toLowerCase() + "String_Node_Str" + linkText;
        }
 else         if (definitions.hasElementDefn(linkText)) {
          url=definitions.getSrcFile(linkText) + "String_Node_Str" + linkText;
        }
 else         if (definitions.hasPrimitiveType(linkText)) {
          url="String_Node_Str" + linkText;
        }
 else         if (definitions.getPageTitles().containsKey(linkText)) {
          url=definitions.getPageTitles().get(linkText);
        }
 else         if (definitions.getLogicalModel(linkText.toLowerCase()) != null) {
          url=definitions.getLogicalModel(linkText.toLowerCase()).getId() + "String_Node_Str";
        }
 else         if (validationErrors != null) {
          validationErrors.add(new ValidationMessage(Source.Publisher,IssueType.BUSINESSRULE,-1,-1,location,"String_Node_Str" + linkText + "String_Node_Str",IssueSeverity.WARNING));
        }
 else         url="String_Node_Str";
      }
      text=left + "String_Node_Str" + linkText+ "String_Node_Str"+ url+ "String_Node_Str"+ right;
    }
  }
  if (!Utilities.noString(prefix)) {
    int i=text.length() - 3;
    while (i > 0) {
      if (text.substring(i,i + 2).equals("String_Node_Str")) {
        if (!text.substring(i,i + 7).equals("String_Node_Str")) {
          text=text.substring(0,i) + "String_Node_Str" + prefix+ text.substring(i + 2);
        }
      }
      i--;
    }
  }
  return text;
}