Program: 30206
Project: 30206
Buggy source:
private void loadProject(){
  Platform.runLater(new Runnable(){
    @Override public void run(){
      final DirectoryChooser chooser=new DirectoryChooser();
      chooser.setTitle("String_Node_Str");
      chooser.setInitialDirectory(Ctx.project.getProjectDir() != null ? Ctx.project.getProjectDir() : new File("String_Node_Str"));
      final File dir=chooser.showDialog(null);
      if (dir == null) {
        return;
      }
      Message.showMsg(getStage(),"String_Node_Str",true);
      Timer.post(new Task(){
        @Override public void run(){
          try {
            Ctx.project.loadProject(dir);
            playBtn.setDisabled(false);
            packageBtn.setDisabled(false);
            Message.showMsg(getStage(),null);
            if (!Ctx.project.checkVersion()) {
              new Dialog("String_Node_Str",skin){
                protected void result(                Object object){
                  if (((Boolean)object).booleanValue()) {
                    try {
                      Ctx.project.updateEngineVersion();
                    }
 catch (                    IOException e1) {
                      String msg="String_Node_Str" + e1.getClass().getSimpleName() + "String_Node_Str"+ e1.getMessage();
                      Message.showMsgDialog(getStage(),"String_Node_Str",msg);
                      e1.printStackTrace();
                    }
                  }
                  ((Main)Gdx.app).exitSaved();
                }
              }
.text("String_Node_Str").button("String_Node_Str",true).button("String_Node_Str",false).key(Keys.ENTER,true).key(Keys.ESCAPE,false).show(getStage());
            }
          }
 catch (          Exception ex) {
            if (ex.getCause() != null && ex.getCause().getCause() != null && ex.getCause().getCause() instanceof ClassNotFoundException) {
              String msg="String_Node_Str";
              Message.showMsg(getStage(),msg,true);
              Timer.post(new Task(){
                @Override public void run(){
                  if (RunProccess.runGradle(Ctx.project.getProjectDir(),"String_Node_Str")) {
                    try {
                      Ctx.project.loadProject(dir);
                      playBtn.setDisabled(false);
                      packageBtn.setDisabled(false);
                      Message.showMsg(getStage(),"String_Node_Str",3);
                    }
 catch (                    IOException e) {
                      String msg=e.getClass().getSimpleName() + "String_Node_Str" + e.getMessage();
                      Message.hideMsg();
                      Message.showMsgDialog(getStage(),"String_Node_Str",msg);
                    }
                  }
 else {
                    Message.hideMsg();
                    Message.showMsgDialog(getStage(),"String_Node_Str","String_Node_Str");
                  }
                }
              }
);
            }
 else {
              String msg=ex.getClass().getSimpleName() + "String_Node_Str" + ex.getMessage();
              Message.hideMsg();
              Message.showMsgDialog(getStage(),"String_Node_Str",msg);
            }
            ex.printStackTrace();
          }
        }
      }
);
    }
  }
);
}

Fixed version (ground truth):
private void loadProject(){
  Platform.runLater(new Runnable(){
    @Override public void run(){
      final DirectoryChooser chooser=new DirectoryChooser();
      chooser.setTitle("String_Node_Str");
      chooser.setInitialDirectory(Ctx.project.getProjectDir() != null ? Ctx.project.getProjectDir() : new File("String_Node_Str"));
      final File dir=chooser.showDialog(null);
      if (dir == null) {
        return;
      }
      Message.showMsg(getStage(),"String_Node_Str",true);
      Timer.post(new Task(){
        @Override public void run(){
          try {
            Ctx.project.loadProject(dir);
            playBtn.setDisabled(false);
            packageBtn.setDisabled(false);
            Message.showMsg(getStage(),null);
            if (!Ctx.project.checkVersion()) {
              new Dialog("String_Node_Str",skin){
                protected void result(                Object object){
                  if (((Boolean)object).booleanValue()) {
                    try {
                      Ctx.project.updateEngineVersion();
                    }
 catch (                    IOException e1) {
                      String msg="String_Node_Str" + e1.getClass().getSimpleName() + "String_Node_Str"+ e1.getMessage();
                      Message.showMsgDialog(getStage(),"String_Node_Str",msg);
                      e1.printStackTrace();
                    }
                  }
                }
              }
.text("String_Node_Str").button("String_Node_Str",true).button("String_Node_Str",false).key(Keys.ENTER,true).key(Keys.ESCAPE,false).show(getStage());
            }
          }
 catch (          Exception ex) {
            if (ex.getCause() != null && ex.getCause().getCause() != null && ex.getCause().getCause() instanceof ClassNotFoundException) {
              String msg="String_Node_Str";
              Message.showMsg(getStage(),msg,true);
              Timer.post(new Task(){
                @Override public void run(){
                  if (RunProccess.runGradle(Ctx.project.getProjectDir(),"String_Node_Str")) {
                    try {
                      Ctx.project.loadProject(dir);
                      playBtn.setDisabled(false);
                      packageBtn.setDisabled(false);
                      Message.showMsg(getStage(),"String_Node_Str",3);
                    }
 catch (                    IOException e) {
                      String msg=e.getClass().getSimpleName() + "String_Node_Str" + e.getMessage();
                      Message.hideMsg();
                      Message.showMsgDialog(getStage(),"String_Node_Str",msg);
                    }
                  }
 else {
                    Message.hideMsg();
                    Message.showMsgDialog(getStage(),"String_Node_Str","String_Node_Str");
                  }
                }
              }
);
            }
 else {
              String msg=ex.getClass().getSimpleName() + "String_Node_Str" + ex.getMessage();
              Message.hideMsg();
              Message.showMsgDialog(getStage(),"String_Node_Str",msg);
            }
            ex.printStackTrace();
          }
        }
      }
);
    }
  }
);
}