Program: 101868
Project: 101868
Buggy source:
public final void load(){
  FileConfiguration bukkit;
  micromanage.getPlugin().checkConfig();
  config=YamlConfiguration.loadConfiguration(configFile);
  level=YamlConfiguration.loadConfiguration(levelFile);
  bukkit=YamlConfiguration.loadConfiguration(bukkitFile);
  lang=YamlConfiguration.loadConfiguration(langFile);
  language=new Language(lang);
  updateFolder=bukkit.getString("String_Node_Str");
  if (config.getString("String_Node_Str") != null) {
    boolean b=config.getBoolean("String_Node_Str");
    config.set("String_Node_Str",null);
    config.set("String_Node_Str",b);
    save();
  }
  logConsole=config.getBoolean("String_Node_Str");
  if (config.getList("String_Node_Str") == null) {
    List<String> w=new ArrayList<String>();
    for (    World world : Bukkit.getServer().getWorlds()) {
      w.add(world.getName());
    }
    config.set("String_Node_Str",w);
    save();
  }
  worlds=(List<String>)(config.getList("String_Node_Str"));
  if (config.getString("String_Node_Str") == null) {
    config.set("String_Node_Str",true);
    save();
  }
  logXRay=config.getBoolean("String_Node_Str");
  if (config.getString("String_Node_Str") == null) {
    config.set("String_Node_Str",true);
    save();
  }
  autoUpdate=config.getBoolean("String_Node_Str");
  if (config.getString("String_Node_Str") == null) {
    config.set("String_Node_Str",false);
    save();
  }
  verboseStartup=config.getBoolean("String_Node_Str");
  if (config.getString("String_Node_Str") == null) {
    config.set("String_Node_Str",false);
    save();
  }
  alertXRay=config.getBoolean("String_Node_Str");
  if (config.getString("String_Node_Str") == null) {
    config.set("String_Node_Str",1);
    save();
  }
  fileLogLevel=config.getInt("String_Node_Str");
}

Fixed version (ground truth):
public final void load(){
  FileConfiguration bukkit;
  micromanage.getPlugin().checkConfig();
  config=YamlConfiguration.loadConfiguration(configFile);
  level=YamlConfiguration.loadConfiguration(levelFile);
  bukkit=YamlConfiguration.loadConfiguration(bukkitFile);
  lang=YamlConfiguration.loadConfiguration(langFile);
  language=new Language(lang);
  updateFolder=bukkit.getString("String_Node_Str");
  if (config.getString("String_Node_Str") != null) {
    boolean b=config.getBoolean("String_Node_Str");
    config.set("String_Node_Str",null);
    config.set("String_Node_Str",b);
    save();
  }
  logConsole=config.getBoolean("String_Node_Str");
  if (config.getList("String_Node_Str") == null) {
    List<String> w=new ArrayList<String>();
    for (    World world : Bukkit.getServer().getWorlds()) {
      w.add(world.getName());
    }
    config.set("String_Node_Str",w);
    save();
  }
  worlds=(List<String>)(config.getList("String_Node_Str"));
  if (config.getString("String_Node_Str") == null) {
    config.set("String_Node_Str",true);
    save();
  }
  logXRay=config.getBoolean("String_Node_Str");
  if (config.getString("String_Node_Str") == null) {
    config.set("String_Node_Str",true);
    save();
  }
  autoUpdate=config.getBoolean("String_Node_Str");
  if (config.getString("String_Node_Str") == null) {
    config.set("String_Node_Str",false);
    save();
  }
  verboseStartup=config.getBoolean("String_Node_Str");
  if (config.getString("String_Node_Str") == null) {
    config.set("String_Node_Str",false);
    save();
  }
  alertXRay=config.getBoolean("String_Node_Str");
  if (config.getString("String_Node_Str") == null) {
    config.set("String_Node_Str",1);
    save();
  }
  fileLogLevel=config.getInt("String_Node_Str");
  if (config.getString("String_Node_Str") == null) {
    config.set("String_Node_Str",true);
    save();
  }
  chatSpam=config.getBoolean("String_Node_Str");
  if (config.getString("String_Node_Str") == null) {
    config.set("String_Node_Str",true);
    save();
  }
  commandSpam=config.getBoolean("String_Node_Str");
}