Program: 161291
Project: 161291
Buggy source:
@Override protected Collection<Throwable> call(final String inputName) throws Exception {
  PrintWriter pw=null;
  VcfIterator in=null;
  LineIterator lr=null;
  long vcf_id=System.currentTimeMillis();
  try {
    lr=(inputName == null ? IOUtils.openStreamForLineIterator(stdin()) : IOUtils.openURIForLineIterator(inputName));
    pw=super.openFileOrStdoutAsPrintWriter();
    pw.println("String_Node_Str");
    pw.println("String_Node_Str" + getName());
    pw.println("String_Node_Str" + getGitHash());
    if (super.userDefinedFunName != null && !super.userDefinedFunName.trim().isEmpty()) {
      pw.println("String_Node_Str" + userDefinedFunName + "String_Node_Str");
      pw.println("String_Node_Str");
    }
    if (!lr.hasNext()) {
      LOG.warn("String_Node_Str");
    }
    while (lr.hasNext()) {
      vcf_id++;
      in=VCFUtils.createVcfIteratorFromLineIterator(lr,true);
      final VCFHeader header=in.getHeader();
      final Set<Pedigree.Person> samples=new TreeSet<>(super.getCasesControlsInPedigree(header));
      final List<Variant> variants=new ArrayList<>();
      boolean first=true;
      pw.println("String_Node_Str");
      pw.println("String_Node_Str");
      final VCFHeaderLine vcfTitle=(super.titleHeaderStr == null || super.titleHeaderStr.trim().isEmpty() ? null : header.getOtherHeaderLine(super.titleHeaderStr.trim()));
      if (vcfTitle == null) {
        pw.println("String_Node_Str");
        pw.println("String_Node_Str" + String.format("String_Node_Str",vcf_id) + "String_Node_Str");
      }
 else {
        pw.println("String_Node_Str" + vcfTitle.getValue() + "String_Node_Str");
      }
      first=true;
      pw.println("String_Node_Str");
      pw.print("String_Node_Str");
      first=true;
      for (      final Pedigree.Person person : samples) {
        if (!first)         pw.print("String_Node_Str");
        pw.print("String_Node_Str" + person.getFamily().getId() + "String_Node_Str");
        first=false;
      }
      pw.print("String_Node_Str");
      first=true;
      for (      final Pedigree.Person person : samples) {
        if (!first)         pw.print("String_Node_Str");
        pw.print("String_Node_Str" + person.getId() + "String_Node_Str");
        first=false;
      }
      pw.print("String_Node_Str");
      first=true;
      for (      final Pedigree.Person person : samples) {
        if (!first)         pw.print("String_Node_Str");
        pw.print(person.isUnaffected() ? 0 : 1);
        first=false;
      }
      pw.println("String_Node_Str");
      first=true;
      pw.println();
      pw.println("String_Node_Str");
      pw.println("String_Node_Str");
      pw.println("String_Node_Str");
      pw.print("String_Node_Str");
      final SAMSequenceDictionaryProgress progess=new SAMSequenceDictionaryProgress(header.getSequenceDictionary());
      while (in.hasNext()) {
        final VariantContext ctx=progess.watch(in.next());
        if (ctx.isFiltered() && !super.acceptFiltered)         continue;
        final int n_alts=ctx.getAlternateAlleles().size();
        if (n_alts == 0) {
          LOG.warn("String_Node_Str");
          continue;
        }
        if (n_alts > 1) {
          LOG.warn("String_Node_Str");
        }
        final Allele observed_alt=ctx.getAltAlleleWithHighestAlleleCount();
        final MafCalculator mafCalculator=new MafCalculator(observed_alt,ctx.getContig());
        for (        final Pedigree.Person person : samples) {
          final Genotype genotype=ctx.getGenotype(person.getId());
          if (genotype == null) {
            pw.close();
            pw=null;
            in.close();
            throw new IllegalStateException();
          }
          mafCalculator.add(genotype,person.isMale());
          if (!first)           pw.print("String_Node_Str");
          if (genotype.isHomRef()) {
            pw.print('0');
          }
 else           if (genotype.isHomVar() && genotype.getAlleles().contains(observed_alt)) {
            pw.print('2');
          }
 else           if (genotype.isHet() && genotype.getAlleles().contains(observed_alt) && genotype.getAlleles().contains(ctx.getReference())) {
            pw.print('1');
          }
 else           if (genotype.isHet() && !genotype.getAlleles().contains(observed_alt) && genotype.getAlleles().contains(ctx.getReference())) {
            LOG.warn("String_Node_Str" + genotype + "String_Node_Str"+ observed_alt);
            pw.print('0');
          }
 else           if (genotype.isHomVar() && !genotype.getAlleles().contains(observed_alt)) {
            LOG.warn("String_Node_Str" + genotype + "String_Node_Str"+ observed_alt);
            pw.print('0');
          }
 else {
            pw.print("String_Node_Str");
          }
          first=false;
        }
        final Variant variant=new Variant();
        variant.contig=ctx.getContig();
        variant.start=ctx.getStart();
        variant.end=ctx.getEnd();
        variant.ref=ctx.getReference();
        variant.alt=observed_alt;
        if (!mafCalculator.isEmpty()) {
          variant.maf=mafCalculator.getMaf();
        }
 else {
          variant.maf=null;
        }
        variants.add(variant);
      }
      progess.finish();
      in.close();
      pw.println("String_Node_Str");
      first=true;
      pw.println("String_Node_Str");
      pw.print("String_Node_Str");
      first=true;
      for (      final Variant v : variants) {
        if (!first)         pw.print("String_Node_Str");
        pw.print("String_Node_Str" + v.contig + "String_Node_Str");
        first=false;
      }
      pw.print("String_Node_Str");
      first=true;
      for (      final Variant v : variants) {
        if (!first)         pw.print("String_Node_Str");
        pw.print(v.start);
        first=false;
      }
      pw.print("String_Node_Str");
      first=true;
      for (      final Variant v : variants) {
        if (!first)         pw.print("String_Node_Str");
        pw.print(v.end);
        first=false;
      }
      pw.print("String_Node_Str");
      first=true;
      for (      final Variant v : variants) {
        if (!first)         pw.print("String_Node_Str");
        pw.print("String_Node_Str" + v.ref.getDisplayString() + "String_Node_Str");
        first=false;
      }
      pw.print("String_Node_Str");
      first=true;
      for (      final Variant v : variants) {
        if (!first)         pw.print("String_Node_Str");
        pw.print("String_Node_Str" + v.alt.getDisplayString() + "String_Node_Str");
        first=false;
      }
      pw.print("String_Node_Str");
      first=true;
      for (      final Variant v : variants) {
        if (!first)         pw.print("String_Node_Str");
        pw.print(v.maf == null ? "String_Node_Str" : String.valueOf(v.maf));
        first=false;
      }
      pw.println("String_Node_Str");
      pw.println("String_Node_Str");
      pw.println("String_Node_Str");
      pw.println("String_Node_Str");
      if (super.userDefinedFunName == null || super.userDefinedFunName.trim().isEmpty()) {
        pw.println("String_Node_Str");
      }
 else {
        pw.println("String_Node_Str");
        pw.println(super.userDefinedFunName + "String_Node_Str");
      }
      pw.println("String_Node_Str");
    }
    pw.flush();
    if (pw.checkError()) {
      return wrapException("String_Node_Str");
    }
    pw.close();
    pw=null;
    LOG.info("String_Node_Str");
    return RETURN_OK;
  }
 catch (  Exception err) {
    return wrapException(err);
  }
 finally {
    CloserUtil.close(pw);
    CloserUtil.close(in);
    CloserUtil.close(lr);
  }
}

Fixed version (ground truth):
@Override protected Collection<Throwable> call(final String inputName) throws Exception {
  PrintWriter pw=null;
  VcfIterator in=null;
  LineIterator lr=null;
  long vcf_id=System.currentTimeMillis();
  try {
    lr=(inputName == null ? IOUtils.openStreamForLineIterator(stdin()) : IOUtils.openURIForLineIterator(inputName));
    pw=super.openFileOrStdoutAsPrintWriter();
    pw.println("String_Node_Str");
    pw.println("String_Node_Str" + getName());
    pw.println("String_Node_Str" + getGitHash());
    if (super.userDefinedFunName != null && !super.userDefinedFunName.trim().isEmpty()) {
      pw.println("String_Node_Str" + userDefinedFunName + "String_Node_Str");
      pw.println("String_Node_Str");
    }
    if (!lr.hasNext()) {
      LOG.warn("String_Node_Str");
    }
    while (lr.hasNext()) {
      vcf_id++;
      in=VCFUtils.createVcfIteratorFromLineIterator(lr,true);
      final VCFHeader header=in.getHeader();
      final Set<Pedigree.Person> samples=new TreeSet<>(super.getCasesControlsInPedigree(header));
      final List<Variant> variants=new ArrayList<>();
      boolean first=true;
      pw.println("String_Node_Str");
      pw.println("String_Node_Str");
      final VCFHeaderLine vcfTitle=(super.titleHeaderStr == null || super.titleHeaderStr.trim().isEmpty() ? null : header.getOtherHeaderLine(super.titleHeaderStr.trim()));
      if (vcfTitle == null) {
        pw.println("String_Node_Str");
        pw.println("String_Node_Str" + String.format("String_Node_Str",vcf_id) + "String_Node_Str");
      }
 else {
        pw.println("String_Node_Str" + vcfTitle.getValue() + "String_Node_Str");
      }
      first=true;
      pw.println("String_Node_Str");
      pw.print("String_Node_Str");
      first=true;
      for (      final Pedigree.Person person : samples) {
        if (!first)         pw.print("String_Node_Str");
        pw.print("String_Node_Str" + person.getFamily().getId() + "String_Node_Str");
        first=false;
      }
      pw.print("String_Node_Str");
      first=true;
      for (      final Pedigree.Person person : samples) {
        if (!first)         pw.print("String_Node_Str");
        pw.print("String_Node_Str" + person.getId() + "String_Node_Str");
        first=false;
      }
      pw.print("String_Node_Str");
      first=true;
      for (      final Pedigree.Person person : samples) {
        if (!first)         pw.print("String_Node_Str");
        pw.print(person.isUnaffected() ? 0 : 1);
        first=false;
      }
      pw.println("String_Node_Str");
      first=true;
      pw.println();
      pw.println("String_Node_Str");
      pw.println("String_Node_Str");
      pw.println("String_Node_Str");
      pw.print("String_Node_Str");
      final SAMSequenceDictionaryProgress progess=new SAMSequenceDictionaryProgress(header.getSequenceDictionary());
      while (in.hasNext()) {
        final VariantContext ctx=progess.watch(in.next());
        if (ctx.isFiltered() && !super.acceptFiltered)         continue;
        final int n_alts=ctx.getAlternateAlleles().size();
        if (n_alts == 0) {
          LOG.warn("String_Node_Str");
          continue;
        }
        if (n_alts > 1) {
          LOG.warn("String_Node_Str");
        }
        final Allele observed_alt=ctx.getAltAlleleWithHighestAlleleCount();
        final MafCalculator mafCalculator=new MafCalculator(observed_alt,ctx.getContig());
        for (        final Pedigree.Person person : samples) {
          final Genotype genotype=ctx.getGenotype(person.getId());
          if (genotype == null) {
            pw.close();
            pw=null;
            in.close();
            throw new IllegalStateException();
          }
          mafCalculator.add(genotype,person.isMale());
          if (!first)           pw.print("String_Node_Str");
          if (genotype.isHomRef()) {
            pw.print('0');
          }
 else           if (genotype.isHomVar() && genotype.getAlleles().contains(observed_alt)) {
            pw.print('2');
          }
 else           if (genotype.isHet() && genotype.getAlleles().contains(observed_alt) && genotype.getAlleles().contains(ctx.getReference())) {
            pw.print('1');
          }
 else           if (genotype.isHet() && !genotype.getAlleles().contains(observed_alt) && genotype.getAlleles().contains(ctx.getReference())) {
            LOG.warn("String_Node_Str" + genotype + "String_Node_Str"+ observed_alt);
            pw.print('0');
          }
 else           if (genotype.isHomVar() && !genotype.getAlleles().contains(observed_alt)) {
            LOG.warn("String_Node_Str" + genotype + "String_Node_Str"+ observed_alt);
            pw.print('0');
          }
 else {
            pw.print(super.nocalliszero ? "String_Node_Str" : "String_Node_Str");
          }
          first=false;
        }
        final Variant variant=new Variant();
        variant.contig=ctx.getContig();
        variant.start=ctx.getStart();
        variant.end=ctx.getEnd();
        variant.ref=ctx.getReference();
        variant.alt=observed_alt;
        if (!mafCalculator.isEmpty()) {
          variant.maf=mafCalculator.getMaf();
        }
 else {
          variant.maf=null;
        }
        variants.add(variant);
      }
      progess.finish();
      in.close();
      pw.println("String_Node_Str");
      first=true;
      pw.println("String_Node_Str");
      pw.print("String_Node_Str");
      first=true;
      for (      final Variant v : variants) {
        if (!first)         pw.print("String_Node_Str");
        pw.print("String_Node_Str" + v.contig + "String_Node_Str");
        first=false;
      }
      pw.print("String_Node_Str");
      first=true;
      for (      final Variant v : variants) {
        if (!first)         pw.print("String_Node_Str");
        pw.print(v.start);
        first=false;
      }
      pw.print("String_Node_Str");
      first=true;
      for (      final Variant v : variants) {
        if (!first)         pw.print("String_Node_Str");
        pw.print(v.end);
        first=false;
      }
      pw.print("String_Node_Str");
      first=true;
      for (      final Variant v : variants) {
        if (!first)         pw.print("String_Node_Str");
        pw.print("String_Node_Str" + v.ref.getDisplayString() + "String_Node_Str");
        first=false;
      }
      pw.print("String_Node_Str");
      first=true;
      for (      final Variant v : variants) {
        if (!first)         pw.print("String_Node_Str");
        pw.print("String_Node_Str" + v.alt.getDisplayString() + "String_Node_Str");
        first=false;
      }
      pw.print("String_Node_Str");
      first=true;
      for (      final Variant v : variants) {
        if (!first)         pw.print("String_Node_Str");
        pw.print(v.maf == null ? "String_Node_Str" : String.valueOf(v.maf));
        first=false;
      }
      pw.println("String_Node_Str");
      pw.println("String_Node_Str");
      pw.println("String_Node_Str");
      pw.println("String_Node_Str");
      if (super.userDefinedFunName == null || super.userDefinedFunName.trim().isEmpty()) {
        pw.println("String_Node_Str");
      }
 else {
        pw.println("String_Node_Str");
        pw.println(super.userDefinedFunName + "String_Node_Str");
      }
      pw.println("String_Node_Str");
    }
    pw.flush();
    if (pw.checkError()) {
      return wrapException("String_Node_Str");
    }
    pw.close();
    pw=null;
    LOG.info("String_Node_Str");
    return RETURN_OK;
  }
 catch (  Exception err) {
    return wrapException(err);
  }
 finally {
    CloserUtil.close(pw);
    CloserUtil.close(in);
    CloserUtil.close(lr);
  }
}