Program: 183912
Project: 183912
Buggy source:
public boolean despawnMobs(CommandSender sender,String[] args){
  Player player;
  String mob=args[2].toLowerCase();
  String w=args[1];
  List<Entity> le=new LinkedList<Entity>();
  if (sender instanceof Player) {
    player=(Player)sender;
    if (cb.Permissions == null) {
      if (!player.isOp()) {
        player.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
        return false;
      }
    }
 else {
      if (!(cb.Permissions.has(player,"String_Node_Str"))) {
        player.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
        return false;
      }
    }
  }
 else {
    player=null;
    return false;
  }
  if (args.length < 3) {
    player.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
    return false;
  }
  if (this.server.getWorld(args[1]) == null) {
    player.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
    return false;
  }
 else {
    le=server.getWorld(w).getEntities();
  }
  if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Pig) {
        le.get(i).remove();
        ;
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Sheep) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Cow) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Chicken) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof PigZombie) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Squid) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Wolf) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Zombie) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Skeleton) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Spider) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Creeper) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Slime) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Ghast) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Giant) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else {
    player.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + args[2]+ "String_Node_Str");
    return false;
  }
}

Fixed version (ground truth):
public boolean despawnMobs(CommandSender sender,String[] args){
  Player player;
  List<Entity> le=new LinkedList<Entity>();
  if (sender instanceof Player) {
    player=(Player)sender;
    if (cb.Permissions == null) {
      if (!player.isOp()) {
        player.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
        return false;
      }
    }
 else {
      if (!(cb.Permissions.has(player,"String_Node_Str"))) {
        player.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
        return false;
      }
    }
  }
 else {
    player=null;
    return false;
  }
  if (args.length < 3) {
    player.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
    return false;
  }
  String mob=args[2].toLowerCase();
  String w=args[1];
  if (this.server.getWorld(args[1]) == null) {
    player.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
    return false;
  }
 else {
    le=server.getWorld(w).getEntities();
  }
  if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Pig) {
        le.get(i).remove();
        ;
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Sheep) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Cow) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Chicken) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof PigZombie) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Squid) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Wolf) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Zombie) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Skeleton) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Spider) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Creeper) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Slime) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Ghast) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else   if (mob.equals("String_Node_Str")) {
    for (int i=0; i < le.size(); i++) {
      if (le.get(i) instanceof Giant) {
        le.get(i).remove();
      }
    }
    player.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + w);
    return true;
  }
 else {
    player.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + args[2]+ "String_Node_Str");
    return false;
  }
}