Program: 98904
Project: 98904
Buggy source:
@Override public boolean onCommand(CommandSender sender,Command command,String commandLabel,String[] args){
  Player p=(Player)sender;
  String[] trimmedArgs=args;
  List<String> voxelplugins=updateManager.getListofPlugins();
  String comm=command.getName().toLowerCase();
  if (admns.contains(p.getName())) {
    if (comm.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      p.sendMessage(ChatColor.WHITE + "String_Node_Str" + ChatColor.AQUA+ "String_Node_Str"+ ChatColor.LIGHT_PURPLE+ "String_Node_Str"+ ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str");
      for (      String plugin : voxelplugins) {
        boolean isEnabled=s.getPluginManager().isPluginEnabled(plugin);
        boolean isInstalled=updateManager.isInstalled(plugin);
        if (isInstalled) {
          if (isEnabled) {
            if (updateManager.needsUpdate(plugin)) {
              p.sendMessage("String_Node_Str" + plugin + "String_Node_Str"+ ((updateManager.isBeta(plugin)) ? ("String_Node_Str") : ("String_Node_Str")));
            }
 else {
              p.sendMessage("String_Node_Str" + plugin + "String_Node_Str"+ ChatColor.GREEN+ "String_Node_Str");
            }
          }
 else {
            p.sendMessage("String_Node_Str" + plugin + "String_Node_Str"+ ChatColor.GRAY+ "String_Node_Str");
          }
        }
 else {
          p.sendMessage("String_Node_Str" + plugin + "String_Node_Str"+ ChatColor.RED+ "String_Node_Str");
        }
      }
      return true;
    }
 else     if (comm.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (args.length == 0) {
        p.sendMessage(ChatColor.GOLD + "String_Node_Str");
      }
 else {
        if (!updateManager.getListofPlugins().contains(trimmedArgs[0])) {
          p.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + trimmedArgs[0]+ "String_Node_Str");
          return true;
        }
        if (updateManager.doDownload(trimmedArgs[0])) {
          p.sendMessage(ChatColor.WHITE + "String_Node_Str" + ChatColor.AQUA+ "String_Node_Str"+ ChatColor.LIGHT_PURPLE+ "String_Node_Str"+ ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str"+ ChatColor.GREEN+ trimmedArgs[0]+ ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str");
        }
 else {
          p.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
        }
      }
      return true;
    }
 else     if (comm.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (args.length == 0) {
        p.sendMessage(ChatColor.GOLD + "String_Node_Str");
      }
 else {
        if (!updateManager.getListofPlugins().contains(trimmedArgs[0])) {
          p.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + trimmedArgs[0]+ "String_Node_Str");
          return true;
        }
        if (updateManager.needsUpdate(trimmedArgs[0])) {
          if (updateManager.doDownload(trimmedArgs[0])) {
            p.sendMessage(ChatColor.WHITE + "String_Node_Str" + ChatColor.AQUA+ "String_Node_Str"+ ChatColor.LIGHT_PURPLE+ "String_Node_Str"+ ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str"+ ChatColor.GREEN+ trimmedArgs[0]+ ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str");
          }
 else {
            p.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
          }
        }
      }
      return true;
    }
 else     if (comm.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      for (      String tempplugin : voxelplugins) {
        p.sendMessage(tempplugin + "String_Node_Str" + updateManager.get(tempplugin,"String_Node_Str"));
      }
      return true;
    }
  }
  return false;
}

Fixed version (ground truth):
@Override public boolean onCommand(CommandSender sender,Command command,String commandLabel,String[] args){
  String[] trimmedArgs=args;
  List<String> voxelplugins=updateManager.getListofPlugins();
  String comm=command.getName().toLowerCase();
  if (admns.contains(sender.getName()) || sender instanceof ConsoleCommandSender || sender instanceof RemoteConsoleCommandSender) {
    if (comm.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      sender.sendMessage(ChatColor.WHITE + "String_Node_Str" + ChatColor.AQUA+ "String_Node_Str"+ ChatColor.LIGHT_PURPLE+ "String_Node_Str"+ ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str");
      for (      String plugin : voxelplugins) {
        boolean isEnabled=s.getPluginManager().isPluginEnabled(plugin);
        boolean isInstalled=updateManager.isInstalled(plugin);
        if (isInstalled) {
          if (isEnabled) {
            if (updateManager.needsUpdate(plugin)) {
              sender.sendMessage("String_Node_Str" + plugin + "String_Node_Str"+ ((updateManager.isBeta(plugin)) ? ("String_Node_Str") : ("String_Node_Str")));
            }
 else {
              sender.sendMessage("String_Node_Str" + plugin + "String_Node_Str"+ ChatColor.GREEN+ "String_Node_Str");
            }
          }
 else {
            sender.sendMessage("String_Node_Str" + plugin + "String_Node_Str"+ ChatColor.GRAY+ "String_Node_Str");
          }
        }
 else {
          sender.sendMessage("String_Node_Str" + plugin + "String_Node_Str"+ ChatColor.RED+ "String_Node_Str");
        }
      }
      return true;
    }
 else     if (comm.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (args.length == 0) {
        sender.sendMessage(ChatColor.GOLD + "String_Node_Str");
      }
 else {
        if (!updateManager.getListofPlugins().contains(trimmedArgs[0])) {
          sender.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + trimmedArgs[0]+ "String_Node_Str");
          return true;
        }
        if (updateManager.doDownload(trimmedArgs[0])) {
          sender.sendMessage(ChatColor.WHITE + "String_Node_Str" + ChatColor.AQUA+ "String_Node_Str"+ ChatColor.LIGHT_PURPLE+ "String_Node_Str"+ ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str"+ ChatColor.GREEN+ trimmedArgs[0]+ ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str");
        }
 else {
          sender.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
        }
      }
      return true;
    }
 else     if (comm.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (args.length == 0) {
        sender.sendMessage(ChatColor.GOLD + "String_Node_Str");
      }
 else {
        if (!updateManager.getListofPlugins().contains(trimmedArgs[0])) {
          sender.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + trimmedArgs[0]+ "String_Node_Str");
          return true;
        }
        if (updateManager.needsUpdate(trimmedArgs[0])) {
          if (updateManager.doDownload(trimmedArgs[0])) {
            sender.sendMessage(ChatColor.WHITE + "String_Node_Str" + ChatColor.AQUA+ "String_Node_Str"+ ChatColor.LIGHT_PURPLE+ "String_Node_Str"+ ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str"+ ChatColor.GREEN+ trimmedArgs[0]+ ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str");
          }
 else {
            sender.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
          }
        }
      }
      return true;
    }
 else     if (comm.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      for (      String tempplugin : voxelplugins) {
        sender.sendMessage(tempplugin + "String_Node_Str" + updateManager.get(tempplugin,"String_Node_Str"));
      }
      return true;
    }
  }
  return false;
}