Program: 161279
Project: 161279
Buggy source:
public String bwamem(){
  if (getSample().isBamAlreadyProvided())   return "String_Node_Str";
  final String inputs[]=new String[2];
  final StringBuilder sb=new StringBuilder().append(this.getSortedFilename()).append("String_Node_Str").append(this.get(0).getFilename());
  if (this.fastqs.size() > 1) {
    sb.append("String_Node_Str").append(this.get(1).getFilename());
    inputs[0]=this.get(0).getFilename();
    inputs[1]=this.get(1).getFilename();
  }
  sb.append("String_Node_Str").append(rulePrefix());
  if (this.fastqs.size() == 1 && this.fastqs.get(0).isBam()) {
    inputs[0]="String_Node_Str";
    inputs[1]="String_Node_Str";
    sb.append("String_Node_Str").append("String_Node_Str").append(inputs[0]).append("String_Node_Str").append(inputs[1]).append("String_Node_Str").append("String_Node_Str").append("String_Node_Str");
  }
  String fq1;
  String fq2;
  if (isUsingCutadapt()) {
    fq1="String_Node_Str";
    fq2="String_Node_Str";
    for (int side=0; side < 2; ++side) {
      sb.append("String_Node_Str").append(getAttribute(side == 0 ? PROP_CUTADAPT_ADAPTER5 : PROP_CUTADAPT_ADAPTER3)).append("String_Node_Str").append(inputs[side]).append("String_Node_Str").append("String_Node_Str").append("String_Node_Str").append(side == 0 ? fq1 : fq2).append("String_Node_Str");
    }
  }
 else {
    fq1=inputs[0];
    fq2=inputs[1];
  }
  final Integer laneIndex=getLane();
  final String bwaRef="String_Node_Str";
  sb.append("String_Node_Str").append(getAttribute(PROP_BWA_MEM_NTHREADS)).append("String_Node_Str" + new SimpleDateFormat("String_Node_Str").format(new Date()));
  if (getProject().hasCapture()) {
    sb.append("String_Node_Str").append(getProject().getCapture().getName()).append("String_Node_Str").append(getProject().getCapture().getBedFilename()).append("String_Node_Str");
  }
  sb.append("String_Node_Str").append(getProject().getName() + "String_Node_Str" + getProject().getDescription()+ "String_Node_Str").append("String_Node_Str" + getSample().getName()).append(laneIndex == null ? "String_Node_Str" : "String_Node_Str" + laneIndex).append("String_Node_Str" + getSample() + "String_Node_Str"+ getSample()+ "String_Node_Str"+ bwaRef+ "String_Node_Str"+ fq1+ "String_Node_Str"+ fq2+ "String_Node_Str").append("String_Node_Str").append(getAttribute(PROP_DEFAULT_COMPRESSION_LEVEL)).append("String_Node_Str").append(getAttribute(PROP_SAMTOOLS_SORT_NTHREADS)).append("String_Node_Str" + getTmpPrefixToken() + getSample().getName()+ "String_Node_Str"+ getIndex()+ "String_Node_Str").append("String_Node_Str");
  if (isUsingCutadapt()) {
    sb.append("String_Node_Str" + fq1 + "String_Node_Str"+ fq2);
  }
  if (this.fastqs.size() == 1 && this.fastqs.get(0).isBam()) {
    sb.append("String_Node_Str" + inputs[0] + "String_Node_Str"+ inputs[1]);
  }
  return sb.append("String_Node_Str").toString();
}

Fixed version (ground truth):
public String bwamem(){
  if (getSample().isBamAlreadyProvided())   return "String_Node_Str";
  final String inputs[]=new String[2];
  final StringBuilder sb=new StringBuilder().append(this.getSortedFilename()).append("String_Node_Str").append(this.get(0).getFilename());
  if (this.fastqs.size() > 1) {
    sb.append("String_Node_Str").append(this.get(1).getFilename());
    inputs[0]=this.get(0).getFilename();
    inputs[1]=this.get(1).getFilename();
  }
  sb.append("String_Node_Str").append(rulePrefix());
  if (this.fastqs.size() == 1 && this.fastqs.get(0).isBam()) {
    inputs[0]="String_Node_Str";
    inputs[1]="String_Node_Str";
    sb.append("String_Node_Str").append("String_Node_Str").append(inputs[0]).append("String_Node_Str").append(inputs[1]).append("String_Node_Str").append("String_Node_Str").append("String_Node_Str");
  }
  String fq1;
  String fq2;
  if (isUsingCutadapt()) {
    fq1="String_Node_Str";
    fq2="String_Node_Str";
    for (int side=0; side < 2; ++side) {
      sb.append("String_Node_Str").append(getAttribute(side == 0 ? PROP_CUTADAPT_ADAPTER5 : PROP_CUTADAPT_ADAPTER3)).append("String_Node_Str").append(inputs[side]).append("String_Node_Str").append("String_Node_Str").append("String_Node_Str").append(side == 0 ? fq1 : fq2).append("String_Node_Str");
    }
  }
 else {
    fq1=inputs[0];
    fq2=inputs[1];
  }
  final Integer laneIndex=getLane();
  final String bwaRef="String_Node_Str";
  sb.append("String_Node_Str").append(getAttribute(PROP_BWA_MEM_NTHREADS)).append("String_Node_Str" + new SimpleDateFormat("String_Node_Str").format(new Date()));
  if (getProject().hasCapture()) {
    sb.append("String_Node_Str").append(getProject().getCapture().getName()).append("String_Node_Str").append(getProject().getCapture().getBedFilename()).append("String_Node_Str");
  }
  sb.append("String_Node_Str").append(getProject().getName() + "String_Node_Str" + getProject().getDescription()+ "String_Node_Str").append("String_Node_Str" + getSample().getName()).append(laneIndex == null ? "String_Node_Str" : "String_Node_Str" + laneIndex).append("String_Node_Str" + getSample() + "String_Node_Str"+ getSample()+ "String_Node_Str"+ bwaRef+ "String_Node_Str"+ fq1+ "String_Node_Str"+ fq2+ "String_Node_Str");
  if (!getAttribute(PROP_MAPPING_REGION,"String_Node_Str").isEmpty()) {
    final String rgn=getAttribute(PROP_MAPPING_REGION,"String_Node_Str");
    sb.append("String_Node_Str").append("String_Node_Str").append(rgn).append("String_Node_Str");
  }
  sb.append("String_Node_Str").append(getAttribute(PROP_DEFAULT_COMPRESSION_LEVEL)).append("String_Node_Str").append(getAttribute(PROP_SAMTOOLS_SORT_NTHREADS)).append("String_Node_Str" + getTmpPrefixToken() + getSample().getName()+ "String_Node_Str"+ getIndex()+ "String_Node_Str").append("String_Node_Str");
  if (isUsingCutadapt()) {
    sb.append("String_Node_Str" + fq1 + "String_Node_Str"+ fq2);
  }
  if (this.fastqs.size() == 1 && this.fastqs.get(0).isBam()) {
    sb.append("String_Node_Str" + inputs[0] + "String_Node_Str"+ inputs[1]);
  }
  return sb.append("String_Node_Str").toString();
}