Program: 180014
Project: 180014
Buggy source:
public void process(ArrayList<Token> tokens,ComplexScope scope,ExpressionProcessor processor) throws Exception {
  for (int i=0; i < tokens.size() - 1; i++) {
    Token token=tokens.get(i);
    if (token.getTokenType() == TokenType.CLOSEBRACKET) {
      throw new SyntaxException("String_Node_Str",tokens);
    }
 else     if (token.getTokenType() == TokenType.USERFUNC) {
      Value v=token.getTokenValue();
      FunctionValue value;
      try {
        value=(FunctionValue)v;
      }
 catch (      ClassCastException ex) {
        System.out.println(ex);
        throw new SyntaxException("String_Node_Str",tokens);
      }
      ArrayList<Token> statement=Tokens.sliceBody(tokens,TokenType.OPENBRACKET,i + 1);
      tokens.remove(i);
      ArrayList<ArrayList<Token>> arguments=new ArrayList<ArrayList<Token>>();
      arguments.add(new ArrayList<Token>());
      int k=0;
      for (int o=0; o < statement.size(); o++) {
        if (statement.get(o).getTokenType() == TokenType.COMMA) {
          arguments.add(new ArrayList<Token>());
          k++;
        }
 else {
          arguments.get(k).add(statement.get(o));
        }
      }
      ArrayList<Value> argumentValues=new ArrayList<Value>();
      for (int x=0; x < arguments.size(); x++) {
        Value t=processor.evaluate(arguments.get(x),scope);
        argumentValues.add(t);
      }
      Value returnValue=value.call(argumentValues,scope);
      tokens.add(i,returnValue.toToken());
    }
 else     if (token.getTokenType() == TokenType.STRING && tokens.get(i + 1).getTokenType() == TokenType.OPENBRACKET) {
      String name=token.getTokenValue().toString();
      Value v=scope.getVariable(name).getValue();
      FunctionValue value;
      try {
        value=(FunctionValue)v;
      }
 catch (      ClassCastException ex) {
        System.out.println(ex);
        throw new SyntaxException("String_Node_Str",tokens);
      }
      ArrayList<Token> statement=Tokens.sliceBody(tokens,TokenType.OPENBRACKET,i + 1);
      tokens.remove(i);
      ArrayList<ArrayList<Token>> arguments=new ArrayList<ArrayList<Token>>();
      ArrayList<Value> argumentValues=new ArrayList<Value>();
      if (statement.size() > 0) {
        arguments.add(new ArrayList<Token>());
        int k=0;
        for (int o=0; o < statement.size(); o++) {
          if (statement.get(o).getTokenType() == TokenType.COMMA) {
            arguments.add(new ArrayList<Token>());
            k++;
          }
 else {
            arguments.get(k).add(statement.get(o));
          }
        }
        for (int x=0; x < arguments.size(); x++) {
          Value t=processor.evaluate(arguments.get(x),scope);
          argumentValues.add(t);
        }
      }
      Value returnValue=value.call(argumentValues,scope);
      tokens.add(i,returnValue.toToken());
    }
  }
}

Fixed version (ground truth):
public void process(ArrayList<Token> tokens,ComplexScope scope,ExpressionProcessor processor) throws Exception {
  for (int i=0; i < tokens.size() - 1; i++) {
    Token token=tokens.get(i);
    if (token.getTokenType() == TokenType.CLOSEBRACKET) {
      throw new SyntaxException("String_Node_Str",tokens);
    }
 else     if (token.getTokenType() == TokenType.USERFUNC) {
      if (tokens.size() <= i + 1)       continue;
      if (tokens.get(i + 1).getTokenType() != TokenType.OPENBRACKET)       continue;
      Value v=token.getTokenValue();
      FunctionValue value;
      try {
        value=(FunctionValue)v;
      }
 catch (      ClassCastException ex) {
        System.out.println(ex);
        throw new SyntaxException("String_Node_Str",tokens);
      }
      ArrayList<Token> statement=Tokens.sliceBody(tokens,TokenType.OPENBRACKET,i + 1);
      tokens.remove(i);
      ArrayList<ArrayList<Token>> arguments=new ArrayList<ArrayList<Token>>();
      arguments.add(new ArrayList<Token>());
      int k=0;
      for (int o=0; o < statement.size(); o++) {
        if (statement.get(o).getTokenType() == TokenType.COMMA) {
          arguments.add(new ArrayList<Token>());
          k++;
        }
 else {
          arguments.get(k).add(statement.get(o));
        }
      }
      ArrayList<Value> argumentValues=new ArrayList<Value>();
      for (int x=0; x < arguments.size(); x++) {
        Value t=processor.evaluate(arguments.get(x),scope);
        argumentValues.add(t);
      }
      Value returnValue=value.call(argumentValues,scope);
      tokens.add(i,returnValue.toToken());
    }
 else     if (token.getTokenType() == TokenType.STRING && tokens.get(i + 1).getTokenType() == TokenType.OPENBRACKET) {
      String name=token.getTokenValue().toString();
      Value v=scope.getVariable(name).getValue();
      FunctionValue value;
      try {
        value=(FunctionValue)v;
      }
 catch (      ClassCastException ex) {
        System.out.println(ex);
        throw new SyntaxException("String_Node_Str",tokens);
      }
      ArrayList<Token> statement=Tokens.sliceBody(tokens,TokenType.OPENBRACKET,i + 1);
      tokens.remove(i);
      ArrayList<ArrayList<Token>> arguments=new ArrayList<ArrayList<Token>>();
      ArrayList<Value> argumentValues=new ArrayList<Value>();
      if (statement.size() > 0) {
        arguments.add(new ArrayList<Token>());
        int k=0;
        for (int o=0; o < statement.size(); o++) {
          if (statement.get(o).getTokenType() == TokenType.COMMA) {
            arguments.add(new ArrayList<Token>());
            k++;
          }
 else {
            arguments.get(k).add(statement.get(o));
          }
        }
        for (int x=0; x < arguments.size(); x++) {
          Value t=processor.evaluate(arguments.get(x),scope);
          argumentValues.add(t);
        }
      }
      Value returnValue=value.call(argumentValues,scope);
      tokens.add(i,returnValue.toToken());
    }
  }
}