Program: 17148
Project: 17148
Buggy source:
public static void main(String[] args){
  int maxLength=1000;
  String inFile=null;
  String outFile=null;
  MultipleAlignmentParser parser;
  StructureAlignment aligner;
  String usage="String_Node_Str" + "String_Node_Str" + "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str";
  if (args.length < 2) {
    System.err.println("String_Node_Str");
    System.err.println(usage);
    System.exit(1);
    return;
  }
  int arg=1;
  String alignerName=args[arg];
  if (alignerName.matches("String_Node_Str")) {
    CeMain ceMain;
    try {
      ceMain=(CeMain)StructureAlignmentFactory.getAlgorithm(CeMain.algorithmName);
      if (alignerName.matches("String_Node_Str")) {
        ((CeParameters)ceMain.getParameters()).setCheckCircular(true);
      }
      ((CeParameters)ceMain.getParameters()).setMaxGapSize(0);
    }
 catch (    StructureException e) {
      e.printStackTrace();
      System.exit(1);
      return;
    }
    aligner=ceMain;
  }
 else {
    System.err.println("String_Node_Str" + alignerName + "String_Node_Str");
    System.err.println(usage);
    System.exit(1);
    return;
  }
  arg++;
  if (args.length > arg && !args[arg].equals("String_Node_Str")) {
    inFile=args[arg];
  }
  arg++;
  if (args.length > arg && !args[arg].equals("String_Node_Str")) {
    outFile=args[arg];
  }
  arg++;
  if (args.length > arg) {
    try {
      maxLength=Integer.parseInt(args[arg]);
    }
 catch (    NumberFormatException e) {
      System.err.println("String_Node_Str" + args[arg] + "String_Node_Str");
      System.err.println(usage);
      System.exit(1);
      return;
    }
  }
  arg++;
  if (args.length > arg) {
    System.err.println("String_Node_Str");
    System.err.println(usage);
    System.exit(1);
    return;
  }
  arg++;
  String fileType=args[0];
  if (fileType.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
    if (inFile == null)     inFile="String_Node_Str";
    parser=new RIPCParser(inFile);
  }
 else   if (fileType.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
    if (inFile == null)     inFile="String_Node_Str";
    parser=new CPDBParser(inFile);
  }
 else {
    System.err.println("String_Node_Str");
    System.err.println(usage);
    System.exit(1);
    return;
  }
  Writer out;
  out=new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(System.out));
  if (outFile != null && !(outFile.equals("String_Node_Str") || outFile.equals("String_Node_Str"))) {
    try {
      out=new BufferedWriter(new FileWriter(outFile));
    }
 catch (    IOException e1) {
      e1.printStackTrace();
      System.err.println("String_Node_Str" + outFile);
      System.exit(1);
      return;
    }
  }
  AlignBenchmark bm=new AlignBenchmark("String_Node_Str",aligner,maxLength);
  bm.runBenchmark(out,parser);
}

Fixed version (ground truth):
public static void main(String[] args){
  int maxLength=1000;
  String inFile=null;
  String outFile=null;
  MultipleAlignmentParser parser;
  StructureAlignment aligner;
  String usage="String_Node_Str" + "String_Node_Str" + "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str";
  if (args.length < 2) {
    System.err.println("String_Node_Str");
    System.err.println(usage);
    System.exit(1);
    return;
  }
  int arg=1;
  String alignerName=args[arg].toUpperCase();
  if (alignerName.substring(0,2).equals("String_Node_Str")) {
    CeMain ceMain;
    try {
      ceMain=(CeMain)StructureAlignmentFactory.getAlgorithm(CeMain.algorithmName);
      CeParameters param=(CeParameters)ceMain.getParameters();
      if (alignerName.equals("String_Node_Str")) {
        param.setMaxGapSize(0);
      }
 else       if (alignerName.matches("String_Node_Str")) {
        param.setMaxGapSize(0);
        param.setCheckCircular(true);
      }
    }
 catch (    StructureException e) {
      e.printStackTrace();
      System.exit(1);
      return;
    }
    aligner=ceMain;
  }
 else   if (alignerName.equals("String_Node_Str")) {
    try {
      aligner=StructureAlignmentFactory.getAlgorithm(SmithWaterman3Daligner.algorithmName);
    }
 catch (    StructureException e) {
      e.printStackTrace();
      System.exit(1);
      return;
    }
  }
 else   if (alignerName.matches("String_Node_Str")) {
    try {
      aligner=StructureAlignmentFactory.getAlgorithm(FatCatRigid.algorithmName);
    }
 catch (    StructureException e) {
      e.printStackTrace();
      System.exit(1);
      return;
    }
  }
 else   if (alignerName.matches("String_Node_Str")) {
    try {
      aligner=StructureAlignmentFactory.getAlgorithm(FatCatFlexible.algorithmName);
    }
 catch (    StructureException e) {
      e.printStackTrace();
      System.exit(1);
      return;
    }
  }
 else {
    try {
      aligner=StructureAlignmentFactory.getAlgorithm(args[arg]);
    }
 catch (    StructureException e) {
      e.printStackTrace();
      System.exit(1);
      return;
    }
  }
  arg++;
  if (args.length > arg && !args[arg].equals("String_Node_Str")) {
    inFile=args[arg];
  }
  arg++;
  if (args.length > arg && !args[arg].equals("String_Node_Str")) {
    outFile=args[arg];
  }
  arg++;
  if (args.length > arg) {
    try {
      maxLength=Integer.parseInt(args[arg]);
    }
 catch (    NumberFormatException e) {
      System.err.println("String_Node_Str" + args[arg] + "String_Node_Str");
      System.err.println(usage);
      System.exit(1);
      return;
    }
  }
  arg++;
  if (args.length > arg) {
    System.err.println("String_Node_Str");
    System.err.println(usage);
    System.exit(1);
    return;
  }
  arg++;
  String fileType=args[0];
  if (fileType.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
    if (inFile == null)     inFile="String_Node_Str";
    parser=new RIPCParser(inFile);
  }
 else   if (fileType.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
    if (inFile == null)     inFile="String_Node_Str";
    parser=new CPDBParser(inFile);
  }
 else {
    System.err.println("String_Node_Str");
    System.err.println(usage);
    System.exit(1);
    return;
  }
  Writer out;
  out=new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(System.out));
  if (outFile != null && !(outFile.equals("String_Node_Str") || outFile.equals("String_Node_Str"))) {
    try {
      out=new BufferedWriter(new FileWriter(outFile));
    }
 catch (    IOException e1) {
      e1.printStackTrace();
      System.err.println("String_Node_Str" + outFile);
      System.exit(1);
      return;
    }
  }
  AlignBenchmark bm=new AlignBenchmark("String_Node_Str",aligner,maxLength);
  bm.runBenchmark(out,parser);
}