Program: 86526
Project: 86526
Buggy source:
private void run(String[] args){
  Options options=new Options();
  options.addOption("String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
  options.addOption(Option.builder("String_Node_Str").longOpt("String_Node_Str").desc("String_Node_Str").build());
  options.addOption(Option.builder("String_Node_Str").longOpt("String_Node_Str").desc("String_Node_Str").build());
  options.addOption(Option.builder("String_Node_Str").longOpt("String_Node_Str").hasArgs().numberOfArgs(1).desc("String_Node_Str").build());
  options.addOption(Option.builder("String_Node_Str").hasArgs().numberOfArgs(2).valueSeparator('=').desc("String_Node_Str").build());
  CommandLineParser parser=new DefaultParser();
  CommandLine cmd=null;
  try {
    cmd=parser.parse(options,args);
  }
 catch (  ParseException e) {
    logger.debug("String_Node_Str",e);
    System.err.println(e.getMessage());
    HelpFormatter formatter=new HelpFormatter();
    formatter.printHelp("String_Node_Str",options);
    System.exit(1);
  }
  if (cmd.hasOption('h')) {
    HelpFormatter formatter=new HelpFormatter();
    formatter.printHelp("String_Node_Str",options);
    System.exit(1);
  }
  if (cmd.hasOption('D')) {
    userProps=cmd.getOptionProperties("String_Node_Str");
  }
  if (cmd.hasOption('f')) {
    target=new File(cmd.getOptionValue('f'));
  }
  createSession(target);
  if (cmd.hasOption('d')) {
    final ch.qos.logback.classic.Logger root=(ch.qos.logback.classic.Logger)LoggerFactory.getLogger(org.slf4j.Logger.ROOT_LOGGER_NAME);
    root.setLevel(Level.DEBUG);
  }
  if (!session.isEnabled()) {
    logger.info("String_Node_Str");
    return;
  }
  if (!target.exists()) {
    logger.info("String_Node_Str");
    return;
  }
 else   if (new File(target,ManipulationManager.MARKER_FILE).exists()) {
    logger.info("String_Node_Str");
    return;
  }
  try {
    manipulationManager.init(session);
    manipulationManager.scanAndApply(session);
  }
 catch (  ManipulationException e) {
    logger.error("String_Node_Str",e);
    System.exit(1);
  }
}

Fixed version (ground truth):
private void run(String[] args){
  Options options=new Options();
  options.addOption("String_Node_Str",false,"String_Node_Str");
  options.addOption(Option.builder("String_Node_Str").longOpt("String_Node_Str").desc("String_Node_Str").build());
  options.addOption(Option.builder("String_Node_Str").longOpt("String_Node_Str").desc("String_Node_Str").build());
  options.addOption(Option.builder("String_Node_Str").longOpt("String_Node_Str").hasArgs().numberOfArgs(1).desc("String_Node_Str").build());
  options.addOption(Option.builder("String_Node_Str").longOpt("String_Node_Str").hasArgs().numberOfArgs(1).desc("String_Node_Str").build());
  options.addOption(Option.builder("String_Node_Str").hasArgs().numberOfArgs(2).valueSeparator('=').desc("String_Node_Str").build());
  CommandLineParser parser=new DefaultParser();
  CommandLine cmd=null;
  try {
    cmd=parser.parse(options,args);
  }
 catch (  ParseException e) {
    logger.debug("String_Node_Str",e);
    System.err.println(e.getMessage());
    HelpFormatter formatter=new HelpFormatter();
    formatter.printHelp("String_Node_Str",options);
    System.exit(1);
  }
  if (cmd.hasOption('h')) {
    HelpFormatter formatter=new HelpFormatter();
    formatter.printHelp("String_Node_Str",options);
    System.exit(1);
  }
  if (cmd.hasOption('D')) {
    userProps=cmd.getOptionProperties("String_Node_Str");
  }
  if (cmd.hasOption('f')) {
    target=new File(cmd.getOptionValue('f'));
  }
  if (cmd.hasOption('s')) {
    settings=new File(cmd.getOptionValue('s'));
  }
  createSession(target,settings);
  if (cmd.hasOption('d')) {
    final ch.qos.logback.classic.Logger root=(ch.qos.logback.classic.Logger)LoggerFactory.getLogger(org.slf4j.Logger.ROOT_LOGGER_NAME);
    root.setLevel(Level.DEBUG);
  }
  if (!session.isEnabled()) {
    logger.info("String_Node_Str");
    return;
  }
  if (!target.exists()) {
    logger.info("String_Node_Str");
    return;
  }
 else   if (new File(target,ManipulationManager.MARKER_FILE).exists()) {
    logger.info("String_Node_Str");
    return;
  }
  try {
    manipulationManager.init(session);
    manipulationManager.scanAndApply(session);
  }
 catch (  ManipulationException e) {
    logger.error("String_Node_Str",e);
    System.exit(1);
  }
}