Program: 36301
Project: 36301
Buggy source:
public int run(String[] args) throws Exception {
  long startTime=System.currentTimeMillis() / 1000L;
  for (int i=0; i < args.length; i++) {
    System.out.println(i + "String_Node_Str" + args[i]);
  }
  if (args.length < 2) {
    System.err.printf("String_Node_Str" + "String_Node_Str" + "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str",+"String_Node_Str",+"String_Node_Str",+"String_Node_Str",+"String_Node_Str",+"String_Node_Str",+"String_Node_Str",+"String_Node_Str",getClass().getSimpleName());
    ToolRunner.printGenericCommandUsage(System.err);
    return -1;
  }
  int d=Integer.parseInt(args[0]);
  boolean is2D=(Integer.parseInt(args[1]) < 3);
  int iter=d;
  if (!is2D) {
    iter=d * d;
  }
  boolean isPaired=(Integer.parseInt(args[2]) == 2);
  iter=1;
  for (int i=0; i < iter; i++) {
    System.out.println("String_Node_Str" + i);
    JobConf conf=getJobInstance(i,isPaired);
    FileSystem fs=FileSystem.get(conf);
    conf.setInt("String_Node_Str",d);
    conf.setInt("String_Node_Str",i);
    int outputIndex=4;
    if (isPaired) {
      MultipleInputs.addInputPath(conf,new Path(args[4]),KeyValueTextInputFormat.class,FFMapper.class);
      MultipleInputs.addInputPath(conf,new Path(args[5]),KeyValueTextInputFormat.class,FFMapperPaired.class);
      outputIndex=6;
    }
 else {
      FileInputFormat.addInputPath(conf,new Path(args[4]));
      outputIndex=5;
    }
    conf.setStrings("String_Node_Str",args[outputIndex]);
    if (args.length > outputIndex + 1) {
      conf.setStrings("String_Node_Str",args[outputIndex + 1]);
    }
 else {
      conf.setStrings("String_Node_Str","String_Node_Str");
    }
    RunningJob job=JobClient.runJob(conf);
  }
  long endTime=System.currentTimeMillis() / 1000L;
  BufferedWriter timeResults=new BufferedWriter(new FileWriter("String_Node_Str" + "String_Node_Str" + args[3] + "String_Node_Str",true));
  ;
  timeResults.write(startTime + "String_Node_Str" + endTime+ "String_Node_Str"+ (endTime - startTime)+ "String_Node_Str");
  timeResults.close();
  return 0;
}

Fixed version (ground truth):
public int run(String[] args) throws Exception {
  long startTime=System.currentTimeMillis() / 1000L;
  for (int i=0; i < args.length; i++) {
    System.out.println(i + "String_Node_Str" + args[i]);
  }
  if (args.length < 2) {
    System.err.printf("String_Node_Str" + "String_Node_Str" + "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str"+ "String_Node_Str",getClass().getSimpleName());
    ToolRunner.printGenericCommandUsage(System.err);
    return -1;
  }
  int d=Integer.parseInt(args[0]);
  boolean is2D=(Integer.parseInt(args[1]) < 3);
  int iter=d;
  if (!is2D) {
    iter=d * d;
  }
  boolean isPaired=(Integer.parseInt(args[2]) == 2);
  iter=1;
  for (int i=0; i < iter; i++) {
    System.out.println("String_Node_Str" + i);
    JobConf conf=getJobInstance(i,isPaired);
    FileSystem fs=FileSystem.get(conf);
    conf.setInt("String_Node_Str",d);
    conf.setInt("String_Node_Str",i);
    int outputIndex=4;
    if (isPaired) {
      MultipleInputs.addInputPath(conf,new Path(args[4]),KeyValueTextInputFormat.class,FFMapper.class);
      MultipleInputs.addInputPath(conf,new Path(args[5]),KeyValueTextInputFormat.class,FFMapperPaired.class);
      outputIndex=6;
    }
 else {
      FileInputFormat.addInputPath(conf,new Path(args[4]));
      outputIndex=5;
    }
    conf.setStrings("String_Node_Str",args[outputIndex]);
    if (args.length > outputIndex + 1) {
      conf.setStrings("String_Node_Str",args[outputIndex + 1]);
    }
 else {
      conf.setStrings("String_Node_Str","String_Node_Str");
    }
    RunningJob job=JobClient.runJob(conf);
  }
  long endTime=System.currentTimeMillis() / 1000L;
  BufferedWriter timeResults=new BufferedWriter(new FileWriter("String_Node_Str" + "String_Node_Str" + args[3] + "String_Node_Str",true));
  ;
  timeResults.write(startTime + "String_Node_Str" + endTime+ "String_Node_Str"+ (endTime - startTime)+ "String_Node_Str");
  timeResults.close();
  return 0;
}