Program: 44066
Project: 44066
Buggy source:
public boolean onCommand(CommandSender cs,Command c,String l,String[] args){
  if (cs instanceof Player) {
    if (plugin.checkPermissions((Player)(cs),"String_Node_Str",true)) {
      if (plugin.checkPermissions((Player)(cs),"String_Node_Str",true)) {
        isPlayerAdmin=true;
      }
      isPlayer=true;
    }
 else {
      cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
      return false;
    }
  }
  if (args.length == 0) {
    if (isPlayer) {
      if (plugin.breakMode((Player)(cs))) {
        plugin.setBreak((Player)(cs),false);
      }
      plugin.setToggle((Player)(cs),(plugin.isToggled((Player)(cs)) ? false : true));
      cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + (plugin.isToggled((Player)(cs)) ? "String_Node_Str" : "String_Node_Str"));
    }
  }
 else   if (args.length == 1) {
    if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (isPlayer) {
        if (isPlayerAdmin) {
          cs.sendMessage(ChatColor.WHITE + "String_Node_Str" + name);
          cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + plugin.version);
          cs.sendMessage(ChatColor.GOLD + "String_Node_Str" + (plugin.permissionsEnabled ? ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + plugin.permissionsType+ "String_Node_Str" : ChatColor.RED + "String_Node_Str"));
        }
      }
 else {
        cs.sendMessage("String_Node_Str");
        cs.sendMessage("String_Node_Str" + plugin.version);
        cs.sendMessage("String_Node_Str" + (plugin.permissionsEnabled ? "String_Node_Str" + plugin.permissionsType + "String_Node_Str" : "String_Node_Str"));
      }
    }
 else     if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (isPlayer) {
        cs.sendMessage(name + ChatColor.AQUA + "String_Node_Str"+ plugin.version);
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
        if (isPlayerAdmin) {
          cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
        }
        if (isPlayerAdmin) {
          cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
        }
      }
 else {
        cs.sendMessage("String_Node_Str");
        cs.sendMessage("String_Node_Str");
      }
    }
 else     if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (isPlayerAdmin) {
        if (plugin.isToggled((Player)(cs))) {
          plugin.setToggle((Player)(cs),false);
        }
        plugin.setBreak((Player)(cs),(plugin.breakMode((Player)(cs)) ? false : true));
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + (plugin.breakMode((Player)(cs)) ? "String_Node_Str" : "String_Node_Str"));
      }
 else {
        cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
      }
    }
 else     if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (isPlayer) {
        if (plugin.isSet((Player)(cs)) == null) {
          return true;
        }
 else {
          plugin.removeValue((Player)(cs));
        }
      }
    }
  }
 else   if (args.length == 2) {
    if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      try {
        int i=Integer.parseInt(args[1].trim());
        if (i > 16) {
          i=15;
        }
        if (i < 0) {
          i=0;
        }
        plugin.setValue((Player)(cs),i);
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + wool[i]);
      }
 catch (      NumberFormatException e) {
        for (int i=0; i < wool.length; i++) {
          if (args[1].equalsIgnoreCase(wool[i])) {
            plugin.setValue((Player)(cs),i);
            cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + wool[i]);
            return true;
          }
        }
        cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
        cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
        cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
      }
    }
  }
  return true;
}

Fixed version (ground truth):
public boolean onCommand(CommandSender cs,Command c,String l,String[] args){
  if (cs instanceof Player) {
    if (plugin.checkPermissions((Player)(cs),"String_Node_Str",true)) {
      if (plugin.checkPermissions((Player)(cs),"String_Node_Str",true)) {
        isPlayerAdmin=true;
      }
      if (plugin.checkPermissions((Player)(cs),"String_Node_Str",true)) {
        isPlayerSpecial=true;
      }
      isPlayer=true;
    }
 else {
      cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
      return false;
    }
  }
  if (args.length == 0) {
    if (isPlayer) {
      if (plugin.breakMode((Player)(cs))) {
        plugin.setBreak((Player)(cs),false);
      }
      plugin.setToggle((Player)(cs),(plugin.isToggled((Player)(cs)) ? false : true));
      cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + (plugin.isToggled((Player)(cs)) ? "String_Node_Str" : "String_Node_Str"));
    }
  }
 else   if (args.length == 1) {
    if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (isPlayer) {
        if (isPlayerAdmin) {
          cs.sendMessage(ChatColor.WHITE + "String_Node_Str" + name);
          cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + plugin.version);
          cs.sendMessage(ChatColor.GOLD + "String_Node_Str" + (plugin.permissionsEnabled ? ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + plugin.permissionsType+ "String_Node_Str" : ChatColor.RED + "String_Node_Str"));
        }
      }
 else {
        cs.sendMessage("String_Node_Str");
        cs.sendMessage("String_Node_Str" + plugin.version);
        cs.sendMessage("String_Node_Str" + (plugin.permissionsEnabled ? "String_Node_Str" + plugin.permissionsType + "String_Node_Str" : "String_Node_Str"));
      }
    }
 else     if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (isPlayer) {
        cs.sendMessage(name + ChatColor.AQUA + "String_Node_Str"+ plugin.version);
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
        if (isPlayerAdmin) {
          cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
        }
        if (isPlayerAdmin) {
          cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + ChatColor.DARK_AQUA+ "String_Node_Str");
        }
      }
 else {
        cs.sendMessage("String_Node_Str");
        cs.sendMessage("String_Node_Str");
      }
    }
 else     if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (isPlayerAdmin || isPlayerSpecial) {
        if (plugin.isToggled((Player)(cs))) {
          plugin.setToggle((Player)(cs),false);
        }
        plugin.setBreak((Player)(cs),(plugin.breakMode((Player)(cs)) ? false : true));
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + (plugin.breakMode((Player)(cs)) ? "String_Node_Str" : "String_Node_Str"));
      }
 else {
        cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
      }
    }
 else     if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (isPlayer) {
        if (plugin.isSet((Player)(cs)) == null) {
          return true;
        }
 else {
          plugin.removeValue((Player)(cs));
        }
      }
    }
  }
 else   if (args.length == 2) {
    if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      try {
        int i=Integer.parseInt(args[1].trim());
        if (i > 16) {
          i=15;
        }
        if (i < 0) {
          i=0;
        }
        plugin.setValue((Player)(cs),i);
        cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + wool[i]);
      }
 catch (      NumberFormatException e) {
        for (int i=0; i < wool.length; i++) {
          if (args[1].equalsIgnoreCase(wool[i])) {
            plugin.setValue((Player)(cs),i);
            cs.sendMessage(ChatColor.AQUA + "String_Node_Str" + wool[i]);
            return true;
          }
        }
        cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
        cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
        cs.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str");
      }
    }
  }
  return true;
}