Program: 156183
Project: 156183
Buggy source:
@Override protected Object decode(Channel channel,SocketAddress remoteAddress,Object msg) throws Exception {
  String sentence=(String)msg;
  if (sentence.contains("String_Node_Str")) {
    Matcher parser=patternLogon.matcher(sentence);
    if (!parser.matches()) {
      return null;
    }
    int index=1;
    sendAcknowledgement(channel,parser.group(index++));
    String id=parser.group(index++);
    String iccid=parser.group(index++);
    if (!identify(iccid,channel,null,false)) {
      if (!identify(id,channel)) {
        return null;
      }
    }
  }
 else   if (sentence.contains("String_Node_Str")) {
    Matcher parser=pattern.matcher(sentence);
    if (!parser.matches()) {
      return null;
    }
    Position position=new Position();
    position.setProtocol(getProtocolName());
    int index=1;
    sendAcknowledgement(channel,parser.group(index++));
    Calendar time=Calendar.getInstance(TimeZone.getTimeZone("String_Node_Str"));
    time.clear();
    time.set(Calendar.YEAR,Integer.valueOf(parser.group(index++)));
    time.set(Calendar.MONTH,Integer.valueOf(parser.group(index++)) - 1);
    time.set(Calendar.DAY_OF_MONTH,Integer.valueOf(parser.group(index++)));
    time.set(Calendar.HOUR_OF_DAY,Integer.valueOf(parser.group(index++)));
    time.set(Calendar.MINUTE,Integer.valueOf(parser.group(index++)));
    time.set(Calendar.SECOND,Integer.valueOf(parser.group(index++)));
    position.setTime(time.getTime());
    String hemisphere=parser.group(index++);
    double lat=Integer.parseInt(parser.group(index++));
    lat+=Double.parseDouble(parser.group(index++)) / 60;
    if (hemisphere.equals("String_Node_Str")) {
      lat=-lat;
    }
    position.setLatitude(lat);
    hemisphere=parser.group(index++);
    double lon=Integer.parseInt(parser.group(index++));
    lon+=Double.parseDouble(parser.group(index++)) / 60;
    if (hemisphere.equals("String_Node_Str")) {
      lon=-lon;
    }
    position.setLongitude(lon);
    position.setSpeed(UnitsConverter.knotsFromKph(Integer.parseInt(parser.group(index++))));
    position.setCourse(Integer.parseInt(parser.group(index++)));
    position.set(Event.KEY_SATELLITES,Integer.parseInt(parser.group(index++)));
    position.set(Event.KEY_BATTERY,Integer.parseInt(parser.group(index++)));
    position.set(Event.KEY_GSM,Integer.parseInt(parser.group(index++)));
    position.set(Event.KEY_STATUS,Integer.parseInt(parser.group(index++),16));
    position.set(Event.KEY_MCC,Integer.parseInt(parser.group(index++)));
    position.set(Event.KEY_MNC,Integer.parseInt(parser.group(index++)));
    position.setAltitude(Integer.parseInt(parser.group(index++)));
    position.set(Event.KEY_HDOP,Integer.parseInt(parser.group(index++)) / 10.0);
    position.set(Event.KEY_CELL,parser.group(index++));
    position.set(Event.KEY_LAC,parser.group(index++));
    position.set(Event.KEY_ODOMETER,Integer.parseInt(parser.group(index++)));
    return position;
  }
  return null;
}

Fixed version (ground truth):
@Override protected Object decode(Channel channel,SocketAddress remoteAddress,Object msg) throws Exception {
  String sentence=(String)msg;
  if (sentence.contains("String_Node_Str")) {
    Matcher parser=patternLogon.matcher(sentence);
    if (!parser.matches()) {
      return null;
    }
    int index=1;
    sendAcknowledgement(channel,parser.group(index++));
    String id=parser.group(index++);
    String iccid=parser.group(index++);
    if (!identify(iccid,channel,null,false)) {
      if (!identify(id,channel)) {
        return null;
      }
    }
  }
 else   if (sentence.contains("String_Node_Str") && hasDeviceId()) {
    String x=PatternUtil.checkPattern(pattern.pattern(),sentence);
    Matcher parser=pattern.matcher(sentence);
    if (!parser.matches()) {
      return null;
    }
    Position position=new Position();
    position.setProtocol(getProtocolName());
    position.setDeviceId(getDeviceId());
    int index=1;
    sendAcknowledgement(channel,parser.group(index++));
    Calendar time=Calendar.getInstance(TimeZone.getTimeZone("String_Node_Str"));
    time.clear();
    time.set(Calendar.YEAR,Integer.valueOf(parser.group(index++)));
    time.set(Calendar.MONTH,Integer.valueOf(parser.group(index++)) - 1);
    time.set(Calendar.DAY_OF_MONTH,Integer.valueOf(parser.group(index++)));
    time.set(Calendar.HOUR_OF_DAY,Integer.valueOf(parser.group(index++)));
    time.set(Calendar.MINUTE,Integer.valueOf(parser.group(index++)));
    time.set(Calendar.SECOND,Integer.valueOf(parser.group(index++)));
    position.setTime(time.getTime());
    String hemisphere=parser.group(index++);
    double lat=Integer.parseInt(parser.group(index++));
    lat+=Double.parseDouble(parser.group(index++)) / 60;
    if (hemisphere.equals("String_Node_Str")) {
      lat=-lat;
    }
    position.setLatitude(lat);
    hemisphere=parser.group(index++);
    double lon=Integer.parseInt(parser.group(index++));
    lon+=Double.parseDouble(parser.group(index++)) / 60;
    if (hemisphere.equals("String_Node_Str")) {
      lon=-lon;
    }
    position.setLongitude(lon);
    position.setSpeed(UnitsConverter.knotsFromKph(Integer.parseInt(parser.group(index++))));
    position.setCourse(Integer.parseInt(parser.group(index++)));
    position.set(Event.KEY_SATELLITES,Integer.parseInt(parser.group(index++)));
    position.set(Event.KEY_BATTERY,Integer.parseInt(parser.group(index++)));
    position.set(Event.KEY_GSM,Integer.parseInt(parser.group(index++)));
    position.set(Event.KEY_STATUS,Integer.parseInt(parser.group(index++),16));
    position.set(Event.KEY_MCC,Integer.parseInt(parser.group(index++)));
    position.set(Event.KEY_MNC,Integer.parseInt(parser.group(index++)));
    position.setAltitude(Integer.parseInt(parser.group(index++)));
    position.set(Event.KEY_HDOP,Integer.parseInt(parser.group(index++)) / 10.0);
    position.set(Event.KEY_CELL,parser.group(index++));
    position.set(Event.KEY_LAC,parser.group(index++));
    position.set(Event.KEY_ODOMETER,Integer.parseInt(parser.group(index++)));
    return position;
  }
  return null;
}