Program: 1311
Project: 1311
Buggy source:
@Override public void generate(Chunk c,World parent){
  int xOffset=(int)c.getPosition().x * (int)Configuration.CHUNK_DIMENSIONS.x;
  int yOffset=(int)c.getPosition().y * (int)Configuration.CHUNK_DIMENSIONS.y;
  int zOffset=(int)c.getPosition().z * (int)Configuration.CHUNK_DIMENSIONS.z;
  for (int x=0; x < Configuration.CHUNK_DIMENSIONS.x; x++) {
    for (int z=0; z < Configuration.CHUNK_DIMENSIONS.z; z++) {
      int height=(int)(calcTerrainElevation(x + xOffset,z + zOffset) + (calcTerrainRoughness(x + xOffset,z + zOffset) * calcTerrainDetail(x + xOffset,z + zOffset)) * 64);
      for (int i=(int)Configuration.CHUNK_DIMENSIONS.y; i >= 0; i--) {
        if (calcCaveDensityAt(x + xOffset,i + yOffset,z + zOffset) < 0.5) {
          if (calcCanyonDensity(x + xOffset,i + yOffset,z + zOffset) > 0.1f) {
            float stoneDensity=calcStoneDensity(x + xOffset,i + yOffset,z + zOffset);
            if (i == height) {
              if (i > 32) {
                c.setBlock(x,i,z,(byte)0x1);
              }
 else               if (i <= 34 && i >= 28) {
                c.setBlock(x,i,z,(byte)0x7);
              }
 else {
                c.setBlock(x,i,z,(byte)0x2);
              }
            }
 else             if (i < height) {
              if (i <= 34 && i >= 28 && stoneDensity > 0f) {
                c.setBlock(x,i,z,(byte)0x7);
              }
 else               if (i < height * 0.75f && stoneDensity < 0f) {
                c.setBlock(x,i,z,(byte)0x3);
              }
 else {
                c.setBlock(x,i,z,(byte)0x2);
              }
              if (i <= 34 && i >= 28) {
                c.setBlock(x,i,z,(byte)0x7);
              }
            }
          }
        }
        if (i <= 30 && i > 0) {
          if (c.getBlock(x,i,z) == 0) {
            c.setBlock(x,i,z,(byte)0x4);
          }
        }
        if (i == 0) {
          c.setBlock(x,i,z,(byte)0x8);
        }
      }
    }
  }
}

Fixed version (ground truth):
@Override public void generate(Chunk c,World parent){
  int xOffset=(int)c.getPosition().x * (int)Configuration.CHUNK_DIMENSIONS.x;
  int yOffset=(int)c.getPosition().y * (int)Configuration.CHUNK_DIMENSIONS.y;
  int zOffset=(int)c.getPosition().z * (int)Configuration.CHUNK_DIMENSIONS.z;
  for (int x=0; x < Configuration.CHUNK_DIMENSIONS.x; x++) {
    for (int z=0; z < Configuration.CHUNK_DIMENSIONS.z; z++) {
      int height=(int)(calcTerrainElevation(x + xOffset,z + zOffset) + (calcTerrainRoughness(x + xOffset,z + zOffset) * calcTerrainDetail(x + xOffset,z + zOffset)));
      for (int i=(int)Configuration.CHUNK_DIMENSIONS.y; i >= 0; i--) {
        if (calcCaveDensityAt(x + xOffset,i + yOffset,z + zOffset) < 0.5) {
          if (calcCanyonDensity(x + xOffset,i + yOffset,z + zOffset) > 0.1f) {
            float stoneDensity=calcStoneDensity(x + xOffset,i + yOffset,z + zOffset);
            if (i == height) {
              if (i > 32) {
                c.setBlock(x,i,z,(byte)0x1);
              }
 else               if (i <= 34 && i >= 28) {
                c.setBlock(x,i,z,(byte)0x7);
              }
 else {
                c.setBlock(x,i,z,(byte)0x2);
              }
            }
 else             if (i < height) {
              if (i <= 34 && i >= 28 && stoneDensity > 0f) {
                c.setBlock(x,i,z,(byte)0x7);
              }
 else               if (i < height * 0.75f && stoneDensity < 0f) {
                c.setBlock(x,i,z,(byte)0x3);
              }
 else {
                c.setBlock(x,i,z,(byte)0x2);
              }
              if (i <= 34 && i >= 28) {
                c.setBlock(x,i,z,(byte)0x7);
              }
            }
          }
        }
        if (i <= 30 && i > 0) {
          if (c.getBlock(x,i,z) == 0) {
            c.setBlock(x,i,z,(byte)0x4);
          }
        }
        if (i == 0) {
          c.setBlock(x,i,z,(byte)0x8);
        }
      }
    }
  }
}