Program: 74460
Project: 74460
Buggy source:
/** 
 * parse the arguments. -html html-file-name -pdf pdf-file-name -fo fo-file-name -l locale-name -p page-number design-file-name
 * @param args -arguments
 */
protected void parseOptions(){
  source=args[args.length - 1];
  args[args.length - 1]="String_Node_Str";
  try {
    Options option=new Options();
    option.addOption("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    option.addOption("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    option.addOption("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    option.addOption("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    option.addOption("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    option.addOption("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    option.addOption("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    option.addOption("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    option.addOption("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    results=new BasicParser().parse(option,args,true);
    if (results.hasOption('m')) {
      mode=results.getOptionValue('m');
    }
    if ("String_Node_Str".equalsIgnoreCase(mode)) {
      parseRunOptions();
    }
 else     if ("String_Node_Str".equalsIgnoreCase(mode)) {
      parseRenderOptions();
    }
 else {
      parseRunAndRenderOptions();
    }
    checkTargetFileName();
  }
 catch (  Exception ex) {
    logger.log(Level.SEVERE,ex.getMessage(),ex);
    printUsage();
  }
}

Fixed version (ground truth):
/** 
 * parse the arguments. -html html-file-name -pdf pdf-file-name -fo fo-file-name -l locale-name -p page-number design-file-name
 * @param args -arguments
 */
protected void parseOptions(){
  source=args[args.length - 1];
  args[args.length - 1]="String_Node_Str";
  try {
    Options option=new Options();
    option.addOption("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    option.addOption("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    option.addOption("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    option.addOption("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    option.addOption("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    option.addOption("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    option.addOption("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    option.addOption("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    option.addOption("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    option.addOption("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    option.addOption("String_Node_Str","String_Node_Str",true,"String_Node_Str");
    results=new BasicParser().parse(option,args,true);
    if (results.hasOption('F')) {
      String fileName=results.getOptionValue('F');
      readConfigurationFile(fileName,params);
    }
    parseConfigurationOptions();
    if (results.hasOption('m')) {
      mode=results.getOptionValue('m');
    }
    if ("String_Node_Str".equalsIgnoreCase(mode)) {
      parseRunOptions();
    }
 else     if ("String_Node_Str".equalsIgnoreCase(mode)) {
      parseRenderOptions();
    }
 else {
      parseRunAndRenderOptions();
    }
    checkTargetFileName();
  }
 catch (  Exception ex) {
    logger.log(Level.SEVERE,ex.getMessage(),ex);
    printUsage();
  }
}