Program: 135890
Project: 135890
Buggy source:
/** 
 * @param args
 */
public static void runTranslation(String[] args){
  long startTime=Debug.now();
  ToolIO.out.println(version);
  GetArguments(args);
  Starting("String_Node_Str");
  BuiltInSymbols.Initialize();
  Finished("String_Node_Str");
  FileCharReader testlr=new FileCharReader(Parameters.TLAInputFile);
  Starting("String_Node_Str");
  Token[][] spec=TokenizeSpec.Tokenize(testlr,TokenizeSpec.MODULE);
  Token.FindPfStepTokens(spec);
  Finished("String_Node_Str");
  Starting("String_Node_Str");
  TokenizeSpec.FixPlusCal(spec);
  Finished("String_Node_Str");
  Starting("String_Node_Str");
  CommentToken.ProcessComments(spec);
  Finished("String_Node_Str");
  Debug.print2DArray(spec,"String_Node_Str");
  Starting("String_Node_Str");
  FormatComments.Initialize();
  Finished("String_Node_Str");
  Starting("String_Node_Str");
  FindAlignments.FindAlignments(spec);
  Finished("String_Node_Str");
  if (Parameters.TLAOut) {
    WriteTLAFile.Write(spec,Parameters.TLAOutFile);
    ToolIO.out.println("String_Node_Str" + Parameters.TLAOutFile);
  }
  ;
  Starting("String_Node_Str");
  LaTeXOutput.WriteAlignmentFile(spec);
  Finished("String_Node_Str");
  Starting("String_Node_Str");
  LaTeXOutput.RunLaTeX(Parameters.LaTeXAlignmentFile);
  Finished("String_Node_Str");
  Starting("String_Node_Str");
  LaTeXOutput.SetDimensions(spec);
  Finished("String_Node_Str");
  Starting("String_Node_Str");
  LaTeXOutput.WriteLaTeXFile(spec);
  Finished("String_Node_Str");
  Starting("String_Node_Str");
  LaTeXOutput.RunLaTeX(Parameters.LaTeXOutputFile);
  Finished("String_Node_Str");
  ToolIO.out.println("String_Node_Str" + Parameters.LatexOutputExt + "String_Node_Str"+ Parameters.LaTeXOutputFile+ "String_Node_Str"+ Parameters.LatexOutputExt+ ((Parameters.MetaDir.equals("String_Node_Str")) ? "String_Node_Str" : "String_Node_Str" + Parameters.MetaDir)+ "String_Node_Str");
  if (Parameters.PSOutput) {
    Starting("String_Node_Str");
    MakePSFile();
    Finished("String_Node_Str");
    ToolIO.out.println("String_Node_Str" + Parameters.LaTeXOutputFile + "String_Node_Str"+ Parameters.LaTeXOutputFile+ "String_Node_Str");
  }
  if (!Parameters.MetaDir.equals("String_Node_Str")) {
    try {
      FileUtil.copyFile(LaTeXOutput.prependMetaDirToFileName(Parameters.LaTeXOutputFile + "String_Node_Str" + Parameters.LatexOutputExt),Parameters.TLAInputFile.substring(0,Parameters.TLAInputFile.length() - "String_Node_Str".length()) + Parameters.LatexOutputExt);
    }
 catch (    IOException e) {
      Debug.ReportError("String_Node_Str" + e.getMessage());
    }
  }
  Debug.printElapsedTime(startTime,"String_Node_Str");
}

Fixed version (ground truth):
/** 
 * @param args
 */
public static void runTranslation(String[] args){
  long startTime=Debug.now();
  ToolIO.out.println(version);
  GetArguments(args);
  Starting("String_Node_Str");
  BuiltInSymbols.Initialize();
  Finished("String_Node_Str");
  FileCharReader testlr=new FileCharReader(Parameters.TLAInputFile);
  Starting("String_Node_Str");
  Token[][] spec=TokenizeSpec.Tokenize(testlr,TokenizeSpec.MODULE);
  Token.FindPfStepTokens(spec);
  Finished("String_Node_Str");
  Starting("String_Node_Str");
  TokenizeSpec.FixPlusCal(spec);
  Finished("String_Node_Str");
  Starting("String_Node_Str");
  CommentToken.ProcessComments(spec);
  Finished("String_Node_Str");
  Starting("String_Node_Str");
  FormatComments.Initialize();
  Finished("String_Node_Str");
  Starting("String_Node_Str");
  FindAlignments.FindAlignments(spec);
  Finished("String_Node_Str");
  if (Parameters.TLAOut) {
    WriteTLAFile.Write(spec,Parameters.TLAOutFile);
    ToolIO.out.println("String_Node_Str" + Parameters.TLAOutFile);
  }
  ;
  Starting("String_Node_Str");
  LaTeXOutput.WriteAlignmentFile(spec);
  Finished("String_Node_Str");
  Starting("String_Node_Str");
  LaTeXOutput.RunLaTeX(Parameters.LaTeXAlignmentFile);
  Finished("String_Node_Str");
  Starting("String_Node_Str");
  LaTeXOutput.SetDimensions(spec);
  Finished("String_Node_Str");
  Starting("String_Node_Str");
  LaTeXOutput.WriteLaTeXFile(spec);
  Finished("String_Node_Str");
  Starting("String_Node_Str");
  LaTeXOutput.RunLaTeX(Parameters.LaTeXOutputFile);
  Finished("String_Node_Str");
  ToolIO.out.println("String_Node_Str" + Parameters.LatexOutputExt + "String_Node_Str"+ Parameters.LaTeXOutputFile+ "String_Node_Str"+ Parameters.LatexOutputExt+ ((Parameters.MetaDir.equals("String_Node_Str")) ? "String_Node_Str" : "String_Node_Str" + Parameters.MetaDir)+ "String_Node_Str");
  if (Parameters.PSOutput) {
    Starting("String_Node_Str");
    MakePSFile();
    Finished("String_Node_Str");
    ToolIO.out.println("String_Node_Str" + Parameters.LaTeXOutputFile + "String_Node_Str"+ Parameters.LaTeXOutputFile+ "String_Node_Str");
  }
  if (!Parameters.MetaDir.equals("String_Node_Str")) {
    try {
      FileUtil.copyFile(LaTeXOutput.prependMetaDirToFileName(Parameters.LaTeXOutputFile + "String_Node_Str" + Parameters.LatexOutputExt),Parameters.TLAInputFile.substring(0,Parameters.TLAInputFile.length() - "String_Node_Str".length()) + Parameters.LatexOutputExt);
    }
 catch (    IOException e) {
      Debug.ReportError("String_Node_Str" + e.getMessage());
    }
  }
  Debug.printElapsedTime(startTime,"String_Node_Str");
}