Program: 189078
Project: 189078
Buggy source:
@BeforeClass public static void setupTests(){
  ModelManager mManager=Factory.getModelManager();
  fSet=mManager.buildFeatureSet().setReference(mManager.buildReference().setName("String_Node_Str").build()).build();
  Set<Feature> testFeatures=new HashSet<Feature>();
  f1=mManager.buildFeature().setStart(1000000).setStop(1000100).build();
  f2=mManager.buildFeature().setStart(1000200).setStop(1000300).build();
  f3=mManager.buildFeature().setStart(1000400).setStop(1000500).build();
  testFeatures.add(f1);
  testFeatures.add(f2);
  testFeatures.add(f3);
  fSet.add(testFeatures);
  tSet1=mManager.buildTagSet().setName("String_Node_Str").build();
  tSet2=mManager.buildTagSet().setName("String_Node_Str").build();
  rSet=mManager.buildReferenceSet().setName("String_Node_Str").setOrganism("String_Node_Str").build();
  aSet=mManager.buildAnalysisSet().setName("String_Node_Str").setDescription("String_Node_Str").build();
  a=mManager.buildAnalysis().setParameters(new ArrayList<Object>()).setPlugin(new InMemoryFeaturesAllPlugin()).build();
  r1=mManager.buildReference().setName("String_Node_Str").build();
  rSet.add(r1);
  group=mManager.buildGroup().setName("String_Node_Str").setDescription("String_Node_Str").build();
  u1=mManager.buildUser().setFirstName("String_Node_Str").setLastName("String_Node_Str").setEmailAddress("String_Node_Str").setPassword("String_Node_Str").build();
  group.add(u1);
  Tag t1a=mManager.buildTag().setKey("String_Node_Str").build();
  Tag t1b=mManager.buildTag().setKey("String_Node_Str").setPredicate("String_Node_Str").build();
  Tag t1c=mManager.buildTag().setKey("String_Node_Str").setPredicate("String_Node_Str").setValue("String_Node_Str").build();
  Tag t2a=mManager.buildTag().setKey("String_Node_Str").build();
  Tag t2b=mManager.buildTag().setKey("String_Node_Str").setPredicate("String_Node_Str").build();
  Tag t2c=mManager.buildTag().setKey("String_Node_Str").setPredicate("String_Node_Str").setValue("String_Node_Str").build();
  Tag t3a=mManager.buildTag().setKey("String_Node_Str").build();
  fSet.associateTag(t2a);
  fSet.associateTag(t2b);
  fSet.associateTag(t2c);
  a.associateTag(t3a);
  f1.associateTag(t1a);
  f2.associateTag(t1b);
  f3.associateTag(t1c);
  tSet1.associateTag(t3a);
  aSet.associateTag(t2a);
  rSet.associateTag(t2a);
  r1.associateTag(t2a);
  group.associateTag(t2b);
  u1.associateTag(t2b);
  mManager.flush();
}

Fixed version (ground truth):
@BeforeClass public static void setupTests(){
  ModelManager mManager=Factory.getModelManager();
  fSet=mManager.buildFeatureSet().setReference(mManager.buildReference().setName("String_Node_Str").build()).build();
  Set<Feature> testFeatures=new HashSet<Feature>();
  f1=mManager.buildFeature().setStart(1000000).setStop(1000100).build();
  f2=mManager.buildFeature().setStart(1000200).setStop(1000300).build();
  f3=mManager.buildFeature().setStart(1000400).setStop(1000500).build();
  testFeatures.add(f1);
  testFeatures.add(f2);
  testFeatures.add(f3);
  fSet.add(testFeatures);
  tSet1=mManager.buildTagSet().setName("String_Node_Str").build();
  tSet2=mManager.buildTagSet().setName("String_Node_Str").build();
  rSet=mManager.buildReferenceSet().setName("String_Node_Str").setOrganism("String_Node_Str").build();
  aSet=mManager.buildAnalysisSet().setName("String_Node_Str").setDescription("String_Node_Str").build();
  a=mManager.buildAnalysis().setParameters(new ArrayList<Object>()).setPlugin(new InMemoryFeaturesAllPlugin()).build();
  r1=mManager.buildReference().setName("String_Node_Str").build();
  rSet.add(r1);
  group=mManager.buildGroup().setName("String_Node_Str").setDescription("String_Node_Str").build();
  u1=mManager.buildUser().setFirstName("String_Node_Str").setLastName("String_Node_Str").setEmailAddress("String_Node_Str").setPassword("String_Node_Str").build();
  group.add(u1);
  t1a=mManager.buildTag().setKey("String_Node_Str").build();
  t1b=mManager.buildTag().setKey("String_Node_Str").setPredicate("String_Node_Str").build();
  t1c=mManager.buildTag().setKey("String_Node_Str").setPredicate("String_Node_Str").setValue("String_Node_Str").build();
  t2a=mManager.buildTag().setKey("String_Node_Str").build();
  t2b=mManager.buildTag().setKey("String_Node_Str").setPredicate("String_Node_Str").build();
  t2c=mManager.buildTag().setKey("String_Node_Str").setPredicate("String_Node_Str").setValue("String_Node_Str").build();
  t3a=mManager.buildTag().setKey("String_Node_Str").build();
  fSet.associateTag(t2a);
  fSet.associateTag(t2b);
  fSet.associateTag(t2c);
  a.associateTag(t3a);
  f1.associateTag(t1a);
  f2.associateTag(t1b);
  f3.associateTag(t1c);
  tSet1.associateTag(t3a);
  aSet.associateTag(t2a);
  rSet.associateTag(t2a);
  r1.associateTag(t2a);
  group.associateTag(t2b);
  u1.associateTag(t2b);
  mManager.flush();
}