Program: 6171
Project: 6171
Buggy source:
public void setupAppInfo(String[] args,boolean loadTransitiveHull){
  if (args.length == 0 || "String_Node_Str".equals(args[0])) {
    System.out.println("String_Node_Str");
    if (config.getOptions().containsOption(Config.SHOW_HELP)) {
      System.out.println("String_Node_Str");
    }
    System.exit(2);
  }
  appInfo.setClassPath(new ClassPath(config.getOption(Config.CLASSPATH)));
  String[] natives=Config.splitStringList(config.getOption(Config.NATIVE_CLASSES));
  for (  String n : natives) {
    appInfo.addNative(n.replaceAll("String_Node_Str","String_Node_Str"));
  }
  if (config.hasOption(Config.LIBRARY_CLASSES)) {
    String[] libs=Config.splitStringList(config.getOption(Config.LIBRARY_CLASSES));
    for (    String lib : libs) {
      appInfo.addLibrary(lib.replaceAll("String_Node_Str","String_Node_Str"));
    }
  }
  if (config.hasOption(Config.IGNORE_CLASSES)) {
    String[] ignore=Config.splitStringList(config.getOption(Config.IGNORE_CLASSES));
    for (    String cls : ignore) {
      appInfo.addLibrary(cls.replaceAll("String_Node_Str","String_Node_Str"));
    }
  }
  if (config.hasOption(Config.EXCLUDE_LIBRARIES)) {
    appInfo.setLoadLibraries(!config.getOption(Config.EXCLUDE_LIBRARIES));
  }
  if (config.hasOption(Config.LOAD_NATIVES)) {
    appInfo.setLoadNatives(config.getOption(Config.LOAD_NATIVES));
  }
  String[] roots=Config.splitStringList(config.getOption(Config.ROOTS));
  for (  String root : roots) {
    ClassInfo rootInfo=appInfo.loadClass(root.replaceAll("String_Node_Str","String_Node_Str"));
    if (rootInfo == null) {
      System.out.println("String_Node_Str" + root + "String_Node_Str");
      System.exit(4);
    }
    appInfo.addRoot(rootInfo);
  }
  try {
    MethodInfo main=getMainMethod(args[0].replaceAll("String_Node_Str","String_Node_Str"));
    appInfo.setMainMethod(main);
  }
 catch (  Config.BadConfigurationException e) {
    System.out.println(e.getMessage());
    if (config.getOptions().containsOption(Config.SHOW_HELP)) {
      System.out.println("String_Node_Str");
    }
    System.exit(2);
  }
  for (int i=1; i < args.length; i++) {
    ClassInfo clsInfo=appInfo.loadClass(args[i].replaceAll("String_Node_Str","String_Node_Str"));
    appInfo.addRoot(clsInfo);
  }
  if (loadTransitiveHull) {
    new AppLoader().loadAll();
    appInfo.reloadClassHierarchy();
  }
}

Fixed version (ground truth):
public void setupAppInfo(String[] args,boolean loadTransitiveHull){
  if (args.length == 0 || "String_Node_Str".equals(args[0])) {
    System.out.println("String_Node_Str");
    if (config.getOptions().containsOption(Config.SHOW_HELP)) {
      System.out.println("String_Node_Str");
    }
    System.exit(2);
  }
  appInfo.setClassPath(new ClassPath(config.getOption(Config.CLASSPATH)));
  appInfo.setExitOnMissingClass(!config.getOption(Config.VERBOSE));
  String[] natives=Config.splitStringList(config.getOption(Config.NATIVE_CLASSES));
  for (  String n : natives) {
    appInfo.addNative(n.replaceAll("String_Node_Str","String_Node_Str"));
  }
  if (config.hasOption(Config.LIBRARY_CLASSES)) {
    String[] libs=Config.splitStringList(config.getOption(Config.LIBRARY_CLASSES));
    for (    String lib : libs) {
      appInfo.addLibrary(lib.replaceAll("String_Node_Str","String_Node_Str"));
    }
  }
  if (config.hasOption(Config.IGNORE_CLASSES)) {
    String[] ignore=Config.splitStringList(config.getOption(Config.IGNORE_CLASSES));
    for (    String cls : ignore) {
      appInfo.addLibrary(cls.replaceAll("String_Node_Str","String_Node_Str"));
    }
  }
  if (config.hasOption(Config.EXCLUDE_LIBRARIES)) {
    appInfo.setLoadLibraries(!config.getOption(Config.EXCLUDE_LIBRARIES));
  }
  if (config.hasOption(Config.LOAD_NATIVES)) {
    appInfo.setLoadNatives(config.getOption(Config.LOAD_NATIVES));
  }
  String[] roots=Config.splitStringList(config.getOption(Config.ROOTS));
  for (  String root : roots) {
    ClassInfo rootInfo=appInfo.loadClass(root.replaceAll("String_Node_Str","String_Node_Str"));
    if (rootInfo == null) {
      System.out.println("String_Node_Str" + root + "String_Node_Str");
      System.exit(4);
    }
    appInfo.addRoot(rootInfo);
  }
  try {
    MethodInfo main=getMainMethod(args[0].replaceAll("String_Node_Str","String_Node_Str"));
    appInfo.setMainMethod(main);
  }
 catch (  Config.BadConfigurationException e) {
    System.out.println(e.getMessage());
    if (config.getOptions().containsOption(Config.SHOW_HELP)) {
      System.out.println("String_Node_Str");
    }
    System.exit(2);
  }
  for (int i=1; i < args.length; i++) {
    ClassInfo clsInfo=appInfo.loadClass(args[i].replaceAll("String_Node_Str","String_Node_Str"));
    appInfo.addRoot(clsInfo);
  }
  if (loadTransitiveHull) {
    new AppLoader().loadAll();
    appInfo.reloadClassHierarchy();
  }
}