Program: 80602
Project: 80602
Buggy source:
/** 
 * @param paternal specified paternal allele
 * @param maternal specified maternal allele
 * @return the VCF record with prespecified genotype
 */
public String toString(final int paternal,final int maternal){
  StringBuilder sbStr=new StringBuilder();
  VariantOverallType t=getType();
  sbStr.append(chr == null ? "String_Node_Str" : chr.toString());
  sbStr.append("String_Node_Str");
  sbStr.append(pos - (refDeleted == null ? 0 : refDeleted.length()));
  sbStr.append('\t');
  sbStr.append(varId);
  sbStr.append("String_Node_Str");
  String ref=getReferenceString() + extraBase;
  ref=ref + clippedSequence;
  sbStr.append(ref.toUpperCase());
  sbStr.append("String_Node_Str");
  sbStr.append(alternativeAlleleString().toUpperCase() + clippedSequence.toUpperCase());
  sbStr.append("String_Node_Str");
  sbStr.append("String_Node_Str");
  sbStr.append(filter);
  sbStr.append("String_Node_Str");
  sbStr.append("String_Node_Str" + getType() + "String_Node_Str");
  if (t == VariantOverallType.TandemDup) {
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append(getLengthString());
    if (isInversed()) {
      sbStr.append("String_Node_Str");
    }
  }
 else   if (t == VariantOverallType.TransDup || t == VariantOverallType.InterDup) {
    sbStr.append("String_Node_Str");
    if (getTraid() != null) {
      sbStr.append("String_Node_Str" + getTraid() + "String_Node_Str");
    }
    sbStr.append(getLengthString());
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append(StringUtilities.concatenateArray(getAllChr2(),"String_Node_Str"));
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append(StringUtilities.concatenateArray(getAllPos2(),"String_Node_Str"));
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append(StringUtilities.concatenateArray(getAllEnd2(),"String_Node_Str"));
    if (isInversed()) {
      sbStr.append("String_Node_Str");
    }
  }
 else   if (t == VariantOverallType.Deletion) {
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append(getLengthString());
  }
 else   if (t == VariantOverallType.TransDel) {
    sbStr.append("String_Node_Str");
    if (getTraid() != null) {
      sbStr.append("String_Node_Str" + getTraid() + "String_Node_Str");
    }
    sbStr.append(getLengthString());
  }
 else   if (t == VariantOverallType.Inversion) {
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append(getLengthString());
  }
 else {
    sbStr.append(getLengthString());
  }
  if (threePrimeDistance != -1) {
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append(threePrimeDistance);
    sbStr.append("String_Node_Str");
  }
  if (fivePrimeDistance != -1) {
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append(fivePrimeDistance);
    sbStr.append("String_Node_Str");
  }
  if (lengthDifference != -1) {
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append(lengthDifference);
    sbStr.append("String_Node_Str");
  }
  sbStr.append("String_Node_Str");
  if (hasCN()) {
    sbStr.append("String_Node_Str");
  }
 else {
    sbStr.append("String_Node_Str");
  }
  if (paternal != -1 && maternal != -1) {
    sbStr.append(paternal);
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append(maternal);
  }
 else   if (paternal != -1) {
    sbStr.append(paternal);
  }
 else   if (maternal != -1) {
    sbStr.append(maternal);
  }
  if (hasCN()) {
    sbStr.append("String_Node_Str");
    if (paternal != -1 && maternal != -1) {
      sbStr.append(String.valueOf(getCN(paternal)));
      sbStr.append("String_Node_Str");
      sbStr.append(String.valueOf(getCN(maternal)));
    }
 else     if (paternal != -1) {
      sbStr.append(String.valueOf(getCN(paternal)));
    }
 else     if (maternal != -1) {
      sbStr.append(String.valueOf(getCN(maternal)));
    }
  }
  return sbStr.toString().replaceAll("String_Node_Str","String_Node_Str").replaceAll("String_Node_Str","String_Node_Str").replaceAll("String_Node_Str","String_Node_Str");
}

Fixed version (ground truth):
/** 
 * @param paternal specified paternal allele
 * @param maternal specified maternal allele
 * @return the VCF record with prespecified genotype
 */
public String toString(final int paternal,final int maternal){
  StringBuilder sbStr=new StringBuilder();
  VariantOverallType t=getType();
  sbStr.append(chr == null ? "String_Node_Str" : chr.toString());
  sbStr.append("String_Node_Str");
  sbStr.append(pos - (refDeleted == null ? 0 : refDeleted.length()));
  sbStr.append('\t');
  sbStr.append(varId);
  sbStr.append("String_Node_Str");
  String ref=getReferenceString() + extraBase;
  ref=ref + clippedSequence;
  sbStr.append(ref.toUpperCase());
  sbStr.append("String_Node_Str");
  sbStr.append(alternativeAlleleString().toUpperCase() + clippedSequence.toUpperCase());
  sbStr.append("String_Node_Str");
  sbStr.append("String_Node_Str");
  sbStr.append(filter);
  sbStr.append("String_Node_Str");
  sbStr.append("String_Node_Str" + getType() + "String_Node_Str");
  if (t == VariantOverallType.TandemDup) {
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append(getLengthString());
    if (isInversed()) {
      sbStr.append("String_Node_Str");
    }
  }
 else   if (t == VariantOverallType.TransDup || t == VariantOverallType.InterDup) {
    sbStr.append("String_Node_Str");
    if (getTraid() != null) {
      sbStr.append("String_Node_Str" + getTraid() + "String_Node_Str");
    }
    sbStr.append(getLengthString());
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append(StringUtilities.concatenateArray(getAllChr2(),"String_Node_Str"));
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append(StringUtilities.concatenateArray(getAllPos2(),"String_Node_Str"));
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append(StringUtilities.concatenateArray(getAllEnd2(),"String_Node_Str"));
    if (isInversed()) {
      sbStr.append("String_Node_Str");
    }
  }
 else   if (t == VariantOverallType.Deletion) {
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append(getLengthString());
  }
 else   if (t == VariantOverallType.TransDel) {
    sbStr.append("String_Node_Str");
    if (getTraid() != null) {
      sbStr.append("String_Node_Str" + getTraid() + "String_Node_Str");
    }
    sbStr.append(getLengthString());
  }
 else   if (t == VariantOverallType.Inversion) {
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append(getLengthString());
  }
 else {
    sbStr.append(getLengthString());
  }
  if (threePrimeDistance != -1) {
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append(threePrimeDistance);
    sbStr.append("String_Node_Str");
  }
  if (fivePrimeDistance != -1) {
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append(fivePrimeDistance);
    sbStr.append("String_Node_Str");
  }
  if (lengthDifference != -1) {
    sbStr.append("String_Node_Str");
    sbStr.append(lengthDifference);
    sbStr.append("String_Node_Str");
  }
  sbStr.append("String_Node_Str");
  if (hasCN()) {
    sbStr.append("String_Node_Str");
  }
 else {
    sbStr.append("String_Node_Str");
  }
  if (paternal != -1 && maternal != -1) {
    sbStr.append(paternal);
    sbStr.append(this.isPhased() || paternal == maternal ? "String_Node_Str" : "String_Node_Str");
    sbStr.append(maternal);
  }
 else   if (paternal != -1) {
    sbStr.append(paternal);
  }
 else   if (maternal != -1) {
    sbStr.append(maternal);
  }
  if (hasCN()) {
    sbStr.append("String_Node_Str");
    if (paternal != -1 && maternal != -1) {
      sbStr.append(String.valueOf(getCN(paternal)));
      sbStr.append(this.isPhased() || paternal == maternal ? "String_Node_Str" : "String_Node_Str");
      sbStr.append(String.valueOf(getCN(maternal)));
    }
 else     if (paternal != -1) {
      sbStr.append(String.valueOf(getCN(paternal)));
    }
 else     if (maternal != -1) {
      sbStr.append(String.valueOf(getCN(maternal)));
    }
  }
  return sbStr.toString().replaceAll("String_Node_Str","String_Node_Str").replaceAll("String_Node_Str","String_Node_Str").replaceAll("String_Node_Str","String_Node_Str");
}