Program: 12566
Project: 12566
Buggy source:
private static String readGenBankLine(BufferedReader br) throws IOException {
  String newLine="String_Node_Str";
  if (nextLine == null) {
    newLine=br.readLine();
    if (newLine == null)     return null;
    newLine=newLine.trim();
  }
 else {
    newLine=nextLine;
  }
  while (true) {
    nextLine=br.readLine();
    if (nextLine == null)     return newLine;
    nextLine=nextLine.trim();
    if (featureMode) {
      if (nextLine.startsWith("String_Node_Str")) {
        return newLine;
      }
      String[] strSplit=nextLine.split("String_Node_Str");
      URI role=convertGenBanktoSO(strSplit[0]);
      if (role != null)       return newLine;
    }
    if (originMode)     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str")) {
      featureMode=true;
      return newLine;
    }
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str")) {
      originMode=true;
      return newLine;
    }
    if (featureMode) {
      newLine+=nextLine;
    }
 else {
      newLine+="String_Node_Str" + nextLine;
    }
  }
}

Fixed version (ground truth):
private static String readGenBankLine(BufferedReader br) throws IOException {
  String newLine="String_Node_Str";
  if (nextLine == null) {
    newLine=br.readLine();
    lineCounter++;
    if (newLine == null)     return null;
    newLine=newLine.trim();
  }
 else {
    newLine=nextLine;
  }
  while (true) {
    nextLine=br.readLine();
    if (nextLine == null)     return newLine;
    nextLine=nextLine.trim();
    if (featureMode) {
      if (nextLine.startsWith("String_Node_Str")) {
        return newLine;
      }
      String[] strSplit=nextLine.split("String_Node_Str");
      URI role=convertGenBanktoSO(strSplit[0]);
      if (role != null)       return newLine;
    }
    if (originMode)     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str"))     return newLine;
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str")) {
      featureMode=true;
      return newLine;
    }
    if (nextLine.startsWith("String_Node_Str")) {
      originMode=true;
      return newLine;
    }
    if (featureMode) {
      newLine+=nextLine;
    }
 else {
      newLine+="String_Node_Str" + nextLine;
    }
    lineCounter++;
  }
}