Program: 1640
Project: 1640
Buggy source:
/** 
 * CLI only: Reads arguments from command line
 * @return
 */
public static boolean programArguments(){
  String[] newArgs=new String[var.args.length];
  newArgs=var.args;
  newArgs=StringArrayParse.Parse(newArgs,"String_Node_Str");
  newArgs=StringArrayParse.Parse(newArgs,"String_Node_Str");
  if (!(var.args.equals(newArgs))) {
    var.dontWait=true;
    var.args=newArgs;
    Out.out("String_Node_Str");
  }
  if (var.args.length == 0) {
    Out.out("String_Node_Str");
    Out.outP(var.MLG + "String_Node_Str");
    var.xRange=Input_CLI.getInt("String_Node_Str");
    Out.outP(var.MLG + "String_Node_Str");
    var.zRange=Input_CLI.getInt("String_Node_Str");
    var.args=new String[]{String.valueOf(var.xRange),String.valueOf(var.zRange)};
  }
  if (var.args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str") || var.args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str") || var.args[0].equals("String_Node_Str")) {
    Readme_and_HelpInfo.showHelp(true);
    return true;
  }
  if (var.args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
    if (var.args.length == 2) {
      if (var.args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
        final boolean fileSuccess=DownloadFile.downloadFile(var.github_MLG_Conf_URL,var.testing);
        if (fileSuccess) {
          Out.out(var.MinecraftLandGeneratorConf + "String_Node_Str");
          return true;
        }
      }
    }
    FileWrite.saveConf(true);
    return true;
  }
 else   if (var.args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str") || var.args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
    Misc.printSpawn();
    Time.waitTenSec(false);
    return true;
  }
 else   if (var.args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
    Update.buildID(false);
    return true;
  }
 else   if (var.args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
    Update.updateMLG();
    Time.waitTenSec(false);
    return true;
  }
 else   if (var.args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
    if (var.args.length == 2) {
      Readme_and_HelpInfo.readMe(var.args[1]);
    }
 else {
      Readme_and_HelpInfo.readMe(null);
    }
    return true;
  }
 else   if (var.args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
    if (var.args.length == 2) {
      DownloadFile.downloadFile(var.args[1],true);
    }
 else {
      Out.out("String_Node_Str");
      Time.waitTenSec(false);
    }
    return true;
  }
 else   if (var.args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
    if (var.args.length == 2) {
      String origMD5="String_Node_Str";
      String recheckMD5="String_Node_Str";
      try {
        final File config=new File(var.args[1]);
        try {
          origMD5=MD5.fileMD5(config.toString());
        }
 catch (        final NoSuchAlgorithmException e) {
          e.printStackTrace();
        }
        final BufferedReader in=new BufferedReader(new FileReader(config));
        String line;
        while ((line=in.readLine()) != null) {
          if (line.contains("String_Node_Str")) {
            var.recheckFlag=!var.recheckFlag;
          }
 else {
            DownloadFile.downloadFile(line,true);
          }
        }
        in.close();
        if (var.recheckFlag == true) {
          try {
            recheckMD5=MD5.fileMD5(config.toString());
          }
 catch (          final NoSuchAlgorithmException e) {
            e.printStackTrace();
          }
          if (!origMD5.contentEquals(recheckMD5)) {
            final BufferedReader in_recheck=new BufferedReader(new FileReader(config));
            String line_recheck;
            while ((line_recheck=in_recheck.readLine()) != null) {
              if (line_recheck.contains("String_Node_Str")) {
                var.recheckFlag=!var.recheckFlag;
              }
 else {
                DownloadFile.downloadFile(line_recheck,true);
              }
            }
            in_recheck.close();
          }
        }
      }
 catch (      final FileNotFoundException ex) {
        System.err.println(var.args[1] + "String_Node_Str");
        Time.waitTenSec(false);
        return true;
      }
catch (      final IOException ex) {
        System.err.println(var.args[1] + "String_Node_Str");
        Time.waitTenSec(false);
        return true;
      }
    }
 else {
      Out.out("String_Node_Str");
      Time.waitTenSec(false);
    }
    return true;
  }
 else   if (var.args.length == 1) {
    Out.out("String_Node_Str" + var.MLGFileNameShort + "String_Node_Str");
    Time.waitTenSec(false);
    return true;
  }
  try {
    var.xRange=Integer.parseInt(var.args[0]);
    var.zRange=Integer.parseInt(var.args[1]);
    if ((var.xRange < 1000) && (var.xRange != 0)) {
      var.xRange=1000;
      Out.err("String_Node_Str");
    }
    if ((var.zRange < 1000) && (var.zRange != 0)) {
      var.zRange=1000;
      Out.err("String_Node_Str");
    }
  }
 catch (  final NumberFormatException ex) {
    Out.err("String_Node_Str");
    Out.err("String_Node_Str");
    var.xRange=Input_CLI.getInt("String_Node_Str");
    var.zRange=Input_CLI.getInt("String_Node_Str");
  }
  try {
    for (int i=0; i < (var.args.length - 2); i++) {
      final String nextSwitch=var.args[i + 2].toLowerCase();
      if (nextSwitch.equals("String_Node_Str") || nextSwitch.equals("String_Node_Str")) {
        var.verbose=true;
        Out.out("String_Node_Str");
      }
 else       if (nextSwitch.startsWith("String_Node_Str")) {
        var.increment=Integer.parseInt(var.args[i + 2].substring(2));
        Out.out("String_Node_Str" + var.increment);
      }
 else       if (nextSwitch.startsWith("String_Node_Str")) {
        var.ignoreWarnings=true;
        Out.out("String_Node_Str");
      }
 else       if (nextSwitch.equals("String_Node_Str") || nextSwitch.equals("String_Node_Str")) {
        var.alternate=true;
        Out.out("String_Node_Str");
      }
 else       if (nextSwitch.startsWith("String_Node_Str")) {
        var.xOffset=Integer.valueOf(var.args[i + 2].substring(2));
        Out.out("String_Node_Str" + var.xOffset);
      }
 else       if (nextSwitch.startsWith("String_Node_Str") || nextSwitch.startsWith("String_Node_Str")) {
        var.zOffset=Integer.valueOf(var.args[i + 2].substring(2));
        Out.out("String_Node_Str" + var.zOffset);
        if (nextSwitch.startsWith("String_Node_Str")) {
          Out.out("String_Node_Str");
          Time.waitTenSec(false);
        }
      }
 else {
        var.serverPath=var.args[i + 2];
        Out.out("String_Node_Str" + var.serverPath);
      }
    }
  }
 catch (  final NumberFormatException ex) {
    Out.err("String_Node_Str");
    return true;
  }
  return false;
}

Fixed version (ground truth):
/** 
 * CLI only: Reads arguments from command line
 * @return
 */
public static boolean programArguments(){
  String[] newArgs=new String[var.args.length];
  newArgs=var.args;
  newArgs=StringArrayParse.Parse(newArgs,"String_Node_Str");
  newArgs=StringArrayParse.Parse(newArgs,"String_Node_Str");
  if (!(var.args.equals(newArgs))) {
    var.dontWait=true;
    var.args=newArgs;
    Out.out("String_Node_Str");
  }
  if (var.args.length == 0) {
    Out.out("String_Node_Str");
    Out.outP(var.MLG + "String_Node_Str");
    var.xRange=Input_CLI.getInt("String_Node_Str");
    Out.outP(var.MLG + "String_Node_Str");
    var.zRange=Input_CLI.getInt("String_Node_Str");
    var.args=new String[]{String.valueOf(var.xRange),String.valueOf(var.zRange)};
  }
  if (var.args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str") || var.args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str") || var.args[0].equals("String_Node_Str")) {
    Readme_and_HelpInfo.showHelp(true);
    return true;
  }
  if (var.args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
    if (var.args.length == 2) {
      if (var.args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
        final boolean fileSuccess=DownloadFile.downloadFile(var.github_MLG_Conf_URL,var.testing);
        if (fileSuccess) {
          Out.out(var.MinecraftLandGeneratorConf + "String_Node_Str");
          return true;
        }
      }
    }
    FileWrite.saveConf(true);
    return true;
  }
 else   if (var.args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str") || var.args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
    Misc.printSpawn();
    Time.waitTenSec(false);
    return true;
  }
 else   if (var.args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
    Update.buildID(false);
    return true;
  }
 else   if (var.args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
    Update.updateMLG();
    Time.waitTenSec(false);
    return true;
  }
 else   if (var.args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
    if (var.args.length == 2) {
      Readme_and_HelpInfo.readMe(var.args[1]);
    }
 else {
      Readme_and_HelpInfo.readMe(null);
    }
    return true;
  }
 else   if (var.args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
    if (var.args.length == 2) {
      DownloadFile.downloadFile(var.args[1],true);
    }
 else {
      Out.out("String_Node_Str");
      Time.waitTenSec(false);
    }
    return true;
  }
 else   if (var.args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
    if (var.args.length == 2) {
      String origMD5="String_Node_Str";
      String recheckMD5="String_Node_Str";
      try {
        final File config=new File(var.args[1]);
        try {
          origMD5=MD5.fileMD5(config.toString());
        }
 catch (        final NoSuchAlgorithmException e) {
          e.printStackTrace();
        }
        final BufferedReader in=new BufferedReader(new FileReader(config));
        String line;
        while ((line=in.readLine()) != null) {
          if (line.contains("String_Node_Str")) {
            var.recheckFlag=!var.recheckFlag;
          }
 else {
            DownloadFile.downloadFile(line,true);
          }
        }
        in.close();
        if (var.recheckFlag == true) {
          try {
            recheckMD5=MD5.fileMD5(config.toString());
          }
 catch (          final NoSuchAlgorithmException e) {
            e.printStackTrace();
          }
          if (!origMD5.contentEquals(recheckMD5)) {
            final BufferedReader in_recheck=new BufferedReader(new FileReader(config));
            String line_recheck;
            while ((line_recheck=in_recheck.readLine()) != null) {
              if (line_recheck.contains("String_Node_Str")) {
                var.recheckFlag=!var.recheckFlag;
              }
 else {
                DownloadFile.downloadFile(line_recheck,true);
              }
            }
            in_recheck.close();
          }
        }
      }
 catch (      final FileNotFoundException ex) {
        System.err.println(var.args[1] + "String_Node_Str");
        Time.waitTenSec(false);
        return true;
      }
catch (      final IOException ex) {
        System.err.println(var.args[1] + "String_Node_Str");
        Time.waitTenSec(false);
        return true;
      }
    }
 else {
      Out.out("String_Node_Str");
      Time.waitTenSec(false);
    }
    return true;
  }
 else   if (var.args.length == 1) {
    Out.out("String_Node_Str" + var.MLGFileNameShort + "String_Node_Str");
    Time.waitTenSec(false);
    return true;
  }
  try {
    var.xRange=Integer.parseInt(var.args[0]);
    var.zRange=Integer.parseInt(var.args[1]);
    if ((var.xRange < 1000) && (var.xRange != 0)) {
      var.xRange=1000;
      Out.err("String_Node_Str");
    }
    if ((var.zRange < 1000) && (var.zRange != 0)) {
      var.zRange=1000;
      Out.err("String_Node_Str");
    }
  }
 catch (  final NumberFormatException ex) {
    Out.err("String_Node_Str");
    Out.err("String_Node_Str");
    var.xRange=Input_CLI.getInt("String_Node_Str");
    var.zRange=Input_CLI.getInt("String_Node_Str");
  }
  try {
    for (int i=0; i < (var.args.length - 2); i++) {
      final String nextSwitch=var.args[i + 2].toLowerCase();
      if (nextSwitch.equals("String_Node_Str") || nextSwitch.equals("String_Node_Str")) {
        var.verbose=true;
        Out.out("String_Node_Str");
      }
 else       if (nextSwitch.startsWith("String_Node_Str")) {
        var.increment=Integer.parseInt(var.args[i + 2].substring(2));
        Out.out("String_Node_Str" + var.increment);
      }
 else       if (nextSwitch.startsWith("String_Node_Str")) {
        var.ignoreWarnings=true;
        Out.out("String_Node_Str");
      }
 else       if (nextSwitch.equals("String_Node_Str") || nextSwitch.equals("String_Node_Str")) {
        var.alternate=true;
        Out.out("String_Node_Str");
      }
 else       if (nextSwitch.equals("String_Node_Str") || nextSwitch.equals("String_Node_Str")) {
        var.useChunks=true;
        Out.out("String_Node_Str");
      }
 else       if (nextSwitch.startsWith("String_Node_Str")) {
        var.xOffset=Integer.valueOf(var.args[i + 2].substring(2));
        Out.out("String_Node_Str" + var.xOffset);
      }
 else       if (nextSwitch.startsWith("String_Node_Str") || nextSwitch.startsWith("String_Node_Str")) {
        var.zOffset=Integer.valueOf(var.args[i + 2].substring(2));
        Out.out("String_Node_Str" + var.zOffset);
        if (nextSwitch.startsWith("String_Node_Str")) {
          Out.out("String_Node_Str");
          Time.waitTenSec(false);
        }
      }
 else {
        var.serverPath=var.args[i + 2];
        Out.out("String_Node_Str" + var.serverPath);
      }
    }
  }
 catch (  final NumberFormatException ex) {
    Out.err("String_Node_Str");
    return true;
  }
  return false;
}