Program: 12681
Project: 12681
Buggy source:
public static void main(String[] args){
  String fileName="String_Node_Str";
  String outputFile="String_Node_Str";
  String URIPrefix="String_Node_Str";
  String version="String_Node_Str";
  boolean complete=true;
  boolean compliant=true;
  boolean typesInURI=false;
  int i=0;
  while (i < args.length) {
    if (args[i].equals("String_Node_Str")) {
      complete=false;
    }
 else     if (args[i].equals("String_Node_Str")) {
      typesInURI=true;
    }
 else     if (args[i].equals("String_Node_Str")) {
      compliant=false;
    }
 else     if (args[i].equals("String_Node_Str")) {
      if (i + 1 >= args.length) {
        usage();
      }
      outputFile=args[i + 1];
      i++;
    }
 else     if (args[i].equals("String_Node_Str")) {
      if (i + 1 >= args.length) {
        usage();
      }
      URIPrefix=args[i + 1];
      i++;
    }
 else     if (args[i].equals("String_Node_Str")) {
      if (i + 1 >= args.length) {
        usage();
      }
      version=args[i + 1];
      i++;
    }
 else     if (fileName.equals("String_Node_Str")) {
      fileName=args[i];
    }
 else {
      usage();
    }
    i++;
  }
  if (fileName.equals("String_Node_Str"))   usage();
  try {
    if (!URIPrefix.equals("String_Node_Str")) {
      SBOLReader.setURIPrefix(URIPrefix);
    }
    SBOLReader.setTypesInURI(typesInURI);
    SBOLReader.setVersion(version);
    SBOLDocument doc=SBOLReader.read(fileName);
    if (compliant)     validateCompliance(doc);
    if (complete)     validateCompleteness(doc);
    System.out.println("String_Node_Str");
    if (outputFile.equals("String_Node_Str")) {
      SBOLWriter.write(doc,(System.out));
    }
 else {
      SBOLWriter.write(doc,outputFile);
    }
  }
 catch (  Exception e) {
    System.err.println("String_Node_Str" + e.getMessage());
  }
catch (  Throwable e) {
    System.err.println("String_Node_Str" + e.getMessage());
  }
}

Fixed version (ground truth):
public static void main(String[] args){
  String fileName="String_Node_Str";
  String outputFile="String_Node_Str";
  String URIPrefix="String_Node_Str";
  String version="String_Node_Str";
  boolean complete=true;
  boolean compliant=true;
  boolean typesInURI=false;
  int i=0;
  while (i < args.length) {
    if (args[i].equals("String_Node_Str")) {
      complete=false;
    }
 else     if (args[i].equals("String_Node_Str")) {
      typesInURI=true;
    }
 else     if (args[i].equals("String_Node_Str")) {
      compliant=false;
    }
 else     if (args[i].equals("String_Node_Str")) {
      if (i + 1 >= args.length) {
        usage();
      }
      outputFile=args[i + 1];
      i++;
    }
 else     if (args[i].equals("String_Node_Str")) {
      if (i + 1 >= args.length) {
        usage();
      }
      URIPrefix=args[i + 1];
      i++;
    }
 else     if (args[i].equals("String_Node_Str")) {
      if (i + 1 >= args.length) {
        usage();
      }
      version=args[i + 1];
      i++;
    }
 else     if (fileName.equals("String_Node_Str")) {
      fileName=args[i];
    }
 else {
      usage();
    }
    i++;
  }
  if (fileName.equals("String_Node_Str"))   usage();
  try {
    if (!URIPrefix.equals("String_Node_Str")) {
      SBOLReader.setURIPrefix(URIPrefix);
    }
    SBOLReader.setTypesInURI(typesInURI);
    SBOLReader.setVersion(version);
    SBOLDocument doc=SBOLReader.read(fileName);
    doc.setTypesInURIs(typesInURI);
    if (compliant)     validateCompliance(doc);
    if (complete)     validateCompleteness(doc);
    System.out.println("String_Node_Str");
    if (outputFile.equals("String_Node_Str")) {
      SBOLWriter.write(doc,(System.out));
    }
 else {
      SBOLWriter.write(doc,outputFile);
    }
  }
 catch (  Exception e) {
    System.err.println("String_Node_Str" + e.getMessage());
  }
catch (  Throwable e) {
    System.err.println("String_Node_Str" + e.getMessage());
  }
}