Program: 12504
Project: 12504
Buggy source:
private static void checkModuleDefinitionCompleteness(SBOLDocument sbolDocument,ModuleDefinition moduleDefinition){
  for (  URI modelURI : moduleDefinition.getModelURIs()) {
    if (sbolDocument.getModel(modelURI) == null) {
      errors.add(new SBOLValidationException("String_Node_Str",moduleDefinition).getMessage());
    }
  }
  for (  FunctionalComponent functionalComponent : moduleDefinition.getFunctionalComponents()) {
    if (functionalComponent.getDefinition() == null) {
      errors.add(new SBOLValidationException("String_Node_Str",functionalComponent).getMessage());
    }
    for (    MapsTo mapsTo : functionalComponent.getMapsTos()) {
      if (mapsTo.getRemote() == null) {
        errors.add(new SBOLValidationException("String_Node_Str",mapsTo).getMessage());
        continue;
      }
      if (mapsTo.getRemote().getAccess().equals(AccessType.PRIVATE)) {
        errors.add(new SBOLValidationException("String_Node_Str",mapsTo).getMessage());
      }
      if (mapsTo.getRefinement().equals(RefinementType.VERIFYIDENTICAL)) {
        if (!mapsTo.getLocal().getDefinitionURI().equals(mapsTo.getRemote().getDefinitionURI())) {
          errors.add(new SBOLValidationException("String_Node_Str").getMessage());
        }
      }
    }
  }
  for (  Module module : moduleDefinition.getModules()) {
    if (module.getDefinition() == null) {
      errors.add(new SBOLValidationException("String_Node_Str",module).getMessage());
    }
    for (    MapsTo mapsTo : module.getMapsTos()) {
      if (mapsTo.getRemote() == null) {
        errors.add(new SBOLValidationException("String_Node_Str",mapsTo).getMessage());
        continue;
      }
      if (mapsTo.getRemote().getAccess().equals(AccessType.PRIVATE)) {
        errors.add(new SBOLValidationException("String_Node_Str",mapsTo).getMessage());
      }
      if (mapsTo.getRefinement().equals(RefinementType.VERIFYIDENTICAL)) {
        if (!mapsTo.getLocal().getDefinitionURI().equals(mapsTo.getRemote().getDefinitionURI())) {
          errors.add(new SBOLValidationException("String_Node_Str").getMessage());
        }
      }
    }
  }
}

Fixed version (ground truth):
private static void checkModuleDefinitionCompleteness(SBOLDocument sbolDocument,ModuleDefinition moduleDefinition){
  for (  URI modelURI : moduleDefinition.getModelURIs()) {
    if (sbolDocument.getModel(modelURI) == null) {
      errors.add(new SBOLValidationException("String_Node_Str",moduleDefinition).getMessage());
    }
  }
  for (  FunctionalComponent functionalComponent : moduleDefinition.getFunctionalComponents()) {
    if (functionalComponent.getDefinition() == null) {
      errors.add(new SBOLValidationException("String_Node_Str",functionalComponent).getMessage());
    }
    for (    MapsTo mapsTo : functionalComponent.getMapsTos()) {
      if (mapsTo.getRemote() == null) {
        errors.add(new SBOLValidationException("String_Node_Str",mapsTo).getMessage());
        continue;
      }
      if (mapsTo.getRemote().getAccess().equals(AccessType.PRIVATE)) {
        errors.add(new SBOLValidationException("String_Node_Str",mapsTo).getMessage());
      }
      if (mapsTo.getRefinement().equals(RefinementType.VERIFYIDENTICAL)) {
        if (!mapsTo.getLocal().getDefinitionURI().equals(mapsTo.getRemote().getDefinitionURI())) {
          errors.add(new SBOLValidationException("String_Node_Str",mapsTo).getMessage());
        }
      }
    }
  }
  for (  Module module : moduleDefinition.getModules()) {
    if (module.getDefinition() == null) {
      errors.add(new SBOLValidationException("String_Node_Str",module).getMessage());
    }
    for (    MapsTo mapsTo : module.getMapsTos()) {
      if (mapsTo.getRemote() == null) {
        errors.add(new SBOLValidationException("String_Node_Str",mapsTo).getMessage());
        continue;
      }
      if (mapsTo.getRemote().getAccess().equals(AccessType.PRIVATE)) {
        errors.add(new SBOLValidationException("String_Node_Str",mapsTo).getMessage());
      }
      if (mapsTo.getRefinement().equals(RefinementType.VERIFYIDENTICAL)) {
        if (!mapsTo.getLocal().getDefinitionURI().equals(mapsTo.getRemote().getDefinitionURI())) {
          errors.add(new SBOLValidationException("String_Node_Str",mapsTo).getMessage());
        }
      }
    }
  }
}