Program: 12227
Project: 12227
Buggy source:
private int processArgs(String[] args) throws SoarException {
  this.depth=defaultDepth;
  int i=1;
  for (; i < args.length; ++i) {
    String arg=args[i];
    if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.DEPTH);
      if (i + 1 == args.length) {
        throw new SoarException("String_Node_Str");
      }
      try {
        depth=Integer.parseInt(args[++i].toString());
        if (depth < 0) {
          throw new SoarException("String_Node_Str");
        }
      }
 catch (      NumberFormatException e) {
        throw new SoarException("String_Node_Str");
      }
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.TREE);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.INTERNAL);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.ALL);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.USER);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.CHUNKS);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.DEFAULTS);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.JUSTIFICATIONS);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.STACK);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.STATES);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.OPERATORS);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.FULL);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.TEMPLATE);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.RL);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.EXACT);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.FILE_NAME);
    }
 else     if (arg.startsWith("String_Node_Str")) {
      throw new SoarException("String_Node_Str" + arg);
    }
 else {
      break;
    }
  }
  if (i == args.length) {
    options.add(Options.ALL);
  }
  return i;
}

Fixed version (ground truth):
private int processArgs(String[] args) throws SoarException {
  this.depth=defaultDepth;
  int i=1;
  for (; i < args.length; ++i) {
    String arg=args[i];
    if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.DEPTH);
      if (i + 1 == args.length) {
        throw new SoarException("String_Node_Str");
      }
      try {
        depth=Integer.parseInt(args[++i].toString());
        if (depth < 0) {
          throw new SoarException("String_Node_Str");
        }
      }
 catch (      NumberFormatException e) {
        throw new SoarException("String_Node_Str");
      }
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.TREE);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.INTERNAL);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.ALL);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.USER);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.CHUNKS);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.DEFAULTS);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.JUSTIFICATIONS);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.STACK);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.STATES);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.OPERATORS);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.FULL);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.TEMPLATE);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.RL);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.EXACT);
    }
 else     if (has(arg,"String_Node_Str","String_Node_Str")) {
      options.add(Options.FILE_NAME);
    }
 else     if (arg.startsWith("String_Node_Str")) {
      throw new SoarException("String_Node_Str" + arg);
    }
 else {
      break;
    }
  }
  if (i == 1) {
    options.add(Options.ALL);
  }
  return i;
}