Program: 16681
Project: 16681
Buggy source:
/** 
 * prints the connections in PDB style Thanks to Tamas Horvath for this one
 */
private String printPDBConnections(){
  StringBuffer str=new StringBuffer();
  List<Map<String,Integer>> cons=structure.getConnections();
  for (int cnr=0; cnr < cons.size(); cnr++) {
    Map<String,Integer> con=cons.get(cnr);
    Integer as=con.get("String_Node_Str");
    String atomserial="String_Node_Str";
    String bond1="String_Node_Str";
    String bond2="String_Node_Str";
    String bond3="String_Node_Str";
    String bond4="String_Node_Str";
    String hyd1="String_Node_Str";
    String hyd2="String_Node_Str";
    String salt1="String_Node_Str";
    String hyd3="String_Node_Str";
    String hyd4="String_Node_Str";
    String salt2="String_Node_Str";
    if (con.containsKey("String_Node_Str"))     bond1=con.get("String_Node_Str").toString();
    if (con.containsKey("String_Node_Str"))     bond2=con.get("String_Node_Str").toString();
    if (con.containsKey("String_Node_Str"))     bond3=con.get("String_Node_Str").toString();
    if (con.containsKey("String_Node_Str"))     bond4=con.get("String_Node_Str").toString();
    if (con.containsKey("String_Node_Str"))     hyd1=con.get("String_Node_Str").toString();
    if (con.containsKey("String_Node_Str"))     hyd2=con.get("String_Node_Str").toString();
    if (con.containsKey("String_Node_Str"))     salt1=con.get("String_Node_Str").toString();
    if (con.containsKey("String_Node_Str"))     hyd3=con.get("String_Node_Str").toString();
    if (con.containsKey("String_Node_Str"))     hyd4=con.get("String_Node_Str").toString();
    if (con.containsKey("String_Node_Str"))     salt2=con.get("String_Node_Str").toString();
    atomserial=alignRight("String_Node_Str" + as,5);
    bond1=alignRight(bond1,5);
    bond2=alignRight(bond2,5);
    bond3=alignRight(bond3,5);
    bond4=alignRight(bond4,5);
    hyd1=alignRight(hyd1,5);
    hyd2=alignRight(hyd2,5);
    salt1=alignRight(salt1,5);
    hyd3=alignRight(hyd3,5);
    hyd4=alignRight(hyd4,5);
    salt2=alignRight(salt2,5);
    String connectLine="String_Node_Str" + atomserial + bond1+ bond2+ bond3+ bond4+ hyd1+ hyd2+ salt1+ hyd3+ hyd4+ salt2;
    str.append(connectLine).append(newline);
  }
  return str.toString();
}

Fixed version (ground truth):
/** 
 * prints the connections in PDB style Thanks to Tamas Horvath for this one
 */
private String printPDBConnections(){
  StringBuffer str=new StringBuffer();
  List<Map<String,Integer>> cons=structure.getConnections();
  for (int cnr=0; cnr < cons.size(); cnr++) {
    Map<String,Integer> con=cons.get(cnr);
    Integer as=con.get("String_Node_Str");
    String atomserial="String_Node_Str";
    String bond1="String_Node_Str";
    String bond2="String_Node_Str";
    String bond3="String_Node_Str";
    String bond4="String_Node_Str";
    String hyd1="String_Node_Str";
    String hyd2="String_Node_Str";
    String salt1="String_Node_Str";
    String hyd3="String_Node_Str";
    String hyd4="String_Node_Str";
    String salt2="String_Node_Str";
    if (con.containsKey("String_Node_Str"))     bond1=con.get("String_Node_Str").toString();
    if (con.containsKey("String_Node_Str"))     bond2=con.get("String_Node_Str").toString();
    if (con.containsKey("String_Node_Str"))     bond3=con.get("String_Node_Str").toString();
    if (con.containsKey("String_Node_Str"))     bond4=con.get("String_Node_Str").toString();
    if (con.containsKey("String_Node_Str"))     hyd1=con.get("String_Node_Str").toString();
    if (con.containsKey("String_Node_Str"))     hyd2=con.get("String_Node_Str").toString();
    if (con.containsKey("String_Node_Str"))     salt1=con.get("String_Node_Str").toString();
    if (con.containsKey("String_Node_Str"))     hyd3=con.get("String_Node_Str").toString();
    if (con.containsKey("String_Node_Str"))     hyd4=con.get("String_Node_Str").toString();
    if (con.containsKey("String_Node_Str"))     salt2=con.get("String_Node_Str").toString();
    atomserial=String.format("String_Node_Str",as);
    bond1=String.format("String_Node_Str",bond1);
    bond2=String.format("String_Node_Str",bond2);
    bond3=String.format("String_Node_Str",bond3);
    bond4=String.format("String_Node_Str",bond4);
    hyd1=String.format("String_Node_Str",hyd1);
    hyd2=String.format("String_Node_Str",hyd2);
    salt1=String.format("String_Node_Str",salt1);
    hyd3=String.format("String_Node_Str",hyd3);
    hyd4=String.format("String_Node_Str",hyd4);
    salt2=String.format("String_Node_Str",salt2);
    String connectLine="String_Node_Str" + atomserial + bond1+ bond2+ bond3+ bond4+ hyd1+ hyd2+ salt1+ hyd3+ hyd4+ salt2;
    str.append(connectLine).append(newline);
  }
  return str.toString();
}