Program: 131714
Project: 131714
Buggy source:
private static RltProgram getRltConstraints(IloCplex cplex,int n,IloNumVar[] numVars,int size,List<Factor> factors,IloLPMatrix inputMatrix) throws IloException {
  IloNumVar[][] rltVars=new IloNumVar[n][];
  for (int i=0; i < n; i++) {
    rltVars[i]=new IloNumVar[i + 1];
    for (int j=0; j <= i; j++) {
      rltVars[i][j]=cplex.numVar(numVars[i].getLB() * numVars[j].getLB(),numVars[i].getUB() * numVars[j].getUB(),String.format("String_Node_Str",i,j));
    }
  }
  IloLPMatrix rltMat=cplex.LPMatrix();
  rltMat.addCols(numVars);
  for (int i=0; i < n; i++) {
    rltMat.addCols(rltVars[i]);
  }
  int[][] rltVarsInd=new int[n][];
  for (int i=0; i < n; i++) {
    rltVarsInd[i]=new int[i + 1];
    for (int j=0; j <= i; j++) {
      rltVarsInd[i][j]=rltMat.getIndex(rltVars[i][j]);
    }
  }
  for (int i=0; i < factors.size(); i++) {
    Factor facI=factors.get(i);
    for (int j=0; j < factors.size(); j++) {
      Factor facJ=factors.get(j);
      SparseVector row=new FastSparseVector(size);
      SparseVector facIG=facI.G.copy();
      SparseVector facJG=facJ.G.copy();
      row.add(facIG.scale(facJ.g));
      row.add(facJG.scale(facI.g));
      SparseVector ip=facI.G.hadamardProd(facJ.G);
      ip=ip.scale(-1.0);
      SparseVector shiftedIp=new SparseVector(size);
      for (int idx=0; idx < ip.getUsed(); idx++) {
        int k=ip.getIndex()[idx];
        double val=ip.getData()[idx];
        shiftedIp.set(rltVarsInd[k][k],val);
      }
      row=(SparseVector)row.add(shiftedIp);
      for (int ii=0; ii < facI.G.getUsed(); ii++) {
        int k=facI.G.getIndex()[ii];
        double vi=facI.G.getData()[ii];
        for (int jj=0; jj < facJ.G.getUsed(); jj++) {
          int l=facJ.G.getIndex()[jj];
          double vj=facJ.G.getData()[jj];
          if (k == l) {
            continue;
          }
          row.add(rltVarsInd[Math.max(k,l)][Math.min(k,l)],-vi * vj);
        }
      }
      String name=String.format("String_Node_Str",i,j);
      int rowind=rltMat.addRow(CPLEX_NEG_INF,facI.g * facJ.g,row.getIndex(),row.getData());
      rltMat.getRange(rowind).setName(name);
      log.debug(name + "String_Node_Str" + row+ "String_Node_Str"+ facI.g * facJ.g);
    }
  }
  return new RltProgram(rltMat,rltVars,inputMatrix);
}

Fixed version (ground truth):
private static RltProgram getRltConstraints(IloCplex cplex,int n,IloNumVar[] numVars,int size,List<Factor> factors,IloLPMatrix inputMatrix) throws IloException {
  IloNumVar[][] rltVars=new IloNumVar[n][];
  for (int i=0; i < n; i++) {
    rltVars[i]=new IloNumVar[i + 1];
    for (int j=0; j <= i; j++) {
      rltVars[i][j]=cplex.numVar(numVars[i].getLB() * numVars[j].getLB(),numVars[i].getUB() * numVars[j].getUB(),String.format("String_Node_Str",i,j));
    }
  }
  IloLPMatrix rltMat=cplex.LPMatrix();
  rltMat.addCols(numVars);
  for (int i=0; i < n; i++) {
    rltMat.addCols(rltVars[i]);
  }
  int[][] rltVarsInd=new int[n][];
  for (int i=0; i < n; i++) {
    rltVarsInd[i]=new int[i + 1];
    for (int j=0; j <= i; j++) {
      rltVarsInd[i][j]=rltMat.getIndex(rltVars[i][j]);
    }
  }
  for (int i=0; i < factors.size(); i++) {
    Factor facI=factors.get(i);
    for (int j=0; j <= i; j++) {
      Factor facJ=factors.get(j);
      SparseVector row=new FastSparseVector(size);
      SparseVector facIG=facI.G.copy();
      SparseVector facJG=facJ.G.copy();
      row.add(facIG.scale(facJ.g));
      row.add(facJG.scale(facI.g));
      SparseVector ip=facI.G.hadamardProd(facJ.G);
      ip=ip.scale(-1.0);
      SparseVector shiftedIp=new SparseVector(size);
      for (int idx=0; idx < ip.getUsed(); idx++) {
        int k=ip.getIndex()[idx];
        double val=ip.getData()[idx];
        shiftedIp.set(rltVarsInd[k][k],val);
      }
      row=(SparseVector)row.add(shiftedIp);
      for (int ii=0; ii < facI.G.getUsed(); ii++) {
        int k=facI.G.getIndex()[ii];
        double vi=facI.G.getData()[ii];
        for (int jj=0; jj < facJ.G.getUsed(); jj++) {
          int l=facJ.G.getIndex()[jj];
          double vj=facJ.G.getData()[jj];
          if (k == l) {
            continue;
          }
          row.add(rltVarsInd[Math.max(k,l)][Math.min(k,l)],-vi * vj);
        }
      }
      String name=String.format("String_Node_Str",i,j);
      int rowind=rltMat.addRow(CPLEX_NEG_INF,facI.g * facJ.g,row.getIndex(),row.getData());
      rltMat.getRange(rowind).setName(name);
      log.debug(name + "String_Node_Str" + row+ "String_Node_Str"+ facI.g * facJ.g);
    }
  }
  return new RltProgram(rltMat,rltVars,inputMatrix);
}