Program: 188912
Project: 188912
Buggy source:
private void mergeCmdOptions(AbstractWorkflowDataModel model){
  Map<String,String> map=model.getConfigs();
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    ArrayList<String> parentAccessions=new ArrayList<String>();
    if (options.has("String_Node_Str")) {
      List opts=options.valuesOf("String_Node_Str");
      for (      Object opt : opts) {
        String[] tokens=((String)opt).split("String_Node_Str");
        for (        String t : tokens) {
          parentAccessions.add(t);
        }
      }
    }
    model.setParentAccessions(parentAccessions);
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    model.setWorkflow_accession((String)options.valueOf("String_Node_Str"));
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    model.setWorkflow_run_accession((String)options.valueOf("String_Node_Str"));
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    map.put("String_Node_Str","String_Node_Str");
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    map.put("String_Node_Str",(String)options.valueOf("String_Node_Str"));
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    map.put("String_Node_Str",(String)options.valueOf("String_Node_Str"));
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    List<String> scheduledAccessions=(List<String>)options.valuesOf("String_Node_Str");
    map.put("String_Node_Str",org.apache.commons.lang.StringUtils.join(scheduledAccessions,"String_Node_Str"));
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    map.put("String_Node_Str",(String)options.valueOf("String_Node_Str"));
  }
  boolean metadataWriteback=true;
  if (options.has("String_Node_Str") || options.has("String_Node_Str") || options.has("String_Node_Str")) {
    metadataWriteback=false;
  }
  map.put("String_Node_Str",Boolean.toString(metadataWriteback));
  model.setMetadataWriteBack(metadataWriteback);
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    model.setMetadata_output_file_prefix((String)options.valueOf("String_Node_Str"));
  }
 else   if (model.hasPropertyAndNotNull("String_Node_Str")) {
    try {
      model.setMetadata_output_file_prefix(model.getProperty("String_Node_Str"));
    }
 catch (    Exception ex) {
      Logger.getLogger(WorkflowDataModelFactory.class.getName()).log(Level.SEVERE,null,ex);
    }
  }
 else {
    Log.error("String_Node_Str");
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    model.setMetadata_output_dir((String)options.valueOf("String_Node_Str"));
  }
 else   if (model.hasPropertyAndNotNull("String_Node_Str")) {
    try {
      model.setMetadata_output_file_prefix(model.getProperty("String_Node_Str"));
    }
 catch (    Exception ex) {
      Logger.getLogger(WorkflowDataModelFactory.class.getName()).log(Level.SEVERE,null,ex);
    }
  }
 else {
    Log.error("String_Node_Str");
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    model.setWorkflow_engine((String)options.valueOf("String_Node_Str"));
  }
}

Fixed version (ground truth):
private void mergeCmdOptions(AbstractWorkflowDataModel model){
  Map<String,String> map=model.getConfigs();
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    ArrayList<String> parentAccessions=new ArrayList<String>();
    if (options.has("String_Node_Str")) {
      List opts=options.valuesOf("String_Node_Str");
      for (      Object opt : opts) {
        String[] tokens=((String)opt).split("String_Node_Str");
        for (        String t : tokens) {
          parentAccessions.add(t);
        }
      }
    }
    model.setParentAccessions(parentAccessions);
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    model.setWorkflow_accession((String)options.valueOf("String_Node_Str"));
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    model.setWorkflow_run_accession((String)options.valueOf("String_Node_Str"));
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    map.put("String_Node_Str","String_Node_Str");
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    map.put("String_Node_Str",(String)options.valueOf("String_Node_Str"));
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    map.put("String_Node_Str",(String)options.valueOf("String_Node_Str"));
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    List<String> scheduledAccessions=(List<String>)options.valuesOf("String_Node_Str");
    map.put("String_Node_Str",org.apache.commons.lang.StringUtils.join(scheduledAccessions,"String_Node_Str"));
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    map.put("String_Node_Str",(String)options.valueOf("String_Node_Str"));
  }
  boolean metadataWriteback=true;
  if (options.has("String_Node_Str") || options.has("String_Node_Str") || options.has("String_Node_Str")) {
    metadataWriteback=false;
  }
  map.put("String_Node_Str",Boolean.toString(metadataWriteback));
  model.setMetadataWriteBack(metadataWriteback);
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    model.setMetadata_output_file_prefix((String)options.valueOf("String_Node_Str"));
  }
 else   if (model.hasPropertyAndNotNull("String_Node_Str")) {
    try {
      model.setMetadata_output_file_prefix(model.getProperty("String_Node_Str"));
    }
 catch (    Exception ex) {
      Logger.getLogger(WorkflowDataModelFactory.class.getName()).log(Level.SEVERE,null,ex);
    }
  }
 else {
    Log.error("String_Node_Str");
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    model.setMetadata_output_dir((String)options.valueOf("String_Node_Str"));
  }
 else   if (model.hasPropertyAndNotNull("String_Node_Str")) {
    try {
      model.setMetadata_output_dir(model.getProperty("String_Node_Str"));
    }
 catch (    Exception ex) {
      Logger.getLogger(WorkflowDataModelFactory.class.getName()).log(Level.SEVERE,null,ex);
    }
  }
 else {
    Log.error("String_Node_Str");
  }
  if (options.has("String_Node_Str")) {
    model.setWorkflow_engine((String)options.valueOf("String_Node_Str"));
  }
}