Program: 6514
Project: 6514
Buggy source:
void generate() throws Exception {
  String className="String_Node_Str";
  CppClass classOne=CppClass.factory.create("String_Node_Str");
  CppVar intA=CppVar.factory.create(Cpp.INT,"String_Node_Str");
  CppVar intX=CppVar.factory.create(Cpp.INT,"String_Node_Str");
  CppVar intY=CppVar.factory.create(Cpp.INT,"String_Node_Str");
  CppFun funSetA=CppFun.factory.create(Cpp.INT,"String_Node_Str",intY);
  funSetA.appendCode("String_Node_Str");
  CppFun funMult=CppFun.factory.create(Cpp.INT,"String_Node_Str",intX);
  funMult.appendCode("String_Node_Str");
  classOne.add(Cpp.PUBLIC,intA);
  classOne.add(Cpp.PUBLIC,funSetA,funMult);
  CppClass classTwo=CppClass.factory.create("String_Node_Str");
  CppTypeGenerator typeNested=new CppTypeGenerator("String_Node_Str");
  CppVar n=CppVar.factory.create(typeNested,"String_Node_Str");
  CppFun funCall=CppFun.factory.create(Cpp.INT,"String_Node_Str",intX);
  funCall.appendCode("String_Node_Str");
  funCall.appendCode("String_Node_Str");
  classTwo.add(Cpp.PRIVATE,n);
  classTwo.add(Cpp.PUBLIC,intA);
  classTwo.add(Cpp.PUBLIC,funCall);
  classTwo.add(Cpp.PRIVATE,classOne);
  CppSourceFile file=workspace.getC().getCppSourceFile(className);
  CppSourceFile header=this.workspace.getC().getCppHeaderFile(className);
  file.addInclude(header);
  file.addLibInclude("String_Node_Str");
  file.addUsingNamespace("String_Node_Str");
  CFun fun_main=CFun.factory.create("String_Node_Str","String_Node_Str",null);
  fun_main.appendCode("String_Node_Str");
  fun_main.appendCode("String_Node_Str");
  fun_main.appendCode("String_Node_Str");
  file.add(fun_main);
  header.add(classTwo);
}

Fixed version (ground truth):
void generate() throws Exception {
  String className="String_Node_Str";
  CppClass classNested=CppClass.factory.create("String_Node_Str");
  CppVar intA=CppVar.factory.create(Cpp.INT,"String_Node_Str");
  CppVar intX=CppVar.factory.create(Cpp.INT,"String_Node_Str");
  CppVar intY=CppVar.factory.create(Cpp.INT,"String_Node_Str");
  CppFun funSetA=CppFun.factory.create(Cpp.INT,"String_Node_Str",intY);
  funSetA.appendCode("String_Node_Str");
  CppFun funMult=CppFun.factory.create(Cpp.INT,"String_Node_Str",intX);
  funMult.appendCode("String_Node_Str");
  classNested.add(Cpp.PUBLIC,intA);
  classNested.add(Cpp.PUBLIC,funSetA,funMult);
  CppClass classOuter=CppClass.factory.create("String_Node_Str");
  CppTypeGenerator typeNested=new CppTypeGenerator("String_Node_Str");
  CppVar n=CppVar.factory.create(typeNested,"String_Node_Str");
  CppFun funCall=CppFun.factory.create(Cpp.INT,"String_Node_Str",intX);
  funCall.appendCode("String_Node_Str");
  funCall.appendCode("String_Node_Str");
  classOuter.add(Cpp.PRIVATE,n);
  classOuter.add(Cpp.PUBLIC,intA);
  classOuter.add(Cpp.PUBLIC,funCall);
  classOuter.add(Cpp.PROTECTED,classNested);
  CppSourceFile file=workspace.getC().getCppSourceFile(className);
  CppSourceFile header=this.workspace.getC().getCppHeaderFile(className);
  file.addInclude(header);
  file.addLibInclude("String_Node_Str");
  file.addUsingNamespace("String_Node_Str");
  CFun fun_main=CFun.factory.create("String_Node_Str","String_Node_Str",null);
  fun_main.appendCode("String_Node_Str");
  fun_main.appendCode("String_Node_Str");
  fun_main.appendCode("String_Node_Str");
  file.add(fun_main);
  header.add(classOuter);
}