Program: 12744
Project: 12744
Buggy source:
private static ModuleDefinition parseModuleDefinition(SBOLDocument SBOLDoc,TopLevelDocument<QName> topLevel){
  URI persistentIdentity=null;
  String version=null;
  String displayId=null;
  String name=null;
  String description=null;
  URI wasDerivedFrom=null;
  Set<URI> roles=new HashSet<>();
  Set<URI> models=new HashSet<>();
  List<FunctionalComponent> functionalComponents=new ArrayList<>();
  List<Interaction> interactions=new ArrayList<>();
  List<Module> subModules=new ArrayList<>();
  List<Annotation> annotations=new ArrayList<>();
  for (  NamedProperty<QName> namedProperty : topLevel.getProperties()) {
    if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Identified.persistentIdentity)) {
      persistentIdentity=URI.create(((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString());
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Identified.version)) {
      version=((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString();
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Documented.displayId)) {
      displayId=((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString();
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.ModuleDefinition.roles)) {
      roles.add(URI.create(((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString()));
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.ModuleDefinition.hasModule)) {
      subModules.add(parseSubModule(((NestedDocument<QName>)namedProperty.getValue())));
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.ModuleDefinition.hasInteractions)) {
      interactions.add(parseInteraction(((NestedDocument<QName>)namedProperty.getValue())));
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.ModuleDefinition.hasfunctionalComponent)) {
      functionalComponents.add(parseFunctionalComponents((NestedDocument<QName>)namedProperty.getValue()));
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.ModuleDefinition.hasModels)) {
      models.add(URI.create(((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString()));
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Documented.title)) {
      name=((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString();
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Documented.description)) {
      description=((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString();
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(ProvTerms.Prov.wasDerivedFrom)) {
      wasDerivedFrom=URI.create(((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString());
    }
 else {
      annotations.add(new Annotation(namedProperty));
    }
  }
  ModuleDefinition moduleDefinition=SBOLDoc.createModuleDefinition(topLevel.getIdentity());
  if (roles != null)   moduleDefinition.setRoles(roles);
  if (persistentIdentity != null)   moduleDefinition.setPersistentIdentity(persistentIdentity);
  if (version != null)   moduleDefinition.setVersion(version);
  if (displayId != null)   moduleDefinition.setDisplayId(displayId);
  if (!functionalComponents.isEmpty())   moduleDefinition.setFunctionalComponents(functionalComponents);
  if (!interactions.isEmpty())   moduleDefinition.setInteractions(interactions);
  if (!models.isEmpty())   moduleDefinition.setModels(models);
  if (!subModules.isEmpty())   moduleDefinition.setModules(subModules);
  if (name != null)   moduleDefinition.setName(name);
  if (description != null)   moduleDefinition.setDescription(description);
  if (wasDerivedFrom != null)   moduleDefinition.setWasDerivedFrom(wasDerivedFrom);
  if (!annotations.isEmpty())   moduleDefinition.setAnnotations(annotations);
  return moduleDefinition;
}

Fixed version (ground truth):
private static ModuleDefinition parseModuleDefinition(SBOLDocument SBOLDoc,TopLevelDocument<QName> topLevel){
  URI persistentIdentity=null;
  String version=null;
  String displayId=null;
  String name=null;
  String description=null;
  URI wasDerivedFrom=null;
  Set<URI> roles=new HashSet<>();
  Set<URI> models=new HashSet<>();
  List<FunctionalComponent> functionalComponents=new ArrayList<>();
  List<Interaction> interactions=new ArrayList<>();
  List<Module> subModules=new ArrayList<>();
  List<Annotation> annotations=new ArrayList<>();
  for (  NamedProperty<QName> namedProperty : topLevel.getProperties()) {
    if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Identified.persistentIdentity)) {
      persistentIdentity=URI.create(((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString());
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Identified.version)) {
      version=((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString();
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Documented.displayId)) {
      displayId=((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString();
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.ModuleDefinition.roles)) {
      roles.add(URI.create(((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString()));
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.ModuleDefinition.hasModule)) {
      subModules.add(parseSubModule(((NestedDocument<QName>)namedProperty.getValue())));
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.ModuleDefinition.hasInteractions)) {
      interactions.add(parseInteraction(((NestedDocument<QName>)namedProperty.getValue())));
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.ModuleDefinition.hasfunctionalComponent)) {
      functionalComponents.add(parseFunctionalComponents((NestedDocument<QName>)namedProperty.getValue()));
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.ModuleDefinition.hasModels)) {
      models.add(URI.create(((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString()));
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Documented.title)) {
      name=((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString();
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(Sbol2Terms.Documented.description)) {
      description=((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString();
    }
 else     if (namedProperty.getName().equals(ProvTerms.Prov.wasDerivedFrom)) {
      wasDerivedFrom=URI.create(((Literal<QName>)namedProperty.getValue()).getValue().toString());
    }
 else {
      annotations.add(new Annotation(namedProperty));
    }
  }
  ModuleDefinition moduleDefinition=SBOLDoc.createModuleDefinition(topLevel.getIdentity());
  if (!roles.isEmpty())   moduleDefinition.setRoles(roles);
  if (persistentIdentity != null)   moduleDefinition.setPersistentIdentity(persistentIdentity);
  if (version != null)   moduleDefinition.setVersion(version);
  if (displayId != null)   moduleDefinition.setDisplayId(displayId);
  if (!functionalComponents.isEmpty())   moduleDefinition.setFunctionalComponents(functionalComponents);
  if (!interactions.isEmpty())   moduleDefinition.setInteractions(interactions);
  if (!models.isEmpty())   moduleDefinition.setModels(models);
  if (!subModules.isEmpty())   moduleDefinition.setModules(subModules);
  if (name != null)   moduleDefinition.setName(name);
  if (description != null)   moduleDefinition.setDescription(description);
  if (wasDerivedFrom != null)   moduleDefinition.setWasDerivedFrom(wasDerivedFrom);
  if (!annotations.isEmpty())   moduleDefinition.setAnnotations(annotations);
  return moduleDefinition;
}