Program: 57519
Project: 57519
Buggy source:
@Override public Object start(IApplicationContext context) throws Exception {
  String[] runConfigParameters=(String[])context.getArguments().get("String_Node_Str");
  String[] tumorTypes=null;
  String analysisRunIdentifier="String_Node_Str";
  String dataRunIdentifier="String_Node_Str";
  String projectOutputFolder="String_Node_Str";
  JSAP jsap=new JSAP();
  try {
    FlaggedOption tumorOpt=new FlaggedOption("String_Node_Str").setStringParser(JSAP.STRING_PARSER).setDefault(JSAP.NO_DEFAULT).setRequired(true).setShortFlag('t').setLongFlag(JSAP.NO_LONGFLAG);
    tumorOpt.setList(true);
    tumorOpt.setListSeparator(',');
    tumorOpt.setHelp("String_Node_Str");
    jsap.registerParameter(tumorOpt);
    FlaggedOption analysisRunIdentifierOpt=new FlaggedOption("String_Node_Str").setStringParser(JSAP.STRING_PARSER).setDefault(JSAP.NO_DEFAULT).setRequired(true).setShortFlag('a').setLongFlag(JSAP.NO_LONGFLAG);
    analysisRunIdentifierOpt.setHelp("String_Node_Str");
    jsap.registerParameter(analysisRunIdentifierOpt);
    FlaggedOption dataRunIdentifierOpt=new FlaggedOption("String_Node_Str").setStringParser(JSAP.STRING_PARSER).setDefault(JSAP.NO_DEFAULT).setRequired(true).setShortFlag('d').setLongFlag(JSAP.NO_LONGFLAG);
    dataRunIdentifierOpt.setHelp("String_Node_Str");
    jsap.registerParameter(dataRunIdentifierOpt);
    String defaultDestinationPath=GeneralManager.CALEYDO_HOME_PATH + "String_Node_Str";
    FlaggedOption projectOutputFolderOpt=new FlaggedOption("String_Node_Str").setStringParser(JSAP.STRING_PARSER).setDefault(defaultDestinationPath).setRequired(false).setShortFlag('o').setLongFlag(JSAP.NO_LONGFLAG);
    projectOutputFolderOpt.setHelp("String_Node_Str");
    jsap.registerParameter(projectOutputFolderOpt);
    JSAPResult config=jsap.parse(runConfigParameters);
    if (!config.success()) {
      handleJSAPError(jsap);
    }
    tumorTypes=config.getStringArray("String_Node_Str");
    analysisRunIdentifier=config.getString("String_Node_Str");
    dataRunIdentifier=config.getString("String_Node_Str");
    projectOutputFolder=config.getString("String_Node_Str");
  }
 catch (  JSAPException e) {
    handleJSAPError(jsap);
  }
  for (int tumorIndex=0; tumorIndex < tumorTypes.length; tumorIndex++) {
    String tumorType=tumorTypes[tumorIndex];
    String xmlFilePath=projectOutputFolder + analysisRunIdentifier + "String_Node_Str"+ tumorType+ "String_Node_Str";
    String projectOutputPath=projectOutputFolder + analysisRunIdentifier + "String_Node_Str"+ tumorType+ "String_Node_Str";
    System.out.println("String_Node_Str" + tumorType + "String_Node_Str"+ analysisRunIdentifier);
    TCGADataXMLGenerator generator=new TCGADataXMLGenerator(tumorType,analysisRunIdentifier,dataRunIdentifier,xmlFilePath,GeneralManager.CALEYDO_HOME_PATH + "String_Node_Str");
    generator.run();
    System.out.println("String_Node_Str" + tumorType + "String_Node_Str"+ analysisRunIdentifier);
    XMLToProjectBuilder xmlToProjectBuilder=new XMLToProjectBuilder();
    xmlToProjectBuilder.buildProject(xmlFilePath,projectOutputPath);
    new File(xmlFilePath).delete();
  }
  return context;
}

Fixed version (ground truth):
@Override public Object start(IApplicationContext context) throws Exception {
  String[] runConfigParameters=(String[])context.getArguments().get("String_Node_Str");
  String[] tumorTypes=null;
  String analysisRunIdentifier="String_Node_Str";
  String dataRunIdentifier="String_Node_Str";
  String outputFolder="String_Node_Str";
  JSAP jsap=new JSAP();
  try {
    FlaggedOption tumorOpt=new FlaggedOption("String_Node_Str").setStringParser(JSAP.STRING_PARSER).setDefault(JSAP.NO_DEFAULT).setRequired(true).setShortFlag('t').setLongFlag(JSAP.NO_LONGFLAG);
    tumorOpt.setList(true);
    tumorOpt.setListSeparator(',');
    tumorOpt.setHelp("String_Node_Str");
    jsap.registerParameter(tumorOpt);
    FlaggedOption analysisRunIdentifierOpt=new FlaggedOption("String_Node_Str").setStringParser(JSAP.STRING_PARSER).setDefault(JSAP.NO_DEFAULT).setRequired(true).setShortFlag('a').setLongFlag(JSAP.NO_LONGFLAG);
    analysisRunIdentifierOpt.setHelp("String_Node_Str");
    jsap.registerParameter(analysisRunIdentifierOpt);
    FlaggedOption dataRunIdentifierOpt=new FlaggedOption("String_Node_Str").setStringParser(JSAP.STRING_PARSER).setDefault(JSAP.NO_DEFAULT).setRequired(true).setShortFlag('d').setLongFlag(JSAP.NO_LONGFLAG);
    dataRunIdentifierOpt.setHelp("String_Node_Str");
    jsap.registerParameter(dataRunIdentifierOpt);
    String defaultDestinationPath=GeneralManager.CALEYDO_HOME_PATH + "String_Node_Str";
    FlaggedOption outputFolderOpt=new FlaggedOption("String_Node_Str").setStringParser(JSAP.STRING_PARSER).setDefault(defaultDestinationPath).setRequired(false).setShortFlag('o').setLongFlag(JSAP.NO_LONGFLAG);
    outputFolderOpt.setHelp("String_Node_Str");
    jsap.registerParameter(outputFolderOpt);
    JSAPResult config=jsap.parse(runConfigParameters);
    if (!config.success()) {
      handleJSAPError(jsap);
    }
    tumorTypes=config.getStringArray("String_Node_Str");
    analysisRunIdentifier=config.getString("String_Node_Str");
    dataRunIdentifier=config.getString("String_Node_Str");
    outputFolder=config.getString("String_Node_Str");
  }
 catch (  JSAPException e) {
    handleJSAPError(jsap);
  }
  String tmpDataOutputPath=outputFolder + "String_Node_Str";
  for (int tumorIndex=0; tumorIndex < tumorTypes.length; tumorIndex++) {
    String tumorType=tumorTypes[tumorIndex];
    String xmlFilePath=outputFolder + analysisRunIdentifier + "String_Node_Str"+ tumorType+ "String_Node_Str";
    String projectOutputPath=outputFolder + analysisRunIdentifier + "String_Node_Str"+ tumorType+ "String_Node_Str";
    FileOperations.createDirectory(tmpDataOutputPath);
    System.out.println("String_Node_Str" + tumorType + "String_Node_Str"+ analysisRunIdentifier);
    TCGADataXMLGenerator generator=new TCGADataXMLGenerator(tumorType,analysisRunIdentifier,dataRunIdentifier,xmlFilePath,tmpDataOutputPath);
    generator.run();
    System.out.println("String_Node_Str" + tumorType + "String_Node_Str"+ analysisRunIdentifier);
    XMLToProjectBuilder xmlToProjectBuilder=new XMLToProjectBuilder();
    xmlToProjectBuilder.buildProject(xmlFilePath,projectOutputPath);
    new File(xmlFilePath).delete();
  }
  FileOperations.deleteDirectory(tmpDataOutputPath);
  return context;
}