Program: 181129
Project: 181129
Buggy source:
public boolean onCommand(CommandSender sender,Command cmd,String commandLabel,String[] args){
  String name=((Player)sender).getDisplayName();
  User user=(userManager.exists(name)) ? userManager.getUser((Player)sender) : null;
  ChatColor yellow=ChatColor.getByCode(14);
  ChatColor white=ChatColor.getByCode(15);
  if (user != null) {
    if (commandLabel.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
        user.message(yellow + "String_Node_Str");
        user.message(yellow + "String_Node_Str");
      }
      if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          user.message(yellow + "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          user.viewInvites();
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          userManager.acceptInvite(user,args[2]);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          user.clearInvites();
        }
      }
      if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          user.message(yellow + "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          plotManager.claimPlot(user);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          plotManager.razePlot(user);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          plotManager.resellPlot(user);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          plotManager.rentPlot(user);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          plotManager.buyPlot(user);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          plotManager.setRegion(user,args[2]);
        }
      }
      if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          user.message(yellow + "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          groupManager.foundNation(user,args[2]);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          groupManager.inviteUserToNation(user,args[2]);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          groupManager.kickUserFromNation(user,args[2]);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          groupManager.promoteUser(user,args[2]);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          groupManager.demoteUser(user,args[2]);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          groupManager.leaveNation(user);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
        }
      }
      if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          user.message(yellow + "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(white + "String_Node_Str");
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          ArrayList<String> allies=groupManager.getGroup(user.getNation()).getAllies();
          ArrayList<String> enemies=groupManager.getGroup(user.getNation()).getEnemies();
          String allyList="String_Node_Str";
          String enemyList="String_Node_Str";
          user.message(ChatColor.getByCode(5) + "String_Node_Str" + (groupManager.exists(user.getNation()) ? user.getNation() : "String_Node_Str"));
          if (allies.size() > 0) {
            for (int i=0; i < allies.size(); i++) {
              allyList=allyList + allies.get(i) + "String_Node_Str";
            }
            user.message(ChatColor.getByCode(2) + "String_Node_Str" + allyList.substring(0,allyList.length() - 2)+ "String_Node_Str");
          }
 else {
            user.message(ChatColor.getByCode(2) + "String_Node_Str");
          }
          if (enemies.size() > 0) {
            for (int i=0; i < enemies.size(); i++) {
              enemyList=enemyList + enemies.get(i) + "String_Node_Str";
            }
            user.message(ChatColor.getByCode(12) + "String_Node_Str" + enemyList.substring(0,enemyList.length() - 2)+ "String_Node_Str");
          }
 else {
            user.message(ChatColor.getByCode(12) + "String_Node_Str");
          }
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str") && userManager.isLeader(user) == true) {
          groupManager.changeStatus(user,args[2],args[3]);
        }
      }
    }
    return true;
  }
  ((Player)sender).sendMessage("String_Node_Str");
  return false;
}

Fixed version (ground truth):
public boolean onCommand(CommandSender sender,Command cmd,String commandLabel,String[] args){
  String name=((Player)sender).getDisplayName();
  User user=(userManager.exists(name)) ? userManager.getUser((Player)sender) : null;
  ChatColor yellow=ChatColor.getByCode(14);
  ChatColor white=ChatColor.getByCode(15);
  if (user != null) {
    if (commandLabel.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
        user.message(yellow + "String_Node_Str");
        user.message(yellow + "String_Node_Str");
      }
      if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          user.message(yellow + "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          user.viewInvites();
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          userManager.acceptInvite(user,args[2]);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          user.clearInvites();
        }
      }
      if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          user.message(yellow + "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          plotManager.claimPlot(user);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          plotManager.razePlot(user);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          plotManager.resellPlot(user);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          plotManager.rentPlot(user);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          plotManager.buyPlot(user);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          plotManager.setRegion(user,args[2]);
        }
      }
      if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          user.message(yellow + "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          groupManager.foundNation(user,args[2]);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          groupManager.inviteUserToNation(user,args[2]);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          groupManager.kickUserFromNation(user,args[2]);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          groupManager.promoteUser(user,args[2]);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          groupManager.demoteUser(user,args[2]);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          groupManager.leaveNation(user);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          groupManager.renameNation(user,args[2]);
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          groupManager.setTaxRate(user,Integer.valueOf(args[2]));
        }
      }
      if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          user.message(yellow + "String_Node_Str");
          user.message(yellow + "String_Node_Str" + white+ "String_Node_Str");
          user.message(white + "String_Node_Str");
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
          ArrayList<String> allies=groupManager.getGroup(user.getNation()).getAllies();
          ArrayList<String> enemies=groupManager.getGroup(user.getNation()).getEnemies();
          String allyList="String_Node_Str";
          String enemyList="String_Node_Str";
          user.message(ChatColor.getByCode(5) + "String_Node_Str" + (groupManager.exists(user.getNation()) ? user.getNation() : "String_Node_Str"));
          if (allies.size() > 0) {
            for (int i=0; i < allies.size(); i++) {
              allyList=allyList + allies.get(i) + "String_Node_Str";
            }
            user.message(ChatColor.getByCode(2) + "String_Node_Str" + allyList.substring(0,allyList.length() - 2)+ "String_Node_Str");
          }
 else {
            user.message(ChatColor.getByCode(2) + "String_Node_Str");
          }
          if (enemies.size() > 0) {
            for (int i=0; i < enemies.size(); i++) {
              enemyList=enemyList + enemies.get(i) + "String_Node_Str";
            }
            user.message(ChatColor.getByCode(12) + "String_Node_Str" + enemyList.substring(0,enemyList.length() - 2)+ "String_Node_Str");
          }
 else {
            user.message(ChatColor.getByCode(12) + "String_Node_Str");
          }
        }
        if (args[1].equalsIgnoreCase("String_Node_Str") && userManager.isLeader(user) == true) {
          groupManager.changeStatus(user,args[2],args[3]);
        }
      }
    }
    return true;
  }
  ((Player)sender).sendMessage("String_Node_Str");
  return false;
}