Program: 23355
Project: 23355
Buggy source:
private void generateSummaryOutputs() throws Exception {
  log("String_Node_Str");
  generateResourceReferences();
  generateDataFile();
  JsonObject data=new JsonObject();
  for (  FetchedFile f : fileList) {
    for (    FetchedResource r : f.getResources()) {
      if (r.getElement().fhirType().equals("String_Node_Str")) {
        StructureDefinition sd=(StructureDefinition)r.getResource();
        JsonObject item=new JsonObject();
        data.add(sd.getId(),item);
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getUrl());
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getName());
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getUserString("String_Node_Str"));
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getKind().toCode());
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getType());
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getBaseDefinition());
        StructureDefinition base=sd.hasBaseDefinition() ? context.fetchResource(StructureDefinition.class,sd.getBaseDefinition()) : null;
        if (base != null) {
          item.addProperty("String_Node_Str",base.getName());
          item.addProperty("String_Node_Str",base.getUserString("String_Node_Str"));
        }
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getStatus().toCode());
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getDate().toString());
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getPublisher());
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getCopyright());
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getDescription());
        if (sd.getContextType() != null)         item.addProperty("String_Node_Str",sd.getContextType().getDisplay());
        if (!sd.getContext().isEmpty()) {
          JsonArray contexts=new JsonArray();
          item.add("String_Node_Str",contexts);
          for (          StringType context : sd.getContext()) {
            contexts.add(new JsonPrimitive(context.asStringValue()));
          }
        }
      }
    }
  }
  for (  FetchedResource r : examples) {
    FetchedResource baseRes=getResourceForUri(r.getExampleUri());
    if (baseRes == null)     throw new Exception("String_Node_Str" + r.getExampleUri() + "String_Node_Str"+ r.getUrlTail());
    baseRes.addExample(r);
  }
  Gson gson=new GsonBuilder().setPrettyPrinting().create();
  String json=gson.toJson(data);
  TextFile.stringToFile(json,Utilities.path(tempDir,"String_Node_Str","String_Node_Str"));
  JsonObject pages=new JsonObject();
  addPageDataRow(pages,"String_Node_Str","String_Node_Str","String_Node_Str",breadCrumbForPage(sourceIg.getPage(),true),examples);
  addPageData(pages,sourceIg.getPage(),"String_Node_Str","String_Node_Str",true);
  json=pages.toString();
  TextFile.stringToFile(json,Utilities.path(tempDir,"String_Node_Str","String_Node_Str"));
}

Fixed version (ground truth):
private void generateSummaryOutputs() throws Exception {
  log("String_Node_Str");
  generateResourceReferences();
  generateDataFile();
  JsonObject data=new JsonObject();
  for (  FetchedFile f : fileList) {
    for (    FetchedResource r : f.getResources()) {
      if (r.getElement().fhirType().equals("String_Node_Str")) {
        StructureDefinition sd=(StructureDefinition)r.getResource();
        JsonObject item=new JsonObject();
        data.add(sd.getId(),item);
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getUrl());
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getName());
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getUserString("String_Node_Str"));
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getKind().toCode());
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getType());
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getBaseDefinition());
        StructureDefinition base=sd.hasBaseDefinition() ? context.fetchResource(StructureDefinition.class,sd.getBaseDefinition()) : null;
        if (base != null) {
          item.addProperty("String_Node_Str",base.getName());
          item.addProperty("String_Node_Str",base.getUserString("String_Node_Str"));
        }
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getStatus().toCode());
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getDate().toString());
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getPublisher());
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getCopyright());
        item.addProperty("String_Node_Str",sd.getDescription());
        if (sd.getContextType() != null)         item.addProperty("String_Node_Str",sd.getContextType().getDisplay());
        if (!sd.getContext().isEmpty()) {
          JsonArray contexts=new JsonArray();
          item.add("String_Node_Str",contexts);
          for (          StringType context : sd.getContext()) {
            contexts.add(new JsonPrimitive(context.asStringValue()));
          }
        }
      }
    }
  }
  for (  FetchedResource r : examples) {
    FetchedResource baseRes=getResourceForUri(r.getExampleUri());
    if (baseRes == null)     throw new Exception("String_Node_Str" + r.getExampleUri() + "String_Node_Str"+ r.getUrlTail());
    baseRes.addExample(r);
  }
  Gson gson=new GsonBuilder().setPrettyPrinting().create();
  String json=gson.toJson(data);
  TextFile.stringToFile(json,Utilities.path(tempDir,"String_Node_Str","String_Node_Str"));
  if (sourceIg.hasPage()) {
    JsonObject pages=new JsonObject();
    addPageDataRow(pages,"String_Node_Str","String_Node_Str","String_Node_Str",breadCrumbForPage(sourceIg.getPage(),true),examples);
    addPageData(pages,sourceIg.getPage(),"String_Node_Str","String_Node_Str",true);
    json=pages.toString();
    TextFile.stringToFile(json,Utilities.path(tempDir,"String_Node_Str","String_Node_Str"));
  }
}