Program: 155912
Project: 155912
Buggy source:
private void processAnnotatedElements(Set<? extends Element> elements) throws IOException {
  info("String_Node_Str" + elements.size() + "String_Node_Str");
  prepareTables(elements);
  for (  Element element : elements) {
    if (element instanceof TypeElement) {
      TypeElement model=(TypeElement)element;
      String modelType=model.getQualifiedName().toString();
      List<VariableElement> fields=getFields(element);
      String entity=StringUtils.capitalize(model.getSimpleName().toString());
      info("String_Node_Str" + entity + "String_Node_Str"+ fields.size()+ "String_Node_Str");
      int index=0;
      final List<Model> columns=new ArrayList<Model>();
      for (      VariableElement field : fields) {
        String columnType=getColumnType(field);
        String fieldType=getAdjustedFieldType(field);
        String fieldName=field.getSimpleName().toString();
        boolean isSubtable=isSubtable(fieldType);
        String subtype=isSubtable ? getSubtableType(field) : null;
        Model column=new Model();
        column.put("String_Node_Str",fieldName);
        column.put("String_Node_Str",columnType);
        column.put("String_Node_Str",fieldType);
        column.put("String_Node_Str",index++);
        column.put("String_Node_Str",isSubtable);
        column.put("String_Node_Str",subtype);
        columns.add(column);
      }
      String packageName="String_Node_Str";
      boolean isNested=isSubtable(modelType);
      Map<String,Object> commonAttr=new HashMap<String,Object>();
      commonAttr.put("String_Node_Str",entity);
      commonAttr.put("String_Node_Str",columns);
      commonAttr.put("String_Node_Str",isNested);
      commonAttr.put("String_Node_Str",packageName);
      commonAttr.put("String_Node_Str",INFO_GENERATED);
      Model table=new Model();
      table.put("String_Node_Str",entity + "String_Node_Str");
      table.putAll(commonAttr);
      Model methodAdd=new Model();
      methodAdd.put("String_Node_Str",columns);
      table.put("String_Node_Str",renderer.render("String_Node_Str",methodAdd));
      Model methodInsert=new Model();
      methodInsert.put("String_Node_Str",columns);
      table.put("String_Node_Str",renderer.render("String_Node_Str",methodInsert));
      String tableContent=renderer.render("String_Node_Str",table);
      writeToFile(packageName,entity + "String_Node_Str",tableContent);
      Model cursor=new Model();
      cursor.put("String_Node_Str",entity);
      cursor.putAll(commonAttr);
      String cursorContent=renderer.render("String_Node_Str",cursor);
      writeToFile(packageName,entity + "String_Node_Str",cursorContent);
      Model view=new Model();
      view.put("String_Node_Str",entity + "String_Node_Str");
      view.putAll(commonAttr);
      String viewContent=renderer.render("String_Node_Str",view);
      writeToFile(packageName,entity + "String_Node_Str",viewContent);
      Model query=new Model();
      query.put("String_Node_Str",entity + "String_Node_Str");
      query.putAll(commonAttr);
      String queryContent=renderer.render("String_Node_Str",query);
      writeToFile(packageName,entity + "String_Node_Str",queryContent);
    }
  }
}

Fixed version (ground truth):
private void processAnnotatedElements(Set<? extends Element> elements) throws IOException {
  logger.info("String_Node_Str" + elements.size() + "String_Node_Str");
  URI uri=filer.getResource(StandardLocation.SOURCE_OUTPUT,"String_Node_Str","String_Node_Str").toUri();
  File file=new File(uri);
  File sourcesPath=file.getParentFile();
  prepareTables(elements);
  for (  Element element : elements) {
    if (element instanceof TypeElement) {
      TypeElement model=(TypeElement)element;
      String modelType=model.getQualifiedName().toString();
      List<VariableElement> fields=getFields(element);
      fieldSorter.sortFields(fields,model,sourcesPath);
      String entity=StringUtils.capitalize(model.getSimpleName().toString());
      logger.info("String_Node_Str" + entity + "String_Node_Str"+ fields.size()+ "String_Node_Str");
      int index=0;
      final List<Model> columns=new ArrayList<Model>();
      for (      VariableElement field : fields) {
        String originalType=fieldType(field);
        String columnType=getColumnType(field);
        String fieldType=getAdjustedFieldType(field);
        String paramType=getParamType(field);
        String fieldName=field.getSimpleName().toString();
        boolean isSubtable=isSubtable(fieldType);
        String subtype=isSubtable ? getSubtableType(field) : null;
        Model column=new Model();
        column.put("String_Node_Str",fieldName);
        column.put("String_Node_Str",columnType);
        column.put("String_Node_Str",originalType);
        column.put("String_Node_Str",fieldType);
        column.put("String_Node_Str",paramType);
        column.put("String_Node_Str",index++);
        column.put("String_Node_Str",isSubtable);
        column.put("String_Node_Str",subtype);
        columns.add(column);
      }
      String packageName="String_Node_Str";
      boolean isNested=isSubtable(modelType);
      Map<String,Object> commonAttr=new HashMap<String,Object>();
      commonAttr.put("String_Node_Str",entity);
      commonAttr.put("String_Node_Str",columns);
      commonAttr.put("String_Node_Str",isNested);
      commonAttr.put("String_Node_Str",packageName);
      commonAttr.put("String_Node_Str",INFO_GENERATED);
      Model table=new Model();
      table.put("String_Node_Str",entity + "String_Node_Str");
      table.putAll(commonAttr);
      Model methodAdd=new Model();
      methodAdd.put("String_Node_Str",columns);
      methodAdd.put("String_Node_Str",entity);
      table.put("String_Node_Str",renderer.render("String_Node_Str",methodAdd));
      Model methodInsert=new Model();
      methodInsert.put("String_Node_Str",columns);
      methodInsert.put("String_Node_Str",entity);
      table.put("String_Node_Str",renderer.render("String_Node_Str",methodInsert));
      String tableContent=renderer.render("String_Node_Str",table);
      writeToFile(packageName,entity + "String_Node_Str",tableContent);
      Model cursor=new Model();
      cursor.put("String_Node_Str",entity);
      cursor.putAll(commonAttr);
      String cursorContent=renderer.render("String_Node_Str",cursor);
      writeToFile(packageName,entity + "String_Node_Str",cursorContent);
      Model view=new Model();
      view.put("String_Node_Str",entity + "String_Node_Str");
      view.putAll(commonAttr);
      String viewContent=renderer.render("String_Node_Str",view);
      writeToFile(packageName,entity + "String_Node_Str",viewContent);
      Model query=new Model();
      query.put("String_Node_Str",entity + "String_Node_Str");
      query.putAll(commonAttr);
      String queryContent=renderer.render("String_Node_Str",query);
      writeToFile(packageName,entity + "String_Node_Str",queryContent);
    }
  }
}