Program: 30578
Project: 30578
Buggy source:
private String makeOptionDescription(final OptionDefinition optionDefinition){
  final StringBuilder sb=new StringBuilder();
  if (optionDefinition.doc.length() > 0) {
    sb.append(optionDefinition.doc);
    sb.append("String_Node_Str");
  }
  if (optionDefinition.optional && !optionDefinition.isCollection) {
    sb.append("String_Node_Str");
    sb.append(optionDefinition.defaultValue);
    sb.append("String_Node_Str");
    if (!optionDefinition.defaultValue.equals("String_Node_Str")) {
      sb.append("String_Node_Str");
    }
  }
 else   if (!optionDefinition.isCollection) {
    sb.append("String_Node_Str");
  }
  Object[] enumConstants=getUnderlyingType(optionDefinition.field).getEnumConstants();
  if (enumConstants == null && getUnderlyingType(optionDefinition.field) == Boolean.class) {
    enumConstants=TRUE_FALSE_VALUES;
  }
  if (enumConstants != null) {
    sb.append("String_Node_Str");
    for (int i=0; i < enumConstants.length; ++i) {
      if (i > 0) {
        sb.append("String_Node_Str");
      }
      sb.append(enumConstants[i].toString());
    }
    sb.append("String_Node_Str");
  }
  if (optionDefinition.isCollection) {
    if (optionDefinition.minElements == 0) {
      if (optionDefinition.maxElements == Integer.MAX_VALUE) {
        sb.append("String_Node_Str");
      }
 else {
        sb.append("String_Node_Str" + optionDefinition.maxElements + "String_Node_Str");
      }
    }
 else     if (optionDefinition.maxElements == Integer.MAX_VALUE) {
      sb.append("String_Node_Str" + optionDefinition.minElements + "String_Node_Str");
    }
 else {
      sb.append("String_Node_Str" + optionDefinition.minElements + "String_Node_Str"+ optionDefinition.maxElements+ "String_Node_Str");
    }
    if (!optionDefinition.defaultValue.equals("String_Node_Str")) {
      sb.append("String_Node_Str");
    }
  }
  if (!optionDefinition.mutuallyExclusive.isEmpty()) {
    sb.append("String_Node_Str");
    for (    final String option : optionDefinition.mutuallyExclusive) {
      final OptionDefinition mutextOptionDefinition=optionMap.get(option);
      if (mutextOptionDefinition == null) {
        throw new PicardException("String_Node_Str" + option + "String_Node_Str");
      }
      sb.append("String_Node_Str").append(mutextOptionDefinition.name);
      if (mutextOptionDefinition.shortName.length() > 0) {
        sb.append("String_Node_Str").append(mutextOptionDefinition.shortName).append("String_Node_Str");
      }
    }
  }
  return sb.toString();
}

Fixed version (ground truth):
private String makeOptionDescription(final OptionDefinition optionDefinition){
  final StringBuilder sb=new StringBuilder();
  if (optionDefinition.doc.length() > 0) {
    sb.append(optionDefinition.doc);
    sb.append("String_Node_Str");
  }
  if (optionDefinition.optional && !optionDefinition.isCollection) {
    sb.append("String_Node_Str");
    sb.append(optionDefinition.defaultValue);
    sb.append("String_Node_Str");
    if (!optionDefinition.defaultValue.equals("String_Node_Str")) {
      sb.append("String_Node_Str");
    }
  }
 else   if (!optionDefinition.isCollection) {
    sb.append("String_Node_Str");
  }
  Object[] enumConstants=getUnderlyingType(optionDefinition.field).getEnumConstants();
  if (enumConstants == null && getUnderlyingType(optionDefinition.field) == Boolean.class) {
    enumConstants=TRUE_FALSE_VALUES;
  }
  if (enumConstants != null) {
    final Boolean isClpEnum=enumConstants.length > 0 && (enumConstants[0] instanceof ClpEnum);
    sb.append("String_Node_Str");
    if (isClpEnum)     sb.append("String_Node_Str");
    for (int i=0; i < enumConstants.length; ++i) {
      if (i > 0 && !isClpEnum) {
        sb.append("String_Node_Str");
      }
      sb.append(enumConstants[i].toString());
      if (isClpEnum) {
        sb.append("String_Node_Str" + ((ClpEnum)enumConstants[i]).getHelpDoc() + "String_Node_Str");
      }
    }
    sb.append("String_Node_Str");
  }
  if (optionDefinition.isCollection) {
    if (optionDefinition.minElements == 0) {
      if (optionDefinition.maxElements == Integer.MAX_VALUE) {
        sb.append("String_Node_Str");
      }
 else {
        sb.append("String_Node_Str" + optionDefinition.maxElements + "String_Node_Str");
      }
    }
 else     if (optionDefinition.maxElements == Integer.MAX_VALUE) {
      sb.append("String_Node_Str" + optionDefinition.minElements + "String_Node_Str");
    }
 else {
      sb.append("String_Node_Str" + optionDefinition.minElements + "String_Node_Str"+ optionDefinition.maxElements+ "String_Node_Str");
    }
    if (!optionDefinition.defaultValue.equals("String_Node_Str")) {
      sb.append("String_Node_Str");
    }
  }
  if (!optionDefinition.mutuallyExclusive.isEmpty()) {
    sb.append("String_Node_Str");
    for (    final String option : optionDefinition.mutuallyExclusive) {
      final OptionDefinition mutextOptionDefinition=optionMap.get(option);
      if (mutextOptionDefinition == null) {
        throw new PicardException("String_Node_Str" + option + "String_Node_Str");
      }
      sb.append("String_Node_Str").append(mutextOptionDefinition.name);
      if (mutextOptionDefinition.shortName.length() > 0) {
        sb.append("String_Node_Str").append(mutextOptionDefinition.shortName).append("String_Node_Str");
      }
    }
  }
  return sb.toString();
}