Program: 12345
Project: 12345
Buggy source:
@Override public void run(){
  List<String> jvmOpts=new ArrayList<String>();
  if (!parent.getConfig().getProperty("String_Node_Str","String_Node_Str").isEmpty()) {
    jvmOpts=Arrays.asList(parent.getConfig().getProperty("String_Node_Str").split("String_Node_Str"));
  }
  String javaBin="String_Node_Str";
  File binDir;
  if (System.getProperty("String_Node_Str").startsWith("String_Node_Str")) {
    binDir=new Path(new File(jrePath)).resolve("String_Node_Str").toFile();
  }
 else {
    binDir=new Path(new File(jrePath)).resolve("String_Node_Str").toFile();
  }
  if (binDir.exists()) {
    javaBin=new Path(binDir).resolve("String_Node_Str").toString();
  }
  List<String> args=new ArrayList<String>();
  if (!parent.getConfig().getProperty("String_Node_Str","String_Node_Str").isEmpty()) {
    args.add(parent.getConfig().getProperty("String_Node_Str"));
  }
  args.add(javaBin);
  args.add("String_Node_Str");
  args.add("String_Node_Str");
  args.add("String_Node_Str");
  if (System.getProperty("String_Node_Str").startsWith("String_Node_Str")) {
    args.add("String_Node_Str" + server.getName());
  }
  args.addAll(jvmOpts);
  args.add("String_Node_Str" + this.minMem);
  args.add("String_Node_Str" + this.maxMem);
  args.add("String_Node_Str");
  args.add(MCUpdater.getJarFile().toString());
  args.add("String_Node_Str");
  args.add(session.getUserName());
  args.add(session.getSessionId());
  args.add(server.getName());
  args.add(MCUpdater.getInstance().getInstanceRoot().resolve(server.getServerId()).toString());
  args.add(MCUpdater.getInstance().getInstanceRoot().resolve(server.getServerId()).resolve("String_Node_Str").toString());
  args.add((server.getIconUrl().equals("String_Node_Str")) ? "String_Node_Str" : server.getIconUrl());
  args.add(parent.getConfig().getProperty("String_Node_Str"));
  args.add(parent.getConfig().getProperty("String_Node_Str"));
  args.add(server.getAddress());
  if (!Version.isMasterBranch()) {
    parent.log("String_Node_Str");
    Iterator<String> itArgs=args.iterator();
    while (itArgs.hasNext()) {
      String entry=itArgs.next();
      parent.log(entry);
    }
  }
  ProcessBuilder pb=new ProcessBuilder(args);
  parent.baseLogger.fine("String_Node_Str" + System.getProperty("String_Node_Str"));
  if (System.getProperty("String_Node_Str").startsWith("String_Node_Str")) {
    if (new Path(new File(jrePath)).resolve("String_Node_Str").resolve("String_Node_Str").toFile().exists()) {
      pb.environment().put("String_Node_Str",new Path(new File(jrePath)).resolve("String_Node_Str").resolve("String_Node_Str").toString());
    }
 else {
      pb.environment().put("String_Node_Str",new Path(new File(jrePath)).resolve("String_Node_Str").resolve("String_Node_Str").toString());
    }
  }
  pb.redirectErrorStream(true);
  BufferedWriter buffWrite=null;
  try {
    buffWrite=new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(new FileOutputStream(output)));
  }
 catch (  FileNotFoundException e) {
    parent.baseLogger.log(Level.SEVERE,"String_Node_Str",e);
  }
  try {
    task=pb.start();
    BufferedReader buffRead=new BufferedReader(new InputStreamReader(task.getInputStream()));
    String line;
    buffRead.mark(1024);
    final String firstLine=buffRead.readLine();
    setReady();
    if (firstLine == null || firstLine.startsWith("String_Node_Str") || firstLine.startsWith("String_Node_Str")) {
      parent.baseLogger.severe("String_Node_Str");
      StringBuilder err=new StringBuilder(firstLine);
      while ((line=buffRead.readLine()) != null) {
        err.append('\n');
        err.append(line);
        parent.baseLogger.severe(line);
      }
      JOptionPane.showMessageDialog(null,err);
    }
 else {
      buffRead.reset();
      minimizeFrame();
      parent.baseLogger.info("String_Node_Str");
      int counter=0;
      while ((line=buffRead.readLine()) != null) {
        if (buffWrite != null) {
          buffWrite.write(line);
          buffWrite.newLine();
          counter++;
          if (counter >= 20) {
            buffWrite.flush();
            counter=0;
          }
        }
 else {
          parent.baseLogger.fine(line);
        }
        if (line.length() > 0) {
          Style lineStyle=null;
          if (line.contains("String_Node_Str")) {
            lineStyle=console.warnStyle;
          }
          if (line.contains("String_Node_Str")) {
            lineStyle=console.errorStyle;
          }
          console.log(line,lineStyle);
          parent.baseLogger.info(line);
        }
      }
    }
    buffWrite.flush();
    buffWrite.close();
    restoreFrame();
    parent.baseLogger.info("String_Node_Str" + (forceKilled ? "String_Node_Str" : "String_Node_Str"));
  }
 catch (  IOException ioe) {
    parent.baseLogger.log(Level.SEVERE,"String_Node_Str",ioe);
  }
}

Fixed version (ground truth):
@Override public void run(){
  List<String> jvmOpts=new ArrayList<String>();
  if (!parent.getConfig().getProperty("String_Node_Str","String_Node_Str").isEmpty()) {
    jvmOpts=Arrays.asList(parent.getConfig().getProperty("String_Node_Str").split("String_Node_Str"));
  }
  String javaBin="String_Node_Str";
  File binDir;
  if (System.getProperty("String_Node_Str").startsWith("String_Node_Str")) {
    binDir=new Path(new File(jrePath)).resolve("String_Node_Str").toFile();
  }
 else {
    binDir=new Path(new File(jrePath)).resolve("String_Node_Str").toFile();
  }
  if (binDir.exists()) {
    javaBin=new Path(binDir).resolve("String_Node_Str").toString();
  }
  List<String> args=new ArrayList<String>();
  if (!parent.getConfig().getProperty("String_Node_Str","String_Node_Str").isEmpty()) {
    args.add(parent.getConfig().getProperty("String_Node_Str"));
  }
  args.add(javaBin);
  args.add("String_Node_Str");
  args.add("String_Node_Str");
  args.add("String_Node_Str");
  if (System.getProperty("String_Node_Str").startsWith("String_Node_Str")) {
    args.add("String_Node_Str" + server.getName());
  }
  args.addAll(jvmOpts);
  args.add("String_Node_Str" + this.minMem);
  args.add("String_Node_Str" + this.maxMem);
  args.add("String_Node_Str");
  args.add(MCUpdater.getJarFile().toString());
  args.add("String_Node_Str");
  args.add(session.getUserName());
  args.add(session.getSessionId());
  args.add(server.getName());
  args.add(MCUpdater.getInstance().getInstanceRoot().resolve(server.getServerId()).toString());
  args.add(MCUpdater.getInstance().getInstanceRoot().resolve(server.getServerId()).resolve("String_Node_Str").toString());
  args.add((server.getIconUrl().equals("String_Node_Str")) ? "String_Node_Str" : server.getIconUrl());
  args.add(parent.getConfig().getProperty("String_Node_Str"));
  args.add(parent.getConfig().getProperty("String_Node_Str"));
  args.add(server.getAddress());
  if (!Version.isMasterBranch()) {
    parent.log("String_Node_Str");
    Iterator<String> itArgs=args.iterator();
    while (itArgs.hasNext()) {
      String entry=itArgs.next();
      parent.log(entry);
    }
  }
  ProcessBuilder pb=new ProcessBuilder(args);
  parent.baseLogger.fine("String_Node_Str" + System.getProperty("String_Node_Str"));
  if (System.getProperty("String_Node_Str").startsWith("String_Node_Str")) {
    if (new Path(new File(jrePath)).resolve("String_Node_Str").resolve("String_Node_Str").toFile().exists()) {
      pb.environment().put("String_Node_Str",new Path(new File(jrePath)).resolve("String_Node_Str").resolve("String_Node_Str").toString());
    }
 else {
      pb.environment().put("String_Node_Str",new Path(new File(jrePath)).resolve("String_Node_Str").resolve("String_Node_Str").toString());
    }
  }
  pb.redirectErrorStream(true);
  BufferedWriter buffWrite=null;
  try {
    buffWrite=new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(new FileOutputStream(output)));
  }
 catch (  FileNotFoundException e) {
    parent.baseLogger.log(Level.SEVERE,"String_Node_Str",e);
  }
  try {
    task=pb.start();
    BufferedReader buffRead=new BufferedReader(new InputStreamReader(task.getInputStream()));
    String line;
    buffRead.mark(1024);
    final String firstLine=buffRead.readLine();
    setReady();
    if (firstLine == null || firstLine.startsWith("String_Node_Str") || firstLine.startsWith("String_Node_Str")) {
      parent.baseLogger.severe("String_Node_Str");
      StringBuilder err=new StringBuilder(firstLine);
      while ((line=buffRead.readLine()) != null) {
        err.append('\n');
        err.append(line);
        parent.baseLogger.severe(line);
      }
      JOptionPane.showMessageDialog(null,err);
    }
 else {
      buffRead.reset();
      minimizeFrame();
      parent.baseLogger.info("String_Node_Str");
      int counter=0;
      while ((line=buffRead.readLine()) != null) {
        if (buffWrite != null) {
          buffWrite.write(line);
          buffWrite.newLine();
          counter++;
          if (counter >= 20) {
            buffWrite.flush();
            counter=0;
          }
        }
 else {
          parent.baseLogger.fine(line);
        }
        if (line.length() > 0) {
          Style lineStyle=null;
          if (line.contains("String_Node_Str")) {
            lineStyle=console.warnStyle;
          }
          if (line.contains("String_Node_Str")) {
            lineStyle=console.errorStyle;
          }
          console.log(line + "String_Node_Str",lineStyle);
        }
      }
    }
    buffWrite.flush();
    buffWrite.close();
    restoreFrame();
    parent.baseLogger.info("String_Node_Str" + (forceKilled ? "String_Node_Str" : "String_Node_Str"));
  }
 catch (  IOException ioe) {
    parent.baseLogger.log(Level.SEVERE,"String_Node_Str",ioe);
  }
}