Program: 38767
Project: 38767
Buggy source:
@Override public void runCommand(CommandSender sender,List<String> args){
  if (args.size() == 1) {
    if (args.get(0).equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      String[] allProps=PortalConfigProperty.getAllValues().split("String_Node_Str");
      String currentvals="String_Node_Str";
      for (      String prop : allProps) {
        currentvals+=ChatColor.GREEN;
        currentvals+=prop;
        currentvals+=ChatColor.WHITE;
        currentvals+="String_Node_Str";
        currentvals+=ChatColor.GOLD;
        currentvals+=this.plugin.getMainConfig().get(prop,"String_Node_Str");
        currentvals+=ChatColor.WHITE;
        currentvals+="String_Node_Str";
      }
      sender.sendMessage(currentvals.substring(0,currentvals.length() - 2));
      return;
    }
  }
  if (args.get(0).equalsIgnoreCase("String_Node_Str") || args.get(0).equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
    if (args.size() == 1) {
      sender.sendMessage(ChatColor.AQUA + args.get(0) + ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str"+ ChatColor.GREEN+ this.plugin.getMainConfig().get(args.get(0).toLowerCase()));
      return;
    }
 else {
      try {
        this.plugin.getMainConfig().set(args.get(0).toLowerCase(),Integer.parseInt(args.get(1)));
      }
 catch (      NumberFormatException e) {
        sender.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + ChatColor.AQUA+ args.get(0)+ ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str");
        return;
      }
    }
  }
 else {
    PortalConfigProperty property=null;
    try {
      property=PortalConfigProperty.valueOf(args.get(0).toLowerCase());
    }
 catch (    IllegalArgumentException e) {
      sender.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + ChatColor.AQUA+ args.get(0)+ ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str"+ ChatColor.AQUA+ args.get(0));
      sender.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str");
      sender.sendMessage(ConfigProperty.getAllValues());
      return;
    }
    if (property != null) {
      try {
        this.plugin.getMainConfig().set(args.get(0).toLowerCase(),Boolean.parseBoolean(args.get(1)));
      }
 catch (      Exception e) {
        sender.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + ChatColor.AQUA+ args.get(0)+ ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str");
        return;
      }
    }
  }
  if (this.plugin.saveMainConfig()) {
    sender.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str");
    this.plugin.loadConfig();
  }
 else {
    sender.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str");
  }
}

Fixed version (ground truth):
@Override public void runCommand(CommandSender sender,List<String> args){
  if (args.size() == 1) {
    if (args.get(0).equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      String[] allProps=PortalConfigProperty.getAllValues().split("String_Node_Str");
      String currentvals="String_Node_Str";
      for (      String prop : allProps) {
        currentvals+=ChatColor.GREEN;
        currentvals+=prop;
        currentvals+=ChatColor.WHITE;
        currentvals+="String_Node_Str";
        currentvals+=ChatColor.GOLD;
        currentvals+=this.plugin.getMainConfig().get(prop,"String_Node_Str");
        currentvals+=ChatColor.WHITE;
        currentvals+="String_Node_Str";
      }
      sender.sendMessage(currentvals.substring(0,currentvals.length() - 2));
      return;
    }
  }
  if (args.get(0).equalsIgnoreCase("String_Node_Str") || args.get(0).equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
    if (args.size() == 1) {
      sender.sendMessage(ChatColor.AQUA + args.get(0) + ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str"+ ChatColor.GREEN+ this.plugin.getMainConfig().get(args.get(0).toLowerCase()));
      return;
    }
 else {
      try {
        this.plugin.getMainConfig().set(args.get(0).toLowerCase(),Integer.parseInt(args.get(1)));
      }
 catch (      NumberFormatException e) {
        sender.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + ChatColor.AQUA+ args.get(0)+ ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str");
        return;
      }
    }
  }
 else {
    PortalConfigProperty property=null;
    try {
      property=PortalConfigProperty.valueOf(args.get(0).toLowerCase());
    }
 catch (    IllegalArgumentException e) {
      sender.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + ChatColor.AQUA+ args.get(0)+ ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str"+ ChatColor.AQUA+ args.get(0));
      sender.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str");
      sender.sendMessage(PortalConfigProperty.getAllValues());
      return;
    }
    if (property != null) {
      try {
        this.plugin.getMainConfig().set(args.get(0).toLowerCase(),Boolean.parseBoolean(args.get(1)));
      }
 catch (      Exception e) {
        sender.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + ChatColor.AQUA+ args.get(0)+ ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str");
        return;
      }
    }
  }
  if (this.plugin.saveMainConfig()) {
    sender.sendMessage(ChatColor.GREEN + "String_Node_Str" + ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str");
    this.plugin.loadConfig();
  }
 else {
    sender.sendMessage(ChatColor.RED + "String_Node_Str" + ChatColor.WHITE+ "String_Node_Str");
  }
}