Program: 39741
Project: 39741
Buggy source:
/** 
 * @param args
 * @throws ParseException
 */
public static void main(String[] args) throws ParseException {
  Set<Metric> metrics=new HashSet<Metric>();
  if (args.length == 1) {
    if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      printHelp();
      System.exit(0);
    }
  }
  for (  String s : args) {
    if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      sampling.add(s.substring(9));
    }
 else     if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      net.add(s.substring(8));
    }
 else     if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      scaledown.add(Double.parseDouble(s.substring(10)));
    }
 else     if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      size.add(Integer.parseInt(s.substring(5)));
    }
 else     if (s.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      metrics.add(new DegreeDistribution());
    }
 else     if (s.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      metrics.add(new ClusteringCoefficient());
    }
 else     if (s.equalsIgnoreCase("String_Node_Str") || s.equalsIgnoreCase("String_Node_Str") || s.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      metrics.add(new ShortestPaths());
    }
 else     if (s.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      metrics.add(new BetweennessCentrality());
    }
 else     if (s.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      metrics.add(new PageRank());
    }
 else     if (s.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      metrics.add(new Assortativity());
    }
 else     if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      suffix=s.substring(7);
    }
 else     if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      String seq=s.substring(4);
      String[] se=seq.split("String_Node_Str");
      startIndex.add(Integer.parseInt(se[0]));
      endIndex.add(Integer.parseInt(se[1]));
    }
 else     if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      targetdir=s.substring(7);
      File f=new File(targetdir);
      if (!f.isDirectory()) {
        f.mkdir();
      }
    }
 else     if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      plotdir=s.substring(8);
      File f=new File(plotdir);
      if (!f.isDirectory()) {
        f.mkdir();
      }
    }
 else     if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      if (s.equals("String_Node_Str")) {
        aggregate=true;
      }
 else {
        aggregate=false;
      }
    }
 else     if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      dirs.add(s.substring(8));
    }
 else {
      printHelp();
      System.exit(0);
    }
  }
  Collection<Network> rfc=new ArrayList<Network>();
  for (int i=0; i < dirs.size(); i++) {
    String d=dirs.get(i);
    name=net.get(i) + "String_Node_Str" + sampling.get(i)+ "String_Node_Str"+ size.get(i)+ "String_Node_Str"+ scaledown.get(i);
    ReadableFolder rf=new ReadableFolder(name,"String_Node_Str",d,suffix,null);
    DescriptionWrapper dwrf=new DescriptionWrapper(rf,name);
    rfc.add(dwrf);
  }
  Network[] rfa=rfc.toArray(new Network[0]);
  if (!aggregate) {
    Config.overwrite("String_Node_Str","String_Node_Str");
    Config.overwrite("String_Node_Str","String_Node_Str");
    Series[] series=new Series[rfa.length];
    for (int i=0; i < rfa.length; i++) {
      Config.overwrite("String_Node_Str",targetdir + net.get(i) + sampling.get(i)+ rfa[i].getNodes()+ "String_Node_Str");
      series[i]=Series.generate(rfa[i],metrics.toArray(new Metric[0]),startIndex.get(i),endIndex.get(i));
    }
  }
 else {
    Config.overwrite("String_Node_Str","String_Node_Str");
    Series[] series=new Series[rfa.length];
    for (int i=0; i < rfa.length; i++) {
      Config.overwrite("String_Node_Str",targetdir + net.get(i) + sampling.get(i)+ rfa[i].getNodes()+ "String_Node_Str");
      series[i]=Series.generate(rfa[i],metrics.toArray(new Metric[0]),startIndex.get(i),endIndex.get(i));
    }
    Config.overwrite("String_Node_Str",plotdir + "String_Node_Str");
    Config.overwrite("String_Node_Str",plotdir + "String_Node_Str");
    Plotting.single(series,metrics.toArray(new Metric[0]),"String_Node_Str",Type.confidence1,Style.candlesticks);
    Plotting.multi(series,metrics.toArray(new Metric[0]),"String_Node_Str",Type.confidence1,Style.candlesticks);
  }
}

Fixed version (ground truth):
/** 
 * @param args
 * @throws ParseException
 */
public static void main(String[] args) throws ParseException {
  Set<Metric> metrics=new HashSet<Metric>();
  if (args.length == 1) {
    if (args[0].equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      printHelp();
      System.exit(0);
    }
  }
  for (  String s : args) {
    if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      sampling.add(s.substring(9));
    }
 else     if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      net.add(s.substring(8));
    }
 else     if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      scaledown.add(Double.parseDouble(s.substring(10)));
    }
 else     if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      size.add(Integer.parseInt(s.substring(5)));
    }
 else     if (s.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      metrics.add(new DegreeDistribution());
    }
 else     if (s.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      metrics.add(new ClusteringCoefficient());
    }
 else     if (s.equalsIgnoreCase("String_Node_Str") || s.equalsIgnoreCase("String_Node_Str") || s.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      metrics.add(new ShortestPaths());
    }
 else     if (s.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      metrics.add(new BetweennessCentrality());
    }
 else     if (s.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      metrics.add(new PageRank());
    }
 else     if (s.equalsIgnoreCase("String_Node_Str")) {
      metrics.add(new Assortativity());
    }
 else     if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      suffix=s.substring(7);
    }
 else     if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      String seq=s.substring(4);
      String[] se=seq.split("String_Node_Str");
      startIndex.add(Integer.parseInt(se[0]));
      endIndex.add(Integer.parseInt(se[1]));
    }
 else     if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      targetdir=s.substring(7);
      File f=new File(targetdir);
      if (!f.isDirectory()) {
        f.mkdir();
      }
    }
 else     if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      plotdir=s.substring(8);
      File f=new File(plotdir);
      if (!f.isDirectory()) {
        f.mkdir();
      }
    }
 else     if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      if (s.equals("String_Node_Str")) {
        aggregate=true;
      }
 else {
        aggregate=false;
      }
    }
 else     if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      if (s.equals("String_Node_Str")) {
        skipping="String_Node_Str";
      }
 else {
        skipping="String_Node_Str";
      }
    }
 else     if (s.startsWith("String_Node_Str")) {
      dirs.add(s.substring(8));
    }
 else {
      printHelp();
      System.exit(0);
    }
  }
  Collection<Network> rfc=new ArrayList<Network>();
  for (int i=0; i < dirs.size(); i++) {
    String d=dirs.get(i);
    name=net.get(i) + "String_Node_Str" + sampling.get(i).trim()+ "String_Node_Str"+ size.get(i)+ "String_Node_Str"+ scaledown.get(i);
    ReadableFolder rf=new ReadableFolder(name,net.get(0),d,suffix,null);
    DescriptionWrapper dwrf=new DescriptionWrapper(rf,name);
    rfc.add(dwrf);
  }
  Network[] rfa=rfc.toArray(new Network[0]);
  if (!aggregate) {
    Config.overwrite("String_Node_Str",skipping);
    Config.overwrite("String_Node_Str","String_Node_Str");
    Series[] series=new Series[rfa.length];
    for (int i=0; i < rfa.length; i++) {
      Config.overwrite("String_Node_Str",targetdir + net.get(i) + "String_Node_Str"+ sampling.get(i)+ "String_Node_Str"+ rfa[i].getNodes()+ "String_Node_Str");
      series[i]=Series.generate(rfa[i],metrics.toArray(new Metric[0]),startIndex.get(i),endIndex.get(i));
    }
  }
 else {
    Config.overwrite("String_Node_Str","String_Node_Str");
    Series[] series=new Series[rfa.length];
    for (int i=0; i < rfa.length; i++) {
      Config.overwrite("String_Node_Str",targetdir + net.get(i) + "String_Node_Str"+ sampling.get(i)+ "String_Node_Str"+ rfa[i].getNodes()+ "String_Node_Str");
      series[i]=Series.generate(rfa[i],metrics.toArray(new Metric[0]),startIndex.get(i),endIndex.get(i));
    }
    Config.overwrite("String_Node_Str",plotdir + "String_Node_Str");
    Config.overwrite("String_Node_Str",plotdir + "String_Node_Str");
    Plotting.single(series,metrics.toArray(new Metric[0]),"String_Node_Str",Type.confidence1,Style.candlesticks);
    Plotting.multi(series,metrics.toArray(new Metric[0]),"String_Node_Str",Type.confidence1,Style.candlesticks);
  }
}