1453-ին օսմանյան Մահմեդ II սուլթանը գրավում է Կոստանդնուպոլիսը, այն հռչակում է իր կայսրության մայրաքաղաք, բայց, բարեբախտաբար, Այա Սոֆիան չի ավերում: Տաճարի շուրջը չորս մինարեթներ են կառուցվում, ներսում, հետեւելով Ղուրանի պատվիրաններին, ներկով փակվում են որմնանկարների մարդկային դեմքերը, Մեքքայի ուղղությունը ցույց տվող, մզկիթի մուտքի նմանվող դրվագազարդ մի շինվածք է տեղադրվում տաճարի ներսում, Ղուրանի սուրահներից մեջբերումներով մի քանի ցուցատախտակներ են ամրացվում տաճարի միջնասյուներին, եւ կարծես վերջ՝ տաճարն սկսում է ծառայել իբրեւ մզկիթ: Եվ այդպես շուրջ հինգ հարյուր տարի, մինչեւ 1932թ., երբ Այա Սոֆիան վերածվում է թանգարանի: