Մխիթարյանը իր կարիերան սկսել է Երևանի «Փյունիկում»: «Փյունիկում» նա անցկացրեց երեք ու կես տարի, խաղալով 89 խաղ, խփելով 35 գնդակ: Այդ ժամանակաընթացքում նա 3 անգամ դարձավ Հայաստանի Բարձրագույն խմբի ոսկե մեդալակիր, 1 անգամ արժանացավ Հայաստանի Անկախության Գավաթին, և 2 անգամ Հակոբ Տոնոյանի անվան Սուպերգավաթին: Փյունիկում և ազգային հավաքականներում իր հաջող ելույթների համար Մխիթարյանը արժանացավ 2009 թվականի «Հայաստանի լավագույն ֆուտբոլիստ» տիտղոսին: