2. Գլխավոր վարչության ընդհանուր ղեկավարումն իրականացնում է Հայաստանի Հանրապետության ազգային անվտանգության հանրապետական մարմնի ղեկավարը: Գլխավոր վարչության անմիջական ղեկավարումն իրականացնում է Գլխավոր վարչության պետը, որին պաշտոնի նշանակում և պաշտոնից ազատում է վարչապետը` Հայաստանի Հանրապետության ազգային անվտանգության հանրապետական մարմնի ղեկավարի ներկայացմամբ: Գլխավոր վարչության պետի պաշտոնն ազգային անվտանգության մարմիններում ծառայողների գլխավոր խմբի պաշտոն է: