Զաքարյանի երաժշտական լեզուն մոտ է հայ ժողովրդական երգի ակունքներին։ Հեղինակ է «Պիոներիա» բալետի (1937), «Մարջան» (1939, բեմականացում 1941) և «Աղասի» (ըստ Խաչատուր Աբովյանի, 1954) օպերաների, Հովհաննես Հովհաննիսյանի և Վահան Տերյանի խոսքերով ռոմանսաշարերի, ջութակի, թավջութակի սոնատների, դաշնամուրային տրիոյի, այլ գործիքային, նվագախմբային և վոկալ-նվագախմբային երկերի։