1943 թ. Ա. Ի. Ալիխանովին Լենինգրադի ֆիզիկատեխնիկական ինստիտուտից տեղափոխում են Մոսկվա` ՍՍՀՄ ԳԱ № 2 լաբորատորիա, որտեղ Ի. Վ. Կուրչատովի ղեկավարությամբ աշխատանքներ էին ծավալվել ատոմային էներգիային տիրապետելու ուղղությամբ: 1945 թ. դեկտեմբերին միջուկային ռեակտորների և միջուկային ֆիզիկայի գծով հետազոտությունների զարգացման նպատակով Ա. Ի. Ալիխանովը կազմակերպում է նոր գիտական կենտրոն` ՍՍՀՄ ԳԱ № 3 լաբորատորիան (1949 թ.-ից` ՍՍՀՄ ԳԱ ջերմատեխնիկական լաբորատորիա, իսկ 1957թ.-ից` Տեսական և փորձարարական ֆիզիկայի ինստիտուտ): Նրա գլխավորած ինստիտուտը, գրեթե քառորդ դարի ընթացքում (1945-1968), դարձավ ֆիզիկայի առաջատար կենտրոններից մեկը մեր երկրում: