Թիրախ սպիտակուցը պրոտեասոմայով քայքայելու համար, այն պետք է նշվի փոքր սպիտակուցով՝ ուբիկվիտինով: Ուբիկվիտինի միացումը կատալիզում է ուբիքվիտինլիգազը։ Ուբիքվիտինի առաջին մոլեկուլի միացումը լիգազի համար ազդանշան է մյուս մոլեկուլների միացման համար։ Արդյունքում սպիտակուցին միանում է պոլիուբիքվիտինային շղթա, որը միանում է պորտեասոմայի հետ և ապահովում թիրախ-սպիտակուցի ճեղքումը[59][60]: Այս համակարգն անվանվում է ուբիքվիտին-կախյալ սպիտակուցների դեգրադացում։ Ներբջջային սպիտակուցի 80-90%-ը դեգրադացվում է պրոտեասոմաների միջոցով։