ՀԱԷԿ-ի միջուկային նյութերի ֆիզիկական պաշտպանության համակարգը տեխնիկական ու կազմակերպական միջոցառումների համալիր է, որը պետք է բավարարի «Խաղաղ նպատակներով ատոմային էներգիայի անվտանգ օգտագործման մասին» Հայաստանի Հանրապետության օրենքով միջուկային նյութերի ֆիզիկական պաշտպանությանը ներկայացվող պահանջները, ինչպես նաև` կանխի Հայաստանի Հանրապետությանը տնտեսական վնաս հասցնելու նպատակով ՀԱԷԿ-ը երկար ժամանակով շարքից հանելը: