Վերջապես, 1521 թվականի մարտի 6-ին հասել են Մարիանյան կղզիներին, որտեղ գտել են առատ սնունդ ու ջուր[13][14], բայց դրանք ձեռք բերելու համար ստիպված են եղել կռվի բռնվել տեղաբնիկների հետ: Երեք օր անց շարունակել են ճանապարհորդությունը և մարտի 16-ին հասել Ֆիլիպինյան կղզիներից Հոմոնհոն կղզուն: Այդ ժամանակ Մագելանի հրանատարության ներքո սկզբնական 237 մարդկանցից մնացել էին ընդամենը 150-ը: Մագելանը ընծաներ է փոխանակել կղզու արքայիկի՝ Կա Լամբոյի հետ, որը նրան հրավիրել է Ցեբու կղզի, որտեղ նրան դիմավորել է Ռադհա Հումաբոն արքան: Վերջինս, իր ընտանիքի ու զորքի հետ միասին,կարճ ժամանակ անց քրիստոնեություն է ընդունել, ճանաչել Իսպանիայի թագավորի գերիշխանությունը:[15]. Դրա դիմաց Մագելանը խոստացել է նրան օգնել հարևան մաքթան թշնամի ցեղի դեմ կռվում: Ապրիլի 27-ին նա զոհվել է այդ մարտում՝ վիրավորվելով թունավոր նետից:[16]. Անձնակազմը ջանացել է հրամանատարի դիակը ստանալ հակառակորդից, բայց արդյունքի չհասնելով՝ շարունակել է ճանապարհը դեպի Բոռնեո, այնուհետև՝ դեպի Մոլուքյան կղզիներ, որտեղ նավերը բեռնել են Իսպանիայի թագավորի համար նախատեսված համեմունքներով: