Քիմիական ռեակցիաների ընթացքում մի տեսակի մոլեկուլները փոխարկվում են այլ տեսակի մոլեկուլների։ Տարբեր նյութերի մոլեկուլները տարբերվում են որակական և քանակական բաղադրությամբ, զանգվածով, կառուցվածքով, ատոմների փոխադարձ դասավորությամբ, ատոմների միջև քիմիական կապի բնույթով և հատկություններով։