Խաչիկ Բաղդասարովի գիտական գործունեությունը սկսվել է ասպիրանտական տարիներից՝ Ռուսաստանի գիտությունների ակադեմիայի բյուրեղագրաֆիայի ինստիտուտում, ինստիտուտի տնօրեն, ակադեմիկոս Ա.Վ. Շուբնիկովի ղեկավարությամբ, որտեղ նա ընդունվել էր 1953թ.: Նրա թեկնածուական թեզը, որը նա պաշտպանել է 1957թ., թույլ է տվել որոշել ուլտրաձայնի ազդեցության բնույթը բյուրեղացման վրա, մշակել ինքնատիպ մեթոդ՝ որոշելու մոնոբյուրեղներում դիսլոկացիաները, և հայտնաբերել ցինկի մոնոբյուրեղների ամրացման էֆեկտը ուլտրաձայնային դաշտում դրանց աճեցման ընթացքում: