Շատ պացիենտների հետաքրքրում է, թե անվտանգ է արդյո՞ք ՄՌՏ հետազոտությունը: Պատասխանը միանշանակ է՝ այո,՛ անվտանգ է: Համեմատած այն հետազոտությունների հետ, որոնք կատարվում են ճառագայթների ազդեցությամբ, ՄՌՏ հետազոտությունը անվտանգ է, քանի որ կատարվում է մագնիսական դաշտի ազդեցության տակ: Այսինքն՝ այն պացիենտները, ովքեր կարիք ունեն կարճ ժամանակահատվածում մի քանի անգամ անցնել ՄՌՏ հետազոտություն, ոչ մի սահմանափակում չունեն: Այն պացիենտները, ովքեր ունեցել են այս կամ այն տիպի խնդիրներ, վիրահատվել են, կամ ստացել են տարբեր տիպի բուժական միջոցառումներ, կարիք ունեն կրկնակի կամ եռակի հետազոտությունների՝ անցած բուժման կուրսի արդյունավետությունը գնահատելու համար, կրկին սահմանափակում չունեն: