1920-ին Հայաստանում խորհրդային կարգերի հաստատումով չափազանց ծանր պայմաններ են ստեղծվել ամենայն հայոց կաթողիկոսության համար: Ստալինյան հակաեկեղեցական հալածանքների շրջանում Մայր աթոռն ամփոփվել է միայն Ս. Էջմիածնի վանքի պատերի մեջ, կտրվել է կապը Հայ եկեղեցու թեմերից, նվիրապետական աթոռներից և հավատացյալներից: Իշխանությունը հաշվեհարդար է տեսել հոգևորականների հետ, փակել, ավերել հարյուրավոր եկեղեցիներ, խլել եկեղեցական կալվածքներն ու ունեցվածքի մեծ մասը: Մայր աթոռն անշքացել է, Ս. Էջմիածնի միաբանական կյանքը՝ դադարել, և ամենայն հայոց կաթողիկոսության վրա կախվել է վերանալու սպառնալիքը: 1938-ին Ամենայն հայոց կաթողիկոս Խորեն Ա Մուրադբեկյանի՝ կասկածելի հանգամանքներում վախճանից հետո, մինչև 1945-ը, կաթողիկոսական գահը մնացել է թափուր: