Ազգային ժողովը Ս. Էջմիածինի մէջ կաթողիկոս ընտրեց Կիրակոս Վիրապեցին, մինչ Կիլիկիոյ կաթողիկոսն էր Գրիգոր Թ. Մուսաբէկեանց (1439-1446)։ Հետեւաբար, 1441 թուականէն սկսեալ, Հայց. Եկեղեցին ունեցաւ զոյգ կաթողիկոսութիւններ, համահաւասար իրաւասութիւններով եւ թեմական անկախ կազմակերպութիւններով։ Անշուշտ մինչեւ Հայոց Մեծ Եղեռնի օրերը, Կիլիկիոյ Կաթողիկոսութիւնը քաղաքական աննպաստ եւ դժուարին պայմաններու ներքեւ, հերոսական ճիգերով կրցաւ տոկալ, գոյատեւել ու շարունակեց ծառայել հայ ժողովուրդի հոգեւոր եւ ազգային կարիքներուն, մինչեւ 1921 թուական, երբ ֆրանսական զօրքերը լքեցին ու պարպեցին Կիլիկիան։ Կիլիկեցիք, գաղթական ժողովուրդով եւ կաթողիկոսով, հայրենիքը թողուցին եւ մեծ մասամբ հաստատուեցան Լիբանանի ու Սուրիոյ մէջ։ Գահ ու հայրենիք կորսնցուցած վշտահար ու գաղթական Սահակ Բ. Խապայեան կաթողիկոս ի վերջոյ որոշեց Սիսի Աթոռը Լիբանանի արուարձաններէն՝ Անթիլիաս աւանի մէջ վերահաստատել 1930 թուականին։ Այնուհետեւ, նոր դարաշրջան մը բացուեցաւ ի սփիւռս ցրուած հայ ժողովուրդի պատմութեան մէջ, հայահաւաքէ ու որբահաւաքէ ետք, Ս. Աթոռը ոգի ի բռին նուիրուեցաւ թեմերու կազմակերպութեան եւ զօրացման։