Բացի ադենինից (A), ցիտոզինից (C), գուանինից (G), թիմինից (T) և ուրացիլից (U) ԴՆԹ-ն և ՌՆԹ-ն պարունակում են նաև այնպիսի ազոտային հիմքեր, որոնք առաջացել են նուկլեինաթթվի վերջնական մոլեկուլի ձևափոխման պատճառով։ ԴՆԹ-ում ամենահաճախ հանդիպող ձևափոխված ազոտային հիմքը 5-մեթիլցիտոզինն (m5C) է։ ՌՆԹ-ում հանդիպում են մի շարք այլ ազոտային հիմքեր, ինչպիսիք են պսևդոուրիդինը (Ψ), դիհիդրոուրիդինը (D), ինոզինը (I) և 7-մեթիլգուանոզինը (m7G)[1][2]։