1221 թվականին Կոտման գետի մոտ տեղի ունեցած ճակատամարտում հայ-վրացական միացյալ ուժերը պարտություն կրեցին, որից հետո մոնղոլները սկսեցին ասպատակել Հայաստանն ու Վրաստանը։ Երկրորդ արշավանքի ժամանակ թաթարներին հաջողվեց գրավել նաև Արցախը[17]։ Եվ չնայած իշխանությունները կորցրել էին իրենց ինքնավարությունը, ժողովուդը շարունակում էր համառ դիմադրություն ցուցաբերել։ Իրավիճակն ավելի բարդացավ, երբ մոնղոլները՝ Ղազան խանի օրոք, պաշտոնապես ընդունեցին իսլամը։ Ազգային և սոցիալական ճնշումներին գումարվեցին կրոնական հալածանքները։ 1386 թվականին թուրքմենների առաջնորդ Լենկ-Թեմուրը, գրավելով Թավրիզն, անցնում է Արաքսը և մտնում Սյունիք, իսկ այնուհետև նրա զորքերը ներխուժում են Արցախ՝ գրավում Վերին Խաչենը։ Իրավիճակը փոխվեց Լենկ-Թեմուրի մահից հետո, երբ նրա հսկայածավալ պետությունն սկսվեց քայքայվել։ 15-րդ դարում կարա-Կոյունլու տիրակալների իշխանության տակ հայերը համեմատաբար լավ վիճակում հայտնվեցին։ Կարա-Կոյունլուները գիտակցելով իրենց տիրապետության տակ ընկած երկրների քայքայված տնտեսության վերականգնման և պետական գանձարանը լցնելու կարևորությունը, համեմատաբար մեղմ քաղաքականություն էին վարում հայ իշխանների նկատմամբ։ Նրանք պետական բարձր պաշտոնների նշանակում էին հայ նախարարական անվանի տների որոշ ներկայացուցիչների և շատերին դարձնում իրենց նախկին տիրույթների տնօրեններ ու լիիրավ իշխաններ։ Նույն իրավիճակն էր տիրում նաև Ակ-Կոյունլուների տիրապետության շրջանում։ Այս ժամանակաշրջանում վերականգնվում են Ներքին Խաչենի և Վերին Խաչենի իշխանական տների ներկայացուցիչների իրավունքները։ 14-15-րդ դարերում հայ նախարարական տների զգալի մասը կորցրեց իր ինքնավարությունն՝ այն զիջելով Հայաստանին տեր դարձած քոչվոր ցեղերի ավագանուն։ Չնայած դրան՝ Արցախի լեռնային գավառներում Առանշահիկների իշխանական տների առանձին ճյուղեր կարողացան դիմակայել եկվորների ճնշումներին և պահպանել երկրամասի պետական ինստիտուտների կենսունակությունը։ Այդ մասին է վկայում կարա-Կոյունլու Ջևանշահի հրովարտակը, որով ճանաչվում է լեռնային Արցախի տեր մելիքների իշխանությունը։ 16-17-րդ դարերում Հայաստանը դարձավ թուրք-պարսկական պատերազմների թատերաբեմ։ 1555 թվականին պատերազմող կողմերն Ամասիայում կնքեցին հաշտության պայմանագիր, որով Հարավային Կովկասն անցավ Պարսկաստանի գերիշխանության տակ։ 16-րդ դարում պարսկահպատակ տարածքներում ստեղծվեցին ռազմավարչական երեք միավորներ՝ Շիրվանի, Չուխուր Սադի (Երևան և Նախիջևան) և Ղարաբաղի բեկլարբեկությունները։ 1580 թվականին թուրք զորավար Մուստաֆա Լալա-փաշայի զորքերը ներխուժեցին Ղարաբաղ, այնուհետև ավերեցին Երևանն ու հասան Գեղարքունիք։ Հայոց հողի վրա թուրք-պարսկական բախումները շարունակվեցին մինչև 1639 թվականը՝ Կոստանդնուպոլսում կնքված հաշտության պայմանագրի կնքումով։ Պարսկաստանին անցան Հայաստանի արևելյան նահանգները՝ Գուգարքը, Շիրակը, Արարատյան դաշտը, Սյունիքն ու Արցախը և Վասպուրականի արևելյան հատվածը։ Այդ ժամանակահատվածում, գտնվելով պարսկական տիրապետության տակ, Արցախի մելիքություններն ունեին ներքին ինքնավարություն և դրանով իսկ ստեղծում էին մի ինքնատիպ մշակույթ։ Երկրամասում խաղաղություն պահպանելու համար, Արցախի մելիքները, լեռնային անմատչելի ծերպերում տասնյակ ամրոցներ կառուցեցին։ Եվ դրանով իսկ շարունակում էին պահպանել հայկական պետականությունը։