Վ. Բարխուդարյանի գիտական գործունեությունն ընթացել է հայկական գաղթավայրերի, պատմագիտության եւ հայ-ռուսական հարաբերությունների հիմնահարցերի մշակման ուղղությամբ: Նա առաջին մասնագետներից էր, որ, գիտակցելով գաղթավայրերի պատմության հետազոտության կարեւորությունը, դարձավ այդ ուղղության համակարգված ու գիտական նորովի ուսումնասիրության սկզբնավորողներից մեկը: «Նոր-Նախիջեւանի հայկական գաղութի պատմություն» (հ.1-2, Երեւան, 1967, 1985) մենագրության մեջ աղբյուրագիտական հարուստ հենքով լուսաբանել է հայկական գաղութի տնտեսական, հասարակական-քաղաքական եւ մշակութային պատմությունը: Վ. Բարխուդարյանի ուսումնասիրությունն ակնառու է դարձնում հայկական գաղութի նշանակալի դերը հարավային Ռուսաստանիՙ Նովոռոսիայի գրեթե անմարդաբնակ տափաստանները յուրացնելու, առեւտրատնտեսական կյանքը զարգացնելու գործում: