Հայաստան ներգաղթելէ ետք, Քոչար բնականաբար լուրջ դժւարութիւններ դիմագրաւեց, որովհետեւ իր առաջին քայլերը զուգադիպեցան հայ մտաւորականութեան դէմ ստալինեան հալածանքի տարիներուն: Իր կարգին 1941-ին ձերբակալւեցաւ եւ բանտարկւեցաւ կարճ ժամանակով: Երկրորդ Աշխարհամարտի տարիներուն նաեւ ապրուստի դժւարութիւններ անցուց եւ ստիպւեցաւ իր կոչումէն տարբեր աշխատանքներ կատարել: