1690 թվականի սեպտեմբերի 2-ին Հովհան Վիլհելմը հորից ժառանգել է կուրֆյուրստի պաշտոնը: Յուլիխի և Բերգի կառավարումը հայրը նրան փոխանցել էր մեկ տասնամյակ ավելի վաղ: Քանի որ Պֆալցի ժառանգության համար պատերազմի հետևանքով մայրաքաղաք Հայդելբերգը ավերվել էր, Հովհան Վիլհելմը նստավայր է դարձնում Դյուսելդորֆի դղյակը (Դյուսելդորֆը Բերգ դքսության կենտրոնն էր): Երիտասարդ կուրֆյուրստը ապրելով շռայլ կյանքով՝ 300 000 գուլդեն նվիրաբերել է իրեն պատկանող գերմանական Վյուրցբուրգ քաղաքին: 1697 թվականին Պֆալցի ժառանգության համար պատերազմի ավարտից հետո Հովհան Վիլհելմը ապահովել է ֆրանսիական զորքերի կողմից օկուպացված Պֆալցի տարածքների վերադարձը: