Աղա Մուհամմադ շահի սպանությունից հետո իշխանության գլուխ է անցնում Ֆաթալի շահը, որը փորձում է ամրապնդել Պարսկաստանի գերիշխանությունը Հարավային Կովկասում։ Այդ ժամանակաշրջանում ռուս-պարսկական խորացող հակասությունները վերածվում են երկարատև պատերազմի (1804-1813 թվականներ)։ Ռուս-պարսկական պատերազմի ավարտից հետո՝ 1813 թվականի հոկտեմբերի 12-ին, Գյուլիստանի հաշտության պայմանագրով Արցախն անցնում է Ռուսական կայսրության տիրապետության տակ։ Այդ պայմանագիրը վկայում է, որ Արցախն առանձին ազգային-պետական միավորի կարգավիճակով է անցնում Ռուսաստանի տիրապետության տակ։