ՀՏ հետազոտությունը հակացուցված է հղիության ժամանակ, որի դեպքում հետազոտությունը փորձում ենք փոխարինել ՄՌՏ կամ սոնոգրաֆիկ հետազոտությամբ: Սակայն այս մեթոդների անարդյունավետության և կյանքին վտանք սպառնացող դեպքերում կատարվում է ՀՏ հետազոտություն՝ նույնիսկ հղիության ժամանակ: Երեխաների դեպքում ևս համակարգչային տոմոգրաֆիան կատարվում է խիստ անհրաժեշտության և կյանքին վտանգ սպառնացող դեպքերում: Այդ պատճառով հետազոտությունը կատարելուց առաջ կապ է հաստատվում պացիենտի բուժող բժշկի հետ, որպեսզի ընտրվի հետազոտման ամենաօպտիմալ տարբերակը: