Մոլեկուլ հասկացությունը պաշտոնապես գիտության մեջ է մտել ավելի ուշ (Կարլսրուեի միջազգային կոնգրես, 1860 թվական)։ Ֆրանսիացի ֆիզիկոս Ժ․ Պերենի բրոունյան շարժման ուսումնասիրությունները (1906 թվական) դարձան մոլեկուլի գոյության առաջին փորձնական ապացույցը։ Մոլեկուլի կառուցվածքի հիմնական օրինաչափությունները պարզվեցին քիմիական ռեակցիաների հետազոտման, նոր, հատկապես օրգանական միացությունների սինթեզի, անալիզի և ֆիզիկական մեթոդների կիրառման շնորհիվ։ Մոլեկուլի հայտնագործումը քիմիայի՝ որպես գիտության զարգացման արդյունքն է։ Մոլեկուլի կառուցվածքը, հատկությունները և փոխարկումների օրինաչափություններն այսօր էլ քիմիայի ուսումնասիրության հիմնական առարկաներն են։ Քիմիական ռեակցիան նյութերի մոլեկուլների փոխարկումն է այլ նյութերի մոլեկուլների։