Ֆոլդինգը և միջմոլեկուլային փոխազդեցությունները կարող են մոդելավորվել մոլեկուլային մեխանիկայի և հատկապես մոլեկուլային դինամիկայի ու Մոնտե Կառլոյի մեթոդի միջոցով, որոնք ավելի ու ավելի շատ են կիրառում զուգահեռ և ցրված հաշվարկման առավելությունները (օրինակ՝ Folding@home նախագիծը[110])։ Փոքր α-պարույրավոր սպիտակուցների դոմենների ֆոլդինգը, ինչպիսին, օրինակ, վիլինն է[111] կամ ՄԻԱՎ-ի սպիտակուցներից մեկը[112], հաջողությամբ մոդելավորվել է in silico: Մոլեկուլային դինամիկան քվանտային մեխանիկայի հետ միավորող հիբրիդային մեթոդների օգնությամբ ուսումնասիրվել է տեսողական ռոդոպսին գունանյութի էլեկտրոնային վիճակը[113]: