Մակրոաուտոֆագիայի ժամանակ ցիտոպլազմայի մի հատվածը, որը պարունակում է որոշ օրգանոիդներ, շրջափակվում է թաղանթային կառուցվածք ունեցող գոյացությամբ, որը նման է էնդոպլազմային ցանցին։ Արդյունքում այդ հատվածը առանձնանում է ցիտոպլազմայի մյուս տեղամասերից երկշերտ թաղանթով։ Այսպիսի երկմեմբրան գոյացություններն անվանվում են աուտոֆագոսոմներ։ Աուտոֆագոսոմները ձուլվում են լիզոսոմների հետ՝ ձևավորելով աուտոֆագոլիզսոսոմներ, որոնցում օրգանոիդները և աուտոֆագոսոմների մյուս պարունակությունը քայքայվում է և մարսվում։ Ենթադրվում է, որ մակրոաուտոֆագիան նույնպես ընտրողական գործընթաց չէ, չնայած հաճախ նշվում է, որ մակրոաուտոֆագիայի միջոցով բջիջը կարող է ընտրողաբար ազատվել ծերացած օրգանոիդներից[61]: