Դասական մեթոդներից է նաև իմունոէլեկտրոնային միկրոսկոպիան, որը սկզբունքորեն նման է իմունոֆլոուրիսցենտ միկրոսկոպիային, այն տարբերությամբ, որ օգտագործվում է էլեկտրոնային մանրադիտակ: Ուսումնասիրման ենթակա նմուշը պատրաստվում է էլեկտրոնային մանրադիտակով ուսումնասիրման, մշակվում հակամարմիններով, որոնք իրենց հերթին միացած են էլեկտրոնային-դիմացկուն նյութի, որպես կանոն՝ ոսկու հետ[90]: