Բացի պեպտիդային շղթաներից, շատ սպիտակուցների կազմի մեջ կարող են մտնել նաև ոչ ամինաթթվային խմբեր։ Այս առանձնահատկությունը հաշվի առնելով՝ սպիտակուցները բաժանվում են երկու խմբի՝ պարզ և բարդ սպիտակուցներ (պրոտեիդներ)։ Պարզ սպիտակուցները կազմված են միայն պոլիպեպտիդային շղթաներից, բարդ սպիտակուցները պարունակում են նաև ոչ ամինաթթվային կամ պրոսթետիկ խմբեր: Պրոսթետիկ խմբի բնույթից կախված՝ տարբերում են բարդ սպիտակուցների հետևյալ դասերը[19]՝