Ըստ Ավետարանների՝ երբ Հովհաննես Մկրտչի աշակերտներն իմանում են ուսուցչի մահվան մասին, գալիս վերցնում են մարմինը և հողին են հանձնում (Մատթ. 14: 12, Մարկ. 6: 29)։ Գոյություն ունեն մի շարք ավանդություններ՝ կապված Հովհաննես Մկրտչի մասունքների հետ, որոնցից հայկականը հայտնում է Ագաթանգեղոս պատմիչը՝ տեղեկացնելով, որ Սուրբ Գրիգոր Լուսավորիչ հայրապետը Հայոց աշխարհ է բերել Մկրտչի և Աթանագինե վկայի մասունքները և ամփոփելով՝ եկեղեցի է կառուցել այդ տեղում[13]: Ըստ պատմիչ Մովսես Կաղանկատվացու՝ բազում դեգերումներից հետո Մկրտչի գլուխն ի վերջո ընկնում է Արցախի իշխան Ջալալ Դոլայի եղբոր ձեռքը և երբ նա մերժում է իշխանին տալ սրբի գլուխը, Ջալալ Դոլան բռնի խլում է եղբորից այն և Գանձակ տանելով ամփոփում է հողում ու 1211 թ. հրաշակերտ մի եկեղեցի է կառուցում, որն անվանվում է Գանձասարի սուրբ Հովհաննես[14]: