16-19-րդ դարերում ավատատիրական կարգերին փոխարինելու է գալիս կապիտալիզմի վրա հիմնված հասարակությունը։ Նոր իշխանությունների առաջացումը 17-րդ դարում հանգեցնում է քաղաքական և հասարակական բախումների, այդ թվում նաև բազմաթիվ ապստամբությունների՝ հայտնի նաև մաչինադա անվանմամբ։ Բուրբոնների հաղթանակից հետո բասկերը զրկվեցին բազմաթիվ տնտեսական արտոնություններից։ 18-րդ դարի վերջերին քայլեր են ձեռնարկվում մաքսատները երկրի ներսից, այն է՝ Կաստիլիային սահմանակից տարածքներից, տեղափոխելու դեպի Պիրենեյան լեռներ և ափամերձ տարածքներ, որպեսզի դադարեցնեն օտար ապրանքների ազատ մուտքը երկիր։ Իսպանիայի և Ֆրանսիայի միջև հակամարտությունները մեծ ավերածություններ էին գործում բասկերի տարածքներում, որի օրինակն է Դոնոստիայի մեծ հրդեհը ( 1813)։ 19-րդ դարը բնութագրվում է բասկերի իրավունքների աստիճանական կորստով, հատկապես Կարլիստական պատերազմներից հետո։ Առաջին կարլիստական պատերազմը սկսվեց 1833 թ.: Իզաբել II-ը և Դոն Կարլոսը պայքարում էին իսպանական գահի համար։ Սակայն սա ավելին էր, քան գահակալական հակամարտությունը, քանի որ բախվում էին նաև տարբեր քաղաքական հայացքներ՝ լիբերալիզմն ու պահպանողականությունը։ Պատերազմն ավարտվում է 1839 թ.՝ Կարլիստների պարտությամբ։ Այսպիսով ինքնակառավարման մարմինները կապվում են սահմանադրությանը, իսկ Նավառայի օրենսդրական և դատական ուժերը վերանում։ Չնայած Նավառայի թագավորությունն այժմ լիբերալ երկրի մի մարզ էր միայն՝ այն շարունակում է պահպանել իր նախկին ազդեցության մի մասը։ Բասկյան մյուս շրջանները հրաժարվում են միավորվել մի մարզի մեջ և պահպանում են են նախնական կարգավիճակը։ Երրորդ կարլիստական պատերազմից հետո վերանում են ինքնակառավարման մարմինները և բասկերը պարտավորվում են հարկեր վճարել Իսպանիայի թագավորությանը։