Հնդկաստան հասնելով՝ պորտուգալացիները հարկադրված են եղել մարտերի բռնվել, որոնցում Մագելանն աչքի է ընկել խիզախությամբ, ընդ որում՝ փրկել է նաև վտանգի մեջ ընկած մի խումբ հայրենակիցների կյանքը: 1506 թվականին նա մասնակցել է դեպի Մալուքյան կղզիներ (այդ տարիներին Համեմունքի կղզիներ էին կոչվում) արշավանքին, այնուհետև՝ Ալֆոնսո դե Ալբուքերքի հրամանատարության ներքո՝ ներկայիս Մալայզիայի՝ ռազմավարական նշանակություն ունեցող Մալակկա նավահանգստի նվաճմանը:[3]