Արագածոտնի մարզպետարանը ձևավորվել է 1996 թվականից` "ՀՀ վարչատարածքային բաժանման մասին" օրենքի համաձայն։ Արագածոտնի մարզպետարանը ՀՀ սահմանադրության համաձայն, իրականացնում է պետական կառավարում։ Ոլորտի հարաբերությունները կարգավորվում են ՀՀ Սահմանադրությամբ, ՀՀ օրենքներով, ՀՀ Նախագահի` "Հայաստանի Հանրապետության մարզերում պետական կառավարման մասին" հրամանագրով և այլ իրավական ակտերով։ Հայաստանի Հանրապետության Արագածոտնի մարզում պետական կառավարումն իրականացնում է Արագածոտնի մարզպետը` մարզպետարանի միջոցով։