Ամուսնանալուց անմիջապես հետո՝1992 թվականին, Մհեր Ջուլհաճյանը տեղափոխվել է Հայաստան: Նույն թվականին ընդունվել է Երևանի պետական համալսարանի Երկրաբանության ֆակուլտետի ասպիրանտուրան: Զուգահեռ մասնակցել է Արցախի ազատագրական պայքարին: