Բացի պատկերների ստացման ֆիզիկական հիմունքների տարբերություններից, ամեն գործիքային հետազոտման եղանակ ունի իր հստակ ցուցումները և ավելի լավ է ցույց տալիս այս կամ այն օրգանը: ՄՌՏ-ով հստակ երևում են այն օրգանները, որտեղ կա շատ հեղուկ ՝ գլխուղեղ, փափուկ հյուսվածքներ և այլն: ՀՏ-ով ավելի լավ են երևում ոսկրերը և օդակիր օրգանները՝ թոքեր, ստամոքս, աղիներ: