Եղել է ժամանակի քչաթիվ անկախականներից մեկը։ Դատավճռում արձանագրված է, որ Հովհաննիսյանը գաղտնի հավաքույթներում պրոպագանդել է առանց խորհրդային կարգերի անկախ Հայաստան ստեղծելու գաղափարը։ Իր անկախական ձգտումների մասին նա հայտարարել է նաեւ դատարանի դահլիճում։