Մուշեղ Իշխանի ստեղծագործության ներքին ազդակը տարագիր հայի պայքարն է ուծացման վտանգի դեմ՝ հանուն սեփական դիմագծի պահպանման, ազգային և համամարդկային իդեալների կենսագործման։ Նրա բանաստեղծությունները տոգորված են նուրբ քնարականությամբ, խոհականությամբ («Տուներու երգը», 1936, «Հայաստան», 1946, «Կյանք ու երազ», 1949, «Ոսկի աշուն», 1963, «Տառապանք», 1968 և այլ ժողովածուներ)։ Թատերախաղերը կառուցման սկզբունքով և մտածողության որակով նոր են՝ արդիական, արծարծում են ազգային, պատմական, հոգեբանական, սոցիալակն և բարոյաբանական հարցեր («Մեռնիլը որքան դժվար է», 1971, «Սառնարաևեն ելած մարդը», 1979, «Թատերախաղեր», 1980)։ Երևանում բեմադրվել են «Կիլիկիո արքան» (1989, «Նորք» երիտասարդ, թատրոն) և «Մեռնիլը որքան դժվար Է» (1992, ՊՀԹ) պիեսները։ Արձակ գործերն են «Հացի և լույսի համար», 1951, «Հացի և սիրո համար», 1956, «Մնաս բարով, մանկություն», 1974, վեպերը, «Ապասում», 1977, վիպակը։ Գրել է «Արդի հայ գրականություն» (հհ. 1-3, 1973-1975) աշխատությունը։