1940 - 1948 թվականներին Էշկոլը Հագանայի բարձրագույն հրամանատարության կազմում էր։[11] 1948 Արաբա-Իսրայելական պատերազմի ընթացքում և հետո նա զբաղված էր Հագանայի համար զենք ձեռք բերելով։ Իսրայելի հաղթանակից հետո, Էշկոլը նշանակվեց Պաշտպանության նախարարության գլխավոր տնօրեն և այդ պաշտոնում մնաց 1950 - 1951 թվականներին։[12]