Սակայն, երբ երկիրը խաղաղություն է գտնում, Պապը սկսում է անառակ կյանքով ապրել: Ներսես հայրապետը փորձում է խրատներով ու հորդորներով նրան սթափեցնել: Սակայն, տեսնելով, որ իր հորդորներն արդյունք չեն տալիս, արքան շարունակում է անուղղելի մնալ, արգելում է նրան մտնել եկեղեցի: Այս պատճառով Պապը թշնամանում է կաթողիկոսի հետ և ըստ պատմիչների, թունավորում նրան: Սակայն, Մաղաքիա արքեպիսկոպոս Օրմանյանը, սա հավանական չի համարում և գտնում է, որ կաթողիկոսը սրտի կամ թոքերի անբուժելի հիվանդություն է ունեցել, ինչն էլ պատճառ է դարձել նրա մահվան: Հայոց Ներսես Մեծ կաթողիկոսը վախճանվում է 373թ-ին, հազիվ 45 տարեկան հասակում և թաղվում Եկեղյաց գավառի Թիլ ավանում, ուր թաղված էին նաև Սուրբ Արիստակես հայրապետն ու Ներսես Մեծի վաղամեռիկ կողակից Սանդուխտը: Թիլի այն եկեղեցին, ուր թաղված էին երկու հայրապետերը, 7-րդ դարում կործանվում է և Ներսես Մեծի գերեզմանը, անհայտանում է: Սակայն 1275թ-ին դրա տեղը հայտնվում է Պատվական անունով մի սարկավագի և հայոց կաթողիկոսի նշխարներից մի մաս, տեղափոխվում է Երզնկայի եկեղեցին, որը հետագայում ստանում է «Ջուխտակ հայրապետ» անունը: Մի մասն էլ դրվում են նույն շրջանում գտնվող Տիրաշենի վանքում, որը հետո կոչվում է Սուրբ Ներսեսի անունով: Սուրբ Ներսես Մեծը եկեղեցում հիշատակվում է իր անբաժան գործակից Խադ եպիսկոպոսի հետ: