Գարեգին Բ Ներսիսյանն իր գահակալման սկզբից ձեռնամուխ է եղել Մայր աթոռի հոգևոր կրթարանների վերաաշխուժացմանը, եկեղեցիների ու վանքերի նորոգմանը, նորերի կառուցմանը: Նրա նախաձեռնությամբ պետությունը որպես սեփականություն Մայր աթոռին է վերադարձրել 150 վանք ու եկեղեցի, հողային տարածքներ և շենքեր: