Ստամբուլում հիմնադրված համալսարանների մեծ մասը հովանավորվում են կառավարության կողմից։ Քաղաքում գործում են մեծ թվաքանակով մասնավոր համալսարաններ։ Ստամբուլի առաջին ժամանակակից մասնավոր համալսարանը, ինչպես նաև ԱՄՆ սահմաններից դուրս կառուցված ամենահին ամերիկյան դպրոցը, Ռոբերտ քոլեջն է, որը հիմնադրվել է 1863 թվականին ամերիկացի բարերար Քրիստոֆեր Ռոբերտի և ուսուցիչ-միսիոներ Սայրուս Հեմլինի կողմից։ 1971 թվականին Ռոբերտ քոլեջի բարձրագույն կրթության բաժնի հենքի վրա բացվել է Բոսֆորի համալսարանը[283][284]։ Թուրքիայում մասնավոր համալսարանները պաշտոնապես արգելվել են 1982 թվականի խմբագրությամբ սահմանադրության ընդունումից առաջ։ Սակայն 1970-ական թվականներին Ստամբուլում գործել են մոտ 50 մասնավոր «ավագ դպրոցներ», որոնք ունեցել են համալսարանի կարգավիճակ։ 1982 թվականից հետո Ստամբուլում առաջին մասնավոր համալսարանը եղել է Քոչ համալսարանը (հիմնվել է 1992 թվականին)։ Հաջորդ տասնամյակում Ստամբուլում բացվել են մի քանի տասնյակ համալսարաններ[283]։ Ներկայումս, քաղաքում գործում են առնվազն 30 մասնավոր համալսարաններ, ներառյալ նաև Ստամբուլի առևտրային համալսարանը և Քադիր Հաս համալսարանը[285]։ Ստամբուլի Բաշաքշեհիր թաղամասում կառուցվում է Bio Istanbul կենսաբժշկական հետազոտությունների և զարգացման կենտրոնը, որտեղ սովորելու են 15 000 ուսանողներ, 20 000 գիտաշխատողներ։ Այստեղ կարող են սովորել միայն բակալավրի աստիճան ունեցող ուսանողները[286][287]։