Սևանա լճի վիճակի էկոլոգիապես անբարենպաստ և անկայուն իրավիճակը խիստ բացասական է անդրադարձել նրա աբորիգեն ձկնաշխարհի վրա: Անհետացել են Սևանի իշխանի երկու ենթատեսակները (ռասաները)` ձմեռային բախտակը և բոջակը, անհետացման եզրին է հայտնվել ամառային բախտակը, Գեղարքունի ենթատեսակը, կողակը և բեղլուն հայտնվել են էկոլոգիական կրիտիկական վիճակում: Դրա հետ մեկտեղ Սևանա լիճ են ներթափանցել նոր օտարածին տեսակներ` սիգը, արծաթափայլ ծածանը (կարաս), նեղմատնյա խեցգետինը և այլն, որոնք էականորեն ազդել են լճի կենսաբազմազանության տեսակային և որակական ցուցանիշերի վրա: