Ըստ գործառույթի` սպիտակուցների դասակարգումը շատ պայմանական է, քանի որ նույն սպիտակուցը կարող է իրականացնել մի քանի ֆունկցիա։ Այսպիսի բազմաֆունկցիոնալ սպիտակուցի օրինակ է լիզիլ-փՌՆԹ-սինթետազը, որը ամինոացիլ-փՌՆԹ-սինթետազ է, այն ոչ միայն միացնում է լիզինի մնացորդը փՌՆԹ-ին, այլև կարգավորում է որոշ գեների տրանսկրիպցիան[63]: