Դիզենտերիայի գաստրոէնտերոկոլիտիկ տարբերակը ընթանում է սննդային տոքսիկոինֆեկցիաների նման` կարճ ինկուբացիոն շրջանով, հիվանդության կայծակնային սկզբով: Հիվանդության սկզբում հիմնականում արտահայտված է գաստրոէնտերիտը` ինտոքսիկացիայի նշաններով: Հետագայում սկսում են գերակայել էնտերոկոլիտի սիմպտոմները: Սկզբնական շրջանին բնորոշ են փսխումը, առատ լուծը, առատ ջրային արտաթորանքներ` առանց արյան և լորձի խառնուրդի,որովայնի շրջանում դիֆուզ ցավեր: Հետագայում կղանքը դառնում է քիչ ծավալուն, նրանում հայտնաբերվում են արյան և լորձի խառնուրդ: Այս տարբերակը կարող է ունենալ թեթև, միջին ծանրության և ծանր ընթացք: Հիվանդության ընթացքի ծանրությունը գնահատելիս հաշվի են առնում օրգանիզմի ջրազրկման աստիճանը: Հիվանդության միջին ծանրության ընթացքը ուղեկցվում է առաջին աստիճանի դեհիդրատացիայով (հեղուկի կորուստը կազմում է մարմնի զանգվածի 1-3): Դիզենտերիայի ծանր ընթացքի դեպքում զարգանում է 2-3-րդ աստիճանի դեհիդրատացիա (հեղուկի կորուստը կազմում է մարմնի զանգվածի 4-9): Ըստ ընթացքի գաստրոէնտերիտիկ տարբերակը նման է գաստրոէնտերոկոլիտիկ տարբերակի սկզբնական շրջանին: Տարբերվում է նրանով, որ ավելի ուշ շրջանում չկան կոլիտի սիմպտոմներ (հիվանդության 2-3 օրից հետո): Գերակայում են գաստրոէնտերիտի սիմպտոմները և դեհիդրացիայի նշանները: