1308 թվականին բազիլիկան և պալատը գրեթե ոչնչացվել էին հրդեհից։ Պալատը վերակառուցվեց, սակայն նա կորցրեցի իր դերը։ Ճարտարապետական նրբությունները ձևավորվել են Պալլացո Ֆարնեզի կողմից։ Լաթերանյան պալատում հնում նույնիսկ եղել են Վատիկանի մի քանի ցուցահանդեսներ օրինակ՝ ազգաբանական թանգարան և աշխարհիկ արվեստի ու լուսավորչական թանգարանը։ Հիմա այստեղ առանձնանաում է Վատիկանի պատմական թանգարանը։