Ադրբեջանի ՀԱՊԿ անդամակցության մասին խոսակցությունները հաճախացել են Հայաստանի և Ռուսաստանի միջև հարաբերությունների սառեցման ֆոնին՝ Հայաստանում “թավշյա հեղափոխությունից” և վարչապետ Նիկոլ Փաշինյանի իշխանության գալուց հետո։ Կրակի վրա յուղ լցրեցին նաև ՀԱՊԿ գործող գլխավոր քարտուղար Յուրի Խաչատուրովին ներկայացված մեղադրանքները՝ 2008 թ․ մարտին Երևանում զանգվածային անկարգությունների գործի շրջանակներում, երբ վերջինս Հայաստանի ՆԶ մայրաքաղաքի կայազորի հրամանատարն էր։ Հուլիսի 26-ին հատուկ քննչական ծառայությունը սահմանադրական կարգի տապալման մեղադրանք էր ներկայացրել Խաչատուրովին և դիմել դատարան՝ ձերբակալությունը որպես խափանման միջոց կիրառելու հարցով։ Անձամբ գլխավոր քարտուղարը հայտնել էր, որ ներկայացված մեղադրանքներով իրեն մեղավոր չի ճանաչում։ Հուլիսի 28-ին Երևանի ընդհանուր իրավասության դատարանը ազատ էր արձակել Խաչատուրովին 5մլն դրամի (10 հազ դոլար) գրավի դիմաց, որից հետո գլխավոր քարտուղարն անմիջապես մեկնել էր Մոսկվա։ Այնուամնեայնիվ, Հայաստանը նախաձեռնել է ՀԱՊԿ գլխավոր քարտուղարի փոխարինման գործընթացը, որին հաջորդել էին քննակումներ՝ կազմակերպության տարբեր հարթակներում։