Սելջուկյան արշավանքներից հետո, XIII դ. կեսից Գեղարդավանքում կրոնական կյանքը վերակենդանացել է: Գեղարդավանքի պահպանված հնագույն Ս.Աստվածածին կիսաժայռափոր եկեղեցու հարավային պատին Աղվանից Ստեփանոս կաթողիկոսի 1181-ի արձանագրությունն է՝ վանքին ս. Անդրեասի մասունքները նվիրելու մասին: XII դ. Գեղարդավանքը ստացել է բազմաթիվ նվիրատվություններ՝ հողեր, այգիներ, դրամ: 1190-ին վանքում գրվել է Տոնապատճառ ժողովածուն: XIII դարից Գեղարդավանք անցել է հայ իշխան, զորավար Իվանե Զաքարյանի իշխանության ներքո: 1213 ին Տիմոթ և Մխիթար կազմողները վանքում գեղաքանդակ խաչքար են կանգնեցրել: 1215-ին, Բարսեղ վարդապետի վանահայրության օրոք, սրբատաշ տուֆով կառուցվել է Գեղարդավանքի գլխավոր՝ Կաթողիկե եկեղեցին: Այն ներսից խաչաձև է, չորս անկյուններում ավանդատներով, արտաքուստ ուղղանկյուն, հարավային ճոխ շքամուտքով, դեկորատիվ կամարաշարով և հարթաքանդակներով զարդարված գմբեթով: Բազմաթիվ անձինք նյութապես օժանդակել են եկեղեցու առանձին մասերի (ավանդատներ, խորան, սալահատակ և այլն) շինարարությանը: Իշխան Իվանե Զաքարյանը Գեղարդավանք է այցելել 1219-ին և նրան նվիրել Բերդաղ գյուղը: 1215–25-ին Կաթողիկեի արևմտյան կողմին կից կառուցվել է կենտրոնակազմ, քառասյուն, շթաքարային մշակումով գմբեթով գավիթ: Այն հյուսիս-արևելյան և հարավ-արևելյան անկյուններում ունի երկհարկ ավանդատներ, որոնցից ձախակողմյան երկրորդ հարկինը նվիրված է Թադեոս առաքյալին: 1217 ին վանքի միաբանների ուժերով (Սարգիս նկարիչ, Աբել գրիչ և Ստեփանոս կազմող) գրվել է մանրանկարներով հարուստ, մեծադիր Ավետարան: