Հետագայում Խուդոյանը վերապատրաստվեց Մոսկվայում: Նրա ստեղծագործություններից հարկ է նշել պարտիտան դաշնամուրի համար, սյուետան լարային քառյակի համար, «Երիտասարդություն» սիմֆոնիկ նախերգանքը, «Սևան» սիմֆոնիկ պոեմը: Նա գրել է նաև ռոմանսներ, երգչախմբային ստեղծագործություններ և այլն: