1990 –ականները ծանր ու դժվար տարիներ էին նաև Համալսարանի համար․գիտակրթական գործընթացները հայտվել էին փակուղում, կադրերն արտագաղթում էին, ճնշում էր ֆինանսական ճգնաժամը, համալսարանական ներուժը հալվում էր օր-օրի։ Գերբնական ճիգեր պահանջվեցին Համալսարանը ճգնաժամից հանելու համար։ Շնորհակալությամբ պետք է հիշել նրանց, ովքեր, չնայած դժվարություններին, մնացին համալսարանում և հիմքեր ստեղծեցին համալսարանի նոր ուղենիշը, և մեկնարկեց ծավալուն բարեփոխումների փուլը։ Նախ ՝ Համալսարանը կարողացավ պահպանել իր գիտակրթական ներուժի զգալի մասը, ավելին ՝ հաջողվեց այն զարգացնել՝ նոր աշխատակիցներ ընդունելով ու բարձրակարգ նոր կադրեր պատրաստելով։ Ստեղծվեց բուհի կայուն ֆինանսատնտեսական հիմքը ՝ գիտակրթական ծրագրերի իրականացումը նյութապես ապահովելու համար։ Համալսարանը նաև մշակեց ներքին կառավարումը համակարգող կանոնադրություն՝ Հայաստանի Հանրապետության կրթական օրենսդրությանը համապատասխան։ ԵՊՀ-ն դարձավ ավելի ինքնավար՝ ակադեմիական առավել ակնհայտ ազատություններով և կառավարման ավելի ճկուն, դասախոսների ու ուսանողների պարտադիր մասնակցություն ապահովող համակարգով։