Այս պրոցեսներին զուգահեռ տեղի է ունենում շիգելաների ինվազիա հաստ աղու էպիթելիալ բջիջներ`հետագայում դիզենտերիային բնորոշ կոլիտի սիմպտոմատիկայի զարգացումով: Հաստ աղու գլխավորապես դիստալ հատվածի ախտահարումը կարող է պայմանավորված լինել այդտեղ աղիքային պարունակության, տոքսինների և բակտերիաների շարունակական կուտակմամբ, որն էլ նպաստավոր պայմաններ է ստեղծում կոլոնոցիտներ հարուցիչների մասիվ ինվազիայի համար: Դրան նաև նպաստում է աղիքային դիսբակտերիոզը: Հիվանդության ծանր դեպքերում հարուցիչները կարող են մեծ քանակությամբ թափանցել ենթալորձային շերտ և միջընդերային ավշային հանգույցներ: Երբեմն այս դեպքերում զարգացող կարճատև բակտերեմիան չունի պաթոգենետիկ նշանակությունև չի փոխում դիզենտերիայի մասին որպես <<լոկալիզացված ինֆեկցիա>> պատկերացումը: Դիզենտերիայի պաթոգենեզում հիմնական դերը պատկանում է բակտերիաների տոքսիններին: Շիգելաները, որոնք գտնվում են լորձաթաղանթի վրա արտաբջջայնորեն, ենթարկվում են ֆագոցիտոզի նեյտրոֆիլների և մակրոֆագերի կողմից` առաջացնելով տոքսիկ նյութեր, որոնք օրգանիզմի վրա թողնում են համակարգային և տեղային ազդեցություն: