Անահիտ Թարխանյանը ծնվել է Երևանում, ճարտարապետ Արթուր Թարխանյանի ընտանիքում։ 1981 թվականին ավարտել է Երևանի պոլիտեխնիկական ինստիտուտի ճարտարապետության ֆակուլտետը, 1993 թվականին՝ Հայաստանի ամերիկյան համալսարանի բիզնեսի կառավարման ֆակուլտետը, 1994 թվականին՝ Մեծ ԲրիտանիայիԼիդսի համալսարանի դիվանագիտության ֆակուլտետի միջազգային հարաբերություններ մասնագիտությամբ վերապատրաստման դասընթացները։