Քաջարանի բժշկական կենտրոնի հիվանդանոցային ծառայության իրականացման համար ծավալված է 20 մահճակալից բաղկացած սոմատիկ բաժանմունք: Հիվանդանոցային ծառայությունից օգտվում են վիրաբուժական, մանկաբարձագինեկոլոգիական, մանկական, թերապևտիկ և ինֆեկցիոն պրոֆիլի տարեկան միջին թվով 350 հիվանդներ: