Միկրոբիոլոգիայի ինստիտուտը հաջողությամբ համագործակցում է ԱՄՆ-ի, Ճապոնիայի, Եվրոմիության, Ռուսաստանի և ԱՊՀ այլ երկրների գիտահետազոտական կազմակերպու-թյունների հետ, որի արդյունքը հանդիսացել է ISTC, CRDF, INCO-COPERNICUS և այլ ծրագրերով գիտահետազոտական դրամաշնորհների բարեհաջող իրականացումը: