Տարբերակիչ ախտորոշում –դիզենտերիան պետք է տարբերակել սալմոնելյոզից, էշերիխիոզից, սննդային տոքսիկոնֆեկցիաներց, խոլերայից, ամեբիազից, բալանտիդիազից, լյամբլյոզից, աղիքային տրիխոմոնիազից, որոշ հելմինթներից, կանդիդոզից: Դիզենտերիայիննման սիմպտոմներ կարող են լինել սնկերով և ծանր մետաղների աղերով թունավորումների, ուրեմիկ կոլիտի, աղիքի տուբերկուլյոզի, խրոնիկական էնտերոկոլիտի, ոչ սպեցիֆիկ խոցային կոլիտի ժամանակ: Հաճախ անհրաժեշտություն է առաջանում դիզենտերիանտարբերակել սուր վիրաբուժական հիվանդություններից (սուր ապենդիցիտ,մեզենտերիալ անոթների թրոմբոզ, աղիքային անանցելիություն) և սուր գինեկոլոգիական պաթոլոգիաներից (արտարգանդային հղիություն, ադնեքսիտ, պելվիոպերիտոնիտ): Հիվանդության մանրաբասն հավաքված անամնեզը, էպիդ-անամնեզը և մանրամասն կլինիկո-լաբորատոր հետազոտությունը թույլ են տալիս ճիշտ և ժամանակին ճանաչել դիզենտերիան: