Դերասանուհու անձնական կյանքի ամենաղմկոտ պատմությունը եղել է Թոմ Կրուզի հետ երեք տարվա սիրո պատմությունը։ Պենելոպայի համար Կրուզը թողեց իր կնոջը՝ Նիկոլ Քիդմանին եւ երկու որդեգիր երեխաներին, նրա համար Կրուզը ժամանակավորապես հրաժարվեց նկարահանումներից։ Բաժանումից հետո նրանք լավ ընկերներ մնացին։ Պենելոպան առաջիններից էր, ով հնարավորություն ունեցավ տեսնելու Կրուզի նորածին աղջկան՝ Սուրիին։