Կուրֆյուրստ Հովհան Վիլհելմը առաջին անգամ ամուսնացել է (1678 թվականի հոկտեմբերի 25-ին) Ֆերդինանդ III կայսրի դուստր՝ Մարիա Աննա Յոզեֆի հետ: Այս ամուսնությունից նրանք ունեցել են երկու որդի, ովքեր ծնվելու ժամանակ մահացել են[3]: Նրա երկրորդ կինը եղել է Տոսկանայի դուքս Կոզիմո III Մեդիչի դուքս Աննա Մարիա Լուիզայի հետ: Այս ամուսնությունից նա երեխաներ չի ունեցել: