Բասկերի Երկրում կա երեք համալսարան, որոնցից երկուսը մասնավոր են։ Պետական միակ համալսարանը Բասկերի Երկրի համալսարանն է, որն առաջարկում է 58 կրթական ծրագիր։ Այն համարվում է երկրի գլխավոր հետազոտական կենտրոնը։ Դեուստոյի համալսարանը հիմնադրվել է 1886 թ. և համարվում է էլիտար համալսարան։ Մոնտրագոնի համալսարանը հիմնվել է 1997 թ. և մասնագիտացված է բիզնեսի և տեխնիկայի ոլորտներում։ Սան Սեբաստիանում է գտնվում ուղեղի, լեզվի և ճանաչողության հետազոտական կենտրոնը։