Ֆուկուոկայի պրեֆեկտուրան երեք կողմից ունի ելք դեպի ծով, սահմանակցում է Սագայի, Օիտայի և Կումամոտոյի պրեֆեկտուրանների հետ։ Ֆուկուոկայի պրեֆեկտուրայի կազմի մեջ է մտնում կղզու երկու ամենախոշոր քաղաքները՝ նավահանգստային Ֆուկուոկա քաղաքը և Կիտակյուսյու արդյունաբերական կենտրոնը։