ՀԱԷԿ-ի միջուկային նյութերի ֆիզիկական պաշտպանության համակարգի ֆինանսական ապահովումն իրականացվում է շահագործող կազմակերպության և Հայաստանի Հանրապետության պետական բյուջեի միջոցների, ինչպես նաև օտարերկրյա օգնության և օրենքով չարգելված այլ աղբյուրների հաշվին: