Մեթոդաբանական հարցերում («Կարտեզյան լեզվաբանություն», 1966, «Լեզու և միտք», 1967) Չոմսկին դիրքորոշվում է դեպի դեկարտյան ռացիոնալիստական փիլիսոփայությունը։ Նա գտնում է, որ մարդն ի ծնե օժտված է որոշակի տրամաբանական հատկություններով, որոնք հետագայում զարգացնելով՝ ստեղծում է գիտակցություն և լեզու։ Այդ հատկությունները և զարգացրած օրենքները համընդհանուր են։ Մ. Հալլեի հետ գրած «Անգլերենի հնչյունական կաղապարները» (1968) աշխատությունը նվիրված է հնչույթային բաղադրիչին, որտեղ սահմանված են սերող հնչույթաբանության հիմնական օրենքներն ու դրույթները։