Մոլեկուլի գաղափարը և անվանումը առաջինն օգտագործել է ֆրանսիացի բնափիլիսոփա Պիեռ Գասենդին (1592-1655 թվականներ)։ Մոլեկուլը՝ որպես քիմիական փոխարկումների ենթարկվող և ատոմից տարբերվող նյութի ամենափոքր քանակություն, ձևակերպել է Ա. Ավոգադրոն (1811 թվական)։