Չկան նաև լուրջ սահմանափակումներ կոնտրաստային նյութի կիրառման դեպքում: Եթե համեմատական անցկացնենք ՀՏ կամ ռենտգեն հետազոտության ժամանակ կիրառվող կոնտրաստ նյութերի հետ, ապա ՄՌՏ հետազոտության դեպքում կիրառվող կոնտրաստ նյութը առավել անվտանգ է: Խնդիրները կոնտրաստ նյութից առաջանում են այն ժամանակ, երբ կիրառվում են յոդ պարունակող կոնտրաստ նյութեր: ՄՌՏ հետազոտության ժամանակ կիրառվող կոնտրաստ նյութը յոդ չի պարունակում: Հետևաբար խուսափում ենք բոլոր այն բարդություններից, որոնք առաջանում են յոդ պարունակող կոնտրաստի կիրառման դեպքում: