Համաձայնագրում խոսք է գնում նաև Արցախի խնդրի մասին։ Կողմերը համաձայն են, կարգավորումը պետք է հիմնված լինի ՄԱԿ-ի կանոնադրությունում և ԵԱՀԿ Հելսինկյան եզրափակիչ ակտում ամրագրված նպատակների և սկզբունքների վրա։ Հանրապետական Արմեն Աշոտյանը սա համարում է կարևոր լծակ Հայաստանի ձեռքին։