Բազմաթիվ օրգանական և որոշ անօրգանական նյութեր (օրինակ՝ շաքար, ծծումբ և այլն) առաջացնում են մոլեկուլային բյուրեղներ, որոնց բյուրեղական ցանցի հանգույցներում գտնվում են իրար հետ թույլ փոխազդող մոլեկուլները։ Իոնական և ատոմական բյուրեղներում առանձին մոլեկուլներ չկան, ամբողջ բյուրեղը փաստորեն մի հսկայական մոլեկուլ է։ Նյութի մոլեկուլային կամ քիմիական բանաձևը, որը որոշվում է նյութում պարունակվող քիմիական տարրերի ատոմական հարաբերությունների (ստացվում են քիմիական վերլուծությամբ) և մոլեկուլային զանգվածի միջոցով, մոլեկուլային կառուցվածք ունեցող նյութերի դեպքում արտահայտում է մոլեկուլի իրական բաղադրությունը։ Մյուս դեպքերում քիմիական բանաձևը ցույց է տալիս միայն տարրերի հարաբերական պարունակությունը նյութում։ Նյութի քիմիական կառուցվածքի տեսության ստեղծումը հնարավոր դարձրեց մոլեկուլը պատկերել գրաֆիկական բանաձևի միջոցով, որը բաղադրությունից բացի ցույց է տալիս նաև քիմիական կապերի հաջորդականությունը մոլեկուլում։