Հաշվի առնելով անկախ Հայաստանի Հանրապետության ստեղծումը, Հայաստանում կատարվող արմատական փոփոխությունները՝ ժողովրդավարության և հրապարակայնության զարգացումը, բազմակուսակցական համակարգի ձևավորումը, Ղարաբաղյան ազգային ազատագրական շարժումը, ՀՅԴ 24-րդ ընդհանուր ժողովը (1988 թ.) առաջ քաշեց «Դեպի երկիր» կարգախոսը, որով ՀՀ–ում ստեղծեց ՀՅԴ բջիջներ, իսկ հետագայում նաև՝ գրանցված կուսակցություն։ 1988 թ.-ի հոկտեմբերին ՀՅԴ–ն, հնչակյան և ռամկավար ազատական կուսակցությունների հետ, հանդես եկավ հայտարարությամբ՝ միանգամայն արդարացի ճանաչելով Արցախի հայ բնակչության պահանջը Հայաստանի հետ վերամիավորվելու վերաբերյալ։ 1990 թ.-ի օգոստոսի 8-ին ՀՅԴ բացահայտեց իր կազմակերպական ներկայությունը Հայաստանում: 1994 թ.-ի դեկտեմբերի 28-ին ՀՀ նախագահ Լևոն Տեր–Պետրոսյանի հրամանագրով կասեցվել է ՀՅԴ գործունեությունը Հայաստանում՝ հանրապետությունում գործող քաղաքական կուսակցությունների մասին օրենքը խախտելու մեղադրանքով։ ՀՀ Գերագույն դատարանը հաստատել է ՀՀ նախագահի հրամանագիրը, որը չեղյալ է հայտարարվել 1998 թ.-ին ՀՀ նախագահ Ռոբերտ Քոչարյանի կողմից։ 2003 թվականին տեղի ունեցած երրորդ գումարման Ազգային Ժողովի ընտրությունների արդյունքում Հայ Յեղափոխական Դաշնակցությունը կոալիցիա է կազմել Հայաստանի Հանրապետական և Օրինան Երկիր կուսակցությունների հետ։ 2007 թվականին տեղի ունեցած չորրորդ գումարման Ազգային Ժողովի ընտրությունների արդյունքում Հայ Յեղափոխական Դաշնակցությունը կոալիցիա է կազմել Հայաստանի Հանրապետական և Բարգավաճ Հայաստան կուսակցությունների հետ։ 2009 թվականին հայ-թուրքական արձանագրությունների պատճառով դուրս է եկել կոալիցիայից և դարձել ընդդիմություն։ 2016 թվականին Հայաստանի Հանրապետական կուսակցության հետ ստորագրվել է համագործակցության համաձայնագիր, որի արդյունքում Հայ Յեղափոխական Դաշնակցությունը ստացել է 3 նախարարական, 2 մարզպետական և համեմատաբար ավելի ցածր բազմաթիվ այլ պաշտոններ։