Քրիստոսի մասին վկայություն տալուց հետո Հովհաննես Մկրտչին գտնում ենք բանտարկված. Այս մասին տեղեկություններ են հայտնում ինչպես համատես Ավետարանները, այնպես էլ Հովսեփոս Փլավիոս հրեա պատմագիրը։ Ի մասնավորի Ղուկաս Ավետարանիչն այդ առթիվ հայտնում է. «Բայց Հերովդես չորրորդապետը, հանդիմանված լինելով Հովհաննեսի կողմից, իր եղբոր կնոջ՝ Հերովդիայի պատճառով և այն բոլոր չարիքների համար, որ Հերովդեսը գործել էր, այդ բոլորի վրայ ավելացրեց և այն, որ Հովհաննեսին բանտարկեց» (Ղուկ. 3: 17-18 հմմտ. Մատթ. 14: 3-4, Մարկ. 6: 17-18)։ Բանն այն է, որ Հերովդական ընտանիքում ամուսնական կապերը միշտ եղել են չափազանց խճճված։ Այսպես՝ Հերովդես Մեծի բազում ամուսնություններից սամարացի Մաղթակիայից ունեցած որդին էր Հերովդես Անտիպասը, ով հոր մահվանից հետո դարձավ Գալիլիայի և Պերեայի չորրորդապետը։ Սա ամուսնացած էր իր հարևան Արաբիայի Նաբատեական արքա Արետաս Դ-ի դստեր հետ[8]: Սակայն ժամանակի ընթացքում, չդավաճանելով իր տոհմում արմատ գցած խառնամուսնությունների սովորությանը, ինքն էլ դիմեց նման քայլի. Այցելելով իր եղբորը՝ Փիլիպպոսին, Անտիպասը սիրահարվեց եղբոր կնոջը՝ Հերովդիային և նրան ամուսնության առաջարկ արեց։ Հերովդիան, որ միևնույն ժամանակ դուստրն էր Հերովդես Անտիպասի ոչ հարազատ մեկ այլ եղբոր (այսինքն Անտիպասի զարմուհին էր), չմերժեց առաջարկը[9]: Սա հաշվի առնելով՝ Հովհաննես Մկրտիչը՝ որպես ճշմարիտ մարգարե, մի քանի պատճառ ուներ Հերովդեսին հանդիմանելու.