Հովհան Ոսկեբերանը շարունակում է նույն խստությամբ քննադատել արքունական զեխությունները: Հակառակ ժողովրդի համակրանքին և Արևմտյան եկեղեցու պաշտպանության` Արկադիոս կայսրն ու Եվդոքսիա կայսրուհին կրկին նրան աքսորելու հրաման են արձակում: Սուրբ Հայրապետն աքսորվում է Պոնտոս և նահատակվում 407 թվականին, Կոմանա քաղաքում: Նրա արտասանած վերջին բառերն են. «Փառք քեզ, Աստված, փառք քեզ, ամեն ինչի համար փառք քեզ»: 438 թվականին, սրբի մարմինը մեծ հանդիսավորությամբ բերում և ամփոփում են Կ. Պոլսի Ս. Առաքելոց եկեղեցում: Բազմաժանր է նրա մատենագրական վաստակը` մեկնություններ, ճառեր, ներբողներ, թղթեր և այլն, որոնք իրենց բարերար ազդեցությունն են թողել քրիստոնեական մտքի պատմության վրա: Նրա գործերը հայերեն են թարգմանվել իր կենդանության օրոք: