Էնդոպեպտիդազներ կամ պեպտիդային շղթայի ներսում պեպտիդային կապերը խզող ֆերմենտներ, որոնք ճանաչում և կապվում են սուբստրատի կարճ ամինաթթվային հաջորդականության հետ և յուրահատուկ կերպով հիդրոլիզում որոշակի ամինաթթվային մնացորդներ։