Եկեղեցու հիմնովին վերանորոգման վերաբերյալ մեզ հայտնի գրագրությունները սկսվել են 1841-1842 թվականներից: Մասնավորապես, 1842 թվականին Հայ Առաքելական Սուրբ Եկեղեցու Վրաստանի և Իմերեթի թեմի կոնսիստորիան եկեղեցու վերանորոգման և պարսպի կառուցման (ծախսը կազմում էր մոտ 1600 ռուբլի արծաթով) գործընթացի վերաբերյալ դիմում է Էջմիածնի Սինոդին[6]: Եկեղեցու կառուցման թույլտվությունը հաստատվում է նաև Կովկասի կառավարչապետի կողմից: Մասնավորապես, Էջմիածնի Սինոդին ուղղված 1843 թ. մայիսի 17-ի թիվ 4584 գրությունում ասվում էր. ''По представлению Эчмиадзинскаго Синода, оть 11 Сентября прошлаго года за N1857, о дозволении Тифлисскимь жителямь Шамхорскимь армянамь, возобновить на свой счеть пришедшую в ветхость церквоь во имя Богородицы, находящуюся вь предместии города Тифлиса Авлабарь, я входиль вь сношения сь. Г. Министром Внутренныхь Дель, который вь отношении оть 25 Апреля сего года за N1228 изьявляеть свое согласие на означенную постройку коль скоро плань и фасад оной будуть разсмотрены и одобрены...[7]'':