Մանուկ Մկրտչյանը արժանացել է Նիդերլանդների կրթական համակարգի և ՀՀ սփյուռքի նախարարության բազմաթիվ պատվոգրերի, պարգևատրվել «Մեսրոպ Մաշտոց » մեդալով, ճանաչվել «Մայրենիի դեսպան», Համահայկական մրցանակաբաշխությունում իր ղեկավարած դպրոցը ճանաչվել է, որպես լավագույն կրթօջախ: