Հովհաննեսի վերջին հանգրվանն է դարձել Երուսաղեմը, որտեղ նա ոչ միայն ավարտել է (մի քանի անգամ արտագրելով) մարգարեության մասին իր տրակտատը, այլև վախճանվել 77 տարեկանում: Դրանից առաջ իր ձեռագրերի մի մասը հանձնել է Տամպլիերների (տաճար բառից) ուխտի մագիստրոսին, իսկ մնացածները մտադիր է եղել նվիրել իր ժամանակի այլ իմաստունների: Ինչպես շատ հետազոտողներ ենթադրում են, Նոստրադամուսը շատ լավ իմացել և օգտագործել է այդ աղբյուրը: