Ինչպես մնացած գործիքային հետազոտությունները, այնպես էլ ՄՌՏ-ն ունի որոշակի սահմանափակումներ:Այդ սահմանափակումները լինում են բացարձակ և հարաբերական: Բացարձակ սահմանափակումներից ամենակարևորը հանդիսանում է մետաղների առկայությունը օրգանիզմում, ընդ որում, այնպիսի մետաղների, որոնք մագնիսական դաշտի ազդեցությամբ ձգվում են, օրինակ՝ անհայտ ծագման բեկորներ, մետաղական իմպլանտներ: