Ն. Հովնաթանի նկարչական առաջին քայլերը կապված են Ագուլիսի հետ, որտեղ նա ձեռագրեր է նկարազարդել։ Նրա ստեղծագործական հնարավորություններն ավելի ուշ դրսևորվել են հաստոցային և մոնումենտալ նկարչության բնագավառում։ Ապարանքներ ու եկեղեցիներ է ձևավորել Հայաստանում, Վրաստանում, Պարսկաստանում, ճանաչվել որպես հմուտ նկարիչ և վաստակել «նաղաշ» (նկարիչ) պատվավոր անունը։ Որմնանկարչական առաջին աշխատանքերը կատարել է իր ծննդավայրի և Ագուլիսի եկեղեցիներում։ 1679–ի Երևանի մեծ երկրաշարժից հետո հրավիրվել է Երևան և նկարազարդել Պողոս Պետրոս, Ս. Անանիա և Կաթողիկե եկեղեցիները։ Ն. Հովնաթանի բնածին տաղանդն այս աշխատանքներում դրսևորվել է պարզ, անմիջական, ներքին մղումներից բխող գեղանկարչական ընկալումներով։ 17–րդ դարի վերջին Ն. Հովնաթանը հրավիրվել է Վրաստան, ստեղծել դիմանկարներ, սրբապատկերներ, ձևավորել Վախթանգ թագավորի նորակառույց պալատը։ Թիֆլիսում նա ունեցել է արվեստանոց, աշակերտներ, նկարել է եվրոպական յուղաներկով։ 1710-ական թթ հրավիրվել է Էջմիածին, նկարազարդել տաճարը։ Պահպանվել է հատված «Գրիգոր Լուսավորիչը մկրտում է Տրդատին» կոմպազիցիայից։ Ուշագրավ են կերպարների ազգային տիպականացումը, դիմանկարչական մեկնաբանումները, դեմքերի ու ձեռքերի մոդելավորումը, ֆիզուրների գրաֆիկական ընգծվածությունը։ Նույն առանձնահատկութունները բնորոշ են Էջմիածնի տաճարի ավագ խորանից ցած պատկերված Աստվածամորն ու նրա երկու կողմերում տեղադրված առաքյալներին։ Սրբապատկերային կանոններից հեռանալու միտումներով է կատարված «Աստվածամայր» փոքրիկ սրբանկարը։ Տաճարի դեկորատիվ հարդարանքը՝ բուսական զարդանախշերը իրենց շքեղ, հարուստ ու գունագեղ հատվածներով, նոր երևույթ էր հայկական գեղանկարչության մեջ ներմուծել է երևույթների աշխարհիկ ընկալումներ, հաստոցային նկարչության սկզբունքների կիրառում, առանջնահատկություններ, որոնք ուղեցույց են հանդիսացել նրա հետնորդներին։