1862 թվականին Աղայանը ուսումը շարունակելու և մասնագիտության մեջ կատարելագործվելու մտադրությամբ ընկերոջ հետ մեկնում է Մոսկվա՝ որտեղհանդիպում են մեծ դժվարությունների։ 1862—1867 թվականներին աշխատում է որպես գրաշար Մոսկվայում և Պետերբուրգում: