Նա ծնվել է 1817 թ. հուլիսի 29-ին Թեոդոսիա քաղաքում, Ղրիմում, աղքատ հայ ընտանիքում։ Իր ընտանիքի ազգանունն Այվազյան էր։ Նկարչի նկարներից մի քանիսը կրում են այս ստորագրությունը, հայերեն` «Հովհաննես Այվազյան» (ռուսերեն՝ Ованес Айвазян)։ Նրա որպես նկարչի տաղանդը, իր համար ճանապարհ բացեց դեպի Սիմֆերոպոլ քաղաքի գիմնազիա, իսկ հետագայում` դեպի Սանկտ Պետերբուրգի Գեղարվեստի Ակադեմիա, որը Հովհաննես Այվազովսկին ավարտեց ոսկե մեդալով։