Ավետիսյանի մասին հանրությունն առաջին անգամ տեղեկանում է 1998 թվականի իշխանափոխությունից հետո: Այդ ժամանակ Սերժ Սարգսյանը ՆԳ եւ ԱԱ նախարար է, իսկ Ավետիսյանը Ազգային անվտանգության ծառայության տնտեսական հանցագործությունների դեմ պայքարի վարչության պետ: Իշխանությունը զավթելու ուղղությամբ առաջին լուրջ քայլը արած ղարաբաղյան կլանը լուրջ տնտեսական ամբիցիաներ ունի. կլանի ներկայացուցիչները պետք է սեփականություն ձեռք բերեն, բիզնեսի ոլորտներ ստանան: Իսկ սրա համար ավելի հարմար գործիք, քան ԱԱ նախարարության տնտեսական հանցագործությունների դեմ պայքարի վարչությունն է, դժվար է մտածել: Արմեն Ավետիսյանի թեթեւ ձեռքով գործարար աշխարհի տարբեր ներկայացուցիչներ հայտնվում են ԱԱՆ մեկուսարաններում եւ այնտեղից դուրս են գալիս միայն իրենց սեփականության կամ բիզնեսի մի մասից հրաժարվելու, այն ղարաբաղցի կամ էլ Սերժի հովանավորությունը վայելող այլ անձանց զիջելու գնով: Այսպես ձեւավորվում է ղարաբաղյան կլանի տնտեսական հենքը: Արմեն Ավետիսյանը դառնում է կլանի եւ Սերժ Սարգսյանի սիրելին. նա փողի գետեր է ուղղում դեպի իր ղեկավարությունը: 1999 թվականի հոկտեմբերի 27-ից հետո Սերժ Սարգսյանը ստիպված է հեռանալ Ազգային անվտանգության նախարարի պաշտոնից: Ու չնայած Արմեն Ավետիսյանը շարունակում է մնալ ԱԱՆ-ում, իրականում նա ենթարկվում է ոչ թե նոր նախարար Կառլոս Պետրոսյանին, այլ իր հոգեւոր հայր Սերժ Սարգսյանին: Բնականաբար այս իրավիճակը դուր չի գալիս Կառլոս Պետրոսյանին, ու նա ամեն ինչ անում է Ավետիսյանի կյանքը անտանելի դարձնելու համար: Բայց գալիս է 2000 թվականի մայիսը, վարչապետ Արամ Սարգսյանը պաշտոնանկ է արվում, Սերժ Սարգսյանը նշանակվում է պաշտպանության նախարար, ու չնայած Կառլոս Պետրոսյանը պահպանում է իր պաշտոնը, Արմեն Ավետիսյանը նշանակվում է Մաքսային պետական կոմիտեի պետ: