Էդուարդ Խաչիկյանը հայտնաբերել է Սեյֆերտի տիպի նոր գալակտիկաները և դասակարգել դրանք։ Նա հայտնի է Մարգարյանի գալակտիկաների առաջին սպեկտրային դիտումներով: Ակադեմիկոս Խաչիկյանի աշխատանքները վերաբերում են գազափոշային և գիսավորաձև միգամածություններին, միգամածությունների ճառագայթման բևեռացմանը, աստղասփյուռներին և գերաստղասփյուռներին, արտագալակտիկական աստղագիտությանը, ակտիվ գալակտիկաներին, Սեյֆերտի և Մարգարյանի գալակտիկաներին։ Նա տպագրել է 160-ից ավելի գիտական հոդված և ակնարկ, մեծ ներդրում է ունեցել նաև գիտական կադրերի պատրաստման գործում: