Սակայն ամենամեծ աղետը տեղի ունեցավ Փոքր Ասիայում: Սելջուկ-թուրքերի առաջին արշավանքները Բյուզանդական Հայաստան տեղի ունեցան 1065 և 1067 թթ-ին։ 1068 թ-ին Փոքր Ասիայի ռազմական ազնվականությունը կայսր ընտրեց իրենց թեկնածուին՝ Ռոմանոս Դիոգենեսին: 1071 թ-ին Ռոմանոսը կազմակերպեց մեծ արշավանք սելջուկ-թուրքերին ջախջախելու նպատակով։ Սակայն Մանազկերտի ճակատամարտում կայսրն իր զորքով ոչ միայն ջախջախիչ պարտություն կրեց, այլև գերի ընկավ Ալփ Արսլան սուլթանին։ Ալփ Արսլանն ազատեց կայսրին կայսրության արևելյան նահանգների՝ այդթվում Հայաստանը, իրեն զիջելու դիմաց։[63] Այդ նույն ժամանակ Կոստանդնուպոլսում տեղի ունեցավ հեղաշրջում, որի հետևանքով գահ բարձրացավ Միքայել Դուկասը: Արդեն 1081 թ-ին սելջուկները նվաճեցին ահռելի տարածքներ և ստեղծեցին կայսրություն, որ տարածվում էր արևելքում մինչև Հայաստան, իսկ արևմուտքում մինչև Բյութանիա: Նորաստեղծ կայսրության մայրաքաղաք ընտրվեց Նիկեա քաղաքը, որը գտնվում էին մայրաքաղաք Կոստանդնուպոլսից ընդամենը 90 կմ հեռավորության վրա։[67]