ՀԱԷԿ-ի և միջուկային նյութերի պաշտպանության հիմնական խնդիրն սպառնալիքը կամ հարձակումը կասեցնելն ու կանխելն է, իսկ դրանց իրականացման դեպքում` չեզոքացումը: Դրանք ապահովվում են տարբեր պաշտպանական արգելքների` տեխնիկական և վարչական միջոցների համակարգի, հակազդող ուժերի համատեղմամբ: