Մասնագիտական կրթություն Իսաբեկյանը ստացել է «Գեղարդ» տեխնիկումում, որտեղ աշակերտել է Սեդրակ Առաքելյանին, Գոհար Ֆերմանյանին և այլոց։ Տեխնիկումն ավարտելուց հետո աշխատանքի է անցել «Պիոներ կանչ», «Ավանգարդ», «Սովետական Հայաստան» թերթերում որպես նկարիչ։ Արդեն 1935թ․-ին Իսաբեկյանն ընդունվում է Թբիլիսիի Գեղարվեստի ակադեմիա, որտեղ սովորել է նախ գրաֆիկայի, ապա գեղանկարի բաժնում։ Այս ընտրության մասին մի առթիվ Մհեր Իսաբեկյանը՝ որդին, ասել է, որ նկարչի կյանքում նման վճռական ընտրության համար մեծ դեր է խաղացել էքսկուրսիան դեպի Լենինգրադ, որտեղ ցնցվել է Դելակրուայի «Առյուծների որսից» և Ռուբենսի նկարներից, ինչպես նաև Թիֆլիսի այցելությունները Ալեքսանդր Բաժբեուկ-Մելիքյանին։