Հովհաննես Չեքիջյանը ծնվել է Ստամբուլում: Մինչև 1961 թվականին հայրենադարձվելը Ստամբուլում ղեկավարել է տարբեր երգչախմբեր, եղել է Ստամբուլի սիմֆոնիկ նվագախմբի դիրիժորը, ստեղծել է իր` «Չեքիջյան» երգչախումբը, եղել է Ստամբուլի օպերային թատրոնի երաժշտական ղեկավարն ու պետական երգչախմբի գլխավոր դիրիժորը: