Ամենայն հայոց կաթողիկոսության ենթակա են Մայր աթոռ Ս. Էջմիածնի միաբանությունը, հոգևոր ճեմարանը, «Էջմիածին» ամսագրի խմբագրությունը, Մայր տաճարի պաշտոնեությունը (Մայր տաճարի լուսարարապետ, ավագ լուսարար, Մայր տաճարի Մկրտարանի տեսուչ, Մկրտարանի ծիսակատար քահանաներ, խոստովանահայրեր, Դպրաց դաս, քառաձայն երգչախումբ), Ալեք և Մարի Մանուկյան գանձատունը: Ամենայն հայոց կաթողիկոսությունը ունի դիվանատուն, Միջեկեղեցական հարաբերությունների բաժին, Քրիստոնեական դաստիարակության և քարոզչության կենտրոն, Տնտեսաֆինանսական վերստուգիչ մարմին և այլն: