ՄՌՏ հետազոտության ժամանակ, ի տարբերություն ՀՏ հետազոտության, չեն կիրառվում իոնիզացնող ճառագայթներ: ՄՌ տոմոգրաֆիայի հիմքում ընկած է միջուկամագնիսային ռեզոնանսի երևույթը: Մագնիսական դաշտում տեղակայված ատոմների միջուկները սկզբում կլանում, ապա արձակում են էներգիա, որը գրանցվում է սարքի կողմից: Սարքերը հիմնված են ջրածնի պրոտոններից ստացված էներգիայի հաշվարկման վրա, քանի որ այն մեծ քանակով է պարունակվում մարդու օրգանիզմում: