Մթնոլորտային օդի ամենաբարձր մակարդակի աղտոտումը նկատվում է խոշոր ավտոմայրուղիների և արդյունաբերական գոտիների շրջանում, հատկապես կենտրոնում, քաղաքի արևելյան և հարավարևելյան շրջաններում։ Մոսկվայում ամենաաղտոտված շրջաններն են՝ Կապոտնյան, Կոսինո Ուխտոմսկին և Մարյինոն։ Պատճառը քաղաքի տարածքում Մոսկովյան նավթաարդյունաբերական գործարանն է, Լյուբերեցկի և Կուրյանովսկի աերացիայի կայանները[50][51]։ Մոսկվայի էկոլոգիապես մաքուր շրջաններին են պատկանում Կրիլատսկոյե, Կուրկինո, Միտինո, Ստրոգինո և Յասենևո շրջանները։