Մակեդոնիայի գործադիր իշխանությունը կառավարությունն է,իսկ վարչապետը հանդիսանում է գլխավոր քաղաքական ուժը։Կառավարությունը երկրի օրենսդիր մարմինն է,այն առաջարկում և հաստատում է օրենքներ,իսկ սահմանադրությունը գործել է մինչև 1993թ,երբ ձևավորվեց նոր պետականություն։Այն սահմանափակեց կառավարութան իրավունքները։Սահմանադրությամբ սահմանափակվեցին նաև ոստիկանության իրավունքները։Սահմանադրությամբ Մակեդոնիան հռչակվեց անկախ սոցիալիստական պետություն,իսկ Սկոպիեն դարձավ մայրաքաղաք։120 անդամներ ընտրվեցին և ստանձնեցին մանդատը չորս տարի ժամկերով։Յուրաքանչյուր 18 տարին լրացած չափահաս անձ կարող է ընտրել միայն մեկ կուսակցության։Կառավարության ներկայիս նախագահը Թալաթ Իքսհաֆերին է։