Արցախի գետերի մեծամասնությունը (75 %) պատկանում են Կուրի ավազանին։ Այս գետի խոշոր վտակներից են Թարթառը, Հևջան, Խաչենը, Կարկառը, Խոնաշենը։ Ամենախոշոր վտակն աջակողմյան Կարկառն է, որի ջուրն օգտագործվում է ոռոգման նպատակով։ Այն սկիզբ է առնում Արցախի լեռնաշղթայի արևելյան լանջերից՝ ծովի մակարդակից մինչև 2080 մետր բարձրությունից։ Կարկառն իր հերթին ևս ունի երկու խոշոր վտակներ՝ Մեղրագետը և Բագարան։ Արաքսի ավազանի վտակները համեմատաբար ավելի խոշոր են և ջրառատ։ Դրանք են՝ Հագարին, Վարանդան, Իշխանագետը: Հագարին հոսում է Քաշաթաղի շրջանում և ունի 113 կմ երկարություն։ Սկիզբ է առնում Արցախի բարձրավանդակից՝ Դալիդաղ լեռնազանգվածի հարավային լանջից։ Հոսում է հյուսիս-արևմուտքից հարավ-արևելք։ խոշոր վտակը Հոչազն (Հոչանց) է (63 կմ)։ Սնումը խառն է, հորդացումը տեղի է ունենում մայիս-հունիսին ամիսներին։ Վարանդան և Իշխանագետը սնմամբ և հոսքով նման են Արցախի մյուս գետերին։ Կան մի քանի գետեր, որոնք սկիզբ են առնում Հայաստանի Հանրապետության տարածքում և հոսում են մինչև Արցախ։ Օրինակ՝ Քարաշեն գետն սկիզբ է առնում Սյունիքի բարձրավանդակից և Լեռնային Ղարաբաղի Հանրապետության տարածքում աջից միախառնվում է Աղավնո գետին։ Արցախի Հանրապետության մայր գետը Թարթառն է, որը պատկանում է Կուր գետի ավազանին։ Թարթառ գետի վերին ավազանում ժամանակին գտնվել է պատմական Ծար ավանը, իսկ գետի միջին հոսանքում՝ ձախ ափին, գտնվում էԴադիվանքը։ Թարթառի ափին է գտնվում նաև Քարավաճառ քաղաքը։ Թարթառ գետի ռեժիմը կարգավորելու և ջրերն արդյունավետ օգտագործելու համար 1970 թվականին կառուցվել է Սարսանգի ջրամբարը, որի ջրերն օգտագործվում են ոռոգման և ջրաէներգետիկ նպատակներով։ Ջրամբարի վրա կառուցված է Սարսանգի ՀԷԿ-ը ( հզորությունը՝ 110 մեգավատտ)։ Ամբարտակը ծառայել է ոչ միայն էլեկտրաէներգիա ստանալու, այլ նաև դաշտերը ոռոգելու համար։ Արցախյան ազատամարտի տարիներին Սարսանգի ջրամբարի շրջակայքում կատաղի մարտեր են տեղի ունեցել, որոնց ժամանակ կասեցվել է ադրբեջանական բանակի 1992 թվականի ամառային հարձակումը և Արցախի կողմից վերականգնվել է ջրամբարի նկատմամբ վերահսկողությունը։