Ստալինյան բռնարարքներին հայ նշանավոր շատ մտավորականների հետ միասին զոհ դարձավ նաև. Ա.Քալանթարը: 1938թ. մարտին նա ձերբակալվել է այսպես կոչված «պրոֆեսորների գործով»՝ մեղադրվելով հայրենիքի դավաճանության մեջ: Մահապատժի դատավճիռը փոխարինվել է ութ տարվա ազատազրկմամբ: Աքսորվել է Սիբիր, որտեղ 1942թ. հունիսին կնքել է իր մահկանացուն: Արդարացվել է հետմահու: