Ռուսաստանի կողմից Թուրքիայի համար ոչ վիզային ռեժիմի վերացումը որոշակի խնդիրներ առաջացրեց թուրքական ավիաընկերությունների աշխատանքում։ Մասնավորապես 2016թ. հունվարի սկզբին թուրքական Pegasus Airlines և Onur Air ավիաընկերությունները ժամանակավորապես (մոտ 10 օրով) դադարեցրեցին իրենց չվերթները դեպի Ռուսաստան, քանի որ նրանց անձնակազմի մի շարք անդամներ չէին կարողացել ստանալ ռուսական վիզա։ Թուրքիայի տրանսպորտի նախարար Բինալի Յըլդըրըմը դա որակեց որպես Ռուսաստանի կողմից միջազգային ավիացիոն իրավունքի խախտում [27]։ ՌԴ ԱԳՆ-ը, սակայն, հերքեց Յըլդըրըմի մեղադրանքը՝ այն որակելով որպես անհիմն՝ հավելելով, որ Pegasus Airlines և Onur Air ավիաընկերություններն իրենք են մեղավոր ստեղծված իրադրության համար, քանի որ վիզաների հարցով ժամանակին չեն դիմել ռուսական կողմին՝ թեպետ գիտեին, որ Ռուսաստանը չեղյալ է հայտարարել Թուրքիայի հետ ոչ վիզային ռեժիմը։ ՌԴ ԱԳՆ-ը որպես օրինակ բերեց Turkish Airlines ավիաընկերությունը, որը նման խնդիր չէր ունեցել, քանի որ անհրաժեշտ խնդիրները լուծել է ժամանակին[28]։