Տարեկան և համալիր ծրագրերի իրականացման կարևոր բաղադրիչներից են Սևանա լճի և դրա ջրհավաք ավազանի էկոհամակարգերի պահպանման, դրանց վրա տնտեսավարման ցանկացած ճյուղի կայուն կառավարման համակարգի ստեղծումը: Այդ նպատակի իրականացման համար նախատեսվող միջոցառումները նպատակաուղղված են Սևանա լճի և դրա ջրհավաք ավազանի էկոհամակարգերի կառավարման միասնական համակարգի ստեղծմանը, ինչպես նաև պետական, տարածքային և տեղական ինքնակառավարման մարմինների իրավասությունների ու պարտականությունների հստակեցմանն ու ներդաշնակմանը վերոնշյալ գործառույթներում: