Գիտական հիմնարկները ղեկավարում Է Գիտական հետազոտությունների ազգային խորհուրդը։ Գիտությունների ակադեմիան հիմնվել Է 1959-ին։ Իտշոր գիտական կենտրոններից են Վեյցմանի անվ. գիտահետազոտական ինստիտուտը (հիմնվել Է 1934-ին, Ռեխովոտ), որը հետազոտություններ Է կատարում բժշկության, մաթեմատիկայի, ֆիզիկայի, Էլեկտրոնիկայի և այլ բնագավառներում (Ատոմային Էներգիայի օգտագործման պետական հանձնաժողովի հետ կազմել Է ռադիոկենսաբանության մեջ ռադիոիզոտոպների կիրառման ուսումնասիրության կենտրոն), Նեգևյան գիտահետազոտական ինստ-ը (հիմնվել Է 1956-ին) ուսումնասիրում Է Նեգև անապատի հանքային պաշարները։ Գիտահետազոտական տարբեր աշխատանքներ են տարվում նաև Երկրաբանական, նավթի և գեոֆիզիկայի (հիմնվել Է 1957-ին, իյոլեն), Գյուղատնտեսական (հիմնվել Է 1959-ին, Ռեխովոտ) ինստիտուտներում, Տեխնոլոգիական ինստիտուտին կից հետազոտական հիմնարկում (Հայֆա), Կենտրոնական ֆիզիկական լաբորատորիայում (հիմնվել Է 1950-ին, Երուսաղեմ), Կենսաբանության գիտահետազոտական ինստիտուտում։ Խոշորագույն բուհերն են. Հրեական համալսարանը (Երուսաղեմ, հիմնադրվել Է 1918-ին, պաշտոնապես բացվել 1925-ին), Թել-Ավիվի համալսարանը (հիմնադրվել Է 1953-ին), տեխնոլոգիական իպստիտուտը (հիմնադրվել Է 1912-ին) Հայֆայում։ Գրադարաններից հայտնի են. Հրեական ազգային և համալսարանական գրադարանները Երուսաղեմում (հիմնադրվել է 1884-ին), համալսարանական գրադարանը՝ Թել-Ավիվում (հիմնադրվել 1954-ին)։ Գլխավոր թանգարաններն են. Իսրայելի Ազգային թանգարանը Երուսաղեմում (հիմն. 1965-ին), Հաարեց թանգարանը՝ Թել-Ավիվում (հիմնարդվել է 1958-ին)։