1991 թ. Վրաստանի անկախացումից հետո տարեցտարի ոչ միայն խորացել է եկեղեցու շարունակական քայքայումը, այլև այն դադարել է դիտարկվել որպես պատմական հուշարձան, քանի որ ամեն օր եկեղեցու պատերին կից մեկը մյուսի հետևից սկսել են ծնունդ առնել իշխանությունների կողմից արտոնված բնակելի շինություններ: Սուրբ Նշան Եկեղեցին, մշտապես լինելով Վրաց Ուղղափառ եկեղեցու հավակ­նությունների շրջանակներում, վերջինիս ներկայացուցիչների, ինչպես նա Վրացական ԽՍՀ-ի ու անկախություն ձեռք բերած Վրաստանի պետական կառույցների կողմից հաճախակի ենթարկվել է ոտնձգությունների: Աղբով լցված, շների և թափառականների ապաստանավայրի վերածված եկեղեցին, այնուամենայնիվ, 2007 թ. ստացավ պատմական հուշարձանի կարգավիճակ, կատարվեցին մասնակի մետաղային կոնստրուկտիվ ամրապնդման աշխատանքներ, սակայն դրանով ամեն բան ավարտվեց: Եկեղեցին այսօր գտնվում է կանգուն, սակայն վթարային և անմխիթար վիճակում: