Նախարարությունն իր գործունեության շրջանակներում համագործակցում է գյուղատնտեսության ոլորտի հետ առնչվող այլ կազմակերպությունների, մասնավորապես արդյունավետ համագործակցություն է ապահովում «Հայաստանի ազգային ագրարային համալսարան» հիմնադրամի հետ: