Աշխատակազմի անմիջական ղեկավարումն իրականացնում է աշխատակազմի ղեկավարը, ում նշանակում եւ ազատում է ՀՀ հատուկ քննչական ծառայության պետը: Աշխատակազմի ղեկավարի լիազորությունները սահմանվում են Հայաստանի Հանրապետության օրենքներով, սույն կանոնադրությամբ և իրավական այլ ակտերով: