Սպիտակուցի in vitro անալիզի համար, սպիտակուցը պետք է մաքրված լինի բջջային բաղադրամասերից։ Այս գործընթացը սովորաբար սկսվում է բջջի քայքայումով և այսպես կոչված բջջային էքստրակտի ստացումով։ Ապա ցենտրիֆուգման և ուլտրացենտրիֆուգման մեթոդներով այս էքստրակտը բաժանվում է ֆրակցիաների, որոնք պարունակում են՝ լուծված սպիտակուցները, մեմբրանային լիպիդները և սպիտակուցները, բջջի օրգանոիդները և նուկլեինաթթուները։