Համալիր ծրագրի աշխատանքների իրականացումը հիմնված է «Սևանա լճի մասին» ՀՀ օրենքի 11-րդ հոդվածով սահմանված սկզբունքների վրա, և դա միջոցառումների փոխկապակցված ամբողջական համակարգ է, որը նպատակաուղղված է հետևյալ հիմնախնդիրների իրականացմանը.