Միքայել Քոթանյանը 1989 թվականից մինչև կյանքի վերջը եղել է Հայաստանի տնտեսագետների միության ղեկավարը, ՀՀ ԳԱԱ, Երևանի ժողովրդական տնտեսությսն ինստիտուտի և Երևանի պետական համալսարանի տնտեսագիտության գծով աստիճաններ շնորհող մասնագիտական խորհրդի, ՀՀ կրթության և գիտության թեմատիկ ֆինանսավորման հանձնաժողովի նախագահ: Մ.Քոթանյանը ղեկավարել է ՀՀ ԳԱԱ տնտեսագիտության գիտական խորհուրդը, եղել է Հայաստանի ժուրնալիստների միության և Տնտեսագետների միջազգային միության անդամ: Նա ավելի քան 100 գիտական աշխատանքների հեղինակ է: