1997-2006թթ.-ին հանդիսացել է ՀՀ ԳԱԱ Մոլեկուլային կենսաբանության ինստիտուտի գիտական գծով փոխտնօրեն և առաջատար գիտաշխատող: 2006թ.-ին ստացել է պրոֆեսորի կոչում կենսաբանության ոլորտում: Աննա Բոյաջյանի նախաձեռնությամբ նույն ինստիտուտում 2003թ.-ին հիմնադրվել է Մակրոմոլեկուլային համալիրների լաբորատորիան (2014թ.-ից` Մարդու գենոմիկայի և իմունոմիկայի լաբորատորիա), իսկ 2013թ.-ին` Կիրառական մոլեկուլային կենսաբանության բաժինը: 2006թ.-ից մինչ օրս զբաղեցրել է ՀՀ ԳԱԱ Մոլեկուլային կենսաբանության ինստիտուտի տնօրենի պաշտոնը: 2014թ.-ի դեկտեմբերին ընտրվել է ՀՀ Գիտությունների ազգային ակադեմիայի թղթակից անդամ: