Այս առումով, նշել է Մինասյանը, մշակվել են 10 չափանիշներ, որոնք վերաբերում են ֆլորայի և ֆաունայի էնդեմիկ տեսակների առկայությանը, որոնք գրանցված են Հայաստանի Կարմիր գրքում: Հիմավորման համաձան՝ չնայած հիդրոէներգետիկան համարվում է էկոլոգիապես մաքուր և միտված է CO2 ջերմոցային գազերի դեպի մթնոլորտ արտանետումների կրճատմանը, այնուամենայնիվ, վերջին տարիներին ակտիվ ջրօգտագործման, ինչպես նաև կլիմայի փոփոխության հետևանքով գետային հոսքի նվազման պատճառով ՓՀԷԿ-երի շահագործումը բացասական ազդեցություն է ունենում էկոհամակարգերի վրա: Ստեղծված բնապահպանական խնդիրները լուծելու, ջրօգտագործման ժամանակ ջրաէկոհամակարգի պահպանությունը և հավասարակշռությունը ապահովելու համար անհրաժեշտություն է առաջացել սահմանել փոքր ՀԷԿ-երի կառուցման և շահագործման համար չափորոշիչներ, որոնք կկանխարգելեն կամ կնվազեցնեն շրջակա միջավայրի վրա փոքր ՀԷԿ-երի վնասակար ազդեցությունները:-