ՄԻկրոաուտոֆագիայի ժամանակ մակրոմոլեկուլները և բջջաթաղանթի մնացորդները կլանվում են լիզոսոմի կողմից։ Այսպիսով բջիջը ընդունակ է քայքայել սպիտակուցները էներգիայի կամ կառուցվածքային նյութի բացակայության պայմաններում։ Միկրոաուտոֆագիան տեղի է ունենում նորմալ պայմաններում ևս և ընտրողական գործընթաց չէ։ Միկրոաուտոֆագիայի ժամանակ կարող են կլանվել նաև օրգանոիդները։ Այսպես օրինակ խմորասնկերի մոտ նկարագրված է պերօքսիսոմների և կորիզի մասնակի աուտոֆագիան, որի դեպքում սակայն բջիջը պահպանում է իր կենսագործունեությունը[61]: