Մակեդոնիայի բնակչության 64.7%-ը Ուղղափառ Քրիստոնեության հետևորդներ են, որոնց ճնշող մեծամասնությունը պատկանում է Մակեդոնական Ուղղափառ Եկեղեցուն։ 33.3%-ը մուսուլմաններ են (ալբանացիներ, թուրքեր, գնչուներ, մակեդոնացիներ)։ Մակեդոնիան Եվրոպական երկրների շարքում 4-րդն է Կոսովոյից, Ալբանիայից և Բոսնիա-Հերցոգովինիայից հետո իսլամադավան բնակչության բարձր տոկոսով։