Սկսած 3.02 տարբերակից՝ Acrobat Reader (այժմ Adobe Reader) ծրագիրը աջակցում է նաև JavaScript ի հետ աշխատանքը։ Այս գործառույթը PDF փաստաթուղթ ստեղծողին թույլ է տալիս ընդգրկել կոդ, որը կատարվում է այն ժամանակ, երբ փաստաթուղթը կարդում են։ Վնասակար PDF ֆայլերը, որոնք փորձում են հարձակում գործել անվտանգության խոցելի հատվածների վրա, կարող են կցվեծ վեբ կայքերի հղումներին կամ տարածվել էլեկտրոնային փոստի կցված ֆայլերով։ Մինչդեռ JavaScript համակարգը մշակված է այնպես, որ չկա ուղիղ մուտքի թույլտվություն դեպի ֆայլային համակարգ և այդպիսով այդ դառնում է «անվտանգ», մի շարք խոցման դեպքեր են հաղորդվել, երբ փորձ է արվել Acrobat ծրագրերի միջոցով տարածել վնասակար ծրագրային կոդեր։[42] Adobe ընկերության ծրագրերը վաղուց արդեն դարձել են շատ տարածված ծրագրային թիրախ հարձակումների համար, հատկապես՝ Reader և Flash ծրագրերը, որոնք եղել են 2010 թվականի առաջին տեղերը զբաղեցնող հարձակումները։ 2009 թվականի վերջին եռամսյակում ամենատարածված հաճախորդների կողմից օգտագործվող ծրագիրը դարձել է հարձակումների թիրախ։[43] McAfee ընկերությունը կանխատեսել էր, որ Adobe ընկերության ծրագրերը, հատկապես Reader և Flash ծրագրերը, լինելու են 2010 թվականի հարձակումների առաջնահերթ թիրախ։[44]