Միքայել Քոթանյանի ողբերգական մահն անդառնալի կորուստ է տնտեսագիտության, ՀՀ հասարական-քաղաքական կյանքի, գիտական հասարակայնության, ողջ ժողովրդի համար: Գնահատելով նրա մեծ վաստակը գիտության մեջ Միքայել Քոթանյանի ողբերգական մահից հետո ՀՀ նախագահի որոշմամբ Հայաստանի գիտությունների ազգային ակադեմիայի տնտեսագիտության ինստիտուտը անվանվել է նրա անունով: Նախագահի հրամանով հետմահու նա պարգևատրվել է Մովսես Խորենացու անվան շքանշանով: Նրա անունով կրթաթոշակ է նշանակվել Երևանի ժողովրդական տնտեսության ինստիտուտում: Մ.Քոթանյանի անվամբ է կոչվել նաև իր հայրենի գյուղի դպրոցը: ԱՄՆ-ի դեսպանատան կողմից 2000թ. հոկտեմբերի 25-ին նրա անվամբ բացվել է Ինտերնետ համակարգչային կենտրոն Երևանի Փ.Թերլեմեզյանի անվան գեղարվեստի պետական ուսումնարանում: Բացվել է «Միքայել Քոթանյան» բարեգործական հիմնադրամ: