Գիտական հոդվածներով Ալիշանը հանդես է եկել 1843-ից՝ «Բազմավեպ»–ի էջերում։ «Տեղագիր Հայոց Մեծաց» (1855) աշխատության մեջ տեղագրել է պատմական Հայաստանի գավառները, տվել նրանց համապատասխան գիտա-աշխարհագրական բնութագրությունը։ Ալիշանը նախատեսել էր գրել պատմական Հայաստանի բոլոր տասնհինգ նահանգների մասին պատմա–աշխարհագրական բնույթի աշխատություններ, որոնք պետք է զետեղվեին 20–22 մեծադիր հատորներում։ Շարքի առաջին գործն է «Շիրակ»–ը (1881), որտեղ նա, բնավ Հայաստանում եղած չլինելով, հանգամանալից քննության է ենթարկել այդ գավառի պատմությունն ու աշխարհագրությունը։ Այնուհետև իրար են հաջորդել «Սիսուան» (1885), «Այրարատ» (1890) և «Սիսական» (1893) աշխատությունները, որոնք չհնացող կոթողներ են հայագիտության գանձարանում։ Այդ գործերում Ալիշանը մասնագիտական մանրակրկիտությամբ տեղագրել է Հայաստանի պատմական նահանգների լեռները, գետերը, լճերը, ձորերը, արժեքավոր տեղեկություններ հաղորդել քաղաքներում, շեներում ու գյուղերում եղած մեծ ու փոքր պատմական հուշարձանների մասին։ Նրա տեղագրական երկերում հավաքված են բազմաթիվ մեծարժեք նյութեր հայկական վանքերի, զանազան հուշարձանների վրա եղած արձանագրություններից, ամփոփված են իր նկարագրած տեղավայրերից մինչ այդ հրատարակված բոլոր արձանագրությունները։ Ալիշանը հետևել է ժամանակին լայն տարածում ստացած «աշխարհագրական ուղղությանը», ըստ որի մարդկային հասարակության զարգացման հիմնական ազդակը աշխարհագրական միջավայրն է։ 1881-ին Վենետիկամ կայացած աշխարհագրագետների համաշխարհային երրորդ կոնգրեսում նա կարդացել է «Հայկական աշխարհագիտություն» թեմայով զեկուցում (իտալերեն, հայ. հրտ. 1881), որտեղ, ի թիվս Հայաստանի աշխարհագրության հետ առնչվող բազում հարցերի, պաշտպանել է այդ տեսությունը։