1197 թվականին Գեորգի VI-ի երեքամյա որդին՝ Ֆրիդրիխը։ Նրա քեռին և խնամակալը՝ Ֆիլիպ Շվաբսկին, Մարկվարդ ֆոն Անվայլերի խնամակալ է նշանակվում 1198 թվականին։ Ֆրեդերիկի իրավունքը հաստատում է Ինոկենտիոս III պապը, բայց դա անբավարար էր թվում։ Վալտեր III դե Բրիենը ամուսնանում է Տանկրեդա դե Լիչեի աղջկա հետ և ներկայացնում է իր հավակնությունները սիցիլիական գահի հանդեպ(1201 թվական)։ 1202 թվականին Շտաուֆենի զորքը՝ գլխավորված կանցլեր Վալտեր Պալեարիսկու և Դիպոլդ ֆոն Ֆոբուրգի կողմից, պարտվում է Վալտեր դե Բրիենի բանակի կողմից։ Խնամակալ Մարկվարդը սպանվում է, և հնգամյա թագավորը ընկնում է դե Բրիենի դաշնակցի՝ Վիլյամ Կապպարոնսկու ձեռքը։ Այնուամենայնիվ, Դիպոլդը շարունակում է պատերազմը մայրցամաքային Իտալիայում մինչև Վալտեր դե Բրիենի մահը(1205 թվական), որից հետո ազատագրում է Ֆրիդրիխին և 1206 թվականին նրան հանձնում է կանցլեր Վալտեր Պալեարիսկու պաշտպանությանը։ 1207 թվականին տեղի է ունենում վեճ Դիպոլդի և Վալտերի միջև, որի արդյունքում Դիպոլդը սկզբում բռնազավթում է թագավորական պալատը։ Սրանով տասնամյա պատերազմը գահի համար ավարտվում է։ Ֆրիդրիխ II-ը շարունակում է օրենքների բարեփոխումը՝ սկսված դեռևս իր պապի Ռոժեր II-ի օրոք։Արդյունքում 1231 թվականին ստեղծվում է Մելֆինյան սահմանադրությունը՝ Լիբեր Ավգուստալիսը(լատ.՝ Liber Augustalis)՝ օրենքների ժողովածուն, որը ոչ միայն այդ ժամանակի համար առաջադեմ քայլ էր, այլև հետագայում ծառայել է որպես օրենքների ժողովածուի օրինակ։ Նա ազդարարում է ընդունել գրավոր օրենքներ՝ ֆեոդալական սովորութային իրավունքներով։ Ոչ մեծ մոդիֆիկացիայով Լիբեր Ավգուստալիսը կազմվել է՝ հիմքում ունենալով մինչև 1819 թվականը եղած սիցիլիական օրենքները։ Ֆրիդրիխ II-ը կառուցել է նաև Կաստել դել Մոնտեն, իսկ 1224 թվականին Նեապոլում հիմնել է Ֆեդերիկո II-ի համալսարանը՝ առաջիններից մեկը Եվրոպայում, որը շատ հարյուրամյակներ Հարավային Իտալիայում եղել է միակը։ Իր կառավարման կեսդարյա երկարաձիգ ժամանակաշրջանում Ֆրիդրիխ II-ը ավելի շատ իրեն զգում էր որպես Սիցիլիայի թագավոր, քան Սրբազան Հռոմեական կայսրության կայսր։ 1250 թվականին նրան հաջորդում է կայսր Կոնրադ IV-ը, որը ավելի շատ զբաղված էր պատերազմներով Գերմանիայում, քան Սիցիլիական թագավորությամբ։ Նա, այնուամենայնիվ հայտնվում է Նեապոլում, արագորեն վերցնում է քաղաքը և հետո մահանում Գերմանիա գնալու ճանապարհին։ 1254 թվականին նրան հաջորդում է երկամյա որդին՝ Կոնրադին։ Իրականում այդ ամբողջ ժամանակաշրջանում Սիցիլիան կառավարում էր Ֆրիդրիխ II-ի անօրինական որդին՝ Մանֆրեդ Սիցիլիացին, որը Կոնրադինի մահվան վերաբերյալ տարածված սուտ լուրերից հետո իրեն հայտարարում է Սիցիլիայի թագավոր։