2006թ.-ից եղել է ՀՀ ԳԱԱ Միջազգային գիտակրթական կենտրոնի ամբիոնի վարիչ և դասախոս-պրոֆեսոր, իսկ 2007թ.-ից` նաև Հայ-Ռուսական (Սլավոնական) համալսարանի Բժշկակենսաբանական ֆակուլտետի պրոֆեսոր, 2012թ.-ից` Երևանի Պետական համալսարանի Կենսաբանական ֆակուլտետի պրոֆեսոր: Ունի 9 ազգային և միջազգային պարգև, 1995թ.-ից ղեկավարել է 22 գիտական նախագիծ: Մի շարք ազգային և միջազգային ընկերությունների անդամ էր, ՀՀ ԳԱԱ Փորձարարական կենսաբանության 042 մասնագիտացված խորհրդի նախագահ, «Հայաստանի կենսաբանական հանդես» պարբերական ամսագրի գլխավոր խմբագրի տեղակալ և մի քանի միջազգային գրախոսվող ամսագրերի խմբագրական խորհրդի անդամ և գրախոս: Աննա Բոյաջյանը հանդիսանում էր նաև Մոլեկուլաբջջային կենսաբանության և իմունաբանության հայկական ասոցիացիայի հիմնադիր նախագահ և Կենսաբանական հոգեբուժության հայկական ընկերության նախագահ: Իր ղեկավարությամբ պաշտպանվել են 20 թեկնածուական աշխատանք և 30-ից ավելի դիպլոմային, բակալավրական և մագիստրոսական աշխատանք: Նա եղել է 5 դոկտորական ատենախոսական աշխատանքների գիտական խորհրդատու: Աննա Բոյաջյանը 400-ից ավելի գիտական աշխատանքների հեղինակ է, այդ թվում` 13 մենագրության, և ունի 3 արտոնագիր: