Ջրանցքների համակարգի շնորհիվ, որոնք կառուցվել են Կոմունիզմի մեծ կառուցումների կազմում, Մոսկվա խորհրդային ժամանակներից հայտնի էր որպես «հինգ ծովերի նավահանգիստ»՝ Բալթիկ, Սպիտակ, Կասպից, Ազովի և Սև[137][138] (ինչը, սակայն, ճիշտ չէ, քանի որ օգտագործելով բացառապես ներքին ջրային ուղիները, Մոսկվայից կարելի է մուտք գործել թվարկված միայն չորս ծովերը՝ դեպի Սև ծով Մոսկվայից ամենակարճ նավարկելի ուղին անցնում է Ազովի ծովի միջով)։ Հյուսիսային և Հարավային գետային կայարաններից գործում են կրուիզային շոգենավերը, որոնք Մոսկվան կապում են Սանկտ Պետերբուրգի, Աստրախանի, Դոնի Ռոստովի և Ռուսաստանի այլ քաղաքների հետ[139]: Իրականացվում են նաև փոխադրումներ Խիմկիի ջրամբարի մերձքաղաքային ուղիներով։ Նավիգացիայի ընթացքում Մոսկվա-գետի վրա գործում են գետային տրամվայների մի քանի երթուղիներ[140]: