13–րդ դարի վերջին Բուլղարիայի կայսրը ստանձնեց տարածաշրջանի կառավարումը։Քաղաքական դժվարությունների պատճառով կայսրությունը երկար գոյություն չունեցավ և 14–րդ դարում այն կրկին հայտնվեց Բյուզանդիայի տիրապետության տակ։14–րդ դարում այն դարձավ Սերբիայի կայսրության մի մաս, ովքեր ազատագրել են իրենց սլավոնական ազգակիցմերին Բյուզանդիայի դեպրոտիզմից։Ցար Ստեֆան Դուսան կառավարման ժամանակաշրջանում Սկոպիեն դարձել է պետության մայրաքաղաք։Դուսանի մահից հետո նրան հաջորդեցին թույլ իրավահաջորդներ և ազնվականների միջև ուժող պայքարի արդյունքում Բալկանյան տարածաշր֏անը կրկին տարանջատվեց։Այս իրադարձությունները համընկան դեպի Եվրոպա Օսմանյան թուրքերի ներխուժման հետ։Պրիլեպ թագավորությունը ամենակարճ գոյություն ունեցող թագավորություններից էր,որը հայտնվեց 14–րդ դարում Սերբիայի կայսրության փլուզման արդյունքում։Աստիճանաբար Բալկանյան ամբողջ տարածաշրջանը գրավվեց Օսմանյան կայսրության կողմից և մնաց դրա տիրապետության տակ ավելի քան հինգ դար։