Սպիտակուցի մոլեկուլները բջջի կողմից ոչնչացվում են, եթե երրորդային կառուցվածքը հնարավոր չի վերականգնել։ Սպիտակուցների դեգրադացիան իրականացնող ֆերմենտներն անվանվում են պրոտեազներ։ Պրոտեազները բաժանվում են երկու խմբի՝