Քաղաքը հիմնադրվել է XVI-XVII դարերի սահմանագծին որպես Գոլկոնդների մայրաքաղաք: 1724-1956 թվականներին Հայդարաբադը եղել է Հայդարաբադի իշխանության մայրաքաղաք և նիզամների նստավայր: 1956 թվականից եղել է Հնդկաստանի Անդհրա-Պրադեշ նահանգի մայրաքաղաքը: Քաղաքը կառուցվել է մոնղոլական տիրակալների կողմից. բազմաթիվ գեղեցիկ պալատներ, մզկիթներ, դամբարաններ և բնակելի տներ վկայում են այդ մասին: Հայդարաբադը Հնդկաստանի մյուս քաղաքների համեմատ ավելի երիտասարդ քաղաք է: Կառուցվել է 400 տարի առաջ Քուտբ շահերի մուսուլմանական դինաստիայի հինգերորդ սուլթան Մուհամմեդ Քուլիի (1565-1612) օրոք: Քաղաքը կրում է արդարամիտ խալիֆ Ալի իբն Աբի Տալիբի անունը, որը հայտնի է եղել Հայդար մականվամբ (առյուծ): Հայդարաբադը երբեմն անվանում են նաև «մարգարտյա քաղաք», քանի որ երկար տարիներ շարունակ այն հանդիսանում է տարբեր տեսակի մարգարիտներ գնելու վայր: