Ստալինեան ժամանակներուն, Իսահակեան մնաց հայ գրականութեան «վարպետը», այս տիտղոսին բաժնեկից ըլլալով նկարիչ Մարտիրոս Սարեանի հետ, ու շարունակեց գրել ու հրատարակել։ 1943ին ընտրուեցաւ նորաստեղծ Գիտութիւններու Ակադեմիայի անդամ, իսկ երեք տարի ետք ստացաւ Խորհրդային Միութեան պետական մրցանակը։ 1946ին ալ նշանակուեցաւ Հայաստանի Գրողներու Միութեան նախագահ, այս պաշտօնը վարելով մինչեւ իր մահը՝ 17 Հոկտեմբեր 1957-ին։