Մոնղոլների տիրապետության նախօրեին Ներքին Խաչենի ու Վերին Խաչենի իշխանությունները խնամիությամբ կապված էին Զաքարյան զորապետների հետ և վայելում էին նրանց հովանավորությունն ու աջակցությունը։ Թաթար–մոնղոլների տիրապետության շրջանում Արցախ–Խաչենի բնակչության վրա ծանր հարկ դրվեց։ Լենկթեմուրը 1387–ին ասպատակեց նաև Խաչենը՝ կոտորելով իշխանական տների գրեթե բոլոր նշանավոր ներկայացուցիչներին։ 16-րդ դարավերջին և 17-րդի սկզբին այդ իշխանությունները մանրացել, վեր էին ածվել գավառական վարչական միավորումների, որոնք կոչվում էին մելիքություններ և իրենց մեջ պահում էին հայ պետականության վերջին բեկորները։ Այս մանր պետական միավորումներն էին, որոնք գլխավորում էին հայ ժողովրդի ազատագրական պայքարը պարսկական ու թուրքական բռնապետությունների դեմ։ Արցախի հայկական ֆեոդալական իշխանությունները հարատևեցին մինչև նրա միացումը Ցարական Ռուսաստանին, որը տեղի ունեցավ 1813–ին, Գյուլիստանի պայմանագրով: