Արագածի կլիման փոփոխվում է ըստ բարձրության: Ստորոտից (1000մ) մինչև գագաթը տարեկան միջին ջերմաստիճանը տատանվում է -3°C - +10°C, տեղումները՝ 300-900մմ և ավելի: Լանջերին ամռանը չափավոր տաք է, ձմռանը՝ ցուրտ: