Խորհրդային շրջանում, Թբիլիսիի մի շարք եկեղեցիների հետ մեկտեղ կնիքվել և փակվել է նաև Սբ. Նշան եկեղեցին:1930 թ. եկեղեցին նորից վերադարձվել է համայնքին, սակայն 1931 թվականի մայիսի 3-ին կրկին փակվել: Եկեղեցու շենքը հարմարեցվել և ծառայեցվել է տարբեր նպատակնեով: