Ախտահարող գործոններին զուգահեռ միանում են ադապտացիոն և կոմպենսատոր մեխանիզմները,որոնք ապահովում են սանոգենեզը և օրգանիզմից ինֆեկցիայի վերացումը: Կախված պաթոգենետիկ և սանոգենետիկ մեխանիզմների ակտիվությունից դիզենտերային պրոցեսը կարող է ընթանալ սուբկլինիկական, ջնջված և կլինիկորեն արտահայտված ձևերով: Դիզենտերիայի ընթացքը և ծանրության աստիճանը կախված է նաև բակտերիայի տեսակից: Ամենածանր ընթացքով, նեյրոտոքսիկոզի վառ արտահայտված սիմպտոմոկոմպլեքսով և կոլիտիկսինդրոմով առանձնանում է Գրիգորև-Շիգի և Ֆլեքսների շիգելաներով հարուցված դիզենտերիաները: Զոննեի շիգելաները կարող են առաջացնել գաստրոէնտերիտ` ունենալով շատ կլինիկական ընդհանուր գծեր սննդային տոքսիկոինֆեկցիաների հետ: Որոշ դեպքերում հիվանդությունը ձեռք է բերում ձգձգվող և խրոնիկական ընթացք: Դրան նպաստում են իմունոդեֆիցիտային վիճակները` պայմանավորված ուղեկցող հիվանդություններով, անբարենպաստ պրեմորբիտ ֆոնով և այլն: Դիզենտերիայի ժամանակ պաթանատոմիական փոփոխությունները ավելի շատ արտահայտված են հաստ աղու դիստալ հատվածում: Դիտվում են աղիքի ախտահարման 4 ստադիա`1) սուր կատարալ բորբոքում; 2) ֆիբրինոզ-նեկրոտիկ բորբոքում; 3) խոցերի ձևավորման շրջան; 4) խոցերի լավացում: Կատարալ բորբոքումըբնութագրվում է հաստ աղու լորձաթաղանթի և ենթալորձային շերտի այտուցով, հիպերեմիայով, հաճախ լինում են մանր արյունազեղումներև էրոզիաներ: Լորձաթաղանթի վրա, աղու լուսանցքում հայտնաբերվում են լորձային կամ լորձա-արյունային էքսուդատ: