1890 թվականի հիմնադիր ժողովից մինչև օրս տեղի է ունեցել Հայ Յեղափոխական Դաշնակցության 28 ընդհանուր ժողով։ Հայ Յեղափոխական Դաշնակցության կանոնադրությամբ Հայ Յեղափոխական Դաշնակցության բարձրագույն մարմինը ընդհանուր ժողովն է, որը գումարվում է չորս տարին մեկ անգամ։ Ընդհանուր ժողովն իրավասու է ՀՅԴ-ին վերաբերող ցանկացած հարց քննարկել և այդ մասին որոշում կայացնել։ Նրա որոշումներն անառարկելի ու պարտադիր են ՀՅԴ բոլոր ժողովների, մարմինների և անդամների համար։ Ընդհանուր ժողովն իրավասու է ձայների երկու երրորդի մեծամասնությամբ ծրագրային կամ կանոնադրական փոփոխություններ կատարելու։ ՀՅԴ գերագույն գործադիր մարմինը՝ բյուրոն, ընտրվում է գաղտնի քվեարկությամբ, ընդհանուր ժողովի կողմից։ Բյուրոն մեկնաբանում է ՀՅԴ ծրագիրը, կազմակերպական կանոնները և ընդհանուր ժողովի որոշումները, հսկում նրանց գործադրումը, ղեկավարում կուսակցության ընդհանուր քաղաքականությունը, վերահսկում կուսակցական մամուլի ընթացքը։ Հայ Յեղափոխական Դաշնակցությունը ավելի օպերատիվ գործելու համար միաժամանակ ունեցել է երկու (և նույնիսկ երեք) բյուրոներ։ Միաբյուրո կարգը վերջնականապես հաստատվել է 1919 թվականին։ Հայ Յեղափոխական Դաշնակցությունը տարածքային առումով բաժանվում է շրջանների։ 500-ից ավելի անդամ ունեցող շրջանները ընտրում են իրենց կենտրոնական կոմիտեները, որոնք ինքնուրույնաբար վարում են տեղական գործերը, տնօրինում իրենց շրջաններում օտար և ազգային իշխանությունների և կազմակերպությունների հետ փոխհարաբերությունները՝ ռազմավարական հարցերում մնալով ենթակա ընդհանուր ժողովի որոշումներին։