Արարատի առաջացումը կապված է երկրակեղևի Հարավ-Արաքսյան խորքային խոշոր ճեղքի հետ: Ճեղքից սկզբում ժայթքել է թթու, իսկ ավելի ուշ՝ հիմքային մագման և ծածկել ծալքաբեկորային հիմքն ու կից գոգավորություններում կուտակված միո-պոլիցենի ու անթրոպոգենի լճա-գետային նստվածքների մի մասը: