Սակայն նրանք չկարողացան այդ որոշումը անմիջապես իրականացնել, որովհետև անգլիացիներն ու Կենտրոնական կասպիական բռնապետության կառավարողները թուրքական զորքերի հարձակման սպառնալիքի տակ սեպտեմբերի 14-ին խուճապահար հեռացան Բաքվից՝ բանտում թողնելով կոմիսարներին։ Ձերբակալությունից ազատ մնացած մի խումբ բոլշևիկների ջանքերով օգոստոսի 14-ի լույս 15-ի գիշերը, քաղաքը թուրքական բանդաների կողմից գրավվելուց երեք ժամ առաջ, Բաքվի 26 կոմիսարները բանտից ազատվեցին։ Կոմիսարները պետք է նավահանգստում սպասող «Սևան» շոգենավով էվակուացվեին Աստրախան, սակայն նախատեսված պլանը ձախողվեց։ «Սևան» շոգենավը, թուրքական հրետանու կրակի մոտենալու պատճառով, հեռացել էր բաց ծով։ Նրանց հաջողվեց տեղավորվել «Թուրքմեն» շոգենավում, որը գտնվում էր խորհրդային պարտիզանական ջոկատի հրամանատար Թ․ Ամիրովի տրամադրության տակ և ուղևորվելու էր Աստրախան։ Բայց «Թուրքմենի» հակահեղափոխականորեն տրամադրված հրամանատարական կազմի մի մասի, անգլիացի սպաների պահանջով, նավն ուղեվորվեց Կրասնովոդսկ, ուր տնօրինում էին անգլիական օկուպացիոն զորքերը և տեղական էսեռական կառավարությունը։ Սեպտեմբերի 16-ին էսեռական իշխանությունները գնդապետ Բատինի և անգլիացի սպաների ներկայությամբ, մատնիչների օգնությամբ ձերբակալեցին կոմիսարներին։ Սեպտեմբերի 19-ի լույս 20-ի գիշերը ձերբակալվածներից առանձնացվեց 25 հոգի՝ այն ցուցակով, որ մնացել էր Գրիգոր Կորգանովի մոտ (Բաքվի բանտում, որպես ավագ, Կորգանովը ըստ այդ ցուցակի բաժանում էր դրսից ստացված պարենամթերքը)։ Կրասնովոդսկում այդ ցուցակը համալրեցին կոմունայի ղեկավար գործիչների ցուցակ, ավելացրեցին նաև «Թուրքմենի» նավապետ Թ․ Ամիրովին, և այսպիսով ստացվեց 26 հոգի, որոնք 1918 թվականի սեպտեմբերի 20-ի լուսաբացին գնդակահարվեցին։ Բաքվի 26 կոմիսարների գնդակահարության մասին որոշումը կայացվել է անգլիական ռազմական միսիայի (գեներալ Ու․ Մալեսոն, կապիտան Ռ․ Տիգ–Զոնս) և էսեռական կառավարության (Ֆ․ Ֆունտիկով, Կուրիլյով, Ս․ Դրուժկին, Լ․ Զիմին, Վ․ Կուն) կողմից։