Ճապոնիայում գործում է համայնքային երկու կազմակերպություն՝ Ճապոնիա-Հայաստան բարեկամության ասոցիացիա (Japan Armenia Friendship Association, JAFA) և Ճապոնիա-Հայաստան ընկերակցություն (Japan Armenia Society, JAS):