ՀՔԾ-ի գործունեության իրավական երաշխիքները սահմանված են օրենքի 17-րդ հոդվածով, ըստ որի՝ ծառայողի պարտականությունների կատարմանը խոչընդոտներ ստեղծելը, օրինական պահանջները չկատարելը, նրա եւ նրա ընտանիքի անդամների կյանքի, առողջության կամ գույքի նկատմամբ ոտնձգություն գործադրելը կամ դրա սպառնալիքն առաջացնում են օրենքով նախատեսված պատասխանատվություն: Հատուկ քննչական ծառայության ծառայողի նկատմամբ քրեական հետապնդում հարուցում եւ քրեական գործի ենթակայությունը որոշում է Հայաստանի Հանրապետության գլխավոր դատախազը: