Ծնվել է Թիֆլիսում: Եղել է Հովնաթանյան հայտնի տոհմից, Նաղաշ Հովնաթանի ծոռը, Հովնաթան Հովնաթանյանի որդին: Նկարչություն սովորել է հորից, որին օգնել է մեծ պատվերներ կատարելիս: Ինչպես հայրը, նա ևս ունեցել է արվեստանոց ու աշակերտներ, նրա մոտ սովորել են հայ և վրացի երիտասարդներ: Նկարչից շատ քիչ աշխատանքներ են պահպանվել, այդ թվում մի քանի դիմանկարներ ու սրբապատկերներ, «Հայոց թագավորներ» պատկերաշարը և որմնանկարներ Թիֆլիսի հայկական Նորաշեն Սբ. Աստվածածին, Սբ. Գևորգ եկեղեցիներում, կաթողիկոս Եփրեմի, Ս.Գուրգենբեկյանի դիմանկարները (Հայաստանի ազգային պատկերասրահ): Գրավոր աղբյուրների վկայությամբ նա սրբապատկերներ է նկարել Օսեթիայի հոգևոր սինոդի պատվերով, վերականգնել Թիֆլիսի Սբ. Սիոն եկեղեցու որմնանկարները: Եղել է առաջին հայ նկարիչներից, ով ստորագրել է իր աշխատանքները: Աշտարակի Կարմրավոր եկեղեցու համար նկարած «Աստվածամայրը Մանկան հետ» սրբապատկերի և հայոց թագավորների պատկերների տակ գրված է` «նկարեալ ձեռամբ Մկրտում պատկերահան Յովնաթանիանց»: 1836թ. Էջմիածնի Վեհարանի գլխավոր սրահի համար ստեղծել է «Հայոց թագավորներ» պատկերաշարը, այդ թվում` Հայկ Նահապետի, Աբգար թագավորի, Արտաշես Ա-ի, Արամ, Տիգրան Ա-ի, Լևոն Բ-ի, Տրդատ Գ-ի և այլոց: Այս աշխատանքների մի մասը պահվում է Հայաստանի ազգային պատկերասրահում: Նկարաշարի ներքին տրամաբանությամբ է պայմնավորված նկարների հորինվածքների նմանությունը: Հանդիսավոր կեցվածքով և ձեռքի խորհրդանշական շարժումով թագավորի կանգնած ֆիգուրը տեղադրվում է պայմանական բնանկարի ֆոնին: Յուրաքանչյուր նկարում ավելանում է այդ թագավորին բնութագրող որևէ մանրամաս: Օրինակ` Հայկ Նահապետի ոտքերի մոտ Հայաստանի քարտեզն է, աջից` սպանված Բելի գերեզմանը, Տրդատի ոտքերի մոտ` Էջմիածնի Մայր տաճարը, քանի որ նրա օրոք Հայաստանում քրիստոնեությունը ընդունվեց որպես պետական կրոն: Մկրտումի ստեղծած դիմանկարներից հայտնի է նրա ժամանակակից և բարեկամ Եփրեմ կաթողիկոսի պատկերը, որը երկու էսքիզների հետ, պահվում է թանգարանում: Ծերունազարդ կաթողիկոսի դիմանկարում արվեստագետը ձգտել է հասնել կերպարի կոնկրետության, բնորդի անհատական հատականիշների ու հեգեվիճակի բնութագրման: Կտավի միագույն ֆոնը հատվում է պատուհանի բացվածքով, ուր տեղադրված է Արարատը` Նոյան տապանով, իսկ պատուհանի գոգին` Էջմիածնի մանրակերտը: Գեղանկարչի արվեստում արտահայտվել են 18-րդ դարի վերջի և 19-րդ դարի սկզբի հայ հաստոցային գեղանկարչության մեջ առկա միջնադարյան ձևամտածողությունից դեպի նոր շրջանի աշխարհիկ արվեստին անցնելու առանձնահատկությունները: Մահացել է Թիֆլիսում, թաղված է տեղի Խոջիվանքի պանթեոնում: