1917 թվականին, երբ Կարսը կրկին անցնում է թուրքերի տիրապետության տակ, Սուրբ Առաքելոց եկեղեցին հերթական անգամ վերածվում է մզկիթի։ 1918 թվականին՝ Հայաստանի առաջին հանրապետության հռչակման ժամանակ, տաճարը գործում էր որպես հայկական եկեղեցի։ Այնուհետև 1920 թվականին, Սուրբ Առաքելոց եկեղեցին կրկին փոխարկվում և վերածվում է մզկիթի։