Էդուարդ Խաչիկյանը պարգևատրվել է «Պատվո նշան» շքանշանով, Ամերիկայի հայ ճարտարագետների և գիտնականների ընկերության, կառավարական մեդալներով, ՀԽՍՀ ԳԽ պատվոգրով։ 2015 թ. անվանի գիտնականը պարգևատրվել է նաև ՀՀ ԿԳՆ գիտության պետական կոմիտեի պատվոգրով` գիտության և տեխնիկայի բնագավառում ունեցած ձեռքբերումների, գիտության ոլորտում երկարամյա բարեխիղճ աշխատանքի համար: