Հովհաննես Առաքյալ եկեղեցին վանքի ամենահին եկեղեցին էր։ Պատերի ամենահին գրությունը թվագրված է 1001 կամ էլ 1006 թ., որտեղ հիշատակվում է Գագիկ թագավորի կինը՝ Կատրանիդե թագուհին։ Գմբեթի ճակատային մասի անկյունային կամարների վրա հենվող եկեղեցու տանիքը ունեցել է քառանիստ ապսիդային ներքին կառույց։ Բացի պատի փոքրիկ ապսիդի հիմքերից՝ ոչինչ չի մնացել։