Ներսես Շնորհալին Պահլավունիների նշանավոր իշխանական տոհմից է, Գրիգոր Մագիստրոս Պահլավունու ծոռը, իշխան Ապիրատ Պահլավունու որդին: Սովորել է Սև լեռան վանքերից մեկի դպրոցում, ապա հիմնավոր կրթություն ստացել Քեսունի Կարմիր վանքի վարդապետարանում, որն ավարտելուց հետո ձեռնադրվել է քահանա, մի քանի տարի անց՝ եպիսկոպոս: