1973-2000թթ. ծառայել է իրավապահ մարմիններում, բացառությամբ 1993-1995թթ., երբ ծառայել է ՀՀ Պաշտպանության նախարարության համակարգում: Այստեղ նրան հանձնարարվել է ստեղծել Պաշտպանության նախարարության պայմանագրա-իրավական և արտաքին հարաբերությունների վարչությունը, ապա նաև Ազգային անվտանգության նախարարության Պայմանագրա-իրավական վարչությունը: Այդ աշխատատար գործին զուգահեռ Ռուբեն Ավագյանը ուժ ու եռանդ չի խնայել աջակցելու Հայոց ազգային բանակի իրավական հարաբերությունների կայացմանը, ինչպես նաև Լեռնային Ղարաբաղի ազատագրական պայքարին: