Պատերազմին հաջորդած տարում Էշկոլի առողջությունը աստիճանաբար տեղի տվեց, չնայած նա մնաց իր պաշտոնում։ Նա մահացավ 1969 թվականի փետրվարի 26-ին, 73 տարեկանում, իր կաբինետում՝ սրտի կաթվածից։ Նա թաղված է Հերցլ լեռան գերեզմանատանը։