Ծաղկուն շրջանում քաղաքը ունեցել է 100.000 բնակիչ: 961թ. Բագրատունիները իրենց արքունիքը Կարսից փոխադրեցին Անի և այն հռչակեցին մայրաքաղաք: Կառուցվում է նաև կաթողիկոսարան և կաթողիկոսությունը տեղափոխվում է Անի: 963-964թ. Աշոտ III Ողորմած թագավորը ամրոցից հյուսիս` հրվանդանի նեղ մասում, կառուցեց Անիի պարիսպների առաջին գիծը` Աշոտաշեն պարիսպները: Մոնղոլական դաժան տիրապետությունը և ավերիչ երկրաշարժներն իրենց կնիքը թողեցին Անիի վրա: XIV դարում երբեմնի շքեղ մայրաքաղաքի փոխարեն մնացել էր մի անշուք բնակավայր: