Դաժան հալածանքներ են սկսվել Հայ առաքելական եկեղեցու նկատմամբ։ 1926 թվականին ընդունված որոշմամբ եկեղեցում արգելել են նշել Մեծ եղեռնի զոհերի հիշատակը՝ ապրիլի 24-ը, որը խորհրդայնացումից ի վեր պետականորեն չէր նշվել։ Սուրբ էջմիածնին արգելվել է կապեր ունենալ Սփյուռքի հետ։ Մինչև 1937 թվականի վերջը ՀՍԽՀ-ում փակվել է շուրջ 800 եկեղեցի, իսկ միայն 1930-1938 թվականին բռնադատվել է 164 հոգևորական, որոնցից 91-ը գնդակահարվել է։ 1938 թվականին Չեկայի գործակալները խեղդամահ են արել Ամենայն հայոց կաթողիկոս Խորեն Ա Մուրադբեկյանին։ Բռնագրավվել են եկեղեցու ունեցվածքը։ 1938 թվականի օգոստոսի 4-ին ՀԿ(բ)Կ ԿԿ-ն որոշում է ընդունել Սբ էջմիածնի վանքը փակելու և կաթողիկոսությունը վերացնելու մասին։ Միայն վերահաս Երկրորդ համաշխարհային պատերազմի (1939-1945 թվականներ) պատճառով փոխված իրադրությունն է կանխել այդ որոշման կենսագործումը։