Նախնական կրթությունն ստացել է հոր՝ Հովհաննես վարժապետի մոտ, այնուհետև սովորել է Ագուլիսի Ս.Թովմա վանքի դպրոցում, որտեղ և, ավարտելուց հետո, աշխատել է որպես ուսուցիչ։ Ն. Հովնաթանի կյանքի մասին միակ գրավոր աղբյուրը նրա ավագ որդու՝ նկարիչ և բանաստեղծ Նաղաշ Հակոբի ողբն է («Ողբամ արտասուօք, կոծով տխրութեան»)՝ գրված հոր մահվան առթիվ։ Հակոբի ողբից ենք իմանում Ն. Հովնաթանի ծննդյան և մահվան տարեթվերը, ինչպես նաև կենսագրական մի քանի փաստեր (օրինակ, հասարակ դպրից դարձել է «շնորհալց վարպետն իմաստուն», եղել է «քարտուղար տառից հնոց և նորոց»)։ Որոշ ժամանակ ապրել և ստեղծագործել է Թիֆլիսում։ Վրացական աղբյուրների վկայությամբ՝ նա եղել է Վրաստանի Վախթանգ VI թագավորի պալատական երգիչն ու նկարիչը։ «Գովեմ սրտիվ ուրախական» երգը, նվիրված «Վրաստանի գոզալներին», գրել է վրացական պալատում։ Ապրել և ստեղծագործել է նաև Երևանում, որտեղ գրել է «Գովասանութիւն Երևանայ քաղաքին» բանաստեղծությունը։ Ն. Հովնաթանը թողել է գրական հարուստ ժառանգություն։ Նրա բանաստեղծությունները պահպանվել ու մեզ են հասել բազմաթիվ ընդօրինակություններով։ Այն ձեռագրերի թիվը, որոնցում առկա են նրա ստեղծագործությունները մեծ կամ փոքր խմբերով, անցնում է հինգ տասնյակից։ Դրանցից առավել հարուստ և ամբողջական են Երևանի Մեսրոպ Մաշտոցի անվան Մատենադարանի №3263, №4426 և Վիեննայի Մխիթարյանների մատենադարանի №647 և №587 ձեռագրերը։ Ն. Հովնաթանի բանաստեղծությունները կարելի է բաժանել մի քանի խմբի՝ սիրո, գարնան, ուրախության և խոհական–խրատական։ Նրա սիրո երգերը տարբերվում են միջնադարյան տարերգուների համաբնույթ երգերից, որոնց հեղինակները, աշխարհիկ կյանքը երգելով հանդերձ, զերծ չէին կրոնական աշխարհայացքի ճնշող ազդեծությունից։ Բնությունը նրա համար ներշնչման աղբյուր է։ Գարունը բերում է բարիք, կյանք, նաև սեր, որը, ըստ բանաստեղծի, կյանքի իմաստն է, հարստությունն ու հաճույքը։ Սիրո ու բնության երգերում Ն. Հովնաթանը վերարտադրել է մարդկային զգացմունքներ ու տրամադրություններ՝ հնարավորին չափ հեռու մնալով կրոնական ու կենցաղային կաշկանդումներից։ Խնջույքի և ուրախության երգերի փիլ. ելակետը արմատապես տարբերվում է միջնադարյան գրական մտածելակերպից։ Ն. Հովնաթանը գտնում էր, որ մարդն աշխարհ է եկել վայելելու համար։ Այս շարքի երգերում բանաստեղծը միաժամանակ քարոզում է ստեղծագործ աշխատանք, համերաշխություն, մարդկային ազնիվ ու մաքուր հարաբերություններ։ Ն. Հովնաթանի մոտ առկա է նոր ժամանակների կնիքը, որն ազատ է միջնադարյան բարոյախոսությունից։ Լինելով միջնադարի նշանավոր բանաստեղծներից մեկը Ն. Հովնաթանը նաև աշուղ է։ Իր աշուղական խաղերում, ինչպես նար երգիծական և խոհական–խրատական ոտանավորներում նա բողոքում է չարիքի, անարդարության ու անհավասարության դեմ, քննադատում իրականության հոռի կողմերը, դրվատում գիտությունն ու արվեստը։ Հիմք ունենալով իր նախորդների փորձը՝ նա կարողացել է զավեշտի ու ժամանցի ուրախ տաղերից բացի ստեղծել իսկական երգիծանքի նմուշներ («Կատուն մեռաւ, ափսոս ու վա՜խ», «Ով ողորմելի խեղճ կանանիք», «Գրե եկին էշի քարվան» սկզբնատողերով ոտանավորները)։ Ն. Հովնաթանը ունի կրոնական–ծիսական բնույթի երգեր, որոնք ավելի շատ կապված են նախորդ, քան նոր ժամանակների տրամադրությունների ու պատկերացումների հետ։ Հետևելով իր նախորդներին՝ Ն. Հովնաթանը օգտվել է ժողովրդական բանահյուսությունից և ազդեցություն կրել ինչպես հայ, այնպես էլ պարսիկ ու ադրբեջանցի ժողովուրդների բանավոր ստեղծագործություններից։ Նա գրել է ժամանակի ժողովրդական լեզվով։ Թարմ են բանաստեղծի տաղաչափական հնարանքներն ու պատկերները։ Նա կարողացել է ազգային ավանդական տաղաչափական ձևերին վարպետորեն ներդաշնակել աշուղական բանարվեստի նվաճումները և ստեղծել նորատիպ երգեր։ Ինքն է իր բանաստեղծությունների համար ընտրել կամ հորինել եղանակներ և ինքն էլ երգել ու նվագել է դրանք։