Չնայած որ ֆերմենտները կազմված են հարյուրավոր ամինաթթվային մնացորդներից, սուբստրատի հետ փոխազդում է նրանց միայն մի փոքր մասը, իսկ 3-4` առաջնային կառուցվածքում միմյանցից հեռու դասավորված ամինաթթվային մնացորդներ ուղղակիորեն մասնակցում են կատալիզին[67]: Ֆերմենտի մոլեկուլի այն հատվածը, որն ապահովում է սուբստրատի միացումը և կատալիզը, անվանվում է ֆերմենտի ակտիվ կենտրոն։