Մոլեկուլ, նյութի փոքրագույն մասնիկ, որը պահպանում է նրա հիմնական քիմիական հատկությունները և կարող է գոյություն ունենալ ինքնուրույն։ Մոլեկուլը քիմիական կապերով միացած ատոմների խումբ է։ Քիմիական կապը մոլեկուլում հիմնականում պայմանավորված է արժեքական էլեկտրոններով։ Քվանտամեխանիկական տեսության համաձայն մոլեկուլը իրար հետ փոխազդող ատոմական միջուկների և էլեկտրոնների ինքնուրույն համակարգ է։ Հայտնի են նաև միատոմանի մոլեկուլներ (իներտ գազեր, մետաղների գոլորշիներ են)։