Ֆրիդրիխ II-ը խոստանում է մասնակցել նոր խաչակրաց արշավանքի։ 1225 թվականին Ֆրիդրիխ II-ը ամուսնանում է Իզաբելլայի՝ Հովհան Բրիեննի (Երուսաղեմի թագավորության անվանական ղեկավար) և Մարիա Մոնֆերատսկոյի դստեր հետ։ Ֆրիդրիխ II-ը դրանով ձեռք է բերում հավակնություն թագավորության բանակի և կորցրած հողերի վրա և փորձում ետ բերել դրանք։ 1227 թվականին՝ Գրիգորիոս IX-ի պապ դառնալուց հետո, Ֆրիդրիխ II-ի բանակները Բրինդիզայից շարժվում են Ակրա` Երուսաղեմի թագավորության այդ ժամանակի մայրաքաղաքը, բայց համաճարակը ստիպում է նրանց վերադառնալ Իտալիա։ Գրիգորիոս IX-ը օգտագործում է այդ հնարավորությունը, որպեսզի Ֆրիդրիխ II-ին հեռացնի եկեղեցուց։ Բայց դա միայն առիթ էր, քանի որ կայսրը արդեն քանի տարի էր` փորձում էր համախմբել կայսերական իշխանությունը Իտալիայում՝ պապին հաշվետու լինելու համար։ Գրիգորիոս IX-ը հայտարարում է, որ կայսրին եկեղեցուց հեռացնելու պատճառը այն էր, որ ինքը չէր ցանկանում, որ Ֆրիդրիխը դուրս գա խաչակրաց արշավանքի` սկսած հինգերորդ խաչակրաց արշավանքից։