Բուհերին մրցակցային հիմունքներով դրամաշնորհների տրամադրման միջոցով` ՆՄՀ-ն ուղղված է հետևյալ խնդիրների իրականացմանը. (ա) աջակցել ինչպես պետական այնպես էլ ոչ պետական բուհերին` մշակել և իրականացնել կրթական ծրագրերի և մանկավարժական մեթոդների բարելավմանն ուղղված նորարարական ծրագրեր; (բ) զարգացնել ֆինանսավորման այլ աղբյուրների ներգրավման կարողությունները, (գ) ստեղծել կապեր տնտեսության հետ, (դ) զարգացնել միջազգային համագործակցությունը, (ե) խթանել գիտական հետազոտությունները, (զ) մշակել բուհի ռազմավարական ծրագիր ` ուսանողների ընդգրկմամբ, (է) մշակել բուհերի գիտահետազոտական ենթակառուցվածքները` ապահովելով ժամանակակից սարքավորումների առկայությունը: