Աշխատակազմի ղեկավարի բացակայության դեպքում նրան փոխարինում է նրա տեղակալներից մեկը` ծառայության պետի հրամանով: Աշխատակազմի ղեկավարը աշխատակազմում պետական ծառայող է և ենթակա ու հաշվետու է Հայաստանի Հանրապետության հատուկ քննչական ծառայության պետին: