Մակեդոնիան անցումային կլիմա ունի ՝Միջերկրականից դեպի մայրացամաքային։Ամռանը շոգ է և չոր,իսկ ձմռանը ցուրտ։Կան կլիմայի երեք հիմնական զոննաներ՝բառեխառն Միջերկրածովային,լեռնային և մայրցամաքային։Հովիտների երկայնքով հոսում են Վարդար և Սթրամիքա գետերը ,որոնք անցնում են Գեվգելիջա,Վալանդովո,Սթրամիքա և Ռադովիս տարածաշրջաններով,որտեղ և ձևավավորվում է Միջերկրածովյան կլիմա։Ամենատաք տարածաշրջանները Դեմիր Կապիջան և Գեվգելիջան են,որտեղ ջերմաստիճանը հուլիս–օգոստոս ամիսներին 40 ° է։Լեռնային կլիման հիմնականում տարածված է լեռնային տարածաշրջաններում և այն բնորոշվում է երկար և ձյունառատ ձմեռներով և կարճ ու ցուրտ ամառներով։Գարունը ավելի ցուրտ է քան աշունը։Մակեդոնիայի տարածքում գերակշռում է մայրցամաքային կլիման տաք և չոր ամառներով և ցուրտ ու խոնավ ձմեռներով։