Իր ազգային-քաղաքական հայեացքներուն ու կեցւածքներուն համար Շաւարշ Միսաքեան տեւական հետապնդումի ենթարկւեցաւ թուրքական իշխանութեանց կողմէ: Ան ցմրուր ճաշակեց փախստականի՝ թաքստոցային պայմաններու մէջ խմբագրական իր աշխատանքը շարունակողի դառնագոյն բաժակը 1915-ին, երբ ցեղասպան թուրքական պետութիւնը ի գործ դրաւ հայ մտաւորականութեան զանգւածային ձերբակալութեան եւ աքսորի ճամբուն վրայ յօշոտման ահաւոր ոճիրը: Մինչեւ 1916-ի մարտը, Շաւարշ կրցաւ խուսափիլ թուրքական իշխանութեանց հետապնդումներէն, բայց ի վերջոյ ձերբակալւեցաւ՝ երբ կը փորձէր Պոլիսէն հեռանալ ու Բուլղարիա անցնիլ: Դատւեցաւ եւ մահւան դատապարտւեցաւ, բայց վճիռը ցկեանս բանտարկութեան վերածւեցաւ եւ Շաւարշ բանտ մնաց մինչեւ 27 նոյեմբերի 1918, երբ զինադադարէն ետք ազատ արձակւեցաւ: