ՄՌՏ-ն ամենից հաճախ հետազոտում է կենտրոնական նյարդային համակարգի օրգանները, այսինքն՝ գլխուղեղը և ողնուղեղը, ինչպես նաև ողնաշարը: Այս օրգանների հետազոտման համար ՄՌՏ-ն համարվում է ոչ ինվազիվ ամենաինֆորմատիվ և ամենաանվտանգ մեթոդը, որը թույլ է տալիս առանց կտրվածքներ կատարելու ստանալ օրգանների լավագույն կառուցվածքային պատկերները: