Բեղուն գիտական, մանկավարժական և գիտահասարակական աշխատանքի շնորհիվ` Աննա Բոյաջյանը պարգևատրվել է Անանիա Շիրակացու, ՀՀ Ազգային Ժողովի պատվո մեդալներով և Մեծ Բրիտանիայի Գլոբալ Ռեյտինգ կազմակերպության «Գիտության և տեխնոլոգիայի զարգացման համար» ոսկե մեդալով, ՀՀ ԳԱԱ Նախագահության դիպլոմով և հանդիսանում էր Վիեննայի միջազգային համալսարանի պատվավոր պրոֆեսոր: