Չնայած լճի հետ կապված բազմաթիվ առեղծվածային պատմություններին՝ աղտոտվածությունը ջրային տուրիզմի զարգացման մեծագույն խոչընդոտներից է։ Խնդիրն առաջացել է դեռ 1970-ականներին․ Սեւանա լիճ թափվող գետերի ափերին ապրող ադրբեջանցիներն իրենց գոմերը գետերին կից էին կառուցում եւ գոմաղբը լցնում ջրի մեջ։ Աստիճանաբար ջրի մակարդակի իջեցման եւ ճառագայթային ֆոնի ավելացման հետեւանքով լիճը սկսել ճահճակալել, նեխել։ Սա լուրջ պատճառ է, որ զբոսաշրջիկները հրաժարվեն սուզվելուց։