Մուշում և նրա շրջակայքում պահպանված հնագիտական նյութերը հաստատում են, որ այն Հայկական լեռնաշխարհի ամենահնագույն բնակավայրերից է։ Այստեղ կան կիկլոպյան ամրոցի հետքեր, Վանի թագավոր Մենուա I-ի (810 - 786 թթ, մթա) սեպագիր արձանագրությունը ևն։ Քաղաքի արևելյան մասում գտնվող պարիսպներով ու բուրգերով շրջապատված Մուշի բերդը 5-10–րդ դդ հաճախակի է հիշատակվում աղբյուրներում։ Նրա հիմնադրումը ավանդաբար վերադրվում է Գայլ Վահան Մամիկոնյանին։ Քաղաքի արևմտյան մասում են գտնվում նաև Մուշեղաբերդ, Հողաբերդիկ և Աստղաբերդ բերդերի ավերակները։ Պահպանվել են Մուշում 13-15-րդ դդ գրված հայերեն մի քանի ձեռագրեր։ Մինչև 4-րդ դ Մուշը պատկանում էր Սլկունի, իսկ հետո՝ Մամիկոնյան նախարարներին։ 8-րդ դ Մուշը անցավ Բագրատունիներին, իսկ 851 - 852 թթ դարձավ արաբների դեմ ուղղված ժողովրդա-ազատագրական պայքարի կենտրոնը։ 852 թ ձմռանը Մուշի Ս.Փրկիչ եկեղեցում Խութեցի Հովնանի ու նրա մարտիկների ձեռքով սպանվեց արաբ հրոսակների ղեկավար Յուսուֆը։ XVI դ Մուշը նվաճվել է թուրքերի կողմից։ 1860-ական թթ. Մուշում նույնպես տեղի են ունենում հակաթուրքական զինված ելույթներ, որոնք, անշուշտ, կրում էին Զեյթունի դեպքերի ազդեցությունը։