Դիագնոստիկան-տիպիկ դեպքերում դիզենտերիայի ախտորոշումը դժվարություն չի ներկայացնում` բացառությամբ ատիպիկ ձևերը: Ախտորոշումը դրվում է էպիդ-անամնեզի, կլինիկական ընթացքի, լաբորատոր և գործիքային հետազոտությունների տվյալների հիման վրա: Հիմնական է բակտերոլոգիական հետազոտությունը: Սակայն հարուցիչների ցանքսը ստացվում է միայն 22-80 դեպքերում և կախված է նյութը վերցնելու ժամկետից, կարճությունից, միջավայրի ընտրությունից և այլն: Բակտերոլոգիական մեթոդների հետ մեկտեղ օգտագործում են նաև սերոլոգիական մեթոդներ` անուղղակի հեմագլյուտինացիայի ռեակցիան էրիթրոցիտար դիագնոստիկումով: Ռեակցիայի դրական պատասխանները ստացվում են հիվանդության 5-րդ օրը: 2 շաբաթում հակամարմինների տիտրը աճում է, իսկ 4-5 շաբաթում դիտվում է նրանց իջեցման տենդենցիա: Մինիմալ դիագնոստիկ տիտրը 1:200: Համաճարակային բռնկումների ժամանակ որպես էքսպրես մեթոդ օգտագործում են ֆլյուորեսցենտային հակամարմինների մեթոդը, անուղղակի հեմագլյուտինացիայի ռեակցիաները իմունոգլոբուլինայինդիագնոստիկումներով (հակամարմնային),իմունոֆերմենտային անալիզը և այլն: Վերջին ժամանակներս մշակված են սերոլոգիական մեթոդներ շիգելաների հակամարմինների հայտնաբերման համար, որոնք սակայն չեն փոխարինում շիգելաների ախտորոշման բակտերիոլոգիական մեթոդին: Դիզենտերիայի ախտորոշման պարզ, հեշտ հասանելի մեթոդ է կոպրոլոգիական հետազոտությունը: Դիզենտերիայով հիվանդի կղանքի կոպրոցիտոսկոպիայի ժամանակ հայտնաբերում են լորձ, լեյկոցիտների կուտակում նեյտրոֆիլներիգերակշռությամբ (տեսադաշտում ավելի քան 30-50), էրիթրոցիտներ և տարբեր քանակությամբ փոփոխված էպիթելիալ բջիջներ: Ռեկտորոմանոսկոպիան մնում է որպես դիագնոստիկայի արժեքավոր մեթոդ`ընդլայնելով բժշկի դիագնոստիկ հնարավորությունները և թույլ է տալիս հետևել հիվանդի առողջացման ընթացքին: