Խորհրդային տարիներին եկեղեցու շենքը գործածվել է տարբեր նպատակներով. այն վերածվել է հացի գործարանի, ապա՝ պահեստի: 1980-ական թվականներին ծառայել է՝ որպես վրաց նկարիչների արվեստանոց: Այդ տարիներին հայ համայնքը քաղաքային իշխանություններին բազմաթիվ դիմումներ էր հղել եկեղեցին իրենց միջոցներով նորոգելու թույլտվություն ստանալու խնդրանքով, սակայն ապարդյուն: 1989 թ. ապրիլի 14-ին եկեղեցին փլուզվել է: Ըստ իշխանությունների հաղորդած տվյալների՝ եկեղեցու կործանումը հետևանք էր նախորդ օրը (ապրիլի 13-ին) Թբիլիսիում տեղի ունեցած 4 բալ ուժգնությամբ երկրաշարժի[26], սակայն հաջորդած օրերի վրաց մամուլի հրապարակումներն ակամա քողազերծեցին միտումնա­վորությունը: Մասնավորապես, արդեն ապրիլի 22-ի մի հրապարակմամբ առաջարկվում է կառուցվելիք վրաց առաջնորդանիստ Մայր Եկեղեցին հիմնել «փլուզված» եկեղեցու տեղում[27]: Ապրիլի 27-ին հրատարակված «Ինչո՞ւ քանդվեց Շամխորը» հոդվածում քաղաքի գլխավոր ճարտարապետը շտապում է հայտնել, թե փլուզված եկեղեցին անվերականգնելի է[28]: