Սբ. Նշան եկեղեցուն մեծ վնաս են հասցրել նաև մի քանի անգամ տեղի ունեցած հրդեհները: Մինչև 2002 թ. հրդեհը, եկեղեցին տարբեր նպատակներով շահագործվելու պատճառով մշտապես փակ է եղել: Հրդեհից հետո անհամեմատ մեծացել է եկեղեցու վթարային գործոնը: Ջրի քայքայիչ ազդեցությունից նստվածքներ են առաջացել աղոթասրահի կենտրոնական հատվածում և հյուսիսային նախամուտքի մակերեսին: Գրեթե ամբողջությամբ ոչնչացել են նաև եկեղեցու որմնանկարները: