Տարաձայնություններն ու փոխադարձ անվստահության աճն ի վերջո հանգեցրեցին զինված բախումների, որոնք սկսվեցին 1994 թ. մայիսին հողային վեճից[8]։ Տեղային բախումներն աստիճանաբար վերածվեցին լայնածավալ քաղաքացիական պատերազմի։ Սկզբնական շրջանում հաջողությունը Ջալալ Թալաբանիի ՔՀՄ կողմն էր։ 1996 թ. ՔՀՄ փեշմերգան գրավել էր քրդական ինքնավարության տարածքի մեծ մասը, այդ թվում, Էրբիլ և Սուլեյմանիե քաղաքները։ Մասուդ Բարզանիի իշխանության տակ էր մնացել միայն Թուրքիայի հետ սահմանակից Դոհուկի շրջանը։