Եկեղեցին խորհրդային շրջանում. 1928 թ., Թբիլիսիի մի շարք եկեղեցիների հետ մեկտեղ կնիքվեց և փակվեց նաև Սբ Նշան եկեղեցին: 1930 թ. եկեղեցին նորից վերադարձվեց համայնքին[23], սակայն 1931 թվականի մայիսի 3-ին կրկին փակվեց: Խորհրդային տարիներին եկեղեցու շենքը հարմարեցվել և ծառայեցվել է տարբեր նպատակնեով: Երկրորդ համաշխարհային պատերազմի տարիներին եկեղեցին ծառայել է որպես մակարոնի և վերմիշելի պահեստ: Ավելի ուշ այն վերածվել է Ազգային գրադարանի գրապահոցի, ապա նաև` կարի արտադրամասի: 1980-ական թվականների սկզբներին եկեղեցին վերածվել է գրքերի պահոցի[24]: Սբ Նշան եկեղեցուն մեծ վնաս են հասցրել նաև մի քանի անգամ տեղի ունեցած հրդեհները: Առաջինը տեղի է ունեցել 2002 թ. հոկտեմբերի 20-ի գիշերը: Ըստ պաշտոնական տվյալների` հրդեհի բռնկման պատճառը հայտնի չէր: Երկրորդ և երրորդ անգամ հրդեհ տեղի է ունեցել 2012 թ. հունվարի 3-ին և 7-ին: Հավելենք նաև, որ մինչև 2002 թ. հրդեհը, եկեղեցին տարբեր նպատակներով շահագործվելու պատճառով մշտապես փակ է եղել: Հրդեհից հետո անհամեմատ մեծացել է եկեղեցու վթարային գործոնը: Ջրի քայքայիչ ազդեցությունից նստվածքներ են առաջացել աղոթասրահի կենտրոնական հատվածում և հյուսիսային նախամուտքի` թաղումներ պարունակող տապանաքարածածկ մակերեսին: Գրեթե ամբողջությամբ ոչնչացել են նաև եկեղեցու որմնանկարները: