Հիվանդի օրգանիզմում շիգելաների տոքսինների ազդեցությունը միանման չի: Գրիգորև-Շիգի բակտերիաների էկզոտոքսինը և էնդոտոքսինի սպիտակուցային հատվածը թողում են արտահայտված նեյրոտոքսիկ ազդեցություն: Թափանցելով արյան մեջ` նեյրոտոքսինները ախտահարում են տարբեր հյուսվածքներ և օրգաններ, առաջին հերթին ԿՆՀ, վեգետատիվ նյարդային համակարգիգանգլիաները, սիմպատո-ադրենալային համակարգը:Կլինիկորեն դա արտահայտվում է ինտոքսիկացիայի սինդրոմով և փոխանակության բոլոր տեսակների խանգարումներով: Էնդոտոքսինի և ցիտոտոքսինի լիպոպոլիսախարիդային մասը օժտված է արտահայտված էնտերոտրոպիզմով և ախտահարում է հաստ աղու լորձաթաղանթը: Էնտերոտոքսինները , ակտիվացնելով ադենիլատցիկլազան, նպաստում են հեղուկի և էլեկտրոլիտների կուտակմանը աղիքային պարունակության մեջ: Հարուցիչը և նրա տոքսինները ախտահարելով ֆագոցիտները և լորձաթաղանթի բջիջները, նպաստում են բիոլոգիական ակտիվ նյութերի (հիստամին, սերոտոնին, կինիններ, պրոստագլանդիններ) ելքին, որոնք խախտում են աղիքի պատում միկրոցիրկուլյացիան, ուժեղացնում են բորբոքային պրոցեսի ինտենսիվությունը և աղիքային ֆունկցիաների (մոտորիկայի, սեկրեցիայի, ներծծման) խանգարումները: