Էշկոլը, 1951 թվականին Մապայ կուսակցության կողմից Քնեսեթի անդամ ընտրվեց։ Նա ստանձնեց գյուղատնտեսության նախարարի պաշտոնը մինչև 1952 թվականը, երբ նա Էլիզեր Կապլանի մահից հետո, նշանակվեց ֆինանսների նախարար։ 12 տարի շարունակ նա մնաց այդ պաշտոնին։ Ֆինանսների նախարար եղած ժամանակահատվածում Էշկոլը իրեն դրսևորեց որպես Մապայի ղեկավարության ականավոր գործիչ և Դավիդ Բեն Գուրիոնի կողմից նշանակվեց որպես իր հետնորդ։ Երբ 1963 թվականի հունիսին Բեն Գուրիոնը հրաժարական տվեց, Էշկոլը ընտրվեց կուսակցության նախագահ, լայն կոնսենսուսով և հետագայում նշանակվեց վարչապետ։ Սակայն նրա հարաբերությունները Բեն Գուրիոնի հետ շուտով սրվեցին, կապված տասը տարի առաջ Եգիպտոսում գաղտնի գործողության սխալ ընթացքի հետաքննություն անցկացնելու Էշկոլի պնդմամբ։ Բեն Գուրիոնը ձախողեց Էշկոլի առաջնորդության բողոքարկումը և իր մի քանի երիտասարդ հովանավորյալների հետ անջատվեց Մապայից և 1965 թվականի հունիսին ստեղծեց Ռաֆի կուսակցությունը։ Միևնույն ժամանակ Մապայը միավորվեց Ադութ ՀաԱվոդա կուսակցության հետ և Էշկոլի գլխավորությամբ կազմեց Հավասարեցում քաղաքական կուսակցությունը։ Ռաֆին պարտվեց և 1965 թվականի նոյեմբերին Էշկոլը երկրի անվիճելի առաջնորդն էր։ Սակայն Բեն Գուրիոնը, օգտվելով որպես Իսրայելի հիմնադիր հայր իր ազդեցությունից, շարունակում էր խարխլել Էշկոլի հեղինակությունը նրա ողջ վարչապետության ժամկետի ընթացքում, նրան ներկայացնելով որպես անողնաշար քաղաքական գորժիչ, անընդունակ ապահովելու Իսրայելի անվտագության հետ կապված դժվարությունները։