1895 թվականին ձերբակալվել է հնչակյան կուսակցությանը պատկանելու մեղադրանքով, աքսորվել Նոր Նախիջևան, ապա՝ Ղրիմ (1898—1900)։ Այնուհետև մինչև կյանքի վերջը եղել է ցարական ժանդարմերիայի հսկողության տակ։ 1902 թվականի մայիսին տոնվել է Աղայանի գրական գործունեության 40-ամյակը։ 1905 թվականին մասնակցել է Թիֆլիսի հոկտեմբերյան ցույցին՝ ցարին տապալելու կոչ արել։