Աուֆոֆագիայի երրորդ տեսակը շապերոն-կախյալ աուտոֆագիան է, որի ժամանակ տեղի է ունենում մասամբ բնափոխված սպիտակուցների ուղղորդված տեղափոխությունը լիզոսոմի թաղանթով դեպի նրա ներսը, որտեղ այս սպիտակուցները քայքայվում են։ Աուտոֆագիայի այս տեսակը նկարագրված է միայն կաթնասունների մոտ և խթանվում է սթրեսով[54]: