Մագիստրոսական կրթության սահմաններում ֆակուլտետում մշակված է ճկուն համակարգ, ինչը թույլ է տալիս արագորեն արձագանքել գիտահետազոտական ինստիտուտների և գիտական կենտրոնների, ինչպես նաև արդյունաբերական ձեռնարկների կողմից շրջանավարտներին ներկայացվող պահանջներին: Մասնավորապես, նախապատրաստված են 10 մագիստրոսական ծրագրեր (այդ թվում նաև հանրապետության մի շարք գիտական կենտրոնների հետ համատեղ), որոնց ընտրությունը կատարվում է մագիստրոսների ցանկությամբ` մասնագետների պահանջարկին համապատասխան: