895թ. Հովհաննես եպիսկոպոսը Սյունյաց մեծն իշխան Աշոտի և նրա տիկնոջ Շուշանիկի օգնությամբ ու հովանավորությամբ քանդելով հին եկեղեցին /4-րդ դար/, տեղը հիմնադրում է նորը: Նա հանում է հին եկեղեցու որմերից Պողոս և Պետրոս առաքյալների նշխարները և կրկին ամփոփում նոր կառուցվող եկեղեցու որմերում, որի համար էլ այն կոչվում է Սբ. Պողոս-Պետրոս: Նոր եկեղեցու կառուցումը տևում է 11 տարի: Այն իրենից ներկայացնում է տիպիկ գմբեթավոր բազիլիկա (շենքի տիպ, որի ներսը երկայնակի բաժանված է երկու սյունաշարով), որը հարստացվել է մի քանի նոր գծերով: Տաճարի լակոնիկ տեսքի ազդեցիկությունը ուժեղանում է նրա նշանավոր բարձրությունից: