Ամեն ինչ փոխվեց 11-րդ դարում՝ սելջուկ-թուրքերի արշավանքների հետևանքով։ Տուղրիլ բեկի կառավարման տարիներին սելջուկ-թուրքերը ավերեցին Հայաստանի կենտրոնական, արևմտյան և հարավային շրջանները, սակայն Արցախը դեռ շարունակում է անվնաս մնալ։ 1064 թվականին սելջուկ-թուրքերի մեծաքանակ զորքերն՝ Ալփարսլանի գլխավորությամբ, սրի ու գերության մատնեցին արցախահայությանը։ 12-րդ դարի սկզբներից, սելջուկ-թուրքերի կայսրության քայքայմանը զուգընթաց հզորանում էր Վրաց թագավորությունը։ Հայ ժողովուրդը, մնալով սելջուկ-թուրքերի գերիշխանության տակ՝ չէր համակերպվում այդ կացության հետ և հայերին անհրաժեշտ էր Վրաստանի օգնությամբ թոթափել սելջուկ-թուրքերի լուծը։ Հայ-վրացական ռազմաքաղաքական համագործակցության մեջ մեծ դերակատարություն ունեցան վրաց արքունիքում ծառայող հայ իշխանները, հատկապես՝ Զաքարյանների տոհմի ներկայացուցիչները[16]։ 12-րդ դարի 90-ական թվականներին նոր թափ ստացավ Հայաստանի ազատագրման և հայկական պետականության վերածննդի ապահովման գործը։ Հայ-վրացական միացյալ ուժերի կողմից ազատագրվում էին հայկական տարածքները, այդ թվում նաև Արցախը։ Սակայն Զաքարյաններին չհաջողվեց միաձույլ կենտրոնաձիգ պետություն ստեղծել և այդ իսկ պատճառով հայոց միասնությունը պահելու համար Զաքարյան իշխանները խնամիական կապեր ստեղծեցին գավառային հզոր իշխանական տոհմերի հետ։ Այս ժամանակաշրջանում Արցախում գտվող երեք իշխանությունները՝ Ներքին Խաչեն, Հաթերք և Վերին Խաչեն, տարբեր հարաբերություններ ունեին Զաքարյանների հետ։ Վերին Խաչենը (Ծարա), որն ազատագրվել էր Զաքարյանների օգնությամբ, ընդունում էր վերջիններիս գերագահությունը։ Միջին Խաչենի կամ Հաթերքի իշխանության տիրույթները ժամանակի ընթացքում բաժանվեցին Վերին Խաչենի և Ներքին Խաչենի միջև։ Վերջինիս իշխանական տան ներկայացուցիչներն Արցախի մյուս իշխանությունների համեմատ առավել մեծ ինքնուրույնություն ունեին։ Ներքին Խաչենը տնտեսական և մշակութային աննախադեպ վերելք ապրեց Հասան-Ջալալի օրոք։ Նման զարգացվածության շնորհիվ երկրամասը նաև քաղաքական անկախություն ստացավ, որն ընդունում էին նույնիսկ վրաց թագավորները։