Սրանցից զատ, հարկ է ենթադրել, որ ուրիշ եկեղեցի էլ եղած լինի, որի դեպքերը պատմվում են Ս. Կարապետի գլխի բերման հիշատակարանում: Գլուխը Կոստանդնուպոլսում երբ կամեցան ֆրանկներից հափշտակել, այն ստացող իշխանը «առնելով փախցրեց հյուսիսի կողմը, Վրաստան, որն այնտեղ ընկավ Արցախի տեր Ջալալ-դոլի եղբոր ձեռքը: Յոթ հարյուր թվին Ջալալ-դոլը գնաց եղբոր մոտ եւ խնդրեց սուրբ գլուխը, բայց նա չհամաձայնեց հոժարությամբ տալ: Իսկ սա բռնի կերպով հափշտակեց եղբորից, բերեց Գանձակի կողմերը, Արցախի գավառը եւ ամփոփելով իր հայրենի գերեզմանատան շիրիմում՝ վրան շինեց զարմանաշեն ու հրաշալի կաթողիկե եկեղեցի՝ ի փառս քրիստոս Աստծու ու սուրբ Հովհաննես Մկրտչի: Նավակատիկի անվանակոչության օրը բարձր ձայնով կանչեց՝ Գանձասարի Սուրբ Հովհաննես: Բացի դրանից, այնտեղ են զետեղված Լուսավորչի օրենսուսույց սուրբ ծնոտը, նրա թոռ սուրբ Գրիգորիսի աջը, Հովհաննեսի հոր սուրբ Զաքարիայի արյունը, մեծ մարտիրոս սուրբ Պանդալյոնի եւ շատ այլ սրբերի մասունքները, որոնց միջոցով շատերը բուժվում են ի փառս մեր քրիստոս Աստծու»: