Իրականում վերջին ընտրություններին նա աշխատել է ՀՀԿ-ի, մասնավորապես՝ Ալիկ Սարգսյանի օգտին, չնայած ցանկացել է Ավշարի Արայիկի համար աշխատել, բայց վերջին պահին կողմերը չեն «բարիշել»։ Նա հայտնի է նաև կրիմինալ շրջանակների հետ մտերմությամբ։ Բաքոյանը եզդի հեղինակություն Ջնդի Ամարյանի ազատության համար բողոքի ցույցերի ակտիվ կազմակերպիչն էր։ Ջնդին 2 տարի առաջ ձերբակալվել էր «շորթման» կասկածանքով։ Բաքոյանը ժամանակին Ջնդիին ազատելու խնդրագիր-նամակ էր հղել Սերժ Սարգսյանին»: