1998 թվականին այդ նույն գաղափարը, երբ նա արտգործնախարար էր, ներկայացրեց նաեւ արցախաադրբեջանական հակամարտության կողմերին: Սա նշանակում էր, որ փաստացի փորձ էր արվում լուծում գտնել կարգավիճակի հարցին, այսինքն՝ խորհրդային Ադրբեջանի՝ միջազգայնորեն ճանաչված 86,6 հազար քառ. կմ սահմաներում կազմավորում են ընդհանուր պետություն: Այդ ձեւակերպմամբ Քոչարյանը ճանաչում էր Ղարաբաղը՝ որպես Ադրբեջանի մաս: