Հատուկ քննչական ծառայությունն ինքնուրույն պետական մարմին է եւ լիազորություններն իրականացնելիս անկախ է: Հատուկ քննչական ծառայությունը ղեկավարում է ծառայության պետը: Հատուկ քննչական ծառայության նստավայրը Երեւան քաղաքն է: