Միքայել Խաչատրյանը ծնվել է Շահրիար գյուղում։ 1933-1938 թվականներին սովորել է Երևանի Կոմիտասի անվան պետական կոնսերվատորիայում։ 1938 թվականին Հայաստանի նորաստեղծ ջազ նվագախմբի դիրիժոր Ցոլակ Վարդազարյանի հրավերով եղել է նվագախմբի առաջին շեփորահարը։ 1947 թվականին ավարտել է Մոսկվայի կոնսերվատորիան` պրոֆեսոր Տաբակովի դասարանը: 1947-1950 թվականներին աշխատել է Հայֆիլհարմոնիայի սիմֆոնիկ նվագախմբում, 1950 թվականից` Երևանի օպերայի և բալետի թատրոնում, 1970-1973 թվականներին՝ գեղարվեստական ղեկավար և տնօրեն։