Պատմականորեն հայտնի են տպագիր հանրագիտարանների կառուցվածքի երկու մեթոդներ՝ այբբենական կառուցվածք (որը կազմված է այբբենական կարգով կազմակերպված մի շարք իրարից անջատ հոդվածներից)։ Նման կառուցվածք ունեցող հանրագիտարանները կոչվում հանրագիտական բառարաններ, օրինակ 86 հատորից բաղկացած ռուսերեն Բրոքհաուսի և Եփրոնի հանրագիտական բառարանը, 58 հատորից բաղկացած ռուսերեն Գրանատ հանրագիտական բառարանը[16] Կառուցվածքի մյուս տեսակը հիերարքիկ կամ աստիճանակարգային կամ տրամաբանական թեմատիկ կառուցվածքն է, որը մեր օրերում թերևս ամենատարածվածն է, հատկապես ընդհանուր բնույթի հանրագիտարաններում։ Էլեկտրոնային միջավայրի ճկունությունը նոր հնարավորություններ է ստեղծում միևնույն բովանդակության կազմակերպման բազմապիսի մեթոդների օգտագործման համար։ Դեռ ավելին, էլեկտրոնային միջավայրն առաջարկում է որոնման, ինդեքսավորման և խաչաձև հղումների նախկինում աներևակայելի հնարավորություններ։ Ժամանակակից մուլտիմեդիա կիրառումների և տեղեկատվական դարի զարգացման հետ մեկտեղ նոր էլեկտրոնային տեխնոլոգիաներն աներևակայելի մեծ հնարավորություններ են բացել ամեն տեսակի տեղեկույթի հավաքման, վավերացման, ամփոփման և ներկայացման համար։ Նման նոր տեսակի հանրագիտարանների օրինակներ են «Everything2»[17], «Encarta»[18], «h2g2»[19] և Վիքիպեդիա էլեկտրոնային հանրագիտարանները։