Մյուս կարեւոր հարցը անասնաբուծությունում հակաբիոտիկների ճիշտ օգտագործումն է, քանի որ եթե կենդանիները առանց անհրաժեշտության ստանան այդ դեղերը, առանց անվտանգության կանոնների պահպանման, արդյունքում հակաբիոտիկները կարող են մսի եւ կենդանիների կաթի հետ մարդու օրգանիզմում հայտնվել: