Ռոբերտ Քոչարյանն իր գլխապտույտ կարիերան սկսել է 1992 թվականից՝ մասնավորապես Հայաստանում իշխող Հայոց համազգային շարժման եւ Արցախի առաջին խորհրդարանական ընտրություններում հաղթած Դաշնակցություն կուսակցության միջեւ սուր հակասությունների ժամանակաշրջանում: Համախոհների խմբի հետ միասին (նրանց մեջ էին Սերժ Սարգսյանը, Սամվել Բաբայանը, Արկադի Ղուկասյանը) նրանք պաշտպանեցին Դաշնակցությանն Արցախում իրական իշխանությունից հեռացնելու՝ Հայաստանի իշխանությունների քաղաքականությունը: Այդ քաղաքականությունն ուժեղ հակասություններ ծնեց, քանի որ Դաշնակցության առաջին կադրային կազմը ձեւավորվել էր ղարաբաղյան շարժման կազմի հիման վրա, որը որոշիչ ազդեցություն ուներ այդ ժամանակվա ռազմաքաղաքական գործընթացների վրա: Բայցեւայնպես, արդյունքում՝ հունիս-հուլիսյան ռազմական պարտությունների խորապատկերին, իրական իշխանությունն Արցախում անցավ Հայաստանի իշխանությունների կողմնակիցներին՝ ի դեմս այնտեղ ստեղծված Պաշտպանության պետական կոմիտեի, որը փոխարինում էր կառավարությանը: Այդ ժամանակվանից ի վեր Արցախում ներքաղաքական դիմակայության առանցքը տեւապես դարձել էր «դաշնակների» ու ձեւավորվող բյուրոկրատական անձնակազմի առճակատումը: Անկախ նրանից, թե ով էր տարբեր ժամանակահատվածներում Արցախում իշխանության առաջնորդը, պատգամավորական եւ բյուրոկրատական կորպուսը մնացել եւ շարունակում է մնալ Քոչարյանի հիմնարկած իշխանության ժառանգական կրողը: