Դրությունը մի փոքր բարելավվել է երկրորդ համաշխարհային պատերազմից հետո: Պատերազմի ժամանակ ամենայն հայոց կաթողիկոսությունը իր սուղ միջոցներից, ինչպես նաև սփյուռքահայության օժանդակությամբ օգնել է ռազմաճակատին: Փոխվել է վարչակարգի վերաբերմունքը ամենայն հայոց կաթողիկոսության և Հայ եկեղեցու նկատմամբ սկսվել է իրավունքների մասնակի վերականգնումը: Սակայն կաթողիկոսությունը շարունակել է մնալ սոսկ հանդուրժվածի վիճակում: