Ճապոնիայում պատմականորեն հայկական համայնք չի ձևավորվել: Հայերը Ճապոնիա են այցելել 19-րդ դարի երկրորդ կեսից, հիմնականում Հնդկաստանի հայեր են եղել, ովքեր զբաղվել են առևտրային գործունեությամբ: 20-րդ դարում հայ առևտրականների թիվը Ճապոնիայում ավելացել է Մերձավոր Արևելքից, մասնավորապես՝ Իրանից, Սիրիայից և Լիբանանից գաղթած հայ ընտանիքներով: