Երկրորդ համաշխարհային պատերազի ընթացքում 1941–1945թթ․ Յուգոսլավիան գրավվեց Աքսիսի ուժերի կողմից։Վարդան Բանովինան բաժանվեց Բուլղարիայի և Իտալիայի կողմից օկուպացված Ալբանիայի միջև։Նոր Բուլղարիայի վարչակազմի ձևավորման և բանակի ստեղծման համար հիմնադրվեց Բուլղարիայի գործերի կոմիտեն։Կոմիտեն մեծամասամբ ձևավորվել էր Ներքին Մակեդոնիայի հեղափոխական կազմակերպության նախկին անդամներից,բայց շատ կոմունիստներ ինչպիսիք են Պանկո Բրաշնարովը,Սթրահիլ Գիգովը և Մեթոդի Շատովովը նույնպես անդամակցում էին կոմիտեին։Որպես Վարդարդ Մակեդոնիայի կոմունիստների առաջնորդ, Շոտովը անցավ Հարավսլավիայի կոմկուսի կուսակցությունից Բուլղարական կոմունիստական կուսակցություն և հրաժարվեց ռազմական գործողություններ սկսել բուլղարական բանակի դեմ։Բուլղարիայի իշխանությունները Գերմանիայի ճնշման ներքո պատասխանատու էին Սկոպյեում եւ Բիտոլայում ավելի քան 7000 հրեայի վերաբնակեցման եւ տեղահանման համար։Զավթած ուժերի դաժան կանոնորը շատ Մակեդոնացիների քաջալերում էին աջակցելու 1943թ․ հետո կոմունիստ Պարտիսանի կազմակերպած Ջոսիփ Բրոզ Տիտոյի շարժմանը և 1944թ․ կազմակերպած Ազգային ազտագրական պայքարը երաշխավորում էր գերմանական ուժերի դուրս բերումը Մակեդոնիայի տարածքից։