Հանրագիտարանները ինչպես և բառարանները սովորաբար կառուցվում են այբբենական կարգով դասավորված հոդվածներով։ Նյութերի համակարգումը կարող է լինել նաև ըստ թեմաների կամ ճյուղային բնագավառների, թեև կարող են լինել նաև թեմատիկ բառարաններ: Ի տարբերություն բառարանների, որոնք հիմնականում կենտրոնանում են բառերի օգտագործման իմաստաբանական բացատրական, լեզվաբանական, ծագումնաբանական և օգտագործման կողմերի վրա, հանրագիտարանի յուրաքանչյուր հոդված նվիրվում է մեկ առանձին հայեցակարգի կամ հասկացության բազմակողմանի և բազմաշերտ լուսաբանմանը։