Մագելանը ծնունդով պորտուգալացի է։ Նրա ծննդավայրը հստակ հայտնի չէ, սակայն որպես այդպիսին ավելի հաճախ նշվում է Սաբրոզա քաղաքը, բայց հնարավոր է, որ նա ծնվել է Պորտու քաղաքում։ Ծովագնացի ընտանիքի մասին քիչ տեղեկություններ կան։ Հայտնի է միայն, որ նա ծնվել է ազնվականի ընտանիքում։ Ենթադրվում է, որ նրա հայրը Ռույ կամ Ռոդրիգո դի Մագելանն է, որ մի ժամանակ եղել է Ավեյրու ամրոցի կառավարիչը։ Մայրը Ալդա դե Մոսկիտան (Միշկիտա) է։ Մագելանից բացի նրանք ունեցել են ևս չորս երեխա, որոնց մասին ոչինչ հայտնի չէ։ Երիտասարդ տարիքում Մագելանը եղել է Ժուան II-ի կնոջ՝ Լեոնորա Ավիսցի թագուհու շքախմբի անդամ։