Էնդրյու Շեֆերը կրթություն է ստացել «Կոլումբիական համալսարան. միջազգային և հանրային կապերի դպրոց»-ում (մագիստրոսի աստիճան միջազգային հարաբերությունների գծով), Յելի համալսարանում (բակալավրի աստիճան քաղաքական գիտությունների և միջազգային հարաբերությունների գծով): Ավարտել է նաև Ամերիկյան համալսարանը՝ որպես ազատ ունկնդիր: