Բնածին շեղումների ձևավորման հիմքում ընկած է վիրուսի անմիջական ցիտոդեստրուկտիվ ազդեցությունը,բջիջների աճի արգելակումը և պտղի հյուսվածքային իշեմիան: Բջջային ապարատի գենետիկ ախտահարման մասին են վկայում կարմրախտի ժամանակ վնասված քրոմոսոմների հաճախակի հայտնաբերումը: Հիմնականում ախտահարվում են այն օրգաններն ու համակարգերը,որոնք գտնվում են ձևավորման պրոցեսում`այսպես կոչված զարգացման կրիտիկական շրջանում: Այսպիսով, արատների ծանրությունը,բնույթը հաճախականությունը կախված է հղիության ժամկետներից: Հղիության 3–4 շաբաթների ընթացքում վարակումն ախտահարում է պտուղը 60% դեպքերում,9-12 շաբաթներում`15 % դեպքերում, 13-16 շաբաթներում` 7% դեպքերում:Արդեն ձևավորված պտղի վրա և հղիության առաջին եռամսյակից հետո կարմրախտի վիրուսն ավելի քիչ վտանգավոր է: