1939 թվականին, երբ գերմանացիները ներխուժեցին Լեհաստան , համալսարանը փակվեց Նացիզմի կողմից: Այն վերաբացվել է 1941 թվականին` ստանալով Գերմանական համալսարան անվանումը, որը գործել է մինչև 1944 թվականը: Համալսարանի անձնակազմը և ուսանողները (նրանցից շատերը աքսորվել են գերմանացիների կողմից) բացել են գաղտնի համալսարան և դասերը անց են կացվել մասնավոր բնակարաններում (տես Կրթությունը Լեհաստանում համաշխարհային երկրորդ պատերազմի ժամանակ): Դասախոսներից և անձնակազմից շատերը ձեռբակալվել և աքսորվել են 7-րդ բերդ, որը գտնվում է Պոզնանում: Ձեռբակալվածների շարքում է եղել Սանիսլավ Պավլովսկին 1932-1933 թվականներին համալսարանի ռեկտոր [3]: Համալսարանը վերաբացվել է երկրորդ համաշխարհային պատերազմից հետո: 1950 թվականին Բժշկական ֆակուլտետը որն ներառում էր ստոմատոլոգիական բաժինն ու դեղագորժության ֆակուլտետը բաժանվում են և ստեղծում առանձին հաստատություններ: Հետայսու կոչվելով Պոզնանի Բժշկական գիտությունների համալսարան 1955 թվականին համալսարանը ընդունում է նոր հովանավոր` 19-րդ դարի լեհ ռոմանտիկ բանաստեղծ Ադամ Միցկևիչը : Համալսարանը անվանափոխվում է ` Ադամ Միցկևիչի անվան համալսարան: