ՄՌՏ-ով,առաջին հերթին, առավել մանրակրկիտ հետազոտում են գլխուղեղը, քանի որ կան հիվանդություններ, որոնք այլ ախտորոշման եղանակներով հնարավոր չէ հայտնաբերել: Դրանք են՝ որոշ ուռուցքներ և զարգացման արատներ, բորբոքային հիվանդություններ և հետտրավմատիկ փոփոխություններ: Իշեմիկ ինսուլտի տարբերակման համար նույնպես ՄՌՏ-ն անփոխարինելի է, քանզի ստանդարտ հետազոտությամբ, կիրառելով դիֆուզիոն ծրագրեր, հնարավոր է տեսնել մեկ ժամվա թարմությամբ փոփոխությունները, իսկ հատուկ պերֆուզիոն ՄՌՏ ծրագրով՝ անգամ մի քանի րոպե թարմությամբ իշեմիկ ինսուլտը: Իսկ, ինչպես գիտենք, ինսուլտի պարագայում ամեն րոպեն կարևոր է: