Ֆիլիպ II գահակալությունը բնորոշվում է իսպանական բացարձակ միապետության հետագա ուժեղացմամբ։ Կաստիլիան, Վալենսիան, Կատալոնիան, Արագոնը մասամբ զրկվում են միջնադարյան ազատություններից։ Աջակցել է ինկվիզիցիային, պայքարել բողոքականության և հերետիկոսների դեմ, հալածել մորիսկներին (Ռեկոնկիստայից հետո Իսպանիայում մնացած արաբական տարր)։