Սպիտակուցի տարածական կառուցվածքի կանխագուշակումը համակարգչային տեխնիկայի միջոցով (in silico) թույլ է տալիս կառուցել սպիտակուցների մոդելներ, որոնց կառուցվածքը դեռևս չի որոշվել փորձնականորեն[106]: Ամենահաջող կանխագուշակման ձևը կոչվում է հոմոլոգ մոդելավորում և հիմնվում է գոյություն ունեցող կաղապարային կառույցի վրա, որը ամինաթթվային հաջորդականությամբ նման է մոդելավորվող սպիտակուցին[107]: Սպիտակուցների տարածական կառուցվածքի կանխագուշակման մեթոդները լայնորեն կիրառվում են սպիտակուցների գենային ինժեներիայի զարգացման ուղղության մեջ․ մեթոդների միջոցով ստացվում են սպիտակուցի նոր երրորդային կառույցներ[108]: Ավելի բարդ խնդիր է միջմոլեկուլային փոխհարաբերությունների և սպիտակուց-սպիտակուց փոխհարաբերությունների կանխագուշակումը[109]: