Պատմական պայմանների թելադրանքով ամենայն հայոց կաթողիկոսության աթոռանիստը հաճախ տեղափոխվել է երկրի մի վայրից մյուսը: Վաղարշապատից հետո աթոռը հաստատվել է Դվինում (484–931), Աղթամարում (931–944), Արգինայում (944–992), Անիում (992–1065): Բագրատունյաց թագավորության անկումից (1045) հետո, Կիլիկիայում հայկական իշխանությունների առաջացման ու հզորացման պայմաններում, կաթողիկոսական աթոռը նույնպես տեղափոխվել է Կիլիկիա: Գրիգոր Բ Վկայասեր կաթողիկոսը 1066-ին աթոռանիստ է դարձրել Կիլիկիայի սահմաններին մոտ գըտնըվող Ծամնդավը: Ավելի ուշ աթոռանիստը փոխադրվել է Շուղրի (Քեսունի գավառում) Սև լեռան Կարմիր վանք (1105–16), ապա՝ Գրիգոր Գ Պահլավունու օրոք՝ Ծովք (1116–49), այնուհետև, դարձյալ Գրիգոր Գ Պահլավունու օրոք՝ Հռոմկլա (1149–1292), Գրիգոր Է Անավարզեցու օրոք՝ Սիս (1293–1441): Կիլիկյան հայկական պետության ժամանակաշրջանում (XIII–XIVդդ.), նաև դրանից վաղ (XI–XIIդդ.), ամենայն հայոց կաթողիկոսությանը գործունեությունը դրսևորվել է հոգևոր, կրթական, մշակութային, ինչպես նաև քաղաքական-միջպետական, դավանական-միջեկեղեցական կյանքի ոլորտներում: Այդ շրջանը նշանավորվել է հայ-հույն և հայ-կաթոլիկ միջեկեղեցական հարաբերություններով, ծիսադավանական խնդիրների շուրջ ընթացող երկարատև վեճերով ու բանակցություններով: Սկզբում Հույն եկեղեցին, ապա՝ Հռոմի կաթոլիկ եկեղեցին փորձել են ամենայն հայոց կաթողիկոսությունը ենթարկել մի դեպքում Կոստանդնուպոլսի տիեզերական պատրիարքությանը, մյուս դեպքում՝ Հռոմի պապին: Թեև որոշ դեպքերում ամենայն հայոց կաթողիկոսության գահակալներից ոմանք երբեմն նահանջել են Հայ եկեղեցու ծիսադավանական ավանդույթներից՝ հուսալով, թե այդպիսով կկարողանան շահել Բյուզանդիայի կամ կաթոլիկ Եվրոպայի քաղաքական համակրանքն ու աջակցությունը, սակայն ամենայն հայոց կաթողիկոսությունը կարողացել է այդ դժվարին պայքարում անաղարտ պահել իր դավանությունը և Հայ եկեղեցու ամբողջական անկախությունը: