Եկեղեցու հիմնադրումը. Նինոծմինդայից 5.5 կմ հարավ-արևմուտք գտնվող Փոքր Խանչալի գյուղի եկեղեցին հիշատակվում է Հայ Առաքելական Սուրբ Եկեղեցու Վրաստանի և Իմերեթի թեմի 1840 թվականի տեղեկագրում: Եկեղեցու անունը չի նշվում: Ծխերի թիվը կազմել է 189[1]: 1860-ական թվականներին հիշատակվում է՝ որպես փայտաշեն կառույց[2]: Եկեղեցին հիմնովին վերակառուցվել է 1875 թվականին: Այդ են վկայում եկեղեցու բարավորին և մուտքից հարավ պահպանված շինարարական արձանագրությունները: Օծումը տեղի է ունեցել նույն թվականի սեպտեմբերին Գրիգոր արքեպս. Սաքինյանցի ձեռամբ[3]: 20-րդ դարի սկզբին եկեղեցու կապիտալը կազմել է 257ռ. 69 կ. արծաթով[4]: Եկեղեցու շուրջ տարածվում է գերեզմանոցը: