642 թվականին արաբական զորքերը Նիհավենդի ճակատամարտում հաղթում են պարսիկներին և կործանում Սասանյան տերությունը։ Աստիճանաբար արաբներին են անցնում Իրանի բոլոր տարածքները, որոնցից վերջինը լինում է Ատրպատականը[14]։ Այն արաբները վերանվանում են Ազարբայեջան։ Այստեղ հիմնադրվում է Սաջյան ամիրայությունը, որին հետագայում փոխարինում են նաև այլ իշխանապետություններ։ Երկրամասում տարածվում է իսլամը, որը դուրս է մղում զրադաշտականությունը։ Արաբական խալիֆայության թուլացումից օգտվելով՝ Ատրպատականի բնակչությունը նույնպես ընդվզել է տիրակալների դեմ։ 11-րդ դարում Միջին Ասիայից տարածաշրջան են ներխուժում սելջուկները, ովքեր այստեղ հաստատում են Սելջուկյան սուլթանությունը։ 13-րդ դարում Վրաց թագավորությունը արշավանքներ է կազմակերպում սելջուկյան ամիրայությունների դեմ և ազատագրում Արևելյան Հայաստանը։ 1208 թվականին Թամար թագուհու զորքերը՝ Զաքարե ամիրսպասալար և Իվանե աթաբեկ Զաքարյանների գլխավորությամբ գրավում են Արդաբիլը և Թավրիզը, իսկ 1210 թվականին մտնում Խոյ, ապա՝ Ղազվին [15][16][17]։ Աստիճանաբար Ատրպատականի տարածքում հայտնվում են նորանոր թյուրքալեզու ցեղեր, որոնց հոսքն ուժեղանում է սուլթանության կործանումից և 13-րդ դարում մոնղոլ-թաթարական արշավանքներից հետո։ 14-րդ դարի վերջին Մերձավոր Արևելք է արշավում Լենկթեմուրը, իսկ 15-րդ դարում Հայկական լեռնաշխարհում և Իրանի հյուսիսում հայտնվում են Կարա-Կոյունլուների և Ակ-Կոյունլուների թուրքմենական պետությունները[18]։