Երկրորդ համաշխարհային պատերազմի նախօրյակին ՀՅԴ 13-րդ ընդհանուր ժողովը (Կահիրե, 1938) որոշեց, որ պատերազմի բռնկման պարագայում՝ «Դաշնակցութիւնը իր պայքարին մէջ ելակէտ պէտք է ունենայ բացառաբար հայ ժողովուրդի ֆիզիքական փրկութեան հարցը եւ ըստ այնմ ալ վարէ իր քաղաքականութիւնը՝ զայն չկաշկանդելով Հայ դատին վերաբերող առաջադիմութիւններով»:[5] Որոշ դաշնակցական ղեկավարներ դեպի Արևելք հիտլերյան զորքերի առաջխաղացման մեջ տեսան ԽՍՀՄ-ի քայքայման և Հայաստանի անկախության վերականգնման հնարավորություն։ Պատերազմի ընթացքում ՀՅԴ բյուրոն վարեց դաշնակիցներին ի նպաստ քաղաքականություն, որոշ գործիչներ համագործակցեցին հիտլերականների հետ, սակայն ՀՅԴ տրամադրության տակ եղած որևէ հայկական զորամաս չմասնակցեց ռազմական գործողություններին։ Պատերազմի վերջին փուլում ՀՅԴ պաշտպանեց Կարսի և Արդահանի շրջանները ՀԽՍՀ-ին կցելու ԽՍՀՄ պահանջը։‌[փա՞ստ]