1936-39 թթ քաղաքացիական պատերազմի ընթացքում բասկերին հաջողվում է ժամանակավորապես վերահաստատել ինքնավար կարգավիճակը։ Առաջին կառավարության նախագահն էր Խոսե Անտոնիո Ագիրեն։ Նախարարական կաբինետը կազմված էր հինգ ազգայնական, երեք սոցիալիստ, մեկական կոմունիստ և հանրապետական նախարարներից։ Կառավարության իշխանությունը տարածվում էր միայն Բիսկայայի և Գիպուսկոայի տարածքներում։ 1937 թ. Գեներալ Ֆրանկոյի զորքերը գրավում են Բասկերի երկիրը։ Կառավարությունը նախ տեղափոխվում է Կատալոնիա, ապա՝ աքսորվում։