Խորհրդային կարգերու հաստատման առաջին տարիներէն իսկ, Խորէն Արքեպիսկոպոս բուռն պայքար մղեց Հայաստանեայց Եկեղեցւոյ դէմ կատարուող պոլշեւիկեան ոտնձգութեանց դէմ։ Հակառակ իր դէմ ծաւալած հետեւողական հալածանքներուն, իր վայելած անբասիր հեղինակութեամբ, Խորէն Արքեպիսկոպոս կրցաւ դիմագրաւել ամէն կարգի ճնշումները եւ 1932ին, երբ նաեւ օրուան իշխանութեան ղեկավար Աղասի Խանջեանի հետ սերտ գործակցութիւն հաստատած էր ի նպաստ Հայաստանեայց Եկեղեցւոյ պահպանման եւ պաշտպանութեան, Գէորգ Ե. Կաթողիկոսի վախճանումէն ետք Խորէն Առաջին Մուրադբէգեան ընտրուեցաւ Ամենայն Հայոց Կաթողիկոս։