Արարատի հիմքը պալեոզոյի և մեզոզոյի նստվածքային ապարներից կազմված ծալքաբեկորային կառուցվածք է: Տեկտոնական խաղտումներով տրոհված է առանձին բեկորների, որոնք նեոգեն-անթրոպոգենում ենթարկվել են դիֆերենցված ուղղաձիգ շարժումների: