Ռուբեն Մելքոնյանը 2009 թ.-ից ֆակուլտետի դեկանի տեղակալ էր, իսկ 2010 թ.-ից Թյուրքագիտության ամբիոնի դոցենտ է: Նրա գիտական հետաքրքրությունների շրջանակը ներառում է Թուրքիայի ազգային փոքրամասնությունների, բռնի կրոնափոխ հայության խնդիրները, ինչպես նաև հայկական թեմատիկան թուրքական գրականության մեջ: