Կոստանդնուպոլսի անկումից անմիջապես հետո, Մեհմեդ II Ֆաթիհը ձեռնամուխ է եղել քաղաքի վերակառուցմանը և վերափոխմանը։ Հենց այդ ժամանակաշրջանից էլ որոշ գրավոր աղբյուրներում սկսել է կիրառվել քաղաքի Ստամբուլ անվանումը։ Նա պահանջել է, որ Կոստանդնուպոլիս վերադառնան քաղաքի բոլոր բնակիչները, ովքեր լքել էին այն պաշարման ժամանակ։ Բացի այդ, Մեհմեդը քաղաքում բնակեցրել է նաև մուսուլմանների, հրեաների և քրիստոնյաների (հիմնականում հայերի), ովքեր այստեղ էին գաղթել Անատոլիայի տարբեր ծայրերից։ Նրա պահանջով տարբեր ազգությունների և կրոնների հինգ հազար ընտանիքներ, մինչև սեպտեմբեր ամիսը, տեղափոխվել են Կոստանդնուպոլիս[70]։ Իսլամական կայսրության ողջ տարածքից պատերազմի ռազմագերիները և տեղահանված մարդիկ ուղարկվել են քաղաք։ Այս մարդկանց թուրքերեն անվանել են "Սյուրգյուն" (թուրք.՝ Sürgün, հունարեն՝ σουργουνιδες)[71]։ Այդուհանդերձ, շատ մարդիկ հրաժարվեցին վերադառնալ քաղաք, որի արդյունքում էլ տեղի ունեցել որոշ բախումներ գյուղացիների և թուրք զինվորականների միջև։ Բացի այդ, Ստամբուլում սկսել էր գրանցվել ժանտախտի որոշ դեպքեր։ Արդյունքում, 1459 թվականին Մեհմեդը թույլատրեց տարհանված հույներին՝ վերադառնալ Կոստանդնուպոլիս[72]։ Նա հրավիրել է Եվրոպայի տարբեր երկրներում գտնվող մարդկանց ապրելու իր մայրաքաղաքում՝ ստեղծելով կոսմոպոլիտ հասարակություն, որը գերակա էր Կոստանդնուպոլսի բնակչության կազմում՝ Օսմանյան կայսրության հետագա տարիների ընթացքում[73]։ Ժանտախտի տարածումը, այդուհանդերձ, անխուսափելի էր։ Պատմաբանները վկայում են, որ 16-րդ դարը Ստամբուլի պատմության մեջ եղել է «հիվանդոտ» դարաշրջան։ Մասնավորապես, ժանտախտի բռնկումներ են գրանցվել 1520 թվականից սկսած։ Ժանտախտի բռնկման ընդմիջումներ են եղել 1529-1533, 1549- 1552 և 1567-1570 թվականներին։ Համաճարակը սկսվել էր Արևմուտքում և Օսմանյան կայսրության միջոցով տարածվել դեպի Հիջազ և Հարավային Ռուսաստան[74]։ Անատոլիայի բնակչության աճի շնորհիվ Ստամբուլը կարողացավ լրացնել բնակչության պակասը և 1800-ականների սկզբին այն հասավ 500 000-ի։ Մեհմեդ II-ը վերակառուցել է նաև քաղաքի վնասված ենթակառուցվածքները, ներառյալ նաև քաղաքի ջրային համակարգը, սկսել է իրականացնել Գրանդ բազարի և սուլթանի պաշտոնական նստավայրի՝ Թոփքափը ամրոցի կառուցումը[75]։ Մայրաքաղաքը Էդիրնեից (նախկինում՝ Ադրիանապոլիս) Կոստանդնուպոլիս տեղափոխելուց հետո, նոր կայսրությունը հայտարարվել է որպես Հռոմեական կայսրության ժառանգ և իրավահաջորդ[76]։