Քրիստոնեությունը չկարողացավ դառնալ միասնական կրոն, որի պատճառով ողջ կայսրությամբ մեկ բնակվում էին տարբեր ուղղություններին դավանող քրիստոնյաներ։ Կայսրության պետական եկեղեցին, որ հետագայում կոչվեց Ուղղափառ, չէր ներկայացնում կայսրության բոլոր քրիստոնյաներին։ Նեստորականությունը, աղանդ, որ հիմնադրվել է 5-րդ դարում Նեստորի կողմից, անջատվեց պետական եկեղեցուց՝ ձևավորելով Արևելքի Ասորական Եկեղեցին: Սակայն էլ ավելի մեծ տարաձայնություններ էին առկա միաբնակների (հայեր, ասորիներ, ղպտիներ) և երկբնակների (հույներ) միջև։ Բացի նեստորականությունից գոյություն ուներ ևս մեկ այլ աղանդ՝ արիոսականությունը, որը սակայն մեծ տարածում չգտավ։ Լուրջ տարաձայնություններ էին առկա միաբնակ Հայ Առաքելական Եկեղեցու և կայսրության երկբնակ պետական եկեղեցու միջև։ Կայսրության կյանքում կարևոր դեր ուներ հուդայականությունը: