Լուսինե Զաքարյանը ծանր հիվանդությունից վախճանվել է 1992 թվականի դեկտեմբերի 30-ին Երևանում: Քանի որ այդ ժամանակվա ՀՀ կառավարությունը թույլ չի տվել նրա հուղարկավորությունը կատարել Կոմիտասի անվան զբոսայգու պանթեոնում, ամենայն հայոց կաթողիկոս Վազգեն Ա-ի համաձայնությամբ Լուսինեի մարմինը 1993 թվականի հունվարի 2-ին հողին են հանձնել Էջմիածին քաղաքի Սուրբ Գայանե եկեղեցու բակի գերեզմանատանը, ուր և այժմ գտնվում է ժողովրդի կողմից շատ սիրված մեծանուն երգչուհու շիրիմը: