1970թ. դատապարտվել է 4 տարվա ազատազրկման։ Առաջին ազատազրկման ժամկետը անցկացրել է Մորդովայի Բարաշեվո գյուղի քաղաքական կալանավորների համար նախատեսված ճամբարում։ Պատժախցերում եղած ժամանակ գրել է երգեր և բանաստեղծություններ։ 1973թ. շարոնակել է քաղաքական գործունեությունը, ինչպես նաև ուսումը պոլիտեխնիկում։ Աշխատել է Նուբարաշենի գործվածքների գործատանը։ Դեռ ճամբարում մշակել է «Փարոս-2»-ը և ուղարկել ԱՄԿ անդամներին և ղեկավարներին: Վերջիններիս ձերբակալությունից հետո դարձել է ԱՄԿ-ի փաստական ղեկավարը։ 1973թ. ստեղծվել է ԱՄԿ-ի գործադիր խորհուրդ, որի նախագահ է ընտրվել։ 1974թ. անձնագրային կարգը խախտելու կեղծ մեղադրանքով նրան կալանավորել են` դատապարտելով 2 տարվա ազատազրկման։ Նախաքննության ընթացքում ընկերների հետ գտնվել է ՊԱԿ-ի մեկուսարանի տարբեր խցերում, սակայն կարողացել է ոչ միայն նրանց հետ գաղտնի նամակագրական կապ ստեղծել, այլև հաստատել իր մշակած` ԱՄԿ-ի ծրագիրը։ Ծրագրի հիմնական դրույթը հետևյալն էր. ԽՍՀՄ սահմանադրության ընձեռած իրավունքով հանրաքվեի միջոցով հասնել Խորհրդային Հայաստանի անկախացմանը։ Այս ծավալուն փաստաթուղթը մեկուսարանից դուրս ուղարկելու փորձը ձախողվել է և Հայրիկյանն այս անգամ դատապարտվել է 7 տարվա կալանքի և 3 տարվա աքսորի։ Նախաքննության ընթացքում գրել է նաև մի քանի երգեր ու բանաստեղծություններ։ Այս կալանքը անցկացրել է Պերմի և Մորդովիայի քաղաքական ճամբարներում։ 1977թ. կալանավայրում ընտրվել է ԱՄԿ-ի քարտուղար, որի մասին կազմակերպությունը տեղեկացրել է ԽՍՀՄ իշխանություններին։ Հայրիկյանն, այսպիսով, դարձել է ազգերի ինքնորոշման իրավունքի պաշտպանության շարժման հիմնադիրը ԽՍՀՄ-ում։ Համարվել է ամենագործուն քաղաքական կալանավորը և մոտ 400 օր անցկացրել է միայն պատժախցերում։ Պետերբուգցի պատմաբան, գրող, ազգությամբ հրեա Միխայիլ Հեյֆեցը, ում վիճակված էր դառնալ այդ օրերի տարեգիրը, գրել է «Ռազմագերի քարտուղարը. պատմություն Պարույր Հայրիկյանի մասին» գիրքը (առաջին անգամ լույս է տեսել 1985թ., Լոնդոնում, ռուսերեն)։ 1980թ-ից եղել է Ուրալի Պերմ քաղաքի քննչական բանտում, այնուհետև` Նովոսիբիրսկի, ապա` Իրկուտսկի բանտերում։ 1981թ., ազատազրկման ժամկետը լրանալուց 3 ամիս առաջ, ամբաստանվել է կաշառատվության մեջ և Պերմում սարքված խայտառակ դատավարություն-ներկայացումից հետո դատապարտվել 3 տարվա ազատազրկման և ուղարկվել Իրկուտսկի մարզի հյուսիսում տեղակայված թմրամոլների համար նախատեսված հատուկ ճամբար։ 1984-87թթ աքսորավայրում` Իրկուտսկի Ուստ-Կուտ շրջանում աշխատել է որպես էլեկտրիկ։ 1985թ. ընդունվել է Իրկուտսկի պոլիտեխնիկական ինստիտուտ։ Որպես շատ լավ ուսանողի, նրան թույլատրվել է հանձնել հաջորդ կուրսի քննությունները։ 1987թ. երկրորդ կուրսից նրան հեռացրել են ՊԱԿ-ի հանձնարարությամբ։ Հետագայում ավարտել է Երևանի պետական համալսարանի իրավաբանական ֆակուլտետը։ 1987թ. նրա նախաձեռնությամբ Հայաստանում ստեղծվել է «Քաղկալանավորների պաշտպանության հայկական հանձնախումբը»։ Սեպտեմբերին հիմնել է Ազգային ինքնորոշում միավորում (ԱԻՄ) կազմակերպությունը։ Վերջինս ԽՍՀՄ ամբողջ տարածքում բացահայտ պայքարող առաջին ազգային-քաղաքական-ժողովրդավարական կազմակերպությունն էր` իր «Անկախություն» շաբաթաթերթով։ «Անկախությունը» Խորհրդային Միությունում առաջին բացահայտ հրատարակվող այլընտրանքային քաղաքական պարբերականն էր, որը Հայաստանում ազատ մամուլի հիմքն է դրել։ 1989թ. ԱՄՆ-ում գտնվող ԱԻՄ առաջնորդ Հայրիկյանը Աշոտ Նավասարդյանին նշանակել է Մովսես Գորգիսյանի նախաձեռնությամբ ԱԻՄ-ի կազմում որպես ապագա ազգային բանակի նախատիպ ստեղծված «Անկախության բանակի» հրամանատար։ 1988թ. ԽՍՀՄ առաջնորդ Միխայիլ Գորբաչովի հրամանով, կրկին (չորրորդ անգամ) կալանավորել են Հայրիկյանին և տեղափոխել Երևանի ՊԱԿ-ի բանտ, ապա` Մոսկվա, այնուհետև` Եթովպիա։ Դրանից հետո անցել է Եվրոպա, այնուհետև` ԱՄՆ։ Բռնի տարագրյալի վիճակում մնացել է մինչև 1990թ. նոյեմբերը, որից հետո, միջազգային հանրության ճնշման տակ Գորբաչովը հարկադրված է եղել վերականգնել Հայրիկյանի քաղաքացիությունը և թույլատրել վերադառնալ հայրենիք։ Նույն թվականին ընտրվել է Հայաստանի Գերագույն խորհրդի պատգամավոր։ 1990-98թթ եղել է ՀՀ խորհրդարանի անդամ, 1998-99թթ` ՀՀ նախագահի խորհրդական և Սահմանադրական բարեփոխումների հանձնաժողովի նախագահ, 1998-2002թթ` ՀՀ Մարդու իրավունքների հանձնաժողովի նախագահը։ 1992թ-ից նրա ղեկավարությամբ իրականացվել է Լաչինի (այժմ` Բերձոր) շրջանում փախստականների համար բնակավայրեր ստեղծելու գործը։ Հրատարակել է բանաստեղծությունների երկու ժողովածու, «Լույսի ճանապարհին» վեպը, «Հավատով և սիրով» սցենարը, քնարական և հայրենասիրական երգերի 3 ալբոմ։ 2001թ. «Սիրո թռչուն» երգը համահայկական երգի մրցույթում գրավել է առաջին տեղը։ Հեղինակել է հինգ վավերագրական շարժանկարներ, այդ թվում` «Հարություն» գիտահանրամատչելի շարժանկար: