Այս վանքի անունը նշանակում է «գանձերի լեռ», քանի որ ըստ ավանդության՝ այստեղ էին պահվում Սուրբ Հովհաննես Մկրտչի մասունքները։ Գանձասարը առաջնորդարան էր և Խաչենի իշխանների տոհմական տապանատունը։ Հասան-Ջալալյան տոհմի իշխանների հոգածության շնորհիվ Գանձասարը պահպանել է հոգևոր կենտրոնի իր դերը։ Սուրբ Հովհաննու Մկրտիչ մայր տաճարը կառուցվել է 1216 – 1238 Հասան-Ջալալ իշխանի կողմից: Գանձասարը 1400 – 1816 թթ.Աղվանից կաթողիկոսների նստավայրն էր։ Դարեր շարունակ այն եղել է Հայաստանի