Չնայած երիտասարդ տարիքում նրա կուռքը եղել էր Օտտո ֆոն Բիսկմարկը, Վիլհելմի խարիզմատիկ բնավորությունը շուտով բերեց կոնֆլիկտի «Երկաթե Կանցլերի» հետ, ով կարևոր դեր էր ունեցել կայսրության հիմնադրման հարցում: Նոր կայսրին դուր չէր գալիս Բիսմարկի զգուշավոր արտաքին քաղաքականությունը` գերադասելով Գերմանիայի արագ և ուժեղ ընդլայնումը, որը կպաշտպանի Գերմանիայի դիրքը արևի տակ: Բացի այդ երիտասարդ կայսրը վեր էր դասում օրենքը գահից, ի տարբերություն իր պապիկի: Չնայած կայսրության սահամանադրությամբ գործադիր իշխանությունը պատկանում էր կայսրին, Վիլհելմ I համաձայն էր առօրյա կառավարումը հանձնել Բիսմարկին: Կանցլերի և Վիլհելմի միջև վաղ վեճերը շուտով փչացրեցին երկուսի հարաբերությունը: Բիսմարկը հավատում էր, որ Վիլհելմը թույլ բնավորություն ունի և նրան կարելի է կառավարել և ձևականորեն ցույց տվեց որ սատարում է Վիլհելմի քաղաքականությանը 1880-ական թվականների վերջին: Նրանց հարաբերությունները վերջնականապես փլուզվեցին 1890 թվականի սկզբին, երբ Բիսմարկը փորձեց ընդունել հակասոցիալիստական օրենք[17]: