ԵՊՀ Ձեռներեցության զարգացման կենտրոնը ստեղծվել է 2016 թվականի մայիսին: Բայց մինչ այդ, 2015 թվականի դեկտեմբերի 23-ին ԵՊՀ հոգաբարձուների խորհրդի նիստում հաստատվել էր ԵՊՀ կառուցվածքը, որտեղ համալսարանական կենտրոնների շարքում ներառված էր նաև Ձեռներեցության զարգացման կենտրոնը: