Կան բազմաթիվ հիվանդություններ, որոնք հայտնաբերվում են միայն ՄՌՏ հետազոտությամբ: Օրինակ՝ ցրված սկլերոզը, սուր և սրագույն փուլերում գտնվող իշեմիկ խանգարումները, ինչպես նաև բնածին և ձեռքբերովի այլ արատներ: