Ուսանողների իրավունքների պաշտպանության, նրանց խնդիրների քննարկման և շահերի ներկայացման համար ԵՊՀ-ում գործում է սովորողների ինքնակառավարման, ընտրովի ներկայացուցչական մարմին՝ Ուսանողական խորհուրդ: Ուսանողների գիտական և հետազոտական աշխատանքները խթանելու և զարգացնելու նպատակով համալսարանում գործում է Ուսանողական գիտական ընկերություն: Այս երկու կառույցները համալսարանում գործող հիմնական ուսանողական կառույցներն են, որոնք ղեկավարվում են սովորողների կողմից և ապահովում են ուսանողների մասնակցությունը համալսարանի կառավարման գործընթացին: