ԵՊՀ դեղագիտության ամբիոնը կազմավորվել է 1998 թ.-ին ԵՊՀ քիմիայի ֆակուլտետում գործող դեղագործական քիմիայի բաժնի ուսումնական գործընթացի կոորդինացման նպատակով, սկզբում որպես դեղագործական քիմիայի ամբիոն, իսկ 2014թ.-ին անվանափոխվել է դեղագիտության ամբիոնի: