Համագործակցության խորհրդի կողմից համակարգվում է ԵՄ-Հայաստան Գործընկերության և համագործակցության համաձայնագրի իրականացման գործընթացը: Համագործակցության Խորհրդի նախարարական հանդիպումները գումարվում են ամեն տարի: