Սակայն ամենից ապշեցնող եւ անմոռանալի զգացողությունը Hagia Sophia-ում՝ տաճարի քրիստոնեական ու իսլամական շերտերի մեկուսիությունն է: Հարյուրամյակներ շարունակ այդ շերտերը գոյատեւում են կողք կողքի, բայց ոչ մի կերպ չեն միախառնվել, բավական է վերցնես իսլամական շերտը, եւ ոչ ոք չի էլ կռահի, թե Այա Սոֆիայում այն երբեւէ եղել է: Այդ առումով Այա Սոֆիան ասես Պոլիսի եւ, ընդհանրապես, Օսմանյան կայսրության կամ Թուրքիայի մանրակերտը լինի: Հարյուրամյակների թուրքական ներկայությունը չի կարողացել էությունը փոխել: