Գագիկ 1-ինի մահից հետո /990-1020/ Բագրատունյաց պետությունը թուլանում է: Բյուզանդամետ իշխանների հակահայկական գործունեության հետևանքով 1045 թ. Անին ու Բագրատունյաց թագավորությունն ընկան բյուզանդական լծի տակ: 1064 թ. սելջուկները մեծ զոհերի գնով գրավում են Անին: 1072 թ. սելջուկ զորավար Ալփ-Արսլանը Դվինի ամիրայից գնում է Անին և տալիս իր որդի Մանուչեին: Հիմք է դրվում Շադդադյանների իշխանությանը, որն ընդմիջումներով շարունակվում է մինչև 1199 թ.: Նույն թվականին հայ-վրացական միացյալ զորքը ազատագրում է Անին: Այն անցնում է Զաքարյաններին: Քաղաքում նորից աշխուժանում է կյանքը: Կառուցվում են նոր եկեղեցիներ, աշխարհիկ շենքեր, բերդապարիսպներ, կամուրջներ և այլն: Պատմիչներն այդ շրջանի Անին հիշատակում են «մեծ», «քաղաքամայր», «տիեզերական» և այլ անուններով: Անին կառավարել է «երիցանին» /ավագանին/, որը գործում էր Զաքարյանների կողմից նշանակված կառավարչի` ամիրայի նախագահությամբ: Զաքարյանների ծաղկուն շրջանն ավարտվում է մոնղոլական արշավանքներով: 1236 թ. մոնղոլները պաշարում են Անին: Չնայած բնակիչների հերոսական դիմադրությանը /նաև կանայք/` քաղաքը գրավվում է: Մինչև XIV դարի կեսը Անին որպես քաղաք դեռ շարունակում էր իր գոյությունը: Սակայն մոնղոլների, այնուհետև քաղաքը գրաված թուրքական ցեղերի` անեցիների հանդեպ վարած քաղաքականության հետևանքով /ազգային, կրոնական ճնշումներ, ծանր հարկեր/, նաև 1319 թ. Անիում տեղի ունեցած երկրաշարժի պատճառով, բնակիչները մեծ խմբերով լքում են Անին: XVI դարում Անին արդեն մի փոքր բնակավայր էր: 1878 թ. ավերակված Անին անցնում է Ռուսաստանին: Անին բոլոր ժամանակներում պատմիչների, ուսումնասիրողների ու մարդկանց ուշադրության կենտրոնում է եղել: XIX դարի վերջին` 1892 թ. Ն. Մառի գլխավորությամբ սկսվում են Անիի պեղումները, որոնք ընդհատումներով շարունակվում են մինչև 1917թ.: Պեղումների ժամանակ հայտնաբերված մշակութային արժեքների մեծ մասը կորել է Առաջին համաշխարհային պատերազմի ու հետագա քաղաքական դեպքերի հետևանքով: 1920թ. օգոստոսի 24-ի ռուս-թուրքական պայմանագրով Անին հանձնվում է Թուրքիային: