Կատալիզի մեխանիզմի հիման վրա կենսաքիմիայի և մոլեկուլային կենսաբանության համաշխարհային միությունը առանձնացնում է մի քանի պրոտեազների դասեր՝ սերինային պրոտեազներ, ասպարգինային պրոտեազներ, ցիստեինային պրոտեազներ և մետաղպրոտեազներ[58]: