Հատուկ քննչական ծառայության գործունեությունը նպատակաուղղված է Հայաստանի Հանրապետության քրեական դատավարության օրենսգրքով նախատեսված` օրենսդիր, գործադիր և դատական իշխանության մարմինների ղեկավար աշխատողների, պետական հատուկ ծառայություն իրականացնող անձանց իրենց պաշտոնեական դիրքի կապակցությամբ հանցակցությամբ կամ նրանց կատարած հանցագործությունների, ինչպես նաև ընտրական գործընթացների հետ կապված քրեական գործերով նախաքննություն իրականացնելուն: