2009 թվականի օգոստոսի 29-ին՝ Բիրմինգհեմի դեմ խաղում, որտեղ Տոտենհեմը հաղթեց 2-1 հաշվով, Մոդրիչը վնասվածք ստացավ։ Արդեն հաջորդ օրը պարզ դարձավ, որ Մոդրիչը կոտրել է իր ոտքը։ Մոդրիչը վերադարձավ մարզումների երկարատև դադարից հետո Ատլետիկս Գրեյի դեմ խաղից առաջ։ Վնասվածքից հետո Մոդրիչն առաջին անգամ դաշտ դուրս եկավ Լոնդոնյան դերբիում, երբ թիմը մրցում էր Վեսթ Հեմ Յունայթեդի հետ և հաղթեց 2-0 հաշվով։ Նա իր առաջին գոլը վնասվածքից հետո խփեց Էվերթոնի դեմ խաղում փետրվարի 28-ին։ 2010 թվականի մայիսի 30-ին Մոդրիչը վերակնքեց վեցամյա պայմանագիր Տոտենհեմի հետ։ Պայմանագիրը կնքելուց առաջ Մոդրիչը ասել էր, որ Տոտենհեմը իրեն շատ բան է տվել և նա ուզում է առաջ գնալ և զարգացնել հաջողությունները Տոտենհեմի հետ։