ՀԱԷԿ-ի նախագիծը, ներառյալ ֆիզիկական պաշտպանության համակարգը, մշակվել է 1960-ական թվականների վերջերին` նախկին ԽՍՀՄ-ի կողմից սահմանված նորմերի համաձայն: Միջուկային և ճառագայթային անվտանգությունն ու ֆիզիկական պաշտպանությունը հիմնականում կարգավորվում էր գերատեսչական նորմատիվ փաստաթղթերով, մասնավորապես, ֆիզիկական պաշտպանությունը կարգավորվում էր «ԱԷԿ-ի հատուկ կամ ֆիզիկական պաշտպանության սկզբունքները», իսկ 1989 թվականից հետո` «Հատուկ անվտանգության ռեժիմի կանոնակարգը» փաստաթղթերով և այլ գերատեսչական ակտերով: