Եկեղեցին բազմիցս ենթարկվել է նորոգությունների և վերակառուցումների: Առաջին վերանորոգումներից մեկն իրականացվել է 1430 թվականին[2], սակայն հիմնավոր վերակառուցումն արվել է 1480 թվականին: Այն այնքան շքեղ է եղել, որ հետագայում նույնիսկ այդ տարեթիվը հայ և վրաց հետազոտողների կողմից նկատվել է որպես հիմնադրման թվական: 19-րդ դարում Վանքի Մայր Տաճարը համալրվել է նոր կառույցներով՝ թանգարան, դարպաս, առաջնորդարան, որի շինարարության արձանագրությունն ագուցված է զանգակատան պատի մեջ և դեռևս գոյություն ունի[3]: