Կարեն Կարապետյանը ուշագրավ դիրք է զբաղեցնում ՀՀԿ-ում, սկսած 2006 թվականի հուլիսից, երբ Սերժ Սարգսյանի հետ անդամակցեց այդ կուսակցությանը: 2008 թվականից հետո նա համարվում էր վարչապետի հավակնորդ, իսկ մամուլը գրում էր, որ Սամվել Կարապետյանը Սերժ Սարգսյանի հետ պայմանավորվել է Կարեն Կարապետյանին վարչապետ նշանակելու դեպքում անել մեծ ներդրումներ: