Աթոռի տեղափոխությանը հաջորդած երկու դարերում, թուրքմենական ցեղերի ասպատակությունների, Պարսկաստանի և Թուրքիայի տիրապետության հետևանքով, Հայոց կաթողիկոսությունը ծանր կացության է մատնվել և միայն XVII դարից սկսած մտել է տնտեսական, նյութական, կրոնական, մշակութային, համեմատաբար բնականոն հունի մեջ: Մովսես Գ Տաթևացի, Փիլիպոս Ա Աղբակեցի, Հակոբ Դ Ջուղայեցի կաթողիկոսների ջանքերով ամենայն հայոց կաթողիկոսությունը զգալի առաջընթաց է ապրել, վերականգնվել է Մայր աթոռի տնտեսությունը, վանական-միաբանական կյանքը. հիմք է ստեղծվել ազգային-եկեղեցական, մշակութային ու կրթական արդյունավետ գործունեության համար: Հիմնվել են մի շարք դպրոցներ և վարդապետարաններ Սյունիքում, Էջմիածնում, Վանա լճի Աղթամար, Լիմ և Կտուց կղզիներում, Բաղեշի Ամրդոլու վանքում, Նոր Ջուղայում և այլուր: