2016թ.-ին «Գյումրու Մ.Նալբանդյանի անվան պետական մանկավարժական ինստիտուտ» ՊՈԱԿ-ի «Շիրակի Մ.Նալբանդյանի անվան պետական համալսարան» հիմնադրամի վերակազմավորման արդյունքում համալսարանում ձևավորվեցին նոր ֆակուլտետներ, որոնցից մեկը Բնագիտամաթեմատիկական ֆակուլտետն է: Վերջինս ձևավորվեց նախկին երկու ֆակուլտետների՝ Ֆիզիկամաթեմատիկական և տնտեսագիտության ու Բնագիտաաշխարհագրական, միավորման արդյունքում: