Մակեդոնիան դեպի ծով ելք չունեցով երկիր է,այն ձևավորվել է հարթավայրում՝ Վարդար գետի հովտում,երկիրը շրջապատված է լեռնաշղթաններով։Այն գտնվում է Շար և Օսկոովոն լեռների միջև ՝ Վարդար գետի հովտին։ Հարավային կողմում Ալբանիայի և Հունաստանի սահմանին գտնվում են երեք խոշոր լճերը՝ Օհրի , Պեսպա և Դեժրանի լճերը։Օհրինը համարվում է ամենահին լիճը աշխարհում։Մակեդոնիան ունի սեյսմիկ ակտիվ տարածք, այտեղ տեղի են ունեցել բազմաթիվ երկրաշարժներ,սիկ վերջերս 1963թ․ Սկոպեյում տեղի ունեցած երկրաշարժը մեծ ավերվածությունների պատճառ դարձավ սպանելով ավելի քան 1,000 մարդու։