Մեդելին Սթոուն ընդմիջում է կատարում կարիերայում երեք տարով, որպեսզի իրեն նվիրի ընտանիքին, իսկ 1998 թվականին էկրան է վերադառնում «Առաջարկություն» («The Proposition») և «Սիրո փոփոխականությունը» («Playing by Heart») ֆիլմերով։ Մեկ տարի անց նա Ջոն Տրավոլտայի հետ նկարահանվում է «Գեներալի աղջիկը» («The General’s Daughter») ֆիլմում։ 2001 թվականին նա նկարահանվում է «Եկվորը» («Impostor») գիտա-ֆանտաստիկ ֆիլմում, որը բացասական է ընդունվում քննադատների կողմից և վարձույթում հավաքում է ընդամենը ութ միլիոն դոլար՝ քառասուն միլիոն բյուջեի դեպքում[11]: Հաջորդ տարի նա հայտնվում է «Մենք եղել ենք զինվորներ» («We Were Soldiers») հաջողակ ռազմական դրամայում, Մել Գիբսոնի հետ և «Վրեժի հրեշտակ» («Avenging Angelo») ձախողակ մելոդրամայում, Սիլվեստր Սթալոնեի հետ[4]: 2003 թվականին նա խաղում է գլխավոր դեր «Օկտան» («Octane») թրիլերում։