Էգոն Շիլեի մայրը հարավային Բոհեմյայի Չեսկի Կրումլովում ծնված չեխ էր[10]։ Հայրը վիեննացի էր, երկաթուղային ծառայող՝ մահացել է սիֆիլիսից 1905 թվականին[10] և Էգոնը դաստիարակվել է քեռու՝ Լեոպոլդ Չիխանեկի ընտանիքում։ 1906 թվականին ընդունվում է Վիենայի Արվեստի և արհեստների դպրոց, իսկ հետո Վիեննայի կերպարվեստի ակադեմիա։ 1907 թվականից Գուստավ Կլիմտը սկսում է հովանավորել Էգոն Շիլեին։ 1908 թվականին Վիեննայի կից Կլոստերնոյբուրգ քաղաքում, որտեղ նա առաջ սովորել էր, բացվում է Էֆոնի առաջին ցուցահանդեսը։ 1909 թվականին Կլիմտը հրավիրում է Շիլեին մասնակցելու Վիեննայի պատկերասրահում, որտեղ նրա գործերը ցուցադրվում են Կլիմտի, Վան Գոգի, Էդվարդ Մունքի կողքին։ 1911 թվականին Էգոն Շիլեն Կլիմտի սիրեցյալի և մոդել Վալերի Նոյզելի հետ փախնում են Վիենայի բոհեմական կյանքից Չեխական Կրումլով, իսկ հետո տեղափոխվում են Նոյլենգբախ, որտեղ 1912 թվականին Շիլեին ձերբակալում են անչափահասի հետ կապի մեջ լինելու մեղադրանքով։ Խուզարկության ժամանակ ոստիկանությունը Շիլեի մոտ գծանկարներ գտավ, որոնք պոռնոգրաֆիկ բնույթի հայտարարվեցին։ Նկարչին դատապարտեցին կարճատև ազատազրկման։