Բացի այդ, արտոնության տրամադրման գործընթացում առաջ են եկել մի շարք խնդրահարույց հարցեր: Մասնավորապես, առկա են դեպքեր, երբ կազմակերպությունները ներկրել են արտոնության տրամադրմանը վերաբերող՝ ՀՀ կառավարության որոշումներով սահմանված խմբաքանակներից ավել ապրանքներ, կամ օրենսդրական փոփոխությունների արդյունքում տնտեսվարող սուբյեկտների մի մասն ազատվել է միևնույն ապրանքախմբին դասվող ապրանքները ներմուծելու դեպքում առաջացող ԱԱՀ-ից, իսկ մյուս մասը՝ ոչ: