निगरानी टीम बाजार में किसी गड़बड़ी की पहचान करती है। इसके बाद स्टॉक एक्सचेंज, डिपोजिटरी और क्लियरिंग कॉरपोरेशन जैसे बाजार बिचौलियों से दस्तावेजों की जांच की जाती है। यह टीम वैश्विक बाजार गतिविधि और रुझानों पर नजर रखती है और आधारण परिस्थिति में उसका विश्लेषण करती है। इसके अलावा रिपोर्टों के आधार पर यह पता लगाने के लिए आरंभिक जांच की जाती है कि क्या बाजार में ट्रेडिंग छेड़छाड़ और भेदिया कारोबार से जुड़ी हुई तो नहीं है। यदि आगे के विश्लेषण में किसी तरह के उल्लंघन का पता चलता है तो जांच शुरू की जाती है। जांच विभाग निगरानी विभाग द्वारा मुहैया कराई गई जानकारी के आधार पर अवैध बाजार गतिविधि की जांच करता है। जांच विभाग कारण बताओ नोटिस जारी करता है, निर्णय अधिकारियों की नियुक्ति करता है और महत्वपूर्ण डेटाबेस बनाए रखता है। वहीं दूसरी जांच शाखा प्रवर्तन विभाग को रैफरल मुहैया कराती है। यह सेबी नियमों के अनुसार उल्लंघन करने वालों के खिलाफ कार्रवाई में भी मदद करती है।