शिवाजी महाराज के समय ही मुगलों के दबाव में हिन्दू से मुस्लिम बने भाइयों की घर वापिसी शुरू हो गयी थी. शिवाजी महाराज ने सबसे पहले नेताजी पल्लकर को पुन: हिन्दू बनाया था, जिन्हें कि जबरन मृत्यु का भय दिखाकर इस्लाम अपनाने पर मजबूर किया गया था. संभाजी ने अपने पिता के सपने को साकर करने के लिए इसे आगे ले जाते हुए इस दिशा में कई सराहनीय कदम उठाये. संभाजी महाराज ने इसके लिए अलग से विभाग ही बना दिया था, जो कि पुन: धर्मान्तरण का कार्य देखता था. इस विभाग के अंतर्गत उन समस्याओं को देखा जाता था जिसमें किसी व्यक्ति या परिवार को मुगलों ने जबरन इस्लाम बना दिया हो, लेकिन वे अपने हिन्दू धर्म को छोड़ना नहीं चाहते हो और वापिस हिन्दू बनने की मंशा रखते हो. इसके बारे में एक प्रसिद्ध किस्सा हैं कि हसुल गाँव में “कुलकर्णी नाम का ब्राह्मण हुआ करता था,जिसे मुगलों ने जबरदस्ती मुसलमान बना दिया था. और उसने वापिस हिन्दू धर्म में आने की कोशिश की, लेकिन गाँव के ब्राह्मनों ने इसके लिए मना कर दिया,क्यूंकि उन्हें लगता था कि कुलकर्णी अब वेद-विरुद्ध पद्धति को अपनाकर अशुद्ध हो गया हैं. लेकिन अंत में वह जाकर संभाजी महाराज से मिला और उन्होंने कुलकर्णी के लिए पुन: धरमांतरण की विधि और अनुष्ठान का आयोजन किया. संभाजी द्वारा किए गए इस नेक प्रयास से उस समय जैसे कोई परिवर्तन की लहर उठी. और इस तरह से बहुत से हिन्दू से मुस्लिम बने लोग अपने धर्म में लौट आये.