मणिपुर में छोटे बड़े करीब तीन दर्जन उग्रवादी संगठन सक्रिय हैं। इनमें कूकी नेशनल आर्मी (केएनए) कूकी नेशनल फ्रंट ( केएनएफ) और कूकी लिबरेशन आर्मी ( केएलए) कूकी नेशनल आर्गनाइजेशन प्रमुख हैं। दूसरे सक्रिय संगठनों में यूनाइटेड रेवोल्यूशनरी फ्रंट’ (यूआरएफ), पीपुल्स रेवोल्यूशनरी पार्टी ऑफ कांगलीपाक और कांगलेई यावोल कानलुप, कंगलीपाक कम्युनिस्ट पार्टी पखांगलाक्पा (केसीपी-पी) प्रमुख हैं। मणिपुर में कूकी जनजाति के लोग भी अलग राज्य की मांग कर रहे हैं। कूकी लोगों की पुरानी मांग है कि सेनापति जिले के सदर हिल्स अनुमंडल को एक अलग जिला बना दिया जाए जबकि नगा जनजाति के लोग इस मांग का शुरू से ही विरोध कर रहे थे। कूकी जनजाति के संगठन कई बार अपने लिए अलग राज्य की मांग करते हुए आंदोलन की धमकी देते हैं।