राष्ट्रीय महिला आयोग के अध्यक्ष का मनोनयन केंद्र सरकार द्वारा किया जाता है। अध्यक्ष के अतिरिक्त आयोग में पांच अन्य सदस्य होते हैं, जिनका मनोनयन केंद्र सरकार द्वारा योग्य, न्यायविदों, ट्रेड यूनियनों, औद्योगिक क्षेत्र, महिलाओं से सम्बन्धित स्वैच्छिक संगठनों, प्रशासन, आर्थिक विकास, स्वास्थ्य, शैक्षिक अथवा सामाजिक कल्याण क्षेत्रों से किया जाता है। इनमें से किसी एक सदस्य का अनुसूचित जाति एवं जनजाति से सम्बन्धित होना अनिवार्य है।