सबूतों के अभाव में इतिहास की किताबों ने अनारकली को एक वास्तविक किरदार के रूप में दर्ज नहीं किया है, पर उनमें यह जरूर दर्ज है कि सलीम ने अकबर के खिलाफ सन 1600 में बगावत कर दी थी। सवाल है कि ऐसा उसने क्यों किया जबकि वह हमेशा से अकबर का सबसे प्रिय पुत्र और शाही तख्त का लगभग घोषित वारिस था? वह अकबर की मुरादों और शेख सलीम चिश्ती की दुआओं की संतान था। अकबर अजमेर की दरगाह पर अपनी आस्था ज्ञापित करने के लिए सलीम को आगरा से पैदल वहाँ तक लेकर गया था। और सलीम द्वारा की गई बगावत भी क्या थी — वह ऐसी बगावत थी जिसमें तख्तापलट के इरादे की तुलना में अपनी खुंदक दिखाने की जुर्रत ज्यादा थी। पूरा वाकया यों है कि सितंबर 1599 में अकबर 80 हजार सैनिकों के साथ दक्कन में युद्ध के लिए निकला। जाते हुए उसने सलीम को राजधानी आगरा का कार्यवाहक मुखिया घोषित कर दिया। लेकिन सलीम ने अकबर के जाते ही हर जगह अपने खास लोगों को नियुक्त कर दिया और दक्कन से आने वाले अकबर के आदेशों की अवहेलना शुरू कर दी। न सिर्फ इतना बल्कि उसने आगरा के बादशाही किले पर कब्जा करने की कोशिश भी की, पर किले की हिफाजत अकबर के बेहद खास सिपहसालारों की सैन्य टुकड़ियों के अधीन होने से वह इस पर कब्जा नहीं कर पाया। उधर दक्कन की लड़ाई जीत कर अकबर अप्रैल 1601 में वापस आगरा आया। यहाँ उसे पता चला कि सलीम शहर में तीस हजार घुड़सवार सैनिकों के साथ सीनाजोरी पर उतरा हुआ है। ऐसे में उसने उसे एक कड़ा पत्र लिखा कि वह शहर छोड़ कर यहाँ से धुर पूरब की ओर चला जाए, जहाँ बंगाल और उड़ीसा की सुलतानी उसे मुकर्रर की जाती है। पत्र मिलने पर बिगड़ैल सलीम ने बंगाल जाने के प्रस्ताव को तो दरकिनार कर दिया, पर वह आगरा को उसके हाल पर छोड़ कर इलाहाबाद जरूर लौट गया। वहाँ भी अपनी खुंदक निकालने का काम उसने जारी रखा, और बादशाह के समांतर अपने नाम के सिक्के जारी करवा दिए। बाद में उसने अकबर की ओर से समझौते के लिए भेजे गए अबुल फजल की हत्या भी करा दी। इतिहासकारों ने सलीम की इन कारगुजारियों को सत्ता के लिए उसकी व्यग्रता करार दिया है। हालाँकि अगर वैसा था भी तो उसकी बगावत में कोई योजना दिखाई नहीं देती, और अंततः किसी मुहब्बत के लिए कुर्बान हो जाने का भाव ही इसमें ज्यादा दिखाई देता है। ऐसा हुआ भी। मानसिंह और मिर्जा अजीज कोका जैसे रसूखवाले मनसबदारों ने जब जहाँगीर की कारगुजारियों से आजिज अकबर के सामने खुद जहाँगीर के बेटे खुसरू मिर्जा को ही उत्तराधिकारी के रूप में खड़ा करने की कोशिश की तो जहाँगीर ने दरबार में समर्पण किया और उसे दस दिन की कैद भुगतनी पड़ी। प्रश्न आखिर वही खड़ा होता है कि चार साल तक चले सलीम के इस ऊटपटाँग विद्रोह का सबब आखिर क्या था? कहीं यह अनारकली को दीवार में चिनवाने का बदला तो नहीं था?