सबसे पहले निपाह वायरस 1988 में मलेशिया के कामपुंग सुंगाई निपाह गांव में पाया गया था, इससे ही इस वायरस को नाम मिला है. विश्व स्वास्थ्य संगठन (WHO) के अनुसार सबसे पहले सुअरों में निपाह वायरस पहुंचा था. इसके बाद यह कुत्तों, बिल्ल‍ियों, चूहों और अन्य जानवरों से होते हुए मनुष्यों तक पहुंचा. मनुष्य से मनुष्य तक भी निपाह का संक्रमण होता है. ऐसा माना जाता है कि खजूर खाने वाले लोगों तक सबसे पहले यह वायरस पहुंचा.