मैथोटरै्कसेट, अक्सर कम प्रयोग में आती है। लेकिन माइफपरिसटोन से एलर्जी या उपलब्ध नहीं होने पर कुछ महिलाएं मैथोटरै्कसेट का इस्‍तेमाल करती हैं। मैथोटरैकसेट आमतौर पर मांसपेशी में लगायी जाती है। मैथोटरै्कसेट का सबसे ज्‍यादा इस्तेमाल अस्थानिक गर्भधारण को खत्म करने के लिए किया जाता है। यह अस्थानिक गर्भधारण के टिशू को तेजी से मारता है।