फादर स्टेन स्वामी उन बीस लोगों में से एक हैं जिनके खिलाफ 26 जुलाई 2018 को आइटी एक्ट में एक केस दर्ज किया गया था। इसमें देशद्रोह, सोशल मीडिया के माध्यम से पत्थलगड़ी को बढ़ावा देने, सरकार के खिलाफ लोगों को भड़काने, सरकारी योजनाओं का विरोध करने का आरोप था। उन्होंने खूंटी में पत्थलगड़ी आन्दोलन उकसाने के लिए झारखंड सरकार के खिलाफ भड़काऊ भाषण दिया था। मंगलवार की सुबह महाराष्ट्र पुलिस ने रांची पुलिस की मदद से फादर स्टेन स्वामी के घर की घेराबंदी कर तलाशी शुरू की और इसमें पुलिस को स्वामी के घर से लैपटॉप, मोबाइल, दर्जनों सीडी, कैमरा, टैब समेत कई दस्तावेज बरामद हुए हैं। पुलिस की टीम ने स्वामी को गिरफ्तार कर लिया। एल्गार परिषद कार्यक्रम के सिलसिले में जून में गिरफ्तार हुए कथित आरोपियों में से एक ने जांच के दौरान स्वामी का नाम भी लिया था।