अय्यप्पा मसगि का जन्म 1 जून, 1957 को कर्नाटक के गदग जिले के नागरला गाँव में हुआ। पिता महादेवरप्पा गरीब किसान थे। माँ पार्वतम्मा गृहिणी थीं। छह भाई-बहनों में अय्यप्पा सबसे बड़े थे। अय्यप्पा के चार छोटे भाई और एक छोटी बहन हैं। वैसे तो महादेवरप्पा और पार्वतम्मा को कुल 12 संतानें हुईं लेकिन 6 संतानों की शिशु-अवस्था या फिर बाल्यावस्था में ही मौत हो गयी। जो संतानें जीवित रहीं उनमें अय्यप्पा सबसे बड़े थे।