कर्नाटक ट्रायल कोर्ट में इस वक्त स्वामी नित्यानंद के खिलाफ रेप से जुड़ा एक केस चल रहा है. इनपर आरोप है कि इन्होंने अपनी एक शिष्या का रेप किया था, जिस वक्त वो इनके आश्रम में आध्यात्मिक शिक्षा ले रही थी. इस केस को लेकर इन पर कोर्ट में पांच धारों के तय आरोप दर्ज किए हुए हैं और अगर ये दोषी सिद्ध होते हैं तो इन्हें सजा हो जाएगी.