लोया का मामला दिसंबर, 2005 के सोहराबुद्दीन शेख और कौसर बी की मुठभेड़ में हुई मौत के मामले से जुड़ता है. शेख की भाई की याचिका पर सर्वोच्च अदालत ने मामले की जांच सीबीआई को सौंप दी थी. उस समय गुजरात के गृह मंत्री रहे अमित शाह की गिरफ्तारी और बाद में मिली जमानत के बावजूद उच्चतम न्यायालय ने यह मामला मुंबई स्थानांतरित कर दिया और आदेश दिया कि सत्र न्यायालय के एक जज इसकी सुनवाई करेंगे. उच्चतम न्यायालय ने यह भी कहा था कि शुरू से अंत तक एक ही जज द्वारा सुनवाई की जाएगी. जाहिर है कि अदालत ने गुजरात में संभावित राजनीतिक हस्तक्षेप को देखते हुए यह निर्णय लिया होगा. सोहराबुद्दीन मामले में गवाह तुलसीराम प्रजापति की भी मुठभेड़ में हुई मौत की जांच का काम सर्वोच्च न्यायालय ने सीबीआई को सौंप दिया. अदालत ने दोनों मामलों को जोड़ दिया और बांबे उच्च न्यायालय को सुनवाई करने को कहा. यह साफ है कि विभिन्न जजों ने समय-समय पर पूरे मामले को बेहद संवेदनशील माना और यह भी माना कि पूरी जांच ठीक से नहीं हुई है.