2010 में उन्हों ने नयनतारा और अपने अफेयर को एक्सेप्ट करते हुए जल्दी ही मैरिज करने का एलान किया. इसके बाद तो एक कंट्रोवर्सी खड़ी हो गयी. प्रभू की वाइफ रामलथ ने कोर्ट में एक पिटीशन फाइल की और कहा कि उनके हसबेंड बिना डायर्वोस के ना सिर्फ नयनतारा के साथ रह रहे हैं बल्कि सोशल गैदरिंग और अवॉर्ड सरेमनीज में एज हसबेंड वाइफ शामिल हो रहे हैं. उन्होंने कहा कि वे डायर्वोस नहीं चाहतीं और अपने हसबेंड के साथ रहना चाहती हैं. उन्होंने यहां तक कहा कि अगर प्रभूदेवा ने नयनतारा से मैरिज की तो वे हंगर स्ट्राइक पर जायेंगी. इस पर तमाम वोमेन ऑग्रनॉइजेशन ने नयनतारा के अगेंस्ट प्रोटेस्ट करते हुए कहा कि वे तमिल कल्चर और वैल्यूज को डिस्ग्रेस कर रही हैं. थक कर नयनताराको अनाउंस करना पड़ा कि वे प्रभूदेवा की लाइफ से अलग हो चुकी हैं और अब उनका कोई रिलेशन नहीं है. 2012 में प्रभू और नयनतारा अलग हो गए और प्रभूदेवा मुंबई चले आए. यहां वे बोनी कपूर के पुराने घर में अकेले रहते हैं और अब तो कोरियोग्राफर से सक्सेजफुल डायरेक्टर बन चुके हैं. अपने जन्मदिन पर अपने बच्चों और क्लोज फ्रेंडस के साथ मुलाकात करने बाद प्रभू वापस मु्बई आ गए हैं और अपनी सक्सेज के लिए ईश्वर को थैंक्स कहते हैं. इन दिनों वे शाहिद कपूर और सोनाक्षी सिन्हा के साथ रैम्बो राजकुमार की शूटिंग कर रहे हैं.