मंत्रालय का प्रधान कैबिनेट स्तर का एक वरिष्ठ मंत्री होता है, जिसकी सहायतार्थ एक राज्य मंत्री होता है। रक्षा मंत्रालय का सचिव मंत्रालय के विभिन्न विभागों के कार्यों में समन्वय बनाए रखने के अतिरिक्त रक्षा विभाग का कार्य भी देखता है।