इसके अलावा संगठन में कामकाज का माहौल भी दूषित हुआ है जिसका समग्र शासन पर गहरा और स्पष्ट प्रभाव दिखा। इसमें कहा गया कि यह कदम केंद्रीय सतर्कता आयोग की सिफारिश पर ''असाधारण और अभूतपूर्व" परिस्थितियों पर विचार के बाद उठाया गया। आयोग ने निदेशक आलोक वर्मा और विशेष निदेशक राकेश अस्थाना को सभी जिम्मेदारियों से पूरी तरह मुक्त करने का आदेश पारित किया था।