सरसों उगने वाले क्षेत्रों में सिंचाई के द्वारा जमीन में खारेपण की स्थिति उत्पन्न हो जाती है. जिन क्षेत्रों में सालाना वर्षा औसत से कम होती है उन क्षेत्रों में सरसों उगने की लिए सिंचाई पर ही निर्भर रहना पड़ता है. जिस कारण सिंचाई के द्वारा इन जमीनों में खारेपन की स्थिति उत्पन्न हो जाती है. कुछ क्षेत्रों में सिचाई का पानी खारा न होने के कारण ऐसी स्तिथि उत्पन्न नहीं होती. ऐसा अनुमान लगाया गया ही की भारत में कुल उपजाऊ भूमि का १५% खारेपन की समस्या से ग्रसित है और ऐसा देखा गया है की राजस्थान के पचिमी जिलों में ८४% भूमिगत पानी खारा है जो की केवल सिंचाई के लिए इस्तेमाल किया जा रहा है. हरियाणा के कुछ जिलों में भी ये स्थिति पायी गयी है. इस स्थिति से होने वाली समस्याएँ इस प्रकार से हैं.