हालांकि टेक-ऑफ करने के एक कुछ ही मिनटों बाद दो अपहरणकर्ता कॉकपिट में आ गए और पायलट को पिस्तौल दिखाकर विमान का अपहरण कर लिया. अपहरणकर्ता विमान को लीबिया ले जाना चाहते थे, लेकिन पायलट और सह-पायलट ने ऑटो पायलट शुरू करके दिल्ली एयर ट्रैफिक कंट्रोलर से संपर्क साधा और घटना की जानकारी दी.