1992 से 1999 तक कलाम साहब रक्षा मंत्री के वैज्ञानिक सलाहकार भी रहे. इस दौरान भारत ने पोखरण में परमाणु परीक्षण भी किया जिसमें कलाम साहब की भूमिका बेहद खास थी. उनकी इन उपलब्धियों के चलते उन्हें 1997 तक भारत रत्न समेत सभी नागरिक सम्मान मिल चुके थे.