जिसके बाद 1988 में उत्तर प्रदेश सरकार ने मामले में सीबी-सीआईडी जांच के आदेश दिए। फरवरी 1994 में सीबी-सीआईडी ने अपनी जांच रिपोर्ट सौंपी जिसमें 60 पीएसी और पुलिसकर्मियों को दोषी ठहराया गया। पीटीआई की रिपोर्ट के मुताबिक, 20 मई 1996 को उत्तर प्रदेश पुलिस की सीबी-सीआईडी द्वारा गाजियाबाद में मुख्य न्यायिक मजिस्ट्रेट के समक्ष 19 आरोपियों के खिलाफ आरोप-पत्र दायर किया गया। 161 लोगों को गवाह के तौर पर सूचीबद्ध किया गया।