1992 के बाद उनका मनाली आना-जाना लगा रहा। उन्होंने मनाली को न केवल अपना दूसरा घर माना बल्कि प्रधानमंत्री बनने पर एक सप्ताह तक मनाली से ही देश का संचालन किया। मनाली के प्रीणी वासियों ने उन्हें सदा के लिए मुखिया की उपाधि दी। ग्रामीणों के वे प्रिय चाचू बन गए। अटल जी जब भी मनाली रहने आते थे तो ग्रामीण उन्हें सब्जियां और स्थानीय पकवान पहुंचाते थे। प्रधानमंत्री रहते हुए लाहौली दोस्त से मिलने अटल जी लाहौल जा पहुंचे थे। लाहौल घाटी के केलांग में रैली को संबोधित करने के बाद अटल ने अपने बचपन के दोस्त अर्जुन गोपाल टशी दवा संग समय बिताया। अर्जुन गोपाल जी का जब निधन हो गया तो अटल जी ने अपने दोस्त के बेटे संग फोन पर शोक प्रकट किया था।अटल बिहारी वाजपेयी ने 2002 में रक्षा मंत्री जॉर्ज फर्नाडीस के साथ रोहतांग सुरंग के साऊथ पोर्टल की सड़क का शिलान्यास किया।