औरंगजेब ने कई बार कहा कि वो संभाजी को क्षमा कर देगा, लेकिन वो यदि अब भी इस्लाम कबूल ले. संभाजी ने मुगलों का उपहास उड़ाते हुए कहा कि वह मुस्लिमों के समान मुर्ख नहीं है जो ऐसे मानसिक विक्षिप्त व्यक्ति (मोहम्मद) के सामने घुटने टेके. फिर संभाजी ने अपने हिन्दू आराध्य महादेव को याद किया और कहा कि धर्म-अधर्म के भेद को देखने और समझने के बाद वो अपना जीवन हज़ारो बार हिंदुत्व और राष्ट्र को समर्पित करने को तैयार हैं. और इस तरह संभाजी म्लेच्छ औरंगजेब के आगे नहीं झुके, इससे पहले तक किसी ने भी अल्लाह, मोहम्मद, इस्लाम के खिलाफ खुलकर इतना कुछ नहीं बोला था. औरंगजेब ने इससे क्रोधित होकर आदेश दिया की संभाजी के घावों पर नमक छिड़का जाए. और उन्हें घसीटकर औरंगजेब के सिंहासन के नीचे लाया जाए. फिर भी संभाजी लगातार भगवान् शिव का नाम जपे चले जा रहे थे. फिर उनकी जीभ काट दी गई और आलमगीर के पैरो में राखी गयी जिसने इसे कुत्तो को खिलाने का आदेश दे दिया. लेकिन औरंगजेब भूल गया था कि वो जीभ काटकर भी संभाजी के दिल और दिमाग से कभी देशभक्ति और भगवद भक्ति को अलग नहीं कर सकता. संभाजी अब भी मुस्कुराते हुए भगवान् शिव की आरधना कर रहे थे और मुगलों की तरफ गर्व भरी दृष्टि से देख रहे थे. इस पर उनकी आँखे निकाल दी गयी और फिर उनके दोनों हाथ भी एक-एक कर काट दिए गए.और ये सब धीरे-धीरे हर दिन संभाजी को प्रताड़ित करने के लिए किया जाने लगा. संभाजी के दिमाग में तब भी अपने पिताजी वीर शिवाजी की यादें ही थी,जो उन्हें प्रतिक्षण इन विपरीत परिस्थिति का सामना करने के लिए प्रेरित कर रही थी. हाथ काटने के भी लगभग 2 सप्ताह के बाद 11 मार्च 1689 को उनका सर भी धड से अलग किया गया. उनका कटा हुआ सर महाराष्ट्र के कस्बों में जनता के सामने चौराहों पर रखा गया जिससे की मराठाओं में मुगलों का भी व्याप्त हो सके. जबकि उनके शरीर को छोटे-छोटे टुकड़ों में काटकर तुलापुर के कुत्तों को खिलाया गया. लेकिन ये सब वीर मराठा पर अपना प्रभाव नहीं जमा सके. अंतिम क्षणों तक भगवान शिव का जाप करने वाले बहादुर राजा के इस बलिदान से हिन्दू मराठाओ में अपने राजा के प्रति सम्मान मुगलों के प्रति आक्रोश और बढ़ गया. एक अन्य किवंदती के अनुसार संभाजी का वध “वाघ नाखले” मतलब चीते के नाखुनो से किया गया था,उन्हें दो हिस्सों में चीरकर फाड़ा गया था और कुल्हाड़ी से सर काटकर पुणे के पास तुलापुर में भीमा नदी के किनारे पर फैका गया था.