अय्यप्पा एक और बहुत बड़ा काम कर रहे हैं। अपने जल-संरक्षण आन्दोलन के तहत वे गाँव-गाँव, शहर-शहर जाकर ‘जल योद्धा’ तैयार कर रहे हैं। अपने आस-पड़ोस के लोगों को जल-संरक्षण के महत्त्व को समझाना और साथ ही लोगों को जल-संरक्षण के आसान और कारगर तौर-तरीके अपनाने के लिए प्रेरित करना ही इन जल योद्धाओं की ज़िम्मेदारी है।