1999 में उन्हें माननीय प्रधानमंत्री द्वारा पद्म श्री से सम्मानित किया गया था. इस मौके पर प्रधानमंत्री ने कहा था कि मल्लेश्वरी ने इस जीत से देश का नाम बहुत ऊँचा किया, उनकी इस जीत को हमेशा याद किया जायेगा और देश की अन्य लड़कियां उनसे प्रेरणा प्राप्त करेंगी.