वेतन-भत्ते का भुगतान कार्य, जिसमें ट्रेजरी और सम्बद्ध विभाग संलग्न होता है इसका पूरा प्रावधान आई.एफ.एम.एस. में विद्यमान है। वर्तमान में यह पोर्टल पूर्णतः सक्रिय है और इसका उपयोग पे-मैनेजर के रूप में सैलरी जारी किये जाने में हो रहा है। यह पोर्टल एनआईसी द्वारा विकसित है।