अपने कामयाब प्रयोग से उत्साहित अय्यप्पा ने जन संरक्षण के प्रति लोगों में जागरूकता लाने के लिए नया आन्दोलन शुरू करने का बड़ा फैसला लिया। अपने फैसले को अमलीजामा पहनाने के लिए उन्होंने साल 2005 में ‘वाटर लिटरेसी फाउंडेशन’ के नाम से एक गैर-सरकारी संस्था की स्थापना की और ‘जल साक्षरता आन्दोलन’ शुरू किया। इस आन्दोलन के तहत अय्यप्पा गाँव-गाँव और शहर-शहर जाकर लोगों में पानी की बचत और उसके सदुपयोग से होने वाले फायदे के बारे में बताने लगे। अय्यप्पा ने इस आन्दोलन के तहत लोगों को बारिश के पानी को बचाने की अलग-अलग तरकीबें भी बताईं-सिखाईं। अय्यप्पा की बताई तरकीबों को अमल में लाकर कई लोगों ने फायदा उठाना शुरू किया। अपने जल साक्षरता आन्दोलन की वजह से अय्यप्पा कुछ ही दिनों में काफी लोकप्रिय हो गए। दूर-दूर तक उनकी ख्याति पहुँची और दूर-दूर से लोग उन्हें अपने यहाँ बुलवाकर पानी की बचत के तौर-तरीके सीखने लगे।