उन्होंने हिन्दू धर्म को ‘आत्मविद्या’ में परिणत करने में अहम भूमिका निभाई। उनके अनुसार आत्मा सभी जीवों में ब्रह्म के अंश-स्वरूप विद्यमान है, यानि वह ब्रह्म से पृथक ना होकर ब्रह्म का ही अंश है। इस सर्वव्याप्त ब्रह्म और अविनाशी आत्मा का संयोग ही मुक्ति का मार्ग है। शंकर का दर्शन दिव्यत्व का दर्शन है जो दिव्यत्व प्राप्ति के सभी मार्गों को अंगीकार करता है। जिस प्रकार अनेक नदियाँ विभिन्न राहों से चलकर अन्ततोगत्वा सागर में लीन होती हैं, उसी तरह आत्माएँ भी ईश्वर में समाहित हो जाती हैं। शंकर का अद्वैत आत्माओं के ऐक्य का सिद्धान्त है, जहाँ शत्रु, मित्र, पापी, दुर्बल, चापलूस, दुष्ट सभी आत्मरूप से ‘एक’ हैं। अपने इस आध्यात्मिक दर्शन का प्रतिपादन कर शंकर ने हिन्दू धर्म को जड़ता से मुक्त किया है और यही उनका महान योगदान है।