एल एंड टी कंपनी में काम करने के दौरान ही अय्यप्पा ने मैसूर एजुकेशनल इंस्टिट्यूट पॉलिटेक्निक से मैकेनिकल इंजीनियरिंग में डिप्लोमा का कोर्स भी पूरा कर लिया। ये कोर्स भी अय्यप्पा ने डिस्टिंक्शन में पास किया। एल एंड टी कंपनी में काम करते हुए ही उन्हें बेंगलुरु विश्वविद्यालय से स्टटिस्टिकल क्वालिटी कंट्रोल में पोस्ट ग्रेजुएशन करने का मौका मिला। ये मौका अय्यप्पा के दूसरे सहकर्मियों को भी मिला था, लेकिन अय्यप्पा ही परीक्षा पास कर पाए थे। अय्यप्पा बताते हैं, “उन दिनों मेरा काम आठ घंटे का होता था और मैं अपने दफ्तर का काम चार घंटे में ही पूरा कर लेता था। बाकी के चार घंटे मैं टॉयलेट में जाकर बैठ जाता और वहीं पढ़ाई करता।”