गीता भाष्य के आरम्भ में ही दूसरे अध्याय में शंकर ने ‘सांख्य योग’ की अपने ढंग से मौलिक व्याख्या की है। उनकी विवेचनानुसार कृष्ण अर्जुन की कमजोरियों की भत्र्सना करते हुए यह बताने की कोशिश कर रहे हैं कि सिर्फ आत्मज्ञान द्वारा ही विपत्तिजनक दुःख को दूर किया जा सकता है। उन्होंने सांख्य और योग के अन्तर को भी आत्मज्ञान और कर्म के संदर्भों से जोड़कर समझाया है। उनके अनुसार, ज्ञान एवं कर्म की संयुक्ति से ही संताप नष्ट हो सकते हैं। स्थैर्य के लिए प्रज्ञा व विवेक आवश्यक है। आत्मतत्व सर्वदा निर्विकार व अपरिवर्तनीय है। वह वास्तविक एवं अवास्तविक में भेद नहीं करता क्योंकि कर्म के विषय में उसका कोई सरोकार नहीं है। प्रज्ञावान को कर्म से संन्यास लेना ही होगा। प्रज्ञावान के लिए तो ज्ञानयोग ही मार्ग है। उसके लिए दुःखों का कोई मतलब नहीं होता, क्योंकि वह सदैव आत्मा में रमता है, जबकि सांसारिक व्यक्ति के लिए आत्मज्ञान की उच्च स्थिति में जा पाना लगभग असम्भव है। उसके लिए ज्ञान द्वारा कर्म का साधन श्रेष्ठ है। उसे कर्मानुसार फल भी व्याप्य है। इस प्रकार एक सांसारिक को कर्मयोग का साधन करना उत्तम है। गीता द्वारा प्रतिपादित सिद्धान्त के आधार पर ही शंकराचार्य ने मनीषियों के लिए निम्न सात विशेषताएँ बताई हैं-