2007 में एक फास्ट ट्रैक कोर्ट में सुकुमारन को उम्र कैद की सजा सुनाई गई। उन्हें पलक्कड़ जेल में रखा गया था जिसके बाद वे तिरुवनंतपुरम ले जाए गए। इंडियन एक्सप्रेस की एक रिपोर्ट के मुताबिक सुकुमारन को जेल में जाकर अपनी गलती का अहसास हुआ। वह हमेशा आत्मग्लानि में जी रहे थे। वे यही सोचते थे कि मौका मिलने पर अपनी जिंदगी किसी को दान कर दें। 2015 में सुकुमार पैरोल पर जेल से छूटकर बाहर आए। उसी दौरान श्रीकुमार नाम के एक युवा व्यक्ति को किडनी ट्रांसप्लांट की जरूरत थी। सुकुमारन अपनी किडनी उसे दान करने के लिए राजी हो गए। अस्पताल में उनका चेकअप हुआ और सबकुछ पॉजिटिव निकला, लेकिन ऐन मौके पर जेल प्रशासन के हस्तक्षेप से ऐसा नहीं हो सका।