सर्कार में शामिल समाजवादी घटक के सदस्यों द्वारा जनसंघ घटक के सदस्यों द्वारा राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ की गतिविधियों में शामिल होने पर आपत्ति करनी प्रारंभ कर दी और दोहरी सदस्यता का विवाद खड़ा कर दिया.उस समय के जनता पार्टी के अध्यक्ष श्री चन्द्र शेखर भी उनमे शामिल हो गए.सर्कार को चौधरी चरण सिंह की महत्वाकांक्षा ने गिरा दिया.१९८० जनवरी में मध्यावधि चुनाव हुए जिसमे श्रीमती इंदिरा गाँधी पुनः सत्ता में वापिस आ गयीं.अप्रेल १९८० में दोहरी सदस्यता का विवाद इतना बढ़ गया कि जनसंघ घटक के सदस्यों को जनता पार्टी से अलग होना पड़ा और भारतीय जनता पार्टी के नाम से नए दल का गठन किया गया.जिसमे मुख्य भूमिका श्री अटल बिहारी वाजपेयी,और लालकृष्ण अडवाणी की थी.लेकिन पार्टी गठन करने और उसे खड़ा करने में संघ का पूरा सहयोग था.अतः भाजपा की शापना केवल श्री अडवाणी जी ने नहीं की थी.