ऐसी स्थिति में पारदर्शिता और निष्पक्षता सुनिश्चित करने के लिए यह जरूरी था कि मुख्य न्यायाधीश दीपक मिश्रा खुद इस मामले की सुनवाई नहीं करते. इस मामले की सुनवाई मिश्रा की अध्यक्षता वाली पीठ ने की. इसमें एएम खानविलकर और डीवाई चंद्रचूड़ भी थे. अपने निर्णय के लिए सर्वोच्च न्यायालय ने खुफिया विभाग की जांच रिपोर्ट और लोया के साथ जा रहे चार जजों के बयानों को आधार बनाया. इस जांच का आदेश सर्वोच्च न्यायालय ने नहीं दिया था बल्कि महाराष्ट्र के मुख्यमंत्री ने दिया था. याचिका दाखिल करने वालों के वकीलों ने यह मांग की थी कि इस मामले की नए सिरे से निष्पक्ष जांच हो. हालांकि, याचिकाकर्ताओं और उनके वकीलों के प्रति उच्चतम न्यायालय का रवैया हैरान करने वाला था. संभावित हस्तेक्षप और न्यायपालिका पर हमले को रोकने की कोशिश के तौर पर अदालत ने उन्हें ही अवमानना के कटघरे में लाने की कोशिश की.