मोतिहारी में एक केंद्रीय विश्‍‍वविद्यालय भी है। हाल ही में विश्वविद्यालय के एक शिक्षक के साथ मारपीट की घटना के कारण मोतिहारी चर्चा में था। शिक्षक का आरोप था कि फेसबुक पर उनकी एक पोस्ट के कारण उनके साथ मारपीट की गयी। विश्वशविद्यालय की स्थापना की भी अपनी राजनीति रही है। बिहार में एक केंद्रीय विश्वविद्यालय खोलने का निर्णय यूपीए सरकार ने लिया था। पहले यह विश्वविद्यालय मोतिहारी में खोलने का निर्णय लिया गया था, बाद में उसे गया स्थापनांतरि‍त कर दिया गया। इसके बाद विवाद बढ़ गया। मोतिहारी में विश्वविद्यालय खोलने और संभावित लोकेशन की चर्चा के कारण उस इलाके में जमीन की कीमत अचानक बढ़ गयी। कई जमीन माफिया थोक भाव में जमीन खरीदने लगे। लेकिन इसी बीच यूनिवर्सिटी को मोतिहारी के बदले गया स्थानांत‍रित करने की चर्चा जोर पकड़ ली। इसके बाद भू-‍माफियाओं की लॉबी सक्रिय हो गयी। और अंतत: केंद्रीय वि‍श्वविद्यालय मोतिहारी और गया दोनों जगह खोलने का निर्णय लिया गया और दोनों जगह प्रारंभ भी हुआ।