यह दो स्तरीय प्रबंधन संरचना है जिसमें शास्त्री परिषद और कार्यकारी समिति शामिल है। स्वच्छ गंगा राष्ट्रीय मिशन की अध्यक्षता महानिर्देशक एनएमसीजी द्वारा की जाती है, जो 1000 करोड़ों रुपए मूल्य तक की परियोजनाओं को सहमति प्रदान करने के लिए अधिकृत है।