वर्ष 1994 में मनीषा को विदु विनोद चोपड़ा की फिल्म 1942 ए लव स्टोरी में काम करने का अवसर मिला। इस फिल्म में उनके अपोजिट अनिल कपूर थे। देशभक्ति की भावना से परिपूर्ण इस फिल्म में मनीषा ने अपने दमदार अभिनय से दर्शकों को मंत्रमुग्ध कर दिया। इस फिल्म के लिये वह सर्वश्रेष्ठ अभिनेत्री के फिल्म फेयर पुरस्कार से नामांकित की गई।