इरफान खान का नाता राजस्थान राज्य के एक पठान परिवार से है. इनकी मां का नाम सईदा बेगम है और इनकी मां का नाता इस राज्य के टोंक हाकिम परिवार से है. वहीं इनके पिता का नाम यासीन है और वो एक कारोबारी थे, जिनका टायर का व्यापार हुआ करता था. इरफान के कुल तीन भाई बहन हैं, जिनमें से दो भाई हैं और एक बहन है.