अय्यप्पा का दाखिला गाँव के ही सरकारी स्कूल में करवाया गया। उन दिनों ये स्कूल एक मस्जिद में चलता था और अय्यप्पा वहीं जाकर पढ़ते थे। गरीबी का आलम ये था कि अय्यप्पा सिर्फ शर्ट पहनकर ही स्कूल जाते थे। चौथी क्लास तक उन्होंने कभी चड्डी पहनी ही नहीं। अय्यप्पा मुस्कुराते हुए कहते हैं, “सभी बच्चे मेरे जैसे ही थे। आधे नंगे ही स्कूल आते थे सभी। घर में हम सभी ऐसे ही आधे नंगे घूमते-फिरते और खेलते-कूदते थे। उस समय कोई शर्म नहीं थी। हालत इतनी खराब थी कि एक ही शर्ट महीनों तक पहनते थे।”