केंद्रीय मानव संसाधन मंत्री राष्ट्रीय संस्कृत संस्थान का पदेन अध्यक्ष होता है। संस्थान के संचालित विद्यालय को डीम्ड यूनिवर्सिटी की मान्यता मिली हुई है, जिसका चासंलर चुनने का अधिकार संस्थान के अध्यक्ष को होता है। मौजूदा वक्त में मानव संसाधन मंत्री स्मृति ईरानी ही संस्थान की अध्यक्ष और चासंलर भी हैं, जबकि यूजीसी रेग्युलेशन- 2010 के नियम-6 के मुताबिक, एक ही व्यक्ति उसी संस्थान का अध्यक्ष और चासंलर नहीं हो सकता।