कुछ लोग सेक्शन 12 को हिंदू-विरोधी बताते हैं क्योंकि यह सेक्शन सिर्फ गैर-अल्पसंख्यक (खासकर हिंदू) स्कूलोँ पर लागू होता है। निजी स्कूल भी सेक्शन 12 से खुश नहीं है, वे पुनर्भुगतान की दर कम होने, इसके देर से मिलने और इस पूरी प्रक्रिया में भ्रष्टाचार की शिकायत करते हैं। इसके साथ ही उन्हेँ सरकारी गिरफ्त बढ़ने, अफसरों की दखल, स्वायत्तता में कमी और शिक्षा की गुणवत्ता में लगातार गिरावट आने का भय लगता है।