सीबीआई की टीम बालकृष्ण को गिरफ्तार करके देहरादून की ओर लेग गई। आचार्य बालकृष्ण के समर्थकों ने उनकी गिरफ्तारी की काफी विरोध भी किया। पतंजलि योगपीठ स्थित उनके दफ्तर से गाड़ी तक ले जाने में ही सीबीआई को आधा घंटा लग गया।