गृहवाटिका की सुरक्षा भी उतनी ही जरूरी है जितनी कि उसे लगाना. अवांछित पशुपक्षियों के अलावा राहगीरों व बच्चों से भी गृहवाटिका के पौधों का बचाव करना पड़ता है. यदि घर के चारों ओर पक्की चारदीवारी नहीं है तो कांटेदार तार या उपयुक्त पौधों की बाड़ की रोक लगा देनी चाहिए.