करणी सेना पहली बार 2006 में अस्तित्व में आई. राजपूत लीडर लोकेंद्र सिंह कल्वी ने 2005 में राजपूत समुदायों को एकजुट करना शुरू किया था. इसके बाद 23 सितंबर 2006 को जोठवाड़ा में करणी सेना का गठन हुआ. इसमें ज्यादातर बेरोजगार राजपूत युवा वर्ग था.