एक मान्यता यह भी : कुछ लोगों का मानना है कि करीब 700-800 साल पहले दक्षिण में शैव और वैष्णवों के बीच वैमनस्य काफी बढ़ गया था। तब उन मतभेदों को दूर करने के लिए भगवान अयप्पा की परिकल्पना की गई। दोनों को करीब लाने के लिए इस धर्मतीर्थ को विकसित किया गया।