बायोकेमिकल इंजीनियरिंग के क्षेत्र में बहुत सारे अवसर उपलब्ध हैं. बायो केमिकल इंजीनियर्स उन पौधों पर शोध करते हैं जो रंग, जैव-ईंधन, शराब, स्टेरॉयड, एंजाइम, बायो-उर्वरक, या जैव-विश्लेषकों का उत्पादन करते हैं एवं जिनका उपयोग केमोथेरेपी या खाद्य प्रसंस्करण तथा फर्मेंटेशन प्रोसेस से जुड़े इंडस्ट्री में किया जाता है.