पवार ने भले ही अलग दल बना लिया हो, लेकिन 2004 के लोकसभा चुनाव में उनके दल ने कांग्रेस के नेतृत्ववाले संयुक्त प्रगतिशील गठबंधन (संप्रग) का साथ दिया और पवार केंद्रीय कृषि मंत्री बने. साल 2009 के लोकसभा चुनावों के बाद भी कांग्रेस के साथ उनका गठबंधन बना रहा और वह एक बार फिर मंत्रिमंडल में शामिल हुए. इसके बाद साल 2012 में उन्होंने घोषणा कर दी कि वह 2014 का लोकसभा चुनाव नहीं लड़ेंगे. गौरतलब है कि 2009 के लोकसभा चुनाव में पवार ने मढ़ा संसदीय क्षेत्र से चुनाव लड़ा था और बारामती की अपनी पारंपरिक सीट अपनी बेटी सुप्रिया सुले के लिए खाली कर दी थी.