राजनाथ सिंह का पहली बार बीजेपी अध्यक्ष बनने का वाकया काफी मजेदार रहा है. दरअसल, बीजेपी के तत्कालीन अध्यक्ष लाल कृष्ण आडवाणी अपनी पाकिस्तान दौरे के दौरान जिन्ना के मजार पर गये और उस वक्त उन्होंने उन्हें धर्म निरपेक्ष बता दिया था. उसके बाद भारत में उनके इस बयान की काफी आलोचना हुई. यहां तक कि विश्व हिंदू परिषद के नेताओं ने भी नाराज़गी जताई थी और उस वक्त के प्रवक्ता राम माधव ने कहा भी कहा था कि उनकी वापसी के बाद उनसे बातचीत की जाएगी. मगर उसी वक्त प्रमोद महाजन का राजनीतिक ग्राफ काफी तेजी से ऊपर चढ़ रहा था. आडवाणी की टिप्पणी के बाद प्रमोद महाजन ने पार्टी नेताओं को इसकी सूचना दी और उसी वक्त आडवानी के इस्तीफे की खिचड़ी पकने लगी.