बीज आकर में पूरे व बिना टूटे होने चाहिए. यदि किसान के पास छोटे व बड़े आकर के मिश्रित बीज हैं तो चान के एक ही आकर के बीजों का चयन करना चाहिए. मिश्रित बीजों के उपयोग से दो तरह के नुकसान हो सकते हैं, पहला छोटे और टूटे बीज कभी-कभी अंकुरित नहीं हो पाते व दूसरा मशीन द्वारा बीज खेत में डालने पर मशीन का छेद छोटा रखने पर बड़े आकर के बीज गिर नहीं पाते व बड़ा छेद रखने पर एक ही जगह कई गिर जायेंगे, इस तरह बुवाई के दौरान पूरे खेत में बीज रोपड़ एक सामान नहीं हो पायेगा. किसानो को फफूंदी लगे बीजों का इस्तेमाल भी नहीं करना चाहिए. सरसों में होने वाली बीमारियाँ जैसे सफेद रतुआ, मिल्डयू, जड़ गलन एवं पौधे का सूखना आदि से बीज उपचार द्वारा फसल को बचाया जा सकता है. सफेद रतुआ एवं मिल्डयू के लिए बीजों को एस. डी.-३५ का उपचार ६ ग्राम प्रति किलोग्राम बीज की दर से मिलाना चाहिए क्योंकि ऐसा देखा गया है सफेद रतुआ के कारण लगभग ९०% तक कि दर से उत्पादन में हनी हो सकती है. जड़ गलन एवं पौधे का सूखना आदि रोग के लिए थाइरम २-३ ग्राम प्रति किलोग्राम की दर से बीज में मिलाना चाहिए या कैप्टन, मैन्कोजेब ३-४ ग्राम प्रति किलोग्राम की दर से मिलनी चाहिए.