महबूबा मुफ्ती का जन्म 22 मई 1959 को कश्मीर के कद्दावर राजनीतिक परिवार में हुआ था। कश्मीर यूनिवर्सिटी से कानून की डिग्री लेने के बाद 1984 में उनकी शादी जावेद इकबाल से हुई थी। महबूबा की दो बेटियां है बड़ी बेटी का नाम इल्तिजा और छोटी का इर्तिका है। दोनों बेटियों के जन्म के बाद ही महबूबा का अपने पति जावेद इकबाल से तलाक हो गया था। जावेद से तलाक के बाद बेटियों को महबूबा ने ही पाला। महबूबा की बड़ी बेटी इल्तिजा लंदन में भारतीय हाई कमिश्नर में सीनियर एडमिनिस्ट्रेटिव अफसर हैं। छोटी बेटी इर्तिका फिल्मों में अपना करियर बनाना चाहती है इसलिए वह अपने मामा तसादुक मुफ्ती के पास मुंबई में रहती हैं।