परन्तु शेख अब्दुल्ला की महत्वाकांक्षा शायद अंग्रेजों के इस षड्यंत्र में समा नहीं रही थी। शेख अब्दुल्ला का कालान्तार में मुस्लिम नेतृत्व के प्रश्न पर जिन्ना से विवाद हो गया। जिन्ना अपने आप को हिन्दुस्तान के मुसलमानों का निर्विवाद नेता मानते थे। दूसरी ओर शेख अब्दुल्ला थे तो चाहे एक रियासत के ही रहने वाले परन्तु अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय में पढ़ने के कारण उनका दृष्टिकोण और चिंतन व्यापक हो गया था। वह भी कहीं भीतर ही भीतर अपने आप को मुसलमानों का कद्दावर नेता मानने लगे थे । जाहिर है कि जिन्ना के नेतृत्व में बन रहे पाकिस्तान में शेख अब्दुल्ला के लिए सम्मानजनक जगह नहीं हो सकती थी। इसीलिए शेख स्वतंत्र कश्मीर का सपना देखने लगे थे। महाराज हरि सिंह को हराकर स्वतंत्र देश के राजा बनने का सपना।