छत्रपति को अक्टूबर 2002 में गोली मारी गई थी। कुछ दिनों तक अस्पताल में जिंदगी की जंग लड़ने के बाद नवंबर में उनका निधन हो गया था। पूर्व डेरा प्रबंधक रंजीत सिंह की जुलाई 2003 में गोली मारकर हत्या कर दी गई थी। ऐसा माना जा रहा था कि वह डेरा मुख्यालय में चल रहे गलत कार्यो को उजागर करना चाहता था, जिसके बाद उसकी हत्या कर दी गई। दोनों हत्याओं के मामले में डेरा प्रमुख अन्य लोगों के साथ आरोपी हैं। कथित तौर पर उनके निर्देश पर ही दोनों हत्याओं को अंजाम दिया गया था।