आप विधायकों द्वारा मुख्य सचिव अंशु प्रकाश के साथ कथित तौर पर मारपीट के बाद से आप सरकार और नौकरशाही के बीच संबंध तनावपूर्ण हैं। केजरीवाल ने कहा कि कम मजदूरी के मामले का अध्ययन करने के लिए अधिकारियों, मजदूरों और ठेकेदारों के प्रतिनिधियों को मिलाकर एक समिति गठित की गई थी, लेकिन उसे उपराज्यपाल अनिल बैजल की मंजूरी नहीं मिली।