कई मामलों में सीबीआई भी मीसा के खिलाफ जांच कर रही है। मीसा के अलावा भी लालू यादव परिवार के कई सदस्य सीबीआई और आयकर विभाग के रडार पर हैं। लालू यादव का परिवार इस कार्रवाई को राजनीतिक साजिश बताता है। मीसा भारती ने एक बयान में इस कार्रवाई के पीछे भाजपा का हाथ बताया था।