खैर, कई दिनों की मान-मनुहार और संघ के हस्तक्षेप के बाद उन्होंने इस्तीफा वापस ले लिया. उसके बाद जब दिल्ली के भाजपा दफ्तर में मोदी को भाजपा का पीएम उम्मीदवार घोषित किया गया तो उस कार्यक्रम से भी आडवाणी दूर रहे. हाल के दिनों में मोदी और उनकी टीम चाहती थी कि आडवाणी लोकसभा छोड़ राज्यसभा को अपना ठिकाना बनाएं लेकिन वयोवृद्ध आडवाणी लोकसभा चुनाव लड़ने पर अड़ गए. यह मामला निपटा तो अगला विवाद लोकसभा सीट को लेकर खड़ा हो गया. आडवाणी भोपाल से लड़ना चाहते थे क्योंकि उन्हें संदेह था कि कहीं उनका शिष्य गांधीनगर से लड़ने पर उनकी हार की साजिश न रच दे. खैर पार्टी ने आडवाणी की नहीं सुनी और उन्हें गांधीनगर से ही संतोष करना पड़ा.