जब मामले की छानबीन हुई तो सामने आया कि, पुणे-गोरखपुर जनसाधारण स्पेशल ट्रेन NTES पर 24 अप्रैल की सुबह कानपुर के गुड्स मार्शल में खड़ी थी. उसके बाद से इस ट्रेन का कुछ पता नहीं चला. इस तरह तीन दिन गुजर जाने के बाद भी ये ट्रेन लखनऊ नहीं पहुंची. कंट्रोलरूम से लेकर रेलवे के अधिकारियों तक को जानकारी नहीं थी कि ट्रेन कहां गई?