समय-समय पर स्वतंत्र संस्थाओं के मार्केट सर्वे में पाया गया है कि बहुत से पैकेटबंद खाने और बेबी फूड में जीमएम उत्पादों का इस्तेमाल किया गया है जो कि अवैध है। नागरिक संगठनों का आरोप है कि एफएसएसएआई जीएम फूड पर नियम न होने का हवाला देकर ठोस कार्रवाई से बच रहा है।