फिर भी उसके भाग्य में शान्तिपूर्ण शासन नहीं बदा था। वह अबीसीनिया के एक दास जलालुद्दीन याकूत के प्रति अनुचित कृपा दिखलाने लगी तथा उसने उसे अश्वशालाध्यक्ष का ऊँचा पद दे दिया। इससे क्रुद्ध होकर तुर्की सरदार एक छोटे संघ में संगठित हुए। सबसे पहले सरहिन्द के शासक इख्तियारुद्दीन अल्तूनिया ने तौर पर विद्रोह किया, जिसे दरबार के कुछ सरदार गुप्त रूप से उभाड़ रहे थे। बेगम एक बड़ी सेना लेकर विद्रोह का दमन करने चली, परन्तु इस युद्ध में विद्रोही सरदारों ने याकूत को मार डाला तथा बेगम को कैद कर लिया। वह अल्तूनिया के संरक्षण में रख दी गयी तथा उसका (रज़िया का) भाई मुइजुद्दीन बहराम दिल्ली का सुल्तान घोषित किया गया। रजूिया ने अल्तूनिया से विवाह कर इस विकट परिस्थिति से छुटकारा पाने का प्रयत्न किया, परन्तु यह व्यर्थ सिद्ध हुआ। वह अपने पति के साथ दिल्ली की ओर बढ़ी, लेकिन कैथल के निकट पहुँचकर अल्तूनिया के समर्थकों ने उसका साथ छोड़ दिया तथा 13 अक्तूबर, 1240 ई. को मुइजुद्दीन बहराम ने उसे पराजित कर दिया। दूसरे दिन पति के साथ उसकी हत्या कर दी गयी। इस तरह तीन वर्ष तथा कुछ महीनों के राज्य-काल के बाद रज़िया बेगम के कष्टपूर्वक जीवन का अंत हुआ।