1997 में राजेश त्यागी से शादी के बाद मल्लेश्वरी सन 2000 तक खेल में सक्रीय रही. 2001 में उन्होंने एक बेटे को जन्म दिया, जिसके बाद वे अपने पारिवारिक जीवन में व्यस्त हो गई. 2002 के कॉमनवेल्थ गेम्स से मल्लेश्वरी गेम में वापसी का विचार बना रही थी, लेकिन तभी अचानक उनके पिता की मौत हो गई, जिस वजह से मल्लेश्वरी उस गेम में हिस्सा नहीं ले पाई. इसके बाद सन 2004 के ओलंपिक में मल्लेश्वरी ने भाग लेने का मन बनाया, जिसके लिए उन्होंने क्वालीफाईइंग खेल खेला, लेकिन उन्हें अच्छा स्कोर नहीं मिला. इस हार से मल्लेश्वरी बहुत हताश हुई और इसके बाद उन्होंने वेटलिफ्टिंग से सन्यास लेने का मन बना लिया.