सीबीआई ने उम्‍मीदवारों के चयन से सम्‍बन्धित डिजिटल साक्ष्‍य सहित एवं व्‍यापम के नियंत्रक की नियुक्ति में कथित रूप से हुई अनियमितताओं की गम्‍भीर जॉंच की। ऐसा आरोप था कि उक्‍त व्‍यापम कर्मी का नाम यहॉं तक कि व्‍यापम के नियंत्रक की नियुक्ति हेतु 03 नामों के पैनल में मौजूद नही था। जॉंच के दौरान यह पता चला कि उक्‍त व्‍यापम कर्मी ने बाद में आरोप पत्र में शामिल एक आरोपी के कहने पर कुछ उम्‍मीदवारों की अवैध चयन की व्‍यवस्‍था की।