इंद्रधनुष के सात रंगों के समान इस “मिशन इंद्रधनुष” का मुख्य उद्देश्य सन् 2020तक उन सभी बच्चों का टीकाकरण करना है, जिन्हें डिफ्थीरिया, काली खाँसी, टिटनस, पोलियो, तपेदिक, खसरा, हेपिटाइटिस-बी को रोकने के टीके नहीं लगे हैं। यह कार्यक्रम हर साल 5 प्रतिशत या उससे अधिक बच्चों के पूर्ण टीकाकरण में तेजी से वृद्धि के लिए चलाया जायेगा। इस योजना का उद्देश्य बच्चों में रोग-प्रतिरक्षण की प्रक्रिया को तेज गति देना है। मिशन इंद्रधनुष दो चरणों में चलाया जायेगा।