सूडी के गुरु महंतेश्वर हाई स्कूल से डिस्टिंगक्शन में दसवीं पास करने के बाद अय्यप्पा प्री-यूनिवर्सिटी कोर्स में साइंस पढ़ना चाहते थे। लेकिन, कॉलेज की फीस इतनी ज्यादा थी कि माँ उसका बोझ उठाने में असमर्थ थीं। गरीबी और हालात की मजबूरी में अय्यप्पा को साइंस के बजाय कॉमर्स लेना पड़ा। अय्यप्पा बताते हैं, “चूँकि मुझे डिस्टिंगक्शन मिला था कॉमर्स में मुझे मेरिट लिस्ट में जगह मिल गयी थी। फीस भी नहीं भरनी पड़ी और मुझे हॉस्टल में रहने के लिए भी मुफ्त में ही जगह मिल गयी। खाना-पीना, किताबें सब मुफ्त में ही मिला। अगर मैं साइंस लेता तो मुझे 450 रुपये अदा करने पड़ते। हमारे लिए उस समय ये बहुत बड़ी रकम थी। इतने रुपये जुटाना मेरी माँ के बस की बात नहीं थी।”