बड़ी बात ये भी है कि अय्यप्पा ने अपने मिशन के तहत बंजर भूमि को उपजाऊ बनाने की कामयाब कोशिश भी है। उन्होंने आंध्रप्रदेश के अनंतपुर जिले में ये कामयाब प्रयोग किया है। अय्यप्पा ने अपने कुछ साथियों के साथ मिलकर सूखाग्रस्त अनंतपुर जिले में अस्सी एकड़ ज़मीन खरीदी। ये ज़मीन ऐसी जगह खरीदी गयी जहाँ बारिश बहुत कम होती है और सारी ज़मीन पर पत्थरों के ढेर थे। लोग इसे बंजर भूमि करार देकर वहां से चले गए थे। आंध्रप्रदेश का अनंतपुर वो जिला है जहाँ राज्य के किसी भी जिले की तुलना में सबसे कम बारिश होती है। ऐसी जगह अय्यप्पा ने अपना प्रयोग शुरू किया। उन्होंने इस अस्सी एकड़ भूमि में कई सारे तालाब बनवाए। कई नए कुएं खुदवाए। पुराने सूखे कुओं को पुनर्जीवित किया। जब कभी बारिश हुई उसका सारा पानी बेकार जाने से बचाया। ये प्रयोग कामयाब भी हुआ। अय्यप्पा ने अपनी मेहनत से बंजर ज़मीन को उपजाऊ बना दिया। जहाँ एक पौधा भी जीवित नहीं रहता था वहां उन्होंने सब्जियां उगायीं। फलों के पेड़ लगाये। धान की भी खेती की और कर भी रहे हैं। अय्यप्पा का कहना है कि बंजर भूमि को उपजाऊ बनाना तभी संभव हुआ जब बारिश के पानी का संरक्षण किया गया। बारिश के पानी के सही संरक्षण से भू-जल का स्तर भी बढ़ा।