रोवन एटकिंसन की शादी फरवरी 1990 में बीबीसी में मेकअप आर्टिस्ट सुनेत्र सस्त्री से हुई थी। बेन और लिली उनके बच्चो के नाम है। लेकिन कुछ कारणवश 2014 में दोनों अलग हो गए और 10 नवम्बर 2015 को दोनों ने तलाक भी ले लिया। 2014 से मिस्टर बीन लुइस फोर्ड के साथ रिलेशनशिप में है और उन्होंने बीन के तीसरे बच्चे को दिसंबर 2017 में जन्म भी दिया है।