कश्मीर में नब्बे के दशक में चले आतंकवादी आन्दोलन के प्रमुख सूत्रधार जरूर पाकिस्तान में बैठे लश्करे-ताइबा और जैशे मुहम्मद जैसे संगठन थे। माना जाता है कि इन संगठनों को पाकिस्तानी सेना और सरकार का सक्रिय सहयोग हासिल था। सोवियत संघ के पतन के बाद अफगानिस्तान में पाक–पोषित, अमेरिका-समर्थित तालिबान के पास काम की कमी हो गई थी। कश्मीर में आतंकी गतिविधियां बढ़ा कर वे अपने लड़ाकों को नए काम पर लगा सकते थे। साथ ही, पाकिस्तानी फौज के साथ अपने समीकरण भी साध कर रख सकते थे।