लेकिन साल भर के भीतर ही केंद्र की कांग्रेस सरकार ने राज्यपाल जगमोहन की मदद से फारूक अब्दुल्ला की चुनी हुई सरकार गिरा दी। केंद्र की शह पर हुए दलबदल के बाद जी एम शाह की सरकार बनी। जनाधार–विहीन शाह सरकार ने इंदिरा गांधी के दिखाए रास्ते पर चलते हुए जम्मू में हिंदुओं और घाटी में मुसलमानों की धार्मिक भावनाओं को भुनाने की भरपूर कोशिश की। सन 86 में अनंतनाग में हुई साम्प्रदायिक घटनाओं की जांच करने वाले बलराज पुरी का निष्कर्ष था कि ये घटनाएं स्वतःस्फूर्त नहीं, राजनीतिक षड्यंत्र का परिणाम थीं। प्रवीन दोंथी ने कश्मीरी पत्रकार युसूफ जमील के हवाले से लिखा है कि अनंतनाग की घटनाओं के पीछे तब के वरिष्ठतम कांग्रेसी नेता मुफ्ती मुहम्मद सईद का हाथ हो सकता है, जो शाह सरकार से छुटकारा पा कर खुद मुख्यमंत्री बनने का सपना देख रहे थे। अनंतनाग उनका अपना इलाका था।