1689 तक स्थितियां बदल चुकी थी. मराठा राज संगमेश्वर में क्षत्रुओ के आगमन से अनभिज्ञ था. ऐसे में मुक़र्राब खान के अचानक आक्रमण से मुग़ल सेना महल तक पहुँच गयी और संभाजी के साथ कवि कलश को बंदी बना लिया. उन दोनों को कारागार में डाला गया और उन्हें वेद-विरुद्ध इस्लमा अपनाने को विवश किया गया.