यह संस्था अब भीमताल स्थित औद्योगिक क्षेत्र में निर्मित अपने नवीन भवन परिसर में कार्य कर रहा है। मुख्य भवन में कई सुविधायें जैसे- पुस्तकालय, प्रयोगशालायेें, ए.के.एम.यू. सेल, एक्वेरियम तथा सभागार आादि हैं। भीमताल में संस्थान की एक बृहद महाशीर बीच उत्पादन इकाई भी कार्य कर रही जो राज्य मत्स्य विभाग उत्तराखण्ड की भूमि पर कार्य कर रही है। यहाॅ पर माहशीर बीज उत्पादन के साथ-2 हैचरी के एक प्रयोगशाला भी है जो निदेशालय की बीज उत्पादन गतिविधियों को अतिरिक्त सुविधायें प्रदान करती है।