महात्मा गाँधी जी की मृत्यु के बाद 27 मई 1948 को इस केस की कार्यवाही शुरू की गई. उन्होंने कोर्ट को बिलकुल भी सफाई नहीं दी और अपना गुनाह खुले तौर पर स्वीकार कर लिया, कि उन्होंने ही गाँधी की मारा है. किन्तु इस केस को अंतिम रूप देने में 1 साल से भी ज्यादा का समय लग गया. इस केस का अंतिम फैसला 8 नवंबर सन 1949 को सुनाया गया, जिसमें उन्हें 15 नवंबर को फांसी की सजा देने का फैसला सुनाया गया. इस अपराध में उनके साथी नारायण आप्टे भी बराबर के हिस्सेदार थे, इसलिए उन्हें भी मृत्यु दंड दिया गया. इसके अलावा हिन्दू महासभा के सदस्य सावरकर पर भी इस अपराध में शामिल होने का आरोप लगा था, लेकिन बाद में यह खारिज कर दिया गया.