रहे सहे सवालों और संदेहों के बाबत जांच की ज़िम्मेदारी एनआईए को सौंप दी गई. जेल के कुछ मुलाज़िम और अफसर तो घटना के तुरंत बाद बर्खास्त किए ही जा चुके थे. अब सब कुछ ठीक ठाक और नियंत्रण में है, क्योंकि अब ऐसा कोई वीडियो वायरल नहीं हो रहा है, जिससे यह लगे कि यह मुठभेड़ पूर्व नियोजित या फर्जी थी. ऐसे वायरल हुये वीडियो, जो पुलिस का सहयोग करने वाले गांव वालों ने शौकिया तौर पर बना डाले थे, गायब हो चले हैं और गुणगान पुलिस वालों का हो रहा है . साफ दिख रहा है कि भोपाल के इस संदिग्ध एनकाउंटर का हश्र भी व्यापम घोटाले जैसा होने के इंतजाम कर दिये गए हैं, जिसके तमाम बड़े आरोपी सीबीआई जांच के दौरान जमानत पर बाहर आए और ठाट से गुजर कर रहे हैं. साफ यह भी दिख रहा है कि केंद्रीय जांच एजेंसियां राज्य सरकार की मदद के लिए नियुक्त की जाती हैं.