30 अक्तूबर को नूरुलहुदा, जिसका संबंध सीमी से था, गिरफ़्तार कर लिया गया। उसके साथ शब्बीर बैटरी वाला और रईस अहमद को भी गिरफ़्तार किया गया। उसके बाद 4 हज़ार पृष्ठों की जो चार्जशीट दाख़िल की गई, उसमें आर्मी अफ़सर लेफ़्टिनैंट कर्नल प्रसाद पुरोहित इस धमाके के षड़यंत्र का प्रमुख आरोपी था। कर्नल पुरोहित ने विस्फोटक पदार्थ उपलब्ध कराया था और साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर ने विस्फोटक पदार्थ प्लांट कराने में प्रमुख भूमिका निभाई थी। प्रज्ञा ठाकुर इंदौर की रहने वाली थी और बाद में सूरत हस्तांतरित हो गई। धमाके में प्रयोग होने वाली एलएमएल फ्ऱीडम मोटर साइकिल जिसमें बम रखा गया था, वह उसकी थी। उसको 24 सितम्बर को गिरफ़्तार किया गया था।