कतिपय विद्वानों का मत है कि इसकी रचना शंकर के द्वारा नहीं की गई है क्योंकि इस की कवितावली शंकर द्वारा रचित ‘उपदेश सहरसी’ से बिल्कुल भिन्न प्रतीत होती है, जो कि वास्तव में शंकर ने ही लिखी है। एक और तर्क दिया जाता है कि विवेक चूड़ामणि में ‘निर्विकल्प समाधि’ के सिद्धान्त को प्रतिपादित किया गया है जबकि शंकराचार्य के अन्य दार्शनिक ग्रंथों में ‘समाधि’ का प्रयोग नगण्य है। पाश्चात्य विद्वान कोमान्स के अनुसार, सम्भवतः ‘विवेक चूड़ामणि’ के रचयिता श्रृंगेरीपीठ के शंकरोत्तर (शंकर के बाद के) कोई अन्य पीठाधीश शंकराचार्य रहे होंगे। लेकिन एक अन्य विद्वान एन्स्टन के अनुसार, शंकर द्वारा रचित अन्य दार्शनिक ग्रंथों की भाँति विवेक चूड़ामणि के मूल में भी वही वेदान्तिक भाव झलकता है, जो शंकर की विशेषता है, बल्कि यह कुछ हद तक ‘योग वशिष्ठ’ से मिलता-जुलता दर्शन है।