सोहराबुद्दीन शेख फर्जी एनकाउंटर मामले से जुड़े एक केस का संबंध जज बीएच लोया की संदिग्ध मौत से भी जुड़ा है। साल 2005 में गुजरात पुलिस ने हैदराबाद से सोहराबुद्दीन शेख और उसकी पत्नी कौसर बी को गिरफ्तार किया था। गुजरात पुलिस पर इन दोनों को फर्जी मुठभेड़ में मार डालने का आरोप है।2006 में गुजरात पुलिस ने सोहराबुद्दीन शेख के साथी तुलसीराम प्रजापति को भी मार डाला गया। प्रजापति को सोहराबुद्दीन मुठभेड़ का गवाह माना जा रहा था। इस मामले को 2012 में सुप्रीम कोर्ट ने ट्रायल को महाराष्ट्र में ट्रांसफर कर दिया और 2013 में सुप्रीम कोर्ट ने प्रजापति और सोहराबुद्दीन के केस को एक साथ जोड़ दिया। इस केस की सुनवाई शुरुआत में जज जेटी उत्पत कर रहे थे, लेकिन आरोपी अमित शाह के पेश ना होने पर नाराजगी जाहिर करने पर अचानक उनका तबादला कर दिया गया। फिर केस की सुनवाई जज बी एच लोया ने की। लेकिन दिसंबर 2014 में नागपुर में उनकी मौत हो गई।