रेलगाडियों का परिचालन भी प्रभावित हुआ है। राप्ती सागर एक्सप्रेस, अवध-असम एक्सप्रेस, शताब्दी एक्सप्रेस, मरुधर एक्सप्रेस, ओखा एक्सप्रेस, पुष्पक एक्सप्रेस सहित कई रेलगाडिम्यां अपने नियत समय से कई घंटों की देरी से चल रही हैं।