गुजरात में रहने वाली दो बहनों ने इनपर और इनके पुत्र पर आरोप लगाया कि इन दोनों ने उनका शोषण किया. जिसके बाद आसाराम को उनके बेटे सहित गिरफ्तार कर लिया था और इन दोनों पर कोर्ट में केस चलाया गया था. जिस वक्त इनपर ये केस चल रहा था उस वक्त इस केस से जुड़े दो गवाहों की हत्या भी कर दी गई थी. हालांकि गवाहों की हत्या करवाने के बावजूद भी इन दोनों पर रेप के आरोप सिद्ध हो गए थे और इन दोनों को कोर्ट ने उम्र कैद की सजा सुनाई थी और इस वक्त ये जेल में अपने सजा काट रहे हैं. इस रेप केस से पहले भी आसाराम के ऊपर काला जादू करने जैसे कई आरोप लगाए गए थे लेकिन वे इन सभी आरोप से बरी हो गए थे.