साल 2014 में स्वामी नित्यानंद के आश्रम में इनकी 24 साल की शिष्या संगीता अर्जुनन की मृत्यु हो गई थी. स्वामी नित्यानंद और इस आश्रम में रहने वाले लोगों ने संगीता अर्जुनन की मौत की वजह हार्ट अटैक बताई था. वहीं इस युवती की मां ने अपनी बेटी की मौत का जिम्मेदार स्वामी नित्यानंद को ठहराया था. युवती की मां का आरोप था कि इनकी बेटी के साथ जबरदस्ती की गई थी, जिसके कारण उसकी मौत हुई है.