गजेंद्र ने हालांकि विरोध के बीच ही संस्थान की कमान संभाली थी और धीरे-धीरे संस्थान को पटरी पर लाने की कोशिश की। इसी दौरान मंत्रालय ने भारतीय सूचना सेवा के वरिष्ठ अधिकारी भूपेंद्र कैंथोला को एफटीआईआई का निदेशक बनाकर भेजा जिन्होंने संस्थान के हॉस्टल को अनाधिकृत रूप से काबिज छात्रों से मुक्त कराया। साथ ही संस्थान के फिल्मों से जुड़े कोर्स और नए पाठ्यक्रमों को गजेंद्र चौहान के साथ मिलकर लागू कराया।