अगर पौलीसिस्टिक ओवरी सिंड्रोम का वक्त रहते सही उपचार नहीं होता है तो इस का पूरे शरीर पर असर दिखने लगता है. इस बीमारी की वजह से पाचन क्षमता वाली ग्रंथियां भी कमजोर होने लगती हैं. पीसीओएस को जड़ से खत्म न किए जाने पर कई और खतरनाक बीमारियां भी हो सकती हैं, जैसे स्तन कैंसर, ओवरी कैंसर, मधुमेह, रिप्रोडक्टिव सिस्टम में अनियमितता आदि.