रिपोर्ट में यह भी कहा गया है कि एम्स को प्रोफेशनल रूप से स्वायतत्ता दी गई है. स्वायतत्ता का अर्थ निदेशक की स्वायतत्ता नहीं है. नतीजा यह निकला कि अधिकृत कायदे-कानूनों और प्रक्रियाओं का पालन करने से ही मुक्ति पा ली गई.