मनमोहन सिंह + के खास अधिकारियों में भी सुब्रमण्यम का नाम था और उन्हें यूपीए-1 में मनमोहन ने अपना निजी सविच नियुक्त किया था। मनमोहन सिंह ने जब यूपीए-2 में दूसरी बार कमान संभाली तब भी उन्हें 2012 में फिर से संयुक्त सचिव के पद पर बहाल किया गया। तीन साल तक वर्ल्ड बैंक के साथ सफलतापूर्वक काम करने के बाद सुब्रमण्यम वापस लौटे तो एक बार फिर मनमोहन ने उन पर भरोसा दिखाया और जॉइंट सेक्रेटरी का पद दिया। सुब्रमण्यम ने मोदी सरकार के साथ भी जॉइंट सेक्रेटरी के पद पर काम किया और उसके बाद ही उनकी वापसी अपने काडर छत्तीसगढ़ में हुई।