पीयूसी पूरा करने के बाद अय्यप्पा दुविधा में पड़ गए। उन्हें ये समझ में नहीं आ रहा था कि उन्हें आगे क्या करना है। चूँकि उन्होंने कईयों से सुना था कि इंडस्ट्रियल ट्रेनिंग इंस्टिट्यूट यानी आईटीआई का कोर्स करने से नौकरी आसानी से मिल जाती है उन्होंने कॉमर्स में आगे की पढ़ाई करने के बजाय आईटीआई में दाखिला लिया। अय्यप्पा ने कहा, “ उस समय न मुझे एमबीए के बारे में पता था न एमसीए के बारे में। मैंने आईएएस और आईपीएस के बारे में भी कभी नहीं सुना था। गाँव के माहौल में पढ़ने-लिखने की वजह से मुझे कई चीज़ों के बारे में नहीं पता था। सही तरह से गाइड करने वाला भी कोई नहीं था। टीचर जितनी मदद कर सकते थे उन्होंने की। उस समय मुझे लगा कि आईटीआई करने से नौकरी जल्द ही मिल जायेगी मैंने ज्वाइन कर लिया।”