साल 1995 में जब महाराष्ट्र में भाजपा-शिवसेना के गठबंधन की सरकार बनी, तो पवार ने एक बार फिर दिल्ली का रुख किया. साल 1996 में उन्होंने तीसरी बार लोकसभा चुनाव लड़ा और जीत हासिल की. इसके बाद साल 1997 में उन्होंने संगठन के स्तर पर कांग्रेस के अध्यक्ष पद के लिए सीताराम केसरी को चुनौती दी, लेकिन उनसे हार गए. साल 1998 में हुए लोकसभा चुनाव में जब कांग्रेस को हार का सामना करना पड़ा, तो कांग्रेस के अध्यक्ष पद के लिए सोनिया गांधी का नाम आगे आया, जिसका पवार ने पुरजोर विरोध किया. पवार ने अपना पक्ष रखते हुए कहा कि भारतीय मूल का व्यक्ति ही देश में प्रधानमंत्री पद का दावेदार हो सकता है. इसी मसले पर मतभेद की वजह से 25 मई 1999 को उन्होंने तारिक अनवर और पूर्णो संगमा के साथ मिलकर राष्ट्रवादी कांग्रेस पार्टी का गठन किया.