राजीव गांधी ने 1986 में उन्हें फिर राज्यसभा में मनोनीत करवाया क्योंकि मलिक ने 1979 में चरण सिंह को ‘मूर्ख’ बनाने में कांग्रेस की मदद की थी जिन्होंने पार्टी और अपनी सरकार को तोड़ा था। मगर मलिक ने राजीव गांधी का साथ छोड़ दिया और वी.पी. सिंह से हाथ मिला लिया तथा उन्होंने मुफ्ती मोहम्मद सईद से मुलाकात की जो गृहमंत्री बने थे। मलिक को भी मंत्री बनाया गया। दोनों बहुत करीबी थे। दोनों की मित्रता काफी गहरी थी। बाद में मलिक ने समाजवादी पार्टी का हाथ थामा। कुछ समय बाद वह भाजपा में चले गए। उन्होंने भाजपा की टिकट पर लोकसभा का चुनाव लड़ा, मगर हार गए। वह 12 साल तक भाजपा में खामोश रहे।