मिशन इंद्रधनुष के दूसरे चरण में देश भर के 352 जिलों में पूर्ण टीकाकरण प्राप्त करना है। जिनमें से 279 मध्यम फोकस जिले हैं एवं बचे हुए 73 पहले चरणके हाई फोकस जिले हैं। मिशन इंद्रधनुष के दूसरे चरण के दूसरे चरण की शुरूआत 7 अक्टूबर 2015 को हुई। इस चरण को भी चार भागों में बांटा गया, जिनमें दूसरे भाग की शुरूआत 7 नवंबर 2015, तीसरे भाग की शुरूआत 7 दिसंबर 2015 तथा चौथे भाग की शुरूआत 7 जनवरी 2016 को की गई।