उनकी मौत आज भी एक रहस्य है. क्योंकि उनकी मौत देश के लिए एक बड़ा नुकसान था. एयर इंडिया का विमान स्विटजरलैंड की आलप्स पर्वतमाला में दुर्घटनाग्रस्त हो गया था. हादसे में प्रसिद्ध भारतीय भौतिकविज्ञानी होमी जहांगीर भाभा की मृत्यु 24 जनवरी 1966 को हो गयी. उनकी मृत्यु को लेकर आज भी बहुत से सवाल उठते रहे हैं. भाभा की मौत के बाद उनके पालतू कत्ते ने भी जान दे दी. भाभा की मौत के कुछ ही दिन बाद से भाभा का पालतू कुत्ता जिन्हें वो क्यूपिड कह कर पुकारते थे, वो बीमार रहने लगा. डॉक्टरों ने बहुत इलाज किया लेकिन वो ठीक नहीं हो पाया. भाभा के मौत के एक महीने बाद ही कुत्ते की भी मौत हो गई.