एक बार फिर से अय्यर का पाकिस्तान और जिन्ना प्रेम उजागर हुआ है। पाकिस्तान पहुंचे अय्यर ने जिन्ना को कायद-ए-आजम कहकर उनकी तारीफ की है। अय्यर ने कहा कि एनडीए सरकार ने हिंदुत्व की अवधारणा पेश की है, कायद-ए-आजम जिन्ना की तस्वीर को उनके (सरकार) गुंडों ने AMU से हटवा दी है।