गैर राजनीतिक राष्ट्रपति होना कलाम साहब के लिए एक मुसीबत भी लेकर आया. साल 2005 में मनमोहन सिंह की सरकार ने बिहार की नीतीश कुमार सरकार को बर्खास्त किया तो उस वक्त कलाम साहब रूस यात्रा पर थे. आधी रात को कलाम साहब ने सरकार के इस फैसले को मंजूरी दे दी. बाद में जब सुप्रीम कोर्ट ने इस फैसले को गलत ठहराया तो कलाम साहब की इमेज को भी धक्का लगा. हालांकि उसके बाद ऑफिस ऑफ प्रॉफिट के विधेयक को वापस लौटाकर उन्होंने सरकार को उसमें संशोधन करने के लिए भी मजबूर कर दिया.