एनटीएजीआइ के भीतर एक इम्युनाइजेशन टेक्निकल सपोर्ट इकाई (आइटीएसयू) है जिसे बीएमजीएफ से अनुदान प्राप्त है और जो दिल्ली के पब्लिक हेल्थ फाउंडेशन ऑफ इंडिया में स्थित है. मंत्रालय से बाहर इसे इसलिए रखना उचित समझा गया क्योंकि आइटीएसयू एनटीएजीआइ के सचिवालय की भूमिका निभाता है. देसिराजु के अनुसार यह क्लीनिकल परीक्षणों में प्रतिकूल परीक्षणों के आंकड़ों की भी देखभाल करता है. पीएचएफआइ को उसकी प्रतिष्ठा के कारण इस काम के लिए चुना गया. उच्च मानक और गुणवत्ता को कायम रखने के लिए आइटीएसयू को गेट्स फाउंडेशन से अनुदान मिलता है. देसिराजु कहते हैं, ''इसका उद्देश्य यह था कि हम ज्यादा से ज्यादा बेहतर लोगों को अच्छे पैसे पर रख सकें." पिछले कुछ समय से मंत्रालय आइटीएसयू को अपने मातहत लाने के प्रयास में है और इसी प्रक्रिया को ''रिश्ते टूटने" के रूप में रिपोर्ट किया गया है.