पढ़ने-लिखने में अव्वल थे. विज्ञान पसंदीदा विषय था और होता भी क्यों नहीं. उनके पिता से जो जीन्स मिले उनमें से एक पर केमिस्ट्री लिखा था. पिता रसायन शास्त्र के छात्र रहे थे. हृषिकेश मुखर्जी ने भी जीन के प्रभाव से केमिस्ट्री की पढ़ाई शुरू की, लेकिन जाने कैसा केमिकल लोचा हुआ कि बायोकेमिस्ट बनने की चाह रखने वाले हृषिकेश मुखर्जी केमिस्ट्री की लैब से सीधे फ़िल्मी स्टूडियो की लेबोरेटरी में पहुंच गए.