इनका जन्म पुणे जिले के बारामती गाँव में हुआ, जोकि वहां के एक मराठी हिन्दू परिवार से सम्बन्ध रखते थे. जब इनका जन्म हुआ था, तब उनका नाम रामचंद्र रखा गया था. उनका परिवार एक चित्पावन ब्राह्मण भी था. इनके पिता पोस्ट ऑफिस में एक कर्मचारी थे और माता गृहणी थी, जिनका शादी से पहले नाम गोदावरी था और शादी के बाद लक्ष्मी पड़ गया. इनके जन्म से पहले इसकी माता जी ने 3 बेटों और 1 बेटी को जन्म दिया था. जिनमें से उनके तीनों बेटे जन्म के समय ही मृत्यु को प्राप्त हो गए. और केवल एक बेटी ही बची थी. इसलिए उनकी माता ने गोडसे के जन्म होते ही इन्हें एक बेटी की तरह पाला और यहाँ तक कि उनकी नाक भी छिदवा दी थी. जिससे उनकी नाक में हमेशा एक छल्ला हुआ करता था. फिर उसके बाद से ही उनका निक नाम नाथूराम पड़ गया. नाथूराम के जन्म के बाद इनका एक बेटा और हुआ, जिसका नाम उन्होंने गोपाल रखा, इसे फिर उन्होंने एक बेटे की तरह पाला.