सीबीआई के अंदर चल रही इस खींचतान का असर मेहुल चोकसी के मामले पर भी पड़ता दिख रहा है. एक वरिष्ठ अधिकारी के अनुसार इस मामले में इंटरपोल ने सीबीआई से इस मामले में स्पष्टिकरण मांगा है. लेकिन अधिकारियों की गैर-मौजूदगी की वजह से सीबीआई इंटरपोल को जवाब नहीं भेज पा रही. गौरतलब है कि चौकसी ने भारत के जेलों की बुरी हालात में होने और उनके मामले में कई तरह की विसंगतियों का जिक्र किया था. इसे लेकर ही इंटरपोल ने सीबीआई से स्पष्टिकरण मांगा था. अधिकारियों की गैर-मौजूदगी की वजह से ही सीबीआई ने मेहुल चौकसी के सहयोगी दीपक कुलकर्णी को अभी तक हिरासत में नहीं लिया है.