राजकुमार संतोषी के परिवार में उनकी पत्नी और दो बच्चे हैं. उनकी पत्नी का नाम मनीला है, जबकि उनकी बेटे का नाम राम और बेटी का नाम तनिशा है. राजकुमार संतोषी के पिता बॉलीवुड के एक जाने माने निर्माता और निर्देशक हुआ करते थे. जिनका नाम पी.एल. संतोषी था और उन्होंने दक्षिण भारत की फिल्मों में भी कार्य किया था. तमिल फिल्मों में कार्य करने के दौरान उनकी मुलाकात राजकुमार संतोषी की मां से हुई थी. जिसके बाद उन्होंने राजकुमार संतोषी की मां के साथ विवाह कर लिया था. वहीं उनके पिता का ये दूसरा विवाह था.