काले धब्बे वाले झुलसा व सफ़ेद रतुआ तथा डाउनीमिल्डयू आदि कुछ अधिक हानिकरक फफूंदी रोग हैं. इनमे झुलसा रोग अत्यधिक हानिकारक है और इसके लिए अभी तक कोई संतोषजनक रोगरोधी सरसों कि किस्में नहीं है. झुलसा रोग के मुख्य लक्षण हैं पहले पत्तियों पर गोलाकार काले धब्बे बनना तथा बाद में ताने, शाखाओं व फलियों पर फैल जाना. सफ़ेद रतुआ नमक रोग भी पहले पत्तियों पर सफ़ेद पाउडर युक्त गोलाकार धब्बे, बाद में शाखाओं व ऊपरी फलियों में विकृति से पहिचाना जा सकता है. डाउनीमिल्डयू के लक्षण भी सफेद रतुआ से मिलते जुलते हैं. इन बीमारियों की रोकथाम के लिए रिड्रोमिल एम. जेड. (०.२५%) बिजाई के २५-३० दिन के बाद तथा ७०-९० दिन बाद मैन्कोजब (०.२% घोल) का छिडकाव करें. अगर फफूंदी का प्रकोप ज्यादा हो तो थोड़े अन्तराल के बाद दूसरा छिडकाव करें. डाइथेन एम - ४५ के घोल (२.० ग्रा. पाउडर प्रति लीटर पानी की दर से) का छिडकाव भी सभी बिमारियों के नियंत्रण में लाभिदायक है. सफेद रतुआ और डाउनीमिल्डयू रोधी किस्में भी विकसित की गयी हैं. जहाँ बीमारी ज्यादा आती है, ऐसे किस्मों का चयन करें.