जांच एजेंसी ने इनके खिलाफ भारतीय दंड संहिता की धारा 120 के तहत आपराधिक साजिश, आपराधिक दुर्व्यवहार के मामले भी दर्ज किये हैं। गौरतलब है कि CBI निदेशक आलोक वर्मा और अस्थाना के बीच एक साल से टकराव की स्थिति बनी हुई है।