'वॉल स्ट्रीट जर्नल' ने एक वरिष्ठ पाकिस्तानी खुफिया अधिकारी के हवाले से कहा है कि अल जवाहिरी ने 1988 में अलकायदा की स्थापना करने में लादेन की मदद की थी और उसने अफगानिस्तान व पाकिस्तान में संगठन की गतिविधियों का नेतृत्व किया था। बाद में लादेन ने जवाहिरी को दरकिनार कर दिया था, क्योंकि उसके पास अलकायदा की गतिविधियों के लिए धन नहीं रह गया था और संगठन में उसकी लोकप्रियता घटने लगी थी।