वर्ष 1994 में वैज्ञानिक नंबी नारायणन पर आरोप लगाए गए थे कि उन्होंने इसरो के माध्यम से जानकारी जुटाकर कुछ गुप्त दस्तावेज पाकिस्तान को दिए | पुलिस का कहना था कि इन दस्तावेजों में क्रायोजेनिक इंजन का ज़िक्र था| वैज्ञानिक का कहना था कि उन्हें जासूसी के झूठे केस में फंसाया गया था| वहीं जब सीबीआई ने मामले की जांच की थी तो आरोपों को झूठा बताया था| सीबीआई ने यह भी कहा था कि केरल पुलिस और खुफिया ब्यूरो ने मामले में गैर पेशेवर तरीके से काम किया| वर्ष 1998 में सीबीआई की जांच रिपोर्ट सामने आने के बाद भी सुप्रीम कोर्ट ने मामले को रद्द कर दिया था और फिर से जांच के आदेश दिए थे|