बीकेसी में मुंबई-अहमदाबाद हाईस्पीड कॉरिडोर के शुरआती बिंदु को लेकर रेलवे और मुंबई महानगर क्षेत्रीय विकास प्राधिकरण (एमएमआरडीए) के बीच विवाद था। एमएमआरडीए इसके लिये रेलवे को जमीन देने का मजबूती से विरोध कर रहा था। प्रस्तावित बुलेट ट्रेन बीकेसी से भूमिगत मार्ग से चलना शुरु होगी और समुद्र के अंदर 21 किलोमीटर लंबी सुरंग पार करके ठाणे में जमीन के उपर आएगी।