बुधिया पर अब कंट्रोवर्सी गर्माने लगी थी, तत्कालीन सरकार ने बुधिया के जांच के आरोप दिए. जांच के बाद कहा गया कि बुधिया शारीरिक रूप से कमजोर है, उसका इतना दौड़ना ठीक नहीं है. जिसके बाद बुधिया को बिरंची दास के पास से लेकर भुवनेश्वर के सरकारी हॉस्टल में रखा गया. बुधिया की मेडिकल रिपोर्ट कभी भी सरकार ने सामने नहीं लाइ, जिससे इस केस में सनसनी बनी रही. बुधिया के दौड़ने पर पाबन्दी लगा दी गई, और उसे किसी भी मैराथन में हिस्सा न लेने को कहा गया.