शाजापुर जिला चंबल की जल निकासी क्षेत्र है जो एक यमुना की प्रमुख सहायक नदी है। चंबल ही जिले की पश्चिमी सीमा से परे उत्तर की ओर बहती है। जिले में बह सहायक नदियों, पार्बती, नेवज, कालीसिंध, लखुन्दर, टिल्लर, चीलर और और छोटी कालीसिंध .