सिद्धारमैया पर शाह मुसलमानों पर मुकदमे रद्द करने की तोहमत भी लगा रहे हैं. जवाब में सिद्धारमैया ने विभिन्न आंदोलनों में पकड़े गए किसानों, मजदूरों, कन्नड़ समर्थकों आदि तमाम वर्गों के लोगों पर मुकदमे रद्द करने की दलील दी है. उनके अनुसार उनमें अल्पसंख्यक भी शामिल हैं. साथ उन्होंने याद दिलाया कि येदियुरप्पा ने भी मुख्यमंत्री बनते ही संघ कार्यकर्ताओं पर मुकदमे रद्द किए थे.