जूना अखाड़े के महामंडलेश्वर पायलट बाबा ने शंकराचार्य पर चरमपंथी होने का आरोप लगाया है. इस विवाद पर अपने विचार रखते हुए बाबा ने कहा कि "शंकराचार्य हिंदू धर्म को बरबाद करने पर तुले हुए हैं और नागा बाबाओं की शंकराचार्य की तानाशाही का साथ नहीं देना चाहिए." दरअसल हाल ही में शंकराचार्य ने नागा साधुओं को साईं भक्‍तों के खिलाफ लड़ाई छेड़ने को कहा था.