आरंभ में महाराष्ट्र पुलिस ने बजरंगदल, लश्कर-ए-तय्यबा और जेश-ए-मुहम्मद पर आरोप लगाया था, परंतु यह केवल आरंभिक अंदाज़े थे। इसके पक्ष में कोई सबूत प्रस्तुत नहीं किए जा सके थे, लेकिन बाद में 13 अक्तूबर 2006 को पुलिस ने कहा कि लश्कर-ए-तय्यबा और स्टुडेंट्स इस्लामिक मूवमेंट आॅफ़ इण्डिया (सीमी) इन धमाकों में शामिल हो सकती है। पुलिस को संदेह यह भी था कि इन धमाकों में हर्कतुल जिहाद-ए-इस्लामी भी लिप्त हो सकती है, अर्थात अब शक के दायरे में केवल मुस्लिम नामों वाले आतंकवादी संगठन ही थे।