आरोप था कि वे मौतें ऑक्सीजन की कमी से हुई हैं, लेकिन सरकार ने इससे इनकार किया था। मुख्य सचिव राजीव कुमार की अगुवाई में गठित एक उच्चस्तरीय समिति की जांच के बाद मेडिकल कॉलेज के निलम्बित प्राचार्य राजीव मिश्रा, उनकी पत्नी पूर्णिमा, इंसेफलाइटिस वार्ड के प्रभारी डॉक्टर कफील तथा पुष्पा सेल्स के मनीष भण्डारी समेत नौ लोगों के खिलाफ मुकदमा दर्ज कराया गया था। अब ये सभी गिरफ्तार किये जा चुके हैं।