वर्ष 1996 में प्रदर्शित फिल्म खामोशी मनीषा के करियर की एक और उल्लेखनीय फिल्म साबित हुई। संजय लीला भंसाली के निर्देशन में बनी इस फिल्म के लिए मनीषा को एक बार फिर से सर्वश्रेष्ठ अभिनेत्री का फिल्म फेयर क्रिटिक्स पुरस्कार दिया गया।