गौरतलब है कि शंकर के समक्ष बहुदेववाद तो फिर भी क्षम्य था, परन्तु नास्तिकवाद व सांख्य सिद्धान्त कतई मंजूर नहीं था। वे जब संन्यासी बने, उस समय वे शिव, विष्णु, ब्रह्मा आदिशक्ति आदि अनेक देवताओं की पूजा-अर्चना करते थे जो हिन्दू धर्म में ईश्वर के रूप में मान्य हैं, परन्तु बाद में उपनिषदों के अध्ययन से उनके हृदय में अद्वैत का उदय हुआ एवं अद्वैत ही उनके दर्शन का सर्वोपरि सिद्धान्त बन गया।