वर्ष 1998 में मनीषा को एक बार फिर से मणिरत्नम के साथ दिल से में काम करने का अवसर मिला। इस फिल्म में मनीषा का किरदार ग्रे शेड्स लिए हुए थे। ‘दिल से’ के लिए वह सर्वश्रेष्ठ अभिनेत्री के फिल्म फेयर पुरस्कार के लिए नामांकित की गई।