ज्यादातर आतंकवादी घटनाओं में पुलिस मुख्य अपराधियों को पकड़ने में नाकाम रही है। उदाहरण के लिए संसद पर हुए हमले में यह अभी तक मालूम नहीं कि हमला किसने करवाया था। इस मामले में मोहम्मद अफजल गुरू को फांसी की सजा जरूर हुई है लेकिन उसका सीधे-सीधे हमले की कार्यवाही में या उसकी तैयारी में शामिल होना साबित नहीं हो पाया है। इसी तरह अन्य आतंकवादी घटनाओं में जो लोग पकड़े जा रहे हैं उनके खिलाफ भी पुलिस के पास कोई ठोस सबूत नहीं है। गिरफ्तार किए जाने वाले सारे मुस्लिम युवक हैं। इसके विपरीत कुछ ऐसी बम विस्फोट की घटनाएँ हुई हैं, जैसे अप्रैल २००६ में नांदेड़, महाराष्ट्र में, जनवरी २००८ में तमिल नाडू के तिरुनेलवेल्ली जिले स्थित तेनकाशी में, जून २००८ में गड़करी रंगायतन, महाराष्ट्र में तथा अगस्त २००८ में कानपुर में, जिनमें हिन्दुत्ववादी संगठनों की लिप्तता सिद्ध हुई है। हाल ही में अयोध्या के एक साधू को दो बजरंग दल के कार्यकर्ताओं ने 'सिमी' व 'अल-कायदा' के नाम से धमकियां दीं और वे पकड़े भी गए। नांदेड़ में तो पुलिस विभाग के आतंकवाद विरोधी दस्ते ने जहाँ बम बनाते समय दो बजरंग दल के कार्यकर्ता विस्फोट में मारे गए थे वहां से नकली दाढ़ी-मूछ, कुर्ता-पजामा व मुसलमानी टोपी भी बरामद किए जो किसी काले कृत्य को करते समय मुसलमानी पहनावा दिखाने के लिए इस्तेमाल किए जा सकते थे। इसके बावजूद उपर्युक्त किसी भी घटना की विवेचना गम्भीरता से नहीं की गयी, न ही हिन्दुत्ववादी संगठनों के कार्यकर्ताओं को उस तरह से गिरफ्तार किया गया जिस सनसनीखेज तरीके से मुस्लिम युवाओं को पकड़ा जाता है और न ही इन घटनाओं को देश में हो रहे अन्य आतंकी कार्यवाइयों से जोड़ा गया जिस तरह पुलिस मुस्लिम युवकों के मामले में आसानी से एक घटना के तार दूसरी घटना से जुड़े बता देती है।