एमसीआई घोटाला मामले को लेकर कई मुद्दों पर मतभेद सामने आए. इसमें सीजेआई द्वारा रोस्टर के बदलने पर कुछ न्यायाधीशों की नाराजगी है और कुछ मामलों में जांच के लिए मामले को अन्य बेंच को भेजना है, जिसमें जस्टिस लोया की मौत की जांच का मामला भी शामिल है.