इस दंगे की वजह से राज्य में कांग्रेस को काफी खामियाजा भुगतना पड़ा। बिहार में तब से अबतक कांग्रेस पूरी तरह से सत्ता में नहीं लौट पाई है। लालू प्रसाद और नीतीश कुमार को राजनीतिक संजीवनी मिली। एमवाई समीकरण मजबूत हुआ। केंद्र में वीपी सिंह की सरकार बनी। वे भी चंदेरी नरसंहार की वजह से अंदर से हिल गए थे। तब उनके साथ बिहार के पूर्व मंत्री जाबिर हुसैन भी आए थे। वी पी सिंह भागलपुर दंगे से दुखी थे। उन्होंने उत्तर प्रदेश के फतेहपुर में अपने लोकसभा क्षेत्र में भागलपुर दंगे को कांग्रेस के खिलाफ भंजाया था।