इस दौरान नायडू एनटीआर की परछाई के तौर पर काम करते रहे। लेकिन नायडू ही वही व्यक्ति भी थे जिन्होंने साल 1995 में एनटीआर को दखल कर टीडीपी प्रमुख का पदभार संभाला साथ ही राज्य के मुख्यमंत्री भी बने। साल 2014 में आंध्र प्रदेश के दो हिस्से हो जाने के बाद नायडू उन्हीं नरेंद्र मोदी के साथ हाथ मिलाने के लिए भी तैयार हो जिन्हें उन्होंने 10 साल पहले साल 2004 में बीजेपी गठबंधन की हार का ज़िम्मेदार ठहराया था।