आयन एक्सचेंज: इस विधि में प्रोटीन को आयन एक्सचेंज टॉवर में रखा जाता है जिसे एक रसायनिक शुद्धीकरण प्रक्रिया से गुजरना पड़ता है। इस प्रक्रिया में हाईड्रोक्लोरिक एसिड और सोडियम हाईड्रॉक्साइड दो रसायणों का उपयोग होता है। फिर भी यह प्रक्रिया माइक्रोफिल्ट्रेशन की तुलना में काफी किफायती है, लेकिन इसमें व्हे प्रोटीन के कुछ एमिनो एसिड्स नष्ट हो जाते हैं। एक बार प्रोटीन कॉंन्संट्रेट हो जाता है तो फिर इसे ड्राईंग टॉवर में पानी को निकालने के लिए रखा जाता है। फिर अंतिम प्रक्रिया में प्रोटीन को लेकर अलग अलग आकार के कंटेनर्स में पैक किया जाता है।