शंकर के मतानुसार निर्गुण ब्रह्म ही सभी उपनिषदों का मुख्य विषय है। सारी श्रुतियाँ इसी निर्गुण ब्रह्म का प्रतिपादन करती लगती हैं। आदिशंकराचार्य के अनुसार सगुण ब्रह्म तो ‘माया विशिष्ट’ है, अर्थात् इस संसार की भाँति मायिक सत्ता से युक्त है। जहाँ तक परमार्थिक सत्ता का सवाल है, इसके अन्तर्गत निर्गुण ब्रह्म ही प्रधान है। आचार्य ने निर्गुण ब्रह्म के स्वरूप के लिए दो प्रकार के लक्षणों का निर्धारण किया। एक तो स्वरूप लक्षण और दूसरा तटस्थ लक्षण। शंकराचार्य ने ब्रह्म के संदर्भ में ‘सत्य’, ‘ज्ञान’ एवं ‘अनन्त’ इन तीन शब्दों की विशद व्याख्या की है। उनके अनुसार यदि ब्रह्म को आप कत्र्ता मानते हैं तो पाएंगे कि ज्ञान की पूरी प्रक्रिया में ‘ज्ञाता’, ‘ज्ञेय’ तथा ‘ज्ञान’- तीनों ही सदैव विद्यमान हैं। इन तीनों का योग ‘त्रिपुटि’ कहलाया। शंकर के दर्शन में यह ब्रह्म ही ‘सत्’ (सत्ता), ‘चित्’ (ज्ञान) और आनन्द अर्थात् सच्चिदानन्द है क्योंकि यही उसके स्वरूप लक्षण हैं। गौरतलब है कि माया विच्छिन्न होने के कारण यही ब्रह्म बाद में सगुण स्वरूप धारण कर अपर ब्रह्म अथवा ईश्वर कहलाता है।