এরপর ২০১২ সালের মার্চ মাস থেকে শঙ্কর বেঙ্গালুরুর সেন্ট্রাল প্রিজনেই বন্দি ছিল। কিন্তু, ২০১৩ সালের ১ সেপ্টেম্বর জেল থেকে পালিয়ে যায় শঙ্কর। ৩০ ফুট পাঁচিল বেয়ে সে পালিয়ে গিয়েছিল। কিন্তু, যে দড়ি দিয়ে জেলের পাঁচিল টপকাচ্ছিল তা ছিঁড়ে যাওয়ায় সে জোরে মাটিতে গিয়ে পড়ে এবং শিরদাঁড়ায় গুরুতর আঘাত পায়। এই ঘটনায় পুলিশ পাসা নামে এক ব্যক্তিকে ধরে। এই পাসার সঙ্গে জেলের মধ্যেই হৃদতা হয়েছিল শঙ্করের। কিন্তু, শঙ্কর জেল থেকে পালানোর দিন কয়েক আগে পাসা ছাড়া পেয়েছিল। পুলিশ পাসাকে জেরা করে জানতে পারে শঙ্কর জেলের কাছেই রাস্তার ধারে একটি ঝুপড়িতে লুকিয়ে ছিল। পাসার কাছে সে একটি মোটরসাইকেলও চেয়েছিল বলে পুলিশ জানতে পারে। জেল ভেঙে পালানোর দিন পাঁচেকের মাথায় পুলিশের হাতে ফের ধরা পড়ে যায় শঙ্কর।