সরকারি সুবিধা নিয়ে হেকমতিয়ার বিদ্রোহ করে। শুরু হয় গৃহযুদ্ধ। চরম গোলযোগের মধ্যে আমেরিকার মদদপুষ্ট আল কায়েদা ও পাকিস্তান সরকার নতুন গোষ্ঠী তৈরি করে। এদের নাম তালিবান। এদের উত্থান হয় বিদেশী শক্তির মদদে। ১৯৯৬ সালে ২৭শে সেপ্টেম্বর তালেবান ক্ষমতা দখল করে। হেকমতিয়ার এবং আহমদ শাহ মাসউদের মধ্যে যুদ্ধবিরতি চুক্তি হয়। আহমদ শাহ মাসউদ তালিবান বিরোধী জোট গঠন করেন এবং তাদের বিরুদ্ধে যুদ্ধ অব্যাহত রাখেন। আহমদ শাহ মাসউদ ছিলেন জামায়াতে ইসলামীর সামরিক শাখার প্রধান।