১৯৯১ সালে রোহিঙ্গা জাতিগোষ্ঠীকে মিয়ানমার থেকে বহিষ্কারের লক্ষ্যে সেনাবাহিনী আবার ‘অপারেশন পাই থায়া’ বা ‘পরিষ্কার ও সুন্দর জাতি অপারেশন’ নামে দ্বিতীয় অভিযান শুরু করে। ২ লাখেরও বেশি রোহিঙ্গা এ সময় আবার পালিয়ে বাংলাদেশে আসে। ১৯৯৪ সালে মিয়ানমারের এক স্থানীয় আইনবলে রোহিঙ্গাদের দু’টির বেশি সন্তান নেয়া নিষিদ্ধ করা হয়। বহু রোহিঙ্গাকে জোর করে নির্মাণকাজে শ্রম দিতে বাধ্য করা হয়। তাদেরকে দাস হিসেবে ব্যবহার করা হয় রাষ্ট্রীয় পৃষ্ঠপোষকতায়। বার্মিজ সেনাবাহিনীর সদস্যরা রোহিঙ্গা নারীদের পতিতাবৃত্তিতে লিপ্ত হতে বাধ্য করে এমন গুরুতর অভিযোগও রয়েছে।