তবে হোয়াটসঅ্যাপ নিয়ে ভারতে প্রচুর বিতর্ক রয়েছে, কারণ এই অ্যাপে ছড়িয়ে পড়া ভুয়া খবরের কারণে বেশ কয়েকটি হত্যাকাণ্ডের ঘটনাও ঘটেছে। শিশু পাচারের মতো ভুয়া ভিডিও হোয়াটসঅ্যাপের মাধ্যমে খুব দ্রুত ছড়িয়ে পড়লে বেশ কিছু এলাকায় সহিংসতার ঘটনাও ঘটেছে। হোয়াটসঅ্যাপের এধরনের ব্যবহারের অভিযোগ তদন্ত করে দেখছে অ্যাপটির কর্তৃপক্ষ।