২০ জুন, ১৯৭১ সালে আযম লাহোরে ঘোষণা করেন শেখ মুজিবুর রাহমানের নেতৃত্বে পূর্ব পাকিস্তানের হিন্দুরা স্বাধীনতার আন্দোলন করছে।[৫২] ১২ আগস্ট, ১৯৭১ সালে দৈনিক সংগ্রামে প্রকাশিত একটি বার্তায় গোলাম আযম বলেন, তথাকথিত বাংলাদেশ আন্দোলনের কর্মীরা ইসলাম ও পাকিস্তানের শত্রু।[৫৩] আযম তার বিরুদ্ধে আনীত সকল অভিযোগ অস্বীকার করেন এবং অভিযোগগুলো প্রমান করার জন্য তথ্য-উপাত্ত বা প্রমান হাজির করতে বলেন।[৫৪] পরবর্তীতে তিনি পাকিস্তানী বাহিনীর সহযোগী থাকার কথা স্বীকার করেন কিন্তু তার বিরুদ্ধে আনীত যুদ্ধাপরাধের অভিযোগ অস্বীকার করেন।[৩৯]