২০০১ সালের ১৫ জুলাই জাতীয় সংসদে ‘পাবনা বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয় স্থাপন প্রকল্প’ আইন পাশ হয়। এরপর নানা বাধা বিপত্তি পেরিয়ে ২০০৮ সালে পাবনা শহর থেকে তিন কিলোমিটার পূর্বে ঢাকা- পাবনা মহাসড়ক সংলগ্ন রাজাপুরে বিশ্ববিদ্যালয়টির যাত্রা শুরু হয়।