নভোএয়ারের প্রতিদিন কলকাতায় একটি, কক্সবাজারে চারটি, সিলেটে একটি ও বরিশাল রুটে সপ্তাহে চারটি করে ফ্লাইট রয়েছে। এসব রুট ছাড়াও নভোএয়ার বর্তমানে ঢাকা থেকে চট্টগ্রাম, সৈয়দপুর, যশোর ও রাজশাহী রুটে প্রতিদিন ফ্লাইট পরিচালনা করছে।