২০০০ সালে মুহাম্মাদ মুরসি সংসদ সদস্য নির্বাচিত হন। সাংগঠনিক ভাবে তিনি মুসলিম ব্রাদারহুডের সদস্য হলেও, নির্বাচনে তাকে ব্রাদারহুডের অন্যান্য নেতাদের মত আইনত স্বতন্ত্র ভাবে লড়তে হয় কারণ হোসনি মুবারাকের শাসনামলে মুসলিম ব্রাদারহুড মিশরের প্রত্যক্ষ রাজনীতিতে নিষিদ্ধ ছিল। মুরসি ব্রাদারহুডের গুরুত্বপূর্ণ গাইড্যান্স অফিসের প্রধান হিসেবে দায়িত্বরত ছিলেন, যার পরিণতিতে ২০১১ সালে ব্রাদারহুডের প্রত্যক্ষ রাজনৈতিক দল ফ্রিডম অ্যান্ড জাস্টিস পার্টি গঠনের পর তিনিই দলটির চেয়ারম্যান পদ লাভের জন্য সবচেয়ে সম্ভাব্য ছিলেন।