সাকা চৌধুরীর বিরুদ্ধে আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল-১-এ ২৩টি অভিযোগ দাখিল করেছিলেন রাষ্ট্রপক্ষের আইনজীবীরা। এর মধ্যে নয়টি অভিযোগ প্রমাণিত হয় ট্রাইব্যুনালে। প্রমাণিত অভিযোগগুলোর মধ্যে ৩, ৫, ৬ ও ৮ নম্বর অভিযোগে মৃত্যুদণ্ডাদেশ দেন আদালত। বাকি পাঁচটি অভিযোগের ২, ৪ ও ৭ নম্বর অভিযোগে ২০ বছর করে ৬০ বছর এবং দুটি অভিযোগে পাঁচ বছর করে ১০ বছরসহ সর্বমোট ৭০ বছর কারাদণ্ড দেওয়া হয়। সাকার বিরুদ্ধে অন্য ১৪টি অভিযোগ প্রমাণ করতে ব্যর্থ হওয়ায় তাকে এসব অভিযোগ থেকে খালাস দেওয়া হয়। এর মধ্যে ছয়টি অভিযোগের বিষয়ে প্রসিকিউশন কোনো সাক্ষ্য হাজির করতে পারেনি। ট্রাইব্যুনালের দেওয়া দণ্ডের মধ্যে আপিল বিভাগ ৭ নম্বর অভিযোগে ২০ বছরের কারাদণ্ড বাতিল করে খালাস দেন সাকা চৌধুরীকে। এতে তার কারাদণ্ডের মেয়াদ কমে দাঁড়িয়েছে ৫০ বছর।