রাজাপুরে দখল-দূষণে ঐতিহ্যবাহি মাধ্যমে ৮৪ লাখ টাকা ব্যয়ে রাজাপুর অংশের প্রিংড়ি-বাগড়ি-বাঁশতলার মোহনা পর্যন্ত খনন করা হয়েছিল। কিন্তু উৎসমুখ ভরাট হওয়ায় নদীর ওই অংশ আবারও ভরাট হয়ে গেছে। পুরো খনন না হওয়া আরও খননকৃত অংশ সঠিকভাবে গভীর না হওয়ায় খননকৃত অংশও দ্রুত ভরে গেছে। তা ছাড়া যত্রতত্র মাছ ধরার ঝাউ দেওয়ার কারণেও বাঁশতলা মোহনার বিভিন্ন পয়েন্টে পলি জমে নাব্যতা হারিয়েছে ধানসিঁড়ি। জাঙ্গালিয়া নদী: উপজেলা সদরের মধ্য দিয়ে বয়ে গেছে ধানসিঁড়ি ও বিষখালি শাখা নদী জাঙ্গালিয়া। জাঙ্গালিয়া নদীটি বাগড়ি, মেডিকেল মোড় ও বাজার এলাকায় ব্যাপক দখল হওয়ায় এখন মরা খালে পরিনত হয়েছে। নদীর উভয় তীরে নদী দখল করে বসতাবাড়ির পাশাপাশি ব্যবসা প্রতিষ্ঠান গড়ে তুলছে ভূমিদস্যুরা। তাই নদীর অনেকাংশ ছোট হয়ে মরা খাল হয়ে গেছে। পোনা নদী: রাজাপুর উপজেলার দক্ষিণ রাজাপুরের আংগারিয়া গ্রামের সত্যনগর এলাকার জাঙ্গালিয়া নদী থেকে শুরু করে আংগারিয়া, আলগী, জীবনদাসকাঠি, কৈবর্তখালী, গালুয়া,