১৯৯৯ সালে বিএনপি এবং আদর্শিক ‘শত্রু’ জামায়াতের সঙ্গে কওমি মাদ্রাসাকেন্দ্রীক রাজনৈতিক দল ইসলামী ঐক্যজোট জোটবদ্ধ হয় কওমি সনদের স্বীকৃতির আশ্বাসে। তবে সেই স্বীকৃতি দেয়া হয়নি বিএনপি-জামায়াত জোট সরকারের আমলে।