৪৪ দির পর অর্থাৎ ১০ এপ্রিল ২০১২ ভোর রাত আনুমানিক ৩.০০টায় সাদা পোশাকধারী একজন র‌্যাব সদস্য তাঁর কাছে আসে এবং তাঁকে বলে যে, “প্রিন্স তুমি কি এভাবেই সারাজীবন থাকবে, না মুক্ত জীবনে ফিরবে। মুক্তি পেতে চাইলে আমরা যা বলবো তা তোমাকে করতে হবে। একটি আইনী প্রক্রিয়ার মাধ্যমে তোমাকে ছাড়া হবে। একটু ভেবে আমাকে জানাও”। তিনি র‌্যাব সদস্যদের সব শর্ত মেনে নেয়ার জন্য রাজি হন। ভোর রাত আনুমানিক ৪.০০টায় কয়েকজন সাদা পোষাকধারী র‌্যাব সদস্য আবারও তাঁকে চোখ বেধে একটি গাড়ীতে তোলে। গাড়ীটি কিছুক্ষণ চলার পর এক জায়গাতে থামে এবং তাঁর চোখের বাধন খুলে দেয়া হয়। কিছু কাগজপত্র ভর্তি একটি ব্যাগ তাঁর কাধে ঝুলিয়ে দিয়ে গাড়ী থেকে নামিয়ে দেয়া হয়। একজন র‌্যাব সদস্য তাঁকে দূরে কোথাও না গিয়ে ঐ এলাকায় ঘোরাফেরা করতে বলে। তিনি হাঁটাহাঁটি করার সময় রাস্তার পাশের সাইন বোর্ডের লেখায় দেখেন যে, এলাকাটি রাজশাহী জেলার মতিহার থানার তালাইমারী। একটু পরেই দুইজন র‌্যাব সদস্য সেখানে আসে এবং তাঁকে নানা কথা জানতে চেয়ে ব্যাগ তল্লাশি করে এবং ব্যাগের ভেতর থেকে কিছু হিজবুত তাহরীর এর কাগজপত্র বের করে। র‌্যাব সদস্যরা চারদিকে সাক্ষী বানাবার জন্য মানুষ খুঁজতে থাকে। কিছুক্ষণ পর দুইজন লোক ধরে এনে সাক্ষী বানায় এবং তাঁকে হিজবুত তাহরীর এর সদস্য বানিয়ে স্বাক্ষর নেয়। আলিফকে সেখান থেকে র‌্যাব-৫ এর কার্যালয়ে নিয়ে টেবিলের সামনে দাঁড় করিয়ে ছবি তোলে এবং সেখান থেকে তাঁকে মতিহার থানায় নিয়ে যায়। মতিহার থানা থেকে তাঁকে সকাল আনুমানিক ৮.০০টায় বোয়ালিয়া মডেল থানায় নিয়ে যাওয়া হয়। বোয়ালিয়া মডেল থানা কর্তৃপক্ষ তাঁকে হেফাজতে নিতে অস্বীকৃতি জানায়। তখন র‌্যাব সদস্যরা তাঁকে আসামী করে থানায় মামলা দায়ের করে এবং এরপর পুলিশের কাছে সোপর্দ করা হয়। পুলিশ সদস্যরা তাঁকে থানা হাজতে নিয়ে রাখেন। তিনি থানা হাজতে থাকার সময় একজন পুলিশ সদস্য তাঁকে জানান, র‌্যাব-৫ এর রেলওয়ে কলোনী ক্যাম্পের ডিএডি একেএম মিজানুর রহমান বাদী হয়ে তাঁকে আসামী করে মামলা দায়ের করেছে যার নম্বর-২১; তারিখঃ ১০/৪/২০১২। ধারাঃ ২০০৯ সালের সন্ত্রাস বিরোধী আইনের ৯(৩)। পুলিশ সদস্যরা তাঁকে বিকাল আনুমানিক ৪.০০টায় ৭ দিনের রিমান্ডের আবেদন জানিয়ে আদালতে চালান করে। আদালত রিমান্ড মঞ্জুর না করে তাঁকে রাজশাহী কেন্দ্রীয় কারাগারে পাঠায়। ১৬ এপ্রিল ২০১২ তারিখে রাজশাহী মূখ্য মহানগর হাকিম আদালত থেকে শাহ আলিফ প্রিন্স জামিনে ছাড়া পান।