২০০১ সালে বিএনপি-জামায়াত জোট সরকার ক্ষমতায় আসার পর আবারও ভারতের সঙ্গে গড়ে ওঠা বন্ধুত্বপূর্ণ সম্পর্কে আসে আঘাত। একের পর এক ভারতবিরোধী নেতিবাচক কর্মকান্ড এবং সেই দেশের বিচ্ছিন্নতাবাদীদের বাংলাদেশের মাটিতে শক্ত অবস্থান গড়ে তুলতে তৎকালীন বিএনপি-জামায়াত সরকার থেকে সহযোগিতা করা হয়।