এ ধরনের পরিস্থিতিতে মিসরে সেনাবিরোধী সশস্ত্র আন্দোলন শুরু হতে পারে বলে আশঙ্কা করা হচ্ছে। যেমনটি ১৯৯২ সালে আলজেরিয়ায় শুরু হয়েছিল। ইসলামিক সলভেশন ফ্রন্ট নির্বাচনে বিজয়ী হলেও সেনাবাহিনী ফল মেনে নিতে অস্বীকার করে। এ গৃহযুদ্ধে প্রায় দুই লাখ লোকের প্রাণহানি ঘটেছিল; কিন্তু আলজেরিয়ার মতো মিসরে মুসলিম ব্রাদারহুড সশস্ত্র পথে যাবে এমনটি মনে করেন না অনেক বিশ্লেষক। কারণ মুসলিম ব্রাদারহুড মূলত সামাজিক শক্তি হিসেবে মিসরের জনসমর্থন পেয়েছে। আনোয়ার সাদাত ও মোবারকের দমনাভিযানের পরিপ্রেক্ষিতে এর আগে দলটির ক্ষুদ্র একটি অংশ সশস্ত্র লডড়াইয়ে অংশ নিলেও শেষ পর্যন্ত তা শক্তি অর্জন করতে পারেনি। মুসলিম ব্রাদারহুডের মূল নেতৃত্বের সাথে তাদের আর সর্ম্পক ছিল না। বর্তমান পরিস্থিতিতে রক্তস্নাত আন্দোলনের মধ্যেও দলটির নেতারা বারবার বলছেন তারা গণ-আন্দোলনের মাধ্যমে সেনাশাসনের অবসান ঘটাতে চান।