পাথুরিঘাটার প্রসন্ন কুমার ঠাকুর সেখানে আমন্ত্রিতদের মেধ্য একজন ছিলেন এবং জ্ঞানদানন্দিনী দেবীর দৃঢ়তায় তিনি গভীরভাবে ক্ষুব্ধ হলেন এবং ভাইসরয়র আবাস ত্যাগ করে চলে যান।তার শ্বশুর দেবেন্দ্রনাথ ঠাকুরও তার স্বাধীনচেতা মনোভাবকে উদারভাবে মেনে নিতে পারেননি। এর ফলে ঠাকুর পরিবারে একধরনের মতভেদ দেখা যায় বলেও শোনা যায়। জ্ঞানদান্দিনী নিজের মত করে থাকতে ১৮৬৮ সালে জোড়াসাঁকো ছেড়ে কাছেই পার্ক স্ট্রিটে চলে যান। এত নৈকট্য সত্ত্বেও তাদের দুজনের মধ্যে আর কখনোই দেখা সাক্ষাত হয়নি। যাই হোক। এসময় তার ছোট দেবর রবীন্দ্রনাথ ঠাকুরের সাথে তার স্নেহের সম্পর্ক গড়ে ওঠে ।পার্ক স্ট্রিটের বাড়িতে তিনি নিয়মিতভাবেই তার বাড়িতে আসতেন। ১৮৬৯ সালে জ্ঞানদানন্দিনী তার স্বামীর সাথে বোম্বেতে ফিরে যান। একই বছর তার প্রথম সন্তানের জন্মের কয়েকদিনের মধ্যেই তাকে হারান তিনি।