মোসাদের অনেক অনেক সাফল্যের পাশাপাশি কিছু ব্যর্থ অভিযানও রয়েছে। হামাস নেতা খালিদকে হত্যা করতে গিয়ে মোসাদ পুরোপুরি বিফল হয়। দ্য ফেইলড এসেসাইনেশান অব মোসাদ অ্যান্ড দ্য রাইস অব হামাস বই হতে সংক্ষিপ্ত আকারে ওই অপারেশন সম্পর্কে তুলে ধরা হয়। ১৯৮০ থেকে ১৯৮৮ সাল পর্যন্ত মোসাদ দুর্দান্তভাবে পিএলও নেতাদের হত্যা শুরু করে। পিএলও ধীরে ধীরে স্বাধীনতা-সংগ্রাম থেকে নিস্তেজ হয়ে যায়। উল্টো পথে হামাসের উত্থান হতে থাকে। খালিদ মিশাল তখন অনেক বড় হুমকি হিসেবে দেখা দেয়। ১৯৯৭ সালে খালিদ তার গাড়ি থেকে নেমেই মাত্র হামাস অফিসে ঢুকবেন এ সময়ই হাতে ব্যান্ডেজ লাগানো তিনজন কানাডিয়ান ট্যুরিস্ট তার গাড়ির পাশেই দাঁড়িয়েছিল। একজন ট্যুরিস্ট (মোসাদের স্পাই) হঠাৎ খালিদের ওপর ঝাঁপিয়ে পড়ে তার কানে কিছু একটা পুশ করতে চেষ্টা করে। বিষ ঢেলে দিয়েছে তার শরীরে। চুম্বকটানের মতো খালিদের দেহরক্ষী ট্যুরিস্টের ওপর পুরো শরীরের চাপ দিয়ে বসিয়ে দেয়। খালিদ ছিটকে দূরে সরে যান। আক্রমণকারীদের একজন পালিয়ে গিয়ে ইসরায়েলি অ্যাম্বাসিতে লুকিয়ে পড়ে। পরে সাইয়াফ হাসপাতালে এবং স্পাইদের পুলিশের কাছে পাঠানো হয়। খালিদের অবস্থা ধীরে ধীরে খারাপ হতে থাকে, ৪৮ ঘণ্টার মধ্যে তিনি মারা যাবেন। হাসপাতালে ভর্তি করা হলো তাকে। জর্ডানের বাদশাহ হোসাইন এবার সরাসরি ফোন দেন নেতানিয়াহুকে। যদি খালিদ মিশাল মারা যান, তিন মোসাদ স্পাইকে খুন করা হবে এবং ইসরায়েলের সঙ্গে শান্তিচুক্তি বাতিল হবে। এবার মোসাদ সতর্ক হয়ে ওঠে। মোসাদের চিফ নিজেই ল্যাবরেটরিতে মডিফাই করা বিষের প্রতিষেধক নিয়ে আম্মানে আসেন। খালিদ মিশাল সুস্থ হয়ে ওঠেন। এই ব্যর্থ হামলার ফলাফল এমনই করুণ ছিল যে, মোসাদের চিফকে পদত্যাগ করতে বাধ্য করা হয়। ইসরায়েলের চিরশত্রু ইরানের হাতেও মোসাদের বেশ কিছু বিফলতা রয়েছে বর্তমানে।