দোহাজারী-কক্সবাজার রেললাইন প্রকল্পে ১২৮ কিলোমিটারের মধ্যে ২৭ কিলোমিটারের মতো পড়েছে চুনতি বন্যপ্রাণী অভয়ারণ্য, চকরিয়া উপজেলার ফাঁসিয়াখালী বন্যপ্রাণী অভয়ারণ্য এবং খুটাখালী ইউনিয়নের মেধাকচ্ছপিয়া জাতীয় উদ্যানের (প্রস্তাবিত ন্যাশনাল পার্কের) ভেতর। এই ২৭ কিলোমিটার এলাকায় রেললাইন বন্যপ্রাণী চলাচলের জন্য ‘আন্ডারপার’ ও ‘বক্স-কালভার্টে’র মতো বিকল্প ব্যবস্থাপনা রাখায় শুধু হাতি নয়, বিপন্ন হবে জীববৈচিত্র্য।