দেবেন্দ্রনাথের ইচ্ছে ছিল পত্রিকাকে বিশুদ্ধ ধর্মচর্চার মধ্যে সীমাবদ্ধ রাখা, কিন্তু অক্ষয়কুমার চাইতেন বিজ্ঞান ও জড়বাদী চিন্তার সঙ্গে যুক্ত হতে এবং শেষ পর্যন্ত তা-ই হয়েছে। অক্ষয়কুমারের সম্পাদনায় তত্ত্ববোধিনীতে তাঁর নিজের এবং অন্যান্যদের যেসব যুক্তি ও বিজ্ঞাননির্ভর লেখা প্রকাশিত হতো, তার ফলে বাংলা সংবাদপত্রের মর্যাদা বৃদ্ধি পেয়েছিল। পাশ্চাত্য শিক্ষায় শিক্ষিত যেসকল বুদ্ধিজীবী তখন নিম্নমানের বলে বাংলা পত্রিকা পড়তেন না, বিষয়বস্তুর গাম্ভীর্য এবং প্রকাশনার মানের কারণে তত্ত্ববোধিনী তখন তাঁদেরও দৃষ্টি আকর্ষণ করে। তত্ত্ববোধিনীতে প্রকাশিত প্রবন্ধগুলি তখন নির্বাচিত হতো পেপার কমিটির মনোনয়নের মাধ্যমে। এই কমিটির সদস্যরা ছিলেন ঈশ্বরচন্দ্র বিদ্যাসাগর, রাজেন্দ্রলাল মিত্র, দেবেন্দ্রনাথ ঠাকুর, রাজনারায়ণ বসু, আনন্দকৃষ্ণ বসু, শ্রীধর ন্যায়রত্ন, আনন্দচন্দ্র বেদান্তবাগীশ, প্রসন্নকুমার সর্বাধিকারী, রাধাপ্রসাদ রায়, শ্যামাচরণ মুখোপাধ্যায়, অক্ষয়কুমার দত্ত প্রমুখ। কমিটির অন্যতম সদস্য রামমোহনের পুত্র রাধাপ্রসাদ রায় এই পত্রিকাকে একটি মুদ্রণযন্ত্র দান করেছিলেন। ১৮৫৯ সালে তত্ত্ববোধিনী সভা উঠে গেলে উক্ত পেপার কমিটিও রহিত হয়ে যায় এবং পত্রিকা পরিচালনার ভার পড়ে কলকাতার ব্রাহ্মসমাজের ওপর।