লালবাগ মাদ্রাসার হেফাজত নেতাদের বিরুদ্ধে ৫ মে’র সময় আহমদ শফীকে নিয়ন্ত্রণে রেখে হেফাজতের সব কর্মসূচিকে জামায়াতের সহযোগিতায় হিংসাত্মক ও জ্বালাও-পোড়াও আন্দোলনে পরিণত করার অভিযোগ রয়েছে। বারিধারায় হেফাজতের কার্যালয় স্থানান্তরের আগ পর্যন্ত রাজধানীতে হেফাজতকে নিয়ন্ত্রণে রাখে লালবাগপন্থীরা। বিগত দুবছর ধরেই লালবাগ ও বারিধারা মাদ্রাসার নেতারা পৃথক পৃথকভাবে বৈঠক করাসহ বিবৃতি দিচ্ছেন।