২০০৭ সালের ১৯ ডিসেম্বর হৃদরোগে আক্রান্ত হয়ে তিনি ইউনাইটেড হাসপাতালে ভর্তি করা হন। পাঁচদিন কোমায় থাকায় পর মাহবুব উল আলম চৌধুরী ২৩ ডিসেম্বর দেড়টায় শেষ নিঃশ্বাস ত্যাগ করেন গুলশানের ইউনাইটেড হাসপাতালে। তাঁকে সমাহিত করা হয় বনানী গোরস্থানে। [১২]