১৯৪৭ সালে দেশ বিভাগের পর কমিউনিস্ট পার্টি আবার নিষিদ্ধ হয়ে যায় এবং কমিউনিস্টদের উপর নেমে আসে প্রচণ্ড দমন-পীড়ন। এদেশের অনেক কমিউনিস্ট নেতা তখন দেশ ছেড়ে ভারতে চলে যেতে বাধ্য হন। কিন্তু মনোরমা বসু কোথায় যাবেন? এখানে তিনি গড়ে তুলেছেন তাঁর স্বপ্নের 'মাতৃমন্দির'। এই বিশাল কর্মযজ্ঞ রেখে তিনি কোথাও গিয়ে শান্তি পাবেন না। ফলে আত্মীয়-স্বজন, সহযোদ্ধাদের অনেকেই দেশ ছেড়ে চলে গেলেও মনোরমা তখন এদেশেই থেকে যান। বরং সেসময় তিনি কলকাতায় অনুষ্ঠিত কমিউনিস্ট পার্টির সভায় গিয়ে সিদ্ধান্ত জানিয়ে দিয়ে আসেন তিনি বরিশালে থেকেই কাজ করে যাবেন। দেশভাগের পর 'নারী কল্যাণ সমিতি' উঠে যায়, তখন গঠন করা হয় 'পূর্ব পাকিস্তান মহিলা সমিতি'। এর প্রথম সম্মেলন হয় ময়মনসিংহ শহরে, সেখানে তিনি বরিশালের প্রতিনিধি হিসেবে যোগ দেন। ১৯৪৮ সালে তাঁর মেয়ে বাসনা যক্ষা রোগে আক্রান্ত হয়ে মৃত্যুবরণ করেন। বাসনা নিজেও রাজনৈতিক দলের কর্মী ছিলেন। তিনি ১৯৩৯ সালে ব্রিটিশ বিরোধী আন্দোলনের সময় গ্রেফতার হয়েছিলেন। মেয়ের মৃত্যুর পর ভগ্ন মনোরথে মনোরমা বসু আবার ফিরে আসেন তাঁর নিজের কর্মস্থল বরিশালে। কিন্তু কোনো শোক প্রকাশ করার অবকাশ সেদিন তাঁর ছিল না। কারণ বরিশালে এসেই তাঁকে জড়িয়ে পড়তে হয়েছিল রাজনৈতিক ঝামেলায়।