তাছাড়াও মধ্য এশিয়ার অন্যান্য দেশগুলোর তুলনায় কিরগিজস্তানে ইসলামের আগমন ঘটেছে অনেক দেরিতে এবং সোভিয়েত যুগে এই দেশটির মুসলিমরা অন্যদের চেয়ে বেশি নির্যাতন সহ্য করেছে। সোভিয়েত যুগের পতনের পর ধীরে ধীরে শুরু হয় ধর্মীয় চর্চা।