আইন অনুযায়ী, উপাচার্য, সহ-উপাচার্য ও কোষাধ্যক্ষ—এ তিন পদের ক্ষেত্রেই বেসরকারি বিশ্ববিদ্যালয়ের বোর্ড অব ট্রাস্টিজ প্রস্তাবিত তিনটি নামের মধ্যে আচার্য ও রাষ্ট্রপতি একজনকে নিয়োগ দেন। অনুসন্ধানে দেখা গেছে, অনেক বিশ্ববিদ্যালয় এই নিয়ম না মেনে নিজেরাই একজন ভারপ্রাপ্ত উপাচার্যকে নিয়োগ দিয়ে মাসের পর মাস শিক্ষা ও প্রশাসনিক কার্যক্রম চালাচ্ছে। এতে শিক্ষার্থীরা সমস্যায় পড়েন। কারণ, নিয়ম অনুযায়ী বেসরকারি বিশ্ববিদ্যালয়ের শিক্ষার্থীদের অর্জিত ডিগ্রির সনদে মূল স্বাক্ষরকারী হলেন উপাচার্য। কিন্তু বৈধ উপাচার্য না থাকায় মূল সনদ পেতে শিক্ষার্থীদের সমস্যায় পড়তে হয়। যদিও সাময়িক সনদ দিয়ে প্রয়োজনীয় কাজ করা যায়। কিন্তু উপাচার্য ও কোষাধ্যক্ষ না থাকলে বিশ্ববিদ্যালয়ের প্রশাসনিক, আর্থিক বিষয়সহ অনেক ক্ষেত্রেই কাজ ঝুলে থাকে।