আর সাধারণ সার্জারির মতো এই সার্জারিতেও ঝুঁকি রয়েছে বই কি। ডিএনএ কাঠামোতে সার্জারির কাজটি যে প্রোটিনের সাহায্যে করা হবে, সে ভুলভাল জায়গায় ডিএনএ কেটে ফেললে দেখা দেবে বিপদ। হয়তো একটি দরকারি জিন কাটা পড়বে এবং ক্যান্সার প্রতিরোধের পরিবর্তে ঝুঁকি আরো বেড়ে যাবে।