ডঃ মুখার্জীর জীবনের সবথেকে বড় অবদান হল, যা অকৃতজ্ঞ বাঙালীরা অবহেলার চোখে ফেলে রেখেছে, সেটা হল পশ্চিমবঙ্গকে পাকিস্থানের কবল থেকে বাঁচিয়ে আনা। যখন ইংরাজ চক্রান্ত , মুসলিম লীগের চক্রান্ত এবং জাতীয় নেতাদের গদীর লোভের বসে ভারত বিভাজন হচ্ছে। জিন্নার পাকিস্থান দাবিতে সকলেই যখন নতি স্বীকার করে নিয়েছিল, যেই সময় ১৯৪১ গান্ধীজী নির্দেশ দিয়েছিলেন যে বাংলার জনগণ যাতে জনগনণায় অংশ গ্রহণ না করেন, অথচ মুসলিম লীগের নির্দেশ ছিল যে বাংলার প্রতিটি মুসলিম নাগরিক যাতে জনগননায় অংশ নেয়, তখন ডাঃ মুখার্জী বিপদের আঁচ পেয়ে বাংলার নেতাদের বুঝানোর চেষ্টাও করেছিলেন কিন্তু ঐ সকল কথা বুঝেও গদীর লোভের বসে সকলে মুখ বন্ধ রাখলেন, ফলস্বরূপ বিপদের আঁচ সত্যতাই প্রকাশ পেলো।