আন্দোলন পরবর্তীতে দেশে নতুন ইতিহাস গড়ে প্রথম নারী হিসেবে বিশ্ববিদ্যালয়ে উপাচার্য হিসেবে দায়ত্ব নেন নৃবিজ্ঞান বিভাগের অধ্যাপক ফারজানা ইসলাম। কথিত আছে জাহাঙ্গীরনগর বিশ্ববিদ্যালয় একজন অধ্যাপকের সিন্ডিকেটে নিয়ন্ত্রিত হয়। ফারজানা ইসলামের উপাচার্যের প্রথম মেয়াদে তিনি অধ্যাপক বড় ভাইয়ের সম্মতিতে প্রশাসন চালিয়েছেন। কিন্তু ২০১৮ সালে তার পুনঃ নিয়োগে সন্তুষ্ট নন অধ্যাপক বড় ভাই।