কলম্বাস সম্ভবত গেঁটেবাতে আক্রান্ত হয়ে মারা যান ১৫০৬ সালের ২০ মে। তবে তার জন্মের মতো মৃত্যুর পরবর্তী অবস্থা নিয়েও বিভ্রান্তি রয়েছে। জীবিতকালে তিনি যেমন ভ্রমণ করেছেন, মৃত্যুর পরও তা থামেনি। স্পেনের ভ্যালাডোলিডে তিনি মারা যান বলে বলা হয়। তাকে প্রথমে কবর দেয়া হয় সেভিলে। তারপর তার ইচ্ছার প্রতি সম্মান দেখাতে ডমিনিকান রিপাবলিকের সান্টো ডমিনগোতে তার মরদেহ সরানো হয়। পরে হিসপানিওলা আইল্যান্ড ফরাসিদের দখলে গেলে তার দেহ কিউবায় এবং সেখান থেকে আবার সেভিলে ফিরিয়ে আনা হয়। সেখানেই তাকে জাতীয় মর্যাদায় সমাহিত করা হয়। তার সমাধি সম্পর্কে এটাই সবচেয়ে বেশি গ্রহণযোগ্য ভাষ্য। তবে ডমিনিকানরা দাবি করছে, কলম্বাসের দেহ তাদের দেশ থেকে কখনো সরানো হয়নি। এমনকি সেখানকার সরকার কবরটি কার তা পরীক্ষার অনুমতিও দেয়নি। অনেকে মনে করছে, সেখানে শায়িত ব্যক্তিটি অন্য কেউ। কিন্তু সেই গোপনীয়তা ফাঁস যাতে না হয়, সেই জন্য এই ব্যবস্থা।