নতুন প্রদেশে আরও একটি সমস্যা দেখা দিল। পশ্চিমবঙ্গ ও বিহারে তখন চলছিল ইতিহাসের বীভৎসতম মুসলিম নিধন। সাম্প্রদায়িক হিন্দুদের হাতে যে কত মুসলমান নর-নারীর জীবন প্রদীপ নিভে গিয়েছিল তার কোন সীমা সংখ্যা নেই। হিন্দুদের ভয়ে তখন হাজার হাজার অসহায় নিঃস্ব মুহাজির ভারত থেকে এসে ঢাকা শহর ছেয়ে ফেলেছিল। এভাবে মুসলমানদের ভিটেমাটি ছাড়া করে পাকিস্তানে পাঠিয়ে দিয়ে হিন্দু ভারত আরও একটি উদ্দেশ্য চরিতার্থ করতে চেয়েছিল। যাতে নতুন প্রদেশের দুর্বল ও নড়বড়ে প্রশাসন মুহাজির সমস্যা মোকাবেলা করতে গিয়ে অচল হয়ে পড়ে।