এদিকে আওয়ামী লীগ সরকার ক্ষমতায় আসার পর থেকেই নানা বিতর্কিত কর্মকাণ্ডে প্রতিদিনই শিরোনাম হচ্ছে ছাত্রলীগ। এইসব নিয়ে খোদ সরকার দলীয় নেতাদেরই বিব্রত হতে হচ্ছে।এমনকি ২০০৯ সালের ৩ এপ্রিল ছাত্রলীগের এইসব কর্মকাণ্ডে বিরক্ত হয়ে সংগঠনটির ‘সাংগঠনিক নেত্রী’র পদ থেকে ইস্তফা দেন আওয়ামী লীগ সভাপতি ও প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা।