জ্যোতির্লিঙ্গ শব্দটার প্রচলন সর্বপ্রথম শুরু হয়েছিল কৈলাস শৃঙ্গ-কে শিবলিঙ্গরূপে অভিষেক করার সময় থেকে। তারপর সেই ধারা বেয়ে সমতলের প্রথম জ্যোতির্লিঙ্গ হলেন– কাশী বিশ্বনাথ। তারপর ছড়িয়ে পড়লো সারা ভারতের তিরাশিটা স্থানে। এর মধ্যে বারোটাকে শঙ্করাচার্য মান্যতা জ্ঞাপন করলেন। ভক্তের টানে দেবাদিদেব মহাদেব ওইসব স্থানে আবির্ভূত হয়ে জ্যোতির্লিঙ্গরূপে অবস্থান করছেন বলেই বিশ্বাস। কিন্তু ঐতিহাসিক দৃষ্টিতে দেখলে যুক্তিসংগত কারণেই এই শিবপুরাণ ও নন্দীপুরাণ সপ্তম শতাব্দীর পরেই রচিত বলে মনে হয়। তবে সারা ভারতের প্রতিটা কোণায় কোণায় ছড়িয়ে থাকা শত শত শিবলিঙ্গের মধ্যে কেন ওই বারোটা শিবলিঙ্গই জ্যোতির্লিঙ্গের মান্যতা পেলো, সে সম্পর্কে আচার্য শঙ্করের কোনও ব্যাখ্যা আছে বলে জানা নেই। স্বল্পায়ু জীবনে তিনি সনাতন হিন্দু ধর্মকে সংগঠিত করে পুনঃপ্রতিষ্ঠিত করার জন্য কাশ্মীর থেকে কন্যাকুমারী পর্যন্ত সারা ভারতের বিভিন্ন হিন্দু তীর্থস্থানগুলোতে বৈদিক মতে পূজা পদ্ধতির প্রচলন করেন। এছাড়াও পুনঃপ্রতিষ্ঠিত তীর্থস্থানগুলোকে দেখভাল করার জন্যে ভারতবর্ষের চারকোণায় চার-চারটে মঠও প্রতিষ্ঠা করেন। অশোক রায়ের মতে, শঙ্করাচার্য সম্ভবত এই দ্বাদশ জ্যোতির্লিঙ্গ সারা ভারতের বিভিন্ন প্রান্তে ছড়িয়ে থাকা আর্য ও অনার্য প্রভাবিত ও পূজিত তীর্থস্থানগুলোর (তিরাশিটা) মধ্যে থেকে সেই যুগে জনপ্রিয়তার নিরিখে মান্যতা জ্ঞাপন করেছিলেন। নইলে অনার্য প্রভাবিত তীর্থস্থানগুলো (বৈদ্যনাথ/বৈজনাথ, ভীমাশংকর, নাগনাথ ও ঘৃশ্লেশ্বর ইত্যাদি) একই সাথে দ্বাদশ জ্যোতির্লিঙ্গের শিরোপা কিভাবে পেলো তার আপাত ব্যাখ্যা মেলে না।