যশোরের নরেন্দ্রপুর গ্রামে জন্ম গ্রহণ করেন জ্ঞানদানন্দিনী । বাবা অভয়চরণ মুখোপাধ্যায় এবং মা নিস্তারিনী দেবী। তার বাবা তাকে উত্তরাধিকার থেকে বঞ্চিত করেন। সে সময়কার রীতি অনুসারে জ্ঞানদানন্দিনী দেবীর বিয়ে হযে যায় খুবই অল্পবয়সে। দেবেন্দ্রনাথ ঠাকুরের দ্বিতীয় পুত্র সত্যেন্দ্রনাথ ঠাকুরের সাথে ১৮৫৭ সালে যখন তার যখন বিয়ে হয় তখন সে সাত বছরের শিশু। পিতা অভয়চরণ কুলীন ব্রাহ্মণ বংশের হওয়া সত্ত্বেও পিরালি পরিবারের একজনকে বিয়ে করার কারণে তাকে সমাজচ্যূত করা হয়।