১৯৬৮ সালে বুরহানউদ্দিন রব্বানী আবার আফগানিস্তানে ফিরে আসেন। তখন মাওলানা মওদুদী তাঁকে আফগানিস্তানের ছাত্রদের সংঘবদ্ধ করার দায়িত্ব দেন। একই সাথে তিনি কাবুল বিশ্ববিদ্যালয়ে লেকচারার হিসেবে জয়েন করেন। আফগানিস্তানে কমিউনিস্ট বিরোধী লেখালিখি ও বক্তব্যের জন্য খ্যাতিমান হয়ে উঠেন। চার বছরের মাথায় বুরহানউদ্দিন রব্বানী মোটামুটি একটি বড় মুসলিম কমিউনিটিকে একত্রিত করতে সক্ষম হন।