প্রফেসর খান ১৯৯৩ সনে বাংলাদেশ কৃষি বিশ্ববিদ্যালয়ের মাইক্রোবায়োলজি এন্ড হাইজিন বিভাগে প্রভাষক হিসেবে যোগদান করেন। ড. খান ১৯৯৬ সনে সহকারী প্রফেসর, ২০০০ সনে সহযোগী প্রফেসর পরবর্তীতে জুলাই ২০০৫ সনে প্রফেসর পদে উন্নীত হন।