এছাড়াও জমিয়তের কার্যক্রম পরিচালিত হয় রাজধানীর জামি'আ মাদানিয়া বারিধারা মাদ্রাসা থেকে। লালবাগ থেকে ঢাকার হেফাজতের কার্যালয় স্থানান্তর করা হয় বারিধারার এই মাদ্রাসায়। অন্যদিকে লালবাগপন্থী ইসলামী ঐক্যজোটের নেতারাও চান হেফাজতকে নিজেদের নিয়ন্ত্রণে রাখতে ফলে বারিধারায় হেফাজতের অনুষ্ঠানে অনুপস্থিত থাকতে দেখা গেছে লালবাগ পন্থীদের।