বিএনপি সরকারের আমলে বাংলাদেশে ভারতের বিচ্ছিন্নতাবাদী গোষ্ঠী এবং বেশকিছু জঙ্গি সংগঠন আস্তানা গেড়ে ভারতে আক্রমণ চালিয়েছে বলে দেশটির অভিযোগ ছিল। অন্যদিকে উত্তর পূর্বাঞ্চলীয় সাত রাজ্যের বিচ্ছিন্নতাবাদী বহু নেতাকে ভারত সরকারের হাতে তুলে দেয়ার কথা নিজেই জানিয়েছেন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা।