একাত্তরের ২৬ মার্চ মিলিটারি ক্র্যাকডাউন শুরু হবার পরপরই ড. এফ আর খান যুক্তরাষ্ট্রের বিভিন্ন স্থানে ছড়িয়ে থাকা বাঙালিদের অনুভূতি ও শক্তি সংগঠিত করার কাজে নেতৃত্ব প্রদান করেন। বেশ কজন স্বনামধন্য আমেরিকানের সহায়তায় তিনি ইমার্জেন্সি ওয়েলফেয়ার আপিল’ নামে একটি ফান্ড গঠন করেন। এছাড়া তিনি বাংলাদেশ ডিফেন্স লীগও গঠন করেন। নিজের পেশার শত ব্যস্ততা সত্ত্বেও তিনি এ দুটো প্রতিষ্ঠানের চেয়ারম্যানের দায়িত্ব পালন করেছেন।