পাটের ব্যবসা নিয়ন্ত্রণ এবং পাটের বৈদেশিক বাণিজ্য তদারকির জন্য তৎকালীন পাকিস্তান কেন্দ্রীয় সরকারের অধীনে ১৯৫৩ সালে প্রথমে জুট বোর্ড গঠিত হয়। স্বাধীনতার পর ১৯৭৩ সালের এপ্রিল মসে জুট বোর্ড বিলুপ্ত করে অর্থ মন্ত্রণালয়ের অধীনে পাট বিভাগ সৃষ্টি করা হয় এবং পরে ১৯৭৬ সালে স্বতন্ত্র পাট মন্ত্রণালয় সৃষ্টি হয়। পাট মন্ত্রণালয়ের অধীনে সংযুক্ত দপ্তর হিসেবে পাট পরিদপ্তর সৃষ্টি হয়। পরবর্তীতে পাটকলসমূহে উৎপাদিত এবং রপ্তানিতব্য পাটপণ্যের মান নিয়ন্ত্রণকল্পে কতিপয় সুপারিশের আলোকে পাট পরিদপ্তর ছাড়াও ১৯৭৮ সালে পাটজাত দ্রব্য পরিদর্শন পরিদপ্তর নামে অপর একটি পরিদপ্তর সৃষ্টি হয়। এছাড়াও ১৯৮৫ সালে সাবেক বাংলাদেশ পাট রপ্তানি সংস্থার কাঁচাপাট পরিদর্শন কার্যক্রম পাটজাত দ্রব্য পরিদর্শন পরিদপ্তরে স্থানান্তর হলে এ পরিদপ্তরে নামকরণ করা হয় পাট ও পাটপণ্য পরিদর্শন পরিদপ্তর। ১৯৯২ সালে তৎকালীন পাট মন্ত্রণালয়ের অধীনস্থ সাবেক (১) পাট পরিদপ্তর(জনবল ৫৭৭) এবং (২) পাট ও পাটপণ্য পরিদর্শন পরিদপ্তর (জনবল ২১৬) একীভূত করে পাট অধিদপ্তর গঠিত হয়। বর্তমানে পাট অধিদপ্তর বস্ত্র ও পাট মন্ত্রণালয়ের সংযুক্ত দপ্তর হিসেবে অর্পিত কার্যক্রম পরিচালনা করছে। পাট অধিদপ্তরের বিদ্যমান সাংগঠনিক কাঠামোভূক্ত অনুমোদিত জনবল হতে অভ্যন্তরীণ সমন্বয়ের মাধ্যমে ৬ সংখ্যক জনবল বিশিষ্ট নিজস্ব আইটি সেল গঠণ এবং সমাপ্ত উন্নযন প্রকল্প হতে অস্থায়ী রাজস্ব খাতে পাট অধিদপ্তরে স্থানান্তরিত ১২০ সংখ্যক জনবলসহ পাট অধিদপ্তরের বর্তমান জনবল ৬০৪ এ উন্নীত হয়েছে।