শ্যাম বেনেগাল ভারতের রাষ্ট্রীয় শীর্ষ চারটি সম্মানের দুটি ‘পদ্মশ্রী’ ও ‘পদ্মবিভুষণ’ অর্জন করেছেন যথাক্রমে ১৯৭৬ ও ১৯৯১ সালে। ২০০৭ সালে তিনি পেয়েছেন ভারতের সর্বোচ্চ রাষ্ট্রীয় চলচ্চিত্র সম্মান ‘দাদা সাহেব ফালকে আজীবন সম্মাননা।’ সাতবার শ্রেষ্ঠ পরিচালকের জাতীয় পুরস্কার পেয়েছেন।