পরবর্তীতে যুদ্ধ বিধ্বস্ত সিরিয়ায় শান্তি ফিরিয়ে আনতে জাতিসংঘের বিশেষ দূত হিসেবে কাজ করেন তিনি। জাতিসংঘের প্রধান হিসেবে আনান যখন দায়িত্ব পালন করেন; সেই সময় ইরাক যুদ্ধ এবং বিশ্বজুড়ে এইচআইভির প্রকোপ বেড়ে যায়।