ফজলুল করিম আলেমদের জন্য বিএনপি-আওয়ামী লীগ নিয়ে একটি ফতোয়া ঘোষণা করেন। তিনি বলেন, ‘কোনো আলেম যিনি আল্লাহকে বিশ্বাস করেন তিনি কখনো আওয়ামী লীগ-বিএনপি এক কথায় খোদাদ্রোহী কোনো শক্তিকে সাপোর্ট দিতে পারে না। যদি কোনো আলেম খোদাদ্রোহী শক্তিকে সাপোর্ট করেন তিনি কোনো অবস্থাতেই আলেম হতে পারেন না।’