বাংলাদেশে নিষিদ্ধ জঙ্গি সংগঠনগুলো অস্তিত্ব সংকটে আছে। তাদের কর্মকা- নিষিদ্ধ। অন্যদিকে প্রতিবেশী দেশের বিচ্ছিন্নতাবাদী সংগঠনগুলোও অস্তিত্ব সংকটে ভুগছে। এ অবস্থায় রাজনৈতিক মতপার্থক্যের সুযোগ নিয়ে সংগঠিত হয়ে তারা সরকারের জন্য হুমকি হয়ে দাঁড়াতে পারে। বিশেষ করে যুদ্ধাপরাধীদের বিচার নিয়ে যখন একটি রাজনৈতিক পক্ষ সরকারকে নিজেদের প্রতিপক্ষ মনে করছে তখন জঙ্গিগোষ্ঠীর উত্থান আরো সহজ হয়।