মঙ্গলবার নয়াদিল্লির একটি সামরিক হাসপাতালে চিকিৎসাধীন অবস্থায় সকাল ১০টা ৫১ মিনিটে তিনি পরলোকগমন করেন। এ সময় শুভ্রার বয়স হয়েছিল ৭৫ বছর। শ্বাসজনিত রোগে অসুস্থ হয়ে পড়লে গত ৭ আগস্ট স্থানীয় সময় সন্ধ্যায় শুভ্রা মুখার্জিকে নয়াদিল্লির সামরিক হাসপাতালে ভর্তি করা হয়। এরপর থেকে তিনি হাসপাতালের নিবিড় পর্যবেক্ষণ কেন্দ্রেই ছিলেন।