৬৩৮ খ্রিস্টাব্দে সমগ্র বায়তুল মোকাদ্দাস এলাকা মুসলমানদের দখলে আসার পর মুসলমান শাসকরা কয়েকবার এ মসজিদের সংস্কার করেন। বর্তমান অবয়বের মসজিদ নির্মাণে বাইজেনটাইন স্থাপত্য ঐতিহ্যের সঙ্গে মুসলিম স্থাপত্য শৈলীর চমংকার অভিযোজন ঘটেছে। কিন্তু ১০৯৬ সালে খ্রিস্টান ক্রুসেডাররা ফিলিস্তিন দখল করে নেওয়ার পর আল আকসা মসজিদের ব্যাপক পরিবর্তন করে একে গীর্জায় পরিণত করা হয়। তারা মসজিদের গম্বুজের ওপরে ক্রুশ স্থাপন করে এর নাম রাখে- ‘সোলায়মানি উপাসনালয়।’