মুক্তিযুদ্ধের চেতনায় বিশ্বাসী এ্যাড.রূপেন্দ্রনাথ রায় চৌধুরী সারাজীবন আওয়ামীলীগের প্রগতিশীল রাজনীতির সাথে যুক্ত ছিলেন। মুক্তিযুদ্ধকালীন সময়ে তিনি মালদাহ শহরে অবস্থান করেন। তিনি মূলত শরণার্থীদের বিভিন্ন সমস্যা ও অসুবিধা নিয়ে কাজ করেছেন। ভারতে নতুন আসা শরণার্থীদের শিবিরে আশ্রয়ের ব্যবস্থা করা, তাঁদেও ত্রাণপ্রাপ্তি নিশ্চিত করা, তাদের বিভিন্ন সমস্যা নিয়ে ভারতের স্থানীয় কর্তৃপক্ষ ও আওয়ামীলীগের নেতাদের সাথে আলোচনা করে সেগুলোর সুরাহার ব্যবস্থা করা প্রভৃতি কার্যক্রমে মুক্তিযুদ্ধকালীন সময়ে তিনি সর্বদা ব্যস্ত থাকতেন।