তবে সাদ্দামের ধর্মীয় সহিষ্ণুতার সুস্পষ্ট সীমা ছিল। জিজ্ঞাসাবাদের সময় তিনি আমাকে যেমনটি বলেছিলন, ‘আমি তাদের বলেছিলাম যদি তারা তাদের ধর্ম পালন করতে চায়,তা আমার কাছে গ্রহণযোগ্য হবে। কিন্তু তারা পাগড়িকে (ধর্ম) রাজনীতিতে আনতে পারবে না। আমি তা অনুমোদন করব না।’ সাদ্দাম শিয়াদের উদ্দেশ্যে এ কথা বললেও তা সুন্নিদের জন্যও প্রযোজ্য ছিল। এক্ষেত্রে তার বিশেষ লক্ষ্য ছিলেন শিয়া ধর্মীয় নেতারা যেমন মুহাম্মদ বকর আল সদর ও মুহাম্মদ সাদিক আল সদর যারা সাদ্দামের বিরোধিতাকে বেছে নিয়েছিলেন এবং ১৯৭৯ সালে যে রকম ইসলামী বিপ্লবে ইরানের শাহ ক্ষমতাচ্যুত হন সে রকম ইসলামী বিপ্লবের সম্ভাবনা সম্পর্কে তারা তার প্রশাসনকে হুমকি দিয়েছিলেন। সাদ্দাম তাদের দু’জনকেই হত্যা করেন।