মুজিববাহিনীর সঙ্গে খোন্দকার মোশতাক আহমদের কোনো প্রকার মিল থাকার কথা নয়। মোশতাক সবসময়েই ছিলেন মুজিববিরোধী, তার বিপরীতে মুজিববাহিনীর নেতারা দাবি করতেন যে তারা বঙ্গবন্ধুর রাজনৈতিক উত্তরাধিকারী এবং তার ইচ্ছার ধারক। কিন্তু পরস্পরবিরোধী দুইপক্ষ এক হয়েছিল তাজউদ্দীন-বিরোধিতার ক্ষেত্রে। উভয়পক্ষই মনে করতো সরকারের সর্বময় কর্তৃত্ব তাদের হাতেই থাকা উচিত। অবশ্য এটাও তো সত্য যে এরা সবাই ছিলেন দক্ষিণপন্থী; মোশতাকের বামবিরোধিতা শুরু হয়েছিল তার রাজনৈতিক জীবনের যখন সূত্রপাত তখন থেকেই, তেমনিভাবে মুজিববাহিনীর সূচনাও বামবিরোধিতার ভেতর থেকেই। তাজউদ্দীনকে এরা উত্ত্যক্ত করেছেন। মোশতাককে তবু পররাষ্ট্র দফতরের দায়িত্ব থেকে সরিয়ে দিয়ে কিছুটা হলেও কাবু করতে পেয়েছিলেন, কিন্তু মুজিববাহিনীকে তিনি নিয়ন্ত্রণে আনতে পারেননি; বাহিনীটি মুক্তিবাহিনীর অন্তর্ভুক্ত করা হোক, এমন প্রস্তাব তিনি দিয়েছেন; কিন্তু সেটি গৃহীত হয় নি। ভারতীয় কর্তৃপক্ষ হয়তো ভাবছিলেন যে, সব ডিম এক ঝুড়িতে রাখাটা ঠিক হবে না।