তিস্তা চুক্তি না হওয়ার কারণে এবং শুষ্ক মৌসুমে ভারতের একতরফাভাবে পানি প্রত্যাহারের কারণে প্রতিবছর দেশের উত্তর-পশ্চিমাঞ্চলে শুকনো মৌসুমে সেচের পানির তীব্র সংকট দেখা দেয়। পানির অভাবে বাংলাদেশের তিস্তা সেচ প্রকল্প বন্ধ হওয়ার উপক্রম হয়েছে।