তবে সর্বশেষ সংবিধানের ষোড়শ সংশোধনীর আপিলের রায়ের পর সরকারের সঙ্গে এসকে সিনহার সম্পর্ক আরও অবনতির দিকে যায়। এই রায়ের পর্যবেক্ষণ নিয়ে সৃষ্টি হয় তুমুল বিতর্ক। সরকারের নির্বাহী বিভাগ থেকে রায়ে এসকে সিনহার পর্যবেক্ষণ নিয়ে বিভিন্ন সময়ে আলোচনা-সমালোচনা চলতে থাকে।