রাত ১১টা ১ মিনিটে হাবিব ও আনোয়ারের ফাঁসি কার্যকর করা হয় এবং রাত ১১টা ৪৫ মিনিটে ঝন্টু ফাঁসি কার্যকর করা হয়। তাদের ফাঁসি কার্যকর করেন জল্লাদ তানভীর হাসান রাজু ও হযরত আলী। ফাঁসি কার্যকরের জন্য দু’দিন আগেই তাদেরকে ঢাকা কেন্দ্রীয় কারাগার থেকে যশোরে নিয়ে আসা হয়। এ সময় জেলা প্রশাসনের ওই শীর্ষ কর্মকর্তারা ছাড়াও ডিআইজি (প্রিজন) টিপু সুলতান ফাঁসি মঞ্চে উপস্থিত ছিলেন।