প্রসঙ্গত, বিচার বিভাগের স্বাধীনতা রক্ষায় সরকারের সঙ্গে এসকে সিনহার টানাপড়েন সৃষ্টি হয় অধস্তন আদালতের বিচারকদের চাকরির শৃঙ্খলাবিধি সংক্রান্ত বিধিমালার গেজেট প্রকাশ নিয়ে। এই বিষয়ে আইন মন্ত্রণালয়ের গড়িমসি নিয়ে বিভিন্ন সময়ে প্রশ্ন তোলেন এসকে সিনহা।