একাত্তরে যারা পাকিস্তানের পক্ষ সমর্থন করেছিলেন তাদের মধ্য থেকে যুদ্ধাপরাধী সাব্যস্ত করা হয়েছে। মুক্তিযুদ্ধ শেষ হবার পর তাদের কেউই বাংলাদেশের স্বাধীনতার বিরোধিতা করেননি। এমনকি বিভিন্ন সময় তাদের রাজনৈতিক অধিকার নিয়ে কথা উঠেছে। তথাপি তারা এ দেশের স্বাধীনতা ও সার্বভৌমত্ব অস্বীকার অথবা বাধাগ্রস্ত করেননি। এমনকি স্বাধীনতাবিরোধী কোনো কর্মকাণ্ড করেননি অথবা এর সাথে সম্পৃক্ত কোনো কাজ করেননি। তারা কোনো সভা-সমাবেশে এমন কোনো বক্তৃতা-বিবৃতি দেননি যা স্বাধীনতাবিরোধী হিসেবে গণ্য করা যায়। তথাপি স্বদেশের সন্তানদেরকে ট্রাইব্যুনালে যুদ্ধাপরাধী সাব্যস্ত করে যে বিচারের ব্যবস্থা করা হয়েছে তা বহুলাংশে বিতর্কিত বলে বিভিন্ন মহলে নিন্দিত-ধিকৃত হয়েছে। যে সমস্ত কারণে যুদ্ধাপরাধ ট্রাইব্যুনাল বিতর্কিত তা নিয়ে বিস্তর আলোচনার দাবি রাখে।