১৯৯৮ সালে দ্বিতীয়বার প্রধানমন্ত্রী হন, দায়িত্ব পালন করেন ১৩ মাস। এই সময়ই পোখরানে পরমাণু বিস্ফোরণ ঘটায় ভারত। প্রবল আন্তর্জাতিক চাপ, নিষেধাজ্ঞার মুখেও অটল ছিলেন অটল বিহারী। পাকিস্তানের সঙ্গে সম্পর্ক উন্নতিতে বাসে চড়ে গিয়েছিলেন লাহোরে।