গত বছরের আগস্ট মাসে বিএনপির নতুন কমিটি ঘোষণার পর পরই গণস্বাস্থ্য কেন্দ্রের প্রতিষ্ঠাতা ও ট্রাস্টি ডা. জাফরুল্লাহ চৌধুরী চেয়ারপার্সন বেগম খালেদা জিয়াকে একটি খোলা চিঠি লিখেছিলেন। তার সে খোলা চিঠি নিয়ে সে সময় বেশ আলোচনা হয়েছিল। বেগম জিয়ার সঙ্গে তার সরাসরি যোগাযোগ থাকার পরও কেন তিনি গণমাধ্যমে তাকে উদ্দেশ্য করে খোলা চিঠি লিখলেন সে প্রশ্নও উঠেছিল। যদিও সে প্রশ্নের কোনো জবাব ডা. চৌধুরী দেননি। অনেকে মনে করেন তিনি যেসব পরামর্শ বেগম জিয়াকে দিতে চেয়েছেন সে সম্পর্কে দেশবাসীকে অবহিত করে রাখতেই এ পথ বেছে নিয়েছিলেন। সংবাদপত্রে প্রকাশিত হওয়ার কারণে সে খোলা চিঠি সম্বন্ধে আমরা সবাই জ্ঞাত। সে চিঠি প্রকাশের পর সাত মাস পার হয়ে গেছে। ডা. জাফরুল্লাহ চৌধুরীর কোনো একটি পরামর্শ বিএনপি চেয়ারপার্সন গ্রহণ করেছেন, কিংবা তদানুযায়ী কোনো সিদ্ধান্ত বা পদক্ষেপ নিয়েছেন এমন খবর এখন পর্যন্ত পাওয়া যায়নি। হতে পারে বেগম জিয়া সে খোলা চিঠির কথা বিস্মৃত হয়েছেন অথবা ওই চিঠি সম্পর্কে তাকে ভিন্নরূপে বোঝানো হয়েছে! ওই সময় সে চিঠি নিয়ে একটি টিভি টক শো’তে আলোচনাকালে একজন সাংবাদিক ডা. জাফরুল্লাহ চৌধুরীকে বলেছিলেন- ‘এ খোলা চিঠি দেয়ার কারণে বেগম খালেদা জিয়ার চায়ের দাওয়াতের খোলা দরজা তার (ডা. জাফরুল্লাহ) জন্য বন্ধ হয়ে যেতে পারে! না সে আশংকা সত্যি হয়নি। সে কারণে ১৩ মার্চ বিএনপি চেয়ারপার্সনের সঙ্গে সাক্ষাতের তালিকায় পাঁচ বুদ্ধিজীবীর মধ্যে ডা. জাফরুল্লাহ চৌধুরীও ছিলেন।