এ সময় মুসলমান পরিবার ইংরেজি শিক্ষা ও ইংরেজ সরকারের শিক্ষাগত সুযোগ-সুবিধা কাজে লাগাতে অনীহা প্রকাশ করেছিলেন। কিন্তু সৈয়দ আমীর আলীর পিতা সা’দত আলীর অনেক ইংরেজ বন্ধু ছিল। তিনি তার পুত্রদের জন্য তাদের সহযোগিতা গ্রহণ করেন। সৈয়দ আমীর আলী প্রথমে কলকাতা মাদ্রাসা ও পরবর্তীতে হুগলি কলেজিয়েট স্কুল ও মাদ্রাসায় শিক্ষা লাভ করেন। হুগলি মাদ্রাসায় ব্রিটিশ শিক্ষকদের সাথে ঘনিষ্ঠ সম্পর্ক গড়ে ওঠে। সেখানে প্রতিযোগিতায় মূল বৃত্তি লাভের কারণে পরীক্ষায় ঈর্ষনীয় ফলাফল অর্জন করেন। তিনি কলকাতা বিশ্ববিদ্যালয় থেকে ১৮৬৭ সালে স্নাতক ও ১৮৬৮ সালে ইতিহাসে সম্মানসহ এমএ ডিগ্রি লাভ করেন। ১৮৬৯ সালে এলএলবি ডিগ্রি নেয়ার পর তিনি কলকাতায় আইন ব্যবসা শুরু করেন।