ড: ইউনুসের বিরুদ্ধে মাননীয় প্রধানমন্ত্রীর এত ক্ষোভ থাকার কারণগুলো খতিয়ে দেখাটা এখানে প্রাসঙ্গিক। অনেকে ধারণা করেন যে, ১/১১ পরবর্তী সময়ে রাজনৈতিক দল গঠন করার ঘোষণা দিয়েই ড: ইউনুস প্রধানমন্ত্রীর বিরাগভাজন হন এবং প্রধানমন্ত্রী তাকে রাজনৈতিক প্রতিপক্ষ হিসেবে বিবেচনা করেন। যদিও এই রাজনৈতিক দল গঠন করার প্রচেষ্টার পরপরই প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা ড: ইউনুসের বিভিন্ন কর্মকাণ্ড সম্পর্কে প্রশ্ন তোলা শুরু করেন এবং অসংখ্যবার প্রত্যক্ষ ও পরোক্ষভাবে আক্রমণ করেন, তার ক্ষোভের মূল কারণ আরও অনেক গভীরে।