২০০৯ সালের ১৬ জুলাই কমিশনের চেয়ারম্যান হিসেবে বিচারপতি খাদেমুল ইসলাম চৌধুরীকে তিন বছরের জন্য পার্বত্য চট্টগ্রাম ভূমি বিরোধ নিস্পত্তি কমিশনের চেয়ারম্যান পদে নিয়োগ দেওয়া হয়। তবে তিনি দায়িত্ব গ্রহণ করেন একই বছরের ২০ জুলাই। তার দায়িত্ব গ্রহণের পর অচল পার্বত্য চট্টগ্রাম ভূমি বিরোধ নিস্পত্তি কমিশন সচল হলেও নানা অভিযোগ তুলে কমিশন চেয়ারম্যান বিচারপতি খাদেমুল ইসলাম চৌধুরীর বিরুদ্ধে আন্দোলন শুরু করে পাহাড়ি সংগঠনগুলো।