রাঙ্গামাটি পার্বত্য জেলার প্রধান নদী হচ্ছে কর্ণফুলি নদী। এ নদী ভারতের লুসাই পাহাড় থেকে উৎপন্ন হয়ে রাঙ্গামাটি পার্বত্য জেলার উত্তর পূর্ব সীমান্তদিয়ে বরকল উপজেলার থেগামুখ নামক স্থানে ভারতের লুসাই নদী ও বাংলাদেশ অংশের থেগা খাল মিলিত হয়ে কর্ণফুলী নদী নাম ধারণ করে। এটি বরকল, সুবলং এবং কাপ্তাইয়ের নিকটে তিনটি পর্বত শ্রেণীকে ছেদ করে চন্দ্রঘোনার নিকটে এই জেলা থেকে বের হয়ে চট্টগ্রাম বন্দরের অদূরে বঙ্গোপসাগরে পতিত হয়েছে। এই নদী সমগ্র পার্বত্য চট্টগ্রাম অঞ্চলকে দুই ভাগে দ্বিখন্ডিত করেছে। এর দৈর্ঘ্য প্রায় ১৭০ মাইল। এই নদীতে বরকল এবং উঠানতারাতে (উঠান চাদারাতে) দুইটি জলপ্রপাত আছে। এককালে কাপ্তাই হ্র্দ হওয়ার পূর্বে এই বরকল জলপ্রপাতটি অত্যন্তপ্রসিদ্ধ ছিল। কর্ণফুলি নদীর উপনদীগুলো হল - থ্যাগা, হরিণা, কাসালং, সুবলং, চিংগ্রী, রেনখিয়াং ও কাপ্তাই। আবার কাসালং নদীর উপনদী হচ্ছে মাইনি, গংগারাম এবং শিজক। রাঙ্গামাটি পার্বত্য জেলায় একটি প্রাকৃতিক হ্র্দ ও একটি কৃত্রিম হ্র্দ আছে। প্রাকৃতিক হ্রদটির নাম রেংখিয়ং হ্রদ এবং কৃত্রিম হ্রদটি হচ্ছে কাপ্তাই হ্রদ।