সম্প্রতি একটি বেসরকারি টেলিভিশনের টকশো অনুষ্ঠানে বাংলাদেশ সেনাবাহিনীর প্রধানের বিরুদ্ধে মিথ্যা, ভিত্তিহীন ও উদ্দেশ্যপ্রণোদিত বক্তব্য দেওয়ায় ডা. জাফরুল্লাহ চৌধুরীর বিরুদ্ধে গত বৃহস্পতিবার সেনা সদরের পক্ষ থেকে একটি জিডি করা হয়।সেনা সদর দপ্তরের আইন বিষয়ক উইংয়ের মেজর এম রকিবুল আলম বৃহস্পতিবার ডা. জাফরুল্লাহ চৌধুরীর বিরুদ্ধে ক্যান্টনমেন্ট থানায় এ জিডি করেন।