নারায়ণগঞ্জ থেকে মোট ৭টি রুটে নৌ চলাচল করে। তার মধ্যে মুন্সীগঞ্জ ছাড়া বাকী ৬টি রুটে নৌ চলাচল বন্ধ রয়েছে। তার মধ্যে চাঁদপুর, মোহনপুর, মতলব, ষাটনল ও এখলাসপুর মন্সিগঞ্জ,ফরিদপুর নৌ চলাচল বন্ধ রয়েছে। নৌ চলাচল বন্ধ থাকায় ভোগান্তিতে পড়ে যাত্রীরা।