ফারাক্কার প্রভাবে বাংলাদেশের কৃষি, শিল্প-কারখানা সবকিছুতে কী মারাত্মক ক্ষতি হয়েছে, তা মূল্যায়ন করা হচ্ছে না। কিন্তু কেন? মিঠাপানি ছাড়া কৃষি তথা কোনো ধরনের শিল্প-কারখানা চলতে পারে না। ফারাক্কার কারণে যশোর-খুলনা অঞ্চলে মিঠাপানির প্রবাহ কমে গেছে। ফারাক্কার কারণে পদ্মার তলদেশ উপরে উঠে এসেছে। এখন পদ্মায় তেমন ইলিশ পাওয়া যায় না। ইলিশের বিচরণত্রে ছিল রাজশাহী থেকে পাবনা পর্যন্ত। মাছ আসার জন্য পানিতে যে পরিমাণ প্রবাহ থাকার কথা সেটি না থাকায় এখন আর পদ্মায় ইলিশ আসে না। গাঙ্গেয় পানি ব্যবস্থায় দুই শতাধিক প্রজাতির মিঠাপানির মাছ ও ১৮ প্রজাতির চিংড়ি ছিল। সেগুলোর বেশির ভাগই এখন বিলুপ্তির পথে। পদ্মা নদীতে পানিস্বল্পতার কারণে উত্তর ও দক্ষিণাঞ্চলে মরুকরণ অবস্থা স্থায়ী রূপ নিতে যাচ্ছে। জীববৈচিত্র্য হুমকির মুখে পড়েছে অনেক আগেই। পদ্মা পাড়ে এখন গাঙচিল, মাঠরাঙা বেলেহাঁস আর ধবল দেখা যায় না। দৃষ্টিতে আসে না অন্যান্য পাখি। পদ্মা নদীতে পর্যাপ্ত পানি না থাকায় মাছ প্রায় শূন্য পদ্মা। যে কারণে সাদা বক গাঙচিল আর বেলেহাঁসের দেখা পাওয়া যায় না।