পরে ২০০৪ সালে দেশটির শীর্ষ আদালত তার বিরুদ্ধে আনা অভিযোগ প্রত্যাখ্যান করে মুক্তির আদেশ দেন। মাহাথিরের বেশ কিছু নীতি নিয়ে কট্টর সমালোচনা করায় আনোয়ারের রাজনৈতিক ক্যারিয়ারের অবসান ঘটে। কিন্তু দীর্ঘদিন ধরে দেশটির ক্ষমতাসীন রাজনৈতিক দল ইউনাইটেড মালয় ন্যাশনাল অর্গানাইজেশনকে (ইউএমএনও) ক্ষমতা থেকে হটাতে আকস্মিকভাবে আনোয়ারের সঙ্গে জোট গড়েন মাহাথির মোহাম্মদ।