হটস্পটগুলোর এসব চ্যালেঞ্জ ও সমস্যা সমাধানে প্রস্তাবিত কৌশলে নদী ও পানিপ্রবাহের জন্য পর্যাপ্ত সুযোগ রাখা, পানিপ্রবাহের সক্ষমতা বাড়ানোর পাশাপাশি নদীগুলোকে স্থিতিশীল রাখা, পর্যাপ্ত পরিমাণে ও মানসম্মত স্বাদুপানি সরবরাহ করার ওপরও গুরুত্ব দেওয়া হয়েছে। এ ছাড়া নদীগুলোর পরিবেশগত ভারসাম্য বজায় রাখা, নিরাপদ এবং নির্ভরযোগ্য নৌপরিবহন ব্যবস্থা গড়ে তোলা, যথাযথ পলি ব্যবস্থাপনা করা, টেকসই ও অন্তর্ভুক্তিমূলক প্রবৃদ্ধির জন্য চাহিদা ও জোগানের ভারসাম্য রক্ষা এবং বন্যা ও জলাবদ্ধতাজনিত ক্ষয়ক্ষতি কমিয়ে আনার তাগিদ দেওয়া হয়েছে। হাওর এবং আকস্মিক বন্যাপ্রবণ এলাকায় জলের সঙ্গে মানিয়ে নিয়ে টেকসই জীবন-জীবিকা নিশ্চিত করা ও সুপেয় পানির নিরাপত্তা নিশ্চিত করার বিষয়েও প্রকল্প প্রস্তাব করা হয়েছে পরিকল্পনায়।