আইন সংশোধনের পরে ৩ মার্চ কাদের মোল্লার সর্বোচ্চ শাস্তি মৃত্যুদণ্ড চেয়ে আবেদন করে রাষ্ট্রপক্ষ। আর সাজা থেকে অব্যাহতি চেয়ে পর দিন ৪ মার্চ আপিল করেন কাদের মোল্লা। ১ এপ্রিল আপিলের শুনানি শুরুর ৫৫ দিন পরে ১৭ সেপ্টেম্বর প্রধান বিচারপতি মোজাম্মেল হোসেনের নেতৃত্বে পাঁচ সদস্যের বেঞ্চে সংখ্যাগরিষ্ঠের মতের ভিত্তিতে কাদের মোল্লাকে মৃত্যুদণ্ডাদেশ দেয়। ১২ ডিসেম্বর ২০১৩ রাতে তাঁর মৃত্যুদণ্ড কার্যকর করা হয়। মানবতাবিরোধী অপরাধে কাদের মোল্লার মৃত্যুদণ্ডই বাংলাদেশে প্রথম কার্যকর হওয়া যুদ্ধাপরাধীর শাস্তি।