আচার্য প্রফুলস্নচন্দ্র রায়ের সহযোগিতায় কলকাতার দক্ষক্ষণে হরিনাভি অ্যাংলো স্যানসক্রিট ইনস্টিটিউশনে শিক্ষকতায় আবার যোগ দেন ১৯২০ সালের ১ জুলাই। হরিনাভি স্কুলে শিক্ষকতার সময় তিনি কলকাতায় এসে পায়ে আঘাত পেয়েছিলেন। তিনি তখন থাকতেন স্কুলের প্রধান শিক্ষক জ্ঞানচন্দ্র লাহিড়ীর শ্বশুর নগেন্দ্রনাথ বাগচীর রাজপুরের খালি বাড়িতে। এ সময় মা এসেছিলেন ছেলের সেবার জন্য। কিন্তু এখানে এসে টাইফয়েডে আক্রান্ত হয়ে তিনি মারা যান। সঙ্গে এসেছিল ছোট ভাই নুটু। মায়ের মৃত্যু হয় ১৯২১ সালের ২১ সেপ্টেম্বর। হরিনাভি স্কুলও তাঁর জন্য স্থায়ী হয়নি। ১৯২২ সালের ১৭ জুলাই তিনি এ স্কুল থেকে বিদায় নেন।