অনেকেই বলছেন, পদ্মা সেতু প্রকল্পে বিশ্বব্যাংকের অর্থায়ন ঝুলে যাওয়ার পেছনেও ইউনূসের হাত রয়েছে। ওয়াশিংটনের প্রভাবশালী বন্ধুদের তিনি বাংলাদেশের বিরুদ্ধে লাগিয়েছেন বলেও অভিযোগ করেছেন কেউ কেউ। অবশ্য ইউনূস সব সময়ই এ ধরনের অভিযোগ অস্বীকার করে আসছেন।