মেসিডোনিয়া নাম নিয়ে বিতর্কের কারণ হচ্ছে, এই নামেই গ্রিসের একটি প্রদেশ রয়েছে। একই নামে মেসিডোনিয়ার নামকরণের মধ্য দিয়ে দেশটি গ্রিসের উত্তরাঞ্চলের প্রদেশটিকে সরাসরি নিজেদের অংশ বলে দাবি না করলেও পরোক্ষভাবে তেমন মনোভাবই প্রকাশ করছে বলে দীর্ঘদিন ধরেই অভিযোগ করে আসছে গ্রিস।