১৫৯৩ সালের ১৮ মে মার্লোর নামে একটি গ্রেফতারি পরোয়ানা জারি করা হয়। এটি জারি করার কোনো কারণ দর্শানো হয়নি। তবে মনে করা হয় যে, মার্লো একটি পাণ্ডুলিপিতে কিছু "অনৈতিক ধর্মদ্রোহী ধারণা"র কথা লিখেছিলেন। সেই সূত্রে তাঁর বিরুদ্ধে ঈশ্বরদ্রোহিতার যে অভিযোগ আনা হয়েছিল, তার সঙ্গে এই গ্রেফতারি পরোয়ানার যোগসূত্র ছিল। ২০ মে প্রিভি কাউন্সিলের সামনে জিজ্ঞাসাবাদের জন্য তাঁকে আদালতে আনা হয়। তাঁদের সেই দিনকার জিজ্ঞাসাবাদের কোনো রেকর্ড পাওয়া যায়নি। যদিও জানা যায় যে, তাঁকে যতদিন না প্রিভি কাউন্সিল অন্যরকম কোনো আদেশ দিচ্ছেন, ততদিন পর্যন্ত রোজ কাউন্সিলের সামনে উপস্থিত থাকতে আদেশ দেওয়া হয়েছিল। দশ দিন পরে ইনগ্রাম ফ্রিজারের ছুরির আঘাতে তাঁর মৃত্যু ঘটে। তাঁর হত্যাকাণ্ডের সঙ্গে গ্রেফতারির কোনো যোগ ছিল কিনা, তাও জানা যায় না।[৩]