নানা সময়ে সংগঠনটির নেতৃত্ব এসব অপকর্মের পেছনে সংগঠনে অনুপ্রবেশকারীদের দায়ী করেছেন। কর্মী ও সাবেক নেতারাও এ ধরনের অভিযোগ বারবার করেছেন। তাদের সবারই অভিযোগ, ছাত্রলীগকে কলঙ্কিত করার জন্য পরিকল্পিতভাবে জামায়াত-শিবির তাদের মতাদর্শের নেতাকর্মীদের সংগঠনে ঢুকিয়ে দিচ্ছে।