PET-এর মাধ্যমে ব্রেন স্ক্যানিং মস্তিষ্কের বিভিন্ন অঞ্চলের গড়পড়তা সক্রিয়তা সম্পর্কে তথ্য দেয়। এ তথ্য অনেক কাজের। কিন্তু ঠিক কোন সুনির্দিষ্ট জায়গায় কোন স্নায়ু সংকেত পাঠাচ্ছে কিংবা স্নায়ুসমুহের সক্রিয় হয়ে ওঠার ফলে সে অঞ্চলে সাময়িক কোন পরিবর্তন হচ্ছে তা এই স্ক্যানিঙের মাধ্যমে জানা যায় না। গল্প-বলা স্বপ্ন দেখার সময় মস্তিষ্কে বিভিন্ন তথ্য কিভাবে প্রক্রিয়াজাত হচ্ছে তা বোঝার জন্য এই দুইটি বিষয় জানা জরুরী। এক স্নায়ু থেকে অন্য স্নায়ুতে সংকেত পাঠানোর জন্য দুই স্নায়ুর সংযোগস্থলে নিউরোট্রান্সমিটার নামক উপাদান দরকার হয়। সিনাপ্সে নিউরোট্রান্সমিটার লেনদেনে দুই স্নায়ুর মাঝে বৈদ্যুতিক উদ্দীপনা পরিবহন নিয়ন্ত্রিত হয়। এই নিউরোট্রান্সমিটার কয়েক রকমের হয় – এসেটাইলকোলিন, নোরাড্রোলিন, সেরোটোনিন ইত্যাদি। প্রাণীদের উপর পরিচালিত কিছু গবেষণায় তড়িৎগ্রাহী বৈদ্যুতিক প্রোব মস্তিষ্কে বসিয়ে দিয়ে রেম ঘুমের সময় বিভিন্ন নিউরনের সক্রিয়তা দেখা হয়। এ গবেষণা থেকে দেখা যায় কোয়েরুলাস অঞ্চলের নোরাড্রোলিন ধারণকারী স্নায়ু ও ডর্সাল ড়্যাফে অঞ্চলের সেরোটোনিন ধারণকারী স্নায়ুরা এ সময় নিশ্চুপ হয়ে যায়। কিন্তু ব্রেনস্টেমে রেটিকুলার এক্টিভেটিং সিস্টেমের এসিটাইলকোলিন ধারণকারী স্নায়ুরা খুবই সক্রিয় হয়ে ওঠে। মস্তিষ্কের এই তিন নিয়ন্ত্রক ব্যবস্থার স্নায়ুসমূহের বিভিন্ন অ্যাক্সন থ্যালামাস, কর্টেক্স ও লিম্বিক সিস্টেম সহ সারা মস্তিষ্কেই ছড়িয়ে আছে। তার মানে পেট স্ক্যানে আমরা রেম ঘুমে মস্তিষ্কের বিভিন্ন অঞ্চলের স্থানিক সক্রিয় বা নিষ্ক্রিয় হয়ে ওঠা দেখেছি তা সংঘটিত হয় এসব তিন ব্যবস্থার মাধ্যমে।