দীঘদিন থেকে অভিযোগ ছিল যে, কিছু কওমী মাদ্রাসায় বাংলাদেশের স্বাধীনতা ও সংস্কৃতিবিরোধী বইপত্র পড়ানো হয়। জঙ্গী প্রশিক্ষণেরও অভিযোগ রয়েছে কওমী মাদ্রাসার বিরুদ্ধে। এ কারণেই সরকার কওমী মাদ্রাসায় নজরদারি ও নিয়ন্ত্রণ প্রতিষ্ঠার উদ্যোগ নিয়েছে। এ ছাড়া সরকার ‘কওমী মাদ্রাসা কর্তৃপক্ষ আইন–২০১৩’ বাস্তবায়নে আগ্রহী কিন্তু হেফাজতে ইসলাম সরকারের এই উদ্যোগের বিরুদ্ধে এতদিন সোচ্চার ছিল। তারা সরকারের বিরুদ্ধে আন্দোলনে নামার কথা ঘোষণা করে গৃহযুদ্ধেরও হুমকী দিয়েছিল। মাত্র কয়েকমাস আগে চট্টগ্রামের হাটহাজারীর একটি কমিউনিটি সেন্টারে হেফাজতে ইসলাম আয়োজিত সংবাদ সম্মেলনে হেফাজতের মহাসচিব আল্লামা জুনায়েদ বাবুনগরী হুমকি দেন, যদি প্রস্তাবিত ‘কওমী মাদ্রাসা কর্তৃপক্ষ আইন–২০১৩’ পাস হয় তবে দেশে গৃহযুদ্ধ হবে। তিনি বলেন, ‘লাখ লাখ লাশ পড়বে, তবু কওমী মাদ্রাসা সরকারী নিয়ন্ত্রণে যেতে দেয়া হবে না। প্রস্তাবিত আইনের মাধ্যমে সরকার কওমী মাদ্রাসাকে ধ্বংস করতে চায়।’