এক ধরনের ক্লোনিং পদ্ধতি সব ক্ষেত্রে পুরোপুরি নিশ্চয়তা দিতে পারেনা, বিভিন্ন সমস্যা দেখা দিতে পারে। তাই ক্লোনিংয়ের মূলনীতি ঠিক রেখে বিভিন্ন প্রকার ক্লোনিং পদ্ধতি উদ্ভাবন করা হয়েছে। প্রধান কয়েকটি ক্লোনিং পদ্ধতি নিচে বর্ননা করা হলঃ