এই আন্দোলনে বিএনপি-জামায়াত বা তাদের ছাত্রসংগঠনগুলোর উসকানি রয়েছে বলে ক্ষমতাসীন দলের বিভিন্ন মহল থেকে অভিযোগ করা হচ্ছে। সম্প্রতি বিভিন্ন মামলায় কোটা আন্দোলনের অন্তত ১০ জন নেতাকে গ্রেপ্তারের পর পুলিশের একাধিক সূত্র জানিয়েছে, তারাও মামলার তদন্তে রাজনৈতিক সংশ্লিষ্টতার দিকটি গুরুত্ব দিয়েই খতিয়ে দেখছে। তবে এখন পর্যন্ত জোরালো কোনো রাজনৈতিক যোগসাজশের তথ্য তাদের হাতে আসেনি বলে সূত্র জানিয়েছে।