যুদ্ধাপরাধীদের বিচারের ব্যাপারে তাজউদ্দীনের সুস্পষ্ট আগ্রহ থাকা সত্ত্বেও তিনি বুঝতে পেরেছিলেন যে পাকিস্তানি হানাদারদের বিচার করা কঠিন হবে, তাই আপাতত তাদের দেশীয় দোসরদেরকেই বিচারের কাঠগড়ায় দাঁড় করাতে হবে। এক্ষেত্রে তার চিন্তাধারাটি অনুসরণ করা দুঃসাধ্য নয়। তিনি ভাবছিলেন যে অতবড় অপরাধ করে কারো পক্ষেই পার পেয়ে যাওয়া উচিত নয়। প্রতিহিংসাপরায়ণতা নয়, ন্যায়বিচারের স্বার্থেই তাই দালালদের বিচার করাটা জরুরি। ওই রকম ভয়ঙ্কর মাত্রায় অপরাধে যারা অভিযুক্ত তাদের যদি শাস্তি না হয় তাহলে বাংলাদেশের বিচারব্যবস্থার প্রতি দেশবাসীর আস্থাটাই দুর্বল হয়ে যাবে। দ্বিতীয়ত এটাও হয়তো তার ধারণার মধ্যে ছিল যে, রাষ্ট্রের প্রকৃত শত্র“রা যদি চিহ্নিত না হয় তাহলে তারা পুনর্বাসিত হয়ে যাবে এবং শত্র“ খুঁজতে গিয়ে রাষ্ট্রের চোখ বামপন্থীদের ওপরই গিয়ে পড়বে। মূলত তার আগ্রহেই ‘বাংলাদেশ দালাল আদেশ ১৯৭২’ প্রবর্তিত হয়েছিল। তাই ১৯৭৩ সালে যখন তার সঙ্গে পরামর্শ ছাড়াই বঙ্গবন্ধু সাধারণ ক্ষমা ঘোষণা করলেন, তাজউদ্দীন তখন হতাশ হয়েছিলেন। তার মনে আশঙ্কা তৈরি হয়েছিল যে এর ফলে হানাদারদের অনুচরেরা শক্তিশালী হয়ে উঠবে। ১৯৭৪ সাল থেকেই তিনি তার স্ত্রীকে বলতে শুরু করেছিলেন, “তুমি বিধবা হতে চলেছ। মুজিব ভাই বাঁচবেন না, আমরাও কেউ বাঁচব না। দেশ চলে যাবে স্বাধীনতাবিরোধীদের হাতে।”২৪