মোংলা বন্দর কর্তৃপক্ষ গনপ্রজাতন্ত্রী বাংলাদেশ সরকারের নৌ পরিবহন মন্ত্রনালয় কর্তৃক নিয়ন্ত্রিত হয়। চেয়ারম্যান কর্তৃপক্ষের প্রধান নির্বাহী হিসেবে দ্বায়িত্ব পালন করেন। বন্দরে চেয়ারম্যান ও তিনজন সদস্যবিশিষ্ট যথাক্রমে সদস্য (অর্থ), সদস্য (হারবার ও মেরিন) ও সদস্য (প্রকৌশল ও উন্নয়ন) সহযোগে গঠিত একটি বোর্ড আছে। বোর্ড বন্দরের অপারেশন, প্রশাসন, অর্থ, ও উন্নয়ন নীতি প্রচলন করেন। বন্দরের ১২ (বারো) টি বিভাগ বন্দরের উন্নয়নের স্বার্থে দিন রাত কাজ করে চলেছে।