বর্তমানে মাদরাসাটি অত্যাধুনিক করা হয়েছে। এখন মাদরাসাটি আবু জাফরিয়া ফাজিল মডেল মাদরাসা নামে চলছে। এ মাদরাসাটির প্রতিষ্ঠাতাদের মধ্যে মাদরাসার অধ্যক্ষ মাওলানা আব্দুস সোবহানের অবদান ছিল বেশি। ১৯৫৬ সালে মৌলভি আফছার উদ্দিন আহমেদের প্রচেষ্টায় কুষ্টিয়া শহরে কুয়াতুল ইসলাম আলিয়া মাদরাসা প্রতিষ্ঠা হয়।