মহাসচিব হিসেবে, আনান জাতিসংঘের আমলাতন্ত্র সংস্কার করেন; এইচআইভির প্রতিরোধে কাজ করেন, বিশেষত আফ্রিকায়; এবং জাতিসংঘ বৈশ্বিক চুক্তি সম্পাদন করেন। নিরাপত্তা পরিষদ সম্প্রসারণ না করায় তিনি সমালোচিত হন এবং জাতিসংঘের তেলের-বিনিময়ে-খাদ্য কর্মসূচী নিয়ে তদন্তের পর তার পদত্যাগের দাবিও ওঠে।[৭] জাতিসংঘে কর্মজীবন সমাপ্তির পর আন্তর্জাতিক উন্নয়ন নিয়ে কাজ করার উদ্দেশ্যে ২০০৭ সালে তিনি আনান কমিশন গঠন করেন। ২০১২ সালে তিনি চলমান সিরিয়া সংকট সমাধানে জাতিসংঘ-আরব লীগের যৌথ বিশেষ প্রতিনিধি হিসেবে কাজ করেন।[৮][৯] কিন্তু সংকট সমাধানে জাতিসংঘের কাজে কোনো অগ্রগতি না দেখে তিনি অব্যাহতি নেন।[১০][১১] ২০১৬-র সেপ্টেম্বরে তাকে মায়ানমারের রোহিঙ্গা শরণার্থী সংকট তদন্তে গঠিত একটি জাতিসংঘ কমিশনের প্রধান নিযুক্ত করা হয়, যা 'আনান কমিশন' নামে পরিচিত।[১২] ২০১৮ সালের আগস্টে সুইজারল্যান্ডে সামান্য অসুস্থতার পর আনান মৃত্যুবরণ করেন। জাতিসংঘ মহাসচিব আন্তোনিও গুতেরেস বলেন কফি আনান ছিলেন শান্তির যোদ্ধা এবং কল্যাণের পথপ্রদর্শক।[১৩]