এম কে আলট্রা সমালোচিত হবার কারণ হলো কর্তৃপক্ষরা পরীক্ষাধীন ব্যক্তির উপর এল.এস.ডি ড্রাগ ব্যবহার করে। এল.এস.ডি স্নায়ুতে ক্ষণিক সময়ের জন্য প্রতিক্রিয়া সৃষ্টি করতো। ব্যক্তির অজান্তেই এগুলো প্রয়োগ করা হতো। এল.এস.ডি ছাড়াও বারবিচুরেট-৪, আমফেটামিন-৪, টেমাজিপাম (অজ্ঞাত ড্রাগ) ব্যবহার করা হতো। বারবিচুরেট-৪ দিয়ে ঘুম পাড়ানোর পরে আমফেটামিন-৪ প্রয়োগ করা হতো বলে পরীক্ষাধীন ব্যক্তি তন্দ্রাভাবে নিজের অবচেতন মনে সব নির্দেশ গ্রহণ করতো।