স্বাধীন হওয়ার মাত্র দুই বছরের মাথায় গৃহযুদ্ধ শুরু হয়ে যায় দক্ষিণ সুদানে। ২০১৩ সাল থেকে শুরু হওয়া ওই গৃহযুদ্ধ শুরু করেছিলেন প্রেসিডেন্ট সালভা কিরের অনুগত বাহিনী ও সাবেক ভাইস প্রেসিডেন্ট রিক মাকারের অনুগত বাহিনী। ওই সময় দেশটির প্রেসিডেন্ট সালভা কির অভিযোগ তুলেছিলেন, রিক মাকার তার বিরুদ্ধে ক্যু সংগঠিত করেছেন। এরপর বিদ্রোহীদের মধ্যে অনেক উপদল তৈরি হয়েছে।