মার্লো ক্যান্টারবেরির দ্য কিংস স্কুলে পড়াশোনা করেন (বর্তমানে এই স্কুলের একটি হাউস তাঁর নামে চিহ্নিত)। এরপর তিনি একটি বৃত্তি নিয়ে কেমব্রিজের করপাস ক্রিস্টি কলেজে ভর্তি হন এবং ১৫৮৪ সালে সেই কলেজ থেকে ব্যাচেলর অফ আর্টস ডিগ্রি লাভ করেন।[৫] ১৫৮৭ সালে বিশ্ববিদ্যালয় তাঁকে মাস্টার অফ আর্টস ডিগ্রি দিতে দ্বিধা করতে থাকেন। কারণ, গুজব সৃষ্টি হয়েছিল যে তিনি রোমান ক্যাথলিক মতবাদ গ্রহণ করে রেইমের ইংলিশ কলেজে পৌরোহিত্য শেখার জন্য যেতে চাইছেন। প্রিভি কাউন্সিল এই ব্যাপারে হস্তক্ষেপ করেন এবং মার্লোকে রানি প্রথম এলিজাবেথের বিশ্বস্ত ও সাহায্যকারী বলে উল্লেখ করেন। এর পরই বিশ্ববিদ্যালয় যথাসময়ে মার্লোকে মাস্টার্স অফ আর্টস ডিগ্রি প্রদান করেন।[৬] মার্লো ঠিক কিভাবে রানিকে সাহায্য করেছিলেন, প্রিভি কাউন্সিল সেটা নির্দিষ্টভাবে উল্লেখ না করলেও, কেমব্রিজ কর্তৃপক্ষকে লেখা কাউন্সিলের চিঠি থেকে অনুমান করা হয় যে, মার্লো স্যার ফ্রান্সিস ওয়ালসিংহ্যামের হয়ে গুপ্তচরবৃত্তি করতেন।[৭] তবে এই ধারণার কোনো প্রত্যক্ষ প্রমাণ নেই। যদিও কাউন্সিলের চিঠি থেকে স্পষ্ট যে মার্লো সরকারকে গোপনে সাহায্য করতেন।