তৌহিদুল আনোয়ার চৌধুরী দেশে ফিরে স্যার সলিমুল্লাহ মেডিকেল কলেজে চাকরির মাধ্যমে তার কর্মজীবন শুরু করেন। সেখানে তিনি ৬ বছর ছিলেন। এরপর চট্টগ্রাম মেডিকেল কলেজে বদলি হন। ১৯৮০ দশকে চৌধুরী তৎকালীন ইন্সটিটিউট অব পোস্ট গ্রাজুয়েট মেডিসিন এ্যান্ড রিসার্চ (IPGMR) যোগদেন এবং ১৯৮৭ সালে এর পরিচালক হিসাবে নিয়োগ পান। ১৯৯৪ সালে তিনি সরকারি চাকুরী থেকে অবসর গ্রহণ করেন। বর্তমানে তিনি বারডেম হাসপাতালে অবস. এ্যান্ড গাইনোকোলজী বিভাগের অধ্যাপক ও বিভাগীয় প্রধান হিসেবে দায়িত্ব পালন করছেন। চৌধুরী অবস. এ্যান্ড গাইনোকোলজী সোসাইটি বাংলাদেশে'র প্রতিষ্ঠাতা মহাসচিব ও পরবর্তীতে সভাপতি দায়িত্বে ছিলেন। এছাড়াও তিনি এশিয়া এ্যান্ড ওশেনিয়া ফেডারেশন অব অবস. এ্যান্ড গাইনোকোলজী'র ভাইস প্রেসিডেন্ট এবং 'সাউথ এশিয়া ফেডারেশন অব অবস. এ্যান্ড গাইনোকোলজী'র প্রেসিডেন্ট হিসাবে দায়িত্ব পালন করেছেন।