MHC’র একটি গুরুত্বপূর্ণ বৈশিষ্ট্য হলো তার বৈচিত্র্য। কত ভিন্ন ভিন্ন রূপে এরা থাকতে পারে। আমরা জানি অ্যান্টিবডিও প্রচুর বৈচিত্র্যময়। মিলিয়ন ধরনের অ্যান্টিবডি একই ব্যক্তিতে থাকতে পারে। কিন্তু MHC প্রোটিনের বৈচিত্র্য বিরাজ করে প্রজাতির মধ্যে। প্রজাতির প্রতিটা সদস্যের মধ্যে কেবলমাত্র অল্প কয়েক ধরণের MHC থাকে। তাই MHC হলো এক রকম স্বকীয়তার মার্কার। আর এটাই অঙ্গ প্রতিস্থাপনের বিশাল একটা সমস্যা।