২০১৬ সালে বাংলাদেশের ঢাকার গুলশানে হামলাকারী সন্ত্রাসীদের কয়েকজন জাকির নায়েকের প্রচারে প্রভাবিত হয়েছিল বলে অভিযোগ ওঠলে তিনি ওই অভিযোগ নাকচ করে বলেন, ‘আমি শান্তির দূত, কখনো সন্ত্রাসবাদকে উৎসাহিত করিনি।’ তিনি সন্ত্রাসবাদকে নিন্দা করেন এবং 'ইসলামে সন্ত্রাসের কোনো স্থান নেই' বলে মন্তব্য করেন। এ নিয়ে তিনি 'মিডিয়া ট্রায়ালের শিকার' হচ্ছেন বলেও জাকির নায়েক সংবাদ সম্মেলনে অভিযোগ করেন। জাকির নায়েক সেই থেকেই বিদেশে আছেন এবং বর্তমানে তিনি মালয়েশিয়ায় আশ্রয় নিয়েছেন।