কর্পোরেশনের সাধারণ ও প্রশাসনিক দিকনির্দেশনা এবং অন্যান্য বিষয়াবলী সংক্রান্ত সিদ্ধান্ত গ্রহণের ক্ষমতা চেয়ারম্যানের নেতৃত্বে পরিচালনাপর্ষদ এর উপর ন্যস্ত। পরিচালক পর্ষদের সদস্য সংস্থার সকল সদস্য পরিচালক এবং পদাধিকারবলে নিবন্ধক, সমবায় অধিদপ্তর , মহাপরিচালক, বাংলাদেশ পল্লী উন্নয়ন বোর্ড। এছাড়াও সচিব, বিএডিসি পরিচালক পর্ষদের সদস্য সচিব হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন। কর্পোরেশনের সাংগঠনিক কাঠামো ৫টি উইং এর সমন্বয়ে গঠিত। এগুলো হলো: বীজ ও উদ্যান,ক্ষুদ্রসেচ, সার ব্যবস্থাপনা, অর্থ এবং প্রশাসন। প্রশাসনিক উইং-টি চেয়ারম্যানের সরাসরি তত্ত্বাবধানে পরিচালিত হয় এবং অন্যান্য উইং গুলো সংশ্লিষ্ট সদস্য-পরিচালকের তত্ত্বাবধানে পরিচালিত হয়। ১৯৯৯ সালে এক গেজেট প্রজ্ঞাপনের মাধ্যমে কর্পোরেশনটি পুনর্গঠন করা হয় এবং বীজ উৎপাদন ও সেচের উপর কিছু নতুন কার্যক্রমের দায়িত্ব ন্যস্ত করা হয়। বর্তমানে বিএডিসি'র অনুমোদিত জনবল ৬৮০০।