২০১৬ সালে মাস্টার বাহিনীর প্রধান কাদের মাস্টার মোহসীনের কথায় প্রথম রাজি হন আত্মসর্মপণের জন্য। ইতিমধ্যেই মোহসীনের টিভির প্রতিবেদনগুলো দেখে বাংলাদেশ সরকার তাঁর সঙ্গে যোগাযোগ করেন। প্রশাসনের সঙ্গে কথা বলে তিনি বেশ কয়েকবার জঙ্গলে মাস্টার বাহিনীর ডেরায় যান। আত্মসমর্পণের জন্য তাদের লিখিত আবেদনপত্র সংগ্রহ করে সরকারের হাতে তুলে দেন। দীর্ঘ একবছর আলাপ-আলোচনার পরে মাস্টার বাহিনী আত্মসমর্পণ করে। মোহসীন নিজে তাদের জঙ্গল থেকে বাইরে নিয়ে আসেন। এই আত্মসমর্পণের ঘটনায় অন্য বাহিনীগুলোর মধ্যে ভয় ছিল যে মাস্টার বাহিনীর সবাইকে মেরে ফেলা হবে। কিন্তু যখন সেটা ঘটলো না, তখন সুন্দরবন থেকে বেরিয়ে এসে মজনু বাহিনী, ইলিয়াস বাহিনী, শান্ত বাহিনী, আলম বাহিনী, সাগর বাহিনী, খোকাবাবু বাহিনী, নোয়া বাহিনী, জাহাঙ্গীর বাহিনী, ছোটরাজু বাহিনী, আলিফ বাহিনী আর কবিরাজ বাহিনী তাঁর হাত ধরে আত্মসমর্পণ করে। আত্মসমর্পণকারী মাস্টার বাহিনীর জলদস্যু শাহিন তার প্রতিক্রিয়া জানাতে গিয়ে বলেন, “মোহসীন ভাই বললি পাঁচ তলা থিকি ঝাঁপ দিতি পারি। ওপর আল্লাহ আর নীচে এই ভাই”।