গবেষণায় দেখা যায়, আইনগতভাবে স্বায়ত্তশাসিত হলেও এনসিটিবি’র কার্যক্রমে শিক্ষা মন্ত্রণালয়ের প্রভাব ও নিয়ন্ত্রণ বিদ্যমান। সরকার এনসিটিবি’র সুপারিশক্রমে শিক্ষামন্ত্রণালয়ের মাধ্যমে লেখক কমিটি, শিক্ষাক্রম উন্নয়ন কমিটি ও টেকনিক্যাল কমিটিসহ বিভিন্ন গুরুত্বপূর্ণ কমিটির সদস্য নিয়োগ চূড়ান্ত করে। বিষয়টি সরকারের এখতিয়ারভুক্ত হওয়ায় এসকল কমিটির সদস্য নিয়োগে রাজনৈতিক প্রভাব কাজ করে। এনসিটিবি’র কর্মকর্তা-কর্মচারীদের যথাযথ জবাবদিহিতা নিশ্চিত করতে না পারায় তারা বিভিন্ন অনিয়ম ও দুর্নীতিতে জড়িয়ে পরছে। অন্যদিকে, পরিদর্শন ও তদারকিতে ঘাটতির কারণে নির্দিষ্ট সময়ের মধ্যে মানসম্মত পাঠ্যবই সরবরাহ করা সম্ভব হয় না। পাঠ্যবই লেখার মতো বিশেষায়িত বিষয় যথাযথ গুরুত্ব দেওয়া হয় না এবং অনেক ক্ষেত্রে প্রকৃত বিশেষজ্ঞদের এই প্রক্রিয়ার অন্তর্ভুক্ত না করার অভিযোগ রয়েছে। পাঠ্যবইয়ে ক্ষমতাসীন দলের মতাদর্শী ধারার ভাষা ব্যবহারের প্রবণতা এবং ধর্মীয় সাম্প্রদায়িক গোষ্ঠীর প্রভাব লক্ষ্যণীয়। এছাড়া, প্রতিষ্ঠানটিতে বিশেষজ্ঞ, জনবল ও কারিগরী দক্ষতার যথেষ্ট ঘাটতি থাকার তথ্যও এ গবেষণায় পাওয়া গেছে।