ইসহাক আলী বিএনপির গোদাগাড়ী উপজেলা শাখার সভাপতি হিসেবে দীর্ঘদিন দায়িত্ব পালন করেছেন। তবে উপজেলা পরিষদ নির্বাচনে বিজয়ী হওয়ার পর বিএনপির দলীয় কার্যক্রমে সক্রিয়ভাবে অংশগ্রহণ করেননি। ২০১৫ সালের ২৪ মার্চ তিনি গোদাগাড়ী উপজেলা বিএনপির সভাপতির পদ থেকে পদত্যাগ করেন। এর পর থেকেই তিনি বিএনপি থেকে নিজেকে গুটিয়ে নিয়েছিলেন।