এই বাহিনী যুদ্ধ করে নি। কাইউম খান নামে একছাত্র যুদ্ধে গিয়েছিলেন, স্বেচ্ছায়। যুদ্ধকালীন তিনি বাংলাদেশের নিয়মিত সেনাবাহিনীর প্রশিক্ষণের জন্য মনোনীত হন, এবং প্রশিক্ষণ শেষে আবার যুদ্ধক্ষেত্রে চলে আসেন। তিনি তার স্মৃতিকথায় লিখেছেন, মুজিববাহিনী কোথাও কোনো যুদ্ধে অংশ নিয়েছে এমন একটি দৃষ্টান্তও কেউ দিতে পারবে না। এই যোদ্ধাটি টের পেয়েছেন যে, মুজিববাহিনী একটি গোপন যুদ্ধের জন্য প্রস্তুতি নিচ্ছিল, সেটি হলো বামপন্থীদের হত্যা করার।১৬ মুজিববাহিনী ছিল তাজউদ্দীনের অজান্তে ভারতীয় গোয়েন্দাবাহিনীর দ্বারা গঠিত একটি এলিট ফোর্স, যেখানে বামপন্থীদের তো বটেই, কোনো কৃষক-সন্তানেরও প্রবেশাধিকার ছিল না। অপরদিকে মুক্তিবাহিনীর অধিকাংশ সদস্যই ছিলেন কৃষক পরিবারের সদস্য।