১৪৯৪ সালে মাত্র ১২ বছর বয়সে বাবর প্রথম ক্ষমতা লাভ করেন, তিনি ফরগানার সিংহাসনে আরোহণ করেন যা বর্তমানে উজবেকিসত্মান নামে পরিচিত। তার চাচা অনবরত তাকে সিংহাসনচ্যুত করার চেষ্টা করেছিলেন এবং তার অন্যান্য শত্রুও ছিল। এক সময় তার চাচা বাবরকে ক্ষমতাচ্যুত করতে সফল হয়। ফলে জীবনের বেশকিছু সময় তাকে আশ্রয়হীন এবং যাযাবর থাকতে হয়। এ সময় তার সঙ্গে শুধু তার বন্ধু ও চাষিদের যোগাযোগ ছিল। ১৪৯৭ সালে বাবর সমরকন্দের উজবেক শহরে আক্রমণ চালান এবং সাত মাস পরে শহর দখল করতে সমর্থ হন। ইতিমধ্যে প্রায় ৩৫০ কিলোমিটার দূরের ফরগানায় কিছু লোকের বিদ্রোহের কারণে তাকে স্থানটি হারাতে হয়। ফরগানা পুনরুদ্ধারের জন্য অগ্রসর হলে তার বাহিনীর লোকজন তাকে ফেলে চলে যায়। ফলে তাকে সমরকন্দ ও ফরগানা উভয়ই হারাতে হয়।