২০০১ এর নির্বাচনের পুর্বকালে “নারী নেতৃত্ব হারাম”, “জামাত ইসলামী দল নয়”, “চারদলীয় জোট ইসলামী ঐক্যজোটে যাওয়া ঠিক হয় নাই” ইত্যাদি ইস্যু নিয়ে শায়খে চরমোনাই রহ. কে তার বহুদিনের রাজনৈতিক ব্যক্তিবর্গই প্রচন্ড আক্রমন করছিলো। সেই সময়ে আল্লামা হোসাইনী বিশ্বস্ত সেনাপতি হয়ে তাঁর সাথে লড়েছেন।