১৯৪৭ সালে দেশভাগের কিছুদিন পরে ভূপতি ভূষণ চৌধুরী মওলানা ভাসানীর ঘনিষ্ঠ সান্নিধ্যে আসেন এবং মুসলিম লীগ বিরোধী অসাম্প্রদায়িক রাজনীতিতে যোগ দেন। আওয়ামী লীগের প্রতিষ্ঠাকাল থেকে তিনি এ সংগঠনের সাথে জড়িত হয়ে পড়েন এবং চট্টগ্রামের এম এ আজিজ ও জহুর আহমদ চৌধুরীর সাথে চট্টগ্রামে সংগঠন গড়ে তোলার কাজে যুক্ত হন। ১৯৫৪ সালের যুক্তফ্রন্ট নির্বাচনে তিনি গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করেন এবং সেই সূত্রে অবিভক্ত বাংলার প্রধানমন্ত্রী হোসেন শহীদ সোহরাওয়ার্দীর সংস্পর্শে আসেন। এ সময়ই বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানের সাথে তাঁর পরিচয় এবং ক্রমান্বয়ে বঙ্গবন্ধুর অত্যন্ত ঘনিষ্ঠজন ও আস্থাভাজন হয়ে উঠেন তিনি। তাঁকে চট্টগ্রাম জেলা আওয়ামী লীগ কার্যকারি কমিটিতে অর্থ সম্পাদক নির্বাচিত করা হয়। ৬২’র আন্দোলন সহ বিভিন্ন গণতান্ত্রিক প্রগতিশীল আন্দোলন, বিশেষ করে ছয় দফা আন্দোলনে তাঁর ভূমিকার জন্যে তিনি চট্টগ্রামের রাজনীতিতে অন্যতম মুখ্য ব্যক্তিত্বে পরিণত হন। ১৯৬৬ সালের ২০ মে রাতে পাকিস্তান প্রতিরক্ষা আইনে ভূপতি ভূষণ চৌধুরীকে গ্রেফতার করা হয় এবং তথাকথিত আগরতলা ষড়যন্ত্র মামলায় জড়িত করে তাঁর বিরুদ্ধে দেশদ্রোহিতার অভিযোগ আনা হয়। কারাগারে তাঁর ওপর অমানুষিক নির্যাতন চালানো হয়। ৬৯’র গণঅভ্যুত্থানে তিনি মুক্তি পান কিন্তু কয়েক মাসের মধ্যে ইয়াহিয়ার সামরিক জান্তা তাঁকে আবার গ্রেফতার করে। ১৯৭০’র শেষ দিকে জেল থেকে ছাড়া পেয়ে তিনি স্বাধীনতা সংগ্রামে ঝাঁপিয়ে পড়েন এবং মুক্তিযুদ্ধ সংগঠিত করার কাজে বিশেষ ভূমিকা পালন করেন। ১৯৭৫ সালের ১৫ আগস্ট বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান হত্যার এক সপ্তাহ পর মুজিবনগর সরকারের প্রধানমন্ত্রী তাজউদ্দিন আহমদ সহ তাঁকে আবারো ঢাকা থেকে গ্রেফতার করে তাঁর বিরুদ্ধে একটি মিথ্যে মামলা দায়ের করা হয় এবং সামরিক আইনের আওতায় সাজা দেওয়া হয়। ১৯৭৫ আগস্ট থেকে ১৯৮০ সাল পর্যন্ত পাঁচ বছর তিনি জেলে বন্দি জীবন-যাপন করেন। বন্দি থাকা অবস্থায় তৎকালীন সামরিক শাসক জিয়াউর রহমান তাঁকে নানা প্রলোভন দেখিয়ে তাঁর দলে যোগদানের প্রস্তাব দেন। কিন্তু সমস্ত প্রস্তাব তিনি প্রত্যাখ্যান করেন। [৪]