অবশ্য ভোট চলাকালীন তিন সিটিরই বেশকিছু কেন্দ্রে বিচ্ছিন্ন কিছু অপ্রীতিকর ঘটনার খবরও পাওয়া গেছে। সকাল ৮টায় ভোট শুরুর পর থেকেই কেন্দ্র থেকে এজেন্ট বের করে দেওয়া, এজেন্টদের ঢুকতে না দেওয়াসহ বিভিন্ন অভিযোগ করতে থাকেন বিএনপির মেয়র ও কাউন্সিলর প্রার্থীরা। তবে ক্ষমতাসীন দল আওয়ামী লীগের মেয়র প্রার্থী এ এইচ এম খায়রুজ্জামান লিটন, বদরউদ্দিন আহমদ কামরান ও সেরনিয়াবাত সাদিক আবদুল্লাহ বিএনপির অভিযোগ প্রসঙ্গে বলেন, বিএনপি নির্বাচনকে প্রশ্নবিদ্ধ করতে এবং নিশ্চিত পরাজয় জেনে এসব অভিযোগ করছে।