গবেষণায় দেখা যায়, গণশুনানিতে তিন পর্যায়ে যথা- আয়োজন, গণশুনানি চলাকালে ও গণশুনানি পরবর্তীতে কর্তৃপক্ষসহ অন্যান্য অংশীজনকে নানামুখি চ্যালেঞ্জের সম্মুখিন হতে হয়। যার মধ্যে আয়োজন পর্যায়ে উল্লেখযোগ্য চ্যালেঞ্জসমূহ হল গণশুনানি সম্পর্কে সচেতনতার অভাব, সেবা সম্পর্কে ধারণা ও পর্যাপ্ত প্রচারণার অভাব, প্রান্তিক অঞ্চলের জনগোষ্ঠীর কম অংশগ্রহণ, অভিযোগ জমা দিতে দ্বিধা ও উত্থাপনে বাধা, সরকারি কর্মকর্তাদের একাংশের অনাগ্রহ ও অনুপস্থিতি এবং দুদকের জনবল, লজিস্টিকস ও অর্থবরাদ্দের ঘাটতি। গণশুনানি চলাকালে বিলম্বে অনুষ্ঠান শুরু হওয়া ও অতিথিদের দীর্ঘ বক্তৃতা এবং গণশুনানি-পরবর্তীতে কর্মকর্তাদের বদলি ও অবসরজনিত সমস্যা, প্রতিশ্রুতির ফলো-আপ না হওয়া ইত্যাদি চ্যালেঞ্জ পরিলক্ষিত হয়।