ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়ের সমস্যা জন্মলগ্ন থেকেই। আশির দশকের শুরুতে কুষ্টিয়া-ঝিনাইদহ অঞ্চলে এর ভিত্তিপ্রস্তর স্থাপিত হওয়ার কিছুদিন পর এটি ঢাকার গাজীপুরে স্থানান্তরিত হয়ে যায়। সেখানেই একাডেমিক কার্যক্রম চালু হয়। পরে ১৯৯০ সালে তা আবার কুষ্টিয়া-ঝিনাইদহের পূর্বের স্থানে ফিরিয়ে আনা হয়।