গনজালেসের আধিপত্য খুব বেশিদিন বজায় থাকেনি। ১৬১৫ খ্রিস্টাব্দে তিনি আরাকান দখলের পরিকল্পনা করেন। এজন্য তিনি গোয়ার পর্তুগিজ ভাইসরয়ের কাছে সহায়তা চান। লাভজনক বিনিময়ের শর্তে ভাইসরয় রাজি হয়ে যান। শর্ত অনুযায়ী গোয়া থেকে ফ্রান্সিসকো দে মেনজেসের নেতৃত্বে পর্তুগিজদের একটি বাহিনী হাজির হয়। ঠিক হয়, এ বাহিনী আরাকান আক্রমণ করবে এবং গনজালেসের বাহিনী তাদের পেছনে থাকবে। এবার আরাকানের পক্ষে এক অপ্রত্যাশিত সহায়ক শক্তির আবির্ভাব ঘটল, যে শক্তি এ অঞ্চলে পর্তুগিজ আধিপত্য খর্ব করতে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা রেখেছিল। গনজালেস ও মেনেজেস আরকান আক্রমণ করবেন, এমন সময় ১৬১৫ খ্রিস্টাব্দের ৩ অক্টোবর তারা নদী বেয়ে একটি ডাচ নৌবহরকে এগোতে দেখলেন। বহরটি এত বড় ছিল যে, তার শেষ দেখা যাচ্ছিল না। আরাকন ও ডাচদের মিলিত বাহিনীর সঙ্গে লড়াইয়ে কয়েকশ পর্তুগিজ নিহত হয়। বেশির ভাগের পানিতে সলিল সমাধি হয়। পরিস্থিতি বিবেচনায় মেনেজেস তখন গোয়া ফিরে যান। এ সুযোগে গনজালেসের অনেক সঙ্গীও তাকে ত্যাগ করে নিরাপদে থাকতে গোয়া চলে যায়। এবার আরাকান রাজা আক্রমণ করে সন্দ্বীপ দখল করেন। গনজালেস পরাজিত হয়ে বিতাড়িত হন। এভাবে পূর্ববঙ্গে পর্তুগিজ আধিপত্য শেষ হয়। এ সময় থেকে ১৬৬৫ খ্রিস্টাব্দে পর্যন্ত পূর্ববঙ্গে পর্তুগিজদের ইতিহাস ছিল কালিমালিপ্ত। এ অঞ্চলের নদীপথে তারা ছন্নছাড়ার মতো ঘুরে বেড়াত আর দস্যুতা করত। ১৬৬৫ খ্রিস্টাব্দে শায়েস্তা খান পূর্ববঙ্গে পর্তুগিজ দস্যুতার অবসান ঘটান।