সালভাদোর ১৫৪৯ সালে প্রতিষ্ঠিত হয় এবং ১৭৬৩ সাল পর্যন্ত এটি পর্তুগালের ব্রাজিলীয় উপনিবেশের রাজধানী ছিল। এরপর রিউ দি জানেইরু ব্রাজিলের রাজধানী হয়। ঔপনেবশিক আমলে সালভাদোর প্রধান বন্দর ও প্রশাসনিক কেন্দ্র হিসেবে বিকাশ লাভ করে। এ সময় শহরটি চিনি ও তামাক রপ্তানি করত, যা শহরটির পাশের উপকূলীয় সমভূমিতে উৎপাদন করা হত।