প্রকল্প ব্যয়ের সিংহভাগ অর্থ ঋণ হিসেবে দিচ্ছে রাশিয়া। দেশটির ঠিকাদার ইতিমধ্যে প্রকল্প সাইটে কাজ করছে। এছাড়া ভারতের গ্লোবাল সেন্টার ফর নিউক্লিয়ার এনার্জি পার্টনারশিপ (জিসিএনইপি) কে রুপপুর পারমাণবিক বিদ্যুৎ কেন্দ্রের নির্মাণ এবং তদারকির জন্য পরামর্শক সংস্থা হিসেবে নিয়োগ দিয়েছে বিএইসি।রুপপুর পারমাণবিক বিদ্যুৎ প্রকল্পে মোট ব্যায় ধরা হয়েছে ১২.৬৫ বিলিয়ন ডলার। যার মধ্যে রাশিয়া ঋণ হিসেবে দেবে ১১.৩৮ বিলিয়ন ডলার। আর ভারত ঋণ দেবে এক বিলিয়ন ডলার। বাকি অর্থ বাংলাদেশ সরকার নিজস্ব তহবিল থেকে দেবে।