হিসাব বিভাগের সংস্থার সকল বিভাগের আওতায় উন্নয়ন ও অনুন্নয়ন প্রকল্পের বিল ভাউচার পাশ ও পরিশোধ, সব ধরণের হিসাব সংরক্ষণ, খরচের সঠিকতা যাচাই ও আনুতোষিক, প্রদেয় ভবিষ্যৎ তহবিলসহ সকল তহবিলের সুষ্ঠু ব্যবস্থাপনা নিশ্চিত করে থাকে। এছাড়াও সংস্থার সকল প্রকার ব্যাংক হিসাব খোলা, পরিচালনা, নিয়ন্ত্রণ ও সংরক্ষণ নিশ্চিতকরণ, হিসাব নিরীক্ষার জন্য বহি: অডিটের ব্যবস্থা গ্রহণ; অর্থ ছাড়করণের জন্য মহাহিসাব রক্ষকের সঙ্গে লিয়াজোঁ এবং সর্বক্ষেত্রে সংস্থার আর্থিক বিধি-বিধানের যথাযথ বাসত্মবায়ন পর্যবেক্ষণ করা ইত্যাদি কার্যাবলী উলেস্নখযোগ্য।