মালয়েশিয়ার ফেডারেল সরকারের রাজধানী হিসেবে কুয়ালা লামপুরের জায়গায় পুত্রজায়াকে বেছে নেয়া হয় দেশের অর্থনীতি দ্রুত চাঙ্গা হয়ে ওঠার পর। কুয়ালা লামপুরের ঠিক বাইরেই পুত্রজায়া অবস্থিত এবং এর নামকরণ হয়েছে মালয়েশিয়ার প্রথম প্রধানমন্ত্রী টুঙ্কু আবদুর রহমান পুত্রা এর নামানুসারে। তারা পুত্রার সাথে জায়া যোগ করেছেন যার অর্থ হলো উতকৃষ্টতা।