রাজনৈতিক চাপ ও পর্ষদের বিভিন্ন সদস্যদের চাপে পড়ে অনেকসময় ঋণ বিতরণ করা হয়ে থাকে বলে অভিযোগ রয়েছে। যেগুলো পরবর্তীতে ঝুঁকির মধ্যে পড়ে এবং খেলাপিতে পরিণত হয়। অনেক অসাধু কর্মকর্তা এদের সঙ্গে যোগসাজশ করে নানা দুর্নীতিতে জড়িয়ে পড়েন। যে কারণে ব্যাংকগুলো মূলধন ঘাটতি কাটিয়ে উঠতে পারছে না। প্রতিবছর বাজেটে ব্যাংকগুলোর ঘাটতি পূরণে টাকা দেয়া হচ্ছে। এরই ধারাবাহিকতায় ২০১৫-১৬ অর্থবছরে ঘাটতি পূরণে ৫ হাজার কোটি টাকা দেয়া হয়েছে।