উল্লেখ্য, ২০১০-১১ শিক্ষাবর্ষে জাবির ৯ বিভাগে ভর্তির জন্য প্রশাসন বাংলা-ইংরেজি ২০০ নম্বরের শর্ত জুড়ে দেয়। এর ফলে মাদরাসা শিক্ষার্থী ভর্তি যোগ্যতা হারিয়ে ফেলে। সে সময় তিনজন ভর্তি ইচ্ছুক মাদ্রাসা শিক্ষার্থীর করা রিটের রায়ে বিশ্ববিদ্যালয়ের এমন সিদ্ধান্তকে অবৈধ ঘোষণা করে হাইকোর্ট। পরে ২০১২-১৩ শিক্ষাবর্ষ থেকে নতুন আঙ্গিকে মাদরাসা শিক্ষার্থীদের সাথে বৈষম্য শুরু হয় যা এখনো চলমান।