জানা গেছে, অরাজনৈতিক সংগঠন হিসেবে হেফাজতের আত্মপ্রকাশ ঘটলেও সংগঠনটির বেশিরভাগ কেন্দ্রীয় নেতা ধর্মভিত্তিক বিভিন্ন রাজনৈতিক দলের দায়িত্বশীল পদে রয়েছেন।হেফাজতের ঢাকার নেতৃত্বে ছিলেন লালবাগ ও বারিধারার দুইটি মাদ্রাসার সংশ্লিষ্টরা, যারা একই সঙ্গে দুইটি ইসলামি রাজনৈতিক দলের নেতাও। লালবাগের জামিয়া কোরআনিয়া আরাবিয়া মাদ্রাসায় সংশ্লিষ্ট হেফাজতের নেতারা ইসলামী ঐক্যজোটেরও নেতা। অন্যদিকে বারিধারার জামি'আ মাদানিয়া মাদ্রাসার সংশ্লিষ্ট হেফাজত নেতারা জমিয়তে উলামায়ে ইসলাম বাংলাদেশের নেতা। হেফাজতে নিজ দলের প্রভাব বিস্তারকে কেন্দ্র করে মতপার্থক্য শুরু হয়। দ্বন্দ্বের কারণে সাংগঠনিক তৎপরতা ছিল না ঢাকা মহানগর হেফাজতের। চট্টগ্রাম থেকে সিন্ধান্ত এলেও বাস্তবায়ন হয়নি ঢাকাতে। ঢাকার কেন্দ্রীয় নেতাদের কর্তৃত্বের লড়াইয়ে বিপর্যস্ত ছিল ঢাকা মহানগর হেফাজত।