বেশীরভাগ প্রোগ্রামসমূহের জন্য অতিরিক্ত কিছু কনফিগারেশন ফাইল থাকে যেগুলি তৈরী করে/কাস্টমাইজ করে ঐ প্রোগ্রাম/কমান্ড এর অটোমোশন ক্ষমতা বাড়ানো যায়। উদাহরনস্বরূপ, আপনি এফটিপি শেল কমান্ড এর জন্য .netrc নামক একটি কনফিগারেশন ফাইল তৈরী করলেন যেখানে এফটিপি সার্ভার এ লগইন করা, সার্ভার এবং ফাইল লোকেশনগুলির অবস্থানের তথ্য এবং সেই সাথে কিছু এফটিপি প্রোগ্রাম এর কমান্ড (যেমন get, put, lcd ইত্যাদি) দেয়া আছে যার সাহায্যে স্বয়ংক্রিয়ভাবে ফাইল ট্রান্সফার করতে পারবেন। এই .netrc ফাইলটি ব্যবহারকারীর হোম ডিরেক্টরীতে ডিফল্টভাবে সংরক্ষিত হয় তাই ফাইলটিতে অবশ্যই রিড একসেস বন্ধ করে দিতে হবে কারন তাতে আপনার লগইন করার পাসওয়ার্ড সংরক্ষিত থাকতে পারে।