ফারক্রাই ৩ গেমটির পটভূমিতে রয়েছে ইন্ডিয়ান এবং প্যাসিফিক সাগরের মর্ধ্যবর্তি একটি আইল্যান্ড। সিরিজের আগের গেম ফারক্রাই ২ গেমটির মতো এই গেমটিতে প্লেয়ার চরিত্র হিসেবে অনেকজন থাকছে না। প্লেয়ার চরিত্রে রয়েছে জ্যাসন ব্রডি। ‍সে বন্ধুদের সঙ্গে অবসরে ছুটি কাটাতে আসে উক্ত আইল্যান্ডে। জলপথ ভ্রমণে একসাথে বের হওয়ার নির্দেশ থাকলেও হঠাৎ করে কাউকে না জানিয়ে সে বের হয় জলপথে মানে সাগরে।