চেকার্স সমঝোতা নিয়ে অনেক ধরনের সমালোচনা রয়েছে। এই সমঝোতায় এমন একটি নীতিমালা রয়েছে, যার অধীনে ইইউ ও যুক্তরাজ্যের মধ্যে বিভিন্ন ধরনের পণ্য বাণিজ্যের অনুমোদন রয়েছে। মূলত দুই পক্ষের সীমান্ত এলাকার বাণিজ্য নির্বিঘ্ন করার লক্ষ্যেই এই নীতিমালা রাখা হয়েছে। সমালোচকরা বলছেন, এর মধ্য দিয়ে যুক্তরাজ্য পরোক্ষভাবে ইউরোপীয় ইউনিয়নের নিয়ম-নীতি মানতে বাধ্য হবে। এ ছাড়া ভবিষ্যতে যুক্তরাজ্যের বাণিজ্য চুক্তিতেও বিষয়টি বড় প্রতিবন্ধকতা হয়ে দাঁড়াবে।