ওপেন সোর্স সফটওয়্যারের সুবিধার পাশাপাশি কিছু অসুবিধাও আছে। বেশির ভাগ ওপেন সোর্স সফটওয়্যারের প্রোগ্রামাররা নিজ়েদের পেশাগত কাজের ফাঁকে ফাঁকে ওপেন সোর্স নিয়ে কাজ করেন বলে ওপেন সোর্স সফটওয়্যাররের উন্নয়ন কিছুটা ধীর গতিতে হয়। এছাড়া ওপেন সোর্স ব্যবহারে কোন অসুবিধার সম্মুখীন হলে বানিজ্যিক সফটওয়্যারের মতো আপনি কোন প্রতিষ্ঠানের কাছ থেকে সাহায্য পাবেন না। তবে বেশির ভাগ সময় দেখা যায়, কোন ওপেন সোর্স জনপ্রিয় হলে একে ঘিরে অনলাইনে একটি গ্রুপ বা কমিউনিটি গড়ে উঠে। এ ধরনের কমিউনিটি বা ফোরামে একজন সদস্য অন্য সদস্যকে এ ব্যাপারে সাহায্য করে থাকেন।