২০১৪ সালের ২ নভেম্বর আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল-২ মানবতাবিরোধী অপরাধ মামলায় মীর কাসেম আলীকে মৃত্যুদণ্ড প্রদান করেন। তার বিরুদ্ধে মোট ১৪টি অভিযোগ আনা হয়েছিল। এর মধ্যে দু’টিতে মৃত্যুদণ্ডসহ মোট ১০টি অভিযোগে তাকে সাজা দেয়া হয়। অপর চারটি অভিযোগ থেকে তাকে খালাস দেয়া হয়।