পরবর্তীতে ব্যবসায়ী খলিলুর রহমানের মা মাফিয়া বেগম বাদি হয়ে রুনা আক্তারকে প্রধান আসামী করে তার মা শাহিদা বেগম, বাবা আলমগীর হোসেন, মামা ও খালুসহ ১০ জনের নাম উল্লেখ করে কুমিল্লা আদালতে একটি হত্যা মামলা দায়ের করেন। আদালত হত্যা মামলাটি পুলিশ ব্যুরো ইনভেস্ট্রিগেশন (পিবিআই) কে তদন্তের দায়িত্ব দেন। মামলার তদন্তের স্বার্থে ময়নাতদন্তের জন্য রোববার আদালতের নির্দেশে মৃত খলিলুর রহমানের মরদেহের কঙ্কাল করব থেকে উত্তোলন করে।