১৯২৮-১৯২৯ সালে মহাস্থানগড়ে সর্ব প্রথম প্রত্নতাত্তিক উৎখনন কার্য শুরু করা হয়। এসময় নগরীরর মধ্যে বইরাগির ভিটা মুনির ঘোন ও বাইরে গোবিন্দ ভিটা নামক ৩টি স্থানে খনন করা হয়। দীর্ঘদিন পর ১৯৬০-১৯৬১ সালে এবং পরবর্তীতে ১৯৮৮ সাল হতে নিয়মিতভাবে দূর্গের বিভিন্ন অংশ উৎখনন করা হয়। ১৯৯৩ হতে বাংলাদেশ ও ফ্রান্স সরকার যৌথভাবে মহাস্থানগড় খনন শুরু করায় এখানকার প্রত্নতাত্ত্বিক গবেষণার ক্ষেত্রে এক নতুন মাত্র পায়। প্রথম পর্যায়ে ১৯৯৯ পর্যন্ত পূর্ব দূর্গ প্রাচীরের মধ্যবর্তী এলাকায় খনন করা হয়। দ্বিতীয় পর্যায়ে ২০০০ সাল থেকে মাজারের পশ্চিম পাশে খনন কাজ করা হচ্ছে।