এখন আমরা জানবো কেন এই দুইটা প্রাণী হুবহু একই হবে। সত্যি বলতে এটা যতটা সহজ মনে হচ্ছে ততটা সহজ মোটেই নয় তবে মূলনীতিটা মোটামুটি সহজ। এই প্রক্রিয়া বুঝতে গেলে আমাদের আগে জানতে হবে যে, একটা প্রাণী কেমন দেখতে হবে বা তার সকল বৈশিষ্ট কেমন হবে তা ৯৯% নির্ভর করে তার তার দেহকোষের নিউক্লিয়াসে অবস্থিত ক্রোমোজোমের উপর আর বাকিটা পরিবেশের উপর। এখন আমরা যদি একটি প্রাণীর আদলে আরেকটি প্রাণী তৈরি করতে চাই তাহলে প্রথমেই আমাদের দুটি প্রাণীর ক্রোমোজোমে সাদৃশ্য নিয়ে আসতে হবে – ক্রোমোজোম যতোটা মিল হবে তাদের বৈশিষ্ট্য গুলোও ততটা মিলে যাবে। অর্থাৎ, সোজা কথায় দুটি প্রাণীর জিনোম (সম্পূর্ণ ক্রোমোজোম) যদি একই হয় তাহলে তাদের সবকিছু একই হবে – চেহারা, গঠন, চরিত্র ইত্যাদি। সাধারণত, প্রকৃতিতে আমরা তেমনটা খুব একটা দেখিনা কারণ, স্বাভাবিক প্রজনন হয় শুক্রাণু (n) ও ডিম্বাণুর (n) মিলনের ফলে – এই দুটি কোষই বিশেষায়িত কোষ কারণ এদের প্রতিটিতেই ক্রোমোজোমের পরিমাণ থাকে দেহ কোষের অর্ধেক (n) সংখ্যক অর্থাৎ এরা হ্যাপ্লয়েড সেল, এই দুটি কোষ মিলেই তৈরি হয় পরিপূর্ণ দেহকোষ (2n) অর্থাৎ ডিপ্লয়েড সেল। তাহলে এখন প্রশ্ন জাগতে পারে ক্লোনিং এর ক্ষেত্রে এই মূলনীতি বজায় থাকছে কিভাবে যেহেতু আমরা একটি প্রানি থেকেই শুধু কোষ নিচ্ছি ? ক্লোনিং ক্ষেত্রে আমরা দেহকোষ ব্যবহার করছি আর দেহকোষে (2n) সংখ্যক ক্রোমোজোম থাকে, অপরদিকে আমরা ডিম্বাণুটির নিউক্লিয়াসটি ফেলে দিচ্ছি, অর্থাৎ ডিম্বাণুতে কোন ক্রোমোজোমই থাকছেনা। তাহলে, যখন দেহকোষের নিউক্লিয়াস এবং নিউক্লিয়াস বিহীন ডিম্বাণুটির মিলন (2n+0=2n) হচ্ছে তখন তাদের মোট ক্রোমোজোম সংখ্যা হচ্ছে 2n সংখ্যক।