১৯৪১ সালে অমর্ত্য সেন তার শিক্ষাজীবন শুরু করেন সেইন্ট গ্রেগরী উচ্চ বিদ্যালয় এ। দেশ ভাগের পরে তারা ভারতে চলে গেলে অমর্ত্য সেন বিশ্বভারতী বিশ্ববিদ্যালয় স্কুলে ভর্তি হন। ১৯৫৩ সালে তিনি কোলকাতার প্রেসিডেন্সি কলেজ থেকে অর্থনীতিতে প্রথম শ্রেণীতে প্রথম হয়ে বিএ ডিগ্রি অর্জন করেন। ঐ বছরই তিনি ক্যাম্ব্রিজ বিশ্ববিদ্যালয়ের ট্রিনিটি কলেজে পড়তে যান। ১৯৫৬ সালে তিনি প্রথম শ্রেণীতে বিএ (সম্মান) ডিগ্রি অর্জন করেন। ঐ একই বছর তিনি ক্যামব্রিজ মজলিসের প্রসিডেন্ট নির্বাচিত হন। তিনি ট্রিনিট্রি কলেজে স্নাতকের ছাত্র থাকা অবস্থাতেই ব্রিটিশ রয়েল সোসাইটির ফেলো প্রশান্ত চন্দ্র মোহালনবিশের সাথে দেখা করেন। তিনি অমর্ত্য সেনের সাথে দেখা করে অভিভুত হন এবং পরবর্তীতে কোলকাতা ফিরে এসে তৎলালীন পশ্চিমবঙ্গের শিক্ষামন্ত্রি ত্রিগুনা সেনের কাছে অমর্ত্য সেনের জন্য সুপারিশ করেন। ত্রিগুনা সেন তখন জাতীয় কাউন্সিলে যাদবপুর বিশ্ববিদ্যালয় প্রতিষ্ঠার জন্য কাজ করছিলেন।