মূল অপারেশনের আগে নিউরোসার্জনদের একটি জটিল প্রক্রিয়ার ভেতর দিয়ে আগাতে হয়। প্রথমে একটি বিশেষ প্রটোকলে রোগীর একটি হাই রেজুলেশন এমআরআই করা হয় যাতে ব্রেনের নিউক্লিয়াসগুলো স্পষ্টভাবে বুঝা যায়। যেই নিউক্লিয়াসগুলির ভেতর একটি নির্দিষ্ট নিউক্লিয়াসে (সাব থ্যালামিক নিউক্লিয়াস) ডিবিএস ইলেকট্রোডগুলি বসানো হয়। তারপর রোগীর মাথায় একটি বিশেষ ধরণের ষ্টেরিয়েটেকটিক ফ্রেম বসিয়ে বিশেষ পদ্ধতিতে একটি সিটি স্ক্যান করা হয়। এরপর এই সিটি স্ক্যান ও আগের করা এমআরআই-এর ছবি কম্পিউটারে নিয়ে ডিজিটালি ফিউজ করে এক করা হয়। তারপর একটি নেভিগেশন সফটঅয়্যার ব্যবহার করে মগজের কোন জায়গায় ইলেকট্রোডটি স্থাপন করা হবে তার দৈর্ঘ্য-প্রস্থ ও উচ্চতাসহ একটি ত্রিমাত্রিক দিক ঠিক করা হয়।