বর্তমানে ইহুদিবাদী ইসরাইল ঐতিহাসিক মসজিদটি দখল করে রেখেছে। ১৯৪৮ সালের ১৫ মে বেলফোর ঘোষণার মাধ্যমে ফিলিস্তিনে অবৈধ ইসরাইল রাষ্ট্র প্রতিষ্ঠিত হয়। এ রাষ্ট্র প্রতিষ্ঠা লাভের পর বায়তুল মোকাদ্দাস মুসলমানদের হস্তচ্যুত হয়, সেই থেকে বায়তুল মোকাদ্দাস তাদের দখলে। ১৯৬৯ সালে একবার আল আকসা মসজিদে অগ্নিসংযোগের ঘটনাও ঘটে।