সরিষা ফসলের প্রধান রোগ অল্টারনারিয়া ব্লাইট বা পাতার দাগ পড়া রোগ। এ রোগ দেখা দিলে গাছের পাতায় প্রথমে বাদামী অথবা গাঢ় রঙের গোলাকার দাগ দেখা যায়। এ রোগ প্রকট হলে গাছের কান্ডে এমনকি শুঁটিতেও গোলাকার কালো দাগ দেখা যেতে পারে। এ রোগের আক্রমণ থেকে ফসল রক্ষা করতে হলে বীজ শোধন করে বপন করা দরকার। সেক্ষেত্রে প্রতি কেজি বীজ ২.৫ গ্রাম ক্যাপ্টান বা ভিটাভেক্স-২০০ ছত্রাকনাশক দিয়ে শোধন করতে হবে অথবা রোগমুক্ত বীজ ব্যবহার করতে হবে। তবে ফসলের ক্ষেতে এ রোগের আক্রমণ হলে রোভরাল-৫০ ডাব্লুপি ছত্রাকনাশক ঔষধ ২ গ্রাম প্রতি লিটার পানিতে মিশেয়ে এক সপ্তাহ পর পর তিনবার স্প্রে মেশিনের সাহায্যে স্প্রে করতে হবে।সরিষার প্রধান ক্ষতিকারক পোকা জাবপোকা। এ পোকার আক্রমণ বেশি হলে ম্যালাথিয়ন-৫৭ ইসি প্রতি লিটার পানিতে ২ মিলিলিটার হারে মিশিয়ে সম্পূর্ণ গাছ ভিজিয়ে স্প্রে করতে হবে। সরিষার আগাম চাষ করলে জাবপোকার আক্রমণ কম হয়। সরিষার জমিতে অপরাহ্নে কীটনাশক স্প্রে করা উচিত, এতে জমিতে বিচরণকারী মৌমাছির ক্ষতির আশংকা কম থাকে।