মলিকিউলার ক্লোনিংঃ এ পদ্ধতিতে একটা নির্দিষ্ট ডিএনএ অণুর অনুরূপ আরেকটি ডিএনএ অণু তৈরি করা হয়, এ কারণে এটিকে অনেক সময় ডিএনএ ক্লোনিং বা জিন ক্লোনিং ও বলা হয়ে থাকে। এক্ষেত্রে প্রথমে কোন কাঙ্ক্ষিত ডিএনএ অণুকে নির্দিষ্ট স্থানে কাটা হয়, এরপর, উক্ত (খণ্ডিত ও কাঙ্ক্ষিত) ডিএনএ অণুকে কোন ভেক্টরের (এক ধরনের বৃত্তাকার ডিএনএ অণু যা ব্যাকটেরিয়ার কোষের অভ্যন্তরে পাওয়া যায় এবং এটাকে সাধারণত প্লাজমিড বলা হয়) সাথে জুড়ে দেওয়া হয়, এরপর সেটি পুনরায় ব্যাকটেরিয়ার দেহে প্রবেশ করানো হয়। এখন ব্যাকটেরিয়ার কোষ বিভাজনের সাথে সাথে প্লাজমিড তথা আমাদের কাঙ্ক্ষিত ডিএনএ অণুটিও কপি হতে থাকবে। প্রাকৃতিক ভাবে আমাদের প্রতিটি কোষেও এই ধরনের ক্লোনিং প্রক্রিয়া চলছে আর এজন্যই আমাদের প্রতিটি কোষের ডিএনএ পুরোপুরি অভিন্ন। তবে PCR এর মাধ্যমে এটা পরীক্ষাগারেও করা সম্ভব। কোন কাঙ্ক্ষিত ডিএনএ নিয়ে কাজ করার সময় এই ক্লোনিং করা হয়।