সৈয়দ আমীর আলীই সেন্ট্রাল ন্যাশনাল মোহামেডান অ্যাসোসিয়েশন প্রতিষ্ঠা করেছিলেন, যাকে কেন্দ্র করেই ভারতবর্ষের মুসলমানরা সংগঠিত হয়েছিলেন। এই সংগঠন সমগ্র উপমহাদেশে সংবাদ প্রচার করতে থাকে এবং এভাবেই তিনি মুসলমান নেতাদের অল ইন্ডিয়ান মুসলিম লীগে আসার পথ করে দেন।