তিনি ১৯৫৩ সনে কাশ্মীরের উদ্দেশে রওনা দেন, কিন্তু ভারত থেকে কাশ্মীরে প্রবেশ করার আদেশ না থাকার অপরাধের জন্য তৎকালীন মুখ্যমন্ত্রী শেখ্ আব্দুলার নির্দেশে ডঃ মুখার্জীকে ১১ মে ১৯৫৩ সনে গ্রেফতার করা হয়। কারাগারে তাঁর শারীরিক আসুস্থতার জন্য তাঁকে হাসপাতালে নিয়ে যাওয়া হয়। শোনা যায়, সেখানে তাঁর বারন করা সত্বেও তাঁর উপর ভুল ইঞ্জেক্সন দেওয়া হয়েছিলো। তার ফলে ভুল চিকিৎসা বা বিনা চিকিৎসার কারনে ও অন্য কিছু অজানা কারনে রহস্যময় পরিস্থিতিতে ডঃ মুখার্জীর মৃত্যু ঘটে।