পুলিশি হেফাজতে তাঁর মৃত্যু সারা দেশে ব্যাপক সন্দেহ উত্থাপিত হয় ও স্বাধীন তদন্তের জন্য দাবী করে ডঃ মুখার্জীর মা যোগমায়া দেবী তৎকালীন প্রধানমন্ত্রী জওহারলাল নেহেরু কে আন্তরিকভাবে অনুরোধও করেন। কিন্তু যোগমায়া দেবীর দাবি বা অনুরোধ নেহরু গ্রহণ করেনি এবং একটি নিরপেক্ষ তদন্ত করার প্রয়োজন মনে করেনি। তাই এ কথা বলা যেতে পারে নেহেরুর উপেক্ষা এবং কোন তদন্ত কমিশন গঠন না করার ফলে মুখার্জীর 'রহস্যময় মৃত্যু' বিতর্কের একটি বিষয় রয়ে যায়।