যদিও ক্লোনিংয়ে বিজ্ঞানীরা যথেষ্ট সফল, তথাপি এর সাথে অনেক সমস্যা জড়িত, যেমন, ডিম্বাণুতে নিউক্লিয়াস ট্রান্সফার প্রক্রিয়ার পুরোটাই ম্যানুয়ালি করতে হয়, কোন অটোমেটেড প্রক্রিয়া নেই, একারণে অনেক ডিম্বক নিষেক করার সময়ই নষ্ট হয়ে যায়। এছাড়া একটা বড় সমস্যা হল ক্লোনিং পদ্ধতিতে উৎপন্ন জীবের টিকে থাকার সম্ভাবনা এবং তাদের বেঁচে থাকার সময় সীমা নিয়ে। বেশির ভাগ ক্ষেত্রেই প্রাণী তার ভ্রূণ অবস্থাতেই মারা যায় আর যারা সারভাইভ করে তারাও বেশি দিন বাচেঁনা (ডলি বেঁচে ছিল মাত্র সাড়ে ৬ বছর)। এর কিছু কারণ আছে, যেমন, ক্রোমোজোমের প্রান্তে টেলোমেয়ার নামক এক ধরনের ডিএনএ থাকে যা প্রতিবার কোষ বিভাজনের সময় কিছুটা করে ক্ষয়ে যায়, অর্থাৎ বয়স বৃদ্ধির সাথে সাথে প্রত্যেক প্রাণীর কোষের টেলোমেয়ারের দৈর্ঘ্য কমতে থাকে। এই টেলোমেয়ার-ই জীবের মৃত্যুর প্রধান কারণ। এটা যখন শেষ হয়ে যায় তখন কোষ বিভাজনে সমস্যা দেখা দেয় এবং কোষটি মারা যায়, পরিশেষে পূর্ণ জীবটাই মারা যায়। যেহেতু বয়স্ক প্রাণীর কোষের টেলোমেয়ার ক্ষয়ে যাওয়ার কারণে এর দৈর্ঘ্য কম থাকে – এখন দেহকোষ যদি এরকম কোন প্রাণী থেকে নেওয়া হয় তাহলে উৎপন্ন ক্লোনটিও সেই একই পরিমান দৈর্ঘ্যের টেলোমেয়ার (Telomeric Length) নিয়ে জন্ম নেবে ফলে তার দেহকোষ কিছুদিন পর তার বাকি টেলোমেয়ার টুকুও হারাবে ফলে জীবটি মৃত্যুর দিকে ধাবিত হবে । তবে বর্তমানে ক্লোন করার আগে দেহ কোষটির টেলোমেয়ারকে পরিপূর্ণ করা হয় অর্থাৎ দৈর্ঘ্য বাড়িয়ে আগের মত করা হয়। এছাড়াও আছে নিউক্লিয়ার জিনোম এবং মাইটোকন্ড্রিয়াল জিনোমের অসামান্জস্যতা, মিউটেশন (ডিএনএ ‘র স্থায়ী পরিবর্তন), কোষের বিভিন্ন প্রোটিন, ফ্যাক্টর, অন্যান্য মলিকিউলস গুলোর মধ্যকার মিথষ্ক্রিয়াসহ ইত্যাদি অনেক কারণ।