সবকিছুর উপকারি-অপকারি দিক থাকে। বিটি এন্ডোটক্সিন এর ও কিছু ক্ষতিকর প্রভাব আছে। অপকারী পোকা দমনের পাশাপাশি বেশকিছু উপকারী প্রজাতি ও বিটির কারনে ক্ষতিগ্রস্ত হয়। পরিবেশে বায়োলজিক্যাল কীটনাশক এর তুলনায় রাসায়নিক কীটনাশক এর ক্ষতিকর দীর্ঘমেয়াদি প্রভাব শতগুন বেশী ভয়ংকর। এসব বিবেচনায় বাংলাদেশে বিটি বেগুনের গবেষণা এবং প্রয়োগ কে উতসাহিত করা উচিত।