১৯৮০ সালে প্রতিষ্ঠিত ভারতীয় জনতা পার্টির প্রথম সভাপতিও হন বাজপেয়ী। তার ১৬ বছর পরে প্রথমবার দেশের প্রধানমন্ত্রী হন। ২০০৪ সালের লোকসভা নির্বাচনে বিজেপি নেতৃত্বাধীন এনডিএর হার হয়। পরাজয়ের দায় নিজের কাঁধে নিয়ে প্রধান বিরোধী দলনেতার পদ নিতে অস্বীকার করেন তিনি। পরে নিজেকে ক্রমশ সক্রিয় রাজনীতি থেকে দূরে সরিয়ে নেন।