জামায়াতের নেতৃত্বে মুজাহিদিন গ্রুপ প্রতিষ্ঠিত হয়। মুজাহিদিন গ্রুপের প্রধান আহমদ শাহ মাসউদ সোভিয়েত বাহিনীর বিরুদ্ধে গেরিলা যুদ্ধ চালিয়ে যেতে থাকেন এবং প্রতিরোধ যুদ্ধের কেন্দ্রীয় চরিত্র হয়ে উঠেন। ১৯৮৯ সালের ১৫ ফেব্রুয়ারি রুশ বাহিনী আফগানিস্তান ত্যাগ করে। তারপরও নাজিবুল্লার সরকার মুজাহিদদের বিরুদ্ধে যুদ্ধ চালিয়ে যেতে থাকে। আহমদ শাহ সরকারবিরোধী লড়াই অব্যাহত রাখেন। দেশে চরম দুরাবস্থা বিরাজমান রেখে ১৯৯২ সালে ১৭ই এপ্রিল এ-সরকার ক্ষমতা ত্যাগ করে। ২৮ এপ্রিল অন্তবর্তীকালীন ইসলামিক সরকারের প্রধান হন সিবঘাতুল্লাহ মুজাদ্দেদী।