কিন্তু মুরসি এক্ষেত্রে কতটা সফল হবেন সেটা নিয়ে অনেকটা সন্দেহ রয়েছে। কেননা সামরিক পরিষদের সাথে ব্রাদারহুডের সম্পর্ক খুব ভালো নয়। তার উল্লেখযোগ্য ও গুরুত্বপূর্ণ প্রমাণ ইতিমধ্যেই পাওয়া গেছে। বিশ্লেষকদের ধারণা, ব্রাদারহুডের নেতা মুরসিকে নিয়ে চাপা ভীতি কাজ করছে সামরিক পরিষদের নেতাদের মাঝে। কেননা এই সামরিক পরিষদের নেতারা সকলেই ছিল মোবারকের শাসনামলের। মোবারকের শাসনামলে ব্রাদারহুডের নেতাকর্মীদের উপর অনেক নির্যাতন করা হয়েছে। তাই মুরসি ক্ষমতায় গেলে তাদের ওপর যাতে আইনের খড়গ চালাতে না পারেন সেজন্য তারা আগেই তার হাত পা বেঁধে দেয়ার চেষ্টা করেছেন। হোসনি মোবারকের পতনের পর অনুষ্ঠিত নির্বাচনের মাধ্যমে গঠিত পার্লামেন্টের ব্যাপারে সর্বোচ্চ আদালতের একটি রায়ের প্রেক্ষিতে সামরিক পরিষদ পার্লামেন্ট ভেঙ্গে দিয়েছে, ভেঙ্গে দিয়েছে সাংবিধানিক পরিষদও। পার্লামেন্ট ও সাংবিধানিক পরিষদে ব্রাদারহুডের প্রাধান্য ছিল। পার্লামেন্ট ও সাংবিধানিক পরিষদ ভেঙ্গে যাওয়ায় আইন প্রণয়ন ও সংবিধান রচনা অনিশ্চিত হয়ে পড়েছে।