জাতীয় বিশ্ববিদ্যালয় প্রতিষ্ঠার আগে দেশের সব ডিগ্রি কলেজ ঢাকা, রাজশাহী, চট্টগ্রাম ও কৃষি বিশ্ববিদ্যালয়ের অধীনে পরিচালিত হতো। ১৯৯২ সালে সরকারি কলেজগুলো পাবলিক বিশ্ববিদ্যালয়ের নিয়ন্ত্রণ থেকে জাতীয় বিশ্ববিদ্যালয়ের অধিভুক্ত করা হয়।