ব্যাংকটিতে প্রথম যে বৃহৎ কেলেঙ্কারির ঘটেছে সেটা হলো এননটেক্স গ্রুপ। যার এমডি মো. ইউনুস (বাদল) এর ২২টি প্রতিষ্ঠানের নামে সব ঋণ দিয়েছে ব্যাংকটি। তাঁর মূল ব্যবসা বস্ত্র উৎপাদন ও পোশাক রফতানি। জনতা ব্যাংকের একাধিক তথ্য-উপাত্ত বিশ্লেষণ ও অনুসন্ধানে জানা যায়, কোম্পানিগুলোর নামে বিভিন্ন সময়ে কাঁচামাল আমদানির জন্য ঋণপত্র খোলা হলেও টাকা পরিশোধ করা হয়নি। প্রতিষ্ঠানগুলোর পক্ষে ব্যাংক নিজেই বাধ্য হয়ে বিদেশী রপ্তানিকারক প্রতিষ্ঠানকে অর্থ শোধ করে দিয়েছে। পরে গ্রাহক তা পরিশোধ করেনি। এভাবে নেওয়া ঋণসুবিধার (নন-ফান্ডেড) সব অর্থই সরাসরি ঋণে (ফান্ডেড) পরিণত হয়েছে। আবার দৈনন্দিন ব্যবসা পরিচালনার জন্য নেয়া চলতি মূলধনও (সিসি ঋণ) ফেরত দেয়নি।