রেম ঘুমের সময়ে মস্তিষ্কের আরেকটা লক্ষ্যনীয় বৈশিষ্ট্য হলো আবেগ নিয়ে কাজ করা এলাকাগুলোতেও বেশ সক্রিয়তা দেখা যায়। বিশেষ করে অ্যামিগডালা ও অ্যান্টেরিয়র সিঙ্গুলেট অঞ্চলগুলো প্রবলভাবে সক্রিয় হয়ে ওঠে। এই অঞ্চলগুলো ভয়, উদ্বেগ, ব্যাথা সংশ্লিষ্ট আবেগীয় প্রতিক্রিয়া এবং ভয় কিংবা ব্যাথা সম্পর্কিত উদ্দীপনার সাথে জড়িত থাকতে দেখা যায়। গল্প-বলা-স্বপ্নে ভয়, উদ্বেগ ও আগ্রাসনের যে ব্যাপক প্রাদুর্ভাব দেখা যায় তার পেছনে এই দুইটি অঞ্চল দায়ী বলে মনে করা হয়। রেম ঘুমের সময় প্রিফ্রন্টাল কর্টেক্সের কিছু অংশ (ডর্সোল্যাটারাল) একেবারেই নিষ্ক্রিয় হয়ে যায়। আমরা জানি প্রিফ্রন্টাল কর্টেক্স হচ্ছে মস্তিষ্কের সম্প্রতি বিবর্তিত অংশ। কর্টেক্সের নিষ্ক্রিয় হয়ে যাওয়া অঞ্চলটি যুক্তি, বিচার-বিবেচনাবোধ আর পরিকল্পনার মতো কাজে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে। স্বপ্নে কেন আমরা অযৌক্তিক, অদ্ভূতুড়ে আর অসম্ভব সব ঘটনা ও কাহিনী কেন মেনে নেই তার একটি ব্যাখ্যা হলো এই নিষ্ক্রিয়তা। এছাড়াও ডর্সোল্যাটারাল প্রিফন্ট্রাল কর্টেক্সের এরকম দুর্বল হয়ে যাওয়া স্বপ্নে হ্যালুসিনেশনের মতো উপাদান সংযুক্ত করতে ভালো ভূমিকা রাখে। বলে রাখা ভালো সাইজোফ্রেনিয়ায় (এক ধরনের মানসিক রোগ) হ্যালুসিনেশনের পেছনেও এই ডর্সোল্যাটারাল প্রিফ্রন্টাল কর্টেক্স নিষ্ক্রিয় হয়ে যায়। এ কারণে সাইজোফ্রিনিয়া ভুক্তভোগীরা জেগে থেকেও স্বপ্নের মতো অযৌক্তিক ঘটনার অভিজ্ঞতার মধ্য দিয়ে যান।