হিন্দুস্তান টাইমস জানায়, ২০০২-২০০৩ সালে মুম্বাইয়ে সিরিজ বিস্ফোরণের পরও জাকির নায়েকের বিরুদ্ধে সন্ত্রসাবাদের অভিযোগ ওঠে। এ নিয়ে মুম্বাইয়ের পুলিশ ও গোয়েন্দা সংস্থাগুলো তাকে ব্যাপক জিজ্ঞাসাবাদ করে। কিন্তু অভিযোগের পক্ষে কোনো প্রমাণ পাননি তারা।