ট্রিনিট্রিতে ফেরত যাবার পর তিনি সেখানে ফেলোশিপ অর্জন করেন যা তাকে পরবর্তী চার বছর তার ইচ্ছামত যেকোন কাজ করার সুযোগ এনে দেয়। তিনি দর্শনশাস্ত্রে অধ্যয়ন করার সিদ্ধান্ত নেন। দর্শনশাস্ত্রের জ্ঞান তাকে পরবর্তীতে তার গবেষনা কাজে অনেক সাহায্য করে। তার মতে, “দর্শন চর্চার মাধ্যমে জ্ঞান বিকশিত করা আমার জন্য খুবই গুরুত্বপূর্ণৃ ছিল তার কারণ এই নয় যে আমার প্রিয় বিষয় অর্থনীতি, দার্শনিক চিন্তাভবনার সাথে ওতপ্রোতভাবে জড়িত, তার মূল কারণ দর্শন শাস্ত্র অধ্যয়ন নিজে থেকেই অনেক ফলপ্রসু।” যদিও দর্শনের প্রতি তার এই আগ্রহ অনেক আগেই তার কলেজ জীবন থেকে শুরু হয়েছিল। প্রেসিডেন্সি কলেজে তিনি নিয়মিত দর্শন চর্চা এবং এর উপর বিতর্কে অংশগ্রহণ করতেন। ধর্মনিরপেক্ষতার বিষয়ে অমর্ত্য সেন বলেছেন, ধর্মনিরপেক্ষতার কথা প্রথম বলেছেন সম্রাট আকবর। তবে এটি পশ্চিমা সেক্যুলারিজম থেকে আলাদা। পশ্চিমের সেক্যুলারিজম হলো ধর্মটা বাদ দিতে হবে। এখানে তা নয়। এখানে ধর্মটাকেও থাকতে দিতে হবে। এখানে হলো ধর্মের ব্যাপারে রাষ্ট্রের দৃষ্টিভঙ্গি যেন নিরপেক্ষ হয়। এ বিষয়টা বাংলায় থেকে গেছে, অন্যত্র থাকেনি।