একাত্তরের মুক্তিযুদ্ধের সময় ঢাকার মিরপুরে বিহারিদের নিয়ে কাদের মোল্লা মুক্তিযুদ্ধের বিপক্ষে নেতৃত্ব দেন। ওই সময় মিরপুরের স্থানীয় বাসিন্দাদের কাছে ‘জল্লাদ’ ও ‘কসাই’ নামে পরিচিত ছিলেন কাদের মোল্লা। শিয়ালবাড়ী, রূপনগরসহ গোটা মিরপুর এলাকায় হাজার হাজার বাঙালি হত্যার প্রধান নায়ক ছিলেন কাদের মোল্লা। মুক্তিযুদ্ধ শুরু হওয়ার আগে বঙ্গবন্ধুর ডাকে অসহযোগ আন্দোলন চলাকালে কাদের মোল্লার নেতৃত্বে মিরপুরে বাঙালি হত্যাযজ্ঞ শুরু হয়।