নীলসাগর এক্সপ্রেস টাঙ্গাইল, সিরাজগঞ্জের উল্লাপাড়া, পাবনার মুলাডুলি, নাটোর, বগুড়ার সান্তাহার, জয়পুরহাট, পাঁচবিবি, দিনাজপুরের বিরামপুর, ফুলবাড়ী ও পার্বতীপুর, নীলফামারীর সৈয়দপুর এবং সর্বশেষ নীলফামারী রেলওয়ে স্টেশনে থামবে।