টি কোষ আর বি কোষের একটা বড় পার্থক্য হলো অ্যান্টিজেন কর্তৃক সক্রিয়করণের পরবর্তী ঘটনা। বি কোষ যখন অ্যান্টিজেন দ্বারা সক্রিয় হয় তখন তখন তারা প্রচুর সংখ্যক অ্যান্টিবডি তৈরি করে। আর টি কোষ সক্রিয় হলে তারা অ্যান্টিজেনের উৎস খুঁজতে তৎপর হয়। উভয় রকম টি কোষ অ্যান্টিজেনের উৎস পেলে সাইটোকাইন নামের ছোট ছোট প্রোটিন ছেড়ে দেয় যেগুলো কোষের সাথে কোষের যোগাযোগে কাজ করে। সাইটোকাইনের মাধ্যমে অন্যান্য বিভিন্ন কোষের সাথে যোগাযোগ স্থাপিত হয়ে প্রতিরোধ প্রতিক্রিয়া আরো জোরালো হয়।