প্রধানমন্ত্রী থাকাকালীন রাজস্থানের পোখরানে পরমাণু বিস্ফোরণ ঘটানোর নির্দেশ দিয়েছিলেন৷ শুরু হয়েছিল উপমহাদেশে অস্থিরতা৷ পরে তার পাল্টা পরমাণু বিস্ফোরণ ঘটায় পাকিস্তান৷ প্রধানমন্ত্রীত্বের পদে থাকাকালীন দিল্লি-ইসলামাবাদ সম্পর্কের উন্নতির দুই দেশের মধ্যে বাস চালানো শুরু করিয়েছিলেন বাজপেয়ী৷