ডঃ মুখার্জীর ১৯৫২ সনে দক্ষিণ কলকাতা কেন্দ্রর থেকে সংসদে নির্বাচিত হন। তিনি ছিলেন ভারতের জাতীয়তাবাদী খন্ডতার প্রতীক, তাই তিনি কাশ্মীরের ৩৭০ ধারা সম্পর্কে বলেছিলেন "Ek desh mein do Vidhan, do Pradhan aur Do Nishan nahi challenge"।