অধিকাংশ চিকুনগুনিয়া রোগীই পুরোপুরি সেরে উঠেন। তবে অস্থি সন্ধির ব্যথা কয়েক মাস এমনকি কয়েক বছর পর্যন্ত স্থায়ী হওয়ারও খবর পাওয়া যায়। কিছু ক্ষেত্রে চোখ, হৃদপিণ্ড, স্নায়ুতন্ত্র ও গ্যাস্ট্রোইন্টেসটাইনাল সমস্যার ঘটনাও ঘটে। চিকুনগুনিয়া জটিল রূপ ধারণ করার ঘটনা খুব একটা দেখা যায় না তবে বৃদ্ধদের ক্ষেত্রে এটি মৃত্যুর কারণও হতে পারে। আক্রান্তের শরীরে উপসর্গগুলো তীব্র না হওয়ায় অনেক সময় রোগ সনাক্ত করতে সমস্যা হয় যা থেকে বিপদের আশঙ্কা থাকে।