১৯৬২ সালে, কফি আনান জাতিসংঘের সহযোগী সংগঠন বিশ্ব স্বাস্থ্য সংস্থার বাজেট অফিসার হিসেবে কাজ শুরু করেন।[২১] ১৯৭৪ থেকে ১৯৭৬ সাল পর্যন্ত তিনি ঘানার পর্যটনের পরিচালক হিসেবে দায়িত্বপালন করেন। ১৯৮০ সালে তাকে জেনেভায় জাতিসংঘ শরণার্থীবিষয়ক হাইকমিশনারের সদর দপ্তরের কর্মকর্তাদের প্রধান নিযুক্ত করা হয়। ১৯৮৩ সালে তিনি নিউইয়র্কে জাতিসংঘ সচিবালয়ের প্রশাসনিক ব্যবস্থাপনা সেবার পরিচালক পদে আসীন হন। ১৯৮০'র দশকের শেষদিকে তিনি জাতিসংঘের সহকারী মহাসচিব হিসেবে পরপর তিনটি পদের দায়িত্ব পান: মানবসম্পদ, ব্যবস্থাপনা এবং নিরাপত্তা সমন্বয়ক (১৯৮৭–১৯৯০); কর্মসূচী পরিকল্পক, বাজেট ও ফিন্যান্স, এবং নিয়ন্ত্রক (১৯৯০–১৯৯২); শান্তিরক্ষা কার্যক্রম (মার্চ ১৯৯৩ – ডিসেম্বর ১৯৯৬)।[২২]