এদিকে সরকারের পক্ষ থেকে অভিযোগ করা হয়েছে, শিক্ষার্থীদের আন্দোলনে ‘তৃতীয়’ পক্ষ অনুপ্রবেশ করে রাজনৈতিক ফায়দা লুটতে চেয়েছিল। এই তৃতীয় পক্ষ কে বা কারা তা সরকার পক্ষ পরিষ্কার করেনি। তবে পরবর্তীতে সরকারের গৃহীত পদক্ষেপ থেকে বুঝতে কারো বাকি থাকেনি তৃতীয় পক্ষ বলতে কাদেরকে বোঝানো হয়েছে। শিক্ষার্থীদের আন্দোলনে সহিংসতার উস্কানি দেয়ার অভিযোগে বিএনপি মহাসচিব মির্জা ফখরুল ইসলাম আলমগীর, স্থায়ী কমিটির সদস্য আমীর খসরু মাহমুদ চৌধুরী এবং সিনিয়র যুগ্ম-মহাসচিব রিজভীর বিরুদ্ধে মামলা করেছেন ক্ষমতাসীন দলের এক নেতা। আমীর খসরুর বিরুদ্ধে অভিযোগ আনা হয়েছে, তিনি বিএনপির এক কর্মীকে আন্দোলনে মাঠে নামার জন্য টেলিফোনে নির্দেশ দিয়েছেন। সামাজিক যোগাযোগ মাধ্যমে ওই টেলি কথোপকথনের অংশ বিশেষ ভাইরাল হয়েছে।