নির্ঘণ্টের দ্বিতীয় অংশে রয়েছে তুলনামূলক শব্দসূচি। এতে ভুক্তি শব্দগুলো দুভাগে বিভক্ত। প্রতিটি ভুক্তি শব্দের প্রথম অংশে রয়েছে হরপ্রসাদ শাস্ত্রী-সংকলিত চর্যাপদের শব্দ। এর ঠিক পরেই সন্নিবেশিত হয়েছে নতুন চর্যাপদের শব্দ। তবে এ-তালিকায় সাধিত শব্দ যুক্ত করা হয়নি। এ-ক্ষেত্রে একটি সীমাবদ্ধতা চোখে পড়ে। তা হলো, পরিশিষ্ট অংশে হরপ্রসাদ শাস্ত্রীর চর্যাপদের পাঠ সন্নিবেশ না করা। ফলে এই পর্যায়ে তুলনার জন্য আলাদাভাবে হরপ্রসাদ শাস্ত্রীর পাঠ জোগাড় করতে হবে।