তার ছেলে সিরাজ আহমদ বিডিনিউজ টোয়েন্টিফোর ডটকমকে জানান, বাদ জোহর ধানমণ্ডির শাহী ঈদগাহ মাঠে মোজাফফর আহমদের প্রথম জানাজা হবে। এরপর তার মরদেহ নিয়ে যাওয়া হবে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ে। সেখানে দ্বিতীয় জানাজার পর আজিমপুর কবারস্থানে তাকে দাফন করা হবে।