ষাটের দশকে দেশে মোট প্লাবনভূমির পরিমাণ ছিল প্রায় ৬৩ লাখ হেক্টর। ১৯৮৫ সালে তা হ্রাস পেয়ে দাঁড়ায় প্রায় ৫৪ লাখ হেক্টরে এবং ২০০৮ সালে তা আরো হ্রাস পেয়ে দাঁড়ায় মাত্র ২৮ লাখ হেক্টরে। জলজ আবাসস্থল ক্ষতিগ্রস্ত হওয়ায় মাছের উৎপাদনও কমে আসে। নদী, প্লাবনভূমি, বিল এবং হাওর ছাড়াও বাঁওড় নামের অনেক জলাশয় রয়েছে বিশেষত বাংলাদেশের দক্ষিণ-পশ্চিম অঞ্চলের যশোর ও খুলনা জেলায়। মূল নদী থেকে নদীর বাঁক বিচ্ছিন্ন হয়ে সৃষ্ট পৃথক জলাশয় বাঁওড়ে পরিণত হয়। এক বিশাল জলাশয় কাপ্তাই হ্রদের আয়তন প্রায় ৬৮,৮০০ হেক্টর। দেশে মানুষের তৈরি এটিই স্বাদুপানির বৃহত্তম জলাধার, যা মুক্ত পানিব্যবস্থার সঙ্গে যুক্ত নয়। এ ছাড়া রয়েছে অসংখ্য পুকুর, যার মোট জলভাগের আয়তন প্রায় ৩,০৫,০২৫ হেক্টর। পুকুরগুলো ছোট (০.০১ হেক্টরের কম), মাঝারি (০.১-০.৬ হেক্টর) ও বড় (০.৬ হেক্টরের অধিক)—এই তিন শ্রেণিতে বিভক্ত। বঙ্গোপসাগরে তিনটি বৃহৎ মৎস্য আহরণ অঞ্চলের সন্ধান পাওয়া গেছে : ১. দক্ষিণাঞ্চল (৬২০০ বর্গকিমি), ২. মধ্যাঞ্চল (৪,৬০০ বর্গকিমি) এবং ৩. সোয়াচ অব নো গ্রাউন্ড (৩,৮০০ বর্গকিমি)। এই তিনটি মৎস্য আহরণ অঞ্চলের মধ্যে দক্ষিণাঞ্চল অধিক উৎপাদনশীল।