অন্যদিকে Drosophila melanogaster বা ফ্রুট ফ্লাই এর লিঙ্গ ক্রোমোসোম দ্বারা নির্ধারিত হলেও উপরোক্ত পদ্ধতিগুলো থেকে তা আলাদা। এদের ক্ষেত্রে X এবং Y ক্রোমোসোম উপস্থিত থাকলেও XX-XY পদ্ধতিতে এদের লিঙ্গ নির্ধারিত হয় না । এদের দেহে মোট ৪ জোড়া ক্রোমোসোম থাকে। লিঙ্গ নির্ধারণের ক্ষেত্রে Y ক্রোমোসোমের কোন ভূমিকা নেই। বরং X ক্রোমোসোম ও অটোসোমের সংখ্যার অনুপাত দ্বারা এদের লিঙ্গ নির্ধারিত হয়।