মাখজুনুল উলুম মাদরাসার আর্থিক কেলেঙ্কারীর অভিযোগটি দীর্ঘদিনের। উল্লেখ্য যে মাদরাসার মুহতামিম মরহুম মাওলানা আবদুস সোবহান মধ্যপ্রাচ্য থেকে কোটি কোটি টাকা অনুদান সংগ্রহের কয়েক বছরের মধ্যেই মাদরাসায় আর্থিক কেলেঙ্কারীর বিষয়টি উঠে আসে। তারই জিবদ্দশায় তার তৃতীয়কন্যা উম্মে হাবীবা (স্বামী- মাও ইসহাক) নানা কৌশলে পিতার কাছ থেকে স্বাক্ষর নিয়ে তার মৃত্যু পরবর্তী মাদরাসার একাউন্ট থেকে ব্যাক্তিগত স্বার্থে কোটি কোটি টাকা উত্তোলন করে। পরবর্তীতে বিষয়টি জানতে পেরে এলাকাবাসীর দাবীর প্রেক্ষিতে বাঁশখালীর সকল কাওমী শিক্ষাপ্রতিষ্টানের সকল মোহতামিমগণ বাংলাদেশ কওমী মাদ্রাসা শিক্ষা বোর্ড (বেফাক) এর চেয়ারম্যান ও হেফাজত আমির আল্লামা আহমদ শফির স্বরনাপর্ণ হন।তিনি সামগ্রীক বিষয়ে অবহিত হওয়ার পর এই জরুরী মজলিসে শুরা অধিবেশন করেন।