শ্যামাপ্রসাদ কংগ্রেসের নীতির সঙ্গে বহু ক্ষেত্রে একমত ছিলেন না, তাঁর ধারণা ছিল কংগ্রেস পদে পদে মুসলিম লিগের সঙ্গে আপস করে হিন্দুদের স্বার্থ ক্ষুণ্ণ করছিল। ১৯৩৭ সালে প্রাদেশিক নির্বাচনে বঙ্গদেশে মুসলিম লিগ সুবিধা করতে পারেনি, মুসলমানরা বেশি সংখ্যায় সমর্থন করেছিলেন ফজ়লুল হকের নেতৃত্বে কৃষকপ্রজা দলকে। সেই সময় কংগ্রেস হাইকমান্ডের নির্দেশে প্রাদেশিক কংগ্রেস, কৃষক প্রজা দলের সঙ্গে হাত মেলাতে অস্বীকার করে। ‘সাম্প্রদায়িক’ শ্যামাপ্রসাদ কংগ্রেসের এই সিদ্ধান্তকে ‘আত্মঘাতী’ বলে বিবেচনা করেন।