মওলানা ভাসানী কিন্তু জানতেন কী করতে হবে। ১৯৫৭ সাল থেকেই তিনি স্বাধীনতার কথা প্রকাশ্যে বলে আসছেন। একাত্তরেও তিনি সতর্ক করে দিয়েছেন যে, পাকিস্তানি সেনাপতিদের সঙ্গে আলোচনায় কোনো ফল হবে না, তারা বেঈমানী করবে। তার সে-ধারণা পুরোপুরি সত্য প্রমাণিত হয়েছে। পাকিস্তানি সেনাপতিরা যে কেবল বিশ্বাসঘাতকতাই করেছে তা নয়, আলোচনাকে আবরণ হিসাবে ব্যবহার করে গণহত্যার প্রস্তুতি সম্পন্ন করেছে। পঁচিশে মার্চের পরে মওলানা ভাসানী গ্রামের বাড়িতেই ছিলেন, ৬ এপ্রিল যখন হানাদারেরা সে-বাড়িতে আক্রমণ চালাল তখন তিনি একবস্ত্রে বেরিয়ে গেছেন এবং যমুনা নদী দিয়ে নৌকায় ভাসতে ভাসতে আসামে গিয়ে উঠেছেন। হয়তো আশা ছিল ভারত থেকে বের হয়ে লন্ডনে যাবেন, এবং সেখানে একটি প্রবাসী বিপ্লবী সরকার গঠন করে যুদ্ধ পরিচালনা করবেন। সেটা যে সম্ভব নয় তা ভারতের মাটিতে পা দিয়েই বুঝে ফেলেছেন। বাকি সময়টা তিনি অন্তরীণেই কাটিয়েছেন, কিন্তু নিজের অবস্থা নিয়ে একদিনের জন্যও কোনো আপত্তি তোলেননি, বরঞ্চ বিভিন্ন দেশের রাষ্ট্রপ্রধানদের কাছে আবেদন জানিয়েছেন বাংলাদেশের মুক্তিযুদ্ধকে সাহায্য করার জন্য।