কাস্টমস্, এক্সাইজ ও ভ্যাট বিভাগ,বরগুনা এর প্রধান লক্ষ্য একটি আধুনিক, করদাতা বান্ধব, জবাবদিহি মূলক, স্বচ্ছ ও গতিশীল রাজস্ব ব্যবস্থা প্রতিষ্ঠা, দেশীয় উৎস হতে রাজস্ব আদায় বৃদ্ধি এবং দেশের শিল্পোন্নয়ন, ব্যবসা ও বাণিজ্য সম্প্রসারণে কার্যকর ভূমিকা রাখা।