শিক্ষা মন্ত্রণালয় ও ইউজিসি সূত্র জানায়, বেশির ভাগ বেসরকারি বিশ্ববিদ্যালয়ের বিরুদ্ধে শিক্ষক নিয়োগ, ছাঁটাই, শিক্ষার মান, আর্থিক ব্যবস্থাপনাসহ বিভিন্ন ক্ষেত্রে নানা অনিয়মের অভিযোগ রয়েছে। এর মধ্যে উপাচার্য, সহ-উপাচার্য ও কোষাধ্যক্ষ না থাকা আরেকটি বড় সমস্যা। কিন্তু আইন অনুযায়ী ব্যবস্থাও নেয় না শিক্ষা মন্ত্রণালয় ও ইউজিসি। ফলে বেসরকারি বিশ্ববিদ্যালয়ের উদ্যোক্তারা ধরেই নেন, তাঁদের কেউ কিছু করতে পারবে না।