এরপর ২০১১ সালের ৫ জুলাই ওই ছাত্রীর বাবা বাদী হয়ে বাড্ডা থানায় নারী ও শিশু নির্যাতন দমন আইনে পরিমল জয়ধর, অধ্যক্ষ হোসনে আরা ও লুৎফরকে আসামি করে মামলা করেন। এর পরদিনই ঢাকার কেরানীগঞ্জে এক আত্মীয়ের বাসা থেকে পরিমল গ্রেফতার হন। এরপর থেকে সে কারাগারে আছে।