পরে ক্ষমতার পালাবদলে ২০০১ সালের নির্বাচনে সরকার গঠন করে বিএনপি নেতৃত্বাধীন চার দলীয় জোট। ২০০৩ সালের ১৬ অক্টোবর নাইকোর সব শর্ত মেনে তাদের সঙ্গে চুক্তি করে বেগম জিয়ার নেতৃত্বাধীন জোট সরকার। নাইকো-বাপেক্স জেভিএ বা যৌথ চুক্তি সই হয়। এসময় আইনমন্ত্রী এবং নিজের আইন পেশার প্রতিষ্ঠান দুই জায়গা থেকেই বিশেষজ্ঞ মতামত দেন ব্যারিস্টার মওদুদ আহমদ।