এসব বেসরকারি বিশ্ববিদ্যালয়ের বিরুদ্ধে নানা অনিয়মের অভিযোগও রয়েছে। শিক্ষা মন্ত্রণালয় ও বিশ্ববিদ্যালয় মঞ্জুরি কমিশনের (ইউজিসি) দায়িত্বশীল একাধিক কর্মকর্তা বলছেন, নানা চেষ্টা করেও কিছু বেসরকারি বিশ্ববিদ্যালয়কে কিছুতেই নিয়মের মধ্যে আনা যাচ্ছে না। আইন ভঙ্গ করা বেসরকারি বিশ্ববিদ্যালয়ের বিরুদ্ধে ব্যবস্থা নেওয়া সম্ভব হচ্ছে না। বিশ্ববিদ্যালয় পরিচালনায় যুক্ত ব্যক্তিরা রাজনৈতিকভাবে প্রভাবশালী বা বড় ব্যবসায়ী। এ কারণে আইন না-মানা বিশ্ববিদ্যালয়গুলোর সঙ্গে উল্টো আপস করতে হচ্ছে।