১৯৭১ এ চাঁপাইনবাবগঞ্জে মুক্তিযুদ্ধকে সঠিকভাবে পরিচালনার জন্য গঠিত ১০-সদস্য বিশিষ্ট স্টিয়ারিং কমিটির অন্যতম সদস্য সেরাজুল হক শনি মিয়াদের বাড়িতেই (বর্তমান শহীদ মনিমুল সড়কের জেলা আওয়ামীলীগ কার্যালয়ের সামনে) প্রতিদিন স্টিয়ারিং কমিটির সভা অনুষ্ঠিত হত। শনি মিয়া-মনিমুল হক দু’ভাই একই বাড়িতে বাস করতেন। ছোট ভাইয়ের নিকট হতে প্রফেসর মনিমুল হক উৎসাহের সাথে যুদ্ধের গতি প্রকৃতি বিশেষত:মুক্তিযোদ্ধাদের সাফল্য বিষয়ে খোঁজ-খবর নিতেন। ২১ এপ্রিল চাঁপাইনবাবগঞ্জ শহর পুণরায় পাকবাহিনীর করায়ত্ব হলে দু’ভাই-এর বাড়িটি আগুন লাগিয়ে পুড়িয়ে দেয়া হয়। জুলাইয়ের মাঝামাঝি তাঁর নিরাপদ আশ্রয়ের জন্য ভারত গমনের দিনই বিকেলে তাঁর ভগ্নিপতি মোজাম্মেল হক মাষ্টারের বাড়ি, চৈতন্যপুরে থেকে তাঁকে গ্রেফতার করে। সেখান থেকে তাঁকে নবাবগঞ্জ ও নাটোর হয়ে ঢাকায় নিয়ে ক্যান্টনমেন্টে আটক রাখা হয়। সেখানে তাঁর উপর নিষ্ঠুর নির্যাতন চালানো হয়। ঢাকায় অবস্থানরত তাঁর অপর ভাই প্রফেসর ড.বজলুল হক মাঝে-মধ্যে তাঁর সাথে সাাতের সুযোগ পেতেন। অক্টোবরের ২০ তারিখে প্রফেসর মনিমুল হককে মুক্তি দেয়া হয়। ১৯৭১ এর ১৪ নভেম্বর রাত সাড়ে ৯টায় পাকবাহিনীরা তাঁকে আবারও বাড়ি থেকে ধরে রাজশাহীতে নিয়ে যায়। পরদিন সকালে তাঁকে কর্ণেল রিজভীর সামনে হাজির করা হলে কর্ণেল রিজভী তাঁকে অভিযুক্ত করে বলেন, তিনি তাঁর দুই ছেলেকে মুক্তিবাহিনীতে পাঠিয়েছেন, তাঁর মেজো ভাই মুক্তির নেতা, তিনি আওয়ামী লীগ করেন, স্বরস্বতী পূজায় কলেজ ফান্ড থেকে হিন্দুদের চাঁদা দিয়েছেন ইত্যাদি। আত্মপক্ষ সমর্থনে তিনি কিছু বলতে চাইলে কর্ণেল রিজভী তাঁকে থামিয়ে দিয়ে রাগত স্বরে জানান যে, ইতোমধ্যেই তাঁর বোর্ড হয়ে গেছে। তাঁকে মৃত্যুদন্ড দেয়া হয়েছে। এরপর তাঁকে রাজশাহী বিশ্ববিদ্যালয়ের শহীদ শামসুজ্জোহা হলের নীচ তলার একটি কেক্ষ তাঁকে ২ দিন অভূক্ত অবস্থায় রাখা হয়। ২০ নভেম্বর অর্থাৎ ’চাঁদ রাতে (শাওয়াল মাসের প্রথম চাঁদ দেখা রাতে)’ ২ টার সময় পাক ফৌজের ঘাতক দল তাঁর চোখ কালো কাপড়ে এবং হাত দুটো বেঁধে অজানা গন্তব্যে নিয়ে যায়। যেখান থেকে তিনি আর কোন দিনই ফিরে আসেননি। পরবর্তীতে তাঁর ছেলে-মেয়ে, ভাই-বোনরা শহীদ শামসুজ্জোহা হলের পাশে ইটের ভাটা, কাটাখালী ছাড়াও রাজশাহী, নাটোরের সকল বধ্যভূমি, গণকবর এবং কনসেন্ট্রেশন ক্যাম্প খুঁজেও তাঁকে মৃত বা জীবিত উদ্ধার করতে পারেন নি।