1. Lãnh đạo, chỉ đạo, kiểm tra công tác thanh tra thuộc thẩm quyền trong phạm vi quản lý nhà nước, bao gồm:
a) Ban hành quy chế, quy định nội bộ theo thẩm quyền để quản lý, điều hành hoạt động của cơ quan thanh tra;
b) Phân công nhiệm vụ cho các Phó Chánh Thanh tra, Trưởng phòng Thanh tra, Đội trưởng;
c) Tổ chức họp để thảo luận những nội dung về công tác thanh tra mà theo quy định của pháp luật, Chánh Thanh tra phải thảo luận trước khi quyết định;
d) Chỉ đạo, phân công để triển khai thực hiện công tác thanh tra theo chỉ đạo của Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước về giao thông vận tải;
đ) Định kỳ hoặc đột xuất tổ chức kiểm tra công tác thanh tra trong phạm vi quản lý nhà nước của Cơ quan quản lý nhà nước về giao thông vận tải; kiểm tra đối với các cơ quan thực hiện chức năng thanh tra ngành Giao thông vận tải khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật.
2. Lãnh đạo cơ quan thanh tra:
a) Hướng dẫn lập kế hoạch thanh tra hàng năm;
b) Xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra hàng năm trình Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước về giao thông vận tải ban hành đúng thời gian quy định;
c) Tham mưu trình Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước về giao thông vận tải điều chỉnh kế hoạch thanh tra, kiểm tra theo quy định;
d) Chỉ đạo, triển khai thực hiện kế hoạch thanh tra hàng năm, quý, tháng theo quy định;
đ) Có ý kiến chỉ đạo kịp thời đối với các báo cáo, kiến nghị, đề xuất của cấp dưới;
e) Không can thiệp trái pháp luật vào công tác thanh tra của cấp dưới;
g) Quyết định hoặc giao quyền ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính đúng thời gian, trình tự, thủ tục quy định;
h) Tổ chức sơ kết, tổng kết công tác thanh tra theo chỉ đạo của Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước về giao thông vận tải.
3. Xử lý kịp thời việc chồng chéo về phạm vi, đối tượng, nội dung, thời gian thanh tra trong phạm vi quản lý nhà nước của Bộ Giao thông vận tải.
4. Ban hành quyết định thanh tra theo kế hoạch, thanh tra đột xuất, thanh tra lại kịp thời theo chỉ đạo của Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước về giao thông vận tải và quy định của pháp luật.
5. Chỉ đạo các đoàn thanh tra thực hiện đúng kế hoạch thanh tra được duyệt.
6. Giám sát các đoàn thanh tra theo quy định về giám sát khi được cấp quyết định thanh tra giao.
7. Ban hành văn bản yêu cầu đối với Thủ trưởng cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành tiến hành thanh tra khi phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật, tránh gây thiệt hại đến quyền và lợi ích hợp pháp của cơ quan, tổ chức, công dân.
8. Kiến nghị Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước về giao thông vận tải tạm đình chỉ việc thi hành quyết định sai trái về thanh tra của cơ quan, đơn vị; xem xét trách nhiệm, xử lý người thuộc quyền quản lý của Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước về giao thông vận tải bảo đảm kịp thời, đúng quy định của pháp luật, tránh gây thiệt hại đến quyền và lợi ích hợp pháp của cơ quan, tổ chức, công dân.
9. Báo cáo về công tác thanh tra với cấp trên đúng thời hạn; chỉ đạo sử dụng, quản lý ấn chỉ, mẫu biểu đúng hướng dẫn của cấp có thẩm quyền.
10. Chỉ đạo thực hiện vận hành, khai thác phần mềm báo cáo và chỉ đạo hoạt động thanh tra ngành Giao thông vận tải (tInspect); công tác lưu trữ khoa học, đầy đủ theo quy định của pháp luật, hướng dẫn của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải và Chánh Thanh tra Bộ.
11. Thực hiện trách nhiệm khác theo quy định của pháp luật.