1. Chậm nhất là ngày 05 hàng tháng, tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí đã thu của tháng trước vào tài Khoản phí chờ nộp ngân sách mở tại Kho bạc nhà nước.
2. Tổ chức thu phí, lệ phí thực hiện kê khai, nộp phí, lệ phí thu được theo tháng, quyết toán theo năm theo hướng dẫn tại Khoản 3 Điều 19 và Khoản 2 Điều 26 của Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06 tháng 11 năm 2013 của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số Điều của Luật quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22 tháng 7 năm 2013 của Chính phủ.
3. Tổ chức thu phí, lệ phí thực hiện nộp toàn bộ số tiền phí, lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước theo Chương, Mục, tiểu Mục tương ứng của Mục lục ngân sách nhà nước. Nguồn chi phí trang trải cho việc thẩm định và thu phí, lệ phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước theo quy định.
4. Đối với năm 2018, trường hợp tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước thuộc diện khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí theo quy định tại Khoản 1 Điều 4 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số Điều của Luật phí và lệ phí, đã được cấp có thẩm quyền giao dự toán thu, chi ngân sách nhà nước năm 2018, trong đó bao gồm các Khoản phí thuộc phạm vi Điều chỉnh của Thông tư này thì thực hiện quản lý và sử dụng phí như sau:
a) Đối với phí thẩm định cấp Giấy phép kinh doanh dịch vụ lữ hành quốc tế, Giấy phép kinh doanh dịch vụ lữ hành nội địa:
Tổ chức thu phí được trích để lại 90% tổng số tiền phí thẩm định thu được để chi cho hoạt động thẩm định, thu phí và nộp 10% vào ngân sách nhà nước. Tiền phí để lại được quản lý và sử dụng theo quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số Điều của Luật phí và lệ phí; trong đó, các Khoản chi khác liên quan đến thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí, bao gồm cả: Chi thiết lập Phần mềm quản lý, thiết lập hệ thống mạng, thuê máy chủ và duy trì hệ thống mạng phục vụ công tác cấp giấy phép kinh doanh dịch vụ lữ hành; Tập huấn nghiệp vụ kinh doanh dịch vụ lữ hành.
b) Đối với phí thẩm định cấp thẻ hướng dẫn viên du lịch: Tổ chức thu phí được để lại tiền phí thu được để trang trải chi phí phục vụ thẩm định, thu phí, như sau: Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch hoặc Sở Du lịch được để lại 60% tổng số tiền phí thu được; trích chuyển 30% tổng số tiền phí thu được cho Tổng cục Du lịch và nộp 10% số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước theo Chương, Mục, tiểu Mục tương ứng của Mục lục ngân sách nhà nước.
Tổng cục Du lịch và Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch hoặc Sở Du lịch quản lý và sử dụng số tiền phí thu được theo quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số Điều của Luật phí và lệ phí. Trong đó, các Khoản chi khác liên quan đến thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí, bao gồm cả: Chi thiết lập Phần mềm quản lý, thiết lập hệ thống mạng, thuê máy chủ và duy trì hệ thống mạng phục vụ công tác cấp thẻ hướng dẫn viên du lịch; Tập huấn, kiểm tra nghiệp vụ hướng dẫn viên du lịch; Chi tổ chức các khóa bồi dưỡng kiến thức định kỳ để cấp đổi thẻ hướng dẫn viên.