Hội đồng thi đua - khen thưởng ngành Hải quan có nhiệm vụ sau:
1. Đề xuất xây dựng các chủ trương, kế hoạch, biện pháp chủ yếu để Đảng uỷ, Lãnh đạo Tổng cục chỉ đạo tổ chức thực hiện và chỉ đạo phối hợp giữa các đơn vị trong ngành với các đoàn thể quần chúng trong việc tổ chức phong trào thi đua yêu nước, hướng dẫn, theo dõi, đôn đốc và kiểm tra nhằm đảm bảo phong trào thi đua phát triển mạnh mẽ, đều khắp, đúng hướng, có hiệu quả trong thực hiện nhiệm vụ chính trị và xây dựng lực lượng trong sạch vững mạnh.