Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Kế hoạch, Tài chính.
2. Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế.
3. Vụ Pháp chế, Thanh tra.
4. Vụ Bảo tồn và Phát triển nguồn lợi thủy sản.
5. Vụ Nuôi trồng thủy sản.
6. Vụ Khai thác thủy sản.
7. Văn phòng Tổng cục.
8. Cục Kiểm ngư.
9. Trung tâm Khảo nghiệm, Kiểm nghiệm, Kiểm định nuôi trồng thủy sản.
10. Trung tâm Đăng kiểm tàu cá.
11. Trung tâm Thông tin thủy sản.
Các tổ chức quy định từ khoản 1 đến khoản 8 Điều này là các tổ chức giúp Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà