Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Kế hoạch Tài chính.
2. Vụ Khoa học công nghệ và Hợp tác quốc tế.
3. Vụ Pháp chế, Thanh tra.
4. Vụ Xây dựng cơ bản.
5. Vụ Nguồn nước và nước sạch nông thôn,
6. Vụ An toàn đập.
7. Văn phòng Tổng cục.
8. Cục Quản lý công trình thủy lợi.
9. Trung tâm Chính sách và kỹ thuật thủy lợi.
10. Trung tâm Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn.
Các tổ chức quy định từ khoản 1 đến khoản 8 Điều này là các tổ chức giúp Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức từ kho