Cơ cấu tổ chức của Viện
1. Lãnh đạo Viện có: Viện trưởng và các Phó Viện trưởng..
a) Viện trưởng: do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm theo đề nghị của Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam và chịu trách nhiệm trước Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Viện;
b) Phó Viện trưởng: do Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam bổ nhiệm theo đề nghị của Viện trưởng và chịu trách nhiệm trước Viện trưởng và trước pháp luật về thực hi