Lãnh đạo
1. Trung tâm Y tế hàng không có Giám đốc là người đứng đầu, chịu trách nhiệm trước Cục trưởng Cục Hàng không Việt Nam và pháp luật về toàn bộ hoạt động của Trung tâm Y tế hàng không. Giúp việc Giám đốc có các Phó Giám đốc, chịu trách nhiệm trước Giám đốc và pháp luật về nhiệm vụ được Giám đốc phân công.
2. Giám đốc Trung tâm Y tế hàng không do Cục trưởng Cục Hàng không Việt Nam bổ nhiệm, miễn nhiệm theo quy định của pháp luật. Phó Giám đốc Trung tâm Y tế hàng không do Cục trưởng Cục Hàng không Việt