Cơ cấu tổ chức
1. Lãnh đạo Viện:
Lãnh đạo Viện có: Viện trưởng và các Phó Viện trưởng.
a) Viện trưởng do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm và chịu trách nhiệm trước Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Viện.
b) Phó Viện trưởng do Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam bổ nhiệm và chịu trách nhiệm trước pháp luật, trước Viện trưởng về lĩnh vực được phân công.
2. Tổ chức tham mưu giúp Viện trưởng:
Có từ 1 đến 3 phòng: Phòng Khoa học