Cơ cấu tổ chức của Cục: 
1. Các đơn vị trực thuộc:
1.1. Văn phòng;
1.2. Phòng Quản lý hạ tầng kỹ thuật;
1.3. Phòng Quản lý cấp nước;
1.4. Phòng Quản lý thoát nước và xử lý nước thải;
1.5. Phòng Quản lý chất thải rắn;
1.6. Trung tâm Nghiên cứu phát triển hạ tầng kỹ thuật;
1.7. Ban quản lý dự án Phát triển hạ tầng kỹ thuật.
Trung tâm Nghiên cứu phát triển hạ tầng kỹ thuật và Ban Quản lý dự án Phát triển hạ tầng kỹ thuật là các đơn vị sự nghiệp có thu trực thuộc Cục, được khắc con dấu theo mẫu quy định để giao