国立高度専門医療研究センターの会計については、この省令に定めるところによるものとし、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２
金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。
３
平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（以下「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。
（償却資産の指定等）
第九条
厚生労働大臣は、国立高度専門医療研究センターが業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２
前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。
（譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）
第九条の二
厚生労働大臣は、国立高度専門医療研究センターが通則法第四十六条の二第二項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）
第九条の三
厚生労働大臣は、国立高度専門医療研究センターが業務のために保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されていないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（財務諸表）
第十条
国立高度専門医療研究センターに係る通則法第三十八条第一項の主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に定める行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書とする。
（事業報告書の作成）
第十条の二
国立高度専門医療研究センターに係る通則法第三十八条第二項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２
事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一
当該国立高度専門医療研究センターの目的及び業務内容
二
国の政策における当該国立高度専門医療研究センターの位置付け及び役割
三
中長期目標の概要
四
理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五
中長期計画及び年度計画の概要
六
持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七
業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八
業績の適正な評価に資する情報
九
業務の成果及び当該業務に要した資源
十
予算及び決算の概要
十一
財務諸表の要約
十二
財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三
内部統制の運用状況
十四
当該国立高度専門医療研究センターに関する基礎的な情報
（財務諸表等の閲覧期間）
第十一条
国立高度専門医療研究センターに係る通則法第三十八条第三項の主務省令で定める期間は、五年とする。
（会計監査報告の作成）
第十一条の二
通則法第三十九条第一項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２
会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。
ただし、会計監査人が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。
一
当該国立高度専門医療研究センターの役員（監事を除く。）及び職員
二
その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３
会計監査人は、通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表並びに同条第二項に規定する事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。
一
会計監査人の監査の方法及びその内容
二
財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が当該国立高度専門医療研究センターの財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項
イ
無限定適正意見
監査の対象となった財務諸表が独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、当該国立高度専門医療研究センターの財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨
ロ
除外事項を付した限定付適正意見
監査の対象となった財務諸表が除外事項を除き独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、当該国立高度専門医療研究センターの財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨及び除外事項
ハ
不適正意見
監査の対象となった財務諸表が不適正である旨及びその理由
三
前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四
第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と通則法第三十九条第一項に規定する財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五
追記情報
六
前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七
会計監査報告を作成した日
４
前項第五号に規定する「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。
一
会計方針の変更
二
重要な偶発事象
三
重要な後発事象
（短期借入金の認可の申請）
第十二条
国立高度専門医療研究センターは、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を厚生労働大臣に提出しなければならない。
一
借入れを必要とする理由
二
借入金の額
三
借入先
四
借入金の利率
五
借入金の償還の方法及び期限
六
利息の支払の方法及び期限
七
その他必要な事項
（長期借入金又は債券の償還期間）
第十三条
令第四条に規定する厚生労働省令で定める期間は、次の各号に掲げる区分に応じ、それぞれ当該各号に定める期間とする。
ただし、厚生労働大臣は、施設及び設備の種類、使用期間その他の事項を勘案して、当該各号に定める期間とすることが適当でないときは、その期間を延長することができる。
一
施設
三十年間
二
設備
十年間
（償還計画の認可の申請）
第十四条
国立高度専門医療研究センターは、法第二十三条の規定により償還計画の認可を受けようとするときは、通則法第三十五条の八において準用する通則法第三十一条第一項前段の規定により年度計画を届け出た後遅滞なく、次に掲げる事項を記載した申請書を厚生労働大臣に提出しなければならない。
ただし、償還計画の変更の認可を受けようとするときは、その都度提出しなければならない。
一
長期借入金の総額及び当該事業年度における借入見込額並びにその借入先
二
当該国立高度専門医療研究センターの名称を冠する債券（以下「債券」という。）の総額及び当該事業年度において発行するものの引受けの見込み
三
長期借入金及び債券の償還の方法及び期限
四
その他必要な事項
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産）
第十五条
国立高度専門医療研究センターに係る通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産は、次に掲げるものとする。
一
土地及び建物
二
その他厚生労働大臣が指定する財産
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）
第十六条
国立高度専門医療研究センターは、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を厚生労働大臣に提出しなければならない。
一
処分等に係る財産の内容及び評価額
二
処分等の条件
三
処分等の方法
四
国立高度専門医療研究センターの業務運営上支障がない旨及びその理由
（内部組織）
第十六条の二
国立高度専門医療研究センターに係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた当該国立研究開発法人の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織として厚生労働大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２