連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が、平成十四年四月一日から平成十七年三月三十一日までの期間（第三項において「対象期間」という。）内に、その有する資産で前条第一項の表の各号の上欄に掲げるものの譲渡をした場合において、当該譲渡をした日を含む連結事業年度終了の日の翌日から一年を経過する日までの期間（同条第三項に規定する政令で定めるやむを得ない事情があるため、当該期間内に当該各号の買換資産の取得をすることが困難である場合において、政令で定めるところにより当該連結親法人の納税地の所轄税務署長の承認を受けたときは、当該買換資産の取得をすることができるものとして、同日後二年以内において当該税務署長が認定した日までの期間。以下この項及び第五項において「取得指定期間」という。）内に当該各号の買換資産の取得をする見込みであり、かつ、当該取得の日から一年以内に当該買換資産を当該各号の下欄に規定する地域内にある当該連結親法人又はその連結子法人の事業の用（同表の下欄に掲げる被災区域である土地等については、その連結親法人又はその連結子法人の事業の用）に供する見込みであるとき（当該連結親法人又はその連結子法人が被合併法人となる適格合併を行う場合において当該適格合併に係る合併法人が取得指定期間内に当該買換資産の取得をする見込みであり、かつ、当該取得の日から一年以内に当該合併法人において当該買換資産を当該適格合併により移転を受ける当該各号の下欄に規定する地域内にある事業の用（同表の下欄に掲げる被災区域である土地等については、その移転を受ける事業の用）に供する見込みであるときその他の政令で定めるときを含む。）は、当該譲渡をした資産の譲渡に係る対価の額のうち当該譲渡をした資産に係る当該各号の買換資産の取得に充てようとする額に差益割合を乗じて計算した金額に相当する金額（当該各号の買換資産が同表の第四号の買換資産である場合には、当該計算した金額の百分の八十に相当する金額）を当該連結親法人又はその連結子法人の当該譲渡の日を含む連結事業年度の確定した決算において特別勘定として経理した場合に限り、その経理した金額に相当する金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
２
前項の規定は、同項に規定する連結親法人又はその連結子法人の次の各号に掲げる連結事業年度における当該各号に定める連結法人については、適用しない。
一
連結親法人の解散の日を含む連結事業年度
当該連結親法人
二
連結子法人の解散の日を含む連結事業年度
その解散した連結子法人
三
合併（適格合併を除く。）の日の前日を含む連結事業年度
当該合併に係る被合併法人である連結法人
３
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が、対象期間内に第一項に規定する譲渡をし、かつ、その譲渡の日を含む連結事業年度において適格分社型分割、適格現物出資又は適格事後設立（その日以後に行われるものに限る。以下この条において「適格分社型分割等」という。）を行う場合において、次に掲げる要件を満たすときは、当該譲渡をした資産の譲渡に係る対価の額のうち当該適格分社型分割等に係る分割承継法人等（分割承継法人、被現物出資法人又は被事後設立法人をいう。以下この条において同じ。）において当該譲渡をした資産に係る前条第一項の表の各号の買換資産の取得に充てようとする額に差益割合を乗じて計算した金額に相当する金額（当該各号の買換資産が同表の第四号の買換資産である場合には、当該計算した金額の百分の八十に相当する金額）の範囲内で第一項の特別勘定に相当するもの（以下この条において「期中特別勘定」という。）を設けたときは、当該設けた期中特別勘定の金額に相当する金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
一
当該分割承継法人等において当該適格分社型分割等の日から当該譲渡の日を含む連結事業年度終了の日の翌日以後一年を経過する日までの期間（前条第三項に規定する政令で定めるやむを得ない事情があるため、当該分割承継法人等が当該期間内に同条第一項の表の各号の買換資産の取得をすることが困難である場合において、当該譲渡をした連結親法人又はその連結子法人が政令で定めるところにより当該連結親法人の納税地の所轄税務署長の承認を受けたときは、当該買換資産の取得をすることができるものとして、同日後二年以内において当該税務署長が認定した日までの期間）内に当該各号の買換資産の取得をすることが見込まれること。
二
前号の取得の日から一年以内に当該分割承継法人等において当該取得をした買換資産を当該適格分社型分割等により移転を受ける前条第一項の表の各号の下欄に規定する地域内にある事業の用（同表の下欄に掲げる被災区域である土地等については、その移転を受ける事業の用）に供することが見込まれること。
４
前項の規定は、同項の連結親法人が適格分社型分割等の日以後二月以内に期中特別勘定の金額その他の財務省令で定める事項を記載した書類を当該連結親法人の納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。
５
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が適格合併（連結子法人が被合併法人となる適格合併にあっては、その適格合併の日が法人税法第十五条の二第一項本文に規定する連結親法人事業年度開始の日（以下この条において「連結親法人事業年度開始の日」という。）である場合の当該適格合併に限る。）、適格分割（適格分割型分割にあっては、その適格分割型分割の日が連結親法人事業年度開始の日である場合の当該適格分割型分割に限る。）、適格現物出資又は適格事後設立（以下この項及び第七項において「適格合併等」という。）を行った場合には、次の各号に掲げる適格合併等の区分に応じ、当該各号に定める特別勘定の金額又は期中特別勘定の金額は、当該適格合併等に係る合併法人、分割承継法人、被現物出資法人又は被事後設立法人（以下この条において「合併法人等」という。）に引き継ぐものとする。
一
適格合併
当該適格合併直前において有する第一項の特別勘定の金額（連結事業年度に該当しない事業年度において設けた第二十一条第一項の特別勘定の金額を含むものとし、既に益金の額に算入された、又は益金の額に算入されるべき金額がある場合には、これらの金額を控除した金額とする。以下この条において同じ。）
二
適格分割型分割
当該適格分割型分割直前において有する第一項の特別勘定の金額のうち当該適格分割型分割に係る分割承継法人が取得指定期間の末日までに前条第一項の表の各号の買換資産の取得をすることが見込まれ、かつ、当該取得の日から一年以内に当該分割承継法人において当該取得をした買換資産を当該適格分割型分割により移転を受ける当該各号の下欄に規定する地域内にある事業の用（同表の下欄に掲げる被災区域である土地等については、その移転を受ける事業の用）に供することが見込まれる場合における当該買換資産の取得に充てようとする額に差益割合を乗じて計算した金額に対応する部分の金額として政令で定める金額
三
適格分社型分割等
当該適格分社型分割等の直前において有する第一項の特別勘定の金額のうち当該適格分社型分割等に係る分割承継法人等が取得指定期間の末日までに前条第一項の表の各号の買換資産の取得をすることが見込まれ、かつ、当該取得の日から一年以内に当該分割承継法人等において当該取得をした買換資産を当該適格分社型分割等により移転を受ける当該各号の下欄に規定する地域内にある事業の用（同表の下欄に掲げる被災区域である土地等については、その移転を受ける事業の用）に供することが見込まれる場合における当該買換資産の取得に充てようとする額に差益割合を乗じて計算した金額に対応する部分の金額として政令で定める金額及び当該適格分社型分割等に際して設けた期中特別勘定の金額
６
前項の規定は、第一項の特別勘定（連結事業年度に該当しない事業年度において設けた第二十一条第一項の特別勘定を含む。以下この項において同じ。）及び期中特別勘定の双方を設けている連結親法人又はその連結子法人が適格分社型分割等により分割承継法人等に当該期中特別勘定の金額のみを引き継ぐ場合を除き、前項の連結親法人が適格分割、適格現物出資又は適格事後設立の日以後二月以内に当該適格分割、適格現物出資又は適格事後設立により分割承継法人等に引き継ぐ特別勘定の金額その他の財務省令で定める事項を記載した書類を当該連結親法人の納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。
７
第五項の規定により合併法人等が引継ぎを受けた特別勘定の金額又は期中特別勘定の金額は、当該合併法人等が第一項の規定により設けている特別勘定の金額（当該合併法人等の適格合併等の日を含む事業年度が連結事業年度に該当しない事業年度である場合には、第二十一条第一項の規定により設けている特別勘定の金額）とみなす。
８