平成十二年度の水田農業経営確立助成補助金等についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律施行令
内閣は、平成十二年度の水田農業経営確立助成補助金等についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律（平成十三年法律第一号）第二条の規定に基づき、この政令を制定する。
（水田農業経営確立助成補助金等で固定資産を取得した場合の法人税の特例）
第一条
平成十二年度の水田農業経営確立助成補助金等についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律（以下「法」という。）第二条第一項に規定する政令で定める方法は、固定資産の取得又は改良に充てた金額に相当する金額以下の金額を法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第二十五号に規定する損金経理により引当金勘定に繰り入れる方法（確定した決算において利益又は剰余金の処分により積立金として積み立てる方法を含む。）とする。
２
法第二条第一項の規定は、確定申告書等（租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第二条第二項第二十七号に規定する確定申告書等をいう。次項において同じ。）に法第二条第一項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。
３
税務署長は、前項の記載又は添付がない確定申告書等の提出があった場合においても、その記載又は添付がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の明細書の提出があった場合に限り、法第二条第一項の規定を適用することができる。
４
法第二条第一項の規定の適用を受けた資産については、租税特別措置法第五十三条第一項各号に掲げる規定（同法第四十六条の二第一項及び同項に係る同法第五十二条の三の規定を除く。）及び平成十年分所得税の特別減税のための臨時措置法及び租税特別措置法の一部を改正する法律（平成十年法律第八十四号）附則第七条第二項の規定により読み替えて適用する租税特別措置法第四十五条の二第一項の規定は、適用しない。
５
法第二条第一項の規定の適用を受けた資産について法人税に関する法令の規定を適用する場合には、同項の規定により各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額は、当該資産の取得価額に算入しない。
６
法人税法第二条第十二号の八に規定する適格合併（次条において「適格合併」という。）により第一項の規定の適用を受けた資産の移転を受けた合併法人が当該資産について法人税に関する法令の規定を適用する場合には、当該適格合併に係る被合併法人において当該資産の取得価額に算入されなかった金額は、当該資産の取得価額に算入しない。
（水田農業経営確立助成補助金等に係る特別勘定を設けた場合の法人税の特例）
第二条
法第二条第一項の農業生産法人（以下「農業生産法人」という。）が、同項の水田農業経営確立助成補助金又はとも補償に係る事業に基づく補償金の交付を受けた場合において、その交付を受けた日の属する事業年度の翌事業年度開始の日から交付を受けた日以後二年を経過する日までの期間（次項において「指定期間」という。）内に同条第一項に規定する補助金等の金額（当該交付を受けた日の属する事業年度において当該金額の一部に相当する金額をもって固定資産の取得又は改良をした場合には、当該取得又は改良に充てられた金額を控除した金額）の全部又は一部に相当する金額をもって固定資産の取得又は改良をする見込みであり、かつ、当該交付を受けた日の属する事業年度の確定した決算（法人税法第七十二条第一項第一号に掲げる金額を計算する場合には、同項に規定する期間に係る決算）において当該補助金等の金額で当該固定資産の取得又は改良に充てようとするものの額を特別勘定として経理したときは、その経理した金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
２
前項の規定の適用を受けた農業生産法人が次の各号に掲げる場合（当該法人を被合併法人とする適格合併が行われた場合を除く。）に該当することとなった場合には、当該各号に定める金額は、その該当することとなった日の属する事業年度（第五号に掲げる場合にあっては、合併の日の前日を含む事業年度）の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
一
指定期間内に前項の特別勘定として経理した金額（既に益金の額に算入された、又は益金の額に算入されるべき金額がある場合には、これらの金額を控除した金額。以下この項及び第五項において「特別勘定残額」という。）の全部又は一部に相当する金額をもって固定資産の取得又は改良に充てた場合
当該取得又は改良に充てた金額に相当する金額
二
指定期間内に特別勘定残額を前号の場合以外の場合に取り崩した場合
当該取り崩した金額
三
指定期間を経過する日において、特別勘定残額を有している場合
当該特別勘定残額
四
指定期間内に解散した場合（合併により解散した場合を除く。）において、特別勘定残額を有しているとき。
当該特別勘定残額
五
指定期間内に当該法人を被合併法人とする合併が行われた場合において、特別勘定残額を有しているとき。
当該特別勘定残額
３
前条第二項及び第三項の規定は、法第二条第二項において準用する同条第一項の規定又は第一項の規定により損金の額に算入する場合について準用する。
４
前条第四項から第六項までの規定は、法第二条第二項において準用する同条第一項の規定の適用を受けた資産について準用する。
５
第一項の特別勘定を設けている農業生産法人を被合併法人とする適格合併が行われた場合には、当該適格合併直前における当該法人の特別勘定残額は、当該適格合併に係る合併法人に引き継ぐものとする。
この場合において、前三項の規定の適用については、これを当該合併法人に係る第一項の特別勘定の金額とみなす。
附　則
この政令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成十三年四月一日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一
第四条の三の改正規定、第四条の七から第五条の二までの改正規定、第五条の八第九項第六号の改正規定、第十七条第七項の改正規定、第十八条の三第四項の改正規定、第十九条の三の改正規定、第二十五条の四第五項の改正規定、第二十五条の八第八項の改正規定、第二十五条の十二第二十三項第十号の改正規定、第二十五条の十四第二項の改正規定、第二十五条の十九第二項の改正規定、第二十五条の二十第三項の改正規定、第二十五条の二十二の改正規定、第二十五条の二十三の改正規定、第二十七条の八第四項の改正規定（「第二条第二十二号」を「第二条第二十一号」に改める部分に限る。）、第二十八条の七第二項の改正規定、第二十九条第六項第二号の改正規定、第三十二条の二から第三十二条の十までの改正規定、第三十二条の十二の改正規定（「七年前」を「六年前」に改める部分及び「五年」を「四年」に改める部分を除く。）、第三十三条の改正規定（同条第四項に係る部分を除く。）、第三十三条の三から第三十三条の八までの改正規定、第三十四条の二の改正規定、第三十七条の二第二項の改正規定、第三十七条の三の改正規定（同条第二項第二号に係る部分を除く。）、第三十九条の改正規定（同条第十項第二号に係る部分を除く。）、第三十九条の二の改正規定、第三十九条の三の改正規定、第三十九条の七の改正規定（同条第五項に係る部分、同条第六項に係る部分及び同条第十二項第二号イ（１）に係る部分を除く。）、第三十九条の八の改正規定、第三十九条の九の改正規定（同条第一項第三号に係る部分を除く。）、第三十九条の九の二の改正規定（同条第一項第一号に係る部分を除く。）、第三十九条の十から第三十九条の十四までの改正規定、第三十九条の十五の改正規定（「第四十五条の二」の下に「、第四十五条の三」を加える部分を除く。）、第三十九条の十六から第三十九条の二十までの改正規定、第三十九条の二十三から第三十九条の二十九までの改正規定、第三十九条の三十五の五から第三十九条の三十五の七までの改正規定、第三十九条の三十五の八の改正規定（「第四十五条の二」の下に「、第四十五条の三」を加える部分を除く。）、第三十九条の三十五の九から第三十九条の三十五の十二までの改正規定及び第三十九条の三十七の次に一条を加える改正規定並びに附則第七条、第十六条第一項及び第三項、第十九条第三項、第二十一条、第二十二条並びに第三十六条から第三十九条までの規定
平成十三年三月三十一日
（平成十年度の緊急生産調整推進対策水田営農確立助成補助金等についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律施行令等の一部改正に伴う経過措置）
第三十九条
前三条の規定による改正後の平成十年度の緊急生産調整推進対策水田営農確立助成補助金等についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律施行令第二条、平成十一年度の緊急生産調整推進対策水田営農確立助成補助金等についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律施行令第二条及び平成十二年度の水田農業経営確立助成補助金等についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律施行令第二条の規定は、平成十三年四月一日以後に合併が行われる場合について適用し、同日前に合併が行われた場合については、なお従前の例による。