保護水面の区域内において水産動植物の保護培養のため特に必要があるときは、当該保護水面を管理する都道府県知事又は農林水産大臣は、政令の定めるところにより、国土交通大臣、都道府県知事又は港湾管理者に対し、当該区域内における第一項に掲げる工事又はその工事により施設された工作物に関し必要な勧告をすることができる。
第四節　溯河魚類の保護培養
（機構が実施すべき人工ふ化放流）
第二十三条
農林水産大臣は、毎年度、
溯
さく
河魚類のうちさけ及びますの個体群の維持のために国立研究開発法人水産研究・教育機構（以下「機構」という。）が実施すべき人工ふ化放流に関する計画を定めなければならない。
２
前項の計画においては、当該年度において人工ふ化放流を実施すべき河川及び放流数を定めなければならない。
３
農林水産大臣は、第一項の計画を定めようとするときは、水産政策審議会の意見を聴かなければならない。
４
農林水産大臣は、第一項の計画を定めたときは、遅滞なく、これを公表するとともに、機構に通知しなければならない。
５
機構は、前項の規定による通知を受けたときは、当該計画に従つて人工ふ化放流を実施しなければならない。
（受益者の費用負担）
第二十四条
機構は、溯河魚類のうちさけ又はますを目的とする漁業を営む者が、前条第一項の人工ふ化放流により著しく利益を受けるときは、農林水産省令で定めるところにより、農林水産大臣の承認を受けて、その者にその実施に要する費用の一部を負担させることができる。
（溯河魚類の通路の保護）
第二十五条
溯河魚類の通路となつている水面に設置した工作物の所有者又は占有者は、溯河魚類の溯上を妨げないように、その工作物を管理しなければならない。
２
農林水産大臣又は都道府県知事は、前項の工作物の所有者又は占有者が同項の規定による管理を怠つていると認めるときは、その者に対し、同項の規定に従つて管理すべきことを命ずることができる。
３
都道府県知事は、前項の規定による命令をしたときは、遅滞なく、その旨を農林水産大臣に報告しなければならない。
第二十六条
農林水産大臣は、溯河魚類の通路を害するおそれがあると認めるときは、水面の一定区域内における工作物の設置を制限し、又は禁止することができる。
２
農林水産大臣は、前項の規定による制限をしようとするときは、当該工作物を設置しようとする者に対し、溯河魚類の通路若しくは当該通路に代わるべき施設を設置すべきことを命じ、又は溯河魚類の通路若しくは当該通路に代わるべき施設を設置することが著しく困難であると認める場合においては、当該水面における溯河魚類若しくはその他の魚類の繁殖に必要な施設を設置し、若しくは方法を講ずべきことを命ずることによつても、これをすることができる。
３
前項の規定による命令を受けた者は、農林水産省令の定めるところにより、当該命ぜられた事項についての計画を作成し、これについて農林水産大臣の承認を受けなければならない。
第二十七条
農林水産大臣は、工作物が溯河魚類の通路を害すると認めるときは、その所有者又は占有者に対し、除害工事を命ずることができる。
２
前項の規定により除害工事を命ずるときは、次項の規定による補償金の総額が国会の議決を経た予算の金額を超えない範囲内でしなければならない。
３
農林水産大臣は、第一項の規定により除害工事を命じたときは、その工作物について権利を有する者に対し、相当の補償をしなければならない。
ただし、第二十五条第二項の規定による命令に違反した者に対し、第一項の規定により除害工事を命じた場合においては、その者に対しては、補償しない。
４
第一項の規定による除害工事の命令が利害関係人の申請によつてされたときは、農林水産大臣の定めるところにより、当該申請者が、前項本文の規定による補償をしなければならない。
５
前二項の補償金額に不服がある者は、補償金額決定の通知を受けた日から六月以内に、訴えをもつて、その増減を請求することができる。
６
前項の訴えにおいては、国を被告とする。
ただし、第四項の場合においては、申請者又は工作物について権利を有する者を被告とする。
７
第一項の規定による工作物の除害工事の命令があつた場合において、当該工作物の上に先取特権、質権又は抵当権があるときは、当該先取特権者、質権者又は抵当権者から供託しなくてもよい旨の申出がある場合を除き、農林水産大臣又は第四項の当該申請者は、第三項又は第四項の補償金を供託しなければならない。
８
前項の先取特権者、質権者又は抵当権者は、同項の規定により供託した補償金に対してその権利を行うことができる。
（内水面におけるさけの採捕禁止）
第二十八条
内水面においては、溯河魚類のうちさけを採捕してはならない。
ただし、漁業の免許を受けた者又は漁業法第百十九条第一項若しくは第二項及びこの法律の第四条第一項の規定に基づく農林水産省令若しくは規則の規定により農林水産大臣若しくは都道府県知事の許可を受けた者が、当該免許又は許可に基づいて採捕する場合は、この限りでない。
（公共の用に供しない水面）
第二十九条
公共の用に供しない水面であつて公共の用に供する水面又は第三条の水面に通ずるものには、政令で、第二十五条から前条までの規定及びこれらに係る罰則を適用することができる。
第五節　水産動植物の種苗の確保
（届出の義務）
第三十条
農林水産省令で定める水産動植物の種苗を、業として、販売の目的をもつて採捕し、又は生産しようとする者は、農林水産省令の定めるところにより、農林水産大臣にその旨の届出をしなければならない。
その業を廃止したときも、同様とする。
（生産及び配付の指示）
第三十一条
農林水産大臣は、前条に規定する水産動植物の種苗を確保するために必要があると認めるときは、農林水産省令の定めるところにより、同条に規定する者に対し、当該水産動植物の種苗の生産又は配付につき必要な指示をすることができる。
第三章　水産資源の調査
（水産資源の調査）
第三十二条
農林水産大臣は、この法律の目的を達成するために、水産資源の保護培養に必要であると認められる種類の漁業について、漁獲数量、操業の状況及び海況等に関し、科学的調査を実施しなければならない。
（報告の徴収等）
第三十三条
農林水産大臣又は都道府県知事は、前条の調査を行うために必要があると認めるときは、漁業を営み、又はこれに従事する者に、漁獲の数量、時期、方法その他必要な事項を報告させることができる。
２
都道府県知事は、前項の規定により得た報告の結果を農林水産大臣に報告しなければならない。
第四章　補助
第三十四条
国は、この法律の目的を達成するために、予算の範囲内において、次に掲げる費用の一部を補助することができる。
一
都道府県知事が管理計画に基づいて行う保護水面の管理に要する費用
二
溯河魚類の通路となつている水面に設置した工作物の所有者又は占有者（第二十七条第一項の規定による除害工事の命令を受けた者を除く。）が、当該水面において、第二十六条第二項に規定する施設を設置し、又は改修するのに要する費用
三
機構以外の者が溯河魚類のうちさけ又はますの人工ふ化放流事業を行うのに要する費用
第五章　雑則
（水産資源保護指導官及び水産資源保護指導吏員）
第三十五条
農林水産大臣は、水産資源の保護培養に関する事項の指導及び普及その他この法律及びこの法律に基づく命令の励行に関する事務をつかさどらせるため、所部の職員のうちから水産資源保護指導官を命ずるものとする。
２
都道府県知事は、水産資源の保護培養に関する事項の指導及び普及その他この法律及びこの法律に基づく命令の励行に関する事務をつかさどらせるため、所部の職員のうちから水産資源保護指導吏員を命ずることができる。
（都道府県が処理する事務）
第三十六条
この法律に規定する農林水産大臣の権限に属する事務の一部は、政令で定めるところにより、都道府県知事が行うこととすることができる。
（水産資源の保護培養に関する協力）
第三十七条
都道府県知事は、水産資源の保護培養のために必要があると認めるときは、漁業協同組合その他の者に対し、水産資源の保護培養に関し協力を求めることができる。
（水産政策審議会による報告徴収等）
第三十八条
水産政策審議会は、第二章第一節の規定によりその権限に属させられた事項を処理するために必要があると認めるときは、漁業を営み、若しくはこれに従事する者その他関係者に対し出頭を求め、若しくは必要な報告を求め、又はその委員若しくはその事務に従事する者に漁場、船舶、事業場若しくは事務所について所要の調査をさせることができる。
（事務の区分）
第三十九条
第四条第一項、第六項及び第七項並びに第三十三条の規定により都道府県が処理することとされている事務は、地方自治法第二条第九項第一号に規定する第一号法定受託事務とする。
（経過措置）
第四十条
この法律の規定に基づき命令を制定し、又は改廃する場合においては、その命令で、その制定又は改廃に伴い合理的に必要と判断される範囲内において、所要の経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）を定めることができる。
第六章　罰則
第四十一条
第五条から第七条までの規定に違反した者は、三年以下の懲役又は二百万円以下の罰金に処する。
第四十二条
第十三条第一項の許可を受けないで、同項の輸入をした者は、三年以下の懲役又は百万円以下の罰金に処する。
第四十三条
次の各号のいずれかに該当する者は、一年以下の懲役又は五十万円以下の罰金に処する。
一
第十四条第一項、第十五条又は第二十七条第一項の規定による命令に違反した者
二
第十四条第二項若しくは第三項又は第二十八条の規定に違反した者
三