税務署長は、確定申告書の提出がなかった場合又は前項の記載若しくは添付がない確定申告書の提出があった場合においても、その提出又は記載若しくは添付がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の財務省令で定める書類の提出があった場合に限り、第一項の規定を適用することができる。
４
第一項の規定の適用を受ける同項に規定する換地処分による土地等の譲渡については、租税特別措置法第三十一条の二、第三十一条の三及び第三十三条の三第一項の規定は、適用しない。
５
個人の有する土地又は土地の上に存する権利で特定被災市街地復興推進地域内にあるものにつき被災市街地復興土地区画整理事業が施行された場合において、当該個人が、当該土地又は土地の上に存する権利に係る換地処分により土地等及びその土地等の上に建設された被災市街地復興特別措置法第十五条第一項に規定する住宅又は同条第二項に規定する住宅等を取得したときにおける租税特別措置法第三十三条の三第一項の規定の適用については、当該換地処分による土地又は土地の上に存する権利の譲渡につき第一項の規定の適用を受ける場合を除き、当該換地処分により取得した当該住宅又は当該住宅等は同条第一項に規定する清算金に、当該住宅又は当該住宅等の価額は同項に規定する清算金の額にそれぞれ該当するものとみなす。
６
第一項の規定の適用を受けた個人が換地処分により取得した代替住宅等につきその取得した日以後譲渡（租税特別措置法第三十一条第一項に規定する譲渡所得の基因となる不動産等の貸付けを含む。次項、第十一条の六及び第十一条の七において同じ。）、相続（限定承認に係るものに限る。）、遺贈（法人に対するもの並びに公益信託に関する法律（令和六年法律第三十号）第二条第一項第一号に規定する公益信託（以下この項において「公益信託」という。）の受託者である個人に対するもの（その信託財産とするためのものに限る。）及び個人に対する包括遺贈のうち限定承認に係るものに限る。）又は贈与（法人に対するもの及び公益信託の受託者である個人に対するもの（その信託財産とするためのものに限る。）に限る。）があった場合において、当該代替住宅等に係る譲渡所得の金額を計算するときは、当該換地処分により譲渡した土地等（以下この項において「譲渡土地等」という。）の取得の時期を当該代替住宅等の取得の時期とし、次に掲げる金額の合計額をその取得に要した金額（以下この条において「取得価額」という。）とする。
一
譲渡土地等の取得価額及び改良費の額の合計額（以下この項において「取得価額等」という。）（当該譲渡土地等の譲渡に要した費用がある場合には当該費用の額を加算した金額とし、代替住宅等とともに清算金を取得した場合又は第一項の保留地の対価を取得した場合には当該取得価額等及び譲渡に要した費用の額のうち当該清算金の額又は当該保留地の対価の額に対応する部分以外の部分の額として政令で定めるところにより計算した金額とする。）
二
譲渡土地等とともに清算金を支出して代替住宅等を取得した場合には、当該清算金の額
三
代替住宅等を取得するために要した経費の額がある場合には、当該経費の額
７
代替住宅等の譲渡に係る譲渡所得の金額を計算する場合には、確定申告書に当該代替住宅等の取得価額が前項の規定により計算されている旨及びその計算の明細を記載するものとする。
８
第一項の規定の適用がある場合における同項の規定と租税特別措置法第二章第四節第六款から第八款までの規定との調整その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（被災市街地復興土地区画整理事業等のために土地等を譲渡した場合の譲渡所得の特別控除の特例等）
第十一条の五
個人の有する土地等で次の各号に規定するものについて当該各号に掲げる場合に該当することとなった場合には、次の各号に規定する土地等は租税特別措置法第三十三条第一項第二号に規定する資産に、当該各号に規定する買取りは同項第二号に規定する買取りに、当該各号に規定する対価は同項第二号に規定する対価に、当該各号に掲げる場合は同項第二号に掲げる場合にそれぞれ該当するものとみなして、同条並びに同法第三十三条の四から第三十三条の六まで、第七十条の四、第七十条の六及び第七十条の八の規定を適用する。
一
地方公共団体又は独立行政法人都市再生機構が特定被災市街地復興推進地域において施行する被災市街地復興土地区画整理事業で土地区画整理法（昭和二十九年法律第百十九号）第百九条第一項に規定する減価補償金を交付すべきこととなるものの施行区域（同法第二条第八項に規定する施行区域をいう。）内にある土地等について、これらの者が当該被災市街地復興土地区画整理事業として行う公共施設の整備改善に関する事業の用に供するためにこれらの者（土地開発公社を含む。）に買い取られ、対価を取得する場合（租税特別措置法第三十三条第一項第三号の四又は第三号の五に掲げる場合に該当する場合を除く。）
二
地方公共団体又は独立行政法人都市再生機構が特定住宅被災市町村（東日本大震災により被災市街地復興特別措置法第二十一条に規定する住宅被災市町村となった市町村をいう。以下この条において同じ。）の区域において施行する都市再開発法（昭和四十四年法律第三十八号）による第二種市街地再開発事業の施行区域（都市計画法（昭和四十三年法律第百号）第十二条第二項の規定により第二種市街地再開発事業について都市計画に定められた施行区域をいう。）内にある土地等について、当該第二種市街地再開発事業の用に供するためにこれらの者（土地開発公社を含む。）に買い取られ、対価を取得する場合（租税特別措置法第三十三条第一項第二号又は第三十三条の二第一項第一号に掲げる場合に該当する場合を除く。）
２
個人の有する土地等で特定住宅被災市町村の区域内にあるものが、東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十九号）の施行の日から令和八年三月三十一日までの間に、地方公共団体、独立行政法人都市再生機構、地方住宅供給公社、地方道路公社又は土地開発公社が行う東日本大震災からの復興のための事業の用（次の各号に掲げる当該土地等の区分に応じ当該各号に定める事業の用に限る。）に供するためにこれらの者のうちいずれかの者に買い取られる場合（これらの者がこれらの者以外の者に代わり買い取る場合、前項各号に掲げる場合又は租税特別措置法第三十三条第一項第二号、第三号の四から第四号まで若しくは第八号、第三十三条の二第一項第一号若しくは第三十四条第二項各号に掲げる場合に該当する場合を除く。）には、当該買い取られる場合は、同項第一号に掲げる場合に該当するものとみなして、同条の規定を適用する。
一
特定住宅被災市町村の区域のうち東日本大震災復興特別区域法第四条第一項に規定する政令で定める区域（次号において「復興推進区域」という。）内にある土地等
当該土地等が所在する特定住宅被災市町村又は当該特定住宅被災市町村の存する県が単独で又は共同して作成した東日本大震災からの復興を図るための計画として財務省令で定めるものに記載された事業
二
特定住宅被災市町村の区域のうち復興推進区域以外の区域内にある土地等
当該土地等が所在する特定住宅被災市町村又は当該特定住宅被災市町村の存する県が単独で又は共同して作成した東日本大震災からの復興を図るための計画として財務省令で定めるものに記載された事業（令和三年三月三十一日において当該計画に記載されていたものに限る。）
３
個人の有する土地等で特定被災市街地復興推進地域内にあるものが次に掲げる場合（前項の規定が適用される場合に該当する場合を除く。以下この項において同じ。）に該当することとなった場合には、次に掲げる場合は、租税特別措置法第三十四条の二第二項第一号に掲げる場合に該当するものとみなして、同条の規定を適用する。
一
被災市街地復興特別措置法第八条第三項の規定により土地が買い取られる場合
二
土地等につき被災市街地復興土地区画整理事業が施行された場合において、被災市街地復興特別措置法第十七条第一項の規定により保留地が定められたことに伴い当該土地等に係る換地処分により当該土地等のうち当該保留地の対価の額に対応する部分の譲渡があったとき。
４
個人の有する土地等で特定被災市街地復興推進地域内にあるものが前項第二号に掲げる場合に該当することとなった場合には、同号の保留地が定められた場合は租税特別措置法第三十三条の三第一項に規定する保留地が定められた場合に該当するものとみなし、かつ、同号の保留地の対価の額は同項に規定する保留地の対価の額に該当するものとみなして、同項の規定を適用する。
５
個人が、土地開発公社に対しその有する租税特別措置法第三十一条の二第一項に規定する土地等で次の各号に掲げるものの譲渡をした場合において、当該譲渡に係る土地等が独立行政法人都市再生機構が施行する当該各号に定める事業の用に供されるものであるときは、当該土地等の譲渡は、同条第二項第二号に掲げる土地等の譲渡に該当するものとみなして、同条の規定を適用する。
一
特定被災市街地復興推進地域内にある土地等
被災市街地復興土地区画整理事業
二
特定住宅被災市町村の区域内にある土地等
都市再開発法による第二種市街地再開発事業
６
第一項又は第二項の規定の適用がある場合におけるこれらの規定と租税特別措置法第二章第四節第五款の規定との調整その他前各項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（帰還・移住等環境整備推進法人に対して土地等を譲渡した場合の譲渡所得の特別控除の特例等）
第十一条の六