基金の会計については、この省令の定めるところによるものとし、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２
金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。
３
平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（以下「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。
（譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）
第十条
国土交通大臣及び財務大臣は、基金が通則法第四十六条の二第二項又は第四十六条の三第三項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（区分経理等）
第十一条
基金の費用及び収益に関する経理については、次に掲げる業務ごとに経理を区分し、それぞれ勘定を設けて整理しなければならない。
一
法第五十二条第一項第一号の業務及びこれに附帯する業務
二
法第五十二条第一項第二号及び第三号の業務並びにこれらに附帯する業務
三
法第五十二条第二項の業務
２
基金は、毎事業年度、前項各号の業務に係る勘定ごとに、通則法第四十四条第一項（法第五十四条第一項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）又は第二項の規定による利益又は損失の処理を行わなければならない。
（財務諸表）
第十二条
基金に係る通則法第三十八条第一項の主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に定める行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書並びに奄美群島振興開発特別措置法及び小笠原諸島振興開発特別措置法の一部を改正する法律（平成十六年法律第十一号。以下この条において「改正法」という。）第一条の規定による改正前の法第十条の三第一項の規定により奄美群島振興開発基金が国から承継した債権であって改正法附則第六条第一項の規定により基金が承継したものの回収の結果を記載した書類とする。
（事業報告書の作成）
第十三条
基金に係る通則法第三十八条第二項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２
事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一
基金の目的及び業務内容
二
国の政策における基金の位置付け及び役割
三
中期目標の概要
四
理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五
中期計画及び年度計画の概要
六
持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七
業務運営上の課題並びにリスクの状況及び対応策
八
業績の適正な評価に資する情報
九
業務の成果及び当該業務に要した資源
十
予算及び決算の概要
十一
財務諸表の要約
十二
財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三
内部統制の運用状況
十四
基金に関する基礎的な情報
（財務諸表の閲覧期間）
第十四条
基金に係る通則法第三十八条第三項の主務省令で定める期間は、五年とする。
（会計監査報告の作成）
第十五条
通則法第三十九条第一項後段の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２
会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。
ただし、会計監査人が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。
一
基金の役員及び職員
二
その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３
会計監査人は、通則法第三十八条第一項の財務諸表並びに同条第二項に規定する事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。
一
会計監査人の監査の方法及びその内容
二
財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が基金の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項
イ
無限定適正意見
監査の対象となった財務諸表が独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、基金の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨
ロ
除外事項を付した限定付適正意見
監査の対象となった財務諸表が除外事項を除き独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、基金の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨及び除外事項
ハ
不適正意見
監査の対象となった財務諸表が不適正である旨及びその理由
三
前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四
第二号の意見がある場合は、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と通則法第三十九条第一項に規定する財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五
追記情報
六
前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七
会計監査報告を作成した日
４
前項第五号に規定する「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。
一
会計方針の変更
二
重要な偶発事象
三
重要な後発事象
（短期借入金の認可の申請）
第十六条
基金は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣及び財務大臣に提出しなければならない。
一
借入れを必要とする理由
二
借入金の額
三
借入先
四
借入金の利率
五
借入金の償還の方法及び期限
六
利息の支払の方法及び期限
七
その他必要な事項
（長期借入金の認可の申請）
第十七条
基金は、法第五十五条第一項の規定により長期借入金の認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣及び財務大臣に提出しなければならない。
一
借入れを必要とする理由
二
借入金の額
三
借入先
四
借入金の利率
五
借入金の償還の方法及び期限
六
利息の支払の方法及び期限
七
その他必要な事項
（償還計画の認可の申請）
第十八条
基金は、法第五十六条の規定により償還計画の認可を受けようとするときは、通則法第三十一条第一項前段の規定により年度計画を届け出た後、遅滞なく、次に掲げる事項を記載した償還計画を国土交通大臣及び財務大臣に提出しなければならない。
ただし、償還計画の変更の認可を受けようとするときは、その都度提出しなければならない。
一
長期借入金の総額及び当該事業年度における借入見込額並びにその借入先
二
奄美群島振興開発債券の総額及び当該事業年度において発行するものの引受けの見込み
三
長期借入金及び奄美群島振興開発債券の償還の方法及び期限
四
その他必要な事項
（不要財産に係る民間等出資の払戻しの認可の申請）
第十九条
基金は、通則法第四十六条の三第一項の規定により、民間等出資に係る不要財産について、当該民間等出資に係る不要財産に係る出資者（以下単に「出資者」という。）に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として国土交通大臣及び財務大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告することについて、同項本文の規定により認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣及び財務大臣に提出しなければならない。
一
催告に係る不要財産の内容
二
不要財産であると認められる理由
三
当該不要財産の取得の日及び申請の日における不要財産の帳簿価額（現金及び預金にあっては、取得の日及び申請の日におけるその額）
四
当該不要財産の取得に係る出資の内容（出資者が複数ある場合にあっては、出資者ごとの当該不要財産の取得の日における帳簿価額に占める出資額の割合）
五
催告の内容
六
不要財産により払戻しをする場合には、不要財産の評価額
七
通則法第四十六条の三第三項の規定により主務大臣が定める基準に従い算定した金額により払戻しをする場合には、不要財産の譲渡によって得られる収入の見込額並びに譲渡に要する費用の費目、費目ごとの見込額及びその合計額
八
前号の場合における譲渡の方法
九
第七号の場合における譲渡の予定時期
十
その他必要な事項
２
国土交通大臣及び財務大臣は、前項の申請に係る払戻しの方法が通則法第四十六条の三第三項の規定により主務大臣が定める基準に従い算定した金額による払戻しである場合において、同条第一項の認可をしたときは、次に掲げる事項を基金に通知するものとする。
一
通則法第四十六条の三第一項の規定により当該不要財産に係る出資額として国土交通大臣及び財務大臣が定める額の持分
二