研究所は、厚生労働大臣が通則法第三十五条の四第一項に規定する中長期目標において安定供給確保支援業務に関する事項を定めた場合には、経済施策を一体的に講ずることによる安全保障の確保の推進に関する法律第四十三条第一項に規定する基金（次項及び次条において「基金」という。）を設け、次項の規定により交付を受けた補助金をもってこれに充てるものとする。
２
政府は、予算の範囲内において、研究所に対し、基金に充てる資金を補助することができる。
３
厚生労働大臣は、経済施策を一体的に講ずることによる安全保障の確保の推進に関する法律第十条第三項又は第十一条第三項において準用する同法第九条第六項の規定による通知をした場合において、必要があると認めるときは、研究所に対し、前項の規定により交付を受けた補助金の全部又は一部に相当する金額を国庫に納付すべきことを命ずるものとする。
４
前項の規定による納付金の納付の手続及びその帰属する会計その他国庫納付金に関し必要な事項は、政令で定める。
（区分経理）
第十五条の四
研究所は、前条第一項の規定により基金を設けた場合には、当該基金に係る業務については、特別の勘定を設けて経理しなければならない。
（補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律の準用）
第十六条
補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和三十年法律第百七十九号）の規定（罰則を含む。）は、第十五条第一項第二号及び第三号の規定により研究所が交付する助成金について準用する。
この場合において、同法（第二条第七項を除く。）中「各省各庁」とあるのは「国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所」と、「各省各庁の長」とあるのは「国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所の理事長」と、同法第二条第一項及び第四項、第七条第二項、第十九条第一項及び第二項、第二十四条並びに第三十三条中「国」とあるのは「国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所」と、同法第十四条中「国の会計年度」とあるのは「国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所の事業年度」と読み替えるものとする。
（試験研究実施者等の納付金）
第十七条
研究所は、業務方法書で定めるところにより、第十五条第一項第二号の助成金の交付を受けた者であって、当該助成金に係る希少疾病用医薬品、希少疾病用医療機器若しくは希少疾病用再生医療等製品又は特定用途医薬品、特定用途医療機器若しくは特定用途再生医療等製品に関する試験研究を行った者又はその承継人（以下この条において「試験研究実施者等」という。）から、当該希少疾病用医薬品、希少疾病用医療機器若しくは希少疾病用再生医療等製品又は特定用途医薬品、特定用途医療機器若しくは特定用途再生医療等製品の利用により試験研究実施者等が得た収入又は利益の一部を同号に掲げる業務及びこれに附帯する業務に充てるための納付金として徴収することができる。
（積立金の処分）
第十八条
研究所は、通則法第三十五条の四第二項第一号に規定する中長期目標の期間（以下この項において「中長期目標の期間」という。）の最後の事業年度に係る通則法第四十四条第一項又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、その額に相当する金額のうち厚生労働大臣の承認を受けた金額を、当該中長期目標の期間の次の中長期目標の期間に係る通則法第三十五条の五第一項の認可を受けた中長期計画（同項後段の規定による変更の認可を受けたときは、その変更後のもの）の定めるところにより、当該次の中長期目標の期間における第十五条に規定する業務の財源に充てることができる。
２
厚生労働大臣は、前項の規定による承認をしようとするときは、財務大臣に協議しなければならない。
３
研究所は、第一項に規定する積立金の額に相当する金額から同項の規定による承認を受けた金額を控除してなお残余があるときは、その残余の額を国庫に納付しなければならない。
４
前三項に定めるもののほか、前項の納付金の納付の手続その他積立金の処分に関し必要な事項は、政令で定める。
第四章　雑則
（緊急の必要がある場合の厚生労働大臣の要求）
第十九条
厚生労働大臣は、公衆衛生上重大な危害が生じ、又は生じるおそれがある緊急の事態に対処するため必要があると認めるときは、研究所に対し、第十五条に規定する業務（同条第一項第一号から第三号までに掲げる業務並びに同項第一号及び第二号に掲げる業務に附帯する業務を除く。）のうち必要な調査及び研究又は試験の実施を求めることができる。
２
研究所は、厚生労働大臣から前項の規定による求めがあったときは、正当な理由がない限り、その求めに応じなければならない。
（主務大臣等）
第二十条
研究所に係る通則法における主務大臣は、次のとおりとする。
一
役員及び職員並びに財務及び会計その他管理業務に関する事項については、厚生労働大臣
二
第十五条第二項第二号から第四号までに掲げる業務に関する事項については、厚生労働大臣及び内閣総理大臣
三
第十五条に規定する業務のうち前号に規定する業務以外のものに関する事項については、厚生労働大臣
２
研究所に係る通則法における主務省令は、主務大臣の発する命令とする。
（中長期目標等に関する内閣総理大臣等との協議）
第二十一条
厚生労働大臣は、通則法第三十五条の四第一項の規定により中長期目標（安定供給確保支援業務に係る部分に限る。）を定め、又は変更するときは、あらかじめ、内閣総理大臣その他関係行政機関の長に協議しなければならない。
２
厚生労働大臣は、通則法第三十五条の五第一項の規定による中長期計画（安定供給確保支援業務に係る部分に限る。）の認可をするときは、あらかじめ、内閣総理大臣その他関係行政機関の長に協議しなければならない。
（国家公務員宿舎法の適用除外）
第二十二条
国家公務員宿舎法（昭和二十四年法律第百十七号）の規定は、研究所の役員及び職員には適用しない。
第五章　罰則
第二十三条
第十三条の規定に違反した者は、一年以下の懲役又は百万円以下の罰金に処する。
第二十四条
次の各号のいずれかに該当する場合には、その違反行為をした研究所の役員は、二十万円以下の過料に処する。
一
第十五条に規定する業務以外の業務を行ったとき。
二
第十八条第一項の規定により厚生労働大臣の承認を受けなければならない場合において、その承認を受けなかったとき。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、公布の日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一
附則第十二条、第十三条及び第十六条の規定
平成十七年四月一日
二
附則第十七条の規定
この法律の公布の日又は国家公務員共済組合法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第百三十号）の公布の日のいずれか遅い日
（職員の引継ぎ等）
第二条
研究所の成立の際現に厚生労働省の部局又は機関で政令で定めるものの職員である者は、厚生労働大臣が指名する者を除き、別に辞令を発せられない限り、研究所の成立の日において、研究所の職員となるものとする。
第三条
前条の規定により研究所の職員となった者に対する国家公務員法（昭和二十二年法律第百二十号）第八十二条第二項の規定の適用については、研究所の職員を同項に規定する特別職国家公務員等と、前条の規定により国家公務員としての身分を失ったことを任命権者の要請に応じ同項に規定する特別職国家公務員等となるため退職したこととみなす。
第四条
附則第二条の規定により厚生労働省の職員が研究所の職員となる場合には、その者に対しては、国家公務員退職手当法（昭和二十八年法律第百八十二号）に基づく退職手当は、支給しない。
２
研究所は、前項の規定の適用を受けた研究所の職員の退職に際し、退職手当を支給しようとするときは、その者の国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員（同条第二項の規定により職員とみなされる者を含む。）としての引き続いた在職期間を研究所の職員としての在職期間とみなして取り扱うべきものとする。
３
研究所の成立の日の前日に厚生労働省の職員として在職する者が、附則第二条の規定により引き続いて研究所の職員となり、かつ、引き続き研究所の職員として在職した後引き続いて国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員となった場合におけるその者の同法に基づいて支給する退職手当の算定の基礎となる勤続期間の計算については、その者の研究所の職員としての在職期間を同項に規定する職員としての引き続いた在職期間とみなす。
ただし、その者が研究所を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。
４
研究所は、研究所の成立の日の前日に厚生労働省の職員として在職し、附則第二条の規定により引き続いて研究所の職員となった者のうち研究所の成立の日から雇用保険法（昭和四十九年法律第百十六号）による失業給付の受給資格を取得するまでの間に研究所を退職したものであって、その退職した日まで厚生労働省の職員として在職したものとしたならば国家公務員退職手当法第十条の規定による退職手当の支給を受けることができるものに対しては、同条の規定の例により算定した退職手当の額に相当する額を退職手当として支給するものとする。
第五条