法第十七条第八項の規定により地域公共交通等勘定から建設勘定に繰入れを行った場合には、地域公共交通等勘定において、当該繰入金の額に相当する金額を建設勘定受入金に計上した金額から減額するとともに、建設勘定において、当該繰入金の額に相当する金額を地域公共交通等勘定繰入金に計上した金額から減額するものとする。
３
前項の場合において、株式の処分により生じた収入の額が当該株式の帳簿価額を下回り、その差額を地域公共交通等勘定の損益計算書の費用に計上するときは、同勘定において、当該差額に相当する金額を建設勘定受入金に計上した金額から減額し、その額と同額を建設勘定受入金減額益として損益計算書の収益に計上するとともに、建設勘定において、当該差額に相当する金額を地域公共交通等勘定繰入金に計上した金額から減額し、その額と同額を地域公共交通等勘定繰入金減額損として損益計算書の費用に計上するものとする。
（積立金の記載）
第十一条の四
第九条第一項第四号に掲げる業務に係る勘定において、法第十八条第二項の規定による積立金を貸借対照表の資本の部に計上する場合には、通則法第四十四条第一項の規定による積立金と区分して計上するものとする。
（収益の獲得が予定されない償却資産）
第十二条
国土交通大臣は、機構が業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２
前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。
（対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）
第十二条の二
国土交通大臣は、機構が業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されていないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）
第十二条の三
国土交通大臣は、機構が通則法第四十六条の二第二項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（財務諸表）
第十三条
機構に係る通則法第三十八条第一項に規定する主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に掲げる行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書とする。
（事業報告書の作成）
第十三条の二
機構に係る通則法第三十八条第二項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２
事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一
機構の目的及び業務内容
二
国の政策における機構の位置付け及び役割
三
中期目標の概要
四
理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五
中期計画及び年度計画の概要
六
持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七
業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八
業績の適正な評価に資する情報
九
業務の成果及び当該業務に要した資源
十
予算及び決算の概要
十一
財務諸表の要約
十二
財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三
内部統制の運用状況
十四
機構に関する基礎的な情報
（財務諸表の閲覧期間）
第十四条
機構に係る通則法第三十八条第三項に規定する主務省令で定める期間は、五年とする。
（通則法第三十八条第四項の主務省令で定める書類）
第十四条の二
機構に係る通則法第三十八条第四項の主務省令で定める書類は、連結貸借対照表、連結損益計算書、連結純資産変動計算書、連結キャッシュ・フロー計算書及び連結附属明細書とする。
（会計監査報告の作成）
第十四条の三
通則法第三十九条第一項後段の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２
会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。
ただし、会計監査人が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。
一
機構の役員及び職員
二
機構の子法人の取締役、会計参与、執行役、業務を執行する社員、会社法第五百九十八条第一項の職務を行うべき者その他これらの者に相当する者及び使用人
三
その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３
会計監査人は、通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表並びに同条第二項に規定する事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。
一
会計監査人の監査の方法及びその内容
二
財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項
イ
無限定適正意見
監査の対象となった財務諸表が独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨
ロ
除外事項を付した限定付適正意見
監査の対象となった財務諸表が除外事項を除き独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨及び除外事項
ハ
不適正意見
監査の対象となった財務諸表が不適正である旨及びその理由
三
前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四
第二号の意見がある場合は、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と通則法第三十九条第一項に規定する財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五
追記情報
六
前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七
会計監査報告を作成した日
４
前項第五号に規定する「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。
一
会計方針の変更
二
重要な偶発事象
三
重要な後発事象
（短期借入金の認可の申請）
第十五条
機構は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の借入れの認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一
借入れを必要とする理由
二
借入金の額
三
借入先
四
借入金の利率
五
借入金の償還の方法及び期限
六
利息の支払の方法及び期限
七
その他必要な事項
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産）
第十六条
機構に係る通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産は、次に掲げるものとする。
一
法第十七条第一項第一号に掲げる業務については、鉄道施設又は軌道施設の建設又は大改良に伴い譲渡し、又は交換する不動産以外の財産であって、その価額が三千万円以上のもの
二
法第十七条第一項第二号から第四号までに掲げる業務については、土地及び建物並びに特許権及び実用新案権
（重要な財産の処分等の認可の申請）
第十七条
機構は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一
処分等に係る財産の内容及び評価額
二
処分等の条件
三
処分等の方法
四
機構の業務運営上支障がない旨及びその理由
（内部組織）
第十七条の二
機構に係る通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた当該中期目標管理法人の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織として国土交通大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。同項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２
直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として国土交通大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。
（管理又は監督の地位）
第十八条