この場合において、同項第一号中「当該土地につき法第三条に規定する資格を有する者から当該土地に係る前項の負担金を徴収すること」とあるのは「当該市町村に当該負担金のうちその利益のすべてが発生した土地に係る部分の額を負担させること」と、同項第二号中「当該国営土地改良事業の施行に係る地域内にある土地につき法第三条に規定する資格を有する者から指定事業費額に係る前項の負担金（次号に掲げる場合に該当する場合であつて、第一種指定工事等事業費額に係る同項の負担金を負担させているときは、当該指定事業費額に係る同項の負担金から当該第一種指定工事等事業費額に係る同項の負担金を除いた負担金）を徴収すること」とあるのは「当該市町村に当該負担金のうち指定事業費額に係る部分の額（次号に掲げる場合に該当する場合であつて、第一種指定工事等事業費額に係る部分の額を負担させているときは、当該指定事業費額に係る部分の額から当該第一種指定工事等事業費額に係る部分の額を除いた額）を負担させること」と、同項第三号中「当該国営土地改良事業の施行に係る地域内にある土地につき法第三条に規定する資格を有する者から指定事業費額に係る前項の負担金（第一種指定工事等事業費額に係る同項の負担金に限る。）を徴収すること」とあるのは「当該市町村に当該負担金のうち指定事業費額に係る部分の額（第一種指定工事等事業費額に係る部分の額に限る。）を負担させること」と、「前項の負担金については、当該第一種指定工事等が完了した年度の翌年度以後の年度で都道府県が当該負担金の徴収を受けるべき者の三分の二以上の同意を得て」とあるのは「部分の額については、当該第一種指定工事等が完了した年度の翌年度以後の年度で都道府県が当該市町村の同意を得て」と、同項第四号中「当該国営土地改良事業の施行に係る地域内にある土地につき法第三条に規定する資格を有する者から第一種工事等事業費額に係る前項の負担金を徴収すること」とあるのは「当該市町村に当該負担金のうち第一種工事等事業費額に係る部分の額を負担させること」と、「前項の負担金については、当該第一種工事等が完了した年度の翌年度以後の年度で都道府県が当該負担金の徴収を受けるべき者の三分の二以上の同意を得て」とあるのは「部分の額については、当該第一種工事等が完了した年度の翌年度以後の年度で都道府県が当該市町村の同意を得て」と読み替えるものとする。
３
法第九十条第五項又は第九項の規定により市町村に負担させる負担金で第五十二条第一項第二号の二及び第四号に掲げる事業に係るものは、第五十二条の二第二項の規定により農林水産大臣が定める支払の方法に準拠して都道府県が定める支払の方法により支払わせるものとする。
第五十三条の四
法第九十条第五項又は第九項の規定により市町村に負担させる負担金で法第八十七条の二第一項の規定により国が行う同項第一号の事業（公有水面埋立法により行うものその他国の所有に属する土地について行うものに限る。）に係るものについては、第五十三条の二の規定を準用する。
この場合において、同条第一項ただし書中「当該負担金の徴収を受ける者」とあるのは、「当該市町村」と読み替えるものとする。
（国営土地改良事業の負担金についての市町村の徴収方法）
第五十三条の五
法第九十条第六項の規定により次の各号に掲げる者から徴収する負担金は、それぞれ当該各号に掲げる規定に規定する支払の方法に準拠して市町村が定める支払の方法により支払わせるものとする。
一
法第九十条第二項に掲げる者
第五十三条
二
法第九十条第三項に掲げる者
第五十三条の二
（国営市町村特別申請事業の負担金についての都道府県の徴収方法）
第五十三条の六
法第九十条第八項の規定により徴収する負担金は、第五十二条の二第六項の規定により農林水産大臣が定める支払の方法に準拠して都道府県が定める支払の方法により支払わせるものとする。
（国営市町村特別申請事業に係る関連管理事業の要件）
第五十三条の七
法第九十条第八項の政令で定める要件は、土地改良施設の管理を内容とする土地改良事業で同項の国営市町村特別申請事業と一体となつてその効果が増大するものを行う者が、当該国営市町村特別申請事業の施行により、当該土地改良事業に係る土地改良事業計画について当該土地改良施設の管理方法その他の事項につき農林水産省令で定める重要な部分の変更をしたこととする。
（国営土地改良事業に係る特別徴収金）
第五十三条の八
法第九十条の二第一項、第四項及び第六項の政令で定める用途は、農用地とする。
第五十三条の九
法第九十条の二第一項、第四項及び第六項の政令で定める場合は、次の各号のいずれかに該当する場合とする。
一
当該土地を農業経営の合理化のために必要な共同利用施設（通信施設、給油施設及びこれらに準ずる施設で、農林水産大臣が定めるものを除く。）の用に供するため所有権の移転等（法第三十六条の三第一項の所有権の移転等をいう。以下同じ。）をした場合
二
当該土地について所有権の移転等を拒むときは土地収用法（昭和二十六年法律第二百十九号）の規定に基づいて収用されることとなる場合において、所有権の移転等をしたとき。
三
前二号に掲げる場合のほか、当該土地に係る目的外用途（法第九十条の二第一項の目的外用途をいう。）の態様、当該土地改良事業による当該土地の受益の態様又は当該土地の面積を考慮して、当該土地につき特別徴収金を徴収しないことを相当とするものとして農林水産大臣が定める基準に該当した場合
第五十三条の十
法第九十条の二第一項の規定により国、都道府県又は市町村が徴収する特別徴収金の額は、同条第三項の規定によりそれぞれの特別徴収金の額の限度として算定して得た額（以下「特別徴収金徴収限度額」という。）とする。
第五十三条の十一
法第九十条の二第三項の国営土地改良事業に要した費用のうちその徴収に係る土地に係る部分の額は、当該費用の額に、当該土地の面積の当該国営土地改良事業の施行に係る地域内の土地の面積に対する割合を基準とし、当該国営土地改良事業によつて当該土地が受ける利益を勘案して農林水産大臣が定める割合を乗じて得た額とする。
２
法第九十条の二第三項の国営土地改良事業につき法第九十条第一項の規定により都道府県が負担する負担金のうちその徴収に係る土地に係る部分の額の算定、法第九十条の二第三項の国営土地改良事業につき法第九十条第二項、第四項、第五項又は第九項の規定により都道府県が徴収する負担金のうちその徴収に係る土地に係る部分の額の算定及び法第九十条の二第三項の国営土地改良事業につき法第九十条第九項の規定により市町村が負担する負担金のうちその徴収に係る土地に係る部分の額の算定については、前項の規定を準用する。
この場合において、同項中「当該費用の額」とあるのは、「当該負担金の額」と読み替えるものとする。
第五十三条の十二
法第九十条の二第四項の規定により国、都道府県又は市町村が徴収する特別徴収金は、その徴収に係る土地の時価相当額（当該土地の適正な対価として農林水産大臣が近傍類地の取引価格等を考慮して相当と認める額をいう。以下この条において同じ。）が当該土地に係る取得者負担額（当該国営土地改良事業に要した費用のうち当該土地に係る部分の額として同条第五項において準用する同条第三項の規定により算定して得た額から、当該土地に係る国、都道府県及び市町村のそれぞれの特別徴収金徴収限度額を合計して得た額を差し引いて得た額をいう。以下この条において同じ。）をこえる場合に限り徴収することができるものとし、その額は、当該時価相当額から当該取得者負担額を差し引いて得た額を当該土地に係る国、都道府県及び市町村のそれぞれの特別徴収金徴収限度額を合計して得た額で除して得た数値が一以上であるときはそれぞれの特別徴収金徴収限度額とし、当該数値が一未満であるときはそれぞれの特別徴収金徴収限度額に当該数値を乗じて得た額とする。
第五十三条の十三
法第九十条の二第四項の特別徴収金の額又は同条第六項の特別徴収金の額のそれぞれ同条第五項又は第七項において準用する同条第三項の規定による算定については、第五十三条の十一の規定を準用する。
この場合において、法第九十条の二第四項の特別徴収金の額の同条第五項において準用する同条第三項の規定による算定については、第五十三条の十一第二項中「第九十条第二項、第四項、第五項」とあるのは「第九十条第三項から第五項まで」と読み替えるものとし、法第九十条の二第六項の特別徴収金の額の同条第七項において準用する同条第三項の規定による算定については、第五十三条の十一中「国営土地改良事業」とあるのは「国営市町村特別申請事業」と、同条第二項中「第九十条第二項、第四項、第五項」とあるのは「第九十条第八項」と読み替えるものとする。
第五十三条の十四
法第九十条の二第六項の政令で定める要件は、第五十三条の七に規定する要件とする。
第五十三条の十五
法第九十条の二第六項の規定により国、都道府県又は市町村が徴収する特別徴収金の額は、同条第七項において準用する同条第三項の規定によりそれぞれの特別徴収金の額の限度として算定して得た額とする。
（都道府県営土地改良事業の分担金等）
第五十四条
法第九十一条第一項に規定する分担金の額は、当該都道府県営土地改良事業に要する費用のうち国から交付を受けた補助金の額（当該都道府県営土地改良事業が公害防止事業費事業者負担法（昭和四十五年法律第百三十三号）第二条第二項第三号の公害防止事業に該当する場合には、当該補助金の額に当該公害防止事業に係る同法第六条第一項の費用負担計画において定められた事業者の負担総額のうち当該都道府県営土地改良事業に係る部分の額を加えて得た額）を除いたものを超えることができない。