申出者は、対象土地を非課税土地として使用し、若しくは使用させたこと、対象土地について特例譲渡をしたこと又は対象土地を免除土地として使用し、若しくは使用させたことにつき法附則第三十一条の三の四第一項の規定による市町村長の確認を受けようとする場合には、総務省令で定めるところにより、当該対象土地の所在及び面積、非課税土地としての用途、特例譲渡の目的又は免除土地としての用途、非課税土地としての使用の開始、特例譲渡又は免除土地としての使用の開始の年月日、変更後予定期間その他当該確認に必要な事項を記載した申請書を市町村長に提出しなければならない。
５
第五十四条の四十二第九項の規定は法附則第三十一条の三の四第一項に規定する特別土地保有税に係る地方団体の徴収金で同項に規定する免除期間、予定期間又は変更後予定期間に係るものについて、第五十四条の四十三の規定は法附則第三十一条の三の四第三項の規定による申請について準用する。
この場合において、第五十四条の四十二第九項第一号及び第二号中「納税義務の免除に係る期間」とあるのは「法附則第三十一条の三の三第一項に規定する免除期間、同項に規定する予定期間又は法附則第三十一条の三の四第一項に規定する変更後予定期間」と、第五十四条の四十三中「納税義務の免除に係る期間」とあるのは「法附則第三十一条の三の四第一項に規定する変更後予定期間」と読み替えるものとする。
６
法附則第三十一条の三の四第二項、第四項又は第五項の規定による徴収の猶予がされた場合における第六条の十四の規定の適用については、同条第一項第四号中「若しくは第六百二十九条第五項」とあるのは「、第六百二十九条第五項若しくは附則第三十一条の三の四第二項、第四項若しくは第五項」と、同条第二項中「又は第六百一条第八項」とあるのは「、第六百一条第八項」と、「の規定による」とあるのは「又は附則第三十一条の三の四第九項の規定による」とする。
（法附則第三十一条の三の五第三項の計画等）
第十六条の二の四
法附則第三十一条の三の五第三項に規定する政令で定める計画は、国土交通省の作成した石狩新港地区の開発に関する計画及び青森県の作成したむつ小川原地区の開発に関する計画とする。
２
法附則第三十一条の三の五第四項に規定する政令で定める土地の譲渡は、第五十四条の四十五第四項第一号、第二号又は第四号から第六号までに掲げる土地の譲渡（同項第五号又は第六号に掲げる土地の譲渡にあつては、当該譲渡が公募の方法により行われるものに限る。）とする。
（法附則第三十一条の四第一項及び第二項の特定施設）
第十六条の二の五
法附則第三十一条の四第一項又は第二項の規定により読み替えられた法第六百三条の二第一項第二号に規定する駐車場、資材置場その他の土地自体の利用を主たる目的とする特定施設のうち建物又は構築物を伴わないものとして政令で定めるものは、当該特定施設のうち、次に掲げる建物又は構築物及びこれらと一体的に利用されている土地により構成されているもの以外のものとする。
一
建築基準法第七条第五項又は第七条の二第五項に規定する検査済証を交付された建物又は構築物
二
自動車車庫の用に供する構築物（その建築について建築基準法第六条第一項の確認を要する建築物を除く。）のうち総務省令で定める特殊の装置を用いて設けられたもの
第十六条の二の六
削除
（法附則第三十二条の四第一項の事業等）
第十六条の二の七
法附則第三十二条の四第一項に規定する政令で定める事業は、二千二十五年日本国際博覧会に関する特権及び免除に関する日本国政府と博覧会国際事務局との間の協定第一条（ｊ）に規定する博覧会に関連する非商業的活動に係る事業とする。
２
法附則第三十二条の四第一項の規定の適用を受ける事業と受けない事業とを併せて行う場合における従業者給与総額の算定については、第五十六条の四十九の規定を準用する。
この場合において、同条中「第七百一条の三十四第三項又は第五項」とあるのは、「附則第三十二条の四第一項」と読み替えるものとする。
（法附則第三十三条第一項の特定民間観光関連施設等）
第十六条の二の八
法附則第三十三条第一項に規定する特定民間観光関連施設で政令で定めるものは、沖縄振興特別措置法（平成十四年法律第十四号）第八条第一項に規定する特定民間観光関連施設で総務省令で定めるもの（以下この項において「対象施設」という。）の用に供する家屋又は構築物（当該対象施設に含まれる部分に限るものとし、当該対象施設の用に供する事務所、宿舎その他その利用について対価又は負担として支払うべき金額の定めのあるもので総務省令で定めるものを除く。第一号において同じ。）で次に掲げる要件に該当するものをその用に供する施設とする。
一
当該家屋又は構築物を構成する減価償却資産（所得税法施行令第六条第一号及び第二号又は法人税法施行令第十三条第一号及び第二号に掲げるものに限る。）の取得価額の合計額が一億円を超えるものであること。
二
当該対象施設に係る家屋につき当該対象施設に含まれない部分がある場合には当該家屋の床面積（機械室、廊下、階段その他共用に供されるべき部分の床面積（以下この号において「共用部分の床面積」という。）を除く。）のうちに当該対象施設に含まれる部分の床面積（共用部分の床面積を除く。）の占める割合が二分の一以上のものであり、当該対象施設に係る構築物につき当該対象施設に含まれない部分がある場合には当該構築物を構成する減価償却資産（所得税法施行令第六条第二号又は法人税法施行令第十三条第二号に掲げるものに限る。以下この号において同じ。）の取得価額の合計額のうちに当該対象施設に含まれる部分を構成する減価償却資産の取得価額の合計額の占める割合が二分の一以上のものであること。
２
法附則第三十三条第二項に規定する政令で定める施設は、次に掲げる要件を満たす施設とする。
一
当該施設に設置される機械及び装置並びに器具及び備品の取得価額の合計額が千万円以上であること。
二
当該施設に係る建物及びその附属設備の取得価額の合計額が一億円以上であること。
３
法附則第三十三条第三項に規定する産業高度化・事業革新促進事業で政令で定めるものは、沖縄振興特別措置法施行令（平成十四年政令第百二号）第四条各号（第九号を除く。）に掲げる業種に属する事業とする。
４
法附則第三十三条第三項に規定する政令で定める施設は、次に掲げる要件を満たす施設とする。
一
当該施設に設置される機械及び装置並びに器具及び備品の取得価額の合計額が千万円以上であること。
二
当該施設に係る建物及びその附属設備の取得価額の合計額が一億円以上であること。
５
法附則第三十三条第四項に規定する政令で定める施設は、次に掲げる要件を満たす施設とする。
一
当該施設に設置される機械及び装置並びに器具及び備品の取得価額の合計額が千万円以上であること。
二
当該施設に係る建物及びその附属設備の取得価額の合計額が一億円以上であること。
６
法附則第三十三条第五項に規定する政令で定める施設は、特定農産加工業経営改善等臨時措置法（平成元年法律第六十五号）第二条第一項に規定する農産加工品の生産の用に供する施設で総務省令で定めるものとする。
第十六条の二の九
削除
（法第七百一条の四十一第一項又は第二項及び附則第三十三条の規定の適用がある場合における同条の規定の適用等）
第十六条の二の十
事業所等（法第七百一条の三十一第一項第五号に規定する事業所等をいう。次項及び第三項において同じ。）において行われる事業につき法第七百一条の四十一第一項又は第二項及び附則第三十三条第一項から第五項までの規定の適用がある場合における同条第一項から第五項までの規定の適用については、次の表の上欄に掲げる規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句とする。
法附則第三十三条第一項
当該特定民間観光関連施設に係る事業所床面積
第七百一条の四十一第一項又は第二項の規定により控除すべき面積を当該特定民間観光関連施設に係る事業所床面積から控除して得た面積
第七百一条の四十一第三項
同条第三項
法附則第三十三条第二項から第五項まで
当該施設に係る事業所床面積
第七百一条の四十一第一項又は第二項の規定により控除すべき面積を当該施設に係る事業所床面積から控除して得た面積
第七百一条の四十一第三項
同条第三項
２
事業所等において行われる事業につき法第七百一条の四十一第一項又は第二項及び附則第三十三条第六項の規定の適用がある場合における同項の規定の適用については、同項中「当該特定事業所内保育施設に係る事業所床面積又は従業者給与総額」とあるのは「第七百一条の四十一第一項又は第二項の規定により控除すべき面積又は金額を当該特定事業所内保育施設に係る事業所床面積又は従業者給与総額から控除して得た面積又は金額」と、「第七百一条の四十一第三項」とあるのは「同条第三項」とする。
３
第五十六条の六十七の規定は、法附則第三十三条第六項の規定の適用を受ける同項に規定する特定事業所内保育施設に係る事業所等において当該特定事業所内保育施設に係る事業とその他の事業とを併せて行う場合における従業者給与総額の算定について準用する。
（上場株式等に係る配当所得等に係る道府県民税及び市町村民税の課税の特例）
第十六条の二の十一
法附則第三十三条の二第一項に規定する上場株式等の配当等に係る利子所得の金額及び配当所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額は、前年中の同項に規定する上場株式等の配当等に係る利子所得の金額及び配当所得の金額の合計額とする。