沖縄法人で施行日の直前に終了した事業年度（当該事業年度において生じた本土源泉所得に係る所得に対する法人税法第七十四条第一項の規定による申告書の提出期限が同日以後に到来するものに限る。）において生じた本土源泉所得に係る所得を有するものの当該本土源泉所得に係る所得は、同法の規定の適用については、これを本土源泉所得に係る所得以外の所得とみなし、法第七十二条第三項の規定により本邦の法令としての効力を有することとされる沖縄法人税法の規定の適用については、これを沖縄源泉所得に係る所得とみなす。
２
前項の場合において、同項に規定する本土源泉所得について本邦の法令の規定により課された、又は課されるべき所得税、法人税又は道府県民税及び市町村民税（都民税を含む。）は、法第七十二条第三項の規定により本邦の法令としての効力を有することとされる沖縄法人税法の規定の適用については、それぞれ沖縄法令の規定により課された、又は課されるべき所得税、法人税又は市町村民税とみなす。
３
法人（法人税法第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下この章において同じ。）のうち法の施行の際本土に本店又は主たる事務所を有するもの（以下この章において「本土法人」という。）で、施行日の直前に終了した事業年度（当該事業年度の法人税法第七十四条第一項の規定による申告書の提出期限が同日以後に到来するものに限る。）において生じた沖縄源泉所得に係る所得を有するものの当該沖縄源泉所得に係る所得は、同法の規定の適用については、これを国内源泉所得に係る所得とみなし、法第七十二条第三項の規定により本邦の法令としての効力を有することとされる沖縄法人税法の規定の適用については、これを沖縄源泉所得以外の所得とみなす。
４
前項の場合において、同項に規定する沖縄源泉所得について沖縄法令の規定（法第七十二条第三項又は第百五十四条第三項の規定により本邦の法令としての効力を有することとされる沖縄法令の規定を含む。第四十三条第一項において同じ。）により課された、又は課されるべき所得税、法人税又は市町村民税は、法人税法の規定の適用については、それぞれ本邦の法令の規定により課された、又は課されるべき所得税、法人税又は市町村民税とみなす。
（積立金等に関する経過措置）
第三十七条
沖縄法人が、施行日以後最初に終了する事業年度開始の日において有する沖縄法人税法及びこれに基づく規則の規定による資本積立金の額、積立金額、欠損金額又は退職年金積立金額は、それぞれ法人税法の規定による資本積立金額、利益積立金額、欠損金額又は退職年金積立金額とみなす。
（清算中の沖縄法人の事業年度に関する経過措置）
第三十八条
法第七十六条第二項に規定する沖縄法人である普通法人又は協同組合等の同項の規定により解散をしたものとみなされる日の属する事業年度は、法人税法第十四条第一号の規定にかかわらず、同日から同法第十三条第一項に規定する事業年度の末日までの期間とする。
（受取配当等の益金不算入に関する経過措置）
第三十九条
法人が、経過事業年度開始の日から施行日の前日までの間に沖縄法人（法人税法第二条第八号に規定する人格のない社団等を除く。）から受ける沖縄法人税法第十六条第一項に規定する利益の配当又は剰余金の分配の額は、本土法人（同号に規定する人格のない社団等を除く。）から受ける法人税法第二十三条第一項に規定する配当等の額とみなして、同法の規定を適用する。
（有価証券の評価に関する経過措置）
第四十条
施行日以後最初に終了する事業年度開始の日において法人税法第二条第二十二号に規定する有価証券を有する沖縄法人については、同日にその有価証券を取得したものとみなして、法人税法施行令（昭和四十年政令第九十七号）第三十五条第二項の規定を適用する。
（青色申告法人の減価償却に関する経過措置）
第四十一条
青色申告書を提出する沖縄法人の有する機械及び装置の償却費として平成十四年五月十四日までに終了する各事業年度の所得の金額の計算上当該各事業年度の損金の額に算入する金額の限度額は、法人税法第三十一条第一項又は第二項の規定にかかわらず、当該機械及び装置の普通償却限度額（同条第一項に規定する償却限度額又は同条第二項に規定する償却限度額に相当する金額をいう。）に百分の百十を乗じて計算した金額とする。
２
租税特別措置法第四十三条第二項の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
（寄付金に関する経過措置）
第四十二条
沖縄法人が経過事業年度開始の日から施行日の前日までの間に支出した寄付金で沖縄法人税法第十一条第三項ただし書の規定を適用するとしたならば当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入すべきこととなるものは、法人税法第三十七条第三項第一号又は第二号に規定する寄付金の額とみなして、同条の規定を適用する。
（所得税、法人税等の損金不算入等に関する経過措置）
第四十三条
沖縄法人が沖縄法令の規定により課された、又は課されるべき所得税、法人税又は市町村民税は、法人税法の規定の適用については、当該沖縄法人がそれぞれ本邦の法令の規定により課された、又は課されるべき所得税、法人税又は市町村民税とみなす。
２
沖縄法人が経過事業年度開始の日から施行日の前日までの間に納付した沖縄法人税法第三十六条の二第一項の規定により徴収猶予された法人税額に係る利子税額及び施行日以後に納付する同法の規定による法人税に係る延滞税の額のうち当該利子税額に相当するものは、当該沖縄法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
（引当金等に関する経過措置）
第四十四条
沖縄法人が、施行日以後最初に終了する事業年度開始の日において有する沖縄法人税法（これに基づく規則を含む。以下この項において同じ。）の規定による補助金に係る特別勘定の金額、保険差益に係る引当金若しくは特別勘定の金額又は貸倒引当金勘定、退職給与引当金勘定若しくは船舶修繕引当金勘定の金額（既に同立法の規定により取りくずすべきこととなつたものを除く。）は、それぞれ法人税法（これに基づく命令を含む。）の規定によりその沖縄法人の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された補助金に係る特別勘定の金額、保険差益に係る引当金若しくは特別勘定の金額又は貸倒引当金勘定、退職給与引当金勘定若しくは特別修繕引当金勘定の金額とみなす。
２
沖縄法人が、経過事業年度開始の日から施行日の前日までの間に受けた沖縄の法人税法施行規則（千九百五十三年規則第四十二号。以下「沖縄法人税法施行規則」という。）第十条第一項に規定する政府補助金等は、法人税法第四十三条第一項に規定する国庫補助金等とみなして、同条及び同法第四十四条の規定を適用する。
３
金融及び保険業を主として営む沖縄法人の基準日（施行日以後一年を経過した日（当該沖縄法人のうち法人税法施行令の一部を改正する政令（昭和四十七年政令第十一号。以下次項までにおいて「昭和四十七年改正政令」という。）附則第二項に規定する銀行等以外の法人については、施行日以後二年を経過した日）をいう。）の前日までに終了する事業年度における法人税法第五十二条第一項に規定する政令で定めるところにより計算した金額（以下この条において「貸倒引当金繰入限度額」という。）は、昭和四十七年改正政令による改正前の法人税法施行令第九十七条の規定により計算した金額（租税特別措置法第五十七条の六の規定の適用を受ける沖縄法人については、当該金額の百分の百二十に相当する金額）とする。
４
前項に規定する沖縄法人の昭和五十年十月一日前に開始する事業年度（同項に規定する基準日以後に終了する事業年度に限る。）における貸倒引当金繰入限度額の計算については、法人税法施行令の一部を改正する政令（昭和四十九年政令第七十七号。第六項において「昭和四十九年改正政令」という。）による改正前の昭和四十七年改正政令附則第四項中「基準日」とあるのは、「沖縄の復帰に伴う国税関係法令の適用の特別措置等に関する政令第四十四条第三項に規定する基準日」として、同令附則第四項及び第五項の規定の例による。
５
第三項に規定する沖縄法人の昭和五十年十月一日前に開始する事業年度における貸倒引当金繰入限度額の計算については、前二項の規定の適用がある場合を除き、法人税法施行令第九十七条第三号中「千分の十」とあるのは、「千分の十二」として、同号の規定を適用する。
６