旧復興特区法第四十条第一項（旧福島特措法第七十四条の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定により施行日前に旧認定地方公共団体（旧復興推進計画につき旧認定を受けた地方公共団体をいう。以下この項において同じ。）の指定（以下この項において「旧指定」という。）を受けた法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税については、当該旧認定地方公共団体を新震災特例法第十八条の三第一項に規定する認定地方公共団体と、当該旧指定を同項の指定と、当該旧認定を受けた旧復興推進計画を同項に規定する認定復興推進計画と、それぞれみなして、同条の規定を適用する。
この場合において、同項中「東日本大震災復興特別区域法第三十七条第一項に」とあるのは「復興庁設置法等の一部を改正する法律（令和二年法律第四十六号。以下この項及び第四項において「復興庁設置法等改正法」という。）第二条の規定による改正前の東日本大震災復興特別区域法（以下この項及び第四項において「旧復興特区法」という。）第四十条第一項に」と、「特定復興産業集積区域（」とあるのは「復興産業集積区域（」と、「同法第二条第三項第二号イ」とあるのは「旧復興特区法第二条第三項第二号イ（復興庁設置法等改正法第三条の規定による改正前の福島復興再生特別措置法（第一号において「旧福島特措法」という。）第七十四条の規定により読み替えて適用する場合を含む。）」と、同項第一号中「復興推進計画」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（令和三年法律第十一号）附則第百三条第二項の旧復興推進計画」と、「東日本大震災復興特別区域法第四条第九項」とあるのは「旧復興特区法第四条第九項（旧福島特措法第七十四条又は第七十五条の規定により読み替えて適用する場合を含む。）」と、同条第四項第四号中「東日本大震災復興特別区域法」とあるのは「旧復興特区法第九条の規定又は復興庁設置法等改正法附則第四条第二項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における旧復興特区法」と、同項第五号中「東日本大震災復興特別区域法」とあるのは「旧復興特区法第四十条第二項において準用する旧復興特区法第三十七条第三項の規定又は復興庁設置法等改正法附則第五条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における旧復興特区法」と、「同法」とあるのは「旧復興特区法」とする。
（被災市街地復興土地区画整理事業等のために土地等を譲渡した場合の所得の特別控除の特例等に関する経過措置）
第百四条
新震災特例法第十八条の九第二項の規定は、法人が施行日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧震災特例法第十八条の九第二項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
（法人の特定の資産の買換えの場合等の課税の特例に関する経過措置）
第百五条
新震災特例法第十九条から第二十一条まで（新震災特例法第十九条第一項の表の第一号の下欄のイに係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に取得（建設及び製作を含む。以下この条において同じ。）をする同欄のイに掲げる資産及び当該資産に係る新震災特例法第二十条第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定について適用し、法人が施行日前に取得をした旧震災特例法第十九条第一項の表の第一号の下欄のイに掲げる資産及び当該資産に係る旧震災特例法第二十条第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定については、なお従前の例による。
（連結法人の震災損失の繰戻しによる法人税額の還付に関する経過措置）
第百六条
連結親法人（新震災特例法第二条第三項第七号に規定する連結親法人をいう。以下同じ。）の平成二十四年三月十日以前に終了した各連結事業年度（同項第五号に規定する連結事業年度をいう。以下同じ。）において生じた繰戻対象震災損失金額（旧震災特例法第二十三条第一項に規定する繰戻対象震災損失金額をいう。）に係る同項の規定による法人税の還付の請求については、なお従前の例による。
（連結法人が復興産業集積区域等において機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
第百七条
新震災特例法第二十五条の二の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係（新震災特例法第二条第三項第十三号に規定する連結完全支配関係をいう。以下同じ。）にある連結子法人（同項第三十三号に規定する連結子法人をいう。以下同じ。）が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする新震災特例法第二十五条の二第一項に規定する特定機械装置等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧震災特例法第二十五条の二第一項の表の各号の第四欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
２
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、旧復興特区法第三十七条第一項の規定により施行日前に旧認定地方公共団体（旧復興推進計画につき旧認定を受けた地方公共団体をいう。以下この項において同じ。）の指定を受けたものが、施行日から令和六年三月三十一日までの間に、当該旧認定地方公共団体の作成した当該旧認定を受けた旧復興推進計画に定められた旧復興特区法第四条第二項第四号イに規定する復興産業集積区域（特定復興産業集積区域（新震災特例法第二十五条の二第一項に規定する特定復興産業集積区域をいう。以下この項において同じ。）に該当する区域を除く。以下この項において「旧復興産業集積区域」という。）内において旧産業集積事業（旧復興特区法第二条第三項第二号イ（旧福島特措法第七十四条の規定により読み替えて適用する場合を含む。）に掲げる事業をいう。以下この項において同じ。）若しくは旧建築物整備事業（旧復興特区法第二条第三項第二号ロ（旧福島特措法第七十五条の規定により読み替えて適用する場合を含む。）に掲げる事業をいう。以下この項において同じ。）の用に供する機械及び装置、建物及びその附属設備並びに構築物（旧建築物整備事業にあっては旧震災特例法第二十五条の二第一項の表の第一号の第四欄に規定する政令で定める要件を満たす建物及びその附属設備とし、やむを得ない事情により同項に規定する指定期間内に、取得又は製作若しくは建設をして、これらの事業の用に供することができなかったものとして財務省令で定めるものに限る。以下この項において「旧特定機械装置等」という。）でその製作若しくは建設の後事業の用に供されたことのないものを取得し、又は当該旧復興産業集積区域内において旧産業集積事業若しくは旧建築物整備事業の用に供する旧特定機械装置等を製作し、若しくは建設して、これを当該旧復興産業集積区域内において当該連結親法人又はその連結子法人の当該旧産業集積事業又は旧建築物整備事業の用に供した場合には、当該旧復興推進計画を新震災特例法第二十五条の二第一項に規定する復興推進計画と、当該旧認定を同項に規定する認定と、当該旧復興産業集積区域を特定復興産業集積区域と、当該旧産業集積事業を同項に規定する産業集積事業と、当該旧建築物整備事業を同項に規定する建築物整備事業と、当該旧特定機械装置等を同項に規定する特定機械装置等と、それぞれみなして、同条の規定を適用する。
この場合において、当該旧特定機械装置等に係る同項に規定する特別償却限度額は第一号に掲げる金額とし、同条第二項に規定する税額控除限度額は第二号に掲げる金額とする。
一
次に掲げる資産の区分に応じそれぞれ次に定める金額
イ
機械及び装置（旧復興特区法第三十七条第一項の規定により旧認定地方公共団体（旧認定を受けた福島県又は福島県の区域内の市町村に限る。）の指定を受けた連結法人（新震災特例法第二条第三項第十四号に規定する連結法人をいう。以下この項において同じ。）が取得又は製作をして当該旧認定に係る旧復興産業集積区域内において旧産業集積事業の用に供した旧特定機械装置等に限る。）
その取得価額から普通償却限度額（新震災特例法第二十五条の二第一項に規定する普通償却限度額をいう。附則第百十二条第二項第一号において同じ。）を控除した金額
ロ
機械及び装置（旧復興特区法第三十七条第一項の規定により旧認定地方公共団体（旧認定を受けた福島県又は福島県の区域内の市町村を除く。）の指定を受けた連結法人が取得又は製作をして当該旧認定に係る旧復興産業集積区域（旧復興特区法第二条第三項第二号イに規定する地域を含む市町村の区域に限る。）内において旧産業集積事業の用に供した旧特定機械装置等に限る。）
その取得価額の百分の五十に相当する金額
ハ
機械及び装置（イ及びロに掲げるものを除く。）
その取得価額の百分の三十四に相当する金額
ニ
建物及びその附属設備並びに構築物（旧復興特区法第三十七条第一項の規定により旧認定地方公共団体（旧認定を受けた福島県又は福島県の区域内の市町村に限る。）の指定を受けた連結法人が取得又は建設をして当該旧認定に係る旧復興産業集積区域内において旧産業集積事業又は旧建築物整備事業の用に供した旧特定機械装置等に限る。）
その取得価額の百分の二十五に相当する金額
ホ
建物及びその附属設備並びに構築物（旧復興特区法第三十七条第一項の規定により旧認定地方公共団体（旧認定を受けた福島県又は福島県の区域内の市町村を除く。）の指定を受けた連結法人が取得又は建設をして当該旧認定に係る旧復興産業集積区域（旧復興特区法第二条第三項第二号イに規定する地域を含む市町村の区域に限る。）内において旧産業集積事業又は旧建築物整備事業の用に供した旧特定機械装置等に限る。）
その取得価額の百分の二十五に相当する金額
ヘ
建物及びその附属設備並びに構築物（ニ及びホに掲げるものを除く。）