東日本大震災復興特別区域法第三十八条第一項の規定により同法の施行の日から令和八年三月三十一日までの間に認定地方公共団体（同法第四条第一項に規定する復興推進計画（以下この項において「復興推進計画」という。）につき同条第九項の認定（同法第六条第一項の変更の認定を含む。以下この項において「認定」という。）を受けた地方公共団体をいう。以下この項において同じ。）の指定を受けた個人が、当該指定があった日から同日以後五年を経過する日までの期間（以下この項において「適用期間」という。）内の日の属する各年（事業を廃止した日の属する年を除く。以下この項において「適用年」という。）の適用期間内において、当該認定地方公共団体の作成した当該認定を受けた復興推進計画に定められた同法第三十七条第一項に規定する特定復興産業集積区域（以下この項において「特定復興産業集積区域」という。）内に所在する同法第二条第三項第二号イに掲げる事業を行う事業所（以下この項において「産業集積事業所」という。）に勤務する被災雇用者等（東日本大震災の被災者である事業者により雇用されていた者又は東日本大震災により被害を受けた地域内に居住していた者として政令で定める者をいう。以下この項及び第三項において同じ。）に対して給与等（所得税法第二十八条第一項に規定する給与等をいう。以下この項及び第三項において同じ。）を支給する場合には、当該適用年の年分の総所得金額に係る所得税の額から、政令で定めるところにより、その支給する給与等の額のうち当該適用年の年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入されるもの（当該給与等の額のうち他の者（当該個人が非居住者である場合の所得税法第百六十一条第一項第一号に規定する事業場等を含む。）から支払を受ける金額がある場合には、当該金額を控除した金額）の百分の十（東日本大震災復興特別区域法第三十八条第一項の規定により令和七年四月一日から令和八年三月三十一日までの間に認定地方公共団体の指定を受けた個人が当該認定地方公共団体の作成した当該認定を受けた復興推進計画に定められた特定復興産業集積区域内に所在する産業集積事業所に勤務する被災雇用者等に対して支給する給与等の額にあっては、百分の九）に相当する金額（以下この項において「税額控除限度額」という。）を控除する。
この場合において、当該税額控除限度額が、当該個人の当該適用年の年分の事業所得の金額に係る所得税の額として政令で定める金額の百分の二十に相当する金額を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該百分の二十に相当する金額を限度とする。
２
前項の規定は、前三条又は租税特別措置法第十条の五若しくは第十条の五の四の規定の適用を受ける年分については、適用しない。
３
第一項の規定は、確定申告書（同項の規定により控除を受ける金額を増加させる修正申告書又は更正請求書を提出する場合には、当該修正申告書又は更正請求書を含む。）に同項の規定による控除の対象となる給与等の額、控除を受ける金額及び当該金額の計算に関する明細を記載した書類の添付がある場合で、かつ、給与等の支給を受けた者が被災雇用者等に該当することを明らかにする書類として財務省令で定めるものを保存している場合に限り、適用する。
この場合において、同項の規定により控除される金額の計算の基礎となる給与等の額は、確定申告書に添付された書類に記載された給与等の額を限度とする。
４
税務署長は、確定申告書の提出がなかった場合、前項の明細を記載した書類の添付がない確定申告書の提出があった場合又は同項の被災雇用者等に該当することを明らかにする書類の保存がない場合においても、その提出、添付又は保存がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、これらの書類の提出があった場合に限り、第一項の規定を適用することができる。
５
その年分の所得税について第一項の規定の適用を受ける場合における所得税法第百二十条第一項第三号に掲げる所得税の額の計算については、同号中「第三章（税額の計算）」とあるのは、「第三章（税額の計算）及び東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律第十条の三第一項（特定復興産業集積区域において被災雇用者等を雇用した場合の所得税額の特別控除）」とする。
（企業立地促進区域等において避難対象雇用者等を雇用した場合の所得税額の特別控除）
第十条の三の二
次の表の各号の第一欄に掲げる個人が、当該各号の第二欄に掲げる期間内の日の属する各年（事業を廃止した日の属する年を除く。以下この項において「適用年」という。）の当該期間内において、当該各号の第三欄に掲げる雇用者に対して給与等（所得税法第二十八条第一項に規定する給与等をいう。以下この項において同じ。）を支給する場合には、当該適用年の年分の総所得金額に係る所得税の額から、政令で定めるところにより、その支給する給与等の額のうち当該適用年の年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入されるもの（当該給与等の額のうち他の者（当該個人が非居住者である場合の同法第百六十一条第一項第一号に規定する事業場等を含む。）から支払を受ける金額がある場合には当該金額を控除した金額とし、当該給与等の額（同表の第三号の第三欄に掲げる雇用者に対して支給するものに限る。）のうち租税特別措置法第十条の規定により当該適用年の年分の総所得金額に係る所得税の額から控除する金額の計算の基礎となった金額がある場合には当該金額を控除した金額とする。）に税額控除割合（当該各号の第四欄に掲げる割合をいう。）を乗じて計算した金額（以下この項において「税額控除限度額」という。）を控除する。
この場合において、当該税額控除限度額が、当該個人の当該適用年の年分の事業所得の金額に係る所得税の額として政令で定める金額の百分の二十に相当する金額を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該百分の二十に相当する金額を限度とする。
個人
期間
雇用者
割合
一　福島復興再生特別措置法第十九条第一項に規定する提出企業立地促進計画（以下この号において「提出企業立地促進計画」という。）の同法第十八条第四項の規定による提出のあった日から同日又は当該提出企業立地促進計画に定められた企業立地促進区域（同条第二項第二号に規定する企業立地促進区域をいう。以下この号において同じ。）に該当する同条第二項第二号に規定する避難解除区域等に係る同法第四条第四号イからホまでに掲げる指示の全てが解除された日のいずれか遅い日以後七年（当該いずれか遅い日が平成二十六年四月一日前である場合には、三年）を経過する日までの期間（当該期間内における当該企業立地促進区域の変更により新たに企業立地促進区域に該当することとなる区域については、政令で定める期間）内に同法第二十条第三項の認定を受けた個人
当該認定を受けた日から同日以後五年を経過する日までの期間（当該個人が同条第四項に規定する認定事業者に該当しないこととなった場合その他の政令で定める場合には、政令で定める期間）
当該提出企業立地促進計画に定められた企業立地促進区域内に所在する同法第十八条第一項に規定する避難解除等区域復興再生推進事業を行う事業所に勤務する避難対象雇用者等（避難対象区域（同号に規定する避難指示の対象となった区域をいう。以下この号において同じ。）内に所在する事業所に勤務していた者又は避難対象区域内に居住していた者として政令で定める者をいう。第三号において同じ。）
百分の二十
二　福島復興再生特別措置法第七十五条の二の規定により同法第七十五条第一項に規定する提出特定事業活動振興計画（以下この号において「提出特定事業活動振興計画」という。）の同法第七十四条第三項の規定による提出のあった日から令和八年三月三十一日までの間に福島県知事の指定を受けた個人
当該指定があった日から同日以後五年を経過する日までの期間
福島県の区域内に所在する当該提出特定事業活動振興計画に定められた同条第一項に規定する特定事業活動を行う事業所に勤務する特定被災雇用者等（平成二十三年三月十一日において福島県の区域内に所在する事業所に勤務していた者又は同日において福島県の区域内に居住していた者として政令で定める者をいう。）
百分の十
三　福島復興再生特別措置法第八十五条第一項に規定する提出新産業創出等推進事業促進計画（以下この号において「提出新産業創出等推進事業促進計画」という。）の同法第八十四条第四項の規定による提出のあった日から令和八年三月三十一日までの間に同法第八十五条の二第三項の認定を受けた個人
当該認定を受けた日から同日以後五年を経過する日までの期間（当該個人が同条第四項に規定する認定事業者に該当しないこととなった場合その他の政令で定める場合には、政令で定める期間）
当該提出新産業創出等推進事業促進計画に定められた同法第八十四条第二項第二号に規定する新産業創出等推進事業促進区域内に所在する同条第一項に規定する新産業創出等推進事業を行う事業所に勤務する避難対象雇用者等その他の政令で定める雇用者
百分の十五
２
前項の規定の適用を受けようとする個人（以下この項において「適用個人」という。）がその年において前項の表の二以上の号の第一欄に掲げる個人に該当する場合における同項の規定の適用については、当該適用個人の選択により、当該二以上の号のいずれかの号の第一欄に掲げる個人にのみ該当するものとして、同項の規定を適用する。
３
第一項の規定は、第十条から前条まで又は租税特別措置法第十条の五若しくは第十条の五の四の規定の適用を受ける年分については、適用しない。
４
前条第三項及び第四項の規定は、第一項の規定を適用する場合について準用する。
５