法第六十六条第九項に規定する期限後申告書の提出があつた日の前日から起算して五年前の日（消費税等（法第二条第九号（定義）に規定する課税資産の譲渡等に係る消費税を除く。）、航空機燃料税、電源開発促進税及び印紙税に係る期限後申告書（印紙税法（昭和四十二年法律第二十三号）第十二条第五項（預貯金通帳等に係る申告及び納付等の特例）の規定によるものを除く。）である場合には、一年前の日）までの間に、当該期限後申告書に係る国税の属する税目について、法第六十六条第一項第一号に該当することにより無申告加算税又は重加算税を課されたことがない場合であつて、同条第九項の規定の適用を受けていないとき。
二
前号に規定する期限後申告書に係る納付すべき税額の全額が法定納期限（当該期限後申告書に係る納付について、法第三十四条の二第一項（口座振替納付に係る通知等）に規定する依頼を税務署長が受けていた場合又は電子情報処理組織による輸出入等関連業務の処理等に関する法律（昭和五十二年法律第五十四号）第四条第一項（口座振替納付に係る納付書の送付等）に規定する依頼を税関長が受けていた場合には、当該期限後申告書を提出した日。以下この号において同じ。）までに納付されていた場合又は当該税額の全額に相当する金銭が法定納期限までに法第三十四条の三第一項（第一号に係る部分に限る。）（納付受託者に対する納付の委託）の規定による委託に基づき納付受託者に交付されていた場合若しくは当該税額の全額について法定納期限までに同項（第二号に係る部分に限る。）の規定により納付受託者が委託を受けていた場合
２
法第六十七条第三項（不納付加算税）に規定する法定納期限までに納付する意思があつたと認められる場合として政令で定める場合は、同項に規定する納付に係る法定納期限の属する月の前月の末日から起算して一年前の日までの間に法定納期限が到来する源泉徴収等による国税について、次の各号のいずれにも該当する場合とする。
一
法第三十六条第一項（第二号に係る部分に限る。）（納税の告知）の規定による納税の告知（法第六十七条第一項ただし書に該当する場合における納税の告知を除く。）を受けたことがない場合
二
法第三十六条第一項（第二号に係る部分に限る。）の規定による納税の告知を受けることなく法定納期限後に納付された事実（法第三十四条第二項（納付の手続）の場合においてその源泉徴収等による国税が第六条の三（電子情報処理組織を使用する方法による納付の手続に係る法定納期限の特例）に規定する日までに納付された事実並びにその源泉徴収等による国税に相当する金銭が法定納期限までに法第三十四条の三第一項（第一号に係る部分に限る。）の規定による委託に基づき納付受託者に交付されていた場合及びその源泉徴収等による国税について法定納期限までに同項（第二号に係る部分に限る。）の規定により納付受託者が委託を受けていた場合並びに法第六十七条第一項ただし書に該当する場合における法定納期限後に納付された事実を除く。）がない場合
（加重された過少申告加算税等が課される場合における重加算税に代えられるべき過少申告加算税等）
第二十七条の三
法第六十八条第一項又は第四項（同条第一項の重加算税に係る部分に限る。）（重加算税）の規定により過少申告加算税に代えて重加算税を課する場合において、当該過少申告加算税について法第六十五条第二項又は第四項（過少申告加算税）の規定により加算すべき金額があるときは、当該重加算税の額の計算の基礎となるべき税額に相当する金額を当該過少申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額から控除して計算するものとした場合における過少申告加算税以外の部分の過少申告加算税に代え、重加算税を課するものとする。
２
法第六十八条第二項又は第四項（同条第二項の重加算税に係る部分に限る。）の規定により無申告加算税に代えて重加算税を課する場合において、当該無申告加算税について法第六十六条第二項若しくは第三項（これらの規定が同条第六項の規定により適用される場合を含む。）又は第五項（無申告加算税）の規定により加算し、又は計算すべき金額があるときは、当該重加算税の額の計算の基礎となるべき税額に相当する金額を当該無申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額から控除して計算するものとした場合における無申告加算税以外の部分の無申告加算税に代え、重加算税を課するものとする。
（重加算税を課さない部分の税額の計算）
第二十八条
法第六十八条第一項（重加算税）（同条第四項の規定により適用される場合を含む。）に規定する隠蔽し、又は仮装されていない事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額は、過少申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額のうち当該事実のみに基づいて修正申告書の提出又は更正があつたものとした場合におけるその申告又は更正に基づき法第三十五条第二項（申告納税方式による国税等の納付）の規定により納付すべき税額とする。
２
法第六十八条第二項（同条第四項の規定により適用される場合を含む。）に規定する隠蔽し、又は仮装されていない事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額は、無申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額のうち当該事実のみに基づいて法第十八条第二項（期限後申告）に規定する期限後申告書若しくは修正申告書の提出又は決定若しくは更正があつたものとした場合におけるその申告又は決定若しくは更正に基づき法第三十五条第二項の規定により納付すべき税額とする。
３
法第六十八条第三項（同条第四項の規定により適用される場合を含む。）に規定する隠蔽し、又は仮装されていない事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額は、不納付加算税の額の計算の基礎となるべき税額のうち納税者が当該事実のみに基づいてその国税の法定納期限までに納付しなかつた税額とする。
第七章　国税の更正、決定等の期間制限
（還付金に係る決定等の期間制限の起算日等）
第二十九条
法第七十条第一項第一号（国税の更正、決定等の期間制限）に規定する政令で定める日は、還付請求申告書を提出することができる者についてその申告に係る還付金がなく、納付すべき税額があるものとした場合におけるその国税の法定申告期限とする。
２
法第七十条第五項第三号に規定する政令で定める場合は、次に掲げる場合とする。
一
適用者（所得税法第六十条の二第一項から第三項まで（国外転出をする場合の譲渡所得等の特例）の規定の適用を受ける者をいう。以下この号において同じ。）が国外転出（同条第一項に規定する国外転出をいう。以下この項において同じ。）の時までに法第百十七条第二項（納税管理人）の規定による納税管理人の届出（以下この項において「納税管理人の届出」という。）をし、かつ、当該国外転出の日の属する年分の所得税に係る確定申告期限（所得税法第二条第一項第四十一号（定義）に規定する確定申告期限をいう。以下この項において同じ。）までに税理士法（昭和二十六年法律第二百三十七号）第三十条（税務代理の権限の明示）（同法第四十八条の十六（税理士の権利及び義務等に関する規定の準用）において準用する場合を含む。）の規定による書面（以下この項において「税務代理権限証書」という。）の提出がある場合（次に掲げる場合を除く。）
イ
非居住者（所得税法第二条第一項第五号に規定する非居住者をいう。以下この項において同じ。）である当該適用者が、当該確定申告期限から五年を経過する日（以下この号において「五年経過日」という。）までに当該納税管理人を解任した場合において、その解任の日から四月を経過する日までに納税管理人の届出をしなかつたとき。
ロ
五年経過日までに当該納税管理人の死亡又は解散その他財務省令で定める事由（以下この項において「納税管理人の死亡等」という。）が生じた場合において、非居住者である当該適用者が当該納税管理人の死亡等が生じたことを知つた日から六月を経過する日までに納税管理人の届出をしなかつたとき。
ハ
非居住者である当該適用者が五年経過日までに当該税務代理権限証書を提出した税務代理人（法第七十四条の九第三項第二号（納税義務者に対する調査の事前通知等）に規定する税務代理人をいう。以下この項において同じ。）を解任した場合において、その解任の日から四月を経過する日までに税務代理権限証書の提出がなかつたとき。
ニ
五年経過日までに当該税務代理権限証書を提出した税務代理人の死亡又は解散その他財務省令で定める事由（以下この項において「税務代理人の死亡等」という。）が生じた場合において、非居住者である当該適用者が当該税務代理人の死亡等が生じたことを知つた日から六月を経過する日までに税務代理権限証書の提出がなかつたとき。
ホ
当該適用者が五年経過日までに死亡したとき。
二
贈与（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を除く。以下この号において同じ。）により非居住者に移転した所得税法第六十条の三第一項（贈与等により非居住者に資産が移転した場合の譲渡所得等の特例）に規定する有価証券等又は同条第二項に規定する未決済信用取引等若しくは同条第三項に規定する未決済デリバティブ取引に係る契約（以下この項において「対象資産」という。）につき同条第一項から第三項までの規定の適用がある場合（次に掲げる場合を除く。）
イ