新たな事業の創出及び産業への投資を促進するための産業競争力強化法等の一部を改正する法律（令和六年法律第四十五号）の施行の日から令和九年三月三十一日までの間に産業競争力強化法（平成二十五年法律第九十八号）第二十四条の二第一項に規定する特別事業再編計画（以下この項において「特別事業再編計画」という。）について同条第一項の認定を受けた同法第二十四条の三第一項に規定する認定特別事業再編事業者である法人（以下この項において「認定特別事業再編事業者」という。）が、当該認定に係る特別事業再編計画（同条第一項の規定による変更の認定があつたときは、その変更後のもの）に従つて行う同法第二条第十八項に規定する特別事業再編（生産性の向上及び需要の開拓に特に資するものとして総務大臣が定める基準に適合するものに限る。以下この項において「特別事業再編」という。）のための措置（同条第十八項第三号、第四号及び第六号に掲げる措置に限る。）として他の法人の株式若しくは出資（以下この項において「株式等」という。）の取得をし、又は他の法人の株式を譲り受け、これをその取得又は譲受けの日（以下この項において「取得等の日」という。）以後引き続き有しており、かつ、取得等の日以後継続して当該他の法人との間に完全支配関係（法人税法第二条第十二号の七の六に規定する完全支配関係をいう。以下この項において同じ。）がある場合（その取得又は譲受けに係る対価の額が百億円を超える金額又は一億円に満たない金額である場合を除く。）において、当該他の法人（以下この項において「対象法人」という。）及び当該認定特別事業再編事業者が産業競争力強化法第二十四条の二第一項の認定の申請の日前五年以内に他の法人の株式等の取得をし、又は他の法人の株式を譲り受け、これをその取得又は譲受けの日以後引き続き有しており、かつ、同日以後継続して当該他の法人との間に完全支配関係がある場合における当該他の法人（当該他の法人が当該特別事業再編のための措置を行う場合における当該他の法人のうち総務省令で定めるものに限る。以下この項において「五年以内株式等取得等法人」という。）の行う事業に対する第七十二条の二第一項の規定の適用については、対象法人又は五年以内株式等取得等法人の取得等の日を含む事業年度から当該取得等の日以後五年を経過する日を含む事業年度（同法第二十四条の三第二項又は第三項の規定により同法第二十四条の二第一項の認定が取り消された場合には、その取り消された日を含む事業年度の前事業年度）までの各事業年度分の事業税に限り、第七十二条の二第一項第一号ロ（１）及び（２）中「二億円を超えるもの」とあるのは、「二億円を超えるもの（附則第八条の三の四第一項に規定する対象法人及び同項に規定する五年以内株式等取得等法人を除く。）」とする。
２
前項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（事業税の非課税）
第八条の四
農業協同組合法等の一部を改正する等の法律（平成二十七年法律第六十三号）附則第十二条に規定する存続都道府県中央会から同条の規定による組織変更をした農業協同組合連合会で同法附則第十八条の規定により引き続きその名称中に農業協同組合中央会という文字を用いるものに対する第七十二条の五第一項及び第七十二条の二十四の七第七項の規定の適用については、第七十二条の五第一項第五号中「に限る。第七十二条の二十三第二項及び第七十二条の二十四の七第七項において「特定農業協同組合連合会」という。）」とあるのは「（第七十二条の二十三第二項及び第七十二条の二十四の七第七項において「特定農業協同組合連合会」という。）及び農業協同組合法等の一部を改正する等の法律（平成二十七年法律第六十三号）附則第十二条に規定する存続都道府県中央会から同条の規定による組織変更をした農業協同組合連合会で同法附則第十八条の規定により引き続きその名称中に農業協同組合中央会という文字を用いるもの（同項において「特定組織変更後農業協同組合連合会」という。）に限る。）」と、第七十二条の二十四の七第七項第一号中「特定農業協同組合連合会」とあるのは「特定農業協同組合連合会及び特定組織変更後農業協同組合連合会」とする。
（事業税の課税標準の特例）
第九条
旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律第一条第一項に規定する旅客会社に対する第七十二条の二十一第一項の規定の適用については、平成十六年四月一日から令和十一年三月三十一日までの間に開始する各事業年度分の事業税に限り、同項中「法人税法第二条第十六号に規定する資本金等の額と、当該事業年度前の各事業年度（以下この項において「過去事業年度」という。）の第一号に掲げる金額の合計額から過去事業年度の第二号及び第三号に掲げる金額の合計額を控除した金額に、当該事業年度中の第一号に掲げる金額を加算し、これから当該事業年度中の第三号に掲げる金額を減算した金額との合計額」とあるのは、「資本金の額に二を乗じて得た額」とする。
この場合において、同条第二項の規定は、適用しない。
２
預金保険法第二条第十三項に規定する承継銀行及び同法附則第七条第一項第一号に規定する協定銀行に対する第七十二条の二十一第一項の規定の適用については、平成十六年四月一日から令和十一年三月三十一日までの間に開始する各事業年度分の事業税に限り、同項中「各事業年度終了の日における法人税法第二条第十六号に規定する資本金等の額と、当該事業年度前の各事業年度（以下この項において「過去事業年度」という。）の第一号に掲げる金額の合計額から過去事業年度の第二号及び第三号に掲げる金額の合計額を控除した金額に、当該事業年度中の第一号に掲げる金額を加算し、これから当該事業年度中の第三号に掲げる金額を減算した金額との合計額」とあるのは、「銀行法（昭和五十六年法律第五十九号）第五条第一項に規定する政令で定める額」とする。
この場合において、同条第二項の規定は、適用しない。
３
銀行等保有株式取得機構に係る第七十二条の十二第二号の各事業年度の資本金等の額は、平成二十一年四月一日から令和八年三月三十一日までの間に開始する各事業年度分の事業税に限り、第七十二条の二十一第一項及び第二項の規定にかかわらず、十億円とする。
４
新関西国際空港株式会社及び関西国際空港及び大阪国際空港の一体的かつ効率的な設置及び管理に関する法律第十二条第一項第一号に規定する指定会社に対する事業税の資本割の課税標準の算定については、平成二十四年四月一日から令和十一年三月三十一日までの間に開始する各事業年度分の事業税に限り、各事業年度の資本金等の額（第七十二条の二十一第六項又は第七十二条の二十二第一項若しくは第二項の規定により控除すべき金額があるときは、これらを控除した後の金額とする。以下この項から第七項までにおいて同じ。）から、当該資本金等の額に六分の五の割合を乗じて得た金額を控除するものとする。
この場合における第七十二条の二十一第七項の規定の適用については、同項中「前項又は次条第一項若しくは第二項」とあるのは、「前項、次条第一項若しくは第二項又は附則第九条第四項」とする。
５
中部国際空港の設置及び管理に関する法律第四条第二項に規定する指定会社に対する事業税の資本割の課税標準の算定については、平成十六年四月一日から令和十一年三月三十一日までの間に開始する各事業年度分の事業税に限り、各事業年度の資本金等の額から、当該資本金等の額に三分の二の割合を乗じて得た金額を控除するものとする。
この場合における第七十二条の二十一第七項の規定の適用については、同項中「前項又は次条第一項若しくは第二項」とあるのは、「前項、次条第一項若しくは第二項又は附則第九条第五項」とする。
６
大都市地域における宅地開発及び鉄道整備の一体的推進に関する特別措置法第七条第一項に規定する特定鉄道事業者に対する事業税の資本割の課税標準の算定については、平成十六年四月一日から令和十一年三月三十一日までの間に開始する各事業年度分の事業税に限り、各事業年度の資本金等の額から、当該資本金等の額に三分の二の割合を乗じて得た金額を控除するものとする。
この場合における第七十二条の二十一第七項の規定の適用については、同項中「前項又は次条第一項若しくは第二項」とあるのは、「前項、次条第一項若しくは第二項又は附則第九条第六項」とする。
７
東京湾横断道路の建設に関する特別措置法（昭和六十一年法律第四十五号）第二条第一項に規定する東京湾横断道路建設事業者に対する事業税の資本割の課税標準の算定については、平成十六年四月一日から令和十一年三月三十一日までの間に開始する各事業年度分の事業税に限り、各事業年度の資本金等の額から、当該資本金等の額に第一号に掲げる金額のうちに第二号に掲げる金額の占める割合を乗じて計算した金額を控除するものとする。
この場合における第七十二条の二十一第七項の規定の適用については、同項中「前項又は次条第一項若しくは第二項」とあるのは、「前項、次条第一項若しくは第二項又は附則第九条第七項」とする。
一
当該法人の当該事業年度の確定した決算（第七十二条の二十六第一項ただし書の規定により申告納付すべき事業税にあつては、同項に規定する中間期間に係る決算）に基づく貸借対照表に計上されている総資産の帳簿価額として政令で定めるところにより計算した金額
二
当該法人の当該事業年度終了の時における未収金で総務省令で定めるものの帳簿価額
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