公庫は、毎事業年度終了後三月以内に、その事業年度の貸借対照表、損益計算書、財産目録（以下「貸借対照表等」という。）及び事業報告書（これらの書類に記載すべき事項を記録した電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他人の知覚によっては認識することができない方式で作られる記録であって、電子計算機による情報処理の用に供されるものとして財務大臣が定めるものをいう。第四十四条第一項において同じ。）を含む。）を主務大臣を経由して財務大臣に提出しなければならない。
（区分経理）
第四十一条
公庫は、次に掲げる業務ごとに経理を区分し、それぞれ勘定を設けて整理しなければならない。
一
第十一条第一項第一号の規定による別表第一第一号から第七号までの中欄に掲げる者に対して貸付けを行う業務並びに同項第二号の規定による別表第二第一号及び第九号に掲げる業務（同号に掲げる業務にあっては、別表第一第一号から第七号までの下欄に掲げる資金の貸付けの業務又は別表第二第一号に掲げる業務と密接な関連を有するものに限る。）並びに同項第五号の規定によるこれらの業務の利用者に対する情報の提供を行う業務並びに同項第六号の規定によるこれらの業務に附帯する業務
二
第十一条第一項第一号の規定による別表第一第八号から第十三号までの中欄に掲げる者に対して貸付けを行う業務並びに同項第二号の規定による別表第二第二号及び第九号に掲げる業務（同号に掲げる業務にあっては、別表第一第八号から第十三号までの下欄に掲げる資金の貸付けの業務又は別表第二第二号に掲げる業務と密接な関連を有するものに限る。）並びに同項第五号の規定によるこれらの業務の利用者に対する情報の提供を行う業務並びに同項第六号の規定によるこれらの業務に附帯する業務
三
第十一条第一項第一号の規定による別表第一第十四号の中欄に掲げる者に対して貸付けを行う業務、同項第二号の規定による別表第二第四号、第六号及び第八号の二から第九号までに掲げる業務（同号に掲げる業務にあっては、別表第一第十四号の下欄に掲げる資金の貸付けの業務又は別表第二第四号、第六号、第八号の二若しくは第八号の三に掲げる業務と密接な関連を有するものに限る。）並びに同項第五号の規定によるこれらの業務の利用者に対する情報の提供を行う業務並びに同項第六号の規定によるこれらの業務に附帯する業務
四
第十一条第一項第二号の規定による別表第二第三号、第五号、第七号、第八号及び第九号に掲げる業務（同号に掲げる業務にあっては、同表第三号、第五号、第七号及び第八号に掲げる業務と密接な関連を有するものに限る。）並びに同項第五号の規定によるこれらの業務の利用者に対する情報の提供を行う業務並びに同項第六号の規定によるこれらの業務に附帯する業務
五
第十一条第一項第一号の規定による別表第一第十五号の中欄に掲げる者に対して貸付けを行う業務及び同項第三号に掲げる業務並びに同項第五号の規定によるこれらの業務の利用者に対する情報の提供を行う業務並びに同項第六号の規定によるこれらの業務に附帯する業務（以下「信用保険等業務」という。）
六
削除
七
危機対応円滑化業務
（区分経理に係る会社法の準用等）
第四十二条
会社法第二百九十五条、第三百三十七条、第三百七十四条、第三百九十六条、第四百三十一条から第四百四十三条まで、第四百四十六条及び第四百四十七条の規定は、前条の規定により公庫が区分して行う経理について準用する。
この場合において、同法第二百九十五条第二項中「この法律」とあるのは「この法律又は株式会社日本政策金融公庫法」と、同法第四百四十六条中「株式会社の剰余金の額」とあるのは「株式会社日本政策金融公庫法第四十一条の規定により設けられた勘定に属する剰余金の額」と、「の合計額から第五号から第七号までに掲げる額の合計額」とあるのは「であって当該剰余金の属する勘定に計上されるものの合計額から第五号から第七号までに掲げる額であって当該剰余金の属する勘定に計上されるものの合計額（同条第一号に掲げる業務に係る勘定に属する剰余金にあっては、第五号から第七号までに掲げる額であって当該剰余金の属する勘定に計上されるものの合計額及び最終事業年度の末日における同法第四十二条第四項に規定する勘定に属する経営改善資金特別準備金の額を合計して得た額）」と、同法第四百四十七条第一項及び第二項中「資本金」とあるのは「株式会社日本政策金融公庫法第四十一条の規定により設けられた勘定に属する資本金」と、同条第一項第二号中「を準備金」とあるのは「を同条の規定により設けられた勘定に属する準備金」と、「及び準備金」とあるのは「及び当該準備金」と、同条第三項中「に資本金」とあるのは「に株式会社日本政策金融公庫法第四十一条の規定により設けられた勘定に属する資本金」と、「の資本金」とあるのは「の同条の規定により設けられた勘定に属する資本金」と読み替えるものとするほか、必要な技術的読替えは、政令で定める。
２
会社法第四百四十八条、第四百四十九条並びに第八百二十八条第一項（第五号に係る部分に限る。）及び第二項（第五号に係る部分に限る。）の規定は、第四十七条第一項の規定による準備金の積立て及び同条第二項の規定による準備金の取崩しを行う場合を除き、前条の規定により公庫が区分して行う経理について準用する。
この場合において、同法第四百四十八条第一項及び第二項中「準備金」とあるのは「株式会社日本政策金融公庫法第四十一条の規定により設けられた勘定に属する準備金」と、同条第一項第二号中「を資本金」とあるのは「を同条の規定により設けられた勘定に属する資本金」と、「及び資本金」とあるのは「及び当該資本金」と、同条第三項中「に準備金」とあるのは「に株式会社日本政策金融公庫法第四十一条の規定により設けられた勘定に属する準備金」と、「の準備金」とあるのは「の同条の規定により設けられた勘定に属する準備金」と読み替えるものとするほか、必要な技術的読替えは、政令で定める。
３
公庫が前条の規定により設けられた勘定に属する資本金の額を増加し、又は減少したときの公庫の資本金の額は当該増加し、又は減少した後の公庫のすべての勘定に属する資本金の額の合計額とし、公庫が同条の規定により設けられた勘定に属する準備金の額を増加し、又は減少したときの公庫の準備金の額は当該増加し、又は減少した後の公庫のすべての勘定に属する準備金の額の合計額とする。
この場合において、会社法第四百四十七条から第四百四十九条まで並びに第八百二十八条第一項（第五号に係る部分に限る。）及び第二項（第五号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
４
公庫が前条第一号に掲げる業務に係る勘定に属する経営改善資金特別準備金（附則第六条第一項の規定により同号に掲げる業務に係る勘定に設ける経営改善資金特別準備金をいう。次条第一項、第二項及び第五項並びに第四十七条第六項において同じ。）の額を増加し、又は減少したときの公庫の経営改善資金特別準備金（附則第六条第二項に規定する公庫の経営改善資金特別準備金をいう。）の額は、当該増加し、又は減少した後の当該勘定に属する経営改善資金特別準備金の額とする。
５
公庫についての会社法第四百四十六条の規定の適用については、同条中「第五号から第七号までに掲げる額の合計額」とあるのは、「第五号から第七号までに掲げる額の合計額及び最終事業年度の末日における株式会社日本政策金融公庫法（平成十九年法律第五十七号）第四十二条第四項に規定する公庫の経営改善資金特別準備金の額を合計して得た額」とする。
（経営改善資金特別準備金の額の減少）
第四十三条
公庫は、第四十一条第一号に掲げる業務に係る勘定に属する準備金（経営改善資金特別準備金を除く。）の額が零となったときは、経営改善資金特別準備金の額を減少することができる。
この場合においては、定時株主総会の決議によって、次に掲げる事項を定めなければならない。
一
減少する経営改善資金特別準備金の額
二
経営改善資金特別準備金の額の減少がその効力を生ずる日
２
前項第一号の額は、同項第二号の日における経営改善資金特別準備金の額を超えてはならない。
３
第一項の定時株主総会の決議は、主務大臣の認可を受けなければ、その効力を生じない。
４
主務大臣は、前項の規定による認可をしようとするときは、あらかじめ、経済産業大臣の同意を得なければならない。
５
会社法第四百四十九条（第六項第一号を除く。）の規定は、第一項の規定により行う経営改善資金特別準備金の額の減少について準用する。