法第六十一条第二項に規定する納付すべき税額を増加させる更正に類するものとして政令で定める更正は、還付金の額を減少させる更正又は納付すべき税額があるものとする更正とする。
３
法第六十一条第二項に規定する納付すべき税額を減少させる更正に類するものとして政令で定める更正は、同項に規定する期限内申告書又は期限後申告書（以下この項及び次項において「期限内申告書等」という。）に係る還付金の額を増加させる更正又は期限内申告書等に係る還付金の額がない場合において還付金の額があるものとする更正とする。
４
法第六十一条第二項に規定する期限内申告書又は期限後申告書に係る税額に達するまでの部分として政令で定める国税は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める税額に相当する国税とする。
一
期限内申告書等の提出により納付すべき税額がある場合
次に掲げる税額のうちいずれか少ない税額
イ
法第六十一条第二項に規定する修正申告書の提出又は増額更正（以下この項及び次項において「修正申告書の提出等」という。）により納付すべき税額
ロ
期限内申告書等の提出により納付すべき税額から法第六十一条第二項の修正申告又は増額更正（以下この項において「修正申告等」という。）前の税額を控除した税額（修正申告等前の還付金の額に相当する税額があるときは、期限内申告書等の提出により納付すべき税額に当該還付金の額に相当する税額を加算した税額）
二
期限内申告書等の提出により納付すべき税額がない場合（次号に掲げる場合を除く。）
次に掲げる税額のうちいずれか少ない税額
イ
修正申告書の提出等により納付すべき税額
ロ
修正申告等前の還付金の額に相当する税額
三
期限内申告書等に係る還付金の額がある場合
次に掲げる税額のうちいずれか少ない税額
イ
修正申告書の提出等により納付すべき税額
ロ
修正申告等前の還付金の額に相当する税額から期限内申告書等に係る還付金の額に相当する税額を控除した税額
５
法第六十一条第二項に規定するその他の政令で定める国税は、次に掲げる国税（前項に規定する国税に限る。）とする。
一
法第六十一条第一項に規定する特定修正申告書の提出又は同項に規定する特定更正により納付すべき国税
二
法第六十一条第二項に規定する減額更正が更正の請求に基づく更正である場合において、当該減額更正に係る更正通知書が発せられた日の翌日から起算して一年を経過する日までに修正申告書の提出等があつたときの当該修正申告書の提出等により納付すべき国税（前号に掲げる国税を除く。）
（延滞税の免除ができる場合）
第二十六条の二
法第六十三条第六項第四号（納税の猶予等の場合の延滞税の免除）に規定する政令で定める場合は、次の各号に掲げる場合とし、同号に規定する政令で定める期間は、それぞれ当該各号に定める期間とする。
一
国税徴収法に規定する交付要求により交付を受けた金銭を当該交付要求に係る国税に充てた場合
当該交付要求を受けた同法第二条第十三号（定義）に規定する執行機関が強制換価手続において当該金銭を受領した日の翌日からその充てた日までの期間
二
差し押さえた不動産（国税徴収法第八十九条の二第一項（参加差押えをした税務署長による換価）に規定する換価執行決定（以下この号において「換価執行決定」という。）がされたものに限る。）の売却代金につき交付を受けた金銭を当該差押えに係る国税に充てた場合
当該換価執行決定をした同法第二条第十三号に規定する行政機関等が滞納処分において当該売却代金を受領した日の翌日からその充てた日までの期間
三
火薬類の爆発、交通事故その他の人為による異常な災害又は事故により、納付すべき税額の全部若しくは一部につき申告をすることができず、又は国税を納付することができない場合（その災害又は事故が生じたことにつき納税者の責めに帰すべき事由がある場合を除く。）
その災害又は事故が生じた日からこれらが消滅した日以後七日を経過した日までの期間
（利子税の額の計算の基礎となる期間に係る延滞税に関する規定の準用）
第二十六条の三
第二十六条（還付請求申告書等）の規定は、法第六十四条第三項（利子税）において法第六十一条第二項（延滞税の額の計算の基礎となる期間の特例）の規定を準用する場合について準用する。
（過少申告加算税等を課さない部分の税額の計算等）
第二十七条
法第六十五条第四項（過少申告加算税）に規定する帳簿に記載すべき事項等に係るもの以外の事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額は、過少申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額のうち同項に規定する税額の計算の基礎となるべき事実で同項に規定する帳簿に記載すべき事項等に係るもの以外の事実のみに基づいて同項に規定する修正申告等があつたものとした場合における当該修正申告等に基づき法第三十五条第二項（申告納税方式による国税等の納付）の規定により納付すべき税額とする。
２
法第六十五条第五項（法第六十六条第七項（無申告加算税）において準用する場合を含む。）に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める税額（法第六十六条第七項において準用する場合にあつては、第一号に定める税額）とする。
一
法第六十五条第五項第一号に掲げる場合に該当する場合（第三号に掲げる場合を除く。）
同項第一号に規定する正当な理由があると認められる事実のみに基づいて修正申告書の提出又は更正があつたものとした場合におけるその申告又は更正に基づき法第三十五条第二項の規定により納付すべき税額
二
法第六十五条第五項第二号に掲げる場合に該当する場合（次号に掲げる場合を除く。）
次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める税額
イ
期限内申告書（法第六十五条第三項第二号に規定する期限内申告書をいう。以下この号及び次項において同じ。）の提出により納付すべき税額がある場合
次に掲げる税額のうちいずれか少ない税額
（１）
法第六十五条第一項に規定する修正申告書の提出又は更正（以下この号において「修正申告書の提出等」という。）により納付すべき税額
（２）
期限内申告書の提出により納付すべき税額から法第六十五条第一項の修正申告又は更正（以下この号において「修正申告等」という。）前の税額を控除した税額（修正申告等前の還付金の額に相当する税額があるときは、期限内申告書の提出により納付すべき税額に当該還付金の額に相当する税額を加算した税額）
ロ
期限内申告書の提出により納付すべき税額がない場合（ハに掲げる場合を除く。）
次に掲げる税額のうちいずれか少ない税額
（１）
修正申告書の提出等により納付すべき税額
（２）
修正申告等前の還付金の額に相当する税額
ハ
期限内申告書に係る還付金の額がある場合
次に掲げる税額のうちいずれか少ない税額
（１）
修正申告書の提出等により納付すべき税額
（２）
修正申告等前の還付金の額に相当する税額から期限内申告書に係る還付金の額に相当する税額を控除した税額
三
法第六十五条第五項各号に掲げる場合のいずれにも該当する場合
前二号に定める税額のうちいずれか多い税額
３
法第六十五条第五項第二号に規定する納付すべき税額を減少させる更正に類するものとして政令で定める更正は、期限内申告書に係る還付金の額を増加させる更正又は期限内申告書に係る還付金の額がない場合において還付金の額があるものとする更正とする。
４
法第六十五条第六項に規定する政令で定める事項は、法第七十四条の九第一項（納税義務者に対する調査の事前通知等）に規定する実地の調査において質問検査等（同項に規定する質問検査等をいう。第三十条の四第二項（調査の事前通知に係る通知事項）において同じ。）を行わせる旨（法第七十四条の十（事前通知を要しない場合）の規定に該当する場合には、調査（法第七十四条の九第一項第一号に規定する調査をいう。第三十条の四において同じ。）を行う旨）とする。
５
法第六十五条第六項に規定する通知には、法第七十四条の九第五項に規定する場合に該当する場合において同項に規定する税務代理人（当該税務代理人について同条第六項に規定する場合に該当する場合には、同項に規定する代表する税務代理人）に対してする通知を含むものとする。
６
法第六十六条第三項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項に規定する当該納税者の責めに帰すべき事由がないと認められる事実のみに基づいて同条第一項各号に規定する申告、更正又は決定があつたものとした場合におけるその申告、更正又は決定に基づき法第三十五条第二項の規定により納付すべき税額とする。
７
法第六十六条第五項に規定する帳簿に記載すべき事項等に係るもの以外の事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額は、無申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額のうち同項に規定する税額の計算の基礎となるべき事実で同項に規定する帳簿に記載すべき事項等に係るもの以外の事実のみに基づいて同項に規定する期限後申告等があつたものとした場合における当該期限後申告等に基づき法第三十五条第二項の規定により納付すべき税額とする。
（期限内申告書を提出する意思等があつたと認められる場合）
第二十七条の二
法第六十六条第九項（無申告加算税）に規定する期限内申告書を提出する意思があつたと認められる場合として政令で定める場合は、次の各号のいずれにも該当する場合とする。
一