市町村長が法人税法第百三十五条第一項又は第五項に規定する更正に係る法人税額に基づいて第三百二十一条の十一第一項又は第三項の規定により更正をした場合（次項及び第五十六項において「市町村長が仮装経理に基づく過大申告に係る更正をした場合」という。）は、当該更正に係る事業年度の法人税割として納付された金額のうち当該更正により減少する部分の金額で政令で定めるもの（次項から第五十八項までにおいて「仮装経理法人税割額」という。）は、第十七条、第十七条の二、第十七条の四及び第三百二十一条の十一第五項の規定にかかわらず、次項又は第五十八項の規定の適用がある場合のこれらの規定により還付すべきこととなつた金額を除き、還付しないものとし、又は当該更正を受けた法人の未納に係る地方団体の徴収金に充当しないものとする。
５５
市町村長が仮装経理に基づく過大申告に係る更正をした場合の当該更正の日の属する事業年度開始の日（当該更正が適格合併に係る被合併法人の法人税割額について当該適格合併の日前にされたものである場合には、当該被合併法人の当該更正の日の属する事業年度開始の日）から五年を経過する日の属する事業年度の法人の市町村民税の確定申告書の提出期限（当該更正の日から当該五年を経過する日の属する事業年度終了の日までの間に当該更正を受けた法人につき次の各号に掲げる事実が生じたときは、当該各号に定める提出期限）が到来した場合（当該提出期限までに当該提出期限に係る法人の市町村民税の確定申告書の提出がなかつた場合には、当該提出期限後の当該法人の市町村民税の確定申告書の提出又は当該法人の市町村民税の確定申告書に係る事業年度の法人税割についての第三百二十一条の十一第二項の規定による決定があつた場合）には、市町村長は、当該更正を受けた法人に対し、政令で定めるところにより、当該更正に係る仮装経理法人税割額（既にこの項又は第五十八項の規定により還付すべきこととなつた金額及び第四十九項の規定により控除された金額を除く。）を還付し、又は当該更正を受けた法人の未納に係る地方団体の徴収金に充当するものとする。
一
残余財産が確定したこと
その残余財産の確定の日の属する事業年度の法人の市町村民税の確定申告書の提出期限
二
合併による解散（適格合併による解散を除く。）をしたこと
その合併の日の前日の属する事業年度の法人の市町村民税の確定申告書の提出期限
三
破産手続開始の決定による解散をしたこと
その破産手続開始の決定の日の属する事業年度の法人の市町村民税の確定申告書の提出期限
四
普通法人又は協同組合等が法人税法第二条第六号に規定する公益法人等に該当することとなつたこと
その該当することとなつた日の前日の属する事業年度の法人の市町村民税の確定申告書の提出期限
５６
市町村長が仮装経理に基づく過大申告に係る更正をした場合において、当該更正を受けた法人について次に掲げる事実が生じたときは、当該事実が生じた日以後一年以内に、市町村長に対し、当該更正に係る仮装経理法人税割額（既に前項又は第五十八項の規定により還付すべきこととなつた金額及び第四十九項の規定により控除された金額を除く。次項及び第五十八項において同じ。）の還付を請求することができる。
一
更生手続開始の決定があつたこと。
二
再生手続開始の決定があつたこと。
三
前二号に掲げる事実に準ずる事実として政令で定める事実
５７
前項の規定による還付の請求をしようとする法人は、その還付を受けようとする仮装経理法人税割額、その計算の基礎その他総務省令で定める事項を記載した請求書を市町村長に提出しなければならない。
５８
市町村長は、前項の請求書の提出があつた場合には、その請求に係る事実その他必要な事項について調査し、その調査したところにより、その請求をした法人に対し、政令で定めるところにより、仮装経理法人税割額を還付し、若しくは当該法人の未納に係る地方団体の徴収金に充当し、又は請求の理由がない旨を書面により通知するものとする。
５９
第五十項（第五十一項（第五十二項において準用する場合を含む。）の規定によりみなして適用する場合及び第五十二項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定により控除されるべき額で第五十項の規定により控除しきれなかつた金額があるときは、市町村は、政令で定めるところにより、同項の規定の適用を受ける法人に対しその控除しきれなかつた金額を還付し、又は当該法人の未納に係る地方団体の徴収金に充当するものとする。
６０
法人税法第七十一条第一項若しくは第百四十四条の三第一項の規定により法人税に係る申告書を提出する義務がある法人又は第二項の規定により申告書を提出すべき法人は、その法人税額の課税標準の算定期間又はその事業年度開始の日から六月経過日の前日までの期間中において当該法人の寮等のみが所在する市町村に対しては、第一項（同法第七十一条第一項又は第百四十四条の三第一項に係る部分に限る。）又は第二項の規定にかかわらず、当該法人税額の課税標準の算定期間又は当該事業年度開始の日から六月経過日の前日までの期間に係る均等割額について申告納付をすることを要しない。
６１
法人税法第七十四条第一項又は第百四十四条の六第一項の規定により法人税に係る申告書を提出する義務がある法人で同法第七十五条の二第一項（同法第百四十四条の八において準用する場合を含む。以下この項及び第三百二十七条第一項において同じ。）の規定の適用を受けているものについて、同法第七十五条の二第九項（同法第百四十四条の八において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定の適用がある場合には、同法第七十五条の二第九項の規定の適用に係る当該申告書に係る法人税額の課税標準の算定期間に限り、当該法人税額を課税標準として算定した法人税割額及びこれと併せて納付すべき均等割額については、当該法人税額について同条第一項の規定の適用がないものとみなして、第二十条の五の二第一項又は第二項の規定を適用することができる。
６２
特定法人である内国法人は、第一項、第二項、第三十一項又は第三十三項から第三十五項までの規定により、これらの規定による申告書（以下この条において「納税申告書」という。）により行うこととされ、又は納税申告書にこの法律若しくはこれに基づく命令の規定により納税申告書に添付すべきものとされている書類（以下この項及び第六十四項において「添付書類」という。）を添付して行うこととされている法人の市町村民税の申告については、第一項、第二項、第三十一項及び第三十三項から第三十五項までの規定にかかわらず、総務省令で定めるところにより、納税申告書に記載すべきものとされている事項（第六十四項及び第六十五項において「申告書記載事項」という。）又は添付書類に記載すべきものとされ、若しくは記載されている事項（以下この項及び第六十四項において「添付書類記載事項」という。）を、地方税関係手続用電子情報処理組織を使用し、かつ、機構を経由して行う方法により市町村長に提供することにより、行わなければならない。
ただし、当該申告のうち添付書類に係る部分については、添付書類記載事項を記録した光ディスクその他の総務省令で定める記録用の媒体を市町村長に提出する方法により、行うことができる。
６３
前項に規定する特定法人とは、次に掲げる法人をいう。
一
納税申告書に係る事業年度開始の日（公共法人等にあつては、前年四月一日）現在における資本金の額又は出資金の額が一億円を超える法人
二
保険業法に規定する相互会社
三
投資信託及び投資法人に関する法律第二条第十二項に規定する投資法人（第一号に掲げる法人を除く。）
四
資産の流動化に関する法律第二条第三項に規定する特定目的会社（第一号に掲げる法人を除く。）
６４
第六十二項の規定により行われた同項の申告については、申告書記載事項が記載された納税申告書により、又はこれに添付書類記載事項が記載された添付書類を添付して行われたものとみなして、この法律又はこれに基づく命令の規定その他政令で定める法令の規定を適用する。
６５
第六十二項本文の規定により行われた同項の申告は、申告書記載事項が第七百六十二条第一号の機構の使用に係る電子計算機に備えられたファイルへの記録がされた時に同項に規定する市町村長に到達したものとみなす。
６６
第六十二項の内国法人が、電気通信回線の故障、災害その他の理由により地方税関係手続用電子情報処理組織を使用することが困難であると認められる場合で、かつ、同項の規定を適用しないで納税申告書を提出することができると認められる場合において、同項の規定を適用しないで納税申告書を提出することについて市町村長の承認を受けたときは、当該市町村長が指定する期間内に行う同項の申告については、同項から前項までの規定は、適用しない。
法人税法第七十五条の五第二項の規定により同項の申請書を同項に規定する納税地の所轄税務署長に提出した第六十二項の内国法人が、同条第一項の承認を受け、又は同条第三項の却下の処分を受けていない旨を記載した総務省令で定める書類を、納税申告書の提出期限の前日までに、又は納税申告書に添付して当該提出期限までに、市町村長に提出した場合における当該税務署長が同条第一項の規定により指定する期間（同条第五項の規定により当該期間として当該指定があつたものとみなされた期間を含む。）内に行う第六十二項の申告についても、同様とする。
６７