この場合において、同法第百八十条第一項中「第七条第一項第五号（外国法人の課税所得の範囲）及び前二条」とあるのは「租税特別措置法第四十一条の十二の二第一項から第三項まで（割引債の差益金額に係る源泉徴収等の特例）」と、「係るものに限る」とあるのは「係るものに限るものとし、同法第四十一条の十二の二第六項第一号に規定する割引債の償還金（同条第一項第一号に掲げる償還金をいう。以下この項において同じ。）に係る差益金額（同条第六項第三号に規定する差益金額をいう。以下この項において同じ。）を含む」と、「支払をする者」とあるのは「支払をする者（当該国内源泉所得が同法第四十一条の十二の二第三項に規定する特定割引債の償還金に係る差益金額に該当する場合にあつては、当該特定割引債の償還金の国内における同項に規定する特定割引債取扱者）」と読み替えるものとする。
（振替割引債の差益金額等の課税の特例）
第四十一条の十三の三
非居住者又は外国法人が、特定振替機関、特定口座管理機関若しくは特定間接口座管理機関（以下この項において「特定振替機関等」という。）又は適格外国仲介業者から開設を受けている口座において当該特定振替機関等の国内にある営業所若しくは事務所又は当該適格外国仲介業者の特定国外営業所等を通じて振替記載等を受けている特定振替割引債につきその償還金の支払を受ける場合において、特定振替割引債の償還金に係る差益金額につき最初にこの項の規定の適用を受けようとする際、その旨、その者の氏名又は名称及び住所（第五条の二第一項に規定する住所をいう。）その他の財務省令で定める事項を記載した書類（第十項及び第十一項において「非課税適用申告書」という。）を、当該特定振替機関等（当該特定振替割引債が第三条第一項第一号に規定する特定公社債以外の公社債（第十項及び第十一項において「一般割引債」という。）に該当するものである場合には、適格口座管理機関に該当するものに限る。以下この項において同じ。）を経由し、又は当該適格外国仲介業者及び当該適格外国仲介業者が当該特定振替割引債の振替記載等を受ける特定振替機関等（当該適格外国仲介業者が外国再間接口座管理機関である場合には、当該特定振替割引債の振替記載等に係る外国間接口座管理機関が当該特定振替割引債の振替記載等を受ける特定振替機関等）を経由して当該特定振替機関等の本店又は主たる事務所の所在地の所轄税務署長に提出しているときは、その支払を受ける償還金に係る差益金額については、第四十一条の十二の二の規定は、適用しない。
２
非居住者が特定振替割引債の償還金に係る差益金額につき前項の規定の適用を受けた場合には、当該特定振替割引債につき支払を受ける償還差益（当該特定振替割引債の償還（第四十一条の十二の二第一項に規定する償還をいう。次項及び第四項において同じ。）により受ける金額が当該特定振替割引債の取得価額を超える場合におけるその差益をいう。）については、所得税を課さない。
３
非居住者が特定振替割引債の償還金に係る差益金額につき第一項の規定の適用を受けた場合には、当該特定振替割引債の償還により生ずる損失の額は、所得税に関する法令の規定の適用については、ないものとみなす。
４
前三項の規定は、特定振替割引債の発行者の特殊関係者（特定振替割引債の発行者との間に政令で定める特殊の関係のある者をいう。以下この条において同じ。）が支払を受ける当該特定振替割引債の償還金及び第二項に規定する償還差益並びに当該特殊関係者につき当該特定振替割引債の償還により生ずる損失の額（第十二項において準用する第五条の二第二項に規定する適格外国証券投資信託の受託者である非居住者若しくは外国法人が当該適格外国証券投資信託の信託財産につき支払を受けるもの若しくは生ずるもの又は第十二項において準用する同条第三項の規定により同項に規定する外国年金信託の受託者が支払を受けるもの若しくは生ずるものとされるものを除く。）については、適用しない。
５
第二項及び第三項の規定は、第二項に規定する償還差益又は第三項に規定する損失の額のうち、恒久的施設を有する非居住者が支払を受けるもの又は恒久的施設を有する非居住者につき生ずるもので所得税法第百六十四条第一項第一号イに掲げる国内源泉所得に該当するものについては、適用しない。
６
第一項の規定の適用がある場合における所得税法第二百二十五条の規定の適用については、同条第一項第十号中「償還金等の交付をする同項に規定する交付をする者」とあるのは「償還金等の交付をする同項に規定する交付をする者（当該非居住者が租税特別措置法第四十一条の十三の三第七項第七号（振替割引債の差益金額等の課税の特例）に規定する特定振替割引債の同項第八号に規定する償還金に係る同項第九号に規定する差益金額（次号において「特定振替割引債の償還金に係る差益金額」という。）につき同条第一項の規定の適用を受けた場合には、同項に規定する特定振替機関等）」と、同項第十一号中「外国法人」とあるのは「外国法人（外国政府その他の政令で定める法人を除く。）」と、「交付をする者」とあるのは「交付をする者（当該非居住者又は当該外国法人が特定振替割引債の償還金に係る差益金額につき租税特別措置法第四十一条の十三の三第一項の規定の適用を受けた場合には、同項に規定する特定振替機関等）」とする。
７
この条において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。
一
特定振替機関
第五条の二第七項第一号に規定する特定振替機関又は第五条の三第四項第一号に規定する特定振替機関をいう。
二
特定口座管理機関
第五条の二第七項第二号に規定する特定口座管理機関をいう。
三
特定間接口座管理機関
第五条の二第七項第三号に規定する特定間接口座管理機関をいう。
四
適格外国仲介業者
外国間接口座管理機関又は外国再間接口座管理機関のうち、所得税法第二条第一項第八号の四ただし書に規定する条約その他の我が国が締結した国際約束（租税の賦課及び徴収に関する情報を相互に提供することを定める規定を有するものに限る。）の我が国以外の締約国又は締約者その他外国の機関への租税に関する情報の提供に関する規定として政令で定める規定により外国の機関に対して当該情報の提供を行うことができることとされている場合における当該外国（次号において「条約相手国等」という。）に本店又は主たる事務所を有する者として政令で定めるところにより国税庁長官の承認を受けた者をいう。
五
特定国外営業所等
適格外国仲介業者の営業所又は事務所のうち、条約相手国等に所在するものをいう。
六
振替記載等
第五条の二第七項第六号に規定する振替記載等をいう。
七
特定振替割引債
社債、株式等の振替に関する法律第八十八条に規定する振替国債、第五条の二第一項に規定する振替地方債又は第五条の三第四項第七号に規定する振替社債等（同法第六十六条第一号に掲げる社債で同条に規定する振替社債に該当するものを含む。）のうち、第四十一条の十二の二第六項第一号に規定する割引債に該当するもの（その償還金の額が当該割引債の発行者又は当該発行者の特殊関係者に関する政令で定める指標を基礎として算定されるもの以外のものに限る。）をいう。
八
償還金
第四十一条の十二の二第一項第一号に掲げる償還金をいう。
九
差益金額
第四十一条の十二の二第六項第三号に規定する差益金額をいう。
十
適格口座管理機関
特定口座管理機関又は特定間接口座管理機関のうち、政令で定めるところにより国税庁長官の承認を受けたものをいう。
十一
外国再間接口座管理機関
第五条の二第七項第七号に規定する外国再間接口座管理機関をいう。
十二
外国間接口座管理機関
第五条の二第七項第八号に規定する外国間接口座管理機関をいう。
８
国税庁長官は、前項第十号の承認の申請があつた場合において、その申請を行つた者につき次のいずれかに該当する事実があるときは、その申請を却下することができる。
一
その申請を行う場合に必要となる書類に不備又は不実の記載があると認められることその他当該申請が前項第十号に規定する政令で定めるところに従つて行われていないと認められること。
二
その者が第六項の規定により読み替えて適用される所得税法第二百二十五条第一項に規定する調書の提出を行うこと又は第十一項に規定する通知を行うことが困難であると認められる相当の理由があること。
９
国税庁長官は、第七項第十号の承認を受けた者について前項各号のいずれかに該当する事実が生じたと認めるときは、政令で定めるところにより、その承認を取り消すことができる。
１０
適格外国仲介業者は、非課税適用申告書を提出した者が当該適格外国仲介業者から振替記載等を受けている特定振替割引債（一般割引債に該当するものを除く。以下この項において同じ。）につきその償還金の支払を受ける場合には、その償還金の支払を受けるべき日の前日までに、当該特定振替割引債の銘柄、その銘柄ごとの償還金の額その他の財務省令で定める事項を、当該適格外国仲介業者が当該特定振替割引債の振替記載等を受けた特定口座管理機関又は特定間接口座管理機関（当該適格外国仲介業者が外国再間接口座管理機関である場合には、当該特定振替割引債の振替記載等に係る外国間接口座管理機関が当該特定振替割引債の振替記載等を受けた特定口座管理機関又は特定間接口座管理機関）に対し、書面による方法その他政令で定める方法により、通知しなければならない。
１１