保税地域から引き取る課税物品に係る関税額の全部又は一部がやむを得ない理由によりその法定納期限後に確定したことに基づき、当該物品の内国消費税額の全部又は一部がその法定納期限（国税通則法第二条第八号（定義）に規定する法定納期限をいう。）後に確定することとなつたものであることについて、政令で定めるところにより税関長の確認を受けたときは、その税額に係る延滞税については、その確定に係る修正申告書の提出があつた日又は更正通知書若しくは賦課決定通知書が発せられた日以前の期間に対応する部分の金額を免除する。
（過少申告加算税等の特例）
第十九条
保税地域から引き取られる課税物品（特例申告に係る課税物品を除く。次項及び第三項において同じ。）に係る内国消費税に対する国税通則法第六十五条（過少申告加算税）の規定の適用については、同条第一項中「期限内申告書（還付請求申告書を含む。第三項において同じ。）が提出された場合（期限後申告書が提出された場合において、次条第一項ただし書又は第九項の規定の適用があるときを含む。）」とあるのは「輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律第六条第一項（引取りに係る課税物品についての申告、納税等の特例）の規定による課税標準及び税額の申告書（第三項及び第五項並びに次条第一項において「当初申告書」という。）が提出された場合」と、「）の」とあるのは「）又は同法第六条第四項若しくは第九条第一項（輸入の許可前における引取り）の」と、同条第二項中「期限内申告税額」とあるのは「当初申告税額」と、同条第三項第一号中「第三十五条第二項」とあるのは「第三十五条第二項又は輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律第六条第四項若しくは第九条第一項」と、同項第二号中「期限内申告税額」とあるのは「当初申告税額」と、「期限内申告書（次条第一項ただし書又は第九項の規定の適用がある場合には、期限後申告書を含む。第五項第二号において同じ。）」とあるのは「当初申告書」と、「第三十五条第一項又は第二項」とあるのは「第三十五条第一項」と、同条第五項第二号中「期限内申告書」とあるのは「当初申告書」とする。
２
保税地域から引き取られる課税物品に係る内国消費税に対する国税通則法第六十六条（無申告加算税）の規定の適用については、同条第一項中「期限後申告書又は第二号」とあるのは「第二号」と、「更正又は決定が」とあるのは「更正が」と、「期限内申告書」とあるのは「当初申告書」と、「期限後申告書の提出又は第二十五条」とあるのは「第二十五条」と、同条第二項中「又は第九項の規定」とあるのは「の規定」と、同条第三項中「期限後申告書又は第一項第二号」とあるのは「第一項第二号」と、「更正又は決定が」とあるのは「更正が」と、同条第四項第一号中「期限後申告書の提出又は第二十五条」とあるのは「第二十五条」と、同条第六項第一号中「期限後申告書若しくは第一項第二号」とあるのは「第一項第二号」と、「更正又は決定」とあるのは「更正」と、「期限後申告書又は同号」とあるのは「同号」と、同項第二号中「期限後申告書若しくは第一項第二号」とあるのは「第一項第二号」と、「更正又は決定」とあるのは「更正」と、同条第八項中「期限後申告書又は第一項第二号」とあるのは「第一項第二号」と、「更正又は決定」とあるのは「更正」とする。
３
保税地域から引き取られる課税物品に係る内国消費税に対する国税通則法第六十八条（重加算税）の規定の適用については、同条第二項中「同項ただし書若しくは同条第九項の規定」とあるのは「同項ただし書の規定」と、「更正又は決定」とあるのは「更正」と、「法定申告期限までに納税申告書を提出せず、又は法定申告期限後に納税申告書を提出していたとき」とあるのは「同項各号のいずれかに該当することとなつたとき」と、同条第四項中「前三項の」とあるのは「第一項又は第二項の」と、「第一項又は前項」とあるのは「第一項」と、同項第一号中「前三項」とあるのは「第一項又は第二項」と、「期限後申告書若しくは修正申告書の提出、」とあるのは「修正申告書の提出又は」と、「決定又は納税の告知（第三十六条第一項（第二号に係る部分に限る。）（納税の告知）の規定による納税の告知をいう。以下この号において同じ。）若しくは納税の告知を受けることなくされた納付」とあるのは「決定」と、「、更正若しくは決定又は告知若しくは納付」とあるのは「又は更正若しくは決定」と、「課され、又は徴収された」とあるのは「課された」と、同項第二号中「期限後申告書若しくは修正申告書」とあるのは「修正申告書」とする。
４
保税地域から引き取られる特例申告に係る課税物品に係る内国消費税に対する国税通則法第六十六条及び第六十八条の規定の適用については、同法第六十六条第六項第二号及び第六十八条第四項第二号中「国税の課税期間の初日の属する年の前年及び前々年に課税期間が開始した当該国税（課税期間のない当該国税については、当該国税の納税義務が成立した日の属する年の前年及び前々年に納税義務が成立した当該国税）」とあるのは、「内国消費税（輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律第二条第一号（定義）に規定する内国消費税をいう。以下この号において同じ。）に係る課税物品（同条第二号に規定する課税物品をいう。以下この号において同じ。）の関税法第六十七条（輸出又は輸入の許可）の規定による輸入の許可の日の属する年の前年及び前々年に輸入が許可された課税物品に係る当該内国消費税」とする。
（関税法の準用）
第二十条
関税法第十二条第一項（延滞税）（同法第十三条の二（過大な払戻し等に係る関税額の徴収）の規定に係る部分に限る。）及び第十三条の二の規定は、第十五条第二項、第十六条第四項、第十六条の三第一項又は第十七条第一項若しくは第二項の規定による還付が、これを受ける者の申請に基づいて過大な額で行われた場合について、同法第十三条の三（関税の納付不足がある場合の補完的納税義務）の規定は、輸入の許可を受け、又は第九条第一項の規定による承認を受けて引き取られた課税物品につき納付された内国消費税に不足額があつた場合について、同法第十四条（更正、決定等の期間制限）及び第十四条の二第一項（徴収権の消滅時効）の規定は、保税地域からの引取りに係る課税物品に対する内国消費税につき更正、決定又は徴収をする場合について、同法第六十二条の十三（総合保税地域の貨物の管理者の連帯納税義務）の規定は、総合保税地域の許可を受けた法人が第十条第三項（第十六条の二第三項において準用する場合を含む。）の規定により課税物品に係る内国消費税を納める義務を負うこととなつた場合について、同法第百七条（税関長の権限の委任）の規定は、税関長が当該内国消費税につきその権限を行使する場合について、同法第百十八条第四項（没収等が行われた場合の関税の不徴収）の規定は、同条第一項又は第二項その他の法律の規定により没収又は追徴が行われた課税物品に係る内国消費税について、それぞれ準用する。
（納税地の特例）
第二十一条
関税法第六十七条の十九（輸入申告の特例）の規定の適用を受けて輸入申告をする課税物品に係る内国消費税（石油石炭税法第十五条第二項（引取りに係る原油等についての課税標準及び税額の申告等の特例）の規定による申告書に係る石油石炭税を除く。次項において同じ。）の納税地は、消費税法等の規定にかかわらず、当該輸入申告に係る税関長の所属する税関の所在地とする。
２
保税地域以外の場所から輸入される課税物品（前項の課税物品を除く。）に係る内国消費税の納税地は、当該物品に係る関税を課する税関長（関税が無税とされている当該物品については、関税が課されるものとした場合の当該税関長）の所属する税関の所在地とする。
（保税地域からの引取りに係る納税管理人）
第二十一条の二
保税地域からの引取りに係る内国消費税に関する事項を処理させるための国税通則法第百十七条第一項（納税管理人）に規定する納税管理人（以下この条において「引取納税管理人」という。）を定めなければならない者が関税法第九十五条第一項（税関事務管理人）に規定する税関事務管理人（以下この条において「税関事務管理人」という。）を定めなければならない者である場合には、税関事務管理人として定められた者を引取納税管理人として定めなければならない。
この場合において、国税通則法第百十七条第一項の規定の適用については、同項中「住所又は居所を有する者」とあるのは、「住所又は居所（法人にあつては、本店又は主たる事務所）を有する者」とする。
２
引取納税管理人及び税関事務管理人を定めなければならない者が、税関長に対して国税通則法第百十七条第二項の規定による引取納税管理人の届出及び関税法第九十五条第二項の規定による税関事務管理人の届出をしなかつた場合には、当該税関長は、これらの届出をしなかつた者に対し、同条第三項の求めに併せて、内国消費税に関する特定事項（保税地域からの引取りに係る内国消費税に関する事項のうち引取納税管理人に処理させる必要があると認められるものとして財務省令で定めるものをいう。次項において同じ。）を明示して、当該求めに係る同条第三項の指定日までに、引取納税管理人の届出をすべきことを書面で求めることができ、かつ、同条第四項の国内便宜者に対し、同項の求めに併せて引取納税管理人となることを書面で求めることができる。
３