青色申告書を提出する沖縄法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税については、沖縄租税特別措置法第五条の二、第十一条の三（沖縄の中小漁業振興特別措置法に係る部分に限る。以下この条において同じ。）、第十三条、第十五条及び第十五条の四から第十七条までの規定（これらの規定に基づく規則の規定を含む。）は、なお効力を有する。
この場合において、沖縄租税特別措置法第十一条の三中「五年」とあるのは、「七年」とする。
３
租税特別措置法第四十五条の四又はこれに係る同法第五十二条の三第一項の規定は、前項の規定によりなお効力を有することとされる沖縄租税特別措置法第十一条の三の規定の適用を受ける事業年度の所得に対する法人税については、適用しない。
４
青色申告書を提出する沖縄法人が、経過事業年度開始の日から施行日の前日までの間に取得し、又は製作してその事業の用に供した沖縄租税特別措置法第九条第一項又は第十一条第一項に規定する資産に係る当該経過事業年度の償却費の額の計算については、なお従前の例による。
（海外取引等がある場合の割増償却に関する経過措置）
第五十四条
租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和四十七年法律第十四号）附則第十二条第三項の規定により同法による改正前の租税特別措置法第四十六条の二の規定の例によることとされる同条の規定は、沖縄法人の所得（沖縄源泉所得を有する外国法人の当該沖縄源泉所得を含む。）に係る法人税については、適用しない。
（中小企業者の機械等の割増償却に関する経過措置）
第五十五条
沖縄法人（沖縄法人又は第九条第一項に規定する沖縄居住者がその営む事業の協業を図るため施行日以後に設立する法人で財務省令で定めるものを含む。次項において同じ。）で青色申告書を提出するものが、平成十四年五月十四日までに終了する各事業年度終了の日において沖縄振興開発特別措置法第二条第五項に規定する中小企業者に該当し、かつ、当該各事業年度において中小企業経営革新支援法の施行に伴う関係政令の整備に関する政令附則第二条の規定により沖縄振興開発特別措置法第十九条第一項の政令で定める業種とみなされたものに属する事業につき租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（昭和四十八年政令第九十四号）による改正前の租税特別措置法施行令第二十八条の六第一項各号のいずれか一に該当する事実がある場合には、当該事業年度終了の日において当該沖縄法人の有する昭和四十八年改正措置法による改正前の租税特別措置法第四十六条第一項に規定する減価償却資産に係る当該事業年度の償却限度額は、法人税法第三十一条第一項又は第二項（租税特別措置法第五十二条の二の規定の適用を受ける場合には、同条の規定を含む。）の規定にかかわらず、当該減価償却資産の普通償却限度額（法人税法第三十一条第一項に規定する償却限度額又は同条第二項に規定する償却限度額に相当する金額をいい、租税特別措置法第五十二条の二の規定の適用を受ける場合には、同条第一項又は第四項に規定する政令で定める金額とする。）と特別償却限度額（当該普通償却限度額に十分の二を乗じて計算した金額をいう。）との合計額（租税特別措置法第五十二条の二の規定の適用を受ける場合には、同条第一項に規定する特別償却不足額又は同条第四項に規定する合併等特別償却不足額に相当する金額を加算した金額）とする。
２
沖縄法人で青色申告書を提出するものが、各事業年度終了の日において中小企業経営革新支援法附則第二条の規定による廃止前の中小企業近代化促進法（以下この条において「旧中小企業近代化促進法」という。）第二条に規定する中小企業者で、平成十四年五月十四日までに旧中小企業近代化促進法第四条第一項に規定する中小企業構造改善計画（同項に規定する生産又は経営の規模又は方式の適正化に関する事業について当該計画が定められているものに限る。）に係る同項又は同条第二項の承認を受けた同条第一項に規定する商工組合等（以下この項において「商工組合等」という。）の平成十一年旧措置法第四十六条第一項第一号に規定する構成員であるもの（同号イに規定する商工組合等の構成員であるものに限る。）に該当し、かつ、当該事業年度において旧中小企業近代化促進法第四条第一項に規定する特定業種に属する事業で当該中小企業構造改善計画に係るものにつき租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十一年政令第百二十号）による改正前の租税特別措置法施行令第二十九条第二項各号のいずれか一に該当する事実がある場合には、当該事業年度（当該承認のあつた日の属する事業年度からその事業年度開始の日以後五年を経過する日の属する事業年度までの各事業年度に限る。）終了の日において当該沖縄法人の有する平成十一年旧措置法第四十六条第一項に規定する減価償却資産（漁船を除く。）に係る当該事業年度の償却限度額は、平成十一年旧措置法第四十六条及び法人税法第三十一条第一項又は第二項の規定にかかわらず、当該減価償却資産の平成十一年旧措置法第四十六条第一項に規定する普通償却限度額と特別償却限度額（当該普通償却限度額に百分の五十五を乗じて計算した金額をいう。）との合計額（租税特別措置法第五十二条の二の規定の適用を受ける場合には、同条第一項に規定する特別償却不足額又は同条第四項に規定する合併等特別償却不足額に相当する金額を加算した金額）とする。
３
租税特別措置法第四十三条第二項の規定は、前二項の規定を適用する場合について準用する。
（新築貸家住宅等の割増償却に関する経過措置）
第五十六条
法人が、施行日前に沖縄において昭和四十九年改正措置法による改正前の租税特別措置法第四十七条第一項に規定する貸家住宅、同法第四十八条第一項に規定する耐火建築物等又は同法第四十八条の二第一項に規定する原油備蓄施設を取得し、又は建築し、若しくは建設した場合におけるこれらの規定の適用については、法人税法の施行地においてこれらの減価償却資産を取得し、又は建築し、若しくは建設したものとみなす。
（準備金等に関する経過措置）
第五十七条
沖縄法人（沖縄源泉所得を有する外国法人を含む。以下この章において同じ。）が、施行日以後最初に終了する事業年度開始の日において有する沖縄法人税法又は沖縄租税特別措置法（これらの立法に基づく規則を含む。以下この条において同じ。）の規定による異常危険準備金の金額、収用若しくは換地処分に係る引当金若しくは特別勘定の金額、特定資産の買換え若しくは交換に係る引当金若しくは特別勘定の金額又は現物出資に係る特別勘定の金額（既に沖縄法人税法又は沖縄租税特別措置法の規定により取りくずすべきこととなつたものを除く。）は、それぞれ租税特別措置法（これに基づく命令を含む。）の規定により当該沖縄法人の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された異常危険準備金の金額、収用若しくは換地処分に係る引当金若しくは特別勘定の金額、特定の資産の買換え若しくは交換に係る引当金若しくは特別勘定の金額又は現物出資に係る特別勘定の金額とみなす。
２
沖縄法人の施行日以後に終了する事業年度において、租税特別措置法第五十四条第一項に規定する基準年度の総収入金額のうちに同項に規定する海外取引（次項において「海外取引」という。）による収入金額がある場合における同条の規定の適用については、同条第一項中「昭和四十六年四月一日」とあるのは、「昭和四十七年四月一日」とする。
３
前項の場合において、施行日前に沖縄において行なわれた次に掲げる取引による収入金額は、同項の基準年度の当該取引に係る海外取引による収入金額に含まれないものとする。
一
租税特別措置法第五十四条第二項第一号から第七号までに掲げる取引で当該取引に係る物品が沖縄から本土に輸出されたもの
二
租税特別措置法第五十四条第二項第八号に掲げる取引で当該取引に係る同項第一号に規定する対外支払手段による同項第八号の対価が沖縄若しくは本土に住所若しくは居所を有する個人又は沖縄法人若しくは本土法人によつて支払われたもの
４
本土法人が、施行日前に取得した昭和四十八年改正措置法による改正前の租税特別措置法第五十五条第一項に規定する特定法人に該当する沖縄法人の同項に規定する特定株式等に係る海外投資損失準備金の金額（既に同条第五項若しくは第六項、昭和五十一年改正措置法による改正前の租税特別措置法第五十五条第四項、昭和五十三年改正措置法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第五十五条第五項、昭和五十五年改正措置法による改正前の租税特別措置法第五十五条第五項又は租税特別措置法第五十五条第四項の規定により取り崩すべきこととなつたものを除く。）を有する場合における同項の規定の適用については、当該沖縄法人が施行日以後引き続き沖縄県の区域内に本店又は主たる事務所を有し、かつ、当該区域内において専らその事業を営むときは、当該沖縄法人は、同条第二項の規定にかかわらず、同条第一項に規定する特定法人とみなす。
（技術等海外取引に係る所得の特別控除に関する経過措置）
第五十八条
租税特別措置法第五十八条の規定は、沖縄法人の施行日以後に終了する事業年度において、同条第一項に規定する技術等海外取引による昭和四十七年四月一日以後の収入金額がある場合の当該収入金額について適用する。
この場合において、施行日前に沖縄において当該技術等海外取引が行なわれていたときは、当該技術等海外取引で当該技術等海外取引に係る同条第二項第一号に規定する対外支払手段による同項各号の対価が沖縄若しくは本土に住所若しくは居所を有する個人又は沖縄法人若しくは本土法人によつて支払われたものによる収入金額は、同条第一項に規定する技術等海外取引による収入金額に含まれないものとする。