法第十二条の四第二項（同条第三項又は第四項の規定により適用される場合を含む。）に規定する隠蔽し、又は仮装されていない事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額は、無申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額のうち当該事実のみに基づいて法第十二条の三第一項各号（無申告加算税）のいずれかに該当することとなつたものとした場合における同項各号に規定する申告、決定又は更正に基づき法第九条第二項の規定により納付すべき税額とする。
３
法第十二条の四第三項（同条第四項の規定により適用される場合を含む。）に規定する電磁的記録に記録された事項に係るもの以外の事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額は、過少申告加算税又は無申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額のうち当該電磁的記録に記録された事項に係るもの以外の事実のみに基づいて期限後特例申告書の提出若しくは修正申告又は更正決定があつたものとした場合におけるその期限後特例申告書の提出若しくは修正申告又は更正決定に基づき法第九条第一項又は第二項の規定により納付すべき税額とする。
（関税が過誤納となつた日）
第九条の六
法第十三条第二項第三号（還付及び充当）に規定する政令で定める日は、次の各号に掲げる過誤納金の区分に応じ、当該各号に定める日（その日が当該過誤納金に係る関税（滞納処分費を含む。以下この条において同じ。）の法定納期限（法第十二条第九項（延滞税）に規定する法定納期限をいう。以下この条において同じ。）前である場合には、当該法定納期限）とする。
一
法第七条第一項（申告）の申告又は法第七条の十四第一項（修正申告）の修正申告により納付すべき税額が確定した関税（当該関税に係る延滞税を含む。）に係る過納金でその納付すべき税額を減少させる更正（法第七条の十五第一項（更正の請求）の規定による更正の請求に基づく更正を除く。）により生じたもの
その更正があつた日
二
法第十三条第二項第三号に掲げる過誤納金のうち、前号に掲げる過納金以外のもの
その納付があつた日
（過誤納金の充当の手続）
第十条
法第十三条第七項（過誤納金の充当）の規定による充当は、次の各号に掲げる場合において行うものとし、それぞれ当該各号に掲げる時においてその効力を生ずる。
一
充当しようとする関税が当該関税に係る貨物の輸入の許可がされる前に確定したもの（法第七十三条第一項（輸入の許可前における貨物の引取り）の規定により税関長の承認を受けて引き取られた貨物に係るものを除く。次号において同じ。）である場合において、過誤納金の還付を受けるべき者からその還付を受けるべき金額をもつて当該関税に充てようとする旨の書面が提出されたとき。　その提出された時
二
充当しようとする関税が当該関税に係る輸入の許可がされる前に確定したもの以外のものである場合（法第十三条の二（過大な払戻し等に係る関税額の徴収）の規定により徴収するものである場合を含む。）において、税関長が必要と認めたとき。　当該関税に係る更正通知書、決定通知書、法第七条の十七（輸入の許可前に引き取られた貨物に係る税額等の通知）の書類又は納税告知書が発せられた時その他当該関税が確定した時と過誤納が生じた時とのいずれか遅い時
２
税関長は、前項の規定による充当をしたときは、その旨を過誤納金の還付を受けるべきであつた者に通知しなければならない。
（払戻し等に係る法律の規定）
第十一条
法第十三条の二（過大な払いもどし等に係る関税額の徴収）に規定する政令で定める法律の規定は、定率法第十九条第一項（輸出貨物の製造用原料品の減税、免税又は戻し税等）、第十九条の二第二項（課税原料品等による製品を輸出した場合の免税又は戻し税等）、第十九条の三第一項（輸入時と同一状態で再輸出される場合の戻し税等）並びに第二十条第一項及び第二項（違約品等の再輸出又は廃棄の場合の戻し税等）の規定とする。
第二章　船舶及び航空機
（外国貿易船の入港手続）
第十二条
法第十五条第一項及び第四項（入港手続）に規定する政令で定める場合は、異常な気象若しくは海象又は船舶の重大な損傷による急迫した危難のためあらかじめ報告することが困難な場合その他財務省令で定めるやむを得ない事由がある場合とする。
２
法第十五条第一項の規定による報告は、次の各号に掲げる事項の区分に応じ、当該各号に定める時までに行わなければならない。
ただし、直前の出発港とその外国貿易船が入港しようとする開港との距離その他の事情を勘案して、これらの時までに当該報告を行うことが困難なものとして財務省令で定める場合には、財務省令で定める時までに行えば足りる。
一
積荷に関する事項
その開港に入港する二十四時間前
二
旅客又は乗組員に関する事項
その開港に入港する二時間前
３
法第十五条第一項に規定する政令で定める事項は、次の各号に掲げる事項の区分に応じ、当該各号に定める事項とする。
ただし、取締り上支障がないものとして財務省令で定める場合には、これらの事項のうち財務省令で定める事項の報告を省略することができる。
一
積荷に関する事項
積んでいる貨物の仕出地、仕向地、記号、番号、品名、数量、荷送人、荷受人及び船荷証券又は複合運送証券の番号並びに当該貨物がコンテナーに詰められている場合にあつては当該コンテナーの番号及び当該貨物を積んでいる外国貿易船が当該貨物の船積港を出港した日時
二
旅客に関する事項
乗船している旅客の氏名、国籍、生年月日、旅券の番号、出発地及び最終目的地
三
乗組員に関する事項
乗船している乗組員の氏名、国籍、生年月日、乗員手帳の番号及び職名
４
法第十五条第三項に規定する政令で定める事項は、次の各号に掲げる書類の区分に応じ、当該各号に定める事項とする。
この場合においては、前項ただし書の規定を準用する。
一
入港届
船舶の名称、国籍、純トン数、旅客及び乗組員の数、仕出港並びに入港の日時
二
船用品目録
船舶の名称及び国籍並びに船用品の品名及び数量
５
外国貿易船が開港に入港した際、船長が前項第一号に規定する事項その他税関において必要と認める事項についての法第百五条第一項第一号（税関職員の権限）の規定による質問に対する陳述書を税関職員に提出したときは、前項第一号に掲げる書類の提出を要しない。
６
法第十五条第七項及び第八項に規定する政令で定める特別の事情は、暴風、豪雨、洪水、地震、津波、噴火その他の自然現象の異変による災害及び火薬類の爆発その他の人為による異常な災害により報告することが困難であると認められる事情とする。
７
法第十五条第七項及び第八項の規定による外国貿易船の積荷に関する事項の報告は、当該積荷の船積港を当該外国貿易船が出港する二十四時間前までに行わなければならない。
ただし、当該船積港とその外国貿易船が入港しようとする最初の開港との距離その他の事情を勘案して、その時までに当該報告を行うことが困難なものとして財務省令で定める場合には、財務省令で定める時までに行えば足りる。
８
法第十五条第七項に規定する政令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
ただし、取締り上支障がないものとして財務省令で定める場合に該当する積荷については、これらの事項の報告を省略することができる。
一
法第十五条第七項に規定する積荷（以下この項において単に「積荷」という。）の仕出地及び仕向地
二
積荷の記号、番号、品名及び数量
三
積荷の荷送人及び荷受人の住所又は居所、氏名又は名称及び電話番号
四
積荷について法第十五条第七項に規定する運航者等が交付する船荷証券又は複合運送証券の番号
五
積荷が詰められているコンテナーの種類及び番号
六
その他財務省令で定める事項
９
法第十五条第八項に規定する政令で定める者は、同項に規定する積荷について、同条第七項に規定する運航者等の行う運送を利用してする貨物の運送を業として行う者であつて、当該運航者等と当該積荷の運送契約を締結するものとする。
１０
法第十五条第八項に規定する政令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
この場合においては、第八項ただし書の規定を準用する。
一
法第十五条第八項に規定する積荷（以下この項において単に「積荷」という。）の仕出地及び仕向地
二
積荷の記号、番号、品名及び数量
三
積荷の荷送人及び荷受人の住所又は居所、氏名又は名称及び電話番号
四
積荷について法第十五条第七項に規定する運航者等及び同条第八項に規定する荷送人が交付する船荷証券又は複合運送証券の番号
五
積荷が詰められているコンテナーの種類及び番号
六
その他財務省令で定める事項
（外国貿易機の入港手続）
第十三条
法第十五条第九項（入港手続）に規定する政令で定める場合は、異常な気象又は航空機の重大な損傷による急迫した危難のためあらかじめ報告することが困難な場合その他財務省令で定めるやむを得ない事由がある場合とする。
２
法第十五条第九項の規定による報告は、次の各号に掲げる事項の区分に応じ、当該各号に定める時までに行わなければならない。
ただし、直前の出発空港とその外国貿易機が入港しようとする税関空港との距離その他の事情を勘案して、これらの時までに当該報告を行うことが困難なものとして財務省令で定める場合には、財務省令で定める時までに行えば足りる。
一
積荷に関する事項
その税関空港に入港する三時間前
二
旅客又は乗組員に関する事項
直前の出発空港を出港した時から三十分を経過する時
３
法第十五条第九項に規定する政令で定める事項は、次の各号に掲げる事項の区分に応じ、当該各号に定める事項とする。
ただし、取締り上支障がないものとして財務省令で定める場合には、これらの事項のうち財務省令で定める事項の報告を省略することができる。
一