第一項、第二項、第三十一項、前項若しくはこの項の規定により申告書を提出した法人又は第三百二十一条の十一の規定による更正若しくは決定を受けた法人は、次の各号のいずれかに該当する場合には、次項に該当する場合を除くほか、遅滞なく、総務省令で定める様式により、当該申告書を提出し又は当該更正若しくは決定をした市町村長に、当該申告書に記載し又は当該更正若しくは決定に係る通知書に記載された第二十条の九の三第六項に規定する課税標準等又は税額等を修正する申告書を提出し、及びその申告により増加した市町村民税額を納付しなければならない。
一
先の申告書の提出により納付すべきものとしてこれに記載し、又は当該更正若しくは決定により納付すべきものとして当該更正若しくは決定に係る通知書に記載された市町村民税額に不足額があるとき。
二
先の申告書に納付すべき市町村民税額を記載しなかつた場合又は納付すべき市町村民税額がない旨の更正を受けた場合において、その納付すべき市町村民税額があるとき。
３５
第一項又は第二項の法人が法人税に係る修正申告書を提出し、又は法人税に係る更正若しくは決定の通知を受けたことにより、当該法人が前項各号のいずれかに該当することとなつた場合においては、当該法人は、当該修正申告により増加した法人税額又は当該更正若しくは決定により納付すべき法人税額を納付すべき日までに、同項の規定により申告納付しなければならない。
３６
市町村は、内国法人が各事業年度において租税特別措置法第六十六条の七第四項及び第十項の規定の適用を受ける場合において、当該事業年度の同条第四項に規定する控除対象所得税額等相当額のうち、同項に規定する法人税の額及び同条第十項に規定する所得地方法人税額並びに第五十三条第三十六項に規定する法人税割額の合計額を超える額があるときは、政令で定めるところにより、当該超える金額（政令で定める金額に限る。）を当該事業年度の第一項（予定申告法人に係るものを除く。）又は前二項の規定により申告納付すべき法人税割額から控除するものとする。
３７
市町村は、内国法人が各事業年度において租税特別措置法第六十六条の九の三第三項及び第九項の規定の適用を受ける場合において、当該事業年度の同条第三項に規定する控除対象所得税額等相当額のうち、同項に規定する法人税の額及び同条第九項に規定する所得地方法人税額並びに第五十三条第三十七項に規定する法人税割額の合計額を超える額があるときは、政令で定めるところにより、当該超える金額（政令で定める金額に限る。）を当該事業年度の第一項（予定申告法人に係るものを除く。）、第三十四項又は第三十五項の規定により申告納付すべき法人税割額から控除するものとする。
３８
市町村は、内国法人又は外国法人が、外国の法令により課される法人税若しくは地方法人税又は道府県民税若しくは市町村民税の法人税割に相当する税（外国法人にあつては、法人税法第百三十八条第一項第一号に掲げる国内源泉所得につき外国の法令により課されるものに限る。以下この項において「外国の法人税等」という。）を課された場合において、当該外国の法人税等の額のうち法人税法第六十九条第一項の控除限度額又は同法第百四十四条の二第一項の控除限度額及び地方法人税法第十二条第一項の控除の限度額で政令で定めるもの又は同条第二項の控除の限度額で政令で定めるもの並びに第五十三条第三十八項の控除の限度額で政令で定めるものの合計額を超える額があるときは、政令で定めるところにより計算した額を限度として、政令で定めるところにより、当該超える金額（政令で定める金額に限る。）を第一項（予定申告法人に係るものを除く。）、第三十四項又は第三十五項の規定により申告納付すべき法人税割額（外国法人にあつては、法人税法第百四十一条第一号イに掲げる国内源泉所得に対する法人税額を課税標準として課するものに限る。）から控除するものとする。
３９
前項の規定を適用する場合において、通算法人（法人税法第二条第十二号の七の二に規定する通算法人をいう。以下この項から第四十八項までにおいて同じ。）の各事業年度（当該通算法人に係る通算親法人の事業年度終了の日に終了するものに限るものとし、被合併法人の合併の日の前日の属する事業年度、残余財産の確定の日の属する事業年度及び公益法人等（第二百九十四条第七項に規定する公益法人等をいう。第四十二項及び第四十八項において同じ。）に該当することとなつた日の前日の属する事業年度を除く。以下この項から第四十一項までにおいて「適用事業年度」という。）の税額控除額（当該適用事業年度における前項の規定による控除をされるべき金額をいう。以下この項から第四十二項までにおいて同じ。）が、当初申告税額控除額（当該適用事業年度の第一項の規定による申告書（同法第七十一条第一項（同法第七十二条第一項の規定が適用される場合に限る。）又は第七十四条第一項の規定により法人税に係る申告書を提出する義務がある法人が、第一項の規定による申告書の提出期限までに提出したものに限る。）に添付された書類に当該適用事業年度の税額控除額として記載された金額をいう。以下この項から第四十一項までにおいて同じ。）と異なるときは、当初申告税額控除額を税額控除額とみなす。
４０
前項の通算法人の適用事業年度について、次に掲げる場合のいずれかに該当する場合には、当該適用事業年度については、同項の規定は、適用しない。
一
法人税法第六十九条第十六項（第一号に係る部分に限る。）の規定の適用がある場合（同号に掲げる場合における税額控除額が当初申告税額控除額と異なる場合に限る。）
二
法人税法第六十九条第十六項（第二号に係る部分に限る。）の規定の適用がある場合
三
地方法人税法第十二条第六項（第一号に係る部分に限る。）の規定の適用がある場合（同号に掲げる場合における税額控除額が当初申告税額控除額と異なる場合に限る。）
４１
適用事業年度について前項（第一号及び第三号に係る部分に限る。）の規定を適用して第三十四項に規定する申告書の提出又は第三百二十一条の十一第一項若しくは第三項の規定による更正がされた後における前二項の規定の適用については、前項の規定にかかわらず、当該申告書に添付された書類に当該適用事業年度の税額控除額として記載された金額又は当該更正に係る当該適用事業年度の税額控除額とされた金額を当初申告税額控除額とみなす。
４２
市町村は、通算法人（通算法人であつた内国法人（公益法人等に該当することとなつた内国法人を除く。）を含む。次項から第四十五項までにおいて同じ。）の各事業年度（以下この項から第四十六項までにおいて「対象事業年度」という。）において、過去適用事業年度（当該対象事業年度開始の日前に開始した各事業年度で第三十九項の規定の適用を受けた事業年度をいう。以下この項及び第四十五項第一号において同じ。）における税額控除額（当該対象事業年度開始の日前に開始した各事業年度（以下この項において「対象前各事業年度」という。）において当該過去適用事業年度に係る税額控除額につきこの項又は次項の規定の適用があつた場合には、同項の規定により当該対象前各事業年度の法人税割額に加算した金額の合計額からこの項の規定により当該対象前各事業年度の法人税割額から控除した金額の合計額を減算した金額を加算した金額。以下この項及び次項において「調整後過去税額控除額」という。）が過去当初申告税額控除額（当該過去適用事業年度の第一項の規定による申告書（法人税法第七十四条第一項の規定により法人税に係る申告書を提出する義務がある法人が、第一項の規定による申告書の提出期限までに提出したものに限る。）に添付された書類に当該過去適用事業年度の第三十八項の規定による控除をされるべき金額として記載された金額（当該過去適用事業年度について前項の規定の適用を受けた場合には、その適用に係る第三十四項に規定する申告書に添付された書類のうち、最も新しいものに当該過去適用事業年度の第三十八項の規定による控除をされるべき金額として記載された金額又は第三百二十一条の十一第一項若しくは第三項の規定による更正のうち、最も新しいものに係る当該過去適用事業年度の第三十八項の規定による控除をされるべき金額とされた金額）をいう。以下この項及び次項において同じ。）を超える場合には、政令で定めるところにより、税額控除不足額相当額（当該調整後過去税額控除額から当該過去当初申告税額控除額を控除した金額に相当する金額をいう。第四十四項から第四十六項までにおいて同じ。）を当該対象事業年度の第一項（予定申告法人に係るものを除く。）、第三十四項又は第三十五項の規定により申告納付すべき法人税割額から控除するものとする。
４３
通算法人の対象事業年度において過去当初申告税額控除額が調整後過去税額控除額を超える場合には、当該対象事業年度の第一項（予定申告法人に係るものを除く。）、第三十四項又は第三十五項の規定により申告納付すべき法人税割額は、これらの規定にかかわらず、政令で定めるところにより、法人税額を課税標準として算定した法人税割額に、税額控除超過額相当額（当該過去当初申告税額控除額から当該調整後過去税額控除額を控除した金額に相当する金額をいう。次項から第四十六項までにおいて同じ。）を加算した金額とする。
４４