税関長は、関税定率法第十条第二項（変質、損傷等の場合のもどし税）その他政令で定める関税に関する法律の規定による関税の払いもどし又は還付が、これを受ける者の申請に基づいて過大な額で行なわれた場合には、国税徴収の例により、その過大であつた部分の金額に相当する関税額を当該関税の払いもどし又は還付を受けた者から徴収する。
（関税の納付不足がある場合の補完的納税義務）
第十三条の三
輸入の許可又は第七十三条第一項（輸入の許可前における貨物の引取り）の規定による税関長の承認を受けて引き取られた貨物について、納付された関税に不足額があつた場合において、当該許可若しくは承認の際当該貨物の輸入者とされた者の住所及び居所が明らかでなく、又はその者が当該貨物の輸入者でないことを申し立てた場合であつて、かつ、当該貨物の輸入に際してその通関業務を取り扱つた通関業者（通関業法第二条第三号（定義）に規定する通関業者をいう。以下同じ。）が、その通関業務の委託をした者を明らかにすることができなかつたときは、当該通関業者は、当該貨物の輸入者と連帯して当該関税を納める義務を負う。
（端数計算）
第十三条の四
国税通則法第百十八条第一項及び第二項（国税の課税標準の端数計算）の規定は関税の課税標準の端数計算について、同法第百十九条第一項及び第三項（国税の確定金額の端数計算）の規定は関税の額の端数計算について、同法第百二十条第一項及び第二項（還付金等の端数計算）の規定は関税に係る払いもどし又は還付の額の端数計算について準用する。
（更正、決定等の期間制限）
第十四条
関税についての更正、決定又は賦課決定は、これらに係る関税の法定納期限等から五年（第六条の二第一項第二号イ又はホ（税額の確定の方式）に規定する関税で課税標準の申告があつたものに係る賦課決定については、三年）を経過した日以後においては、することができない。
２
前項の規定により更正をすることができないこととなる日前六月以内にされた更正の請求に係る更正又は当該更正に伴つて行われることとなる過少申告加算税、無申告加算税若しくは重加算税についてする賦課決定は、同項の規定にかかわらず、当該更正の請求があつた日から六月を経過する日まで、することができる。
３
第一項の規定により賦課決定をすることができないこととなる日前三月以内にされた期限後特例申告書の提出又は第十二条の三第一項第二号（無申告加算税）の修正申告に伴つて行われることとなる無申告加算税（同条第六項の規定の適用があるものに限る。）についてする賦課決定は、第一項の規定にかかわらず、期限後特例申告書の提出又は同号の修正申告があつた日から三月を経過する日まで、することができる。
４
偽りその他不正の行為により関税を免れ、又は関税を納付すべき貨物について関税を納付しないで輸入した場合における当該貨物に係る関税についての更正、決定又は賦課決定は、前三項の規定にかかわらず、法定納期限等から七年を経過する日まで、することができる。
５
第一号に掲げる事由が生じた場合において、第二号に掲げる事由に基づいてする関税についての更正、決定又は賦課決定は、前各項の規定にかかわらず、同号の特恵受益国等の権限ある当局等に対し同号の要請に係る書面が発せられた日から三年を経過する日まで、することができる。
一
税関職員が、貨物の輸入者に第六十八条（輸出申告又は輸入申告に際しての提出書類）に規定する書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。）の提示又は提出を求めた場合において、その提示又は提出を求めた日から六十日を超えない範囲内においてその準備に通常要する日数を勘案して税関職員が指定する日までにその提示又は提出がなかつたこと（当該輸入者の責めに帰すべき事由がない場合を除く。）。
二
税関職員が関税暫定措置法第八条の四（特恵受益国等原産品であることの確認）又は経済連携協定（同法第七条の三第一項ただし書（輸入数量が輸入基準数量を超えた場合の特別緊急関税）に規定する経済連携協定をいう。）その他の国際約束（以下この号において「経済連携協定等」という。）の規定に基づき特恵受益国等（同法第八条の二第一項（特恵関税等）に規定する特恵受益国等をいう。以下この号において同じ。）若しくは経済連携協定等の締約国の権限ある当局（特恵受益国等又は経済連携協定等の締約国から輸出される貨物が特恵受益国等原産品（同法第八条の四第一項に規定する特恵受益国等原産品をいう。）又は締約国原産品（同法第十二条の四第一項（経済連携協定に基づく締約国原産品であることの確認）に規定する締約国原産品をいう。）であることを証明する書類の発給又は当該書類の作成をすることができる者の認定に関して権限を有する機関をいう。）、経済連携協定等の締約国の税関当局（この法律、関税定率法その他の関税に関する法律（第百八条の二第一項及び第百八条の三第一項において「関税法令」という。）に相当する締約国の法令を執行する当局をいう。）又は輸入申告がされた貨物の輸出者若しくは生産者（以下この号において「特恵受益国等の権限ある当局等」という。）に対し、当該貨物に関する情報の提供の要請をした場合（当該要請が前各項の規定により関税についての更正、決定又は賦課決定をすることができないこととなる日の六月前の日以後にされた場合を除くものとし、当該要請をした旨の前号の輸入者への通知が当該要請をした日から三月以内にされた場合に限る。）において、当該貨物の関税額の確定に関し、特恵受益国等の権限ある当局等から提供があつた情報に照らし非違があると認められること。
６
更正の請求をすることができる期限について第二条の二において準用する国税通則法第十条第二項（期間の計算及び期限の特例）の規定又は第二条の三（災害等による期限の延長）の規定の適用がある場合において、これらの規定により更正の請求をすることができることとされる期間にされた更正の請求に係る更正又は当該更正に伴つて行われることとなる過少申告加算税、無申告加算税若しくは重加算税についてする賦課決定は、第一項、第二項又は前二項の規定にかかわらず、当該更正の請求があつた日から六月を経過する日まで、することができる。
７
この条及び次条第一項において「法定納期限等」とは、当該関税（過少申告加算税、無申告加算税又は重加算税にあつては、その納付の起因となつた関税）を課される貨物を輸入する日（輸入の許可を受ける貨物については、当該許可の日）とする。
ただし、次の各号に掲げる関税については、当該各号に定める日又は期限とする。
一
特例申告貨物につき納付すべき関税
特例申告書の提出期限
二
第七十三条第一項（輸入の許可前における貨物の引取り）の規定により税関長の承認を受けて引き取られた貨物につき納付すべき関税
当該承認の日
三
第七十七条第六項（郵便物の関税の納付等）の規定により税関長の承認を受けて受け取られた郵便物につき納付すべき関税
当該承認の日
四
関税定率法第七条第三項（相殺関税）若しくは第八条第二項（不当廉売関税）の規定により課する関税又は同条第十六項の規定により変更され、若しくは継続される同条第一項の規定により課する関税
当該関税を課することができることとなつた日
五
この法律又は関税定率法その他関税に関する法律の規定により一定の事実が生じた場合に直ちに徴収するものとされている関税
当該事実が生じた日
（徴収権の消滅時効）
第十四条の二
関税の徴収を目的とする国の権利（以下この条において「関税の徴収権」という。）は、その関税の法定納期限等（前条第二項の規定による更正若しくは賦課決定、同条第三項の規定による賦課決定、同条第五項の規定による更正、決定若しくは賦課決定又は同条第六項の規定による更正若しくは賦課決定により納付すべきものについては、同条第二項に規定する更正、同条第三項に規定する賦課決定、同条第五項に規定する更正、決定若しくは賦課決定又は同条第六項に規定する更正があつた日とする。）から五年間行使しないことによつて、時効により消滅する。
２
国税通則法第七十二条第二項（国税の徴収権の消滅時効）及び第七十三条（第三項第四号を除く。）（時効の完成猶予及び更新）の規定は、関税の徴収権の時効について準用する。