運河法（大正二年法律第十六号）第一条（免許）の規定による運河の開設の免許
免許件数
一件につき十五万円
百二十七の二　港湾の技術基準対象施設に係る登録確認機関の登録
港湾法（昭和二十五年法律第二百十八号）第五十六条の二の二第三項（登録確認機関の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
百二十八　船舶の製造事業等に係る施設又は設備の新設等の許可
（注）造船法（昭和二十五年法律第百二十九号）第十三条（施設等の新設等の許可の特例）の規定により船舶の製造若しくは修繕に係る施設の新設、譲受け若しくは借受けの許可又は船舶の製造若しくは修繕に必要な設備の新設、増設若しくは拡張の許可を受けたものとみなされる場合における同法第十一条第一項（事業基盤強化計画の認定）の規定による事業基盤強化計画の認定又は同法第十二条第一項（事業基盤強化計画の変更等）の規定による事業基盤強化計画の変更の認定は、これらの許可とみなす。
（一）　造船法第二条第一項（施設の新設等の許可等）の規定による船舶の製造又は修繕に係る施設の新設、譲受け又は借受けの許可（当該許可を受けている者が当該許可に係る施設について受けるもの及び一時的な需要のために行う許可で財務省令で定めるものを除く。）
許可件数
一件につき十五万円
（二）　造船法第三条第一項（設備の新設等の許可等）の規定による船舶の製造又は修繕に必要な設備の新設、増設又は拡張の許可（当該設備に係る拡張の許可で政令で定めるもの及び一時的な需要のために行う許可で財務省令で定めるものを除く。）
許可件数
一件につき三万円
百二十九　小型船造船業者の登録
小型船造船業法（昭和四十一年法律第百十九号）第四条（登録）の規定による小型船造船業者の登録
登録件数
一件につき九万円
百三十　船舶等に係る製造工事若しくは改造修理工事、整備若しくは遠隔支援業務に係る事業場の認定又は船舶等に係る登録検定機関、登録検査確認機関、船級協会若しくは登録検査機関の登録
（注）海上運送法第三十九条の二十二（船舶安全法の特例）又は造船法第十四条（船舶安全法の特例）の規定により遠隔支援業務に係る事業場の認定を受けたものとみなされる場合における海上運送法第三十九条の二十第四項（特定船舶導入計画）の規定による特定船舶導入計画の認定若しくは同条第五項の規定による特定船舶導入計画の変更の認定又は造船法第十一条第一項（事業基盤強化計画の認定）の規定による事業基盤強化計画の認定若しくは同法第十二条第一項（事業基盤強化計画の変更等）の規定による事業基盤強化計画の変更の認定は、当該事業場の認定とみなす。
（一）　船舶安全法（昭和八年法律第十一号）第六条ノ二（事業場の認定）の製造工事又は改造修理工事に係る事業場の認定（財務省令で定めるものを除く。）
申請件数
一件につき九万円（既に（一）に掲げる認定を受けている者については、一万五千円）
（二）　船舶安全法第六条ノ三（事業場の認定）の整備に係る事業場の認定（財務省令で定めるものを除く。）
申請件数
一件につき九万円（既に（二）に掲げる認定を受けている者については、一万五千円）
（三）　船舶安全法第六条ノ四第一項（事業場の認定）の遠隔支援業務に係る事業場の認定（財務省令で定めるものを除く。）
申請件数
一件につき九万円（既に（三）に掲げる認定を受けている者については、一万五千円）
（四）　船舶安全法第六条ノ五第一項（登録検定機関の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（五）　船舶安全法第六条ノ六（登録検査確認機関の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（六）　船舶安全法第八条（船級協会の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（七）　船舶安全法第二十八条第五項（登録検査機関の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（八）　船舶安全法第二十九条ノ三第二項（証書の発給を行う船級協会の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
百三十一　海洋汚染等の防止に係る船舶の製造工事若しくは改造修理工事若しくは整備に係る事業場の認定、廃油処理事業の許可又は登録確認機関、船級協会若しくは登録検定機関の登録
（一）　海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（昭和四十五年法律第百三十六号）第十九条の四十九第一項（船舶安全法の準用）において準用する船舶安全法第六条ノ二（事業場の認定）の認定（財務省令で定めるものを除く。）
申請件数
一件につき九万円（既に（一）に掲げる認定を受けている者については、一万五千円）
（二）　海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律第十九条の四十九第一項において準用する船舶安全法第六条ノ三（事業場の認定）の認定（財務省令で定めるものを除く。）
申請件数
一件につき九万円（既に（二）に掲げる認定を受けている者については、一万五千円）
（三）　海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律第二十条第一項（事業の許可及び届出）の廃油処理事業の許可
許可件数
一件につき十五万円
（四）　海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律第九条の二第四項（登録確認機関の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（五）　海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律第十九条の十五第一項（船級協会の登録）の船級協会の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（六）　海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律第十九条の三十第一項（船級協会の登録）の船級協会の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（七）　海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律第十九条の四十六第一項（船級協会の登録）の船級協会の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（八）　海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律第十九条の四十九第一項において準用する船舶安全法第六条ノ五第一項（登録検定機関の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（九）　海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律第四十三条の九第一項（登録検定機関の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
百三十二　船舶保安規程の審査等に係る船級協会の登録
国際航海船舶及び国際港湾施設の保安の確保等に関する法律（平成十六年法律第三十一号）第二十条第一項（船級協会の登録）の船級協会の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
百三十二の二　有害物質一覧表の相当確認に係る相当確認船級協会の登録
船舶の再資源化解体の適正な実施に関する法律（平成三十年法律第六十一号）附則第六条第一項（相当確認船級協会の登録）の相当確認船級協会の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
百三十三　船舶運航事業の許可又は登録安全統括管理者講習機関若しくは登録運航管理者講習機関の登録
（注）流通業務総合効率化促進法第十二条第一項（海上運送法の特例）又は地域公共交通の活性化及び再生に関する法律第二十条（海上運送法の特例）、第二十七条の五第一項（海上運送法の特例）、第二十七条の十九（海上運送法の特例）若しくは第三十五条第一項（海上運送法の特例）の規定により一般旅客定期航路事業の許可を受けたものとみなされる場合における流通業務総合効率化促進法第四条第一項（総合効率化計画の認定）の規定による総合効率化計画の認定又は地域公共交通の活性化及び再生に関する法律第十九条第三項（海上運送高度化実施計画の認定）（同条第七項において準用する場合を含む。）の規定による海上運送高度化実施計画の認定、同法第二十七条の三第二項（地域旅客運送サービス継続実施計画の認定）（同条第七項において準用する場合を含む。）の規定による地域旅客運送サービス継続実施計画の認定、同法第二十七条の十五第二項（地域公共交通利便増進実施計画の認定）（同条第七項において準用する場合を含む。）の規定による地域公共交通利便増進実施計画の認定若しくは同法第三十条第三項（新地域旅客運送事業計画の認定）の規定による新地域旅客運送事業計画の認定は、当該許可とみなす。
（一）　海上運送法第三条第一項（一般旅客定期航路事業の許可）の一般旅客定期航路事業の許可（離島航路整備法（昭和二十七年法律第二百二十六号）第二条第二項（定義）に規定する離島航路事業に係る許可その他政令で定める許可を除く。）
許可件数
一件につき九万円
（二）　海上運送法第十九条の三第一項（特定旅客定期航路事業の許可）の特定旅客定期航路事業の許可（（一）の離島航路事業に係る許可その他政令で定める許可を除く。）
許可件数
一件につき九万円
（三）　海上運送法第二十一条第一項（旅客不定期航路事業の許可）の旅客不定期航路事業の許可（更新の許可を除く。）
許可件数
一件につき九万円
（四）　海上運送法第三十二条の二十六（登録安全統括管理者講習機関の登録）の登録安全統括管理者講習機関の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（五）　海上運送法第三十二条の四十第一項（登録運航管理者講習機関の登録）の登録運航管理者講習機関の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
百三十四　港湾運送事業の許可
港湾運送事業法（昭和二十六年法律第百六十一号）第四条（許可）の規定による港湾運送事業の許可
（一）　一般港湾運送事業の許可
許可件数
一件につき九万円
（二）　港湾荷役事業の許可
許可件数
一件につき六万円
（三）　はしけ運送事業の許可又はいかだ運送事業の許可
許可件数
一件につき三万円
（四）　検数事業の許可、鑑定事業の許可又は検量事業の許可
許可件数
一件につき三万円
百三十五　内航海運業の登録