（再建整備を行なう協同組合の留保所得の非課税に関する経過措置）
第五十九条
昭和四十八年改正措置法による改正前の租税特別措置法第五十九条第一項及び第三項の規定は、沖縄法人である農業協同組合又は漁業協同組合のうち、施行日以後に終了する各事業年度の開始の日において農漁業協同組合整備法（千九百五十八年立法第七十七号）に基づく整備を行なつている出資組合である整備組合（沖縄の復帰に伴う農林水産省関係法令の適用の特別措置等に関する政令（昭和四十七年政令第百五十八号）第七条第一項（同令第七十五条において準用する場合を含む。）に規定する整備組合をいう。）に該当するものが、施行日以後最初に終了する事業年度から同立法第六条に規定する条件を満たした日の属する事業年度までの各事業年度において、その所得の全部又は一部を留保する場合について準用する。
２
法人の前項の規定の適用を受ける事業年度については、租税特別措置法第六十一条の規定は、適用しない。
（資産の譲渡に係る課税の特例に関する経過措置）
第六十条
沖縄法人で、昭和四十七年一月一日から施行日の前日までの間にした資産の譲渡（以下この条において「復帰前の譲渡」という。）に係る法人税につき沖縄租税特別措置法第二十八条の五の規定の適用を受けたものが、施行日から同年十二月三十一日までの間にする資産の譲渡につき租税特別措置法第六十五条の二第一項、第二項若しくは第七項、第六十五条の三第一項又は第六十五条の四第一項の規定の適用を受け、これらの規定により損金の額に算入した、又は損金の額に算入する金額の合計額が千二百万円から当該復帰前の譲渡につき沖縄租税特別措置法第二十八条の五の規定により損金の額に算入した金額を控除した金額をこえるときは、これらの規定にかかわらず、そのこえる部分の金額は、各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。
２
沖縄法人が、施行日から昭和四十八年十二月三十一日までの間に、沖縄県の区域内にある資産について沖縄租税特別措置法第二十九条から第三十一条までの規定に該当する譲渡（租税特別措置法第六十五条の六第十項第一号イ及びロに掲げる譲渡を除く。）をした場合において、当該譲渡の日の属する事業年度において当該譲渡をした資産のいずれについても同法第六十五条の六から第六十五条の八までの規定の適用を受けないときは、当該資産の譲渡に係る法人税については、沖縄租税特別措置法第二十九条から第三十一条までの規定（これらの規定に基づく規則の規定を含む。）をなお効力を有するものとして適用する。
３
前項の規定の適用を受けようとする場合には、租税特別措置法第二条第二項第十一号に規定する確定申告書等にその旨を記載しなければならない。
（現物出資の場合の課税の特例に関する経過措置）
第六十一条
租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和五十七年法律第八号）附則第十八条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法第六十六条の三の規定は、沖縄法人（清算中の沖縄法人を除く。以下この条において同じ。）で青色申告書を提出するもののうち次の各号に掲げるものが、当該各号に規定する承認を受けて、当該承認の日から一年以内に当該承認に係る固定資産の出資により株式（出資を含む。）を取得する場合について準用する。
一
中小企業近代化促進法第三条第一項に規定する指定業種に属する事業を営む沖縄法人のうち、同法第二条に規定する中小企業者に該当するもので施行日以後二十五年を経過する日までに同法第八条第一項又は第四項の規定による承認を受けたもの
二
中小企業近代化促進法第四条第一項に規定する特定業種に属する事業を営む沖縄法人で、施行日以後二十五年を経過する日までに同項の中小企業構造改善計画（同項に規定する生産又は経営の規模又は方式の適正化に関する事業について当該計画が定められているものに限る。）に係る同項又は同条第二項の承認を受けた同条第一項に規定する商工組合等（以下この号において「商工組合等」という。）の構成員（当該商工組合等が二以上の商工組合等を会員とする法人である場合には、当該法人を直接又は間接に構成する会員の構成員）であるもののうち、同法第二条に規定する中小企業者に該当するもので当該承認のあつた日から五年以内（施行日から平成九年五月十四日までの間に限る。）に同法第八条第二項、第三項又はこれらの規定及び同条第四項の規定による承認を受けたもの（前号に掲げる法人に該当するものを除く。）
（沖縄のたばこ製造廃止業者等に対する交付金等に関する経過措置）
第六十二条
沖縄のたばこ製造廃止業者等に対する特別の交付金の交付に関する政令第二条に規定するたばこ製造廃止業者が交付を受ける同条の交付金のうち同条に規定する固定資産の減価をうめるための費用に対応する部分の金額については、当該交付金を租税特別措置法第六十七条の四第一項に規定する減価補てん金とし、当該たばこ製造廃止業者等が交付を受ける同令第二条の交付金のうち同条に規定する転廃業を助成するための費用に対応する部分の金額、同令第七条第一項に規定する塩製造等廃止業者が交付を受ける同項の交付金の金額（退職金を支払うための費用に対応する部分の金額を除く。）又は第百三十二条第一項に規定する指定廃止業者が支給を受ける同項の転業給付金の金額については、これらの交付金又は転業給付金を同法第六十七条の四第二項に規定する転廃業助成金として、同条の規定を適用する。
（沖縄の漁業協同組合連合会に対する補助金の課税の特例）
第六十三条
沖縄法人である漁業協同組合連合会で水産業協同組合法（昭和二十三年法律第二百四十二号）第八十七条第一項第一号又は第二号の事業を行なうものが、施行日から昭和四十九年三月三十一日までの間に、国から沿岸漁業等（沿岸漁業等振興法（昭和三十八年法律第百六十五号）第二条第二項に規定する沿岸漁業等をいう。）を営む者又はこれらの者の組織する団体に対して行なう資金の貸付け（能率的な漁業技術の導入に必要な資金、合理的な生活方式の導入に必要な資金その他当該沿岸漁業等の振興に必要な資金の貸付けに限る。）に必要な資金の財源に充てるための補助金の交付を受けた場合において、その交付を受けた事業年度において、当該補助金の金額以下の金額を特別勘定として経理したときは、その経理した金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
２
前項の規定の適用を受けた沖縄法人が、次の各号に掲げる場合に該当することとなつた場合には、当該各号に掲げる金額は、その該当することとなつた日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
一
前項の補助金に係る貸付金について貸倒れが生じた場合
当該貸倒れによる損失の額（当該損失の額が同項の特別勘定として経理をした金額（既に益金の額に算入された、又は益金の額に算入されるべき金額がある場合には、これらの金額を控除した金額。以下この項において「特別勘定残額」という。）をこえる場合には、当該特別勘定残額）
二
解散した場合
当該解散の日における特別勘定残額
三
特別勘定残額を前二号の場合以外の場合に取りくずした場合
当該取りくずした金額
（沖縄県の区域内にある土地の位置境界の明確化等に伴う資産の譲渡に係る課税の特例）
第六十三条の二
沖縄県の区域内における位置境界不明地域内の各筆の土地の位置境界の明確化等に関する特別措置法（以下この項において「明確化法」という。）第二条第一項に規定する位置境界不明地域内の各筆の土地で明確化法第十二条第四項の書面によりその位置境界が明らかとなつたもの又は当該明らかとなつた土地の上に存する権利若しくは建物（その附属設備を含む。）若しくは構築物（以下この条において「位置境界明確化資産」という。）を有する法人（清算中の法人を除く。次条第一項において同じ。）が、当該書面により当該土地の位置境界が明らかとなつた日から当該土地につき明確化法第十四条の規定により作成された地図及び簿冊について国土調査法第十九条第五項の規定による指定があつた日の属する年の翌年の十二月三十一日までの間に、明確化法第二十条に規定する買取りの申出又は明確化法第二十一条に規定するあつせんにより当該位置境界明確化資産（法人税法第二条第二十号に規定する棚卸資産を除く。）の譲渡（法人税法施行令第百三十八条第一項の規定に該当する行為を含むものとし、法人税法第五十条の規定又は租税特別措置法第六十四条から第六十五条の五まで、第六十五条の七から第六十五条の九までの規定の適用を受けるものを除く。以下この条において同じ。）をしたときは、当該譲渡は、同法第六十五条の二第一項に規定する収用換地等による譲渡に該当するものとみなして、同条の規定（同条第二項から第八項までの規定を除く。）を適用する。
２
前項の規定は、確定申告書等（租税特別措置法第二条第二項第二十八号に規定する確定申告書等をいう。次条において同じ。）に、前項の規定の適用を受けようとする旨の記載があり、かつ、当該譲渡をした資産が位置境界明確化資産に該当する旨その他の事項を証する財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。
（特定駐留軍用地等を譲渡した場合の所得の特別控除）
第六十三条の三