前二項の規定を適用する場合において、通算法人の対象事業年度の税額控除不足額相当額又は税額控除超過額相当額が当初申告税額控除不足額相当額又は当初申告税額控除超過額相当額（それぞれ当該対象事業年度の第一項の規定による申告書（法人税法第七十一条第一項（同法第七十二条第一項の規定が適用される場合に限る。）又は第七十四条第一項の規定により法人税に係る申告書を提出する義務がある法人が、第一項の規定による申告書の提出期限までに提出したものに限る。）に添付された書類に当該対象事業年度の税額控除不足額相当額又は税額控除超過額相当額として記載された金額をいう。以下この項から第四十六項までにおいて同じ。）と異なるときは、当初申告税額控除不足額相当額又は当初申告税額控除超過額相当額を当該対象事業年度の税額控除不足額相当額又は税額控除超過額相当額とみなす。
４５
前項の通算法人の対象事業年度について、次に掲げる場合のいずれかに該当する場合には、当該対象事業年度については、同項の規定は、適用しない。
一
対象事業年度において第四十二項の規定により法人税割額から控除した税額控除不足額相当額又は第四十三項の規定により法人税割額に加算した税額控除超過額相当額に係る過去適用事業年度について第四十項の規定の適用がある場合
二
法人税法第六十九条第二十一項（第一号及び第三号に係る部分に限る。）の規定の適用がある場合（同項第一号及び第三号に掲げる場合における税額控除不足額相当額又は税額控除超過額相当額が当初申告税額控除不足額相当額又は当初申告税額控除超過額相当額と異なる場合に限る。）
三
地方法人税法第十二条第十一項（第一号及び第三号に係る部分に限る。）の規定の適用がある場合（同項第一号及び第三号に掲げる場合における税額控除不足額相当額又は税額控除超過額相当額が当初申告税額控除不足額相当額又は当初申告税額控除超過額相当額と異なる場合に限る。）
４６
対象事業年度について前項の規定を適用して第三十四項に規定する申告書の提出又は第三百二十一条の十一第一項若しくは第三項の規定による更正がされた後における前二項の規定の適用については、前項の規定にかかわらず、当該申告書に添付された書類に当該対象事業年度の税額控除不足額相当額若しくは税額控除超過額相当額として記載された金額又は当該更正に係る当該対象事業年度の税額控除不足額相当額若しくは税額控除超過額相当額とされた金額を当初申告税額控除不足額相当額又は当初申告税額控除超過額相当額とみなす。
４７
第四十二項及び第四十三項の規定は、通算法人（通算法人であつた内国法人を含む。以下この項及び次項において同じ。）が合併により解散した場合又は通算法人の残余財産が確定した場合について準用する。
この場合において、次の表の上欄に掲げる規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
第四十二項
の各事業年度（以下この項から第四十六項までにおいて「対象事業年度」という。）において、過去適用事業年度（当該対象事業年度
が合併により解散した場合又は通算法人の残余財産が確定した場合において、その合併の日以後又はその残余財産の確定の日の翌日以後に、過去適用事業年度（最終事業年度（その合併の日の前日又はその残余財産の確定の日の属する事業年度をいう。以下この項及び次項において同じ。）
税額控除額（当該対象事業年度
税額控除額（当該最終事業年度
超える場合には
超えるときは
を当該対象事業年度
を当該最終事業年度
第四十三項
の対象事業年度において
が合併により解散した場合又は通算法人の残余財産が確定した場合において、その合併の日以後又はその残余財産の確定の日の翌日以後に
場合には、当該対象事業年度
ときは、最終事業年度
４８
第四十二項及び第四十三項の規定は、通算法人が公益法人等に該当することとなつた場合について準用する。
この場合において、次の表の上欄に掲げる規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
第四十二項
の各事業年度（以下この項から第四十六項までにおいて「対象事業年度」という。）において、過去適用事業年度（当該対象事業年度
が公益法人等に該当することとなつた場合において、その該当することとなつた日以後に、過去適用事業年度（最終事業年度（その該当することとなつた日の前日の属する事業年度をいう。以下この項及び次項において同じ。）
税額控除額（当該対象事業年度
税額控除額（当該最終事業年度
超える場合には
超えるときは
を当該対象事業年度
を当該最終事業年度
第四十三項
の対象事業年度において
が第二百九十四条第七項に規定する公益法人等に該当することとなつた場合において、その該当することとなつた日以後に
場合には、当該対象事業年度
ときは、最終事業年度
４９
法人税法第七十四条第一項の規定により法人税に係る申告書を提出する義務がある法人の各事業年度の開始の日前に開始した事業年度（当該各事業年度の終了の日以前に行われた当該法人を合併法人とする適格合併に係る被合併法人の当該適格合併の日前に開始した事業年度を含む。）の法人税割につき市町村長が法人税に関する法律の規定により更正された法人税額に基づいて第三百二十一条の十一第一項又は第三項の規定により更正をした場合において、当該更正につき第五十四項の規定の適用があつたときは、当該更正に係る同項に規定する仮装経理法人税割額（既に第五十五項又は第五十八項の規定により還付すべきこととなつた金額及びこの項の規定により控除された金額を除く。）は、当該各事業年度（当該更正の日（当該更正が当該各事業年度の終了の日前に行われた当該法人を合併法人とする適格合併に係る被合併法人の当該合併の日前に開始した事業年度の法人税割につき当該適格合併の日前にしたものである場合には、当該適格合併の日）以後に終了する事業年度に限る。）の法人税割額から控除するものとする。
５０
市町村は、当該市町村内に事務所又は事業所を有する法人について、租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律第七条第一項に規定する合意に基づき国税通則法第二十四条又は第二十六条の規定による更正が行われた場合において、当該更正に係る法人税額に基づいて市町村長が第三百二十一条の十一第一項又は第三項の規定による更正をしたことに伴い、第十七条又は第三百二十一条の十一第五項の規定により還付することとなる金額（以下この項及び次項において「租税条約の実施に係る還付すべき金額」という。）が生ずるときは、当該更正があつた日が当該更正に係る更正の請求があつた日の翌日から起算して三月を経過した日以後である場合を除き、第十七条、第十七条の二、第十七条の四及び第三百二十一条の十一第五項の規定にかかわらず、租税条約の実施に係る還付すべき金額を当該更正の日の属する事業年度開始の日から一年以内に開始する各事業年度（当該更正の日後に当該法人が適格合併により解散をした場合の当該適格合併に係る合併法人の当該合併の日以後に終了する各事業年度を含む。）の法人税割額（法人税法第七十四条第一項又は第百四十四条の六第一項の規定により申告書を提出すべき事業年度に係る法人税額を課税標準として算定した法人税割額（その法人税額の課税標準の算定期間中において既に納付すべきことが確定している法人税割額がある場合には、これを控除した額）に限る。）から順次控除するものとする。
５１
前項に規定する国税通則法第二十四条又は第二十六条の規定による更正に伴い当該更正に係る事業年度後の各事業年度の法人税額を減少させる更正があつた場合において、その更正に係る法人税額に基づいて市町村長が第三百二十一条の十一第一項又は第三項の規定による更正をしたことに伴い、第十七条又は第三百二十一条の十一第五項の規定により還付することとなる金額が生ずるときは、当該金額は、租税条約の実施に係る還付すべき金額とみなして、前項の規定を適用する。
５２
前二項の規定は、第五十項の法人が適格合併により解散をした後に、当該法人に係る同項に規定する第三百二十一条の十一第一項若しくは第三項の規定による更正又は前項に規定する第三百二十一条の十一第一項若しくは第三項の規定による更正があつた場合について準用する。
この場合において、第五十項中「当該更正の日の」とあるのは「当該法人を被合併法人とする適格合併に係る合併法人の当該更正の日の」と、「当該法人が」とあるのは「当該合併法人が当該合併法人を被合併法人とする」と読み替えるものとする。
５３
第三十六項から第三十八項まで、第四十二項（第四十七項及び第四十八項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）、第四十九項及び第五十項（第五十一項（前項において準用する場合を含む。）の規定によりみなして適用する場合及び前項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定による法人税割額からの控除については、まず第三十六項及び第三十七項の規定による控除をし、次に第三十八項及び第四十二項の規定による控除、第四十九項の規定による控除並びに第五十項の規定による控除の順序に控除をするものとする。
５４