第二項及び第三項に規定する累積納付税額とは、第一項第二号の修正申告又は更正前にされたその関税についての次に掲げる納付すべき税額の合計額（当該関税について、当該納付すべき税額を減少させる更正又は更正に係る不服申立て若しくは訴えについての決定、裁決若しくは判決による原処分の異動があつたときはこれらにより減少した部分の税額に相当する金額を控除した金額とし、第五項において準用する前条第四項の規定の適用があつたときは同項の規定により控除すべきであつた金額を控除した金額とする。）をいう。
一
期限後特例申告書の提出又は第七条の十六第二項の規定による決定に基づき第九条第二項の規定により納付すべき税額
二
修正申告又は更正に基づき第九条第二項の規定により納付すべき税額
（重加算税）
第十二条の四
第十二条の二第一項（過少申告加算税）の規定に該当する場合（修正申告が、その申告に係る関税についての調査があつたことにより当該関税について更正があるべきことを予知してされたものでない場合を除く。）において、納税義務者がその関税の課税標準等（第七条第二項（申告）に規定する輸入申告書に記載すべき事項又は第七条の二第一項（申告の特例）に規定する特例申告書に記載すべき事項をいう。以下この条において同じ。）又は納付すべき税額の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠蔽し、又は仮装し、かつ、その隠蔽し、又は仮装したところに基づき納税申告又は更正の請求をしていたときは、当該納税義務者に対し、政令で定めるところにより、過少申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額（その税額の計算の基礎となるべき事実で隠蔽し、又は仮装されていないものに基づくことが明らかであるものがあるときは、当該隠蔽し、又は仮装されていない事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除した税額）に係る過少申告加算税に代え、当該基礎となるべき税額に百分の三十五の割合を乗じて計算した金額に相当する重加算税を課する。
２
前条第一項の規定に該当する場合（同項ただし書若しくは同条第七項の規定の適用がある場合又は期限後特例申告書の提出若しくは同条第一項第二号の修正申告が、その申告に係る関税についての調査があつたことにより当該関税について更正決定があるべきことを予知してされたものでない場合を除く。）において、納税義務者がその関税の課税標準等又は納付すべき税額の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠蔽し、又は仮装し、かつ、その隠蔽し、又は仮装したところに基づき同項各号のいずれかに該当することとなつたとき又は更正の請求をしていたときは、当該納税義務者に対し、政令で定めるところにより、無申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額（その税額の計算の基礎となるべき事実で隠蔽し、又は仮装されていないものに基づくことが明らかであるものがあるときは、当該隠蔽し、又は仮装されていない事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除した税額）に係る無申告加算税に代え、当該基礎となるべき税額に百分の四十の割合を乗じて計算した金額に相当する重加算税を課する。
３
第九十四条の二第三項（関税関係帳簿書類の電磁的記録による保存等）（第七条の九第二項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）に規定する関税関係書類（第九十四条第一項本文（帳簿の備付け等）の規定により保存をしなければならないこととされている書類をいう。以下この項において同じ。）若しくは特例輸入関税関係書類に係る電磁的記録であつて保存義務者が第九十四条の二第三項前段の規定により当該関税関係書類若しくは当該特例輸入関税関係書類の保存に代えて保存を行い、若しくは同項後段の規定により保存を行つているもの又は第九十四条の五（電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存）（第七条の九第二項において準用する場合を含む。）の保存義務者により行われた電子取引の取引情報に係る電磁的記録に記録された事項に関し期限後特例申告書の提出若しくは修正申告又は更正決定があつた場合において、前二項の規定に該当するときは、前二項の重加算税の額は、前二項の規定にかかわらず、前二項の規定により計算した金額に、前二項の規定に規定する基礎となるべき税額（その税額の計算の基礎となるべき事実でその期限後特例申告書の提出若しくは修正申告又は更正決定の起因となるこれらの電磁的記録に記録された事項に係るもの（隠蔽し、又は仮装された事実に係るものに限る。）以外のもの（以下この項において「電磁的記録に記録された事項に係るもの以外の事実」という。）があるときは、当該電磁的記録に記録された事項に係るもの以外の事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除した税額）に百分の十の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とする。
４
第一項又は第二項の規定に該当する場合において、次の各号のいずれか（第一項の規定に該当する場合にあつては、第一号）に該当するときは、第一項又は第二項の重加算税の額は、前三項の規定にかかわらず、前三項の規定により計算した金額に、第一項又は第二項に規定する基礎となるべき税額に百分の十の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とする。
一
第一項又は第二項に規定する税額の計算の基礎となるべき事実で隠蔽し、又は仮装されたものに基づき期限後特例申告書の提出若しくは修正申告又は更正決定があつた日の前日から起算して五年前の日までの間に、関税について、無申告加算税等を課されたことがあるとき。
二
その期限後特例申告書の提出若しくは前条第一項第二号の修正申告又は更正決定に係る関税に係る貨物の輸入の日（特例申告貨物については、その輸入の許可の日）の属する年の前年及び前々年に輸入された貨物（特例申告の場合にあつては、輸入が許可された貨物）に係る関税について、特定無申告加算税等を課されたことがあり、又は特定無申告加算税等に係る賦課決定をすべきと認めるとき。
５
第十二条第三項及び第四項（延滞税）の規定は、重加算税について準用する。
この場合において、同条第三項中「関税額」とあるのは「税額」と、「第一項」とあるのは「第十二条の四第一項及び第二項」と、同条第四項中「千円」とあるのは「五千円」と読み替えるものとする。
第五節　その他
（還付及び充当）
第十三条
税関長は、関税（滞納処分費を含む。以下この条において同じ。）に過誤納金があるときは、遅滞なく、金銭で還付しなければならない。
２
前項の過誤納金を還付し、又は第七項の規定により還付すべき金額を充当する場合には、次の各号に掲げる区分に応じ、当該各号に定める日の翌日から還付のため支払決定をする日又は充当をする日までの期間の日数に応じ、その金額に年七・三パーセントの割合を乗じて計算した金額（以下この条並びに附則第五項及び第六項において「還付加算金」という。）をその還付し、又は充当すべき金額に加算する。
一
更正若しくは第七条の十六第二項（更正及び決定）の規定による決定又は賦課決定により納付すべき税額が確定した関税（当該関税に係る延滞税を含む。）に係る過納金（次号に掲げるものを除く。）
当該過納金に係る関税の納付があつた日（その日が当該関税（過少申告加算税又は前条第一項、第三項若しくは第四項（同条第一項の重加算税に係る部分に限る。）の重加算税にあつては、その納付の起因となつた関税）の第十二条第九項（延滞税）に規定する法定納期限前である場合には、当該法定納期限）
二
更正の請求に基づく更正（当該請求に対する処分に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含む。）により納付すべき税額が減少した関税（当該関税に係る延滞税を含む。）に係る過納金
その更正の請求があつた日の翌日から起算して三月を経過する日と当該更正があつた日の翌日から起算して一月を経過する日とのいずれか早い日
三
前二号に掲げる過納金以外の関税に係る過誤納金
その過誤納となつた日として政令で定める日の翌日から起算して一月を経過する日
３
前項の場合において、次の各号のいずれかに該当するときは、当該各号に定める期間を同項に規定する期間から控除しなければならない。
一
過誤納金の返還請求権につき民事執行法（昭和五十四年法律第四号）の規定による差押命令又は差押処分が発せられたとき
その差押命令又は差押処分の送達を受けた日の翌日から七日を経過した日までの期間
二
過誤納金の返還請求権につき仮差押えがされたとき
その仮差押えがされている期間
４
第二項の規定は、還付加算金の計算の基礎となる過誤納金の額が一万円未満である場合においては適用せず、当該過誤納金の額に一万円未満の端数がある場合においては、その端数を切り捨てる。
５
前三項の規定により計算した還付加算金の額が千円未満である場合においては、還付加算金は加算せず、還付加算金の額に百円未満の端数がある場合においては、その端数を切り捨てる。
６
二回以上に分けて納付した関税について過誤納を生じた場合における第二項の規定の適用については、過誤納金の額に相当する関税は、最後の納付の日に納付があつたものとし、当該過誤納金の額がその日の納付額を超える場合においては、過誤納金の額に達するまで順次に遡つてそれぞれの納付の日にその納付があつたものとする。
７
税関長は、第一項の過誤納金を還付すべき場合において、その還付を受けるべき者につき納付すべきこととなつた関税があるときは、政令で定めるところにより、その還付すべき金額をその関税に充当する。
（過大な払いもどし等に係る関税額の徴収）
第十三条の二