法第二十八条第三項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、第一号に掲げる金額から第二号に掲げる金額を控除した残額とする。
一
法第二十八条第一項又は第二項に規定する地方法人税中間申告書に係る中間納付額について納付された延滞税の額の合計額（当該延滞税のうちに既に法第二十二条の二第二項又は第二十八条第三項の規定により還付されるべきこととなったものがある場合には、その還付されるべきこととなった延滞税の額を除く。）
二
当該中間納付額（法第二十二条の二第一項又は第二十八条第一項若しくは第二項の規定による還付金をもって充当をされる部分の金額を除く。）のうち次に定める順序により当該還付の基因となる決定（国税通則法第二十五条の規定による決定をいう。）又は更正等（同項に規定する更正等をいう。）に係る法第十九条第一項第二号に掲げる金額（第四項において準用する第十一条第一項第一号の充当をされる地方法人税がある場合には、当該地方法人税の額を加算した金額）に達するまで順次求めた各中間納付額につき国税に関する法律の規定により計算される延滞税の額の合計額
イ
当該中間納付額のうち確定の日を異にするものについては、その確定の日の早いものを先順位とする。
ロ
確定の日を同じくする中間納付額のうち納付の日を異にするものについては、その納付の日の早いものを先順位とする。
２
法第二十八条第四項第二号イ（２）に規定する政令で定める理由は、国税通則法第五十八条第五項に規定する政令で定める理由とする。
３
法第二十八条第一項又は第二項の規定による還付金について還付加算金の額を計算する場合には、これらの規定に規定する地方法人税中間申告書に係る中間納付額（既に法第二十二条の二第三項の還付加算金の額の計算の基礎とされた部分の金額があり、又は法第二十八条第一項若しくは第二項の規定による還付金をもって充当をされる部分の金額がある場合には、これらの金額を除く。以下この項において同じ。）のうち次に定める順序により当該還付金の額（当該還付金をもって次項において準用する第十一条第一項第一号又は第二号の充当をする場合には、当該充当をする還付金の額を控除した金額）に達するまで順次遡って求めた各中間納付額を法第二十八条第四項に規定する還付すべき中間納付額として、同項の規定を適用する。
一
当該中間納付額のうち確定の日を異にするものについては、その確定の日の遅いものを先順位とする。
二
確定の日を同じくする中間納付額のうち納付の日を異にするものについては、その納付の日の遅いものを先順位とする。
４
第十一条の規定は、法第二十八条第一項から第三項までの規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）を未納の国税及び滞納処分費に充当する場合について準用する。
（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う還付特例対象地方法人税額等の範囲）
第十六条
法第二十九条第一項に規定する政令で定める金額は、当該課税事業年度の法第六条第一項第一号に定める基準法人税額に対する地方法人税の額のうち内国法人が提出した地方法人税確定申告書に記載された法第十九条第一項第二号に掲げる金額として納付されたものとする。
２
法第二十九条第四項第三号に規定する政令で定める事実は、次に掲げる事実とする。
一
特別清算開始の決定があったこと。
二
法人税法施行令第二十四条の二第一項に規定する事実
三
法令の規定による整理手続によらない負債の整理に関する計画の決定又は契約の締結で、第三者が関与する協議によるものとして財務省令で定めるものがあったこと（前号に掲げるものを除く。）。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成二十六年十月一日から施行する。
（旧規定の適用がある場合における地方法人税の個別帰属額の計算等の特例）
第二条
次の各号に掲げる規定の適用がある場合における法第十五条第一項に規定する加算調整額は、当該加算調整額に当該各号に掲げる規定に規定する加算した金額のうち同項の連結親法人又は各連結子法人に帰せられる金額の百分の十・三に相当する金額を加算した金額とする。
一
所得税法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第六号。以下この条において「平成十九年改正法」という。）附則第百十三条、第百十四条第六項、第百十五条又は第百十六条の規定（以下この号において「改正法附則規定」という。）によりなお従前の例によることとされる場合における平成十九年改正法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の十一第六項、第六十八条の十二第六項、第六十八条の十四第六項又は第六十八条の十五第六項の規定（以下この号において「旧連結規定」という。）及び旧連結賃借資産税額控除規定（改正法附則規定に類する規定によりなお従前の例によることとされる場合における旧連結規定に類する賃借した資産を事業の用に供しなくなった場合の法人税額に関する規定をいう。）
二
経済社会の構造の変化に対応した税制の構築を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十四号。以下この条において「平成二十三年改正法」という。）附則第七十五条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における平成二十三年改正法第十九条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の十二第七項の規定
２
次の各号に掲げる規定の適用がある場合における法第十六条第一項第一号に規定する地方法人税額は、当該地方法人税額から当該各号に掲げる規定により加算された金額の百分の十・三に相当する金額を控除した金額とする。
一
平成十九年改正法附則第八十九条、第九十条第六項、第九十一条又は第九十二条の規定（以下この号において「改正法附則規定」という。）によりなお従前の例によることとされる場合における平成十九年改正法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の六第六項、第四十二条の七第六項、第四十二条の十第六項又は第四十二条の十一第六項の規定（以下この号において「旧単体規定」という。）及び旧単体賃借資産税額控除規定（改正法附則規定に類する規定によりなお従前の例によることとされる場合における旧単体規定に類する賃借した資産を事業の用に供しなくなった場合の法人税額に関する規定をいう。）
二
平成二十三年改正法附則第五十八条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における平成二十三年改正法第十九条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の七第七項の規定
三
前項各号に掲げる規定
３
前項各号に掲げる規定の適用がある場合における法第二十三条第一項に規定する基準法人税額に対する地方法人税の額は、当該基準法人税額に対する地方法人税の額から当該各号に掲げる規定により加算された金額の百分の十・三に相当する金額を控除した金額とする。
４
第二項各号に掲げる規定の適用がある場合における法第二十九条第二項に規定する所得基準法人税額に対する地方法人税の額は、当該所得基準法人税額に対する地方法人税の額から当該各号に掲げる規定により加算された金額の百分の十・三に相当する金額を控除した金額とする。
５
第二項第一号又は第二号に掲げる規定の適用がある場合における第三条第一項に規定する地方法人税の額は、当該地方法人税の額から第二項第一号又は第二号に掲げる規定により加算された金額の百分の十・三に相当する金額を控除した金額とする。
６
第二項第一号に掲げる規定の適用がある場合における第三条第二項に規定する地方法人税の額は、当該地方法人税の額から同号に掲げる規定により加算された金額の百分の十・三に相当する金額を控除した金額とする。
附　則
（施行期日）
１
この政令は、平成二十七年四月一日から施行する。
ただし、第一条の改正規定、第三条第一項の改正規定（「第三項において「平成二十二年改正法」を「第五項において「平成二十二年改正法」に、「第三項において「平成二十三年改正法」を「第五項において「平成二十三年改正法」に改める部分、「第三項において「平成二十四年改正法」を「第五項において「平成二十四年改正法」に改める部分及び「第八項」を「第五項」に改める部分に限る。）、同条第三項の改正規定（「第十二条第三項」を「第十二条第四項」に改める部分及び「第六項」を「第五項」に改める部分に限る。）、同項を同条第五項とし、同条第二項の次に二項を加える改正規定、第八条の改正規定及び附則第二条の改正規定（同条第三項に係る部分を除く。）は、平成二十八年四月一日から施行する。
（経過措置）
２
この政令の施行の日から平成二十八年三月三十一日までの間における改正後の地方法人税法施行令第三条第一項の規定の適用については、同項中「及び第五項」とあるのは、「及び第三項」とする。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成二十八年四月一日から施行する。
ただし、附則第二条第一項の改正規定（「百分の四・四」を「百分の十・三」に改める部分に限る。）、同条第二項の改正規定（「百分の四・四」を「百分の十・三」に改める部分に限る。）、同条第三項及び第四項の改正規定、同条第五項の改正規定（「百分の四・四」を「百分の十・三」に改める部分に限る。）、同条第六項の改正規定並びに同条第七項の改正規定（「百分の四・四」を「百分の十・三」に改める部分に限る。）並びに次条及び附則第三条の規定は、令和元年十月一日から施行する。
（旧規定の適用がある場合における地方法人税の個別帰属額の計算等の特例に関する経過措置）
第二条