市町村の境界変更又は廃置分合があつたため一の法人の事務所又は事業所が新市町村の区域にも所在することとなつた場合において、当該境界変更又は廃置分合があつた日前に納付された、又は納付されるべき当該法人の市町村民税の中間納付額が市町村民税の確定額を超えることとなる旧市町村があるときは、当該旧市町村が、その超えることとなる額を還付し、又は未納に係る地方団体の徴収金に充当する場合における第一項において準用する第九条の三及び第九条の五の規定の当該旧市町村に対する適用については、旧市町村及び新市町村に申告納付すべき市町村民税の確定額の合算額を当該法人が旧市町村に申告納付したものとみなす。
（法第三百二十一条の八第三十六項の控除対象所得税額等相当額の控除）
第四十八条の十二の二
二以上の市町村において事務所又は事業所を有する法人の法第三百二十一条の八第三十六項の規定により関係市町村ごとの法人税割額から控除すべき控除対象所得税額等相当額（同項に規定する控除対象所得税額等相当額をいう。以下この項において同じ。）は、当該法人に係る同条第三十六項の規定により控除することができる控除対象所得税額等相当額を当該法人の当該控除をしようとする事業年度に係る関係市町村ごとの法第三百二十一条の十三第二項に規定する従業者の数（当該事業年度の第九条の七第七項に規定する市町村民税の控除限度額の計算について第四十八条の十三第七項ただし書の規定による法人にあつては、当該従業者の数に当該関係市町村が課する当該事業年度分の法人税割の税率に相当する割合として総務省令で定める割合を乗じて得た数を百分の六で除して得た数）に按分して計算した額とする。
２
法第三百二十一条の八第三十六項及び前項の規定は、同条第一項、第三十四項若しくは第三十五項の規定による申告書又は法第二十条の九の三第三項の規定による更正請求書（二以上の市町村において事務所又は事業所を有する法人に係るものにあつては、当該法人の主たる事務所又は事業所の所在地の市町村長に提出すべき当該申告書又は更正請求書）に、法第三百二十一条の八第三十六項の規定による控除の対象となる租税特別措置法第六十六条の七第四項に規定する所得税等の額（以下この項において「所得税等の額」という。）、控除を受ける金額及び当該金額の計算に関する明細を記載した総務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。
この場合において、法第三百二十一条の八第三十六項の規定により控除される金額の計算の基礎となる所得税等の額は、当該書類に当該所得税等の額として記載された金額を限度とする。
（法第三百二十一条の八第三十七項の控除対象所得税額等相当額の控除）
第四十八条の十二の三
二以上の市町村において事務所又は事業所を有する法人の法第三百二十一条の八第三十七項の規定により関係市町村ごとの法人税割額から控除すべき控除対象所得税額等相当額（同項に規定する控除対象所得税額等相当額をいう。以下この項において同じ。）は、当該法人に係る同条第三十七項の規定により控除することができる控除対象所得税額等相当額を当該法人の当該控除をしようとする事業年度に係る関係市町村ごとの法第三百二十一条の十三第二項に規定する従業者の数（当該事業年度の第九条の七第七項に規定する市町村民税の控除限度額の計算について次条第七項ただし書の規定による法人にあつては、当該従業者の数に当該関係市町村が課する当該事業年度分の法人税割の税率に相当する割合として総務省令で定める割合を乗じて得た数を百分の六で除して得た数）に按分して計算した額とする。
２
法第三百二十一条の八第三十七項及び前項の規定は、同条第一項、第三十四項若しくは第三十五項の規定による申告書又は法第二十条の九の三第三項の規定による更正請求書（二以上の市町村において事務所又は事業所を有する法人に係るものにあつては、当該法人の主たる事務所又は事業所の所在地の市町村長に提出すべき当該申告書又は更正請求書）に、法第三百二十一条の八第三十七項の規定による控除の対象となる租税特別措置法第六十六条の九の三第三項に規定する所得税等の額（以下この項において「所得税等の額」という。）、控除を受ける金額及び当該金額の計算に関する明細を記載した総務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。
この場合において、法第三百二十一条の八第三十七項の規定により控除される金額の計算の基礎となる所得税等の額は、当該書類に当該所得税等の額として記載された金額を限度とする。
（外国の法人税等の額の控除）
第四十八条の十三
法第三百二十一条の八第三十八項に規定する外国の法人税等（以下この条及び次条において「外国の法人税等」という。）の範囲については法人税法施行令第百四十一条の規定を準用し、外国の法人税等の額については法人税法第六十九条第一項に規定する控除対象外国法人税の額及び同法第百四十四条の二第一項に規定する控除対象外国法人税の額の計算の例による。
２
各事業年度において課された外国の法人税等の額が当該事業年度の国税の控除限度額、道府県民税の控除限度額及び市町村民税の控除限度額の合計額に満たない場合において、前三年内事業年度において課された外国の法人税等の額のうち当該事業年度前の事業年度において法人税法第六十九条及び第百四十四条の二の規定並びに地方法人税法第十二条第一項及び第二項の規定並びに法第五十三条第三十八項及び第三百二十一条の八第三十八項の規定により控除することができた額を超える部分の額（以下この条において「控除限度超過額」という。）があるときは、当該控除限度超過額を、その最も古い事業年度のものから順次当該事業年度に係る国税の控除限度額、道府県民税の控除限度額及び市町村民税の控除限度額の合計額から当該事業年度において課された外国の法人税等の額を控除した残額に充てるものとした場合に当該充てられることとなる当該控除限度超過額は、法第三百二十一条の八第三十八項の規定の適用については、当該事業年度において課された外国の法人税等の額とみなす。
３
内国法人（法第二百九十二条第一項第三号イに規定する内国法人をいう。以下この条において同じ。）が次の各号に掲げる場合に該当するときは、当該各号に定める金額は、法第三百二十一条の八第三十八項の規定の適用については、外国の法人税等の額とみなす。
一
租税特別措置法第六十六条の六第一項、第六項又は第八項の規定の適用がある場合
当該内国法人に係る同条第二項第一号に規定する外国関係会社の所得に対して課される外国法人税（法人税法第六十九条第一項に規定する外国法人税をいう。次号において同じ。）の額のうち、租税特別措置法第六十六条の六第一項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分課税対象金額又は同条第八項に規定する金融子会社等部分課税対象金額に対応するものとして同法第六十六条の七第一項の規定の例により計算した金額
二
租税特別措置法第六十六条の九の二第一項、第六項又は第八項の規定の適用がある場合
当該内国法人に係る同条第一項に規定する外国関係法人の所得に対して課される外国法人税の額のうち、同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分課税対象金額又は同条第八項に規定する金融関係法人部分課税対象金額に対応するものとして同法第六十六条の九の三第一項の規定の例により計算した金額
４
法第三百二十一条の八第三十八項に規定する地方法人税法第十二条第一項の控除の限度額で政令で定めるものは、法人税法施行令第百四十四条第六項第一号に規定する地方法人税の控除限度額とする。
５
法第三百二十一条の八第三十八項に規定する地方法人税法第十二条第三項の控除の限度額で政令で定めるものは、法人税法施行令第百九十五条の二に規定する地方法人税の控除限度額とする。
６
法第三百二十一条の八第三十八項に規定する法第五十三条第三十八項の控除の限度額で政令で定めるものは、道府県民税の控除限度額とする。
７
法第三百二十一条の八第三十八項に規定する政令で定めるところにより計算した額は、法人税の控除限度額に百分の六を乗じて計算した額とする。
ただし、標準税率を超える税率で法人税割を課する市町村に事務所又は事業所を有する法人にあつては、当該法人の選択により、法人税の控除限度額に当該税率に相当する割合を乗じて計算した額（当該法人が二以上の市町村において事務所又は事業所を有する場合には、法人税の控除限度額を当該法人の関係市町村ごとの法第三百二十一条の十三第二項に規定する従業者の数に按分して計算した額に当該関係市町村が課する法人税割の税率に相当する割合として総務省令で定める割合を乗じて計算した額の合計額）とすることができる。
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