この場合において、第三項中「同項に規定する支配関係法人から同項」とあるのは「同条第三項の他の被合併法人等から同条第一項」と、「第一項第二号イ」とあるのは「第十項において準用する第一項第二号イ」と、「当該内国法人及び当該支配関係法人との間に」とあるのは「同条第三項の被合併法人等及び当該他の被合併法人等との間に」と、「当該支配関係法人又は」とあるのは「当該他の被合併法人等又は」と、「当該内国法人及び当該支配関係法人が当該関連法人」とあるのは「当該被合併法人等及び当該他の被合併法人等が当該関連法人」と、「当該内国法人が」とあるのは「当該被合併法人等が」と、第五項第五号中「被合併法人、分割法人、現物出資法人又は現物分配法人」とあるのは「法第六十二条の七第三項の他の被合併法人等」と、第八項中「第六十二条の七第二項第一号」とあるのは「第六十二条の七第三項において準用する同条第二項第二号」と、「特定引継資産」とあるのは「特定保有資産」と読み替えるものとする。
（特定資産譲渡等損失額から控除することができる金額等）
第百二十三条の九
法第六十二条の七第一項（特定資産に係る譲渡等損失額の損金不算入）に規定する特定適格組織再編成等（以下この条において「特定適格組織再編成等」という。）に係る合併法人、分割承継法人、被現物出資法人又は被現物分配法人である内国法人は、同項に規定する特定組織再編成事業年度（以下この条において「特定組織再編成事業年度」という。）以後の各事業年度（同項に規定する対象期間（以下この条において「対象期間」という。）内の日の属する事業年度に限る。）における当該対象期間内の特定引継資産に係る法第六十二条の七第二項に規定する特定資産譲渡等損失額（以下この条において「特定資産譲渡等損失額」という。）は、当該特定資産譲渡等損失額から次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額を控除した金額とすることができる。
一
法第六十二条の七第一項に規定する支配関係法人（以下第七項までにおいて「支配関係法人」という。）の支配関係事業年度（当該支配関係法人が当該内国法人との間に最後に支配関係を有することとなつた日の属する事業年度をいう。次号において同じ。）の前事業年度終了の時における時価純資産価額（その有する資産の価額の合計額からその有する負債（新株予約権及び株式引受権に係る義務を含む。以下この号において同じ。）の価額の合計額を減算した金額をいう。次号及び次項において同じ。）が簿価純資産価額（その有する資産の帳簿価額の合計額からその有する負債の帳簿価額の合計額を減算した金額をいう。次号において同じ。）以上である場合
当該対象期間内の当該特定引継資産に係る特定資産譲渡等損失額に相当する金額
二
当該支配関係法人の支配関係事業年度の前事業年度終了の時における時価純資産価額が簿価純資産価額に満たない場合
対象期間内の日の属する事業年度における当該事業年度の対象期間内の特定引継資産に係る特定資産譲渡等損失額のうち、その満たない部分の金額からイ及びロに掲げる金額の合計額を控除した金額を超える部分の金額
イ
当該内国法人が当該支配関係法人に係る法第五十七条第三項各号（欠損金の繰越し）に掲げる欠損金額につき第百十三条第一項（引継対象外未処理欠損金額の計算に係る特例）の規定の適用を受けた場合に同項第三号ロの規定において第百十二条第五項第一号（適格合併等による欠損金の引継ぎ等）に掲げる金額とみなした金額の合計額
ロ
当該事業年度前の対象期間内の日の属する各事業年度の特定引継資産に係る特定資産譲渡等損失額の合計額
２
前項の規定は、同項の内国法人の特定組織再編成事業年度（同項第二号に掲げる場合には、特定組織再編成事業年度後の対象期間内の日の属する事業年度（同号に規定する控除した金額が零を超える事業年度に限る。）を含む。）の確定申告書、修正申告書又は更正請求書に同項各号に定める金額の計算に関する明細を記載した書類の添付があり、かつ、時価純資産価額の算定の基礎となる事項を記載した書類その他の財務省令で定める書類を保存している場合に限り、適用する。
３
税務署長は、前項に規定する財務省令で定める書類の保存がない場合においても、その書類の保存がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、第一項の規定を適用することができる。
４
特定適格組織再編成等に係る合併法人、分割承継法人、被現物出資法人又は被現物分配法人である内国法人の特定組織再編成事業年度以後の各事業年度（対象期間内の日の属する事業年度に限る。）における当該対象期間内の特定引継資産に係る特定資産譲渡等損失額の計算において、法第六十二条の七第二項第一号に規定する支配関係発生日の属する事業年度開始の日前から有していた資産に準ずるものとして政令で定めるもの（以下この項において「前特定適格組織再編成等移転資産」という。）の同号に規定する損失の額として政令で定める金額（以下この項において「損失額」という。）又は同号に規定する利益の額として政令で定める金額（以下この項において「利益額」という。）がある場合には、当該損失額及び利益額については、当該前特定適格組織再編成等移転資産を関連法人支配関係発生日（前条第三項に規定する関連法人支配関係発生日をいう。以下この項において同じ。）の属する事業年度開始の日前から有する前条第三項に規定する前特定適格組織再編成等に係る被合併法人、分割法人、現物出資法人又は現物分配法人である関連法人（同項に規定する関連法人をいう。以下この項において同じ。）ごとに次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定めるところによることができる。
一
当該関連法人の関連法人支配関係事業年度（当該関連法人支配関係発生日の属する事業年度をいう。次号において同じ。）の前事業年度終了の時における時価純資産価額（その有する資産の価額の合計額からその有する負債（新株予約権及び株式引受権に係る義務を含む。以下この号において同じ。）の価額の合計額を減算した金額をいう。次号及び次項において同じ。）が簿価純資産価額（その有する資産の帳簿価額の合計額からその有する負債の帳簿価額の合計額を減算した金額をいう。次号において同じ。）以上である場合
当該対象期間内における当該関連法人に係る前特定適格組織再編成等移転資産の損失額及び利益額は、ないものとする。
二
当該関連法人の関連法人支配関係事業年度の前事業年度終了の時における時価純資産価額が簿価純資産価額に満たない場合
対象期間内の日の属する事業年度における当該事業年度の対象期間内の当該関連法人に係る前特定適格組織再編成等移転資産の損失額は当該損失額から当該前特定適格組織再編成等移転資産の利益額を控除した金額のうちその満たない部分の金額からイ及びロに掲げる金額の合計額を控除した金額に達するまでの金額とし、当該前特定適格組織再編成等移転資産の利益額はないものとする。
イ
当該関連法人の関連法人支配関係発生日以後の各事業年度に生じた欠損金額に係る第百十二条第七項に規定する特定資産譲渡等損失相当欠損金額につき第百十三条第八項の規定の適用を受けた場合に同項第二号の規定において第百十二条第七項第一号に掲げる金額となる金額の合計額
ロ
当該内国法人の当該事業年度前の対象期間内の日の属する各事業年度の当該関連法人に係る前特定適格組織再編成等移転資産の損失額から利益額を控除した金額の合計額
５
前項の規定は、同項の内国法人の特定組織再編成事業年度（同項第二号に掲げる場合には、特定組織再編成事業年度後の対象期間内の日の属する事業年度（同号に規定する合計額を控除した金額が零を超える事業年度に限る。）を含む。）の確定申告書、修正申告書又は更正請求書に同項各号に定めるところによる同項に規定する損失額及び利益額の計算に関する明細を記載した書類の添付があり、かつ、時価純資産価額の算定の基礎となる事項を記載した書類その他の財務省令で定める書類を保存している場合に限り、適用する。
６
税務署長は、前項に規定する財務省令で定める書類の保存がない場合においても、その書類の保存がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、第四項の規定を適用することができる。
７
前各項の規定は、第一項の内国法人と支配関係法人との間で行われた特定適格組織再編成等に係る特定組織再編成事業年度以後の各事業年度（対象期間内の日の属する事業年度に限る。）における当該対象期間内の法第六十二条の七第二項第二号に規定する特定保有資産（第十項において「特定保有資産」という。）に係る特定資産譲渡等損失額の計算について準用する。