当該適用控除対象特定新規株式の適用対象額（当該適用対象額が八百万円を超える場合には八百万円とし、当該適用対象額に当該適用年において支出した特定寄附金等の金額（所得税法第七十八条第二項に規定する特定寄附金の額及び同条第三項の規定又は法第四十一条の十八第一項若しくは第四十一条の十八の二第一項の規定により当該特定寄附金とみなされたものの額の合計額をいう。以下この号において同じ。）を加算した金額が、当該居住者又は恒久的施設を有する非居住者の当該適用年の年分の総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額の合計額の百分の四十に相当する金額（以下この号において「基準額」という。）を超える場合には、当該基準額から当該特定寄附金等の金額を控除した残額とする。）から二千円を控除した残額
ロ
当該適用年において他の適用控除対象特定新規株式がある場合
当該適用控除対象特定新規株式の適用対象額と当該他の適用控除対象特定新規株式の適用対象額との合計額（当該合計額が八百万円を超える場合には八百万円とし、当該合計額に当該適用年において支出した特定寄附金等の金額を加算した金額が、当該居住者又は恒久的施設を有する非居住者の当該適用年の年分の基準額を超える場合には当該基準額から当該特定寄附金等の金額を控除した残額とする。）に当該適用控除対象特定新規株式の適用対象額と当該他の適用控除対象特定新規株式の適用対象額との合計額のうちに占める当該適用控除対象特定新規株式の適用対象額の割合を乗じて計算した金額（ロにおいて「特例対象額」という。）から二千円（当該他の適用控除対象特定新規株式に係る特例対象額からこの号の規定により控除した金額がある場合には、二千円から当該金額を控除した残額）を控除した残額
７
前項第二号イに規定する基準額は、法第八条の四第三項第三号、第二十八条の四第五項第二号、第三十一条第三項第三号（法第三十二条第四項において準用する場合を含む。）、第三十七条の十第六項第五号（法第三十七条の十一第六項及び第三十七条の十二第七項において準用する場合を含む。）又は第四十一条の十四第二項第四号の規定の適用がある場合には、これらの規定により読み替えられた所得税法第七十八条第一項第一号に規定する百分の四十に相当する金額とする。
８
法第四十一条の十八の四第一項に規定する居住者又は恒久的施設を有する非居住者が、払込みにより取得をした特定新規中小会社の特定新規株式（同項第一号に定める特定新規株式にあつては平成二十年四月一日（同項第二号に定める特定新規株式にあつては令和二年四月一日とし、同項第三号に定める特定新規株式にあつては平成二十六年四月一日とし、同項第四号に定める特定新規株式にあつては国家戦略特別区域法及び構造改革特別区域法の一部を改正する法律（平成二十七年法律第五十六号）附則第一条第一号に掲げる規定の施行の日とし、同項第五号に定める特定新規株式にあつては地域再生法の一部を改正する法律（平成三十年法律第三十八号）の施行の日とする。）以後に払込みにより取得をしたものに限る。）に係る同一銘柄株式をその払込みによる取得があつた日の属する年の翌年以後の各年において譲渡又は贈与をした場合において、当該特定新規中小会社（当該特定新規中小会社であつた株式会社を含む。）が第一項第八号に規定する財務省令で定める契約に基づく当該居住者又は恒久的施設を有する非居住者からの申出その他の事由により当該譲渡又は贈与があつたことを知つたときは、当該特定新規中小会社は、その知つた日の属する年の翌年一月三十一日までに、その知つた旨その他の財務省令で定める事項をその所在地の所轄税務署長に通知しなければならない。
９
法第四十一条の十八の四第一項の規定により所得税法第七十八条の規定の適用がある場合における同項の規定による控除を受ける金額の計算の基礎となる金額その他の事項を証する書類についての所得税法施行令第二百六十二条の規定の適用については、同条第一項中「添付し、又は当該申告書の提出の際提示しなければ」とあるのは「添付しなければ」と、同項第六号中「法第七十八条第二項（寄附金控除）に規定する特定寄附金の」とあるのは「租税特別措置法第四十一条の十八の四第一項（特定新規中小会社が発行した株式を取得した場合の課税の特例）に規定する控除対象特定新規株式の取得に要した金額の計算に関する」と、「書類又は当該書類に記載すべき事項を記録した電子証明書等に係る電磁的記録印刷書面」とあるのは「書類」とする。
（特定の基準所得金額の課税の特例）
第二十六条の二十八の三の二
法第四十一条の十九第二項第四号に規定する政令で定める規定は、次に掲げる規定とする。
一
小笠原諸島振興開発特別措置法（昭和四十四年法律第七十九号）第四十一条第一項（同条第三項において準用する場合を含む。）の規定
二
東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（平成二十三年法律第二十九号）第十一条の五第一項から第三項までの規定によりみなして適用する法第三十三条の四第一項、第三十四条第一項若しくは第三十四条の二第一項の規定又は東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律第十一条の六第一項の規定によりみなして適用する法第三十四条の二第一項の規定
三
沖縄の復帰に伴う国税関係法令の適用の特別措置等に関する政令（昭和四十七年政令第百五十一号）第三十四条の二第一項又は第三十四条の三第一項の規定によりみなして適用する法第三十三条の四第一項の規定
四
東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律施行令（平成二十三年政令第百十二号）第十三条の三第四項の規定によりみなして適用する法第三十三条の四第一項の規定
２
法第四十一条の十九第三項第一号に規定する政令で定める規定は、法第三条第一項、第三条の三第一項、第八条の二第一項、第八条の三第一項、第四十一条の九第一項、第四十一条の十第一項及び第四十一条の十二第一項の規定とする。
３
法第四十一条の十九第三項第三号に規定する政令で定める規定は、次に掲げる規定とする。
一
所得税法第百六十九条及び第百七十条の規定
二
法第三条第一項、第八条の二第一項、第四十一条の九第一項、第四十一条の十第一項及び第四十一条の十二第一項の規定
４
法第四十一条の十九第一項の規定の適用がある場合における所得税法の規定の適用については、次に定めるところによる。
一
所得税法第百十一条第四項の規定の適用については、同項中「の見積額につき第三章（税額の計算）」とあるのは、「並びに租税特別措置法第四十一条の十九第一項（特定の基準所得金額の課税の特例）に規定する基準所得金額の見積額につき第三章（税額の計算）及び同項」とする。
二
所得税法第百二十条第一項の規定の適用については、同項第一号中「純損失の金額」とあるのは「純損失の金額並びに租税特別措置法第四十一条の十九第一項（特定の基準所得金額の課税の特例）に規定する基準所得金額（第三号において「基準所得金額」という。）」と、同項第三号中「課税山林所得金額につき第三章（税額の計算）」とあるのは「課税山林所得金額並びに基準所得金額につき第三章（税額の計算）及び租税特別措置法第四十一条の十九第一項」とする。
三
所得税法第百四十条第一項及び第二項の規定の適用については、同条第一項第一号中「所得税の額」とあるのは「所得税の額（次号において「調整前所得税額」という。）並びに同年分の租税特別措置法第四十一条の十九第一項（特定の基準所得金額の課税の特例）の規定による所得税の額の合計額」と、同項第二号中「所得税の額」とあるのは「所得税の額（以下この号において「調整所得税額」という。）並びに調整基準所得金額（同年分の租税特別措置法第四十一条の十九第一項に規定する基準所得金額から当該控除した純損失の金額を控除した金額をいう。）を同年分の同項に規定する基準所得金額と、調整基準所得税額（調整前所得税額から当該調整所得税額を控除した金額を同年分の同項に規定する基準所得税額から控除した金額をいう。）を同年分の同項に規定する基準所得税額とそれぞれみなして同項の規定を適用して計算した所得税の額の合計額」と、同条第二項中「係る所得税の額」とあるのは「係る所得税の額並びに租税特別措置法第四十一条の十九第一項の規定による所得税の額の合計額」と、「同項の」とあるのは「前項の」と、「当該所得税の額」とあるのは「当該合計額」とする。
四
所得税法第百四十一条第一項の規定の適用については、同項第一号中「所得税の額」とあるのは「所得税の額（次号において「調整前所得税額」という。）並びに同年分の租税特別措置法第四十一条の十九第一項（特定の基準所得金額の課税の特例）の規定による所得税の額の合計額」と、同項第二号中「所得税の額」とあるのは「所得税の額（以下この号において「調整所得税額」という。）並びに調整基準所得金額（同年分の租税特別措置法第四十一条の十九第一項に規定する基準所得金額から当該控除した純損失の金額を控除した金額をいう。）を同年分の同項に規定する基準所得金額と、調整基準所得税額（調整前所得税額から当該調整所得税額を控除した金額を同年分の同項に規定する基準所得税額から控除した金額をいう。）を同年分の同項に規定する基準所得税額とそれぞれみなして同項の規定を適用して計算した所得税の額の合計額」とする。
５
法第四十一条の十九第一項の規定の適用がある場合における所得税法施行令の規定の適用については、次に定めるところによる。
一