港湾管理者は、分区内に存する建築物その他の構築物が、第四十条第一項の条例の制定施行によりその条例に定められたものに該当するに至り、且つ、当該分区の目的を著しく阻害するときは、当該構築物の所有者又は占有者に対し、当該構築物の改築、移転又は撤去をすべきことを命ずることができる。
２
前条第二項及び第三項の規定は、港湾管理者が前項の命令をしようとする場合に準用する。
３
第一項の規定による命令によつて生じた損失に対しては、港湾管理者は、当該構築物の所有者又は占有者に対し、その命令がなかつたならば通常生じなかつた損失及び通常得らるべき利益が得られなかつたことによる損失を補償しなければならない。
４
前項の規定により補償を受けることのできる者が金額の決定について不服があるときは、その金額の決定の通知を受けた日から六箇月以内に、港湾管理者を被告として、訴えをもつて金額の増加を請求することができる。
第四章の二　港湾協力団体
（港湾協力団体の指定）
第四十一条の二
港湾管理者は、次条に規定する業務を適正かつ確実に行うことができると認められる法人その他これに準ずるものとして国土交通省令で定める団体を、その申請により、港湾協力団体として指定することができる。
２
港湾管理者は、前項の規定による指定をしたときは、当該港湾協力団体の名称、住所及び事務所の所在地を公示しなければならない。
３
港湾協力団体は、その名称、住所又は事務所の所在地を変更しようとするときは、あらかじめ、その旨を港湾管理者に届け出なければならない。
４
港湾管理者は、前項の規定による届出があつたときは、当該届出に係る事項を公示しなければならない。
（港湾協力団体の業務）
第四十一条の三
港湾協力団体は、当該港湾協力団体を指定した港湾管理者が管理する港湾について、次に掲げる業務を行うものとする。
一
港湾管理者に協力して、港湾情報提供施設その他の港湾施設の整備又は管理を行うこと。
二
港湾の開発、利用、保全及び管理に関する情報又は資料を収集し、及び提供すること。
三
港湾の開発、利用、保全及び管理に関する調査研究を行うこと。
四
港湾の開発、利用、保全及び管理に関する知識の普及及び啓発を行うこと。
五
前各号に掲げる業務に附帯する業務を行うこと。
（監督等）
第四十一条の四
港湾管理者は、前条各号に掲げる業務の適正かつ確実な実施を確保するため必要があると認めるときは、港湾協力団体に対し、その業務に関し報告をさせることができる。
２
港湾管理者は、港湾協力団体が前条各号に掲げる業務を適正かつ確実に実施していないと認めるときは、港湾協力団体に対し、その業務の運営の改善に関し必要な措置を講ずべきことを命ずることができる。
３
港湾管理者は、港湾協力団体が前項の規定による命令に違反したときは、その指定を取り消すことができる。
４
港湾管理者は、前項の規定により指定を取り消したときは、その旨を公示しなければならない。
（情報の提供等）
第四十一条の五
国土交通大臣又は港湾管理者は、港湾協力団体に対し、その業務の実施に関し必要な情報の提供又は指導若しくは助言をするものとする。
（港湾協力団体に対する許可の特例）
第四十一条の六
港湾協力団体が第四十一条の三各号に掲げる業務として行う国土交通省令で定める行為についての第三十七条第一項の規定の適用については、港湾協力団体と港湾管理者との協議が成立することをもつて、当該規定による許可があつたものとみなす。
第五章　港湾工事の費用
（費用の負担）
第四十二条
港湾管理者が、国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾において、一般公衆の利用に供する目的で、水域施設、外郭施設又は係留施設（これらの施設のうち国土交通省令で定める小規模なものを除く。）の建設又は改良の重要な工事をする場合には、その工事に要する費用は、国と港湾管理者がそれぞれその十分の五を負担する。
２
港湾管理者が、避難港において、水域施設又は外郭施設の建設又は改良の工事をする場合には、その工事に要する費用は、国と港湾管理者がそれぞれその十分の五を負担する。
３
前二項の規定は、これによつて国が負担することとなる金額についてあらかじめ国土交通大臣に申し出て国会の議決を経た予算に組入れられていないときは、これを適用しない。
４
地方財政法第十七条及び第十九条第一項の規定は、港務局について第一項の場合に準用する。
この場合において、「地方公共団体」とあるのは「港務局」と読み替えるものとする。
（費用の補助）
第四十三条
国は、特に必要があると認めるときは、前条に規定するもののほか、予算の範囲内で、一般公衆の利用に供する目的で（第四号に掲げる港湾施設に係る場合を除く。）港湾管理者のする港湾工事の費用に対し、次に掲げる基準で補助することができる。
一
国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾における水域施設、外郭施設又は係留施設のうち、前条第一項の国土交通省令で定める小規模なものの建設又は改良の港湾工事については十分の四以内
二
国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾における臨港交通施設の建設又は改良の港湾工事については十分の五以内
三
地方港湾における水域施設、外郭施設、係留施設又は臨港交通施設の建設又は改良の港湾工事については十分の四以内
四
港湾公害防止施設又は港湾環境整備施設の建設又は改良の港湾工事については十分の五以内
五
廃棄物埋立護岸又は海洋性廃棄物処理施設の建設又は改良の港湾工事については三分の一以内
（他の工作物と効用を兼ねる港湾施設の港湾工事の施行及び費用の負担）
第四十三条の二
港湾施設で他の工作物と効用を兼ねるものの港湾工事の施行及び費用の負担については、港湾管理者と当該工作物の管理者とが、協議して定めるものとする。
（原因者の負担）
第四十三条の三
港湾管理者は、港湾管理者以外の者の行う工事又は行為により必要を生じた港湾工事の費用については、その必要を生じさせた限度において、その必要を生じさせた者に費用の全部又は一部を負担させることができる。
２
前項の場合において、負担金の徴収を受ける者の範囲及びその徴収の方法については、港湾管理者としての地方公共団体（港湾管理者が港務局である場合には港務局を組織する地方公共団体のうち定款で定めるもの）の条例で定める。
（受益者の負担）
第四十三条の四
港湾工事によつて著しく利益を受ける者があるときは、港湾管理者は、その者に、その利益を受ける限度において、その港湾工事の費用の一部を負担させることができる。
２
前条第二項の規定は、前項の場合に準用する。
（港湾環境整備負担金）
第四十三条の五
国土交通大臣又は港湾管理者は、その実施する港湾工事（国土交通大臣の実施する港湾工事にあつては、港湾施設を建設し、又は改良するものに限る。）で、港湾の環境を整備し、又は保全することを目的とするもの（公害防止事業費事業者負担法（昭和四十五年法律第百三十三号）第二条第二項に規定する公害防止事業であるものを除く。）が、港湾区域又は臨港地区内にある工場又は事業場についてその環境を保全し、又はその立地若しくはその事業活動に伴う当該工場若しくは事業場の周辺地域の生活環境の悪化を防止し、若しくは軽減することに資するときは、政令で定める基準に従い、国土交通大臣にあつては国土交通省令で、港湾管理者にあつては条例で、当該工場又は事業場に係る事業者に、当該港湾工事に要する費用の一部を負担させることができる。
２
国土交通大臣又は港湾管理者は、前項の規定により負担させようとするときは、あらかじめ、国土交通大臣にあつては交通政策審議会、港湾管理者にあつては地方港湾審議会の意見を聴かなければならない。
３
国土交通大臣は、第一項の規定により納付された負担金の額に第五十二条第二項に規定する負担割合を乗じて得た金額に相当する額の同項の規定による負担金を、同項の規定により費用を負担した港湾管理者に還付するものとする。
第六章　開発保全航路
（開発及び保全）
第四十三条の六
開発保全航路の開発及び保全は、国土交通大臣が行なう。
第四十三条の七
第五十五条の二の二、第五十五条の四及び第五十五条の五の規定は、開発保全航路に関する工事について準用する。
（禁止行為等）
第四十三条の八
何人も、開発保全航路内において、みだりに、船舶、土石その他の物件で国土交通省令で定めるものを捨て、又は放置してはならない。
２
開発保全航路内において、水域を工作物の設置等により占用し、又は土砂を採取しようとする者は、国土交通大臣の許可を受けなければならない。
３
国土交通大臣は、前項の行為が船舶の交通に支障を与えるものであるとき、その他開発保全航路の開発又は保全に著しく支障を与えるものであるときは、許可をしてはならない。
４
第三十七条第三項の規定は、前二項の場合に準用する。
（費用の負担）
第四十三条の九
開発保全航路の開発及び保全に要する費用は、次項及び次条の規定による場合を除き、国が負担する。
２
第四十三条の二、第四十三条の三第一項及び第四十三条の四第一項の規定は、開発保全航路に関する工事の費用について準用する。
３
前項において準用する第四十三条の三第一項又は第四十三条の四第一項の規定により負担金の徴収を受ける者の範囲及びその徴収方法は、国土交通省令で定める。
（事業者の申請による工事の施行）
第四十三条の十
企業合理化促進法（昭和二十七年法律第五号）第八条第一項及び第二項の規定は、開発保全航路に関する工事について準用する。
第七章　港湾運営会社
第一節　港湾運営会社の指定等
（港湾運営会社の指定）
第四十三条の十一