沖合海底特別地区外から掘さくして当該沖合海底特別地区内の海底下に至る鉱物の掘採のための試すいを行うこと（ただし、沖合海底自然環境保全地域の区域のうち沖合海底特別地区に含まれない区域から掘さくする場合は、法第三十五条の五第一項に基づき届け出たものに限る。）。
二
漁業法第九条第一項に規定する資源調査として行う法第三十五条の四第三項第三号に掲げる行為（あらかじめ、環境大臣に通知したもの（国立研究開発法人（独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二条第三項に規定する国立研究開発法人をいう。以下同じ。）にあつては、環境大臣に届け出たもの）に限る。）
三
水産に関する学科を置く学校教育法第一条に規定する高等学校（以下「高等学校」という。）における教育として行う法第三十五条の四第三項第三号に掲げる行為（あらかじめ、環境大臣に通知したものに限る。）
四
国又は地方公共団体の試験研究機関が、試験研究のために行う特定行為（あらかじめ、環境大臣に通知したものに限る。）
五
国立研究開発法人が試験、研究又は開発（以下「研究開発」という。）のために行う特定行為（あらかじめ、環境大臣に届け出たものに限る。）
六
学校教育法第一条に規定する大学の農水産系若しくは理工系の学部又は研究所等における教育又は学術研究として行う特定行為（あらかじめ、環境大臣に届け出たもの（公立の大学にあつては、環境大臣に通知したもの）に限る。）
七
法令又はこれに基づく処分による義務の履行として行う行為
八
前各号に掲げる行為に付帯する行為
（沖合海底自然環境保全地域の区域のうち沖合海底特別地区に含まれない区域内における特定行為の届出書）
第三十一条の七
法第三十五条の五第一項の規定による届出は、特定行為の種類、場所、施行方法、着手予定日及び第三項に規定する事項を記載した届出書を提出して行うものとする。
２
前項の届出書には、第三十一条の四第二項各号に掲げる図面を添えなければならない。
３
法第三十五条の五第一項の環境省令で定める事項は、特定行為をしようとする者の住所及び氏名（法人にあつては、主たる事務所の所在地及び名称並びに代表者の氏名）、特定行為の目的、特定行為の実施場所及びその付近の状況、特定行為の完了予定日、特定行為の自然環境に及ぼす影響（鉱物の掘採を行う場合に限る。）並びに特定行為を行う海底の区域及びその周辺の海域における当該特定行為の自然環境に及ぼす影響の監視に関する計画（鉱物の採掘を行う場合に限る。）とする。
（沖合海底自然環境保全地域の区域のうち沖合海底特別地区に含まれない区域内における届出等を要しない特定行為）
第三十一条の八
法第三十五条の五第五項第一号の環境省令で定める特定行為は、次に掲げるものとする。
一
沖合海底自然環境保全地域の区域外から掘さくして当該沖合海底自然環境保全地域の区域内の海底下に至る鉱物の掘採のための試すいを行うこと。
二
漁業法第九条第一項に規定する資源調査として行う法第三十五条の四第三項第三号に掲げる行為
三
水産に関する学科を置く高等学校における教育として行う法第三十五条の四第三項第三号に掲げる行為
四
国又は地方公共団体の試験研究機関が、試験研究のために行う特定行為
五
国立研究開発法人が研究開発のために行う特定行為
六
学校教育法第一条に規定する大学の農水産系若しくは理工系の学部又は研究所等における教育又は学術研究として行う特定行為
七
法令又はこれに基づく処分による義務の履行として行う行為
八
前各号に掲げる行為に付帯する行為
第三章　雑則
（延滞金）
第三十二条
法第四十条第二項の規定により環境大臣が徴収する延滞金は、年十・七五パーセントの割合を乗じて計算した額とする。
（非常災害の応急措置として行つた行為等の届出書）
第三十三条
法第十七条第三項、第二十五条第七項若しくは第九項又は第二十七条第六項若しくは第八項の規定による届出は、次に掲げる事項を記載した届出書を提出して行うものとする。
一
行為者の住所及び氏名（法人にあつては、主たる事務所の所在地及び名称並びに代表者の氏名）
二
行為の種類
三
行為の目的
四
行為の場所
五
行為の施行方法
六
行為の完了の日又は予定日
２
前項の届出書には、第二条第二項各号に掲げる図面を添えなければならない。
ただし、法第十七条第三項、第二十五条第七項又は第二十七条第六項の規定による届出の場合にあつては、第二条第二項第一号に掲げる図面を添えれば足りる。
（協議書、許可の申請書又は届出書の添付図書の省略等）
第三十四条
法第十六条第二項若しくは第二十四条第二項の規定による協議をした行為、法第十七条第一項ただし書、第十九条第三項第五号、第二十五条第四項、第二十六条第三項第七号、第二十七条第三項若しくは第三十五条の四第三項の規定による許可を受けた行為又は法第二十八条第一項若しくは第三十五条の五第一項の規定による届出を了した行為の変更に係る協議の申出、許可の申請又は届出にあつては、第一条第二項（第十五条において準用する場合を含む。）、第二条第二項（第十六条において準用する場合を含む。）、第六条第二項、第二十二条第二項、第二十六条第二項、第三十一条の四第二項又は第三十一条の七第二項の規定により協議書、申請書又は届出書に添えなければならない書類及び図面（以下この条において「添付図書」という。）のうち、その変更に関する事項を明らかにしたものを添えれば足りる。
２
前項の変更に係る協議の申出、許可の申請又は届出にあつては、変更の趣旨及び理由を記載した書面を協議書、申請書又は届出書に添えなければならない。
３
第一項に該当するもののほか、法第十六条第二項若しくは第二十四条第二項の規定による協議の申出、法第十七条第一項ただし書、第十九条第三項第五号、第二十五条第四項、第二十六条第三項第七号、第二十七条第三項若しくは第三十五条の四第三項の規定による許可の申請又は法第二十五条第九項、第二十七条第八項、第二十八条第一項、第三十五条の四第七項若しくは第三十五条の五第一項の規定による届出に係る行為が、軽易なものであることその他の理由により添付図書の全部を添える必要がないと認められるときは、当該添付図書の一部を省略することができる。
（教育又は学術研究として行う鉱物の掘採等の届出書）
第三十五条
第十九条第三号ニの規定による届出は、次に掲げる事項を記載した届出書を提出して行うものとする。
一
行為者の住所及び氏名（法人にあつては、主たる事務所の所在地及び名称並びに代表者の氏名）
二
掘採する鉱物又は採取する土石の種類及び数量
三
行為の目的
四
行為の場所
五
行為地及びその付近の状況
六
行為の施行方法
七
行為の着手及び完了の予定日
２
前項の届出書には、位置図及び掘採し、又は採取する範囲その他行為の方法を明らかにした図面を添えなければならない。
（教育又は学術研究として行う動植物の捕獲等の届出書）
第三十六条
前条の規定は、第二十一条第三号ロ又は第二十五条第七号の規定による届出について準用する。
この場合において、前条第一項第二号中「掘採する鉱物又は採取する土石」とあるのは「捕獲し、若しくは殺傷し、又は採取し、若しくは損傷する動植物」と、同条第二項中「掘採し、又は採取する範囲」とあるのは「捕獲し、若しくは殺傷し、又は採取し、若しくは損傷する範囲」と読み替えるものとする。
（教育、学術研究又は研究開発として行う特定行為の届出書）
第三十六条の二
第三十五条の規定は、第三十一条の六第五号及び第六号の規定による届出について準用する。
この場合において、第三十五条第一項第二号中「掘採する鉱物又は採取する土石の種類及び数量」とあるのは「特定行為の種類」と、同条第二項中「位置図及び掘採し、又は採取する範囲その他行為の方法を明らかにした図面」とあるのは「特定行為の実施場所及び施行方法を明らかにした図面」と読み替えるものとする。
（権限の委任）
第三十七条
法及びこの省令に規定する環境大臣の権限のうち、次に掲げるものは、地方環境事務所長に委任する。
ただし、第二号、第九号、第十号（法第三十条において読み替えて準用する法第十八条第一項に係る部分に限る。）及び第十四号の二に掲げる権限については、環境大臣が自ら行うことを妨げない。
一
法第十七条第三項に規定する権限
二
法第二十条に規定する権限
三
法第二十一条第二項に規定する権限
四
法第二十四条第二項に規定する権限
五
法第二十五条第四項（同項に規定する許可に係る部分に限る。）、同条第五項において準用する法第十七条第二項並びに法第二十五条第七項及び第九項に規定する権限
六
法第二十六条第三項第七号及び同条第四項において準用する法第十七条第二項に規定する権限
七
法第二十七条第三項（同項に規定する許可に係る部分に限る。）、同条第四項において準用する法第十七条第二項並びに法第二十七条第六項及び第八項に規定する権限
八
法第二十八条第一項から第三項まで及び第五項に規定する権限
九
法第二十九条第一項に規定する権限
十
法第三十条において読み替えて準用する法第十八条第一項及び法第二十一条に規定する権限
十一
法第三十条の三第二項、第三項、第六項及び第九項に規定する権限
十二
法第三十条の四に規定する権限
十三
法第三十条の五に規定する権限
十四
法第三十一条第一項及び第二項に規定する権限
十四の二
法第三十五条の六第一項に規定する権限
十五
法第四十三条第二項に規定する権限（自然環境保全地域に係るものに限る。）
十六
第三条第八号に規定する権限
十七
第十九条第三号ハ及びニ並びに第十一号リに規定する権限
十八
第二十一条第三号イ及びロに規定する権限
十九