都道府県知事は、第一項の規定による勧告を受けた者がその勧告に従わないで特定施設等を使用しているとき、又は前二項の規定による勧告を受けた者がその勧告に従わないときは、これらの者に対し、期限を定めて、これらの勧告に係る措置をとるべきことを命ずることができる。
５
前三項の規定は、特定排水基準の適用の際現に特定施設等を設置している者（設置の工事をしている者を含む。）に係る水道水源特定事業場及び構造等基準の適用の際現に構造等基準に係る施設を設置している者（設置の工事をしている者を含む。）に係る構造等基準に係る施設については、これらの基準の適用の日から六月間（その水道水源特定事業場に係る特定施設等又はその構造等基準に係る施設（以下この項において「適用除外に係る特定施設等」という。）が政令で定める施設である場合にあっては、一年間）は、適用しない。
ただし、これらの基準の適用の際現に水道水源特定事業場又は構造等基準に係る施設について地方公共団体の条例の規定で第一項から第三項までの規定に相当するものが適用されているとき、これらの基準の適用の日以降適用除外に係る特定施設等について第十一条第一項第四号から第八号までに掲げる事項又は同条第二項各号若しくは水質汚濁防止法第五条第一項第四号、第六号若しくは第七号に掲げる事項の変更（環境省令で定める軽微な変更を除く。）があったとき、及びこれらの基準の適用の日以降その水道水源特定事業場に適用除外に係る特定施設等以外の特定施設等が設置されたときは、この限りでない。
６
都道府県知事は、小規模の事業者に対する第一項から第四項までの規定の適用に当たっては、その者の事業活動の遂行に著しい支障を生ずることのないようこれらの規定による勧告又は命令の内容について特に配慮しなければならない。
（適用除外等）
第十六条
鉱山保安法（昭和二十四年法律第七十号）第十三条第一項の経済産業省令で定める施設である特定施設等を設置する同法第二条第二項本文に規定する鉱山から排出水を排出する者及び当該鉱山に当該特定施設等を設置する者に関しては当該鉱山について、電気事業法（昭和三十九年法律第百七十号）第二条第一項第十八号に規定する電気工作物である特定施設等を設置する工場又は事業場から排出水を排出する者及び当該特定施設等を設置する者に関しては当該特定施設等について、第十一条から第十四条まで及び前条第一項の規定並びに同条第四項及び第六項の規定（同条第一項に係る部分に限る。）を適用せず、これらの法律の相当規定の定めるところによる。
２
前項に規定する法律に基づく権限を有する国の行政機関の長（以下この条において単に「行政機関の長」という。）は、第十一条、第十三条又は第十四条第二項の規定に相当する鉱山保安法又は電気事業法の規定による前項に規定する特定施設等に係る許可若しくは認可の申請又は届出があったときは、その許可若しくは認可の申請又は届出に係る事項のうちこれらの規定による届出事項に該当する事項を当該特定施設等を設置する工場又は事業場の所在地を管轄する都道府県知事に通知するものとする。
３
都道府県知事は、第一項に規定する特定施設等に係る排出水が特定排水基準に適合していないと認めるとき、又は当該特定施設等がその特定施設等に係る構造等基準に適合していないと認めるときは、行政機関の長に対し、前条第一項又は第四項（同条第一項に係る部分に限る。）の規定に相当する鉱山保安法又は電気事業法の規定による措置を執るべきことを要請することができる。
４
水質汚濁防止法第二十三条第四項の規定は、前項の規定による要請について準用する。
５
都道府県知事は、第一項に規定する特定施設等について、前条第二項若しくは第三項の規定による勧告又は同条第四項の規定による命令（同条第二項又は第三項の規定による勧告に係るものに限る。）をしようとするときは、あらかじめ、行政機関の長に協議しなければならない。
（指導等）
第十七条
都道府県知事は、水質保全計画に基づき、水道水源特定事業場から排出水を排出する者及び構造等基準に係る施設を設置する者以外の者であって、指定地域において汚水、廃液その他の物で指定水域における第二条第一項の政令で定める物質の生成の原因となる物質による水質の汚濁の原因となるものを水道水源水域に排出するものに対し、指定水域の水質の保全のために必要な指導、助言及び勧告をすることができる。
（報告及び検査）
第十八条
環境大臣又は都道府県知事は、この法律の施行に必要な限度において、水道水源特定事業場から排出水を排出する者又は指定地域において構造等基準に係る施設を設置する者に対し、特定施設等の状況その他必要な事項に関し報告を求め、又はその職員に、特定施設等を設置する場所に立ち入り、その特定施設等その他の物件を検査させることができる。
２
前項の規定による環境大臣による報告の徴収又はその職員による立入検査は、特定水道利水障害による人の健康に係る被害が生ずることを防止するため緊急の必要があると認められる場合に行うものとする。
３
水質汚濁防止法第二十二条第四項及び第五項の規定は、第一項の規定による立入検査について準用する。
（事業者への支援）
第十九条
国は、指定地域において事業者が行う汚水等による水質の汚濁の防止のための施設の整備について、必要な資金のあっせん、技術的な助言その他の措置を講ずるように努めなければならない。
２
前項の措置を講ずるに当たっては、中小企業者に対する特別の配慮がなされなければならない。
第四節　生活排水対策の推進等
（生活排水対策の推進）
第二十条
都道府県知事は、水質保全計画に基づき、水質汚濁防止法第十四条の八第一項の規定による生活排水対策重点地域の指定その他の生活排水対策の実施を推進しなければならない。
（普及啓発等）
第二十一条
国は、教育活動、広報活動等を通じて、水道水源水域の水質の保全に関し、普及啓発を図るとともに、国民の協力を求めるように努めなければならない。
第三章　雑則
（資料の提出の要求等）
第二十二条
環境大臣は、この法律の目的を達成するため必要があると認めるときは、関係地方公共団体の長に対し、必要な資料の提出及び説明を求めることができる。
２
都道府県知事は、この法律の目的を達成するため必要があると認めるときは、関係行政機関の長又は関係地方公共団体の長に対し、必要な資料の送付その他の協力を求め、又は指定水域の水質の保全に関して意見を述べることができる。
３
河川管理者その他指定地域内の水道水源水域の管理を行う者で政令で定めるものは、この法律の施行に関してその水道水源水域の管理上必要があると認めるときは、都道府県知事に対し、指定水域の水質の保全に関して意見を述べることができる。
（水道事業者の水道水の水質記録の提出の要求）
第二十三条
都道府県知事は、水質保全計画の達成に資するため必要があると認めるときは、第五条第二項第二号に規定する水道事業者に対し、指定水域の水を水道原水として利用する水道水について水道法第二十条第二項の規定により作成した記録の提出を求めることができる。
（環境大臣の指示）
第二十三条の二
環境大臣は、特定水道利水障害による人の健康に係る被害が生ずることを防止するため緊急の必要があると認めるときは、都道府県知事又は第二十七条第一項の政令で定める市（特別区を含む。）の長に対し、次に掲げる事務に関し必要な指示をすることができる。
一
第十五条第一項から第三項までの規定による勧告に関する事務
二
第十五条第四項の規定による命令に関する事務
三
第十六条第三項の規定による要請に関する事務
四
第十七条の規定による指導、助言及び勧告に関する事務
五
第二十二条第二項の規定による協力を求め、又は意見を述べることに関する事務
（測定計画）
第二十四条
都道府県知事は、水道水源水域における特定項目で示される水質の汚濁の状況が的確に把握されるよう水質汚濁防止法第十六条第一項の測定計画を作成するものとする。
（研究の推進等）
第二十五条
国は、特定水道利水障害の防止のために必要な汚水等の処理に関する技術の研究その他水道水源水域の水質の保全に関する研究を推進し、その成果の普及に努めなければならない。
（経過措置）
第二十六条
この法律の規定に基づき政令又は環境省令を制定し、又は改廃する場合においては、その政令又は環境省令で、その制定又は改廃に伴い合理的に必要と判断される範囲内において所要の経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）を定めることができる。
（権限の委任）
第二十六条の二
この法律に規定する環境大臣の権限は、環境省令で定めるところにより、地方環境事務所長に委任することができる。
（政令で定める市の長による事務の処理）
第二十七条
この法律の規定により都道府県知事の権限に属する事務（第四条第一項及び第八項、第五条第一項、第九条第一項及び第三項、第二十三条並びに第二十四条に規定する事務を除く。）の一部は、指定地域の全部又は一部が政令で定める市（特別区を含む。以下同じ。）の区域内にある場合には、その区域については、政令で定めるところにより、当該市の長が行うこととすることができる。
２
前項の政令で定める市の長は、この法律の施行に必要な事項で環境省令で定めるものを都道府県知事に通知しなければならない。
（事務の区分）
第二十七条の二
第二十四条の規定により都道府県が処理することとされている事務は、地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）第二条第九項第一号に規定する第一号法定受託事務とする。
第四章　罰則
第二十八条
第十五条第四項の規定による命令に違反した者（次条に規定する者を除く。）は、一年以下の拘禁刑又は五十万円以下の罰金に処する。
第二十九条