収用等に係る譲渡資産が内水面に係る漁業権であり、かつ、当該漁業権を有していた漁業協同組合又は漁業協同組合連合会が代替資産として水産動植物の増殖に関する事業を実施するために必要な土地若しくは土地の上に存する権利又は減価償却資産（以下この項及び次項において「増殖施設」という。）の取得をする場合において、収用等に係る事業又は生態影響調査（当該事業の全部又は一部の完了後において行われる内水面に係る河川、湖沼等の水質、流量等の変化の水産動植物の生態に与える影響に関する調査をいう。以下この項及び次項において同じ。）の全部又は一部が完了しないため、当該収用等のあつた日以後二年を経過する日までに当該増殖施設の取得をすることが困難であり、かつ、当該収用等に係る事業又は生態影響調査の全部又は一部の完了後において当該増殖施設の取得をすることが確実であると認められるとき
当該収用等があつた日から四年を経過する日（同日前に当該増殖施設の取得をすることができると認められる場合には、当該取得をすることができると認められる日とし、当該収用等に係る事業又は当該生態影響調査の全部又は一部が完了しないことにより当該四年を経過する日までに当該取得をすることが困難であると認められる場合において財務省令で定めるところにより納税地の所轄税務署長の承認を受けたときは、当該取得をすることができる日として当該税務署長が認定した日（当該四年を経過する日から同日以後八年を経過する日までの期間内の日に限る。）とする。）から六月を経過する日
三
収用等のあつたことに伴い、工場等の建設又は移転を要することとなつた場合において、当該工場等の敷地の用に供するための宅地の造成並びに当該工場等の建設及び移転に要する期間が通常二年を超えるため、当該収用等のあつた日以後二年を経過する日までに当該工場等又は当該工場等の敷地の用に供する土地その他の当該工場等に係る資産を代替資産として取得をすることが困難であり、かつ、当該収用等のあつた日から三年を経過する日までに当該資産の取得をすることが確実であると認められるとき
当該資産の取得をすることができることとなると認められる日
２４
前項第二号に掲げる場合において、同号に規定する税務署長が認定した日が当該収用等があつた日から八年を経過する日を含む事業年度終了の日後であり、かつ、同日までに同号の承認に係る増殖施設の取得をしていないときは、当該承認を受けた漁業協同組合又は漁業協同組合連合会は、同日を含む事業年度の法人税法第二条第三十一号に規定する確定申告書に当該収用等に係る事業の施行の状況、当該生態影響調査の実施の状況、当該増殖施設の取得をすることができると見込まれる日その他参考となるべき事項を記載した書面を添付しなければならない。
２５
法第六十四条の二第一項に規定する政令で定めるときは、同項に規定する収用等のあつた日を含む事業年度終了の日後に同項の法人が被合併法人、分割法人又は現物出資法人となる適格合併、適格分割又は適格現物出資を行う場合において、当該適格合併、適格分割又は適格現物出資に係る合併法人、分割承継法人又は被現物出資法人が同項に規定する指定期間内に同項に規定する補償金、対価又は清算金の額の一部に相当する金額をもつて代替資産の取得をする見込みであるときとする。
２６
法第六十四条の二第七項に規定する政令で定める場合は、次の各号に掲げる場合とし、同項に規定する政令で定める期間は、当該各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める期間とする。
一
法第六十四条の二第七項に規定する特別勘定の金額が同条第四項の規定により引継ぎを受けた同項各号に定める特別勘定の金額である場合
当該引継ぎを受けた日から同条第一項に規定する指定期間の末日までの期間
二
法第六十四条の二第七項に規定する特別勘定の金額が同条第四項の規定により引継ぎを受けた同項第二号に定める期中特別勘定の金額である場合
同条第二項に規定する期間
２７
法人が法第六十四条の二第一項の特別勘定を設けている場合において、第二十三項各号に掲げる場合に該当するときは、当該法人については、同条第七項又は第八項に規定する代替資産は、当該各号に規定する代替資産に該当する資産とする。
２８
法第六十四条の二第十項に規定する政令で定める金額は、千万円とする。
２９
法第六十四条の二第十一項に規定する政令で定める金額は、千万円とする。
３０
法第六十四条の二第十一項に規定する法人が同項に規定する通算開始直前事業年度又は通算加入直前事業年度終了の時に同項に規定する特別勘定の金額（以下この項において「特別勘定残額」という。）を有する場合において、当該特別勘定残額が次の各号に掲げる法人の区分に応じ当該各号に定める特別勘定の金額に該当するときは、当該特別勘定残額については、同条第十一項の規定は、適用しない。
一
法人税法第六十四条の十一第一項に規定する内国法人（同項に規定する親法人を除く。）
法人税法施行令第百三十一条の十三第二項第四号ロに掲げる特別勘定の金額
二
法人税法第六十四条の十二第一項に規定する他の内国法人
法人税法施行令第百三十一条の十三第三項第四号ロに掲げる特別勘定の金額
３１
法第六十四条の二第十七項に規定する政令で定める日は、同条第七項に規定する指定期間の末日の翌日から起算して二年以内の日で代替資産の取得をすることができるものとして同条第十七項の所轄税務署長が認定した日とする。
３２
法第六十四条第一項若しくは第九項又は第六十四条の二第一項若しくは第二項の規定を適用する場合において、これらの規定に規定する補償金、対価又は清算金の額のうち既に同条第一項の特別勘定の金額及び同条第二項に規定する期中特別勘定の金額の計算の基礎とした同条第一項及び第二項に規定する取得に充てようとするものの額があるときは、法第六十四条第一項に規定する代替資産の取得価額又は法第六十四条の二第一項の特別勘定の金額若しくは同条第二項に規定する期中特別勘定の金額を計算する場合におけるこれらの規定に規定する補償金、対価又は清算金の額は、当該補償金、対価又は清算金の額から当該取得に充てようとするものの額に相当する金額を控除した金額とする。
３３
法第六十四条の二第七項から第九項までの規定を適用する場合（次項の規定の適用がある場合を除く。）において、法第六十四条第一項に規定する代替資産の取得価額が法第六十四条の二第七項又は第八項の特別勘定の金額の計算の基礎となつた同条第一項に規定する取得に充てようとするものの額（既に収用等のあつた日を含む事業年度後の各事業年度において当該取得に充てようとするものの額の一部に相当する金額をもつて取得した他の代替資産で同条第七項及び第八項の規定の適用を受けたものがある場合には、当該取得に充てようとするものの額から当該他の代替資産の取得価額に相当する金額を控除した金額）を超えるときは、その超える金額を控除した金額をもつて当該代替資産の取得価額とする。
３４
法第六十四条の二第四項の規定により引継ぎを受けた特別勘定の金額を有する同項に規定する合併法人等が同条第七項から第九項までの規定を適用する場合において、法第六十四条第一項に規定する代替資産の取得価額が当該引継ぎを受けた特別勘定の金額の計算の基礎となつた法第六十四条の二第一項、第二項又は第四項第二号に規定する取得に充てようとするものの額（既に当該特別勘定の金額の引継ぎを受けた日以後に当該取得に充てようとするものの額の一部に相当する金額をもつて取得した他の代替資産で同条第七項及び第八項の規定の適用を受けたものがある場合には、当該取得に充てようとするものの額から当該他の代替資産の取得価額に相当する金額を控除した金額）を超えるときは、その超える金額を控除した金額をもつて当該代替資産の取得価額とする。
３５
法人が、法第六十四条第九項（法第六十四条の二第八項において準用する場合を含む。）又は法第六十四条の二第二項の規定の適用を受ける場合には、これらの規定の適用に係る資産が法第六十四条第一項各号又は第二項各号に掲げる場合に該当することとなつたことを証する書類として財務省令で定める書類を保存しなければならない。
（換地処分等に伴い資産を取得した場合の課税の特例）
第三十九条の二
前条第二項第一号及び第二号並びに第三項の規定は、法第六十五条第一項第一号に規定する政令で定める資産について準用する。
２
法第六十五条第一項第六号に規定する政令で定める資産は、マンションの建替え等の円滑化に関する法律第二条第一項第六号に規定する施行マンションに関する権利及びその敷地利用権（同項第十九号に規定する敷地利用権をいう。第五項において同じ。）とする。
３
法第六十五条第二項第一号の規定により帳簿価額から控除する政令で定めるところにより計算した金額は、同条第一項に規定する換地処分等により譲渡した資産に係る同項に規定する補償金等の額又は同項に規定する保留地の対価の額が当該資産に係る同項に規定する交換取得資産の価額と当該補償金等の額又は当該保留地の対価の額との合計額のうちに占める割合を、当該帳簿価額に乗じて計算した金額とする。
４
法第六十五条第二項第三号の場合において帳簿価額に加算する政令で定めるところにより計算した金額は、同号に規定する譲渡した資産の譲渡により取得した同号に規定する交換取得資産の価額が当該交換取得資産の価額と同条第一項に規定する補償金等の額又は同項に規定する保留地の対価の額との合計額のうちに占める割合を、同号に規定する経費の金額の合計額について前条第一項の規定に準じて計算した当該譲渡した資産に係る部分の金額に乗じて計算した金額とする。
５