研究機構は、通則法第三十五条の四第二項第一号に規定する中長期目標の期間（以下この項において「中長期目標の期間」という。）の最後の事業年度に係る通則法第四十四条第一項又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、その額に相当する金額のうち主務大臣の承認を受けた金額を、当該中長期目標の期間の次の中長期目標の期間に係る通則法第三十五条の五第一項の認可を受けた中長期計画（同項後段の規定による変更の認可を受けたときは、その変更後のもの）の定めるところにより、当該次の中長期目標の期間における第十四条に規定する業務の財源に充てることができる。
２
研究機構は、前項に規定する積立金の額に相当する金額から同項の規定による承認を受けた金額を控除してなお残余があるときは、その残余の額を国庫に納付しなければならない。
３
前二項に定めるもののほか、納付金の納付の手続その他積立金の処分に関し必要な事項は、政令で定める。
（余裕金の運用の特例）
第十七条
研究機構は、第十五条第二号に掲げる業務に係る業務上の余裕金については、通則法第四十七条に規定する方法によるほか、財政融資資金への預託により運用することができる。
（基金の設置等）
第十七条の二
研究機構は、主務大臣が通則法第三十五条の四第一項に規定する中長期目標において第十四条第一項第五号に掲げる業務及びこれに附帯する業務のうち科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律第二十七条の二第一項に規定する特定公募型研究開発業務として行うものに関する事項を定めた場合には、同項に規定する基金（次項において「基金」という。）を設け、次項の規定により交付を受けた補助金をもってこれに充てるものとする。
２
政府は、予算の範囲内において、研究機構に対し、基金に充てる資金を補助することができる。
第四章　雑則
（緊急時の要請）
第十八条
農林水産大臣は、次に掲げるときは、研究機構に対し、第十四条第一項第一号に掲げる業務のうち必要な試験及び研究、調査、分析又は鑑定を実施すべきことを要請することができる。
一
農作物、家畜又は家きんに重大な被害が生じ、又は生ずるおそれがあると認められる場合において、当該被害の拡大又は発生を防止するため緊急の必要があると認めるとき。
二
品質が適正でない食品が流通し、又は流通するおそれがあり、これを放置しては一般消費者の利益を著しく害すると認められる場合において、一般消費者の利益を保護するため緊急の必要があると認めるとき。
２
研究機構は、前項の規定による農林水産大臣の要請があったときは、速やかにその要請された試験及び研究、調査、分析又は鑑定を実施しなければならない。
（出資者原簿）
第十九条
研究機構は、出資者原簿を備えて置かなければならない。
２
出資者原簿には、第十五条第二号及び第三号に掲げる業務に係る出資ごとに、各出資者について次の事項を記載しなければならない。
一
氏名又は名称及び住所
二
出資の引受け及び出資金の払込みの年月日
三
出資額
３
出資者は、出資者原簿の閲覧を求めることができる。
（残余財産の分配）
第二十条
研究機構は、解散した場合において、その債務を弁済してなお残余財産があるときは、当該残余財産の額のうち、第十五条第一号に掲げる業務に係る勘定に属する額に相当する額を政府に対し、同条第二号に掲げる業務に係る勘定に属する額に相当する額を同号に掲げる業務に係る各出資者に対し、同条第三号に掲げる業務に係る勘定に属する額に相当する額を同号に掲げる業務に係る各出資者に対し、それぞれ、その出資額に応じて分配するものとする。
２
前項の規定により第十五条第二号及び第三号に掲げる業務に係る各出資者に分配することができる額は、その出資額を限度とする。
３
第一項の規定による分配の結果なお残余財産があるときは、その財産は、国庫に帰属する。
（協議）
第二十一条
主務大臣は、次の場合には、財務大臣に協議しなければならない。
一
第六条第二項の規定による認可をしようとするとき。
二
第十六条第一項の規定による承認をしようとするとき。
２
主務大臣は、通則法第二十八条第一項の規定による認可（第十五条第三号及び第四号に掲げる業務に係る部分に限る。）をしようとするときは、関係行政機関の長に協議しなければならない。
（主務大臣等）
第二十二条
この法律及び研究機構に係る通則法における主務大臣は、次のとおりとする。
一
役員及び職員並びに財務及び会計その他管理業務に関する事項（次号に掲げるものを除く。）については、農林水産大臣
二
第十五条第三号及び第四号に掲げる業務に係る財務及び会計に関する事項については、農林水産大臣、財務大臣及び第二条第三号の政令で定める業種に属する事業を所管する大臣
三
第十五条第一号及び第二号に掲げる業務に関する事項については、農林水産大臣
四
第十五条第三号及び第四号に掲げる業務であって、農林漁業及び飲食料品製造業（酒類製造業を除く。）に係るものに関する事項については、農林水産大臣
五
第十五条第三号及び第四号に掲げる業務であって、酒類製造業及びたばこ製造業に係るものに関する事項については、財務大臣
六
第十五条第三号及び第四号に掲げる業務であって、第二条第三号の政令で定める業種に属する事業に係るものに関する事項については、当該事業を所管する大臣
２
研究機構に係る通則法における主務省令は、主務大臣の発する命令とする。
第五章　罰則
第二十三条
第十二条の規定に違反して秘密を漏らし、又は盗用した者は、一年以下の拘禁刑又は五十万円以下の罰金に処する。
第二十四条
次の各号のいずれかに該当する場合には、その違反行為をした研究機構の役員は、二十万円以下の過料に処する。
一
この法律の規定により主務大臣の認可又は承認を受けなければならない場合において、その認可又は承認を受けなかったとき。
二
第十四条に規定する業務以外の業務を行ったとき。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、平成十三年一月六日から施行する。
（職員の引継ぎ等）
第二条
研究機構の成立の際現に農林水産省の部局又は機関で政令で定めるものの職員である者は、別に辞令を発せられない限り、研究機構の成立の日において、研究機構の相当の職員となるものとする。
第三条
研究機構の成立の際現に前条に規定する政令で定める部局又は機関の職員である者のうち、研究機構の成立の日において引き続き研究機構の職員となったもの（次条において「引継職員」という。）であって、研究機構の成立の日の前日において農林水産大臣又はその委任を受けた者から児童手当法（昭和四十六年法律第七十三号）第七条第一項（同法附則第六条第二項、第七条第四項又は第八条第四項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定による認定を受けているものが、研究機構の成立の日において児童手当又は同法附則第六条第一項、第七条第一項若しくは第八条第一項の給付（以下この条において「特例給付等」という。）の支給要件に該当するときは、その者に対する児童手当又は特例給付等の支給に関しては、研究機構の成立の日において同法第七条第一項の規定による市町村長（特別区の区長を含む。）の認定があったものとみなす。
この場合において、その認定があったものとみなされた児童手当又は特例給付等の支給は、同法第八条第二項（同法附則第六条第二項、第七条第四項又は第八条第四項において準用する場合を含む。）の規定にかかわらず、研究機構の成立の日の前日の属する月の翌月から始める。
（研究機構の職員となる者の職員団体についての経過措置）
第四条
研究機構の成立の際現に存する国家公務員法（昭和二十二年法律第百二十号）第百八条の二第一項に規定する職員団体であって、その構成員の過半数が引継職員であるものは、研究機構の成立の際国営企業及び特定独立行政法人の労働関係に関する法律（昭和二十三年法律第二百五十七号）の適用を受ける労働組合となるものとする。
この場合において、当該職員団体が法人であるときは、法人である労働組合となるものとする。
２
前項の規定により法人である労働組合となったものは、研究機構の成立の日から起算して六十日を経過する日までに、労働組合法（昭和二十四年法律第百七十四号）第二条及び第五条第二項の規定に適合する旨の労働委員会の証明を受け、かつ、その主たる事務所の所在地において登記しなければ、その日の経過により解散するものとする。
３
第一項の規定により労働組合となったものについては、研究機構の成立の日から起算して六十日を経過する日までは、労働組合法第二条ただし書（第一号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
（権利義務の承継等）
第五条
研究機構の成立の際、第十条に規定する業務に関し、現に国が有する権利及び義務のうち政令で定めるものは、研究機構の成立の時において研究機構が承継する。
２
前項の規定により研究機構が国の有する権利及び義務を承継したときは、その承継の際、承継される権利に係る土地、建物その他の財産で政令で定めるものの価額の合計額に相当する金額は、政府から研究機構に対し出資されたものとする。
３
前項の規定により政府から出資があったものとされる同項の財産の価額は、研究機構の成立の日現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。
４
前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。
（血清類及び薬品の製造及び配布の業務に関する経過措置）
第六条