別表六（二十三）を別表六（二十四）とし、同表の次に三表を加える改正規定（別表六（二十五）に係る部分に限る。）、別表六の二（十二）付表を別表六の二（十三）付表とし、同表の次に四表を加える改正規定（別表六の二（十四）及び別表六の二（十四）付表に係る部分に限る。）、別表十（一）の次に二表を加える改正規定（別表十（二）に係る部分に限る。）及び別表十八の記載要領第四号の改正規定（「第４２条の６第５項」を「第４２条の５の２第５項（連結納税の承認を取り消された場合のエネルギー環境負荷低減推進設備等に係る法人税額）、第４２条の６第５項」に改める部分及び「第６８条の１１第５項」を「第６８条の１０の２第５項（連結納税の承認を取り消された場合のエネルギー環境負荷低減推進設備等に係る法人税額）、第６８条の１１第５項」に改める部分を除く。）並びに附則第九条第二項の規定
総合特別区域法（平成二十三年法律第八十一号）の施行の日
二
別表十（一）の次に二表を加える改正規定（別表十（二）に係る部分を除く。）及び附則第九条第五項の規定
特定多国籍企業による研究開発事業等の促進に関する特別措置法（平成二十四年法律第五十五号）の施行の日
（経過措置の原則）
第二条
別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行規則（以下「新規則」という。）の規定は、法人（現下の厳しい経済状況及び雇用情勢に対応して税制の整備を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第八十二号。以下「改正法」という。）第二条の規定による改正後の法人税法（以下「新法」という。）第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の平成二十三年四月一日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税及び連結法人の同日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に開始した事業年度の所得に対する法人税及び連結法人の同日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
（時価純資産価額等に関する保存書類に関する経過措置）
第三条
新規則第二十六条の四第二項（時価純資産価額等に関する保存書類）の規定は、この省令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に行われる同項第一号に規定する適格組織再編成等について適用し、施行日前に行われた改正前の法人税法施行規則（以下「旧規則」という。）第二十六条の四第二項第一号（時価純資産価額等に関する保存書類）に規定する適格組織再編成等については、なお従前の例による。
（特定資産に係る譲渡等損失額の計算の特例に関する経過措置）
第四条
新規則第二十七条の十五の二第二項（特定資産に係る譲渡等損失額の計算の特例）の規定は、施行日以後に行われる同項第一号に規定する特定適格組織再編成等について適用し、施行日前に行われた旧規則第二十七条の十五の二第二項第一号（特定資産に係る譲渡等損失額の計算の特例）に規定する特定適格組織再編成等については、なお従前の例による。
（確定申告書の添付書類に関する経過措置）
第五条
新規則第三十五条（確定申告書の添付書類）の規定は、法人の平成二十三年四月一日以後に開始する事業年度（施行日前に終了する事業年度を除く。）の確定申告書について適用し、法人の同年四月一日前に開始した事業年度（同日以後に開始し、かつ、施行日前に終了する事業年度を含む。）の確定申告書については、なお従前の例による。
（みなし連結欠損金額の計算の特例に係る時価純資産価額等に関する保存書類に関する経過措置）
第六条
新規則第三十七条の三（みなし連結欠損金額の計算の特例に係る時価純資産価額等に関する保存書類）において準用する新規則第二十六条の四第二項（時価純資産価額等に関する保存書類）の規定は、施行日以後に行われる法人税法施行令の一部を改正する政令（平成二十三年政令第百九十六号。以下「改正令」という。）による改正後の法人税法施行令第百五十五条の二十第五項（連結欠損金額のうちないものとされる連結欠損金個別帰属額に相当する金額）に規定する適格組織再編成等について適用し、施行日前に行われた改正令による改正前の法人税法施行令第百五十五条の二十第五項（連結欠損金額のうちないものとされる連結欠損金個別帰属額に相当する金額）に規定する適格組織再編成等については、なお従前の例による。
（連結確定申告書等の添付書類に関する経過措置）
第七条
新規則第三十七条の十二（連結確定申告書の添付書類）及び第三十七条の十七（個別帰属額等の届出の添付書類）の規定は、連結法人の平成二十三年四月一日以後に開始する連結事業年度（施行日前に終了する連結事業年度を除く。）の連結確定申告書又は新法第八十一条の二十五第一項（連結子法人の個別帰属額等の届出）に規定する書類について適用し、連結法人の同年四月一日前に開始した連結事業年度（同日以後に開始し、かつ、施行日前に終了する連結事業年度を含む。）の連結確定申告書又は改正法第二条の規定による改正前の法人税法第八十一条の二十五第一項（連結子法人の個別帰属額等の届出）に規定する書類については、なお従前の例による。
（各事業年度の所得に対する法人税についての申告、納付及び還付に関する経過措置）
第八条
新規則第六十一条第二項（各事業年度の所得に対する法人税についての申告、納付及び還付）の規定は、外国法人の平成二十三年四月一日以後に開始する事業年度（施行日前に終了する事業年度を除く。）の確定申告書について適用し、外国法人の同年四月一日前に開始した事業年度（同日以後に開始し、かつ、施行日前に終了する事業年度を含む。）の確定申告書については、なお従前の例による。
（書式に関する経過措置）
第九条
新規則別表の書式（新規則別表六（二十五）、別表六の二（十四）、別表六の二（十四）付表、別表七（二）、別表七の二付表四、別表十（二）、別表十（三）、別表十七（三）から別表十七（三の四）まで、別表十八の二付表一及び別表十八の二付表三の書式を除く。）は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税及び連結法人の施行日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税及び連結法人の施行日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
２
新規則別表六（二十五）、別表六の二（十四）、別表六の二（十四）付表及び別表十（二）の書式は、法人の附則第一条第一号（施行期日）に定める日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税及び連結法人の同日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用する。
３
新規則別表七（二）の書式は、法人の平成二十三年四月一日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
４
新規則別表七の二付表四の書式は、連結法人の平成二十三年四月一日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用する。
５
新規則別表十（三）の書式は、法人の附則第一条第二号に定める日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税及び連結法人の同日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用する。
６
新規則別表十七（三）から別表十七（三の四）までの書式は、法人の平成二十三年四月一日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税及び連結法人の同日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税及び連結法人の同日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
７
新規則別表十八の二付表一及び別表十八の二付表三の書式は、施行日以後に納税義務が成立する連結中間申告書に係る法人税について適用し、施行日前に納税義務が成立した連結中間申告書に係る法人税については、なお従前の例による。
８
法人の平成二十二年九月三十日以前の解散（合併による解散を除く。）による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部の分配又は引渡しにより納付すべき法人税を含む。）に係る旧規則別表二十（一）から別表二十（四）までの書式については、なお従前の例による。
附　則
１
この省令は、平成二十四年四月一日から施行する。
２
改正後の法人税法施行規則（次項において「新規則」という。）第二十二条の四（第五号に係る部分に限る。）（一般寄附金の損金算入限度額の計算上公益法人等から除かれる法人）の規定は、法人のこの省令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
３
特定非営利活動促進法の一部を改正する法律（平成二十三年法律第七十号）附則第十条第四項（租税特別措置法の一部改正に伴う経過措置）に規定する旧認定特定非営利活動法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税に係る新規則の規定の適用については、新規則第二十二条の四第五号中「認定特定非営利活動法人」とあるのは、「認定特定非営利活動法人及び特定非営利活動促進法の一部を改正する法律（平成二十三年法律第七十号）附則第十条第四項（租税特別措置法の一部改正に伴う経過措置）に規定する旧認定特定非営利活動法人」とする。
附　則
１
この省令は、資本市場及び金融業の基盤強化のための金融商品取引法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第四十九号）附則第一条第二号に定める日（平成二十三年十一月二十四日）から施行する。
２