環境大臣は、第三十七条第四項若しくは第三十八条第四項の規定に違反した者、第三十七条第七項（第三十八条第五項において準用する場合を含む。）の規定により付された条件に違反した者、前条第一項の規定による届出をしないで同項に規定する行為をした者又は同条第二項の規定による命令に違反した者がその違反行為によって国内希少野生動植物種の個体の生息地又は生育地の保護に支障を及ぼした場合において、国内希少野生動植物種の保存のため必要があると認めるときは、これらの者に対し、相当の期限を定めて、原状回復を命じ、その他国内希少野生動植物種の個体の生息地又は生育地の保護のため必要な措置をとるべきことを命ずることができる。
３
環境大臣は、前項の規定による命令をした場合において、その命令をされた者がその命令に係る期限までにその命令に係る措置をとらないときは、自ら原状回復をし、その他国内希少野生動植物種の個体の生息地又は生育地の保護のため必要な措置をとるとともに、その費用の全部又は一部をその者に負担させることができる。
（報告徴収及び立入検査等）
第四十一条
環境大臣は、この法律の施行に必要な限度において、管理地区の区域内において第三十七条第四項各号に掲げる行為をした者又は監視地区の区域内において同項第一号から第五号までに掲げる行為をした者に対し、その行為の実施状況その他必要な事項について報告を求めることができる。
２
環境大臣は、この法律の施行に必要な限度において、その職員に、生息地等保護区の区域内において前項に規定する者が所有し、又は占有する土地に立ち入り、その者がした行為の実施状況について検査させ、若しくは関係者に質問させ、又はその行為が国内希少野生動植物種の保存に及ぼす影響について調査をさせることができる。
３
前項の規定による立入検査又は立入調査をする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係者に提示しなければならない。
４
第一項及び第二項の規定による権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。
（実地調査）
第四十二条
環境大臣は、第三十六条第一項、第三十七条第一項又は第三十八条第一項の規定による指定又はその変更をするための実地調査に必要な限度において、その職員に、他人の土地に立ち入らせることができる。
２
環境大臣は、その職員に前項の規定による立入りをさせようとするときは、あらかじめ、土地の所有者又は占有者にその旨を通知し、意見を述べる機会を与えなければならない。
３
第一項の規定による立入りをする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係者に提示しなければならない。
４
土地の所有者又は占有者は、正当な理由がない限り、第一項の規定による立入りを拒み、又は妨げてはならない。
（公害等調整委員会の裁定）
第四十三条
第三十七条第四項、第三十九条第二項又は第四十条第二項の規定による処分に不服がある者は、その不服の理由が鉱業、採石業又は砂利採取業との調整に関するものであるときは、公害等調整委員会に裁定を申請することができる。
この場合には、審査請求をすることができない。
２
行政不服審査法第二十二条の規定は、前項の処分について、処分をした行政庁が誤って審査請求又は再調査の請求をすることができる旨を教示した場合に準用する。
（損失の補償）
第四十四条
国は、第三十七条第四項の許可を受けることができないため、同条第七項の規定により条件を付されたため又は第三十九条第二項の規定による命令をされたため損失を受けた者に対し、通常生ずべき損失の補償をする。
２
前項の補償を受けようとする者は、環境大臣にその請求をしなければならない。
３
環境大臣は、前項の請求を受けたときは、補償をすべき金額を決定し、その請求をした者に通知しなければならない。
４
前項の規定による金額の決定に不服がある者は、同項の規定による通知を受けた日から六月を経過する日までの間に、訴えをもってその増額の請求をすることができる。
５
前項の訴えにおいては、国を被告とする。
第四章　保護増殖事業
（保護増殖事業計画）
第四十五条
環境大臣及び保護増殖事業を行おうとする国の行政機関の長（第三項及び第四十八条の二において「環境大臣等」という。）は、保護増殖事業の適正かつ効果的な実施に資するため、中央環境審議会の意見を聴いて保護増殖事業計画を定めるものとする。
２
前項の保護増殖事業計画は、保護増殖事業の対象とすべき国内希少野生動植物種ごとに、保護増殖事業の目標、保護増殖事業が行われるべき区域及び保護増殖事業の内容その他保護増殖事業が適正かつ効果的に実施されるために必要な事項について定めるものとする。
３
環境大臣等は、第一項の保護増殖事業計画を定めたときは、その概要を官報で公示し、かつ、その保護増殖事業計画を一般の閲覧に供しなければならない。
４
第一項及び前項の規定は、第一項の保護増殖事業計画の変更について準用する。
（認定保護増殖事業等）
第四十六条
国は、国内希少野生動植物種の保存のため必要があると認めるときは、保護増殖事業を行うものとする。
２
地方公共団体は、その行う保護増殖事業であってその事業計画が前条第一項の保護増殖事業計画に適合するものについて、環境大臣のその旨の確認を受けることができる。
３
国及び地方公共団体以外の者は、その行う保護増殖事業について、その者がその保護増殖事業を適正かつ確実に実施することができ、及びその保護増殖事業の事業計画が前条第一項の保護増殖事業計画に適合している旨の環境大臣の認定を受けることができる。
４
環境大臣は、前項の認定をしたときは、環境省令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。
第四十八条第二項又は第三項の規定によりこれを取り消したときも、同様とする。
第四十七条
認定保護増殖事業等（国の保護増殖事業、前条第二項の確認を受けた保護増殖事業及び同条第三項の認定を受けた保護増殖事業をいう。以下この条において同じ。）は、第四十五条第一項の保護増殖事業計画に即して行われなければならない。
２
認定保護増殖事業等として実施する行為については、第九条、第十二条第一項、第三十七条第四項及び第十項、第三十八条第四項、第三十九条第一項並びに第五十四条第二項及び第三項の規定は、適用しない。
３
生息地等保護区の区域内の土地の所有者又は占有者は、認定保護増殖事業等として実施される給
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設備その他の保護増殖事業のために必要な施設の設置に協力するように努めなければならない。
４
環境大臣は、前条第三項の認定を受けて保護増殖事業を行う者に対し、その保護増殖事業の実施状況その他必要な事項について報告を求めることができる。
第四十八条
第四十六条第二項の確認又は同条第三項の認定を受けて保護増殖事業を行う者は、その保護増殖事業を廃止したとき、又はその保護増殖事業を第四十五条第一項の保護増殖事業計画に即して行うことができなくなったときは、その旨を環境大臣に通知しなければならない。
２
環境大臣は、前項の規定による通知があったときは、その通知に係る第四十六条第二項の確認又は同条第三項の認定を取り消すものとする。
３
環境大臣は、第四十六条第三項の認定を受けた保護増殖事業が第四十五条第一項の保護増殖事業計画に即して行われていないと認めるとき、又はその保護増殖事業を行う者がその保護増殖事業を適正かつ確実に実施することができなくなったと認めるとき若しくは前条第四項に規定する報告をせず、若しくは虚偽の報告をしたときは、その認定を取り消すことができる。
（土地への立入り等）
第四十八条の二
環境大臣等は、保護増殖事業の実施に係る野生動植物の種の個体の捕獲等に必要な限度において、その職員に、他人の土地に立ち入り、立木竹を伐採させ、又は土地（水底を含む。以下この条において同じ。）の形質の軽微な変更をさせることができる。
２
環境大臣等は、その職員に前項の規定による行為をさせるときは、あらかじめ、土地の所有者若しくは占有者又は立木竹の所有者にその旨を通知し、意見を述べる機会を与えなければならない。
３
第一項の職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係者に提示しなければならない。
４
土地の所有者又は占有者は、正当な理由がない限り、第一項の規定による立入りを拒み、又は妨げてはならない。
５
環境大臣等は、第二項の規定による通知をする場合において、相手方が知れないとき、又はその所在が不分明なときは、その通知に係る土地又は立木竹の所在地の属する市町村の事務所の掲示場にその通知の内容を掲示するとともに、その要旨及び掲示した旨を官報に掲載しなければならない。
この場合においては、その掲示を始めた日又は官報に掲載した日のいずれか遅い日から十四日を経過した日に、その通知は、相手方に到達したものとみなす。
（損失の補償）
第四十八条の三
国は、前条第一項の規定による行為によって損失を受けた者に対し、通常生ずべき損失の補償をする。
２
第四十四条第二項から第五項までの規定は、前項の規定による損失の補償について準用する。
第五章　認定希少種保全動植物園等
（希少種保全動植物園等の認定）
第四十八条の四
動植物園等を設置し、又は管理する者（法人に限る。）は、申請により、次の各号のいずれにも適合していることについて、動植物園等ごとに、環境大臣の認定を受けることができる。
一
当該動植物園等において取り扱われる希少野生動植物種の飼養等及び譲渡し等の目的が、第十三条第一項に規定する目的に適合すること。
二
当該動植物園等において取り扱われる希少野生動植物種の飼養等及び譲渡し等の実施体制及び飼養栽培施設が、当該希少野生動植物種の保存に資するものとして環境省令で定める基準に適合すること。
三