合併、分割型分割、株式交換又は株式移転（以下この項において「合併等」という。）により当該合併等に係る被合併法人、分割法人、株式交換完全子法人又は株式移転完全子法人の株主等に交付される株式（投資信託及び投資法人に関する法律（昭和二十六年法律第百九十八号）第二条第十四項（定義）に規定する投資口を含む。以下同じ。）又は出資（以下この項において「交付株式」という。）が次に掲げる株式（出資を含む。以下この項において同じ。）である場合には、当該交付株式は、令第四条の三第四項第五号、第八項第六号イ、第二十項第五号及び第二十四項第五号に規定する対価株式に含まれないものとして、これらの規定を適用する。
一
会社法第百三十五条第三項（親会社株式の取得の禁止）その他の法令の規定により当該株主等による保有の制限をされる株式
二
当該株主等が発行した株式
第二章の三　恒久的施設の範囲
第三条の四
令第四条の四第九項（恒久的施設の範囲）に規定する財務省令で定める特殊の関係は、次に掲げる関係とする。
一
一方の者が他方の法人（人格のない社団等を含む。以下同じ。）の発行済株式又は出資（自己が有する自己の株式又は出資を除く。）の総数又は総額（以下この条において「発行済株式等」という。）の百分の五十を超える数又は金額の株式等（株式又は出資をいう。以下この条において同じ。）を直接又は間接に保有する関係その他の一方の者が他方の者を直接又は間接に支配する関係
二
二の法人が同一の者によつてそれぞれその発行済株式等の百分の五十を超える数又は金額の株式等を直接又は間接に保有される場合における当該二の法人の関係その他の二の者が同一の者によつて直接又は間接に支配される場合における当該二の者の関係（前号に掲げる関係に該当するものを除く。）
２
前項第一号の場合において、一方の者が他方の法人の発行済株式等の百分の五十を超える数又は金額の株式等を直接又は間接に保有するかどうかの判定は、当該一方の者の当該他方の法人に係る直接保有の株式等の保有割合（当該一方の者の有する当該他方の法人の株式等の数又は金額が当該他方の法人の発行済株式等のうちに占める割合をいう。）と当該一方の者の当該他方の法人に係る間接保有の株式等の保有割合とを合計した割合により行うものとする。
３
前項に規定する間接保有の株式等の保有割合とは、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める割合（当該各号に掲げる場合のいずれにも該当する場合には、当該各号に定める割合の合計割合）をいう。
一
前項の他方の法人の株主等である法人の発行済株式等の百分の五十を超える数又は金額の株式等が同項の一方の者により保有されている場合
当該株主等である法人の有する当該他方の法人の株式等の数又は金額が当該他方の法人の発行済株式等のうちに占める割合（当該株主等である法人が二以上ある場合には、当該二以上の株主等である法人につきそれぞれ計算した割合の合計割合）
二
前項の他方の法人の株主等である法人（前号に掲げる場合に該当する同号の株主等である法人を除く。）と同項の一方の者との間にこれらの者と株式等の保有を通じて連鎖関係にある一又は二以上の法人（以下この号において「出資関連法人」という。）が介在している場合（出資関連法人及び当該株主等である法人がそれぞれその発行済株式等の百分の五十を超える数又は金額の株式等を当該一方の者又は出資関連法人（その発行済株式等の百分の五十を超える数又は金額の株式等が当該一方の者又は他の出資関連法人によつて保有されているものに限る。）によつて保有されている場合に限る。）
当該株主等である法人の有する当該他方の法人の株式等の数又は金額が当該他方の法人の発行済株式等のうちに占める割合（当該株主等である法人が二以上ある場合には、当該二以上の株主等である法人につきそれぞれ計算した割合の合計割合）
４
第二項の規定は、第一項第二号の直接又は間接に保有される関係の判定について準用する。
第三章　収益事業の範囲
（住宅用土地の貸付業で収益事業に該当しないものの要件）
第四条
令第五条第一項第五号ヘ（不動産貸付業）に規定する財務省令で定める要件は、同号ヘに規定する貸付業の貸付けの対価の額のうち、当該事業年度の貸付期間に係る収入金額の合計額が、当該貸付けに係る土地に課される固定資産税額及び都市計画税額で当該貸付期間に係るものの合計額に三を乗じて計算した金額以下であることとする。
（事務処理の委託を受ける業で収益事業に該当しないものの要件）
第四条の二
令第五条第一項第十号イ（収益事業の範囲）に規定する財務省令で定める要件は、次に掲げる要件とする。
一
その委託の対価がその事務処理のために必要な費用を超えないことが法令の規定により明らかなこと。
二
その委託の対価がその事務処理のために必要な費用を超えるに至つた場合には、法令の規定により、その超える金額を委託者又はそれに代わるべき者として主務大臣の指定する者に支出することとされていること。
三
その委託が法令の規定に従つて行われていること。
（国民健康保険団体連合会が委託を受けて行う事業で収益事業に該当しないものの要件）
第四条の二の二
令第五条第一項第十号ホ（収益事業の範囲）に規定する委託を受けて行うものであることその他の財務省令で定める要件は、法令の規定に基づく委託を受けて行うもの（これに準ずるものを含む。）であること、その委託の対価がその事業を実施するために必要な費用を超えるに至つた場合にはその超えるに至つた事業年度の翌事業年度の委託の対価を減額することとされていることその他の厚生労働大臣の定める要件に該当することにつき厚生労働大臣の証明を受けたものであることとする。
２
令第五条第一項第十号ホ（４）に規定する財務省令で定める要件は、都道府県の区域をその区域とする国民健康保険団体連合会の全てをその社員とすることとする。
（血液事業の範囲）
第四条の三
令第五条第一項第二十九号（収益事業の範囲）に規定する財務省令で定める血液事業は、献血により血液を採取し、その採取した血液（その血液から生成される安全な血液製剤の安定供給の確保等に関する法律（昭和三十一年法律第百六十号）第二条第一項（定義）に規定する血液製剤を含む。）を供給する事業とする。
（学術の研究に付随した医療保健業を行う法人の要件）
第四条の四
令第五条第一項第二十九号ル（収益事業の範囲）に規定する財務省令で定めるものは、専ら学術の研究を行い、かつ、当該研究を円滑に行うための体制が整備されているものとして文部科学大臣の定める基準に該当することにつき文部科学大臣の証明を受けた法人とする。
（医師会法人等が行う医療保健業で収益事業に該当しないものの要件）
第五条
令第五条第一項第二十九号ヲ（収益事業の範囲）に規定する財務省令で定める要件は、次に掲げる要件（公益社団法人にあつては、第一号から第五号までに掲げる要件）とする。
一
一又は二以上の都道府県、郡、市、町、村、特別区（旧東京都制（昭和十八年法律第八十九号）第百四十条第二項（区の区域等）に規定する従来の東京市の区を含む。）又は地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）第二百五十二条の十九第一項（指定都市の権能）に規定する指定都市の区若しくは総合区の区域を単位とし、当該区域内の医師又は歯科医師を会員とする公益社団法人又は法別表第二に掲げる一般社団法人である医師会又は歯科医師会（以下この条において「医師会法人等」という。）で、当該医師会法人等の当該事業年度終了の日において地域医師等（当該医師会法人等の組織されている区域の医師又は歯科医師をいう。第三号及び第四号において同じ。）の大部分を会員としているものであること。
二
医師会法人等の当該事業年度終了の日における定款に、当該医師会法人等が解散したときはその残余財産が国若しくは地方公共団体又は当該医師会法人等と類似の目的を有する他の公益法人等に帰属する旨の定めがあること。
三
医師会法人等の開設する全ての病院又は診療所（専ら臨床検査をその業務とするものを含む。次号において「病院等」という。）が、当該事業年度を通じて、地域医師等の全ての者の利用に供するために開放され、かつ、当該地域医師等によつて利用されていること。
四
医師会法人等の開設する全ての病院等における診療が、当該事業年度を通じて地域医師等受診患者（当該病院等以外の病院又は診療所において主として診療を行う地域医師等の当該診療を受けた患者でその後引き続き主として当該地域医師等の診療を受けるものをいう。）に対して専ら行われていること。
五
医師会法人等の受ける診療報酬又は利用料の額が、当該事業年度を通じて、健康保険法（大正十一年法律第七十号）第七十六条第二項（療養の給付に関する費用）の規定により算定される額、同法第八十五条第二項（入院時食事療養費）に規定する基準により算定された同項の費用の額、同法第八十五条の二第二項（入院時生活療養費）に規定する基準により算定された同項の費用の額その他これらに準ずる額以下であること。
六
医師会法人等の行う事業が、公的に運営され、かつ、地域における医療の確保に資するものとして厚生労働大臣の定める基準に該当することにつき、厚生労働大臣の証明を受けていること。
（農業協同組合連合会が行う医療保健業で収益事業に該当しないものの要件等）
第五条の二
令第五条第一項第二十九号ワ（収益事業の範囲）に規定する財務省令で定める要件は、次に掲げる事項の全てに該当するものであることについて財務大臣の承認を受けた日から五年を経過していないこととする。
一