別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行規則（以下「新規則」という。）の規定は、法人（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号。以下「改正法」という。）第二条（法人税法の一部改正）の規定による改正後の法人税法（以下「新法」という。）第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の平成二十年四月一日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税、連結法人の同日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税及び法人の同日以後の解散（合併による解散及び新法第九十二条第二項（解散の場合の清算所得に対する法人税の課税標準）に規定する信託特定解散を除く。以下この条及び附則第九条第一項において同じ。）による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部の分配又は引渡しにより納付すべき法人税を含む。）について適用し、法人の同日前に開始した事業年度の所得に対する法人税、連結法人の同日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税及び法人の同日前の解散による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。）については、なお従前の例による。
（収益事業の範囲に関する経過措置）
第三条
新規則第五条第六号並びに第六条第二号及び第七号（公益法人等の行う医療保健業で収益事業に該当しないものの要件）の規定は、法人の附則第一条第二号（施行期日）に定める日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に開始した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
２
特例民法法人（改正法附則第十条第一項（公益法人等の範囲に関する経過措置）の規定により新法第二条第六号（定義）に規定する公益法人等とみなされる法人（同項に規定する認可取消社団法人及び認可取消財団法人を除く。）をいう。次項及び第四項において同じ。）である一般社団法人は、新規則第五条に規定する公益社団法人とみなして、同条の規定を適用する。
３
特例民法法人の附則第一条第二号に定める日以後に開始し、かつ、移行登記日（一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十八年法律第五十号）第百六条第一項（移行の登記）（同法第百二十一条第一項（認定に関する規定の準用）において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をする日をいう。次項において同じ。）前に終了する事業年度における新規則第六条第二号の規定の適用については、同号中「三分の一以下」とあるのは、「二分の一未満」とする。
４
特例民法法人が附則第一条第二号に定める日から移行登記日の前日までの間に行う信用保証業については、改正前の法人税法施行規則（以下「旧規則」という。）第八条の二第一項（信用保証業で収益事業に該当しないものの範囲等）の規定（主要食糧の需給及び価格の安定に関する法律（平成六年法律第十三号）に係る部分に限る。）は、なおその効力を有する。
（減価償却資産の償却の方法の選定の単位に関する経過措置）
第四条
平成二十年四月一日以後最初に開始する事業年度において、法人が異なる旧区分に属する減価償却資産につき同一の償却の方法を選定している場合（その償却の方法を届け出なかったことにより法人税法施行令の一部を改正する政令（平成二十年政令第百五十六号。以下「改正令」という。）による改正前の法人税法施行令（以下「旧令」という。）第五十三条（減価償却資産の法定償却方法）に規定する償却の方法によるべきこととされている場合を含む。）において、当該異なる旧区分に属する減価償却資産が同一の新区分に属することとなったときは、当該同一の新区分に属することとなった減価償却資産につき当該同一の償却の方法を選定したものとみなす。
２
平成二十年四月一日以後最初に開始する事業年度において、法人の有する異なる旧区分に属する減価償却資産であって、そのよるべき償却の方法として異なる償却の方法を選定しているもの（その償却の方法を届け出なかったことにより旧令第五十三条に規定する償却の方法によるべきこととされているものを含む。）が同一の新区分に属することとなった場合において、新法第七十四条第一項（確定申告）の規定による申告書の提出期限（新法第七十二条第一項（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項）に規定する期間について同項各号に掲げる事項を記載した中間申告書を提出する場合には、その中間申告書の提出期限）までに、次に掲げる事項を記載した届出書を納税地の所轄税務署長に提出したときは、当該届出書をもって改正令による改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）第五十二条第二項（減価償却資産の償却の方法の変更手続）の申請書とみなし、当該届出書の提出をもって同条第一項の承認があったものとみなす。
一
届出をする法人の名称及び納税地並びに代表者の氏名
二
その償却の方法を変更しようとする減価償却資産の種類及び構造若しくは用途、細目又は設備の種類の区分（二以上の事業所又は船舶を有する法人で事業所又は船舶ごとに償却の方法を選定していないものが事業所又は船舶ごとに償却の方法を選定しようとする場合には、事業所又は船舶ごとのこれらの区分）
三
現によっている償却の方法及びその償却の方法を採用した日
四
採用しようとする新たな償却の方法
五
その他参考となるべき事項
３
平成二十年四月一日以後最初に開始する事業年度において、法人の有する異なる旧区分に属する減価償却資産であって、そのよるべき償却の方法として異なる償却の方法を選定しているもの（その償却の方法を届け出なかったことにより旧令第五十三条に規定する償却の方法によるべきこととされているものを含む。）が同一の新区分に属することとなった場合において、前項又は新令第五十二条の規定により償却の方法の変更をしなかったときは、当該新区分に属する減価償却資産につき償却の方法を選定しなかったものとみなして、新令第五十三条（減価償却資産の法定償却方法）の規定を適用する。
４
この条において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。
一
旧区分
減価償却資産の耐用年数等に関する省令の一部を改正する省令（平成二十年財務省令第三十二号。次号において「耐用年数改正省令」という。）による改正前の減価償却資産の耐用年数等に関する省令（昭和四十年大蔵省令第十五号）別表第一、別表第二又は別表第五から別表第八まで（有形減価償却資産の耐用年数表）の規定に基づく旧規則第十四条各号（償却の方法の選定の単位）に定める種類の区分をいい、二以上の事業所又は船舶を有する法人で事業所又は船舶ごとに償却の方法を選定している場合にあっては、事業所又は船舶ごとの当該区分をいう。
二
新区分
耐用年数改正省令による改正後の減価償却資産の耐用年数等に関する省令別表第一、別表第二、別表第五又は別表第六（有形減価償却資産の耐用年数表）の規定に基づく新規則第十四条各号（償却の方法の選定の単位）に定める種類の区分をいい、二以上の事業所又は船舶を有する法人で事業所又は船舶ごとに償却の方法を選定しようとする場合にあっては、事業所又は船舶ごとの当該区分をいう。
（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲等に関する経過措置）
第五条
改正令附則第十二条第二項（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲等に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第七十七条第一項第三号（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定に基づく旧規則第二十三条の二第一項から第三項まで（主務大臣の認定を受ける公益の増進に著しく寄与する法人等）の規定は、なおその効力を有する。
２
新規則第二十三条の四第二項第一号（特定公益信託の信託財産の運用の方法等）の規定は、附則第一条第二号（施行期日）に定める日以後の新令第七十七条の四第三項（特定公益信託の要件）に規定する認定について適用し、同日前の旧令第七十七条の二第三項（特定公益信託の要件）に規定する認定については、なお従前の例による。
３
改正令附則第十二条第二項に規定する旧民法法人（旧令第七十七条第一項第三号ラに掲げるものに該当するものに限る。）で一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律第百六条第一項（移行の登記）（同法第百二十一条第一項（認定に関する規定の準用）において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（同法第百三十一条第一項（認可の取消し）の規定により同法第四十五条（通常の一般社団法人又は一般財団法人への移行）の認可を取り消されたものを除く。）は、新規則第二十三条の四第二項第一号に規定する公益社団法人又は公益財団法人とみなして、同項の規定を適用する。
４
法人が改正令附則第十二条第二項に規定する旧民法法人に対して支出する寄附金については、旧規則第二十四条第一号及び第三号（公益の増進に著しく寄与する法人の証明書類等）の規定は、なおその効力を有する。