自衛隊法（昭和二十九年法律第百六十五号）第七十六条第一項（第一号に係る部分に限る。）の規定により出動を命ぜられ、又は同法第七十七条の二の規定による措置を命ぜられた自衛隊の部隊等（同法第八条に規定する部隊等をいう。）についての第十六条の八第一項の規定の適用については、前項の規定にかかわらず、自衛隊法施行令（昭和二十九年政令第百七十九号）の定めるところによる。
（河川協力団体の特例）
第十六条の十二
法第五十八条の八第一項の河川協力団体が法第五十八条の九各号に掲げる業務として行う国土交通省令で定める行為についての第十六条の八第一項の規定の適用については、当該河川協力団体と河川管理者との協議が成立することをもつて、同項の規定による許可があつたものとみなす。
（地方公共団体等の特例）
第十六条の十三
法第九十九条第一項の規定により委託を受けた地方公共団体等が当該委託を受けた事項についての第十六条の八第一項の規定の適用については、当該地方公共団体等と河川管理者との協議が成立することをもつて、同項の規定による許可があつたものとみなす。
（完成検査を受けなければならない工作物）
第十七条
法第三十条第一項の政令で定める工作物は、次の各号の一に該当するものとする。
一
法第四十四条第一項のダム
二
河川管理施設と効用を兼ねる工作物
三
堤防を開削して設置される工作物
（流水占用料等の額の基準等）
第十八条
法第三十二条第一項の流水占用料等の額の基準は、次のとおりとする。
一
流水若しくは土地の占用又は土石等の採取（以下「流水の占用等」という。）の目的及び態様に応じて公正妥当なものであること。
二
流水の占用等に係る公益的な事業の適正かつ合理的な運営に支障を及ぼすものでないこと。
三
発電のための流水占用料等にあつては、河川の管理に要する費用、当該流水の占用等が河川の管理に及ぼす影響、河川の使用の態様等を勘案して国土交通大臣が定める額の範囲内であること。
２
法第三十二条第一項の流水占用料等の徴収に関しては、次の各号に定めるところによらなければならない。
一
流水の占用等をすることができる期間が、当該流水の占用等に係る法第二十三条、第二十四条若しくは第二十五条の許可又は法第二十三条の二の登録をした日の属する年度の翌年度以降にわたるときは、翌年度以降の流水占用料等は、毎年度、当該年度分を徴収すること。
ただし、当該期間における流水占用料等の総額その他の状況を勘案して、河川管理上支障がなく、かつ、流水占用料等の徴収を受ける者に過重な負担を課するものでないと認められる場合として条例で定める場合には、当該期間の分の流水占用料等を一括して徴収することができる。
二
法第二十三条、第二十四条若しくは第二十五条の許可又は法第二十三条の二の登録について、当該許可若しくは登録を受けた者の申請に基づき、又は法第七十五条第二項の規定による処分により、流水の占用等をすることができる期間その他流水占用料等の額の算出の基礎となつた事項に変更があつたときは、その額を変更するものとし、既に納めた流水占用料等の額が当該変更後の額を超えるときは、その超える額の流水占用料等は返還すること。
三
二以上の都府県の区域にわたつて行われる水利使用については、当該都府県を統轄する都府県知事があらかじめ協議して、それぞれその徴収すべき流水占用料等の額を定めること。
（関係行政機関の長との協議を要しない水利使用）
第十九条
法第三十五条第一項の政令で定める流水の占用は、特定水利使用に係るもの以外のものとする。
（関係市町村長の意見をきかなければならない水利使用）
第二十条
法第三十六条第二項の水利使用で政令で定めるものは、特定水利使用とする。
（関係都道府県知事の意見を聴かなければならない一級河川の管理）
第二十条の二
法第三十六条第三項の一級河川の管理で政令で定めるものは、特定水利使用以外の水利使用で次に掲げるものに関する法第二十三条の許可又は法第二十六条第一項の許可（法第二十三条の二の登録の対象となる流水の占用に係る水利使用に関する許可を除く。）とする。
一
出力が最大二百キロワット以上の発電のためにするもの。
二
取水量が一日につき最大千二百立方メートル以上又は給水人口が五千人以上の水道のためにするもの
三
取水量が一秒につき最大〇・三立方メートル以上又はかんがい面積が百ヘクタール以上のかんがいのためにするもの
四
取水量が一日につき最大千二百立方メートル以上の水利使用であつて発電、水道又はかんがい以外のためにするもの
（関係都道府県知事等の意見を聴かなければならない水利使用）
第二十条の三
法第三十六条第四項の水利使用で政令で定めるものは、特定水利使用とする。
（河川に関し権利を有する者）
第二十一条
法第三十八条の政令で定める河川に関し権利を有する者は、漁業権者及び入漁権者とする。
（損失の補償に関する河川管理者の裁定）
第二十二条
法第四十二条第二項の規定により、河川管理者の裁定を求めようとする者は、国土交通省令で定める様式に従い、次の各号に掲げる事項を記載した裁定申請書の正本一部及び相手方の数に二を加えた部数の副本を河川管理者に提出しなければならない。
一
裁定申請者の氏名及び住所（法人にあつては、その名称及び住所並びに代表者の氏名）
二
相手方の氏名及び住所（法人にあつては、その名称及び住所並びに代表者の氏名）
三
損失の事実
四
損失の補償の見積り及びその内容
五
協議の経過
六
裁定申請の年月日
七
その他参考となるべき事項
２
河川管理者は、前項の規定による裁定申請書を受理したときは、裁定申請書の副本を相手方に送付し、相当の期間を定めて、意見書を提出する機会を与えなければならない。
３
裁定は、書面で行い、かつ、理由を付し、河川管理者がこれに記名押印をしなければならない。
４
河川管理者は、裁定を行つたときは、遅滞なく、裁定申請者及び相手方に裁定書の謄本を送付しなければならない。
ただし、送付すべき者の所在が知れないとき、その他裁定書の謄本を送付することができないときは、国土交通大臣にあつては官報に、都道府県知事にあつてはその統轄する都道府県の公報にその内容を掲載することによつて送付に代えることができる。
（河川の従前の機能を維持するために必要な措置をとらなければならないダム）
第二十三条
法第四十四条第一項のダムで政令で定めるものは、次の各号の一に該当するものとする。
一
洪水吐ゲートを有するダムで、当該ダムに係る
湛
たん
水区間の総延長（
湛
たん
水区域内に存する
湛
たん
水前の河川の延長の総和をいう。以下この条において同じ。）が十キロメートル以上であるもの
二
河川に沿つて三十キロメートル以内の間隔で存する二以上のダムに係る
湛
たん
水区間の総延長の和が十五キロメートル以上である場合における当該二以上のダムのうち、洪水吐ゲートを有するもの
三
前二号に掲げるダム以外のダムで基礎地盤から越流頂までの高さが十五メートル以上であるもの
（河川管理者の指示の基準）
第二十四条
法第四十四条第二項の河川管理者の指示の基準は、次のとおりとする。
一
当該ダムの設置に伴う上流における河床又は水位の上昇により災害が発生するおそれがある場合においては、必要に応じ、堤防の新築又は改築、低地の盛土、河床のしゆんせつ、貯水池末端附近における自然排砂を促進させるための予備放流その他これらに類する措置を行なわせること。
二
前条第一号又は第二号に掲げるダムの設置に伴い下流の洪水流量が著しく増加し災害が発生するおそれがある場合においては、当該ダムの設置者にサーチヤージ方式、制限水位方式又は予備放流方式のうちいずれか一以上の方式により、当該増加流量を調節することができると認められる容量を確保させること。
（水位等の観測をしなければならないダム）
第二十五条
法第四十五条のダムで政令で定めるものは、洪水吐ゲートを有するダムとする。
（観測施設の設置の基準）
第二十六条
法第四十五条の政令で定める基準は、次のとおりとする。
一
当該ダムに係る集水地域の面積が二百平方キロメートル未満の場合は一以上、二百平方キロメートル以上六百平方キロメートル未満の場合は二以上、六百平方キロメートル以上の場合は三以上の雨量計を、河川、気象等の状況を考慮して当該集水地域内に適正に設置すること。
二
当該ダムに係る集水地域の全部又は一部が積雪地域に属する場合は、一以上の雪量計を、河川、気象等の状況を考慮して当該集水地域内に適正に設置すること。
三
ダムの直上流部に水位計を設置するものとし、特に貯水池への流入量の変動をあらかじめ知る必要がある場合又は下流部の水位の変動を知る必要がある場合には、それぞれ貯水池の上流又はダムの下流にも水位計を設置すること。
四
雨量計及び水位計は、自記のものとすること。
２
前項の規定の適用については、当該ダムの設置者以外の者が設置した雨量計、雪量計又は水位計で、当該ダムの設置者がその観測の結果をすみやかに知ることができるものがあるときは、当該雨量計、雪量計又は水位計は、当該ダムの設置者が設置したものとみなす。
（観測の結果等の通報）
第二十七条
法第四十六条第一項の規定による通報は、観測の結果については各観測地点における時間雨量及び累計雨量並びに貯水池への流入量及び累計流入量について、操作の状況については放流の予定、放流量、ゲートの開度、貯水池の水位その他必要な事項について行なうものとする。
（通報施設の設置の基準）
第二十八条
法第四十六条第二項の政令で定める基準は、次のとおりとする。
一
洪水時においても通報することができる施設であること。
二