施行日以後最初に終了する事業年度において、減価償却資産につき選定した償却の方法（その償却の方法を届け出なかった法人がよるべきこととされている新令第五十三条（減価償却資産の法定償却方法）に規定する償却の方法を含む。）を変更しようとする場合（二以上の事業所又は船舶を有する法人で事業所又は船舶ごとに償却の方法を選定していないものが事業所又は船舶ごとに償却の方法を選定しようとする場合を含む。）において、新法第七十四条第一項（確定申告）の規定による申告書の提出期限（施行日の属する新法第七十二条第一項（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項）に規定する期間について同項各号に掲げる事項を記載した中間申告書を提出する場合には、その中間申告書の提出期限）までに、新たな償却の方法、変更しようとする理由その他財務省令で定める事項を記載した届出書を納税地の所轄税務署長に提出したときは、当該届出書をもって新令第五十二条第二項（減価償却資産の償却の方法の変更手続）の申請書とみなし、当該届出書の提出をもって同条第一項の承認があったものとみなす。
４
改正法附則第九十三条第十五項、第十八項又は第二十一項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定の適用を受ける法人に係る新令第六十条の二第一項（陳腐化した減価償却資産の償却限度額の特例）の規定の適用については、同項中「）又は」とあるのは「）若しくは」と、「）の規定」とあるのは「）又は所得税法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第六号）附則第九十三条第十五項、第十八項若しくは第二十一項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法第四十五条の二第二項、第四十六条の三若しくは第四十七条（第三項に係る部分に限る。）（特定医療用建物の割増償却等）の規定」とする。
５
新令第四十八条第一項第六号（減価償却資産の償却の方法）に規定する改正前リース取引に係る賃貸人である法人が、当該改正前リース取引の目的とされている資産について、施行日以後に終了する各事業年度においてリース投資資産としてその帳簿に記載された金額を減額した場合には、その減額した金額は、償却費として損金経理をした金額に含まれるものとする。
（定期同額給与の範囲等に関する経過措置）
第十二条
旧令第六十九条第二項（定期同額給与の範囲等）の規定による届出は、新令第六十九条第二項（定期同額給与の範囲等）の規定による届出とみなして、同条第三項の規定を適用する。
（国庫補助金等の範囲に関する経過措置）
第十三条
施行日前に旧令第七十九条第二号（国庫補助金等の範囲）に掲げる助成金の交付を受けることができることとなった法人が、施行日以後に雇用保険法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第三十号）附則第六条第一項（雇用福祉事業の廃止に伴う経過措置）に規定する暫定雇用福祉事業（同項第二号に掲げる事業に限る。）に係る助成金の交付を受けたときは、旧令第七十九条（第二号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第二号中「建設労働者の雇用の改善等に関する法律（昭和五十一年法律第三十三号）第九条第一項第一号又は第三号（建設労働者の福祉等に関する事業）」とあるのは、「雇用保険法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第三十号）附則第六条第一項（雇用福祉事業の廃止に伴う経過措置）」とする。
２
法人が施行日前に交付を受けた旧令第七十九条第六号に掲げる補助金については、なお従前の例による。
（保険金等の範囲に関する経過措置）
第十四条
新令第八十四条第四号（保険金等の範囲）の規定は、法人が施行日以後に支払を受ける同条に規定する共済金について適用する。
（適格合併等による欠損金の引継ぎ等に関する経過措置）
第十五条
新令第百十二条第十五項及び第十六項（適格合併等による欠損金の引継ぎ等）の規定は、平成十九年五月一日以後に行われる同条第十五項に規定する適格合併等に係る同項に規定する被合併法人等の同項に規定する未処理欠損金額及び同日以後に行われる同条第十六項に規定する適格合併、適格分割若しくは適格現物出資に係る同項に規定する被合併法人若しくは分割法人の同項に規定する未処理欠損金額又は同項に規定する合併法人等の同項に規定する欠損金額について適用し、同日前に行われた旧令第百十二条第十四項（適格合併等による欠損金の引継ぎ等）に規定する適格合併等に係る同項に規定する被合併法人等の同項に規定する未処理欠損金額及び同日前に行われた同条第十五項に規定する適格合併、適格分割若しくは適格現物出資に係る同項に規定する被合併法人若しくは分割法人の同項に規定する未処理欠損金額又は同項に規定する合併法人等の同項に規定する欠損金額については、なお従前の例による。
（短期売買商品の範囲等に関する経過措置）
第十六条
新令第百十八条の四（短期売買商品の範囲）及び第百十八条の五（短期売買商品の取得価額）の規定は、施行日以後に開始する事業年度において取得する資産（有価証券を除く。以下この条において同じ。）について適用する。
２
新令第百十八条の四第一号に規定する短期売買目的（以下この項及び次項第一号において「短期売買目的」という。）で行う取引に専ら従事する者が施行日から平成二十年三月三十一日までの間に開始する各事業年度において短期売買目的で取得の取引を行った資産（次項第二号において「専担者取得資産」という。）については、前項の規定にかかわらず、同条第一号に規定する専担者売買商品に該当しないものとすることができる。
３
次の各号に掲げる資産は、当該各号に掲げる資産の区分に応じ当該各号に定める事業年度以後の各事業年度においては、新令第百十八条の四第一号に掲げる資産に該当する新法第六十一条第一項（短期売買商品の譲渡損益及び時価評価損益の益金又は損金算入）に規定する短期売買商品（次項において「短期売買商品」という。）とみなして、同条の規定を適用する。
一
施行日以後最初に開始する事業年度（以下この号において「最初事業年度」という。）開始の時において有する資産のうち短期売買目的で保有している旨を当該最初事業年度開始の日においてその保有に関する帳簿書類に記載したもの
当該最初事業年度以後の各事業年度
二
専担者取得資産のうち前項の規定の適用を受ける最終の事業年度の翌事業年度（以下この号において「経過措置直後事業年度」という。）開始の時において有するもの
当該経過措置直後事業年度以後の各事業年度
４
前項の規定により短期売買商品とみなされる資産（以下この項において「みなし短期売買商品」という。）は、前項第一号に規定する最初事業年度又は同項第二号に規定する経過措置直後事業年度開始の日において、当該開始の日の前日の属する事業年度終了の時における帳簿価額（当該前日の属する事業年度において旧令第二十八条第一項第二号（棚卸資産の評価の方法）に掲げる低価法（当該前日の属する事業年度が施行日以後に開始する事業年度である場合にあっては、新令第二十八条第一項第二号（棚卸資産の評価の方法）に掲げる低価法）により当該前日の属する事業年度終了の時における評価をした棚卸資産であったみなし短期売買商品にあっては、当該前日の属する事業年度終了の時における評価額）により取得したものとみなして、新法第六十一条第一項及び新令第百十八条の六第四項（短期売買商品の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法及びその選定の手続）の規定を適用する。
（有価証券の取得価額等に関する経過措置）
第十七条
新令第百十九条第一項第四号（有価証券の取得価額）の規定は、法人が施行日以後に取得する同号に掲げる有価証券について適用し、法人が施行日前に取得した旧令第百十九条第一項第四号（有価証券の取得価額）に掲げる有価証券については、なお従前の例による。
２
新令第百十九条第一項第五号から第八号までの規定は、法人が平成十九年五月一日以後に取得するこれらの号に掲げる有価証券について適用し、法人が同日前に取得した旧令第百十九条第一項第五号から第八号までに掲げる有価証券については、なお従前の例による。
３
新令第百十九条第一項第二十号の規定は、法人が施行日以後に開始する事業年度において取得する同号に掲げる有価証券について適用する。
４
新令第百十九条の九第二項（資本の払戻し等の場合の株式の譲渡原価の額等）の規定は、法人が施行日以後に行う同項に規定する払戻し等について適用し、法人が施行日前に行った旧令第百十九条の九第二項（資本の払戻し等の場合の株式の譲渡原価の額等）に規定する払戻し等については、なお従前の例による。
（非適格合併等により移転を受ける資産等に係る調整勘定の損金算入等に関する経過措置）
第十八条
新令第百二十三条の十第十項（非適格合併等により移転を受ける資産等に係る調整勘定の損金算入等）の規定は、法人が施行日以後に行う自己を被合併法人とする合併について適用し、法人が施行日前に行った自己を被合併法人とする合併については、なお従前の例による。
（連結納税の開始等に伴う長期割賦販売等に係る収益及び費用の処理に関する規定の不適用に関する経過措置）
第十九条
信託法施行日から平成二十年三月三十一日までの間における旧令第百二十五条の二（連結納税の開始等に伴う長期割賦販売等に係る収益及び費用の処理に関する規定の不適用）の規定の適用については、同条第二号中「第十四条の五第二号ロ」とあるのは、「第十四条の八第二号ロ」とする。
（金銭債務に係る債務者の償還差益又は償還差損の益金又は損金算入に関する経過措置）
第二十条