改正法附則第三十三条第二項の規定により同項に規定する個別益金額又は個別損金額を計算する場合における改正法附則第二十八条第四項の規定の適用については、同項の規定により同項に規定する確定申告書に記載すべき事項は、連結確定申告書（同条第二項に規定する基準事業年度の連結中間申告書で法人税法第八十一条の二十第一項各号に掲げる事項を記載したものを提出する場合には、その連結中間申告書）に記載するものとする。
５
改正法附則第三十三条第二項の規定により同項に規定する個別益金額又は個別損金額を計算する場合における附則第十三条第七項の規定の適用については、同項の規定により行うべき納税地の所轄税務署長に対する書類の提出は、連結親法人が各連結法人について当該連結親法人の納税地の所轄税務署長に対して行うものとする。
（連結留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額に関する経過措置）
第二十条
施行日から生産性向上特別措置法の施行の日の前日までの間における新令第百五十五条の二十五（連結留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定の適用については、同条第一号ハ（１）中「、第六十八条の十五の六」とあるのは「又は第六十八条の十五の六」と、「又は第六十八条の十五の七（革新的情報産業活用設備を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）（連結親法人が中小連結親法人に該当する場合に限る。）の規定」とあるのは「の規定」とする。
（国内にある資産の譲渡により生ずる所得に関する経過措置）
第二十一条
新令第百七十八条第一項（第五号に係る部分に限る。）及び第八項から第十項まで（国内にある資産の譲渡により生ずる所得）の規定は、外国法人の施行日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用し、外国法人の施行日前に開始した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成三十一年四月一日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一
第一条中法人税法施行令第百四十八条第一項の改正規定、同令第百五十五条の三十六第一項の改正規定、同令第百五十五条の四十三第二項第八号の改正規定及び同令第二百一条の二第一項の改正規定並びに附則第十五条の規定
令和二年一月一日
二
第一条中法人税法施行令の目次の改正規定（「短期売買商品」を「短期売買商品等」に、「第百十八条の八」を「第百十八条の十一」に、「普通法人」を「普通法人等」に改める部分を除く。）、同令第二編第一章第一節第二款第十一目の二中第七十八条の二を第七十八条の三とし、同目を同款第十一目の三とし、同款第十一目の次に一目を加える改正規定、同款第十三目の二の次に一目を加える改正規定、同節第四款第七目の目名の改正規定、同令第百三十九条の六を削る改正規定及び同章第二節第一款中第百三十九条の六の二を第百三十九条の六とする改正規定
特別法人事業税及び特別法人事業譲与税に関する法律（平成三十一年法律第四号）の施行の日
（適格組織再編成における株式の保有関係等に関する経過措置）
第二条
第一条の規定による改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）第四条の三第十八項から第二十項までの規定は、この政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に行われる株式交換等について適用し、施行日前に行われた株式交換等については、なお従前の例による。
（課税所得等の範囲等に関する経過措置）
第三条
新令第十四条の十一第三項の規定は、施行日後に行われる同項に規定する合併について適用し、施行日以前に行われた第一条の規定による改正前の法人税法施行令（附則第五条第一項において「旧令」という。）第十四条の十一第四項に規定する合併については、なお従前の例による。
（再生計画認可の決定に準ずる事実等に関する経過措置）
第四条
新令第二十四条の二第四項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に法人税法第二十五条第三項に規定する事実が生ずる場合について適用し、施行日前に同項に規定する事実が生じた場合については、なお従前の例による。
２
所得税法等の一部を改正する法律（平成三十一年法律第六号。以下「改正法」という。）附則第十九条第三項の規定の適用を受ける法人（人格のない社団等を含む。以下同じ。）の同項に規定する経過事業年度の施行日以後の期間内において法人税法第二十五条第三項に規定する事実が生ずる場合には、当該経過事業年度については、改正法附則第十九条第三項に規定する短期売買商品等に該当する暗号資産は法人税法施行令第二十四条の二第四項第二号に掲げる資産に該当しないものとして、同項及び同令第六十八条の二第三項の規定を適用する。
（役員給与の損金不算入に関する経過措置）
第五条
改正法附則第十七条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第二条の規定による改正前の法人税法（附則第八条において「旧法」という。）第三十四条第一項（第三号イ（２）に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第六十九条第九項、第十三項から第十六項まで、第十八項及び第十九項の規定は、なおその効力を有する。
２
改正法附則第十七条第二項に規定する給与に係る新令第六十九条第十九項及び第七十一条の二の規定の適用については、同項第一号ロ中「第十六項各号又は第十七項各号」とあり、及び同条中「同条第十六項各号又は第十七項各号」とあるのは、「法人税法施行令等の一部を改正する政令（平成三十一年政令第九十六号）附則第五条第一項（役員給与の損金不算入に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の法人税法施行令第六十九条第十五項各号又は第十六項各号（定期同額給与の範囲等）」とする。
（譲渡制限付株式の範囲等に関する経過措置）
第六条
新令第百十一条の二第二項の規定は、施行日以後に行われる合併及び分割型分割について適用し、施行日前に行われた合併及び分割型分割については、なお従前の例による。
（短期売買商品等の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法及びその選定の手続等に関する経過措置）
第七条
この政令の施行の際現に法人税法第六十一条第一項に規定する暗号資産（以下この条において「暗号資産」という。）を有する法人については、施行日にその暗号資産を取得したものとみなして、法人税法施行令第百十八条の六第四項の規定を適用する。
（繰り延べたデリバティブ取引等の決済損益額の計上時期等に関する経過措置）
第八条
新令第百二十一条の五第一項の規定は、施行日後に公益法人等に該当することとなる普通法人及び協同組合等について適用し、施行日以前に公益法人等に該当することとなった特定普通法人等（旧法第十条の三第一項に規定する特定普通法人等をいう。以下同じ。）については、なお従前の例による。
（合併による移転資産等の譲渡利益額又は譲渡損失額の計算における原価の額に関する経過措置）
第九条
新令第百二十三条の二の規定は、施行日後に行われる合併について適用し、施行日以前に行われた合併については、なお従前の例による。
（特定資産に係る譲渡等損失額の損金不算入に関する経過措置）
第十条
新令第百二十三条の八第三項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
２
改正法附則第十九条第三項の規定の適用を受ける法人の同項に規定する経過事業年度については、同項に規定する短期売買商品等に該当する暗号資産は法人税法施行令第百二十三条の八第三項第二号に掲げる資産に該当しないものとして、同項（同条第十四項、第十七項又は第十八項において準用する場合を含む。）の規定を適用する。
（延払基準の方法により経理しなかった場合等の処理等に関する経過措置）
第十一条
新令第百二十五条第三項、第百三十三条の二第五項及び第百三十九条の四第十項の規定は、施行日後に公益法人等に該当することとなる普通法人及び協同組合等について適用し、施行日以前に公益法人等に該当することとなった特定普通法人等については、なお従前の例による。
（外国税額控除の対象とならない外国法人税の額に関する経過措置）
第十二条
新令第百四十二条の二第七項の規定は、内国法人の施行日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用し、内国法人の施行日前に開始した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
（連結事業年度における外国税額控除の対象とならない外国法人税の額に関する経過措置）
第十三条
新令第百五十五条の二十七第五項の規定は、連結法人の法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度が施行日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の同項に規定する連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
（法人税法施行令等の一部を改正する政令の一部改正に伴う経過措置）
第十四条
第二条の規定による改正後の法人税法施行令等の一部を改正する政令附則第十三条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の法人税法施行令第百二十五条第三項の規定は、施行日後に公益法人等に該当することとなる普通法人及び協同組合等について適用し、施行日以前に公益法人等に該当することとなった特定普通法人等については、なお従前の例による。
附　則
（施行期日）
第一条