二十八年改正法附則第四十四条第一項の規定により五年消費税法第五十七条の二第二項の申請書を提出しようとする事業者が、二十八年改正法附則第四十四条第一項ただし書に規定する五年施行日の六月前の日までに当該申請書を提出することにつき困難な事情がある場合において、当該申請書に当該困難な事情を記載して提出し、五年消費税法第五十七条の二第三項の規定による同条第一項の登録がされたときは、二十八年改正法附則第四十四条第一項ただし書の規定にかかわらず、五年施行日に五年消費税法第五十七条の二第一項の登録を受けたものとみなす。
２
五年施行日後に五年消費税法第五十七条の二第一項の登録を受けようとする事業者（二十八年改正法附則第四十四条第四項の規定の適用を受けることとなる事業者に限る。）が、五年消費税法第五十七条の二第二項の申請書を提出する場合には、当該申請書に同条第一項の登録を希望する年月日（当該申請書を提出する日から十五日を経過する日以後の日に限る。次項において「登録希望日」という。）を記載するものとする。
３
前項の規定により登録希望日から五年消費税法第五十七条の二第一項の登録を受けようとする事業者について、当該登録希望日後に同条第三項の規定による同条第一項の登録がされたときは、当該登録希望日に同項の登録を受けたものとみなす。
（適格請求書発行事業者の登録に係る小規模事業者に係る納税義務の免除の特例に関する経過措置）
第十六条
二十八年改正法第十条の規定による改正後の租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号。次項において「新租税特別措置法」という。）第八十六条の五第十三項（同条第十四項において準用する場合を含む。）の規定の適用を受けた課税期間については、二十八年改正法附則第四十四条第四項の規定は、適用しない。
２
新租税特別措置法第八十六条の五第十三項の規定の適用を受ける課税期間以後の課税期間（同項の規定により効力を失うこととされた五年消費税法第五十七条の二第一項の登録により二十八年改正法附則第四十四条第五項本文の規定の適用を受けることとなる課税期間に限る。）については、二十八年改正法附則第四十四条第五項本文の規定は、適用しない。
（納税義務の免除を受けないこととなった場合の棚卸資産に係る消費税額の調整に関する経過措置）
第十七条
消費税法第九条第一項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者が、二十八年改正法附則第四十四条第四項の規定により消費税法第九条第一項本文の規定の適用を受けないこととなった場合において、登録開始日（二十八年改正法附則第四十四条第三項に規定する登録開始日をいう。次条において同じ。）の前日において消費税を納める義務が免除されていた期間中に国内において譲り受けた課税仕入れに係る棚卸資産（消費税法第二条第一項第十五号に規定する棚卸資産をいう。以下この条において同じ。）又は当該期間における保税地域（消費税法第二条第一項第二号に規定する保税地域をいう。）からの引取りに係る課税貨物（消費税法第二条第一項第十一号に規定する課税貨物をいう。）で棚卸資産に該当するもの（これらの棚卸資産を原材料として製作され、又は建設された棚卸資産を含む。）を有しているときは、消費税法第三十六条第一項及び第二項の規定を準用する。
この場合において、同条第一項中「又は第十二条第五項」とあるのは、「、第十二条第五項又は所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第四十四条第四項」と読み替えるものとする。
（仕入れに係る消費税額の控除の特例の適用を受ける旨の届出に関する経過措置）
第十八条
二十八年改正法附則第四十四条第四項の規定の適用を受ける事業者が、消費税法第三十七条第一項に規定する届出書を登録開始日を含む課税期間中にその納税地を所轄する税務署長に提出した場合において、当該届出書に当該届出書を提出した日の属する課税期間について同項の規定の適用を受ける旨を記載したときは、当該課税期間の初日の前日に当該届出書を当該税務署長に提出したものとみなして、同項の規定を適用する。
（登録国外事業者であった者に係る適格請求書発行事業者登録簿の登載事項及び公表）
第十九条
二十八年改正法附則第四十五条第一項に規定する政令で定める事項は、新令第七十条の五第一項各号に掲げる事項とする。
２
二十八年改正法附則第四十五条第二項後段の規定による公表は、インターネットを利用して、利用者が容易に検索することができるように体系的に構成された情報を提供する方法により行うものとする。
３
国税庁長官は、五年施行日から令和十三年三月三十一日までの間、五年施行日の前日における二十八年改正法第十八条の規定による改正前の所得税法等の一部を改正する法律（平成二十七年法律第九号。附則第二十四条及び第二十五条において「二十七年改正法」という。）附則第三十九条第四項に規定する国外事業者登録簿に登載された事項について、インターネットを利用して公衆の閲覧に供する方法により公表するものとする。
（適格請求書等の交付に関する経過措置）
第二十条
新令第三十二条の二第一項の事業者が、五年施行日前に行った同項に規定するリース譲渡につき同項の規定の適用を受けた場合において、同条第二項の規定により五年施行日以後に課税資産の譲渡等を行ったものとみなされる同項に規定するリース譲渡延払収益額に係る部分があるときは、当該リース譲渡延払収益額に係る部分の課税資産の譲渡等については、五年消費税法第五十七条の四第一項の規定は、適用しない。
２
新令第三十六条第一項の個人事業者が、五年施行日前に行った同項に規定する延払条件付譲渡につき同項の規定の適用を受けた場合において、当該延払条件付譲渡に係る賦払金の額で五年施行日以後にその支払の期日が到来するものがあるときは、当該賦払金に係る部分の課税資産の譲渡等については、五年消費税法第五十七条の四第一項の規定は、適用しない。
３
新令第三十六条の二第一項の事業者が、五年施行日前に行った同項に規定するリース譲渡につき同項の規定の適用を受けた場合において、同条第二項の規定により五年施行日以後に課税資産の譲渡等を行ったものとみなされる同項に規定するリース譲渡収益額に係る部分があるときは、当該リース譲渡収益額に係る部分の課税資産の譲渡等については、五年消費税法第五十七条の四第一項の規定は、適用しない。
４
消費税法第六十条第三項の規定の適用を受ける同項に規定する法人が、五年施行日前に行った課税資産の譲渡等につき、当該課税資産の譲渡等の対価を収納すべき課税期間の末日が五年施行日以後であるときは、当該課税資産の譲渡等については、五年消費税法第五十七条の四第一項の規定は、適用しない。
（電磁的記録に記録された事項に関する重加算税の特例の対象となる電磁的記録の範囲等に関する経過措置）
第二十条の二
二十八年改正法附則第百五十三条及び附則第二十五条の規定によりなお従前の例により保存することとされている旧令第七十一条の二第一項第二号及び第六号に掲げる電磁的記録に記録された事項に係る消費税法第五十九条の二第一項の規定の適用については、なお従前の例による。
（国又は地方公共団体等に対する特例に関する経過措置）
第二十一条
消費税法第六十条第三項の規定の適用を受ける同項に規定する法人が、五年施行日前に行った課税仕入れにつき、当該課税仕入れの費用の支払をすべき課税期間の末日が五年施行日以後であるときは、当該課税仕入れに係る五年消費税法第三十条及び第三十二条の規定による仕入れに係る消費税額の控除については、なお従前の例による。
２
新令第七十五条第八項の規定は、五年施行日以後に行われる課税仕入れについて適用する。
（適格請求書発行事業者となる小規模事業者に係る税額控除に関する経過措置）
第二十一条の二
二十八年改正法附則第五十一条の二第一項に規定する適格請求書発行事業者の同項の規定の適用を受ける課税期間における新令第二十五条の五第一項第二号及び第七十五条第八項の規定の適用については、同号中「第三十七条第一項」とあるのは「第三十七条第一項若しくは所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第五十一条の二第一項」と、同項中「第三十七条第一項」とあるのは「第三十七条第一項又は所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第五十一条の二第一項」とする。
（適格請求書発行事業者以外の者から行った課税仕入れに係る消費税額の計算に関する経過措置）
第二十二条
二十八年改正法附則第五十二条第一項の規定の適用を受ける控除対象課税仕入れ（同項に規定する控除対象課税仕入れをいう。以下この条及び次条において同じ。）を行った場合における課税仕入れに係る消費税額（五年消費税法第三十条第一項に規定する課税仕入れに係る消費税額をいう。以下この項及び次条第一項において同じ。）の計算については、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める方法により行うものとする。
一
その課税期間に係る課税仕入れに係る消費税額につき、新令第四十六条第一項又は第二項の規定により計算する場合
二十八年改正法附則第五十二条第一項の規定の適用を受ける控除対象課税仕入れを行った都度、当該控除対象課税仕入れに係る同項の規定によりみなされる課税仕入れに係る消費税額を算出し、その金額に一円未満の端数が生じたときは、当該端数を切り捨て、又は四捨五入する方法
二
その課税期間に係る課税仕入れに係る消費税額につき、新令第四十六条第三項の規定により計算する場合