当該特別新事業開拓事業者の株式につき法第六十六条の十三第一項の特別勘定を設けている又は設けていた法人が当該特別新事業開拓事業者の株式の取得をする場合（当該取得により当該特別新事業開拓事業者の総株主の議決権の百分の五十を超える議決権を有することとなる場合を除く。）における当該取得をする株式
三
当該特別新事業開拓事業者の法第六十六条の十三第一項第一号に規定する増資特定株式でその取得の日（当該増資特定株式が同条第二項の規定により引継ぎを受けた特別勘定の金額に係るものである場合にあつては、当該増資特定株式につき同条第一項の規定の適用を受けた法人における当該増資特定株式の取得の日）が令和五年四月一日以後であるものにつき同項の特別勘定を設けている又は設けていた法人が当該特別新事業開拓事業者の株式の取得（購入による取得に限る。）をする場合における当該取得をする株式
４
施行令第三十九条の二十四の二第四項に規定する財務省令で定めるところにより証明がされたものは、国内外における経営資源活用の共同化に関する調査に関する省令第四条第一項又は第二項の規定による経済産業大臣の証明に係る書類に法第六十六条の十三第二項に規定する適格分割等により引き継ぐ同項第二号に規定する特別勘定の金額に係る同条第一項に規定する特定株式として記載されたものとする。
５
法第六十六条の十三第三項に規定する財務省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一
法第六十六条の十三第二項の規定の適用を受けようとする法人の名称、納税地及び法人番号並びに代表者の氏名
二
法第六十六条の十三第二項に規定する分割承継法人又は被現物出資法人（第五号において「分割承継法人等」という。）の名称及び納税地並びに代表者の氏名
三
法第六十六条の十三第二項に規定する適格分割等の年月日
四
法第六十六条の十三第二項第二号の特別勘定に係る特定株式を発行した法人の名称
五
法第六十六条の十三第二項の規定により分割承継法人等に引き継ぐ同項第二号に定める特別勘定の金額
六
その他参考となるべき事項
６
法第六十六条の十三第九項に規定する財務省令で定める場合は、同項の特別勘定を設けている法人の同項の各事業年度について、同項の特定株式に係る国内外における経営資源活用の共同化に関する調査に関する省令第四条第二項の規定による経済産業大臣の証明がされた場合とする。
７
法第六十六条の十三第十項に規定する財務省令で定める場合は、同項に規定する末日を含む同項に規定する設定法人の事業年度以前の各事業年度について、同項の特定株式に係る国内外における経営資源活用の共同化に関する調査に関する省令第四条第三項の規定による経済産業大臣の証明がされた場合とする。
８
施行令第三十九条の二十四の二第九項第二号に規定する財務省令で定めるところにより証明がされた金額は、国内外における経営資源活用の共同化に関する調査に関する省令第四条第二項の規定による経済産業大臣の証明に係る書類（以下この条において「共同化継続証明書」という。）に法第六十六条の十三第十一項第一号に規定する特別勘定の金額のうち同号の規定により取り崩すべきこととなつた金額として記載された金額とする。
９
施行令第三十九条の二十四の二第十項第二号に規定する財務省令で定めるところにより証明がされた金額は、共同化継続証明書に法第六十六条の十三第十一項第五号に規定する特別勘定の金額のうち同号に規定する剰余金の配当を受けたことにより取り崩すべき金額の計算の基礎となる金額として記載された金額とする。
１０
施行令第三十九条の二十四の二第十二項に規定する財務省令で定めるところにより証明がされた増資特定株式は、共同化継続証明書に同項に規定する増資特定株式（以下この項において「増資特定株式」という。）のうちその取得の日から三年（令和四年三月三十一日以前に取得をした増資特定株式にあつては、五年）を経過した増資特定株式として記載されたものとする。
１１
施行令第三十九条の二十四の二第十三項に規定する財務省令で定めるところにより証明がされた特定株式は、共同化継続証明書に同項に規定する特定株式（以下この項において「特定株式」という。）のうちその取得の日から五年を経過した特定株式として記載されたものとする。
１２
法第六十六条の十三第十八項に規定する財務省令で定める書類は、同条第一項に規定する特定株式に係る国内外における経営資源活用の共同化に関する調査に関する省令第四条第一項の規定による経済産業大臣の証明に係る書類とする。
（社会保険診療報酬の所得の計算の特例）
第二十二条の十四
医療法人が法第六十七条第一項の規定の適用を受ける場合における第九条の七の規定の適用については、同条中「法第二十六条第一項」とあるのは「法第六十七条第一項」と、「年分の確定申告書」とあるのは「事業年度の確定申告書等」とする。
（特定の医療法人の法人税率の特例）
第二十二条の十五
施行令第三十九条の二十五第一項第五号イの取引の記録及び帳簿書類の保存は、法人税法施行規則第五十三条から第五十九条までの規定に準じて行うものとする。
２
施行令第三十九条の二十五第六項に規定する財務省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一
届出をする医療法人の名称、納税地及び法人番号
二
代表者の氏名
三
法第六十七条の二第一項の承認を受けた日
四
法第六十七条の二第一項の承認に係る税率の適用をやめようとする理由
五
その他参考となるべき事項
３
法第六十七条の二第一項の承認を受けた医療法人は、施行令第三十九条の二十五第五項の規定により同条第一項第一号に規定する証明書を国税庁長官に提出する際に、同項第二号及び第三号に掲げる要件を満たす旨を説明する書類を併せて提出しなければならない。
４
施行令第三十九条の二十五第二項の規定により提出する申請書（同条第三項の添付書類を含む。）、同条第五項の規定により提出する同項に規定する証明書（前項の書類を含む。）及び同条第六項の規定により提出する届出書には、それぞれ副本二通を添えるものとする。
（農地所有適格法人の肉用牛の売却に係る所得の課税の特例）
第二十二条の十六
法第六十七条の三第一項に規定する財務省令で定める交雑牛又は乳牛は、交雑牛にあつては牛の個体識別のための情報の管理及び伝達に関する特別措置法施行規則第三条第二項第十一号に掲げる種別である牛とし、乳牛にあつては同項第八号から第十号までに掲げる種別である牛とする。
２
法第六十七条の三第三項に規定する財務省令で定める事項は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める事項とする。
一
法第六十七条の三第二項に規定する肉用牛の売却が同条第一項第一号に規定する市場において行われた場合
次に掲げる事項
イ
当該肉用牛の売却をした法第六十七条の三第一項に規定する農地所有適格法人（次号イにおいて「農地所有適格法人」という。）の名称、納税地及び代表者の氏名並びにその売却年月日
ロ
当該市場の名称及び所在地（当該市場が施行令第三十九条の二十六第二項各号に掲げる市場である場合には、その旨及び当該各号に掲げる市場に該当することとなつた年月日を含む。）
ハ
当該肉用牛の種別、生年月日、雌雄の別その他の事項で当該肉用牛が法第六十七条の三第一項第一号に掲げる肉用牛に該当することを明らかにする事項
二
法第六十七条の三第二項に規定する肉用牛の売却が施行令第三十九条の二十六第三項に規定する農業協同組合又は農業協同組合連合会に委託して行われた場合
次に掲げる事項
イ
当該肉用牛の売却の委託をした農地所有適格法人の名称、納税地及び代表者の氏名並びにその売却年月日
ロ
当該農業協同組合又は農業協同組合連合会の名称及び所在地並びに施行令第三十九条の二十六第三項に規定する農林水産大臣の指定があつた年月日
ハ
当該肉用牛の種別、生年月日、雌雄の別その他の事項で当該肉用牛が法第六十七条の三第一項第二号に掲げる生産後一年未満の肉用牛に該当することを明らかにする事項
３
前項各号に規定する肉用牛が施行令第三十九条の二十六第一項に規定する登録がされているものである場合には、前項の財務省令で定める事項は、同項各号に定める事項のほか、当該登録の名称並びに登録機関（家畜改良増殖法第三十二条の九第三項に規定する家畜登録機関をいう。次項において同じ。）の名称及び所在地とする。
４
前項の場合において、同項に規定する登録に係る事項は、当該登録に係る登録機関の長が証するものとする。
ただし、第二項第一号の市場の代表者その他の責任者又は同項第二号の農業協同組合若しくは農業協同組合連合会の代表者が当該登録に係る事項を確認したときは、当該登録に係る事項については、これらの者が交付する法第六十七条の三第三項の証する書類に当該登録に係る事項を記載する方法により証することができるものとする。
（転廃業助成金等に係る課税の特例）
第二十二条の十七
法第六十七条の四第七項に規定する財務省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一
法第六十七条の四第六項の規定の適用を受けようとする同条第七項に規定する法人の名称、納税地及び法人番号並びに代表者の氏名
二
分割承継法人等（法第六十七条の四第六項第二号に規定する分割承継法人又は被現物出資法人をいう。第四号及び第六号において同じ。）の名称及び納税地並びに代表者の氏名
三
法第六十七条の四第六項第二号に規定する適格分割等の年月日
四
法第六十七条の四第六項の規定により分割承継法人等に引き継ぐ同項第二号に定める特別勘定の金額又は期中特別勘定の金額
五