日本国有鉄道改革法等施行法の施行に伴う経過措置等に関する政令
内閣は、日本国有鉄道改革法等施行法（昭和六十一年法律第九十三号）第二十七条第十項、第十二項から第十四項まで及び第十六項、第二十九条第十一項、第三十八条第一項並びに附則第十六条第一項、第二十一条、第二十三条第七項、第二十六条第一項、第二十九条、第三十九条、第四十条及び第四十二条並びに同法附則第十三条第二項の規定によりなお効力を有することとされ、同項の規定により読み替えられた同法第八十八条の規定による改正前の租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第八十条の規定に基づき、この政令を制定する。
（定義）
第一条
この政令において、次の各号に掲げる用語の意義は、それぞれ当該各号に定めるところによる。
一
改革法
日本国有鉄道改革法（昭和六十一年法律第八十七号）をいう。
二
会社法
旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律（昭和六十一年法律第八十八号）をいう。
三
清算事業団法
日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律（平成十年法律第百三十六号。第七号及び第七条第二項において「債務等処理法」という。）附則第九条の規定による廃止前の日本国有鉄道清算事業団法（昭和六十一年法律第九十号）をいう。
四
施行法
日本国有鉄道改革法等施行法をいう。
五
旅客会社
会社法第一条第一項に規定する旅客会社をいう。
六
承継法人
改革法第十一条第二項に規定する承継法人をいう。
七
清算事業団
債務等処理法附則第二条の規定による解散前の日本国有鉄道清算事業団をいう。
（権利の承継に伴う道路運送車両法の適用に関する経過措置）
第二条
改革法第二十二条の規定により承継法人が日本国有鉄道の権利を承継する場合における当該承継に係る自動車（道路運送車両法（昭和二十六年法律第百八十五号）第四条に規定する自動車をいう。第十条において同じ。）の取得に伴う移転登録については、道路運送車両法第百二条の規定は適用しない。
（鉄道建設債券に係る債務の承継に伴う鉄道建設債券令の適用の特例）
第三条
改革法第二十六条第三項の規定により承継法人、清算事業団及び日本鉄道建設公団が連帯して弁済の責めに任ずるものとされた債務に係る鉄道建設債券については、鉄道建設債券令（昭和四十年政令第百七十五号）第十条第二項中「公団」とあるのは、「公団、承継法人（日本国有鉄道改革法（昭和六十一年法律第八十七号）第十一条第二項に規定する承継法人をいう。）であつて鉄道建設債券に係る債務を承継したもの及び日本国有鉄道清算事業団」とする。
（日本鉄道建設公団の資産の承継に伴う出資の取扱いに関する措置）
第四条
施行法第二十六条第二項の規定により日本国有鉄道に対し政府から出資されたものとされる当該出資及び同条第三項の規定により日本鉄道建設公団に対する政府からの出資がなかつたものとされる当該出資は、一般会計からの出資とする。
（日本鉄道建設公団の権利及び義務の承継に伴う経過措置）
第五条
日本鉄道建設公団に係る次の表の上欄に掲げる行為又は占用であつて改革法第二十四条第三項の規定により日本国有鉄道が承継した権利及び義務に係るものは、改革法第二十二条の規定により当該行為又は占用に係る権利及び義務を承継した承継法人（当該行為又は占用に係る権利及び義務を承継法人が承継しない場合にあつては、清算事業団）に係る同表の下欄に掲げる行為又は占用とみなす。
日本鉄道建設公団法施行令（昭和三十九年政令第二十三号。以下この条において「公団法施行令」という。）第十条第一項において準用する港湾法（昭和二十五年法律第二百十八号）第三十七条第三項において読み替えられた同条第一項の規定により港湾管理者の長とした協議に基づく行為
港湾法第三十七条第一項の規定により港湾管理者の長がした許可に基づく行為
公団法施行令第十条第一項において準用する道路法（昭和二十七年法律第百八十号）第三十五条の規定により道路管理者とした協議に基づく占用
道路法第三十二条第一項又は第三項の規定により道路管理者がした許可に基づく占用
公団法施行令第十条第一項において準用する都市公園法（昭和三十一年法律第七十九号）第九条の規定により公園管理者とした協議に基づく占用
都市公園法第六条第一項又は第三項の規定により公園管理者がした許可に基づく占用
河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）第二十四条（同法第百条において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定により河川管理者がした許可に基づく占用
河川法第二十四条の規定により河川管理者がした許可に基づく占用
（権利及び義務の承継に伴う登録免許税の適用に関する経過措置）
第六条
施行法第二十七条第十項に規定する法人が、同項の規定の適用を受けようとする場合には、同項に規定する登記又は登録の申請書に、当該登記又は登録が同項の規定に該当するものであることについての運輸大臣の証明書で、当該登記又は登録に係る権利を改革法第二十二条の規定により承継したものであること及び当該権利を承継する法人が改革法第十一条第一項の規定により運輸大臣が指定する法人であるときはその旨の記載があるものを添付しなければならない。
２
施行法第二十七条第十二項の規定の適用を受けようとする同項に規定する株式会社の発起人は、同項に規定する設立の登記の申請書に、当該設立の登記が同項の規定に該当するものであることについての運輸大臣の証明書で、当該設立の登記に係る株式会社の設立が施行法第二十一条第二項に規定する承認を受けた計画に従つて行われるものであること及び当該株式会社の資本の金額のうち旅客会社の出資に係る部分の金額の記載があるものを添付しなければならない。
３
施行法第二十七条第十二項の規定の適用を受けようとする同項に規定する株式会社は、同項に規定する登記又は登録の申請書に、当該登記又は登録が同項の規定に該当するものであることについての運輸大臣の証明書で、当該登記又は登録に係る権利の取得が施行法第二十一条第二項に規定する承認を受けた計画に従つて行われる出資に係る財産の給付に伴うものであることの記載があるものを添付しなければならない。
（権利及び義務の承継に伴う承継法人等に対する法人税法等の適用に関する経過措置等）
第七条
承継法人が、清算事業団法附則第九条第一項若しくは第二項第一号又は第十一条第一項に規定する鉄道施設と当該承継法人の鉄道施設とを接続するための工事で運輸大臣が定めるものの支出に充てるため、日本鉄道建設公団又は本州四国連絡橋公団から交付を受けた負担金については、当該負担金を法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第四十二条第一項に規定する国庫補助金等とみなして同法第四十二条から第四十四条までの規定を適用する。
２
承継法人（施行法第二十一条第二項の承認を受けた計画に従い当該経営の分離に係る一般自動車運送事業に相当する一般旅客自動車運送事業（以下「一般旅客自動車運送事業」という。）を経営する株式会社を含む。）が次の表の上欄に掲げる法律の規定により同表の中欄に掲げる者から無償で貸付けを受けている土地に存する当該承継法人の事業の用に供していた固定資産と同欄に掲げる者の有する固定資産との交換が同表の下欄に掲げる法律の規定により行われた場合には、当該承継法人がその交換により取得した固定資産は、法人税法第四十二条第二項に規定する固定資産とみなして同条の規定を適用する。
この場合において、同項中「その固定資産の価額」とあるのは、「その固定資産の価額から交換により譲渡した固定資産の当該交換の時における帳簿価額を控除した残額」とする。
債務等処理法附則第十三条の規定による改正前の施行法第三十一条
清算事業団
清算事業団法第二十六条第一項第三号
独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法（平成十四年法律第百八十号。以下この項において「機構法」という。）附則第十六条の規定による改正前の債務等処理法（以下この項において「旧債務等処理法」という。）第二十五条
機構法附則第二条第一項の規定による解散前の日本鉄道建設公団
旧債務等処理法第十三条第一項第三号
債務等処理法第二十五条
独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構
債務等処理法第十三条第一項第三号
３
承継法人が改革法第二十二条の規定により承継した固定資産については、法人税法第五十条第一項中「各事業年度において、一年以上有していた固定資産」とあるのは、「各事業年度において、一年以上有していた固定資産（日本国有鉄道が有していた期間（日本国有鉄道が日本国有鉄道改革法（昭和六十一年法律第八十七号）第二十四条第一項又は第三項の規定により日本鉄道建設公団から承継したものにあつては、日本鉄道建設公団が有していた期間を含む。）と同法第十一条第二項に規定する承継法人が有していた期間とを合計した期間が一年以上であるものを含む。以下この項において同じ。）」として同条の規定を適用する。
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