地方衛生研究所その他地方公共団体の衛生に関する試験検査研究施設に関すること（総務課の所掌に属するものを除く。）。
（がん・疾病対策課の所掌事務）
第四十三条
がん・疾病対策課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
がんその他の疾病の予防及び治療に関すること（他局及び他課の所掌に属するものを除く。）。
二
厚生労働省の所掌事務に係るがんその他の悪性新生物対策に関する基本的な政策の企画及び立案並びに調整に関すること。
三
社会保険診療報酬支払基金の行う業務に関すること（特定Ｂ型肝炎ウイルス感染者給付金等の支給に関する特別措置法（平成二十三年法律第百二十六号）第二十六条第二項に規定する特定Ｂ型肝炎ウイルス感染者給付金等支給関係業務（第百二十条第五号において「特定Ｂ型肝炎ウイルス感染者給付金等支給関係業務」という。）に関することに限る。）。
（難病対策課の所掌事務）
第四十四条
難病対策課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
臓器の移植に関すること。
二
造血幹細胞移植に関すること。
三
治療方法が確立していない疾病その他の特殊の疾病の予防及び治療に関すること（他局及び総務課の所掌に属するものを除く。）。
四
児童福祉法の規定による小児慢性特定疾病医療費の支給等に関すること。
五
ハンセン病に関すること（他局の所掌に属するものを除く。）。
（生活衛生課の所掌事務）
第四十五条
生活衛生課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
建築物衛生の改善及び向上に関すること。
二
埋葬、火葬及び改葬並びに墓地及び納骨堂に関すること。
三
理容師、美容師及びクリーニング師に関すること。
四
理容所、美容所、興行場、旅館、公衆浴場その他の多数の者の集合する場所及びクリーニング所の衛生に関すること。
五
公衆衛生の向上及び増進並びに国民生活の安定の観点からの生活衛生関係営業の運営の適正化及び振興に関する法律第二条第一項各号に掲げる営業の発達、改善及び調整に関すること。
六
株式会社日本政策金融公庫の行う業務に関すること。
七
前各号に掲げるもののほか、生活衛生の向上及び増進に関すること（感染症対策部及び食品監視安全課の所掌に属するものを除く。）。
（食品監視安全課の所掌事務）
第四十六条
食品監視安全課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
飲食に起因する衛生上の危害の発生の防止に関する調査及び指導に関すること。
二
食品衛生法第五十一条第一項及び第五十二条第一項に規定する公衆衛生上必要な措置に関する基準に関すること。
三
食品衛生に関する施策に関する情報の提供及び国民からの意見の聴取に関すること。
四
食品衛生監視員に関すること。
五
食品等及び洗浄剤の衛生に関する取締りに関すること（感染症対策部の所掌に属するものを除く。）。
六
農薬が含まれ、又は付着している食品の飲食に起因する衛生上の危害の発生の防止に関すること。
七
食品衛生法第二十九条第一項に規定する製品検査並びに同項及び同条第二項に規定する検査施設に関すること。
八
食品及び添加物の衛生に関する輸出検査に関すること。
九
健康・生活衛生局の所掌事務に属する国際関係事務で食品の安全性の確保に係るものに関する連絡調整に関すること。
十
と畜場及び食鳥処理場の衛生の確保、と畜検査及び食鳥検査その他獣畜及び食鳥の処理の適正に関すること。
十一
化製場その他これに類する施設の規制に関すること。
（企画・検疫課の所掌事務）
第四十七条
企画・検疫課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
感染症対策部の所掌事務に関する総合調整に関すること。
二
厚生労働省の所掌事務に係る感染症の発生及びまん延を防止するための対策に関する調整に関すること。
三
港及び飛行場における検疫に関すること。
四
販売の用に供し、又は営業上使用する食品等の輸入に際しての取締りに関する事務の調整に関すること。
五
前各号に掲げるもののほか、感染症対策部の所掌事務で他の所掌に属しないものに関すること。
（感染症対策課の所掌事務）
第四十八条
感染症対策課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
エイズ、結核その他の感染症の発生及びまん延の防止並びに感染症の患者に対する医療に関すること（他局及び他課の所掌に属するものを除く。）。
二
感染症により公衆衛生上重大な危害が生じ、又は生じるおそれがある緊急の事態への対処に関すること（企画・検疫課の所掌に属するものを除く。）。
（予防接種課の所掌事務）
第四十八条の二
予防接種課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
予防接種の実施に関すること。
二
生物学的製剤（ワクチンに限る。）の生産及び流通の増進、改善及び調整に関すること。
第四目　医薬局
（医薬局に置く課）
第四十九条
医薬局に、次の六課を置く。
総務課
医薬品審査管理課
医療機器審査管理課
医薬安全対策課
監視指導・麻薬対策課
血液対策課
（総務課の所掌事務）
第五十条
総務課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
医薬局の所掌事務に関する総合調整に関すること。
二
薬剤師に関すること。
三
支払基金電子処方箋管理業務及び連合会電子処方箋管理業務に関すること。
四
医療機関等情報化補助業務に関すること（支払基金電子処方箋管理業務に関することに限る。）。
五
独立行政法人医薬品医療機器総合機構の行う業務に関すること（医政局及び他課の所掌に属するものを除く。）。
六
前各号に掲げるもののほか、医薬局の所掌事務で他の所掌に属しないものに関すること。
（医薬品審査管理課の所掌事務）
第五十一条
医薬品審査管理課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
医薬品（体外診断用医薬品を除く。第三号及び第十一号において同じ。）、医薬部外品及び化粧品（以下この条から第五十四条までにおいて「医薬品等」という。）の生産に関する技術上の指導及び監督に関すること。
二
医薬品等の製造業の許可及び製造販売の承認に関すること。
三
医薬品の再審査及び再評価に関すること。
四
日本薬局方に関すること。
五
医薬品等の基準に関すること。
六
希少疾病用医薬品、先駆的医薬品及び特定用途医薬品（体外診断用医薬品を除く。）の指定に関すること。
七
毒物及び劇物の取締りに関すること（監視指導・麻薬対策課の所掌に属するものを除く。）。
八
人の健康を損なうおそれ又は生活環境動植物の生息若しくは生育に支障を及ぼすおそれのある化学物質に対して環境衛生上の観点からする評価及び製造、輸入、使用その他の取扱いの規制に関すること。
九
有害物質を含有する家庭用品の規制に関すること。
十
ダイオキシン類の耐容一日摂取量に関すること。
十一
独立行政法人医薬品医療機器総合機構の行う次に掲げる業務に関すること。
イ
独立行政法人医薬品医療機器総合機構法第十五条第一項第五号イからニまでに掲げる業務（同号イ及びロに掲げる業務については医薬品等に関することに限り、同号ハに掲げる業務については医薬品等の製造業の許可及び製造販売の承認に関すること、医薬品の再審査及び再評価に関すること、日本薬局方に関すること並びに医薬品等の基準に関することに限り、同号ニに掲げる業務については医薬品等に関することに限る。）
ロ
イに掲げる業務に附帯する業務
ハ
独立行政法人医薬品医療機器総合機構法第十五条第二項第一号（医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律（昭和三十五年法律第百四十五号。以下「医薬品医療機器等法」という。）第八十条の五第一項に係る部分に限る。）及び第二号に掲げる業務（医薬品等に関することに限る。）
（医療機器審査管理課の所掌事務）
第五十二条
医療機器審査管理課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
医療機器、体外診断用医薬品及び再生医療等製品（以下この条から第五十四条までにおいて「医療機器等」という。）の生産に関する技術上の指導及び監督に関すること。
二
医療機器及び体外診断用医薬品の製造業の登録、医療機器等の製造販売の承認並びに再生医療等製品の製造業の許可に関すること。
三
医療機器及び体外診断用医薬品の使用成績に関する評価に関すること。
四
再生医療等製品の再審査及び再評価に関すること。
五
医療機器の販売業、貸与業及び修理業並びに再生医療等製品の販売業に関すること（医政局の所掌に属するものを除く。）。
六
医療機器等の基準に関すること。
七
希少疾病用医薬品（体外診断用医薬品に限る。）、希少疾病用医療機器及び希少疾病用再生医療等製品、先駆的医薬品（体外診断用医薬品に限る。）、先駆的医療機器及び先駆的再生医療等製品並びに特定用途医薬品（体外診断用医薬品に限る。）、特定用途医療機器及び特定用途再生医療等製品の指定に関すること。
八
独立行政法人医薬品医療機器総合機構の行う次に掲げる業務に関すること。
イ
独立行政法人医薬品医療機器総合機構法第十五条第一項第五号イからニまでに掲げる業務（同号イ及びロに掲げる業務については医療機器等に関することに限り、同号ハに掲げる業務については医療機器及び体外診断用医薬品の製造業の登録、医療機器等の製造販売の承認並びに再生医療等製品の製造業の許可に関すること、医療機器及び体外診断用医薬品の使用成績に関する評価に関すること、再生医療等製品の再審査及び再評価に関すること、医療機器等の基準に関すること並びに医療機器その他衛生用品及び再生医療等製品に関する産業標準の整備及び普及その他の産業標準化に関することに限り、同号ニに掲げる業務については医療機器等に関することに限る。）
ロ
イに掲げる業務に附帯する業務
ハ
独立行政法人医薬品医療機器総合機構法第十五条第二項第一号（医薬品医療機器等法第八十条の五第一項に係る部分に限る。）及び第二号に掲げる業務（医療機器等に関することに限る。）
九