第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と通則法第三十九条第一項に規定する財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五
追記情報
六
前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七
会計監査報告を作成した日
４
前項第五号に規定する「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付する必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。
一
会計方針の変更
二
重要な偶発事象
三
重要な後発事象
（短期借入金の認可の申請）
第十二条
研究所は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の借入れの認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一
借入れ又は借換えを必要とする理由
二
借入れ又は借換えの額
三
借入先又は借換先
四
借入れ又は借換えの利率
五
償還の方法及び期限
六
利息の支払の方法及び期限
七
その他必要な事項
（不要財産に係る民間等出資の払戻しの認可の申請）
第十二条の二
研究所は、通則法第四十六条の三第一項の規定により、民間等出資に係る不要財産について、当該民間等出資に係る不要財産に係る出資者（以下単に「出資者」という。）に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として文部科学大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告することについて認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一
民間等出資に係る不要財産の内容
二
不要財産であると認められる理由
三
当該不要財産の取得の日及び申請の日における不要財産の帳簿価額（現金及び預金にあっては、取得の日及び申請の日におけるその額）
四
当該不要財産の取得に係る出資の内容（通則法第四十六条の三に規定する出資者が複数ある場合にあっては、出資者ごとの当該不要財産の取得の日における帳簿価額に占める出資額の割合）
五
催告の内容
六
当該不要財産により払戻しをする場合には、当該不要財産の評価額
七
通則法第四十六条の三第三項に規定する主務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをする場合には、当該不要財産の譲渡によって得られる収入の見込額並びに譲渡に要する費用の費目、費目ごとの見込額及びその合計額
八
前号の場合における譲渡の方法
九
第七号の場合における譲渡の予定時期
十
その他必要な事項
２
文部科学大臣は、前項の申請に係る払戻しの方法が通則法第四十六条の三第三項に規定する主務大臣が定める基準により算定した金額による払戻しである場合において、同条第一項の認可をしたときは、次に掲げる事項を研究所に通知するものとする。
一
通則法第四十六条の三第一項の規定により、当該不要財産に係る出資額として文部科学大臣が定める額の持分
二
通則法第四十六条の三第三項に規定する主務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをする場合における当該払戻しの見込額
（中長期計画に定めた不要財産の払戻しの催告に係る通知）
第十二条の三
研究所は、通則法第四十四条第三項の中長期計画において通則法第三十五条の五第二項第五号の計画を定めた場合において、通則法第四十六条の三第一項の規定により、民間等出資に係る不要財産について、出資者に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として文部科学大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告しようとするときは、前条第一項各号に掲げる事項を文部科学大臣に通知しなければならない。
２
文部科学大臣は、前項の通知を受けたときは、遅滞なく、財務大臣にその旨を通知するものとする。
（催告の方法）
第十二条の四
通則法第四十六条の三第一項に規定する主務省令で定める催告の方法は、次に掲げる事項を記載した書面の提出又は当該事項の電磁的方法（電子的方法、磁気的方法その他人の知覚によっては認識することができない方法をいう。）による提供とする。
一
民間等出資に係る不要財産の内容
二
通則法第四十六条の三第一項の規定に基づき当該不要財産に係る出資額として文部科学大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨
三
通則法第四十六条の三第一項に規定する払戻しについて、次に掲げる方法のうち何れの方法によるかの別
イ
当該不要財産の払戻しをすること
ロ
通則法第四十六条の三第三項に規定する主務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをすること
四
当該払戻しを行う予定時期
五
第三号ロの方法による払戻しの場合における当該払戻しの見込額
２
前項の規定により催告するに際し、当該不要財産の評価額が当該不要財産の帳簿価額を超えることその他の事情があるため、払戻しの方法が前項第三号イの方法により難い場合には、その旨を当該催告の相手方に対し、通知するものとする。
（民間等出資に係る不要財産の譲渡の報告等）
第十二条の五
研究所は、通則法第四十六条の三第三項の規定により民間等出資に係る不要財産の譲渡を行ったときは、遅滞なく、次に掲げる事項を記載した報告書を文部科学大臣に提出するものとする。
一
当該不要財産の内容
二
譲渡によって得られた収入の額
三
譲渡に要した費用の費目、費目ごとの金額及びその合計額
四
譲渡した時期
五
通則法第四十六条の三第二項の規定により払戻しを請求された持分の額
２
前項の報告書には、同項各号に掲げる事項を証する書類を添付するものとする。
３
文部科学大臣は、第一項の報告書の提出を受けたときは、通則法第四十六条の三第三項の規定により文部科学大臣が定める基準に従い算定した金額（当該算定した金額が第一項第五号の持分の額に満たない場合にあっては、当該持分のうち通則法第四十六条の三第三項の規定により文部科学大臣が定める額の持分を含む。）を研究所に通知するものとする。
４
研究所は、前項の通知を受けたときは、遅滞なく、同項の規定により通知された金額により、第一項第五号の持分（当該通知された金額が当該持分の額に満たない場合にあっては、前項の規定により文部科学大臣から通知された額の持分）を、当該請求をした出資者に払い戻すものとする。
（資本金の減少の報告）
第十二条の六
研究所は、通則法第四十六条の三第四項の規定により資本金を減少したときは、遅滞なく、その旨を文部科学大臣に報告するものとする。
（長期借入金の認可の申請）
第十三条
研究所は、研究所法第十八条第一項の規定により長期借入金の借入れの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一
借入れを必要とする理由
二
借入れの額
三
借入先
四
借入れの利率
五
償還の方法及び期限
六
利息の支払の方法及び期限
七
その他必要な事項
（償還計画の認可の申請）
第十四条
研究所は、研究所法第十八条第二項の規定により償還計画の認可を受けようとするときは、通則法第三十五条の八において準用する通則法第三十一条第一項前段の規定により年度計画を届け出た後遅滞なく、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
ただし、償還計画の変更の認可を受けようとするときは、その都度提出しなければならない。
一
長期借入金の総額及び当該事業年度における借入見込額並びにその借入先
二
長期借入金の償還の方法及び期限
三
その他必要な事項
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産）
第十五条
研究所に係る通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産は、土地及び建物とする。
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）
第十六条
研究所は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一
処分等に係る財産の内容及び評価額
二
処分等の条件
三
処分等の方法
四
研究所の業務運営上支障がない旨及びその理由
（通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する主務省令で定める内部組織）
第十六条の二
研究所に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた研究所の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織として文部科学大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２
直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として文部科学大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。