国土交通大臣は、水利使用に関し、第二十三条の許可、第二十四条若しくは第二十六条第一項の許可（第二十三条の二の登録の対象となる流水の占用に係る水利使用に関する許可を除く。）又は第三十四条第一項に規定する許可（第二十三条の二の登録の対象となる流水の占用に係る水利使用に関する第二十四条の許可を除く。）に係る同項の承認の申請があつた場合において、その申請に対する処分をしようとするときは、その処分が前条第一項の政令で定める流水の占用に係るものである場合を除き、あらかじめ、関係都道府県知事の意見を聴かなければならない。
これらの規定による許可に関し第七十五条の規定による処分をしようとするときも、同様とする。
２
都道府県知事は、二級河川について、水利使用で政令で定めるものに関し、第二十三条の許可又は第二十六条第一項の許可（第二十三条の二の登録の対象となる流水の占用に係る水利使用に関する許可を除く。）をしようとするときは、あらかじめ、関係市町村長の意見を聴かなければならない。
３
指定都市の長は、水利使用に関し、第九条第五項の規定により行うものとされた一級河川の管理で政令で定めるものを行おうとするときは、あらかじめ、関係都道府県知事の意見を聴かなければならない。
４
指定都市の長は、二級河川について、水利使用で政令で定めるものに関し、第二十三条の許可又は第二十六条第一項の許可（第二十三条の二の登録の対象となる流水の占用に係る水利使用に関する許可を除く。）をしようとするときは、あらかじめ、関係都道府県知事及び関係市町村長の意見を聴かなければならない。
５
国土交通大臣は、第二十七条第一項の許可をしようとする場合において、当該許可が政令で定める行為に係るものであるときは、あらかじめ、関係都道府県知事の意見をきかなければならない。
（河川管理者の工作物に関する工事の施行）
第三十七条
河川管理者は、第二十六条第一項の許可を受けた者の委託があつた場合においては、同項の許可に係る工作物に関する工事を自ら行うことができる。
（土地の占用等に関する水防管理団体等の特例）
第三十七条の二
水防管理団体又は水防協力団体（水防法第三十六条第一項の規定により指定された水防協力団体をいう。以下この条において同じ。）が行う水防に必要な器具、資材又は設備を保管するための倉庫その他これに類する施設として国土交通省令で定めるものの設置についての第二十四条、第二十六条第一項及び第三十四条第一項（第二十四条の許可に係る部分に限る。）の規定の適用については、水防管理団体又は水防協力団体と河川管理者との協議が成立することをもつて、これらの規定による許可又は承認があつたものとみなす。
第二款　水利調整
（水利使用の申請があつた場合の通知）
第三十八条
河川管理者は、水利使用に関し第二十三条の許可又は第二十六条第一項の許可（第二十三条の二の登録の対象となる流水の占用に係る水利使用に関する許可を除く。）の申請があつた場合においては、当該申請が却下すべきものである場合を除き、国土交通省令で定めるところにより、申請者の氏名、水利使用の目的その他国土交通省令で定める事項を第二十三条及び第二十四条から第二十九条までの規定による許可を受けた者並びに政令で定める河川に関し権利を有する者（以下「関係河川使用者」と総称する。）に通知しなければならない。
ただし、当該水利使用により損失を受けないことが明らかである者及び当該水利使用を行うことについて同意をした者については、この限りでない。
（関係河川使用者の意見の申出）
第三十九条
前条の通知があつたときは、関係河川使用者は、国土交通省令で定めるところにより、河川管理者に対し、当該水利使用によりその者が受ける損失を明らかにして、当該水利使用について意見を申し出ることができる。
（申出をした関係河川使用者がある場合の水利使用の許可の要件）
第四十条
河川管理者は、水利使用に関し第二十三条又は第二十六条第一項の許可をしようとする場合において、前条の申出をした関係河川使用者で当該申請に係る水利使用により損失を受けるものがあるときは、当該水利使用を行うことについて当該関係河川使用者のすべての同意がある場合を除き、次の各号の一に該当する場合でなければ、その許可をしてはならない。
一
当該水利使用に係る事業が関係河川使用者の当該河川の使用に係る事業に比し公益性が著しく大きい場合
二
損失を防止するために必要な施設（以下「損失防止施設」という。）を設置すれば関係河川使用者の当該河川の使用に係る事業の実施に支障がないと認められる場合
２
国土交通大臣は、前項第一号に該当するものとして水利使用に関し第二十三条又は第二十六条第一項の許可をしようとする場合においては、あらかじめ、社会資本整備審議会の意見を聴かなければならない。
（水利使用の許可等に係る損失の補償）
第四十一条
水利使用に関する第二十三条若しくは第二十六条第一項の許可又は第二十三条の二の登録により損失を受ける者があるときは、当該水利使用に関する許可又は登録を受けた者がその損失を補償しなければならない。
（損失の補償の協議等）
第四十二条
前条の規定による損失の補償で関係河川使用者に係るものについては、水利使用の許可を受けた者と関係河川使用者とが協議しなければならない。
２
前項の規定による協議が成立しない場合においては、当事者は、政令で定めるところにより、河川管理者の裁定を求めることができる。
３
河川管理者は、前項の裁定をする場合において、損失の補償として、損失防止施設を設置すべき旨の関係河川使用者の要求があり、かつ、水利使用の許可を受けた者の意見をきいてその要求を相当と認めるときは、損失防止施設の機能、規模、構造、設置場所等を定めて、当該水利使用の許可を受けた者が損失防止施設を設置すべき旨の裁定をすることができる。
４
河川管理者は、第二項の裁定をしようとする場合においては、あらかじめ、関係河川使用者が当該河川の使用を行なう土地の所在する都道府県の収用委員会の意見をきかなければならない。
５
第二項の裁定に不服がある者は、その裁定があつた日から六十日以内に、訴えをもつてその変更を請求することができる。
６
前項の訴えにおいては、当事者の他の一方を被告としなければならない。
７
第五項の規定による訴えの提起は、水利使用及び当該水利使用に係る事業の実施を妨げない。
（流水の貯留又は取水の制限）
第四十三条
水利使用の許可を受けた者は、第三十九条の申出をした関係河川使用者に係る前条第一項の協議又は同条第二項の裁定に係る損失を補償した後（損失の補償が損失防止施設の設置に係るものであるときは、当該施設を設置し、かつ、河川管理者の確認を得た後）でなければ、流水を貯留し、又は取水してはならない。
ただし、第三十九条の申出をした関係河川使用者の受ける損失であつて河川管理者が当該水利使用の許可に係る流水の貯留若しくは取水の後でなければその程度を確定することができない旨の決定をし、若しくは当該水利使用の許可に係る工作物が完成しなければ当該損失防止施設を設置することができないことその他当該損失防止施設の種類、構造等について特別の事情があることにより、損失防止施設の設置の時期について当該水利使用の許可に係る流水の貯留若しくは取水の後でよい旨の決定をしたもの又は当該水利使用の許可に係る流水の貯留若しくは取水につき同意をした関係河川使用者の受ける損失については、この限りでない。
２
前項の場合において、次の各号のいずれかに該当するときは、水利使用の許可を受けた者は、補償金を供託することができる。
一
補償金の提供をした場合において、補償金を受けるべき者がその受領を拒んだとき。
二
補償金を受けるべき者が補償金を受領することができないとき。
三
水利使用の許可を受けた者が補償金を受けるべき者を確知することができないとき。
ただし、水利使用の許可を受けた者に過失があるときは、この限りでない。
四
水利使用の許可を受けた者が河川管理者の裁定した補償金額に対して不服があるとき。
五
水利使用の許可を受けた者が差押え又は仮差押えにより補償金の払渡しを禁じられたとき。
３
前項第四号の場合において補償金を受けるべき者の請求があるときは、水利使用の許可を受けた者は、自己の見積金額を払い渡し、裁定による補償金額との差額を供託しなければならない。
４
第二項の規定による供託は、水利使用を行なう土地のもよりの供託所にしなければならない。
５
水利使用の許可を受けた者は、第二項に規定する供託をしたときは、遅滞なく、その旨を補償金を取得すべき者に通知しなければならない。
６
水利使用の許可を受けた者は、第二項に規定する供託をしたときは、遅滞なく、供託物受入の記載ある供託書の写しを添付して、その旨を河川管理者に届け出なければならない。
第三款　ダムに関する特則
（河川の従前の機能の維持）
第四十四条
ダム（河川の流水を貯留し、又は取水するため第二十六条第一項の許可を受けて設置するダムで、基礎地盤から堤頂までの高さが十五メートル以上のものをいう。第五十一条の二及び第五十一条の三を除き、以下同じ。）で政令で定めるものを設置する者は、当該ダムの設置により河川の状態が変化し、洪水時における従前の当該河川の機能が減殺されることとなる場合においては、河川管理者の指示に従い、当該機能を維持するために必要な施設を設け、又はこれに代わるべき措置をとらなければならない。
２
前項の河川管理者の指示の基準は、政令で定める。
（水位、流量等の観測）
第四十五条