法第二十五条の規定により機構が承継法人に対し無償で貸し付けている土地に存する当該承継法人の事業の用に供する施設（以下この条において「事業用施設」という。）を移転する場合には、機構及び当該承継法人は、機構が当該承継法人から事業用施設の引渡しを受けてこれを除却するものとすることに伴い機構が整備し、当該承継法人に引き渡すこととなる施設の内容その他必要な事項について協議するものとする。
（独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構に関する省令の特例）
第七条
機構に係る独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二十八条第二項の主務省令で定める業務方法書に記載すべき事項のうち法第十三条第一項から第三項までに規定する業務（次条において「特例業務」という。）に係るものは、次のとおりとする。
一
法第十三条第一項第一号の費用等の支払に関する事項
二
法第十三条第一項第二号の資産の処分に関する事項
三
法第十三条第一項第三号の宅地の造成及び関連施設の整備並びに宅地及び関連施設の管理及び譲渡に関する事項
四
法第十三条第一項第四号の権利及び義務の行使及び履行に関する事項
五
法第十三条第二項の資金の貸付けに関する事項
六
法第十三条第三項の資金の交付に関する事項
七
その他業務に関し必要な事項
２
前項第三号に掲げる事項のうち、機構が法第二十五条の規定により承継法人に対し無償で貸し付けている土地に存する当該承継法人の事業の用に供する施設の移転に関するものについては、その実施に関する基準を記載しなければならない。
第八条
法第十三条第一項から第三項までの規定により特例業務が行われる場合には、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構に関する省令（平成十五年国土交通省令第百二号）第九条第一項本文中「次に掲げる業務ごとに」とあるのは、「次に掲げる業務ごと及び日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律（平成十年法律第百三十六号）第二十七条第一項の特例業務について」とする。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、法の施行の日（平成十年十月二十二日）から施行する。
（日本国有鉄道清算事業団法施行規則の廃止）
第二条
日本国有鉄道清算事業団法施行規則は、廃止する。
（独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構に関する省令の特例）
第三条
法附則第四条第一項、第五条第一項、第六条第一項及び第七条第一項の規定によりこれらの規定に規定する業務が行われる場合には、第七条第一項各号に掲げる事項に加え、次に掲げる事項を業務方法書に記載するものとする。
一
法附則第四条第一項第一号の鉄道建設・運輸施設整備支援機構特別債券（以下この条及び次条において「特別債券」という。）の発行に関する事項
二
法附則第四条第一項第二号の特別債券の償還及び特別債券に係る利子の支払に関する事項
三
法附則第四条第一項第三号の資金の貸付けに関する事項
四
法附則第五条第一項第一号の助成金の交付に関する事項
五
法附則第五条第一項第二号の資金の出資に関する事項
六
法附則第五条第一項第三号の債権の出資に関する事項
七
法附則第六条第一項の利子補給金の支給に関する事項
八
法附則第七条第一項第一号の土地の取得に関する事項
九
法附則第七条第一項第二号の土地の処分に関する事項
十
法附則第七条第一項第三号の宅地の造成及び関連施設の整備並びに宅地及び関連施設の管理及び譲渡に関する事項
２
法附則第四条第一項、第五条第一項、第六条第一項及び第七条第一項の規定によりこれらの規定に規定する業務が行われる場合には、第八条中「特例業務が行われる場合」とあるのは「特例業務が行われる場合並びに法附則第四条第一項、第五条第一項、第六条第一項及び第七条第一項の規定によりこれらの規定に規定する業務が行われる場合」と、「次に掲げる業務ごと及び」とあるのは「次に掲げる業務ごと並びに」と、「第二十七条第一項の特例業務」とあるのは「第二十七条第一項の特例業務並びに同法附則第四条第一項、第五条第一項、第六条第一項及び第七条第一項に規定する業務」とする。
（機構の行う特別債券の発行等の認可）
第四条
機構は、法附則第四条第二項の規定による認可を受けようとするときは、次の各号に掲げる業務の区分に応じ、当該各号に定める事項を記載した書類を国土交通大臣に提出しなければならない。
一
特別債券の発行の業務
次に掲げる事項
イ
特別債券の引受人
ロ
特別債券の金額
ハ
特別債券発行予定期日
ニ
その他必要な事項
二
特別債券の償還及び特別債券に係る利子の支払の業務
次に掲げる事項
イ
特別債券の償還及び特別債券に係る利子の支払に係る計画
ロ
その他必要な事項
三
特別債券の引受けに要する資金に充てるための無利子の資金の貸付けの業務
次に掲げる事項
イ
貸付先
ロ
貸付金の額
ハ
貸付予定期日
ニ
その他必要な事項
（機構の行う会社等への助成金の交付等の認可）
第五条
機構は、法附則第五条第二項の規定による認可を受けようとするときは、次の各号に掲げる業務の区分に応じ、当該各号に定める事項を記載した書類を国土交通大臣に提出しなければならない。
一
法附則第五条第一項第一号に規定する助成金の交付の業務
次に掲げる事項
イ
交付先
ロ
次に掲げる鉄道施設等（法附則第五条第一項第一号に規定する鉄道施設等をいう。以下この号において同じ。）の整備の別を明らかにした助成金の使途
（１）
北海道旅客鉄道株式会社の輸送の安全の確立のための鉄道施設等の整備（当該会社又は鉄道施設等を当該会社に貸し付ける者が行うものであって、国土交通大臣が告示で定めるものに限る。）
（２）
老朽化した鉄道施設等の更新その他旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律第一条第三項に規定する会社（次条第一項第二号及び附則第七条第三号において「会社」という。）の経営基盤の強化に必要な鉄道施設等の整備（（１）に掲げるものを除く。）
ハ
助成金の額
ニ
助成金交付予定期日
ホ
その他必要な事項
二
法附則第五条第一項第二号に規定する資金の出資の業務
次に掲げる事項
イ
出資先
ロ
出資金の使途
ハ
出資金の額
ニ
出資予定期日
ホ
その他必要な事項
三
法附則第五条第一項第三号に規定する債権の出資の業務
次に掲げる事項
イ
出資先
ロ
出資する債権の内容及び価額
ハ
出資予定期日
ニ
その他必要な事項
２
機構は、前項第一号（イを除く。）、第二号ロ若しくはホ又は第三号ニに掲げる事項について変更しようとするときは、当該変更の理由及び内容を明らかにした書類を国土交通大臣に提出してその認可を受けなければならない。
３
国土交通大臣は、前項の規定による認可をしようとするときは、あらかじめ、財務大臣と協議するものとする。
（機構の行う利子補給金の支給の認可）
第六条
機構は、法附則第六条第二項の規定による認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した書類を国土交通大臣に提出しなければならない。
一
支給先
二
支給先と当該支給先から資金の貸付けを受けた者との間で締結した当該貸付けに係る契約の内容及び締結日
三
利子補給金の額
四
支給予定期日
五
その他必要な事項
２
機構は、前項各号に掲げる事項について変更しようとするときは、当該変更の理由及び内容を明らかにした書類を国土交通大臣に提出してその認可を受けなければならない。
３
国土交通大臣は、前項の規定による認可をしようとするときは、あらかじめ、財務大臣と協議するものとする。
（機構の行う会社の土地の取得の認可）
第七条
機構は、法附則第七条第二項の規定による認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した書類を国土交通大臣に提出しなければならない。
一
取得先
二
取得しようとする土地の所在地及び面積
三
前号の土地が、会社の所有する土地のうち日本国有鉄道改革法（昭和六十一年法律第八十七号）第二十二条の規定により承継されたものであって、当該会社の事業の用に供されていないものであることを証する事項
四
取得の対価の額
五
前号の対価の支払の時期
六
取得予定期日
七
その他必要な事項
（特例業務勘定から建設勘定への繰入金の精算）
第八条
機構は、法附則第八条第一項又は第三項の規定により法第二十七条第一項に規定する特例業務勘定（以下この条において単に「特例業務勘定」という。）から独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法第十七条第二項に規定する建設勘定（以下この条において単に「建設勘定」という。）に繰入れを行った場合において、精算の結果当該繰入金に剰余を生じたときは、速やかに、その剰余額を建設勘定から特例業務勘定に繰り入れなければならない。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成十三年一月六日から施行する。
附　則
この省令は、旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成十三年十二月一日）から施行する。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
この省令は、日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律等の一部を改正する法律の施行の日（平成二十三年八月一日）から施行する。
附　則
この省令は、旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成二十八年四月一日）から施行する。
附　則
この省令は、平成二十八年四月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、令和三年四月一日から施行する。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。