次に掲げる運航費等の額の区分に応じそれぞれ次に定めるところにより区分する。
イ
運航費の額及びその他海運業費用の額
日本船舶外航事業に要する費用の額とその他外航事業に要する費用の額とにこれらの事業の用に供した船舶（貸渡しをした船舶を除く。）の稼働延べトン数に応じて按分する。
ロ
船費の額
日本船舶外航事業に要する費用の額とその他外航事業に要する費用の額とにその船舶を用いた事業に応じて区分する。
ハ
借船料の額
日本船舶外航事業に要する費用の額とその他外航事業に要する費用の額とに借受け（海上運送法第二条第七項の定期傭船を含む。）をした船舶を用いた事業に応じて区分する。
三
前項第三号に定めるところにより区分された対外船舶運航事業等に要する一般管理費の額
日本船舶外航事業に要する費用の額とその他外航事業に要する費用の額とにこれらの事業の用に供した船舶の稼働延べトン数に応じて按分する。
四
前項第四号に定めるところにより区分された対外船舶運航事業等による営業外収益の額
次に掲げる営業外収益の額の区分に応じそれぞれ次に定めるところにより区分する。
イ
日本船舶外航事業及びその他外航事業のうちいずれかの事業に関係することが明らかな営業外収益の額
その関係することが明らかな事業による収益の額に区分する。
ロ
イに掲げる営業外収益の額以外の金額
日本船舶外航事業による収益の額とその他外航事業による収益の額とにこれらの事業の用に供した船舶の稼働延べトン数に応じて按分する。
五
前項第五号に定めるところにより区分された対外船舶運航事業等に要する営業外費用の額
次に掲げる営業外費用の額の区分に応じそれぞれ次に定めるところにより区分する。
イ
日本船舶外航事業及びその他外航事業のうちいずれかの事業に関係することが明らかな営業外費用の額
その関係することが明らかな事業に要する費用の額に区分する。
ロ
イに掲げる営業外費用の額以外の金額
日本船舶外航事業に要する費用の額とその他外航事業に要する費用の額とにこれらの事業の用に供した船舶の稼働延べトン数に応じて按分する。
六
前項第六号に定めるところにより区分された対外船舶運航事業等に関係する特別利益の額
次に掲げる特別利益の額の区分に応じそれぞれ次に定めるところにより区分する。
イ
船舶の譲渡に係る特別利益の額その他の日本船舶外航事業及びその他外航事業のうちいずれかの事業に関係することが明らかな特別利益の額
その関係することが明らかな事業による収益の額に区分する。
ロ
イに掲げる特別利益の額以外の金額
当該特別利益の額の生ずる事由が第一号又は第四号に掲げる収益の額の生ずる事由のいずれに類するかに応じてこれらの号の規定に準じて区分する。
七
前項第七号に定めるところにより区分された対外船舶運航事業等に関係する特別損失の額
次に掲げる特別損失の額の区分に応じそれぞれ次に定めるところにより区分する。
イ
船舶の譲渡に係る特別損失の額その他の日本船舶外航事業及びその他外航事業のうちいずれかの事業に関係することが明らかな特別損失の額
その関係することが明らかな事業による損失の額に区分する。
ロ
イに掲げる特別損失の額以外の金額
当該特別損失の額の生ずる事由が第二号、第三号又は第五号に掲げる費用の額の生ずる事由のいずれに類するかに応じてこれらの号の規定に準じて区分する。
４
施行令第三十五条の二第二項に規定する財務省令で定める期間は、海上運送法第三十五条の規定に基づく日本船舶・船員確保計画の認定等に関する省令第十二条第四項の規定により国土交通大臣が当該法人の当該事業年度ごとに当該法人に対して交付する同項に規定する確認証に記載された同項第三号に掲げる期間とする。
５
法第五十九条の二第二項に規定する財務省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一
法第五十九条の二第一項の規定の適用を受けようとする法人の名称、納税地及び法人番号並びに代表者の氏名
二
法第五十九条の二第一項の規定の適用を受けようとする最初の事業年度
三
法第五十九条の二第一項に規定する計画期間
四
その他参考となるべき事項
６
法第五十九条の二第二項に規定する財務省令で定める書類は、海上運送法第三十五条の規定に基づく日本船舶・船員確保計画の認定等に関する省令第三条第二項に規定する認定通知書の写しとする。
（沖縄の認定法人の課税の特例）
第二十一条の十七の二
施行令第三十六条第一項に規定する財務省令で定める場合は、次の各号に掲げる場合とし、同項に規定する財務省令で定める期間の月数は、当該各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める期間の月数とする。
一
法第六十条第一項の対象内国法人（同項の表の第一号の上欄に掲げる法人に該当するものに限る。）が合併により設立された法人であり、かつ、当該合併に係る各被合併法人のうちいずれかの法人が認定時情報通信産業特別地区の区域（当該対象内国法人が沖縄振興特別措置法第三十条第一項の認定を受けた時（以下この号において「認定時」という。）において同表の第一号の中欄に掲げる区域に該当していた区域をいう。以下この号及び第三号において同じ。）内において同表の第一号の下欄に掲げる事業（同号の上欄に掲げる法人に該当しない期間にあつては、当該認定時において沖縄振興特別措置法第三条第七号に規定する特定情報通信事業に該当していた事業。以下この号及び第三号において「対象特定情報通信事業」という。）を行つていた場合
当該被合併法人のうち当該認定時情報通信産業特別地区の区域内において当該対象特定情報通信事業を開始した日が最も早い法人が当該対象特定情報通信事業を行つていた期間の月数
二
法第六十条第一項の対象内国法人（同項の表の第二号の上欄に掲げる法人に該当するものに限る。）が合併により設立された法人であり、かつ、当該合併に係る各被合併法人のうちいずれかの法人が認定時国際物流拠点産業集積地域の区域（当該対象内国法人が沖縄振興特別措置法第四十四条第一項の認定を受けた時（以下この号において「認定時」という。）において同表の第二号の中欄に掲げる区域に該当していた区域をいう。以下この号及び第四号において同じ。）内において同表の第二号の下欄に掲げる事業（同号の上欄に掲げる法人に該当しない期間にあつては、当該認定時において沖縄振興特別措置法第三条第十二号に規定する特定国際物流拠点事業に該当していた事業。以下この号及び第四号において「対象特定国際物流拠点事業」という。）を行つていた場合
当該被合併法人のうち当該認定時国際物流拠点産業集積地域の区域内において当該対象特定国際物流拠点事業を開始した日が最も早い法人が当該対象特定国際物流拠点事業を行つていた期間の月数
三
法第六十条第一項の対象内国法人（同項の表の第一号の上欄に掲げる法人に該当するものに限る。）と実質的に同一であると認められる者が当該対象内国法人の設立前に認定時情報通信産業特別地区の区域内において対象特定情報通信事業を行つていた場合（第一号に掲げる場合を除く。）
当該実質的に同一であると認められる者が当該認定時情報通信産業特別地区の区域内において当該対象特定情報通信事業を行つていた期間の月数
四
法第六十条第一項の対象内国法人（同項の表の第二号の上欄に掲げる法人に該当するものに限る。）と実質的に同一であると認められる者が当該対象内国法人の設立前に認定時国際物流拠点産業集積地域の区域内において対象特定国際物流拠点事業を行つていた場合（第二号に掲げる場合を除く。）
当該実質的に同一であると認められる者が当該認定時国際物流拠点産業集積地域の区域内において当該対象特定国際物流拠点事業を行つていた期間の月数
２
施行令第三十六条第四項に規定する財務省令で定める場合は、次の各号に掲げる場合とし、同項に規定する財務省令で定める期間の月数は、当該各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める期間の月数とする。
一
法第六十条第二項の特例対象内国法人が合併により設立された法人であり、かつ、当該合併に係る各被合併法人のうちいずれかの法人が認定時経済金融活性化特別地区の区域（当該特例対象内国法人が沖縄振興特別措置法第五十六条第一項の認定を受けた時（以下この号において「認定時」という。）において法第六十条第二項に規定する経済金融活性化特別地区として指定された地区の区域に該当していた区域をいう。以下この項において同じ。）内において当該認定時において施行令第三十六条第四項に規定する特定経済金融活性化事業に該当していた事業（以下この項において「対象特定経済金融活性化事業」という。）を行つていた場合
当該被合併法人のうち当該認定時経済金融活性化特別地区の区域内において当該対象特定経済金融活性化事業を開始した日が最も早い法人が当該対象特定経済金融活性化事業を行つていた期間の月数
二
法第六十条第二項の特例対象内国法人と実質的に同一であると認められる者が当該特例対象内国法人の設立前に認定時経済金融活性化特別地区の区域内において対象特定経済金融活性化事業を行つていた場合（前号に掲げる場合を除く。）
当該実質的に同一であると認められる者が当該認定時経済金融活性化特別地区の区域内において当該対象特定経済金融活性化事業を行つていた期間の月数
３
前二項の月数は、暦に従つて計算し、一月に満たない端数を生じたときは、これを切り捨てる。
４
施行令第三十六条第六項に規定する財務省令で定める特殊の関係のある者は、次に掲げる者とする。
一
役員（施行令第三十六条第六項に規定する役員をいう。次号及び第三号において同じ。）の親族
二
役員と婚姻の届出をしていないが事実上婚姻関係と同様の事情にある者
三
前二号に掲げる者以外の者で役員から生計の支援を受けているもの
四