第一項から第三項までの規定によることができない場合における特定秘密文書等の保管は、特定秘密管理者の定めるところにより行うものとする。
（特定秘密の保護のための施設設備）
第二十二条
特定秘密管理者は、前条に定めるもののほか、特定秘密文書等を保護するための施設設備について、間仕切りの設置、裁断機の設置その他の特定秘密を適切に保護するために必要な措置を講ずるものとする。
（特定秘密を取り扱うために使用する電子計算機の使用の制限等）
第二十三条
特定秘密である情報を記録する電磁的記録は、インターネットに接続していない電子計算機であって、かつ、特定秘密の取扱いの業務を行う職員以外の者が当該電磁的記録にアクセスすることを防止するために必要な措置が講じられたものとして特定秘密管理者が認めたものにより取り扱うものとする。
ただし、海外と我が国との間において情報を伝達するため特に緊急の必要がある場合であって、他に適当な手段がないと特定秘密管理者が認めたときは、この限りでない。
２
特定秘密管理者は、特定秘密である情報を記録する電磁的記録を前項の電子計算機により取り扱う場合において、当該電磁的記録を可搬記憶媒体に記録したとき又は印刷したときは、可搬記憶媒体に記録したこと又は印刷したことの記録を保存するものとする。
３
前二項に規定するもののほか、特定秘密の取扱いの業務を行う職員は、特定秘密である情報を記録する電磁的記録を取り扱う場合には、最新の情報の機密性、完全性及び可用性の確保に関する基準であって特定秘密管理者が定めるものを厳格に適用するとともに、最新の政府機関の情報セキュリティ対策のための統一基準に定める情報の取扱いに関する遵守事項に即した適切な対応をとるものとする。
４
特定秘密の取扱いの業務を行う職員は、特定秘密である情報を記録する電磁的記録を電子計算機又は可搬記憶媒体に記録するときは、暗証番号の設定、暗号化その他の保護措置を講ずるものとする。
（特定秘密文書等管理簿）
第二十四条
特定秘密管理者は、特定秘密文書等の作成（翻訳、複製並びに電磁的記録の記憶媒体への記録及び印刷を含む。以下この条及び次条において同じ。）、交付その他の取扱いの状況を管理するための簿冊（以下「特定秘密文書等管理簿」という。）を備えるものとする。
２
保全責任者は、特定秘密文書等について、指定の整理番号、特定秘密文書等の件名、登録番号（特定秘密文書等ごとに付する一連番号をいう。第二十六条及び第三十五条において同じ。）、作成又は受領の年月日及び交付先その他の事項を特定秘密文書等管理簿に記載し、又は記録するものとする。
３
特定秘密文書等管理簿の様式は、別記様式第十四号を標準とする。
４
情報の保護上、特段の必要がある特定秘密文書等に係る特定秘密文書等管理簿は、他の特定秘密文書等に係る特定秘密文書等管理簿と分けて作成することができる。
第二節　特定秘密文書等の作成等
（特定秘密文書等の作成）
第二十五条
特定秘密文書等を作成するときは、作成する特定秘密文書等の数を当該作成の目的に照らして必要最小限にとどめるものとする。
（登録番号の表示）
第二十六条
保全責任者は、次の各号に掲げる特定秘密文書等の区分に応じ、当該各号に定めるところにより、登録番号の表示をするものとする。
ただし、当該特定秘密文書等の性質上登録番号の表示が困難であるときは、この限りでない。
一
特定秘密である情報を記録する文書又は図画
特定秘密表示（第八条第二項の規定による記載をしている場合は当該記載）の傍らの見やすい箇所に、印刷、押印その他これらに準ずる確実な方法により赤色で付すること。
二
特定秘密である情報を記録する電磁的記録
当該電磁的記録を電子計算機の映像面上において視覚により認識することができる状態にしたときに、特定秘密表示と共に赤色で認識することができるようにすること。
第三節　特定秘密文書等の交付、伝達、運搬等
（交付及び伝達の承認等）
第二十七条
特定秘密文書等を交付し、又は特定秘密を伝達するときは、特定秘密管理者の承認を得るものとする。
２
特定秘密文書等を貸与するときは、特定秘密管理者の指示を受け、当該特定秘密文書等の返却の期限を明示するものとする。
（運搬の方法）
第二十八条
特定秘密文書等（電磁的記録を除く。）の運搬は、当該特定秘密文書等に記録し、又は化体された特定秘密の取扱いの業務を行う職員の中から保全責任者が指名する職員が携行することにより行うものとする。
２
前項の規定によることができないとき又は不適当であるときの運搬は、特定秘密管理者の定めるところにより行うものとする。
（交付の方法）
第二十九条
特定秘密文書等を交付するときは、受領書又は特定秘密文書等管理簿に、当該交付の対象者又はその指名した職員（法第十一条の規定により特定秘密の取扱いの業務を行うことができることとされる者に限る。第三十三条、第三十七条及び第三十九条第三項において同じ。）から記名を得るなど交付の記録を残すものとする。
２
受領書の様式は、別記様式第十五号を標準とする。
３
特定秘密文書等の交付は、郵送により行ってはならない。
（文書及び図画の封かん等）
第三十条
特定秘密である情報を記録する文書又は図画を運搬し、又は交付するときは、当該文書又は図画を外部から見ることができないように封筒又は包装を二重にして封かんするものとする。
ただし、特定秘密の取扱いの業務を行う職員が携行する場合で特定秘密管理者が特定秘密の保護上支障がないと認めたときは、この限りでない。
（物件の包装等）
第三十一条
特定秘密である情報を記録し、又は化体する物件を運搬し、又は交付するときは、窃取、破壊、盗見その他の危険を防止するため、当該物件を運搬容器に収納し、かつ、当該運搬容器に施錠することその他の必要な措置を講ずるものとする。
（電気通信による送信）
第三十二条
特定秘密を電気通信により送信するときは、暗号化その他の特定秘密を適切に保護するために必要な措置を講ずるものとする。
２
特定秘密の電気通信による送信は、電子メールその他のインターネットを通じた方法により行ってはならない。
ただし、海外と我が国との間において情報を伝達するため特に緊急の必要がある場合であって、他に適当な手段がないと特定秘密管理者が認めたときは、この限りでない。
（文書等の接受）
第三十三条
封かんされている特定秘密文書等は、名宛人又はその指名した職員でなければ開封してはならない。
（伝達の方法）
第三十四条
特定秘密を伝達するときは、その旨を明らかにするとともに、当該特定秘密の内容を筆記することを差し控えるよう求めることその他の特定秘密の保護について注意を促すために必要な措置を講ずるものとする。
２
特定秘密を電話により伝達するときは、暗号化して伝達するものとする。
ただし、真にやむを得ない場合で、特定秘密管理者の許可を受けたときは、この限りでない。
３
前項ただし書の場合においては、略号を用いることその他の特定秘密を適切に保護するために必要な措置を講ずるものとする。
４
特定秘密を伝達する場合には、盗聴及び盗見の防止に努めるものとする。
第四節　特定秘密文書等の保管等
（特定秘密文書等の保管）
第三十五条
特定秘密文書等は、保全責任者が保管するものとする。
２
保全責任者は、特定秘密文書等の適正な管理のため必要と認めるときは、特定秘密文書等の件名、登録番号、保管開始日、保管終了日その他必要な事項を記載し、又は記録する特定秘密文書等保管管理簿を作成するものとする。
３
特定秘密文書等保管管理簿の様式は、別記様式第十六号を標準とする。
（特定秘密文書等の取扱いの記録）
第三十六条
保全責任者は、特定秘密文書等の取扱いの経過を明確にするため、特定秘密文書等を取り扱った職員の氏名、年月日その他必要な事項を特定秘密文書等取扱簿に記載し、又は記録することにより保存するものとする。
２
特定秘密文書等取扱簿の様式は、別記様式第十七号を標準とする。
（廃棄）
第三十七条
特定秘密文書等（物件を除く。）の廃棄は、公文書等の管理に関する法律（平成二十一年法律第六十六号。以下「公文書管理法」という。）第八条第二項に規定する内閣総理大臣の同意を得た上で、保全責任者又はその指名する職員の立会いの下に、焼却、粉砕、細断、溶解、破壊その他の当該特定秘密文書等を復元できないようにするための方法により確実に行うものとする。
２
特定秘密である情報を記録し、又は化体する物件の廃棄に当たっては、保全責任者の指名する職員の立会いの下に、焼却、粉砕、細断、溶解、破壊その他の当該物件を復元することができないようにするための方法により確実に行うものとする。
（緊急事態に際しての廃棄）
第三十八条
特定秘密文書等の奪取その他特定秘密の漏えいのおそれがある緊急の事態に際し、その漏えいを防止するため他に適当な手段がないと認められる場合における焼却、破砕その他の方法による当該特定秘密文書等の廃棄については、前条の規定は適用しない。
２
前項に規定する特定秘密文書等の廃棄をする場合には、あらかじめ国家公安委員会の承認を得るものとする。
ただし、その手段がない場合又はそのいとまがない場合は、この限りでない。
３
前項ただし書の場合においては、特定秘密文書等の廃棄後、速やかにその旨を国家公安委員会に報告するものとする。
４
第一項に規定する廃棄をした場合には、特定秘密管理者は、廃棄した特定秘密文書等の概要、特定秘密の漏えいを防止するため他に適当な手段がないと認めた理由及び廃棄に用いた方法を記載した書面を作成し、国家公安委員会に報告するものとする。
５
前項の報告を受けた国家公安委員会は、同項に規定する事項を内閣保全監視委員会及び内閣府独立公文書管理監に報告するものとする。
第五節　検査
第三十九条
特定秘密管理者は、特定秘密の保護の状況について、検査を毎年度二回以上定期的に実施するものとする。
２
特定秘密管理者は、前項の検査のほか、必要があると認めるときは、特定秘密の保護の状況を臨時に検査するものとする。
３
特定秘密管理者は、前二項の検査をその指名する職員に行わせることができる。
４
第一項及び第二項の検査においては、特定秘密文書等管理簿及び特定秘密文書等保管管理簿の記載及び記録と特定秘密文書等の保管の状況の照合のほか、この規則に規定された措置が確実に講じられているか否かの確認を中心に行うものとする。
第六節　紛失時等の措置
第四十条
職員は、特定秘密文書等の紛失、特定秘密の漏えいその他の事故が発生し、又は発生したおそれがあると認めたときは、次の各号に掲げる職員の区分に応じ、直ちに、当該各号に定める措置を講ずるものとする。
一
特定秘密の取扱いの業務を行う職員（次号に定める報告を受けた職員を含む。）
当該事故の内容に応じた適切な措置を講ずるとともに、講じた措置の内容を特定秘密管理者に報告すること。
二
特定秘密の取扱いの業務を行う職員以外の職員
当該事故の内容を当該特定秘密の取扱いの業務を行う職員に報告すること。
三
第一号又は第二号の報告を受けた特定秘密管理者
当該事故の内容を国家公安委員会に報告するとともに、当該事故に係る特定秘密が情報の保護に関する国際約束に基づき外国の政府等から提供された情報であるときは、当該国際約束に定める手続をとること。
２
特定秘密管理者は、前項の事実の調査を行い、かつ、当該特定秘密を適切に保護するために必要な措置を講じ、速やかに、当該調査の結果及び当該措置の内容を国家公安委員会に報告するものとする。
第四章　指定等が法等に従っていないと認めたときの措置
第四十一条
職員は、指定若しくはその解除又は特定行政文書ファイル等（行政文書ファイル管理簿（公文書管理法第七条第一項に規定する行政文書ファイル管理簿をいう。）に記載された行政文書ファイル等（公文書管理法第五条第五項に規定する行政文書ファイル等をいう。）のうち特定秘密を記録するものをいう。以下同じ。）の管理が法、令又は運用基準（以下「法等」という。）に従って行われておらず、又はそのおそれがあると認めたときは、次の各号に掲げる職員の区分に応じ、直ちに当該各号に定める措置を講ずるものとする。
一
特定秘密の取扱いの業務を行う職員（次号に定める報告を受けた職員を含む。）
適切な措置を講ずるとともに、講じた措置の内容を特定秘密管理者に報告すること。
二
特定秘密の取扱いの業務を行う職員以外の職員
指定若しくはその解除又は特定行政文書ファイル等の管理が法等に従って行われておらず、又はそのおそれがある旨を当該特定秘密の取扱いの業務を行う職員に報告すること。
２
前項の報告を受けた特定秘密管理者は、指定若しくはその解除又は特定行政文書ファイル等の管理が法等に従って行われていたか否かに関する調査を行うとともに、次の各号のいずれかに該当する場合には、当該各号に定める措置を講ずるものとする。
一
指定及び解除が法等に従って行われていないおそれがあると認めた場合
速やかに国家公安委員会に報告すること。
二
特定行政文書ファイル等の管理が法等に従って行われていないと認めた場合
適切な措置を講じ、速やかに、その結果を国家公安委員会に報告すること。
３
国家公安委員会は、前項第一号の報告を受けた場合においては、その内容に応じ適切な措置を講ずるものとする。
４
国家公安委員会は、第二項各号の報告に係る指定若しくはその解除又は特定行政文書ファイル等の管理が法等に従って行われていないと認めた場合には、速やかに、その旨を内閣府独立公文書管理監に報告するものとする。
第五章　他の行政機関等に対する特定秘密の提供
（他の行政機関に対する特定秘密の提供）
第四十二条
法第六条第一項に規定する他の行政機関に対する特定秘密の提供は、第三章第三節の規定に従い、特定秘密文書等を交付し、又は特定秘密を伝達することにより行うものとする。
（他の行政機関に対する特定秘密の提供に伴う協議）
第四十三条
法第六条第二項の協議は、別記様式第十八号の書面により行うことを標準とする。
（他の行政機関における特定秘密の保護に係る取決め）
第四十四条
特定秘密管理者は、法第六条第二項の規定により行われた協議の結果に従い、必要に応じ、提供先において特定秘密の取扱いの業務を管理する者と令第十六条各号に掲げる事項の詳細について取り決めるものとする。
（公益上の必要による特定秘密の提供の手続）
第四十五条
法第十条第一項の規定により特定秘密を提供する場合における特定秘密文書等の交付について第二十九条第一項の規定を適用する場合には、同条中「職員（法第十一条の規定により特定秘密の取扱いの業務を行うことができることとされる者に限る。第三十三条、第三十七条及び第三十九条第三項において同じ。）」とあるのは「者」と読み替えるものとする。
第六章　通報窓口
第四十六条
指定若しくはその解除又は特定行政文書ファイル等の管理が法等に従って行われていないと認められる場合に行う通報を受け付け、処理する窓口は、会務官とする。
第七章　雑則
（指定前の取扱い）
第四十七条
指定が予想される情報又は当該情報に係る文書、図画、電磁的記録又は物件については、法、令、運用基準及びこの規則に定める措置に準じた措置を講ずるよう努めるものとする。
（国際約束に基づき提供された情報の目的外利用の承認）
第四十八条
情報の保護に関する国際約束に基づき提供された情報に係る特定秘密を、提供された目的以外の目的のために利用するときは、当該情報を提供した外国の政府等の書面による承認を事前に得るものとする。
（国際約束に基づき提供された情報である特定秘密の取扱い）
第四十九条
前条までに定めるもののほか、情報の保護に関する国際約束に基づき提供された情報である特定秘密については、当該国際約束の定めるところにより取り扱うものとする。
（補則）
第五十条
この規則の実施に関し必要な事項の細目は、特定秘密管理者が定める。
附　則
この規則は、法の施行の日（平成二十六年十二月十日）から施行する。
附　則
この規則は、公布の日から施行する。
附　則
この規則は、特定秘密の保護に関する法律施行令等の一部を改正する政令の施行の日（令和元年十二月十一日）から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この規則は、令和三年七月一日から施行する。
（経過措置）
第二条
この規則による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、当分の間、この規則による改正後の様式によるものとみなす。
２
旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
別記様式第１号
（第６条関係）
別記様式第２号
（第７条関係）
別記様式第３号
（第９条関係）
別記様式第４号
（第１０条関係）
別記様式第５号
（第１１条関係）
別記様式第６号
（第１２条関係）
別記様式第７号
（第１２条関係）
別記様式第８号
（第１３条関係）
別記様式第９号
（第１４条関係）
別記様式第１０号
（第１６条関係）
別記様式第１１号
（第１６条関係）
別記様式第１２号
（第１７条関係）
別記様式第１３号
（第１７条関係）
別記様式第１４号
（第２４条関係）
別記様式第１５号
（第２９条関係）
別記様式第１６号
（第３５条関係）
別記様式第１７号
（第３６条関係）
別記様式第１８号
（第４３条関係）
別記様式第１８号
（第４３条関係）