法第四十条の三の三第九項の非居住者の恒久的施設及び事業場等の財産及び損益の状況を記載した計算書類による当該内部取引が行われた日の属する年の当該内部取引に係る事業に係る所得（当該計算書類において当該事業に係る所得が他の事業に係る所得と区分されていない場合には、当該事業を含む事業に係る所得とする。以下この号において同じ。）が、当該非居住者の恒久的施設及び事業場等が支出した当該内部取引に係る事業に係る費用の額、使用した固定資産の価額（当該計算書類において当該事業に係る費用の額又は固定資産の価額が他の事業に係る費用の額又は固定資産の価額と区分されていない場合には、当該事業を含む事業に係る費用の額又は固定資産の価額とする。）その他当該非居住者の恒久的施設及び事業場等が当該所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因に応じて当該非居住者の恒久的施設及び事業場等に帰属するものとして計算した金額をもつて当該内部取引の対価の額とされるべき額とする方法
二
内部取引に係る棚卸資産の買手が非関連者（法第四十条の三の三第二項第一号イに規定する特殊の関係にない者をいう。）に対して当該棚卸資産を販売した対価の額（以下この号及び第四号において「再販売価格」という。）から、当該再販売価格にイに掲げる金額のロに掲げる金額に対する割合を乗じて計算した金額に当該内部取引に係る棚卸資産の販売のために要した販売費及び一般管理費の額を加算した金額を控除した金額をもつて当該内部取引の対価の額とされるべき額とする方法
イ
当該内部取引に係る事業と同種又は類似の事業を営む個人で事業規模その他の事業の内容が類似するもの（以下この号において「比較対象事業」という。）の当該内部取引が行われた日の属する年（ロにおいて「比較対象年」という。）の当該比較対象事業に係る棚卸資産の販売による営業利益の額の合計額
ロ
当該比較対象年の当該比較対象事業に係る棚卸資産の販売による収入金額の合計額
三
内部取引に係る棚卸資産の売手の購入、製造その他の行為による取得の原価の額（イ（１）において「取得原価の額」という。）に、イに掲げる金額にロに掲げる金額のハに掲げる金額に対する割合を乗じて計算した金額及びイ（２）に掲げる金額の合計額を加算した金額をもつて当該内部取引の対価の額とされるべき額とする方法
イ
次に掲げる金額の合計額
（１）
当該取得原価の額
（２）
当該内部取引に係る棚卸資産の販売のために要した販売費及び一般管理費の額
ロ
当該内部取引に係る事業と同種又は類似の事業を営む個人で事業規模その他の事業の内容が類似するもの（以下この号において「比較対象事業」という。）の当該内部取引が行われた日の属する年（ハにおいて「比較対象年」という。）の当該比較対象事業に係る棚卸資産の販売による営業利益の額の合計額
ハ
当該比較対象年の当該比較対象事業に係る棚卸資産の販売による収入金額の合計額からロに掲げる金額を控除した金額
四
内部取引に係る棚卸資産の再販売価格から、当該内部取引に係る棚卸資産の販売のために要した販売費及び一般管理費の額にイに掲げる金額とロに掲げる金額との合計額のロに掲げる金額に対する割合を乗じて計算した金額を控除した金額をもつて当該内部取引の対価の額とされるべき額とする方法
イ
当該内部取引に係る事業と同種又は類似の事業を営む個人で事業規模その他の事業の内容が類似するもの（以下この号において「比較対象事業」という。）の当該内部取引が行われた日の属する年（ロにおいて「比較対象年」という。）の当該比較対象事業に係る棚卸資産の販売による営業利益の額の合計額
ロ
当該比較対象年の当該比較対象事業に係る棚卸資産の販売のために要した販売費及び一般管理費の額
五
内部取引に係る棚卸資産の売手の購入その他の行為による取得の原価の額に、当該内部取引に係る棚卸資産の販売のために要した販売費及び一般管理費の額にイに掲げる金額とロに掲げる金額との合計額のロに掲げる金額に対する割合を乗じて計算した金額を加算した金額をもつて当該内部取引の対価の額とされるべき額とする方法
イ
当該内部取引に係る事業と同種又は類似の事業を営む個人で事業規模その他の事業の内容が類似するもの（以下この号において「比較対象事業」という。）の当該内部取引が行われた日の属する年（ロにおいて「比較対象年」という。）の当該比較対象事業に係る棚卸資産の販売による営業利益の額の合計額
ロ
当該比較対象年の当該比較対象事業に係る棚卸資産の販売のために要した販売費及び一般管理費の額
六
内部取引に係る棚卸資産の販売又は購入の時に国税庁の当該職員又は非居住者の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員が知り得る状態にあつた情報に基づき、当該棚卸資産の販売又は購入の時に当該棚卸資産の使用その他の行為による利益（これに準ずるものを含む。以下この号において同じ。）が生ずることが予測される期間内の日の属する各年分の当該利益の額として当該販売又は購入の時に予測される金額を合理的と認められる割引率を用いて当該棚卸資産の販売又は購入の時の現在価値として割り引いた金額の合計額をもつて当該内部取引の対価の額とされるべき額とする方法
七
第二号から前号までに掲げる方法に準ずる方法
八
第二号から前号までに掲げる方法と同等の方法
１５
国税通則法施行令第三十条の三の規定は、法第四十条の三の三第十五項の規定により同項の帳簿書類を留め置く場合について準用する。
１６
法第四十条の三の三第二十六項に規定する政令で定める要件は、次に掲げる要件とする。
一
法第四十条の三の三第二十六項に規定する内部取引に係る同項に規定する独立企業間価格につき財務大臣が租税条約（所得税法第二条第一項第八号の四ただし書に規定する条約をいう。以下この号及び次条第二項第一号において同じ。）の我が国以外の締約国又は締約者（次号において「条約相手国等」という。）の権限ある当局との間で当該租税条約に基づく合意をしたこと。
二
前号の条約相手国等が、同号の合意に基づき法第四十条の三の三第二十六項に規定する事業場等に係る租税を減額し、かつ、その減額により還付をする金額に、還付加算金に相当する金額のうちその計算の基礎となる期間で財務大臣と当該条約相手国等の権限ある当局との間で合意をした期間に対応する部分に相当する金額を付さないこと。
１７
法第四十条の三の三第二十六項に規定する納付すべき所得税に係る延滞税は、同条第一項の規定を適用した場合に納付すべき所得税の額から同項の規定の適用がなかつたとした場合に納付すべき所得税の額に相当する金額を控除した金額に係る延滞税とする。
１８
法第四十条の三の三第二項第一号イ若しくはロ若しくは第七項の規定又は第三項の規定を適用する場合において、これらの規定に規定する特殊の関係が存在するかどうかの判定は、それぞれの取引が行われた時の現況によるものとする。
（内部取引に係る課税の特例に係る納税の猶予の申請手続等）
第二十五条の十八の四
法第四十条の三の四第一項に規定する所得税の額及び当該所得税の額に係る加算税の額として政令で定めるところにより計算した金額は、次に掲げる金額の合計額とする。
一
法第四十条の三の四第一項に規定する申立てに係る更正決定（法第四十条の三の三第二十二項第一号に掲げる更正決定をいう。以下この号及び第三項第二号において同じ。）により納付すべき所得税の額（次号において「更正決定に係る所得税の額」という。）から、当該更正決定のうち法第四十条の三の四第一項に規定する所得税の額に係る部分がなかつたものとして計算した場合に納付すべきものとされる所得税の額（次号において「猶予対象以外の所得税の額」という。）を控除した金額
二
更正決定に係る所得税の額を基礎として課することとされる加算税（国税通則法第六十九条に規定する加算税をいう。以下この号において同じ。）の額から、猶予対象以外の所得税の額を基礎として課することとされる加算税の額を控除した金額
２
法第四十条の三の四第一項に規定する合意がない場合その他の政令で定める場合は次の各号に掲げる場合とし、同項に規定する政令で定める日は国税庁長官が当該各号に掲げる場合に該当する旨を通知した日とする。
一
法第四十条の三の四第一項に規定する協議（以下この項において「相互協議」という。）を継続した場合であつても同条第一項の合意（次号及び第三号において「合意」という。）に至らないと国税庁長官が認める場合（同条第五項各号に掲げる場合を除く。）において、国税庁長官が当該相互協議に係る条約相手国等（租税条約の我が国以外の締約国又は締約者をいう。次号において同じ。）の権限ある当局に当該相互協議の終了の申入れをし、当該権限ある当局の同意を得たとき。
二
相互協議を継続した場合であつても合意に至らないと当該相互協議に係る条約相手国等の権限ある当局が認める場合において、国税庁長官が当該権限ある当局から当該相互協議の終了の申入れを受け、国税庁長官が同意をしたとき。
三
法第四十条の三の四第一項に規定する所得税の額に関し合意が行われた場合において、当該合意の内容が当該所得税の額を変更するものでないとき。
３
法第四十条の三の四第一項の規定による納税の猶予を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、同項の申立てをしたことを証する書類その他の財務省令で定めるものを添付し、これを国税通則法第四十六条第一項に規定する税務署長等に提出しなければならない。
一
当該猶予を受けようとする非居住者の氏名及び納税地
二
納付すべき更正決定に係る所得税の年分、納期限及び金額
三
前号の金額のうち当該猶予を受けようとする金額
四