法第六十五条の二第二項の規定により利益を受ける都府県が負担すべき負担金は、その負担金を財源とする費用の支出時期に遅れないように支出しなければならない。
（法第七十条の二第二項の協議等の内容等）
第三十八条の三
河川管理者は、法第七十条の二第二項の規定により、協議し、意見をきき、及び同意を得ようとするときは、当該河川工事に関し、目的、計画の概要、流水の状況の改善に関する事項、特別水利使用者に関する事項並びに費用及び費用の負担に関する事項を明らかにしなければならない。
２
河川管理者は、前項に掲げる事項を変更しようとするときは、あらかじめ、法第七十条の二第二項の規定の例により、関係行政機関の長に協議し、及び関係都道府県知事又は関係市町村長の意見をきくとともに、特別水利使用者の同意を得なければならない。
（特別水利使用者負担金の額の算出方法）
第三十八条の四
法第七十条の二第一項の河川工事（かんがい又は発電のため流水を占用する特別水利使用者に対する水の供給を確保することをその目的に含むものを除く。以下「流況調整河川工事」という。）に要する費用について同項の規定により河川管理者が負担させる負担金（以下「工事負担金」という。）の額は、当該流況調整河川工事に要する費用の額（消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額。次項第一号ロにおいて同じ。）に特別水利使用者の負担割合（身替り支出法を基準として算定する割合をいう。以下この条において同じ。）を乗じて得た額並びにその者に当該流況調整河川工事により設置する河川管理施設（以下「流況調整河川管理施設」という。）を利用させることにつき課されるべき消費税に相当する額及び当該課されるべき消費税の額を課税標準として課されるべき地方消費税に相当する額とする。
一
流況調整河川工事に関する事業（以下この条、第三十八条の六及び第三十八条の八第二号において「事業」という。）の縮小に係る不要支出額
二
第三十八条の三第二項の規定により流況調整河川工事に関する費用及び費用の負担に関する事項を変更する場合であつて当該変更前に事業からの撤退（当該事業に係る特別水利使用者が、その後の事情の変化により当該事業に係る流況調整河川管理施設を利用して水の供給を受けようとしなくなることをいう。以下同じ。）をした特別水利使用者が負担する工事負担金の額として第二項の規定により算出した額
２
事業が縮小された場合において、かんがい又は発電以外の用途（以下この条において「特定用途」という。）に係る部分を縮小した特別水利使用者が負担する工事負担金の額は、前項の規定にかかわらず、同項の規定により算出した額に、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める額を加えた額とし、事業からの撤退をした特別水利使用者が負担する工事負担金の額は、同項の規定にかかわらず、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める額とする。
ただし、これらにより算出することが著しく公平を欠くと認められるときは、国土交通大臣が関係行政機関の長と協議して定める方法により算出した額とすることができる。
一
特定用途に係る部分の縮小又は事業からの撤退のみがあつた場合
次に掲げる額を合算した額。
ただし、特定用途に係る部分を縮小し又は事業からの撤退をした特別水利使用者が二以上あるときは、当該合算した額に、当該二以上の者のそれぞれが単独で当該特定用途に係る部分を縮小し又は事業からの撤退をしたものと仮定した場合におけるイに掲げる額の合計額に対するその者が単独で当該特定用途に係る部分を縮小し又は事業からの撤退をしたものと仮定した場合におけるイに掲げる額の割合を乗じて得た額とする。
イ
当該事業の縮小に係る不要支出額
ロ
当該事業の縮小後において、流況調整河川工事に要する費用の額に消費税及び地方消費税に相当する額から国が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を控除した額を加えた額に河川の流水の状況の改善及び流水によつて生ずる公害の除却又は軽減のための用途（以下この条及び第三十八条の六第二項において「治水関係用途」という。）に係る負担割合を乗じて得た額が、当該治水関係用途に係る身替り建設費を超えるときにあつては当該超える額、当該身替り建設費を超えないときにあつては零
ハ
当該事業の縮小後において、流水を特定用途に供する特別水利使用者の前項の規定により算出した額からその額に含まれる国が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を控除した額が、当該特別水利使用者の身替り建設費（当該者が特定用途に係る部分を縮小したときは、当該者の当該特定用途に係る部分の縮小がないものと仮定した場合における当該者の身替り建設費）を超えるときにあつては当該超える額（身替り建設費を超える特別水利使用者が二以上あるときは、当該超える額の合計額）、当該身替り建設費を超えないときにあつては零
二
特定用途に係る部分の縮小又は事業からの撤退と併せて治水関係用途に係る部分の縮小があつた場合
次の式により算出した額。
ただし、特定用途に係る部分を縮小し又は事業からの撤退をした特別水利使用者が二以上あるときは、当該算出した額に、当該二以上の者のそれぞれが単独で当該特定用途に係る部分を縮小し又は事業からの撤退をしたものと仮定した場合における前号イに掲げる額の合計額に対するその者が単独で当該特定用途に係る部分を縮小し又は事業からの撤退をしたものと仮定した場合における同号イに掲げる額の割合を乗じて得た額とする。
（Ｕ＋Ｅｆ＋Ｅｗ）×（Ｕｗ／（Ｕｆ＋Ｕｗ））
（この式において、Ｕ、Ｅｆ、Ｅｗ、Ｕｆ及びＵｗは、それぞれ次の数値を表すものとする。
Ｕ
前号イに掲げる額
Ｅｆ
前号ロに掲げる額。この場合において、同号ロ中「当該治水関係用途に係る身替り建設費」とあるのは、「当該治水関係用途に係る部分の縮小がないものと仮定した場合における当該治水関係用途に係る身替り建設費」とする。
Ｅｗ
前号ハに掲げる額
Ｕｆ
治水関係用途に係る部分の縮小のみがあつたものと仮定した場合における前号イに掲げる額
Ｕｗ
特定用途に係る部分の縮小又は事業からの撤退のみがあつたものと仮定した場合における前号イに掲げる額）
３
事業が縮小された場合において、特別水利使用者の第一項の規定により算出した額からその額に含まれる国が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を控除した額が、当該者の身替り建設費（当該者が特定用途に係る部分を縮小したときは、当該者の当該特定用途に係る部分の縮小がないものと仮定した場合における当該者の身替り建設費）を超えるときは、当該者が負担する工事負担金の額は、前二項の規定にかかわらず、これらの規定により算出した額から、当該超える額を控除した額とする。
４
すべての特別水利使用者が事業からの撤退をした場合において、特別水利使用者（当該撤退前に事業からの撤退をした特別水利使用者を除く。以下この項において同じ。）が負担する工事負担金の額は、第一項の規定にかかわらず、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める額とする。
ただし、これらにより算出することが著しく公平を欠くと認められるときは、国土交通大臣が関係行政機関の長と協議して定める方法により算出した額とすることができる。
一
治水関係用途に係る部分のみの河川工事が継続される場合（次号に規定する場合を除く。）
次に掲げる額を合算した額。
ただし、事業からの撤退をした特別水利使用者が二以上あるときは、当該合算した額に、当該二以上の者の負担割合の合計に対するその者の負担割合の割合を乗じて得た額とする。
イ
すべての特別水利使用者の事業からの撤退に係る不要支出額
ロ
すべての特別水利使用者の事業からの撤退に係る流況調整河川工事に要する費用の額からイに掲げる額を控除した額と、すべての特別水利使用者の撤退後に当該事業に係る流況調整河川管理施設のうち治水関係用途に係る部分のみの河川工事に要する推定の費用の額とを合算した額が、当該治水関係用途に係る身替り建設費を超えるときにあつては当該超える額、当該身替り建設費を超えないときにあつては零
二
すべての特別水利使用者の事業からの撤退と併せて治水関係用途に係る部分の縮小があつた場合
次の式により算出した額。
ただし、事業からの撤退をした特別水利使用者が二以上あるときは、当該算出した額に、当該二以上の者の負担割合の合計に対するその者の負担割合の割合を乗じて得た額とする。
（Ｕ＋Ｅｆ）×（Ｕｗ／（Ｕｆ＋Ｕｗ））
（この式において、Ｕ、Ｅｆ、Ｕｆ及びＵｗは、それぞれ次の数値を表すものとする。
Ｕ
前号イに掲げる額
Ｅｆ
前号ロに掲げる額。この場合において、同号ロ中「当該治水関係用途に係る身替り建設費」とあるのは、「当該治水関係用途に係る部分の縮小がないものと仮定した場合における当該治水関係用途に係る身替り建設費」とする。
Ｕｆ
治水関係用途に係る部分の縮小のみがあつたものと仮定した場合における前号イに掲げる額
Ｕｗ
事業からの撤退のみがあつたものと仮定した場合における前号イに掲げる額）
三
治水関係用途に係る部分の河川工事が継続されない場合
すべての特別水利使用者の事業からの撤退に係る不要支出額（当該不要支出額が、すべての特別水利使用者の事業からの撤退に係る流況調整河川工事に要する費用の額に事業からの撤退をした特別水利使用者の負担割合（事業からの撤退をした特別水利使用者が二以上あるときは、当該二以上の者の負担割合の合計）を乗じて得た額を超える場合にあつては、当該負担割合を乗じて得た額）。