Circus spilonotus spilonotus（チュウヒ）
ニ　つる目
（１）　くいな科
１
Coturnicops exquisitus（シマクイナ）
ホ　すずめ目
（１）　ほおじろ科
１
Emberiza aureola ornata（シマアオジ）
（２）　もず科
１
Lanius cristatus superciliosus（アカモズ）
（３）　ひたき科
１
Turdus celaenops（アカコッコ）
ヘ　ペリカン目
（１）　さぎ科
１
Ixobrychus eurhythmus（オオヨシゴイ）
ト　みずなぎどり目
（１）　うみつばめ科
１
Oceanodroma castro（クロコシジロウミツバメ）
（２）　みずなぎどり科
１
Puffinus bryani（オガサワラヒメミズナギドリ）
２
Puffinus lherminieri bannermani（セグロミズナギドリ）
チ　ふくろう目
（１）　ふくろう科
１
Bubo bubo borissowi（ワシミミズク）
三
爬
は
虫綱
イ　とかげ亜目
（１）　とかげもどき科
１
Goniurosaurus kuroiwae kuroiwae（クロイワトカゲモドキ）
２
Goniurosaurus kuroiwae orientalis（マダラトカゲモドキ）
３
Goniurosaurus kuroiwae sengokui（ケラマトカゲモドキ）
４
Goniurosaurus kuroiwae toyamai（イヘヤトカゲモドキ）
５
Goniurosaurus kuroiwae yamashinae（クメトカゲモドキ）
６
Goniurosaurus splendens（オビトカゲモドキ）
（２）　かなへび科
１
Takydromus dorsalis（サキシマカナヘビ）
２
Takydromus toyamai（ミヤコカナヘビ）
ロ　へび亜目
（１）　なみへび科
１
Hebius concelarus（ミヤコヒバァ）
２
Opisthotropis kikuzatoi（キクザトサワヘビ）
ハ　かめ目
（１）　いしがめ科
１
Geoemyda japonica（リュウキュウヤマガメ）
四　両生綱
イ　無尾目
（１）　あかがえる科
１
Babina holsti（ホルストガエル）
２
Babina subaspera（オットンガエル）
３
Limnonectes namiyei（ナミエガエル）
４
Odorrana ishikawae（オキナワイシカワガエル）
５
Odorrana splendida（アマミイシカワガエル）
６
Odorrana utsunomiyaorum（コガタハナサキガエル）
ロ　有尾目
（１）　さんしょううお科
１
Hynobius abei（アベサンショウウオ）
２
Hynobius abuensis（アブサンショウウオ）
３
Hynobius akiensis（アキサンショウウオ）
４
Hynobius amakusaensis（アマクササンショウウオ）
５
Hynobius bakan（ヤマグチサンショウウオ）
６
Hynobius boulengeri（オオダイガハラサンショウウオ）
７
Hynobius dunni（オオイタサンショウウオ）
８
Hynobius fossigenus（ヒガシヒダサンショウウオ）
９
Hynobius guttatus（マホロバサンショウウオ）
１０
Hynobius hidamontanus（ハクバサンショウウオ）
１１
Hynobius ikioi（ベッコウサンショウウオ）
１２
Hynobius iwami（イワミサンショウウオ）
１３
Hynobius katoi（アカイシサンショウウオ）
１４
Hynobius kuishiensis（イヨシマサンショウウオ）
１５
Hynobius kunibiki（イズモサンショウウオ）
１６
Hynobius naevius（ブチサンショウウオ）
１７
Hynobius nebulosus（カスミサンショウウオ）
１８
Hynobius okiensis（オキサンショウウオ）
１９
Hynobius osumiensis（オオスミサンショウウオ）
２０
Hynobius oyamai（チクシブチサンショウウオ）
２１
Hynobius sematonotos（チュウゴクブチサンショウウオ）
２２
Hynobius setoi（サンインサンショウウオ）
２３
Hynobius setouchi（セトウチサンショウウオ）
２４
Hynobius shinichisatoi（ソボサンショウウオ）
２５
Hynobius stejnegeri（コガタブチサンショウウオ）
２６
Hynobius tokyoensis（トウキョウサンショウウオ）
２７
Hynobius tosashimizuensis（トサシミズサンショウウオ）
２８
Hynobius tsurugiensis（ツルギサンショウウオ）
２９
Hynobius utsunomiyaorum（ヒバサンショウウオ）
３０
Hynobius vandenburghi（ヤマトサンショウウオ）
３１
Onychodactylus kinneburi（シコクハコネサンショウウオ）
３２
Onychodactylus pyrrhonotus（ホムラハコネサンショウウオ）
３３
Onychodactylus tsukubaensis（ツクバハコネサンショウウオ）
３４
Salamandrella keyserlingii（キタサンショウウオ）
（２）　いもり科
１
Echinotriton andersoni（イボイモリ）
五　条
鰭
き
亜綱
イ　こい目
（１）　どじょう科
１
Cobitis striata hakataensis（ハカタスジシマドジョウ）
２
Cobitis takenoi（タンゴスジシマドジョウ）
３
Parabotia curtus（アユモドキ）
（２）　こい科
１
Acheilognathus longipinnis（イタセンパラ）
２
Acheilognathus tabira nakamurae（セボシタビラ）
３
Hemigrammocypris neglectus（カワバタモロコ）
４
Rhodeus atremius suigensis（スイゲンゼニタナゴ）
５
Tanakia tanago（ミヤコタナゴ）
ロ　はぜ亜目
（１）　はぜ科
１
Gymnogobius nakamurae（コシノハゼ）
ハ　さけ目
（１）　しらうお科
１
Neosalanx reganius（アリアケヒメシラウオ）
六　昆虫綱
イ　ごきぶり目
（１）　むかしごきぶり科
１
Eucorydia donanensis（ウスオビルリゴキブリ）
２
Eucorydia miyakoensis（ベニエリルリゴキブリ）
ロ　甲虫目
（１）　たまむし科
１
Agrilus boninensis（オガサワラナガタマムシ）
２
Agrilus suzukii（シラフオガサワラナガタマムシ）
３
Chrysobothris boninensis boninensis（オガサワラムツボシタマムシ父島列島亜種）
４
Chrysobothris boninensis suzukii（オガサワラムツボシタマムシ母島亜種）
５
Kurosawaia yanoi（ツヤヒメマルタマムシ）
６
Tamamushia virida virida（ツマベニタマムシ父島・母島列島亜種）
（２）　おさむし科
１
Cylindera bonina（オガサワラハンミョウ）
（３）　かみきりむし科
１
Agapanthia japonica（フサヒゲルリカミキリ）
２
Allotraeus boninensis（オガサワラトビイロカミキリ）
３
Chlorophorus boninensis（オガサワラトラカミキリ）
４
Chlorophorus kobayashii（オガサワラキイロトラカミキリ）
５
Merionoeda tosawai（オガサワラモモブトコバネカミキリ）
６
Pseudiphra bicolor bicolor（フタモンアメイロカミキリ父島列島亜種）
７
Xylotrechus ogasawarensis（オガサワライカリモントラカミキリ）
（４）　げんごろう科
１
Acilius kishii（ヤシャゲンゴロウ）
２
Cybister chinensis（ゲンゴロウ）
３
Cybister lewisianus（マルコガタノゲンゴロウ）
４
Cybister limbatus（フチトリゲンゴロウ）
５
Cybister rugosus（ヒメフチトリゲンゴロウ）
６
Dytiscus marginalis czerskii（エゾゲンゴロウモドキ）
７
Dytiscus sharpi（シャープゲンゴロウモドキ）
８
Graphoderus adamsii（マルガタゲンゴロウ）
９
Hydaticus pacificus conspersus（オオイチモンジシマゲンゴロウ）
１０
Hydaticus thermonectoides（マダラシマゲンゴロウ）
１１
Prodaticus vittatus（オキナワスジゲンゴロウ）
（５）　みずすまし科
１
Gyrinus ryukyuensis（リュウキュウヒメミズスマシ）
（６）　ほたる科
１
Luciola owadai（クメジマボタル）
（７）　くわがたむし科
１
Neolucanus insulicola donan（ヨナグニマルバネクワガタ）
２