法人が施行日から平成十九年四月三十日までの間に株式移転を行う場合における新令第四条の二第十九項及び第二十一項第六号の規定の適用については、同条第十九項中「（同条第十二号の八に規定する合併親法人株式が交付されるものを除く。）、適格分割（同条第十二号の十一に規定する分割承継親法人株式が交付されるものを除く。）」とあるのは「、適格分割」と、同号中「及び法第二条第十二号の八に規定する合併親法人株式が交付されるものを除く。）、適格分割（同条第十二号の十一に規定する分割承継親法人株式が交付されるものを除く。）」とあるのは「を除く。）、適格分割」とする。
（資本金等の額に関する経過措置）
第四条
新令第八条第一項第十一号（同号に規定する適格株式交換に係る部分を除く。）、第十二号、第十六号、第十九号及び第二十号（資本金等の額）の規定は、法人が施行日以後に同項第十一号の株式交換、同項第十二号の株式移転、同項第十六号の分割型分割、同項第十九号の資本の払戻し等又は同項第二十号の自己株式の取得等を行う場合について適用する。
２
施行日前に改正前の法人税法施行令（以下「旧令」という。）第八条第一項第十一号（資本金等の額）の株式交換、同項第十二号の株式移転、同項第十六号の分割型分割、同項第十九号の資本の払戻し等又は同項第二十号の自己株式の取得等を行った法人の新令第八条第一項の規定の適用については、施行日前の同項第一号から第十四号までに掲げる金額の合計額から施行日前の同項第十五号から第二十一号までに掲げる金額の合計額を減算した金額は、施行日の前日における資本金等の額から同日における資本金の額又は出資金の額を減算した金額とする。
３
新令第八条第一項第五号から第七号まで、第十一号（同号に規定する適格株式交換に係る部分に限る。）及び第二十一号の規定は、法人が平成十九年五月一日以後に同項第五号の合併、同項第六号の分割型分割、同項第七号の分社型分割、同項第十一号の株式交換又は同項第二十一号の自己の株式の取得を行う場合について適用する。
４
平成十九年五月一日前に旧令第八条第一項第五号の合併、同項第六号の分割型分割、同項第七号の分社型分割、同項第十一号の株式交換又は同項第二十一号の自己の株式の取得を行った法人の新令第八条第一項の規定の適用については、同日前の同項第一号から第十四号までに掲げる金額の合計額から同日前の同項第十五号から第二十一号までに掲げる金額の合計額を減算した金額は、同年四月三十日における資本金等の額から同日における資本金の額又は出資金の額を減算した金額とする。
（利益積立金額等に関する経過措置）
第五条
新令第九条第一項第九号（利益積立金額）の規定は、法人が施行日以後に同号の適格分割型分割を行う場合について適用する。
２
施行日前に旧令第九条第一項第九号の適格分割型分割を行った法人の新令第九条第一項の規定の適用については、施行日前の同項第一号から第四号までに掲げる金額の合計額から施行日前の同項第五号から第九号までに掲げる金額の合計額を減算した金額は、施行日の前日における利益積立金額とする。
３
新令第九条第一項第二号の二及び第九条の二第一項第二号の二（連結利益積立金額）の規定は、法人が平成十九年五月一日以後に行う合併について適用する。
（有価証券に準ずるものの範囲に関する経過措置）
第六条
新令第十一条第一号（有価証券に準ずるものの範囲）の規定は、法人が附則第一条第五号（施行期日）に定める日以後に取得する新令第十一条第一号に掲げる権利について適用し、法人が同日前に取得した旧令第十一条第一号及び第二号（有価証券に準ずるものの範囲）に掲げる権利については、なお従前の例による。
（繰延資産の範囲に関する経過措置）
第七条
法人が施行日前に支出した旧令第十四条第一項第三号（繰延資産の範囲）に掲げる試験研究費については、なお従前の例による。
２
新令第十四条第一項第三号から第五号まで（繰延資産の範囲）の規定は、法人が施行日以後に支出するこれらの規定に掲げる費用について適用し、法人が施行日前に支出した旧令第十四条第一項第四号から第六号までに掲げる費用については、なお従前の例による。
３
法人の発行した旧令第十四条第一項第七号に規定する社債等が施行日以後最初に開始する事業年度開始の時において償還されていない場合には、当該開始の時において当該社債等の券面金額から同号に掲げる社債発行差金の当該開始の時における帳簿価額を控除した金額により当該社債等の償還があったものとみなす。
４
前項の規定は、法人が施行日以後に開始する事業年度において適格組織再編成（適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格事後設立をいう。）により旧令第十四条第一項第七号に規定する社債等（前項の規定により償還があったものとみなされたものを除く。）の償還等に係る義務の引継ぎを受けた場合について準用する。
この場合において、前項中「当該開始の時において」とあるのは「次項に規定する適格組織再編成の時において」と、「開始の時における」とあるのは「適格組織再編成の時における」と読み替えるものとする。
（信託に関する経過措置）
第八条
この政令（附則第一条第三号（施行期日）に掲げる改正規定に限る。）による改正後の法人税法施行令の規定は、同号に定める日（以下「信託法施行日」という。）以後に効力が生ずる信託（遺言によってされた信託にあっては信託法施行日以後に遺言がされたものに限り、信託法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十八年法律第百九号）第三条第一項、第六条第一項、第十一条第二項、第十五条第二項、第二十六条第一項、第三十条第二項又は第五十六条第二項（新法の適用等）の規定により同法第三条第一項に規定する新法信託とされた信託（以下この条において「新法信託」という。）を含む。）について適用し、信託法施行日前に効力が生じた信託（遺言によってされた信託にあっては信託法施行日前に遺言がされたものを含み、新法信託を除く。）については、なお従前の例による。
（所有株式に対応する資本金等の額又は連結個別資本金等の額の計算方法等に関する経過措置）
第九条
新令第二十三条第一項第二号から第四号まで（所有株式に対応する資本金等の額又は連結個別資本金等の額の計算方法等）の規定は、法人が施行日以後に行う同項第二号に規定する分割型分割、同項第三号に規定する払戻し等又は同項第四号に規定する自己株式の取得等について適用し、法人が施行日前に行った旧令第二十三条第一項第二号（所有株式に対応する資本金等の額又は連結個別資本金等の額の計算方法等）に規定する分割型分割、同項第三号に規定する払戻し等又は同項第四号に規定する自己株式の取得等については、なお従前の例による。
２
新令第二十三条第三項第三号の規定は、附則第一条第五号（施行期日）に定める日以後に生ずる同項第三号に掲げる事由による取得について適用する。
（棚卸資産の評価の方法に関する経過措置）
第十条
施行日の前日の属する事業年度においてその有する棚卸資産について旧令第二十八条第一項第二号（棚卸資産の評価の方法）に規定する低価法を選定している法人が、施行日から平成二十年三月三十一日までの間に開始する各事業年度（以下この条において「経過事業年度」という。）において、その選定に係る事業の種類及び資産の区分（新令第二十九条第一項（棚卸資産の評価の方法の選定）に規定する事業の種類及び資産の区分をいう。以下この条において同じ。）と同一の事業の種類及び資産の区分に属する当該経過事業年度終了の時において有する棚卸資産（当該終了の時におけるその取得のために通常要する価額（以下この条において「再調達原価」という。）が新令第二十八条第一項第二号（棚卸資産の評価の方法）に規定する原価法により評価した価額に満たないものに限るものとし、当該経過事業年度において当該事業の種類及び資産の区分に属する棚卸資産につき同項第一号に規定する原価法を選定した場合における当該棚卸資産を除く。）について、その確定した決算の基礎となった棚卸資産の受入れ及び払出しに関する帳簿に、その後の各事業年度における棚卸資産の評価額の計算の基礎とすべきものとして当該再調達原価を記載した場合には、当該再調達原価を新令第二十八条第一項第二号に規定する終了の時における価額及び同条第二項第一号に規定する価額として、同条の規定を適用する。
（減価償却資産の償却の方法等に関する経過措置）
第十一条
新令第二編第一章第一節第二款第五目から第七目の二まで（新令第六十一条第二項及び第三項（減価償却資産の償却累積額による償却限度額の特例）を除く。）（減価償却資産の償却の方法等）の規定は、法人が施行日以後に取得をする減価償却資産（新令第四十八条の二第一項第六号（減価償却資産の償却の方法）に掲げる減価償却資産にあっては、法人が平成二十年四月一日以後に締結する同条第五項第五号に規定する所有権移転外リース取引の契約に係るもの）について適用する。
２
法人が施行日前に取得をし、かつ、施行日以後に事業の用に供した減価償却資産については、当該事業の用に供した日において当該減価償却資産の取得をしたものとみなして、新令第二編第一章第一節第二款第五目から第七目の二までの規定を適用する。
３