１９
法第六十六条の十三第一項、第五項から第九項まで、第十一項又は第十五項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算については、同条第一項の規定により損金の額に算入される金額（増資特定株式（同項第一号に規定する増資特定株式をいう。以下この項において同じ。）に係る部分の金額に限る。）は、法人税法施行令第九条第一号イに規定する所得の金額に含まれるものとし、法第六十六条の十三第五項から第九項まで、第十一項又は第十五項の規定により益金の額に算入される金額（増資特定株式に係る部分の金額に限る。）は、同号イに規定する所得の金額に含まれないものとする。
２０
法人の有する同一銘柄の株式で次に掲げる株式が二以上ある場合には、これらの株式については、それぞれその銘柄が異なるものとして、法人税法施行令第二編第一章第一節第二款の二第一目の二の規定を適用する。
一
当該対象事業年度において取得をした各特定株式（法第六十六条の十三第一項に規定する特定株式をいう。次号において同じ。）
二
各特別勘定（法第六十六条の十三第一項の特別勘定をいう。）に係る特定株式
三
前二号に掲げる株式以外の株式
２１
第三十三条の四第六項の規定は、法第六十六条の十三第一項、第五項から第十一項まで又は第十五項の規定の適用がある場合における法人税法及び法人税法施行令の一部を改正する政令（昭和四十二年政令第百六号）の規定の適用について準用する。
この場合において、第三十三条の四第六項中「、法第五十七条の七第一項の規定」とあるのは「、法第六十六条の十三第一項の規定及び特別益金算入規定（同条第五項から第十一項まで及び第十五項の規定をいう。以下この項において同じ。）」と、「とする」とあるのは「とし、法人税法施行令の一部を改正する政令（昭和四十二年政令第百六号）附則第五条第一項第二号に規定する所得の金額は、法第六十六条の十三第一項の規定及び特別益金算入規定を適用しないで計算するものとする」と読み替えるものとする。
（社会保険診療報酬の所得の計算の特例）
第三十九条の二十四の三
法第六十七条第一項に規定する政令で定める事業年度は、法人税法第六十四条の四第三項の規定の適用を受けた法人（同項の規定の適用を受けた法人（法人税法施行令第百三十一条の五第十項に規定する救急医療等確保事業用資産取得未済残額を有するものに限る。）を被合併法人とする合併（同令第百三十一条の五第十項に規定する実施期間内に行われたものに限る。以下この項において「特定合併」という。）に係る合併法人及び同令第百三十一条の五第十項の規定の適用を受けた資産（次に掲げる事実のいずれかが生じたものを除く。）を移転する適格合併（特定合併を除く。）又は適格分割型分割（以下この項において「適格合併等」という。）に係る合併法人又は分割承継法人（以下この項において「合併法人等」という。）を含み、医療法第四十二条の二第一項に規定する社会医療法人を除く。）の法人税法第六十四条の四第三項の規定の適用を受けた事業年度開始の日（当該特定合併に係る合併法人にあつては、当該特定合併の日）から同令第百三十一条の五第十項に規定する救急医療等確保事業用資産取得未済残額を有しないこととなつた日（当該救急医療等確保事業用資産取得未済残額を有しないこととなる前に同項に規定する実施期間が終了した場合には、その終了した日）以後の日で同項の規定の適用を受けた資産の全てについて次に掲げる事実のいずれかが生じた日までの期間（当該合併法人等にあつては、当該適格合併等の日から当該適格合併等により移転を受けた資産で同項の規定の適用を受けたものの全てについて次に掲げる事実（第二号に掲げる事実にあつては、当該合併法人等を分割法人とする適格分割型分割によるものに限る。）のいずれかが生じた日までの期間）内の日を含む各事業年度とする。
一
譲渡又は除却をしたこと。
二
適格分割型分割により分割承継法人へ移転をしたこと。
三
その帳簿に記載された金額が一円となり、又はその帳簿に記載されなくなつたこと。
四
法人税法第二十五条第三項に規定する資産に該当し、当該資産の同項に規定する評価益の額として政令で定める金額が益金の額に算入されたこと。
五
法人税法第三十三条第二項に規定する評価換えによりその帳簿価額を減額され、当該資産の同項に規定する差額に達するまでの金額が損金の額に算入されたこと又は同条第四項に規定する資産に該当し、当該資産の同項に規定する評価損の額として政令で定める金額が損金の額に算入されたこと。
２
法第六十七条第一項に規定する政令で定める金額は、当該医療法人の営む医業又は歯科医業に係る総収入金額（経常的に生ずるもの以外の収益の額とされるべきものを除く。）とする。
（特定の医療法人の法人税率の特例）
第三十九条の二十五
法第六十七条の二第一項に規定する政令で定める要件は、次に掲げる要件とする。
一
各事業年度においてその事業及び医療施設が医療の普及及び向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄与するものとして厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準を満たすものである旨の厚生労働大臣の当該各事業年度に係る証明書の交付を受けること。
二
その運営組織が適正であるとともに、その理事、監事、評議員その他これらの者に準ずるもの（以下この号及び次号において「役員等」という。）のうち親族関係を有する者及びこれらと次に掲げる特殊の関係がある者（同号において「親族等」という。）の数がそれぞれの役員等の数のうちに占める割合が、いずれも三分の一以下であること。
イ
当該親族関係を有する役員等と婚姻の届出をしていないが事実上婚姻関係と同様の事情にある者
ロ
当該親族関係を有する役員等の使用人及び使用人以外の者で当該役員等から受ける金銭その他の財産によつて生計を維持しているもの
ハ
イ又はロに掲げる者の親族でこれらの者と生計を一にしているもの
三
その設立者、役員等若しくは社員又はこれらの者の親族等に対し、施設の利用、金銭の貸付け、資産の譲渡、給与の支給、役員等の選任その他財産の運用及び事業の運営に関して特別の利益を与えないこと。
四
その寄附行為又は定款において、当該法人が解散した場合にその残余財産が国若しくは地方公共団体又は他の医療法人（財団たる医療法人又は社団たる医療法人で持分の定めがないものに限る。）に帰属する旨の定めがあること。
五
その経理に関し次に掲げる基準に適合していること。
イ
財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録し、かつ、当該帳簿書類を保存していること。
ロ
その支出した金銭でその費途が明らかでないものがあることその他の不適正な経理が行われていないこと。
六
当該法人につき法令に違反する事実、その帳簿書類に取引の全部又は一部を隠蔽し、又は仮装して記録又は記載をしている事実その他公益に反する事実がないこと。
２
法第六十七条の二第一項の承認を受けようとする医療法人は、次に掲げる事項を記載した申請書を、納税地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければならない。
一
申請者の名称、納税地及び法人番号
二
代表者の氏名
三
その設立の年月日
四
申請者が現に行つている事業の概要
五
その他参考となるべき事項
３
前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。
一
その寄附行為又は定款の写し
二
その申請時の直近に終了した事業年度に係る第一項第一号に規定する証明書
三
第一項第二号、第三号、第五号及び第六号に掲げる要件を満たす旨を説明する書類
４
次の各号に掲げる医療法人は、当該各号に定める日の翌日から三年を経過した日以後でなければ、第二項の申請書を提出することができない。
一
法第六十七条の二第二項の規定に基づく承認の取消しを受けた医療法人
当該取消しの日
二
第六項に規定する届出書を提出した医療法人
当該届出書を提出した日
５
法第六十七条の二第一項の承認を受けた医療法人は、各事業年度終了の日の翌日から三月以内に、当該各事業年度に係る第一項第一号に規定する証明書を、納税地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければならない。
ただし、当該終了の日において同条第一項に規定する社会医療法人に該当する場合は、この限りでない。
６
法第六十七条の二第一項の承認を受けた医療法人は、当該承認に係る税率の適用をやめようとする場合には、その旨その他財務省令で定める事項を記載した届出書を、納税地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければならない。
この場合において、その届出書の提出があつたときは、その提出の日以後に終了する各事業年度の所得については、その承認は、その効力を失うものとする。
７
厚生労働大臣は、第一項第一号の規定により基準を定めたときは、これを告示する。
（農地所有適格法人の肉用牛の売却に係る所得の課税の特例）
第三十九条の二十六
法第六十七条の三第一項に規定する政令で定める登録は、同項に規定する登録規程に基づく登録のうち、同条第二項に規定する肉用牛の改良増殖に著しく寄与するものとして農林水産大臣が財務大臣と協議して指定するものとする。
２
法第六十七条の三第一項第一号に規定する政令で定める市場は、次に掲げる市場とする。
一
家畜取引法第二十七条第一項の規定による届出に係る市場
二
地方卸売市場で食用肉の卸売取引のために定期に又は継続して開設されるもののうち、都道府県がその市場における食用肉の卸売取引に係る業務の適正かつ健全な運営を確保するため、その業務につき必要な規制を行うものとして農林水産大臣の認定を受けたもの
三