環境大臣は、この法律の目的を達成するため必要があると認めるときは、関係行政機関の長、関係地方公共団体の長、関係する独立行政法人（独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二条第一項に規定する独立行政法人をいう。）の長その他の関係者に対し、沖合の区域の生物の多様性の確保その他の自然環境の保全に関し、資料又は情報の提供、意見の開陳その他必要な協力を求めることができる。
（連絡及び協力）
第三十五条の十
環境大臣、農林水産大臣及び経済産業大臣は、この法律の施行に当たつては、沖合海底自然環境保全地域における自然環境の保全に関する事項について、相互に緊密に連絡し、及び協力しなければならない。
（準用）
第三十五条の十一
第三十二条の規定は第三十五条の四第三項又は第三十五条の五第二項の規定による環境大臣の処分について、第三十三条第一項から第三項まで及び第三十四条の規定は第三十五条の四第三項の許可を得ることができないため、同条第四項において準用する第十七条第二項の規定により許可に条件を付されたため、又は第三十五条の五第二項の規定による処分を受けたため損失を受けた者について、それぞれ準用する。
この場合において、第三十四条第一項中「前条第三項（同条第五項において準用する場合を含む。）」とあるのは、「第三十五条の十一において準用する前条第三項」と読み替えるものとする。
（配慮）
第三十五条の十二
沖合海底自然環境保全地域に関する規定の適用に当たつては、当該地域において行われる漁業その他の生業の安定に配慮しなければならない。
第五章　雑則
（保全事業の執行に要する費用）
第三十六条
保全事業（原生自然環境保全地域に関する保全事業及び自然環境保全地域に関する保全事業をいう。以下同じ。）の執行に要する費用は、その保全事業を執行する者の負担とする。
（原因者負担）
第三十七条
国又は地方公共団体は、他の工事又は他の行為により保全事業の執行が必要となつた場合においては、その原因となつた工事又は行為について費用を負担する者に、その保全事業の執行が必要となつた限度において、その費用の全部又は一部を負担させることができる。
（受益者負担）
第三十八条
国又は地方公共団体は、保全事業の執行により著しく利益を受ける者がある場合においては、その者に、その受益の限度において、その保全事業の執行に要する費用の一部を負担させることができる。
（負担金の徴収方法等）
第三十九条
前二条の規定による負担金の徴収方法その他負担金に関して必要な事項は、政令又は条例で定める。
（負担金の強制徴収）
第四十条
第三十七条又は第三十八条の規定による負担金を納付しない者があるときは、環境大臣又は当該地方公共団体の長は、督促状によつて納付すべき期限を指定して督促しなければならない。
２
前項の場合においては、環境大臣は環境省令で定めるところにより、当該地方公共団体の長は条例で定めるところにより、延滞金を徴収することができる。
ただし、延滞金は、年十四・五パーセントの割合を乗じて計算した額をこえない範囲内で定めなければならない。
３
環境大臣又は地方公共団体の長は、第一項の規定による督促を受けた者がその指定する期限までにその納付すべき金額を納付しないときは、当該負担金が国の収入となる場合にあつては国税の、地方公共団体の収入となる場合にあつては地方税の滞納処分の例により、前二項に規定する負担金及び延滞金を徴収することができる。
この場合における負担金及び延滞金の先取特権の順位は、国税及び地方税に次ぐものとする。
４
延滞金は、負担金に先だつものとする。
（国の補助）
第四十一条
国は、予算の範囲内において、政令で定めるところにより、保全事業を執行する都道府県に対して、その保全事業の執行に要する費用の一部を補助することができる。
（適用除外）
第四十二条
第三十六条から前条までの規定は、保全事業のうち他の法律にその執行に要する費用に関して別段の規定がある事業については、適用しない。
（協議）
第四十三条
環境大臣は、原生自然環境保全地域、自然環境保全地域、沖合海底自然環境保全地域、立入制限地区、特別地区、野生動植物保護地区、海域特別地区若しくは沖合海底特別地区の指定若しくはその区域の拡張をしようとするとき、原生自然環境保全地域に関する保全計画、自然環境保全地域に関する保全計画若しくは沖合海底自然環境保全地域に関する保全計画の決定若しくは変更をしようとするとき、又は第二十五条第六項、第二十七条第五項若しくは第三十五条の四第五項の環境省令を定めようとするときは、関係行政機関の長に協議しなければならない。
２
環境大臣以外の国の機関は、保全事業を執行しようとするときは、環境大臣に協議しなければならない。
（権限の委任）
第四十四条
この法律に規定する環境大臣の権限は、環境省令で定めるところにより、地方環境事務所長に委任することができる。
第六章　都道府県自然環境保全地域及び都道府県における自然環境の保全に関する審議会その他の合議制の機関
（都道府県自然環境保全地域の指定）
第四十五条
都道府県は、条例で定めるところにより、その区域における自然環境が自然環境保全地域に準ずる土地の区域で、その区域の周辺の自然的社会的諸条件からみて当該自然環境を保全することが特に必要なものを都道府県自然環境保全地域として指定することができる。
２
自然公園法第二条第一号に規定する自然公園の区域は、都道府県自然環境保全地域の区域に含まれないものとする。
（保全）
第四十六条
都道府県は、都道府県自然環境保全地域における自然環境を保全するため、条例で定めるところにより、その区域内に特別地区（野生動植物保護地区を含む。）を指定し、かつ、特別地区（野生動植物保護地区を含む。）内及び都道府県自然環境保全地域の区域のうち特別地区に含まれない区域内における行為につき、それぞれ自然環境保全地域の特別地区（野生動植物保護地区を含む。）又は普通地区における行為に関する第四章第二節の規定による規制の範囲内において必要な規制を定めることができる。
この場合においては、当該地域に係る住民の農林漁業等の生業の安定及び福祉の向上に配慮しなければならない。
２
都道府県は、前項の規定に基づく条例で第十八条第一項の権限に相当する都道府県知事の権限を定めた場合においては、当該条例で、都道府県知事が同条第二項及び第三項の規定の例によりその職員にその権限の一部を行なわせることができる旨を定めることができる。
３
第三十二条の規定は、第一項の規定に基づく条例の規定による処分に対する不服について準用する。
（実地調査）
第四十七条
都道府県は、条例で、都道府県自然環境保全地域に関し実地調査のため必要がある場合に、都道府県知事が第三十一条の規定の例によりその職員に他人の土地に立ち入り、同条第一項に規定する標識の設置その他の行為をさせることができる旨を定めることができる。
（損失の補償）
第四十八条
都道府県は、第四十六条第一項の規定に基づく条例の規定による処分又は前条の規定に基づく条例の規定による当該職員の行為によつて損失を受けた者に対して、通常生ずべき損失を補償しなければならない。
（報告、助言又は勧告）
第四十九条
環境大臣は、都道府県に対し、都道府県自然環境保全地域に関し、必要な報告を求めることができる。
２
環境大臣は、都道府県に対し、都道府県自然環境保全地域の行政又は技術に関し、必要な助言又は勧告をすることができる。
（国等に関する特例）
第五十条
都道府県が第四十六条第一項の規定に基づく条例で都道府県自然環境保全地域の区域内における行為につき規制を定めた場合における国の機関又は地方公共団体が行う行為に関する特例については、第三十条において準用する第二十一条の規定の例による。
（都道府県における自然環境の保全に関する審議会その他の合議制の機関）
第五十一条
都道府県に、都道府県における自然環境の保全に関する審議会その他の合議制の機関を置く。
２
前項の審議会その他の合議制の機関は、温泉法（昭和二十三年法律第百二十五号）及び鳥獣の保護及び管理並びに狩猟の適正化に関する法律（平成十四年法律第八十八号）の規定によりその権限に属させられた事項を調査審議するほか、都道府県知事の諮問に応じ、当該都道府県における自然環境の保全に関する重要事項を調査審議する。
３
第一項の審議会その他の合議制の機関の組織及び運営に関し必要な事項は、都道府県の条例で定める。
第七章　補則
（地方債についての配慮）
第五十二条
都道府県が自然環境の保全を図るために行なう事業に要する経費に充てるために起こす地方債については、法令の範囲内において、資金事情及び当該都道府県の財政状況が許す限り、適切な配慮をするものとする。
第八章　罰則
第五十三条
次の各号のいずれかに該当する者は、一年以下の懲役又は百万円以下の罰金に処する。
一
第十七条第一項の規定に違反した者
二
第十八条第一項又は第二項（これらの規定を第三十条又は第三十五条の七において準用する場合を含む。）の規定による命令に違反した者（次条に規定する者を除く。）
第五十三条の二
外国船舶（船舶法（明治三十二年法律第四十六号）第一条に規定する日本船舶以外の船舶をいう。以下同じ。）において第三十条又は第三十五条の七において準用する第十八条第一項又は第二項の規定による命令（第三十条において準用する場合にあつては、海域における行為に対するものに限る。）に違反した者は、千万円以下の罰金に処する。
第五十四条
次の各号のいずれかに該当する者は、六月以下の懲役又は五十万円以下の罰金に処する。
一