この附則に別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、法人（所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号。以下「平成十五年改正法」という。）第二条（法人税法の一部改正）の規定による改正後の法人税法（以下「新法」という。）第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）のこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に開始する事業年度（法人税法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十九号。以下この条において「平成十四年改正法」という。）附則第三条第一項（連結納税の承認の申請等に関する経過措置）の規定の適用を受けて平成十五年改正法第二条の規定による改正前の法人税法（以下「旧法」という。）第四条の二（連結納税義務者）の承認を受ける同項に規定する内国法人（以下この条において「経過措置適用親法人」という。）、同項の規定の適用を受けて旧法第四条の二の承認を受ける平成十四年改正法附則第三条第三項に規定する他の内国法人（以下「経過措置適用子法人」という。）及び当該経過措置適用親法人の各連結事業年度の連結所得に対する法人税を課される最初の連結親法人事業年度（旧法第十五条の二第一項（連結事業年度の意義）に規定する連結親法人事業年度をいう。）において当該経過措置適用親法人との間に旧法第四条の二に規定する完全支配関係を有することとなった同条に規定する他の内国法人（以下「経過措置期間加入法人」という。）の平成十四年改正法附則第三条第一項に規定する経過措置対象年度（同項に規定する最初の連結事業年度としようとする期間に限る。以下「経過措置対象年度」という。）の期間内の各事業年度を除く。）の所得に対する法人税、連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度（経過措置適用親法人、経過措置適用子法人及び経過措置期間加入法人の経過措置対象年度の期間内の連結事業年度を除く。）の連結所得に対する法人税、特定信託の受託者である法人の施行日以後に開始する計算期間の所得に対する法人税及び法人の施行日以後の解散（合併による解散を除く。以下この条において同じ。）による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度並びに経過措置適用親法人、経過措置適用子法人及び経過措置期間加入法人の経過措置対象年度の期間内の各事業年度の所得に対する法人税、連結法人の施行日前に開始した連結事業年度並びに経過措置適用親法人、経過措置適用子法人及び経過措置期間加入法人の経過措置対象年度の期間内の連結事業年度の連結所得に対する法人税、特定信託の受託者である法人の施行日前に開始した計算期間の所得に対する法人税並びに法人の施行日前の解散による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
（適格組織再編成における株式の保有関係等に関する経過措置）
第三条
新令第四条の二（適格組織再編成における株式の保有関係等）の規定は、法人が施行日以後に行う合併、分割、現物出資又は新法第二条第十二号の六（定義）に規定する事後設立について適用し、法人が施行日前に行った合併、分割、現物出資又は旧法第二条第十二号の六（定義）に規定する事後設立については、なお従前の例による。
（収益事業の範囲に関する経過措置）
第四条
新令第五条第一項（第二号ホ、第三号チ、第二十九号カ及び第三十号に係る部分を除く。）（収益事業の範囲）の規定は、法人の附則第一条第三号（施行期日）に定める日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用し、改正前の法人税法施行令（以下「旧令」という。）第五条第一項（第二号ホ、第三号チ、第二十九号カ及び第三十号に係る部分を除く。）（収益事業の範囲）に規定する法人の同日前に開始する事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
２
旧令第五条第一項第一号イに規定する法人が附則第一条第三号に定める日から独立行政法人日本スポーツ振興センター法（平成十四年法律第百六十二号）附則第六条第一項（業務の特例等）に規定する政令で定める日までの間に行う旧令第五条第一項第一号イに掲げる販売業及び同項第六号イに掲げる製造業については、同項（第一号イ及び第六号イに係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同項第一号イ中「日本体育・学校健康センター法（昭和六十年法律第九十二号）」とあるのは、「独立行政法人日本スポーツ振興センター法（平成十四年法律第百六十二号）附則第六条第四項（業務の特例等）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法附則第九条（日本体育・学校健康センター法の廃止）の規定による廃止前の日本体育・学校健康センター法（昭和六十年法律第九十二号）」とする。
（分割型分割による交付資産等に関する経過措置）
第五条
新令第八条の二第八項及び第九項（分割型分割による交付資産等）の規定は、法人が施行日以後に行う新法第二条第十七号タ（定義）に規定する分割型分割又は同号ツに規定する減資等について適用し、法人が施行日前に行った旧法第二条第十七号タ（定義）に規定する分割型分割又は同号ツに規定する減資等については、なお従前の例による。
（適格組織再編成により引継ぎを受ける利益積立金額等に関する経過措置）
第六条
新令第九条第四項（適格組織再編成により引継ぎを受ける利益積立金額等）の規定は、法人が施行日以後に行う適格分割型分割について適用し、法人が施行日前に行った適格分割型分割については、なお従前の例による。
（所有株式に対応する資本等の金額又は連結個別資本等の金額の計算方法等に関する経過措置）
第七条
新令第二十三条第一項第二号及び第三号（所有株式に対応する資本等の金額又は連結個別資本等の金額の計算方法等）の規定は、法人が施行日以後に行う新法第二十四条第一項第二号（配当等の額とみなす金額）に掲げる分割型分割又は同項第三号に掲げる資本若しくは出資の減少若しくは解散による残余財産の分配について適用し、法人が施行日前に行った旧法第二十四条第一項第二号（配当等の額とみなす金額）に掲げる分割型分割又は同項第三号に掲げる資本若しくは出資の減少若しくは解散による残余財産の分配については、なお従前の例による。
（陳腐化した減価償却資産の償却限度額の特例に関する経過措置）
第八条
新令第六十条の二第一項（陳腐化した減価償却資産の償却限度額の特例）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
この場合において、平成十五年改正法附則第九十六条第十六項、第十八項又は第二十項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定の適用を受ける法人に係る新令第六十条の二第一項の規定の適用については、同項中「）又は」とあるのは「）若しくは」と、「）の規定」とあるのは「）又は所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）附則第九十六条第十六項、第十八項若しくは第二十項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法第四十六条の三（第一項第一号に係る部分に限る。）、第四十七条（第三項に係る部分に限る。）若しくは第四十七条の二（農業経営改善計画等を実施する法人の機械等の割増償却等）の規定」とする。
（寄附金の損金不算入に対する特例に関する経過措置）
第九条
新令第七十七条第一項第一号の二並びに第三号コ、エ及びア（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、法人が附則第一条第三号（施行期日）に定める日以後に支出する寄附金について適用し、法人が同日前に支出した寄附金については、なお従前の例による。
２
新令第七十七条第一項第三号サ及び第四号の規定は、法人が施行日以後に支出する寄附金について適用し、法人が施行日前に支出した寄附金については、なお従前の例による。
（国庫補助金等の範囲に関する経過措置）
第十条
新令第七十九条第一号、第二号及び第四号から第八号まで（国庫補助金等の範囲）の規定は、法人が附則第一条第三号（施行期日）に定める日以後に交付を受ける新令第七十九条第一号、第二号又は第四号から第八号までに掲げる助成金、給付金又は補助金について適用し、法人が同日前に交付を受けた旧令第七十九条第一項第一号、第二号又は第四号から第九号まで（国庫補助金等の範囲）に掲げる助成金、給付金又は補助金については、なお従前の例による。
２
新令第七十九条第三号の規定は、法人が附則第一条第四号に定める日以後に交付を受ける新令第七十九条第三号に掲げる助成金について適用し、法人が同日前に交付を受けた旧令第七十九条第一項第三号に掲げる助成金については、なお従前の例による。
（適格合併等による欠損金の引継ぎ等に関する経過措置）
第十一条
新令第百十二条第十四項（適格合併等による欠損金の引継ぎ等）（新令第百十六条の二第五項（被合併法人等の未処理災害損失欠損金額の引継ぎ）において準用する場合を含む。）の規定は、法人が施行日以後に当該法人を分割法人とする分割型分割を行う場合について適用し、法人が施行日前に当該法人を分割法人とする分割型分割を行った場合については、なお従前の例による。
２