この政令の施行前に第三条の規定による改正前の税関関係手数料令（次項において「旧令」という。）第九条第三項の規定により納付された平成十二年四月分の保税蔵置場、保税展示場、保税工場又は総合保税地域（以下「保税蔵置場等」という。）の許可に係る手数料の額が第三条の規定による改正後の税関関係手数料令（以下「新令」という。）の規定により納付すべき同月分の当該保税蔵置場等の許可に係る手数料の額を超えることとなる部分の額は、新令の規定により納付すべき同年五月分のこれらの手数料の額に充当する。
４
この政令の施行前に旧令第十四条第三項の規定により平成十二年四月分以後の保税蔵置場等の許可に係る手数料として前納されたこれらの手数料の額が新令の規定により納付すべき当該前納した期間に係るこれらの手数料の額を超えることとなる部分の額は、新令の規定により納付すべき当該前納した期間後の月分のこれらの手数料の額に順次に充当する。
附　則
１
この政令は、平成十二年四月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成十三年一月六日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成十三年四月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
１
この政令は、平成十四年四月一日から施行する。
（経過措置）
２
改正後の税関関係手数料令（以下「新令」という。）第十三条の五の規定は、沖縄振興特別措置法第四十五条第二項又は第三項の規定により新令第十三条の五第一項から第三項までに規定する総合保税地域、保税蔵置場若しくは保税展示場又は保税工場（以下「総合保税地域等」という。）の許可を受けた者が関税法第百条第二号の規定により納付すべき平成十四年四月分以後の当該総合保税地域等の許可に係る手数料について適用する。
３
この政令の施行前に改正前の税関関係手数料令（以下「旧令」という。）第九条第三項の規定により前項に規定する者が納付した平成十四年四月分の同項に規定する総合保税地域等の許可に係る手数料の額が新令第十三条の五の規定の適用を受けて納付すべき同月分の当該総合保税地域等の許可に係る手数料の額を超えることとなるときは、当該超える部分の額は、その者が関税法第百条第二号の規定により納付すべき同年五月分のこれらの手数料の額に充当する。
４
この政令の施行前に旧令第十四条第三項の規定により第二項に規定する者が平成十四年四月分以後の同項に規定する総合保税地域等の許可に係る手数料として前納したこれらの手数料の額が新令第十三条の五の規定の適用を受けて納付すべき当該前納した期間に係るこれらの手数料の額を超えることとなるときは、当該超えることとなる部分の額は、その者が関税法第百条第二号の規定により納付すべき当該前納した期間後の月分のこれらの手数料の額に順次に充当する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成十五年四月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成十六年四月一日から施行する。
（税関関係手数料令の一部改正に伴う経過措置）
第四条
この政令の施行前に第五条の規定による改正前の税関関係手数料令（以下「旧手数料令」という。）第九条第三項の規定により納付された平成十六年四月分の保税蔵置場、保税展示場、保税工場若しくは総合保税地域（以下「保税蔵置場等」という。）の許可又は旧手数料令第八条第一項第二号に規定する工場の承認に係る手数料の額が第五条の規定による改正後の税関関係手数料令（以下「新手数料令」という。）の規定により納付すべき同月分の保税蔵置場等の許可又は新手数料令第八条第一項に規定する工場の承認に係る手数料の額を超えることとなる部分の額は、新手数料令の規定により納付すべき同年五月分のこれらの手数料の額に充当する。
２
この政令の施行前に旧手数料令第十四条第三項の規定により前納された平成十六年四月分以後の保税蔵置場等の許可又は旧手数料令第八条第一項第二号に規定する工場の承認に係る手数料の額が新手数料令の規定により納付すべき当該前納した期間についての保税蔵置場等の許可又は新手数料令第八条第一項に規定する工場の承認に係る手数料の額を超えることとなる部分の額は、新手数料令の規定により納付すべき当該前納した期間後の月分のこれらの手数料の額に順次に充当する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成十七年四月一日から施行する。
附　則
この政令は、航空法の一部を改正する法律の施行の日（平成十七年十月一日）から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成十八年四月一日から施行する。
附　則
この政令は、平成十九年七月一日から施行する。
附　則
この政令は、平成十九年十月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成二十年四月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
１
この政令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成二十年十月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成二十二年二月二十一日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成二十三年四月一日から施行する。
（税関関係手数料令の一部改正に伴う経過措置）
第二条
この政令の施行前に第三条の規定による改正前の税関関係手数料令（以下「旧手数料令」という。）第九条第三項の規定により納付された平成二十三年四月分の保税蔵置場、保税展示場、保税工場若しくは総合保税地域（以下「保税蔵置場等」という。）の許可又は旧手数料令第八条第一項に規定する工場の承認に係る手数料の額が第三条の規定による改正後の税関関係手数料令（以下「新手数料令」という。）の規定により納付すべき同月分の保税蔵置場等の許可又は新手数料令第八条第一項に規定する工場の承認に係る手数料の額を超えることとなる部分の額は、新手数料令の規定により納付すべき同年五月分以後の月分のこれらの手数料の額に順次に充当する。
２
この政令の施行前に旧手数料令第十四条第一項の規定により前納された平成二十三年四月分以後の保税蔵置場等の許可又は旧手数料令第八条第一項に規定する工場の承認に係る手数料の額が新手数料令の規定により納付すべき当該前納した期間についての保税蔵置場等の許可又は新手数料令第八条第一項に規定する工場の承認に係る手数料の額を超えることとなる部分の額は、新手数料令の規定により納付すべき当該前納した期間後の月分のこれらの手数料の額に順次に充当する。
３
前二項に規定する超えることとなる部分の額のうち、これらの規定により充当されるべき手数料の額がないことによりこれらの規定による充当ができないこととなる部分の額は、請求により還付する。
附　則
この政令は、平成二十四年四月一日から施行する。
附　則
この政令は、関税暫定措置法の一部を改正する法律の施行の日から施行する。
附　則
（施行期日）
１
この政令は、環太平洋パートナーシップ協定の締結及び環太平洋パートナーシップに関する包括的及び先進的な協定の締結に伴う関係法律の整備に関する法律（平成二十八年法律第百八号）（附則第三項において「整備法」という。）の施行の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、公布の日から施行する。
ただし、第一条の規定は、環太平洋パートナーシップ協定の締結及び環太平洋パートナーシップに関する包括的及び先進的な協定の締結に伴う関係法律の整備に関する法律（平成二十八年法律第百八号）の施行の日の前日から施行する。
附　則
この政令は、令和三年四月一日から施行する。
附　則
この政令は、令和四年四月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、令和五年四月一日から施行する。
（税関関係手数料令の一部改正に伴う経過措置）
第四条
第四条の規定による改正後の税関関係手数料令（次項において「新手数料令」という。）第九条第三項の規定は、この政令の施行の日以後に同項の許可又は承認を受けることにより納付すべき手数料について適用し、同日前に第四条の規定による改正前の税関関係手数料令（次項において「旧手数料令」という。）第九条第三項の許可又は承認を受けたことにより納付すべき手数料については、なお従前の例による。
２
新手数料令第九条第四項の規定は、この政令の施行の日以後に行われる同項の変更により納付すべき手数料の額が増加又は減少をした場合について適用し、同日前に行われた旧手数料令第九条第四項の変更により納付すべき手数料の額が増加又は減少をした場合については、なお従前の例による。