附則第二条の規定により研究所の職員となった者であって、研究所の成立の日の前日において厚生労働大臣又はその委任を受けた者から児童手当法（昭和四十六年法律第七十三号）第七条第一項（同法附則第六条第二項、第七条第四項又は第八条第四項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定による認定を受けているものが、研究所の成立の日において児童手当又は同法附則第六条第一項、第七条第一項若しくは第八条第一項の給付（以下この条において「特例給付等」という。）の支給要件に該当するときは、その者に対する児童手当又は特例給付等の支給に関しては、研究所の成立の日において同法第七条第一項の規定による市町村長（特別区の区長を含む。）の認定があったものとみなす。
この場合において、その認定があったものとみなされた児童手当又は特例給付等の支給は、同法第八条第二項（同法附則第六条第二項、第七条第四項又は第八条第四項において準用する場合を含む。）の規定にかかわらず、研究所の成立の日の前日の属する月の翌月から始める。
（研究所の成立の日の前日において厚生労働省共済組合の組合員である職員に関する経過措置）
第六条
研究所の成立の日の前日において国家公務員共済組合法（昭和三十三年法律第百二十八号）第三条第一項の規定により厚生労働省に属する職員（同法第二条第一項第一号に規定する職員をいう。以下この条において同じ。）及びその所管する独立行政法人の職員をもって組織された国家公務員共済組合（以下この条において「厚生労働省共済組合」という。）の組合員である職員（同日において附則第二条に規定する厚生労働省の部局又は機関で政令で定めるものに属する者に限る。）が研究所の成立の日において研究所の役員又は職員（職員に相当するものに限るものとし、以下この条において「役職員」という。）となる場合であって、かつ、引き続き同日以後において役職員である場合には、当該役職員は、同日から起算して二十日を経過する日（正当な理由があると厚生労働省共済組合が認めた場合には、その認めた日）までに申出をしたときは、同日以後引き続く当該役職員である期間厚生労働省共済組合を組織する職員に該当するものとする。
２
前項に規定する役職員が同項に規定する申出をその期限内に行うことなく死亡した場合には、その申出は、当該役職員の遺族（国家公務員共済組合法第二条第一項第三号に規定する遺族に相当する者に限る。）がすることができる。
３
研究所の成立の日の前日において厚生労働省共済組合の組合員である職員（同日において附則第二条に規定する厚生労働省の部局又は機関で政令で定めるものに属する者に限る。）が研究所の成立の日において役職員となる場合であって、かつ、第一項又は前項の規定による申出を行わなかった場合には、当該役職員は、研究所の成立の日の前日に退職（国家公務員共済組合法第二条第一項第四号に規定する退職をいう。）したものとみなす。
（研究所の職員となる者の職員団体についての経過措置）
第七条
研究所の成立の際現に存する国家公務員法第百八条の二第一項に規定する職員団体であって、その構成員の過半数が附則第二条の規定により研究所に引き継がれる職員であるものは、研究所の成立の際労働組合法（昭和二十四年法律第百七十四号）の適用を受ける労働組合となるものとする。
この場合において、当該職員団体が法人であるときは、法人である労働組合となるものとする。
２
前項の規定により法人である労働組合となったものは、研究所の成立の日から起算して六十日を経過する日までに、労働組合法第二条及び第五条第二項の規定に適合する旨の労働委員会の証明を受け、かつ、その主たる事務所の所在地において登記しなければ、その日の経過により解散するものとする。
３
第一項の規定により労働組合となったものについては、研究所の成立の日から起算して六十日を経過する日までは、労働組合法第二条ただし書（第一号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
（国の権利義務の承継等）
第八条
研究所の成立の際、第十五条第一号イに掲げる業務及びこれに附帯する業務に関し、現に国が有する権利及び義務のうち政令で定めるものは、研究所の成立の時において研究所が承継する。
２
前項の規定により研究所が国の有する権利及び義務を承継したときは、その承継の際、承継される権利に係る土地、建物その他の財産で政令で定めるものの価額の合計額に相当する金額は、政府から研究所に対し出資されたものとする。
３
前項の規定により政府から出資があったものとされる同項の財産の価額は、研究所の成立の日現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。
４
前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。
（非課税）
第九条
前条第一項の規定により研究所が権利を承継する場合における当該承継に係る不動産又は自動車の取得に対しては、不動産取得税又は自動車取得税を課することができない。
（国有財産の無償使用）
第十条
国は、研究所の成立の際現に附則第二条に規定する厚生労働省の部局又は機関で政令で定めるものに属する者の住居の用に供されている国有財産であって政令で定めるものを、政令で定めるところにより、研究所の用に供するため、研究所に無償で使用させることができる。
（独立行政法人医薬品医療機器総合機構の権利義務の承継等）
第十一条
研究所の成立の際、附則第十六条の規定による改正前の独立行政法人医薬品医療機器総合機構法（平成十四年法律第百九十二号。以下「旧機構法」という。）第十五条第一項第三号及び第四号並びに附則第十八条第一項から第三項までに掲げる業務に関し、現に独立行政法人医薬品医療機器総合機構（以下「機構」という。）が有する権利及び義務は、研究所の成立の時において研究所が承継する。
２
前項の規定により研究所が機構の権利及び義務を承継したときは、旧機構法第二十九条第一項第三号に掲げる業務に係る勘定において研究所の成立の日の前日までに政府から機構に対して出資された額は、その承継に際し政府から研究所に、第十八条第二号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして出資されたものとする。
３
第一項の規定により研究所が機構の権利及び義務を承継したときは、その承継の際旧機構法第二十九条第一項第四号に掲げる業務に係る勘定から承継する資産の価額から負債の金額を差し引いた額は、政府から研究所に、第十五条第一号ロ及び第二号に掲げる業務並びにこれらに附帯する業務に必要な資金に充てるべきものとして出資されたものとする。
４
附則第八条第三項及び第四項の規定は、前項の資産の価額について準用する。
５
第一項の規定により研究所が機構の権利及び義務を承継したときは、旧機構法附則第十八条第一項から第三項までに掲げる業務に係る勘定において研究所の成立の日の前日までに政府から機構に対して出資された額（次項の規定により出資されたものとされた額を含み、同項の規定により出資がなかったものとされた額を除く。）は、その承継に際し政府から研究所に、次条第一項から第三項までに規定する業務（以下「承継業務」という。）に必要な資金に充てるべきものとして出資されたものとする。
６
機構が旧機構法附則第十三条第一項の規定により承継した株式を処分した場合において、当該株式の処分により生じた収入の総額が当該株式の取得に要した費用の総額を超えるときはその差額に相当する額については研究所の成立の日の前日において、政令で定めるところにより、機構に対し政府から出資されたものとし、当該株式の処分により生じた収入の総額が当該株式の取得に要した費用の総額を下回るときはその差額に相当する額については研究所の成立の日の前日において、政令で定めるところにより、機構に対する政府の出資はなかったものとする。
７
機構は、第一項の規定により研究所が機構の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、次に掲げる額の合計額によりその資本金を減少するものとする。
一
第二項及び第五項の規定により研究所に対して出資されたものとされた額
二
旧機構法第二十九条第一項第四号に掲げる業務に係る勘定において研究所の成立の日の前日までに政府から機構に対して出資された額
（承継業務等）
第十二条
研究所は、第十五条に規定する業務のほか、政令で指定する日までの間において、旧機構法附則第十三条第一項の規定により機構が医薬品副作用被害救済・研究振興調査機構から承継した株式であって、前条第一項の規定により機構から承継したものの処分の業務を行う。
２
研究所は、第十五条及び前項に規定する業務のほか、旧機構法附則第二十一条の規定による廃止前の医薬品副作用被害救済・研究振興調査機構法（昭和五十四年法律第五十五号）第二十七条第二項第三号及び第三項第二号の規定により貸し付けられた資金に係る債権（旧機構法附則第十三条第一項の規定により機構が医薬品副作用被害救済・研究振興調査機構から承継したものであって、前条第一項の規定により機構から承継したものに限る。）の回収が終了するまでの間、当該債権の管理及び回収の業務を行う。
３
研究所は、前二項に規定する業務に附帯する業務を行うことができる。
４
研究所は、承継業務については、特別の勘定（以下「承継勘定」という。）を設けて経理しなければならない。
５
承継勘定における通則法第四十四条第一項ただし書の規定の適用については、同項ただし書中「第三項の規定により同項の使途に充てる場合」とあるのは、「政令で定めるところにより計算した額を国庫に納付する場合又は第三項の規定により同項の使途に充てる場合」とする。
６
第十八条第一項から第三項までの規定は、承継勘定について準用する。