法人税法第七十一条第一項第一号に規定する法人税額は、当該法人税額から当該法人税額に含まれる法第六十二条第一項の規定（次号から第八号までにおいて「特別税額加算規定」という。）により加算された金額を控除した金額とする。
二
法人税法第八十条第一項に規定する所得に対する法人税の額は、当該所得に対する法人税の額から当該所得に対する法人税の額に含まれる特別税額加算規定により加算された金額を控除した金額とする。
三
法人税法第百三十五条第二項に規定する所得に対する法人税の額は、当該所得に対する法人税の額から当該所得に対する法人税の額に含まれる特別税額加算規定により加算された金額を控除した金額とする。
四
法人税法第百四十四条の三第一項第一号又は第二項第一号に規定する法人税額及び同条第三項又は第四項において準用する同法第七十一条第二項第一号に規定する法人税額は、これらの法人税額からそれぞれこれらの法人税額に含まれる特別税額加算規定により加算された金額を控除した金額とする。
五
法人税法第百四十四条の十三第一項第一号若しくは第二号又は第二項に規定する国内源泉所得に係る所得に対する法人税の額は、当該国内源泉所得に係る所得に対する法人税の額から当該国内源泉所得に係る所得に対する法人税の額に含まれる特別税額加算規定により加算された金額を控除した金額とする。
六
地方法人税法第十六条第一項第一号に規定する地方法人税額は、当該地方法人税額から当該地方法人税額に係る同法第六条第一項に規定する基準法人税額に含まれる特別税額加算規定により加算された金額の百分の十・三に相当する金額を控除した金額とする。
七
地方法人税法第二十三条第一項に規定する基準法人税額に対する地方法人税の額は、当該基準法人税額に対する地方法人税の額から当該基準法人税額に対する地方法人税の額に係る同項に規定する基準法人税額に含まれる特別税額加算規定により加算された金額の百分の十・三に相当する金額を控除した金額とする。
八
地方法人税法第二十九条第二項に規定する所得基準法人税額に対する地方法人税の額は、当該所得基準法人税額に対する地方法人税の額から当該所得基準法人税額に対する地方法人税の額に係る同条第一項に規定する所得基準法人税額に含まれる特別税額加算規定により加算された金額の百分の十・三に相当する金額を控除した金額とする。
第三十八条の二及び第三十八条の三
削除
第五節の二　土地の譲渡等がある場合の特別税率
（土地の譲渡等がある場合の特別税率）
第三十八条の四
法第六十二条の三第二項第一号イ（２）に規定する地上権又は賃借権の設定その他契約により他人（外国法人にあつては、法人税法第百三十八条第一項第一号に規定する本店等を含む。）に土地を長期間使用させる行為で政令で定めるものは、法人税法施行令第百三十八条第一項の規定に該当する場合における当該行為とし、法第六十二条の三第二項第一号イ（３）に規定する土地等の譲渡に準ずるものとして政令で定める行為は、同号イに規定する土地等（以下この節において「土地等」という。）の売買又は交換の代理又は媒介に関し宅地建物取引業法第四十六条第一項に規定する報酬の額を超える報酬を受ける行為（以下この条において「仲介行為」という。）とする。
２
法第六十二条の三第二項第一号ロに規定する政令で定める譲渡は、次に掲げる要件のいずれにも該当する場合の当該事業年度における株式又は出資（以下この項において「株式等」という。）の譲渡（第二十一条第五項各号に規定する株式の譲渡を除く。第二号において同じ。）とする。
一
当該事業年度終了の日以前三年内のいずれかの時において、土地所有法人（その有する資産の価額の総額のうちに土地等の価額の合計額の占める割合が百分の七十以上である法人をいう。以下この項において同じ。）の特殊関係株主等（その土地所有法人の法人税法第二条第十四号に規定する株主等並びに当該株主等と法人税法施行令第四条第一項及び第二項に規定する特殊の関係その他これに準ずる関係のある者をいう。以下この項及び次条第一項において同じ。）が有する当該土地所有法人の株式等の数又は金額が当該土地所有法人の発行済株式又は出資（当該土地所有法人が有する自己の株式等を除く。次号において「発行済株式等」という。）の総数又は総額の百分の三十以上であり、かつ、当該土地所有法人の株式等の譲渡をした者がその特殊関係株主等であること。
二
当該事業年度において、当該土地所有法人の株式等の譲渡をした者を含む当該土地所有法人の特殊関係株主等が当該土地所有法人の発行済株式等の総数又は総額の百分の五に当該事業年度の月数を乗じてこれを十二で除して計算した数又は金額以上に相当する数又は金額の当該土地所有法人の株式等の譲渡をし、かつ、当該事業年度終了の日以前三年内において、当該土地所有法人の発行済株式等の総数又は総額の百分の十五以上に相当する数又は金額の当該土地所有法人の株式等の譲渡をしたこと。
３
法第六十二条の三第二項第二号に規定する収益の額として政令で定めるところにより計算した金額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額とする。
この場合において、当該収益の額につき法人税法第六十三条第一項又は第二項の規定の適用を受けているときは、同条の規定により当該事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入される金額（当該益金の額に算入される金額のうちに法人税法施行令第百二十四条第一項第二号ロに掲げる金額に相当する金額及び同条第四項第二号に掲げる金額が含まれている場合には、これらの金額を控除した金額）によるものとする。
一
法第六十二条の三第二項第一号イに掲げる行為をした場合
同号イに掲げる土地等の譲渡の時における価額（当該譲渡の日前三年以内に地上権又は賃借権の設定その他契約により他人（外国法人にあつては、法人税法第百三十八条第一項第一号に規定する本店等を含む。）に土地を長期間使用させる行為で法人税法施行令第百三十八条第一項の規定に該当しないものを行い、その対価として権利金その他の一時金を収受している場合には、当該権利金その他の一時金の額を加算した金額とし、法第六十二条の三第二項第一号イ（１）に掲げる行為（第五項第一号において「特定合併等」という。）をした場合には、その時における当該行為に係る土地等の価額とし、仲介行為をした場合には、当該行為に係る土地等の売買の代金の額又は交換の時の価額（第五項第一号において「仲介取引額」という。）に当該行為により受けた報酬の額を加算した金額とし、清算中の法人の残余財産のうちに土地等がある場合には、当該残余財産が確定した時における土地等の価額とする。）
二
法第六十二条の三第二項第一号ロに掲げる行為をした場合
同号ロに規定する株式又は出資の譲渡の時における有償によるその株式又は出資の譲渡により通常得べき対価の額
４
法人が法第六十二条の三第二項第一号に規定する土地の譲渡等（以下この条において「土地の譲渡等」という。）をした場合（仲介行為をした場合を除く。）において、当該土地の譲渡等に係る土地等又は株式若しくは出資につき法人税法第六十二条の九第一項、第六十四条の十一第一項若しくは第二項、第六十四条の十二第一項若しくは第二項又は第六十四条の十三第一項の規定により益金の額又は損金の額に算入されたこれらの規定に規定する評価益の額又は評価損の額があるときは、前項の収益の額については、同項各号に定める金額に当該評価益の額（法第六十二条の三第二項第一号イ（２）に掲げる行為（以下この項及び次項第一号において「賃借権の設定等」という。）をした場合には、当該評価益の額に次項第一号ハに規定する割合を乗じて計算した金額）を加算し、又は前項各号に定める金額から当該評価損の額（賃借権の設定等をした場合には、当該評価損の額に次項第一号ハに規定する割合を乗じて計算した金額）を減算した金額とする。
５
法第六十二条の三第二項第二号に規定する原価の額として政令で定めるところにより計算した金額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額とする。
この場合において、当該原価の額につき法人税法第六十三条第一項又は第二項の規定の適用を受けているときは、同条の規定により当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される金額によるものとする。
一
法第六十二条の三第二項第一号イに掲げる行為をした場合
次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める金額
イ
土地等の譲渡をした場合
当該譲渡に係る土地等の譲渡直前の帳簿価額（当該帳簿価額のうちに各事業年度において支出した利子の額が算入されている場合には、その額を控除した金額。以下この項及び第十項並びに次条第十八項及び第二十項において同じ。）
ロ
特定合併等をした場合
当該特定合併等に係る土地等の当該特定合併等直前の帳簿価額
ハ
賃借権の設定等をした場合
当該賃借権の設定等に係る土地等の当該賃借権の設定等直前の帳簿価額に法人税法施行令第百三十八条第一項各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める割合を乗じて計算した金額
ニ
仲介行為をした場合
当該行為に係る仲介取引額
ホ
清算中の法人の残余財産のうちに土地等がある場合において当該残余財産が確定した場合
当該残余財産の確定直前における土地等の帳簿価額
二
法第六十二条の三第二項第一号ロに掲げる行為をした場合