（三）　農産物検査法第十九条第一項の変更登録（同法第十七条第四項第三号の農産物の種類又は同項第五号の区域の増加に係る変更登録で政令で定めるものに限る。）
登録件数
一件につき三万円
八十七　日本農林規格による格付の表示等に係る登録認証機関若しくは登録外国認証機関の登録又は日本農林規格による試験等に係る登録試験業者若しくは登録外国試験業者の登録
（一）　日本農林規格等に関する法律（昭和二十五年法律第百七十五号）第二条第三項（登録認証機関又は登録外国認証機関の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（二）　日本農林規格等に関する法律第四十二条（登録試験業者の登録）の登録試験業者の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（三）　日本農林規格等に関する法律第五十三条（登録外国試験業者の登録）の登録外国試験業者の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
八十七の二　登録生産者団体の登録又は変更の登録
特定農林水産物等の名称の保護に関する法律（平成二十六年法律第八十四号）第六条（特定農林水産物等の登録）の登録生産者団体の登録又は同法第十五条第一項（生産者団体を追加する変更の登録）の変更の登録
登録件数
一件につき九万円
八十七の三　輸出証明書に係る登録発行機関の登録又は施設認定農林水産物等の適合施設に係る登録認定機関の登録
（一）　農林水産物及び食品の輸出の促進に関する法律（令和元年法律第五十七号）第二条第四項（登録発行機関の登録）の登録発行機関に係る登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（二）　農林水産物及び食品の輸出の促進に関する法律第二条第四項の登録認定機関に係る登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
八十八　普通肥料の生産又は輸入に係る登録
（一）　肥料の品質の確保等に関する法律（昭和二十五年法律第百二十七号）第四条第一項（登録を受ける義務）の規定により農林水産大臣がする普通肥料の生産の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき一万五千円
（二）　肥料の品質の確保等に関する法律第四条第四項の規定による普通肥料の輸入の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき一万五千円
（三）　肥料の品質の確保等に関する法律第五条（仮登録を受ける義務）の規定による普通肥料の生産又は輸入の仮登録（更新の仮登録を除く。）
登録件数
一件につき一万五千円
（四）　肥料の品質の確保等に関する法律第三十三条の二第一項（外国生産肥料の登録及び仮登録）の登録又は仮登録（更新の登録又は仮登録を除く。）
登録件数
一件につき一万五千円
八十九　特定飼料等製造業者若しくは外国特定飼料等製造業者の登録又は規格設定飼料の規格適合表示に係る登録検定機関の登録
（一）　飼料の安全性の確保及び品質の改善に関する法律（昭和二十八年法律第三十五号）第七条第一項（特定飼料等製造業者の登録）の特定飼料等製造業者の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（二）　飼料の安全性の確保及び品質の改善に関する法律第二十一条第一項（外国特定飼料等製造業者の登録等）の外国特定飼料等製造業者の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（三）　飼料の安全性の確保及び品質の改善に関する法律第二十七条第一項（登録検定機関の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
九十　食品循環資源に係る登録再生利用事業者の登録
食品循環資源の再生利用等の促進に関する法律（平成十二年法律第百十六号）第十一条第一項（登録）の規定による登録再生利用事業者の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
九十一　農林漁業体験民宿業者の登録又は農林漁業体験民宿業者に係る登録実施機関の登録
（一）　農山漁村滞在型余暇活動のための基盤整備の促進に関する法律（平成六年法律第四十六号）第十六条第一項（農林漁業体験民宿業者の登録）の農林漁業体験民宿業者の登録
登録件数
一件につき一万五千円
（二）　農山漁村滞在型余暇活動のための基盤整備の促進に関する法律第十六条第一項の登録実施機関に係る登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
九十一の二　木材関連事業者の登録又は木材関連事業者に係る登録実施機関の登録
（一）　合法伐採木材等の流通及び利用の促進に関する法律（平成二十八年法律第四十八号）第八条（木材関連事業者の登録）の木材関連事業者の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき一万五千円
（二）　合法伐採木材等の流通及び利用の促進に関する法律第八条の登録実施機関に係る登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
九十二　馬主の登録
競馬法（昭和二十三年法律第百五十八号）第十三条第一項（馬主の登録）の馬主の登録
登録件数
一件につき九万円
九十三　農林中央金庫の外国における業務の委託契約の締結に係る認可又は農林中央金庫等の代理業の許可
（一）　農林中央金庫の外国における業務の委託契約の締結に係る認可
認可件数
一件につき九万円
（二）　農林中央金庫法（平成十三年法律第九十三号）第九十五条の二第一項（許可）の農林中央金庫代理業の許可
許可件数
一件につき九万円
（三）　農業協同組合法（昭和二十二年法律第百三十二号）第九十二条の二第一項（許可）の特定信用事業代理業の許可
許可件数
一件につき九万円
（四）　水産業協同組合法（昭和二十三年法律第二百四十二号）第百六条第一項（許可）の特定信用事業代理業の許可
許可件数
一件につき九万円
九十三の二　農林中央金庫電子決済等代行業者等の登録又は認定農林中央金庫電子決済等代行事業者協会等の認定
（一）　農林中央金庫法第九十五条の五の二第一項（登録）の農林中央金庫電子決済等代行業者の登録
登録件数
一件につき九万円
（二）　農業協同組合法第九十二条の五の二第一項（登録）の特定信用事業電子決済等代行業者の登録
登録件数
一件につき九万円
（三）　水産業協同組合法第百十条第一項（登録）の特定信用事業電子決済等代行業者の登録
登録件数
一件につき九万円
（四）　農林中央金庫法第九十五条の五の七（認定農林中央金庫電子決済等代行事業者協会の認定）の認定農林中央金庫電子決済等代行事業者協会の認定
認定件数
一件につき十五万円
（五）　農業協同組合法第九十二条の五の六（認定特定信用事業電子決済等代行事業者協会の認定）の認定特定信用事業電子決済等代行事業者協会の認定
認定件数
一件につき十五万円
（六）　水産業協同組合法第百十四条（認定特定信用事業電子決済等代行事業者協会の認定）の認定特定信用事業電子決済等代行事業者協会の認定
認定件数
一件につき十五万円
九十四　会員商品取引所の設立若しくは株式会社商品取引所の許可、算定割当量に係る取引を行う市場の開設等の認可、組織変更の認可、商品取引所持株会社に係る認可又は第一種特定商品市場類似施設若しくは第二種特定商品市場類似施設の開設の許可
（一）　商品先物取引法（昭和二十五年法律第二百三十九号）第九条（設立の許可）の会員商品取引所の設立の許可又は同法第七十八条（株式会社商品取引所の許可）の株式会社商品取引所の許可
許可件数
一件につき十五万円
（二）　商品先物取引法第三条第一項ただし書（算定割当量に係る取引を行う市場の開設等の認可）の認可（同項ただし書の金融商品市場の開設の業務又は金融商品債務引受業等に係るものを除く。）
認可件数
一件につき十五万円
（三）　商品先物取引法第百三十二条第一項（組織変更の認可）の組織変更の認可
認可件数
一件につき十五万円
（四）　商品先物取引法第九十六条の二十五第一項又は第三項ただし書（認可等）の認可
認可件数
一件につき十五万円
（五）　商品先物取引法第三百三十二条第一項（第一種特定商品市場類似施設の開設の許可）の第一種特定商品市場類似施設の開設の許可
許可件数
一件につき十五万円
（六）　商品先物取引法第三百四十二条第一項（第二種特定商品市場類似施設の開設の許可）の第二種特定商品市場類似施設の開設の許可
許可件数
一件につき十五万円
（七）　商品先物取引法第三百三十五条第一項（変更の許可等）（同法第三百四十五条（準用）において準用する場合を含む。）の規定による変更の許可（同法第三百三十二条第二項第三号又は第三百四十二条第二項第三号の取引の対象となる商品又は商品指数の増加に係るものに限る。）
許可件数
一件につき三万円
九十五　商品先物取引業の許可、商品先物取引仲介業者の登録、商品取引債務引受業の許可又は委託者保護基金の設立の認可
（一）　商品先物取引法第百九十条第一項（商品先物取引業の許可）の商品先物取引業の許可（更新の許可を除く。）
許可件数
一件につき十五万円
（二）　商品先物取引法第二百四十条の二第一項（登録）の商品先物取引仲介業者の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（三）　商品先物取引法第百六十七条（許可）の商品取引債務引受業の許可
許可件数
一件につき十五万円
（四）　商品先物取引法第二百七十九条第一項（認可の申請）の委託者保護基金の設立の認可
認可件数
一件につき十五万円
九十六　商品投資顧問業の許可又は業務の種類の変更の認可
（一）　商品投資に係る事業の規制に関する法律（平成三年法律第六十六号）第三条（商品投資顧問業者の許可）の商品投資顧問業の許可（更新の許可を除く。）
許可件数
一件につき十五万円
（二）　商品投資に係る事業の規制に関する法律第九条（変更の認可）の規定による変更の認可（同法第五条第一項第六号（許可の申請）の業務の種類の増加に係るものに限る。）
認可件数
一件につき三万円