新令第二百七十二条第二項（純損失の繰戻しによる還付）の規定を適用する場合において、既に同項後段に規定する前前年分の所得税につき旧法第三十六条（純損失の繰戻しによる還付）の規定の適用があつたときは、同項後段に規定する前前年分の課税総所得金額、課税退職所得金額及び課税山林所得金額に相当する金額からその適用に係る純損失の金額を控除した金額をもつて当該課税総所得金額、課税退職所得金額及び課税山林所得金額とみなし、かつ、同項後段に規定する前前年分の所得税の額に相当する金額からその適用により還付された金額を控除した金額をもつて当該所得税の額とみなす。
（青色申告に関する経過規定）
第十五条
法附則第三条（旧法の規定に基づく処分又は手続の効力）の規定により法第百四十三条（青色申告）（法第百六十六条（非居住者に対する準用）において準用する場合を含む。）の承認を受けたものとみなされた個人の昭和四十年分以前の所得税については、当該承認は、旧法第二十六条の三第一項（青色申告）の承認に係る所得についてのみ与えられたものとみなして、法の規定を適用する。
２
施行日前に旧法第二十六条の三第四項の申請書を提出した個人でその申請につき税務署長の承認を受けたものの昭和四十年分の所得税については、当該承認は、その申請に係る所得についてのみ与えられたものとみなして、法の規定を適用する。
（旧法に基づく源泉徴収に係る所得税に関する経過規定）
第十六条
昭和四十年分の所得税については、法附則第二十四条から第二十八条まで（源泉徴収に関する経過規定）の規定によりなお従前の例によることとされる所得税は、それぞれ法第四編第一章から第五章まで（源泉徴収）の規定による徴収に係る所得税とみなす。
（その他の源泉徴収に係る所得税に関する経過規定）
第十七条
労働した日又は時間によつて算定され、かつ、労働した日ごとに支払われる給与で新令第三百九条（日払の給与等の意義）の規定に該当しないもののうち、施行日から昭和四十年五月三十一日までの間に支払われるものは、同条の規定にかかわらず、法第百八十五条第一項第三号（賞与以外の給与等に係る徴収税額）に掲げる給与等に含まれるものとする。
２
法第二百十二条第四項（非居住者又は法人の所得に係る源泉徴収義務）において準用する法第百八十一条第二項（配当等の支払があつたものとみなす場合）及び第百八十三条第二項（賞与の支払があつたものとみなす場合）の規定は、施行日前に支払の確定したこれらの規定に規定する配当等及び賞与で同日においてまだ支払がされていないものについても適用する。
この場合において、これらの規定中「支払の確定した日」とあるのは、「昭和四十年四月一日」とする。
（農業協同組合中央会の特例）
第十八条
法附則第三十六条（農業協同組合中央会の特例）に規定する政令で定める法令は、法、租税特別措置法その他の所得税に関する法令とする。
附　則
この政令は、公布の日から施行する。
附　則
１
この政令は、昭和四十年十月一日から施行する。
附　則
１
この政令は、公布の日から施行する。
２
改正後の所得税法施行令附則第十一条の規定は、昭和四十一年一月一日以後に支払われ又は給与から控除される旧所得税法（昭和二十二年法律第二十七号）第八条第八項第八号に掲げる費用について適用する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、昭和四十一年四月一日から施行する。
（経過規定の原則）
第二条
改正後の所得税法施行令（以下「新令」という。）の規定（新令第三十七条、第三十八条及び第四十八条（有価証券の保管の委託又は登録等）の規定のうち国債の保管に関する部分を除く。）は、別段の定めがあるものを除き、昭和四十一年分以後の所得税について適用し、昭和四十年分以前の所得税については、なお従前の例による。
（合併交付金に関する経過規定）
第三条
新令第二十九条の二（非課税とされる合併交付金の範囲）、第五十九条の二（合併交付金のうち配当所得とされるもの）及び第百十四条第一項（合併により取得した株式の取得価額）の規定は、内国法人のこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後の合併に係る交付金について適用し、同日前の合併に係る交付金については、なお従前の例による。
（扶養控除額の決定に関する経過規定）
第四条
昭和四十一年分の所得税に係る新令第二百十四条第二項第二号（一人目の扶養控除額が八万円となる居住者の決定）の規定の適用については、同号中「居住者のうち」とあるのは、「居住者（その扶養親族のうちに年齢十三歳以上の者がある場合には、その者を自己の扶養親族とする居住者に限る。）のうち」とする。
（新規重要物産の製造等による所得の免税に関する経過規定）
第五条
昭和四十一年分以後の年分の所得税につき租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和四十一年法律第三十五号。以下この条において「改正措置法」という。）附則第六条第一項（個人の新規重要物産の製造等による所得の免税に関する経過規定）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第二十三条の二第一項（新規重要物産の製造等による所得の免税）の規定の適用を受ける者については、次の表の上欄に掲げる新令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句にそれぞれ読み替えてこれらの規定を適用する。
第二百二十一条第四項（外国所得税の範囲）
三　居住者がその年以前の年において非居住者であつた期間内に生じた所得
三　租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和四十一年法律第三十五号）附則第六条第一項（個人の新規重要物産の製造等による所得の免税に関する経過規定）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法第二十三条の二第一項（新規重要物産の製造等による所得の免税）に規定する新規重要物産の製造又は採掘の業務から生じた所得で、同項の規定により所得税を免除されるもの
四　居住者がその年以前の年において非居住者であつた期間内に生じた所得
第二百二十二条第二項（控除限度額の計算）
規定を適用しないで
規定の適用をせず、かつ、その年分の所得のうちに前条第四項第三号に掲げる所得があるときは当該所得がないものとして
第二百二十二条第三項
（当該所得のうちに前条第四項第一号に掲げる所得がある場合には、その所得を除く
（当該所得のうちに前条第四項第一号又は第三号に掲げる所得がある場合には、これらの所得を除く
２
昭和四十一年分以後の年分の所得税につき改正措置法附則第六条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法第二十三条の二第一項の規定の適用を受ける者については、改正前の所得税法施行令（以下「旧令」という。）第二百三十四条（新規重要物産の製造等による免税額の計算）の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条中「租税特別措置法第二十三条の二」とあるのは、「租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和四十一年法律第三十五号）附則第六条第一項（個人の新規重要物産の製造等による所得の免税に関する経過規定）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法第二十三条の二」とする。
（報酬、料金等に係る源泉徴収に関する経過規定）
第六条
新令第三百二十二条第三号（源泉徴収を要しない報酬又は料金）の規定は、施行日以後に支払うべき同号に掲げる報酬又は料金について適用し、同日前に支払うべき当該報酬又は料金については、なお従前の例による。
２
新令第三百二十六条第四項（生命保険契約等に基づく年金に係る源泉徴収）の規定は、施行日以後に支払うべき所得税法の一部を改正する法律（昭和四十一年法律第三十一号。以下「改正法」という。）による改正後の所得税法（以下「新法」という。）第二百九条（源泉徴収を要しない年金）に規定する年金について適用し、同日前に支払うべき当該年金については、なお従前の例による。
（合算対象世帯員がある場合の予定納税基準額の計算の特例）
第七条
昭和四十年分の所得税につき改正法による改正前の所得税法（以下「旧法」という。）第九十七条第一項（合算対象世帯員がある場合の税額）の規定の適用があつた場合における同項に規定する主たる所得者及び合算対象世帯員の昭和四十一年分の新法第百四条第一項（予定納税額の納付）に規定する予定納税基準額（以下この条において「予定納税基準額」という。）は、旧法第九十八条（合算対象世帯員がある場合の税額の計算）、旧令第二百三十一条（合算所得税額の計算上控除しきれない配当控除の額がある場合の所得税の額の計算）その他旧法及び旧令の規定による所得税の額の計算の方法に従い、改正法附則第五条第一項及び第二項（昭和四十一年分の予定納税基準額の計算の特例）の規定を読み替え、これらの規定により計算した金額をもととして計算する。
２
昭和四十一年分の所得税につき新法第九十七条第一項（合算対象世帯員がある場合の税額）の規定の適用があつた場合における同項に規定する主たる所得者及び合算対象世帯員の昭和四十二年分の予定納税基準額は、新法第九十八条（合算対象世帯員がある場合の税額の計算）、新令第二百三十一条（合算所得税額の計算上控除しきれない配当控除の額がある場合の所得税の額の計算）その他新法及び新令の規定による所得税の額の計算の方法に従い、改正法附則第六条第一項及び第二項（昭和四十二年分の予定納税基準額の計算の特例）の規定を読み替え、これらの規定により計算した金額をもととして計算する。
（施行日前に支払われた退職所得に係る源泉徴収税額の還付）
第八条