前項の手数料の額の計算の基準となる事項の変更が行われた場合において、納付すべき手数料の額が増加したときは、当該変更の日の属する月の末日と当該変更の日から二十日を経過する日とのいずれか遅い日までにその増加した額を納付しなければならないものとし、納付すべき手数料の額が減少し、かつ、その減少する前の手数料の額が既に納付されたときは、その減少した額をその翌月以降において納付すべき手数料の額から控除するものとする。
第十条
削除
（不開港への出入についての許可手数料の免除）
第十一条
法第二十条第一項（不開港への出入）に規定する許可を受ける者が法第百条第一号（手数料）の規定により納付すべき手数料は、当該許可に係る外国貿易船が同一の不開港に同一の年の一月一日から十二月三十一日までに四回以上入港する場合には、法第百一条第三項（不開港出入許可手数料の軽減又は免除）の規定により、その四回目以後の入港については、免除する。
２
前項の規定による手数料の免除を受けようとする者は、関税法施行令第十八条第一項（不開港出入の許可の申請）の規定による申請書の提出の際に、その免除を受けようとする手数料に係る外国貿易船のその年の一月一日以後当該不開港に入港した日及びその受けようとする免除の額を記載した申請書をあわせて提出しなければならない。
（業務の休止による許可手数料の免除）
第十二条
法第百一条第二項（休業の場合の手数料の免除）の規定による手数料の免除は、保税蔵置場、保税工場、保税展示場又は総合保税地域に外国貨物が置かれていない場合に限り、するものとする。
ただし、これらの業務を休止した日又は再開した日の属する月分については、その免除をしないものとする。
（保税展示場の許可手数料の免除）
第十三条
国際博覧会に関する条約の適用を受けて開催される国際博覧会に対しては、法第百一条第一項（手数料の軽減又は免除）の規定により、第二条第一項に規定する手数料を免除する。
（災害等による許可に係る手数料等の還付又は免除）
第十三条の二
法第百二条の二第一項（災害等による手数料の還付、軽減又は免除）の規定により同項に規定する手数料の額に相当する金額の還付を受けようとする者（以下この項において「申請者」という。）は、財務大臣又は税関長が関税法施行令第一条の四第一項から第三項まで（災害等による期限の延長）の規定によりこれらの項に規定する地域、対象者の範囲又は期日を指定した日（申請者がこれらの項の規定の適用を受けない場合には、法第百二条の二第一項に規定する災害等が生じた日）から二月を経過する日までに、法第百二条の二第一項の還付を受けたい旨を記載した書面に、次に掲げる書類を添付して、これを当該手数料を納付した税関長に提出しなければならない。
一
還付を受けようとする金額に相当する額の法第百二条の二第一項に規定する手数料を納付したことを証する書類
二
還付を受けようとする金額に相当する額の法第百二条の二第一項に規定する手数料を納付した原因となつた法第六十九条第二項（貨物の検査場所）（法第七十五条において準用する場合を含む。）の許可に係る貨物が法第百二条の二第一項第一号又は第二号に掲げる貨物に該当することを証する書類
２
法第百二条の二第二項の規定により同項に規定する手数料の免除を受けようとする者は、関税法施行令第六十二条（指定地外検査の許可の申請）（同令第六十五条において準用する場合を含む。）に規定する申請書の提出の際に、同項の免除を受けたい旨を記載した書面及び免除を受けようとする当該手数料に係る貨物が法第百二条の二第一項第一号又は第二号に掲げる貨物に該当することを証する書類を併せて提出しなければならない。
（災害等による証明書類の交付に係る手数料の還付又は免除）
第十三条の三
法第百二条の二第三項（災害等による手数料の還付、軽減又は免除）の規定により同項に規定する手数料の額に相当する金額の還付を受けようとする者（以下この項において「申請者」という。）は、財務大臣又は税関長が関税法施行令第一条の四第一項から第三項まで（災害等による期限の延長）の規定によりこれらの項に規定する地域、対象者の範囲又は期日を指定した日（申請者がこれらの項の規定の適用を受けない場合には、法第百二条の二第三項に規定する災害等が生じた日）から二月を経過する日までに、法第百二条の二第三項の還付を受けたい旨、その額に相当する金額の還付を受けようとする当該手数料に係る証明書類の交付された年月日及びその証明書類に係る税関の事務の内容を記載した書面に、当該証明書類が同項第一号、第二号又は第三号に該当することを証する書類を添付して、これを当該手数料を納付した税関長に提出しなければならない。
２
法第百二条の二第四項の規定により同項に規定する手数料の免除を受けようとする者は、関税法施行令第八十八条第一項（証明書類の交付又は統計の閲覧の申請）に規定する申請書の提出の際に、法第百二条の二第四項の免除を受けたい旨を記載した書面及び免除を受けようとする当該手数料に係る証明書類が同条第三項第一号、第二号又は第三号に該当することを証する書類を併せて提出しなければならない。
（災害等による保税蔵置場に係る許可に係る手数料等の還付、軽減又は免除等）
第十三条の四
法第百二条の二第五項（災害等による手数料の還付、軽減又は免除）の表（以下この項及び次項において「関税法の表」という。）の第五号の上欄に規定する政令で定める施設は製造工場とし、関税法の表の同号の中欄に規定する政令で定める行政処分は次の表の上欄に掲げる行政処分とし、関税法の表の同号の下欄に規定する政令で定める規定は次の表の下欄に掲げる規定とする。
定率法第十三条第一項（製造用原料品の減税又は免税）の規定に基づく承認
同条第八項
定率法第十九条第一項（輸出貨物の製造用原料品の減税、免税又は戻し税等）の規定に基づく承認
同条第二項において準用する定率法第十三条第八項
関税暫定措置法第九条の二第一項（経済連携協定に基づく製造用原料品に係る譲許の便益の適用）の規定に基づく承認
同条第八項
２
法第百二条の二第五項の規定により同項に規定する手数料の額に相当する金額の還付を受けようとする者（以下この項及び第四項において「申請者」という。）は、財務大臣又は税関長が関税法施行令第一条の四第一項から第三項まで（災害等による期限の延長）の規定によりこれらの項に規定する地域、対象者の範囲又は期日を指定した日（申請者がこれらの項の規定の適用を受けない場合には、法第百二条の二第五項に規定する災害等が生じた日）から二月を経過する日までに、関税法の表の各号の中欄に掲げる行政処分（以下この条において「行政処分」という。）に係る手数料に相当する額の還付を受けようとする関税法の表の当該各号の上欄に掲げる施設（以下この条において「施設」という。）に関する次に掲げる事項を記載した書面に、その額に相当する金額の還付を受けようとする当該手数料を納付したことを証する書類及び第四号に掲げる事項を証する書類がある場合には当該書類を添付して、これを当該手数料を納付した税関長に提出しなければならない。
一
当該施設の名称及び所在地
二
当該施設に係る行政処分に係る当該災害等が生じた日が属する月の月分以後の月分の手数料の納付額
三
当該施設の延べ面積（次項において「基準面積」という。）のうち当該災害等により損傷したため業務の遂行に支障が生じている部分の延べ面積（同項において「損傷面積」という。）
四
当該施設の当該災害等による損傷の内容及び当該損傷のために業務の遂行に生じている支障の程度
五
その他参考となるべき事項
３
税関長は、前項の規定による書面（同項の規定により添付すべき書類を含む。以下この項において同じ。）の提出があつた場合において、その行政処分に係る手数料に相当する額の還付を受けようとする施設が前項に規定する災害等により損傷したため業務の遂行に支障が生じていると認めるときは、当該施設に係る行政処分に係る手数料（その納付期限が当該書面の提出の日において到来しているものに限る。）の納付額と、基準面積から損傷面積を控除して得た面積を当該施設の延べ面積とみなして第二条第一項各号、第三条第一項各号（第八条第一項において準用する場合を含む。第六項第二号において同じ。）又は第四条第一項各号に掲げる延べ面積の区分に応じ手数料を納付するとした場合の当該手数料の額との差額に相当する金額を還付するものとする。
この場合において、手数料の納付額に当該災害等が生じた日が属する月の月分の手数料の額が含まれているときは、同月分については、同日から同月の末日までの期間に相当する分として日割により計算した額に相当する金額を還付するものとする。
４
税関長は、前項の規定により還付する金額がある場合において、その還付を受けることとなる申請者の申出があるときは、その金額をその還付の対象となる月分の翌月分以後の月分において当該申請者が納付すべき手数料の額から控除するものとする。
５
法第百二条の二第五項の規定により同項に規定する手数料の軽減又は免除を受けようとする者は、当該軽減又は免除を受けようとする月分の手数料の納付期限の十日前までに、その行政処分に係る手数料の軽減又は免除を受けようとする施設に関する次に掲げる事項を記載した書面に、第三号に掲げる事項を証する書類がある場合には当該書類を添付して、これを当該手数料を納付すべき税関長に提出しなければならない。
一
当該施設の名称及び所在地
二
当該施設の延べ面積（次項第二号において「基準面積」という。）のうち第二項に規定する災害等により損傷したため業務の遂行に支障が生じている部分の延べ面積（同号において「損傷面積」という。）
三