政府対策本部長は、新型インフルエンザ等のまん延により、国民生活及び国民経済に甚大な影響を及ぼすおそれがあるにもかかわらず、第一項の総合調整に基づく所要の措置が実施されない場合であって、新型インフルエンザ等対策を的確かつ迅速に実施するため特に必要があると認めるときは、その必要な限度において、指定行政機関の長及び指定地方行政機関の長並びに前条の規定により権限を委任された当該指定行政機関の職員及び当該指定地方行政機関の職員、都道府県知事等並びに国立健康危機管理研究機構に対し、必要な指示をすることができる。
４
政府対策本部長は、第一項又は前項（第三十三条第一項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定による権限の全部又は一部を政府対策副本部長に委任することができる。
５
政府対策本部長は、前項の規定による委任をしたときは、直ちに、その旨を公示しなければならない。
（政府対策本部の廃止）
第二十一条
政府対策本部は、第十五条第一項に規定する新型インフルエンザ等にかかった場合の病状の程度が、感染症法第六条第六項第一号に掲げるインフルエンザにかかった場合の病状の程度に比しておおむね同程度以下であることが明らかとなったとき、又は感染症法第四十四条の二第三項若しくは第四十四条の七第三項の規定による公表がされ、若しくは感染症法第六条第八項若しくは第五十三条第一項の政令が廃止されたときに、廃止されるものとする。
２
内閣総理大臣は、政府対策本部が廃止されたときは、その旨を国会に報告するとともに、これを公示しなければならない。
（都道府県対策本部の設置及び所掌事務）
第二十二条
第十五条第一項の規定により政府対策本部が設置されたときは、都道府県知事は、都道府県行動計画で定めるところにより、直ちに、都道府県対策本部を設置しなければならない。
２
都道府県対策本部は、当該都道府県及び当該都道府県の区域内の市町村並びに指定公共機関及び指定地方公共機関が実施する当該都道府県の区域に係る新型インフルエンザ等対策の総合的な推進に関する事務をつかさどる。
（都道府県対策本部の組織）
第二十三条
都道府県対策本部の長は、都道府県対策本部長とし、都道府県知事をもって充てる。
２
都道府県対策本部に本部員を置き、次に掲げる者（道府県知事が設置するものにあっては、第四号に掲げる者を除く。）をもって充てる。
一
副知事
二
都道府県教育委員会の教育長
三
警視総監又は道府県警察本部長
四
特別区の消防長
五
前各号に掲げる者のほか、都道府県知事が当該都道府県の職員のうちから任命する者
３
都道府県対策本部に副本部長を置き、前項の本部員のうちから、都道府県知事が指名する。
４
都道府県対策本部長は、必要があると認めるときは、国の職員その他当該都道府県の職員以外の者を都道府県対策本部の会議に出席させることができる。
（都道府県対策本部長の権限）
第二十四条
都道府県対策本部長は、当該都道府県の区域に係る新型インフルエンザ等対策を的確かつ迅速に実施するため必要があると認めるときは、当該都道府県及び関係市町村並びに関係指定公共機関及び指定地方公共機関が実施する当該都道府県の区域に係る新型インフルエンザ等対策に関する総合調整を行うことができる。
２
前項の場合において、関係市町村の長その他の執行機関（第三十三条第二項において「関係市町村長等」という。）又は関係指定公共機関若しくは指定地方公共機関は、当該関係市町村又は関係指定公共機関若しくは指定地方公共機関が実施する当該都道府県の区域に係る新型インフルエンザ等対策に関して都道府県対策本部長が行う総合調整に関し、当該都道府県対策本部長に対して意見を申し出ることができる。
３
都道府県対策本部長は、当該都道府県の区域に係る新型インフルエンザ等対策の実施に関し、指定行政機関又は指定公共機関と緊密な連絡を図る必要があると認めるときは、当該連絡を要する事項を所管する指定地方行政機関の長（当該指定地方行政機関がないときは、当該指定行政機関の長）又は当該指定公共機関に対し、その指名する職員を派遣するよう求めることができる。
４
都道府県対策本部長は、特に必要があると認めるときは、政府対策本部長に対し、指定行政機関及び指定公共機関が実施する新型インフルエンザ等対策に関する総合調整を行うよう要請することができる。
この場合において、政府対策本部長は、必要があると認めるときは、所要の総合調整を行わなければならない。
５
都道府県対策本部長は、第一項の総合調整を行うため必要があると認めるときは、政府対策本部長に対し、当該都道府県の区域に係る新型インフルエンザ等対策の実施に関し必要な情報の提供を求めることができる。
６
都道府県対策本部長は、第一項の総合調整を行うため必要があると認めるときは、当該総合調整の関係機関に対し、それぞれ当該都道府県の区域に係る新型インフルエンザ等対策の実施の状況について報告又は資料の提出を求めることができる。
７
都道府県対策本部長は、当該都道府県警察及び当該都道府県の教育委員会に対し、当該都道府県の区域に係る新型インフルエンザ等対策を実施するため必要な限度において、必要な措置を講ずるよう求めることができる。
８
都道府県対策本部長は、当該都道府県の区域に係る新型インフルエンザ等対策を的確かつ迅速に実施するため必要があると認めるときは、指定行政機関の長又は指定地方行政機関の長に対し、これらの所掌事務に係る新型インフルエンザ等対策の実施に関し必要な要請をすることができる。
９
都道府県対策本部長は、当該都道府県の区域に係る新型インフルエンザ等対策を的確かつ迅速に実施するため必要があると認めるときは、公私の団体又は個人に対し、その区域に係る新型インフルエンザ等対策の実施に関し必要な協力の要請をすることができる。
（都道府県対策本部の廃止）
第二十五条
第二十一条第一項の規定により政府対策本部が廃止されたときは、都道府県知事は、遅滞なく、都道府県対策本部を廃止するものとする。
（条例への委任）
第二十六条
第二十二条から前条まで及び第三十三条第二項に規定するもののほか、都道府県対策本部に関し必要な事項は、都道府県の条例で定める。
（都道府県知事による代行）
第二十六条の二
市町村長は、新型インフルエンザ等のまん延により当該市町村がその全部又は大部分の事務を行うことができなくなったと認めるときは、当該市町村の属する都道府県の知事に対し、当該市町村長が実施すべき当該市町村の区域に係る特定新型インフルエンザ等対策の全部又は一部の実施を要請することができる。
２
都道府県知事は、当該都道府県の区域内の市町村の長から前項の規定による要請を受けたときは、当該市町村の長が実施すべき当該市町村の区域に係る特定新型インフルエンザ等対策の全部又は一部を当該市町村の長に代わって実施しなければならない。
３
都道府県知事は、前項の規定により市町村長の事務の代行を開始し、又は終了したときは、その旨を公示しなければならない。
４
第二項の規定による都道府県知事の代行に関し必要な事項は、政令で定める。
（他の地方公共団体の長に対する応援の要求）
第二十六条の三
都道府県知事は、当該都道府県の区域に係る特定新型インフルエンザ等対策を実施するため必要があると認めるときは、他の都道府県知事に対し、応援を求めることができる。
２
市町村長は、当該市町村の区域に係る特定新型インフルエンザ等対策を実施するため必要があると認めるときは、他の市町村長に対し、応援を求めることができる。
３
前二項の応援に従事する者は、特定新型インフルエンザ等対策の実施については、当該応援を求めた都道府県知事又は市町村長の指揮の下に行動するものとする。
第二十六条の四
市町村長は、当該市町村の区域に係る特定新型インフルエンザ等対策を実施するため必要があると認めるときは、当該市町村の属する都道府県の知事に対し、応援を求めることができる。
この場合において、応援を求められた都道府県知事は、正当な理由がない限り、応援を拒んではならない。
（事務の委託の手続の特例）
第二十六条の五
市町村は、当該市町村の区域に係る特定新型インフルエンザ等対策を実施するため必要があると認めるときは、地方自治法第二百五十二条の十四及び第二百五十二条の十五の規定にかかわらず、政令で定めるところにより、その事務又は市町村長の権限に属する事務の一部を他の地方公共団体に委託して、当該他の地方公共団体の長にこれを管理し、及び執行させることができる。
（職員の派遣の要請）
第二十六条の六
都道府県知事又は市町村長は、特定新型インフルエンザ等対策の実施のため必要があるときは、政令で定めるところにより、指定行政機関の長又は指定地方行政機関の長に対し、当該指定行政機関又は当該指定地方行政機関の職員の派遣を要請することができる。
２
市町村長が前項の規定による職員の派遣を要請するときは、当該市町村が属する都道府県の知事を経由してするものとする。
ただし、人命の保護のために特に緊急を要する場合については、この限りでない。
（職員の派遣義務）
第二十六条の七