特別控除）若しくは租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号。以下この号において「改正法」という。）附則第三十三条第一項（沖縄の特定中小連結法人が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第一条の規定による改正前の租税特別措置法（次号において「旧効力措置法」という。）第六十八条の十四第二項若しくは第三項（沖縄の特定中小連結法人が経営革新設備等を取得した場合の法人税額の特別控除）の規定
同法第六十八条の十五の三第一項後段
改正法附則第三十四条第一項（連結法人の法人税の額から控除される特別控除額の特例に関する経過措置）の規定により読み替えて適用される租税特別措置法第六十八条の十五の三第一項後段
第二号
又は同法第六十八条の六十九第一項（短期所有に係る土地の譲渡等がある場合の特別税率）
若しくは同法第六十八条の六十九第一項（短期所有に係る土地の譲渡等がある場合の特別税率）又は旧効力措置法第六十八条の十四第五項（連結納税の承認を取り消された場合の経営革新設備等に係る法人税額）
金額（同法
金額（租税特別措置法
２
旧効力措置法第六十八条の十四の規定の適用がある場合であって、新震災特例法第二十五条の二から第二十五条の三の二まで（連結法人が復興産業集積区域等において機械等を取得した場合等の法人税額の特別控除）の規定の適用がある場合における新令第百五十五条の二十五の規定の適用については、前項並びに新震災特例法施行令第二十二条の二第六項（連結法人が復興産業集積区域等において機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）、第二十二条の二の二第四項（連結法人が避難解除区域において機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）、第二十二条の三第三項（連結法人が復興産業集積区域において被災雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）及び第二十二条の三の二第三項（連結法人が避難解除区域において避難対象雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）の規定にかかわらず、次の表の上欄に掲げる新令第百五十五条の二十五の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
第一号
特別控除）の規定
特別控除）若しくは租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号。以下この号において「改正法」という。）附則第三十三条第一項（沖縄の特定中小連結法人が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第一条の規定による改正前の租税特別措置法（次号において「旧効力措置法」という。）第六十八条の十四第二項若しくは第三項（沖縄の特定中小連結法人が経営革新設備等を取得した場合の法人税額の特別控除）、東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律第二十五条の二第二項若しくは第三項（連結法人が復興産業集積区域等において機械等を取得した場合の法人税額の特別控除）、同法第二十五条の二の二第二項若しくは第三項（連結法人が避難解除区域において機械等を取得した場合の法人税額の特別控除）、同法第二十五条の三（連結法人が復興産業集積区域において被災雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）若しくは同法第二十五条の三の二（連結法人が避難解除区域において避難対象雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）の規定
同法第六十八条の十五の三第一項後段
改正法附則第三十四条第二項（連結法人の法人税の額から控除される特別控除額の特例に関する経過措置）の規定により読み替えて適用される租税特別措置法第六十八条の十五の三第一項後段
第二号
又は同法第六十八条の六十九第一項（短期所有に係る土地の譲渡等がある場合の特別税率）
若しくは同法第六十八条の六十九第一項（短期所有に係る土地の譲渡等がある場合の特別税率）又は旧効力措置法第六十八条の十四第五項（連結納税の承認を取り消された場合の経営革新設備等に係る法人税額）
金額（同法
金額（租税特別措置法
３
福島復興特別措置法施行日が施行日後である場合には、施行日から福島復興特別措置法施行日の前日までの間における前項の規定の適用については、同項中「第二十五条の二から第二十五条の三の二まで」とあるのは「第二十五条の二又は第二十五条の三」と、「、第二十二条の二の二第四項（連結法人が避難解除区域において機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）、第二十二条の三第三項（連結法人が復興産業集積区域において被災雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）及び第二十二条の三の二第三項（連結法人が避難解除区域において避難対象雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）」とあるのは「及び第二十二条の三第三項（連結法人が復興産業集積区域において被災雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）」と、同項の表第一号の項中「、同法第二十五条の二の二第二項若しくは第三項（連結法人が避難解除区域において機械等を取得した場合の法人税額の特別控除）、同法第二十五条の三（連結法人が復興産業集積区域において被災雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）若しくは同法第二十五条の三の二（連結法人が避難解除区域において避難対象雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）」とあるのは「若しくは同法第二十五条の三（連結法人が復興産業集積区域において被災雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）」とする。
（連結控除限度額の計算に関する経過措置）
第八条
新令第百五十五条の二十八第一項（連結控除限度額の計算）の規定は、連結法人の施行日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の施行日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
この場合において、改正法附則第三十三条第一項（沖縄の特定中小連結法人が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の十四（沖縄の特定中小連結法人が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）の規定の適用を受ける連結法人に係る新令第百五十五条の二十八第一項の規定の適用については、同項中「）の規定」とあるのは、「）並びに租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号）附則第三十三条（沖縄の特定中小連結法人が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の十四第五項（連結納税の承認を取り消された場合の経営革新設備等に係る法人税額）の規定」とする。
（更正等により還付すべき所得税額等の充当の順序に関する経過措置）
第九条
施行日から平成二十四年十二月三十一日までの間における新令第百七十三条の二（更正等により還付すべき所得税額等の充当の順序）の規定の適用については、同条中「第百五十二条」とあるのは、「第百五十一条の二」とする。
附　則
（施行期日）
１
この政令は、法の施行の日（平成二十四年十一月一日）から施行する。
ただし、次項及び附則第三項の規定は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成二十六年四月一日から施行する。
（法人税法施行令の一部改正に伴う経過措置）
第十条
附則第八条の規定による改正後の法人税法施行令第百三十九条の四第六項の規定は、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下この項において同じ。）が施行日以後に行う消費税法第二条第一項第十二号に規定する課税仕入れ（経過措置対象課税仕入れを除く。）及び法人が施行日以後に同項第二号に規定する保税地域から引き取る同項第十一号に規定する課税貨物について適用し、法人が施行日前に行った同項第十二号に規定する課税仕入れ（経過措置対象課税仕入れを含む。）及び法人が施行日前に同項第二号に規定する保税地域から引き取った同項第十一号に規定する課税貨物については、なお従前の例による。
２
前項に規定する経過措置対象課税仕入れとは、社会保障の安定財源の確保等を図る税制の抜本的な改革を行うための地方税法及び地方交付税法の一部を改正する法律附則第四条第三項に規定する経過措置対象課税仕入れ等で同項第四号又は第五号に掲げるものに該当するもの（令和五年十月一日以後に行うものにあっては、新消費税法（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第四十四条第一項に規定する新消費税法をいう。）第三十条第一項の規定の適用を受けるものに限る。）をいう。
附　則
（施行期日）
１
この政令は、株式会社企業再生支援機構法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十五年三月十八日）から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成二十五年四月一日から施行する。
（利益積立金額に関する経過措置）
第二条
この政令による改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）第九条第三項（利益積立金額）の規定は、平成二十二年十月一日以後の同条第二項第四号に掲げる事由について適用する。