都道府県知事又は保健所を設置する市若しくは特別区の長（以下「都道府県知事等」という。）は、輸出先国の政府機関から、輸入条件が定められている農林水産物又は食品について、都道府県知事等が輸出証明書を発行するよう求められている場合であって、当該農林水産物又は食品の輸出を行う事業者から申請があったときは、主務省令で定めるところにより、当該都道府県知事等が管轄する区域内において生産され、製造され、加工され、又は流通する農林水産物又は食品に係る輸出証明書を発行することができる。
３
登録発行機関は、輸出先国の政府機関から、輸入条件が定められている農林水産物又は食品について、登録発行機関が輸出証明書を発行するよう求められている場合であって、当該農林水産物又は食品の輸出を行う事業者から申請があったときは、主務省令で定めるところにより、輸出証明書を発行することができる。
４
第一項の規定により主務大臣から輸出証明書の発行を受けようとする者は、実費を超えない範囲内において政令で定める額の手数料を国に納付しなければならない。
（適合区域の指定）
第十六条
主務大臣は、輸出先国の政府機関から、その区域（海域を含む。以下この項及び第六項において同じ。）において農林水産物又は食品が生産され、製造され、加工され、又は流通する過程において有害な物質が混入するおそれがないことその他の輸出先国の政府機関が定める要件（以下この条において「指定要件」という。）に適合する区域（以下この条及び第三十七条第四項第三号において「適合区域」という。）において生産され、製造され、加工され、又は流通することが輸入条件として定められている農林水産物又は食品として主務省令で定めるもの（以下この条及び同号において「区域指定農林水産物等」という。）について、主務大臣が適合区域を指定するよう求められている場合には、主務省令で定めるところにより、区域指定農林水産物等の適合区域を指定することができる。
２
都道府県知事等は、輸出先国の政府機関から、区域指定農林水産物等について、都道府県知事等が適合区域を指定するよう求められている場合には、主務省令で定めるところにより、当該都道府県知事等が管轄する区域内において、区域指定農林水産物等の適合区域を指定することができる。
３
主務大臣又は都道府県知事等は、前二項の規定により適合区域を指定したときは、主務省令で定めるところにより、定期的に、当該適合区域が指定要件に適合していることを確認するものとする。
４
主務大臣又は都道府県知事等は、第一項又は第二項の規定により自らが指定した適合区域について、前項の規定による確認の結果、指定要件に適合しなくなったと認めるときは、その指定を取り消し、又は当該適合区域を変更するものとする。
５
都道府県知事等は、第二項の規定により適合区域を指定し、又は前項の規定により指定を取り消し、若しくは当該適合区域を変更したときは、主務省令で定めるところにより、遅滞なく、主務大臣にその旨を報告しなければならない。
６
主務大臣は、第一項の規定により指定した適合区域（第四項の規定により指定を取り消し、又は当該適合区域を変更した場合にあっては、当該取消し又は変更に係る区域を含む。以下この項において同じ。）の情報及び前項の規定による報告を受けた適合区域の情報を取りまとめ、公表しなければならない。
（適合施設の認定）
第十七条
主務大臣は、輸出先国の政府機関から、食品衛生上の危害の発生を防止するための措置が講じられていることその他の輸出先国の政府機関が定める要件（以下この条において「認定要件」という。）に適合する施設（以下「適合施設」という。）において生産され、製造され、加工され、又は流通することが輸入条件として定められている農林水産物又は食品として主務省令で定めるもの（以下「施設認定農林水産物等」という。）について、主務大臣が適合施設を認定するよう求められている場合であって、施設認定農林水産物等に係る施設の設置者又は管理者（以下この条及び第五十三条において「設置者等」という。）から申請があったときは、主務省令で定めるところにより、施設認定農林水産物等の適合施設を認定することができる。
２
都道府県知事等は、輸出先国の政府機関から、施設認定農林水産物等について、都道府県知事等が適合施設を認定するよう求められている場合であって、当該都道府県知事等が管轄する区域内に所在する施設認定農林水産物等に係る施設の設置者等から申請があったときは、主務省令で定めるところにより、施設認定農林水産物等の適合施設を認定することができる。
３
登録認定機関は、輸出先国の政府機関から、施設認定農林水産物等について、登録認定機関が適合施設を認定するよう求められている場合であって、施設認定農林水産物等に係る施設の設置者等から申請があったときは、主務省令で定めるところにより、施設認定農林水産物等の適合施設を認定することができる。
４
主務大臣、都道府県知事等又は登録認定機関は、前三項の規定により適合施設を認定したときは、主務省令で定めるところにより、定期的に、当該適合施設が認定要件に適合していることを確認するものとする。
５
主務大臣、都道府県知事等又は登録認定機関は、第一項から第三項までの規定により自らが認定した適合施設について、前項の規定による確認の結果、認定要件に適合しなくなったと認めるときは、当該適合施設の設置者等に対し、これを改善すべきことを求め、及びその求めによってもなお改善されないときは、その認定を取り消すものとする。
６
都道府県知事等又は登録認定機関は、第二項若しくは第三項の規定により適合施設を認定し、又は前項の規定により認定を取り消したときは、主務省令で定めるところにより、遅滞なく、主務大臣にその旨を報告しなければならない。
７
主務大臣は、第一項の規定により認定した適合施設（第五項の規定により認定を取り消した場合にあっては、当該取消しに係る施設を含む。以下この項において同じ。）の情報及び前項（第五十三条第六項において準用する場合を含む。）の規定による報告を受けた適合施設の情報を取りまとめ、公表しなければならない。
８
第一項の規定により主務大臣から施設の認定を受けようとする設置者等は、実費を超えない範囲内において政令で定める額の手数料を国に納付しなければならない。
第二節　登録発行機関
（登録発行機関の登録）
第十八条
登録発行機関の登録（以下この節において単に「登録」という。）を受けようとする者は、主務省令で定めるところにより、主務省令で定める区分ごとに、実費を超えない範囲内において政令で定める額の手数料を納付して、主務大臣に登録の申請をしなければならない。
２
農林水産大臣は、前項の規定による申請があった場合において、必要があると認めるときは、独立行政法人農林水産消費安全技術センター（以下「センター」という。）に、当該申請が第二十条第一項各号に掲げる要件に適合しているかどうかについて、必要な調査を行わせることができる。
（欠格条項）
第十九条
次の各号のいずれかに該当する者は、登録を受けることができない。
一
この法律又はこの法律に基づく処分に違反し、罰金以上の刑に処せられ、その執行を終わり、又はその執行を受けることがなくなった日から一年を経過しない者
二
第三十条第一項から第三項までの規定により登録を取り消され、その取消しの日から一年を経過しない者（当該登録を取り消された者が法人である場合においては、その取消しの日前三十日以内にその取消しに係る法人の業務を行う役員であった者でその取消しの日から一年を経過しないものを含む。）
三
法人であって、その業務を行う役員のうちに前二号のいずれかに該当する者があるもの
（登録の基準）
第二十条
主務大臣は、第十八条第一項の規定により登録を申請した者（第二号において「登録申請者」という。）が次に掲げる要件の全てに適合しているときは、その登録をしなければならない。
この場合において、登録に関して必要な手続は、主務省令で定める。
一
第十五条第三項の規定による輸出証明書の発行（以下「発行」という。）を適確に行うために必要なものとして主務省令で定める基準に適合していること。
二
登録申請者が、輸入条件が定められている農林水産物又は食品の生産、販売その他の取扱いを業とする者（以下この号及び第二十七条第二項において「取扱業者」という。）に支配されているものとして次のいずれかに該当するものでないこと。
イ
登録申請者が株式会社である場合にあっては、取扱業者がその親法人（会社法（平成十七年法律第八十六号）第八百七十九条第一項に規定する親法人をいう。第三十五条第一項第二号イにおいて同じ。）であること。
ロ
登録申請者が法人である場合にあっては、その役員（持分会社（会社法第五百七十五条第一項に規定する持分会社をいう。第三十五条第一項第二号ロにおいて同じ。）にあっては、業務を執行する社員）に占める取扱業者の役員又は職員（過去二年間に取扱業者の役員又は職員であった者を含む。）の割合が二分の一を超えていること。
ハ
登録申請者（法人にあっては、その代表権を有する役員）が、取扱業者の役員又は職員（過去二年間に取扱業者の役員又は職員であった者を含む。）であること。
２
登録は、次に掲げる事項を登録台帳に記帳して行う。
一
登録年月日及び登録番号
二
登録発行機関の氏名又は名称及び住所並びに法人にあっては、その代表者の氏名
三
登録発行機関が行う発行に係る輸出証明書の種類
四
登録発行機関が発行に関する業務を行う事業所の所在地
３
主務大臣は、登録をしたときは、遅滞なく、前項各号に掲げる事項を公示しなければならない。
（登録の更新）
第二十一条