本邦の内水（領海法の一部を改正する法律（平成八年法律第七十三号）による改正後の領海及び接続水域に関する法律（昭和五十二年法律第三十号）第二条第一項に規定する直線基線により新たに本邦の内水に加えることとされた海域を除く。第一条の十六第二号において同じ。）を除く海域において輸送されるものであること。
第一条の十五
法第九条の六第五項の規定により有害液体物質とみなされる未査定液体物質について、法第九条の二から第九条の五までの規定を適用する場合においては、海洋環境の保全の見地から、第一議定書（法第九条の二第四項に規定する第一議定書をいう。以下同じ。）に規定するＸ類に分類されている物質と同程度に有害であると合意されて輸送される物質を別表第一第一号に掲げるＸ類物質等と、第一議定書に規定するＹ類に分類されている物質と同程度に有害であると合意されて輸送される物質を同表第二号に掲げるＹ類物質等と、第一議定書に規定するＺ類に分類されている物質と同程度に有害であると合意されて輸送される物質を同表第三号に掲げるＺ類物質等とみなす。
第一条の十六
法第九条の六第六項の政令で定める要件は、次のとおりとする。
一
当該未査定液体物質について海洋環境の保全の見地から有害でないと合意をした第一議定書締約国のいずれかの国籍を有する船舶により当該合意をした第一議定書締約国間において輸送されるものであること。
二
本邦の内水を除く海域において輸送されるものであること。
（登録確認機関の登録の有効期間）
第一条の十七
法第九条の八第一項の政令で定める期間は、五年とする。
（船内の日常生活に伴い生ずるふん尿等の排出の規制の対象となる船舶の総トン数又は搭載人員）
第二条
法第十条第二項第一号の政令で定める総トン数又は搭載人員は、次の各号に掲げる区分に応じ、それぞれ当該各号に定める総トン数又は最大搭載人員（最大搭載人員の定めのない船舶にあつては、これに相当する搭載人員。以下同じ。）とする。
一
国際航海に従事する船舶
四百トン又は十六人（南極海域にある船舶にあつては、四百トン又は十一人）
二
国際航海に従事しない船舶
百人（南極海域にある船舶にあつては、十一人）
（船内の日常生活に伴い生ずるふん尿等の種類及び排出基準）
第三条
法第十条第二項第一号の政令で定めるふん尿等は、別表第二上欄に掲げるふん尿等とする。
２
法第十条第二項第一号の排出海域及び排出方法に関し政令で定める基準は、別表第二上欄に掲げる船舶及びふん尿等の区分に応じ、それぞれ同表中欄に掲げる排出海域ごとにそれぞれ同表下欄に掲げる排出方法によることとする。
３
前項の規定にかかわらず、公用に供する潜水船であつてその構造上当該船舶について同項の基準を適用することが困難であると認めて国土交通大臣が指定するものからのふん尿等については、海面下に排出することができる。
４
前二項の基準に従つてする排出は、できる限り、海岸から離れて少量ずつ行い、かつ、当該ふん尿等が速やかに海中において拡散するように必要な措置を講じて行うよう努めなければならない。
５
別表第二第二号の表第一号から第四号までの上欄に掲げるふん尿等を第二項の基準に従つて排出する場合においても、できる限り氷の密接度が国土交通省令で定める密接度以上である海域（同表第三号及び第四号上欄に掲げるふん尿等を同項の基準に従つて排出する場合にあつては、領海の基線、氷棚、定着氷及び氷の密接度が国土交通省令で定める密接度以上である海域）から離れて行うよう努めなければならない。
（船内の日常生活に伴い生ずるごみ又はこれに類する廃棄物の種類及び排出基準）
第四条
法第十条第二項第二号の政令で定める廃棄物は、食物くずとする。
２
法第十条第二項第二号の排出海域及び排出方法に関し政令で定める基準は、別表第三上欄に掲げる廃棄物の区分に応じ、それぞれ同表中欄に掲げる排出海域ごとにそれぞれ同表下欄に掲げる排出方法によることとする。
３
前条第四項の規定は、別表第三上欄に掲げる廃棄物の前項の基準に従つてする船舶からの排出について準用する。
４
前条第五項の規定は、別表第三上欄に掲げる廃棄物を南極海域（同表備考第二号に規定する海洋施設等周辺海域を除く。）又は北極海域（同表備考第三号に規定する北極海域をいう。）において第二項の基準に従つて排出する場合について準用する。
この場合において、同条第五項中「海域（同表第三号及び第四号上欄に掲げるふん尿等を同項の基準に従つて排出する場合にあつては、領海の基線、氷棚、定着氷及び氷の密接度が国土交通省令で定める密接度以上である海域）」とあるのは、「海域」と読み替えるものとする。
（船舶の通常の活動に伴い生ずる廃棄物の種類及び排出基準）
第四条の二
法第十条第二項第三号の政令で定める船舶の通常の活動に伴い生ずる廃棄物は、次に掲げる廃棄物とする。
一
ばら積みの貨物として輸送された物質であつて当該物質の取卸しが完了した後に貨物倉に残留するもの（国土交通省令で定める物質を含むものを除く。）
二
貨物として輸送される動物であつてその輸送中に死亡したものの死体
三
生鮮魚及びその一部（漁ろう活動に伴い生ずるものに限る。）
四
汚水（その水質が国土交通省令で定める基準に適合しないものを除く。）
２
法第十条第二項第三号の排出海域及び排出方法に関し政令で定める基準は、別表第四上欄に掲げる廃棄物の区分に応じ、それぞれ同表中欄に掲げる排出海域ごとにそれぞれ同表下欄に掲げる排出方法によることとする。
３
前項の基準を異にする二以上の廃棄物が混合している場合においては、当該二以上のそれぞれの廃棄物につき、これに係る同項の基準が適用されるものとする。
４
別表第四第一号、第二号、第五号及び第六号上欄に掲げる廃棄物の第二項の基準に従つてする排出は、当該廃棄物を少量ずつ排出し、かつ、当該廃棄物ができる限り速やかに海中において拡散するよう必要な措置を講ずるよう努めなければならない。
５
別表第四上欄に掲げる廃棄物を第二項の基準に従つて排出する場合においても、水産動植物の生育に支障を及ぼすおそれがある場所を避けるよう努めなければならない。
６
第三条第五項の規定は、別表第四第一号及び第五号上欄に掲げる廃棄物を南極海域（同表備考第八号に規定する南極海域をいう。）又は北極海域（同表備考第九号に規定する北極海域をいう。）において第二項の基準に従つて排出する場合について準用する。
この場合において、同条第五項中「海域（同表第三号及び第四号上欄に掲げるふん尿等を同項の基準に従つて排出する場合にあつては、領海の基線、氷棚、定着氷及び氷の密接度が国土交通省令で定める密接度以上である海域）」とあるのは、「海域」と読み替えるものとする。
（埋立場所等に排出する廃棄物の排出方法に関する基準）
第五条
廃棄物（次項各号に掲げるものを除く。）を法第十条第二項第四号に規定する場所（以下「埋立場所等」という。）に排出する場合における同号の政令で定める排出方法に関する基準は、次に掲げるとおりとする。
一
水底土砂で廃棄物の処理及び清掃に関する法律施行令（昭和四十六年政令第三百号。以下「廃棄物処理令」という。）別表第三の三第二十五号から第三十一号までに掲げる物質を含むもの（環境省令で定める基準に適合しないものに限る。以下「特定水底土砂」という。）及び水底土砂で環境大臣が指定する水域から除去されたもののうち熱しやく減量二十パーセント以上の状態であるもの（以下「指定水底土砂」という。）以外の水底土砂、金属くず（自動車（原動機付自転車を含む。）若しくは電気機械器具又はこれらのものの一部（環境大臣が指定するものを除く。）の破砕に伴つて生じたもの、廃棄物処理令第六条第一項第三号イ（１）に規定する廃プリント配線板、鉛蓄電池の電極であつて不要物であるもの、鉛製の管又は板であつて不要物であるもの、同号イ（１）に規定する廃容器包装及び同項第一号ロに規定する水銀使用製品産業廃棄物を除く。）その他環境大臣が指定する廃棄物をこれらの廃棄物以外の廃棄物が排出されていない埋立場所等に排出する場合においては、当該埋立場所等に廃棄物が海洋に流出しないよう必要な措置が講じられている場合を除き、当該埋立場所等から廃棄物が海洋に流出しないよう必要な措置を講じた上で排出すること。
この場合において、海洋に流出してはならない廃棄物には、当該埋立場所等にある他の廃棄物を含み、特定水底土砂及び指定水底土砂以外の水底土砂を含まないものとする。
二
前号の規定により排出する場合以外の場合においては、当該埋立場所等に廃棄物及び海水が海洋に流出しないよう必要な措置が講じられている場合を除き、当該埋立場所等から廃棄物及び海水が海洋に流出しないよう必要な措置を講じた上で排出すること。
この場合において、海洋に流出してはならない廃棄物には、当該埋立場所等にある他の廃棄物を含み、海水には、当該埋立場所等に設けられている余水吐きから流出する海水でその水質が環境省令で定める基準に適合しているものを含まないものとする。
三
液状廃棄物又は液状廃棄物以外の水溶性の廃棄物を排出する場合においては、水素イオン濃度指数五・〇以上九・〇以下の状態（液状廃棄物以外の水溶性の廃棄物にあつては、その全てを水素イオン濃度指数七・〇の水に飽和状態となるように溶解したとした場合における水素イオン濃度指数の状態とする。）にして排出すること。
四