主務大臣は、第三項第一号イ及びロに掲げる事項（同号ロ（１）の土地が農地又は採草放牧地であり、同号ロの施設の用に供することを目的として、農地である当該土地を農地以外のものにし、又は農地である当該土地若しくは採草放牧地である当該土地を農地若しくは採草放牧地以外のものにするため当該土地について所有権若しくは使用及び収益を目的とする権利を取得するに当たり、農地法第四条第一項又は第五条第一項の許可を受けなければならないものに係るものに限る。）が記載されている基盤確立事業実施計画について第一項の認定をしようとするときは、当該事項について、都道府県知事等（同法第四条第一項に規定する都道府県知事等をいう。以下この条において同じ。）に協議し、その同意を得なければならない。
この場合において、当該都道府県知事等は、当該事項が次に掲げる要件に該当すると認めるときは、その同意をするものとする。
一
農地を農地以外のものにする場合にあっては、農地法第四条第六項の規定により同条第一項の許可をすることができない場合に該当しないこと。
二
農地又は採草放牧地を農地又は採草放牧地以外のものにするためこれらの土地について所有権又は使用及び収益を目的とする権利を取得する場合にあっては、農地法第五条第二項の規定により同条第一項の許可をすることができない場合に該当しないこと。
６
都道府県知事等は、前項の同意をしようとするときは、あらかじめ、農業委員会の意見を聴かなければならない。
７
第二十一条第十四項及び第十五項の規定は、農業委員会が前項の規定により意見を述べようとするときについて準用する。
この場合において、同条第十四項中「特定環境負荷低減事業活動実施計画に記載されている第四項第一号イ及びロに掲げる事項」とあるのは、「基盤確立事業実施計画に記載されている第三十九条第三項第一号イ及びロに掲げる事項」と読み替えるものとする。
８
主務大臣は、第一項の認定をしようとする場合において、基盤確立事業実施計画に第三項第二号に掲げる事項が記載されているときは、当該事項について、あらかじめ、当該事項に係る関係行政機関の長に協議し、その同意を得なければならない。
９
主務大臣は、第一項の認定をしたときは、主務省令で定めるところにより、当該認定に係る基盤確立事業実施計画の内容を公表するものとする。
（基盤確立事業実施計画の変更等）
第四十条
前条第一項の認定を受けた者（以下「認定基盤確立事業者」という。）は、当該認定に係る基盤確立事業実施計画を変更しようとするときは、主務省令で定めるところにより、主務大臣の認定を受けなければならない。
ただし、主務省令で定める軽微な変更については、この限りでない。
２
認定基盤確立事業者は、前項ただし書の主務省令で定める軽微な変更をしたときは、遅滞なく、その旨を主務大臣に届け出なければならない。
３
主務大臣は、認定基盤確立事業者が前条第一項の認定に係る基盤確立事業実施計画（第一項の規定による変更の認定又は前項の規定による変更の届出があったときは、その変更後のもの。以下「認定基盤確立事業実施計画」という。）に従って基盤確立事業を行っていないと認めるときは、その認定を取り消すことができる。
４
前条第四項から第九項までの規定は、第一項の認定について準用する。
（食品等流通法の特例）
第四十一条
認定基盤確立事業実施計画に従って行われる基盤確立事業（以下「認定基盤確立事業」という。）に食品等の流通の合理化が含まれる場合には、当該食品等の流通の合理化を行う認定基盤確立事業者を食品等流通法第六条第一項に規定する認定事業者と、認定基盤確立事業実施計画（当該食品等の流通の合理化に関する部分に限る。）を同条第二項に規定する認定計画と、認定基盤確立事業（当該食品等の流通の合理化に関する部分に限る。）を食品等流通法第四条第二項第一号に規定する食品等流通合理化事業とそれぞれみなして、食品等流通法第七条の規定を適用する。
（種苗法の特例）
第四十二条
農林水産大臣は、認定基盤確立事業の成果に係る出願品種（種苗法（平成十年法律第八十三号）第三条第二項に規定する出願品種をいい、当該認定基盤確立事業の実施期間の終了日から起算して二年以内に同条第一項第一号に規定する品種登録出願（以下この条において「品種登録出願」という。）がされたものに限る。以下この項において同じ。）に関する品種登録出願について、その出願者が次に掲げる者であって当該認定基盤確立事業を行う認定基盤確立事業者であるときは、政令で定めるところにより、同法第六条第一項の規定により納付すべき出願料を軽減し、又は免除することができる。
一
その出願品種の育成（種苗法第三条第一項に規定する育成をいう。次項第一号において同じ。）をした者
二
その出願品種が種苗法第八条第一項に規定する従業者等（次項第二号において「従業者等」という。）が育成した同条第一項に規定する職務育成品種（同号において「職務育成品種」という。）であって、契約、勤務規則その他の定めによりあらかじめ同項に規定する使用者等（以下この条において「使用者等」という。）が品種登録出願をすることが定められている場合において、その品種登録出願をした使用者等
２
農林水産大臣は、認定基盤確立事業の成果に係る登録品種（種苗法第二十条第一項に規定する登録品種をいい、当該認定基盤確立事業の実施期間の終了日から起算して二年以内に品種登録出願されたものに限る。以下この項において同じ。）について、同法第四十五条第一項の規定による第一年から第六年までの各年分の登録料を納付すべき者が次に掲げる者であって当該認定基盤確立事業を行う認定基盤確立事業者であるときは、政令で定めるところにより、当該各年分の登録料を軽減し、又は免除することができる。
一
その登録品種の育成をした者
二
その登録品種が従業者等が育成した職務育成品種であって、契約、勤務規則その他の定めによりあらかじめ使用者等が品種登録出願をすること又は従業者等がした品種登録出願の出願者の名義を使用者等に変更することが定められている場合において、その品種登録出願をした使用者等又はその従業者等がした品種登録出願の出願者の名義の変更を受けた使用者等
（農地法の特例）
第四十三条
認定基盤確立事業者が認定基盤確立事業実施計画（第三十九条第三項第一号イ及びロに掲げる事項が記載されているものに限る。次項において同じ。）に従って同号ロの施設の用に供することを目的として農地を農地以外のものにする場合には、農地法第四条第一項の許可があったものとみなす。
２
認定基盤確立事業者が認定基盤確立事業実施計画に従って第三十九条第三項第一号ロの施設の用に供することを目的として農地又は採草放牧地を農地又は採草放牧地以外のものにするためこれらの土地について所有権又は使用及び収益を目的とする権利を取得する場合には、農地法第五条第一項の許可があったものとみなす。
（財産の処分の制限に係る承認の手続の特例）
第四十四条
認定基盤確立事業者が認定基盤確立事業実施計画（第三十九条第三項第二号に掲げる事項が記載されているものに限る。）に従って基盤確立事業を行う場合には、当該認定基盤確立事業実施計画に係る認定があったことをもって、補助金等適正化法第二十二条に規定する各省各庁の長の承認があったものとみなす。
第五章　雑則
（援助）
第四十五条
国及び地方公共団体は、この法律に特別の定めがあるもののほか、この法律に基づく措置の円滑な実施のために必要な助言、指導、資金の融通のあっせん、経費の補助その他の援助を行うよう努めるものとする。
（報告の徴収）
第四十六条
都道府県知事は、認定農林漁業者に対し、認定計画の実施状況について報告を求めることができる。
２
主務大臣は、認定基盤確立事業者に対し、認定基盤確立事業実施計画の実施状況について報告を求めることができる。
（主務大臣等）
第四十七条
第三十九条第一項、同条第四項、第五項、第八項及び第九項（これらの規定を第四十条第四項において準用する場合を含む。）、第四十条第一項から第三項まで、前条第二項並びに第四十九条における主務大臣は、農林水産大臣及び基盤確立事業に係る事業を所管する大臣とする。
２
第三十九条第一項及び第三項第一号ロ（２）、同条第九項（第四十条第四項において準用する場合を含む。）並びに第四十条第一項における主務省令は、農林水産大臣及び基盤確立事業に係る事業を所管する大臣の共同で発する命令とし、第四十九条における主務省令は、前項に規定する主務大臣の発する命令とする。
（環境大臣との関係）
第四十八条
農林水産大臣は、環境と調和のとれた食料システムの確立のための施策の実施に当たり、当該施策の実施が環境の保全に関する施策に関連する場合には、環境大臣と緊密に連絡し、及び協力して行うものとする。
（権限の委任）
第四十九条
この法律に規定する農林水産大臣及び主務大臣の権限は、農林水産大臣の権限にあっては農林水産省令で定めるところにより、主務大臣の権限にあっては主務省令で定めるところにより、地方支分部局の長にそれぞれ委任することができる。
（事務の区分）
第五十条
この法律の規定により都道府県又は指定市町村が処理することとされている事務のうち、次に掲げるものは、地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）第二条第九項第一号に規定する第一号法定受託事務とする。
一
第二十一条第六項（第二号に係る部分に限り、第二十二条第四項において準用する場合を含む。）の規定により指定市町村が処理することとされている事務（同一の事業の目的に供するため四ヘクタールを超える農地を農地以外のものにする行為又は同一の事業の目的に供するため四ヘクタールを超える農地若しくはその農地と併せて採草放牧地について農地法第三条第一項本文に規定する権利を取得する行為に係る特定環境負荷低減事業活動実施計画に係るものに限る。）
二
第二十一条第十二項（同条第十六項（第二十二条第四項において準用する場合を含む。）及び第二十二条第四項において準用する場合を含む。）の規定により都道府県又は指定市町村が処理することとされている事務
三
第二十一条第十三項（同条第十六項（第二十二条第四項において準用する場合を含む。）及び第二十二条第四項において準用する場合を含む。）の規定により都道府県又は指定市町村が処理することとされている事務（同一の事業の目的に供するため四ヘクタールを超える農地を農地以外のものにする行為又は同一の事業の目的に供するため四ヘクタールを超える農地若しくはその農地と併せて採草放牧地について農地法第三条第一項本文に規定する権利を取得する行為に係る特定環境負荷低減事業活動実施計画に係るものに限る。）
四
第三十九条第五項及び第六項（これらの規定を第四十条第四項において準用する場合を含む。）の規定により都道府県又は指定市町村が処理することとされている事務（同一の事業の目的に供するため四ヘクタールを超える農地を農地以外のものにする行為又は同一の事業の目的に供するため四ヘクタールを超える農地若しくはその農地と併せて採草放牧地について農地法第三条第一項本文に規定する権利を取得する行為に係る基盤確立事業実施計画に係るものに限る。）
第六章　罰則
第五十一条
第四十六条第一項又は第二項の規定による報告をせず、又は虚偽の報告をしたときは、その違反行為をした者は、三十万円以下の罰金に処する。
２
法人（法人でない団体で代表者又は管理人の定めのあるものを含む。以下この項において同じ。）の代表者若しくは管理人又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関し、前項の違反行為をしたときは、行為者を罰するほか、その法人又は人に対しても、同項の刑を科する。
３
法人でない団体について前項の規定の適用がある場合には、その代表者又は管理人がその訴訟行為について法人でない団体を代表するほか、法人を被告人又は被疑者とする場合の刑事訴訟に関する法律の規定を準用する。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
ただし、附則第五条の規定は、公布の日から施行する。
（持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律の廃止）
第二条
持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律（平成十一年法律第百十号）は、廃止する。
（持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律の廃止に伴う経過措置）
第三条
この法律の施行前にされた前条の規定による廃止前の持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律（次項において「旧持続農業法」という。）第四条第一項の認定の申請であって、この法律の施行の際、認定をするかどうかの処分がされていないものに係る認定については、なお従前の例による。
２
この法律の施行の際現に旧持続農業法第四条第一項の認定（旧持続農業法第五条第一項の変更の認定を含む。）を受けている導入計画（旧持続農業法第四条第一項に規定する導入計画をいう。以下この項において同じ。）については、なおその効力を有するものとし、当該導入計画及び前項の規定に基づきなお従前の例により認定を受けた導入計画に関する認定の取消し、農業改良資金融通法の特例及び報告の徴収については、なお従前の例による。
（罰則に関する経過措置）
第四条
この法律の施行前にした行為及び前条第二項の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第五条
前二条に規定するもののほか、この法律の施行に伴い必要な経過措置は、政令で定める。
（検討）
第六条
政府は、この法律の施行後五年を目途として、この法律の施行の状況を勘案し、必要があると認めるときは、この法律の規定について検討を加え、その結果に基づいて所要の措置を講ずるものとする。