第一項の表の上欄に掲げる法律の規定によりたばこ税の免除を受けて令和二年十月一日前に保税地域から引き取られた製造たばこについて、同日以後に同表の下欄に掲げる法律の規定に該当することとなった場合における加熱式たばこに係るたばこ税の課税標準及び当該製造たばこに係るたばこ税の税率は、附則第四十七条第三項の規定により計算した加熱式たばこに係るたばこ税の課税標準及び附則第四十八条第一項第二号又は第二項第二号に定める製造たばこに係るたばこ税の税率とする。
４
第一項の表の上欄に掲げる法律の規定によりたばこ税の免除を受けて令和三年十月一日前に保税地域から引き取られた製造たばこについて、同日以後に同表の下欄に掲げる法律の規定に該当することとなった場合における加熱式たばこに係るたばこ税の課税標準及び当該製造たばこに係るたばこ税の税率は、附則第四十七条第四項の規定により計算した加熱式たばこに係るたばこ税の課税標準及び新たばこ税法第十一条第一項又は第二項に規定する製造たばこに係るたばこ税の税率とする。
５
第一項の表の上欄に掲げる法律の規定によりたばこ税の免除を受けて令和四年十月一日前に保税地域から引き取られた加熱式たばこについて、同日以後に同表の下欄に掲げる法律の規定に該当することとなった場合における当該加熱式たばこに係るたばこ税の課税標準は、新たばこ税法第十条第三項の規定により計算した加熱式たばこに係るたばこ税の課税標準とする。
（手持品課税）
第五十一条
平成三十年十月一日に、製造たばこの製造場又は保税地域以外の場所で製造たばこ（紙巻たばこ三級品を除く。以下この項において同じ。）を販売のため所持する製造たばこの製造者又は販売業者がある場合において、その所持する製造たばこの本数（新たばこ税法第十条の規定によりたばこ税の課税標準となる製造たばこの本数（加熱式たばこにあっては、附則第四十七条第一項の規定により計算したたばこ税の課税標準となる製造たばこの本数）とし、二以上の場所で製造たばこを所持する場合には、その合計本数とする。）が二万本以上であるときは、当該製造たばこについては、その者が製造たばこの製造者として当該製造たばこを同日にその者の製造たばこの製造場から移出したものとみなして、千本につき五百円のたばこ税を課する。
２
前項に規定する者は、その所持する製造たばこで同項の規定に該当するものの貯蔵場所（たばこ事業法（昭和五十九年法律第六十八号）第九条第六項に規定する小売販売業者にあっては、同法第二十二条第一項に規定する営業所。以下この項において同じ。）ごとに、政令で定めるところにより、次に掲げる事項を記載した申告書を、平成三十年十月三十一日までに、その貯蔵場所の所在地を所轄する税務署長に提出しなければならない。
一
その貯蔵場所において所持する製造たばこの区分（新たばこ税法第二条第二項に規定する製造たばこの区分をいう。以下この号において同じ。）及び区分ごとの数量
二
前号の数量により算定した前項の規定によるたばこ税額及び当該たばこ税額の合計額
三
その他参考となるべき事項
３
第一項に規定する者が、前項の規定による申告書を、地方税法等の一部を改正する法律（平成三十年法律第三号）附則第十条第三項に規定する道府県たばこ税に係る申告書又は同法附則第二十三条第三項に規定する市町村たばこ税に係る申告書に併せて、これらの規定に規定する都道府県知事又は市町村長に提出したときは、その提出を受けた都道府県知事又は市町村長は、前項の規定による申告書を受理することができる。
この場合においては、当該申告書は、同項に規定する税務署長に提出されたものとみなす。
４
第二項の規定による申告書を提出した者は、平成三十一年四月一日までに、当該申告書に記載した同項第二号に掲げるたばこ税額の合計額に相当するたばこ税を、国に納付しなければならない。
５
前項の規定は、第二項の規定による申告書を提出すべき者で、当該申告に係るたばこ税につき、国税通則法に規定する期限後申告書若しくは修正申告書を同項の規定による申告書に係る前項の納期限前に提出したもの又は同法に規定する更正若しくは決定を受けたもののうち同法第三十五条第二項第二号の規定による納付の期限が前項の納期限前に到来するものについて準用する。
６
第一項の規定によりたばこ税を課された、又は課されるべき製造たばこのうち、特定販売業者が、自ら保税地域から引き取った製造たばこで販売のため所持するものを輸出した場合又は自ら保税地域から引き取った製造たばこで販売のため所持するものを保税地域に入れ、あらかじめ政令で定めるところにより税関長の承認を受けて廃棄した場合において、当該特定販売業者が、政令で定めるところにより、当該製造たばこが同項の規定によりたばこ税を課された、又は課されるべきものであることにつき、当該製造たばこの輸出の申告をした、又は廃棄の承認を受けた税関の税関長の確認を受けたときは、当該たばこ税額に相当する金額は、たばこ税法第十五条第一項の規定に準じて、当該製造たばこにつき当該特定販売業者が納付した、若しくは納付すべき又は徴収された、若しくは徴収されるべきたばこ税額に相当する金額に係る還付に併せて、その者に還付する。
７
次の各号に掲げる場合において、当該各号に規定する製造たばこ製造者（たばこ税法第六条第四項に規定する製造たばこ製造者をいい、新たばこ税法第八条第三項の規定により製造たばこ製造者とみなされる者を含む。以下この項において同じ。）が政令で定めるところにより、当該製造たばこが第一項の規定によるたばこ税を課された、又は課されるべきものであることにつき、当該製造たばこの戻入れ又は移入に係る製造たばこの製造場の所在地を所轄する税務署長の確認を受けたときは、当該たばこ税額に相当する金額は、たばこ税法第十六条の規定に準じて、当該製造たばこにつき当該製造たばこ製造者が納付した、又は納付すべきたばこ税額（第二号に該当する場合にあっては、同号に規定する他の製造たばこの製造場からの移出により納付された、若しくは納付されるべき又は保税地域からの引取りにより納付された、若しくは納付されるべき若しくは徴収された、若しくは徴収されるべきたばこ税額）に相当する金額に係る控除又は還付に併せて、その者に係るたばこ税額から控除し、又はその者に還付する。
一
製造たばこ製造者がその製造場から移出した製造たばこで、第一項の規定によるたばこ税を課された、又は課されるべきものが当該製造場に戻し入れられた場合（当該製造たばこで製造たばこの販売業者から返品されたものその他政令で定めるものが当該製造たばこ製造者の他の製造たばこの製造場に移入された場合を含む。）
二
前号に該当する場合を除き、製造たばこ製造者が、他の製造たばこの製造場から移出され、又は保税地域から引き取られた製造たばこで第一項の規定によるたばこ税を課された、又は課されるべきものを製造たばこの製造場に移入し、当該製造たばこをその移入した製造場から更に移出した場合
８
新たばこ税法第二十六条（第二号を除く。）の規定は、第二項の規定による申告書を提出しなければならない者について準用する。
９
令和二年十月一日に、製造たばこの製造場又は保税地域以外の場所で製造たばこを販売のため所持する製造たばこの製造者又は販売業者がある場合において、その所持する製造たばこの本数（新たばこ税法第十条の規定によりたばこ税の課税標準となる製造たばこの本数（加熱式たばこにあっては、附則第四十七条第三項の規定により計算したたばこ税の課税標準となる製造たばこの本数）とし、二以上の場所で製造たばこを所持する場合には、その合計本数とする。）が二万本以上であるときは、当該製造たばこについては、その者が製造たばこの製造者として当該製造たばこを同日にその者の製造たばこの製造場から移出したものとみなして、千本につき五百円のたばこ税を課する。
１０
第二項から第八項までの規定は、前項の規定によりたばこ税を課する場合について準用する。
この場合において、第二項中「前項」とあるのは「第九項」と、「平成三十年十月三十一日」とあるのは「令和二年十一月二日」と、第三項中「第一項」とあるのは「第九項」と、「附則第十条第三項」とあるのは「附則第十二条第三項」と、「附則第二十三条第三項」とあるのは「附則第二十五条第三項」と、第四項中「平成三十一年四月一日」とあるのは「令和三年三月三十一日」と、第六項中「第一項の規定により」とあるのは「第九項の規定により」と、第七項中「第一項」とあるのは「第九項」と読み替えるものとする。
１１
令和三年十月一日に、製造たばこの製造場又は保税地域以外の場所で製造たばこを販売のため所持する製造たばこの製造者又は販売業者がある場合において、その所持する製造たばこの本数（新たばこ税法第十条の規定によりたばこ税の課税標準となる製造たばこの本数（加熱式たばこにあっては、附則第四十七条第四項の規定により計算したたばこ税の課税標準となる製造たばこの本数）とし、二以上の場所で製造たばこを所持する場合には、その合計本数とする。）が二万本以上であるときは、当該製造たばこについては、その者が製造たばこの製造者として当該製造たばこを同日にその者の製造たばこの製造場から移出したものとみなして、千本につき五百円のたばこ税を課する。
１２
第二項から第八項までの規定は、前項の規定によりたばこ税を課する場合について準用する。