法第四十条第二項に規定する政令で定める場合は、同条第八項に規定する特定処分を受けた同項に規定する当初法人が、同項に規定する公益引継資産を国又は地方公共団体に贈与した場合（当該公益引継資産として同条第二項に規定する財産又は代替資産（当該財産又は代替資産の譲渡をした場合には、当該譲渡による収入金額の全部に相当する額の金銭）を贈与した場合を除く。）とする。
１２
法第四十条第一項後段の規定の適用を受けて行われた贈与又は遺贈に係る同項後段の承認につき同条第二項の規定による取消しがあつた場合には、当該贈与又は遺贈があつた時に、その時における価額に相当する金額により、当該贈与又は遺贈に係る財産の譲渡があつたものとして、同項後段に規定する贈与又は遺贈に係る山林所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額を計算し、当該贈与をした者の当該承認が取り消された日の属する年分（その日までに当該贈与をした者が死亡していた場合には、死亡の日の属する年分。第十六項及び第四十項において同じ。）又は当該遺贈をした者の当該遺贈があつた日の属する年分の所得として、所得税を課する。
１３
法第四十条第三項に規定する政令で定める事実は、次に掲げる事実とする。
一
法第四十条第三項に規定する財産等（特定管理方法により管理されているものを除く。）をその公益目的事業の用に直接供しなくなつたこと。
二
第五項第三号に掲げる要件に該当しないこととなつたこと。
三
第七項の申請書の提出の時において同項第一号に掲げる要件に該当していなかつたこと及び当該提出の時において当該要件に該当しないこととなることが明らかであると認められ、かつ、当該提出の後に当該要件に該当しないこととなつたこと（同項に規定する公益法人等が特定国立大学法人等である場合を除く。）。
１４
公益法人等（法第四十条第三項に規定する財産等（以下この項において「財産等」という。）を特定管理方法により管理している又は管理していた公益法人等に限る。以下この項において同じ。）が次の各号のいずれかに該当することとなつた場合には、当該公益法人等（第二号に該当することとなつた場合における第七項第二号イ、ロ又はホに掲げる公益法人等を除く。）は、遅滞なく、次の各号に定める事項を記載した届出書を当該公益法人等の主たる事務所の所在地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出しなければならず、第二号に規定する所轄庁は、遅滞なく、同号に定める事項を、書面により、当該公益法人等の主たる事務所の所在地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に通知しなければならない。
一
当該公益法人等が財産等（特定管理方法により管理されていたものに限るものとし、特定管理方法により管理されているものを除く。）をその公益目的事業の用に直接供しなくなつた場合
当該事実その他参考となるべき事項
二
当該公益法人等が財産等を特定管理方法により管理しなくなつた場合（第七項第二号イ、ロ又はホに掲げる公益法人等にあつては、当該公益法人等が財産等を特定管理方法により管理しなくなつた場合において、当該公益法人等の同号イ、ロ（２）又はホに規定する所轄庁が当該事実を知つたとき）
当該事実その他参考となるべき事項
１５
第十一項の規定は、法第四十条第三項に規定する政令で定める場合について準用する。
１６
法第四十条第一項後段の規定の適用を受けて行われた贈与又は遺贈に係る同項後段の承認につき同条第三項の規定による取消しがあつた場合には、当該贈与又は遺贈があつた時に、その時における価額に相当する金額により、当該贈与又は遺贈に係る財産の譲渡があつたものとして、同項後段に規定する財産に係る山林所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額を計算し、当該承認に係る公益法人等（同条第四項第三号の規定の適用がある場合には、同号に規定する主宰受託者。以下第十八項まで及び第三十八項において同じ。）の当該承認が取り消された日の属する年分（遺贈の場合には当該遺贈があつた日の属する年分とし、当該公益法人等が当該承認が取り消された日の属する年以前に解散又は死亡をした場合には当該解散の日（当該解散が合併による解散である場合には、当該合併の日の前日）又は死亡の日の属する年分とする。）の所得として、所得税を課する。
この場合において、当該公益法人等（個人を除く。）の住所は、その本店又は主たる事務所の所在地にあるものとする。
１７
法第四十条第三項後段の規定により公益法人等（前項に規定する承認が取り消された日の属する年以前に解散をしたものに限る。）に課される所得税に係る国税通則法第十五条の規定の適用については、同条第二項第一号中「暦年の終了の時」とあるのは、「解散の日（合併による解散の場合には、当該合併の日の前日）を経過する時」とする。
１８
法第四十条第三項後段の規定により公益法人等（第十六項に規定する承認が取り消された日の属する年以前に解散をしたものに限る。）に課される所得税に係る所得税法第二編第五章第二節の規定の適用については、同法第百二十条第一項中「第三期（その年の翌年二月十六日から三月十五日までの期間をいう。以下この節において同じ。）において」とあるのは「解散の日（合併による解散の場合には、当該合併の日の前日）の翌日から二月以内（当該翌日から二月以内に残余財産の最後の分配又は引渡しが行われる場合には、その行われる日の前日まで）に」と、同法第百二十八条中「第三期において」とあるのは「解散の日（合併による解散の場合には、当該合併の日の前日）の翌日から二月以内（当該翌日から二月以内に残余財産の最後の分配又は引渡しが行われる場合には、その行われる日の前日まで）に」とする。
１９
法第四十条第五項に規定する政令で定める事情は、同項の公益法人等が同項第一号に規定する買換資産として取得した土地の上に建設をする同号に規定する財産に係る公益目的事業の用に直接供する建物のその建設に要する期間が通常一年を超えることその他当該買換資産を同号の譲渡の日の翌日から一年を経過する日までの期間内に当該公益目的事業の用に直接供することが困難であるやむを得ない事情とし、同項に規定する政令で定める期間は、当該譲渡の日の翌日から国税庁長官が認める日までの期間とする。
２０
法第四十条第五項第二号に規定する政令で定める財産は、第七項の規定の適用を受けて行われた贈与又は遺贈に係る財産とし、同号に規定する政令で定める方法は、特定管理方法とする。
２１
法第四十条第六項に規定する特定贈与等（次項、第二十五項及び第三十二項において「特定贈与等」という。）を受けた公益法人等が、同条第六項に規定する合併により同項に規定する財産等を同項に規定する公益合併法人に移転しようとする場合において、同項の規定の適用を受けようとするときは、当該合併の日の前日までに、同項に規定する書類に、当該公益合併法人が同項の規定の適用を受けることを確認したことを証する書類を添付して、これを当該公益法人等の主たる事務所の所在地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければならない。
２２
特定贈与等を受けた公益法人等が、法第四十条第七項に規定する解散による残余財産の分配又は引渡しにより同項に規定する財産等を同項に規定する他の公益法人等に移転し、又は同項に規定する公益信託の信託財産としようとする場合において、同項の規定の適用を受けようとするときは、当該解散の日の前日までに、同項に規定する書類に、同項に規定する解散引継法人等が同項の規定の適用を受けることを確認したことを証する書類を添付して、これを当該公益法人等の主たる事務所の所在地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければならない。
２３
法第四十条第八項に規定する当初法人が、同項の規定により同項に規定する引継財産（次項において「引継財産」という。）を同条第八項に規定する他の公益法人等に贈与し、又は同項に規定する公益信託の信託財産としようとする場合において、同項の規定の適用を受けようとするときは、同項に規定する贈与等の日の前日までに、同項に規定する書類に、同項に規定する引継法人等が同項の規定の適用を受けることを確認したことを証する書類を添付して、これを当該当初法人の主たる事務所の所在地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければならない。
２４
法第四十条第八項に規定する政令で定める部分は、引継財産の次の各号に掲げる区分に応じ当該各号に定めるものとする。
一
法第四十条第八項に規定する財産等
当該財産等
二
前号に掲げる引継財産以外の引継財産
法第四十条第八項に規定する公益目的取得財産残額を基礎として財務省令で定めるところにより計算した金額に相当する額の資産
２５
第二十一項の規定は、特定贈与等を受けた法第四十条第九項に規定する特定一般法人が同項の規定により同項に規定する財産等を同項に規定する受贈公益法人等に贈与しようとする場合又は同条第十項に規定する譲渡法人が同項の規定により同項に規定する財産等を同項に規定する譲受法人に贈与をしようとする場合について準用する。
２６
法第四十条第十項に規定する幼稚園又は保育所等を設置する者に係る政令で定める要件は、同項に規定する特定贈与等を受けた公益法人等の次の各号に掲げる者の区分に応じ当該各号に定める要件とする。
一
法第四十条第十項に規定する幼稚園（以下この号及び次項において「幼稚園」という。）を設置する者