税務署長は、前項の規定により同項第一号又は第三号に定める事実が生じたものとみなされた者があるときは、その者について所得税法第百八十三条、第二百三条の二又は第二百四条第一項の規定による徴収を猶予すべき理由がなくなった旨を、当該徴収を猶予していた給与等、公的年金等又は報酬等の支払者に通知するものとする。
３
第一項の確定申告書又は修正申告書の提出をする者が災害減免法第三条第二項又は第五項の規定による徴収の猶予を受けている日雇給与を受ける者であるときは、当該日雇給与を受ける者は、第一項の規定により同項第二号又は第四号に定める事実が生じたものとみなされるこれらの規定に規定する徴収を猶予すべき期間又は徴収猶予期間が記載されているこれらの規定に規定する証票を、税務署長に返還しなければならない。
４
第一項の規定により同項各号に定める事実が生じたものとみなされた者について令和六年に災害減免令第九条第二項に規定する繰越雑損失の金額がある場合において、その者が当該繰越雑損失の金額を基として災害減免令第十条第一項の申請書を提出したときは、その者に係る災害減免令第九条第二項の規定の適用については、同項第一号及び第二号中「この号の規定」とあるのは、「この号及び第三条の二第一項から第五項まで又は前条第一項の規定」とする。
５
令和五年分の所得税について法第三条第一項の規定の適用を受けるために国税通則法（昭和三十七年法律第六十六号）第二十三条第一項の更正の請求をした者が、同法第二十四条又は第二十六条の規定による更正（当該更正の請求に基づき、法第三条第一項の規定を適用する場合に限る。）を受けた場合において、令和六年能登半島地震災害による被害を受けたことにより、当該更正の請求に係る法第三条第二項に規定する更正請求書の提出前に令和六年に支払を受けるべき給与等、公的年金等又は報酬等につき災害減免令第四条第一項若しくは第三項（これらの規定を災害減免令第六条において準用する場合を含む。）、第八条第三項又は第十条第一項に規定する申請書を納税地の所轄税務署長に提出し、かつ、当該更正に係る国税通則法第二十八条第一項に規定する更正通知書の送達があった日において現に当該申請書に係る災害減免法第三条第二項から第五項までの規定による徴収の猶予を受けているときは、当該徴収の猶予に係る第一項各号に掲げる期間又は限度額については、当該更正通知書の送達があった日において、当該各号に定める事実が生じたものとみなす。
６
第二項から第四項までの規定は、前項の規定の適用がある場合について準用する。
７
令和五年分の所得税について法第三条第二項に規定する確定申告書、修正申告書又は更正請求書（同条第一項の規定の適用を受けようとするものに限る。）を提出した者は、その提出の日以後に、同条第一項に規定する損失対象金額が令和六年に生じたものとして災害減免令第四条第一項若しくは第三項（これらの規定を災害減免令第六条において準用する場合を含む。）、第五条（災害減免令第六条において準用する場合を含む。）、第八条第三項又は第十条第一項に規定する申請書を提出することはできない。
第三章　災害被害者に対する租税の減免、徴収猶予等に関する法律の特例
（所得税の減免の特例の手続）
第九条
法第七条第一項の規定は、災害減免令第二条の規定にかかわらず、令和五年分の確定申告書、修正申告書及び更正請求書に、同項の規定の適用を受ける旨、被害の状況及び損害金額の記載がある場合に限り、適用する。
（令和五年分の所得税について災害被害者に対する所得税の減免の特例の適用があった場合の徴収猶予の特例等）
第十条
令和五年分の所得税について法第七条第一項の規定の適用を受けようとする者が、前条に規定する確定申告書又は修正申告書を提出する場合において、令和六年能登半島地震災害による被害を受けたことにより、当該確定申告書又は修正申告書の提出前に令和六年に支払を受けるべき給与等、公的年金等又は報酬等につき災害減免令第四条第一項若しくは第三項（これらの規定を災害減免令第六条において準用する場合を含む。）、第八条第三項又は第十条第一項に規定する申請書を納税地の所轄税務署長に提出し、かつ、当該確定申告書又は修正申告書の提出の日において現に当該申請書に係る災害減免法第三条第二項から第五項までの規定による徴収の猶予を受けているときは、当該徴収の猶予に係る第八条第一項各号に掲げる期間又は限度額については、当該確定申告書又は修正申告書の提出の日において、当該各号に定める事実が生じたものとみなす。
２
令和五年分の所得税について法第七条第一項の規定の適用を受けるために国税通則法第二十三条第一項の更正の請求をした者が、同法第二十四条又は第二十六条の規定による更正（当該更正の請求に基づき、法第七条第一項の規定を適用する場合に限る。）を受けた場合において、令和六年能登半島地震災害による被害を受けたことにより、当該更正の請求に係る前条に規定する更正請求書の提出前に令和六年に支払を受けるべき給与等、公的年金等又は報酬等につき災害減免令第四条第一項若しくは第三項（これらの規定を災害減免令第六条において準用する場合を含む。）、第八条第三項又は第十条第一項に規定する申請書を納税地の所轄税務署長に提出し、かつ、当該更正に係る国税通則法第二十八条第一項に規定する更正通知書の送達があった日において現に当該申請書に係る災害減免法第三条第二項から第五項までの規定による徴収の猶予を受けているときは、当該徴収の猶予に係る第八条第一項各号に掲げる期間又は限度額については、当該更正通知書の送達があった日において、当該各号に定める事実が生じたものとみなす。
３
第八条第二項及び第三項の規定は、前二項の規定の適用がある場合について準用する。
４
令和五年分の所得税について法第七条第一項の規定の適用を受けようとする第一項に規定する確定申告書若しくは修正申告書又は第二項に規定する更正請求書（同条第一項の規定の適用を受けようとするものに限る。）を提出した者は、その提出の日以後に、同条第一項の令和六年能登半島地震災害による被害を令和六年に受けたものとして災害減免令第四条第一項若しくは第三項（これらの規定を災害減免令第六条において準用する場合を含む。）、第五条（災害減免令第六条において準用する場合を含む。）、第八条第三項又は第十条第一項に規定する申請書を提出することはできない。
附　則
（施行期日）
１
この政令は、公布の日から施行する。
（被災事業用資産損失の必要経費算入特例の適用に係る法附則第二項の更正の請求があった場合の純損失の繰戻しによる還付の請求の特例）
２
令和五年分の所得税について法第四条第一項から第三項までの規定の適用を受けるため法附則第二項の規定により国税通則法第二十三条第一項の更正の請求をする者の同年において生ずる所得税法第二条第一項第二十五号に規定する純損失の金額（同法第百四十二条第二項の規定により還付を受けるべき金額の計算の基礎となったものが含まれているものに限る。）については、第六条の規定にかかわらず、同法第百四十条第一項中「生じた純損失の金額」とあるのは「生じた純損失の金額（第百四十二条第二項（純損失の繰戻しによる還付の手続等）の規定により還付を受けるべき金額の計算の基礎となつたもの（以下この条において「還付済み純損失金額」という。）を除く。以下この条において同じ。）」と、「当該申告書」とあるのは「令和六年能登半島地震災害の被災者に係る所得税法及び災害被害者に対する租税の減免、徴収猶予等に関する法律の臨時特例に関する法律第四条第五項（被災事業用資産の損失の必要経費算入に関する特例等）に規定する更正請求書」と、同項第一号中「課税山林所得金額」とあるのは「課税山林所得金額（これらの金額につき還付済み純損失金額がある場合には、当該還付済み純損失金額を控除した金額。以下この条において同じ。）」と、「を適用して」とあるのは「に準じて」と、同条第二項中「所得税の額（」とあるのは「所得税の額（還付済み純損失金額に係る第百四十二条第二項の規定により還付された金額を控除した金額とし、」と、「同項の」とあるのは「前項の」として、同条及び同法第百四十二条の規定を適用する。
３
前項の規定の適用がある場合における所得税法施行令第二百七十一条の規定の適用については、同条第一項中「純損失の金額の全部」とあるのは「純損失の金額（法第百四十二条第二項（純損失の繰戻しによる還付の手続等）の規定により還付を受けるべき金額の計算の基礎となつたもの（以下この項において「還付済み純損失金額」という。）を除く。以下この条において同じ。）の全部」と、「及び課税山林所得金額」とあるのは「及び課税山林所得金額（これらの金額につき還付済み純損失金額がある場合には、当該還付済み純損失金額を控除した金額。以下この項において同じ。）」とする。