前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。
（譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）
第十四条
農林水産大臣は、機構が通則法第四十六条の二第二項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）
第十五条
農林水産大臣は、機構が業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されていないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（財務諸表）
第十六条
機構に係る通則法第三十八条第一項の主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に定める行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書並びに連結貸借対照表、連結損益計算書、連結純資産変動計算書、連結キャッシュ・フロー計算書及び連結附属明細書とする。
（事業報告書の作成）
第十七条
機構に係る通則法第三十八条第二項の規定による事業報告書の作成については、この条の定めるところによる。
２
事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一
機構の目的及び業務内容
二
国の政策における機構の位置付け及び役割
三
中期目標の概要
四
理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五
中期計画及び年度計画の概要
六
持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七
業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八
業績の適正な評価に資する情報
九
業務の成果及び当該業務に要した資源
十
予算及び決算の概要
十一
財務諸表（通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表をいう。以下同じ。）の要約
十二
財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三
内部統制の運用状況
十四
機構に関する基礎的な情報
（財務諸表等の閲覧期間）
第十八条
機構に係る通則法第三十八条第三項の主務省令で定める期間は、五年とする。
（通則法第三十八条第四項の主務省令で定める書類）
第十九条
機構に係る通則法第三十八条第四項の主務省令で定める書類は、連結貸借対照表、連結損益計算書、連結純資産変動計算書、連結キャッシュ・フロー計算書及び連結附属明細書とする。
（会計監査報告の作成）
第二十条
機構に係る通則法第三十九条第一項の規定による会計監査報告の作成については、この条の定めるところによる。
２
会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。
ただし、会計監査人が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。
一
機構の役員（監事を除く。）及び職員
二
機構の子法人の取締役、会計参与、執行役、業務を執行する社員、会社法第五百九十八条第一項の職務を行うべき者その他これらの者に相当する者及び使用人
三
その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３
会計監査人は、財務諸表並びに事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。
一
会計監査人の監査の方法及びその内容
二
財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項
イ
無限定適正意見
監査の対象となった財務諸表が独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨
ロ
除外事項を付した限定付適正意見
監査の対象となった財務諸表が除外事項を除き独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨及び除外事項
ハ
不適正意見
監査の対象となった財務諸表が不適正である旨及びその理由
三
前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四
第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五
追記情報
六
前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七
会計監査報告を作成した日
４
前項第五号に掲げる追記情報とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項をいう。
一
会計方針の変更
二
重要な偶発事象
三
重要な後発事象
（短期借入金の認可の申請）
第二十一条
機構は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次の事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一
借入れを必要とする理由
二
借入金の額
三
借入先
四
借入金の利率
五
借入金の償還の方法及び期限
六
利息の支払いの方法及び期限
七
その他必要な事項
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産）
第二十二条
機構に係る通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産は、土地及び建物とする。
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）
第二十三条
機構は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一
処分等に係る財産の内容及び評価額
二
処分等の条件
三
処分等の方法
四
機構の業務運営上支障がない旨及びその理由
（積立金の処分に係る承認申請書の添付書類）
第二十四条
機構に係る独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令第二十一条第二項の農林水産省令で定める書類は、同条第一項に規定する期間最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表及び当該事業年度の損益計算書とする。
（内部組織）
第二十五条
機構に係る通則法第五十条の六第一号の主務省令で定める内部組織は、現に存する理事長の直近下位の内部組織として農林水産大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２
直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として農林水産大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。
（管理又は監督の地位）
第二十六条
機構に係る通則法第五十条の六第二号の主務省令で定める管理又は監督の地位は、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして農林水産大臣が定めるものとする。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成十五年十月一日から施行する。
ただし、附則第五条及び第六条の規定は、公布の日から施行する。
（砂糖生産振興資金）
第二条
機構は、当分の間、機構法附則第六条第二項の規定により読み替えて適用される機構法第十二条第三号の業務に係る勘定に、砂糖生産振興資金を置くものとする。
２
砂糖生産振興資金の運用によって生じた利子その他当該資金の運用又は使用に伴い生ずる収入は、砂糖生産振興資金に充てるものとする。
３
砂糖生産振興資金は、通則法第四十六条の二の規定により国庫に納付する場合及び通則法第四十七条の規定により運用する場合のほか、機構法第十二条第三号の業務に係る勘定において前事業年度から繰り越された損失がある場合にその補てんに充てる場合に限り、使用することができる。
（債務保証勘定に係る読替え）
第三条
機構法附則第七条第一項の規定により機構が同項に規定する業務を行う場合には、第十条第三項中「機構法第十二条」とあるのは「機構法第十二条及び機構法附則第七条第二項」とする。
（野菜供給安定基金の財務及び会計に関する省令等の廃止）
第四条
次に掲げる省令は、廃止する。
一
野菜供給安定基金の財務及び会計に関する省令（昭和五十一年農林省令第四十二号）
二
農畜産業振興事業団の財務及び会計に関する省令（平成八年農林水産省令第四十八号）
（経過措置）
第五条
機構法附則第三条第一項の規定により機構が農畜産業振興事業団（以下「事業団」という。）の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、機構法附則第九条の規定による廃止前の農畜産業振興事業団法（平成八年法律第五十三号。以下「旧事業団法」という。）第三十八条第一項の資金として管理されている金額は、第十条第一項の畜産業振興資金として管理するものとする。
２
機構法附則第三条第一項の規定により機構が事業団の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、旧事業団法第三十九条第一項の蚕糸業振興資金として管理されている金額は、第十二条第一項の蚕糸業振興資金として管理するものとする。
３
機構法附則第三条第一項の規定により機構が事業団の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、旧事業団法附則第十三条第一項の砂糖生産振興資金として管理されている金額は、附則第二条第一項の砂糖生産振興資金として管理するものとする。
４
機構法附則第四条第一項の規定により機構が野菜供給安定基金の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、機構法附則第十一条の規定による改正前の野菜生産出荷安定法第十九条の資金として管理されている金額は、第十一条第一項の野菜生産出荷安定資金として管理するものとする。
第六条
機構の設立の際機構法附則第三条第六項の規定により政府から出資があったものとされる資産のうち旧事業団法第三十一条第一項第四号の業務に係る勘定に属する償却資産については、第十三条第一項の指定を受けたものとみなして、同条第二項の規定を適用する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成十九年四月一日から施行する。
ただし、第一条の規定は、平成十八年十月一日から施行する。
附　則
この省令は、平成十九年四月一日から施行する。
ただし、第二条の規定は、公布の日から施行する。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
この省令は、公布の日から施行し、改正後の独立行政法人農畜産業振興機構法施行規則第二条並びに独立行政法人農畜産業振興機構の業務運営並びに財務及び会計に関する省令第一条第二号及び第四号並びに第十条第二項及び第四項の規定は、平成二十二年度の事業年度から適用する。
附　則
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。
附　則
この省令は、平成二十三年四月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
１
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成二十七年四月一日から施行する。
（業務実績等報告書に関する経過措置）
第二条
独立行政法人通則法の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）附則第八条第一項の規定により改正法による改正前の独立行政法人通則法第二十九条第一項の中期目標が改正法による改正後の独立行政法人通則法第二十九条第一項の中期目標とみなされる場合におけるこの省令による改正後の独立行政法人農畜産業振興機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令（次条において「新省令」という。）第八条第一項の規定の適用については、同項の表中「通則法第二十九条第二項第二号に」とあるのは「独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（次号において「旧法」という。）第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第二十九条第二項第二号から第五号」とあるのは「旧法第二十九条第二項第二号から第五号」とする。
（事業報告書の作成に関する経過措置）
第三条
新省令第十七条第三項の規定は、この省令の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成二十八年四月一日から施行する。
（野菜農業振興資金の廃止に伴う経過措置）
第二条
独立行政法人農畜産業振興機構は、この省令の施行の日において、この省令による改正前の独立行政法人農畜産業振興機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令第十二条第一項の野菜農業振興資金を廃止するものとし、その廃止の際当該野菜農業振興資金に属する資産及び負債については、この省令による改正後の独立行政法人農畜産業振興機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令第十二条第一項の野菜生産出荷安定資金に帰属させるものとする。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、環太平洋パートナーシップ協定の締結及び環太平洋パートナーシップに関する包括的及び先進的な協定の締結に伴う関係法律の整備に関する法律（平成二十八年法律第百八号）の施行の日から施行する。
附　則
（施行期日）
１
この省令は、環太平洋パートナーシップに関する包括的及び先進的な協定が日本国について効力を生ずる日から施行する。
ただし、附則第二項の規定は、環太平洋パートナーシップ協定が日本について効力を生ずる日の前日から施行する。
（調整規定）
２
環太平洋パートナーシップ協定が日本国について効力を生ずる日が環太平洋パートナーシップに関する包括的及び先進的な協定が日本国について効力を生ずる日前となる場合には、第一条のうち砂糖及びでん粉の価格調整に関する法律施行規則第二条の改正規定及び附則第一項中「環太平洋パートナーシップに関する包括的及び先進的な協定」とあるのは、「環太平洋パートナーシップ協定」とする。
附　則
１
この省令は、平成三十年四月一日から施行する。
附　則
この省令は、平成三十年三月三十一日から施行する。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成三十一年四月一日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条
この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、平成三十一年四月一日以後に始まる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書から適用し、平成三十一年三月三十一日に終わる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。
一から七まで
略
八
独立行政法人農畜産業振興機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令第十六条及び第十七条第二項
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。