厚生労働大臣は、六年間において機構が達成すべき業務運営に関する目標（以下「中期目標」という。）を定め、これを機構に指示するとともに、公表しなければならない。
これを変更したときも、同様とする。
２
中期目標においては、次に掲げる事項について具体的に定めるものとする。
一
国民の生活及び健康に重大な影響を与えるおそれがある感染症の発生及びまん延に備えるための体制整備に関する事項
二
研究開発の成果の最大化その他の業務の質の向上に関する事項
三
業務運営の効率化に関する事項
四
財務内容の改善に関する事項
五
その他業務運営に関する重要事項
３
厚生労働大臣は、中期目標を定め、又はこれを変更しようとするときは、あらかじめ、健康・医療戦略推進本部及び独立行政法人通則法第十二条に規定する独立行政法人評価制度委員会（以下「独立行政法人評価制度委員会」という。）の意見を聴かなければならない。
４
厚生労働大臣は、前項の規定により中期目標に係る意見を聴こうとするときは、機構の研究開発の事務及び事業（軽微なものとして政令で定めるものを除く。第三十条第六項及び第三十二条第二項において同じ。）に関する事項について、あらかじめ、国家行政組織法（昭和二十三年法律第百二十号）第八条の規定に基づき厚生労働省に置かれる合議制の機関で政令で定めるもの（以下「研究開発審議会」という。）の意見を聴かなければならない。
５
厚生労働大臣は、公衆衛生その他の分野の研究開発に関して高い識見を有する外国人（日本の国籍を有しない者をいう。次項において同じ。）を研究開発審議会の委員に任命することができる。
６
前項の場合において、外国人である研究開発審議会の委員は、研究開発審議会の会務を総理し、研究開発審議会を代表する者となることはできず、当該委員の数は、研究開発審議会の委員の総数の五分の一を超えてはならない。
７
健康・医療戦略推進本部及び独立行政法人評価制度委員会は、第三項の規定により厚生労働大臣に意見を述べたときは、その内容を公表しなければならない。
（中期計画）
第二十八条
機構は、前条第一項の指示を受けたときは、中期目標に基づき、厚生労働省令で定めるところにより、当該中期目標を達成するための計画（以下「中期計画」という。）を作成し、厚生労働大臣の認可を受けなければならない。
これを変更しようとするときも、同様とする。
２
中期計画においては、次に掲げる事項を定めるものとする。
一
国民の生活及び健康に重大な影響を与えるおそれがある感染症の発生及びまん延に備えるための体制整備に関する措置
二
研究開発の成果の最大化その他の業務の質の向上に関する目標を達成するためとるべき措置
三
業務運営の効率化に関する目標を達成するためとるべき措置
四
予算（人件費の見積りを含む。）、収支計画及び資金計画
五
短期借入金の限度額
六
不要財産又は不要財産となることが見込まれる財産がある場合には、当該財産の処分に関する計画
七
前号に規定する財産以外の重要な財産を譲渡し、又は担保に供しようとするときは、その計画
八
剰余金の使途
九
その他厚生労働省令で定める業務運営に関する事項
３
厚生労働大臣は、第一項の認可をした中期計画が前条第二項各号に掲げる事項の適正かつ確実な実施上不適当となったと認めるときは、その中期計画を変更すべきことを命ずることができる。
４
機構は、第一項の認可を受けたときは、遅滞なく、その中期計画を公表しなければならない。
（年度計画）
第二十九条
機構は、毎事業年度の開始前に、前条第一項の認可を受けた中期計画に基づき、厚生労働省令で定めるところにより、その事業年度の業務運営に関する計画（第三十一条において「年度計画」という。）を定め、これを厚生労働大臣に届け出るとともに、公表しなければならない。
これを変更したときも、同様とする。
（各事業年度に係る業務の実績等に関する評価等）
第三十条
機構は、毎事業年度の終了後、当該事業年度が次の各号に掲げる事業年度のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める事項について、厚生労働大臣の評価を受けなければならない。
一
次号及び第三号に掲げる事業年度以外の事業年度
当該事業年度における業務の実績
二
中期目標の期間の最後の事業年度の直前の事業年度
当該事業年度における業務の実績及び中期目標の期間の終了時に見込まれる中期目標の期間における業務の実績
三
中期目標の期間の最後の事業年度
当該事業年度における業務の実績及び中期目標の期間における業務の実績
２
機構は、前項の規定による評価のほか、中期目標の期間の初日以後最初に任命される理事長の任期が第十二条第一項ただし書の規定により定められた場合又は附則第二条第三項の規定によりその成立の時において任命されたものとされる理事長の任期が同条第四項の規定により定められた場合には、それらの理事長（以下この項において「最初の理事長」という。）の任期（補欠の理事長の任期を含む。）の末日を含む事業年度の終了後、当該最初の理事長の任命の日を含む事業年度から当該末日を含む事業年度の事業年度末までの期間における業務の実績について、厚生労働大臣の評価を受けなければならない。
３
機構は、第一項の評価を受けようとするときは、厚生労働省令で定めるところにより、各事業年度の終了後三月以内に、同項第一号、第二号又は第三号に定める事項及び当該事項について自ら評価を行った結果を明らかにした報告書を厚生労働大臣に提出するとともに、公表しなければならない。
４
機構は、第二項の評価を受けようとするときは、厚生労働省令で定めるところにより、同項に規定する末日を含む事業年度の終了後三月以内に、同項に規定する業務の実績及び当該業務の実績について自ら評価を行った結果を明らかにした報告書を厚生労働大臣に提出するとともに、公表しなければならない。
５
第一項又は第二項の評価は、第一項第一号、第二号若しくは第三号に定める事項又は第二項に規定する業務の実績について総合的な評定を付して、行わなければならない。
この場合において、第一項各号に規定する当該事業年度における業務の実績に関する評価は、当該事業年度における中期計画の実施状況の調査及び分析を行い、その結果を考慮して行わなければならない。
６
厚生労働大臣は、第一項又は第二項の評価を行おうとするときは、機構の研究開発の事務及び事業に関する事項について、あらかじめ、研究開発審議会の意見を聴かなければならない。
７
厚生労働大臣は、第一項又は第二項の評価を行ったときは、遅滞なく、機構に対して、その評価の結果を通知するとともに、公表しなければならない。
この場合において、第一項第二号に規定する中期目標の期間の終了時に見込まれる中期目標の期間における業務の実績に関する評価を行ったときは、健康・医療戦略推進本部及び独立行政法人評価制度委員会に対しても、遅滞なく、その評価の結果を通知しなければならない。
８
健康・医療戦略推進本部及び独立行政法人評価制度委員会は、前項の規定により通知された評価の結果について、必要があると認めるときは、厚生労働大臣に意見を述べるとともに、その内容を公表しなければならない。
９
厚生労働大臣は、第一項又は第二項の評価の結果に基づき必要があると認めるときは、機構に対し、業務運営の改善その他の必要な措置を講ずることを命ずることができる。
（評価結果の取扱い等）
第三十一条
機構は、前条第一項又は第二項の評価の結果を、中期計画及び年度計画並びに業務運営の改善に適切に反映させるとともに、毎年度、評価結果の反映状況を公表しなければならない。
（中期目標の期間の終了時の検討）
第三十二条
厚生労働大臣は、第三十条第一項第二号に規定する中期目標の期間の終了時に見込まれる中期目標の期間における業務の実績に関する評価を行ったときは、中期目標の期間の終了時までに、機構の業務における個々の事務又は事業の継続の必要性、組織の在り方その他その業務及び組織の全般にわたる検討を行い、その結果に基づき、所要の措置を講ずるものとする。
２
厚生労働大臣は、前項の規定による検討を行うに当たっては、機構の研究開発の事務及び事業に関する事項について、研究開発審議会の意見を聴かなければならない。
３
厚生労働大臣は、第一項の検討の結果及び同項の規定により講ずる措置の内容を健康・医療戦略推進本部及び独立行政法人評価制度委員会に通知するとともに、公表しなければならない。
４
健康・医療戦略推進本部及び独立行政法人評価制度委員会は、前項の規定により通知された事項について、必要があると認めるときは、厚生労働大臣に意見を述べるとともに、その内容を公表しなければならない。
５
前項の場合において、独立行政法人評価制度委員会は、機構の主要な事務及び事業の改廃に関し、厚生労働大臣に勧告をすることができる。
６
独立行政法人評価制度委員会は、前項の勧告をしたときは、当該勧告の内容を内閣総理大臣に報告するとともに、公表しなければならない。
７
独立行政法人評価制度委員会は、第五項の勧告をしたときは、厚生労働大臣に対し、その勧告に基づいて講じた措置及び講じようとする措置について報告を求めることができる。
第五章　財務及び会計
（財務諸表等）
第三十三条
機構は、毎事業年度、貸借対照表、損益計算書、利益の処分又は損失の処理に関する書類その他厚生労働省令で定める書類及びこれらの附属明細書（以下この条及び第五十条第一項第八号において「財務諸表」という。）を作成し、当該事業年度の終了後三月以内に厚生労働大臣に提出し、その承認を受けなければならない。
２