第二条第一号又は第二号に掲げる感染症の患者を隔離し、又は検疫官をして隔離させること。
二
第二条第一号又は第二号に掲げる感染症の病原体に感染したおそれのある者を停留し、又は検疫官をして停留させること（外国に当該各号に掲げる感染症が発生し、その病原体が国内に侵入し、国民の生命及び健康に重大な影響を与えるおそれがあると認めるときに限る。）。
三
第二条第二号に掲げる感染症の患者又は当該感染症の病原体に感染したおそれのある者に対し、当該感染症の感染の防止に必要な報告又は協力を求めること。
四
第二条第二号に掲げる感染症の病原体に感染したおそれのある者に対し、当該感染症の感染の防止に必要な指示をすること。
五
検疫感染症の病原体に汚染し、若しくは汚染したおそれのある物若しくは場所を消毒し、若しくは検疫官をして消毒させ、又はこれらの物であつて消毒により難いものの廃棄を命ずること。
六
墓地、埋葬等に関する法律（昭和二十三年法律第四十八号）の定めるところに従い、検疫感染症の病原体に汚染し、又は汚染したおそれのある死体（死胎を含む。）の火葬を行うこと。
七
検疫感染症の病原体に汚染し、若しくは汚染したおそれのある物若しくは場所の使用を禁止し、若しくは制限し、又はこれらの物の移動を禁止すること。
八
検疫官その他適当と認める者をして、ねずみ族又は虫類の駆除を行わせること。
九
必要と認める者に対して予防接種を行い、又は検疫官をしてこれを行わせること。
２
検疫所長は、前項第一号から第五号まで又は第八号に掲げる措置をとる必要がある場合において、当該検疫所の設備の不足等のため、これに応ずることができないと認めるときは、当該船舶等の長に対し、その理由を示して他の検疫港又は検疫飛行場に回航すべき旨を指示することができる。
（隔離）
第十五条
前条第一項第一号に規定する隔離は、次の各号に掲げる感染症ごとに、それぞれ当該各号に掲げる医療機関に入院を委託して行う。
ただし、緊急その他やむを得ない理由があるときは、当該各号に掲げる医療機関以外の病院又は診療所であつて検疫所長が適当と認めるものにその入院を委託して行うことができる。
一
第二条第一号に掲げる感染症
特定感染症指定医療機関（感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律に規定する特定感染症指定医療機関をいう。以下同じ。）又は第一種感染症指定医療機関（同法に規定する第一種感染症指定医療機関をいう。以下同じ。）
二
第二条第二号に掲げる感染症
特定感染症指定医療機関、第一種感染症指定医療機関、第二種感染症指定医療機関（感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律に規定する第二種感染症指定医療機関をいう。以下同じ。）又は第一種協定指定医療機関（同法に規定する第一種協定指定医療機関をいう。以下同じ。）
２
検疫所長は、前項の措置に係る者を当該措置に係る病院若しくは診療所に移送し、又は検疫官をしてこれを行わせることができる。
３
検疫所長は、第一項の措置をとつた場合において、第二条第一号又は第二号に掲げる感染症の患者について、当該感染症の病原体を保有していないことが確認されたときは、直ちに、当該隔離されている者の隔離を解かなければならない。
４
第一項の委託を受けた病院又は診療所の管理者は、前条第一項第一号の規定により隔離されている第二条第一号又は第二号に掲げる感染症の患者について、当該感染症の病原体を保有していないことを確認したときは、検疫所長にその旨を通知しなければならない。
５
前条第一項第一号の規定により隔離されている者又はその保護者（親権を行う者又は後見人をいう。以下同じ。）は、検疫所長に対し、当該隔離されている者の隔離を解くことを求めることができる。
６
検疫所長は、前項の規定による求めがあつたときは、当該隔離されている第二条第一号又は第二号に掲げる感染症の患者について、当該感染症の病原体を保有しているかどうかの確認をしなければならない。
（停留）
第十六条
第十四条第一項第二号に規定する停留は、第二条第一号に掲げる感染症の病原体に感染したおそれのある者については、期間を定めて、特定感染症指定医療機関又は第一種感染症指定医療機関に入院を委託して行う。
ただし、緊急その他やむを得ない理由があるときは、特定感染症指定医療機関及び第一種感染症指定医療機関以外の病院若しくは診療所であつて検疫所長が適当と認めるものにその入院を委託し、又は船舶の長の同意を得て、船舶内に収容して行うことができる。
２
第十四条第一項第二号に規定する停留は、第二条第二号に掲げる感染症の病原体に感染したおそれのある者については、期間を定めて、特定感染症指定医療機関、第一種感染症指定医療機関、第二種感染症指定医療機関若しくは第一種協定指定医療機関若しくはこれら以外の病院若しくは診療所であつて検疫所長が適当と認めるものに入院を委託し、又は宿泊施設（感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律第四十四条の三第二項に規定する宿泊施設をいう。以下同じ。）の管理者の同意を得て宿泊施設内に収容し、若しくは船舶の長の同意を得て船舶内に収容して行うことができる。
３
前二項の期間は、第二条第一号に掲げる感染症のうちペストについては百四十四時間を超えてはならず、ペスト以外の同号又は同条第二号に掲げる感染症については五百四時間を超えない期間であつて当該感染症ごとにそれぞれの潜伏期間を考慮して政令で定める期間を超えてはならない。
４
検疫所長は、第一項の措置に係る者を当該措置に係る病院若しくは診療所に移送し、若しくは第二項の措置に係る者を当該措置に係る病院若しくは診療所若しくは宿泊施設に移送し、又は検疫官をしてこれらを行わせることができる。
５
検疫所長は、第一項又は第二項の措置をとつた場合において、当該停留されている者について、当該停留に係る感染症の病原体を保有していないことが確認されたときは、直ちに、当該停留されている者の停留を解かなければならない。
６
第一項又は第二項の委託を受けた病院又は診療所の管理者は、第十四条第一項第二号の規定により停留されている者について、当該停留に係る感染症の病原体を保有していないことを確認したときは、検疫所長にその旨を通知しなければならない。
７
第十四条第一項第二号の規定により停留されている者又はその保護者は、検疫所長に対し、当該停留されている者の停留を解くことを求めることができる。
８
検疫所長は、前項の規定による求めがあつたときは、当該停留されている者について、当該停留に係る感染症の病原体を保有しているかどうかの確認をしなければならない。
（感染を防止するための報告又は協力）
第十六条の二
第十四条第一項第三号の規定による求めは、第二条第二号に掲げる感染症の患者については、厚生労働省令で定めるところにより、当該感染症の病原体を保有していないことが確認されるまでの間、当該者の体温その他の健康状態について報告を求め、又は宿泊施設から外出しないことその他の当該感染症の感染の防止に必要な協力を求めることにより行う。
２
第十四条第一項第三号の規定による求めは、第二条第二号に掲げる感染症の病原体に感染したおそれのある者については、厚生労働省令で定めるところにより、当該感染症の潜伏期間を考慮して定めた期間内において、当該者の居宅若しくはこれに相当する場所（第六項及び次条において「居宅等」という。）又は宿泊施設から外出しないことその他の当該感染症の感染の防止に必要な協力を求めることにより行う。
３
第一項の規定により報告を求められた者は、正当な理由がある場合を除き、これに応じなければならず、前二項の規定により協力を求められた者は、これに応ずるよう努めなければならない。
４
第一項の規定による協力の求めに応じない患者に対する第十五条第一項及び第二項の規定の適用については、同条第一項中「委託して行う。」とあるのは「委託し、又は宿泊施設（感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律第四十四条の三第二項に規定する宿泊施設をいう。第二号及び次項において同じ。）の管理者の同意を得て当該宿泊施設内に収容して行う。」と、同項第二号中「又は」とあるのは「若しくは」と、「第一種協定指定医療機関をいう。以下同じ。）」とあるのは「第一種協定指定医療機関をいう。以下同じ。）又は宿泊施設」と、同条第二項中「診療所」とあるのは「診療所若しくは宿泊施設」とする。
５
検疫所長は、第二項の規定により協力を求めた者の関係者に対し、質問若しくは調査を行い、又は検疫官をしてこれらを行わせることができる。
６
検疫所長は、第二項の規定により居宅等から外出しないことの協力を求めた者に対し、居宅等から外出していないかどうかについて報告を求めることができる。
（指示）
第十六条の三
第十四条第一項第四号の規定による指示は、前条第二項の規定により居宅等から外出しないことの協力を求めた者であつて、正当な理由なく当該協力の求めに応じないもの又は同条第六項の規定による報告の求めに応じないものに対し、厚生労働省令で定めるところにより、居宅等から外出しないことを指示することにより行う。
２
検疫所長は、前項の規定による指示をした者に対し、居宅等から外出していないかどうかについて報告を求めることができる。
（審査請求の特例）
第十六条の四
第十四条第一項第一号の規定により隔離されている者であつて当該隔離の期間が三十日を超えるもの又はその保護者は、当該隔離について文書又は口頭により、厚生労働大臣に審査請求をすることができる。
２
厚生労働大臣は、前項の審査請求があつたときは、当該審査請求があつた日から起算して五日以内に、当該審査請求に対する裁決をしなければならない。