附則第六条の規定により厚生労働省の職員が機構の職員となる場合には、その者に対しては、国家公務員退職手当法（昭和二十八年法律第百八十二号）に基づく退職手当は、支給しない。
２
機構は、前項の規定の適用を受けた機構の職員の退職に際し、退職手当を支給しようとするときは、その者の国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員（同条第二項の規定により職員とみなされる者を含む。）としての引き続いた在職期間を機構の職員としての在職期間とみなして取り扱うべきものとする。
３
機構の成立の日の前日に厚生労働省の職員として在職する者が、附則第六条の規定により引き続いて機構の職員となり、かつ、引き続き機構の職員として在職した後引き続いて国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員となった場合におけるその者の同法に基づいて支給する退職手当の算定の基礎となる勤続期間の計算については、その者の機構の職員としての在職期間を同項に規定する職員としての引き続いた在職期間とみなす。
ただし、その者が機構を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。
４
機構は、機構の成立の日の前日に厚生労働省の職員として在職し、附則第六条の規定により引き続いて機構の職員となった者のうち機構の成立の日から雇用保険法（昭和四十九年法律第百十六号）による失業等給付の受給資格を取得するまでの間に機構を退職したものであって、その退職した日まで厚生労働省の職員として在職したものとしたならば国家公務員退職手当法第十条の規定による退職手当の支給を受けることができるものに対しては、同条の規定の例により算定した退職手当の額に相当する額を退職手当として支給するものとする。
第九条
附則第六条の規定により機構の職員となった者であって、機構の成立の日の前日において厚生労働大臣又はその委任を受けた者から児童手当法（昭和四十六年法律第七十三号）第七条第一項の規定による認定を受けているものが、機構の成立の日において児童手当の支給要件に該当するときは、その者に対する児童手当の支給に関しては、機構の成立の日において同項の規定による市町村長（特別区の区長を含む。）の認定があったものとみなす。
この場合において、その認定があったものとみなされた児童手当の支給は、同法第八条第二項の規定にかかわらず、機構の成立の日の前日の属する月の翌月から始める。
（厚生労働省の機関で政令で定めるものの職員から引き続き機構の役職員となった者についての国家公務員共済組合法の適用に関する経過措置）
第十条
施行日の前日に附則第六条の政令で定める厚生労働省の機関の職員として在職する者（同日において国家公務員共済組合法（昭和三十三年法律第百二十八号）第三条第一項の規定により厚生労働省に属する同法第二条第一項第一号に規定する職員をもって組織された国家公務員共済組合（以下この項及び第三項において「厚生労働省共済組合」という。）の組合員であるものに限る。）が施行日において引き続いて機構の役員又は職員（同法第百二十四条の三の規定により同号に規定する職員とみなされるものに相当するものに限る。以下この条において「役職員」という。）となる場合であって、かつ、引き続き施行日以後において機構の役職員である場合には、同法の規定の適用については、当該役職員は、施行日から起算して二十日を経過する日（正当な理由があると厚生労働省共済組合が認めた場合には、その認めた日）までに厚生労働省共済組合に申出をしたときは、施行日以後引き続く当該役職員である期間厚生労働省共済組合を組織する同号に規定する職員に該当するものとする。
２
前項に規定する機構の役職員が同項に規定する期限内に同項の申出を行うことなく死亡した場合には、その申出は、当該期限内に当該役職員の遺族（国家公務員共済組合法第二条第一項第三号に規定する遺族に相当する者に限る。次項において同じ。）がすることができる。
３
施行日の前日において附則第六条の政令で定める厚生労働省の機関の職員として在職する者（同日において厚生労働省共済組合の組合員であるものに限る。）が施行日において引き続いて機構の役職員となる場合であって、かつ、当該役職員又はその遺族が第一項に規定する期限内に同項の申出を行わなかった場合には、当該役職員は、国家公務員共済組合法の適用については、施行日の前日に同法第二条第一項第四号に規定する退職をしたものとみなす。
（機構の職員となる者の職員団体についての経過措置）
第十一条
機構の成立の際現に存する国家公務員法第百八条の二第一項に規定する職員団体であって、その構成員の過半数が附則第六条の規定により機構に引き継がれる者であるものは、機構の成立の際労働組合法（昭和二十四年法律第百七十四号）の適用を受ける労働組合となるものとする。
この場合において、当該職員団体が法人であるときは、法人である労働組合となるものとする。
２
前項の規定により法人である労働組合となったものは、機構の成立の日から起算して六十日を経過する日までに、労働組合法第二条及び第五条第二項の規定に適合する旨の労働委員会の証明を受け、かつ、その主たる事務所の所在地において登記しなければ、その日の経過により解散するものとする。
３
第一項の規定により労働組合となったものについては、機構の成立の日から起算して六十日を経過する日までは、労働組合法第二条ただし書（第一号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
（権利義務の承継等）
第十二条
機構の成立の際、第二十三条第一項に規定する業務に関し、現に国が有する権利及び義務のうち政令で定めるものは、機構の成立の時において機構が承継する。
２
前項の規定により機構が国の有する権利及び義務を承継したときは、機構に承継される権利に係る資産で政令で定めるものの価額の合計額から、承継される義務に係る負債で政令で定めるものの価額の合計額を差し引いた額に相当する金額は、政令で定めるところにより、政府から機構に対し出資されたものとする。
３
前項の資産の価額は、機構の成立の日現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。
４
前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。
（特定一種病原体等所持者に係る権利義務の承継等）
第十三条
施行日の前日において附則第六条の政令で定める厚生労働省の機関であって感染症法第五十六条の三第二項の規定による特定一種病原体等所持者の指定を受けているもの（以下この条において「指定機関」という。）があるときは、機構は、その成立の時において同項の規定による特定一種病原体等所持者の指定を受けたものとみなす。
この場合において、当該指定機関が所持していた特定一種病原体等（感染症法第五十六条の三第一項第一号に規定する特定一種病原体等をいう。次項において同じ。）は、感染症法第五十六条の五の規定にかかわらず、機構の成立の時において機構が譲り受けるものとする。
２
前項の場合において、機構は、この法律の施行前に国の責任において指定機関が行ってきた特定一種病原体等に係る試験研究について、その社会的必要性及び重要性に鑑み、国の監督指導の下で試験研究を実施するものとする。
（国有財産の無償使用）
第十四条
国は、機構の成立の際現に附則第六条の政令で定める厚生労働省の機関に使用されている国有財産及び当該機関に属する者の住居の用に供されている国有財産であって政令で定めるものを、政令で定めるところにより、機構の用に供するため、機構に無償で使用させることができる。
（国の利害に関係のある訴訟についての法務大臣の権限等に関する法律に関する経過措置）
第十五条
機構の成立の際現に係属している附則第六条の政令で定める厚生労働省の機関の所掌事務に関する訴訟事件又は非訟事件であって機構が受け継ぐものについては、政令で定めるところにより、機構を国の利害に関係のある訴訟についての法務大臣の権限等に関する法律（昭和二十二年法律第百九十四号）に規定する国又は行政庁とみなし、同法を適用する。
（国立国際医療研究センターの解散等）
第十六条
国立研究開発法人国立国際医療研究センター（以下「国立国際医療研究センター」という。）は、この法律の施行の時において解散するものとし、次項の規定により国が承継する資産を除き、その一切の権利及び義務は、その時において機構が承継する。
２
この法律の施行の際現に国立国際医療研究センターが有する権利のうち、機構がその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、この法律の施行の時において国が承継する。
３
前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。
４
国立国際医療研究センターの解散の日の前日を含む事業年度（同日が三月三十一日である場合の当該事業年度を除く。）は、独立行政法人通則法第三十六条第一項の規定にかかわらず、国立国際医療研究センターの解散の日の前日に終わるものとする。
５
国立国際医療研究センターの解散の日の前日を含む中長期目標の期間（独立行政法人通則法第三十五条の四第二項第一号に規定する中長期目標の期間をいう。以下この条において同じ。）は、同日に終わるものとする。
６
国立国際医療研究センターの解散の日の前日を含む事業年度及び中長期目標の期間における業務の実績に関する評価については、独立行政法人通則法第三十五条の六第一項、第三項及び第五項から第九項までの規定を適用する。