（船舶運航事業の許可で課税しないものの範囲）
第二十二条
法別表第一第百三十三号（一）に規定する政令で定める許可は、次に掲げる許可とする。
一
海上運送法（昭和二十四年法律第百八十七号）第三条第一項（一般旅客定期航路事業の許可）の許可を受けている者が当該許可に係る航路に接続して航路を延長するために受ける同項の許可で、当該延長する航路の長さが三十キロメートル未満であるもの
二
海上運送法第三条第一項の許可を受けている者が当該許可に係る航路を変更するために受ける同項の許可で、当該航路に係る起点若しくは終点又は寄港地を変更するもの（当該変更することにより航路の長さが二十キロメートル以上増加することとなるものを除く。）
２
法別表第一第百三十三号（二）に規定する政令で定める許可は、次に掲げる許可とする。
一
海上運送法第十九条の三第一項（特定旅客定期航路事業）の許可を受けている者が当該許可に係る航路に接続して航路を延長するために受ける同項の許可で、当該延長する航路の長さが三十キロメートル未満であるもの
二
海上運送法第十九条の三第一項の許可を受けている者が当該許可に係る航路を変更するために受ける同項の許可で、当該航路に係る起点若しくは終点又は寄港地を変更するもの（当該変更することにより航路の長さが二十キロメートル以上増加することとなるものを除く。）
（倉庫の新設の変更登録で課税するものの範囲）
第二十三条
法別表第一第百四十号（二）に規定する政令で定める変更登録は、倉庫業法（昭和三十一年法律第百二十一号）第七条第一項（変更登録等）の変更登録を受ける者の営む倉庫業に使用している倉庫の滅失又はその用途の廃止に伴い倉庫を新設する場合以外の倉庫の新設に係る当該変更登録とする。
（旅行業等の登録又は変更登録で課税するものの範囲）
第二十四条
法別表第一第百四十二号（一）に規定する政令で定めるものは、旅行業法（昭和二十七年法律第二百三十九号）第三条（登録）又は第六条の四第一項（変更登録）の規定による旅行業の登録又は変更登録で、旅行業法施行令（昭和四十六年政令第三百三十八号）第五条第一項（都道府県が処理する事務）の規定により都道府県知事が行うこととされる事務に係るもの以外のものとする。
２
法別表第一第百四十二号（二）に規定する政令で定めるものは、旅行業法第三条の規定による旅行業者代理業の登録で、旅行業法施行令第五条第一項の規定により都道府県知事が行うこととされる事務に係るもの以外のものとする。
３
法別表第一第百四十二号（三）に規定する政令で定めるものは、旅行業法第二十三条（登録）の登録で、旅行業法施行令第五条第二項の規定により都道府県知事が行うこととされる事務に係るもの以外のものとする。
（浄化槽の型式の認定で税率が軽減されるものの範囲）
第二十五条
法別表第一第百四十五号（一）に規定する政令で定める認定は、浄化槽法（昭和五十八年法律第四十三号）第十三条第一項（認定）の規定による型式の認定で、浄化槽法施行令（平成十三年政令第三百十号）第三条第一項第二号（手数料）に規定する重要でない部分のみが異なる型式に係るものとする。
２
法別表第一第百四十五号（二）に規定する政令で定める認定は、浄化槽法第十三条第二項の規定による型式の認定で、浄化槽法施行令第三条第一項第二号に規定する重要でない部分のみが異なる型式に係るものとする。
（抵当権等の設定等の登記等が課税される普通法人の資本金等の額）
第二十六条
法別表第三の一の三の項及び一の四の項に規定する政令で定める金額は、五億円とする。
（職業訓練法人で課税されないものの範囲）
第二十七条
法別表第三の十三の項に規定する職業訓練法人で政令で定めるものは、次に掲げる要件を満たす職業訓練法人とする。
一
職業能力開発促進法（昭和四十四年法律第六十四号）第二条第一項（定義）に規定する求職者に対する職業訓練を行うこと、同法第二十四条第三項（都道府県知事による職業訓練の認定）に規定する認定職業訓練のための施設を他の同法第十三条（認定職業訓練の実施）に規定する事業主等の行う職業訓練のために使用させること又は委託を受けて他の同条に規定する事業主等に係る同法第二条第一項に規定する労働者に対する職業訓練を行うことをその業務の全部又は一部とする職業訓練法人（中小企業団体の組織に関する法律（昭和三十二年法律第百八十五号）第五条（中小企業者の定義）に規定する中小企業者以外の者が社員の三分の一を超える職業訓練法人を除く。）であること。
二
当該職業訓練法人の定款又は寄附行為において、当該職業訓練法人が解散した場合にその残余財産が国、地方公共団体、独立行政法人高齢・障害・求職者雇用支援機構又は他の職業訓練法人に帰属する旨の定めがあるものであること。
第三章　納付及び還付
（現金納付の場合の収納機関の指定）
第二十八条
法務局又は地方法務局の長は、その指定する登記所においてつかさどる登記又は登録に係る登録免許税で法第二十一条又は第二十三条第一項（これらの規定を法第三十五条第四項の規定により読み替えて適用する場合を含む。次項において同じ。）の規定により納付すべきものについて必要があると認める場合には、その収納機関（日本銀行及び国税の収納を行うその代理店をいう。以下この章において同じ。）を指定することができる。
２
前項の登記所において受ける登記又は登録に係る登録免許税で法第二十一条又は第二十三条第一項の規定により国に納付するものは、前項の規定により指定された収納機関に納付しなければならない。
３
法務局又は地方法務局の長は、第一項の指定をしたときは、その旨並びに当該指定に係る収納機関の名称及び所在地を当該登記所に公示しなければならない。
（印紙納付ができる場合）
第二十九条
法第二十二条に規定する政令で定める場合は、次に掲げる場合とする。
一
登記所の近傍に収納機関が存在しないため当該登記所においてつかさどる登記又は登録に係る登録免許税を法第二十一条（法第三十五条第四項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定により納付することが困難であると法務局又は地方法務局の長が認めてその旨を当該登記所に公示した場合
二
登記等につき課されるべき登録免許税の額の三万円未満の端数の部分の登録免許税を納付する場合
三
前二号に掲げる場合のほか、印紙により登録免許税を納付することにつき特別の事情があると登記機関が認めた場合
（免許等の範囲）
第三十条
法第二十四条第一項に規定する政令で定める免許等は、法別表第一第十三号（二）、第三十二号（五）ロ、（六）ロ若しくは（三十）、第三十三号、第五十一号、第五十二号、第五十四号、第五十五号、第五十九号、第六十一号、第六十四号、第六十五号、第六十六号（三）若しくは（四）、第八十五号、第八十七号の二、第九十二号、第九十六号（一）、第九十七号、第九十八号、第九十九号（一）、第百号（四）、第百一号（（九）を除く。）、第百二号（（四）を除く。）、第百三号、第百四号（一）から（十）まで、第百八号から第百十二号まで、第百十七号の二、第百二十号、第百二十一号、第百二十三号から第百二十六号まで、第百二十八号から第百三十五号まで又は第百三十七号から第百四十二号の二までに掲げる登録、特許、免許、許可、認可、認定、指定又は技能証明（同表第十三号（二）に掲げる登録にあつては、特許登録令（昭和三十五年政令第三十九号）第十六条第六号（職権による登録）の規定により特許庁長官が職権でする仮専用実施権の設定の登録に限る。）とする。
（納付受託者の指定要件）
第三十条の二
法第二十四条の四第一項に規定する政令で定める要件は、次に掲げるものとする。
一
納付受託者（法第二十四条の四第一項に規定する納付受託者をいう。次条において同じ。）として納付事務（同項に規定する納付事務をいう。次号において同じ。）を行うことが登録免許税の徴収の確保及び納税者の便益の増進に寄与すると認められること。
二
納付事務を適正かつ確実に遂行するに足りる経理的及び技術的な基礎を有するものとして財務省令で定める基準を満たしていること。
（納付受託者の納付に係る納付期日）
第三十条の三
法第二十四条の五第一項に規定する政令で定める日は、納付受託者が法第二十四条の三第一項の規定による委託を受けた日の翌日から起算して十一取引日（収納機関の休日以外の日をいう。以下この条において同じ。）を経過した最初の取引日までの取引日で当該納付受託者に係る所管省庁の長（法第二十四条の四第一項に規定する所管省庁の長をいう。以下この条において同じ。）が定める日（災害その他やむを得ない理由によりその日までに納付することができないと当該所管省庁の長が認める場合には、その承認する日）とする。
（過誤納金の還付等）
第三十一条
法第三十一条第一項に規定する政令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一
納付した登録免許税の額が過誤納となつた理由が法第三十一条第一項各号に掲げる場合のいずれに該当するかの別及びその該当することとなつた日
二
過誤納となつた登録免許税の納付方法（法第二十一条、第二十三条第一項、第二十四条若しくは第二十六条第二項の規定により納付した登録免許税又は法第二十四条の二第一項に規定する財務省令で定める方法により納付した登録免許税については、その納付した収納機関の名称）
三
法第三十一条第一項の通知をする登記機関の官職及び氏名
四
当該登録免許税に係る登記官署等の名称及びその所在地
五
登記等の申請をした者又は登記等を受けた者の氏名又は名称及びこれらの登記等に係る登録免許税の法第八条第二項の規定による納税地
六