第一項の規定による還付金を同項の地方法人税確定申告書に係る課税事業年度の第六条第一項第一号に定める基準法人税額に対する地方法人税で未納のものに充当する場合には、その還付金の額のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の地方法人税については、延滞税及び利子税を免除するものとする。
４
前二項に定めるもののほか、第一項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（確定申告に係る更正等又は決定による中間納付額の還付）
第二十八条
地方法人税中間申告書を提出した法人のその地方法人税中間申告書に係る課税事業年度の地方法人税につき国税通則法第二十五条の規定による決定があった場合において、その決定に係る第十九条第一項第五号に掲げる金額があるときは、税務署長は、その法人に対し、当該金額に相当する中間納付額を還付する。
２
地方法人税中間申告書を提出した法人のその地方法人税中間申告書に係る課税事業年度の地方法人税につき更正（当該地方法人税についての更正の請求（国税通則法第二十三条第一項の規定による更正の請求をいう。第四項第二号イにおいて同じ。）に対する処分又は決定（同法第二十五条の規定による決定をいう。）に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含む。以下この項及び同号イにおいて「更正等」という。）があった場合において、その更正等により第十九条第一項第五号に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その法人に対し、その増加した部分の金額に相当する中間納付額を還付する。
３
税務署長は、前二項の規定による還付金の還付をする場合において、これらの規定に規定する地方法人税中間申告書に係る中間納付額について納付された延滞税があるときは、その額のうち、これらの規定により還付される中間納付額に対応するものとして政令で定めるところにより計算した金額を併せて還付する。
４
第一項又は第二項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項の期間は、第一項又は第二項の規定により還付すべき中間納付額の納付の日（その中間納付額がその納期限前に納付された場合には、その納期限）の翌日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなった日がある場合には、その適することとなった日。第二号ロにおいて「充当日」という。）までの期間とする。
ただし、次の各号に掲げる還付金の区分に応じ当該各号に定める日数は、当該期間に算入しない。
一
第一項の規定による還付金
同項に規定する課税事業年度の第十九条第一項の規定による申告書の提出期限（その提出期限後にその中間納付額が納付された場合には、その納付の日）の翌日から第一項の決定の日までの日数
二
第二項の規定による還付金
同項に規定する課税事業年度の第十九条第一項の規定による申告書の提出期限（その提出期限後にその中間納付額が納付された場合には、その納付の日）の翌日から次に掲げる日のうちいずれか早い日までの日数
イ
第二項の更正等の日の翌日以後一月を経過する日（当該更正等が次に掲げるものである場合には、それぞれ次に定める日）
（１）
更正の請求に基づく更正（当該請求に対する処分に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含む。（１）において同じ。）
当該請求の日の翌日以後三月を経過する日と当該請求に基づく更正の日の翌日以後一月を経過する日とのいずれか早い日
（２）
国税通則法第二十五条の規定による決定に係る更正（当該決定に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含み、更正の請求に基づく更正及び第二項に規定する課税事業年度の課税標準法人税額の計算の基礎となった事実のうちに含まれていた無効な行為により生じた経済的成果がその行為の無効であることに基因して失われたこと、当該事実のうちに含まれていた取り消しうべき行為が取り消されたことその他これらに準ずる政令で定める理由に基づき行われた更正を除く。）
当該決定の日
ロ
その還付のための支払決定をする日又はその還付金に係る充当日
５
第一項又は第二項の規定による還付金をその額の計算の基礎とされた中間納付額に係る課税事業年度の第六条第一項第一号又は第二号に定める基準法人税額に対する地方法人税で未納のものに充当する場合には、その還付金の額のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の地方法人税については、延滞税及び利子税を免除するものとする。
６
第三項の規定による還付金については、還付加算金は、付さない。
７
前三項に定めるもののほか、第一項又は第二項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他第一項から第三項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う地方法人税額の還付の特例）
第二十九条
内国法人の提出した地方法人税確定申告書に記載された各課税事業年度の課税標準法人税額が当該課税事業年度の課税標準とされるべき課税標準法人税額（第六条第一項第一号に定める基準法人税額（以下第五項までにおいて「所得基準法人税額」という。）に係るものに限る。）を超え、かつ、その超える額のうちに事実を仮装して経理したところに基づくものがある場合において、税務署長が当該課税事業年度の所得基準法人税額に対する地方法人税につき更正をしたとき（当該内国法人につき当該課税事業年度終了の日から当該更正の日の前日までの間に第三項各号又は第四項各号に掲げる事実が生じたとき及び当該内国法人を被合併法人とする適格合併に係る合併法人につき当該適格合併の日から当該更正の日の前日までの間に当該事実が生じたときを除く。）は、当該課税事業年度の地方法人税として納付された金額で政令で定めるもののうち当該更正により減少する部分の金額でその仮装して経理した金額に係るもの（以下この条において「仮装経理地方法人税額」という。）は、次項、第三項又は第七項の規定の適用がある場合のこれらの規定による還付金の額を除き、還付しない。
２
前項に規定する場合において、同項の内国法人（当該内国法人が同項の更正の日の前日までに適格合併により解散をした場合には、当該適格合併に係る合併法人。以下この項において同じ。）の前項の更正の日の属する課税事業年度開始の日前一年以内に開始する各課税事業年度の所得基準法人税額に対する地方法人税の額（附帯税の額を除く。）で当該更正の日の前日において確定しているもの（既にこの項の規定により還付をすべき金額の計算の基礎となったものを除く。以下この項において「確定地方法人税額」という。）があるときは、税務署長は、その内国法人に対し、当該更正に係る仮装経理地方法人税額のうち当該確定地方法人税額に達するまでの金額を還付する。
３
第一項の規定の適用があった内国法人（当該内国法人が適格合併により解散をした場合には、当該適格合併に係る合併法人。以下この条において「適用法人」という。）について、同項の更正の日の属する課税事業年度開始の日（当該更正が当該適格合併に係る被合併法人の課税事業年度の所得基準法人税額に対する地方法人税について当該適格合併の日前にされたものである場合には、当該被合併法人の当該更正の日の属する課税事業年度開始の日）から五年を経過する日の属する課税事業年度の第十九条第一項の規定による申告書の提出期限（当該更正の日から当該課税事業年度終了の日までの間に当該適用法人につき次の各号に掲げる事実が生じたときは、当該各号に定める日の属する課税事業年度の同項の規定による申告書の提出期限。以下この項及び第八項において「最終申告期限」という。）が到来した場合（当該最終申告期限までに当該最終申告期限に係る申告書の提出がなかった場合にあっては、当該申告書に係る期限後申告書の提出又は当該申告書に係る課税事業年度の地方法人税についての国税通則法第二十五条の規定による決定があった場合）には、税務署長は、当該適用法人に対し、当該更正に係る仮装経理地方法人税額（既に前項、この項又は第七項の規定により還付すべきこととなった金額及び第十三条の規定により控除された金額を除く。）を還付する。
一
残余財産が確定したこと
その残余財産の確定の日
二
合併（適格合併を除く。）による解散をしたこと
その合併の日の前日
三
破産手続開始の決定による解散をしたこと
その破産手続開始の決定の日
四
法人税法第二条第九号に規定する普通法人又は同条第七号に規定する協同組合等が同条第六号に規定する公益法人等に該当することとなったこと
その該当することとなった日の前日
４
適用法人につき次に掲げる事実が生じた場合には、当該適用法人は、当該事実が生じた日以後一年以内に、納税地の所轄税務署長に対し、その適用に係る仮装経理地方法人税額（既に前二項又は第七項の規定により還付されるべきこととなった金額及び第十三条の規定により控除された金額を除く。第六項及び第七項において同じ。）の還付を請求することができる。
一
更生手続開始の決定があったこと。
二
再生手続開始の決定があったこと。
三
前二号に掲げる事実に準ずる事実として政令で定める事実
５