改正法附則第百三十三条第十項、第十一項又は第十三項（連結法人の減価償却に関する経過措置）の規定の適用を受ける連結法人に係る新令第百五十五条の六（個別益金額又は個別損金額の計算における届出等の規定の準用）の規定の適用については、同条第二項の表の第六十条の二第一項の項中「第四十八条（倉庫用建物等の割増償却）」とあるのは「第四十八条（倉庫用建物等の割増償却）の規定」と、「又は第六十八条の三十六（倉庫用建物等の割増償却）」とあるのは「若しくは第六十八条の三十六（倉庫用建物等の割増償却）又は所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号）附則第百三十三条第十項、第十一項若しくは第十三項（連結法人の減価償却に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十三条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の三十二（第一項第二号に係る部分に限る。）、第六十八条の三十三若しくは第六十八条の三十四第一項（農業経営改善計画等を実施する法人の機械等の割増償却等）の規定」とする。
（連結法人の受取配当等の益金不算入に関する経過措置）
第三十条
新令第百五十五条の八第一項第一号イ（株式等に係る負債の利子の額）の規定は、連結法人が会社法施行日以後に同号イの固定資産につき積立金として積み立てる場合の同号に規定する総資産の帳簿価額の計算について適用し、連結法人が会社法施行日前に旧令第百五十五条の八第一項第一号イ（株式等に係る負債の利子の額）に規定する損金経理により引当金勘定に繰り入れ、又は利益若しくは剰余金の処分により積み立てた場合の同号に規定する総資産の帳簿価額の計算については、なお従前の例による。
２
新令第百五十五条の九第一項及び第二項（連結法人株式等の範囲）の規定は、連結法人が受ける会社法施行日以後の日をその支払に係る基準日とする同条第一項に規定する配当等の額（改正法附則第二十六条第一項（受取配当等の益金不算入等に関する経過措置）に規定する経過配当（以下この項において「経過配当」という。）の額を含む。）について適用し、連結法人が受けた会社法施行日前の日をその支払に係る基準日とする旧令第百五十五条の九第一項（連結法人株式等の範囲）に規定する配当等の額（経過配当の額を除く。）については、なお従前の例による。
３
会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に行われる株式移転に係る新令第百五十五条の十第一項第二号（関係法人株式等の範囲等）の規定の適用については、同号中「株式移転完全親法人」とあるのは「会社法第七百七十三条第一項第一号（株式移転計画）に規定する株式移転設立完全親会社」と、「株式移転完全子法人」とあるのは「会社法第七百七十三条第一項第五号に規定する株式移転完全子会社」と、「同条第四項」とあるのは「法第八十一条の四第四項」とする。
（みなし連結欠損金額の帰属連結事業年度等に関する経過措置）
第三十一条
会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に行われる株式移転に係る旧令第百五十五条の十九第四項及び第五項（みなし連結欠損金額の帰属連結事業年度等）の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句とする。
第四項
商法第三百五十二条第一項（株式交換）に規定する完全子会社
会社法第七百七十三条第一項第五号（株式移転計画）に規定する株式移転完全子会社
により設立された完全親会社
に係る同項第一号に規定する株式移転設立完全親会社
第五項
商法第三百五十二条第一項（株式交換）に規定する完全子会社
会社法第七百七十三条第一項第五号に規定する株式移転完全子会社
（連結特定同族会社の特別税率に関する経過措置）
第三十二条
連結法人が受ける施行日から会社法施行日の前日までの間にその支払に係る基準日がある新令第百五十五条の二十三第一項（連結留保金額から控除する金額等）に規定する配当等の額についての同項の規定の適用については、同項中「法第二十三条第一項第一号に掲げる金額」とあるのは、「利益の配当又は剰余金の分配の額」とする。
２
新令第百五十五条の二十三第二項の規定は、会社法施行日以後にその支払に係る基準日がある同項に規定する配当等の額について適用する。
３
改正法附則第百三十二条（情報通信機器等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定の適用を受ける連結法人に係る新令第百五十五条の二十五（連結留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句とする。
第一号
若しくは同条第二項
若しくは同条第二項若しくは所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号）附則第百三十二条（情報通信機器等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十三条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法（次号において「旧効力措置法」という。）第六十八条の十五第八項（情報通信機器等を取得した場合等の法人税額の特別控除）
第二号
又は同法第六十八条の六十九第一項（短期所有に係る土地の譲渡等がある場合の特別税率）
若しくは同法第六十八条の六十九第一項（短期所有に係る土地の譲渡等がある場合の特別税率）又は旧効力措置法第六十八条の十五第十一項若しくは第十二項（情報通信機器等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除）
（同法
（租税特別措置法
（連結法人税額から控除する所得税額の計算に関する経過措置）
第三十三条
新令第百五十五条の二十六第二項（連結法人税額から控除する所得税額の計算）の規定は、連結法人が受ける会社法施行日以後の日を同項に規定する計算の基礎となった期間の末日とする同項に規定する配当等（改正法附則第二十六条第一項（受取配当等の益金不算入等に関する経過措置）に規定する経過配当（以下この項において「経過配当」という。）を含む。）について適用し、連結法人が受けた会社法施行日前の日を旧令第百五十五条の二十六第二項（連結法人税額から控除する所得税額の計算）に規定する計算の基礎となった期間の末日とする同項に規定する配当等（経過配当を除く。）については、なお従前の例による。
２
会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に行われる株式移転に係る新令第百五十五条の二十六第二項及び第三項の規定の適用については、同条第二項中「株式移転完全親法人」とあるのは「会社法第七百七十三条第一項第一号（株式移転計画）に規定する株式移転設立完全親会社（次項第二号イにおいて「株式移転完全親法人」という。）」と、「株式移転完全子法人」とあるのは「同条第一項第五号に規定する株式移転完全子会社」とする。
（連結留保税額の個別帰属額の計算に関する経過措置）
第三十四条
新令第百五十五条の四十三（連結留保税額の個別帰属額の計算）の規定は、連結法人の新法第十五条の二第一項（連結事業年度の意義）に規定する連結親法人事業年度が施行日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の旧法第十五条の二第一項（連結事業年度の意義）に規定する連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
２
新令第百五十五条の四十三第三項の規定は、会社法施行日以後に終了する連結事業年度にその支払に係る基準日がある剰余金の配当又は利益の配当について適用する。
３
施行日以後に開始し、かつ、会社法施行日前に終了した連結事業年度における旧令第百五十五条の四十三第二項（連結留保税額の個別帰属額の計算）に規定する債務の確定していない賞与の額は、新令第百五十五条の四十三第二項に規定する留保した金額に含まれるものとする。
（連結欠損金の繰戻しによる還付に関する経過措置）
第三十五条
会社法施行日前に整理開始の命令があった場合又は会社法施行の際現に係属している会社の整理に関する事件について会社法施行日以後に整理開始の命令があった場合における旧令第百五十六条第一項（連結欠損金の繰戻しによる還付）に規定する事実については、なお従前の例による。
（国内にある資産の譲渡による所得に関する経過措置）
第三十六条
新令第百七十七条第二項（国内にある資産の譲渡による所得）の規定は、法人が会社法施行日以後に行う同項第二号に掲げる資産の譲渡により生ずる所得について適用し、法人が会社法施行日前に行った旧令第百七十七条第二項第二号（国内にある資産の譲渡による所得）に掲げる資産の譲渡により生ずる所得については、なお従前の例による。
２
会社法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律第八十六条第一項（端株に関する経過措置）の規定によりなお従前の例によることとされる端株の譲渡は、新令第百七十七条第二項第二号に掲げる資産の譲渡とみなす。
（法人税法施行令等の一部を改正する政令の一部改正に伴う経過措置）
第三十八条
前条の規定による改正後の法人税法施行令等の一部を改正する政令附則第五条第十一項第四号（退職給与引当金に関する経過措置）の規定は、施行日以後に行われる同号に規定する組織再編成について適用する。
附　則
この政令は、独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発機構法及び石油及びエネルギー需給構造高度化対策特別会計法の一部を改正する法律の施行の日（平成十八年七月二十日）から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成十九年四月一日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一