環境大臣は、自然環境保全地域における自然環境の保全のために必要な限度において、第二十五条第四項、第二十六条第三項第七号若しくは第二十七条第三項の許可を受けた者若しくは前条第二項の規定により行為を制限され、若しくは必要な措置をとるべき旨を命ぜられた者に対し、当該行為の実施状況その他必要な事項について報告を求め、又はその職員に、自然環境保全地域の区域内の土地若しくは建物内に立ち入り、第二十五条第四項各号、第二十六条第三項本文、第二十七条第三項各号若しくは前条第一項各号に掲げる行為の実施状況を検査させ、若しくはこれらの行為の自然環境に及ぼす影響を調査させることができる。
２
前項の職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係人に提示しなければならない。
３
第一項の規定による権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。
（準用）
第三十条
第十八条の規定は自然環境保全地域の区域内における行為に対する命令について、第二十一条の規定は当該区域内において国の機関又は地方公共団体が行う行為について、それぞれ準用する。
この場合において、第十八条第一項中「前条第一項の規定に違反し、又は同条第二項の規定により許可に付された条件」とあるのは「第二十五条第四項、第二十六条第三項若しくは第二十七条第三項の規定に違反し、若しくは第二十五条第五項、第二十六条第四項若しくは第二十七条第四項において準用する前条第二項の規定により許可に付された条件に違反した者、第二十八条第一項の規定による届出をせず、同項各号に掲げる行為をした者又は同条第二項の規定による処分」と、第二十一条第一項中「第十七条第一項ただし書又は第十九条第三項第五号」とあるのは「第二十五条第四項、第二十六条第三項第七号又は第二十七条第三項」と、同条第二項中「第十七条第三項」とあるのは「第二十五条第七項、第二十七条第六項又は第二十八条第一項」と、「したとき」とあるのは「したとき、又はしようとするとき」と、「同項」とあるのは「これら」と読み替えるものとする。
第三節　生態系維持回復事業
（生態系維持回復事業計画）
第三十条の二
環境大臣及び生態系維持回復事業（自然環境保全地域に関する保全計画に基づいて行う事業であつて、当該地域における生態系の維持又は回復を図るものをいう。以下同じ。）を行おうとする国の機関の長（以下この条において「環境大臣等」という。）は、生態系維持回復事業の適正かつ効果的な実施に資するため、自然環境保全地域に関する保全計画に基づき、中央環境審議会の意見を聴いて、生態系維持回復事業に関する計画（以下「生態系維持回復事業計画」という。）を定めるものとする。
２
生態系維持回復事業計画においては、次に掲げる事項を定めるものとする。
一
生態系維持回復事業の目標
二
生態系維持回復事業を行う区域
三
生態系維持回復事業の内容
四
前三号に掲げるもののほか、生態系維持回復事業が適正かつ効果的に実施されるために必要な事項
３
環境大臣等は、生態系維持回復事業計画を定めたときは、その概要を公示しなければならない。
４
環境大臣等は、生態系維持回復事業計画を廃止し、又は変更しようとするときは、中央環境審議会の意見を聴かなければならない。
５
第三項の規定は、生態系維持回復事業計画の廃止及び変更について準用する。
（生態系維持回復事業の実施）
第三十条の三
国は、自然環境保全地域における自然環境の保全のため生態系の維持又は回復を図る必要があると認めるときは、生態系維持回復事業計画に従つて生態系維持回復事業を行うものとする。
２
地方公共団体は、環境省令で定めるところにより、その行う生態系維持回復事業について生態系維持回復事業計画に適合する旨の環境大臣の確認を受けて、生態系維持回復事業計画に従つてその生態系維持回復事業を行うことができる。
３
国及び地方公共団体以外の者は、環境省令で定めるところにより、その行う生態系維持回復事業について、その者がその生態系維持回復事業を適正かつ確実に実施することができ、及びその生態系維持回復事業が生態系維持回復事業計画に適合する旨の環境大臣の認定を受けて、生態系維持回復事業計画に従つてその生態系維持回復事業を行うことができる。
４
第二項の確認又は前項の認定を受けようとする者は、環境省令で定めるところにより、次に掲げる事項を記載した申請書を環境大臣に提出しなければならない。
一
氏名又は名称及び住所並びに法人にあつては、その代表者の氏名
二
生態系維持回復事業を行う区域
三
生態系維持回復事業の内容
四
前三号に掲げるもののほか、環境省令で定める事項
５
前項の申請書には、生態系維持回復事業を行う区域を示す図面その他の環境省令で定める書類を添付しなければならない。
６
第二項の確認又は第三項の認定を受けた者は、第四項各号に掲げる事項を変更しようとするときは、地方公共団体にあつては環境大臣の確認を、国及び地方公共団体以外の者にあつては環境大臣の認定を受けなければならない。
ただし、環境省令で定める軽微な変更については、この限りでない。
７
前項の確認又は同項の認定を受けようとする者は、環境省令で定めるところにより、変更に係る事項を記載した申請書を環境大臣に提出しなければならない。
８
第五項の規定は、前項の申請書について準用する。
９
第二項の確認又は第三項の認定を受けた者は、第六項ただし書の環境省令で定める軽微な変更をしたときは、遅滞なく、その旨を環境大臣に届け出なければならない。
（認定の取消し）
第三十条の四
環境大臣は、前条第三項の認定を受けた者が次の各号のいずれかに該当するときは、同項の認定を取り消すことができる。
一
生態系維持回復事業計画に従つて生態系維持回復事業を行つていないと認めるとき。
二
その生態系維持回復事業を適正かつ確実に行うことができなくなつたと認めるとき。
三
前条第六項又は第九項の規定に違反したとき。
四
次条の規定による報告をせず、又は虚偽の報告をしたとき。
五
偽りその他の不正の手段により前条第三項又は第六項の認定を受けたとき。
（報告徴収）
第三十条の五
環境大臣は、第三十条の三第三項の認定を受けた者に対し、その生態系維持回復事業の実施状況その他必要な事項に関し報告を求めることができる。
第四節　雑則
（実地調査）
第三十一条
環境大臣は自然環境保全地域の指定若しくはその区域の拡張、自然環境保全地域に関する保全計画の決定若しくは変更又は自然環境保全地域に関する保全事業の執行に関し、環境大臣以外の国の機関又は地方公共団体の長は自然環境保全地域に関する保全事業の執行に関し、実地調査のため必要があるときは、それぞれその職員に、他人の土地に立ち入り、標識を設置させ、測量させ、又は実地調査の障害となる木竹若しくはかき、さく等を伐採させ、若しくは除去させることができる。
ただし、他の法律に実地調査に関する規定があるときは、当該規定の定めるところによる。
２
国の機関又は地方公共団体の長は、その職員に前項の規定による行為をさせようとするときは、あらかじめ、土地の所有者（所有者の住所が明らかでないときは、その占有者。以下この条において同じ。）及び占有者並びに木竹又はかき、さく等の所有者にその旨を通知し、意見書を提出する機会を与えなければならない。
３
第一項の職員は、日出前及び日没後においては、宅地又はかき、さく等で囲まれた土地に立ち入つてはならない。
４
第一項の職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係人に提示しなければならない。
５
土地の所有者若しくは占有者又は木竹若しくはかき、さく等の所有者は、正当な理由がない限り、第一項の規定による立入りその他の行為を拒み、又は妨げてはならない。
（公害等調整委員会の裁定）
第三十二条
第二十五条第四項、第二十七条第三項又は第二十八条第二項の規定による環境大臣の処分に不服がある者は、その不服の理由が鉱業、採石業又は砂利採取業との調整に関するものであるときは、公害等調整委員会に裁定を申請することができる。
この場合には、審査請求をすることができない。
２
行政不服審査法（平成二十六年法律第六十八号）第二十二条の規定は、前項の処分につき、処分をした行政庁が誤つて審査請求又は再調査の請求をすることができる旨を教示した場合に準用する。
（損失の補償）
第三十三条
国は、第二十五条第四項、第二十六条第三項第七号若しくは第二十七条第三項の許可を得ることができないため、第二十五条第五項、第二十六条第四項若しくは第二十七条第四項において準用する第十七条第二項の規定により許可に条件を付されたため、又は第二十八条第二項の規定による処分を受けたため損失を受けた者に対して、通常生ずべき損失を補償する。
２
前項の補償を受けようとする者は、環境大臣にこれを請求しなければならない。
３
環境大臣は、前項の規定による請求を受けたときは、補償すべき金額を決定し、当該請求者にこれを通知しなければならない。
４
国は自然環境保全地域の指定若しくはその区域の拡張、自然環境保全地域に関する保全計画の決定若しくは変更又は国が行なう自然環境保全地域に関する保全事業の執行に関し、地方公共団体は当該地方公共団体が行なう自然環境保全地域に関する保全事業の執行に関し、第三十一条第一項の規定による当該職員の行為によつて損失を受けた者に対して、通常生ずべき損失を補償する。
５
第二項及び第三項の規定は、前項の規定による損失の補償について準用する。
この場合において、第二項及び第三項中「環境大臣」とあるのは、「第三十一条第一項に規定する実地調査に関する事務を所掌する大臣又は地方公共団体の長」と読み替えるものとする。
（訴えの提起）
第三十四条