改正法附則第二十九条第一項に規定する内国法人（同条第二項の規定の適用を受けたものを除く。）及び同条第一項に規定する連結子法人（同条第二項の規定の適用を受けたもの及び施行日以後最初に開始する当該内国法人の事業年度開始の日に当該内国法人との間に通算完全支配関係を有しなくなるものを除く。以下この項において「経過連結子法人」という。）の最終の連結事業年度に係る附則第二条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法人税法施行令第九条第二項の規定の適用については、同項第三号の他の連結法人には、経過連結子法人を含まないものとする。
（連結納税の承認に関する経過措置）
第五条
改正法附則第十五条第二項に規定する政令で定める規定は、次に掲げる規定とする。
一
旧法人税法第六十一条の十三第四項
二
旧法人税法第六十三条第三項
三
旧租税特別措置法第六十四条の二第十項（旧租税特別措置法第六十五条第三項において準用する場合を含む。）
四
旧租税特別措置法第六十五条の八第十項
五
旧租税特別措置法第六十六条の十三第八項
六
旧震災特例法第二十条第十項
七
改正法第二十九条の規定による改正前の所得税法等の一部を改正する等の法律（平成二十九年法律第四号。以下「旧平成二十九年改正法」という。）附則第六十九条第九項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧平成二十九年改正法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法第六十五条の八第十項
八
旧平成二十九年改正法附則第六十九条第十一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧平成二十九年改正法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法第六十五条の八第十項
九
旧平成三十年改正法附則第二十八条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧平成三十年改正法第二条の規定による改正前の法人税法第六十三条第三項
（所有株式に対応する資本金等の額の計算方法等に関する経過措置）
第六条
新法人税法施行令第二十三条第一項第一号の規定の適用については、同号の合併に係る被合併法人の当該合併の日の前日の属する事業年度が連結事業年度である場合には、当該事業年度終了の時の連結個別資本金等の額を同号の資本金等の額とみなす。
２
新法人税法施行令第二十三条第一項第二号から第四号までの規定の適用については、同項第二号の分割型分割に係る分割法人、同項第三号の株式分配に係る現物分配法人若しくは同項第四号に規定する払戻し等に係る同号イに規定する払戻等法人の当該分割型分割、株式分配若しくは払戻し等の日の属する事業年度又はその前事業年度が連結事業年度である場合には当該分割法人、現物分配法人又は払戻等法人の連結個別資本金等の額及び旧法人税法施行令第二十三条第一項第二号イに規定する連結個別利益積立金額を当該分割法人、現物分配法人又は払戻等法人の資本金等の額及び新法人税法施行令第二十三条第一項第二号イに規定する利益積立金額と、当該分割型分割、株式分配又は払戻し等の日以前六月以内に旧法人税法施行令第二十三条第一項第二号イに規定する連結中間申告書を提出し、かつ、その提出の日から当該分割型分割、株式分配又は払戻し等の日までの間に確定申告書又は連結確定申告書を提出していなかった場合には当該連結中間申告書に係る旧法人税法第八十一条の二十第一項に規定する期間を新法人税法施行令第二十三条第一項第二号イに規定する前事業年度と、それぞれみなす。
３
新法人税法施行令第二十三条第一項第六号イの規定の適用については、同号に規定する自己株式の取得等に係る同号イに規定する取得等法人の当該自己株式の取得等の日の属する事業年度が連結事業年度である場合には、当該自己株式の取得等の直前の連結個別資本金等の額を当該直前の資本金等の額とみなす。
（資産の評価益に関する経過措置）
第七条
新法人税法施行令第二十四条の二第四項の規定の適用については、同項第一号イからトまでに掲げる規定には、旧法人税法施行令第二十四条の二第四項第一号ト及びリに掲げる規定を含むものとする。
２
新法人税法施行令第二十四条の三の通算子法人には、改正法附則第二十九条第一項の規定により改正法第三条の規定による改正後の法人税法（以下「新法人税法」という。）第六十四条の九第一項の規定による承認があったものとみなされた通算法人を含まないものとする。
（外国税額の還付金のうち益金の額に算入されないものに関する経過措置）
第八条
新法人税法施行令第二十五条第一項の規定の適用については、同項第一号に掲げる金額には同号の内国法人の適用連結事業年度（旧法人税法第八十一条の十五第一項から第三項までの規定の適用を受けた連結事業年度をいう。以下この条において同じ。）において旧法人税法第八十一条の十五第一項に規定する個別控除対象外国法人税の額（以下附則第三十六条までにおいて「個別控除対象外国法人税の額」という。）とされた部分の金額を含むものとし、新法人税法施行令第二十五条第一項第二号に掲げる金額には同号の減額がされた後の外国法人税の額（同項に規定する外国法人税の額をいう。以下この条において同じ。）につき当該内国法人の適用連結事業年度において旧法人税法第八十一条の十五第一項の規定を適用したならば個別控除対象外国法人税の額とされる部分の金額を含むものとする。
２
新法人税法施行令第二十五条第二項の規定の適用については、同項第一号に掲げる金額には同号の被合併法人等の適用連結事業年度（当該被合併法人等の適格合併の日の前日の属する連結事業年度以前の連結事業年度又は同号の適格分割等の日の属する連結事業年度前の連結事業年度に限る。）において個別控除対象外国法人税の額とされた部分の金額を含むものとし、同項第二号に掲げる金額には同号の減額がされた後の外国法人税の額につき当該被合併法人等の適用連結事業年度において旧法人税法第八十一条の十五第一項の規定を適用したならば個別控除対象外国法人税の額とされる部分の金額を含むものとする。
（控除対象外国法人税の額が減額された部分の金額のうち益金の額に算入するもの等に関する経過措置）
第九条
新法人税法施行令第二十六条第一項の規定の適用については、同項第二号に規定する控除対象外国法人税の額（新法人税法第六十九条第一項に規定する控除対象外国法人税の額をいう。以下この条において同じ。）が減額された部分とされる金額には旧法人税法施行令第二十五条の規定により個別控除対象外国法人税の額が減額された部分とされる金額及び旧法人税法施行令第百五十五条の十一の二の規定により個別控除対象外国法人税の額又は控除対象外国法人税の額が減額された部分とされる金額を含むものとし、同号に規定する納付控除対象外国法人税額からの控除には旧法人税法施行令第百五十五条の三十五第一項の規定による同項に規定する個別納付控除対象外国法人税額からの控除を含むものとし、同号に規定する控除限度超過額からの控除には同条第三項の規定による同項に規定する個別控除限度超過額からの控除を含むものとする。
（棚卸資産の取得価額の特例に関する経過措置）
第十条
改正法附則第十五条第二項後段の規定により旧事業年度とみなされた事業年度において旧法人税法第六十一条の十二第一項の規定が適用された旧法人税法施行令第三十三条第三項に規定する時価評価資産の評価額の計算については、なお従前の例による。
（減価償却資産の償却の方法等に関する経過措置）
第十一条
新法人税法施行令第四十八条第一項及び第四十八条の二第一項の規定の適用については、新法人税法施行令第四十八条第一項第一号イ（２）又は第四十八条の二第一項第一号イ（２）に規定する取得価額には、既にした償却の額で各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額を含まないものとする。
２
新法人税法施行令第四十八条第五項の規定の適用については、同項第三号ロに規定する民事再生等評価換えには旧法人税法施行令第四十八条第五項第三号ロに規定する事実が生じた日の属する連結事業年度において同号ロに規定する評価益の額として政令で定める金額又は同号ロに規定する評価損の額として政令で定める金額を旧法人税法第八十一条の三第一項（旧法人税法第二十五条第三項又は第三十三条第四項に係る部分に限る。）の規定により当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額又は損金の額に算入することを、新法人税法施行令第四十八条第五項第三号ハに規定する非適格株式交換等時価評価には旧法人税法施行令第四十八条第五項第三号ニに規定する非適格株式交換等の日の属する連結事業年度において同号ニに規定する評価益又は評価損を旧法人税法第八十一条の三第一項（旧法人税法第六十二条の九第一項に係る部分に限る。）の規定により当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額又は損金の額に算入することを、新法人税法施行令第四十八条第五項第三号ニに規定する通算時価評価には旧法人税法施行令第四十八条第五項第三号ハに規定する連結時価評価を、それぞれ含むものとする。
３
新法人税法施行令第四十九条の二第三項の規定の適用については、同項に規定する取得価額には、同項に規定する償却の額で同項に規定する最初の事業年度の前事業年度又は前連結事業年度までの各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額を含まないものとする。
４