新型インフルエンザ等感染症若しくは指定感染症の患者又は新感染症の所見がある者を入院させ、必要な医療を提供すること。
二
新型インフルエンザ等感染症若しくは指定感染症の疑似症患者若しくは当該感染症にかかっていると疑うに足りる正当な理由のある者又は新感染症にかかっていると疑われる者若しくは当該新感染症にかかっていると疑うに足りる正当な理由のある者の診療を行うこと。
三
第四十四条の三の二第一項（第四十四条の九第一項の規定に基づく政令によって準用される場合を含む。）又は第五十条の三第一項の厚生労働省令で定める医療を提供すること及び第四十四条の三第二項（第四十四条の九第一項の規定に基づく政令によって準用される場合を含む。）又は第五十条の二第二項の規定により新型インフルエンザ等感染症若しくは指定感染症の患者又は新感染症の所見がある者の体温その他の健康状態の報告を求めること。
四
前三号に掲げる措置を講ずる医療機関に代わって新型インフルエンザ等感染症若しくは指定感染症の患者又は新感染症の所見がある者以外の患者に対し、医療を提供すること。
五
第四十四条の四の二第一項に規定する新型インフルエンザ等感染症医療担当従事者、同項に規定する新型インフルエンザ等感染症予防等業務関係者、第四十四条の八において読み替えて準用する同項に規定する指定感染症医療担当従事者、同条において読み替えて準用する同項に規定する指定感染症予防等業務関係者、第五十一条の二第一項に規定する新感染症医療担当従事者又は同項に規定する新感染症予防等業務関係者を確保し、医療機関その他の機関に派遣すること。
六
その他厚生労働省令で定める措置を実施すること。
２
公的医療機関等並びに地域医療支援病院及び特定機能病院の管理者は、前項の規定による通知を受けたときは、当該通知に基づく措置を講じなければならない。
３
都道府県知事は、第一項の規定による通知をしたときは、厚生労働省令で定めるところにより、当該通知の内容を公表するものとする。
（医療機関の協定の締結等）
第三十六条の三
都道府県知事は、新型インフルエンザ等感染症等発生等公表期間に新型インフルエンザ等感染症、指定感染症又は新感染症に係る医療を提供する体制の確保に必要な措置を迅速かつ適確に講ずるため、当該都道府県知事が管轄する区域内にある医療機関の管理者と協議し、合意が成立したときは、厚生労働省令で定めるところにより、次に掲げる事項をその内容に含む協定（以下「医療措置協定」という。）を締結するものとする。
一
前条第一項各号に掲げる措置のうち新型インフルエンザ等感染症等発生等公表期間において当該医療機関が講ずべきもの
二
第五十三条の十六第一項に規定する個人防護具の備蓄の実施について定める場合にあっては、その内容
三
前二号の措置に要する費用の負担の方法
四
医療措置協定の有効期間
五
医療措置協定に違反した場合の措置
六
その他医療措置協定の実施に関し必要な事項として厚生労働省令で定めるもの
２
前項の規定による協議を求められた医療機関の管理者は、その求めに応じなければならない。
３
都道府県知事は、医療機関の管理者と医療措置協定を締結することについて第一項の規定による協議が調わないときは、医療法第七十二条第一項に規定する都道府県医療審議会の意見を聴くことができる。
４
都道府県知事及び医療機関の管理者は、前項の規定による都道府県医療審議会の意見を尊重しなければならない。
５
都道府県知事は、医療措置協定を締結したときは、厚生労働省令で定めるところにより、当該医療措置協定の内容を公表するものとする。
６
前各項に定めるもののほか、医療措置協定の締結に関し必要な事項は、厚生労働省令で定める。
（都道府県知事の指示等）
第三十六条の四
都道府県知事は、公的医療機関等の管理者が、正当な理由がなく、次に掲げる措置を講じていないと認めるときは、当該管理者に対し、当該措置をとるべきことを指示することができる。
一
第三十六条の二第一項の規定による通知に基づく措置
二
当該公的医療機関等が医療措置協定を締結している場合にあっては、当該医療措置協定に基づく措置
２
都道府県知事は、医療機関（公的医療機関等を除く。以下この条において同じ。）の管理者が、正当な理由がなく、次に掲げる措置を講じていないと認めるときは、当該管理者に対し、当該措置をとるべきことを勧告することができる。
一
第三十六条の二第一項の規定による通知に基づく措置
二
当該医療機関が医療措置協定を締結している場合にあっては、当該医療措置協定に基づく措置
３
都道府県知事は、医療機関の管理者が、正当な理由がなく、前項の規定による勧告に従わない場合において必要があると認めるときは、当該管理者に対し、必要な指示をすることができる。
４
都道府県知事は、第一項又は前項の規定による指示をした場合において、これらの指示を受けた公的医療機関等又は医療機関の管理者が、正当な理由がなく、これに従わなかったときは、その旨を公表することができる。
（医療措置協定に基づく措置の実施の状況の報告等）
第三十六条の五
都道府県知事は、必要があると認めるときは、厚生労働省令で定めるところにより、公的医療機関等又は地域医療支援病院若しくは特定機能病院の管理者に対し、次に掲げる事項について報告を求めることができる。
一
第三十六条の二第一項の規定による通知に基づく措置の実施の状況及び当該措置に係る当該医療機関の運営の状況その他の事項
二
当該医療機関が医療措置協定を締結している場合にあっては、当該医療措置協定に基づく措置の実施の状況及び当該措置に係る当該医療機関の運営の状況その他の事項
２
都道府県知事は、必要があると認めるときは、厚生労働省令で定めるところにより、医療措置協定を締結した医療機関（前項に規定する医療機関を除く。）の管理者に対し、当該医療措置協定に基づく措置の実施の状況及び当該措置に係る当該医療機関の運営の状況その他の事項について報告を求めることができる。
３
医療機関の管理者は、前二項の規定による都道府県知事からの報告の求めがあったときは、正当な理由がある場合を除き、速やかに、第一項各号に掲げる事項又は前項に規定する事項を報告しなければならない。
４
前項の規定による報告を受けた都道府県知事は、当該報告の内容を、電磁的方法（電子情報処理組織を使用する方法その他の情報通信の技術を利用する方法であって厚生労働省令で定めるものをいう。次項及び第六項において同じ。）により厚生労働大臣に報告するとともに、公表しなければならない。
５
第三項の規定による報告をすべき医療機関（厚生労働省令で定める感染症指定医療機関に限る。）の管理者は、電磁的方法であって、当該報告の内容を前項の規定による報告をすべき者及び当該報告を受けるべき者が閲覧することができるものにより当該報告を行わなければならない。
６
第三項の規定による報告をすべき医療機関（前項の厚生労働省令で定める感染症指定医療機関を除く。）の管理者は、電磁的方法であって、当該報告の内容を第四項の規定による報告をすべき者及び当該報告を受けるべき者が閲覧することができるものにより当該報告を行うよう努めなければならない。
７
第三項の規定による報告をすべき医療機関の管理者が、前二項に規定する方法により報告を行ったときは、当該報告を受けた都道府県知事は、第四項の規定による報告を行ったものとみなす。
８
厚生労働大臣は、第四項の規定による報告（前項の規定により報告を行ったものとみなされた場合を含む。次項、第四十四条の四の二第四項及び第五十一条の二第四項において同じ。）を受けた第一項各号に掲げる事項又は第二項に規定する事項について、必要があると認めるときは、当該都道府県知事に対し、必要な助言又は援助をすることができる。
９
厚生労働大臣は、第四項の規定による報告を受けたとき、又は前項の規定による助言若しくは援助をしたときは、必要に応じ、厚生労働省令で定めるところにより、その内容を公表するものとする。
（病原体等の検査を行っている機関等の協定の締結等）
第三十六条の六
都道府県知事等は、新型インフルエンザ等感染症等発生等公表期間に新型インフルエンザ等感染症、指定感染症又は新感染症に係る検査を提供する体制の確保、宿泊施設の確保その他の必要な措置を迅速かつ適確に講ずるため、病原体等の検査を行っている機関、宿泊施設その他厚生労働省令で定める機関又は施設（以下「病原体等の検査を行っている機関等」という。）の管理者と協議し、合意が成立したときは、厚生労働省令で定めるところにより、次に掲げる事項をその内容に含む協定（以下「検査等措置協定」という。）を締結するものとする。
一
次のイからハまでに掲げる病原体等の検査を行っている機関等の区分に応じ、当該病原体等の検査を行っている機関等が新型インフルエンザ等感染症等発生等公表期間において講ずべき措置として、当該イからハまでに定めるもの
イ
病原体等の検査を行っている機関
新型インフルエンザ等感染症若しくは指定感染症の疑似症患者若しくは当該感染症にかかっていると疑うに足りる正当な理由のある者若しくは新感染症にかかっていると疑われる者若しくは当該新感染症にかかっていると疑うに足りる正当な理由のある者の検体を採取すること又は当該検体について検査を実施すること。
ロ
宿泊施設
第四十四条の三第二項又は第五十条の二第二項に規定する宿泊施設を確保すること。
ハ
イ及びロに掲げるもの以外の機関又は施設
厚生労働省令で定める措置を実施すること。
二
第五十三条の十六第一項に規定する個人防護具の備蓄の実施について定める場合にあっては、その内容
三