登記機関は、登記等の申請書（当該登記等が官庁又は公署の嘱託による場合にあつては当該登記等の嘱託書とし、当該登記等が免許等である場合にあつては財務省令で定める書類とする。次項及び第四項において同じ。）に記載された当該登記等に係る登録免許税の課税標準の金額若しくは数量又は登録免許税の額が国税に関する法律の規定に従つていなかつたとき、その他当該課税標準の金額若しくは数量又は登録免許税の額がその調査したところと異なるときは、その調査したところにより認定した課税標準の金額若しくは数量又は登録免許税の額を当該登記等を受ける者に通知するものとする。
ただし、他の法令の規定により当該登記等の申請を却下するときは、この限りでない。
２
前項の通知を受けた者は、当該通知に係る登記等を受けることをやめる場合を除き、遅滞なく、当該通知を受けた登録免許税の額と当該登記等の申請書に記載された登録免許税の額との差額に相当する登録免許税を国に納付し、その納付に係る領収証書を当該通知に係る登記官署等に提出しなければならない。
３
前項の場合において、第一項の通知に係る登録免許税が免許等以外の登記等に係るものであり、かつ、当該通知をした登記機関が認めるときは、前項に規定する登記等を受ける者は、遅滞なく、同項に規定する差額に相当する金額の印紙を当該通知に係る登記官署等に提出することにより、当該差額に相当する登録免許税を国に納付することができる。
４
第二項の場合において、第一項の通知を受けた者は、当該通知に係る登記等の申請書に記載された登録免許税を第二十四条の二第一項に規定する財務省令で定める方法により納付しているときは、第二項に規定する差額に相当する登録免許税を当該方法により国に納付することができる。
（納期限）
第二十七条
登録免許税を納付すべき期限は、次の各号に掲げる登録免許税の区分に応じ、当該各号に定める時又は期限とする。
一
次号に掲げる登録免許税以外の登録免許税
当該登録免許税の納付の基因となる登記等を受ける時
二
免許等に係る登録免許税で当該登録免許税に係る第二十四条第一項又は第二十四条の二第二項（第二十四条の三第二項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の期限が当該登録免許税の納付の基因となる免許等を受ける日後であるもの
当該期限
（納付不足額の通知）
第二十八条
登記機関は、登録免許税の納期限後において登記等を受けた者が第二十一条から第二十三条まで（第三十五条第四項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）、第二十四条、第二十四条の二第一項又は第二十六条第二項から第四項までの規定により当該登記等につき納付すべき登録免許税の額の全部又は一部を納付していない事実を知つたときは、第三項の規定の適用がある場合を除き、遅滞なく、当該登記等を受けた者の当該登録免許税に係る第八条第二項の規定による納税地の所轄税務署長に対し、その旨及び財務省令で定める事項を通知しなければならない。
２
前項の通知は、登記等を受けた者が二人以上ある場合には、そのうち登記機関の選定した者（当該登記等が登記又は登録の権利者及び義務者の申請に係るものである場合には、当該権利者のうちから選定した者）の同項の納税地の所轄税務署長にするものとする。
３
登記機関は、登録免許税の納期限（第二十四条の五第一項に規定する政令で定める日が当該納期限後に到来する場合には、当該政令で定める日）後において、納付受託者が第二十四条の三第一項の規定による委託を受けた登録免許税の額の全部又は一部を納付していない事実を知つたときは、遅滞なく、当該納付受託者の住所又は事務所の所在地の所轄税務署長に対し、その旨及び財務省令で定める事項を通知しなければならない。
（税務署長による徴収）
第二十九条
税務署長は、前条第一項の通知を受けた場合には、当該通知に係る同項に規定する納付していない登録免許税を当該通知に係る登記等を受けた者から徴収する。
２
税務署長は、前条第三項の通知を受けた場合には、国税の保証人に関する徴収の例により当該通知に係る同項に規定する納付していない登録免許税を当該通知に係る納付受託者から徴収する。
３
税務署長は、第二十四条の五第一項の規定により納付受託者が納付すべき登録免許税については、当該納付受託者に対して国税通則法第四十条（滞納処分）の規定による処分をしてもなお徴収すべき残余がある場合でなければ、その残余の額について当該登録免許税に係る登記等を受けた者から徴収することができない。
４
税務署長は、第一項に規定する場合のほか、登記等を受けた者が第二十一条から第二十三条まで（第三十五条第四項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）、第二十四条、第二十四条の二第一項又は第二十六条第二項から第四項までの規定により当該登記等につき納付すべき登録免許税の額の全部又は一部を納付していない事実を知つた場合には、当該納付していない登録免許税をその者から徴収する。
（納付手続等の政令への委任）
第三十条
この節に定めるもののほか、登録免許税の納付の手続その他この節の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第二節　還付
（過誤納金の還付等）
第三十一条
登記機関は、次の各号に掲げる場合のいずれかに該当する場合には、遅滞なく、当該各号に定める登録免許税の額その他政令で定める事項を登記等の申請をした者又は登記等を受けた者（これらの者が二人以上ある場合には、そのうち登記機関の選定した者）の当該登録免許税に係る第八条第二項の規定による納税地の所轄税務署長に通知しなければならない。
一
登録免許税を納付して登記等の申請をした者につき当該申請が却下された場合（第四項において準用する第三項の証明をする場合を除く。）
当該納付された登録免許税の額
二
登録免許税を納付して登記等の申請をした者につき当該申請の取下げがあつた場合（第三項の証明をする場合を除く。）
当該納付された登録免許税の額
三
過大に登録免許税を納付して登記等を受けた場合
当該過大に納付した登録免許税の額
２
登記等を受けた者は、当該登記等の申請書（当該登記等が官庁又は公署の嘱託による場合にあつては当該登記等の嘱託書とし、当該登記等が免許等である場合にあつては財務省令で定める書類とする。）に記載した登録免許税の課税標準又は税額の計算が国税に関する法律の規定に従つていなかつたこと又は当該計算に誤りがあつたことにより、登録免許税の過誤納があるときは、当該登記等を受けた日（当該登記等が免許等である場合において、当該免許等に係る第二十四条第一項又は第二十四条の二第二項（第二十四条の三第二項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）に規定する期限が当該免許等をした日後であるときは、当該期限）から五年を経過する日までに、政令で定めるところにより、その旨を登記機関に申し出て、前項の通知をすべき旨の請求をすることができる。
３
登記機関は、登記等を受ける者から登記等の申請の取下げにあわせて、当該登記等の申請書（当該登記等が第二十三条の官庁又は公署の嘱託による場合にあつては当該登記等の嘱託書とし、当該登記等が免許等である場合にあつては当該登記等に係る登記機関の定める書類とする。次項において同じ。）に貼り付けられた登録免許税の領収証書又は印紙で使用済みの旨の記載又は消印がされたものを当該登記官署等における登記等について当該取下げの日から一年以内に再使用したい旨の申出があつたときは、政令で定めるところにより、当該領収証書又は印紙につき再使用することができる証明をすることができる。
この場合には、第五項の申出があつたときを除き、当該証明を受けた領収証書又は印紙に係る登録免許税は、還付しない。
４
前項の規定は、登記機関が、登記等の却下に伴い当該登記等の申請書を当該申請者に返付する場合において、当該申請書に貼り付けられた登録免許税の領収証書又は印紙で使用済みの旨の記載又は消印がされたものを当該登記官署等における登記等について当該却下の日から一年以内に再使用させることを適当と認めるときについて準用する。
５
第三項（前項において準用する場合を含む。）の証明を受けた者は、当該証明に係る領収証書又は印紙を再使用しないこととなつたときは、当該証明をした登記機関に対し、当該証明のあつた日から一年を経過した日までに、政令で定めるところにより、当該証明を無効とするとともに、当該領収証書で納付した登録免許税又は当該印紙の額に相当する登録免許税の還付を受けたい旨の申出をすることができる。
この場合において、当該申出があつたときは、当該申出を新たな登記等の申請の却下又は取下げとみなして第一項の規定を適用する。
６
第二十四条の二第一項に規定する財務省令で定める方法により登録免許税を納付した者が当該登録免許税の納付に係る登記等を受けることをやめる場合には、当該登録免許税を納付した者は、当該納付した日（第二十四条の三第一項の規定により当該登録免許税の納付の委託をした者にあつては、当該納付の委託をした日。次項において同じ。）から六月を経過する日までに、政令で定めるところによりその旨を登記機関に申し出て、当該登録免許税の額その他政令で定める事項を当該登録免許税を納付した者の当該登録免許税に係る第八条第二項の規定による納税地の所轄税務署長に対し通知をすべき旨の請求をすることができる。
７
第二十四条の二第一項に規定する財務省令で定める方法により登録免許税を納付した者が当該納付した日から六月を経過する日までに当該登録免許税の納付に係る登記等の申請をしなかつた場合には、前項の請求があつたものとみなす。
８