現存船についての新海洋汚染等防止法第十九条の二十五第一項前段の規定の適用については、同項前段中「初めて」とあるのは、「海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第八十九号）の施行の日以後最初に行われる第十九条の三十六の規定による定期検査若しくは第十九条の三十八の規定による中間検査（同法附則第二条第一項の国土交通省令で定めるものに限る。）又は第十九条の四十六第二項の規定によりこれらの検査を行つたものとみなされる同項の検査が開始される日以後初めて」とする。
第三条
現存船については、新海洋汚染等防止法第十九条の二十六第一項の規定は、適用しない。
第四条
新海洋汚染等防止法第十九条の三十第一項の登録を受けようとする者は、施行日前においても、その申請を行うことができる。
同条第三項において準用する新海洋汚染等防止法第十九条の十五第三項において準用する第二条の規定による改正後の船舶安全法（以下「新船舶安全法」という。）第二十五条の五十一第一項の規定による認可の申請についても、同様とする。
第五条
監督対象外国船舶（新海洋汚染等防止法第十九条の三十三第一項に規定する監督対象外国船舶をいう。次項において同じ。）である現存船については、施行日以後最初に行われる定期検査若しくは中間検査に相当する検査又は船級協会検査に相当する検査が開始される日（新海洋汚染等防止法第九条の二第四項に規定する第一議定書締約国の現存船以外の現存船にあっては、施行日から起算して五年を超えない範囲内において国土交通省令で定める日）までの間は、新海洋汚染等防止法第十九条の三十三第一項の規定（同項第二号に係る部分を除く。）は、適用しない。
２
監督対象外国船舶である現存船については、新海洋汚染等防止法第十九条の三十三第一項の規定（同項第二号に係る部分に限る。）は、適用しない。
第六条
施行日前に開始された第一条の規定による改正前の海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（以下「旧海洋汚染等防止法」という。）第十九条の三十六後段の検査の結果施行日以後に新海洋汚染等防止法第十九条の三十七第一項の規定による海洋汚染等防止証書の交付を受けることができる新海洋汚染等防止法第十九条の三十六に規定する検査対象船舶であって、新海洋汚染等防止法第十九条の三十七第五項の国土交通省令で定める事由により従前の海洋汚染等防止証書の有効期間が満了するまでの間において当該検査に係る海洋汚染等防止証書の交付を受けることができなかったものに係る従前の海洋汚染等防止証書の有効期間については、同項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
第七条
新海洋汚染等防止法第四十二条の十三第一項の規定による指定及び新海洋汚染等防止法第四十二条の十七第一項の規定による海上防災業務規程の認可並びにこれらに関し必要な手続その他の行為は、附則第一条第四号に掲げる規定の施行の日（以下「一部施行日」という。）前においても、新海洋汚染等防止法第四十二条の十三及び第四十二条の十七の規定の例により行うことができる。
第八条
独立行政法人海上災害防止センター（以下「センター」という。）は、附則第一条第三号に掲げる規定の施行の日から一月以内に、政府以外の出資者に対し、その持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告しなければならない。
２
政府以外の出資者は、センターに対し、前項の規定による催告を受けた日から起算して一月を経過する日までの間に限り、その持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる。
３
センターは、前項の請求があったときは、旧海洋汚染等防止法第四十二条の十八第一項の規定にかかわらず、当該請求をした者に対し、当該請求に係る持分に係る出資額に相当する金額により払戻しをしなければならない。
４
前項の規定による払戻しをした場合においては、センターはその払戻しをした金額により資本金を減少するものとし、旧海洋汚染等防止法第四十二条の二十八の基金はその払戻しをした金額により減少するものとする。
第九条
センターは、政府以外の者から旧海洋汚染等防止法第四十二条の二十八の基金に出えんされた金額（以下「出えん金」という。）について、旧海洋汚染等防止法第四十二条の二十五第一号及び第二号の業務の実施の状況、当該基金の状況その他の状況を勘案して、当該業務に支障がないと認めるときは、国土交通大臣の認可を受けて、これを当該出えん金を出えんした者に対し、その出えん金の額を限度として返還することができる。
２
前項の規定により出えん金の返還がなされたときは、旧海洋汚染等防止法第四十二条の二十八の基金は、その返還した金額により減少するものとする。
第十条
センターは、附則第一条第四号に掲げる規定の施行の時において解散するものとし、次項の規定により政府に対して払い戻される金額に相当する金銭を除き、その一切の権利及び義務は、その時において新海洋汚染等防止法第四十二条の十三第一項の規定により海上保安庁長官が指定する者（以下「指定海上防災機関」という。）が承継する。
この場合において、旧海洋汚染等防止法第四十二条の三十五の規定は、適用しない。
２
前項の規定による解散に際し、センターは、政府の持分に係る出資額について、政府に対してその全額を払い戻すものとする。
３
第一項の規定により指定海上防災機関がセンターの権利及び義務を承継したときは、その承継の際、旧海洋汚染等防止法第四十二条の二十五第一号及び第二号の業務以外の業務に要する資金に充てるために政府以外の者からセンターに出えんされた金額は、新海洋汚染等防止法第四十二条の二十二に規定するその他の業務に係る勘定に属する出えん金として整理するものとする。
４
第一項の規定により指定海上防災機関がセンターの権利及び義務を承継したときは、政府以外の者から旧海洋汚染等防止法第四十二条の二十八の基金に充てるために出資され、又は同条の基金に出えんされた金額に相当する金額は、政府以外の者から新海洋汚染等防止法第四十二条の十八の基金に出えんされたものとする。
５
センターの解散の日の前日を含む事業年度（以下「最終事業年度」という。）は、独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号。以下「通則法」という。）第三十六条第一項の規定にかかわらず、同日に終わるものとする。
６
センターの最終事業年度に係る通則法第三十八条及び第三十九条の規定により財務諸表、事業報告書及び決算報告書に関し独立行政法人が行わなければならないとされる行為は、指定海上防災機関が従前の例により行うものとする。
７
センターの最終事業年度における業務の実績については、指定海上防災機関が従前の例により評価を受けるものとする。
この場合において、通則法第三十二条第三項の規定による通知及び勧告は、指定海上防災機関に対してなされるものとする。
８
センターの最終事業年度における利益及び損失の処理については、指定海上防災機関が従前の例により行うものとする。
９
センターの解散の日の前日を含む中期目標の期間（通則法第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間をいう。以下この条において同じ。）に係る通則法第三十三条の規定による事業報告書の提出及び公表については、同日においてセンターの中期目標の期間が終了したものとして、指定海上防災機関が従前の例により行うものとする。
１０
センターの解散の日の前日を含む中期目標の期間における業務の実績については、同日においてセンターの中期目標の期間が終了したものとして、指定海上防災機関が従前の例により評価を受けるものとする。
この場合において、通則法第三十四条第三項において準用する通則法第三十二条第三項の規定による通知及び勧告は、指定海上防災機関に対してなされるものとする。
１１
通則法第三十五条の規定は、センターの解散の日の前日を含む中期目標の期間については、適用しない。
１２
第一項の規定によりセンターが解散した場合における解散の登記については、政令で定める。
第十一条
前条第一項の規定により指定海上防災機関が権利の承継をする場合における当該承継に伴う登記については、一部施行日から一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税を課さない。
２
前条第一項の規定により指定海上防災機関が権利を承継する場合における当該承継に係る不動産又は自動車の取得に対しては、不動産取得税又は自動車取得税を課することができない。
第十二条
一部施行日の前日において旧海洋汚染等防止法第四十二条の二十七第三項において準用する旧海洋汚染等防止法第四十一条の三第五項の規定によりセンターが行っている滞納処分は、新海洋汚染等防止法第四十二条の十六第七項の規定により海上保安庁長官が行っている滞納処分とみなす。
第十三条
旧海洋汚染等防止法の規定に基づきセンターがした処分（前条の規定により海上保安庁長官が行った処分とみなされるものを含む。）に関する行政不服審査法（昭和三十七年法律第百六十号）による審査請求については、なお従前の例による。
第十四条
前二条に規定するもののほか、一部施行日の前日までに旧海洋汚染等防止法の規定によってした処分、手続その他の行為であって、新海洋汚染等防止法に相当する規定があるものは、これらの規定によってした処分、手続その他の行為とみなす。
第十五条
一部施行日前に行政事件訴訟法（昭和三十七年法律第百三十九号）の規定に基づき提起されたセンターを被告とする抗告訴訟（附則第十条第一項の規定により指定海上防災機関が承継することとなる権利及び義務に関するものに限る。）の管轄については、なお従前の例による。
第十六条