監査の対象となった財務諸表が除外事項を除き独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨及び除外事項
ハ
不適正意見
監査の対象となった財務諸表が不適正である旨及びその理由
三
前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四
第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五
追記情報
六
前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七
会計監査報告を作成した日
４
前項第五号に掲げる追記情報とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項をいう。
一
会計方針の変更
二
重要な偶発事象
三
重要な後発事象
（短期借入金の認可の申請）
第二十条
機構は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次の事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一
借入れを必要とする理由
二
借入金の額
三
借入先
四
借入金の利率
五
借入金の償還の方法及び期限
六
利息の支払いの方法及び期限
七
その他必要な事項
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産）
第二十一条
機構に係る通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産は、次に掲げるものとする。
一
土地及び建物
二
総トン数五十トン以上の船舶
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）
第二十二条
機構は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一
処分等に係る財産の内容及び評価額
二
処分等の条件
三
処分等の方法
四
機構の業務運営上支障がない旨及びその理由
（積立金の処分に係る承認申請書の添付書類）
第二十三条
機構に係る独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令第二十一条第三項において準用する同条第二項の農林水産省令で定める書類は、同条第一項に規定する期間最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表及び当該事業年度の損益計算書とする。
（内部組織）
第二十四条
機構に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号の主務省令で定める内部組織は、現に存する理事長の直近下位の内部組織として農林水産大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２
直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として農林水産大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。
（管理又は監督の地位）
第二十五条
機構に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号の主務省令で定める管理又は監督の地位は、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして農林水産大臣が定めるものとする。
附　則
（施行期日）
１
この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
２
センターの成立の際センター法附則第五条第二項の規定により、政府から出資があったものとされる同項の財産のうち建物（その建物に附属する工作物を含む。）、工作物及び船舶については、第九条第一項の指定を受けたものとみなして、同条第二項の規定を適用する。
（出資があったものとされる財産等の評価に関する庶務）
３
センター法附則第五条第三項及び第六条第二項の規定による評価に関する庶務は、水産庁増殖推進部研究指導課において処理する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成十五年十月一日から施行する。
（経過措置）
第二条
独立行政法人水産総合研究センター法の一部を改正する法律附則第二条第二項の規定により政府から出資があったものとされる同項の財産のうち建物（その建物に附属する工作物を含む。）及び工作物については、第九条第一項の指定を受けたものとみなして、同条第二項の規定を適用する。
（海洋水産資源開発センターの業務方法書に記載すべき事項を定める省令等の廃止）
第三条
次に掲げる省令は廃止する。
一
海洋水産資源開発センターの業務方法書に記載すべき事項を定める省令（昭和四十六年農林省令第四十九号）
二
海洋水産資源開発センターの財務及び会計に関する省令（昭和四十六年農林省令第五十号）
附　則
この省令は、遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律の施行の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（以下「整備法」という。）の施行の日（平成十八年四月一日）から施行する。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成二十七年四月一日から施行する。
（業務実績等報告書に関する経過措置）
第二条
独立行政法人通則法の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）附則第八条第一項の規定により改正法による改正前の独立行政法人通則法第二十九条第一項の中期目標が改正法による改正後の独立行政法人通則法第三十五条の四第一項の中長期目標とみなされる場合におけるこの省令による改正後の国立研究開発法人水産総合研究センターの業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令（次条において「新省令」という。）第八条第一項の規定の適用については、同項の表中「通則法第三十五条の四第二項第二号に」とあるのは「独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（次号において「旧法」という。）第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第三十五条の四第二項第二号から第五号」とあるのは「旧法第二十九条第二項第二号から第五号」とする。
（事業報告書に関する経過措置）
第三条
新省令第十七条第三項の規定は、この省令の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成二十八年四月一日から施行する。
（国立研究開発法人水産研究・教育機構の内部組織に関する経過措置）
第五条
整備法附則第十三条の規定により読み替えて適用する通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた旧水産大学校の内部組織として主務省令で定めるものは、施行日の前日に存していた旧水産大学校の理事長の直近下位の内部組織として農林水産大臣が定めるもの（以下「旧水産大学校解散時内部組織」という。）であって再就職者が離職前五年間に在職していたものとする。
２
施行日の前日前に存していた旧水産大学校の理事長の直近下位の内部組織として農林水産大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を旧水産大学校解散時内部組織（当該内部組織が旧水産大学校解散時内部組織である場合にあっては、他の旧水産大学校解散時内部組織）が行っていた場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該旧水産大学校解散時内部組織に在職していたものとみなす。
３
整備法附則第十三条の規定により読み替えて適用する通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する国立研究開発法人水産研究・教育機構の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織のうち、旧水産大学校解散時内部組織が行っていた業務を行うものとして農林水産大臣が定めるものとする。
（国立研究開発法人水産研究・教育機構の管理又は監督の地位に関する経過措置）
第六条
国立研究開発法人水産研究・教育機構に係る整備法附則第十三条の規定により読み替えて適用する通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号の主務省令で定める管理又は監督の地位は、職員の退職管理に関する政令第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして農林水産大臣が定めるものとする。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成三十一年一月十七日）から施行する。
（経過措置）
第三条
第三条の規定による改正後の国立研究開発法人国際農林水産業研究センターの業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令第四条第一号（国立研究開発法人国際農林水産業研究センター法（平成十一年法律第百九十七号）第十一条第三号に掲げる業務に係る部分に限る。）、第四条の規定による改正後の国立研究開発法人森林研究・整備機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令第四条第五号並びに第五条の規定による改正後の国立研究開発法人水産研究・教育機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令第四条第六号及び第十号の規定は、この省令の施行の日から起算して六月間は、適用しない。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成三十一年四月一日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条
この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、平成三十一年四月一日以後に始まる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書から適用し、平成三十一年三月三十一日に終わる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。
一から四まで
略
五
国立研究開発法人水産研究・教育機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令第十六条及び第十七条第二項
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。