法第七十二条第一項（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等）に規定する期間（通算子法人にあつては、同条第五項第一号に規定する期間）に係る課税標準である所得の金額又は欠損金額及び同条第一項第二号に掲げる法人税の額の計算については、第一節第一款から第三款まで（各事業年度の益金の額又は損金の額の計算等）（第二十三条第一項（所有株式に対応する資本金等の額の計算方法等）、第百十二条第一項（適格合併等による欠損金の引継ぎ等）、第百十九条第一項（有価証券の取得価額）、第百二十八条第一項（適格合併等が行われた場合における延払基準の適用）及び第百三十一条第二項（適格合併等が行われた場合における工事進行基準の適用）を除く。）及び第四款（各事業年度の所得の金額の計算の細目）並びに前節第二款（税額控除）中「確定した決算」とあるのは「決算」と、「確定申告書」とあるのは「中間申告書」と、「損金経理に」とあるのは「決算において費用又は損失として経理することに」と、「損金経理を」とあるのは「決算において費用又は損失として経理を」と、第十九条第五項（関連法人株式等に係る配当等の額から控除する利子の額）中「法第七十四条第一項（確定申告）の規定による申告書」とあり、同条第九項中「確定申告書」とあり、及び第六十条（通常の使用時間を超えて使用される機械及び装置の償却限度額の特例）中「法第七十四条第一項（確定申告）の規定による申告書」とあるのは「中間申告書」と、第百三十一条の二第三項（リース取引の範囲）中「賃借料として損金経理」とあるのは「賃借料として決算において費用若しくは損失として経理」と、「償却費として損金経理」とあるのは「償却費として決算において費用又は損失として経理」と、第百三十一条の八第六項第一号（損益通算の対象となる欠損金額の特例）中「確定した決算」とあるのは「決算」と、同項第二号中「損金経理を」とあるのは「決算において費用又は損失として経理を」と、「損金経理の」とあるのは「その経理の」と、第百三十三条の二第一項（一括償却資産の損金算入）中「当該事業年度の月数」とあるのは「当該事業年度の月数（一括償却資産を事業の用に供した日の属する法第七十二条第一項（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等）に規定する期間（通算子法人にあつては、同条第五項第一号に規定する期間）にあつては、当該期間を一事業年度とみなさない場合の当該事業年度の月数）」と、第百四十八条第九項（通算法人に係る控除限度額の計算）中「法第七十四条第一項（確定申告）の規定による申告書」とあるのは「中間申告書」とする。
２
法第七十二条第四項に規定する政令で定める災害は、冷害、雪害、干害、落雷、噴火その他の自然現象の異変による災害及び鉱害、火薬類の爆発その他の人為による異常な災害並びに害虫、害獣その他の生物による異常な災害とする。
３
法第七十二条第四項に規定する政令で定める繰延資産は、第十四条第一項第六号（繰延資産の範囲）に掲げる繰延資産のうち他の者の有する固定資産を利用するために支出されたものとする。
４
法第七十二条第四項に規定する損失の額で政令で定めるものは、棚卸資産、固定資産又は前項に規定する繰延資産について生じた次に掲げる損失の額（保険金、損害賠償金その他これらに類するものにより補塡されるものを除く。）の合計額とする。
一
法第七十二条第四項に規定する災害（以下この項において「災害」という。）により当該資産が滅失し、若しくは損壊したこと又は災害による価値の減少に伴い当該資産の帳簿価額を減額したことにより生じた損失の額（その滅失、損壊又は価値の減少による当該資産の取壊し又は除去の費用その他の付随費用に係る損失の額を含む。）
二
災害により当該資産が損壊し、又はその価値が減少した場合その他災害により当該資産を事業の用に供することが困難となつた場合において、その災害のやんだ日の翌日から一年を経過した日の前日までに支出する次に掲げる費用その他これらに類する費用に係る損失の額
イ
災害により生じた土砂その他の障害物を除去するための費用
ロ
当該資産の原状回復のための修繕費
ハ
当該資産の損壊又はその価値の減少を防止するための費用
三
災害により当該資産につき現に被害が生じ、又はまさに被害が生ずるおそれがあると見込まれる場合において、当該資産に係る被害の拡大又は発生を防止するため緊急に必要な措置を講ずるための費用に係る損失の額
（通算法人の災害等による申告書の提出期限の延長）
第百五十条の三
国税通則法第十一条（災害等による期限の延長）の規定により通算法人の法第七十一条第一項（中間申告）の規定による申告書の提出期限が延長された場合には、他の通算法人についても、その延長された申告書に係る国税通則法施行令（昭和三十七年政令第百三十五号）第三条第一項から第三項まで（災害等による期限の延長）の規定により指定された期日まで、国税通則法第十一条の規定により法第七十一条第一項の規定による申告書（その延長された申告書に係る同項に規定する六月経過日の前日に終了する当該他の通算法人の同項第一号に規定する中間期間に係るものに限る。以下この項において同じ。）の提出期限が延長されたものとみなす。
ただし、当該指定された期日が当該他の通算法人の同条第一項の規定による申告書の提出期限前の日である場合は、この限りでない。
２
国税通則法第十一条の規定により通算法人の法第七十四条第一項（確定申告）の規定による申告書の提出期限が延長された場合には、他の通算法人についても、その延長された申告書に係る国税通則法施行令第三条第一項から第三項までの規定により指定された期日まで、国税通則法第十一条の規定により法第七十四条第一項の規定による申告書（その延長された申告書に係る事業年度終了の日に終了する当該他の通算法人の事業年度に係るものに限る。以下この項において同じ。）の提出期限が延長されたものとみなす。
ただし、当該指定された期日が当該他の通算法人の同条第一項の規定による申告書の提出期限前の日である場合は、この限りでない。
（電子情報処理組織による申告）
第百五十条の四
法第七十五条の四第三項（電子情報処理組織による申告）に規定する政令で定める法令は、地方法人税法、租税特別措置法、租税特別措置の適用状況の透明化等に関する法律（平成二十二年法律第八号）、東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律その他の法人税の申告に関する法令（法（これに基づく命令を含む。）及び国税通則法を除く。）とする。
（所得税額等の還付の手続）
第百五十一条
税務署長は、法第七十二条第四項第一号（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等）に掲げる金額の記載がある中間申告書又は法第七十四条第一項第三号（確定申告）に掲げる金額の記載がある確定申告書の提出があつた場合には、これらの金額が過大であると認められる事由がある場合を除き、遅滞なく、法第七十八条第一項（所得税額等の還付）の規定による還付又は充当の手続をしなければならない。
（還付すべき所得税額等の充当の順序）
第百五十二条
法第七十八条第一項（所得税額等の還付）の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）を未納の国税及び滞納処分費に充当する場合には、次の各号の順序により充当するものとする。
一
法第七十八条第一項の中間申告書に係る事業年度又は同項の確定申告書に係る事業年度の所得に対する法人税で修正申告書の提出又は更正により納付すべきもの（当該還付金が法第七十四条第一項第三号（確定申告）に掲げる金額に係るものである場合には、中間納付額を除く。）があるときは、当該法人税に充当する。
二
前号の充当をしてもなお還付すべき金額があるときは、その他の未納の国税及び滞納処分費に充当する。
（中間納付額の還付の手続）
第百五十三条
税務署長は、法第七十四条第一項第五号（中間納付額の控除不足額）に掲げる金額の記載がある確定申告書の提出があつた場合には、当該金額が過大であると認められる事由がある場合を除き、遅滞なく、法第七十九条第一項又は第二項（中間納付額の還付）の規定による還付又は充当の手続をしなければならない。
（還付すべき中間納付額の充当の順序）
第百五十四条
法第七十九条第一項又は第二項（中間納付額の還付）の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。次項において同じ。）を未納の国税及び滞納処分費に充当する場合には、次の各号の順序により充当するものとする。
一
当該還付金の計算の基礎とされた中間納付額に係る事業年度の所得に対する法人税で修正申告書の提出又は更正により納付すべきもの（中間納付額を除く。）があるときは、当該法人税に充当する。
二
前号の充当をしてもなお還付すべき金額がある場合において、同号に規定する中間納付額で未納のものがあるときは、当該未納の中間納付額に充当する。
三
前二号の充当をしてもなお還付すべき金額があるときは、その他の未納の国税及び滞納処分費に充当する。
２
その事業年度の所得に対する法人税に係る法第七十八条第一項（所得税額等の還付）の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。以下この項において同じ。）と法第七十九条第一項又は第二項の規定による還付金とがある場合において、これらの還付金をその事業年度の所得に対する法人税で未納のものに充当するときは、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める還付金からまず充当するものとする。
一
第百五十二条第一号（還付すべき所得税額等の充当の順序）に規定する法人税に充当する場合
法第七十八条第一項の規定による還付金
二
中間納付額に充当する場合
法第七十九条第一項又は第二項の規定による還付金