第二十五条の規定により土地改良区が費用を負担する場合においては、当該負担金については、これを土地改良区の事業に要する経費とみなして、土地改良法第三十六条第一項から第三項まで及び第五項、第三十八条並びに第三十九条の規定を適用する。
（権利関係の調整）
第三十条
機構がかんがい排水に係る第十二条第一項第一号、第二号イ若しくはロ又は第三号の業務（かんがい特定施設に係るものを除く。）を行った場合については、土地改良法第五十九条、第六十二条及び第六十五条の規定を準用する。
この場合において、同法第五十九条及び第六十二条第一項中「土地改良事業」とあるのは「独立行政法人水資源機構が行うかんがい排水に係る独立行政法人水資源機構法第十二条第一項第一号、第二号イ若しくはロ又は第三号の業務（同法第二十五条第一項に規定するかんがい特定施設に係るものを除く。）」と、同項中「組合員」とあるのは「独立行政法人水資源機構法第二十九条の規定により適用される土地改良法第三十六条第一項の規定により土地改良区が賦課徴収する金銭を負担した組合員」と読み替えるものとする。
（費用の負担又は補助）
第三十条の二
機構が第十九条の二第一項の規定により特定河川工事を行う場合には、その実施に要する費用の負担及びその費用に関する国の補助については、都道府県知事等が自ら当該特定河川工事を行うものとみなす。
２
前項の規定により国が当該都道府県知事等の統括する都道府県又は指定都市に対し交付すべき負担金又は補助金は、機構に交付するものとする。
３
前項の場合には、政令で定めるところにより、機構は、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和三十年法律第百七十九号）の規定の適用については同法第二条第三項に規定する補助事業者等と、公共土木施設災害復旧事業費国庫負担法の規定の適用については地方公共団体とみなす。
４
第一項の都道府県知事等の統括する都道府県又は指定都市は、同項の費用の額から第二項の負担金又は補助金の額を控除した額を機構に支払わなければならない。
５
第一項の費用の範囲、前項の規定による支払の方法その他同項の費用に関し必要な事項は、政令で定める。
第三十条の三
機構が第十九条の四第一項の規定により特定河川工事を廃止したときは、当該特定河川工事に要した費用の負担については、機構が都道府県知事等と協議して定めるものとする。
第四節　財務及び会計
（積立金の処分）
第三十一条
機構は、通則法第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間（以下この項において「中期目標の期間」という。）の最後の事業年度に係る通則法第四十四条第一項又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、その額に相当する金額のうち国土交通大臣の承認を受けた金額を、当該中期目標の期間の次の中期目標の期間に係る通則法第三十条第一項の認可を受けた中期計画（同項後段の規定による変更の認可を受けたときは、その変更後のもの）の定めるところにより、当該次の中期目標の期間における第十二条に規定する業務の財源に充てることができる。
２
機構は、前項に規定する積立金の額のうち第十二条第一項第二号ハ及び第五号、第二項並びに第三項の業務に係る利益によるものとして国土交通省令で定める額に相当する金額から前項の規定による承認を受けた金額のうち当該業務の財源に充てるべき金額を控除してなお残余があるときは、その残余の額を国庫に納付しなければならない。
３
前二項に定めるもののほか、納付金の納付手続その他積立金の処分に関し必要な事項は、政令で定める。
（長期借入金及び水資源債券）
第三十二条
機構は、第十二条第一項第一号、第二号イ若しくはロ又は第三号の業務に必要な費用に充てるため、国土交通大臣の認可を受けて、長期借入金をし、又は水資源債券（以下「債券」という。）を発行することができる。
２
前項の規定による債券の債権者は、機構の財産について他の債権者に先立って自己の債権の弁済を受ける権利を有する。
３
前項の先取特権の順位は、民法（明治二十九年法律第八十九号）の規定による一般の先取特権に次ぐものとする。
４
機構は、国土交通大臣の認可を受けて、債券の発行に関する事務の全部又は一部を銀行又は信託会社に委託することができる。
５
会社法（平成十七年法律第八十六号）第七百五条第一項及び第二項並びに第七百九条の規定は、前項の規定により委託を受けた銀行又は信託会社について準用する。
６
前各項に定めるもののほか、債券に関し必要な事項は、政令で定める。
（債務保証）
第三十三条
政府は、法人に対する政府の財政援助の制限に関する法律（昭和二十一年法律第二十四号）第三条の規定にかかわらず、国会の議決を経た金額の範囲内において、機構の長期借入金又は債券に係る債務（国際復興開発銀行等からの外資の受入に関する特別措置に関する法律（昭和二十八年法律第五十一号）第二条の規定に基づき政府が保証契約をすることができる債務を除く。）について保証することができる。
（償還計画）
第三十四条
機構は、毎事業年度、長期借入金及び債券の償還計画を立てて、国土交通大臣の認可を受けなければならない。
（補助金）
第三十五条
政府は、予算の範囲内において、政令で定めるところにより、機構に対し、第十二条第一項第一号又は第三号の業務に要する経費の一部を補助することができる。
第四章　雑則
（審査請求）
第三十六条
この法律に基づく機構の処分又はその不作為に不服がある者は、主務大臣に対して審査請求をすることができる。
この場合において、主務大臣は、行政不服審査法（平成二十六年法律第六十八号）第二十五条第二項及び第三項、第四十六条第一項及び第二項、第四十七条並びに第四十九条第三項の規定の適用については、機構の上級行政庁とみなす。
（主務大臣等）
第三十七条
機構に係る通則法（第十九条第九項、第三章及び第六十四条第一項を除く。）における主務大臣は、国土交通大臣とする。
２
機構に係るこの法律並びに通則法第十九条第九項、第三章及び第六十四条第一項における主務大臣は、次のとおりとする。
一
役員及び職員並びに財務及び会計その他管理業務に関する事項については、国土交通大臣
二
特定施設（特定施設である多目的ダムの利用に係る多目的用水路で政令で定めるものを含む。）の新築、改築、管理その他の業務に関する事項については、国土交通大臣
三
愛知豊川用水施設の管理その他の業務に関する事項については、農林水産大臣
四
前二号に掲げる施設以外のダム、
堰
せき
、水路その他の水資源の開発又は利用のための施設（多目的のものを含む。）の新築、改築、管理その他の業務に関する事項（次号及び第六号に掲げるものを除く。）については、政令で定めるところにより、農林水産大臣、経済産業大臣又は国土交通大臣
五
特定河川工事に係る業務に関する事項については、国土交通大臣
六
海外調査等業務に関する事項については、国土交通大臣
３
機構に係る通則法における主務省令は、国土交通省令とする。
ただし、通則法第三章における主務省令は、主務大臣が共同で発する命令とする。
（協議）
第三十八条
国土交通大臣は、次の場合には、あらかじめ、主務大臣（国土交通大臣を除く。）に協議しなければならない。
一
通則法第四十六条の二第一項、第二項若しくは第三項ただし書又は第四十八条の規定による認可をしようとするとき。
二
第三十一条第一項又は通則法第三十八条第一項若しくは第四十四条第三項の規定による承認をしようとするとき。
三
第三十一条第二項又は通則法第三十七条若しくは第五十条の規定により国土交通省令を定めようとするとき。
第三十九条
主務大臣（国土交通大臣を除く。）は、次の場合には、あらかじめ、国土交通大臣に協議しなければならない。
一
第十三条第一項若しくは第六項又は第十六条第一項若しくは第二項の規定による認可をしようとするとき。
二
通則法第三十条第三項又は第三十五条の三の規定による命令をしようとするとき。
第四十条
国土交通大臣は、次の場合には、あらかじめ、財務大臣に協議しなければならない。
一
第三十一条第一項の規定による承認をしようとするとき。
二
第三十一条第二項の規定により国土交通省令を定めようとするとき。
三
第三十二条第一項若しくは第四項又は第三十四条の規定による認可をしようとするとき。
（国土交通大臣の経由）
第四十一条
主務大臣（国土交通大臣を除く。）又は機構は、次の行為については、国土交通大臣を経てしなければならない。
一
機構の通則法第二十八条第一項若しくは第三十条第一項の規定による主務大臣への認可の申請又は主務大臣のこれらの規定による認可の機構への通知
二
主務大臣の通則法第二十九条第一項の規定による機構への指示
三
機構の通則法第三十一条第一項の規定による主務大臣への届出
四
機構の通則法第三十二条第二項の規定による主務大臣への提出
五
主務大臣の通則法第六十七条第一号又は第四号（通則法第三十条第一項に係る部分に限る。）の規定による財務大臣との協議
第四十二条
削除
（他の法令の準用）
第四十三条
不動産登記法（平成十六年法律第百二十三号）及び政令で定めるその他の法令については、政令で定めるところにより、機構を国の行政機関とみなして、これらの法令を準用する。
（国家公務員宿舎法の適用除外）
第四十四条
国家公務員宿舎法（昭和二十四年法律第百十七号）の規定は、機構の役員及び職員には適用しない。
（事務の区分）
第四十五条
第二十四条第二項並びに第二十八条第一項から第三項まで及び第五項の規定により都道府県が処理することとされている事務は、地方自治法第二条第九項第一号に規定する第一号法定受託事務とする。