法第四十条第二十項に規定する同条第二項の取消しに係る政令で定める場合は、第十二項の規定により同項の贈与又は遺贈をした者に課される所得税のその納付の期限後において当該取消しが行われた場合とし、同条第二十項に規定する同条第三項に係る政令で定める場合は、第十六項の規定により公益法人等に課される所得税のその納付の期限（当該公益法人等が同項に規定する承認が取り消された日の属する年以前に解散をしたものである場合には、第十八項の規定により読み替えられた所得税法第百二十八条の規定による納付の期限）後において当該取消しが行われた場合とする。
３９
法第四十条第二十項に規定する政令で定めるところにより計算した所得税の額は、その者の納付すべき所得税の額から同条第一項後段の承認があつたものとした場合において計算されるその者の納付すべき所得税の額を控除した金額に相当する金額とする。
４０
法第四十条第一項後段の承認につき同条第二項の規定による取消しがあつた場合において、当該承認に係る贈与について所得税法第七十八条第一項の規定又は法第四十一条の十八の二若しくは第四十一条の十八の三の規定の適用があるときは、これらの規定は、当該承認が取り消された日の属する年分において適用を受けることができる。
この場合において、同項中「支出した場合」とあるのは「支出した場合（租税特別措置法第四十条第一項後段（国等に対して財産を寄附した場合の譲渡所得等の非課税）の承認につき同条第二項の規定による取消しがあつた場合を含む。）」と、所得税法第七十八条第二項中「寄附金（学校の入学に関してするものを除く。）」とあるのは「寄附金（租税特別措置法第四十条第一項の規定の適用を受けたもの（当該取消しに係るものに限る。）のうち同項に規定する財産の贈与に係る山林所得の金額若しくは譲渡所得の金額で第三十二条第三項（山林所得）に規定する山林所得の特別控除額若しくは第三十三条第三項（譲渡所得）に規定する譲渡所得の特別控除額を控除しないで計算した金額又は雑所得の金額に相当する部分に限るものとし、学校の入学に関してするものを除く。）」と、法第四十一条の十八の二第一項中「その寄附をした者」とあるのは「その年において第四十条第一項後段の承認につき同条第二項の規定による取消しがあつた場合には、同条第一項の規定の適用を受けたもの（当該取消しに係るものに限る。）のうち同項に規定する財産の贈与に係る山林所得の金額若しくは譲渡所得の金額で所得税法第三十二条第三項に規定する山林所得の特別控除額若しくは同法第三十三条第三項に規定する譲渡所得の特別控除額を控除しないで計算した金額又は雑所得の金額に相当する部分を含むものとし、その寄附をした者」と、「所得税法」とあるのは「同法」とする。
４１
関係大臣は、第七項第二号イ、ロ（２）及びホに規定する業務、事業、方法及び所轄庁を定めたときは、これを告示する。
（国等に対して重要文化財を譲渡した場合の譲渡所得の非課税）
第二十五条の十七の二
法第四十条の二に規定する政令で定める地方独立行政法人は、地方独立行政法人法施行令第六条第三号に掲げる博物館、美術館、植物園、動物園又は水族館のうち博物館法第二条第二項に規定する公立博物館又は同法第三十一条第二項に規定する指定施設に該当するものに係る地方独立行政法人法第二十一条第六号に掲げる業務を主たる目的とするものとする。
２
法第四十条の二に規定する政令で定める文化財保存活用支援団体は、公益社団法人（その社員総会における議決権の総数の二分の一以上の数が地方公共団体により保有されているものに限る。）又は公益財団法人（その設立当初において拠出をされた金額の二分の一以上の金額が地方公共団体により拠出をされているものに限る。）であつて、その定款において、その法人が解散した場合にその残余財産が地方公共団体又は当該法人と類似の目的をもつ他の公益を目的とする事業を行う法人に帰属する旨の定めがあるもの（次項において「支援団体」という。）とする。
３
法第四十条の二に規定する政令で定める場合は、次に掲げる要件（その譲渡を受けた同条に規定する重要文化財として指定された資産（以下この項において「取得資産」という。）が建造物以外のものである場合には、第一号及び第四号に掲げる要件）を満たす場合とする。
一
当該支援団体と地方公共団体との間で、その取得資産の売買の予約又はその取得資産の第三者への転売を禁止する条項を含む協定に対する違反を停止条件とする停止条件付売買契約のいずれかを締結すること。
二
前号の売買の予約又は停止条件付売買契約の締結につき、その旨の仮登記を行うこと。
三
その取得資産が、文化財保護法第百九十二条の二第一項の規定により当該支援団体の指定をした同項の市町村の教育委員会が置かれている当該市町村の区域内に所在すること。
四
文化財保護法第百八十三条の五第一項に規定する認定文化財保存活用地域計画に記載された取得資産の保存及び活用に関する事業（地方公共団体の管理の下に行われるものに限る。）の用に供するために当該支援団体が譲渡を受けるものであること。
（物納による譲渡所得等の非課税）
第二十五条の十八
法第四十条の三に規定する政令で定める部分は、同条に規定する財産のうち、同条に規定する納付を困難とする金額として政令で定める額が当該財産の価額のうちに占める割合を、当該財産の価額に乗じて計算した金額に相当する部分とする。
（債務処理計画に基づき資産を贈与した場合の課税の特例）
第二十五条の十八の二
法第四十条の三の二第一項に規定する内国法人の事業の用に供されている部分として政令で定める部分は、同項の資産又は権利で当該内国法人の事業の用及び当該内国法人の事業の用以外の用に供されているもののうち、次の各号に掲げる権利の区分に応じ当該各号に定める金額に相当する部分とする。
一
土地の上に存する権利又は建物及びその附属設備若しくは構築物（以下この号において「建物等」という。）の賃借権、使用貸借権その他建物等の使用又は収益を目的とする権利
当該土地又は建物等の価額に相当する金額に、当該土地又は建物等の面積又は床面積のうちに占める当該内国法人の事業の用に供されている権利が設定されている部分の面積又は床面積の割合を乗じて計算した金額
二
工業所有権その他の資産の使用又は収益を目的とする権利（前号に掲げるものを除く。）
当該工業所有権その他の資産の価額に相当する金額に、法第四十条の三の二第一項の個人が収入すべき当該工業所有権の使用料の総額のうちに占める当該内国法人から収入すべき使用料の額の割合その他権利の種類及び性質に照らして合理的と認められる基準により算出した当該内国法人の事業の用に供されている割合を乗じて計算した金額
２
法第四十条の三の二第一項に規定する政令で定める要件は、同項の債務処理に関する計画が法人税法施行令第二十四条の二第一項第一号から第三号まで及び第四号又は第五号に掲げる要件に該当することとする。
第八節の四　内部取引に係る課税の特例等
（非居住者の内部取引に係る課税の特例）
第二十五条の十八の三
法第四十条の三の三第二項第一号イに規定する政令で定める特殊の関係は、次に掲げる関係とする。
一
一方の者と他方の者との間に当該他方の者が次に掲げるものに該当する関係がある場合における当該関係
イ
当該一方の者の親族
ロ
当該一方の者と婚姻の届出をしていないが事実上婚姻関係と同様の事情にある者
ハ
当該一方の者の使用人又は雇主
ニ
イからハまでに掲げる者以外の者で当該一方の者から受ける金銭その他の資産によつて生計を維持しているもの
ホ
ロからニまでに掲げる者と生計を一にするこれらの者の親族
二
一方の者と他方の者との間に当該他方の者が次に掲げる法人に該当する関係がある場合における当該関係（次号に掲げる関係に該当するものを除く。）
イ
当該一方の者（当該一方の者と前号に規定する関係のある者を含む。以下この号において同じ。）が他の法人を支配している場合における当該他の法人
ロ
当該一方の者及び当該一方の者とイに規定する特殊の関係のある法人が他の法人を支配している場合における当該他の法人
ハ
当該一方の者及び当該一方の者とイ及びロに規定する特殊の関係のある法人が他の法人を支配している場合における当該他の法人
三
法第六十六条の四第一項に規定する特殊の関係
２
法人税法施行令第四条第三項の規定は、前項第二号イからハまでに掲げる他の法人を支配している場合について準用する。
３
法第四十条の三の三第二項第一号ロに規定する政令で定める通常の利益率は、同条第一項に規定する内部取引（以下この条において「内部取引」という。）に係る棚卸資産（所得税法第二条第一項第十六号に規定する棚卸資産をいう。以下この条において同じ。）と同種又は類似の棚卸資産を、法第四十条の三の三第二項第一号イに規定する特殊の関係にない者（以下第五項までにおいて「非関連者」という。）から購入した者（以下この項並びに第五項第二号及び第四号において「再販売者」という。）が当該同種又は類似の棚卸資産を非関連者に対して販売した取引（以下この項において「比較対象取引」という。）に係る当該再販売者の売上総利益の額（当該比較対象取引に係る棚卸資産の販売による収入金額の合計額から当該比較対象取引に係る棚卸資産の原価の額の合計額を控除した金額をいう。）の当該収入金額の合計額に対する割合とする。