平成二十四年旧効力措置法第四十二条の十の規定の適用がある場合であって、平成二十六年改正法第十三条の規定による改正後の東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（平成二十三年法律第二十九号。以下「平成二十六年新震災特例法」という。）第十七条の二から第十七条の三の三まで（復興産業集積区域等において機械等を取得した場合等の法人税額の特別控除）の規定の適用がある場合における平成二十六年新令第百三十九条の十の規定の適用については、前項並びに東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律施行令の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百四十九号）による改正後の東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律施行令（平成二十三年政令第百十二号。以下「平成二十六年新震災特例法施行令」という。）第十七条の二第四項（復興産業集積区域等において機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）、第十七条の二の二第二項（企業立地促進区域において機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）、第十七条の二の三（避難解除区域等において機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）、第十七条の三第二項（復興産業集積区域において被災雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）、第十七条の三の二第四項（企業立地促進区域において避難対象雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）及び第十七条の三の三第二項（避難解除区域等において避難対象雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）の規定にかかわらず、平成二十六年新令第百三十九条の十中次の表の上欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
又は同法第六十三条第一項（短期所有に係る土地の譲渡等がある場合の特別税率）
若しくは同法第六十三条第一項（短期所有に係る土地の譲渡等がある場合の特別税率）又は租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号。以下この条において「平成二十四年改正法」という。）附則第二十二条第一項（沖縄の特定中小企業者が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる平成二十四年改正法第一条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この条において「平成二十四年旧効力措置法」という。）第四十二条の十第五項（連結納税の承認を取り消された場合の経営革新設備等に係る法人税額）
又は同法第六十三条第一項の
若しくは同法第六十三条第一項又は平成二十四年旧効力措置法第四十二条の十第五項の
の額（同法
の額（租税特別措置法
又は租税特別措置法
若しくは租税特別措置法
特別控除）の規定
特別控除）又は平成二十四年旧効力措置法第四十二条の十第二項若しくは第三項（沖縄の特定中小企業者が経営革新設備等を取得した場合の法人税額の特別控除）、東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（平成二十三年法律第二十九号）第十七条の二第二項若しくは第三項（復興産業集積区域等において機械等を取得した場合の法人税額の特別控除）、同法第十七条の二の二第二項若しくは第三項（企業立地促進区域において機械等を取得した場合の法人税額の特別控除）、同法第十七条の二の三第二項若しくは第三項（避難解除区域等において機械等を取得した場合の法人税額の特別控除）、同法第十七条の三（復興産業集積区域において被災雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）、同法第十七条の三の二（企業立地促進区域において避難対象雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）若しくは同法第十七条の三の三（避難解除区域等において避難対象雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）の規定
同法第四十二条の十三第一項後段
平成二十四年改正法附則第二十三条第二項（法人税の額から控除される特別控除額の特例に関する経過措置）の規定により読み替えて適用される所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）第十条の規定による改正後の租税特別措置法第四十二条の十三第一項後段
（控除限度額の計算に関する経過措置）
第九条
新令第百四十二条第一項（控除限度額の計算）の規定は、内国法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、内国法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
この場合において、改正法附則第六十三条（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の四の二第七項（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例）の規定により読み替えて適用する改正法第八条の規定による改正後の租税特別措置法第四十二条の四（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除）の規定の適用がある場合における新令第百四十二条第一項の規定の適用については、同項中「試験研究費の額に係る法人税額）、同法」とあるのは、「試験研究費の額に係る法人税額）（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十五年法律第五号）附則第六十三条（試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除の特例に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の四の二第七項（試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除の特例）の規定により読み替えて適用する場合を含む。）、租税特別措置法」とする。
（一般寄附金の連結損金算入限度額に関する経過措置）
第十条
新令第百五十五条の十三第二項（一般寄附金の連結損金算入限度額）の規定は、連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の施行日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
（連結留保金額から控除する金額等に関する経過措置）
第十一条
新令第百五十五条の二十三第二項（連結留保金額から控除する金額等）の規定は、連結法人の連結親法人事業年度が施行日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
（連結留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額に関する経過措置）
第十二条
新令第百五十五条の二十五（連結留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定は、連結法人の施行日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の施行日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
２
改正法附則第七十五条（連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の九の二第七項（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例）の規定により読み替えて適用する平成二十六年改正法第十条の規定による改正後の租税特別措置法第六十八条の九（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除）の規定の適用がある場合における平成二十六年新令第百五十五条の二十五（連結留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定の適用については、同条第二号中「試験研究費の額に係る法人税額）、同法」とあるのは、「試験研究費の額に係る法人税額）（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十五年法律第五号）附則第七十五条（連結法人が試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除の特例に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の九の二第七項（試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除の特例）の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この号において同じ。）、租税特別措置法」とする。
３
平成二十四年改正法附則第三十三条第一項（沖縄の特定中小連結法人が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる平成二十四年改正法第一条の規定による改正前の租税特別措置法（次項において「平成二十四年旧効力措置法」という。）第六十八条の十四（沖縄の特定中小連結法人が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）の規定の適用を受ける連結法人に係る平成二十六年新令第百五十五条の二十五の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
第一号
特別控除）の規定
特別控除）若しくは租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号。以下この号において「平成二十四年改正法」という。）附則第三十三条第一項（沖縄の特定中小連結法人が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる平成二十四年改正法第一条の規定による改正前の租税特別措置法（次号において「平成二十四年旧効力措置法」という。）第六十八条の十四第二項若しくは第三項（沖縄の特定中小連結法人が経営革新設備等を取得した場合の法人税額の特別控除）の規定
同法第六十八条の十五の七第一項後段
平成二十四年改正法附則第三十四条第一項（連結法人の法人税の額から控除される特別控除額の特例に関する経過措置）の規定により読み替えて適用される所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）第十条の規定による改正後の租税特別措置法第六十八条の十五の七第一項後段
第二号