（課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れについての確定申告による納付）
第四十九条
第四十五条第一項の規定による申告書を提出した者は、当該申告書に記載した同項第四号に掲げる消費税額（同項第六号の規定に該当する場合には、同号に掲げる消費税額）があるときは、当該申告書の提出期限までに、当該消費税額に相当する消費税を国に納付しなければならない。
（引取りに係る課税貨物についての消費税の納付等）
第五十条
第四十七条第一項の規定による申告書を提出した者は、当該申告に係る課税貨物を保税地域から引き取る時（同条第三項の場合にあつては、当該申告書の提出期限）までに、当該申告書に記載した同条第一項第二号に掲げる消費税額の合計額に相当する消費税を国に納付しなければならない。
２
保税地域から引き取られる第四十七条第二項に規定する課税貨物に係る消費税は、同項の税関長が当該引取りの際徴収する。
（引取りに係る課税貨物についての納期限の延長）
第五十一条
関税法第六条の二第一項第一号（税額の確定の方式）に規定する申告納税方式（次項において「申告納税方式」という。）が適用される課税貨物を保税地域から引き取ろうとする者（当該課税貨物につき特例申告書を提出する者（第五十八条において「特例申告者」という。）を除く。次項において同じ。）が、第四十七条第一項の規定による申告書を提出した場合において、当該申告書に記載した同項第二号に掲げる消費税額の合計額の全部又は一部の納期限に関し、その延長を受けたい旨の申請書を同項の税関長に提出し、かつ、当該消費税額の合計額の全部又は一部に相当する額の担保を当該税関長に提供したときは、当該税関長は、当該課税貨物に係る消費税については、前条第一項の規定にかかわらず、当該消費税額が当該提供された担保の額を超えない範囲内において、その納期限を三月以内に限り延長することができる。
２
申告納税方式が適用される課税貨物を保税地域から引き取ろうとする者が、その月（以下この項において「特定月」という。）において課税貨物を保税地域から引き取るときに課されるべき消費税の納期限に関し、特定月の前月末日までにその延長を受けたい旨の申請書を当該課税貨物に係る第四十七条第一項の規定による申告書を提出する税関長に提出し、かつ、当該課税貨物に係る消費税額の合計額に相当する額の担保を当該税関長に提供したときは、当該税関長は、特定月においてその者が引き取る課税貨物に係る消費税については、前条第一項の規定にかかわらず、特定月における消費税の額の累計額が当該提供された担保の額を超えない範囲内において、その納期限を特定月の末日の翌日から三月以内に限り延長することができる。
３
特例輸入者（関税法第七条の二第一項（申告の特例）に規定する特例輸入者をいう。以下この項において同じ。）が、特例申告書をその提出期限までに提出した場合において、当該特例申告書に記載した第四十七条第一項第二号に掲げる消費税額の合計額の全部又は一部の納期限に関し、当該特例申告書の提出期限までにその延長を受けたい旨の申請書を同項の税関長に提出したときは、当該税関長は、当該課税貨物に係る消費税については、前条第一項の規定にかかわらず、その納期限を二月以内に限り延長することができる。
この場合において、当該税関長は、消費税の保全のために必要があると認めるときは、政令で定めるところにより、当該特例輸入者に対し、当該特例申告書に記載した消費税額の全部又は一部に相当する額の担保の提供を命ずることができる。
４
関税法第七条の二第一項に規定する特例委託輸入者が、特例申告書をその提出期限までに提出した場合において、当該特例申告書に記載した第四十七条第一項第二号に掲げる消費税額の合計額の全部又は一部の納期限に関し、当該特例申告書の提出期限までにその延長を受けたい旨の申請書を同項の税関長に提出し、かつ、当該消費税額の合計額の全部又は一部に相当する額の担保を当該税関長に提供したときは、当該税関長は、当該課税貨物に係る消費税については、前条第一項の規定にかかわらず、当該消費税額が当該提供された担保の額を超えない範囲内において、その納期限を二月以内に限り延長することができる。
（仕入れに係る消費税額の控除不足額の還付）
第五十二条
第四十五条第一項又は第四十六条第一項の規定による申告書の提出があつた場合において、これらの申告書に第四十五条第一項第五号に掲げる不足額の記載があるときは、税務署長は、これらの申告書を提出した者に対し、当該不足額に相当する消費税を還付する。
２
前項の規定による還付金について還付加算金（国税通則法第五十八条第一項（還付加算金）に規定する還付加算金をいう。以下この章において同じ。）を計算する場合には、その計算の基礎となる同項の期間は、当該還付に係る申告書が次の各号に掲げる申告書のいずれに該当するかに応じ、当該各号に定める期限又は日の翌日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当（同法第五十七条第一項（充当）の規定による充当をいう。以下この章において同じ。）をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。
一
第四十五条第一項の規定による申告書（当該申告書の提出期限内に提出されたものに限る。）
当該申告書の提出期限
二
第四十五条第一項の規定による申告書（当該申告書の提出期限内に提出されたものを除く。）
当該申告書の提出があつた日の属する月の末日
三
第四十六条第一項の規定による申告書
当該申告書の提出があつた日の属する月の末日（当該申告書が当該申告書に係る課税期間の末日の翌日から二月を経過する日前に提出された場合には、当該二月を経過する日）
３
第一項の規定による還付金を同項に規定する申告書に係る課税期間の消費税で未納のものに充当する場合には、その還付金のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の消費税については、延滞税及び利子税を免除するものとする。
４
前二項に定めるもののほか、第一項の還付の手続、同項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（中間納付額の控除不足額の還付）
第五十三条
中間申告書を提出した者からその中間申告書に係る課税期間の第四十五条第一項又は第四十六条第一項の規定による申告書の提出があつた場合において、これらの申告書に第四十五条第一項第七号に掲げる不足額の記載があるときは、税務署長は、これらの申告書を提出した者に対し、当該不足額に相当する中間納付額を還付する。
２
税務署長は、前項の規定による還付金の還付をする場合において、同項の中間申告書に係る中間納付額について納付された延滞税があるときは、その額のうち、同項の規定により還付される中間納付額に対応するものとして政令で定めるところにより計算した金額を併せて還付する。
３
第一項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項（還付加算金）の期間は、第一項の規定により還付すべき中間納付額の納付の日（その中間納付額がその納期限前に納付された場合には、その納期限）の翌日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。
ただし、当該還付に係る申告書が次の各号に掲げる申告書である場合には、当該各号に定める日数は、当該期間に算入しない。
一
第四十五条第一項の規定による申告書（当該申告書の提出期限内に提出されたものを除く。）
当該申告書の提出期限の翌日からその提出された日までの日数
二
第四十六条第一項の規定による申告書で当該申告書に係る課税期間の末日の翌日から二月を経過する日の翌日以後に提出されたもの
当該翌日からその提出された日までの日数
４
第一項の規定による還付金をその額の計算の基礎とされた中間納付額に係る課税期間の消費税で未納のものに充当する場合には、その還付金の額のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の消費税については、延滞税及び利子税を免除するものとする。
５
第二項の規定による還付金については、還付加算金は、付さない。
６
前三項に定めるもののほか、第一項又は第二項の還付の手続、第一項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他同項又は第二項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（確定申告等に係る更正等による仕入れに係る消費税額の控除不足額の還付）
第五十四条
確定申告書等に係る消費税につき国税通則法第二十四条（更正）又は第二十六条（再更正）の規定による更正（当該消費税についての更正の請求（同法第二十三条第一項（更正の請求）の規定による更正の請求をいう。以下この章において同じ。）に対する処分に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含む。以下この項及び次項において「更正等」という。）があつた場合において、その更正等により第四十五条第一項第五号に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その確定申告書等を提出した者に対し、その増加した部分の金額に相当する消費税額を還付する。
２