登録免許税の過誤納金に対する国税通則法第五十六条から第五十八条まで（還付・充当・還付加算金）の規定の適用については、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める日に納付があつたものとみなす。
ただし、当該各号（第二号を除く。）に掲げる場合のいずれかに該当する場合の登録免許税に係る過誤納金のうち当該各号に定める日後に納付された登録免許税の額に相当する部分については、この限りでない。
一
登録免許税を納付して登記等の申請をした者につき当該申請を却下した場合（第四項において準用する第三項の証明をした場合を除く。）
当該却下した日
二
第五項の申出があつた場合
当該申出があつた日
三
登録免許税を納付して登記等の申請をした者につき当該申請の取下げがあつた場合（第三項の証明をした場合を除く。）
当該取下げがあつた日
四
過大に登録免許税を納付して登記等を受けた場合
当該登記等を受けた日（当該登記等が免許等である場合において、当該免許等を受けた日が当該免許等に係る第二十七条第二号に定める期限前であるときは、当該期限）
五
第二十四条の二第一項に規定する財務省令で定める方法により登録免許税を納付した者が当該登録免許税の納付の基因となる登記等の申請をしなかつた場合
第六項の申出があつた日（同項の申出がなかつた場合には、前項に規定する六月を経過する日）
第四章　雑則
（通知）
第三十二条
登記機関（政令で定める登記機関については、政令で定める省庁の長）は、政令で定めるところにより、その年の前年四月一日からその年三月三十一日までの期間内にした登記等に係る登録免許税の納付額を、その年七月三十一日までに財務大臣に通知しなければならない。
第三十三条
削除
（変更の届出に係る登録が新たな登録とみなされる場合の当該届出の取扱い）
第三十四条
保険業法（平成七年法律第百五号）第二百八十条第二項（変更等の届出等）の規定による登録のうち別表第一第三十七号の規定により同法第二百七十六条（登録）の特定保険募集人の登録とみなされるものに係る同法第二百八十条第一項第一号の規定による届出については、これを当該登録に係る申請とみなして、この法律の規定を適用する。
（届出が有料職業紹介事業の許可とみなされる場合の当該届出の取扱い）
第三十四条の二
別表第一第八十一号の規定により職業安定法（昭和二十二年法律第百四十一号）第三十条第一項（有料職業紹介事業の許可）の有料の職業紹介事業の許可とみなされる高年齢者等の雇用の安定等に関する法律（昭和四十六年法律第六十八号）第三十八条第二項（業務等）の規定による届出については、これを当該許可に係る申請とみなして、前章及びこの章の規定を適用する。
（認定が一般貨物自動車運送事業の許可等とみなされる場合の取扱い）
第三十四条の三
福島復興再生特別措置法（平成二十四年法律第二十五号）第七条第一項（福島復興再生計画の認定）に規定する福島復興再生計画の同条第十四項の認定（同法第七条の二第一項（東日本大震災復興特別区域法の準用）において読み替えて準用する東日本大震災復興特別区域法（平成二十三年法律第百二十二号）第六条第一項（認定復興推進計画の変更）の変更の認定を含む。）が次の各号に掲げる規定により当該各号に定める登記等とみなされる場合における福島復興再生特別措置法第七十一条第三項（流通機能向上事業に係る許認可等の特例）の同意をした者については、当該福島復興再生計画に係る同法第七条第一項の規定による申請を当該同意をした者の当該登記等に係る申請とみなして、前章及びこの章の規定を適用する。
一
別表第一第百二十五号
貨物自動車運送事業法（平成元年法律第八十三号）第三条（一般貨物自動車運送事業の許可）の一般貨物自動車運送事業の許可
二
別表第一第百三十九号
貨物利用運送事業法（平成元年法律第八十二号）第三条第一項（登録）の第一種貨物利用運送事業の登録若しくは同法第七条第一項（変更登録等）の変更登録、同法第二十条（許可）の第二種貨物利用運送事業の許可若しくは同法第二十五条第一項（事業計画及び集配事業計画）の事業計画の変更の認可、同法第三十五条第一項（登録）の第一種貨物利用運送事業の登録若しくは同法第三十九条第一項（変更登録等）の変更登録又は同法第四十五条第一項（許可）の第二種貨物利用運送事業の許可若しくは同法第四十六条第二項（事業計画）の事業計画の変更の認可
三
別表第一第百四十号
倉庫業法（昭和三十一年法律第百二十一号）第三条（登録）の倉庫業者の登録又は同法第七条第一項（変更登録等）の変更登録
（認定が旅行業者代理業の登録とみなされる場合の取扱い）
第三十四条の四
奄美群島振興開発特別措置法（昭和二十九年法律第百八十九号）第十一条第一項（産業振興促進計画の認定）に規定する産業振興促進計画の同条第八項（同法第十三条第二項（認定産業振興促進計画の変更）において準用する場合を含む。）の認定が別表第一第百四十二号の規定により旅行業法（昭和二十七年法律第二百三十九号）第三条（登録）の旅行業者代理業の登録とみなされる場合における奄美群島振興開発特別措置法第十一条第五項の同意をした者については、当該産業振興促進計画に係る同条第一項の規定による申請を当該同意をした者の当該登録に係る申請とみなして、前章及びこの章の規定を適用する。
２
小笠原諸島振興開発特別措置法（昭和四十四年法律第七十九号）第十一条第一項（産業振興促進計画の認定）に規定する産業振興促進計画の同条第八項（同法第十三条第二項（認定産業振興促進計画の変更）において準用する場合を含む。）の認定が別表第一第百四十二号の規定により旅行業法第三条の旅行業者代理業の登録とみなされる場合における小笠原諸島振興開発特別措置法第十一条第五項の同意をした者については、当該産業振興促進計画に係る同条第一項の規定による申請を当該同意をした者の当該登録に係る申請とみなして、前章及びこの章の規定を適用する。
（認定等が鉄道事業の許可等とみなされる場合の取扱い）
第三十四条の五
地域公共交通の活性化及び再生に関する法律（平成十九年法律第五十九号）第二十七条の二第一項（地域旅客運送サービス継続事業の実施）に規定する地域旅客運送サービス継続実施計画の同法第二十七条の三第二項（地域旅客運送サービス継続実施計画の認定）（同条第七項において準用する場合を含む。）の認定若しくは同法第二十七条の十四第一項（地域公共交通利便増進事業の実施）（同法第二十九条の九（鉄道事業再構築事業等に関する規定の準用）において準用する場合を含む。）に規定する地域公共交通利便増進実施計画の同法第二十七条の十五第二項（地域公共交通利便増進実施計画の認定）（同条第七項において準用する場合及びこれらの規定を同法第二十九条の九において準用する場合を含む。）の認定又は同法第二十九条の四第一項（交通手段再構築実証事業計画の作成）に規定する交通手段再構築実証事業計画の同条第六項（同条第七項において準用する場合を含む。）の規定による公表が次の各号に掲げる規定により当該各号に定める登記等とみなされる場合における同法第二十七条の二第三項の同意をした者若しくは同法第二十七条の十四第四項の同意をした者若しくは同項に規定する協定締結実施主体（以下この条において「協定締結実施主体」という。）又は当該交通手段再構築実証事業計画に定められた同法第二十九条の四第一項に規定する交通手段再構築実証事業の同条第二項第二号の実施主体（以下この条において「実施主体」という。）については、当該地域旅客運送サービス継続実施計画に係る同法第二十七条の三第一項の規定による申請若しくは当該地域公共交通利便増進実施計画に係る同法第二十七条の十五第一項の規定による申請又は当該交通手段再構築実証事業計画に係る同法第二十九条の四第四項の規定による協議の申出を、これらの同意をした者若しくは協定締結実施主体又は実施主体の当該登記等に係る申請とみなして、前章及びこの章の規定を適用する。
一
別表第一第百二十号
鉄道事業法（昭和六十一年法律第九十二号）第三条第一項（許可）の第一種鉄道事業、第二種鉄道事業若しくは第三種鉄道事業の許可又は軌道法（大正十年法律第七十六号）第三条（事業の特許）の軌道事業の特許
二
別表第一第百二十五号
道路運送法（昭和二十六年法律第百八十三号）第四条第一項（一般旅客自動車運送事業の許可）の一般旅客自動車運送事業の許可又は同法第十五条第一項（事業計画の変更）の事業計画の変更の認可
三
別表第一第百二十五号の三
道路運送法第七十九条（登録）の自家用有償旅客運送者の登録又は同法第七十九条の七第一項（変更登録等）の変更登録
四
別表第一第百三十三号
海上運送法（昭和二十四年法律第百八十七号）第三条第一項（一般旅客定期航路事業の許可）の一般旅客定期航路事業の許可
（公表が自家用有償旅客運送者の登録とみなされる場合の取扱い）
第三十四条の六
地域再生法（平成十七年法律第二十四号）第十七条の三十六第一項（地域住宅団地再生事業計画の作成）に規定する地域住宅団地再生事業計画の同条第二十九項（同条第三十項において準用する場合を含む。）の規定による公表が別表第一第百二十五号の三の規定により道路運送法第七十九条（登録）の自家用有償旅客運送者の登録又は同法第七十九条の七第一項（変更登録等）の変更登録とみなされる場合における地域再生法第十七条の三十六第十五項の同意をした者については、当該地域住宅団地再生事業計画に係る同条第二十七項の同意を得るための申出を同条第十五項の同意をした者の当該登録又は変更登録に係る申請とみなして、前章及びこの章の規定を適用する。
（電子情報処理組織等を使用した登記等の申請等）
第三十五条