第二項並びに第十五条第二項、第三項、第十三項及び第十四項の規定は第七項ただし書の規定による更新について、第三条第三項の規定は第一項の規定により環境大臣が行う指定及びその変更（鳥獣保護区の区域を拡張するものに限る。）について、第四条第四項及び第十二条第四項の規定は第一項の規定により都道府県知事が行う指定及びその変更（第四条第四項の場合にあっては、鳥獣保護区の区域を拡張するものに限る。）について、第十五条第二項、第三項、第十三項及び第十四項の規定は第一項の規定による指定及びその変更について準用する。
この場合において、同条第二項中「その旨並びにその名称、区域及び存続期間」とあるのは「その旨並びに鳥獣保護区の名称、区域、存続期間及び当該鳥獣保護区の保護に関する指針」と、同条第三項中「前項の規定による公示」とあるのは「第二十八条第九項において読み替えて準用する前項の規定による公示」と読み替えるものとする。
１０
第十二条第四項の規定は第八項の規定により都道府県知事が行う鳥獣保護区の指定の解除について、第十五条第二項及び第三項の規定は第八項の規定による指定の解除について準用する。
この場合において、同条第二項中「その旨並びにその名称、区域及び存続期間」とあるのは「その旨及び解除に係る区域」と、同条第三項中「前項の規定による公示」とあるのは「第二十八条第十項において読み替えて準用する前項の規定による公示」と読み替えるものとする。
１１
鳥獣保護区の区域内の土地又は木竹に関し、所有権その他の権利を有する者は、正当な理由がない限り、環境大臣又は都道府県知事が当該土地又は木竹に鳥獣の生息及び繁殖に必要な営巣、給水、給
餌
じ
等の施設を設けることを拒んではならない。
（鳥獣保護区における保全事業）
第二十八条の二
国又は都道府県は、鳥獣保護区における鳥獣の生息の状況に照らして必要があると認めるときは、国にあっては前条第一項の規定により環境大臣が指定する鳥獣保護区（以下「国指定鳥獣保護区」という。）において、都道府県にあっては同項の規定により都道府県知事が指定する鳥獣保護区（以下「都道府県指定鳥獣保護区」という。）において、保全事業（鳥獣の生息地の保護及び整備を図るための鳥獣の繁殖施設の設置その他の事業であって環境省令で定めるものをいう。以下同じ。）を実施するものとする。
２
環境大臣以外の国の機関は、国指定鳥獣保護区における保全事業を実施しようとするときは、環境大臣に協議しなければならない。
３
地方公共団体は、次に掲げる場合にあっては環境大臣に協議してその同意を得、それ以外の場合にあっては環境大臣に協議して、国指定鳥獣保護区における保全事業の一部を実施することができる。
一
当該保全事業として希少鳥獣の捕獲等又は希少鳥獣のうちの鳥類の卵の採取等をするとき。
二
当該保全事業として第九条第一項第三号の環境省令で定める網又はわなを使用して鳥獣の捕獲等をするとき。
４
都道府県以外の地方公共団体は、前項各号に掲げる場合に該当する場合にあっては都道府県知事に協議してその同意を得、それ以外の場合にあっては都道府県知事に協議して、都道府県指定鳥獣保護区における保全事業の一部を実施することができる。
５
都道府県が第一項の規定による保全事業を実施する場合において第三項各号に掲げる場合に該当するとき又は都道府県知事が前項の規定により保全事業について同意をしようとする場合は、都道府県又は都道府県知事は、環境大臣に協議し、その同意を得なければならない。
６
第一項、第三項及び第四項の規定により保全事業として実施する行為については、第八条、第十六条第一項及び第二項並びに次条第七項の規定は、適用しない。
（特別保護地区）
第二十九条
環境大臣又は都道府県知事は、それぞれ鳥獣保護区の区域内で鳥獣の保護又は鳥獣の生息地の保護を図るため特に必要があると認める区域を特別保護地区として指定することができる。
２
特別保護地区の存続期間は、当該特別保護地区が属する鳥獣保護区の存続期間の範囲内において環境大臣又は都道府県知事が定める期間とする。
３
環境大臣又は都道府県知事は、鳥獣の生息の状況の変化その他の事情の変化により第一項の規定による指定の必要がなくなったと認めるとき、又はその指定を継続することが適当でないと認めるときは、その指定を解除しなければならない。
４
第二項の規定は第一項の規定による指定の変更について、第三条第三項の規定は第一項の規定により環境大臣が行う指定及びその変更（特別保護地区の区域を拡張し、又は存続期間を延長するものに限る。）について、第四条第四項及び第十二条第四項の規定は第一項の規定により都道府県知事が行う指定及びその変更（第四条第四項の場合にあっては、特別保護地区の区域を拡張し、又は存続期間を延長するものに限る。）について、第十五条第二項、第三項、第十三項及び第十四項並びに第二十八条第二項から第六項までの規定は第一項の規定による指定及びその変更（同条第三項から第六項までの場合にあっては、特別保護地区の区域を拡張し、又は存続期間を延長するものに限る。）について準用する。
この場合において、第十二条第四項中「環境大臣に届け出なければ」とあるのは「特別保護地区の存続期間の終了後引き続き当該特別保護地区の区域と同一の区域を特別保護地区として指定する場合又は特別保護地区の存続期間を延長する場合にあっては環境大臣に届け出、これら以外の場合にあっては環境大臣に協議しなければ」と、第十五条第二項中「その旨並びにその名称、区域及び存続期間」とあるのは「その旨並びに特別保護地区の名称、区域、存続期間及び当該特別保護地区の保護に関する指針」と、同条第三項中「前項の規定による公示」とあるのは「第二十九条第四項において読み替えて準用する前項の規定による公示」と読み替えるものとする。
５
第十二条第四項の規定は第三項の規定により都道府県知事が行う指定の解除について、第十五条第二項及び第三項の規定は第三項の規定による指定の解除について準用する。
この場合において、第十二条第四項中「届け出なければ」とあるのは「協議しなければ」と、第十五条第二項中「その旨並びにその名称、区域及び存続期間」とあるのは「その旨及び解除に係る区域」と、同条第三項中「前項の規定による公示」とあるのは「第二十九条第五項において読み替えて準用する前項の規定による公示」と読み替えるものとする。
６
環境大臣は、第四項の規定により読み替えて準用する第十二条第四項の規定による協議を受けた場合（第一項の規定による指定の変更の場合にあっては、特別保護地区の区域を拡張するときに限る。）は、農林水産大臣に協議しなければならない。
７
特別保護地区の区域内においては、次に掲げる行為は、第一項の規定により環境大臣が指定する特別保護地区（以下「国指定特別保護地区」という。）にあっては環境大臣の、同項の規定により都道府県知事が指定する特別保護地区（以下「都道府県指定特別保護地区」という。）にあっては都道府県知事の許可を受けなければ、してはならない。
ただし、鳥獣の保護に支障がないと認められる行為として国指定特別保護地区にあっては環境大臣が、都道府県指定特別保護地区にあっては都道府県知事がそれぞれ定めるものについては、この限りでない。
一
建築物その他の工作物を新築し、改築し、又は増築すること。
二
水面を埋め立て、又は干拓すること。
三
木竹を伐採すること。
四
前三号に掲げるもののほか、国指定特別保護地区にあっては環境大臣が、都道府県指定特別保護地区にあっては都道府県知事がそれぞれ指定する区域内において、鳥獣の保護に影響を及ぼすおそれがある行為として政令で定めるものを行うこと。
８
前項の許可を受けようとする者は、環境省令で定めるところにより、国指定特別保護地区にあっては環境大臣に、都道府県指定特別保護地区にあっては都道府県知事にそれぞれ許可の申請をしなければならない。
９
環境大臣又は都道府県知事は、前項の許可の申請があったときは、当該申請に係る行為が次の各号のいずれかに該当する場合を除き、第七項の許可をしなければならない。
一
当該行為が鳥獣の保護に重大な支障を及ぼすおそれがあるとき。
二
当該行為が鳥獣の生息地の保護に重大な支障を及ぼすおそれがあるとき。
１０
環境大臣又は都道府県知事は、鳥獣の保護又は鳥獣の生息地の保護を図るため必要があると認めるときは、第七項の許可に条件を付することができる。
（措置命令等）
第三十条
環境大臣は国指定特別保護地区について、都道府県知事は都道府県指定特別保護地区について、鳥獣の保護を図るため必要があると認めるときは、特別保護地区の区域内において前条第七項の許可を受けて同項各号に掲げる行為をしている者に対し、その行為の実施方法について指示をすることができる。
２
環境大臣は国指定特別保護地区について、都道府県知事は都道府県指定特別保護地区について、鳥獣の保護又は鳥獣の生息地の保護を図るために必要があると認めるときは、前条第七項の規定に違反した者若しくは同条第十項の規定により付された条件に違反した者に対し、鳥獣の保護若しくは鳥獣の生息地の保護を図るために必要な限度において、その行為の中止を命じ、又はこれらの者若しくはこれらの者から当該土地、建築物その他の工作物若しくは物件についての権利を承継した者に対し、相当の期限を定めて、原状回復を命じ、若しくは原状回復が著しく困難である場合に、これに代わるべき必要な措置をとるべきことを命ずることができる。
３