ただし、当該青色申告書及びこれに添付された書類に記載された事項によつて、当該課税標準又は欠損金額の計算がこの法律の規定に従つていないことその他その計算に誤りがあることが明らかである場合は、その帳簿書類を調査しないでその更正をすることを妨げない。
２
税務署長は、内国法人の提出した青色申告書に係る法人税の課税標準若しくは欠損金額又は内国法人の各対象会計年度の国際最低課税額に対する法人税の課税標準の更正をする場合には、その更正に係る国税通則法第二十八条第二項（更正又は決定の手続）に規定する更正通知書にその更正の理由を付記しなければならない。
（推計による更正又は決定）
第百三十一条
税務署長は、内国法人に係る法人税につき更正又は決定をする場合には、内国法人の提出した青色申告書に係る法人税（その内国法人が通算法人（通算法人であつた内国法人を含む。以下この条において同じ。）である場合には、第百二十七条第三項又は第四項（青色申告の承認の取消し）の規定により読み替えられた同条第一項各号に定める事業年度から当該事業年度後の事業年度のうち最初に青色申告書以外の申告書を提出する事業年度の前事業年度までの各事業年度に係る法人税を除く。）の課税標準若しくは欠損金額又は内国法人の各対象会計年度の国際最低課税額に対する法人税の課税標準の更正をする場合を除き、その内国法人（その内国法人が通算法人である場合には、他の通算法人を含む。）の財産若しくは債務の増減の状況、収入若しくは支出の状況又は生産量、販売量その他の取扱量、従業員数その他事業の規模によりその内国法人に係る法人税の課税標準（更正をする場合にあつては、課税標準又は欠損金額）を推計して、これをすることができる。
（同族会社等の行為又は計算の否認）
第百三十二条
税務署長は、次に掲げる法人に係る法人税につき更正又は決定をする場合において、その法人の行為又は計算で、これを容認した場合には法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その行為又は計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより、その法人に係る法人税の課税標準若しくは欠損金額又は法人税の額を計算することができる。
一
内国法人である同族会社
二
イからハまでのいずれにも該当する内国法人
イ
三以上の支店、工場その他の事業所を有すること。
ロ
その事業所の二分の一以上に当たる事業所につき、その事業所の所長、主任その他のその事業所に係る事業の主宰者又は当該主宰者の親族その他の当該主宰者と政令で定める特殊の関係のある個人（以下この号において「所長等」という。）が前に当該事業所において個人として事業を営んでいた事実があること。
ハ
ロに規定する事実がある事業所の所長等の有するその内国法人の株式又は出資の数又は金額の合計額がその内国法人の発行済株式又は出資（その内国法人が有する自己の株式又は出資を除く。）の総数又は総額の三分の二以上に相当すること。
２
前項の場合において、内国法人が同項各号に掲げる法人に該当するかどうかの判定は、同項に規定する行為又は計算の事実のあつた時の現況によるものとする。
３
第一項の規定は、同項に規定する更正又は決定をする場合において、同項各号に掲げる法人の行為又は計算につき、所得税法第百五十七条第一項（同族会社等の行為又は計算の否認等）若しくは相続税法第六十四条第一項（同族会社等の行為又は計算の否認等）又は地価税法（平成三年法律第六十九号）第三十二条第一項（同族会社等の行為又は計算の否認等）の規定の適用があつたときについて準用する。
（組織再編成に係る行為又は計算の否認）
第百三十二条の二
税務署長は、合併、分割、現物出資若しくは現物分配（第二条第十二号の五の二（定義）に規定する現物分配をいう。）又は株式交換等若しくは株式移転（以下この条において「合併等」という。）に係る次に掲げる法人の法人税につき更正又は決定をする場合において、その法人の行為又は計算で、これを容認した場合には、合併等により移転する資産及び負債の譲渡に係る利益の額の減少又は損失の額の増加、法人税の額から控除する金額の増加、第一号又は第二号に掲げる法人の株式（出資を含む。第二号において同じ。）の譲渡に係る利益の額の減少又は損失の額の増加、みなし配当金額（第二十四条第一項（配当等の額とみなす金額）の規定により第二十三条第一項第一号又は第二号（受取配当等の益金不算入）に掲げる金額とみなされる金額をいう。）の減少その他の事由により法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その行為又は計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより、その法人に係る法人税の課税標準若しくは欠損金額又は法人税の額を計算することができる。
一
合併等をした法人又は合併等により資産及び負債の移転を受けた法人
二
合併等により交付された株式を発行した法人（前号に掲げる法人を除く。）
三
前二号に掲げる法人の株主等である法人（前二号に掲げる法人を除く。）
（通算法人に係る行為又は計算の否認）
第百三十二条の三
税務署長は、通算法人の各事業年度の所得に対する法人税につき更正又は決定をする場合において、当該通算法人又は他の通算法人の行為又は計算で、これを容認した場合には、当該各事業年度の所得の金額から控除する金額の増加、法人税の額から控除する金額の増加、他の通算法人に対する資産の譲渡に係る利益の額の減少又は損失の額の増加その他の事由により法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その行為又は計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより、当該通算法人に係る法人税の課税標準若しくは欠損金額又は法人税の額を計算することができる。
（更正等による所得税額等の還付）
第百三十三条
内国法人の提出した中間申告書（第七十二条第一項各号（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等）に掲げる事項を記載したものに限る。）又は確定申告書に係る法人税につき更正（当該法人税についての更正の請求（国税通則法第二十三条第一項（更正の請求）の規定による更正の請求をいう。次項及び次条において同じ。）に対する処分に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含む。以下この項及び次項において「更正等」という。）があつた場合において、その更正等により第七十二条第四項第一号又は第七十四条第一項第三号（確定申告）に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その内国法人に対し、その増加した部分の金額に相当する税額を還付する。
２
前項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項（還付加算金）の期間は、前項の更正等の日の翌日以後一月を経過した日（当該更正等が更正の請求に基づく更正である場合及び更正の請求に対する処分に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決である場合には、その更正の請求の日の翌日以後三月を経過した日と当該更正等の日の翌日以後一月を経過した日とのいずれか早い日）からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。
３
第一項の規定による還付金を同項の中間申告書に係る事業年度又は同項の確定申告書に係る事業年度の所得に対する法人税で未納のものに充当する場合には、その還付金の額のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の法人税については、延滞税及び利子税を免除するものとする。
４
前二項に定めるもののほか、第一項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（確定申告に係る更正等又は決定による中間納付額の還付）
第百三十四条
中間申告書を提出した内国法人である普通法人のその中間申告書に係る事業年度の法人税につき国税通則法第二十五条（決定）の規定による決定があつた場合において、その決定に係る第七十四条第一項第五号（確定申告）に掲げる金額があるときは、税務署長は、その普通法人に対し、当該金額に相当する中間納付額を還付する。
２
中間申告書を提出した内国法人である普通法人のその中間申告書に係る事業年度の法人税につき更正（当該法人税についての処分等（更正の請求に対する処分又は国税通則法第二十五条の規定による決定をいう。）に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含む。以下この項及び第四項第二号において「更正等」という。）があつた場合において、その更正等により第七十四条第一項第五号に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その普通法人に対し、その増加した部分の金額に相当する中間納付額を還付する。
３
税務署長は、前二項の規定による還付金の還付をする場合において、これらの規定に規定する中間申告書に係る中間納付額について納付された延滞税があるときは、その額のうち、これらの規定により還付される中間納付額に対応するものとして政令で定めるところにより計算した金額を併せて還付する。
４