会社法施行日前にされた旧令第二十四条の二第一項第一号（再生計画認可の決定に準ずる事実等）に規定する整理計画の決定（会社法施行の際現に係属している会社の整理に関する事件に係る同号に規定する整理計画の決定を含む。）については、なお従前の例による。
（陳腐化した減価償却資産の償却限度額の特例に関する経過措置）
第十四条
改正法附則第百七条第十項、第十一項又は第十三項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定の適用を受ける法人に係る新令第六十条の二第一項（陳腐化した減価償却資産の償却限度額の特例）の規定の適用については、同項中「）又は」とあるのは「）若しくは」と、「）の規定」とあるのは「）又は所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号）附則第百七条第十項、第十一項若しくは第十三項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十三条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法第四十六条の三（第一項第二号に係る部分に限る。）、第四十六条の四若しくは第四十七条第一項（農業経営改善計画等を実施する法人の機械等の割増償却等）の規定」とする。
（資産の評価損の計上ができる場合に関する経過措置）
第十五条
会社法施行日前に整理開始の命令があった場合又は会社法施行の際現に係属している会社の整理に関する事件について会社法施行日以後に整理開始の命令があった場合における旧令第六十八条第一項第一号ニ、同項第二号ニ、同項第三号ヘ及び同項第四号イ（３）（資産の評価損の計上ができる場合）に規定する評価換えについては、なお従前の例による。
（役員給与の損金不算入等に関する経過措置）
第十六条
施行日以後最初に開始する事業年度の新令第六十九条第二項（定期同額給与の範囲等）に規定する給与に係る同項に規定するいずれか早い日が施行日から三月を経過する日（保険業法第二条第二項（定義）に規定する保険会社にあっては、施行日から四月を経過する日。以下この項において「三月経過日」という。）以前の日となる場合における新令第六十九条第二項の規定の適用については、当該給与に係る同項に規定する届出期限は、当該三月経過日とする。
２
施行日から会社法施行日の前日までの間における新令第六十九条の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句とする。
第一項第一号
規定する会計期間
規定する営業年度等
第四項第一号
会社法第三百六十三条第一項各号（取締役会設置会社の取締役の権限）
商法第二百六十条第三項各号（取締役会の業務執行）
第四項第二号
会社法第四百十八条（執行役の権限）
株式会社の監査等に関する商法の特例に関する法律（昭和四十九年法律第二十二号）第二十一条の十二（執行役の権限）
第七項第一号及び第二号
委員会設置会社
委員会等設置会社
３
新令第七十一条第一項第一号から第四号まで（使用人兼務役員とされない役員）の規定は、法人が会社法施行日以後にこれらの号に掲げる者に支給する新法第三十四条第一項（役員給与の損金不算入）に規定する給与（施行日前に開始した事業年度の会社法施行日以後の期間にこれらの号に掲げる者に支給する旧法第三十五条第四項（役員賞与等の損金不算入）に規定する賞与を含む。）について適用し、法人が会社法施行日前に旧令第七十一条第一項第一号から第三号まで（使用人兼務役員とされない役員）に掲げる者に支給した旧法第三十五条第四項に規定する賞与（施行日以後に開始する事業年度の会社法施行日前の期間にこれらの号に掲げる者に支給する新法第三十四条第一項に規定する給与を含む。）については、なお従前の例による。
４
施行日から会社法施行日の前日までの間における新令第七十一条第三項の規定の適用については、同項中「第一項第五号」とあるのは、「第一項第四号」とする。
５
施行日から会社法施行日の前日までの間における新令第七十二条（特殊支配同族会社の判定等）の規定の適用については、同条第二項第三号及び第三項第三号中「、合資会社又は合同会社」とあるのは、「又は合資会社」とする。
６
新令第七十二条の二第五項（特殊支配同族会社の役員給与の損金不算入額及び基準所得金額の計算等）の規定の適用については、平成十五年四月一日前に開始した事業年度又は連結事業年度は同項に規定する特殊支配同族会社に該当しない事業年度又は連結事業年度として、同項第三号に掲げる金額を計算する。
７
新令第七十二条の二第五項の規定を適用する場合には、平成十三年四月一日前に開始した事業年度において生じた同項第三号ロに掲げる金額については、同号中「七年」とあるのは、「五年」とする。
８
新令第七十二条の二第十一項に規定する業務主宰役員給与額には、旧法第三十五条の規定により損金の額に算入されない金額を含まないものとする。
（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲に関する経過措置）
第十七条
新令第七十七条第一項第一号の三（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、法人が施行日以後に支出する寄附金について適用し、法人が施行日前に支出した寄附金については、なお従前の例による。
２
新令第七十七条第一項第三号の規定は、法人が附則第一条第三号（施行期日）に定める日以後に支出する寄附金について適用し、法人が同日前に支出した寄附金については、なお従前の例による。
（圧縮記帳に代わる経理方法に関する経過措置）
第十八条
新令第八十条、第八十三条及び第八十六条（圧縮記帳に代わる経理方法）の規定は、法人の会社法施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の会社法施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
（貸倒引当金勘定への繰入限度額に関する経過措置）
第十九条
新令第九十六条第一項第一号ハ及び第三号ニ（貸倒引当金勘定への繰入限度額）の規定は、会社法施行日以後にされる会社法の規定による特別清算に係る協定の認可の決定又は特別清算開始の申立てについて適用し、会社法施行日前にされた会社法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律第六十四条（商法の一部改正）の規定による改正前の商法（以下この条において「旧商法」という。）の規定による特別清算に係る協定の認可又は特別清算開始の申立て（会社法施行日前に解散した法人に係る旧商法の規定による特別清算に係る協定の認可又は特別清算開始の申立てを含む。）については、なお従前の例による。
２
会社法施行日前にされた旧令第九十六条第一項第三号ニ（貸倒引当金勘定への繰入限度額）に規定する整理開始の申立てに係る会社の整理に関する事件については、なお従前の例による。
（特定株主等によって支配された欠損等法人の欠損金の繰越しの不適用に関する経過措置）
第二十条
施行日から平成十八年九月三十日までの間における新令第百十三条の二第六項（特定株主等によって支配された欠損等法人の欠損金の繰越しの不適用）の規定の適用については、同項第一号中「適格株式交換若しくは適格株式移転」とあるのは、「株式交換若しくは株式移転」とする。
２
施行日から会社法施行日の前日までの間における新令第百十三条の二第七項の規定の適用については、同項中「繰延資産並びに法第六十二条の八第一項（非適格合併等により移転を受ける資産等に係る調整勘定の損金算入等）に規定する資産調整勘定の金額に係る資産」とあるのは、「繰延資産」とする。
（再生手続開始の決定に準ずる事実等に関する経過措置）
第二十一条
会社法施行日前に整理開始の命令があった場合又は会社法施行の際現に係属している会社の整理に関する事件について会社法施行日以後に整理開始の命令があった場合における旧令第百十七条第二号（再生手続開始の決定に準ずる事実等）に定める債権については、なお従前の例による。
（特定株主等によって支配された欠損等法人の資産の譲渡等損失額の損金不算入に関する経過措置）
第二十二条
施行日から会社法施行日の前日までの間における新令第百十八条の三第一項（特定株主等によって支配された欠損等法人の資産の譲渡等損失額の損金不算入）の規定の適用については、同項中「繰延資産並びに法第六十二条の八第一項（非適格合併等により移転を受ける資産等に係る調整勘定の損金算入等）に規定する資産調整勘定の金額に係る資産」とあるのは、「繰延資産」とする。
２
施行日から平成十八年九月三十日までの間における新令第百十八条の三第二項の規定の適用については、同項中「場合若しくは当該特定資産が法第六十二条の九第一項（非適格株式交換等に係る株式交換完全子法人等の有する資産の時価評価損益）に規定する時価評価資産に該当し、かつ、当該特定資産の評価損（同項に規定する評価損をいう。）につき同項の規定の適用がある場合」とあるのは、「場合」とする。
（有価証券の取得価額等に関する経過措置）
第二十三条
新令第百十九条第一項第一号（有価証券の取得価額）の規定は、法人が施行日以後に取得する同号に掲げる有価証券について適用し、法人が施行日前に取得した旧令第百十九条第一項第一号（有価証券の取得価額）に掲げる有価証券については、なお従前の例による。
２
新令第百十九条第一項第二号から第四号までの規定は、法人が会社法施行日以後に取得するこれらの号に掲げる有価証券について適用し、法人が会社法施行日前に取得した旧令第百十九条第一項第二号及び第三号に掲げる有価証券については、なお従前による。
３
新令第百十九条第一項第八号から第十一号までの規定は、法人が平成十八年十月一日以後に取得するこれらの号に掲げる有価証券について適用する。
４