新規則第四条の四第十項（新規則第五条の二第十五項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定は、新規則第四条の四第十項に規定する配当等の支払者又は新規則第五条の二第十五項に規定する支払の取扱者が施行日以後に行う新規則第四条の四第十項に規定する通知について適用する。
（非課税口座内の少額上場株式等に係る配当所得の非課税に関する経過措置）
第五条
新規則第五条の五の二の規定は、施行日以後に支払を受けるべき租税特別措置法第九条の八に規定する非課税口座内上場株式等の同条に規定する配当等について適用し、施行日前に支払を受けるべき同条に規定する非課税口座内上場株式等の同条に規定する配当等については、なお従前の例による。
（特定中小事業者が特定経営力向上設備等を取得した場合の特別償却又は所得税額の特別控除に関する経過措置）
第六条
新規則第五条の十一第二項の規定の適用については、同項に規定する認定申請書には、経営力向上に関する命令の一部を改正する命令（令和六年内閣府、総務省、財務省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省、国土交通省令第一号）による改正前の経営力向上に関する命令（平成二十八年内閣府、総務省、財務省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省、国土交通省令第二号。以下「旧経営力向上命令」という。）第二条第二項又は第三条第二項の申請書を含むものとする。
（特定の取締役等が受ける新株予約権の行使による株式の取得に係る経済的利益の非課税等に関する経過措置）
第七条
新規則第十一条の三第三項（第一号ハに係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に同号の規定により同号の通知をする場合について適用し、施行日前に改正前の租税特別措置法施行規則（以下「旧規則」という。）第十一条の三第二項第一号の規定により同号の通知をした場合については、なお従前の例による。
２
新規則第十一条の三第五項（第三号、第五号及び第六号に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に改正法第十三条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「新法」という。）第二十九条の二第二項第三号に規定する提出をする同号に規定する書面について適用し、施行日前に提出した改正法第十三条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧法」という。）第二十九条の二第二項第三号に規定する書面については、なお従前の例による。
３
令和六年一月一日から同年三月三十一日までの間に旧規則第十一条の三第二項第一号の規定により同号の通知を受けた同号に規定する金融商品取引業者等の営業所等に係る当該金融商品取引業者等が施行日以後に当該通知に係る同号に規定する対象株式に係る新法第二十九条の二第七項に規定する調書を提出する場合における新規則第十一条の三第十六項の規定及び新規則別表第六（二）に定める書式の適用については、附則第十九条第二項の規定にかかわらず、新規則第十一条の三第十六項第八号中「法第二十九条の二第一項第二号及び第三号の権利行使価額並びに当該特定株式に係る特定新株予約権の付与決議のあつた年月日及び当該特定株式に係る株式会社の設立の年月日（当該株式会社が上場会社又は店頭売買登録会社に該当するものである場合には当該権利行使価額、付与決議のあつた年月日及び設立の年月日並びに第一項第二号ロに規定する上場された日又は同号ハに規定する登録された日とし、当該株式会社が同号イに掲げる会社に該当するものである場合にはその旨並びに当該権利行使価額、付与決議のあつた年月日及び設立の年月日とする。）」とあるのは「法第二十九条の二第一項第三号の権利行使価額」とし、新規則別表第六（二）の表の「換算後の権利行使価額」、「付与決議日」、「設立年月日」、「上場区分」及び「上場等の年月日」の欄については記載を要しない。
（収用等に伴い代替資産を取得した場合の課税の特例に関する経過措置）
第八条
旧規則第十四条第五項第九号ニの規定による厚生労働大臣の証する書類は、施行日以後は、新規則第十四条第五項第九号ホの規定による国土交通大臣の証する書類とみなす。
（有価証券の譲渡による所得の課税の特例等に関する経過措置）
第九条
新規則第十八条の十三の五第十一項の規定は、同項に規定する金融商品取引業者等が施行日以後に行う同項に規定する通知について適用する。
２
新規則第十八条の十五の三第十一項の規定は、施行日以後に租税特別措置法第三十七条の十四第十三項に規定する提出を受ける同項に規定する金融商品取引業者等変更届出書について適用し、施行日前に同項に規定する提出を受けた同項に規定する金融商品取引業者等変更届出書については、なお従前の例による。
３
新規則第十八条の十五の三第十二項の規定は、施行日以後に租税特別措置法第三十七条の十四第十六項に規定する提出を受ける同項に規定する非課税口座廃止届出書について適用し、施行日前に同項に規定する提出を受けた同項に規定する非課税口座廃止届出書については、なお従前の例による。
４
新規則第十八条の十五の九（同条第二項第四号に係る部分に限る。）の規定及び新規則別表第七（三）に定める書式は、施行日以後に提出する令和六年以後の各年において租税特別措置法第三十七条の十四第三十四項の金融商品取引業者等に開設されている非課税口座（同項の非課税口座をいう。以下この項において同じ。）に係る同条第三十四項の報告書及び同法第三十七条の十四の二第二十七項の金融商品取引業者等に開設されている未成年者口座（同項の未成年者口座をいう。以下この項において同じ。）に係る同条第二十七項の報告書について適用し、施行日前に提出した同法第三十七条の十四第三十四項の報告書及び同法第三十七条の十四の二第二十七項の報告書並びに施行日以後に提出する令和五年以前の各年において同法第三十七条の十四第三十四項の金融商品取引業者等に開設されていた非課税口座に係る同項の報告書及び同法第三十七条の十四の二第二十七項の金融商品取引業者等に開設されていた未成年者口座に係る同項の報告書については、なお従前の例による。
５
前項に規定する書式は、当分の間、旧規則の相当の規定に定める報告書に、新規則別表第七（三）に準じて、記載したものをもってこれに代えることができる。
（居住者の外国関係会社に係る所得の課税の特例等に関する経過措置）
第十条
新規則第十八条の二十第三十六項の規定は、租税特別措置法第四十条の四第十一項に規定する居住者の令和七年分以後の各年分の同項に規定する書類について適用し、同項に規定する居住者の令和六年分以前の各年分の同項に規定する書類については、なお従前の例による。
２
新規則第十八条の二十の二第十三項の規定は、租税特別措置法第四十条の七第十一項に規定する居住者の令和七年分以後の各年分の同項に規定する書類について適用し、同項に規定する居住者の令和六年分以前の各年分の同項に規定する書類については、なお従前の例による。
（居住用財産の買換え等の場合の譲渡損失の損益通算及び繰越控除に関する経過措置）
第十一条
新規則第十八条の二十五第二項、第三項、第十一項及び第十二項の規定は、個人が令和六年一月一日以後に行う新法第四十一条の五第七項第一号に規定する譲渡資産の特定譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧法第四十一条の五第七項第一号に規定する譲渡資産の特定譲渡については、なお従前の例による。
（特定割引債の償還金の支払通知書の記載事項等に関する経過措置）
第十二条
新規則第十九条の六第七項の規定は、同項に規定する償還金の支払者が施行日以後に行う同項に規定する通知について適用する。
（中小企業者等が特定経営力向上設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
第十四条
新規則第二十条の九第二項の規定の適用については、同項に規定する認定申請書には、旧経営力向上命令第二条第二項又は第三条第二項の申請書を含むものとする。
（準備金に関する経過措置）
第十五条
新規則第二十一条の二第二項の規定の適用については、同項第一号に規定する認定申請書には、旧経営力向上命令第二条第二項又は第三条第二項の申請書を含むものとする。
２
所得税法等の一部を改正する法律（令和五年法律第三号）附則第四十三条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第五十七条の四の規定に基づく旧規則第二十一条の十一の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第一項中「原子力発電施設解体引当金に関する省令」とあるのは、「脱炭素社会の実現に向けた電気供給体制の確立を図るための電気事業法等の一部を改正する法律の施行に伴う関係省令の整備等に関する省令（令和六年経済産業省令第二十一号）附則第二条の規定による廃止前の原子力発電施設解体引当金に関する省令」とする。
（国家戦略特別区域における指定法人の課税の特例に関する経過措置）
第十六条
改正法附則第五十条第一項に規定する財務省令で定める計画は、同項に規定する特定事業に係る国家戦略特別区域法施行規則（平成二十六年内閣府令第二十号）第三条の二第一項の事業実施計画とする。
（内国法人の外国関係会社に係る所得の課税の特例等に関する経過措置）
第十七条
新規則第二十二条の十一第四十八項の規定は、租税特別措置法第六十六条の六第十一項に規定する内国法人の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する書類について適用し、同項に規定する内国法人の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する書類については、なお従前の例による。
２