Neolucanus okinawanus（オキナワマルバネクワガタ）
３
Neolucanus protogenetivus hamaii（ウケジママルバネクワガタ）
（８）　はなのみ科
１
Hoshihananomia kusuii（クスイキボシハナノミ）
２
Hoshihananomia ochrothorax（キムネキボシハナノミ）
３
Hoshihananomia trichopalpis（オガサワラキボシハナノミ）
４
Tomoxia relicta（オガサワラモンハナノミ）
（９）　こがねむし科
１
Cheirotonus jambar（ヤンバルテナガコガネ）
２
Oryctes hisamatsui（ヒサマツサイカブト）
ハ　かめむし目
（１）　こおいむし科
１
Kirkaldyia deyrolli（タガメ）
（２）　せみ科
１
Platypleura albivannata（イシガキニイニイ）
（３）　こばんむし科
１
Ilyocoris cimicoides exclamationis（コバンムシ）
（４）　たいこうち科
１
Laccotrephes grossus（タイワンタイコウチ）
ニ　はち目
（１）　あり科
１
Aphaenogaster gamagumayaa（ガマアシナガアリ）
ホ　ちょう目
（１）　せせりちょう科
１
Carterocephalus palaemon akaishianus（タカネキマダラセセリ赤石山脈亜種）
２
Parnara ogasawarensis（オガサワラセセリ）
３
Pyrgus malvae unomasahiroi（ヒメチャマダラセセリ）
（２）　しじみちょう科
１
Celastrina ogasawaraensis（オガサワラシジミ）
２
Japonica onoi mizobei（カシワアカシジミ冠高原亜種）
３
Phengaris teleius kazamoto（ゴマシジミ関東・中部亜種）
４
Pithecops fulgens tsushimanus（ツシマウラボシシジミ）
５
Plebejus subsolanus iburiensis（アサマシジミ北海道亜種）
６
Shijimia moorei moorei（ゴイシツバメシジミ）
（３）　たてはちょう科
１
Melitaea ambigua niphona（コヒョウモンモドキ）
２
Melitaea protomedia（ウスイロヒョウモンモドキ）
３
Melitaea scotosia（ヒョウモンモドキ）
４
Oeneis norna sugitanii（タカネヒカゲ八ヶ岳亜種）
ヘ　とんぼ目
（１）　えぞとんぼ科
１
Hemicordulia ogasawarensis（オガサワラトンボ）
（２）　あおいととんぼ科
１
Indolestes boninensis（オガサワラアオイトトンボ）
（３）　はなだかとんぼ科
１
Rhinocypha ogasawarensis（ハナダカトンボ）
（４）　とんぼ科
１
Libellula angelina（ベッコウトンボ）
２
Rhyothemis severini（ハネナガチョウトンボ）
ト　ばった目
（１）　ばった科
１
Celes akitanus（アカハネバッタ）
七　唇脚綱
イ　おおむかで目
（１）　おおむかで科
１
Scolopendra alcyona（リュウジンオオムカデ）
八　二枚貝綱
イ　いしがい目
（１）　かわしんじゅがい科
１
Margaritifera laevis（カワシンジュガイ）
２
Margaritifera togakushiensis（コガタカワシンジュガイ）
九　腹足綱
イ　柄眼目
（１）　おなじまいまい科
１
Aegista inexpectata（オモイガケナマイマイ）
２
Aegista marginata（ヘリトリケマイマイ）
３
Euhadra murayamai（ムラヤママイマイ）
４
Euhadra nachicola（ナチマイマイ）
５
Euhadra sadoensis（サドマイマイ）
６
Nesiohelix omphalina bipyramidalis（オオアガリマイマイ）
７
Nesiohelix omphalina omphalina（ヘソアキアツマイマイ）
（２）　なんばんまいまい科
１
Mandarina anijimana（アニジマカタマイマイ）
２
Mandarina aureola（コガネカタマイマイ）
３
Mandarina chichijimana（チチジマカタマイマイ）
４
Mandarina exoptata（ヒシカタマイマイ）
５
Mandarina hahajimana（ヒメカタマイマイ）
６
Mandarina hayatoi（フタオビカタマイマイ）
７
Mandarina hirasei（アナカタマイマイ）
８
Mandarina kaguya（オトメカタマイマイ）
９
Mandarina mandarina（カタマイマイ）
１０
Mandarina polita（アケボノカタマイマイ）
１１
Mandarina ponderosa（ヌノメカタマイマイ）
１２
Mandarina suenoae（キノボリカタマイマイ）
１３
Mandarina tomiyamai（コハクアナカタマイマイ）
１４
Mandarina trifasciata（ミスジカタマイマイ）
１５
Nipponochloritis obscura（トクノシマビロウドマイマイ）
１６
Satsuma amanoi（アマノヤマタカマイマイ）
１７
Satsuma hemihelva（ウラキヤマタカマイマイ）
１８
Satsuma iheyaensis（イヘヤヤマタカマイマイ）
１９
Satsuma kumejimaensis（クメジママイマイ）
２０
Satsuma sadamii（サダミマイマイ）
（３）　きせるがい科
１
Megalophaedusa fukudainadai（ナルトギセル）
２
Megalophaedusa ishikawai（イシカワギセル）
３
Megalophaedusa masatokandai masatokandai（オオイタシロギセル）
４
Megalophaedusa spelaeonis（カザアナギセル）
５
Reinia elegans（ニシキコギセル）
６
Reinia euholostoma（ハナコギセル）
７
Reinia holotrema（マルクチコギセル）
８
Reinia hungerfordiana（カスガコギセル）
９
Reinia masaoi（アズママルクチコギセル）
１０
Stereophaedusa caudata（トクネニヤダマシギセル）
１１
Stereophaedusa elongata（タケノコギセル）
１２
Stereophaedusa inclyta（リュウキュウギセル）
１３
Stereophaedusa striatella（ミヤコオキナワギセル）
１４
Zaptyx longiplicata（イトヒキツムガタノミギセル）
（４）　きせるもどき科
１
Boninena callistoderma（ハハジマキセルモドキ）
２
Boninena hiraseana chichijimana（チチジマキセルモドキ）
３
Boninena hiraseana hiraseana（ヒラセキセルモドキ）
４
Boninena ogasawarae（オガサワラキセルモドキ）
５
Luchuena eucharistus（ニシキキセルモドキ）
（５）　おかものあらがい科
１
Boninosuccinea ogasawarae（オガサワラオカモノアラガイ）
２
Boninosuccinea punctulispira（テンスジオカモノアラガイ）
十　軟甲綱
イ　十脚目
（１）　ぬまえび科
１
Paratya boninensis（オガサワラヌマエビ）
（２）　あじあざりがに科
１
Cambaroides japonicus（ニホンザリガニ）
（３）　すながに科
１
Paraleptuca boninensis（オガサワラベニシオマネキ）
（４）　さわがに科
１
Amamiku occulta（カクレサワガニ）
２
Geothelphusa levicervix（トカシキオオサワガニ）
３
Geothelphusa miyakoensis（ミヤコサワガニ）
４
Geothelphusa tenuimanus（ヒメユリサワガニ）
第二　植物界
（１）　おもだか科
１
Sagittaria natans（カラフトグワイ）
（２）　ばんれいし科
１
Polyalthia liukiuensis（クロボウモドキ）
（３）　さといも科
１
Arisaema abei（ツルギテンナンショウ）
２
Arisaema aprile（オドリコテンナンショウ）
３
Arisaema cucullatum（ホロテンナンショウ）
４
Arisaema heterocephalum ssp. okinawense（オキナワテンナンショウ）
５
Arisaema inaense（イナヒロハテンナンショウ）
６
Arisaema ishizuchiense ssp. ishizuchiense（イシヅチテンナンショウ）
７
Arisaema kawashimae（トクノシマテンナンショウ）
８
Arisaema kuratae（アマギテンナンショウ）
９
Arisaema minamitanii（ヒュウガヒロハテンナンショウ）
１０