当該事業者の当該課税期間の課税資産の譲渡等（第七条第一項、第八条第一項その他の法律又は条約の規定により消費税が免除されるものを除く。）に係る課税標準である金額の合計額に対する消費税額から当該課税期間における第三十八条第一項に規定する売上げに係る対価の返還等の金額に係る消費税額の合計額を控除した残額の百分の六十に相当する金額（卸売業その他の政令で定める事業を営む事業者にあつては、当該残額に、政令で定めるところにより当該事業の種類ごとに当該事業における課税資産の譲渡等に係る消費税額のうちに課税仕入れ等の税額の通常占める割合を勘案して政令で定める率を乗じて計算した金額）
二
当該事業者の当該課税期間の特定課税仕入れに係る課税標準である金額の合計額に対する消費税額から当該課税期間における第三十八条の二第一項に規定する特定課税仕入れに係る対価の返還等を受けた金額に係る消費税額の合計額を控除した残額
２
前項第二号の規定により、当該課税期間の特定課税仕入れに係る課税標準である金額の合計額に対する消費税額から当該課税期間における第三十八条の二第一項に規定する特定課税仕入れに係る対価の返還等を受けた金額に係る消費税額の合計額を控除して控除しきれない金額があり、かつ、当該控除しきれない金額を前項第一号に掲げる金額から控除してなお控除しきれない金額（以下この項において「控除未済金額」という。）があるときは、当該控除未済金額を課税資産の譲渡等に係る消費税額とみなして当該課税期間の課税標準額に対する消費税額に加算する。
３
第一項の規定の適用を受けようとする事業者は、次の各号に掲げる場合に該当するときは、当該各号に定める期間は、同項の規定による届出書を提出することができない。
ただし、当該事業者が事業を開始した日の属する課税期間その他の政令で定める課税期間から同項の規定の適用を受けようとする場合に当該届出書を提出するときは、この限りでない。
一
当該事業者が第九条第七項の規定の適用を受ける者である場合
同項に規定する調整対象固定資産の仕入れ等の日の属する課税期間の初日から同日以後三年を経過する日の属する課税期間の初日の前日までの期間
二
当該事業者が第十二条の二第二項の新設法人である場合又は第十二条の三第三項の特定新規設立法人である場合において第十二条の二第二項（第十二条の三第三項において準用する場合を含む。以下この号において同じ。）に規定する場合に該当するとき
第十二条の二第二項に規定する調整対象固定資産の仕入れ等の日の属する課税期間の初日から同日以後三年を経過する日の属する課税期間の初日の前日までの期間
三
当該事業者が第十二条の四第一項に規定する場合に該当するとき（前二号に掲げる場合に該当する場合を除く。）
高額特定資産（同項に規定する高額特定資産をいう。以下この号及び次号において同じ。）に係る同項に規定する高額特定資産の仕入れ等の日の属する課税期間の初日から同日（当該高額特定資産が同項に規定する自己建設高額特定資産である場合にあつては、当該自己建設高額特定資産の建設等（同項に規定する建設等をいう。同号において同じ。）が完了した日の属する課税期間の初日）以後三年を経過する日の属する課税期間の初日の前日までの期間
四
当該事業者が第十二条の四第二項に規定する場合に該当するとき（前三号に掲げる場合に該当する場合を除く。）
高額特定資産である棚卸資産若しくは課税貨物又は同項に規定する調整対象自己建設高額資産について前条第一項又は第三項の規定の適用を受けた課税期間の初日から同日（当該調整対象自己建設高額資産の建設等が調整適用日（これらの規定に規定する場合に該当することとなつた日をいう。）の前日までに完了していない場合にあつては、当該建設等が完了した日の属する課税期間の初日）以後三年を経過する日の属する課税期間の初日の前日までの期間
五
当該事業者が第十二条の四第三項に規定するときに該当するとき（前各号に掲げる場合に該当する場合を除く。）
同項に規定するときに該当する課税期間の初日から同日以後三年を経過する日の属する課税期間の初日の前日までの期間
４
前項各号に規定する事業者が当該各号に掲げる場合に該当することとなつた場合において、同項第一号若しくは第二号に規定する調整対象固定資産の仕入れ等の日、同項第三号に規定する高額特定資産の仕入れ等の日若しくは同項第四号に規定する調整適用日の属する課税期間又は同項第五号に規定するときに該当する課税期間の初日から同項各号に掲げる場合に該当することとなつた日までの間に第一項の規定による届出書をその納税地を所轄する税務署長に提出しているときは、同項の規定の適用については、その届出書の提出は、なかつたものとみなす。
５
第一項の規定による届出書を提出した事業者は、同項の規定の適用を受けることをやめようとするとき、又は事業を廃止したときは、その旨を記載した届出書をその納税地を所轄する税務署長に提出しなければならない。
６
前項の場合において、第一項の規定による届出書を提出した事業者は、事業を廃止した場合を除き、同項に規定する翌課税期間の初日から二年を経過する日の属する課税期間の初日以後でなければ、同項の規定の適用を受けることをやめようとする旨の届出書を提出することができない。
７
第五項の規定による届出書の提出があつたときは、その提出があつた日の属する課税期間の末日の翌日以後は、第一項の規定による届出は、その効力を失う。
８
やむを得ない事情があるため第一項又は第五項の規定による届出書を第一項の規定の適用を受けようとし、又は受けることをやめようとする課税期間の初日の前日までに提出できなかつた場合における同項又は前項の規定の適用の特例については、政令で定める。
（災害等があつた場合の中小事業者の仕入れに係る消費税額の控除の特例の届出に関する特例）
第三十七条の二
災害その他やむを得ない理由が生じたことにより被害を受けた事業者（第九条第一項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者及び前条第一項の規定の適用を受ける事業者を除く。）が、当該被害を受けたことにより、当該災害その他やむを得ない理由の生じた日の属する課税期間（その基準期間における課税売上高が五千万円を超える課税期間及び分割等に係る課税期間を除く。以下この項、次項及び第五項において「選択被災課税期間」という。）につき同条第一項の規定の適用を受けることが必要となつた場合において、当該選択被災課税期間につき同項の規定の適用を受けることについてその納税地を所轄する税務署長の承認を受けたときは、当該事業者は同項の規定による届出書を当該承認を受けた選択被災課税期間の初日の前日に当該税務署長に提出したものとみなす。
この場合においては、同条第三項の規定は、適用しない。
２
前項の承認を受けようとする事業者は、前条第一項の規定の適用を受けることが必要となつた事情その他財務省令で定める事項を記載した申請書を、前項に規定する災害その他やむを得ない理由のやんだ日から二月以内（当該災害その他やむを得ない理由のやんだ日がその申請に係る選択被災課税期間の末日の翌日以後に到来する場合には、当該選択被災課税期間に係る第四十五条第一項の規定による申告書の提出期限まで）に、その納税地を所轄する税務署長に提出しなければならない。
３
税務署長は、前項の申請書の提出があつた場合において、その申請に係る同項の事情が相当でないと認めるときは、その申請を却下する。
４
税務署長は、第二項の申請書の提出があつた場合において、その申請につき承認又は却下の処分をするときは、その申請をした事業者に対し、書面によりその旨を通知する。
５
第二項の申請書の提出があつた場合において、その申請に係る選択被災課税期間の末日の翌日から二月を経過する日までに承認又は却下の処分がなかつたときは、その日においてその承認があつたものとみなす。
ただし、同項に規定する災害その他やむを得ない理由のやんだ日がその申請に係る選択被災課税期間の末日の翌日以後に到来する場合は、この限りでない。
６
災害その他やむを得ない理由が生じたことにより被害を受けた事業者（前条第一項の規定の適用を受ける事業者に限る。）が、当該被害を受けたことにより、当該災害その他やむを得ない理由の生じた日の属する課税期間（当該課税期間の翌課税期間以後の課税期間のうち政令で定める課税期間を含む。以下この項において「不適用被災課税期間」という。）につき同条第一項の規定の適用を受けることの必要がなくなつた場合において、当該不適用被災課税期間につき同項の規定の適用を受けることをやめることについてその納税地を所轄する税務署長の承認を受けたときは、当該事業者は同条第五項の規定による届出書を当該承認を受けた不適用被災課税期間の初日の前日に当該税務署長に提出したものとみなす。
この場合においては、同条第六項の規定は、適用しない。
７
第二項から第五項までの規定は、前項の規定の適用がある場合について準用する。
この場合において、第二項中「前項」とあるのは「第六項」と、「受けることが必要となつた」とあるのは「受けることの必要がなくなつた」と、「選択被災課税期間」とあるのは「不適用被災課税期間」と、第五項中「選択被災課税期間」とあるのは「不適用被災課税期間」と読み替えるものとする。
８
第一項又は第六項の承認を受けた事業者が、その承認前に第四十三条第一項各号に掲げる事項を記載した申告書を提出している場合その他の場合における第一項又は第六項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（売上げに係る対価の返還等をした場合の消費税額の控除）
第三十八条