改正法附則第十条第二項の規定の適用がある場合における新令の規定の適用については、新令第二百五十八条第三項第四号（年の中途で非居住者が居住者となった場合の税額の計算）中「法第七十七条第一項（地震保険料控除）に規定する地震保険料」とあるのは「所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号。以下「平成十八年改正法」という。）附則第十条第二項第一号（地震保険料控除に関する経過措置）に規定する地震保険料等」と、「の規定」とあるのは「（地震保険料控除）（同項の規定により適用される場合を含む。）の規定」と、新令第二百六十二条第一項（確定申告書に関する書類の提出又は提示）中「法第七十七条第一項（地震保険料控除）に規定する地震保険料」とあるのは「平成十八年改正法附則第十条第二項第一号（地震保険料控除に関する経過措置）に規定する地震保険料等」と、「「地震保険料」」とあるのは「「地震保険料等」」と、同項第五号中「地震保険料の」とあるのは「地震保険料等の」と、新令第三百十九条第八号（保険料控除申告書に関する書類の提出又は提示）中「地震保険料」とあるのは「地震保険料等」とする。
４
改正法附則第十条第二項の規定の適用がある場合における租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）の規定の適用については、同法第四条の四第二項（勤労者財産形成貯蓄契約に基づく生命保険等の差益等の課税の特例）中「の規定」とあるのは、「並びに所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号）附則第十条第二項の規定」とする。
５
前三項に定めるもののほか、改正法附則第十条第二項の規定の適用がある場合における所得税に関する法令の規定の適用に関し必要な事項は、財務省令で定める。
（寄付金控除の対象となる公益の増進に著しく寄与する法人に対する寄付金等に関する経過措置）
第十五条
新令第二百十七条第一項第一号の三（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、個人が施行日以後に支出する新法第七十八条第一項（寄付金控除）に規定する特定寄付金について適用し、個人が施行日前に支出した旧法第七十八条第一項（寄付金控除）に規定する特定寄付金については、なお従前の例による。
２
新令第二百十七条第一項第三号の規定は、個人が附則第一条第四号（施行期日）に定める日以後に支出する新法第七十八条第一項に規定する特定寄付金について適用し、個人が同日前に支出した旧法第七十八条第一項に規定する特定寄付金については、なお従前の例による。
（平成十九年分の純損失の繰戻しによる還付に係る特例）
第十六条
平成十九年において生じた新法第二条第一項第二十五号（定義）に規定する純損失の金額がある場合における新法第百四十条第五項（純損失の繰戻しによる還付の請求）又は第百四十一条第四項（相続人等の純損失の繰戻しによる還付の請求）（これらの規定を新法第百六十六条（非居住者に対する準用）において準用する場合を含む。）の規定の適用を受けるときの新令第二百七十二条第二項（事業の廃止等に準ずる事実等）の規定の適用については、同項中「法第二編第三章第一節」とあるのは「所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号。以下「改正法」という。）第十四条（経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律の廃止）の規定による廃止前の経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成十一年法律第八号。以下「旧所得税等負担軽減措置法」という。）第四条（居住者の最高税率の特例）の規定により読み替えられた改正法第一条（所得税法の一部改正）の規定による改正前の法第二編第三章第一節」と、「計算した所得税の額」とあるのは「計算した所得税の額並びに旧所得税等負担軽減措置法第六条第二項（定率による税額控除の特例）に規定する定率による税額控除の額」と、「これらの条」とあるのは「法第百四十条第五項又は第百四十一条第四項」と、「前条」とあるのは「改正法附則第十四条第一項（平成十九年分の純損失の繰戻しによる還付に係る特例）並びに前条」とする。
２
改正法附則第十四条第一項（平成十九年分の純損失の繰戻しによる還付に係る特例）の規定又は前項の規定の適用がある場合における新法第百四十二条第一項（純損失の繰戻しによる還付の手続等）の還付請求書の記載事項については、財務省令で定める。
（国内にある資産の譲渡による所得に関する経過措置）
第十七条
新令第二百八十条第二項（国内にある資産の譲渡による所得）の規定は、個人が会社法施行日以後に行う同項第二号に掲げる資産の譲渡により生ずる所得について適用し、個人が会社法施行日前に行った旧令第二百八十条第二項第二号（国内にある資産の譲渡による所得）に掲げる資産の譲渡により生ずる所得については、なお従前の例による。
２
会社法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律第八十六条第一項（端株に関する経過措置）の規定によりなお従前の例によることとされる端株の譲渡は、新令第二百八十条第二項第二号に掲げる資産の譲渡とみなす。
（生命保険契約等に基づく年金に係る源泉徴収に関する経過措置）
第十八条
新令第三百二十六条第二項（生命保険契約等に基づく年金に係る源泉徴収）の規定は、平成十九年一月一日以後に支払うべき新法第二百七条（源泉徴収義務）に規定する年金について適用し、同日前に支払うべき旧法第二百七条（源泉徴収義務）に規定する年金については、なお従前の例による。
（交付金銭等の受領者の告知等に関する経過措置）
第十九条
新令第三百四十六条第一項（交付金銭等の受領者の告知等）（第一号に係る部分に限る。）の規定は、新法第二百二十四条の三第三項（株式等の譲渡の対価の受領者の告知）に規定する交付を受ける者（以下この条において「交付を受ける者」という。）が同号に規定する合併により交付を受ける同号に規定する金銭及び金銭以外の資産で当該合併が会社法施行日以後であるものについて適用し、交付を受ける者が旧令第三百四十六条第一項第一号（交付金銭等の受領者の告知等）に規定する合併により交付を受ける同号に規定する金銭及び金銭以外の資産で当該合併が会社法施行日前であるものについては、なお従前の例による。
２
新令第三百四十六条第一項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、交付を受ける者が同号に規定する分割により交付を受ける同号に規定する金銭及び金銭以外の資産で当該分割が会社法施行日以後であるものについて適用し、交付を受ける者が旧令第三百四十六条第一項第二号に規定する分割により交付を受ける同号に規定する金銭及び金銭以外の資産で当該分割が会社法施行日前であるものについては、なお従前の例による。
３
新令第三百四十六条第一項（第三号に係る部分に限る。）の規定は、次項に定めるものを除き、交付を受ける者が同号に規定する資本の払戻しにより交付を受ける同号に規定する金銭及び金銭以外の資産で当該資本の払戻しに係る基準日が会社法施行日以後であるものについて適用し、交付を受ける者が旧令第三百四十六条第一項第三号に規定する資本又は出資の減少により交付を受ける同号に規定する金銭及び金銭以外の資産で当該資本又は出資の減少に係る基準日が会社法施行日前であるものについては、なお従前の例による。
４
会社法第四百五十四条第一項若しくは第五項（剰余金の配当に関する事項の決定）の決議又は同法第四百五十九条第一項（剰余金の配当等を取締役会が決定する旨の定款の定め）の規定による定款の定めがある場合における取締役会の決議による新令第三百四十六条第一項第三号に規定する資本の払戻しにより交付を受ける者が交付を受ける同号に規定する金銭及び金銭以外の資産については、当該資本の払戻しに係る基準日が会社法施行日前であるものであっても、同項の規定を適用する。
５
交付を受ける者が旧令第三百四十六条第一項第四号に規定する株式の消却により交付を受ける同号に規定する金銭及び金銭以外の資産で当該株式の消却が施行日前であるものについては、なお従前の例による。
６
新令第三百四十六条第一項（第五号に係る部分に限る。）の規定は、交付を受ける者が同号に規定する事由により交付を受ける同号に規定する金銭及び金銭以外の資産で当該事由が施行日以後であるものについて適用し、旧令第三百四十六条第一項第六号に規定する持分の払戻しにより交付を受ける同号に規定する金銭及び金銭以外の資産で当該持分の払戻しが施行日前であるものについては、なお従前の例による。
７
新令第三百四十六条第一項（第六号に係る部分に限る。）の規定は、交付を受ける者が同号に規定する組織変更により交付を受ける同号に規定する金銭及び金銭以外の資産で当該組織変更が会社法施行日以後であるものについて適用する。
８
新令第三百四十六条第二項の規定は、交付を受ける者が会社法施行日以後に同項に規定する事由により交付を受ける同項に規定する金銭について適用する。
（生命保険金に類する給付等に関する経過措置）
第二十条
新令第三百五十一条第二項（生命保険金に類する給付等）の規定は、平成十九年一月一日以後に支払うべき同項第一号に規定する損害保険契約等の同号に規定する満期返戻金等について適用し、同日前に支払うべき旧令第三百五十一条第二項第一号（生命保険金に類する給付等）に規定する損害保険契約等の同号に規定する満期返戻金等については、なお従前の例による。
２
新令第三百五十一条第二項第一号の規定は、施行日以後に支払うべき同号に規定する少額短期保険業者と締結した損害保険契約の同号に規定する満期返戻金等について適用する。
（新株予約権の行使に関する調書等の提出に関する経過措置）
第二十一条