登録申請者が、被認証事業者（当該登録申請者の申請に係る農林物資の取扱業者、生産行程管理者、流通行程管理者、小分け業者、外国取扱業者（外国において農林物資の生産、販売その他の取扱いを業とする者をいう。以下同じ。）、外国生産行程管理者（外国において農林物資を生産することを業とする者その他の外国において農林物資の生産行程を管理し、又は把握するものとして主務省令で定めるものをいう。以下同じ。）、外国流通行程管理者（外国において農林物資を販売することを業とする者その他の外国において農林物資の流通行程を管理し、又は把握するものとして主務省令で定めるものをいう。以下同じ。）若しくは外国小分け業者（外国において農林物資を小分けすることを業とする者（小分けして自ら販売することを業とする者を含む。）をいう。以下同じ。）又は当該登録申請者の申請に係る農林物資の取扱い等の方法により農林物資を取り扱う取扱業者若しくは外国取扱業者をいう。以下同じ。）に支配されているものとして次のいずれかに該当するものでないこと。
イ
登録申請者が株式会社である場合にあっては、被認証事業者がその親法人（会社法（平成十七年法律第八十六号）第八百七十九条第一項に規定する親法人をいう。）であること。
ロ
登録申請者の役員に占める被認証事業者の役員又は職員（過去二年間に被認証事業者の役員又は職員であった者を含む。）の割合が二分の一を超えていること。
ハ
登録申請者（法人にあっては、その代表権を有する役員）が、被認証事業者の役員又は職員（過去二年間に被認証事業者の役員又は職員であった者を含む。）であること。
２
登録は、次に掲げる事項を登録認証機関登録台帳に記載して行う。
一
登録年月日及び登録番号
二
登録認証機関の氏名又は名称及び住所並びに法人にあっては、その代表者の氏名
三
登録認証機関が認証を行う農林物資の種類又は農林物資の取扱い等の方法の区分
四
登録認証機関が認証を行う区域及び認証を行う登録認証機関の事業所の所在地
３
主務大臣は、登録をしたときは、遅滞なく、前項各号に掲げる事項を公示しなければならない。
（登録の更新）
第十七条
登録は、三年を下らない政令で定める期間ごとにその更新を受けなければ、その期間の経過によって、その効力を失う。
２
前三条の規定は、前項の登録の更新について準用する。
３
第一項の登録の更新の申請があった場合において、同項の期間（以下この条において「登録の有効期間」という。）の満了の日までにその申請に対する処分がされないときは、従前の登録は、登録の有効期間の満了後もその処分がされるまでの間は、なおその効力を有する。
４
前項の場合において、登録の更新がされたときは、その登録の有効期間は、従前の登録の有効期間の満了の日の翌日から起算するものとする。
５
主務大臣は、第一項の登録の更新の申請が登録の有効期間の満了の日の六月前までに行われなかったとき、又は同項の規定により登録が効力を失ったときは、遅滞なく、その旨を公示しなければならない。
（承継）
第十八条
登録認証機関が当該登録に係る事業の全部を譲渡し、又は登録認証機関について相続、合併若しくは分割（当該登録に係る事業の全部を承継させるものに限る。）があったときは、その事業の全部を譲り受けた者又は相続人（相続人が二人以上ある場合において、その全員の同意により事業を承継すべき相続人を選定したときは、その者。第四十六条第一項において同じ。）、合併後存続する法人若しくは合併により設立した法人若しくは分割によりその事業の全部を承継した法人は、その登録認証機関の地位を承継する。
２
前項の規定により登録認証機関の地位を承継した者は、遅滞なく、その事実を証する書面を添えて、その旨を主務大臣に届け出なければならない。
（認証に関する業務の実施）
第十九条
登録認証機関は、認証を行うことを求められたときは、正当な理由がある場合を除き、遅滞なく、認証のための審査を行わなければならない。
２
登録認証機関は、公正に、かつ、主務省令で定める基準に適合する方法により認証、その取消しその他の認証に関する業務を行わなければならない。
３
登録認証機関は、主務省令で定めるところにより、認証をした被認証事業者の氏名又は名称、住所その他の主務省令で定める事項を主務大臣に報告しなければならない。
４
登録認証機関は、その保有する情報（登録認証機関が認証に関する業務を円滑に行うために他の登録認証機関から提供を受けることが必要な情報として主務省令で定めるものに限る。）について、他の登録認証機関から提供の依頼を受けたときは、正当な理由がある場合を除き、当該依頼に応じ、当該情報を提供しなければならない。
（事業所の変更の届出）
第二十条
登録認証機関は、認証に関する業務を行う事業所の所在地を変更しようとするときは、変更しようとする日の二週間前までに、主務大臣に届け出なければならない。
２
主務大臣は、前項の届出があったときは、遅滞なく、その旨を公示しなければならない。
（業務規程）
第二十一条
登録認証機関は、認証に関する業務に関する規程（次項において「業務規程」という。）を定め、認証に関する業務の開始前に、主務大臣に届け出なければならない。
これを変更しようとするときも、同様とする。
２
業務規程には、認証の実施方法、認証に関する料金の算定方法その他の主務省令で定める事項を定めておかなければならない。
（業務の休廃止）
第二十二条
登録認証機関は、認証に関する業務の全部又は一部を休止し、又は廃止しようとするときは、主務省令で定めるところにより、休止し、又は廃止しようとする日の六月前までに、その旨を主務大臣に届け出なければならない。
２
主務大臣は、前項の届出があったときは、遅滞なく、その旨を公示しなければならない。
（財務諸表等の備付け及び閲覧等）
第二十三条
登録認証機関は、毎事業年度経過後三月以内に、その事業年度の財産目録、貸借対照表及び損益計算書又は収支計算書並びに事業報告書（これらのものが電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他の人の知覚によっては認識することができない方式で作られる記録であって、電子計算機による情報処理の用に供されるものをいう。以下同じ。）で作成され、又はその作成に代えて電磁的記録の作成がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下「財務諸表等」という。）を作成し、五年間事業所に備えて置かなければならない。
２
被認証事業者その他の利害関係人は、登録認証機関の業務時間内は、いつでも、次に掲げる請求をすることができる。
ただし、第二号又は第四号の請求をするには、登録認証機関の定めた費用を支払わなければならない。
一
財務諸表等が書面をもって作成されているときは、当該書面の閲覧又は謄写の請求
二
前号の書面の謄本又は抄本の請求
三
財務諸表等が電磁的記録をもって作成されているときは、当該電磁的記録に記録された事項を主務省令で定める方法により表示したものの閲覧又は謄写の請求
四
前号の電磁的記録に記録された事項を電磁的方法（電子情報処理組織を使用する方法その他の情報通信の技術を利用する方法であって主務省令で定めるものをいう。）により提供することの請求又は当該事項を記載した書面の交付の請求
（適合命令）
第二十四条
主務大臣は、登録認証機関が第十六条第一項各号のいずれかに適合しなくなったと認めるときは、その登録認証機関に対し、これらの規定に適合するため必要な措置をとるべきことを命ずることができる。
（改善命令）
第二十五条
主務大臣は、登録認証機関が第十九条の規定に違反していると認めるときは、当該登録認証機関に対し、認証に関する業務を行うべきこと又は認証の方法その他の業務の方法の改善に関し必要な措置をとるべきことを命ずることができる。
（登録の取消し等）
第二十六条
主務大臣は、登録認証機関が第十五条各号のいずれかに該当するに至ったときは、その登録を取り消さなければならない。
２
主務大臣は、登録認証機関が次の各号のいずれかに該当するときは、その登録を取り消し、又は一年以内の期間を定めて認証に関する業務の全部若しくは一部の停止を命ずることができる。
一
第十九条、第二十条第一項、第二十一条第一項、第二十二条第一項、第二十三条第一項又は次条の規定に違反したとき。
二
正当な理由がないのに第二十三条第二項各号の規定による請求を拒んだとき。
三
前二条の規定による命令に違反したとき。
四
不正の手段により登録を受けたとき。
３
主務大臣は、前二項に規定する場合のほか、登録認証機関が、正当な理由がないのに、その登録を受けた日から一年を経過してもなおその登録に係る認証に関する業務を開始せず、又は一年以上継続してその認証に関する業務を停止したときは、その登録を取り消すことができる。
４
主務大臣は、前三項の規定による処分に係る聴聞をしようとするときは、その期日の一週間前までに、行政手続法（平成五年法律第八十八号）第十五条第一項の規定による通知をし、かつ、聴聞の期日及び場所を公示しなければならない。
５
前項の聴聞の期日における審理は、公開により行わなければならない。
６
主務大臣は、第一項から第三項までの規定による処分をしたときは、遅滞なく、その旨を公示しなければならない。
（帳簿の記載）
第二十七条
登録認証機関は、主務省令で定めるところにより、帳簿を備え、認証に関する業務に関し主務省令で定める事項を記載し、これを保存しなければならない。
（秘密保持義務）
第二十八条
登録認証機関若しくはその役員若しくは職員又はこれらの者であった者は、認証に関する業務に関して知り得た秘密を漏らし、又は自己の利益のために使用してはならない。