厚生労働大臣は、特定病原体等の保管、使用又は滅菌等をする施設の位置、構造又は設備が第五十六条の二十四の技術上の基準に適合していないと認めるときは、特定一種病原体等所持者、二種病原体等許可所持者、三種病原体等所持者又は四種病原体等所持者に対し、当該施設の修理又は改造その他特定病原体等による感染症の発生の予防又はまん延の防止のために必要な措置を命ずることができる。
２
厚生労働大臣は、特定病原体等の保管、使用、運搬又は滅菌等に関する措置が第五十六条の二十五の技術上の基準に適合していないと認めるときは、特定病原体等所持者に対し、保管、使用、運搬又は滅菌等の方法の変更その他特定病原体等による感染症の発生の予防又はまん延の防止のために必要な措置を命ずることができる。
（感染症発生予防規程の変更命令）
第五十六条の三十三
厚生労働大臣は、特定一種病原体等又は二種病原体等による感染症の発生を予防し、又はそのまん延を防止するために必要があると認めるときは、特定一種病原体等所持者又は二種病原体等許可所持者に対し、感染症発生予防規程の変更を命ずることができる。
（解任命令）
第五十六条の三十四
厚生労働大臣は、病原体等取扱主任者が、この法律又はこの法律に基づく命令の規定に違反したときは、特定一種病原体等所持者又は二種病原体等許可所持者に対し、病原体等取扱主任者の解任を命ずることができる。
（指定の取消し等）
第五十六条の三十五
厚生労働大臣は、特定一種病原体等所持者が次の各号のいずれかに該当する場合は、第五十六条の三第二項の規定による指定を取り消し、又は一年以内の期間を定めてその指定の効力を停止することができる。
一
この法律又はこの法律に基づく命令若しくは処分に違反したとき。
二
一種病原体等取扱施設の位置、構造又は設備が厚生労働省令で定める技術上の基準に適合しなくなったとき。
三
特定一種病原体等を適切に所持できないと認められるとき。
２
厚生労働大臣は、二種病原体等許可所持者が次の各号のいずれかに該当する場合は、第五十六条の六第一項本文の許可を取り消し、又は一年以内の期間を定めてその許可の効力を停止することができる。
一
第五十六条の七各号のいずれかに該当するに至ったとき。
二
この法律又はこの法律に基づく命令若しくは処分に違反したとき。
三
二種病原体等取扱施設の位置、構造又は設備が第五十六条の八第二号の技術上の基準に適合しなくなったとき。
四
第五十六条の九第一項（第五十六条の十一第四項において準用する場合を含む。）の条件に違反した場合
（滅菌等の措置命令）
第五十六条の三十六
厚生労働大臣は、必要があると認めるときは、第五十六条の二十二第一項の規定により一種病原体等又は二種病原体等の滅菌譲渡をしなければならない者に対し、厚生労働省令で定めるところにより、当該病原体等の滅菌譲渡の方法の変更その他当該病原体等による感染症の発生を予防し、又はそのまん延を防止するために必要な措置を講ずることを命ずることができる。
（災害時の措置命令）
第五十六条の三十七
厚生労働大臣は、第五十六条の二十九第一項の場合において、特定病原体等による感染症の発生を予防し、又はそのまん延を防止するため緊急の必要があると認めるときは、特定病原体等所持者、一種滅菌譲渡義務者又は二種滅菌譲渡義務者に対し、特定病原体等の保管場所の変更、特定病原体等の滅菌等その他特定病原体等による感染症の発生の予防又はまん延の防止のために必要な措置を講ずることを命ずることができる。
（厚生労働大臣と警察庁長官等との関係）
第五十六条の三十八
警察庁長官又は海上保安庁長官は、公共の安全の維持又は海上の安全の維持のため特に必要があると認めるときは、第五十六条の十八第一項、第五十六条の十九第一項、第五十六条の二十、第五十六条の二十一、第五十六条の二十二第一項、第五十六条の二十三から第五十六条の二十五まで、第五十六条の二十八、第五十六条の二十九第一項又は第五十六条の三十二から前条までの規定の運用に関し、厚生労働大臣に、それぞれ意見を述べることができる。
２
警察庁長官又は海上保安庁長官は、前項の規定の施行に必要な限度において、当該職員に、特定病原体等所持者、一種滅菌譲渡義務者又は二種滅菌譲渡義務者の事務所又は事業所に立ち入り、帳簿、書類その他必要な物件を検査させ、又は関係者に質問させることができる。
３
第三十五条第二項及び第三項の規定は、前項の規定による立入検査について準用する。
４
厚生労働大臣は、第五十六条の三第一項第一号の施設若しくは同条第二項の法人の指定をし、第五十六条の六第一項本文、第五十六条の十一第一項本文（第五十六条の十四において準用する場合を含む。）若しくは第五十六条の十二第一項の許可をし、第五十六条の五第一号の承認をし、第五十六条の三十五の規定により処分をし、又は第五十六条の十一第二項若しくは第三項（第五十六条の十四において準用する場合を含む。）、第五十六条の十六から第五十六条の十八まで、第五十六条の十九第二項、第五十六条の二十二第二項若しくは第五十六条の二十九第三項の規定による届出を受理したときは、遅滞なく、その旨を警察庁長官、海上保安庁長官又は消防庁長官に連絡しなければならない。
５
警察官又は海上保安官は、第五十六条の二十八の規定による届出があったときは、遅滞なく、その旨を厚生労働大臣に通報しなければならない。
６
厚生労働大臣は、特定病原体等による感染症の発生を予防し、又はそのまん延を防止するため必要があると認めるときは、当該特定病原体等を取り扱う事業者の事業を所管する大臣に対し、当該事業者による特定病原体等の適切な取扱いを確保するために必要な措置を講ずることを要請することができる。
７
厚生労働大臣は、国民の生命及び身体を保護するため緊急の必要があると認めるときは、都道府県知事に対し、感染症試験研究等機関の職員の派遣その他特定病原体等による感染症の発生の予防又はまん延の防止のために必要な協力を要請することができる。
第十二章　感染症及び病原体等に関する調査及び研究並びに医薬品の研究開発
（感染症及び病原体等に関する調査及び研究並びに医薬品の研究開発の推進）
第五十六条の三十九
国は、第十五条の規定に基づく調査の結果その他のこの法律に基づく調査、届出その他の行為により保有することとなった情報を活用しつつ、感染症の患者の治療によって得られた情報及び検体の提供等の協力を求めることその他の関係医療機関との緊密な連携を確保することにより、感染症の患者に対する良質かつ適切な医療の確保を図るための基盤となる感染症の発病の機構及び感染性、感染症にかかった場合の病状並びに感染症の診断及び治療の方法並びに病原体等に関する調査及び研究を推進するとともに、医薬品の臨床試験の実施等の協力を求めることその他の関係医療機関との緊密な連携を確保することにより、当該基盤となる医薬品の研究開発を推進するものとする。
２
厚生労働大臣は、前項に規定する調査及び研究の成果を適切な方法により感染症の発病の機構及び感染性、感染症にかかった場合の病状並びに感染症の診断及び治療の方法並びに病原体等に関する調査及び研究を行う者、医師その他の関係者に対して積極的に提供するものとする。
３
厚生労働大臣は、第一項に規定する調査及び研究並びに医薬品の研究開発並びに前項の規定による当該調査及び研究の成果の提供に係る事務を国立健康危機管理研究機構その他の機関に委託することができる。
４
厚生労働大臣は、第二項の規定により第一項に規定する調査及び研究の成果を提供するに当たっては、個人情報の保護に留意しなければならない。
（患者に対する良質かつ適切な医療の確保のための調査及び研究）
第五十六条の四十
厚生労働大臣は、患者に対する良質かつ適切な医療の確保に資するため、第四十四条の三の六及び第五十条の七の規定による届出により保有することとなった情報その他の厚生労働省令で定める感染症に関する情報（以下「感染症関連情報」という。）について調査及び研究を行う。
（国民保健の向上のための匿名感染症関連情報の利用又は提供）
第五十六条の四十一
厚生労働大臣は、国民保健の向上に資するため、匿名感染症関連情報（感染症関連情報に係る患者その他の厚生労働省令で定める者（次条において「本人」という。）を識別すること及びその作成に用いる感染症関連情報を復元することができないようにするために厚生労働省令で定める基準に従い加工した感染症関連情報をいう。以下同じ。）を利用し、又は厚生労働省令で定めるところにより、次の各号に掲げる者であって、匿名感染症関連情報の提供を受けて行うことについて相当の公益性を有すると認められる業務としてそれぞれ当該各号に定めるものを行うものに提供することができる。
一
国の他の行政機関及び地方公共団体
適正な保健医療サービスの提供に資する施策の企画及び立案に関する調査
二
大学その他の研究機関
疾病の原因並びに疾病の予防、診断及び治療の方法に関する研究その他の公衆衛生の向上及び増進に関する研究
三
民間事業者その他の厚生労働省令で定める者
医療分野の研究開発に資する分析その他の厚生労働省令で定める業務（特定の商品又は役務の広告又は宣伝に利用するために行うものを除く。）
２
厚生労働大臣は、前項の規定による匿名感染症関連情報の利用又は提供を行う場合には、当該匿名感染症関連情報を高齢者の医療の確保に関する法律第十六条の二第一項に規定する匿名医療保険等関連情報その他の厚生労働省令で定めるものと連結して利用し、又は連結して利用することができる状態で提供することができる。
３