法第八条第四項又は第五項の規定による補助金についてその交付の決定を受けた鉄道事業者は、第十五条の五第三号の災害復旧事業計画に係る施設について当該災害復旧事業計画を変更して災害復旧事業を施行することを必要とする災害を更に受けた場合には、当該災害の発生後遅滞なく、災害の状況及び当該決定に係る災害復旧事業の施行について災害状況報告書及び災害復旧事業実施状況報告書を地方運輸局長を経由して国土交通大臣に提出しなければならない。
第十五条の八
法第八条第四項又は第五項の規定による補助金についてその交付の決定を受けた鉄道事業者は、第十五条の五第三号の災害復旧事業計画を変更して当該災害復旧事業を施行する必要があるときは、当該補助金の交付の決定の変更を受けるため、災害復旧事業変更計画書（第二十一号様式の六）を地方運輸局長を経由して国土交通大臣に提出しなければならない。
ただし、国土交通大臣が指定する範囲の変更については、この限りでない。
第十五条の九
法第八条第四項又は第五項の規定による補助金についてその交付の決定を受けた鉄道事業者は、当該災害復旧事業を廃止しようとするときは、当該補助金の交付の決定の全部又は一部の取消を受けるため、廃止しようとする理由及びその時期を記載した書類を地方運輸局長を経由して国土交通大臣に提出しなければならない。
第十五条の十
法第八条第四項又は第五項の規定による補助金についてその交付の決定を受けた鉄道事業者は、当該災害復旧事業を完了し又は廃止したときは、遅滞なく、災害復旧事業実績報告書（第二十一号様式の七）を地方運輸局長を経由して国土交通大臣に提出しなければならない。
会計年度が終了した場合においても同様とする。
（補助金の交付が独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構を通じて行われる場合の特例）
第十五条の十一
法第八条第八項の規定により、同項に規定する補助金の交付が独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構を通じて行われる場合には、第十一条第一項、第十二条、第十五条、第十五条の二（第十五条の六において準用する場合を含む。）、第十五条の三第一項、第十五条の三の二第一項、第十五条の四、第十五条の七から第十五条の十まで及び第二十五条中「地方運輸局長を経由して」とあるのは「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構を通じて」と、第十五条の五中「当該鉄道事業者」とあるのは「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構を通じて当該鉄道事業者」と、第二十一号様式の四中「国土交通大臣」とあるのは「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構理事長」とする。
（利益金納付の場合の益金）
第十六条
法第十五条の益金の額は、法第八条の規定による補助に係る鉄道の毎事業年度における収益から費用を控除した残額とする。
２
第十四条第三項及び第四項の規定は、前項の収益及び費用について準用する。
（利益金納付の場合の事業用固定資産の価額）
第十六条の二
法第十五条の事業用固定資産の価額は、毎事業年度末における法第八条の規定による補助に係る鉄道の現に存する事業用固定資産につき貸借対照表に付せられた価額から当該事業用固定資産につき当該貸借対照表に計上された減価償却累計額を控除した価額を基礎として国土交通大臣が査定した価額とする。
（各鉄道に関連する収益及び費用の配賦）
第十七条
法及びこの省令の規定により収益及び費用を計算する場合において、当該鉄道と当該鉄道以外の鉄道とに関連する収益及び費用は、次の各号に掲げる割合により各鉄道に配賦するものとする。
一
旅客運輸収入にあつては、各鉄道における延人キロによる百分率
二
貨物運輸収入にあつては、各鉄道における延トンキロによる百分率
三
運輸雑収にあつては、次に掲げる割合
イ
厚生福利施設収入にあつては、各鉄道に専属する職員数による百分率
ロ
その他のものにあつては、各鉄道に専属する旅客運輸収入及び貨物運輸収入の合計額による百分率
四
受取利子その他の営業外収益にあつては、各鉄道に専属する営業収益による百分率
五
営業費にあつては、次に掲げる割合
イ
変電所、車庫、修理工場、車両その他これらに類する事業用固定資産の固定資産保存費（線路保存費、電路保存費及び車両保存費をいう。以下同じ。）にあつては、各鉄道に専属する車両走行キロによる百分率、その他の事業用固定資産の固定資産保存費にあつては、各鉄道に専属する事業用固定資産の価額による百分率
ロ
運転費にあつては、各鉄道に専属する車両走行キロによる百分率
ハ
運輸費にあつては、各鉄道に専属する営業収益による百分率
ニ
保守管理費にあつては、各鉄道に専属する事業用固定資産の固定資産保存費による百分率
ホ
輸送管理費にあつては、各鉄道に専属する運転費及び運輸費の合計額による百分率
ヘ
案内宣伝費にあつては、各鉄道に専属する旅客運輸収入による百分率
ト
厚生福利施設費にあつては、各鉄道に専属する職員数による百分率
チ
一般管理費にあつては、各鉄道に専属する営業費（一般管理費、諸税及び減価償却費を除く。）による百分率
リ
諸税にあつては、次に掲げる割合
（一）
固定資産諸税にあつては、各鉄道に専属する事業用固定資産につき補助期間の初日を含む事業年度の前事業年度末における貸借対照表に付せられた価額から当該事業用固定資産につき当該貸借対照表に計上された減価償却累計額を控除した価額による百分率
（二）
事業税にあつては、各鉄道に専属する収益による百分率
（三）
その他のものにあつては、各鉄道に専属する営業費（諸税及び減価償却費を除く。）による百分率
ヌ
事業用固定資産の減価償却費にあつては、第十九条の規定により各鉄道に関連する事業用固定資産の価額を各鉄道に配賦した場合における当該配賦額による百分率
六
支払利子その他の営業外費用にあつては、次に掲げる割合
イ
支払利子は、前事業年度末の各鉄道におけるこれに専属する事業用固定資産につき貸借対照表に付せられた価額（減価償却累計額を控除した価額とする。以下同じ。）による百分率
ロ
その他のものは、各鉄道における営業費による百分率
２
前項の規定は、法及びこの省令の規定により収益及び費用を計算する場合において、一事業年度における補助を受ける期間及び補助を受けない期間の収益及び費用の配賦の計算に準用する。
但し、諸税及び支払利子は、補助を受ける期間及び補助を受けない期間の日数による百分率により計算するものとする。
（建設及び営業に関連する人件費及び経費の整理）
第十八条
法及びこの省令の規定により費用を計算する場合において、未開業線の建設及び開業線の営業に関連する継続的な人件費及び経費があるときは、これらのうち主として建設に因果関係を有する人件費及び経費は未開業線の固定資産に、その他の人件費及び経費は営業費に整理するものとする。
２
前項の規定は、同項の鉄道事業者が事業用の固定資産を改良する場合における当該改良と営業とに関連する人件費及び経費の整理について準用する。
（各鉄道に関連する事業用固定資産の価額の配賦）
第十九条
法及びこの省令の規定により事業用固定資産の価額を計算する場合において、当該鉄道と当該鉄道以外の鉄道とに関連する事業用固定資産の価額は、変電所、車庫、修理工場、車両その他これらに類する事業用固定資産に係るものにあつては当該事業年度の前事業年度末からさかのぼり三年間（運輸開始後三年を経過しないものにあつては、現に経過した期間）の各鉄道における車両走行キロによる百分率、その他の事業用固定資産に係るものにあつては当該事業年度の前事業年度末の各鉄道におけるこれに専属する事業用固定資産につき貸借対照表に付された価額による百分率をもつて各鉄道に配賦するものとする。
（各事業に関連する事業用固定資産の価額の配賦）
第二十条
法及びこの省令の規定により事業用固定資産の価額を計算する場合において、鉄道事業と当該鉄道事業者の経営する他の事業とに関連する事業用固定資産の価額は、当該事業年度の前事業年度末の各事業におけるこれに専属する事業用固定資産につき貸借対照表に付された価額による百分率をもつて各事業に配賦するものとする。
（各事業に関連する収益及び費用の配賦）
第二十一条
法及びこの省令の規定により収益及び費用を計算する場合における鉄道事業と当該鉄道事業者の経営する他の事業とに関連する収益及び費用の各事業への配賦については、第十七条第一項第三号から第六号までの規定を準用する。
この場合において、同項第三号から第六号まで中「各鉄道」とあるのは「各事業」と、同項第五号中「第十九条」とあるのは「第二十条」と読み替えるものとする。
（区間を分けて運輸を開始する場合の特例）
第二十二条
法第三条第一項第一号に該当するものとして認定を受けた鉄道につき区間を分けて漸次運輸を開始する場合における事業用固定資産の価額、収益、費用、益金及び補助金は、各区間について計算するものとする。
２
前項の場合において補助期間が同一である場合の区間については、事業用固定資産の価額、収益、費用、益金及び補助金は、各区間を通じて計算するものとする。
（利息）
第二十三条
法第十四条の利息は、返還すべき補助金の額につき年十・九五パーセントの割合をもつて補助金の交付を受けた日からこれを返還する日までの日数によつて計算した額とする。
（納付金の累計額）
第二十四条
法第十五条の規定により益金を国庫に納付する場合における納付金の累計額は、当該益金を生じた事業年度末からさかのぼり十年以内に交付を受けた補助金の総額（法第十四条の規定により補助金を返還したときは、当該返還額を控除した残額）に相当する額とする。
（補助を受けなくなつた後の書類の提出）
第二十五条