都道府県知事は、水質保全計画を定めようとするときは、環境基本法（平成五年法律第九十一号）第四十三条の規定により置かれる審議会その他の合議制の機関、その水質保全計画に定められる第二項第四号に規定する事業を実施する者（国を除く。）及び関係市町村長から意見を聴き、指定水域の水を水道原水として利用する水道事業者から同項第二号に掲げる事項について聴取し、かつ、指定地域内の水道水源水域を管理する河川管理者（河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）第七条（同法第百条において準用する場合を含む。）に規定する河川管理者をいう。）に協議しなければならない。
８
都道府県知事は、水質保全計画を定めようとするときは、環境大臣に協議し、その同意を得なければならない。
この場合において、環境大臣は、協議を受けた水質保全計画の案を公害対策会議に報告するとともに、その水質保全計画の案について公害対策会議の議を経て決定した方針に基づきその協議に応じなければならない。
９
都道府県知事は、前項の規定による協議と併せて、指定水域の水質の保全に関する普及啓発並びに指定水域及び水道水の水質の測定に関する事項であってその協議に係る水質保全計画の達成に必要なものについて、環境省令で定めるところにより、環境大臣に報告しなければならない。
１０
都道府県知事は、水質保全計画を定めたときは、遅滞なく、これを公表するよう努めなければならない。
１１
水質汚濁防止法第二十一条第二項の規定は、第七項の規定により環境基本法第四十三条の規定により置かれる審議会その他の合議制の機関の意見を聴く場合について準用する。
この場合において、水質汚濁防止法第二十一条第二項中「前項の事務を行う」とあるのは、「特定水道利水障害の防止のための水道水源水域の水質の保全に関する特別措置法第五条第七項の規定により意見を述べる」と読み替えるものとする。
１２
第四項から前項までの規定は、水質保全計画の変更について準用する。
この場合において、第九項中「前項」とあるのは「第十二項において準用する前項」と、前項中「規定は、第七項」とあるのは「規定は、次項において準用する第七項」と、「特定水道利水障害の防止のための水道水源水域の水質の保全に関する特別措置法第五条第七項」とあるのは「特定水道利水障害の防止のための水道水源水域の水質の保全に関する特別措置法第五条第十二項において準用する同条第七項」と読み替えるものとする。
（水質保全計画の達成の推進）
第六条
国及び地方公共団体は、水質保全計画の達成に必要な措置を講ずるように努めるものとする。
第二節　指定水域の水質の保全に資する事業の実施等
（指定水域の水質の保全に資する事業の実施）
第七条
水質保全計画に定められた事業は、当該事業に関する法律（これに基づく命令を含む。）の規定に従い、国、地方公共団体その他の者が実施するものとする。
（助言その他の措置）
第八条
国は、地方公共団体が水質保全計画に定められた事業を円滑に実施することができるよう、地方公共団体に対し、助言その他必要な援助を行うように努めなければならない。
第三節　指定水域の水質の汚濁の防止のための規制等
（基準の設定）
第九条
都道府県知事は、指定地域にあっては、水質保全計画に基づき、水道水源特定事業場から排出される排出水の特定項目で示される汚染状態について、環境省令で定めるところにより、指定水域の水質の汚濁を防止するための排水基準（以下「特定排水基準」という。）を定めなければならない。
２
特定排水基準は、水道水源特定事業場について、特定項目の項目ごとに定める許容限度とする。
３
都道府県知事は、水質保全計画に基づき、指定地域内の構造等基準に係る施設について、環境省令で定めるところにより、指定水域の水質の汚濁を防止するための構造及び使用の方法に関する基準（以下「構造等基準」という。）を定めなければならない。
４
都道府県知事は、特定排水基準及び構造等基準を定めるときは、公示しなければならない。
これを変更し、又は廃止するときも、同様とする。
（基準の遵守義務等）
第十条
水道水源特定事業場から排出水を排出する者は、その水道水源特定事業場の排水口（排出水を排出する場所をいう。以下同じ。）における排出水について特定排水基準を遵守しなければならない。
２
水道水源特定事業場から排出水を排出する者は、環境省令で定めるところにより、その排出水の特定項目で示される汚染状態を測定し、その結果を記録しておかなければならない。
３
指定地域において構造等基準に係る施設を設置している者は、その施設に係る構造等基準を遵守しなければならない。
（特定施設等の設置の届出）
第十一条
工場又は事業場から排出水を排出する者は、水道水源特定施設（次項に規定するものを除く。次条第一項において同じ。）を設置しようとするときは、環境省令で定めるところにより、次に掲げる事項を都道府県知事に届け出なければならない。
一
氏名又は名称及び住所並びに法人にあっては、その代表者の氏名
二
工場又は事業場の名称及び所在地
三
水道水源特定施設の種類
四
水道水源特定施設の構造
五
水道水源特定施設の使用の方法
六
汚水等（特定施設等から排出される汚水又は廃液をいう。以下同じ。）の処理の方法
七
排出水の特定項目に係る汚染状態及び量
八
その他環境省令で定める事項
２
工場又は事業場から排出水を排出する者は、特定施設を設置し、又は水質汚濁防止法第二条第三項に規定する指定地域特定施設（瀬戸内海環境保全特別措置法（昭和四十八年法律第百十号）第十二条の二の政令で定める施設及び湖沼水質保全特別措置法（昭和五十九年法律第六十一号）第十四条の政令で定める施設を含む。）であって水道水源特定施設であるものを設置しようとするときは、環境省令で定めるところにより、次に掲げる事項を都道府県知事に届け出なければならない。
一
排出水の特定項目に係る汚染状態及び量
二
その他環境省令で定める事項
（経過措置）
第十二条
一の施設が水道水源特定施設となった際現に指定地域においてその施設を設置している者（設置の工事をしている者を含む。以下この条において同じ。）又は一の地域が指定地域となった際現にその地域において水道水源特定施設を設置している者であって、その水道水源特定施設を設置する工場又は事業場から排出水を排出するものは、その施設が水道水源特定施設となった日又はその地域が指定地域となった日から六十日以内に、環境省令で定めるところにより、前条第一項各号に掲げる事項を都道府県知事に届け出なければならない。
２
一の施設が特定施設又は前条第二項に規定する水道水源特定施設（以下この項において「特定施設等」という。）となった際現に指定地域においてその施設を設置している者又は一の地域が指定地域となった際現にその地域において特定施設等を設置している者であって、その特定施設等を設置する工場又は事業場から排出水を排出するものは、その施設が特定施設等となった日又はその地域が指定地域となった日から六十日以内に、環境省令で定めるところにより、前条第二項各号に掲げる事項を都道府県知事に届け出なければならない。
（特定施設等の構造の変更等の届出）
第十三条
第十一条又は前条の規定による届出をした者は、その届出に係る第十一条第一項第四号から第八号までに掲げる事項又は同条第二項各号に掲げる事項の変更をしようとするときは、環境省令で定めるところにより、その旨を都道府県知事に届け出なければならない。
２
第十一条第一項又は前条第一項の規定による届出をした者は、その届出に係る第十一条第一項第一号若しくは第二号に掲げる事項に変更があったとき、又はその届出に係る水道水源特定施設の使用を廃止したときは、その日から三十日以内に、その旨を都道府県知事に届け出なければならない。
（地位の承継）
第十四条
水質汚濁防止法第十一条第一項及び第二項の規定は、第十一条又は第十二条の規定による届出をした者の地位の承継について準用する。
２
前項において準用する水質汚濁防止法第十一条第一項又は第二項の規定により前項に規定する者の地位を承継した者は、その承継があった日から三十日以内に、その旨を都道府県知事に届け出なければならない。
（勧告及び命令）
第十五条
都道府県知事は、第十一条又は第十三条第一項の規定による届出があった場合において、その届出に係る特定施設等を設置する水道水源特定事業場の排水口において排出水の汚染状態が特定排水基準に適合しないと認めるときは、その届出を受理した日から三十日以内に限り、その届出をした者に対し、その特定施設等の構造若しくは使用の方法又は汚水等の処理の方法に関する計画の変更を勧告することができる。
２
都道府県知事は、水道水源特定事業場から排出水を排出する者が、その水道水源特定事業場の排水口において汚染状態が特定排水基準に適合しない排出水を排出していると認めるときは、その者に対し、期限を定めて、その水道水源特定事業場に係る特定施設等の構造若しくは使用の方法又は汚水等の処理の方法を改善し、その水道水源特定事業場からの排出水の排出を一時停止し、その他必要な措置をとるべきことを勧告することができる。
３
都道府県知事は、指定地域において構造等基準に係る施設を設置している者がその施設に係る構造等基準を遵守していないと認めるときは、その者に対し、期限を定めて、その施設の構造又は使用の方法を改善すべきことを勧告することができる。
４