都道府県は、第三十六条の二第一項各号に掲げる措置を講ずる公的医療機関等、地域医療支援病院及び特定機能病院並びに医療措置協定を締結した医療機関又は検査等措置協定を締結した病原体等の検査を行っている機関等の設置者に対し、政令で定めるところにより、これらの医療機関又は病原体等の検査を行っている機関等の設置に要する費用の全部又は一部を補助することができる。
（国の負担）
第六十一条
国は、第四十四条の四の二第五項及び第六項（これらの規定を第四十四条の八において準用する場合を含む。）並びに第五十一条の二第五項及び第六項の規定による応援に要する費用（第五十八条の規定により都道府県が支弁する同条第十六号の費用を除く。）並びに第五十五条の規定による輸入検疫に要する費用（輸入検疫中の指定動物の飼育管理費を除く。）を負担しなければならない。
２
国は、第五十八条第十一号の費用、同条第十三号の費用（第三十七条の二第一項に規定する厚生労働省令で定める医療に係るものを除く。）並びに第五十八条第十四号及び第十五号の費用に対して、政令で定めるところにより、その四分の三を負担する。
３
国は、第五十八条第一号から第九号まで及び第十八号並びに第五十九条の費用に対して、政令で定めるところにより、その二分の一を負担する。
（国の補助）
第六十二条
国は、第五十八条第十号及び第十六号の費用に対して、政令で定めるところにより、その四分の三を補助するものとする。
２
国は、第五十八条第十二号の費用及び同条第十三号の費用（第三十七条の二第一項に規定する厚生労働省令で定める医療に係るものに限る。）に対して、政令で定めるところにより、その二分の一を補助するものとする。
３
国は、第六十条第二項及び第三項の費用に対して、政令で定めるところにより、その二分の一以内を補助することができる。
４
国は、特定感染症指定医療機関の設置者に対し、政令で定めるところにより、予算の範囲内で、特定感染症指定医療機関の設置及び運営に要する費用の一部を補助することができる。
（費用の徴収）
第六十三条
市町村長は、第二十七条第二項の規定により、当該職員に一類感染症、二類感染症、三類感染症、四類感染症若しくは新型インフルエンザ等感染症の患者がいる場所又はいた場所、当該感染症に係る死体がある場所又はあった場所その他当該感染症の病原体に汚染された場所又は汚染された疑いがある場所を消毒させた場合（第五十条第一項の規定により実施された場合を含む。）は、当該患者若しくはその保護者又はその場所の管理をする者若しくはその代理をする者から消毒に要した実費を徴収することができる。
２
市町村長は、第二十八条第二項の規定により、当該職員に一類感染症、二類感染症、三類感染症又は四類感染症の病原体に汚染され、又は汚染された疑いがあるねずみ族、昆虫等を駆除させた場合（第五十条第一項の規定により実施された場合を含む。）は、当該ねずみ族、昆虫等が存在する区域の管理をする者又はその代理をする者からねずみ族、昆虫等の駆除に要した実費を徴収することができる。
３
市町村長は、第二十九条第二項の規定により、当該職員に一類感染症、二類感染症、三類感染症、四類感染症又は新型インフルエンザ等感染症の病原体に汚染され、又は汚染された疑いがある飲食物、衣類、寝具その他の物件を消毒させた場合（第五十条第一項の規定により実施された場合を含む。）は、当該飲食物、衣類、寝具その他の物件の所持者から消毒に要した実費を徴収することができる。
４
前三項の規定は、都道府県知事が、第二十七条第二項に規定する消毒、第二十八条第二項に規定するねずみ族、昆虫等の駆除又は第二十九条第二項に規定する消毒の措置を当該職員に実施させた場合について準用する。
第十四章　雑則
（厚生労働大臣の指示）
第六十三条の二
厚生労働大臣は、感染症の発生を予防し、又はそのまん延を防止するため緊急の必要があると認めるときは、都道府県知事に対し、この法律（第八章を除く。次項において同じ。）又はこの法律に基づく政令の規定により都道府県知事が行う事務に関し必要な指示をすることができる。
２
厚生労働大臣は、前項の規定によるほか、都道府県知事がこの法律若しくはこの法律に基づく政令の規定に違反し、又はこれらの規定に基づく事務の管理若しくは執行を怠っている場合において、新型インフルエンザ等感染症若しくは指定感染症（第四十四条の七第一項の規定による公表が行われたものに限る。）の発生を予防し、又はその全国的かつ急速なまん延を防止するため特に必要があると認めるときは、当該都道府県知事に対し、この法律又はこの法律に基づく政令の規定により都道府県知事が行う地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）第二条第九項第一号に規定する第一号法定受託事務（第六十五条及び第六十五条の二において「第一号法定受託事務」という。）に関し必要な指示をすることができる。
（都道府県知事による総合調整）
第六十三条の三
都道府県知事は、当該都道府県知事が管轄する区域の全部又は一部において、感染症の発生を予防し、又はそのまん延を防止するため必要があると認めるときは、市町村長、医療機関、感染症試験研究等機関その他の関係者（以下この条において「関係機関等」という。）に対し、第十九条若しくは第二十条（これらの規定を第二十六条において準用する場合を含む。）又は第四十六条の規定による入院の勧告又は入院の措置その他関係機関等が実施する当該区域の全部又は一部に係る感染症の発生を予防し、又はそのまん延を防止するために必要な措置に関する総合調整を行うものとする。
２
保健所設置市等の長は、必要があると認めるときは、都道府県知事に対し、当該保健所設置市等の長及び他の関係機関等について、前項の規定による総合調整を行うよう要請することができる。
この場合において、都道府県知事は、必要があると認めるときは、同項の規定による総合調整を行わなければならない。
３
第一項の場合において、関係機関等は、同項の規定による総合調整に関し、都道府県知事に対して意見を申し出ることができる。
４
都道府県知事は、第一項の規定による総合調整を行うため必要があると認めるときは、関係機関等に対し、それぞれ当該関係機関等が実施する当該都道府県知事が管轄する区域の全部又は一部に係る感染症の発生を予防し、又はそのまん延を防止するために必要な措置の実施の状況について報告又は資料の提出を求めることができる。
（都道府県知事の指示）
第六十三条の四
都道府県知事は、新型インフルエンザ等感染症等に係る発生等の公表が行われたときから新型インフルエンザ等感染症等と認められなくなった旨の公表等が行われるまでの間、新型インフルエンザ等感染症、指定感染症又は新感染症の発生を予防し、又はそのまん延を防止するため緊急の必要があると認めるときは、保健所設置市等の長に対し、第十九条若しくは第二十条（これらの規定を第二十六条において準用する場合を含む。）又は第四十六条の規定による入院の勧告又は入院の措置に関し必要な指示をすることができる。
（保健所設置市等）
第六十四条
保健所設置市等にあっては、第四章から第六章（第一節及び第二節を除く。）まで、第七章から第九章まで及び第十章から前章までの規定（第三十八条第一項、第二項、第五項から第八項まで、第十項及び第十一項（同条第二項、第十項及び第十一項の規定にあっては、結核指定医療機関に係る部分を除く。）、第四十条第三項から第五項まで、第四十三条（結核指定医療機関に係る部分を除く。）、第四十四条の三第十一項（第五十条の二第四項において準用する場合を含む。）、第四十四条の三の五、第四十四条の三の六、第四十四条の四の二及び第四十四条の四の三（これらの規定を第四十四条の八において準用する場合を含む。）、第五十条の六、第五十条の七、第五十一条の二、第五十一条の三、第五十三条の二第三項、第五十三条の七第一項、第五十六条の二十七第七項並びに第六十条第一項から第三項（検査等措置協定に係る部分を除く。）までを除く。）並びに第六十三条の二中「都道府県知事」とあるのは「保健所設置市等の長」と、「都道府県」とあるのは「保健所設置市等」とする。
２
特別区にあっては、第三十一条第二項及び第五十七条（第四号の規定に係る部分に限る。）中「市町村」とあるのは、「都」とする。
（大都市等の特例）
第六十四条の二
第三章（第十二条第二項及び第三項、第十三条第三項及び第四項、第十四条第一項及び第六項、第十四条の二第一項及び第七項、第十五条第十三項並びに第十六条第二項及び第三項を除く。第六十五条第二項において同じ。）及び前条に規定するもののほか、この法律中都道府県が処理することとされている事務（結核の予防に係るものに限る。）で政令で定めるものは、地方自治法第二百五十二条の十九第一項の指定都市（以下「指定都市」という。）及び同法第二百五十二条の二十二第一項の中核市（以下「中核市」という。）においては、政令で定めるところにより、指定都市又は中核市（以下「指定都市等」という。）が処理するものとする。
この場合においては、この法律中都道府県に関する規定は、指定都市等に関する規定として指定都市等に適用があるものとする。
（先取特権の順位）
第六十四条の三
流行初期医療確保拠出金等その他この法律の規定による徴収金の先取特権の順位は、国税及び地方税に次ぐものとする。
（時効）
第六十四条の四
流行初期医療確保拠出金等その他この法律の規定による徴収金を徴収し、又はその還付を受ける権利及び流行初期医療の確保に要する費用を受ける権利は、これらを行使することができる時から二年を経過したときは、時効によって消滅する。
２