産業競争力強化法第四十六条の二に規定する特別事業再編を実施する同条の認定特別事業再編事業者が、次に掲げる事項について登記を受ける場合において、当該事項が、同法第二十四条の三第二項に規定する認定特別事業再編計画（同法第二条第十七項に規定する事業再編のうち政令で定めるものについて記載があるものに限る。）に係る同法第二十四条の二第一項又は第二十四条の三第一項の認定に係るものであつて新たな事業の創出及び産業への投資を促進するための産業競争力強化法等の一部を改正する法律（令和六年法律第四十五号）の施行の日から令和九年三月三十一日までの間にされたこれらの認定に係るものであるときは、当該登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところによりこれらの認定の日から二年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、次の各号に掲げる事項の区分に応じ、当該各号に定める割合とする。
一
合併による資本金の額の増加
イ又はロに掲げる部分の区分に応じイ又はロに定める割合
イ
合併により増加した資本金の額のうち、合併により消滅した会社の当該合併の直前における資本金の額として財務省令で定めるものに達するまでの資本金の額に対応する部分
千分の一
ロ
イに掲げる部分以外の部分（これらの認定により増加した資本金の額のうち三千億円を超える部分を除く。）
千分の一・五
二
分割による資本金の額の増加（これらの認定により増加した資本金の額のうち三千億円を超える部分を除く。）
千分の三
三
事業に必要な資産の譲受けの場合における不動産又は船舶の所有権の取得
イ又はロに掲げる事項の区分に応じイ又はロに定める割合
イ
不動産の所有権の取得
千分の十二
ロ
船舶の所有権の取得
千分の十八
四
合併による不動産又は船舶の所有権の取得
イ又はロに掲げる事項の区分に応じイ又はロに定める割合
イ
不動産の所有権の取得
千分の一
ロ
船舶の所有権の取得
千分の二
五
分割による不動産又は船舶の所有権の取得
イ又はロに掲げる事項の区分に応じイ又はロに定める割合
イ
不動産の所有権の取得
千分の一
ロ
船舶の所有権の取得
千分の十八
３
個人が、産業競争力強化法第百二十八条第二項に規定する認定創業支援等事業計画に係る同法第百二十七条第一項又は第百二十八条第一項の認定を受けた市町村（特別区を含む。）の区域内において、当該認定創業支援等事業計画に記載された同法第二条第三十三項に規定する特定創業支援等事業による支援を受けて株式会社又は合同会社の設立をした場合には、当該株式会社又は合同会社の設立の登記に係る登録免許税の額は、財務省令で定めるところにより同法の施行の日から令和九年三月三十一日までの間に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、次の各号に掲げる会社の区分に応じ、当該各号に定める金額とする。
一
株式会社
当該株式会社の資本金の額に千分の三・五を乗じて計算した金額（当該金額が七万五千円に満たない場合には、申請件数一件につき七万五千円）
二
合同会社
当該合同会社の資本金の額に千分の三・五を乗じて計算した金額（当該金額が三万円に満たない場合には、申請件数一件につき三万円）
（経営強化計画等に基づき行う登記の税率の軽減）
第八十条の二
次の各号に掲げる事項について登記を受ける場合において、当該事項が、金融機能の強化のための特別措置に関する法律（平成十六年法律第百二十八号）第五条第一項（同法附則第八条第三項又は第二十六条第三項の規定により読み替えて適用される場合を含む。）若しくは第十七条第一項（同法附則第九条第三項又は第二十七条第三項の規定により読み替えて適用される場合を含む。）の経営強化計画に係るこれらの規定による主務大臣の決定若しくは同法第九条第一項（同法附則第八条第三項又は第二十六条第三項の規定により読み替えて適用される場合を含む。）若しくは第十九条第一項（同法附則第九条第三項又は第二十七条第三項の規定により適用される場合を含む。）の変更後の経営強化計画に係るこれらの規定による主務大臣の承認（平成二十六年四月一日から令和八年三月三十一日までの間に同法第二条第一項に規定する金融機関等が提出した当該経営強化計画又は当該変更後の経営強化計画に係るものに限る。）又は同法第三十四条の十第三項の実施計画（当該実施計画において同条第二項第七号に規定する資金交付契約に関する事項が記載されているものに限る。以下この条において同じ。）若しくは同法第三十四条の十一第一項の変更後の実施計画に係るこれらの規定による主務大臣の認定（令和四年四月一日から令和八年三月三十一日までの間に同法第三十四条の十第一項に規定する金融機関等が提出した当該実施計画又は当該変更後の実施計画に係るものに限る。）に係るものであるときは、当該登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより当該決定若しくは承認又は認定の日から一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、当該各号に掲げる事項の区分に応じ、当該各号に定める割合とする。
ただし、当該登記について東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（平成二十三年法律第二十九号）第四十一条の二の規定の適用がある場合については、この限りでない。
一
株式会社の設立又は資本金の額の増加（次号及び第三号に掲げるものを除く。）
千分の三・五
二
合併による株式会社の設立又は資本金の額の増加
千分の一（それぞれ資本金の額又は合併により増加した資本金の額のうち、合併により消滅した会社の当該合併の直前における資本金の額として財務省令で定めるものを超える資本金の額に対応する部分については、千分の三・五）
三
分割による株式会社の設立又は資本金の額の増加
千分の五
四
合併による不動産の所有権の取得
千分の二
五
分割による不動産の所有権の取得
千分の四
六
法人の設立、資本金若しくは出資金の額の増加又は事業に必要な資産の譲受けの場合における抵当権の取得（次号及び第八号に掲げるものを除く。）
千分の一・五
七
合併による抵当権の取得
千分の〇・五
八
分割による抵当権の取得
千分の一
（認定開発供給実施計画に基づき行う登記の税率の軽減）
第八十条の三
次に掲げる事項について登記を受ける場合において、当該事項が、農業の生産性の向上のためのスマート農業技術の活用の促進に関する法律第十四条第三項に規定する認定開発供給実施計画に係る同法第十三条第一項又は第十四条第一項の認定に係るものであつて同法の施行の日から令和九年三月三十一日までの間にされたこれらの認定に係るものであるときは、当該登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところによりこれらの認定の日から一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、次の各号に掲げる事項の区分に応じ、当該各号に定める割合とする。
一
株式会社の設立又は資本金の額の増加（これらの認定により増加した資本金の額のうち三千億円を超える部分並びに次号及び第三号に掲げるものを除く。）
千分の三・五
二
合併による株式会社の設立又は資本金の額の増加
イ又はロに掲げる部分の区分に応じイ又はロに定める割合
イ
資本金の額又は合併により増加した資本金の額のうち、合併により消滅した会社の当該合併の直前における資本金の額として財務省令で定めるものに達するまでの資本金の額に対応する部分
千分の一
ロ
イに掲げる部分以外の部分（これらの認定により増加した資本金の額のうち三千億円を超える部分を除く。）
千分の三・五
三
分割による株式会社の設立又は資本金の額の増加（これらの認定により増加した資本金の額のうち三千億円を超える部分を除く。）
千分の五
四
法人の設立、資本金若しくは出資金の額の増加又は事業に必要な資産の譲受けの場合における不動産の所有権の取得（次号及び第六号に掲げるものを除く。）
千分の十六
五
合併による不動産の所有権の取得
千分の二
六
分割による不動産の所有権の取得
千分の四
（医療機関の開設者が再編計画に基づき不動産を取得した場合の所有権の移転登記等の税率の軽減）
第八十一条
再編計画（地域における医療及び介護の総合的な確保の促進に関する法律（平成元年法律第六十四号）第十二条の二の二第一項に規定する再編計画をいう。以下この条において同じ。）の同項の認定（同法第十二条の六第一項の変更の認定を含む。以下この条において「再編計画の認定」という。）を受けた医療機関の開設者（良質かつ適切な医療を効率的に提供する体制の確保を推進するための医療法等の一部を改正する法律（令和三年法律第四十九号）附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日から令和八年三月三十一日までの間に当該再編計画の認定を受けた者に限る。次項において同じ。）が、当該再編計画に記載された医療機関の再編の事業（地域における医療及び介護の総合的な確保の促進に関する法律第十二条の二の二第一項に規定する医療機関の再編の事業をいう。次項において同じ。）に必要な土地の取得をした場合には、当該土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより当該取得後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の十とする。
２
再編計画の認定を受けた医療機関の開設者が、再編計画に記載された医療機関の再編の事業に必要な建物の建築をした場合には、当該建物の所有権の保存の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより当該建築後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の二とする。
（特定国際船舶等の所有権の保存登記等の税率の軽減）
第八十二条