前項に規定する特別控除税額とは、当該適格請求書発行事業者の当該課税期間の課税資産の譲渡等（消費税法第七条第一項若しくは第八条第一項その他の法律又は条約の規定により消費税が免除されるものを除く。）に係る課税標準である金額の合計額に対する消費税額から当該課税期間における新消費税法第三十八条第一項に規定する売上げに係る対価の返還等の金額に係る消費税額の合計額を控除した残額の百分の八十に相当する金額をいう。
３
第一項の規定の適用を受けようとする適格請求書発行事業者は、新消費税法第四十五条第一項の規定による申告書（当該申告書に係る国税通則法第十八条第二項に規定する期限後申告書を含む。）にその旨を付記するものとする。
４
適格請求書発行事業者の第一項の規定の適用を受ける課税期間における消費税法第九条第七項並びに第十二条の四第一項及び第三項、新消費税法第四十五条第一項及び第六十条第四項並びに二十七年改正法附則第四十四条第二項の規定の適用については、消費税法第九条第七項並びに第十二条の四第一項及び第三項中「第三十七条第一項」とあるのは「第三十七条第一項又は所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第五十一条の二第一項」と、新消費税法第四十五条第一項第三号中「前章」とあるのは「前章及び所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第五十一条の二第一項」と、新消費税法第六十条第四項中「第三十七条」とあるのは「第三十七条又は所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第五十一条の二第一項」と、二十七年改正法附則第四十四条第二項中「第三十七条第一項」とあるのは「第三十七条第一項又は所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第五十一条の二第一項」とする。
５
新消費税法第九条第一項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者が消費税法第九条第四項の規定による届出書の提出により五年施行日の属する課税期間の初日から消費税を納める義務が免除されないこととなる場合において、当該事業者が附則第四十四条第一項の規定により新消費税法第五十七条の二第二項の規定による申請書を提出しているときは、当該事業者の当該課税期間に係る消費税法第九条第五項の規定による届出書の提出については、同条第六項の規定は、適用しない。
この場合において、当該課税期間中に当該課税期間について同条第四項の規定の適用を受けることをやめようとする旨を記載した当該届出書をその納税地を所轄する税務署長に提出したときは、当該届出書を当該課税期間の初日の前日に当該税務署長に提出したものとみなして、同条第八項の規定を適用する。
６
第一項の規定の適用を受けた適格請求書発行事業者が、消費税法第三十七条第一項の規定による届出書を当該適用を受けた課税期間の翌課税期間中にその納税地を所轄する税務署長に提出した場合において、当該届出書に当該届出書を提出した日の属する課税期間について同項の規定の適用を受ける旨を記載したときは、当該届出書を当該課税期間の初日の前日に当該税務署長に提出したものとみなして、同項の規定を適用する。
７
前各項に定めるもののほか、この条の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（適格請求書発行事業者以外の者から行った課税仕入れに係る税額控除に関する経過措置）
第五十二条
事業者（新消費税法第九条第一項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者を除く。以下この条及び次条において同じ。）が、五年施行日から五年施行日以後三年を経過する日（同条第一項において「適用期限」という。）までの間に国内において行った課税仕入れ（新消費税法第三十条第一項の規定の適用を受けるものを除く。次条第一項において同じ。）のうち、五年改正規定による改正前の消費税法（以下この条及び次条において「旧消費税法」という。）第三十条の規定がなお効力を有するものとしたならば同条第一項の規定の適用を受けるもの（当該事業者が、消費税法第二条第一項第三号に規定する個人事業者にあってはその年、法人にあってはその同項第十三号に規定する事業年度において一の事業者から行う当該課税仕入れに係る支払対価の額（新消費税法第三十条第八項第一号ニに規定する課税仕入れに係る支払対価の額をいう。以下この項、次条第一項及び附則第五十三条の二において同じ。）の合計額が十億円を超える場合における当該超える部分の課税仕入れを除く。以下この条及び次条において「控除対象課税仕入れ」という。）については、旧消費税法第三十条第九項に規定する請求書等又は当該請求書等に記載すべき事項に係る電磁的記録（電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律（平成十年法律第二十五号）第二条第三号に規定する電磁的記録をいう。次項並びに次条第一項及び第二項において同じ。）を新消費税法第三十条第九項に規定する請求書等とみなし、かつ、当該控除対象課税仕入れの課税仕入れに係る支払対価の額に百十分の七・八（当該控除対象課税仕入れが他の者から受けた軽減対象課税資産の譲渡等（新消費税法第二条第一項第九号の二に規定する軽減対象課税資産の譲渡等をいい、消費税法第七条第一項、第五条の規定による改正後の同法第八条第一項その他の法律又は条約の規定により消費税が免除されるものを除く。第三項及び次条第一項において同じ。）に係るものである場合には、百八分の六・二四）を乗じて算出した金額に百分の八十を乗じて算出した金額を新消費税法第三十条第一項に規定する課税仕入れに係る消費税額とみなして、同条の規定を適用する。
この場合において、同条第八項第一号ハ中「である旨）」とあるのは、「である旨）及び所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第五十二条第一項の規定の適用を受ける課税仕入れである旨」とする。
２
前項の規定により新消費税法第三十条第九項に規定する請求書等とみなされる書類又は電磁的記録に係る旧消費税法第三十条第九項の規定の適用については、同項第一号ハ中「内容」とあるのは「内容（当該課税資産の譲渡等が軽減対象課税資産の譲渡等である場合には、資産の内容及び軽減対象課税資産の譲渡等である旨）」と、同号ニ中「課税資産の譲渡等の」とあるのは「税率の異なるごとに区分して合計した課税資産の譲渡等の」と、同項第二号ニ中「内容」とあるのは「内容（当該課税仕入れが他の者から受けた軽減対象課税資産の譲渡等に係るものである場合には、資産の内容及び軽減対象課税資産の譲渡等に係るものである旨）」と、同号ホ中「第一項」とあるのは「税率の異なるごとに区分して合計した第一項」とする。
３
第一項の規定により新消費税法第三十条第九項に規定する請求書等とみなされる書類に係る前項の規定により読み替えて適用する旧消費税法第三十条第九項の規定の適用については、当該書類の交付を受けた事業者が、当該書類に係る課税資産の譲渡等の事実に基づき同項第一号ハに掲げる記載事項（当該記載事項のうち、課税資産の譲渡等が軽減対象課税資産の譲渡等である旨に限る。）又は同号ニに掲げる記載事項に係る追記をした書類を含むものとする。
４
事業者が、第一項の規定の適用を受ける控除対象課税仕入れを行った場合における新消費税法第三十二条及び第三十六条第五項の規定の適用については、新消費税法第三十二条第一項第一号中「金額及び」とあるのは「金額（当該仕入れに係る対価の返還等が所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第五十二条第一項の規定の適用を受ける同項の控除対象課税仕入れに係るものである場合には、当該金額に百分の八十を乗じて算出した金額）及び」と、新消費税法第三十六条第五項中「消費税額は」とあるのは「消費税額（当該課税仕入れに係る棚卸資産が所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第五十二条第一項の規定の適用を受けるものである場合には、当該消費税額に百分の八十を乗じて算出した金額）は」とする。
第五十三条
事業者が、適用期限の翌日から同日以後三年を経過する日までの間に国内において行った控除対象課税仕入れについては、旧消費税法第三十条第九項に規定する請求書等又は当該請求書等に記載すべき事項に係る電磁的記録を新消費税法第三十条第九項に規定する請求書等とみなし、かつ、当該控除対象課税仕入れの課税仕入れに係る支払対価の額に百十分の七・八（当該控除対象課税仕入れが他の者から受けた軽減対象課税資産の譲渡等に係るものである場合には、百八分の六・二四）を乗じて算出した金額に百分の五十を乗じて算出した金額を同条第一項に規定する課税仕入れに係る消費税額とみなして、同条の規定を適用する。
この場合において、同条第八項第一号ハ中「である旨）」とあるのは、「である旨）及び所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第五十三条第一項の規定の適用を受ける課税仕入れである旨」とする。
２
前項の規定により新消費税法第三十条第九項に規定する請求書等とみなされる書類又は電磁的記録に係る旧消費税法第三十条第九項の規定の適用については、同項第一号ハ中「内容」とあるのは「内容（当該課税資産の譲渡等が軽減対象課税資産の譲渡等である場合には、資産の内容及び軽減対象課税資産の譲渡等である旨）」と、同号ニ中「課税資産の譲渡等の」とあるのは「税率の異なるごとに区分して合計した課税資産の譲渡等の」と、同項第二号ニ中「内容」とあるのは「内容（当該課税仕入れが他の者から受けた軽減対象課税資産の譲渡等に係るものである場合には、資産の内容及び軽減対象課税資産の譲渡等に係るものである旨）」と、同号ホ中「第一項」とあるのは「税率の異なるごとに区分して合計した第一項」とする。
３