施行日から平成二十二年九月三十日までの間における新法人税法の規定の適用については、新法人税法第二条第十二号の七の六中「一の者が」とあるのは、「この編、第五十七条（青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越し）、第六十一条の十一（連結納税の開始に伴う資産の時価評価損益）及び第六十一条の十二（連結納税への加入に伴う資産の時価評価損益）の場合を除き、一の者が」とする。
（連結納税の承認の申請に関する経過措置）
第十二条
新法人税法第四条の三第一項、第六項及び第八項の規定は、同条第一項に規定する内国法人が新法人税法第四条の二の承認を受けて各連結事業年度の連結所得に対する法人税を納める最初の連結事業年度としようとする期間の開始の日が平成二十二年十月一日以後である場合の同項の申請について適用し、第二条の規定（組織再編成等以外の改正規定に限る。）による改正前の法人税法（以下附則第二十九条までにおいて「旧法人税法」という。）第四条の三第一項に規定する内国法人が旧法人税法第四条の二の承認を受けて各連結事業年度の連結所得に対する法人税を納める最初の連結事業年度としようとする期間の開始の日が同年十月一日前である場合の同項の申請については、なお従前の例による。
（事業年度に関する経過措置）
第十三条
十月新法人税法第十四条第二項の規定は、平成二十二年十月一日以後に同項に規定する他の内国法人が同条第一項第六号又は第七号に掲げる場合に該当することとなる場合の事業年度について適用する。
２
平成二十二年十月一日前に十月旧法人税法第十五条の二第二項に規定する他の内国法人が連結親法人との間に当該連結親法人による同条第一項第六号に規定する完全支配関係を有することとなった場合の同項に規定する最初連結事業年度については、なお従前の例による。
（受取配当等の益金不算入に関する経過措置）
第十四条
十月新法人税法第二十三条第三項の規定は、法人が平成二十二年十月一日以後に同項に規定する取得をする株式又は出資に係る同項に規定する配当等の額について適用する。
（外国子会社から受ける配当等の益金不算入に関する経過措置）
第十五条
十月新法人税法第二十三条の二第二項の規定は、法人が平成二十二年十月一日以後に同項に規定する取得をする株式又は出資に係る同項に規定する剰余金の配当等の額について適用する。
（受贈益の益金不算入に関する経過措置）
第十六条
十月新法人税法第二十五条の二の規定は、法人が平成二十二年十月一日以後に受ける同条第一項に規定する受贈益の額について適用する。
（特殊支配同族会社の役員給与の損金不算入に関する経過措置）
第十七条
旧法人税法第三十五条第一項に規定する特殊支配同族会社の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
（寄附金の損金不算入に関する経過措置）
第十八条
十月新法人税法第三十七条第二項の規定は、法人が平成二十二年十月一日以後に支出する同項に規定する寄附金の額について適用し、法人が同日前に支出した十月旧法人税法第三十七条第二項に規定する寄附金の額については、なお従前の例による。
（青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越しに関する経過措置）
第十九条
十月新法人税法第五十七条第八項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、同項に規定する内国法人の同号に規定する合併の日が平成二十二年十月一日以後の日（施行日前に開始した連結親法人事業年度（十月旧法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。以下附則第二十九条までにおいて同じ。）の同年十月一日以後の期間内の日を除く。）である場合又は十月新法人税法第五十七条第八項に規定する内国法人（同年十月一日以後に解散するものに限る。）の残余財産の確定の日が同年十月一日以後の日である場合の同号に定める欠損金額について適用し、十月旧法人税法第五十七条第九項に規定する内国法人の同項第二号に規定する合併の日が同年十月一日前の日（施行日前に開始した連結親法人事業年度の同年十月一日以後の期間内の日を含む。）である場合の同号に定める欠損金額については、なお従前の例による。
２
十月新法人税法第五十七条第八項に規定する内国法人（平成二十二年十月一日以後に解散するものに限る。）の残余財産の確定の日が施行日前に開始した連結親法人事業年度の同年十月一日から当該連結親法人事業年度終了の日の前日までの期間内の日である場合における同項（第一号に係る部分に限る。）の規定の適用については、同号中「第八十一条の九第二項第一号に規定する特定連結子法人」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十二年法律第六号）附則第二十六条第四項（連結欠損金の繰越しに関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の法人税法第八十一条の九第二項第二号（連結欠損金の繰越し）に規定する連結子法人」とする。
３
法人が施行日前に開始した連結親法人事業年度の期間（施行日以後に開始する連結親法人事業年度の平成二十二年九月三十日以前の期間を含む。）内に十月旧法人税法第五十七条第十項各号に規定する場合に該当した場合の当該各号に掲げる欠損金額については、なお従前の例による。
（青色申告書を提出しなかった事業年度の災害による損失金の繰越しに関する経過措置）
第二十条
十月新法人税法第五十八条第三項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、同項に規定する内国法人の同号に規定する合併の日が平成二十二年十月一日以後の日（施行日前に開始した連結親法人事業年度の同年十月一日以後の期間内の日を除く。）である場合又は同項に規定する内国法人（同年十月一日以後に解散するものに限る。）の残余財産の確定の日が同年十月一日以後の日である場合の同号に定める災害損失欠損金額について適用し、十月旧法人税法第五十八条第四項に規定する内国法人の同項第二号に規定する合併の日が同年十月一日前の日（施行日前に開始した連結親法人事業年度の同年十月一日以後の期間内の日を含む。）である場合の同号に定める災害損失欠損金額については、なお従前の例による。
２
十月新法人税法第五十八条第三項に規定する内国法人（平成二十二年十月一日以後に解散するものに限る。）の残余財産の確定の日が施行日前に開始した連結親法人事業年度の同年十月一日から当該連結親法人事業年度終了の日の前日までの期間内の日である場合における同項（第一号に係る部分に限る。）の規定の適用については、同号中「第八十一条の九第二項第一号（連結欠損金の繰越し）に規定する特定連結子法人」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十二年法律第六号）附則第二十六条第四項（連結欠損金の繰越しに関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の法人税法第八十一条の九第二項第二号（連結欠損金の繰越し）に規定する連結子法人」とする。
３
法人が施行日前に開始した連結親法人事業年度の期間（施行日以後に開始する連結親法人事業年度の平成二十二年九月三十日以前の期間を含む。）内に当該法人を十月旧法人税法第五十八条第五項に規定する合併法人等とする同項に規定する適格合併等を行った場合の同項に規定する未処理災害損失欠損金額については、なお従前の例による。
（有価証券の譲渡益又は譲渡損の益金又は損金算入に関する経過措置）
第二十一条
十月新法人税法第六十一条の二第十六項の規定は、法人が同項に規定する他の内国法人の平成二十二年十月一日以後に生ずる同項に規定する事由により金銭その他の資産の交付を受けた場合又は法人が当該他の内国法人の同日以後に生ずる同項に規定する事由により当該他の内国法人の株式を有しないこととなった場合（同日以後に残余財産の分配を受けないことが確定した場合を含む。）における同条第一項に規定する譲渡利益額又は譲渡損失額について適用する。
（完全支配関係がある法人の間の取引の損益に関する経過措置）
第二十二条
十月新法人税法第六十一条の十三の規定は、法人が平成二十二年十月一日以後に行う同条第一項に規定する譲渡損益調整資産の譲渡に係る同項に規定する譲渡利益額又は譲渡損失額について適用し、法人が同日前に行った十月旧法人税法第六十一条の十三第一項に規定する譲渡損益調整資産の譲渡に係る同項に規定する譲渡利益額又は譲渡損失額については、次項に規定する場合を除き、なお従前の例による。
２
法人が平成二十二年十月一日前に行った十月旧法人税法第六十一条の十三第一項又は第八十一条の十第一項に規定する譲渡損益調整資産（以下この項において「旧譲渡損益調整資産」という。）の譲渡に係る十月旧法人税法第六十一条の十三第一項又は第八十一条の十第一項に規定する譲渡利益額又は譲渡損失額（以下この項において「旧譲渡損益額」という。）に相当する金額につき同日において益金の額又は損金の額に算入されていない金額がある場合には、当該旧譲渡損益調整資産を十月新法人税法第六十一条の十三第一項に規定する譲渡損益調整資産と、当該旧譲渡損益額を同項に規定する譲渡損益調整資産に係る同項に規定する譲渡利益額又は譲渡損失額と、当該法人を当該譲渡利益額又は譲渡損失額につき同項の規定の適用を受けた法人と、当該旧譲渡損益調整資産の譲渡を受けた法人を同条第二項に規定する譲受法人と、当該旧譲渡損益額に相当する金額につき十月旧法人税法第六十一条の十三第二項又は第八十一条の十第二項の規定により益金の額又は損金の額に算入された金額を当該譲渡利益額又は譲渡損失額に相当する金額につき十月新法人税法第六十一条の十三第二項の規定により益金の額又は損金の額に算入された金額と、それぞれみなして、同条第二項から第六項までの規定を適用する。