特定感染症指定医療機関は、第三十七条第一項各号に掲げる医療のうち新感染症の所見がある者並びに一類感染症、二類感染症及び新型インフルエンザ等感染症の患者に係る医療について、厚生労働大臣が行う指導に従わなければならない。
５
第一種感染症指定医療機関は、第三十七条第一項各号に掲げる医療のうち一類感染症、二類感染症及び新型インフルエンザ等感染症の患者に係る医療について、厚生労働省令で定めるところにより都道府県知事が行う指導に従わなければならない。
６
第二種感染症指定医療機関は、第三十七条第一項各号に掲げる医療のうち二類感染症及び新型インフルエンザ等感染症の患者に係る医療について、厚生労働省令で定めるところにより都道府県知事が行う指導に従わなければならない。
７
第一種協定指定医療機関は、第三十七条第一項各号に掲げる医療のうち新型インフルエンザ等感染症及び指定感染症の患者並びに新感染症の所見がある者に係る医療について、厚生労働省令で定めるところにより都道府県知事が行う指導に従わなければならない。
８
第二種協定指定医療機関は、第四十四条の三の二第一項（第四十四条の九第一項の規定に基づく政令によって準用される場合を含む。）又は第五十条の三第一項の厚生労働省令で定める医療について、厚生労働省令で定めるところにより都道府県知事が行う指導に従わなければならない。
９
結核指定医療機関は、前条第一項に規定する医療について、厚生労働省令で定めるところにより都道府県知事が行う指導に従わなければならない。
１０
感染症指定医療機関は、その指定を辞退しようとするときは、辞退の日の一年前（結核指定医療機関にあっては、三十日前）までに、特定感染症指定医療機関については厚生労働大臣に、第一種感染症指定医療機関、第二種感染症指定医療機関、第一種協定指定医療機関、第二種協定指定医療機関及び結核指定医療機関については都道府県知事にその旨を届け出なければならない。
１１
感染症指定医療機関が、第三項から第九項までの規定に違反したとき、その他前二条に規定する医療を行うについて不適当であると認められるに至ったときは、特定感染症指定医療機関については厚生労働大臣、第一種感染症指定医療機関、第二種感染症指定医療機関、第一種協定指定医療機関、第二種協定指定医療機関及び結核指定医療機関については都道府県知事は、その指定を取り消すことができる。
（他の法律による医療に関する給付との調整）
第三十九条
第三十七条第一項又は第三十七条の二第一項の規定により費用の負担を受ける感染症の患者（新感染症の所見がある者を除く。）が、健康保険法（大正十一年法律第七十号）、国民健康保険法、船員保険法（昭和十四年法律第七十三号）、労働者災害補償保険法（昭和二十二年法律第五十号）、国家公務員共済組合法（昭和三十三年法律第百二十八号。他の法律において準用し、又は例による場合を含む。）、地方公務員等共済組合法（昭和三十七年法律第百五十二号）、高齢者の医療の確保に関する法律又は介護保険法（平成九年法律第百二十三号）の規定により医療に関する給付を受けることができる者であるときは、都道府県は、その限度において、第三十七条第一項又は第三十七条の二第一項の規定による負担をすることを要しない。
２
第三十七条第一項又は第三十七条の二第一項の規定は、戦傷病者特別援護法（昭和三十八年法律第百六十八号）の規定により医療を受けることができる結核患者については、適用しない。
３
第三十七条第一項又は第三十七条の二第一項の規定による費用の負担を受ける結核患者が、児童福祉法（昭和二十二年法律第百六十四号）の規定による療育の給付を受けることができる者であるときは、当該患者について都道府県が費用の負担をする限度において、同法の規定による療育の給付は、行わない。
（診療報酬の請求、審査及び支払）
第四十条
感染症指定医療機関は、診療報酬のうち、第三十七条第一項又は第三十七条の二第一項の規定により都道府県が負担する費用を、都道府県に請求するものとする。
２
都道府県は、前項の費用を当該感染症指定医療機関に支払わなければならない。
３
都道府県知事は、感染症指定医療機関の診療内容及び診療報酬の請求を随時審査し、かつ、感染症指定医療機関が第一項の規定によって請求することができる診療報酬の額を決定することができる。
４
感染症指定医療機関は、都道府県知事が行う前項の規定による決定に従わなければならない。
５
都道府県知事は、第三項の規定により診療報酬の額を決定するに当たっては、社会保険診療報酬支払基金法に定める審査委員会、国民健康保険法に定める国民健康保険診療報酬審査委員会その他政令で定める医療に関する審査機関の意見を聴かなければならない。
６
都道府県は、感染症指定医療機関に対する診療報酬の支払に関する事務を、支払基金、国保連合会その他厚生労働省令で定める者に委託することができる。
７
第三項の規定による診療報酬の額の決定については、審査請求をすることができない。
（診療報酬の基準）
第四十一条
感染症指定医療機関が行う第三十七条第一項各号に掲げる医療又は第三十七条の二第一項に規定する厚生労働省令で定める医療に関する診療報酬は、健康保険の診療報酬の例によるものとする。
２
前項に規定する診療報酬の例によることができないとき、及びこれによることを適当としないときの診療報酬は、厚生労働大臣の定めるところによる。
（緊急時等の医療に係る特例）
第四十二条
都道府県は、第十九条若しくは第二十条（これらの規定を第二十六条において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）若しくは第四十六条の規定により感染症指定医療機関以外の病院若しくは診療所に入院した患者（新感染症の所見がある者を含む。以下この条において同じ。）が、当該病院若しくは診療所から第三十七条第一項各号に掲げる医療を受けた場合又はその区域内に居住する結核患者（第二十六条第一項において読み替えて準用する第十九条又は第二十条の規定により入院した患者を除く。以下この項において同じ。）が、緊急その他やむを得ない理由により、結核指定医療機関以外の病院若しくは診療所若しくは薬局から第三十七条の二第一項に規定する厚生労働省令で定める医療を受けた場合においては、その医療に要した費用につき、当該患者又はその保護者の申請により、第三十七条第一項又は第三十七条の二第一項の規定によって負担する額の例により算定した額の療養費を支給することができる。
第十九条若しくは第二十条若しくは第四十六条の規定により感染症指定医療機関に入院した患者が感染症指定医療機関から第三十七条第一項各号に掲げる医療を受けた場合又はその区域内に居住する結核患者が結核指定医療機関から第三十七条の二第一項に規定する厚生労働省令で定める医療を受けた場合において、当該医療が緊急その他やむを得ない理由により第三十七条第一項又は第三十七条の二第一項の申請をしないで行われたものであるときも、同様とする。
２
第三十七条第四項の規定は、前項の申請について準用する。
３
第一項の療養費は、当該患者が当該医療を受けた当時それが必要であったと認められる場合に限り、支給するものとする。
（報告の請求及び検査）
第四十三条
都道府県知事（特定感染症指定医療機関にあっては、厚生労働大臣又は都道府県知事とする。次項において同じ。）は、第三十七条第一項及び第三十七条の二第一項に規定する費用の負担を適正なものとするため必要があると認めるときは、感染症指定医療機関の管理者に対して必要な報告を求め、又は当該職員に感染症指定医療機関についてその管理者の同意を得て実地に診療録その他の帳簿書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他人の知覚によっては認識することができない方式で作られる記録であって、電子計算機による情報処理の用に供されるものをいう。）の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。）を検査させることができる。
２
感染症指定医療機関が、正当な理由がなく、前項の報告の求めに応ぜず、若しくは虚偽の報告をし、又は同項の同意を拒んだときは、都道府県知事は、当該感染症指定医療機関に対する診療報酬の支払を一時差し止めるよう指示し、又は差し止めることができる。
（厚生労働省令への委任）
第四十四条
この法律に規定するもののほか、第三十七条第一項及び第三十七条の二第一項の申請の手続、第四十条の診療報酬の請求並びに支払及びその事務の委託の手続その他この節で規定する費用の負担に関して必要な事項は、厚生労働省令で定める。
第七章　新型インフルエンザ等感染症
（新型インフルエンザ等感染症の発生及び実施する措置等に関する情報の公表）
第四十四条の二
厚生労働大臣は、新型インフルエンザ等感染症が発生したと認めたときは、速やかに、その旨及び発生した地域を公表するとともに、当該感染症について、第十六条第一項の規定による情報の公表を行うほか、病原体の検査方法、症状、診断及び治療並びに感染の防止の方法、この法律の規定により実施する措置その他の当該感染症の発生の予防又はそのまん延の防止に必要な情報を新聞、放送、インターネットその他適切な方法により逐次公表しなければならない。
２
前項の規定による情報の公表を行うに当たっては、個人情報の保護に留意しなければならない。
３
厚生労働大臣は、第一項の規定により情報を公表した感染症について、国民の大部分が当該感染症に対する免疫を獲得したこと等により新型インフルエンザ等感染症と認められなくなったときは、速やかに、その旨を公表しなければならない。
（感染を防止するための報告又は協力）
第四十四条の三