前条の規定により機構の職員となった大学共同利用機関及び研究所の職員に対する国家公務員法（昭和二十二年法律第百二十号）第八十二条第二項の規定の適用については、機構の職員を同項に規定する特別職国家公務員等と、前条の規定により国家公務員としての身分を失ったことを任命権者の要請に応じ同項に規定する特別職国家公務員等となるため退職したこととみなす。
第四条
附則第二条の規定により大学共同利用機関及び研究所の職員が機構の職員となる場合には、その者に対しては、国家公務員退職手当法（昭和二十八年法律第百八十二号）に基づく退職手当は、支給しない。
２
機構は、前項の規定の適用を受けた機構の職員の退職に際し、退職手当を支給しようとするときは、その者の国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員（同条第二項の規定により職員とみなされる者を含む。）としての引き続いた在職期間を機構の職員としての在職期間とみなして取り扱うべきものとする。
３
機構の成立の日の前日に大学共同利用機関又は研究所の職員として在職する者が、附則第二条の規定により引き続いて機構の職員となり、かつ、引き続き機構の職員として在職した後引き続いて国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員となった場合におけるその者の同法に基づいて支給する退職手当の算定の基礎となる勤続期間の計算については、その者の機構の職員としての在職期間を同項に規定する職員としての引き続いた在職期間とみなす。
ただし、その者が機構を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。
４
機構は、機構の成立の日の前日に大学共同利用機関又は研究所の職員として在職し、附則第二条の規定により引き続いて機構の職員となった者のうち機構の成立の日から雇用保険法（昭和四十九年法律第百十六号）による失業給付の受給資格を取得するまでの間に機構を退職したものであって、その退職した日まで大学共同利用機関又は研究所の職員として在職したものとしたならば国家公務員退職手当法第十条の規定による退職手当の支給を受けることができるものに対しては、同条の規定の例により算定した退職手当の額に相当する額を退職手当として支給するものとする。
第五条
附則第二条の規定により機構の職員となった大学共同利用機関の職員であって、機構の成立の日の前日において文部科学大臣又はその委任を受けた者から児童手当法（昭和四十六年法律第七十三号）第七条第一項（同法附則第六条第二項、第七条第四項又は第八条第四項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定による認定を受けているものが、機構の成立の日において児童手当又は同法附則第六条第一項、第七条第一項若しくは第八条第一項の給付（以下この条において「特例給付等」という。）の支給要件に該当するときは、その者に対する児童手当又は特例給付等の支給に関しては、機構の成立の日において同法第七条第一項の規定による市町村長（特別区の区長を含む。）の認定があったものとみなす。
この場合において、その認定があったものとみなされた児童手当又は特例給付等の支給は、同法第八条第二項（同法附則第六条第二項、第七条第四項又は第八条第四項において準用する場合を含む。）の規定にかかわらず、機構の成立の日の前日の属する月の翌月から始める。
第六条
機構の成立の日の前日において国家公務員共済組合法（昭和三十三年法律第百二十八号）第三条第一項の規定により文部科学省に属する同法第二条第一項第一号に規定する職員及びその所管する独立行政法人の同号に規定する職員をもって組織された国家公務員共済組合（以下この条において「文部科学省共済組合」という。）の組合員である同号に規定する職員（同日において大学共同利用機関又は研究所に属する者に限る。）が機構の成立の日において機構の役員及び職員（同号に規定する職員に相当する者に限る。以下この条において「役職員」という。）となり、かつ、引き続き同日以後において機構の役職員である場合において、その者が同日から起算して二十日を経過する日（正当な理由があると文部科学省共済組合が認めた場合には、その認めた日）までに文部科学省共済組合に申出をしたときは、当該役職員は、機構の成立の日以後引き続く当該役職員である期間文部科学省共済組合を組織する同号に規定する職員に該当するものとする。
２
前項に規定する役職員が同項に規定する申出をその期限内に行うことなく死亡した場合には、その申出は、当該期限内に当該役職員の遺族（国家公務員共済組合法第二条第一項第三号に規定する遺族に相当する者に限る。次項において同じ。）がすることができる。
３
機構の成立の日の前日において文部科学省共済組合の組合員である国家公務員共済組合法第二条第一項第一号に規定する職員（同日において大学共同利用機関又は研究所に属する者に限る。）が機構の成立の日において機構の役職員となる場合において、当該役職員又はその遺族が第一項の規定による申出を行わなかったときは、当該役職員は、機構の成立の日の前日に退職（同条第一項第四号に規定する退職をいう。）をしたものとみなす。
（機構の職員となる者の職員団体についての経過措置）
第七条
機構の成立の際現に存する国家公務員法第百八条の二第一項に規定する職員団体であって、その構成員の過半数が附則第二条の規定により機構に引き継がれる者であるものは、機構の成立の際労働組合法（昭和二十四年法律第百七十四号）の適用を受ける労働組合となるものとする。
この場合において、当該職員団体が法人であるときは、法人である労働組合となるものとする。
２
前項の規定により法人である労働組合となったものは、機構の成立の日から起算して六十日を経過する日までに、労働組合法第二条及び第五条第二項の規定に適合する旨の労働委員会の証明を受け、かつ、その主たる事務所の所在地において登記しなければ、その日の経過により解散するものとする。
３
第一項の規定により労働組合となったものについては、機構の成立の日から起算して六十日を経過する日までは、労働組合法第二条ただし書（第一号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
（不当労働行為の申立て等についての経過措置）
第八条
機構の成立前に特定独立行政法人等の労働関係に関する法律（昭和二十三年法律第二百五十七号。以下この条において「特労法」という。）第十八条の規定に基づき研究所がした解雇に係る中央労働委員会に対する申立て及び中央労働委員会による命令の期間については、なお従前の例による。
２
機構の成立の際現に中央労働委員会に係属している研究所とその職員に係る特労法の適用を受ける労働組合とを当事者とするあっせん、調停又は仲裁に係る事件に関する特労法第三章（第十二条から第十六条までの規定を除く。）及び第六章に規定する事項については、なお従前の例による。
（国の有する権利義務の承継等）
第九条
機構の成立の際、第十八条第一項に規定する業務に関し、現に国が有する権利及び義務のうち政令で定めるものは、機構の成立の時において機構が承継する。
２
機構の成立の際、国立学校特別会計法（昭和三十九年法律第五十五号）第十七条の規定に基づき文部科学大臣から大学共同利用機関の長に交付され、その経理を委任された金額に残余があるときは、その残余に相当する額は、機構の成立の日において機構に奨学を目的として寄附されたものとする。
この場合において、当該寄附金の経理に関し必要な事項は、文部科学省令で定める。
（研究所及び事業団の解散等）
第十条
研究所及び事業団は、機構の成立の時において解散するものとし、次項の規定により国が承継する資産を除き、その一切の権利及び義務は、その時において機構が承継する。
２
機構の成立の際現に研究所及び事業団が有する権利のうち、機構がその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、機構の成立の時において国が承継する。
３
前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。
４
研究所及び事業団の平成十五年四月一日に始まる事業年度は、それぞれ研究所及び事業団の解散の日の前日に終わるものとする。
５
平成十五年四月一日に始まる事業年度に係る研究所及び事業団の決算並びに研究所の通則法第三十八条に規定する財務諸表及び事業報告書並びに事業団の附則第十六条の規定による廃止前の宇宙開発事業団法（昭和四十四年法律第五十号。以下「旧事業団法」という。）第二十八条に規定する財務諸表、附属明細書及び事業報告書の作成等については、機構が従前の例により行うものとする。
この場合において、事業団の当該決算の完結の期限は、解散の日から起算して二月を経過する日とする。
６
研究所の平成十五年四月一日に始まる事業年度における業務の実績については、機構が評価を受けるものとする。
この場合において、通則法第三十二条第三項の規定による勧告は、機構に対してなされるものとする。
７
研究所の平成十五年四月一日に始まる事業年度における利益及び損失の処理については、機構が従前の例により行うものとする。
８
研究所の積立金の処分は、研究所の解散の日の前日において中期目標の期間が終了したものとして、機構が従前の例により行うものとする。
この場合において、附則第十六条の規定による廃止前の独立行政法人航空宇宙技術研究所法（平成十一年法律第百七十五号。以下「旧研究所法」という。）第十五条第一項中「当該次の中期目標の期間における前条」とあるのは、「機構の最初の中期目標の期間における独立行政法人宇宙航空研究開発機構法第十八条第一項」とする。
９