前条の規定にかかわらず、令和五年九月一日において登録国外事業者（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十七年法律第九号。以下この条及び附則第五十一条の二第四項において「二十七年改正法」という。）附則第三十八条第一項ただし書に規定する登録国外事業者をいう。次項及び第四項において同じ。）である者であって、二十七年改正法附則第三十九条第十一項の規定による届出書を提出していない者は、五年施行日において新消費税法第五十七条の二第一項の登録を受けたものとみなして、この附則及び新消費税法の規定を適用する。
この場合において、その納税地を所轄する税務署長は、適格請求書発行事業者登録簿（同条第四項に規定する適格請求書発行事業者登録簿をいう。次項において同じ。）に氏名又は名称、同条第四項の登録番号（第三項において「新登録番号」という。）その他の政令で定める事項を登載するものとする。
２
税務署長は、前項の規定の適用を受ける登録国外事業者に対し、書面によりその旨を通知する。
この場合において、税務署長は、政令で定めるところにより、適格請求書発行事業者登録簿に登載された事項を速やかに公表しなければならない。
３
第一項の規定により適格請求書発行事業者（新消費税法第二条第一項第七号の二に規定する適格請求書発行事業者をいう。附則第五十一条の二において同じ。）となった事業者が、新消費税法第五十七条の四第一項から第三項までの規定により交付する同条第一項の適格請求書、同条第二項の適格簡易請求書若しくは同条第三項の適格返還請求書に新登録番号を記載することにつき困難な事情があるとき、又は同条第五項の規定により提供する同項の電磁的記録に新登録番号を記録することにつき困難な事情があるときは、五年施行日から令和六年三月三十一日までの間に交付するこれらの書類に記載する新登録番号又は提供する当該電磁的記録に記録する新登録番号に代えて、第十八条の規定（同条中二十七年改正法附則第三十五条の改正規定、二十七年改正法附則第三十六条第一項の改正規定及び二十七年改正法附則第三十八条から第四十条までの改正規定に限る。）による改正前の二十七年改正法附則第三十九条第四項の登録番号を記載し、又は記録することができる。
４
第一項の規定の適用を受ける登録国外事業者が、五年施行日の前日までに二十七年改正法附則第三十九条第十一項の規定による届出書をその納税地を所轄する税務署長を経由して国税庁長官へ提出したときは、五年施行日に新消費税法第五十七条の二第十項第一号の規定による届出書を当該税務署長に提出したものとみなす。
（五年改正規定の施行に伴う消費税法の一部改正に伴う経過措置の原則）
第四十六条
この附則に別段の定めがあるものを除き、新消費税法の規定は、五年施行日以後に国内において事業者が行う資産の譲渡等及び五年施行日以後に国内において事業者が行う課税仕入れ並びに五年施行日以後に保税地域から引き取られる課税貨物に係る消費税について適用し、五年施行日前に国内において事業者が行った資産の譲渡等及び五年施行日前に国内において事業者が行った課税仕入れ並びに五年施行日前に保税地域から引き取った課税貨物に係る消費税については、なお従前の例による。
２
この附則に別段の定めがあるものを除き、新消費税法第九条第一項の規定は、五年施行日後に開始する課税期間について適用し、五年施行日以前に開始した課税期間については、なお従前の例による。
（小規模事業者に係る課税仕入れの時期の特例を受ける場合における消費税額の控除に関する経過措置）
第四十七条
消費税法第十八条第一項の個人事業者が、五年施行日前に行った課税仕入れにつき、当該課税仕入れに係る費用の額を支出した日が五年施行日以後であるときは、当該課税仕入れに係る新消費税法第三十条及び第三十二条の規定による仕入れに係る消費税額の控除については、なお従前の例による。
（仕入れに係る対価の返還等を受けた場合の仕入れに係る消費税額の控除の特例に関する経過措置）
第四十八条
事業者が、五年施行日前に国内において行った課税仕入れにつき、五年施行日以後に新消費税法第三十二条第一項に規定する仕入れに係る対価の返還等を受けた場合には、当該仕入れに係る対価の返還等に係る同条の規定による仕入れに係る消費税額の控除の計算については、なお従前の例による。
（課税資産の譲渡等についての中間申告等に関する経過措置）
第四十九条
新消費税法第四十三条の規定は、五年施行日以後に終了する同条第一項に規定する中間申告対象期間から適用する。
２
新消費税法第四十五条の規定は、五年施行日以後に終了する課税期間から適用する。
（適格請求書等の交付に関する経過措置）
第五十条
この附則に別段の定めがあるものを除き、新消費税法第五十七条の四第一項の規定は、五年施行日以後に国内において事業者が行う課税資産の譲渡等について適用する。
２
事業者が、五年施行日前に行った消費税法第十六条第一項に規定するリース譲渡（三十年改正法第五条の規定による改正前の消費税法第十六条第一項に規定する長期割賦販売等及び旧効力消費税法第十六条第一項に規定する長期割賦販売等を含む。以下この項において同じ。）につき、当該リース譲渡に係る賦払金の額で五年施行日以後にその支払の期日が到来するものがあるときは、当該リース譲渡のうち五年施行日以後に行ったものとみなされる部分の課税資産の譲渡等については、新消費税法第五十七条の四第一項の規定は、適用しない。
３
消費税法第十八条第一項の個人事業者が、五年施行日前に行った課税資産の譲渡等につき、当該課税資産の譲渡等の対価の額を収入した日が五年施行日以後であるときは、当該課税資産の譲渡等については、新消費税法第五十七条の四第一項の規定は、適用しない。
４
消費税法第六十条第二項の規定の適用を受ける国又は地方公共団体が、五年施行日前に行った課税資産の譲渡等につき、当該課税資産の譲渡等の対価を収納すべき会計年度の末日が五年施行日以後であるときは、当該課税資産の譲渡等については、新消費税法第五十七条の四第一項の規定は、適用しない。
５
この附則に別段の定めがあるものを除き、新消費税法第五十七条の四第三項の規定は、同条第一項の規定の適用を受けた課税資産の譲渡等につき行った新消費税法第三十八条第一項に規定する売上げに係る対価の返還等について適用する。
６
前各項に定めるもののほか、資産の譲渡等の時期の特例の適用を受ける課税資産の譲渡等に係る新消費税法第五十七条の四の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（国、地方公共団体等に係る課税仕入れの時期の特例を受ける場合における消費税額の控除に関する経過措置）
第五十一条
消費税法第六十条第二項の規定の適用を受ける国又は地方公共団体が、五年施行日前に行った課税仕入れにつき、当該課税仕入れの費用の支払をすべき会計年度の末日が五年施行日以後であるときは、当該課税仕入れに係る新消費税法第三十条及び第三十二条の規定による仕入れに係る消費税額の控除については、なお従前の例による。
２
消費税法第六十条第三項の規定の適用を受ける同項に規定する法人が五年施行日前に行った課税仕入れに関する経過措置については、前項の規定に準じて、政令で定める。
（適格請求書発行事業者となる小規模事業者に係る税額控除に関する経過措置）
第五十一条の二
適格請求書発行事業者（新消費税法第五十七条の三第三項の規定により新消費税法第五十七条の二第一項の登録を受けた事業者とみなされる者を含み、その課税期間の初日において所得税法第二条第一項第八号の四又は法人税法第二条第十二号の十九に規定する恒久的施設を有しない消費税法第二条第一項第四号の二に規定する国外事業者を除く。以下この条において同じ。）の五年施行日から五年施行日以後三年を経過する日までの日の属する課税期間（新消費税法第五十七条の二第一項の登録（新消費税法第五十七条の三第三項の規定により新消費税法第五十七条の二第一項の登録を受けた事業者とみなされる場合における当該登録を含む。）、消費税法第九条第四項の規定による届出書の提出又は同法第十条第一項の規定の適用がなかったとしたならば消費税を納める義務が免除されることとなる課税期間に限るものとし、次に掲げる課税期間を除く。）については、新消費税法第三十条から第三十七条までの規定により新消費税法第三十条第一項に規定する課税標準額に対する消費税額から控除することができる消費税法第三十条第二項に規定する課税仕入れ等の税額の合計額は、新消費税法第三十条から第三十七条までの規定にかかわらず、特別控除税額とすることができる。
この場合において、当該特別控除税額は、当該課税期間における新消費税法第三十二条第一項第一号に規定する仕入れに係る消費税額とみなす。
一
五年施行日の属する課税期間であって五年施行日前から引き続き消費税法第九条第四項の規定の適用を受ける課税期間
二
消費税法第九条第七項に規定する調整対象固定資産の仕入れ等を行った場合に該当する場合における同項に規定する調整対象固定資産の仕入れ等の日の属する課税期間の翌課税期間から当該調整対象固定資産の仕入れ等の日の属する課税期間の初日以後三年を経過する日の属する課税期間までの各課税期間
三
登録開始日の前日までに消費税法第十条第一項の相続があったことにより同項の規定の適用を受ける課税期間
四
消費税法第十九条第一項第三号から第四号の二までの規定の適用を受ける課税期間及び同条第二項又は第四項の規定により一の課税期間とみなされる期間
２