第二項及び第三項の規定は、前項の規定により更正の請求をする場合について準用する。
この場合において、第二項中「確定申告書又は修正申告書（所得税法第百五十一条の四第一項の規定により提出するものに限る。次項において同じ。）に、前項」とあるのは「更正請求書に、同項」と、第三項中「、確定申告書若しくは修正申告書」とあるのは「、次項各号に掲げる者の区分に応じ当該各号に定める日までに更正請求書」と、「添付がない確定申告書若しくは修正申告書」とあるのは「添付がない更正請求書」と、「その提出」とあるのは「同日までにその提出」と読み替えるものとする。
６
第一項に規定する相続税法の規定による相続税額は、同一の被相続人（第七十条の六第一項に規定する被相続人をいう。）からの相続又は遺贈による財産の取得をした者のうちに同条第一項の規定の適用を受ける者がある場合には、同条第二項に規定する納付すべき相続税の額とし、同法第二十条、第二十一条の十五第三項又は第二十一条の十六第四項の規定により控除される金額がある場合には、同法の規定による相続税額又は当該納付すべき相続税の額に当該金額を加算した金額とする。
７
第一項に規定する課税価格の計算の基礎に算入された資産には、相続又は遺贈による当該資産の移転につき所得税法第五十九条第一項又は第六十条の三第一項の規定の適用を受けた資産（同条第四項ただし書の規定の適用を受けるもの又は同項本文の規定が適用されないこととなつたものを除く。）を含まないものとし、当該課税価格の計算の基礎に算入された資産につき第三十三条の三の規定の適用を受けた場合における当該資産に係る同条第一項若しくは第九項の換地処分又は同条第二項、第四項、第六項若しくは第八項の権利変換により取得した資産を含むものとする。
８
第一項の規定を適用する場合において、同項の規定により同項に規定する取得費に加算する金額は、譲渡をした資産ごとに計算するものとする。
９
第一項の規定の適用を受けた個人が相続税法第三十二条第一項の規定による更正の請求を行つたことにより第一項の相続税額が減少した場合において、当該相続税額が減少したことに伴い修正申告書を提出したこと又は更正があつたことにより納付すべき所得税の額については、所得税に係る国税通則法第二条第八号に規定する法定納期限の翌日から当該修正申告書の提出があつた日又は当該更正に係る同法第二十八条第一項に規定する更正通知書を発した日までの期間は、同法第六十条第二項の規定による延滞税の計算の基礎となる期間に算入しない。
１０
第二項、第三項及び第五項から前項までに定めるもののほか、相続税法第十九条の規定の適用がある場合における第一項に規定する同法の規定による相続税額の計算その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（国等に対して財産を寄附した場合の譲渡所得等の非課税）
第四十条
国又は地方公共団体に対し財産の贈与又は遺贈があつた場合には、所得税法第五十九条第一項第一号の規定の適用については、当該財産の贈与又は遺贈がなかつたものとみなす。
公益法人等（次に掲げる者をいう。以下この条において同じ。）に対する財産（国外にある土地その他の政令で定めるものを除く。以下この条において同じ。）の贈与又は遺贈（同法第六十七条の三第八項の規定により第二号に規定する公益信託の受託者に対して贈与又は遺贈により当該財産の移転が行われたものとされた場合におけるその贈与又は遺贈及び当該公益法人等を設立するためにする財産の提供を含み、同号に掲げる者（第一号に掲げる者に該当する者を除く。）に対するものである場合には第二号に規定する公益信託の信託財産とするためのものに限る。以下この条において同じ。）で、当該贈与又は遺贈が教育又は科学の振興、文化の向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄与すること、当該贈与又は遺贈に係る財産（当該財産につき第三十三条第一項に規定する収用等があつたことその他の政令で定める理由により当該財産の譲渡をした場合において、当該譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもつて取得した当該財産に代わるべき資産として政令で定めるものを取得したときは、当該資産（次項、第三項及び第十八項において「代替資産」という。））が、当該贈与又は遺贈があつた日から二年を経過する日までの期間（当該期間内に当該公益法人等の公益目的事業（第一号に規定する公益を目的とする事業及び公益信託に関する法律第七条第三項第四号に規定する公益信託事務をいう。以下この項から第三項まで及び第五項において同じ。）の用に直接供することが困難である場合として政令で定める事情があるときは、政令で定める期間。次項において同じ。）内に、当該公益法人等の当該公益目的事業の用に直接供され、又は供される見込みであることその他の政令で定める要件を満たすものとして国税庁長官の承認を受けたものについても、また同様とする。
一
公益社団法人、公益財団法人、特定一般法人（法人税法別表第二に掲げる一般社団法人及び一般財団法人で、同法第二条第九号の二イに掲げるものをいう。）その他の公益を目的とする事業を行う法人（外国法人に該当するものを除く。）
二
公益信託に関する法律第二条第一項第一号に規定する公益信託（以下この条において「公益信託」という。）の受託者（非居住者又は外国法人に該当するものを除く。）
２
国税庁長官は、前項後段の規定の適用を受けて贈与又は遺贈があつた場合において、当該贈与又は遺贈に係る財産又は代替資産（以下この項において「財産等」という。）が当該贈与又は遺贈があつた日から二年を経過する日までの期間内に当該公益法人等の当該公益目的事業の用に直接供されなかつたときその他の当該財産等が当該公益法人等の当該公益目的事業の用に直接供される前に政令で定める事実が生じたとき（当該公益法人等が当該財産等（当該財産等の譲渡をした場合には、当該譲渡による収入金額の全部に相当する額の金銭）を国又は地方公共団体に贈与した場合その他政令で定める場合を除く。）は、前項後段の承認を取り消すことができる。
この場合には、その承認が取り消された時において、政令で定めるところにより、同項に規定する贈与又は遺贈があつたものとみなす。
３
国税庁長官は、第一項後段の規定の適用を受けて行われた贈与又は遺贈を受けた公益法人等が、当該贈与又は遺贈のあつた後、当該贈与又は遺贈に係る財産又は代替資産（以下この項において「財産等」という。）をその公益目的事業の用に直接供しなくなつたことその他の当該贈与又は遺贈につき政令で定める事実（前項に規定する事実を除く。）が生じた場合（当該公益法人等が当該財産等（当該財産等の譲渡をした場合には、当該譲渡による収入金額の全部に相当する額の金銭）を国又は地方公共団体に贈与した場合その他政令で定める場合を除く。）には、第一項後段の承認を取り消すことができる。
この場合には、当該公益法人等を当該贈与又は遺贈を行つた個人とみなして、政令で定めるところにより、これに当該財産に係る山林所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額に係る所得税を課する。
４
前項後段の規定の適用がある場合には、次に定めるところによる。
一
前項後段の規定の適用を受けた公益法人等（第一項第一号に掲げる者に限る。）に対する法人税法の規定の適用については、同法第三十八条第二項中「次に掲げるもの」とあるのは、「次に掲げるもの及び租税特別措置法第四十条第三項後段（国等に対して財産を寄附した場合の譲渡所得等の非課税）の規定による所得税（当該所得税に係る同項の財産の価額が当該財産の同条第一項に規定する贈与又は遺贈を受けた同項に規定する公益法人等の各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入された場合における当該所得税を除く。）」とする。
二
前項後段の規定の適用を受けた公益法人等（第一項第二号に掲げる者に限る。）に対する国税通則法の規定の適用については、同法第七条の二第一項及び第二項中「事由に」とあるのは、「事由又は公益信託に関する法律（令和六年法律第三十号）第三十三条第三項（信託法の適用関係）の規定により読み替えて適用する信託法第五十六条第一項に規定する特定終了事由に」とする。
三
前項後段の規定の適用を受ける公益法人等が第一項第二号に規定する公益信託の受託者である場合において、当該公益信託の受託者が二以上あるときは、当該公益信託の信託事務を主宰する受託者（以下この項、第十一項及び第十二項において「主宰受託者」という。）を前項後段に規定する個人とみなして同項後段の規定を適用する。
この場合において、当該主宰受託者に課する同項後段の財産に係る所得税については、当該主宰受託者以外の受託者は、その所得税について、連帯納付の責めに任ずる。
四
前号に規定する所得税を主宰受託者以外の受託者から徴収する場合における国税通則法第四十三条第一項の規定の適用については、同項中「国税の徴収」とあるのは「公益信託に関する法律第二条第一項第一号（定義）に規定する公益信託の租税特別措置法第四十条第四項第三号（国等に対して財産を寄附した場合の譲渡所得等の非課税）に規定する主宰受託者（以下この項において「主宰受託者」という。）以外の受託者（以下この項において「連帯受託者」という。）の同号に規定する連帯納付の責任に係る所得税の徴収」と、「その国税の納税地」とあるのは「当該所得税の納税地又は当該連帯受託者が当該公益信託の主宰受託者であつたとした場合における当該所得税の納税地」とする。
５
第三項の代替資産には、次に掲げる資産を含むものとする。