主務大臣は、前条第一項第二号に規定する中長期目標の期間の終了時に見込まれる中長期目標の期間における業務の実績に関する評価を行ったときは、中長期目標の期間の終了時までに、当該国立研究開発法人の業務の継続又は組織の存続の必要性その他その業務及び組織の全般にわたる検討を行い、その結果に基づき、業務の廃止若しくは移管又は組織の廃止その他の所要の措置を講ずるものとする。
２
主務大臣は、前項の規定による検討を行うに当たっては、研究開発の事務及び事業に関する事項について、研究開発に関する審議会の意見を聴かなければならない。
３
主務大臣は、第一項の検討の結果及び同項の規定により講ずる措置の内容を委員会に通知するとともに、公表しなければならない。
４
委員会は、前項の規定により通知された事項について、必要があると認めるときは、主務大臣に意見を述べなければならない。
５
前項の場合において、委員会は、国立研究開発法人の主要な事務及び事業の改廃に関し、主務大臣に勧告をすることができる。
６
委員会は、前項の勧告をしたときは、当該勧告の内容を内閣総理大臣に報告するとともに、公表しなければならない。
７
委員会は、第五項の勧告をしたときは、主務大臣に対し、その勧告に基づいて講じた措置及び講じようとする措置について報告を求めることができる。
（業務運営に関する規定の準用）
第三十五条の八
第三十一条、第三十五条の二及び第三十五条の三の規定は、国立研究開発法人について準用する。
この場合において、第三十一条第一項中「前条第一項」とあるのは「第三十五条の五第一項」と、「中期計画」とあるのは「同項の中長期計画」と、同条第二項中「、前条第一項の認可を受けた」とあるのは「、第三十五条の五第一項の認可を受けた同項の」と、「中期計画について前条第一項」とあるのは「中長期計画（第三十五条の五第一項の中長期計画をいう。以下この項において同じ。）について同条第一項」と、第三十五条の二中「前条第四項」とあるのは「第三十五条の七第五項」と読み替えるものとする。
第四節　行政執行法人
（年度目標）
第三十五条の九
主務大臣は、行政執行法人が達成すべき業務運営に関する事業年度ごとの目標（以下「年度目標」という。）を定め、これを当該行政執行法人に指示するとともに、公表しなければならない。
これを変更したときも、同様とする。
２
年度目標においては、次に掲げる事項について具体的に定めるものとする。
一
国民に対して提供するサービスその他の業務の質の向上に関する事項
二
業務運営の効率化に関する事項
三
財務内容の改善に関する事項
四
その他業務運営に関する重要事項
３
前項の年度目標には、同項各号に掲げる事項に関し中期的な観点から参考となるべき事項についても記載するものとする。
（事業計画）
第三十五条の十
行政執行法人は、各事業年度に係る前条第一項の指示を受けたときは、当該事業年度の開始前に、年度目標に基づき、主務省令で定めるところにより、当該年度目標を達成するための計画（以下この条において「事業計画」という。）を作成し、主務大臣の認可を受けなければならない。
これを変更しようとするときも、同様とする。
２
行政執行法人の最初の事業年度の事業計画については、前項中「各事業年度」とあるのは「その成立後最初の事業年度」と、「当該事業年度の開始前に」とあるのは「遅滞なく」とする。
３
事業計画においては、次に掲げる事項を定めるものとする。
一
国民に対して提供するサービスその他の業務の質の向上に関する目標を達成するためとるべき措置
二
業務運営の効率化に関する目標を達成するためとるべき措置
三
予算（人件費の見積りを含む。）、収支計画及び資金計画
四
短期借入金の限度額
五
不要財産又は不要財産となることが見込まれる財産がある場合には、当該財産の処分に関する計画
六
前号に規定する財産以外の重要な財産を譲渡し、又は担保に供しようとするときは、その計画
七
その他主務省令で定める業務運営に関する事項
４
主務大臣は、第一項の認可をした事業計画が前条第二項各号に掲げる事項の適正かつ確実な実施上不適当となったと認めるときは、その事業計画を変更すべきことを命ずることができる。
５
行政執行法人は、第一項の認可を受けたときは、遅滞なく、その事業計画を公表しなければならない。
（各事業年度に係る業務の実績等に関する評価）
第三十五条の十一
行政執行法人は、毎事業年度の終了後、当該事業年度における業務の実績について、主務大臣の評価を受けなければならない。
２
行政執行法人は、前項の規定による評価のほか、三年以上五年以下の期間で主務省令で定める期間の最後の事業年度の終了後、当該期間における年度目標に定める業務運営の効率化に関する事項の実施状況について、主務大臣の評価を受けなければならない。
３
行政執行法人は、第一項の評価を受けようとするときは、主務省令で定めるところにより、各事業年度の終了後三月以内に、同項に規定する業務の実績及び当該業務の実績について自ら評価を行った結果を明らかにした報告書を主務大臣に提出するとともに、公表しなければならない。
４
行政執行法人は、第二項の評価を受けようとするときは、主務省令で定めるところにより、同項に規定する事業年度の終了後三月以内に、同項に規定する事項の実施状況及び当該事項の実施状況について自ら評価を行った結果を明らかにした報告書を主務大臣に提出するとともに、公表しなければならない。
５
第一項又は第二項の評価は、第一項に規定する業務の実績又は第二項に規定する事項の実施状況について総合的な評定を付して、行わなければならない。
６
主務大臣は、第一項又は第二項の評価を行ったときは、遅滞なく、当該行政執行法人に対して、その評価の結果を通知するとともに、公表しなければならない。
この場合において、同項の評価を行ったときは、委員会に対しても、遅滞なく、その評価の結果を通知しなければならない。
７
委員会は、前項の規定により通知された評価の結果について、必要があると認めるときは、主務大臣に意見を述べなければならない。
（監督命令）
第三十五条の十二
主務大臣は、年度目標を達成するためその他この法律又は個別法を施行するため特に必要があると認めるときは、行政執行法人に対し、その業務に関し監督上必要な命令をすることができる。
第四章　財務及び会計
（事業年度）
第三十六条
独立行政法人の事業年度は、毎年四月一日に始まり、翌年三月三十一日に終わる。
２
独立行政法人の最初の事業年度は、前項の規定にかかわらず、その成立の日に始まり、翌年の三月三十一日（一月一日から三月三十一日までの間に成立した独立行政法人にあっては、その年の三月三十一日）に終わるものとする。
（企業会計原則）
第三十七条
独立行政法人の会計は、主務省令で定めるところにより、原則として企業会計原則によるものとする。
（財務諸表等）
第三十八条
独立行政法人は、毎事業年度、貸借対照表、損益計算書、利益の処分又は損失の処理に関する書類その他主務省令で定める書類及びこれらの附属明細書（以下「財務諸表」という。）を作成し、当該事業年度の終了後三月以内に主務大臣に提出し、その承認を受けなければならない。
２
独立行政法人は、前項の規定により財務諸表を主務大臣に提出するときは、これに主務省令で定めるところにより作成した当該事業年度の事業報告書及び予算の区分に従い作成した決算報告書並びに財務諸表及び決算報告書に関する監査報告（次条第一項の規定により会計監査人の監査を受けなければならない独立行政法人にあっては、監査報告及び会計監査報告。以下同じ。）を添付しなければならない。
３
独立行政法人は、第一項の規定による主務大臣の承認を受けたときは、遅滞なく、財務諸表を官報に公告し、かつ、財務諸表並びに前項の事業報告書、決算報告書及び監査報告を、各事務所に備えて置き、主務省令で定める期間、一般の閲覧に供しなければならない。
４
独立行政法人は、第一項の附属明細書その他主務省令で定める書類については、前項の規定による公告に代えて、次に掲げる方法のいずれかにより公告することができる。
一
時事に関する事項を掲載する日刊新聞紙に掲載する方法
二
電子公告（電子情報処理組織を使用する方法その他の情報通信の技術を利用する方法であって総務省令で定めるものにより不特定多数の者が公告すべき内容である情報の提供を受けることができる状態に置く措置であって総務省令で定めるものをとる公告の方法をいう。次項において同じ。）
５
独立行政法人が前項の規定により電子公告による公告をする場合には、第三項の主務省令で定める期間、継続して当該公告をしなければならない。
（会計監査人の監査）
第三十九条
独立行政法人（その資本の額その他の経営の規模が政令で定める基準に達しない独立行政法人を除く。以下この条において同じ。）は、財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書について、監事の監査のほか、会計監査人の監査を受けなければならない。
この場合において、会計監査人は、主務省令で定めるところにより、会計監査報告を作成しなければならない。
２
会計監査人は、いつでも、次に掲げるものの閲覧及び謄写をし、又は役員（監事を除く。）及び職員に対し、会計に関する報告を求めることができる。
一
会計帳簿又はこれに関する資料が書面をもって作成されているときは、当該書面
二