九万三百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、八万九千六百円）
七
二十五万平方メートル以上五十万平方メートル未満
十万三千二百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、十万二千四百円）
八
五十万平方メートル以上百万平方メートル未満
十一万六千百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、十一万五千二百円）
九
百万平方メートル以上
十二万九千円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、十二万八千円）
２
第二条第二項及び第三項の規定は、前項の手数料の額を計算する場合について準用する。
（指定地外検査の許可手数料）
第五条
法第六十九条第二項（指定地外検査）（法第七十五条（外国貨物の積戻し）において準用する場合を含む。第九条第一項において同じ。）に規定する許可を受ける者が法第百条第三号（手数料）の規定により納付すべき手数料の額は、当該許可に係る検査に要する時間一時間までごとに五千円とする。
ただし、電子情報処理組織を使用して当該許可の申請を行う場合にあつては、四千七百円とする。
第六条
削除
（証明書類又は磁気テープ等の交付手数料）
第七条
法第百二条第二項（証明書類の交付及び統計の閲覧等）の規定により納付すべき手数料の額は、証明書類一枚ごとに四百円とする。
ただし、電子情報処理組織を使用して交付の申請を行う場合にあつては、三百円とする。
２
法第百二条第五項において読み替えて準用する同条第二項の規定により納付すべき手数料の額は、同条第一項各号の区分ごと（同項第一号にあつては、輸出又は輸入の区分ごと）に財務大臣が集計した統計につき、それぞれ関税法施行令第九十条の二第一項第一号（統計の閲覧及び磁気テープ等の交付の申請等）に掲げる記録媒体一巻ごと又は同項第二号若しくは第三号に掲げる記録媒体一枚ごとに二万三千五百円とする。
（製造工場の承認手数料）
第八条
第三条第一項の規定は、定率法第十三条第一項（製造用原料品の減税又は免税）に規定する工場の承認（次項ただし書、第三項及び第四項において「定率法の承認」という。）、定率法第十九条第一項（輸出貨物の製造用原料品の減税、免税又は戻し税等）に規定する工場の承認又は関税暫定措置法第九条の二第一項（経済連携協定に基づく製造用原料品に係る譲許の便益の適用）に規定する工場の承認（次項ただし書、第三項及び第四項において「暫定措置法の承認」という。）を受けた者が、定率法第十三条第八項（定率法第十九条第二項において準用する場合を含む。次項において同じ。）又は関税暫定措置法第九条の二第八項の規定により納付すべき手数料の額について、準用する。
この場合において、第三条第一項中「許可の」とあるのは「承認の」と、「当該許可」とあるのは「当該承認」と、「係る保税工場」とあるのは「係る工場」と、「許可が」とあるのは「承認が」と読み替えるものとする。
２
前項の工場の承認を受けた者が、当該工場の承認に際し、関税定率法施行令（昭和二十九年政令第百五十五号。以下「定率法施行令」という。）第九条第二項（製造が終了した場合の届出及び検査）（定率法施行令第四十九条において準用する場合を含む。）又は関税暫定措置法施行令（昭和三十五年政令第六十九号）第三十三条の七第二項（製造が終了した場合の届出及び検査）の規定により税関長が届出により必要な検査をするものとして指定した工場において製造等を行う者である場合には、定率法第十三条第八項又は関税暫定措置法第九条の二第八項の規定により納付すべき手数料の額は、前項の規定にかかわらず、当該検査一回ごとに、一般職の職員の給与に関する法律（昭和二十五年法律第九十五号）別表第一の行政職俸給表（一）に掲げる三級の職務にある者が当該検査の場所に往復する場合において国家公務員等の旅費に関する法律（昭和二十五年法律第百十四号）の規定により受けるべき旅費の額に相当する額とする。
ただし、同一の又は隣接する敷地内に所在する工場について定率法の承認及び暫定措置法の承認を併せて受けている者に対し、定率法施行令第九条第二項の規定による検査及び関税暫定措置法施行令第三十三条の七第二項の規定による検査を併せて行うときは、定率法第十三条第八項の規定により納付すべき手数料の額及び関税暫定措置法第九条の二第八項の規定により納付すべき手数料の額は、それぞれその二分の一に相当する額とする。
３
同一の又は隣接する敷地内に所在する工場について定率法の承認を受けた日以後当該定率法の承認の期間内に暫定措置法の承認を併せて受けた者（定率法施行令第九条第二項又は関税暫定措置法施行令第三十三条の七第二項の規定により税関長が届出により必要な検査をするものとして指定した工場において製造を行う者を除く。）が関税暫定措置法第九条の二第八項の規定により納付すべき手数料の額は、第一項の規定にかかわらず、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める額とする。
一
当該暫定措置法の承認の期間の末日が当該定率法の承認の期間の末日以前である場合
イに掲げる面積を延べ面積とみなして第一項の規定を適用した場合に得られる額からロに掲げる延べ面積を計算の基準として同項の規定を適用した場合に得られる額を控除した額に相当する額
イ
当該暫定措置法の承認を受けた工場の延べ面積と当該定率法の承認を受けた工場の延べ面積とを合算した面積（当該暫定措置法の承認を受けた工場の延べ面積及び当該定率法の承認を受けた工場の延べ面積に重複する区域の面積が含まれている場合には、当該合算した面積から当該重複する区域の面積を控除した面積）
ロ
当該定率法の承認を受けた工場の延べ面積
二
当該暫定措置法の承認の期間の末日が当該定率法の承認の期間の末日後である場合
同日以前の期間について前号の規定を適用した場合に得られる額（同日の属する月については、日割により計算した額）及び同日後の期間について当該暫定措置法の承認を受けた工場の延べ面積を計算の基準として第一項の規定を適用した場合に得られる額（同日の属する月については、日割により計算した額）を合算した額に相当する額
４
同一の又は隣接する敷地内に所在する工場について暫定措置法の承認を受けた日の翌日以後当該暫定措置法の承認の期間内に定率法の承認を併せて受けた者（定率法施行令第九条第二項又は関税暫定措置法施行令第三十三条の七第二項の規定により税関長が届出により必要な検査をするものとして指定した工場において製造を行う者を除く。）が定率法第十三条第八項の規定により納付すべき手数料の額は、第一項の規定にかかわらず、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める額とする。
一
当該定率法の承認の期間の末日が当該暫定措置法の承認の期間の末日以前である場合
イに掲げる面積を延べ面積とみなして第一項の規定を適用した場合に得られる額からロに掲げる延べ面積を計算の基準として同項の規定を適用した場合に得られる額を控除した額に相当する額
イ
前項第一号イに掲げる面積
ロ
当該暫定措置法の承認を受けた工場の延べ面積
二
当該定率法の承認の期間の末日が当該暫定措置法の承認の期間の末日後である場合
同日以前の期間について前号の規定を適用した場合に得られる額（同日の属する月については、日割により計算した額）及び同日後の期間について当該定率法の承認を受けた工場の延べ面積を計算の基準として第一項の規定を適用した場合に得られる額（同日の属する月については、日割により計算した額）を合算した額に相当する額
５
第二条第三項の規定は、第一項において準用する第三条第一項の規定により手数料の額を計算する場合について準用する。
６
定率法施行令第五十条の二第一項（指定製造工場の簡易手続）の指定を受けた製造工場について定率法第十九条第二項において準用する定率法第十三条第八項の規定により納付すべき手数料の額については、当該製造工場を第二項の工場とみなし、当該製造工場において製造した輸出貨物に係る法第六十七条（輸出又は輸入の許可）の検査を同項の検査とみなして、同項の規定を適用する。
（手数料の納付の時期及び方法等）
第九条
第一条、第五条、第七条又は前条第二項に規定する手数料は、法第二十条第一項（不開港への出入）若しくは法第六十九条第二項（貨物の検査場所）に規定する許可、法第百二条第一項及び第四項（証明書類の交付及び統計の閲覧等）の規定による交付又は定率法第十三条第五項（製造用原料品の減税又は免税）（定率法第十九条第二項（輸出貨物の製造用原料品の減税、免税又は戻し税等）において準用する場合を含む。）若しくは関税暫定措置法第九条の二第五項（経済連携協定に基づく製造用原料品に係る譲許の便益の適用）に規定する検査を受けようとする都度、納付しなければならない。
２
前項の手数料は、印紙で納付することができる。
３
第二条第一項、第三条第一項、第四条第一項又は前条第一項、第三項若しくは第四項に規定する手数料は、一月分ごとに納付するものとし、毎月末日までに翌月分を納付しなければならない。
ただし、法第四十二条第一項（保税蔵置場の許可）、法第五十六条第一項（保税工場の許可）、法第六十二条の二第一項（保税展示場の許可）若しくは法第六十二条の八第一項（総合保税地域の許可）の規定による許可又は定率法第十三条第一項、定率法第十九条第一項若しくは関税暫定措置法第九条の二第一項の規定による承認の日の属する月分についてはその許可又は承認の日から二十日以内に、同月の翌月分については当該許可又は承認の日の属する月の末日と当該許可又は承認の日から二十日を経過する日とのいずれか遅い日までに、それぞれ納付しなければならない。
４