新令第九条の二第一項第一号ハ（連結利益積立金額）の規定は、連結法人の施行日以後に終了する連結事業年度について適用する。
８
新令第九条の二第一項第五号の規定は、連結親法人が施行日以後に資本又は出資を有しないこととなる場合について適用する。
この場合において、資本又は出資を有しない連結親法人で施行日の前日に連結個別資本金等の額を有していたものは、施行日に資本又は出資を有しないこととなったものとみなして、同号の規定を適用する。
９
施行日前に終了した連結事業年度において旧令第九条の二第一項第一号ハ（連結利益積立金額）に掲げる金額が生じた連結法人の新令第九条の二第一項の規定の適用については、施行日前の同項第一号から第六号までに掲げる金額の合計額から施行日前の同項第七号及び第八号に掲げる金額の合計額を減算した金額は、施行日の前日における連結利益積立金額とする。
（課税所得等の範囲等に関する経過措置）
第七条
新令第十四条の十一第三項（課税所得等の範囲等）の規定は、施行日後に同項に規定する特定普通法人が行う合併について適用する。
２
有限責任中間法人が附則第一条第三号（施行期日）に定める日に公益法人等に該当することとなる場合には、当該有限責任中間法人は、新法第十条の三第一項（課税所得の範囲の変更等の場合のこの法律の適用）に規定する特定普通法人とみなす。
（所有株式に対応する資本金等の額又は連結個別資本金等の額の計算方法等に関する経過措置）
第八条
新令第二十三条第三項第十号（所有株式に対応する資本金等の額又は連結個別資本金等の額の計算方法等）の規定は、施行日以後に生ずる同号に掲げる事由による取得について適用する。
（再生計画認可の決定に準ずる事実等に関する経過措置）
第九条
新令第二十四条の二第一項第四号ニ及び第二項第一号（再生計画認可の決定に準ずる事実等）の規定は、平成二十年十月一日以後に新法第二十五条第三項（資産の評価益の益金不算入等）に規定する事実が生ずる場合について適用し、同日前に改正法第二条（法人税法の一部改正）の規定による改正前の法人税法（以下「旧法」という。）第二十五条第三項（資産の評価益の益金不算入等）に規定する事実が生じた場合については、なお従前の例による。
２
新令第二十四条の二第一項第四号ホの規定は、平成二十年四月一日以後に新法第二十五条第三項に規定する事実が生ずる場合について適用する。
（耐用年数の短縮に関する経過措置）
第十条
新令第五十七条第七項（耐用年数の短縮）の規定は、法人が平成二十年四月一日以後に終了する事業年度において同項に規定する更新資産の取得をした場合について適用する。
２
新令第五十七条第八項の規定は、法人が平成二十年四月一日以後に終了する事業年度において同項の減価償却資産の取得をした場合について適用する。
（一般寄附金の損金算入限度額等に関する経過措置）
第十一条
新令第七十三条第一項第二号及び第三号（同号ロに係る部分を除く。）並びに第七十三条の二（一般寄附金の損金算入限度額等）の規定は、法人の附則第一条第三号（施行期日）に定める日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
２
新令第七十三条第一項第三号ロの規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲等に関する経過措置）
第十二条
新令第七十七条第三号（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、法人が附則第一条第三号（施行期日）に定める日以後に支出する寄附金について適用する。
２
法人が、旧民法法人（一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（以下この項において「整備法」という。）第三十八条（民法の一部改正）の規定による改正前の民法（明治二十九年法律第八十九号）第三十四条（公益法人の設立）の規定により設立された法人をいう。）に対して、当該旧民法法人の移行登記日（整備法第百六条第一項（移行の登記）（整備法第百二十一条第一項（認定に関する規定の準用）において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をする日をいう。）の前日までに支出する寄附金については、旧令第七十七条第一項第二号及び第三号（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）並びに同条第二項及び第三項の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第一項第二号中「民法第三十四条（公益法人の設立）の規定により設立された法人（」とあるのは「一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十八年法律第五十号。以下この号において「整備法」という。）第三十八条（民法の一部改正）の規定による改正前の民法第三十四条（公益法人の設立）の規定により設立された法人であつて整備法第四十条第一項（社団法人及び財団法人の存続）の規定により一般社団法人又は一般財団法人として存続するもののうち、整備法第百六条第一項（移行の登記）（整備法第百二十一条第一項（認定に関する規定の準用）において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（整備法第百三十一条第一項（認可の取消し）の規定により整備法第四十五条（通常の一般社団法人又は一般財団法人への移行）の認可を取り消されたものを除く。」と、同号ホ中「第五十三条第一項」とあるのは「第百六十七条第一項」と、同項第三号中「民法第八十四条の二（都道府県の執行機関による主務官庁の事務の処理）その他の法令の規定により当該」とあるのは「当該」とする。
３
施行日から附則第一条第三号に定める日の前日までの間における新令第七十七条の二（特定公益増進法人に対する寄附金の特別損金算入限度額）の規定の適用については、同条第一項第二号中「、法別表第二に掲げる一般社団法人及び一般財団法人並びに」とあるのは、「並びに」とする。
（有価証券の取得価額に関する経過措置）
第十三条
新令第百十九条第一項第九号イ及び第十一号イ（有価証券の取得価額）の規定は、法人が施行日以後に行われる株式交換又は株式移転により取得をする同項第九号又は第十一号に掲げる有価証券について適用し、法人が施行日前に行われた株式交換又は株式移転により取得をした旧令第百十九条第一項第九号又は第十一号（有価証券の取得価額）に掲げる有価証券については、なお従前の例による。
２
新令第百十九条第一項第十七号及び第十八号の規定は、法人が施行日以後に行われる新法第六十一条の二第十四項第三号（有価証券の譲渡益又は譲渡損の益金又は損金算入）に定める取得決議により交付を受ける新令第百十九条第一項第十七号又は第十八号に掲げる有価証券について適用し、法人が施行日前に行われた旧法第六十一条の二第十四項第三号（有価証券の譲渡益又は譲渡損の益金又は損金算入）に定める取得決議により交付を受けた旧令第百十九条第一項第十七号又は第十八号に掲げる有価証券については、なお従前の例による。
（空売りをした有価証券の一単位当たりの譲渡対価の額の算出の方法に関する経過措置）
第十四条
新令第百十九条の十第二項から第四項まで（空売りをした有価証券の一単位当たりの譲渡対価の額の算出の方法）の規定は、施行日以後に行われる合併、分割型分割又は株式交換について適用する。
（繰り延べたデリバティブ取引等の決済損益額の計上時期等に関する経過措置）
第十五条
新令第百二十一条の五第一項（繰り延べたデリバティブ取引等の決済損益額の計上時期等）の規定は、施行日後に同項に規定する事由が生ずる場合及び施行日後に同項に規定する特定普通法人が公益法人等に該当することとなる場合について適用し、施行日以前に旧令第百二十一条の五第一項（繰り延べたデリバティブ取引等の決済損益額の計上時期等）に規定する非適格組織再編成が行われた場合については、なお従前の例による。
（組織再編成に係る所得の金額の計算に関する経過措置）
第十六条
施行日前に行われた分割型分割に係る旧令第百二十三条の二の二（分割法人の株主等に交付されるべき分割承継法人の株式の端数の取扱い）に規定する金銭については、なお従前の例による。
２
新令第百二十三条の三第四項（適格合併及び適格分割型分割における合併法人等の資産及び負債の引継価額等）の規定は、施行日以後に行われる適格合併について適用し、施行日前に行われた適格合併については、なお従前の例による。
３
新令第百二十三条の五（適格現物出資における被現物出資法人の資産及び負債の取得価額）の規定は、施行日以後に行われる適格現物出資について適用し、施行日前に行われた適格現物出資については、なお従前の例による。
４
新令第百二十三条の十第一項（非適格合併等により移転を受ける資産等に係る調整勘定の損金算入等）の規定は、施行日以後に行われる事業の譲受けについて適用し、施行日前に行われた事業の譲受けについては、なお従前の例による。
（延払基準の方法により経理しなかった場合等の処理に関する経過措置）
第十七条
新令第百二十五条第三項（延払基準の方法により経理しなかった場合等の処理）の規定は、施行日後に同項に規定する特定普通法人が公益法人等に該当することとなる場合について適用する。
（工事の請負に関する経過措置）
第十八条