関係府県知事は、指導方針を定め、又は変更したときは、これを公表しなければならない。
（指導等）
第十二条の四
関係府県知事は、第五条第一項に規定する区域において指定物質を公共用水域に排出する者に対し、指導方針に従い、必要な指導、助言及び勧告をすることができる。
（報告の徴収）
第十二条の五
関係府県知事は、前条の指導、助言又は勧告をするため必要があると認めるときは、第五条第一項に規定する区域において事業活動に伴つて指定物質を公共用水域に排出する者で政令で定めるもの（次項において「指定物質排出者」という。）に対し、汚水又は廃液の処理の方法その他必要な事項に関し報告を求めることができる。
２
環境大臣は、指定物質による瀬戸内海の富栄養化による生活環境に係る被害の発生を防止するため緊急の必要があると認めるときは、指定物質排出者に対し、汚水又は廃液の処理の方法その他必要な事項に関し報告を求めることができる。
第三節　生物の多様性及び生産性の確保のための栄養塩類の管理
（栄養塩類管理計画の策定）
第十二条の六
関係府県知事は、単独で又は共同して、次に掲げる区域について、栄養塩類（窒素及びその化合物並びに
燐
りん
及びその化合物をいう。以下同じ。）を適切に増加させるための海域における栄養塩類の投入、工場又は事業場における汚水等の処理の方法の変更その他の措置（以下「栄養塩類増加措置」という。）の計画的な実施に関する計画（以下「栄養塩類管理計画」という。）を定めることができる。
一
前二節に規定する措置のみによつては生物の多様性及び生産性の確保が困難であり、栄養塩類増加措置の実施が必要と認められる瀬戸内海の海域（以下「対象海域」という。）
二
対象海域における潮流その他の自然的条件及び排出水の排出の状況に照らして当該対象海域と一体として栄養塩類増加措置を実施することが相当と認められる瀬戸内海の海域及び陸域（当該府県の区域内に限る。）
２
栄養塩類管理計画においては、次に掲げる事項を定めるものとする。
一
栄養塩類管理計画の区域（以下「計画区域」という。）
二
対象海域において栄養塩類増加措置の対象とする物質及び当該物質に係る水質の目標値
三
栄養塩類増加措置を実施する者の氏名又は名称並びにその実施場所（工場又は事業場にあつては、その名称及び所在地）及び実施方法
四
第二号の目標値に関する測定の地点、方法及び頻度
五
前号に規定する測定の結果に基づく対象海域の水質の状況についての調査、分析及び評価の方法
六
前各号に掲げるもののほか、栄養塩類増加措置の計画的な実施に関し必要な事項
３
栄養塩類管理計画は、基本計画及び当該府県知事が定めた府県計画に即するとともに、他の法律の規定による環境の保全に関する計画との調和が保たれたものでなければならない。
４
第二項第二号の目標値は、環境基本法（平成五年法律第九十一号）第十六条第一項の規定による水質の汚濁に係る環境上の条件についての基準の範囲内において定めなければならない。
５
関係府県知事は、栄養塩類管理計画を定めようとするときは、栄養塩類増加措置が環境に及ぼす影響について、調査、予測及び評価を行うものとする。
６
関係府県知事は、栄養塩類管理計画を定めようとするときは、あらかじめ、計画区域内において特定施設を設置する工場又は事業場の設置者、住民その他の関係者の意見を聴くとともに、当該栄養塩類管理計画に記載しようとする栄養塩類増加措置を実施する者に協議しなければならない。
７
関係府県知事は、栄養塩類管理計画を定めようとするときは、あらかじめ、計画区域における栄養塩類増加措置の実施に関し環境保全上関係がある他の関係府県の知事及び市町村の長の意見を聴くとともに、環境大臣に協議しなければならない。
８
環境大臣は、前項の規定による協議を受けたときは、関係行政機関の長に協議しなければならない。
９
関係府県知事は、栄養塩類管理計画を定めたときは、環境省令で定めるところにより、遅滞なく、その旨を公告するとともに、環境大臣に報告し、かつ、第七項に規定する他の関係府県の知事及び市町村の長に通知しなければならない。
（栄養塩類管理計画の変更）
第十二条の七
栄養塩類管理計画を定めた府県知事は、定期的に、計画区域における公共用水域の水質の状況について、調査、分析及び評価を行い、必要があると認めるときは、当該栄養塩類管理計画を変更するものとする。
２
栄養塩類管理計画を定めた府県知事は、当該栄養塩類管理計画を変更しようとするときは、当該栄養塩類管理計画に記載された栄養塩類増加措置を実施する者に協議しなければならない。
３
前条第三項から第九項までの規定は、栄養塩類管理計画の変更（同条第五項から第八項までの規定については、環境省令で定める軽微な変更を除く。）について準用する。
（特定施設の構造等の変更の特例）
第十二条の八
栄養塩類管理計画において栄養塩類増加措置の実施場所として定められた工場又は事業場（以下この条及び次条第一項において「計画事業場」という。）から公共用水域に水を排出する者（第五条第一項の許可を受けた者に限る。）が、当該計画事業場に係る同条第二項第四号から第七号までに掲げる事項の変更について第八条第一項の規定による許可を受けようとする場合において、当該変更が当該栄養塩類管理計画に記載されたものであるときは、同条第三項において準用する第五条第三項から第七項までの規定は、適用しない。
（水質汚濁防止法の特例）
第十二条の九
指定地域内計画事業場（水質汚濁防止法第四条の五第一項に規定する指定地域内事業場である計画事業場をいう。次項において同じ。）についての同法第八条の二、第十二条の二及び第十三条第三項の規定の適用については、同法第八条の二中「総量規制基準」とあるのは、「総量規制基準（指定地域内計画事業場（瀬戸内海環境保全特別措置法（昭和四十八年法律第百十号）第十二条の九第一項に規定する指定地域内計画事業場をいう。）が定められた同法第十二条の六第一項に規定する栄養塩類管理計画に定められた同条第二項第二号に規定する物質による汚濁負荷量に係る部分を除く。第十二条の二及び第十三条第三項において同じ。）」とする。
２
栄養塩類管理計画の変更により指定地域内計画事業場でなくなつた水質汚濁防止法第四条の五第一項に規定する指定地域内事業場についての同法第十二条の二及び第十三条第三項の規定の適用については、当該指定地域内事業場が指定地域内計画事業場でなくなつた日から六月間は、同法第十二条の二中「指定地域内事業場の」とあるのは「指定地域内事業場（瀬戸内海環境保全特別措置法（昭和四十八年法律第百十号）第十二条の六第一項に規定する栄養塩類管理計画の変更により同法第十二条の九第一項に規定する指定地域内計画事業場でなくなつたものに限る。以下この条及び第十三条第三項において同じ。）の」と、「総量規制基準」とあるのは「総量規制基準（当該変更前の栄養塩類管理計画に定められていた同法第十二条の六第二項第二号に規定する物質による汚濁負荷量に係る部分を除く。第十三条第三項において同じ。）」とする。
（関係府県知事等の協力）
第十二条の十
関係府県知事は、栄養塩類管理計画の策定及び実施に関して必要があると認めるときは、他の関係府県の知事又は市町村の長に対し、必要な協力を求めることができる。
（関係者の協力）
第十二条の十一
栄養塩類管理計画を定めた府県知事及び当該栄養塩類管理計画に記載された栄養塩類増加措置を実施する者は、当該栄養塩類管理計画の実施に関し、相互に連携を図りながら協力しなければならない。
（科学的知見の充実のための措置）
第十二条の十二
国は、瀬戸内海における生物の多様性及び生産性の確保のための栄養塩類の管理に関する科学的知見の充実を図るため、これに関する情報の収集、整理及び分析並びに研究の推進に努めるものとする。
第四節　自然海浜の保全等
（自然海浜保全地区の指定）
第十二条の十三
関係府県は、条例で定めるところにより、瀬戸内海の海浜地及びこれに面する海面のうち次の各号に該当する区域を自然海浜保全地区として指定することができる。
一
水際線付近又はその水深がおおむね二十メートルを超えない海域において砂浜、干潟、岩礁その他これらに類する自然（以下この号において「砂浜等」という。）の状態が維持されているもの（損なわれた砂浜等が再生され、又は砂浜等が新たに創出されたものを含む。）
二
海水浴、潮干狩りその他これらに類する用に公衆に利用されており、将来にわたつてその利用が行われることが適当であると認められるもの
（行為の届出等）
第十二条の十四
関係府県は、条例で定めるところにより、自然海浜保全地区内において工作物の新築、土地の形質の変更、鉱物の掘採、土石の採取その他の行為をしようとする者に必要な届出をさせ、当該届出をした者に対して自然海浜保全地区の保全及び適正な利用のため必要な勧告又は助言をすることができる。
（埋立て等についての特別の配慮）
第十三条
関係府県知事は、瀬戸内海における公有水面埋立法（大正十年法律第五十七号）第二条第一項の免許又は同法第四十二条第一項の承認については、第二条の二第一項の瀬戸内海の特殊性につき十分配慮しなければならない。
２
前項の規定の運用についての基本的な方針に関しては、中央環境審議会において調査審議するものとする。
第五節　環境保全のための事業の促進等
（下水道及び廃棄物の処理施設の整備等）
第十四条