第一項の協議を行うための会議において協議が調った事項については、連携増進活動協議会の構成員は、その協議の結果を尊重しなければならない。
５
前各項に定めるもののほか、連携増進活動協議会の運営に関し必要な事項は、連携増進活動協議会が定める。
（認定等に関する事務）
第十四条
主務大臣は、第九条第一項及び第十一条第一項の認定並びに第十条第一項及び第十二条第一項又は第十条第二項及び第十二条第二項の規定による変更の認定又は届出に関する事務（申請の受付、申請に係る地域生物多様性増進活動又は連携地域生物多様性増進活動の区域の状況及び実施体制の確認その他これらに準ずるものとして主務省令で定めるものに限る。）を独立行政法人環境再生保全機構に行わせるものとする。
（自然公園法の特例）
第十五条
認定増進活動実施者又は認定連携市町村及び当該認定連携増進活動実施計画に係る連携活動実施者（以下「認定連携活動実施者」という。）が自然公園法第二条第二号に規定する国立公園（以下この条において「国立公園」という。）又は国定公園の区域内において認定増進活動実施計画又は認定連携増進活動実施計画に従って同法第二十条第三項、第二十一条第三項又は第二十二条第三項の許可を要する行為に該当する行為を行う場合には、これらの許可があったものとみなす。
２
認定増進活動実施者又は認定連携市町村及び認定連携活動実施者（以下「認定連携市町村等」という。）が国立公園又は国定公園の区域内において認定増進活動実施計画又は認定連携増進活動実施計画に従って行う行為については、自然公園法第三十三条第一項及び第二項の規定は、適用しない。
３
認定増進活動実施計画に従って行われる地域生物多様性増進活動（以下「認定増進活動」という。）又は認定連携増進活動実施計画に従って行われる連携地域生物多様性増進活動（以下「認定連携増進活動」という。）に国立公園又は国定公園の区域内における自然公園生態系維持回復事業が含まれる場合における当該自然公園生態系維持回復事業についての自然公園法の規定の適用については、当該認定増進活動実施計画又は当該認定連携増進活動実施計画に係る認定があったことをもって、同法第三十九条第二項若しくは第四十一条第二項の確認又は同法第三十九条第三項若しくは第四十一条第三項の認定があったものとみなす。
（自然環境保全法の特例）
第十六条
認定増進活動実施者又は認定連携市町村等が自然環境保全法第二十二条第一項の規定による自然環境保全地域（以下この条において「自然環境保全地域」という。）又は同法第三十五条の二第一項の規定による沖合海底自然環境保全地域（次項において「沖合海底自然環境保全地域」という。）の区域内において認定増進活動実施計画又は認定連携増進活動実施計画に従って同法第二十五条第四項、第二十七条第三項又は第三十五条の四第三項の許可を要する行為に該当する行為を行う場合には、これらの許可があったものとみなす。
２
認定増進活動実施者又は認定連携市町村等が自然環境保全地域又は沖合海底自然環境保全地域の区域内において認定増進活動実施計画又は認定連携増進活動実施計画に従って行う行為については、自然環境保全法第二十八条第一項及び第三十五条の五第一項の規定並びに同法第三十条及び第三十五条の七において読み替えて準用する同法第二十一条第一項後段（同法第二十五条第四項、第二十七条第三項又は第三十五条の四第三項に係る部分に限る。）及び同法第二十一条第二項（同法第二十八条第一項又は第三十五条の五第一項に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
３
認定増進活動又は認定連携増進活動に自然環境保全地域における自然環境生態系維持回復事業が含まれる場合における当該自然環境生態系維持回復事業についての自然環境保全法の規定の適用については、当該認定増進活動実施計画又は当該認定連携増進活動実施計画に係る認定があったことをもって、同法第三十条の三第二項の確認又は同条第三項の認定があったものとみなす。
（絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律の特例）
第十七条
認定増進活動実施者又は認定連携市町村等が絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律第三十六条第一項の規定による生息地等保護区（次項及び第二十七条第二項第二号において「生息地等保護区」という。）の区域内において認定増進活動実施計画又は認定連携増進活動実施計画に従って同法第三十七条第四項の許可を要する行為に該当する行為を行う場合には、当該許可があったものとみなす。
２
認定増進活動実施者又は認定連携市町村等が生息地等保護区の区域内において認定増進活動実施計画又は認定連携増進活動実施計画に従って行う行為については、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律第三十九条第一項、第五十四条第二項（同法第三十七条第四項に係る部分に限る。）及び第五十四条第三項（同法第三十九条第一項に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
３
認定増進活動又は認定連携増進活動に保護増殖事業が含まれる場合における当該保護増殖事業についての絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律の規定の適用については、当該認定増進活動実施計画又は当該認定連携増進活動実施計画に係る認定があったことをもって、同法第四十六条第二項の確認又は同条第三項の認定があったものとみなす。
（鳥獣の保護及び管理並びに狩猟の適正化に関する法律の特例）
第十八条
認定増進活動実施者又は認定連携市町村等が鳥獣の保護及び管理並びに狩猟の適正化に関する法律第二十九条第一項の規定による特別保護地区の区域内において認定増進活動実施計画又は認定連携増進活動実施計画に従って同条第七項の許可を要する行為に該当する行為を行う場合には、当該許可があったものとみなす。
（特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律の特例）
第十九条
認定増進活動又は認定連携増進活動に特定外来生物の防除が含まれる場合における当該防除についての特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律の規定の適用については、当該認定増進活動実施計画又は当該認定連携増進活動実施計画に係る認定があったことをもって、同法第十七条の四第一項の確認又は同法第十八条第一項の認定があったものとみなす。
（森林法の特例）
第二十条
認定増進活動実施者（その市町村の区域における認定増進活動実施計画を作成した市町村及び当該市町村と共同して当該認定増進活動実施計画を作成した者を除く。）が地域森林計画の対象となっている民有林（森林法第二十五条又は第二十五条の二の規定により指定された保安林及び同法第四十一条の規定により指定された保安施設地区の区域内の森林を除く。）において認定増進活動実施計画に従って行う立木の伐採については、同法第十条の八第一項本文の規定は適用せず、同条第二項中「森林所有者等」とあるのは「地域における生物の多様性の増進のための活動の促進等に関する法律（令和六年法律第　　　号）第十五条第三項に規定する認定増進活動を行う者（その市町村の区域において当該認定増進活動を行う市町村及び当該市町村と共同して当該認定増進活動を行う者を除く。）」と、「前項の規定により提出された届出書」とあるのは「同法第十条第三項に規定する認定増進活動実施計画」と読み替えて、同項の規定を適用する。
２
認定増進活動実施者（その市町村の区域における認定増進活動実施計画を作成した市町村及び当該市町村と共同して当該認定増進活動実施計画を作成した者に限る。）又は認定連携市町村等が認定増進活動実施計画又は認定連携増進活動実施計画に従って行う立木の伐採については、森林法第十条の八第一項本文及び第二項の規定は、適用しない。
（都市緑地法の特例）
第二十一条
認定増進活動実施者又は認定連携市町村等が都市緑地法第五条の規定による緑地保全地域又は同法第十二条第一項の規定による特別緑地保全地区（次項において「特別緑地保全地区」という。）の区域内において認定増進活動実施計画又は認定連携増進活動実施計画に従って行う行為については、同法第八条第一項、第二項及び第七項後段並びに第十四条第四項及び第八項後段の規定は、適用しない。
２
認定増進活動実施者又は認定連携市町村等が特別緑地保全地区の区域内において認定増進活動実施計画又は認定連携増進活動実施計画に従って都市緑地法第十四条第一項の許可を要する行為に該当する行為を行う場合には、当該許可があったものとみなす。
第二節　生物多様性維持協定
（生物多様性維持協定の締結等）
第二十二条
認定連携市町村は、認定連携増進活動実施計画の実施のため必要があると認めるときは、認定連携活動実施者及びその認定連携増進活動実施計画に係る第十一条第二項第二号に掲げる区域（海域を除き、生物の多様性が維持されている区域に限る。）内の土地又は木竹の所有者又は使用及び収益を目的とする権利（臨時設備その他一時使用のため設定されたことが明らかなものを除く。）を有する者（次項及び第二十六条において「土地の所有者等」と総称する。）と次に掲げる事項を定めた協定（以下「生物多様性維持協定」という。）を締結して、当該土地の区域内の連携地域生物多様性増進活動を行うことができる。
一
生物多様性維持協定の目的となる土地の区域（以下「生物多様性維持協定区域」という。）
二
生物多様性維持協定区域内の連携地域生物多様性増進活動に関する事項
三
生物多様性維持協定の有効期間
四
生物多様性維持協定に違反した場合の措置
２
生物多様性維持協定については、生物多様性維持協定区域内の土地の所有者等の全員の合意がなければならない。
３
生物多様性維持協定の内容は、次に掲げる基準に適合するものでなければならない。
一