ただし、比較対象取引と当該内部取引に係る棚卸資産の買手が当該棚卸資産を非関連者に対して販売した取引とが売手の果たす機能その他において差異がある場合には、その差異により生ずる割合の差につき必要な調整を加えた後の割合（その必要な調整を加えることができない場合であつて財務省令で定める場合に該当するときは、財務省令で定めるところにより計算した割合）とする。
４
法第四十条の三の三第二項第一号ハに規定する政令で定める通常の利益率は、内部取引に係る棚卸資産と同種又は類似の棚卸資産を、購入（非関連者からの購入に限る。）、製造その他の行為により取得した者（以下この項及び次項第三号において「販売者」という。）が当該同種又は類似の棚卸資産を非関連者に対して販売した取引（以下この項において「比較対象取引」という。）に係る当該販売者の売上総利益の額（当該比較対象取引に係る棚卸資産の販売による収入金額の合計額から当該比較対象取引に係る棚卸資産の原価の額の合計額を控除した金額をいう。）の当該原価の額の合計額に対する割合とする。
ただし、比較対象取引と当該内部取引とが売手の果たす機能その他において差異がある場合には、その差異により生ずる割合の差につき必要な調整を加えた後の割合（その必要な調整を加えることができない場合であつて財務省令で定める場合に該当するときは、財務省令で定めるところにより計算した割合）とする。
５
法第四十条の三の三第二項第一号ニに規定する政令で定める方法は、次に掲げる方法とする。
一
内部取引に係る棚卸資産の法第四十条の三の三第一項の非居住者の恒久的施設及び同項に規定する事業場等（以下この号、第八項及び第十四項第一号において「事業場等」という。）による購入、製造その他の行為による取得及び販売（以下この号において「販売等」という。）に係る所得が、次に掲げる方法により当該非居住者の恒久的施設及び事業場等に帰属するものとして計算した金額をもつて当該内部取引の対価の額とされるべき額とする方法
イ
当該内部取引に係る棚卸資産と同種又は類似の棚卸資産の非関連者による販売等（イにおいて「比較対象取引」という。）に係る所得の配分に関する割合（当該比較対象取引と当該内部取引に係る棚卸資産の当該非居住者の恒久的施設及び事業場等による販売等とが当事者の果たす機能その他において差異がある場合には、その差異により生ずる割合の差につき必要な調整を加えた後の割合（その必要な調整を加えることができない場合であつて財務省令で定める場合に該当するときは、財務省令で定めるところにより計算した割合））に応じて当該非居住者の恒久的施設及び事業場等に帰属するものとして計算する方法
ロ
当該内部取引に係る棚卸資産の当該非居住者の恒久的施設及び事業場等による販売等に係る所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる当該非居住者の恒久的施設及び事業場等が支出した費用の額、使用した固定資産（所得税法第二条第一項第十八号に規定する固定資産をいう。ハ（２）及び第十四項第一号において同じ。）の価額その他当該非居住者の恒久的施設及び事業場等に係る要因に応じて当該非居住者の恒久的施設及び事業場等に帰属するものとして計算する方法
ハ
（１）及び（２）に掲げる金額につき当該非居住者の恒久的施設及び事業場等ごとに合計した金額が当該非居住者の恒久的施設及び事業場等に帰属するものとして計算する方法
（１）
当該内部取引に係る棚卸資産の当該非居住者の恒久的施設及び事業場等による販売等に係る所得が、当該棚卸資産と同種又は類似の棚卸資産の非関連者による販売等（（１）において「比較対象取引」という。）に係る前二項又は次号から第五号までに規定する必要な調整を加えないものとした場合のこれらの規定による割合（当該比較対象取引と当該内部取引に係る棚卸資産の当該非居住者の恒久的施設及び事業場等による販売等とが当事者の果たす機能その他において差異がある場合には、その差異（当該棚卸資産の販売等に関し当該非居住者の恒久的施設及び事業場等に独自の機能が存在することによる差異を除く。）により生ずる割合の差につき必要な調整を加えた後の割合（その必要な調整を加えることができない場合であつて財務省令で定める場合に該当するときは、財務省令で定めるところにより計算した割合））に基づき当該非居住者の恒久的施設及び事業場等に帰属するものとして計算した金額
（２）
当該内部取引に係る棚卸資産の当該非居住者の恒久的施設及び事業場等による販売等に係る所得の金額と（１）に掲げる金額の合計額との差額（（２）において「残余利益等」という。）が、当該残余利益等の発生に寄与した程度を推測するに足りる当該非居住者の恒久的施設及び事業場等が支出した費用の額、使用した固定資産の価額その他当該非居住者の恒久的施設及び事業場等に係る要因に応じて当該非居住者の恒久的施設及び事業場等に帰属するものとして計算した金額
二
内部取引に係る棚卸資産の買手が非関連者に対して当該棚卸資産を販売した対価の額（以下この号及び第四号において「再販売価格」という。）から、当該再販売価格にイに掲げる金額のロに掲げる金額に対する割合（再販売者が当該棚卸資産と同種又は類似の棚卸資産を非関連者に対して販売した取引（以下この号において「比較対象取引」という。）と当該内部取引に係る棚卸資産の買手が当該棚卸資産を非関連者に対して販売した取引とが売手の果たす機能その他において差異がある場合には、その差異により生ずる割合の差につき必要な調整を加えた後の割合（その必要な調整を加えることができない場合であつて財務省令で定める場合に該当するときは、財務省令で定めるところにより計算した割合））を乗じて計算した金額に当該内部取引に係る棚卸資産の販売のために要した販売費及び一般管理費の額を加算した金額を控除した金額をもつて当該内部取引の対価の額とされるべき額とする方法
イ
当該比較対象取引に係る棚卸資産の販売による営業利益の額の合計額
ロ
当該比較対象取引に係る棚卸資産の販売による収入金額の合計額
三
内部取引に係る棚卸資産の売手の購入、製造その他の行為による取得の原価の額（以下この号において「取得原価の額」という。）に、イに掲げる金額にロに掲げる金額のハに掲げる金額に対する割合（販売者が当該棚卸資産と同種又は類似の棚卸資産を非関連者に対して販売した取引（以下この号において「比較対象取引」という。）と当該内部取引とが売手の果たす機能その他において差異がある場合には、その差異により生ずる割合の差につき必要な調整を加えた後の割合（その必要な調整を加えることができない場合であつて財務省令で定める場合に該当するときは、財務省令で定めるところにより計算した割合））を乗じて計算した金額及びイ（２）に掲げる金額の合計額を加算した金額をもつて当該内部取引の対価の額とされるべき額とする方法
イ
次に掲げる金額の合計額
（１）
当該取得原価の額
（２）
当該内部取引に係る棚卸資産の販売のために要した販売費及び一般管理費の額
ロ
当該比較対象取引に係る棚卸資産の販売による営業利益の額の合計額
ハ
当該比較対象取引に係る棚卸資産の販売による収入金額の合計額からロに掲げる金額を控除した金額
四
内部取引に係る棚卸資産の再販売価格から、当該内部取引に係る棚卸資産の販売のために要した販売費及び一般管理費の額にイに掲げる金額とロに掲げる金額との合計額のロに掲げる金額に対する割合（再販売者が当該棚卸資産と同種又は類似の棚卸資産を非関連者に対して販売した取引（以下この号において「比較対象取引」という。）と当該内部取引に係る棚卸資産の買手が当該棚卸資産を非関連者に対して販売した取引とが売手の果たす機能その他において差異がある場合には、その差異により生ずる割合の差につき必要な調整を加えた後の割合（その必要な調整を加えることができない場合であつて財務省令で定める場合に該当するときは、財務省令で定めるところにより計算した割合））を乗じて計算した金額を控除した金額をもつて当該内部取引の対価の額とされるべき額とする方法
イ
当該比較対象取引に係る棚卸資産の販売による営業利益の額の合計額
ロ
当該比較対象取引に係る棚卸資産の販売のために要した販売費及び一般管理費の額
五
内部取引に係る棚卸資産の売手の購入その他の行為による取得の原価の額に、当該内部取引に係る棚卸資産の販売のために要した販売費及び一般管理費の額にイに掲げる金額とロに掲げる金額との合計額のロに掲げる金額に対する割合（当該棚卸資産と同種又は類似の棚卸資産を、購入（非関連者からの購入に限る。）その他の行為により取得した者が当該同種又は類似の棚卸資産を非関連者に対して販売した取引（以下この号において「比較対象取引」という。）と当該内部取引とが売手の果たす機能その他において差異がある場合には、その差異により生ずる割合の差につき必要な調整を加えた後の割合（その必要な調整を加えることができない場合であつて財務省令で定める場合に該当するときは、財務省令で定めるところにより計算した割合））を乗じて計算した金額を加算した金額をもつて当該内部取引の対価の額とされるべき額とする方法
イ
当該比較対象取引に係る棚卸資産の販売による営業利益の額の合計額
ロ
当該比較対象取引に係る棚卸資産の販売のために要した販売費及び一般管理費の額
六