第六節の三　特定の長期所有土地等の所得の特別控除
第三十九条の六の二
第三十九条の四第一項の規定は、法第六十五条の五の二第一項に規定する譲渡をした土地等の譲渡に要した経費で当該対価又は交換取得資産に係るものとして政令で定めるところにより計算した金額の計算について準用する。
２
法第六十五条の五の二第七項第一号に規定する政令で定める特殊の関係のある個人又は法人は、同条第一項に規定する土地等の取得をした法人（以下この項において「適用法人」という。）の株主等（法人税法第二条第十四号に規定する株主等をいう。以下この項において同じ。）の一人及びその同族関係者（次に掲げる者をいう。以下この項において同じ。）が当該適用法人を支配している場合の当該株主等及び当該株主等の同族関係者並びに適用法人が他の法人を直接又は間接に支配する関係がある場合の当該他の法人とする。
一
次に掲げる個人
イ
当該株主等の親族
ロ
当該株主等と婚姻の届出をしていないが事実上婚姻関係と同様の事情にある者
ハ
当該株主等の使用人
ニ
イからハまでに掲げる者以外の者で当該株主等から受ける金銭その他の資産によつて生計を維持しているもの
ホ
ロからニまでに掲げる者と生計を一にするこれらの者の親族
二
当該株主等と他の者との間にいずれか一方の者（当該者が個人である場合には、これと法人税法施行令第四条第一項に規定する特殊の関係のある個人を含む。）が他方の者（法人に限る。）を直接又は間接に支配する関係がある場合における当該他の者
三
当該株主等と他の者（法人に限る。）との間に同一の者（当該者が個人である場合には、これと法人税法施行令第四条第一項に規定する特殊の関係のある個人を含む。）が当該株主等及び当該他の者を直接又は間接に支配する関係がある場合における当該他の者
３
前項に規定する直接又は間接に支配する関係とは、一方の者と他方の者との間に当該他方の者が次に掲げる法人に該当する関係がある場合における当該関係をいう。
一
当該一方の者が法人を支配している場合における当該法人
二
前号若しくは次号に掲げる法人又は当該一方の者及び前号若しくは次号に掲げる法人が他の法人を支配している場合における当該他の法人
三
前号に掲げる法人又は当該一方の者及び同号に掲げる法人が他の法人を支配している場合における当該他の法人
４
法人税法施行令第四条第三項及び第六項の規定は、第二項に規定する適用法人を支配している場合、前項第一号に規定する法人を支配している場合及び同項第二号又は第三号に規定する他の法人を支配している場合について準用する。
５
法第六十五条の五の二第七項第一号に規定する政令で定める取得は、代物弁済としての取得とする。
６
法第六十五条の五の二第七項第二号に規定する政令で定める場合は、法人税法施行令第百三十八条第一項の規定に該当する場合とする。
７
法第六十五条の五の二第一項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算については、同項の規定により損金の額に算入される金額は、法人税法施行令第九条第一号イに規定する所得の金額に含まれるものとする。
第七節　特定の資産の買換えの場合等の課税の特例
（特定の資産の買換えの場合等の課税の特例）
第三十九条の七
法第六十五条の七第一項に規定する政令で定めるときは、同項に規定する買換資産（以下この条において「買換資産」という。）の取得（建設及び製作を含む。次項において同じ。）をした日を含む事業年度終了の日後に当該買換資産を適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格現物分配（以下この項において「適格合併等」という。）により合併法人、分割承継法人、被現物出資法人又は被現物分配法人（以下この項において「合併法人等」という。）に移転する場合において、当該合併法人等が当該取得をした日から一年以内に当該買換資産を当該適格合併等により移転を受ける法第六十五条の七第一項の表の各号の下欄に規定する地域内にある事業の用（同表の第四号の下欄に掲げる資産については、その移転を受ける事業の用）に供する見込みであるときとする。
２
法第六十五条の七第一項及び第九項の届出は、同条第一項の表の各号の上欄に掲げる資産の同項又は同条第九項に規定する譲渡の日（同日前に当該各号の下欄に掲げる資産の取得をした場合（第二号ロにおいて「先行取得の場合」という。）には、当該資産の同条第一項又は第九項に規定する取得の日）を含む三月期間（事業年度をその開始の日以後三月ごとに区分した各期間（最後に三月未満の期間を生じたときは、その三月未満の期間）をいう。第二号において同じ。）の末日の翌日から二月以内に、当該各号の下欄に掲げる資産につき同条第一項又は第九項の規定の適用を受ける旨及び次に掲げる事項を記載した届出書により行わなければならない。
一
届出者の名称、納税地及び法人番号（行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律第二条第十五項に規定する法人番号をいう。以下この章において同じ。）
二
次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める事項
イ
ロに掲げる場合以外の場合
次に掲げる事項
（１）
当該譲渡をした資産及び当該三月期間内に取得をした資産の種類、構造又は用途、規模（土地等（土地又は土地の上に存する権利をいう。以下この条において同じ。）にあつては、その面積。ロ（１）において同じ。）、所在地並びに譲渡年月日及び取得年月日（船舶にあつては、種類、構造又は用途、規模並びに譲渡年月日及び取得年月日。ロ（１）において同じ。）
（２）
当該譲渡をした資産の価額及びその譲渡直前の帳簿価額
（３）
当該三月期間の末日の翌日以後に取得をする見込みである資産の種類、所在地及び取得予定年月日（船舶にあつては、種類及び取得予定年月日）
ロ
先行取得の場合
次に掲げる事項
（１）
当該三月期間内に譲渡をした資産及び当該取得をした資産の種類、構造又は用途、規模、所在地並びに譲渡年月日及び取得年月日
（２）
当該取得をした資産の取得価額
（３）
当該三月期間の末日の翌日以後に譲渡をする見込みである資産の種類、所在地及び譲渡予定年月日（船舶にあつては、種類及び譲渡予定年月日）
三
前号の取得をした、又は同号の取得をする見込みである資産のその適用に係る法第六十五条の七第一項の表の各号の区分
四
その他参考となるべき事項
３
法第六十五条の七第一項の表の第二号の上欄に規定する同欄のイからハまでに掲げる区域から除くものとして政令で定める区域は、同項の譲渡があつた日の属する年の十年前の年の翌年一月一日以後に公有水面埋立法の規定による
竣
しゆん
功認可のあつた埋立地の区域（以下この項において「埋立区域」という。）とし、同欄のニに規定する政令で定める区域は、都市計画法第四条第一項に規定する都市計画に都市再開発法第二条の三第一項第二号に掲げる地区若しくは同条第二項に規定する地区の定められた市又は道府県庁所在の市の区域の都市計画法第四条第二項に規定する都市計画区域のうち最近の国勢調査の結果による人口集中地区の区域（同欄のイからハまでに掲げる区域（埋立区域を除く。）を除く。）とする。
４
法第六十五条の七第一項の表の第二号の下欄に規定する政令で定める施策は、都市再開発法による市街地再開発事業（その施行される土地の区域の面積が五千平方メートル以上であるものに限る。）に関する都市計画とし、同欄に規定する政令で定めるものは、次に掲げるものとする。
一
再開発会社（都市再開発法第五十条の二第三項に規定する再開発会社をいう。）が当該市街地再開発事業を施行する場合において、同法第七十三条第一項に規定する権利変換計画において定められた同項第二十二号に規定する施設建築敷地若しくはその共有持分、施設建築物の一部等及び個別利用区内の宅地を当該再開発会社が取得する場合におけるこれらの資産又は同法第百十八条の七第一項に規定する管理処分計画において定められた同項第八号に規定する建築施設の部分を当該再開発会社が取得する場合におけるこれらの資産
二
建物（その附属設備を含む。以下この号において同じ。）のうち次に掲げるもの（その敷地の用に供される土地等を含む。）
イ
中高層耐火建築物（地上階数四以上の中高層の建築基準法第二条第九号の二に規定する耐火建築物をいう。）以外の建物
ロ
住宅の用に供される部分が含まれる建物（住宅の用に供される部分に限る。）
５
法第六十五条の七第一項の表の第三号の下欄に規定する政令で定める施設は、事務所、工場、作業場、研究所、営業所、店舗、倉庫、住宅その他これらに類する施設（福利厚生施設に該当するものを除く。）とし、同欄に規定する政令で定めるやむを得ない事情は、次に掲げる手続その他の行為が進行中であることにつき財務省令で定める書類により明らかにされた事情とする。
一
都市計画法第二十九条第一項又は第二項の規定による許可の手続
二
建築基準法第六条第一項に規定する確認の手続
三
文化財保護法第九十三条第二項に規定する発掘調査
四
建築物の建築に関する条例の規定に基づく手続（建物又は構築物の敷地の用に供されていないことが当該手続を理由とするものであることにつき国土交通大臣が証明したものに限る。）
６
法第六十五条の七第一項の表の第四号の上欄に規定する政令で定める期間は、次の各号に掲げる船舶の区分に応じ当該各号に定める期間とし、同欄に規定する政令で定める事業は、建設業及びひき船業とする。
一
海洋運輸業（本邦の港と本邦以外の地域の港との間又は本邦以外の地域の各港間において船舶により人又は物の運送をする事業をいう。）の用に供されている船舶
二十年
二
沿海運輸業（本邦の各港間において船舶により人又は物の運送をする事業をいう。）の用に供されている船舶