機構が行う新幹線鉄道の建設に関する工事に要する費用（営業主体から支払を受ける新幹線鉄道に係る鉄道施設の貸付料その他の機構の新幹線鉄道に係る業務に係る収入をもつて充てるものとして政令で定めるところにより算定される額に相当する部分を除く。）は、政令で定めるところにより、国及び当該新幹線鉄道の存する都道府県が負担する。
２
都道府県は、その区域内の市町村で当該新幹線鉄道の建設により利益を受けるものに対し、その利益を受ける限度において、当該都道府県が前項の規定により負担すべき負担金の一部を負担させることができる。
３
前項の規定により市町村が負担すべき金額は、当該市町村の意見を聴いた上、当該都道府県の議会の議決を経て定めなければならない。
４
地方公共団体は、第一項及び第二項に規定するもののほか、新幹線鉄道に関し、その建設に要する土地の取得のあつせんその他必要な措置を講ずるよう努めるものとする。
（地方公共団体に対する財源措置）
第十三条の二
国は、前条第一項及び第二項の規定により新幹線鉄道の建設に関する工事に要する費用を負担する地方公共団体に対し、その財政運営に支障を生ずることのないよう、そのために要する財源について必要な措置を講ずるものとする。
（鉄道事業法の適用の特例）
第十四条
営業主体と建設主体が同一の法人である場合において建設主体に対する第八条の規定による建設の指示が行われたときは、当該指示に係る建設線の区間について、当該法人は、鉄道事業法（昭和六十一年法律第九十二号）第三条第一項の規定による第一種鉄道事業の許可を受けたものとみなす。
２
営業主体と建設主体が異なる法人である場合において建設主体に対する第八条の規定による建設の指示が行われたときは、当該指示に係る建設線の区間について、建設主体が機構以外の法人である場合にあつては、営業主体は鉄道事業法第三条第一項の規定による第一種鉄道事業（建設主体が当該建設線を営業主体に使用させようとするときは、第二種鉄道事業）の許可を受け、建設主体は同項の規定による第三種鉄道事業の許可を受けたものとみなし、建設主体が機構である場合にあつては、営業主体は同項の規定による第一種鉄道事業の許可を受けたものとみなす。
３
前二項の規定により営業主体又は建設主体が受けたものとみなされた鉄道事業の許可が鉄道事業法第三十条の規定により取り消されることとなつたときは、当該営業主体又は建設主体に係る第六条第一項の規定による指名は、そのときにおいてその効力を失う。
４
前項の場合において、第八条の規定による建設の指示が行われた建設線について第六条第一項の規定により営業主体の指名又は建設主体の指名が新たに行われたときにおける当該営業主体又は建設主体については、第一項又は第二項の規定中「建設主体に対する第八条の規定による建設の指示が行われたときは、当該指示」とあるのは、「第六条第一項の規定による当該営業主体又は建設主体の指名が行われたときは、第八条の規定による建設の指示」とする。
５
建設線の建設については、鉄道事業法第七条から第九条までの規定は、適用しない。
６
建設線については、鉄道事業法第十条第一項中「工事の施行の認可の際国土交通大臣の指定する工事の完成の期限までに、鉄道施設の工事を完成し、かつ」とあるのは「鉄道施設の工事が完成したときは」と、同条第二項中「工事計画」とあるのは「全国新幹線鉄道整備法（昭和四十五年法律第七十一号）第九条第一項の認可を受けた工事実施計画」とする。
７
営業主体及び第二項の規定により第三種鉄道事業の許可を受けたものとみなされる建設主体は、当該建設線の営業が開始される前に、国土交通省令で定めるところにより、鉄道事業法第四条第一項第六号に規定する事業基本計画に相当する計画を定め、国土交通大臣に届け出なければならない。
この場合において、当該建設線の営業が開始されたときは、当該届出に係る計画は、当該建設線に係る同号に規定する事業基本計画とみなす。
（交通政策審議会への諮問）
第十四条の二
国土交通大臣は、次に掲げる事項について、交通政策審議会に諮問しなければならない。
一
基本計画の決定及びその変更に関する事項
二
第六条第一項の規定による営業主体又は建設主体の指名に関する事項
三
整備計画の決定及びその変更に関する事項
第三章　新幹線鉄道の大規模改修
（所有営業主体の指定）
第十五条
国土交通大臣は、新幹線鉄道を所有し、かつ、その営業を行う法人（以下「所有営業主体」という。）であつて、当該新幹線鉄道の一の路線のうち当該所有営業主体が所有し、かつ、営業を行う区間の営業の開始の日から経過した期間及び当該区間における車両の走行の実績並びに当該所有営業主体の財務の状況その他の事情を勘案して当該区間の大規模改修の実施に要する費用の支出に備えるため第十七条第一項に規定する新幹線鉄道大規模改修引当金を積み立てることが必要かつ適当であると認めるものを、当該区間を明らかにして指定することができる。
２
前項の「大規模改修」とは、新幹線鉄道に係る鉄道施設であつて車両の走行が直接その機能の低下をもたらすもののうち国土交通省令で定めるものの取替え又はこれと同等の効果を有すると認められる方法による改修に関する工事であつて、当該新幹線鉄道の一の路線のうち所有営業主体が所有し、かつ、営業を行う区間の全部にわたり行われ、着手から完了までの期間がおおむね十年以内であるものをいう。
（引当金積立計画）
第十六条
前条第一項の指定を受けた所有営業主体（以下「指定所有営業主体」という。）は、国土交通省令で定めるところにより、遅滞なく、次に掲げる事項を記載した新幹線鉄道大規模改修引当金積立計画（以下「引当金積立計画」という。）を作成し、国土交通大臣の承認を受けなければならない。
これを変更しようとするときも、同様とする。
一
実施すべき大規模改修（前条第二項の大規模改修をいう。以下同じ。）に要する期間及び費用の総額（国土交通省令で定めるところにより算定した金額をいう。）
二
次条第一項の規定により積み立てるべき新幹線鉄道大規模改修引当金の積立期間及び総額
２
前項の引当金積立計画には、工事方法その他国土交通省令で定める事項を記載した書類を添付しなければならない。
３
国土交通大臣は、第一項の規定による承認の申請があつた場合において、その引当金積立計画が次の基準に適合すると認めるときは、同項の規定による承認をするものとする。
一
前条第一項の指定に係る区間における同条第二項の国土交通省令で定める鉄道施設の種類、数量その他の事情から判断して、第一項第一号に掲げる事項が相当であること。
二
第一項第一号に掲げる事項並びに前条第一項の指定に係る区間の営業の開始の日から経過した期間及び当該区間における車両の走行の実績並びに指定所有営業主体の財務の状況その他の事情から判断して、第一項第二号に掲げる事項が相当であること。
４
国土交通大臣は、第一項の承認をした引当金積立計画が大規模改修の実施に要する費用の支出に備える上で不適当なものとなつたと認めるときは、指定所有営業主体に対し、その変更を命ずることができる。
（新幹線鉄道大規模改修引当金の積立て）
第十七条
指定所有営業主体は、前条第一項の規定により承認を受けた引当金積立計画（同項の規定により変更の承認を受けたときは、その変更後のもの）に従い、当該引当金積立計画に記載された積立期間内の日の属する各事業年度において、国土交通省令で定める金額を新幹線鉄道大規模改修引当金として積み立てなければならない。
２
前条及び前項に定めるもののほか、新幹線鉄道大規模改修引当金の積立て及び取崩しに関し必要な事項は、国土交通省令で定める。
（大規模改修実施計画の認定）
第十八条
所有営業主体は、大規模改修を実施しようとするときは、国土交通省令で定めるところにより、路線名、工事の区間、工事方法その他国土交通省令で定める事項を記載した新幹線鉄道大規模改修実施計画（以下「大規模改修実施計画」という。）を作成し、これを国土交通大臣に提出して、その認定を受けることができる。
２
国土交通大臣は、前項の規定による認定の申請があつた場合において、その大規模改修実施計画が次の基準に適合すると認めるときは、同項の規定による認定をするものとする。
一
当該大規模改修実施計画に記載された改修が大規模改修であること。
二
当該大規模改修実施計画が鉄道営業法（明治三十三年法律第六十五号）第一条の国土交通省令で定める規程に適合するものであること。
（大規模改修実施計画の変更）
第十九条
前条第一項の規定による認定を受けた所有営業主体（以下「認定所有営業主体」という。）は、当該認定を受けた大規模改修実施計画を変更しようとするときは、国土交通省令で定めるところにより、国土交通大臣の認定を受けなければならない。
ただし、国土交通省令で定める軽微な変更については、この限りでない。
２
前条第二項の規定は、前項の規定による変更の認定について準用する。
３
認定所有営業主体は、第一項ただし書の国土交通省令で定める軽微な変更をしようとするときは、その旨を国土交通大臣に届け出なければならない。
（他人の土地の立入り又は一時使用に係る規定の準用）
第二十条
第十二条の規定は、認定所有営業主体又はその委任を受けた者が大規模改修を行う場合について準用する。
（鉄道事業法の適用の特例）
第二十一条
認定所有営業主体が大規模改修を実施するに当たり鉄道事業法第十二条第一項の認可を受け、又は同条第二項の規定による届出をしなければならない場合においては、当該認定所有営業主体は、これらの規定による認可を受け、又は届出をしたものとみなす。
２