第二条第二項及び第三条の二の規定は、法第十条第四項（変質、損傷等による控除）の規定を適用する場合について準用する。
この場合において、第二条第二項第一号中「納付された関税の全額（附帯税（関税法第二条第一項第四号の二（定義）に規定する附帯税をいう。以下同じ。）の額を除く。）」とあるのは「課されるべき関税の全額」と、同項第二号中「額（附帯税の額を除く。）」とあるのは「額」と、第三条の二第一項中「災害その他やむを得ない事故（以下「災害等」という。）のやんだ後速やかに、当該災害等」とあるのは「控除に係る貨物についての特例申告書の提出期限内に、災害その他やむを得ない事故」と、「関税の額、輸入の許可の年月日及び輸入の許可書の番号（特例申告貨物にあつては、その記号、番号、品名、数量、価格、関税の額並びに特例申告書の提出の年月日及び特例申告書の番号又は決定通知書（同法第七条の十六第四項（更正通知書又は決定通知書）に規定する決定通知書をいう。以下同じ。）の発出の年月日及び決定通知書の番号）」とあるのは「輸入の許可の年月日及び輸入の許可書の番号」と、同条第二項中「災害等のやんだ日から三月以内」とあるのは「控除に係る貨物についての特例申告書の提出期限内」と、「証明書（特例申告貨物にあつては、特例申告書の提出があつたことを証する書類又は決定通知書若しくはこれに代わる税関の証明書）」とあるのは「証明書」と読み替えるものとする。
第三章　加工又は修繕のため輸出された貨物の減税
（加工又は修繕のため輸出された貨物の減税の額）
第四条
法第十一条（加工又は修繕のため輸出された貨物の減税）の規定による関税の軽減額は、同条の規定により算出した額の全額とする。
ただし、同条に規定する輸出された貨物（以下この条において「輸出貨物」という。）が法第十四条第十号ただし書（再輸入免税の適用除外）に規定する貨物又は製品に該当する場合には、当該関税の軽減額は、法第十一条に規定する輸入貨物の関税の額（同条の規定による関税の軽減を受けないとした場合の額をいう。）に、第一号の金額から第二号の金額を控除した金額の当該輸入貨物の課税価格に対する割合を乗じて算出した額とする。
一
当該輸出貨物が輸出の許可の際の性質及び形状により輸入されるものとした場合の課税価格
二
当該輸出貨物について法第十七条から第二十条までの規定により関税の軽減、免除、払戻し（減額を含む。）又は控除を受けた額の算定の基礎となつた輸入貨物の課税価格（当該課税価格が前号に掲げる課税価格を超える場合にあつては、その超える額を控除した金額とする。）
（加工又は修繕用貨物の輸出の手続）
第五条
法第十一条（加工又は修繕のため輸出された貨物の減税）の規定により関税の軽減を受けようとする貨物を輸出しようとする者は、その輸出の際に、加工又は修繕のため輸出する旨並びにその輸入の予定時期及び予定地をその輸出申告書に付記するとともに、次に掲げる事項を記載した申告書及び加工又は修繕のため輸出するものであることを証する書類を添付して、当該申告書の記載事項につき税関長の確認を受けなければならない。
一
当該貨物の性質及び形状その他その再輸入の確認のため必要な事項
二
加工又は修繕の明細及び加工については本邦においてその加工をすることが困難である理由
三
当該貨物の輸出申告価格の計算の基礎
四
その他参考となるべき事項
２
前項の貨物を輸出しようとする者は、税関長が当該貨物の再輸入の確認のため必要と認めて指示したときは、その輸出の際に、当該貨物につき記号の表示その他の再輸入の確認のための措置をとらなければならない。
（加工又は修繕のため輸出された貨物の減税の手続）
第五条の二
法第十一条（加工又は修繕のため輸出された貨物の減税）の規定により関税の軽減を受けようとする者は、その軽減を受けようとする貨物の輸入申告書（特例申告貨物にあつては、特例申告書）に、当該貨物が輸出された際の輸出の許可書又はこれに代わる税関の証明書、加工又は修繕を証する書類及び次に掲げる事項を記載した明細書を添付して、税関長に提出しなければならない。
一
当該貨物の輸出及び輸入の際における記号、番号、品名及び数量
二
当該貨物がその輸出の許可の際の性質及び形状により輸入されるものとした場合の課税価格
三
当該貨物につき関税の軽減を受けようとする額及びその計算の基礎
四
その他参考となるべき事項
２
特例申告貨物について法第十一条の規定により関税の軽減を受けようとする者は、当該特例申告貨物の輸入申告書に、当該特例申告貨物について同条の規定により関税の軽減を受けようとする旨を付記しなければならない。
（再輸入の期間の延長の承認申請手続）
第五条の三
法第十一条（加工又は修繕のため輸出された貨物の減税）の税関長の承認を受けようとする者は、当該承認を受けようとする貨物の輸出の許可の日から一年以内に、当該承認を受けようとする貨物の品名、数量、輸入の予定時期及び予定地並びに当該承認を受けようとする理由その他参考となるべき事項を記載した申請書を当該貨物の輸出を許可した税関長に提出しなければならない。
第四章　製造用原料品の減税又は免税
（飼料及びその原料品の指定）
第六条
法第十三条第一項第一号（製造用原料品の減税又は免税）に規定する飼料のうち政令で定めるものは、飼料以外の用途に適さないもので、財務省令で定める規格を備える配合飼料又は単一の原料品から成る飼料で財務省令で定める規格を備えるもの（以下この条及び次条において「単体飼料」という。）とし、同号に規定する政令で定める原料品は、配合飼料にあつては、とうもろこし、ライ麦、バナナの粉、砂糖（乾燥状態において、全重量に対するしよ糖の含有量が、検糖計の読みで九十八・五度以上に相当するものに限る。）、糖みつ、カッサバ芋及び甘しよ生切干（カッサバ芋及び甘しよ生切干にあつては、粉状又はペレット状にしたものを含む。）とし、単体飼料にあつては、とうもろこしとする。
（製造用原料品の減税又は免税の額）
第六条の二
法第十三条第一項（製造用原料品の減税又は免税）の規定により軽減し、又は免除する関税の額は、次の表の上欄の各号に掲げる製品の製造に使用される同表の中欄の当該各号に掲げる輸入原料品の区分に応じ、同表の下欄の当該各号に掲げる額とする。
製品
輸入原料品
軽減又は免除の額
一　配合飼料
こうりやんその他のグレーンソルガム、とうもろこし、ライ麦、バナナの粉、砂糖（乾燥状態において、全重量に対するしよ糖の含有量が、検糖計の読みで九十八・五度以上に相当するものに限る。）、糖みつ、カッサバ芋又は甘しよ生切干（カッサバ芋及び甘しよ生切干にあつては、粉状又はペレット状にしたものを含む。）
全額
二　単体飼料
こうりやんその他のグレーンソルガム又はとうもろこし
全額
三　落花生油
落花生
全額
２
前項の表に掲げる輸入原料品の数量に対するその製品の数量の割合がその製造の方法、工場の設備その他の事情を勘案して合理的と認められる割合を下るときは、その下る部分に対応する数量の輸入原料品については、法第十三条第一項に規定する製造がされなかつたものとみなす。
（製造工場の承認申請手続）
第六条の三
法第十三条第一項（製造用原料品の減税又は免税）に規定する製造工場についての承認を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書を当該製造工場の所在地を所轄する税関長に提出しなければならない。
一
当該製造工場の名称、所在地、構造及び延べ面積
二
当該製造工場について承認を受けようとする期間
三
当該製造工場において法第十三条第一項の規定による関税の軽減又は免除を受けて使用しようとする原料品の品名
四
当該製造工場において前号の原料品を使用して行なおうとする製造の方法及び計画並びに当該製造による製品の品名
２
前項の申請書には、承認を受けようとする製造工場及びその附近の図面を添附しなければならない。
ただし、税関長がその添附の必要がないと認めるときは、これを省略させることができる。
（製造用原料品の減税又は免税の手続）
第七条
法第十三条第一項（製造用原料品の減税又は免税）の規定により関税の軽減又は免除を受けようとする者は、その軽減又は免除を受けようとする原料品の輸入申告（特例申告貨物にあつては、特例申告）の際に、その品名及び数量、その製品の品名及び予定数量、承認を受けた製造工場の名称及び所在地、当該原料品を置く場所並びに製造の期間を記載した書面を税関長に提出しなければならない。
２
前項の原料品の輸入申告は、法第十三条第一項に規定する承認を受けた製造者の名をもつてしなければならない。
（同種の原料品を混用する場合の手続）
第八条
法第十三条第四項（同種の原料品の混用）の規定により税関長の承認を受けようとする者は、製造用原料品（法第十三条第四項に規定する製造用原料品をいう。以下同じ。）にこれと同種の他の原料品を混じて使用する前に、これらの原料品の品名及び数量を記載した申請書をこれらの原料品を使用する製造工場の所在地を所轄する税関長に提出しなければならない。
２
前項の規定による申請書の提出は、製造用原料品及びこれに混じて使用しようとする同種の原料品の性質、製造の工程その他の事情により税関長がそのつどの申請の必要がないと認める場合においては、一定期間内の製造に関し一括して行なうことができる。
この場合においては、前項の記載事項のうち税関長が必要がないと認めるものの記載を省略することができる。
（製造が終了した場合の届出及び検査）
第九条
法第十三条第五項（製造が終了した場合の検査）の規定による届出は、次に掲げる事項を記載した書面で製造工場の所在地の税関にしなければならない。
一