ただし、当該株式会社の設立の登記に係る登録免許税にあつては、資本の金額のうち旅客会社の出資に係る部分以外の部分については、この限りでない。
１３
会社法第十二条第一項に規定する北海道旅客会社等が、同項に規定する基金の運用により生ずる収益に係る第八十八条の規定による改正後の租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第六十八条の二第四項第四号に規定する利子・配当等に係る所得税の額につき法人税の額から控除する金額については、同条の規定は、適用しない。
１４
前項に定めるもののほか、承継法人（第二十一条第二項の承認を受けた計画に従い当該経営の分離に係る一般自動車運送事業に相当する一般旅客自動車運送事業を経営する株式会社を含む。）に対する法人税に関する法令の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（納付金の納付義務）
第二十八条
地方税法及び国有資産等所在市町村交付金及び納付金に関する法律の一部を改正する法律（昭和六十一年法律第九十四号）附則第十三条第二項の規定によりなおその効力を有することとされる同法第二条の規定による改正前の国有資産等所在市町村交付金及び納付金に関する法律（昭和三十一年法律第八十二号）の規定により日本国有鉄道が納付すべきものとされる昭和六十三年度分までの日本国有鉄道有資産所在市町村納付金及び日本国有鉄道有資産所在都道府県納付金（次項において「納付金」という。）の納付義務は、清算事業団が負うものとする。
２
承継法人は、前項の規定により清算事業団が納付義務を負うこととなる納付金について、運輸省令で定めるところにより、その一部を負担するものとする。
第五節　日本国有鉄道法等の廃止に伴う経過措置
（日本国有鉄道法の廃止に伴う経過措置）
第二十九条
旧国鉄法第三十一条の規定により受けた懲戒処分及び改革法附則第二項の規定の施行前の事案に係る懲戒処分については、なお従前の例による。
この場合において、同項の規定の施行後に懲戒処分を行うこととなるときは、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構の代表者又はその委任を受けた者が懲戒処分を行うものとする。
２
旧国鉄法第三十九条の十七の規定による報告で、改革法附則第二項の規定の施行の日の前日までに行われていないものについては、なお従前の例による。
３
日本国有鉄道の昭和六十一年四月一日に始まる事業年度に係る決算並びに財産目録、貸借対照表及び損益計算書については、旧国鉄法第九条第三項第四号及び第四十条第一項（監査委員会の監査報告書に係る部分に限る。）に係る部分を除き、なお従前の例による。
４
改革法附則第二項の規定の施行の日の前日までの期間について日本国有鉄道に勤務する職員に支給する給与についての旧国鉄法の規定の適用については、なお従前の例による。
５
旧国鉄法第四十八条に規定する現金出納職員又は旧国鉄法第四十八条の二第一項に規定する総裁により物品の管理をする職員として任命された者の改革法附則第二項の規定の施行前の事実に基づく弁償責任については、なお従前の例による。
６
旧国鉄法第五十条に規定する日本国有鉄道の会計に係る会計検査院の検査については、なお従前の例による。
７
改革法附則第二項の規定の施行前に生じた事故に基づく日本国有鉄道の職員の業務上の災害又は通勤による災害に対する補償については、なお従前の例による。
８
改革法附則第二項の規定の施行前にした行為に対する旧国鉄法に規定する罰則の適用については、なお従前の例による。
９
前各項に定めるもののほか、日本国有鉄道法の廃止に伴い必要な経過措置は、政令で定める。
（日本国有鉄道法施行法の廃止に伴う経過措置）
第三十条
改革法附則第二項の規定による廃止前の日本国有鉄道法施行法（昭和二十四年法律第百五号）第四条の規定により日本国有鉄道が承継した不動産に関する権利につきすべき登記については、同法第七条第一項の規定は、なおその効力を有する。
第六節　清算事業団への移行に伴う措置
第三十一条
削除
（承継された土地に係る清算事業団による譲渡の請求）
第三十二条
承継法人は、改革法第二十二条の規定により承継した土地を、その承継後五年以内にその事業の用に供しないこととなつたときは、その旨を清算事業団に通知するものとする。
２
清算事業団は、前項の規定による通知を受けたときは、当該承継法人に対し、当該土地を譲り渡すべきことを請求することができる。
この場合における譲渡価額は、改革法第二十二条の規定により当該土地の承継が行われた時において当該承継法人の会計帳簿に記載された当該土地の価額を基準とするものとする。
第三十三条
削除
（清算事業団による鉄道建設債券に係る債務の承継に伴う措置）
第三十四条
清算事業団法附則第九条第二項の規定により清算事業団が承継する日本鉄道建設公団が発行した鉄道建設債券に係る債務について第百三十条の規定による改正前又は改正後の日本鉄道建設公団法第二十九条の二の規定により政府がした保証契約は、その承継後においても、当該鉄道建設債券に係る債務について従前の条件により存続するものとする。
第三十五条
削除
（清算事業団の職員の退職手当に関する経過措置）
第三十六条
清算事業団法附則第二条の規定により日本国有鉄道の職員が清算事業団の職員になる場合には、その者に対しては、第五十一条の規定による改正前の国家公務員等退職手当法（昭和二十八年法律第百八十二号。以下「旧退職手当法」という。）に基づく退職手当は、支給しない。
２
清算事業団は、前項の規定の適用を受けた清算事業団の職員の退職に際し、退職手当を支給しようとするときは、その者の日本国有鉄道の職員としての引き続いた在職期間を清算事業団の職員としての在職期間とみなして取り扱うべきものとする。
３
清算事業団は、前項に定めるもののほか、第一項の規定の適用を受けた清算事業団の職員が日本国有鉄道退職希望職員及び日本国有鉄道清算事業団職員の再就職の促進に関する特別措置法がその効力を有する間に退職する場合において、その退職に関し、退職手当を支給しようとするときは、附則第五条第三項に規定する場合を除き、旧退職手当法の規定の例によりその額を計算するものとする。
第三十七条から第四十条まで
削除
第三章　改革法等の施行に伴う関係法律の整備等
第一節　会計検査院関係
（会計検査院法の一部改正）
第四十一条
略
第二節　総理府関係
（日本国有鉄道の経営する事業の再建の推進に関する臨時措置法の廃止）
第四十二条
日本国有鉄道の経営する事業の再建の推進に関する臨時措置法（昭和五十八年法律第五十号）は、廃止する。
（心身障害者対策基本法の一部改正）
第四十三条
略
（国家公務員法の一部改正）
第四十四条
略
（国家行政組織法の一部改正）
第四十五条
略
（特別職の職員の給与に関する法律の一部改正）
第四十六条
略
（一般職の職員の給与等に関する法律の一部改正）
第四十七条
略
（公務員等の懲戒免除等に関する法律の一部改正）
第四十八条
略
（恩給法の一部を改正する法律の一部改正）
第四十九条
略
（元南西諸島官公署職員等の身分、恩給等の特別措置に関する法律の一部改正）
第五十条
略
（国家公務員等退職手当法の一部改正）
第五十一条
略
（国の経営する企業に勤務する職員の給与等に関する特例法の一部改正）
第五十二条
略
（国家公務員等退職手当暫定措置法等の一部を改正する法律の一部改正）
第五十三条
略
（国家公務員等退職手当暫定措置法の一部を改正する法律の一部改正）
第五十四条
略
（国家公務員等退職手当法の一部を改正する法律の一部改正）
第五十五条
略
（雇用保険法等の一部を改正する法律の一部改正）
第五十六条
略
（たばこ事業法等の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律の一部改正）
第五十七条
略
（日本電信電話株式会社法及び電気通信事業法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律の一部改正）
第五十八条
略
（農用地開発公団法等の一部改正）
第五十九条
略
（防衛庁職員給与法等の一部改正）
第六十条
略
（総務庁設置法の一部改正）
第六十一条
略
（私的独占の禁止及び公正取引の確保に関する法律の一部改正）
第六十二条
略
（私的独占の禁止及び公正取引の確保に関する法律の適用除外等に関する法律の一部改正）
第六十三条
略
（北海道開発法の一部改正）
第六十四条
略
（自衛隊法の一部改正）
第六十五条
略
（災害対策基本法の一部改正）
第六十六条
略
（大規模地震対策特別措置法の一部改正）
第六十七条
略
第三節　法務省関係
（経済関係罰則の整備に関する法律の一部改正）
第六十八条
略
（司法警察職員等指定応急措置法の一部改正）
第六十九条
略
（外国人登録法の一部改正）
第七十条
略
（日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約第六条に基づく施設及び区域並びに日本国における合衆国軍隊の地位に関する協定の実施に伴う刑事特別法の一部改正）
第七十一条
略
（日本国における国際連合の軍隊の地位に関する協定の実施に伴う刑事特別法の一部改正）
第七十二条
略
（証人等の被害についての給付に関する法律の一部改正）
第七十三条
略
第四節　大蔵省関係
（鉄道債券等に係る債務の保証に関する法律の廃止）
第七十四条
鉄道債券等に係る債務の保証に関する法律は、廃止する。
（国債整理基金特別会計法の一部改正）
第七十五条
略
（関税定率法の一部改正）
第七十六条
略
（通行税法の一部改正）
第七十七条
略
（財政法第三条の特例に関する法律の一部改正）
第七十八条
略
（国の所有に属する物品の売払代金の納付に関する法律の一部改正）
第七十九条
略
（政府契約の支払遅延防止等に関する法律の一部改正）
第八十条
略