当該事業年度以後の各事業年度の前条第一項各号に掲げる申告書を青色の申告書により提出することについて同項の承認を受けようとする内国法人は、当該事業年度開始の日の前日までに、当該事業年度開始の日その他財務省令で定める事項を記載した申請書を納税地の所轄税務署長に提出しなければならない。
２
前項の場合において、当該事業年度が次の各号に掲げる事業年度に該当するときは、同項の申請書の提出期限は、同項の規定にかかわらず、当該各号に定める日の前日とする。
一
内国法人である普通法人又は協同組合等の設立の日の属する事業年度
同日以後三月を経過した日と当該事業年度終了の日とのうちいずれか早い日
二
内国法人である公益法人等又は人格のない社団等の新たに収益事業を開始した日の属する事業年度
同日以後三月を経過した日と当該事業年度終了の日とのうちいずれか早い日
三
次に掲げる法人の区分に応じそれぞれ次に定める日の属する事業年度
同日以後三月を経過した日と当該事業年度終了の日とのうちいずれか早い日
イ
公共法人に該当していた収益事業を行う公益法人等
当該公益法人等に該当することとなつた日
ロ
公共法人又は収益事業を行つていない公益法人等に該当していた普通法人又は協同組合等
当該普通法人又は協同組合等に該当することとなつた日
四
内国法人である普通法人若しくは協同組合等の設立の日、内国法人である公益法人等若しくは人格のない社団等の新たに収益事業を開始した日又は前号イ若しくはロに掲げる法人の区分に応じそれぞれ同号イ若しくはロに定める日（以下この号において「設立等の日」という。）から前三号に規定する事業年度終了の日までの期間が三月に満たない場合における当該事業年度の翌事業年度
当該設立等の日以後三月を経過した日と当該翌事業年度終了の日とのうちいずれか早い日
（青色申告の承認申請の却下）
第百二十三条
税務署長は、前条第一項の申請書の提出があつた場合において、その申請書を提出した内国法人につき次の各号のいずれかに該当する事実があるときは、その申請を却下することができる。
一
前条第一項に規定する当該事業年度に係る帳簿書類の備付け、記録又は保存が第百二十六条第一項（青色申告法人の帳簿書類）に規定する財務省令で定めるところに従つて行われていないこと。
二
その備え付ける帳簿書類に取引の全部又は一部を隠蔽し又は仮装して記載し又は記録していることその他不実の記載又は記録があると認められる相当の理由があること。
三
第百二十七条第二項（青色申告の承認の取消し）の規定による通知を受け、又は第百二十八条（青色申告の取りやめ）に規定する届出書の提出をした日以後一年以内にその申請書を提出したこと。
（青色申告の承認等の通知）
第百二十四条
税務署長は、第百二十二条第一項（青色申告の承認の申請）の申請書の提出があつた場合において、その申請につき承認又は却下の処分をするときは、その申請をした内国法人に対し、書面によりその旨を通知する。
（青色申告の承認があつたものとみなす場合）
第百二十五条
第百二十二条第一項（青色申告の承認の申請）の申請書の提出があつた場合において、同項に規定する当該事業年度終了の日（当該事業年度について中間申告書を提出すべき法人（当該法人以外の法人で当該事業年度について第七十二条第一項各号（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等）に掲げる事項を記載した中間申告書を提出できるものを含む。）については、当該事業年度開始の日以後六月を経過する日）までにその申請につき承認又は却下の処分がなかつたときは、その日においてその承認があつたものとみなす。
２
第百二十一条第一項（青色申告）の承認を受けていない内国法人が第六十四条の九第一項（通算承認）の規定による承認を受けた場合には、当該承認の効力が生じた日において第百二十一条第一項の承認があつたものとみなす。
（青色申告法人の帳簿書類）
第百二十六条
第百二十一条第一項（青色申告）の承認を受けている内国法人は、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録し、かつ、当該帳簿書類を保存しなければならない。
２
納税地の所轄税務署長は、必要があると認めるときは、第百二十一条第一項の承認を受けている内国法人に対し、前項に規定する帳簿書類について必要な指示をすることができる。
３
前項に定めるもののほか、国税庁長官又は通算法人の納税地の所轄国税局長若しくは所轄税務署長は、必要があると認めるときは、当該通算法人及び他の通算法人に対し、第一項に規定する帳簿書類について必要な指示をすることができる。
（青色申告の承認の取消し）
第百二十七条
第百二十一条第一項（青色申告）の承認を受けた内国法人につき次の各号のいずれかに該当する事実がある場合には、納税地の所轄税務署長は、当該各号に定める事業年度まで遡つて、その承認を取り消すことができる。
この場合において、その取消しがあつたときは、当該事業年度開始の日以後その内国法人が提出したその承認に係る青色申告書（納付すべき義務が同日前に成立した法人税に係るものを除く。）は、青色申告書以外の申告書とみなす。
一
その事業年度に係る帳簿書類の備付け、記録又は保存が前条第一項に規定する財務省令で定めるところに従つて行われていないこと
当該事業年度
二
その事業年度に係る帳簿書類について前条第二項の規定による税務署長の指示に従わなかつたこと
当該事業年度
三
その事業年度に係る帳簿書類に取引の全部又は一部を隠蔽し又は仮装して記載し又は記録し、その他その記載又は記録をした事項の全体についてその真実性を疑うに足りる相当の理由があること
当該事業年度
四
第七十四条第一項（確定申告）の規定による申告書をその提出期限までに提出しなかつたこと
当該申告書に係る事業年度
２
税務署長は、前項の規定による取消しの処分をする場合には、同項の内国法人に対し、書面によりその旨を通知する。
この場合において、その書面には、その取消しの処分の基因となつた事実が同項各号のいずれに該当するかを付記しなければならない。
３
通算法人に係る第一項の規定の適用については、同項中「当該各号に定める事業年度まで遡つて、その」とあるのは「その」と、「当該事業年度開始の日以後その内国法人が提出したその承認に係る青色申告書（納付すべき義務が同日前に成立した法人税に係るものを除く。）は、青色申告書以外の申告書とみなす」とあるのは「その取消しの処分に係る次項の通知を受けた日の前日（当該前日がその内国法人に係る通算親法人の事業年度終了の日である場合には、当該通知を受けた日）の属する事業年度以後の各事業年度については、その承認は、その効力を失うものとする」と、同項第二号中「の規定による税務署長」とあるのは「又は第三項の規定による国税庁長官、国税局長又は税務署長」とする。
４
通算法人であつた内国法人に係る第一項の規定の適用については、同項中「定める事業年度」とあるのは「定める事業年度（当該事業年度が第六十四条の九第一項（通算承認）の規定による承認の効力を失つた日の前日（当該前日がその内国法人に係る通算親法人の事業年度終了の日である場合には、当該効力を失つた日）の属する事業年度（以下この項において「失効事業年度」という。）前の事業年度である場合には、当該失効事業年度）」と、同項第二号中「の規定による税務署長」とあるのは「又は第三項の規定による国税庁長官、国税局長又は税務署長」とする。
（青色申告の取りやめ）
第百二十八条
第百二十一条第一項（青色申告）の承認を受けている内国法人（通算法人を除く。）は、当該事業年度以後の各事業年度の同項各号に掲げる申告書を青色の申告書により提出することをやめようとするときは、当該事業年度の第七十四条第一項（確定申告）の規定による申告書の提出期限までに、当該事業年度開始の日その他財務省令で定める事項を記載した届出書を納税地の所轄税務署長に提出しなければならない。
この場合において、その届出書の提出があつたときは、当該事業年度以後の各事業年度については、その承認は、その効力を失うものとする。
第五章　更正及び決定
（更正に関する特例）
第百二十九条
内国法人の提出した確定申告書に記載された各事業年度の所得の金額が当該事業年度の課税標準とされるべき所得の金額を超えている場合において、その超える金額のうちに事実を仮装して経理したところに基づくものがあるときは、税務署長は、当該事業年度の所得に対する法人税につき、その内国法人が当該事業年度後の各事業年度において当該事実に係る修正の経理をし、かつ、当該修正の経理をした事業年度の確定申告書を提出するまでの間は、更正をしないことができる。
２
税務署長が第百三十五条第一項（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の還付の特例）の更正をする場合における国税通則法第二十八条第二項（更正又は決定の手続）の規定の適用については、同項第三号中「次に掲げる金額」とあるのは、「次に掲げる金額及びニ又はホに掲げる金額のうち法人税法第百三十五条第一項又は第二項（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の還付の特例）の規定の適用がある金額」とする。
（青色申告書等に係る更正）
第百三十条
税務署長は、内国法人の提出した青色申告書に係る法人税の課税標準又は欠損金額の更正をする場合には、その内国法人の帳簿書類を調査し、その調査により当該青色申告書に係る法人税の課税標準又は欠損金額の計算に誤りがあると認められる場合に限り、これをすることができる。