（注）流通業務総合効率化促進法第十二条第一項（海上運送法の特例）又は地域公共交通の活性化及び再生に関する法律第二十条（海上運送法の特例）、第二十七条の五第一項（海上運送法の特例）、第二十七条の十九（海上運送法の特例）若しくは第三十五条第一項（海上運送法の特例）の規定により一般旅客定期航路事業の許可を受けたものとみなされる場合における流通業務総合効率化促進法第四条第一項（総合効率化計画の認定）の規定による総合効率化計画の認定又は地域公共交通の活性化及び再生に関する法律第十九条第三項（海上運送高度化実施計画の認定）（同条第七項において準用する場合を含む。以下この号において同じ。）の規定による海上運送高度化実施計画の認定、同法第二十七条の三第二項（地域旅客運送サービス継続実施計画の認定）（同条第七項において準用する場合を含む。）の規定による地域旅客運送サービス継続実施計画の認定、同法第二十七条の十五第二項（地域公共交通利便増進実施計画の認定）（同条第七項において準用する場合を含む。以下この号において同じ。）の規定による地域公共交通利便増進実施計画の認定若しくは同法第三十条第三項（新地域旅客運送事業計画の認定）の規定による新地域旅客運送事業計画の認定は当該許可とみなし、同法第二十条、第二十七条の十九又は第三十五条第一項の規定により貨客定期航路事業の登録又は一般不定期航路事業の登録を受けたものとみなされる場合における同法第十九条第三項の規定による海上運送高度化実施計画の認定、同法第二十七条の十五第二項の規定による地域公共交通利便増進実施計画の認定又は同法第三十条第三項の規定による新地域旅客運送事業計画の認定はこれらの登録とみなす。
（一）　海上運送法第三条第一項（一般旅客定期航路事業の許可）の一般旅客定期航路事業の許可（離島航路整備法（昭和二十七年法律第二百二十六号）第二条第二項（定義）に規定する離島航路事業に係る許可その他政令で定める許可を除く。）
許可件数
一件につき九万円
（二）　海上運送法第十九条の六第一項（特定旅客定期航路事業の許可）の特定旅客定期航路事業の許可（（一）の離島航路事業に係る許可その他政令で定める許可を除く。）
許可件数
一件につき九万円
（三）　海上運送法第十九条の七第一項（対外旅客定期航路事業の登録）の対外旅客定期航路事業の登録
登録件数
一件につき九万円
（四）　海上運送法第二十条第一項（貨客定期航路事業）の貨客定期航路事業の登録
登録件数
一件につき一万五千円
（五）　海上運送法第二十一条第一項（旅客不定期航路事業の許可）の旅客不定期航路事業の許可（更新の許可を除く。）
許可件数
一件につき九万円
（六）　海上運送法第二十二条第一項（一般不定期航路事業）の一般不定期航路事業の登録
登録件数
一件につき一万五千円
（七）　海上運送法第三十二条の二十六（登録安全統括管理者講習機関の登録）の登録安全統括管理者講習機関の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（八）　海上運送法第三十二条の四十第一項（登録運航管理者講習機関の登録）の登録運航管理者講習機関の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
百三十四　港湾運送事業の許可
港湾運送事業法（昭和二十六年法律第百六十一号）第四条（許可）の規定による港湾運送事業の許可
（一）　一般港湾運送事業の許可
許可件数
一件につき九万円
（二）　港湾荷役事業の許可
許可件数
一件につき六万円
（三）　はしけ運送事業の許可又はいかだ運送事業の許可
許可件数
一件につき三万円
（四）　検数事業の許可、鑑定事業の許可又は検量事業の許可
許可件数
一件につき三万円
百三十五　内航海運業の登録
内航海運業法（昭和二十七年法律第百五十一号）第三条第一項（登録）の内航海運業の登録
登録件数
一件につき九万円
百三十六　船舶職員に係る海技免許講習、海技免状更新講習若しくは登録船舶職員養成施設の登録若しくは小型船舶操縦者に係る登録小型船舶教習所、操縦免許証更新講習若しくは登録特定操縦免許講習機関の登録又は船舶職員に係る電子通信移行講習の登録
（一）　船舶職員及び小型船舶操縦者法第四条第二項（海技免許講習の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（二）　船舶職員及び小型船舶操縦者法第七条の二第三項第三号（海技免状更新講習の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（三）　船舶職員及び小型船舶操縦者法第十三条の二第一項（登録船舶職員養成施設の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（四）　船舶職員及び小型船舶操縦者法第二十三条の十第一項（登録小型船舶教習所の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（五）　船舶職員及び小型船舶操縦者法第二十三条の十一（操縦免許証更新講習の登録）において準用する同法第七条の二第三項第三号の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（六）　船舶職員及び小型船舶操縦者法第二十三条の二十五（登録特定操縦免許講習機関の登録）の登録特定操縦免許講習機関の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（七）　船舶安全法及び船舶職員法の一部を改正する法律（平成三年法律第七十五号）附則第三条（電子通信移行講習の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
百三十六の二　水先人に係る登録水先人養成施設又は水先免許更新講習の登録
（一）　水先法第五条第一項第二号（登録水先人養成施設の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（二）　水先法第十条第三項（水先免許更新講習の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
百三十七　船員派遣事業の許可
（注）海上運送法第三十六条（船員職業安定法の特例）の規定により船員派遣事業の許可を受けたものとみなされる場合における同法第三十五条第三項（日本船舶・船員確保計画）（同条第五項において準用する場合を含む。）の規定による日本船舶・船員確保計画の認定は、当該許可とみなす。
船員職業安定法（昭和二十三年法律第百三十号）第五十五条第一項（船員派遣事業の許可）の船員派遣事業の許可（更新の許可を除く。）
許可件数
一件につき九万円
百三十七の二　船員の労働条件等に係る登録検査機関の登録
船員法（昭和二十二年法律第百号）第百条の二第一項（登録検査機関の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
百三十八　空港等若しくは航空保安施設の設置の許可、設計検査等に係る事業場の認定又は航空運送事業若しくは航空機使用事業の許可
（一）　航空法第三十八条第一項（空港等又は航空保安施設の設置）の規定による空港等又は航空保安施設の設置の許可
イ　空港等の設置の許可
許可件数
一件につき十五万円
ロ　航空保安施設の設置の許可
許可件数
一件につき九万円
（二）　航空法第二十条第一項（事業場の認定）の事業場の認定（財務省令で定めるものを除く。）
認定件数
一件につき九万円
（三）　航空法第百条第一項（許可）の航空運送事業の許可
許可件数
一件につき十五万円
（四）　航空法第百二十三条第一項（航空機使用事業の許可）の航空機使用事業の許可
許可件数
一件につき九万円
（五）　航空法第百二十九条第一項（外国人国際航空運送事業）の規定による旅客又は貨物を運送する事業の許可
許可件数
一件につき十五万円
百三十八の二　無人航空機検査に係る登録検査機関の登録又は無人航空機操縦者技能証明に係る登録講習機関若しくは登録更新講習機関の登録
（一）　航空法第百三十二条の二十四（登録検査機関の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（二）　航空法第百三十二条の六十九（登録講習機関の登録）の登録講習機関の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（三）　航空法第百三十二条の八十二（登録更新講習機関の登録）の登録更新講習機関の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
百三十九　貨物利用運送事業の登録若しくは許可又は事業計画の変更の認可