この場合において、当該施設につき既に第十二条の二又は湖沼水質保全特別措置法（昭和五十九年法律第六十一号）第十四条の規定により適用される水質汚濁防止法第五条第一項又は第六条第二項の規定による届出がされているときは、当該届出をした者は、当該施設につきこの項の規定による届出をしたものとみなす。
（特定施設の構造等の変更）
第八条
第五条第一項の許可を受けた者は、その許可に係る同条第二項第四号から第七号までに掲げる事項の変更をしようとするときは、環境省令で定めるところにより、府県知事の許可を受けなければならない。
ただし、環境省令で定める軽微な変更については、この限りでない。
２
前項の許可を受けようとする者は、環境省令で定める事項を記載した申請書を府県知事に提出しなければならない。
３
第五条第三項から第七項までの規定は第一項の許可の申請があつた場合（環境省令で定める場合を除く。）に、第六条の規定は同項の許可の申請があつた場合に準用する。
４
第五条第一項の許可を受けた者は、第一項ただし書の環境省令で定める軽微な変更をしたときは、その日から三十日以内に、その旨を府県知事に届け出なければならない。
（氏名等の変更）
第九条
第五条第一項の許可を受けた者は、その許可に係る同条第二項第一号、第二号若しくは第八号に掲げる事項に変更があつたとき、又はその許可に係る特定施設の使用を廃止したときは、その日から三十日以内に、その旨を府県知事に届け出なければならない。
（承継）
第十条
第五条第一項の許可を受けた者からその許可に係る特定施設を譲り受け、又は借り受けた者は、当該特定施設に係る当該許可を受けた者の地位を承継する。
２
第五条第一項の許可を受けた者について相続、合併又は分割（その許可に係る特定施設を承継させるものに限る。）があつたときは、相続人、合併後存続する法人若しくは合併により設立した法人又は分割により当該特定施設を承継した法人は、当該許可を受けた者の地位を承継する。
３
前二項の規定により第五条第一項の許可を受けた者の地位を承継した者は、その承継があつた日から三十日以内に、その旨を府県知事に届け出なければならない。
（違反に対する措置命令）
第十一条
府県知事は、第五条第一項の規定に違反して特定施設を設置した者又は第八条第一項の規定に違反して同項に規定する事項を変更した者に対して、当該特定施設の除却、操業の停止その他当該違反を是正するために必要な措置をとるべき旨を命ずることができる。
（水質汚濁防止法等の適用関係）
第十二条
水質汚濁防止法第五条から第十条まで、第十一条第一項から第三項まで及び第二十三条第二項から第四項まで（同法第五条、第七条、第八条、第八条の二、第十条及び第十一条に係る部分に限る。）並びに海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（昭和四十五年法律第百三十六号）第三十七条第一項の規定は、第五条第一項に規定する区域において特定施設を設置する工場又は事業場から排出水を排出する者で特定地下浸透水（水質汚濁防止法第二条第八項に規定する特定地下浸透水をいう。次項において同じ。）を浸透させない者に係る当該特定施設については、適用しない。
２
水質汚濁防止法第五条第一項、第六条第三項及び第八条の二の規定は、第五条第一項に規定する区域において特定施設を設置する工場又は事業場から排出水を排出する者で特定地下浸透水を浸透させる者に係る当該特定施設については、適用しない。
３
前項に規定する者及びこの者に係る当該特定施設についての水質汚濁防止法の規定の適用については、次項の規定によるほか、同法第五条第二項中「都道府県知事」とあるのは「府県知事（瀬戸内海環境保全特別措置法（昭和四十八年法律第百十号）第五条第二項の申請書を提出する府県知事をいう。以下同じ。）」と、同法第六条第一項中「排出水を排出し、若しくは特定地下浸透水」とあるのは「特定地下浸透水」と、「前条第一項各号、第二項各号」とあるのは「前条第二項各号」と、「都道府県知事」とあるのは「府県知事」と、同法第七条中「第五条又は」とあるのは「第五条第二項若しくは第三項又は」と、「第五条第一項第四号から第九号までに掲げる事項、同条第二項第四号」とあるのは「第五条第二項第四号」と、「都道府県知事」とあるのは「府県知事」と、同法第八条第一項中「都道府県知事は、第五条第一項若しくは第二項」とあるのは「府県知事は、第五条第二項」と、「第五条第一項第四号若しくは第六号から第九号までに掲げる事項又は同条第二項第四号」とあるのは「同項第四号」と、「排出水の汚染状態が当該特定事業場の排水口（排出水を排出する場所をいう。以下同じ。）においてその排出水に係る排水基準（第三条第一項の排水基準（同条第三項の規定により排水基準が定められた場合にあつては、その排水基準を含む。）をいう。以下単に「排水基準」という。）に適合しないと認めるとき、又は特定地下浸透水」とあるのは「特定地下浸透水」と、「又は第五条第一項若しくは第二項」とあるのは「又は同項」と、同法第九条第一項中「第五条」とあるのは「第五条第二項若しくは第三項」と、同条第二項中「都道府県知事」とあるのは「府県知事」と、「第五条」とあるのは「第五条第二項若しくは第三項」と、同法第十条中「第五条又は」とあるのは「第五条第二項若しくは第三項又は」と、「第五条第一項第一号若しくは第二号、第二項第一号」とあるのは「第五条第二項第一号」と、「都道府県知事」とあるのは「府県知事」と、同法第十一条第一項及び第二項中「第五条」とあるのは「第五条第二項若しくは第三項」と、同条第三項中「第五条」とあるのは「第五条第二項若しくは第三項」と、「都道府県知事」とあるのは「府県知事」と、同法第十二条第一項中「排水口」とあるのは「排水口（排出水を排出する場所をいう。以下同じ。）」と、「排水基準」とあるのは「排水基準（第三条第一項の排水基準（同条第三項の規定により排水基準が定められた場合にあつては、その排水基準を含む。）をいう。以下単に「排水基準」という。）」と、同法第二十三条第二項中「第五条」とあるのは「第五条第二項若しくは第三項」と、「当該特定施設又は指定施設を設置する工場又は事業場の所在地を管轄する都道府県知事」とあるのは「府県知事（第十四条第三項の規定による届出事項に該当する事項の通知にあつては当該特定施設を設置する工場又は事業場の所在地を管轄する都道府県知事）」と、同条第三項中「都道府県知事」とあるのは「都道府県知事（第八条の規定に相当する鉱山保安法、電気事業法又は海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律の規定による措置の要請にあつては府県知事）」と、「第八条又は第八条の二」とあるのは「同条」と、同条第四項中「都道府県知事」とあるのは「都道府県知事（第八条の規定に相当する鉱山保安法、電気事業法又は海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律の規定による措置の要請に対して講じた措置の通知にあつては府県知事）」とする。
４
第五条第一項に規定する区域における水質汚濁防止法第二十二条第一項の規定の適用については、同項中「この法律」とあるのは、「この法律（瀬戸内海環境保全特別措置法（昭和四十八年法律第百十号）第五条から第十一条までの規定を含む。）」とする。
５
ダイオキシン類対策特別措置法第十二条から第十九条まで及び第三十五条第二項から第四項まで（同法第十二条、第十四条から第十六条まで、第十八条及び第十九条に係る部分に限る。）の規定の適用については、第五条第一項に規定する区域において特定施設を設置する工場又は事業場から排出水を排出する者に係る当該特定施設は、同法第十二条第一項第六号に規定する水質基準対象施設ではないものとみなす。
６
第五条第一項に規定する区域におけるダイオキシン類対策特別措置法第三十四条第一項の規定の適用については、同項中「この法律」とあるのは、「この法律（瀬戸内海環境保全特別措置法（昭和四十八年法律第百十号）第五条から第十一条までの規定を含む。）」とする。
（みなし指定地域特定施設に係る排出水の排出の規制等）
第十二条の二
第五条第一項に規定する区域においては、第二条第一項に規定する瀬戸内海の水質にとつて水質汚濁防止法第二条第二項第二号に規定する程度の汚水又は廃液を排出する施設として政令で定める施設について、これを同条第三項に規定する指定地域特定施設とみなし、同法の規定を適用する。
この場合において、同法第六条第二項及び第十二条第三項中「指定地域において」とあるのは「瀬戸内海環境保全特別措置法第五条第一項に規定する区域（以下この項において「特定区域」という。）において」と、「指定地域となつた」とあるのは「特定区域となつた」とする。
第二節　富栄養化による被害の発生の防止
（指定物質削減指導方針）
第十二条の三
環境大臣は、瀬戸内海の富栄養化による生活環境に係る被害の発生を防止するため必要があると認めるときは、関係府県知事に対し、第五条第一項に規定する区域において公共用水域に排出される富栄養化による生活環境に係る被害を生ずるおそれがあるものとして政令で定める物質（以下この節において「指定物質」という。）の削減に関し、政令で定めるところにより、削減の目標、目標年度その他必要な事項を示して、指定物質削減指導方針（以下この節において「指導方針」という。）を定めるべきことを指示することができる。
２
指導方針においては、目標年度において削減の目標を達成することを目途として、指定物質の削減に関する指導の方針を定めるものとする。
３
関係府県知事は、指導方針を定め、又は変更しようとするときは、環境省令で定めるところにより、前項の事項を環境大臣に報告しなければならない。
４