（一）　船舶職員及び小型船舶操縦者法第四条第二項（海技免許講習の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（二）　船舶職員及び小型船舶操縦者法第七条の二第三項第三号（海技免状更新講習の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（三）　船舶職員及び小型船舶操縦者法第十三条の二第一項（登録船舶職員養成施設の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（四）　船舶職員及び小型船舶操縦者法第二十三条の十第一項（登録小型船舶教習所の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（五）　船舶職員及び小型船舶操縦者法第二十三条の十一（操縦免許証更新講習の登録）において準用する同法第七条の二第三項第三号の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（六）　船舶職員及び小型船舶操縦者法第二十三条の二十五（登録特定操縦免許講習機関の登録）の登録特定操縦免許講習機関の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（七）　船舶安全法及び船舶職員法の一部を改正する法律（平成三年法律第七十五号）附則第三条（電子通信移行講習の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
百三十六の二　水先人に係る登録水先人養成施設又は水先免許更新講習の登録
（一）　水先法第五条第一項第二号（登録水先人養成施設の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（二）　水先法第十条第三項（水先免許更新講習の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
百三十七　船員派遣事業の許可
（注）海上運送法第三十六条（船員職業安定法の特例）の規定により船員派遣事業の許可を受けたものとみなされる場合における同法第三十五条第三項（日本船舶・船員確保計画）（同条第五項において準用する場合を含む。）の規定による日本船舶・船員確保計画の認定は、当該許可とみなす。
船員職業安定法（昭和二十三年法律第百三十号）第五十五条第一項（船員派遣事業の許可）の船員派遣事業の許可（更新の許可を除く。）
許可件数
一件につき九万円
百三十七の二　船員の労働条件等に係る登録検査機関の登録
船員法（昭和二十二年法律第百号）第百条の二第一項（登録検査機関の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
百三十八　空港等若しくは航空保安施設の設置の許可、設計検査等に係る事業場の認定又は航空運送事業若しくは航空機使用事業の許可
（一）　航空法第三十八条第一項（空港等又は航空保安施設の設置）の規定による空港等又は航空保安施設の設置の許可
イ　空港等の設置の許可
許可件数
一件につき十五万円
ロ　航空保安施設の設置の許可
許可件数
一件につき九万円
（二）　航空法第二十条第一項（事業場の認定）の事業場の認定（財務省令で定めるものを除く。）
認定件数
一件につき九万円
（三）　航空法第百条第一項（許可）の航空運送事業の許可
許可件数
一件につき十五万円
（四）　航空法第百二十三条第一項（航空機使用事業の許可）の航空機使用事業の許可
許可件数
一件につき九万円
（五）　航空法第百二十九条第一項（外国人国際航空運送事業）の規定による旅客又は貨物を運送する事業の許可
許可件数
一件につき十五万円
百三十八の二　無人航空機検査に係る登録検査機関の登録又は無人航空機操縦者技能証明に係る登録講習機関若しくは登録更新講習機関の登録
（一）　航空法第百三十二条の二十四（登録検査機関の登録）の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（二）　航空法第百三十二条の六十九（登録講習機関の登録）の登録講習機関の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
（三）　航空法第百三十二条の八十二（登録更新講習機関の登録）の登録更新講習機関の登録（更新の登録を除く。）
登録件数
一件につき九万円
百三十九　貨物利用運送事業の登録若しくは許可又は事業計画の変更の認可
（注）中心市街地の活性化に関する法律（平成十年法律第九十二号）第五十七条第一項、第三項若しくは第四項（貨物利用運送事業法の特例）、地域再生法第十七条の五十六第一項（貨物利用運送事業法の特例）、流通業務総合効率化促進法第八条第一項若しくは第二項（貨物利用運送事業法の特例）、地域公共交通の活性化及び再生に関する法律第二十七条の十二第一項（貨物利用運送事業法の特例）、福島復興再生特別措置法第七十一条第一項（流通機能向上事業に係る許認可等の特例）又は都市の低炭素化の促進に関する法律第三十四条第一項（貨物利用運送事業法の特例）の規定により第一種貨物利用運送事業の登録又は変更登録を受けたものとみなされる場合における中心市街地の活性化に関する法律第四十八条第一項（特定民間中心市街地活性化事業計画の認定）の規定による特定民間中心市街地活性化事業計画の認定若しくは同法第四十九条第一項（認定特定民間中心市街地活性化事業計画の変更等）の規定による認定特定民間中心市街地活性化事業計画の変更の認定、地域再生法第十七条の五十五第三項（住宅団地再生貨物運送共同化実施計画の認定）（同条第七項において準用する場合を含む。以下この号において同じ。）の規定による住宅団地再生貨物運送共同化実施計画の認定、流通業務総合効率化促進法第四条第一項（総合効率化計画の認定）の規定による総合効率化計画の認定若しくは流通業務総合効率化促進法第五条第一項（総合効率化計画の変更の認定）の規定による総合効率化計画の変更の認定、地域公共交通の活性化及び再生に関する法律第二十七条の七第三項（貨客運送効率化実施計画の認定）（同条第十項において準用する場合を含む。以下この号において同じ。）の規定による貨客運送効率化実施計画の認定、福島復興再生特別措置法第七条第十四項（福島復興再生計画の認定）の規定による福島復興再生計画の認定若しくは同法第七条の二第一項（東日本大震災復興特別区域法の準用）において読み替えて準用する東日本大震災復興特別区域法第六条第一項（認定復興推進計画の変更）の規定による福島復興再生計画の変更の認定又は都市の低炭素化の促進に関する法律第三十三条第三項（貨物運送共同化実施計画の認定）（同条第七項において準用する場合を含む。以下この号において同じ。）の規定による貨物運送共同化実施計画の認定は当該登録又は変更登録とみなし、地域再生法第十七条の五十七第一項（貨物利用運送事業法の特例）、流通業務総合効率化促進法第九条第一項若しくは第二項（貨物利用運送事業法の特例）、地域公共交通の活性化及び再生に関する法律第二十七条の十三第一項（貨物利用運送事業法の特例）、福島復興再生特別措置法第七十一条第一項又は都市の低炭素化の促進に関する法律第三十五条第一項（貨物利用運送事業法の特例）の規定により第二種貨物利用運送事業の許可又は事業計画の変更の認可を受けたものとみなされる場合における地域再生法第十七条の五十五第三項の規定による住宅団地再生貨物運送共同化実施計画の認定、流通業務総合効率化促進法第四条第一項の規定による総合効率化計画の認定若しくは流通業務総合効率化促進法第五条第一項の規定による総合効率化計画の変更の認定、地域公共交通の活性化及び再生に関する法律第二十七条の七第三項の規定による貨客運送効率化実施計画の認定、福島復興再生特別措置法第七条第十四項の規定による福島復興再生計画の認定若しくは同法第七条の二第一項において読み替えて準用する東日本大震災復興特別区域法第六条第一項の規定による福島復興再生計画の変更の認定又は都市の低炭素化の促進に関する法律第三十三条第三項の規定による貨物運送共同化実施計画の認定は当該許可又は事業計画の変更の認可とみなす。
（一）　貨物利用運送事業法第三条第一項（登録）の第一種貨物利用運送事業の登録
登録件数
一件につき九万円
（二）　貨物利用運送事業法第七条第一項（変更登録等）の変更登録（同法第四条第一項第四号（登録の申請）の利用運送に係る運送機関の種類若しくは利用運送の区域若しくは区間の増加に係るもの（財務省令で定めるものに限る。）又は同号の業務の範囲の増加に係るものに限る。）
登録件数
一件につき一万五千円
（三）　貨物利用運送事業法第二十条（許可）の第二種貨物利用運送事業の許可
許可件数
一件につき十二万円
（四）　貨物利用運送事業法第二十五条第一項（事業計画及び集配事業計画）の事業計画の変更の認可（財務省令で定めるものに限る。）
認可件数
一件につき二万円
（五）　貨物利用運送事業法第三十五条第一項（登録）の船舶運航事業者又は航空運送事業者の行う国際貨物運送に係る第一種貨物利用運送事業の登録
登録件数
一件につき九万円
（六）　貨物利用運送事業法第三十九条第一項（変更登録等）の変更登録（同法第四条第一項第四号の利用運送の区間又は業務の範囲の増加に係るものに限る。）
登録件数
一件につき一万五千円
（七）　貨物利用運送事業法第四十五条第一項（許可）の船舶運航事業者又は航空運送事業者の行う国際貨物運送に係る第二種貨物利用運送事業の許可
許可件数
一件につき十二万円
（八）　貨物利用運送事業法第四十六条第二項（事業計画）の事業計画の変更の認可（財務省令で定めるものに限る。）
認可件数
一件につき二万円
百四十　倉庫業者の登録又は認定