機構は、第十三条及び前二項に規定する業務のほか、旧基金法附則第十条第二項の規定により基金が承継し、さらに、旧事業団法附則第七条第一項の規定により事業団が承継した債務のうち附則第三条第一項の規定により機構が承継するものの償還及び当該債務に係る利子の支払（これらに係る借入れに係る債務の償還及び当該債務に係る利子の支払を含む。）に関する業務、保有機構が改正前改革法第二十二条の規定により日本国有鉄道から承継した新幹線鉄道に係る鉄道施設に係る当該承継に伴う所有権の移転の登記に関する業務その他同項の規定による権利及び義務の承継に伴い必要となる業務を行うものとする。
４
第十三条第一項第五号の規定により機構が行う鉄道施設の建設又は大改良に関する事業であって、旧公団法第二十二条第二項の規定による工事実施計画の指示を受けて公団が当該建設又は大改良を行っていたもののうち、同条第四項の規定による協議により割賦支払の方法により当該鉄道施設を譲渡することとされているものについては、同条の規定は、当該事業が終了するまでの間は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第一項中「第十九条第一項第四号」とあるのは「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法（平成十四年法律第百八十号。以下この条において「機構法」という。）第十三条第一項第五号」と、「鉄道施設又は軌道施設」とあるのは「鉄道施設」と、「第八条第一項、第九条第一項若しくは」とあるのは「第九条第一項又は」と、「認可又は軌道法（大正十年法律第七十六号）第五条第一項の規定による認可」とあるのは「認可」と、「鉄道事業者又は軌道経営者」とあるのは「鉄道事業者」と、「公団」とあるのは「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構（以下この条において「機構」という。）」と、同条第二項中「大都市圏（政令で定める大都市及びその周辺の地域をいう。）」とあるのは「機構法第四条第四号に規定する大都市圏」と、「必要であり、又は政令で定める建設若しくは大改良に該当するものとして特に必要であり」とあるのは「必要であり」と、「公団」とあるのは「機構」と、同条第四項中「公団」とあるのは「機構」と、「鉄道事業者又は軌道経営者」とあるのは「鉄道事業者」と、「鉄道施設又は軌道施設」とあるのは「鉄道施設」とする。
５
この法律の施行の際現に旧事業団法第二十条第一項第二号に掲げる業務に関し同条第七項の規定により事業団が締結している協定、同条第一項第八号の規定により事業団が締結している貸付契約及び同項第九号の規定により事業団が締結している保証契約に係る事業団の業務については、この法律の施行後は機構が行うものとし、これらの規定及び同条第八項の規定は、これらの業務が終了するまでの間は、なおその効力を有する。
６
第一項第四号の規定による貸付金の貸付けに関し必要な事項は、政令で定める。
７
第一項第五号の規定による助成は、次条第一項の規定による認定を受けた事業について行うものとする。
８
第一項第五号の規定による貸付金の償還に関し必要な事項は、政令で定める。
９
第一項第六号の規定による長期借入金の利率、償還期間及び償還方法は、旅客会社の経営状況、市場金利の動向その他の事情を勘案して国土交通大臣が定める。
１０
第一項、第三項及び第五項の規定によりこれらの規定に規定する業務が行われる場合には、第十一条中「第十号に掲げる業務」とあるのは「第十号並びに附則第十一条第一項第四号に掲げる業務」と、第十七条第一項第一号中「第六号までの業務及び」とあるのは「第六号までの業務及び附則第十一条第一項第一号の業務並びに」と、「同条第四項」とあるのは「第十三条第四項」と、同項第二号中「並びにこれらに附帯する業務並びに同条第三項」とあるのは「、附則第十一条第一項第二号の業務並びに同条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧事業団法第二十条第一項第八号及び第九号の業務並びにこれらに附帯する業務並びに第十三条第三項」と、同項第三号中「これらに附帯する業務」とあるのは「附則第十一条第一項第三号の業務並びにこれらに附帯する業務」と、同項第四号中「業務」とあるのは「業務、附則第十一条第一項第四号から第七号までの業務及び同条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧事業団法第二十条第一項第二号の業務並びにこれらに附帯する業務並びに附則第十一条第三項の業務」と、第十九条第一項第一号中「業務」とあるのは「業務並びに附則第十一条第一項第一号から第四号まで及び第七号の業務並びに同条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧事業団法第二十条第一項第八号及び第九号の業務並びにこれらに附帯する業務」と、第二十九条中「第十一条」とあるのは「第十一条（附則第十一条第十項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）」と、第三十一条第二号中「第十三条」とあるのは「第十三条、附則第十一条第一項及び第三項並びに同条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧事業団法第二十条第一項第二号、第八号及び第九号」とする。
１１
機構は、旧事業団法第二十条第一項第三号の規定による東京地下鉄株式会社への貸付金（旧基金法第二十条第一項第三号の規定による貸付金を含む。）の償還金に係る経理については、助成勘定において行うものとする。
（事業の認定）
第十二条
東京地下鉄株式会社は、前条第一項第五号の規定による助成を受けて都市鉄道に係る鉄道施設の建設又は同号の政令で定める大規模な改良に関する事業を行おうとする場合は、国土交通省令で定めるところにより、事業認定申請書を国土交通大臣に提出し、当該事業について同号に掲げる業務の対象とすることが適当である旨の認定を受けることができる。
２
国土交通大臣は、前項の規定による認定の申請があった場合において、当該申請に係る事業が通則法第二十九条第一項に規定する中期目標（以下この条において「中期目標」という。）において定める前条第一項第五号に掲げる業務の対象となる事業の基準に適合しており、かつ、中期目標に定めた当該業務の実施に関し必要なその他の事項に照らして当該事業に係る都市鉄道の整備を促進することが適切であると認めるときは、前項の規定による認定をするものとする。
３
国土交通大臣は、第一項の規定による認定を受けた事業が中期目標に定めた前項の基準に適合しなくなったと認めるとき、正当な理由がないのに当該事業が適切に実施されていないと認めるとき、その他中期目標に照らして当該事業を前条第一項第五号に掲げる業務の対象とすることが適当でなくなったと認めるときは、その認定を取り消すことができる。
４
国土交通大臣は、第一項の規定による認定をしたときは、その旨を機構に通知しなければならない。
前項の規定により認定を取り消したときも、同様とする。
５
旧事業団法第二十二条第二項の規定による認定は、この法律の施行後も、なおその効力を有する。
（財務大臣との協議）
第十三条
国土交通大臣は、次の場合には、財務大臣に協議しなければならない。
一
附則第十一条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧公団法第二十二条第二項の規定による工事実施計画を定め、又は変更しようとするとき。
二
附則第十一条第九項の規定により同項の長期借入金の利率、償還期間及び償還方法を定めようとするとき。
三
前条第一項の規定による認定又は同条第三項の規定による認定の取消しをしようとするとき。
（日本鉄道建設公団法及び運輸施設整備事業団法の廃止）
第十四条
次に掲げる法律は、廃止する。
一
日本鉄道建設公団法
二
運輸施設整備事業団法
（日本鉄道建設公団法及び運輸施設整備事業団法の廃止に伴う経過措置）
第十五条
旧公団法（第十条を除く。）、旧事業団法（第十一条を除く。）又は旧債務等処理法（第十八条を除く。）の規定によりした処分、手続その他の行為は、通則法、この法律又は新債務等処理法中の相当する規定によりした処分、手続その他の行為とみなす。
（罰則の適用に関する経過措置）
第十八条
この法律の施行前にした行為及び前条の規定によりなお従前の例によることとされる事項に係るこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第十九条
附則第二条から第十五条まで、前二条及び第二十一条に定めるもののほか、機構の設立に伴い必要な経過措置その他この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、協定が日本国について効力を生ずる日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、公布の日から施行する。
ただし、附則第十八条から第二十二条までの規定は、平成十六年四月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、公布の日から起算して一年を超えない範囲内において政令で定める日（以下「施行日」という。）から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、平成十八年三月三十一日までの間において政令で定める日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、新不動産登記法の施行の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、協定の効力発生の日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、それぞれ当該各号に定める日から施行する。
一及び二
略
三
附則第四十二条の規定
国家公務員共済組合法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第百三十号）の公布の日又は公布日のいずれか遅い日
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、協定の効力発生の日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、それぞれ当該各号に定める日から施行する。
一
略
二
附則第三条の規定