認定総合効率化事業者が事業協同組合、協同組合連合会その他の特別の法律により設立された組合若しくはその連合会であって政令で定めるもの又は一般社団法人（以下「組合等」という。）である場合にあっては、当該認定総合効率化事業者が認定総合効率化計画に従って行う第一種貨物利用運送事業であって荷主を認定総合効率化事業者たる組合等の構成員に限定して行うものについては、貨物利用運送事業法第八条第一項及び第九条（同法第十八条第三項において準用する場合を含む。）の規定は、適用しない。
４
認定総合効率化事業者たる第一種貨物利用運送事業者（貨物利用運送事業法第三条第一項の登録を受けた者をいう。）が認定総合効率化事業者たる他の運送事業者と認定総合効率化計画に従って同法第十一条に規定する運輸に関する協定を締結したときは、当該協定につき、あらかじめ、同条の規定による届出をしたものとみなす。
認定総合効率化計画に従ってこれを変更したときも、同様とする。
第九条
総合効率化事業者がその総合効率化計画について第四条第一項の認定を受けたときは、当該総合効率化計画に記載された事業のうち、第二種貨物利用運送事業についての貨物利用運送事業法第二十条若しくは第四十五条第一項の許可若しくは同法第二十五条第一項若しくは第四十六条第二項の認可を受け、又は同法第二十五条第三項若しくは第四十六条第四項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により許可若しくは認可を受け、又は届出をしたものとみなす。
２
第二種貨物利用運送事業を営む認定総合効率化事業者がその認定総合効率化計画の変更について第五条第一項の認定を受けたときは、当該認定総合効率化計画に記載された事業のうち、第二種貨物利用運送事業についての貨物利用運送事業法第二十五条第一項、第二十九条第一項若しくは第二項、第三十条第一項若しくは第四十六条第二項の認可を受け、又は同法第二十五条第三項、第三十一条、第四十六条第四項若しくは第四十八条の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により認可を受け、又は届出をしたものとみなす。
３
認定総合効率化事業者が組合等である場合にあっては、当該認定総合効率化事業者が認定総合効率化計画に従って行う第二種貨物利用運送事業であって荷主を認定総合効率化事業者たる組合等の構成員に限定して行うものについては、貨物利用運送事業法第二十六条第一項及び第二十七条（同法第三十四条第二項において準用する場合を含む。）の規定は、適用しない。
４
認定総合効率化事業者たる第二種貨物利用運送事業者（貨物利用運送事業法第二十条の許可を受けた者をいう。）が認定総合効率化事業者たる他の運送事業者と認定総合効率化計画に従って同法第三十四条第一項において準用する同法第十一条に規定する運輸に関する協定を締結したときは、当該協定につき、あらかじめ、同項において準用する同条の規定による届出をしたものとみなす。
認定総合効率化計画に従ってこれを変更したときも、同様とする。
（貨物自動車運送事業法の特例）
第十条
総合効率化事業者がその総合効率化計画について第四条第一項の認定を受けたときは、当該総合効率化計画に記載された事業のうち、一般貨物自動車運送事業についての貨物自動車運送事業法第三条の許可若しくは同法第九条第一項の認可を受け、又は同条第三項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により許可若しくは認可を受け、又は届出をしたものとみなす。
２
一般貨物自動車運送事業を営む認定総合効率化事業者がその認定総合効率化計画の変更について第五条第一項の認定を受けたときは、当該認定総合効率化計画に記載された事業のうち、一般貨物自動車運送事業についての貨物自動車運送事業法第九条第一項、第三十条第一項若しくは第二項若しくは第三十一条第一項の認可を受け、又は同法第九条第三項若しくは第三十二条の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により認可を受け、又は届出をしたものとみなす。
３
認定総合効率化事業者が組合等である場合にあっては、当該認定総合効率化事業者が認定総合効率化計画に従って行う一般貨物自動車運送事業であって荷主を認定総合効率化事業者たる組合等の構成員に限定して行うものについては、貨物自動車運送事業法第十条第一項及び第十一条の規定は、適用しない。
第十一条
総合効率化事業者がその総合効率化計画について第四条第一項の認定を受けたときは、当該総合効率化計画に記載された事業のうち、貨物軽自動車運送事業についての貨物自動車運送事業法第三十六条第一項の規定による届出をしなければならないものについては、同項の規定により届出をしたものとみなす。
２
貨物軽自動車運送事業を営む認定総合効率化事業者がその認定総合効率化計画の変更について第五条第一項の認定を受けたときは、当該認定総合効率化計画に記載された事業のうち、貨物軽自動車運送事業についての貨物自動車運送事業法第三十六条第一項後段、第三項又は第四項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により届出をしたものとみなす。
（海上運送法の特例）
第十二条
総合効率化事業者がその総合効率化計画について第四条第一項の認定を受けたときは、当該総合効率化計画に記載された事業のうち、貨物運送一般旅客定期航路事業についての海上運送法第三条第一項の許可若しくは同法第十一条第一項の認可を受け、又は同条第三項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により許可若しくは認可を受け、又は届出をしたものとみなす。
２
貨物運送一般旅客定期航路事業を営む認定総合効率化事業者がその認定総合効率化計画の変更について第五条第一項の認定を受けたときは、当該認定総合効率化計画に記載された事業のうち、貨物運送一般旅客定期航路事業についての海上運送法第十一条第一項若しくは第十八条第一項、第二項若しくは第四項の認可を受け、又は同法第十一条第三項若しくは第十六条第一項若しくは第二項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により認可を受け、又は届出をしたものとみなす。
（鉄道事業法の特例）
第十三条
総合効率化事業者がその総合効率化計画について第四条第一項の認定を受けたときは、当該総合効率化計画に記載された事業のうち、貨物鉄道事業についての鉄道事業法第三条第一項の許可若しくは同法第七条第一項の認可を受け、又は同条第三項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により許可若しくは認可を受け、又は届出をしたものとみなす。
２
貨物鉄道事業を営む認定総合効率化事業者がその認定総合効率化計画の変更について第五条第一項の認定を受けたときは、当該認定総合効率化計画に記載された事業のうち、貨物鉄道事業についての鉄道事業法第七条第一項、第二十六条第一項若しくは第二項若しくは第二十七条第一項の認可を受け、又は同法第七条第三項、第二十八条第一項若しくは第二十八条の二第六項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により認可を受け、又は届出をしたものとみなす。
３
認定総合効率化事業者たる貨物鉄道事業者（貨物鉄道事業について鉄道事業法第三条第一項の許可を受けた者をいう。）が認定総合効率化事業者たる他の運送事業者と認定総合効率化計画に従って同法第十八条に規定する運輸に関する協定を締結したときは、当該協定につき、あらかじめ、同条の規定による届出をしたものとみなす。
認定総合効率化計画に従ってこれを変更したときも、同様とする。
（軌道法の特例）
第十四条
総合効率化事業者がその総合効率化計画について第四条第一項の認定を受けたときは、当該総合効率化計画に記載された事業のうち、貨物軌道事業についての軌道法第三条の特許を受けなければならないものについては、同条の規定により特許を受けたものとみなす。
２
貨物軌道事業を営む認定総合効率化事業者がその認定総合効率化計画の変更について第五条第一項の認定を受けたときは、当該認定総合効率化計画に記載された事業のうち、貨物軌道事業についての軌道法第十五条、第十六条第一項（軌道の譲渡に係る部分に限る。）若しくは第二十二条ノ二の許可又は同法第二十二条若しくは同法第二十六条において準用する鉄道事業法第二十七条第一項の認可を受けなければならないものについては、これらの規定により許可又は認可を受けたものとみなす。
（自動車ターミナル法の特例）
第十五条
総合効率化事業者がその総合効率化計画について第四条第一項の認定を受けたときは、当該総合効率化計画に記載された事業のうち、トラックターミナル事業についての自動車ターミナル法第三条若しくは第十一条第一項の許可を受け、又は同法第十条若しくは第十一条第三項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により許可を受け、又は届出をしたものとみなす。
２
トラックターミナル事業を営む認定総合効率化事業者がその認定総合効率化計画の変更について第五条第一項の認定を受けたときは、当該認定総合効率化計画に記載された事業のうち、トラックターミナル事業についての自動車ターミナル法第十一条第一項の許可若しくは同法第十二条第一項若しくは第二項の認可を受け、又は同法第十条、第十一条第三項、第十二条第五項若しくは第十三条の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により許可若しくは認可を受け、又は届出をしたものとみなす。
（倉庫業法の特例）
第十六条