不適正意見
監査の対象となった財務諸表が不適正である旨及びその理由
三
前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四
第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と通則法第三十九条第一項に規定する財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五
追記情報
六
前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七
会計監査報告を作成した日
４
前項第五号に規定する「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。
一
会計方針の変更
二
重要な偶発事象
三
重要な後発事象
（積立金の処分に係る承認申請書の添付書類）
第十九条
令第二条第二項（令附則第九条（令附則第十二条において準用する場合を含む。）において準用する場合を含む。）の厚生労働省令で定める書類は、承認を受けようとする金額の計算の基礎を明らかにした書類とする。
（短期借入金の認可の申請）
第二十条
研究所は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を厚生労働大臣に提出しなければならない。
一
借入れを必要とする理由
二
借入金の額
三
借入先
四
借入金の利率
五
借入金の償還の方法及び期限
六
利息の支払の方法及び期限
七
その他必要な事項
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産）
第二十一条
研究所に係る通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産は、厚生労働大臣が指定する財産とする。
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）
第二十二条
研究所は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を厚生労働大臣に提出しなければならない。
一
処分等に係る財産の内容及び評価額
二
処分等の条件
三
処分等の方法
四
研究所の業務運営上支障がない旨及びその理由
（内部組織）
第二十三条
研究所に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた当該国立研究開発法人の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織として厚生労働大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２
直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として厚生労働大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。
（管理又は監督の地位）
第二十四条
研究所に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号に規定する管理又は監督の地位として主務省令で定めるものは、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして厚生労働大臣が定めるものとする。
附　則
（施行期日）
第一条
この命令は、平成二十七年四月一日から施行する。
（職員の引継ぎに係る省令で定める国立医薬品食品衛生研究所及び国立感染症研究所の内部組織）
第二条
令附則第二条に規定する厚生労働省令で定める国立医薬品食品衛生研究所及び国立感染症研究所の内部組織は、次のとおりとする。
一
国立医薬品食品衛生研究所
安全性生物試験研究センター変異遺伝部の内部組織のうち厚生労働大臣が指定するもの、大阪支所及び薬用植物栽培試験場
二
国立感染症研究所
獣医科学部の内部組織のうち厚生労働大臣が指定するもの及び筑波医学実験用霊長類センター
（業務方法書の記載事項の特例）
第三条
研究所が法附則第十二条第一項から第三項までに規定する業務（以下「承継業務」という。）及び法附則第十四条第一項に規定する業務（以下「特例業務」という。）を行う場合には、研究所に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める事項は、第四条に掲げる事項のほか、承継業務及び特例業務に関する事項とする。
（共通経費の配賦基準）
第四条
法附則第十二条第四項（法附則第十四条第二項において準用する場合を含む。）の規定により特別の勘定を設けて経理する場合において、経理すべき事項が当該特別の勘定以外の勘定において経理すべき事項と共通の事項であるため、当該特別の勘定に係る部分を区分して経理することが困難なときは、当該事項については、厚生労働大臣の承認を受けて定める基準に従って、各勘定に配分することにより経理することができる。
（中長期計画の認可申請に係る経過措置）
第五条
この命令の施行の日を含む事業年度を最初の事業年度とする中長期計画に係る第五条第一項の規定の適用については、同項中「当該中長期計画の最初の事業年度開始の日の三十日前までに」とあるのは、「平成二十七年四月一日以後最初の中長期目標の指示を受けた後遅滞なく」とする。
（独立行政法人国立健康・栄養研究所の解散の日の前日を含む事業年度及び中期目標の期間における業務実績の評価に関する経過措置）
第六条
第七条の規定は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備に関する法律（平成二十六年法律第六十七号）第百三十六条の規定による改正後の独立行政法人医薬基盤研究所法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第三十八号。附則第八条において「改正法」という。）附則第二条第六項の規定により、国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所が独立行政法人国立健康・栄養研究所の解散の日の前日を含む事業年度及び中期目標の期間における業務の実績について評価を受ける場合についても適用する。
（業務実績等報告書に関する経過措置）
第七条
独立行政法人通則法の一部を改正する法律附則第十一条第二項の規定により同法の施行の日（以下この条において「施行日」という。）において国立研究開発法人となった独立行政法人の施行日の前日に終了した事業年度及び中期目標の期間に係る業務の実績に関する評価について同法による改正後の通則法第三十五条の六第三項の規定が適用される場合並びに前条の規定が適用される場合における第七条第一項の規定の適用については、同項の表一の項中「通則法第三十五条の四第二項第二号に」とあるのは「独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（以下この表において「旧通則法」という。）第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第三十五条の四第二項第二号から」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第二号から」と、同表三の項中「通則法第三十五条の四第二項第二号に」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第三十五条の四第二項第二号から」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第二号から」とする。
（承継時の償却資産に関する経過措置）
第八条
改正法による改正前の法第二条の独立行政法人医薬基盤研究所の成立の際法附則第八条第二項及び第十一条第三項の規定により政府から出資があったものとされた償却資産については、第十一条第一項の指定を受けたものとみなして、同条第二項の規定を適用する。
（事業報告書の作成に係る経過措置）
第九条
第十五条第三項の規定は、平成二十七年四月一日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
附　則
この命令は、研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律の一部を改正する法律（平成三十年法律第九十四号）の施行の日（平成三十一年一月十七日）から施行する。
附　則
（施行期日）
１
この命令は、平成三十一年四月一日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
２
この命令による改正後の国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する命令第十四条及び第十五条の規定は、平成三十一年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表（独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第三十八条第一項に規定する財務諸表をいう。以下この項において同じ。）及び事業報告書（同法第三十八条第二項に規定する事業報告書をいう。以下この項において同じ。）から適用し、同日前に開始する事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。
附　則
この命令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
１
この命令は、公布の日から施行する。
（会計監査報告に係る経過措置）
２
この命令による改正後の国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する命令第十八条第三項又は第四項の規定は、令和四年三月三十一日以後に終了する事業年度に係る会計監査報告について適用し、同日前に終了する事業年度に係る会計監査報告については、なお従前の例による。
附　則
この命令は、経済施策を一体的に講ずることによる安全保障の確保の推進に関する法律の施行の日（令和四年八月一日）から施行する。
附　則
この命令は、公布の日から施行する。