税関長は、必要があると認めるときは、政令で定めるところにより、前条第二項の規定により総合保税地域の許可を受けた者及び同条第三項の規定により保税蔵置場、保税工場又は保税展示場の許可を受けた者が関税法第百条の規定により納付すべき当該許可の手数料（第四十三条第一項の認定（同項第二号に掲げる事業に係るものに限る。）を受けた者がした同法第五十条第一項又は第六十一条の五第一項の規定による届出により同法第五十条第二項又は第六十一条の五第二項の規定により同法第四十二条第一項又は第五十六条第一項の許可を受けたものとみなされる場所で、当該認定に係る事業の用に供する提出国際物流拠点産業集積計画に定められた国際物流拠点産業集積地域の区域内にある土地又は施設に係るものの手数料を含む。）を軽減することができる。
（課税物件の確定に関する特例）
第四十七条
第四十五条第二項の規定により許可を受けた総合保税地域又は同条第三項の規定により許可を受けた保税工場（第四十三条第一項の認定（同項第二号に掲げる事業に係るものに限る。）を受けた者がした関税法第六十一条の五第一項の規定による届出により同条第二項の規定により同法第五十六条第一項の許可を受けたものとみなされる場所で、当該認定に係る事業の用に供する提出国際物流拠点産業集積計画に定められた国際物流拠点産業集積地域の区域内にある土地又は施設に係るものを含む。）における同法第五十六条第一項に規定する保税作業による製品である外国貨物が輸入される場合における当該外国貨物に係る関税の確定については、関税暫定措置法で定めるところにより、関税法第四条第一項第二号に係る同項ただし書の規定にかかわらず、同項本文の規定を適用することができるものとする。
（中小企業信用保険法の特例）
第四十八条
普通保険又は無担保保険の保険関係であって、国際物流拠点産業集積関連保証（中小企業信用保険法第三条第一項又は第三条の二第一項に規定する債務の保証であって、認定国際物流拠点産業集積措置実施計画に従って国際物流拠点産業集積措置を実施するために必要な資金又は認定特定国際物流拠点事業を営むために必要な資金に係るものをいう。以下この条において同じ。）を受けた中小企業者に係るものについての次の表の上欄に掲げる同法の規定の適用については、これらの規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
第三条第一項
保険価額の合計額が
沖縄振興特別措置法（平成十四年法律第十四号）第四十八条第一項に規定する国際物流拠点産業集積関連保証（以下「国際物流拠点産業集積関連保証」という。）に係る保険関係の保険価額の合計額とその他の保険関係の保険価額の合計額とがそれぞれ
第三条の二第一項
保険価額の合計額が
国際物流拠点産業集積関連保証に係る保険関係の保険価額の合計額とその他の保険関係の保険価額の合計額とがそれぞれ
第三条の二第三項
当該借入金の額のうち
国際物流拠点産業集積関連保証及びその他の保証ごとに、それぞれ当該借入金の額のうち
当該債務者
国際物流拠点産業集積関連保証及びその他の保証ごとに、当該債務者
２
普通保険の保険関係であって、国際物流拠点産業集積関連保証に係るものについての中小企業信用保険法第三条第二項及び第五条の規定の適用については、同項中「百分の七十」とあり、及び同条中「百分の七十（無担保保険、特別小口保険、流動資産担保保険、公害防止保険、エネルギー対策保険、海外投資関係保険、新事業開拓保険、事業再生保険及び特定社債保険にあつては、百分の八十）」とあるのは、「百分の八十」とする。
３
普通保険又は無担保保険の保険関係であって、国際物流拠点産業集積関連保証に係るものについての保険料の額は、中小企業信用保険法第四条の規定にかかわらず、保険金額に年百分の二以内において政令で定める率を乗じて得た額とする。
（中小企業投資育成株式会社法の特例）
第四十九条
中小企業投資育成株式会社は、中小企業投資育成株式会社法第五条第一項各号に掲げる事業のほか、次に掲げる事業を行うことができる。
一
中小企業者が認定国際物流拠点産業集積措置実施計画に従って国際物流拠点産業集積措置を実施し、又は認定特定国際物流拠点事業を営むために資本金の額が三億円を超える株式会社を設立する際に発行する株式の引受け及び当該引受けに係る株式の保有
二
中小企業者のうち資本金の額が三億円を超える株式会社が認定国際物流拠点産業集積措置実施計画に従って国際物流拠点産業集積措置を実施し、又は認定特定国際物流拠点事業を営むために必要とする資金の調達を図るために発行する株式、新株予約権（新株予約権付社債に付されたものを除く。）又は新株予約権付社債等の引受け及び当該引受けに係る株式、新株予約権（その行使により発行され、又は移転された株式を含む。）又は新株予約権付社債等（新株予約権付社債等に付された新株予約権の行使により発行され、又は移転された株式を含む。）の保有
２
前項各号に掲げる事業は、中小企業投資育成株式会社法の規定の適用については、それぞれ同法第五条第一項第一号及び第二号に掲げる事業とみなす。
（課税の特例）
第五十条
提出国際物流拠点産業集積計画に定められた国際物流拠点産業集積地域の区域内において認定国際物流拠点産業集積措置実施計画に従って国際物流拠点産業の用に供する設備を新設し、又は増設した認定事業者（当該認定事業者が認定国際物流拠点産業集積措置実施計画に従って実施する国際物流拠点産業集積措置が当該区域における国際物流拠点産業の集積に特に資するものとして主務大臣が定める基準に適合することについて主務大臣の確認を受けた者に限る。）が、当該新設又は増設に伴い新たに機械及び装置並びに建物及びその附属設備を取得し、又は製作し、若しくは建設した場合には、租税特別措置法で定めるところにより、課税の特例の適用があるものとする。
２
認定法人（当該認定法人が営む認定特定国際物流拠点事業が当該区域における国際物流拠点産業の集積に特に資するものとして主務大臣が定める基準に適合することについて主務大臣の確認を受けた法人に限る。）の認定特定国際物流拠点事業に係る所得については、租税特別措置法で定めるところにより、課税の特例の適用があるものとする。
（地方税の課税免除又は不均一課税に伴う措置）
第五十一条
第九条の規定は、地方税法第六条の規定により、地方公共団体が、提出国際物流拠点産業集積計画に定められた国際物流拠点産業集積地域の区域内において認定国際物流拠点産業集積措置実施計画に従って国際物流拠点産業の用に供する設備を新設し、又は増設した認定事業者（前条第一項に規定する主務大臣の確認を受けた者に限る。）について、その事業に対する事業税、その事業に係る建物若しくはその敷地である土地の取得に対する不動産取得税若しくはその事業に係る機械及び装置若しくはその事業に係る建物若しくはその敷地である土地に対する固定資産税を課さなかった場合又はこれらの地方税に係る不均一の課税をした場合において、これらの措置が総務省令で定める場合に該当するものと認められるときに準用する。
（資金の確保等）
第五十二条
国及び地方公共団体は、事業者が行う提出国際物流拠点産業集積計画に定められた国際物流拠点産業集積地域の区域内の事業の用に供する施設の整備のために必要な資金の確保その他の援助に努めるものとする。
（公共施設の整備）
第五十三条
国及び地方公共団体は、提出国際物流拠点産業集積計画に定められた国際物流拠点産業集積地域の区域における企業の立地を促進するために必要な公共施設の整備の促進に努めるものとする。
（税関等の業務を機動的に行う体制の整備等）
第五十四条
国は、国際物流拠点その他国際的な貨物の流通及び人の往来のある沖縄の港湾又は空港においてこれらを迅速かつ円滑なものにするため、税関、出入国管理機関、検疫機関及び動植物検疫機関に係る業務について、当該業務を需要に即して機動的に行う体制の整備その他の必要な措置を講ずるよう努めるものとする。
第五節　経済金融活性化特別地区
（経済金融活性化特別地区の指定）
第五十五条
内閣総理大臣は、沖縄県知事の申請に基づき、沖縄振興審議会の意見を聴いて、産業の集積を促進することにより沖縄における経済金融の活性化を図るため必要とされる政令で定める要件を備えている地区を経済金融活性化特別地区として一を限り指定することができる。
２
沖縄県知事は、前項の申請をしようとするときは、あらかじめ関係市町村長の意見を聴かなければならない。
３
内閣総理大臣は、経済金融活性化特別地区を指定するときは、当該経済金融活性化特別地区の名称及び区域を官報で公示しなければならない。
４
内閣総理大臣は、沖縄県知事の申請に基づき、経済金融活性化特別地区の指定を解除し、又はその区域を変更することができる。
この場合においては、前三項の規定を準用する。
５
前項に定める場合のほか、内閣総理大臣は、経済金融活性化特別地区の区域の全部又は一部が第一項の政令で定める要件を欠くに至ったと認めるときは、沖縄県知事の意見を聴き、かつ、沖縄振興審議会の意見を聴いて、当該経済金融活性化特別地区の指定を解除し、又はその区域を変更することができる。
この場合においては、第三項の規定を準用する。
（経済金融活性化計画の認定等）
第五十五条の二
沖縄県知事は、基本方針に即して、経済金融活性化特別地区における経済金融の活性化を図るための計画（以下この条において「経済金融活性化計画」という。）を定め、内閣総理大臣の認定を申請するものとする。
２
経済金融活性化計画は、次に掲げる事項について定めるものとする。
一
計画期間
二