前項の規定による処理において、通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、当該積立金の処分は、国立研究開発法人港湾空港技術研究所及び国立研究開発法人電子航法研究所に係るものにあっては研究所が、独立行政法人航海訓練所に係るものにあっては機構が、それぞれ行うものとする。
この場合において、附則第八条第一号の規定による廃止前の国立研究開発法人港湾空港技術研究所法（平成十一年法律第二百九号。この項及び次条第一項において「旧港湾空港技術研究所法」という。）第十二条、附則第八条第二号の規定による廃止前の国立研究開発法人電子航法研究所法（平成十一年法律第二百十号。この項及び次条第一項において「旧電子航法研究所法」という。）第十三条及び附則第八条第三号の規定による廃止前の独立行政法人航海訓練所法（平成十一年法律第二百十三号。この項及び次条第一項において「旧航海訓練所法」という。）第十二条の規定（これらの規定に係る罰則を含む。）は、なおその効力を有するものとし、旧港湾空港技術研究所法第十二条第一項中「当該中長期目標の期間の次の」とあるのは「国立研究開発法人海上・港湾・航空技術研究所の平成二十八年四月一日に始まる」と、「次の中長期目標の期間における前条」とあるのは「中長期目標の期間における国立研究開発法人海上・港湾・航空技術研究所法（平成十一年法律第二百八号）第十一条」と、旧電子航法研究所法第十三条第一項中「当該中長期目標の期間の次の」とあるのは「国立研究開発法人海上・港湾・航空技術研究所の平成二十八年四月一日に始まる」と、「次の中長期目標の期間における」とあるのは「中長期目標の期間における国立研究開発法人海上・港湾・航空技術研究所法（平成十一年法律第二百八号）」と、旧航海訓練所法第十二条第一項中「当該中期目標の期間の次の」とあるのは「独立行政法人海技教育機構の平成二十八年四月一日に始まる」と、「次の中期目標の期間における前条」とあるのは「中期目標の期間における独立行政法人海技教育機構法（平成十一年法律第二百十四号）第十一条」とする。
９
第一項の規定により港湾空港技術研究所等が解散した場合における解散の登記については、政令で定める。
（研究所又は機構への出資）
第三条
前条第一項の規定により研究所又は機構が港湾空港技術研究所等の権利及び義務を承継したときは、それぞれその承継に際し、研究所又は機構が承継する資産の価額（同条第八項の規定によりなおその効力を有するものとして読み替えて適用される旧港湾空港技術研究所法第十二条第一項、旧電子航法研究所法第十三条第一項又は旧航海訓練所法第十二条第一項の規定による承認を受けた金額があるときは、当該金額に相当する金額を除く。）から負債の金額を差し引いた額は、政府から研究所又は機構に出資されたものとする。
２
前項に規定する資産の価額は、この法律の施行の日（以下「施行日」という。）現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。
３
前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。
（国有財産の無償使用）
第四条
２
国は、この法律の施行の際現に独立行政法人航海訓練所に使用されている国有財産であって政令で定めるものを、政令で定めるところにより、機構の用に供するため、機構に無償で使用させることができる。
（非課税）
第五条
附則第二条第一項の規定により研究所又は機構が権利を承継する場合における当該承継に係る不動産又は自動車の取得に対しては、不動産取得税又は自動車取得税を課することができない。
（港湾空港技術研究所等の職員から引き続き研究所又は機構の職員となった者の退職手当の取扱いに関する経過措置）
第六条
研究所及び機構は、研究所にあっては施行日の前日に国立研究開発法人港湾空港技術研究所又は国立研究開発法人電子航法研究所の職員として在職する者（独立行政法人に係る改革を推進するための国土交通省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十八号。以下この条において「平成十八年整備法」という。）附則第四条第一項の規定の適用を受けた者に限る。）で引き続いて研究所の職員となったものの退職に際し、機構にあっては同日に独立行政法人航海訓練所の職員として在職する者（同項の規定の適用を受けた者に限る。）で引き続いて機構の職員となったものの退職に際し、退職手当を支給しようとするときは、その者の国家公務員退職手当法（昭和二十八年法律第百八十二号）第二条第一項に規定する職員（同条第二項の規定により職員とみなされる者を含む。）としての引き続いた在職期間をそれぞれ研究所又は機構の職員としての在職期間とみなして取り扱うべきものとする。
ただし、その者が平成十八年整備法の施行の日以後に港湾空港技術研究所等を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。
２
施行日の前日に国立研究開発法人港湾空港技術研究所若しくは国立研究開発法人電子航法研究所の職員として在職する者（平成十八年整備法附則第四条第一項の規定の適用を受けた者であって、平成十八年整備法の施行の日以後引き続き独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備に関する法律（平成二十六年法律第六十七号。以下この項において「通則法整備法」という。）第百八十八条の規定による改正前の独立行政法人港湾空港技術研究所法（平成十一年法律第二百九号）第二条の独立行政法人港湾空港技術研究所（国立研究開発法人港湾空港技術研究所を含む。以下この項において「旧港湾空港技術研究所」という。）又は通則法整備法第百八十九条の規定による改正前の独立行政法人電子航法研究所法（平成十一年法律第二百十号）第二条の独立行政法人電子航法研究所（国立研究開発法人電子航法研究所を含む。以下この項において「旧電子航法研究所」という。）の職員として在職する者に限る。）が、引き続いて研究所の職員となり、かつ、引き続き研究所の職員として在職した後引き続いて国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員となった場合、又は施行日の前日に独立行政法人航海訓練所の職員として在職する者（平成十八年整備法附則第四条第一項の規定の適用を受けた者であって、平成十八年整備法の施行の日以後引き続き独立行政法人航海訓練所の職員として在職する者に限る。）が、引き続いて機構の職員となり、かつ、引き続き機構の職員として在職した後引き続いて国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員となった場合における、その者の同法に基づいて支給する退職手当の算定の基礎となる勤続期間の計算については、それぞれ、その者の平成十八年整備法の施行の日以後の旧港湾空港技術研究所若しくは旧電子航法研究所の職員としての在職期間及び研究所の職員としての在職期間又はその者の同日以後の独立行政法人航海訓練所の職員としての在職期間及び機構の職員としての在職期間を同項に規定する職員としての引き続いた在職期間とみなす。
ただし、その者が同日以後に旧港湾空港技術研究所若しくは旧電子航法研究所若しくは研究所又は独立行政法人航海訓練所若しくは機構を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。
（研究所等の役員又は職員についての通則法の適用に関する経過措置）
第七条
２
機構の役員又は職員についての通則法第五十条の四第一項、第二項第一号及び第四号並びに第六項並びに第五十条の六の規定の適用については、次の表の上欄に掲げるこれらの規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句とする。
通則法第五十条の四第一項
を、当該密接関係法人等の地位に就かせることを目的
（独立行政法人に係る改革を推進するための国土交通省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第四十八号。第六項において「平成二十七年整備法」という。）附則第二条第一項の規定により解散した旧独立行政法人航海訓練所（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。以下「旧航海訓練所」という。）の中期目標管理法人役職員であった者を含む。以下この項において同じ。）を、当該密接関係法人等の地位に就かせることを目的
通則法第五十条の四第二項第一号
であった者
であった者（旧航海訓練所の中期目標管理法人役職員であった者を含む。）
通則法第五十条の四第二項第四号
の組織
（旧航海訓練所を含む。）の組織
通則法第五十条の四第六項
したこと
したこと（平成二十七年整備法附則第八条第三号の規定による廃止前の独立行政法人航海訓練所法（平成十一年法律第二百十三号。以下この項において「旧航海訓練所法」という。）又は旧航海訓練所が定めていた業務方法書、第四十九条に規定する規程その他の規則（以下この項において「旧航海訓練所規則」という。）に違反する職務上の行為をしたことを含む。次条において同じ。）
させたこと
させたこと（旧航海訓練所の役員又は職員にこの法律、旧航海訓練所法若しくは他の法令又は旧航海訓練所規則に違反する職務上の行為をさせたことを含む。次条において同じ。）
であった者
であった者（旧航海訓練所の役員又は職員であった者を含む。）
通則法第五十条の六第一号
であった者
であった者（旧航海訓練所の中期目標管理法人役職員であった者を含む。）
定めるもの
定めるもの（離職前五年間に在職していた旧航海訓練所の内部組織として主務省令で定めるものが行っていた業務を行う当該中期目標管理法人の内部組織として主務省令で定めるものを含む。）
通則法第五十条の六第二号
の役員又は管理
（旧航海訓練所を含む。）の役員又は管理
通則法第五十条の六第三号
と営利企業等
（旧航海訓練所を含む。以下この号において同じ。）と営利企業等
（罰則に関する経過措置）
第十条
この法律（附則第一条第二号に掲げる規定にあっては、当該規定）の施行前にした行為及び前条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における施行日以後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第十一条
この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）は、政令で定める。
附　則
（施行期日）
１
この法律は、刑法等一部改正法施行日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一
第五百九条の規定
公布の日