法第四十七条第一項並びに法第四十八条第一項及び第二項の規定による海上保安庁長官の職権は、当該港の所在地を管轄する管区海上保安本部長に行わせる。
２
法第四十六条の規定による海上保安庁長官の職権は、当該指定港の所在地を管轄する管区海上保安本部長も行うことができる。
３
管区海上保安本部長は、法第四十七条第一項及び法第四十八条第二項の規定による職権を東京湾海上交通センターの長に行わせるものとする。
（適用除外等）
第二十一条
あらかじめ港長の許可を受けた場合には、第一条及び第四条第四項の届出をすることを要しない。
２
あらかじめ港長の許可を受けた場合については、第九条第一項、第二十一条の四、第二十七条、第二十七条の二第四項、第二十七条の三第二項及び第三項、第三十条、第三十一条、第三十四条、第三十七条並びに第四十七条の規定は、適用しない。
第二十一条の二
内航海運業法施行規則（昭和二十七年運輸省令第四十二号）第九号様式備考１括弧書の船舶に関する第四条第一項及び第四項、第八条の二、第二十七条の二第四項、第二十七条の三第二項、第二十九条の二第三項、第三十八条第一項第六号、第四十三条第一項、第四十六条第一項、第四十七条第三項、第五十条第一項並びに別表第一（帆船に係る規定を除く。）、別表第二及び別表第四の規定の適用については、これらの規定中「五百トン」とあるのは、「五百十トン」とする。
第二章　各則
第一節　釧路港
（びょう泊等の制限）
第二十一条の三
船舶は、西区東防波堤、同防波堤南端から釧路港西区南防波堤東灯台（北緯四十二度五十九分二十一秒東経百四十四度二十分三十秒）まで引いた線、西区南防波堤、釧路港西区南防波堤西灯台（北緯四十二度五十九分十九秒東経百四十四度十八分四十二秒）から西区西防波堤突端まで引いた線、同防波堤及び陸岸により囲まれた海面においては、次に掲げる場合を除いては、びょう泊し、又はえい航している船舶その他の物件を放してはならない。
一
海難を避けようとするとき。
二
運転の自由を失ったとき。
三
人命又は急迫した危険のある船舶の救助に従事するとき。
四
法第三十一条の規定による港長の許可を受けて工事又は作業に従事するとき。
（えい航の制限）
第二十一条の四
釧路港東第一区において、船舶が他の船舶その他の物件を引くときは、第九条第一項の規定にかかわらず、引船の船首から被えい物件の後端までの長さは百メートル、被えい物件の幅は十五メートルを超えてはならない。
第一節の二　江名港及び中之作港
（特定航法）
第二十二条
汽船が江名港又は中之作港の防波堤の入口又は入口付近で他の汽船と出会うおそれのあるときは、出航する汽船は、防波堤の内で入航する汽船の進路を避けなければならない。
第一節の三　鹿島港
（びょう泊等の制限）
第二十三条
船舶は、深芝公共岸壁北東端（北緯三十五度五十五分三十三秒東経百四十度四十二分）から二百四十七度四百三十メートルの地点（以下この条において「Ａ地点」という。）から五十五度九百メートルの地点まで引いた線、同地点から三十五度八百七十メートルの地点まで引いた線、同地点から三度三十分二千六百七十メートルの地点まで引いた線、同地点から二百七十三度三十分四百八十メートルの地点まで引いた線、同地点から百八十三度三十分二千五百十メートルの地点まで引いた線、同地点から二百十五度九百四十メートルの地点まで引いた線、同地点から二百三十五度五百六十メートルの地点まで引いた線及び同地点からＡ地点まで引いた線により囲まれた海面（次条及び別表第四において「鹿島水路」という。）においては、次に掲げる場合を除いては、びょう泊し、又はえい航している船舶その他の物件を放してはならない。
一
海難を避けようとするとき。
二
運転の自由を失ったとき。
三
人命又は急迫した危険のある船舶の救助に従事するとき。
四
法第三十一条の規定による港長の許可を受けて工事又は作業に従事するとき。
（航行に関する注意）
第二十三条の二
長さ百九十メートル（油送船（原油、液化石油ガス若しくは密閉式引火点測定器により測定した引火点が摂氏二十三度未満の液体を積載しているもの又は引火性若しくは爆発性の蒸気を発する物質を荷卸し後ガス検定を行い、火災若しくは爆発のおそれのないことを船長が確認していないものに限る。以下同じ。）にあっては、総トン数千トン）以上の船舶は、鹿島水路を航行して鹿島港に入航し、又は鹿島港を出航しようとするときは、法第三十八条第二項各号に掲げる事項（同項第三号に掲げる事項は、入航しようとするときにあっては鹿島水路入口付近に達する予定時刻とし、出航しようとするときにあっては運航開始予定時刻とする。）を、それぞれ入航予定日又は運航開始予定日の前日正午までに港長に通報しなければならない。
２
前項の事項を通報した船舶は、当該事項に変更があったときは、直ちに、その旨を港長に通報しなければならない。
第一節の四　千葉港
（航行に関する注意）
第二十四条
長さ百四十メートル（油送船にあっては、総トン数千トン）以上の船舶は、千葉航路を航行して入航し、又は出航しようとするときは、法第三十八条第二項各号に掲げる事項（同項第三号に掲げる事項は、入航しようとするときにあっては当該航路入口付近に達する予定時刻とし、出航しようとするときにあっては運航開始予定時刻とする。）を、それぞれ入航予定日又は運航開始予定日の前日正午までに港長に通報しなければならない。
２
長さ百二十五メートル（油送船にあっては、総トン数千トン）以上の船舶は、市原航路を航行して入航し、又は出航しようとするときは、法第三十八条第二項各号に掲げる事項（同項第三号に掲げる事項は、入航しようとするときにあっては当該航路入口付近に達する予定時刻とし、出航しようとするときにあっては運航開始予定時刻とする。）を、それぞれ入航予定日又は運航開始予定日の前日正午までに港長に通報しなければならない。
３
前二項の事項を通報した船舶は、当該事項に変更があったときは、直ちに、その旨を港長に通報しなければならない。
第二節　京浜港
（停泊の制限）
第二十五条
京浜港において、はしけを他の船舶の船側に係留するときは、次の制限に従わなければならない。
一
東京第一区においては、一縦列を超えないこと。
二
東京第二区並びに横浜第一区、第二区及び第三区においては、三縦列を超えないこと。
三
川崎第一区及び横浜第四区においては、二縦列を超えないこと。
（びょう泊等の制限）
第二十六条
船舶は、川崎第一区及び横浜第四区においては、次に掲げる場合を除いては、びょう泊し、又はえい航している船舶その他の物件を放してはならない。
一
海難を避けようとするとき。
二
運転の自由を失ったとき。
三
人命又は急迫した危険のある船舶の救助に従事するとき。
四
法第三十一条の規定による港長の許可を受けて工事又は作業に従事するとき。
（えい航の制限）
第二十七条
船舶は、京浜港において、汽艇等を引くときは、第九条第一項の規定にかかわらず、次の制限に従わなければならない。
一
東京区河川運河水面（第一区内の隅田川水面並びに荒川及び中川放水路水面を除く。）においては、引船の船首から最後の汽艇等の船尾までの長さが百五十メートルを超えないこと。
二
川崎第一区及び横浜第四区において貨物等を積載した汽艇等を引くときは、午前七時から日没までの間は、引船の船首から最後の汽艇等の船尾までの長さが百五十メートルを超えないこと。
（特定航法）
第二十七条の二
船舶は、東京西航路において、周囲の状況を考慮し、次の各号のいずれにも該当する場合には、他の船舶を追い越すことができる。
一
当該他の船舶が自船を安全に通過させるための動作をとることを必要としないとき。
二
自船以外の船舶の進路を安全に避けられるとき。
２
前項の規定により汽船が他の船舶の右舷側を航行して追い越そうとするときは、汽笛又はサイレンをもって長音一回に引き続いて短音一回を、その左舷側を航行して追い越そうとするときは、長音一回に引き続いて短音二回を吹き鳴らさなければならない。
３
前項の規定は、東京第一区及び東京区河川運河水面において、汽船が他の船舶を追い越そうとする場合に準用する。
４
総トン数五百トン以上の船舶は、十三号地その二東端から中央防波堤内側内貿ふ頭岸壁北端（北緯三十五度三十六分二十五秒東経百三十九度四十七分五十五秒）まで引いた線を超えて十三号地その二南東側海面を西行してはならない。
第二十七条の三
船舶は、川崎第一区及び横浜第四区においては、他の船舶を追い越してはならない。
ただし、前条第一項中「東京西航路」とあるのを「川崎第一区及び横浜第四区」と読み替えて適用した場合に同項各号のいずれにも該当する場合は、この限りでない。
２
総トン数五百トン以上の船舶は、京浜運河を通り抜けてはならない。
３
総トン数千トン以上の船舶は、塩浜信号所から二百三十九度三十分千百メートルの地点から百五十二度に東扇島まで引いた線を超えて京浜運河を西行してはならない。
４
総トン数千トン以上の船舶は、京浜運河において、午前六時三十分から午前九時までの間は、船首を回転してはならない。
（航行に関する注意）
第二十八条
京浜運河から他の運河に入航し、又は他の運河から京浜運河に入航しようとする汽船は、京浜運河と当該他の運河との接続点の手前百五十メートルの地点に達したときは、汽笛又はサイレンをもって長音一回を吹き鳴らさなければならない。
第二十九条