農林水産大臣は、必要があると認めるときは、滅菌譲渡義務者に対し、農林水産省令の定めるところにより、当該家畜伝染病病原体の滅菌譲渡の方法の変更その他当該家畜伝染病病原体による家畜伝染病の発生を予防し、又はそのまん延を防止するために必要な措置を講ずべき旨を命ずることができる。
（家畜伝染病発生予防規程の作成等）
第四十六条の十二
許可所持者は、その許可に係る家畜伝染病病原体による家畜伝染病の発生を予防し、及びそのまん延を防止するため、農林水産省令の定めるところにより、当該家畜伝染病病原体の所持を開始する前に、家畜伝染病発生予防規程を作成し、農林水産大臣に届け出なければならない。
２
許可所持者は、家畜伝染病発生予防規程を変更したときは、その変更の日から三十日以内に、その旨を農林水産大臣に届け出なければならない。
３
農林水産大臣は、家畜伝染病病原体による家畜伝染病の発生を予防し、又はそのまん延を防止するため必要があるときは、許可所持者に対し、家畜伝染病発生予防規程を変更すべき旨を命ずることができる。
（病原体取扱主任者の選任等）
第四十六条の十三
許可所持者は、その許可に係る家畜伝染病病原体による家畜伝染病の発生の予防及びまん延の防止について監督を行わせるため、当該家畜伝染病病原体の取扱いの知識経験に関する要件として農林水産省令で定めるものを備える者のうちから、病原体取扱主任者を選任しなければならない。
２
許可所持者は、病原体取扱主任者を選任したときは、農林水産省令の定めるところにより、その選任の日から三十日以内に、その旨を農林水産大臣に届け出なければならない。
これを解任したときも、同様とする。
３
病原体取扱主任者は、誠実にその職務を遂行しなければならない。
４
取扱施設に立ち入る者は、病原体取扱主任者がこの法律又はこの法律に基づく命令若しくは家畜伝染病発生予防規程の実施を確保するためにする指示に従わなければならない。
５
許可所持者は、その許可に係る家畜伝染病病原体による家畜伝染病の発生の予防及びまん延の防止に関し、病原体取扱主任者の意見を尊重しなければならない。
６
農林水産大臣は、病原体取扱主任者が、この法律又はこの法律に基づく命令の規定に違反したときは、許可所持者に対し、当該病原体取扱主任者を解任すべき旨を命ずることができる。
（教育訓練）
第四十六条の十四
許可所持者は、取扱施設に立ち入る者に対し、農林水産省令の定めるところにより、家畜伝染病発生予防規程の周知を図るほか、その許可に係る家畜伝染病病原体による家畜伝染病の発生を予防し、及びそのまん延を防止するために必要な教育及び訓練を施さなければならない。
（記帳義務）
第四十六条の十五
許可所持者は、農林水産省令の定めるところにより、帳簿を備え、その所持する家畜伝染病病原体の保管、使用及び滅菌等に関する事項その他当該家畜伝染病病原体による家畜伝染病の発生の予防及びまん延の防止に関し必要な事項を記載しなければならない。
２
前項の帳簿は、農林水産省令の定めるところにより、保存しなければならない。
（施設の基準等）
第四十六条の十六
許可所持者は、取扱施設の位置、構造及び設備を第四十六条の六第一項第二号の技術上の基準に適合するように維持しなければならない。
２
農林水産大臣は、取扱施設の位置、構造又は設備が前項の技術上の基準に適合していないときは、許可所持者に対し、当該施設の修理又は改造その他当該家畜伝染病病原体による家畜伝染病の発生の予防又はまん延の防止のために必要な措置を講ずべき旨を命ずることができる。
（保管等の基準等）
第四十六条の十七
許可所持者及び滅菌譲渡義務者並びにこれらの者から運搬を委託された者（以下「許可所持者等」という。）は、その所持する家畜伝染病病原体の保管、使用、運搬（船舶又は航空機による運搬を除く。以下同じ。）又は滅菌等をする場合においては、農林水産省令で定める技術上の基準に従つて当該家畜伝染病病原体による家畜伝染病の発生の予防及びまん延の防止のために必要な措置を講じなければならない。
２
農林水産大臣は、許可所持者等が講ずる家畜伝染病病原体の保管、使用、運搬又は滅菌等に関する措置が前項の技術上の基準に適合していないときは、その者に対し、その保管、使用、運搬又は滅菌等の方法の変更その他当該家畜伝染病病原体による家畜伝染病の発生の予防又はまん延の防止のために必要な措置を講ずべき旨を命ずることができる。
（災害時の応急措置）
第四十六条の十八
許可所持者等は、その所持する家畜伝染病病原体に関し、地震、火災その他の災害が起こつたことにより、当該家畜伝染病病原体による家畜伝染病が発生し、若しくはまん延した場合又は当該家畜伝染病病原体による家畜伝染病が発生し、若しくはまん延するおそれがある場合においては、直ちに、農林水産省令の定めるところにより、応急の措置を講じなければならない。
２
許可所持者等は、前項に規定する場合においては、農林水産省令の定めるところにより、遅滞なく、その旨を農林水産大臣に届け出なければならない。
３
農林水産大臣は、第一項の場合において、当該家畜伝染病病原体による家畜伝染病の発生を予防し、又はそのまん延を防止するため緊急の必要があるときは、許可所持者等に対し、当該家畜伝染病病原体の保管場所の変更、当該家畜伝染病病原体の滅菌等その他当該家畜伝染病病原体による家畜伝染病の発生の予防又はまん延の防止のために必要な措置を講ずべき旨を命ずることができる。
（届出伝染病等病原体の所持の届出）
第四十六条の十九
届出伝染病等病原体（家畜伝染病病原体以外の家畜伝染病の病原体及び届出伝染病の病原体であつて、農林水産省令で定めるものをいう。以下同じ。）を所持する者は、農林水産省令の定めるところにより、その所持の開始の日から七日以内に、当該届出伝染病等病原体の種類その他農林水産省令で定める事項を農林水産大臣に届け出なければならない。
ただし、次に掲げる場合は、この限りでない。
一
家畜の伝染性疾病の病原体の検査を行つている機関が、その業務に伴い届出伝染病等病原体を所持することとなつた場合において、農林水産省令の定めるところにより、滅菌譲渡をするまでの間当該届出伝染病等病原体を所持するとき。
二
届出伝染病等病原体を所持する者から運搬又は滅菌等を委託された者が、その委託に係る届出伝染病等病原体を当該運搬又は滅菌等のために所持する場合
三
届出伝染病等病原体を所持する者の従業者が、その職務上届出伝染病等病原体を所持する場合
２
前項本文の規定による届出をした者（次条第一項において「届出所持者」という。）は、その届出に係る事項を変更したときは、農林水産省令の定めるところにより、その変更の日から七日以内に、その旨を農林水産大臣に届け出なければならない。
その届出に係る届出伝染病等病原体を所持しないこととなつたときも、同様とする。
（準用）
第四十六条の二十
届出所持者には、第四十六条の十五及び第四十六条の十六の規定を準用する。
この場合において、第四十六条の十五第一項及び第四十六条の十六第二項中「家畜伝染病病原体」とあるのは「届出伝染病等病原体」と、「家畜伝染病の」とあるのは「家畜の伝染性疾病の」と、同条中「取扱施設」とあるのは「届出伝染病等病原体の保管、使用及び滅菌等をする施設」と、同条第一項中「第四十六条の六第一項第二号の」とあるのは「農林水産省令で定める」と読み替えるものとする。
２
届出伝染病等病原体を所持する者（前条第一項第三号の従業者を除く。以下同じ。）には、第四十六条の十七及び第四十六条の十八の規定を準用する。
この場合において、第四十六条の十七並びに第四十六条の十八第一項及び第三項中「家畜伝染病病原体」とあるのは「届出伝染病等病原体」と、「による家畜伝染病」とあるのは「による家畜の伝染性疾病」と読み替えるものとする。
（事業所管大臣等に対する要請）
第四十六条の二十一
農林水産大臣は、家畜伝染病病原体又は届出伝染病等病原体（以下「監視伝染病病原体」という。）による家畜の伝染性疾病の発生を予防し、又はそのまん延を防止するため必要があると認めるときは、当該監視伝染病病原体を取り扱う事業者の事業を所管する大臣に対し、当該事業者による監視伝染病病原体の適切な取扱いを確保するために必要な措置を講ずることを要請することができる。
２
農林水産大臣は、監視伝染病病原体による家畜の伝染性疾病の発生を予防し、又はそのまん延を防止するため緊急の必要があると認めるときは、都道府県知事に対し、家畜の伝染性疾病に関する試験研究又は検査を行つている機関の職員の派遣その他必要な協力を要請することができる。
（適用除外）
第四十六条の二十二
第四十六条の五から前条までの規定は、次に掲げる病原体については、適用しない。
一
医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律（昭和三十五年法律第百四十五号）第十四条第一項、第二十三条の二の五第一項若しくは第二十三条の二十五第一項（これらの規定が同法第八十三条第一項の規定により読み替えて適用される場合を含む。）の規定による承認又は同法第二十三条の二の二十三第一項（同法第八十三条第一項の規定により読み替えて適用される場合を含む。）の規定による認証を受けた医薬品又は再生医療等製品に含有される病原体その他これに準ずる病原体であつて家畜の伝染性疾病を発生させるおそれがほとんどないものとして農林水産省令で定めるもの
二