施行日前に政府及び政府以外の者から独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構に対し第一条の規定による改正前の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構法（以下「旧研究機構法」という。）第十四条第二号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資された出資金に相当する金額（政府の出資金に相当する金額については、当該金額から附則第十三条第五項に規定する農林水産大臣が財務大臣と協議して定める金額を控除した額に相当する金額）は、それぞれ、政府及び当該政府以外の者から新研究機構法第十五条第三号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとみなす。
（国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の役員に関する特例）
第十二条
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構に、役員として、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成十一年法律第百九十二号）第九条第二項に定めるもののほか、当分の間、理事二人を置くことができる。
この場合において、その理事の任期は、同法第十一条の規定にかかわらず、一年とすることができる。
（国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の業務の特例等）
第十三条
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構は、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法第十四条に規定する業務のほか、政令で指定する日までの間、旧研究機構法第十三条第一項第四号の規定によりされた出資に係る株式の処分の業務を行う。
２
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構は、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法第十四条及び前項に規定する業務のほか、旧研究機構法第十三条第一項第四号の規定により貸し付けられた資金に係る債権の回収が終了するまでの間、当該債権の管理及び回収の業務を行う。
３
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構は、前二項に規定する業務に附帯する業務を行うことができる。
４
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構は、前三項に規定する業務（以下「特例業務」という。）に係る経理については、その他の経理と区分し、特別の勘定（以下「特例業務勘定」という。）を設けて整理しなければならない。
５
施行日前に政府から独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構に対し旧研究機構法第十四条第二号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資された出資金に相当する金額のうち、特例業務に必要な資金に充てるべきものとして農林水産大臣が財務大臣と協議して定める金額は、政府から特例業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとみなす。
６
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法第十六条第一項から第三項までの規定は、特例業務勘定について準用する。
この場合において、同条第一項中「通則法第四十四条第一項」とあるのは「独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号。以下この項において「整備法」という。）附則第十三条第六項において準用する第三項の規定により読み替えられた通則法第四十四条第一項」と、「第十四条」とあるのは「整備法附則第十三条第一項から第三項まで」と読み替えるものとする。
７
第一項から第三項までの規定により国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構が特例業務を行う場合には、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法第十六条第五項中「前各項」とあるのは「独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号。以下「整備法」という。）附則第十三条第六項の規定により読み替えて準用する第一項から第三項まで」と、同法第二十一条第一項第二号中「同条第四項」とあるのは「同条第四項及び整備法附則第十三条第六項」と、同法第二十二条第一項第二号及び第四号から第六号までの規定中「又は第三号に掲げる業務」とあるのは「若しくは第三号に掲げる業務又は整備法附則第十三条第四項に規定する特例業務」と、同法第二十五条第一号中「この法律」とあるのは「この法律及び整備法附則第十三条第六項の規定により読み替えて準用する第十六条第一項」と、同条第二号中「第十四条」とあるのは「第十四条及び整備法附則第十三条第一項から第三項まで」とする。
第十四条
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構は、特例業務を終えたときは、特例業務勘定を廃止するものとし、その廃止の際特例業務勘定についてその債務を弁済してなお残余財産があるときは、その財産は、国庫に帰属する。
２
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構は、前項の規定により特例業務勘定を廃止したときは、その廃止の際特例業務勘定に属する資本金の額により資本金を減少するものとする。
（独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構がした長期借入金に関する経過措置）
第十五条
施行日前に旧研究機構法第十六条第一項の規定により独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構がした長期借入金については、旧研究機構法第十七条、第二十二条第一項（第一号に係る部分に限る。）及び第二十五条（第一号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。
（独立行政法人農業者大学校法等の廃止）
第二十一条
次に掲げる法律は、廃止する。
一
独立行政法人農業者大学校法
二
独立行政法人農業工学研究所法
三
独立行政法人食品総合研究所法
四
独立行政法人さけ・ます資源管理センター法
（罰則に関する経過措置）
第二十二条
施行日前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第二十三条
この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
附　則
この法律は、新信託法の施行の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、平成十九年四月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日（以下「施行日」という。）から施行する。
（罰則の適用に関する経過措置）
第三十四条
この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（その他の経過措置の政令への委任）
第三十五条
この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、平成二十七年十月一日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、それぞれ当該各号に定める日から施行する。
一
次条並びに附則第三条、第二十八条、第百五十九条及び第百六十条の規定
公布の日
（その他の経過措置の政令への委任）
第百六十条
この附則に規定するもののほか、この法律の施行に伴い必要な経過措置は、政令で定める。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、公布の日から起算して一年を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一
第四条中国民年金法等の一部を改正する法律附則第二十条及び第六十四条の改正規定、第五条中国民年金法等の一部を改正する法律附則第十九条第二項の改正規定並びに次条並びに附則第百三十九条、第百四十三条、第百四十六条及び第百五十三条の規定
公布の日
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号。以下「通則法改正法」という。）の施行の日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一
附則第十四条第二項、第十八条及び第三十条の規定
公布の日
（課税の特例）
第二十七条
新通則法第一条第一項に規定する個別法及び新通則法第四条第二項の規定によりその名称中に国立研究開発法人という文字を使用するものとされた新通則法第二条第一項に規定する独立行政法人が当該名称の変更に伴い受ける名義人の名称の変更の登記又は登録については、登録免許税を課さない。
（処分等の効力）
第二十八条
この法律の施行前にこの法律による改正前のそれぞれの法律（これに基づく命令を含む。）の規定によってした又はすべき処分、手続その他の行為であってこの法律による改正後のそれぞれの法律（これに基づく命令を含む。以下この条において「新法令」という。）に相当の規定があるものは、法律（これに基づく政令を含む。）に別段の定めのあるものを除き、新法令の相当の規定によってした又はすべき処分、手続その他の行為とみなす。
（罰則に関する経過措置）
第二十九条
この法律の施行前にした行為及びこの附則の規定によりなおその効力を有することとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（その他の経過措置の政令等への委任）
第三十条
附則第三条から前条までに定めるもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）は、政令（人事院の所掌する事項については、人事院規則）で定める。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、平成二十八年四月一日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一
附則第三条第二項及び第三項、第十条第二項並びに第十七条の規定
公布の日
（種苗管理センター等の解散等）
第二条