許可を受けた者は、漁業調整のため農林水産大臣が告示して当該大臣許可漁業の漁獲物又はその製品（第四十七条の規定による許可を受けて輸送される漁獲物又はその製品を含む。以下この条において「漁獲物等」という。）の陸揚港を指定し、又は当該告示において定める漁獲物等の陸揚港のうちの一若しくは二以上を選定すべきことを定めた場合には、当該指定又は選定に係る陸揚港以外の地に当該大臣許可漁業の漁獲物等の陸揚げをしてはならない。
ただし、あらかじめ農林水産大臣の許可を受けたとき、又は暴風雨その他やむを得ない事由があるときは、この限りでない。
２
許可を受けた者は、前項の規定により陸揚港の選定をしたときは、速やかに、農林水産大臣に届け出なければならない。
これを変更した場合も、同様とする。
（位置等の報告義務）
第二十五条
許可に係る船舶の船長は、汎地球測位システムに係る端末の使用その他の方法により常にその位置を明らかにしておかなければならない。
２
許可に係る船舶の船長は、この省令に定めがある場合のほか、農林水産大臣が大臣許可漁業につき漁業調整のため必要と認めて報告すべき事項及び方法を告示して定め、又は農林水産大臣若しくは漁業監督官が、漁業調整上必要と認めてインターネットの利用その他の適切な方法による報告を要求した場合には、当該定め又は要求に従って報告しなければならない。
（操業日誌）
第二十六条
許可に係る船舶の船長は、大臣許可漁業ごとに農林水産大臣が別に定めて告示する海域において操業するときは、当該船舶内に操業日誌を備え付け、農林水産大臣が別に定めて告示する事項を、当該告示で定めるところにより記録しなければならない。
２
大臣許可漁業（大中型まき網漁業及びかつお・まぐろ漁業を除く。）の許可に係る船舶の船長は、前項の操業日誌をその最後の記載をした日から三年間当該船舶内に保存しなければならない。
３
大中型まき網漁業及びかつお・まぐろ漁業の許可に係る船舶の船長は、第一項の規定により同項に規定する事項を記録した操業日誌を当該操業日誌に係る航海の終了後十五日以内に農林水産大臣に提出しなければならない。
４
第一項の操業日誌に第十四条第二項第一号から第六号までに掲げる事項が記載されている場合にあっては、当該事項については、当該操業日誌又はその写しの提出をもって同条第一項の報告書を提出したものとみなす。
５
第一項の規定による備付け及び記録は、電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他人の知覚によっては認識することができない方式で作られる記録であって、電子計算機による情報処理の用に供されるものをいう。）をもってしなければならない。
６
第三項の規定による提出は、電磁的方法（電子情報処理組織を使用する方法その他の情報通信の技術を利用する方法をいう。）により行わなければならない。
７
前二項の規定は、電子計算機の故障その他やむを得ない事由があるときは、適用しない。
第二節　沖合底びき網漁業
第二十七条
沖合底びき網漁業の許可を受けた者は、次に掲げる場合を除き、当該漁業の漁獲物又はその製品を、当該漁獲物を採捕し、又は当該製品を製造した船舶から他の船舶に転載してはならない。
一
日本国内の港（第二十四条第一項の規定により陸揚港が指定され、又は陸揚港の選定が定められている場合には、当該指定され又は選定した陸揚港に限る。）内において転載する場合
二
当該漁業の許可を受けた他の船舶に転載する場合（第二十四条第一項の規定により陸揚港が指定され、又は陸揚港の選定が定められている場合を除く。）
三
船舶の損傷その他やむを得ない事由がある場合
四
農林水産大臣が当該漁獲物又はその製品の鮮度の保持のため必要があると認めてあらかじめ許可した場合
第三節　以西底びき網漁業
第二十八条
前条（第二号括弧書を除く。）の規定は、以西底びき網漁業について準用する。
第四節　遠洋底びき網漁業
（信号符字を表示しない船舶の使用禁止）
第二十九条
遠洋底びき網漁業の許可を受けた者（以下「遠洋底びき網漁業者」という。）は、当該許可に係る船舶（以下この条及び次条において「遠底船舶」という。）の船体の両げん側及び甲板上に、一メートル四方以上の大きさの文字により信号符字を表示しなければ、当該遠底船舶を当該漁業に使用してはならない。
（漁具又は漁ろう装置の格納等）
第三十条
遠底船舶の船長は、外国の領海又は排他的経済水域（ロシア連邦にあっては別表第五の九の項の上欄に掲げる区域、大韓民国にあっては同表の十一の項の上欄に掲げる区域、中華人民共和国にあっては同表の十二の項の上欄に掲げる区域。以下この条、第三十二条（第三十三条において準用する場合を含む。）及び第百六条において同じ。）を当該遠底船舶により航行する場合には、遠洋底びき網漁業の用に供されるものと認められる漁具又は漁ろう装置を漁獲に容易に使用できないよう格納し、又は収納しなければならない。
ただし、いずれかの外国から漁獲のための許可を受けている遠底船舶により、当該許可に係る当該外国の領海又は排他的経済水域を航行する場合は、この限りでない。
（漁獲物等の転載制限）
第三十条の二
遠洋底びき網漁業者は、第二十七条各号のいずれかに該当する場合を除き、当該漁業の漁獲物又はその製品（以下この条及び次条において「漁獲物等」という。）を、当該漁獲物を採捕し、又は当該製品を製造した船舶（以下この条及び次条において「遠底船舶等」という。）から他の船舶に転載してはならない。
ただし、別表第八の二の上欄に掲げる港内又は海域において転載する場合であって、それぞれ同表の下欄に定めるところにより転載するときは、この限りでない。
（転載の届出）
第三十条の三
遠洋底びき網漁業者は、北太平洋条約海域において、漁獲物等を、遠底船舶等から他の船舶に転載しようとするとき、又は北太平洋条約海域以外の海域において、北太平洋条約海域における漁獲物等を遠底船舶等から他の船舶に転載しようとするとき（いずれの場合においても、第二十七条各号のいずれかに該当する場合を除く。）は、当該転載を行う十日前までに、次に掲げる事項を農林水産大臣に届け出なければならない。
一
当該転載の年月日
二
当該転載を行う港の名称又は海域
三
当該転載を行う漁獲物等の状態及びその量
四
当該転載を行う遠底船舶等の名称及び漁船登録番号
五
当該転載を遠底船舶等から受ける船舶の名称及び信号符字
２
遠洋底びき網漁業者は、前項各号に掲げる届出事項に変更を生じたときは、速やかにその旨を農林水産大臣に届け出なければならない。
第五節　東シナ海はえ縄漁業
第三十一条
東シナ海はえ縄漁業の許可を受けた者は、当該許可に係る船舶に表示された漁船法による登録番号の下に二センチメートルの幅で黒色の横線を表示しなければ、当該船舶を当該漁業に使用してはならない。
第六節　大西洋等はえ縄等漁業
第三十二条
大西洋等はえ縄等漁業の許可に係る船舶（以下この条において「許可船舶」という。）の船長は、外国の領海又は排他的経済水域を当該許可船舶により航行する場合には、当該漁業の用に供されるものと認められる漁具又は漁ろう装置を漁獲に容易に使用できないよう格納し、又は収納しなければならない。
ただし、いずれかの外国から漁獲のための許可を受けている許可船舶により、当該許可に係る当該外国の領海又は排他的経済水域を航行する場合は、この限りでない。
第七節　太平洋底刺し網等漁業
（信号符字等を表示しない船舶の使用禁止）
第三十二条の二
太平洋底刺し網等漁業の許可を受けた者は、北太平洋条約海域においては、当該許可に係る船舶の外部に別表第六に定めるところにより信号符字又は漁船登録番号の前に「ＪＰ―」を付したもの（以下「信号符字等」という。）を表示しなければ、当該船舶を当該漁業に使用してはならない。
（準用規定）
第三十三条
第三十条の二、第三十条の三及び第三十二条の規定は、太平洋底刺し網等漁業について準用する。
第八節　大中型まき網漁業
（国際信号書の備付け義務）
第三十四条
大中型まき網漁業の許可を受けた者（以下「大中型まき網漁業者」という。）は、中西部太平洋条約海域のうち公海（我が国及び外国の排他的経済水域を除く。以下同じ。）においては、国際海事機関が採択した国際信号書の最新のものの写しを当該許可に係る船舶、第四十条第一項の規定により届け出た運搬船並びに第四十一条第一項の規定により届け出た火船及び魚探船（以下「許可船舶等」という。）内に備え付けなければならない。
（信号符字等を表示しない船舶の使用禁止）
第三十五条
大中型まき網漁業者は、中西部太平洋条約海域のうち公海及び北太平洋条約海域においては、許可船舶等の外部に別表第六に定めるところにより信号符字等を表示しなければ、当該許可船舶等を当該漁業に使用してはならない。
（聴守義務）
第三十六条
許可船舶等の船長は、中西部太平洋条約海域のうち公海においては常時二千百八十二キロヘルツ又は百五十六・八メガヘルツの周波数で聴守をしなければならない。
（漁具又は漁ろう装置の格納等）
第三十七条
許可船舶等の船長は、中西部太平洋条約海域のうち公海（大中型まき網漁業の許可に係る操業区域を除く。）又は中西部太平洋条約の締約国である外国（以下この条において「条約締約国」という。）の領海若しくは排他的経済水域（大韓民国にあつては別表第五の十一の項の上欄に掲げる区域、中華人民共和国にあつては同表の十二の項の上欄に掲げる区域。以下この条において同じ。）を許可船舶等により航行する場合には、当該漁業の用に供されるものと認められる漁具又は漁ろう装置を漁獲に容易に使用できないよう格納し、又は収納しなければならない。