当該事業に要する経費の百分の三十
輸送施設又は漁港施設用地（公共施設用地に限る。）に係るもの
第三種漁港
当該事業に要する経費の百分の四十五
第四種漁港
当該事業に要する経費の百分の三十
漁獲物の処理、保蔵、加工及び販売施設（荷さばき所、配送用作業施設並びに製氷、冷凍及び冷蔵施設に限る。）に係るもの
第三種漁港
当該事業に要する経費の百分の五十
第四種漁港
２
国が、特定漁港漁場整備事業のうち法第四条第一項第二号に掲げる事業を施行する場合において、法第二十条第二項の規定により都道府県に負担させる負担金の基準は、当該事業に要する経費の百分の二十五とする。
３
前二項の負担金の徴収の方法及び時期は、農林水産大臣が財務大臣に協議して定める。
（費用の補助の基準）
第四条
法第二十条第六項の規定による補助の基準は、次の表のとおりとする。
施行者
補助の対象となる特定漁港漁場整備事業
国の補助割合
地方公共団体
係留施設（岸壁、物揚場、桟橋又は浮桟橋であつて漁獲物の陸揚げを衛生的に行うことができる施設として農林水産大臣が定める基準に該当するものに限る。）に係るもの（特定第三種漁港について施行するものに限る。）
六分の一以内
輸送施設又は漁港施設用地（公共施設用地に限る。）に係るもの
北海道にあつては百分の五十五以内（第四種漁港について施行するものにあつては、三分の二以内）、その他の地域にあつては百分の五十以内（離島振興計画に基づくものにあつては、百分の五十五以内（本土と離島及び離島と離島を連絡する橋については、三分の二以内））
漁獲物の処理、保蔵、加工及び販売施設（荷さばき所、配送用作業施設、製氷、冷凍及び冷蔵施設並びに加工場に限る。）に係るもの
漁獲物の処理、保蔵又は加工を衛生的に行うことができる施設として農林水産大臣が定める基準に該当するものに係るもの（特定第三種漁港について施行するものに限る。）にあつては三分の二以内、その他のものにあつては百分の五十以内
漁港浄化施設又は廃油処理施設に係るもの
百分の五十以内
法第四条第一項第二号に掲げる事業で農林水産大臣が定める基準に該当するものに係るもの
沖縄県にあつては百分の七十以内、その他の地域にあつては百分の五十以内（国が施行する法第四条第一項第二号に掲げる事業と一体的に施行されるものとして農林水産大臣が定める基準に該当するものにあつては、三分の二以内）
水産業協同組合
係留施設（岸壁、物揚場、桟橋又は浮桟橋であつて漁獲物の陸揚げを衛生的に行うことができる施設として農林水産大臣が定める基準に該当するものに限る。）に係るもの（特定第三種漁港について施行するものに限る。）
十五分の一以内
輸送施設又は漁港施設用地（公共施設用地に限る。）に係るもの
北海道にあつては百分の六十以内（第四種漁港について施行するものにあつては、百分の八十以内）、その他の地域にあつては百分の五十以内（第四種漁港について施行するもの又は離島振興計画に基づくものにあつては、百分の六十以内）
漁獲物の処理、保蔵、加工及び販売施設（荷さばき所、配送用作業施設、製氷、冷凍及び冷蔵施設並びに加工場に限る。）に係るもの
漁獲物の処理、保蔵又は加工を衛生的に行うことができる施設として農林水産大臣が定める基準に該当するものに係るもの（特定第三種漁港について施行するものに限る。）にあつては三分の二以内、その他のものにあつては百分の五十以内
漁港浄化施設又は廃油処理施設に係るもの
百分の五十以内
法第四条第一項第二号に掲げる事業で農林水産大臣が定める基準に該当するものに係るもの
沖縄県にあつては百分の七十以内、その他の地域にあつては百分の五十以内（国が施行する法第四条第一項第二号に掲げる事業と一体的に施行されるものとして農林水産大臣が定める基準に該当するものにあつては、三分の二以内）
２
前項に規定する漁港浄化施設に係る特定漁港漁場整備事業が公害防止事業費事業者負担法（昭和四十五年法律第百三十三号）第二条第二項に規定する公害防止事業である場合においては、当該特定漁港漁場整備事業に要する費用の額から事業者が同法の規定により納付すべき負担金の額を控除した額を補助の対象となる特定漁港漁場整備事業に要する費用の額とする。
（土地等の管理及び処分についての特例）
第五条
法第二十四条の二第一項の土地又は工作物で国有財産法（昭和二十三年法律第七十三号）第三条第三項の普通財産であるものは、これを、漁港管理者以外の者に貸し付け、又は譲り渡すことができない。
（漁港整備財産台帳）
第六条
農林水産大臣は、法第二十四条の二第一項の土地又は工作物で国有財産法第二条の国有財産であるもの（以下「漁港整備財産」という。）につき、漁港ごとに、次に掲げる事項を記載した漁港整備財産台帳を備えて置かなければならない。
一
漁港整備財産の所在、種類、構造及び規模
二
購入又は収用に係る漁港整備財産については、その種類ごとの購入価格又は補償金額
三
得喪変更（管理の委託を含む。）の年月日及び理由
四
その他必要な事項
２
前項の漁港整備財産台帳は、国有財産法第三十二条に規定する台帳に代わるものとし、その様式は、農林水産大臣が財務大臣と協議して定める。
（管理の委託の手続）
第七条
法第二十四条の二第二項の規定により同項の土地又は工作物で国有財産法第三条第二項第二号の公共用財産であるもの（以下「漁港施設財産」という。）の管理（維持、保存及び運用をいうものとし、これらのためにする改築、増築等を含む。以下第十七条までにおいて同じ。）を漁港管理者に委託するには、両当事者の協議により次に掲げる事項を定めなければならない。
一
管理を委託する漁港施設財産の所在、種類、構造及び規模
二
移管の年月日
三
管理の方法
四
委託の条件
五
その他必要な事項
（管理責任の移転の時期）
第八条
漁港施設財産の管理の委託を受けた者（以下「管理受託者」という。）は、前条の規定により定められた同条第二号の移管の日以後その管理の責に任ずる。
（引継）
第九条
農林水産大臣は、第七条の規定により定められた同条第二号の移管の日に、農林水産省の職員を管理受託者と実地に立ち会わせて、その者に当該漁港施設財産を引き継がせなければならない。
（管理受託者の義務）
第十条
管理受託者は、受託に係る漁港施設財産をその用途又は目的に応じて善良な管理者の注意をもつて管理しなければならない。
２
管理受託者は、受託に係る漁港施設財産について、水害、火災、盗難その他の災害の発生の防止に努めるものとし、これらの災害が発生したときは、直ちに当該漁港施設財産の保全のため必要な措置を講じなければならない。
（滅失等の場合の報告）
第十一条
管理受託者は、天災その他の事故により受託に係る漁港施設財産が滅失し、又は損傷したときは、遅滞なく、左に掲げる事項を書面で農林水産大臣に報告しなければならない。
一
当該漁港施設財産の所在及び種類
二
被害の状況
三
滅失又は損傷の原因
四
損害見積額及び復旧可能のものについては復旧費見込額
五
当該漁港施設財産の保全又は復旧のためとつた応急措置
（改築等の制限）
第十二条
管理受託者は、受託に係る漁港施設財産の原形に変更を及ぼす改築、増築等又は除却をしようとするときは、農林水産大臣の承認を受けなければならない。
（管理台帳）
第十三条
管理受託者は、受託に係る漁港施設財産について左に掲げる事項を記載した管理台帳をその事務所に備えておかなければならない。
一
所在
二
種類
三
構造及び規模
四
受託の年月日
五
その他必要な事項
２
管理受託者は、前項の管理台帳の記載事項に変更があつたときは、その都度、変更に係る事項を当該管理台帳に記載しなければならない。
（管理費の負担等）
第十四条
管理受託者は、受託に係る漁港施設財産の管理に必要な費用を負担しなければならない。
２
受託に係る漁港施設財産の管理により生ずる収入は、管理受託者に帰属する。
（管理状況の報告）
第十五条
管理受託者は、受託に係る漁港施設財産について、毎年度の管理の状況を翌年度の五月三十一日までに農林水産大臣に報告しなければならない。
（監査及び報告の徴収）
第十六条
農林水産大臣は、必要があると認めるときは、委託に係る漁港施設財産の管理の状況に関し、農林水産省の職員に監査させ、又は管理受託者から報告を徴することができる。
（標識の設置）
第十七条
農林水産大臣（管理を委託した漁港施設財産については管理受託者）は、漁港整備財産である土地について、その境界を明らかにする標識を設置しなければならない。
（漁港整備財産台帳又は管理台帳の閲覧）
第十八条
漁港整備財産に関し利害関係を有する者は、無償で第六条第一項の漁港整備財産台帳又は第十三条第一項の管理台帳の閲覧を求めることができる。
（申請等の経由手続）
第十九条
管理受託者（都道府県を除く。）がこの政令又はこの政令に基く命令の規定により農林水産大臣に対してする承認の申請又は報告は、当該申請又は報告に係る漁港施設財産の所在地を管轄する都道府県知事を経由してしなければならない。
（漁港管理規程の必要的記載事項等）
第二十条
法第三十四条第一項の規定により漁港管理規程において定めなければならない事項は、次に掲げる事項とする。
一
漁港管理者の管理する漁港施設のうち法第三条第一号に掲げる施設並びに同条第二号イ及びハに掲げる施設（同号ハに掲げる施設については、公共施設用地に限る。）の維持、保全及び運営に関する事項
二