法第二十五条第三項の規定により愛知豊川用水施設を利用して流水をかんがいの用に供する者の組織する土地改良区が当該愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事につき負担する負担金の額は、当該土地改良区の地区をその区域に含む県に係る災害復旧工事等県農業分担額（当該管理又は災害復旧工事について国の補助金があるときは、当該補助金で当該県に係るものの額を控除した額）から、当該管理又は災害復旧工事についての法第二十六条第一項の規定による当該県の負担金の額（第三十五条第一項の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）を控除した額（当該県の区域内にその地区のある土地改良区で当該管理又は災害復旧工事についての法第二十五条第三項の規定による負担金を負担すべきものが二以上ある場合においては、その額に、それぞれの土地改良区の組合員が当該愛知豊川用水施設により受ける利益を勘案して、当該土地改良区につき機構が定める割合を乗じて得た額）及びその額に対応する第三十五条第一項の利息の額とする。
３
前項の災害復旧工事等県農業分担額は、法第二十六条第一項の規定により愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事に要する費用を負担すべき県ごとに定められるものとし、その県ごとの額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める額とする。
一
当該県が一である場合
当該愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事に要する費用で第三十五条に規定するものの額（同条第一項の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）から、法第二十五条第三項の規定により愛知豊川用水施設を利用して流水を発電、水道又は工業用水道の用に供する者が当該愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事につき負担する負担金の額（第三十五条第一項の利息の額があるときは、当該利息の額を控除した額）を控除するほか、その者が法附則第十条に規定する契約により負担する費用があるときは、当該費用の額（当該費用に利息があるときは、当該利息の額を控除した額）を控除した額
二
当該県が二以上ある場合
機構が当該県の区域内の当該愛知豊川用水施設による受益地の受益の程度を勘案し、かつ、当該県知事と協議して、当該県ごとに前号の額を按分して定めた額
４
第三十四条第一項から第三項までの規定は、第一項又は第二項の負担金の支払方法について準用する。
この場合において、同条第三項中「土地改良区負担金」とあるのは、「第三十八条第一項又は第二項の負担金」と読み替えるものとする。
（かんがい排水に係る都道府県の負担金）
第三十九条
法第二十六条第一項の都道府県に負担させる負担金で水資源開発施設の新築又は改築に係るものの額は、当該都道府県に係る第三十三条第一項の都道府県農業分担額（同条第三項に規定する場合にあっては、農林水産大臣が当該都道府県知事の意見を聴いて定める額に限り、当該新築又は改築について法第三十五条の規定による補助金があるときは、第五十三条第三項の規定により算定された補助金で当該都道府県に係るものの額を控除した額）に百分の六十九（当該都道府県が、当該新築又は改築についての法第二十五条第一項の規定による負担金を負担する土地改良区でその地区が当該都道府県の区域内にあるものと協議して別に割合を定めて機構に申し出たときは、その申し出た割合）を乗じて得た額（当該都道府県が適用団体である場合には、第五十三条第四項の規定により加算される補助金の額で当該都道府県に係るものの額を控除した額）及びその額に対応する第二十九条の利息の額とする。
２
前項に規定する都道府県の負担金が機構が承継した国の水資源開発事業に係るものである場合において、当該事業につき土地改良区等納付金があるときは、当該都道府県の負担金の額は、同項の規定にかかわらず、同項の規定により算出した額に当該土地改良区等納付金を加算した額とする。
３
第一項に規定する都道府県の負担金が機構が承継した国の水資源開発事業に係るものである場合において、当該事業につき当該都道府県が国に納付した金額があるときは、当該都道府県の負担金の額は、前二項の規定にかかわらず、これらの規定により算出した額から当該国に納付した額を控除した額とする。
４
第三十四条第一項から第五項までの規定は、第一項の都道府県の負担金の支払方法について準用する。
この場合において、同条第一項ただし書中「当該負担金を負担する土地改良区」とあり、並びに同条第三項及び第四項第三号中「土地改良区負担金を負担する土地改良区」とあるのは「第三十九条第一項から第三項までの負担金を負担する都道府県」と、同号中「当該土地改良区」とあるのは「当該都道府県」と読み替えるものとする。
５
法第二十六条第二項の規定により市町村に負担させる負担金で水資源開発施設の新築又は改築に係るものは、前項の都道府県の支払方法に準拠して支払わせるものとする。
第四十条
法第二十六条第一項の規定により都道府県に負担させる負担金で水資源開発施設の管理又は災害復旧工事に係るものの額は、次の式により算出した額に百分の五十（当該都道府県が、当該管理又は災害復旧工事についての法第二十五条第一項の規定による負担金を負担する土地改良区でその地区が当該都道府県の区域内にあるものと協議して別に割合を定めて機構に申し出たときは、その申し出た割合）を乗じて得た額及びその額に対応する第三十五条第一項の利息の額とする。
Ｍ×Ｒ－Ｓ
（この式において、Ｍ、Ｒ及びＳは、それぞれ次の数値を表すものとする。
Ｍ
当該水資源開発施設の管理又は災害復旧工事に要する費用の額（機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）
一
当該水資源開発施設の管理又は災害復旧工事に要する費用に係る第三十五条第一項の利息の額
二
ダムに係る固定資産税等の納付に要する費用で当該水資源開発施設に係るものの額
Ｒ
災害復旧工事等都道府県農業分担割合
Ｓ
当該管理又は災害復旧工事について国の補助金がある場合にあっては当該補助金で当該都道府県に係るものの額、当該補助金がない場合にあっては零）
２
前項の災害復旧工事等都道府県農業分担割合は、当該水資源開発施設の新築又は改築に要する費用の額（機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）に対する当該都道府県に係る第三十三条第一項の都道府県農業分担額の割合とする。
ただし、その割合によることが、当該水資源開発施設に係る他の用途との関係において著しく公平を欠くと認められるときは主務大臣が関係行政機関の長と協議して別に定める割合、法第二十六条第一項の規定により当該水資源開発施設の管理又は災害復旧工事に要する費用を負担すべき他の都道府県との関係において著しく公平を欠くと認められるときは主務大臣が関係都道府県知事の意見を聴いて別に定める割合とする。
一
当該水資源開発施設の新築又は改築に要する費用に係る第二十九条の利息の額
二
当該水資源開発施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合における当該事業の縮小に係る不要支出額（前号に掲げる額を除く。）
三
当該水資源開発施設の新築又は改築に関する事業に事業からの撤退をした者がある場合において、当該者の当該水資源開発施設に係る費用の負担について第三十条第二項の規定により算出した額（第一号に掲げる額を除く。）
四
法第二十七条の規定により機構が負担させる費用の額
３
第三十四条第一項から第三項までの規定は、第一項の都道府県の負担金の支払方法について準用する。
この場合において、同条第一項ただし書中「当該負担金を負担する土地改良区」とあり、及び同条第三項中「土地改良区負担金を負担する土地改良区」とあるのは、「第四十条第一項の負担金を負担する都道府県」と読み替えるものとする。
４
法第二十六条第二項の規定により市町村に負担させる負担金で水資源開発施設の管理又は災害復旧工事に係るものは、前項の都道府県の支払方法に準拠して支払わせるものとする。
第四十一条
法第二十六条第一項の規定により県に負担させる負担金で愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事に係るものの額は、管理に係るものにあっては第一号に掲げる額に、災害復旧工事に係るものにあっては第二号に掲げる額に、それぞれ百分の五十（当該県が、当該管理又は災害復旧工事についての法第二十五条第三項の規定による負担金を負担する土地改良区でその地区が当該県の区域内にあるものと協議して別に割合を定めて機構に申し出たときは、その申し出た割合）を乗じて得た額及びその額に対応する第三十五条第一項の利息の額とする。
一
当該愛知豊川用水施設の管理に係る第三十八条第二項の災害復旧工事等県農業分担額のうち、農林水産大臣が当該県知事の意見を聴いて定める施設の管理に要する費用に対応する部分の額（その施設の管理について国の補助金があるときは、当該補助金で当該県に係るものの額を控除した額）
二
当該愛知豊川用水施設の災害復旧工事に係る第三十八条第二項の災害復旧工事等県農業分担額（当該災害復旧工事について国の補助金があるときは、当該補助金で当該県に係るものの額を控除した額）
２
第三十四条第一項から第三項までの規定は、前項の県の負担金の支払方法について準用する。
この場合において、同条第一項ただし書中「当該負担金を負担する土地改良区」とあり、及び同条第三項中「土地改良区負担金を負担する土地改良区」とあるのは、「第四十一条第一項の負担金を負担する県」と読み替えるものとする。
３
法第二十六条第二項の規定により市町村に負担させる負担金で愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事に係るものは、前項の県の支払方法に準拠して支払わせるものとする。