一部施行日前にされた旧法第十二条の四第一項の規定による勧告及び同条第二項の規定による命令については、なお従前の例による。
（農林水産大臣の指定する症状を呈している家畜の届出に関する経過措置）
第四条
新法第十三条の二第一項及び同条第二項において準用する新法第十三条第一項ただし書の規定は、一部施行日以後に家畜が新法第十三条の二第一項の症状を呈していることを発見した獣医師、当該家畜若しくはその死体の所有者又は運送業者について適用する。
（患畜等の殺処分に関する経過措置）
第五条
この法律の施行の日（以下「施行日」という。）前に旧法第十七条第一項の規定により都道府県知事が旧法第二条第一項の表十九の項に掲げる豚コレラ又は同表二十三の項に掲げる高病原性鳥インフルエンザの患畜又は疑似患畜の所有者に対してした命令（当該命令に係る期限が施行日以後に到来するものに限る。）は、家畜防疫員がその者に対してした新法第十六条第一項の指示とみなす。
（家畜伝染病病原体の所持に関する経過措置）
第六条
一部施行日において現に新法第四十六条の五第一項に規定する家畜伝染病病原体（新法第四十六条の二十二各号に掲げる病原体を除く。以下この条において「家畜伝染病病原体」という。）を所持している者は、一部施行日から三十日を経過するまでの間（以下この条において「猶予期間」という。）に同項本文の許可の申請をしなかった場合にあっては猶予期間の経過後遅滞なく、猶予期間に申請した当該許可を拒否された場合にあってはその処分後遅滞なく、当該家畜伝染病病原体の滅菌譲渡（新法第四十六条の十一第二項に規定する滅菌譲渡をいう。以下同じ。）をしなければならない。
２
一部施行日において現に家畜伝染病病原体を所持している者は、次に掲げる期間は、新法第四十六条の五第一項本文の規定にかかわらず、同項本文の許可を受けないで、当該家畜伝染病病原体を所持することができる。
その者の従業者がその職務上所持する場合及びその者から運搬又は滅菌等（新法第四十六条の十一第一項に規定する滅菌等をいう。以下同じ。）を委託された者（その従業者を含む。）がその委託に係る家畜伝染病病原体を当該運搬又は滅菌等のために所持する場合も、同様とする。
一
猶予期間
二
猶予期間にした新法第四十六条の五第一項本文の許可の申請についての処分があるまでの間
三
前項の規定により滅菌譲渡をするまでの間
３
一部施行日において現に家畜伝染病病原体を所持している者は、新法第四十六条の十一第二項に規定する滅菌譲渡義務者とみなして、新法第四十六条の十の規定を適用する。
４
新法第四十六条の十一第二項及び第四項の規定は、一部施行日において現に家畜伝染病病原体を所持している者が当該家畜伝染病病原体の滅菌譲渡をする場合について準用する。
５
新法第四十六条の十七の規定は、第二項の規定により家畜伝染病病原体を所持する者について準用する。
この場合において、同条第一項中「家畜伝染病病原体の」とあるのは、「家畜伝染病予防法の一部を改正する法律（平成二十三年法律第十六号）附則第六条第一項に規定する家畜伝染病病原体（以下この条において「家畜伝染病病原体」という。）の」と読み替えるものとする。
６
一部施行日において現に家畜伝染病病原体を所持している者は、新法第四十六条の十七第一項に規定する許可所持者等とみなして、新法第四十六条の十八の規定を適用する。
第七条
前条第一項の規定に違反した者は、一年以下の懲役又は三十万円以下の罰金に処する。
２
次の各号のいずれかに該当する者は、三十万円以下の罰金に処する。
一
前条第四項において準用する新法第四十六条の十一第二項の規定に違反した者
二
前条第四項において準用する新法第四十六条の十一第四項及び前条第五項において準用する新法第四十六条の十七第二項の規定による命令に違反した者
３
法人の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関して、前二項の違反行為をしたときは、行為者を罰するほか、その法人又は人に対して当該各項の罰金刑を科する。
（届出伝染病等病原体の所持に関する経過措置）
第八条
一部施行日において現に新法第四十六条の十九第一項に規定する届出伝染病等病原体（新法第四十六条の二十二各号に掲げる病原体を除く。以下この項において「届出伝染病等病原体」という。）を所持している者は、新法第四十六条の十九第一項本文の規定にかかわらず、同項本文の農林水産省令の定めるところにより、一部施行日から七日を経過するまでの間（第一号において「猶予期間」という。）に、当該届出伝染病等病原体の種類その他同項本文の農林水産省令で定める事項を農林水産大臣に届け出なければならない。
ただし、次に掲げる場合は、この限りでない。
一
一部施行日において現に届出伝染病等病原体を所持している者（次号から第四号までに規定する者を除く。）が、猶予期間に滅菌譲渡をするまでの間当該届出伝染病等病原体を所持する場合
二
家畜の伝染性疾病の病原体の検査を行っている機関が、一部施行日前にその業務に伴い届出伝染病等病原体を所持することとなった場合において、新法第四十六条の十九第一項第一号の農林水産省令の定めるところにより、一部施行日以後に滅菌譲渡をするまでの間当該届出伝染病等病原体を所持するとき。
三
一部施行日前に届出伝染病等病原体を所持する者から運搬又は滅菌等を委託された者が、一部施行日において現にその委託に係る届出伝染病等病原体を当該運搬又は滅菌等のために所持している場合
四
届出伝染病等病原体を所持する者の従業者が、一部施行日において現にその職務上届出伝染病等病原体を所持している場合
２
前項の規定によりされた届出は、新法第四十六条の十九第一項本文の規定によりされた届出とみなす。
（手当金の交付等に関する経過措置）
第九条
施行日前に旧法第二条第二項に規定する患畜又は疑似患畜となった家畜、旧法第四条の二第三項若しくは第五項、第五条第一項、第六条第一項、第三十一条第一項又は第四十六条第二項若しくは第三項の規定による検査、注射、薬浴又は投薬を行ったため施行日前に死亡した動物又は死産し、若しくは流産した動物の胎児及び旧法第二十三条（同条第一項ただし書の場合を除く。第三項第三号において同じ。）の規定により施行日前に焼却し、又は埋却した物品に係る旧法第五十八条第一項の規定による手当金の交付については、なお従前の例による。
２
新法第五十八条第二項の規定は、新法第十六条の規定により施行日以後に殺された患畜及び疑似患畜並びに新法第二十三条（同条第一項ただし書の場合を除く。）の規定により施行日以後に焼却し、又は埋却した物品について適用する。
３
前項の規定にかかわらず、次の各号に掲げる家畜又は物品は、それぞれ当該各号に定める家畜又は物品とみなして、新法第五十八条第二項の規定を適用する。
一
平成二十二年十一月以降において新法第十六条第一項第一号に規定する家畜伝染病に相当する家畜伝染病の患畜となったことにより施行日前に旧法第十六条又は第十七条の規定により殺された家畜
新法第五十八条第二項第一号に規定する患畜
二
平成二十二年十一月以降において新法第十六条第一項第二号に規定する家畜伝染病に相当する家畜伝染病の疑似患畜となったことにより施行日前に旧法第十六条又は第十七条の規定により殺された家畜
新法第五十八条第二項第二号に規定する疑似患畜
三
平成二十二年十一月以降において新法第十六条第一項第一号に規定する家畜伝染病に相当する家畜伝染病の病原体により汚染し、又は汚染したおそれがあるため施行日前に旧法第二十三条の規定により焼却し、又は埋却した物品
新法第五十八条第二項第三号に規定する物品
４
国は、前項の規定により新法第五十八条第二項の規定の適用を受けることとなる家畜又は物品の所有者に対し、施行日前においても、同項の規定の例により、特別手当金を交付することができる。
この場合において、同項の規定の例により交付された特別手当金は、同項の規定により交付された特別手当金とみなす。
５
施行日前に旧法第二十一条第一項又は第二十三条第一項の規定により焼却し、又は埋却したニューカッスル病（新法第二条第一項の表二十六の項の農林水産省令で定めるニューカッスル病に相当するもの以外のものに限る。以下この条において同じ。）の患畜若しくは疑似患畜の死体又は物品（ニューカッスル病の病原体により汚染し、又は汚染したおそれがあるものに限る。）に係る旧法第五十九条の規定による費用の負担については、なお従前の例による。
６
施行日前に都道府県知事又は家畜防疫員が旧法を執行するために必要とした費用（ニューカッスル病のまん延を防止するために必要なものに限る。）に係る旧法第六十条第一項の規定による費用の負担については、なお従前の例による。
７
新法第六十条第二項の規定は、施行日以後に都道府県知事が新法第三十二条の規定による移動若しくは移出の禁止若しくは制限、新法第三十三条の規定による催物の開催若しくは事業の停止若しくは制限又は新法第三十四条の規定による放牧、種付、と殺若しくはふ卵の停止若しくは制限をした場合における当該禁止、停止又は制限に起因する家畜、その死体又は物品に係る売上げの減少又は飼料費その他の保管、輸送若しくは処分に要する費用の増加に係る費用の負担について適用する。
（罰則に関する経過措置）
第十条
この法律（附則第一条第二号に掲げる規定については、当該規定）の施行前にした行為及び附則第三条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における一部施行日以後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（検討）
第十一条