国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務に係る財務及び会計に関する省令
独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第三十七条、第三十八条第一項及び第四項、第四十八条第一項並びに第五十条並びに独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構法施行令（平成十五年政令第三百八十九号）第三条第二項の規定に基づき、独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構の民間研究促進業務及び基礎的研究業務に係る財務及び会計に関する省令を次のように定める。
（通則法第八条第三項の主務省令で定める重要な財産）
第一条
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「研究機構」という。）の行う国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成十一年法律第百九十二号。以下「研究機構法」という。）第十四条第一項第五号及び第六号（第五号に掲げる業務に係る部分に限る。）に掲げる業務並びにこれらに附帯する業務（以下「基礎的研究業務」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項の主務省令で定める重要な財産は、その保有するこれらの業務に係る財産であって、その通則法第四十六条の二第一項若しくは第二項又は第四十六条の三第一項の認可に係る申請の日（通則法第四十六条の二第一項ただし書若しくは第二項ただし書又は第四十六条の三第一項ただし書に規定する場合にあっては、当該財産の処分に関する計画についての通則法第三十五条の五第一項の認可に係る申請の日）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上通則法第四十六条の二又は第四十六条の三の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他農林水産大臣及び財務大臣が定める財産とする。
（企業会計原則）
第二条
基礎的研究業務に係る会計については、この省令の定めるところにより、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２
金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。
３
平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（以下「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。
（勘定区分等）
第三条
研究機構法第十五条の規定により経理を区分して整理する場合において、一の勘定において整理すべき事項が他の勘定において整理すべき事項と共通の事項であるため当該一の勘定に係る部分を区分して整理することが困難なときは、当該事項については、研究機構が農林水産大臣及び財務大臣の承認を受けて定める基準に従って、事業年度の期間中一括して整理し、当該事業年度の末日現在において各勘定に配分することにより整理することができる。
（償却資産の指定等）
第四条
農林水産大臣及び財務大臣は、研究機構が基礎的研究業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２
前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。
（譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）
第五条
農林水産大臣及び財務大臣は、研究機構が通則法第四十六条の二第二項又は第四十六条の三第三項の規定に基づいて行う基礎的研究業務に係る不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）
第六条
農林水産大臣及び財務大臣は、研究機構が基礎的研究業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されていないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（財務諸表）
第七条
基礎的研究業務に係る通則法第三十八条第一項の主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に定める行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書とする。
（事業報告書の作成）
第八条
基礎的研究業務に係る通則法第三十八条第二項の規定による事業報告書の作成については、この条の定めるところによる。
２
事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一
研究機構の目的及び業務内容
二
国の政策における研究機構の位置付け及び役割
三
中長期目標の概要
四
理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五
中長期計画及び年度計画の概要
六
持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七
業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八
業績の適正な評価に資する情報
九
業務の成果及び当該業務に要した資源
十
予算及び決算の概要
十一
財務諸表（通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表をいう。以下同じ。）の要約
十二
財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三
内部統制の運用状況
十四
研究機構に関する基礎的な情報
（財務諸表等の閲覧期間）
第九条
基礎的研究業務に係る通則法第三十八条第三項の主務省令で定める期間は、五年とする。
（会計監査報告の作成）
第十条
基礎的研究業務に係る通則法第三十九条第一項の規定による会計監査報告の作成については、この条の定めるところによる。
２
会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。
ただし、会計監査人が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。
一
研究機構の役員（監事を除く。）及び職員
二
その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３
会計監査人は、通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表並びに事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。
一
会計監査人の監査の方法及びその内容
二
財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が研究機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項
イ
無限定適正意見
監査の対象となった財務諸表が独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、研究機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨
ロ
除外事項を付した限定付適正意見
監査の対象となった財務諸表が除外事項を除き独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、研究機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨及び除外事項
ハ
不適正意見
監査の対象となった財務諸表が不適正である旨及びその理由
三
前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四
第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五
追記情報
六
前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七
会計監査報告を作成した日
４
前項第五号に掲げる追記情報とは、次に掲げる事項その他の事項のうち会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項をいう。
一
会計方針の変更
二
重要な偶発事象
三
重要な後発事象
（借入金の認可の申請）
第十一条
研究機構は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により基礎的研究業務に係る短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により基礎的研究業務に係る短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣及び財務大臣に提出しなければならない。
一
借入れを必要とする理由
二
借入金の額
三
借入先
四
借入金の利率
五
借入金の償還の方法及び期限
六
利息の支払の方法及び期限
七
その他必要な事項
（不要財産に係る民間等出資の払戻しの認可の申請）
第十二条