（ひげ鯨等の捕獲等の禁止）
第九十一条
基地式捕鯨業者及び母船式捕鯨業者以外の者は、ひげ鯨及びまっこう鯨（この条及び次条において「ひげ鯨等」という。）を捕獲してはならない。
ただし、基地式捕鯨業及び母船式捕鯨業以外の漁業であって農林水産大臣が別に定めて告示するものの操業中に混獲した場合並びに座礁し、又は漂着したひげ鯨等であって農林水産大臣が別に定めて告示するものを捕獲した場合は、この限りでない。
２
前項ただし書の規定によりひげ鯨等を捕獲（混獲を含む。以下この項及び次条において同じ。）した者は、遅滞なく、次に掲げる事項を農林水産大臣に報告しなければならない。
一
捕獲の日時及び場所
二
鯨の種類
三
漁業の種類及び免許番号又は許可番号（ひげ鯨等を混獲した場合に限る。）
四
処理を開始した日時及び場所
五
体長、性別、乳分泌の有無並びに胎児の性別及び体長
３
第一項の規定に違反してひげ鯨等を捕獲した者は、当該ひげ鯨等を販売し、又は販売の目的をもつて所持し、若しくは加工してはならない。
その情を知つてこれを譲り受けた者も、同様とする。
（捕鯨業者以外の者が捕獲したひげ鯨等の処理の制限）
第九十二条
前条第一項ただし書の規定によりひげ鯨等を捕獲した者（以下この条において「ひげ鯨等を捕獲した者」という。）は、鯨体処理場、卸売市場その他の水産動植物に有害な物が遺棄され、又は漏せつするおそれがない場所以外の場所において、当該ひげ鯨等を処理してはならない。
２
ひげ鯨等を捕獲した者は、当該ひげ鯨等の個体の識別に必要なＤＮＡ分析（ＤＮＡの塩基配列の解析であって、当該ひげ鯨等の個体を特定させるＤＮＡの塩基配列の情報が取得できるものに限る。以下この条において同じ。）を行わなければならない。
ただし、当該ひげ鯨等（生きているものに限る。）を海に戻す場合及び当該ひげ鯨等の全ての部分を埋却又は焼却により処分する場合は、この限りでない。
３
ひげ鯨等を捕獲した者は、前項の規定によりＤＮＡ分析を行つたときは、農林水産大臣が別に定めて告示する様式により、遅滞なく、当該ひげ鯨等の処理状況を報告しなければならない。
４
前条第三項の規定は、第二項の規定に違反してＤＮＡ分析を行わなかった者について準用する。
この場合において、同項中「当該ひげ鯨等」とあるのは、「第九十二条第二項の規定によるＤＮＡ分析を行っていない当該ひげ鯨等」と読み替えるものとする。
（歯鯨の捕獲の禁止）
第九十三条
基地式捕鯨業者以外の者は、歯鯨（まっこう鯨を除く。以下この条において同じ。）を捕獲してはならない。
ただし、歯鯨（いしいるか（りくぜんいるか型いしいるかを含む。）、かまいるか、すじいるか、はんどういるか（ばんどういるか）、まだらいるか（あらりいるか）、はなごんどう、こびれごんどう（まごんどう）、おきごんどう、しわはいるか又はかずはごんどうに限る。）をとることを目的とする漁業についての法第五十七条第一項又は第百十九条第一項の規定による都道府県知事の許可を受けて捕獲する場合は、この限りでない。
（特定の鯨の捕獲の禁止）
第九十四条
何人も、第九十一条第一項及び前条の規定にかかわらず、別表第十三の上欄に掲げる鯨を、それぞれ同表の下欄に掲げる禁止区域においては、採捕してはならない。
２
前項の規定に違反して採捕された鯨は、所持し、又は販売してはならない。
（高度回遊性魚類資源の採捕の禁止）
第九十五条
中西部太平洋条約海域のうち公海においては、船舶により、中西部太平洋条約第三条３の規定により同条約を適用することとされている魚種であって農林水産大臣が別に定めて告示するもの（以下「高度回遊性魚類資源」という。）を採捕してはならない。
ただし、大中型まき網漁業又はかつお・まぐろ漁業を営む者が採捕する場合は、この限りでない。
２
前項の規定に違反して高度回遊性魚類資源を採捕した者は、当該高度回遊性魚類資源又はその製品を所持し、又は販売してはならない。
（大西洋くろまぐろ又はみなみまぐろの採捕等の禁止）
第九十六条
何人も、大西洋くろまぐろ又はみなみまぐろを採捕してはならない。
２
前項の規定は、次に掲げる場合には、適用しない。
一
漁獲割当管理区分において年次漁獲割当量設定者がその設定を受けた年次漁獲割当量の範囲内において採捕する場合
二
大西洋のまぐろ類の保存のための国際条約の締結国たる外国等に対する割当て又はみなみまぐろの保存のための条約の締結国たる外国等に対する割当てを受けて当該割当ての範囲内において採捕する場合
３
第二十四条第一項の規定に違反して陸揚げを行い、又は第一項の規定に違反して大西洋くろまぐろ又はみなみまぐろを採捕した者は、当該大西洋くろまぐろ又はみなみまぐろを販売し、又は販売の目的をもって所持し、若しくは加工してはならない。
その情を知ってこれを譲り受けた者も、同様とする。
（運搬船の届出）
第九十七条
別表第八の上欄に掲げる港内又は海域においてかつお・まぐろ漁業（総トン数百二十トン以上の動力漁船により、浮きはえ縄を使用するものに限る。）の漁獲物又はその製品の転載を当該漁獲物を採捕し、又は当該製品を製造した船舶から受ける日本船舶（以下この項において「運搬船」という。）を運航する者は、あらかじめ、当該運搬船ごとに、別記様式第七号の運搬船届出書に次に掲げる書類を添え、農林水産大臣に届け出なければならない。
一
運搬船に係る漁船法による漁船の登録の謄本
二
運搬船に係る船舶安全法に基づく船舶検査証書の写し
三
運搬船を使用する権利が所有権以外の場合には、当該権利を有することを証する書面
２
前項の規定による届出をした者は、同項の運搬船届出書の記載事項に変更を生じたときは、速やかに、当該変更に係る事項を農林水産大臣に届け出なければならない。
（北太平洋条約海域における運搬船の届出）
第九十七条の二
北太平洋条約海域において、遠洋底びき網漁業、太平洋底刺し網等漁業、大中型まき網漁業、北太平洋さんま漁業及びいか釣り漁業の漁獲物又はその製品の転載を、当該漁獲物を採捕し、又は当該製品を製造した船舶から受ける日本船舶（以下この項において「運搬船」という。）を運航する者は、あらかじめ、当該運搬船ごとに、別記様式第七号の二の運搬船届出書に次に掲げる書類を添え、農林水産大臣に届け出なければならない。
ただし、転載を受ける漁獲物又はその製品の原料が、大中型まき網漁業の漁獲物であって、中西部太平洋条約第三条３の規定により同条約を適用することとされている魚種であり、かつ、第九十五条第一項の規定に基づき、農林水産大臣が別に定めて告示するものである場合は、この限りでない。
一
運搬船に係る漁船法による漁船の登録の謄本
二
運搬船に係る船舶安全法に基づく船舶検査証書の写し
三
運搬船を使用する権利が所有権以外の場合には、当該権利を有することを証する書面
２
前項の規定による届出をした者は、同項の運搬船届出書の記載事項に変更を生じたときは、速やかに当該変更に係る事項を農林水産大臣に届け出なければならない。
（まぐろ又はかじきの採捕の制限）
第九十八条
南緯五十五度の線、西経百五十度の線、次に掲げる線から成る線及び西経二十度の線により囲まれた海域並びに大西洋条約海域においては、農林水産大臣が許可した場合を除き、日本船舶以外の船舶においてまぐろ又はかじきの採捕に従事してはならない。
一
東経百八十度以東の南緯三十五度の線
二
次に掲げる各点を順次に直線で結ぶ線
イ
東経百八十度南緯三十五度の点
ロ
東経百八十度南緯三十度の点
ハ
東経百二十度南緯三十度の点
ニ
東経百二十度南緯十度の点
ホ
東経百五度南緯十度の点
ヘ
東経百五度南緯二十度の点
ト
東経九十五度南緯二十度の点
チ
東経九十五度南緯三十度の点
三
東経九十五度以西の南緯三十度の線
（無許可船舶におけるさけ又はますをとる漁具の所持の禁止）
第九十九条
漁業を営む者は、政府間の取決めの実施のため農林水産大臣が中型さけ・ます流し網漁業の許可又はさけ若しくはますをとることを目的とする漁業についての法第五十七条第一項若しくは第百十九条第一項の規定による都道府県知事の許可に係る船舶以外の船舶（以下「さけ・ます漁業に係る無許可船舶」という。）において専らさけ又はますをとる流し網又ははえ縄を所持することを禁止する区域及び期間を定めて告示したときは、当該区域においては、当該期間中さけ・ます漁業に係る無許可船舶において、当該漁具を所持してはならない。
２
前項の区域及び期間は、その施行期日を定め、その期日の二週間前までに官報に掲載してするものとする。
ただし、政府間の取決めの実施のため緊急を要する場合は、この限りでない。
（さけ又はますの採捕の制限）
第百条
赤道以北の太平洋の海域においては、農林水産大臣が許可した場合を除き、日本船舶以外の船舶においてさけ又はますの採捕に従事してはならない。
（ずわいがにの採捕の制限等）
第百一条
別表第一のずわいがに漁業の項の中欄に掲げる海域においては、ずわいがにの未成熟がに（腹節の内側に卵を有しない雌がに及び甲幅九センチメートル（別表第十四の上欄に掲げるＥ海域にあっては、甲幅八センチメートル）未満の雄がにをいう。次項において同じ。）は、採捕してはならない。
２
別表第十四の上欄に掲げる海域においては、同表の中欄に掲げる区分ごとに、それぞれ同表の下欄に掲げる期間内は、ずわいがにの成熟がに（未成熟がに以外のかにをいう。）は、採捕してはならない。
３
漁業を営む者又は水産動植物の販売若しくは加工を業とする者は、第一項の規定に違反して採捕されたずわいがに又はその製品を所持し、販売し、又は加工してはならない。
（べにずわいがにの採捕等の禁止）
第百二条