義務教育諸学校における教育の政治的中立の確保に関する臨時措置法（昭和二十九年法律第百五十七号）
第五条第一項第三号
都道府県知事
都道府県知事（構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十二条第二項に規定する学校設置会社の設置するものにあつては、当該学校を所轄する同条第一項の規定による認定を受けた地方公共団体の長）
学校給食法（昭和二十九年法律第百六十号）
第十二条第一項
私立の義務教育諸学校の設置者
私立の義務教育諸学校の設置者（構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十二条第二項に規定する学校設置会社を除く。）
夜間課程を置く高等学校における学校給食に関する法律（昭和三十一年法律第百五十七号）
第六条
私立の高等学校の設置者
私立の高等学校の設置者（構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十二条第二項に規定する学校設置会社を除く。）
地方教育行政の組織及び運営に関する法律（昭和三十一年法律第百六十二号）
第二十七条の五
都道府県知事
都道府県知事（学校設置会社（構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十二条第二項に規定する学校設置会社をいう。以下この条において同じ。）の設置する私立学校に関する事務にあつては、同法第十二条第一項の規定による認定を受けた地方公共団体の長）
都道府県委員会
都道府県委員会（学校設置会社の設置する私立学校に関する事務にあつては、同項の規定による認定を受けた地方公共団体の教育委員会）
著作権法（昭和四十五年法律第四十八号）
第三十五条第一項
設置されているものを除く。
設置されているものを除き、学校設置会社（構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十二条第二項に規定する学校設置会社をいう。第三十八条第一項において同じ。）の設置する学校を含む。
第三十八条第一項
又は観衆
若しくは観衆
受けない場合
受けない場合又は学校設置会社の設置する学校において聴衆若しくは観衆から料金を受けずにその教育若しくは研究を行う活動に利用する場合
１２
第三項又は第四項の規定に基づき文部科学省令を制定し、又は改廃する場合においては、当該文部科学省令で、その制定又は改廃に伴い合理的に必要と判断される範囲内において、所要の経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）を定めることができる。
１３
第三項の規定に違反して業務状況書類等を備えて置かず、業務状況書類等に記載すべき事項を記載せず、若しくは虚偽の記載をし、又は正当な理由がないのに第四項各号の規定による請求を拒んだ学校設置会社の取締役、執行役又は清算人は、二十万円以下の過料に処する。
第十三条
地方公共団体が、その設定する構造改革特別区域において、学校生活への適応が困難であるため相当の期間学校（学校教育法第一条に規定する学校をいい、大学及び高等専門学校を除く。以下この条及び別表第三号において同じ。）を欠席していると認められる児童、生徒若しくは幼児又は発達の障害により学習上若しくは行動上著しい困難を伴うため教育上特別の指導が必要であると認められる児童、生徒若しくは幼児（次項において「不登校児童等」という。）を対象として、当該構造改革特別区域に所在する学校の設置者による教育によっては満たされない特別の需要に応ずるための教育を特定非営利活動法人（特定非営利活動促進法（平成十年法律第七号）第二条第二項の特定非営利活動法人をいう。次項において同じ。）の設置する学校が行うことにより、当該構造改革特別区域における学校教育の目的の達成に資するものと認めて内閣総理大臣の認定を申請し、その認定を受けたときは、当該認定の日以後は、学校教育法第二条第一項中「設置することができる」とあるのは「設置することができる。ただし、構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十三条第二項に規定する特別の需要に応ずるための教育を行い、かつ、同項各号に掲げる要件のすべてに適合している特定非営利活動促進法（平成十年法律第七号）第二条第二項の特定非営利活動法人（次項、第四条第一項第三号及び附則第六条において学校設置非営利法人という。）は、大学及び高等専門学校以外の学校を設置することができる」と、同条第二項中「学校法人」とあるのは「学校法人又は学校設置非営利法人」と、同法第四条第一項第三号中「都道府県知事」とあるのは「都道府県知事（学校設置非営利法人の設置するものにあつては、構造改革特別区域法第十三条第一項の認定を受けた地方公共団体の長。第十条、第十四条、第四十四条（第二十八条、第四十九条、第六十二条、第七十条第一項及び第八十二条において準用する場合を含む。）及び第五十四条第三項（第七十条第一項において準用する場合を含む。）において同じ。）」と、同法附則第六条中「学校法人」とあるのは「学校法人又は学校設置非営利法人」とする。
２
前項の規定により学校教育法第四条第一項の認可を受けて学校を設置することができる特定非営利活動法人（以下この条及び第十九条第一項第二号並びに別表第三号において「学校設置非営利法人」という。）は、その構造改革特別区域に設置する学校において、不登校児童等を対象として、当該構造改革特別区域に所在する学校の設置者による教育によっては満たされない特別の需要に応ずるための教育を行うものとし、次に掲げる要件のすべてに適合していなければならない。
一
文部科学省令で定める基準に適合する施設及び設備又はこれらに要する資金並びに当該学校の経営に必要な財産を有すること。
二
当該学校の経営を担当する役員が学校を経営するために必要な知識又は経験を有すること。
三
当該学校設置非営利法人の経営を担当する役員が社会的信望を有すること。
四
不登校児童等を対象として行う特定非営利活動促進法第二条第一項に規定する特定非営利活動の実績が相当程度あること。
３
前条第三項から第十項まで及び第十二項の規定は、学校設置非営利法人が学校を設置する場合について準用する。
この場合において、同項中「第三項又は第四項」とあるのは、「次条第三項において準用する第三項又は第四項」と読み替えるものとする。
４
学校設置非営利法人に関する次の表の第一欄に掲げる法律の適用については、同表の第二欄に掲げる規定中同表の第三欄に掲げる字句は、それぞれ同表の第四欄に掲げる字句とする。
教育職員免許法
第二条第三項
、当該指定都市等の長）
当該指定都市等の長、学校設置非営利法人（構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十三条第二項に規定する学校設置非営利法人をいう。以下同じ。）の設置する私立学校の教員にあつては同条第一項の規定による認定を受けた地方公共団体の長）
教育職員免許法施行法
第二条第一項の表備考
理事長
理事長又は学校設置非営利法人（構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十三条第二項に規定する学校設置非営利法人をいう。）の代表権を有する理事
地方交付税法
第十二条第一項の表
私立の学校
私立の学校（構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十三条第二項に規定する学校設置非営利法人の設置するものを除く。以下同じ。）
第十二条第三項の表
及び特別支援学校
及び特別支援学校（構造改革特別区域法第十三条第二項に規定する学校設置非営利法人の設置するこれらのものを除く。）
旧軍港市転換法
第四条第一項第一号
規定する学校
規定する学校（構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十三条第二項に規定する学校設置非営利法人の設置するものを除く。）
産業教育振興法
第十九条第一項
私立学校
私立学校（構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十三条第二項に規定する学校設置非営利法人の設置するものを除く。次項において同じ。）
理科教育振興法
第九条第一項
私立の学校
私立の学校（構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十三条第二項に規定する学校設置非営利法人の設置するものを除く。以下この条において同じ。）
私立学校教職員共済法
附則第十項
設置する者
設置する者（構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十三条第二項に規定する学校設置非営利法人を除く。）
義務教育諸学校における教育の政治的中立の確保に関する臨時措置法
第五条第一項第三号
都道府県知事
都道府県知事（構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十三条第二項に規定する学校設置非営利法人の設置するものにあつては、当該学校を所轄する同条第一項の規定による認定を受けた地方公共団体の長）
学校給食法
第十二条第一項
私立の義務教育諸学校の設置者
私立の義務教育諸学校の設置者（構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十三条第二項に規定する学校設置非営利法人を除く。）
夜間課程を置く高等学校における学校給食に関する法律
第六条
私立の高等学校の設置者
私立の高等学校の設置者（構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十三条第二項に規定する学校設置非営利法人を除く。）
地方教育行政の組織及び運営に関する法律
第二十七条の五
都道府県知事
都道府県知事（学校設置非営利法人（構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十三条第二項に規定する学校設置非営利法人をいう。以下この条において同じ。）の設置する私立学校に関する事務にあつては、同法第十三条第一項の規定による認定を受けた地方公共団体の長）
都道府県委員会
都道府県委員会（学校設置非営利法人の設置する私立学校に関する事務にあつては、同項の規定による認定を受けた地方公共団体の教育委員会）
５