国土交通大臣は、就業規則が不当であると認めるときは、交通政策審議会又は地方運輸局に置かれる政令で定める審議会（以下「交通政策審議会等」という。）の議を経て、その変更を命ずることができる。
（就業規則の効力）
第百条
就業規則で定める基準に達しない労働条件を定める雇入契約は、その部分については、無効とする。
この場合には、雇入契約は、その無効の部分については、就業規則で定める基準に達する労働条件を定めたものとみなす。
第十一章の二　船員の労働条件等の検査等
（定期検査）
第百条の二
総トン数五百トン以上の日本船舶（漁船その他国土交通省令で定める特別の用途に供される船舶を除く。以下「特定船舶」という。）の船舶所有者は、当該特定船舶を初めて本邦の港と本邦以外の地域の港との間又は本邦以外の地域の各港間の航海（以下「国際航海」という。）に従事させようとするときは、当該特定船舶に係る船員の労働条件、安全衛生その他の労働環境及び療養補償（以下「労働条件等」という。）について、国土交通大臣又は第百条の十二の規定により国土交通大臣の登録を受けた者（以下「登録検査機関」という。）の行う定期検査を受けなければならない。
次条第一項の海上労働証書又は第百条の六第三項の臨時海上労働証書の交付を受けた特定船舶をその有効期間満了後も国際航海に従事させようとするときも、同様とする。
２
前項の検査は、特定船舶以外の日本船舶（漁船その他同項の国土交通省令で定める特別の用途に供される船舶を除く。）であつて、国際航海に従事させようとするものについても、船舶所有者の申請により実施することができる。
（海上労働証書）
第百条の三
国土交通大臣は、国土交通大臣又は登録検査機関が前条第一項の検査の結果当該船舶が次に掲げる要件の全てに適合すると認めたときは、当該船舶の船舶所有者に対し、海上労働証書を交付しなければならない。
国土交通大臣又は登録検査機関が同項の検査の結果当該船舶が次に掲げる要件のいずれかに適合していないと認めた場合において、国土交通大臣が当該要件に適合するために必要な措置が講じられたものと認めたときも、同様とする。
一
第三十二条第一項及び第三項の規定により、船員にこれらの規定に規定する書面が交付されていること。
二
第三十二条の二各号に掲げる者が船員として雇い入れられていないこと。
三
第三十六条第一項及び第二項の規定により、船員にこれらの規定に規定する書面が交付されていること。
四
第三十六条第三項の規定により、同項に規定する書面の写しが船内に備え置かれていること。
五
第四十七条第一項又は第二項の規定による送還（当該送還に代えてするその費用の支払を含む。）を確実に実施するために必要な金額を担保するための保険契約の締結その他の措置が講じられていること。
六
第五十条第三項の規定により、船員の勤務に関する事項が船員手帳に記載されていること。
七
第五十三条第一項及び第二項並びに第五十六条の規定により、船員に給料その他の報酬が支払われていること。
八
第五十三条第三項の規定により、船員に同項に規定する書面が交付されていること。
九
船員の労働時間及び休日が、第六十条第一項及び第二項、第六十一条、第六十二条、第六十四条第一項及び第二項、第六十四条の二第一項、第六十五条、第六十五条の二第一項（第八十八条の二の二第五項において準用する場合を含む。）及び第二項、第六十五条の二第三項及び第四項（これらの規定を第八十八条の二の二第五項において準用する場合を含む。）並びに第五項、第六十五条の三第一項及び第二項、同条第三項（第八十八条の二の二第六項において準用する場合を含む。）、第六十八条第一項、第七十一条、第七十二条、第八十八条の二、第八十八条の二の二第一項から第三項まで、第八十八条の三第一項から第三項まで並びに第八十八条の五の規定による基準に適合しているものであること。
十
第六十六条の二の規定により、通常配置表が定められ、及びこれが掲示されていること。
十一
第六十七条第一項の規定により同項に規定する事項が記録簿に記載されており、かつ、同条第二項の規定によりその写しが船員に交付されていること。
十二
第七十条の規定により、必要な員数の海員が乗り組んでいること。
十三
第八十条第一項から第三項までの規定により、船員に食料が支給されていること。
十四
第八十条第四項の国土交通省令で定める船舶にあつては、同項の国土交通省令で定める基準に該当する者が乗り組んでいること。
十五
船内作業による危害の防止及び船内衛生の保持に関し第八十一条第一項の国土交通省令で定める事項が遵守されていること。
十六
第八十一条第二項の国土交通省令で定める危険な船内作業に、同項の国土交通省令で定める経験又は技能を有しない船員が従事していないこと。
十七
第八十一条第三項各号に掲げる船員が作業に従事していないこと。
十八
第八十二条第一号及び第二号に掲げる船舶にあつては、同条の規定により、医師が乗り組んでいること。
十九
第八十二条の二第一項第一号に掲げる船舶にあつては、同項及び同条第二項の規定により、衛生管理者が選任されていること。
二十
第八十三条第一項の健康証明書を持たない者が船舶に乗り組んでいないこと。
二十一
年齢十六年未満の者が船員として使用されていないこと。
二十二
年齢十八年未満の船員が第八十一条第二項の国土交通省令で定める危険な船内作業又は第八十五条第二項の国土交通省令で定める当該船員の安全及び衛生上有害な作業に従事していないこと。
二十三
年齢十八年未満の船員が第八十六条の規定により作業に従事させてはならない時刻の間において作業に従事していないこと。
二十四
第八十九条の規定により、船員が負傷し、又は疾病にかかつたとき（第九十五条に規定する場合を除く。）において、船舶所有者がその費用で療養を施し、又は療養に必要な費用を負担していること。
二十五
第九十二条の障害手当及び第九十三条の遺族手当を確実に支払うために必要な金額を担保するための保険契約の締結その他の措置が講じられていること。
二十六
第百十三条第一項の規定により、同項に規定する書類が船内の見やすい場所に掲示され、又は備え置かれていること。
二十七
第百十七条の二第一項の国土交通省令で定める船舶にあつては、同項の規定により、同項に規定する航海当直部員が乗り組んでいること。
二十八
第百十八条の六第一項の規定により、同項に規定する船内苦情処理手続が定められていること。
二十九
第百十八条の六第二項の規定により、船員に同項に規定する書面が交付されていること。
三十
第百十八条の六第三項の規定により、同条第一項の苦情が処理されていること。
三十一
第百十八条の六第一項の苦情の申出をしたことを理由として、船員に対して不利益な取扱いがされていないこと。
三十二
有効な船舶安全法（昭和八年法律第十一号）第九条第一項の船舶検査証書又は同条第二項の臨時航行許可証の交付を受けていること。
三十三
船舶職員及び小型船舶操縦者法第二条第一項に規定する船舶（同条第四項に規定する小型船舶を除く。）にあつては、同法第十八条、第十九条第一項及び第二十三条第五項の規定により、同法第二条第二項に規定する船舶職員が乗り組んでいること。
三十四
国土交通省令で定めるところにより、当該船舶が前各号に掲げる要件に適合するために船舶所有者が実施すべき事項並びにその管理の体制及び方法が定められており、かつ、これらが適確に実施されていること。
２
前項の海上労働証書（以下「海上労働証書」という。）の有効期間は、五年とする。
３
前条第一項後段の検査の結果第一項の規定による海上労働証書の交付を受けることができる特定船舶であつて、国土交通省令で定める事由により従前の海上労働証書の有効期間が満了するまでの間において当該検査に係る海上労働証書の交付を受けることができなかつたものについては、従前の海上労働証書の有効期間は、前項の規定にかかわらず、当該検査に係る海上労働証書が交付される日又は従前の海上労働証書の有効期間が満了する日の翌日から起算して五月を経過する日のいずれか早い日までの期間とする。
４
前二項の規定にかかわらず、海上労働証書の交付を受けた船舶の船舶所有者の変更があつたときは、当該船舶に交付された海上労働証書の有効期間は、その変更があつた日に満了したものとみなす。
５
次に掲げる場合における海上労働証書の有効期間は、第二項の規定にかかわらず、従前の海上労働証書の有効期間（第二号に掲げる場合にあつては、第三項の規定の適用がないものとした場合の有効期間）が満了する日の翌日から起算して五年を経過する日までの期間とする。
一
従前の海上労働証書の有効期間が満了する日前三月以内に受けた前条第一項後段の検査に係る海上労働証書の交付を受けたとき。
二
従前の海上労働証書の有効期間について第三項の規定の適用があつたとき。
（中間検査）
第百条の四
海上労働証書の交付を受けた船舶の船舶所有者は、当該海上労働証書の有効期間中において国土交通省令で定める時期に、当該船舶に係る船員の労働条件等について国土交通大臣又は登録検査機関の行う中間検査を受けなければならない。
（海上労働証書の効力の停止）
第百条の五
国土交通大臣は、国土交通大臣又は登録検査機関が前条の検査の結果当該船舶が第百条の三第一項各号に掲げる要件のいずれかに適合していないと認めたときは、当該要件に適合するために必要な措置が講じられたものと認めるまでの間、当該船舶に交付された海上労働証書の効力を停止するものとする。
（臨時海上労働証書）
第百条の六