法第三十四条の主務省令で定める区分は、農産物、畜産物及び水産物それぞれごとに、次に掲げる業務の区分とする。
一
法第十七条第三項の認定及び同条第四項の確認
二
法第十七条第三項の認定及び同条第四項の確認（農林水産物又は食品に関する残留物質の検査その他の必要な検査（次号において「残留物質等検査」という。）を伴うものを除く。）
三
法第十七条第四項の確認（残留物質等検査に関するものに限る。）
（登録認定機関の登録手数料）
第三十八条
令第八条の主務省令で定める額は、次の各号に掲げる区分に応じ、当該各号に定める額とする。
一
前条第一号に掲げる区分
十三万二千円
二
前条第二号に掲げる区分
十万九千八百円
三
前条第三号に掲げる区分
一万四千六百円
２
前条第二号に掲げる区分の登録を受けた登録認定機関が、同条第一号に掲げる区分の登録を受けようとする場合（登録認定機関として行うこれらの登録に係る業務の対象となる農林水産物又は食品の種類が同一の場合に限る。）における令第八条の主務省令で定める額は、前項の規定にかかわらず、二万二千二百円とする。
３
前条第三号に掲げる区分の登録を受けた登録認定機関が、同条第一号に掲げる区分の登録を受けようとする場合（登録認定機関として行うこれらの登録に係る業務の対象となる農林水産物又は食品の種類が同一の場合に限る。）における令第八条の主務省令で定める額は、第一項の規定にかかわらず、十一万七千四百円とする。
４
第二十五条第一号から第三号までに掲げる区分の登録を受けた登録発行機関が、前条第一号に掲げる区分の登録を受けようとする場合（登録発行機関及び登録認定機関として行うこれらの登録に係る業務の対象となる農林水産物又は食品の種類が同一の場合に限る。）における令第八条の主務省令で定める額は、前三項の規定にかかわらず、二万千三百円とする。
５
第二十五条第一号から第三号までに掲げる区分の登録を受けた登録発行機関が、前条第二号に掲げる区分の登録を受けようとする場合（登録発行機関及び登録認定機関として行うこれらの登録に係る業務の対象となる農林水産物又は食品の種類が同一の場合に限る。）における令第八条の主務省令で定める額は、第一項の規定にかかわらず、一万四千二百円とする。
（登録認定機関の業務を適確に行うための基準）
第三十九条
法第三十五条第一項第一号の主務省令で定める基準は、登録認定機関として行う登録に係る業務を適確に行うために必要な体制が整備されていること、業務手順が定められていることその他の第三十七条に規定する区分ごとに同項の主務大臣が定める事項に適合していることとする。
（登録に関して必要な手続）
第四十条
法第三十五条第二項の登録台帳は、同条第一項の主務大臣が定める様式によるものとする。
２
登録台帳には、法第三十五条第二項各号に掲げる事項のほか、第三十七条に規定する区分及び登録認定機関が法第三十五条第一項第一号に規定する認定等（以下単に「認定等」という。）を行うことを認めている輸出先国を記載するものとする。
３
法第三十六条において読み替えて準用する法第二十条第三項の主務大臣は、登録台帳の登録事項の記載を変更した場合は、遅滞なく、その旨を公示するものとする。
（登録認定機関の登録の更新）
第四十一条
法第三十六条において読み替えて準用する法第二十一条第二項において準用する法第三十四条の規定による登録の更新の申請は、同条の主務大臣が定める申請書に、当該主務大臣が定める書類（登録の申請時に当該主務大臣に提出されたものからその内容に変更がない書類を除く。）を添え、手数料に相当する額の収入印紙を貼り付け、当該主務大臣に提出して行うものとする。
２
前項の規定による提出は、センターを経由して行うものとする。
（登録認定機関の登録更新手数料）
第四十二条
令第十条の主務省令で定める額は、次の各号に掲げる区分に応じ、当該各号に定める額とする。
一
第三十七条第一号に掲げる区分
十万四千七百円
二
第三十七条第二号に掲げる区分
九万円
三
第三十七条第三号に掲げる区分
一万千六百円
２
第二十五条第一号から第三号までに掲げる区分の登録を受けた登録発行機関（当該登録について既に法第二十一条第一項の登録の更新を受けているものに限り、当該更新について第三十条第二項の規定の適用を受けたものを除く。次項において同じ。）が、第三十七条第一号に掲げる区分の登録を受けた登録認定機関として法第三十六条において準用する法第二十一条第一項の登録の更新を受けようとする場合（登録発行機関及び登録認定機関として行うこれらの登録に係る業務の対象となる農林水産物又は食品の種類が同一の場合に限る。）における令第十条の主務省令で定める額は、前項の規定にかかわらず、一万四千二百円とする。
３
第二十五条第一号から第三号までに掲げる区分の登録を受けた登録発行機関が、第三十七条第二号に掲げる区分の登録を受けた登録認定機関として法第三十六条において準用する法第二十一条第一項の登録の更新を受けようとする場合（登録発行機関及び登録認定機関として行うこれらの登録に係る業務の対象となる農林水産物又は食品の種類が同一の場合に限る。）における令第十条の主務省令で定める額は、第一項の規定にかかわらず、九千百円とする。
（登録認定機関の認定等に関する業務の方法に関する基準）
第四十三条
法第三十六条において読み替えて準用する法第二十三条第二項の主務省令で定める基準は、次に掲げる事項に関し主務大臣が定める基準とする。
一
認定等の実施方法
二
施設の認定の取消しその他の措置の実施方法
（登録認定機関の業務規程の規定事項）
第四十四条
法第三十六条において読み替えて準用する法第二十五条第二項の主務省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一
認定等の実施方法
二
認定等に関する手数料の算定方法
三
その他法第三十六条において読み替えて準用する法第二十五条第一項の主務大臣が定める事項
（登録認定機関の業務の休廃止の届出）
第四十五条
法第三十六条において読み替えて準用する法第二十六条第一項の規定による届出をしようとする登録認定機関は、同項の主務大臣が定める様式により届出書を作成し、当該主務大臣に提出しなければならない。
２
前項の届出書の提出は、センターを経由して行うものとする。
（電磁的記録に記録された事項を表示する方法等）
第四十六条
法第三十六条において準用する法第二十七条第二項第三号の主務省令で定める方法は、電磁的記録に記録された事項を紙面又は出力装置の映像面に表示する方法とする。
２
法第三十六条において準用する法第二十七条第二項第四号の主務省令で定める電磁的方法は、次に掲げるもののうち、登録認定機関が定めるものとする。
一
送信者の使用に係る電子計算機と受信者の使用に係る電子計算機とを電気通信回線で接続した電子情報処理組織を使用する方法であって、当該電気通信回線を通じて情報が送信され、受信者の使用に係る電子計算機に備えられたファイルに当該情報が記録されるもの
二
磁気ディスクその他これに準ずる方法により一定の情報を確実に記録しておくことができる物をもって調製するファイルに情報を記録したものを交付する方法
（登録認定機関の帳簿の記載等）
第四十七条
登録認定機関は、次項各号に掲げる事項について、第三十七条に規定する区分ごとに帳簿に記載し、当該帳簿を最終の記載の日から五年間保存するものとする。
２
法第三十六条において読み替えて準用する法第三十一条の主務省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一
認定等を申請した者の氏名又は名称及び住所並びに法人にあっては、法人番号
二
認定等の申請を受理した年月日
三
認定等の申請に係る施設の名称及び所在地
四
認定等をするかどうかを決定した年月日
五
前号の決定の結果
（認定農林水産物・食品輸出促進団体の認定の申請）
第四十八条
法第四十三条第一項の認定の申請は、同条第四項に規定する申請書に、同条第五項に規定する業務規程（以下単に「業務規程」という。）のほか、次に掲げる書類を添付してしなければならない。
一
定款
二
登記事項証明書
三
その他法第四十三条第一項の主務大臣が定める書類
２
法第四十三条第四項に規定する申請書は、同項の主務大臣が定める様式によるものとする。
３
前二項に定めるもののほか、法第四十三条第一項の認定の手続に係る事項は、同項の主務大臣が定める。
（認定農林水産物・食品輸出促進団体の認定の要件）
第四十九条
法第四十三条第六項第五号の主務省令で定める要件は、次のとおりとする。
一
その構成員となることを希望する者に対して不当な差別的取扱いをするものでないこと。
二
法第十条第一項に規定する基本方針に照らし適切なものであると認められる農林水産物又は食品の輸出の拡大に向けた中期的な計画を有すること。
（認定農林水産物・食品輸出促進団体に係る変更の認定の申請）
第五十条
法第四十五条第一項の変更の認定を受けようとする認定農林水産物・食品輸出促進団体は、同項の主務大臣が定める様式による申請書を当該主務大臣に提出しなければならない。
この場合において、当該変更が業務規程又は第四十八条第一項各号に掲げる書類の変更を伴うときは、当該変更後の業務規程又は書類を添付しなければならない。
（認定農林水産物・食品輸出促進団体に係る軽微な変更）
第五十一条
法第四十五条第一項の主務省令で定める軽微な変更は、次に掲げる変更とする。
一
法第四十三条第四項第一号に掲げる事項の変更
二
法第四十三条第四項第三号に掲げる事項の変更
三
法第四十三条第四項第四号に掲げる事項の変更
四
法第四十三条第四項第五号に掲げる事項の変更
五