農林水産大臣は、第五項において準用する第八十六条第三項の規定により指示をしようとするときは、あらかじめ、関係都道府県知事に当該指示の内容を通知しなければならない。
ただし、地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）第二百五十条の六第一項の規定による通知をした場合は、この限りでない。
８
第一項の指示を受けた者がこれに従わないときは、海区漁業調整委員会又は連合海区漁業調整委員会は、都道府県知事に対して、その者に当該指示に従うべきことを命ずべき旨を申請することができる。
９
都道府県知事は、前項の申請を受けたときは、その申請に係る者に対して、異議があれば一定の期間内に申し出るべき旨を催告しなければならない。
１０
前項の期間は、十五日を下ることができない。
１１
第九項の場合において、同項の期間内に異議の申出がないとき又は異議の申出に理由がないときは、都道府県知事は、第八項の申請に係る者に対し、第一項の指示に従うべきことを命ずることができる。
１２
都道府県知事が前項の規定による命令をしない場合には、第八十六条第三項の規定を準用する。
（広域漁業調整委員会の指示）
第百二十一条
広域漁業調整委員会は、都道府県の区域を超えた広域的な見地から、水産動植物の繁殖保護を図り、漁業権又は入漁権（第百八十四条の規定により農林水産大臣が自ら都道府県知事の権限を行う漁場に係る漁業権又は入漁権に限る。）の行使を適切にし、漁場（同条の規定により農林水産大臣が自ら都道府県知事の権限を行うものに限る。）の使用に関する紛争の防止又は解決を図り、その他漁業調整のために必要があると認めるときは、関係者に対し、水産動植物の採捕に関する制限又は禁止、漁業者の数に関する制限、漁場の使用に関する制限その他必要な指示をすることができる。
２
前条第一項の規定による海区漁業調整委員会又は連合海区漁業調整委員会の指示が前項の規定による広域漁業調整委員会の指示に抵触するときは、当該海区漁業調整委員会又は連合海区漁業調整委員会の指示は、抵触する範囲においてその効力を有しない。
３
農林水産大臣は、広域漁業調整委員会に対し、第一項の指示について必要な指示をすることができる。
４
第一項の規定による指示については、前条第四項及び第八項から第十一項までの規定を準用する。
この場合において、同条第四項、第八項、第九項及び第十一項中「都道府県知事」とあるのは「農林水産大臣」と、同条第八項中「海区漁業調整委員会又は連合海区漁業調整委員会」とあるのは「広域漁業調整委員会」と読み替えるものとする。
（漁場又は漁具等の標識）
第百二十二条
都道府県知事は、漁業者、漁業協同組合又は漁業協同組合連合会に対して、漁場の標識の建設又は漁具その他水産動植物の採捕若しくは養殖の用に供される物の標識の設置を命ずることができる。
（公共の用に供しない水面）
第百二十三条
公共の用に供しない水面であつて公共の用に供する水面又は第四条の水面に通ずるものには、命令をもつて第百十九条の規定及びこれに係る罰則を適用することができる。
（協定の締結）
第百二十四条
漁業者は、漁獲割当管理区分以外の管理区分（第七条第二項に規定する管理区分をいう。）における特定水産資源又は特定水産資源以外の水産資源の保存及び管理に関して、協定を締結し、農林水産省令の定めるところにより、農林水産大臣又は都道府県知事に提出して、当該協定が適当である旨の認定を受けることができる。
２
前項の協定（以下この章において単に「協定」という。）においては、次に掲げる事項を定めるものとする。
一
協定の対象となる水域並びに水産資源の種類及び漁業の種類
二
協定の対象となる種類の水産資源の保存及び管理の方法
三
協定の有効期間
四
協定に違反した場合の措置
五
その他農林水産省令で定める事項
（協定の認定等）
第百二十五条
農林水産大臣又は都道府県知事は、前条第一項の認定の申請に係る協定の内容が次の各号のいずれにも該当すると認めるときは、同項の認定をするものとする。
一
資源管理基本方針又は都道府県資源管理方針に照らして適当なものであること。
二
不当に差別的でないこと。
三
この法律及びこの法律に基づく命令その他関係法令に違反するものでないこと。
四
特定水産資源を対象とする協定にあつては、当該特定水産資源に係る大臣管理漁獲可能量又は知事管理漁獲可能量を超えないように漁獲量の管理を行うために効果的なものであると認められるものであること。
五
特定水産資源以外の水産資源を対象とする協定にあつては、この法律及びこの法律に基づく命令その他関係法令により漁業者が遵守しなければならない措置以外に当該水産資源の保存及び管理に効果的と認められる措置が定められていること。
六
その他農林水産省令で定める基準を満たしていること。
２
前項に規定するもののほか、協定の認定（協定の変更の認定を含む。）及びその取消し並びに協定の廃止に関し必要な事項は、政令で定める。
（協定への参加のあつせん等）
第百二十六条
第百二十四条第一項の認定を受けた協定（以下この条及び次条において「認定協定」という。）に参加している者は、認定協定の対象となる水域において認定協定の対象となる種類の水産資源について認定協定の対象となる種類の漁業を営む者であつて認定協定に参加していないものに対し認定協定を示して参加を求めた場合においてその参加を承諾しない者があるときは、農林水産省令で定めるところにより、同項の認定をした農林水産大臣又は都道府県知事に対し、その者の承諾を得るために必要なあつせんをすべきことを求めることができる。
２
農林水産大臣又は都道府県知事は、前項の規定による申請があつた場合において、認定協定に参加していない者の認定協定への参加が前条第一項の規定に照らして相当であり、かつ、認定協定の内容からみてその者に対し参加を求めることが特に必要であると認めるときは、あつせんをするものとする。
３
認定協定に参加している者は、その数が認定協定の対象となる水域において認定協定の対象となる水産資源について認定協定の対象となる種類の漁業を営む者の全ての数の三分の二以上であつて農林水産省令で定める割合を超えていることその他の農林水産省令で定める基準に該当するときは、農林水産省令で定めるところにより、農林水産大臣又は都道府県知事に対し、認定協定の目的を達成するために必要な措置を講ずべきことを求めることができる。
４
農林水産大臣又は都道府県知事は、前項の規定による申出があつた場合において、資源管理のために必要があると認めるときは、その申出の内容を勘案して、第四十四条第一項若しくは第二項（これらの規定を第五十八条において準用する場合を含む。）、第五十五条第一項、第八十六条第一項若しくは第三項、第九十三条第一項若しくは第四項又は第百十九条第一項若しくは第二項の規定により必要な措置を講ずるものとする。
（実施状況の報告）
第百二十七条
農林水産大臣又は都道府県知事は、認定協定に参加している者に対し、認定協定の実施状況について報告を求めることができる。
（漁業監督公務員）
第百二十八条
農林水産大臣又は都道府県知事は、所部の職員の中から漁業監督官又は漁業監督吏員を命じ、漁業に関する法令の励行に関する事務をつかさどらせる。
２
漁業監督官の資格について必要な事項は、政令で定める。
３
漁業監督官又は漁業監督吏員は、必要があると認めるときは、漁場、船舶、事業場、事務所、倉庫その他の場所に臨んでその状況若しくは帳簿書類その他の物件を検査し、又は関係者に対し質問をすることができる。
４
漁業監督官又は漁業監督吏員がその職務を行う場合には、その身分を証明する証票を携帯し、要求があるときはこれを提示しなければならない。
５
漁業監督官及び漁業監督吏員であつてその所属する官公署の長がその者の主たる勤務地を管轄する地方裁判所に対応する検察庁の検事正と協議をして指名したものは、漁業に関する罪に関し、刑事訴訟法（昭和二十三年法律第百三十一号）の規定による司法警察員として職務を行う。
（漁業監督官と漁業監督吏員の協力）
第百二十九条
農林水産大臣は、捜査上特に必要があると認めるときは、都道府県知事に対し、特定の事件につき、当該都道府県の漁業監督吏員を漁業監督官に協力させるべきことを求めることができる。
この場合においては、当該漁業監督吏員は、捜査に必要な範囲において、農林水産大臣の指揮監督を受けるものとする。
２
都道府県知事は、捜査上特に必要があると認めるときは、農林水産大臣に対し、特定の事件につき、漁業監督官の協力を申請することができる。
この場合においては、農林水産大臣は、適当と認めるときは、当該漁業監督官を協力させるものとする。
（漁業監督吏員と都道府県の区域）
第百三十条
漁業監督吏員は、前条に規定する場合のほか、捜査のため必要がある場合において、農林水産大臣の許可を受けたときは、当該都道府県の区域外においても、その職務を行うことができる。
（停泊命令等）
第百三十一条
農林水産大臣又は都道府県知事は、漁業者その他水産動植物を採捕し、又は養殖する者が漁業に関する法令の規定又はこれらの規定に基づく処分に違反する行為をしたと認めるとき（第二十七条及び第三十四条に規定する場合を除く。）は、当該行為をした者が使用する船舶について停泊港及び停泊期間を指定して停泊を命じ、又は当該行為に使用した漁具その他水産動植物の採捕若しくは養殖の用に供される物について期間を指定してその使用の禁止若しくは陸揚げを命ずることができる。
２