登録検査機関は、毎事業年度経過後三月以内に、当該事業年度の財産目録、貸借対照表及び損益計算書又は収支計算書並びに事業報告書（その作成に代えて電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他人の知覚によつては認識することができない方式で作られる記録であつて、電子計算機による情報処理の用に供されるものをいう。以下この条において同じ。）の作成がされている場合における当該電磁的記録を含む。次項、第百条の二十六第二項第四号及び第百三十六条において「財務諸表等」という。）を作成し、国土交通大臣に提出するとともに、五年間事務所に備えて置かなければならない。
２
船舶所有者その他の利害関係人は、登録検査機関の業務時間内は、いつでも、次に掲げる請求をすることができる。
ただし、第二号又は第四号の請求をするには、登録検査機関の定めた費用を支払わなければならない。
一
財務諸表等が書面をもつて作成されているときは、当該書面の閲覧又は謄写の請求
二
前号の書面の謄本又は抄本の請求
三
財務諸表等が電磁的記録をもつて作成されているときは、当該電磁的記録に記録された事項を国土交通省令で定める方法により表示したものの閲覧又は謄写の請求
四
前号の電磁的記録に記録された事項を電磁的方法であつて国土交通省令で定めるものにより提供することの請求又は当該事項を記載した書面の交付の請求
（業務の休廃止）
第百条の二十
登録検査機関は、国土交通大臣の許可を受けなければ、検査業務の全部又は一部を休止し、又は廃止してはならない。
（適合命令）
第百条の二十一
国土交通大臣は、登録検査機関（外国登録検査機関を除く。）が第百条の十二第二項各号のいずれかに適合しなくなつたと認めるときは、その登録検査機関に対し、これらの規定に適合するため必要な措置をとるべきことを命ずることができる。
（改善命令）
第百条の二十二
国土交通大臣は、登録検査機関（外国登録検査機関を除く。）が第百条の十四の規定に違反していると認めるときは、その登録検査機関に対し、同条の規定による検査業務を行うべきこと又は検査の方法その他の業務の方法の改善に関し必要な措置をとるべきことを命ずることができる。
（準用）
第百条の二十三
第百条の十六第二項、第百条の十七第二項及び前二条の規定は、外国登録検査機関について準用する。
この場合において、これらの規定中「命ずる」とあるのは、「請求する」と読み替えるものとする。
（報告の徴収）
第百条の二十四
国土交通大臣は、この法律を施行するため必要があると認めるときは、登録検査機関（外国登録検査機関を除く。）に対し、その業務又は経理の状況に関し報告をさせることができる。
（立入検査）
第百条の二十五
国土交通大臣は、この法律を施行するため必要があると認めるときは、その職員に、登録検査機関（外国登録検査機関を除く。）の事務所又は事業所に立ち入り、業務の状況又は帳簿書類その他の物件を検査させることができる。
２
前項の規定により立入検査をする場合においては、当該職員は、その身分を示す証明書を携帯し、かつ、関係者の請求があるときは、これを提示しなければならない。
３
第一項の規定による立入検査の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。
（登録の取消し等）
第百条の二十六
国土交通大臣は、登録検査機関（外国登録検査機関を除く。）が次の各号のいずれかに該当するときは、その登録を取り消し、又は期間を定めて検査業務の全部若しくは一部の停止を命ずることができる。
一
第百条の十二第三項第一号又は第三号に該当するに至つたとき。
二
第百条の十五、第百条の十七第一項、第百条の十九第一項、第百条の二十又は次条の規定に違反したとき。
三
第百条の十六第一項の規定による認可を受けず、又は同項の規定による認可を受けた検査業務規程によらないで検査を行つたとき。
四
第百条の十六第二項、第百条の十七第二項、第百条の二十一又は第百条の二十二の規定による命令に違反したとき。
五
正当な理由がないのに第百条の十九第二項各号の規定による請求を拒んだとき。
六
不正の手段により登録を受けたとき。
２
国土交通大臣は、外国登録検査機関が次の各号のいずれかに該当するときは、その登録を取り消すことができる。
一
前項第一号、第二号（第百条の十九第一項に係る部分を除く。）、第三号又は第六号のいずれかに該当するとき。
二
第百条の二十三の規定により読み替えて準用する第百条の十六第二項、第百条の十七第二項、第百条の二十一又は第百条の二十二の規定による請求に応じなかつたとき。
三
国土交通大臣が、外国登録検査機関が前二号のいずれかに該当すると認めて、期間を定めて検査業務の全部又は一部の停止を請求した場合において、その請求に応じなかつたとき。
四
第百条の十九第一項の規定に違反して財務諸表等を備えて置かず、財務諸表等に記載すべき事項を記載せず、若しくは虚偽の記載をし、又は正当な理由がないのに同条第二項各号の規定による請求を拒んだとき。
五
国土交通大臣が、この法律を施行するため必要があると認めて、外国登録検査機関に対しその業務又は経理の状況に関し報告を求めた場合において、その報告がされず、又は虚偽の報告がされたとき。
六
国土交通大臣が、この法律を施行するため必要があると認めて、その職員に外国登録検査機関の事務所又は事業所に立ち入らせ、業務の状況又は帳簿書類その他の物件を検査させようとした場合において、その検査が拒まれ、妨げられ、又は忌避されたとき。
七
次項の規定による費用の負担をしないとき。
３
前項第六号の検査に要する費用（政令で定めるものに限る。）は、当該検査を受ける外国登録検査機関の負担とする。
（帳簿の記載）
第百条の二十七
登録検査機関は、国土交通省令で定めるところにより、帳簿を備え、検査業務に関し国土交通省令で定める事項を記載し、これを保存しなければならない。
（公示）
第百条の二十八
国土交通大臣は、次に掲げる場合には、その旨を官報に公示しなければならない。
一
登録をしたとき。
二
第百条の十五の規定による届出があつたとき。
三
第百条の二十の規定による許可をしたとき。
四
第百条の二十六第一項の規定により登録を取り消し、又は検査業務の停止を命じたとき。
五
第百条の二十六第二項の規定により登録を取り消したとき。
第十二章　監督
（監督命令等）
第百一条
国土交通大臣は、この法律、労働基準法（船員の労働関係について適用される部分に限る。以下同じ。）又はこの法律に基づいて発する命令に違反する事実があると認めるときは、船舶所有者又は船員に対し、その違反を是正するため必要な措置をとるべきことを命ずることができる。
国土交通大臣は、前項の規定に基づく命令を発したにもかかわらず、船舶所有者又は船員がその命令に従わない場合において、船舶の航海の安全を確保するため特に必要があると認めるときは、その船舶の航行の停止を命じ、又はその航行を差し止めることができる。
この場合において、その船舶が航行中であるときは、国土交通大臣は、その船舶の入港すべき港を指定することができる。
国土交通大臣は、前項の規定による処分に係る船舶について、第一項に規定する事実がなくなつたと認めるときは、直ちにその処分を取り消さなければならない。
第百二条
国土交通大臣は、船舶所有者及び船員の間に生じた労働関係に関する紛争（労働関係調整法第六条の労働争議及び個別労働関係紛争の解決の促進に関する法律（平成十三年法律第百十二号）第四条第一項の個別労働関係紛争であつて同法第二十一条第一項の規定により読み替えられた同法第五条第一項の規定により地方運輸局長（運輸監理部長を含む。以下同じ。）が指名するあつせん員があつせんを委任されたものを除く。）の解決について、あつせんすることができる。
（外国における国土交通大臣の事務）
第百三条
この法律によつて国土交通大臣の行うべき事務は、外国にあつては、国土交通省令の定めるところにより、日本の領事官がこれを行う。
行政不服審査法（平成二十六年法律第六十八号）に定めるもののほか、領事官の行う前項の事務に係る処分又はその不作為についての審査請求に関して必要な事項は、政令で定める。
（市町村が処理する事務）
第百四条
この法律に規定する国土交通大臣の権限に属する事務の一部は、政令で定めるところにより、政令の定める基準により国土交通大臣の指定する市町村長が行うこととすることができる。
市町村長のした前項の事務（地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）第二条第九項第一号に規定する第一号法定受託事務であるものに限る。）に係る処分についての審査請求は、国土交通大臣に対してするものとする。
市町村長の行う第一項の事務（地方自治法第二条第九項第一号に規定する第一号法定受託事務であるものに限る。）に係る処分の不作為についての審査請求は、市町村長、都道府県知事又は国土交通大臣のいずれかに対してするものとする。
（船員労務官）
第百五条
国土交通大臣は、所部の職員の中から船員労務官を命じ、この法律及び労働基準法の施行に関する事項を掌らせる。
第百六条
船員労務官は、必要があると認めるときは、船舶所有者又は船員に対し、この法律、労働基準法及びこの法律に基いて発する命令の遵守に関し注意を喚起し、又は勧告をすることができる。
第百七条
船員労務官は、必要があると認めるときは、船舶所有者、船員その他の関係者に出頭を命じ、帳簿書類を提出させ、若しくは報告をさせ、又は船舶その他の事業場に立ち入り、帳簿書類その他の物件を検査し、若しくは船舶所有者、船員その他の関係者に質問をすることができる。