（埠頭群の運営の事業の引継ぎ等）
第十一条の十三
法第四十三条の十九第一項又は第二項の規定による指定の取消しに係る国際戦略港湾又は国際拠点港湾の港湾運営会社は、次に掲げる事項を行わなければならない。
一
埠頭群の運営の事業に関する書類を国際戦略港湾若しくは国際拠点港湾の港湾管理者又は当該埠頭群の運営の事業の全部を承継するものとして国土交通大臣若しくは国際拠点港湾の港湾管理者が指定する港湾運営会社に引き継ぐこと。
二
その他国土交通大臣が必要と認める事項
（財務及び営業の方針の決定に対して重要な影響を与えることが推測される事実）
第十一条の十四
法第四十三条の二十一第一項に規定する国土交通省令で定める事実は、次に掲げる事実とする。
一
役員若しくは使用人である者又はこれらであつた者であつて港湾運営会社の財務及び営業又は事業の方針の決定に関して影響を与えることができるものが、当該港湾運営会社の取締役若しくは執行役又はこれらに準ずる役職に就任していること。
二
港湾運営会社に対して重要な融資を行つていること。
三
港湾運営会社に対して重要な技術を提供していること。
四
港湾運営会社との間に重要な営業上又は事業上の取引があること。
五
その他港湾運営会社の財務及び営業又は事業の方針の決定に対して重要な影響を与えることができることが推測される事実が存在すること。
（取得又は保有の態様その他の事情を勘案して取得又は保有する議決権から除く議決権）
第十一条の十五
法第四十三条の二十一第一項に規定する国土交通省令で定めるものは、次に掲げるものとする。
一
信託業（信託業法（平成十六年法律第百五十四号）第二条第一項に規定する信託業をいう。）を営む者が信託財産として取得し、又は所有する港湾運営会社の株式に係る議決権（法第四十三条の二十一第五項第一号の規定により当該信託業を営む者が自ら取得し、又は保有する議決権とみなされるものを除く。）
二
法人の代表権を有する者又は法人の代理権を有する支配人が当該代表権又は代理権に基づき、議決権を行使することができる権限又は議決権の行使について指図を行うことができる権限を有し、又は有することとなる場合における当該法人が取得し、又は所有する港湾運営会社の株式に係る議決権
三
港湾運営会社の役員又は従業員が当該港湾運営会社の他の役員又は従業員と共同して当該港湾運営会社の株式の取得（一定の計画に従い、個別の投資判断に基づかず、継続的に行われ、各役員又は従業員の一回当たりの拠出金額が百万円に満たないものに限る。）をした場合（当該港湾運営会社が会社法（平成十七年法律第八十六号）第百五十六条第一項（同法第百六十五条第三項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定に基づき取得した株式以外の株式を取得したときは、金融商品取引法（昭和二十三年法律第二十五号）第二条第九項に規定する金融商品取引業者に委託して行つた場合に限る。）において当該取得をした港湾運営会社の株式を信託された者が取得し、又は所有する当該港湾運営会社の株式に係る議決権（法第四十三条の二十一第五項第一号の規定により当該信託された者が自ら取得し、又は保有する議決権とみなされるものを除く。）
四
相続人が相続財産として取得し、又は所有する港湾運営会社の株式（当該相続人（共同相続の場合を除く。）が単純承認（単純承認をしたものとみなされる場合を含む。）若しくは限定承認をした日までのもの又は当該相続財産の共同相続人が遺産分割を了していないものに限る。）に係る議決権
五
港湾運営会社が自己の株式の消却を行うために取得し、又は所有する当該港湾運営会社の株式に係る議決権
（取得等の制限の適用除外）
第十一条の十六
法第四十三条の二十一第二項に規定する国土交通省令で定める場合は、次に掲げる場合とする。
一
保有する対象議決権の数に増加がない場合
二
担保権の行使又は代物弁済の受領により対象議決権を取得し、又は保有する場合
三
金融商品取引業者（金融商品取引法第二十八条第一項に規定する第一種金融商品取引業を行う者に限る。）が業務として対象議決権を取得し、又は保有する場合（同法第二条第八項第一号に掲げる行為により取得し、又は保有する場合を除く。）
四
金融商品取引法第二条第三十項に規定する証券金融会社が同法第百五十六条の二十四第一項に規定する業務として対象議決権を取得し、又は保有する場合
（特定保有者の届出）
第十一条の十七
法第四十三条の二十一第三項の届出は、特定保有者となつた日から二週間以内に行わなければならない。
２
法第四十三条の二十一第三項に規定する国土交通省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一
特定保有者になつた日
二
特定保有者に該当することとなつた原因
三
その保有する対象議決権の数
四
港湾運営会社の保有基準割合未満の数の対象議決権の保有者となるために必要な措置として予定している措置
（特別の関係にある者）
第十一条の十八
法第四十三条の二十一第五項第二号（法第四十三条の二十二第二項において準用する場合を含む。）に規定する国土交通省令で定める特別の関係にある者は、次に掲げる関係にある者（地方公共団体若しくは港務局又はその総株主の議決権の三分の二以上の数の議決権を地方公共団体が保有している株式会社を除く。）とする。
一
共同で港湾運営会社の対象議決権を取得し、若しくは保有し、又は当該港湾運営会社の対象議決権を行使することを合意している者（以下この条において「共同保有者」という。）の関係
二
会社の総株主等の議決権（総株主又は総出資者の議決権をいい、株式会社にあつては、株主総会において決議をすることができる事項の全部につき議決権を行使することができない株式についての議決権を除き、会社法第八百七十九条第三項の規定により議決権を有するものとみなされる株式についての議決権を含む。以下この条において同じ。）の百分の五十を超える議決権を保有している者（以下この条において「支配株主等」という。）と当該会社（以下この条において「被支配会社」という。）との関係
三
被支配会社とその支配株主等の他の被支配会社との関係
四
夫婦の関係
２
共同保有者が合わせて会社の総株主等の議決権の百分の五十を超える議決権を保有している場合には、当該共同保有者は、それぞれ当該会社の支配株主等とみなして前項の規定を適用する。
３
支配株主等とその被支配会社が合わせて他の会社の総株主等の議決権の百分の五十を超える議決権を保有している場合には、当該他の会社も、当該支配株主等の被支配会社とみなして第一項の規定を適用する。
４
夫婦が合わせて会社の総株主等の議決権の百分の五十を超える議決権を保有している場合には、当該夫婦は、それぞれ当該会社の支配株主等とみなして第一項の規定を適用する。
５
第一項第二号及び第二項から前項までの場合において、これらの規定に規定する者が保有する議決権には、社債、株式等の振替に関する法律（平成十三年法律第七十五号）第百四十七条第一項又は第百四十八条第一項の規定により発行者に対抗することができない株式に係る議決権を含むものとする。
（対象議決権保有届出書の提出等）
第十一条の十九
法第四十三条の二十二第一項の規定により対象議決権保有届出書を提出する者は、対象議決権保有者となつた日から二週間以内に、第三号の二様式により作成した対象議決権保有届出書を、当該港湾運営会社の指定をした国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者に提出するものとする。
２
法第四十三条の二十二第一項に規定する対象議決権保有割合、保有の目的その他国土交通省令で定める事項は、第三号の二様式に定める事項とする。
（証明書の様式）
第十一条の二十
法第四十三条の二十三第二項の規定による証明書（国の職員が携帯するものを除く。）は、第三号の三様式によるものとする。
（発行済株式総数の公表等）
第十一条の二十一
法第四十三条の二十四の規定による公表は、港湾運営会社のウェブサイトへの掲載その他の適切な方法により行うものとする。
２
法第四十三条の二十四に規定する国土交通省令で定める事項は、当該港湾運営会社の発行済株式の総数及び総株主の議決権の数とする。
３
法第四十三条の二十四の規定により公表する場合において、株式の転換（当該株式がその発行会社に取得され、引換えに他の種類の株式が交付されることをいう。）又は新株予約権の行使によつて発行済株式の総数又は総株主の議決権の数に変更があつた場合における発行済株式の総数又は総株主の議決権の数は、前月末日現在のものによることができる。
４
法第四十三条の二十四の規定により公表する場合において、港湾運営会社の発行済株式の総数に変更があつたときは、その登記が行われるまでの間は、登記されている発行済株式の総数をもつて、第二項の発行済株式の総数とみなすことができる。
（料率変更の請求）
第十二条
法第四十四条第三項の規定による請求をしようとする者は、左に掲げる事項を記載した料率変更請求書を国土交通大臣に提出するものとする。
一
請求者の氏名又は名称及び住所
二
当該料率を定めた港湾管理者の名称
三
当該料率並びにそれについて不当又は違法と認める部分及びその理由
四
請求者が正当と認める料率
（入港料についての同意を要する協議）
第十二条の二
法第四十四条の二第二項前段の規定により入港料について国土交通大臣に協議し、その同意を得ようとする港湾管理者は、次に掲げる事項を記載した入港料協議書を国土交通大臣に提出するものとする。
一
当該港湾管理者の名称
二
料率の上限及びその算出の基礎
三
入港料を徴収する理由
２