一　中長期目標の期間における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該業務が通則法第三十五条の四第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ　中長期目標及び中長期計画の実施状況
ロ　当該期間における業務運営の状況
ハ　当該業務に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値
ニ　当該期間における毎年度の当該業務に係る財務情報及び人員に関する情報
二　当該業務が通則法第三十五条の四第二項第二号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について研究所が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ　中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由
ロ　業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策
ハ　過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
２
研究所は、前項に規定する報告書を厚生労働大臣及び内閣総理大臣に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。
（最初の国立研究開発法人の長の任期の終了時における業務実績等報告書）
第八条
研究所に係る通則法第三十五条の六第四項の報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
その際、研究所は、当該報告書が同条第二項の評価の根拠となる情報を提供するために作成されるものであることに留意しつつ、研究所の事務及び事業の性質、内容等に応じて区分して次に掲げる事項を記載するものとする。
一
通則法第三十五条の六第二項に規定する最初の国立研究開発法人の長の任命の日を含む事業年度から当該長の任期の末日を含む事業年度の事業年度末までの期間（以下この項において単に「期間」という。）における業務の実績。
なお、当該業務の実績は、当該業務が通則法第三十五条の四第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ
当該期間における中長期計画及び年度計画の実施状況
ロ
当該期間における業務運営の状況
ハ
当該業務に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値
ニ
当該期間における毎年度の当該業務に係る財務情報及び人員に関する情報
二
前号に掲げる業務の実績について研究所が評価を行った結果。
なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ
中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由
ロ
業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策
ハ
過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
２
研究所は、前項に規定する報告書を厚生労働大臣及び内閣総理大臣に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。
（年度計画）
第九条
研究所に係る通則法第三十五条の八において準用する通則法第三十一条第一項に規定する年度計画には、中長期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を記載しなければならない。
２
研究所は、通則法第三十五条の八において準用する通則法第三十一条第一項後段の規定により年度計画の変更をしたときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を厚生労働大臣（当該変更が法第十五条第二項第二号から第四号までに規定する業務に係るものである場合には、厚生労働大臣及び内閣総理大臣）に提出しなければならない。
（企業会計原則等）
第十条
研究所の会計については、この命令の定めるところによるものとし、この命令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２
金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。
３
平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（以下「独立行政法人会計基準」という。）は、この命令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。
（償却資産の指定等）
第十一条
厚生労働大臣は、研究所が業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２
前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。
（譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）
第十二条
厚生労働大臣は、研究所が通則法第四十六条の二第二項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）
第十三条
厚生労働大臣は、研究所が業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されていないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（財務諸表）
第十四条
研究所に係る通則法第三十八条第一項の主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に定める行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書並びに連結貸借対照表、連結損益計算書、連結キャッシュ・フロー計算書、連結剰余金計算書及び連結附属明細書とする。
（事業報告書の作成）
第十五条
研究所に係る通則法第三十八条第二項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２
事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一
研究所の目的及び業務内容
二
国の政策における研究所の位置付け及び役割
三
中長期目標の概要
四
理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五
中長期計画及び年度計画の概要
六
持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七
業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八
業績の適正な評価に資する情報
九
業務の成果及び当該業務に要した資源
十
予算及び決算の概要
十一
財務諸表の要約
十二
財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三
内部統制の運用状況
十四
研究所に関する基礎的な情報
（財務諸表等の閲覧期間）
第十六条
研究所に係る通則法第三十八条第三項の主務省令で定める期間は、五年とする。
（通則法第三十八条第四項の主務省令で定める書類）
第十七条
研究所に係る通則法第三十八条第四項の主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に定める連結貸借対照表、連結損益計算書、連結キャッシュ・フロー計算書、連結剰余金計算書及び連結附属明細書とする。
（会計監査報告の作成）
第十八条
通則法第三十九条第一項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２
会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。
ただし、会計監査人が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。
一
研究所の役員（監事を除く。）及び職員
二
研究所の子法人の取締役、会計参与、執行役、業務を執行する社員、会社法第五百九十八条第一項の職務を行うべき者その他これらの者に相当する者及び使用人
三
その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３
会計監査人は、通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表並びに同条第二項に規定する事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。
一
会計監査人の監査の方法及びその内容
二
財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が研究所の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項
イ
無限定適正意見
監査の対象となった財務諸表が独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、研究所の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨
ロ
除外事項を付した限定付適正意見
監査の対象となった財務諸表が除外事項を除き独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、研究所の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨及び除外事項
ハ