環境の保全の観点からの温室効果ガスの排出の抑制に関する基準等の策定及び規制等に関すること（モビリティに係るもの（大臣官房の所掌に属するものを除く。）に限る。）。
（海洋環境課の所掌事務）
第三十四条
海洋環境課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
湖沼及び海域における水質汚濁防止法（昭和四十五年法律第百三十八号）第三条第一項の排水基準の適用に関すること。
二
水質汚濁防止法第四条の二第一項に規定する指定水域における水質の汚濁（水質以外の水の状態又は水底の底質が悪化することを含む。）の防止のための規制に関すること。
三
瀬戸内海環境保全特別措置法の施行に関すること。
四
環境の保全の観点からの海洋汚染の防止に関する基準等の策定及び規制等に関すること。
五
環境の保全の観点からの放射性物質に係る環境の状況の把握のための監視及び測定に関する基準等の策定並びに当該監視及び測定の実施に関すること。
六
環境の保全の観点からの湖沼の保全に関する基準等の策定及び規制等に関すること（自然環境局の所掌に属するものを除く。）。
七
有明海・八代海等総合調査評価委員会の庶務に関すること。
八
前各号に掲げるもののほか、第五条第十六号に掲げる事務のうち環境の構成要素としての海洋及び湖沼（これらの水底の底質を含む。）に係るもの
第四款　自然環境局
（自然環境局に置く課）
第三十五条
自然環境局に、次の五課を置く。
総務課
自然環境計画課
国立公園課
自然環境整備課
野生生物課
（総務課の所掌事務）
第三十六条
総務課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
自然環境局の所掌事務に関する総合調整に関すること。
二
自然環境の保護及び整備に関する基本的な政策の企画及び立案並びに推進に関すること（地球環境局及び自然環境計画課の所掌に属するものを除く。）。
三
自然環境の保護及び整備に関する関係行政機関の事務の調整に関すること（地球環境局の所掌に属するものを除く。）。
四
皇居外苑、京都御苑及び新宿御苑並びに千鳥ケ淵戦没者墓苑の維持及び管理に関すること。
五
人の飼養に係る動物の愛護並びに当該動物による人の生命、身体及び財産に対する侵害の防止に関すること（野生生物課の所掌に属するものを除く。）。
六
愛玩動物看護師に関する事務のうち環境省の所掌に係るものに関すること。
七
前各号に掲げるもののほか、自然環境局の所掌事務で他の所掌に属しないものに関すること。
（自然環境計画課の所掌事務）
第三十七条
自然環境計画課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
自然環境の保全のために講ずべき施策の策定に必要な基礎調査（自然環境保全法（昭和四十七年法律第八十五号）に規定する基礎調査をいう。）その他自然環境の保護及び整備に関する基本的な政策の基礎となる事項の調査及び分析並びに情報の収集、整理及び提供に関すること。
二
自然環境保全基本方針（自然環境保全法に規定する自然環境保全基本方針をいう。）に関すること。
三
南極地域の環境の保護に関すること。
四
自然環境が優れた状態を維持している地域における当該自然環境の保全に関すること（自然環境整備課の所掌に属するものを除く。）。
五
景勝地及び休養地並びに公園の整備に関すること（国立公園課及び自然環境整備課の所掌に属するものを除く。）。
六
生物の多様性の確保に関すること（野生生物課の所掌に属するものを除く。）。
七
環境の保全の観点からの森林及び緑地の保全に関する基準等の策定及び規制等に関すること。
八
環境の保全の観点からの河川及び湖沼の保全に関する基準等の策定及び規制等に関すること（自然環境の保護及び整備のために行うものに限る。）。
九
前二号に掲げるもののほか、その目的及び機能の一部に自然環境の保護及び整備が含まれる事務及び事業に関する自然環境の保護及び整備の観点からの基準等の策定並びに当該観点からの規制等に関すること（野生生物課の所掌に属するものを除く。）。
（国立公園課の所掌事務）
第三十八条
国立公園課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
自然公園の保護及び整備（自然環境整備課の所掌に属するものを除く。）並びに自然公園に関する事業の振興に関すること。
二
景勝地及び休養地並びに公園に係る観光及び休養に関する調査に関すること。
三
自然環境の健全な利用のための活動の増進に関すること。
（自然環境整備課の所掌事務）
第三十九条
自然環境整備課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
国立公園に関する公園事業その他の自然環境局の所掌に属する事業に係る施設の整備に関する助成及び指導並びに当該施設の工事の実施に関すること。
二
温泉の保護及び整備並びに温泉に関する事業の振興に関すること。
三
自然環境局の所掌事務に関する技術の開発及び普及に関する事務の総括に関すること。
（野生生物課の所掌事務）
第四十条
野生生物課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
野生動植物の種の保存並びに野生鳥獣の保護及び管理並びに狩猟の適正化に関すること。
二
外来生物による生態系、人の生命若しくは身体又は農林水産業に係る被害の防止に関すること。
三
前二号に掲げるもののほか、専ら自然環境の保護及び整備を目的とする事務及び事業に関すること並びにその目的及び機能の一部に自然環境の保護及び整備が含まれる事務及び事業に関する自然環境の保護及び整備の観点からの基準等の策定並びに当該観点からの規制等に関すること（野生生物の保護のために行うものに限る。）。
第五款　環境再生・資源循環局
（環境再生・資源循環局に置く課等）
第四十一条
環境再生・資源循環局に、次の三課及び参事官四人（うち一人は、関係のある他の職を占める者をもって充てられるものとする。）を置く。
総務課
廃棄物適正処理推進課
廃棄物規制課
（総務課の所掌事務）
第四十二条
総務課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
環境再生・資源循環局の所掌事務に関する総合調整に関すること。
二
環境の保全に関する基本的な政策の企画及び立案並びに推進に関すること（資源の循環利用等に係るものに限る。）。
三
環境の保全に関する関係行政機関の事務の調整に関すること（資源の循環利用等に係るものに限る。）。
四
廃棄物の排出の抑制及び適正な処理に関すること（廃棄物の再生に係るもの（廃棄物処理法の施行に関すること、独立行政法人環境再生保全機構の行う業務に関すること並びに中間貯蔵・環境安全事業株式会社の行う中間貯蔵・環境安全事業株式会社法（平成十五年法律第四十四号）第七条第一項第一号から第四号までに掲げる業務及びこれらに附帯する業務に関することを除く。）に限る。）。
五
廃棄物の処理施設の整備に関する計画の立案に関すること。
六
広域臨海環境整備センターの行う業務に関すること。
七
環境の保全の観点からの資源の再利用の促進に関する基準等の策定及び規制等に関すること。
八
前各号に掲げるもののほか、環境再生・資源循環局の所掌事務で他の所掌に属しないものに関すること。
（廃棄物適正処理推進課の所掌事務）
第四十三条
廃棄物適正処理推進課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
一般廃棄物（廃棄物処理法第二条第二項に規定する一般廃棄物をいう。）の排出の抑制及び適正な処理に関すること（総務課、廃棄物規制課及び参事官の所掌に属するものを除く。）。
二
浄化槽によるし尿及び雑排水の処理に関すること。
三
清掃に関すること。
四
原子炉の運転等に起因する事故により放出された放射性物質により汚染された廃棄物（ごみ、粗大ごみ、燃え殻、汚泥、ふん尿、廃油、廃酸、廃アルカリ、動物の死体その他の汚物又は不要物であって、固形状又は液状のものをいい、廃棄物処理法第二条第一項に規定する廃棄物を除く。第四十五条第六号において同じ。）の適正な処理に関すること（参事官の所掌に属するものを除く。）。
五
環境の保全の観点からの下水道の終末処理場の維持及び管理に関する基準等の策定及び規制等に関すること。
六
下水道の整備等に伴う一般廃棄物処理業等の合理化に関する特別措置法の施行に関すること。
七
環境再生・資源循環局の所掌事務に関する技術の開発及び普及に関する事務の総括に関すること（原子力災害からの環境の再生に係る技術に関するものを除く。）。
（廃棄物規制課の所掌事務）
第四十四条
廃棄物規制課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
特定有害廃棄物等の輸出、輸入、運搬及び処分の規制に関すること。
二
産業廃棄物（廃棄物処理法第二条第四項に規定する産業廃棄物をいう。）の排出の抑制及び適正な処理に関すること（総務課、廃棄物適正処理推進課及び参事官の所掌に属するものを除く。）。
三
廃棄物の処理に関する基準に関すること（総務課の所掌に属するものを除く。）。
四
爆発性、毒性、感染性その他の人の健康又は生活環境に係る被害を生ずるおそれがある性状を有する廃棄物の適正な処理に関すること（ポリ塩化ビフェニル廃棄物（ポリ塩化ビフェニル廃棄物の適正な処理の推進に関する特別措置法（平成十三年法律第六十五号）第二条第一項に規定するポリ塩化ビフェニル廃棄物をいう。次条第三号において同じ。）の確実かつ適正な処理の推進に関するものを除く。）。
五
有害使用済機器（廃棄物処理法第十七条の二第一項に規定する有害使用済機器をいう。）の保管、処分及び再生の規制に関すること。
六
独立行政法人環境再生保全機構の行う業務（廃棄物処理法第八条の五第三項（廃棄物処理法第十五条の二の四において準用する場合を含む。）の規定による維持管理積立金の管理に係ることに限る。）に関すること。
（参事官の職務）
第四十五条