ただし、いずれかの条約締約国から漁獲のための許可を受けている許可船舶等により、当該許可に係る当該条約締約国の領海又は排他的経済水域を航行する場合は、この限りでない。
（中西部太平洋オブザーバーの乗船）
第三十八条
大中型まき網漁業者は、農林水産大臣が別に定めて告示する海域において操業する場合であつて、農林水産大臣が中西部太平洋条約を実施するため必要があると認めて中西部太平洋条約第二十八条４に規定するオブザーバー（以下この条において「中西部太平洋オブザーバー」という。）を当該許可に係る船舶に乗船させることを命じたときは、当該命令に従つて中西部太平洋オブザーバーを乗船させなければならない。
２
農林水産大臣は、前項の規定による命令をしようとするときは、行政手続法（平成五年法律第八十八号）第十三条第一項の規定による意見陳述のための手続の区分にかかわらず、聴聞を行わなければならない。
３
第一項の規定による命令に係る聴聞の期日における審理は、公開により行わなければならない。
４
中西部太平洋オブザーバーは、中西部太平洋条約で定める範囲内で、まぐろ類等地域漁業管理機関（まぐろ類等の保存のための地域的な漁業管理のための機関をいう。以下同じ。）であつて中西部太平洋条約海域を管轄するものにおいて取り決められた措置の実施の状況を監視することその他の措置を行うものとする。
（大中型まき網漁業に係る漁具の制限）
第三十九条
大中型まき網漁業者は、農林水産大臣が別に定めて告示する海域において、我が国が締結した漁業に関する条約その他の国際約束を実施するために必要な漁具に関する制限として当該海域ごとに農林水産大臣が別に定めて告示するものに違反して操業してはならない。
（運搬船の届出）
第四十条
大中型まき網漁業者は、当該漁業の漁獲物を、当該漁獲物を採捕した船舶以外の船舶（以下この項において「運搬船」という。）により輸送する場合には、あらかじめ、当該許可に係る船舶ごとに、別記様式第四号の運搬船届出書に次に掲げる書類を添え、農林水産大臣に届け出なければならない。
一
運搬船に係る漁船法による漁船の登録の謄本
二
運搬船に係る船舶安全法に基づく船舶検査証書の写し
三
運搬船を使用する権利が所有権以外の場合には、当該権利を有することを証する書面
２
大中型まき網漁業者は、前項の運搬船届出書の記載事項に変更を生じたときは、速やかに、当該変更に係る事項を農林水産大臣に届け出なければならない。
（火船等の届出）
第四十一条
大中型まき網漁業者は、当該漁業に火船又は魚探船を使用する場合には、当該許可に係る船舶ごとに、あらかじめ、別記様式第五号の火船等届出書に次に掲げる書類を添え、農林水産大臣に届け出なければならない。
一
火船又は魚探船に係る漁船法による漁船の登録の謄本
二
火船又は魚探船に係る船舶安全法に基づく船舶検査証書の写し
三
火船又は魚探船を使用する権利が所有権以外の場合には、当該権利を有することを証する書面
２
大中型まき網漁業者は、前項の火船等届出書の記載事項に変更を生じたときは、速やかに、当該変更に係る事項を農林水産大臣に届け出なければならない。
（陸揚げ又は転載の届出）
第四十二条
大中型まき網漁業者は、漁獲物又はその製品を日本国外の地に陸揚げし、又は当該漁獲物を採捕し、若しくは当該製品を製造した船舶から他の船舶に転載しようとするとき（第二十七条第二号から第四号までのいずれかに該当する場合を除く。）は、当該陸揚げ又は転載を行う十日前までに、次に掲げる事項を農林水産大臣に届け出なければならない。
一
当該陸揚げ又は転載の年月日
二
当該陸揚げ若しくは転載を行う港の名称又は当該転載を行う海域
三
当該陸揚げ又は転載を行う漁獲物又はその製品の量
四
当該陸揚げ又は転載を行う船舶の名称及び漁船登録番号
２
大中型まき網漁業者は、前項の届出事項に変更を生じたときは、速やかにその旨を農林水産大臣に届け出なければならない。
（さめ、かじき、又はいとまきえい科の販売の禁止）
第四十三条
大中型まき網漁業者は、中西部太平洋条約海域においてさめ（くろとがりざめ及びよごれに限る。以下この条において同じ。）を採捕し、インド洋協定海域において体長六十センチメートル未満のかじき（まかじき、しろかじき、にしくろかじき及びばしょうかじきに限る。以下この条及び別表第四のかつお・まぐろ漁業の項第十六号において同じ。）を採捕し、又は中西部太平洋条約海域若しくはインド洋協定海域においていとまきえい科を採捕したときは、当該さめ、かじき又はいとまきえい科を販売してはならない。
（漁獲物等の転載制限）
第四十三条の二
第三十条の二の規定は、大中型まき網漁業に準用する。
ただし、中西部太平洋条約第三条３の規定により同条約を適用することとされている魚種であって第九十五条第一項の規定に基づき、農林水産大臣が別に定めて告示するもののみを転載する場合は、この限りでない。
第九節　基地式捕鯨業
（捕獲の制限）
第四十四条
基地式捕鯨業の許可を受けた者（以下「基地式捕鯨業者」という。）は、乳飲み稚鯨又は稚鯨（乳飲み稚鯨を含む。）を伴う雌鯨を捕獲してはならない。
（鯨体処理場の使用の許可等）
第四十五条
基地式捕鯨業者は、当該基地式捕鯨業の許可に係る船舶ごとに、その使用する鯨体処理場について農林水産大臣の許可を受けなければならない。
これを変更する場合も、同様とする。
２
基地式捕鯨業者は、鯨を捕獲した船舶に係る鯨体処理場で前項の許可を受けたもの以外の場所に、当該鯨を陸揚げしてはならない。
３
基地式捕鯨業者は、第一項の許可を受けた鯨体処理場以外の場所において、捕獲した鯨を処理してはならない。
４
第一項の許可は、当該許可に係る船舶についての基地式捕鯨業の許可が効力を失ったときは、その効力を失う。
（捕獲鯨の表示及び報告）
第四十六条
基地式捕鯨業に従事する船舶の船長は、鯨を捕獲したときは、その都度、当該鯨の尾羽にあらかじめ農林水産大臣に届け出た船名表示記号及び捕獲の順序を示す番号を表示しなければならない。
２
基地式捕鯨業に従事する船舶の船長は、鯨を捕獲したときは、三時間以内に次の各号に掲げる事項を当該鯨を処理しようとする鯨体処理場の設置の許可を受けた者に報告しなければならない。
一
捕獲の日時及び位置
二
鯨の種類
三
尾羽に表示した番号
第十節　母船式捕鯨業
（母船式捕鯨業の漁獲物等の輸送制限）
第四十七条
母船式捕鯨業の許可を受けた者（以下「母船式捕鯨業者」という。）は、当該母船式捕鯨業の許可に係る母船及び独航船以外の船舶によって当該母船式捕鯨業の漁獲物又はその製品を輸送する場合には、農林水産大臣の許可を受けなければならない。
（捕獲の制限）
第四十八条
母船式捕鯨業者は、乳飲み稚鯨及び稚鯨（乳飲み稚鯨を含む。）を伴う雌鯨を捕獲してはならない。
（捕獲鯨の表示及び報告）
第四十九条
母船式捕鯨業に従事する独航船の船長は、鯨を捕獲したときは、その都度、当該鯨の尾羽にあらかじめ農林水産大臣に届け出た船名表示記号及び捕獲の順序を示す番号を表示しなければならない。
２
母船式捕鯨業に従事する独航船の船長は、鯨を捕獲したときは、三時間以内に次の各号に掲げる事項を当該独航船の属する船団の母船の船長に報告しなければならない。
一
捕獲の日時及び位置
二
鯨の種類
三
尾羽に表示した番号
第五十条
母船式捕鯨業に従事する母船の船長は、前条第二項の規定による報告を受けたときは、速やかに、当該報告に係る事項を帳簿に記載し、かつ、当該鯨につき次に掲げる事項をその判明の都度、これに併記しなければならない。
一
処理開始の日時
二
体長
三
性別
四
乳分泌の有無
五
胎児の性別及び体長
六
この省令に違反する事実のある場合には、その詳細
２
前項第二号及び第五号の規定において「体長」とは、鯨の甲板及び鯨体（例外的な場合を除くほか、鯨体背部に沿うものとする。）に平行な上あごの先端（まっこう鯨にあっては、頭の最先端）から尾ひれの岐点までの直線の長さをいう。
第十一節　かじき等流し網漁業
（船舶の塗装）
第五十一条
かじき等流し網漁業の許可を受けた者（以下この節において「かじき等流し網漁業者」という。）は、当該許可に係る船舶の船橋の周囲を三十センチメートルの幅で帯状に黒色で塗装しなければ、当該船舶を当該漁業に使用してはならない。
（浮標の標識等）
第五十二条
かじき等流し網漁業者は、敷設した流し網の次の各号に掲げる浮標に、それぞれ当該各号に掲げる標識等を水面上一・五メートル（別記様式第六号による標識については、浮標の表面から二メートル）以上の高さに掲げなければならない。
一
両端部の浮標
昼間にあっては別記様式第六号による標識及びレーダー反射板（金属製のものに限る。以下同じ。）、夜間にあっては白色の灯火及びレーダー反射板
二
中間部のおおむね三キロメートルごとの浮標
昼間にあっては別記様式第六号による標識、夜間にあっては白色の灯火
２
前項各号の灯火は、夜間において視界が良好な場合に少なくとも二海里離れた所から視認されるものでなければならない。
（さめの魚体の所持等の制限）
第五十三条
かじき等流し網漁業者は、採捕したさめを所持したときは、次に掲げる行為をしなければならない。
ただし、当該かじき等流し網漁業者が日本国外で当該さめの一部を陸揚げした場合は、この限りでない。
一
当該さめの全ての部分（頭部、内臓及び皮を除く。）を陸揚げまでの間、船上において所持すること。
二
当該さめを陸揚げするときに、前号の規定により所持したものを陸揚げすること。
（漁具の制限）
第五十四条