施行日後の研究機構等は、施行日の前日に施行日前の研究機構等の職員として在職し、附則第二条の規定により引き続いて施行日後の研究機構等の職員となった者のうち施行日から雇用保険法（昭和四十九年法律第百十六号）による失業等給付の受給資格を取得するまでの間に当該施行日後の研究機構等を退職したものであって、その退職した日まで当該施行日前の研究機構等の職員として在職したものとしたならば国家公務員退職手当法第十条の規定による退職手当の支給を受けることができるものに対しては、同条の規定の例により算定した退職手当の額に相当する額を退職手当として支給するものとする。
（国家公務員退職手当法の適用に関する経過措置）
第五条
施行日前に施行日前の研究機構等を退職した者の退職手当について国家公務員退職手当法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第九十五号）附則第二条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法第一条の規定による改正前の国家公務員退職手当法第十二条の二及び第十二条の三の規定の適用については、独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構、独立行政法人種苗管理センター、独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業生物資源研究所、独立行政法人農業環境技術研究所、独立行政法人農業工学研究所及び独立行政法人食品総合研究所を退職した者にあっては国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の、独立行政法人水産総合研究センター、独立行政法人さけ・ます資源管理センター及び独立行政法人水産大学校を退職した者にあっては国立研究開発法人水産研究・教育機構の、独立行政法人家畜改良センターを退職した者にあっては独立行政法人家畜改良センターの、独立行政法人国際農林水産業研究センターを退職した者にあっては国立研究開発法人国際農林水産業研究センターの、独立行政法人森林総合研究所及び独立行政法人林木育種センターを退職した者にあっては国立研究開発法人森林研究・整備機構の理事長は、同法第十二条の二第一項に規定する各省各庁の長等とみなす。
（労働組合についての経過措置）
第六条
この法律の施行の際現に存する特定独立行政法人等の労働関係に関する法律（昭和二十三年法律第二百五十七号。次条において「特労法」という。）第四条第二項に規定する労働組合であって、その構成員の過半数が附則第二条の規定により施行日後の研究機構等の職員となる者であるものは、この法律の施行の際労働組合法（昭和二十四年法律第百七十四号）の適用を受ける労働組合となるものとする。
この場合において、当該労働組合が法人であるときは、法人である労働組合となるものとする。
２
前項の規定により法人である労働組合となったものは、施行日から起算して六十日を経過する日までに、労働組合法第二条及び第五条第二項の規定に適合する旨の労働委員会の証明を受け、かつ、その主たる事務所の所在地において登記しなければ、その日の経過により解散するものとする。
３
第一項の規定により労働組合法の適用を受ける労働組合となったものについては、施行日から起算して六十日を経過する日までは、同法第二条ただし書（第一号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
（不当労働行為の申立て等についての経過措置）
第七条
施行日前に特労法第十八条の規定に基づき施行日前の研究機構等がした解雇に係る中央労働委員会に対する申立て及び中央労働委員会による命令の期間については、なお従前の例による。
２
この法律の施行の際現に中央労働委員会に係属している施行日前の研究機構等とその職員に係る特労法の適用を受ける労働組合とを当事者とするあっせん、調停又は仲裁に係る事件に関する特労法第三章（第十二条から第十六条までの規定を除く。）及び第六章に規定する事項については、なお従前の例による。
（農業者大学校等の解散等）
第八条
農業者大学校等は、この法律の施行の時において解散するものとし、次項の規定により国が承継する資産を除き、その一切の権利及び義務は、その時において独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が承継する。
２
この法律の施行の際現に農業者大学校等が有する権利のうち、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構がその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、この法律の施行の時において国が承継する。
３
前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。
４
農業者大学校等の平成十八年三月三十一日に終わる事業年度における業務の実績についての独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号。以下「通則法」という。）第三十二条第一項の規定による評価及び同日に終わる中期目標の期間（通則法第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間をいう。以下同じ。）における業務の実績についての通則法第三十四条第一項の規定による評価は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が受けるものとする。
この場合において、通則法第三十二条第三項（通則法第三十四条第三項において準用する場合を含む。）の規定による通知及び勧告は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構に対してなされるものとする。
５
農業者大学校等の平成十八年三月三十一日に終わる中期目標の期間に係る通則法第三十三条の規定による事業報告書の提出及び公表は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が行うものとする。
６
農業者大学校等の平成十八年三月三十一日に終わる事業年度に係る通則法第三十八条及び第三十九条の規定により財務諸表等に関し独立行政法人が行わなければならないとされる行為は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が行うものとする。
７
農業者大学校等の平成十八年三月三十一日に終わる事業年度における通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による利益及び損失の処理に係る業務は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が行うものとする。
８
前項の規定による処理において、通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、当該積立金の処分は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が行うものとする。
この場合において、附則第二十一条の規定による廃止前の独立行政法人農業者大学校法（平成十一年法律第百八十八号。以下「旧農業者大学校法」という。）第十一条、附則第二十一条の規定による廃止前の独立行政法人農業工学研究所法（平成十一年法律第百九十五号。以下「旧農業工学研究所法」という。）第十一条及び附則第二十一条の規定による廃止前の独立行政法人食品総合研究所法（平成十一年法律第百九十六号。以下「旧食品総合研究所法」という。）第十一条の規定（これらの規定に係る罰則を含む。）は、なおその効力を有するものとし、旧農業者大学校法第十一条第一項、旧農業工学研究所法第十一条第一項及び旧食品総合研究所法第十一条第一項中「当該中期目標の期間の次の」とあるのは「独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の平成十八年四月一日に始まる」と、「次の中期目標の期間における前条」とあるのは「中期目標の期間における独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成十一年法律第百九十二号）第十四条」とする。
９
第一項の規定により農業者大学校等が解散した場合における解散の登記については、政令で定める。
（独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構への出資）
第九条
前条第一項の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が農業者大学校等の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が承継する資産の価額（同条第八項の規定によりなおその効力を有するものとして読み替えて適用される旧農業者大学校法第十一条第一項、旧農業工学研究所法第十一条第一項又は旧食品総合研究所法第十一条第一項の規定による承認を受けた金額があるときは、当該金額に相当する金額を除く。）から負債の金額を差し引いた額は、政府から独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構に対し第一条の規定による改正後の独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構法（以下「新研究機構法」という。）第十五条第一号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとする。
この場合において、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構は、新研究機構法第六条第二項の認可を受けることなく、その額により資本金を増加するものとする。
２
前項に規定する資産の価額は、施行日現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。
３
前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。
（独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が権利を承継する場合における非課税）
第十条
附則第八条第一項の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が権利を承継する場合における当該承継に伴う登記又は登録については、登録免許税を課さない。
２
附則第八条第一項の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が権利を承継する場合における当該承継に係る不動産又は自動車の取得に対しては、不動産取得税又は自動車取得税を課することができない。
（独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構に対してされた出資に関する経過措置）
第十一条