この法律の施行の際現に旧法第十二条の四第一項の規定による品種登録を受けている品種で同条第二項の有効期間が満了していないものについては、当該期間が満了するまでの間は、その品種について新法第十九条第一項の規定による育成者権が発生しているものとみなす。
この場合において、新法第三十八条第一項中「第十九条第二項に規定する存続期間の満了までの各年」とあるのは、「種苗法（昭和二十二年法律第百十五号）第十二条の四第二項の有効期間が満了するまでの各年」と読み替えるものとする。
２
前項の規定により育成者権が発生しているものとみなされた品種についてこの法律の施行の際現に旧法第十二条の五第二項第七号に該当している使用者等又はその一般承継人については、新法第八条第三項の規定による通常利用権を有するものとみなす。
３
第一項の規定により育成者権が発生しているものとみなされた品種についてこの法律の施行の際現にされている旧法第十二条の五第二項第一号の許諾は、新法第二十六条第一項の規定による通常利用権の許諾とみなす。
（品種の名称に関する経過措置）
第五条
附則第三条第一項の規定により新法第五条第一項の品種登録出願がされたものとみなされた品種のうち、商標法の一部を改正する法律（平成三年法律第六十五号）の施行前に旧法第七条第一項の規定による登録の出願があったものについては、新法第四条第一項中「次の各号のいずれか」とあるのは「第一号、第二号又は第四号」と、新法第十六条第一項中「第四条第一項各号のいずれか」とあるのは「第四条第一項第一号、第二号又は第四号」と、新法第四十一条第一項中「第四条第一項第二号から第四号までのいずれか」とあるのは「第四条第一項第二号又は第四号」と読み替えるものとする。
２
前条第一項の規定により育成者権が発生しているものとみなされた品種のうち、商標法の一部を改正する法律の施行前に旧法第七条第一項の規定による登録の出願があったものについては、新法第四十一条第一項中「第四条第一項第二号から第四号までのいずれか」とあるのは、「第四条第一項第二号又は第四号」と読み替えるものとする。
３
前二項の規定の適用を受ける品種の名称を表示する商標の当該品種の種苗についての使用については、商標法の一部を改正する法律による改正後の商標法（昭和三十四年法律第百二十七号）第三十七条の規定にかかわらず、なお従前の例による。
ただし、第一項の規定の適用を受ける品種について登録がされないことが確定したときは、この限りでない。
（施行前に育成された品種に関する経過措置）
第六条
新法第二十条第二項第一号に該当する品種であって、この法律の施行前に育成されたものについては、同項の規定にかかわらず、同項の育成者権者の権利は及ばないものとする。
２
前項の規定の適用を受ける新法第二十条第二項第一号に該当する品種については、新法第十四条第一項の規定にかかわらず、その利用に対する補償金の支払を請求することができないものとする。
（農業を営んでいる者についての経過措置）
第七条
この法律の施行の際現に登録品種等の種苗を用いて農業を営んでいる者で新法第二十一条第二項の政令で定めるものに該当するものについては、当該種苗を最初に育成者権者、専用利用権者又は通常利用権者により譲渡された登録品種等の種苗とみなして、同項の規定を適用する。
（登録料に関する経過措置）
第八条
この法律の施行前に旧法第十二条の十二第二項の規定により納付された各年分の登録料は、新法第三十八条第一項の規定により納付された当該各年分の登録料とみなす。
２
この法律の施行前に旧法第十二条の四第一項の規定による品種登録を受けた品種であってこの法律の施行の際旧法第十二条の十二第四項に規定する期間が経過していないものに係る第一年分の登録料については、新法第三十八条第一項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
（指定種苗に関する経過措置）
第九条
この法律の施行の際現に旧法第一条の二第二項の規定により農林水産大臣の指定を受けている種苗は、新法第二条第五項の規定により農林水産大臣が指定した種苗とみなす。
２
この法律の施行前に旧法第二条第一項及び第二項の規定による届出をした者（農産種苗法の一部を改正する法律（昭和五十三年法律第八十九号）附則第三条の規定により旧法第二条第一項及び第二項の規定による届出をしたものとみなされた者を含む。）は、新法第四十九条第一項及び第二項による届出をしたものとみなす。
３
この法律の施行の際現に旧法第三条第三項の規定により定められている基準は、新法第五十条第三項の規定により定められた基準とみなす。
４
この法律の施行前に旧法第三条第四項の規定によりされた勧告は、新法第五十条第四項の規定によりされた勧告とみなす。
５
この法律の施行の際現に旧法第五条第一項の規定により定められている基準は、新法第五十二条第一項の規定により定められた基準とみなす。
６
この法律の施行前に旧法第五条第二項の規定によりされた勧告は、新法第五十二条第二項の規定によりされた勧告とみなす。
（罰則の適用に関する経過措置）
第十条
この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第十一条
附則第三条から前条までに定めるもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、行政機関の保有する情報の公開に関する法律（平成十一年法律第四十二号。以下「情報公開法」という。）の施行の日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一から三まで
略
四
第十三条の規定
種苗法（平成十年法律第八十三号）又はこの法律の施行の日のうちいずれか遅い日
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、平成十二年四月一日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一
第一条中地方自治法第二百五十条の次に五条、節名並びに二款及び款名を加える改正規定（同法第二百五十条の九第一項に係る部分（両議院の同意を得ることに係る部分に限る。）に限る。）、第四十条中自然公園法附則第九項及び第十項の改正規定（同法附則第十項に係る部分に限る。）、第二百四十四条の規定（農業改良助長法第十四条の三の改正規定に係る部分を除く。）並びに第四百七十二条の規定（市町村の合併の特例に関する法律第六条、第八条及び第十七条の改正規定に係る部分を除く。）並びに附則第七条、第十条、第十二条、第五十九条ただし書、第六十条第四項及び第五項、第七十三条、第七十七条、第百五十七条第四項から第六項まで、第百六十条、第百六十三条、第百六十四条並びに第二百二条の規定
公布の日
（国等の事務）
第百五十九条
この法律による改正前のそれぞれの法律に規定するもののほか、この法律の施行前において、地方公共団体の機関が法律又はこれに基づく政令により管理し又は執行する国、他の地方公共団体その他公共団体の事務（附則第百六十一条において「国等の事務」という。）は、この法律の施行後は、地方公共団体が法律又はこれに基づく政令により当該地方公共団体の事務として処理するものとする。
（処分、申請等に関する経過措置）
第百六十条
この法律（附則第一条各号に掲げる規定については、当該各規定。以下この条及び附則第百六十三条において同じ。）の施行前に改正前のそれぞれの法律の規定によりされた許可等の処分その他の行為（以下この条において「処分等の行為」という。）又はこの法律の施行の際現に改正前のそれぞれの法律の規定によりされている許可等の申請その他の行為（以下この条において「申請等の行為」という。）で、この法律の施行の日においてこれらの行為に係る行政事務を行うべき者が異なることとなるものは、附則第二条から前条までの規定又は改正後のそれぞれの法律（これに基づく命令を含む。）の経過措置に関する規定に定めるものを除き、この法律の施行の日以後における改正後のそれぞれの法律の適用については、改正後のそれぞれの法律の相当規定によりされた処分等の行為又は申請等の行為とみなす。
２
この法律の施行前に改正前のそれぞれの法律の規定により国又は地方公共団体の機関に対し報告、届出、提出その他の手続をしなければならない事項で、この法律の施行の日前にその手続がされていないものについては、この法律及びこれに基づく政令に別段の定めがあるもののほか、これを、改正後のそれぞれの法律の相当規定により国又は地方公共団体の相当の機関に対して報告、届出、提出その他の手続をしなければならない事項についてその手続がされていないものとみなして、この法律による改正後のそれぞれの法律の規定を適用する。
（不服申立てに関する経過措置）
第百六十一条
施行日前にされた国等の事務に係る処分であって、当該処分をした行政庁（以下この条において「処分庁」という。）に施行日前に行政不服審査法に規定する上級行政庁（以下この条において「上級行政庁」という。）があったものについての同法による不服申立てについては、施行日以後においても、当該処分庁に引き続き上級行政庁があるものとみなして、行政不服審査法の規定を適用する。
この場合において、当該処分庁の上級行政庁とみなされる行政庁は、施行日前に当該処分庁の上級行政庁であった行政庁とする。
２
前項の場合において、上級行政庁とみなされる行政庁が地方公共団体の機関であるときは、当該機関が行政不服審査法の規定により処理することとされる事務は、新地方自治法第二条第九項第一号に規定する第一号法定受託事務とする。
（罰則に関する経過措置）
第百六十三条
この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。