研究機構は、通則法第四十六条の三第一項の規定により、基礎的研究業務に係る民間等出資に係る不要財産（同項に規定する民間等出資に係る不要財産をいう。以下同じ。）について、当該民間等出資に係る不要財産に係る出資者（以下単に「出資者」という。）に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として農林水産大臣及び財務大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告することについて認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣及び財務大臣に提出しなければならない。
一
民間等出資に係る不要財産の内容
二
不要財産であると認められる理由
三
当該不要財産の取得の日及び申請の日における不要財産の帳簿価額（現金及び預金にあっては、取得の日及び申請の日におけるその額）
四
当該不要財産の取得に係る出資の内容（出資者が複数ある場合にあっては、出資者ごとの当該不要財産の取得の日における帳簿価額に占める出資額の割合を含む。）
五
催告の内容
六
当該不要財産により払戻しをする場合には、当該不要財産の評価額
七
通則法第四十六条の三第三項の規定により農林水産大臣及び財務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをする場合には、当該不要財産の譲渡によって得られる収入の見込額並びに譲渡に要する費用の費目、費目ごとの見込額及びその合計額
八
前号の場合における譲渡の方法
九
第七号の場合における譲渡の予定時期
十
その他必要な事項
２
農林水産大臣及び財務大臣は、前項の規定による申請に係る払戻しの方法が通則法第四十六条の三第三項の規定により農林水産大臣及び財務大臣が定める基準により算定した金額による払戻しである場合において、同条第一項の規定による認可をしたときは、次に掲げる事項を研究機構に通知するものとする。
一
通則法第四十六条の三第一項の規定により当該不要財産に係る出資額として農林水産大臣及び財務大臣が定める額の持分
二
通則法第四十六条の三第三項の規定により農林水産大臣及び財務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをする場合における当該払戻しの見込額
（中長期計画に定めた不要財産の払戻しの催告に係る通知）
第十三条
研究機構は、通則法第四十四条第三項に規定する中長期計画において通則法第三十五条の五第二項第五号の計画を定めた場合において、通則法第四十六条の三第一項の規定により、基礎的研究業務に係る民間等出資に係る不要財産について、出資者に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として農林水産大臣及び財務大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告しようとするときは、前条第一項各号に掲げる事項を農林水産大臣及び財務大臣に通知しなければならない。
２
農林水産大臣及び財務大臣は、前項の規定による通知を受けたときは、遅滞なく、財務大臣にその旨を通知するものとする。
（催告の方法）
第十四条
基礎的研究業務に係る通則法第四十六条の三第一項の主務省令で定める催告の方法は、次に掲げる事項を記載した書面の提出又は当該事項の電磁的方法（電子的方法、磁気的方法その他人の知覚によっては認識することができない方法をいう。）による提供とする。
一
民間等出資に係る不要財産の内容
二
通則法第四十六条の三第一項の規定に基づき当該不要財産に係る出資額として農林水産大臣及び財務大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨
三
通則法第四十六条の三第一項の規定による払戻しについて、次に掲げる方法のうちいずれの方法によるかの別
イ
当該不要財産の払戻しをすること。
ロ
通則法第四十六条の三第三項の規定により農林水産大臣及び財務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをすること。
四
当該払戻しを行う予定時期
五
第三号ロの方法による払戻しの場合における当該払戻しの見込額
２
前項の規定により催告するに際し、当該不要財産の評価額が当該不要財産の帳簿価額を超えることその他の事情があるため、払戻しの方法が同項第三号イの方法により難い場合には、その旨を当該催告の相手方に対し、通知するものとする。
（民間等出資に係る不要財産の譲渡の報告等）
第十五条
研究機構は、通則法第四十六条の三第三項の規定により基礎的研究業務に係る民間等出資に係る不要財産の譲渡を行ったときは、遅滞なく、次に掲げる事項を記載した報告書を農林水産大臣及び財務大臣に提出するものとする。
一
当該不要財産の内容
二
譲渡によって得られた収入の額
三
譲渡に要した費用の費目、費目ごとの金額及びその合計額
四
譲渡した時期
五
通則法第四十六条の三第二項の規定により払戻しを請求された持分の額
２
前項の報告書には、同項各号に掲げる事項を証する書類を添付するものとする。
３
農林水産大臣及び財務大臣は、第一項の報告書の提出を受けたときは、通則法第四十六条の三第三項の規定により農林水産大臣及び財務大臣が定める基準により算定した金額（当該算定した金額が第一項第五号の持分の額に満たない場合にあっては、当該持分のうち同条第三項の規定により農林水産大臣及び財務大臣が定める額の持分を含む。）を研究機構に通知するものとする。
４
研究機構は、前項の規定による通知を受けたときは、遅滞なく、同項の規定により通知された金額により、第一項第五号の持分（当該通知された金額が当該持分の額に満たない場合にあっては、前項の規定により農林水産大臣及び財務大臣から通知された額の持分）を、当該請求をした出資者に払い戻すものとする。
（資本金の減少の報告）
第十六条
研究機構は、通則法第四十六条の三第四項の規定により基礎的研究業務に係る資本金を減少したときは、遅滞なく、その旨を農林水産大臣及び財務大臣に報告するものとする。
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産）
第十七条
基礎的研究業務に係る通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産は、土地及び建物並びに農林水産大臣及び財務大臣が指定するその他の財産とする。
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）
第十八条
研究機構は、通則法第四十八条の規定により基礎的研究業務に係る重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣及び財務大臣に提出しなければならない。
一
処分等の種類並びに当該処分等に係る財産の内容及び評価額
二
処分等の条件
三
処分等の方法
四
研究機構の業務運営上支障がない旨及びその理由
（積立金の処分に係る承認申請書の添付書類）
第十九条
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法施行令（平成十五年政令第三百八十九号。以下「施行令」という。）第二条第二項の農林水産省令・財務省令で定める書類は、次に掲げるものとする。
一
施行令第二条第一項に規定する期間最後の事業年度（次号において「期間最後の事業年度」という。）の事業年度末の貸借対照表
二
期間最後の事業年度の損益計算書
三
承認を受けようとする金額の計算の基礎を明らかにした書類
附　則
（施行期日）
１
この省令は、平成十五年十月一日から施行する。
（経過措置）
２
独立行政法人農業技術研究機構法の一部を改正する法律（平成十四年法律第百二十九号。以下「改正法」という。）附則第四条第一項の規定により生物系特定産業技術研究推進機構から研究機構が承継する民間研究促進業務及び基礎的研究業務に係る資産のうち償却資産については、第三条第一項の指定を受けたものとみなして、同条第二項の規定を適用する。
３
改正法附則第四条第一項の規定により解散した生物系特定産業技術研究推進機構の生物系特定産業技術研究推進機構の事業計画書に記載すべき事項を定める省令等を廃止する省令（平成十五年財務省・農林水産省令第一号）の規定による廃止前の生物系特定産業技術研究推進機構の民間研究促進業務及び基礎的研究業務に係る財務及び会計に関する省令（昭和六十一年大蔵省・農林水産省令第四号。以下「旧省令」という。）第一条に規定する民間研究促進業務及び基礎的研究業務に係る勘定（以下「旧勘定」という。）に属する資産及び負債の研究機構の民間研究促進業務及び基礎的研究業務に係る勘定（以下「新勘定」という。）への帰属については、改正法の施行時において、旧省令第十八条の会計規程で規定する旧勘定の各勘定科目に属する資産及び負債をそれぞれ相当する通則法第四十九条の会計規程で規定する新勘定の各勘定科目に帰属させるものとする。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（以下「整備法」という。）の施行の日（平成十八年四月一日）から施行する。
（特例業務に関する独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務及び民間研究促進業務に係る財務及び会計に関する省令の規定の準用）
第三条
第二条の規定による改正後の独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務及び民間研究促進業務に係る財務及び会計に関する省令第一条、第二条、第五条、第七条から第九条まで及び第十七条の規定は、研究機構の行う整備法附則第十三条第四項に規定する特例業務について準用する。
（勘定区分等の特例）
第四条
整備法附則第十三条第四項の規定により特別の勘定を設けて経理を区分して整理する場合には、第二条の規定による改正後の独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務及び民間研究促進業務に係る財務及び会計に関する省令第三条中「研究機構法第十五条の規定により経理を区分して整理する場合」とあるのは、「研究機構法第十五条の規定により経理を区分して整理する場合及び独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号）附則第十三条第四項の規定により特別の勘定を設けて経理を区分して整理する場合」とする。
（償還計画の認可の申請に関する経過措置）
第五条
整備法の施行の日前に整備法第一条の規定による改正前の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構法第十六条第一項の規定により独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構がした長期借入金の償還計画の認可の申請については、第二条の規定による改正前の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構の民間研究促進業務及び基礎的研究業務に係る財務及び会計に関する省令第七条の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条中「研究機構法第十七条第一項」とあるのは「独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号）附則第十五条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構法第十七条第一項」と、同条第一号中「当該事業年度における借入見込額並びにその借入先」を「その借入先」とする。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成二十七年四月一日から施行する。
（事業報告書に関する経過措置）
第三条
第二条の規定による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務及び民間研究促進業務に係る財務及び会計に関する省令第八条第三項の規定は、この省令の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成二十八年四月一日から施行する。
（勘定区分等の特例）
第三条
研究機構が整備法附則第六条第二項の規定により特別の勘定を設けて経理を区分して整理する場合には、第二条の規定による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務に係る財務及び会計に関する省令（以下「新財務会計省令」という。）第三条中「研究機構法第十五条の規定により経理を区分して整理する場合」とあるのは、「研究機構法第十五条の規定により経理を区分して整理する場合及び独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号）附則第六条第二項の規定により特別の勘定を設けて経理を区分して整理する場合」とする。
（特例業務に関する国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務に係る財務及び会計に関する省令の規定の準用）
第四条
新財務会計省令の規定（前条の規定により読み替えて適用する新財務会計省令第三条の規定を含む。）は、研究機構の行う特例業務について準用する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律の一部を改正する法律（平成三十年法律第九十四号）の施行の日（平成三十一年一月十七日）から施行する。
（経過措置）
第二条
第一条の規定による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の業務運営に関する省令第一条第一号（国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成十一年法律第百九十二号）第十四条第一項第六号に掲げる業務に係る部分に限る。）の規定は、この省令の施行の日から起算して六月間は、適用しない。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成三十一年四月一日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条
この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、平成三十一年四月一日以後に始まる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書から適用し、平成三十一年三月三十一日に終わる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。
一
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務に係る財務及び会計に関する省令第七条及び第八条第二項
二
独立行政法人農林漁業信用基金の農業信用保険業務、林業信用保証業務及び漁業信用保険業務に係る財務及び会計に関する省令第十条及び第十一条第二項
附　則
この省令は、公布の日から施行する。