法第四条の四の規定により公表する場合において、指定会社の発行済株式の総数に変更があったときは、その登記が行われるまでの間は、登記されている発行済株式の総数をもって、第二項の発行済株式の総数とみなすことができる。
（貸付申請の手続）
第三条
港湾管理者は、法第六条第一項の規定に基づき政府の貸付けを受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一
港湾管理者の当該年度における当該外貿埠頭に係る貸付けの金額及びその時期
二
港湾管理者の貸付けを受ける指定会社の当該年度における当該外貿埠頭に関する工事実施計画
三
港湾管理者の貸付けを受ける指定会社の当該年度における当該外貿埠頭に係る資金の調達方法及び使途を記載した資金計画
四
港湾管理者の貸付金に関する貸付けの条件
２
前項の申請書には、次に掲げる当該外貿埠頭に関する書類を添付するものとする。
一
平面図、縦断面図、標準横断面図、深浅図その他の必要な図面
二
法第二条第一項第一号の岸壁及び同項第三号の施設の安定計算の概要
（令第三条第五号の外貿埠頭を構成する施設の価額）
第四条
特定外貿埠頭の管理運営に関する法律施行令（以下「令」という。）第三条第五号の外貿埠頭を構成する施設の価額は、当該施設の取得価額又は製作価額とする。
（令第三条第五号の国土交通省令で定める割合）
第五条
令第三条第五号の国土交通省令で定める割合は、年三パーセントとする。
（令第三条第五号の利益の額）
第六条
令第三条第五号の利益の額は、貸付けに係る外貿埠頭の運営に係る毎事業年度における収益から費用を控除した額とする。
２
前項の収益は、岸壁等（法第三条第一項第二号イに規定する岸壁等をいう。以下同じ。）の貸付料その他の事業収益及び受取利子その他の事業外収益（積立金取崩額以外の特別利益を含む。次条第一号において同じ。）の合計額とする。
３
第一項の費用は、事業費用（法人税、道府県民税及び市町村民税を含む。次条第二号において同じ。）及び支払利子その他の事業外費用（特別損失を含む。次条第三号において同じ。）の合計額とする。
第七条
前条の規定により収益及び費用を計算する場合において、貸付けに係る外貿埠頭の運営と外貿埠頭の運営以外の事業との双方に関連する収益及び費用は、次に掲げる割合によりそれぞれの事業に配賦するものとする。
一
受取利子その他の事業外収益にあっては、それぞれの事業に専属する事業収益による割合
二
事業費用にあっては、次に掲げる割合
イ
法人税、道府県民税、事業税及び市町村民税にあっては、それぞれの事業に専属する利益による割合
ロ
その他のものにあっては、それぞれの事業に専属する事業費用（諸税及び減価償却費を除く。次号ロにおいて同じ。）による割合
三
支払利子その他の事業外費用にあっては、次に掲げる割合
イ
支払利子にあっては、それぞれの事業に専属する事業用固定資産の価額による割合（当該固定資産につき前事業年度末における貸借対照表に付せられた価額から当該固定資産につき当該貸借対照表に計上された減価償却引当金の額を控除した価額による割合をいう。）
ロ
その他のものにあっては、それぞれの事業に専属する事業費用による割合
（区分経理の方法）
第八条
指定会社は、外貿埠頭業務及びこれに附帯する業務（以下この条において「外貿埠頭業務等」という。）以外の業務を行う場合においては、外貿埠頭業務等に関する経理について特別の勘定を設け、外貿埠頭業務等以外の業務に関する経理と区分して整理しなければならない。
この場合において、外貿埠頭業務等とその他の業務との双方に関連する収益及び費用は、前条の規定に従い、それぞれの事業に配賦して経理するものとする。
（重要な財産の処分の制限）
第九条
法第九条第一項の国土交通省令で定める重要な財産は、港湾施設（港湾法（昭和二十五年法律第二百十八号）第二条第五項の港湾施設をいう。）であって、その帳簿価額が一億円以上のもの（外貿埠頭の建設に伴い譲渡し、又は交換するものを除く。）とする。
２
指定会社は、法第九条第一項の規定による認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一
譲渡し、交換し、又は担保に供しようとする財産の内容及び価額
二
譲渡し、交換し、又は担保に供しようとする理由
三
相手方の氏名又は名称及び住所
四
譲渡し、交換し、又は担保に供しようとする場合の条件
（業務の休廃止の許可）
第十条
指定会社は、法第九条第二項の規定による許可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一
休止し、又は廃止しようとする岸壁等の名称、位置、係留能力及び貨物取扱能力
二
休止又は廃止の期日
三
休止の許可の申請の場合にあっては、休止の期間
四
休止又は廃止を必要とする理由
２
前項の申請書には、岸壁等の貸付けに係る業務の休止又は廃止に関する意思の決定を証する書類を添付しなければならない。
（定款の変更の決議の認可の申請）
第十一条
指定会社は、法第十条の規定により定款の変更の決議の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及び変更の理由を記載した申請書に定款の変更に関する株主総会の議事録の写しを添えて、国土交通大臣に提出しなければならない。
（剰余金の配当その他の剰余金の処分の決議の認可の申請）
第十二条
指定会社は、法第十条の規定により剰余金の配当その他の剰余金の処分の決議の認可を受けようとするときは、剰余金の総額及び剰余金の配当その他の剰余金の処分の内訳を記載した申請書に剰余金の配当その他の剰余金の処分に関する株主総会又は取締役会の議事録の写しを添えて、国土交通大臣に提出しなければならない。
（合併、分割又は解散の決議の認可の申請）
第十三条
指定会社は、法第十条の規定により合併、分割又は解散の決議の認可を受けようとするときは、次に掲げる事項（解散の決議の認可を受けようとする場合にあっては、第一号、第四号及び第五号に掲げる事項に限る。）を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一
合併の場合にあっては合併後存続する法人又は合併により設立する法人の名称及び住所、分割の場合にあっては事業を承継する法人又は分割により設立する法人の名称及び住所、解散の場合にあっては清算人の氏名及び住所
二
合併又は分割の方法及び条件
三
合併又は分割に反対した株主があるときは、その者の氏名又は名称及び住所並びにその者の所有する株式の種類及び数
四
合併、分割又は解散の時期
五
合併、分割又は解散の理由
２
前項の申請書には、次に掲げる書類（解散の決議の認可を受けようとする場合にあっては、第一号に掲げる書類に限る。）を添えなければならない。
一
合併、分割又は解散に関する株主総会の議事録の写し
二
合併契約又は吸収分割契約（新設分割の場合にあっては、新設分割計画）において定めた事項を記載した書類
三
合併又は分割の主要な条件の決定に関する説明書
四
合併契約又は吸収分割契約の締結（新設分割の場合にあっては、新設分割計画の作成）の時における指定会社の資産、負債その他の財産の状況の説明書
五
合併後存続する法人若しくは合併により設立する法人又は分割により事業を承継する法人若しくは分割により設立する法人の定款
（役員の選任及び解任の届出）
第十四条
指定会社は、法第十一条の規定による届出をしようとするときは、遅滞なく、次に掲げる書類を国土交通大臣に提出しなければならない。
一
選任又は解任された役員の氏名及び住所を記載した書類
二
選任又は解任に関する株主総会又は取締役会の議事録の写し
三
選任の届出の場合にあっては、選任された役員の履歴書
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成十八年十月一日から施行する。
（経過措置）
第二条
この省令の施行の際現に存する海上物流の基盤強化のための港湾法等の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）第二条の規定による改正前の外貿埠頭公団の解散及び業務の承継に関する法律第二条第一項の規定により指定された法人（以下「指定法人」という。）については、改正前の外貿埠頭公団の解散及び業務の承継に関する法律施行規則第三条から第十三条まで及び別記様式の規定は、改正法附則第四条第四項の規定により指定法人が解散するまでの間は、なおその効力を有する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、港湾法及び特定外貿埠頭の管理運営に関する法律の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日（平成二十三年十二月十五日）から施行する。
（経過措置）
第六条
この省令の施行前に交付した第二条の規定による改正前の特定外貿埠頭の管理運営に関する法律施行規則別記様式による証明書は、第二条の規定による改正後の特定外貿埠頭の管理運営に関する法律施行規則第三号様式による証明書とみなす。
附　則
この省令は、会社法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十七年五月一日）から施行する。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
この省令は、不正競争防止法等の一部を改正する法律の施行の日（令和元年七月一日）から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、成年被後見人等の権利の制限に係る措置の適正化等を図るための関係法律の整備に関する法律（以下「整備法」という。）の施行の日（令和元年九月十四日）から施行する。
附　則
（施行期日）
１
この省令は、令和三年一月一日から施行する。
（経過措置）
２
この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式による用紙は、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、令和六年四月一日から施行する。
別記様式
（第二条の七関係）