前条第一項の農林水産省令で定める漁業（以下「大臣許可漁業」という。）について同項の許可（以下この節（第四十七条を除く。）において単に「許可」という。）を受けた者は、資源管理を適切にするために必要な取組を自ら行うとともに、漁業の生産性の向上に努めるものとする。
（起業の認可）
第三十八条
許可を受けようとする者であつて現に船舶を使用する権利を有しないものは、船舶の建造に着手する前又は船舶を譲り受け、借り受け、その返還を受け、その他船舶を使用する権利を取得する前に、船舶ごとに、あらかじめ起業につき農林水産大臣の認可を受けることができる。
第三十九条
前条の認可（以下この節において「起業の認可」という。）を受けた者がその起業の認可に基づいて許可を申請した場合において、申請の内容が認可を受けた内容と同一であるときは、農林水産大臣は、次条第一項各号のいずれかに該当する場合を除き、許可をしなければならない。
２
起業の認可を受けた者が、認可を受けた日から農林水産大臣の指定した期間内に許可を申請しないときは、起業の認可は、その期間の満了の日に、その効力を失う。
（許可又は起業の認可をしない場合）
第四十条
次の各号のいずれかに該当する場合は、農林水産大臣は、許可又は起業の認可をしてはならない。
一
申請者が次条第一項に規定する適格性を有する者でない場合
二
その申請に係る漁業と同種の漁業の許可の不当な集中に至るおそれがある場合
２
農林水産大臣は、前項の規定により許可又は起業の認可をしないときは、あらかじめ、当該申請者にその理由を文書をもつて通知し、公開による意見の聴取を行わなければならない。
３
前項の意見の聴取に際しては、当該申請者又はその代理人は、当該事案について弁明し、かつ、証拠を提出することができる。
（許可又は起業の認可についての適格性）
第四十一条
許可又は起業の認可について適格性を有する者は、次の各号のいずれにも該当しない者とする。
一
漁業又は労働に関する法令を遵守せず、かつ、引き続き遵守することが見込まれない者であること。
二
暴力団員等であること。
三
法人であつて、その役員又は政令で定める使用人のうちに前二号のいずれかに該当する者があるものであること。
四
暴力団員等がその事業活動を支配する者であること。
五
許可を受けようとする船舶が農林水産大臣の定める基準を満たさないこと。
六
その申請に係る漁業を適確に営むに足りる生産性を有さず、又は有することが見込まれない者であること。
２
農林水産大臣は、前項第五号の基準を定め、又は変更しようとするときは、水産政策審議会の意見を聴かなければならない。
（新規の許可又は起業の認可）
第四十二条
農林水産大臣は、許可（第三十九条第一項及び第四十五条の規定によるものを除く。以下この条において同じ。）又は起業の認可（第四十五条の規定によるものを除く。以下この条において同じ。）をしようとするときは、当該大臣許可漁業を営む者の数、当該大臣許可漁業に係る船舶の数及びその操業の実態その他の事情を勘案して、許可又は起業の認可をすべき船舶の数及び船舶の総トン数、操業区域、漁業時期、漁具の種類その他の農林水産省令で定める事項に関する制限措置を定め、当該制限措置の内容及び許可又は起業の認可を申請すべき期間を公示しなければならない。
２
前項の申請すべき期間は、三月を下ることができない。
ただし、農林水産省令で定める緊急を要する特別の事情があるときは、この限りでない。
３
農林水産大臣は、第一項の規定により公示する制限措置の内容及び申請すべき期間を定めようとするときは、水産政策審議会の意見を聴かなければならない。
ただし、前項ただし書の農林水産省令で定める緊急を要する特別の事情があるときは、この限りでない。
４
第一項の申請すべき期間内に許可又は起業の認可を申請した者（次項において「申請者」という。）に対しては、農林水産大臣は、第四十条第一項各号のいずれかに該当する場合を除き、許可又は起業の認可をしなければならない。
５
前項の規定により許可又は起業の認可をすべき船舶の数が第一項の規定により公示した船舶の数を超える場合においては、前項の規定にかかわらず、申請者の生産性を勘案して許可又は起業の認可をする者を定めるものとする。
６
前項の規定により許可又は起業の認可をする者を定めることができないときは、公正な方法でくじを行い、許可又は起業の認可をする者を定めるものとする。
（公示における留意事項）
第四十三条
農林水産大臣は、漁獲割当ての対象となる特定水産資源の採捕を通常伴うと認められる大臣許可漁業について、前条第一項の規定による公示をするに当たつては、当該大臣許可漁業において採捕すると見込まれる水産資源の総量のうちに漁獲割当ての対象となる特定水産資源の数量の占める割合が農林水産大臣が定める割合を下回ると認められる場合を除き、船舶の数及び船舶の総トン数その他の船舶の規模に関する制限措置を定めないものとする。
（許可等の条件）
第四十四条
農林水産大臣は、漁業調整その他公益上必要があると認めるときは、許可又は起業の認可をするに当たり、許可又は起業の認可に条件を付けることができる。
２
農林水産大臣は、漁業調整その他公益上必要があると認めるときは、許可又は起業の認可後、当該許可又は起業の認可に条件を付けることができる。
３
農林水産大臣は、前項の規定により条件を付けようとするときは、行政手続法第十三条第一項の規定による意見陳述のための手続の区分にかかわらず、聴聞を行わなければならない。
４
第二項の規定による条件の付加に係る聴聞の期日における審理は、公開により行わなければならない。
（継続の許可又は起業の認可等）
第四十五条
次の各号のいずれかに該当する場合は、その申請の内容が従前の許可又は起業の認可を受けた内容と同一であるときは、第四十条第一項各号のいずれかに該当する場合を除き、許可又は起業の認可をしなければならない。
一
許可を受けた者が、その許可の有効期間の満了日の到来のため、その許可を受けた船舶と同一の船舶について許可を申請したとき。
二
許可を受けた者が、その許可の有効期間中に、その許可を受けた船舶を当該大臣許可漁業に使用することを廃止し、他の船舶について許可又は起業の認可を申請したとき。
三
許可を受けた者が、その許可を受けた船舶が滅失し、又は沈没したため、滅失又は沈没の日から六月以内（その許可の有効期間中に限る。）に他の船舶について許可又は起業の認可を申請したとき。
四
許可を受けた者から、その許可の有効期間中に、許可を受けた船舶を譲り受け、借り受け、その返還を受け、その他相続又は法人の合併若しくは分割以外の事由により当該船舶を使用する権利を取得して当該大臣許可漁業を営もうとする者が、当該船舶について許可又は起業の認可を申請したとき。
（許可の有効期間）
第四十六条
許可の有効期間は、漁業の種類ごとに五年を超えない範囲内において農林水産省令で定める期間とする。
ただし、前条（第一号を除く。）の規定によつて許可をした場合は、従前の許可の残存期間とする。
２
農林水産大臣は、漁業調整のため必要な限度において、水産政策審議会の意見を聴いて、前項の期間より短い期間を定めることができる。
（変更の許可）
第四十七条
大臣許可漁業の許可を受けた者が、第四十二条第一項の農林水産省令で定める事項について、同項の規定により定められた制限措置と異なる内容により、大臣許可漁業を営もうとするときは、農林水産大臣の許可を受けなければならない。
（相続又は法人の合併若しくは分割）
第四十八条
許可又は起業の認可を受けた者が死亡し、解散し、又は分割（当該許可又は起業の認可を受けた船舶を承継させるものに限る。）をしたときは、その相続人（相続人が二人以上ある場合においてその協議により大臣許可漁業を営むべき者を定めたときは、その者）、合併後存続する法人若しくは合併によつて成立した法人又は分割によつて当該船舶を承継した法人は、当該許可又は起業の認可を受けた者の地位を承継する。
２
前項の規定により許可又は起業の認可を受けた者の地位を承継した者は、承継の日から二月以内にその旨を農林水産大臣に届け出なければならない。
（許可等の失効）
第四十九条
次の各号のいずれかに該当する場合は、許可又は起業の認可は、その効力を失う。
一
許可を受けた船舶を当該大臣許可漁業に使用することを廃止したとき。
二
許可又は起業の認可を受けた船舶が滅失し、又は沈没したとき。
三
許可を受けた船舶を譲渡し、貸し付け、返還し、その他その船舶を使用する権利を失つたとき。
２
許可又は起業の認可を受けた者は、前項各号のいずれかに該当することとなつたときは、その日から二月以内にその旨を農林水産大臣に届け出なければならない。
（休業等の届出）
第五十条
許可を受けた者は、一漁業時期以上にわたつて休業しようとするときは、休業期間を定め、あらかじめ農林水産大臣に届け出なければならない。
（休業による許可の取消し）
第五十一条
農林水産大臣は、許可を受けた者が農林水産省令で定める期間を超えて休業したときは、その許可を取り消すことができる。
２
許可を受けた者の責めに帰すべき事由による場合を除き、第五十五条第一項の規定により許可の効力を停止された期間及び第百十九条第一項若しくは第二項の規定に基づく命令、第百二十条第一項の規定による指示、同条第十一項の規定による命令、第百二十一条第一項の規定による指示又は同条第四項において読み替えて準用する第百二十条第十一項の規定による命令により大臣許可漁業を禁止された期間は、前項の期間に算入しない。
３