農林水産大臣は、令第三十八条又は第三十九条第一項の規定による漁港水面施設運営権の登録の抹消をするときは、当該漁港水面施設運営権の登録記録の表題部の登録事項を抹消する記号を記録し、当該登録記録を閉鎖しなければならない。
第四十七条
農林水産大臣は、前条の場合において、抹消された漁港水面施設運営権が他の漁港水面施設運営権と共に抵当権の目的であったとき（その旨が登録記録に記録されている場合に限る。）は、当該他の漁港水面施設運営権の登録記録の乙区に、抹消された漁港水面施設運営権の水域並びに漁港水面施設運営権に係る漁港施設等活用事業の内容及び実施期間を記録し、かつ、共同担保目録に、抹消の原因、当該漁港水面施設運営権が抹消されたこと並びに当該抹消された漁港水面施設運営権の水域並びに漁港水面施設運営権に係る漁港施設等活用事業の内容及び実施期間を抹消する記号を記録しなければならない。
第四節　権利部の登録事項
第一款　通則
（権利部の登録）
第四十八条
農林水産大臣は、権利部の相当区に登録をする場合には、法令に別段の定めがある場合を除き、権利部の登録事項のうち、登録の目的、申請の受付の年月日及び受付番号並びに登録原因及びその日付のほか、新たに登録すべきものを記録しなければならない。
（順位番号等）
第四十九条
農林水産大臣は、登録をするときは、権利部の相当区に登録事項を記録した順序を示す番号を記録しなければならない。
２
農林水産大臣は、同順位である二以上の登録をするときは、順位番号に当該登録を識別するための符号を付さなければならない。
３
令第二十二条第二項第八号の権利の順位を明らかにするために必要な事項として農林水産省令で定めるものは、順位事項とする。
（付記登録の順位番号）
第五十条
付記登録の順位番号を記録するときは、主登録の順位番号に付記何号を付加する方法により記録するものとする。
（漁港水面施設運営権等の消滅に関する定めの登録）
第五十一条
農林水産大臣は、登録の目的である漁港水面施設運営権等の消滅に関する定めの登録をした場合において、当該定めにより漁港水面施設運営権等が消滅したことによる登録の抹消その他の登録をするときは、当該漁港水面施設運営権等の消滅に関する定めの登録の抹消をしなければならない。
（権利部の変更の登録又は更正の登録）
第五十二条
農林水産大臣は、権利部の登録事項についての変更の登録又は更正の登録をするときは、変更前又は更正前の事項を抹消する記号を記録しなければならない。
（登録の更正）
第五十三条
農林水産大臣は、令第三十条第一項の規定により登録の更正をするときは、登録の年月日を記録しなければならない。
（登録の抹消）
第五十四条
農林水産大臣は、漁港水面施設運営権等の登録の抹消をするときは、抹消の登録をするとともに、抹消すべき登録を抹消する記号を記録しなければならない。
２
農林水産大臣は、前項の場合において、抹消に係る漁港水面施設運営権等を目的とする第三者の権利に関する登録があるときは、当該第三者の権利に関する登録の抹消をしなければならない。
この場合には、当該漁港水面施設運営権等の登録の抹消をしたことにより当該第三者の権利に関する登録の抹消をする旨及び登録の年月日を記録しなければならない。
（令第三十三条第二項の相当の調査）
第五十五条
令第三十三条第二項の農林水産省令で定める方法は、次の各号に掲げる措置をとる方法とする。
一
令第三十三条第二項に規定する登録の抹消の登録義務者（以下この条において単に「登録義務者」という。）が自然人である場合にあっては、次のイ及びロに掲げる措置
イ
共同して登録の抹消の申請をすべき者の調査として次の（１）から（５）までに掲げる措置
（１）
登録義務者が記録されている住民基本台帳、除票簿、戸籍簿、除籍簿、戸籍の附票又は戸籍の附票の除票簿（以下この条において「住民基本台帳等」という。）を備えると思料される市町村の長に対する登録義務者の住民票の写し又は住民票記載事項証明書、除票の写し又は除票記載事項証明書、戸籍及び除かれた戸籍の謄本又は全部事項証明書並びに戸籍の附票の写し及び戸籍の附票の除票の写し（以下この条において「住民票の写し等」という。）の交付の請求
（２）
（１）の措置により登録義務者の死亡が判明した場合には、登録義務者が記録されている戸籍簿又は除籍簿を備えると思料される市町村の長に対する登録義務者の出生時からの戸籍及び除かれた戸籍の謄本又は全部事項証明書の交付の請求
（３）
（２）の措置により登録義務者の相続人が判明した場合には、当該相続人が記録されている戸籍簿又は除籍簿を備えると思料される市町村の長に対する当該相続人の戸籍及び除かれた戸籍の謄本又は全部事項証明書の交付の請求
（４）
（３）の措置により登録義務者の相続人の死亡が判明した場合には、当該相続人についてとる（２）及び（３）に掲げる措置
（５）
（１）から（４）までの措置により共同して登録の抹消の申請をすべき者が判明した場合には、当該者が記録されている住民基本台帳又は戸籍の附票を備えると思料される市町村の長に対する当該者の住民票の写し又は住民票記載事項証明書及び戸籍の附票の写し（（１）の措置により交付の請求をしたものを除く。）の交付の請求
ロ
共同して登録の抹消の申請をすべき者の所在の調査として書留郵便その他配達を試みたことを証明することができる方法による次の（１）及び（２）に掲げる措置
（１）
登録義務者の登録簿上の住所に宛ててする登録義務者に対する書面の送付（イの措置により登録義務者の死亡及び共同して登録の抹消の申請をすべき者が所在すると思料される場所が判明した場合を除く。）
（２）
イの措置により共同して登録の抹消の申請をすべき者が所在すると思料される場所が判明した場合には、その場所に宛ててする当該者に対する書面の送付
二
登録義務者が法人である場合にあっては、次のイからニまでに掲げる措置
イ
共同して登録の抹消の申請をすべき者の調査として次の（１）及び（２）に掲げる措置
（１）
登録義務者の法人の登記簿を備えると思料される登記所の登記官に対する登録義務者の登記事項証明書の交付の請求
（２）
（１）の措置により登録義務者が合併により解散していることが判明した場合には、登録義務者の合併後存続し、又は合併により設立された法人についてとる（１）に掲げる措置
ロ
イの措置により法人の登記簿に共同して登録の抹消の申請をすべき者の代表者（共同して登録の抹消の申請をすべき者が合併以外の事由により解散した法人である場合には、その清算人又は破産管財人。以下この号において同じ。）として登記されている者が判明した場合には、当該代表者の調査として当該代表者が記録されている住民基本台帳等を備えると思料される市町村の長に対する当該代表者の住民票の写し等の交付の請求
ハ
共同して登録の抹消の申請をすべき者の所在の調査として書留郵便その他配達を試みたことを証明することができる方法による次の（１）及び（２）に掲げる措置
（１）
登録義務者の登録簿上の住所に宛ててする登録義務者に対する書面の送付（イの措置により登録義務者が合併により解散していること及び共同して登録の抹消の申請をすべき者が所在すると思料される場所が判明した場合を除く。）
（２）
イの措置により共同して登録の抹消の申請をすべき者が所在すると思料される場所が判明した場合には、その場所に宛ててする当該者に対する書面の送付
ニ
イ及びロの措置により共同して登録の抹消の申請をすべき者の代表者が判明した場合には、当該代表者の所在の調査として書留郵便その他配達を試みたことを証明することができる方法による次の（１）及び（２）に掲げる措置
（１）
共同して登録の抹消の申請をすべき者の法人の登記簿上の代表者の住所に宛ててする当該代表者に対する書面の送付
（２）
イ及びロの措置により当該代表者が所在すると思料される場所が判明した場合には、その場所に宛ててする当該代表者に対する書面の送付
（職権による登録の抹消）
第五十六条
農林水産大臣は、令第三十四条第四項の規定により登録の抹消をするときは、登録記録にその事由を記録しなければならない。
（職権による登録の抹消の場合の公告の方法）
第五十七条
令第三十四条第二項の公告は、農林水産省の掲示板への掲示、インターネットを利用して公衆の閲覧に供する方法その他の方法により二週間行うものとする。
（抹消された登録の回復）
第五十八条
農林水産大臣は、抹消された登録の回復をするときは、回復の登録をした後、抹消に係る登録と同一の登録をしなければならない。
第二款　抵当権に関する登録
（順位の譲渡又は放棄による変更の登録）
第五十九条
農林水産大臣は、登録した抵当権について順位の譲渡又は放棄による変更の登録をするときは、当該抵当権の登録の順位番号の次に変更の登録の順位番号を括弧を付して記録しなければならない。
（抵当権の順位の変更の登録）
第六十条
農林水産大臣は、抵当権の順位の変更の登録をするときは、順位の変更があった抵当権の登録の順位番号の次に変更の登録の順位番号を括弧を付して記録しなければならない。
（根抵当権の分割譲渡の登録）
第六十一条
第三条第五号の規定にかかわらず、民法第三百九十八条の十二第二項の規定により根抵当権（漁港水面施設運営権を目的とする抵当権を目的とするものを除く。）を分割して譲り渡す場合の登録は、主登録によってするものとする。
２
農林水産大臣は、民法第三百九十八条の十二第二項の規定により根抵当権を分割して譲り渡す場合の登録の順位番号を記録するときは、分割前の根抵当権の登録の順位番号を用いなければならない。
３