施行日の前日において厚生年金基金（推進機構の事業所又は事務所を公的年金制度の健全性及び信頼性の確保のための厚生年金保険法等の一部を改正する法律（平成二十五年法律第六十三号）附則第五条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされた同法第一条の規定による改正前の厚生年金保険法（昭和二十九年法律第百十五号）第百十七条第三項に規定する設立事業所とする厚生年金基金をいう。以下この条において同じ。）の加入員である厚生年金保険の被保険者であった者（推進機構の役員又は職員であった者に限る。）で施行日に農林水産省共済組合の組合員となった者（研究機構の役員又は職員となった者に限る。）のうち、施行日前の厚生年金保険の被保険者期間（厚生年金基金の加入員である厚生年金保険の被保険者であった期間（推進機構の役員又は職員であった期間に限る。）に係るものに限る。）及び国家公務員共済組合の組合員たる厚生年金保険の被保険者に係る被保険者期間（農林水産省共済組合の組合員である期間（国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の役員又は職員である期間に限る。）に係るものに限り、被用者年金制度の一元化等を図るための厚生年金保険法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第六十三号）附則第七条第一項の規定により同項に規定する第二号厚生年金被保険者期間とみなされた同法附則第四条第十一号に規定する旧国家公務員共済組合員期間（農林水産省共済組合の組合員であった期間（研究機構、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構又は国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の役員又は職員であった期間に限る。）に係るものに限る。）を含む。）がいずれも四十四年未満であり、かつ、これらの期間を合算した期間が四十四年以上となるものに係る厚生年金保険法附則第九条の三第一項又は第三項の規定の適用については、その者は、国家公務員共済組合の組合員たる厚生年金保険の被保険者に係る被保険者期間が四十四年以上である者とみなす。
（生物系特定産業技術研究推進機構法の廃止）
第八条
生物系特定産業技術研究推進機構法は、廃止する。
（生物系特定産業技術研究推進機構法の廃止に伴う経過措置）
第九条
旧推進機構法（第十九条を除く。）の規定によりした処分、手続その他の行為は、独立行政法人通則法又は新法中の相当規定によりした処分、手続その他の行為とみなす。
第十条
推進機構の役員若しくは職員又は評議員であった者に係るその職務に関して知り得た秘密を漏らし、又は盗用してはならない義務については、施行日以後も、なお従前の例による。
（罰則の適用に関する経過措置）
第十一条
施行日前にした行為並びに附則第四条第五項及び前条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における施行日以後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第十二条
この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関して必要な経過措置は、政令で定める。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、協定の効力発生の日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、それぞれ当該各号に定める日から施行する。
一及び二
略
三
附則第四十二条の規定
国家公務員共済組合法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第百三十号）の公布の日又は公布日のいずれか遅い日
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、平成十六年十月一日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一から四まで
略
五
第五条、第八条、第十二条、第十六条、第十九条及び第二十条並びに附則第十六条から第二十一条まで、第三十七条、第七十七条、第七十八条、第八十条、第八十二条及び第八十三条の規定
平成十九年四月一日
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、協定の効力発生の日から施行する。
ただし、附則第四十条から第四十四条までの規定は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、協定の効力発生の日から施行する。
ただし、附則第四十条から第四十四条までの規定は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、平成十八年四月一日から施行する。
ただし、附則第九条第二項及び第三項、第十七条第二項並びに第二十三条の規定は、公布の日から施行する。
（職員の引継ぎ等）
第二条
この法律の施行の際現に独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業工学研究所、独立行政法人食品総合研究所及び独立行政法人さけ・ます資源管理センターの職員である者は、別に辞令を発せられない限り、この法律の施行の日（以下「施行日」という。）において、それぞれ、独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業工学研究所及び独立行政法人食品総合研究所（以下「農業者大学校等」という。）の職員にあっては独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の、独立行政法人さけ・ます資源管理センターの職員にあっては独立行政法人水産総合研究センターの職員となるものとする。
２
この法律の施行の際現に独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構、独立行政法人水産総合研究センター、独立行政法人種苗管理センター、独立行政法人家畜改良センター、独立行政法人林木育種センター、独立行政法人水産大学校、独立行政法人農業生物資源研究所、独立行政法人農業環境技術研究所、独立行政法人国際農林水産業研究センター及び独立行政法人森林総合研究所の職員である者は、別に辞令を発せられない限り、施行日において、引き続きそれぞれの独立行政法人（独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構にあっては、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構）の職員となるものとする。
第三条
前条の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構、独立行政法人水産総合研究センター、独立行政法人種苗管理センター、独立行政法人家畜改良センター、独立行政法人林木育種センター、独立行政法人水産大学校、独立行政法人農業生物資源研究所、独立行政法人農業環境技術研究所、独立行政法人国際農林水産業研究センター及び独立行政法人森林総合研究所（以下「施行日後の研究機構等」という。）の職員となった者に対する国家公務員法（昭和二十二年法律第百二十号）第八十二条第二項の規定の適用については、当該施行日後の研究機構等の職員を同項に規定する特別職国家公務員等と、前条の規定により国家公務員としての身分を失ったことを任命権者の要請に応じ同項に規定する特別職国家公務員等となるため退職したこととみなす。
第四条
附則第二条の規定により施行日後の研究機構等の職員となる者に対しては、国家公務員退職手当法（昭和二十八年法律第百八十二号）に基づく退職手当は、支給しない。
２
施行日後の研究機構等は、前項の規定の適用を受けた当該施行日後の研究機構等の職員の退職に際し、退職手当を支給しようとするときは、その者の国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員（同条第二項の規定により職員とみなされる者を含む。）としての引き続いた在職期間を当該施行日後の研究機構等の職員としての在職期間とみなして取り扱うべきものとする。
３
施行日の前日の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構、独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業工学研究所、独立行政法人食品総合研究所、独立行政法人水産総合研究センター、独立行政法人さけ・ます資源管理センター、独立行政法人種苗管理センター、独立行政法人家畜改良センター、独立行政法人林木育種センター、独立行政法人水産大学校、独立行政法人農業生物資源研究所、独立行政法人農業環境技術研究所、独立行政法人国際農林水産業研究センター及び独立行政法人森林総合研究所（以下「施行日前の研究機構等」という。）に職員として在職する者が、附則第二条の規定により引き続いて施行日後の研究機構等の職員となり、かつ、引き続き当該施行日後の研究機構等（国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号。以下この項において「平成二十七年整備法」という。）第二条の規定による改正前の国立研究開発法人水産総合研究センター法（平成十一年法律第百九十九号）第二条の国立研究開発法人水産総合研究センター及び国立研究開発法人水産研究・教育機構、平成二十七年整備法附則第二条第一項の規定により解散した旧国立研究開発法人農業生物資源研究所、同項の規定により解散した旧国立研究開発法人農業環境技術研究所、国立研究開発法人国際農林水産業研究センター並びに森林法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第四十四号）第五条の規定による改正前の国立研究開発法人森林総合研究所法（平成十一年法律第百九十八号）第二条の国立研究開発法人森林総合研究所及び国立研究開発法人森林研究・整備機構を含む。以下この項において同じ。）の職員として在職した後引き続いて国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員となった場合におけるその者の同法に基づいて支給する退職手当の算定の基礎となる勤続期間の計算については、その者の当該施行日後の研究機構等の職員としての在職期間を同項に規定する職員としての引き続いた在職期間とみなす。
ただし、その者が当該施行日後の研究機構等を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。
４