第一項の規定により機構が事業団の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、機構が承継する資産の価額（運輸施設整備事業団法の一部を改正する法律（平成十二年法律第四十七号。以下この条及び附則第十一条において「旧事業団法一部改正法」という。）附則第三条第五項の規定により政府及び旧日本政策投資銀行以外の者から事業団に旧事業団法第二十四条の三第一項の信用基金に充てるべきものとして拠出されたものとされた金額（旧事業団法第二十八条第三号に掲げる業務に係る勘定において旧事業団法第二十九条第一項の規定により積立金として積み立てられている金額があるときは当該金額を加算した金額とし、同条第二項の規定により繰越欠損金として整理されている金額があるときは当該金額を控除した金額とする。）並びに旧事業団法第二十八条第一号に掲げる業務に係る勘定に係るものを除く。）から負債の金額（同号に掲げる業務に係る勘定に係るものを除く。）を差し引いた額は、政府及び旧日本政策投資銀行から機構に対し出資されたものとする。
この場合において、政府及び旧日本政策投資銀行からそれぞれ機構に対し出資されたものとされた金額は、事業団に対する政府からの出資額（第二項の規定により国が承継する資産がある場合には、当該資産の価額に相当する金額を除く。）及び旧日本政策投資銀行からの出資額の割合に応じて
按
あん
分した金額とし、当該出資されたものとされた金額のうち第十七条第一項第三号に掲げる業務に係る勘定に係るものは、政府及び旧日本政策投資銀行から機構に対し第十六条第一項の信用基金に充てるべきものとして出資されたものとする。
５
第一項の規定により機構が事業団の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、旧事業団法第二十八条第一号に掲げる業務に係る勘定に属する資産のうち機構が承継する資産の価額から負債の金額を差し引いた額のうち、旧基金法第五条第一項の規定に基づいて政府から旧事業団法附則第七条第一項の規定による解散前の鉄道整備基金（以下「基金」という。）に対し出資された金額に相当する金額（第二項の規定により国が承継する資産がある場合には、当該資産の価額に相当する金額を除く。以下この項において同じ。）を除いたものは、助成勘定において第十二条第二項に規定する業務（第十七条第三項及び第十一項に規定する繰入れを含む。）の財源に係る積立金又は第十八条第一項に規定する積立金として整理するものとし、旧基金法第五条第一項の規定に基づいて政府から基金に対し出資された金額に相当する金額は、政府から機構に対し出資されたものとする。
６
前条第六項及び第七項の規定は、前二項の資産の価額について準用する。
７
第一項の規定により機構が事業団の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、旧事業団法第二十八条第三号に掲げる業務に係る勘定において積立金として積み立てられ、又は繰越欠損金として整理されている金額があるときは、当該金額に相当する金額を、第十七条第一項第三号に掲げる業務に係る勘定に属する積立金又は繰越欠損金として整理するものとする。
８
第四項の規定により旧事業団法第二十八条第二号に掲げる業務に係る勘定に属する資産について第六項において準用する前条第六項の評価委員が評価した場合において、当該評価された資産の価額が当該勘定に属する負債の金額を超えないときは、当該評価された資産の価額と当該勘定に属する負債の金額との差額及び第一項の規定による事業団の解散の時における当該勘定に属する資本金の額（第二項の規定により国が承継する資産がある場合には、当該資産の価額に相当する金額を除く。）の合計額に相当する金額の繰越欠損金が当該勘定において計上されていたものとして第四項及び前項の規定を適用することができる。
この場合において、第四項中「第二十八条第三号」とあるのは「第二十八条第二号及び第三号」と、前項中「第二十八条第三号」とあるのは「第二十八条第二号及び第三号」と、「第十七条第一項第三号」とあるのは「それぞれ、第十七条第一項第二号及び第三号」と読み替えるものとする。
９
第一項の規定により機構が事業団の権利及び義務を承継したときは、旧事業団法一部改正法附則第三条第五項の規定により政府及び旧日本政策投資銀行以外の者から事業団に対し旧事業団法第二十四条の三第一項の信用基金に充てるべきものとして拠出されたものとされた金額は、政府及び旧日本政策投資銀行以外の者から機構に対し第十六条第一項の信用資金に充てるべきものとして拠出されたものとする。
１０
旧事業団法第二十条第一項第三号の規定により事業団から公団に対して貸し付けた資金（旧基金法第二十条第一項第三号の規定により基金から公団に対して貸し付けた資金を含む。）のうち機構の成立の日までに償還されていないものの額に相当する金額は、機構の成立の時において助成勘定から建設勘定に繰り入れられたものとみなす。
この場合において、機構は、当該繰入金を旧事業団法第二十条第九項に規定する償還条件を勘案して政令で定める方法により、後日、建設勘定から助成勘定に繰り入れるものとする。
１１
機構は、新債務等処理法に基づいて自らが行うこととされた業務を確実かつ円滑に実施するため、旧事業団法附則第七条第一項の規定により事業団が承継した公団に対して負担する債務のうち機構の成立の日までに償還されていないもの及び当該未償還の債務に係る利子の額に相当する金額を、旧事業団法附則第七条第五項に規定する償還条件を勘案して政令で定める方法により、助成勘定から新特例業務勘定に繰り入れるものとする。
第五条
機構は、通則法第三十条第一項又は第三十八条第一項の規定による認可又は承認を受けたときは、当該認可又は承認に係る中期計画又は財務諸表を株式会社日本政策投資銀行に送付しなければならない。
ただし、通則法第四十六条の三第三項の規定による持分の払戻しを受けたことにより株式会社日本政策投資銀行が持分を有しないこととなったときは、この限りでない。
（権利及び義務の承継に伴う経過措置）
第六条
附則第二条第一項又は第三条第一項の規定により機構が承継する次の各号に掲げる長期借入金又は債券に係る債務について政府がした当該各号に掲げる保証契約は、その承継後においても、当該長期借入金又は債券に係る債務について従前の条件により存続するものとする。
一
公団の長期借入金
旧債務等処理法第二十八条において読み替えて適用される旧公団法第二十九条の二の規定による保証契約
二
事業団の長期借入金
旧事業団法第三十一条の規定による保証契約
三
鉄道建設債券
旧公団法第二十九条の二の規定による保証契約
四
鉄道整備基金債券
旧事業団法附則第八条第一項の規定により従前の条件により存続するものとされた保証契約
２
前項の鉄道建設債券及び鉄道整備基金債券並びに運輸施設整備事業団債券及び船舶整備債券は、第十九条第二項及び第三項の規定の適用については、同条第一項の規定による機構債券とみなす。
３
附則第二条第一項又は第三条第一項の規定により機構が承継する債務に係る次に掲げる長期借入金及び債券は、第二十一条の規定の適用については、それぞれ、同条の長期借入金及び機構債券とみなす。
一
公団の長期借入金及び事業団の長期借入金並びに旧基金法附則第四条第五項に規定する日本国有鉄道の長期借入金、譲渡法第五条第一項の規定による解散前の新幹線鉄道保有機構（以下この条及び附則第十一条において「保有機構」という。）の長期借入金及び基金の長期借入金
二
鉄道建設債券、運輸施設整備事業団債券及び鉄道整備基金債券
４
日本国有鉄道改革法等施行法（昭和六十一年法律第九十三号）第三十六条第二項の規定は、附則第二条第一項の規定による公団の解散の際現にその職員として在職する者（旧債務等処理法附則第二十五条の規定による改正前の日本国有鉄道改革法等施行法第三十六条第一項の規定の適用を受けた者であって、旧債務等処理法附則第二条第一項の規定による日本国有鉄道清算事業団の解散の際現にその職員として在籍し、かつ、引き続き公団の職員となったものに限る。）で引き続き機構の職員となったものが機構を退職する場合における退職手当の支給について準用する。
この場合において、日本国有鉄道改革法等施行法第三十六条第二項中「清算事業団」とあるのは、「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構」と読み替えるものとする。
５
日本国有鉄道改革法（昭和六十一年法律第八十七号）第二十三条第七項の規定は、附則第三条第一項の規定による事業団の解散の際現にその職員として在職する者（譲渡法附則第十九条の規定による改正前の日本国有鉄道改革法（附則第十一条において「改正前改革法」という。）第二十三条第六項の規定の適用を受けた者であって、保有機構の解散の際現にその職員として在籍し、かつ、引き続き基金の職員となり、さらに、基金の解散の際現にその職員として在籍し、かつ、引き続き事業団の職員となったものに限る。）で引き続き機構の職員となったものが機構を退職する場合における退職手当の支給について準用する。
この場合において、日本国有鉄道改革法第二十三条第七項中「承継法人」とあり、及び「当該承継法人」とあるのは、「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構」と読み替えるものとする。
（機構に対する厚生年金保険法等の規定の適用）
第七条