前項の申請があった場合において、その合併がその効力を生ずる日までにその申請に対する処分がされないときは、合併後存続する特定非営利活動法人又は合併によって設立した特定非営利活動法人は、その処分がされるまでの間は、合併によって消滅した特定非営利活動法人のこの法律の規定による認定特定非営利活動法人又は特例認定特定非営利活動法人としての地位を承継しているものとみなす。
５
第四十四条第二項及び第三項、第四十五条、第四十七条から第四十九条まで並びに第五十四条第一項の規定は第一項の認定について、第五十八条第二項において準用する第四十四条第二項及び第三項、第五十九条並びに前条において準用する第四十七条から第四十九条まで及び第五十四条第一項の規定は第二項の認定について、それぞれ準用する。
この場合において、必要な技術的読替えその他これらの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第四節　認定特定非営利活動法人等の監督
（報告及び検査）
第六十四条
所轄庁は、認定特定非営利活動法人又は特例認定特定非営利活動法人（以下「認定特定非営利活動法人等」という。）が法令、法令に基づいてする行政庁の処分若しくは定款に違反し、又はその運営が著しく適正を欠いている疑いがあると認めるときは、当該認定特定非営利活動法人等に対し、その業務若しくは財産の状況に関し報告をさせ、又はその職員に、当該認定特定非営利活動法人等の事務所その他の施設に立ち入り、その業務若しくは財産の状況若しくは帳簿、書類その他の物件を検査させることができる。
２
所轄庁以外の関係知事は、認定特定非営利活動法人等が法令、法令に基づいてする行政庁の処分若しくは定款に違反し、又はその運営が著しく適正を欠いている疑いがあると認めるときは、当該認定特定非営利活動法人等に対し、当該都道府県の区域内における業務若しくは財産の状況に関し報告をさせ、又はその職員に、当該都道府県の区域内に所在する当該認定特定非営利活動法人等の事務所その他の施設に立ち入り、その業務若しくは財産の状況若しくは帳簿、書類その他の物件を検査させることができる。
３
所轄庁又は所轄庁以外の関係知事は、前二項の規定による検査をさせる場合においては、当該検査をする職員に、これらの項の疑いがあると認める理由を記載した書面を、あらかじめ、当該認定特定非営利活動法人等の役員その他の当該検査の対象となっている事務所その他の施設の管理について権限を有する者（第五項において「認定特定非営利活動法人等の役員等」という。）に提示させなければならない。
４
前項の規定にかかわらず、所轄庁又は所轄庁以外の関係知事が第一項又は第二項の規定による検査の適正な遂行に支障を及ぼすおそれがあると認める場合には、前項の規定による書面の提示を要しない。
５
前項の場合において、所轄庁又は所轄庁以外の関係知事は、第一項又は第二項の規定による検査を終了するまでの間に、当該検査をする職員に、これらの項の疑いがあると認める理由を記載した書面を、認定特定非営利活動法人等の役員等に提示させるものとする。
６
第三項又は前項の規定は、第一項又は第二項の規定による検査をする職員が、当該検査により第三項又は前項の規定により理由として提示した事項以外の事項について第一項又は第二項の疑いがあると認められることとなった場合において、当該事項に関し検査を行うことを妨げるものではない。
この場合において、第三項又は前項の規定は、当該事項に関する検査については適用しない。
７
第四十一条第三項及び第四項の規定は、第一項又は第二項の規定による検査について準用する。
（勧告、命令等）
第六十五条
所轄庁は、認定特定非営利活動法人等について、第六十七条第二項各号（同条第三項において準用する場合を含む。次項において同じ。）のいずれかに該当すると疑うに足りる相当な理由がある場合には、当該認定特定非営利活動法人等に対し、期限を定めて、その改善のために必要な措置を採るべき旨の勧告をすることができる。
２
所轄庁以外の関係知事は、認定特定非営利活動法人等について、第六十七条第二項各号（第一号にあっては、第四十五条第一項第三号に係る部分を除く。）のいずれかに該当すると疑うに足りる相当な理由がある場合には、当該認定特定非営利活動法人等に対し、期限を定めて、当該都道府県の区域内における事業活動について、その改善のために必要な措置を採るべき旨の勧告をすることができる。
３
所轄庁又は所轄庁以外の関係知事は、前二項の規定による勧告をしたときは、インターネットの利用その他の適切な方法により、その勧告の内容を公表しなければならない。
４
所轄庁又は所轄庁以外の関係知事は、第一項又は第二項の規定による勧告を受けた認定特定非営利活動法人等が、正当な理由がなく、その勧告に係る措置を採らなかったときは、当該認定特定非営利活動法人等に対し、その勧告に係る措置を採るべきことを命ずることができる。
５
第一項及び第二項の規定による勧告並びに前項の規定による命令は、書面により行うよう努めなければならない。
６
所轄庁又は所轄庁以外の関係知事は、第四項の規定による命令をしたときは、インターネットの利用その他の適切な方法により、その旨を公示しなければならない。
７
所轄庁又は所轄庁以外の関係知事は、第一項若しくは第二項の規定による勧告又は第四項の規定による命令をしようとするときは、次の各号に掲げる事由の区分に応じ、当該事由の有無について、当該各号に定める者の意見を聴くことができる。
一
第四十七条第一号ニ又は第六号に規定する事由
警視総監又は道府県警察本部長
二
第四十七条第四号又は第五号に規定する事由
国税庁長官等
（その他の事業の停止）
第六十六条
所轄庁は、その他の事業を行う認定特定非営利活動法人につき、第五条第一項の規定に違反してその他の事業から生じた利益が当該認定特定非営利活動法人が行う特定非営利活動に係る事業以外の目的に使用されたと認めるときは、当該認定特定非営利活動法人に対し、その他の事業の停止を命ずることができる。
２
前条第五項及び第六項の規定は、前項の規定による命令について準用する。
（認定又は特例認定の取消し）
第六十七条
所轄庁は、認定特定非営利活動法人が次のいずれかに該当するときは、第四十四条第一項の認定を取り消さなければならない。
一
第四十七条各号（第二号を除く。）のいずれかに該当するとき。
二
偽りその他不正の手段により第四十四条第一項の認定、第五十一条第二項の有効期間の更新又は第六十三条第一項の認定を受けたとき。
三
正当な理由がなく、第六十五条第四項又は前条第一項の規定による命令に従わないとき。
四
認定特定非営利活動法人から第四十四条第一項の認定の取消しの申請があったとき。
２
所轄庁は、認定特定非営利活動法人が次のいずれかに該当するときは、第四十四条第一項の認定を取り消すことができる。
一
第四十五条第一項第三号、第四号イ若しくはロ又は第七号に掲げる基準に適合しなくなったとき。
二
第二十九条、第五十二条第四項又は第五十四条第四項の規定を遵守していないとき。
三
前二号に掲げるもののほか、法令又は法令に基づいてする行政庁の処分に違反したとき。
３
前二項の規定は、第五十八条第一項の特例認定について準用する。
この場合において、第一項第二号中「、第五十一条第二項の有効期間の更新又は第六十三条第一項の認定」とあるのは、「又は第六十三条第二項の認定」と読み替えるものとする。
４
第四十三条第三項及び第四項、第四十九条第一項から第三項まで並びに第六十五条第七項の規定は、第一項又は第二項の規定による認定の取消し（第六十九条において「認定の取消し」という。）及び前項において準用する第一項又は第二項の規定による特例認定の取消し（同条において「特例認定の取消し」という。）について準用する。
（所轄庁への意見等）
第六十八条
所轄庁以外の関係知事は、認定特定非営利活動法人等が第六十五条第四項の規定による命令に従わなかった場合その他の場合であって、所轄庁が当該認定特定非営利活動法人等に対して適当な措置を採ることが必要であると認めるときは、所轄庁に対し、その旨の意見を述べることができる。
２
次の各号に掲げる者は、認定特定非営利活動法人等についてそれぞれ当該各号に定める事由があると疑うに足りる相当な理由があるため、所轄庁が当該認定特定非営利活動法人等に対して適当な措置を採ることが必要であると認める場合には、所轄庁に対し、その旨の意見を述べることができる。
一
警視総監又は道府県警察本部長
第四十七条第一号ニ又は第六号に該当する事由
二
国税庁長官等
第四十七条第四号又は第五号に該当する事由
３
所轄庁は、この章に規定する認定特定非営利活動法人等に関する事務の実施に関して特に必要があると認めるときは、所轄庁以外の関係知事に対し、当該所轄庁以外の関係知事が採るべき措置について、必要な要請をすることができる。
（所轄庁への指示）
第六十九条
内閣総理大臣は、この章に規定する認定特定非営利活動法人等に関する事務の実施に関して地域間の均衡を図るため特に必要があると認めるときは、所轄庁に対し、第六十五条第一項の規定による勧告、同条第四項の規定による命令、第六十六条第一項の規定による命令又は認定の取消し若しくは特例認定の取消しその他の措置を採るべきことを指示することができる。
第四章　税法上の特例
第七十条
特定非営利活動法人は、法人税法その他法人税に関する法令の規定の適用については、同法第二条第六号に規定する公益法人等とみなす。