機構は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を厚生労働大臣に提出しなければならない。
一
処分等に係る財産の内容及び評価額
二
処分等の条件
三
処分等の方法
四
機構の業務運営上支障がない旨及びその理由
（内部組織）
第二十条
機構に係る通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた当該中期目標管理法人の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織として厚生労働大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２
直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として厚生労働大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。
（管理又は監督の地位）
第二十一条
機構に係る通則法第五十条の六第二号に規定する管理又は監督の地位として主務省令で定めるものは、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして厚生労働大臣が定めるものとする。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成十六年四月一日から施行する。
ただし、次条の規定は、公布の日から施行する。
（持分の払戻しに係る資産の価額の評価）
第二条
厚生労働大臣が法附則第四条第三項の評価をしようとするときは、あらかじめ評価委員の意見を聴かなければならない。
２
前項の評価委員は、次に掲げる者につき厚生労働大臣が任命する。
一
財務省の職員
一人
二
厚生労働省の職員
一人
三
医薬品副作用被害救済・研究振興調査機構（以下「旧機構」という。）の役員（旧機構が解散した後は、旧機構の役員であった者）
一人
四
学識経験のある者
二人
３
法附則第四条第三項に規定する評価に関する庶務は、厚生労働省医薬食品局総務課において処理する。
（職員の引継ぎに係る省令で定める国立医薬品食品衛生研究所の内部組織）
第三条
令附則第二条に規定する厚生労働省令で定める国立医薬品食品衛生研究所の内部組織は、医薬品医療機器審査センターとする。
（業務方法書に記載すべき事項の特例）
第四条
機構が法附則第十五条第一項、第十七条第一項及び第十八条第一項に規定する業務を行う場合には、機構に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める事項は、第二条各号に掲げる事項のほか、機構法附則第十五条第一項、第十七条第一項及び第十八条第一項に規定する業務に関する事項とする。
（共通経費の配賦基準の特例）
第五条
法附則第十五条第四項、第十七条第二項及び第十八条第二項の規定により特別の勘定を設けて経理する場合には、第十条中「法第二十九条第一項の規定により区分して経理する場合」とあるのは「法第二十九条第一項の規定により区分して経理する場合並びに法附則第十五条第四項、第十七条第二項及び第十八条第二項の規定により特別の勘定を設けて経理する場合」とする。
（承継時の償却資産に関する経過措置）
第六条
機構の成立の際法附則第十二条第二項及び第十三条第七項の規定により政府から出資があったものとされた償却資産については、第十二条第一項の指定を受けたものとみなして、同条第二項の規定を適用する。
（医薬品副作用被害救済・研究振興調査機構の財務及び会計に関する省令等の廃止）
第七条
医薬品副作用被害救済・研究振興調査機構の財務及び会計に関する省令（昭和五十四年厚生省令第四十八号）及び薬事法第十四条の三第一項に規定する指定調査機関を指定する省令（平成十三年厚生労働省令第二十八号）は、廃止する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、公布の日から施行する。
ただし、附則第三条、第四条、第六条及び第七条の規定は、平成十七年四月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成十七年四月一日から施行する。
附　則
この省令は、公布の日から施行し、平成二十年一月十六日から適用する。
附　則
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、薬事法等の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日（平成二十六年十一月二十五日）から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成二十七年四月一日から施行する。
（業務実績等報告書に関する経過措置）
第三条
独立行政法人通則法の一部を改正する法律（以下この条において「改正法」という。）附則第八条第一項の規定により主務大臣が改正法による改正前の独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二十九条第一項の規定により改正法の施行の日（以下この条において「施行日」という。）において中期目標管理法人となる独立行政法人に指示している中期目標が改正法による改正後の独立行政法人通則法（以下この条において「新通則法」という。）第二十九条第一項の規定により指示した中期目標とみなされる場合における次の表の上欄に掲げる省令の規定の適用については、同欄に掲げる規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句とする。
第六条の規定による改正後の独立行政法人労働安全衛生総合研究所の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令（以下「新労働安全衛生総合研究所財会省令」という。）第五条第一項の表一の項、第七条の規定による改正後の独立行政法人高齢・障害・求職者雇用支援機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令（以下「新高齢・障害・求職者雇用支援機構財会省令」という。）第五条第一項の表一の項、第八条の規定による改正後の独立行政法人福祉医療機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令（以下「新福祉医療機構財会省令」という。）第六条第一項の表一の項、第九条の規定による改正後の独立行政法人国立重度知的障害者総合施設のぞみの園の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令（以下「新国立重度知的障害者総合施設のぞみの園財会省令」という。）第五条第一項の表一の項、第十条の規定による改正後の独立行政法人労働政策研究・研修機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令（以下「新労働政策研究・研修機構財会省令」という。）第五条第一項の表一の項、第十一条の規定による改正後の独立行政法人勤労者退職金共済機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令（以下「新勤労者退職金共済機構財会省令」という。）第五条第一項の表一の項、第十二条の規定による改正後の独立行政法人医薬品医療機器総合機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令（以下「新医薬品医療機器総合機構財会省令」という。）第六条第一項の表一の項、第十三条の規定による改正後の独立行政法人労働者健康福祉機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令（以下「新労働者健康福祉機構財会省令」という。）第五条第一項の表一の項、第十四条の規定による改正後の独立行政法人国立病院機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令（以下「新国立病院機構財会省令」という。）第五条第一項の表一の項及び第十六条の規定による改正後の独立行政法人地域医療機能推進機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令（以下「新地域医療機能推進機構財会省令」という。）第五条第一項の表一の項
通則法第二十九条第二項第二号に
独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（以下この表において「旧通則法」という。）第二十九条第二項第三号に
同項第三号から第五号まで
同項第二号、第四号及び第五号
通則法第二十九条第二項第二号から
旧通則法第二十九条第二項第二号から
新労働安全衛生総合研究所財会省令第五条第一項の表二の項及び三の項、新高齢・障害・求職者雇用支援機構財会省令第五条第一項の表二の項及び三の項、新福祉医療機構財会省令第六条第一項の表二の項及び三の項、新国立重度知的障害者総合施設のぞみの園財会省令第五条第一項の表二の項及び三の項、新労働政策研究・研修機構財会省令第五条第一項の表二の項及び三の項、新勤労者退職金共済機構財会省令第五条第一項の表二の項及び三の項、新医薬品医療機器総合機構財会省令第六条第一項の表二の項及び三の項、新労働者健康福祉機構財会省令第五条第一項の表二の項及び三の項、新国立病院機構財会省令第五条第一項の表二の項及び三の項並びに新地域医療機能推進機構財会省令第五条第一項の表二の項及び三の項
通則法第二十九条第二項第二号に
旧通則法第二十九条第二項第三号に
同項第三号から第五号まで
同項第二号、第四号及び第五号
通則法第二十九条第二項第二号から
旧通則法第二十九条第二項第二号から
（事業報告書の作成に係る経過措置）
第四条
次の各号に掲げる省令の規定は、平成二十七年四月一日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
一から六まで
略
七
新医薬品医療機器総合機構財会省令第十三条の二第三項
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成三十一年四月一日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第五条
次に掲げる省令の規定は、平成三十一年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表（独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第三十八条第一項に規定する財務諸表をいう。以下この条において同じ。）及び事業報告書（同条第二項に規定する事業報告書をいう。以下この条において同じ。）から適用し、同日前に開始する事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。
一から五まで
略
六
第六条の規定による改正後の独立行政法人医薬品医療機器総合機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令第十三条及び第十三条の二第二項
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
１
この省令は、公布の日から施行する。
（会計監査報告に係る経過措置）
２
次に掲げる省令の規定は、令和四年三月三十一日以後に終了する事業年度に係る会計監査報告について適用し、同日前に終了する事業年度に係る会計監査報告については、なお従前の例による。
一から四まで
略
五
第五条の規定による改正後の独立行政法人医薬品医療機器総合機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令第十四条の二