病原及び病因の検索並びに予防及び治療の方法の研究（これらに関するレファレンス業務を含む。）及び講習を行うこと。
二
予防、治療及び診断に関する生物学的製剤（細菌製剤及び抗毒素製剤に限る。）の生物学的検査、検定及び試験的製造並びにこれらの医薬品の生物学的検査及び検定に必要な標準品の製造並びにこれらに必要な科学的調査及び研究を行うこと（他部の所掌に属するものを除く。）。
（寄生動物部の所掌事務）
第五百八十八条
寄生動物部は、寄生性の原虫、線虫、吸虫及び条虫類に起因する疾病に関し、次に掲げる事務をつかさどる。
一
病原及び病因の検索並びに予防及び治療の方法の研究（これらに関するレファレンス業務を含む。）及び講習を行うこと。
二
予防、治療及び診断に関する生物学的製剤（免疫診断製剤に限る。）及び殺虫剤の生物学的検査、検定及び試験的製造並びにこれらの医薬品及び医薬部外品の生物学的検査に必要な標準品の製造並びにこれらに必要な科学的調査及び研究を行うこと。
（感染病理部の所掌事務）
第五百八十九条
感染病理部は、感染症その他の特定疾病（ヒト免疫不全ウイルスその他のレトロウイルスに起因する感染症を除く。）に関し、次に掲げる事務をつかさどる。
一
予防衛生に関する病理解剖学的及び病理組織学的調査及び研究（これらに関するレファレンス業務を含む。）を行うこと。
二
予防、治療及び診断に関する生物学的製剤の生物学的検査及び検定（病理学的検査に係る部分に限る。）並びにこれらに必要な科学的調査及び研究を行うこと。
第五百九十条
削除
（真菌部の所掌事務）
第五百九十一条
真菌部は、真菌に起因する感染症に関し、次に掲げる事務をつかさどる。
一
病原及び病因の検索並びに予防及び治療の方法の研究（これらに関するレファレンス業務を含む。）及び講習を行うこと。
二
抗菌性物質及びその製剤（抗生物質医薬品に限る。）の生物学的検査及びこれらの医薬品の生物学的検査に必要な標準品の製造並びにこれらに必要な科学的調査及び研究を行うこと。
（細胞化学部の所掌事務）
第五百九十二条
細胞化学部は、感染症その他の特定疾病（ヒト免疫不全ウイルスその他のレトロウイルスに起因する感染症を除く。）に関し、予防衛生に関する細胞化学的及び細胞生物学的調査及び研究を行うことをつかさどる。
（昆虫医科学部の所掌事務）
第五百九十三条
昆虫医科学部は、人体に対して有害な昆虫類、ダニ類その他の動物（寄生性の原虫、線虫、吸虫及び条虫類を除く。）に起因する疾病に関し、次に掲げる事務をつかさどる。
一
病原及び病因の検索並びに予防及び治療の方法の研究（これらに関するレファレンス業務を含む。）及び講習を行うこと。
二
予防、治療及び診断に関する殺虫剤及び殺そ剤の生物学的検査及び試験的製造並びにこれらの医薬品及び医薬部外品の生物学的検査に必要な標準品の製造並びにこれらに必要な科学的調査及び研究を行うこと。
（獣医科学部の所掌事務）
第五百九十四条
獣医科学部は、動物由来感染症に関し、病原及び病因の検索並びに予防及び治療の方法の研究（これらに関するレファレンス業務を含む。）及び講習を行うことをつかさどる。
第五百九十五条及び第五百九十六条
削除
（国際協力室の所掌事務）
第五百九十七条
国際協力室は、国立感染症研究所の所掌事務に係る国際的な調査及び研究の調整を行うことをつかさどる。
第五百九十八条
削除
（研究企画調整センターの所掌事務）
第五百九十九条
研究企画調整センターは、次に掲げる事務をつかさどる。
一
国立感染症研究所の所掌事務に係る調査及び研究に関する重要事項の企画及び立案並びに調整に関すること。
二
国立感染症研究所の所掌事務に係る調査及び研究に関する特定事項の総括に関すること。
（感染症疫学センターの所掌事務）
第六百条
感染症疫学センターは、感染症その他の特定疾病に関し、次に掲げる事務をつかさどる。
一
予防衛生に関し、情報の収集及び分析並びにこれらの結果の提供並びに疫学に関する研究及び講習（実地疫学研究センターの所掌に属するものを除く。）を行うこと。
二
血清の収集、保存及び検査並びにこれらに必要な科学的調査及び研究並びにこれらに関する講習を行うこと。
（エイズ研究センターの所掌事務）
第六百一条
エイズ研究センターは、ヒト免疫不全ウイルスその他のレトロウイルスに起因する感染症に関し、次に掲げる事務をつかさどる。
一
病原及び病因の検索並びに予防及び治療の方法の研究（これらに関するレファレンス業務を含む。）及び講習を行うこと。
二
予防、治療及び診断に関する生物学的製剤の生物学的検査、検定及び試験的製造並びにこれらの医薬品の生物学的検査及び検定に必要な標準品の製造並びにこれらに必要な科学的調査及び研究を行うこと。
（病原体ゲノム解析研究センターの所掌事務）
第六百二条
病原体ゲノム解析研究センターは、国立感染症研究所の所掌事務のうち、次に掲げる事務をつかさどる。
一
遺伝子の探索及び解析に関する調査及び研究を行うこと。
二
病原体ゲノムに関し、情報の収集及び解析並びにこれらの結果の提供並びに調査及び研究を行うこと。
三
予防、治療及び診断に関する生物学的製剤（肝炎ウイルスを除く小型ＤＮＡウイルスの構造蛋白質を抗原とするワクチンに限る。）の生物学的検査、検定及び試験的製造並びにこれらの医薬品の生物学的検査及び検定に必要な標準品の製造並びにこれらに必要な科学的調査及び研究を行うこと（他部の所掌に属するものを除く。）。
（インフルエンザ・呼吸器系ウイルス研究センターの所掌事務）
第六百三条
インフルエンザ・呼吸器系ウイルス研究センターは、インフルエンザウイルス及び呼吸器系ウイルスに起因する感染症に関し、次に掲げる事務をつかさどる。
一
病原及び病因の検索並びに予防及び治療の方法の研究（これらに関するレファレンス業務を含む。）に関すること。
二
予防、治療及び診断に関する生物学的製剤の試験的製造並びにこれらに必要な科学的調査及び研究を行うこと。
三
前号に掲げるもののほか、インフルエンザウイルス及び呼吸器系ウイルスに起因する感染症に関し、予防、治療及び診断に関する生物学的製剤（サイトカイン及びケモカインに係るものに限る。）の生物学的検査、検定及び試験的製造並びにこれらの医薬品の生物学的検査及び検定に必要な標準品の製造並びにこれらに必要な科学的調査及び研究を行うこと。
（薬剤耐性研究センターの所掌事務）
第六百三条の二
薬剤耐性研究センターは、薬剤耐性病原体に起因する感染症（ウイルスに係るものを除く。）に関し、次に掲げる事務をつかさどる。
一
病原及び病因の検索並びに予防及び治療の方法の研究（これらに関するレファレンス業務を含む。）及び講習を行うこと。
二
抗菌性物質及びその製剤（抗生物質医薬品に限る。）の生物学的検査及びこれらの医薬品の生物学的検査に必要な標準品の製造並びにこれらに必要な科学的調査及び研究を行うこと。
（感染症危機管理研究センターの所掌事務）
第六百三条の三
感染症危機管理研究センターは、次に掲げる事務をつかさどる。
一
感染症その他の特定疾病の危機管理に関し、情報の収集及び分析、訓練並びに広報並びにこれらに必要な科学的調査及び研究並びにこれらに関する講習を行うこと。
二
感染症の判別のための検査並びにこれらに必要な科学的調査及び研究（これらに関するレファレンス業務を含む。）並びにこれらに関する講習を行うこと。
（治療薬・ワクチン開発研究センターの所掌事務）
第六百三条の四
治療薬・ワクチン開発研究センターは、感染症その他の特定疾病に関し、次に掲げる事務をつかさどる。
一
予防薬及び治療薬に関する研究、開発（これらに関するレファレンス業務を含む。）並びに講習を行うこと。
二
予防、治療及び診断に関する生物学的製剤の生物学的検査及び検定（エンドトキシン試験に係る部分に限る。）並びにこれらに必要な科学的調査及び研究を行うこと。
三
予防、治療及び診断に関する生物学的製剤（抗毒素製剤に限る。）の生物学的検査、検定及び試験的製造並びにこれらの医薬品の生物学的検査及び検定に必要な標準品の製造並びにこれらに必要な科学的調査及び研究を行うこと（他部の所掌に属するものを除く。）。
（実地疫学研究センターの所掌事務）
第六百三条の五
実地疫学研究センターは、感染症その他の特定疾病の予防衛生に関し、実地疫学調査及び研究並びに講習を行うことをつかさどる。
（次世代生物学的製剤研究センターの所掌事務）
第六百三条の六
次世代生物学的製剤研究センターは、感染症その他の特定疾病に関し、次に掲げる事務をつかさどる。
一
予防、治療及び診断に関する生物学的製剤並びに抗菌性物質及びその製剤の生物学的検査及び検定（異常毒性否定試験、発熱試験、及び化学試験に係る部分に限る。）並びにこれらの医薬品の生物学的検査及び検定に必要な標準品の製造並びにこれらに必要な科学的調査及び研究を行うこと。
二
予防、治療及び診断に関する生物学的製剤（血液製剤に限る。）及び次世代生物学的製剤の生物学的検査、検定及び試験的製造並びにこれらの医薬品の生物学的検査及び検定に必要な標準品の製造及び試験法の開発並びにこれらに必要な科学的調査及び研究を行うこと（他部の所掌に属するものを除く。）。
（安全管理研究センターの所掌事務）
第六百三条の七
安全管理研究センターは、次に掲げる事務をつかさどる。
一
生物災害に係る安全管理に関する調査、研究及び講習を行うこと。
二
医学用実験動物の飼育及び健康管理並びにこれらに関する科学的調査、研究及び講習を行うこと。
三
研究用ウイルス及び細菌の確保及び管理並びにこれらに関する講習を行うこと。