文部科学大臣は、第一項の報告書の提出を受けたときは、通則法第四十六条の三第三項の規定により文部科学大臣が定める基準に従い算定した金額（当該算定した金額が第一項第五号の持分の額に満たない場合にあっては、当該持分のうち通則法第四十六条の三第三項の規定により文部科学大臣が定める額の持分を含む。）を機構に通知するものとする。
４
機構は、前項の通知を受けたときは、遅滞なく、同項の規定により通知された金額により、第一項第五号の持分（当該通知された金額が当該持分の額に満たない場合にあっては、前項の規定により文部科学大臣から通知された額の持分）を、当該請求をした出資者に払い戻すものとする。
（資本金の減少の報告）
第二十七条
機構は、通則法第四十六条の三第四項の規定により資本金を減少したときは、遅滞なく、その旨を文部科学大臣に報告するものとする。
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産）
第二十八条
機構に係る通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産は、土地及び建物（企業化開発の委託に係るものを除く。）並びに文部科学大臣が指定するその他の財産とする。
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）
第二十九条
機構は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一
処分等に係る財産の内容及び評価額
二
処分等の条件
三
処分等の方法
四
機構の業務運営上支障がない旨及びその理由
（通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する主務省令で定める内部組織）
第三十条
機構に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた機構の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織として文部科学大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２
直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として文部科学大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。
（通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号に規定する主務省令で定める管理又は監督の地位）
第三十一条
機構に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号に規定する管理又は監督の地位として主務省令で定めるものは、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして文部科学大臣が定めるものとする。
（増資の認可の申請）
第三十二条
機構は、機構法第六条第二項の認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一
増資金額
二
増資の理由
三
募集の方法
四
増資により取得する金額の使途
五
払込みの方法
（合同運用に係る資金の管理）
第三十三条
機構は、国立大学寄託金、助成勘定に属する資金及び寄託金運用業務に係る業務上の余裕金を合同して運用する場合にあっては、合同して運用することとした資金（以下この条において「合同運用資金」という。）を時価により合理的に評価した額を、寄託金運用勘定及び助成勘定の各勘定から合同運用資金に受け入れた金額により
按
あん
分し、それぞれこれらの勘定に帰属させ、管理するものとする。
（助成資金運用の基本方針に記載すべき事項等）
第三十四条
機構法第二十九条第一項に規定する文部科学省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一
助成資金運用における運用の目標（運用収入の目標を含む。）及び手法、損失の危険の管理その他の運用の方針
二
助成資金運用における資産の構成に関する事項
三
助成資金運用における資産の積立て及びその取崩しに関する事項
四
助成資金運用に必要な資金の機構における調達に関する事項（資金の調達に係る債務の確実な償還のために必要な事項を含む。）
五
助成資金運用における信託契約及び投資一任契約の相手方（以下この項及び次条において「運用受託機関等」という。）の選任及び評価に関する事項
六
運用受託機関等が遵守すべき事項その他の運用受託機関等の業務に関し必要な事項
七
その他助成勘定に属する資金の適切な運用に関し必要な事項
２
機構は、機構法第二十九条第一項の規定により基本方針の認可を受けようとするときは、基本方針を記載した申請書に次に掲げる書類を添えて、文部科学大臣に提出しなければならない。
一
当該基本方針が機構法第二十条第二項第四号の規定による議を経たものであることを証する書類
二
その他必要な書類
３
機構は、機構法第二十九条第一項後段の規定により基本方針の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書に前項各号に掲げる書類を添えて、文部科学大臣に提出しなければならない。
（運用受託機関等への提示）
第三十五条
機構は、機構法第二十九条第四項の規定により、運用受託機関等に対し、同条第一項の認可を受けた基本方針の趣旨に沿って契約を履行すべきことを示すときは、次に掲げる事項を記載した運用指針を作成し、これを交付するものとする。
この場合において、当該運用指針は、当該基本方針と整合性のとれたものでなければならない。
一
運用の手法、運用の対象となる資産、遵守すべき事項その他の当該運用受託機関等の業務に関し必要な事項
二
運用受託機関等の評価に関し必要な事項
（共通事項の経理）
第三十六条
機構は、機構法第三十一条第一項又は第三項の規定により区分して経理する場合において、経理すべき事項が当該経理に係る勘定以外の勘定において経理すべき事項と共通の事項であるため、当該勘定に係る部分を区分して経理することが困難なときは、当該事項については、文部科学大臣の承認を受けて定める基準に従って、事業年度の期間中一括して経理し、当該事業年度の末日現在において各勘定に配分することにより経理することができる。
（業務概況書）
第三十七条
機構は、各事業年度の通則法第三十八条第一項の規定による同項の財務諸表の提出後遅滞なく、助成資金運用について、当該事業年度における資金の額及びその構成割合並びに運用収入の額その他の資金の運用の状況に関する事項を記載した業務概況書を作成し、文部科学大臣に提出するとともに、これを公表しなければならない。
（長期借入金の認可の申請）
第三十八条
機構は、機構法第三十三条第一項の規定により長期借入金の認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一
借入れを必要とする理由
二
借入金の額
三
借入先
四
借入金の利率
五
借入金の償還の方法及び期限
六
利息の支払の方法及び期限
七
その他必要な事項
（償還計画の認可の申請）
第三十九条
機構は、機構法第三十五条の規定により償還計画の認可を受けようとするときは、通則法第三十五条の八において準用する通則法第三十一条第一項前段の規定により年度計画を届け出た後遅滞なく、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
ただし、償還計画の変更の認可を受けようとするときは、その都度提出しなければならない。
一
長期借入金の総額及び当該事業年度における借入見込額並びにその借入先
二
科学技術振興機構債券の総額及び当該事業年度における発行見込額並びに発行の方法
三
長期借入金及び科学技術振興機構債券の償還の方法及び期限
四
その他必要な事項
（積立金の処分に係る申請書の添付書類）
第四十条
令第十五条第三項に規定する文部科学省令で定める書類は、次に掲げる書類とする。
一
令第十五条第一項の期間最後の事業年度（以下この条において「期間最後の事業年度」という。）の事業年度末の貸借対照表
二
期間最後の事業年度の損益計算書
三
期間最後の事業年度の事業年度末の利益の処分に関する書類
四
承認を受けようとする金額の計算の基礎を明らかにした書類
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、公布の日から施行する。
（成立の際の会計処理の特例）
第二条
機構の成立の際機構法附則第三条第一項及び第二項の規定により機構に出資されたものとされる資産のうち償却資産については、第十一条第一項の指定があったものとみなす。
（科学技術振興事業団法施行規則及び科学技術振興事業団の財務及び会計に関する省令の廃止）
第三条
次に掲げる省令は、廃止する。
一
科学技術振興事業団法施行規則（平成八年総理府令第四十四号）
二
科学技術振興事業団の財務及び会計に関する省令（平成八年総理府令第四十五号）
附　則
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。
附　則
この省令の規定は、次の各号に掲げる区分に応じ、それぞれ当該各号に定める日から施行する。
一
附則第二条の次に一条を加える改正規定
公布の日
二
第一条の二の改正規定
平成二十六年四月一日
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（以下「通則法改正法」という。）の施行の日（平成二十七年四月一日）から施行する。
（業務実績等報告書の作成に係る経過措置）
第二条
３
通則法改正法附則第八条第一項の規定により旧通則法第二十九条第一項の中期目標が新通則法第三十五条の四第一項の規定により指示した同項の中長期目標とみなされる場合におけるこの省令による改正後の次に掲げる省令の規定の適用については、これらの省令の規定中「当該事業年度における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該項目が通則法第三十五条の四第二項第二号」とあるのは「当該事業年度における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該項目が独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（以下この表において「旧通則法」という。）第二十九条第二項第三号」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第三十五条の四第二項第二号から」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第二号から」と、「期間における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該項目が通則法第三十五条の四第二項第二号」とあるのは「期間における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該項目が旧通則法第二十九条第二項第三号」とする。
一及び二
略
三
国立研究開発法人科学技術振興機構に関する省令（平成十五年文部科学省令第四十七号）第三条の二第一項
（業務報告書又は事業報告書の作成に係る経過措置）
第三条
この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、通則法改正法の施行の日以後に開始する事業年度に係る業務報告書又は事業報告書から適用する。
一から十二まで
略
十三
国立研究開発法人科学技術振興機構に関する省令第十条の二第三項
附　則
この省令は、研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成三十一年一月十七日）から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、公布の日から施行する。
（財務諸表及び業務報告書又は事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条
この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、平成三十一年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表及び業務報告書又は事業報告書から適用し、同日前に開始する事業年度に係る財務諸表及び業務報告書又は事業報告書については、なお従前の例による。
一から十二まで
略
十三
国立研究開発法人科学技術振興機構に関する省令第十条及び第十条の二
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、公布の日から施行する。
（対応する収益の獲得が予定されない承継資産に係る特例）
第二条
２
国立研究開発法人科学技術振興機構の成立の際、国立研究開発法人科学技術振興機構法（平成十四年法律第百五十八号）附則第三条第二項の規定により国立研究開発法人科学技術振興機構に出資されたものとされる資産のうち開発委託金、開発委託金回収債権並びに敷金及び保証金については、国立研究開発法人科学技術振興機構に関する省令の一部を改正する省令（令和三年文部科学省令第八号）による改正後の国立研究開発法人科学技術振興機構に関する省令第十四条第一項の指定を受けたものとみなす。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、公布の日から施行する。
（財務諸表の作成に係る経過措置）
第二条
国立研究開発法人科学技術振興機構に関する省令の一部を改正する省令（令和三年文部科学省令第八号）による改正後の国立研究開発法人科学技術振興機構に関する省令第十五条及び第十八条の規定は、令和二年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表について適用し、同日前に開始する事業年度に係るものについては、なお従前の例による。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、国立研究開発法人科学技術振興機構法の一部を改正する法律の施行の日（令和三年二月二十三日）から施行する。
（業務概況書の作成に係る経過措置）
第二条
この省令による改正後の国立研究開発法人科学技術振興機構に関する省令第三十五条の規定は、令和四年四月一日以後に開始する事業年度に係る業務概況書から適用する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、公布の日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条
この省令による改正後の国立研究開発法人科学技術振興機構に関する省令第十二条の規定は、令和三年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表及び事業報告書から適用する。
（現に存する開発委託金又は開発委託金回収債権に係る特例）
第三条
この省令の施行の際現に存する国立研究開発法人科学技術振興機構に出資されたものとされる資産のうち開発委託金又は開発委託金回収債権については、この省令による改正後の国立研究開発法人科学技術振興機構に関する省令第十二条第一項の指定を受けたものとみなす。
（現に存する資産見返運営費交付金に関する特例）
第四条
この省令の施行の際現に存する資産見返運営費交付金（開発委託金の返還又は開発委託金回収債権の償還を受けていない当該開発委託金又は開発委託金回収債権に係る金額を除く）については、運営費交付金債務に振り替えるものとする。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、法の施行の日（令和四年十一月十五日）から施行する。