前条第二項第二号の資源管理の目標は、資源評価が行われた水産資源について、水産資源ごとに次に掲げる資源量の水準（以下この条及び第十五条第二項において「資源水準」という。）の値を定めるものとする。
一
最大持続生産量（現在及び合理的に予測される将来の自然的条件の下で持続的に採捕することが可能な水産資源の数量の最大値をいう。次号において同じ。）を実現するために維持し、又は回復させるべき目標となる値（同号及び第十五条第二項において「目標管理基準値」という。）
二
資源水準の低下によつて最大持続生産量の実現が著しく困難になることを未然に防止するため、その値を下回つた場合には資源水準の値を目標管理基準値にまで回復させるための計画を定めることとする値（第十五条第二項第二号において「限界管理基準値」という。）
２
水産資源を構成する水産動植物の特性又は資源評価の精度に照らし前項各号に掲げる値を定めることができないときは、当該水産資源の漁獲量又は漁獲努力量の動向その他の情報を踏まえて資源水準を推定した上で、その維持し、又は回復させるべき目標となる値を定めるものとする。
３
前条第二項第三号の管理年度は、特定水産資源の特性及びその採捕の実態を勘案して定めるものとする。
４
前条第二項第五号の配分の基準は、水域の特性、漁獲の実績その他の事項を勘案して定めるものとする。
（国際的な枠組みとの関係）
第十三条
農林水産大臣は、資源管理基本方針を定めるに当たつては、水産資源の持続的な利用に関する国際機関その他の国際的な枠組み（我が国が締結した条約その他の国際約束により設けられたものに限る。以下この章及び第五十二条第二項において「国際的な枠組み」という。）において行われた資源評価を考慮しなければならない。
２
農林水産大臣は、資源管理基本方針を定めようとするときは、国際的な枠組みにおいて決定されている資源管理の目標その他の資源管理に関する事項を考慮しなければならない。
３
農林水産大臣は、国際的な枠組みにおいて資源管理の目標その他の資源管理に関する事項が新たに決定され、又は変更されたときは、資源管理基本方針に検討を加え、必要があると認めるときは、第十一条第五項の規定により資源管理基本方針を変更しなければならない。
（都道府県資源管理方針）
第十四条
都道府県知事は、資源管理基本方針に即して、当該都道府県において資源管理を行うための方針（以下この章及び第百二十五条第一項第一号において「都道府県資源管理方針」という。）を定めるものとする。
ただし、特定水産資源の採捕が行われていない都道府県の知事については、この限りでない。
２
都道府県資源管理方針においては、次に掲げる事項を定めるものとする。
一
資源管理に関する基本的な事項
二
特定水産資源ごとの知事管理区分（都道府県知事が設定する管理区分をいう。以下この章において同じ。）
三
特定水産資源ごとの漁獲可能量（当該都道府県に配分される部分に限る。）の知事管理区分への配分の基準
四
知事管理区分ごとの漁獲量の管理の手法
五
漁獲可能量による管理以外の手法による資源管理に関する事項
六
その他資源管理に関する重要事項
３
前項第三号の配分の基準は、水域の特性、漁獲の実績その他の事項を勘案して定めるものとする。
４
都道府県知事は、都道府県資源管理方針を定めようとするときは、関係海区漁業調整委員会の意見を聴かなければならない。
５
都道府県知事は、都道府県資源管理方針を定めようとするときは、農林水産大臣の承認を受けなければならない。
６
都道府県知事は、都道府県資源管理方針を定めたときは、遅滞なく、これを公表しなければならない。
７
農林水産大臣は、資源管理基本方針の変更により都道府県資源管理方針が資源管理基本方針に適合しなくなつたと認めるときは、当該都道府県資源管理方針を定めた都道府県知事に対し、当該都道府県資源管理方針を変更すべき旨を通知しなければならない。
８
都道府県知事は、前項の規定により通知を受けたときは、都道府県資源管理方針を変更しなければならない。
９
都道府県知事は、前項の場合を除くほか、直近の資源評価、最新の科学的知見、漁業の動向その他の事情を勘案して、都道府県資源管理方針について検討を行い、必要があると認めるときは、これを変更するものとする。
１０
第四項から第六項までの規定は、前二項の規定による都道府県資源管理方針の変更について準用する。
第三節　漁獲可能量による管理
第一款　漁獲可能量等の設定
（農林水産大臣による漁獲可能量等の設定）
第十五条
農林水産大臣は、資源管理基本方針に即して、特定水産資源ごと及びその管理年度ごとに、次に掲げる数量を定めるものとする。
一
漁獲可能量
二
漁獲可能量のうち各都道府県に配分する数量（以下この章において「都道府県別漁獲可能量」という。）
三
漁獲可能量のうち大臣管理区分に配分する数量（以下この節及び第百二十五条第一項第四号において「大臣管理漁獲可能量」という。）
２
農林水産大臣は、次に掲げる基準に従い漁獲可能量を定めるものとする。
一
資源水準の値が目標管理基準値を下回つている場合（次号に規定する場合を除く。）は、資源水準の値が目標管理基準値を上回るまで回復させること。
二
資源水準の値が限界管理基準値を下回つている場合は、農林水産大臣が定める第十二条第一項第二号の計画に従つて、資源水準の値が目標管理基準値を上回るまで回復させること。
三
資源水準の値が目標管理基準値を上回つている場合は、資源水準の値が目標管理基準値を上回る状態を維持すること。
四
第十二条第二項の目標となる値を定めたときは、同項の規定により推定した資源水準の値が当該目標となる値を上回るまで回復させ、又は当該目標となる値を上回る状態を維持すること。
３
農林水産大臣は、第一項各号に掲げる数量を定めようとするときは、水産政策審議会の意見を聴かなければならない。
４
農林水産大臣は、都道府県別漁獲可能量を定めようとするときは、関係する都道府県知事の意見を聴くものとし、その数量を定めたときは、遅滞なく、これを当該都道府県知事に通知するものとする。
５
農林水産大臣は、第一項各号に掲げる数量を定めたときは、遅滞なく、これを公表しなければならない。
６
前三項の規定は、第一項各号に掲げる数量の変更について準用する。
（知事管理漁獲可能量の設定）
第十六条
都道府県知事は、都道府県資源管理方針に即して、都道府県別漁獲可能量について、知事管理区分に配分する数量（以下この節及び第百二十五条第一項第四号において「知事管理漁獲可能量」という。）を定めるものとする。
２
都道府県知事は、知事管理漁獲可能量を定めようとするときは、関係海区漁業調整委員会の意見を聴かなければならない。
３
都道府県知事は、知事管理漁獲可能量を定めようとするときは、農林水産大臣の承認を受けなければならない。
４
都道府県知事は、知事管理漁獲可能量を定めたときは、遅滞なく、これを公表しなければならない。
５
前三項の規定は、知事管理漁獲可能量の変更について準用する。
この場合において、第三項中「定めようとするとき」とあるのは、「変更しようとするとき（農林水産省令で定める軽微な変更を除く。）」と読み替えるものとする。
６
都道府県知事は、前項において読み替えて準用する第三項の農林水産省令で定める軽微な変更をしたときは、遅滞なく、その旨を農林水産大臣に報告しなければならない。
第二款　漁獲割当てによる漁獲量の管理
（漁獲割当割合の設定）
第十七条
漁獲割当てによる漁獲量の管理を行う管理区分（以下この節並びに第百二十四条第一項及び第百三十二条第二項第一号において「漁獲割当管理区分」という。）において当該漁獲割当ての対象となる特定水産資源を採捕しようとする者は、当該管理区分が大臣管理区分である場合には農林水産大臣、知事管理区分である場合には当該知事管理区分に係る都道府県知事に申請して、当該特定水産資源の採捕に使用しようとする船舶等ごとに漁獲割当ての割合（以下この款において「漁獲割当割合」という。）の設定を求めることができる。
２
前項の漁獲割当割合の有効期間は、一年を下らない農林水産省令で定める期間とする。
３
農林水産大臣又は都道府県知事は、漁獲割当割合の設定をしようとするときは、あらかじめ、漁獲割当管理区分ごとに、船舶等ごとの漁獲実績その他農林水産省令で定める事項を勘案して設定の基準を定め、これに従つて設定を行わなければならない。
４
農林水産大臣又は都道府県知事は、漁獲割当ての対象となる特定水産資源の再生産の阻害を防止するために漁業時期若しくは漁具の制限その他の漁獲可能量による管理以外の手法による資源管理を行う必要があると認めるとき、又は漁獲割当割合の設定を受けた者の間の紛争を防止する必要があると認めるときは、漁獲割当割合の設定を、当該漁獲割当ての対象となる特定水産資源の採捕に係る漁業に係る許可等（第三十六条第一項若しくは第五十七条第一項の許可又は第三十八条（第五十八条において準用する場合を含む。）の認可をいう。）を受け、又は当該採捕に係る個別漁業権（第六十二条第二項第一号ホに規定する個別漁業権をいう。）を有する者（第二十三条第二項第一号において「有資格者」という。）に限ることができる。
（漁獲割当割合の設定を行わない場合）
第十八条
前条第一項の規定により申請した者が次の各号に掲げる者のいずれかに該当するときは、農林水産大臣又は都道府県知事は、漁獲割当割合の設定を行つてはならない。
一
漁業又は労働に関する法令を遵守せず、かつ、引き続き遵守することが見込まれない者
二