法第十一条第一項の変更の認定の申請を受けた行政庁は、直ちに、当該変更の認定の申請が他の公益法人との合併に伴うものである場合にあっては当該他の公益法人を所管する行政庁、事業の譲渡に伴うものであって当該譲渡を受ける者が公益法人である場合若しくは当該譲渡をする者が公益法人である場合にあっては当該公益法人を所管する行政庁にその旨を通知するものとする。
２
前項の規定による通知を受けた行政庁は、当該通知に係る合併又は事業の譲渡に関し、法第十一条第一項の変更の認定の申請に対する処分をし、又は法第十三条第一項若しくは法第二十四条第一項第一号若しくは第二号の届出を受けたときは、直ちに、その旨を第一項の規定による通知をした行政庁に通知するものとする。
３
第一項の規定による通知をした行政庁は、同項の通知に係る変更の認定の申請に対する処分をしたときは、直ちに、その旨を同項の通知を受けた行政庁（法第十一条第一項の変更の認定の申請を受けた行政庁を除く。）に通知するものとする。
（公益法人関係事務の引継ぎ）
第十条
法第十二条第二項（法第二十五条第四項において準用する場合を含む。）の規定による事務の引継ぎは、行政庁の変更を伴う変更の認定（法第二十五条第四項において準用する場合にあっては、認可。以下この条において同じ。）を受けた公益法人に係る法の規定に基づく事務（以下「公益法人関係事務」という。）について行うものとする。
２
行政庁（次項において「変更後の行政庁」という。）は、行政庁の変更を伴う変更の認定の申請に対する処分をしたときは、直ちに、その旨を変更前の行政庁（法第二十五条第四項において準用する場合であって、合併により消滅する公益法人が二以上ある場合にあっては、それぞれの公益法人を所管する行政庁。以下この条において同じ。）に通知するものとする。
３
前項の規定により、変更の認定をした旨の通知を受けた変更前の行政庁は、次に掲げる事項を行わなければならない。
一
公益法人関係事務に関する帳簿及び書類（電磁的記録を含む。）を変更後の行政庁に引き継ぐこと。
二
その他変更後の行政庁が必要と認める事項
（変更の届出）
第十一条
法第十三条第一項の規定による変更の届出をしようとする公益法人は、様式第三号により作成した届出書を行政庁に提出しなければならない。
２
法第十三条第一項第四号の内閣府令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一
理事等（代表者を除く。）又は会計監査人の氏名若しくは名称
二
法第五条第十三号に規定する報酬等の支給の基準
三
法第六条第四号に規定する許認可等
３
第一項の届出書には、法第七条第二項各号に掲げる書類のうち、変更に係るものを添付しなければならない。
第二章　公益法人の事業活動等
第一節　計算
第一款　総則
第十二条
この節、次節及び第四章の用語の解釈及び規定の適用に関しては、一般に公正妥当と認められる公益法人の会計の基準その他の公益法人の会計の慣行をしん酌しなければならない。
第二款　公益目的事業比率
（費用額の算定）
第十三条
法第十五条第一号の公益目的事業の実施に係る費用の額として内閣府令で定めるところにより算定される額（以下「公益実施費用額」という。）、同条第二号の収益事業等の実施に係る費用の額として内閣府令で定めるところにより算定される額（以下「収益等実施費用額」という。）及び同条第三号の当該公益法人の運営に必要な経常的経費の額として内閣府令で定めるところにより算定される額（以下「管理運営費用額」という。）の算定については、この節に定めるところによる。
２
公益法人の各事業年度の公益実施費用額、収益等実施費用額及び管理運営費用額（以下「費用額」という。）は、別段の定めのあるものを除き、次の各号に掲げる費用額の区分に応じ、当該各号に定める額とする。
一
公益実施費用額
当該事業年度の損益計算書に計上すべき公益目的事業に係る事業費の額
二
収益等実施費用額
当該事業年度の損益計算書に計上すべき収益事業等に係る事業費の額
三
管理運営費用額
当該事業年度の損益計算書に計上すべき管理費の額
（引当金）
第十四条
各事業年度において取り崩すべきこととなった引当金勘定の金額又は取り崩した引当金勘定の金額（前事業年度までに既に取り崩すべきこととなったものを除く。以下「引当金の取崩額」という。）は、事業その他の業務又は活動（以下「事業等」という。）の区分に応じ、当該事業年度の費用額から控除する。
（財産の譲渡損等）
第十五条
公益法人が財産を譲渡した場合には、当該譲渡に係る損失（当該財産の原価の額から対価の額を控除して得た額をいう。）は、当該公益法人の各事業年度の費用額に算入しない。
２
前項の規定にかかわらず、公益法人が各事業年度において商品（販売の目的をもって所有する土地、建物その他の不動産を含む。）又は製品を譲渡した場合には、これらの財産の原価の額を、その事業等の区分に応じ、当該事業年度の費用額に算入する。
３
公益法人がその有する財産の評価換えをしてその帳簿価額を減額した場合には、その減額した部分の額は、当該公益法人の各事業年度の費用額に算入しない。
４
前三項に定めるもののほか、公益法人が財産を運用することにより生じた損失の額（当該財産について譲渡することとなった財産の額から当該財産について得ることとなった財産の額を控除して得た額をいう。）は、当該公益法人の各事業年度の費用額に算入しない。
（土地の使用に係る費用額）
第十六条
公益法人が各事業年度の事業等を行うに当たり、自己の所有する土地を使用した場合には、当該土地の賃借に通常要する賃料の額から当該土地の使用に当たり実際に負担した費用の額を控除して得た額を、その事業等の区分に応じ、当該事業年度の費用額に算入することができる。
２
前項の規定を適用した公益法人は、正当な理由がある場合を除き、前項の規定を毎事業年度継続して適用しなければならない。
（融資に係る費用額）
第十六条の二
公益法人は各事業年度において無利子又は低利の資金の貸付けがあるときは、当該貸付金につき貸付金と同額の資金を借入れをして調達した場合の利率により計算した利子の額と、当該貸付金につき当該貸付金に係る利率により計算した利子の額の差額を、その事業等の区分に応じ、当該事業年度の費用額に算入することができる。
２
前項の規定を適用した公益法人は、正当な理由がある場合を除き、前項の規定を毎事業年度継続して適用しなければならない。
（無償の役務の提供等に係る費用額）
第十七条
公益法人が各事業年度において無償により当該法人の事業等に必要な役務の提供（便益の供与及び資産の譲渡を含むものとし、資産として計上すべきものを除く。以下同じ。）を受けたときは、必要対価の額（当該役務の提供を受けた時における当該役務と同等の役務の提供を受けるために必要な対価の額をいう。以下この条において同じ。）を、その事業等の区分に応じ、当該事業年度の費用額に算入することができる。
２
公益法人が各事業年度において当該法人の事業等に必要な役務に対して支払った対価の額が当該役務に係る必要対価の額に比して低いときは、当該対価の額と当該必要対価の額との差額のうち実質的に贈与又は無償の提供若しくは供与を受けたと認められる額を、その事業等の区分に応じ、当該事業年度の費用額に算入することができる。
３
前二項の規定を適用した公益法人は、正当な理由がある場合を除き、これらの規定を毎事業年度継続して適用しなければならない。
４
第一項又は第二項の規定を適用した公益法人は、役務の提供があった事実を証するもの及び必要対価の額の算定の根拠を記載又は記録したものを当該事業年度終了の日から起算して十年間、保存しなければならない。
（特定費用準備資金）
第十八条
公益法人が各事業年度の末日において特定費用準備資金（将来の特定の活動の実施のために特別に支出する費用（事業費又は管理費として計上されることとなるものに限るものとし、引当金の引当対象となるものを除く。以下この条において同じ。）に係る支出に充てるために保有する資金（当該資金を運用することを目的として保有する財産を含む。以下同じ。）をいう。以下同じ。）を有する場合には、その事業等の区分に応じ、第一号の額から第二号の額を控除して得た額を当該事業年度の費用額に算入する。
一
当該事業年度の末日における当該資金の額又は同日における積立限度額（当該資金の目的である活動の実施に要する費用の額として必要な最低額をいう。以下同じ。）のうちいずれか少ない額
二
当該事業年度の前事業年度の末日における当該資金の額又は同日における積立限度額のうちいずれか少ない額
２
前項の規定の適用を受けた公益法人は、前項の適用を受けた事業年度以後の各事業年度において、その事業等の区分に応じ、前項第二号の額から第一号の額を控除して得た額を当該事業年度の費用額から控除する。
３
第一項に規定する特定費用準備資金は、次に掲げる要件のすべてを満たすものでなければならない。
一
当該資金の目的である活動を行うことが見込まれること。
二
他の資金と明確に区分して管理されていること。
三
当該資金の目的である支出に充てる場合を除くほか、取り崩すことができないものであること又は当該場合以外の取崩しについて特別の手続が定められていること。
四
積立限度額が合理的に算定されていること。
五
第三号の定め並びに積立限度額及びその算定の根拠について法第二十一条の規定の例により備置き及び閲覧等の措置が講じられていること。
４