法第二十一条の四第五項の規定により、厚生労働大臣から同意小児慢性特定疾病関連情報の提供を求められた場合には、都道府県は、当該情報を、電子情報処理組織（都道府県が使用する電子計算機（入出力装置を含む。以下同じ。）と厚生労働省が使用する電子計算機とを電気通信回線で接続した電子情報処理組織をいう。）を使用する方法又は当該情報を記載した書面若しくは当該情報を記録した光ディスクその他の電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他人の知覚によつては認識することができない方式で作られる記録であつて、電子計算機による情報処理の用に供されるものをいう。）を提出する方法により提出しなければならない。
第十七条の二
法第二十一条の四の二第一項の厚生労働省令で定める基準は、次のとおりとする。
一
同意小児慢性特定疾病関連情報に含まれる特定の個人を識別することができる記述等の全部又は一部を削除すること（当該全部又は一部の記述等を復元することのできる規則性を有しない方法により他の記述等に置き換えることを含む。）。
二
同意小児慢性特定疾病関連情報に含まれる個人識別符号（個人情報の保護に関する法律（平成十五年法律第五十七号）第二条第二項に規定する個人識別符号をいう。）の全部を削除すること（当該個人識別符号を復元することのできる規則性を有しない方法により他の記述等に置き換えることを含む。）。
三
同意小児慢性特定疾病関連情報と当該同意小児慢性特定疾病関連情報に措置を講じて得られる情報とを連結する符号（現に厚生労働大臣において取り扱う情報を相互に連結する符号に限る。）を削除すること（当該符号を復元することのできる規則性を有しない方法により同意小児慢性特定疾病関連情報と当該同意小児慢性特定疾病関連情報に措置を講じて得られる情報を連結することができない符号に置き換えることを含む。）。
四
特異な記述等を削除すること（当該特異な記述等を復元することのできる規則性を有しない方法により他の記述等に置き換えることを含む。）。
五
前各号に掲げる措置のほか、同意小児慢性特定疾病関連情報に含まれる記述等と当該同意小児慢性特定疾病関連情報を含む同意小児慢性特定疾病関連情報データベース（同意小児慢性特定疾病関連情報を含む情報の集合物であつて、特定の同意小児慢性特定疾病関連情報を電子計算機を用いて検索することができるように体系的に構成したものをいう。）を構成する他の同意小児慢性特定疾病関連情報に含まれる記述等との差異その他の当該同意小児慢性特定疾病関連情報データベースの性質を勘案し、その結果を踏まえて適切な措置を講ずること。
第十七条の三
法第二十一条の四の二第一項の規定により匿名小児慢性特定疾病関連情報（同項に規定する匿名小児慢性特定疾病関連情報をいう。以下同じ。）の提供を受けようとする同項各号に掲げる者（当該提供を受けようとする同項各号に掲げる者が複数あるときは、当該複数の者。以下「提供申出者」という。）は、次に掲げる事項を記載した書類（以下「提供申出書」という。）に、厚生労働大臣が当該匿名小児慢性特定疾病関連情報の提供に係る事務処理のために必要と認める資料を添付して、厚生労働大臣に提出することにより、当該匿名小児慢性特定疾病関連情報の提供の申出をしなければならない。
一
提供申出者が公的機関（国の行政機関（厚生労働省を除く。）又は地方公共団体をいう。以下同じ。）であるときは、次に掲げる事項
イ
当該公的機関の名称
ロ
担当する部局又は機関の名称、所在地及び連絡先
二
提供申出者が法人等（法人その他の団体で代表者又は管理人の定めがあるものをいう。以下この条及び次条において同じ。）であるときは、次に掲げる事項
イ
当該法人等の名称、住所及び法人番号（行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律第二条第十五号に規定する法人番号をいう。）
ロ
当該法人等の代表者又は管理人の氏名、職名及び連絡先
三
提供申出者が個人であるときは、次に掲げる事項
イ
当該個人の氏名、生年月日及び住所
ロ
当該個人の職業、所属、職名及び連絡先
四
提供申出者が前三号に掲げる者以外の者であるときは、当該者を第一号の公的機関とみなし、同号に掲げる事項
五
代理人によつて申出をするときは、次に掲げる事項
イ
当該代理人の氏名、生年月日及び住所
ロ
当該代理人の職業、所属、職名及び連絡先
六
当該匿名小児慢性特定疾病関連情報を取り扱う者の氏名、職業、所属、職名及び連絡先
七
当該匿名小児慢性特定疾病関連情報の抽出対象期間、種類及び抽出条件その他の当該匿名小児慢性特定疾病関連情報を特定するために必要な事項
八
当該匿名小児慢性特定疾病関連情報の利用場所（日本国内に限る。）並びに保管場所（日本国内に限る。）及び管理方法
九
当該匿名小児慢性特定疾病関連情報の利用目的
十
当該匿名小児慢性特定疾病関連情報の情報量が、前号に規定する利用目的に照らして必要最小限である旨及びその判断の根拠となる情報
十一
当該匿名小児慢性特定疾病関連情報を取り扱う者が第十七条の七第二号イ（１）から（３）までに掲げる者に該当しない旨
十二
前各号に掲げるもののほか、提供申出者の行う業務が当該匿名小児慢性特定疾病関連情報の提供を受けて行うことについて相当の公益性を有すると認められる業務に該当することを確認するために必要な事項として、次のイからチまでに定める事項
イ
次の（１）から（３）までに掲げる場合の区分に応じ、それぞれ当該（１）から（３）までに掲げる事項
（１）
提供申出者が公的機関である場合
当該匿名小児慢性特定疾病関連情報の直接の利用目的が小児慢性特定疾病に係る対策に関する施策の企画及び立案に関する調査に資する目的である旨
（２）
提供申出者が大学その他の研究機関である場合
当該匿名小児慢性特定疾病関連情報の直接の利用目的が小児慢性特定疾病児童等に対する良質かつ適切な医療の確保又は小児慢性特定疾病児童等の療養生活の質の維持向上に資する研究に資する目的である旨
（３）
提供申出者が次条に規定する者である場合
当該匿名小児慢性特定疾病関連情報の直接の利用目的が第十七条の五第一項に規定する業務に資する目的である旨
ロ
当該匿名小児慢性特定疾病関連情報の直接の利用目的である業務の名称、必要性、内容及び実施期間
ハ
当該匿名小児慢性特定疾病関連情報を利用する手法及び期間並びに当該匿名小児慢性特定疾病関連情報を利用して作成する成果物の内容
ニ
当該業務の成果物を公表する方法
ホ
個人及び法人の権利利益、国の安全等を害するおそれがない旨
ヘ
第十七条の七に規定する措置として講ずる内容
ト
当該匿名小児慢性特定疾病関連情報の提供を受ける方法及び年月日
チ
イからトまでに掲げるもののほか、厚生労働大臣が特に必要と認める事項
提供申出者は、前項に規定する申出をするときは、厚生労働大臣に対し、次に掲げる書類を提示し、又は提出するものとする。
一
提供申出書及びこれに添付すべき資料（以下「提供申出書等」という。）に記載されている提供申出者（提供申出者が個人である場合に限る。）及びその代理人の氏名、生年月日及び住所と同一の氏名、生年月日及び住所が記載されている運転免許証、健康保険法第五十一条の三第一項に規定する書面、船員保険法第二十八条の二第一項に規定する書面、国民健康保険法第九条第二項（同法第二十二条において準用する場合を含む。）に規定する書面若しくは高齢者の医療の確保に関する法律（昭和五十七年法律第八十号）第五十四条第三項に規定する書面、防衛省の職員の給与等に関する法律（昭和二十七年法律第二百六十六号）第二十二条第六項に規定する書面、国家公務員共済組合法第五十三条の二第一項（私立学校教職員共済法第二十五条において同項の規定を読み替えて準用する場合を含む。）に規定する書面又は地方公務員等共済組合法第五十五条の二第一項に規定する書面、介護保険の被保険者証、健康保険日雇特例被保険者手帳、個人番号カード、出入国管理及び難民認定法（昭和二十六年政令第三百十九号）第十九条の三に規定する在留カード、日本国との平和条約に基づき日本の国籍を離脱した者等の出入国管理に関する特例法（平成三年法律第七十一号）第七条第一項に規定する特別永住者証明書で申出の日において有効なものその他これらの者が本人であることを確認するに足りる書類
二
代理人によつて申出をするときは、代理権を証明する書面
提供申出者は、匿名小児慢性特定疾病関連情報を第十七条の六に規定する匿名指定難病関連情報と連結して利用することができる状態で提供を受けようとするときは、第一項に規定する提供の申出のほか、難病の患者に対する医療等に関する法律施行規則（平成二十六年厚生労働省令第百二十一号）第四十五条の四第一項に規定する提供の申出をしなければならない。
厚生労働大臣は、第一項の規定により提出された提供申出書等に不備があり、又はこれらに記載すべき事項の記載が不十分であると認めるときは、提供申出者に対して、説明を求め、又は当該提供申出書等の訂正を求めることができる。
厚生労働大臣は、第一項の規定による申出を受けた場合において、当該申出に応じることが適当と認めるときは、提供申出者に対し、当該申出に係る匿名小児慢性特定疾病関連情報の提供を行う旨を通知するものとする。
前項の通知を受けた提供申出者は、当該通知に係る匿名小児慢性特定疾病関連情報の提供の実施を求めるときは、必要な事項を記載した依頼書に、厚生労働大臣が必要と認める書類を添付して、厚生労働大臣に提出するものとする。