農林水産大臣又は都道府県知事は、年次漁獲割当量設定者が、第二十五条第二項の規定に違反してその設定を受けた年次漁獲割当量を超えて特定水産資源の採捕をし、かつ、当該採捕を引き続きするおそれがあるとき、又は前条第二項の規定に違反して採捕した特別管理特定水産資源について報告をせず、若しくは虚偽の報告をし、かつ、当該違反行為を引き続きするおそれがあるときは、当該採捕若しくは当該違反行為をした者が使用する船舶について停泊港及び停泊期間を指定して停泊を命じ、又は当該採捕に使用した漁具その他特定水産資源の採捕の用に供される物について期間を指定してその使用の禁止若しくは陸揚げを命ずることができる。
（年次漁獲割当量の控除）
第二十八条
農林水産大臣又は都道府県知事は、漁獲割当割合設定者である年次漁獲割当量設定者が第二十五条第二項の規定に違反してその設定を受けた年次漁獲割当量を超えて特定水産資源を採捕したときは、その超えた部分の数量を基準として農林水産省令で定めるところにより算出する数量を、次の管理年度以降において当該漁獲割当割合設定者に設定する年次漁獲割当量から控除することができる。
（漁獲割当割合の削減）
第二十九条
農林水産大臣又は都道府県知事は、漁獲割当割合設定者である年次漁獲割当量設定者が第二十五条第二項の規定に違反してその設定を受けた年次漁獲割当量を超えて特定水産資源を採捕し、又は第二十七条の規定による命令に違反したときは、農林水産省令で定めるところにより、その設定を受けた漁獲割当割合を減ずる処分をすることができる。
２
農林水産大臣又は都道府県知事は、前項の処分をしようとするときは、行政手続法（平成五年法律第八十八号）第十三条第一項の規定による意見陳述のための手続の区分にかかわらず、聴聞を行わなければならない。
３
第一項の処分に係る聴聞の期日における審理は、公開により行わなければならない。
第三款　漁獲量等の総量の管理
（漁獲量等の報告）
第三十条
漁獲割当管理区分以外の管理区分において特定水産資源（特別管理特定水産資源を除く。以下この項において同じ。）の採捕（漁獲努力量の総量の管理を行う管理区分（以下この項及び次条において「漁獲努力量管理区分」という。）にあつては、当該漁獲努力量に係る漁ろう。以下この款において同じ。）をする者は、特定水産資源の採捕をしたときは、農林水産省令で定める期間内に、農林水産省令又は規則で定めるところにより、当該特定水産資源の漁獲量（漁獲努力量管理区分にあつては、当該特定水産資源に係る漁獲努力量。以下この款において同じ。）その他漁獲の状況に関し農林水産省令で定める事項を、当該管理区分が大臣管理区分（漁獲割当管理区分以外のものに限る。以下この款において同じ。）である場合には農林水産大臣、知事管理区分（漁獲割当管理区分以外のものに限る。以下この款において同じ。）である場合には当該知事管理区分に係る都道府県知事に報告しなければならない。
２
漁獲割当管理区分以外の管理区分において特別管理特定水産資源の採捕をする者は、特別管理特定水産資源の採捕をしたときは、農林水産省令で定める期間内に、農林水産省令又は規則で定めるところにより、当該特別管理特定水産資源の個体の数及び漁獲量その他漁獲の状況に関し農林水産省令で定める事項を、当該管理区分が大臣管理区分である場合には農林水産大臣、知事管理区分である場合には当該知事管理区分に係る都道府県知事に報告するとともに、農林水産省令で定めるところにより、当該採捕に係る船舶等の名称及び個体ごとの重量その他の農林水産省令で定める事項に関する記録を作成し、その報告をした日から農林水産省令で定める期間保存しなければならない。
３
都道府県知事は、前二項の規定により報告を受けたときは、農林水産省令で定めるところにより、速やかに、当該事項を農林水産大臣に報告するものとする。
（漁獲量等の公表）
第三十一条
農林水産大臣又は都道府県知事は、大臣管理区分又は知事管理区分における特定水産資源の漁獲量の総量が当該管理区分に係る大臣管理漁獲可能量又は知事管理漁獲可能量（漁獲努力量管理区分にあつては、当該管理区分に係る漁獲努力可能量。次条及び第三十三条において同じ。）を超えるおそれがあると認めるときその他農林水産省令で定めるときは、当該漁獲量の総量その他農林水産省令で定める事項を公表するものとする。
（助言、指導又は勧告）
第三十二条
農林水産大臣は、次の各号のいずれかに該当すると認めるときは、それぞれ当該各号に定める者に対し、必要な助言、指導又は勧告をすることができる。
一
大臣管理区分における特定水産資源の漁獲量の総量が当該大臣管理区分に係る大臣管理漁獲可能量を超えるおそれが大きい場合
当該大臣管理区分において当該特定水産資源の採捕をする者
二
一の特定水産資源に係る全ての大臣管理区分における当該特定水産資源の漁獲量の総量が当該全ての大臣管理区分に係る大臣管理漁獲可能量の合計を超えるおそれが大きい場合
当該全ての大臣管理区分のいずれかにおいて当該特定水産資源の採捕をする者
三
特定水産資源の漁獲量の総量が当該特定水産資源の漁獲可能量を超えるおそれが大きい場合
当該特定水産資源の採捕をする者
２
都道府県知事は、次の各号のいずれかに該当すると認めるときは、それぞれ当該各号に定める者に対し、必要な助言、指導又は勧告をすることができる。
一
知事管理区分における特定水産資源の漁獲量の総量が当該知事管理区分に係る知事管理漁獲可能量を超えるおそれが大きい場合
当該知事管理区分において当該特定水産資源の採捕をする者
二
一の特定水産資源に係る全ての知事管理区分における当該特定水産資源の漁獲量の総量が当該都道府県の都道府県別漁獲可能量を超えるおそれが大きい場合
当該全ての知事管理区分のいずれかにおいて当該特定水産資源の採捕をする者
（採捕の停止等）
第三十三条
農林水産大臣は、次の各号のいずれかに該当すると認めるときは、それぞれ当該各号に定める者に対し、農林水産省令で定めるところにより、期間を定め、採捕の停止その他特定水産資源の採捕に関し必要な命令をすることができる。
一
大臣管理区分における特定水産資源の漁獲量の総量が当該大臣管理区分に係る大臣管理漁獲可能量を超えており、又は超えるおそれが著しく大きい場合
当該大臣管理区分において当該特定水産資源の採捕をする者
二
一の特定水産資源に係る全ての大臣管理区分における当該特定水産資源の漁獲量の総量が当該全ての大臣管理区分に係る大臣管理漁獲可能量の合計を超えており、又は超えるおそれが著しく大きい場合
当該全ての大臣管理区分のいずれかにおいて当該特定水産資源の採捕をする者
三
特定水産資源の漁獲量の総量が当該特定水産資源の漁獲可能量を超えており、又は超えるおそれが著しく大きい場合
当該特定水産資源の採捕をする者
２
都道府県知事は、次の各号のいずれかに該当すると認めるときは、それぞれ当該各号に定める者に対し、規則で定めるところにより、期間を定め、採捕の停止その他特定水産資源の採捕に関し必要な命令をすることができる。
一
知事管理区分における特定水産資源の漁獲量の総量が当該知事管理区分に係る知事管理漁獲可能量を超えており、又は超えるおそれが著しく大きい場合
当該知事管理区分において当該特定水産資源の採捕をする者
二
一の特定水産資源に係る全ての知事管理区分における当該特定水産資源の漁獲量の総量が当該都道府県の都道府県別漁獲可能量を超えており、又は超えるおそれが著しく大きい場合
当該全ての知事管理区分のいずれかにおいて当該特定水産資源の採捕をする者
（停泊命令等）
第三十四条
農林水産大臣又は都道府県知事は、漁獲割当管理区分以外の管理区分において特別管理特定水産資源の採捕をする者が第三十条第二項の規定に違反して採捕した特別管理特定水産資源について報告をせず、若しくは虚偽の報告をし、かつ、当該違反行為を引き続きするおそれがあるとき、又は前条の命令を受けた者が当該命令に違反する行為をし、かつ、当該行為を引き続きするおそれがあるときは、当該違反行為若しくは当該行為をした者が使用する船舶について停泊港及び停泊期間を指定して停泊を命じ、又は当該行為に使用した漁具その他特定水産資源の採捕の用に供される物について期間を指定してその使用の禁止若しくは陸揚げを命ずることができる。
第四節　補則
第三十五条
都道府県知事は、都道府県別漁獲可能量の管理を行うに当たり特に必要があると認めるときは、農林水産大臣に対し、第百二十一条第三項の規定により同条第一項の指示について必要な指示をすることを求めることができる。
第三章　許可漁業
第一節　大臣許可漁業
（農林水産大臣による漁業の許可）
第三十六条
船舶により行う漁業であつて農林水産省令で定めるものを営もうとする者は、船舶ごとに、農林水産大臣の許可を受けなければならない。
２
前項の農林水産省令は、漁業調整（特定水産資源の再生産の阻害の防止若しくは特定水産資源以外の水産資源の保存及び管理又は漁場の使用に関する紛争の防止のために必要な調整をいう。以下同じ。）のため漁業者及びその使用する船舶（船舶において使用する漁ろう設備を含む。）について制限措置を講ずる必要があり、かつ、政府間の取決めが存在すること、漁場の区域が広域にわたることその他の政令で定める事由により当該措置を統一して講ずることが適当であると認められる漁業について定めるものとする。
３
農林水産大臣は、第一項の農林水産省令を制定し、又は改廃しようとするときは、水産政策審議会の意見を聴かなければならない。
（許可を受けた者の責務）
第三十七条