海外病検査課は、輸出入動物その他の物に対する検査及び委託を受けて行う動物その他の物に対する検査のうち、ウイルス、細菌及び寄生虫（家畜伝染病及び水産資源保護法（昭和二十六年法律第三百十三号）第十三条第一項に規定する輸入防疫対象疾病のうち国内に常在しないものの病原体であるものに限る。）に関する精密検査並びにその技術の改善に関する調査及び研究に関する事務をつかさどる。
（病理・理化学検査課の所掌事務）
第百二十条
病理・理化学検査課は、輸出入動物その他の物に対する検査及び委託を受けて行う動物その他の物に対する検査のうち、病理検査、理化学検査その他の検査に係る精密検査並びにその技術の改善に関する調査及び研究に関する事務（微生物検査課及び海外病検査課の所掌に属するものを除く。）をつかさどる。
（危険度分析課の所掌事務）
第百二十一条
危険度分析課は、輸出入動物その他の物の危険性の評価に関する事務をつかさどる。
（調整指導官の職務）
第百二十二条
調整指導官は、動物検疫の業務についての連絡調整及び指導に関する事務（管理指導課及び感染症対策専門官の所掌に属するものを除く。）を行う。
（統括検疫管理官の職務）
第百二十三条
統括検疫管理官は、動物検疫の業務についての専門技術上の調査、企画及び連絡調整に関する事務を行う。
（感染症対策専門官の職務）
第百二十三条の二
感染症対策専門官は、動物検疫の業務のうち動物由来感染症に関する業務についての連絡調整及び指導に関する事務（管理指導課の所掌に属するものを除く。）を行う。
（支所及び出張所の名称及び位置）
第百二十四条
動物検疫所の支所及び出張所の名称及び位置は、別表第二のとおりとする。
（支所及び出張所の所掌事務）
第百二十五条
支所及び出張所は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
家畜伝染病予防法の規定による輸出入動物その他の物に対する輸出入検査その他の措置に関すること。
二
輸出入動物に対する狂犬病予防法の規定に基づく検査に関すること。
三
感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律の規定による輸入動物に対する検査及びこれに基づく措置に関すること。
四
輸出入動物の健康検査に関すること。
五
動物用生物学的製剤及び予防用器具の保管、配布、譲与及び貸付けに関すること。
六
委託を受けて動物その他の物に対する検査又は消毒を行うこと。
（支所長）
第百二十六条
支所に、支所長を置く。
（調整指導官及び統括検疫管理官）
第百二十七条
支所に、調整指導官及び統括検疫管理官それぞれ一人（北海道・東北支所及び沖縄支所にあっては、調整指導官一人）を置く。
２
調整指導官は、動物検疫の業務についての連絡調整及び指導に関する事務を行う。
３
統括検疫管理官は、動物検疫の業務についての専門技術上の調査、企画及び連絡調整に関する事務を行う。
（出張所長）
第百二十八条
出張所に、出張所長を置く。
第三款　動物医薬品検査所
（動物医薬品検査所の位置）
第百二十九条
動物医薬品検査所は、東京都に置く。
（所長）
第百三十条
動物医薬品検査所に、所長を置く。
２
所長は、動物医薬品検査所の事務を掌理する。
（動物医薬品検査所に置く部等）
第百三十一条
動物医薬品検査所に、企画連絡室、庶務課及び会計課並びに次の二部を置く。
検査第一部
検査第二部
（企画連絡室の所掌事務）
第百三十二条
企画連絡室は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
動物用の医薬品、医薬部外品、医療機器及び再生医療等製品の検査に関する総合的な企画及び立案並びに調整に関すること。
二
動物用の医薬品、医薬部外品、医療機器及び再生医療等製品の検査に関する連絡調整に関すること。
三
動物用の医薬品、医薬部外品、医療機器及び再生医療等製品の検査に関する資料の収集、整理及び提供に関すること。
四
動物用の医薬品、医薬部外品、医療機器及び再生医療等製品の製造及び検査に関する技術の講習に関すること。
五
動物用の医薬品、医薬部外品、医療機器及び再生医療等製品の検査に関する技術的事項についての審査、調査、評価及び指導に関すること。
六
動物用の医薬品、医薬部外品、医療機器及び再生医療等製品の検査成績並びに標準製剤の保証並びに病原微生物その他の危険物の管理に関する監査に関すること。
（企画連絡室に置く課）
第百三十二条の二
企画連絡室に、次の三課を置く。
企画調整課
審査調整課
技術指導課
（企画調整課の所掌事務）
第百三十二条の三
企画調整課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
動物用の医薬品、医薬部外品、医療機器及び再生医療等製品の検査に関する総合的な企画及び立案並びに調整に関すること。
二
動物用の医薬品、医薬部外品、医療機器及び再生医療等製品の検査に関する連絡調整に関すること（審査調整課の所掌に属するものを除く。）。
三
動物用の医薬品、医薬部外品、医療機器及び再生医療等製品の検査に関する資料の収集、整理及び提供に関すること。
四
動物用の医薬品、医薬部外品、医療機器及び再生医療等製品の製造及び検査に関する技術の講習に関すること。
（審査調整課の所掌事務）
第百三十二条の四
審査調整課は、動物用の医薬品、医薬部外品、医療機器及び再生医療等製品の検査に関する技術的事項についての審査及び連絡調整に関する事務をつかさどる。
（技術指導課の所掌事務）
第百三十二条の五
技術指導課は、動物用の医薬品、医薬部外品、医療機器及び再生医療等製品の検査に関する技術的事項についての調査、評価及び指導に関する事務をつかさどる。
（動物用医薬品審査官、動物用医療機器審査官、動物用医薬品専門官及び病原微生物管理専門官）
第百三十三条
企画連絡室に、動物用医薬品審査官三人、動物用医療機器審査官一人、動物用医薬品専門官二人及び病原微生物管理専門官一人を置く。
２
動物用医薬品審査官は、命を受けて、動物用医薬品の検査に関する専門技術上の事項についての審査に関する事務を行う。
３
動物用医療機器審査官は、動物用医療機器の検査に関する専門技術上の事項についての審査に関する事務を行う。
４
動物用医薬品専門官は、命を受けて、次に掲げる事務を行う。
一
動物用医薬品の再評価に関する専門技術上の事項についての資料の収集及び整理に関すること。
二
動物用医薬品の検査に係る国際的な基準の設定に関する専門技術上の事項についての企画及び連絡調整並びに資料の収集及び整理に関すること。
三
動物用抗菌剤の使用に伴う危険性に関する専門技術上の事項についての評価、資料の収集及び整理並びにその結果の提供に関すること。
５
病原微生物管理専門官は、病原微生物の管理に関する専門技術上の事項についての企画及び連絡調整に関する事務を行う。
（庶務課の所掌事務）
第百三十四条
庶務課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
所長の官印及び所印の保管に関すること。
二
職員の人事に関すること。
三
公文書類の接受、発送、編集及び保存に関すること。
四
前各号に掲げるもののほか、動物医薬品検査所の所掌事務で他の所掌に属しないものに関すること。
（会計課の所掌事務）
第百三十四条の二
会計課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
経費及び収入の予算、決算及び会計に関すること。
二
国有財産の管理及び処分並びに物品の管理に関すること。
三
庁内の管理に関すること。
（検査第一部の所掌事務）
第百三十五条
検査第一部は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
動物用の生物学的製剤及び再生医療等製品の検査を行うこと。
二
動物用の生物学的製剤及び再生医療等製品の検査に関する調査及び研究を行うこと。
三
動物用の生物学的製剤及び再生医療等製品に係る細胞株、ウイルス株、菌株及び標準製剤の保存及び配布を行うこと。
（検査第二部の所掌事務）
第百三十六条
検査第二部は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
動物用の医薬品（生物学的製剤を除く。次号及び第三号において同じ。）、医薬部外品及び医療機器の検査を行うこと。
二
動物用の医薬品、医薬部外品及び医療機器の検査に関する調査及び研究を行うこと。
三
動物用の医薬品及び医薬部外品に係る菌株及び標準製剤の保存及び配布を行うこと。
第四款　農林水産研修所
（農林水産研修所の位置）
第百三十七条
農林水産研修所は、東京都に置く。
（所長及び副所長）
第百三十八条
農林水産研修所に、所長及び副所長一人を置く。
２
所長は、農林水産研修所の事務を掌理する。
３
副所長は、所長を助け、農林水産研修所の事務を整理する。
（農林水産研修所に置く課等）
第百三十九条
農林水産研修所に、次の三課並びに研修調整官一人、研修企画官四人、農福連携研修企画官一人、教務指導官二人及び技術研修指導官九人を置く。
総務課
教務課
技術研修課
（総務課の所掌事務）
第百四十条
総務課は、次に掲げる事務（技術研修課の所掌に属するものを除く。）をつかさどる。
一
所長の官印及び所印の保管に関すること。
二
職員の人事に関すること。
三
公文書類の接受、発送、編集及び保存に関すること。
四
経費及び収入の予算、決算及び会計に関すること。
五
行政財産及び物品の管理に関すること。
六
庁内の管理に関すること。
七
前各号に掲げるもののほか、農林水産研修所の所掌事務で他の所掌に属しないものに関すること。
（教務課の所掌事務）
第百四十一条
教務課は、次に掲げる事務（技術研修課の所掌に属するものを除く。）をつかさどる。
一
研修計画の作成及び実施に関すること。
二
研修生の入所及び退所並びに研修生活に関すること。
三
研修に関する調査並びに資料の収集及び整理に関すること。
（技術研修課の所掌事務）
第百四十二条