合併特例区の長は、合併特例区を代表し、その事務を総理する。
２
合併特例区の職員のうち、合併特例区の長があらかじめ指定する者は、合併特例区の長に事故があるとき又は合併特例区の長が欠けたときは、その職務を代理する。
３
合併特例区の長は、その権限の一部を当該合併特例区の職員に委任し、又はこれにその職務の一部を臨時に代理させることができる。
４
合併特例区の長は、合併特例区の職員を指揮監督する。
５
合併特例区の長は、法令、合併市町村の条例又は合併特例区の規約に違反しない限りにおいて、その権限に属する事務に関し、合併特例区規則を制定することができる。
（合併特例区規則の公布）
第三十五条
合併特例区の長は、前条第五項の規定により第五十三条及び第五十四条第一項に規定する合併特例区規則を制定した場合には、その日から二十日以内にこれを公布しなければならない。
２
地方自治法第十六条第三項及び第四項の規定は、前項の規定による合併特例区規則の公布について準用する。
この場合において、同条第三項中「条例」とあるのは「合併特例区規則」と、同条第四項中「普通地方公共団体」とあるのは「合併特例区」と、「条例」とあるのは「合併特例区規則」と読み替えるものとする。
（合併特例区協議会の設置及び構成員）
第三十六条
合併特例区に、合併特例区協議会を置く。
２
合併特例区協議会の構成員は、合併特例区の区域内に住所を有する者で合併市町村の議会の議員の被選挙権を有するもののうちから、規約で定める方法により合併市町村の長が選任する。
３
前項の方法は、合併特例区協議会の構成員の構成が、合併特例区の区域内に住所を有する者の多様な意見が適切に反映されるものとなるように配慮して定めなければならない。
４
合併特例区協議会の構成員の任期は、二年以内において規約で定める期間とする。
５
合併特例区協議会の構成員が当該合併特例区の区域内に住所を有しない者であるとき、合併市町村の議会の議員の被選挙権を有しない者であるとき、又は第七項において準用する地方自治法第九十二条の二の規定に該当するときは、その職を失う。
６
合併特例区協議会の構成員には、次項において準用する地方自治法第二百三条の二第一項の規定にかかわらず、報酬を支給しないこととすることができる。
７
地方自治法第九十二条の二、第二百三条の二第一項から第三項まで及び第五項並びに第二百四条の二の規定は、合併特例区協議会の構成員について準用する。
この場合において、同法第九十二条の二中「普通地方公共団体」とあるのは「合併特例区」と、「議会の議員」とあるのは「合併特例区協議会（市町村の合併の特例に関する法律第三十六条第一項に規定する合併特例区協議会をいう。以下同じ。）の構成員」と、「議会の適正な」とあるのは「合併特例区協議会の適正な」と、同法第二百三条の二第一項中「普通地方公共団体」とあるのは「合併特例区」と、同条第二項中「条例」とあるのは「合併特例区規則」と、同条第五項中「、費用弁償、期末手当及び勤勉手当」とあるのは「及び費用弁償」と、「条例」とあるのは「合併特例区規則」と、同法第二百四条の二中「普通地方公共団体」とあるのは「合併特例区」と、「条例」とあるのは「合併特例区規則」と読み替えるものとする。
（合併特例区協議会の会長及び副会長）
第三十七条
合併特例区協議会に、会長及び副会長を置く。
２
合併特例区協議会の会長及び副会長の選任及び解任の方法は、規約で定める。
３
合併特例区協議会の会長及び副会長の任期は、合併特例区協議会の構成員の任期による。
４
合併特例区協議会の会長は、合併特例区協議会の事務を掌理し、合併特例区協議会を代表する。
５
合併特例区協議会の副会長は、合併特例区協議会の会長に事故があるとき又は合併特例区協議会の会長が欠けたときは、その職務を代理する。
（合併特例区協議会の権限）
第三十八条
合併特例区協議会は、この法律の規定によりその権限に属させられた事項を処理するほか、合併特例区が処理する事務及び地域振興等に関する施策の実施その他の合併市町村が処理する事務であって当該合併特例区の区域に係るものに関し、合併市町村の長その他の機関若しくは合併特例区の長により諮問された事項又は必要と認める事項について、審議し、合併市町村の長その他の機関又は合併特例区の長に意見を述べることができる。
２
合併市町村の長は、規約で定める合併市町村の施策に関する重要事項であって合併特例区の区域に係るものを決定し、又は変更しようとする場合においては、あらかじめ、合併特例区協議会の意見を聴かなければならない。
３
合併市町村の長その他の機関又は合併特例区の長は、前二項の意見を勘案し、必要があると認めるときは、適切な措置を講じなければならない。
４
この法律又はこれに基づく政令に定めるものを除くほか、合併特例区は、合併特例区の長と合併特例区協議会との協議により、合併特例区に関する事項につき合併特例区協議会の同意を要するものを定めることができる。
（合併特例区協議会の組織及び運営）
第三十九条
この法律に定めるもののほか、合併特例区協議会の構成員の定数その他の合併特例区協議会の組織及び運営に関し必要な事項は、規約で定める。
（合併特例区の職員）
第四十条
合併特例区の職員は、合併市町村の長の補助機関たる職員のうちから、当該合併市町村の長の同意を得て、合併特例区の長が命ずる。
（合併特例区の休日）
第四十一条
合併特例区に対する地方自治法第四条の二の規定の適用については、同条第一項、第二項第三号及び第四項中「条例」とあるのは、「合併特例区規則」とする。
（合併特例区の予算）
第四十二条
合併特例区の長は、毎会計年度予算を作成しなければならない。
２
合併特例区の長は、予算の作成後に生じた事由に基づいて、既定の予算に追加その他の変更を加える必要が生じたときは、補正予算を作成することができる。
３
合併特例区の長は、必要に応じて、一会計年度のうちの一定期間に係る暫定予算を作成することができる。
４
前項の暫定予算は、当該会計年度の予算を作成したときは、その効力を失うものとし、その暫定予算に基づく支出又は債務の負担があるときは、その支出又は債務の負担は、当該会計年度の予算に基づく支出又は債務の負担とみなす。
５
合併特例区の長は、第一項から第三項までの規定により予算を作成したときは、合併特例区協議会の同意を得なければならない。
６
合併特例区の長は、前項の規定により合併特例区協議会の同意を得たときは、直ちに当該同意を得た予算について合併市町村の長の承認を求めなければならない。
７
合併特例区の長は、前項の規定により合併市町村の長の承認を受けたときは、直ちに当該承認を受けた予算の要領を公表しなければならない。
（長期借入金等の禁止）
第四十三条
合併特例区は、長期借入金及び債券発行をすることができない。
（合併特例区の会計事務）
第四十四条
合併特例区の会計事務は、合併特例区の長が行う。
ただし、合併特例区の長は、必要があるときは、金融機関を指定して、現金の出納事務を取り扱わせることができる。
（合併特例区の決算）
第四十五条
合併特例区の長は、毎会計年度、政令で定めるところにより、決算を調製し、出納の閉鎖後三月以内に、証書類その他政令で定める書類と併せて、合併市町村の監査委員の審査に付さなければならない。
２
合併特例区の長は、前項の規定により合併市町村の監査委員の審査に付した決算を合併市町村の監査委員の意見を付けて合併特例区協議会の認定に付さなければならない。
３
前項の規定による意見の決定は、合併市町村の監査委員の合議によるものとする。
４
合併特例区の長は、第二項の規定により決算を合併特例区協議会の認定に付するに当たっては、事業報告書その他政令で定める書類を併せて提出しなければならない。
５
合併特例区の長は、決算をその認定に関する合併特例区協議会の決定、第二項の規定による監査委員の意見及び前項に規定する書類と併せて、合併市町村の長に報告するとともに、当該決算の要領を公表しなければならない。
６
合併市町村の長は、前項の規定により決算の報告を受けたときは、速やかに当該合併市町村の議会に報告しなければならない。
７
合併特例区の長は、合併特例区協議会が第二項の規定による決算の認定をしない旨の決定をした場合において、当該決定を踏まえて必要と認める措置を講じたときは、速やかに、当該措置の内容を合併特例区協議会に報告した上で、合併市町村の長に報告するとともに、当該措置の内容を公表しなければならない。
８
第六項の規定は、合併市町村の長が前項の規定により同項の措置の内容の報告を受けたときについて準用する。
（合併特例区に対する財源措置）
第四十六条
合併市町村は、合併特例区の運営について必要と認める予算上の措置を講ずるものとする。
（地方自治法の財務に関する規定の準用）
第四十七条