第七項及び第八項前段の規定は、申請等関係事務処理法人（関係市町村申請等関係事務処理業務を行うものに限る。）である新設合併消滅法人の最終事業年度における第八十七条の二十二の規定により読み替えて適用する第四十条第一項本文及び第二項の規定による利益及び損失の処理並びに第八十七条の二十二の規定により読み替えて適用する第四十条第四項の規定による積立金の処分について準用する。
この場合において、第八項前段中「中期目標の期間」とあるのは、「最終事業年度」と読み替えるものとする。
１２
前項の場合における第八十七条の二十二の規定の適用については、同条の表第四十条第四項の項中「翌事業年度に係る認可事業計画」とあるのは「新設合併設立法人の成立の日から始まる事業年度に係る認可事業計画」と、「翌事業年度に係る関係市町村認可事業計画」とあるのは「当該事業年度に係る関係市町村認可事業計画」と、「当該翌事業年度」とあるのは「当該事業年度」とする。
第十一章　雑則
（報告及び検査）
第百二十一条
総務大臣若しくは都道府県知事又は設立団体の長は、この法律を施行するため必要があると認めるときは、地方独立行政法人（総務大臣又は都道府県知事にあっては、第七条の規定による設立の認可又は第八条第二項の規定による定款の変更の認可を行った地方独立行政法人に限る。以下この項において同じ。）に対し、その業務並びに資産及び債務の状況に関し報告をさせ、又はその職員に、地方独立行政法人の事務所に立ち入り、業務の状況若しくは帳簿、書類その他の必要な物件を検査させることができる。
２
前項の規定により職員が立入検査をする場合には、その身分を示す証明書を携帯し、関係人にこれを提示しなければならない。
３
第一項の規定による立入検査の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解してはならない。
（違法行為等の是正等）
第百二十二条
設立団体の長は、地方独立行政法人又はその役員若しくは職員が、不正の行為若しくはこの法律、他の法令、設立団体の条例若しくは規則若しくは定款に違反する行為をし、若しくは当該行為をするおそれがあると認めるとき、又は地方独立行政法人の業務運営が著しく適正を欠き、かつ、それを放置することにより公益を害することが明白である場合において、特に必要があると認めるときは、当該地方独立行政法人に対し、当該行為の是正又は業務運営の改善のため必要な措置を講ずべきことを命ずることができる。
２
地方独立行政法人は、前項の規定による設立団体の長の命令があったときは、速やかに当該行為の是正その他の必要と認める措置を講ずるとともに、当該措置の内容を設立団体の長に報告しなければならない。
３
総務大臣又は都道府県知事は、地方独立行政法人（第七条の規定による設立の認可又は第八条第二項の規定による定款の変更の認可を行った地方独立行政法人に限る。以下この項及び次項において同じ。）又はその役員若しくは職員が、不正の行為若しくはこの法律若しくは他の法令に違反する行為をし、若しくは当該行為をするおそれがあると認めるとき、又は地方独立行政法人の業務運営が著しく適正を欠き、かつ、それを放置することにより公益を害することが明白である場合において、特に必要があると認めるときは、設立団体又はその長に対し、第一項の規定による命令その他必要な措置を講ずべきことを求めることができる。
４
総務大臣又は都道府県知事は、前項の規定によるほか、地方独立行政法人又はその役員若しくは職員が、不正の行為若しくはこの法律若しくは他の法令に違反する行為をし、若しくは当該行為をするおそれがあると認める場合又は地方独立行政法人の業務運営が著しく適正を欠き、かつ、それを放置することにより公益を害することが明白である場合において、緊急を要するときその他特に必要があると認めるときは、自ら当該地方独立行政法人に対し、当該行為の是正又は業務運営の改善のため必要な措置を講ずべきことを命ずることができる。
５
第二項の規定は、前項の規定による命令について準用する。
６
公立大学法人に関する次の表の上欄に掲げる規定の適用については、同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句とする。
第一項
、若しくは
、又は
とき、又は地方独立行政法人の業務運営が著しく適正を欠き、かつ、それを放置することにより公益を害することが明白である場合において、特に必要があると認めるとき
とき
是正又は業務運営の改善
是正
命ずる
求める
第二項
命令
求め
第三項
以下この項及び次項
次項
、若しくは
、又は
とき、又は地方独立行政法人の業務運営が著しく適正を欠き、かつ、それを放置することにより公益を害することが明白である場合において、特に必要があると認めるとき
とき
命令
求め
第四項
、若しくは
、又は
場合又は地方独立行政法人の業務運営が著しく適正を欠き、かつ、それを放置することにより公益を害することが明白である場合
場合
是正又は業務運営の改善
是正
命ずる
求める
前項
命令
求め
（申請等関係事務処理法人に対する情報の提供等）
第百二十二条の二
設立団体の長その他の執行機関は、申請等関係事務処理法人に対し、当該執行機関が担任する申請等関係事務に係る設立団体申請等関係事務処理業務（以下この章において「担任設立団体申請等関係事務処理業務」という。）に関し必要な情報及び資料の提供又は指導及び助言を行うものとする。
（申請等関係事務処理法人に対する報告及び検査の特例）
第百二十二条の三
設立団体の長以外の執行機関は、担任設立団体申請等関係事務処理業務に関し必要があると認めるときは、申請等関係事務処理法人に対し、当該担任設立団体申請等関係事務処理業務に関し報告をさせ、又はその職員に、申請等関係事務処理法人の事務所に立ち入り、当該担任設立団体申請等関係事務処理業務の状況若しくは帳簿、書類その他の必要な物件を検査させることができる。
２
第百二十一条第二項及び第三項の規定は、前項の規定による立入検査について準用する。
（申請等関係事務処理法人に対する監督命令）
第百二十二条の四
設立団体の長その他の執行機関は、第百二十二条第一項の規定によるほか、担任設立団体申請等関係事務処理業務に関し必要があると認めるときは、申請等関係事務処理法人に対し、監督上必要な命令をすることができる。
（申請等関係事務処理法人に対する停止命令等）
第百二十二条の五
設立団体の長その他の執行機関は、申請等関係事務処理法人が次の各号のいずれかに該当するときは、当該申請等関係事務処理法人に対し、担任設立団体申請等関係事務処理業務の全部又は一部の停止を命ずることができる。
一
当該申請等関係事務処理法人が行う担任設立団体申請等関係事務処理業務がこの法律、他の法令、設立団体の条例若しくは規則又は定款に違反していると認めるとき。
二
当該申請等関係事務処理法人が行う担任設立団体申請等関係事務処理業務が適正を欠き、かつ、公益を害していると認めるとき。
三
当該申請等関係事務処理法人が担任設立団体申請等関係事務処理業務を確実に実施することが困難であると認めるとき。
四
前条の規定による命令に違反したとき。
２
申請等関係事務処理法人は、前項の規定による命令があった場合を除き、自ら設立団体申請等関係事務処理業務の全部又は一部を確実に実施することが困難であると認める場合には、その旨を設立団体の長（当該設立団体申請等関係事務処理業務に係る申請等関係事務を設立団体の長以外の執行機関が担任する場合には、設立団体の長及び当該設立団体の長以外の執行機関）に届け出なければならない。
３
設立団体の長その他の執行機関は、第一項の規定による命令を行い、又は前項の規定による届出があったときは、その旨の告示をしなければならない。
ただし、当該命令又は届出に係る担任設立団体申請等関係事務処理業務が特定の者の申請等に係るものである場合には、当該告示に代えて、第一項の規定による命令を行い、又は前項の規定による届出があった旨を、その者に対し、通知することができる。
（設立団体の執行機関による申請等関係事務の処理）
第百二十二条の六
設立団体の長その他の執行機関は、次の各号のいずれかに該当する場合において、必要があると認めるときは、第八十七条の三第一項の規定にかかわらず、担任設立団体申請等関係事務処理業務に係る申請等関係事務の全部又は一部を自ら処理するものとする。
一
前条第一項の規定により申請等関係事務処理法人に対し当該担任設立団体申請等関係事務処理業務の全部若しくは一部の停止を命じたとき、又は同条第二項の規定による届出があったとき。
二
前条第一項各号のいずれかに該当する場合において、同項の規定により申請等関係事務処理法人に対し当該担任設立団体申請等関係事務処理業務の全部又は一部の停止を命ずるいとまがないとき。
２
設立団体の長その他の執行機関は、前項の規定により担任設立団体申請等関係事務処理業務に係る申請等関係事務の全部若しくは一部を自ら処理するものとし、又は自ら処理する担任設立団体申請等関係事務処理業務に係る申請等関係事務の全部若しくは一部を処理しないこととするときは、その旨の告示をしなければならない。
ただし、当該担任設立団体申請等関係事務処理業務に係る申請等関係事務が特定の者の申請等に係るものである場合には、当該告示に代えて、当該申請等関係事務を自ら処理するものとし、又は自ら処理する当該申請等関係事務を処理しないこととする旨を、その者に対し、通知することができる。
３