都道府県知事等は、法第十七条第二項の規定により適合施設を認定するときは、その認定しようとする施設が輸出先国の政府機関が定める要件に適合することを審査するものとする。
２
都道府県知事等は、法第十七条第一項の主務大臣が定める基準に適合する者に、前項の規定による審査の事務（適合施設の認定の決定に係る部分を除く。）の一部を行わせることができる。
３
前二項に定めるもののほか、都道府県知事等による適合施設の認定の手続に係る事項は、法第十七条第一項の主務大臣が定める。
４
農林水産大臣は、適合施設の認定を担当する都道府県等の部署に関する情報を取りまとめ、公表するものとする。
（登録認定機関が認定する適合施設の種類）
第十九条
法第十七条第三項の規定により登録認定機関が認定する適合施設の種類は、同条第一項の主務大臣が定める輸出先国に輸出される農産物、畜産物又は水産物が生産され、製造され、加工され、又は流通する施設とする。
（登録認定機関による適合施設の認定）
第二十条
登録認定機関は、法第十七条第三項の規定により適合施設を認定するときは、当該施設が輸出先国の政府機関が定める要件に適合することを審査するものとする。
２
登録認定機関は、法第十七条第三項の規定による認定をした場合には、日本国から輸出される農林水産物又は食品が、当該認定をした施設において適正に生産され、製造され、加工され、又は流通したものであることを示す証明書を発行することができる。
３
前二項に定めるもののほか、登録認定機関による適合施設の認定の手続に係る事項は、法第十七条第一項の主務大臣が定める。
（適合施設の確認）
第二十一条
法第十七条第一項の主務大臣、都道府県知事等及び登録認定機関は、同条第四項の規定による確認をするときは、当該適合施設が第十六条第二項、第十八条第一項又は前条第一項の要件に適合することを審査するものとする。
２
法第十七条第一項の主務大臣及び都道府県知事等は、当該主務大臣が定める基準に適合する者に、前項の規定による審査の事務の一部を行わせることができる。
３
登録認定機関は、法第十七条第四項の規定による確認をした場合には、日本国から輸出される農林水産物又は食品が、当該確認をした施設において適正に生産され、製造され、加工され、又は流通したものであることを示す証明書を発行することができる。
４
前三項に定めるもののほか、法第十七条第四項の規定による確認の手続に係る事項は、同条第一項の主務大臣が定めるものとする。
（適合施設の認定等の報告）
第二十二条
法第十七条第六項（法第五十三条第六項において準用する場合を含む。）の規定による報告は、法第十七条第一項の主務大臣が定める様式を用いて、一月以内に当該主務大臣に提出しなければならない。
２
前項の規定による提出を登録認定機関が行う場合にあっては、独立行政法人農林水産消費安全技術センター（以下「センター」という。）を経由して行うものとする。
（適合施設の認定手数料）
第二十三条
令第四条の主務省令で定める額は、次の各号に掲げる施設認定農林水産物等の種類ごとに、当該各号に定める額とする。
一
法第十七条第一項の主務大臣が定める輸出先国に輸出される農産物、畜産物、水産物又は飼料
二万九百円
二
前号に掲げる施設認定農林水産物等以外の施設認定農林水産物等
一万四百円
（登録発行機関の登録の申請）
第二十四条
法第十八条第一項の登録（第二十七条及び第二十九条において単に「登録」という。）の申請は、同項の主務大臣が定める申請書に、当該主務大臣が定める書類を添え、手数料に相当する額の収入印紙を貼り付け、当該主務大臣に提出して行うものとする。
２
前項の規定による提出は、センターを経由して行うものとする。
（登録発行機関の登録の区分）
第二十五条
法第十八条第一項の主務省令で定める区分は、次の各号に掲げる輸出証明書の区分とする。
一
農産物に係る衛生証明書
二
畜産物に係る衛生証明書
三
水産物に係る衛生証明書
四
飼料に係る衛生証明書
五
自由販売証明書
六
放射性物質検査証明書等
七
漁獲証明書等
（登録発行機関の登録手数料）
第二十六条
令第五条の主務省令で定める額は、前条に規定する区分ごとに、十万九千八百円とする。
２
第三十七条第一号又は第二号に掲げる区分の登録を受けた登録認定機関が、前条第一号から第三号までに掲げる区分の登録を受けようとする場合（登録発行機関及び登録認定機関として行うこれらの登録に係る業務の対象となる農林水産物又は食品の種類が同一の場合に限る。）における令第五条の主務省令で定める額は、前項の規定にかかわらず、一万四千二百円とする。
（登録発行機関の業務を適確に行うための基準）
第二十七条
法第二十条第一項第一号の主務省令で定める基準は、登録発行機関として行う登録に係る業務を適確に行うために必要な体制が整備されていること、業務手順が定められていることその他の第二十五条に規定する区分ごとに同項の主務大臣が定める事項に適合していることとする。
（登録に関して必要な手続）
第二十八条
法第二十条第二項の登録台帳は、同条第一項の主務大臣が定める様式によるものとする。
２
登録台帳には、法第二十条第二項各号に掲げる事項のほか、登録発行機関が同条第一項第一号に規定する発行（第五十五条第二項を除き、以下単に「発行」という。）を行うことを認めている輸出先国を記載するものとする。
３
法第二十条第三項の主務大臣は、登録台帳の登録事項の記載を変更した場合は、遅滞なく、その旨を公示するものとする。
（登録発行機関の登録の更新）
第二十九条
法第二十一条第二項において準用する法第十八条第一項の規定による登録の更新の申請は、同項の主務大臣が定める申請書に、当該主務大臣が定める書類（登録の申請時に当該主務大臣に提出されたものからその内容に変更がない書類を除く。）を添え、手数料に相当する額の収入印紙を貼り付け、当該主務大臣に提出して行うものとする。
２
前項の規定による提出は、センターを経由して行うものとする。
（登録発行機関の登録更新手数料）
第三十条
令第七条の主務省令で定める額は、第二十五条に規定する区分ごとに、九万円とする。
２
第三十七条第一号又は第二号に掲げる区分の登録を受けた登録認定機関（当該登録について既に法第三十六条において準用する法第二十一条第一項の登録の更新を受けているものに限り、当該更新について第四十二条第二項又は第三項の規定の適用を受けたものを除く。）が、第二十五条第一号から第三号までに掲げる区分の登録を受けた登録発行機関として法第二十一条第一項の登録の更新を受けようとする場合（登録発行機関及び登録認定機関として行うこれらの登録に係る業務の対象となる農林水産物又は食品の種類が同一の場合に限る。）における令第七条の主務省令で定める額は、前項の規定にかかわらず、九千百円とする。
（登録発行機関の発行に関する業務の方法に関する基準）
第三十一条
法第二十三条第二項の主務省令で定める基準は、発行の実施方法に関し主務大臣が定める基準とする。
（登録発行機関の業務規程の規定事項）
第三十二条
法第二十五条第二項の主務省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一
発行の実施方法
二
発行に関する手数料の算定方法
三
その他法第二十五条第一項の主務大臣が定める事項
（登録発行機関の業務の休廃止の届出）
第三十三条
法第二十六条第一項の規定による届出をしようとする登録発行機関は、同項の主務大臣が定める様式により届出書を作成し、当該主務大臣に提出しなければならない。
２
前項の届出書の提出は、センターを経由して行うものとする。
（電磁的記録に記録された事項を表示する方法等）
第三十四条
法第二十七条第二項第三号の主務省令で定める方法は、電磁的記録に記録された事項を紙面又は出力装置の映像面に表示する方法とする。
２
法第二十七条第二項第四号の主務省令で定める電磁的方法は、次に掲げるもののうち、登録発行機関が定めるものとする。
一
送信者の使用に係る電子計算機と受信者の使用に係る電子計算機とを電気通信回線で接続した電子情報処理組織を使用する方法であって、当該電気通信回線を通じて情報が送信され、受信者の使用に係る電子計算機に備えられたファイルに当該情報が記録されるもの
二
磁気ディスクその他これに準ずる方法により一定の情報を確実に記録しておくことができる物をもって調製するファイルに情報を記録したものを交付する方法
（登録発行機関の帳簿の記載等）
第三十五条
登録発行機関は、次項各号に掲げる事項について、第二十五条に規定する区分ごとに帳簿に記載し、当該帳簿を最終の記載の日から五年間保存するものとする。
２
法第三十一条の主務省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一
発行を申請した者の氏名又は名称及び住所並びに法人にあっては、法人番号
二
発行の申請を受理した年月日
三
発行をした年月日
（登録認定機関の登録の申請）
第三十六条
法第三十四条の登録（第三十九条及び第四十一条において単に「登録」という。）の申請は、法第三十四条の主務大臣が定める申請書に、当該主務大臣が定める書類を添え、手数料に相当する額の収入印紙を貼り付け、当該主務大臣に提出して行うものとする。
２
前項の規定による提出は、センターを経由して行うものとする。
（登録認定機関の登録の区分）
第三十七条
法第三十四条の主務省令で定める区分は、農産物、畜産物及び水産物それぞれごとに、次に掲げる業務の区分とする。
一
法第十七条第三項の認定及び同条第四項の確認
二