連合会については、第四条、第五条（第三号を除く。）、第六条から第二十条まで、第二十一条第二項から第七項まで、第二十二条から第五十条まで及び第五十二条から第五十五条までの規定を準用する。
この場合には、第六条中「海運組合」とあるのは「海運組合連合会」と、第九条中「組合員」とあるのは「連合会を直接又は間接に構成する海運組合の組合員」と、第十六条第三項及び第四十九条中「総組合員の半数以上」とあるのは「議決権の総数の半数以上に相当する議決権を有する会員」と、第二十一条第五項及び第二十六条中「十人」とあるのは「二」と、第二十八条第二項第一号中「第五条各号」とあるのは「第五条第一号及び第二号」と読み替えるものとする。
第四章　事業活動の規制に関する命令
（事業活動の規制に関する命令）
第五十九条
第八条第一項第一号から第四号までの事業に係る調整規程に係る内航海運事業を営む者の大部分が同一内容の調整規程の適用を受けることとなつた場合において、当該の海運組合又は連合会の申出があつたときは、国土交通大臣は、当該調整規程の内容を参酌して、国土交通省令をもつて、内航海運事業を営む者のすべてに対し、その事業活動に関する制限を定め、これに従うべきことを命ずることができる。
２
第八条第一項第五号の事業に係る調整規程が実施されている場合において、当該海運組合の組合員（当該連合会を直接又は間接に構成する海運組合の組合員を含む。以下本項中同じ。）たる資格を有する者の大部分が同一内容の調整規程の適用を受けることとなり、かつ、当該の海運組合又は連合会の申出があつたときは、国土交通大臣は、当該調整規程の内容を参酌して、国土交通省令をもつて、当該海運組合の組合員たる資格を有する者のすべてに対し、その保有する内航運送の用に供される船舶の船腹に関する制限を定め、これに従うべきことを命ずることができる。
第六十条
国土交通大臣は、内航海運事業を営む者であつて当該調整規程の適用を受けないものの事業活動が、当該調整規程が目的としている第八条第一項ただし書に規定する事態の克服を阻害しており、かつ、当該の海運組合又は連合会の自主的活動をもつてしてはこれを除去できない場合において、これを放置しては、国民経済の発展に著しい支障があると認めるときでなければ、前条の命令をしてはならない。
（命令実施の補助等）
第六十一条
国土交通大臣は、第五十九条の命令をした場合において、当該命令の実施につき、国土交通省令で定めるところにより、当該命令に係る海運組合又は連合会若しくはその連合会を直接若しくは間接に構成する海運組合をして必要な補助をさせることができる。
２
前項の業務を行う海運組合又は連合会の役員又は職員であつて当該業務に従事する者は、刑法（明治四十年法律第四十五号）その他の罰則の適用については、法令により公務に従事する職員とみなす。
（役員又は職員の解任）
第六十二条
国土交通大臣は、前条第一項の業務を行う海運組合又は連合会の役員又は職員であつて当該業務に従事する者がその業務を不当に処理し、又は役員若しくは職員たるに適しない非行をしたと認めるときは、これを解任することができる。
第五章　雑則
（不服の申出等）
第六十三条
海運組合又は連合会の業務の執行が法令若しくは定款に違反し、又は著しく不当であると認める者は、その理由を記載した文書により、その旨を国土交通大臣に申し出ることができる。
２
国土交通大臣は、前項の申出があつたときは、必要な措置をとらなければならない。
（解散命令等）
第六十四条
国土交通大臣は、海運組合又は連合会が次の各号の一に該当すると認めるときは、その海運組合又は連合会の解散を命ずることができる。
一
第五条各号又は第二十八条第二項第三号（これらの規定を第五十八条において準用する場合を含む。）に適合するものでなくなつたとき。
二
定款で定める事業以外の事業を行つたとき。
三
その他この法律又はこれに基く処分に違反したとき。
２
国土交通大臣は、二以上の海運組合又は連合会の調整規程を実施するために必要があると認めるときは、当該の海運組合又は連合会に対し、新たに連合会を組織し、又は合併すべきことを命ずることができる。
（公正取引委員会との関係）
第六十五条
国土交通大臣は、第十条第一項又は第十二条第一項（これらの規定を第五十八条において準用する場合を含む。）の認可をしようとするときは、公正取引委員会に協議しなければならない。
２
国土交通大臣は、第十四条（第十条第二項及び第五十八条において準用する場合を含む。）の規定による処分をしたとき、又は第十五条（第十条第二項及び第五十八条において準用する場合を含む。）の届出があつたときは、その旨を公正取引委員会に通知しなければならない。
３
国土交通大臣は、第五十九条の命令をしようとするときは、あらかじめ、公正取引委員会の同意を得なければならない。
４
公正取引委員会は、第十条第一項又は第十二条第一項（これらの規定を第五十八条において準用する場合を含む。）の認可を受けた団体協約又は調整規程の内容が第十二条第二項各号の一に該当すると認めるときは、国土交通大臣に対し、第十四条第一項（第十条第二項及び第五十八条において準用する場合を含む。）の処分をすべき旨を請求することができる。
５
公正取引委員会は、前項の規定による請求をしたときは、遅滞なく、その旨を官報に公示しなければならない。
（運輸審議会への諮問）
第六十六条
国土交通大臣は、第五十九条の命令をしようとするときは、運輸審議会にはからなければならない。
（報告及び検査）
第六十七条
国土交通大臣は、この法律の目的を達成するために必要な限度において、内航海運事業を営む者に対し、必要な報告をさせ、又はその職員をしてその事業所若しくは事務所に立ち入り、業務の状況、帳簿書類若しくは設備に関し検査をさせ、若しくは質問をさせることができる。
２
前項の規定により立入検査をする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係人の請求があつたときは、これを提示しなければならない。
（職権の委任）
第六十八条
国土交通大臣は、政令で定めるところにより、この法律に規定する職権の一部を地方運輸局長（運輸監理部長を含む。）に委任することができる。
（海上運送法の適用除外）
第六十九条
海上運送法第二十九条第一項の規定は、この法律に基づいて行う共同行為については、適用しない。
第六章　罰則
第七十条
第五十九条の命令に違反した者は、百万円以下の罰金に処する。
第七十一条
第十二条第一項（第五十八条において準用する場合を含む。）の規定に違反して認可を受けないで調整規程を実施した者は、三十万円以下の罰金に処する。
第七十二条
第六十七条第一項の規定による報告をせず、虚偽の報告をし、立入りを拒み、若しくは検査を妨げ、又は質問に対し陳述をせず、若しくは虚偽の陳述をした者は、二十万円以下の罰金に処する。
第七十三条
法人の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関し、前三条の違反行為をしたときは、その行為者を罰するほか、その法人又は人に対して、各本条の刑を科する。
ただし、法人又は人の代理人、使用人その他の従業者の当該違反行為を防止するため、当該業務に対し相当の注意及び監督が尽されたことの証明があつたときは、その法人又は人については、この限りでない。
第七十四条
次の各号のいずれかに該当する場合には、その違反行為をした海運組合又は連合会の発起人、理事若しくは監事又は清算人は、二十万円以下の過料に処する。
一
この法律の規定に基づいて海運組合又は連合会が行うことができる事業以外の事業を当該の海運組合又は連合会の事業として行つたとき。
二
第七条第一項（第五十八条において準用する場合を含む。）の規定に基づく政令による登記を怠つたとき。
三
第八条第二項（第五十八条において準用する場合を含む。）の規定に違反したとき。
四
第十五条（第十条第二項及び第五十八条において準用する場合を含む。）又は第五十二条第二項（第五十八条において準用する場合を含む。）の規定による届出を怠つたとき。
五
第二十条（第五十八条において準用する場合を含む。）の規定に違反したとき。
六
第二十五条第二項後段又は第四十条第四項（これらの規定を第五十八条において準用する場合を含む。）の規定に違反したとき。
七
第二十七条第七項、第三十四条第六項（第五十五条において準用する場合を含む。）若しくは第四十九条の三（これらの規定を第五十八条において準用する場合を含む。）の規定又は第五十五条（第五十八条において準用する場合を含む。）において準用する会社法第四百九十二条第一項の規定に違反して議事録、財産目録若しくは貸借対照表を作成せず、又はこれらの書類に記載すべき事項を記載せず、若しくは虚偽の記載をしたとき。
八
第三十二条第五項（第五十一条第四項及び第五十八条において準用する場合を含む。）の規定に違反したとき。
九
第三十六条第一項（第五十八条において準用する場合を含む。）の規定に違反して理事又は職員を兼ねたとき。
十
第三十七条又は第三十八条（これらの規定を第五十八条において準用する場合を含む。）の規定に違反して書類を備えて置かず、その書類に記載すべき事項を記載せず、若しくは虚偽の記載をし、又は正当な理由がないのにその書類の閲覧若しくは謄写を拒んだとき。
十一
正当な理由がないのに第三十九条（第五十八条において準用する場合を含む。）又は第四十一条（第五十八条において準用する場合を含む。）において準用する会社法第三百八十九条第四項（第一号に係る部分に限る。）の規定による帳簿又は書類の閲覧又は謄写を拒んだとき。
十一の二