国立研究開発法人日本医療研究開発機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する命令
独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第八条第三項、第十九条第四項及び第六項第二号、第二十八条第二項、第三十五条の五第一項及び第二項第八号、第三十五条の六第三項及び第四項、第三十五条の八の規定により読み替えて準用する同法第三十一条第一項、同法第三十七条、第三十八条第一項から第三項まで、第三十九条第一項、第四十八条、第五十条並びに第五十条の十一の規定により読み替えて準用する同法第五十条の六第一号及び第二号並びに独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令（平成十二年政令第三百十六号）第二十一条第三項の規定により読み替えて準用する同条第二項の規定に基づき、国立研究開発法人日本医療研究開発機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する命令を次のように定める。
（通則法第八条第三項の主務省令で定める重要な財産）
第一条
国立研究開発法人日本医療研究開発機構（以下「機構」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項に規定する主務省令で定める重要な財産は、その保有する財産であって、その通則法第四十六条の二第一項又は第二項の認可に係る申請の日（各項ただし書の場合にあっては、当該財産の処分に関する計画を定めた通則法第三十五条の五第一項の中長期計画の認可に係る申請の日）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上通則法第四十六条の二の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣が定める財産とする。
（監査報告の作成）
第二条
機構に係る通則法第十九条第四項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２
監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。
この場合において、役員（監事を除く。第一号並びに第五項第三号及び第四号において同じ。）は、監事の職務の執行のための必要な体制の整備に留意しなければならない。
一
機構の役員及び職員
二
その他監事が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３
前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。
４
監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、機構の他の監事との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。
５
監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一
監事の監査の方法及びその内容
二
機構の業務が、法令等に従って適正に実施されているかどうか及び中長期目標の着実な達成に向け効果的かつ効率的に実施されているかどうかについての意見
三
機構の役員の職務の執行が法令等に適合することを確保するための体制その他機構の業務の適正を確保するための体制の整備及び運用についての意見
四
機構の役員の職務の遂行に関し、不正の行為又は法令等に違反する重大な事実があったときは、その事実
五
監査のため必要な調査ができなかったときは、その旨及びその理由
六
監査報告を作成した日
（監事の調査の対象となる書類）
第三条
機構に係る通則法第十九条第六項第二号の主務省令で定める書類は、国立研究開発法人日本医療研究開発機構法（平成二十六年法律第四十九号。以下「機構法」という。）及びこの命令の規定に基づき内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣に提出する書類とする。
（業務方法書の記載事項）
第四条
機構に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める事項は、次のとおりとする。
一
機構法第十六条第一号に規定する医療分野の研究開発及びその環境の整備に関する事項
二
機構法第十六条第二号に規定する成果の普及及びその活用の促進に関する事項
三
機構法第十六条第三号に規定する医療分野の研究開発及びその環境の整備に対する助成に関する事項
四
機構法第十六条第四号に規定する附帯業務に関する事項
五
業務委託の基準
六
競争入札その他契約に関する基本的事項
七
その他機構の業務の執行に関して必要な事項
（中長期計画の認可申請）
第五条
機構は、通則法第三十五条の五第一項の規定により中長期計画の認可を受けようとするときは、中長期計画を記載した申請書を、当該中長期計画の最初の事業年度開始の日の三十日前までに（機構の最初の事業年度の属する中長期計画については、機構の成立後遅滞なく）、内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣に提出しなければならない。
２
機構は、通則法第三十五条の五第一項後段の規定により中長期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣に提出しなければならない。
（中長期計画に定める業務運営に関する事項）
第六条
機構に係る通則法第三十五条の五第二項第八号に規定する主務省令で定める業務運営に関する事項は、次のとおりとする。
一
施設及び設備に関する計画
二
人事に関する計画
三
中長期目標の期間を超える債務負担
四
機構法第十七条第一項に規定する積立金の使途
五
その他機構の業務の運営に関し必要な事項
（業務実績等報告書）
第七条
機構に係る通則法第三十五条の六第三項の報告書には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。
その際、機構は、当該報告書が同条第一項の評価の根拠となる情報を提供するために作成されるものであることに留意しつつ、機構の事務及び事業の性質、内容等に応じて区分して同欄に掲げる事項を記載するものとする。
事業年度における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにした報告書
一　当該事業年度における業務の実績。なお、当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ　中長期計画及び年度計画の実施状況
ロ　当該事業年度における業務運営の状況
ハ　当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該事業年度の属する中長期目標の期間における当該事業年度以前の毎年度の当該指標の数値
ニ　当該事業年度の属する中長期目標の期間における当該事業年度以前の毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報
二　当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ　中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由
ロ　業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策
ハ　過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
中長期目標の期間の終了時に見込まれる中長期目標の期間における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書
一　中長期目標の期間の終了時に見込まれる中長期目標の期間における業務の実績。なお、当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ　中長期目標及び中長期計画の実施状況
ロ　当該期間における業務運営の状況
ハ　当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値
ニ　当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報
二　当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ　中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由
ロ　業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策
ハ　過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
中長期目標の期間における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書
一　中長期目標の期間における業務の実績。なお、当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ　中長期目標及び中長期計画の実施状況
ロ　当該期間における業務運営の状況
ハ　当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値
ニ　当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報