ただし、河川法第二十一条、第六十六条から第六十八条まで、第七十条第一項、第七十条の二（第三項を除く。）、第七十四条並びに第八十九条第八項及び第九項並びに水道原水水質保全事業法第十四条第一項及び第十六条に規定する権限については、工事の完了又は廃止の日後においても行うことができる。
３
第一項の規定により機構が負担させる河川法第六十七条、第六十八条第二項、第七十条第一項若しくは第七十条の二第一項又は水道原水水質保全事業法第十四条第一項の規定に基づく負担金は、機構の収入とし、機構は、河川法第七十四条第三項の納付義務者又は水道原水水質保全事業法第十六条第三項に規定する者が負担金及び延滞金を納付しない場合においては、国税滞納処分の例により、滞納処分をすることができる。
４
第一項の規定により機構が都道府県知事等に代わって権限を行う場合において、河川法第十八条の他の工事の施行者若しくは他の行為の行為者、同法第十九条の他の工事の目的である工作物の管理者又は同法第六十七条、第六十八条第二項若しくは第七十条第一項の費用を負担する者が国又は地方公共団体であるときは、機構は、あらかじめ、これらの者に協議しなければならない。
５
第一項の規定により機構が負担させる河川法第七十条第一項の規定に基づく負担金の徴収を受ける者の範囲及びその徴収方法又は同法第七十条の二第一項の規定に基づく負担金の徴収方法については同法第七十条第二項又は第七十条の二第三項の規定に基づく都道府県知事等が統括する都道府県又は指定都市（以下この項において「都道府県等」という。）の条例の規定を、第一項の規定により機構が負担させる水道原水水質保全事業法第十四条第一項の規定に基づく負担金の徴収方法については同条第三項の規定に基づく都道府県等の条例の規定を、それぞれ準用する。
６
機構は、河川法第十八条、第六十六条又は第七十条の二第一項に規定する権限を都道府県知事等に代わって行ったときは、遅滞なく、その旨を当該都道府県知事等に通知しなければならない。
（特定河川工事に関する公示の方法）
第十七条の四
法第十九条の二第三項又は同条第四項（法第十九条の四第二項において準用する場合を含む。）の規定による公示は、工事を行う河川の名称及び区間、工事の内容並びに工事の開始の日又は工事の完了若しくは廃止の日を官報に掲載してするものとする。
ただし、緊急の必要がある場合において官報に掲載して公示をするいとまがないときは、他の適当な方法によることができる。
第三章　業務の実施に要する費用
（特定多目的ダム方式負担割合等）
第十八条
この章において「特定多目的ダム方式負担割合」とは、特定多目的ダム法施行令（昭和三十二年政令第百八十八号）第一条の二から第六条までの規定の例による方法により算定する割合をいう。
この場合において、特定施設以外の水資源開発施設にあっては、同令第一条の二第五項、第二条第一項第二号及び第二項、第三条第二項並びに第六条中「国土交通大臣」とあるのは、「独立行政法人水資源機構法第三十七条第二項に規定する主務大臣」と読み替えるものとする。
２
この章において「不要支出額」とは、水資源開発施設の新築又は改築に関する事業の縮小があった場合において、当該新築又は改築に要する費用の額と、当該事業の縮小後の水資源開発施設が有する効用と同等の効用を有する水資源開発施設の新築又は改築に要する推定の費用の額との差額をいう。
３
この章において「投資可能限度額」とは、水資源開発施設の新築又は改築に関する事業の目的である各用途について特定多目的ダム法施行令第五条の規定の例により算出した金額又は同令第六条の規定の例により算出した金額のうちいずれか少ない金額から、当該水資源開発施設の効用を全うするため必要な水路、建物、機械その他の施設又は工作物で専ら当該用途に供されるものの新築又は改築に要する費用の額を控除した金額をいう。
この場合において、特定施設以外の水資源開発施設にあっては、同条中「国土交通大臣」とあるのは、「独立行政法人水資源機構法第三十七条第二項に規定する主務大臣」と読み替えるものとする。
（国が機構に交付する費用）
第十九条
法第二十一条第一項及び第二十二条第一項の政令で定める費用は、高潮防御、かんがいその他流水の正常な機能の維持と増進に係る費用とする。
（特定施設の新築又は改築に要する費用の範囲）
第二十条
法第二十一条第一項の費用の範囲は、実施計画調査費、本工事費、附帯工事費、用地費、補償費、機械器具費、事務取扱費及び附属諸費（本工事費、附帯工事費、用地費又は補償費につき支払うべき利息があるときは、当該利息を含む。）とする。
（特定施設の新築又は改築に係る交付金の額の算出方法等）
第二十一条
法第二十一条第一項の交付金の額は、特定施設の新築又は改築に要する費用で前条に規定するものの額（機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）に、洪水調節、高潮防御、かんがいその他流水の正常な機能の維持と増進のための用途（以下「治水関係用途」という。）に係る特定多目的ダム方式負担割合を乗じて得た額及びその額に対応する前条の利息の額（法第二十四条第一項に規定する者が負担すべきものが含まれるときは、その部分を控除した額）とする。
一
本工事費、附帯工事費、用地費又は補償費に係る前条の利息の額
二
当該特定施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合における当該事業の縮小に係る不要支出額（前号に掲げる額を除く。）
三
法第十三条第一項の事業実施計画の変更の場合であって当該変更前に事業からの撤退をした者がある場合において、当該者の当該特定施設に係る費用の負担について第三十条第二項の規定により算出した額（第一号に掲げる額を除く。）
四
法第二十七条の規定により機構が負担させる費用の額
五
河川法第六十六条、第六十七条又は第六十八条第二項の規定により機構以外の者が負担すべき費用の額
六
当該特定施設のうち発電に係る部分の新築又は改築を機構に委託した者が負担すべき費用の額
２
特定施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合（治水関係用途に係る部分の縮小に伴う場合に限る。）における法第二十一条第一項の交付金の額は、前項の規定にかかわらず、同項の規定により算出した額に、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める額を加えた額とする。
ただし、これにより算出することが著しく公平を欠くと認められるときは、国土交通大臣が関係行政機関の長と協議して定める方法により算出した額とすることができる。
一
治水関係用途に係る部分の縮小のみがあった場合
次に掲げる額を合算した額及びその額に対応する前条の利息の額（法第二十四条第一項に規定する者が負担すべきものが含まれるときは、その部分を控除した額）
イ
当該事業の縮小に係る不要支出額（前条の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）
ロ
当該事業の縮小後において、流水を水道又は工業用水道の用に供する者の当該特定施設に係る費用の負担についての第三十条第一項第二号に掲げる額に当該者に当該特定施設を利用させることにつき課されるべき消費税に相当する額及び当該課されるべき消費税の額を課税標準として課されるべき地方消費税に相当する額の合計額からその額に含まれる機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を控除した額を加えた額が、当該者の投資可能限度額を超える場合にあっては当該超える額（当該投資可能限度額を超える者が二以上あるときは、当該超える額の合計額）、当該投資可能限度額を超えない場合にあっては零
二
治水関係用途に係る部分の縮小と併せて水道若しくは工業用水道の用途に係る部分の縮小又は事業からの撤退があった場合
次の式により算出した額及びその額に対応する前条の利息の額（法第二十四条第一項に規定する者が負担すべきものが含まれるときは、その部分を控除した額）
（Ｕ＋Ｅｆ＋Ｅｗ）×（Ｕｆ／（Ｕｆ＋Ｕｗ））
（この式において、Ｕ、Ｅｆ、Ｅｗ、Ｕｆ及びＵｗは、それぞれ次の数値を表すものとする。
Ｕ
前号イに掲げる額
Ｅｆ
当該事業の縮小後において、治水関係用途について前項の規定により算出した額（前条の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）が、当該用途に係る部分の縮小がないものと仮定した場合における当該用途に係る投資可能限度額を超える場合にあっては当該超える額、当該投資可能限度額を超えない場合にあっては零
Ｅｗ
前号ロに掲げる額。この場合において、同号ロ中「当該者の投資可能限度額」とあるのは、「当該者の当該用途に係る部分の縮小がないものと仮定した場合における当該者の投資可能限度額」とする。
Ｕｆ
治水関係用途に係る部分の縮小のみがあったものと仮定した場合における前号イに掲げる額
Ｕｗ
水道若しくは工業用水道の用途に係る部分の縮小又は事業からの撤退のみがあったものと仮定した場合における前号イに掲げる額）
３