許可を受けようとする者は、法第四十五条第一号に該当する場合は、従前の許可の有効期間の満了日の三月前から一月前までの間に、第一項の申請書を提出しなければならない。
（起業の認可の申請）
第四条
法第三十八条の認可（以下この章において「起業の認可」という。）を受けようとする者は、大臣許可漁業ごと及び船舶ごとに、別記様式第一号による申請書に次に掲げる書類を添え、農林水産大臣に提出しなければならない。
一
別記様式第二号による船舶件名書
二
前条第一項第四号から第六号までに掲げる書類
三
申請が法第四十五条の規定によってする起業の認可に係るものである場合には、同条各号のいずれかに該当することを証する書面
２
農林水産大臣は、前項各号に掲げる書類のほか、起業の認可をするかどうかの判断に関し必要と認める書類の提出を求めることができる。
（許可の申請後船舶が滅失し、又は沈没した場合）
第五条
許可の申請をした後に、当該申請に係る船舶が滅失し、又は沈没した場合には、遅滞なく、その旨を農林水産大臣に届け出なければならない。
２
前項の場合において、当該申請が法第四十二条第一項の申請すべき期間内にしたものであるときは、当該申請は、同項の規定による起業の認可の申請とみなす。
３
第一項の場合において、当該申請が法第四十五条第一号の規定によるものであるときは、当該申請は、同条第三号の規定による起業の認可の申請とみなす。
４
前項の規定にかかわらず、当該申請が法第四十五条第一号の規定によるものであって、当該申請をした者が、当該申請をした後に同条第三号の規定により他の船舶について許可の申請をしたときは、当該申請は、当該他の船舶についてしたものとみなす。
５
前項の場合において、当該申請は、法第四十五条第一号の規定の適用については、許可を受けた船舶と同一の船舶についてした申請とみなす。
（許可等の申請後申請者が死亡し、解散し、又は分割をした場合）
第六条
許可又は起業の認可の申請をした者が当該申請をした後に死亡し、又は合併により解散し、若しくは分割（当該申請に係る船舶を承継させるものに限る。）をしたときは、その相続人（相続人が二人以上ある場合において、その協議により当該申請をした者の地位を承継すべき者を定めたときは、その者）又は当該合併後存続する法人若しくは当該合併によって成立した法人若しくは当該分割によって当該船舶を承継した法人は、当該許可又は起業の認可の申請をした者の地位を承継する。
２
前項の規定により許可又は起業の認可の申請をした者の地位を承継した者は、その事実を証する書面を添え、承継の日から二月以内にその旨を農林水産大臣に届け出なければならない。
（制限措置）
第七条
法第四十二条第一項の農林水産省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一
許可又は起業の認可をすべき船舶の数及び船舶の総トン数
二
操業区域
三
漁業時期
四
漁具の種類その他の漁業の方法
（許可又は起業の認可を申請すべき期間に係る特別の事情）
第八条
法第四十二条第二項ただし書の農林水産省令で定める緊急を要する特別の事情は、国際交渉との関係上船舶の隻数が定められることとなった大臣許可漁業について、三月以上の申請期間を定めて同条第一項の規定による公示をするとすれば当該大臣許可漁業の操業の時機を失し、当該大臣許可漁業を営む者の経営に著しい支障を及ぼすと認められる事情とする。
（許可の有効期間）
第九条
法第四十六条第一項の農林水産省令で定める期間は、五年とする。
（変更の許可の申請）
第十条
法第四十七条の規定により変更の許可を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一
申請者の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
二
大臣許可漁業の種類
三
法第三十六条第一項の許可に係る船舶の名称
四
法第三十六条第一項の許可を受けた年月日及び許可番号
五
変更の内容
六
変更の理由
２
農林水産大臣は、前項の規定による申請があった場合において必要があるときは、変更の許可をするかどうかの判断に関し必要と認める書類の提出を求めることができる。
（起業の認可の変更の許可）
第十一条
起業の認可を受けた者が、その起業の認可を受けた船舶の総トン数、操業区域、漁業時期又は漁具の種類その他の漁業の方法を変更しようとするときは、農林水産大臣の許可を受けなければならない。
２
前条の規定は、前項の許可について準用する。
（相続又は法人の合併若しくは分割の届出）
第十二条
法第四十八条第一項の規定により許可又は起業の認可を受けた者の地位を承継した者は、同条第二項の規定によりその旨を農林水産大臣に届け出るときは、相続又は法人の合併若しくは分割のあったことを証する書面を添えなければならない。
（休業期間の制限）
第十三条
法第五十一条第一項の農林水産省令で定める期間は、許可を受けた日から一年間又は引き続き二年間とする。
（資源管理の状況等の報告）
第十四条
法第五十二条第一項の規定による報告は、次項各号に掲げる事項を記載した報告書を農林水産大臣に提出してしなければならない。
２
法第五十二条第一項の農林水産省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一
許可を受けた者の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
二
許可に係る船舶の名称、総トン数その他当該船舶に関する情報
三
許可番号
四
報告の対象となる期間
五
漁獲量その他の漁業生産の実績
六
漁業の方法、操業日数、操業区域その他の操業の状況
七
資源管理に関する取組の実施状況その他の資源管理の状況
八
財務の状況
九
その他必要な事項
３
第一項の報告書の提出期限及び様式は、農林水産大臣が別に定めて告示する。
（電子機器の備付け命令等）
第十五条
法第五十二条第二項の農林水産省令で定める電子機器は、衛星船位測定送信機（人工衛星を利用して船舶の位置の測定及び送信を行う機器であって、次の各号に掲げる基準に適合するものをいう。以下この条において同じ。）とする。
一
許可を受けた船舶の位置を自動的に測定及び記録できるものであること。
二
次に掲げる情報を自動的に送信できるものであること。
イ
当該船舶を特定することができる情報
ロ
当該船舶の位置を示す情報並びに当該位置における日付及び時刻
三
前号に掲げる情報の改変を防止するための措置が講じられているものであること。
２
法第五十二条第二項の規定により衛星船位測定送信機を備え付けた船舶の船長は、衛星船位測定送信機が故障した場合には、速やかに農林水産大臣にその旨を報告し、その指示に従わなければならない。
（許可証の様式）
第十六条
法第五十六条第一項の規定により交付する許可証の様式は、別記様式第三号による。
（許可証の書換え交付の申請）
第十七条
許可を受けた者は、許可証の記載事項に変更が生じたとき（第十九条第二号から第六号までに掲げる場合を除く。）は、速やかに、農林水産大臣に許可証の書換え交付を申請しなければならない。
２
前項の申請が船名又は船舶の総トン数の変更に係るものである場合には、漁船法による漁船の登録の謄本又は船舶安全法に基づく船舶検査証書の写しを添えなければならない。
（許可証の再交付の申請）
第十八条
許可を受けた者は、許可証を亡失し、又は毀損したときは、速やかに、理由を付して農林水産大臣に許可証の再交付を申請しなければならない。
（許可証の書換え交付及び再交付）
第十九条
農林水産大臣は、次に掲げる場合には、遅滞なく、許可証を書き換えて交付し、又は再交付する。
一
第十七条第一項の規定による書換え交付又は前条の規定による再交付の申請があったとき。
二
法第四十四条第二項の規定により許可に条件を付け、又は同条第一項若しくは第二項の規定により付けた条件を変更し、若しくは取り消したとき。
三
法第四十七条の許可（船舶の総トン数の変更に係る許可を除く。）をしたとき。
四
法第四十八条第二項の規定による届出があったとき。
五
法第五十四条第二項又は第五十五条第一項の規定により許可を変更したとき。
六
この省令の規定によりその変更につき農林水産大臣の許可を要する事項が許可証の記載事項となつている場合において、当該許可をしたとき。
（許可証の返納）
第二十条
許可を受けた者は、当該許可がその効力を失い、又は取り消された場合には、速やかに、その許可証を農林水産大臣に返納しなければならない。
前条の規定により許可証の書換え交付又は再交付を受けた場合における従前の許可証についても、同様とする。
２
前項の場合において、許可証を返納することができないときは、理由を付してその旨を農林水産大臣に届け出なければならない。
（許可証の備付け義務）
第二十一条
許可を受けた者は、許可証を当該許可に係る船舶内に備え付けなければならない。
（許可番号を表示しない船舶の使用禁止）
第二十二条
許可を受けた者（母船式捕鯨業、かつお・まぐろ漁業及び北太平洋さんま漁業の許可を受けた者を除く。次項において同じ。）は、当該許可に係る船舶の外部に別表第三に定めるところにより当該許可に係る許可番号を表示しなければ、当該船舶を当該漁業に使用してはならない。
２
許可を受けた者は、当該許可がその効力を失い、又は取り消された場合には、速やかに、前項の規定によりした表示を消さなければならない。
（操業制限）
第二十三条
許可を受けた者は、別にこの省令で定める場合のほか、別表第四の上欄に掲げる大臣許可漁業に応じ、それぞれ同表の下欄に掲げる制限又は禁止に違反して当該大臣許可漁業を営んではならない。
（漁獲物等の陸揚港の制限）
第二十四条