食品監視第二課は、販売の用に供し、又は営業上使用する食品等の輸入（神戸市（東灘区及び灘区に限る。）、尼崎市、西宮市（山口町を除く。）、芦屋市、伊丹市、宝塚市及び川西市並びに川辺郡猪名川町におけるものに限る。）に際しての検査及び指導を行うこと（輸入食品・検疫検査センターの所掌に属するものを除く。）をつかさどる。
（輸入食品監督官）
第九十二条の二
神戸検疫所の食品監視課に、輸入食品監督官一人を置く。
２
輸入食品監督官は、命を受けて、第八十二条の二第二項に規定する事務を行う。
（輸入食品・検疫検査センターの所掌事務）
第九十三条
輸入食品・検疫検査センターは、第八十三条第一項各号に掲げる事務をつかさどる。
２
第八十三条第二項の規定は、輸入食品・検疫検査センターについて準用する。
（輸入食品・検疫検査センターに置く課等）
第九十四条
輸入食品・検疫検査センターに、審査指導課及び統括検査官八人を置く。
（審査指導課の所掌事務）
第九十五条
審査指導課は、第八十五条に規定する事務をつかさどる。
（統括検査官の職務）
第九十六条
統括検査官は、命を受けて、第八十六条に規定する事務を行う。
（東京検疫所に置く課等）
第九十七条
東京検疫所に、次の五課、上席空港検疫管理官二人及び上席空港検疫看護管理官一人を置く。
総務課
検疫衛生課
食品監視課
食品監視第二課
検査課
（総務課の所掌事務）
第九十八条
総務課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
職員の人事、公印の保管、公文書類、会計、物品及び営繕に関すること。
二
統計に関すること。
三
前二号に掲げるもののほか、検疫所の所掌事務で他の所掌に属しないものに関すること。
（検疫衛生課の所掌事務）
第九十九条
検疫衛生課は、港及び飛行場における診察、検査、隔離、停留その他の検疫及び予防接種その他の防疫（検疫感染症に関する情報の収集及び分析並びにこれらの結果の提供を含む。）を行うこと（検査課の所掌に属するものを除く。）をつかさどる。
（食品監視課の所掌事務）
第百条
食品監視課は、販売の用に供し、又は営業上使用する食品等の輸入に際しての検査及び指導を行うこと（食品監視第二課及び検査課の所掌に属するものを除く。）をつかさどる。
（食品監視第二課の所掌事務）
第百一条
食品監視第二課は、販売の用に供し、又は営業上使用する食品等の輸入（野田市、柏市、流山市、松戸市、鎌ヶ谷市、船橋市、習志野市、浦安市及び市川市におけるものに限る。）に際しての検査及び指導（試験及び検査の業務の管理に必要な審査及び指導を除く。）を行うこと（検査課の所掌に属するものを除く。）をつかさどる。
（検査課の所掌事務）
第百二条
検査課は、検疫所の所掌事務に関する衛生微生物学的及び理化学的試験及び検査を行うことをつかさどる。
（輸入食品監督官）
第百二条の二
東京検疫所の食品監視課に、輸入食品監督官一人を置く。
２
輸入食品監督官は、命を受けて、第八十二条の二第二項に規定する事務を行う。
（感染症検査監督官）
第百二条の三
東京検疫所の検査課に、感染症検査監督官一人を置く。
２
感染症検査監督官は、命を受けて、第百二条に規定する事務のうち衛生微生物学的試験及び検査の監督に関する事務を行う。
（上席空港検疫管理官の職務）
第百二条の四
上席空港検疫管理官は、命を受けて、第九十九条に規定する事務のうち、飛行場における診察、検査、隔離、停留その他の検疫及び予防接種その他の防疫に関する事務を行う。
（上席空港検疫看護管理官の職務）
第百二条の五
上席空港検疫看護管理官は、命を受けて、第九十九条に規定する事務のうち、飛行場における診察、検査、隔離、停留その他の検疫及び予防接種その他の防疫に関する事務であって、看護に関することを行う。
（成田空港検疫所に置く課等）
第百三条
成田空港検疫所に、次の六課、上席空港検疫管理官四人、上席空港検疫看護管理官一人及び感染症検査管理官一人を置く。
総務課
検疫第一課
検疫第二課
衛生課
食品監視課
検査課
（総務課の所掌事務）
第百四条
総務課は、第九十八条各号に掲げる事務をつかさどる。
（検疫第一課の所掌事務）
第百五条
検疫第一課は、港及び飛行場における診察、検査、隔離、停留その他の検疫及び予防接種その他の防疫（検疫感染症に関する情報の収集及び分析並びにこれらの結果の提供を含む。）を行うこと（検疫第二課、衛生課及び検査課の所掌に属するものを除く。）をつかさどる。
（検疫第二課の所掌事務）
第百五条の二
検疫第二課は、港及び飛行場（成田国際空港第一旅客ターミナルビルに限る。）における診察、検査、隔離、停留その他の検疫及び予防接種その他の防疫（検疫感染症に関する情報の収集及び分析並びにこれらの結果の提供を含む。）を行うこと（衛生課及び検査課の所掌に属するものを除く。）をつかさどる。
（衛生課の所掌事務）
第百六条
衛生課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
検疫港又は検疫飛行場の区域内にある船舶若しくは航空機又は施設、建築物その他の場所の衛生状態の調査を行うこと（検査課の所掌に属するものを除く。）。
二
ねずみ族及び虫類の駆除、清掃及び消毒その他の衛生措置を行うこと（検査課の所掌に属するものを除く。）。
三
感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律（平成十年法律第百十四号）第五十六条の二第一項の規定による届出動物等の輸入の届出に関すること。
（食品監視課の所掌事務）
第百七条
食品監視課は、販売の用に供し、又は営業上使用する食品等の輸入に際しての検査及び指導を行うこと（検査課の所掌に属するものを除く。）をつかさどる。
（検査課の所掌事務）
第百八条
検査課は、第百二条に規定する事務をつかさどる。
（検疫情報管理室）
第百八条の二
成田空港検疫所の検疫第一課に、検疫情報管理室を置く。
２
検疫情報管理室は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
検疫感染症に関する情報の収集及び分析並びにこれらの結果の提供に関すること。
二
検疫法（昭和二十六年法律第二百一号）第二十七条の二第二項の規定に基づき検疫所長が収集又は分析した検疫感染症に関する情報の管理に関すること。
（輸入食品監督官）
第百八条の三
成田空港検疫所の食品監視課に、輸入食品監督官一人を置く。
２
輸入食品監督官は、命を受けて、第八十二条の二第二項に規定する事務を行う。
（感染症検査監督官）
第百八条の四
成田空港検疫所の検査課に、感染症検査監督官一人を置く。
２
感染症検査監督官は、命を受けて、第百八条に規定する事務のうち衛生微生物学的試験及び検査の監督に関する事務を行う。
（上席空港検疫管理官の職務）
第百八条の五
上席空港検疫管理官は、命を受けて、第百五条及び第百五条の二に規定する事務のうち、飛行場における診察、検査、隔離、停留その他の検疫及び予防接種その他の防疫に関する事務を行う。
（上席空港検疫看護管理官の職務）
第百八条の六
上席空港検疫看護管理官は、命を受けて、第百五条及び第百五条の二に規定する事務のうち、飛行場における診察、検査、隔離、停留その他の検疫及び予防接種その他の防疫に関する事務であって、看護に関することを行う。
（感染症検査管理官の職務）
第百八条の七
感染症検査管理官は、命を受けて、検疫所の検疫感染症の検査に係る事務に関する重要事項の企画及び立案並びに調整に当たる。
（関西空港検疫所に置く課等）
第百八条の八
関西空港検疫所に、次の五課、上席空港検疫管理官四人及び上席空港検疫看護管理官一人を置く。
総務課
検疫課
衛生課
食品監視課
検査課
２
第百四条、第百五条、第百六条から第百八条まで及び第百八条の三から第百八条の六までの規定は、関西空港検疫所について準用する。
この場合において、第百五条中「検疫第一課」とあるのは「検疫課」と、「検疫第二課、衛生課及び検査課」とあるのは「衛生課及び検査課」と、第百八条の五及び第百八条の六中「第百五条及び第百五条の二」とあるのは「第百八条の八第二項の規定により読み替えて適用される第百五条」と読み替えるものとする。
（大阪検疫所、名古屋検疫所及び福岡検疫所に置く課等）
第百九条
大阪検疫所、名古屋検疫所及び福岡検疫所に、次の四課を、名古屋検疫所及び福岡検疫所に、上席空港検疫管理官一人を、名古屋検疫所に上席空港検疫看護管理官一人を置く。
総務課
検疫衛生課
食品監視課
検査課
（総務課の所掌事務）
第百十条
総務課は、第九十八条各号に掲げる事務をつかさどる。
（検疫衛生課の所掌事務）
第百十一条
検疫衛生課は、第九十九条に規定する事務をつかさどる。
（食品監視課の所掌事務）
第百十二条
食品監視課は、販売の用に供し、又は営業上使用する食品等の輸入に際しての検査及び指導を行うこと（検査課の所掌に属するものを除く。）をつかさどる。
（検査課の所掌事務）
第百十三条
検査課は、第百二条に規定する事務をつかさどる。
（輸入食品監督官）
第百十三条の二
大阪検疫所、名古屋検疫所及び福岡検疫所の食品監視課に、輸入食品監督官一人を置く。
２
輸入食品監督官は、命を受けて、第八十二条の二第二項に規定する事務を行う。
（感染症検査監督官）
第百十三条の三
名古屋検疫所及び福岡検疫所の検査課に、感染症検査監督官一人を置く。
２
感染症検査監督官は、命を受けて、第百十三条に規定する事務のうち衛生微生物学的試験及び検査の監督に関する事務を行う。
（上席空港検疫管理官の職務）
第百十三条の四
上席空港検疫管理官は、命を受けて、第百十一条に規定する事務のうち、飛行場における診察、検査、隔離、停留その他の検疫及び予防接種その他の防疫に関する事務を行う。
（上席空港検疫看護管理官の職務）
第百十三条の五