前項の農林水産省令を定める場合には第五条の二第二項の規定を、前項ただし書の場合には第七条第二項から第六項までの規定を準用する。
この場合において、同条第三項中「輸入禁止品の輸入後」とあるのは「植物、有害動物若しくは有害植物又は土及びこれらの容器包装の移動後」と、同条第四項中「輸入しなければ」とあるのは「移動しなければ」と、同条第五項中「輸入の方法、輸入後の管理方法」とあるのは「移動の方法、移動後の管理方法」と、同条第六項中「輸入禁止品」とあるのは「植物、有害動物若しくは有害植物若しくは土及びこれらの容器包装」と読み替えるものとする。
（船舶等への積込み等の禁止）
第十六条の四
植物防疫官は、第十六条の二第一項又は前条第一項の規定に違反して植物、指定物品、有害動物若しくは有害植物又は土及びこれらの容器包装が移動されることを防止するため必要があると認めるときは、これらの物品を所有し、又は管理する者に対し、船舶、車両若しくは航空機にこれらの物品の積込み若しくは持込みをしないよう、又は船舶、車両若しくは航空機に積込み若しくは持込みをしたこれらの物品を取り卸すよう命ずることができる。
（消毒又は廃棄処分）
第十六条の五
植物防疫官は、第十六条の二第一項又は第十六条の三第一項の規定に違反して移動された植物、指定物品、有害動物若しくは有害植物又は土及びこれらの容器包装を所持する者に対して、これらの消毒若しくは廃棄を命じ、又は自らこれらを消毒し、若しくは廃棄することができる。
第三章の二　侵入調査
（侵入警戒有害動植物）
第十六条の六
この章で「侵入警戒有害動植物」とは、まん延した場合に有用な植物に重大な損害を与え、又は有用な植物の輸出を阻害するおそれがある有害動物又は有害植物であつて、次の各号のいずれかに該当するものとして農林水産大臣が指定するものをいう。
一
国内に存在することが確認されておらず、かつ、国内への侵入を特に警戒する必要があるもの
二
既に国内の一部の地域に存在しており、かつ、国内の他の地域への侵入を特に警戒する必要があるもの
（侵入調査事業）
第十六条の七
農林水産大臣は、侵入警戒有害動植物の国内への侵入又は国内での分布の状況を調査する事業（以下「侵入調査事業」という。）を行うものとする。
２
都道府県は、農林水産大臣が都道府県の承諾を得て定める計画に従い、侵入調査事業に協力しなければならない。
（通報義務）
第十六条の八
侵入警戒有害動植物が、新たに国内に侵入し、又はまん延するおそれがあると認めた者は、遅滞なく、その旨を植物防疫所長又は都道府県知事に通報しなければならない。
第四章　緊急防除
（防除）
第十七条
新たに国内に侵入し、若しくは既に国内の一部に存在している有害動物若しくは有害植物がまん延して有用な植物に重大な損害を与えるおそれがある場合、又は有害動物若しくは有害植物により有用な植物の輸出が阻害されるおそれがある場合において、これを駆除し、又はそのまん延を防止するため必要があるときは、農林水産大臣は、この章の規定により、防除を行うものとする。
ただし、森林病害虫等について、別に法律で定めるところにより防除が行われる場合は、この限りでない。
２
農林水産大臣は、前項の規定による防除を行うには、その三十日前までに次の事項を告示しなければならない。
一
防除を行う区域及び期間
二
有害動物又は有害植物の種類
三
防除の内容
四
その他防除の実施に関し必要な事項
（緊急防除実施基準）
第十七条の二
農林水産大臣は、前条第一項の規定による防除の対象となる有害動物又は有害植物のうち、まん延した場合に有用な植物に重大な損害を与えるおそれが高く、かつ、行うべき防除の内容が明らかであると認められるものとして農林水産省令で定めるものについて、同項の規定による防除の実施に関する基準（以下この条において「緊急防除実施基準」という。）を定めることができる。
２
緊急防除実施基準においては、次に掲げる事項を定めるものとする。
一
有害動物又は有害植物の種類
二
有害動物又は有害植物の発生状況に関する調査の方法
三
防除の内容
四
その他防除の実施に関し必要な事項
３
農林水産大臣は、緊急防除実施基準を定め、又はこれを変更しようとするときは、有害動物又は有害植物の性質に関し専門の学識経験を有する者の意見を聴かなければならない。
４
農林水産大臣は、緊急防除実施基準を定め、又はこれを変更したときは、遅滞なく、これを公表するものとする。
５
農林水産大臣は、緊急防除実施基準に従つて前条第一項の規定による防除を行うときは、同条第二項の規定にかかわらず、同項の期間を十日まで短縮することができる。
（防除の内容）
第十八条
農林水産大臣は、第十七条第一項の規定による防除を行うため必要な限度において、次に掲げる命令をすることができる。
一
有害動物又は有害植物が付着し、又は付着するおそれがある植物を栽培する者に対し、当該植物の栽培を制限し、又は禁止すること。
二
有害動物若しくは有害植物又はこれらが付着し、若しくは付着しているおそれがある植物、土、農機具若しくは運搬用具その他の物品若しくはこれらの容器包装の譲渡又は移動を制限し、又は禁止すること。
三
有害動物若しくは有害植物又はこれらが付着し、若しくは付着しているおそれがある植物若しくは土若しくはこれらの容器包装を所有し、又は管理する者に対し、当該有害動物若しくは有害植物又は当該植物若しくは土若しくはこれらの容器包装の消毒、除去、廃棄その他の必要な措置を命ずること。
四
有害動物又は有害植物が付着し、又は付着しているおそれがある農機具、運搬用具その他の物品又は倉庫その他の施設を所有し、又は管理する者に対し、その消毒その他の必要な措置を命ずること。
２
第十七条第一項の場合において、緊急に防除を行う必要があるため同条第二項又は前条第五項の規定によるいとまがないときは、農林水産大臣は、その必要の限度において、第十七条第二項の規定による告示をしないで、前項各号の命令をし、又は植物防疫官に有害動物若しくは有害植物若しくはこれらが付着し、若しくは付着しているおそれがある植物若しくは土若しくはこれらの容器包装の消毒、除去、廃棄その他の必要な措置若しくは有害動物若しくは有害植物が付着し、若しくは付着しているおそれがある農機具、運搬用具その他の物品若しくは倉庫その他の施設の消毒その他の必要な措置をさせることができる。
（協力指示）
第十九条
第十七条第一項の防除を行うため必要があるときは、農林水産大臣は、地方公共団体、農業者の組織する団体又は防除業者に対し防除に関する業務に協力するよう指示することができる。
２
前項の場合には、協力指示書を交付しなければならない。
３
第一項の規定による指示に従い防除が行われたときは、国は、その費用を弁償しなければならない。
（損失の補償）
第二十条
国は、第十八条の処分により損失を受けた者に対し、その処分により通常生ずべき損失を補償しなければならない。
２
前項の規定により補償を受けようとする者は、補償を受けようとする見積額を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
３
農林水産大臣は、前項の申請があつたときは、遅滞なく、補償すべき金額を決定し、当該申請人に通知しなければならない。
４
農林水産大臣は、前項の規定により補償金額を決定するには、少くとも一人の農業者を含む三人の評価人をその区域から選び、その意見を徴しなければならない。
５
第一項の規定による補償を伴うべき処分は、これによつて必要となる補償金の総額が国会の議決を経た予算の金額をこえない範囲内でしなければならない。
６
第三項の補償金額の決定に不服がある者は、その決定の通知を受けた日から六箇月以内に、訴えをもつてその増額を請求することができる。
７
前項の訴えにおいては、国を被告とする。
（報告義務）
第二十一条
都道府県知事は、新たに国内に侵入し、若しくは既に国内の一部に存在している有害動物若しくは有害植物がまん延して有用な植物に重大な損害を与えるおそれがあると認めた場合には、その旨を農林水産大臣に報告しなければならない。
第五章　指定有害動植物の防除
（定義）
第二十二条
この章及び次章で「指定有害動植物」とは、有害動物又は有害植物であつて、国内における分布が局地的でなく、又は局地的でなくなるおそれがあり、かつ、急激にまん延して農作物に重大な損害を与える傾向があるため、その防除につき特別の対策を要するものとして、農林水産大臣が指定するものをいう。
２
この章で「総合防除」とは、有害動物又は有害植物の防除のうち、その発生及び増加の抑制並びにこれが発生した場合における駆除及びまん延の防止を適時で経済的なものにするために必要な措置を総合的に講じて行うものをいう。
（総合防除基本指針）
第二十二条の二
農林水産大臣は、指定有害動植物の総合防除を推進するための基本的な指針（以下「総合防除基本指針」という。）を定めるものとする。
２
総合防除基本指針においては、次に掲げる事項を定めるものとする。
一
指定有害動植物の総合防除の推進の意義及び基本的な方向
二
指定有害動植物の種類ごとの総合防除の内容に関する基本的な事項
三
指定有害動植物の種類ごとの発生の予防及び当該指定有害動植物が発生した場合における駆除又はまん延の防止の方法に関し農業者が遵守すべき事項に関する基本的な事項
四
第二十三条第一項に規定する発生予察事業の対象とする指定有害動植物その他当該発生予察事業に関する事項
五
第二十四条第一項に規定する異常発生時の基準に関する事項
六
第二十四条第一項に規定する異常発生時防除の内容に関する基本的な事項
七
その他必要な事項