機構が法附則第二条第一項の規定により不動産に関する権利を承継した場合において、その権利につきなすべき登記の手続に関しては、不動産登記法（明治三十二年法律第二十四号）第二十五条第一項、第三十条、第三十一条、第三十五条第三項及び第六十一条の規定については、機構を国の行政機関とみなして、これらの規定を準用する。
この場合において、同法第三十五条第三項中「命令又ハ規則ヲ以テ指定セラレタル官庁又ハ公署ノ職員」とあるのは、「独立行政法人福祉医療機構ノ理事長ガ指定シ其ノ旨ヲ官報ヲ以テ公告シタル独立行政法人福祉医療機構ノ役員又ハ職員」と読み替えるものとする。
２
勅令及び政令以外の命令であって厚生労働省令で定めるものについては、厚生労働省令で定めるところにより、機構を国の行政機関とみなして、これらの命令を準用する。
（業務の特例）
第五条の二
機構は、法附則第五条の二第八項の規定による納付金（以下この条において「元本納付金」という。）を納付しようとするときは、元本納付金の計算書に、当該元本納付金の計算の基礎を明らかにした書類を添付して、当該元本納付金に係る法附則第五条の二第一項に規定する債権の元本が回収された日が次の各号に掲げる期間のいずれに属するかに応じ当該各号に定める期日までに、これを厚生労働大臣に提出しなければならない。
一
ある事業年度の四月一日から六月三十日までの期間
当該事業年度の十月十日
二
ある事業年度の七月一日から九月三十日までの期間
当該事業年度の一月十日
三
ある事業年度の十月一日から十二月三十一日までの期間
当該事業年度の次の事業年度の四月十日
四
ある事業年度の一月一日から三月三十一日までの期間
当該事業年度の次の事業年度の七月十日
２
機構は、法附則第五条の二第九項の規定による納付金（以下「積立金納付金」という。）を納付しようとするときは、毎事業年度、積立金納付金の計算書に、当該事業年度末の貸借対照表、当該事業年度の損益計算書その他当該積立金納付金の計算の基礎を明らかにした書類を添付して、当該事業年度の次の事業年度の七月十日までに、これを厚生労働大臣に提出しなければならない。
３
厚生労働大臣は、第一項の元本納付金又は前項の積立金納付金の計算書及び添付書類の提出があったときは、遅滞なく、当該計算書及び添付書類の写しを財務大臣に送付するものとする。
４
元本納付金は、当該元本納付金に係る法附則第五条の二第一項に規定する債権の元本が回収された日が次の各号に掲げる期間のいずれに属するかに応じ当該各号に定める期日までに納付しなければならない。
一
ある事業年度の四月一日から六月三十日までの期間
当該事業年度の十月三十一日
二
ある事業年度の七月一日から九月三十日までの期間
当該事業年度の一月三十一日
三
ある事業年度の十月一日から十二月三十一日までの期間
当該事業年度の次の事業年度の四月三十日
四
ある事業年度の一月一日から三月三十一日までの期間
当該事業年度の次の事業年度の七月三十一日
５
積立金納付金は、当該事業年度の次の事業年度の七月三十一日までに納付しなければならない。
６
元本納付金及び積立金納付金は、厚生労働大臣が財務大臣に協議して定めるところにより年金特別会計に帰属させるものとする。
７
元本納付金又は積立金納付金を納付したことにより機構が法附則第五条の二第十項又は第十一項の規定により資本金を減少するときは、厚生労働大臣が財務大臣に協議して定めるところにより年金特別会計からの出資はなかったものとする。
８
機構は、法附則第五条の二第十三項の規定により承継債権管理回収勘定（同条第五項に規定する承継債権管理回収勘定をいう。以下この項及び次項ただし書において同じ。）を廃止したときは、その廃止の際承継債権管理回収勘定に属する資産及び負債を、厚生労働大臣が財務大臣に協議して定めるところにより年金特別会計に帰属させるものとする。
９
機構は、法附則第五条の二第十四項の規定により年金担保債権管理回収勘定（同条第五項に規定する年金担保債権管理回収勘定をいう。以下この項において同じ。）を廃止したときは、その廃止の際年金担保債権管理回収勘定に属する資産及び負債を、厚生労働大臣が財務大臣に協議して定めるところにより年金特別会計に帰属させるものとする。
ただし、同条第十四項ただし書に規定する資産及び負債は、厚生労働大臣が財務大臣に協議して定めるところにより承継債権管理回収勘定に帰属させるものとする。
１０
機構は、法附則第五条の二第十五項の規定により労災年金担保債権管理回収勘定（同条第五項に規定する労災年金担保債権管理回収勘定をいう。以下この項において同じ。）を廃止したときは、その廃止の際労災年金担保債権管理回収勘定に属する資産及び負債を、厚生労働大臣が財務大臣に協議して定めるところにより労働保険特別会計に帰属させるものとする。
１１
法附則第五条の二第十七項の規定により読み替えて適用される法第十四条第一項から第三項まで、第二十一条第二項及び第二十五条第一項の政令で定める法人は、債権管理回収業に関する特別措置法（平成十年法律第百二十六号）第二条第三項に規定する債権回収会社とする。
１２
法附則第五条の二第二項及び第三項の規定により機構が同条第二項各号に定める業務及びこれに附帯する業務を行う場合には、独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令（平成十二年政令第三百十六号）別表第一独立行政法人福祉医療機構の項中「第十六条第一項」とあるのは「第十六条第一項（同法附則第五条の二第十七項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）」と、「同条第二項」とあるのは「同法第十六条第二項（同法附則第五条の二第十七項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）」と、「一般会計」とあるのは「一般会計（同法附則第五条の二第二項第一号に定める業務（これに附帯する業務を含む。）に係る勘定における国庫納付金にあっては年金特別会計の業務勘定、同項第二号に定める業務（これに附帯する業務を含む。）に係る勘定における国庫納付金にあっては労働保険特別会計の労災勘定）」とする。
（社会福祉・医療事業団法施行令の廃止）
第六条
社会福祉・医療事業団法施行令（昭和五十九年政令第三百四十二号）は、廃止する。
（社会福祉・医療事業団法施行令の廃止に伴う経過措置）
第七条
事業団が法附則第六条の規定による廃止前の社会福祉・医療事業団法（昭和五十九年法律第七十五号）第三十条第一項の規定により発行した社会福祉・医療事業団債券に係る社会福祉・医療事業団債券原簿及び利札の取扱いについては、前条の規定による廃止前の社会福祉・医療事業団法施行令（以下この条及び次条において「旧事業団法施行令」という。）第十五条及び第十六条の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、旧事業団法施行令第十五条第一項中「事業団は」とあるのは「独立行政法人福祉医療機構は、その社会福祉・医療事業団債券原簿に係る社会福祉・医療事業団債券の償還及びその利息の支払を完了するまでの間」と、同条第二項第三号中「第十条第二項第一号」とあるのは「独立行政法人福祉医療機構法施行令附則第七条の規定による廃止前の社会福祉・医療事業団法施行令第十条第二項第一号」と、旧事業団法施行令第十六条第二項中「事業団」とあるのは「独立行政法人福祉医療機構」とする。
第八条
旧事業団法施行令第十八条（第一項第三号及び第二項の表登記手数料令第七条の項に係る部分に限る。）の規定は、平成十六年三月三十一日までの間、なおその効力を有する。
この場合において、旧事業団法施行令第十八条第一項中「事業団」とあり、及び同条第二項の表登記手数料令第七条の項中「社会福祉・医療事業団」とあるのは、「独立行政法人福祉医療機構」とする。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、公布の日から施行する。
ただし、第一条及び附則第三十七条から第五十九条までの規定は、法附則第一条ただし書に規定する規定の施行の日（平成十六年四月一日）から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成十八年四月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
１
この政令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
２
この政令による改正後の独立行政法人福祉医療機構法施行令第一条第二号の規定は、独立行政法人福祉医療機構が平成十七年四月一日以後に受理した申込みに係る資金の貸付けから適用し、独立行政法人福祉医療機構が同日前に受理した申込みに係る資金の貸付けについては、なお従前の例による。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、国の補助金等の整理及び合理化等に伴う国民健康保険法等の一部を改正する法律（以下「一部改正法」という。）の施行の日（平成十七年四月一日）から施行する。
附　則
この政令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成十八年四月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成十八年四月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、国の補助金等の整理及び合理化等に伴う児童手当法等の一部を改正する法律（以下「一部改正法」という。）の施行の日（平成十八年四月一日）から施行する。
附　則
この政令は、障害者自立支援法の一部の施行の日（平成十八年十月一日）から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成十九年四月一日から施行する。
附　則
この政令は、一般社団法人及び一般財団法人に関する法律の施行の日から施行する。
附　則
（施行期日等）
第一条
この政令は、平成十九年四月一日から施行し、平成十九年度の予算から適用する。
附　則
この政令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成二十年一月四日から施行する。
（独立行政法人福祉医療機構法施行令の一部改正に伴う経過措置）
第三十五条
証券市場整備法附則第三条の規定によりなお効力を有することとされる旧社債等登録法の規定が準用される独立行政法人福祉医療機構債券に係る機構債券原簿については、独立行政法人福祉医療機構法施行令第十五条第二項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、株式等の取引に係る決済の合理化を図るための社債等の振替に関する法律等の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日から施行する。
附　則
この政令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成二十二年一月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十二年法律第三十七号。以下「改正法」という。）の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。
附　則
この政令は、平成二十三年十月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成二十四年四月一日から施行する。
附　則
この政令は、公布の日から施行する。
附　則
この政令は、平成二十五年四月一日から施行する。
附　則
この政令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
１
この政令は、平成二十六年四月一日から施行する。
附　則
この政令は、平成二十六年四月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
１
この政令は、公布の日から施行する。
附　則
この政令は、平成二十七年四月一日から施行する。
附　則
この政令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
１
この政令は、平成二十七年十月一日から施行する。
（特例元本納付金の納付の手続に関する経過措置）
２
独立行政法人福祉医療機構は、特例元本納付金を納付しようとするときは、特例元本納付金の計算書に、当該特例元本納付金の計算の基礎を明らかにした書類を添付して、平成二十八年一月十日までに、これを厚生労働大臣に提出しなければならない。
３
特例元本納付金の納付についての第二条の規定による改正後の独立行政法人福祉医療機構法施行令（次項において「改正後福祉医療機構法施行令」という。）附則第五条の二第四項、第七項及び第八項の規定の適用については、次の表の上欄に掲げるこれらの規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句とする。
附則第五条の二第四項
第二項の元本納付金又は前項の積立金納付金
独立行政法人に係る改革を推進するための厚生労働省関係法律の整備等に関する法律（平成二十七年法律第十七号）附則第七条第二項の規定による納付金（以下「特例元本納付金」という。）
附則第五条の二第七項
元本納付金及び積立金納付金
特例元本納付金
附則第五条の二第八項
元本納付金又は積立金納付金
特例元本納付金
法附則第五条の二第八項又は第九項
独立行政法人に係る改革を推進するための厚生労働省関係法律の整備等に関する法律の一部の施行に伴う関係政令の整備及び経過措置に関する政令（平成二十七年政令第三百二十号）第五条の規定により読み替えて適用する法附則第五条の二第八項
４
改正後福祉医療機構法施行令附則第五条の二第二項及び第五項の規定は、特例元本納付金については、適用しない。
附　則
この政令は、平成三十年四月一日から施行する。
附　則
この政令は、令和二年四月一日から施行する。
附　則
この政令は、令和三年一月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、令和四年四月一日から施行する。
附　則
この政令は、地域共生社会の実現のための社会福祉法等の一部を改正する法律附則第一条第二号に掲げる規定（同法第七条の規定に限る。）の施行の日（令和三年十月一日）から施行する。
附　則
この政令は、令和五年四月一日から施行する。
附　則
この政令は、令和六年四月一日から施行する。