機構の事業所又は事務所のうち厚生年金保険法（昭和二十九年法律第百十五号）第六条第一項又は第三項に規定する適用事業所であるものに使用される同法による被保険者の同法による保険料率については、機構を厚生年金保険法等の一部を改正する法律（平成八年法律第八十二号。以下この条において「平成八年厚生年金等改正法」という。）第二条の規定による改正前の国家公務員等共済組合法（昭和三十三年法律第百二十八号。次項において「平成八年改正前の共済法」という。）第二条第一項第八号に規定する法人とみなして、平成八年厚生年金等改正法附則第十八条第二項の規定を適用する。
この場合において、同項において準用する同条第一項ただし書中「施行日の前日以前の日から引き続き厚生年金保険の被保険者の資格を有する者（施行日の前日以前の日から引き続き当該事業所又は事務所に使用される者に限る。）」とあるのは、「運輸施設整備事業団（以下この項において「事業団」という。）の成立の日の前日において船舶整備公団の事業所又は事務所のうち適用事業所（厚生年金保険法第六条第一項又は第三項に規定する適用事業所をいう。以下この項において同じ。）であるものに使用される同法による被保険者であった者であって事業団の成立の日から独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構（以下この項において「機構」という。）の成立の日の前日まで引き続き厚生年金保険の被保険者の資格を有するもののうち機構の成立の日において機構の被保険者（機構の事業所又は事務所のうち適用事業所であるものに使用される同法による被保険者をいう。以下この項において同じ。）であるもの、機構の成立の日の前日において事業団の被保険者（事業団の事業所又は事務所のうち適用事業所であるものに使用される同法による被保険者をいう。以下この項において同じ。）であった者であって機構の成立の日において機構の被保険者であるもの（事業団の成立の日の前日において船舶整備公団又は鉄道整備基金の事業所又は事務所のうち適用事業所であるものに使用される同法による被保険者であった者であって事業団の成立の日において事業団の被保険者であるものを除く。）のうち事業団の事業所又は事務所のうち適用事業所であるものに使用されるに至った日において独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法（平成十四年法律第百八十号。以下この項において「機構法」という。）附則第十四条の規定による廃止前の運輸施設整備事業団法（平成九年法律第八十三号）第二十条第一項第四号から第十六号までの業務若しくはこれらに附帯する業務若しくは同条第三項の業務又は同法附則第十四条第二項の業務に従事することとされたもの、機構の成立の日の前日において日本鉄道建設公団の事業所又は事務所（日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律（平成十年法律第百三十六号）第二十一条第一項に規定する特例業務を行う事業所又は事務所を除く。）のうち適用事業所であるものに使用される厚生年金保険法による被保険者であった者であって機構の成立の日において機構の被保険者であるもの及び機構の被保険者（機構の成立の日の前日において日本鉄道建設公団又は事業団の事業所又は事務所のうち適用事業所であるものに使用される同法による被保険者であった者であって機構の成立の日において機構の被保険者であるものを除く。）であって機構の事業所又は事務所のうち適用事業所であるものに使用されるに至った日において機構法第十三条第一項、第三項若しくは第四項の業務又は機構法附則第十一条第一項第二号若しくは第三号の業務若しくはこれらに附帯する業務に従事することとされたもの」とする。
２
機構については、平成八年改正前の共済法第二条第一項第八号に規定する旅客鉄道会社等とみなして、平成八年厚生年金等改正法附則第五十四条第一項から第五項までの規定を適用する。
（本州と北海道を連絡する鉄道施設の貸付けに関する特別措置）
第九条
旧債務等処理法附則第六条の規定による廃止前の日本国有鉄道清算事業団法（昭和六十一年法律第九十号）附則第九条第二項第一号に規定する鉄道施設については、機構は、第十四条第一項の規定にかかわらず、政令で定めるところにより、これを無償で貸し付け、又はその貸付料を減額することができる。
（国の無利子貸付け等）
第十条
国は、新幹線鉄道に係る鉄道施設の建設に関する事業の円滑な実施に資するため、当分の間、機構に対し、当該事業で日本電信電話株式会社の株式の売払収入の活用による社会資本の整備の促進に関する特別措置法（昭和六十二年法律第八十六号）第二条第一項第二号に該当するものに要する費用に充てる資金の一部を、予算の範囲内において、無利子で貸し付けることができる。
２
前項の国の貸付金の償還期間は、五年（二年以内の据置期間を含む。）以内で政令で定める期間とする。
３
前項に定めるもののほか、第一項の規定による貸付金の償還方法、償還期限の繰上げその他償還に関し必要な事項は、政令で定める。
４
国は、第一項の規定により機構に対し貸付けを行った場合には、当該貸付けの対象である事業について当該貸付金に相当する金額の補助を行うものとし、当該補助については、当該貸付金の償還時において当該貸付金の償還金に相当する金額を交付することにより行うものとする。
５
機構が、第一項の規定による貸付けを受けた無利子貸付金について、第二項及び第三項の規定に基づき定められる償還期限を繰り上げて償還を行った場合（政令で定める場合を除く。）における前項の規定の適用については、当該償還は、当該償還期限の到来時に行われたものとみなす。
６
機構は、第十七条第一項の規定にかかわらず、第一項の規定により貸付けを受けた無利子貸付金及び第四項の規定により国から交付を受けた補助金については、助成勘定に繰り入れ、これらに相当する金額を建設勘定に繰り入れるものとする。
７
機構は、第十七条第一項の規定にかかわらず、前項の無利子貸付金の償還時においては、当該無利子貸付金の償還金に相当する金額を建設勘定から助成勘定に繰り入れるものとする。
（業務の特例）
第十一条
機構は、当分の間、第十三条に規定する業務のほか、次の業務を行うものとする。
一
全国新幹線鉄道整備法第四条第一項に規定する建設線（以下この項において「建設線」という。）の全部又は一部の区間の営業の開始により当該建設線に係る同法第六条第一項に規定する営業主体がその全部又は一部を廃止した鉄道事業に係る路線の全部又は一部の区間において新たに他の者が鉄道事業を開始した場合であって、当該区間に係る鉄道線路を使用する日本貨物鉄道株式会社が支払う使用料が増加するときにおいて、日本貨物鉄道株式会社に対し、政令で定めるところにより、助成金の交付を行うこと。
二
旧事業団法附則第十五条の規定による廃止前の船舶整備公団法（昭和三十四年法律第四十六号）第十九条第一号の規定により改造した国内旅客船を第四条第六号イ又はロに掲げる者に、旧事業団法第二十条第一項第五号の規定により建造した貨物船（船舶安全法（昭和八年法律第十一号）にいう近海区域を航行区域とするものに限る。）を旧事業団法第二条第九号の海上貨物運送事業者又は同条第十号の貨物船貸渡業者に、それぞれ使用させ、及びこれらの船舶をこれらの者に譲渡すること。
三
内航海運組合法（昭和三十二年法律第百六十二号）第五十八条において準用する同法第八条第一項第五号に掲げる事業を行う内航海運組合連合会に対し、当該事業に必要な資金の一部を貸し付けること。
四
中央新幹線（平成二十三年五月二十六日に全国新幹線鉄道整備法第七条第一項の規定により決定された整備計画に係る建設線をいう。以下この号において同じ。）の速やかな建設を図るため、中央新幹線に係る同法第六条第一項に規定する建設主体に対し、当該建設に要する費用に充てる資金の一部を貸し付けること。
五
都市鉄道に係る鉄道施設の建設又は政令で定める大規模な改良に関する事業を行う東京地下鉄株式会社に対し、当該事業に要する費用に充てる資金の一部を無利子で貸し付けること。
六
附則第三条第十一項の規定による繰入れに必要な費用に充てるとともにその利子に係る収入による旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律（昭和六十一年法律第八十八号）第一条第一項に規定する旅客会社の経営の安定を図るため、当該旅客会社から長期借入金を借り入れること。
七
前号の規定による長期借入金の償還及び当該長期借入金に係る利子の支払を行うこと。
八
前各号の業務に附帯する業務を行うこと。
２
機構は、第十三条及び前項に規定する業務のほか、次の業務を行うものとする。
一
当分の間、債務等処理法第十三条第一項から第三項まで並びに附則第七条第一項第二号及び第三号に規定する業務を行うこと。
二
平成二十四年三月三十一日までの間、債務等処理法附則第四条第一項第一号及び第三号に規定する業務を行うこと。
三
債務等処理法附則第四条第一項第二号及び第六条第一項に規定する業務を行うこと。
四
令和十三年三月三十一日までの間、債務等処理法附則第五条第一項及び第七条第一項第一号に規定する業務を行うこと。
３