独立行政法人種苗管理センター（以下「種苗管理センター」という。）、国立研究開発法人農業生物資源研究所及び国立研究開発法人農業環境技術研究所（以下「種苗管理センター等」という。）は、この法律の施行の時において解散するものとし、次項の規定により国が承継する資産を除き、その一切の権利及び義務は、その時において国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「研究機構」という。）が承継する。
２
この法律の施行の際現に種苗管理センター等が有する権利のうち、研究機構がその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、この法律の施行の時において国が承継する。
３
前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。
４
種苗管理センターの平成二十八年三月三十一日に終わる事業年度及び中期目標の期間（独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号。以下「通則法」という。）第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間をいう。附則第九条第四項において同じ。）における業務の実績についての通則法第三十二条第一項の規定による評価は、研究機構が受けるものとする。
この場合において、同条第二項の規定による報告書の提出及び公表は研究機構が行うものとし、同条第四項前段の規定による通知及び同条第六項の規定による命令は研究機構に対してなされるものとする。
５
国立研究開発法人農業生物資源研究所及び国立研究開発法人農業環境技術研究所の平成二十八年三月三十一日に終わる事業年度及び中長期目標の期間（通則法第三十五条の四第二項第一号に規定する中長期目標の期間をいう。）における業務の実績についての通則法第三十五条の六第一項の規定による評価は、研究機構が受けるものとする。
この場合において、同条第三項の規定による報告書の提出及び公表は研究機構が行うものとし、同条第七項前段の規定による通知及び同条第九項の規定による命令は研究機構に対してなされるものとする。
６
種苗管理センター等の平成二十八年三月三十一日に終わる事業年度に係る通則法第三十八条及び第三十九条第一項の規定により財務諸表等に関し独立行政法人が行わなければならないとされる行為は、研究機構が行うものとする。
７
種苗管理センター等の平成二十八年三月三十一日に終わる事業年度における通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による利益及び損失の処理に係る業務は、研究機構が行うものとする。
８
前項の規定による処理において、通則法第四十四条第一項又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、当該積立金の処分は、研究機構が従前の例により行うものとする。
この場合において、附則第十四条の規定による廃止前の独立行政法人種苗管理センター法（平成十一年法律第百八十四号。次条第一項において「旧種苗管理センター法」という。）第十二条第一項中「当該中期目標の期間の次の中期目標」とあるのは「国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の平成二十八年四月一日に始まる中長期目標」と、「第三十条第一項」とあるのは「第三十五条の五第一項」と、「中期計画」とあるのは「中長期計画」と、「次の中期目標の期間における前条」とあるのは「中長期目標の期間における国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成十一年法律第百九十二号）第十四条」と、附則第十四条の規定による廃止前の国立研究開発法人農業生物資源研究所法（平成十一年法律第百九十三号。次条第一項において「旧農業生物資源研究所法」という。）第十二条第一項及び附則第十四条の規定による廃止前の国立研究開発法人農業環境技術研究所法（平成十一年法律第百九十四号。次条第一項において「旧農業環境技術研究所法」という。）第十二条第一項中「当該中長期目標の期間の次の」とあるのは「国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の平成二十八年四月一日に始まる」と、「次の中長期目標の期間における前条」とあるのは「中長期目標の期間における国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成十一年法律第百九十二号）第十四条」とする。
９
第一項の規定により種苗管理センター等が解散した場合における解散の登記については、政令で定める。
（研究機構への出資）
第三条
前条第一項の規定により研究機構が種苗管理センター等の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、研究機構が承継する資産の価額（同条第八項の規定により読み替えられた旧種苗管理センター法第十二条第一項、旧農業生物資源研究所法第十二条第一項又は旧農業環境技術研究所法第十二条第一項の規定による承認を受けた金額があるときは、当該金額に相当する金額を除く。）から負債の金額を差し引いた額は、政府から研究機構に対し第一条の規定による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（以下「新研究機構法」という。）第十五条第一号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとする。
この場合において、研究機構は、新研究機構法第六条第二項の認可を受けることなく、その額により資本金を増加するものとする。
２
前項に規定する資産の価額は、この法律の施行の日（以下「施行日」という。）現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。
３
前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。
（研究機構が権利を承継する場合における非課税）
第四条
附則第二条第一項の規定により研究機構が権利を承継する場合における当該承継に伴う登記又は登録については、登録免許税を課さない。
２
附則第二条第一項の規定により研究機構が権利を承継する場合における当該承継に係る不動産又は自動車の取得に対しては、不動産取得税又は自動車取得税を課することができない。
（研究機構の役員に関する特例）
第五条
研究機構に、役員として、新研究機構法第九条第二項に定めるもののほか、当分の間、理事二人以内を置くことができる。
この場合において、その理事の任期は、新研究機構法第十一条第二項の規定にかかわらず、一年とすることができる。
（研究機構の業務の特例等）
第六条
研究機構は、新研究機構法第十四条に規定する業務のほか、政令で指定する日までの間において、研究機構がこの法律の施行の際現に行っている第一条の規定による改正前の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法第十四条第一項第六号に掲げる業務（当該業務に係る同項第七号から第九号までに掲げる業務を含む。）及びこれに附帯する業務（以下この条において「特例業務」という。）を行う。
２
研究機構は、特例業務に係る経理については、その他の経理と区分し、特別の勘定を設けて整理しなければならない。
３
前項に規定する勘定における通則法第四十四条第一項ただし書の規定の適用については、同項ただし書中「第三項の規定により同項の使途に充てる場合」とあるのは、「政令で定めるところにより計算した額を国庫に納付する場合又は第三項の規定により同項の使途に充てる場合」とする。
４
第一項の規定により研究機構が特例業務を行う場合には、新研究機構法第十六条第一項中「第四十四条第一項」とあるのは「第四十四条第一項（独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号。以下この項において「平成二十七年整備法」という。）附則第六条第二項に規定する勘定にあっては、同条第三項の規定により読み替えられた通則法第四十四条第一項。以下この項において同じ。）」と、「同条第一項」とあるのは「通則法第四十四条第一項」と、「業務」とあるのは「業務及び平成二十七年整備法附則第六条第一項に規定する特例業務（以下「特例業務」という。）」と、新研究機構法第十七条中「掲げる業務」とあるのは「掲げる業務及び特例業務」と、新研究機構法第十九条第二項中「業務」とあるのは「業務並びに特例業務」と、新研究機構法第二十一条第二項並びに第二十二条第一項第二号及び第四号から第六号までの規定中「業務」とあるのは「業務及び特例業務」と、新研究機構法第二十四条第二号中「規定する業務」とあるのは「規定する業務及び特例業務」とする。
５
研究機構は、特例業務を終えたときは、第二項に規定する勘定を廃止するものとし、その廃止の際当該勘定についてその債務を弁済してなお残余財産があるときは、当該残余財産の額に相当する額を特例業務に係る各出資者に対しその出資額に応じて分配するものとする。
６
前項の規定により特例業務に係る各出資者に分配することができる額は、その出資額を限度とする。
７
第五項の規定による分配の結果なお残余財産があるときは、その財産は、国庫に帰属する。
８
研究機構は、第五項の規定により第二項に規定する勘定を廃止したときは、その廃止の際当該勘定に属する資本金の額により資本金を減少するものとする。
（種苗管理センター等の職員から引き続き研究機構の職員となった者の退職手当の取扱い）
第七条
研究機構は、施行日の前日に種苗管理センター等の職員として在職する者（独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号。以下「平成十八年整備法」という。）附則第四条第一項の規定の適用を受けた者に限る。）で引き続いて研究機構の職員となったものの退職に際し、退職手当を支給しようとするときは、その者の国家公務員退職手当法（昭和二十八年法律第百八十二号）第二条第一項に規定する職員（同条第二項の規定により職員とみなされる者を含む。）としての引き続いた在職期間を研究機構の職員としての在職期間とみなして取り扱うべきものとする。