植物防疫官は、法第十条第四項の規定による検査の結果、当該植物又は物品若しくはこれらの容器包装が輸入国の要求に適合しなくなつていると認めるときは、植物検疫証明書の交付を取り消し、かつ、交付した植物検疫証明書の返還を命じるとともに、前条第二項の規定により押印した場合は当該押印を抹消しなければならない。
（検査の一部を行わないことができる場合）
第二十九条
第二十三条の規定による検査を申請した者が当該申請に当たり、登録検査機関が行つた検査（法第十条の四第一項第一号に規定する登録に係る検査をいう。次条から第三十一条の十四までにおいて単に「検査」という。）において輸入国の要求に適合している旨の確認をした旨を当該登録検査機関が記載した書類（以下「検査報告書」という。）を第二十三条の検査申請書に添付して提出した場合は、植物防疫官は、法第十条第五項の規定により、法第十条第一項又は第四項の検査の一部を行わないことができる。
（登録検査機関の登録）
第三十条
法第十条の二の登録の申請は、申請書（第十四号様式）を農林水産大臣に提出してしなければならない。
２
前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。
一
定款（申請者が法人である場合に限る。）及び登記事項証明書
二
申請の日の属する事業年度の前事業年度における財産目録及び貸借対照表。
ただし、申請の日の属する事業年度に設立された法人にあつては、その設立時における財産目録
三
申請の日の属する事業年度及び翌事業年度における事業計画書及び予算書
四
登録免許税の納付に係る領収証書
五
次の事項を記載した書類
イ
検査の業務（以下「検査業務」という。）の概要及び当該検査業務を行う組織に関する事項
ロ
イに掲げるもののほか、検査業務の実施方法に関する事項
ハ
検査業務以外の業務を行つている場合は、当該業務の概要及び全体の組織に関する事項
六
前項の申請を行つた者が法第十条の四第一項各号の規定に適合することを説明した書類
七
その他参考となる事項を記載した書類
３
第一項の申請書の提出は、植物防疫所を経由して行うものとする。
（登録に関して必要な手続）
第三十一条
法第十条の四第一項（法第十条の五第二項及び第十条の六第三項において準用する場合を含む。）の登録は、登録台帳（第十五号様式）に記帳して行う。
２
農林水産大臣は、登録台帳の登録事項の記載を変更した場合は、遅滞なく、その旨を公示するものとする。
（検査員）
第三十一条の二
法第十条の四第一項第一号（法第十条の五第二項及び第十条の六第三項において準用する場合を含む。）の農林水産省令で定める者は、法第十条の二各号に掲げる検査ごとに次の各号のいずれかに該当する者とする。
一
当該検査業務に一年以上従事した経験を有する者
二
前号に掲げる者と同等の知識及び技能を有する者
（検査に係る機械器具その他の設備の技術上の基準）
第三十一条の三
法第十条の四第一項第二号（法第十条の五第二項及び第十条の六第三項において準用する場合を含む。）の農林水産省令で定める技術上の基準は、次の各号に掲げる検査の区分ごとに当該各号に掲げるとおりとする。
一
植物の栽培地における検査
別表二の三に掲げる機械器具その他の設備を有すること。
二
消毒に関する検査
別表二の四に掲げる機械器具その他の設備を有すること。
三
遺伝子の検査その他の高度の技術を要する検査
別表二の五の中欄に掲げる検査の内容に応じ、同表の下欄に掲げる機械器具その他の設備を有すること。
四
植物又は物品及びこれらの容器包装の目視による検査
別表二の六に掲げる機械器具その他の設備を有すること。
（検査業務の公正な実施を確保するために必要な体制の基準）
第三十一条の四
法第十条の四第一項第三号（法第十条の五第二項及び第十条の六第三項において準用する場合を含む。）の農林水産省令で定める基準は、登録検査機関において、検査業務の独立性及び公平性を評価し、検査業務に係る潜在的な利害関係を特定した上で、それらに対処する適切な体制が整備されていることとする。
（登録台帳の記載事項）
第三十一条の五
法第十条の四第二項第五号（法第十条の五第二項及び第十条の六第三項において準用する場合を含む。）の農林水産省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一
検査業務の概要
二
登録検査機関が検査を行う区域
三
登録検査機関の全ての事務所（検査を行うものに限る。）の名称及び所在地の一覧
（登録検査機関の登録の更新）
第三十一条の六
第三十条の規定は、法第十条の五第一項の登録の更新について準用する。
この場合において、第三十条第二項中「書類」とあるのは、「書類（第四号に掲げる書類及び登録の申請時に農林水産大臣に提出されたものからその内容に変更がない書類を除く。）」と読み替えるものとする。
（変更登録）
第三十一条の七
法第十条の六第二項の変更登録の申請は、申請書（第十六号様式）を農林水産大臣に提出してしなければならない。
２
前項の申請書には、第三十条第二項各号に掲げる書類（登録の申請又は更新時に農林水産大臣に提出されたものからその内容に変更がない書類を除く。）を添付しなければならない。
３
第一項の申請書の提出は、植物防疫所を経由して行うものとする。
（登録検査機関の検査等に関する業務の方法に関する基準）
第三十一条の八
法第十条の七第二項の農林水産省令で定める基準は、第三十一条の四に掲げる体制の下、第三十一条の二各号のいずれかに該当する者が、第三十一条の三各号に掲げる検査の区分ごとに当該各号に掲げる機械器具その他の設備を用いて農林水産大臣が定める方法により、輸入国の要求に適合しているかどうかを確認することとする。
（登録事項の変更の届出）
第三十一条の九
法第十条の八の規定による届出をしようとするときは、届出書（第十七号様式）を農林水産大臣に提出してしなければならない。
２
前項の申請書の提出は、植物防疫所を経由して行うものとする。
（登録検査機関の業務規程の認可の申請）
第三十一条の十
登録検査機関は、法第十条の九第一項前段の規定により業務規程の認可を受けようとするときは、申請書（第十八号様式）を農林水産大臣に提出しなければならない。
２
登録検査機関は、法第十条の九第一項後段の規定により業務規程の変更の認可を受けようとするときは、申請書（第十九号様式）を農林水産大臣に提出しなければならない。
３
前二項の申請書の提出は、植物防疫所を経由して行うものとする。
（登録検査機関の業務規程の規定事項）
第三十一条の十一
法第十条の九第二項の農林水産省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一
検査業務の実施方法に関する事項
二
検査を実施する組織及び検査員その他人員に関する事項
三
検査業務に用いる機械器具その他の設備等に関する事項
四
検査業務を行う時間及び休日に関する事項
五
検査の申請を受けることができる件数の上限に関する事項
六
検査業務を行う場所に関する事項
七
検査に関する料金の算定方法及び収納の方法に関する事項
八
検査の申請書その他検査に関する書類の保存に関する事項
九
財務諸表等（法第十条の十一第一項に規定する財務諸表等をいう。以下この条において同じ。）の備付け及び財務諸表等の閲覧等の請求の受付に関する事項
十
検査業務から生じる損害の賠償その他の債務に対する備えに関する事項
十一
前各号に掲げるもののほか、検査業務に関し必要な事項
（登録検査機関の業務の休廃止の申請）
第三十一条の十二
登録検査機関は、法第十条の十の規定により検査業務の全部又は一部の休止又は廃止の許可を受けようとするときは、申請書（第二十号様式）を農林水産大臣に提出しなければならない。
２
前項の申請書の提出は、植物防疫所を経由して行うものとする。
（電磁的記録に記録された事項を表示する方法等）
第三十一条の十三
法第十条の十一第二項第三号の農林水産省令で定める方法は、電磁的記録（法第十条の十一第一項に規定する電磁的記録をいう。以下この条において同じ。）に記録された事項を紙面又は出力装置の映像面に表示する方法とする。
２
法第十条の十一第二項第四号の農林水産省令で定める電磁的方法は、次に掲げるもののうち、登録検査機関が定めるものとする。
一
送信者の使用に係る電子計算機と受信者の使用に係る電子計算機とを電気通信回線で接続した電子情報処理組織を使用する方法であつて、当該電気通信回線を通じて情報が送信され、受信者の使用に係る電子計算機に備えられたファイルに当該情報が記録されるもの
二
電磁的記録により一定の情報を確実に記録しておくことができる物をもつて作成するファイルに情報を記録したものを交付する方法
（登録検査機関の帳簿の記載等）
第三十一条の十四
法第十条の十六に規定する帳簿は、検査業務を行う登録検査機関ごとに作成し、検査業務を行う事務所に備え付け、最終の記載の日から四年間保存しなければならない。
２
法第十条の十六の農林水産省令で定める事項は、次のとおりとする。
一
検査を申請した者の氏名又は名称及び住所
二
検査の申請を受けた年月日
三
検査を行つた年月日
四
検査を行つた場所
五
検査の項目
六
検査を行つた品目及びその数量
七
検査を行つた品目の生産地又は原産国
八
検査を行つた検査員の氏名
九
検査の結果
十
その他必要な事項
第四章　指定種苗の検査
（検査の申請）
第三十二条
法第十三条第一項の検査を受けようとする種苗生産者（共同して検査の申請をする場合にあつてはその代表者）は、指定種苗の種類ごとに、別に告示で定める期限までに農林水産大臣の定める検査申請書を植物防疫官に提出しなければならない。
２