第二十七条及び第三十四条の規定、第八十六条第一項（免許後に条件を付ける場合に限る。）、第八十九条第一項、第九十二条第一項及び第二項並びに第九十三条第一項の規定（これらの規定を第八十八条第四項（同条第五項において準用する場合を含む。）において準用する場合を含む。）並びに第百十六条第二項及び第三項、第百三十一条第一項（第二十五条第一項の規定に違反する行為に係るものに限る。）、第百六十九条第二項並びに第百七十七条第十四項において準用する同条第六項の規定による処分については、行政手続法第三章（第十二条及び第十四条を除く。）の規定は、適用しない。
２
第二十条第一項に規定する管理及び第百十七条第一項に規定する登録に関する処分については、行政手続法第二章及び第三章の規定は、適用しない。
（行政不服審査法の適用の特例）
第百八十条
第百二十条第十一項（第百二十一条第四項において準用する場合を含む。）の規定による命令についての審査請求に関する行政不服審査法（平成二十六年法律第六十八号）第四十三条第一項の規定の適用については、当該条件の付加又は命令は、同項第一号に規定する議を経て行われたものとみなす。
（審査請求の制限）
第百八十一条
漁業調整委員会又は内水面漁場管理委員会の処分又はその不作為については、審査請求をすることができない。
（抗告訴訟の取扱い）
第百八十二条
漁業調整委員会（広域漁業調整委員会を除く。）又は内水面漁場管理委員会は、その処分（行政事件訴訟法（昭和三十七年法律第百三十九号）第三条第二項に規定する処分をいう。）又は裁決（同条第三項に規定する裁決をいう。）に係る同法第十一条第一項（同法第三十八条第一項において準用する場合を含む。）の規定による都道府県を被告とする訴訟について、当該都道府県を代表する。
（都道府県が処理する事務）
第百八十三条
第五章並びに第百七十六条第一項及び第二項に規定する農林水産大臣の権限に属する事務の一部は、政令で定めるところにより、都道府県知事が行うこととすることができる。
（管轄の特例）
第百八十四条
漁場が二以上の都道府県知事の管轄に属し、又は漁場の管轄が明確でないときは、政令で定めるところにより、農林水産大臣は、これを管轄する都道府県知事を指定し、又は自ら都道府県知事の権限を行うことができる。
２
都道府県知事の管轄に属する漁場（政令で定める要件に該当するものに限る。）において新たに漁業権を設定するため特に必要があると認める場合であつて、農林水産大臣が都道府県知事の権限を行うことにつき当該都道府県知事が同意したときは、政令で定めるところにより、農林水産大臣は、自ら当該都道府県知事の権限を行うことができる。
第百八十五条
この法律中市町村に関する規定は、特別区のある地にあつては特別区に、地方自治法第二百五十二条の十九第一項の指定都市にあつては区及び総合区に適用する。
（公示の方法）
第百八十六条
この法律の規定による公示は、インターネットの利用その他の適切な方法により行うものとする。
２
前項の公示に関し必要な事項は、農林水産省令で定める。
（提出書類の経由機関）
第百八十七条
この法律又はこの法律に基づく命令の規定により農林水産大臣に提出する申請書その他の書類は、農林水産省令で定めるところにより、都道府県知事を経由して提出しなければならない。
ただし、農林水産省令で定める書類については、都道府県知事を経由せずに農林水産大臣に提出することができる。
（事務の区分）
第百八十八条
この法律の規定により都道府県が処理することとされている事務のうち、次に掲げるものは、地方自治法第二条第九項第一号に規定する第一号法定受託事務とする。
一
第二章（第十条、第十五条第四項（同条第六項において準用する場合を含む。）及び第三十五条を除く。）並びに第五十七条第一項及び第四項から第六項までの規定、第五十八条において準用する第三十八条、第三十九条、第四十条第二項、第四十一条第一項第五号及び第二項、第四十二条（第二項ただし書及び第三項ただし書を除く。）、第四十三条、第四十四条第一項から第三項まで、第四十五条（第二号及び第三号に係る部分に限る。）、第四十六条、第四十七条、第四十九条第二項、第五十条、第五十一条第一項、第五十二条、第五十四条第一項から第三項まで並びに第五十六条の規定並びに第百十九条第一項、第二項、第七項及び第八項、第百二十四条第一項、第百二十五条第一項、第百二十六条第一項から第三項まで並びに第百二十七条の規定により都道府県が処理することとされている事務
二
第百二十条第三項、第四項、第八項、第九項及び第十一項の規定、同条第十二項において準用する第八十六条第三項の規定、第百二十二条、第百三十一条第一項及び第二項、第百七十六条第一項及び第二項並びに第百七十七条第十三項（第四号に係る部分に限る。）の規定、同条第十四項において準用する同条第三項及び第十一項（これらの規定のうち同条第十三項（同号に係る部分に限る。）に係る部分に限る。）の規定並びに前条の規定により都道府県が処理することとされている事務（大臣許可漁業、知事許可漁業、第百十九条第一項の規定若しくは同条第二項の農林水産省令の規定により農林水産大臣の許可その他の処分を要する漁業又は同条第一項の規定若しくは同条第二項の規則の規定により都道府県知事の許可その他の処分を要する漁業に関するものに限る。）
（経過措置）
第百八十九条
この法律の規定に基づき政令、農林水産省令、条例又は規則を制定し、又は改廃する場合においては、その政令、農林水産省令、条例又は規則で、その制定又は改廃に伴い合理的に必要と判断される範囲内において、所要の経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）を定めることができる。
第十章　罰則
第百九十条
次の各号のいずれかに該当する場合には、当該違反行為をした者は、三年以下の拘禁刑又は三千万円以下の罰金に処する。
一
第百三十二条第一項の規定に違反して特定水産動植物を採捕したとき。
二
前号の犯罪に係る特定水産動植物又はその製品を、情を知つて運搬し、保管し、有償若しくは無償で取得し、又は処分の媒介若しくはあつせんをしたとき。
第百九十一条
次の各号のいずれかに該当する場合には、当該違反行為をした者は、三年以下の拘禁刑又は三百万円以下の罰金に処する。
一
第二十五条の規定に違反して特定水産資源を採捕したとき。
二
第二十七条、第三十三条、第三十四条又は第百三十一条第一項の規定による命令に違反したとき。
三
第三十六条第一項又は第五十七条第一項の規定に違反して大臣許可漁業又は知事許可漁業を営んだとき。
四
第四十七条（第五十八条において準用する場合を含む。）の許可を受けずに、第四十二条第一項（第五十八条において読み替えて準用する場合を含む。以下この号において同じ。）の農林水産省令又は規則で定める事項について、同項の規定により定められた制限措置と異なる内容により、大臣許可漁業又は知事許可漁業を営んだとき。
五
大臣許可漁業の許可、漁業権又は第八十八条第一項（同条第五項において準用する場合を含む。）の規定による漁業の許可に付けた条件に違反して漁業を営んだとき。
六
大臣許可漁業、知事許可漁業若しくは第八十八条第一項（同条第五項において準用する場合を含む。）の規定により許可を受けた漁業の停止中その漁業を営み、第六十条第二項に規定する定置漁業権若しくは区画漁業権の行使の停止中その漁業を営み、又は同項に規定する共同漁業権の行使の停止中その漁場において行使を停止した漁業を営んだとき。
七
第六十八条の規定に違反して定置漁業又は区画漁業を営んだとき。
八
第百十九条第一項の規定による禁止に違反して漁業を営み、又は同項の規定による許可を受けないで漁業を営んだとき。
第百九十二条
第二十六条第二項又は第三十条第二項の規定による報告をせず、又は虚偽の報告をしたときは、当該違反行為をした者は、一年以下の拘禁刑又は五十万円以下の罰金に処する。
第百九十三条
第百二十条第十一項（第百二十一条第四項において準用する場合を含む。）の規定による命令に違反したときは、当該違反行為をした者は、一年以下の拘禁刑若しくは五十万円以下の罰金又は拘留若しくは科料に処する。
第百九十四条
第百九十条、第百九十一条又は前条の場合においては、犯人が所有し、又は所持する漁獲物、その製品、漁船又は漁具その他水産動植物の採捕若しくは養殖の用に供される物は、没収することができる。
ただし、犯人が所有していたこれらの物件の全部又は一部を没収することができないときは、その価額を追徴することができる。
第百九十五条
次の各号のいずれかに該当する場合には、当該違反行為をした者は、六月以下の拘禁刑又は三十万円以下の罰金に処する。
一
第二十六条第一項又は第三十条第一項の規定による報告をせず、又は虚偽の報告をしたとき。
二
第五十二条第二項（第五十八条において準用する場合を含む。）の規定による命令に違反したとき。
三
第五十二条第三項（第五十八条において準用する場合を含む。）の規定に違反したとき。
四
知事許可漁業の許可に付けた条件に違反して漁業を営んだとき。
五
第八十二条の規定に違反して漁業権を貸付けの目的としたとき。
六
第百二十八条第三項の規定による漁業監督官又は漁業監督吏員の検査を拒み、妨げ、若しくは忌避し、又はその質問に対し答弁をせず、若しくは虚偽の陳述をしたとき。
七
第百六十五条第四項の規定に違反したとき。
八
第百七十六条第一項の規定による報告を怠り、若しくは虚偽の報告をし、又は当該職員の検査を拒み、妨げ、若しくは忌避したとき。
九