湖沼総量削減計画においては、当該総量削減指定地域における汚濁負荷量の総量の削減の目標、目標年度及び目標達成の方途を定めるものとする。
この場合において、当該削減の目標に関しては、水質汚濁防止法第四条の二第二項後段の例に準じて定めるものとする。
３
都道府県知事は、第一項に規定する要件に該当すると認められる指定湖沼があるときは、同項の総量削減指定湖沼を定める政令の立案について、環境大臣に対し、その旨の申出をすることができる。
４
環境大臣は、第一項の総量削減指定湖沼を定める政令の制定又は改廃の立案をしようとするときは、当該指定湖沼に係る指定地域を管轄する都道府県知事（前項の申出をした都道府県知事を除く。）の意見を聴かなければならない。
５
都道府県知事は、第三項の申出をし、又は前項の意見を述べようとするときは、関係市町村長の意見を聴かなければならない。
６
第一項の規定により定めた湖沼総量削減計画に基づく汚濁負荷量の削減については、湖沼総量削減計画を水質汚濁防止法第四条の三に規定する総量削減計画とみなし、同法の規定（第十四条の規定により適用される同法の規定を含み、同法第四条の二及び第四条の三の規定を除く。）を適用する。
この場合において、同法中「指定地域」とあるのは「湖沼水質保全特別措置法第二十三条第一項に規定する総量削減指定地域」と、同法第二条第六項中「特定施設（指定地域特定施設を含む。以下同じ。）」とあるのは「特定施設（湖沼水質保全特別措置法第十四条の規定により指定地域特定施設とみなされる施設を含む。以下同じ。）」と、同法第六条第三項中「第四条の二第一項の地域を定める政令の施行の際」とあるのは「一の地域が湖沼水質保全特別措置法第二十三条第一項に規定する総量削減指定地域となつた際」と、「当該政令の施行の日」とあるのは「当該地域が総量削減指定地域となつた日」と、同法第十三条第四項中「第四条の二第一項の地域を定める政令又は」とあるのは「湖沼水質保全特別措置法第十四条の施設を定める政令若しくは」と、「改正」とあるのは「改正又は同法第三条第二項の指定地域の指定若しくはその変更」と、同法第十六条第三項中「指定水域」とあるのは「湖沼水質保全特別措置法第二十三条第一項に規定する総量削減指定湖沼」とする。
（指導等）
第二十四条
都道府県知事は、水質汚濁防止法第二条第二項に規定する特定施設又は指定施設を設置する者以外の者であつて、指定地域において同項第二号に規定する項目に関し汚水、廃液その他の湖沼の水質の汚濁の原因となる物を公共用水域に排出するものに対し、湖沼水質保全計画を達成するために必要な指導、助言及び勧告をすることができる。
第四節　流出水対策の推進
（流出水対策地区の指定）
第二十五条
都道府県知事は、湖沼水質保全基本方針に基づき、指定湖沼の水質の保全を図るために流出水（水質汚濁防止法第二条第二項に規定する特定施設及び指定施設から排出される水並びに同条第九項に規定する生活排水以外の水であつて、指定地域内の土地から指定湖沼に流入するものをいう。以下同じ。）の水質の改善に資する対策（以下「流出水対策」という。）の実施を推進する必要があると認める地区を、流出水対策地区として当該指定湖沼に係る指定地域内に指定することができる。
２
都道府県知事は、流出水対策地区を指定しようとするときは、関係市町村長の意見を聴かなければならない。
３
都道府県知事は、流出水対策地区の指定をしたときは、その旨を公表するとともに、当該流出水対策地区をその区域に含む市町村に通知しなければならない。
４
前二項の規定は、流出水対策地区の変更について準用する。
（流出水対策推進計画の策定）
第二十六条
都道府県知事は、前条の規定により流出水対策地区を指定したときは、湖沼水質保全計画において、当該流出水対策地区における流出水対策の実施を推進するための計画（以下「流出水対策推進計画」という。）を定めなければならない。
２
流出水対策推進計画においては、次の事項を定めるものとする。
一
流出水対策の実施の推進に関する方針
二
流出水の水質を改善するための具体的方策に関すること。
３
流出水対策推進計画においては、前項各号に掲げる事項のほか、流出水対策に係る啓発に関する事項を定めるよう努めるものとする。
（住民の理解を深める等のための措置）
第二十七条
都道府県は、広報活動等を通じて、流出水対策推進計画の意義に関する流出水対策地区内の住民の理解を深めるとともに、流出水対策推進計画の実施に関する流出水対策地区内の住民の協力を求めるよう努めなければならない。
（指導等）
第二十八条
都道府県知事は、流出水対策推進計画を実施するために特に必要があると認めるときは、流出水対策地区内の土地であつて、流出水の汚濁の原因となる物が著しく発生していると認められるものの所有者、管理者又は占有者に対し、流出水対策を実施するよう必要な指導、助言及び勧告をすることができる。
第五節　湖辺環境等の保護
（湖辺環境保護地区の指定）
第二十九条
都道府県知事は、湖沼水質保全基本方針に基づき、指定湖沼の水質の保全を図るために、湖沼の水辺地及びこれに隣接する水域のうち、植物（湖沼の水質の改善に資するものとして環境省令で定めるものに限る。以下同じ。）が生育している地区の自然環境（以下「湖辺環境」という。）を保護する必要があると認めるときは、当該地区を湖辺環境保護地区として当該指定湖沼に係る指定地域内に指定することができる。
２
都道府県知事は、湖辺環境保護地区を指定しようとする場合において必要があると認めるときは、あらかじめ、公聴会の開催等指定地域の住民の意見を反映させるために必要な措置を講じなければならない。
３
都道府県知事は、湖辺環境保護地区を指定しようとするときは、関係市町村長の意見を聴くとともに、当該湖辺環境保護地区に係る指定湖沼を管理する河川管理者に協議しなければならない。
４
都道府県知事は、湖辺環境保護地区の指定をしたときは、その旨を公表するとともに、当該湖辺環境保護地区をその区域に含む市町村に通知しなければならない。
５
前三項の規定は、湖辺環境保護地区の変更について準用する。
（湖辺環境保護地区内における行為の届出等）
第三十条
湖辺環境保護地区内において、次に掲げる行為をしようとする者は、都道府県知事に対し、環境省令で定めるところにより、行為の種類、場所並びに開始及び終了の時期その他環境省令で定める事項を届け出なければならない。
一
植物を採取し、又は損傷すること。
二
水面を埋め立て、又は干拓すること。
三
鉱物を掘採し、又は土石を採取すること。
四
前三号に掲げるもののほか、湖辺環境の保護に支障があると認められる行為として政令で定める行為をすること。
２
都道府県知事は、指定湖沼の湖辺環境を保護するために必要があると認めるときは、湖辺環境保護地区内において前項の規定により届出を要する行為をしようとする者又はした者に対して、その湖辺環境を保護するために必要な限度において、当該行為を禁止し、若しくは制限し、又は必要な措置を執るべき旨を命ずることができる。
３
前項の処分は、第一項の規定による届出をした者に対しては、その届出があつた日から起算して三十日以内に限り、することができる。
４
都道府県知事は、第一項の規定による届出があつた場合において、実地の調査をする必要があるとき、その他前項の期間内に第二項の処分をすることができない合理的な理由があるときは、その理由が存続する間、前項の期間を延長することができる。
この場合においては、同項の期間内に、第一項の規定による届出をした者に対し、その旨及び期間を延長する理由を通知しなければならない。
５
第一項の規定による届出をした者は、その届出をした日から起算して三十日を経過した後でなければ、当該届出に係る行為に着手してはならない。
６
都道府県知事は、指定湖沼の湖辺環境の保護に支障を及ぼすおそれがないと認めるときは、前項の期間を短縮することができる。
７
前各項の規定にかかわらず、国の機関又は地方公共団体が行う行為については、第一項の規定による届出をすることを要しない。
この場合において、当該国の機関又は地方公共団体は、同項の届出を要する行為をしようとするときは、あらかじめ、都道府県知事にその旨を通知しなければならない。
８
都道府県知事は、前項の規定による通知があつた場合において、湖辺環境保護地区の湖辺環境を保護するために必要があると認めるときは、当該通知をした国の機関又は地方公共団体に対し、湖辺環境の保護のために執るべき措置について協議を求めることができる。
９
次に掲げる行為については、前各項の規定は、適用しない。
一
通常の管理行為、軽易な行為その他の行為であつて、指定湖沼の湖辺環境の保護に支障を及ぼすおそれがないと認められるものとして環境省令で定めるもの
二
湖辺環境保護地区が指定され、又はその区域が拡張された際既に着手していた行為
三
非常災害のために必要な応急措置として行う行為
四
河川法第二十三条、第二十四条、第二十五条、第二十六条第一項若しくは第二十七条第一項（これらの規定を同法第百条第一項において準用する場合を含む。）の規定若しくは同法第二十八条若しくは第二十九条（これらの規定を同法第百条第一項において準用する場合を含む。）の規定に基づく政令若しくは都道府県の条例の規定による許可又は同法第二十三条の二（同法第百条第一項において準用する場合を含む。）の規定による登録を要する行為
五
河川法第二十八条又は第二十九条（これらの規定を同法第百条第一項において準用する場合を含む。）の規定に基づく政令又は都道府県の条例の規定により制限された行為