施行日前から引き続いて投資組合契約（租税特別措置法第四十一条の二十一第四項第一号に規定する投資組合契約をいう。以下この条において同じ。）を締結している組合員である同法第六十七条の十六第一項に規定する外国法人であって施行日において同法第四十一条の二十一第一項各号に掲げる要件を満たしている者が、当該投資組合契約につきその締結の日から施行日まで継続して同項第一号から第四号までに掲げる要件を満たしている場合（同項第五号に掲げる要件（以下この条において「第五号要件」という。）を満たしている場合及び租税特別措置法施行令第三十九条の三十三第二項の規定の適用がある場合を除く。）には、当該投資組合契約についての同法第六十七条の十六第四項において準用する同法第四十一条の二十一第五項の規定の適用については、同項中「当該投資組合契約の締結の日」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第十三号）の施行の日」とする。
２
施行日前から引き続いて投資組合契約を締結している組合員である租税特別措置法第六十七条の十六第一項に規定する外国法人であって施行日において第五号要件を満たしていない者が、当該投資組合契約につき第五号要件を満たすこととなる場合において、当該投資組合契約につきその締結の日からその満たすこととなる日まで継続して同法第四十一条の二十一第一項第一号から第四号までに掲げる要件を満たしているとき（租税特別措置法施行令第三十九条の三十三第二項の規定の適用があるときを除く。）における当該投資組合契約についての同法第六十七条の十六第四項において準用する同法第四十一条の二十一第五項の規定の適用については、同項中「の締結の日」とあるのは「につき第一項第五号に掲げる要件を満たすこととなる日」と、「第一項各号」とあるのは「同項各号」とする。
３
施行日前から引き続いて二以上の投資組合契約を締結している組合員である租税特別措置法第六十七条の十六第一項に規定する外国法人であって施行日において第五号要件を満たしていない者が、当該二以上の投資組合契約のうち一の投資組合契約以外の投資組合契約に基づいて国内において事業を行っていないとしたならば当該一の投資組合契約につき第五号要件を満たすこととなる場合において、それぞれの投資組合契約につきその締結の日からその満たすこととなる日まで継続して同法第四十一条の二十一第一項第一号から第四号までに掲げる要件を満たしているとき（租税特別措置法施行令第三十九条の三十三第三項の規定の適用があるときを除く。）における当該一の投資組合契約についての同法第六十七条の十六第四項において準用する同法第四十一条の二十一第五項の規定の適用については、同項中「当該投資組合契約の締結の日」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第十三号）の施行の日（当該投資組合契約につき第一項第五号に掲げる要件を満たすこととなる日が当該施行の日後である場合には、その満たすこととなる日）」と、「その提出の日以後」とあるのは「当該外国法人が締結している全ての投資組合契約につき特例適用申告書を提出した日以後」とする。
（恒久的施設を有しない外国組合員の課税所得の特例に関する経過措置）
第三十三条
新令第三十九条の三十三の二の規定は、同条第一項に規定する国内に恒久的施設を有しない外国法人が施行日以後に行う内国法人の株式又は出資の譲渡について適用する。
（連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
第三十四条
新令第三十九条の三十九第八項（新令第二十七条の四第六項第三号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第二号に定める日以後に支出する新令第三十九条の三十九第八項第三号に掲げる費用について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に支出した旧令第三十九条の三十九第八項第三号に掲げる費用については、なお従前の例による。
２
前項の場合において、附則第一条第二号に定める日前に我が国における産業活動の革新等を図るための産業活力再生特別措置法等の一部を改正する法律第二条の規定による改正前の鉱工業技術研究組合法第十三条第一項の規定により賦課された費用で同日以後に支出されたものに係る新令第三十九条の三十九第八項（第三号に係る部分に限る。）の規定の適用については、同項第三号中「第二十七条の四第六項第三号」とあるのは、「第二十七条の四第六項第三号（租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十一年政令第百八号）附則第二十条第二項の規定により読み替えて適用される場合を含む。）」とする。
３
新令第三十九条の三十九第九項（新令第二十七条の四第八項第一号及び第四号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第二号に定める日以後に支出する新令第三十九条の三十九第十項第一号に規定する試験研究費について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に支出した旧令第三十九条の三十九第十項第一号に規定する試験研究費については、なお従前の例による。
（連結法人が事業基盤強化設備を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
第三十五条
新令第三十九条の四十二第五項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作をする新法第六十八条の十二第一項に規定する事業基盤強化設備について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作をした旧法第六十八条の十二第一項に規定する事業基盤強化設備については、なお従前の例による。
（連結法人の減価償却に関する経過措置）
第三十六条
新令第三十九条の四十六第五項及び第六項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする新法第六十八条の十六第一項に規定する特定設備等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧法第六十八条の十六第一項に規定する特定設備等については、なお従前の例による。
２
改正法附則第五十六条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の十八の規定に基づく旧令第三十九条の四十七の規定は、なおその効力を有する。
３
新令第三十九条の五十一第一項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、同項各号に定めるものが附則第一条第二号に定める日以後に取得又は製作をする新法第六十八条の二十一第一項に規定する事業革新設備について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、旧令第三十九条の五十一第一項各号に定めるものが同日前に取得又は製作をした旧法第六十八条の二十一第一項に規定する事業革新設備については、なお従前の例による。
４
新令第三十九条の五十二第二項、第三項及び第六項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等をする新法第六十八条の二十三第一項に規定する特定電気通信設備等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧法第六十八条の二十三第一項に規定する特定電気通信設備等については、なお従前の例による。
５
改正法附則第五十六条第八項の規定により読み替えられた新法第六十八条の二十七第一項（以下この項において「読替え後の新法第六十八条の二十七第一項」という。）に規定する政令で定める事業は、附則第二十二条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十八条の九第六項第四号に定める事業とし、読替え後の新法第六十八条の二十七第一項に規定する政令で定めるものは、附則第二十二条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十八条の九第八項第一号又は第三号に掲げる事業の区分に応じそれぞれこれらの号に定める減価償却資産とする。
６
新令第三十九条の五十八第三項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作をする新法第六十八条の二十九第一項に規定する医療用機器等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作をした旧法第六十八条の二十九第一項に規定する医療用機器等については、なお従前の例による。
７
改正法附則第五十六条第十二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十四（第三項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の六十三の規定は、なおその効力を有する。
８
改正法附則第五十六条第十四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十五（第三項第一号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の六十四の規定は、なおその効力を有する。