法第八十六条の四第一項の規定の適用がある場合における消費税法第三十七条の二第二項及び第五項（これらの規定を同条第七項において準用する場合を含む。）並びに同法第四十二条第一項及び第四項の規定の適用については、同法第三十七条の二第二項中「翌日」とあるのは「翌日から一月を経過した日」と、同条第五項中「二月」とあるのは「三月」と、「以後」とあるのは「から一月を経過した日以後」と、同法第四十二条第一項中「以後一月の期間」とあるのは「から同日以後二月を経過した日の前日までの間に終了した一月中間申告対象期間」と、「二月を」とあるのは「三月を」と、同条第四項第一号中「末日」とあるのは「末日（当該三月中間申告対象期間が当該課税期間開始の日以後三月ごとに区分された最初の三月中間申告対象期間であり、かつ、当該課税期間の直前の課税期間の確定申告書の提出期限につき国税通則法第十条第二項の規定の適用がある場合には、同項の規定により当該確定申告書の提出期限とみなされる日）」とする。
２
法第八十六条の四第一項の規定の適用がある場合における消費税法施行令の規定の適用については、同令第五十条第一項中「経過した日」とあるのは「経過した日（租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第八十六条の四第一項の規定の適用がある場合には、当該課税期間に係る同項に規定する申告書の提出期限の翌日。次項及び第三項において同じ。）」と、同令第五十四条第三項中「経過した日」とあるのは「経過した日（租税特別措置法第八十六条の四第一項の規定の適用がある場合には、当該課税期間に係る同項に規定する申告書の提出期限の翌日。第五項において同じ。）」と、同令第五十八条の二第二項及び第五十八条の三第二項中「経過した日」とあるのは「経過した日（租税特別措置法第八十六条の四第一項の規定の適用がある場合には、当該課税期間に係る同項に規定する申告書の提出期限の翌日。次項において同じ。）」と、同令第六十三条第五項中「以後一月の期間」とあるのは「から同日以後二月を経過した日の前日までの間に終了した一月中間申告対象期間」と、「二月」とあるのは「三月」と、同令第七十条の十三第一項中「経過した日」とあるのは「経過した日（租税特別措置法第八十六条の四第一項の規定の適用がある場合には、当該課税期間に係る同項に規定する申告書の提出期限の翌日。次項において同じ。）」と、同令第七十一条第二項中「経過した日」とあるのは「経過した日（租税特別措置法第八十六条の四第一項の規定の適用がある場合には、当該課税期間に係る同項に規定する申告書の提出期限の翌日。第五項において同じ。）」とする。
３
法第八十六条の四第一項の規定の適用がある場合における第四十五条の四第三項及び前条第三項の規定の適用については、第四十五条の四第三項及び前条第三項中「経過した日」とあるのは、「経過した日（法第八十六条の四第一項の規定の適用がある場合には、当該課税期間に係る同項に規定する申告書の提出期限の翌日）」とする。
４
法第八十六条の四第一項の規定の適用がある場合における次に掲げる政令の規定の適用については、これらの政令の規定中「経過した日」とあるのは、「経過した日（租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第八十六条の四第一項の規定の適用がある場合には、当該課税期間に係る同項に規定する申告書の提出期限の翌日）」とする。
一
日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約第六条に基づく施設及び区域並びに日本国における合衆国軍隊の地位に関する協定の実施に伴う所得税法等の臨時特例に関する法律施行令（昭和二十七年政令第百二十四号）第二条第一項
二
日本国とアメリカ合衆国との間の相互防衛援助協定の実施に伴う関税法等の臨時特例に関する法律施行令（昭和二十九年政令第百三号）第二条第二項
５
法第八十六条の四第一項の規定の適用がある場合における消費税法第七条第二項に規定する証明に係る書類（帳簿を含む。以下この項において同じ。）その他の書類の保存期間については、財務省令で定める。
（中小事業者の仕入れに係る消費税額の控除の特例の届出があつた場合の中間申告に関する特例）
第四十六条の三
消費税法第三十七条第一項又は第五項の規定による届出書（法第八十六条の五第十項又は第十二項の規定によるものに限る。）を提出した法第八十六条の五第一項に規定する被災事業者が、その提出前に消費税法第四十二条第一項、第四項又は第六項の規定による申告書で同法第四十三条第一項各号に掲げる事項を記載したもの（当該届出書の提出により同法第三十七条第一項の規定の適用を受け、又は受けないこととなる課税期間に係るものに限る。）を提出している場合には、当該申告書に係る同法第四十三条第一項第三号の規定の適用については、同号中「消費税額の」とあるのは、「消費税額（第三十七条第一項又は第五項の規定による届出書（租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第八十六条の五第十項又は第十二項の規定によるものに限る。）の提出がなかつたものとして計算した場合の消費税額をいう。）の」とする。
（カジノ業務収入の割合が僅少である場合）
第四十六条の四
法第八十六条の六第一項ただし書に規定する政令で定める場合は、当該課税期間における資産の譲渡等（消費税法第二条第一項第八号に規定する資産の譲渡等をいう。）の対価の額（消費税法第二十八条第一項に規定する対価の額をいう。）の合計額に当該課税期間におけるカジノ業務収入（法第八十六条の六第一項ただし書に規定するカジノ業務収入をいう。以下この条において同じ。）の合計額を加算した金額のうちに当該カジノ業務収入の合計額の占める割合が百分の五を超えない場合とする。
（法人課税信託の受託者に関する通則）
第四十六条の五
消費税法施行令第二十七条及び第二十八条の規定は、法第八十六条の七第一項の規定を法第八十五条から第八十六条の六まで及び第四十五条から前条までにおいて適用する場合について準用する。
２
前項に定めるもののほか、消費税法第十五条第三項に規定する受託事業者又は同条第四項に規定する固有事業者についての法第八十五条から第八十六条の六まで又は第四十五条から前条までの規定の適用に関し必要な事項は、財務省令で定める。
（相続等があつた場合における前年度課税移出数量等）
第四十六条の六
相続その他の理由により酒類の製造免許（酒税法（昭和二十八年法律第六号）第七条第一項に規定する製造免許をいう。第四十六条の七の二、第四十六条の八の二及び第四十六条の八の四において同じ。）に係る製造業の全部又は一部の承継があつた日以後における法第八十七条第一項（同項に規定する前年度課税移出数量及び当年度酒税累計額に係る部分に限る。）及び第二項（同項に規定する特定品目前年度課税移出数量に係る部分に限る。）の規定の適用については、当該承継前に当該承継に係る酒類の製造場から移出された酒類（当該承継に係る品目（酒税法第七条第一項に規定する品目をいう。）のものに限る。以下この条において「承継酒類」という。）は、当該承継をした者が移出したものとみなす。
この場合において、承継酒類が法第八十七条第一項の規定の適用を受けて移出されたものであるときは、当該承継をした者が同項の規定の適用を受けて移出したものとみなす。
（完全支配関係）
第四十六条の七
法第八十七条第四項第二号に規定する政令で定める関係は、一の者（その者が個人である場合には、その者及びこれと特殊の関係のある個人）が法人の発行済株式（自己が有する自己の株式を除くものとし、その総数のうちに次に掲げる株式の数を合計した数の占める割合が百分の五に満たない場合の当該株式を除く。）又は出資（当該法人が有する自己の出資を除く。）（以下この項において「発行済株式等」という。）の全部を保有する場合における当該一の者と当該法人との間の関係（以下この項において「直接完全支配関係」という。）とする。
この場合において、当該一の者及びこれとの間に直接完全支配関係がある一若しくは二以上の法人又は当該一の者との間に直接完全支配関係がある一若しくは二以上の法人が他の法人の発行済株式等の全部を保有するときは、当該一の者は当該他の法人の発行済株式等の全部を保有するものとみなす。
一
当該法人の使用人が組合員となつている民法第六百六十七条第一項に規定する組合契約（当該法人の発行する株式を取得することを主たる目的とするものに限る。）による組合（組合員となる者が当該使用人に限られているものに限る。）の当該主たる目的に従つて取得された当該法人の株式
二
会社法第二百三十八条第二項の決議（同法第二百三十九条第一項の決議による委任に基づく同項に規定する募集事項の決定及び同法第二百四十条第一項の規定による取締役会の決議を含む。）により当該法人の役員（法人税法第二条第十五号に規定する役員をいう。）又は使用人（当該役員又は使用人であつた者及び当該者の相続人を含む。以下この号において「役員等」という。）に付与された新株予約権（次に掲げる権利を含む。）の行使によつて取得された当該法人の株式（当該役員等が有するものに限る。）
イ
商法等の一部を改正する等の法律（平成十三年法律第七十九号）第一条の規定による改正前の商法（明治三十二年法律第四十八号）第二百十条ノ二第二項の決議により当該法人の役員等に付与された同項第三号に規定する権利
ロ
商法等の一部を改正する法律（平成十三年法律第百二十八号）第一条の規定による改正前の商法第二百八十条ノ十九第二項の決議により当該法人の役員等に付与された同項に規定する新株の引受権
ハ