改正法附則第九十六条第十六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十六条の三（第一項第一号に係る部分に限る。）の規定及び改正令附則第二十一条第九項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十九条の三第十項の規定に基づく旧規則第二十条の十九第一項から第三項まで、第九項及び第十項の規定は、なおその効力を有する。
５
改正令附則第二十一条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十九条の四第十二項の規定に基づく旧規則第二十条の二十第五項の規定は、なおその効力を有する。
６
改正法附則第九十六条第二十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条の二第三項の規定並びに改正令附則第二十一条第十二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十九条の五第六項及び第十項の規定に基づく旧規則第二十条の二十一第一項及び第五項から第八項までの規定は、なおその効力を有する。
（法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
第六条
新規則第二十二条の二第四項第一号の規定により適用される新規則第十四条第七項第二号及び第三号イの規定は、法人が附則第一条第三号に定める日以後に行う新法第六十四条第一項の規定に該当する資産の譲渡について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十四条第一項の規定に該当する資産の譲渡については、なお従前の例による。
（法人に係る国外関連者に関する明細書の記載事項に関する経過措置）
第七条
新規則第二十二条の十の規定は、法人の施行日以後に開始する事業年度の新法第六十六条の四第十五項に規定する確定申告書に添付すべき同項に規定する書類について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度の旧法第六十六条の四第十五項に規定する確定申告書に添付すべき同項に規定する書類については、なお従前の例による。
（認定特定非営利活動法人に対する寄附金の損金算入の特例に関する経過措置）
第八条
新規則第二十二条の十一の二第一項及び第二項の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請について適用し、法人が施行日前に行った旧法第六十六条の十一の二第二項の認定の申請については、なお従前の例による。
（特定の医療法人の法人税率の特例に関する経過措置）
第九条
新規則第二十二条の十五第三項の規定は、医療法人が施行日以後に提出する同項に規定する申請書、証明書又は届出書について適用し、医療法人が施行日前に提出した旧令第三十九条の二十五第二項に規定する申請書については、なお従前の例による。
（特定信託に係る国外関連者に関する明細書の記載事項に関する経過措置）
第十条
新規則第二十二条の二十の四の規定は、特定信託（法人税法第二条第二十九号の三に規定する特定信託をいう。以下この条において同じ。）の施行日以後に開始する計算期間（同法第十五条の三第一項から第三項までに規定する計算期間をいう。以下この条において同じ。）の新法第六十八条の三の五第十四項に規定する特定信託確定申告書に添付すべき同項において準用する新法第六十六条の四第十五項に規定する書類について適用し、特定信託の施行日前に開始した計算期間の旧法第六十八条の三の五第十四項に規定する特定信託確定申告書に添付すべき同項において準用する旧法第六十六条の四第十五項に規定する書類については、なお従前の例による。
（連結法人の減価償却に関する経過措置）
第十一条
改正令附則第三十二条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第三十九条の五十第五項の規定に基づく旧規則第二十二条の三十一第三項及び第四項の規定は、なおその効力を有する。
２
新規則第二十二条の三十三第四項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同項に規定する設備について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧規則第二十二条の三十三第九項に規定する設備については、なお従前の例による。
３
新規則第二十二条の三十四第一項の規定は、連結親法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同項に規定する共同利用施設について適用し、連結親法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧規則第二十二条の三十四第一項に規定する共同利用施設については、なお従前の例による。
４
改正法附則第百十五条第十六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十二（第一項第一号に係る部分に限る。）の規定及び改正令附則第三十二条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第三十九条の六十一第十項の規定に基づく旧規則第二十二条の四十第一項から第三項まで、第九項及び第十項の規定は、なおその効力を有する。
５
改正令附則第三十二条第九項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第三十九条の六十三第七項の規定に基づく旧規則第二十二条の四十一第四項の規定は、なおその効力を有する。
６
改正法附則第百十五条第二十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十五第三項の規定及び改正令附則第三十二条第十一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第三十九条の六十四第三項の規定に基づく旧規則第二十二条の四十二の規定は、なおその効力を有する。
（連結法人に係る国外関連者に関する明細書の記載事項に関する経過措置）
第十二条
新規則第二十二条の七十四の規定は、連結親法人又は連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度（法人税法第十五条の二に規定する連結事業年度をいう。以下この条において同じ。）の新法第六十八条の八十八第十四項に規定する連結確定申告書に添付すべき新法第六十八条の八十八第十四項に規定する書類について適用し、連結親法人又は連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度の旧法第六十八条の八十八第十四項に規定する連結確定申告書に添付すべき同項に規定する書類については、なお従前の例による。
２
新規則第二十二条の七十五の規定は、連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度の新法第六十八条の八十八第十五項に規定する個別帰属額等を記載した書類に添付すべき同項に規定する書類について適用し、連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度の旧法第六十八条の八十八第十五項に規定する個別帰属額等を記載した書類に添付すべき同項に規定する書類については、なお従前の例による。
（特定の医療法人である連結親法人の法人税率の特例に関する経過措置）
第十三条
新規則第二十二条の七十七の二第二項の規定は、医療法人である連結親法人が施行日以後に提出する同項に規定する証明書又は届出書について適用する。
（相続税及び贈与税の特例に関する経過措置）
第十四条
新規則第二十三条の二の規定（同条第十二項の戸籍の謄本の添付に係る部分に限る。）は、施行日以後に相続又は遺贈（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下同じ。）により取得する財産に係る相続税について適用し、施行日前に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税については、なお従前の例による。
２
新規則第二十三条の二の規定（同条第十二項の戸籍の謄本の添付に係る部分以外の部分に限る。）は、平成十五年一月一日以後に相続又は遺贈により取得する財産に係る相続税について適用し、同日前に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税については、なお従前の例による。
３
新規則第二十三条の二の二の規定（同条第九項の戸籍の謄本の添付に係る部分に限る。）は、施行日以後に相続又は遺贈により取得する財産に係る相続税について適用し、施行日前に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税については、なお従前の例による。
４
新規則第二十三条の二の二の規定（同条第九項の戸籍の謄本の添付に係る部分以外の部分に限る。）は、平成十五年一月一日以後に相続又は遺贈により取得する財産に係る相続税について適用し、同日前に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税については、なお従前の例による。
５
改正法附則第百二十三条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第七十条の三及び改正令附則第三十七条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第四十条の五の規定に基づく旧規則第二十三条の六の規定は、なおその効力を有する。