特例適用者の有する同一銘柄の特定株式のうちに取締役等の特定株式以外の特定株式がある場合における所得税法施行令第二編第一章第四節第三款及び第百六十七条の七第四項から第七項までの規定の適用については、次に定めるところによる。
一
当該同一銘柄の特定株式のうちに取締役等の特定株式と当該取締役等の特定株式以外の特定株式とがある場合には、これらの特定株式については、それぞれその銘柄が異なるものとして、これらの規定を適用する。
二
当該取締役等の特定株式以外の特定株式のうちに当該取締役等の特定株式以外の特定株式に係る特定新株予約権の行使をした日が異なる特定株式がある場合には、これらの特定株式については、それぞれその銘柄が異なるものとして、これらの規定を適用する。
２３
法第二十九条の二第一項本文の規定の適用がある場合における所得税法施行令第百九条第一項の規定の適用については、同項第三号中「同項各号に掲げる権利の行使により取得した有価証券」とあるのは「同項各号に掲げる権利の行使により取得した有価証券（租税特別措置法第二十九条の二第一項本文（特定の取締役等が受ける新株予約権の行使による株式の取得に係る経済的利益の非課税等）の規定の適用を受けて取得したものを除く。）」と、「同項第三号」とあるのは「第八十四条第三項第三号」とする。
２４
その年において特定株式又は承継特定株式に係る法第三十七条の十第一項に規定する一般株式等に係る譲渡所得等又は法第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等に係る譲渡所得等を有する居住者又は恒久的施設を有する非居住者が確定申告書を提出する場合における第二十五条の八第十四項（第二十五条の九第十三項において準用する場合を含む。）の規定の適用については、第二十五条の八第十四項中「明細書」とあるのは、「明細その他財務省令で定める事項を記載した書類」とする。
２５
非居住者がその有する特定株式又は承継特定株式を譲渡する場合における所得税法施行令第二百八十一条の規定の適用については、同条第一項第四号ロ中「内国法人の特殊関係株主等」とあるのは、「租税特別措置法第二十九条の二第四項（特定の取締役等が受ける新株予約権の行使による株式の取得に係る経済的利益の非課税等）に規定する特定株式又は同項に規定する承継特定株式の譲渡による所得及び内国法人の特殊関係株主等」とする。
２６
その年において特定株式又は承継特定株式に係る法第三十七条の十二第一項に規定する一般株式等の譲渡に係る国内源泉所得又は同条第三項に規定する上場株式等の譲渡に係る国内源泉所得を有する同条第一項に規定する恒久的施設を有しない非居住者が確定申告書を提出する場合における第二十五条の十一第四項又は第五項の規定の適用については、これらの規定中「明細書」とあるのは、「明細その他財務省令で定める事項を記載した書類」とする。
２７
付与決議に基づく契約により特定新株予約権を付与する株式会社は、当該特定新株予約権を付与した取締役等又は特定従事者の氏名及び住所（国内に住所を有しない者にあつては、財務省令で定める場所。次項において同じ。）、当該特定新株予約権の行使に係る法第二十九条の二第一項第三号の権利行使価額、当該取締役等が死亡した場合に当該特定新株予約権を行使できることとなる当該取締役等の相続人の有無その他の財務省令で定める事項を記載した調書を、当該特定新株予約権を付与した日の属する年の翌年一月三十一日までに、当該株式会社の本店の所在地の所轄税務署長に提出しなければならない。
２８
法第二十九条の二第一項第六号イ又はロに規定する取決めに従い、特定株式又は承継特定株式につき、振替口座簿への記載若しくは記録をし、若しくは保管の委託を受け、若しくは管理等信託を引き受けている金融商品取引業者等又は管理をしている同条第七項の株式会社は、当該特定株式又は承継特定株式の振替口座簿への記載若しくは記録若しくは保管の委託若しくは管理等信託又は管理をしている者ごとに、その者の氏名及び住所、当該特定株式又は承継特定株式の受入れ若しくは取得又は振替若しくは交付をした年月日及びその事由その他の財務省令で定める事項を記載した調書を、毎年一月三十一日までに、当該金融商品取引業者等の当該振替口座簿への記載若しくは記録若しくは保管の委託若しくは管理等信託に係る営業所等又は当該株式会社の本店の所在地の所轄税務署長に提出しなければならない。
２９
前二項の調書の様式は、財務省令で定める。
３０
特定株式又は承継特定株式の譲渡をした特例適用者又は承継特例適用者が、国内において、所得税法第二百二十四条の三第一項に規定する支払者から当該特定株式又は承継特定株式の譲渡の対価の支払を受ける場合における同項の規定の適用については、同項中「この項において同じ。）を」とあるのは、「この項において同じ。）並びに当該株式等のうちに租税特別措置法第二十九条の二第四項（特定の取締役等が受ける新株予約権の行使による株式の取得に係る経済的利益の非課税等）に規定する特定株式又は承継特定株式が含まれている旨及び当該特定株式又は承継特定株式の数を」とする。
３１
前項に規定する場合における所得税法施行令第三百四十二条第一項の規定の適用については、同項中「同じ。）を」とあるのは、「同じ。）並びに当該株式等のうちに租税特別措置法第二十九条の二第四項（特定の取締役等が受ける新株予約権の行使による株式の取得に係る経済的利益の非課税等）に規定する特定株式又は承継特定株式が含まれている旨及び当該特定株式又は承継特定株式の数を」とする。
３２
特例適用者又は承継特例適用者が、国内において、所得税法第二百二十四条の三第三項の規定により読み替えられた同条第一項に規定する交付者からその有する特定株式又は承継特定株式につき同条第三項に規定する金銭等の交付を受ける場合における同項において準用する同条第一項の規定の適用については、同項中「この項において同じ。）を」とあるのは、「この項において同じ。）並びに当該金銭等の交付の基因となつた株式のうちに租税特別措置法第二十九条の二第四項（特定の取締役等が受ける新株予約権の行使による株式の取得に係る経済的利益の非課税等）に規定する特定株式又は承継特定株式が含まれている旨及び当該特定株式又は承継特定株式の数を」とする。
３３
前項に規定する場合における所得税法施行令第三百四十五条第三項の規定の適用については、同項中「住所）」とあるのは、「住所）並びに当該交付金銭等の交付の基因となつた株式のうちに租税特別措置法第二十九条の二第四項（特定の取締役等が受ける新株予約権の行使による株式の取得に係る経済的利益の非課税等）に規定する特定株式又は承継特定株式が含まれている旨及び当該特定株式又は承継特定株式の数」とする。
３４
特定株式若しくは承継特定株式の譲渡の対価の支払をする場合における当該支払をする者又は特定株式若しくは承継特定株式につき所得税法第二百二十四条の三第三項に規定する金銭等の交付をする場合における当該交付をする者に対する同法第二百二十五条第一項の規定の適用については、同項第十号中「居住者又は恒久的施設を有する非居住者」とあるのは、「個人」とする。
３５
前項に定めるもののほか、特定株式又は承継特定株式の譲渡の対価の支払をする者及び特定株式又は承継特定株式につき同項の金銭等の交付をする者に対する所得税法第二百二十五条の規定の特例に関し必要な事項は、財務省令で定める。
３６
個人が新株予約権の行使により法第二十九条の二第一項本文の規定の適用を受けて株式を取得した場合には、当該株式の振替又は交付をした株式会社については、所得税法第二百二十八条の二のうち当該新株予約権の行使に係る部分の規定は、適用しない。
３７
経済産業大臣は、第九項第二号の規定により要件を定めたときは、これを告示する。
３８
国税通則法施行令第三十条の三の規定は、法第二十九条の二第十項の規定により物件を留め置く場合について準用する。
（一時所得となる財産形成給付金等の中途支払理由）
第十九条の四
法第二十九条の三に規定する政令で定める中途支払理由は、同条に規定する勤労者が一時金として支払を受ける同条に規定する財産形成給付金等の次の各号に掲げる区分に応じ、当該各号に定める理由とする。
一
法第二十九条の三に規定する財産形成給付金
勤労者財産形成促進法施行令第二十条第一項第二号から第四号までに掲げる理由（同号に掲げる理由については、財務省令で定めるところにより証明がされたものに限る。）
二
法第二十九条の三に規定する第一種財産形成基金給付金又は第二種財産形成基金給付金
勤労者財産形成促進法施行令第二十七条の五第一項第三号若しくは第五号に掲げる理由、同項第四号に掲げる理由でやむを得ないものとして財務省令で定めるもの若しくは同項第六号（同令第二十七条の二十三において読み替えて適用する場合を含む。以下この号において同じ。）に掲げる理由又は同令第二十七条の十六第一項第二号に掲げる理由、同項第三号に掲げる理由でやむを得ないものとして財務省令で定めるもの若しくは同項第四号（同令第二十七条の二十三において読み替えて適用する場合を含む。以下この号において同じ。）に掲げる理由（これらのやむを得ないものとして財務省令で定める理由又は同令第二十七条の五第一項第六号若しくは同令第二十七条の十六第一項第四号に掲げる理由については、財務省令で定めるところにより証明がされたものに限る。）
第七節の三　山林所得の課税の特例
（山林所得の概算経費率控除の特例）
第十九条の五