この場合において、同条第一項中「前条第三項」とあるのは「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第十五号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「平成十四年新法」という。）第三十七条の十第三項」と、「第二条第十一項」とあるのは「第二条第十四項」と、「大蔵省令」とあるのは「財務省令」と、「前条の」とあるのは「平成十四年新法第三十七条の十の」と、「第二百三十条ノ八ノ二第二項又は商法等の一部を改正する法律（昭和五十六年法律第七十四号）附則第十九条第一項の規定に基づいて行うこれらの規定に規定する端株又は単位未満株式」とあるのは「第二百二十条ノ六第一項（同法第二百二十一条第六項において準用する場合を含む。）の規定に基づいて行う同法第二百二十条ノ六第一項又は第二百二十一条第六項に規定する端株又は一単元の株式の数に満たざる数の株式」と、同条第四項中「大蔵省令」とあるのは「財務省令」と、「転換社債又は新株引受権付社債」とあるのは「平成十四年新法第三十七条の十第三項第三号に規定する新株予約権付社債又は商法等の一部を改正する法律（平成十三年法律第百二十八号）附則第七条第一項の規定によりなお従前の例によることとされた転換社債若しくは新株引受権付社債」と、同条第五項中「平成十二年三月三十一日」とあるのは「平成十四年十二月三十一日」と、同条第八項中「租税特別措置法」とあるのは「租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第十五条第二項（上場株式等に係る譲渡所得等の源泉分離選択課税に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法」とする。
（株式交換又は株式移転に係る課税の特例に関する経過措置）
第十六条
新租税特別措置法第三十七条の十三の二の規定は、個人が商法等の一部を改正する法律（平成十一年法律第百二十五号）の施行の日以後に行う同条第一項に規定する特定子会社株式の移転による譲渡について適用する。
（割引の方法により発行される公社債の譲渡による所得の課税の特例に関する経過措置）
第十七条
施行日前に発行された旧租税特別措置法第三十七条の十六第一項第二号に規定する国債の譲渡による所得及び当該譲渡に係る対価の支払に関する同条第三項に規定する調書については、なお従前の例による。
２
新租税特別措置法第三十七条の十六（同条第一項第三号に係る部分に限る。）の規定は、個人が都市基盤整備公団法附則第一条ただし書に規定する日以後に行う同号に規定する公社債の譲渡による所得について適用する。
（住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除に関する経過措置）
第十八条
居住者が平成十年十二月三十一日以前に新租税特別措置法第四十一条第一項に規定する居住用家屋若しくは既存住宅又は増改築等をした家屋（当該増改築等に係る部分に限る。以下この条において同じ。）を同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合における新租税特別措置法第四十一条及び第四十一条の二の規定の適用については、新租税特別措置法第四十一条第一項第一号中「借入金（当該住宅の取得等とともにする当該住宅の取得等に係る家屋の敷地の用に供される土地又は当該土地の上に存する権利（以下この項において「土地等」という。）の取得に要する資金に充てるためにこれらの者から借り入れた借入金として政令で定めるものを含む。）及び」とあるのは「借入金（」と、「のうち」とあるのは「を含む。）で」と、同項第二号中「当該住宅の取得等（当該住宅の取得等とともにする当該住宅の取得等に係る家屋の敷地の用に供される土地等の取得として政令で定めるものを含む。）」とあるのは「当該住宅の取得等」と、同項第三号中「取得（当該既存住宅の取得とともにする当該既存住宅の敷地の用に供されていた土地等の取得として政令で定めるものを含む。）」とあるのは「取得」と、同項第四号中「借入金（当該住宅の取得等とともにする当該住宅の取得等に係る家屋の敷地の用に供される土地等の取得に要する資金に充てるために当該その者に係る使用者から借り入れた借入金として政令で定めるものを含む。）」とあるのは「借入金」と、「当該住宅の取得等（当該住宅の取得等とともにする当該住宅の取得等に係る家屋の敷地の用に供される土地等の取得として政令で定めるものを含む。）」とあるのは「当該住宅の取得等」とする。
２
居住者が、新租税特別措置法第四十一条第一項に規定する住宅の取得等（以下この条において「住宅の取得等」という。）をし、かつ、当該住宅の取得等をした同項に規定する居住用家屋若しくは既存住宅又は増改築等をした家屋を平成十一年一月一日から同年三月三十一日までの間に同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合において、同年以後六年間の各年（当該居住の用に供した日以後その年の十二月三十一日（その者が死亡した日の属する年又は当該住宅の取得等をした同項に規定する居住用家屋若しくは既存住宅又は増改築等をした家屋が災害により居住の用に供することができなくなった日の属する年にあっては、これらの日。以下この項において同じ。）まで引き続きその居住の用に供している年に限る。以下この条において「特例適用年」という。）において当該住宅の取得等に係る新租税特別措置法第四十一条第一項に規定する住宅借入金等（以下この条において「特例適用住宅借入金等」という。）の金額を有するときは、その者の選択により、当該特例適用年における同項に規定する住宅借入金等特別税額控除額は、新租税特別措置法第四十一条第二項及び第四十一条の二の規定にかかわらず、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額（当該金額に百円未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）として、新租税特別措置法第四十一条及び第四十一条の二の二の規定を適用することができる。
一
特例適用年が平成十一年から平成十三年までの各年である場合
次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める金額
イ
その年十二月三十一日における特例適用住宅借入金等の金額の合計額が千万円以下である場合
当該合計額の二パーセントに相当する金額
ロ
その年十二月三十一日における特例適用住宅借入金等の金額の合計額が千万円を超え二千万円以下である場合
当該千万円を超える金額の一パーセントに相当する金額に二十万円を加えた金額
ハ
その年十二月三十一日における特例適用住宅借入金等の金額の合計額が二千万円を超える場合
当該二千万円を超える金額（当該金額が千万円を超える場合には、千万円）の〇・五パーセントに相当する金額に三十万円を加えた金額
二
特例適用年が平成十四年から平成十六年までの各年である場合
次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める金額
イ
その年十二月三十一日における特例適用住宅借入金等の金額の合計額が二千万円以下である場合
当該合計額の一パーセントに相当する金額
ロ
その年十二月三十一日における特例適用住宅借入金等の金額の合計額が二千万円を超える場合
当該二千万円を超える金額（当該金額が千万円を超える場合には、千万円）の〇・五パーセントに相当する金額に二十万円を加えた金額
３
前項の居住者が、特例適用年において、特例適用住宅借入金等の金額（同項の規定により新租税特別措置法第四十一条又は第四十一条の二の二の規定の適用を受けるものに限る。以下この項において同じ。）及び当該特例適用住宅借入金等の金額に係る住宅の取得等以外の住宅の取得等（以下この項において「他の住宅取得等」という。）に係る新租税特別措置法第四十一条第一項に規定する住宅借入金等（当該他の住宅取得等をした同項に規定する居住用家屋若しくは既存住宅又は増改築等をした家屋に係る同項に規定する適用年に係るものに限る。以下この項において「他の住宅借入金等」という。）の金額を有する場合には、当該特例適用年における前項の住宅借入金等特別税額控除額は、同項各号の規定にかかわらず、当該特例適用住宅借入金等の金額及び当該他の住宅借入金等の金額について、第四十一条の二の規定に準じて政令で定めるところにより計算した金額とする。
４
第二項の居住者が、二以上の住宅の取得等をし、かつ、これらの住宅の取得等をした同項の居住用家屋若しくは既存住宅又は増改築等をした家屋を平成十一年一月一日から同年三月三十一日までの間に同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合には、同項に規定する選択は、これらの住宅の取得等に係る特例適用住宅借入金等の金額のすべてについてしなければならないものとする。
５
第二項の居住者が、特例適用住宅借入金等の金額（同項の規定により新租税特別措置法第四十一条又は第四十一条の二の二の規定の適用を受けるものに限る。）に係る住宅の取得等以外の住宅の取得等（以下この項において「他の住宅取得等」という。）をし、かつ、当該他の住宅取得等をした新租税特別措置法第四十一条第一項に規定する居住用家屋若しくは既存住宅又は増改築等をした家屋を平成十一年四月一日から同年十二月三十一日までの間に同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合において、特例適用年において当該他の住宅取得等に係る同項に規定する住宅借入金等（以下この項において「平成十一年居住分の他の住宅借入金等」という。）の金額を有するときは、当該平成十一年居住分の他の住宅借入金等の金額は、特例適用住宅借入金等の金額に該当するものとみなして、第二項から前項までの規定を適用する。
６