市町村民税の所得割の納税義務者（特定中小会社の特定株式を払込みにより取得をしたもの（当該取得をした日においてその者を判定の基礎となる株主として選定した場合に当該特定中小会社が法人税法第二条第十号に規定する会社に該当することとなるときにおける当該株主その他の政令で定める者であつたものを除く。）又は租税特別措置法第三十七条の十三の二第一項に規定する株式会社の同項に規定する設立特定株式を払込みにより取得をしたもの（当該株式会社の発起人であることその他の政令で定める要件を満たすものに限る。）に限る。第十三項、第十五項及び第十六項において同じ。）について、適用期間内に、その有する当該払込みにより取得をした特定株式が株式としての価値を失つたことによる損失が生じた場合として同法第三十七条の十三の三第一項各号に掲げる事実が発生したときは、同項各号に掲げる事実が発生したことは当該特定株式の譲渡をしたことと、当該損失の金額として政令で定める金額は当該特定株式の譲渡をしたことにより生じた損失の金額とそれぞれみなして、この項から第二十項まで及び附則第三十五条の二第五項から第八項までの規定その他の市町村民税に関する規定を適用する。
１２
前項の規定は、政令で定めるところにより、同項に規定する事実が発生した年の末日の属する年度の翌年度分の第三百十七条の二第一項又は第三項の規定による申告書（その提出期限後において市町村民税の納税通知書が送達される時までに提出されたもの及びその時までに提出された第三百十七条の三第一項の確定申告書を含む。）に前項の規定の適用を受けようとする旨の記載があるとき（これらの申告書にその記載がないことについてやむを得ない理由があると市町村長が認めるときを含む。）に限り、適用する。
１３
市町村民税の所得割の納税義務者の特定株式に係る譲渡損失の金額は、当該特定株式に係る譲渡損失の金額の生じた年の末日の属する年度の翌年度分の第三百十七条の二第一項又は第三項の規定による申告書（その提出期限後において市町村民税の納税通知書が送達される時までに提出されたもの及びその時までに提出された第三百十七条の三第一項の確定申告書を含む。）に当該特定株式に係る譲渡損失の金額の控除に関する事項について記載があるとき（これらの申告書にその記載がないことについてやむを得ない理由があると市町村長が認めるときを含む。）に限り、附則第三十五条の二第五項後段の規定にかかわらず、当該納税義務者の附則第三十五条の二の二第五項に規定する上場株式等に係る譲渡所得等の金額を限度として、当該上場株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上控除する。
１４
前項の規定の適用がある場合における附則第三十五条の二の二第五項から第八項までの規定の適用については、同条第五項中「計算した金額（」とあるのは、「計算した金額（附則第三十五条の三第十三項の規定の適用がある場合には、その適用後の金額とし、」とする。
１５
市町村民税の所得割の納税義務者の前年前三年内の各年に生じた特定株式に係る譲渡損失の金額（第十三項又はこの項の規定により前年前において控除されたものを除く。）は、当該特定株式に係る譲渡損失の金額の生じた年の末日の属する年度の翌年度の市町村民税について特定株式に係る譲渡損失の金額の控除に関する事項を記載した第三百十七条の二第一項又は第三項の規定による申告書（第十八項において準用する同条第四項の規定による申告書を含む。以下この項において同じ。）を提出した場合（市町村長においてやむを得ない事情があると認める場合には、これらの申告書をその提出期限後において市町村民税の納税通知書が送達される時までに提出した場合を含む。）において、その後の年度分の市町村民税について連続してこれらの申告書（その提出期限後において市町村民税の納税通知書が送達される時までに提出されたものを含む。）を提出しているときに限り、附則第三十五条の二第五項後段の規定にかかわらず、政令で定めるところにより、当該納税義務者の同項に規定する一般株式等に係る譲渡所得等の金額及び附則第三十五条の二の二第五項に規定する上場株式等に係る譲渡所得等の金額（第十三項の規定の適用がある場合には、その適用後の金額。以下この項において同じ。）を限度として、当該一般株式等に係る譲渡所得等の金額及び上場株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上控除する。
１６
第十三項及び前項に規定する特定株式に係る譲渡損失の金額とは、当該市町村民税の所得割の納税義務者が、適用期間内に、その払込みにより取得をした特定株式の譲渡（租税特別措置法第三十七条の十三の三第八項に規定する譲渡をいう。）をしたことにより生じた損失の金額として政令で定めるところにより計算した金額のうち、当該納税義務者の当該譲渡をした年の末日の属する年度の翌年度の市町村民税に係る附則第三十五条の二第五項に規定する一般株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上控除してもなお控除することができない部分の金額として政令で定めるところにより計算した金額をいう。
１７
第十五項の規定の適用がある場合における附則第三十五条の二第五項から第七項まで及び附則第三十五条の二の二第五項から第七項までの規定の適用については、附則第三十五条の二第五項中「計算した金額（」とあるのは「計算した金額（附則第三十五条の三第十五項の規定の適用がある場合には、その適用後の金額。」と、附則第三十五条の二の二第五項中「計算した金額（」とあるのは「計算した金額（附則第三十五条の三第十五項の規定の適用がある場合には、その適用後の金額とし、」とする。
１８
第三百十七条の二第四項の規定は、同条第一項ただし書に規定する者（同条第二項の規定により同条第一項の申告書を提出する義務を有する者を除く。）が、当該年度の翌年度以後の年度において第十五項の規定の適用を受けようとする場合であつて、当該年度の市町村民税について同条第三項の規定による申告書を提出すべき場合及び同条第四項の規定により同条第一項の申告書を提出することができる場合のいずれにも該当しない場合について準用する。
この場合において、同条第四項中「純損失又は雑損失の金額」とあるのは「附則第三十五条の三第十六項に規定する特定株式に係る譲渡損失の金額」と、「三月十五日までに同項の」とあるのは「三月十五日までに、総務省令の定めるところにより、同条第十五項に規定する特定株式に係る譲渡損失の金額の控除に関する事項その他の政令で定める事項を記載した」と読み替えるものとする。
１９
第十五項の規定の適用がある場合における第三百十七条の三の規定の適用については、同条第一項中「確定申告書（」とあるのは「確定申告書（租税特別措置法第三十七条の十三の三第十項において準用する同法第三十七条の十二の二第九項において準用する所得税法第百二十三条第一項の規定による申告書を含む。」と、「前条第一項から第四項まで」とあるのは「前条第一項から第四項まで又は附則第三十五条の三第十八項において準用する前条第四項」と、同条第二項中「同条第一項から第四項まで」とあるのは「同条第一項から第四項まで又は附則第三十五条の三第十八項において準用する前条第四項」とする。
２０
払込みにより取得をした特定株式及び当該特定株式と同一銘柄の他の株式を有する者につき第十一項に規定する事実が発生した場合における同項の規定の特例、当該特定株式及び当該特定株式と同一銘柄の他の株式を有する者につきこれらの株式の譲渡をしたことによる損失の金額が生じた場合における第十六項に規定する特定株式に係る譲渡損失の金額の計算の特例その他第十一項から前項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（非課税口座内上場株式等の譲渡に係る道府県民税及び市町村民税の所得計算の特例）
第三十五条の三の二
道府県民税の所得割の納税義務者が、前年中に租税特別措置法第三十七条の十四第五項第二号に規定する非課税上場株式等管理契約（以下この条において「非課税上場株式等管理契約」という。）、同項第四号に規定する非課税累積投資契約（以下この条において「非課税累積投資契約」という。）又は同項第六号に規定する特定非課税累積投資契約（以下この条において「特定非課税累積投資契約」という。）に基づき同法第三十七条の十四第一項に規定する非課税口座内上場株式等（以下この条において「非課税口座内上場株式等」という。）（その者が二以上の同法第三十七条の十四第五項第一号に規定する非課税口座（以下この条において「非課税口座」という。）を有する場合には、それぞれの非課税口座に係る非課税口座内上場株式等。以下この項及び第四項において同じ。）の譲渡をした場合には、政令で定めるところにより、当該非課税口座内上場株式等の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額と当該非課税口座内上場株式等以外の上場株式等の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額とを区分して、これらの金額を計算するものとする。
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