内閣総理大臣は、前項の規定により審査した結果、その申請が同項の基準に適合していると認めたときは、次の各号のいずれかに該当する場合を除いて、その免許を与えなければならない。
一
免許申請者が株式会社（次に掲げる機関を置くものに限る。）でないとき。
イ
取締役会
ロ
監査役、監査等委員会又は指名委員会等
二
免許申請者がこの法律若しくは金融サービスの提供及び利用環境の整備等に関する法律又はこれらに相当する外国の法令の規定に違反し、罰金の刑（これに相当する外国の法令による刑を含む。）に処せられ、その刑の執行を終わり、又はその刑の執行を受けることがなくなつた日から五年を経過するまでの会社であるとき。
三
免許申請者が第百四十八条、第百五十二条第一項、第百五十六条の十七第一項若しくは第二項、第百五十六条の二十六において準用する第百四十八条若しくは第百五十六条の三十二第一項の規定により免許を取り消され、第五十二条第一項、第五十三条第三項、第五十七条の六第三項、第六十六条の二十第一項、第六十六条の四十二第一項、第六十六条の六十三第一項若しくは第六十六条の八十五第一項の規定により登録を取り消され、若しくは第百六条の七第一項、第百六条の二十一第一項、第百六条の二十八第一項若しくは第百五十六条の五の九第一項の規定により認可を取り消され、若しくは金融サービスの提供及び利用環境の整備等に関する法律第三十八条第一項（第二号、第三号及び第五号を除く。）の規定により同法第十二条の登録（有価証券等仲介業務の種別に係るものに限る。）を取り消され、又はこの法律若しくは金融サービスの提供及び利用環境の整備等に関する法律に相当する外国の法令の規定により当該外国において受けている同種類の免許若しくは登録（当該免許又は登録に類する許可その他の行政処分を含む。）を取り消され、その取消しの日から五年を経過するまでの会社であるとき。
四
免許申請者の取締役、会計参与、監査役又は執行役のうちに第八十二条第二項第三号イからヘまでのいずれかに該当する者のある会社であるとき。
五
免許申請書又はこれに添付すべき書類若しくは電磁的記録のうちに重要な事項について虚偽の記載又は記録があるとき。
（免許の拒否等）
第百五十六条の五
内閣総理大臣は、第百五十六条の三第一項の規定による免許の申請があつた場合において、その免許を与えることが適当でないと認めるときは、免許申請者に通知して、当該職員をして審問を行わせなければならない。
２
内閣総理大臣が、第百五十六条の二の免許を与えることとし、又はこれを与えないこととした場合においては、遅滞なく、その旨を書面により免許申請者に通知しなければならない。
（資本金の額）
第百五十六条の五の二
金融商品取引清算機関（金融商品取引清算機関が金融商品取引所である場合を除く。次条、第百五十六条の五の五第一項から第五項まで、第百五十六条の五の六第一項、第百五十六条の五の八、第百五十六条の五の九第一項及び第二項、第百五十六条の五の十第二項、第百五十六条の六第二項及び第三項、第百五十六条の十二の二から第百五十六条の十四まで並びに第百五十六条の十七第一項において同じ。）の資本金の額は、政令で定める金額以上でなければならない。
（対象議決権保有届出書の提出）
第百五十六条の五の三
金融商品取引清算機関の総株主の議決権の百分の五を超える議決権（社債、株式等の振替に関する法律第百四十七条第一項又は第百四十八条第一項の規定により発行者に対抗することができない株式に係る議決権を含み、取得又は保有の態様その他の事情を勘案して内閣府令で定めるものを除く。以下この節において「対象議決権」という。）を保有することとなつた者は、内閣府令で定めるところにより、保有する当該対象議決権の数を当該金融商品取引清算機関の総株主の議決権の数で除して得た割合、保有の目的その他当該対象議決権に関し内閣府令で定める事項を記載した対象議決権保有届出書を、遅滞なく、内閣総理大臣に提出しなければならない。
２
次の各号に掲げる場合における前項の規定の適用については、当該各号に定める対象議決権は、これを保有するものとみなす。
一
金銭の信託契約その他の契約又は法律の規定に基づき、金融商品取引清算機関の対象議決権を行使することができる権限又は当該議決権の行使について指図を行うことができる権限を有する場合
当該対象議決権
二
株式の所有関係、親族関係その他の政令で定める特別の関係にある者が金融商品取引清算機関の対象議決権を保有する場合
当該特別の関係にある者が保有する対象議決権
（対象議決権保有届出書の提出者に対する報告の徴取及び検査）
第百五十六条の五の四
内閣総理大臣は、前条第一項の対象議決権保有届出書のうちに虚偽の記載があり、又は記載すべき事項の記載が欠けている疑いがあると認めるときは、当該対象議決権保有届出書の提出者に対し参考となるべき報告若しくは資料の提出を命じ、又は当該職員にその者の書類その他の物件の検査（当該対象議決権保有届出書の記載に関し必要な検査に限る。）をさせることができる。
（主要株主に係る認可等）
第百五十六条の五の五
金融商品取引清算機関の総株主の議決権の百分の二十（その財務及び営業の方針の決定に対して重要な影響を与えることが推測される事実として内閣府令で定める事実がある場合には、百分の十五。以下この節において「保有基準割合」という。）以上の数の対象議決権を取得し、若しくは保有しようとする者又は金融商品取引清算機関の総株主の議決権の保有基準割合以上の数の対象議決権を取得し、若しくは保有しようとする会社その他の法人の設立をしようとする者は、あらかじめ、内閣総理大臣の認可を受けなければならない。
２
前項の規定は、保有する対象議決権の数に増加がない場合その他の内閣府令で定める場合において、金融商品取引清算機関の総株主の議決権の保有基準割合以上の数の対象議決権を取得し、又は保有することとなるときには、適用しない。
３
前項の場合において、金融商品取引清算機関の総株主の議決権の保有基準割合以上の数の対象議決権を取得し、又は保有することとなつた者（以下この条において「特定保有者」という。）は、特定保有者になつた旨その他内閣府令で定める事項を、遅滞なく、内閣総理大臣に届け出なければならない。
４
第二項の場合において、特定保有者は、特定保有者となつた日から三月以内に、金融商品取引清算機関の保有基準割合未満の数の対象議決権の保有者となるために必要な措置をとらなければならない。
ただし、内閣総理大臣の認可を受けた場合は、この限りでない。
５
特定保有者は、前項本文の規定により金融商品取引清算機関の保有基準割合未満の数の対象議決権の保有者となつたときは、遅滞なく、その旨を内閣総理大臣に届け出なければならない。
６
第三十条の二の規定は、第一項及び第四項ただし書の認可について準用する。
（主要株主に係る認可基準）
第百五十六条の五の六
内閣総理大臣は、前条第一項又は第四項ただし書の認可の申請があつた場合においては、その申請が次に掲げる基準に適合するかどうかを審査しなければならない。
一
認可申請者がその対象議決権を行使することにより、金融商品取引清算機関の業務の健全かつ適切な運営を損なうおそれがないこと。
二
認可申請者が金融商品取引清算機関の業務の公共性に関し十分な理解を有すること。
三
認可申請者が十分な社会的信用を有する者であること。
２
第百五十六条の四第二項（第一号を除く。）の規定は、前条第一項及び第四項ただし書の認可について準用する。
この場合において、第百五十六条の四第二項中「前項」とあるのは「第百五十六条の五の六第一項」と、「第百五十六条の十七第一項若しくは第二項」とあるのは「第百五十六条の十七第一項若しくは第二項、第百五十六条の二十の十四第一項若しくは第二項」と、「第百六条の二十八第一項」とあるのは「第百六条の二十八第一項、第百五十五条の六、第百五十五条の十第一項」と読み替えるものとするほか、必要な技術的読替えは、政令で定める。
（認可を与えない場合の審問）
第百五十六条の五の七
内閣総理大臣は、第百五十六条の五の五第一項又は第四項ただし書の認可の申請があつた場合において、その認可を与えることが適当でないと認めるときは、認可申請者に通知して、当該職員に審問を行わせなければならない。
２
内閣総理大臣が、第百五十六条の五の五第一項若しくは第四項ただし書の認可を与えることとし、又はこれを与えないこととした場合においては、遅滞なく、その旨を書面により認可申請者に通知しなければならない。
（主要株主に対する報告の徴取及び検査）
第百五十六条の五の八
内閣総理大臣は、公益又は投資者保護のため必要かつ適当であると認めるときは、金融商品取引清算機関の主要株主（金融商品取引清算機関の保有基準割合以上の数の対象議決権の保有者であつて、第百五十六条の五の五第一項の認可を受けて設立され、又は同項若しくは同条第四項ただし書の認可を受けているものをいう。以下この節において同じ。）に対し当該金融商品取引清算機関の業務若しくは財産に関し参考となる報告若しくは資料の提出を命じ、又は当該職員に当該主要株主の書類その他の物件の検査（当該金融商品取引清算機関の業務又は財産に関し必要な検査に限る。）をさせることができる。
（主要株主に対する監督上の処分）
第百五十六条の五の九