この場合において、同条第八項中「法第四十七条の二第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第十三号）附則第四十条第十四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第五条の規定による改正前の租税特別措置法第四十七条の二第一項」と、「第二十九条の五第十一項」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十一年政令第百八号）附則第二十二条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令第二十九条の五第十一項」とする。
９
施行日から附則第一条第七号に定める日の前日までの間における新令第三十九条の六十九及び第三十九条の七十一の規定の適用については、新令第三十九条の六十九第一項第五号中「、第十二項若しくは」とあり、及び「、第六十八条の三十四第三項若しくは」とあるのは「若しくは」と、同条第三項第六号中「第五十六条第十二項又は第十四項」とあるのは「第五十六条第十四項」と、「第六十八条の三十四第三項又は第六十八条の三十五」とあるのは「第六十八条の三十五」と、同項第十二号中「第四十条第十二項又は第十四項」とあるのは「第四十条第十四項」と、「第四十七条第三項又は第四十七条の二」とあるのは「第四十七条の二」と、新令第三十九条の七十一第一項第五号中「、第十二項若しくは」とあり、及び「、第六十八条の三十四（第三項に係る部分に限る。）若しくは」とあるのは「若しくは」とする。
（連結法人の準備金に関する経過措置）
第三十七条
改正法附則第五十七条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の四十五の規定に基づく旧令第三十九条の七十四の規定は、なおその効力を有する。
２
改正法附則第五十七条第二項、第四項、第七項又は第十項の規定の適用がある場合において、これらの規定に規定する連結親法人又はその連結子法人の法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別所得金額又は個別欠損金額を計算するときは、改正法附則第五十七条第二項、第四項、第七項又は第十項の規定により益金の額に算入される金額は、法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別帰属益金額に含まれるものとする。
（中小連結法人の貸倒引当金の特例に関する経過措置）
第三十八条
新令第三十九条の八十六第三項（第四号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の附則第一条第六号に定める日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同日前に終了した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（沖縄の認定法人の連結所得の特別控除に関する経過措置）
第三十九条
改正法附則第十五条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法人税法第八十一条の五の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人に係る新令第三十九条の九十第六項の規定の適用については、同項中「第六十二条の九第一項」とあるのは、「第六十二条の九第一項並びに所得税法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第十三号）附則第十五条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の法人税法第八十一条の五」とする。
（連結法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
第四十条
改正法附則第五十八条第四項に規定する政令で定める要件は、附則第二十六条第一項各号に掲げる要件とする。
２
改正法附則第五十八条第四項に規定する政令で定める法人は、同項の認定を受けた法人で、中小企業等協同組合法第九条の二第七項に規定する特定共済組合及び同法第九条の九第四項に規定する特定共済組合連合会以外のもの（中小小売商業振興法第四条第三項の共同店舗等整備計画に基づく事業にあっては事業協同組合、事業協同小組合又は協業組合に限るものとし、同条第六項の商店街整備等支援計画に基づく事業にあっては附則第二十六条第二項各号に掲げる法人に限る。）とする。
３
新令第三十九条の百六第七項（第三号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第四号に定める日以後に行う新法第六十八条の七十八第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に行った旧法第六十八条の七十八第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
４
新令第三十九条の百六第十項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得をする新法第六十八条の七十八第一項の表の第十九号の下欄に掲げる資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得をした旧法第六十八条の七十八第一項の表の第十九号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。
５
特例民法法人は、附則第二十六条第二項第二号に規定する公益社団法人又は公益財団法人とみなして、第二項の規定を適用する。
６
特例民法法人は、平成二十五年新令第三十九条の百六第二項第三号に規定する公益社団法人又は公益財団法人とみなして、同号の規定を適用する。
（連結法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
第四十一条
新令第三十九条の百十五第一項から第四項までの規定は、新法第六十八条の九十第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する適用対象金額の計算について適用し、旧法第六十八条の九十第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。
２
新令第三十九条の百十五第八項の規定は、新法第六十八条の九十第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係る同条第二項第二号に規定する基準所得金額の計算について適用する。
３
新令第三十九条の百十六第一項及び第二項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係る新法第六十八条の九十第一項に規定する個別課税対象金額の計算について適用し、旧令第三十九条の百十六第二項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る旧法第六十八条の九十第一項に規定する個別課税対象留保金額の計算については、なお従前の例による。
４
新令第三十九条の百十八第五項及び第六項の規定は、連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度において減額されるこれらの規定に規定する外国法人税（当該連結法人に係るこれらの規定に規定する特定外国子会社等の所得に対して課されたものに限る。）の額について適用し、連結法人の施行日前に開始した連結事業年度において減額された旧令第三十九条の百十八第五項及び第六項に規定する外国法人税（当該連結法人に係るこれらの規定に規定する特定外国子会社等の所得に対して課されたものに限る。）の額については、なお従前の例による。
５
附則第二十七条第五項の規定は、改正法附則第五十九条第五項の規定の適用がある場合における新令及び法人税法施行令の規定の適用について準用する。
この場合において、附則第二十七条第五項の表新令第三十六条第五項の項中「第四十四条第五項」とあるのは「第五十九条第五項」と、同表法人税法施行令第七十三条第二項及び第七十七条の二第二項の項中「第四十四条第五項（内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）」とあるのは「第五十九条第五項（連結法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）」と読み替えるものとする。
６
改正法附則第五十九条第五項の規定の適用がある場合における法人税法施行令第百五十五条の二十七第五項の規定の適用については、同項第二号中「受けるもの」とあるのは、「受けるもの及び所得税法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第十三号）附則第五十九条第五項（連結法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）に規定する特定外国子会社等から受ける同項に規定する剰余金の配当等の額」とする。
７
改正法附則第五十九条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法人税法第八十一条の五並びに第八十一条の十五第八項及び第十一項又は第二十八条並びに第六十九条第八項、第九項、第十一項及び第十二項の規定に基づく旧法人税法施行令第百五十五条の十二並びに第百五十五条の三十五から第百五十五条の三十八まで及び第百五十五条の四十一並びに第二十七条並びに第百四十六条から第百四十九条まで及び第百五十条の三の規定は、なおその効力を有する。
８