輸入の場合における第一項の係留期間は、法第三十七条第二項第一号に掲げる場合において同条第一項の検査証明書又はその写しが添付されていないときは、第一項の表第一号の動物にあつては三十日まで、同表第二号及び第三号の動物にあつては二十日まで、同表第五号の動物にあつては十日までこれを延長し、家畜防疫官が輸出国の防疫状況により適当と認めたときは、同表第一号の動物にあつては七日まで、同表第二号の動物にあつては五日まで、同表第一号から第三号までの動物を家畜防疫官が指定すると畜場に家畜防疫官が指定する方法及び経路に従つて輸送して当該と畜場で殺すときは、これらの動物にあつては五日までそれぞれこれを短縮することができる。
４
第一項の表第二号の動物であつて国際競技大会（オリンピック競技大会、パラリンピック競技大会その他の国際的な規模のスポーツの競技会をいう。以下同じ。）に出場するものを輸入する場合における同号の係留期間は、家畜防疫官が輸出国の防疫状況並びに当該動物の輸入後の飼養管理が行われる場所及びその方法により適当と認めたときは、これを一日以内であつて家畜防疫官が必要と認める時間に短縮することができる。
５
第一項の表第二号の動物であつて競馬法施行規則（昭和二十九年農林省令第五十五号）第五十七条第一項に規定する競走（同令第五十八条の規定により準用する場合を含む。）又は国際競技大会に出場するため輸入されたものを輸出する場合における同号の係留期間は、家畜防疫官が当該動物の輸入から輸出までの間における飼養管理の状況により適当と認めたときは、これを一日以内であつて家畜防疫官が必要と認める時間に短縮することができる。
ただし、輸入国政府がその輸入に当たり当該時間以上の係留期間を必要としている場合は、この限りでない。
６
第一項の表第三号の動物の初生ひなを輸出する場合における同号の係留期間は、家畜防疫官が、当該ひなについての法第四十五条の検査前三箇月以内にその生産地に当該ひなの伝染性疾病が発生していないと認めるときは、これを一日以内であつて家畜防疫官が必要と認める時間に短縮することができる。
ただし、輸入国政府がその輸入に当たり当該時間以上の係留期間を必要としている場合は、この限りでない。
（輸入検疫証明書等）
第五十一条
法第四十四条第一項及び第二項の輸入検疫証明書の様式は、別記様式第二十四号とする。
ただし、電子情報処理組織（情報通信技術を活用した行政の推進等に関する法律（平成十四年法律第百五十一号）第六条第一項に規定する電子情報処理組織をいう。第五十四条第二項において同じ。）を使用して法第四十条第一項の規定による届出をした者から輸入検疫証明書の交付の請求があつたときの当該証明書は、当該届出をした者が別記様式第二十三号に記載すべき事項についてその者の使用に係る電子計算機（入出力装置を含む。以下同じ。）から入力した事項を動物検疫所の使用に係る電子計算機から出力した書面に、家畜防疫官が、法第四十条第一項及び第二項の検査を終了したことを証明する旨及び氏名を記載したものとする。
２
法第四十四条第一項及び第二項の規定による輸入検疫証明書の交付に代えて電子情報処理組織（情報通信技術を活用した行政の推進等に関する法律第七条第一項に規定する電子情報処理組織をいう。第五十四条第三項及び第五十六条において同じ。）を使用して証明の通知を行う場合の当該通知の内容は、法第四十条第一項及び第二項の検査を終了したことを証明する旨とする。
３
法第四十四条第一項の規定によりらく印、いれずみその他の標識を付さなければならない指定検疫物の種類及び箇所並びに当該標識の種類及び様式は、次の表のとおりとする。
指定検疫物の種類
箇所
標識の種類及び様式
牛（法第四十四条第一項の規定による輸入検疫証明書がいずれの個体に係るものであるかを識別するための措置（以下「個体識別措置」という。）が講じられているものを除く。）
左角又は左前
蹄
てい
らく印　別記様式第二十五号
馬（個体識別措置が講じられているものを除く。）
左前
蹄
てい
らく印　別記様式第二十六号
動物以外の指定検疫物（容器包装の大きさ又は状態によりスタンプを押すことが困難なものを除く。）
容器包装の適当な箇所
スタンプ　別記様式第二十七号又は第二十八号
指定検疫物を包有する郵便物（容器包装の大きさ又は状態によりスタンプを押すことが困難なものを除く。）
容器包装の適当な箇所
スタンプ　別記様式第二十七号又は第二十八号
４
外国から入港した船舶又は航空機に乗つて来た者の携帯品として輸入する指定検疫物及び指定検疫物を包有する郵便物に対し、前項の規定に基づきスタンプを押した場合には、当該スタンプを法第四十四条第一項の規定による輸入検疫証明書とみなす。
（輸出検査の申請）
第五十一条の二
偶
蹄
てい
類の動物及び馬並びにこれらの動物の精液、受精卵及び未受精卵を輸出しようとする者は、輸出の九十日前まで（これによることが困難な特別の事情があると認められる場合には、動物検疫所長が指定する日まで）に動物検疫所長に次条の輸出検査申請書を提出しなければならない。
（輸出検査の事前通知）
第五十二条
家畜防疫官は、法第四十五条第一項各号に掲げる物を輸出しようとする者から別記様式第二十九号による輸出検査申請書の提出があつたときは、その者に対し、検査の場所及び期日を、あらかじめ、通知しなければならない。
（輸出品の指定）
第五十三条
法第四十五条第一項第二号の農林水産大臣の指定する物は、次の各号に掲げる物とする。
一
第四十五条第一号から第六号までに掲げる物（次に掲げる物を除く。）
イ
法第四十五条第一項第一号に掲げる物以外のもの
ロ
乳等（第四十五条第四号に掲げる物をいう。）のうち、外国へ出港する船舶又は航空機に乗ろうとする者の携帯品として輸出するもの
二
鳥獣の保護及び管理並びに狩猟の適正化に関する法律（平成十四年法律第八十八号）第二条第一項に規定する鳥獣、その死体又は骨肉卵皮毛類及びこれらの容器包装
２
前項の規定にかかわらず、第四十五条第一号に掲げる動物、同条第二号に掲げる卵（ふ化を目的とするものに限る。）並びに同条第四号に掲げる精液、受精卵及び未受精卵は、法第四十五条第一項第二号の農林水産大臣の指定する物とする。
（輸出検疫証明書）
第五十四条
法第四十五条第三項の輸出検疫証明書の様式は、別記様式第三十号とする。
ただし、輸入国政府が輸入に当たり、これと異なる様式の輸出検疫証明書を必要としている場合には、その様式によるものとする。
２
電子情報処理組織を使用して第五十二条の輸出検査申請書の提出をした者から輸出検疫証明書の交付の請求があつたときの当該証明書は、前項本文の規定にかかわらず、その者が別記様式第二十九号に記載すべき事項についてその者の使用に係る電子計算機から入力した事項を動物検疫所の使用に係る電子計算機から出力した書面に、家畜防疫官が法第四十五条第一項の検査を終了したことを証明する旨を記載した上、署名及び押印をすることによるものとする。
３
法第四十五条第三項の規定による輸出検疫証明書の交付に代えて電子情報処理組織を使用して証明の通知を行う場合の当該通知の内容は、同条第一項の検査を終了したことを証明する旨とする。
（検査に基づく処置）
第五十五条
法第四十六条第一項の検査に基づく処置の場合における第十三条、第三十九条及び第六十二条の規定の適用については、第十三条及び第三十九条中「都道府県知事」とあるのは「動物検疫所長」と、第六十二条中「家畜防疫員、家畜防疫員以外の」とあるのは「家畜防疫官、」とする。
第五十五条の二
法第四十六条第二項及び第三項の規定により隔離若しくは消毒を命ずる場合又は家畜防疫官に隔離、注射、薬浴、投薬若しくは消毒を行わせる場合には、その措置に係る動物その他の物の所有者にその旨を文書若しくは口頭により、又は電子情報処理組織を使用して（電子情報処理組織を使用して法第四十条第一項の規定による届出をした者に隔離又は消毒を命ずる場合に限る。）通知してしなければならない。
（廃棄の基準）
第五十六条
法第四十六条第四項の農林水産省令で定める基準は、次に掲げるとおりとする。
一
廃棄する物品は、焼却すること。
二
焼却は、対象とする物品の性状、病原体の性質その他の事情を勘案し、当該措置の目的を十分に達成できるような方法により行うこと。
三
焼却は、焼却炉又は人家、飲料水、河川若しくは道路に近接しない場所であつて日常家畜が接近しない場所で行うこと。
四
実施者の安全並びに実施場所の周囲の地域の住民の健康及び環境への影響に留意すること。
第五章　病原体の所持に関する措置
（用語の定義）
第五十六条の二
この章において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。
一
管理区域
法第四十六条の二十一第一項に規定する監視伝染病病原体（以下「監視伝染病病原体」という。）を取り扱う事業所において監視伝染病病原体を安全に管理するため、施錠その他の方法により人の出入りを制限することが必要な区域をいう。
二
保管庫
監視伝染病病原体を保管する設備をいう。
三
実験室
監視伝染病病原体を使用する室（次号に掲げる検査室又は第六号に掲げる製造施設の内部にあるものを除く。）をいう。
四
検査室
家畜の伝染性疾病の病原体の検査を行つている機関が、その業務に伴い監視伝染病病原体を所持することとなつた場合において、当該監視伝染病病原体を使用して検査を行う室をいう。
五
動物非使用検査室
動物に対して監視伝染病病原体を使用しない検査室をいう。
六
製造施設