改正法附則第二十八条第二項に規定する中小漁業構造改善計画を実施する者として政令で定めるものは、同項の規定の適用を受けようとする連結事業年度（漁業再建整備特別措置法施行令及び中小漁業融資保証法施行令の一部を改正する政令（平成十四年政令第二百二十九号）第一条の規定による改正前の漁業再建整備特別措置法施行令（昭和五十一年政令第百三十二号）第七条第三項の規定により旧漁業再建整備法第五条第一項の認定が取り消された日を含む連結事業年度を除く。次項及び第六項において同じ。）終了の日において漁業協同組合等の構成員である者のうち、旧漁業再建整備法第五条第一項の認定に係る中小漁業構造改善計画（前項各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める事業について計画が定められているものに限る。以下この項及び第六項において同じ。）に従って当該中小漁業構造改善計画に定める構造改善事業を同日において実施しているものである旨の当該漁業協同組合等の証明書の交付を受けているものとする。
５
改正法附則第二十八条第二項に規定する中小漁業構造改善計画に係るものを主として営む場合として政令で定める場合は、同項の規定により読み替えて適用する新租税特別措置法第六十八条の三十第一項に規定する連結親法人又はその連結子法人が同項の規定の適用を受けようとする連結事業年度終了の日において同項に規定する構成員に該当し、かつ、当該連結事業年度において次の各号のいずれかに該当する事実がある場合とする。
一
当該連結親法人又はその連結子法人の当該連結事業年度（当該構成員に係る漁業協同組合等で旧漁業再建整備法第五条第一項の認定を受けたもののその認定を受けている期間に限る。以下この号において同じ。）の総収入金額（固定資産、有価証券又は山林の譲渡に係るもの及び合併又は分割による移転に係るものを除く。）のうちに当該連結事業年度の計画対象事業（中小漁業構造改善計画に係る旧漁業再建整備法第四条第一項に規定する特定業種に属する事業をいう。次号において同じ。）に係る収入金額（固定資産、有価証券又は山林の譲渡に係るもの及び合併又は分割による移転に係るものを除く。）の占める割合が百分の五十を超えること。
二
当該連結親法人又はその連結子法人の当該連結事業年度終了の日においてその使用する漁船の合計総トン数のうちに計画対象事業に係る漁船の合計総トン数の占める割合が百分の五十を超えること。
６
改正法附則第二十八条第二項に規定する他の中小漁業構造改善計画に係る認定を受けた漁業協同組合等の構成員に準ずる者として政令で定めるものは、同項の規定により読み替えて適用する新租税特別措置法第六十八条の三十第一項の規定の適用を受けようとする連結事業年度終了の日において中小漁業構造改善計画に係る旧漁業再建整備法第五条第一項の認定を受けた漁業協同組合等の構成員である者のうち、当該中小漁業構造改善計画に係る当該認定前に他の中小漁業構造改善計画（旧中小漁業振興特別措置法（昭和四十二年法律第五十九号）第四条の二第一項に規定する中小漁業構造改善計画を含む。）に係る当該認定（旧中小漁業振興特別措置法第四条の二第一項の認定を含む。）を受けた他の漁業協同組合等の構成員であったものとする。
７
改正法附則第二十八条第二項に規定する燃料の使用の合理化に著しく資する漁船として政令で定めるものは、旧漁業再建整備法第四条第一項に規定する特定業種の別及び漁船の大きさに応じ、その主機関の一時間当たりの燃料消費量及び船型、船体の重量又は推進器の直径について農林水産大臣が財務大臣と協議して定める基準に適合する漁船であって、当該基準に適合するものであることにつき財務省令で定めるところにより証明されたものとする。
８
改正法附則第二十八条第六項の規定により読み替えて適用する新租税特別措置法第六十八条の三十六第一項の規定の適用を受ける場合における新租税特別措置法施行令第三十九条の六十五第二項の規定の適用については、同項中「二千平方メートル」とあるのは「千六百平方メートル」と、「千平方メートル」とあるのは「八百五十平方メートル」と、「二千立方メートル」とあるのは「千六百立方メートル」と、「四千五百立方メートル」とあるのは「四千立方メートル」とする。
（連結法人の準備金に関する経過措置）
第十一条
改正法附則第二十九条第四項第一号に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同号に規定する創業中小企業投資損失準備金の金額に、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める割合を乗じて計算した金額とする。
一
当該創業中小企業投資損失準備金に係る改正法附則第二十九条第三項に規定する特定会社（以下この条において「特定会社」という。）の株式の一部を有しないこととなった場合（次号に掲げる場合を除く。）
その有しないこととなった当該特定会社の株式の数がその有しないこととなった時の直前において有していた当該特定会社の株式の数のうちに占める割合
二
当該創業中小企業投資損失準備金に係る特定会社の資本の減少により株式の一部を有しないこととなった場合
当該資本の減少による払戻しとして取得した金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額（新法人税法第八十一条の三第一項の規定により同項に規定する個別損金額を計算する場合における新法人税法第二十四条第一項第三号及び第四号の規定により利益の配当の額とみなされる金額に該当する金額を除く。）がその株式の一部を有しないこととなった時の直前において有していた当該特定会社の株式の帳簿価額の合計額のうちに占める割合
２
改正法附則第二十九条第三項に規定する投資育成会社（以下この条において「投資育成会社」という。）が同項に規定する前連結事業年度等（以下この項及び第四項において「前連結事業年度等」という。）から繰り越された創業中小企業投資損失準備金の金額（前連結事業年度等の終了の日までに同条第三項又は第四項の規定により益金の額に算入された金額（改正法第三条の規定による改正前の租税特別措置法第五十五条の四第三項又は同条第二項において準用する同法第五十五条第三項の規定により益金の額に算入された金額を含む。）がある場合には、当該金額を控除した金額。以下この条において同じ。）を有する場合において、当該創業中小企業投資損失準備金に係る特定会社を被合併法人とする適格合併が行われ、かつ、当該適格合併に係る合併法人が被出資会社（当該適格合併直前において、当該投資育成会社がその株式を中小企業投資育成株式会社法（昭和三十八年法律第百一号）第五条第一項第一号から第三号までに掲げる事業として保有している株式会社をいう。次項において同じ。）であるときは、当該投資育成会社の当該適格合併の日における被合併法人である特定会社に係る創業中小企業投資損失準備金の金額で前連結事業年度等から繰り越されたものは、当該適格合併後においては、当該合併法人に係る創業中小企業投資損失準備金の金額とみなして、改正法附則第二十九条第三項及び第四項の規定を適用する。
３
前項に規定する創業中小企業投資損失準備金に係る特定会社を被合併法人とする適格合併が行われた場合において、当該適格合併に係る合併法人が被出資会社でないときにおける当該創業中小企業投資損失準備金の金額を有する投資育成会社に対する改正法附則第二十九条第四項の規定の適用については、当該投資育成会社が当該適格合併直前において被合併法人である特定会社の株式を有しないこととなったものとみなして、同項第一号の規定を適用する。
４
投資育成会社が前連結事業年度等から繰り越された創業中小企業投資損失準備金の金額を有する場合において、当該創業中小企業投資損失準備金に係る特定会社を分割法人とする適格分割型分割が行われ、かつ、当該適格分割型分割に係る分割承継法人が被出資会社（分割型分割直前において、当該投資育成会社がその株式を中小企業投資育成株式会社法第五条第一項第一号から第三号までに掲げる事業として保有している株式会社をいう。以下この条において同じ。）であるときは、当該投資育成会社の当該適格分割型分割の日における分割法人である特定会社に係る創業中小企業投資損失準備金の金額のうち当該創業中小企業投資損失準備金の金額に第一号に掲げる金額のうちに第二号に掲げる金額の占める割合を乗じて計算した金額に相当する金額は、当該適格分割型分割後においては、当該分割承継法人に係る創業中小企業投資損失準備金の金額とみなして、改正法附則第二十九条第三項及び第四項の規定を適用する。
一
当該適格分割型分割直前において有していた当該適格分割型分割に係る分割法人である特定会社の株式の帳簿価額の合計額
二
当該適格分割型分割に係る分割法人である特定会社の株式の法人税法第六十一条の二第三項に規定する分割純資産対応帳簿価額
５
前項に規定する創業中小企業投資損失準備金に係る特定会社を分割法人とする分割型分割が行われた場合において、次の各号に掲げる事実があるときにおける当該創業中小企業投資損失準備金の金額を有する投資育成会社に対する改正法附則第二十九条第四項の規定の適用については、当該各号に定めるところによる。
一
当該分割型分割が適格分割型分割に該当しない場合（次号及び第四号に掲げる場合を除く。）