第二十六条の十二第二項又は前条第四項の規定を適用する場合において、法第四十一条の十二第五項又は第六項に規定する発行者（以下この条において「発行者」という。）が、法第四十一条の十二第五項又は第六項の規定による還付をすべきこととなつた日の属する月の翌月において第二十六条の十二第二項後段（前条第四項において準用する場合を含む。）の規定により控除することができない金額があるときは、法第四十一条の十二第五項又は第六項に規定する割引債の償還差益に係る所得税の第二十六条の十第二項に規定する納税地の所轄税務署長は、当該控除することができない金額を、当該発行者に還付する。
２
前項の規定の適用を受けようとする発行者は、その旨を記載した書面に、法第四十一条の十二第五項又は第六項の規定による還付をすべき金額及び当該金額のうち前項に規定する控除することができない金額並びに当該還付が同条第五項又は第六項の規定のいずれに基づくものであるかその他の必要な事項を記載した明細書を添付して、これを前項の税務署長に提出しなければならない。
３
第一項の規定による還付金について国税通則法第五十八条第一項に規定する還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる同項の期間は、前項の書面が提出された日の翌日以後一月を経過した日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当する日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。
（償還差益の分離課税等に係る割引債の範囲）
第二十六条の十五
法第四十一条の十二第七項に規定する政令で定める公社債は、割引の方法により発行される公社債で次に掲げるものとする。
一
国債及び地方債
二
内国法人が発行する社債（会社以外の内国法人が特別の法律により発行する債券を含む。）
三
外国法人が発行する債券（国外において発行する債券にあつては、次に掲げるものに限る。）
イ
法人税法第百四十一条第一号に掲げる外国法人が国外において発行する債券の社債発行差金の全部又は一部が当該外国法人の同号に規定する事業を行う一定の場所を通じて国内において行う事業に帰せられる場合における当該債券
ロ
法人税法第百四十一条第二号又は第三号に掲げる外国法人が国外において発行する債券の社債発行差金の全部又は一部がこれらの外国法人のこれらの号に規定する事業に帰せられる場合における当該債券
２
法第四十一条の十二第七項第二号に規定する政令で定めるものは、独立行政法人住宅金融支援機構、沖縄振興開発金融公庫又は独立行政法人都市再生機構が、独立行政法人住宅金融支援機構法（平成十七年法律第八十二号）附則第八条、沖縄振興開発金融公庫法（昭和四十七年法律第三十一号）第二十七条第四項又は独立行政法人都市再生機構法（平成十五年法律第百号）附則第十五条第一項の規定により発行する債券とする。
３
法第四十一条の十二第七項第三号に規定する政令で定める公社債は、農水産業協同組合貯金保険法第二条第二項第四号に規定する農林債とする。
（非居住者が支払を受けるべき償還差益に関する所得税法等の適用）
第二十六条の十六
非居住者が支払を受けるべき前条第一項第三号に掲げる公社債（法第四十一条の十二第三項の規定の適用を受けたものに限る。）の償還差益については、所得税法第百六十一条第一項第二号に掲げる国内にある資産の運用又は保有により生ずる所得とみなして、同法その他所得税に関する法令の規定（所得税法第二条第一項第四十五号に規定する源泉徴収に係る所得税に関する規定を除く。）を適用する。
（割引債の差益金額に係る源泉徴収等の特例）
第二十六条の十七
法第四十一条の十二の二第一項に規定する政令で定める内国法人は、地方自治法第二百六十条の二第七項に規定する認可地縁団体、建物の区分所有等に関する法律（昭和三十七年法律第六十九号）第四十七条第二項に規定する管理組合法人及び同法第六十六条の規定により読み替えられた同項に規定する団地管理組合法人、政党交付金の交付を受ける政党等に対する法人格の付与に関する法律（平成六年法律第百六号）第七条の二第一項に規定する法人である政党等、密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第百三十三条第一項に規定する防災街区整備事業組合、特定非営利活動促進法第二条第二項に規定する特定非営利活動法人並びにマンションの建替え等の円滑化に関する法律第五条第一項に規定するマンション建替組合、同法第百十六条に規定するマンション敷地売却組合及び同法第百六十四条に規定する敷地分割組合とする。
２
法第四十一条の十二の二第一項第二号に規定する政令で定める支払の取扱者は、同号に規定する国外割引債の償還金（以下この項及び第四項において「国外割引債の償還金」という。）の支払を受ける者の当該国外割引債の償還金の受領の媒介、取次ぎ又は代理（業務として又は業務に関連して国内においてするものに限る。）をする者とする。
３
法第四十一条の十二の二第三項に規定する政令で定める支払の取扱者は、同項に規定する特定割引債の償還金の支払を受ける者の当該特定割引債の償還金の受領の媒介、取次ぎ又は代理（業務として又は業務に関連して国内においてするものに限る。）をする者で財務省令で定めるものとする。
４
法第四十一条の十二の二第五項に規定する源泉徴収に相当するものとして政令で定める外国所得税は、外国の法令に基づき外国又はその地方公共団体により国外割引債の償還金を課税標準として課される税（所得税法第九十五条第一項に規定する外国所得税に該当するものを除く。）で所得税法第二条第一項第四十五号に規定する源泉徴収に係る所得税に相当するものとする。
５
法第四十一条の十二の二第六項第三号イに規定する政令で定める金額は、恒久的施設を有する外国法人が発行した割引債（同項第一号に規定する割引債をいう。以下この条において同じ。）につき非居住者又は外国法人に対して支払をする償還金（法第四十一条の十二の二第一項第一号に規定する償還金をいう。次項及び第八項において同じ。）の額のうち当該外国法人の恒久的施設を通じて行う事業に帰せられる部分の金額とする。
６
法第四十一条の十二の二第六項第三号ハに規定する政令で定めるところにより取得に要した金額が管理されている割引債は、その割引債の償還金の支払を受ける同条第一項に規定する内国法人（次項及び第八項において「内国法人」という。）が、同号ハに規定する金融商品取引業者等（次項及び第八項において「金融商品取引業者等」という。）で当該償還金に係る国内における同条第三項に規定する特定割引債取扱者（第九項及び第十一項において「特定割引債取扱者」という。）又は同条第一項第二号に規定する国外割引債取扱者（第九項及び第十一項において「国外割引債取扱者」という。）であるもの（以下この項において「取扱金融商品取引業者等」という。）への買付けの委託（買付けの委託の媒介、取次ぎ又は代理を含む。）により取得した割引債、当該取扱金融商品取引業者等から取得した割引債又は当該取扱金融商品取引業者等が行う有価証券の金融商品取引法第二条第三項に規定する取得勧誘若しくは同条第四項に規定する売付け勧誘等に応じて取得した割引債につき、これらの取得の時から償還の時まで引き続き当該取扱金融商品取引業者等の法第四十一条の十二の二第六項第一号に規定する振替口座簿への記載若しくは記録がされ、又は当該取扱金融商品取引業者等の営業所（法第三十七条の十一の三第三項第一号に規定する営業所をいう。次項及び第八項において同じ。）に保管の委託がされている場合におけるこれらの取得のために要した費用の額が当該取扱金融商品取引業者等により管理されている割引債とする。
７
事業の譲渡又は合併若しくは分割、金融商品取引業者等の営業所の新設若しくは廃止又は業務を行う区域の変更その他財務省令で定める事由により、内国法人が取得した割引債のうち法第四十一条の十二の二第六項第三号ハの割引債の取得に要した金額の管理に関する契約（以下この項及び次項において「割引債管理契約」という。）を締結したものに関する事務の全部が、その事業の譲渡を受けた金融商品取引業者等又はその合併により設立した金融商品取引業者等若しくはその合併後存続する金融商品取引業者等若しくはその分割により資産及び負債の移転を受けた金融商品取引業者等の営業所、同一の金融商品取引業者等の他の営業所その他財務省令で定める金融商品取引業者等の営業所（以下この項において「移管先の営業所」という。）に移管された場合には、当該移管された日以後における当該移管された割引債に係る同条並びに前項及び次項の規定の適用については、当該割引債に係る移管前の営業所（当該移管先の営業所に当該割引債に関する事務を移管した金融商品取引業者等の営業所をいう。）の長がした割引債管理契約の締結その他の手続は、当該移管先の営業所の長がしたものとみなす。
８
割引債管理契約を締結した金融商品取引業者等の営業所の長は、当該割引債管理契約に係る割引債につき帳簿を備え、各内国法人別に、その割引債の取得に要した費用の額、取得年月日、償還金の額、償還年月日、法第四十一条の十二の二第三項又は第四項の規定により徴収した所得税の額その他参考となるべき事項を明らかにし、かつ、当該帳簿及び当該割引債管理契約に係る契約書を財務省令で定めるところにより保存しなければならない。
９