前項の規定を適用する場合において、通算法人（法人税法第二条第十二号の七の二に規定する通算法人をいう。以下この項から第四十八項までにおいて同じ。）の各事業年度（当該通算法人に係る通算親法人の事業年度終了の日に終了するものに限るものとし、被合併法人の合併の日の前日の属する事業年度、残余財産の確定の日の属する事業年度及び公益法人等（第二百九十四条第七項に規定する公益法人等をいう。第四十二項及び第四十八項において同じ。）に該当することとなつた日の前日の属する事業年度を除く。以下この項から第四十一項までにおいて「適用事業年度」という。）の税額控除額（当該適用事業年度における前項の規定による控除をされるべき金額をいう。以下この項から第四十二項までにおいて同じ。）が、当初申告税額控除額（当該適用事業年度の第一項の規定による申告書（同法第七十一条第一項（同法第七十二条第一項の規定が適用される場合に限る。）又は第七十四条第一項の規定により法人税に係る申告書を提出する義務がある法人が、第一項の規定による申告書の提出期限までに提出したものに限る。）に添付された書類に当該適用事業年度の税額控除額として記載された金額をいう。以下この項から第四十一項までにおいて同じ。）と異なるときは、当初申告税額控除額を税額控除額とみなす。
４０
前項の通算法人の適用事業年度について、次に掲げる場合のいずれかに該当する場合には、当該適用事業年度については、同項の規定は、適用しない。
一
法人税法第六十九条第十六項（第一号に係る部分に限る。）の規定の適用がある場合（同号に掲げる場合における税額控除額が当初申告税額控除額と異なる場合に限る。）
二
法人税法第六十九条第十六項（第二号に係る部分に限る。）の規定の適用がある場合
三
地方法人税法第十二条第六項（第一号に係る部分に限る。）の規定の適用がある場合（同号に掲げる場合における税額控除額が当初申告税額控除額と異なる場合に限る。）
４１
適用事業年度について前項（第一号及び第三号に係る部分に限る。）の規定を適用して第三十四項に規定する申告書の提出又は第三百二十一条の十一第一項若しくは第三項の規定による更正がされた後における前二項の規定の適用については、前項の規定にかかわらず、当該申告書に添付された書類に当該適用事業年度の税額控除額として記載された金額又は当該更正に係る当該適用事業年度の税額控除額とされた金額を当初申告税額控除額とみなす。
４２
市町村は、通算法人（通算法人であつた内国法人（公益法人等に該当することとなつた内国法人を除く。）を含む。次項から第四十五項までにおいて同じ。）の各事業年度（以下この項から第四十六項までにおいて「対象事業年度」という。）において、過去適用事業年度（当該対象事業年度開始の日前に開始した各事業年度で第三十九項の規定の適用を受けた事業年度をいう。以下この項及び第四十五項第一号において同じ。）における税額控除額（当該対象事業年度開始の日前に開始した各事業年度（以下この項において「対象前各事業年度」という。）において当該過去適用事業年度に係る税額控除額につきこの項又は次項の規定の適用があつた場合には、同項の規定により当該対象前各事業年度の法人税割額に加算した金額の合計額からこの項の規定により当該対象前各事業年度の法人税割額から控除した金額の合計額を減算した金額を加算した金額。以下この項及び次項において「調整後過去税額控除額」という。）が過去当初申告税額控除額（当該過去適用事業年度の第一項の規定による申告書（法人税法第七十四条第一項の規定により法人税に係る申告書を提出する義務がある法人が、第一項の規定による申告書の提出期限までに提出したものに限る。）に添付された書類に当該過去適用事業年度の第三十八項の規定による控除をされるべき金額として記載された金額（当該過去適用事業年度について前項の規定の適用を受けた場合には、その適用に係る第三十四項に規定する申告書に添付された書類のうち、最も新しいものに当該過去適用事業年度の第三十八項の規定による控除をされるべき金額として記載された金額又は第三百二十一条の十一第一項若しくは第三項の規定による更正のうち、最も新しいものに係る当該過去適用事業年度の第三十八項の規定による控除をされるべき金額とされた金額）をいう。以下この項及び次項において同じ。）を超える場合には、政令で定めるところにより、税額控除不足額相当額（当該調整後過去税額控除額から当該過去当初申告税額控除額を控除した金額に相当する金額をいう。第四十四項から第四十六項までにおいて同じ。）を当該対象事業年度の第一項（予定申告法人に係るものを除く。）、第三十四項又は第三十五項の規定により申告納付すべき法人税割額から控除するものとする。
４３
通算法人の対象事業年度において過去当初申告税額控除額が調整後過去税額控除額を超える場合には、当該対象事業年度の第一項（予定申告法人に係るものを除く。）、第三十四項又は第三十五項の規定により申告納付すべき法人税割額は、これらの規定にかかわらず、政令で定めるところにより、法人税額を課税標準として算定した法人税割額に、税額控除超過額相当額（当該過去当初申告税額控除額から当該調整後過去税額控除額を控除した金額に相当する金額をいう。次項から第四十六項までにおいて同じ。）を加算した金額とする。
４４
前二項の規定を適用する場合において、通算法人の対象事業年度の税額控除不足額相当額又は税額控除超過額相当額が当初申告税額控除不足額相当額又は当初申告税額控除超過額相当額（それぞれ当該対象事業年度の第一項の規定による申告書（法人税法第七十一条第一項（同法第七十二条第一項の規定が適用される場合に限る。）又は第七十四条第一項の規定により法人税に係る申告書を提出する義務がある法人が、第一項の規定による申告書の提出期限までに提出したものに限る。）に添付された書類に当該対象事業年度の税額控除不足額相当額又は税額控除超過額相当額として記載された金額をいう。以下この項から第四十六項までにおいて同じ。）と異なるときは、当初申告税額控除不足額相当額又は当初申告税額控除超過額相当額を当該対象事業年度の税額控除不足額相当額又は税額控除超過額相当額とみなす。
４５
前項の通算法人の対象事業年度について、次に掲げる場合のいずれかに該当する場合には、当該対象事業年度については、同項の規定は、適用しない。
一
対象事業年度において第四十二項の規定により法人税割額から控除した税額控除不足額相当額又は第四十三項の規定により法人税割額に加算した税額控除超過額相当額に係る過去適用事業年度について第四十項の規定の適用がある場合
二
法人税法第六十九条第二十一項（第一号及び第三号に係る部分に限る。）の規定の適用がある場合（同項第一号及び第三号に掲げる場合における税額控除不足額相当額又は税額控除超過額相当額が当初申告税額控除不足額相当額又は当初申告税額控除超過額相当額と異なる場合に限る。）
三
地方法人税法第十二条第十一項（第一号及び第三号に係る部分に限る。）の規定の適用がある場合（同項第一号及び第三号に掲げる場合における税額控除不足額相当額又は税額控除超過額相当額が当初申告税額控除不足額相当額又は当初申告税額控除超過額相当額と異なる場合に限る。）
４６
対象事業年度について前項の規定を適用して第三十四項に規定する申告書の提出又は第三百二十一条の十一第一項若しくは第三項の規定による更正がされた後における前二項の規定の適用については、前項の規定にかかわらず、当該申告書に添付された書類に当該対象事業年度の税額控除不足額相当額若しくは税額控除超過額相当額として記載された金額又は当該更正に係る当該対象事業年度の税額控除不足額相当額若しくは税額控除超過額相当額とされた金額を当初申告税額控除不足額相当額又は当初申告税額控除超過額相当額とみなす。
４７
第四十二項及び第四十三項の規定は、通算法人（通算法人であつた内国法人を含む。以下この項及び次項において同じ。）が合併により解散した場合又は通算法人の残余財産が確定した場合について準用する。
この場合において、次の表の上欄に掲げる規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
第四十二項
の各事業年度（以下この項から第四十六項までにおいて「対象事業年度」という。）において、過去適用事業年度（当該対象事業年度
が合併により解散した場合又は通算法人の残余財産が確定した場合において、その合併の日以後又はその残余財産の確定の日の翌日以後に、過去適用事業年度（最終事業年度（その合併の日の前日又はその残余財産の確定の日の属する事業年度をいう。以下この項及び次項において同じ。）
税額控除額（当該対象事業年度
税額控除額（当該最終事業年度
超える場合には
超えるときは
を当該対象事業年度
を当該最終事業年度
第四十三項
の対象事業年度において
が合併により解散した場合又は通算法人の残余財産が確定した場合において、その合併の日以後又はその残余財産の確定の日の翌日以後に
場合には、当該対象事業年度
ときは、最終事業年度
４８
第四十二項及び第四十三項の規定は、通算法人が公益法人等に該当することとなつた場合について準用する。
この場合において、次の表の上欄に掲げる規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
第四十二項
の各事業年度（以下この項から第四十六項までにおいて「対象事業年度」という。）において、過去適用事業年度（当該対象事業年度