法第六十五条の八第十一項に規定する法人が同項に規定する通算開始直前事業年度又は通算加入直前事業年度終了の時に同項に規定する特別勘定の金額（以下この項において「特別勘定残額」という。）を有する場合において、当該特別勘定残額が次の各号に掲げる法人の区分に応じ当該各号に定める特別勘定の金額に該当するときは、当該特別勘定残額については、同条第十一項の規定は、適用しない。
一
法人税法第六十四条の十一第一項に規定する内国法人（同項に規定する親法人を除く。）
法人税法施行令第百三十一条の十三第二項第四号ロに掲げる特別勘定の金額
二
法人税法第六十四条の十二第一項に規定する他の内国法人
法人税法施行令第百三十一条の十三第三項第四号ロに掲げる特別勘定の金額
３９
法第六十五条の八第十九項に規定する政令で定める日は、同条第七項に規定する取得指定期間の末日の翌日から起算して二年以内の日で同条第十九項に規定する資産の取得をすることができるものとして同項の税務署長が認定した日とする。
４０
法第六十五条の七第一項に規定する譲渡の日を含む事業年度（以下この項において「譲渡事業年度」という。）以後の各事業年度（以下この項において「適用事業年度」という。）において同条第一項若しくは第九項又は法第六十五条の八第七項若しくは第八項の規定を適用する場合（次項の規定の適用がある場合を除く。）において、当該適用事業年度（法第六十五条の七第九項又は第六十五条の八第八項の規定を適用する場合には、当該適用事業年度開始の時からこれらの規定に規定する適格分割等の直前の時までの間）において取得をした買換資産（法第六十五条の七第三項（同条第十項において準用する場合を含む。）の規定により買換資産とみなされた資産を含む。）のうちに土地等があり、かつ、当該土地等（既に当該譲渡事業年度以後の各事業年度において法第六十五条の七第一項及び第九項並びに第六十五条の八第七項及び第八項の規定の適用を受けた買換資産のうちに土地等がある場合における当該土地等を含む。）をそれぞれ法第六十五条の七第一項の表の各号の下欄ごとに区分をし、当該区分ごとに計算した当該土地等に係る面積（当該譲渡事業年度以後の各事業年度において当該各号の上欄に掲げる資産の譲渡につき設けた法第六十五条の八第一項の特別勘定の金額及び同条第二項に規定する期中特別勘定の金額のうちに同条第四項に規定する適格合併、適格分割又は適格現物出資により同項に規定する合併法人、分割承継法人又は被現物出資法人に既に引き継いだ、又は引き継ぐものがある場合には、これらの特別勘定の金額の引継ぎの際に取得をする見込みであるとされた土地等に係る面積として財務省令で定める面積を加算した面積）が、当該譲渡事業年度において譲渡をした当該各号の上欄に掲げる土地等に係る面積を基礎として第八項の規定により計算した面積を超えるときは、法第六十五条の七第一項若しくは第九項又は第六十五条の八第七項若しくは第八項の規定の適用を受けようとする買換資産である土地等のうちその超える部分の面積に対応するものは、これらの規定の買換資産に該当しないものとして、これらの規定を適用する。
４１
法第六十五条の八第四項の規定により引継ぎ（以下この項において「当初の引継ぎ」という。）を受けた特別勘定の金額を有する同条第四項に規定する合併法人、分割承継法人又は被現物出資法人が当該当初の引継ぎを受けた事業年度以後の各事業年度において同条第七項又は第八項の規定を適用する場合において、当該各事業年度（同項の規定を適用する場合には、当該各事業年度開始の時から同項に規定する適格分割等の直前の時までの間）において取得をした買換資産のうちに土地等があり、かつ、当該土地等（既に同条第七項及び第八項の規定の適用を受けた当該特別勘定に係る買換資産のうちに土地等がある場合の当該土地等を含む。）をそれぞれ法第六十五条の七第一項の表の各号の下欄ごとに区分をし、当該区分ごとに計算した当該土地等に係る面積（当該特別勘定の金額のうちに法第六十五条の八第四項に規定する適格合併、適格分割又は適格現物出資により同項に規定する合併法人、分割承継法人又は被現物出資法人に既に引き継いだ、又は引き継ぐものがある場合には、当該特別勘定の金額の引継ぎの際に取得をする見込みであるとされた土地等に係る面積として財務省令で定める面積を加算した面積）が、当該特別勘定の金額の当初の引継ぎの際に取得をする見込みであるとされた土地等に係る面積として財務省令で定める面積を超えるときは、法第六十五条の八第七項又は第八項の規定の適用を受けようとする買換資産である土地等のうちその超える部分の面積に対応するものは、これらの規定の買換資産に該当しないものとして、これらの規定を適用する。
４２
法人が、法第六十五条の七第九項（法第六十五条の八第八項において準用する場合を含む。）又は法第六十五条の八第二項の規定の適用を受けようとする場合には、これらの規定に規定する適格分割等の日以後二月以内に財務省令で定める書類を納税地の所轄税務署長に提出しなければならない。
４３
法第六十五条の九に規定する政令で定める交換は、法人税法第五十条第一項又は第五項の規定の適用を受ける交換とする。
４４
法第六十五条の九第一号に規定する政令で定める部分は、同条に規定する交換譲渡資産のうち、同条に規定する交換差金の額が当該交換差金の額と同条に規定する交換により取得した資産の価額との合計額のうちに占める割合を、当該交換譲渡資産の価額に乗じて計算した金額に相当する部分とする。
４５
国土交通大臣は、第七項各号の規定により船舶を指定したときは、これを告示する。
（特定の交換分合により土地等を取得した場合の課税の特例）
第三十九条の八
法第六十五条の十第一項に規定する政令で定める場合は、法人税法施行令第百三十八条第一項の規定に該当する場合とする。
２
法第六十五条の十第一項第二号に規定する政令で定める区域は、平成三年一月一日において次に掲げる区域に該当する区域とする。
一
都の区域（特別区の存する区域に限る。）
二
首都圏整備法第二条第一項に規定する首都圏、近畿圏整備法第二条第一項に規定する近畿圏又は中部圏開発整備法第二条第一項に規定する中部圏内にある地方自治法第二百五十二条の十九第一項の市の区域
三
前号に規定する市以外の市でその区域の全部又は一部が首都圏整備法第二条第三項に規定する既成市街地若しくは同条第四項に規定する近郊整備地帯、近畿圏整備法第二条第三項に規定する既成都市区域若しくは同条第四項に規定する近郊整備区域又は中部圏開発整備法第二条第三項に規定する都市整備区域内にあるものの区域
３
法第六十五条の十第一項第二号に規定する政令で定める法人は、農住組合の組合員以外の法人で、農住組合法第九条第一項の規定による認可があつた同項に規定する交換分合計画において定める土地の所有権（当該土地の上に存する権利を含む。）を有するものとする。
４
法第六十五条の十第二項第一号の規定により帳簿価額から控除する政令で定めるところにより計算した金額は、同条第一項に規定する交換譲渡資産に係る同項各号に規定する清算金の額が当該交換譲渡資産に係る同項に規定する交換取得資産の価額と当該清算金の額との合計額のうちに占める割合を、当該帳簿価額に乗じて計算した金額とする。
５
法第六十五条の十第二項第三号の場合において帳簿価額に加算する政令で定めるところにより計算した金額は、同号の交換譲渡資産の譲渡により取得した同号の交換取得資産の価額が当該交換取得資産の価額と同条第一項各号に規定する清算金の額との合計額のうちに占める割合を、同条第二項第三号に規定する経費の金額の合計額に乗じて計算した金額とする。
６
法人が、法第六十五条の十第四項の規定の適用を受けようとする場合には、同項に規定する適格分割等の日以後二月以内に財務省令で定める書類を納税地の所轄税務署長に提出しなければならない。
第三十九条の九
削除
（特定普通財産とその隣接する土地等の交換の場合の課税の特例）
第三十九条の十
法第六十六条第一項に規定する政令で定める交換は、法第六十五条の九の規定の適用を受ける交換とする。
２
法第六十六条第二項第一号の規定により帳簿価額から控除する政令で定めるところにより計算した金額は、同条第一項に規定する交換譲渡資産に係る同項に規定する交換差金（以下この項及び次項において「交換差金」という。）の額が当該交換譲渡資産に係る同条第一項に規定する交換取得資産（次項において「交換取得資産」という。）の取得価額と当該交換差金の額との合計額のうちに占める割合を、当該帳簿価額に乗じて計算した金額とする。
３
法第六十六条第二項第三号の場合において帳簿価額に加算する政令で定めるところにより計算した金額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額とする。
一
交換取得資産とともに交換差金を取得した場合
当該交換取得資産の取得価額が当該取得価額と当該交換により取得した交換差金の額との合計額のうちに占める割合を、法第六十六条第二項第三号に規定する交換譲渡資産の交換に要した経費（次号において「経費」という。）の金額の合計額に乗じて計算した金額
二
前号に掲げる場合以外の場合
経費の金額の合計額
４
法人が、法第六十六条第四項の規定の適用を受けようとする場合には、同項に規定する適格分割等の日以後二月以内に財務省令で定める書類を納税地の所轄税務署長に提出しなければならない。
第七節の二　株式等を対価とする株式の譲渡に係る所得の計算の特例
第三十九条の十の二