前項の場合において、同項の通算法人の対象年度の通算前所得金額若しくは控除未済欠損金額が当初通算前所得金額若しくは当初控除未済欠損金額（それぞれ当該対象年度の確定申告書等に添付された書類に当該対象年度の通算前所得金額又は控除未済欠損金額として記載された金額をいう。以下この項及び次項において同じ。）と異なり、又は他の通算法人の他の事業年度の通算前所得金額、通算前欠損金額若しくは他の控除未済欠損金額が当初他の通算前所得金額、当初他の通算前欠損金額若しくは当初他の控除未済欠損金額（それぞれ当該他の事業年度の確定申告書等（期限後申告書を除く。）に添付された書類に当該他の事業年度の通算前所得金額、通算前欠損金額又は他の控除未済欠損金額として記載された金額をいう。以下この項において同じ。）と異なるときは、当初通算前所得金額若しくは当初控除未済欠損金額又は当初他の通算前所得金額、当初他の通算前欠損金額若しくは当初他の控除未済欠損金額を当該通算法人の当該対象年度の通算前所得金額若しくは控除未済欠損金額又は当該他の通算法人の当該他の事業年度の通算前所得金額、通算前欠損金額若しくは他の控除未済欠損金額とみなす。
５
第三項に規定する通算所得基準額は、次に掲げる金額の合計額が零を超える場合には、当該通算所得基準額から当該合計額を控除した金額とする。
一
対象年度に係る当初通算前所得金額から当該対象年度の通算前所得金額を減算した金額
二
対象年度に係る控除未済欠損金額から当該対象年度に係る当初控除未済欠損金額を減算した金額
６
第三項の通算法人の対象年度において、法人税法第六十四条の五第八項の規定の適用がある場合には、前二項の規定は、当該対象年度については、適用しない。
７
法第五十九条第一項又は第二項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算については、これらの規定により損金の額に算入される金額は、法人税法施行令第九条第一号イに規定する所得の金額に含まれるものとする。
８
第三十三条の四第六項の規定は、法第五十九条第一項又は第二項の規定の適用がある場合について準用する。
この場合において、第三十三条の四第六項中「、法第五十七条の七第一項」とあるのは、「、法第五十九条第一項及び第二項」と読み替えるものとする。
第三節の二　対外船舶運航事業を営む法人の日本船舶による収入金額の課税の特例
第三十五条の二
法第五十九条の二第一項第一号に規定する政令で定める金額は、まず同項に規定する船舶運航事業者等（次項及び第三項において「船舶運航事業者等」という。）の当該事業年度の収益の額並びに原価の額、費用の額及び損失の額（以下この項において「収益の額等」という。）を財務省令で定めるところにより同号に規定する対外船舶運航事業等（以下この項において「対外船舶運航事業等」という。）による収益の額等と対外船舶運航事業等以外の事業による収益の額等とに区分し、次にその区分された対外船舶運航事業等による収益の額等を財務省令で定めるところにより同号に規定する日本船舶を用いた対外船舶運航事業等（同条第一項に規定する認定計画に記載された同項に規定する計画期間内において営むものに限る。以下この条において「日本船舶外航事業」という。）による収益の額等と日本船舶外航事業以外の対外船舶運航事業等による収益の額等とに区分し、その区分された日本船舶外航事業による収益の額等に基づき法第五十九条の二の規定を適用しないで計算した所得の金額とする。
２
法第五十九条の二第一項第二号に規定する政令で定める金額は、船舶運航事業者等の当該事業年度において日本船舶外航事業の用に供した同項第一号に規定する日本船舶ごとに当該日本船舶の一日当たり利益金額に当該日本船舶の稼働日数（日本船舶外航事業の用に供した日数をいい、当該日本船舶が同号に規定する特定準日本船舶（次項において「特定準日本船舶」という。）である場合には、同条第一項各号列記以外の部分に規定する日本船舶（次項において「日本船舶」という。）の確保に関連して実施される措置としての同条第一項第一号に規定する準日本船舶の確保を実施する期間として財務省令で定める期間の日数とする。）を乗じて計算し、これを合計した金額とする。
３
前項に規定する一日当たり利益金額とは、船舶運航事業者等の当該事業年度において日本船舶外航事業の用に供した次の表の上欄に掲げる船舶ごとに、当該船舶の法第五十九条の二第一項第二号に規定する純トン数（以下この項において「純トン数」という。）を同表の中欄に掲げる純トン数に区分して、それぞれの純トン数を百で除して得た数に同表の下欄に掲げる金額を乗じて計算した金額の合計額とする。
船舶
純トン数
金額
日本船舶
千トン以下の純トン数
百三十円
千トンを超え一万トン以下の純トン数
百十円
一万トンを超え二万五千トン以下の純トン数
七十円
二万五千トンを超える純トン数
四十円
特定準日本船舶
千トン以下の純トン数
百九十五円
千トンを超え一万トン以下の純トン数
百六十五円
一万トンを超え二万五千トン以下の純トン数
百五円
二万五千トンを超える純トン数
六十円
４
法第五十九条の二第六項に規定する政令で定める規定は、第三十九条の十五第一項第一号（第二十五条の二十第一項（第二十五条の二十六第十六項においてその例による場合を含む。）の規定により適用する場合を含む。）の規定により同号に掲げる金額を同号に規定する本邦法令の規定の例により計算する場合（第三十九条の二十の三第十六項において第三十九条の十五第一項の規定の例により計算する場合を含む。）における次に掲げる規定とする。
一
法第四十三条の規定
二
法第五十七条の八（第一項及び第九項に係る部分に限る。）の規定
三
法第六十五条の七（第一項及び第九項に係る部分に限る。）及び第六十五条の八（第一項、第二項、第七項及び第八項に係る部分に限る。）の規定
５
法第五十九条の二第一項又は第四項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算については、同条第一項の規定により損金の額に算入される金額は、法人税法施行令第九条第一号イに規定する所得の金額に含まれるものとし、法第五十九条の二第一項又は第四項の規定により益金の額に算入される金額は、同号イに規定する所得の金額に含まれないものとする。
第三節の三　特許権等の譲渡等による所得の課税の特例
第三十五条の三
法第五十九条の三第一項第一号イに規定する研究開発費の額として政令で定める金額及び同号イ（２）に規定する政令で定める金額は、同号イの特定特許権等に関連する研究開発（同条第二項第三号に規定する研究開発をいう。以下この項及び第九項において同じ。）として財務省令で定める研究開発に係る同条第二項第四号に規定する研究開発費の額（第十項において「研究開発費の額」という。）のうち建物及びその附属設備に係る額以外の額とする。
２
法第五十九条の三第一項第一号イ（１）に規定する政令で定める金額は、同項の法人が当該対象事業年度（同項に規定する対象事業年度をいう。以下この条において同じ。）において行つた同号イに規定する特許権譲渡等取引（以下この項及び次項において「特許権譲渡等取引」という。）に係る収益の額として当該対象事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入される金額から、次の各号に掲げる当該特許権譲渡等取引の区分に応じ当該各号に定める金額を減算した金額（当該対象事業年度前の各事業年度（令和七年四月一日以後に開始する事業年度に限るものとし、当該対象事業年度開始の日前に開始し、かつ、法第五十九条の三第一項の規定の適用を受けた事業年度のうちその終了の日が最も遅い事業年度以前の各事業年度を除く。）において行つた特許権譲渡等取引に係る所得の金額の計算上生じた損失の合計額として財務省令で定める金額がある場合には、当該金額に当該対象事業年度において行つた特許権譲渡等取引に係る所得の金額が当該対象事業年度において行つた各特許権譲渡等取引に係る所得の金額の合計額のうちに占める割合として財務省令で定める割合を乗じて計算した金額を控除した金額）とする。
一
特定特許権等（法第五十九条の三第二項第二号に規定する特定特許権等をいう。以下この号及び次号において同じ。）の譲渡
次に掲げる額として当該対象事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される金額の合計額
イ
当該特定特許権等の譲渡に係る原価の額
ロ
当該特定特許権等の出願、審査、登録又は維持に要する費用（当該特定特許権等が当該対象事業年度において行つた次号に掲げる特許権譲渡等取引に係るものに該当する場合には、当該特定特許権等の他の者に対する移転の登録に要する費用に限る。）の額
ハ
当該特定特許権等に関して弁護士その他の専門家に支払う費用（当該特定特許権等が当該対象事業年度において行つた次号に掲げる特許権譲渡等取引に係るものに該当する場合には、当該特定特許権等の譲渡に伴い支払う費用に限る。）の額
ニ
当該特定特許権等の譲渡に係る対価を回収することができないことにより受ける損失を塡補する保険の保険料の額
ホ
当該特定特許権等の譲渡に関する事務に要する人件費その他の費用の額
二
前号に掲げるもの以外の特許権譲渡等取引
次に掲げる額として当該対象事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される金額（当該特許権譲渡等取引に係る特定特許権等が当該対象事業年度において行つた他の特許権譲渡等取引（特定特許権等の譲渡を除く。）に係るものに該当する場合には、当該他の特許権譲渡等取引に係る部分の金額として財務省令で定めるところにより計算した金額を除く。）の合計額
イ
当該特許権譲渡等取引に係る特定特許権等の償却費の額
ロ