第一款　課税標準、税額等の計算
（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）
第百六十五条
前条第一項各号に掲げる非居住者の当該各号に定める国内源泉所得について課する所得税（以下この節において「総合課税に係る所得税」という。）の課税標準及び所得税の額は、当該各号に定める国内源泉所得について、別段の定めがあるものを除き、前編第一章から第四章まで（居住者に係る所得税の課税標準、税額等の計算）（第四十四条の三（減額された外国所得税額の総収入金額不算入等）、第四十六条（所得税額から控除する外国税額の必要経費不算入）、第六十条の四（外国転出時課税の規定の適用を受けた場合の譲渡所得等の特例）、第七十三条から第七十七条まで（医療費控除等）、第七十九条から第八十五条まで（障害者控除等）、第九十三条（分配時調整外国税相当額控除）、第九十五条（外国税額控除）及び第九十五条の二（国外転出をする場合の譲渡所得等の特例に係る外国税額控除の特例）を除く。）の規定に準じて計算した金額とする。
２
前条第一項第一号に掲げる非居住者の同号イに掲げる国内源泉所得（以下この款において「恒久的施設帰属所得」という。）に係る各種所得の金額につき前項の規定により前編第二章第二節第一款及び第二款（各種所得の金額の計算）の規定に準じて計算する場合には、次に定めるところによる。
一
第三十七条第一項（必要経費）に規定する販売費、一般管理費その他同項に規定する所得を生ずべき業務について生じた費用（次号において「販売費等」という。）及び同条第二項に規定する山林の植林費、取得に要した費用、管理費、伐採費その他その山林の育成又は譲渡に要した費用（同号において「育成費等」という。）のうち、第百六十一条第一項第一号（国内源泉所得）に規定する内部取引に係るものについては、債務の確定しないものを含むものとする。
二
販売費等及び育成費等並びに支出した金額（第三十四条第二項（一時所得）に規定する支出した金額をいう。以下この号において同じ。）には、非居住者の恒久的施設を通じて行う事業及びそれ以外の事業に共通する販売費等及び育成費等並びに支出した金額のうち、当該恒久的施設を通じて行う事業に係るものとして政令で定めるところにより配分した金額を含むものとする。
３
前項に定めるもののほか、第一項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（減額された外国所得税額の総収入金額不算入等）
第百六十五条の二
非居住者が第百六十五条の六第一項から第三項まで（非居住者に係る外国税額の控除）の規定の適用を受けた年の翌年以後七年内の各年においてこれらの規定による控除をされるべき金額の計算の基礎となつた同条第一項に規定する外国所得税の額が減額された場合には、その減額された金額のうちその減額されることとなつた日の属する年分における同項から同条第三項までの規定による控除の適用に係る部分に相当する金額として政令で定める金額は、その者の当該年分の恒久的施設帰属所得につき前条第一項の規定により準じて計算する不動産所得の金額、事業所得の金額、山林所得の金額、一時所得の金額又は雑所得の金額の計算上、総収入金額に算入しない。
この場合において、その減額された金額から当該政令で定める金額を控除した金額は、その者の当該年分の同項の規定により準じて計算する雑所得の金額の計算上、総収入金額に算入する。
（恒久的施設に帰せられるべき純資産に対応する負債の利子の必要経費不算入）
第百六十五条の三
非居住者の各年の恒久的施設に係る純資産の額として政令で定めるところにより計算した金額が、当該非居住者の純資産の額に相当する額のうち当該恒久的施設に帰せられるべき金額として政令で定めるところにより計算した金額に満たない場合には、当該非居住者のその年の恒久的施設を通じて行う事業に係る負債の利子（これに準ずるものとして政令で定めるものを含む。）の額として政令で定める金額のうち、その満たない金額に対応する部分の金額として政令で定めるところにより計算した金額は、当該非居住者のその年分の恒久的施設帰属所得につき第百六十五条第一項（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の規定により準じて計算する不動産所得の金額、事業所得の金額、山林所得の金額若しくは雑所得の金額又は一時所得の金額の計算上、必要経費又は支出した金額に算入しない。
２
前項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（所得税額から控除する外国税額の必要経費不算入）
第百六十五条の四
非居住者が第百六十五条の六第一項（非居住者に係る外国税額の控除）に規定する控除対象外国所得税の額につき同条又は第百六十六条（申告、納付及び還付）において準用する第百三十八条第一項（源泉徴収税額等の還付）の規定の適用を受ける場合には、当該控除対象外国所得税の額は、その者の恒久的施設帰属所得につき第百六十五条第一項（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の規定により準じて計算する不動産所得の金額、事業所得の金額、山林所得の金額若しくは雑所得の金額又は一時所得の金額の計算上、必要経費又は支出した金額に算入しない。
（配賦経費に関する書類の保存がない場合における配賦経費の必要経費不算入）
第百六十五条の五
非居住者が第百六十五条第二項第二号（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の規定の適用を受ける場合において、同号に規定する政令で定めるところにより配分した金額（以下この条において「配賦経費」という。）につき、その配分に関する計算の基礎となる書類その他の財務省令で定める書類の保存がないときは、その書類の保存がなかつた配賦経費については、その非居住者の各年分の恒久的施設帰属所得につき第百六十五条第一項の規定により準じて計算する不動産所得の金額、事業所得の金額、山林所得の金額若しくは雑所得の金額又は一時所得の金額の計算上、必要経費又は支出した金額に算入しない。
２
税務署長は、配賦経費の全部又は一部につき前項の書類の保存がない場合においても、その保存がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該書類の提出があつた場合に限り、その書類の保存がなかつた配賦経費につき同項の規定を適用しないことができる。
（特定の内部取引に係る恒久的施設帰属所得に係る所得の金額の計算）
第百六十五条の五の二
非居住者の恒久的施設と第百六十一条第一項第一号（国内源泉所得）に規定する事業場等との間で同項第三号、第五号又は第七号に掲げる国内源泉所得（政令で定めるものを除く。）を生ずべき資産の当該恒久的施設による取得又は譲渡に相当する内部取引（同項第一号に規定する内部取引をいう。以下この項において同じ。）があつた場合には、当該内部取引は当該資産の当該内部取引の直前の価額として政令で定める金額により行われたものとして、当該非居住者の各年分の恒久的施設帰属所得につき第百六十五条第一項（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の規定により前編第一章及び第二章（居住者に係る所得税の課税標準の計算等）の規定に準じて不動産所得の金額、事業所得の金額、山林所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額を計算する。
２
前項の規定の適用がある場合の非居住者の恒久的施設における資産の取得価額その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（非居住者に係る分配時調整外国税相当額の控除）
第百六十五条の五の三
恒久的施設を有する非居住者が各年において第百七十六条第三項（信託財産に係る利子等の課税の特例）に規定する集団投資信託の収益の分配の支払を受ける場合（恒久的施設帰属所得に該当するものの支払を受ける場合に限る。）には、当該収益の分配に係る分配時調整外国税（同項に規定する外国の法令により課される所得税に相当する税で政令で定めるものをいう。）の額で同項又は第百八十条の二第三項（信託財産に係る利子等の課税の特例）の規定により当該収益の分配に係る所得税の額から控除された金額のうち当該非居住者が支払を受ける収益の分配に対応する部分の金額として政令で定める金額に相当する金額（次項において「分配時調整外国税相当額」という。）は、控除限度額（恒久的施設帰属所得に係る所得の金額につき第百六十五条第一項（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の規定により第八十九条から第九十二条まで（税率及び配当控除）の規定に準じて計算したその年分の所得税の額に相当する金額として政令で定める金額をいう。）を限度として、その年分の所得税の額から控除する。
２
第九十三条第二項（分配時調整外国税相当額控除）の規定は、分配時調整外国税相当額につき前項の規定による控除をする場合について準用する。
３
第一項の規定により控除する金額は、第百六十五条第一項の規定により準じて計算する課税総所得金額に係る所得税の額、課税山林所得金額に係る所得税の額又は課税退職所得金額に係る所得税の額から順次控除する。
この場合において、当該控除する金額がその年分の所得税の額を超えるときは、当該控除する金額は、当該所得税の額に相当する金額とする。
４
前二項に定めるもののほか、第一項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（非居住者に係る外国税額の控除）
第百六十五条の六