青色申告書を提出する法人で、海上運送法及び船員法の一部を改正する法律（平成二十年法律第五十三号）の施行の日から令和七年三月三十一日までの間に海上運送法第三十五条第一項に規定する日本船舶・船員確保計画（以下この項において「日本船舶・船員確保計画」という。）について同条第三項第五号（同条第五項において準用する場合を含む。）に掲げる基準に適合するものとして同条第三項又は第四項の認定（同項の認定にあつては、当該認定により当該基準に適合することとなつたものに限る。）を受けた同法第三十四条第二項第三号に規定する船舶運航事業者等（日本船舶（同法第三十七条の二に規定する日本船舶をいう。以下この項において同じ。）を用いて対外船舶運航事業（同法第三十五条第三項第五号に規定する対外船舶運航事業をいう。）を営むものに限る。）に該当するものが、同法第三十五条第三項の認定を受けた日本船舶・船員確保計画（同条第四項の規定による変更の認定があつたときは、その変更後のもの。以下この条において「認定計画」という。）に記載された計画期間（同法第三十五条第二項第三号に掲げる計画期間をいう。第四項において同じ。）内の日を含む各事業年度終了の時において当該認定計画に従つて同法第三十四条第一項に規定する日本船舶及び船員の確保を実施している場合において、当該事業年度における第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額を超えるときは、その超える部分の金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入し、当該事業年度における第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額に満たないときは、その満たない部分の金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入する。
一
当該法人の当該事業年度における日本船舶（特定準日本船舶（海上運送法第三十八条第七項に規定する準日本船舶のうち安定的な海上輸送の確保に資するものとして財務省令で定めるものをいう。）を含む。次号において同じ。）を用いた対外船舶運航事業等（同法第三十七条の二に規定する対外船舶運航事業等をいう。）による収入金額に係る所得の金額として政令で定める金額
二
当該法人の当該事業年度における日本船舶の純トン数（船舶のトン数の測度に関する法律（昭和五十五年法律第四十号）第六条に規定する純トン数をいう。）に応じた利益の金額として政令で定める金額
２
前項の規定は、同項に規定する法人が、その適用を受けようとする最初の事業年度開始の日の前日までに、財務省令で定める事項を記載した届出書に同項に規定する日本船舶・船員確保計画の写しその他財務省令で定める書類を添付して、これを納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。
３
第一項の規定の適用を受ける法人は、その適用を受ける各事業年度の確定申告書等に同項の規定により損金の額又は益金の額に算入される金額の計算に関する明細書を添付しなければならない。
４
認定計画に記載された計画期間内の日を含む各事業年度（以下この項において「適用対象年度」という。）において第一項の規定の適用を受けた法人が、海上運送法第三十七条の四第二項の規定によりその認定を取り消された場合には、当該適用対象年度において第一項の規定により損金の額に算入された金額の合計額は、当該認定を取り消された日を含む事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
５
第一項の規定の適用を受けた法人の同項の規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第六十七条第三項及び第五項の規定の適用については、これらの規定に規定する所得等の金額に含まれるものとし、第一項又は前項の規定により益金の額に算入された金額は、同条第三項及び第五項の規定の適用については、これらの規定に規定する所得等の金額に含まれないものとする。
６
第一項の規定の適用を受ける法人が有する外航船舶（本邦と外国との間又は外国と外国との間を往来する船舶をいう。以下この項において同じ。）のうち日本船舶（船舶法第一条に規定する日本船舶をいう。以下この項において同じ。）に該当するもの及び当該法人の子会社（海上運送法第三十八条第一項に規定する子会社をいう。）に該当する法人が有する外航船舶のうち日本船舶に該当しないものについては、第一項の規定の適用を受ける法人の同項の規定の適用を受ける事業年度（当該子会社に該当する法人にあつては、当該事業年度内の日を含む事業年度）においては、第四十三条、第五十七条の八（第一項及び第九項に係る部分に限る。）、第六十五条の七（第一項及び第九項に係る部分に限る。）及び第六十五条の八（第一項、第二項、第七項及び第八項に係る部分に限る。）の規定その他政令で定める規定は、適用しない。
７
第二項、第三項及び前二項に定めるもののほか、第一項又は第四項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算その他これらの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第三節の三　特許権等の譲渡等による所得の課税の特例
第五十九条の三
青色申告書を提出する法人が、令和七年四月一日から令和十四年三月三十一日までの間に開始する各事業年度（以下この項において「対象事業年度」という。）において、特許権譲渡等取引（居住者（第二条第一項第一号の二に規定する居住者をいう。）若しくは内国法人（関連者であるものを除く。）に対する特定特許権等の譲渡又は他の者（関連者であるものを除く。以下この項において同じ。）に対する特定特許権等の貸付け（特定特許権等に係る権利の設定その他他の者に特定特許権等を使用させる行為を含む。）をいう。以下この項において同じ。）を行つた場合には、次に掲げる金額のうちいずれか少ない金額の百分の三十に相当する金額は、当該対象事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
一
次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める金額
イ
当該法人が当該対象事業年度において行つた特許権譲渡等取引（特許権譲渡等取引以外の取引とあわせて行つた特許権譲渡等取引にあつては、その契約において特許権譲渡等取引の対価の額が明らかにされている場合における当該特許権譲渡等取引に限る。以下この号において同じ。）に係る特定特許権等のいずれについてもその特定特許権等に直接関連する研究開発に係る研究開発費の額として政令で定める金額が当該法人の令和七年四月一日前に開始した事業年度において生じていない場合又は当該対象事業年度が令和九年四月一日以後に開始する事業年度である場合
当該対象事業年度において行つた特許権譲渡等取引ごとに、（１）に掲げる金額に（２）に掲げる金額のうちに（３）に掲げる金額の占める割合（（２）に掲げる金額が零である場合には、零）を乗じて計算した金額を合計した金額
（１）
当該特許権譲渡等取引に係る所得の金額として政令で定める金額
（２）
当該対象事業年度及び当該対象事業年度前の各事業年度（令和七年四月一日以後に開始する事業年度に限る。）において生じた研究開発費の額のうち、当該特許権譲渡等取引に係る特定特許権等に直接関連する研究開発に係る金額として政令で定める金額の合計額
（３）
（２）に掲げる金額に含まれる適格研究開発費の額の合計額
ロ
イに掲げる場合以外の場合
（１）に掲げる金額に（２）に掲げる金額のうちに（３）に掲げる金額の占める割合（（２）に掲げる金額が零である場合には、零）を乗じて計算した金額
（１）
当該対象事業年度において行つた特許権譲渡等取引に係る所得の金額として政令で定める金額の合計額
（２）
当該対象事業年度及び当該対象事業年度開始の日前二年以内に開始した各事業年度において生じた研究開発費の額の合計額
（３）
（２）に掲げる金額に含まれる適格研究開発費の額の合計額
二
当該対象事業年度の所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額
２
この条において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。
一
関連者
法人で、前項の法人との間にいずれか一方の法人が他方の法人の発行済株式又は出資（当該他方の法人が有する自己の株式又は出資を除く。）の総数又は総額の百分の五十以上の数又は金額の株式又は出資を直接又は間接に保有する関係その他の政令で定める特殊の関係のあるものをいう。
二
特定特許権等
次に掲げるもののうち我が国の国際競争力の強化に資するものとして財務省令で定めるもの（第五号イにおいて「適格特許権等」という。）であつて、前項の法人が令和六年四月一日以後に取得又は製作をしたものをいう。
イ
特許権
ロ
官民データ活用推進基本法（平成二十八年法律第百三号）第二条第二項に規定する人工知能関連技術を活用した著作権法（昭和四十五年法律第四十八号）第二条第一項第十号の二に規定するプログラムの同項第一号に規定する著作物
三
研究開発
次に掲げる行為をいう。
イ
新たな知識の発見を目的とした計画的な調査及び探究（ロにおいて「研究」という。）
ロ
新たな製品若しくは役務若しくは製品の新たな生産の方式についての計画若しくは設計又は既存の製品若しくは役務若しくは製品の既存の生産の方式を著しく改良するための計画若しくは設計として研究の成果その他の知識を具体化する行為
四
研究開発費の額
次に掲げる金額の合計額（当該金額に係る費用に充てるため他の者から支払を受ける金額がある場合には、当該金額を控除した金額）をいう。
イ
研究開発に要した費用の額（次に掲げる金額を除く。）のうち各事業年度において研究開発費として損金経理をした金額
（１）
資産の償却費、除却による損失及び譲渡による損失の額
（２）
負債の利子の額その他これに類するものとして政令で定める金額
ロ