新令第三十九条の四十五第一項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の平成二十年四月一日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同日前に終了した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
この場合において、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同日前に開始し、かつ、同日以後に終了する連結事業年度（次項において「経過措置対象連結事業年度」という。）に係る同条第一項の規定の適用については、次項の規定の適用を受ける場合を除き、同条第一項第二号中「七十万円」とあるのは、「三百万円」とする。
２
新令第三十九条の四十五第一項第二号に掲げる連結法人（同項に規定する相互会社を除く。）が、平成二十年四月一日から経過措置対象連結事業年度終了の日までの期間（以下この項において「経過期間」という。）内に、新法第六十八条の十五第一項に規定する情報基盤強化設備等を取得し、又は製作して、これを同項に規定する事業の用に供した場合において、当該経過期間内における同項に規定する適用対象投資額（以下この項において「適用対象投資額」という。）が七十万円以上であるとき（経過措置対象連結事業年度における適用対象投資額が三百万円以上である場合を除く。）は、当該経過期間を同条第一項に規定する指定期間とみなして、同条及び新令第三十九条の四十五第一項の規定を適用する。
（連結法人の減価償却に関する経過措置）
第五十四条
新令第三十九条の四十六第二項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が平成二十年四月一日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする新法第六十八条の十六第一項に規定する特定設備等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に取得等をした旧法第六十八条の十六第一項に規定する特定設備等については、なお従前の例による。
２
新令第三十九条の四十九第二項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第六号に定める日以後に取得等をする新法第六十八条の二十第一項に規定する集積産業用資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に取得等をした旧法第六十八条の二十第一項に規定する集積産業用資産については、なお従前の例による。
３
新令第三十九条の六十一第六項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同項に規定する分割等が平成二十年四月一日以後最初に開始する連結事業年度開始の日前に行われたものである場合における同項の認定及び届出に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。
（連結法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
第五十五条
新令第三十九条の百六第七項第三号の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第五号に定める日以後に行う新法第六十八条の七十八第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に行った旧法第六十八条の七十八第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
２
一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（以下この項において「整備法」という。）第三十八条の規定による改正前の民法第三十四条の規定により設立された法人であって、整備法第四十条第一項の規定により一般社団法人又は一般財団法人として存続するもののうち、整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（整備法第百三十一条第一項の規定により整備法第四十五条の認可を取り消されたものを除く。）は、平成二十五年新令第三十八条の五第六項第二号及び第三十九条の百六第二項第三号に規定する公益社団法人又は公益財団法人とみなして、平成二十五年新令第三十九条の九十八第六項及び第三十九条の百六第二項第三号の規定を適用する。
（特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
第五十六条
新令第三十九条の百二十の八第二項の規定は、新法第六十八条の九十三の六第一項に規定する特定外国法人の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する個別課税対象留保金額について適用し、旧法第六十八条の九十三の六第一項に規定する特定外国法人の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する個別課税対象留保金額については、なお従前の例による。
２
新令第三十九条の百二十の十一第一項第六号の規定は、新法第六十八条の九十三の六第一項に規定する特定外国法人の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額について適用し、旧法第六十八条の九十三の六第一項に規定する特定外国法人の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額については、なお従前の例による。
（相続税の特例に関する経過措置）
第五十七条
相続又は遺贈（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。第五項において同じ。）により財産を取得した者が当該財産を旧民法法人（一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（以下この条及び次条において「整備法」という。）第三十八条の規定による改正前の民法第三十四条の規定により設立された法人をいう。第五項において同じ。）に対し贈与（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を除き、当該旧民法法人が整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をする日の前日までにするものに限る。第五項において同じ。）をした場合については、旧令第四十条の三第一項第二号及び第三号並びに同条第二項の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第一項第二号中「民法第三十四条の規定により設立された法人（」とあるのは「一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十八年法律第五十号。以下この号において「整備法」という。）第三十八条の規定による改正前の民法第三十四条の規定により設立された法人であつて整備法第四十条第一項の規定により一般社団法人又は一般財団法人として存続するもののうち、整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（整備法第百三十一条第一項の規定により整備法第四十五条の認可を取り消されたものを除く。」と、同項第三号中「民法第八十四条の二その他の法令の規定により当該」とあるのは「当該」とする。
２
整備法第百二十三条第一項に規定する移行法人（整備法第三十八条の規定による改正前の民法第三十四条の規定により設立された法人であって、整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する整備法第百六条第一項の登記をした日の前日において前項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第四十条の三第一項第二号又は第三号に掲げるものに該当するものに限る。）が同日以前に前項又は旧法第七十条第一項の規定の適用を受ける贈与により財産を取得した場合における同条第二項の規定の適用については、当該移行法人（当該移行法人が合併により当該財産を整備法第百二十六条第一項に規定する合併後存続する法人又は同項に規定する合併により設立する法人に移転する場合にあっては、当該財産の移転を受けた当該合併後存続する法人又は当該合併により設立する法人）が当該贈与があった日から二年を経過した日においてなお当該財産をその作成した整備法第百十九条第一項に規定する公益目的支出計画（整備法第百二十五条第一項の変更の認可を受けたときは、その変更後のもの）に定めたところに従って公益を目的とする事業の用に供しているときは、旧法第七十条第二項に規定する場合に該当しないものとする。
３
前項の規定は、第一項又は旧法第七十条第一項の規定の適用を受ける贈与により財産を取得した法人で前項の登記をしたもの（整備法第百十九条第一項に規定する公益目的支出計画の作成を要しないものに限る。）が、当該登記をした日前に取得した当該財産を旧法第七十条第一項の公益を目的とする事業の用に供している場合について準用する。
この場合において、前項中「その作成した整備法第百十九条第一項に規定する公益目的支出計画（整備法第百二十五条第一項の変更の認可を受けたときは、その変更後のもの）に定めたところに従って」とあるのは、「旧法第七十条第一項の」と読み替えるものとする。
４
第二項に規定する移行法人が同項の規定の適用を受ける贈与があった日から二年を経過する日までに整備法第百二十四条の確認を受けた場合における同項の規定の適用については、同項中「当該贈与があった日から二年を経過した日」とあるのは、「整備法第百二十四条の確認を受けた日」とする。
５