新租税特別措置法第七十八条の二第一項の規定は、施行日以後に漁業協同組合が同項に規定する権利義務の承継をする場合における当該承継に係る不動産又は船舶の権利の移転の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に漁業協同組合が旧租税特別措置法第七十八条の二第四項に規定する権利義務の承継をした場合における当該承継に係る不動産又は船舶の権利の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
６
新租税特別措置法第七十八条の二第二項の規定は、施行日以後に漁業協同組合が同項に規定する合併をする場合において当該合併により取得する不動産又は船舶の権利の移転の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に漁業協同組合が旧租税特別措置法第七十八条の二第五項に規定する合併をした場合において当該合併により取得した不動産又は船舶の権利の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
７
施行日前に、漁業を営む者が建造し、又は取得した旧租税特別措置法第七十九条第一項に規定する漁船に係る所有権の保存若しくは移転の登記又は当該漁船を目的とする抵当権の設定の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
８
施行日前に、旧租税特別措置法第七十九条第三項に規定する海上運送事業者が建造し、又は取得した同項に規定する国際船舶に係る所有権の保存の登記又は当該国際船舶を目的とする抵当権の設定の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
９
新租税特別措置法第七十九条の規定は、施行日以後にされる同条第一項に規定する勧告若しくは指示又は認定に係る同項各号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税について適用し、施行日前にされた旧租税特別措置法第八十条に規定する勧告若しくは指示又は認定に係る同条各号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
１０
施行日から会社法施行日の前日までの間における新租税特別措置法第七十九条の規定の適用については、同条第一項第四号中「資本金若しくは出資金の額」とあるのは、「資本若しくは出資」とする。
１１
新租税特別措置法第八十条の規定は、施行日以後にされる同条第一項に規定する認定に係る同項各号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税について適用し、施行日前にされた旧租税特別措置法第八十条の二第一項に規定する認定に係る同項各号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
１２
施行日から会社法施行日の前日までの間における新租税特別措置法第八十条の規定の適用については、同条第一項第四号中「資本金若しくは出資金の額」とあるのは、「資本若しくは出資」とする。
１３
新租税特別措置法第八十条の二の規定は、施行日以後にされる同条第一項に規定する認定に係る同項各号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税について適用し、施行日前にされた旧租税特別措置法第八十条の三第一項に規定する認定に係る同項各号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
１４
施行日から会社法施行日の前日までの間における新租税特別措置法第八十一条第一項、第二項及び第五項から第七項までの規定の適用については、これらの規定中「株式会社」とあるのは、「株式会社又は有限会社」とする。
１５
施行日前に株式会社又は有限会社が新設分割又は吸収分割により旧租税特別措置法第八十一条第一項の表の各号の上欄に掲げる権利の取得をした場合における当該権利に係る登記又は登録に係る登録免許税については、同項及び同条第二項の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第一項中「、新設分割」とあるのは「新設分割」と、「取得し」とあるのは「取得した場合には」と、「登記又は」とあるのは「受ける登記又は」と、「を受ける場合には、当該登記等に係る」とあるのは「に係る」と、同条第二項中「、新設分割」とあるのは「新設分割」とする。
１６
前項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧租税特別措置法第八十一条第一項の規定の適用がある場合における旧租税特別措置法第七十二条第二項の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同項中「合併」とあるのは、「合併若しくは分割」とする。
１７
施行日前に株式会社又は有限会社が新設分割又は吸収分割により旧租税特別措置法第八十一条第一項の表の各号の上欄に掲げる権利の取得をした場合において、施行日前に旧租税特別措置法第八十条に規定する勧告若しくは指示若しくは認定、旧租税特別措置法第八十条の二第一項に規定する認定又は旧租税特別措置法第八十条の三第一項に規定する認定があったときは、当該権利に係る登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
１８
施行日前に旧租税特別措置法第八十三条第一項に規定する国土交通大臣の認定を受けた場合における同項に規定する事業区域内の土地の所有権の移転の登記、同条第三項に規定する建築物の所有権の保存の登記又は同条第四項の認定民間都市再生事業計画に従って建築された建築物の敷地の用に供されている土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
１９
新租税特別措置法第八十三条の三第一項の規定は、施行日以後に同項に規定する特定目的会社が取得する同項に規定する特定不動産で同項第二号の要件を満たすもの又は指名金銭債権に係る同項に規定する不動産の権利の移転の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第八十三条の三第一項に規定する特定目的会社が取得した同項に規定する特定不動産で同項第二号の要件を満たすもの又は指名金銭債権に係る同項に規定する不動産の権利の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
２０
新租税特別措置法第八十三条の三第二項の規定は、施行日以後に同項に規定する信託会社等が同項に規定する不動産の所有権を取得する場合における当該不動産の所有権の移転の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第八十三条の三第二項に規定する信託会社等が同項に規定する不動産の所有権を取得した場合における当該不動産の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
２１
新租税特別措置法第八十三条の三第三項の規定は、施行日以後に同項に規定する投資法人が同項に規定する不動産の所有権を取得する場合における当該不動産の所有権の移転の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第八十三条の三第三項に規定する投資法人が同項に規定する不動産の所有権を取得した場合における当該不動産の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
（酒税の特例に関する経過措置）
第百五十二条
この附則に別段の定めがあるものを除き、平成十八年五月一日前に課した、又は課すべきであった酒税については、なお従前の例による。
２
平成十八年五月一日前にした行為及び前項の規定によりなお従前の例によることとされる酒税に係る同日以後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（たばこ税の特例に関する一般的経過措置）
第百五十三条
この附則に別段の定めがあるものを除き、第十三条の規定（租税特別措置法第八十八条の改正規定及び同法第八十八条の二の改正規定（「平成十八年三月三十一日」を「平成十九年三月三十一日」に改める部分を除く。）に限る。）の施行前に課した、又は課すべきであったたばこ税については、なお従前の例による。
（未納税移出等に係る経過措置）
第百五十四条
平成十八年七月一日前に製造たばこの製造場から移出された製造たばこで、たばこ税法第十二条第三項（同法第十四条第三項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の届出又は承認に係るもの（当該届出又は承認に係る同法第十二条第三項各号に掲げる日が同月一日以後に到来するものに限る。）について、同項各号に掲げる日までに同項に規定する書類が提出されなかった場合における当該製造たばこに係るたばこ税の税率は、新租税特別措置法第八十八条第三項又は第六項の税率とする。
（未納税引取り等に係る経過措置）
第百五十五条
次の表の上欄に掲げる法律の規定によりたばこ税の免除を受けて平成十八年七月一日前に保税地域から引き取られた製造たばこについて、同日以後に同表の下欄に掲げる法律の規定に該当することとなった場合における当該製造たばこに係るたばこ税の税率は、新租税特別措置法第八十八条第三項の税率とする。
免除の規定
追徴の規定
たばこ税法第十三条第一項
同法第十三条第七項
輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律第十一条第一項
同法第十一条第五項
輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律第十二条第一項
同法第十二条第四項
輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律第十三条第三項
同法第十三条第五項において準用する関税定率法第十五条第二項、第十六条第二項又は第十七条第四項
日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約第六条に基づく施設及び区域並びに日本国における合衆国軍隊の地位に関する協定の実施に伴う関税法等の臨時特例に関する法律第七条（日本国における国際連合の軍隊の地位に関する協定の実施に伴う所得税法等の臨時特例に関する法律第四条において準用する場合を含む。）
日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約第六条に基づく施設及び区域並びに日本国における合衆国軍隊の地位に関する協定の実施に伴う関税法等の臨時特例に関する法律第八条（日本国における国際連合の軍隊の地位に関する協定の実施に伴う所得税法等の臨時特例に関する法律第四条において準用する場合を含む。）
（手持品課税）
第百五十六条