第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行規則（以下「新規則」という。）第三条の五第三項から第六項まで（これらの規定を新規則第三条の十二第一項において準用する場合を含む。）の規定は、この省令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に提出する租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成三十一年政令第百二号。以下「改正令」という。）第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行令（以下「新令」という。）第二条の十八第三項に規定する財産形成非課税住宅貯蓄に関する異動申告書、新令第二条の十九に規定する財産形成非課税住宅貯蓄の勤務先異動申告書、新令第二条の三十一において準用する新令第二条の十八第三項に規定する財産形成非課税年金貯蓄に関する異動申告書及び新令第二条の三十一において準用する新令第二条の十九に規定する財産形成非課税年金貯蓄の勤務先異動申告書について適用し、施行日前に提出した改正令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令（以下「旧令」という。）第二条の十八第三項に規定する財産形成非課税住宅貯蓄に関する異動申告書、旧令第二条の十九に規定する財産形成非課税住宅貯蓄の勤務先異動申告書、旧令第二条の三十一において準用する旧令第二条の十八第三項に規定する財産形成非課税年金貯蓄に関する異動申告書及び旧令第二条の三十一において準用する旧令第二条の十九に規定する財産形成非課税年金貯蓄の勤務先異動申告書については、なお従前の例による。
２
平成二十八年一月一日前に行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成二十五年法律第二十八号）第七条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この項において「平成二十五年旧法」という。）第四条の二第四項に規定する財産形成非課税住宅貯蓄申告書又は平成二十五年旧法第四条の三第四項に規定する財産形成非課税年金貯蓄申告書を提出した者（同日以後に次に掲げる書類のいずれをも提出していない者に限る。）が、第七号に掲げる書類を提出する場合における租税特別措置法施行規則第三条の五第三項及び第四項（これらの規定を同令第三条の十二第一項において準用する場合を含む。）の規定の適用については、同令第三条の五第三項第一号中「及び住所（提出者の」とあるのは「、住所及び」と、「の変更をした場合には、当該提出者の氏名、住所及び個人番号）並びに」とあるのは「並びに」と、同条第四項第一号中「及び住所」とあるのは「、住所及び個人番号」とし、第八号に掲げる書類を提出する場合における同条第六項（同令第三条の十二第一項において準用する場合を含む。）の規定の適用については、同令第三条の五第六項第一号中「及び住所」とあるのは「、住所及び個人番号」とする。
一
所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）第十条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この号において「平成二十八年旧法」という。）第四条の二第一項に規定する財産形成非課税住宅貯蓄申込書又は平成二十八年旧法第四条の三第一項に規定する財産形成非課税年金貯蓄申込書
二
租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十八年政令第百五十九号）第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令（以下第六号までにおいて「平成二十八年旧令」という。）第二条の十四第一項に規定する財産形成非課税住宅貯蓄限度額変更申告書又は平成二十八年旧令第二条の三十一において準用する平成二十八年旧令第二条の十四第一項に規定する財産形成非課税年金貯蓄限度額変更申告書
三
平成二十八年旧令第二条の二十第三項に規定する転職者等の財産形成非課税住宅貯蓄継続適用申告書又は平成二十八年旧令第二条の三十一において準用する平成二十八年旧令第二条の二十第三項に規定する転職者等の財産形成非課税年金貯蓄継続適用申告書
四
平成二十八年旧令第二条の二十一第一項に規定する海外転勤者の財産形成非課税住宅貯蓄継続適用申告書若しくは同条第四項に規定する海外転勤者の国内勤務申告書又は平成二十八年旧令第二条の三十一において準用する平成二十八年旧令第二条の二十一第一項に規定する海外転勤者の財産形成非課税年金貯蓄継続適用申告書若しくは同条第四項に規定する海外転勤者の特別国内勤務申告書
五
平成二十八年旧令第二条の二十一の二第一項に規定する育児休業等をする者の財産形成非課税住宅貯蓄継続適用申告書又は平成二十八年旧令第二条の三十一において準用する平成二十八年旧令第二条の二十一の二第一項に規定する育児休業等をする者の財産形成非課税年金貯蓄継続適用申告書
六
平成二十八年旧令第二条の二十一の二第三項（平成二十八年旧令第二条の三十一において準用する場合を含む。）に規定する育児休業等期間変更申告書
七
租税特別措置法施行令第二条の十八第三項に規定する財産形成非課税住宅貯蓄に関する異動申告書又は同令第二条の三十一において準用する同令第二条の十八第三項に規定する財産形成非課税年金貯蓄に関する異動申告書
八
租税特別措置法施行令第二条の十九第一項に規定する財産形成非課税住宅貯蓄の勤務先異動申告書又は同令第二条の三十一において準用する同令第二条の十九第一項に規定する財産形成非課税年金貯蓄の勤務先異動申告書
（個人の特定都市再生建築物の割増償却に関する経過措置）
第三条
改正令附則第三条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第七条の規定に基づく第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行規則（以下「旧規則」という。）第六条の規定は、なおその効力を有する。
（特定の取締役等が受ける新株予約権の行使による株式の取得に係る経済的利益の非課税等に関する経過措置）
第四条
新規則第十一条の三第十一項の規定及び別表第六（一）の書式は、所得税法等の一部を改正する法律（平成三十一年法律第六号。以下「改正法」という。）第十一条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「新法」という。）第二十九条の二第六項に規定する特定新株予約権でその付与をした日が附則第一条第八号に定める日以後であるものについて適用し、改正法第十一条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧法」という。）第二十九条の二第五項に規定する特定新株予約権等でその付与をした日が同号に定める日前であるものについては、なお従前の例による。
２
新規則第十一条の三第十二項の規定及び別表第六（二）の書式は、附則第一条第八号に定める日の属する年の翌年一月一日以後に提出する新令第十九条の三第二十六項の調書について適用し、同号に定める日の属する年の翌年一月一日前に提出した旧令第十九条の三第十七項の調書については、なお従前の例による。
３
前二項に規定する書式は、当分の間、旧規則の相当の規定に定める調書に、新規則別表第六（一）及び別表第六（二）に準じて、記載したものをもってこれに代えることができる。
（収用等に伴い代替資産を取得した場合の課税の特例に関する経過措置）
第五条
旧規則第十四条第五項第四号の八に定める書類に記載されたその証明の日が平成三十一年三月三十一日以前であるものに係る同項の規定の適用については、なお従前の例による。
（相続財産に係る譲渡所得の課税の特例に関する経過措置）
第六条
新規則第十八条の十八第一項の規定は、施行日以後に新法第三十九条第二項に規定する確定申告書又は修正申告書を提出する場合について適用し、施行日前に旧法第三十九条第二項に規定する確定申告書又は修正申告書を提出した場合については、なお従前の例による。
（居住者の外国関係会社に係る所得の課税の特例等に関する経過措置）
第七条
新規則第十八条の二十第二十七項及び第二十八項の規定は、新法第四十条の四第二項第一号に規定する外国関係会社の施行日以後に開始する事業年度に係る同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額について適用し、旧法第四十条の四第二項第一号に規定する外国関係会社の施行日前に開始した事業年度に係る同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額については、なお従前の例による。
２
新規則第十八条の二十第三十六項の規定は、新法第四十条の四第十一項に規定する居住者の令和元年分（平成三十一年一月一日から令和元年十二月三十一日までの期間に係る年分をいう。次項において同じ。）以後の各年分の同条第十一項に規定する書類（当該居住者に係る同条第二項第一号に規定する外国関係会社の平成三十年四月一日以後に開始した事業年度に係るものに限る。）について適用し、旧法第四十条の四第十一項に規定する居住者の平成三十年分以前の各年分の同項に規定する書類については、なお従前の例による。
３
新規則第十八条の二十の二第十三項の規定は、新法第四十条の七第十一項に規定する居住者の令和元年分以後の各年分の同項に規定する書類（当該居住者に係る同条第一項に規定する外国関係法人の平成三十年四月一日以後に開始した事業年度に係るものに限る。）について適用し、旧法第四十条の七第十一項に規定する居住者の平成三十年分以前の各年分の同項に規定する書類については、なお従前の例による。
（給与所得者の住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除申告書等に関する経過措置）
第八条
新規則第十八条の二十三第一項及び第十八条の二十三の二第十七項の規定は、施行日以後に新法第四十一条の二の二第一項の規定により提出する同項に規定する申告書について適用し、施行日前に旧法第四十一条の二の二第一項の規定により提出した同項に規定する申告書については、なお従前の例による。
（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
第九条