居住者が平成十年十二月三十一日以前に新法第四十一条第一項に規定する居住用家屋若しくは既存住宅又は増改築等をした家屋（当該増改築等に係る部分に限る。）を同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合における新令第二十六条第五項、第八項、第十一項、第十四項、第十七項及び第二十一項並びに第二十六条の二第三項の規定の適用については、次に定めるところによる。
一
新令第二十六条第五項中「既存住宅（同項に規定する住宅借入金等（以下次条までにおいて「住宅借入金等」という。）にこれらの家屋の敷地の用に供する土地等の取得に係る住宅借入金等が含まれる場合には、これらの家屋及び当該土地等）」とあるのは「既存住宅」と、「次に」とあるのは「第一号又は第三号に」と、同項第一号中「住宅借入金等」とあるのは「法第四十一条第一項に規定する住宅借入金等（以下次条までにおいて「住宅借入金等」という。）」とする。
二
新令第二十六条第八項第二号中「取得（当該居住用家屋又は当該既存住宅の取得とともにした当該宅地建物取引業者からの当該居住用家屋又は当該既存住宅の敷地の用に供されていた土地等の取得を含む。）」とあるのは「取得」と、同項第三号中「取得（当該家屋の取得とともにする当該家屋の敷地の用に供されていた土地等の取得を含む。）」とあるのは「取得」と、「譲渡（当該家屋の譲渡とともにする当該家屋の敷地の用に供されていた土地等の譲渡を含む。）」とあるのは「譲渡」と、「取得（当該居住用家屋の取得とともにした当該居住用家屋の譲渡をした者からの当該居住用家屋の敷地の用に供されていた土地等の取得を含む。）」とあるのは「取得」と、同項第四号中「次に」とあるのは「イ、ハ又はニに」と、「借入金（ロに掲げる資金に係るものについては、当該借入金の受領がロの新築の工事の着工の日後にされたものに限る。）」とあるのは「借入金」と、同号イ中「資金（ロに掲げる資金を除く。）」とあるのは「資金」と、同号ハ中「場合（これらの家屋とともにこれらの家屋の敷地の用に供されていた土地等の取得をした場合を含む。）」とあるのは「場合」と、同項第五号中「前号イからニまで」とあるのは「前号イ、ハ又はニ」と、「借入金（前号ロに掲げる資金に係るものについては、当該借入金の受領が同号ロの新築の工事の着工の日後にされたものに限る。）」とあるのは「借入金」とする。
三
新令第二十六条第十一項中「、次に」とあるのは「、第一号又は第二号に」と、同項第一号中「取得（当該居住用家屋の取得とともにした当該事業主団体又は福利厚生会社からの当該居住用家屋の敷地の用に供されていた土地等の取得を含む。）」とあるのは「取得」と、「当該居住用家屋（当該居住用家屋の敷地の用に供される土地等を含む。）」とあるのは「当該居住用家屋」と、同項第二号中「取得（当該居住用家屋の取得とともにした当該掲げる者からの当該居住用家屋の敷地の用に供されていた土地等の取得を含む。）」とあるのは「取得」と、「当該居住用家屋（当該居住用家屋の敷地の用に供される土地等を含む。）」とあるのは「当該居住用家屋」とする。
四
新令第二十六条第十四項中「取得（当該既存住宅の取得とともにした当該既存住宅の譲渡をした者からの当該既存住宅の敷地の用に供されていた土地等の取得を含む。）」とあるのは「取得」と、「居住用家屋（当該居住用家屋の敷地の用に供される土地等を含む。）」とあるのは「居住用家屋」とする。
五
新令第二十六条第十七項中「次に」とあるのは「第一号、第五号又は第六号に」と、同項第五号中「場合（これらの家屋とともにこれらの家屋の敷地の用に供されていた土地等の取得をした場合を含む。）」とあるのは「場合」とする。
六
新令第二十六条第二十一項第一号中「第十九条の二第二項に規定する基準利率（次号において「基準利率」という。）」とあるのは「年三パーセント」と、同項第二号中「基準利率」とあるのは「年三パーセントの利率」と、同項第三号中「若しくは既存住宅（これらの家屋の敷地の用に供されていた土地等を含む。）又は同項に規定する居住用家屋の敷地の用に供する土地等」とあるのは「又は既存住宅」とする。
七
新令第二十六条の二第三項中「家屋及び同項に規定する土地等に関する事項並びに」とあるのは、「家屋に関する事項及び」とする。
３
居住者が新法第四十一条第一項に規定する居住用家屋で建築後使用されたことのないもの又は同項に規定する既存住宅をその敷地の用に供されている土地（土地の上に存する権利を含む。以下この項において「土地等」という。）とともに取得し、かつ、当該居住用家屋又は既存住宅を平成十年十二月三十一日以前に同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合（当該居住用家屋又は既存住宅及び当該土地等を一の契約により同一の者から譲り受けた場合に限る。）において、その譲受けの対価の額がこれらの資産ごとに区分されていないことその他の事情により当該土地等とこれらの家屋の別にその譲受けの対価の額を区分することが困難であるときは、当該居住者は、これらの資産の譲受けの対価の額に財務省令で定める割合を乗じて計算した金額を、当該居住用家屋又は既存住宅の取得の対価の額とすることができる。
４
改正法附則第十八条第三項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同条第二項に規定する特例適用年（その特例適用年が平成十六年である場合に限る。以下この項において「特例適用年」という。）の十二月三十一日（その者が死亡した場合又は同条第二項に規定する住宅の取得等若しくは同条第三項に規定する他の住宅取得等（以下この項において「他の住宅取得等」という。）をした新法第四十一条第一項に規定する居住用家屋若しくは既存住宅又は増改築等をした家屋が災害により居住の用に供することができなくなった場合には、その死亡し、又はその居住の用に供することができなくなった日）における同条第一項に規定する住宅借入金等の金額につき改正法附則第十八条第三項に規定する特例適用住宅借入金等の金額（以下この項において「特例適用住宅借入金等の金額」という。）と同条第三項に規定する他の住宅借入金等（以下この項において「他の住宅借入金等」という。）の金額とに区分し、当該区分をした当該特例適用住宅借入金等の金額と当該他の住宅借入金等の金額ごとに次の各号の規定によりそれぞれ計算した当該各号に掲げる金額（当該金額に百円未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）の合計額とする。
ただし、当該合計額が五十万円を超えるときは、当該特例適用年における同条第二項の住宅借入金等特別税額控除額は、五十万円とする。
一
当該特例適用住宅借入金等の金額につき改正法附則第十八条第二項第二号の規定に準じて計算した金額
二
当該他の住宅借入金等の金額につき異なる新法第四十一条第一項に規定する居住年（居住年が平成十三年である場合には、同項に規定する平成十三年前期と同項に規定する平成十三年後期とをそれぞれ一の年とみなした場合における居住年。以下この号において「居住年」という。）ごとに区分し、当該区分をした居住年に係る他の住宅取得等に係る他の住宅借入金等の金額ごとにそれぞれ同条第二項各号の規定に準じて計算した金額
５
改正法附則第十八条第二項の規定により新法第四十一条の規定の適用を受けようとする場合における同条第十項及び第十一項の規定の適用については、同条第十項中「同項」とあるのは、「租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第十八条第二項の規定により第一項の規定の適用を受けようとする旨の記載及び同項」とする。
（特定の居住用財産の買換え等の場合の譲渡損失の繰越控除に関する経過措置）
第十一条
新令第二十六条の七第六項の規定は、個人が平成十一年一月一日以後に新法第四十一条の五第三項第一号に規定する譲渡資産の特定譲渡をする場合について適用し、個人が同日前に旧法第四十一条の五第三項第一号に規定する譲渡資産の特定譲渡をした場合については、なお従前の例による。
（償還差益に対する所得税額の法人税額からの控除等に関する経過措置）
第十二条
施行日前に発行された旧法第四十一条の十二第八項に規定する割引債につき同条第四項の規定により同項に規定する償還を受ける時に徴収される所得税とみなされた所得税の額の法人税の額からの控除については、なお従前の例による。
２
施行日前に発行された旧法第四十一条の十二第六項の割引債に係る同項の規定による所得税の還付については、なお従前の例による。
３
施行日前に発行された旧法第四十一条の十二第五項から第七項までに規定する割引債に係る旧令第二十六条の十六第一項に規定する控除することができない金額の還付については、なお従前の例による。
（法人税の特例に関する経過措置の原則）
第十三条
新令第三章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（事業基盤強化設備を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
第十四条
新令第二十七条の七第一項、第五項及び第十三項の規定は、法人が施行日以後に取得若しくは製作又は賃借をする新法第四十二条の七第一項に規定する事業基盤強化設備について適用し、法人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧法第四十二条の七第一項に規定する事業基盤強化設備については、なお従前の例による。