前項の内国法人の同項に規定する調整事業年度の同項の規定の適用において、同項第一号に規定する事由該当通算法人の同項に規定する他の適用事業年度において生じた通算前欠損金額が既確定通算前欠損金額（当該調整事業年度終了の日以前に提出された当該他の適用事業年度の確定申告書等若しくは修正申告書に添付された書類又は同日以前にされた国税通則法第二十四条若しくは第二十六条の規定による更正に係る同法第二十八条第二項に規定する更正通知書に添付された書類のうち、最も新しいものに通算前欠損金額として記載された金額をいう。以下この項において同じ。）と異なる場合には、当該既確定通算前欠損金額を当該他の適用事業年度において生じた通算前欠損金額とみなす。
８
第四項の通算法人の特定対象事業年度又は特例対象事業年度において、法人税法第六十四条の五第八項の規定の適用がある場合には、第五項の規定は、当該特定対象事業年度又は特例対象事業年度については、適用しない。
この場合において、当該特定対象事業年度又は特例対象事業年度を第六項に規定する適用事業年度とする同項の内国法人の同項に規定する調整事業年度については、前二項の規定は、適用がないものとする。
９
第一項又は第二項の規定は、これらの規定の適用を受けようとする事業年度の確定申告書等にこれらの規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。
この場合において、これらの規定により損金の額に算入される金額は、当該申告に係るその損金の額に算入されるべき金額に限るものとする。
１０
税務署長は、前項の記載又は添付がない確定申告書等の提出があつた場合においても、その記載又は添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の明細書の提出があつた場合に限り、第一項又は第二項の規定を適用することができる。
１１
第一項又は第二項の規定の適用を受けた法人のこれらの規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第六十七条第三項及び第五項の規定の適用については、これらの規定に規定する所得等の金額に含まれるものとし、第六項の規定により益金の額に算入された金額は、同条第三項及び第五項の規定の適用については、これらの規定に規定する所得等の金額に含まれないものとする。
１２
第一項の表の各号の中欄に掲げる区域又は第二項に規定する経済金融活性化特別地区として指定された地区の区域に変更があつた場合における第一項に規定する提出の日又は第二項に規定する指定の日、これらの規定又は第六項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算その他第一項、第二項又は第四項から第八項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第三節の五　国家戦略特別区域における指定法人の課税の特例
第六十一条
青色申告書を提出する内国法人で各事業年度終了の日において国家戦略特別区域法第二十七条の三に規定する法人に該当するもの（国家戦略特別区域法の一部を改正する法律（平成二十八年法律第五十五号）の施行の日から令和八年三月三十一日までの間に同条の指定を受けたものに限る。以下この項及び第三項において「対象内国法人」という。）が、当該各事業年度（当該対象内国法人の設立の日から同日以後五年を経過する日までの期間（当該対象内国法人が合併により設立された法人である場合その他の政令で定める場合には、当該期間のうち政令で定める期間）内に終了する事業年度に限る。以下この条において「対象事業年度」という。）において、国家戦略特別区域法第二条第一項に規定する国家戦略特別区域内において行われる同法第二十七条の三に規定する特定事業（当該国家戦略特別区域以外の地域において行われる当該特定事業に関連する事業として財務省令で定める事業を含む。第三項及び第四項において「特定事業等」という。）に係る所得の金額として政令で定める金額を有する場合には、当該金額の百分の十八に相当する金額は、当該各対象事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
２
前項の規定は、次に掲げる規定の適用を受ける事業年度については、適用しない。
一
第四十二条の十第一項若しくは第二項又は第四十二条の十一第一項若しくは第二項の規定
二
第四十二条の十第一項又は第四十二条の十一第一項の規定に係る第五十二条の二第一項又は第四項の規定
三
第四十二条の十第一項又は第四十二条の十一第一項の規定に係る第五十二条の三第一項から第三項まで、第十一項又は第十二項の規定
四
第五十九条の三第一項又は前条第一項若しくは第二項の規定
３
対象内国法人である通算法人について次に掲げる場合に該当する場合には、当該通算法人の対象事業年度（当該通算法人に係る通算親法人の事業年度終了の日に終了するものに限る。以下この項において同じ。）の特定事業等に係る第一項に規定する所得の金額として政令で定める金額は、特定事業等欠損控除前所得金額（当該通算法人及び対象内国法人である他の通算法人（当該対象事業年度終了の日において当該通算法人との間に通算完全支配関係があるものに限る。第一号及び次項において「他の対象通算法人」という。）の特定事業等により生じた所得のみについて法人税を課するものとした場合における対象事業年度又は同日に終了する事業年度（以下この項において「対象事業年度等」という。）の法人税法第六十四条の五第一項に規定する通算前所得金額及び通算前欠損金額として政令で定める金額（以下この項及び次項においてそれぞれ「通算前所得金額」及び「通算前欠損金額」という。）を基礎として同条の規定により計算した当該通算法人の特定事業等に係る所得の金額として政令で定める金額をいう。）に相当する金額（当該金額が当該通算法人及び他の通算法人（同日において当該通算法人との間に通算完全支配関係があるものに限る。第二号及び次項において「他の通算法人」という。）の当該対象事業年度等の通算前所得金額及び通算前欠損金額を基礎として同条の規定により計算した当該通算法人の所得の金額として政令で定める金額（以下この項において「欠損控除前所得金額」という。）を超える場合には、当該欠損控除前所得金額に相当する金額）とする。
一
他の対象通算法人の他の事業年度（当該通算法人の対象事業年度終了の日に終了する事業年度をいう。次号及び次項において同じ。）において特定事業等に係る通算前欠損金額が生ずる場合
二
他の通算法人の他の事業年度において通算前欠損金額が生ずる場合
４
前項の場合において、他の対象通算法人の特定事業等により生じた所得のみについて法人税を課するものとした場合における他の事業年度の通算前所得金額若しくは通算前欠損金額として政令で定める金額又は他の通算法人の他の事業年度の通算前所得金額若しくは通算前欠損金額が当初特定事業等通算前所得金額若しくは当初特定事業等通算前欠損金額又は当初通算前所得金額若しくは当初通算前欠損金額（それぞれ他の対象通算法人の他の事業年度の確定申告書等（期限後申告書を除く。以下この項において同じ。）に添付された書類に当該他の対象通算法人の特定事業等により生じた所得のみについて法人税を課するものとした場合における当該他の事業年度の通算前所得金額若しくは通算前欠損金額として政令で定める金額として記載された金額又は他の通算法人の他の事業年度の確定申告書等に添付された書類に当該他の通算法人の当該他の事業年度の通算前所得金額若しくは通算前欠損金額として記載された金額をいう。以下この項において同じ。）と異なるときは、当初特定事業等通算前所得金額若しくは当初特定事業等通算前欠損金額又は当初通算前所得金額若しくは当初通算前欠損金額を当該他の対象通算法人の特定事業等により生じた所得のみについて法人税を課するものとした場合における他の事業年度の通算前所得金額若しくは通算前欠損金額として政令で定める金額又は他の通算法人の他の事業年度の通算前所得金額若しくは通算前欠損金額とみなす。
５