第五条第一項の規定により同項第三号に掲げる鉄道施設又は軌道施設を貸し付ける場合における毎事業年度の貸付料の額は、認定速達性向上事業者に貸し付ける場合にあっては都市鉄道等利便増進法第五条第五項に規定する認定速達性向上計画（同項の規定による変更の認定があったときは、その変更後のもの）に記載された同条第二項第五号に規定する使用料の額とし、認定駅施設利用円滑化事業者に貸し付ける場合にあっては同法第十四条第十二項に規定する認定交通結節機能高度化計画（同項の規定による変更の認定があったときは、その変更後のもの）に記載された同条第三項に規定する使用料の額とする。
第八条
第五条第二項の規定により同項第二号に掲げる鉄道施設又は軌道施設を譲渡する場合における譲渡価額は、当該鉄道施設又は軌道施設の建設又は大改良に要した費用（当該鉄道施設又は軌道施設の建設又は大改良に係る借入れに係る譲渡時までに生じた利子（国土交通大臣が指定する利率により生ずるものとして計算したものに限る。）並びに機構債券に係る債券発行費及び債券発行差金並びに当該鉄道施設又は軌道施設に係る租税を含む。）のうち機構が負担した額とする。
２
第五条第二項の規定により同項第二号に掲げる鉄道施設又は軌道施設を譲渡する場合における対価は、国土交通大臣が指定する期間を支払期間とする割賦支払の方法により支払うべきものとし、その支払額は、次に掲げる額の合計額とする。
一
当該鉄道施設又は軌道施設の譲渡価額を元本とする元利均等半年賦支払（その利率は、国土交通大臣が指定する率とする。）の方法による元利支払額
二
当該国土交通大臣が指定する期間内の当該鉄道施設又は軌道施設に係る機構債券に係る債券発行費及び債券発行差金並びに管理費（当該鉄道施設又は軌道施設に係るものとして配賦した管理費を含む。）の合計額
３
第一項の国土交通大臣が指定する利率及び前項第一号の国土交通大臣が指定する率は、当該鉄道施設又は軌道施設の建設又は大改良に係る借入れに係る利子（機構が当該借入れに係る利子について補給金を受けた場合にあっては、当該補給金の額に相当する額を控除した額）を基礎として算出した率とする。
４
第二項第一号の国土交通大臣が指定する率が変更された場合においては、同項の国土交通大臣が指定する期間のうち当該変更後の期間に係る同項の支払額は、次に掲げる額の合計額とする。
一
当該鉄道施設又は軌道施設の譲渡価額から当該変更前に支払った第二項第一号の元利支払額のうち元本に相当する額を控除した額を元本とする元利均等半年賦支払（その利率は、当該変更された率とする。）の方法による元利支払額
二
当該変更後の期間に係る第二項第二号に掲げる額
（特定債権の繰入れの範囲等）
第九条
法第十七条第三項第一号に掲げる事業に係る同項の規定による繰入れは、毎事業年度、第一号から第三号までに掲げる額の合計額から第四号から第七号までに掲げる額の合計額を減じて得た額の範囲内において行うものとする。
一
法第十七条第三項に規定する特定債権に基づく毎事業年度の支払額
二
当該事業年度における法第十七条第五項の規定による繰入金の額
三
当該事業年度における法第十七条第六項の規定による繰入金（法附則第三条第十項後段の規定によるものを含む。附則第四条第一項第二号ロ及び第二項第一号において同じ。）、法附則第十一条第一項第五号の規定による貸付金（法附則第十四条の規定による廃止前の運輸施設整備事業団法（平成九年法律第八十三号。以下「旧事業団法」という。）第二十条第一項第三号及び旧事業団法附則第十五条の規定による廃止前の鉄道整備基金法（平成三年法律第四十六号。以下この号及び第七号イにおいて「旧基金法」という。）第二十条第一項第三号の規定による帝都高速度交通営団（以下「営団」という。）に対する貸付金を含む。附則第四条第一項第二号ロ及び第二項第一号において同じ。）の償還金及び旧事業団法第二十条第七項の協定に基づく寄託金（旧基金法第二十条第六項の協定に基づく寄託金を含む。附則第四条第一項第二号ロ及び第二項第一号において同じ。）の返還金の合計額
四
当該事業年度における第三項の費用及び法第十七条第四項第三号に規定する管理費の額の合計額
五
旧事業団法附則第七条第一項の規定により運輸施設整備事業団（以下「事業団」という。）が承継し、さらに、法附則第三条第一項の規定により機構が承継した債務（当該債務の償還及び当該債務に係る利子の支払に係る借入れに係る債務を含む。）であって機構が当該事業年度の開始の日において負担しているものの償還及び当該債務に係る利子の支払を、償還期間を同日から平成二十九年三月三十一日までの期間とし、利率を当該債務の平均利率（当該事業年度の当該債務に係る利子の額を当該債務の額で除して得た率をいう。）に相当する率として元利均等半年賦支払の方法により行うものとした場合における当該事業年度の償還額及び利子の支払額の合計額
六
当該事業年度における法附則第十一条第一項第七号の規定による長期借入金の償還及び当該長期借入金に係る利子の支払に要する費用の額
七
当該事業年度において、イ又はロに掲げる額のいずれか多い額
イ
旧基金法附則第四条第二項に規定する鉄道整備基金が承継した債務の額に相当する額の債務の償還及び当該債務に係る利子の支払を、償還期間を平成三年十月一日から平成二十九年三月三十一日までの期間とし、利率を年六・三五パーセントとして元利均等半年賦支払の方法により行うものとした場合における当該事業年度の償還額及び利子の支払額並びに第三号に掲げる額の合計額
ロ
当該事業年度における法附則第三条第十一項の規定により繰り入れる額（当該事業年度における法附則第十一条第一項第六号の規定による長期借入金の額に相当する額を除く。）
２
法第十七条第三項第二号に掲げる事業に係る同項の規定による繰入れ及び法附則第十一条第一項第五号の規定による助成は、毎事業年度、前項第七号イに掲げる額から同号ロに掲げる額を減じて得た額の範囲内において行うものとする。
３
法第十七条第四項第三号の政令で定める費用は、租税及び機構債券に係る債券発行費とする。
４
法第十七条第四項第三号の政令で定めるところにより算定した額は、当該事業年度における第一項第四号及び第五号並びに第七号ロに掲げる額の合計額とする。
（新幹線鉄道に係る鉄道施設の建設の剰余金の算定方法）
第十条
法第十七条第五項の剰余金は、各事業年度において、第一号に掲げる額から第二号及び第三号に掲げる額の合計額を減ずることによりその額を算定するものとする。
一
法第十七条第五項に規定する事業により建設された鉄道施設を機構が法第十三条第一項第三号の規定により鉄道事業者に貸し付ける場合において当該事業年度における貸付料の額から当該事業年度における当該貸付けに係る鉄道施設に関する租税及び管理費（機構において当該鉄道施設に係るものとして配賦した租税及び管理費を含む。）の合計額を減じて得た額
二
機構において当該事業年度における法第十七条第五項に規定する事業に要する費用の額（機構が当該事業年度において当該事業に関し補助金の交付又は法附則第十条第一項の規定による無利子貸付金の貸付けを受けた場合にあっては、当該補助金又は無利子貸付金の額に相当する額を控除した額）
三
機構において法第十七条第五項に規定する事業に係る借入れに係る債務について当該事業年度における当該債務の償還及び当該債務に係る利子の支払に要する費用の額
（鉄道施設又は軌道施設の建設及び大改良に係る繰入れ）
第十一条
法第十七条第六項の規定による繰入れは、同条第三項第二号に掲げる事業に要する費用の一部に充てるため同項の規定により繰り入れた日から十年六月を経過する日及びその日から六月を経過する日ごとに、当該繰り入れた金額の百分の五に相当する金額を当該繰り入れた金額に相当する金額に達するまで繰り入れることにより行うものとする。
（毎事業年度において国庫に納付すべき額の算定方法）
第十二条
次の各号に掲げる勘定における法第十八条第四項の規定により読み替えて適用する独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第四十四条第一項ただし書の政令で定めるところにより計算した額（第十七条において「毎事業年度において国庫に納付すべき額」という。）は、それぞれ当該各号に定める額とする。
一
法第十七条第一項第二号に掲げる業務に係る勘定
イに掲げる額からロに掲げる額を減じて得た額
イ
当該事業年度における通則法第四十四条第一項に規定する残余の額
ロ
当該事業年度における政府からの出資額の二分の一に相当する額から当該事業年度の前事業年度までに積み立てた積立金の額を減じて得た額
二
法第十七条第一項第三号に掲げる業務に係る勘定
当該事業年度における通則法第四十四条第一項に規定する残余の額に百分の九十を乗じて得た額
（積立金の処分に係る承認の手続）
第十三条