法第十二条第一項第六号の国土交通省令で定める部分は、専らＥＴＣ通行車（道路整備特別措置法施行規則（昭和三十一年建設省令第十八号）第十三条第二項第三号イに規定するＥＴＣ通行車をいう。）の通行の用に供することを目的とする高速道路（高速道路株式会社法第二条第二項に規定する高速道路をいう。）の部分とする。
（法第十二条第一項第七号の国土交通省令で定める施設）
第十九条の五
法第十二条第一項第七号の国土交通省令で定める施設は、次に掲げるものとする。
一
休憩所
二
自動車に燃料電池又は内燃機関の燃料として圧縮水素を充塡するための施設
三
電気自動車（専ら電気を動力源とする自動車をいう。）に電気を供給するための施設
（協定）
第二十条
機構は、会社と協定（法第十三条第一項に規定する協定をいう。以下同じ。）を締結しようとするときは、会社と共同して次に掲げる書類を作成しなければならない。
一
工事計画書
二
平面図、縦断図、横断定規図その他必要な図面
三
会社及び機構の収支予算の明細
四
貸付料の額及び貸付期間算出の基礎を記載した書類
五
料金の額及びその徴収期間算出の基礎を記載した書類
六
推定交通量及びその算出の基礎を記載した書類
２
機構は、会社と協定を締結したときは、遅滞なく、協定を公表しなければならない。
（特定更新等工事の対象となる施設又は工作物）
第二十条の二
法第十三条第一項第二号の国土交通省令で定める施設又は工作物は、橋、トンネル、高架の道路、土工及び防護施設とする。
（協定に定める事項）
第二十一条
法第十三条第一項第十号の国土交通省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一
会社による高速道路の管理の適正な水準の確保に関し必要な事項
二
会社の経営努力による高速道路の新設、改築、維持、修繕その他の管理に要する費用の縮減を助長するための機構の助成に関し必要な事項
三
協定の変更その他必要な事項
（業務実施計画に定める事項）
第二十二条
法第十四条第一項第十号の国土交通省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一
会社による高速道路の管理の適正な水準の確保に関し必要な事項
二
会社の経営努力による高速道路の新設、改築、維持、修繕その他の管理に要する費用の縮減を助長するための機構の助成に関し必要な事項その他必要な事項
（業務実施計画に係る認可の申請の添付書類）
第二十三条
法第十四条第三項の国土交通省令で定める書類は、次に掲げるものとする。
一
貸付料及び貸付期間算出の基礎を記載した書類
二
推定交通量及びその算出の基礎を記載した書類
（貸付料と併せて機構の業務に要する費用等を償う収入）
第二十四条
令第三条第九号の国土交通省令で定める収入は、次に掲げる収入とする。
一
高速道路勘定に属する資産の処分による収入
二
法第十三条第一項第九号に規定する徴収期間を通じた同号に規定する料金の額の合計額を減少させることによる当該高速道路の通行者及び利用者の負担の軽減を図るために国が機構に交付する補助金
三
道路整備特別措置法施行令（昭和三十一年政令第三百十九号）附則第五項第二号から第四号までに掲げる事業に要する費用を負担するため当該事業を実施する者により支払われる負担金に係る収入
（基金の運用方法）
第二十五条
法第二十条第二項第三号の国土交通省令で定める方法は、信託業務を営む金融機関（金融機関の信託業務の兼営等に関する法律（昭和十八年法律第四十三号）第一条第一項の認可を受けた金融機関をいう。）への金銭信託で元本補てんの契約のあるものとする。
（基金の増減）
第二十六条
法第二十条第一項の基金は、毎事業年度、本州四国連絡橋の建設に伴う一般旅客定期航路事業等に関する特別措置法第十五条第一項に規定する退職金支払確保契約に基づいて行う離職見込者の退職のときの特定事業主に対する給付として当該事業年度に支払った金額を減じ、同項に規定する特定事業主が当該退職金支払確保契約に基づき機構に掛金として当該事業年度に納付した金額及び当該事業年度における運用収入の金額の全部又は一部を加えることにより、損益計算を行い、その損益計算上生じた利益又は損失の額により、増加し、又は減少するものとする。
（積立金の処分に係る承認の申請の添付書類）
第二十七条
独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令第二十一条第二項の国土交通省令で定める書類は、次に掲げるものとする。
一
当該期間最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表
二
当該期間最後の事業年度の損益計算書
三
当該期間最後の事業年度の事業年度末の利益の処分に関する書類
四
承認を受けようとする金額の計算の基礎を明らかにした書類
（不動産登記規則の準用）
第二十八条
不動産登記規則（平成十七年法務省令第十八号）第四十三条第一項第四号（同規則第五十一条第八項、第六十五条第九項、第六十八条第十項及び第七十条第七項において準用する場合を含む。）、第六十三条の二第一項及び第三項、第六十四条第一項第一号及び第四号並びに第百八十二条第二項の規定については、機構を国の行政機関とみなして、これらの規定を準用する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、日本道路公団等民営化関係法施行法（平成十六年法律第百二号）の施行の日（平成十七年十月一日）から施行する。
（不動産登記規則の準用に関する経過措置）
第二条
不動産登記規則附則第十五条第四項第一号及び第三号の規定については、機構を国の行政機関とみなして、これらの規定を準用する。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、公布の日から施行し、この省令による改正後の独立行政法人日本高速道路保有・債務返済機構に関する省令第十一条の二及び次条の規定は、平成十七年十月一日から適用する。
（償却資産の指定の特例）
第二条
機構の成立の際、日本道路公団等民営化関係法施行法（平成十六年法律第百二号）第十五条第一項の規定により機構が本州四国連絡橋公団から承継した償却資産のうち、日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律（平成十年法律第百三十六号。以下「債務等処理法」という。）附則第七条の規定による廃止前の日本国有鉄道清算事業団法（昭和六十一年法律第九十号）附則第十一条第一項に規定する鉄道施設に係る資産（同項の規定により債務等処理法附則第二条の規定による解散前の日本国有鉄道清算事業団が負担した債務に係る資産のうち機構が承継したものを除く。）については、第十一条の二第一項の指定を受けたものとみなす。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。
附　則
この省令は、日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律等の一部を改正する法律の施行の日（平成二十三年八月一日）から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、道路法等の一部を改正する法律の施行の日（平成二十五年九月二日）から施行する。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
この省令は、道路法等の一部を改正する法律の施行の日（平成二十六年六月三十日）から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日（平成二十七年四月一日）から施行する。
（中期目標管理法人となる独立行政法人の業務実績等報告書に係る経過措置）
第二条
改正法附則第八条第一項の規定により改正法による改正前の独立行政法人通則法第二十九条第一項の中期目標が改正法による改正後の独立行政法人通則法第二十九条第一項の中期目標とみなされる場合におけるこの省令による改正後の次に掲げる省令の規定の適用については、これらの規定中「当該事業年度における業務の実績（当該項目が通則法」とあるのは「当該事業年度における業務の実績（当該項目が独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（以下「旧通則法」という。）」と、「第二十九条第二項第二号に」とあるのは「第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「結果（当該項目が通則法」とあるのは「結果（当該項目が旧通則法」と、「期間における業務の実績（当該項目が通則法」とあるのは「期間における業務の実績（当該項目が旧通則法」とする。
一から十まで
略
十一
独立行政法人日本高速道路保有・債務返済機構に関する省令第七条の二第一項
（事業報告書の作成に係る経過措置）
第四条
この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、改正法の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
一から十六まで
略
十七
独立行政法人日本高速道路保有・債務返済機構に関する省令第十二条の二第三項
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
この省令は、道路法等の一部を改正する法律の施行の日（平成三十年九月三十日）から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、公布の日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条
この省令による改正後の規定の平成三十一年四月一日前に開始する事業年度における適用については、なお従前の例による。
附　則
（施行期日）
１
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
この省令は、道路法等の一部を改正する法律の施行の日（令和二年十一月二十五日）から施行する。
附　則
この省令は公布の日から施行する。
附　則
この省令は、道路整備特別措置法及び独立行政法人日本高速道路保有・債務返済機構法の一部を改正する法律の施行の日（令和五年九月六日）から施行する。