前項の申出書が同項に規定する税務署長に提出された場合には、第十九項の金融商品取引業者等の営業所の長においてその受理がされた日にその提出があつたものとみなす。
２２
第十四項第二十二号の居住者又は恒久的施設を有する非居住者が、一般口座（当該割当株式を受け入れた特定口座が開設されている金融商品取引業者等以外の金融商品取引業者等の営業所に開設されたものに限る。）において、当該受入れの日前に当該割当株式と同一銘柄の株式を有していたことにより、当該割当株式を受け入れた特定口座において処理された当該割当株式と同一銘柄の株式の上場株式等の譲渡をした場合における当該譲渡による所得の金額の計算上総収入金額から控除すべき売上原価又は取得費の額の計算の基礎となる当該割当株式の取得価額がその受け入れた割当株式の取得価額と異なる場合には、次に定めるところによる。
一
当該特定口座が開設されている金融商品取引業者等の営業所の長は、その異なることを知つた場合には、速やかに、その知つた旨その他財務省令で定める事項を当該居住者又は恒久的施設を有する非居住者の住所地の所轄税務署長に通知しなければならないものとする。
二
前号の所轄税務署長がその異なることについて同号の金融商品取引業者等の営業所の長の責めに帰すべき理由があると認める場合を除き、同号の特定口座において法第三十七条の十一の四第一項に規定する源泉徴収選択口座内調整所得金額又は同条第三項に規定する満たない部分の金額若しくは特定費用の金額として計算された金額は、当該割当株式を当該特定口座に受け入れた取得価額を基礎として計算されたものとみなす。
三
その異なることにより所得税の負担を減少させる結果となるときは、前号に規定する場合を除き、当該割当株式を受け入れた特定口座に係る法第三十七条の十一の五第一項各号に掲げる金額については、同条の規定は、適用しない。
２３
第十四項第五号から第十一号までに規定する事由その他財務省令で定める事由により取得し、又は同項第十六号の規定により返還された上場株式等で特定口座に受け入れなかつたものがある場合には、当該上場株式等については、当該事由が生じた時又は当該返還された時に当該特定口座に受け入れたものと、その受入れ後直ちに当該特定口座からの払出しがあつたものとそれぞれみなして、所得税法施行令第二編第一章第四節第三款及び第百六十七条の七第四項から第七項までの規定並びに第二十五条の十二の四第四項の規定（これらの規定を第一項後段の規定により適用する場合を含む。）並びに第九項第一号及び第二十五項の規定を適用する。
２４
法第三十七条の十一の三第三項第三号に規定する政令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一
法第三十七条の十一の三第三項第三号の契約に基づく上場株式等の信用取引等は、当該信用取引等に係る口座に設けられた特定信用取引等勘定（同号に規定する特定信用取引等勘定をいう。次号において同じ。）において処理すること。
二
特定信用取引等勘定においては、特定口座開設届出書の提出後に開始する上場株式等の信用取引等に関する事項のみを処理すること。
三
前二号に掲げるもののほか財務省令で定める事項
２５
居住者又は恒久的施設を有する非居住者が、特定口座から特定口座内保管上場株式等の全部又は一部の払出し（振替によるものを含むものとし、法第三十七条の十一の三第三項第二号に規定する方法により行われる譲渡に係るもの及び当該特定口座以外の特定口座への移管に係るものを除く。）をした場合には、当該払出し後の当該払出しをした上場株式等と同一銘柄の上場株式等（特定口座内保管上場株式等であるものを除く。）の譲渡による所得の金額の計算上総収入金額から控除すべき売上原価又は取得費の額の計算及び当該同一銘柄の上場株式等の所有期間の判定については、次に定めるところによる。
一
所得税法施行令第二編第一章第四節第三款及び第百六十七条の七第四項から第七項までの規定並びに第二十五条の十二の四第四項の規定の適用については、当該払出しをした上場株式等は、当該払出しの時に、第十一項第二号イに規定する取得費等の額として計算される金額（同号イに規定する費用がある場合には、同号イに規定する合計額）により取得されたものとする。
二
所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）附則第四十八条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第三十七条の十三の三第一項に規定する政令で定める期間に係る同項の規定その他財務省令で定める規定の適用については、当該払出しをした上場株式等は、第十一項第二号ロに規定する取得日に取得されたものとする。
２６
居住者又は恒久的施設を有する非居住者が開設する特定口座に係る特定口座内保管上場株式等を発行した法人は、次の各号に掲げる場合に該当する場合には、当該特定口座が開設されている金融商品取引業者等の営業所の長に対し、当該各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める事項その他特定口座内保管上場株式等の取得価額の計算に関し参考となるべき事項を通知しなければならない。
一
当該法人が所得税法第二十四条第一項に規定する分割型分割を行つた場合
当該分割型分割を行つた旨及び当該分割型分割に係る所得税法施行令第六十一条第二項第二号に規定する割合
二
当該法人が所得税法第二十四条第一項に規定する株式分配を行つた場合
当該株式分配を行つた旨及び当該株式分配に係る所得税法施行令第六十一条第二項第三号に規定する割合
三
当該法人が所得税法第二十五条第一項第四号に規定する資本の払戻し（イにおいて「資本の払戻し」という。）又は解散による残余財産の分配（以下この号において「払戻し等」という。）を行つた場合
当該払戻し等を行つた旨及び当該払戻し等に係る所得税法施行令第六十一条第二項第四号イに規定する割合（次に掲げる場合には、当該払戻し等に係るそれぞれ次に定める割合）
イ
当該払戻し等が二以上の種類の株式又は出資を発行していた法人が行つた資本の払戻しである場合
当該特定口座内保管上場株式等に係る所得税法施行令第六十一条第二項第四号ロに規定する種類払戻割合
ロ
当該払戻し等が所得税法第二十四条第一項に規定する出資等減少分配である場合
所得税法施行令第六十一条第二項第五号に規定する割合
（特定口座開設届出書を提出する者の告知等）
第二十五条の十の三
法第三十七条の十一の三第四項の規定により金融商品取引業者等の営業所の長に特定口座開設届出書の提出をしようとする居住者又は恒久的施設を有する非居住者は、その提出をする際、当該金融商品取引業者等の営業所の長に、その者の次項に規定する書類を提示し、又はその者の署名用電子証明書等（同条第四項に規定する署名用電子証明書等をいう。第三項、第五項及び次条第一項において同じ。）を送信して氏名、生年月日、住所（国内に住所を有しない者にあつては、法第三十七条の十一の三第四項に規定する財務省令で定める場所。以下この項、第三項、第五項及び次条において同じ。）及び個人番号（個人番号を有しない者又は第五項の規定に該当する者にあつては、氏名、生年月日及び住所。第三項において同じ。）を告知しなければならない。
２
法第三十七条の十一の三第四項に規定する政令で定める書類は、同項に規定する居住者又は恒久的施設を有する非居住者の住民票の写し、行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律第二条第七項に規定する個人番号カードその他の財務省令で定める書類のいずれかの書類とする。
３
金融商品取引業者等の営業所の長は、第一項の規定による告知があつた場合には、当該告知があつた氏名、生年月日、住所及び個人番号が、当該告知の際に提示又は送信を受けた前項に規定する書類又は署名用電子証明書等に記載又は記録がされた氏名、生年月日、住所及び個人番号と同じであるかどうかを確認しなければならない。
４
金融商品取引業者等の営業所の長は、前項の確認をした場合には、財務省令で定めるところにより、当該確認に関する帳簿に当該確認をした旨を明らかにし、かつ、当該帳簿を保存しなければならない。
５
法第三十七条の十一の三第四項に規定する政令で定める者は、特定口座開設届出書の提出を受ける金融商品取引業者等の営業所の長が、財務省令で定めるところにより、当該特定口座開設届出書の提出をする居住者又は恒久的施設を有する非居住者の氏名、住所及び個人番号その他の事項を記載した帳簿（その者の第二項に規定する書類の提示又はその者の署名用電子証明書等の送信を受けて作成されたものに限る。）を備えている場合における当該居住者又は恒久的施設を有する非居住者（当該特定口座開設届出書に記載されるべきその者の氏名、住所又は個人番号が当該帳簿に記載されているその者の氏名、住所又は個人番号と異なるものを除く。）とする。
（特定口座異動届出書）
第二十五条の十の四
特定口座を開設している居住者又は恒久的施設を有する非居住者がその氏名、住所若しくは個人番号の変更をした場合又は行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律の規定により個人番号が初めて通知された場合には、その者は、遅滞なく、当該特定口座が開設されている金融商品取引業者等の営業所の長（第三項又は第二十五条の十の六の移管があつた場合には、これらの規定に規定する移管先の営業所の長。次項において同じ。）に、その旨その他財務省令で定める事項を記載した届出書の提出（当該届出書の提出に代えて行う電磁的方法による当該届出書に記載すべき事項の提供を含む。以下この項において同じ。）をしなければならない。