当該課税期間中に当該事業者が行った前条第三項に規定する経過措置対象課税仕入れ等について、消費税法改正法附則第二条、第八条第三項、第九条から第十二条まで若しくは第十四条第三項の規定若しくは同条第四項若しくは消費税法改正法附則第十九条の規定に基づく政令の規定によりなお従前の例によることとされた旧消費税法第三章の規定又は消費税法改正法附則第五条第六項（消費税法改正法附則第六条第二項、第七条第二項、第八条第二項又は第十四条第二項において準用する場合を含む。）若しくは第五条第七項（消費税法改正法附則第七条第三項において準用する場合を含む。）の規定若しくは消費税法改正法附則第十四条第四項若しくは第十九条の規定に基づく政令の規定により読み替えて適用される消費税法改正法第二条の規定による改正後の消費税法（以下「新消費税法」という。）第三章の規定により当該課税期間の消費税法第四十五条第一項第二号に掲げる消費税額から控除されるべき同項第三号イからニまでに掲げる消費税額の合計額
ロ
当該課税期間中に当該事業者が行った課税仕入れ（平成二十七年十月一日以後に行った課税仕入れについては、特定課税仕入れに該当するものを除く。以下同じ。）、特定課税仕入れ又は当該課税期間中に保税地域から引き取った課税貨物（前条第三項に規定する経過措置対象課税仕入れ等を除く。）について、新消費税法第三章の規定により当該課税期間の消費税法第四十五条第一項第二号に掲げる消費税額から控除されるべき同項第三号イからニまでに掲げる消費税額の合計額
２
新地方税法附則第九条の五後段及び第九条の六第一項後段の規定により読み替えられた新地方税法第七十二条の八十八第一項に規定する事業者が施行日以後に終了する課税期間に係る消費税法第四十五条第一項の規定による申告書を提出する場合において、当該課税期間に係る同項第四号に規定する消費税額の計算の基礎となる金額に前条第二項に規定する経過措置対象課税資産の譲渡等又は同条第三項に規定する経過措置対象課税仕入れ等に係る消費税額が含まれ、かつ、前項第二号に掲げる金額が同項第一号に掲げる金額を超えるときは、当該事業者を新地方税法附則第九条の五後段の規定により読み替えられた新地方税法第七十二条の八十八第二項に規定する事業者とみなして、同項の規定を適用する。
この場合において、同項中「同項の不足額、当該不足額に六十三分の十七を乗じて得た金額」とあるのは、「社会保障の安定財源の確保等を図る税制の抜本的な改革を行うための地方税法及び地方交付税法の一部を改正する法律（平成二十四年法律第六十九号）附則第五条第一項第一号イに掲げる金額から同項第二号イに掲げる金額を控除した残額（控除しきれなかつた金額がある場合においては、当該控除しきれなかつた金額）及び同項第一号ロに掲げる金額から同項第二号ロに掲げる金額を控除した残額（控除しきれなかつた金額がある場合においては、当該控除しきれなかつた金額）、同項第一号に掲げる金額から同項第二号に掲げる金額を控除して控除しきれなかつた金額」とする。
３
新地方税法附則第九条の五後段の規定により読み替えられた新地方税法第七十二条の八十八第二項に規定する事業者（消費税法第四十五条第一項の規定により消費税に係る申告書を提出する義務がある者に限る。）が施行日以後に終了する課税期間に係る新地方税法附則第九条の五後段の規定により読み替えられた新地方税法第七十二条の八十八第二項の規定による申告書を提出する場合において、当該課税期間に係る同項に規定する不足額の計算の基礎となる金額に前条第二項に規定する経過措置対象課税資産の譲渡等又は同条第三項に規定する経過措置対象課税仕入れ等に係る消費税額が含まれ、かつ、第一項第二号に掲げる金額が同項第一号に掲げる金額を超えるときは、当該事業者に対する新地方税法附則第九条の五後段の規定により読み替えられた新地方税法第七十二条の八十八第二項の規定の適用については、同項中「同項の不足額、当該不足額に六十三分の十七を乗じて得た金額」とあるのは、「社会保障の安定財源の確保等を図る税制の抜本的な改革を行うための地方税法及び地方交付税法の一部を改正する法律（平成二十四年法律第六十九号）附則第五条第一項第一号イに掲げる金額から同項第二号イに掲げる金額を控除した残額（控除しきれなかつた金額がある場合においては、当該控除しきれなかつた金額）及び同項第一号ロに掲げる金額から同項第二号ロに掲げる金額を控除した残額（控除しきれなかつた金額がある場合においては、当該控除しきれなかつた金額）、同項第一号に掲げる金額から同項第二号に掲げる金額を控除して控除しきれなかつた金額」とする。
４
新地方税法附則第九条の五後段の規定により読み替えられた新地方税法第七十二条の八十八第二項に規定する事業者（消費税法第四十五条第一項の規定により消費税に係る申告書を提出する義務がある者に限る。）が施行日以後に終了する課税期間に係る消費税法第四十五条第一項の規定による申告書を提出する場合において、当該課税期間に係る同項第五号に規定する不足額の計算の基礎となる金額に前条第二項に規定する経過措置対象課税資産の譲渡等又は同条第三項に規定する経過措置対象課税仕入れ等に係る消費税額が含まれ、かつ、第一項第二号に掲げる金額が同項第一号に掲げる金額を超えないときは、当該事業者を新地方税法附則第九条の五後段及び第九条の六第一項後段の規定により読み替えられた新地方税法第七十二条の八十八第一項に規定する事業者とみなして、同項の規定を適用する。
この場合において、同項中「当該消費税額、これを課税標準として算定した譲渡割額」とあるのは、「社会保障の安定財源の確保等を図る税制の抜本的な改革を行うための地方税法及び地方交付税法の一部を改正する法律（平成二十四年法律第六十九号）附則第五条第一項第一号イに掲げる金額から同項第二号イに掲げる金額を控除した残額（控除しきれなかつた金額がある場合においては、当該控除しきれなかつた金額）及び同項第一号ロに掲げる金額から同項第二号ロに掲げる金額を控除した残額（控除しきれなかつた金額がある場合においては、当該控除しきれなかつた金額）、同項第一号に掲げる金額から同項第二号に掲げる金額を控除して得た譲渡割額」とする。
５
新地方税法附則第九条の五後段の規定により読み替えられた新地方税法第七十二条の八十八第二項に規定する事業者（消費税法第四十六条第一項の規定により消費税に係る申告書を提出しようとする者に限る。）が施行日以後に終了する課税期間に係る新地方税法附則第九条の五後段の規定により読み替えられた新地方税法第七十二条の八十八第二項の規定による申告書を提出する場合において、当該課税期間に係る同項に規定する不足額の計算の基礎となる金額に前条第三項に規定する経過措置対象課税仕入れ等に係る消費税額が含まれているときは、当該事業者に対する新地方税法附則第九条の五後段の規定により読み替えられた新地方税法第七十二条の八十八第二項の規定の適用については、同項中「同項の不足額、当該不足額に六十三分の十七を乗じて得た金額」とあるのは、「社会保障の安定財源の確保等を図る税制の抜本的な改革を行うための地方税法及び地方交付税法の一部を改正する法律（平成二十四年法律第六十九号）附則第五条第一項第二号イに掲げる金額及び同号ロに掲げる金額、同号に掲げる金額」とする。
６
前各項に定めるもののほか、これらの規定の適用がある場合における新地方税法第二章第三節及び附則第九条の四から第九条の十六までの規定の適用に関し必要な技術的読替えその他必要な事項は、政令で定める。
第六条
新地方税法附則第九条の十五の規定により読み替えて適用される新地方税法第七十二条の百十四から第七十二条の百十六までの規定は、施行日以後に行われる地方消費税の清算又は交付について適用する。