当該他の保管口座に係る銘柄ごとの受入特定取得上場株式等の取得価額については、第四項の規定によりその受入特定取得上場株式等の受入れの日とされた日において特定取得をした上場株式等のその特定取得のために要した費用の額（当該他の保管口座で処理されたものに限る。）のうち当該受入特定取得上場株式等に対応する金額（第三項第一号に規定する従前の上場株式等及び同項の規定により特定取得がされたものとみなされた上場株式等にあっては、これらの上場株式等につき所得税法施行令（昭和四十年政令第九十六号）第二編第一章第四節第三款第二目の規定に準じて計算した一単位当たりの取得価額に相当する金額を基礎として算出した金額）を当該受入特定取得上場株式等の取得価額とした場合における当該他の保管口座に係る銘柄ごとの受入特定取得上場株式等の当該取得価額の合計額とする。
二
受入特定取得上場株式等の取得の日については、第四項の規定により当該他の保管口座に係る上場株式等につき判定された当該受入特定取得上場株式等の受入日（その受入れが特定取得によるものとされる場合の上場株式等の受入れの日をいう。）をその取得の日とする。
三
当該他の保管口座に係る銘柄ごとの受入一般取得上場株式等の取得価額については、次に掲げる上場株式等の区分に応じそれぞれ次に定める価額とする。
イ
改正法附則第四十四条第五項第一号に掲げる公社債
当該公社債が当該他の保管口座の振替口座簿への記載若しくは記録がされ、又は当該他の保管口座に保管の委託がされた日における当該公社債の発行価額又は売出価額に、当該特定口座に受け入れた公社債の数を乗じて計算した金額
ロ
改正法附則第四十四条第五項第二号に掲げる受益権
当該受益権が当該他の保管口座の振替口座簿への記載若しくは記録がされ、又は当該他の保管口座に保管の委託がされた日における当該受益権の一口当たりの価額として財務省令で定める金額に、当該特定口座に受け入れた受益権の口数を乗じて計算した金額
四
受入一般取得上場株式等の取得の日については、当該受入一般取得上場株式等が当該他の保管口座の振替口座簿への記載若しくは記録がされ、又は当該他の保管口座に保管の委託がされた日とする。
７
施行日から平成二十八年十二月三十一日までの間に、改正法附則第四十四条第三項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が有する同項に規定する上場株式等（以下この項から第九項までにおいて「特例上場株式等」という。）につき、同条第三項の特定口座に係る振替口座簿に記載若しくは記録を受け、又は当該特定口座に保管の委託をしようとする場合には、当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者は、当該特例上場株式等につき、当該特定口座に係る振替口座簿に記載若しくは記録を受け、又は当該特定口座に保管の委託をする旨、当該記載若しくは記録を受け、又は保管の委託をする特例上場株式等の種類、銘柄、数その他の財務省令で定める事項を記載した書類を当該特定口座が開設されている金融商品取引業者等の営業所の長に提出しなければならない。
８
特定口座への特例上場株式等の受入れ後に当該特例上場株式等と同一銘柄の上場株式等の譲渡をした場合における譲渡による所得の金額の計算上総収入金額から控除すべき売上原価又は取得費の額の計算の基礎となる当該特例上場株式等の取得価額及び当該特例上場株式等の取得の日の判定については、当該特例上場株式等の当該特定口座への受入れの際に、当該特定口座が開設されている金融商品取引業者等の営業所の長が、前項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者から提出を受けた当該特例上場株式等の金融商品取引法第三十七条の四第一項の規定に基づき作成した書類その他の財務省令で定める書類により確認をした当該特例上場株式等の取得に要した金額（第三項各号に規定する事由により取得をした特例上場株式等にあっては、当該特例上場株式等につき所得税法施行令第二編第一章第四節第三款第二目の規定に準じて計算した一単位当たりの取得価額に相当する金額を基礎として算出した金額）を当該特例上場株式等の取得価額とし、当該書類により確認をした取得の日を当該特例上場株式等の取得の日とする。
９
特定口座において処理された特例上場株式等の前項に規定する売上原価又は取得費の額の計算の基礎となる取得価額及び取得の日が同項の規定により確認がされた取得価額及び取得の日と異なる場合には、当該特定口座が開設されている金融商品取引業者等の営業所の所在地の所轄税務署長が、その異なることについて当該営業所の長の責めに帰すべき理由があると認める場合を除き、当該特定口座において新法第三十七条の十一の四第一項に規定する源泉徴収選択口座内調整所得金額又は同条第三項に規定する満たない部分の金額として計算された金額は、当該特例上場株式等の前項の規定により確認がされた取得価額及び取得の日を基礎として計算されたものとみなす。
１０
前項に規定する異なる場合において、その異なることにより所得税の負担を減少させる結果となるときは、当該特定口座に係る新法第三十七条の十一の五第一項各号に掲げる金額については、同条の規定は適用しない。
１１
改正法附則第四十四条第四項第一号に規定する政令で定める要件は、その上場株式等の第十四項の規定により読み替えられた第六項第一号の金額の計算及び同項第二号の日の判定の基礎となる金額、事実その他の事項が、相続等口座（同条第四項に規定する相続等口座をいう。次項及び第十三項において同じ。）において管理されていることとする。
１２
改正法附則第四十四条第四項第二号に規定する政令で定める日は、同項に規定する被相続人等が同号に掲げる上場株式等につき、相続等口座に係る振替口座簿に記載若しくは記録を受け、又は当該相続等口座に保管の委託をした日とする。
１３
相続等口座に係る振替口座簿に記載若しくは記録がされ、又は当該相続等口座に保管の委託がされている改正法附則第四十四条第四項第一号に掲げる上場株式等（以下この項において「特定相続上場株式等」という。）及び同条第四項第二号に掲げる上場株式等（以下この項において「一般相続上場株式等」という。）の同条第四項の他の保管口座への移管は、同項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者からの同項の金融商品取引業者等の当該相続等口座を開設している営業所の長への依頼に基づき、当該営業所の長が、その移管の際に、当該依頼に係る当該特定相続上場株式等及び一般相続上場株式等の全てについて、当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者に交付せずに、当該相続等口座から当該他の保管口座に直接移管する方法又は当該他の保管口座への振替の方法により、行わなければならないものとする。
この場合において、当該特定相続上場株式等又は一般相続上場株式等の取得が同項の贈与によるものであるときは、当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者は、その依頼の際に、財務省令で定める書類を提出しなければならないものとする。
１４
改正法附則第四十四条第四項の規定の適用がある場合における第六項の規定の適用については、同項中「改正法附則第四十四条第二項第一号に掲げる上場株式等（」とあるのは「改正法附則第四十四条第二項第一号に掲げる上場株式等（同条第四項第一号に掲げる上場株式等を含む。」と、「同条第二項第二号に掲げる上場株式等（」とあるのは「同条第二項第二号に掲げる上場株式等（同条第四項第二号に掲げる上場株式等を含む。」とする。
１５
第五項、第七項及び第十三項の移管又は受入れに関する記録並びに当該記録及び移管又は受入れに関する書類の保存に関し必要な事項は、財務省令で定める。
（特定口座年間取引報告書に関する経過措置）
第八条
新令第二十五条の十の十第五項の規定は、施行日以後に同項に規定する支払を受けるべき同項に規定する上場株式等の譲渡の対価について適用し、施行日前に支払を受けるべき旧令第二十五条の十の十第五項に規定する上場株式等の譲渡の対価については、なお従前の例による。
２
新令第二十五条の十の十第六項の規定は、施行日以後に新法第三十七条の十一の三第三項第一号に規定する特定口座に受け入れる新令第二十五条の十の十第六項に規定する上場株式等の配当等について適用し、施行日前に旧法第三十七条の十一の三第三項第一号に規定する特定口座に受け入れた旧令第二十五条の十の十第六項に規定する上場株式等の配当等については、なお従前の例による。
（特定口座内保管上場株式等の譲渡による所得等に対する源泉徴収等の特例に関する経過措置）
第九条
新令第二十五条の十の十一第八項の規定は、新法第三十七条の十一の四第三項の金融商品取引業者等が施行日以後に同項の規定による還付をする場合について適用し、旧法第三十七条の十一の四第三項の金融商品取引業者等が施行日前に同項の規定による還付をした場合については、なお従前の例による。
（国等に対して財産を寄附した場合の譲渡所得等の非課税に関する経過措置）
第十条