新令第三十九条の十四の三第一項から第四項まで、第二十五項、第二十六項、第二十八項及び第二十九項、第三十九条の十五第二項及び第五項から第七項まで、第三十九条の十七第二項並びに第三十九条の十七の二第二項の規定は、新法第六十六条の六第一項各号に掲げる内国法人の施行日以後に終了する事業年度に係る課税対象金額等（同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分課税対象金額及び同条第八項に規定する金融子会社等部分課税対象金額をいい、当該内国法人に係る同条第二項第一号に規定する外国関係会社の平成三十年四月一日以後に開始した事業年度に係るものに限る。）を計算する場合について適用し、旧法第六十六条の六第一項各号に掲げる内国法人の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分課税対象金額及び同条第八項に規定する金融子会社等部分課税対象金額を計算する場合については、なお従前の例による。
（特殊関係株主等である内国法人に係る外国関係法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
第二十七条
新令第三十九条の二十の三第十六項から第十八項までの規定は、新法第六十六条の九の二第一項に規定する特殊関係株主等である内国法人の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する課税対象金額（当該内国法人に係る同項に規定する外国関係法人の平成三十年四月一日以後に開始した事業年度に係るものに限る。）を計算する場合について適用し、旧法第六十六条の九の二第一項に規定する特殊関係株主等である内国法人の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する課税対象金額を計算する場合については、なお従前の例による。
（課税所得の範囲の変更等の場合の特例に関する経過措置）
第二十八条
新令第三十九条の三十五の四第三項の規定は、施行日後に行われる同項に規定する合併について適用し、施行日以前に行われた旧令第三十九条の三十五の四第四項に規定する合併については、なお従前の例による。
（連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
第二十九条
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が新令第三十九条の三十九第八項の規定の適用を受ける場合には、旧令第三十九条の三十九第八項に規定する合理的な方法について受けた認定は新令第三十九条の三十九第八項に規定する合理的な方法について受けた認定と、旧令第三十九条の三十九第八項の分割等に係る同項の分割法人等の連結親法人（当該分割法人等が連結親法人である場合には、当該分割法人等）及び分割承継法人等の連結親法人（当該分割承継法人等が連結親法人である場合には、当該分割承継法人等）がした同項に規定する届出は新令第三十九条の三十九第八項に規定する届出と、それぞれみなす。
２
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が新令第三十九条の三十九第二十三項の規定の適用を受ける場合には、旧令第三十九条の三十九第二十三項に規定する合理的な方法について受けた認定は新令第三十九条の三十九第二十三項に規定する合理的な方法について受けた認定と、旧令第三十九条の三十九第二十三項の分割等に係る同項の分割法人等の連結親法人（当該分割法人等が連結親法人である場合には、当該分割法人等）及び分割承継法人等の連結親法人（当該分割承継法人等が連結親法人である場合には、当該分割承継法人等）がした同項に規定する届出は新令第三十九条の三十九第二十三項に規定する届出と、それぞれみなす。
３
新令第三十九条の三十九第八項又は第二十三項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同条第八項又は第二十三項の分割等（前二項の規定の適用に係るものを除く。）が施行日以後最初に開始する連結親法人事業年度開始の日前に行われたものである場合における同条第八項又は第二十三項の認定及び届出に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。
（中小連結法人が機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除等に関する経過措置）
第三十条
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度における新令第三十九条の四十一第一項の規定の適用については、同項第一号イ中「出資（その有する自己の株式又は出資を除く。ロにおいて同じ。）」とあるのは「出資」と、「、資本」とあるのは「又は資本」と、「又は第三十九条の三十九第十一項第一号イ（１）若しくは（２）に掲げる法人をいい」とあるのは「をいい」とする。
２
施行日から中小企業の事業活動の継続に資するための中小企業等経営強化法等の一部を改正する法律（令和元年法律第二十一号）の施行の日の前日までの間における新令第三十九条の四十一第一項の規定の適用については、同項第一号イ中「第二十三条第一項」とあるのは、「第十七条第一項」とする。
（連結法人の減価償却に関する経過措置）
第三十一条
新令第三十九条の五十一の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第六十八条の十九第一項に規定する研究施設について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第六十八条の十九第一項に規定する研究施設については、なお従前の例による。
２
改正法附則第六十九条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十五（第三項第一号に掲げる建築物（同号ロに掲げる地域内において整備されるものに限る。）及び同項第二号に掲げる構築物に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の六十四の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第一項中「第二十九条の五第一項第一号」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成三十一年政令第百二号）附則第二十条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令（第四項において「旧効力措置法施行令」という。）第二十九条の五第一項第一号」と、同条第四項中「法第四十七条の二第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成三十一年法律第六号）附則第五十二条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十一条の規定による改正前の租税特別措置法第四十七条の二第一項」と、「第二十九条の五第四項」とあるのは「旧効力措置法施行令第二十九条の五第四項」とする。
（連結法人の準備金に関する経過措置）
第三十二条
改正法附則第七十条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の四十三の二の規定に基づく旧令第三十九条の七十二の二の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第四項第一号中「以後」とあるのは、「から平成三十一年三月三十一日までの間」とする。
２
新令第三十九条の八十三第二十項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（連結法人の探鉱準備金又は海外探鉱準備金に関する経過措置）
第三十三条
新令第三十九条の八十八第七項から第九項までの規定は、施行日以後に同条第七項又は第八項の認定を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人及び施行日以後に同条第九項の認定を受ける同項の外国法人について適用し、施行日前に旧令第三十九条の八十八第七項又は第八項の認定を受けた連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人及び施行日前に同条第九項の認定を受けた同項の外国法人については、なお従前の例による。
（連結法人の国外関連者との取引に係る課税の特例に関する経過措置）
第三十四条
新令第三十九条の百十二第五項から第七項までの規定は、連結法人の令和二年四月一日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、連結法人の同日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（連結法人の対象純支払利子等に係る課税の特例に関する経過措置）
第三十五条
新令第三十九条の百十三の三第一項の規定は、連結法人の令和二年四月一日以後に開始する同条第二項に規定する対象連結事業年度に係る新法第六十八条の八十九の三第一項に規定する連結超過利子額について適用し、連結法人の同日前に開始した旧令第三十九条の百十三の三第二項に規定する対象連結事業年度に係る旧法第六十八条の八十九の三第一項に規定する連結超過利子額については、なお従前の例による。
（連結法人の外国関係会社に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
第三十六条