海底下に存在する資源の探査に従事するものであつて、次に掲げる要件のいずれにも該当するもの（第四十八条の三の二第一項において「海底資源探査船」という。）
イ
先端的な技術を用い、慎重かつ細心の注意を払つて探査に従事する船舶であつて、回頭する場合における旋回に長時間を要するものであること
ロ
広範囲の海域において、長期にわたつて物理探査に従事する船舶であること
（休息時間の分割に関する協定）
第四十二条の十三
船舶所有者は、法第六十五条の三第三項の規定による休息時間の分割に関する協定を締結したときは、当該協定書及び第十六号の四の二書式による届出書を所轄地方運輸局長に提出しなければならない。
法第六十五条の三第三項の協定には、次に掲げる事項を含まなければならない。
一
特別な方法により休息時間を分割する必要がある具体的事由
二
対象となる船員の職務及び員数
三
作業の種類
四
特別な方法により休息時間を分割することができる期間の限度及び一日についての分割回数の上限又は一日について二回に分割した場合におけるいずれか長い方の休息時間の時間数の下限並びにこれらを遵守するための措置
法第六十五条の三第三項の協定（労働協約による場合を除く。）には、有効期間の定めをするものとする。
船舶所有者は、法第六十五条の三第三項の協定を更新しようとするときは、その旨の協定を所轄地方運輸局長に届け出ることによつて、第一項の届出に代えることができる。
（特別の安全上の必要がある場合）
第四十二条の十四
法第六十五条の三第三項第一号の国土交通省令で定める特別の安全上の必要がある場合は、船舶が港を出入りするとき、船舶が狭い水路を通過するときその他の場合において航海当直の員数を増加するときとする。
（割増手当）
第四十三条
法第六十六条の国土交通省令で定める割増手当は、次の各号に掲げる場合についてそれぞれ当該各号に定める額以上の額でなければならない。
一
船員が、法第六十四条第一項若しくは第二項又は第六十四条の二第一項の規定により、労働時間の制限を超えて作業に従事した場合
通常の労働時間の報酬の計算額の三割増の額
二
船員が、法第六十四条第一項又は第六十五条の規定により、補償休日において作業に従事した場合
通常の労働日の報酬の計算額の四割増の額
第四十四条
前条の通常の労働時間又は労働日の報酬の計算額は、次の各号に掲げる金額に、法第六十四条第一項若しくは第二項、第六十四条の二第一項又は第六十五条の規定により労働時間の制限を超えて又は補償休日において作業に従事した時間数を乗じた金額とする。
一
時間によつて定められた報酬についてはその金額
二
日によつて定められた報酬については、その金額を一日の所定労働時間数で除した金額。
ただし、日によつて所定労働時間数が異なる場合においては、一週間における一日平均所定労働時間数で除した金額
三
月によつて定められた報酬についてはその金額を月における所定労働時間数で除した金額。
ただし、月によつて所定労働時間数が異なる場合においては、一年における一箇月平均所定労働時間数で除した金額
四
前三号以外の一定の期間によつて定められた報酬については、前各号に準じて算定した金額
五
船員の受ける報酬が前各号の二以上の報酬よりなる場合においては、その部分については各号によりそれぞれ算定した金額の合算額
（通常配置表）
第四十四条の二
法第六十六条の二の通常配置表には、次に掲げる事項を定めなければならない。
一
船員の職名、作業の種類及び作業に従事する時間
二
船員の一日当たりの労働時間の限度及び一週間当たりの労働時間の限度（法第六十四条第一項の規定に基づく労働時間を除く。）
（労務管理記録簿）
第四十五条
法第六十七条第一項の記録簿には、少なくとも次に掲げる事項（第四十二条の十二に掲げる船舶にあつては第四号に掲げる事項、第四十二条の二第三項の場合にあつては第五号イ及びロに掲げる事項を除く。）を記載するものとし、その様式は、第十六号の五書式とする。
ただし、次に掲げる事項を記載することができる別の様式を使用することができる。
一
船員の氏名及び職名
二
基準労働期間並びに当該期間の起算日及び末日
三
乗り組む船舶の名称及び当該船舶に乗り組む期間
四
労働時間に関する次の事項
イ
作業の開始及び終了の時刻並びに当該作業の種類
ロ
一日当たりの労働時間及び一週間当たりの労働時間（法第六十四条第一項の規定に基づいて労働した時間を除く。）
ハ
一日当たりの法第六十四条第一項の規定に基づいて労働した時間
五
休日及び有給休暇に関する次の事項
イ
法第六十二条第一項の超過時間が生じる一週間又は少なくとも一日の休日が与えられない一週間
ロ
イの超過時間
ハ
休日（補償休日を除く。）が与えられた年月日及び日数
ニ
与えるべき補償休日の日数
ホ
補償休日が与えられた年月日及び日数
ヘ
補償休日の付与の延期があつたときは、その旨及び理由
ト
与えるべき有給休暇の日数
チ
有給休暇が与えられた年月日及び日数
六
時間外又は補償休日に労働した年月日及び一日当たりの労働時間
七
休息時間に関する次の事項
イ
一日当たりの休息時間
ロ
休息時間を分割した場合は、いずれか長い方の休息時間（法第六十五条の三第三項の規定により休息時間を三回以上に分割した場合にあつては、最も長い休息時間）
前項の記録簿は、船員の死亡又は雇入契約の終了の日から五年を経過する日まで、なお備え置かなければならない。
船舶所有者は、船員に対し、その求めに応じて、第一項の記録簿の記載事項のうち船員から求められた事項について、その写しを交付しなければならない。
（労働時間の把握方法）
第四十五条の二
法第六十七条第三項の国土交通省令で定める方法は、パーソナルコンピュータその他の電子計算機による作業の開始及び終了の時刻の記録、タイムカードによる記録等の客観的な方法その他の適切な方法とする。
（労務管理責任者）
第四十五条の三
法第六十七条の二第一項の国土交通省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一
法第六十七条第一項の記録簿の作成及び備置きに関する事項
二
船員の労働時間の状況の把握に関する事項
三
船員の健康状態の把握に関する事項
四
船員からの職業生活に関する相談に関する事項
２
法第六十七条の二第二項の国土交通省令で定める措置は、勤務時間の変更、作業の転換、乗下船の時期の変更、研修の実施その他の適切な措置とする。
第四十五条の四
船舶所有者は、法第六十七条の二第三項の措置を講ずるに当たつては、当該船員の健康状態が良好であることが明らかである場合を除き、当該船員の健康状態その他の実情について医師の意見を聴くものとする。
（欠員）
第四十六条
船舶所有者は、左の各号の一に該当する場合には、定員数の海員を乗り組ませないことができる。
但し、欠員を生じたことにより他の海員の労務が過重となる場合における欠員手当の支給については、労働協約の定めるところによる。
一
船舶が日本国外において定員に欠員ができて国内の港まで帰港するとき。
二
他船にひかれて航行するとき。
三
入きよ、修繕又はその他の事由によつて船舶を航行の用に供しないとき。
四
その他やむを得ない場合においてもよりの地方運輸局長の許可を受けたとき。
前項第一号乃至第三号の場合において定員数の海員を乗り組ませないときは、船舶所有者は、もよりの地方運輸局長に、遅滞なく、その旨を届け出なければならない。
この場合において地方運輸局長は必要があると認めるときは、欠員の補充を命ずることができる。
第四十七条
船舶所有者は、前条第一項第四号の規定により許可を受けようとするときは、左の事項を記載した申請書二通を提出しなければならない。
一
船舶所有者の氏名又は名称及びその住所又は主たる事務所の所在地
二
船舶の種類、名称、総トン数及び航行区域
三
欠員の数、職名及び資格
四
許可を受けようとする事由
五
許可を受けようとする期間
（労働時間の適用除外）
第四十八条
船舶所有者は、法第七十一条第一項第二号の規定による許可を受けようとするときは、第十六号の六書式による申請書二通を所轄地方運輸局長に提出しなければならない。
前項の申請書には、船舶国籍証書及び船舶検査証書の写し並びに船員が断続的作業に従事することを証する書類を添付しなければならない。
（労働時間の特例）
第四十八条の二
次に掲げる船員に係る法第七十二条の国土交通省令で定める一定の期間は、一月以内の一定の期間とする。
ただし、第一号の船員のうち沿海区域又は平水区域を航行区域とする総トン数七百トン未満の船舶で国内各港間のみを航海するもの（以下「小型船」という。）に乗り組むものについては、三月以内の一定の期間とする。
一
定期的に短距離の航路に就航するため入出港が頻繁である船舶のうち所轄地方運輸局長が指定するものに乗り組む船員
二
旅客の接遇の充実を図るため、食堂、娯楽施設等を有し、かつ、旅客の接遇に関する業務に相当数の船員が従事する旅客船のうち所轄地方運輸局長が指定するものに乗り組む船員であつて当該業務に従事するもの
前項各号に掲げる船員の一日当たりの労働時間は、十二時間以内とする。
ただし、一週間当たりの労働時間は、前項の一定の期間について平均四十時間以内としなければならない。
船舶所有者は、第一項各号に掲げる船員に、同項の一定の期間について一月当たり平均五日以上の休日を与えなければならない。
第四十八条の三
海底の掘削に従事する船舶のうち所轄地方運輸局長が指定するものに乗り組む船員に係る法第七十二条の国土交通省令で定める一定の期間は、六週間とする。
前項の船員の一日当たりの労働時間は、十一時間以内とする。