非課税適用申告書を提出した者が法第五条の三第四項第八号に規定する適格口座管理機関（以下この項及び次項において「適格口座管理機関」という。）又は適格外国仲介業者から振替記載等を受けている特定振替社債等（同条第一項に規定する一般社債等に該当するものに限る。）につきその利子の支払を受ける場合には、当該適格口座管理機関（非課税適用申告書を提出した者が適格外国仲介業者から当該特定振替社債等の振替記載等を受けている場合には、当該特定振替社債等に係る適格口座管理機関）は、その利子の支払を受けるべき日の前日までに、その利子につき所得税法第二百十二条の規定による所得税の徴収をしないこととなる旨を、特定振替機関を経由して当該特定振替社債等の発行をする者に対し通知しなければならない。
２６
特定振替社債等の発行をする者は、法第五条の三第一項又は第三項後段の規定の適用があるものとして当該特定振替社債等の利子につき法第九条の三の二第一項又は所得税法第二百十二条の規定による所得税の徴収がされなかつた場合には、当該発行をする者の当該利子の支払の日を含む事業年度開始の時における当該発行をする者の特殊関係者である非居住者又は外国法人に係る法第五条の三第十項に規定する書類を、当該利子の支払の日以後二月以内に、当該利子に係る第二十四項の規定による通知をした特定振替機関等の本店若しくは主たる事務所の所在地の所轄税務署長又は前項の規定による通知をした適格口座管理機関の本店若しくは主たる事務所の所在地の所轄税務署長に提出しなければならない。
ただし、既にこの項（次項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）又は次条第三十四項若しくは第二十六条の二十第二十九項（同条第三十項の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定により当該事業年度開始の時に係る当該書類又は次条第三十四項若しくは第二十六条の二十第二十九項に規定する書類を提出している場合は、この限りでない。
２７
非居住者又は外国法人が法第五条の三第九項において準用する法第五条の二第十九項に規定する信託の信託財産に属する特定振替社債等（当該非居住者又は外国法人が特定振替機関から振替記載等を受けるものに限る。）の利子につき法第五条の三第九項において準用する法第五条の二第四項の規定により法第五条の三第一項の規定の適用を受ける場合における第二十二項から前項までの規定の適用については、第二十二項中「第五条の三第一項に規定する特定振替機関等（次項、第二十四項及び第二十六項において「特定振替機関等」とあるのは「第五条の三第九項において準用する法第五条の二第十九項の規定により読み替えられた法第五条の三第一項に規定する特定受託者（次項から第二十六項までにおいて「特定受託者」と、「同条第九項」とあるのは「法第五条の三第九項」と、「第五条の二第十七項」とあるのは「第五条の二第十九項の規定により読み替えられた同条第十七項」と、第二十三項中「特定振替機関等」とあるのは「特定受託者」と、「は、当該」とあるのは「は、当該書類の提出をした者が同項の特定振替社債等の発行をする者の特殊関係者に該当することとなつた旨その他の財務省令で定める事項を、特定振替機関に対し、書面又は電子情報処理組織を使用する方法その他の情報通信の技術を利用する方法であつて財務省令で定めるものにより通知し、当該」と、「第五条の二第十四項」とあるのは「第五条の二第十九項の規定により読み替えられた同条第十四項」と、第二十四項中「が特定振替機関等」とあるのは「が特定振替機関」と、「当該特定振替機関等」とあるのは「当該特定振替社債等に係る特定受託者」と、第二十五項中「法第五条の三第四項第八号に規定する適格口座管理機関（以下この項及び次項において「適格口座管理機関」という。）」とあるのは「特定振替機関」と、「同条第一項」とあるのは「法第五条の三第一項」と、「当該適格口座管理機関」とあるのは「当該特定振替社債等に係る特定受託者」と、前項中「特定振替機関等」とあり、及び「適格口座管理機関」とあるのは「特定受託者」とする。
（民間国外債等の利子の課税の特例）
第三条の二の二
法第六条第一項に規定する政令で定める債券は、恒久的施設を有する外国法人により国外において発行された債券の利子の全部又は一部が当該外国法人の恒久的施設を通じて行う事業に係るものである場合における当該債券とする。
２
法第六条第一項に規定する政令で定める金額は、恒久的施設を有する外国法人により発行された民間国外債（同項に規定する民間国外債をいう。以下この条において同じ。）につき支払を受けるべき利子の金額のうち当該外国法人の恒久的施設を通じて行う事業に係る部分に相当する金額とする。
３
法第六条第二項に規定する政令で定める金額は、恒久的施設を有する外国法人が発行した民間国外債につき居住者又は内国法人に対して支払をする利子の金額のうち当該外国法人の恒久的施設を通じて行う事業に係る部分の金額とする。
４
法第六条第二項の規定により徴収して納付すべき外国法人が発行した民間国外債の利子に係る所得税の納税地は、当該外国法人の国内にある主たる事務所の所在地とする。
５
法第六条第四項に規定する政令で定める特殊の関係のある者は、次に掲げる者とする。
一
民間国外債の発行をする者と他の者との間にいずれか一方の者（当該者が個人である場合には、これと法人税法施行令第四条第一項に規定する特殊の関係のある個人を含む。）が他方の者（法人に限る。）を直接又は間接に支配する関係がある場合における当該他の者
二
民間国外債の発行をする者と他の者（法人に限る。）との間に同一の者（当該者が個人である場合には、これと法人税法施行令第四条第一項に規定する特殊の関係のある個人を含む。）が当該発行をする者及び当該他の者を直接又は間接に支配する関係がある場合における当該他の者
６
前項各号に規定する直接又は間接に支配する関係とは、一方の者と他方の者との間に当該他方の者が次に掲げる法人に該当する関係がある場合における当該関係をいう。
一
当該一方の者が法人を支配している場合における当該法人
二
前号に掲げる法人又は当該一方の者及び同号に掲げる法人が他の法人を支配している場合における当該他の法人
三
前号に掲げる法人又は当該一方の者及び前二号に掲げる法人が他の法人を支配している場合における当該他の法人
７
法人税法施行令第四条第三項の規定は、前項第一号に規定する法人を支配している場合及び同項第二号又は第三号に規定する他の法人を支配している場合について準用する。
８
法第六条第四項に規定する政令で定める指標は、次に掲げるものとする。
一
民間国外債の発行者等（民間国外債の発行をする者又は当該発行をする者の特殊関係者（法第六条第四項に規定する特殊関係者をいう。以下この条において同じ。）をいう。以下この項において同じ。）の事業に係る利益の額又は売上金額、収入金額その他の収益の額
二
民間国外債の発行者等が保有する資産の価額
三
民間国外債の発行者等が支払う剰余金の配当、利益の配当、剰余金の分配その他これらに類するものの額
９
法第六条第四項に規定する政令で定める支払の取扱者は、国内における第二条の二第二項に規定する者及び国外において民間国外債の利子の受領の媒介、取次ぎ又は代理（第二十項及び第三十二項において「媒介等」という。）をその業務として、又はその業務に関連して行う者とする。
１０
法第六条第四項の規定による非課税適用申告書（次項から第十五項までにおいて「非課税適用申告書」という。）の提出は、民間国外債の利子の支払を受ける都度、その利子の支払をする者（当該利子の支払が同条第四項に規定する支払の取扱者（以下この条において「支払の取扱者」という。）を通じて行われる場合には、当該支払の取扱者及び利子の支払をする者）を経由して同項に規定する税務署長に対してしなければならない。
１１
非課税適用申告書の提出をする者は、その提出をしようとする際、その者が非居住者又は外国法人に該当することを証する書類（その者の氏名又は名称及び国外にある住所若しくは居所又は本店若しくは主たる事務所の所在地（以下この条において「住所等」という。）の記載がされているものに限る。第十七項において同じ。）（個人番号又は法人番号を有する者にあつては、その者の行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律施行令第三十八条の規定による通知に係る書面その他の財務省令で定める書類。以下第十三項までにおいて「非居住者等確認書類」という。）を、当該非課税適用申告書に係る利子の支払をする者（当該利子の支払が支払の取扱者を通じて行われる場合には、当該支払の取扱者。以下同項までにおいて同じ。）に提示しなければならないものとし、当該利子の支払をする者は、当該非課税適用申告書に記載された氏名又は名称及び国外にある住所等（個人番号又は法人番号を有する者にあつては、氏名又は名称、国外にある住所等その他財務省令で定める事項）を当該非居住者等確認書類により確認しなければならないものとする。
１２