電子情報処理組織を使用する方法により申請等を行う者は、前項の規定により申請書面等記載事項を入力して送信する方法につき国税庁の使用に係る電子計算機において用いることができない場合には、同項の規定にかかわらず、前条第二項の入出力用プログラム又はこれと同様の機能を有するものを用いて、特定電子計算機から、同項の規定により通知された識別符号及び暗証符号を入力して、申請書面等記載事項をスキャナにより読み取る方法その他これに類する方法により作成した電磁的記録（次に掲げる要件を満たすように読み取り、又は作成したものに限る。）に記録された当該申請等の情報に電子署名を行い、当該電子署名に係る電子証明書と併せてこれらを送信することにより、当該申請等を行うことができる。
この場合においては、前項ただし書の規定を準用する。
一
解像度が、日本産業規格（産業標準化法（昭和二十四年法律第百八十五号）第二十条第一項に規定する日本産業規格をいう。）Ｚ六〇一六附属書ＡのＡ・一・二に規定する一般文書のスキャニング時の解像度である二十五・四ミリメートル当たり二百ドット以上であること。
二
赤色、緑色及び青色の階調がそれぞれ二百五十六階調以上であること。
３
前二項の申請等を行う者は、これらの規定にかかわらず、当該申請等につき規定した法令の規定に基づき添付すべきこととされている書面等（以下この条において「添付書面等」という。）に記載されている事項又は記載すべき事項（以下この条において「添付書面等記載事項」という。）を次に掲げる方法（前項の申請等を行う場合には、第二号に掲げる方法）により送信し、又は提出することをもって、当該添付書面等の提出に代えることができる。
一
当該添付書面等記載事項を当該申請等に併せて入力して送信する方法
二
当該添付書面等記載事項をスキャナにより読み取る方法その他これに類する方法により作成した電磁的記録（前項各号に掲げる要件を満たすように読み取り、又は作成したものに限る。）を当該申請等と併せて送信する方法（前号に掲げる方法につき国税庁の使用に係る電子計算機において用いることができない場合に限る。）
三
当該添付書面等記載事項（国税庁長官が定める添付書面等に係るものに限る。）が記録された電磁的記録であって、当該添付書面等を交付すべき者から提供を受けたもの（当該添付書面等を交付すべき者により当該電磁的記録に記録された情報に電子署名が行われ、かつ、当該電子署名に係る電子証明書が当該情報と併せて提供されているものその他これに類するものとして国税庁長官が定めるものに限る。）を当該申請等と併せて送信する方法
四
当該添付書面等記載事項（国税庁長官が定める添付書面等に係るものに限る。）の電磁的記録（当該電磁的記録をスキャナにより読み取る方法その他これに類する方法により作成した場合にあっては、前項各号に掲げる要件を満たすように読み取り、又は作成したものに限る。）を記録した光ディスク又は磁気ディスクを提出する方法
４
申請書面等記載事項又は添付書面等記載事項を前三項に規定する方法により送信し、又は提出する場合におけるその送信又は提出に関するファイル形式については、国税庁長官が定める。
５
第三項（第一号に係る部分に限る。）の場合において、国税庁長官が定める添付書面等に記載されている事項又は記載すべき事項を送信するときは、税務署長等は、国税庁長官が定める期間、当該送信に係る事項の確認のために必要があるときは、当該添付書面等を提示又は提出させることができる。
６
第三項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、申請等を行った者が前項の規定による提示又は提出に応じない場合には、当該提示又は提出に応じない添付書面等については、適用しない。
７
通算親法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第十二号の六の七に規定する通算親法人をいう。以下この項及び第六条第二項において同じ。）が、他の通算法人（同法第二条第十二号の七の二に規定する通算法人をいう。以下この項及び第六条第二項において同じ。）の法人税（各事業年度の所得に対する法人税に限る。）及び地方法人税（地方法人税法（平成二十六年法律第十一号）第六条第一項第一号に定める基準法人税額に対する地方法人税に限る。）に係る申請等（法人税法第七十五条の四第一項に規定する法人税の申告及び地方法人税法第十九条の三第一項に規定する地方法人税の申告を除く。以下この項及び第六条第二項において同じ。）に関する事項の処理として、前条第二項の入出力用プログラム又はこれと同様の機能を有するものを用いて、当該通算親法人の使用に係る電子計算機から、申請書面等記載事項並びに同項の規定により通知された当該通算親法人の識別符号及び暗証符号並びに当該他の通算法人の識別符号（国税庁長官が定める場合には、当該通算親法人及び当該他の通算法人の識別符号）の入力（当該申請等の情報が申請書面等記載事項をスキャナにより読み取る方法その他これに類する方法により作成した電磁的記録（第二項各号に掲げる要件を満たすように読み取り、又は作成したものに限る。）に記録されたものである場合（当該申請書面等記載事項を入力する方法につき国税庁の使用に係る電子計算機において用いることができない場合に限る。）には、当該申請書面等記載事項の入力を除く。）をして、当該申請等の情報に当該通算親法人の代表者又は国税庁長官が定める者の電子署名を行い、当該電子署名に係る電子証明書と併せてこれらを送信した場合には、当該他の通算法人は、当該申請等を第一項に定めるところにより行ったものとみなす。
この場合において、当該通算親法人が、当該申請等に係る添付書面等記載事項を第三項各号に掲げる方法（当該申請等の情報が申請書面等記載事項をスキャナにより読み取る方法その他これに類する方法により作成した電磁的記録に記録されたものである場合には、同項第二号に掲げる方法）により送信し、又は提出したときは、当該他の通算法人は、当該添付書面等記載事項を同項に定めるところにより送信し、又は提出したものとみなす。
第五条の二
電子情報処理組織を使用する方法により申請等（国税庁長官が定めるものに限る。以下この条において同じ。）を行う者は、前条の規定にかかわらず、認定特定電子計算機（特定電子計算機であって国税庁長官の定める基準に適合するものであることにつき国税庁長官の認定を受けたものをいう。）に備えられたファイル（以下第三項までにおいて「特定ファイル」という。）に当該申請等に必要な情報（以下同項までにおいて「申請等情報」という。）を記録し、かつ、税務署長に対して、当該特定ファイルに記録された当該申請等情報を閲覧し、及び国税庁の使用に係る電子計算機に備えられたファイルに記録する権限を付与することにより、当該申請等を行うことができる。
この場合において、当該申請等については、当該特定ファイルに当該申請等情報が記録された時又は当該権限が付与された時のいずれか遅い時に、国税庁の使用に係る電子計算機に備えられたファイルに当該申請等情報が記録されたものとして、情報通信技術活用法第六条第三項の規定を適用する。
２
前項の規定により特定ファイルに申請等情報を記録する場合におけるその記録に関するファイル形式については、国税庁長官が定める。
３
第一項の申請等を行う者は、特定ファイルに記録した申請等情報の電磁的記録を同項の権限を付与した状態で国税庁長官が定める期間保存しなければならない。
４
第一項の認定を受けようとする者（当該認定に係る電子計算機を管理する者に限る。第十項において同じ。）は、次に掲げる事項を国税庁長官に申請しなければならない。
一
当該認定を受けようとする者の氏名、住所又は居所及び法人番号
二
当該認定に係る電子計算機の名称
三
当該認定に係る電子計算機が第一項の国税庁長官の定める基準に適合することを証する事項
四
その他参考となるべき事項
５
国税庁長官は、前項の申請があった場合には、遅滞なく、これを審査し、当該申請に係る電子計算機について第一項の認定をし、又は当該申請に係る電子計算機が同項の国税庁長官の定める基準に適合しないと認めるときは、当該申請を却下する。
６
国税庁長官は、第一項の認定をした場合において、同項の申請等を行う者の利便性の向上に資すると認めるときは、当該認定をした電子計算機（以下この条において「認定電子計算機」という。）について当該認定を受けた者（以下この条において「認定事業者」という。）の氏名及び住所又は居所、当該認定電子計算機の名称並びに当該認定の日の公表をすることができる。
７
認定事業者は、第四項各号に掲げる事項に変更が生ずることとなったときは、遅滞なく、その旨を国税庁長官に届け出なければならない。
８
国税庁長官は、前項の届出があった場合において、第六項の公表をしている事項に変更が生じたときは、その旨、当該届出による変更後の認定事業者の氏名及び住所又は居所、その変更後の認定電子計算機の名称並びにその変更の日の公表をしなければならない。
９
国税庁長官は、第一項の認定をした後、認定電子計算機が同項の国税庁長官の定める基準に適合しなくなったときは、当該認定を取り消すことができる。
１０
国税庁長官は、第五項又は前項の処分をするときは、第一項の認定を受けようとする者又は認定事業者に対し、その旨を通知する。
１１
国税庁長官は、第九項の処分をした場合（第一項の認定につき第六項の公表をしている場合に限る。）には、その旨、認定事業者であった者の氏名及び住所又は居所、当該処分に係る認定電子計算機の名称並びに当該処分の日の公表をしなければならない。
（申請等において氏名等を明らかにする措置）
第六条