第一条の規定による改正後の水産業協同組合法（以下「新水協法」という。）第十一条の三（新水協法第九十六条第一項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定は、この法律の施行の際現に存する新水協法第十一条第一項第十一号の事業を行う漁業協同組合（同項第四号の事業を併せ行う漁業協同組合を除く。）又は新水協法第九十三条第一項第六号の二の事業を行う水産加工業協同組合（同項第二号の事業を併せ行う水産加工業協同組合を除く。）であって、その出資の総額が新水協法第十一条の三第一項の政令で定める額を下回っているものについては、平成二十三年三月三十一日までは、適用しない。
（特定関係者との間の取引等に関する経過措置）
第三条
新水協法第十一条の十二（新水協法第九十六条第一項及び第百条の八第一項において準用する場合を含む。）の規定は、新水協法第十一条第一項第十一号の事業を行う漁業協同組合、新水協法第九十三条第一項第六号の二の事業を行う水産加工業協同組合又は共済水産業協同組合連合会（以下「共済事業実施組合」という。）がこの法律の施行の日（以下「施行日」という。）以後にする取引又は行為について適用し、当該共済事業実施組合が施行日前にした取引又は行為については、なお従前の例による。
（共済規程の変更に関する経過措置）
第四条
施行日前に新水協法第十五条の二第二項（新水協法第九十六条第一項及び第百条の八第一項において準用する場合を含む。）の農林水産省令で定める事項に係る共済規程の変更について行われた第一条の規定による改正前の水産業協同組合法（以下「旧水協法」という。）第十五条の二第二項（旧水協法第九十六条第一項及び第百条の六第一項において準用する場合を含む。）の認可の申請は、新水協法第十五条の二第三項（新水協法第九十六条第一項及び第百条の八第一項において準用する場合を含む。次項において同じ。）の規定による届出とみなす。
２
施行日前に行われた前項に規定する共済規程の変更（同項に規定する申請が行われたものを除く。）は、新水協法第十五条の二第三項の規定の適用については、施行日に行われたものとみなす。
（共済契約の申込みの撤回等に関する経過措置）
第五条
新水協法第十五条の四（新水協法第九十六条第一項及び第百条の八第一項において準用する場合を含む。）の規定は、施行日以後に共済事業実施組合が受ける共済契約の申込み又は施行日以後に締結される共済契約（施行日前にその申込みを受けたものを除く。）について適用する。
（責任準備金の積立てに関する経過措置）
第六条
新水協法第十五条の十（新水協法第九十六条第一項及び第百条の八第一項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定は、施行日以後に開始する事業年度に係る新水協法第十五条の十の責任準備金の積立てについて適用し、施行日前に開始した事業年度に係る旧水協法第十五条の三（旧水協法第九十六条第一項及び第百条の六第一項において準用する場合を含む。次項及び附則第十条において同じ。）の責任準備金の積立てについては、なお従前の例による。
２
この法律の施行の際現に存する旧水協法第十五条の三の責任準備金及び前項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同条の責任準備金は、新水協法第十五条の十の責任準備金として積み立てられたものとみなす。
（支払備金の積立てに関する経過措置）
第七条
新水協法第十五条の十一（新水協法第九十六条第一項及び第百条の八第一項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定は、施行日以後に開始する事業年度に係る新水協法第十五条の十一の支払備金の積立てについて適用する。
（価格変動準備金の積立てに関する経過措置）
第八条
新水協法第十五条の十二（新水協法第九十六条第一項及び第百条の八第一項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定は、施行日以後に開始する事業年度に係る新水協法第十五条の十二第一項の価格変動準備金の積立てについて適用する。
２
この法律の施行の際現に存する共済事業実施組合が、新水協法第十五条の十二第一項に規定する特定資産（新水協法第十一条第一項第十一号の事業を行う漁業協同組合又は新水協法第九十三条第一項第六号の二の事業を行う水産加工業協同組合にあっては、旧水協法第十五条の四（旧水協法第九十六条第一項において準用する場合を含む。）の規定により旧水協法第十一条第一項第十一号又は第九十三条第一項第六号の二の事業に係るものとして区分された会計に属するものに限る。）の新水協法第十五条の十二第二項に規定する売買等による損失の額が同項に規定する売買等による利益の額を超える場合にその差額のてん補に充てるための準備金を積み立てていた場合には、当該準備金は、同条第一項の価格変動準備金として積み立てられたものとみなす。
（契約者割戻しに関する経過措置）
第九条
新水協法第十五条の十三（新水協法第九十六条第一項及び第百条の八第一項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定は、施行日以後に開始する事業年度に係る新水協法第十五条の十三第一項に規定する契約者割戻しを行う場合について適用する。
（特別勘定に関する経過措置）
第十条
この法律の施行の際現に存する共済事業実施組合が、新水協法第十五条の十五第一項（新水協法第九十六条第一項及び第百条の八第一項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の農林水産省令で定める共済契約に係る旧水協法第十五条の三の責任準備金の金額に対応する財産をその他の財産と区別して経理するための特別の勘定を設けていた場合には、当該特別の勘定は、新水協法第十五条の十五第一項に規定する特別勘定とみなす。
（共済計理人の選任等に関する経過措置）
第十一条
新水協法第十五条の十七（新水協法第九十六条第一項及び第百条の八第一項において準用する場合を含む。）の規定は、この法律の施行の際現に存する共済事業実施組合については、施行日から起算して三月を経過する日までの間は、適用しない。
（共済計理人の職務に関する経過措置）
第十二条
新水協法第十五条の十八（新水協法第九十六条第一項及び第百条の八第一項において準用する場合を含む。）の規定は、施行日以後に開始する事業年度に係る事項に関する共済計理人の職務について適用する。
（漁業協同組合又は水産加工業協同組合による子会社の保有の制限に関する経過措置）
第十三条
新水協法第十七条の十四第一項（新水協法第九十六条第一項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定は、この法律の施行の際現に子会社対象会社（新水協法第十七条の十四第一項に規定する子会社対象会社をいう。次項において同じ。）以外の共済事業会社（共済事業（新水協法第十五条の二第一項（新水協法第九十六条第一項において準用する場合を含む。）に規定する共済事業をいう。以下この項において同じ。）に相当する事業を行い、又は共済事業に相当する事業に従属し、付随し、若しくは関連する業務を営む会社をいう。以下この条及び次条において同じ。）を子会社（新水協法第十一条の六第二項（新水協法第九十六条第一項において準用する場合を含む。次条において同じ。）に規定する子会社をいう。次項及び次条において同じ。）としている新水協法第十七条の十四第二項第一号又は第三号（これらの規定を新水協法第九十六条第一項において準用する場合を含む。）に掲げる組合の当該共済事業会社については、当該組合が施行日から起算して三月を経過する日までにその旨を行政庁（新水協法第百二十七条第一項に規定する行政庁をいう。以下同じ。）に届け出たときは、施行日から起算して一年を経過する日までの間は、適用しない。
２
前項の組合は、同項の規定による届出に係る子会社対象会社以外の共済事業会社が子会社でなくなったとき又は共済事業会社以外の子会社となったときは、遅滞なく、その旨を行政庁に届け出なければならない。
（漁業協同組合又は水産加工業協同組合による議決権の取得等の制限に関する経過措置）
第十四条
新水協法第十七条の十五第一項（新水協法第九十六条第一項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定は、この法律の施行の際現に共済事業会社である国内の会社（新水協法第十七条の十五第一項に規定する国内の会社をいう。以下この条において同じ。）の議決権（新水協法第十一条の六第二項に規定する議決権をいう。以下この条及び附則第二十五条において同じ。）を合算してその基準議決権数（新水協法第十七条の十五第一項に規定する基準議決権数をいう。以下この条において同じ。）を超えて有している新水協法第十七条の十四第二項第一号若しくは第三号（これらの規定を新水協法第九十六条第一項において準用する場合を含む。）に掲げる組合又はその子会社による当該国内の会社の議決権の保有については、当該組合が施行日から起算して三月を経過する日までにその旨を行政庁に届け出たときは、施行日から起算して一年を経過する日までの間は、適用しない。
この場合において、同日後は、当該国内の会社の議決権の保有については、当該組合又はその子会社が同日において新水協法第十七条の十五第二項本文（新水協法第九十六条第一項において準用する場合を含む。）の主務省令で定める事由により当該国内の会社の議決権を合算してその基準議決権数を超えて取得したものとみなして、新水協法第十七条の十五（新水協法第九十六条第一項において準用する場合を含む。）の規定を適用する。
（組合員等の脱退に関する経過措置）
第十五条