所得税法第百二十条第三項から第七項までの規定は、法第三十七条の十三の三第十項において準用する法第三十七条の十二の二第九項において準用する所得税法第百二十三条第一項（同法第百六十六条において準用する場合を含む。）の規定による申告書の提出について準用する。
この場合において、同法第百二十条第五項中「確定申告期限」とあるのは「確定申告期限（当該申告書が国税通則法第六十一条第一項第二号（延滞税の額の計算の基礎となる期間の特例）に規定する還付請求申告書である場合には、当該申告書の提出があつた日）」と、「国税通則法」とあるのは「同法」と読み替えるものとする。
２０
法第三十七条の十三の三第七項の規定の適用がある場合における法第三十七条の十第六項の規定により読み替えられた所得税法の規定の適用については、同項第五号中「これらの規定」とあるのは「同法第七十一条第一項中「総所得金額」とあるのは「総所得金額、一般株式等に係る譲渡所得等の金額」と、同法第七十二条第一項各号列記以外の部分中「総所得金額」とあるのは「総所得金額、一般株式等に係る譲渡所得等の金額（租税特別措置法第三十七条の十三の三第七項（特定中小会社が発行した株式に係る譲渡損失の繰越控除等）の規定の適用がある場合には、その適用後の金額。以下同じ。）」と、同項第一号中「総所得金額」とあるのは「総所得金額、一般株式等に係る譲渡所得等の金額」と、同法第七十三条から第八十七条までの規定」と、「あるのは、」とあるのは「あるのは」とする。
２１
前項の規定は、法第三十七条の十三の三第四項又は第七項の規定の適用がある場合における法第三十七条の十一第六項において準用する法第三十七条の十第六項の規定により読み替えられた所得税法の規定の適用について準用する。
この場合において、前項中「一般株式等に係る譲渡所得等の金額」とあるのは「上場株式等に係る譲渡所得等の金額」と、「第三十七条の十三の三第七項（」とあるのは「第三十七条の十三の三第四項若しくは第七項（」と読み替えるものとする。
２２
法第三十七条の十三の三第四項又は第七項の規定の適用がある場合における第二十五条の八第十五項（第二十五条の九第十三項において準用する場合を含む。）の規定により読み替えて適用される所得税法第百二十条第一項第一号、第百二十三条第一項並びに第二項第三号から第五号まで及び第七号、第百二十七条第一項及び第二項、第百五十一条の二第一項、第百五十一条の三第一項、第百五十三条の二第一項、第百五十三条の三第一項、第百五十五条、第百五十九条第三項第二号並びに第百六十条第三項第一号ロに規定する一般株式等に係る譲渡所得等の金額又は上場株式等に係る譲渡所得等の金額は、これらの規定にかかわらず、法第三十七条の十三の三第四項又は第七項の規定の適用後の金額とする。
２３
前三項に定めるもののほか、法第三十七条の十三の三第四項若しくは第七項又は同条第十項において準用する法第三十七条の十二の二第九項の規定の適用がある場合における所得税法の規定の適用については、次に定めるところによる。
一
所得税法第二条第一項第四十号の規定の適用については、同号中「確定申告書及び」とあるのは、「確定申告書（租税特別措置法第三十七条の十三の三第十項（特定中小会社が発行した株式に係る譲渡損失の繰越控除等）において準用する同法第三十七条の十二の二第九項（上場株式等に係る譲渡損失の繰越控除）において準用する第百二十三条第一項（特定株式の譲渡損失に係る確定損失申告書）（第百六十六条において準用する場合を含む。）の規定による申告書を含む。以下この号において同じ。）及び」とする。
二
所得税法第四十二条第三項の規定の適用については、同項中「確定申告書」とあるのは、「確定申告書（租税特別措置法第三十七条の十三の三第十項（特定中小会社が発行した株式に係る譲渡損失の繰越控除等）において準用する同法第三十七条の十二の二第九項（上場株式等に係る譲渡損失の繰越控除）において準用する第百二十三条第一項（特定株式の譲渡損失に係る確定損失申告書）（第百六十六条（非居住者に対する準用）において準用する場合を含む。）の規定による申告書を含む。以下第二百三十三条までにおいて同じ。）」とする。
三
所得税法第百二十二条第二項の規定の適用については、同項中「次条第一項」とあるのは、「次条第一項（租税特別措置法第三十七条の十三の三第十項（特定中小会社が発行した株式に係る譲渡損失の繰越控除等）において準用する同法第三十七条の十二の二第九項（上場株式等に係る譲渡損失の繰越控除）において準用する場合を含む。）」とする。
四
所得税法第百二十五条の規定の適用については、同条第一項から第三項までの規定中「を記載した」とあるのは、「の記載（財務省令で定める記載を含む。）をした」とする。
五
所得税法第百二十七条第一項及び第二項の規定の適用については、同条第一項及び第二項中「事項」とあるのは、「事項その他財務省令で定める事項」とする。
六
所得税法第百二十七条第三項及び第四項の規定の適用については、同条第三項中「純損失の金額若しくは雑損失の金額」とあるのは「純損失の金額、雑損失の金額若しくは租税特別措置法第三十七条の十三の三第八項（特定中小会社が発行した株式に係る譲渡損失の繰越控除等）に規定する特定株式に係る譲渡損失の金額（第百五十五条において「特定株式に係る譲渡損失の金額」という。）」と、「の規定による申告書」とあるのは「の規定による申告書又は同法第三十七条の十三の三第十項において準用する同法第三十七条の十二の二第九項（上場株式等に係る譲渡損失の繰越控除）において準用する第百二十三条第一項（特定株式の譲渡損失に係る確定損失申告書）の規定による申告書」と、「同条第二項各号に掲げる事項」とあるのは「それぞれ第百二十三条第二項各号に掲げる事項その他財務省令で定める事項又は同法第三十七条の十三の三第十項において準用する同法第三十七条の十二の二第九項において準用する第百二十三条第一項に規定する政令で定める事項」とする。
七
所得税法第百五十二条の規定の適用については、同条中「若しくは第三号」とあるのは「又は第三号」と、「又は第百二十三条第二項第一号」とあるのは「、第百二十三条第二項第一号」と、「若しくは第八号」とあるのは「又は第八号」と、「に掲げる金額」とあるのは「その他財務省令で定める規定に掲げる金額」とする。
八
所得税法第百五十三条の規定の適用については、同条各号列記以外の部分中「若しくは第三号」とあるのは「又は第三号」と、「又は第百二十三条第二項第一号若しくは」とあるのは「、第百二十三条第二項第一号又は」と、「に掲げる金額」とあるのは「その他財務省令で定める規定に掲げる金額」とする。
九
所得税法第百五十三条の二の規定の適用については、同条第一項第二号中「又は第百二十三条第二項第一号若しくは」とあるのは「、第百二十三条第二項第一号又は」と、「に掲げる金額」とあるのは「その他財務省令で定める規定に掲げる金額」とする。
十
所得税法第百五十五条の規定の適用については、同条中「純損失の金額」とあるのは「純損失の金額若しくは特定株式に係る譲渡損失の金額」と、「の規定の適用」とあるのは「若しくは租税特別措置法第三十七条の十三の三第七項（特定中小会社が発行した株式に係る譲渡損失の繰越控除等）の規定の適用」とする。
十一
所得税法第百五十七条の規定の適用については、同条第一項中「若しくは第三号」とあるのは「又は第三号」と、「又は第百二十三条第二項第一号」とあるのは「、第百二十三条第二項第一号」と、「若しくは第七号」とあるのは「又は第七号」と、「に掲げる金額」とあるのは「その他財務省令で定める規定に掲げる金額」と、同条第四項中「若しくは第三号」とあるのは「又は第三号」と、「又は第百二十三条第二項第一号」とあるのは「、第百二十三条第二項第一号」と、「若しくは第七号」とあるのは「又は第七号その他財務省令で定める規定」とする。
２４
法第三十七条の十第一項又は第三十七条の十一第一項の規定の適用があり、かつ、法第三十七条の十三の三第四項若しくは第七項の規定の適用がある場合又は同条第十項において準用する法第三十七条の十二の二第九項の規定の適用がある場合における所得税法施行令の規定の適用については、第二十五条の八第十六項（第二十五条の九第十三項において準用する場合を含む。）の規定にかかわらず、次の表の上欄に掲げる同令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
第十一条の二第二項
総所得金額
総所得金額、租税特別措置法第三十七条の十第一項（一般株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）に規定する一般株式等に係る譲渡所得等の金額（同法第三十七条の十三の三第七項（特定中小会社が発行した株式に係る譲渡損失の繰越控除等）の規定の適用がある場合には、その適用後の金額。以下第二百十九条までにおいて「一般株式等に係る譲渡所得等の金額」という。）、同法第三十七条の十一第一項（上場株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）に規定する上場株式等に係る譲渡所得等の金額（同法第三十七条の十三の三第四項又は第七項の規定の適用がある場合には、その適用後の金額。以下第二百十九条までにおいて「上場株式等に係る譲渡所得等の金額」という。）
第十七条第四項第五号
総所得金額
総所得金額、一般株式等に係る譲渡所得等の金額、上場株式等に係る譲渡所得等の金額
第九十七条第二項
確定申告書