国及び都道府県は、開発区域における水質汚濁等の防止のために必要な措置を講ずるように努めるほか、開発計画の達成のために必要な助言、指導その他の援助を行なうように努めるものとする。
２
国及び都道府県は、海洋水産資源の開発を促進するため、優良な水産動植物の種苗の供給の円滑化に努めるとともに、水産動植物の増殖又は養殖に関する技術の開発及び普及に努めるものとする。
（指定海域における行為の届出等）
第十二条
開発区域以外の一定の海域で、海底の地形、海流、
餌
じ
料生物の分布その他の自然的条件がすぐれているため漁場としての効用が高く、かつ、漁業生産において重要な地位を占める海域として政令で指定するもの（以下「指定海域」という。）において、漁場としての効用を著しく低下させ、又は喪失させるおそれがある海底の掘削、工作物の設置その他の行為で政令で定めるもの（以下「特定行為」という。）をしようとする者（国の機関等を除く。）は、農林水産省令で定めるところにより、当該指定海域を管轄する都道府県知事にその旨を届け出なければならない。
２
指定海域を管轄する都道府県知事は、当該指定海域の漁場としての効用を保全するため必要があると認めるときは、当該指定海域において特定行為をし、又はしようとする者（国の機関等を除く。）に対して、必要な勧告をすることができる。
３
国の機関等は、指定海域において特定行為をしようとするときは、当該指定海域を管轄する都道府県知事にその旨を通知しなければならない。
４
政府は、指定海域を指定する場合において、当該指定海域の区域が二以上の都道府県知事の管轄に属し、又はその管轄が明確でないときは、その指定に係る第一項の政令において、当該指定海域を管轄する行政庁を農林水産大臣とする旨をあわせて定めなければならない。
この場合においては、前三項の規定中「都道府県知事」とあるのは、「農林水産大臣」とする。
５
農林水産大臣は、第一項の政令の制定又は改廃の立案をしようとするときは、水産政策審議会の意見を聴かなければならない。
第四章　海洋水産資源の自主的な管理に関する協定
（資源管理協定の締結）
第十三条
漁業者団体等は、一定の海域において海洋水産資源の利用の合理化を図るため、当該海域における海洋水産資源の自主的な管理に関する協定（以下「資源管理協定」という。）を締結し、当該資源管理協定が適当である旨の行政庁の認定を受けることができる。
２
資源管理協定においては、次に掲げる事項を定めるものとする。
一
資源管理協定の対象となる海域並びに海洋水産資源及び漁業の種類
二
海洋水産資源の管理の方法
三
資源管理協定の有効期間
四
資源管理協定に違反した場合の措置
五
その他農林水産省令で定める事項
（資源管理協定の認定等）
第十四条
行政庁は、前条第一項の認定の申請が次の各号のすべてに該当するときは、同項の認定をするものとする。
一
前条第二項第一号から第三号までに掲げる事項が基本方針において定められた第三条第二項第三号イの指針に適合するものであること。
二
資源管理協定の内容が不当に差別的でないこと。
三
資源管理協定の内容がこの法律及びこの法律に基づく命令その他関係法令に違反するものでないこと。
四
その他政令で定める基準
２
前項に規定するもののほか、資源管理協定の認定（資源管理協定の変更の認定を含む。）及びその取消し並びに資源管理協定の廃止に関し必要な事項は、政令で定める。
（認定資源管理協定への参加のあつせん）
第十五条
第十三条第一項の認定を受けた資源管理協定（以下「認定資源管理協定」という。）に参加している漁業者団体等は、認定資源管理協定の対象となる海域において認定資源管理協定の対象となる種類の海洋水産資源を利用する漁業を営む者（認定資源管理協定の対象となる種類の漁業により利用するものに限る。以下「特定漁業者」という。）又はその団体であつて認定資源管理協定に参加していないものに対し認定資源管理協定を示して参加を求めた場合においてその参加を承諾しない者があるときは、農林水産省令で定めるところにより、行政庁に対し、その者の承諾を得るために必要なあつせんをすべきことを求めることができる。
２
行政庁は、前項の規定による申請があつた場合において、認定資源管理協定に参加していない者の認定資源管理協定への参加が前条第一項の規定に照らして相当であり、かつ、認定資源管理協定の内容からみてその者に対し参加を求めることが特に必要であると認めるときは、あつせんをするものとする。
（水産業協同組合法の特例）
第十六条
認定資源管理協定に参加している漁業協同組合が認定資源管理協定の内容を遵守させるために、総会（総会の部会及び総代会を含む。）で次の各号に掲げる事項の決議を行おうとする場合において、当該各号に掲げる者の三分の二以上の書面による同意を農林水産省令で定めるところにより得ているときは、水産業協同組合法（昭和二十三年法律第二百四十二号）第五十条（同法第五十二条第六項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）又は第五十一条の二第六項の規定にかかわらず、同法第五十条又は第五十一条の二第六項の規定による決議によることを要しないものとする。
一
特定漁業者たる組合員（以下「特定組合員」という。）が第十三条第二項第二号に掲げる事項の内容に違反した場合に当該特定組合員に対し過怠金を課するために必要な定款の変更
特定組合員
二
第十三条第二項第二号に掲げる事項の内容に適合するように行う漁業権行使規則又は入漁権行使規則（漁業法（昭和二十四年法律第二百六十七号）第百五条の漁業権行使規則又は入漁権行使規則をいう。）の変更（同法第百六条第三項第一号に掲げる事項の変更を除く。第四項第二号において同じ。）
特定組合員であつて当該漁業権又は入漁権の内容たる漁業を営む権利を有するもの
２
前項の場合において、水産業協同組合法第二十一条第三項の規定により電磁的方法（同法第十一条の三第四項に規定する電磁的方法をいう。）により議決権を行うことが定款で定められているときは、当該書面による同意に代えて、前項各号に掲げる事項についての同意を当該電磁的方法により得ることができる。
この場合において、当該漁業協同組合は、当該書面による同意を得たものとみなす。
３
前項前段の電磁的方法（水産業協同組合法第十一条の三第五項の農林水産省令で定める方法を除く。）により得られた第一項各号に掲げる事項についての同意は、漁業協同組合の使用に係る電子計算機に備えられたファイルへの記録がされた時に当該漁業協同組合に到達したものとみなす。
４
認定資源管理協定に参加している漁業協同組合連合会が認定資源管理協定の内容を遵守させるために、総会（総代会を含む。）で次の各号に掲げる事項の決議を行おうとする場合において、当該各号に掲げる者のすべての同意を農林水産省令で定めるところにより得ているときは、水産業協同組合法第九十二条第三項において準用する同法第五十条（同法第九十二条第三項において準用する同法第五十二条第六項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定にかかわらず、同法第九十二条第三項において準用する同法第五十条の規定による決議によることを要しないものとする。
一
会員たる漁業協同組合の特定組合員及び会員たる漁業協同組合又は漁業生産組合で特定漁業者であるもの（以下「漁業自営組合」という。）が第十三条第二項第二号に掲げる事項の内容に違反した場合に当該特定組合員を直接若しくは間接の構成員とする漁業協同組合（以下「特定組合員所属組合」という。）又は当該漁業自営組合に対し過怠金を課するために必要な定款の変更
特定組合員所属組合及び漁業自営組合
二
第十三条第二項第二号に掲げる事項の内容に適合するように行う第一項第二号に規定する漁業権行使規則又は入漁権行使規則の変更
当該漁業権又は入漁権の内容たる漁業を営む権利を有する者を直接又は間接の構成員とする会員たる漁業協同組合
５
第一項から第三項までの規定は、認定資源管理協定に参加している漁業協同組合連合会の特定組合員所属組合について準用する。
（漁業法等による措置）
第十七条
認定資源管理協定に参加している漁業者団体等は、認定資源管理協定に参加している漁業を営む者（認定資源管理協定に参加している団体の直接又は間接の構成員となつている特定漁業者を含む。）の数が認定資源管理協定の対象となる海域において認定資源管理協定の対象となる海洋水産資源を利用する漁業を営む者のすべての数の三分の二以上であつて農林水産省令で定める割合を超えていることその他の農林水産省令で定める基準に該当するときは、農林水産省令で定めるところにより、農林水産大臣又は都道府県知事に対し、認定資源管理協定の対象となる海域における海洋水産資源の利用の合理化を図るための措置であつて認定資源管理協定の目的を達成するために必要なものを講ずべきことを求めることができる。
２
農林水産大臣又は都道府県知事は、前項の規定による申出があつた場合において、漁業調整、水産資源の保護培養その他公益のために必要があると認めるときは、その申出の内容を勘案して、漁業法第四十四条第一項若しくは第二項（これらの規定を同法第五十八条において準用する場合を含む。）、第八十六条第一項若しくは第三項若しくは第百十九条第一項若しくは第二項又は水産資源保護法（昭和二十六年法律第三百十三号）第四条第一項の規定による水産動植物の採捕の制限等の措置その他の適切な措置を講ずるものとする。
（行政庁）
第十八条