新令第二十五条の十の二（第十四項第十号に係る部分に限る。）の規定は、平成十九年五月一日以後に行われる同号に規定する株式交換又は株式移転により同号の特定口座に受け入れる同号に規定する株式交換完全親法人の株式若しくは親法人の株式又は株式移転完全親法人の株式について適用し、同日前に行われた旧令第二十五条の十の二第十四項第九号に規定する株式交換又は株式移転により同号の特定口座に受け入れた同号に規定する株式交換完全親法人の株式又は株式移転完全親法人の株式については、なお従前の例による。
（特定口座継続適用届出書等に関する経過措置）
第十七条
新令第二十五条の十の五（第三項第三号に係る部分に限る。）の規定（信託の併合に係る部分を除く。）は、平成十九年五月一日以後に行われる同号に規定する合併により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する合併法人の株式若しくは出資又は合併親法人株式について適用し、同日前に行われた旧令第二十五条の十の五第三項第三号に規定する法人の合併により同号の出国口座に受け入れた同号に規定する合併法人の株式又は出資については、なお従前の例による。
２
新令第二十五条の十の五（第三項第三号に係る部分に限る。）の規定（信託の併合に係る部分に限る。）は、信託法施行日以後に行われる同号に規定する合併により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する合併法人の株式又は出資について適用する。
３
新令第二十五条の十の五（第三項第四号に係る部分に限る。）の規定は、信託法施行日以後に行われる同号に規定する投資信託の併合により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する投資信託の受益権について適用する。
４
新令第二十五条の十の五（第三項第五号に係る部分に限る。）の規定（信託の分割に係る部分を除く。）は、平成十九年五月一日以後に行われる同号に規定する分割により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する分割承継法人の株式又は分割承継親法人株式について適用し、同日前に行われた旧令第二十五条の十の五第三項第四号に規定する分割により同号の出国口座に受け入れた同号に規定する分割承継法人の株式については、なお従前の例による。
この場合において、同日から信託法施行日の前日までの間における新令第二十五条の十の五第三項第五号の規定の適用については、同号中「同項第九号」とあるのは、「同項第八号」とする。
５
新令第二十五条の十の五（第三項第五号に係る部分に限る。）の規定（信託の分割に係る部分に限る。）は、信託法施行日以後に行われる同号に規定する分割により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する分割承継法人の株式について適用する。
６
新令第二十五条の十の五（第三項第六号に係る部分に限る。）の規定は、平成十九年五月一日以後に行われる同号に規定する株式交換又は株式移転により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する株式交換完全親法人の株式若しくは親法人の株式又は株式移転完全親法人の株式について適用し、同日前に行われた旧令第二十五条の十の五第三項第五号に規定する株式交換又は株式移転により同号の出国口座に受け入れた同号に規定する株式交換完全親法人の株式又は株式移転完全親法人の株式については、なお従前の例による。
（特定上場株式等に係る譲渡所得等の非課税に関する経過措置）
第十八条
新令第二十五条の十三の二第五項第三号、第五号及び第六号の規定は、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が平成十九年五月一日以後にこれらの規定に掲げる事由により取得する同項に規定する取得上場株式等について適用し、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が同日前に旧令第二十五条の十三の二第五項第三号から第五号までに掲げる事由により取得した同項に規定する取得上場株式等については、なお従前の例による。
２
新令第二十五条の十三の二第五項第四号の規定は、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が信託法施行日以後に同号に掲げる事由により取得する同号に規定する投資信託の受益権について適用する。
（合併等により外国親法人株式の交付を受ける場合の課税の特例に関する経過措置）
第十九条
新令第二十五条の十四第九項及び第十項の規定は、平成十九年五月一日以後に交付を受けるこれらの規定に規定する国内事業管理親法人株式について適用する。
２
新令第二十五条の十四第十一項から第十三項までの規定は、平成十九年五月一日以後に行われるこれらの規定に規定する特定合併、特定分割型分割又は特定株式交換により交付を受けるこれらの規定に規定する外国合併親法人株式、外国分割承継親法人株式又は外国株式交換完全支配親法人株式について適用する。
（特定の合併等が行われた場合の株主等の課税の特例に関する経過措置）
第二十条
新令第二十五条の十四の二第一項から第三項までの規定は、平成十九年十月一日以後に行われるこれらの規定に規定する特定非適格合併、特定非適格分割型分割又は特定非適格株式交換により交付を受けるこれらの規定に規定する特定軽課税外国法人の株式に該当する外国合併親法人株式、外国分割承継親法人株式又は外国株式交換完全支配親法人株式について適用する。
（住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除に関する経過措置）
第二十一条
新令第二十六条第十九項の規定は、居住者が新法第四十一条第一項に規定する増改築等をした家屋（当該増改築等をした部分に限る。以下この条において同じ。）を施行日以後に同項の定めるところによりその者の居住の用に供する場合について適用し、居住者が旧法第四十一条第一項に規定する増改築等をした家屋を施行日前に同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合については、なお従前の例による。
（特定組合員等の不動産所得に係る損益通算等の特例に関する経過措置）
第二十二条
改正法附則第八十四条第一項に規定する旧信託の同項に規定する旧受益者たる地位の承継を受ける者について新法第四十一条の四の二の規定を適用する場合における新令第二十六条の六の二の規定の適用については、同条第四項中「特定受益者」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第六号）附則第八十四条第二項の規定により読み替えられた同法第十二条の規定による改正後の租税特別措置法第四十一条の四の二第一項に規定する特定受益者」とする。
（償還差益の分離課税等に係る割引債の範囲に関する経過措置）
第二十三条
独立行政法人住宅金融支援機構法（平成十七年法律第八十二号）附則第三条第一項の規定による解散前の住宅金融公庫が施行日前に公的資金による住宅及び宅地の供給体制の整備のための公営住宅法等の一部を改正する法律（平成十七年法律第七十八号）附則第四条第一項の規定により発行した債券に係る旧法第四十一条の十二第七項に規定する割引債については、なお従前の例による。
（施行日前に電子情報処理組織を使用して確定申告書の提出を行い出国をした者に係る特例）
第二十四条
改正法附則第八十六条第二項の規定により国税通則法（昭和三十七年法律第六十六号）第二十三条第一項の更正の請求をしようとする個人は、同条第三項に規定する更正請求書に、同項に規定する事項のほか、平成十九年分の所得税につき改正法附則第八十六条第一項に規定する電子情報処理組織を使用して同項の確定申告書の提出を行った年月日及び所得税法第二条第一項第四十二号に規定する出国をした年月日を記載しなければならない。
（法人税の特例に関する経過措置の原則）
第二十五条
新令第三章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
第二十六条
新令第二十七条の四第八項の規定は、法人が平成二十年四月一日以後に締結する契約に係る改正法第二条の規定による改正後の法人税法第六十三条第二項に規定するリース譲渡に係る収益の額について適用する。
（法人の減価償却に関する経過措置）
第二十七条
法人が施行日前に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。第三項において同じ。）をした旧令第二十八条第一項第二号に掲げる機械その他の減価償却資産については、なお従前の例による。
２
新令第二十八条の六第一項（第四号及び第五号に係る部分に限る。）の規定は、同項第四号又は第五号に掲げる法人が附則第一条第十四号に定める日以後に取得又は製作をする新法第四十四条の三第一項に規定する事業革新設備について適用する。
３
新令第二十八条の八第二項の規定は、法人が附則第一条第九号に定める日以後に取得等をする同項第一号に掲げる機械その他の減価償却資産について適用し、法人が同日前に取得等をした旧令第二十八条の十第二項に規定する機械その他の減価償却資産については、なお従前の例による。
４
改正法附則第九十三条第十五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十五条の二（第二項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第二十八条の十二の規定は、なおその効力を有する。
５
改正法附則第九十三条第十八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十六条の三の規定に基づく旧令第二十九条の三の規定は、なおその効力を有する。
６