農業・食品産業技術研究等業務及び農業機械化促進業務に係る通則法第三十八条第四項の主務省令で定める書類は、連結貸借対照表、連結損益計算書、連結純資産変動計算書、連結キャッシュ・フロー計算書及び連結附属明細書とする。
（会計監査報告の作成）
第十三条
農業・食品産業技術研究等業務及び農業機械化促進業務に係る通則法第三十九条第一項の規定による会計監査報告の作成については、この条の定めるところによる。
２
会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。
ただし、会計監査人が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。
一
研究機構の役員（監事を除く。）及び職員
二
研究機構の子法人（通則法第十九条第七項に規定する子法人をいう。）の取締役、会計参与、執行役、業務を執行する社員、会社法（平成十七年法律第八十六号）第五百九十八条第一項の職務を行うべき者その他これらの者に相当する者及び使用人
三
その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３
会計監査人は、財務諸表並びに事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。
一
会計監査人の監査の方法及びその内容
二
財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が研究機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項
イ
無限定適正意見
監査の対象となった財務諸表が独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、研究機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨
ロ
除外事項を付した限定付適正意見
監査の対象となった財務諸表が除外事項を除き独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、研究機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨及び除外事項
ハ
不適正意見
監査の対象となった財務諸表が不適正である旨及びその理由
三
前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四
第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五
追記情報
六
前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七
会計監査報告を作成した日
４
前項第五号に掲げる追記情報とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項をいう。
一
会計方針の変更
二
重要な偶発事象
三
重要な後発事象
（短期借入金の認可の申請）
第十四条
研究機構は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により農業・食品産業技術研究等業務及び農業機械化促進業務に係る短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により農業・食品産業技術研究等業務及び農業機械化促進業務に係る短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次の事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一
借入れを必要とする理由
二
借入金の額
三
借入先
四
借入金の利率
五
借入金の償還の方法及び期限
六
利息の支払の方法及び期限
七
その他必要な事項
（不要財産に係る民間等出資の払戻しの認可の申請）
第十五条
研究機構は、通則法第四十六条の三第一項の規定により、農業機械化促進業務に係る民間等出資に係る不要財産（同項に規定する民間等出資に係る不要財産をいう。以下同じ。）について、当該民間等出資に係る不要財産に係る出資者（以下単に「出資者」という。）に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として農林水産大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告することについて認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一
民間等出資に係る不要財産の内容
二
不要財産であると認められる理由
三
当該不要財産の取得の日及び申請の日における不要財産の帳簿価額（現金及び預金にあっては、取得の日及び申請の日におけるその額）
四
当該不要財産の取得に係る出資の内容（出資者が複数ある場合にあっては、出資者ごとの当該不要財産の取得の日における帳簿価額に占める出資額の割合を含む。）
五
催告の内容
六
当該不要財産により払戻しをする場合には、当該不要財産の評価額
七
通則法第四十六条の三第三項の規定により農林水産大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをする場合には、当該不要財産の譲渡によって得られる収入の見込額並びに譲渡に要する費用の費目、費目ごとの見込額及びその合計額
八
前号の場合における譲渡の方法
九
第七号の場合における譲渡の予定時期
十
その他必要な事項
２
農林水産大臣は、前項の規定による申請に係る払戻しの方法が通則法第四十六条の三第三項の規定により農林水産大臣が定める基準により算定した金額による払戻しである場合において、同条第一項の規定による認可をしたときは、次に掲げる事項を研究機構に通知するものとする。
一
通則法第四十六条の三第一項の規定により当該不要財産に係る出資額として農林水産大臣が定める額の持分
二
通則法第四十六条の三第三項の規定により農林水産大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをする場合における当該払戻しの見込額
（中長期計画に定めた不要財産の払戻しの催告に係る通知）
第十六条
研究機構は、通則法第四十四条第三項に規定する中長期計画において通則法第三十五条の五第二項第五号の計画を定めた場合において、通則法第四十六条の三第一項の規定により、農業機械化促進業務に係る民間等出資に係る不要財産について、出資者に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として農林水産大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告しようとするときは、前条第一項各号に掲げる事項を農林水産大臣に通知しなければならない。
２
農林水産大臣は、前項の規定による通知を受けたときは、遅滞なく、財務大臣にその旨を通知するものとする。
（催告の方法）
第十七条
農業機械化促進業務に係る通則法第四十六条の三第一項の主務省令で定める催告の方法は、次に掲げる事項を記載した書面の提出又は当該事項の電磁的方法（電子的方法、磁気的方法その他人の知覚によっては認識することができない方法をいう。）による提供とする。
一
民間等出資に係る不要財産の内容
二
通則法第四十六条の三第一項の規定に基づき当該不要財産に係る出資額として農林水産大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨
三
通則法第四十六条の三第一項の規定による払戻しについて、次に掲げる方法のうちいずれの方法によるかの別
イ
当該不要財産の払戻しをすること。
ロ
通則法第四十六条の三第三項の規定により農林水産大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをすること。
四
当該払戻しを行う予定時期
五
第三号ロの方法による払戻しの場合における当該払戻しの見込額
２
前項の規定により催告するに際し、当該不要財産の評価額が当該不要財産の帳簿価額を超えることその他の事情があるため、払戻しの方法が同項第三号イの方法により難い場合には、その旨を当該催告の相手方に対し、通知するものとする。
（民間等出資に係る不要財産の譲渡の報告等）
第十八条
研究機構は、通則法第四十六条の三第三項の規定により農業機械化促進業務に係る民間等出資に係る不要財産の譲渡を行ったときは、遅滞なく、次に掲げる事項を記載した報告書を農林水産大臣に提出するものとする。
一
当該不要財産の内容
二
譲渡によって得られた収入の額
三
譲渡に要した費用の費目、費目ごとの金額及びその合計額
四
譲渡した時期
五
通則法第四十六条の三第二項の規定により払戻しを請求された持分の額
２
前項の報告書には、同項各号に掲げる事項を証する書類を添付するものとする。
３
農林水産大臣は、第一項の報告書の提出を受けたときは、通則法第四十六条の三第三項の規定により農林水産大臣が定める基準により算定した金額（当該算定した金額が第一項第五号の持分の額に満たない場合にあっては、当該持分のうち同条第三項の規定により農林水産大臣が定める額の持分を含む。）を研究機構に通知するものとする。
４
研究機構は、前項の規定による通知を受けたときは、遅滞なく、同項の規定により通知された金額により、第一項第五号の持分（当該通知された金額が当該持分の額に満たない場合にあっては、前項の規定により農林水産大臣から通知された額の持分）を、当該請求をした出資者に払い戻すものとする。
（資本金の減少の報告）
第十九条
研究機構は、通則法第四十六条の三第四項の規定により農業機械化促進業務に係る資本金を減少したときは、遅滞なく、その旨を農林水産大臣に報告するものとする。
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産）
第二十条