機構は、通則法第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間（以下「中期目標の期間」という。）の最後の事業年度（以下「期間最後の事業年度」という。）に係る通則法第四十四条第一項又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金がある場合において、その額に相当する金額の全部又は一部を法第十八条第一項（同条第五項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定により当該中期目標の期間の次の中期目標の期間における法第十三条に規定する業務（法第十七条第三項及び法附則第三条第十一項に規定する繰入れを含む。）の財源に充てようとするときは、次に掲げる事項を記載した承認申請書を国土交通大臣に提出し、当該次の中期目標の期間の最初の事業年度の六月三十日までに、法第十八条第一項の規定による承認を受けなければならない。
一
法第十八条第一項の規定による承認を受けようとする金額
二
前号の金額を財源に充てようとする業務の内容
２
機構は、法第十七条第一項第四号に掲げる業務に係る勘定において、法第十八条第一項に規定する積立金の額に相当する金額から同項の規定による承認を受けた金額を控除してなお残余がある場合において、その額に相当する金額の全部又は一部を同条第二項の規定により当該中期目標の期間の次の中期目標の期間における同条第一項に規定する積立金として整理しようとするときは、同条第二項の規定による承認を受けようとする金額を記載した承認申請書を国土交通大臣に提出し、当該次の中期目標の期間の最初の事業年度の六月三十日までに、当該規定による承認を受けなければならない。
３
前二項の承認申請書には、当該期間最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表、当該期間最後の事業年度の損益計算書その他の国土交通省令で定める書類を添付しなければならない。
（国庫納付金の納付の手続）
第十四条
機構は、法第十八条第三項（同条第五項において準用する場合を含む。第十六条第一項及び第二項において同じ。）に規定する残余があるときは、当該規定による納付金（以下「国庫納付金」という。）の計算書に、当該期間最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表、当該期間最後の事業年度の損益計算書その他の当該国庫納付金の計算の基礎を明らかにした書類を添付して、当該期間最後の事業年度の次の事業年度の六月三十日までに、これを国土交通大臣に提出しなければならない。
ただし、前条第一項又は第二項の承認申請書を提出したときは、これらに添付した同条第三項に規定する書類と同一の書類は、提出することを要しない。
２
国土交通大臣は、前項の国庫納付金の計算書及び添付書類の提出があったときは、遅滞なく、当該国庫納付金の計算書及び添付書類の写しを財務大臣に送付するものとする。
（国庫納付金の納付期限）
第十五条
国庫納付金は、当該期間最後の事業年度の次の事業年度の七月十日までに納付しなければならない。
（国庫納付金の帰属する会計）
第十六条
法第十七条第一項第一号及び第二号に掲げる業務に係る勘定における国庫納付金については、法第十八条第三項に規定する残余の額を政府の一般会計又は財政投融資特別会計の投資勘定（特別会計に関する法律（平成十九年法律第二十三号）附則第六十六条第十五号の規定による廃止前の産業投資特別会計法（昭和二十八年法律第百二十二号）に基づく産業投資特別会計の産業投資勘定及び特別会計に関する法律附則第六十七条第一項第二号の規定により設置する産業投資特別会計の産業投資勘定を含む。次項において同じ。）からの出資金の額に応じて
按
あん
分した額を、それぞれ政府の一般会計又は財政投融資特別会計の投資勘定に帰属させるものとする。
２
前項に規定する出資金の額は、法第十八条第三項に規定する残余の額を生じた中期目標の期間の開始の日における政府の一般会計又は財政投融資特別会計の投資勘定からの出資金の額（同日後当該中期目標の期間中に政府の一般会計又は財政投融資特別会計の投資勘定から機構に出資があったときは、当該出資があった日から当該中期目標の期間の末日までの日数を当該中期目標の期間の日数で除して得た数を当該出資の額に乗じて得た額を、それぞれ加えた額）とする。
３
法第十七条第一項第三号に掲げる業務に係る勘定における国庫納付金については、財政投融資特別会計の投資勘定に帰属させるものとする。
４
法第十七条第一項第四号に掲げる業務に係る勘定における国庫納付金については、一般会計に帰属させるものとする。
（毎事業年度において国庫に納付すべき額の納付の手続等）
第十七条
前三条の規定は、毎事業年度において国庫に納付すべき額を国庫に納付する場合について準用する。
この場合において、第十四条第一項及び第十五条中「期間最後の事業年度」とあり、並びに前条第二項中「中期目標の期間」とあるのは、「事業年度」と読み替えるものとする。
（機構債券の形式）
第十八条
機構債券は、無記名利札付きとする。
（機構債券の発行の方法）
第十九条
機構債券の発行は、募集の方法による。
（機構債券申込証）
第二十条
機構債券の募集に応じようとする者は、鉄道建設・運輸施設整備支援機構債券申込証（以下「機構債券申込証」という。）に、その引き受けようとする機構債券の数並びにその氏名又は名称及び住所を記載しなければならない。
２
社債、株式等の振替に関する法律（平成十三年法律第七十五号。以下「社債等振替法」という。）の規定の適用がある機構債券（次条第二項において「振替機構債券」という。）の募集に応じようとする者は、前項の記載事項のほか、自己のために開設された当該機構債券の振替を行うための口座（同条第二項において「振替口座」という。）を機構債券申込証に記載しなければならない。
３
機構債券申込証は、機構が作成し、これに次に掲げる事項を記載しなければならない。
一
機構債券の名称
二
機構債券の総額
三
各機構債券の金額
四
機構債券の利率
五
機構債券の償還の方法及び期限
六
利息の支払の方法及び期限
七
機構債券の発行の価額
八
社債等振替法の規定の適用があるときは、その旨
九
社債等振替法の規定の適用がないときは、無記名式である旨
十
応募額が機構債券の総額を超える場合の措置
十一
募集又は管理の委託を受けた会社があるときは、その商号
（機構債券の引受け）
第二十一条
前条の規定は、政府若しくは地方公共団体が機構債券を引き受ける場合又は機構債券の募集の委託を受けた会社が自ら機構債券を引き受ける場合においては、その引き受ける部分については、適用しない。
２
前項の場合において、振替機構債券を引き受ける政府若しくは地方公共団体又は振替機構債券の募集の委託を受けた会社は、その引受けの際に、振替口座を機構に示さなければならない。
（機構債券の成立の特則）
第二十二条
機構債券の応募総額が機構債券の総額に達しないときであっても機構債券を成立させる旨を機構債券申込証に記載したときは、その応募額をもって機構債券の総額とする。
（機構債券の払込み）
第二十三条
機構債券の募集が完了したときは、機構は、遅滞なく、各機構債券についてその全額の払込みをさせなければならない。
（債券の発行）
第二十四条
機構は、前条の払込みがあったときは、遅滞なく、債券を発行しなければならない。
ただし、機構債券につき社債等振替法の規定の適用があるときは、この限りでない。
２
各債券には、第二十条第三項第一号から第六号まで、第九号及び第十一号に掲げる事項並びに番号を記載し、機構の理事長がこれに記名押印しなければならない。
（機構債券原簿）
第二十五条
機構は、主たる事務所に鉄道建設・運輸施設整備支援機構債券原簿（次項において「機構債券原簿」という。）を備えて置かなければならない。
２
機構債券原簿には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一
機構債券の発行の年月日
二
機構債券の数（社債等振替法の規定の適用がないときは、機構債券の数及び番号）
三
第二十条第三項第一号から第六号まで、第八号及び第十一号に掲げる事項
四
元利金の支払に関する事項
（利札が欠けている場合）
第二十六条
機構債券を償還する場合において、欠けている利札があるときは、これに相当する金額を償還額から控除する。
ただし、既に支払期が到来した利札については、この限りでない。
２
前項の利札の所持人がこれと引換えに控除金額の支払を請求したときは、機構は、これに応じなければならない。
（機構債券の発行の認可）
第二十七条
機構は、法第十九条第一項の規定により機構債券の発行の認可を受けようとするときは、機構債券の募集の日の二十日前までに次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一
機構債券の発行を必要とする理由
二
第二十条第三項第一号から第八号までに掲げる事項
三
機構債券の募集の方法
四
機構債券の発行に要する費用の概算額
五
第二号に掲げるもののほか、債券に記載しようとする事項
２
前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。
一
作成しようとする機構債券申込証
二
機構債券の発行により調達する資金の使途を記載した書面
三
機構債券の引受けの見込みを記載した書面
（他の法令の準用）
第二十八条
次に掲げる法令の規定については、機構を国の行政機関とみなして、これらの規定を準用する。
一
建築基準法（昭和二十五年法律第二百一号）第十八条（同法第八十七条第一項、第八十七条の四、第八十八条第一項、第二項若しくは第三項又は第九十条第三項において準用する場合を含む。）
二