が公益法人等に該当することとなつた場合において、その該当することとなつた日以後に、過去適用事業年度（最終事業年度（その該当することとなつた日の前日の属する事業年度をいう。以下この項及び次項において同じ。）
税額控除額（当該対象事業年度
税額控除額（当該最終事業年度
超える場合には
超えるときは
を当該対象事業年度
を当該最終事業年度
第四十三項
の対象事業年度において
が第二百九十四条第七項に規定する公益法人等に該当することとなつた場合において、その該当することとなつた日以後に
場合には、当該対象事業年度
ときは、最終事業年度
４９
法人税法第七十四条第一項の規定により法人税に係る申告書を提出する義務がある法人の各事業年度の開始の日前に開始した事業年度（当該各事業年度の終了の日以前に行われた当該法人を合併法人とする適格合併に係る被合併法人の当該適格合併の日前に開始した事業年度を含む。）の法人税割につき市町村長が法人税に関する法律の規定により更正された法人税額に基づいて第三百二十一条の十一第一項又は第三項の規定により更正をした場合において、当該更正につき第五十四項の規定の適用があつたときは、当該更正に係る同項に規定する仮装経理法人税割額（既に第五十五項又は第五十八項の規定により還付すべきこととなつた金額及びこの項の規定により控除された金額を除く。）は、当該各事業年度（当該更正の日（当該更正が当該各事業年度の終了の日前に行われた当該法人を合併法人とする適格合併に係る被合併法人の当該合併の日前に開始した事業年度の法人税割につき当該適格合併の日前にしたものである場合には、当該適格合併の日）以後に終了する事業年度に限る。）の法人税割額から控除するものとする。
５０
市町村は、当該市町村内に事務所又は事業所を有する法人について、租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律第七条第一項に規定する合意に基づき国税通則法第二十四条又は第二十六条の規定による更正が行われた場合において、当該更正に係る法人税額に基づいて市町村長が第三百二十一条の十一第一項又は第三項の規定による更正をしたことに伴い、第十七条又は第三百二十一条の十一第五項の規定により還付することとなる金額（以下この項及び次項において「租税条約の実施に係る還付すべき金額」という。）が生ずるときは、当該更正があつた日が当該更正に係る更正の請求があつた日の翌日から起算して三月を経過した日以後である場合を除き、第十七条、第十七条の二、第十七条の四及び第三百二十一条の十一第五項の規定にかかわらず、租税条約の実施に係る還付すべき金額を当該更正の日の属する事業年度開始の日から一年以内に開始する各事業年度（当該更正の日後に当該法人が適格合併により解散をした場合の当該適格合併に係る合併法人の当該合併の日以後に終了する各事業年度を含む。）の法人税割額（法人税法第七十四条第一項又は第百四十四条の六第一項の規定により申告書を提出すべき事業年度に係る法人税額を課税標準として算定した法人税割額（その法人税額の課税標準の算定期間中において既に納付すべきことが確定している法人税割額がある場合には、これを控除した額）に限る。）から順次控除するものとする。
５１
前項に規定する国税通則法第二十四条又は第二十六条の規定による更正に伴い当該更正に係る事業年度後の各事業年度の法人税額を減少させる更正があつた場合において、その更正に係る法人税額に基づいて市町村長が第三百二十一条の十一第一項又は第三項の規定による更正をしたことに伴い、第十七条又は第三百二十一条の十一第五項の規定により還付することとなる金額が生ずるときは、当該金額は、租税条約の実施に係る還付すべき金額とみなして、前項の規定を適用する。
５２
前二項の規定は、第五十項の法人が適格合併により解散をした後に、当該法人に係る同項に規定する第三百二十一条の十一第一項若しくは第三項の規定による更正又は前項に規定する第三百二十一条の十一第一項若しくは第三項の規定による更正があつた場合について準用する。
この場合において、第五十項中「当該更正の日の」とあるのは「当該法人を被合併法人とする適格合併に係る合併法人の当該更正の日の」と、「当該法人が」とあるのは「当該合併法人が当該合併法人を被合併法人とする」と読み替えるものとする。
５３
第三十六項から第三十八項まで、第四十二項（第四十七項及び第四十八項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）、第四十九項及び第五十項（第五十一項（前項において準用する場合を含む。）の規定によりみなして適用する場合及び前項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定による法人税割額からの控除については、まず第三十六項及び第三十七項の規定による控除をし、次に第三十八項及び第四十二項の規定による控除、第四十九項の規定による控除並びに第五十項の規定による控除の順序に控除をするものとする。
５４
市町村長が法人税法第百三十五条第一項又は第五項に規定する更正に係る法人税額に基づいて第三百二十一条の十一第一項又は第三項の規定により更正をした場合（次項及び第五十六項において「市町村長が仮装経理に基づく過大申告に係る更正をした場合」という。）は、当該更正に係る事業年度の法人税割として納付された金額のうち当該更正により減少する部分の金額で政令で定めるもの（次項から第五十八項までにおいて「仮装経理法人税割額」という。）は、第十七条、第十七条の二、第十七条の四及び第三百二十一条の十一第五項の規定にかかわらず、次項又は第五十八項の規定の適用がある場合のこれらの規定により還付すべきこととなつた金額を除き、還付しないものとし、又は当該更正を受けた法人の未納に係る地方団体の徴収金に充当しないものとする。
５５
市町村長が仮装経理に基づく過大申告に係る更正をした場合の当該更正の日の属する事業年度開始の日（当該更正が適格合併に係る被合併法人の法人税割額について当該適格合併の日前にされたものである場合には、当該被合併法人の当該更正の日の属する事業年度開始の日）から五年を経過する日の属する事業年度の法人の市町村民税の確定申告書の提出期限（当該更正の日から当該五年を経過する日の属する事業年度終了の日までの間に当該更正を受けた法人につき次の各号に掲げる事実が生じたときは、当該各号に定める提出期限）が到来した場合（当該提出期限までに当該提出期限に係る法人の市町村民税の確定申告書の提出がなかつた場合には、当該提出期限後の当該法人の市町村民税の確定申告書の提出又は当該法人の市町村民税の確定申告書に係る事業年度の法人税割についての第三百二十一条の十一第二項の規定による決定があつた場合）には、市町村長は、当該更正を受けた法人に対し、政令で定めるところにより、当該更正に係る仮装経理法人税割額（既にこの項又は第五十八項の規定により還付すべきこととなつた金額及び第四十九項の規定により控除された金額を除く。）を還付し、又は当該更正を受けた法人の未納に係る地方団体の徴収金に充当するものとする。
一
残余財産が確定したこと
その残余財産の確定の日の属する事業年度の法人の市町村民税の確定申告書の提出期限
二
合併による解散（適格合併による解散を除く。）をしたこと
その合併の日の前日の属する事業年度の法人の市町村民税の確定申告書の提出期限
三
破産手続開始の決定による解散をしたこと
その破産手続開始の決定の日の属する事業年度の法人の市町村民税の確定申告書の提出期限
四
普通法人又は協同組合等が法人税法第二条第六号に規定する公益法人等に該当することとなつたこと
その該当することとなつた日の前日の属する事業年度の法人の市町村民税の確定申告書の提出期限
５６
市町村長が仮装経理に基づく過大申告に係る更正をした場合において、当該更正を受けた法人について次に掲げる事実が生じたときは、当該事実が生じた日以後一年以内に、市町村長に対し、当該更正に係る仮装経理法人税割額（既に前項又は第五十八項の規定により還付すべきこととなつた金額及び第四十九項の規定により控除された金額を除く。次項及び第五十八項において同じ。）の還付を請求することができる。
一
更生手続開始の決定があつたこと。
二
再生手続開始の決定があつたこと。
三
前二号に掲げる事実に準ずる事実として政令で定める事実
５７
前項の規定による還付の請求をしようとする法人は、その還付を受けようとする仮装経理法人税割額、その計算の基礎その他総務省令で定める事項を記載した請求書を市町村長に提出しなければならない。
５８
市町村長は、前項の請求書の提出があつた場合には、その請求に係る事実その他必要な事項について調査し、その調査したところにより、その請求をした法人に対し、政令で定めるところにより、仮装経理法人税割額を還付し、若しくは当該法人の未納に係る地方団体の徴収金に充当し、又は請求の理由がない旨を書面により通知するものとする。
５９
第五十項（第五十一項（第五十二項において準用する場合を含む。）の規定によりみなして適用する場合及び第五十二項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定により控除されるべき額で第五十項の規定により控除しきれなかつた金額があるときは、市町村は、政令で定めるところにより、同項の規定の適用を受ける法人に対しその控除しきれなかつた金額を還付し、又は当該法人の未納に係る地方団体の徴収金に充当するものとする。
６０