犬猫等販売業者以外の犬又は猫の所有者は、その所有する犬又は猫にマイクロチップを装着するよう努めなければならない。
（マイクロチップ装着証明書）
第三十九条の三
獣医師は、前条の規定により犬又は猫にマイクロチップを装着しようとする者の依頼を受けて当該犬又は猫にマイクロチップを装着した場合には、当該マイクロチップの識別番号その他環境省令で定める事項を記載した証明書（次項及び第三十九条の五第三項において「マイクロチップ装着証明書」という。）を当該犬又は猫の所有者に発行しなければならない。
２
マイクロチップ装着証明書の様式その他の必要な事項は、環境省令で定める。
（取外しの禁止）
第三十九条の四
何人も、犬又は猫の健康及び安全の保持上支障が生じるおそれがあるときその他の環境省令で定めるやむを得ない事由に該当するときを除き、当該犬又は猫に装着されているマイクロチップを取り外してはならない。
（登録等）
第三十九条の五
次の各号に掲げる者は、その所有する犬又は猫について、当該各号に定める日から三十日を経過する日（その日までに当該犬又は猫の譲渡しをする場合にあつては、その譲渡しの日）までに、環境大臣の登録を受けなければならない。
一
第三十九条の二第一項又は第二項の規定によりその所有する犬又は猫にマイクロチップを装着した者
当該マイクロチップを装着した日
二
マイクロチップが装着された犬又は猫であつて、この項の登録（以下この章において単に「登録」という。）を受けていないものを取得した犬猫等販売業者
当該犬又は猫を取得した日
２
登録を受けようとする者は、環境省令で定めるところにより、次に掲げる事項を記載した申請書を環境大臣に提出しなければならない。
一
氏名及び住所（法人にあつては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）並びに電話番号並びに登録を受けようとする犬又は猫の所在地
二
登録を受けようとする犬又は猫に装着されているマイクロチップの識別番号
三
前二号に掲げるもののほか、環境省令で定める事項
３
登録を受けようとする者（第一項第一号に掲げる者に限る。）は、前項の申請書に、マイクロチップ装着証明書を添付しなければならない。
４
環境大臣は、登録をしたときは、環境省令で定めるところにより、当該登録を受けた者に対し、その所有する犬又は猫に関する証明書（以下この章において「登録証明書」という。）を交付しなければならない。
５
登録証明書には、環境省令で定める様式に従い、登録を受けた犬又は猫に装着されているマイクロチップの識別番号その他の環境省令で定める事項を記載するものとする。
６
登録を受けた者は、登録証明書を亡失し、又は登録証明書が滅失したときは、環境省令で定めるところにより、環境大臣に申請をして、登録証明書の再交付を受けることができる。
７
環境大臣は、登録に係る事項を記録し、これを当該登録が行われた日から環境省令で定める期間保存しなければならない。
８
登録を受けた者は、第二項第一号に掲げる事項その他の環境省令で定める事項に変更を生じたときは、環境省令で定めるところにより、変更を生じた日から三十日を経過する日までに、その旨を環境大臣に届け出なければならない。
９
登録を受けた犬又は猫の譲渡しは、当該犬又は猫に係る登録証明書とともにしなければならない。
（変更登録）
第三十九条の六
次に掲げる者は、環境省令で定めるところにより、犬又は猫を取得した日から三十日を経過する日（その日までに当該犬又は猫の譲渡しをする場合にあつては、その譲渡しの日）までに変更登録を受けなければならない。
一
登録を受けた犬又は猫を取得した犬猫等販売業者
二
犬猫等販売業者以外の者であつて、登録を受けた犬又は猫を当該犬又は猫に係る登録証明書とともに譲り受けたもの
２
前条第四項から第九項までの規定は、前項の変更登録（以下この章において単に「変更登録」という。）について準用する。
（狂犬病予防法の特例）
第三十九条の七
環境大臣は、犬の所有者が当該犬を取得した日（生後九十日以内の犬を取得した場合にあつては、生後九十日を経過した日）から三十日以内に登録又は変更登録を受けた場合において、当該犬の所在地を管轄する市町村長（特別区にあつては、区長。以下この条において同じ。）の求めがあるときは、環境省令で定めるところにより、当該市町村長に環境省令で定める事項を通知しなければならない。
２
前項の規定により市町村長が通知を受けた場合における狂犬病予防法第四条の規定の適用については、当該通知に係る犬の所有者が当該犬に係る登録又は変更登録を受けた日において、当該犬の所有者から同条第一項の規定による犬の登録の申請又は同条第五項の規定による届出があつたものとみなし、当該犬に装着されているマイクロチップは、同条第二項の規定により市町村長から交付された鑑札とみなす。
３
環境大臣は、犬の所有者から第三十九条の五第八項（第三十九条の六第二項において準用する場合を含む。）の規定による届出があつた場合において、当該犬の所在地を管轄する市町村長の求めがあるときは、環境省令で定めるところにより、当該市町村長に環境省令で定める事項を通知しなければならない。
４
前項の規定により市町村長が通知を受けたときは、当該通知に係る届出があつた日において、当該届出をした犬の所有者から狂犬病予防法第四条第四項の規定による届出があつたものとみなす。
５
第二項の規定により狂犬病予防法第四条第二項の規定により市町村長から交付された鑑札とみなされたマイクロチップが装着されている犬の所有者は、その犬から当該マイクロチップを取り除いた場合その他の厚生労働省令で定める場合には、厚生労働省令で定めるところにより、市町村長に対し、その旨を届け出なければならない。
６
市町村長は、前項の規定による届出があつたときは、当該届出をした犬の所有者に犬の鑑札を交付しなければならない。
７
前項の場合における狂犬病予防法第四条第三項の規定の適用については、同項中「前項の鑑札」とあるのは、「動物の愛護及び管理に関する法律（昭和四十八年法律第百五号）第三十九条の七第六項の鑑札」とする。
（死亡等の届出）
第三十九条の八
登録を受けた犬又は猫の所有者は、当該犬又は猫が死亡したときその他の環境省令で定める場合に該当するときは、環境省令で定めるところにより、遅滞なく、その旨を環境大臣に届け出なければならない。
（都道府県等の指導及び助言）
第三十九条の九
都道府県等は、第三十九条の二から前条までに規定する措置が適切になされるよう、犬又は猫の所有者に対し、必要な指導及び助言を行うように努めなければならない。
（指定登録機関の指定）
第三十九条の十
環境大臣は、環境省令で定めるところにより、その指定する者（以下「指定登録機関」という。）に、第三十九条の五から第三十九条の八までに規定する環境大臣の事務（以下「登録関係事務」という。）を行わせることができる。
２
指定登録機関の指定は、環境省令で定めるところにより、登録関係事務を行おうとする者の申請により行う。
３
環境大臣は、前項の申請が次の要件を満たしていると認めるときでなければ、指定登録機関の指定をしてはならない。
一
職員、設備、登録関係事務の実施の方法その他の事項についての登録関係事務の実施に関する計画が、登録関係事務の適正かつ確実な実施のために適切なものであること。
二
前号の登録関係事務の実施に関する計画の適正かつ確実な実施に必要な経理的及び技術的な基礎を有するものであること。
４
環境大臣は、第二項の申請をした者が次の各号のいずれかに該当するときは、第一項の規定による指定をしてはならない。
一
一般社団法人又は一般財団法人以外の者であること。
二
登録関係事務以外の業務により登録関係事務を公正に実施することができないおそれがあること。
三
第三十九条の二十の規定により指定を取り消され、その取消しの日から起算して二年を経過しない者であること。
四
その役員のうちに、次のいずれかに該当する者があること。
イ
この法律に違反して、刑に処せられ、その執行を終わり、又は執行を受けることがなくなつた日から起算して二年を経過しない者
ロ
次条第二項の規定による命令により解任され、その解任の日から起算して二年を経過しない者
５
指定登録機関が二以上ある場合には、各指定登録機関は、登録関係事務の適正な実施を確保するため、相互に連携を図らなければならない。
６
指定登録機関が登録関係事務を行う場合における第三十九条の五第一項及び第二項の規定、同条第四項及び第六項から第八項までの規定（第三十九条の六第二項において準用する場合を含む。）、第三十九条の七第一項及び第三項の規定並びに第三十九条の八の規定の適用については、これらの規定中「環境大臣」とあるのは、「指定登録機関」とする。
（指定登録機関の役員の選任及び解任）
第三十九条の十一
指定登録機関の役員の選任及び解任は、環境大臣の認可を受けなければ、その効力を生じない。
２
環境大臣は、指定登録機関の役員が、この法律（この法律に基づく命令又は処分を含む。）若しくは第三十九条の十三第一項に規定する登録関係事務規程に違反する行為をしたとき又は登録関係事務に関し著しく不適当な行為をしたときは、指定登録機関に対し、当該役員の解任を命ずることができる。
（事業計画の認可等）
第三十九条の十二
指定登録機関は、毎事業年度、事業計画及び収支予算を作成し、当該事業年度の開始前に（第三十九条の十第一項の規定による指定を受けた日の属する事業年度にあつては、その指定を受けた後遅滞なく）、環境大臣の認可を受けなければならない。
これを変更しようとするときも、同様とする。
２