公益法人が合併により消滅する法人となる新設合併契約を締結したときは、当該公益法人（当該公益法人が二以上ある場合にあっては、その一）は、当該新設合併により設立する法人（以下この条において「新設法人」という。）が当該新設合併により消滅する公益法人の地位を承継することについて、行政庁の認可を申請することができる。
２
行政庁は、新設法人が次に掲げる要件に適合すると認めるときは、前項の認可をするものとする。
一
第五条各号に掲げる基準に適合するものであること。
二
第六条各号のいずれかに該当するものでないこと。
３
第一項の認可があった場合には、新設法人は、その成立の日に、当該新設合併により消滅する公益法人の地位を承継する。
４
第七条、第八条、第十条及び第十二条の規定は、第一項の認可について準用する。
この場合において、第七条第一項中「次に掲げる事項」とあるのは「次に掲げる事項（第一号に掲げる事項については新設合併により消滅する公益法人及び新設合併により設立する法人（以下この条において「新設法人」という。）に係るもの、第二号から第四号までに掲げる事項については新設法人に係るもの）」と、同項第二号中「定款」とあるのは「定款の案」と、同条第二項中「次に掲げる書類」とあるのは「次に掲げる書類（第一号の定款の案及び第二号から第五号までに掲げる書類については、新設法人に係るもの）」と、同項第一号中「定款」とあるのは「新設合併契約書及び定款の案」と、第十二条第一項中「前条第二項」とあるのは「第二十五条第四項において準用する第七条第一項」と読み替えるものとする。
５
第一項の認可を受けて合併により消滅する公益法人の地位を承継する新設法人についての第十八条及び第三十条第二項（これらの規定を第十九条第二項の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定の適用については、第十八条第一号から第四号までの規定中「公益認定を受けた日」とあるのは「その成立の日」と、同条第五号中「前各号」とあるのは「前各号及び第七号」と、同条第七号中「前各号に掲げるもののほか、公益法人が保有する財産であって公益認定を受けた日以後に内閣府令で定める方法により公益目的事業の用に供するものである旨を表示した財産」とあるのは「その成立の際に合併により消滅する公益法人から承継した財産であって、当該消滅する公益法人の公益目的事業財産であったもの」と、第三十条第二項第一号中「が取得した」とあるのは「が合併により承継し、又は取得した」と、「公益認定」とあるのは「合併により消滅する公益法人が公益認定」と、同項第二号中「公益認定を受けた日」とあるのは「その成立の日」と、同項第三号中「公益認定を受けた日」とあるのは「その成立の日」と、「定めるもの」とあるのは「定めるもの並びに合併により消滅する公益法人が公益認定を受けた日以後に内閣府令で定める方法によりその公益目的事業を行うために費消し、又は譲渡した公益目的事業財産（当該消滅する公益法人が第十九条第一項ただし書の規定の適用を受けるものである場合にあっては、同条第二項の規定により読み替えて適用する第十八条に規定する公益目的事業財産等）以外の財産及び同日以後に当該公益法人がその公益目的事業の実施に伴い負担した公租公課の支払その他内閣府令で定めるもの」とする。
（解散の届出等）
第二十六条
公益法人が合併以外の理由により解散をした場合には、その清算人（解散が破産手続開始の決定による場合にあっては、破産管財人）は、当該解散の日から一月以内に、その旨を行政庁に届け出なければならない。
２
清算人は、一般社団・財団法人法第二百三十三条第一項の期間が経過したときは、遅滞なく、残余財産の引渡しの見込みを行政庁に届け出なければならない。
当該見込みに変更があったときも、同様とする。
３
清算人は、清算が結了したときは、遅滞なく、その旨を行政庁に届け出なければならない。
４
行政庁は、第一項又は前項の規定による届出があったときは、内閣府令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。
第三節　公益法人の監督
（報告及び検査）
第二十七条
行政庁は、公益法人の事業の適正な運営を確保するために必要な限度において、内閣府令で定めるところにより、公益法人に対し、その運営組織及び事業活動の状況に関し必要な報告を求め、又はその職員に、当該公益法人の事務所に立ち入り、その運営組織及び事業活動の状況若しくは帳簿、書類その他の物件を検査させ、若しくは関係者に質問させることができる。
２
前項の規定による立入検査をする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係者の請求があったときは、これを提示しなければならない。
３
第一項の規定による立入検査の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解してはならない。
（勧告、命令等）
第二十八条
行政庁は、公益法人について、次条第二項各号のいずれかに該当すると疑うに足りる相当な理由がある場合には、当該公益法人に対し、期限を定めて、必要な措置をとるべき旨の勧告をすることができる。
２
行政庁は、前項の勧告をしたときは、内閣府令で定めるところにより、その勧告の内容を公表しなければならない。
３
行政庁は、第一項の勧告を受けた公益法人が、正当な理由がなく、その勧告に係る措置をとらなかったときは、当該公益法人に対し、その勧告に係る措置をとるべきことを命ずることができる。
４
行政庁は、前項の規定による命令をしたときは、内閣府令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。
５
行政庁は、第一項の勧告及び第三項の規定による命令をしようとするときは、次の各号に掲げる事由の区分に応じ、当該事由の有無について、当該各号に定める者の意見を聴くことができる。
一
第五条第一号、第二号若しくは第五号、第六条第三号若しくは第四号又は次条第二項第三号に規定する事由（事業を行うに当たり法令上許認可等行政機関の許認可等を必要とする場合に限る。）
許認可等行政機関
二
第六条第一号ニ又は第六号に規定する事由
警察庁長官等
三
第六条第五号に規定する事由
国税庁長官等
（公益認定の取消し）
第二十九条
行政庁は、公益法人が次のいずれかに該当するときは、その公益認定を取り消さなければならない。
一
第六条各号（第二号を除く。）のいずれかに該当するに至ったとき。
二
偽りその他不正の手段により公益認定、第十一条第一項の変更の認定又は第二十五条第一項の認可を受けたとき。
三
正当な理由がなく、前条第三項の規定による命令に従わないとき。
四
公益法人から公益認定の取消しの申請があったとき。
２
行政庁は、公益法人が次のいずれかに該当するときは、その公益認定を取り消すことができる。
一
第五条各号に掲げる基準のいずれかに適合しなくなったとき。
二
前節の規定を遵守していないとき。
三
前二号のほか、法令又は法令に基づく行政機関の処分に違反したとき。
３
前条第五項の規定は、前二項の規定による公益認定の取消しをしようとする場合について準用する。
４
行政庁は、第一項又は第二項の規定により公益認定を取り消したときは、内閣府令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。
５
第一項又は第二項の規定による公益認定の取消しの処分を受けた公益法人は、その名称中の公益社団法人又は公益財団法人という文字をそれぞれ一般社団法人又は一般財団法人と変更する定款の変更をしたものとみなす。
６
行政庁は、第一項又は第二項の規定による公益認定の取消しをしたときは、遅滞なく、当該公益法人の主たる事務所の所在地を管轄する登記所に当該公益法人の名称の変更の登記を嘱託しなければならない。
７
前項の規定による名称の変更の登記の嘱託書には、当該登記の原因となる事由に係る処分を行ったことを証する書面を添付しなければならない。
（公益認定の取消し等に伴う贈与）
第三十条
行政庁が前条第一項若しくは第二項の規定による公益認定の取消しをした場合又は公益法人が合併により消滅する場合（その権利義務を承継する法人が公益法人であるときを除く。）において、第五条第二十号に規定する定款の定めに従い、当該公益認定の取消しの日又は当該合併の日から一月以内に公益目的取得財産残額に相当する額の財産の贈与に係る書面による契約が成立しないときは、内閣総理大臣が行政庁である場合にあっては国、都道府県知事が行政庁である場合にあっては当該都道府県が当該公益目的取得財産残額に相当する額の金銭について、同号に規定する定款で定める贈与を当該公益認定の取消しを受けた法人又は当該合併により消滅する公益法人の権利義務を承継する法人（第四項において「認定取消法人等」という。）から受ける旨の書面による契約が成立したものとみなす。
当該公益認定の取消しの日又は当該合併の日から一月以内に当該公益目的取得財産残額の一部に相当する額の財産について同号に規定する定款で定める贈与に係る書面による契約が成立した場合における残余の部分についても、同様とする。
２
前項に規定する「公益目的取得財産残額」とは、第一号に掲げる財産から第二号に掲げる財産を除外した残余の財産の価額の合計額から第三号に掲げる額を控除して得た額をいう。
一
当該公益法人が取得した全ての公益目的事業財産（第十八条第六号に掲げる財産にあっては、公益認定を受けた日前に取得したものを除く。）
二
当該公益法人が公益認定を受けた日以後に公益目的事業を行うために費消し、又は譲渡した公益目的事業財産
三