主任審査官は、前二項の規定にかかわらず、これらの規定により船舶等の長又はその船舶等を運航する運送業者が負うべき責任と費用の負担のうち、出国待機施設にとどめておくことに伴うものについては、有効な旅券で日本国領事官等の査証を受けたものを所持する外国人に係るものに限り、その全部又は一部を免除することができる。
第六章の二　事実の調査
（事実の調査）
第五十九条の二
法務大臣又は出入国在留管理庁長官は、在留資格認定証明書の交付、第九条第八項の登録（同項第一号ハに該当する者に係るものに限る。）又は第十二条第一項、第十九条第二項、第二十条第三項本文（第二十二条の二第三項（第二十二条の三において準用する場合を含む。）において準用する場合を含む。）、第二十一条第三項、第二十二条第二項（第二十二条の二第四項（第二十二条の三において準用する場合を含む。）において準用する場合を含む。）、第二十六条第一項、第六十一条の二の五第一項若しくは第六十一条の二の十四の規定による許可に関する処分を行うため必要がある場合には入国審査官に、第二十二条の四第一項の規定による在留資格の取消しに関する処分又は第五十条第一項の規定による許可に関する処分を行うため必要がある場合には入国審査官又は入国警備官に、それぞれ事実の調査をさせることができる。
２
入国審査官又は入国警備官は、前項の調査のため必要があるときは、外国人その他の関係人に対し出頭を求め、質問をし、又は文書若しくは電磁的記録の提示を求めることができる。
３
法務大臣、出入国在留管理庁長官、入国審査官又は入国警備官は、第一項の調査について、公務所又は公私の団体に照会して必要な事項の報告を求めることができる。
第七章　日本人の出国及び帰国
（日本人の出国）
第六十条
本邦外の地域に赴く意図をもつて出国する日本人（乗員を除く。次条第一項において同じ。）は、有効な旅券を所持し、その者が出国する出入国港において、法務省令で定める手続により、入国審査官から出国の確認を受けなければならない。
２
前項の日本人は、出国の確認を受けなければ出国してはならない。
（日本人の出国確認の留保）
第六十条の二
入国審査官は、日本人が本邦外の地域に赴く意図をもつて出国しようとする場合において、関係機関から当該日本人が次の各号のいずれかに該当する者である旨の通知を受けているときは、前条の出国の確認を受けるための手続がされた時から二十四時間を限り、その者について出国の確認を留保することができる。
一
出国の制限を受けている者（裁判所の許可を受けている者を除く。）
二
死刑若しくは無期若しくは長期三年以上の拘禁刑に当たる罪につき訴追されている者（当該訴追に係る刑につき出国の制限を受けている者を除く。）又はこれらの罪を犯した疑いにより逮捕状、勾引状、勾留状若しくは鑑定留置状が発せられている者
三
拘禁刑以上の刑に処せられ、その刑の全部につき執行猶予の言渡しを受けなかつた者で、刑の執行を終わるまで、又は執行を受けることがなくなるまでのもの（当該刑につき、出国の制限を受けている者、仮釈放中の者及びその一部の執行猶予の言渡しを受けて執行猶予中の者を除く。）
四
逃亡犯罪人引渡法の規定により仮拘禁許可状又は拘禁許可状が発せられている者
２
入国審査官は、前項の規定により出国の確認を留保したときは、直ちに同項の通知をした機関にその旨を通報しなければならない。
（日本人の帰国）
第六十一条
本邦外の地域から本邦に帰国する日本人（乗員を除く。）は、有効な旅券（有効な旅券を所持することができないときは、日本の国籍を有することを証する文書）を所持し、その者が上陸する出入国港において、法務省令で定める手続により、入国審査官から帰国の確認を受けなければならない。
第七章の二　難民の認定等
（難民の認定等）
第六十一条の二
法務大臣は、本邦にある外国人から法務省令で定める手続により難民である旨の認定の申請があつたときは、その提出した資料に基づき、その者が難民である旨の認定（以下「難民の認定」という。）を行うことができる。
２
法務大臣は、本邦にある外国人から法務省令で定める手続により補完的保護対象者である旨の認定の申請があつたときは、その提出した資料に基づき、その者が補完的保護対象者である旨の認定（以下「補完的保護対象者の認定」という。）を行うことができる。
３
法務大臣は、第一項の申請をした外国人について難民の認定をしない処分をする場合において、当該外国人が補完的保護対象者に該当すると認めるときは、補完的保護対象者の認定を行うことができる。
４
法務大臣は、第一項の申請をした外国人について、難民の認定をしたときは、法務省令で定める手続により、当該外国人に対し、難民認定証明書を交付し、その認定をしない処分をしたときは、当該外国人に対し、理由を付した書面をもつて、その旨を通知する。
５
法務大臣は、第一項又は第二項の申請をした外国人について、補完的保護対象者の認定をしたときは、法務省令で定める手続により、当該外国人に対し、補完的保護対象者認定証明書を交付し、同項の申請があつた場合においてその認定をしない処分をしたときは、当該外国人に対し、理由を付した書面をもつて、その旨を通知する。
（在留資格に係る許可）
第六十一条の二の二
法務大臣は、難民の認定又は補完的保護対象者の認定をする場合であつて、前条第一項又は第二項の申請をした外国人が在留資格未取得外国人（別表第一又は別表第二の上欄の在留資格をもつて本邦に在留する者、一時
庇
ひ
護のための上陸の許可を受けた者で当該許可書に記載された期間を経過していないもの及び特別永住者以外の者をいう。以下同じ。）であるときは、当該在留資格未取得外国人が次の各号のいずれかに該当する場合を除き、その者に定住者の在留資格の取得を許可するものとする。
一
第二十四条第三号から第三号の五まで又は第四号ハからヨまでに掲げる者のいずれかに該当するとき。
二
本邦に入つた後に、刑法第二編第十二章、第十六章から第十九章まで、第二十三章、第二十六章、第二十七章、第三十一章、第三十三章、第三十六章、第三十七章若しくは第三十九章の罪、暴力行為等処罰に関する法律第一条、第一条ノ二若しくは第一条ノ三（刑法第二百二十二条又は第二百六十一条に係る部分を除く。）の罪、盗犯等の防止及び処分に関する法律の罪、特殊開錠用具の所持の禁止等に関する法律第十五条若しくは第十六条の罪又は自動車の運転により人を死傷させる行為等の処罰に関する法律第二条若しくは第六条第一項の罪により拘禁刑に処せられたものであるとき。
２
法務大臣は、前項の規定による許可をすることとしたときは、出入国在留管理庁長官に、当該外国人に対し、その旨を通知させるものとする。
この場合において、その通知は、出入国在留管理庁長官が、入国審査官に、次の各号に掲げる区分に応じ、当該各号に定める措置をとらせることにより行うものとする。
一
当該許可に係る外国人が中長期在留者となるとき
当該外国人に対する在留カードの交付
二
前号に掲げる場合以外の場合
当該外国人に対する在留資格及び在留期間を記載した在留資格証明書の交付
３
第一項の規定による法務大臣の許可は、前項各号に定める措置があつた時に、その効力を生ずる。
４
法務大臣は、第一項の規定による許可をする場合において、当該在留資格未取得外国人が仮上陸の許可又は第三章第四節の規定による上陸の許可を受けているときは、当該仮上陸の許可又は上陸の許可を取り消すものとする。
第六十一条の二の三
法務大臣は、難民の認定又は補完的保護対象者の認定を受けている外国人（難民の認定又は補完的保護対象者の認定に引き続く第五章に規定する退去強制の手続（第六十三条第一項の規定に基づく退去強制の手続を含む。第六十一条の二の九において同じ。）において第五十条第一項の規定による許可（第六十三条第一項の規定に基づく退去強制の手続において第五十条第一項の規定に準じて行われる許可を含む。）により在留資格を取得した者を除く。）から、第二十条第二項の規定による定住者の在留資格への変更の申請があつたとき、又は第二十二条の二第二項（第二十二条の三において準用する場合を含む。）の規定による定住者の在留資格の取得の申請があつたときは、第二十条第三項本文（第二十二条の二第三項（第二十二条の三において準用する場合を含む。）において準用する場合を含む。）の規定にかかわらず、これを許可するものとする。
（仮滞在の許可）
第六十一条の二の四
法務大臣は、在留資格未取得外国人から第六十一条の二第一項又は第二項の申請があつたときは、当該在留資格未取得外国人が次の各号のいずれかに該当する場合を除き、その者に仮に本邦に滞在することを許可するものとする。
一
仮上陸の許可を受けているとき。
二
寄港地上陸の許可、船舶観光上陸の許可、通過上陸の許可、乗員上陸の許可、緊急上陸の許可又は遭難による上陸の許可を受け、旅券又は当該許可書に記載された期間を経過していないとき。
三
第二十二条の二第一項の規定により本邦に在留することができるとき。
四
本邦に入つた時に、第五条第一項第四号から第十四号までに掲げる者のいずれかに該当していたとき。
五
第二十四条第三号から第三号の五まで又は第四号ハからヨまでに掲げる者のいずれかに該当すると疑うに足りる相当の理由があるとき。
六
本邦に上陸した日（本邦にある間に難民又は補完的保護対象者となる事由が生じた者にあつては、その事実を知つた日）から六月を経過した後第六十一条の二第一項又は第二項の申請を行つたものであることが明らかであるとき（やむを得ない事情があるときを除く。）。
七