改正法附則第百十五条第二十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十五の規定に基づく旧令第三十九条の六十四の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第四項中「法第四十七条の二第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）附則第九十六条第二十項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法第四十七条の二第一項」と、「第二十九条の五第十項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十五年政令第百三十九号）附則第二十一条第十二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令第二十九条の五第十項」とする。
（連結法人の準備金に関する経過措置）
第三十三条
改正法附則第百十六条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の五十一の規定に基づく旧令第三十九条の七十九の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第十九項中「第三十三条第十六項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十五年政令第百三十九号）による改正前の租税特別措置法施行令（次項において「旧令」という。）第三十三条第十六項」と、同条第二十項中「第三十三条第十六項」とあるのは「旧令第三十三条第十六項」とする。
（連結法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
第三十四条
新令第三十九条の百六第二項及び第三項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に行う新法第六十八条の七十八第一項の表の第十二号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に行った旧法第六十八条の七十八第一項の表の第十二号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
２
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の平成十八年十二月三十一日前に終了する新法第六十八条の七十一第十一項（新法第六十八条の七十二第三項において準用する場合を含む。）、第六十八条の七十九第十一項、第六十八条の八十三第十二項又は第六十八条の八十五第十二項（以下この項において「特別勘定の益金算入規定」という。）に規定する完全支配関係を有することとなった日の前日を含む連結事業年度においては、法人税法第六十一条の十二第一項各号に規定する五年前の日は平成十四年一月一日として、特別勘定の益金算入規定を適用する。
（連結法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
第三十五条
新令第三十九条の百十五第一項、第二項及び第七項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の新法第六十八条の九十第一項に規定する未処分所得の金額の計算について適用し、旧令第三十九条の百十五第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の旧法第六十八条の九十第一項に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。
２
新令第三十九条の百十七第一項及び第二項の規定は、新法第六十八条の九十第三項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の同項に規定する適用対象留保金額について同項の規定を適用する場合について適用し、旧法第六十八条の九十第三項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の同項に規定する適用対象留保金額について同項の規定を適用する場合については、なお従前の例による。
（特定の医療法人である連結親法人の法人税率の特例に関する経過措置）
第三十六条
新令第三十九条の百二十二の二第一項の規定は、医療法人である連結親法人の施行日以後に終了する連結事業年度に係る同項に規定する証明書の提出について適用する。
（相続税及び贈与税の特例に関する経過措置）
第三十七条
改正法附則第百二十三条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第七十条の三の規定に基づく旧令第四十条の五の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第一項中「法第七十条の三第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）附則第百二十三条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧法」という。）第七十条の三第一項」と、同条第二項中「法第七十条の三第一項」とあるのは「旧法第七十条の三第一項」と、「建物登記簿に記載された当該家屋の不動産登記法施行令第七条に定める」とあるのは「登記簿に記録された当該家屋の」と、同条第三項中「法第七十条の三第二項第二号」とあるのは「旧法第七十条の三第二項第二号」と、「法第三十五条第一項の規定の」とあるのは「租税特別措置法（以下「法」という。）第三十五条第一項の規定の」と、「法第七十条の三第二項第四号ロ」とあるのは「旧法第七十条の三第二項第四号ロ」と、同条第四項及び第五項中「法第七十条の三第二項第四号ロ」とあるのは「旧法第七十条の三第二項第四号ロ」と、同条第六項中「法第七十条の三第三項」とあるのは「旧法第七十条の三第三項」と、同条第七項中「法第七十条の三第五項」とあるのは「旧法第七十条の三第五項」と、同条第八項中「法第七十条の三第六項」とあるのは「旧法第七十条の三第六項」と、同条第九項中「法第七十条の三第六項第一号」とあるのは「旧法第七十条の三第六項第一号」と、同条第十項中「法第七十条の三第六項第三号」とあるのは「旧法第七十条の三第六項第三号」と、「法第七十条の三第六項に」とあるのは「旧法第七十条の三第六項に」と、同条第十一項中「法第七十条の三第二項」とあるのは「旧法第七十条の三第二項」と、同条第十二項中「法第七十条の三第三項」とあるのは「旧法第七十条の三第三項」とする。
２
新令第四十条の十第一項の規定は、施行日以後に相続又は遺贈（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この項において同じ。）により取得した財産に係る相続税の延納について適用し、施行日前に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税の延納については、なお従前の例による。
（登録免許税の特例に関する経過措置）
第三十八条
改正法附則第百二十四条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第八十一条の規定に基づく旧令第四十二条の十一の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第一項中「法第八十一条」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）附則第百二十四条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧法」という。）第八十一条」と、同条第二項中「法第八十一条」とあるのは「旧法第八十一条」とする。
（たばこ税の手持品課税に係る申告等）
第三十九条
改正法附則第百三十一条第二項に規定する申告書には、同項各号に掲げる事項のほか、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一
申告者の住所又は居所及び氏名又は名称
二
貯蔵場所（たばこ税法（昭和五十九年法律第七十二号）第二十七条第二項に規定する小売販売業者にあっては、たばこ事業法（昭和五十九年法律第六十八号）第二十二条第一項に規定する営業所。以下この条において同じ。）の所在地及び名称
２
たばこ税法施行令（昭和六十年政令第五号）第十一条第二項から第四項までの規定は、前項の申告書を提出する義務がある者が当該申告書の提出期限前に当該申告書を提出しないで死亡した場合について準用する。
３
改正法附則第百三十一条第六項の承認を受けようとする者は、製造たばこを保税地域に入れたときは、当該保税地域の所在地を所轄する税関長にその旨を届け出るとともに、当該製造たばこの区分（同条第二項第一号に規定する製造たばこの区分をいう。以下この条において同じ。）及び区分ごとの数量、その置かれている保税地域の所在地及び名称並びに廃棄の日時、方法及び理由を記載した申請書を当該税関長に提出し、改正法附則第百三十一条第六項の承認を受けて廃棄しなければならない。
４
前項の申請書の提出を受けた税関長は、改正法附則第百三十一条第六項の承認をしたときは、立会いその他の方法により当該廃棄の事実を確認するものとする。
５
改正法附則第百三十一条第六項の確認を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該製造たばこが同条第一項の規定によるたばこ税を課された、又は課されるべきものであることを証明した書類で同条第二項の税務署長から交付を受けたもの（当該製造たばこにつき当該確認を受けようとする者と同条第一項の規定の適用を受けた者が異なる場合にあっては、同項の規定の適用を受けた者を通じて同条第二項の税務署長から交付を受けたもの）を添付し、これを同条第六項の税関長に提出しなければならない。
一
申請者の住所又は居所及び氏名又は名称
二
当該製造たばこの区分及び区分ごとの数量
三
当該製造たばこにつき改正法附則第百三十一条第一項の規定の適用を受けた時における当該製造たばこの貯蔵場所の所在地及び名称（当該製造たばこにつき当該確認を受けようとする者と同項の規定の適用を受けた者が異なる場合にあっては、同項の規定の適用を受けた者の住所又は居所及び氏名又は名称並びにその適用を受けた時における当該製造たばこの貯蔵場所の所在地及び名称）
四
当該製造たばこの輸出又は廃棄に係る販売場の所在地及び名称
五
その他参考となるべき事項
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