適用法人が適格合併、適格分割又は適格現物出資（以下この項及び第十項において「適格合併等」という。）により準備金設定資産を移転した場合において、当該適格合併等に係る合併法人等の当該適格合併等の日を含む事業年度が当該合併法人等の平成二十四年四月一日以後最初に開始する事業年度（同日以後最初に開始する事業年度が連結事業年度に該当する場合には当該連結事業年度とし、当該合併法人等が同日後に設立されたものである場合には当該適格合併等に係る適用法人の同日以後最初に開始する事業年度とする。）開始の日以後四年を経過する日を含む事業年度（当該事業年度開始の日以後四年を経過する日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度）後の各事業年度に該当する場合における改正法附則第六十五条第八項から第十八項までの規定の適用については、同条第九項、第十三項及び第十七項中「がその」とあるのは「が、その」と、「できる者」とあるのは「できる者又はその日において中小企業者に該当する者」とする。
８
改正法附則第六十五条第二項の規定又は第六項（同項第一号に掲げる場合に該当する場合に限る。）の規定の適用を受ける法人が、平成二十四年四月一日以後最初に開始する事業年度（同日以後最初に開始する事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度）開始の日以後三年（当該法人が、同年四月一日以後最初に開始する事業年度開始の日において中小企業者に該当する場合（同年四月一日以後最初に開始する事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度開始の日において中小連結法人に該当する場合）には、九年）を経過する日までに青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をした場合には、その承認の取消しの基因となった事実のあった日又はその届出書の提出をした日（その届出書の提出をした日が青色申告書による申告をやめた事業年度終了の日後である場合には、同日。以下この項及び次項において同じ。）を含む事業年度から当該事業年度開始の日以後二年を経過した日の前日を含む事業年度までの各事業年度の所得の金額の計算上、当該事実のあった日又は届出書の提出をした日における同条第五項に規定する特別修繕準備金の金額のうち、当該金額に当該事業年度の月数を乗じてこれを二十四で除して算出した金額（当該金額が当該事業年度終了の日における特別修繕準備金の金額（その日までにこの項から第十項までの規定により益金の額に算入された、又は算入されるべきこととなった金額がある場合には、当該金額を控除した金額。以下第十項までにおいて同じ。）を超える場合には、当該特別修繕準備金の金額）に相当する金額は、益金の額に算入する。
９
前項に規定する場合において、同項に規定する事実のあった日又は届出書の提出をした日を含む事業年度開始の日から改正法附則第六十五条第五項に規定する二年経過日までの期間内の日を含む事業年度が連結事業年度に該当するときは、当該期間内に最初に開始した連結事業年度開始の日の前日を含む事業年度終了の日における特別修繕準備金の金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
１０
第八項に規定する場合において、同項に規定する法人が次の各号に掲げる場合（適格合併等により準備金設定資産を移転した場合を除く。）に該当することとなったときは、当該各号に定める金額に相当する金額は、その該当することとなった日を含む事業年度（第二号に掲げる場合にあっては、合併の日の前日を含む事業年度）の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
一
解散した場合（合併により解散した場合を除く。）又は準備金設定資産について特別の修繕（改正法附則第六十五条第二項に規定する特別の修繕をいう。以下この号において同じ。）を完了した場合若しくは特別の修繕を行わないこととなった場合（次号に該当する場合を除く。）
その該当することとなった日における特別修繕準備金の金額
二
合併により合併法人に準備金設定資産を移転した場合
当該合併の直前における当該準備金設定資産に係る特別修繕準備金の金額
三
前二項及び前二号の場合以外の場合において特別修繕準備金の金額を取り崩した場合
その取り崩した日における特別修繕準備金の金額のうちその取り崩した金額に相当する金額
１１
第八項の月数は、暦に従って計算し、一月に満たない端数を生じたときは、これを一月とする。
（内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
第十二条
改正法第十九条の規定による改正後の租税特別措置法第六十六条の六第一項各号に掲げる内国法人の平成二十四年四月一日から平成二十六年三月三十一日までの間に開始する各事業年度における租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成二十五年政令第百十四号）による改正後の租税特別措置法施行令第三十九条の十八第九項の規定の適用については、同項ただし書中「除く。）」とあるのは、「除く。）の六分の五に相当する金額」とする。
（組合事業等による損失がある場合の課税の特例に関する経過措置）
第十三条
特定多国籍企業による研究開発事業等の促進に関する特別措置法の施行の日が平成二十四年四月一日後である場合における同日から同法の施行の日の前日までの間の新令第三十九条の三十一及び第三十九条の三十二の規定の適用については、新令第三十九条の三十一第四項及び第三十九条の三十二第一項中「第六十条の二第一項、第六十一条第一項」とあるのは「第六十条の二第一項」と、「、第六十条の二第四項並びに第六十一条第四項」とあるのは「並びに第六十条の二第四項」とする。
（中小企業者等である連結法人の法人税率の特例に関する経過措置）
第十四条
改正法附則第六十九条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の八の規定に基づく旧令第三十九条の三十八の二の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条中「租税特別措置法」とあるのは「経済社会の構造の変化に対応した税制の構築を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十四号）附則第六十九条（中小企業者等である連結法人の法人税率の特例に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十九条の規定による改正前の租税特別措置法」と、「第六十八条の百第一項」とあるのは「租税特別措置法第六十八条の百第一項」とする。
（連結法人がエネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
第十五条
改正法附則第七十二条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の十の規定に基づく旧令第三十九条の四十の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
第七項第一号
法第六十八条の十の二第二項
所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）第十条の規定による改正後の租税特別措置法（次号において「新租税特別措置法」という。）第六十八条の十第二項
第七項第二号
法第六十八条の十の二第二項
新租税特別措置法第六十八条の十第二項
第十項の表第七十一条第一項第一号及び第二項第一号並びに第八十一条の十九第四項第一号ロ及び第二号ロの項
租税特別措置法第六十八条の十第五項
経済社会の構造の変化に対応した税制の構築を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十四号）附則第七十二条（連結法人がエネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十九条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の十第五項
第十項の表第八十一条の二十二第一項第二号の項
租税特別措置法第六十八条の十第五項
経済社会の構造の変化に対応した税制の構築を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十四号）附則第七十二条（連結法人がエネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十九条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧効力措置法」という。）第六十八条の十第五項
第十項の表第八十一条の三十一第一項の項
租税特別措置法第六十八条の十第五項
旧効力措置法第六十八条の十第五項
２
改正法附則第七十二条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の十第五項の規定の適用がある場合における地方法人税法の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同法の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
第十六条第一項第一号
掲げる金額（
掲げる金額（当該金額に係る基準法人税額に経済社会の構造の変化に対応した税制の構築を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十四号）附則第七十二条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十九条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧効力措置法」という。）第六十八条の十第五項の規定により加算された金額がある場合には、当該金額の百分の四・四に相当する金額を控除した金額。
第二十三条第一項
加算した金額
加算した金額とし、当該基準法人税額に旧効力措置法第六十八条の十第五項の規定により加算された金額がある場合には、当該金額の百分の四・四に相当する金額を控除した金額
うち、同法
うち、法人税法
（連結法人がエネルギー環境負荷低減推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
第十六条