新令第三十九条の二十の二第七項の規定は、新法第六十六条の九の二第一項に規定する外国関係法人の施行日以後に開始する事業年度における同項に規定する政令で定める外国関係法人の判定について適用し、旧法第六十六条の九の二第一項に規定する外国関係法人の施行日前に開始した事業年度における同項に規定する政令で定める外国関係法人の判定については、なお従前の例による。
（技術研究組合の所得の計算の特例に関する経過措置）
第三十七条
新令第三十九条の二十一の規定は、法人が施行日以後に技術研究組合法（昭和三十六年法律第八十一号）第九条第一項の規定により賦課する金額をもって取得又は製作をする新法第六十六条の十第一項に規定する試験研究用資産について適用し、法人が施行日前に技術研究組合法第九条第一項の規定により賦課した金額をもって取得又は製作をした旧法第六十六条の十第一項に規定する試験研究用資産については、なお従前の例による。
（特定の基金に対する負担金等の損金算入の特例に関する経過措置）
第三十八条
法人が施行日前に支出した旧令第三十九条の二十二第二項第八号に掲げる業務に係る基金に充てるための負担金については、なお従前の例による。
（投資法人に係る課税の特例に関する経過措置）
第三十九条
施行日から平成二十八年三月三十一日までの間における新令第三十九条の三十二の三の規定の適用については、同条第一項中「第百四十二条第二項」とあるのは、「第百四十二条」とする。
（適格合併等の範囲に関する特例に関する経過措置）
第四十条
新令第三十九条の三十四の三の規定は、施行日以後に行われる合併、分割、株式交換又は現物出資について適用し、施行日前に行われた合併、分割、株式交換又は現物出資については、なお従前の例による。
（連結法人の減価償却に関する経過措置）
第四十一条
新令第三十九条の四十九第三項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この項及び次項において同じ。）をする新法第六十八条の十六第一項の表の第二号の中欄に掲げる減価償却資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧法第六十八条の十六第一項の表の第二号の中欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
２
新令第三十九条の五十五第二項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等をする新法第六十八条の二十六第一項に規定する特定信頼性向上設備について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧法第六十八条の二十六第一項に規定する特定信頼性向上設備については、なお従前の例による。
３
旧法第四十五条第二項の表の第一号の上欄に規定する半島振興対策実施地域として指定された地区内の市町村の長が策定した旧令第三十九条の五十六第四項に規定する産業投資促進計画で施行日前にその計画期間が開始したもの（以下この項において「旧産業投資促進計画」という。）については、施行日から平成二十七年六月三十日（同日までに、当該市町村が作成した半島振興法第九条の二第一項に規定する産業振興促進計画につき同条第九項の認定を受けた場合には、その認定を受けた日の前日）までの間は、当該計画期間を新令第二十八条の九第十二項第一号に規定する計画期間と、当該旧産業投資促進計画を当該市町村が作成した新令第三十九条の五十六第四項第一号に定める認定半島産業振興促進計画と、当該旧産業投資促進計画に係る旧令第二十八条の九第十五項の規定により同項の関係大臣が指定した地区に係る旧産業投資促進計画に記載された事業を新令第二十八条の九第十六項に規定する認定半島産業振興促進計画に記載された事業と、それぞれみなして、新令第三十九条の五十六第二項（第一号に係る部分に限る。）、第四項（第一号に係る部分に限る。）及び第五項の規定を適用する。
４
改正法附則第九十条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の二十七（第二項の表の第一号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の五十六第二項、第三項、第四項（第一号に係る部分に限る。）、第五項、第八項及び第九項の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第二項中「法第四十五条第二項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十七年法律第九号）附則第七十九条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この条において「旧効力措置法」という。）第四十五条第二項」と、同条第三項中「第二十八条の九第十三項」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十七年政令第百四十八号。以下この項及び第五項において「改正令」という。）附則第三十二条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる改正令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令（以下この条において「旧効力措置法施行令」という。）第二十八条の九第十三項」と、同条第四項第一号中「法第四十五条第二項」とあるのは「旧効力措置法第四十五条第二項」と、「第二十八条の九第十四項第一号」とあるのは「旧効力措置法施行令第二十八条の九第十四項第一号」と、同条第五項第一号中「第二十八条の九第四項第一号ロ」とあるのは「改正令第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行令第二十八条の九第四項第二号」と、同項第二号中「第二十八条の九第十六項」とあるのは「旧効力措置法施行令第二十八条の九第十六項」と、同条第九項中「法第四十五条第二項」とあるのは「旧効力措置法第四十五条第二項」と、「第二十八条の九第二十一項」とあるのは「旧効力措置法施行令第二十八条の九第二十一項」とする。
５
改正法附則第九十条第十二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十五（第三項第一号及び第二号に掲げる建築物（同号に掲げる建築物にあっては、同号ロに掲げる地域内において整備されるものに限る。）に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の六十四の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第一項中「第二十九条の五第一項」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十七年政令第百四十八号）附則第三十二条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令（以下この条において「旧効力措置法施行令」という。）第二十九条の五第一項」と、同条第三項中「第二十九条の五第三項第一号」とあるのは「旧効力措置法施行令第二十九条の五第三項第一号」と、同条第八項中「法第四十七条の二第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十七年法律第九号）附則第七十九条第十二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第四十七条の二第一項」と、「第二十九条の五第九項」とあるのは「旧効力措置法施行令第二十九条の五第九項」とする。
６
改正法附則第九十条第十四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十五（旧法第四十七条の二第三項第四号に掲げる構築物（当該構築物と併せて設置される旧法第六十八条の三十五第三項に規定する財務省令で定めるものを含む。）に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の六十四の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第六項中「法第四十七条の二第三項第四号」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十七年法律第九号）附則第七十九条第十四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法（第八項において「旧効力措置法」という。）第四十七条の二第三項第四号」と、同条第八項中「法第四十七条の二第一項」とあるのは「旧効力措置法第四十七条の二第一項」と、「第二十九条の五第九項」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十七年政令第百四十八号）附則第三十二条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令第二十九条の五第九項」とする。
７
施行日から附則第一条第十号に定める日の前日までの間における新令第三十九条の六十九及び第三十九条の七十一の規定の適用については、新令第三十九条の六十九第一項第七号並びに第三項第八号及び第十六号並びに第三十九条の七十一第一項第七号中「、第十二項又は第十四項」とあるのは、「又は第十二項」とする。
（中小連結法人の貸倒引当金の特例に関する経過措置）
第四十二条
新令第三十九条の八十六第二項の規定は、同項に規定する連結親法人又はその連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、旧令第三十九条の八十六第二項に規定する連結親法人又はその連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（連結法人の特定の資産の買換えの場合等の課税の特例に関する経過措置）
第四十三条