法第六十六条の十三第十項に規定する財務省令で定める場合は、同項に規定する末日を含む同項に規定する設定法人の事業年度以前の各事業年度について、同項の特定株式に係る国内外における経営資源活用の共同化に関する調査に関する省令第四条第三項の規定による経済産業大臣の証明がされた場合とする。
８
施行令第三十九条の二十四の二第九項第二号に規定する財務省令で定めるところにより証明がされた金額は、国内外における経営資源活用の共同化に関する調査に関する省令第四条第二項の規定による経済産業大臣の証明に係る書類（以下この条において「共同化継続証明書」という。）に法第六十六条の十三第十一項第一号に規定する特別勘定の金額のうち同号の規定により取り崩すべきこととなつた金額として記載された金額とする。
９
施行令第三十九条の二十四の二第十項第二号に規定する財務省令で定めるところにより証明がされた金額は、共同化継続証明書に法第六十六条の十三第十一項第五号に規定する特別勘定の金額のうち同号に規定する剰余金の配当を受けたことにより取り崩すべき金額の計算の基礎となる金額として記載された金額とする。
１０
施行令第三十九条の二十四の二第十二項に規定する財務省令で定めるところにより証明がされた増資特定株式は、共同化継続証明書に同項に規定する増資特定株式（以下この項において「増資特定株式」という。）のうちその取得の日から三年（令和四年三月三十一日以前に取得をした増資特定株式にあつては、五年）を経過した増資特定株式として記載されたものとする。
１１
施行令第三十九条の二十四の二第十三項に規定する財務省令で定めるところにより証明がされた特定株式は、共同化継続証明書に同項に規定する特定株式（以下この項において「特定株式」という。）のうちその取得の日から五年を経過した特定株式として記載されたものとする。
１２
法第六十六条の十三第十八項に規定する財務省令で定める書類は、同条第一項に規定する特定株式に係る国内外における経営資源活用の共同化に関する調査に関する省令第四条第一項の規定による経済産業大臣の証明に係る書類とする。
（社会保険診療報酬の所得の計算の特例）
第二十二条の十四
医療法人が法第六十七条第一項の規定の適用を受ける場合における第九条の七の規定の適用については、同条中「法第二十六条第一項」とあるのは「法第六十七条第一項」と、「年分の確定申告書」とあるのは「事業年度の確定申告書等」とする。
（特定の医療法人の法人税率の特例）
第二十二条の十五
施行令第三十九条の二十五第一項第五号イの取引の記録及び帳簿書類の保存は、法人税法施行規則第五十三条から第五十九条までの規定に準じて行うものとする。
２
施行令第三十九条の二十五第六項に規定する財務省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一
届出をする医療法人の名称、納税地及び法人番号
二
代表者の氏名
三
法第六十七条の二第一項の承認を受けた日
四
法第六十七条の二第一項の承認に係る税率の適用をやめようとする理由
五
その他参考となるべき事項
３
法第六十七条の二第一項の承認を受けた医療法人は、施行令第三十九条の二十五第五項の規定により同条第一項第一号に規定する証明書を国税庁長官に提出する際に、同項第二号及び第三号に掲げる要件を満たす旨を説明する書類を併せて提出しなければならない。
４
施行令第三十九条の二十五第二項の規定により提出する申請書（同条第三項の添付書類を含む。）、同条第五項の規定により提出する同項に規定する証明書（前項の書類を含む。）及び同条第六項の規定により提出する届出書には、それぞれ副本二通を添えるものとする。
（農地所有適格法人の肉用牛の売却に係る所得の課税の特例）
第二十二条の十六
法第六十七条の三第一項に規定する財務省令で定める交雑牛又は乳牛は、交雑牛にあつては牛の個体識別のための情報の管理及び伝達に関する特別措置法施行規則第三条第二項第十一号に掲げる種別である牛とし、乳牛にあつては同項第八号から第十号までに掲げる種別である牛とする。
２
法第六十七条の三第三項に規定する財務省令で定める事項は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める事項とする。
一
法第六十七条の三第二項に規定する肉用牛の売却が同条第一項第一号に規定する市場において行われた場合
次に掲げる事項
イ
当該肉用牛の売却をした法第六十七条の三第一項に規定する農地所有適格法人（次号イにおいて「農地所有適格法人」という。）の名称、納税地及び代表者の氏名並びにその売却年月日
ロ
当該市場の名称及び所在地（当該市場が施行令第三十九条の二十六第二項各号に掲げる市場である場合には、その旨及び当該各号に掲げる市場に該当することとなつた年月日を含む。）
ハ
当該肉用牛の種別、生年月日、雌雄の別その他の事項で当該肉用牛が法第六十七条の三第一項第一号に掲げる肉用牛に該当することを明らかにする事項
二
法第六十七条の三第二項に規定する肉用牛の売却が施行令第三十九条の二十六第三項に規定する農業協同組合又は農業協同組合連合会に委託して行われた場合
次に掲げる事項
イ
当該肉用牛の売却の委託をした農地所有適格法人の名称、納税地及び代表者の氏名並びにその売却年月日
ロ
当該農業協同組合又は農業協同組合連合会の名称及び所在地並びに施行令第三十九条の二十六第三項に規定する農林水産大臣の指定があつた年月日
ハ
当該肉用牛の種別、生年月日、雌雄の別その他の事項で当該肉用牛が法第六十七条の三第一項第二号に掲げる生産後一年未満の肉用牛に該当することを明らかにする事項
３
前項各号に規定する肉用牛が施行令第三十九条の二十六第一項に規定する登録がされているものである場合には、前項の財務省令で定める事項は、同項各号に定める事項のほか、当該登録の名称並びに登録機関（家畜改良増殖法第三十二条の九第三項に規定する家畜登録機関をいう。次項において同じ。）の名称及び所在地とする。
４
前項の場合において、同項に規定する登録に係る事項は、当該登録に係る登録機関の長が証するものとする。
ただし、第二項第一号の市場の代表者その他の責任者又は同項第二号の農業協同組合若しくは農業協同組合連合会の代表者が当該登録に係る事項を確認したときは、当該登録に係る事項については、これらの者が交付する法第六十七条の三第三項の証する書類に当該登録に係る事項を記載する方法により証することができるものとする。
（転廃業助成金等に係る課税の特例）
第二十二条の十七
法第六十七条の四第七項に規定する財務省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一
法第六十七条の四第六項の規定の適用を受けようとする同条第七項に規定する法人の名称、納税地及び法人番号並びに代表者の氏名
二
分割承継法人等（法第六十七条の四第六項第二号に規定する分割承継法人又は被現物出資法人をいう。第四号及び第六号において同じ。）の名称及び納税地並びに代表者の氏名
三
法第六十七条の四第六項第二号に規定する適格分割等の年月日
四
法第六十七条の四第六項の規定により分割承継法人等に引き継ぐ同項第二号に定める特別勘定の金額又は期中特別勘定の金額
五
前号に掲げる特別勘定の金額又は期中特別勘定の金額に係る法第六十七条の四第六項第二号に規定する転廃業助成金の金額及び当該転廃業助成金の金額に係る転廃業助成金等（同条第一項に規定する転廃業助成金等をいう。以下この条において同じ。）の名称
六
分割承継法人等において取得をする見込みである固定資産の種類及び取得予定年月日
七
その他参考となるべき事項
２
法第六十七条の四第十五項及び施行令第三十九条の二十七第十四項に規定する財務省令で定める書類は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める書類とする。
一
転廃業助成金等の交付を受けた場合（次号に掲げる場合を除く。）
当該転廃業助成金等の交付をした者の当該交付に関する通知書その他これに準ずる書類（当該交付の年月日、交付の目的及び当該目的別の金額の記載のあるものに限る。次号において「通知書」という。）又はその写し
二
転廃業助成金等の交付を法第六十七条の四第一項に規定する廃止業者等の属する団体その他の者（以下この号において「交付団体」という。）を通じて受けた場合
当該交付団体の当該転廃業助成金等の交付の目的に応じ当該転廃業助成金等の交付をしたことを証する書類（当該交付の年月日、交付の目的及び当該目的別の金額の記載のあるものに限る。）又はその写し及び当該交付団体が受けた当該転廃業助成金等に係る通知書の写し
３
法第六十七条の四第十七項に規定する財務省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一
法第六十七条の四第三項又は第十項の規定の適用を受けようとする法人の名称、納税地及び法人番号並びに代表者の氏名
二
法第六十七条の四第三項又は第十項に規定する分割承継法人、被現物出資法人又は被現物分配法人の名称及び納税地並びに代表者の氏名
三
法第六十七条の四第三項又は第十項に規定する適格分割等の年月日
四
法第六十七条の四第三項又は第十項に規定する転廃業助成金の金額及び当該転廃業助成金の金額に係る転廃業助成金等の名称
五
取得又は改良をした固定資産の種類及び取得又は改良年月日
六
法第六十七条の四第三項（同条第十項において準用する場合を含む。）の規定により損金の額に算入されるこれらの規定に規定する帳簿価額を減額した金額及びその金額の計算に関する明細
七
その他参考となるべき事項
４
法第六十七条の四第十八項に規定する財務省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一
法第六十七条の四第五項の規定の適用を受けようとする法人の名称、納税地及び法人番号並びに代表者の氏名
二