正当な理由がなくて所得税法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第十三号）第五条の規定による改正前の租税特別措置法第七十条の三の三第五項又は第七十条の三の四第三項の規定によるこれらの規定に規定する修正申告書をその提出期限（平成二十二年六月一日以後に到来するものに限る。）までに提出しなかった者に対する新租税特別措置法第七十条の十三の規定の適用については、同条中「又は第七十条の三第四項」とあるのは、「、第七十条の三第四項又は所得税法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第十三号）附則第六十四条第六項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法第五条の規定による改正前の租税特別措置法第七十条の三の三第五項若しくは第七十条の三の四第三項」とする。
（登録免許税の特例に関する経過措置）
第百二十五条
旧租税特別措置法第七十六条第一項に規定する農地保有合理化事業を行う法人が、施行日前に同項に規定する農用地の買入れをした場合における当該農用地の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
２
旧租税特別措置法第七十六条第二項に規定する農地利用集積円滑化事業を行う法人が、施行日前に同項の農用地の買入れをした場合における当該農用地の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
３
漁業協同組合が、施行日前に旧租税特別措置法第七十八条第一項に規定する権利義務の承継をした場合における当該承継に係る不動産又は船舶の権利の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
４
新租税特別措置法第八十条第一項の規定は、施行日以後に同項に規定する認定がされる場合における同項第一号から第三号までに掲げる事項についての登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第八十条第一項に規定する認定がされた場合における同項第一号から第三号までに掲げる事項についての登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
５
施行日前に旧租税特別措置法第八十条第二項に規定する決定がされた場合における同条第一項第一号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
６
農林中央金庫が、施行日前に旧租税特別措置法第八十条の三第一項に規定する事業譲渡により不動産に関する権利を取得した場合における当該不動産の抵当権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
７
旧租税特別措置法第八十条の三第二項に規定する特定農業協同組合が、施行日前に同項に規定する合併により不動産に関する権利を取得した場合における当該不動産の権利の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
８
新租税特別措置法第八十三条の二第一項の規定は、施行日以後に同項に規定する特定目的会社が同項に規定する倉庫等以外の不動産の所有権を取得する場合又は指名金銭債権を取得する場合における当該不動産の所有権又は当該指名金銭債権の取得に伴う不動産の権利の移転の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第八十三条の三第一項に規定する特定目的会社が取得した同項に規定する特定不動産で同項第二号に掲げる要件を満たすもの又は指名金銭債権を取得した場合における当該特定不動産又は指名金銭債権の取得に伴う不動産の権利の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
９
新租税特別措置法第八十三条の二第二項の規定は、施行日以後に同項に規定する信託会社等が同項に規定する倉庫等以外の不動産の所有権を取得する場合における当該不動産の所有権の移転の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第八十三条の三第二項に規定する信託会社等が同項に規定する不動産の所有権を取得した場合における当該不動産の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
１０
新租税特別措置法第八十三条の二第三項の規定は、施行日以後に同項に規定する投資法人が同項に規定する倉庫等以外の不動産の所有権を取得する場合における当該不動産の所有権の移転の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第八十三条の三第三項に規定する投資法人が同項に規定する不動産の所有権を取得した場合における当該不動産の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
１１
旧租税特別措置法第八十三条の四に規定する旅客鉄道事業者であって同条に規定する鉄道事業再構築実施計画について施行日前に同条に規定する国土交通大臣の認定を受けた者が当該鉄道事業再構築実施計画に基づいて同条に規定する特定鉄道施設の取得をした場合については、同条の規定は、なおその効力を有する。
（酒税の特例に関する経過措置）
第百二十六条
この附則に別段の定めがあるものを除き、施行日前に課した、又は課すべきであった酒税については、なお従前の例による。
２
旧租税特別措置法第八十七条の六第一項に規定するビールの製造免許を受けた者が、当該製造免許を受けた日から五年を経過する日の属する月の末日までの間に酒類の製造場から移出する同項に規定するビールに係る酒税については、なお従前の例による。
（たばこ税の税率の特例に関する経過措置）
第百二十七条
この附則に別段の定めがあるものを除き、第十八条の規定（租税特別措置法第八十八条の二第一項の改正規定（「平成二十二年三月三十一日」を「平成二十三年三月三十一日」に改める部分を除く。）に限る。）の施行前に課した、又は課すべきであったたばこ税については、なお従前の例による。
（揮発油税及び地方揮発油税の特例に関する経過措置）
第百二十八条
施行日から平成二十二年五月三十一日までの間における新租税特別措置法第八十九条第十七項の規定の適用については、同項の表第八十九条の四第一項の項中「第八十九条の四第四項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十二年法律第六号）第十八条の規定による改正前の租税特別措置法第八十九条の四第二項」と、同表第九十条の二第一項の項中「第九十条の二第四項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十二年法律第六号）第十八条の規定による改正前の租税特別措置法第九十条の二第二項」とする。
２
施行日から平成二十二年五月三十一日までの間に新租税特別措置法第八十九条第二十五項又は第二十七項第一号の違反行為があったときの同条第二十五項から第二十七項までの規定の適用については、同条第二十五項中「十年以下の懲役若しくは百万円以下の罰金」とあるのは「五年以下の懲役若しくは五十万円以下の罰金」と、同条第二十六項中「百万円」とあるのは「五十万円」と、同条第二十七項中「一年以下の懲役又は五十万円以下の罰金」とあるのは「十万円以下の罰金又は科料」とする。
（航空機燃料税の特例に関する経過措置）
第百二十九条
施行日前に課した、又は課すべきであった航空機燃料税については、なお従前の例による。
（自動車重量税の特例に関する経過措置）
第百三十条
新租税特別措置法第九十条の十二第二項及び第三項の規定は、施行日以後にこれらの規定に規定する自動車検査証の交付等を受ける検査自動車に係る自動車重量税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第九十条の十二第二項及び第三項に規定する自動車検査証の交付等を受けた検査自動車に係る自動車重量税については、なお従前の例による。
（所得税法等の一部を改正する法律等の一部改正に伴う経過措置）
第百四十条
附則第百三十五条の規定による改正後の所得税法等の一部を改正する法律附則第九十七条第二項、附則第百三十六条の規定による改正後の所得税法等の一部を改正する法律附則第三十四条第二項、附則第百三十七条の規定による改正後の所得税法等の一部を改正する等の法律附則第百七条第十三項、附則第百三十八条の規定による改正後の所得税法等の一部を改正する法律附則第九十三条第十五項、第十八項及び第二十一項並びに第九十六条並びに前条の規定による改正後の所得税法等の一部を改正する法律附則第四十条第十二項及び第十四項並びに第四十一条第一項及び第四項の規定は、平成二十二年十月一日以後に分割若しくは適格現物分配が行われる場合又は同日以後に解散若しくは破産手続開始の決定が行われる場合における法人の事業年度分の法人税について適用し、同日前に分割若しくは適格事後設立が行われた場合又は同日前に解散が行われた場合における法人の事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
２
附則第百三十五条の規定による改正後の所得税法等の一部を改正する法律附則第百十六条第二項、附則第百三十六条の規定による改正後の所得税法等の一部を改正する法律附則第四十八条第二項及び第八項第三号、附則第百三十七条の規定による改正後の所得税法等の一部を改正する等の法律附則第百三十三条第十三項及び第百三十五条第六項、附則第百三十八条の規定による改正後の所得税法等の一部を改正する法律附則第百十七条第十五項、第十八項及び第二十一項並びに第百十九条並びに前条の規定による改正後の所得税法等の一部を改正する法律附則第五十六条第十二項及び第十四項並びに第五十七条第一項及び第四項の規定は、平成二十二年十月一日以後に分割若しくは適格現物分配が行われる場合又は同日以後に解散若しくは破産手続開始の決定が行われる場合における連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結事業年度分の法人税について適用し、同日前に分割若しくは適格事後設立が行われた場合又は同日前に解散が行われた場合における連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（罰則に関する経過措置）