前項に規定する第七十二条の三十九第一項若しくは第三項、第七十二条の四十一第一項若しくは第三項又は第七十二条の四十一の二第一項若しくは第三項の規定による更正に伴い当該更正に係る事業年度後の各事業年度の付加価値額又は所得を減少させる更正があつた場合において、当該更正により第十七条又は第七十二条の四十一の四の規定により還付することとなる金額が生ずるときは、当該金額は、租税条約の実施に係る還付すべき金額とみなして、前項の規定を適用する。
３
前二項の規定は、第一項の事業を行う法人が適格合併により解散をした後に、当該法人に係る同項に規定する第七十二条の三十九第一項若しくは第三項、第七十二条の四十一第一項若しくは第三項若しくは第七十二条の四十一の二第一項若しくは第三項の規定による更正又は前項に規定する各事業年度の付加価値額若しくは所得を減少させる更正があつた場合について準用する。
この場合において、第一項中「当該更正の日の」とあるのは「当該法人を被合併法人とする適格合併に係る合併法人の当該更正の日の」と、「当該法人が」とあるのは「当該合併法人が当該合併法人を被合併法人とする」と読み替えるものとする。
４
第一項（第二項（前項において準用する場合を含む。）においてみなして適用する場合及び前項において準用する場合を含む。以下次項までにおいて同じ。）の規定により控除されるべき金額で第一項の規定により控除しきれなかつた金額があるときは、道府県は、政令で定めるところにより、同項の規定の適用を受ける法人に対しその控除しきれなかつた金額を還付し、又は当該法人の未納に係る地方団体の徴収金に充当するものとする。
５
前条第一項及び第一項の規定による事業税額からの控除については、まず同条第一項の規定による控除をし、次に第一項の規定による控除をするものとする。
（法人の事業税の徴収の方法）
第七十二条の二十四の十二
法人の行う事業に対する事業税の徴収については、申告納付の方法によらなければならない。
（中間申告を要しない法人の事業税の申告納付）
第七十二条の二十五
事業を行う法人（清算中の法人を除く。以下この条、次条及び第七十二条の二十八において同じ。）は、次条の規定に該当する場合を除くほか、各事業年度に係る所得割等（第七十二条の二第一項第一号イに掲げる法人の付加価値割、資本割及び所得割又は同号ロに掲げる法人の所得割をいう。以下この節において同じ。）又は収入割等（同項第二号に掲げる事業を行う法人の収入割、同項第三号イに掲げる法人若しくは同項第四号に掲げる事業を行う法人の収入割、付加価値割及び資本割又は同項第三号ロに掲げる法人の収入割及び所得割をいう。以下この節において同じ。）を各事業年度終了の日から二月以内（外国法人が第七十二条の九第一項に規定する納税管理人を定めないでこの法律の施行地に事務所又は事業所を有しないこととなる場合（同条第二項の認定を受けた場合を除く。）には、当該事業年度終了の日から二月を経過した日の前日と当該事務所又は事業所を有しないこととなる日とのいずれか早い日まで。第七十二条の二十八第一項において同じ。）に、確定した決算に基づき、事務所又は事業所所在の道府県に申告納付しなければならない。
２
前項の場合において、同項の法人（外国法人で第七十二条の九第一項に規定する納税管理人を定めないでこの法律の施行地に事務所又は事業所を有しないこととなるもの（同条第二項の認定を受けたものを除く。）を除く。次項において同じ。）が、災害その他やむを得ない理由（次項及び第五項の規定の適用を受けることができる理由を除く。）により決算が確定しないため、各事業年度に係る所得割等又は収入割等をそれぞれ前項の期限までに申告納付することができないときは、第二十条の五の二第一項又は第二項の規定により当該期限が延長されたときを除き、事務所又は事業所所在地の道府県知事（二以上の道府県において事務所又は事業所を設けて事業を行う法人にあつては、主たる事務所又は事業所所在地の道府県知事）の承認を受け、その指定した日までに申告納付することができる。
３
第一項の場合において、同項の法人が、定款、寄附行為、規則、規約その他これらに準ずるもの（第一号及び第五項において「定款等」という。）の定めにより、又は当該法人に特別の事情があることにより、当該事業年度以後の各事業年度終了の日から二月以内に当該各事業年度の決算についての定時総会が招集されない常況にあると認められるときは、当該法人は、事務所又は事業所所在地の道府県知事（二以上の道府県において事務所又は事業所を設けて事業を行う法人にあつては、主たる事務所又は事業所所在地の道府県知事）の承認を受け、当該事業年度以後の各事業年度に係る所得割等又は収入割等を当該各事業年度（第五項の規定の適用に係る事業年度を除く。以下この項において同じ。）終了の日から三月以内（次の各号に掲げる場合に該当するときは、当該各号に定める期間内）に申告納付することができる。
一
当該法人が会計監査人を置いている場合で、かつ、当該定款等の定めにより当該事業年度以後の各事業年度終了の日から三月以内に当該各事業年度の決算についての定時総会が招集されない常況にあると認められる場合（次号に掲げる場合を除く。）
当該定めの内容を勘案して三月を超え六月を超えない範囲内において当該道府県知事が指定する月数の期間内
二
当該特別の事情があることにより当該事業年度以後の各事業年度終了の日から三月以内に当該各事業年度の決算についての定時総会が招集されない常況にあることその他やむを得ない事情があると認められる場合
当該道府県知事が指定する三月を超える月数の期間内
４
第一項の場合において、同項の法人が、災害その他やむを得ない理由（前項及び次項の規定の適用を受けることができる理由を除く。）により、当該法人との間に通算完全支配関係がある通算法人（法人税法第二条第十二号の七の二に規定する通算法人をいう。以下この節において同じ。）の決算が確定しないため、又は同法第二編第一章第一節第十一款第一目の規定その他通算法人に適用される規定による法人税の所得の金額若しくは欠損金額及び法人税の額の計算を了することができないため、当該法人の各事業年度（第二項の規定の適用に係る事業年度を除く。）に係る付加価値割又は所得割をそれぞれ第一項の期限までに申告納付することができないときは、当該法人は、第二十条の五の二第一項又は第二項の規定により当該期限が延長された場合を除き、事務所又は事業所所在地の道府県知事（二以上の道府県において事務所又は事業所を設けて事業を行う法人にあつては、主たる事務所又は事業所所在地の道府県知事）の承認を受け、その指定した日までに当該各事業年度に係る所得割等又は収入割等を申告納付することができる。
５
第一項の場合において、同項の法人（通算法人に限る。）が、当該法人若しくは当該法人との間に通算完全支配関係がある通算法人の定款等の定めにより、若しくは当該法人若しくは当該法人との間に通算完全支配関係がある通算法人に特別の事情があることにより、当該事業年度以後の各事業年度終了の日から二月以内に当該各事業年度の決算についての定時総会が招集されないため、又は当該法人との間に通算完全支配関係がある通算法人が多数に上ることその他これに類する理由により法人税法第二編第一章第一節第十一款第一目の規定その他通算法人に適用される規定による法人税の所得の金額若しくは欠損金額及び法人税の額の計算を了することができないため、当該法人の当該事業年度以後の各事業年度に係る付加価値割又は所得割をそれぞれ同項の期限までに申告納付することができない常況にあると認められるときは、当該法人は、事務所又は事業所所在地の道府県知事（二以上の道府県において事務所又は事業所を設けて事業を行う法人にあつては、主たる事務所又は事業所所在地の道府県知事）の承認を受け、当該事業年度以後の各事業年度に係る所得割等又は収入割等を当該各事業年度終了の日から四月以内（次の各号に掲げる場合に該当するときは、当該各号に定める期間内）に申告納付することができる。
一
当該法人又は当該法人との間に通算完全支配関係がある通算法人が会計監査人を置いている場合で、かつ、当該定款等の定めにより当該事業年度以後の各事業年度終了の日から四月以内に当該各事業年度の決算についての定時総会が招集されない常況にあると認められる場合（次号に掲げる場合を除く。）
当該定めの内容を勘案して四月を超え六月を超えない範囲内において当該道府県知事が指定する月数の期間内
二
当該特別の事情があることにより当該事業年度以後の各事業年度終了の日から四月以内に当該各事業年度の決算についての定時総会が招集されない常況にあること、当該法人又は当該法人との間に通算完全支配関係がある通算法人に特別の事情があることにより当該事業年度以後の各事業年度終了の日から四月以内に法人税法第二編第一章第一節第十一款第一目の規定その他通算法人に適用される規定による法人税の所得の金額又は欠損金額及び法人税の額の計算を了することができない常況にあることその他やむを得ない事情があると認められる場合
当該道府県知事が指定する四月を超える月数の期間内
６
第二項の規定は、第三項又は前項の規定の適用を受けている法人が、当該事業年度（第十六項の規定の適用に係る事業年度を除く。）につき災害その他やむを得ない理由により決算が確定しないため、第三項又は前項の期限までに当該事業年度に係る所得割等又は収入割等を申告納付することができないと認められる場合について準用する。
７