法第四十条第一項後段の贈与又は遺贈が、公益法人等（国立大学法人等（国立大学法人、大学共同利用機関法人、公立大学法人、独立行政法人国立高等専門学校機構及び国立研究開発法人をいう。以下この項において同じ。）、公益社団法人、公益財団法人、学校法人（私立学校振興助成法（昭和五十年法律第六十一号）第十四条第一項に規定する学校法人で同項に規定する文部科学大臣の定める基準に従い会計処理を行うものに限る。第二号ハにおいて同じ。）、社会福祉法人又は認定特定非営利活動法人等（特定非営利活動促進法（平成十年法律第七号）第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人及び同条第四項に規定する特例認定特定非営利活動法人をいう。第二号ホにおいて同じ。）に限る。以下この項において同じ。）に対するものである場合において、次に掲げる要件を満たすものであることを証する書類として財務省令で定める書類を添付した第一項の規定による申請書（当該公益法人等が当該贈与又は遺贈に係る財産について、特定管理方法により管理することとする旨又は同号ロ（１）に規定する不可欠特定財産として同号ロ（１）に規定する定款の定めを設けることとする旨の記載のあるものに限る。）の提出があつたときは、法第四十条第一項後段に規定する要件は、次に掲げる要件（国立大学法人等（法人税法別表第一に掲げる法人に限る。次項及び第十三項第三号において「特定国立大学法人等」という。）にあつては、第二号及び第三号に掲げる要件）とする。
一
当該贈与又は遺贈をした者が当該公益法人等の役員等及び社員並びにこれらの者の親族等に該当しないこと。
二
次に掲げる当該贈与又は遺贈を受けた公益法人等の区分に応じそれぞれ次に定める要件
イ
国立大学法人等
当該贈与又は遺贈を受けた財産（当該財産につき譲渡があつた場合には、当該譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもつて取得した資産（財務省令で定めるものに限る。）を含む。）が、関係大臣（内閣総理大臣、総務大臣、財務大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣、農林水産大臣、経済産業大臣、国土交通大臣及び環境大臣をいう。以下この号及び第三十五項において同じ。）が財務大臣と協議して定める業務に充てるために関係大臣が財務大臣と協議して定める方法により管理されることにつき、関係大臣が財務大臣と協議して定める所轄庁に確認されていること。
ロ
公益社団法人又は公益財団法人
次に掲げる要件のいずれかを満たすこと。
（１）
当該贈与又は遺贈を受けた財産が当該公益社団法人又は当該公益財団法人の不可欠特定財産（公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律（平成十八年法律第四十九号）第五条第十六号に規定する財産をいう。第九項において同じ。）であるものとして、その旨並びにその維持及び処分の制限について、必要な事項が定款で定められていること。
（２）
当該贈与又は遺贈を受けた財産（当該財産につき譲渡があつた場合には、当該譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもつて取得した資産（財務省令で定めるものに限る。）を含む。）が、関係大臣が財務大臣と協議して定める事業に充てるために関係大臣が財務大臣と協議して定める方法により管理されることにつき、関係大臣が財務大臣と協議して定める所轄庁に確認されていること。
ハ
学校法人
当該贈与又は遺贈を受けた財産（当該財産につき譲渡があつた場合には、当該譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもつて取得した資産（財務省令で定めるものに限る。）を含む。）が当該学校法人の財政基盤の強化を図るために財務省令で定める方法により管理されていること。
ニ
社会福祉法人
当該贈与又は遺贈を受けた財産（当該財産につき譲渡があつた場合には、当該譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもつて取得した資産（財務省令で定めるものに限る。）を含む。）が当該社会福祉法人の経営基盤の強化を図るために財務省令で定める方法により管理されていること。
ホ
認定特定非営利活動法人等
当該贈与又は遺贈を受けた財産（当該財産につき譲渡があつた場合には、当該譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもつて取得した資産（財務省令で定めるものに限る。）を含む。）が、関係大臣が財務大臣と協議して定める事業に充てるために関係大臣が財務大臣と協議して定める方法により管理されることにつき、関係大臣が財務大臣と協議して定める所轄庁に確認されていること。
三
その他財務省令で定める要件
８
次の各号に掲げる場合において、第一項の税務署長に当該各号に規定する申請書の提出があつた日から一月以内（第二号の贈与又は遺贈を受けた前項に規定する公益法人等が特定国立大学法人等でない場合であつて、当該贈与又は遺贈を受けた財産が、法第三十七条の十第二項に規定する株式等（同項第一号から第三号まで、第五号及び第六号に掲げるものに限る。）、新株予約権付社債（資産の流動化に関する法律第百三十一条第一項に規定する転換特定社債及び同法第百三十九条第一項に規定する新優先出資引受権付特定社債を含む。）又は所得税法第百七十四条第九号に規定する匿名組合契約の出資の持分であるときは、三月以内）に、これらの申請の承認がなかつたとき、又は当該承認をしないことの決定がなかつたときは、これらの申請の承認があつたものとみなす。
一
法第四十条第一項後段の贈与又は遺贈が、公益法人等（法人税法別表第一に掲げる独立行政法人又は地方独立行政法人法施行令第六条第三号に掲げる博物館若しくは美術館に係る地方独立行政法人法第二十一条第六号に掲げる業務を主たる目的とする地方独立行政法人に限る。以下この号において同じ。）に対するものである場合において、当該贈与又は遺贈につき第一項の申請書（当該贈与又は遺贈に係る財産で文化財保護法第二条第一項第一号に規定する有形文化財（建造物であるもの並びに土地と一体をなしてその価値を形成しているもの及び当該土地であるものを除く。）に該当するものが、当該贈与又は遺贈があつた日から二年を経過する日までの期間内に文化観光拠点施設を中核とした地域における文化観光の推進に関する法律（令和二年法律第十八号）第六条に規定する認定拠点計画に記載された同法第二条第三項に規定する文化観光拠点施設機能強化事業（同項第一号に掲げる事業に限る。）又は同法第十四条に規定する認定地域計画に記載された同法第二条第四項に規定する地域文化観光推進事業（同項第一号に掲げる事業に限る。）のうち公益目的事業に該当するものでこれらの計画について同法第六条又は第十四条に規定する認定を受けた当該公益法人等の有する同法第二条第二項に規定する文化観光拠点施設において当該公益法人等が行うものの用に直接供され、又は供される見込みであることを証する文部科学大臣の書類の添付があるものに限る。）の提出があつたとき。
二
前項の贈与又は遺贈につき同項の申請書（同項の書類の添付があるものに限る。）の提出があつた場合
９
第七項の申請書（同項の書類の添付があるものに限る。）を提出した者で当該申請の承認があつたものは、同項に規定する公益法人等の当該贈与又は遺贈をした日の属する事業年度（法第二条第二項第十九号に規定する事業年度をいう。）において、当該贈与又は遺贈に係る第七項第二号イ、ロ（２）若しくはハからホまでに規定する財産が特定管理方法により管理されたこと又は不可欠特定財産について同号ロ（１）に規定する定款の定めが設けられたことが確認できる書類として財務省令で定めるものを、当該事業年度終了の日から三月以内（当該期間の経過する日後に当該申請書に係る第一項の規定による提出期限が到来する場合には、当該提出期限まで）に、第一項の税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければならない。
１０
法第四十条第二項に規定する政令で定める事実は、第五項第二号に規定する期間内に同号に規定する財産若しくは代替資産（特定管理方法により管理されているものを除く。）が同号の公益目的事業の用に直接供されなかつたこと、当該財産若しくは代替資産が当該公益目的事業の用に直接供される前に同項第三号に掲げる要件に該当しないこととなつたこと又は前項の定めるところにより同項に規定する財務省令で定める書類の提出がなかつたこととする。
１１
法第四十条第二項に規定する政令で定める場合は、同条第八項に規定する特定処分を受けた同項に規定する当初法人が、同項に規定する公益引継資産を国又は地方公共団体に贈与した場合（当該公益引継資産として同条第二項に規定する財産又は代替資産（当該財産又は代替資産の譲渡をした場合には、当該譲渡による収入金額の全部に相当する額の金銭）を贈与した場合を除く。）とする。
１２
法第四十条第一項後段の規定の適用を受けて行われた贈与又は遺贈に係る同項後段の承認につき同条第二項の規定による取消しがあつた場合には、当該贈与又は遺贈があつた時に、その時における価額に相当する金額により、当該贈与又は遺贈に係る財産の譲渡があつたものとして、同項後段に規定する贈与又は遺贈に係る山林所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額を計算し、当該贈与をした者の当該承認が取り消された日の属する年分（その日までに当該贈与をした者が死亡していた場合には、死亡の日の属する年分。第十六項及び第三十四項において同じ。）又は当該遺贈をした者の当該遺贈があつた日の属する年分の所得として、所得税を課する。
１３
法第四十条第三項に規定する政令で定める事実は、次に掲げる事実とする。
一
法第四十条第三項に規定する財産等（特定管理方法により管理されているものを除く。）をその公益目的事業の用に直接供しなくなつたこと。
二
第五項第三号に掲げる要件に該当しないこととなつたこと。
三