新令第三十九条の十七の二第二十項及び第二十一項の規定は、新法第六十六条の六第一項各号に掲げる内国法人の平成二十三年四月一日以後に終了する事業年度に係る同条第四項に規定する部分課税対象金額を計算する場合の同項に規定する部分適用対象金額について適用し、旧法第六十六条の六第一項各号に掲げる内国法人の同日前に終了した事業年度に係る同条第四項に規定する部分課税対象金額を計算する場合の同項に規定する部分適用対象金額については、なお従前の例による。
（特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
第二十二条
新令第三十九条の二十の六第十二項及び第十三項の規定は、新法第六十六条の九の二第五項に規定する特殊関係株主等である内国法人の平成二十三年四月一日以後に終了する事業年度に係る同条第四項に規定する部分課税対象金額を計算する場合の同項に規定する部分適用対象金額について適用し、旧法第六十六条の九の二第五項に規定する特殊関係株主等である内国法人の同日前に終了した事業年度に係る同条第四項に規定する部分課税対象金額を計算する場合の同項に規定する部分適用対象金額については、なお従前の例による。
（技術研究組合の所得計算の特例に関する経過措置）
第二十三条
新令第三十九条の二十一の規定は、法人が施行日以後に技術研究組合法（昭和三十六年法律第八十一号）第九条第一項の規定により賦課する金額をもって取得又は製作をする新法第六十六条の十第一項に規定する試験研究用資産について適用し、法人が施行日前に技術研究組合法第九条第一項の規定により賦課した金額をもって取得又は製作をした旧法第六十六条の十第一項に規定する試験研究用資産については、なお従前の例による。
（特定の基金に対する負担金等の損金算入の特例に関する経過措置）
第二十四条
新令第三十九条の二十二第二項第十三号の規定は、法人が施行日以後に支出する同号に掲げる業務に係る基金に充てるための負担金について適用する。
（認定特定非営利活動法人に対する寄附金の損金算入の特例に関する経過措置）
第二十五条
新令第三十九条の二十三の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請について適用し、法人が施行日前に行った旧法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請については、なお従前の例による。
２
新法第六十六条の十一の二第三項の認定を受けようとする法人が施行日から平成二十四年一月一日までの間に新令第三十九条の二十三第四項の申請書を提出する場合における同条第一項の規定の適用については、同項第一号ハ中「地方税法第三十七条の二第一項第四号」とあるのは「地方税法施行令等の一部を改正する政令（平成二十三年政令第二百二号）附則第三条第一項の規定により現下の厳しい経済状況及び雇用情勢に対応して税制の整備を図るための地方税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第八十三号）第一条の規定による改正後の地方税法第三十七条の二第三項の例により定めることができる同条第一項第四号」と、「同法第三百十四条の七第一項第四号」とあるのは「同令附則第五条第一項の規定により同法第三百十四条の七第三項の例により定めることができる同条第一項第四号」とする。
（特定目的会社に係る課税の特例に関する経過措置）
第二十六条
新令第三十九条の三十二の二第三項の規定は、特定目的会社（資産の流動化に関する法律（平成十年法律第百五号）第二条第三項に規定する特定目的会社をいう。以下この条において同じ。）の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、特定目的会社の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
２
施行日前に二以上の種類の優先出資（資産の流動化に関する法律第二条第五項に規定する優先出資をいう。）を発行した特定目的会社（同法第十一条第二項に規定する新計画届出をしたものを除く。）の新令第三十九条の三十二の二第三項の規定の適用については、同項中「超える旨（」とあるのは、「超える旨（租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十三年政令第百九十九号）の施行の日以後に」とする。
（投資法人に係る課税の特例に関する経過措置）
第二十七条
新令第三十九条の三十二の三第三項の規定は、投資法人（投資信託及び投資法人に関する法律（昭和二十六年法律第百九十八号）第二条第十二項に規定する投資法人をいう。以下この条において同じ。）の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、投資法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（特定目的信託に係る受託法人の課税の特例に関する経過措置）
第二十八条
新令第三十九条の三十五の二第三項の規定は、特定目的信託（法人税法第二条第二十九号の二ホに掲げる特定目的信託をいう。以下この条において同じ。）に係る新法第六十八条の三の二第一項に規定する受託法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、特定目的信託に係る旧法第六十八条の三の二第一項に規定する受託法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（連結法人の減価償却に関する経過措置）
第二十九条
新令第三十九条の四十六第二項及び第三項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この項において同じ。）をする新法第六十八条の十六第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧法第六十八条の十六第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
２
改正法附則第六十八条第十一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十三の規定に基づく旧令第三十九条の六十二の規定は、なおその効力を有する。
３
改正法附則第六十八条第十三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十四の規定に基づく旧令第三十九条の六十三の規定は、なおその効力を有する。
４
改正法附則第六十八条第十四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十五（第三項第三号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の六十四の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第八項中「法第四十七条の二第一項」とあるのは「現下の厳しい経済状況及び雇用情勢に対応して税制の整備を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第八十二号）附則第五十三条第十四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十七条の規定による改正前の租税特別措置法第四十七条の二第一項」と、「第二十九条の五第十一項」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十三年政令第百九十九号）附則第十九条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令第二十九条の五第十一項」とする。
５
新令第三十九条の六十四第一項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は新築をする新法第六十八条の三十五第三項第一号に掲げる建築物について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は新築をした旧法第六十八条の三十五第三項第一号に掲げる建築物については、なお従前の例による。
６
新令第三十九条の六十四第二項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は新築をする新法第六十八条の三十五第三項第二号に掲げる建築物について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は新築をした旧法第六十八条の三十五第三項第二号に掲げる建築物については、なお従前の例による。
（連結法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
第三十条
新令第三十九条の百十四第二項の規定は、新法第六十八条の九十第一項各号に掲げる連結法人の平成二十三年四月一日以後に終了する連結事業年度に係る同項に規定する個別課税対象金額又は同条第四項に規定する個別部分課税対象金額を計算する場合の同条第一項に規定する適用対象金額又は同条第四項に規定する部分適用対象金額に係る同条第一項に規定する外国関係会社の平成二十二年四月一日以後に開始した事業年度における同項に規定する政令で定める外国関係会社の判定について適用し、旧法第六十八条の九十第一項各号に掲げる連結法人の平成二十三年四月一日前に終了した連結事業年度に係る同項に規定する個別課税対象金額又は同条第四項に規定する個別部分課税対象金額を計算する場合の同条第一項に規定する適用対象金額又は同条第四項に規定する部分適用対象金額に係る同条第一項に規定する外国関係会社の同項に規定する政令で定める外国関係会社の判定については、なお従前の例による。
２
新令第三十九条の百十五第一項第一号（法人税法第六十二条の五及び第六十二条の七の規定に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に現物分配が行われる場合について適用し、施行日前に現物分配が行われた場合については、なお従前の例による。
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