農業・食品産業技術研究等業務及び農業機械化促進業務に係る通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産は、土地及び建物並びに農林水産大臣が指定するその他の財産とする。
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）
第二十一条
研究機構は、通則法第四十八条の規定により農業・食品産業技術研究等業務及び農業機械化促進業務に係る重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一
処分等の種類並びに当該処分等に係る財産の内容及び評価額
二
処分等の条件
三
処分等の方法
四
研究機構の業務運営上支障がない旨及びその理由
（積立金の処分に係る承認申請書の添付書類）
第二十二条
施行令第二条第二項の農林水産省令で定める書類は、次に掲げるものとする。
一
施行令第二条第一項に規定する期間最後の事業年度（次号において「期間最後の事業年度」という。）の事業年度末の貸借対照表
二
期間最後の事業年度の損益計算書
三
承認を受けようとする金額の計算の基礎を明らかにした書類
（内部組織）
第二十三条
研究機構に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号の主務省令で定める内部組織は、現に存する理事長の直近下位の内部組織として農林水産大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。同項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２
直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として農林水産大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては、他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。
（管理又は監督の地位）
第二十四条
研究機構に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号の主務省令で定める管理又は監督の地位は、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして農林水産大臣が定めるものとする。
附　則
（施行期日）
１
この省令は、平成十五年十月一日から施行する。
（経過措置）
２
次に掲げる資産については、第三条第一項の指定を受けたものとみなして、同条第二項の規定を適用する。
一
独立行政法人農業技術研究機構法の一部を改正する法律（平成十四年法律第百二十九号。以下「改正法」という。）附則第四条第一項の規定により生物系特定産業技術研究推進機構から研究機構が承継する農業機械化促進業務に係る資産のうち償却資産
二
改正法附則第二条の規定により独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構となるものとされた独立行政法人農業技術研究機構について、生物系特定産業技術研究推進機構の農業機械化促進業務に関する業務方法書に記載すべき事項を定める省令等を廃止する省令（平成十五年農林水産省令第九十三号）の規定による廃止前の独立行政法人農業技術研究機構の業務運営並びに財務及び会計に関する省令（平成十三年農林水産省令第四十二号）第九条第一項の規定に基づき、農林水産大臣が指定した償却資産
３
改正法附則第四条第一項の規定により解散した生物系特定産業技術研究推進機構の生物系特定産業技術研究推進機構の農業機械化促進業務に関する業務方法書に記載すべき事項を定める省令等を廃止する省令の規定による廃止前の生物系特定産業技術研究推進機構の農業機械化促進業務に係る財務及び会計に関する省令（昭和六十一年農林水産省令第四十四号。以下「旧省令」という。）第一条に規定する農業機械化促進業務に係る勘定（以下「旧勘定」という。）に属する資産及び負債の研究機構の農業機械化促進業務に係る勘定（以下「新勘定」という。）への帰属については、改正法の施行時において、旧省令第二十条の会計規程で規定する旧勘定の各勘定科目に属する資産及び負債をそれぞれ相当する通則法第四十九条の会計規程で規定する新勘定の各勘定科目に帰属させるものとする。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（以下「整備法」という。）の施行の日（平成十八年四月一日）から施行する。
（勘定区分等の特例）
第二条
整備法附則第十三条第四項の規定により特別の勘定を設けて経理を区分して整理する場合には、第一条の規定による改正後の独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の農業・食品産業技術研究等業務及び農業機械化促進業務に係る財務及び会計に関する省令第二条中「研究機構法第十五条の規定により経理を区分して整理する場合」とあるのは、「研究機構法第十五条の規定により経理を区分して整理する場合及び独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号）附則第十三条第四項の規定により特別の勘定を設けて経理を区分して整理する場合」とする。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成二十七年四月一日から施行する。
（事業報告書に関する経過措置）
第二条
この省令による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の農業・食品産業技術研究等業務及び農業機械化促進業務に係る財務及び会計に関する省令第八条第三項の規定は、この省令の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成二十八年四月一日から施行する。
（勘定区分等の特例）
第二条
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「研究機構」という。）が独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（以下「整備法」という。）附則第六条第二項の規定により特別の勘定を設けて経理を区分して整理する場合には、第一条の規定による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の農業・食品産業技術研究等業務及び農業機械化促進業務に係る財務及び会計並びに人事管理に関する省令第五条中「研究機構法第十五条の規定により経理を区分して整理する場合」とあるのは、「研究機構法第十五条の規定により経理を区分して整理する場合及び独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号）附則第六条第二項の規定により特別の勘定を設けて経理を区分して整理する場合」とする。
（研究機構の内部組織に関する経過措置）
第三条
整備法附則第八条の規定により読み替えて適用する独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた旧種苗管理センター等の内部組織として主務省令で定めるものは、整備法の施行の日（以下「施行日」という。）の前日に存していた旧種苗管理センター等の理事長の直近下位の内部組織として農林水産大臣が定めるもの（以下「旧種苗管理センター等解散時内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。以下同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２
施行日の前日前に存していた旧種苗管理センター等の理事長の直近下位の内部組織として農林水産大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を旧種苗管理センター等解散時内部組織（当該内部組織が旧種苗管理センター等解散時内部組織である場合にあっては、他の旧種苗管理センター等解散時内部組織）が行っていた場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該旧種苗管理センター等解散時内部組織に在職していたものとみなす。
３
整備法附則第八条の規定により読み替えて適用する通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織のうち、旧種苗管理センター等解散時内部組織が行っていた業務を行うものとして農林水産大臣が定めるものとする。
（研究機構の管理又は監督の地位に関する経過措置）
第四条
研究機構に係る整備法附則第八条の規定により読み替えて適用する通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号の主務省令で定める管理又は監督の地位は、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして農林水産大臣が定めるものとする。
附　則
この省令は、平成三十年四月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成三十一年一月十七日）から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、平成三十一年四月一日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条
この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、平成三十一年四月一日以後に始まる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書から適用し、平成三十一年三月三十一日に終わる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。
一から五まで
略
六
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の農業・食品産業技術研究等業務及び農業機械化促進業務に係る財務及び会計並びに人事管理に関する省令第九条及び第十条第二項
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、法の施行の日（令和六年十月一日）から施行する。