法第三百四十九条の三第十三項に規定する本州と四国を連絡する鉄道に係る鉄道施設で政令で定めるものは、独立行政法人日本高速道路保有・債務返済機構が所有し、かつ、旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律の一部を改正する法律（平成十三年法律第六十一号）附則第二条第一項第一号に規定する西日本旅客鉄道株式会社（以下この項において「西日本旅客鉄道株式会社」という。）又は同条第一項第二号に掲げる者（同法の施行の日の前日において西日本旅客鉄道株式会社が経営している鉄道事業の全部又は一部を譲受、合併若しくは分割又は相続により同法の施行の日以後経営する者に限る。）及び四国旅客鉄道株式会社に利用させている線路設備その他の鉄道施設で総務省令で定めるものとする。
（法第三百四十九条の三第十四項の水域及び事業）
第五十二条の六
法第三百四十九条の三第十四項に規定する政令で定める水域は、独立行政法人水資源機構法（平成十四年法律第百八十二号）第十二条第一項第一号イに規定する多目的用水路とする。
２
法第三百四十九条の三第十四項に規定する政令で定める事業は、次に掲げる事業とする。
一
河川法第七条の河川管理者により同法第八条の河川工事として行われる事業
二
独立行政法人水資源機構により独立行政法人水資源機構法第二条第四項に規定する特定施設の新築又は改築に係る工事として行われる事業
第五十二条の七
削除
（法第三百四十九条の三第十五項の家屋及び償却資産）
第五十二条の八
法第三百四十九条の三第十五項に規定する国立研究開発法人宇宙航空研究開発機構が所有し、かつ、直接国立研究開発法人宇宙航空研究開発機構法第十八条第三号又は第四号に規定する業務の用に供する家屋及び償却資産で政令で定めるものは、これらの業務の用に供する家屋及び償却資産のうち次に掲げるもの以外のものとする。
一
事務所
二
宿舎（業務上宿舎を使用すべき義務がある者が使用するものとされている宿舎を除く。）
三
国その他これに準ずる者として総務大臣が定めるもの以外の者の委託を受けて行う業務の用に専ら供する家屋及び償却資産
（法第三百四十九条の三第十六項の家屋及び償却資産）
第五十二条の九
法第三百四十九条の三第十六項に規定する国立研究開発法人海洋研究開発機構が所有し、かつ、直接国立研究開発法人海洋研究開発機構法第十七条第一項第一号、第三号、第四号又は第六号に規定する業務の用に供する家屋及び償却資産で政令で定めるものは、次に掲げるもの以外の家屋及び償却資産とする。
一
事務所
二
宿舎
第五十二条の十
削除
（法第三百四十九条の三第十七項の家屋及び償却資産の部分）
第五十二条の十の二
法第三百四十九条の三第十七項に規定する水道又は工業用水道の用に供するものとして政令で定める部分は、独立行政法人水資源機構が所有するダムの用に供する家屋及び償却資産のうち、当該固定資産の価格に当該ダムの新築又は改築に要する費用の額につき当該ダムを水道又は工業用水道の用に供する者が負担する額の当該費用の額に対する割合を乗じて得た価格に相当する部分とする。
（法第三百四十九条の三第十八項の固定資産）
第五十二条の十の三
法第三百四十九条の三第十八項に規定する固定資産で政令で定めるものは、次に掲げる固定資産以外の固定資産とする。
一
宿舎の用に供する固定資産
二
職員の福利及び厚生の用に供する固定資産
三
他の者に貸し付けている固定資産
四
遊休状態にある土地及び家屋（鉄道事業の用に供するものとして建設計画が確定しているものを除く。）
五
観光その他旅客誘致のための施設の用に供する固定資産
六
私人のための専用側線の用に供する固定資産
（法第三百四十九条の三第十九項の償却資産）
第五十二条の十の四
法第三百四十九条の三第十九項に規定する政令で定める償却資産は、次に掲げるものとする。
一
国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構法（平成十四年法律第百四十五号）第十五条第一号に規定する業務の用に供する償却資産のうち次に掲げるもの以外のものとする。
イ
事務所の用に供する償却資産
ロ
宿舎（業務上宿舎を使用すべき義務がある者が使用するものとされている宿舎を除く。次号において同じ。）の用に供する償却資産
二
国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構法第十五条第二号に規定する業務の用に供する償却資産のうち次に掲げるもの以外のものであつて、その実施に要する費用の全額について国から出資又は補助を受けて行われる研究開発（その企業化が困難な技術に関するものに限る。）の用に供する償却資産とする。
イ
事務所の用に供する償却資産
ロ
宿舎の用に供する償却資産
（法第三百四十九条の三第二十項の家屋及び償却資産）
第五十二条の十の五
法第三百四十九条の三第二十項に規定する政令で定める家屋及び償却資産は、次に掲げるものとする。
一
国立研究開発法人科学技術振興機構法第二十三条第一項第一号又は第三号（同項第一号に係る部分に限る。）に規定する業務の用に供する償却資産のうち事務所又は宿舎の用に供する償却資産以外のもの
二
国立研究開発法人科学技術振興機構法第二十三条第一項第八号イに規定する業務の用に供する家屋で次に掲げるもの
イ
国立研究開発法人科学技術振興機構法第二十三条第一項第八号イに規定する外国の研究者のための宿舎の用に供する家屋のうち総務省令で定めるもの以外のもの
ロ
会議場施設の用に供する家屋（当該会議場施設に含まれる部分に限るものとし、当該会議場施設の用に供する事務所、宿舎その他その利用について対価又は負担として支払うべき金額の定めのあるもので総務省令で定めるものを除く。）
三
国立研究開発法人科学技術振興機構法第二十三条第一項第十号に規定する業務の用に供する家屋及び償却資産のうち事務所、宿舎その他その利用について対価又は負担として支払うべき金額の定めのあるもので総務省令で定めるものの用に供する家屋及び償却資産以外のもの
（法第三百四十九条の三第二十一項の土地）
第五十二条の十の六
法第三百四十九条の三第二十一項に規定する国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構が所有し、かつ、直接機構法第十四条第一項第一号に規定する業務（旧農業機械化促進法第十六条第一項第一号に規定する業務に該当するものに限る。）の用に供する土地で政令で定めるものは、当該業務の用に供する土地のうち次に掲げるもの以外のものとする。
一
事務所の用に供する土地
二
宿舎の用に供する土地
（法第三百四十九条の三第二十二項の固定資産）
第五十二条の十の七
法第三百四十九条の三第二十二項に規定する新関西国際空港株式会社が所有し、又は関空等統合法第十二条第一項第二号の規定に基づき借り受ける固定資産のうち、直接その本来の事業の用に供する固定資産で政令で定めるものは、次に掲げる固定資産とする。
一
滑走路、着陸帯、誘導路又はエプロンの用に供する土地及び構築物並びにこれらの土地によつて囲まれる土地
二
排水施設、照明施設、護岸その他前号の施設の機能を補完する施設として総務省令で定めるものの用に供する固定資産（関空等統合法附則第十九条の規定による廃止前の関西国際空港株式会社法第七条第一項に規定する特定事業が行われる区域として同項の規定により告示された区域及び大阪国際空港の区域内にあるものに限る。）
三
両空港航空保安施設の用に供する固定資産
四
関空等統合法第九条第一項第四号イに掲げる事業により造成及び管理する緩衝地帯の用に供する土地であつて、他の者に貸し付ける土地以外のもの
（法第三百四十九条の三第二十四項の償却資産）
第五十二条の十の八
法第三百四十九条の三第二十四項に規定する政令で定める償却資産は、既に事業の用に供されていた償却資産（以下この条において「既設資産」という。）を当該事業の用に供しなくなつたことに伴い、当該既設資産に代えて当該事業の用に供される償却資産以外の償却資産とする。
（法第三百四十九条の三第二十五項の固定資産）
第五十二条の十の九
法第三百四十九条の三第二十五項に規定する中部国際空港の設置及び管理に関する法律第四条第二項に規定する指定会社が所有し、かつ、直接同法第六条第一項第一号又は第二号に規定する事業の用に供する固定資産で政令で定めるものは、次に掲げる固定資産とする。
一
滑走路、着陸帯、誘導路又はエプロンの用に供する土地及び構築物並びにこれらの土地によつて囲まれる土地
二
排水施設、照明施設、護岸その他前号の施設の機能を補完する施設として総務省令で定めるものの用に供する固定資産
三
航空保安施設の用に供する固定資産
（法第三百四十九条の三第三十項の政令で定める者）
第五十二条の十の十
法第三百四十九条の三第三十項に規定する政令で定める者は、公益社団法人、公益財団法人、農業協同組合、農業協同組合連合会、消費生活協同組合及び消費生活協同組合連合会とする。
（法第三百四十九条の三第三十一項の償却資産）
第五十二条の十の十一
法第三百四十九条の三第三十一項に規定する政令で定める償却資産は、国立研究開発法人日本医療研究開発機構法（平成二十六年法律第四十九号）第十六条第一号又は第二号に規定する業務のうち次に掲げるもので総務省令で定めるものの用に供する償却資産（事務所又は宿舎の用に供するものを除く。）とする。
一
医療分野の基礎研究又は医療分野の基盤的研究開発（医療分野の共通的な研究開発又は医療分野の研究開発であつて多数部門の協力を要する総合的なものをいう。）に係る業務
二
治験又は臨床研究に係る業務（その実施に要する費用について国から出資又は補助を受けて行われるものに限る。）
三