この場合には、農業協同組合法第三十条第十一項から第十四項まで、水産業協同組合法第三十四条第十項（同法第九十二条第三項、第九十六条第三項及び第百条第三項において準用する場合を含む。）、第十一項、第十二項及び第十三項（同法第九十二条第三項、第九十六条第三項及び第百条第三項において準用する場合を含む。）並びに農林中央金庫法第二十四条第三項の規定は、適用しない。
４
前項の規定により選任された被管理農水産業協同組合の理事（当該被管理農水産業協同組合が農業協同組合法第三十条の二第五項に規定する経営管理委員設置組合若しくは水産業協同組合法第三十四条の二第四項（同法第九十二条第三項において準用する場合を含む。）に規定する経営管理委員設置組合（以下この項において「経営管理委員設置組合」と総称する。）又は農林中央金庫である場合にあつては、経営管理委員）及び監事はその管理人による管理の終了後最初に招集される通常総会（総代会を設けている場合において、その総代会で役員の選任をすることができるときは、通常総代会）の終結の時に、理事（当該被管理農水産業協同組合が経営管理委員設置組合又は農林中央金庫である場合に限る。）は当該通常総会が終結した後最初に招集される経営管理委員会の終結の時に退任する。
５
第一項から第三項までに規定する許可（以下この条及び次条において「代替許可」という。）があつたときは、当該代替許可に係る事項について総会若しくは総代会又は経営管理委員会の決議があつたものとみなす。
６
代替許可に係る事件は、当該被管理農水産業協同組合の主たる事務所の所在地を管轄する地方裁判所が管轄する。
７
裁判所は、代替許可の決定をしたときは、その決定書を被管理農水産業協同組合に送達するとともに、その決定の要旨を公告しなければならない。
８
前項の規定による公告は、官報に掲載してする。
９
代替許可の決定は、第七項の規定による被管理農水産業協同組合に対する送達がされた時から、効力を生ずる。
１０
代替許可の決定に対しては、組合員又は会員は、第七項の公告のあつた日から二週間の不変期間内に、即時抗告をすることができる。
この場合において、当該即時抗告が解散に係る代替許可の決定に対するものであるときは、執行停止の効力を有する。
１１
非訟事件手続法（平成二十三年法律第五十一号）第五条、第六条、第七条第二項、第四十条、第四十一条、第五十六条第二項並びに第六十六条第一項及び第二項の規定は、代替許可に係る事件については、適用しない。
（代替許可に係る登記の特例）
第九十五条
前条第一項第一号、第二項又は第三項に定める事項に係る代替許可があつた場合においては、当該事項に係る登記の申請書には、当該代替許可の決定書の謄本又は抄本を添付しなければならない。
（管理の終了）
第九十六条
管理人は、管理を命ずる処分の日から一年以内に、被管理農水産業協同組合の信用事業の譲渡その他の措置を講ずることにより、その管理を終えるものとする。
ただし、やむを得ない事情によりこの期限内にその管理を終えることができない場合には、都道府県知事の承認を得て、一年ごとに二回までを限り、この期限を延長することができる。
第七章　金融危機への対応
（金融危機に対応するための措置の必要性の認定）
第九十七条
主務大臣は、次の各号に掲げる農水産業協同組合について当該各号に定める措置が講ぜられなければ、我が国又は当該農水産業協同組合が業務を行つている地域の信用秩序の維持に極めて重大な支障が生ずるおそれがあると認めるときは、金融危機対応会議（以下この章から第八章までにおいて「会議」という。）の議を経て、当該措置を講ずる必要がある旨の認定（以下この章において「認定」という。）を行うことができる。
一
農水産業協同組合（次号に掲げる農水産業協同組合を除く。）
当該農水産業協同組合の自己資本の充実のために行う機構による優先出資の引受け等（以下この章において「第一号措置」という。）
二
経営困難農水産業協同組合又はその財産をもつて債務を完済することができない農水産業協同組合
当該農水産業協同組合の保険事故につき保険金の支払を行うときに要すると見込まれる費用の額を超えると見込まれる額の資金援助（以下この章において「第二号措置」という。）
２
主務大臣は、都道府県知事の監督に係る農水産業協同組合に対して認定を行おうとするときは、あらかじめ、当該都道府県知事の意見を聴かなければならない。
３
主務大臣は、第一号措置に係る認定を行うときは、当該認定に係る農水産業協同組合が第百条第一項の申込みを行うことができる期限を定めなければならない。
４
主務大臣は、認定を行つたときは、その旨及び当該認定が第一号措置に係るものであるときは前項の規定により定めた期限を当該認定に係る農水産業協同組合及び機構に通知するとともに、官報により、これを公告しなければならない。
５
主務大臣は、認定を行つたときは、当該認定の内容を国会に報告しなければならない。
（第一号措置に係る認定の取消し）
第九十八条
主務大臣は、第一号措置に係る認定を行つた後、第百条第三項の決定がされるまでの間に、当該認定に係る農水産業協同組合が前条第一項第二号に掲げる農水産業協同組合に該当することとなつたときは、会議の議を経て、当該認定を取り消すものとする。
２
前条第二項、第四項及び第五項の規定は、前項の規定による認定の取消しについて準用する。
（自己資本の充実のための措置を定めた計画の提出等）
第九十九条
第一号措置に係る認定に係る農水産業協同組合は、次条第一項の申込みを行わないときは、主務大臣に対し、第九十七条第三項の規定により定められた期限内に、第一号措置以外の方法による自己資本の充実のための措置を定めた計画を提出しなければならない。
２
主務大臣は、前項の規定により同項の農水産業協同組合から提出を受けた計画を適当と認めるときは、会議の議を経て、当該農水産業協同組合に係る認定を取り消すものとする。
３
第九十七条第二項、第四項及び第五項の規定は、前項の規定による認定の取消しについて準用する。
４
主務大臣は、第一号措置に係る認定に係る農水産業協同組合が第九十七条第三項の規定により定められた期限内に次条第一項の申込みを行わなかつた場合において、当該農水産業協同組合が当該期限内に第一項の計画を提出しなかつたときは、当該認定を取り消すものとする。
５
主務大臣は、第一項の規定により農水産業協同組合が提出した計画を適当と認めないときは、当該認定を取り消すものとする。
６
主務大臣は、前二項の規定により第一号措置に係る認定を取り消すときは、あらかじめ、財務大臣の意見を聴かなければならない。
７
第九十七条第二項、第四項及び第五項の規定は、第四項又は第五項の規定による第一号措置に係る認定の取消しについて準用する。
８
主務大臣は、第四項又は第五項の規定により第一号措置に係る認定が取り消された場合において、当該取消しに係る農水産業協同組合がその財産をもつて債務を完済することができない事態が生ずるおそれがあるときは、第九十七条第一項の規定にかかわらず、会議の議を経て、当該農水産業協同組合に対し、第二号措置に係る認定を行うことができる。
９
第九十七条第二項、第四項及び第五項の規定は、前項の規定による第二号措置に係る認定について準用する。
（優先出資の引受け等の決定）
第百条
機構は、第一号措置に係る認定が行われた場合において、当該認定に係る農水産業協同組合から第九十七条第三項の規定により定められた期限内に第一号措置に係る申込みを受けたときは、主務大臣に対し、当該農水産業協同組合と連名で、当該申込みに係る第一号措置を行うかどうかの決定を求めなければならない。
２
前項の申込みを行つた農水産業協同組合は、主務大臣に対し、経営の合理化のための方策その他の政令で定める方策を定めた経営の健全化のための計画を提出しなければならない。
３
主務大臣は、次に掲げる要件の全てに該当する場合に限り、第一項の申込みに係る第一号措置を行うべき旨の決定をするものとする。
一
機構が第一項の申込みに係る取得優先出資（機構が第一号措置により取得した優先出資をいう。以下この章において同じ。）又は取得貸付債権（機構が第一号措置により取得した貸付債権をいう。以下この章において同じ。）の処分をすることが著しく困難であると認められる場合でないこと。
二
前項に規定する経営の健全化のための計画の確実な履行等を通じて、当該農水産業協同組合の次に掲げる方策の実行が見込まれること。
イ
経営の合理化のための方策
ロ
経営責任の明確化のための方策
４
主務大臣は、前項の決定を行うときは、財務大臣の同意を得なければならない。
５
主務大臣は、第一項の決定を行つたときは、その旨を当該農水産業協同組合及び機構に通知しなければならない。
６
主務大臣は、第一項の申込みに係る第一号措置を行わない旨の決定がされたときは、直ちに、当該申込みをした農水産業協同組合が受けた第一号措置に係る認定を取り消すものとする。
７
前条第六項から第九項までの規定は、前項の規定による第一号措置に係る認定の取消しについて準用する。
（機構による優先出資の引受け等）
第百一条
機構は、前条第三項の規定による決定がされたときは、当該決定に従い、優先出資の引受け等を行うものとする。
２
機構は、前項の規定に基づき優先出資の引受け等を行つたときは、速やかに、その内容を主務大臣（都道府県知事の監督に係る農水産業協同組合から優先出資の引受け等を行つた場合にあつては、主務大臣及び当該都道府県知事）に報告しなければならない。
（優先出資の発行の特例）
第百一条の二