新令第三十九条の七第十項（第三号に係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第九号に定める日以後に行う新法第六十五条の七第一項の表の第十二号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十五条の七第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
５
新令第三十九条の七第二十一項の規定は、法人が施行日以後に取得をする新法第六十五条の七第二項に規定する土地等について適用し、法人が施行日前に取得をした旧法第六十五条の七第二項に規定する土地等については、なお従前の例による。
６
新令第三十九条の九の二第一項の規定は、法人が附則第一条第九号に定める日以後に行う新法第六十五条の十三第一項に規定する所有隣接土地等の同項に規定する交換又は譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十五条の十三第一項に規定する所有隣接土地等の同項に規定する交換又は譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
（国外支配株主等に係る負債の利子等の課税の特例に関する経過措置）
第三十一条
改正法附則第百十四条に規定する政令で定める者は、新令第三十九条の十三第十三項第二号及び第三号に掲げる者とし、改正法附則第百十四条に規定する政令で定めるものは、新令第三十九条の十三第十五項各号に掲げるものとし、改正法附則第百十四条に規定する政令で定める負債は、新令第三十九条の十三第十六項に規定する負債（同条第十三項第一号に規定する場合における同号の資金に係る負債を除く。）とする。
（認定特定非営利活動法人に対する寄附金の損金算入の特例に関する経過措置）
第三十二条
新令第三十九条の二十三の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請又は国税庁長官が施行日以後に行う同条第五項の認定の取消しについて適用し、法人が施行日前に行った旧法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請又は国税庁長官が施行日前に行った同条第五項の認定の取消しについては、なお従前の例による。
（株式交換又は株式移転に係る課税の特例に関する経過措置）
第三十三条
会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に旧法第六十七条第一項の規定の適用を受ける同項に規定する特定子会社から旧令第三十九条の三十第四項に規定する子会社株式等を取得した同項に規定する特定親会社の当該子会社株式等の取得価額に係る同項の規定の適用については、同項中「第八号」とあるのは、「第二十二号」とする。
（特定目的会社に係る課税の特例に関する経過措置）
第三十四条
改正法附則第百二十一条第二項の場合における新法第六十七条の十四の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
第一項第一号
資産流動化法第八条第一項の特定目的会社名簿に登載されている
会社法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（次号において「会社法関係整備法」という。）第二百三十条第七項の規定によりみなされて適用される同条第二項の登録を受けている
第一項第二号
資産流動化法第百九十五条第一項に規定する資産の流動化
会社法関係整備法第二百三十条第二項に規定する特定資産の流動化
資産流動化計画
同条第八項第五号に規定する資産流動化計画
資産流動化法第二百条第一項
会社法関係整備法第二百三十三条第二十七項
特定資産（同条第二項各号に掲げる資産に限る。）
特定資産
第八項
同項第一号ロ及びハ
同項第一号ロ
２
前項に規定する場合における新令第三十九条の三十二の二の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
第二項
資産流動化法第二条第一項
会社法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（第八項において「会社法関係整備法」という。）第二百三十条第三項
第八項
次に掲げる全ての要件
第一号に掲げる要件
法第六十七条の十四第一項第一号ハ
会社法関係整備法第二百三十条第八項第五号
同項第二号ハ
会社法関係整備法第二百三十三条第二十七項
資産流動化法第百九十五条第一項に規定する資産の流動化
会社法関係整備法第二百三十条第二項に規定する特定資産の流動化
（投資法人に係る課税の特例に関する経過措置）
第三十五条
新令第三十九条の三十二の三第七項の規定は、新法第六十七条の十五第一項に規定する投資法人の会社法施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧法第六十七条の十五第一項に規定する投資法人の会社法施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（特定信託に係る特定国外受益者等に係る負債の利子等の課税の特例に関する経過措置）
第三十六条
改正法附則第百二十六条に規定する政令で定める者は、新令第三十九条の三十五の六第十四項第二号及び第三号に掲げる者とし、改正法附則第百二十六条に規定する政令で定めるものは、新令第三十九条の三十五の六第十五項各号に掲げるものとし、改正法附則第百二十六条に規定する政令で定める負債は、新令第三十九条の三十五の六第十六項に規定する負債（同条第十四項第一号に規定する場合における同号の資金に係る負債を除く。）とする。
（連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
第三十七条
連結親法人若しくは当該連結親法人の新法第六十八条の九第三項若しくは第七項の規定の適用を受けようとする連結事業年度終了の時において当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額（同条第一項に規定する試験研究費の額をいう。以下この項において同じ。）又は当該連結親法人若しくは当該連結親法人の同条第三項若しくは第七項に規定する前連結事業年度（以下この項において「前連結事業年度」という。）終了の時において当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の前連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額のうち、特別償却実施額（当該連結事業年度又は当該前連結事業年度において旧法第六十八条の二十の二第一項に規定する開発研究用設備（以下この項において「開発研究用設備」という。）の償却費として損金の額に算入された金額から次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額を控除した残額をいう。）がある場合には、新法第六十八条の九第三項又は第七項の規定の適用については、当該連結事業年度又は当該前連結事業年度における試験研究費の額は、当該試験研究費の額から当該特別償却実施額を控除した金額とする。
一
当該開発研究用設備につき旧法第六十八条の二十の二第一項の規定の適用を受けた場合
同項に規定する普通償却限度額
二
当該開発研究用設備につき旧法第六十八条の四十第一項又は第四項の規定の適用を受けた場合
これらの規定に規定する普通償却限度額として政令で定める金額
２
新法第六十八条の九第三項又は第七項に規定する連結親法人の前項に規定する前連結事業年度がない場合において、当該連結親法人又は当該連結事業年度終了の時において当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の当該連結事業年度開始の日の前日を含む事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額（新法第四十二条の四第一項に規定する試験研究費の額をいう。以下この項において同じ。）のうち特別償却実施額（当該事業年度において旧法第四十四条の三第一項に規定する開発研究用設備の償却費として損金の額に算入された金額から附則第二十四条第一項各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額を控除した残額をいう。）があるときは、新法第六十八条の九第三項又は第七項の規定の適用については、当該連結親法人又はその連結子法人の当該事業年度における試験研究費の額は、当該試験研究費の額から当該特別償却実施額を控除した金額とする。
３
前項に規定する連結親法人又はその連結子法人の同項の連結事業年度開始の日の前日を含む事業年度が他の連結事業年度（他の連結親法人（当該連結親法人以外の連結親法人をいう。）による連結完全支配関係にあった当該連結親法人又はその連結子法人の連結事業年度をいう。）に該当する場合には、当該他の連結事業年度を同項に規定する事業年度とみなして、同項の規定を適用する。
４
新令第三十九条の三十九第二十七項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧令第三十九条の三十九第三十二項の規定の適用を受けたものである場合には、同項に規定する合理的な方法について受けた認定は、新令第三十九条の三十九第二十七項に規定する合理的な方法について受けた認定とみなし、旧令第三十九条の三十九第三十二項の規定による届出をした同項の分割等に係る分割法人等の連結親法人及び分割承継法人等の連結親法人は、新令第三十九条の三十九第二十七項の規定による届出をした同項の分割等に係る分割法人等の連結親法人及び分割承継法人等の連結親法人とみなす。
５
新令第三十九条の三十九第二十七項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人（前項の規定の適用を受けるものを除く。）の同条第二十七項に規定する分割等が施行日以後最初に開始する連結事業年度開始の日前に行われたものである場合における同項の認定及び届出に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。
（中小連結法人が機械等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除等に関する経過措置）
第三十八条