自然公園法第七十二条に規定する都道府県立自然公園の区域内のうち同法第七十三条第一項に規定する条例の定めるところにより特別地域として指定された地域で、当該地域内における行為につき同法第二十条第一項に規定する特別地域内における行為に関する同法第二章第四節の規定による規制と同等の規制が行われている地域として環境大臣が認定した地域内の土地又は自然環境保全法第四十五条第一項に規定する都道府県自然環境保全地域のうち同法第四十六条第一項に規定する条例の定めるところにより特別地区として指定された地区で、当該地区内における行為につき同法第二十五条第一項に規定する特別地区内における行為に関する同法第四章第二節の規定による規制と同等の規制が行われている地区として環境大臣が認定した地区内の土地が地方公共団体に買い取られる場合
二十五
農業経営基盤強化促進法第四条第一項第一号に規定する農用地で農業振興地域の整備に関する法律第八条第二項第一号に規定する農用地区域として定められている区域内にあるものが、農業経営基盤強化促進法第二十二条第二項の協議に基づき、同項の農地中間管理機構（政令で定めるものに限る。）に買い取られる場合
２
法人の有する土地等で被災市街地復興特別措置法第五条第一項の規定により都市計画に定められた被災市街地復興推進地域内にあるものが前項第二十一号の二に掲げる場合に該当することとなつた場合には、同号の保留地が定められた場合は第六十五条第一項に規定する保留地が定められた場合に該当するものとみなし、かつ、同号の保留地の対価の額は同項並びに同条第二項第一号及び第十項第一号に規定する保留地の対価の額に該当するものとみなして、同条第一項、第五項及び第十項の規定を適用する。
３
法人の有する土地等につき、一の事業で第一項第一号から第三号まで、第六号から第十六号まで、第十九号、第二十二号又は第二十二号の二の買取りに係るものの用に供するために、これらの規定の買取りが二以上行われた場合において、これらの買取りが二以上の年にわたつて行われたときは、これらの買取りのうち、最初にこれらの規定の買取りが行われた年において行われたもの以外の買取りについては、同項の規定は、適用しない。
４
法人の有する土地等につき、一の事業で第一項第一号から第三号まで、第六号から第十六号まで、第十九号、第二十二号又は第二十二号の二の買取りに係るものの用に供するために、これらの買取りが次の各号に掲げる法人に該当する法人から行われた場合には、当該各号に定める買取りについては、同項の規定は、適用しない。
一
適格合併に係る被合併法人
当該適格合併により合併法人が当該事業に係る資産の移転を受けた場合において当該移転を受けた資産について行われる買取り
二
適格分割に係る分割法人
当該適格分割により分割承継法人が当該事業に係る資産の移転を受けた場合において当該移転を受けた資産について行われる買取り
三
適格現物出資に係る現物出資法人
当該適格現物出資により被現物出資法人が当該事業に係る資産の移転を受けた場合において当該移転を受けた資産について行われる買取り
四
適格現物分配に係る現物分配法人
当該適格現物分配により被現物分配法人が当該事業に係る資産の移転を受けた場合において当該移転を受けた資産について行われる買取り
５
前条第四項、第五項及び第七項の規定は第一項の規定を適用する場合について、同条第六項の規定は第一項各号の買取りをする者について、それぞれ準用する。
６
第二項から前項までに定めるもののほか、第一項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（農地保有の合理化のために農地等を譲渡した場合の所得の特別控除）
第六十五条の五
農地法第二条第三項に規定する農地所有適格法人の有する土地等が次の各号に掲げる場合に該当することとなつた場合において、当該農地所有適格法人が当該各号に該当することとなつた土地等の譲渡により取得した対価の額又は資産（以下この項において「交換取得資産」という。）の価額（当該譲渡により取得した交換取得資産の価額がその譲渡した土地等の価額を超える場合において、その差額に相当する金額を当該譲渡に際して支出したときは、当該差額に相当する金額を控除した金額）が、当該譲渡した土地等の譲渡直前の帳簿価額と当該譲渡した土地等の譲渡に要した経費で当該対価又は交換取得資産に係るものとして政令で定めるところにより計算した金額との合計額を超え、かつ、当該農地所有適格法人が当該事業年度のうち同一の年に属する期間中にその該当することとなつた土地等のいずれについても第六十五条の七から第六十五条の九まで又は第六十六条の規定の適用を受けないときは、その超える部分の金額と八百万円（当該譲渡の日の属する年における譲渡により取得した対価の額又は交換取得資産の価額につき、この項の規定により損金の額に算入した、又は損金の額に算入する金額があるときは、当該金額を控除した金額）とのいずれか低い金額を当該譲渡の日を含む事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
一
農業振興地域の整備に関する法律第二十三条に規定する勧告に係る協議、調停又はあつせんにより譲渡した場合その他農地保有の合理化のために土地等を譲渡した場合として政令で定める場合（第六十五条の三第一項第七号又は前条第一項第二十五号の規定の適用がある場合を除く。）
二
農業振興地域の整備に関する法律第八条第二項第一号に規定する農用地区域内にある土地等を農地中間管理事業の推進に関する法律第十八条第七項の規定による公告があつた同条第一項の農用地利用集積等促進計画の定めるところにより譲渡した場合（第六十五条の三第一項第七号又は前条第一項第二十五号の規定の適用がある場合を除く。）
２
前項の規定は、確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書その他財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。
３
税務署長は、前項の記載又は添付がない確定申告書等の提出があつた場合においても、その記載又は添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類並びに同項の明細書及び財務省令で定める書類の提出があつた場合に限り、第一項の規定を適用することができる。
４
第六十五条の三第七項の規定は、第一項の規定を適用する場合について準用する。
５
前三項に定めるもののほか、第一項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第二款の二　特定の長期所有土地等の所得の特別控除
第六十五条の五の二
法人（清算中の法人を除く。）が、平成二十一年一月一日から平成二十二年十二月三十一日までの期間（第四項において「指定期間」という。）内に取得をした国内にある土地又は土地の上に存する権利（棚卸資産に該当するものを除く。以下この条において「土地等」という。）で、その取得をした日から引き続き所有し、かつ、その所有期間（その取得をした日の翌日から当該土地等の譲渡をした日の属する年の一月一日までの所有していた期間をいう。）が五年を超えるものの譲渡をした場合において、当該法人が当該土地等の譲渡により取得した対価の額又は資産（以下この項において「交換取得資産」という。）の価額（当該譲渡により取得した交換取得資産の価額がその譲渡をした土地等の価額を超える場合において、その差額に相当する金額を当該譲渡に際して支出したときは、当該差額に相当する金額を控除した金額）が、当該譲渡をした土地等の譲渡直前の帳簿価額と当該譲渡をした土地等の譲渡に要した経費で当該対価又は交換取得資産に係るものとして政令で定めるところにより計算した金額との合計額を超え、かつ、当該法人が当該事業年度のうち同一の年に属する期間中にその譲渡をした土地等のいずれについても第六十五条の七から第六十五条の九まで又は第六十六条の規定の適用を受けないときは、その超える部分の金額と千万円（当該譲渡の日の属する年における譲渡により取得した対価の額又は交換取得資産の価額につき、この項の規定により損金の額に算入した、又は損金の額に算入する金額があるときは、当該金額を控除した金額）とのいずれか低い金額を当該譲渡の日を含む事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
２
前項の規定は、確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。
３
税務署長は、前項の記載又は添付がない確定申告書等の提出があつた場合においても、その記載又は添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の明細書の提出があつた場合に限り、第一項の規定を適用することができる。
４
合併法人、分割承継法人、被現物出資法人又は被現物分配法人（以下この項において「合併法人等」という。）が、適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格現物分配（第七項第二号ニにおいて「適格合併等」という。）により被合併法人、分割法人、現物出資法人又は現物分配法人（以下この項において「被合併法人等」という。）が指定期間内に取得をした土地等の移転を受けた場合には、当該被合併法人等が当該土地等の取得をした日において当該合併法人等が当該土地等の取得をしたものとみなして、第一項の規定を適用する。
５
第一項の規定の適用を受けた法人の同項の規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第六十七条第三項及び第五項の規定の適用については、これらの規定に規定する所得等の金額に含まれるものとする。
６