前項の場合において、株式等の譲渡をした日の属する年分の法第三十七条の十第一項に規定する一般株式等（第二十五条の十の二第二項及び第四項において「一般株式等」という。）の譲渡による事業所得の金額若しくは雑所得の金額又は法第三十七条の十一第二項に規定する上場株式等の譲渡による事業所得の金額若しくは雑所得の金額の計算上必要経費に算入されるべき金額のうちに前項のそれぞれの特定管理口座に係る特定管理株式等の譲渡と当該特定管理株式等以外の株式等の譲渡の双方に関連して生じた金額（以下この項において「共通必要経費の額」という。）があるときは、当該共通必要経費の額は、これらの所得を生ずべき業務に係る収入金額その他の財務省令で定める基準により当該特定管理株式等の譲渡に係る必要経費の額と当該特定管理株式等以外の株式等の譲渡に係る必要経費の額とに配分するものとする。
７
法第三十七条の十一の二第一項の規定の適用を受けようとする居住者又は恒久的施設を有する非居住者は、同条第三項の確定申告書に、同条第一項の規定の適用を受けようとする旨の記載をし、かつ、同条第三項に規定する財務省令で定める書類を添付しなければならない。
８
法第三十七条の十一の二第一項又は第二項の規定の適用を受けようとする居住者又は恒久的施設を有する非居住者は、特定口座を開設している金融商品取引業者等（法第三十七条の十一の三第三項第一号に規定する金融商品取引業者等をいう。以下第二十五条の十までにおいて同じ。）の営業所（同号に規定する営業所をいう。以下第二十五条の十までにおいて同じ。）において特定管理口座を開設する場合には、当該特定管理口座を開設しようとする金融商品取引業者等の営業所の長に対し、最初に法第三十七条の十一の二第一項の内国法人が発行した株式又は公社債を当該特定管理口座に受け入れる時までに、特定管理口座開設届出書（当該内国法人が発行した株式又は公社債を特定管理口座に係る振替口座簿（同項に規定する振替口座簿をいう。次項、第二十五条の十第一項、第二十五条の十の二、第二十五条の十の五及び第二十五条の十の九において同じ。）に記載若しくは記録をし、又は特定管理口座に保管の委託をする旨その他の財務省令で定める事項を記載した書類をいう。以下この項、次条及び第二十五条の十において同じ。）の提出（当該特定管理口座開設届出書の提出に代えて行う電磁的方法（電子情報処理組織を使用する方法その他の情報通信の技術を利用する方法をいう。第二十五条の十の十を除き、以下この節において同じ。）による当該特定管理口座開設届出書に記載すべき事項の提供を含む。第二十五条の十第一項において同じ。）をしなければならない。
９
特定管理口座を開設する金融商品取引業者等は、当該特定管理口座を開設している居住者又は恒久的施設を有する非居住者に対し、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号の特定管理株式等を銘柄ごとに区分して当該各号に定める事項を書面により通知（その書面による通知に代えて行う電磁的方法による通知を含む。）をしなければならない。
一
特定管理株式等の譲渡があつた場合
次に掲げる事項
イ
当該特定管理株式等の譲渡があつた日及びその数又は額面金額
ロ
当該特定管理株式等の譲渡に係る収入金額のうち当該特定管理口座において処理された金額
ハ
所得税法施行令第二編第一章第四節第三款及び第百六十七条の七第四項から第七項までの規定並びに第二十五条の十二の四第四項の規定（これらの規定を第五項後段の規定により適用する場合を含む。）により当該特定管理株式等の売上原価の額又は取得費の額として計算される金額に相当する金額
ニ
イからハまでに掲げるもののほか財務省令で定める事項
二
特定管理口座から特定管理株式等の全部又は一部の払出し（振替によるものを含むものとし、前号の譲渡に係るものを除く。）があつた場合
次に掲げる事項
イ
当該払出しがあつた日
ロ
当該払出しがあつた時に当該特定管理株式等の譲渡があつたものとした場合に、前号ハに定めるところにより計算した金額
ハ
当該払出しに係る特定管理株式等の取得の日（当該払出しの直前に当該特定管理口座に係る振替口座簿に記載若しくは記録がされ、又は当該特定管理口座に保管の委託がされている同一銘柄の特定管理株式等のうちに二回以上にわたつて取得したものがある場合には、当該特定管理口座に係るその銘柄の特定管理株式等については、先に取得したものから順次払出しをするものとした場合に当該払出しに係る特定管理株式等についてその取得をした日とされる日。ハにおいて「取得日」という。）及び当該取得日に係る特定管理株式等の数又は額面金額
ニ
イからハまでに掲げるもののほか財務省令で定める事項
１０
居住者又は恒久的施設を有する非居住者が、特定管理口座から特定管理株式等の全部又は一部の払出し（振替によるものを含むものとし、譲渡に係るものを除く。）をした場合には、当該払出し後の当該払出しにより特定管理株式等に該当しないこととなつた内国法人の株式又は公社債と同一銘柄の株式又は公社債（特定管理株式等であるものを除く。）の譲渡による所得の金額の計算上総収入金額から控除すべき売上原価の額又は取得費の額の計算及び当該同一銘柄の株式又は公社債の所有期間の判定については、次に定めるところによる。
一
所得税法施行令第二編第一章第四節第三款及び第百六十七条の七第四項から第七項までの規定並びに第二十五条の十二の四第四項の規定の適用については、当該払出しをした内国法人の株式又は公社債は、当該払出しの時に、前項第二号ロの金額により取得されたものとする。
二
所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）附則第四十八条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第三十七条の十三の三第一項に規定する政令で定める期間に係る同項の規定その他財務省令で定める規定の適用については、当該払出しをした内国法人の株式は、前項第二号ハに規定する取得日に取得されたものとする。
（金融商品取引業者等において事業譲渡等があつた場合）
第二十五条の九の三
事業の譲渡若しくは合併若しくは分割又は金融商品取引業者等の営業所の新設若しくは廃止若しくは業務を行う区域の変更により、居住者又は恒久的施設を有する非居住者が開設している特定管理口座に関する事務の全部が、その事業の譲渡を受けた金融商品取引業者等若しくはその合併により設立した金融商品取引業者等若しくはその合併後存続する金融商品取引業者等若しくはその分割により資産及び負債の移転を受けた金融商品取引業者等の営業所又は同一の金融商品取引業者等の他の営業所（以下この条において「移管先の営業所」という。）に移管された場合には、当該移管された日以後における当該移管された特定管理口座に係る法第三十七条の十一の二の規定の適用については、当該特定管理口座に係る移管前の営業所（当該移管先の営業所に当該特定管理口座に関する事務を移管した金融商品取引業者等の営業所をいう。）の長がした特定管理口座開設届出書（電磁的方法により提供された当該特定管理口座開設届出書に記載すべき事項を記録した電磁的記録を含む。次条第三項において同じ。）の受理その他の手続は、当該移管先の営業所の長がしたものとみなす。
（金融商品取引業者等の営業所における特定管理口座に関する帳簿書類の整理保存）
第二十五条の十
金融商品取引業者等の営業所の長は、特定管理口座開設届出書の提出をして開設された特定管理口座に係る特定管理株式等につき帳簿を備え、各人別に、その特定管理株式等の振替口座簿への記載若しくは記録又は保管、受入れ及び譲渡（譲渡以外の払出しを含む。）に関する事項を明らかにし、かつ、当該帳簿を財務省令で定めるところにより保存しなければならない。
２
金融商品取引業者等の営業所の長は、第二十五条の九の二第九項の規定による通知をしたときは、その旨及びその通知をした事項につき帳簿を備え、各人別に、その事績を明らかにし、かつ、当該帳簿を財務省令で定めるところにより保存しなければならない。
３
金融商品取引業者等の営業所の長は、特定管理口座開設届出書を受理し、又は法第三十七条の十一の二第三項の財務省令で定める書類に係る財務省令で定める書類を作成した場合には、財務省令で定めるところにより、当該特定管理口座開設届出書又は書類を保存しなければならない。
（特定口座内保管上場株式等の譲渡等に係る所得計算等の特例）
第二十五条の十の二
法第三十七条の十一の三第一項に規定する特定口座内保管上場株式等（以下第二十五条の十の十一まで及び第二十五条の十の十三において「特定口座内保管上場株式等」という。）の譲渡（同項に規定する譲渡をいう。以下第二十五条の十の十一まで及び第二十五条の十の十三において同じ。）による事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額の計算は、同項の居住者又は恒久的施設を有する非居住者が有するそれぞれの特定口座（法第三十七条の十一の三第三項第一号に規定する特定口座をいう。以下第二十五条の十の十一までにおいて同じ。）ごとに、当該特定口座に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡による事業所得、譲渡所得又は雑所得と当該特定口座内保管上場株式等以外の株式等（法第三十七条の十第二項に規定する株式等をいう。以下第二十五条の十の十まで及び第二十五条の十一の二において同じ。）の譲渡による事業所得、譲渡所得又は雑所得とを区分して、当該特定口座内保管上場株式等の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額を計算することにより行うものとする。