居住者が各年において所得税法第九十五条第一項に規定する外国所得税を納付することとなる場合における同条の規定の適用については、次に定めるところによる。
一
外国の法令により当該外国において租税を課することができることとされる所得のうち政令で定めるものは、所得税法第九十五条第四項第十六号に掲げる所得に該当するものとする。
二
居住者が、居住者若しくは内国法人から支払を受ける次に掲げる所得（当該居住者又は内国法人の第十五条第三十項に規定する外国事業所等を通じて行う事業に係るものに限る。）、外国居住者等から支払を受ける次に掲げる所得（当該外国居住者等の同条第三十一項に規定する国内事業所等を通じて行う事業に係るものを除く。）又は非居住者若しくは外国法人（外国居住者等に該当するものを除く。以下この号において「第三国居住者等」という。）から支払を受ける次に掲げる所得（当該第三国居住者等の当該外国居住者等に係る外国にある同項に規定する国内事業所等に相当するものを通じて行う事業に係るものに限る。）は、これらの所得に対応する所得税法第九十五条第四項各号に掲げる国外源泉所得に該当するものとする。
イ
第十五条第二十九項第二号に規定する対象利子（所得税法第九十五条第四項に規定する国外源泉所得に該当するものを除く。）
ロ
第十五条第二十九項第三号に規定する対象使用料（所得税法第九十五条第四項に規定する国外源泉所得に該当するものを除く。）
三
居住者の所得税法第九十五条第四項第一号に掲げる所得を算定する場合において、当該居住者の国外事業所等（同号に規定する国外事業所等をいう。以下この号及び次号において同じ。）が外国に所在するときは、同項第一号に規定する内部取引には、当該居住者の国外事業所等と事業場等（同号に規定する事業場等をいう。次号において同じ。）との間の同条第七項に規定する利子の支払に相当する事実及び同項に規定する政令で定める事実は、含まれないものとする。
四
居住者の国外事業所等が、外国に所在し、かつ、当該居住者の国外事業所等が事業場等のために棚卸資産（所得税法第二条第一項第十六号に規定する棚卸資産をいう。以下この号において同じ。）を購入する業務及びそれ以外の業務を行う場合には、当該国外事業所等のその棚卸資産を購入する業務から生ずる同法第九十五条第四項第一号に掲げる所得は、ないものとする。
２
前項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、国内事業所等を有する非居住者である外国居住者等が各年において所得税法第百六十五条の六第一項に規定する外国所得税を納付することとなる場合における同条の規定の適用について準用する。
この場合において、同号中「第九十五条第四項各号」とあるのは「第百六十五条の六第四項各号」と、「第九十五条第四項に」とあるのは「第百六十五条の六第四項に」と読み替えるものとする。
３
第一項の規定は、内国法人が各事業年度において法人税法第六十九条第一項に規定する外国法人税を納付することとなる場合における同条の規定の適用について準用する。
この場合において、第一項第一号中「所得税法第九十五条第四項第十六号」とあるのは「法人税法第六十九条第四項第十五号」と、同項第二号中「所得税法第九十五条第四項各号」とあるのは「法人税法第六十九条第四項各号」と、「所得税法第九十五条第四項に」とあるのは「法人税法第六十九条第四項に」と、同項第三号中「所得税法第九十五条第四項第一号」とあるのは「法人税法第六十九条第四項第一号」と、「事業場等」とあるのは「本店等」と、「事実及び」とあるのは「同項に規定する事実及び」と、同項第四号中「事業場等」とあるのは「本店等」と、「所得税法第二条第一項第十六号」とあるのは「法人税法第二条第二十号」と、「第九十五条第四項第一号」とあるのは「第六十九条第四項第一号」と読み替えるものとする。
４
第一項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、国内事業所等を有する外国法人である外国居住者等が各事業年度において法人税法第百四十四条の二第一項に規定する外国法人税を納付することとなる場合における同条の規定の適用について準用する。
この場合において、同号中「所得税法第九十五条第四項各号」とあるのは「法人税法第百四十四条の二第四項各号」と、「所得税法第九十五条第四項に」とあるのは「法人税法第百四十四条の二第四項に」と読み替えるものとする。
（国税庁長官の確認があつた場合の更正の請求の特例等）
第三十二条
所得税法第二条第一項第三十七号に規定する確定申告書、法人税法第二条第三十一号に規定する確定申告書若しくは地方法人税法第二条第十五号に規定する地方法人税確定申告書を提出した者又は決定を受けた者は、所得税等の非課税等に関する規定（第三条第一項、第七条第二十一項及び第二十二項、第十条第一項、第十四条第一項並びに第三十条第一項の規定を含む。）若しくは租税特別措置法第四十条の三の三第一項、第四十一条の十九の五第一項、第六十六条の四第一項、第六十六条の四の三第一項若しくは第六十七条の十八第一項の規定の適用により、又は第十五条第三十項の規定が適用されないことにより、これらの申告書又は決定に係る年分の所得税、事業年度の法人税又は課税事業年度（地方法人税法第七条第一項に規定する課税事業年度をいう。次項及び第三項において同じ。）の地方法人税の国税通則法第十九条第一項に規定する課税標準等又は税額等に関し、その内容が異なることとなつた場合において、外国の租税に関する権限のある機関が当該外国の所得税又は法人税に相当する税の課税上その異なることとなつた内容を基礎とすることとなると認めたことにつき国税庁長官の確認があつたときは、当該確認の日の翌日から起算して二月以内に、税務署長に対し、同法第二十三条第一項の規定による更正の請求をすることができる。
２
租税条約等実施特例法第七条第一項の規定は、前項の国税庁長官の確認があつたことにより、居住者の各年分の各種所得の金額（所得税法第二条第一項第二十二号に規定する各種所得の金額をいう。以下この項において同じ。）、内国法人の各事業年度の所得の金額若しくは各課税事業年度の基準法人税額（地方法人税法第六条第一項に規定する基準法人税額をいう。以下この項及び次項において同じ。）又は外国居住者等の各年分の各種所得の金額、各事業年度の所得の金額若しくは各課税事業年度の基準法人税額のうちに減額されるものがある場合について準用する。
この場合において、租税条約等実施特例法第七条第一項中「国税通則法第二十三条第一項又は第二項」とあるのは「外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第三十二条第一項」と、「当該合意をした」とあるのは「当該確認があつた」と読み替えるものとする。
３
租税条約等実施特例法第七条第二項の規定は、第一項の国税庁長官の確認があつたことにより、居住者の各年分の所得税法第九十五条第一項に規定する国外所得金額又は内国法人の各事業年度の法人税法第六十九条第一項に規定する国外所得金額のうちに増額されるものがあり、かつ、これらの金額が増額されることによつて当該居住者の各年分の所得税の額又は当該内国法人の各事業年度の所得に対する法人税の額若しくは各課税事業年度の基準法人税額に対する地方法人税の額のうちに減額されるものがある場合について準用する。
この場合において、租税条約等実施特例法第七条第二項中「更正の請求」とあるのは「外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第三十二条第一項の規定による更正の請求」と、「当該合意をした」とあるのは「当該確認があつた」と読み替えるものとする。
４
租税条約等実施特例法第七条第三項の規定は、第二項において準用する同条第一項の更正をする場合において、内国法人の同項の規定により減額される所得の金額のうちに外国居住者等に支払われない金額があるときについて準用する。
５
租税条約等実施特例法第七条第四項の規定は、第二項において準用する同条第一項の更正を受けた居住者、内国法人若しくは外国居住者等又は第三項において準用する同条第二項の更正を受けた居住者若しくは内国法人について準用する。
この場合において、同条第四項の表所得税法第百五十三条の項及び法人税法第八十一条の項中「租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律」とあるのは「外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第三十二条第二項又は第三項（国税庁長官の確認があつた場合の更正の請求の特例等）において準用する租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律」と、同表法人税法第百四十五条の項中「租税条約等実施特例法」とあるのは「外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第三十二条第二項（国税庁長官の確認があつた場合の更正の請求の特例等）において準用する租税条約等実施特例法」と、同表地方法人税法第二十四条の項中「租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律」とあるのは「外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第三十二条第二項又は第三項において準用する租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律」と読み替えるものとする。
６
租税条約等実施特例法第七条第五項の規定は、第一項に規定する課税標準等又は税額等につき同項の国税庁長官の確認があつたことその他の政令で定める要件を満たすときにおける第二項において準用する同条第一項の規定又は第三項において準用する同条第二項の規定による更正に係る還付金又は過納金について準用する。