旧租税特別措置法第六十八条の九十七第一項に規定する最初に開始する連結事業年度開始の日前五年以内に開始した各事業年度において生じた同項に規定する欠損金額については、同条の規定は、なおその効力を有する。
（連結法人である農業生産法人の肉用牛の売却に係る連結所得の課税の特例に関する経過措置）
第八十六条
新租税特別措置法第六十八条の百一の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の平成二十一年四月一日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同日前に終了した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
この場合において、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同日前に開始し、かつ、同日以後に終了する連結事業年度における同条の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
第一項
（その売却した
（平成二十一年四月一日から当該連結事業年度終了の日までの期間内にその売却した
（当該売却をした日を含む連結事業年度
（平成二十一年四月一日から当該連結事業年度終了の日までの期間（以下この項において「経過期間」という。）
が二千頭
が二千頭に当該経過期間の月数を乗じてこれを十二で除して計算した頭数
、二千頭
、当該経過期間内の当該免税対象飼育牛に該当する肉用牛の頭数の合計のうち当該計算した頭数
第四項
連結事業年度が
連結事業年度（平成二十一年四月一日前に開始し、かつ、同日以後に終了する連結事業年度を除く。）が
第五項
前項
所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）附則第八十六条の規定により読み替えられた第一項
（経営革新計画を実施する連結親法人である中小企業者に対する特定同族会社の特別税率の不適用に関する経過措置）
第八十七条
旧租税特別措置法第六十八条の百九第一項に規定する承認を施行日前に受けた同項に規定する連結親法人が各連結事業年度終了の時において同項に規定する承認経営革新計画に従って同項の経営革新のための事業を実施している場合については、同条の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同項中「法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度が平成十八年四月一日から平成二十年三月三十一日までの間に開始する各連結事業年度」とあるのは、「各連結事業年度」とする。
（相続税の特例に関する経過措置）
第八十八条
相続又は遺贈（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。）により財産を取得した者が、当該取得した財産に属する金銭を平成二十五年十一月三十日までに地域再生法の一部を改正する法律（平成二十年法律第三十六号）附則第二条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の地域再生法第十九条第一項に規定する特定地域雇用等促進法人に対し贈与（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を除く。）をした場合については、旧租税特別措置法第七十条第十一項及び第十二項の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
第十一項
同法第十九条第一項に
地域再生法の一部を改正する法律（平成二十年法律第三十六号）附則第二条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の地域再生法（以下この項及び次項において「効力地域再生法」という。）第十九条第一項に
同法第五条第三項第三号
効力地域再生法第五条第三項第三号
同法第十九条第一項の
効力地域再生法第十九条第一項の
第十一項において準用する前項
所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）附則第八十八条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法（第五項において「平成二十年旧法」という。）第七十条第十一項において準用する前項
第十一項において準用する第一項
平成二十年旧法第七十条第十一項において準用する第一項
第十一項の
同条第十一項の
第十二項
地域再生法第五条第三項第三号
効力地域再生法第五条第三項第三号
（登録免許税の特例に関する経過措置）
第八十九条
新租税特別措置法第七十六条第一項の規定は、施行日以後に同項に規定する農地保有合理化事業を行う法人が買入れをする同項に規定する農用地の所有権の移転の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第七十六条第一項に規定する農地保有合理化事業を行う法人が買入れをした同項に規定する農用地の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
２
新租税特別措置法第七十八条の二の規定は、施行日以後に漁業協同組合が同条第一項に規定する権利義務の承継をする場合における当該承継に係る不動産又は船舶の権利の移転の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に漁業協同組合が旧租税特別措置法第七十八条の二第一項に規定する権利義務の承継をした場合における当該承継に係る不動産又は船舶の権利の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
３
漁業協同組合が、施行日前に旧租税特別措置法第七十八条の二第二項に規定する合併をした場合において当該合併により取得した不動産又は船舶の権利の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
４
新租税特別措置法第八十条第一項の規定は、施行日以後に同項に規定する認定がされる場合における同項各号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第八十条第一項に規定する認定がされた場合における同項各号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
５
新租税特別措置法第八十条第二項の規定は、施行日以後に同項に規定する決定がされる場合における同条第一項第一号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第八十条第二項に規定する決定がされた場合における同条第一項第一号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
６
旧租税特別措置法第八十条の二第一項に規定する認定経営基盤強化計画又は同条第三項第一号に規定する経営強化計画若しくは同項第二号に規定する変更後の経営強化計画が施行日前に提出された場合における同条第一項各号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
７
新租税特別措置法第八十条の二第一項の規定は、施行日以後に農林中央金庫が同項に規定する事業譲渡により不動産に関する権利を取得する場合（前項の規定によりなお従前の例によることとされる場合を除く。）における当該不動産に係る抵当権の移転の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に農林中央金庫が旧租税特別措置法第八十条の三第一項に規定する事業譲渡により取得した不動産に係る抵当権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
８
旧租税特別措置法第八十条の三第二項に規定する信用農業協同組合連合会が、施行日前に同項に規定する信用事業の全部又は一部の譲受けにより取得した不動産に係る抵当権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
９
旧租税特別措置法第八十条の三第三項に規定する特定農業協同組合が、施行日前に同項に規定する信用事業の全部又は一部の譲受けにより取得した不動産に係る抵当権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
１０
新租税特別措置法第八十条の二第二項の規定は、施行日以後に同項に規定する特定農業協同組合が同項に規定する合併により取得する不動産に係る権利の移転の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第八十条の三第四項に規定する特定農業協同組合が同項に規定する合併により取得した不動産に係る権利の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
１１
農業信用基金協会が、施行日前に旧租税特別措置法第八十条の四第一項に規定する保証事業の譲渡を行った場合において当該譲渡により個人又は法人が取得をした不動産の抵当権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
１２
株式会社が平成十八年四月一日から平成十九年三月三十一日までの間に新設分割又は吸収分割を行った場合において、旧租税特別措置法第八十一条第九項の規定により読み替えて適用される旧租税特別措置法第七十九条第一項に規定する勧告若しくは指示若しくは認定、旧租税特別措置法第八十条第一項に規定する認定又は旧租税特別措置法第八十条の二第一項に規定する認定であって当該期間内にされたものに係る旧租税特別措置法第七十九条第一項（第一号から第四号までを除く。）、旧租税特別措置法第八十条第一項（第一号から第四号までを除く。）又は旧租税特別措置法第八十条の二第一項（第一号から第三号まで及び第五号を除き、同条第三項において準用する場合を含む。）に掲げる事項についての登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
１３