一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十八年法律第五十号。以下この項において「整備法」という。）第三十八条の規定による改正前の民法（明治二十九年法律第八十九号）第三十四条の規定により設立された法人であって、整備法第四十条第一項の規定により一般社団法人又は一般財団法人として存続するもののうち、整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（整備法第百三十一条第一項の規定により整備法第四十五条の認可を取り消されたものを除く。）は、新規則第二十一条の十八第二号に規定する公益社団法人又は公益財団法人とみなして、同号の規定を適用する。
（法人に係る国外関連者に関する明細書の記載事項に関する経過措置）
第二十条
新規則第二十二条の十の規定は、法人の施行日以後に開始する事業年度の新法第六十六条の四第十五項に規定する確定申告書に添付すべき同項に規定する書類について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度の旧法第六十六条の四第十五項に規定する確定申告書に添付すべき同項に規定する書類については、なお従前の例による。
（認定特定非営利活動法人に対する寄附金の損金算入の特例に関する経過措置）
第二十一条
新規則第二十二条の十二（第九項第三号並びに第二十一項第七号及び第八号に係る部分を除く。）の規定は、法人が平成二十年四月一日以後に行う新法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請又は国税庁長官が同日以後に行う同条第五項の認定の取消しについて適用し、法人が同日前に行った旧法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請又は国税庁長官が同日前に行った同条第五項の認定の取消しについては、なお従前の例による。
２
法人税法施行令の一部を改正する政令（平成二十年政令第百五十六号）附則第十二条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の法人税法施行令（第四項において「旧効力法人税法施行令」という。）第七十七条第一項第二号及び第三号に掲げる法人から受け入れる寄附金がある法人に係る新規則第二十二条の十二第三項の規定の適用については、同項中「第七十七条各号」とあるのは、「第七十七条各号若しくは法人税法施行令の一部を改正する政令（平成二十年政令第百五十六号）附則第十二条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の法人税法施行令第七十七条第一項第二号若しくは第三号」とする。
３
新規則第二十二条の十二第九項第三号の規定は、法人が行う同号に規定する助成で附則第一条第四号に定める日以後の活動に対するものについて適用し、法人が行う旧規則第二十二条の十二第九項第三号に規定する助成で同日前の活動に対するものについては、なお従前の例による。
４
旧効力法人税法施行令第七十七条第一項第三号の認定を受けた法人を会員等（新令第三十九条の二十三第一項第二号イに規定する会員等をいう。）とする法人に係る新規則第二十二条の十二第十項第三号の規定の適用については、同号中「公益財団法人である会員等」とあるのは、「公益財団法人である会員等、法人税法施行令の一部を改正する政令（平成二十年政令第百五十六号）附則第十二条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の法人税法施行令第七十七条第一項第三号の認定を受けた法人である会員等」とする。
５
新規則第二十二条の十二第二十一項（第七号及び第八号に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請又は国税庁長官が行う同条第五項の認定の取消しで当該申請に基づく同条第三項の認定に係るものについて適用する。
６
旧法第六十六条の十一の二第三項の認定を受けている法人が平成二十年四月一日以後に合併を行う場合における租税特別措置法施行規則第二十二条の十二第三十三項の規定の適用については、同項中「第三項に規定する実績判定期間（以下この項において「実績判定期間」」とあるのは「その合併の日の前日以前二年内に終了した各事業年度のうち最も古い事業年度開始の日から当該合併の日の前日までの期間（以下この項において「合併前実績判定期間」」と、「同項第四号ハ及びニ並びに第六号に掲げる要件」とあるのは「当該合併前実績判定期間を同項第四号ハ及びニ並びに第六号に規定する実績判定期間とした場合のこれらの規定に掲げる要件」と、「その合併の日の前日を直前に終了した事業年度終了の日とした場合の実績判定期間」とあるのは「合併前実績判定期間」とする。
（特定地域雇用会社等に対する寄附金の損金算入の特例に関する経過措置）
第二十二条
改正法附則第六十五条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十六条の十二第二項の規定により読み替えて適用される法人税法第三十七条第四項の規定の適用がある場合の同条第九項の規定に基づく旧規則第二十二条の十三の規定は、なおその効力を有する。
（適格機関投資家の範囲に関する経過措置）
第二十三条
租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（平成十九年財務省令第五十三号）附則第三条第二項の規定により旧規則第二十二条の十八の四第五号又は第六号に掲げる者とみなされた者の新規則第二十二条の十八の四第一項、第二十二条の十九第一項、第二十二条の二十の二第二項及び第二十二条の二十の三第二項の規定の適用については、当該みなされた者の次の各号に掲げる区分に応じ当該各号に定める者とみなす。
一
旧規則第二十二条の十八の四第五号に掲げる者とみなされた者
新規則第二十二条の十八の四第一項第三号イに掲げる者
二
旧規則第二十二条の十八の四第六号に掲げる者とみなされた者
新規則第二十二条の十八の四第一項第一号に掲げる者
（経営革新計画を実施する中小企業者に対する特定同族会社の特別税率の不適用に関する経過措置）
第二十四条
改正法附則第七十条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の二第二項の規定に基づく旧規則第二十二条の十九の三の規定は、なおその効力を有する。
（連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
第二十五条
新令第三十九条の三十九第二十一項の規定の適用を受ける連結親法人又はその連結子法人（改正令附則第五十一条第一項の規定の適用を受けるものを除く。）の新令第三十九条の三十九第二十一項に規定する分割等が平成二十年四月一日以後最初に開始する連結事業年度開始の日前に行われたものである場合における新規則第二十二条の二十三第七項から第十二項までの規定の適用については、同条第七項中「二月以内」とあるのは、「二月以内（平成二十年四月一日以後最初に開始する連結事業年度開始の日前に行われた分割等である場合には、当該開始の日以後六月以内。第十二項において同じ。）」とする。
２
新令第三十九条の三十九第二十七項の規定の適用を受ける連結親法人又はその連結子法人（改正令附則第五十一条第二項の規定の適用を受けるものを除く。）の新令第三十九条の三十九第二十七項に規定する分割等が平成二十年四月一日以後最初に開始する連結事業年度開始の日前に行われたものである場合における新規則第二十二条の二十三第十三項から第十八項までの規定の適用については、同条第十三項中「二月以内」とあるのは、「二月以内（平成二十年四月一日以後最初に開始する連結事業年度開始の日前に行われた分割等である場合には、当該開始の日以後六月以内。第十八項において同じ。）」とする。
（連結法人の減価償却に関する経過措置）
第二十六条
新規則第二十二条の三十第一項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が平成二十年四月一日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この項において同じ。）をする新法第六十八条の十六第一項に規定する特定設備等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に取得等をした旧法第六十八条の十六第一項に規定する特定設備等については、なお従前の例による。
２
改正令附則第五十四条第三項に規定する連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の新令第三十九条の六十一第六項に規定する分割等が平成二十年四月一日以後最初に開始する連結事業年度開始の日前に行われたものである場合における新規則第二十二条の三十九の二第二項から第七項までの規定の適用については、同条第二項中「二月以内」とあるのは、「二月以内（平成二十年四月一日以後最初に開始する連結事業年度開始の日前に行われた分割等である場合には、当該開始の日以後六月以内。第七項において同じ。）」とする。
（連結法人に係る国外関連者に関する明細書の記載事項に関する経過措置）
第二十七条
新規則第二十二条の七十四第一項の規定は、連結親法人又は連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度の新法第六十八条の八十八第十四項に規定する連結確定申告書に添付すべき同項に規定する書類について適用し、連結親法人又は連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度の旧法第六十八条の八十八第十四項に規定する連結確定申告書に添付すべき同項に規定する書類については、なお従前の例による。
２
新規則第二十二条の七十四第二項の規定は、連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度の新法第六十八条の八十八第十五項に規定する個別帰属額等を記載した書類に添付すべき同項に規定する書類について適用し、連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度の旧法第六十八条の八十八第十五項に規定する個別帰属額等を記載した書類に添付すべき同項に規定する書類については、なお従前の例による。