新租税特別措置法第六十八条の九十二第二項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等、外国関係会社又は外国関係信託につき施行日以後に同項各号に掲げる事実が生ずる場合において、同条第二項の規定により連結法人の同条第一項に規定する個別課税済留保金額とみなされる新租税特別措置法第六十六条の八第一項に規定する課税済留保金額（旧租税特別措置法第六十六条の六第一項の規定により当該連結法人の平成十二年四月一日以後に終了した各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入した金額及び益金の額に算入する金額に係るもの並びに新租税特別措置法第六十六条の六第一項の規定により当該連結法人の各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入する金額に係るものに限る。）について適用する。
５
新租税特別措置法第六十八条の九十二第三項の規定は、施行日以後に同項に規定する適格合併等が行われる場合において、同項の規定により連結法人の同条第一項に規定する個別課税済留保金額とみなされる同条第三項に規定する被合併法人等の同項各号に定める金額に係る同条第一項に規定する個別課税済留保金額（旧租税特別措置法第六十八条の九十第一項の規定により当該被合併法人等の平成十二年四月一日以後に終了した各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入した金額及び益金の額に算入する金額に係るもの並びに新租税特別措置法第六十八条の九十第一項の規定により当該被合併法人等の各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入する金額に係るものに限る。）又は新租税特別措置法第六十六条の八第一項に規定する課税済留保金額（旧租税特別措置法第六十六条の六第一項の規定により当該被合併法人等の平成十二年四月一日以後に終了した各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入した金額及び益金の額に算入する金額に係るもの並びに新租税特別措置法第六十六条の六第一項の規定により当該被合併法人等の各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入する金額に係るものに限る。）について適用する。
６
新租税特別措置法第六十八条の九十二第四項の規定は、施行日以後に同項に規定する適格分割等が行われる場合において、同項の規定によりないものとされる当該適格分割等に係る同項に規定する分割法人等の同条第一項に規定する個別課税済留保金額（旧租税特別措置法第六十八条の九十第一項の規定により当該分割法人等の平成十二年四月一日以後に終了した各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入した金額及び益金の額に算入する金額に係るもの並びに新租税特別措置法第六十八条の九十第一項の規定により当該分割法人等の各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入する金額に係るものに限る。）について適用する。
（連結親法人である鉱工業技術研究組合等の所得計算の特例に関する経過措置）
第五十二条
旧租税特別措置法第六十八条の九十四第一項に規定する連結親法人が施行日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第六十六条の十第一項第二号に定める固定資産については、なお従前の例による。
（連結法人の組合事業に係る損失がある場合の課税の特例に関する経過措置）
第五十三条
新租税特別措置法第六十八条の百五の二の規定は、施行日以後に締結される組合契約（新租税特別措置法第六十七条の十二第三項第一号に規定する組合契約（平成十九年四月一日前に締結される航空法第百条第一項の許可に係る事業の用に供する航空機の賃貸に係るものを除く。）をいう。以下この項において同じ。）及び施行日以後に組合契約に係る新租税特別措置法第六十七条の十二第一項に規定する組合員（以下この項において「組合員」という。）たる地位の承継（施行日前に締結された組合契約に係る組合員たる地位の適格合併による承継その他の政令で定める承継を除く。）を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の当該承継に係る組合契約について適用する。
２
新租税特別措置法第六十八条の百五の三の規定は、附則第一条第七号に定める日以後に締結される新租税特別措置法第六十八条の百五の三第一項に規定する有限責任事業組合契約について適用する。
（連結親法人である中小企業者等に対する同族会社の特別税率の不適用に関する経過措置）
第五十四条
新租税特別措置法第六十八条の百九第一項の規定は、同項に規定する連結法人の連結親法人事業年度（法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。以下この条において同じ。）が附則第一条第十九号に定める日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、旧租税特別措置法第六十八条の百九第一項に規定する連結法人の連結親法人事業年度が同日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
２
旧租税特別措置法第六十八条の百九第二項に規定する連結法人の連結親法人事業年度が平成十七年四月十三日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（相続税及び贈与税の特例に関する経過措置）
第五十五条
新租税特別措置法第七十条の四の規定は、施行日以後に行われる同条第一項に規定する農地等の贈与（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を除く。以下この条において同じ。）に係る贈与税について適用する。
２
施行日前に行われた旧租税特別措置法第七十条の四第一項に規定する農地等（以下この条において「農地等」という。）の贈与に係る贈与税については、旧租税特別措置法第七十条の四の規定は、なおその効力を有する。
３
前項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧租税特別措置法第七十条の四第一項本文の規定の適用を受けている同項に規定する受贈者（以下第十五項までにおいて「受贈者」という。）が施行日から平成二十三年六月三十日までの間で、かつ、同条第一項に規定する贈与者の死亡の日前に、農業協同組合法等の一部を改正する等の法律（平成二十七年法律第六十三号）第三条の規定による改正前の農地法（昭和二十七年法律第二百二十九号）第二条第三項に規定する農業生産法人で政令で定めるもの（第五項において「旧特定農業生産法人」という。）に対し旧租税特別措置法第七十条の四第一項の規定の適用を受ける農地等のすべて（第五項の規定の適用を受ける同項の借受代替農地等に係る同項の貸付特例適用農地等を除く。）につき政令で定めるところにより使用貸借による権利の設定をした場合において、当該設定をしたことについての届出書が、財務省令で定めるところにより、当該設定をした日から二月を経過する日までに当該受贈者の納税地の所轄税務署長に提出されたときは、当該受贈者に係る同条第一項ただし書及び第四項の規定の適用については、当該設定は、なかったものとみなす。
４
前項の規定の適用を受ける使用貸借による権利の設定をした受贈者が当該設定をした後当該設定に係る農地等（農地法第四十三条第一項の規定により農作物の栽培を耕作に該当するものとみなして適用する同法第二条第一項に規定する農地を含む。以下この条において同じ。）を引き続き同法第二条第三項に規定する農地所有適格法人で政令で定めるもの（以下この条において「特定農地所有適格法人」という。）に使用させている場合における当該受贈者に係る旧租税特別措置法第七十条の四第一項及び第四項の規定の適用については、次に定めるところによる。
一
当該農地等につき前項の使用貸借による権利の設定を受けている特定農地所有適格法人（以下この号及び次号において「被設定者」という。）がその有する当該権利の旧租税特別措置法第七十条の四第一項第一号に規定する譲渡等（当該農地等につき民法（明治二十九年法律第八十九号）第二百六十九条の二第一項の地上権の設定があった場合において当該被設定者が当該農地等を耕作（農地法第四十三条第一項の規定により耕作に該当するものとみなされる農作物の栽培を含む。）又は養畜の用に供しているときにおける当該設定を除く。第六項第一号において同じ。）若しくは当該農地等の転用をした場合又は当該農地等に係る農業経営の廃止をした場合には、前項の規定にかかわらず、当該譲渡等若しくは当該転用又は当該廃止をした日において当該受贈者が当該譲渡等若しくは当該転用又は当該廃止をしたものとみなす。
二
被設定者が特定農地所有適格法人に該当しないこととなった場合（政令で定める場合を除く。）には、前項の規定にかかわらず、当該該当しないこととなった日において当該農地等につき使用貸借による権利の設定をしたものとみなす。
５