新租税特別措置法第五十五条第五項、第五十五条の五第四項、第五十五条の六第四項、第五十六条第六項、第五十七条の三第四項、第五十七条の四第六項、第五十七条の七第六項、第五十七条の七の二第五項、第五十七条の八第六項及び第五十八条第六項の規定は、法人の施行日以後に青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をした場合におけるその承認の取消しの基因となった事実のあった日又はその届出書の提出をした日（その届出書の提出をした日が青色申告書による申告をやめた事業年度終了の日後である場合には、同日。以下この項及び附則第八十七条第一項において「施行日以後取消事実発生日」という。）を含む事業年度（施行日以後に開始する事業年度に限る。）分の法人税について適用し、法人の施行日前に青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をした場合におけるその承認の取消しの基因となった事実のあった日又はその届出書の提出をした日（その届出書の提出をした日が青色申告書による申告をやめた事業年度終了の日後である場合には、同日）を含む事業年度（施行日以後取消事実発生日を含む事業年度で施行日前に開始したものを含む。）から当該事業年度開始の日以後二年を経過した日の前日を含む事業年度までの各事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
２
新租税特別措置法第五十五条（第五項に係る部分を除く。）の規定は、法人が施行日以後に取得をする同条第一項の特定株式等について適用し、法人が施行日前に取得をした旧租税特別措置法第五十五条第一項に規定する特定株式等については、なお従前の例による。
３
新租税特別措置法第五十五条の二及び第五十五条の三の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用する。
（沖縄の認定法人の所得の特別控除に関する経過措置）
第八十六条
新租税特別措置法第六十条（第一項に係る部分に限る。）の規定は、同項の表（以下この条において「新表」という。）の各号の上欄に掲げる法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧租税特別措置法第六十条第一項の表（以下この条において「旧表」という。）の第一号又は第二号の上欄に掲げる法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
２
施行日前に設立された法人（第六項又は第七項の規定により新表の各号の中欄に掲げる地区とみなされる地区内においてそのみなされる間に設立された法人を含む。）の施行日以後に終了する事業年度における租税特別措置法第六十条（第一項に係る部分に限り、次項、第四項、第六項又は第七項の規定によりみなして適用する場合を含む。）の規定の適用については、同条第一項中「（当該各号の上欄に規定する提出の日」とあるのは「のうち地区指定（同表の第一号の上欄に掲げる法人にあつては沖縄振興特別措置法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第七号）による改正前の沖縄振興特別措置法第二十九条第一項の規定による指定をいい、同表の第二号の上欄に掲げる法人にあつては同法第四十二条第一項の規定による指定（租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号）附則第二十六条第三項の規定により同条第一項に規定する新表の第二号の上欄に掲げる法人とみなされたものにあつては、沖縄振興特別措置法の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十三号）による改正前の沖縄振興特別措置法第四十二条第一項の規定による指定）をいう。）の日」と、「ものに限る。」とあるのは「もの（」とする。
３
施行日前に旧表の第一号の上欄に規定する認定を受けた法人（沖縄振興特別措置法一部改正法附則第四条第一項の規定により新沖縄振興特別措置法第三十条第一項の認定を受けたものとみなされるものに限る。）は、当該法人の施行日以後に終了する事業年度において、新表の第一号の上欄に掲げる法人とみなす。
４
施行日前に旧表の第二号の上欄に規定する認定を受けた法人（沖縄振興特別措置法一部改正法附則第四条第三項の規定により新沖縄振興特別措置法第四十四条第一項の認定を受けたものとみなされるものに限り、租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号）附則第二十六条第三項の規定により同欄に掲げる法人とみなされたもの（以下この項において「旧認定法人」という。）を含む。）は、当該法人の施行日以後に終了する事業年度において、新表の第二号の上欄に掲げる法人とみなす。
この場合において、旧認定法人に係る新租税特別措置法第六十条の規定の適用については、同条第一項中「事業（当該地区以外の地域において行われる当該事業に関連する事業として政令で定める事業を含む。）に係る」とあるのは「事業に係る」と、「百分の四十」とあるのは「百分の三十五」とする。
５
施行日前に旧表の第三号の上欄に規定する認定を受けた法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税については、旧租税特別措置法第六十条（同号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同号中「沖縄振興特別措置法」とあるのは、「沖縄振興特別措置法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第七号）による改正前の沖縄振興特別措置法」とする。
６
旧表の第一号の中欄に掲げる地区は、施行日から施行日以後六月を経過する日（その日までに、新沖縄振興特別措置法第二十八条第五項の規定による同条第一項に規定する情報通信産業振興計画の提出があった場合には、その提出があった日の前日）までの間は、新表の第一号の中欄に掲げる地区とみなして、新租税特別措置法第六十条（同号に係る部分に限る。）の規定を適用する。
７
旧表の第二号の中欄に掲げる地区（租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号）附則第二十六条第六項の規定により同欄に掲げる地区とみなされた地域を含む。）は、施行日から施行日以後六月を経過する日（その日までに、新沖縄振興特別措置法第四十一条第五項の規定による同条第一項に規定する国際物流拠点産業集積計画の提出があった場合には、その提出があった日の前日）までの間は、新表の第二号の中欄に掲げる地区とみなして、新租税特別措置法第六十条（同号に係る部分に限る。）の規定を適用する。
８
新租税特別措置法第六十条（第二項に係る部分に限る。）の規定は、同項に規定する法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用する。
（認定農業生産法人等の課税の特例に関する経過措置）
第八十七条
新租税特別措置法第六十一条の二第四項の規定は、法人の施行日以後取消事実発生日を含む事業年度（施行日以後に開始する事業年度に限る。）分の法人税について適用し、法人の施行日前に青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をした場合におけるその承認の取消しの基因となった事実のあった日又はその届出書の提出をした日（その届出書の提出をした日が青色申告書による申告をやめた事業年度終了の日後である場合には、同日）を含む事業年度（施行日以後取消事実発生日を含む事業年度で施行日前に開始したものを含む。）から当該事業年度開始の日以後二年を経過した日の前日を含む事業年度までの各事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
２
新租税特別措置法第六十一条の三の規定は、法人が施行日以後に行われる現物分配により移転を受ける同条第一項に規定する農用地等について適用し、法人が施行日前に行われた現物分配により移転を受けた旧租税特別措置法第六十一条の三第一項に規定する農用地等については、なお従前の例による。
（使途秘匿金の支出がある場合の課税の特例に関する経過措置）
第八十八条
国家戦略特別区域法附則第一条第一号に掲げる規定の施行の日が施行日後である場合には、施行日から同号に掲げる規定の施行の日の前日までの間における新租税特別措置法第六十二条第六項の規定の適用については、同項第二号中「及び第四十二条の九」とあるのは「、第四十二条の九及び第四十二条の十一」と、「第四十二条の九第一項、第四十二条の十第二項」とあるのは「第四十二条の九第一項」とする。
（法人の土地の譲渡等がある場合の特別税率に関する経過措置）
第八十九条
国家戦略特別区域法附則第一条第一号に掲げる規定の施行の日が施行日後である場合には、施行日から同号に掲げる規定の施行の日の前日までの間における新租税特別措置法第六十二条の三第十一項の規定の適用については、同項第二号中「及び第四十二条の九」とあるのは「、第四十二条の九及び第四十二条の十一」と、「第四十二条の九第一項、第四十二条の十第二項」とあるのは「第四十二条の九第一項」とする。
（法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
第九十条
新租税特別措置法第六十五条の三（第一項第四号に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の三第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
２
新租税特別措置法第六十五条の四（第一項第十号に係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第二十号に定める日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
３
新租税特別措置法第六十五条の四（第一項第二十二号の二に係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第十九号に定める日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用する。
４