この場合において、前条第十四項中「第三十七条の十第一項に規定する一般株式等に係る譲渡所得等」とあるのは「第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等に係る譲渡所得等」と、「一般株式等に係る譲渡所得等の金額」とあるのは「上場株式等に係る譲渡所得等の金額」と、「第三十七条の十第一項（一般株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）」とあるのは「第三十七条の十一第一項（上場株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）」と、「一般株式等の譲渡による事業所得」とあるのは「上場株式等の譲渡による事業所得」と、同条第十五項中「第三十七条の十第一項」とあるのは「第三十七条の十一第一項」と、「一般株式等に係る譲渡所得等の課税の特例」とあるのは「上場株式等に係る譲渡所得等の課税の特例」と、「一般株式等の譲渡による事業所得」とあるのは「上場株式等の譲渡による事業所得」と、「一般株式等の譲渡に係る事業所得の金額」とあるのは「上場株式等の譲渡に係る事業所得の金額」と、「一般株式等の譲渡による雑所得」とあるのは「上場株式等の譲渡による雑所得」と、「一般株式等の譲渡に係る雑所得の金額」とあるのは「上場株式等の譲渡に係る雑所得の金額」と、「一般株式等に係る課税譲渡所得等の金額」とあるのは「上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額」と、「一般株式等に係る譲渡所得等の金額」とあるのは「上場株式等に係る譲渡所得等の金額」と、同条第十六項中「第三十七条の十第一項」とあるのは「第三十七条の十一第一項」と、「一般株式等に係る譲渡所得等の課税の特例」とあるのは「上場株式等に係る譲渡所得等の課税の特例」と、「一般株式等に係る譲渡所得等の金額」とあるのは「上場株式等に係る譲渡所得等の金額」と、「一般株式等に係る課税譲渡所得等の金額」とあるのは「上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額」と、同条第十七項中「第三十七条の十第一項」とあるのは「第三十七条の十一第一項」と、「一般株式等に係る譲渡所得等の金額」とあるのは「上場株式等に係る譲渡所得等の金額」と読み替えるものとする。
（特定管理株式等が価値を失つた場合の株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）
第二十五条の九の二
法第三十七条の十一の二第一項に規定する政令で定めるところにより特定口座に移管がされた特定口座内保管上場株式等は、法第三十七条の十四第一項に規定する非課税口座内上場株式等又は法第三十七条の十四の二第一項に規定する未成年者口座内上場株式等のうち、当該非課税口座内上場株式等又は未成年者口座内上場株式等が上場されている金融商品取引法第二条第十六項に規定する金融商品取引所の定める規則に基づき、当該金融商品取引所への上場を廃止することが決定された銘柄又は上場を廃止するおそれがある銘柄として当該非課税口座内上場株式等又は未成年者口座内上場株式等が指定されている期間内に、当該非課税口座内上場株式等に係る法第三十七条の十四第五項第一号に規定する非課税口座又は当該未成年者口座内上場株式等に係る法第三十七条の十四の二第五項第一号に規定する未成年者口座から特定口座（法第三十七条の十一の三第三項第一号に規定する特定口座をいう。第八項において同じ。）に移管がされたものその他財務省令で定める法第三十七条の十一の二第一項に規定する上場株式等とする。
２
法第三十七条の十一の二第一項に規定する損失の金額として政令で定める金額は、次の各号に掲げる株式又は公社債の区分に応じ当該各号に定める金額とする。
一
特定管理株式等（法第三十七条の十一の二第一項に規定する特定管理株式等をいう。以下この条及び第二十五条の十第一項において同じ。）
法第三十七条の十一の二第一項各号に掲げる事実が発生した特定管理株式等につき当該事実が発生した日において第五項に定めるところにより当該特定管理株式等に係る一株又は一単位当たりの金額に相当する金額を算出した場合における当該金額に当該事実の発生の直前において有する当該特定管理株式等の数を乗じて計算した金額
二
特定口座内公社債（法第三十七条の十一の二第一項に規定する特定口座内公社債をいう。以下この号及び次項第二号において同じ。）
同条第一項各号に掲げる事実が発生した特定口座内公社債につき当該事実が発生した日において第二十五条の十の二第一項に定めるところにより当該特定口座内公社債に係る一単位当たりの金額に相当する金額を算出した場合における当該金額に当該事実の発生の直前において有する当該特定口座内公社債の数を乗じて計算した金額
３
法第三十七条の十一の二第一項第二号に規定する政令で定める事実は、次の各号に掲げる株式又は公社債の区分に応じ当該各号に定める事実とする。
一
特定管理株式等である株式
次に掲げる事実
イ
特定管理株式等である株式を発行した内国法人（以下この号において「特定株式発行法人」という。）が破産法（平成十六年法律第七十五号）の規定による破産手続開始の決定を受けたこと。
ロ
特定株式発行法人がその発行済株式の全部を無償で消滅させることを定めた会社更生法（平成十四年法律第百五十四号）第二条第二項に規定する更生計画につき同法の規定による更生計画認可の決定を受け、当該更生計画に基づき当該発行済株式の全部を無償で消滅させたこと。
ハ
特定株式発行法人がその発行済株式（投資信託及び投資法人に関する法律第二条第十二項に規定する投資法人にあつては、発行済みの同条第十四項に規定する投資口）の全部を無償で消滅させることを定めた民事再生法（平成十一年法律第二百二十五号）第二条第三号に規定する再生計画につき同法の規定による再生計画認可の決定が確定し、当該再生計画に基づき当該発行済株式の全部を無償で消滅させたこと。
ニ
特定株式発行法人が預金保険法（昭和四十六年法律第三十四号）第百十一条第一項の規定による同項の特別危機管理開始決定を受けたこと。
二
特定管理株式等である公社債又は特定口座内公社債（以下この号において「特定口座内公社債等」という。）
次に掲げる事実
イ
特定口座内公社債等を発行した内国法人（以下この号において「特定口座内公社債等発行法人」という。）が破産法第二百十六条第一項若しくは第二百十七条第一項の規定による破産手続廃止の決定又は同法第二百二十条第一項の規定による破産手続終結の決定を受けたことにより、当該居住者又は恒久的施設を有する非居住者が有する特定口座内公社債等と同一銘柄の社債に係る債権の全部について弁済を受けることができないことが確定したこと。
ロ
特定口座内公社債等発行法人がその社債を無償で消滅させることを定めた会社更生法第二条第二項に規定する更生計画につき同法の規定による更生計画認可の決定を受け、当該更生計画に基づき当該居住者又は恒久的施設を有する非居住者が有する特定口座内公社債等と同一銘柄の社債を無償で消滅させたこと。
ハ
特定口座内公社債等発行法人がその社債を無償で消滅させることを定めた民事再生法第二条第三号に規定する再生計画につき同法の規定による再生計画認可の決定が確定し、当該再生計画に基づき当該居住者又は恒久的施設を有する非居住者が有する特定口座内公社債等と同一銘柄の社債を無償で消滅させたこと。
４
法第三十七条の十一の二第二項に規定する譲渡に類するものとして政令で定めるものは、法第三十七条の十第三項若しくは第四項又は第三十七条の十一第三項若しくは第四項の規定によりその額及び価額の合計額が法第三十七条の十第一項に規定する一般株式等に係る譲渡所得等又は法第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等に係る譲渡所得等に係る収入金額とみなされる金銭及び金銭以外の資産の交付の基因となつた法第三十七条の十第三項若しくは第四項各号又は第三十七条の十一第四項各号に規定する事由に基づく株式等（法第三十七条の十第二項に規定する株式等をいう。以下この条において同じ。）についての当該金銭の額及び当該金銭以外の資産の価額に対応する権利の移転又は消滅とする。
５
特定管理株式等の譲渡（法第三十七条の十一の二第二項に規定する譲渡をいう。以下この条及び第二十五条の十において同じ。）による事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額の計算は、同項の居住者又は恒久的施設を有する非居住者が有するそれぞれの特定管理口座（法第三十七条の十一の二第一項に規定する特定管理口座をいう。以下第二十五条の十までにおいて同じ。）ごとに、当該特定管理口座に係る特定管理株式等の譲渡による事業所得、譲渡所得又は雑所得と当該特定管理株式等の譲渡以外の株式等の譲渡による事業所得、譲渡所得又は雑所得とを区分して、当該特定管理株式等の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額を計算することにより行うものとする。
この場合において、当該居住者又は恒久的施設を有する非居住者の有する同一銘柄の株式又は公社債のうちに当該特定管理株式等と当該特定管理株式等以外の株式又は公社債とがあるときには、これらの株式又は公社債については、それぞれその銘柄が異なるものとして、所得税法第三十七条第一項又は第三十八条第一項の規定によりその者のその年分のこれらの株式又は公社債の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額の計算上必要経費又は取得費に算入する金額の計算に係る同法第四十八条の規定並びに所得税法施行令第二編第一章第四節第三款及び第百六十七条の七第四項から第七項までの規定並びに第二十五条の十二の四第四項の規定を適用する。
６