第二十六項の法人を合併法人とする適格合併が行われた場合又は当該法人との間に完全支配関係（当該法人による完全支配関係又は相互の関係に限る。）がある他の法人で当該法人が発行済株式若しくは出資の全部若しくは一部を有するものの残余財産が確定した場合において、当該適格合併に係る被合併法人又は当該他の法人（以下この項及び次項において「被合併法人等」という。）の当該適格合併の日前十年以内に開始し、又は当該残余財産の確定の日の翌日前十年以内に開始した事業年度又は中間期間（以下この項において「前十年内事業年度」という。）において生じた還付対象欠損金額に係る前項に規定する控除対象還付対象欠損調整額（当該被合併法人等が当該控除対象還付対象欠損調整額（この項の規定により当該被合併法人等の前項に規定する控除対象還付対象欠損調整額とみなされたものを含む。）に係る還付対象欠損金額の生じた事業年度又は中間期間について法人の市町村民税の確定申告書を提出していることその他の政令で定める要件を満たしている場合における当該控除対象還付対象欠損調整額に限るものとし、第二十六項の規定により当該被合併法人等の当該適格合併の日前十年以内に開始し、又は当該残余財産の確定の日の翌日前十年以内に開始した事業年度の法人税割の課税標準とすべき法人税額について控除された額を除く。以下この項において「控除未済還付対象欠損調整額」という。）があるときは、当該法人の当該適格合併の日の属する事業年度又は当該残余財産の確定の日の翌日の属する事業年度（以下この項及び次項において「合併等事業年度」という。）以後の事業年度における第二十六項の規定の適用については、当該前十年内事業年度に係る控除未済還付対象欠損調整額（当該他の法人に株主等が二以上ある場合には、当該控除未済還付対象欠損調整額を当該他の法人の発行済株式又は出資（当該他の法人が有する自己の株式又は出資を除く。）の総数又は総額で除し、これに当該法人の有する当該他の法人の株式又は出資の数又は金額を乗じて計算した金額）は、それぞれ当該控除未済還付対象欠損調整額に係る前十年内事業年度開始の日の属する当該法人の事業年度（当該法人の合併等事業年度開始の日以後に開始した当該被合併法人等の前十年内事業年度に係る控除未済還付対象欠損調整額にあつては、当該合併等事業年度の前事業年度）に係る前項に規定する控除対象還付対象欠損調整額とみなす。
２９
第二十六項の規定は、同項の法人が還付対象欠損金額（前項の規定により当該法人の第二十七項に規定する控除対象還付対象欠損調整額（以下この項において「控除対象還付対象欠損調整額」という。）とみなされた被合併法人等の控除対象還付対象欠損調整額に係る還付対象欠損金額を除く。）の生じた事業年度又は中間期間開始の日の属する事業年度について法人の市町村民税の確定申告書を提出し、かつ、その後において連続して法人の市町村民税の確定申告書を提出している場合（前項の規定により当該法人の控除対象還付対象欠損調整額とみなされたものにつき第二十六項の規定を適用する場合には、合併等事業年度以後において連続して法人の市町村民税の確定申告書を提出している場合）に限り、適用する。
３０
第十一項及び第十七項の規定による法人税額への加算並びに第三項、第八項、第十三項、第十九項、第二十三項及び第二十六項の規定による法人税額からの控除については、まず第十一項及び第十七項の規定による加算をし、次に第三項、第八項、第十三項及び第十九項の規定による控除をした後において、第二十三項及び第二十六項の規定による控除をするものとする。
３１
公共法人等は、総務省令で定める様式により、毎年四月三十日までに、第三百十二条第三項第三号の期間中の事実に基づいて算定した均等割額を記載した申告書を、当該期間中において有する事務所、事業所又は寮等所在地の市町村長に提出し、及びその申告した均等割額を納付しなければならない。
３２
法人税法第七十四条第一項又は第百四十四条の六第一項の規定による申告書に係る法人税額に基づいて算定した市町村民税額が、同法第七十一条第一項又は第百四十四条の三第一項の規定による申告書に係る法人税額に基づいて算定して申告納付し、若しくは申告納付すべき市町村民税額（予定申告法人にあつては、第一項に基づいて計算して申告納付し、又は申告納付すべき市町村民税額）若しくは第二項に基づいて計算して申告納付し、若しくは申告納付すべき市町村民税額（以下この項及び第三百二十一条の十一第五項において「市町村民税の中間納付額」という。）に満たないとき、又はないときは、市町村は、政令で定めるところにより、その満たない金額に相当する市町村民税の中間納付額若しくは市町村民税の中間納付額の全額を還付し、又は未納に係る地方団体の徴収金に充当するものとする。
３３
第一項、第三十一項及び第三十五項の規定により申告書を提出すべき法人は、当該申告書（第一項後段の規定により提出があつたものとみなされた申告書を除く。）の提出期限後においても、第三百二十一条の十一第四項の規定による更正又は決定の通知があるまでは、第一項、第三十一項及び第三十五項の規定により申告書を提出し、並びにその申告した市町村民税額を納付することができる。
３４
第一項、第二項、第三十一項、前項若しくはこの項の規定により申告書を提出した法人又は第三百二十一条の十一の規定による更正若しくは決定を受けた法人は、次の各号のいずれかに該当する場合には、次項に該当する場合を除くほか、遅滞なく、総務省令で定める様式により、当該申告書を提出し又は当該更正若しくは決定をした市町村長に、当該申告書に記載し又は当該更正若しくは決定に係る通知書に記載された第二十条の九の三第六項に規定する課税標準等又は税額等を修正する申告書を提出し、及びその申告により増加した市町村民税額を納付しなければならない。
一
先の申告書の提出により納付すべきものとしてこれに記載し、又は当該更正若しくは決定により納付すべきものとして当該更正若しくは決定に係る通知書に記載された市町村民税額に不足額があるとき。
二
先の申告書に納付すべき市町村民税額を記載しなかつた場合又は納付すべき市町村民税額がない旨の更正を受けた場合において、その納付すべき市町村民税額があるとき。
３５
第一項又は第二項の法人が法人税に係る修正申告書を提出し、又は法人税に係る更正若しくは決定の通知を受けたことにより、当該法人が前項各号のいずれかに該当することとなつた場合においては、当該法人は、当該修正申告により増加した法人税額又は当該更正若しくは決定により納付すべき法人税額を納付すべき日までに、同項の規定により申告納付しなければならない。
３６
市町村は、内国法人が各事業年度において租税特別措置法第六十六条の七第四項及び第十項の規定の適用を受ける場合において、当該事業年度の同条第四項に規定する控除対象所得税額等相当額のうち、同項に規定する法人税の額及び同条第十項に規定する所得地方法人税額並びに第五十三条第三十六項に規定する法人税割額の合計額を超える額があるときは、政令で定めるところにより、当該超える金額（政令で定める金額に限る。）を当該事業年度の第一項（予定申告法人に係るものを除く。）又は前二項の規定により申告納付すべき法人税割額から控除するものとする。
３７
市町村は、内国法人が各事業年度において租税特別措置法第六十六条の九の三第三項及び第九項の規定の適用を受ける場合において、当該事業年度の同条第三項に規定する控除対象所得税額等相当額のうち、同項に規定する法人税の額及び同条第九項に規定する所得地方法人税額並びに第五十三条第三十七項に規定する法人税割額の合計額を超える額があるときは、政令で定めるところにより、当該超える金額（政令で定める金額に限る。）を当該事業年度の第一項（予定申告法人に係るものを除く。）、第三十四項又は第三十五項の規定により申告納付すべき法人税割額から控除するものとする。
３８
市町村は、内国法人又は外国法人が、外国の法令により課される法人税若しくは地方法人税又は道府県民税若しくは市町村民税の法人税割に相当する税（外国法人にあつては、法人税法第百三十八条第一項第一号に掲げる国内源泉所得につき外国の法令により課されるものに限る。以下この項において「外国の法人税等」という。）を課された場合において、当該外国の法人税等の額のうち法人税法第六十九条第一項の控除限度額又は同法第百四十四条の二第一項の控除限度額及び地方法人税法第十二条第一項の控除の限度額で政令で定めるもの又は同条第二項の控除の限度額で政令で定めるもの並びに第五十三条第三十八項の控除の限度額で政令で定めるものの合計額を超える額があるときは、政令で定めるところにより計算した額を限度として、政令で定めるところにより、当該超える金額（政令で定める金額に限る。）を第一項（予定申告法人に係るものを除く。）、第三十四項又は第三十五項の規定により申告納付すべき法人税割額（外国法人にあつては、法人税法第百四十一条第一号イに掲げる国内源泉所得に対する法人税額を課税標準として課するものに限る。）から控除するものとする。
３９