連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が分割等（分割又は現物出資をいう。）について新令第三十九条の三十九第九項の規定の適用を受ける場合には、当該分割等に係る旧令第三十九条の三十九第八項の合理的な方法について受けた同項の認定（旧令第二十七条の四第九項の認定を含む。）は当該分割等に係る新令第三十九条の三十九第九項の合理的な方法について受けた同項の認定と、当該分割等についてされた旧令第三十九条の三十九第八項の届出（旧令第二十七条の四第九項の届出を含む。）は当該分割等についてされた新令第三十九条の三十九第九項の届出と、それぞれみなす。
ただし、次に掲げる場合は、この限りでない。
一
当該分割等に係る新令第三十九条の三十九第九項第一号イ若しくはロの移転試験研究費の額又は同項第二号イ若しくはロの月別移転試験研究費の額の計算の基礎となる同項に規定する移転試験研究費の額に旧令第三十九条の三十九第六項に規定する試験研究費の額に該当しないものが含まれる場合
二
当該分割等に係る旧令第三十九条の三十九第八項第一号イ若しくはロの移転試験研究費の額又は同項第二号イ若しくはロの月別移転試験研究費の額の計算の基礎となった同項に規定する移転試験研究費の額に新令第三十九条の三十九第七項に規定する試験研究費の額に該当しないものが含まれる場合
２
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が現物分配（法人税法第二条第十二号の五の二に規定する現物分配をいう。以下この条において同じ。）について新令第三十九条の三十九第十一項の規定の適用を受ける場合には、当該現物分配についてされた旧令第三十九条の三十九第十項の届出（旧令第二十七条の四第十一項の届出を含む。）は、当該現物分配についてされた新令第三十九条の三十九第十一項の届出とみなす。
３
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が現物分配について新令第三十九条の三十九第十八項の規定の適用を受ける場合には、当該現物分配についてされた旧令第三十九条の三十九第十項の届出（旧令第二十七条の四第十一項の届出を含む。）又は旧令第三十九条の三十九第二十五項の届出（旧令第二十七条の四第二十六項の届出を含む。）は、当該現物分配についてされた新令第三十九条の三十九第十八項の届出とみなす。
４
新令第三十九条の三十九第二十六項（第三号、第四号、第九号及び第十号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に支出する同条第二十七項第二号に定める試験研究費の額について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に支出した旧令第三十九条の三十九第十八項第二号に定める試験研究費の額については、なお従前の例による。
５
新令第三十九条の三十九第二十六項（第七号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に締結する同号に規定する委任契約等に基づいて行われる同号に掲げる試験研究について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に締結した旧令第三十九条の三十九第十七項第六号に規定する契約又は協定に基づいて行われる同号に掲げる試験研究については、なお従前の例による。
６
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が現物分配について新令第三十九条の三十九第三十一項の規定の適用を受ける場合には、当該現物分配についてされた旧令第三十九条の三十九第二十五項の届出（旧令第二十七条の四第二十六項の届出を含む。）は、当該現物分配についてされた新令第三十九条の三十九第三十一項の届出とみなす。
７
新令第三十九条の三十九第九項、第十一項、第十六項、第十八項、第三十項又は第三十一項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同条第九項、第十六項若しくは第三十項の分割等（第一項の規定の適用に係るものを除く。）又は同条第十一項、第十八項若しくは第三十一項の現物分配（第二項、第三項又は前項の規定の適用に係るものを除く。）が施行日以後最初に開始する連結事業年度開始の日前に行われたものである場合における同条第九項、第十六項又は第三十項の認定及び届出並びに同条第十一項、第十八項又は第三十一項の届出に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。
（中小連結法人が機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
第二十五条
新令第三十九条の四十一第三項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作をする新法第六十八条の十一第一項に規定する特定機械装置等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作をした旧法第六十八条の十一第一項に規定する特定機械装置等については、なお従前の例による。
（連結法人の給与等の支給額が増加した場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
第二十六条
新法第六十八条の十五の六第一項の連結親法人又はその連結子法人が所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号。以下この項及び次項において「令和二年改正法」という。）附則第九十六条第二項に規定する特例対象連結事業年度（以下この項及び次項において「特例対象連結事業年度」という。）において同条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における令和二年改正法第十五条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この項及び次項において「令和二年旧法」という。）第六十八条の十五の二第一項又は第二項の規定の適用を受ける場合における当該特例対象連結事業年度に係る新法第六十八条の十五の六第一項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、新令第三十九条の四十六の二第一項の規定にかかわらず、当該連結親法人及びその各連結子法人の個別給与控除額（当該連結親法人又はその連結子法人の当該特例対象連結事業年度に係る当該連結親法人及びその各連結子法人の新法第六十八条の十五の六第三項第三号イに規定する雇用者給与等支給額の合計額を当該連結親法人及びその各連結子法人の当該特例対象連結事業年度終了の日における令和二年旧法第六十八条の十五の二第四項第三号に規定する雇用者の数の合計で除して計算した金額に当該連結親法人又はその連結子法人の控除対象者数（第一号に掲げる数に第二号に掲げる数が第三号に掲げる数のうちに占める割合を乗じて計算した数をいう。）を乗じて計算した金額の百分の二十に相当する金額（当該相当する金額が当該特例対象連結事業年度に係る当該連結親法人又はその連結子法人の新法第六十八条の十五の六第三項第三号に規定する控除対象新規雇用者給与等支給額を超える場合には、その超える部分の金額を控除した金額）をいう。）の合計額とする。
一
次に掲げる数を合計した数（当該合計した数が当該連結親法人及びその各連結子法人（令和二年旧法第六十八条の十五の二第一項に規定する認定事業者であるものに限る。以下第三号までにおいて同じ。）の同項第二号イ（１）に規定する地方事業所基準雇用者数の合計を超える場合には、当該地方事業所基準雇用者数の合計）
イ
当該特例対象連結事業年度において令和二年旧法第六十八条の十五の二第一項の規定の適用を受ける場合における当該特例対象連結事業年度の同項第二号イ（１）に規定する特定新規雇用者基礎数と同号イ（２）（ｉ）に掲げる数とを合計した数
ロ
当該特例対象連結事業年度において令和二年旧法第六十八条の十五の二第二項の規定の適用を受ける場合における当該連結親法人及びその各連結子法人の当該特例対象連結事業年度の同条第一項第二号ロ（２）（ｉｖ）に規定する政令で定めるところにより証明がされた数のうち同号ロ（２）（ｉｉ）に規定する移転型新規雇用者総数に達するまでの数の合計から同項の規定の適用を受ける場合における当該連結親法人及びその各連結子法人の当該特例対象連結事業年度の租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（令和二年政令第百二十一号）による改正前の租税特別措置法施行令（次号ロにおいて「令和二年旧令」という。）第三十九条の四十七第一項第一号ロ（１）及び（２）に掲げる数を合計した数を控除した数
二
当該連結親法人又はその各連結子法人ごとに、次に掲げる数を合計した数（当該合計した数が当該連結親法人又はその連結子法人の令和二年旧法第六十八条の十五の二第一項第二号イ（１）に規定する調整地方事業所基準雇用者数（当該調整地方事業所基準雇用者数が零に満たない場合には、零）を超える場合には、当該調整地方事業所基準雇用者数）
イ
当該特例対象連結事業年度において令和二年旧法第六十八条の十五の二第一項の規定の適用を受ける場合における当該連結親法人又はその連結子法人の当該特例対象連結事業年度の同項第二号イ（１）に規定する個別特定新規雇用者数及び同号イ（２）（ｉ）に規定する個別対象非特定新規雇用者数を合計した数
ロ
当該特例対象連結事業年度において令和二年旧法第六十八条の十五の二第二項の規定の適用を受ける場合における当該連結親法人又はその連結子法人の当該特例対象連結事業年度の同条第一項第二号ロ（２）（ｉｖ）に規定する政令で定めるところにより証明がされた数のうち同号ロ（２）（ｉｉ）に規定する移転型新規雇用者総数に達するまでの数から同項の規定の適用を受ける場合における当該連結親法人又はその連結子法人の当該特例対象連結事業年度の令和二年旧令第三十九条の四十七第一項第二号ロ（１）及び（２）に掲げる数を合計した数を控除した数