法第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等に係る譲渡所得等を有する居住者又は恒久的施設を有する非居住者で金融商品取引業者等の営業所に特定口座を開設しているものがその年分の確定申告書（法第三十七条の十二の二第九項（法第三十七条の十三の三第十項において準用する場合を含む。）において準用する所得税法第百二十三条第一項（第二号を除く。）（同法第百六十六条において準用する場合を含む。）の規定による申告書を含む。以下この項において同じ。）を提出する場合において、その年中に、第二十五条の十の二第一項に規定する特定口座内保管上場株式等の譲渡による事業所得、譲渡所得若しくは雑所得又は同条第三項に規定する信用取引等に係る上場株式等の譲渡による事業所得若しくは雑所得の基因となる上場株式等の譲渡以外の株式等の譲渡がないときは、当該確定申告書を提出する場合における第二十五条の九第十三項において準用する第二十五条の八第十四項の規定の適用については、特定口座年間取引報告書又は法第三十七条の十一の三第九項本文の規定による提供を受けた当該特定口座年間取引報告書に記載すべき事項を書面に出力したもの（二以上の特定口座を有する場合には、当該二以上の特定口座に係るこれらの書類及びその合計表（財務省令で定める事項を記載したものをいう。））の添付をもつて第二十五条の九第十三項において準用する第二十五条の八第十四項に規定する明細書の添付に代えることができる。
８
国税通則法施行令第三十条の三の規定は、法第三十七条の十一の三第十三項の規定により物件を留め置く場合について準用する。
（特定口座内保管上場株式等の譲渡による所得等に対する源泉徴収等の特例）
第二十五条の十の十一
特定口座を開設している居住者又は恒久的施設を有する非居住者でその年中に行われた当該特定口座に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡又は当該特定口座において処理された上場株式等の信用取引等に係る差金決済（法第三十七条の十一の四第一項に規定する差金決済をいう。以下この条及び第二十五条の十の十三において同じ。）により生ずる法第三十七条の十一の四第二項に規定する源泉徴収選択口座内調整所得金額に係る当該譲渡の対価又は当該差金決済に係る差益に相当する金額について同条第一項の規定の適用を受けようとするものは、当該特定口座が開設されている金融商品取引業者等の営業所の長に、その年最初に当該特定口座に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡をする時又は当該特定口座において処理された上場株式等の信用取引等につきその年最初に差金決済を行う時のうちいずれか早い時までに、特定口座源泉徴収選択届出書（同項に規定する特定口座源泉徴収選択届出書をいう。第十三項及び第十五項において同じ。）の提出（同条第一項に規定する提出をいう。第十三項及び第十五項において同じ。）をしなければならない。
２
法第三十七条の十一の四第一項に規定する政令で定める場合は次の各号に掲げる場合とし、同項に規定する政令で定める日は、当該各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める日とする。
一
その源泉徴収選択口座（法第三十七条の十一の四第一項に規定する源泉徴収選択口座をいう。以下第二十五条の十の十三までにおいて同じ。）が開設されている金融商品取引業者等の事業の譲渡により当該源泉徴収選択口座に関する事務がその譲渡を受けた金融商品取引業者等の営業所に移管された場合
当該譲渡の日の属する月の翌月十日
二
その源泉徴収選択口座が開設されている金融商品取引業者等の分割により当該源泉徴収選択口座に関する事務がその分割による資産及び負債の移転を受けた金融商品取引業者等の営業所に移管された場合
当該分割の日の属する月の翌月十日
三
その源泉徴収選択口座が開設されている金融商品取引業者等が解散又は事業の廃止をした場合
当該解散又は廃止の日の属する月の翌月十日
四
その源泉徴収選択口座につき特定口座廃止届出書の提出があつた場合
当該提出があつた日の属する月の翌月十日
五
その源泉徴収選択口座につき特定口座開設者死亡届出書の提出があつた場合
当該提出があつた日の属する月の翌月十日
３
法第三十七条の十一の四第二項第一号イに規定する特定口座内保管上場株式等の譲渡に係る収入金額として政令で定める金額は、その譲渡をした特定口座内保管上場株式等の当該譲渡に係る収入金額のうち当該特定口座内保管上場株式等に係る源泉徴収選択口座において処理された金額（財務省令で定めるものを除く。）とする。
４
法第三十七条の十一の四第二項第一号イに規定する譲渡をした特定口座内保管上場株式等の取得に要した金額及びその譲渡に要した費用の金額として政令で定める金額は、その譲渡につき前項に規定する金額がある場合における次に掲げる金額の合計額とする。
一
その譲渡をした特定口座内保管上場株式等の取得に要した金額その他の当該特定口座内保管上場株式等につき当該特定口座内保管上場株式等に係る源泉徴収選択口座において処理された金額又は事項を基礎として所得税法施行令第二編第一章第四節第三款及び第百六十七条の七第四項から第七項までの規定並びに第二十五条の十二の四第四項の規定（これらの規定を第二十五条の十の二第一項後段の規定により適用する場合を含む。）に準じて計算した場合に算出される当該特定口座内保管上場株式等の売上原価の額又は取得費の額に相当する金額
二
その譲渡をした特定口座内保管上場株式等の当該譲渡に係る委託手数料その他当該譲渡に要した費用の額のうち当該特定口座内保管上場株式等に係る源泉徴収選択口座において処理された金額
５
法第三十七条の十一の四第二項第一号ロに規定する差益の金額として政令で定める金額は、源泉徴収選択口座において差金決済が行われた信用取引等に係る第一号に掲げる金額から当該信用取引等に係る第二号に掲げる金額を控除した残額とし、同項第一号ロに規定する差損の金額として政令で定める金額は、当該信用取引等に係る第二号に掲げる金額から当該信用取引等に係る第一号に掲げる金額を控除した残額とする。
一
その信用取引等による上場株式等の譲渡又はその信用取引等の決済のために行う上場株式等の譲渡に係る収入金額のうち当該源泉徴収選択口座において処理された金額
二
次に掲げる金額のうち当該源泉徴収選択口座において処理された金額の合計額
イ
前号の信用取引等に係る上場株式等の買付けにおいて当該上場株式等を取得するために要した金額
ロ
イの上場株式等の買付けのために前号の源泉徴収選択口座を開設する金融商品取引業者等から借り入れた借入金につき支払つた利子の額
ハ
イ及びロに掲げるもののほか、当該信用取引等に係る上場株式等の譲渡のために要した委託手数料、管理費その他当該信用取引等を行うことに伴い直接要した費用の額
６
法第三十七条の十一の四第三項に規定する政令で定める場合は次の各号に掲げる場合とし、同項に規定する政令で定める日は、当該各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める日とする。
一
その源泉徴収選択口座が開設されている金融商品取引業者等が解散又は事業の廃止をした場合
当該解散又は廃止の日
二
その源泉徴収選択口座につき特定口座廃止届出書の提出があつた場合
当該提出があつた日
三
その源泉徴収選択口座につき特定口座開設者死亡届出書の提出があつた場合
当該提出があつた日
７
法第三十七条の十一の四第一項の特定口座内保管上場株式等の譲渡の対価又は上場株式等の信用取引等の差金決済に係る差益に相当する金額の支払をする金融商品取引業者等は、同項の規定により徴収した所得税を納付する場合には、その納付の際、国税通則法第三十四条第一項に規定する納付書に財務省令で定める計算書を添付しなければならない。
８
法第三十七条の十一の四第一項の規定により徴収して納付すべき所得税の納税地は、同項の源泉徴収選択口座に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡の対価又は当該源泉徴収選択口座において処理された上場株式等の信用取引等の差金決済に係る差益に相当する金額の支払をする金融商品取引業者等の営業所の所在地とする。
９
法第三十七条の十一の四第三項の金融商品取引業者等が同項の規定による所得税の還付をする場合には、その還付すべき金額に相当する金額は、次に掲げる金額から控除するものとする。
一
当該金融商品取引業者等が法第三十七条の十一の四第一項の規定によりその年において源泉徴収選択口座に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡の対価又は源泉徴収選択口座において処理された上場株式等の信用取引等の差金決済に係る差益に相当する金額から徴収し、同項に規定するその徴収の日の属する年の翌年一月十日までに納付すべき金額
二
当該金融商品取引業者等が法第三条の三第三項（同条第一項に規定する国外一般公社債等の利子等に係る部分を除く。）、第八条の三第三項（同条第二項第二号に係る部分に限る。）、第九条の二第二項又は第九条の三の二第一項の規定によりその年において法第三十七条の十一の六第一項に規定する源泉徴収選択口座内配当等から徴収し、同条第五項に規定する徴収の日の属する年の翌年一月十日までに納付すべき金額
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前項の規定を適用する場合において、同項の金融商品取引業者等が同項の規定により控除することができない金額があるときは、同項各号に掲げる金額に係る所得税の所得税法第十七条の規定による納税地（同法第十八条第二項の規定による指定があつた場合には、その指定をされた納税地）の所轄税務署長は、当該控除することができない金額に相当する金額を当該金融商品取引業者等に還付する。
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