改正法附則第二十条第十三項、第十六項及び第十九項に規定する政令で定める場合は、これらの規定に規定する法人がそれぞれこれらの規定に規定する適格分割、適格現物出資又は適格事後設立（以下この条において「適格分割等」という。）によりそれぞれこれらの規定に規定する分割承継法人、被現物出資法人又は被事後設立法人に次に掲げる要件を満たす減価償却資産を移転した場合とする。
一
当該減価償却資産が特定資産（平成六年四月一日以後に開始した各事業年度（以下この項において「準備金積立事業年度」という。）において旧法第五十二条の三第一項若しくは第二項又は改正法附則第二十条第二項、第七項若しくは第八項の規定により積み立てた特別償却準備金の金額の対象となった減価償却資産をいう。次項において同じ。）に該当するものであること。
二
当該減価償却資産に係る特別償却準備金の金額が準備金積立事業年度において積み立てた特別償却準備金の金額を基礎として合理的な方法により計算されるものであること。
２
改正法附則第二十条第十三項、第十六項及び第十九項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、適格分割等の直前における特別償却準備金の金額のうち当該適格分割等により移転することとなった各特定資産に係る特別償却準備金の金額を前項第二号に規定する合理的な方法により計算した場合における当該計算した金額の合計額とする。
３
改正法附則第二十条第十三項、第十六項及び第十九項の規定は、これらの規定に規定する法人（適格分割等により減価償却資産の全部を移転するもの及び同条第七項又は第八項の特別償却準備金の金額のみを引き継ぐこととなるものを除く。）が当該適格分割等の日以後二月以内に当該適格分割等により引き継ぐ特別償却準備金の金額その他の財務省令で定める事項を記載した書類を納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。
４
改正法附則第二十条の規定の適用がある場合における法人税法施行令（昭和四十年政令第九十七号）第二十二条の規定の適用については、同条第一項第一号ロ中「の規定」とあるのは、「及び租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十三年法律第七号）附則第二十条（準備金方式による特別償却に関する経過措置）の規定」とする。
５
改正法附則第二十条の規定の適用がある場合における租税特別措置法施行令第三十九条の十三第五項の規定の適用については、同項第一号中「の規定」とあるのは、「及び租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十三年法律第七号）附則第二十条の規定」とする。
（法人の準備金に関する経過措置）
第十六条
改正法附則第二十一条第二項に規定する法人が、同項の規定により読み替えて適用される旧法第五十六条の三の規定の適用を受ける場合における旧令第三十二条の十一の規定の適用については、同条第一項中「による譲渡」とあるのは「による譲渡及び法人税法第二条第十二号の六に規定する事後設立」と、同条第六項中「第三十二条の四第三項及び第四項」とあるのは「第三十二条の四第四項及び第五項」と、「第三十二条の四第四項第一号」とあるのは「第三十二条の四第五項中「適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格事後設立により認定法人の株式等を移転した」とあるのは「当該法人を被合併法人とする適格合併（法人税法第二条第十二号の八に規定する適格合併をいう。）が行われた」と、「又は分割型分割の日」とあるのは「の日」と、同項第一号」と、「とあるのは、」とあるのは「とあるのは」と、「有しないこととなつた場合」と」とあるのは「有しないこととなつた場合」と、同項第二号中「合併又は分割型分割により合併法人又は分割承継法人に認定法人の株式等の全部を移転した」とあるのは「当該法人を被合併法人とする合併が行われた」と、「その合併又は分割型分割」とあるのは「その合併」と」とする。
２
改正法附則第二十一条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十六条の三第二項から第六項まで及び第八項の規定に基づく旧令第三十二条の十一第四項から第六項までの規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同項中「第三十二条の四第三項及び第四項」とあるのは「第三十二条の四第四項及び第五項」と、「第三十二条の四第四項第一号」とあるのは「第三十二条の四第五項中「適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格事後設立により認定法人の株式等を移転した」とあるのは「当該法人を被合併法人とする適格合併（法人税法第二条第十二号の八に規定する適格合併をいう。）が行われた」と、「又は分割型分割の日」とあるのは「の日」と、同項第一号」と、「とあるのは、」とあるのは「とあるのは」と、「有しないこととなつた場合」と」とあるのは「有しないこととなつた場合」と、同項第二号中「合併又は分割型分割により合併法人又は分割承継法人に認定法人の株式等の全部を移転した」とあるのは「当該法人を被合併法人とする合併が行われた」と、「その合併又は分割型分割」とあるのは「その合併」と」とする。
３
改正法附則第二十一条第六項に規定する法人が、同項の規定により読み替えて適用される旧法第五十七条の規定の適用を受ける場合における旧令第三十三条の規定の適用については、同条第十八項中「第三十二条の四第三項及び第四項」とあるのは「第三十二条の四第四項及び第五項」と、「第三十二条の四第四項第一号」とあるのは「第三十二条の四第五項中「適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格事後設立により認定法人の株式等を移転した」とあるのは「当該法人を被合併法人とする適格合併が行われた場合」と、同項第一号」と、「「当該解散又は廃止の日」」とあるのは「「その解散又は廃止の日」と、同項第二号中「合併又は分割型分割により合併法人又は分割承継法人に認定法人の株式等の全部を移転した」とあるのは「当該法人を被合併法人とする適格合併が行われた場合」」とする。
（農用地等を取得した場合の課税の特例に関する経過措置）
第十七条
新令第三十七条の三第二項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第六十一条の三第一項に規定する特定農業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第六十一条の三第一項に規定する特定農業用機械等については、なお従前の例による。
（土地の譲渡等がある場合の特別税率に関する経過措置）
第十八条
新令第三十八条の四第二十九項第一号（新令第三十八条の五第二十三項において準用する場合を含む。）の規定は、法人が平成十三年四月一日以後に行われる同号に規定する適格合併等により移転を受ける同号に規定する土地等について適用し、法人が同日前に行われた旧令第三十八条の四第二十九項第一号又は第三号（旧令第三十八条の五第二十三項において準用する場合を含む。）に規定する合併又は特定出資により受け入れたこれらの規定に規定する土地等については、なお従前の例による。
２
新令第三十八条の五第一項第二号イ（２）の規定は、法人が平成十三年四月一日以後に行われる同号イ（２）に規定する適格合併等により取得する同号の株式又は出資について適用し、法人が同日前に行われた合併により取得した旧令第三十八条の五第一項第二号の株式又は出資については、なお従前の例による。
（法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
第十九条
新令第三十九条の五第二十二項の規定は、法人が環境事業団法改正法の施行の日以後に行う新法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
２
新令第三十九条の七第六項及び第七項の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十五条の七第一項の表の第七号の上欄及び同表の第九号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧法第六十五条の七第一項の表の第七号の上欄及び同表の第九号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
３
新令第三十九条の七第三十五項第一号の規定は、法人が平成十三年四月一日以後に行われる同号に規定する適格合併等により移転を受ける同号に掲げる資産について適用し、法人が同日前に行われた旧令第三十九条の七第三十六項第一号又は第三号に規定する合併又は特定出資により受け入れた同項第一号又は第三号に掲げる資産については、なお従前の例による。
（特定の基金に対する負担金等の損金算入の特例に関する経過措置）
第二十条
法人が施行日前に支出した旧令第三十九条の二十二第三項第十五号に掲げる業務に係る基金に充てるための負担金については、なお従前の例による。
２
新令第三十九条の二十二第三項第十九号の規定は、法人が環境事業団法改正法の施行の日以後に支出する新法第六十六条の十一第一項に規定する負担金について適用する。
（欠損金の繰越期間の特例に関する経過措置）
第二十一条