前項の規定の適用を受けようとする同項の証券業者は、同項の規定に該当することとなった旨を記載した書面に、当該証券業者に開設されている改正法附則第七十九条第四項の特定口座ごとの同項第一号に規定する徴収をした、又は徴収をすべき所得税の額の合計額、還付をした、又は還付をすべき所得税の額の合計額、同項第二号に掲げる金額及び超過額に相当する金額並びに当該超過額のうち第一項の規定により控除した金額の合計額その他必要な事項を記載した明細書を添付して、これを前項の税務署長に提出しなければならない。
４
第二項の規定による還付金について国税通則法（昭和三十七年法律第六十六号）第五十八条第一項に規定する還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる同項の期間は、前項の書面が提出された日の翌日以後一月を経過した日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当する日（同日前に充当をするのに適することとなった日がある場合には、その適することとなった日）までの期間とする。
５
第二項の規定による還付金は、国税収納金整理資金に関する法律施行令の規定の適用については、同令第二条第十五号に掲げる還付金とみなす。
（公益法人に対する寄附財産の譲渡所得等の非課税のための手続等に関する経過措置）
第十六条
新令第二十五条の十七の規定は、施行日以後にされる新法第四十条第一項後段に規定する財産の贈与又は遺贈について適用し、施行日前にされた旧法第四十条第一項後段に規定する財産の贈与又は遺贈については、なお従前の例による。
（居住者の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
第十七条
新令第二十五条の二十第一項、第二項及び第七項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の新法第四十条の四第一項に規定する未処分所得の金額の計算について適用し、旧令第二十五条の二十第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の旧法第四十条の四第一項に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。
２
新令第二十五条の二十二第一項及び第二項の規定は、新法第四十条の四第三項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の同項に規定する適用対象留保金額について同項の規定を適用する場合について適用し、旧法第四十条の四第三項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の同項に規定する適用対象留保金額について同項の規定を適用する場合については、なお従前の例による。
（先物取引の差金等決済をする者の告知等に関する経過措置）
第十八条
新令第二十六条の二十四第二項第二号の規定は、平成十六年一月一日以後に行う新法第四十一条の十四第一項第二号に規定する有価証券先物取引等に係る同項に規定する差金等決済について適用する。
（法人税の特例に関する経過措置の原則）
第十九条
新令第三章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（試験研究費の額が増加した場合等の法人税額の特別控除に関する経過措置）
第二十条
法人が施行日前に支出した旧令第二十七条の四第三項第五号、第六号及び第八号に規定する負担金については、なお従前の例による。
２
法人の平成十五年一月一日から平成十五年三月三十一日までの間に開始する事業年度（施行日以後に終了する事業年度に限る。）に支出した旧令第二十七条の四第五項第一号に掲げる試験研究に係る同条第六項第一号に掲げる試験研究費の額については、同条第五項（第一号に係る部分に限る。）及び同条第六項（同条第五項第一号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。
（法人の減価償却に関する経過措置）
第二十一条
新令第二十八条第一項第一号及び第四号の規定は、法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする新法第四十三条第一項の表の第一号に掲げる減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十三条第一項の表の第一号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
２
新令第二十八条の三第一項の規定は、法人が施行日以後に取得又は建設をする新法第四十三条の三第一項に規定する特定中核的民間施設について適用し、法人が施行日前に取得又は建設をした旧法第四十三条の三第一項に規定する特定中核的民間施設については、なお従前の例による。
３
新令第二十八条の三第五項及び第六項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第四十三条の三第二項に規定する保全事業等資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十三条の三第二項に規定する保全事業等資産については、なお従前の例による。
４
法人が施行日前に旧令第二十八条の四第二号から第五号までに掲げる地域又は区域において取得等をした旧法第四十四条第一項に規定する地震防災対策用資産については、なお従前の例による。
５
改正法附則第九十六条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十四条の四第二項の規定に基づく旧令第二十八条の七第五項の規定は、なおその効力を有する。
６
新令第二十八条の十第一項及び第二項第二号の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第四十四条の七第一項の表の第一号及び第二号に掲げる減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十四条の七第一項の表の第一号及び第二号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
７
新令第二十八条の十二第五項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第四十四条の九第一項に規定する再商品化設備等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十四条の九第一項に規定する再商品化設備等については、なお従前の例による。
８
新令第二十八条の十四第二項、第八項及び第九項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第四十五条第一項に規定する工業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十五条第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。
９
改正法附則第九十六条第十六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十六条の三（第一項第一号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第二十九条の三第一項から第十項までの規定は、なおその効力を有する。
１０
改正法附則第九十六条第十八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条（第三項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第二十九条の四第七項及び第十二項の規定は、なおその効力を有する。
１１
新令第二十九条の五第三項の規定は、法人が施行日以後に取得又は新築をする新法第四十七条の二第三項第二号に掲げる建築物について適用し、法人が施行日前に取得又は新築をした旧法第四十七条の二第三項第二号に掲げる建築物については、なお従前の例による。
１２
改正法附則第九十六条第二十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条の二の規定に基づく旧令第二十九条の五の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第十一項中「法第六十八条の三十五第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）附則第百十五条第二十項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の三十五第一項」と、「第三十九条の六十四第三項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十五年政令第百三十九号）附則第三十二条第十一項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令第三十九条の六十四第三項」とする。
（法人の準備金に関する経過措置）
第二十二条
改正法附則第九十七条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十七条の規定に基づく旧令第三十三条の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第十九項中「第三十九条の七十九第十六項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十五年政令第百三十九号）による改正前の租税特別措置法施行令（第二十一項において「旧令」という。）第三十九条の七十九第十六項」と、同条第二十項中「法第六十八条の五十一第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）第十二条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の五十一第一項」と、「法第五十七条第三項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）附則第九十七条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法第五十七条第三項」と、同条第二十一項中「第三十九条の七十九第十六項」とあるのは「旧令第三十九条の七十九第十六項」とする。
（法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
第二十三条
新令第三十九条第十四項の規定は、法人が施行日以後に新法第六十四条第二項に規定する補償金を取得する場合について適用し、法人が施行日前に旧法第六十四条第二項に規定する補償金を取得した場合については、なお従前の例による。
２