新令第二十七条の四第九項の規定の適用を受ける法人（租税特別措置法第二条第二項第二号に規定する人格のない社団等を含む。以下この条において同じ。）の新令第二十七条の四第九項の分割等（分割等（分割又は現物出資をいう。以下この項において同じ。）に係る分割承継法人等（同法第二条第二項第六号に規定する分割承継法人又は同項第八号に規定する被現物出資法人をいう。以下この項及び附則第十三条第一項において同じ。）の新令第二十七条の四第六項に規定する設立の日から当該分割等の日の前日までの期間に係る試験研究費の額（新法第四十二条の四第一項又は第六十八条の九第一項に規定する試験研究費の額をいう。以下この項及び附則第十三条第一項において同じ。）が零である場合における当該分割等又は法人を設立する分割等（以下この条及び附則第十三条において「特定分割等」という。）のうち、当該特定分割等により分割承継法人等に移転する事業に係る試験研究費の額（施行日以後最初に開始する事業年度開始の日前三年以内の期間に係るものに限る。）が零であるものに限るものとし、改正令附則第十七条第一項の規定の適用に係るものを除く。）が施行日以後最初に開始する事業年度開始の日前に行われたものである場合における新規則第二十条第三項から第八項までの規定の適用については、同条第三項中「二月以内」とあるのは、「二月以内（平成三十一年四月一日以後最初に開始する事業年度開始の日前に行われた分割等にあつては、当該開始の日以後六月以内。第八項において同じ。）」とする。
２
新令第二十七条の四第二十四項の規定の適用を受ける法人の同項の分割等（特定分割等に限るものとし、改正令附則第十七条第二項の規定の適用に係るものを除く。）が施行日以後最初に開始する事業年度開始の日前に行われたものである場合における新規則第二十条第二十九項から第三十四項までの規定の適用については、同条第二十九項中「二月以内」とあるのは、「二月以内（平成三十一年四月一日以後最初に開始する事業年度開始の日前に行われた分割等にあつては、当該開始の日以後六月以内。第三十四項において同じ。）」とする。
（法人の特定都市再生建築物等の割増償却に関する経過措置）
第十条
改正令附則第二十条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十九条の五の規定に基づく旧規則第二十条の二十一の規定は、なおその効力を有する。
（新事業開拓事業者投資損失準備金に関する経過措置）
第十一条
改正法附則第五十三条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十五条の二の規定及び改正令附則第二十一条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第三十二条の三の規定に基づく旧規則第二十一条の二の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第一項中「経済産業省関係産業競争力強化法施行規則」とあるのは「経済産業省関係産業競争力強化法施行規則の一部を改正する省令（平成三十一年経済産業省令第三十九号）による改正前の経済産業省関係産業競争力強化法施行規則」と、同条第二項中「経済産業省関係産業競争力強化法施行規則」とあるのは「新たな事業の創出及び産業への投資を促進するための産業競争力強化法等の一部を改正する法律の施行に伴う経済産業省関係省令の整備に関する省令（令和六年経済産業省令第五十五号。第四項において「令和六年改正省令」という。）第三条の規定による改正前の経済産業省関係産業競争力強化法施行規則（以下この項及び第四項において「令和六年旧規則」という。）」と、「同令」とあるのは「令和六年旧規則」と、同条第三項第二号中「連結子法人」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）第十六条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この条において「令和二年旧措置法」という。）第二条第二項第十号の五に規定する連結子法人」と、同条第四項中「経済産業省関係産業競争力強化法施行規則」とあるのは「令和六年改正省令附則第二条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における令和六年旧規則」と、同項第一号中「第二条第五項」とあるのは「第二条第六項」と、同項第三号イ（２）中「が連結事業年度」とあるのは「が令和二年旧措置法第二条第二項第十九号に規定する連結事業年度（以下この条において「連結事業年度」という。）」とする。
（内国法人の外国関係会社に係る所得の課税の特例等に関する経過措置）
第十二条
新規則第二十二条の十一第三十四項及び第三十五項の規定は、新法第六十六条の六第二項第一号に規定する外国関係会社の施行日以後に開始する事業年度に係る同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額について適用し、旧法第六十六条の六第二項第一号に規定する外国関係会社の施行日前に開始した事業年度に係る同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額については、なお従前の例による。
２
新規則第二十二条の十一第四十三項の規定は、新法第六十六条の六第十一項に規定する内国法人の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する書類（当該内国法人に係る同条第二項第一号に規定する外国関係会社の平成三十年四月一日以後に開始した事業年度に係るものに限る。）について適用し、旧法第六十六条の六第十一項に規定する内国法人の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する書類については、なお従前の例による。
３
新規則第二十二条の十一の二第十四項の規定は、新法第六十六条の九の二第十一項に規定する内国法人の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する書類（当該内国法人に係る同条第一項に規定する外国関係法人の平成三十年四月一日以後に開始した事業年度に係るものに限る。）について適用し、旧法第六十六条の九の二第十一項に規定する内国法人の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する書類については、なお従前の例による。
（連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
第十三条
新令第三十九条の三十九第八項の規定の適用を受ける連結親法人（租税特別措置法第二条第二項第十号の四に規定する連結親法人をいう。以下この条において同じ。）又は当該連結親法人による連結完全支配関係（同法第二条第二項第十号の七に規定する連結完全支配関係をいう。次項において同じ。）にある連結子法人（同法第二条第二項第十号の五に規定する連結子法人をいう。次項において同じ。）の新令第三十九条の三十九第八項の分割等（特定分割等のうち当該特定分割等により分割承継法人等に移転する事業に係る試験研究費の額（施行日以後最初に開始する法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度開始の日前三年以内の期間に係るものに限る。）が零であるものに限るものとし、改正令附則第二十九条第一項の規定の適用に係るものを除く。）が同日前に行われたものである場合における新規則第二十二条の二十三第三項から第八項までの規定の適用については、同条第三項中「二月以内」とあるのは、「二月以内（平成三十一年四月一日以後最初に開始する法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度開始の日前に行われた分割等にあつては、当該開始の日以後六月以内。第八項において同じ。）」とする。
２
新令第三十九条の三十九第二十三項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同項の分割等（特定分割等に限るものとし、改正令附則第二十九条第二項の規定の適用に係るものを除く。）が施行日以後最初に開始する法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度開始の日前に行われたものである場合における新規則第二十二条の二十三第二十九項から第三十四項までの規定の適用については、同条第二十九項中「二月以内」とあるのは、「二月以内（平成三十一年四月一日以後最初に開始する法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度開始の日前に行われた分割等にあつては、当該開始の日以後六月以内。第三十四項において同じ。）」とする。
（連結法人の特定都市再生建築物等の割増償却に関する経過措置）
第十四条
改正令附則第三十一条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第三十九条の六十四の規定に基づく旧規則第二十二条の四十二の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第二項第一号中「第二十条の二十一第二項第一号イ」とあるのは「租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（平成三十一年財務省令第十四号）附則第十条の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行規則（次号において「旧効力措置法施行規則」という。）第二十条の二十一第二項第一号イ」と、同項第二号中「第二十条の二十一第二項第二号」とあるのは「旧効力措置法施行規則第二十条の二十一第二項第二号」とする。
（連結法人の新事業開拓事業者投資損失準備金に関する経過措置）
第十五条
改正法附則第七十条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の四十三の二の規定及び改正令附則第三十二条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第三十九条の七十二の二の規定に基づく旧規則第二十二条の四十六の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第一項中「経済産業省関係産業競争力強化法施行規則」とあるのは「経済産業省関係産業競争力強化法施行規則の一部を改正する省令（平成三十一年経済産業省令第三十九号）による改正前の経済産業省関係産業競争力強化法施行規則」と、同条第四項第一号中「第二条第五項」とあるのは「第二条第六項」とする。