この場合において、同項中「法第六十八条の二十七第二項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第百十五条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の二十七第二項」と、「第三十九条の五十六第七項」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百四十五号）附則第三十一条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令第三十九条の五十六第七項」とする。
（沖縄の認定法人の所得の特別控除に関する経過措置）
第二十一条
改正法附則第八十六条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十条（第一項の表の第三号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十六条の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第二項第三号中「沖縄振興特別措置法施行令」とあるのは、「沖縄振興特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百三十六号）による改正前の沖縄振興特別措置法施行令」とする。
２
改正法附則第八十六条第五項の規定の適用がある場合における新令第三十九条の十三の二第一項、第三十九条の三十一第四項及び第三十九条の三十二第一項の規定の適用については、これらの規定中「第百十二条第十四項」とあるのは、「第百十二条第十四項並びに所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第八十六条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第六十条第一項」とする。
３
改正法附則第八十六条第五項の規定の適用がある場合における法人税法施行令（昭和四十年政令第九十七号）第七十三条第二項及び第七十七条の二第二項の規定の適用については、これらの規定中「規定を適用しないで」とあるのは、「規定及び所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第八十六条第五項（沖縄の認定法人の所得の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第六十条第一項（沖縄の認定法人の所得の特別控除）の規定を適用しないで」とする。
（使途秘匿金の支出がある場合の課税の特例に関する経過措置）
第二十二条
外国法人の平成二十八年四月一日前に開始した事業年度において旧法第六十二条第一項の規定の適用がある場合における改正法附則第三十三条第二項の規定の適用については、同項の表第一項第一号の項中「加算した金額」とあるのは、「加算した金額とし、租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第六十二条第一項（使途秘匿金の支出がある場合の課税の特例）の規定により加算された金額がある場合には、当該金額を控除した金額」とする。
（法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
第二十三条
新令第三十九条の六第二項の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十五条の五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧法第六十五条の五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
２
農業の構造改革を推進するための農業経営基盤強化促進法等の一部を改正する等の法律（平成二十五年法律第百二号）附則第三条の規定によりなお従前の例により同条に規定する旧農地保有合理化法人（以下この項において「旧農地保有合理化法人」という。）が新たに行う同条に規定する旧農地保有合理化事業（同法附則第二条第一項に規定する旧基盤強化法第四条第二項第一号に掲げる事業に限る。）のために、法人が旧農地保有合理化法人に対して行う新法第六十五条の五第一項に規定する土地等の譲渡については、旧令第三十九条の六第二項の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同項中「農業経営基盤強化促進法第八条第一項に規定する農地保有合理化法人又は同法第十一条の十二に規定する農地利用集積円滑化団体（当該農地保有合理化法人又は農地利用集積円滑化団体が一般社団法人又は一般財団法人である場合には、」とあるのは「農業の構造改革を推進するための農業経営基盤強化促進法等の一部を改正する等の法律（平成二十五年法律第百二号）附則第三条に規定する旧農地保有合理化法人（」と、「同法第四条第二項第一号又は第三項第一号ロに掲げる農地売買等事業」とあるのは「同条に規定する旧農地保有合理化事業（同法附則第二条第一項に規定する旧基盤強化法第四条第二項第一号に掲げる事業に限る。）」とする。
３
新令第三十九条の七第五項及び第九項の規定は、法人が施行日以後に新法第六十五条の七第一項の表の第六号又は第十号の上欄に掲げる資産の譲渡をして、施行日以後にこれらの号の下欄に掲げる資産の取得をする場合の当該資産及び当該資産に係る新法第六十五条の八第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定について適用し、法人が施行日前に旧法第六十五条の七第一項の表の第六号又は第十号の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合における施行日前に取得をしたこれらの号の下欄に掲げる資産又は施行日以後に取得をするこれらの号の下欄に掲げる資産及びこれらの資産に係る旧法第六十五条の八第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定並びに法人が施行日以後にこれらの号の上欄に掲げる資産の譲渡をする場合における施行日前に取得をしたこれらの号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。
４
改正法附則第九十条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十五条の七から第六十五条の九まで（旧法第六十五条の七第一項の表の第八号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の七第一項、第七項、第十項、第十四項から第二十一項まで、第二十三項、第二十四項、第二十八項、第二十九項及び第三十一項から第四十七項までの規定は、なおその効力を有する。
この場合において、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
第十五項
とき（第三十九条の百六第九項前段
とき（租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百四十五号）附則第三十三条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令（以下この条において「旧効力連結措置法施行令」という。）第三十九条の百六第九項前段
事業年度（第三十九条の百六第九項前段
事業年度（旧効力連結措置法施行令第三十九条の百六第九項前段
第十八項
第三十九条の百六第十二項前段
旧効力連結措置法施行令第三十九条の百六第十二項前段
第二十三項
第六十八条の七十八第八項
所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第百二十二条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この条において「旧効力連結措置法」という。）第六十八条の七十八第八項
第二十四項
法第六十八条の七十八第八項
旧効力連結措置法第六十八条の七十八第八項
第三十四項第二号及び第四号
法第六十八条の七十九第五項
旧効力連結措置法第六十八条の七十九第五項
第三十七項
法第六十八条の七十八第一項に規定する
旧効力連結措置法第六十八条の七十八第一項に規定する
法第六十八条の七十九第八項
旧効力連結措置法第六十八条の七十九第八項
第三十八項
又は第六十八条の七十九第五項
又は旧効力連結措置法第六十八条の七十九第五項
法第六十八条の七十九第五項
旧効力連結措置法第六十八条の七十九第五項
法第六十八条の七十九第八項
旧効力連結措置法第六十八条の七十九第八項
第四十三項
、法第六十八条の七十八第一項
、旧効力連結措置法第六十八条の七十八第一項
法第六十八条の七十八第一項に規定する買換資産
旧効力連結措置法第六十八条の七十八第一項に規定する買換資産
第四十四項
第六十八条の七十九第五項
旧効力連結措置法第六十八条の七十九第五項
、法第六十八条の七十九第八項
、旧効力連結措置法第六十八条の七十九第八項
法第六十八条の七十八第一項に規定する買換資産
旧効力連結措置法第六十八条の七十八第一項に規定する買換資産
５
改正法附則第九十条第八項の規定の適用がある場合における租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十八年政令第百五十九号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行令（以下この項において「平成二十八年新令」という。）の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる平成二十八年新令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
第三十九条の九第一項第二号
又は
若しくは
の規定
又は所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第九十条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧効力措置法」という。）第六十五条の九の規定
第三十九条の九第二項第二号
又は
若しくは
の規定
又は旧効力措置法第六十五条の七第一項（旧効力措置法第六十五条の八第七項において準用する場合を含む。）若しくは旧効力措置法第六十五条の七第九項（旧効力措置法第六十五条の八第八項において準用する場合を含む。）の規定
第三十九条の二十八第二項第二号
）又は
）若しくは
の規定
又は旧効力措置法第六十五条の七第一項（旧効力措置法第六十五条の八第七項において準用する場合を含む。）の規定
第三十九条の二十八第二項第三号
）又は
）若しくは
の規定
又は旧効力措置法第六十五条の七第九項（旧効力措置法第六十五条の八第八項において準用する場合を含む。）の規定
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