前項の規定の適用を受けようとする金融商品取引業者等は、同項の規定に該当することとなつた旨を記載した書面に、当該金融商品取引業者等に開設されている源泉徴収選択口座ごとの第九項の規定により控除すべき金額及び当該金額の合計額のうち控除することができない部分の金額その他必要な事項を記載した明細書を添付して、これを前項の税務署長に提出しなければならない。
１２
第十項の規定による還付金について国税通則法第五十八条第一項に規定する還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる同項の期間は、前項の書面が提出された日の翌日以後一月を経過した日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当する日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。
１３
法第三十七条の十一の四第一項に規定する金融商品取引業者等は、同項又は同条第三項の規定による所得税の徴収又は還付をする場合には、財務省令で定めるところにより、これらの所得税の徴収及び還付につき、帳簿を備え、第一項の規定により特定口座源泉徴収選択届出書の提出をした居住者又は恒久的施設を有する非居住者の各人別に、同条第一項の規定により徴収した所得税の額、同条第三項の規定により還付をすべき所得税の額及び還付をした所得税の額並びにその還付の事績その他参考となるべき事項を明らかにし、かつ、当該特定口座源泉徴収選択届出書（電磁的方法により提供された当該特定口座源泉徴収選択届出書に記載すべき事項を記録した電磁的記録を含む。第十五項において同じ。）及び当該帳簿を保存しなければならない。
１４
第九項の規定により同項に規定する納付すべき金額から同項に規定する還付すべき金額に相当する金額の控除をした法第三十七条の十一の四第三項に規定する金融商品取引業者等は、第七項に規定する計算書に当該控除をした金額その他財務省令で定める事項を記載しなければならない。
１５
第二十五条の十の四第三項又は第二十五条の十の六に規定する特定口座に関する事務の全部が、これらの規定に規定する移管先の営業所に移管された場合には、当該移管された日以後においては、当該特定口座に係るこれらの規定に規定する移管前の営業所の長に提出がされた特定口座源泉徴収選択届出書は、当該移管先の営業所の長に提出がされたものとみなす。
（確定申告を要しない上場株式等の譲渡による所得）
第二十五条の十の十二
法第三十七条の十一の五第一項の規定の適用を受ける場合における所得税法第二条第一項第三十号から第三十四号の四まで並びに第百二十一条第一項及び第三項の規定の適用については、法第三十七条の十一第六項において準用する法第三十七条の十第六項第一号の規定及び第二十五条の九第十三項において準用する第二十五条の八第十五項の規定にかかわらず、次に定めるところによる。
一
所得税法第二条第一項第三十号から第三十四号の四までの規定の適用については、同項第三十号中「山林所得金額」とあるのは、「山林所得金額並びに租税特別措置法第三十七条の十一第一項（上場株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）に規定する上場株式等に係る譲渡所得等の金額（同法第三十七条の十一の五第一項（確定申告を要しない上場株式等の譲渡による所得）の規定の適用を受ける場合には、同項各号に掲げる金額を除外した金額）」とする。
二
所得税法第百二十一条第一項の規定の適用については、同項中「課税総所得金額」とあるのは「課税総所得金額、租税特別措置法第三十七条の十一第一項（上場株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）に規定する上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額」と、「同項」とあるのは「前条第一項」と、「合計額（」とあるのは「合計額（租税特別措置法第三十七条の十一の五第一項（確定申告を要しない上場株式等の譲渡による所得）の規定の適用を受ける同項各号に掲げる金額を除く。」とする。
三
所得税法第百二十一条第三項の規定の適用については、同項中「合計額」とあるのは「合計額（租税特別措置法第三十七条の十一の五第一項（確定申告を要しない上場株式等の譲渡による所得）の規定の適用を受ける同項各号に掲げる金額を除く。）」と、「課税総所得金額」とあるのは「課税総所得金額、租税特別措置法第三十七条の十一第一項（上場株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）に規定する上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額」と、「同項」とあるのは「前条第一項」とする。
（源泉徴収選択口座内配当等に係る所得計算及び源泉徴収等の特例）
第二十五条の十の十三
法第三十七条の十一の六第一項に規定する源泉徴収選択口座内配当等（以下この条において「源泉徴収選択口座内配当等」という。）に係る利子所得の金額及び配当所得の金額の計算は、同項の居住者又は恒久的施設を有する非居住者が有するそれぞれの源泉徴収選択口座ごとに、当該源泉徴収選択口座において有する源泉徴収選択口座内配当等に係る利子所得の金額及び配当所得の金額と当該源泉徴収選択口座内配当等以外の利子等（所得税法第二十三条第一項に規定する利子等をいう。第八項において同じ。）及び配当等（所得税法第二十四条第一項に規定する配当等をいう。以下この項及び第八項において同じ。）に係る利子所得の金額及び配当所得の金額とを区分して、当該源泉徴収選択口座内配当等に係る利子所得の金額及び配当所得の金額を計算することにより行うものとする。
この場合において、配当等の交付を受けた日又は支払の確定した日（無記名株式等の剰余金の配当又は無記名の投資信託若しくは特定受益証券発行信託の受益証券に係る収益の分配については、その支払を受けた日）の属する年分の配当所得の金額の計算上所得税法第二十四条第二項（法第三十七条の十第六項第二号（法第三十七条の十一第六項において準用する場合を含む。）の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定により控除する所得税法第二十四条第二項に規定する負債の利子（以下この項において「負債の利子」という。）の額のうちに当該それぞれの源泉徴収選択口座において有する源泉徴収選択口座内配当等に係る配当所得と当該源泉徴収選択口座内配当等以外の配当等に係る配当所得の双方の配当所得を生ずべき法第三十七条の十第二項に規定する株式等（以下この項において「株式等」という。）を取得するために要した金額（以下この項において「共通負債利子の額」という。）があるときは、当該共通負債利子の額は、これらの配当所得を生ずべき株式等の取得に要した金額その他の合理的と認められる基準により当該源泉徴収選択口座内配当等に係る負債の利子の額と当該源泉徴収選択口座内配当等以外の配当等に係る負債の利子の額とに配分するものとする。
２
法第三十七条の十一の六第四項第二号に規定する特定上場株式配当等勘定（次項、第四項及び第六項において「特定上場株式配当等勘定」という。）が設けられた源泉徴収選択口座を開設している居住者又は恒久的施設を有する非居住者でその支払を受ける同条第一項に規定する上場株式等の配当等（以下この条において「上場株式等の配当等」という。）について同項の規定の適用を受けようとするものは、当該源泉徴収選択口座が開設されている金融商品取引業者等の営業所の長に対し、その上場株式等の配当等の支払の確定する日（無記名の公社債の利子、無記名株式等の剰余金の配当又は無記名の投資信託若しくは特定受益証券発行信託の受益証券に係る収益の分配については、その支払がされる日。第四項において同じ。）までに、源泉徴収選択口座内配当等受入開始届出書の提出（法第三十七条の十一の六第二項に規定する源泉徴収選択口座内配当等受入開始届出書の提出をいう。第四項及び第十六項において同じ。）をしなければならない。
３
法第三十七条の十一の六第三項に規定する政令で定める要件は、同項の金融商品取引業者等と同項の居住者又は恒久的施設を有する非居住者との間で締結された同条第四項第一号に規定する上場株式配当等受領委任契約において特定上場株式配当等勘定に受け入れることができることとされている上場株式等の配当等であることとする。
４
源泉徴収選択口座内配当等受入開始届出書の提出をしている居住者又は恒久的施設を有する非居住者が、その源泉徴収選択口座内配当等受入開始届出書の提出後、その源泉徴収選択口座内配当等受入開始届出書の提出を受けた金融商品取引業者等が支払の取扱いをする上場株式等の配当等につき法第三十七条の十一の六第一項の規定の適用を受けることをやめようとする場合には、その者は、特定口座廃止届出書の第二十五条の十の七第一項に規定する提出をする場合を除き、当該金融商品取引業者等の営業所の長に、その上場株式等の配当等の支払の確定する日までに、当該源泉徴収選択口座に設けられた特定上場株式配当等勘定への上場株式等の配当等の受入れをやめることを依頼する旨その他の財務省令で定める事項を記載した届出書（以下この条において「源泉徴収選択口座内配当等受入終了届出書」という。）の提出（当該源泉徴収選択口座内配当等受入終了届出書の提出に代えて行う電磁的方法による当該源泉徴収選択口座内配当等受入終了届出書に記載すべき事項の提供を含む。次項において同じ。）をしなければならない。
５