平成十七年四月一日から平成二十一年五月三十一日までの間に、前項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が同項の特定口座に特例上場株式等の保管の委託をしようとする場合には、当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者は、特例上場株式等を当該特定口座に保管の委託をする旨、保管の委託をする特例上場株式等の種類、銘柄、数その他財務省令で定める事項を記載した書類を当該特定口座が開設されている金融商品取引業者等の営業所の長に提出しなければならない。
３
特定口座への特例上場株式等の受入れ後に当該特例上場株式等と同一銘柄の新法第三十七条の十一の三第二項に規定する上場株式等の譲渡をした場合における譲渡による所得の金額の計算上総収入金額から控除すべき売上原価又は取得費の額の計算の基礎となる当該特例上場株式等の取得価額及び当該特例上場株式等の取得の日の判定については、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定めるところによる。
一
当該特例上場株式等の当該特定口座への受入れの際に、当該特定口座を開設している金融商品取引業者等の営業所の長が、前項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者から提出を受けた当該特例上場株式等の金融商品取引法（昭和二十三年法律第二十五号）第三十七条の四第一項の規定に基づき作成した書類その他の財務省令で定める書類により当該特例上場株式等の取得に要した金額及び取得の日の確認をした場合
当該確認がされた金額を基礎として所得税法施行令（昭和四十年政令第九十六号）第二編第一章第四節第三款第二目及び第百六十七条の七第三項から第五項までの規定に準じて計算した一単位当たりの取得価額に相当する金額を当該特例上場株式等の取得価額とし、当該確認がされた取得の日を当該特例上場株式等の取得の日とする。
二
当該特例上場株式等の当該特定口座への受入れの際に、当該特定口座を開設している金融商品取引業者等の営業所の長が、前項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者から提出を受けた当該特例上場株式等の株券又は投資証券の写しその他の財務省令で定める書類により当該特例上場株式等の取得の日の確認をした場合（前号に掲げる場合を除く。）
当該確認がされた取得の日における当該特例上場株式等の価額（新令第二十五条の十第二項各号に掲げる株式等の区分に応じ当該各号に定める金額に準じて算出した当該取得の日における金額をその一単位当たりの価額として計算した金額をいう。）に相当する金額を基礎として所得税法施行令第二編第一章第四節第三款第二目及び第百六十七条の七第三項から第五項までの規定に準じて計算した一単位当たりの取得価額に相当する金額を当該特例上場株式等の取得価額とし、当該確認がされた取得の日を当該特例上場株式等の取得の日とする。
４
特定口座において処理された特例上場株式等の前項に規定する売上原価又は取得費の額の計算の基礎となる取得価額及び取得の日が同項各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める取得価額及び取得の日と異なる場合には、当該特定口座を開設する金融商品取引業者等の営業所の所在地の所轄税務署長がその異なることについて当該営業所の長の責めに帰すべき理由があると認める場合を除き、当該特定口座において租税特別措置法第三十七条の十一の四第一項に規定する源泉徴収選択口座内調整所得金額又は同条第三項に規定する満たない部分の金額若しくは特定費用の金額として計算された金額は、当該特例上場株式等の前項各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める取得価額及び取得の日を基礎として計算されたものとみなす。
５
前項に規定する異なる場合において、その異なることにより所得税の負担を減少させる結果となるときは、当該特定口座に係る新法第三十七条の十一の五第一項各号に掲げる金額については、同条の規定は適用しない。
６
第二項の特例上場株式等の受入れに関する記録並びに当該記録及び当該受入れに関する書類の保存に関し必要な事項は、財務省令で定める。
（住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除に関する経過措置）
第十二条
新令第二十六条第二項の規定は、居住者が施行日以後に取得をする新法第四十一条第一項に規定する既存住宅について適用し、居住者が施行日前に取得をした旧法第四十一条第一項に規定する既存住宅については、なお従前の例による。
（外国仲介業者による通知に関する経過措置）
第十三条
新令第二十六条の十八の二第二項の規定は、同項に規定する顧客が施行日以後に同項に規定する特定振替国債等につき同項に規定する振替記載等を受ける場合について適用し、旧令第二十六条の十八の二第二項に規定する顧客が施行日前に同項に規定する振替記載等を受けた同項に規定する特定振替国債等については、なお従前の例による。
（先物取引の差金等決済をする者の告知等に関する経過措置）
第十四条
新令第二十六条の二十四第二項第三号の規定は、平成十七年七月一日以後に行う新法第四十一条の十四第一項第三号に規定する金融先物取引に係る同項に規定する差金等決済について適用する。
（法人税の特例に関する経過措置の原則）
第十五条
新令第三章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（試験研究費の額が増加した場合等の法人税額の特別控除に関する経過措置）
第十六条
法人が施行日前に支出した旧令第二十七条の四第九項第四号及び第五号に規定する負担金については、なお従前の例による。
２
新令第二十七条の四第十一項第二号の規定は、法人が施行日以後に交付を受ける同号に規定する助成金に係る同号に掲げる試験研究について適用し、法人が施行日前に交付を受けた旧令第二十七条の四第十一項第二号に規定する助成金に係る同号に掲げる試験研究については、なお従前の例による。
（事業基盤強化設備を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
第十七条
新令第二十七条の七第四項の規定は、法人が附則第一条第五号に定める日以後に取得若しくは製作又は賃借をする新法第四十二条の七第一項に規定する事業基盤強化設備について適用し、法人が同日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧法第四十二条の七第一項に規定する事業基盤強化設備については、なお従前の例による。
（法人の減価償却に関する経過措置）
第十八条
新令第二十八条の四第二項の規定は、法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする新法第四十四条第一項に規定する地震防災対策用資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十四条第一項に規定する地震防災対策用資産については、なお従前の例による。
２
法人が施行日から日本海溝・千島海溝周辺海溝型地震に係る地震防災対策の推進に関する特別措置法の施行の日の前日までの間に取得等をする新法第四十四条第一項に規定する地震防災対策用資産に係る新令第二十八条の四第二項の規定の適用については、同項中「次に掲げる区域」とあるのは、「次に掲げる区域（平成十七年四月一日から日本海溝・千島海溝周辺海溝型地震に係る地震防災対策の推進に関する特別措置法の施行の日の前日までの間にあつては、第一号又は第二号に掲げる区域）」とする。
３
新令第二十八条の十三第一項（第二号ロに係る部分に限る。）及び第四項の規定は、法人が同項の規定による指定の日以後に取得等をする新法第四十五条第一項の表の第二号の第三欄に掲げる減価償却資産について適用し、法人が同日前に取得等をした旧法第四十五条第一項の表の第二号の第三欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
４
法人が施行日前に取得又は製作をした旧令第二十八条の十四第二項に規定する救急医療用の機械及び装置並びに器具及び備品については、なお従前の例による。
５
改正法附則第三十三条第十五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十六条（第一項第一号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第二十九条の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、法人の旧法第四十六条第一項に規定する適用事業年度が中小企業経営革新支援法の一部を改正する法律（平成十七年法律第三十号）の施行の日以後に終了する場合における旧令第二十九条の規定の適用については、同条第一項及び第二項第一号中「中小企業経営革新支援法」とあるのは、「中小企業経営革新支援法の一部を改正する法律（平成十七年法律第三十号）による改正前の中小企業経営革新支援法」とする。
６
法人の新法第四十六条第一項に規定する適用事業年度が施行日から附則第一条第四号に定める日の前日までの間に終了する場合における新令第二十九条第一項の規定の適用については、同項第一号中「法人税法第二条第二十一号に規定する有価証券（以下この章において「有価証券」という。）」とあるのは、「有価証券」とする。
７
改正法附則第三十三条第十八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条（第一項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第二十九条の四の規定は、なおその効力を有する。