指定登録機関は、毎事業年度の経過後三月以内に、その事業年度の事業報告書及び収支決算書を作成し、環境大臣に提出しなければならない。
（登録関係事務規程）
第三十九条の十三
指定登録機関は、登録関係事務の開始前に、登録関係事務の実施に関する規程（以下「登録関係事務規程」という。）を定め、環境大臣の認可を受けなければならない。
これを変更しようとするときも、同様とする。
２
登録関係事務規程で定めるべき事項は、環境省令で定める。
３
環境大臣は、第一項の認可をした登録関係事務規程が登録関係事務の適正かつ確実な実施上不適当となつたと認めるときは、指定登録機関に対し、これを変更すべきことを命ずることができる。
（秘密保持義務等）
第三十九条の十四
指定登録機関の役員若しくは職員又はこれらの職にあつた者は、登録関係事務に関して知り得た秘密を漏らしてはならない。
２
登録関係事務に従事する指定登録機関の役員又は職員は、刑法（明治四十年法律第四十五号）その他の罰則の適用については、法令により公務に従事する職員とみなす。
（帳簿の備付け等）
第三十九条の十五
指定登録機関は、環境省令で定めるところにより、帳簿を備え付け、これに登録関係事務に関する事項で環境省令で定めるものを記載し、及びこれを保存しなければならない。
（監督命令）
第三十九条の十六
環境大臣は、この法律を施行するため必要があると認めるときは、指定登録機関に対し、登録関係事務に関し監督上必要な命令をすることができる。
（報告）
第三十九条の十七
環境大臣は、この法律を施行するため必要があると認めるときは、その必要な限度で、環境省令で定めるところにより、指定登録機関に対し、報告をさせることができる。
（立入検査）
第三十九条の十八
環境大臣は、この法律を施行するため必要があると認めるときは、その必要な限度で、その職員に、指定登録機関の事務所に立ち入り、指定登録機関の帳簿、書類その他必要な物件を検査させ、又は関係者に質問させることができる。
２
前項の規定により立入検査をする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係者に提示しなければならない。
３
第一項の規定による立入検査の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。
（登録関係事務の休廃止）
第三十九条の十九
指定登録機関は、環境大臣の許可を受けなければ、登録関係事務の全部又は一部を休止し、又は廃止してはならない。
（指定の取消し等）
第三十九条の二十
環境大臣は、指定登録機関が第三十九条の十第四項各号（第三号を除く。）のいずれかに該当するに至つたときは、その指定を取り消さなければならない。
２
環境大臣は、指定登録機関が次の各号のいずれかに該当するに至つたときは、その指定を取り消し、又は期間を定めて登録事務の全部又は一部の停止を命ずることができる。
一
第三十九条の十第三項各号の要件を満たさなくなつたと認められるとき。
二
第三十九条の十一第二項、第三十九条の十三第三項又は第三十九条の十六の規定による命令に違反したとき。
三
第三十九条の十二又は前条の規定に違反したとき。
四
第三十九条の十三第一項の認可を受けた登録関係事務規程によらないで登録関係事務を行つたとき。
五
次条第一項の条件に違反したとき。
（指定等の条件）
第三十九条の二十一
第三十九条の十第一項、第三十九条の十一第一項、第三十九条の十二第一項、第三十九条の十三第一項又は第三十九条の十九の規定による指定、認可又は許可には、条件を付し、及びこれを変更することができる。
２
前項の条件は、当該指定、認可又は許可に係る事項の確実な実施を図るために必要な最小限度のものに限り、かつ、当該指定、認可又は許可を受ける者に不当な義務を課することとなるものであつてはならない。
（指定登録機関がした処分等に係る審査請求）
第三十九条の二十二
指定登録機関が行う登録関係事務に係る処分又はその不作為について不服がある者は、環境大臣に対し、審査請求をすることができる。
この場合において、環境大臣は、行政不服審査法（平成二十六年法律第六十八号）第二十五条第二項及び第三項、第四十六条第一項及び第二項、第四十七条並びに第四十九条第三項の規定の適用については、指定登録機関の上級行政庁とみなす。
（環境大臣による登録関係事務の実施等）
第三十九条の二十三
環境大臣は、指定登録機関の指定をしたときは、登録関係事務を行わないものとする。
２
環境大臣は、指定登録機関が第三十九条の十九の規定による許可を受けてその登録関係事務の全部若しくは一部を休止したとき、第三十九条の二十第二項の規定により指定登録機関に対し登録関係事務の全部若しくは一部の停止を命じたとき又は指定登録機関が天災その他の事由によりその登録関係事務の全部若しくは一部を実施することが困難となつた場合において必要があると認めるときは、その登録関係事務の全部又は一部を自ら行うものとする。
３
環境大臣が前項の規定により登録関係事務の全部若しくは一部を自ら行う場合、指定登録機関が第三十九条の十九の規定による許可を受けてその登録関係事務の全部若しくは一部を廃止する場合又は環境大臣が第三十九条の二十の規定により指定を取り消した場合における登録関係事務の引継ぎその他の必要な事項は、環境省令で定める。
（公示）
第三十九条の二十四
環境大臣は、次の場合には、その旨を官報に公示しなければならない。
一
第三十九条の十第一項の規定による指定をしたとき。
二
第三十九条の十九の規定による許可をしたとき。
三
第三十九条の二十の規定により指定を取り消し、又は登録関係事務の全部若しくは一部の停止を命じたとき。
四
前条第二項の規定により登録関係事務の全部若しくは一部を自ら行うこととするとき又は自ら行つていた登録関係事務の全部若しくは一部を行わないこととするとき。
（手数料）
第三十九条の二十五
次に掲げる者は、実費を勘案して政令で定める額の手数料を国（指定登録機関が登録関係事務を行う場合にあつては、指定登録機関）に納めなければならない。
一
登録を受けようとする者
二
登録証明書の再交付を受けようとする者
三
変更登録を受けようとする者
２
前項の規定により指定登録機関に納められた手数料は、指定登録機関の収入とする。
（環境省令への委任）
第三十九条の二十六
この章に規定するもののほか、マイクロチップの装着、登録及び変更登録並びに指定登録機関に関し必要な事項については、環境省令で定める。
第五章　雑則
（動物を殺す場合の方法）
第四十条
動物を殺さなければならない場合には、できる限りその動物に苦痛を与えない方法によつてしなければならない。
２
環境大臣は、関係行政機関の長と協議して、前項の方法に関し必要な事項を定めることができる。
３
前項の必要な事項を定めるに当たつては、第一項の方法についての国際的動向に十分配慮するよう努めなければならない。
（動物を科学上の利用に供する場合の方法、事後措置等）
第四十一条
動物を教育、試験研究又は生物学的製剤の製造の用その他の科学上の利用に供する場合には、科学上の利用の目的を達することができる範囲において、できる限り動物を供する方法に代わり得るものを利用すること、できる限りその利用に供される動物の数を少なくすること等により動物を適切に利用することに配慮するものとする。
２
動物を科学上の利用に供する場合には、その利用に必要な限度において、できる限りその動物に苦痛を与えない方法によつてしなければならない。
３
動物が科学上の利用に供された後において回復の見込みのない状態に陥つている場合には、その科学上の利用に供した者は、直ちに、できる限り苦痛を与えない方法によつてその動物を処分しなければならない。
４
環境大臣は、関係行政機関の長と協議して、第二項の方法及び前項の措置に関しよるべき基準を定めることができる。
（獣医師による通報）
第四十一条の二
獣医師は、その業務を行うに当たり、みだりに殺されたと思われる動物の死体又はみだりに傷つけられ、若しくは虐待を受けたと思われる動物を発見したときは、遅滞なく、都道府県知事その他の関係機関に通報しなければならない。
（表彰）
第四十一条の三
環境大臣は、動物の愛護及び適正な管理の推進に関し特に顕著な功績があると認められる者に対し、表彰を行うことができる。
（地方公共団体への情報提供等）
第四十一条の四
国は、動物の愛護及び管理に関する施策の適切かつ円滑な実施に資するよう、動物愛護管理担当職員の設置、動物愛護管理担当職員に対する動物の愛護及び管理に関する研修の実施、動物の愛護及び管理に関する業務を担当する地方公共団体の部局と畜産、公衆衛生又は福祉に関する業務を担当する地方公共団体の部局、都道府県警察及び民間団体との連携の強化、動物愛護推進員の委嘱及び資質の向上に資する研修の実施、地域における犬、猫等の動物の適切な管理等に関し、地方公共団体に対する情報の提供、技術的な助言その他の必要な施策を講ずるよう努めるものとする。
（地方公共団体に対する財政上の措置）
第四十一条の五
国は、第三十五条第八項に定めるもののほか、地方公共団体が動物の愛護及び適正な飼養の推進に関する施策を策定し、及び実施するための費用について、必要な財政上の措置その他の措置を講ずるよう努めるものとする。
（経過措置）
第四十二条
この法律の規定に基づき命令を制定し、又は改廃する場合においては、その命令で、その制定又は改廃に伴い合理的に必要と判断される範囲内において、所要の経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）を定めることができる。
（審議会の意見の聴取）
第四十三条