鉱山保安法（昭和二十四年法律第七十号）第十三条第一項の経済産業省令で定める施設である湖沼特定施設を設置する同法第二条第二項本文に規定する鉱山から排出水を排出する者に関しては当該鉱山について、電気事業法（昭和三十九年法律第百七十号）第二条第一項第十八号に規定する電気工作物又は海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（昭和四十五年法律第百三十六号）第三条第十四号に規定する廃油処理施設である湖沼特定施設を設置する工場又は事業場から排出水を排出する者に関しては当該湖沼特定施設について、第八条の規定を適用せず、これらの法律の相当規定の定めるところによる。
２
都道府県知事は、前項に規定する湖沼特定施設に係る排出水に起因する指定湖沼の水質の汚濁により生活環境に係る被害を生ずるおそれがあると認めるときは、前項に規定する法律に基づく権限を有する国の行政機関の長（第四項において単に「行政機関の長」という。）に対し、第八条の規定に相当する鉱山保安法、電気事業法又は海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律の規定による措置を執るべきことを要請することができる。
３
水質汚濁防止法第二十三条第四項の規定は、前項の規定による要請について準用する。
４
都道府県知事は、第一項に規定する湖沼特定施設について、第十条の規定による命令をしようとするときは、あらかじめ、行政機関の長に協議しなければならない。
（水質汚濁防止法の適用関係）
第十三条
指定地域における水質汚濁防止法第二十二条第一項の規定の適用については、同項中「この法律」とあるのは、「この法律（湖沼水質保全特別措置法第七条から第十条までの規定を含む。）」とする。
（みなし指定地域特定施設に係る排出水の排出の規制等）
第十四条
指定地域においては、湖沼の水質にとつて水質汚濁防止法第二条第二項第二号に規定する程度の汚水又は廃液を排出する施設として政令で定める施設について、これを同条第三項に規定する指定地域特定施設とみなし、同法の規定を適用する。
この場合において、同法第六条第二項及び第十二条第三項中「指定地域において」とあるのは「湖沼水質保全特別措置法第三条第二項の指定地域（以下この項において「特定地域」という。）において」と、「指定地域となつた」とあるのは「特定地域となつた」と、同法第六条第二項中「湖沼水質保全特別措置法第十四条の規定により指定地域特定施設とみなされる施設についての同条の規定により適用される前条第一項又はこの項」とあるのは「前条第一項又はこの項（瀬戸内海環境保全特別措置法第十二条の二の規定によりこれらの規定が適用される場合を含む。）」と、同法第十三条第四項中「第二条第二項若しくは第三項」とあるのは「湖沼水質保全特別措置法第十四条」と、「政令又は」とあるのは「政令若しくは」と、「改正」とあるのは「改正又は同法第三条第二項の指定地域の指定若しくはその変更」とする。
第二節　指定施設等に関する措置
（指定施設の設置の届出）
第十五条
指定地域において、水質汚濁防止法第二条第二項第二号に規定する項目に関し湖沼の水質の汚濁の原因となる物を発生し、及び公共用水域に排出する施設（同項に規定する特定施設であるものを除く。）であつて、湖沼の水質保全上同法第三条第一項又は第三項の排水基準による規制により難いものとして政令で定めるもの（以下「指定施設」という。）を設置しようとする者は、環境省令で定めるところにより、次の事項を都道府県知事に届け出なければならない。
ただし、当該指定施設の設置について河川法第二十六条第一項の規定による河川管理者の許可を受けたときは、この限りでない。
一
氏名又は名称及び住所並びに法人にあつては、その代表者の氏名
二
指定施設の所在地
三
指定施設の種類
四
指定施設の構造
五
指定施設の使用の方法
六
その他環境省令で定める事項
２
河川管理者は、前項ただし書の許可をしたときは、その旨を都道府県知事に通報するものとする。
（経過措置）
第十六条
一の施設が指定施設となつた際現に指定地域においてその施設を設置している者（設置の工事をしている者を含む。以下この項において同じ。）又は一の地域が指定地域となつた際現にその地域において指定施設を設置している者は、当該施設が指定施設となつた日又は当該地域が指定地域となつた日から三十日以内に、環境省令で定めるところにより、前条第一項各号に掲げる事項を都道府県知事に届け出なければならない。
２
前条第一項ただし書及び第二項の規定は、前項の場合について準用する。
（指定施設の構造等の変更の届出）
第十七条
第十五条第一項又は前条第一項の規定による届出をした者（第十五条第二項（前条第二項において準用する場合を含む。）の通報に係る者を含む。次条第一項において同じ。）は、第十五条第一項第四号から第六号までに掲げる事項の変更をしようとするときは、環境省令で定めるところにより、その旨を都道府県知事に届け出なければならない。
２
前項に規定する者は、第十五条第一項第一号若しくは第二号に掲げる事項に変更があつたとき、又は届出に係る指定施設の使用を廃止したときは、その日から三十日以内に、その旨を都道府県知事に届け出なければならない。
３
第十五条第一項ただし書及び第二項の規定は、前二項の場合について準用する。
（承継）
第十八条
水質汚濁防止法第十一条第一項及び第二項の規定は、第十五条第一項又は第十六条第一項の規定による届出をした者の地位の承継について準用する。
２
前項において準用する水質汚濁防止法第十一条第一項又は第二項の規定により前項に規定する者の地位を承継した者は、その承継があつた日から三十日以内に、その旨を都道府県知事に届け出なければならない。
ただし、河川法第三十三条第三項の規定による届出をしたときは、この限りでない。
３
第十五条第二項の規定は、前項ただし書に規定する場合について準用する。
（基準遵守義務）
第十九条
指定地域において指定施設を設置している者は、当該指定施設について、環境省令で定めるところにより都道府県が条例で定める構造及び使用の方法に関する基準を遵守しなければならない。
（改善勧告及び改善命令）
第二十条
都道府県知事は、指定地域において指定施設を設置している者が前条の基準を遵守していないと認めるときは、その者に対し、期限を定めて、当該指定施設の構造又は使用の方法を改善すべきことを勧告することができる。
２
都道府県知事は、前項の規定による勧告を受けた者がその勧告に従わないで当該指定施設を使用しているときは、その者に対し、期限を定めて、当該指定施設の構造又は使用の方法の改善を命ずることができる。
３
前二項の規定は、前条の基準の適用の際現に指定地域において指定施設を設置している者（設置の工事をしている者及び第十五条第一項の規定による届出その他の政令で定める設置に係る手続をした者であつて設置の工事に着手していないものを含む。）に係る当該指定施設については、当該基準の適用の日から一年間（当該施設が政令で定める施設である場合にあつては、三年間）は、適用しない。
ただし、当該基準の適用の際その者に適用されている地方公共団体の条例の規定で第一項の規定に相当するものがあるとき、及び当該基準の適用の日以後当該施設についてその者が第十五条第一項第四号から第六号までに掲げる事項の変更（その日前に第十七条第一項の規定による届出その他の政令で定める変更に係る手続が行われた変更及び環境省令で定める軽微な変更を除く。）をしたときは、この限りでない。
４
都道府県知事は、小規模の事業者に対する第一項又は第二項の規定の適用に当たつては、その者の事業活動の遂行に著しい支障を生ずることのないよう当該勧告又は命令の内容について特に配慮しなければならない。
（報告及び検査）
第二十一条
都道府県知事は、この法律の施行に必要な限度において、指定施設を設置している者に対し、指定施設の状況その他必要な事項に関し報告を求め、又はその職員に、その者の当該施設を設置する場所に立ち入り、指定施設その他の物件を検査させることができる。
２
前項の規定により立入検査をする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係人に提示しなければならない。
３
第一項の規定による立入検査の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。
（準用指定施設）
第二十二条
前三条の規定は、湖沼特定施設であつて、指定施設に準ずるものとして政令で定めるものについて準用する。
この場合において、第二十条第三項中「第十五条第一項の規定」とあるのは「水質汚濁防止法第五条第一項の規定」と、「第十七条第一項の規定」とあるのは「同法第七条の規定」と読み替えるものとする。
第三節　汚濁負荷量の総量の削減等
（汚濁負荷量の総量の削減）
第二十三条
都道府県知事は、人口及び産業の集中等により、生活又は事業活動に伴い排出された水が大量に流入する指定湖沼であり、かつ、水質汚濁防止法第三条第一項又は第三項の排水基準及び第四条から前条までに規定する措置のみによつては水質環境基準の確保が困難であると認められる指定湖沼であつて政令で定めるもの（以下「総量削減指定湖沼」という。）における第七条第一項の政令で定める項目のうち政令で定める項目に係る水質の汚濁の防止を図るため、総量削減指定湖沼に係る指定地域（以下「総量削減指定地域」という。）について、当該総量削減指定湖沼に係る湖沼水質保全計画において、当該項目で表示した汚濁負荷量（以下単に「汚濁負荷量」という。）の総量の削減に関する計画（以下「湖沼総量削減計画」という。）を定めるものとする。
２