この場合において、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
第六項
係る法第五十五条の六第一項
係る所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号）附則第百九条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十三条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この条において「旧効力措置法」という。）第五十五条の六第一項
（法第五十五条の六第一項
（旧効力措置法第五十五条の六第一項
第七項及び第八項
法第五十五条の六第一項
旧効力措置法第五十五条の六第一項
第九項
法第五十五条の六第一項
旧効力措置法第五十五条の六第一項
第三十二条の四第十項各号
租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十八年政令第百三十五号）附則第二十九条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令第三十二条の四第十項各号
３
改正法附則第百三十五条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の四十九の規定に基づく旧令第三十九条の七十七の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第一項中「第三十二条の六第六項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十八年政令第百三十五号）附則第二十九条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令（以下この項において「旧効力措置法施行令」という。）第三十二条の六第六項」と、「第三十二条の六第三項」とあるのは「旧効力措置法施行令第三十二条の六第三項」とする。
（連結法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
第四十三条
新令第三十九条の百六第三項（新令第三十九条の七第十項第三号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第九号に定める日以後に行う新法第六十八条の七十八第一項の表の第十二号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十八条の七十八第一項の表の第十二号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
２
新令第三十九条の百六第十一項の規定は、法人が施行日以後に取得をする新法第六十八条の七十八第二項に規定する土地等について適用し、法人が施行日前に取得をした旧法第六十八条の七十八第二項に規定する土地等については、なお従前の例による。
（連結法人の国外支配株主等に係る負債の利子等の課税の特例に関する経過措置）
第四十四条
改正法附則第百四十条に規定する政令で定める者は、新令第三十九条の百十三第十三項第二号及び第三号に掲げる者とし、改正法附則第百四十条に規定する政令で定めるものは、新令第三十九条の百十三第十四項各号に掲げるものとし、改正法附則第百四十条に規定する政令で定める負債は、新令第三十九条の百十三第十五項に規定する負債（同条第十三項第一号に規定する場合における同号の資金に係る負債を除く。）とする。
（連結法人の株式交換又は株式移転に係る課税の特例に関する経過措置）
第四十五条
会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に旧法第六十八条の百五第一項の規定の適用を受ける同項に規定する特定子会社から旧令第三十九条の百二十五第三項に規定する子会社株式等を取得した同項に規定する特定親会社の当該子会社株式等の取得価額に係る同項の規定の適用については、同項中「第八号」とあるのは、「第二十二号」とする。
（相続税の特例に関する経過措置）
第四十六条
会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間における新令第四十条の二の二第十一項第五号の規定の適用については、同号中「所得税法第五十七条の四第一項に規定する株式交換（同項の規定により」とあるのは「株式交換（法第三十七条の十四第一項の規定により当該株式交換により移転した」と、「旧株」とあるのは「特定子会社株式」と、「限る」とあるのは「限るものとし、同項に規定する交付金銭等を受ける場合を除く」とする。
２
会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間における新令第四十条の二の二第十一項第六号の規定の適用については、同号中「所得税法第五十七条の四第二項に規定する株式移転（同項の規定により」とあるのは「株式移転（法第三十七条の十四第一項の規定により当該株式移転により移転した」と、「旧株」とあるのは「特定子会社株式」と、「限る」とあるのは「限るものとし、同項に規定する交付金銭等を受ける場合を除く」とする。
（登録免許税の特例に関する経過措置）
第四十七条
旧令第四十二条第四項第二号に規定する宅地建物取引業者が施行日前に年金資金運用基金から同号に規定する資金の貸付けを受けて新築し、又は購入する同号の住宅用家屋について、施行日以後に新法第七十三条に規定する所有権の移転の登記を受けようとする個人については、同項（同号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。
（たばこ税の手持品課税に係る申告等）
第四十八条
改正法附則第百五十六条第二項に規定する申告書には、同項各号に掲げる事項のほか、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一
申告者の住所又は居所及び氏名又は名称
二
貯蔵場所（たばこ税法（昭和五十九年法律第七十二号）第二十七条第二項に規定する小売販売業者にあっては、たばこ事業法（昭和五十九年法律第六十八号）第二十二条第一項に規定する営業所。第五項、第六項及び第八項において同じ。）の所在地及び名称
２
たばこ税法施行令（昭和六十年政令第五号）第十一条第二項から第四項までの規定は、前項の申告書を提出する義務がある者が当該申告書の提出期限前に当該申告書を提出しないで死亡した場合について準用する。
３
改正法附則第百五十六条第六項の承認を受けようとする者は、製造たばこを保税地域に入れたときは、当該保税地域の所在地を所轄する税関長にその旨を届け出るとともに、当該製造たばこの区分（同条第二項第一号に規定する製造たばこの区分をいう。以下この項、第五項、第六項及び第八項において同じ。）及び区分ごとの数量、その置かれている保税地域の所在地及び名称並びに廃棄の日時、方法及び理由を記載した申請書を当該税関長に提出しなければならない。
４
前項の申請書の提出を受けた税関長は、改正法附則第百五十六条第六項の承認をしたときは、立会いその他の方法により当該廃棄の事実を確認するものとする。
５
改正法附則第百五十六条第六項の確認を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該製造たばこが同条第一項の規定によるたばこ税を課された、又は課されるべきものであることを証明した書類（次項及び第八項において「手持品課税対象証明書」という。）で同条第二項の税務署長から交付を受けたもの（当該製造たばこにつき当該確認を受けようとする者と同条第一項の規定の適用を受けた者が異なる場合にあっては、同項の規定の適用を受けた者を通じて同条第二項の税務署長から交付を受けたもの）を添付し、これを同条第六項の税関長に提出しなければならない。
一
申請者の住所又は居所及び氏名又は名称
二
当該製造たばこの区分及び区分ごとの数量
三
当該製造たばこにつき改正法附則第百五十六条第一項の規定の適用を受けた時における当該製造たばこの貯蔵場所の所在地及び名称（当該製造たばこにつき当該確認を受けようとする者と同項の規定の適用を受けた者が異なる場合にあっては、同項の規定の適用を受けた者の住所又は居所及び氏名又は名称並びにその適用を受けた時における当該製造たばこの貯蔵場所の所在地及び名称）
四
当該製造たばこの輸出又は廃棄に係る販売場の所在地及び名称
五
その他参考となるべき事項
６
前項に規定する手持品課税対象証明書の交付を受けようとする改正法附則第百五十六条第一項の規定の適用を受けた者は、次に掲げる事項を記載した申請書を当該税務署長に提出しなければならない。
一
申請者の住所又は居所及び氏名又は名称
二
当該製造たばこにつき改正法附則第百五十六条第一項の規定の適用を受けた時における当該製造たばこの貯蔵場所の所在地及び名称
三
当該製造たばこの区分及び区分ごとの数量
四
当該製造たばこを引き取った特定販売業者の住所又は居所及び氏名又は名称並びに当該製造たばこの引取りに係る保税地域の所在地又は名称
五
その他参考となるべき事項
７
第五項の申請書の提出を受けた税関長は、改正法附則第百五十六条第六項の確認をしたときは、当該確認の内容を記載した書類により、その旨を当該申請書を提出した者に通知しなければならない。
８
改正法附則第百五十六条第七項の確認を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該製造たばこにつき同条第一項の規定の適用を受けた者を通じて同条第二項の税務署長から交付を受けた手持品課税対象証明書を添付し、これを同条第七項の税務署長に提出しなければならない。
一
申請者の住所又は居所及び氏名又は名称
二
当該製造場の所在地及び名称
三
当該製造たばこを当該製造場に戻し又は移送した者の住所又は居所及び氏名又は名称
四
当該製造たばこの区分及び区分ごとの数量
五
当該製造たばこにつき改正法附則第百五十六条第一項の規定の適用を受けた者の住所又は居所及び氏名又は名称並びにその適用を受けた時における当該製造たばこの貯蔵場所の所在地及び名称
六
その他参考となるべき事項
９
第六項及び第七項の規定は、前項の場合について準用する。