新令第三十九条の二十二第三項の規定は、同項に規定する公益法人等が附則第一条第五号に定める日以後に受ける同項の指定について適用し、旧令第三十九条の二十二第三項に規定する公益法人等が同日前に受けた同項の指定については、なお従前の例による。
（認定特定非営利活動法人に対する寄附金の損金算入の特例に関する経過措置）
第四十四条
新令第三十九条の二十三の規定は、法人が平成二十年四月一日以後に行う新法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請又は国税庁長官が同日以後に行う同条第五項の認定の取消しについて適用し、法人が同日前に行った旧法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請又は国税庁長官が同日前に行った同条第五項の認定の取消しについては、なお従前の例による。
２
平成二十年四月一日から施行日前までの間に新法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請を行った法人（新令第三十九条の二十三第一項各号に掲げる要件（同条第十三項の規定を適用する場合における当該要件を含む。）を満たさないものに限る。）が、旧令第三十九条の二十三第一項各号に掲げる要件を満たすときは、当該法人は新令第三十九条の二十三第一項各号に掲げる要件を満たすものとみなして、新法第六十六条の十一の二第三項の規定を適用する。
３
施行日から附則第一条第五号に定める日の前日までの間における新令第三十九条の二十三第一項の規定の適用については、同項第一号イ中「別表第一」とあるのは、「別表第一第一号の表」とする。
４
法人が平成二十一年四月一日から平成二十三年六月三十日までの間に新法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請を行う場合（同項に規定する認定特定非営利活動法人及び既に二回以上旧法第六十六条の十一の二第三項の認定を受けた法人が当該申請を行う場合を除く。）における新令第三十九条の二十三の規定の適用については、同条第三項中「五年」とあるのは、「二年」とすることができる。
５
前項の規定の適用を受けようとする法人は、その旨をその提出する新令第三十九条の二十三第四項の申請書に記載しなければならない。
（特定地域雇用会社等に対する寄附金の損金算入の特例に関する経過措置）
第四十五条
法人が旧民法法人（一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（以下この条において「整備法」という。）第三十八条の規定による改正前の民法第三十四条の規定により設立された法人をいう。）に対して、当該旧民法法人の移行登記日（整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をする日をいう。）の前日までに支出する寄附金については、改正法附則第六十五条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十六条の十二の規定に基づく旧令第三十九条の二十三の二の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第二項中「民法第三十四条の規定により設立された法人が地域再生法」とあるのは「一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十八年法律第五十号。以下この項において「整備法」という。）第三十八条の規定による改正前の民法第三十四条の規定により設立された法人であつて整備法第四十条第一項の規定により一般社団法人又は一般財団法人として存続するもののうち、整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（整備法第百三十一条第一項の規定により整備法第四十五条の認可を取り消されたものを除く。）が地域再生法の一部を改正する法律（平成二十年法律第三十六号）附則第二条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の地域再生法」と、「法人税法施行令」とあるのは「法人税法施行令の一部を改正する政令（平成二十年政令第百五十六号。以下この項において「改正令」という。）附則第十二条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる改正令による改正前の法人税法施行令」と、「、同号サ中」とあるのは「、改正令附則第十二条第二項中「とする」とあるのは、「と、同号サ中」と、「地域再生法（」とあるのは「地域再生法の一部を改正する法律（平成二十年法律第三十六号）附則第二条（経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条（地域再生法の一部改正）の規定による改正前の地域再生法（」と、「とする」とあるのは「とする」とする」とする。
（特定目的会社に係る課税の特例に関する経過措置）
第四十六条
新令第三十九条の三十二の二第七項の規定は、新法第六十七条の十四第一項に規定する特定目的会社の平成二十年四月一日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧法第六十七条の十四第一項に規定する特定目的会社の同日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（投資法人に係る課税の特例に関する経過措置）
第四十七条
新令第三十九条の三十二の三第七項の規定は、新法第六十七条の十五第一項に規定する投資法人の平成二十年四月一日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧法第六十七条の十五第一項に規定する投資法人の同日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（特定目的信託に係る受託法人の課税の特例に関する経過措置）
第四十八条
新令第三十九条の三十五の二第七項の規定は、新法第六十八条の三の二第一項に規定する特定目的信託に係る同項に規定する受託法人の平成二十年四月一日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧法第六十八条の三の二第一項に規定する特定目的信託に係る同項に規定する受託法人の同日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（特定投資信託に係る受託法人の課税の特例に関する経過措置）
第四十九条
新令第三十九条の三十五の三第六項の規定は、新法第六十八条の三の三第一項に規定する特定投資信託に係る同項に規定する受託法人の平成二十年四月一日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧法第六十八条の三の三第一項に規定する特定投資信託に係る同項に規定する受託法人の同日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（課税所得の範囲の変更等の場合の特例に関する経過措置）
第五十条
新令第三十九条の三十五の五第三項の規定は、施行日後に同項に規定する特定普通法人が行う合併について適用する。
２
有限責任中間法人が附則第一条第五号に定める日に法人税法第二条第六号に規定する公益法人等に該当することとなる場合には、当該有限責任中間法人は、新法第六十八条の三の五第一項に規定する特定普通法人とみなす。
（連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
第五十一条
新令第三十九条の三十九第二十一項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧令第三十九条の三十九第二十七項の規定の適用を受けたものである場合には、同項に規定する合理的な方法について受けた認定は、新令第三十九条の三十九第二十一項に規定する合理的な方法について受けた認定とみなし、旧令第三十九条の三十九第二十七項の規定による届出をした同項の分割法人等及び分割承継法人等は、新令第三十九条の三十九第二十一項の規定による届出をした同項の分割法人等及び分割承継法人等とみなす。
２
新令第三十九条の三十九第二十七項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人（新法第六十八条の九第九項（第二号に係る部分に限る。）の規定の適用を受けるものに限る。）が旧令第三十九条の三十九第十三項の規定の適用を受けたものである場合には、同項に規定する合理的な方法について受けた認定は、新令第三十九条の三十九第二十七項に規定する合理的な方法について受けた認定とみなし、旧令第三十九条の三十九第十三項の規定による届出をした同項の分割法人等及び分割承継法人等は、新令第三十九条の三十九第二十七項の規定による届出をした同項の分割法人等及び分割承継法人等とみなす。
３
新令第三十九条の三十九第二十一項又は第二十七項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人（前二項の規定の適用を受けるものを除く。）の同条第二十一項又は第二十七項に規定する分割等が平成二十年四月一日以後最初に開始する連結事業年度開始の日前に行われたものである場合におけるこれらの規定の認定及び届出に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。
（連結法人がエネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
第五十二条
新令第三十九条の四十第二項（新令第二十七条の五第四項に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が平成二十年四月一日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第六十八条の十第一項第一号ハに掲げる減価償却資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第六十八条の十第一項第一号ハに掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
（連結法人が情報基盤強化設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
第五十三条