消費税法改正法附則第十六条第二項において読み替えて準用する消費税法改正法附則第五条第六項（消費税法改正法附則第十六条第三項又は第十六条の二第二項において準用する場合を含む。）の規定又は消費税法改正法附則第十六条第一項において読み替えて準用する消費税法改正法附則第十一条若しくは第十二条の規定の適用を受ける課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れ
四
消費税法改正法附則第十六条第二項において読み替えて準用する消費税法改正法附則第五条第七項（消費税法改正法附則第十六条第三項において準用する場合を含む。）の規定の適用を受ける課税仕入れ及び特定課税仕入れ
五
前各号に掲げるもののほか、消費税法改正法附則第十九条の規定に基づく政令の規定により元年旧消費税法第二十九条に規定する税率が適用される課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れ並びにこれらに係る課税仕入れ及び特定課税仕入れで政令で定めるもの
４
第一項の場合において、元年新地方税法附則第九条の五後段及び第九条の六第一項後段の規定により読み替えられた元年新地方税法第七十二条の八十七各項に規定する事業者が、所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号。以下この条及び次条において「平成二十八年所得税法等改正法」という。）附則第三十九条第一項に規定する適用対象期間における同項に規定する卸売業及び同項に規定する小売業に係る同項に規定する課税仕入れ等の税額の合計額の計算（次条第六項及び第七項において「適用対象期間における課税仕入れ等の税額の計算」という。）について平成二十八年所得税法等改正法附則第三十九条第一項の規定の適用を受けるときは、当該事業者に対しては、第一項の規定にかかわらず、元年新地方税法附則第九条の五後段及び第九条の六第一項後段の規定により読み替えられた元年新地方税法第七十二条の八十七各項の規定を適用する。
第十一条
元年新地方税法附則第九条の五後段及び第九条の六第一項後段の規定により読み替えられた元年新地方税法第七十二条の八十八第一項に規定する事業者が一部施行日以後に終了する課税期間に係る元年新地方税法附則第九条の五後段及び第九条の六第一項後段の規定により読み替えられた元年新地方税法第七十二条の八十八第一項の規定による申告書を提出する場合において、当該課税期間に係る同項に規定する消費税額の計算の基礎となる金額に附則第四条第二項に規定する経過措置対象課税資産の譲渡等、前条第二項に規定する元年経過措置対象課税資産の譲渡等、附則第四条第三項に規定する経過措置対象課税仕入れ等又は前条第三項に規定する元年経過措置対象課税仕入れ等に係る消費税額が含まれ、かつ、第二号に掲げる金額が第一号に掲げる金額を超えないときは、当該事業者に対する元年新地方税法附則第九条の五後段及び第九条の六第一項後段の規定により読み替えられた元年新地方税法第七十二条の八十八第一項の規定の適用については、同項中「当該消費税額、これを課税標準として算定した譲渡割額」とあるのは、「社会保障の安定財源の確保等を図る税制の抜本的な改革を行うための地方税法及び地方交付税法の一部を改正する法律（平成二十四年法律第六十九号）附則第十一条第一項第一号イに掲げる金額から同項第二号イに掲げる金額を控除した残額（控除しきれなかつた金額がある場合においては、当該控除しきれなかつた金額）、同項第一号ロに掲げる金額から同項第二号ロに掲げる金額を控除した残額（控除しきれなかつた金額がある場合においては、当該控除しきれなかつた金額）及び同項第一号ハに掲げる金額から同項第二号ハに掲げる金額を控除した残額（控除しきれなかつた金額がある場合においては、当該控除しきれなかつた金額）、同項第一号に掲げる金額から同項第二号に掲げる金額を控除して得た譲渡割額」とする。
一
次のイに掲げる金額に百分の二十五を乗じて得た金額、次のロに掲げる金額に六十三分の十七を乗じて得た金額及び次のハに掲げる金額に七十八分の二十二を乗じて得た金額の合計額
イ
当該課税期間中に当該事業者が行った附則第四条第二項に規定する経過措置対象課税資産の譲渡等に係る消費税額の合計額
ロ
当該課税期間中に当該事業者が行った前条第二項に規定する元年経過措置対象課税資産の譲渡等に係る消費税額の合計額
ハ
当該課税期間中に当該事業者が行った課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れ（附則第四条第二項に規定する経過措置対象課税資産の譲渡等及び前条第二項に規定する元年経過措置対象課税資産の譲渡等を除く。）に係る消費税額の合計額
二
次のイに掲げる金額に百分の二十五を乗じて得た金額、次のロに掲げる金額に六十三分の十七を乗じて得た金額及び次のハに掲げる金額に七十八分の二十二を乗じて得た金額の合計額
イ
当該課税期間中に当該事業者が行った附則第四条第三項に規定する経過措置対象課税仕入れ等について、消費税法改正法附則第二条、第八条第三項、第九条から第十二条まで若しくは第十四条第三項の規定若しくは同条第四項若しくは消費税法改正法附則第十九条の規定に基づく政令の規定によりなお従前の例によることとされた旧消費税法第三章の規定又は消費税法改正法附則第五条第六項（消費税法改正法附則第六条第二項、第七条第二項、第八条第二項又は第十四条第二項において準用する場合を含む。）若しくは第五条第七項（消費税法改正法附則第七条第三項において準用する場合を含む。）の規定若しくは消費税法改正法附則第十四条第四項若しくは第十九条の規定に基づく政令の規定により読み替えて適用される新消費税法第三章の規定により当該課税期間の消費税法第四十五条第一項第二号に掲げる消費税額から控除されるべき同項第三号イからニまでに掲げる消費税額の合計額
ロ
当該課税期間中に当該事業者が行った前条第三項に規定する元年経過措置対象課税仕入れ等について、消費税法改正法附則第十五条の規定、消費税法改正法附則第十六条第一項において読み替えて準用する消費税法改正法附則第八条第三項、第九条から第十二条まで若しくは第十四条第三項の規定、消費税法改正法附則第十六条第一項において読み替えて準用する消費税法改正法附則第十四条第四項の規定に基づく政令の規定、消費税法改正法附則第十六条の三の規定若しくは消費税法改正法附則第十九条の規定に基づく政令の規定によりなお従前の例によることとされた元年旧消費税法第三章の規定又は消費税法改正法附則第十六条第二項において読み替えて準用する消費税法改正法附則第五条第六項（消費税法改正法附則第十六条第三項又は第十六条の二第二項において準用する場合を含む。）若しくは第五条第七項（消費税法改正法附則第十六条第三項において準用する場合を含む。）の規定若しくは消費税法改正法附則第十六条第一項において読み替えて準用する消費税法改正法附則第十四条第四項の規定若しくは消費税法改正法附則第十九条の規定に基づく政令の規定により読み替えて適用される消費税法改正法第三条の規定による改正後の消費税法（ハにおいて「元年新消費税法」という。）第三章の規定により当該課税期間の消費税法第四十五条第一項第二号に掲げる消費税額から控除されるべき同項第三号イからニまでに掲げる消費税額の合計額
ハ
当該課税期間中に当該事業者が行った課税仕入れ若しくは特定課税仕入れ又は当該課税期間中に保税地域から引き取った課税貨物（附則第四条第三項に規定する経過措置対象課税仕入れ等及び前条第三項に規定する元年経過措置対象課税仕入れ等を除く。）について、元年新消費税法第三章の規定により当該課税期間の消費税法第四十五条第一項第二号に掲げる消費税額から控除されるべき同項第三号イからニまでに掲げる消費税額の合計額
２
元年新地方税法附則第九条の五後段及び第九条の六第一項後段の規定により読み替えられた元年新地方税法第七十二条の八十八第一項に規定する事業者が一部施行日以後に終了する課税期間に係る消費税法第四十五条第一項の規定による申告書を提出する場合において、当該課税期間に係る同項第四号に規定する消費税額の計算の基礎となる金額に附則第四条第二項に規定する経過措置対象課税資産の譲渡等、前条第二項に規定する元年経過措置対象課税資産の譲渡等、附則第四条第三項に規定する経過措置対象課税仕入れ等又は前条第三項に規定する元年経過措置対象課税仕入れ等に係る消費税額が含まれ、かつ、前項第二号に掲げる金額が同項第一号に掲げる金額を超えるときは、当該事業者を元年新地方税法附則第九条の五後段の規定により読み替えられた元年新地方税法第七十二条の八十八第二項に規定する事業者とみなして、同項の規定を適用する。
この場合において、同項中「同項の不足額、当該不足額に七十八分の二十二を乗じて得た金額」とあるのは、「社会保障の安定財源の確保等を図る税制の抜本的な改革を行うための地方税法及び地方交付税法の一部を改正する法律（平成二十四年法律第六十九号）附則第十一条第一項第一号イに掲げる金額から同項第二号イに掲げる金額を控除した残額（控除しきれなかつた金額がある場合においては、当該控除しきれなかつた金額）、同項第一号ロに掲げる金額から同項第二号ロに掲げる金額を控除した残額（控除しきれなかつた金額がある場合においては、当該控除しきれなかつた金額）及び同項第一号ハに掲げる金額から同項第二号ハに掲げる金額を控除した残額（控除しきれなかつた金額がある場合においては、当該控除しきれなかつた金額）、同項第一号に掲げる金額から同項第二号に掲げる金額を控除して控除しきれなかつた金額」とする。
３