新租税特別措置法第三十七条の十第六項の規定の適用については、同項第一号中「特例）」とあるのは「特例）（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号。以下「平成二十年改正法」という。）附則第四十三条第二項（上場株式等を譲渡した場合の株式等に係る譲渡所得等の課税の特例に関する経過措置）の規定により適用される場合を含む。以下同じ。）」と、同項第五号中「これらの規定」とあるのは「同法第七十一条から第八十六条までの規定」と、「あるのは、」とあるのは「あるのは」と、「とする」とあるのは「と、同法第八十七条第二項中「総所得金額」とあるのは「総所得金額、株式等に係る譲渡所得等の金額（当該株式等に係る譲渡所得等の金額のうちに平成二十年改正法附則第四十三条第二項（上場株式等を譲渡した場合の株式等に係る譲渡所得等の課税の特例に関する経過措置）に規定する上場株式等に係る譲渡所得等の金額がある場合には、当該株式等に係る譲渡所得等の金額から当該上場株式等に係る譲渡所得等の金額を控除した残額又は当該上場株式等に係る譲渡所得等の金額）」とする」とする。
二
新租税特別措置法第三十七条の十一の五第一項の規定の適用については、同項中「第三十七条の十第一項」とあるのは、「第三十七条の十第一項（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）附則第四十三条第二項の規定により適用される場合を含む。）」とする。
４
新租税特別措置法第三十七条の十二の二第六項の規定の適用がある場合における第二項の規定の適用については、同項中「計算した金額（」とあるのは「計算した金額（新租税特別措置法第三十七条の十二の二第六項の規定の適用がある場合には、その適用後の金額。」と、「同条第一項前段」とあるのは「新租税特別措置法第三十七条の十第一項前段」とする。
５
前項の規定は、新租税特別措置法第三十七条の十三の二第四項の規定の適用がある場合における第二項の規定の適用について準用する。
この場合において、前項中「第三十七条の十二の二第六項」とあるのは、「第三十七条の十三の二第四項」と読み替えるものとする。
６
新租税特別措置法第三十七条の十四の二第一項又は第二項の規定の適用がある場合において、これらの規定に規定するその有する株式が上場株式等に該当するときにおける第二項の規定の適用については、同項中「第三十七条の十二の二第二項各号に掲げる」とあるのは、「第三十七条の十四の二第一項又は第二項に規定する事由による」とする。
７
新租税特別措置法第三十七条の十四の三第三項の規定の適用がある場合において、同項に規定する旧株が上場株式等に該当するときにおける第二項の規定の適用については、同項中「上場株式等の譲渡を」とあるのは、「上場株式等の譲渡（新租税特別措置法第三十七条の十四の三第三項に規定する特定非適格株式交換による法人税法第二条第十二号の六の四に規定する株式交換完全親法人に対する同項に規定する旧株の譲渡を除く。）を」とする。
８
第三項に定めるもののほか、第二項の規定の適用がある場合における所得税に関する法令の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（特定口座内保管上場株式等の譲渡等に係る所得計算等の特例に関する経過措置）
第四十四条
新租税特別措置法第三十七条の十一の三第三項第一号の規定（同号に規定する投資信託委託会社に係る部分に限る。）は、平成二十一年一月一日以後に設定される同号に規定する特定口座について適用し、同日前に設定された旧租税特別措置法第三十七条の十一の三第三項第一号に規定する特定口座については、なお従前の例による。
２
新租税特別措置法第三十七条の十一の三第三項第一号の規定（同号に規定する投資信託委託会社に係る部分を除く。）は、平成二十二年一月一日以後に締結される同号に規定する上場株式配当等受領委任契約に係る同号に規定する特定口座について適用する。
３
新租税特別措置法第三十七条の十一の三第七項の規定は、平成二十二年一月一日以後に同項の特定口座において処理される同項に規定する上場株式等の譲渡又は当該特定口座に受け入れる同項に規定する上場株式等の配当等に係る同項の報告書について適用し、同日前に旧租税特別措置法第三十七条の十一の三第七項の特定口座において処理された同項に規定する上場株式等の譲渡に係る同項の報告書については、なお従前の例による。
（特定口座内保管上場株式等の譲渡による所得等に対する源泉徴収等の特例に関する経過措置）
第四十五条
新租税特別措置法第三十七条の十一の四第一項の場合において、同項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が平成二十一年一月一日から平成二十五年十二月三十一日までの間に新租税特別措置法第三十七条の十一の三第一項に規定する特定口座内保管上場株式等の譲渡又は上場株式等の信用取引等（同条第二項に規定する信用取引等をいう。）に係る新租税特別措置法第三十七条の十一の四第一項に規定する差金決済をしたときは、当該譲渡又は差金決済により生じた同項に規定する源泉徴収選択口座内調整所得金額に対する同項の規定の適用については、同項中「百分の十五」とあるのは、「百分の七」とする。
２
新租税特別措置法第三十七条の十一の四第三項の場合において、同項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が平成二十一年一月一日から平成二十五年十二月三十一日までの間に同条第二項に規定する対象譲渡等を行ったときは、当該対象譲渡等により生じた同条第三項に規定する満たない部分の金額に対する同項の規定の適用については、同項中「百分の十五」とあるのは、「百分の七」とする。
３
平成二十一年一月一日前に旧租税特別措置法第三十七条の十一の四第八項の源泉徴収選択口座において処理された旧租税特別措置法第三十七条の十一の三第七項に規定する上場株式等の譲渡に係る同項の報告書については、なお従前の例による。
（源泉徴収選択口座内配当等に係る所得計算及び源泉徴収等の特例に関する経過措置）
第四十六条
新租税特別措置法第三十七条の十一の六の規定は、同条第一項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が平成二十二年一月一日以後に同項の金融商品取引業者等から交付を受ける同項に規定する源泉徴収選択口座内配当等について適用する。
２
平成二十二年一月一日から同年十二月三十一日までの間における新租税特別措置法第三十七条の十一の六第二項に規定する源泉徴収選択口座内配当等受入開始届出書の提出に関する特例は、政令で定める。
（上場株式等に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除に関する経過措置）
第四十七条
新租税特別措置法第三十七条の十二の二の規定は、平成二十一年分以後の所得税について適用し、平成二十年分以前の所得税については、なお従前の例による。
（特定中小会社が発行した株式に係る譲渡所得等の課税の特例に関する経過措置）
第四十八条
施行日前に旧租税特別措置法第三十七条の十三の三第一項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が同項に規定する払込みにより同項に規定する取得をした同項に規定する特定中小会社の特定株式（同項に規定する特定株式をいう。）については、同条の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同項中「平成二十一年三月三十一日」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）の施行の日の前日」と、「第三十七条の十第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十五年法律第五号）第八条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「平成二十五年新法」という。）第三十七条の十第一項又は第三十七条の十一第一項」と、「同項に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額」とあるのは「平成二十五年新法第三十七条の十第一項に規定する一般株式等に係る譲渡所得等の金額（以下この項において「一般株式等に係る譲渡所得等の金額」という。）又は平成二十五年新法第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等に係る譲渡所得等の金額（以下この項において「上場株式等に係る譲渡所得等の金額」という。）」と、「当該株式等に係る譲渡所得等の金額」とあるのは「一般株式等に係る譲渡所得等の金額又は上場株式等に係る譲渡所得等の金額」と、「第三十七条の十一第一項第一号に規定する金融商品取引業者」とあるのは「同法第二条第九項に規定する金融商品取引業者（同法第二十八条第一項に規定する第一種金融商品取引業を行う者に限る。）」とする。
（特定の合併等が行われた場合の株主等の課税の特例に関する経過措置）
第四十九条
施行日から平成二十年十二月三十一日までの間は、旧租税特別措置法第三十七条の十四の三第四項第三号の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同号中「上場株式等又は第三十七条の十四第一項に規定する特定上場株式等」とあるのは「上場株式等」と、「第三十七条の十一又は第三十七条の十四」とあるのは「同条」と、「第三十七条の十一第一項第五号及び第三十七条の十四第一項第四号中」とあるのは「同項第五号中」とする。
（国等に対して財産を寄附した場合の譲渡所得等の非課税に関する経過措置）
第五十条
新租税特別措置法第四十条（第一項に係る部分に限る。）の規定は、附則第一条第五号に定める日以後にされる同項後段に規定する財産の贈与又は遺贈について適用し、同日前にされた旧租税特別措置法第四十条第一項後段に規定する財産の贈与又は遺贈については、なお従前の例による。
２