消費税法第五十二条第一項の規定により消費税の還付を受ける事業者（承継相続人を含む。）は、同項の不足額、当該不足額に七十八分の二十二を乗じて得た金額その他必要な事項を記載した申告書を譲渡割課税道府県の知事に提出することができる。
この場合において、当該譲渡割課税道府県は、政令で定めるところにより、当該申告書を提出した者に対し、当該金額に相当する譲渡割額を還付し、又はその者の未納に係る地方団体の徴収金に充当するものとする。
３
第一項の場合において、事業者が同項の規定により提出する申告書に係る消費税額に基づいて算定した譲渡割額が、当該譲渡割額に係る譲渡割の中間納付額に満たないとき若しくはないとき、又は前項の場合において、同項の規定による申告書に係る課税期間において譲渡割の中間納付額があるときその他政令で定めるときは、譲渡割課税道府県は、政令で定めるところにより、その満たない金額に相当する譲渡割の中間納付額若しくは譲渡割の中間納付額の全額を還付し、又は未納に係る地方団体の徴収金に充当するものとする。
（譲渡割の期限後申告及び修正申告納付）
第七十二条の八十九
前条第一項及びこの条第三項の規定により申告書を提出すべき事業者は、当該申告書の提出期限後においても、第七十二条の九十三第五項の規定による更正又は決定の通知があるまでは、前条第一項及びこの条第三項の規定により申告書を提出し、並びにその申告に係る譲渡割額を納付することができる。
２
第七十二条の八十七各項、前条第一項若しくは第二項若しくは前項若しくは本項の規定により申告書を提出した事業者（承継相続人を含む。以下本項において同じ。）又は第七十二条の九十三の規定による更正若しくは決定を受けた事業者は、次の各号のいずれかに該当する場合には、次項に該当する場合を除くほか、遅滞なく、総務省令で定める様式により、当該申告書を提出し又は当該更正若しくは決定をした道府県知事に、当該申告書に記載し又は当該更正若しくは決定に係る通知書に記載された譲渡割額又は譲渡割に係る還付金の額を修正する申告書を提出し、及びその申告により増加した譲渡割額（第二号の場合にあつては、その申告により減少した還付金の額に相当する譲渡割額）を納付しなければならない。
一
先の申告書の提出により納付すべきものとしてこれに記載し、又は当該更正若しくは決定により納付すべきものとして当該更正若しくは決定に係る通知書に記載された譲渡割額に不足額があるとき。
二
先の申告書に記載し、又は当該更正若しくは決定に係る通知書に記載された譲渡割額に係る還付金の額に相当する税額が過大であるとき。
三
先の申告書に納付すべき譲渡割額を記載しなかつた場合又は納付すべき譲渡割額がない旨の更正を受けた場合において、その納付すべき譲渡割額があるとき。
３
前条第一項又は第二項の事業者が消費税に係る修正申告書の提出又は消費税に係る更正若しくは決定の通知により前項各号のいずれかに該当することとなつた場合においては、当該事業者は、当該修正申告又は当該更正若しくは決定により納付すべき税額を納付すべき日までに、同項の規定により申告納付しなければならない。
（地方税関係手続用電子情報処理組織による申告の特例）
第七十二条の八十九の二
特定法人（消費税法第四十六条の二第二項に規定する特定法人をいう。）である事業者（第七十二条の八十七各項、第七十二条の八十八第一項及び第二項並びに前条各項の事業者に限る。）は、前三条の規定により、第七十二条の八十七各項、第七十二条の八十八第一項若しくは第二項又は前条各項の規定による申告書（以下この条及び次条において「納税申告書等」という。）により行うこととされている譲渡割の申告については、前三条の規定にかかわらず、総務省令で定めるところにより、納税申告書等に記載すべきものとされている事項（次項において「申告書記載事項」という。）を、総務省令で定めるところにより、地方税関係手続用電子情報処理組織（第七百六十二条第一号に規定する地方税関係手続用電子情報処理組織をいう。次条において同じ。）を使用し、かつ、地方税共同機構（第三項及び次条第十二項において「機構」という。）を経由して行う方法により譲渡割課税道府県の知事（前条第二項の事業者にあつては、同項に規定する道府県知事。第三項及び次条において同じ。）に提供することにより、行わなければならない。
２
前項の規定により行われた同項の申告については、申告書記載事項が記載された納税申告書等により行われたものとみなして、この法律又はこれに基づく命令の規定その他政令で定める法令の規定を適用する。
３
第一項の規定により行われた同項の申告は、第七百六十二条第一号の機構の使用に係る電子計算機（入出力装置を含む。）に備えられたファイルへの記録がされた時に同項に規定する譲渡割課税道府県の知事に到達したものとみなす。
（地方税関係手続用電子情報処理組織による申告が困難である場合の特例）
第七十二条の八十九の三
前条第一項の事業者が、電気通信回線の故障、災害その他の理由により地方税関係手続用電子情報処理組織を使用することが困難であると認められる場合で、かつ、同項の規定を適用しないで納税申告書等を提出することができると認められる場合において、同項の規定を適用しないで納税申告書等を提出することについて同項に規定する譲渡割課税道府県の知事の承認を受けたときは、当該譲渡割課税道府県の知事が指定する期間内に行う同項の申告については、同条の規定は、適用しない。
消費税法第四十六条の三第二項の規定により同項の申請書をその納税地を所轄する税務署長に提出した前条第一項の事業者が、同法第四十六条の三第一項の承認を受け、又は同条第三項の却下の処分を受けていない旨を記載した総務省令で定める書類を、納税申告書等の提出期限の前日までに、又は納税申告書等に添付して当該提出期限までに、前条第一項に規定する譲渡割課税道府県の知事に提出した場合における当該税務署長が同法第四十六条の三第一項の規定により指定する期間（同条第五項の規定により当該期間として当該指定があつたものとみなされた期間を含む。）内に行う前条第一項の申告についても、同様とする。
２
前項前段の承認を受けようとする事業者は、同項前段の規定の適用を受けることが必要となつた事情、同項前段の規定による指定を受けようとする期間その他総務省令で定める事項を記載した申請書に総務省令で定める書類を添付して、当該期間の開始の日の十五日前まで（同項に規定する理由が生じた日が第七十二条の八十八第一項の規定による申告書の提出期限（同条第二項の規定による申告書にあつては、当該申告書が同条第一項の規定による申告書であるとした場合の提出期限）の十五日前の日以後である場合において、当該提出期限が当該期間内の日であるときは、当該開始の日まで）に、これを前条第一項に規定する譲渡割課税道府県の知事に提出しなければならない。
３
道府県知事は、前項の申請書の提出があつた場合において、その申請に係る同項の事情が相当でないと認めるときは、その申請を却下することができる。
４
道府県知事は、第二項の申請書の提出があつた場合において、その申請につき第一項前段の承認又は前項の却下の処分をするときは、その申請をした事業者に対し、書面によりその旨を通知しなければならない。
５
第二項の申請書の提出があつた場合において、当該申請書に記載した第一項前段の規定による指定を受けようとする期間の開始の日までに同項前段の承認又は第三項の却下の処分がなかつたときは、その日においてその承認があつたものと、当該期間を第一項前段の期間として同項前段の規定による指定があつたものと、それぞれみなす。
６
道府県知事は、第一項前段の規定の適用を受けている事業者につき、地方税関係手続用電子情報処理組織を使用することが困難でなくなつたと認める場合には、同項前段の承認を取り消すことができる。
７
道府県知事は、前項の処分をするときは、その処分に係る事業者に対し、書面によりその旨を通知しなければならない。
８
第一項の規定の適用を受けている事業者は、前条第一項の申告につき第一項の規定の適用を受けることをやめようとするときは、その旨その他総務省令で定める事項を記載した届出書を同条第一項に規定する譲渡割課税道府県の知事に提出しなければならない。
９
第一項前段の規定の適用を受けている事業者につき、第六項の処分又は前項の届出書の提出があつたときは、これらの処分又は届出書の提出があつた日の翌日以後の第一項前段の期間内に行う前条第一項の申告については、第一項前段の規定は、適用しない。
ただし、当該事業者が、同日以後新たに同項前段の承認を受けたときは、この限りでない。
１０
第一項後段の規定の適用を受けている事業者につき、第八項の届出書の提出又は消費税法第四十六条の三第三項若しくは第六項の処分があつたときは、これらの届出書の提出又は処分があつた日の翌日以後の第一項後段の期間内に行う前条第一項の申告については、第一項後段の規定は、適用しない。
ただし、当該事業者が、同日以後新たに同項後段の書類を提出したときは、この限りでない。
１１
総務大臣は、第七百九十条の二の規定による報告があつた場合において、地方税関係手続用電子情報処理組織の故障その他の理由により、前条第一項の事業者で同項の規定により同項の申告を行うことが困難であると認めるものが多数に上ると認めるときは、同項の規定を適用しないで納税申告書等を提出することができる期間を指定することができる。
１２
総務大臣は、前項の規定による指定をしたときは、直ちに、その旨を告示するとともに、道府県知事及び機構に通知しなければならない。
１３