道府県知事は、事業を行う法人で事業税の納税義務があるもの（第七十二条の四十一第一項第一号に掲げる法人を除く。）が申告書又は修正申告書を提出した場合において、当該申告又は修正申告に係る所得割の課税標準である所得が、当該法人の当該所得割の計算の基礎となつた事業年度に係る法人税の申告若しくは修正申告又は更正若しくは決定において課税標準とされた所得（以下この条において「法人税の課税標準」という。）を基準として算定した所得割の課税標準である所得（以下この項において「所得割の基準課税標準」という。）と異なることを発見したときは、当該所得割の基準課税標準により、当該申告又は修正申告に係る所得割の計算の基礎となつた所得及び所得割額を更正するものとし、申告書又は修正申告書に記載された所得割額の算定について誤りがあることを発見したときは、所得割額を更正するものとする。
２
道府県知事は、前項の法人が申告書を提出しなかつた場合（第七十二条の二十六第五項の規定により申告書の提出があつたものとみなされる場合を除く。）において、当該法人の当該事業年度に係る法人税の課税標準があるときは、当該法人税の課税標準を基準として、当該法人の所得割に係る所得及び所得割額を決定するものとする。
３
道府県知事は、前二項又はこの項の規定により当該法人の当該所得割に係る所得及び所得割額を更正し、又は決定した場合において、法人税に係る更正又は修正申告があつたことにより当該更正又は決定の基準となつた当該法人の法人税の課税標準が増加し、又は減少したときは、当該増加し、又は減少した法人税の課税標準を基準として、当該所得割に係る所得及び所得割額を更正するものとし、当該更正し、又は決定した所得割額の算定について誤りがあることを発見したときは、当該所得割額を更正するものとする。
（租税条約に基づく申立てが行われた場合における法人の事業税の徴収猶予）
第七十二条の三十九の二
道府県知事は、法人が法人税法第百三十九条第一項に規定する租税条約（以下この項において「租税条約」という。）の規定に基づき国税庁長官に対し当該租税条約に規定する申立て（租税特別措置法第六十六条の四第一項、第六十六条の四の三第一項又は第六十七条の十八第一項の規定の適用がある場合の申立てに限る。以下この項において同じ。）をした場合（次条において「国税庁長官に対する申立てが行われた場合」という。）又は租税条約の我が国以外の締約国若しくは締約者（以下この項において「条約相手国等」という。）の権限ある当局に対し当該租税条約に規定する申立てをし、かつ、条約相手国等の権限ある当局から当該条約相手国等との間の租税条約に規定する協議（以下この項及び次条において「相互協議」という。）の申入れがあつた場合（次条において「条約相手国等の権限ある当局に対する申立てが行われた場合」という。）には、これらの申立てをした者の申請に基づき、これらの申立てに係る租税特別措置法第六十六条の四第二十七項第一号（同法第六十六条の四の三第十四項及び第六十七条の十八第十三項において準用する場合を含む。以下この項及び次条第一項において同じ。）に掲げる更正決定に係る法人税額（これらの申立てに係る相互協議の対象となるものに限る。以下この項及び次条第一項において同じ。）の課税標準とされた所得に基づいて第七十二条の三十一第三項の規定により申告納付すべき所得割額若しくは付加価値割額又は当該更正決定に係る法人税額の課税標準とされた所得に基づいて道府県知事が前条第一項若しくは第二項若しくは第七十二条の四十一の二第一項若しくは第二項の規定により更正若しくは決定をした場合における当該更正若しくは決定により納付すべき所得割額若しくは付加価値割額並びに当該所得割額又は付加価値割額に係る過少申告加算金、不申告加算金及び重加算金として政令で定めるところにより計算した金額の合算額を限度として、第七十二条の三十一第三項又は第七十二条の四十四第一項の規定による納期限（当該申請が当該納期限後であるときは、当該申請の日とする。）から国税庁長官と当該条約相手国等の権限ある当局との間の合意に基づく国税通則法第二十六条の規定による更正に係る法人税額の課税標準とされた所得に基づいて道府県知事が前条第一項若しくは第三項又は第七十二条の四十一の二第一項若しくは第三項の規定により更正をした場合における当該更正があつた日（当該合意がない場合その他の政令で定める場合には、政令で定める日）の翌日から一月を経過する日までの期間（第五項において「徴収の猶予期間」という。）に限り、その徴収を猶予することができる。
ただし、当該申請を行う者につき当該申請の時において当該所得割額若しくは付加価値割額又はこれらの申立てに係る租税特別措置法第六十六条の四第二十七項第一号に掲げる更正決定に係る法人税額に基づいて第五十三条第三十五項の規定により申告納付すべき法人税割額若しくは当該更正決定に係る法人税額に基づいて道府県知事が第五十五条第一項若しくは第二項の規定により更正若しくは決定をした場合における当該更正若しくは決定により納付すべき法人税割額以外の当該道府県の地方税の滞納がある場合は、この限りでない。
２
道府県知事は、前項の規定による徴収の猶予（以下この条において「徴収の猶予」という。）をする場合には、その猶予に係る金額に相当する担保で第十六条第一項各号に掲げるものを、政令で定めるところにより徴さなければならない。
ただし、その猶予に係る税額が百万円以下である場合、その猶予の期間が三月以内である場合又は担保を徴することができない特別の事情がある場合は、この限りでない。
３
第十五条の二の二、第十五条の二の三、第十六条の二第一項から第三項まで及び第十八条の二第四項の規定は徴収の猶予について、第十一条、第十六条第二項及び第三項、第十六条の二第四項並びに第十六条の五第一項及び第二項の規定は前項の規定による担保について、それぞれ準用する。
４
徴収の猶予を受けた者が次の各号のいずれかに該当する場合には、道府県知事は、その徴収の猶予を取り消すことができる。
この場合においては、第十五条の三第二項及び第三項の規定を準用する。
一
第一項の申立てを取り下げたとき。
二
第十三条の二第一項各号のいずれかに該当する事実がある場合において、その者がその猶予に係る所得割額又は付加価値割額を猶予期間内に完納することができないと認められるとき。
三
前項において準用する第十六条第三項の規定による担保の提供又は変更その他担保を確保するため必要な行為に関する道府県知事の求めに応じないとき。
四
新たにその猶予に係る所得割額又は付加価値割額以外の当該道府県に係る地方団体の徴収金を滞納したとき（道府県知事がやむを得ない理由があると認めるときを除く。）。
五
徴収の猶予を受けた者の財産の状況その他の事情の変化によりその猶予を継続することが適当でないと認められるとき。
５
徴収の猶予をした場合には、その猶予をした所得割又は付加価値割に係る延滞金額のうち徴収の猶予期間（第一項の申請が同項の納期限以前である場合には、当該申請の日を起算日として当該納期限までの期間を含む。）に対応する部分の金額は、免除する。
ただし、前項の規定による取消しの基因となるべき事実が生じた場合には、その生じた日後の期間に対応する部分の金額については、道府県知事は、その免除をしないことができる。
６
徴収の猶予に関する申請の手続に関し必要な事項は、政令で定める。
（法人の事業税の徴収猶予に係る国税庁長官の通知）
第七十二条の三十九の三
国税庁長官は、国税庁長官に対する申立てが行われた場合又は条約相手国等の権限ある当局に対する申立てが行われた場合には、遅滞なく、その旨、これらの申立てに係る租税特別措置法第六十六条の四第二十七項第一号に掲げる更正決定に係る法人税額の課税標準とされた所得その他総務省令で定める事項をこれらの申立てをした法人の事務所又は事業所（二以上の道府県において事務所又は事業所を有する法人にあつては、その主たる事務所又は事業所。次項及び第三項において同じ。）の所在地の道府県知事に通知しなければならない。
２
国税庁長官は、国税庁長官に対する申立てが行われた場合又は条約相手国等の権限ある当局に対する申立てが行われた場合において、これらの申立てに係る相互協議において前条第一項に規定する合意がない場合その他の政令で定める場合に該当することとなつたときは、遅滞なく、その旨その他総務省令で定める事項をこれらの申立てをした法人の事務所又は事業所の所在地の道府県知事に通知しなければならない。
３
国税庁長官は、国税庁長官に対する申立てが行われた場合又は条約相手国等の権限ある当局に対する申立てが行われた場合において、これらの申立てに係る相互協議において前条第一項に規定する合意が行われたときは、遅滞なく、その旨、当該合意に基づく国税通則法第二十六条の規定による更正に係る法人税額の課税標準とされた所得その他総務省令で定める事項をこれらの申立てをした法人の事務所又は事業所の所在地の道府県知事に通知しなければならない。
４
前三項の通知を受けた主たる事務所又は事業所の所在地の道府県知事は、遅滞なく、これらの規定に規定する事項を関係道府県知事に通知しなければならない。
（税務官署に対する更正又は決定の請求）
第七十二条の四十
道府県知事は、次に掲げる場合においては、国の税務官署（以下「税務官署」という。）に対し、法人税に係る更正又は決定をすべき事由を記載した書類を添えて、その更正又は決定をすべき旨を請求することができる。