新令第二十五条の二十九第十二項及び第十三項の規定は、新法第四十条の七第五項に規定する特殊関係株主等である居住者の平成二十三年分以後の各年分の同条第四項に規定する部分課税対象金額を計算する場合の同項に規定する部分適用対象金額について適用し、旧法第四十条の七第五項に規定する特殊関係株主等である居住者の平成二十二年分以前の各年分の同条第四項に規定する部分課税対象金額を計算する場合の同項に規定する部分適用対象金額については、なお従前の例による。
（住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除に関する経過措置）
第十五条
新令第二十六条（第五項及び第二十一項に係る部分に限る。）の規定は、居住者が施行日以後に新法第四十一条第一項に規定する住宅の取得等又は同条第五項に規定する認定長期優良住宅の新築等に係る契約を締結する場合について適用し、居住者が施行日前に旧法第四十一条第一項に規定する住宅の取得等又は同条第五項に規定する認定長期優良住宅の新築等に係る契約を締結した場合については、なお従前の例による。
（公益社団法人等に寄附をした場合の所得税額の特別控除に関する経過措置）
第十六条
新法第四十一条の十八の三第一項各号に掲げる法人の平成二十三年から平成二十五年までの間における新令第二十六条の二十八の二第一項及び第二項の規定の適用については、同条第三項中「五年」とあるのは、「二年」とすることができる。
（保険年金の保険金受取人等に係る更正の請求の特例に関する経過措置）
第十七条
施行日から平成二十三年十二月三十一日までの間における新令第二十六条の二十九の二第二項の規定の適用については、同項中「第七十六条第六項第四号」とあるのは、「第七十六条第三項第四号」とする。
（法人税の特例に関する経過措置の原則）
第十八条
別段の定めがあるものを除き、新令第三章の規定は、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の平成二十三年四月一日以後に開始する事業年度（施行日前に終了する事業年度を除く。）分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同年四月一日以後に開始する連結事業年度（施行日前に終了する連結事業年度を除く。）分の法人税について適用し、法人の同年四月一日前に開始した事業年度（同日以後に開始し、かつ、施行日前に終了する事業年度を含む。）分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同年四月一日前に開始した連結事業年度（同日以後に開始し、かつ、施行日前に終了する連結事業年度を含む。）分の法人税については、なお従前の例による。
（法人の減価償却に関する経過措置）
第十九条
新令第二十八条第二項及び第三項の規定は、法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この項及び次項において同じ。）をする新法第四十三条第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十三条第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
２
新令第二十八条の九（同条第五項第一号ロ及び第三号ロからニまでに掲げる事業並びに同項第四号に定める事業に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同条第七項第一号から第四号までに定める減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧令第二十八条の九第七項第一号から第五号までに定める減価償却資産については、なお従前の例による。
３
新令第二十八条の九第六項の規定は、施行日以後にする同項の指定について適用し、施行日前にした旧令第二十八条の九第六項の指定については、なお従前の例による。
４
改正法附則第五十三条第十一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十六条の四の規定に基づく旧令第二十九条の三の規定は、なおその効力を有する。
５
改正法附則第五十三条第十三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条の規定に基づく旧令第二十九条の四の規定は、なおその効力を有する。
６
改正法附則第五十三条第十四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条の二（第三項第三号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第二十九条の五の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第十二項中「法第六十八条の三十五第一項」とあるのは「現下の厳しい経済状況及び雇用情勢に対応して税制の整備を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第八十二号）附則第六十八条第十四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十七条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の三十五第一項」と、「第三十九条の六十四第七項」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十三年政令第百九十九号）附則第二十九条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令第三十九条の六十四第七項」とする。
７
新令第二十九条の五第一項の規定は、法人が施行日以後に取得又は新築をする新法第四十七条の二第三項第一号に掲げる建築物について適用し、法人が施行日前に取得又は新築をした旧法第四十七条の二第三項第一号に掲げる建築物については、なお従前の例による。
８
新令第二十九条の五第二項の規定は、法人が施行日以後に取得又は新築をする新法第四十七条の二第三項第二号に掲げる建築物について適用し、法人が施行日前に取得又は新築をした旧法第四十七条の二第三項第二号に掲げる建築物については、なお従前の例による。
９
新令第二十九条の五第四項の規定は、法人が施行日以後に取得又は新築をする新法第四十七条の二第三項第三号に掲げる建築物について適用し、法人が施行日前に取得又は新築をした旧法第四十七条の二第三項第四号に掲げる建築物については、なお従前の例による。
１０
新令第二十九条の五第七項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に取得又は新築をする新法第四十七条の二第三項第四号に掲げる構築物について適用し、法人が施行日前に取得又は新築をした旧法第四十七条の二第三項第五号に掲げる構築物については、なお従前の例による。
１１
新令第二十九条の六第一項の規定は、法人が施行日以後に取得又は建設をする新法第四十八条第一項に規定する倉庫用建物等について適用し、法人が施行日前に取得又は建設をした旧法第四十八条第一項に規定する倉庫用建物等については、なお従前の例による。
（法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
第二十条
新令第三十九条の七第二項の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十五条の七第一項の表の第一号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧法第六十五条の七第一項の表の第一号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
２
法人が施行日前に取得をした旧令第三十九条の七第五項第二号から第八号までに掲げる区域内にある旧法第六十五条の七第一項の表の第七号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。
３
法人が施行日前に取得をした旧令第三十九条の七第六項第二号ハ及びニに掲げる地域内にある旧法第六十五条の七第一項の表の第九号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。
４
新令第三十九条の七第五項の規定は、法人が施行日以後に取得をする新法第六十五条の七第一項の表の第六号の下欄に掲げる資産について適用し、法人が施行日前に取得をした旧法第六十五条の七第一項の表の第十号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。
５
新令第三十九条の九の二第一項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十五条の十三第一項に規定する所有隣接土地等の同項に規定する交換又は譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧法第六十五条の十三第一項に規定する所有隣接土地等の同項に規定する交換又は譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
（内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
第二十一条
新令第三十九条の十四第二項の規定は、新法第六十六条の六第一項各号に掲げる内国法人の平成二十三年四月一日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する課税対象金額又は同条第四項に規定する部分課税対象金額を計算する場合の同条第一項に規定する適用対象金額又は同条第四項に規定する部分適用対象金額に係る同条第一項に規定する外国関係会社の平成二十二年四月一日以後に開始した事業年度における同項に規定する政令で定める外国関係会社の判定について適用し、旧法第六十六条の六第一項各号に掲げる内国法人の平成二十三年四月一日前に終了した事業年度に係る同項に規定する課税対象金額又は同条第四項に規定する部分課税対象金額を計算する場合の同条第一項に規定する適用対象金額又は同条第四項に規定する部分適用対象金額に係る同条第一項に規定する外国関係会社の同項に規定する政令で定める外国関係会社の判定については、なお従前の例による。
２
新令第三十九条の十五第一項第一号（法人税法第六十二条の五及び第六十二条の七の規定に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に現物分配が行われる場合について適用し、施行日前に現物分配が行われた場合については、なお従前の例による。
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