法第四十一条の十二第四項の規定により同項に規定する償還を受ける時に徴収される所得税とみなされたもののうち法人税の額から控除する所得税の額は、当該所得税の額（当該所得税の額が明らかでないときは、その割引債の券面金額から当該割引債に係る発行価額（当該割引債が短期公社債に該当する国債その他財務省令で定める国債（以下この項において「短期国債等」という。）でその発行価額が明らかでないもの以外の割引債であるときは当該割引債に係る最終発行日における発行価額とし、当該割引債が当該短期国債等であるときは当該割引債に係る当該発行価額に準ずるものとして財務省令で定める価額とする。第二十六条の十三第一項第一号及び第五項第二号において「最終発行日における発行価額等」という。）を控除した残額（当該割引債が外国法人が国外において発行したものであるときは、法第四十一条の十二第三項に規定する政令で定める金額）に、当該割引債の発行の際に同条第三項の規定により当該割引債に係る償還差益について徴収された所得税の税率を乗じて計算した金額とし、その割引債が償還期限を繰り上げて償還をされたもの又は当該期限前に買入消却をされたものであるときは、その所得税の額から次条第一項の規定により計算した還付する金額を控除した残額とする。）について、法人税法施行令第百四十条の二の規定により計算した金額とする。
この場合において、同条第一項第一号中「法人」とあるのは「租税特別措置法第四十一条の十二第七項（償還差益等に係る分離課税等）に規定する割引債（第三項において「割引債」という。）の償還差益（同条第七項に規定する償還差益をいう。次項及び第三項において同じ。）、法人」と、同条第二項中「月数のうち」とあるのは「月数（当該配当等が短期公社債（租税特別措置法施行令（昭和三十二年政令第四十三号）第二十六条の十一第三項（償還差益に対する所得税額の法人税額からの控除）に規定する短期公社債をいう。次項において同じ。）に係る償還差益であるときは、日数。以下この項において同じ。）のうち」と、同条第三項中「所得税の額を前項」とあるのは「所得税の額（短期公社債の償還差益に対する所得税の額を除く。）を前項」と、「株式及び」とあるのは「割引債、株式及び」と、「と集団投資信託の受益権と」とあるのは「又は集団投資信託の受益権の三種類」と、同項第一号中「の数（」とあるのは「の数（割引債については額面金額とし、」と、「、金額」とあるのは「金額とする」とする。
２
法人が割引債を発行の際に取得した場合における法第四十一条の十二第三項の規定により徴収された所得税の額は、当該割引債の取得価額に含めるものとし、同条第四項の規定により償還を受ける時に徴収される所得税とみなされた金額は、その償還を受ける時を含む事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しないものとし、法人税法第六十八条（同法第百四十四条において準用する場合を含む。）の規定により法人税の額から控除される所得税の額は、その控除しようとする事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入するものとする。
３
第一項に規定する短期公社債とは、割引の方法により発行される公社債で次に掲げるもののうち、その発行の日から償還期限までの期間が一年以下であるものをいう。
一
国債
二
社債、株式等の振替に関する法律第六十六条第一号に規定する短期社債又は同法附則第三十六条第一項に規定する振替外債のうち財務省令で定める要件を満たすもの
三
投資信託及び投資法人に関する法律第百三十九条の十二第一項に規定する短期投資法人債
四
信用金庫法第五十四条の四第一項に規定する短期債
五
保険業法第六十一条の十第一項に規定する短期社債
六
資産の流動化に関する法律第二条第八項に規定する特定短期社債
七
農林中央金庫法第六十二条の二第一項に規定する短期農林債
（繰上償還等の場合の所得税の還付）
第二十六条の十二
法第四十一条の十二第五項の規定により還付する所得税の額は、割引債の券面金額から償還金額（買入消却が行われる場合には、その買入金額。以下この項において同じ。）を控除した金額（当該割引債が外国法人が国外において発行したものであるときは、次に掲げる金額）に、当該割引債の発行の際に同条第三項の規定により当該割引債に係る償還差益について徴収された所得税の税率を乗じて計算した金額とする。
一
所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）第三条の規定による改正前の法人税法（ロ及び次号において「平成二十六年旧法人税法」という。）第百四十一条第一号に掲げる外国法人が国外において発行した割引債の券面金額から償還金額を控除した金額にイに掲げる金額のうちにロに掲げる金額の占める割合を乗じて計算した金額
イ
当該割引債の社債発行差金
ロ
イに掲げる金額のうち当該外国法人の平成二十六年旧法人税法第百四十一条第一号に規定する事業を行う一定の場所を通じて国内において行う事業に帰せられる部分の金額
二
平成二十六年旧法人税法第百四十一条第二号又は第三号に掲げる外国法人が国外において発行した割引債の券面金額から償還金額を控除した金額にイに掲げる金額のうちにロに掲げる金額の占める割合を乗じて計算した金額
イ
当該割引債の社債発行差金
ロ
イに掲げる金額のうちこれらの外国法人の平成二十六年旧法人税法第百四十一条第二号又は第三号に規定する事業に帰せられる部分の金額
２
法第四十一条の十二第五項の規定による還付は、同項に規定する償還の際、還付する。
この場合において、当該還付をする金額は、同条第三項又は所得税法第百八十一条若しくは第二百十二条の規定により納付すべき金額から控除する。
（非課税法人等に対する所得税の還付）
第二十六条の十三
法第四十一条の十二第六項の割引債につき、同項の規定により還付する所得税の額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額とする。
一
その償還期限後において償還する場合
当該割引債につき法第四十一条の十二第三項の規定により徴収された所得税の額（当該所得税の額が明らかでないときは、当該割引債の券面金額から当該割引債に係る最終発行日における発行価額等を控除した残額（当該割引債が外国法人が国外において発行したものであるときは、同項に規定する政令で定める金額）に、当該割引債の発行の際に同項の規定により当該割引債に係る償還差益について徴収された所得税の税率を乗じて計算した金額。以下この条において同じ。）のうち、法第四十一条の十二第六項に規定する内国法人又は受託者（以下この条において「非課税法人等」という。）が当該割引債を所有していた期間に対応する部分の金額
二
その償還期限を繰り上げて償還する場合又は当該期限前に買入消却をする場合
当該割引債につき法第四十一条の十二第三項の規定により徴収された所得税の額から同条第五項の規定により還付される金額を控除した残額のうち、非課税法人等が当該割引債を所有していた期間に対応する部分の金額
２
前項各号に規定する非課税法人等が当該割引債を所有していた期間に対応する部分の金額は、当該各号に規定する所得税の額又は残額に、当該割引債の発行の日（その日が明らかでないときは、当該割引債に係る最終発行日）から償還（買入消却を含む。以下この条において同じ。）の日までの期間の月数（当該割引債が第二十六条の十一第三項に規定する短期公社債である場合には、日数。以下この項及び第五項第三号において同じ。）のうちに当該非課税法人等が当該割引債を所有していた期間のうちその償還の日までの期間の月数の占める割合を乗じて計算した金額とする。
３
前項の月数は、暦に従つて計算し、一月に満たない端数を生じたときは、所有していた期間にあつてはこれを一月とし、発行の日から償還の日までの期間にあつてはこれを切り捨てたところによるものとし、同項の割合が一を超えるときは、これを一とする。
４
法第四十一条の十二第六項の規定による還付は、非課税法人等からの請求に基づき、償還差益の同項に規定する支払をする際、還付する。
この場合においては、前条第二項後段の規定を準用する。
５
法第四十一条の十二第六項の規定による還付を受けようとする非課税法人等は、同項の割引債につき償還差益の同項に規定する支払を受ける日までに、次に掲げる事項を記載した還付請求書に当該割引債の取得年月日を証する書類を添付して、これを当該割引債の発行者に提出しなければならない。
一
請求者の名称及びその本店又は主たる事務所の所在地
二
償還を受ける割引債の券面金額の合計額及び発行価額（当該発行価額が明らかでないときは、当該割引債に係る最終発行日における発行価額等）の合計額並びに当該割引債につき法第四十一条の十二第三項の規定により徴収された所得税の額
三
償還を受ける割引債の取得年月日及び当該割引債を所有していた期間のうちその償還の日までの期間の月数
四
第二号に掲げる所得税の額のうち、法第四十一条の十二第六項の規定による還付を受けようとする金額
五
その他参考となるべき事項
（割引債の発行者が還付する金額を納付すべき金額から控除できなかつた場合の処理）
第二十六条の十四