平成二十四年十月一日から同年十二月三十一日までの間における新租税特別措置法第九十条の三の三第二項及び第三項の規定の適用については、同条第二項中「第十八条の二、第二十一条及び第二十二条（第一号を除く。）並びに国税通則法第七十四条の五第四号（ロ及びニを除く。）、第七十四条の七から第七十四条の十一まで、第七十四条の十二第五項及び第七十四条の十三」とあるのは「第二十一条、第二十二条（第一号を除く。）及び第二十三条（第一項第二号及び第四号並びに第三項を除く。）」と、「石油石炭税法第十八条の二中「第四条及び第十三条から第十七条まで」とあるのは「租税特別措置法第九十条の三の三第四項及び第五項」と、同法」とあるのは「同法」と、「この条」とあるのは「この条並びに第二十三条第一項及び第二項」と、「という。）を同項」とあるのは「という。）を同法第九十条の三の三第一項」と、「国税通則法第七十四条の五第四号イ中「原油等（同法第四条第二項（納税義務者）に規定する原油等」とあるのは「特定用途石炭（租税特別措置法第九十条の三の三第一項の規定の適用を受けた石炭」と、同号ハ中「原油等又はロに規定する原油等」とあるのは「特定用途石炭」と、同法第七十四条の十二第五項中「同法第二条第一号（定義）に規定する原油、同条第三号に規定するガス状炭化水素若しくは同条第四号に規定する石炭の採取又は原油等」とあるのは「特定用途石炭」」とあるのは「同法第二十三条第一項第一号中「原油等」とあるのは「特定用途石炭」と、同項第三号中「原油等又は前号に規定する原油等」とあるのは「特定用途石炭」と、同条第二項中「原油、ガス状炭化水素若しくは石炭の採取又は原油等」とあるのは「特定用途石炭」と、同条第四項中「第四条及び第十三条から第十七条まで」とあるのは「租税特別措置法第九十条の三の三第四項及び第五項」」と、同条第三項中「国税通則法第七十四条の五第四号（ロ及びニ」とあるのは「第二十三条（第一項第二号及び第四号並びに第三項」と、「準用される同項」とあるのは「準用される前項」と、「石油石炭税法第二十一条に」とあるのは「同法第二十一条に」と、「第二十四条（第五号に係る部分に限る」とあるのは「第二十五条（第一号から第四号まで及び第六号中同法第二十三条第一項第二号に係る部分を除く」と、「第二十五条第一項並びに国税通則法第百二十七条（第二号及び第三号中同法第七十四条の五第四号イに係る部分に限る。）及び第百二十九条」とあるのは「第二十六条第一項」とする。
（特定の石油製品を特定の運送又は農林漁業の用に供した場合の石油石炭税の還付に関する経過措置）
第四十五条
平成二十四年十月一日から平成二十六年三月三十一日までの間における新租税特別措置法第九十条の三の四第一項の規定の適用については、同項本文中「第九十条の三の二第一号に定める税率」とあるのは、「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号）附則第四十三条第二項第一号に定める税率」とする。
２
平成二十四年十月一日から同年十二月三十一日までの間における新租税特別措置法第九十条の三の四第三項及び第四項の規定の適用については、同条第三項中「及び第二十二条（第一号を除く。）並びに国税通則法第七十四条の五第四号（ロ及びニを除く。）、第七十四条の七から第七十四条の十一まで、第七十四条の十二第五項及び第七十四条の十三」とあるのは「、第二十二条（第一号を除く。）及び第二十三条（第一項第二号及び第四号、第三項並びに第四項を除く。）」と、「石油石炭税法第二十一条中」とあるのは「同法第二十一条中」と、「この条」とあるのは「この条並びに第二十三条第一項及び第二項」と、「という。）を同項」とあるのは「という。）を同法第九十条の三の四第一項」と、「国税通則法第七十四条の五第四号イ中「原油等（同法第四条第二項（納税義務者）に規定する原油等」とあるのは「特定用途石油製品（租税特別措置法第九十条の三の四第一項に規定する石油製品」と、同号ハ中「原油等又はロに規定する原油等」とあるのは「特定用途石油製品」と、同法第七十四条の十二第五項中「同法第二条第一号（定義）に規定する原油、同条第三号に規定するガス状炭化水素若しくは同条第四号に規定する石炭の採取又は原油等」」とあるのは「同法第二十三条第一項第一号中「原油等」とあるのは「特定用途石油製品」と、同項第三号中「原油等又は前号に規定する原油等」とあるのは「特定用途石油製品」と、同条第二項中「原油、ガス状炭化水素若しくは石炭の採取又は原油等」」と、同条第四項中「国税通則法第七十四条の五第四号（ロ及びニ」とあるのは「第二十三条（第一項第二号及び第四号、第三項並びに第四項」と、「準用される同項」とあるのは「準用される前項」と、「準用される石油石炭税法」とあるのは「準用される同法」と、「石油石炭税法第二十一条に」とあるのは「同法第二十一条に」と、「第二十四条（第五号に係る部分に限る」とあるのは「第二十五条（第一号から第四号まで及び第六号中同法第二十三条第一項第二号に係る部分を除く」と、「第二十五条第一項並びに国税通則法第百二十七条（第二号及び第三号中同法第七十四条の五第四号イに係る部分に限る。）及び第百二十九条」とあるのは「第二十六条第一項」とする。
（引取りに係る沖縄発電用特定石炭等の免税に関する経過措置）
第四十六条
施行日前に課した、又は課すべきであった石油石炭税については、なお従前の例による。
２
平成二十四年四月一日から同年十二月三十一日までの間における新租税特別措置法第九十条の四の三第二項の規定の適用については、同項中「第十八条の二、第二十一条及び第二十二条（第一号を除く。）並びに国税通則法第七十四条の五第四号（ロ及びニを除く。）、第七十四条の七から第七十四条の十一まで、第七十四条の十二第五項及び第七十四条の十三」とあるのは「第二十一条、第二十二条（第一号を除く。）及び第二十三条（第一項第二号及び第四号並びに第三項を除く。）」と、「この場合において、石油石炭税法第十八条の二中「第四条及び第十三条から第十七条まで」とあるのは「租税特別措置法第九十条の四の三第四項及び第五項」と」とあるのは「この場合において」と、「において「沖縄発電用特定石炭等」とあるのは「並びに第二十三条第一項及び第二項において「沖縄発電用特定石炭等」と、「国税通則法第七十四条の五第四号イ中「原油等（同法第四条第二項（納税義務者）に規定する原油等」とあるのは「同法第二十三条第一項第一号中「原油等」と、「沖縄発電用特定石炭等（租税特別措置法第九十条の四の三第一項の規定により石油石炭税の免除を受けた天然ガス又は石炭」と、同号ハ中「原油等又はロ」とあるのは「沖縄発電用特定石炭等」と、同項第三号中「原油等又は前号」と、「沖縄発電用特定石炭等」と、同法第七十四条の十二第五項中「同法第二条第一号（定義）に規定する原油、同条第三号に規定するガス状炭化水素若しくは同条第四号に規定する石炭」とあるのは「沖縄発電用特定石炭等」と、同条第二項中「原油、ガス状炭化水素若しくは石炭」と、「読み替える」とあるのは「、同条第四項中「第四条及び第十三条から第十七条まで」とあるのは「租税特別措置法第九十条の四の三第四項及び第五項」と読み替える」とする。
（石油化学製品の原料用特定揮発油等に係る石油石炭税の還付に関する経過措置）
第四十七条
新租税特別措置法第九十条の五第一項の規定は、同項に規定する石油化学製品の製造者が平成二十四年十月一日以後に同項に規定する特定揮発油等を原料に用いて同項に規定する石油化学製品を製造した場合について適用し、当該石油化学製品の製造者が同日前に当該特定揮発油等を原料に用いて当該石油化学製品を製造した場合については、なお従前の例による。
２
平成二十四年十月一日から平成二十六年三月三十一日までの間における新租税特別措置法第九十条の五第一項の規定の適用については、同項中「第九十条の三の二第一号」とあるのは、「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号）附則第四十三条第二項第一号」とする。
３
平成二十六年四月一日から平成二十八年三月三十一日までの間における新租税特別措置法第九十条の五第一項の規定の適用については、同項中「第九十条の三の二第一号」とあるのは、「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号）附則第四十三条第三項第一号」とする。
（特定の重油を農林漁業の用に供した場合の石油石炭税の還付に関する経過措置）
第四十八条
新租税特別措置法第九十条の六第一項の規定は、農林漁業を営む者が平成二十四年十月一日以後に同項に規定する重油をその用途に供するため同項に規定する方法により購入した場合について適用し、農林漁業を営む者が同日前に当該重油をその用途に供するため当該方法により購入した場合については、なお従前の例による。
２
平成二十四年十月一日から平成二十六年三月三十一日までの間における新租税特別措置法第九十条の六第一項の規定の適用については、同項中「第九十条の三の二第一号」とあるのは、「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号）附則第四十三条第二項第一号」とする。
（石油石炭税の特例に関する経過措置）
第四十九条