新令第三十九条の七第五項第五号の規定は、法人が附則第一条第四号に定める日以後に行う新法第六十五条の七第一項の表の第七号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十五条の七第一項の表の第七号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
３
新令第三十九条の七第九項及び第十項の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十五条の七第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧法第六十五条の七第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
（内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
第二十四条
新令第三十九条の十五第一項、第二項及び第七項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の新法第六十六条の六第一項に規定する未処分所得の金額の計算について適用し、旧令第三十九条の十五第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の旧法第六十六条の六第一項に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。
２
新令第三十九条の十七第一項及び第二項の規定は、新法第六十六条の六第三項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の同項に規定する適用対象留保金額について同項の規定を適用する場合について適用し、旧法第六十六条の六第三項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の同項に規定する適用対象留保金額について同項の規定を適用する場合については、なお従前の例による。
（特定の基金に対する負担金等の損金算入の特例に関する経過措置）
第二十五条
法人が施行日前に支出した旧令第三十九条の二十二第二項第八号及び第十一号に掲げる業務に係る基金に充てるための負担金については、なお従前の例による。
（認定特定非営利活動法人に対する寄附金の損金算入の特例に関する経過措置）
第二十六条
新令第三十九条の二十二の二第一項及び第三項の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請について適用し、法人が施行日前に行った旧法第六十六条の十一の二第二項の認定の申請については、なお従前の例による。
（欠損金の繰越期間の特例に関する経過措置）
第二十七条
新令第三十九条の二十三第三項の規定は、法人の附則第一条第八号に定める日以後に終了する事業年度において生じた新法第六十六条の十二第一項に規定する設備廃棄等による欠損金額について適用し、法人の同日前に終了した事業年度において生じた旧法第六十六条の十二第一項に規定する設備廃棄等による欠損金額については、なお従前の例による。
（欠損金の繰戻しによる還付の不適用に関する経過措置）
第二十八条
新令第三十九条の二十四の二第五項の規定は、法人の附則第一条第八号に定める日以後に終了する事業年度において生じた新法第六十六条の十四第一項に規定する設備廃棄等による欠損金額について適用し、法人の同日前に終了した事業年度において生じた旧法第六十六条の十四第一項に規定する設備廃棄等による欠損金額については、なお従前の例による。
（特定の医療法人の法人税率の特例に関する経過措置）
第二十九条
新令第三十九条の二十五第一項及び第三項の規定は、医療法人が施行日以後に行う新法第六十七条の二第一項の承認の申請について適用し、医療法人が施行日前に行った旧法第六十七条の二第一項の承認の申請については、なお従前の例による。
２
新令第三十九条の二十五第五項の規定は、医療法人の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する証明書の提出について適用する。
（特定信託の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
第三十条
新令第三十九条の三十五の八第一項、第二項及び第七項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の新法第六十八条の三の七第一項に規定する未処分所得の金額の計算について適用し、旧令第三十九条の三十五の八第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の旧法第六十八条の三の七第一項に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。
２
新令第三十九条の三十五の十第一項及び第二項の規定は、新法第六十八条の三の七第三項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の同項に規定する適用対象留保金額について同項の規定を適用する場合について適用し、旧法第六十八条の三の七第三項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の同項に規定する適用対象留保金額について同項の規定を適用する場合については、なお従前の例による。
（連結法人の試験研究費の額が増加した場合等の法人税額の特別控除に関する経過措置）
第三十一条
新令第三十九条の三十九第十項第三号の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に支出する同号に掲げる費用について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に支出した旧令第三十九条の三十九第一項第三号に掲げる費用については、なお従前の例による。
２
連結法人の連結親法人事業年度（法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。）が平成十五年一月一日から平成十五年三月三十一日までの間に開始する連結事業年度（施行日以後に終了する連結事業年度に限る。）に支出した旧令第三十九条の三十九第六項に規定する試験研究（旧令第二十七条の四第五項第一号に掲げる試験研究に係る部分に限る。）に係る旧令第三十九条の三十九第七項第一号に掲げる試験研究費の額については、同条第六項及び第七項の規定（旧令第二十七条の四第五項第一号に掲げる試験研究に係る部分に限る。）は、なおその効力を有する。
（連結法人の減価償却に関する経過措置）
第三十二条
新令第三十九条の四十六第一項第一号及び第四号の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする新法第六十八条の十六第一項の表の第一号に掲げる減価償却資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧法第六十八条の十六第一項の表の第一号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
２
新令第三十九条の四十七第四項及び第五項の規定は、連結親法人が施行日以後に取得等をする新法第六十八条の十八第二項に規定する保全事業等資産について適用し、連結親法人が施行日前に取得等をした旧法第六十八条の十八第二項に規定する保全事業等資産については、なお従前の例による。
３
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に旧令第三十九条の四十八に規定する地域又は区域において取得等をした旧法第六十八条の十九第一項に規定する地震防災対策用資産については、なお従前の例による。
４
改正法附則第百十五条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の二十一第二項の規定に基づく旧令第三十九条の五十第五項の規定は、なおその効力を有する。
５
新令第三十九条の五十三第一項及び第二項第二号の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等をする新法第六十八条の二十四第一項の表の第一号及び第二号に掲げる減価償却資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧法第六十八条の二十四第一項の表の第一号及び第二号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
６
新令第三十九条の五十四の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等をする新法第六十八条の二十五第一項に規定する再商品化設備等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧法第六十八条の二十五第一項に規定する再商品化設備等については、なお従前の例による。
７
新令第三十九条の五十六の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等をする新法第六十八条の二十七第一項に規定する工業用機械等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧法第六十八条の二十七第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。
８
改正法附則第百十五条第十六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十二（第一項第一号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の六十一第一項から第十項までの規定は、なおその効力を有する。
９
改正法附則第百十五条第十八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十四（第三項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の六十三第二項及び第七項の規定は、なおその効力を有する。
１０
新令第三十九条の六十四第三項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は新築をする新法第六十八条の三十五第三項第二号に掲げる建築物について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は新築をした旧法第六十八条の三十五第三項に規定する特定再開発建築物等については、なお従前の例による。
１１