法第五十九条の三第六項に規定する政令で定める場合は、同項の当該法人に係る関連者と同項の非関連者（以下この項及び次項において「非関連者」という。）との間で行う特許権譲受等取引（同条第二項第五号イに規定する特許権譲受等取引をいう。第十八項を除き、以下この条において同じ。）に係る法第五十九条の三第二項第二号に規定する適格特許権等が同条第六項の法人に特許権譲受等取引によつて移転又は提供をされることが当該関連者と非関連者との間で特許権譲受等取引を行つた時において契約その他によりあらかじめ定まつている場合で、かつ、当該移転又は提供に係る対価の額が当該法人と当該関連者との間で実質的に決定されていると認められる場合とする。
１６
法第五十九条の三第六項の規定により同項の法人と同項の当該法人に係る関連者との間で行われた特許権譲受等取引とみなされた取引に係る同条第四項に規定する独立企業間価格は、同条第五項の規定にかかわらず、当該取引が当該法人と当該関連者との間で行われたものとみなして同項の規定を適用した場合に算定される金額に、当該法人と当該関連者との取引が非関連者を通じて行われることにより生ずる対価の額の差につき必要な調整を加えた金額とする。
１７
法第五十九条の三第八項に規定する前事業年度がない場合その他の政令で定める場合は、次に掲げる場合とする。
一
法第五十九条の三第八項の法人の当該事業年度の前事業年度がない場合
二
法第五十九条の三第八項の一の関連者が同項の法人の当該事業年度において当該法人に係る同条第二項第一号に規定する関連者（次項及び第二十項において「関連者」という。）に該当することとなつた場合（前号に掲げる場合を除く。）
１８
法第五十九条の三第八項に規定する特許権譲受等取引がない場合として政令で定める場合は、同項の法人の当該事業年度の前事業年度において当該法人に係る一の関連者との間で行つた特許権譲受等取引（同条第七項に規定する特許権譲受等取引をいう。以下この項において同じ。）がない場合（前項各号に掲げる場合に該当することにより当該事業年度の前事業年度において当該一の関連者との間で行つた特許権譲受等取引がない場合を除く。）とする。
１９
国税通則法施行令第三十条の三の規定は、法第五十九条の三第十一項の規定により同項の帳簿書類を留め置く場合について準用する。
２０
第三十九条の十二第十四項から第二十項までの規定は、法人が当該法人に係る関連者との間で行つた特許権譲受等取引につき、法第五十九条の三第十四項において法第六十六条の四第八項から第十五項まで及び第二十六項から第三十項までの規定を準用する場合について準用する。
この場合において、第三十九条の十二第十四項中「無形資産国外関連取引（国外関連取引のうち、無形資産（同条第七項第二号に規定する無形資産」とあるのは「特許権譲受等取引（法第五十九条の三第二項第五号イに規定する特許権譲受等取引をいい、適格特許権等（同項第二号に規定する適格特許権等」と、「において同じ。）の譲渡若しくは貸付け（無形資産に係る権利の設定その他他の者に無形資産を使用させる一切の行為を含む。）又はこれらに類似する取引をいう」とあるのは「及び第十八項第一号において同じ。）に係る取引に限る」と、「同条第一項」とあるのは「法第五十九条の三第四項」と、「無形資産国外関連取引を」とあるのは「特許権譲受等取引を」と、「無形資産の」とあるのは「適格特許権等の」と、「当該無形資産に」とあるのは「当該適格特許権等に」と、同条第十五項第一号中「特定無形資産国外関連取引」とあるのは「特定特許権譲受等取引」と、同条第十六項中「同項の法人が、同項の特定無形資産国外関連取引の対価の額の支払を受ける場合には第一号に掲げる場合とし、当該対価の額を支払う場合には第二号」とあるのは「第一号」と、同項第一号中「当該特定無形資産国外関連取引につき法第六十六条の四第八項本文」とあるのは「法第五十九条の三第十四項において読み替えて準用する法第六十六条の四第八項の特定特許権譲受等取引につき同項本文」と、「同条第一項」とあるのは「法第五十九条の三第四項」と、「特定無形資産国外関連取引の」とあるのは「特定特許権譲受等取引の」と、同条第十七項第一号中「特定無形資産国外関連取引」とあるのは「特定特許権譲受等取引」と、同条第十八項中「同項の法人が、同項の特定無形資産国外関連取引（その対価の額につき、当該特定無形資産国外関連取引を行つた時に当該特定無形資産国外関連取引に係る特定無形資産（同条第八項に規定する特定無形資産をいう。以下この項において同じ。）の使用その他の行為による利益（これに準ずるものを含む。以下この項において同じ。）が生ずることが予測された期間内の日を含む各事業年度の当該利益の額として当該特定無形資産国外関連取引を行つた時に予測された金額を基礎として算定したものに限る。以下この項において同じ。）の対価の額の支払を受ける場合には第一号に掲げる場合とし、当該対価の額を支払う場合には第二号」とあるのは「第一号」と、同項第一号中「当該特定無形資産国外関連取引に係る判定期間」とあるのは「法第五十九条の三第十四項において読み替えて準用する法第六十六条の四第十項の特定特許権譲受等取引（その対価の額につき、当該特定特許権譲受等取引を行つた時に当該特定特許権譲受等取引に係る適格特許権等の使用その他の行為による利益（これに準ずるものを含む。以下この号において同じ。）が生ずることが予測された期間内の日を含む各事業年度の当該利益の額として当該特定特許権譲受等取引を行つた時に予測された金額を基礎として算定したものに限る。以下この号において同じ。）に係る判定期間」と、「特定無形資産国外関連取引に係る特定無形資産」とあるのは「適格特許権等」と、「特定無形資産国外関連取引を」とあるのは「特定特許権譲受等取引を」と、「当該特定無形資産の」とあるのは「当該適格特許権等の」と、同条第二十項中「同条第二項第一号ニ」とあるのは「同条第二項第一号ニ（法第五十九条の三第五項の規定により準じて算定する場合を含む。）」と、「同項第二号」とあるのは「法第六十六条の四第二項第二号」と、同項第二号中「第六十六条の四第一項に規定する特殊の関係」とあるのは「第五十九条の三第二項第一号に規定する政令で定める特殊の関係」と読み替えるものとする。
２１
法第五十九条の三第一項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算については、同項の規定により損金の額に算入される金額は、法人税法施行令第九条第一号イに規定する所得の金額に含まれるものとする。
２２
第三十三条の四第六項の規定は、法第五十九条の三第一項の規定の適用がある場合における法人税法及び法人税法施行令の一部を改正する政令（昭和四十二年政令第百六号）の規定の適用について準用する。
この場合において、第三十三条の四第六項中「、法第五十七条の七第一項」とあるのは「、法第五十九条の三第一項」と、「とする」とあるのは「とし、法人税法施行令の一部を改正する政令（昭和四十二年政令第百六号）附則第五条第一項第二号に規定する所得の金額は、法第五十九条の三第一項の規定を適用しないで計算するものとする」と読み替えるものとする。
第三節の四　沖縄の認定法人の課税の特例
第三十六条
法第六十条第一項に規定する政令で定める場合は、対象内国法人（同項に規定する対象内国法人をいう。以下この条において同じ。）が合併により設立された法人であり、かつ、当該合併に係る被合併法人が同項の表の各号の中欄に掲げる区域内において当該各号の下欄に掲げる事業を行つていた法人である場合その他の財務省令で定める場合とし、同項に規定する政令で定める期間は、当該対象内国法人の設立の日から適用月数（百二十月から当該被合併法人が当該区域内において当該事業を行つていた期間の月数その他の財務省令で定める期間の月数を控除した月数をいう。）を経過する日までの期間とする。
２
法第六十条第一項に規定する政令で定める事業は、次の各号に掲げる事業の区分に応じ当該各号に定める事業とする。
一
法第六十条第一項の表の第一号の中欄に掲げる区域内において行われる同号の下欄に掲げる事業
当該区域以外の地域において行われる沖縄振興特別措置法施行令第十一条第二項第四号イからトまでに掲げる業務に係る事業
二
法第六十条第一項の表の第二号の中欄に掲げる区域内において行われる同号の下欄に掲げる事業
当該事業が沖縄振興特別措置法施行令第二十一条第二項第六号イからハまでに掲げる事業のいずれに該当するかに応じそれぞれ当該区域以外の地域において行われる同号イからハまでに定める業務に係る事業
３
法第六十条第一項に規定する政令で定める金額は、同項に規定する特定事業等（以下この条において「特定事業等」という。）により生じた所得のみについて法人税を課するものとした場合に課税標準となるべき対象内国法人の特定対象事業年度（同項に規定する特定対象事業年度をいう。以下この条において同じ。）の所得の金額（以下この条において「軽減対象所得金額」という。）に相当する金額とする。
ただし、当該軽減対象所得金額が当該特定対象事業年度の所得の金額（以下この項において「全所得金額」という。）を超える場合には、当該全所得金額に相当する金額を限度とする。
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