改正法附則第六十九条第十三項に規定する法人が同項に規定する通算開始直前事業年度又は通算加入直前事業年度終了の時に同項に規定する特別勘定の金額（以下この項において「特別勘定残額」という。）を有する場合において、当該特別勘定残額が次の各号に掲げる法人の区分に応じ当該各号に定める特別勘定の金額に該当するときは、当該特別勘定残額については、同条第十三項の規定は、適用しない。
一
法人税法第六十四条の十一第一項に規定する内国法人（同項に規定する親法人を除く。）
法人税法施行令第百三十一条の十三第二項第四号ロに掲げる特別勘定の金額
二
法人税法第六十四条の十二第一項に規定する他の内国法人
法人税法施行令第百三十一条の十三第三項第四号ロに掲げる特別勘定の金額
１４
改正法附則第六十九条第九項又は第十二項の規定の適用がある場合における法人税法施行令の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
第百二十二条の十四第三項
特例等）の規定
特例等）若しくは所得税法等の一部を改正する等の法律（平成二十九年法律第四号）附則第六十九条第九項若しくは第十一項（法人の資産の譲渡の場合の課税の特例に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧効力措置法」という。）第六十五条の七から第六十五条の九まで（特定の資産の買換えの場合の課税の特例等）の規定
同法
租税特別措置法
第百二十三条の八第六項第五号
）又は
）若しくは
）に規定する
）又は旧効力措置法第六十五条の八第十項若しくは第十二項（特定の資産の譲渡に伴い特別勘定を設けた場合の課税の特例）に規定する
１５
改正法附則第六十九条第九項の規定の適用がある場合における東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律施行令（平成二十三年政令第百十二号）の規定の適用については、同令第十八条の八第二項中「）又は」とあるのは「）若しくは」と、「の規定」とあるのは「又は所得税法等の一部を改正する等の法律（平成二十九年法律第四号）附則第六十九条第九項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この項において「旧効力措置法」という。）第六十五条の七の規定」と、「又は第六十六条の二第十四項第二号イ」とあるのは「若しくは第六十六条の二第十四項第二号イ又は旧効力措置法第六十五条の七第十六項第一号イ」とする。
１６
法人が改正法附則第六十九条第九項又は第十二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十五条の八第七項に規定する特別勘定を設けている場合において、新法第六十五条の八第十九項の特定非常災害として指定された非常災害が発生したときは、当該特別勘定については、同項の規定の例による。
（連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
第二十四条
新令第三十九条の三十九第八項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧令第三十九条の三十九第十二項の規定（旧令第二十七条の四第十一項の規定を含む。）の適用を受けたものである場合には、旧令第三十九条の三十九第十二項に規定する合理的な方法について受けた認定は新令第三十九条の三十九第八項に規定する合理的な方法について受けた認定と、旧令第三十九条の三十九第十二項の分割等に係る同項の分割法人等の連結親法人（当該分割法人等が連結親法人である場合には、当該分割法人等）及び分割承継法人等の連結親法人（当該分割承継法人等が連結親法人である場合には、当該分割承継法人等）がした同項に規定する届出は新令第三十九条の三十九第八項に規定する届出と、それぞれみなす。
ただし、当該分割等に係る同項第一号イ若しくはロに規定する移転試験研究費の額、同項第二号イ若しくはロに規定する月別移転試験研究費の額又は同項第三号に規定する移転試験研究費の額若しくは月別移転試験研究費の額に同条第三項第二号に定める費用の額が含まれる場合は、この限りでない。
２
新令第三十九条の三十九第十項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧令第三十九条の三十九第十四項の規定（旧令第二十七条の四第十三項の規定を含む。）の適用を受けたものである場合には、旧令第三十九条の三十九第十四項の現物分配に係る被現物分配法人の連結親法人（当該被現物分配法人が連結親法人である場合には、当該被現物分配法人）がした同項に規定する届出は、新令第三十九条の三十九第十項に規定する届出とみなす。
ただし、当該被現物分配法人が当該現物分配により同条第三項第二号に掲げる試験研究の用に供される資産の移転を受けている場合は、この限りでない。
３
新令第三十九条の三十九第十八項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧令第三十九条の三十九第十九項の規定（旧令第二十七条の四第二十項の規定を含む。）の適用を受けたものである場合には、旧令第三十九条の三十九第十九項に規定する合理的な方法について受けた認定は新令第三十九条の三十九第十八項に規定する合理的な方法について受けた認定と、旧令第三十九条の三十九第十九項の分割等に係る同項の分割法人等の連結親法人（当該分割法人等が連結親法人である場合には、当該分割法人等）及び分割承継法人等の連結親法人（当該分割承継法人等が連結親法人である場合には、当該分割承継法人等）がした同項に規定する届出は新令第三十九条の三十九第十八項に規定する届出と、それぞれみなす。
４
新令第三十九条の三十九第二十項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧令第三十九条の三十九第二十一項の規定（旧令第二十七条の四第二十二項の規定を含む。）の適用を受けたものである場合には、旧令第三十九条の三十九第二十一項の現物分配に係る被現物分配法人の連結親法人（当該被現物分配法人が連結親法人である場合には、当該被現物分配法人）がした同項に規定する届出は、新令第三十九条の三十九第二十項に規定する届出とみなす。
ただし、当該被現物分配法人が当該現物分配により同条第三項第二号に掲げる試験研究の用に供される資産の移転を受けている場合は、この限りでない。
５
新令第三十九条の三十九第八項、第十項、第十八項又は第二十項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同条第八項若しくは第十八項の分割等（第一項又は第三項の規定の適用に係るものを除く。）又は同条第十項若しくは第二十項の現物分配（第二項又は前項の規定の適用に係るものを除く。）が施行日以後最初に開始する連結親法人事業年度（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。附則第二十八条第一項において同じ。）開始の日前に行われたものである場合における新令第三十九条の三十九第八項又は第十八項の認定及び同条第十項又は第二十項の届出その他前各項の規定の適用に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。
（連結法人がエネルギー環境負荷低減推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除等に関する経過措置）
第二十五条
連結法人の平成三十年四月一日前に終了した地方法人税法第十六条第一項第一号に規定する前課税事業年度における新令第三十九条の四十第五項（第五号に係る部分に限るものとし、新令第三十九条の四十一第八項、第三十九条の四十三第七項、第三十九条の四十五の四第九項及び第三十九条の四十六第九項において準用する場合を含む。）の規定の適用については、新令第三十九条の四十第五項第五号中「百分の十・三」とあるのは、「百分の四・四」とする。
２
連結法人の平成三十年四月一日前に終了した地方法人税法第二十三条第一項本文に規定する課税事業年度における新令第三十九条の四十第五項（第六号に係る部分に限るものとし、新令第三十九条の四十一第八項、第三十九条の四十三第七項、第三十九条の四十五の四第九項及び第三十九条の四十六第九項において準用する場合を含む。）の規定の適用については、同号中「百分の十・三」とあるのは、「百分の四・四」とする。
３
連結法人の平成三十年四月一日前に終了した地方法人税法第二十九条第二項の各課税事業年度における新令第三十九条の四十第五項（第七号に係る部分に限るものとし、新令第三十九条の四十一第八項、第三十九条の四十三第七項、第三十九条の四十五の四第九項及び第三十九条の四十六第九項において準用する場合を含む。）の規定の適用については、同号中「百分の十・三」とあるのは、「百分の四・四」とする。
（連結法人の減価償却に関する経過措置）
第二十六条
新令第三十九条の四十九第一項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この項及び第三項において同じ。）をする新法第六十八条の十六第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧法第六十八条の十六第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
２
改正法附則第八十二条第四項に規定する政令で定める減価償却資産に関する特例を定めている規定は、次に掲げる規定（同項に規定する一年以内連結事業年度等が連結事業年度に該当しない事業年度である場合には、附則第十九条第二項各号に掲げる規定）とする。
一