改正法附則第九十二条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条の規定に基づく旧令第二十九条の四の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第三項中「法第六十八条の三十四第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第百十五条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の三十四第一項」と、「第三十九条の六十三第二項」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十八年政令第百五十九号）附則第三十条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令第三十九条の六十三第二項」とする。
３
改正法附則第九十二条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十八条の規定に基づく旧令第二十九条の六の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第一項第一号中「国土交通大臣が財務大臣と協議して指定する」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十八年政令第百五十九号。第四項において「改正令」という。）第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行令第二十九条の六第一項第一号に規定する財務省令で定める」と、同条第四項中「法第六十八条の三十六第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第百十五条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の三十六第一項」と、「第三十九条の六十五第三項」とあるのは「改正令附則第三十条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる改正令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令第三十九条の六十五第三項」とする。
４
施行日から附則第一条第六号に定める日の前日までの間における新令第三十条及び第三十二条の規定の適用については、新令第三十条第一項第七号及び第三項第八号中「又は第十項の規定」とあり、及び「又は第四十八条の規定」とあり、同項第十六号中「又は第十項の規定」とあり、及び「又は第六十八条の三十六の規定」とあり、並びに新令第三十二条第一項第七号中「又は第十項の規定」とあり、及び「又は第四十八条の規定」とあるのは、「の規定」とする。
（新幹線鉄道大規模改修準備金に関する経過措置）
第十八条
改正法附則第九十三条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十六条の規定に基づく旧令第三十二条の五の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第二項中「連結事業年度」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）第十六条の規定による改正前の租税特別措置法第二条第二項第十九号に規定する連結事業年度」と、「第六十八条の四十八第五項第三号」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第百十六条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の四十八第五項第三号」とする。
（探鉱準備金又は海外探鉱準備金に関する経過措置）
第十九条
新令第三十四条第十項の規定は、施行日以後に同項の認定を受ける外国法人について適用し、施行日前に旧令第三十四条第十項の認定を受けた外国法人については、なお従前の例による。
（法人の資産の譲渡の場合の課税の特例に関する経過措置）
第二十二条
新令第三十九条第七項の規定は、法人が附則第一条第七号に定める日以後に新法第六十四条第一項第三号の二に規定する補償金を取得する場合について適用し、法人が同日前に旧法第六十四条第一項第三号の二に規定する補償金を取得した場合については、なお従前の例による。
２
新令第三十九条第十八項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第七号に定める日以後に新法第六十四条第二項第二号に規定する補償金を取得する場合について適用し、法人が同日前に旧法第六十四条第二項第二号に規定する補償金を取得した場合については、なお従前の例による。
３
新令第三十九条の七第五項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第七号に定める日以後に取得（建設及び製作を含む。以下この項において同じ。）をする新法第六十五条の七第一項の表の第六号の下欄に掲げる資産について適用し、法人が同日前に取得をした旧法第六十五条の七第一項の表の第六号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。
（特定多国籍企業グループに係る国別報告事項の提供に関する経過措置）
第二十三条
施行日から平成二十九年三月三十一日までの間に開始する新法第六十六条の四の四第四項第七号に規定する最終親会計年度における新令第三十九条の十二の四第一項の規定の適用については、同項中「次に掲げる場合のいずれか」とあるのは、「第三号に掲げる場合」とする。
（内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
第二十四条
新令第三十九条の十八第一項の規定は、同項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する調整適用対象金額について適用し、旧令第三十九条の十八第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する調整適用対象金額については、なお従前の例による。
（中小企業者の事業再生に伴い特定の組合財産に係る債務免除等がある場合の評価損益等の特例に関する経過措置）
第二十五条
新令第三十九条の二十八の二第一項及び第二項の規定は、施行日以後に新法第六十七条の五の二第一項に規定する事実が生ずる場合について適用し、施行日前に旧法第六十七条の五の二第一項に規定する事実が生じた場合については、なお従前の例による。
（連結法人の雇用者の数が増加した場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
第二十七条
新令第三十九条の四十五の二第十項の規定は、連結法人の連結親法人事業年度（法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。以下同じ。）が施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（連結法人が認定地方公共団体の寄附活用事業に関連する寄附をした場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
第二十八条
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の令和元年十月一日前に開始した連結事業年度における新令第三十九条の四十五の三の規定の適用については、同条第一項中「百分の一・四」とあるのは、「百分の二・五八」とする。
２
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度における新令第三十九条の四十五の三の規定の適用については、同条第一項第三号中「地方税法」とあるのは「地方税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第四号）附則第四条第三項又は第十一条第三項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法第二条の規定による改正前の地方税法（以下この号において「平成二十六年旧地方税法」という。）」と、「の規定の」とあるのは「（平成二十六年旧地方税法第七百三十四条第三項において準用する場合を含む。）の規定の」と、「同法第五十三条第十二項第一号又は第三百二十一条の八第十二項第一号に規定する内国法人の控除対象還付法人税額（同法第五十三条第十三項（第一号に係る部分に限る。）又は第三百二十一条の八第十三項（第一号に係る部分に限る。）の規定により同法第五十三条第十二項第一号又は第三百二十一条の八第十二項第一号に規定する内国法人の控除対象還付法人税額とみなされる金額を含む。）のうち、同法第五十三条第十二項第一号又は第三百二十一条の八第十二項第一号」とあるのは「これらの規定に規定する控除対象還付法人税額（平成二十六年旧地方税法第五十三条第十三項又は第三百二十一条の八第十三項（平成二十六年旧地方税法第七百三十四条第三項において準用する場合を含む。）の規定により平成二十六年旧地方税法第五十三条第十二項又は第三百二十一条の八第十二項に規定する控除対象還付法人税額とみなされる金額を含む。）のうち、平成二十六年旧地方税法第五十三条第十二項又は第三百二十一条の八第十二項」と、同条第二項中「同項各号」とあるのは「同項第一号、第二号及び第四号」とする。
（連結法人の法人税の額から控除される特別控除額の特例に関する経過措置）
第二十九条
施行日から附則第一条第十号に定める日の前日までの間における新令第三十九条の四十八の規定の適用については、同条第五項及び第六項中「第六十八条の十五の二第十項、第六十八条の十五の三第四項」とあるのは、「第六十八条の十五の二第十項」とする。
（連結法人の減価償却に関する経過措置）
第三十条
改正法附則第百十五条第五項の規定により読み替えて適用する新法第六十八条の三十一第一項に規定する政令で定めるものは、新令第三十九条の六十第一項に規定する機械及び装置並びに工場用の建物及びその附属設備とする。
２
改正法附則第百十五条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十四の規定に基づく旧令第三十九条の六十三の規定は、なおその効力を有する。