（原状回復命令等）
第三十一条
都道府県知事は、指定湖沼の湖辺環境の保護のために必要があると認めるときは、その必要な限度において、前条第二項の規定による処分に違反した者又はその者からその行為の行われた土地についての権利を承継した者に対して、相当の期限を定めて、原状回復を命じ、又は原状回復が著しく困難である場合に、これに代わるべき必要な措置を執るべき旨を命ずることができる。
２
前項の規定により原状回復又はこれに代わるべき必要な措置（以下「原状回復等」という。）を命じようとする場合において、過失がなくて当該原状回復等を命ずべき者を確知することができないときは、都道府県知事は、その者の負担において、当該原状回復等を自ら行い、又はその命じた者若しくは委任した者にこれを行わせることができる。
この場合においては、相当の期限を定めて、当該原状回復等を行うべき旨及びその期限までに当該原状回復等を行わないときは、都道府県知事又はその命じた者若しくは委任した者が当該原状回復等を行う旨をあらかじめ公告しなければならない。
３
前項の規定により原状回復等を行おうとする者は、その身分を示す証明書を携帯し、関係者の請求があるときは、これを提示しなければならない。
（報告及び検査等）
第三十二条
都道府県知事は、この法律の施行に必要な限度において、第三十条第二項又は前条第一項の規定による処分を受けた者に対し、当該処分に係る措置の実施状況その他必要な事項に関し報告を求め、又はその職員に、湖辺環境保護地区内の土地若しくは建物内に立ち入り、第三十条第一項各号に掲げる行為の実施状況を検査させ、若しくはこれらの行為の湖辺環境に及ぼす影響を調査させることができる。
２
前項に規定する職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係者の請求があるときは、これを提示しなければならない。
３
第一項の規定による立入検査又は立入調査の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解してはならない。
（公害等調整委員会の裁定）
第三十三条
第三十条第二項又は第三十一条第一項の規定による都道府県知事の処分に不服がある者は、その不服の理由が鉱業、採石業又は砂利採取業との調整に関するものであるときは、公害等調整委員会に裁定を申請することができる。
この場合には、審査請求をすることができない。
２
行政不服審査法（平成二十六年法律第六十八号）第二十二条の規定は、前項の処分につき、処分をした行政庁が誤つて審査請求又は再調査の請求をすることができる旨を教示した場合について準用する。
（損失の補償）
第三十四条
都道府県は、第三十条第二項の規定による処分を受けたため損失を受けた者に対して、通常生ずべき損失を補償しなければならない。
２
前項の規定による補償を受けようとする者は、都道府県知事にこれを請求しなければならない。
３
都道府県知事は、前項の規定による請求を受けたときは、補償すべき金額を決定し、当該請求者にこれを通知しなければならない。
（訴えの提起）
第三十五条
前条第三項の規定による決定に不服がある者は、その通知を受けた日から六月以内に訴えをもつて補償すべき金額の増額を請求することができる。
２
前項の訴えにおいては、都道府県を被告とする。
（国及び地方公共団体の責務）
第三十六条
国及び地方公共団体は、この章に定める他の施策と相まつて指定湖沼の水質の保全に資するよう緑地の保全その他湖沼の水辺地の自然環境の保護に努めなければならない。
第四章　雑則
（助言その他の措置）
第三十七条
国は、地方公共団体が湖沼水質保全計画に基づく事業を円滑に実施することができるよう、当該地方公共団体に対し、助言その他必要な援助を行うように努めなければならない。
第三十八条
国は、事業者が行う指定湖沼の水質の汚濁の防止のための施設の整備について、必要な資金のあつせん、技術的な助言その他の措置を講ずるように努めなければならない。
２
前項の措置を講ずるに当たつては、中小企業者に対する特別の配慮がなされなければならない。
（関係行政機関の協力等）
第三十九条
都道府県知事は、この法律の目的を達成するため必要があると認めるときは、関係行政機関の長又は関係地方公共団体の長に対し、必要な資料の送付その他の協力を求め、又は指定湖沼の水質の保全に関し意見を述べることができる。
２
河川管理者、港湾管理者（港湾法（昭和二十五年法律第二百十八号）第二条第一項に規定する港湾管理者をいう。）その他指定地域内の公共用水域の管理を行う者で政令で定めるものは、この法律の施行に関して当該公共用水域の管理上必要があると認めるときは、都道府県知事に対し、指定湖沼の水質の保全に関して意見を述べることができる。
（研究の推進等）
第四十条
国は、湖沼の水質の保全に関する研究及び技術の開発を推進し、その成果の普及に努めなければならない。
２
国は、湖沼の水質の保全に関し、知識の普及を図るとともに、国民の協力を求めるように努めなければならない。
（経過措置）
第四十一条
この法律の規定に基づき命令を制定し、又は改廃する場合においては、その命令で、その制定又は改廃に伴い合理的に必要と判断される範囲内において、所要の経過措置（罰則に関する経過措置及び経過措置に関する罰則を含む。）を定めることができる。
（政令で定める市の長による事務の処理）
第四十二条
この法律の規定により都道府県知事の権限に属する事務（第三条第一項（同条第七項において準用する場合を含む。）、第四条第一項、第七条第一項、第二十三条第一項及び第三項、第二十五条第一項、第二十六条第一項並びに第二十九条第一項に規定する事務を除く。）の一部は、指定地域の全部又は一部が政令で定める市の区域内にある場合には、その区域については、政令で定めるところにより、当該市の長が行うこととすることができる。
２
前項の政令で定める市の長は、この法律の施行に必要な事項で環境省令で定めるものを都道府県知事に通知しなければならない。
（条例との関係）
第四十三条
この法律の規定は、指定地域において、地方公共団体が、指定施設（第二十二条の政令で定める施設を含む。以下同じ。）について、水質汚濁防止法第二条第二項第二号に規定する項目以外の項目に関し、及び指定施設以外の同号に規定する項目に関して湖沼の水質の汚濁の原因となる物を排出する施設（同項に規定する特定施設であるものを除く。）について、その施設の構造又は使用の方法に関し、条例で必要な規制を定めることを妨げるものではない。
第五章　罰則
第四十四条
第八条、第十条又は第三十一条第一項の規定による命令に違反した者は、一年以下の拘禁刑又は百万円以下の罰金に処する。
第四十五条
第二十条第二項（第二十二条において準用する場合を含む。）又は第三十条第二項の規定による命令に違反した者は、五十万円以下の罰金に処する。
第四十六条
次の各号のいずれかに該当する者は、三十万円以下の罰金に処する。
一
第十五条第一項、第十七条第一項又は第三十条第一項の規定による届出をせず、又は虚偽の届出をした者
二
第三十条第五項の規定に違反して、届出に係る行為に着手した者
三
第三十二条第一項の規定による報告をせず、若しくは虚偽の報告をし、又は同項の規定による検査若しくは調査を拒み、妨げ、若しくは忌避した者
第四十七条
次の各号のいずれかに該当する者は、二十万円以下の罰金に処する。
一
第十六条第一項の規定による届出をせず、又は虚偽の届出をした者
二
第二十一条第一項（第二十二条において準用する場合を含む。以下この号において同じ。）の規定による報告をせず、若しくは虚偽の報告をし、又は同項の規定による検査を拒み、妨げ、若しくは忌避した者
第四十八条
法人の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関し、第四十四条から前条までの違反行為をしたときは、行為者を罰するほか、その法人又は人に対して各本条の罰金刑を科する。
第四十九条
第十七条第二項又は第十八条第二項の規定による届出をせず、又は虚偽の届出をした者は、十万円以下の過料に処する。
附　則
（施行期日等）
１
この法律は、公布の日から起算して一年を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
ただし、第二条並びに第三条第一項（都道府県知事の申出に係る部分に限る。）、第三項及び第四項の規定は、公布の日から施行する。
２
海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律の一部を改正する法律（昭和五十八年法律第五十八号）第二条の規定により海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律第三条第十一号の規定が同条第十四号に改められるまでの間は、第十二条第一項中「第三条第十四号」とあるのは、「第三条第十一号」と読み替えるものとする。
附　則
（施行期日）
１
この法律は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、公布の日から起算して三月を経過した日から施行する。
（経過措置）
第二条
この法律の施行の際現に第三条の規定による改正前の湖沼水質保全特別措置法又は同法第十四条の規定により適用される改正前の水質汚濁防止法の規定により国の機関に対してされている届出又は国の機関がした命令その他の行為は、第三条の規定による改正後の湖沼水質保全特別措置法又は同法第十四条の規定により適用される改正後の水質汚濁防止法の相当規定に基づいて、相当する国の機関に対してされた届出又は相当する国の機関がした命令その他の行為とみなす。
２
この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附　則
（施行期日）
１