この場合において、所得税法第三十七条第一項又は第三十八条第一項の規定によりその者のその年分の当該特定口座内保管上場株式等の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額の計算上必要経費又は取得費に算入する金額の計算に係る同法第四十八条の規定並びに所得税法施行令第二編第一章第四節第三款及び第百六十七条の七第四項から第七項までの規定並びに第二十五条の十二の四第四項の規定の適用については、次に定めるところによる。
一
二回以上にわたつて取得した同一銘柄の特定口座内保管上場株式等の譲渡による事業所得の金額の計算上必要経費に算入する売上原価の額の計算については、所得税法第四十八条第一項及び第二項の規定にかかわらず、同条第三項の規定及び所得税法施行令第百十八条の規定を適用する。
この場合における同項及び同条の規定の適用については、同項及び同条第一項中「雑所得の金額」とあるのは、「事業所得の金額若しくは雑所得の金額」とする。
二
当該居住者又は恒久的施設を有する非居住者の有する同一銘柄の上場株式等（法第三十七条の十一第二項に規定する上場株式等をいう。以下第二十五条の十の十一までにおいて同じ。）のうちに当該特定口座内保管上場株式等と当該特定口座内保管上場株式等以外の上場株式等とがある場合には、これらの上場株式等については、それぞれその銘柄が異なるものとして、所得税法施行令第二編第一章第四節第三款及び第百六十七条の七第四項から第七項までの規定並びに第二十五条の十二の四第四項の規定を適用する。
三
一の特定口座において一の日に二回以上にわたつて同一銘柄の特定口座内保管上場株式等の譲渡があつた場合には、当該一の日におけるこれらの譲渡については、これらの譲渡のうち最後の譲渡の時にこれらの譲渡があつたものとみなして、所得税法施行令第百十八条の規定を適用する。
２
前項の場合において、株式等の譲渡をした日の属する年分の一般株式等の譲渡による事業所得の金額若しくは雑所得の金額又は上場株式等の譲渡による事業所得の金額若しくは雑所得の金額の計算上必要経費に算入されるべき金額のうちに同項のそれぞれの特定口座に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡と当該特定口座内保管上場株式等以外の株式等の譲渡の双方に関連して生じた金額（以下この項において「共通必要経費の額」という。）があるときは、当該共通必要経費の額は、これらの所得を生ずべき業務に係る収入金額その他の財務省令で定める基準により当該特定口座内保管上場株式等の譲渡に係る必要経費の額と当該特定口座内保管上場株式等以外の株式等の譲渡に係る必要経費の額とに配分するものとする。
３
法第三十七条の十一の三第二項に規定する信用取引等に係る上場株式等の譲渡（以下この項及び次項において「信用取引等に係る上場株式等の譲渡」という。）による事業所得の金額又は雑所得の金額の計算は、同条第二項の居住者又は恒久的施設を有する非居住者が有するそれぞれの特定口座ごとに、当該特定口座に係る信用取引等に係る上場株式等の譲渡による事業所得又は雑所得と当該信用取引等に係る上場株式等の譲渡以外の株式等の譲渡による事業所得又は雑所得とを区分して、当該信用取引等に係る上場株式等の譲渡による事業所得の金額又は雑所得の金額を計算することにより行うものとする。
４
第二項の規定は、前項の場合において株式等の譲渡をした日の属する年分の一般株式等の譲渡による事業所得の金額若しくは雑所得の金額又は上場株式等の譲渡による事業所得の金額若しくは雑所得の金額の計算上必要経費に算入されるべき金額のうちに同項のそれぞれの特定口座に係る信用取引等に係る上場株式等の譲渡と当該信用取引等に係る上場株式等の譲渡以外の株式等の譲渡の双方に関連して生じた金額があるときについて準用する。
５
法第三十七条の十一の三第一項又は第二項の規定の適用を受けようとする居住者又は恒久的施設を有する非居住者は、金融商品取引業者等（同条第三項第一号に規定する金融商品取引業者等をいう。以下第二十五条の十の十一まで及び第二十五条の十の十三において同じ。）の営業所（同号に規定する営業所をいう。以下第二十五条の十の十一まで及び第二十五条の十の十三において同じ。）において同号の口座を開設する場合には、その口座を開設しようとする金融商品取引業者等の営業所の長に対し、最初に法第三十七条の十一の三第一項の規定の適用を受けようとする同条第三項第二号イからハまでに掲げる上場株式等を当該口座に受け入れる時又は当該口座において最初に同条第二項の規定の適用を受けようとする同項に規定する信用取引等（以下第二十五条の十の十一までにおいて「信用取引等」という。）を開始する時のいずれか早い時までに、特定口座開設届出書（法第三十七条の十一の三第三項第一号に規定する特定口座開設届出書をいう。以下第二十五条の十の六まで及び第二十五条の十の九において同じ。）の提出（法第三十七条の十一の三第三項第一号に規定する提出をいう。第二十四項第二号、次条、第二十五条の十の五、第二十五条の十の六及び第二十五条の十の九第一項において同じ。）をしなければならない。
６
法第三十七条の十一の三第三項第二号に規定する政令で定める上場株式等は、法第二十九条の二第一項本文の規定の適用を受けて取得をした同項に規定する特定新株予約権に係る上場株式等とする。
７
法第三十七条の十一の三第三項第二号に規定する政令で定める方法は、次に掲げる方法とする。
一
上場株式等を発行した法人に対して会社法第百九十二条第一項の規定に基づいて行う同項に規定する単元未満株式の譲渡について、同項に規定する請求を当該特定口座を開設する金融商品取引業者等の営業所を経由して行う方法
二
法第三十七条の十第三項又は第三十七条の十一第四項各号に規定する事由による上場株式等の譲渡について、当該譲渡に係る金銭及び金銭以外の資産の交付が当該特定口座を開設する金融商品取引業者等の営業所を経由して行われる方法
三
前二号に掲げるもののほか財務省令で定める方法
８
特定口座を開設している居住者又は恒久的施設を有する非居住者が、当該特定口座に設けられた法第三十七条の十一の三第三項第三号に規定する特定信用取引等勘定において行つた上場株式等の売付けの同条第二項に規定する信用取引につき、当該信用取引の決済を当該上場株式等と同一銘柄の当該特定口座に係る特定口座内保管上場株式等の引渡しにより行つた場合には、その特定口座内保管上場株式等の引渡しは同条第三項第二号に規定する金融商品取引業者等への売委託による方法による譲渡に該当するものとみなして、同条から法第三十七条の十一の六までの規定を適用する。
９
法第三十七条の十一の三第三項第二号に規定する政令で定める事項は、次に定める事項とする。
一
特定口座からの特定口座内保管上場株式等の全部若しくは一部の払出し（振替によるものを含むものとし、法第三十七条の十一の三第三項第二号に規定する方法により行われる譲渡に係るもの及び当該特定口座以外の特定口座への移管に係るものを除く。）があつた場合又は特定口座に係る法第三十七条の十一の二第一項に規定する特定口座内公社債（以下この号において「特定口座内公社債」という。）につき同項各号に掲げる事実が発生した場合には、これらの特定口座を開設する金融商品取引業者等は、これらの特定口座を開設している居住者又は恒久的施設を有する非居住者に対し、当該払出しをした特定口座内保管上場株式等又は当該事実が発生した特定口座内公社債の第十一項第二号イに定めるところにより計算した金額、同号ロに規定する取得日及び当該取得日に係る数その他参考となるべき事項を書面により通知（その書面による通知に代えて行う電磁的方法による通知を含む。同項において同じ。）をすること。
二
法第三十七条の十一の三第三項第二号ロの規定による特定口座内保管上場株式等の移管は、次項及び第十一項に定めるところにより行うこととされていること。
三
第十四項第三号、第四号、第十五号、第二十二号、第二十七号及び第二十八号の移管による上場株式等の受入れは、同項第三号、第四号、第十五号、第二十二号、第二十七号又は第二十八号及び第十五項から第十七項まで若しくは第十九項から第二十一項まで又は第二十五条の十の五に定めるところにより行うこととされていること。
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