施行日前に漁業協同組合合併促進法（昭和四十二年法律第七十八号）第四条第二項の都道府県知事の認定を受けた漁業協同組合が合併をした場合には、当該合併後存続する漁業協同組合又は当該合併により設立した漁業協同組合が当該合併により取得した不動産又は船舶の権利の移転の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより当該認定後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、次の各号に掲げる登記の区分に応じ、当該各号に定める割合とする。
一
不動産の所有権の移転の登記
千分の一
二
不動産の地上権又は賃借権の移転の登記
千分の〇・五
三
船舶の所有権の移転の登記
千分の二
９
旧租税特別措置法第八十条第二項に規定する認定事業者又は認定活用事業者が、施行日前に受けた同項に規定する認定により同項各号に掲げる事項に関し、施行日以後に受ける同項に掲げる事項についての登記に係る登録免許税については、同項の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同項第四号イ中「千分の三十五」とあるのは「千分の十」と、同項第五号中「千分の三」とあるのは「千分の三（不動産の所有権の取得にあつては、千分の一）」とする。
１０
旧租税特別措置法第八十一条に規定する場合に同条に規定する医療法（昭和二十三年法律第二百五号）第三十一条に規定する者その他政令で定める者が、平成十八年三月三十一日までに旧租税特別措置法第八十一条に規定する国立病院等の用に供されている土地又は建物を取得する場合における当該土地又は建物の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、同条の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条中「平成十五年三月三十一日までの」とあるのは「平成十八年三月三十一日までの」と、「国立病院等の再編成に伴う特別措置に関する法律」とあるのは「独立行政法人国立病院機構法（平成十四年法律第百九十一号）附則第十四条の規定による廃止前の国立病院等の再編成に伴う特別措置に関する法律」と、「千分の九」とあるのは「千分の四」とする。
（酒税の特例に関する経過措置）
第百二十五条
平成十五年四月一日前に課した、又は課すべきであった酒税法第三条第四号に規定する合成清酒又は旧酒税法第四条第一項に規定する発泡酒に係る酒税については、なお従前の例による。
２
この附則に別段の定めがあるものを除き、平成十五年五月一日前に課した、又は課すべきであった旧租税特別措置法第八十七条の四に規定する発泡酒に係る酒税については、なお従前の例による。
３
平成十五年四月一日前に課した、又は課すべきであった新酒税法第三条第七号に規定するビールに係る酒税については、なお従前の例による。
（清酒等に係る酒税の税率の特例に関する経過措置）
第百二十六条
平成十五年四月一日から同月三十日までの間に酒類の製造場から移出される新租税特別措置法第八十七条に規定する発泡酒に係る同条の規定の適用については、同条中「同法第二十二条第一項第十号イ（１）」とあるのは「第八十七条の四第一項第一号」と、「及び次条」とあるのは「並びに次条及び第八十七条の四」とする。
（酒税の特例の改正に伴う罰則に係る経過措置）
第百二十七条
第十二条の規定の施行前にした行為及び附則第百二十五条の規定によりなお従前の例によることとされる酒税に係る第十二条の規定の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（たばこ税の特例に関する一般的経過措置）
第百二十八条
この附則に別段の定めがあるものを除き、第十二条の規定（租税特別措置法第八十八条の改正規定及び同法第八十八条の二の改正規定（「平成十五年三月三十一日」を「平成十六年三月三十一日」に改める部分を除く。）に限る。）の施行前に課した、又は課すべきであったたばこ税については、なお従前の例による。
（未納税移出等に係る経過措置）
第百二十九条
平成十五年七月一日前に製造たばこの製造場から移出された製造たばこで、たばこ税法第十二条第三項（同法第十四条第三項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の届出又は承認に係るもの（当該届出又は承認に係る同法第十二条第三項各号に掲げる日が平成十五年七月一日以後に到来するものに限る。）について、同法第十二条第三項各号に掲げる日までに同項に規定する書類が提出されなかった場合における当該製造たばこに係るたばこ税の税率は、新租税特別措置法第八十八条第二項又は第四項の税率とする。
（未納税引取り等に係る経過措置）
第百三十条
次の表の上欄に掲げる法律の規定によりたばこ税の免除を受けて平成十五年七月一日前に保税地域から引き取られた製造たばこについて、同日以後に同表の下欄に掲げる法律の規定に該当することとなった場合における当該製造たばこに係るたばこ税の税率は、新租税特別措置法第八十八条第二項の税率とする。
免除の規定
追徴の規定
たばこ税法第十三条第一項
同法第十三条第七項
輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律第十一条第一項
同法第十一条第三項
輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律第十二条第一項
同法第十二条第四項
輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律第十三条第三項
同法第十三条第五項において準用する関税定率法第十五条第二項、第十六条第二項又は第十七条第四項
日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約第六条に基づく施設及び区域並びに日本国における合衆国軍隊の地位に関する協定の実施に伴う関税法等の臨時特例に関する法律第七条（日本国における国際連合の軍隊の地位に関する協定の実施に伴う所得税法等の臨時特例に関する法律第四条において準用する場合を含む。）
日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約第六条に基づく施設及び区域並びに日本国における合衆国軍隊の地位に関する協定の実施に伴う関税法等の臨時特例に関する法律第八条（日本国における国際連合の軍隊の地位に関する協定の実施に伴う所得税法等の臨時特例に関する法律第四条において準用する場合を含む。）
（手持品課税）
第百三十一条
平成十五年七月一日に、製造たばこの製造場又は保税地域以外の場所で製造たばこを販売のため所持する製造たばこの製造者又は販売業者がある場合において、その所持する製造たばこの本数（たばこ税法第十条の規定により、たばこ税の課税標準となる製造たばこの本数とし、二以上の場所で製造たばこを所持する場合には、その合計本数とする。）が三万本以上であるときは、当該製造たばこについては、その者が製造たばこの製造者として当該製造たばこを同日にその者の製造たばこの製造場から移出したものとみなして、次の各号に掲げる製造たばこの区分に応じ当該各号に定める税率によりたばこ税を課する。
一
製造たばこ（次号に掲げる製造たばこを除く。）
千本につき四百十円
二
たばこ税法附則第二条に規定する第一種の製造たばこ
千本につき百九十五円
２
前項に規定する者は、その所持する製造たばこで同項の規定に該当するものの貯蔵場所（たばこ税法第二十七条第二項に規定する小売販売業者にあっては、たばこ事業法（昭和五十九年法律第六十八号）第二十二条第一項に規定する営業所。以下この項において同じ。）ごとに、政令で定めるところにより、次に掲げる事項を記載した申告書を、平成十五年七月三十一日までに、その貯蔵場所の所在地を所轄する税務署長に提出しなければならない。
一
所持する製造たばこの区分（たばこ税法第二条第二項に規定する製造たばこの区分をいう。以下この号において同じ。）及び区分ごとの数量
二
前号の数量により算定した前項の規定によるたばこ税額及び当該たばこ税額の合計額
三
その他参考となるべき事項
３
第一項に規定する者が、前項の規定による申告書を、地方税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第九号）附則第七条第三項に規定する道府県たばこ税に係る申告書又は同法附則第十四条第三項に規定する市町村たばこ税に係る申告書に併せて、これらに規定する道府県知事又は市町村長に提出したときは、その提出を受けた道府県知事又は市町村長は、前項の規定による申告書を受理することができる。
この場合においては、当該申告書は、同項に規定する税務署長に提出されたものとみなす。
４
第二項の規定による申告書を提出した者は、平成十六年一月五日までに、当該申告書に記載した同項第二号に掲げるたばこ税額の合計額に相当するたばこ税を、国に納付しなければならない。
５
前項の規定は、同項に規定する第二項の規定による申告書を提出すべき者で、当該申告に係るたばこ税につき、国税通則法に規定する期限後申告書若しくは修正申告書を同項の規定による申告書に係る前項の納期限前に提出したもの又は同法に規定する更正若しくは決定を受けたもののうち同法第三十五条第二項第二号の規定による納付の期限が前項の納期限前に到来するものについて準用する。
６