道府県知事は、第七十二条の二第一項第一号イ及び第三号イに掲げる法人並びに同項第四号に掲げる事業を行う法人が申告書又は修正申告書を提出した場合において、当該申告又は修正申告に係る付加価値額若しくは資本金等の額又は付加価値割額若しくは資本割額がその調査したところと異なるときは、これを更正するものとする。
２
道府県知事は、前項の法人が申告書を提出しなかつた場合（第七十二条の二十六第五項の規定により申告書の提出があつたものとみなされる場合を除く。）においては、その調査によつて、付加価値額及び資本金等の額並びに付加価値割額及び資本割額を決定するものとする。
３
道府県知事は、第一項若しくはこの項の規定により更正し、又は前項の規定により決定した付加価値額若しくは資本金等の額又は付加価値割額若しくは資本割額について過不足額があることを知つたときは、その調査によつて、これを更正するものとする。
４
第一項の法人が第七十二条の二十五、第七十二条の二十八又は第七十二条の二十九の規定により提出した申告書に記載された各事業年度の付加価値額又は資本金等の額が当該事業年度の課税標準とされるべき付加価値額又は資本金等の額を超えている場合において、その超える金額のうちに事実を仮装して経理したところに基づくものがあるときは、道府県知事は、当該事業年度に係る付加価値割又は資本割につき、その法人が当該事業年度後の各事業年度の確定した決算において当該事実に係る修正の経理をし、かつ、当該決算に基づく申告書を提出するまでの間は、更正をしないことができる。
（所得割の決定と付加価値割及び資本割の決定との関係等）
第七十二条の四十一の三
道府県知事は、第七十二条の三十九第二項又は第七十二条の四十一第二項の規定による所得及び所得割額の決定と前条第二項の規定による決定をする場合には、これらの決定を併せてしなければならない。
２
道府県知事は、第七十二条の四十一第二項の規定による収入金額及び収入割額の決定と前条第二項の規定による決定をする場合には、これらの決定を併せてしなければならない。
３
道府県知事は、第七十二条の三十九第二項又は第七十二条の四十一第二項の規定による所得及び所得割額の決定と同項の規定による収入金額及び収入割額の決定をする場合には、これらの決定を併せてしなければならない。
（更正又は決定による中間納付額の還付）
第七十二条の四十一の四
第七十二条の二十八第四項の規定は、同条第一項の規定によつて申告納付すべき法人（第七十二条の四十一第一項の規定に該当するものを除く。）について第七十二条の三十九又は第七十二条の四十一の二第一項から第三項までの規定により更正し、又は決定した事業税額が当該法人の当該事業税額に係る中間納付額に満たない場合について準用する。
２
第七十二条の二十八第四項の規定は、同条第一項の規定によつて申告納付すべき法人（第七十二条の四十一第一項の規定に該当するものに限る。）について第七十二条の四十一第一項から第三項まで又は第七十二条の四十一の二第一項から第三項までの規定により更正し、又は決定した事業税額が当該法人の当該事業税額に係る中間納付額に満たない場合について準用する。
（更正又は決定の通知）
第七十二条の四十二
道府県知事は、第七十二条の三十九、第七十二条の四十一又は第七十二条の四十一の二の規定によつて課税標準額又は事業税額を更正し、又は決定した場合においては、遅滞なく、これを納税者に通知しなければならない。
（同族会社の行為又は計算の否認等）
第七十二条の四十三
道府県知事は、第七十二条の四十一又は第七十二条の四十一の二の規定により課税標準額又は事業税額の更正又は決定をする場合において、同族会社の行為又は計算でこれを容認した場合には事業税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その行為又は計算にかかわらず、道府県知事の認めるところにより、当該同族会社の課税標準額又は事業税額を計算することができる。
２
前項の規定は、三以上の支店、工場その他の事務所又は事業所（以下この項において「事業所等」という。）を有する法人で、その事業所等の二分の一以上に当たる事業所等につき、当該事業所等の所長、主任その他の当該事業所等に係る事業の主宰者又は当該主宰者の親族その他の当該主宰者と政令で定める特殊の関係のある個人（以下この項において「所長等」という。）が前に当該事業所等において個人として事業を営んでいた事実があり、かつ、当該所長等の有するその法人の株式の数又は出資の金額の合計額がその法人の発行済株式の総数又は出資の金額（その法人が有する自己の株式又は出資を除く。）の三分の二以上に相当するものの行為又は計算で、これを容認した場合には事業税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがある場合について準用する。
３
第一項の「同族会社」とは、法人税法第二条第十号の同族会社をいい、同族会社又は前項の法人であるかどうかの判定は、前二項の行為又は計算の事実のあつたときの現況によるものとする。
４
道府県知事は、第七十二条の四十一又は第七十二条の四十一の二の規定により課税標準額又は事業税額の更正又は決定をする場合において、合併、分割、現物出資若しくは現物分配（法人税法第二条第十二号の五の二に規定する現物分配をいう。）又は株式交換等（同法第二条第十二号の十六に規定する株式交換等をいう。）若しくは株式移転（以下この項において「合併等」という。）に係る次に掲げる法人の行為又は計算でこれを容認した場合には事業税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その行為又は計算にかかわらず、道府県知事の認めるところにより、その法人の課税標準額又は事業税額を計算することができる。
一
合併等をした法人又は合併等により資産及び負債の移転を受けた法人
二
合併等により交付された株式を発行した法人（前号に掲げる法人を除く。）
三
前二号に掲げる法人の株主等（株主又は合名会社、合資会社若しくは合同会社の社員その他法人の出資者をいう。）である法人（前二号に掲げる法人を除く。）
（法人の事業税の不足税額及びその延滞金の徴収）
第七十二条の四十四
道府県の徴税吏員は、第七十二条の三十九、第七十二条の四十一第一項から第三項まで又は第七十二条の四十一の二第一項から第三項までの規定による更正又は決定があつた場合において、不足税額（更正により増加した税額又は決定した税額（第七十二条の二十八の規定による申告書を提出すべき法人がその申告書を提出しなかつたことによる決定の場合には、当該税額に係る中間納付額を控除した税額）をいう。以下法人の行う事業に対する事業税について同じ。）があるときは、第七十二条の四十二の規定による更正又は決定の通知をした日から一月を経過した日を納期限として、これを徴収しなければならない。
２
前項の場合には、その不足税額に第七十二条の二十五第一項、第七十二条の二十六第一項、第七十二条の二十八第一項又は第七十二条の二十九第一項、第三項若しくは第五項の納期限（納期限の延長があつたときは、その延長された納期限。以下「法人の事業税の納期限」という。）の翌日から納付の日までの期間の日数に応じ、年十四・六パーセント（前項の納期限までの期間又は当該納期限の翌日から一月を経過する日までの期間については、年七・三パーセント）の割合を乗じて計算した金額に相当する延滞金額を加算して徴収しなければならない。
３
前項の場合において、第七十二条の四十二の規定により更正の通知をした日が申告書の提出の日（申告書がその提出期限前に提出された場合には、当該申告書の提出期限）の翌日から一年を経過する日後であるときは、詐偽その他不正の行為により事業税を免れた場合を除き、当該一年を経過する日の翌日から当該通知をした日（第七十二条の三十九の規定による更正に係るものにあつては、当該更正の基準となつた法人税の課税標準である所得に係る法人税の修正申告書を提出した日又は当該所得について税務官署が更正若しくは決定の通知をした日）までの期間は、延滞金の計算の基礎となる期間から控除するものとする。
４
第二項の場合において、納付すべき税額を増加させる更正（これに類するものとして政令で定める更正を含む。以下この項において「増額更正」という。）があつたとき（当該増額更正に係る事業税について第七十二条の二十五、第七十二条の二十八及び第七十二条の二十九並びに第七十二条の三十一第一項の規定により提出する申告書（以下この款において「当初申告書」という。）が提出されており、かつ、当該当初申告書の提出により納付すべき税額を減少させる更正（これに類するものとして政令で定める更正を含む。以下この項において「減額更正」という。）があつた後に、当該増額更正があつたときに限る。）は、当該増額更正により納付すべき税額（当該当初申告書に係る税額（還付金の額に相当する税額を含む。）に達するまでの部分として政令で定める税額に限る。）については、前項の規定にかかわらず、次に掲げる期間（詐偽その他不正の行為により事業税を免れた法人についてされた当該増額更正により納付すべき事業税その他政令で定める事業税にあつては、第一号に掲げる期間に限る。）を延滞金の計算の基礎となる期間から控除する。
一
当該当初申告書の提出により納付すべき税額の納付があつた日（その日が当該申告に係る法人の事業税の納期限より前である場合には、当該法人の事業税の納期限）の翌日から当該減額更正の通知をした日までの期間
二