第五項の規定の適用を受ける連結親法人又はその連結子法人が適格合併（連結子法人が被合併法人となる適格合併にあっては、その適格合併の日がその連結親法人事業年度開始の日である場合の当該適格合併に限る。）により合併法人に使用済燃料を移転した場合には、その適格合併直前における使用済核燃料再処理準備金の金額は、当該合併法人に引き継ぐものとする。
この場合において、その合併法人が引継ぎを受けた使用済核燃料再処理準備金の金額は、当該合併法人がその適格合併の日において有する同項の使用済核燃料再処理準備金の金額（当該合併法人の当該適格合併の日を含む事業年度が連結事業年度に該当しない事業年度である場合には、附則第三十四条第五項の使用済核燃料再処理準備金の金額）とみなす。
１０
前項又は附則第三十四条第十一項に規定する合併法人（その適格合併後において連結法人に該当するものに限る。）のその適格合併の日を含む連結事業年度以後の各連結事業年度（当該適格合併の日を含む事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該事業年度後の各連結事業年度）に係る第五項の規定の適用については、同項に規定する使用済核燃料再処理準備金の金額は、前項又は同条第十一項の規定により当該合併法人が有するものとみなされた使用済核燃料再処理準備金の金額を含むものとする。
この場合において、当該合併法人の有するものとみなされた使用済核燃料再処理準備金の金額については、第五項中「当該各連結事業年度の月数を乗じてこれを百八十で除して」とあるのは、「当該各連結事業年度の月数（当該適格合併の日を含む連結事業年度にあっては、同日から同日を含む連結事業年度終了の日までの期間の月数）を乗じてこれを百八十月から経過期間（附則第一条第二十五号に定める日を含む連結事業年度開始の日（同号に定める日を含む事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該事業年度開始の日）から当該適格合併の日の前日までの期間をいう。）の月数を控除した月数で除して」とする。
１１
第五項及び第七項の規定により益金の額に算入される金額がある場合における法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別所得金額又は個別欠損金額の計算に関し必要な事項は、政令で定める。
（連結法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
第四十九条
新租税特別措置法第六十八条の七十（新租税特別措置法第六十四条第一項第三号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第二十三号に定める日以後に行う同項第三号に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十四条第一項第三号に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
２
新租税特別措置法第六十八条の七十五（新租税特別措置法第六十五条の四第一項第二号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に行う新租税特別措置法第六十八条の七十五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十八条の七十五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
３
新租税特別措置法第六十八条の七十五（新租税特別措置法第六十五条の四第一項第十号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に行う同号に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用する。
４
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十八条の七十五第一項（旧租税特別措置法第六十五条の四第一項第十七号に係る部分に限る。）に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
５
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十八条の七十五第一項（旧租税特別措置法第六十五条の四第一項第十八号に係る部分に限る。）に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
６
新租税特別措置法第六十八条の七十五（新租税特別措置法第六十五条の四第一項第二十号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第二十三号に定める日以後に行う同項第二十号に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の四第一項第二十一号に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
７
新租税特別措置法第六十八条の七十六（新租税特別措置法第六十五条の五第一項第三号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第二十四号に定める日以後に行う同項第三号に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用する。
８
新租税特別措置法第六十八条の七十八から第六十八条の八十まで（新租税特別措置法第六十八条の七十八第一項の表の第十四号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に行う同号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十八条の七十八第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
９
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日から農業経営基盤強化促進法等の一部を改正する法律（平成十七年法律第五十三号）の施行の日の前日までの間にする新租税特別措置法第六十八条の七十八第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡及び同号の下欄に掲げる資産の取得に係る同条から第六十八条の八十まで（同号に係る部分に限る。）の規定の適用については、同号中「同条第二項第二号」とあるのは「同条第二項第一号」と、「土地等、農業経営基盤強化促進法第二十七条の三第一項に規定する勧告に係る協議により取得をする農用地区域等内にある土地等（当該連結親法人又はその連結子法人で、同条第二項に規定する特定農業法人に該当するものが取得をするものに限る。）」とあるのは「土地等」とする。
（連結法人が共同で現物出資をした場合の課税の特例に関する経過措置）
第五十条
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧租税特別措置法第六十八条の八十六第一項に規定する特定共同出資により施行日前に取得した同項の株式又は出資については、なお従前の例による。
（連結法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
第五十一条
新租税特別措置法第六十八条の九十第一項、第三項及び第六項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する個別課税対象留保金額について適用し、旧租税特別措置法第六十八条の九十第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する個別課税対象留保金額については、なお従前の例による。
２
新租税特別措置法第六十八条の九十第二項第二号の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度において生ずる同号に規定する欠損の金額について適用し、旧租税特別措置法第六十八条の九十第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度において生じた同条第二項第二号に規定する欠損の金額については、なお従前の例による。
３
新租税特別措置法第六十八条の九十二第一項の規定は、同項に規定する連結法人に係る同項に規定する特定外国子会社等、外国関係会社又は外国関係信託につき施行日以後に同項各号に掲げる事実が生ずる場合における当該連結法人の同項に規定する個別課税済留保金額（旧租税特別措置法第六十八条の九十第一項の規定により当該連結法人の平成十二年四月一日以後に終了した各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入した金額及び益金の額に算入する金額に係るもの並びに新租税特別措置法第六十八条の九十第一項の規定により当該連結法人の各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入する金額に係るものに限る。）について適用し、旧租税特別措置法第六十八条の九十二第一項に規定する連結法人に係る同項に規定する特定外国子会社等又は外国関係会社につき施行日前に同項各号に掲げる事実が生じた場合における当該連結法人の同項に規定する個別課税済留保金額については、なお従前の例による。
４