環境大臣は、指定支給法人の役員が、この法律若しくはこの法律に基づく命令若しくは処分に違反したとき、又は支給業務に関し著しく不適当な行為をしたときは、指定支給法人に対して、その役員を解任すべきことを命ずることができる。
（監督命令）
第二十六条
環境大臣は、この法律を施行するために必要な限度において、指定支給法人に対し、支給業務に関し監督上必要な命令をすることができる。
（報告及び検査）
第二十七条
環境大臣は、この法律を施行するために必要な限度において、指定支給法人に対し、支給業務若しくは財産の状況に関し必要な報告を求め、又はその職員に、指定支給法人の事務所に立ち入り、支給業務若しくは財産の状況若しくは帳簿、書類その他の物件を検査させ、若しくは関係者に質問させることができる。
２
前項の規定により立入検査をする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係者に提示しなければならない。
３
第一項の規定による立入検査の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。
（業務の休廃止）
第二十八条
指定支給法人は、環境大臣の許可を受けなければ、支給業務の全部又は一部を休止し、又は廃止してはならない。
２
環境大臣が前項の規定により支給業務の全部の廃止を許可したときは、当該指定支給法人に係る指定は、その効力を失う。
３
環境大臣は、第一項の許可をしたときは、その旨を公示しなければならない。
（指定の取消し等）
第二十九条
環境大臣は、指定支給法人が次の各号のいずれかに該当するときは、第十七条第一項の指定を取り消すことができる。
一
支給業務を適正かつ確実に実施することができないと認められるとき。
二
この法律又はこの法律に基づく命令若しくは処分に違反したとき。
三
不正の手段により第十七条第一項の指定を受けたとき。
２
環境大臣は、前項の規定により指定を取り消したときは、その旨を公示しなければならない。
３
第一項の規定により指定を取り消した場合において、環境大臣がその取消し後に新たに指定支給法人を指定したときは、取消しに係る指定支給法人の支給業務に係る財産は、新たに指定を受けた指定支給法人に帰属する。
４
前項に定めるもののほか、第一項の規定により指定を取り消した場合における支給業務に係る財産の管理その他所要の経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）は、合理的に必要と判断される範囲内において、政令で定める。
第六章　雑則
（法人税に係る課税の特例）
第三十条
特定事業者が認可事業再編計画に基づいて事業会社への事業譲渡を行ったときは、当該事業譲渡の日の属する事業年度又は連結事業年度前の各事業年度において生じた欠損金額及び各連結事業年度において生じた個別欠損金額（当該連結事業年度に連結欠損金額が生じた場合には、当該連結欠損金額のうち当該特定事業者に帰せられる金額を加算した金額）で政令で定める金額のうち、当該事業譲渡の時における当該事業会社の株式の価額として政令で定める金額から当該事業譲渡に係る純資産価額（当該事業譲渡に係る資産の帳簿価額から当該事業譲渡に係る負債の帳簿価額を控除した金額をいう。）を控除した金額に達するまでの金額は、当該事業譲渡の日の属する事業年度又は連結事業年度の所得の金額又は連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
この場合において、法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第六十一条の十三の規定は、適用しない。
２
前項において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。
一
事業年度
法人税法第十三条及び第十四条に規定する事業年度をいう。
二
連結事業年度
法人税法第十五条の二に規定する連結事業年度をいう。
三
欠損金額
法人税法第二条第十九号に規定する欠損金額をいう。
四
連結欠損金額
法人税法第二条第十九号の二に規定する連結欠損金額をいう。
五
個別欠損金額
法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別欠損金額をいう。
六
連結所得
法人税法第二条第十八号の四に規定する連結所得をいう。
３
特定事業者が第十九条第四項の規定により指定支給法人に補償賦課金を納付した場合における当該補償賦課金に係る租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第六十六条の十一の規定の適用については、同条第一項中「長期間にわたつて使用され、又は運用される基金又は信託財産に係る負担金又は掛金で次に掲げるもの」とあるのは、「水俣病被害者の救済及び水俣病問題の解決に関する特別措置法（平成二十一年法律第八十一号）第二十条に規定する補償基金に係る同法第十九条第四項の補償賦課金」とする。
４
第二項に定めるもののほか、第一項の規定の適用がある場合における法人税法その他法人税に関する法令の規定に関する技術的読替えその他同項又は前項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（登録免許税に係る課税の特例）
第三十一条
特定事業者が、認可事業再編計画に基づき事業会社を設立する場合には、当該事業会社の設立の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令・環境省令で定めるところにより登記を受けるものに限り、登録免許税法（昭和四十二年法律第三十五号）第九条の規定にかかわらず、千分の一とする。
２
前項の事業会社が、認可事業再編計画に基づき事業譲渡の対価として新たに株式を発行する場合には、当該株式の発行による当該事業会社の資本金の額の増加の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令・環境省令で定めるところにより登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の一とする。
３
第一項の事業会社が、認可事業再編計画に基づいて行われる事業譲渡により特定事業者から不動産の所有権を取得した場合には、当該不動産の所有権の移転の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令・環境省令で定めるところにより当該取得後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の一・五とする。
（不動産取得税に係る課税の特例）
第三十二条
事業会社が認可事業再編計画に基づいて行われる事業譲渡により特定事業者から不動産を取得した場合における当該不動産の取得に対しては、不動産取得税を課することができない。
（救済措置の実施等に必要な支援）
第三十三条
特定事業者が第五条第五項の一時金の支給を円滑に行うことができるよう、政府及び関係県は、予算の範囲内において、特定事業者に対する支援について、所要の措置を講ずるものとする。
２
環境大臣は、関係金融機関等に対して、特定事業者に対する支援の継続を要請するものとする。
（公的支援に係る借入金債務の返済等の方針）
第三十四条
特定事業者は、事業会社株式に係る譲渡収入から第十九条第四項の規定により指定支給法人に納付した金額を控除した残額（当該残額の運用によって得られた収益を含む。）については、まず水俣病に係る損害賠償債務及び公的支援に係る借入金債務に充当し、次に環境大臣が指定する債務及び認可事業再編計画の遂行に必要な費用に充当することができる。
（地域の振興等）
第三十五条
政府及び関係地方公共団体は、必要に応じ、特定事業者の事業所が所在する地域において事業会社が事業を継続すること等により地域の振興及び雇用の確保が図られるよう努めるものとする。
（健康増進事業の実施等）
第三十六条
政府及び関係者は、指定地域及びその周辺の地域において、地域住民の健康の増進及び健康上の不安の解消を図るための事業、地域社会の
絆
きずな
の修復を図るための事業等に取り組むよう努めるものとする。
２
政府及び関係者は、関係事業者が排出したメチル水銀による環境汚染を将来にわたって防止するため、水質の汚濁の状況の監視の実施その他必要な措置を講ずるものとする。
（調査研究）
第三十七条
政府は、指定地域及びその周辺の地域に居住していた者（水俣病が多発していた時期に胎児であった者を含む。以下「指定地域等居住者」という。）の健康に係る調査研究その他メチル水銀が人の健康に与える影響及びこれによる症状の高度な治療に関する調査研究を積極的かつ速やかに行い、その結果を公表するものとする。
２
前項の公表に当たっては、指定地域等居住者又はその家族の秘密又は私生活若しくは業務の平穏が害されることがないよう適切な配慮がされなければならない。
３
政府は、第一項の調査研究の実施のため、メチル水銀が人の健康に与える影響を把握するための調査、効果的な疫学調査、水俣病問題に関する社会学的調査等の手法の開発を図るものとする。
４
関係地方公共団体は、第一項の調査研究に協力するものとする。
第七章　罰則
第三十八条
第十五条第一項の規定による報告をせず、若しくは虚偽の報告をし、又は同項の規定による検査を拒み、妨げ、若しくは忌避し、若しくは同項の規定による質問に対して答弁をせず、若しくは虚偽の答弁をした者は、一年以下の拘禁刑又は三百万円以下の罰金に処する。
第三十九条
第二十三条の規定に違反した者は、一年以下の拘禁刑又は五十万円以下の罰金に処する。
第四十条
次の各号のいずれかに該当する者は、三十万円以下の罰金に処する。
一
第二十四条の規定に違反して、帳簿を備えず、帳簿に記載せず、若しくは虚偽の記載をし、又は帳簿を保存しなかった者
二
第二十七条第一項の規定による報告をせず、若しくは虚偽の報告をし、又は同項の規定による検査を拒み、妨げ、若しくは忌避し、若しくは同項の規定による質問に対して答弁をせず、若しくは虚偽の答弁をした者
三
第二十八条第一項の規定による許可を受けないで支給業務の全部を廃止した者
第四十一条