当該特定口座を開設する証券業者に開設されている当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者の有価証券の保管の委託に係る口座に平成十三年九月三十日以前から引き続き保管の委託がされている上場株式等（特定上場株式等を除く。）で当該口座から移管がされるもの
２
居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、平成十五年一月一日から同年十二月三十一日までの間に、証券業者の営業所に特定口座開設届出書を提出して特定口座を開設する場合には、新法第三十七条の十一の三第三項第三号に規定する政令で定める事項は、新措置法令第二十五条の十の二第二十項各号に掲げるもののほか、当該特定口座の開設の日の前日までに当該特定口座を開設する証券業者に開設されている当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者の当該特定口座以外の有価証券の信用取引の契約に係る口座（以下この項において「他の信用取引口座」という。）において処理されている上場株式等の信用取引（当該特定口座の開設の日以後に当該信用取引に係る決済が行われ、かつ、当該決済を当該特定口座において行うこととされているものに限る。）を当該特定口座の開設の日に当該他の信用取引口座から当該特定口座に移管することができることとする。
３
第一項の上場株式等の移管の方法、移管がされた上場株式等の取得価額及び取得時期の特例、前項の信用取引の移管の方法、移管がされた上場株式等の信用取引に係る必要経費の特例その他第一項及び前項の規定の適用に関し必要な事項については、前条第二項から第十六項までの規定の例による。
この場合において、同条第二項中「改正法附則第十三条第四項第一号」とあるのは「次条第一項第一号」と、同条第三項中「定める他の保管口座」とあるのは「定める他の保管口座（次条第一項第一号に規定する他の保管口座をいう。以下この条において同じ。）」と、「改正法附則第十三条第四項第一号」とあるのは「同号」と、「及び改正法附則第十三条第四項」とあるのは「及び次条第一項」と、同条第四項中「準備口座（改正法附則第十三条第三項に規定する準備口座」とあるのは「特定口座（次条第一項に規定する特定口座」と、「改正法附則第十三条第四項第一号」とあるのは「同項第一号」と、同条第五項中「準備口座を設定した」とあるのは「特定口座を開設する」と、「改正法附則第十三条第四項第一号」とあるのは「次条第一項第一号」と、「当該準備口座」とあるのは「当該特定口座」と、「同条第四項」とあるのは「同条第一項」と、同条第六項中「準備口座を設定した」とあるのは「特定口座を開設する」と、「改正法附則第十三条第六項」とあるのは「次条第二項」と、「当該準備口座」とあるのは「当該特定口座」と、同条第七項中「準備口座」とあるのは「特定口座」と、「改正法附則第十三条第四項第一号」とあるのは「次条第一項第一号」と、「同条第四項第二号」とあるのは「同条第一項第二号」と、同条第九項中「準備口座」とあるのは「特定口座」と、同条第十項中「改正法附則第十三条第四項に規定するいずれか一の日」とあるのは「次条第一項の特定口座の開設の日」と、「は改正法附則第十三条第四項第一号」とあるのは「は同条第一項第一号」と、同項第一号中「改正法附則第十三条第四項第一号」とあるのは「次条第一項第一号」と、同条第十二項中「改正法附則第十三条第四項第一号」とあるのは「次条第一項第一号」と、「同条第四項第二号」とあるのは「同条第一項第二号」と、同条第十三項中「改正法附則第十三条第四項に規定するいずれか一の日」とあるのは「次条第一項の特定口座の開設の日」と、「改正法附則第十三条第四項第一号」とあるのは「次条第一項第一号」と、同条第十五項中「改正法附則第十三条第四項第一号」とあるのは「次条第一項第一号」と、「同条第四項第二号」とあるのは「同条第一項第二号」とする。
（平成十五年四月一日から平成十六年十二月三十一日までの間の特定口座への上場株式等の保管の委託に関する経過措置）
第十四条の三
平成十五年四月一日から平成十六年十二月三十一日までの間は、所得税法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第十四号）第七条の規定による改正後の租税特別措置法（以下この条において「新措置法」という。）第三十七条の十一の三第三項第一号に規定する特定口座（以下この条において「特定口座」という。）に係る同項第二号ハに規定する政令で定める上場株式等は、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十六年政令第百五号）による改正後の租税特別措置法施行令（以下この条において「平成十六年新令」という。）第二十五条の十の二第十四項各号及び前条第一項各号に掲げるもののほか、当該特定口座を開設する新措置法第三十七条の十一の三第一項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が有する新措置法第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等（新措置法第三十七条の十一の三第三項第一号に規定する証券業者等（以下この条において「証券業者等」という。）に開設されている当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者の有価証券の保管の委託に係る口座に保管の委託がされているものを除く。以下この条において「特例上場株式等」という。）とする。
２
平成十五年四月一日から平成十六年十二月三十一日までの間に、前項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が同項の特定口座に特例上場株式等の保管の委託をしようとする場合には、当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者は、特例上場株式等を当該特定口座に保管の委託をする旨、保管の委託をする特例上場株式等の種類、銘柄、数その他財務省令で定める事項を記載した書類を当該特定口座が開設されている証券業者等の営業所（平成十六年新令第二十五条の十の二第五項に規定する営業所をいう。以下この条において同じ。）の長に提出しなければならない。
３
特定口座への特例上場株式等の受入れ後に当該特例上場株式等と同一銘柄の上場株式等（新措置法第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等をいう。）の譲渡をした場合における譲渡による所得の金額の計算上総収入金額から控除すべき売上原価又は取得費の額の計算の基礎となる当該特例上場株式等の取得価額及び当該特例上場株式等の取得の日の判定については、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定めるところによる。
一
当該特例上場株式等の当該特定口座への受入れの際に、当該特定口座を開設している証券業者等の営業所の長が、前項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者から提出を受けた当該特例上場株式等の証券取引法第四十一条第一項に規定する取引報告書その他の財務省令で定める書類により当該特例上場株式等の取得に要した金額及び取得の日の確認をした場合
当該確認がされた金額を基礎として附則第十四条第七項第一号の規定の例により算出された金額を当該特例上場株式等の取得価額とし、当該確認がされた取得の日を当該特例上場株式等の取得の日とする。
二
当該特例上場株式等の当該特定口座への受入れの際に、当該特定口座を開設している証券業者等の営業所の長が、前項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者から提出を受けた当該特例上場株式等の株券の写しその他の財務省令で定める書類により当該特例上場株式等の取得の日の確認をした場合（前号に掲げる場合を除く。）
当該確認がされた取得の日における当該特例上場株式等の価額（平成十六年新令第二十五条の十第二項各号に掲げる株式等の区分に応じ当該各号に定める金額に準じて算出した当該取得の日における金額をその一単位当たりの価額として計算した金額をいう。）に相当する金額を基礎として附則第十四条第七項第一号の規定の例により算出された金額を当該特例上場株式等の取得価額とし、当該確認がされた取得の日を当該特例上場株式等の取得の日とする。
三
前二号に掲げる場合以外の場合
平成十三年十月一日における当該特例上場株式等の価額（平成十六年新令第二十五条の十第二項各号に掲げる株式等の区分に応じ当該各号に定める金額をその一単位当たりの価額として計算した金額をいう。）の百分の八十に相当する金額を基礎として附則第十四条第七項第一号の規定の例により算出された金額を当該特例上場株式等の取得価額とし、平成十三年九月三十日を当該特例上場株式等の取得の日とする。
４
特定口座において処理された特例上場株式等の前項に規定する売上原価又は取得費の額の計算の基礎となる取得価額及び取得の日が同項各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める取得価額及び取得の日と異なる場合には、当該特定口座を開設する証券業者等の営業所の所在地の所轄税務署長がその異なることについて当該営業所の長の責めに帰すべき理由があると認める場合を除き、当該特定口座において新措置法第三十七条の十一の四第一項に規定する源泉徴収選択口座内調整所得金額又は同条第四項に規定する満たない部分の金額として計算された金額は、当該特例上場株式等の前項各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める取得価額及び取得の日を基礎として計算されたものとみなす。
５
前項に規定する異なる場合において、その異なることにより所得税の負担を減少させる結果となるときは、当該特定口座に係る新措置法第三十七条の十一の五第一項各号に掲げる金額については、同条の規定は適用しない。
６
第二項の特例上場株式等の受入れに関する記録並びに当該記録及び当該受入れに関する書類の保存に関し必要な事項は、財務省令で定める。
７