その取り崩した日における使用済核燃料再処理準備金の金額のうちその取り崩した金額に相当する金額
（法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
第二十条
新令第三十九条第十八項第二号の規定は、法人が附則第一条第十号に定める日以後に新法第六十四条第二項に規定する補償金を取得する場合について適用し、法人が同日前に旧法第六十四条第二項に規定する補償金を取得した場合については、なお従前の例による。
２
新令第三十九条の五第七項の規定は、法人が附則第一条第十号に定める日以後に行う新法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
３
新令第三十九条の七第九項及び第十項の規定は、法人が附則第一条第六号に定める日以後に行う新法第六十五条の七第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十五条の七第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
（内国法人に係る特定外国子会社等の未処分所得の金額の計算に関する経過措置）
第二十一条
施行日から有限責任事業組合契約に関する法律の施行の日の前日までの間における新令第三十九条の十五第一項及び第二項の規定の適用については、同条第一項第一号中「、第六十七条の十二及び第六十七条の十三」とあるのは「及び第六十七条の十二」と、同条第二項第十三号中「又は法第六十七条の十三第一項に規定する組合事業による同項に規定する損失の額をいう」とあるのは「をいう」と、「又は第六十七条の十三第一項の規定」とあるのは「の規定」と、同項第十四号中「又は第六十七条の十三第二項の規定」とあるのは「の規定」とする。
（特定の基金に対する負担金等の損金算入の特例に関する経過措置）
第二十二条
法人が施行日前に支出した旧令第三十九条の二十二第二項第六号及び第十一号に掲げる業務に係る基金に充てるための旧法第六十六条の十一第一項に規定する負担金については、なお従前の例による。
（認定特定非営利活動法人に対する寄附金の損金算入の特例に関する経過措置）
第二十三条
新令第三十九条の二十三の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請又は国税庁長官が施行日以後に行う同条第五項の認定の取消しについて適用し、法人が施行日前に行った旧法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請又は国税庁長官が施行日前に行った同条第五項の認定の取消しについては、なお従前の例による。
（組合事業に係る損失がある場合の課税の特例に関する経過措置）
第二十四条
改正法附則第四十条第一項に規定する政令で定める承継は、適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格事後設立（以下この項において「適格合併等」という。）に係る被合併法人、分割法人、現物出資法人又は事後設立法人が施行日前から同条第一項に規定する組合契約に係る同項に規定する組合員となっていた場合における当該組合員たる地位の当該適格合併等による承継とする。
２
施行日から有限責任事業組合契約に関する法律の施行の日の前日までの間における新令第三十九条の三十一の規定の適用については、同条第四項中「法第六十七条の十三第一項及び第二項、法第六十七条の十四第一項」とあるのは、「法第六十七条の十四第一項」とする。
（特定信託に係る国外関連者との取引に係る課税の特例に関する経過措置）
第二十五条
新令第三十九条の三十五の五の規定は、特定信託（法人税法第二条第二十九号の三に規定する特定信託をいう。以下この条において同じ。）の受託者である法人の施行日以後に開始する計算期間（同法第十五条の三第一項から第三項までに規定する計算期間をいう。以下この条において同じ。）分の法人税について適用し、特定信託の受託者である法人の施行日前に開始した計算期間分の法人税については、なお従前の例による。
（特定信託に係る特定外国子会社等の未処分所得の金額の計算に関する経過措置）
第二十六条
施行日から有限責任事業組合契約に関する法律の施行の日の前日までの間における新令第三十九条の三十五の八第一項及び第二項の規定の適用については、同条第一項第一号中「、第六十七条の十二及び第六十七条の十三」とあるのは「及び第六十七条の十二」と、同条第二項第十三号中「又は法第六十七条の十三第一項に規定する組合事業による同項に規定する損失の額をいう」とあるのは「をいう」と、「又は第六十七条の十三第一項の規定」とあるのは「の規定」と、同項第十四号中「又は第六十七条の十三第二項の規定」とあるのは「の規定」とする。
（連結法人の試験研究費の額が増加した場合等の法人税額の特別控除に関する経過措置）
第二十七条
新令第三十九条の三十九第十項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に支出する同項第三号に掲げる費用について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に支出した旧令第三十九条の三十九第十項第三号に掲げる費用については、なお従前の例による。
２
新令第三十九条の三十九第十五項（新令第二十七条の四第十一項第二号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に交付を受ける同号に規定する助成金に係る同号に掲げる試験研究について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に交付を受けた旧令第二十七条の四第十一項第二号に規定する助成金に係る同号に掲げる試験研究については、なお従前の例による。
（連結法人の減価償却に関する経過措置）
第二十八条
新令第三十九条の四十八第二項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする新法第六十八条の十九第一項に規定する地震防災対策用資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧法第六十八条の十九第一項に規定する地震防災対策用資産については、なお従前の例による。
２
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日から日本海溝・千島海溝周辺海溝型地震に係る地震防災対策の推進に関する特別措置法の施行の日の前日までの間に取得等をする新法第六十八条の十九第一項に規定する地震防災対策用資産に係る新令第三十九条の四十八第二項の規定の適用については、同項中「第二十八条の四第二項各号に掲げる区域」とあるのは、「第二十八条の四第二項各号に掲げる区域（平成十七年四月一日から日本海溝・千島海溝周辺海溝型地震に係る地震防災対策の推進に関する特別措置法の施行の日の前日までの間にあつては、同項第一号又は第二号に掲げる区域）」とする。
３
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作をした旧令第三十九条の五十八第二項に規定する救急医療用の機械及び装置並びに器具及び備品については、なお従前の例による。
４
改正法附則第四十七条第十五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十（第一項第一号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の五十九の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の旧法第六十八条の三十第一項に規定する適用事業年度が中小企業経営革新支援法の一部を改正する法律（平成十七年法律第三十号）の施行の日以後に終了する場合における旧令第三十九条の五十九の規定の適用については、同条第一項及び第二項第一号中「中小企業経営革新支援法」とあるのは、「中小企業経営革新支援法の一部を改正する法律（平成十七年法律第三十号）による改正前の中小企業経営革新支援法」とする。
５
改正法附則第四十七条第十八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十四（第一項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の六十三の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第七項中「法第四十七条第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十七年法律第二十一号）附則第三十三条第十八項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第五条の規定による改正前の租税特別措置法第四十七条第一項」と、「第二十九条の四第六項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十七年政令第百三号）附則第十八条第七項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令第二十九条の四第六項」とする。
６
改正法附則第四十七条第十九項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十五（第三項第二号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の六十四の規定は、なおその効力を有する。