同項各号に掲げる事業年度である当該特例連結法人の同項に規定する特例対象事業年度の期間を改正法附則第八十二条第二項に規定する経過年度として当該特例連結法人の改正法附則第百十二条第二項に規定する特例連結事業年度の期間に相当する事業年度について改正法附則第八十二条第二項の規定により読み替えて適用する新法第四十二条の十二の四の規定を適用した場合の同条第一項に規定する経過雇用者給与等支給増加額
（連結法人が生産性向上設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
第三十条
施行日から平成二十六年九月三十日までの間における新令第三十九条の四十七第十項の規定の適用については、同項中「金額及び法第六十八条の十五の六第十六項の規定により読み替えて適用される地方法人税法第十五条第一項各号列記以外の部分に規定する政令で定める金額」とあるのは、「金額」とする。
（連結法人の特定地域における工業用機械等の特別償却に関する経過措置）
第三十一条
改正法附則第百十五条第四項の規定により旧法第四十五条第一項の表の第三号の第一欄に掲げる地区を新法第四十五条第一項の表の第三号の第一欄に掲げる地区とみなして新法第六十八条の二十七第一項の規定を適用する場合における同項に規定する期間は、新令第二十八条の九第一項第三号の規定にかかわらず、施行日から施行日以後六月を経過する日（その日までに、新沖縄振興特別措置法第四十一条第五項の規定による同条第一項に規定する国際物流拠点産業集積計画の提出があった場合には、その提出があった日の前日）までの期間とする。
２
新令第三十九条の五十六第一項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第六十八条の二十七第一項に規定する工業用機械等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第六十八条の二十七第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。
３
旧令第二十八条の九第十六項に規定する奄美群島内の市町村の長が策定した同条第十三項に規定する産業投資促進計画で施行日前にその計画期間が開始したもの（以下この項において「旧産業投資促進計画」という。）については、施行日から平成二十六年六月三十日（その日までに、当該市町村が作成した奄美群島振興開発特別措置法第十一条第一項に規定する産業振興促進計画につき同条第八項の認定を受けた場合には、その認定を受けた日の前日）までの間は、当該計画期間を新令第三十九条の五十六第二項に規定する計画期間と、当該旧産業投資促進計画を当該市町村が作成した同条第四項第三号に定める認定産業振興促進計画と、それぞれみなして、同条第二項（新法第六十八条の二十七第二項の表の第三号に係る部分に限る。）及び第四項（第三号に係る部分に限る。）の規定を適用する。
４
改正法附則第百十五条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の二十七（第二項の表の第二号（旧法第四十五条第二項の表の第二号の上欄に規定する政令で定める区域に係る部分に限る。）に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の五十六第二項から第四項まで及び第六項から第八項までの規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第二項中「法第四十五条第二項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第八十四条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この条において「旧効力措置法」という。）第四十五条第二項」と、同条第三項中「第二十八条の九第十二項」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百四十五号）附則第二十条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令（以下この条において「旧効力措置法施行令」という。）第二十八条の九第十二項」と、同条第四項中「第二十八条の九第十三項」とあるのは「旧効力措置法施行令第二十八条の九第十三項」と、同条第六項第二号中「第二十八条の九第十八項」とあるのは「旧効力措置法施行令第二十八条の九第十八項」と、同条第八項中「法第四十五条第二項」とあるのは「旧効力措置法第四十五条第二項」と、「第二十八条の九第十九項」とあるのは「旧効力措置法施行令第二十八条の九第十九項」とする。
（沖縄の認定法人の連結所得の特別控除に関する経過措置）
第三十二条
改正法附則第百十七条第四項の規定の適用を受ける同項に規定する旧認定法人の施行日以後に終了する連結事業年度における新令第三十九条の九十の規定の適用については、同条第十項第一号中「百分の四十」とあるのは、「百分の三十五」とする。
２
改正法附則第百十七条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の六十三（第一項の表の第三号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の九十第一項から第三項まで及び第五項から第十一項までの規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第二項第三号中「沖縄振興特別措置法施行令」とあるのは「沖縄振興特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百三十六号）による改正前の沖縄振興特別措置法施行令」と、同条第五項中「の規定を」とあるのは「並びに東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（平成二十三年法律第二十九号）第二十六条の三第一項の規定を」と、同条第八項中「軽減対象連結所得金額の百分の四十に相当する金額（同条第一項」とあるのは「軽減対象連結所得金額（租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百四十五号）附則第三十二条第三項の規定により読み替えて適用される同令第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行令第三十九条の九十第六項の規定の適用がある場合には、同項第一号に定める金額。以下この項において同じ。）の百分の四十に相当する金額（法第六十八条の六十三第一項」とする。
３
改正法附則第百十七条第五項の規定の適用がある場合における新令の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる新令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
第三十九条の九十第六項
特定事業に係る特定事業軽減対象連結欠損金額（
特定事業（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第百十七条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧効力措置法」という。）第六十八条の六十三第一項の表の第三号の中欄に掲げる地区内で行う同号の下欄に掲げる事業（以下この項において「旧特定事業」という。）を含む。以下この項において同じ。）に係る特定事業軽減対象連結欠損金額（
連結法人に該当する同項
連結法人（旧効力措置法第六十八条の六十三第一項の表の第三号の上欄に掲げる連結法人を含む。）に該当する法第六十八条の六十三第一項又は旧効力措置法第六十八条の六十三第一項
連結所得の金額の合計額
連結所得の金額（旧特定事業にあつては、租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百四十五号）附則第三十二条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令（第一号において「旧効力措置法施行令」という。）第三十九条の九十第三項に規定する軽減対象連結所得金額）の合計額
前項の
前項並びに同条第三項の
第三十九条の九十第六項第一号
第六十八条の六十三第一項
第六十八条の六十三第一項又は旧効力措置法第六十八条の六十三第一項
規定する連結所得の金額
規定する連結所得の金額又は旧効力措置法施行令第三十九条の九十第三項に規定する軽減対象連結所得金額
第三十九条の九十第七項
第六十二条の九第一項
第六十二条の九第一項並びに旧効力措置法第六十八条の六十三第一項
第三十九条の九十の二第四項、第三十九条の九十の三第二項及び第三十九条の百十三の二第一項
の規定を適用せず
並びに旧効力措置法第六十八条の六十三第一項の規定を適用せず
第三十九条の百二十五第二項及び第三十九条の百二十六第一項
第五項の規定
第五項並びに旧効力措置法第六十八条の六十三第一項の規定
同法第八十一条の十八第一項に規定する個別帰属損金額
法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別帰属損金額
４
改正法附則第百十七条第五項の規定の適用がある場合における法人税法施行令第百五十五条の十三第二項及び第百五十五条の十三の二第二項の規定の適用については、これらの規定中「規定を適用しないで」とあるのは、「規定及び所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第百十七条第五項（沖縄の認定法人の連結所得の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の六十三第一項（沖縄の認定法人の連結所得の特別控除）の規定を適用しないで」とする。
（連結法人の特定の資産の買換えの場合等の課税の特例に関する経過措置）
第三十三条
改正法附則第百二十二条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の七十八から第六十八条の八十まで（旧法第六十八条の七十八第一項の表の第八号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の百六第一項、第四項、第八項から第十五項まで、第十七項、第十八項、第二十二項、第二十三項及び第二十五項から第四十一項までの規定は、なおその効力を有する。