前項の場合において、第二項の規定の適用を受ける法人のその適格分割の日を含む事業年度（同日が当該法人の事業年度開始の日である場合の当該事業年度を除く。）については、当該適格分割の日の前日を当該事業年度終了の日とみなして、同項の規定を適用する。
この場合において、同項中「当該各事業年度の月数」とあるのは、「当該各事業年度の月数（当該適格分割の日を含む事業年度にあっては、当該適格分割の日を含む事業年度開始の日から当該適格分割の日の前日までの期間の月数）」とする。
１３
第十一項又は附則第八十二条第八項の場合において、これらの規定の分割承継法人（その適格分割後において連結法人に該当するものを除く。）がその適格分割の日を含む事業年度の確定申告書等を青色申告書により提出することができる者でないときは、当該事業年度終了の日における特別修繕準備金の金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
１４
第十一項又は附則第八十二条第八項の分割承継法人（その適格分割後において連結法人に該当するものを除く。）のその適格分割の日を含む事業年度以後の各事業年度（当該適格分割の日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度後の各事業年度）に係る第二項の規定の適用については、同項に規定する特別修繕準備金の金額は、第十一項又は同条第八項の規定により当該分割承継法人が有するものとみなされた特別修繕準備金の金額を含むものとする。
この場合において、当該分割承継法人が有するものとみなされた特別修繕準備金の金額については、第二項中「当該各事業年度の月数を乗じてこれを四十八（当該法人が中小企業者である場合には、百二十）で除して」とあるのは、「当該各事業年度の月数（当該適格分割の日を含む事業年度にあっては、同日から同日を含む事業年度終了の日までの期間の月数）を乗じてこれを四十八月（当該法人が中小企業者である場合には、百二十月）から経過期間（平成二十四年四月一日以後最初に開始する事業年度開始の日（同年四月一日以後最初に開始する事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度開始の日）から当該適格分割の日の前日までの期間をいう。）の月数を控除した月数で除して」とする。
１５
第二項の規定の適用を受ける法人が適格現物出資により被現物出資法人に準備金設定資産を移転した場合（附則第八十二条第十一項前段に規定する場合を除く。）には、その適格現物出資直前における当該準備金設定資産に係る特別修繕準備金の金額は、当該被現物出資法人に引き継ぐものとする。
この場合において、その被現物出資法人が引継ぎを受けた特別修繕準備金の金額は、当該被現物出資法人がその適格現物出資の日において有する第二項の特別修繕準備金の金額（当該被現物出資法人の当該適格現物出資の日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、同条第二項の特別修繕準備金の金額）とみなす。
１６
前項の場合において、第二項の規定の適用を受ける法人のその適格現物出資の日を含む事業年度（同日が当該法人の事業年度開始の日である場合の当該事業年度を除く。）については、当該適格現物出資の日の前日を当該事業年度終了の日とみなして、同項の規定を適用する。
この場合において、同項中「当該各事業年度の月数」とあるのは、「当該各事業年度の月数（当該適格現物出資の日を含む事業年度にあっては、当該適格現物出資の日を含む事業年度開始の日から当該適格現物出資の日の前日までの期間の月数）」とする。
１７
第十五項又は附則第八十二条第十一項の場合において、これらの規定の被現物出資法人（その適格現物出資後において連結法人に該当するものを除く。）がその適格現物出資の日を含む事業年度の確定申告書等を青色申告書により提出することができる者でないときは、当該事業年度終了の日における特別修繕準備金の金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
１８
第十五項又は附則第八十二条第十一項の被現物出資法人（その適格現物出資後において連結法人に該当するものを除く。）のその適格現物出資の日を含む事業年度以後の各事業年度（当該適格現物出資の日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度後の各事業年度）に係る第二項の規定の適用については、同項に規定する特別修繕準備金の金額は、第十五項又は同条第十一項の規定により当該被現物出資法人が有するものとみなされた特別修繕準備金の金額を含むものとする。
この場合において、当該被現物出資法人が有するものとみなされた特別修繕準備金の金額については、第二項中「当該各事業年度の月数を乗じてこれを四十八（当該法人が中小企業者である場合には、百二十）で除して」とあるのは、「当該各事業年度の月数（当該適格現物出資の日を含む事業年度にあっては、同日から同日を含む事業年度終了の日までの期間の月数）を乗じてこれを四十八月（当該法人が中小企業者である場合には、百二十月）から経過期間（平成二十四年四月一日以後最初に開始する事業年度開始の日（同年四月一日以後最初に開始する事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度開始の日）から当該適格現物出資の日の前日までの期間をいう。）の月数を控除した月数で除して」とする。
（商工組合等の留保所得の特別控除に関する経過措置）
第六十六条
旧租税特別措置法第六十一条第一項に規定する法人の平成二十四年四月一日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（使途秘匿金の支出がある場合の課税の特例に関する経過措置）
第六十七条
新租税特別措置法第六十二条第八項の規定は、平成二十五年一月一日以後に法人に対して行う新国税通則法第七十四条の二（第一項第二号に係る部分に限る。）の規定による質問、検査又は提示若しくは提出の要求（附則第三十九条第一項に規定する経過措置調査等に係るものを除く。）について適用する。
２
平成二十四年十二月三十一日以前に旧租税特別措置法第六十二条第八項の法人に対して行った旧法人税法第百五十三条（旧法人税法第百五十五条において準用する場合を含む。）の規定による質問又は検査（附則第二十五条に規定する経過措置調査に係るものを含む。）については、なお従前の例による。
（国外関連者との取引に係る課税の特例に関する経過措置）
第六十八条
新租税特別措置法第六十六条の四第八項、第十項（第九項に係る部分を除く。）及び第十一項の規定は、平成二十五年一月一日以後に同条第八項に規定する同種の事業を営む者に対して行う質問、検査又は提示若しくは提出の要求（同項に規定する法人につき同日前から引き続き行われている調査（同日前に当該法人に対して当該調査に係る旧法人税法第百五十三条又は旧法人税法第百五十五条において準用する旧法人税法第百五十三条の規定による質問又は検査を行っていたものに限る。以下この項において「経過措置調査」という。）に係るものを除く。）について適用し、同日前に旧租税特別措置法第六十六条の四第八項に規定する同種の事業を営む者に対して行った同項の規定による質問又は検査（経過措置調査に係るものを含む。）については、なお従前の例による。
２
新租税特別措置法第六十六条の四第九項及び第十項（第九項に係る部分に限る。）の規定は、平成二十五年一月一日以後に提出される同条第九項に規定する帳簿書類について適用する。
３
新租税特別措置法第六十六条の四第十六項の規定は、施行日以後に国税通則法第二十三条第一項に規定する法定申告期限が到来する法人税について適用する。
４
新租税特別措置法第六十六条の四第十七項の規定は、施行日以後に同項各号に定める期限又は日が到来する法人税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第六十六条の四第十五項各号に定める期限又は日が到来した法人税については、なお従前の例による。
５
新租税特別措置法第六十六条の四第二十項の規定は、施行日以後に同条第十七項各号に定める期限又は日が到来する法人税について適用する。
６
施行日から平成二十四年十二月三十一日までの間における新租税特別措置法第六十六条の四第二十二項の規定の適用については、同項中「第六項まで及び第九項」とあるのは、「第六項まで」とする。
（中小企業者等である連結法人の法人税率の特例に関する経過措置）
第六十九条
旧租税特別措置法第六十八条の八第一項の表の第一欄に掲げる連結親法人又は同条第二項に規定する協同組合等である連結親法人の平成二十四年四月一日前に開始し、かつ、同日以後に終了する連結事業年度の連結所得に係る法人税法その他法人税に関する法令の規定の適用については、同条の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第一項及び第二項中「終了する各連結事業年度」とあるのは、「終了する各連結事業年度（同年四月一日前に開始し、かつ、同日以後に終了する連結事業年度を含む。）」とする。
（連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
第七十条
新租税特別措置法第六十八条の九第十四項及び第十五項の規定は、施行日以後に連結確定申告書等（期限後申告書を除く。以下同じ。）の提出期限が到来する法人税について適用し、施行日前に連結確定申告書等の提出期限が到来した法人税については、なお従前の例による。
（連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例に関する経過措置）
第七十一条
新租税特別措置法第六十八条の九の二第十項の規定は、施行日以後に連結確定申告書等の提出期限が到来する法人税について適用し、施行日前に連結確定申告書等の提出期限が到来した法人税については、なお従前の例による。