法附則第五条第一項に規定する権利及び義務は、機構の成立の時において機構が承継する。
ただし、附則第三十条の規定によりなお従前の例によることとされた旧特別会計における法附則第十条の規定の施行の日の前日の属する会計年度（以下「最後の会計年度」という。）の収入及び支出に係るもので最後の会計年度の出納の完結の際旧特別会計に属するものにあっては、その出納の完結の際に機構が承継する。
（権利義務の承継の際出資があったものとされる資産及び負債）
第五条
法附則第五条第二項の政令で定める資産は、次に掲げるものとする。
一
附則第三条第一号の規定により指定された土地等
二
前号に掲げるもののほか、法附則第五条第一項の規定により機構が承継した権利に係る資産のうち厚生労働大臣が指定するもの
２
法附則第五条第二項の政令で定める負債は、次に掲げるものとする。
一
附則第三条第三号の規定により指定された旧特別会計の財政融資資金からの負債
二
附則第三条第四号の規定により指定された旧特別会計法附則第四項及び第六項の規定により旧特別会計から産業投資特別会計社会資本整備勘定に繰り入れるものとされた繰入金
三
前二号に掲げるもののほか、法附則第五条第一項の規定により機構が承継した義務に係る負債のうち厚生労働大臣が指定するもの
（出資の時期）
第六条
法附則第五条第一項の規定により機構が国の有する権利及び義務を承継したときは、その承継の際、同条第二項に規定する金額は、政府から機構に対し出資されたものとする。
（出資があったものとされる資産に係る評価委員の任命）
第七条
法附則第五条第五項の評価委員は、次に掲げる者につき厚生労働大臣が任命する。
一
厚生労働省の職員
一人
二
財務省の職員
一人
三
機構の役員（機構が成立するまでの間は、機構に係る独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号。以下「通則法」という。）第十五条第一項の設立委員）
一人
四
学識経験のある者
二人
（出資があったものとされる資産の評価の方法）
第八条
法附則第五条第五項の規定による評価は、同項の評価委員の過半数の一致によるものとする。
（省令への委任）
第九条
前二条に定めるもののほか、法附則第五条第五項の規定による評価に関し必要な事項は、厚生労働省令で定める。
（機構が承継する債務の償還）
第十条
法附則第五条第七項の政令で定める債務は、附則第三条第三号の規定により指定された旧特別会計の財政融資資金からの負債とする。
２
厚生労働大臣は、通則法第二十九条第一項の規定により定める機構の中期目標において、同条第二項第五号に掲げる事項として、前項の債務の償還及び当該債務に係る利子の支払の確実かつ円滑な実施に必要と認められる事項について定めるものとする。
（国有財産の無償使用）
第十一条
法附則第六条の政令で定める国有財産は、機構の成立の際現に専ら旧部局等に使用されている土地等（附則第三条第一号の規定により厚生労働大臣が指定するものを除く。）とする。
２
前項の国有財産については、通則法第十四条第一項の規定により指名を受けた機構の長となるべき者が機構の成立前に申請したときに限り、機構に対し、無償で使用させることができる。
（不動産に関する登記の特例）
第十二条
機構が法附則第五条第一項の規定により不動産に関する権利を承継した場合において、その権利についてすべき登記の嘱託をするときは、第十六条第一項において準用する不動産登記法第百十六条第一項の規定にかかわらず、登記義務者の承諾を得ることを要しない。
（国の利害に関係のある訴訟についての法務大臣の権限等に関する法律に関する経過措置）
第十三条
法附則第九条の規定により機構を国の利害に関係のある訴訟についての法務大臣の権限等に関する法律（昭和二十二年法律第百九十四号）に規定する国又は行政庁とみなして同法の規定を適用する場合には、同法第二条第一項中「前条の訴訟」とあるのは「独立行政法人国立病院機構を当事者又は参加人とする訴訟」と、同条第二項中「行政庁（国に所属するものに限る。第五条、第六条及び第八条において同じ。）の所管し、又は監督する事務に係る前条の訴訟」とあるのは「前項の訴訟」と、「当該行政庁」とあるのは「独立行政法人国立病院機構」と、同法第五条第一項及び第三項並びに第六条中「行政庁」とあるのは「独立行政法人国立病院機構」と、同法第八条本文中「第二条、第五条第一項、第六条第二項、第六条の二第四項若しくは第五項、第六条の三第四項若しくは第五項又は前条第三項」とあるのは「第二条第一項若しくは第二項、第五条第一項又は第六条第二項」と、「行政庁」とあるのは「独立行政法人国立病院機構」とする。
（新特別会計に帰属しない権利義務）
第十四条
法附則第十一条第一項の政令で定める権利及び義務は、次に掲げる権利及び義務とする。
一
附則第三条第一号に掲げる権利及び義務のうち、厚生労働大臣が指定するもの
二
前号に掲げるもののほか、旧特別会計に所属する権利及び義務のうち法附則第五条第一項の規定により機構に承継されるもの以外のものであって、厚生労働大臣が指定するもの
（権利義務の新特別会計への帰属の時期）
第十五条
法附則第十一条第一項に規定する権利及び義務（同条第三項及び第四項に規定するもの、法附則第五条第一項の規定により機構に承継されるもの並びに前条各号に掲げるものを除く。）は、法附則第十条の規定の施行の時において法附則第十一条第一項に規定する国立高度専門医療センター特別会計（以下「新特別会計」という。）に帰属する。
ただし、附則第三十条の規定によりなお従前の例によることとされた旧特別会計における最後の会計年度の収入及び支出に係るもので最後の会計年度の出納の完結の際旧特別会計に属するものにあっては、その出納の完結の際に新特別会計に帰属する。
（権利義務の一般会計への帰属の時期）
第十六条
附則第十四条各号に掲げる権利及び義務は、法附則第十条の規定の施行の時において一般会計に帰属する。
ただし、附則第三十条の規定によりなお従前の例によることとされた旧特別会計における最後の会計年度の収入及び支出に係るもので最後の会計年度の出納の完結の際旧特別会計に属するものにあっては、その出納の完結の際に一般会計に帰属する。
（剰余金の帰属時期等）
第十七条
法附則第十一条第三項の規定による積立金は、最後の会計年度の出納の完結の際新特別会計に帰属する。
２
法附則第十一条第三項の政令で定める額は、最後の会計年度における旧国立病院等又は法附則第十六条の規定による改正前の厚生労働省設置法第十六条第一項に規定する国立高度専門医療センター（以下「国立高度専門医療センター」という。）に係る収支の状況その他の事情を勘案して厚生労働大臣が定める額とする。
（積立金の帰属時期等）
第十八条
法附則第十一条第四項の規定による積立金は、最後の会計年度の出納の完結の際新特別会計に帰属する。
２
法附則第十一条第四項の政令で定める額は、最後の会計年度における旧国立病院等又は国立高度専門医療センターに係る収支の状況その他の事情を勘案して厚生労働大臣が定める額とする。
（国から承継した貸付金の償還期間等）
第十九条
法附則第十二条第一項の規定による貸付金（以下この条において「貸付金」という。）の償還期間は、次の各号に掲げる貸付金の区分に応じ、それぞれ当該各号に定める期間とする。
一
平成十三年度において産業投資特別会計社会資本整備勘定から旧特別会計に繰り入れられた金額に係る貸付金
三年
二
平成十四年度において産業投資特別会計社会資本整備勘定から旧特別会計に繰り入れられた金額に係る貸付金
四年（一年の据置期間を含む。）
２
前項に規定する期間は、機構の成立の日から起算する。
３
貸付金の償還は、均等年賦償還の方法によるものとする。
４
国は、国の財政状況を勘案し、相当と認めるときは、貸付金の一部について、前三項の規定により定められた償還期限を繰り上げて償還させることができる。
５
法附則第十二条第一項の規定により通則法附則第四条第五項の規定を適用する場合における独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令（平成十二年政令第三百十六号）附則第六項の規定の適用については、同項中「通則法附則第四条第五項」とあるのは「独立行政法人国立病院機構法（平成十四年法律第百九十一号）附則第十二条第一項の規定により適用する通則法附則第四条第五項」と、「前項」とあるのは「独立行政法人国立病院機構法施行令（平成十五年政令第五百十六号）附則第十九条第四項」とする。
（恩給負担金の取扱い）
第二十条
法附則第十条の規定の施行前に給与事由が生じた恩給の支払に充てるべき金額で従前の国立病院特別会計が引き続き存続するものとした場合において国立病院特別会計において負担すべきこととなるもののうち、その十分の九に相当する金額については、機構を特別会計の恩給負担金を一般会計に繰り入れることに関する法律（昭和六年法律第八号）に規定する特別会計とみなし、同法の規定を適用する。
（国立病院等の再編成に伴う特別措置に関する法律の廃止に伴う経過措置）
第二十一条
法附則第十五条第一項の政令で定める要件は、次の各号のいずれかに該当することとする。
一