第十三項の規定は、同項の法人が通算対象所得金額（前項の規定により当該法人の第十四項に規定する控除対象通算対象所得調整額（以下この項において「控除対象通算対象所得調整額」という。）とみなされた被合併法人等の控除対象通算対象所得調整額に係る通算対象所得金額を除く。）の生じた事業年度について法人税法第六十四条の五第三項の規定の適用があることを証する書類を添付した法人の市町村民税の確定申告書を提出し、かつ、その後において連続して法人の市町村民税の確定申告書を提出している場合（前項の規定により当該法人の控除対象通算対象所得調整額とみなされたものにつき第十三項の規定を適用する場合には、合併等事業年度以後において連続して法人の市町村民税の確定申告書を提出している場合）に限り、適用する。
１７
法人税法第七十一条第一項（同法第七十二条第一項の規定が適用される場合に限る。）又は第七十四条第一項の規定により法人税に係る申告書を提出する義務がある法人について、当該事業年度において生じた被配賦欠損金控除額（同法第六十四条の七第一項第二号ハに掲げる金額に同項第三号ロに規定する非特定損金算入割合（第十九項において「非特定損金算入割合」という。）を乗じて計算した金額（同条第五項の規定の適用がある場合には、同項第一号に規定する場合における当該金額）で同法第五十七条第一項の規定により損金の額に算入されたものをいう。次項において同じ。）がある場合の当該法人が納付すべき当該事業年度分の法人税割の課税標準となる法人税額の算定については、第一項、第三十四項又は第三十五項の規定にかかわらず、これらの規定により申告納付すべき当該法人税額の課税標準の算定期間に係る法人税割の課税標準となる法人税額に加算対象被配賦欠損調整額を加算するものとする。
１８
前項に規定する加算対象被配賦欠損調整額とは、被配賦欠損金控除額に、同項の法人の当該事業年度終了の日における第四項各号に掲げる当該法人の区分に応じ、それぞれ当該各号に定める率を乗じて得た金額をいう。
１９
法人税法第七十一条第一項（同法第七十二条第一項の規定が適用される場合に限る。）又は第七十四条第一項の規定により法人税に係る申告書を提出する義務がある法人について、当該事業年度開始の日前十年以内に開始した事業年度において生じた配賦欠損金控除額（同法第六十四条の七第一項第二号ニに掲げる金額に非特定損金算入割合を乗じて計算した金額（同条第五項の規定の適用がある場合には、同項第二号イに規定する場合における当該金額）で同法第五十七条第一項の規定により損金の額に算入されたものをいう。次項から第二十二項までにおいて同じ。）がある場合の当該法人が納付すべき当該事業年度分の法人税割の課税標準となる法人税額の算定については、第一項、第三十四項又は第三十五項の規定にかかわらず、これらの規定により申告納付すべき当該法人税額の課税標準の算定期間に係る法人税割の課税標準となる法人税額から、当該法人税額（当該法人税額について租税特別措置法第四十二条の十四第一項若しくは第四項、第六十二条第一項、第六十二条の三第一項若しくは第九項又は第六十三条第一項の規定により加算された金額がある場合には、政令で定める額を控除した額）を限度として、控除対象配賦欠損調整額を控除するものとする。
この場合において、控除対象配賦欠損調整額は、前事業年度以前の法人税割の課税標準とすべき法人税額について控除されなかつた額に限る。
２０
前項に規定する控除対象配賦欠損調整額とは、配賦欠損金控除額に、同項の法人の当該配賦欠損金控除額の生じた事業年度後最初の事業年度終了の日における第十四項各号に掲げる当該法人の区分に応じ、それぞれ当該各号に定める率を乗じて得た金額をいう。
２１
第十九項の法人を合併法人とする適格合併が行われた場合又は当該法人との間に完全支配関係（当該法人による完全支配関係又は相互の関係に限る。）がある他の法人で当該法人が発行済株式若しくは出資の全部若しくは一部を有するものの残余財産が確定した場合において、当該適格合併に係る被合併法人又は当該他の法人（以下この項及び次項において「被合併法人等」という。）の当該適格合併の日前十年以内に開始し、又は当該残余財産の確定の日の翌日前十年以内に開始した事業年度（以下この項において「前十年内事業年度」という。）において生じた配賦欠損金控除額に係る前項に規定する控除対象配賦欠損調整額（当該被合併法人等が当該控除対象配賦欠損調整額（この項の規定により当該被合併法人等の前項に規定する控除対象配賦欠損調整額とみなされたものを含む。）に係る配賦欠損金控除額の生じた事業年度について法人税法第五十七条第一項の規定の適用があることを証する書類を添付した法人の市町村民税の確定申告書を提出していることその他の政令で定める要件を満たしている場合における当該控除対象配賦欠損調整額に限るものとし、第十九項の規定により当該被合併法人等の前十年内事業年度の法人税割の課税標準とすべき法人税額について控除された額を除く。以下この項において「控除未済配賦欠損調整額」という。）があるときは、当該法人の当該適格合併の日の属する事業年度又は当該残余財産の確定の日の翌日の属する事業年度（以下この項及び次項において「合併等事業年度」という。）以後の事業年度における第十九項の規定の適用については、当該前十年内事業年度に係る控除未済配賦欠損調整額（当該他の法人に株主等が二以上ある場合には、当該控除未済配賦欠損調整額を当該他の法人の発行済株式又は出資（当該他の法人が有する自己の株式又は出資を除く。）の総数又は総額で除し、これに当該法人の有する当該他の法人の株式又は出資の数又は金額を乗じて計算した金額）は、それぞれ当該控除未済配賦欠損調整額に係る前十年内事業年度開始の日の属する当該法人の事業年度（当該法人の合併等事業年度開始の日以後に開始した当該被合併法人等の前十年内事業年度に係る控除未済配賦欠損調整額にあつては、当該合併等事業年度の前事業年度）に係る前項に規定する控除対象配賦欠損調整額とみなす。
２２
第十九項の規定は、同項の法人が配賦欠損金控除額（前項の規定により当該法人の第二十項に規定する控除対象配賦欠損調整額（以下この項において「控除対象配賦欠損調整額」という。）とみなされた被合併法人等の控除対象配賦欠損調整額に係る配賦欠損金控除額を除く。）の生じた事業年度について法人税法第五十七条第一項の規定の適用があることを証する書類を添付した法人の市町村民税の確定申告書を提出し、かつ、その後において連続して法人の市町村民税の確定申告書を提出している場合（前項の規定により当該法人の控除対象配賦欠損調整額とみなされたものにつき第十九項の規定を適用する場合には、合併等事業年度以後において連続して法人の市町村民税の確定申告書を提出している場合）に限り、適用する。
２３
法人税法第七十一条第一項（同法第七十二条第一項の規定が適用される場合に限る。）、第七十四条第一項、第百四十四条の三第一項（同法第百四十四条の四第一項の規定が適用される場合に限る。）又は第百四十四条の六第一項の規定により法人税に係る申告書を提出する義務がある法人で、当該事業年度の中間期間（同法第八十条第五項又は第百四十四条の十三第十一項に規定する中間期間をいう。以下この項から第二十五項までにおいて同じ。）又は当該事業年度開始の日前十年以内に開始した事業年度若しくは中間期間（同法第八十条第七項又は第八項に規定する欠損事業年度（次項において「欠損事業年度」という。）を除く。）において損金の額が益金の額を超えることとなつたため、同法第八十条又は第百四十四条の十三の規定により法人税額の還付を受けたものが納付すべき当該事業年度分の法人税割の課税標準となる法人税額の算定については、第一項、第三十四項又は第三十五項の規定にかかわらず、次の各号に掲げる法人の区分に応じ、それぞれ当該各号に定めるところによるものとする。
一
法人税法第八十条の規定により法人税額の還付を受けた内国法人
第一項、第三十四項又は第三十五項の規定により申告納付すべき法人税割の課税標準となる法人税額から、当該法人税額（当該法人税額について租税特別措置法第四十二条の十四第一項若しくは第四項、第六十二条第一項、第六十二条の三第一項若しくは第九項又は第六十三条第一項の規定により加算された金額がある場合には、政令で定める額を控除した額）を限度として、還付を受けた法人税額（以下この項から第二十五項までにおいて「内国法人の控除対象還付法人税額」という。）を控除する。この場合において、内国法人の控除対象還付法人税額は、前事業年度以前の法人税割の課税標準とすべき法人税額について控除されなかつた額に限る。
二
法人税法第百四十四条の十三の規定により同法第百四十一条第一号イに掲げる国内源泉所得に対する法人税額の還付を受けた外国法人
第一項、第三十四項又は第三十五項の規定により申告納付すべき法人税割の課税標準となる同号イに掲げる国内源泉所得に対する法人税額から、当該法人税額（当該法人税額について租税特別措置法第六十二条第一項、第六十二条の三第一項若しくは第九項又は第六十三条第一項の規定により加算された金額がある場合には、政令で定める額を控除した額）を限度として、還付を受けた法人税額（以下この項から第二十五項までにおいて「外国法人の恒久的施設帰属所得に係る控除対象還付法人税額」という。）を控除する。この場合において、外国法人の恒久的施設帰属所得に係る控除対象還付法人税額は、前事業年度以前の法人税割の課税標準とすべき法人税額について控除されなかつた額に限る。
三