新令第三十九条の十七の二第二項の規定は、新法第六十六条の六第二項第一号に規定する外国関係会社の施行日以後に開始する事業年度に係る同条第一項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融子会社等部分適用対象金額及び当該金融子会社等部分適用対象金額に係る同項に規定する金融子会社等部分課税対象金額について適用し、旧法第六十六条の六第二項第一号に規定する外国関係会社の施行日前に開始した事業年度に係る同条第一項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融子会社等部分適用対象金額及び当該金融子会社等部分適用対象金額に係る同項に規定する金融子会社等部分課税対象金額については、なお従前の例による。
３
施行日から令和元年十二月三十一日までの間における租税特別措置法施行令第三十九条の十八第二十三項の規定の適用については、同項中「法第十条及び第十二条の二」」とあるのは「法第十条」」と、「法第十条及び第十二条の二並びに」とあるのは「法第十条及び」と、「、第十条及び第十二条の二」とあるのは「及び第十条」とする。
（特殊関係株主等である内国法人に係る外国関係法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
第三十条
新令第三十九条の二十の二第五項（第四号に係る部分に限る。）の規定は、新法第六十六条の九の二第一項に規定する外国関係法人の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融関係法人部分適用対象金額及び当該金融関係法人部分適用対象金額に係る同項に規定する金融関係法人部分課税対象金額について適用する。
２
施行日から令和元年十二月三十一日までの間における租税特別措置法施行令第三十九条の二十の七第十三項の規定の適用については、同項中「法第十条及び第十二条の二」」とあるのは「法第十条」」と、「法第十条及び第十二条の二並びに」とあるのは「法第十条及び」と、「、第十条及び第十二条の二」とあるのは「及び第十条」とする。
（法人税率の特例の適用を受ける医療法人の要件等に関する経過措置）
第三十一条
新令第三十九条の二十五第一項の規定は、医療法人の施行日以後に開始する事業年度に係る新法第六十七条の二第一項の承認又は同条第二項の規定に基づく承認の取消しについて適用し、医療法人の施行日前に開始した事業年度に係る旧法第六十七条の二第一項の承認又は同条第二項の規定に基づく承認の取消しについては、なお従前の例による。
（連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
第三十二条
新令第三十九条の三十九第十四項の規定は、連結法人の施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用し、連結法人の施行日前に終了した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（連結法人がエネルギー環境負荷低減推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
第三十三条
改正法附則第百五条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における旧法第六十八条の十第五項の規定の適用がある場合における新法人税法第二編第一章（第二節を除く。）、第一章の二（第二節を除く。）及び第四章並びに新地方法人税法第四章の規定の適用については、改正法附則第百五条第一項の規定にかかわらず、新令第三十九条の四十一第八項の規定を準用する。
この場合において、同項第一号中「法第六十八条の十一第五項」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律（平成三十年法律第七号）附則第百五条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法第十五条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の十第五項」と読み替えるものとする。
２
改正法附則第百五条第二項において準用する新法第六十八条の九第十三項第二号及び第五号に規定する政令で定める金額は、旧令第三十九条の四十第三項各号に掲げる連結法人の区分に応じ当該各号に定める金額（当該各号のいずれにも該当する連結法人にあっては、当該各号に定める金額の合計額）とする。
３
改正法附則第百五条第五項において準用する新法第六十八条の十一第十三項第一号及び第三号に規定する政令で定める金額は、法人税法第四条の五第一項の規定により同法第四条の二の承認を取り消された連結親法人又は連結子法人について、改正法附則第百五条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における旧法第六十八条の十第五項の規定により当該承認の取消しのあった日の前日を含む連結事業年度の連結所得に対する法人税の額に加算された金額とする。
（中小連結法人が機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除等に関する経過措置）
第三十四条
新令第三十九条の四十一第八項（第一号及び第四号に係る部分に限るものとし、新令第三十九条の四十三第七項、第三十九条の四十五の四第九項又は第三十九条の四十六第九項において準用する場合を含む。）の規定は、連結法人の施行日以後に終了する前連結事業年度等（法人税法第七十一条第一項第一号に規定する前事業年度若しくは同条第二項第一号に規定する各連結事業年度又は同法第八十一条の十九第四項第一号ロ若しくは第二号ロに規定する各連結事業年度をいう。以下この項において同じ。）の連結確定申告書（同法第二条第三十二号に規定する連結確定申告書をいう。以下この項において同じ。）に記載すべき同法第八十一条の二十二第一項第二号に掲げる金額及び連結法人の施行日以後に終了する前課税事業年度（地方法人税法第十六条第一項第一号に規定する前課税事業年度をいう。以下この項において同じ。）の地方法人税額（地方法人税法第十六条第一項第一号に規定する地方法人税額をいう。以下この項において同じ。）について適用し、連結法人の施行日前に終了した前連結事業年度等の連結確定申告書に記載すべき法人税法第八十一条の二十二第一項第二号に掲げる金額及び連結法人の施行日前に終了した前課税事業年度の地方法人税額については、なお従前の例による。
２
新令第三十九条の四十一第八項（第二号及び第五号に係る部分に限るものとし、新令第三十九条の四十三第七項、第三十九条の四十五の四第九項又は第三十九条の四十六第九項において準用する場合を含む。）の規定は、連結法人の施行日以後に終了する還付所得連結事業年度（法人税法第八十一条の三十一第一項に規定する還付所得連結事業年度をいう。以下この項において同じ。）の連結所得に対する法人税の額及び連結法人の施行日以後に終了する地方法人税法第二十三条第一項本文に規定する課税事業年度の同項に規定する基準法人税額に対する地方法人税の額について適用し、連結法人の施行日前に終了した還付所得連結事業年度の連結所得に対する法人税の額及び連結法人の施行日前に終了した同項本文に規定する課税事業年度の同項に規定する基準法人税額に対する地方法人税の額については、なお従前の例による。
３
新令第三十九条の四十一第八項（第三号及び第六号に係る部分に限るものとし、新令第三十九条の四十三第七項、第三十九条の四十五の四第九項又は第三十九条の四十六第九項において準用する場合を含む。）の規定は、連結法人の施行日以後に終了する更正前連結事業年度（法人税法第百三十五条第二項に規定する更正の日の属する同法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度開始の日前一年以内に開始する各連結事業年度をいう。以下この項において同じ。）の連結所得に対する法人税の額及び連結法人の施行日以後に終了する地方法人税法第二十九条第二項の各課税事業年度の同項に規定する所得基準法人税額に対する地方法人税の額について適用し、連結法人の施行日前に終了した更正前連結事業年度の連結所得に対する法人税の額及び連結法人の施行日前に終了した同項の各課税事業年度の同項に規定する所得基準法人税額に対する地方法人税の額については、なお従前の例による。
４
連結法人の令和元年十月一日前に開始した地方法人税法第十六条第一項第一号に規定する前課税事業年度における新令第三十九条の四十一第八項（第四号に係る部分に限るものとし、新令第三十九条の四十三第七項、第三十九条の四十五の四第九項若しくは第三十九条の四十六第九項又は前条第一項において準用する場合を含む。）の規定の適用については、新令第三十九条の四十一第八項第四号中「百分の十・三」とあるのは、「百分の四・四」とする。
５
連結法人の令和元年十月一日前に開始した地方法人税法第二十三条第一項本文に規定する課税事業年度における新令第三十九条の四十一第八項（第五号に係る部分に限るものとし、新令第三十九条の四十三第七項、第三十九条の四十五の四第九項若しくは第三十九条の四十六第九項又は前条第一項において準用する場合を含む。）の規定の適用については、同号中「百分の十・三」とあるのは、「百分の四・四」とする。
６
連結法人の令和元年十月一日前に開始した地方法人税法第二十九条第二項の各課税事業年度における新令第三十九条の四十一第八項（第六号に係る部分に限るものとし、新令第三十九条の四十三第七項、第三十九条の四十五の四第九項若しくは第三十九条の四十六第九項又は前条第一項において準用する場合を含む。）の規定の適用については、同号中「百分の十・三」とあるのは、「百分の四・四」とする。