当該修正申告書で第五項に規定する提出期限後に提出されたもの及び当該更正については、国税通則法第二章から第七章までの規定中「法定申告期限」とあり、及び「法定納期限」とあるのは「租税特別措置法第三十条の二第五項に規定する修正申告書の提出期限」と、同法第六十一条第一項第一号中「期限内申告書」とあるのは「租税特別措置法第二条第一項第十号に規定する確定申告書」と、同条第二項中「期限内申告書又は期限後申告書」とあるのは「租税特別措置法第三十条の二第五項の規定による修正申告書」と、同法第六十五条第一項、第三項第二号及び第五項第二号中「期限内申告書」とあるのは「租税特別措置法第二条第一項第十号に規定する確定申告書」とする。
三
国税通則法第六十一条第一項第二号及び第六十六条の規定は、前号に規定する修正申告書及び更正には、適用しない。
８
森林経営計画につき第五項に規定する認定の取消しがあつた場合における税務署長への通知に関し必要な事項は、政令で定める。
第二款　長期譲渡所得の課税の特例
（長期譲渡所得の課税の特例）
第三十一条
個人が、その有する土地若しくは土地の上に存する権利（以下第三十二条までにおいて「土地等」という。）又は建物及びその附属設備若しくは構築物（以下同条までにおいて「建物等」という。）で、その年一月一日において所有期間が五年を超えるものの譲渡（建物又は構築物の所有を目的とする地上権又は賃借権の設定その他契約により他人（当該個人が非居住者である場合の所得税法第百六十一条第一項第一号に規定する事業場等を含む。）に土地を長期間使用させる行為で政令で定めるもの（第三十三条から第三十七条の六まで及び第三十七条の八において「譲渡所得の基因となる不動産等の貸付け」という。）を含む。以下第三十二条までにおいて同じ。）をした場合には、当該譲渡による譲渡所得については、同法第二十二条及び第八十九条並びに第百六十五条の規定にかかわらず、他の所得と区分し、その年中の当該譲渡に係る譲渡所得の金額（同法第三十三条第三項に規定する譲渡所得の特別控除額の控除をしないで計算した金額とし、第三十二条第一項に規定する短期譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、同項後段の規定にかかわらず、当該計算した金額を限度として当該損失の金額を控除した後の金額とする。以下この項及び第三十一条の四において「長期譲渡所得の金額」という。）に対し、長期譲渡所得の金額（第三項第三号の規定により読み替えられた同法第七十二条から第八十七条までの規定の適用がある場合には、その適用後の金額。以下第三十一条の三までにおいて「課税長期譲渡所得金額」という。）の百分の十五に相当する金額に相当する所得税を課する。
この場合において、長期譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、同法その他所得税に関する法令の規定の適用については、当該損失の金額は生じなかつたものとみなす。
２
前項に規定する所有期間とは、当該個人がその譲渡をした土地等又は建物等をその取得（建設を含む。）をした日の翌日から引き続き所有していた期間として政令で定める期間をいう。
３
第一項の規定の適用がある場合には、次に定めるところによる。
一
所得税法第二条第一項第三十号から第三十四号の四までの規定の適用については、同項第三十号中「山林所得金額」とあるのは、「山林所得金額並びに租税特別措置法第三十一条第一項（長期譲渡所得の課税の特例）（同法第三十一条の二（優良住宅地の造成等のために土地等を譲渡した場合の長期譲渡所得の課税の特例）又は第三十一条の三（居住用財産を譲渡した場合の長期譲渡所得の課税の特例）の規定により適用される場合を含む。以下同じ。）に規定する長期譲渡所得の金額（以下「長期譲渡所得の金額」という。）」とする。
二
所得税法第六十九条の規定の適用については、同条第一項中「譲渡所得の金額」とあるのは「譲渡所得の金額（租税特別措置法第三十一条第一項（長期譲渡所得の課税の特例）に規定する譲渡による譲渡所得がないものとして計算した金額とする。）」と、「各種所得の金額」とあるのは「各種所得の金額（長期譲渡所得の金額を除く。）」とする。
三
所得税法第七十一条及び第七十二条から第八十七条までの規定の適用については、これらの規定中「総所得金額」とあるのは、「総所得金額、長期譲渡所得の金額」とする。
四
所得税法第九十二条、第九十五条及び第百六十五条の六の規定の適用については、同法第九十二条第一項中「前節（税率）」とあるのは「前節（税率）及び租税特別措置法第三十一条第一項（長期譲渡所得の課税の特例）」と、「課税総所得金額」とあるのは「課税総所得金額及び租税特別措置法第三十一条第一項に規定する課税長期譲渡所得金額の合計額」と、同条第二項中「課税総所得金額に係る所得税額」とあるのは「課税総所得金額に係る所得税額、同項に規定する課税長期譲渡所得金額に係る所得税額」と、同法第九十五条及び第百六十五条の六中「その年分の所得税の額」とあるのは「その年分の所得税の額及び租税特別措置法第三十一条第一項（長期譲渡所得の課税の特例）の規定による所得税の額」とする。
五
前各号に定めるもののほか、所得税法第二編第五章の規定による申請又は申告に関する特例その他第一項の規定の適用がある場合における所得税に関する法令の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（優良住宅地の造成等のために土地等を譲渡した場合の長期譲渡所得の課税の特例）
第三十一条の二
個人が、昭和六十二年十月一日から令和七年十二月三十一日までの間に、その有する土地等でその年一月一日において前条第二項に規定する所有期間が五年を超えるものの譲渡をした場合において、当該譲渡が優良住宅地等のための譲渡に該当するときは、当該譲渡（次条の規定の適用を受けるものを除く。以下この項において同じ。）による譲渡所得については、前条第一項前段の規定により当該譲渡に係る課税長期譲渡所得金額に対し課する所得税の額は、同項前段の規定にかかわらず、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額に相当する額とする。
一
課税長期譲渡所得金額が二千万円以下である場合
当該課税長期譲渡所得金額の百分の十に相当する金額
二
課税長期譲渡所得金額が二千万円を超える場合
次に掲げる金額の合計額
イ
二百万円
ロ
当該課税長期譲渡所得金額から二千万円を控除した金額の百分の十五に相当する金額
２
前項に規定する優良住宅地等のための譲渡とは、次に掲げる土地等の譲渡に該当することにつき財務省令で定めるところにより証明がされたものをいう。
一
国、地方公共団体その他これらに準ずる法人に対する土地等の譲渡で政令で定めるもの
二
独立行政法人都市再生機構、土地開発公社その他これらに準ずる法人で宅地若しくは住宅の供給又は土地の先行取得の業務を行うことを目的とするものとして政令で定めるものに対する土地等の譲渡で、当該譲渡に係る土地等が当該業務を行うために直接必要であると認められるもの（土地開発公社に対する政令で定める土地等の譲渡に該当するものを除く。）
二の二
土地開発公社に対する次に掲げる土地等の譲渡で、当該譲渡に係る土地等が独立行政法人都市再生機構が施行するそれぞれ次に定める事業の用に供されるもの
イ
被災市街地復興特別措置法（平成七年法律第十四号）第五条第一項の規定により都市計画に定められた被災市街地復興推進地域（以下第三十四条の二までにおいて「被災市街地復興推進地域」という。）内にある土地等
同法による被災市街地復興土地区画整理事業（以下第三十四条の二までにおいて「被災市街地復興土地区画整理事業」という。）
ロ
被災市街地復興特別措置法第二十一条に規定する住宅被災市町村の区域内にある土地等
都市再開発法（昭和四十四年法律第三十八号）による第二種市街地再開発事業
三
土地等の譲渡で第三十三条の四第一項に規定する収用交換等によるもの（前三号に掲げる譲渡又は政令で定める土地等の譲渡に該当するものを除く。）
四
都市再開発法による第一種市街地再開発事業の施行者に対する土地等の譲渡で、当該譲渡に係る土地等が当該事業の用に供されるもの（前各号に掲げる譲渡又は政令で定める土地等の譲渡に該当するものを除く。）
五
密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律（平成九年法律第四十九号）による防災街区整備事業の施行者に対する土地等の譲渡で、当該譲渡に係る土地等が当該事業の用に供されるもの（第一号から第三号までに掲げる譲渡又は政令で定める土地等の譲渡に該当するものを除く。）
六
密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第三条第一項第一号に規定する防災再開発促進地区の区域内における同法第八条に規定する認定建替計画（当該認定建替計画に定められた新築する建築物の敷地面積の合計が五百平方メートル以上であることその他の政令で定める要件を満たすものに限る。）に係る建築物の建替えを行う事業の同法第七条第一項に規定する認定事業者に対する土地等の譲渡で、当該譲渡に係る土地等が当該事業の用に供されるもの（第二号から前号までに掲げる譲渡又は政令で定める土地等の譲渡に該当するものを除く。）
七