分割等（分割又は現物出資をいう。以下この項及び第四項において同じ。）について租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（令和五年政令第百四十五号。以下「改正令」という。）第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令（以下「旧令」という。）第二十七条の四第十四項又は第三十七項の届出（法人税法施行令等の一部を改正する政令（令和二年政令第二百七号）附則第二条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第三条の規定による改正前の租税特別措置法施行令（次項において「令和二年旧効力措置法施行令」という。）第三十九条の三十九第九項又は第三十項の届出を含む。）をした法人（租税特別措置法第二条第二項第二号に規定する人格のない社団等を含む。以下この条及び附則第六条において同じ。）が当該分割等について改正令第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行令（以下「新令」という。）第二十七条の四第十四項又は第三十項の規定の適用を受けようとする場合には、その適用を受けようとする事業年度の同法第二条第二項第二十八号に規定する確定申告書等（次項及び次条第一項において「確定申告書等」という。）に新令第二十七条の四第十四項又は第三十項の書類の添付があるものとみなす。
この場合において、当該書類には、当該分割等に係る同法第二条第二項第五号に規定する分割法人又は同項第七号に規定する現物出資法人の各事業年度の新令第二十七条の四第十六項に規定する移転試験研究費の額又は同条第三十二項に規定する移転売上金額として、当該分割等に係る旧規則第二十条第八項又は第四十五項の届出書（法人税法施行規則等の一部を改正する省令（令和二年財務省令第五十六号）附則第二条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第三条の規定による改正前の租税特別措置法施行規則第二十二条の二十三第八項又は第四十五項の届出書を含む。）に当該分割法人又は現物出資法人の当該各事業年度の旧令第二十七条の四第十四項に規定する移転試験研究費の額又は同条第二十一項第一号イに規定する移転売上金額として記載された金額が記載されているものとみなす。
２
法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第十二号の五の二に規定する現物分配について旧令第二十七条の四第十六項の届出（令和二年旧効力措置法施行令第三十九条の三十九第十一項の届出を含む。）をした法人が当該現物分配について新令第二十七条の四第十四項の規定の適用を受けようとする場合には、その適用を受けようとする事業年度の確定申告書等に同項の書類の添付があるものとみなす。
この場合において、当該書類には、当該現物分配に係る租税特別措置法第二条第二項第九号に規定する現物分配法人の各事業年度の新令第二十七条の四第十六項に規定する移転試験研究費の額として零が記載されているものとみなす。
３
新規則第二十条の規定の適用については、法人の連結事業年度（所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）第十六条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この項及び附則第七条第二項において「令和二年旧措置法」という。）第二条第二項第十九号に規定する連結事業年度をいう。附則第七条第二項において同じ。）の令和二年旧措置法第六十八条の九第八項第一号に規定する試験研究費の額は、法人の事業年度の租税特別措置法第四十二条の四第十九項第一号に規定する試験研究費の額とみなす。
４
改正令附則第七条第三項に規定する経過期間内に行われた分割等に係る同条第二項に規定する分割法人等又は同項に規定する分割承継法人等に該当する法人（旧令適用法人（同項に規定する旧令適用法人をいう。以下この項において同じ。）を除く。）が、当該分割等について新令第二十七条の四第十四項又は第三十項の規定の適用を受けようとする場合（旧令適用法人が当該分割等について旧令第二十七条の四第十四項又は第三十七項の規定の適用を受ける場合に限る。）には、新令第二十七条の四第十四項又は第三十項の書類に新規則第二十条第三項第一号ヘ又は第二十九項第六号に掲げる金額として記載する当該分割法人等の各事業年度の新令第二十七条の四第十六項に規定する移転試験研究費の額又は同条第三十二項に規定する移転売上金額は、当該分割等に係る旧令適用法人が当該分割等について旧規則第二十条第八項又は第四十五項の届出書に記載する同条第八項第四号又は第四十五項第四号に掲げる金額のうち当該各事業年度の旧令第二十七条の四第十四項に規定する移転試験研究費の額又は同条第二十一項第一号イに規定する移転売上金額と同じ金額としなければならない。
（港湾隣接地域における技術基準適合施設の特別償却に関する経過措置）
第五条
改正法附則第四十二条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法（次項において「旧効力法」という。）第四十三条の二第一項に規定する財務省令で定めるものは、国土交通大臣及び同項に規定する港湾管理者の同項に規定する特定技術基準対象施設が災害その他やむを得ない事情により同項の報告を行った日以後三年を経過する日までに当該特定技術基準対象施設の部分について行う改良のための工事を完了することが困難となったものである旨を証する書類の写しを確定申告書等に添付することにより証明がされた場合における当該特定技術基準対象施設とする。
２
旧効力法第四十三条の二の規定に基づく旧規則第二十条の十一の規定は、なおその効力を有する。
（法人の特定の資産の買換えの場合等の課税の特例に関する経過措置）
第六条
第一条の規定（附則第一条第四号に掲げる改正規定に限る。）による改正後の租税特別措置法施行規則第二十二条の七第四項から第七項までの規定は、法人が令和六年四月一日以後に新法第六十五条の七第一項の表の各号の上欄に掲げる資産の譲渡をして、同日以後に当該各号の下欄に掲げる資産の取得（建設及び製作を含む。以下この条において同じ。）をする場合の当該資産及び当該資産に係る新法第六十五条の八第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定について適用し、法人が同日前に租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の各号の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合における同日前に取得をした当該各号の下欄に掲げる資産又は同日以後に取得をする当該各号の下欄に掲げる資産及びこれらの資産に係る同法第六十五条の八第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定並びに法人が同日以後に同表の各号の上欄に掲げる資産の譲渡をする場合における同日前に取得をした当該各号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。
２
法人が令和六年四月一日前に租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の各号の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合における同日前に取得をした当該各号の下欄に掲げる資産又は同日以後に取得をする当該各号の下欄に掲げる資産に係る同法第六十五条の八第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定については、新規則第二十二条の七第五項第五号、第六項第六号及び第七項第一号中「、種類、構造、規模」とあるのは、「、種類」とする。
（特別新事業開拓事業者に対し特定事業活動として出資をした場合の課税の特例に関する経過措置）
第七条
新規則第二十二条の十三第三項の規定は、法人が施行日以後に取得する株式について適用し、法人が施行日前に取得した株式については、なお従前の例による。
２
新規則第二十二条の十三第三項の規定の適用については、同項第二号の特別勘定には、連結事業年度において設けた令和二年旧措置法第六十八条の九十八第一項の特別勘定を含むものとする。
（文部科学大臣及び厚生労働大臣が定める事項に関する経過措置）
第八条
施行日前に旧規則第二十三条の五の三第二項第四号の規定により文部科学大臣及び厚生労働大臣が定めた事項は、新規則第二十三条の五の三第二項第四号の規定により内閣総理大臣及び文部科学大臣が定めた事項とみなす。
（登録免許税の特例に関する経過措置）
第九条
施行日以後に所得税法等の一部を改正する法律（令和四年法律第四号）附則第五十二条第二項の規定により新法第七十七条の規定の適用を受けようとする場合には、新規則第二十九条の規定にかかわらず、次に定めるところによる。
一
新法第七十七条の規定の適用を受けようとする者が、申請により登記を受けようとする場合には、その登記の申請書に、当該登記が同条の規定に該当するものであることについての市町村長の証明書で、その者が租税特別措置法施行令第四十二条の四第一項に規定する基準を満たす者であること、当該登記に係る土地が農業経営基盤強化促進法等の一部を改正する法律（令和四年法律第五十六号）附則第五条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同項に規定する農用地利用集積計画に係る同法第一条の規定による改正前の農業経営基盤強化促進法（昭和五十五年法律第六十五号）第四条第三項第一号に規定する利用権設定等促進事業により取得されたものであること、当該土地が同令第四十二条の四第二項に規定する農用地区域内に存すること及び当該土地が同条第三項に規定する土地に該当するものであること並びに当該土地の取得に係る当該農用地利用集積計画の公告の日及びその者が当該土地を取得した日の記載があるものを添付しなければならない。
二
新法第七十七条の規定の適用を受けようとする者が、市町村長の嘱託により登記を受けようとする場合には、市町村長に対する登記の嘱託の請求書に、前号の市町村長の証明書を添付し、当該登記の嘱託書に当該証明書を添付して当該登記の嘱託をすべき旨の請求をしなければならない。
（輸出酒類販売場に係る電磁的記録に記録された事項に関する消費税法施行規則の規定の準用に関する経過措置）
第十条