新令第二十五条の十の二（第十四項第九号に係る部分に限る。）の規定は、平成十八年十月一日以後に行われる同号に規定する株式交換又は株式移転により同号の特定口座に受け入れる同号に規定する株式交換完全親法人の株式又は株式移転完全親法人の株式について適用し、同日前に行われた旧令第二十五条の十の二第十四項第八号に規定する株式交換等により同号の特定口座に受け入れる同号に規定する特定親会社の株式については、なお従前の例による。
７
新令第二十五条の十の二（第十四項第十号に係る部分に限る。）の規定は、会社法施行日以後に行われる同号に規定する請求権の行使、取得事由の発生又は取得決議により同号の特定口座に受け入れる同号に規定する上場株式等について適用する。
８
新令第二十五条の十の二（第十四項第十一号に係る部分に限る。）の規定は、会社法施行日以後に行われる同号に規定する特定口座内保管上場株式等について与えられた株式の割当てを受ける権利又は新株予約権の行使により同号の特定口座に受け入れる同号に規定する上場株式等について適用し、会社法施行日前に行われた旧令第二十五条の十の二第十四項第九号に規定する特定口座内保管上場株式等について与えられた新株の引受権の行使により同号の特定口座に受け入れる同号に規定する株式については、なお従前の例による。
９
会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間における新令第二十五条の十の二第一項、第十一項第二号イ、第十二項第一号、第十九項及び第二十二項第一号の規定の適用については、これらの規定中「第百六十七条の七第二項から第四項までの規定」とあるのは、「第百六十七条の七第四項の規定並びに第二十五条の十三第四項の規定」とする。
（特定口座継続適用届出書等に関する経過措置）
第十五条
新令第二十五条の十の五（第三項第二号に係る部分に限る。）の規定は、会社法施行日以後に行われる同号に規定する株式無償割当てにより同号の出国口座に受け入れる同号に規定する上場株式等について適用する。
２
新令第二十五条の十の五（第三項第三号に係る部分に限る。）の規定は、会社法施行日以後に行われる同号に規定する法人の合併により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する合併法人の株式又は出資について適用し、会社法施行日前に行われた旧令第二十五条の十の五第三項第二号に規定する法人の合併により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する合併法人株式については、なお従前の例による。
３
新令第二十五条の十の五（第三項第四号に係る部分に限る。）の規定は、会社法施行日以後に行われる同号に規定する法人の分割により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する分割承継法人の株式について適用し、会社法施行日前に行われた旧令第二十五条の十の五第三項第三号に規定する法人の分割により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する分割承継法人の株式については、なお従前の例による。
４
新令第二十五条の十の五（第三項第五号に係る部分に限る。）の規定は、平成十八年十月一日以後に行われる同号に規定する株式交換又は株式移転により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する株式交換完全親法人の株式又は株式移転完全親法人の株式について適用し、同日前に行われた旧令第二十五条の十の五第三項第四号に規定する株式交換等により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する特定親会社の株式については、なお従前の例による。
５
新令第二十五条の十の五（第三項第六号に係る部分に限る。）の規定は、会社法施行日以後に行われる同号に規定する取得事由の発生又は取得決議により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する上場株式等について適用する。
（特定口座廃止届出書等に関する経過措置）
第十六条
新令第二十五条の十の七第四項の規定は、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が施行日以後に同項に規定する特定口座取引継続届出書を提出する場合について適用する。
（特定口座内保管上場株式等の譲渡による所得等に対する源泉徴収等の特例に関する経過措置）
第十七条
会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間における新令第二十五条の十の十一第四項第一号の規定の適用については、同号中「第百六十七条の七第二項から第四項までの規定」とあるのは、「第百六十七条の七第四項の規定並びに第二十五条の十三第四項の規定」とする。
（特定中小会社が発行した株式の取得に要した金額の控除等に関する経過措置）
第十八条
新令第二十五条の十二第六項の規定は、会社法施行日以後に行われる新法第三十七条の十三第一項に規定する特定株式に係る新令第二十五条の十二第六項に規定する株式無償割当てについて適用する。
２
会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間における新令第二十五条の十二第七項の規定の適用については、同項中「第百六十七条の七第二項から第四項までの規定」とあるのは、「第百六十七条の七第四項の規定並びに第二十五条の十三第四項の規定」とする。
（特定中小会社が発行した株式に係る譲渡損失の繰越控除等に関する経過措置）
第十九条
新令第二十五条の十二の二第十三項の規定は、会社法施行日以後に行われる新法第三十七条の十三第一項に規定する特定株式に係る新令第二十五条の十二の二第十三項に規定する株式無償割当てについて適用する。
（株式交換又は株式移転に係る課税の特例に関する経過措置）
第二十条
個人が会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に行う旧法第三十七条の十四第一項に規定する特定子会社株式の同項の移転に係る旧令第二十五条の十三の規定の適用については、同条第三項中「商法第三百五十二条第一項の株式交換」とあるのは、「株式交換」とする。
（特定上場株式等に係る譲渡所得等の非課税に関する経過措置）
第二十一条
新令第二十五条の十三の二第五項第二号から第四号までの規定は、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が会社法施行日以後にこれらの規定に掲げる事由により取得をする同項に規定する取得上場株式等について適用し、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が会社法施行日前に旧令第二十五条の十三の二第五項第二号及び第三号に掲げる事由により取得をした同項に規定する取得上場株式等については、なお従前の例による。
２
新令第二十五条の十三の二第五項第五号の規定は、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が平成十八年十月一日以後に同号に掲げる事由により取得をする同項に規定する取得上場株式等について適用する。
３
居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が平成十八年十月一日前に旧令第二十五条の十三の二第五項第四号に掲げる事由により取得をした同項に規定する取得上場株式等については、なお従前の例による。
４
新令第二十五条の十三の二第五項第六号の規定は、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が会社法施行日以後に同号に掲げる事由により取得をする同項に規定する取得上場株式等について適用する。
５
会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間における新令第二十五条の十三の二第八項及び第十二項の規定の適用については、同条第八項の表以外の部分中「所得税法第五十七条の四第一項若しくは第二項に規定する旧株又は同号」とあるのは「第五項第五号に規定する特定子会社株式又は同項第六号」と、「当該旧株」とあるのは「当該特定子会社株式」と、同条第十二項中「第三十七条の十四第一項第六号」とあるのは「第三十七条の十四の二第一項第六号」とする。
（相続財産に係る譲渡所得の課税の特例に関する経過措置）
第二十二条
新令第二十五条の十六第二項の規定は、個人が施行日以後に行う新法第三十九条第一項に規定する資産の譲渡について適用し、個人が施行日前に行った旧法第三十九条第一項に規定する資産の譲渡については、なお従前の例による。
（法人税の特例に関する経過措置の原則）
第二十三条
新令第三章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
第二十四条
新法第四十二条の四第三項又は第七項に規定する法人のこれらの規定の適用を受けようとする事業年度又は当該事業年度開始の日の前日を含む事業年度（以下この項において「適用事業年度等」という。）の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額（同条第一項に規定する試験研究費の額をいう。以下この項において同じ。）のうち特別償却実施額（当該適用事業年度等において旧法第四十四条の三第一項に規定する開発研究用設備（以下この項において「開発研究用設備」という。）の償却費として損金の額に算入された金額から次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額を控除した残額をいう。）がある場合には、新法第四十二条の四第三項又は第七項の規定の適用については、当該適用事業年度等における試験研究費の額は、当該試験研究費の額から当該特別償却実施額を控除した金額とする。
一
当該開発研究用設備につき旧法第四十四条の三第一項の規定の適用を受けた場合
同項に規定する普通償却限度額
二
当該開発研究用設備につき旧法第五十二条の二第一項又は第四項の規定の適用を受けた場合
これらの規定に規定する普通償却限度額として政令で定める金額
２