令和六年分の所得税につき所得税法第百十一条第二項の規定による申請をした同項第二号に掲げる居住者が同項の承認を受けた場合における同法第百十四条第三項の規定の適用については、第二期において納付すべき予定納税額は、同項に規定する二分の一に相当する金額から予定納税特別控除額（第一項の規定の適用がある場合には、減額の承認に係る予定納税特別控除額）（当該減額の承認に係る予定納税特別控除額が当該二分の一に相当する金額を超える場合には、当該二分の一に相当する金額）を控除した金額に相当する金額（第一項に規定する合計所得金額が千八百五万円を超えると見込まれる場合には、当該二分の一に相当する金額）とする。
６
第一項及び前三項に規定する減額の承認に係る予定納税特別控除額とは、第四十一条の三の四第二号の規定により読み替えて適用される所得税法第百十一条第一項又は第二項の規定による申請に係る同条第四項に規定する申告納税見積額の計算の基準となる日の現況による第四十一条の三の三第二項に規定する令和六年分特別税額控除額の見積額をいう。
（令和六年六月以後に支払われる給与等に係る特別控除の額の控除等）
第四十一条の三の七
令和六年六月一日において給与等（所得税法第百八十三条第一項に規定する給与等をいう。以下この条及び次条において同じ。）の支払者から主たる給与等（給与所得者の扶養控除等申告書（同法第百九十四条第八項に規定する給与所得者の扶養控除等申告書をいう。第三項第一号及び第二号並びに次条第二項第二号において同じ。）の提出の際に経由した給与等の支払者から支払を受ける給与等をいう。以下この項及び次項において同じ。）の支払を受ける者である居住者の同日以後最初に当該支払者から支払を受ける同年中の主たる給与等（同年分の所得税に係るものに限り、同法第百九十条の規定の適用を受けるものを除く。次項及び第五項において「第一回目控除適用給与等」という。）につき同法第四編第二章第一節の規定により徴収すべき所得税の額は、当該所得税の額に相当する金額（以下この項及び次項において「第一回目控除適用給与等に係る控除前源泉徴収税額」という。）から給与特別控除額を控除した金額に相当する金額とする。
この場合において、当該給与特別控除額が当該第一回目控除適用給与等に係る控除前源泉徴収税額を超えるときは、当該控除をする金額は、当該第一回目控除適用給与等に係る控除前源泉徴収税額に相当する金額とする。
２
前項の場合において、給与特別控除額を第一回目控除適用給与等に係る控除前源泉徴収税額から控除してもなお控除しきれない金額（以下この項において「第一回目控除未済給与特別控除額」という。）があるときは、当該第一回目控除未済給与特別控除額を、前項の居住者が第一回目控除適用給与等の支払を受けた日後に当該第一回目控除適用給与等の支払者から支払を受ける令和六年中の主たる給与等（同年分の所得税に係るものに限り、所得税法第百九十条の規定の適用を受けるものを除く。以下この項において「第二回目以降控除適用給与等」という。）につき同法第四編第二章第一節の規定により徴収すべき所得税の額に相当する金額（以下この項において「第二回目以降控除適用給与等に係る控除前源泉徴収税額」という。）から順次控除（それぞれの第二回目以降控除適用給与等に係る控除前源泉徴収税額に相当する金額を限度とする。）をした金額に相当する金額をもつて、それぞれの第二回目以降控除適用給与等につき同節の規定により徴収すべき所得税の額とする。
３
前二項に規定する給与特別控除額は、三万円（次に掲げる者がある場合には、三万円にこれらの者一人につき三万円を加算した金額）とする。
一
給与所得者の扶養控除等申告書に記載された源泉控除対象配偶者（所得税法第二条第一項第三十三号の四に規定する源泉控除対象配偶者をいい、居住者に限る。第四十一条の三の九第三項第一号において同じ。）で合計所得金額の見積額が四十八万円以下である者
二
給与所得者の扶養控除等申告書に記載された控除対象扶養親族（所得税法第二条第一項第三十四号の二に規定する控除対象扶養親族をいい、居住者に限る。次条第二項第二号及び第四十一条の三の九第三項第二号において同じ。）
三
第五項に規定する申告書に記載された同一生計配偶者（第一号に掲げる者を除く。）
四
第五項に規定する申告書に記載された扶養親族（第二号に掲げる者を除く。）
４
第一項又は第二項の規定の適用がある場合における所得税法その他の所得税に関する法令の規定の適用については、第一項又は第二項の規定による控除をした後の金額に相当する金額は、それぞれ所得税法第四編第二章第一節の規定により徴収すべき所得税の額とみなす。
５
給与等の支払を受ける第一項の居住者は、第一回目控除適用給与等の支払を受ける日までに、第三項第三号又は第四号に掲げる者に係る同項に規定する給与特別控除額について第一項又は第二項の規定の適用を受けようとする旨、これらの者の氏名及び個人番号（個人番号を有しない者にあつては、氏名）その他の財務省令で定める事項を記載した申告書を、第一項の給与等の支払者を経由して、その給与等に係る所得税の所得税法第十七条の規定による納税地（同法第十八条第二項の規定による指定があつた場合には、その指定をされた納税地。次条第四項において同じ。）の所轄税務署長に提出することができる。
６
前項の場合において、同項に規定する申告書をその提出の際に経由すべき給与等の支払者が受け取つたときは、当該申告書は、その受け取つた日に同項に規定する税務署長に提出されたものとみなす。
７
給与等の支払を受ける第一項の居住者は、第五項に規定する申告書の提出の際に経由すべき給与等の支払者が所得税法第百九十八条第二項に規定する政令で定める要件を満たす場合には、当該申告書の提出に代えて、当該給与等の支払者に対し、当該申告書に記載すべき事項を電磁的方法（同項に規定する電磁的方法をいう。）により提供することができる。
この場合においては、同項後段の規定を準用する。
８
前項の規定の適用がある場合における第六項の規定の適用については、同項中「申告書を」とあるのは「申告書に記載すべき事項を」と、「受け取つた」とあるのは「提供を受けた」とする。
９
第五項に規定する申告書の提出を受ける同項の給与等の支払者が、財務省令で定めるところにより、当該申告書に記載されるべき第三項第三号又は第四号に掲げる者の氏名及び個人番号その他の事項を記載した帳簿（当該申告書の提出の前に、これらの者に係る第一項の居住者から所得税法第百九十八条第四項各号に掲げる申告書その他財務省令で定める申告書の提出を受けて作成されたものに限る。）を備えているときは、その居住者は、第五項の規定にかかわらず、当該給与等の支払者に提出する同項に規定する申告書には、当該帳簿に記載されている個人番号の記載を要しないものとする。
ただし、当該申告書に記載されるべき氏名又は個人番号が当該帳簿に記載されているこれらの者の氏名又は個人番号と異なるときは、この限りでない。
１０
第五項の規定の適用がある場合における所得税法第百九十八条第四項の規定及び第四十一条の三の十二第六項の規定の適用については、同法第百九十八条第四項中「次に掲げる申告書」とあるのは「次に掲げる申告書又は租税特別措置法第四十一条の三の七第五項（令和六年六月以後に支払われる給与等に係る特別控除の額の控除等）に規定する申告書」と、第四十一条の三の十二第六項中「又は所得税法第百九十八条第四項各号に掲げる申告書」とあるのは「、所得税法第百九十八条第四項各号に掲げる申告書又は第四十一条の三の七第五項に規定する申告書」とする。
１１
給与等の支払を受ける第一項の居住者が、令和六年中の地方税法（昭和二十五年法律第二百二十六号）第四十五条の二第一項に規定する給与につき同法第四十五条の三の二第一項又は第三百十七条の三の二第一項の規定により提出する申告書（同法第四十五条の三の二第三項又は第三百十七条の三の二第三項の規定により提出する申告書を含み、扶養親族（第三項第二号に掲げる者を除く。以下この項において同じ。）について記載があるものに限る。以下この項及び次項において「地方税法の規定に基づく給与所得者の扶養親族等申告書」という。）をその給与等の支払者に提出（地方税法の規定に基づく給与所得者の扶養親族等申告書の提出に代えて行う同法第四十五条の三の二第五項又は第三百十七条の三の二第五項に規定する電磁的方法による当該地方税法の規定に基づく給与所得者の扶養親族等申告書に記載すべき事項の提供を含む。）をした場合には、この条の規定の適用については、当該地方税法の規定に基づく給与所得者の扶養親族等申告書が当該提出をされた日（当該提出をされた日が同年六月一日前である場合には、同日）に当該扶養親族について記載がある第五項に規定する申告書が提出をされたものとみなす。
ただし、当該提出をされた日前に当該申告書が提出（当該申告書の提出に代えて行う第七項に規定する電磁的方法による当該申告書に記載すべき事項の提供を含む。）をされた場合は、この限りでない。
１２
前項本文の場合には、同項の地方税法の規定に基づく給与所得者の扶養親族等申告書に記載された事項のうち第五項に規定する事項に相当するものは、同項に規定する申告書に記載されたものとみなす。
（令和六年における年末調整に係る特別控除の額の控除等）
第四十一条の三の八
居住者の令和六年中に支払の確定した給与等に対する所得税法第百九十条の規定の適用については、同条第二号に掲げる税額は、当該税額に相当する金額から年末調整特別控除額を控除した金額に相当する金額とする。