改正法附則第二十条第一項の法人が同項の規定の適用を受けた事業年度（以下この項において「経過措置対象年度」という。）において平成十年一月一日以後にした新法第六十二条の三第五項に規定する土地等の譲渡で同項の規定の適用を受けたもの（以下この項において「特定土地等譲渡」という。）が同条第八項の規定の適用を受けることとなった場合又は当該法人が経過措置対象年度において同日以後にした同条第一項に規定する土地の譲渡等（以下この項において「土地の譲渡等」という。）でその譲渡利益金額（同条第一項に規定する譲渡利益金額をいう。以下この項において同じ。）につき同条第九項に規定する損金算入額のあるもの（以下この項において「特定土地譲渡等」という。）が同条第九項に規定する益金の額に算入された金額があるときに該当することとなった場合において、第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額を上回ることとなるときは、当該法人は、同条第八項及び第九項の規定にかかわらず、当該特定土地等譲渡に係る同条第八項に規定する譲渡利益金額又は当該特定土地譲渡等に係る同条第九項に規定する譲渡利益金額に加算する金額を、第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額となるまで減額することができる。
一
当該特定土地等譲渡に係る新法第六十二条の三第八項に規定する譲渡利益金額及び当該特定土地譲渡等に係る同条第九項に規定する譲渡利益金額に加算する金額の合計額
二
経過措置対象年度の平成十年一月一日前にした土地の譲渡等に係る譲渡利益金額の合計額から経過措置対象年度にした土地の譲渡等に係る譲渡利益金額の合計額を控除して得た金額に相当する金額
２
改正法附則第二十条第二項の法人が同項の規定の適用を受けた事業年度（以下この項において「経過措置対象年度」という。）において平成十年一月一日以後にした同条第二項に規定する短期所有に係る土地の譲渡等（以下この項において「短期所有に係る土地の譲渡等」という。）でその譲渡利益金額（同条第二項に規定する譲渡利益金額をいう。以下この項において同じ。）につき新法第六十三条第四項において準用する新法第六十二条の三第九項に規定する損金算入額のあるもの（以下この項において「短期所有に係る特定土地譲渡等」という。）が同条第九項に規定する益金の額に算入された金額があるときに該当することとなった場合において、第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額を上回ることとなるときは、当該法人は、同項の規定にかかわらず、当該短期所有に係る特定土地譲渡等に係る同項に規定する譲渡利益金額に加算する金額を、第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額となるまで減額することができる。
一
当該短期所有に係る特定土地譲渡等に係る新法第六十三条第四項において準用する新法第六十二条の三第九項に規定する譲渡利益金額に加算する金額の合計額
二
経過措置対象年度の平成十年一月一日前にした短期所有に係る土地の譲渡等に係る譲渡利益金額の合計額から経過措置対象年度にした短期所有に係る土地の譲渡等に係る譲渡利益金額の合計額を控除して得た金額に相当する金額
３
改正法附則第二十条第四項の規定により同項に規定する超短期所有に係る土地の譲渡等についてなおその効力を有するものとされる旧法第六十三条の二の規定の適用については、同条第五項中「租税特別措置法第六十三条の二第一項（超短期所有」とあるのは「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十年法律第二十三号）附則第二十条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法（以下「平成十年旧措置法」という。）第六十三条の二第一項（超短期所有」と、「第六十三条の二第一項」」と」とあるのは「平成十年旧措置法第六十三条の二第一項」」と」と、「第六十三条の二並びに」とあるのは「平成十年旧措置法第六十三条の二並びに」とする。
４
改正法附則第二十条第四項の規定の適用がある場合における新法第六十二条、第六十二条の三及び第六十三条の規定の適用については、新法第六十二条第一項中「第六十八条の三第一項」とあるのは「第六十八条の三第一項並びに租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十年法律第二十三号）附則第二十条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法（以下「平成十年旧措置法」という。）第六十三条の二第一項」と、新法第六十二条の三第一項中「第六十八条の三第一項」とあるのは「第六十八条の三第一項並びに平成十年旧措置法第六十三条の二第一項」と、「次条第一項の規定」とあるのは「次条第一項又は平成十年旧措置法第六十三条の二第一項の規定」と、同条第八項中「第六十八条の三第一項」とあるのは「第六十八条の三第一項並びに平成十年旧措置法第六十三条の二第一項」と、新法第六十三条第一項中「第六十八条の三第一項」とあるのは「第六十八条の三第一項並びに平成十年旧措置法第六十三条の二第一項」と、「当該短期所有に係る土地の譲渡等」とあるのは「当該短期所有に係る土地の譲渡等（平成十年旧措置法第六十三条の二第一項の規定の適用があるものを除く。）」とする。
５
改正法附則第二十条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十三条の二の規定の適用については、旧令第三十八条の六の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同条第十項中「第三十八条の六第二項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十年政令第百八号）附則第十七条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令第三十八条の六第一項」と、同条第十二項中「「第六十三条の二第一項」とあるのは「「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十年法律第二十三号）附則第二十条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法（以下「平成十年旧措置法」という。）第六十三条の二第一項」と、「及び租税特別措置法第六十三条の二第一項」とあるのは「及び平成十年旧措置法第六十三条の二第一項」とする。
６
改正法附則第二十条第四項の法人が同項の規定の適用を受けた事業年度（以下この項において「経過措置対象年度」という。）において平成十年一月一日以後にした同条第四項に規定する超短期所有に係る土地の譲渡等（以下この項において「超短期所有に係る土地の譲渡等」という。）でその譲渡利益金額（同条第四項に規定する譲渡利益金額をいう。以下この項において同じ。）につき同条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十三条の二第四項（以下この項において「旧措置法第六十三条の二第四項」という。）において準用する新法第六十二条の三第九項に規定する損金算入額のあるもの（以下この項において「超短期所有に係る特定土地譲渡等」という。）が同条第九項に規定する益金の額に算入された金額があるときに該当することとなった場合において、第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額を上回ることとなるときは、当該法人は、同項の規定にかかわらず、当該超短期所有に係る特定土地譲渡等に係る同項に規定する譲渡利益金額に加算する金額を、第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額となるまで減額することができる。
一
当該超短期所有に係る特定土地譲渡等に係る旧措置法第六十三条の二第四項において準用する新法第六十二条の三第九項に規定する譲渡利益金額に加算する金額の合計額
二
経過措置対象年度の平成十年一月一日前にした超短期所有に係る土地の譲渡等に係る譲渡利益金額の合計額から経過措置対象年度にした超短期所有に係る土地の譲渡等に係る譲渡利益金額の合計額を控除して得た金額に相当する金額
（法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
第十八条
新令第三十九条の五第十五項（第三号に係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第四号に定める日以後に行う新法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用する。
２
新令第三十九条の七第九項の規定は、法人が都市再開発法等改正法の施行の日以後に新法第六十五条の七第一項の表の第十二号の上欄に掲げる資産の譲渡をして、同日以後に新令第三十九条の七第九項に規定する施策（以下この項において「新施策」という。）に係る同号の下欄に掲げる資産の取得をする場合の当該資産及び当該資産に係る新法第六十五条の八第一項の特別勘定について適用し、法人が同日前に旧法第六十五条の七第一項の表の第十二号の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合における同日前に取得をした旧令第三十九条の七第十一項に規定する施策（以下この項において「旧施策」という。）に係る同号の下欄に掲げる資産又は同日以後に取得をする旧施策に係る同欄に掲げる資産及びこれらの資産に係る旧法第六十五条の八第一項の特別勘定並びに法人が同日以後に新法第六十五条の七第一項の表の第十二号の上欄に掲げる資産の譲渡をする場合における同日前に取得をした旧施策に係る同号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。
３