新令第三章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の平成二十年四月一日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、法人の同日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
第三十六条
新令第二十七条の四第十四項の規定の適用を受ける法人が旧令第二十七条の四第二十項の規定の適用を受けた法人である場合には、同項に規定する合理的な方法について受けた認定は、新令第二十七条の四第十四項に規定する合理的な方法について受けた認定とみなし、旧令第二十七条の四第二十項の規定による届出をした同項の分割法人等及び分割承継法人等は、新令第二十七条の四第十四項の規定による届出をした同項の分割法人等及び分割承継法人等とみなす。
２
新令第二十七条の四第二十二項の規定の適用を受ける法人（新法第四十二条の四第九項（第二号に係る部分に限る。）の規定の適用を受けるものに限る。）が旧令第二十七条の四第十二項の規定の適用を受けた法人である場合には、同項に規定する合理的な方法について受けた認定は、新令第二十七条の四第二十二項に規定する合理的な方法について受けた認定とみなし、旧令第二十七条の四第十二項の規定による届出をした同項の分割法人等及び分割承継法人等は、新令第二十七条の四第二十二項の規定による届出をした同項の分割法人等及び分割承継法人等とみなす。
３
新令第二十七条の四第十四項又は第二十二項の規定の適用を受ける法人（前二項の規定の適用を受けるものを除く。）の同条第十四項又は第二十二項に規定する分割等が平成二十年四月一日以後最初に開始する事業年度開始の日前に行われたものである場合におけるこれらの規定の認定及び届出に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。
（エネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
第三十七条
新令第二十七条の五第四項の規定は、法人が平成二十年四月一日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第四十二条の五第一項第一号ハに掲げる減価償却資産について適用し、法人が同日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第四十二条の五第一項第一号ハに掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
（情報基盤強化設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
第三十八条
新令第二十七条の十一第一項の規定は、法人の平成二十年四月一日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
この場合において、法人の同日前に開始し、かつ、同日以後に終了する事業年度（次項において「経過措置対象事業年度」という。）に係る同条第一項の規定の適用については、次項の規定の適用を受ける場合を除き、同条第一項第二号中「七十万円」とあるのは、「三百万円」とする。
２
新令第二十七条の十一第一項第二号に掲げる法人（同項に規定する相互会社及びこれに準ずるものとして財務省令で定めるものを除く。）が、平成二十年四月一日から経過措置対象事業年度終了の日までの期間（以下この項において「経過期間」という。）内に、新法第四十二条の十一第一項に規定する情報基盤強化設備等を取得し、又は製作して、これを同項に規定する事業の用に供した場合において、当該経過期間内における同項に規定する適用対象投資額（以下この項において「適用対象投資額」という。）が七十万円以上であるとき（経過措置対象事業年度における適用対象投資額が三百万円以上である場合を除く。）は、当該経過期間を同条第一項に規定する指定期間とみなして、同条及び新令第二十七条の十一第一項の規定を適用する。
（法人の減価償却に関する経過措置）
第三十九条
新令第二十八条第一項及び第二項の規定は、法人が平成二十年四月一日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする新法第四十三条第一項に規定する特定設備等について適用し、法人が同日前に取得等をした旧法第四十三条第一項に規定する特定設備等については、なお従前の例による。
２
新令第二十八条の五第二項の規定は、法人が附則第一条第六号に定める日以後に取得等をする新法第四十四条の二第一項に規定する集積産業用資産について適用し、法人が同日前に取得等をした旧法第四十四条の二第一項に規定する集積産業用資産については、なお従前の例による。
３
新令第二十九条の二の二第六項の規定の適用を受ける法人の同項に規定する分割等が平成二十年四月一日以後最初に開始する事業年度開始の日前に行われたものである場合における同項の認定及び届出に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。
（法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
第四十条
新令第三十九条の四第三項の規定は、法人が附則第一条第五号に定める日以後に行う新法第六十五条の三第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十五条の三第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
２
新令第三十九条の五第十四項から第十八項まで、第二十二項及び第二十四項第二号の規定は、法人が附則第一条第五号に定める日以後に行う新法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
３
新令第三十九条の六第二項の規定は、法人が附則第一条第五号に定める日以後に行う新法第六十五条の五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十五条の五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
４
新令第三十九条の七第十六項第三号の規定は、法人が附則第一条第五号に定める日以後に行う新法第六十五条の七第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十五条の七第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
５
一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（以下この項において「整備法」という。）第三十八条の規定による改正前の民法第三十四条の規定により設立された法人であって、整備法第四十条第一項の規定により一般社団法人又は一般財団法人として存続するもののうち、整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（整備法第百三十一条第一項の規定により整備法第四十五条の認可を取り消されたものを除く。）は、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成二十五年政令第百十四号）による改正後の租税特別措置法施行令（以下「平成二十五年新令」という。）第三十八条の四第十二項第二号から第六号まで、第三十八条の五第六項第二号、第三十九条の四第三項、第三十九条の五第十一項から第十六項まで、第二十項、第二十三項第二号及び第三十項、第三十九条の六第二項並びに第三十九条の七第六項第三号に規定する公益社団法人又は公益財団法人とみなして、これらの規定を適用する。
（内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
第四十一条
新令第三十九条の十六第八項第二号イの規定は、新法第六十六条の六第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額について適用し、旧法第六十六条の六第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額については、なお従前の例による。
（特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
第四十二条
新令第三十九条の二十の八第二項の規定は、新法第六十六条の九の六第一項に規定する特定外国法人の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額について適用し、旧法第六十六条の九の六第一項に規定する特定外国法人の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額については、なお従前の例による。
２
新令第三十九条の二十の十一第一項第六号の規定は、新法第六十六条の九の六第一項に規定する特定外国法人の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額について適用し、旧法第六十六条の九の六第一項に規定する特定外国法人の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額については、なお従前の例による。
（特定の基金に対する負担金等の損金算入の特例に関する経過措置）
第四十三条