新令第二十五条の十の二第十五項（第六号に係る部分に限る。）の規定は、平成二十八年一月一日以後に同号の特定口座に受け入れる同号に規定する株式無償割当て、新株予約権無償割当て又は新投資口予約権無償割当てにより取得した同号に規定する上場株式等について適用し、同日前に旧令第二十五条の十の二第十五項第六号の特定口座に受け入れた同号に規定する株式無償割当て、新株予約権無償割当て又は新投資口予約権無償割当てにより取得した同号に規定する上場株式等については、なお従前の例による。
４
新令第二十五条の十の二第十五項（第十二号ハに係る部分に限る。）の規定は、平成二十八年一月一日以後の同号ハに規定する新株予約権の行使により同号の特定口座に受け入れる同号に規定する上場株式等について適用し、同日前の旧令第二十五条の十の二第十五項第十二号ハに規定する新株予約権の行使により同号の特定口座に受け入れた同号に規定する上場株式等については、なお従前の例による。
５
新令第二十五条の十の二第十五項（第二十二号（同号の未成年者口座に係る部分を除く。）に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に同号の特定口座に受け入れる同号に規定する割当株式について適用し、施行日前に旧令第二十五条の十の二第十五項第二十二号の特定口座に受け入れた同号に規定する割当株式については、なお従前の例による。
６
新令第二十五条の十の二第十五項（第二十二号（同号の未成年者口座に係る部分に限る。）に係る部分に限る。）及び第二十項の規定は、平成二十八年一月一日以後に同号の特定口座に受け入れる同号に規定する割当株式について適用し、同日前に旧令第二十五条の十の二第十五項第二十二号の特定口座に受け入れた同号に規定する割当株式については、なお従前の例による。
７
新令第二十五条の十の二第十五項（第二十六号に係る部分に限る。）の規定は、平成二十八年一月一日以後に同号の特定口座に受け入れる同号に規定する未成年者口座内上場株式等について適用する。
８
新令第二十五条の十の二第十五項（第二十七号に係る部分に限る。）の規定は、平成二十八年一月一日以後に同号に規定する課税未成年者口座である特定口座以外の特定口座に受け入れる同号に規定する特定口座内保管上場株式等について適用する。
９
施行日から平成二十七年十二月三十一日までの間における新令第二十五条の十の二の規定の適用については、同条第十五項各号列記以外の部分中「上場株式等と」とあるのは「上場株式等（平成二十七年十二月三十一日までは、第二十六号及び第二十七号に掲げる上場株式等を除く。）と」と、同項第三号中「、法」とあるのは「若しくは法」と、「上場株式等若しくは法第三十七条の十四の二第五項第一号に規定する未成年者口座（以下この項及び第十九項において「未成年者口座」という。）に係る同条第一項に規定する未成年者口座内上場株式等（以下この項において「未成年者口座内上場株式等」という。）であつた上場株式等又は」とあるのは「上場株式等又は」と、「非課税口座及び未成年者口座を」とあるのは「非課税口座を」と、同項第六号中「及び未成年者口座内上場株式等を除く」とあるのは「を除く」と、同項第十二号ハ中「新株予約権のうち、当該」とあるのは「当該」と、「もの、当該金融商品取引業者等に開設された非課税口座に係る非課税口座内上場株式等であるもの又は当該金融商品取引業者等に開設された未成年者口座に係る未成年者口座内上場株式等であるもの」とあるのは「新株予約権」と、同項第二十二号中「、非課税口座及び未成年者口座」とあるのは「及び非課税口座」と、同条第二十項中「及び未成年者口座を除く」とあるのは「を除く」とする。
１０
平成二十八年一月一日から同年三月三十一日までの間における新令第二十五条の十の二第十五項の規定の適用については、同項第二十六号及び第二十七号中「恒久的施設を」とあるのは、「国内に恒久的施設を」とする。
（特定口座異動届出書に関する経過措置）
第十九条
新令第二十五条の十の四第一項の規定は、附則第一条第七号に定める日以後に提出する新令第二十五条の十の四第四項に規定する特定口座異動届出書について適用し、同日前に提出した旧令第二十五条の十の四第四項に規定する特定口座異動届出書については、なお従前の例による。
（特定口座継続適用届出書等に関する経過措置）
第二十条
新令第二十五条の十の五第二項の規定は、平成二十七年七月一日以後に同項第二号に規定する提出をする同号に規定する出国口座内保管上場株式等移管依頼書について適用し、同日前に旧令第二十五条の十の五第二項第二号に規定する提出をした同号に規定する出国口座内保管上場株式等移管依頼書については、なお従前の例による。
２
平成二十七年七月一日から平成二十八年三月三十一日までの間における新令第二十五条の十の五第二項の規定の適用については、同項中「恒久的施設を」とあるのは、「国内に恒久的施設を」とする。
（特定中小会社が発行した株式に係る譲渡損失の繰越控除等に関する経過措置）
第二十一条
平成二十七年七月一日から同年十二月三十一日までの間における新令第二十五条の十二の二の規定の適用については、同条第二十項中「並びに第百六十条第四項第二号イ（２）」とあるのは「、第百六十条第四項第二号イ（２）並びに第二百三十二条」と、同条第二十一項第二号中「第二百三十三条」とあるのは「第二百三十二条」と、同条第二十二項の表第二百六十二条第一項及び第三項の項中「第三項」とあるのは「第二項」と、同表第二百六十二条第四項の項中「第二百六十二条第四項」とあるのは「第二百六十二条第三項」とする。
（非課税口座内の少額上場株式等に係る譲渡所得等の非課税に関する経過措置）
第二十二条
平成二十八年一月一日から同年三月三十一日までの間における新令第二十五条の十三第九項の規定の適用については、同項中「恒久的施設を」とあるのは、「国内に恒久的施設を」とする。
２
新令第二十五条の十三第九項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、平成二十八年一月一日以後に同号の移管がされる同号に掲げる上場株式等について適用する。
（非課税口座異動届出書等に関する経過措置）
第二十三条
新令第二十五条の十三の二第一項の規定は、附則第一条第七号に定める日以後に同項に規定する提出をする同項に規定する非課税口座異動届出書について適用し、同日前に旧令第二十五条の十三の二第一項に規定する提出をした同項に規定する非課税口座異動届出書については、なお従前の例による。
２
新令第二十五条の十三の二第四項の規定は、施行日以後に同項の規定により同項に規定する所轄税務署長に提供する事項について適用し、施行日前に旧令第二十五条の十三の二第四項の規定により同項に規定する所轄税務署長に提供した事項については、なお従前の例による。
（非課税口座が開設されている金融商品取引業者等において事業譲渡等があった場合に関する経過措置）
第二十四条
新令第二十五条の十三の三第二項の規定は、施行日以後に同項の規定により同項に規定する所轄税務署長に提供する事項について適用し、施行日前に旧令第二十五条の十三の三第二項の規定により同項に規定する所轄税務署長に提供した事項については、なお従前の例による。
（未成年者口座内の少額上場株式等に係る譲渡所得等の非課税に関する経過措置）
第二十五条
平成二十八年一月一日から同年三月三十一日までの間における新令第二十五条の十三の八の規定の適用については、同条中「恒久的施設を」とあるのは、「国内に恒久的施設を」とする。
（合併等により外国親法人株式の交付を受ける場合の課税の特例に関する経過措置）
第二十六条
平成二十六年改正法附則第六十二条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる平成二十六年旧租税特別措置法第三十七条の十四の三の規定に基づく旧令第二十五条の十四の規定は、なおその効力を有する。
（居住者の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
第二十七条
新令第二十五条の十九第一項の規定は、新法第四十条の四第一項に規定する外国関係会社の施行日以後に開始する事業年度における同項に規定する政令で定める外国関係会社の判定について適用し、旧法第四十条の四第一項に規定する外国関係会社の施行日前に開始した事業年度における同項に規定する政令で定める外国関係会社の判定については、なお従前の例による。
２
新令第二十五条の二十二第十項の規定は、新法第四十条の四第三項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する適用対象金額について同項の規定を適用する場合について適用し、旧法第四十条の四第三項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する適用対象金額について同項の規定を適用する場合については、なお従前の例による。
３
旧法第四十条の四第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する適用対象金額又は同条第四項に規定する部分適用対象金額につき同条第三項又は第五項の規定を適用する場合に確定申告書に添付すべき書面及び保存すべき書類その他の資料については、なお従前の例による。
（特殊関係株主等である居住者に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
第二十八条
新令第二十五条の二十五第七項の規定は、新法第四十条の七第一項に規定する外国関係法人の施行日以後に開始する事業年度における同項に規定する政令で定める外国関係法人の判定について適用し、旧法第四十条の七第一項に規定する外国関係法人の施行日前に開始した事業年度における同項に規定する政令で定める外国関係法人の判定については、なお従前の例による。
（振替国債等の償還差益の非課税等に関する経過措置）