令和二年財務省・厚生労働省・農林水産省令第一号
農林水産物及び食品の輸出の促進に関する法律施行規則
農林水産物及び食品の輸出の促進に関する法律（令和元年法律第五十七号）及び農林水産物及び食品の輸出の促進に関する法律施行令（令和二年政令第七十三号）の規定に基づき、農林水産物及び食品の輸出の促進に関する法律施行規則を次のように定める。
（農林水産物の範囲）
第一条
農林水産物及び食品の輸出の促進に関する法律（以下「法」という。）第二条第一項の主務省令で定めるものは、日本国内において製造され、又は加工されるものとする。
（主務大臣が発行する輸出証明書の種類）
第二条
法第十五条第一項の規定により同項の主務大臣が発行する輸出証明書の種類は、次に掲げるものとする。
一
衛生証明書（日本国から輸出される農林水産物又は食品が、その生産、製造、加工又は流通における衛生管理又は衛生状態に関する輸出先国の政府機関が定める条件に適合していることを示す輸出証明書をいい、次号に掲げる輸出証明書を除く。以下同じ。）
二
自由販売証明書（日本国から輸出される農林水産物又は食品が、日本国内において製造され、又は加工され、かつ、流通することが可能であることを示す輸出証明書をいう。以下同じ。）
三
放射性物質検査証明書等（日本国から輸出される農林水産物又は食品が、平成二十三年三月十一日に発生した東北地方太平洋沖地震に伴う原子力発電所の事故による災害の発生に伴い、当該農林水産物又は食品に含有される放射性物質の濃度、当該農林水産物又は食品が生産され、製造され、加工され、又は流通する地域その他の事項に関する輸出先国の政府機関が定める条件に適合していることを示す輸出証明書をいう。以下同じ。）
四
漁獲証明書等（日本国から輸出される水産物（その加工品を含む。以下同じ。）又は食品が、水産資源の管理に関する輸出先国の政府機関が定める条件に適合していることを示す輸出証明書をいう。以下同じ。）
五
その他の輸出証明書（前各号に掲げる輸出証明書以外の輸出証明書をいう。）
（主務大臣による輸出証明書の発行）
第三条
法第十五条第一項の輸出証明書の発行の申請は、第八条第二項の場合を除き、法第十五条第一項の主務大臣が定める申請書に手数料に相当する額の収入印紙を貼り付け、当該主務大臣に提出してするものとする。
２
法第十五条第一項の主務大臣は、同項の規定により輸出証明書を発行するときは、申請に係る農林水産物又は食品が輸出先国の政府機関が定める条件に適合することを審査するものとする。
３
法第十五条第一項の主務大臣は、当該主務大臣が定める基準に適合する者に、前項の規定による審査の事務（輸出証明書の発行の決定に係る部分を除く。）の一部を行わせることができる。
４
前三項に定めるもののほか、法第十五条第一項の主務大臣による輸出証明書の発行の手続に係る事項は、同項の主務大臣が定める。
（都道府県知事等が発行する輸出証明書の種類）
第四条
法第十五条第二項の規定により都道府県知事等が発行する輸出証明書の種類は、次に掲げるものとする。
一
衛生証明書（法第十五条第一項の主務大臣が定める輸出先国に輸出される畜産物（その加工品を含む。以下同じ。）又は水産物に係るものに限る。）
二
放射性物質検査証明書等（法第十五条第一項の主務大臣が定める輸出先国に輸出される農林水産物又は食品（酒類及びたばこを除く。）に係るものに限る。）
三
漁獲証明書等（法第十五条第一項の主務大臣が定める輸出先国に輸出される水産物に係るものに限る。）
（都道府県知事等による輸出証明書の発行）
第五条
都道府県知事等は、法第十五条第二項の規定により輸出証明書を発行するときは、申請に係る農林水産物又は食品が輸出先国の政府機関が定める条件に適合することを審査するものとする。
２
都道府県知事等は、法第十五条第一項の主務大臣が定める基準に適合する者に、前項の規定による審査の事務（輸出証明書の発行の決定に係る部分を除く。）の一部を行わせることができる。
３
前二項に定めるもののほか、都道府県知事等が発行する輸出証明書の発行の手続に係る事項は、法第十五条第一項の主務大臣が定める。
４
農林水産大臣は、輸出証明書の発行を担当する都道府県等の部署に関する情報を取りまとめ、公表するものとする。
（登録発行機関が発行する輸出証明書の種類）
第六条
法第十五条第三項の規定により登録発行機関が発行する輸出証明書の種類は、次に掲げるものとする。
一
衛生証明書（法第十五条第一項の主務大臣が定める輸出先国に輸出される農産物（その加工品を含む。以下同じ。）、畜産物、水産物又は飼料に係るものに限る。）
二
自由販売証明書（法第十五条第一項の主務大臣が定める輸出先国に輸出される農林水産物又は食品に係るものに限る。）
三
放射性物質検査証明書等（法第十五条第一項の主務大臣が定める輸出先国に輸出される農林水産物又は食品に係るものに限る。）
四
漁獲証明書等（法第十五条第一項の主務大臣が定める輸出先国に輸出される水産物に係るものに限る。）
（登録発行機関による輸出証明書の発行）
第七条
登録発行機関は、法第十五条第三項の規定により輸出証明書を発行するときは、申請に係る農林水産物又は食品が輸出先国の政府機関が定める条件に適合することを審査するものとする。
２
前項に定めるもののほか、登録発行機関が発行する輸出証明書の発行の手続に係る事項は、法第十五条第一項の主務大臣が定める。
（輸出証明書の発行手数料）
第八条
農林水産物及び食品の輸出の促進に関する法律施行令（令和二年政令第七十三号。以下「令」という。）第三条の主務省令で定める額は、第二条各号（第三号を除く。）に掲げる輸出証明書については八百七十円とする。
２
平成二十三年三月十一日に発生した東北地方太平洋沖地震に伴う原子力発電所の事故による災害に起因する輸出先国の政府機関が定める条件に適合していることを示すための第二条第三号に掲げる輸出証明書については、法第十五条第四項の手数料を納めることを要しない。
（区域指定農林水産物等）
第九条
法第十六条第一項の主務省令で定めるものは、同項の主務大臣が定める輸出先国に輸出される二枚貝その他の水産物とする。
（主務大臣による適合区域の指定）
第十条
法第十六条第一項の主務大臣は、同項の規定により適合区域を指定するときは、その指定しようとする区域が輸出先国の政府機関が定める要件に適合することを審査するものとする。
２
法第十六条第一項の主務大臣は、当該主務大臣が定める基準に適合する者に、前項の規定による審査の事務（適合区域の指定の決定に係る部分を除く。）の一部を行わせることができる。
３
前二項に定めるもののほか、法第十六条第一項の主務大臣による適合区域の指定の手続に係る事項は、同項の主務大臣が定めるものとする。
（都道府県知事等が指定する適合区域の種類）
第十一条
法第十六条第二項の規定により都道府県知事等が指定する適合区域の種類は、同条第一項の主務大臣が定める輸出先国に輸出される二枚貝その他の水産物が生産される海域に係るものとする。
（都道府県知事等による適合区域の指定）
第十二条
都道府県知事等は、法第十六条第二項の規定により適合区域を指定するときは、その指定しようとする区域が輸出先国の政府機関が定める要件に適合することを審査するものとする。
２
都道府県知事等は、法第十六条第一項の主務大臣が定める基準に適合する者に、前項の規定による審査の事務（適合区域の指定の決定に係る部分を除く。）の一部を行わせることができる。
３
前二項に定めるもののほか、都道府県知事等による適合区域の指定の手続に係る事項は、法第十六条第一項の主務大臣が定める。
４
農林水産大臣は、適合区域の指定を担当する都道府県等の部署に関する情報を取りまとめ、公表するものとする。
（適合区域の確認）
第十三条
法第十六条第一項の主務大臣及び都道府県知事等は、同条第三項の規定による確認をするときは、当該適合区域が第十条第一項又は前条第一項の要件に適合することを審査するものとする。
２
法第十六条第一項の主務大臣及び都道府県知事等は、当該主務大臣が定める基準に適合する者に、前項の規定による審査の事務の一部を行わせることができる。
３
前二項に定めるもののほか、法第十六条第三項の規定による確認の手続に係る事項は、同条第一項の主務大臣が定める。
（適合区域の指定等の報告）
第十四条
法第十六条第五項の規定による報告は、同条第一項の主務大臣が定める様式を用いて、一月以内に当該主務大臣に提出するものとする。
（施設認定農林水産物等）
第十五条
法第十七条第一項の主務省令で定めるものは、同項の主務大臣が定める輸出先国に輸出される農産物、畜産物、水産物又は飼料とする。
（主務大臣による適合施設の認定）
第十六条
法第十七条第一項の適合施設の認定の申請は、同項の主務大臣が定める申請書に手数料に相当する額の収入印紙を貼り付け、当該主務大臣に提出してするものとする。
２
法第十七条第一項の主務大臣は、同項の規定により適合施設を認定するときは、その認定しようとする施設が輸出先国の政府機関が定める要件に適合することを審査するものとする。
３
法第十七条第一項の主務大臣は、当該主務大臣が定める基準に適合する者に、前項の規定による審査の事務（適合施設の認定の決定に係る部分を除く。）の一部を行わせることができる。
４
前三項に定めるもののほか、法第十七条第一項の主務大臣による適合施設の認定の手続に係る事項は、同項の主務大臣が定める。
（都道府県知事等が認定する適合施設の種類）
第十七条
法第十七条第二項の規定により都道府県知事等が認定する適合施設の種類は、同条第一項の主務大臣が定める輸出先国に輸出される農産物、畜産物又は水産物が生産され、製造され、加工され、又は流通する施設とする。
（都道府県知事等による適合施設の認定）
第十八条
都道府県知事等は、法第十七条第二項の規定により適合施設を認定するときは、その認定しようとする施設が輸出先国の政府機関が定める要件に適合することを審査するものとする。
２
都道府県知事等は、法第十七条第一項の主務大臣が定める基準に適合する者に、前項の規定による審査の事務（適合施設の認定の決定に係る部分を除く。）の一部を行わせることができる。
３
前二項に定めるもののほか、都道府県知事等による適合施設の認定の手続に係る事項は、法第十七条第一項の主務大臣が定める。
４
農林水産大臣は、適合施設の認定を担当する都道府県等の部署に関する情報を取りまとめ、公表するものとする。
（登録認定機関が認定する適合施設の種類）
第十九条
法第十七条第三項の規定により登録認定機関が認定する適合施設の種類は、同条第一項の主務大臣が定める輸出先国に輸出される農産物、畜産物又は水産物が生産され、製造され、加工され、又は流通する施設とする。
（登録認定機関による適合施設の認定）
第二十条
登録認定機関は、法第十七条第三項の規定により適合施設を認定するときは、当該施設が輸出先国の政府機関が定める要件に適合することを審査するものとする。
２
登録認定機関は、法第十七条第三項の規定による認定をした場合には、日本国から輸出される農林水産物又は食品が、当該認定をした施設において適正に生産され、製造され、加工され、又は流通したものであることを示す証明書を発行することができる。
３
前二項に定めるもののほか、登録認定機関による適合施設の認定の手続に係る事項は、法第十七条第一項の主務大臣が定める。
（適合施設の確認）
第二十一条
法第十七条第一項の主務大臣、都道府県知事等及び登録認定機関は、同条第四項の規定による確認をするときは、当該適合施設が第十六条第二項、第十八条第一項又は前条第一項の要件に適合することを審査するものとする。
２
法第十七条第一項の主務大臣及び都道府県知事等は、当該主務大臣が定める基準に適合する者に、前項の規定による審査の事務の一部を行わせることができる。
３
登録認定機関は、法第十七条第四項の規定による確認をした場合には、日本国から輸出される農林水産物又は食品が、当該確認をした施設において適正に生産され、製造され、加工され、又は流通したものであることを示す証明書を発行することができる。
４
前三項に定めるもののほか、法第十七条第四項の規定による確認の手続に係る事項は、同条第一項の主務大臣が定めるものとする。
（適合施設の認定等の報告）
第二十二条
法第十七条第六項（法第五十三条第六項において準用する場合を含む。）の規定による報告は、法第十七条第一項の主務大臣が定める様式を用いて、一月以内に当該主務大臣に提出しなければならない。
２
前項の規定による提出を登録認定機関が行う場合にあっては、独立行政法人農林水産消費安全技術センター（以下「センター」という。）を経由して行うものとする。
（適合施設の認定手数料）
第二十三条
令第四条の主務省令で定める額は、次の各号に掲げる施設認定農林水産物等の種類ごとに、当該各号に定める額とする。
一
法第十七条第一項の主務大臣が定める輸出先国に輸出される農産物、畜産物、水産物又は飼料
二万九百円
二
前号に掲げる施設認定農林水産物等以外の施設認定農林水産物等
一万四百円
（登録発行機関の登録の申請）
第二十四条
法第十八条第一項の登録（第二十七条及び第二十九条において単に「登録」という。）の申請は、同項の主務大臣が定める申請書に、当該主務大臣が定める書類を添え、手数料に相当する額の収入印紙を貼り付け、当該主務大臣に提出して行うものとする。
２
前項の規定による提出は、センターを経由して行うものとする。
（登録発行機関の登録の区分）
第二十五条
法第十八条第一項の主務省令で定める区分は、次の各号に掲げる輸出証明書の区分とする。
一
農産物に係る衛生証明書
二
畜産物に係る衛生証明書
三
水産物に係る衛生証明書
四
飼料に係る衛生証明書
五
自由販売証明書
六
放射性物質検査証明書等
七
漁獲証明書等
（登録発行機関の登録手数料）
第二十六条
令第五条の主務省令で定める額は、前条に規定する区分ごとに、十万九千八百円とする。
２
第三十七条第一号又は第二号に掲げる区分の登録を受けた登録認定機関が、前条第一号から第三号までに掲げる区分の登録を受けようとする場合（登録発行機関及び登録認定機関として行うこれらの登録に係る業務の対象となる農林水産物又は食品の種類が同一の場合に限る。）における令第五条の主務省令で定める額は、前項の規定にかかわらず、一万四千二百円とする。
（登録発行機関の業務を適確に行うための基準）
第二十七条
法第二十条第一項第一号の主務省令で定める基準は、登録発行機関として行う登録に係る業務を適確に行うために必要な体制が整備されていること、業務手順が定められていることその他の第二十五条に規定する区分ごとに同項の主務大臣が定める事項に適合していることとする。
（登録に関して必要な手続）
第二十八条
法第二十条第二項の登録台帳は、同条第一項の主務大臣が定める様式によるものとする。
２
登録台帳には、法第二十条第二項各号に掲げる事項のほか、登録発行機関が同条第一項第一号に規定する発行（第五十五条第二項を除き、以下単に「発行」という。）を行うことを認めている輸出先国を記載するものとする。
３
法第二十条第三項の主務大臣は、登録台帳の登録事項の記載を変更した場合は、遅滞なく、その旨を公示するものとする。
（登録発行機関の登録の更新）
第二十九条
法第二十一条第二項において準用する法第十八条第一項の規定による登録の更新の申請は、同項の主務大臣が定める申請書に、当該主務大臣が定める書類（登録の申請時に当該主務大臣に提出されたものからその内容に変更がない書類を除く。）を添え、手数料に相当する額の収入印紙を貼り付け、当該主務大臣に提出して行うものとする。
２
前項の規定による提出は、センターを経由して行うものとする。
（登録発行機関の登録更新手数料）
第三十条
令第七条の主務省令で定める額は、第二十五条に規定する区分ごとに、九万円とする。
２
第三十七条第一号又は第二号に掲げる区分の登録を受けた登録認定機関（当該登録について既に法第三十六条において準用する法第二十一条第一項の登録の更新を受けているものに限り、当該更新について第四十二条第二項又は第三項の規定の適用を受けたものを除く。）が、第二十五条第一号から第三号までに掲げる区分の登録を受けた登録発行機関として法第二十一条第一項の登録の更新を受けようとする場合（登録発行機関及び登録認定機関として行うこれらの登録に係る業務の対象となる農林水産物又は食品の種類が同一の場合に限る。）における令第七条の主務省令で定める額は、前項の規定にかかわらず、九千百円とする。
（登録発行機関の発行に関する業務の方法に関する基準）
第三十一条
法第二十三条第二項の主務省令で定める基準は、発行の実施方法に関し主務大臣が定める基準とする。
（登録発行機関の業務規程の規定事項）
第三十二条
法第二十五条第二項の主務省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一
発行の実施方法
二
発行に関する手数料の算定方法
三
その他法第二十五条第一項の主務大臣が定める事項
（登録発行機関の業務の休廃止の届出）
第三十三条
法第二十六条第一項の規定による届出をしようとする登録発行機関は、同項の主務大臣が定める様式により届出書を作成し、当該主務大臣に提出しなければならない。
２
前項の届出書の提出は、センターを経由して行うものとする。
（電磁的記録に記録された事項を表示する方法等）
第三十四条
法第二十七条第二項第三号の主務省令で定める方法は、電磁的記録に記録された事項を紙面又は出力装置の映像面に表示する方法とする。
２
法第二十七条第二項第四号の主務省令で定める電磁的方法は、次に掲げるもののうち、登録発行機関が定めるものとする。
一
送信者の使用に係る電子計算機と受信者の使用に係る電子計算機とを電気通信回線で接続した電子情報処理組織を使用する方法であって、当該電気通信回線を通じて情報が送信され、受信者の使用に係る電子計算機に備えられたファイルに当該情報が記録されるもの
二
磁気ディスクその他これに準ずる方法により一定の情報を確実に記録しておくことができる物をもって調製するファイルに情報を記録したものを交付する方法
（登録発行機関の帳簿の記載等）
第三十五条
登録発行機関は、次項各号に掲げる事項について、第二十五条に規定する区分ごとに帳簿に記載し、当該帳簿を最終の記載の日から五年間保存するものとする。
２
法第三十一条の主務省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一
発行を申請した者の氏名又は名称及び住所並びに法人にあっては、法人番号
二
発行の申請を受理した年月日
三
発行をした年月日
（登録認定機関の登録の申請）
第三十六条
法第三十四条の登録（第三十九条及び第四十一条において単に「登録」という。）の申請は、法第三十四条の主務大臣が定める申請書に、当該主務大臣が定める書類を添え、手数料に相当する額の収入印紙を貼り付け、当該主務大臣に提出して行うものとする。
２
前項の規定による提出は、センターを経由して行うものとする。
（登録認定機関の登録の区分）
第三十七条
法第三十四条の主務省令で定める区分は、農産物、畜産物及び水産物それぞれごとに、次に掲げる業務の区分とする。
一
法第十七条第三項の認定及び同条第四項の確認
二
法第十七条第三項の認定及び同条第四項の確認（農林水産物又は食品に関する残留物質の検査その他の必要な検査（次号において「残留物質等検査」という。）を伴うものを除く。）
三
法第十七条第四項の確認（残留物質等検査に関するものに限る。）
（登録認定機関の登録手数料）
第三十八条
令第八条の主務省令で定める額は、次の各号に掲げる区分に応じ、当該各号に定める額とする。
一
前条第一号に掲げる区分
十三万二千円
二
前条第二号に掲げる区分
十万九千八百円
三
前条第三号に掲げる区分
一万四千六百円
２
前条第二号に掲げる区分の登録を受けた登録認定機関が、同条第一号に掲げる区分の登録を受けようとする場合（登録認定機関として行うこれらの登録に係る業務の対象となる農林水産物又は食品の種類が同一の場合に限る。）における令第八条の主務省令で定める額は、前項の規定にかかわらず、二万二千二百円とする。
３
前条第三号に掲げる区分の登録を受けた登録認定機関が、同条第一号に掲げる区分の登録を受けようとする場合（登録認定機関として行うこれらの登録に係る業務の対象となる農林水産物又は食品の種類が同一の場合に限る。）における令第八条の主務省令で定める額は、第一項の規定にかかわらず、十一万七千四百円とする。
４
第二十五条第一号から第三号までに掲げる区分の登録を受けた登録発行機関が、前条第一号に掲げる区分の登録を受けようとする場合（登録発行機関及び登録認定機関として行うこれらの登録に係る業務の対象となる農林水産物又は食品の種類が同一の場合に限る。）における令第八条の主務省令で定める額は、前三項の規定にかかわらず、二万千三百円とする。
５
第二十五条第一号から第三号までに掲げる区分の登録を受けた登録発行機関が、前条第二号に掲げる区分の登録を受けようとする場合（登録発行機関及び登録認定機関として行うこれらの登録に係る業務の対象となる農林水産物又は食品の種類が同一の場合に限る。）における令第八条の主務省令で定める額は、第一項の規定にかかわらず、一万四千二百円とする。
（登録認定機関の業務を適確に行うための基準）
第三十九条
法第三十五条第一項第一号の主務省令で定める基準は、登録認定機関として行う登録に係る業務を適確に行うために必要な体制が整備されていること、業務手順が定められていることその他の第三十七条に規定する区分ごとに同項の主務大臣が定める事項に適合していることとする。
（登録に関して必要な手続）
第四十条
法第三十五条第二項の登録台帳は、同条第一項の主務大臣が定める様式によるものとする。
２
登録台帳には、法第三十五条第二項各号に掲げる事項のほか、第三十七条に規定する区分及び登録認定機関が法第三十五条第一項第一号に規定する認定等（以下単に「認定等」という。）を行うことを認めている輸出先国を記載するものとする。
３
法第三十六条において読み替えて準用する法第二十条第三項の主務大臣は、登録台帳の登録事項の記載を変更した場合は、遅滞なく、その旨を公示するものとする。
（登録認定機関の登録の更新）
第四十一条
法第三十六条において読み替えて準用する法第二十一条第二項において準用する法第三十四条の規定による登録の更新の申請は、同条の主務大臣が定める申請書に、当該主務大臣が定める書類（登録の申請時に当該主務大臣に提出されたものからその内容に変更がない書類を除く。）を添え、手数料に相当する額の収入印紙を貼り付け、当該主務大臣に提出して行うものとする。
２
前項の規定による提出は、センターを経由して行うものとする。
（登録認定機関の登録更新手数料）
第四十二条
令第十条の主務省令で定める額は、次の各号に掲げる区分に応じ、当該各号に定める額とする。
一
第三十七条第一号に掲げる区分
十万四千七百円
二
第三十七条第二号に掲げる区分
九万円
三
第三十七条第三号に掲げる区分
一万千六百円
２
第二十五条第一号から第三号までに掲げる区分の登録を受けた登録発行機関（当該登録について既に法第二十一条第一項の登録の更新を受けているものに限り、当該更新について第三十条第二項の規定の適用を受けたものを除く。次項において同じ。）が、第三十七条第一号に掲げる区分の登録を受けた登録認定機関として法第三十六条において準用する法第二十一条第一項の登録の更新を受けようとする場合（登録発行機関及び登録認定機関として行うこれらの登録に係る業務の対象となる農林水産物又は食品の種類が同一の場合に限る。）における令第十条の主務省令で定める額は、前項の規定にかかわらず、一万四千二百円とする。
３
第二十五条第一号から第三号までに掲げる区分の登録を受けた登録発行機関が、第三十七条第二号に掲げる区分の登録を受けた登録認定機関として法第三十六条において準用する法第二十一条第一項の登録の更新を受けようとする場合（登録発行機関及び登録認定機関として行うこれらの登録に係る業務の対象となる農林水産物又は食品の種類が同一の場合に限る。）における令第十条の主務省令で定める額は、第一項の規定にかかわらず、九千百円とする。
（登録認定機関の認定等に関する業務の方法に関する基準）
第四十三条
法第三十六条において読み替えて準用する法第二十三条第二項の主務省令で定める基準は、次に掲げる事項に関し主務大臣が定める基準とする。
一
認定等の実施方法
二
施設の認定の取消しその他の措置の実施方法
（登録認定機関の業務規程の規定事項）
第四十四条
法第三十六条において読み替えて準用する法第二十五条第二項の主務省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一
認定等の実施方法
二
認定等に関する手数料の算定方法
三
その他法第三十六条において読み替えて準用する法第二十五条第一項の主務大臣が定める事項
（登録認定機関の業務の休廃止の届出）
第四十五条
法第三十六条において読み替えて準用する法第二十六条第一項の規定による届出をしようとする登録認定機関は、同項の主務大臣が定める様式により届出書を作成し、当該主務大臣に提出しなければならない。
２
前項の届出書の提出は、センターを経由して行うものとする。
（電磁的記録に記録された事項を表示する方法等）
第四十六条
法第三十六条において準用する法第二十七条第二項第三号の主務省令で定める方法は、電磁的記録に記録された事項を紙面又は出力装置の映像面に表示する方法とする。
２
法第三十六条において準用する法第二十七条第二項第四号の主務省令で定める電磁的方法は、次に掲げるもののうち、登録認定機関が定めるものとする。
一
送信者の使用に係る電子計算機と受信者の使用に係る電子計算機とを電気通信回線で接続した電子情報処理組織を使用する方法であって、当該電気通信回線を通じて情報が送信され、受信者の使用に係る電子計算機に備えられたファイルに当該情報が記録されるもの
二
磁気ディスクその他これに準ずる方法により一定の情報を確実に記録しておくことができる物をもって調製するファイルに情報を記録したものを交付する方法
（登録認定機関の帳簿の記載等）
第四十七条
登録認定機関は、次項各号に掲げる事項について、第三十七条に規定する区分ごとに帳簿に記載し、当該帳簿を最終の記載の日から五年間保存するものとする。
２
法第三十六条において読み替えて準用する法第三十一条の主務省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一
認定等を申請した者の氏名又は名称及び住所並びに法人にあっては、法人番号
二
認定等の申請を受理した年月日
三
認定等の申請に係る施設の名称及び所在地
四
認定等をするかどうかを決定した年月日
五
前号の決定の結果
（認定農林水産物・食品輸出促進団体の認定の申請）
第四十八条
法第四十三条第一項の認定の申請は、同条第四項に規定する申請書に、同条第五項に規定する業務規程（以下単に「業務規程」という。）のほか、次に掲げる書類を添付してしなければならない。
一
定款
二
登記事項証明書
三
その他法第四十三条第一項の主務大臣が定める書類
２
法第四十三条第四項に規定する申請書は、同項の主務大臣が定める様式によるものとする。
３
前二項に定めるもののほか、法第四十三条第一項の認定の手続に係る事項は、同項の主務大臣が定める。
（認定農林水産物・食品輸出促進団体の認定の要件）
第四十九条
法第四十三条第六項第五号の主務省令で定める要件は、次のとおりとする。
一
その構成員となることを希望する者に対して不当な差別的取扱いをするものでないこと。
二
法第十条第一項に規定する基本方針に照らし適切なものであると認められる農林水産物又は食品の輸出の拡大に向けた中期的な計画を有すること。
（認定農林水産物・食品輸出促進団体に係る変更の認定の申請）
第五十条
法第四十五条第一項の変更の認定を受けようとする認定農林水産物・食品輸出促進団体は、同項の主務大臣が定める様式による申請書を当該主務大臣に提出しなければならない。
この場合において、当該変更が業務規程又は第四十八条第一項各号に掲げる書類の変更を伴うときは、当該変更後の業務規程又は書類を添付しなければならない。
（認定農林水産物・食品輸出促進団体に係る軽微な変更）
第五十一条
法第四十五条第一項の主務省令で定める軽微な変更は、次に掲げる変更とする。
一
法第四十三条第四項第一号に掲げる事項の変更
二
法第四十三条第四項第三号に掲げる事項の変更
三
法第四十三条第四項第四号に掲げる事項の変更
四
法第四十三条第四項第五号に掲げる事項の変更
五
業務規程の変更（次に掲げる変更を伴うものを除く。）
イ
農林水産物又は食品の生産から販売に至る一連の行程における事業者（農林水産物又は食品の輸出のための取組を行うものに限る。）との緊密な連携の確保の方法に関する事項の変更
ロ
法第四十三条第一項に規定する輸出促進業務の対象とする生産地等（農林水産物又は食品が生産され、製造され、又は加工される地域をいう。）の変更
（認定農林水産物・食品輸出促進団体に係る変更の届出）
第五十二条
法第四十五条第二項の規定による届出は、同項の主務大臣が定める様式による届出書を提出してしなければならない。
この場合において、当該変更が業務規程又は第四十八条第一項各号に掲げる書類の変更を伴うときは、当該変更後の業務規程又は書類を添付しなければならない。
（認定農林水産物・食品輸出促進団体に係る廃止の届出）
第五十三条
法第四十六条の規定による届出は、廃止の日の三十日前までに、同条の主務大臣が定める様式による届出書を提出してしなければならない。
（立入調査等をする職員の身分を示す証明書）
第五十四条
法第五十三条第三項に規定する職員の身分を示す証明書は、別記様式一又は別記様式二によるものとする。
２
法第五十四条第二項において準用する法第五十三条第三項に規定する職員の身分を示す証明書は、別記様式三によるものとする。
（主務大臣）
第五十五条
法（次項から第五項までに規定する規定を除く。）における主務大臣は、財務大臣、厚生労働大臣及び農林水産大臣とする。
２
法第十五条第一項（輸出証明書の発行に関する手続に係る部分を除く。）、第十七条（施設認定農林水産物等の指定並びに適合施設の認定及び確認に関する手続に係る部分を除く。）及び第五十三条における主務大臣は、次に掲げる区分に応じ、当該各号に定める大臣とする。
一
衛生証明書の発行並びに適合施設の認定及び確認に関する事項
厚生労働大臣又は農林水産大臣であって、輸出に係る農林水産物又は食品の生産、製造、加工又は流通を所管する大臣
二
自由販売証明書及び漁獲証明書等の発行に関する事項
農林水産大臣
三
放射性物質検査証明書等の発行に関する事項
次に掲げる農林水産物又は食品の種類に応じ、それぞれ当該イ又はロに定める大臣
イ
酒類又はたばこ
財務大臣
ロ
イに掲げるもの以外のもの
農林水産大臣
四
第二条第五号に掲げる輸出証明書の発行に関する事項
財務大臣、厚生労働大臣又は農林水産大臣であって、輸出に係る農林水産物又は食品の生産、製造、加工又は流通を所管する大臣
３
法第十六条（区域指定農林水産物等の指定並びに適合区域の指定及び確認に関する手続に係る部分を除く。）、第五章第二節及び第三節（登録発行機関及び登録認定機関の登録に関する手続に係る部分を除く。）並びに第五十四条における主務大臣は、農林水産大臣とする。
４
法第七章（認定農林水産物・食品輸出促進団体の認定に関する手続に係る部分に限る。）における主務大臣は、財務大臣及び農林水産大臣とする。
５
法第七章（前項に規定する規定を除く。）及び第五十七条第二項における主務大臣は、次に掲げる農林水産物又は食品の種類に応じ、当該各号に定める大臣とする。
一
酒類
財務大臣
二
酒類以外のもの
農林水産大臣
（権限の委任）
第五十六条
法第十五条第一項並びに第五十三条第一項及び第五項（法第十五条第一項に係る部分に限る。）の規定による財務大臣の権限は、輸出証明書に係る農林水産物又は食品が生産され、製造され、加工され、又は流通する区域を管轄する国税局長（沖縄国税事務所長を含む。）又は税務署長に委任する。
ただし、財務大臣が自らその権限を行うことを妨げない。
２
法第十五条第一項並びに第五十三条第一項及び第五項（法第十五条第一項に係る部分に限る。）の規定による厚生労働大臣の権限は輸出証明書に係る農林水産物又は食品が生産され、製造され、加工され、又は流通する区域を管轄する地方厚生局長に、法第十七条第一項、第四項及び第五項並びに第五十三条第一項及び第五項（法第十七条第一項に係る部分に限る。）の規定並びに法第五十三条第六項の規定において準用する法第十七条第六項の規定による厚生労働大臣の権限は認定等に係る適合施設の所在地を管轄する地方厚生局長に、それぞれ委任する。
ただし、厚生労働大臣が自らこれらの権限を行うことを妨げない。
３
法第十五条第一項並びに第五十三条第一項及び第五項（法第十五条第一項に係る部分に限る。）の規定による農林水産大臣の権限は輸出証明書に係る農林水産物又は食品が生産され、製造され、加工され、又は流通する区域を管轄する地方農政局長（北海道農政事務所長を含む。以下この項において同じ。）に、法第十七条第一項、第四項及び第五項並びに第五十三条第一項及び第五項（法第十七条第一項に係る部分に限る。）の規定並びに法第五十三条第六項の規定において準用する法第十七条第六項の規定による農林水産大臣の権限は認定等に係る適合施設の所在地を管轄する地方農政局長に、それぞれ委任する。
ただし、農林水産大臣が自らこれらの権限を行使することを妨げない。
（雑則）
第五十七条
この省令に定めるもののほか、この省令の実施に必要な事項は、主務大臣が定める。
附　則
１
この省令は、令和二年四月一日から施行する。
２
第三条第一項及び第八条第一項の規定は、令和七年四月一日以降に申請される輸出証明書について、適用する。
３
輸出に係る農林水産物又は食品が生産され、製造され、加工され、又は流通する施設であって、法の施行前に輸出先国の政府機関が定める要件に適合していたものとして農林水産大臣が認めるものは、法第十七条第一項から第三項までの規定により認定された適合施設とみなす。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条
この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。
２
この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、農林水産物及び食品の輸出の促進に関する法律等の一部を改正する法律の施行の日（令和四年十月一日）から施行する。
（経過措置）
第二条
この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。
２
この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附　則
この省令は、公布の日から施行し、この省令による改正後の農林水産物及び食品の輸出の促進に関する法律施行規則の規定は、令和四年十月一日から適用する。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。
別記様式一
（第５４条第１項関係）（法第５３条第１項の規定により立入調査又は質問を行う場合）
別記様式二
（第５４条第１項関係）（法第５３条第２項の規定により立入調査又は質問を行う場合）
別記様式三
（第５４条第２項関係）