平成十五年文部科学省令第四十九号
国立研究開発法人理化学研究所に関する省令
独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二十八条第二項、第三十条第一項及び第二項第七号、第三十一条第一項、第三十二条第一項、第三十三条、第三十四条第一項、第三十七条、第三十八条第一項及び第四項、第四十八条第一項並びに第五十条並びに独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令（平成十二年政令第三百十六号）第五条第二項の規定に基づき、並びに同法及び独立行政法人理化学研究所法（平成十四年法律第百六十号）を実施するため、独立行政法人理化学研究所に関する省令を次のように定める。
（通則法第八条第三項に規定する主務省令で定める重要な財産）
第一条
国立研究開発法人理化学研究所（以下「研究所」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項に規定する主務省令で定める重要な財産は、その保有する財産であって、その通則法第四十六条の二第一項若しくは第二項又は第四十六条の三第一項の認可に係る申請の日（各項ただし書の場合にあっては、当該財産の処分に関する計画を定めた通則法第三十五条の五第一項の中長期計画の認可に係る申請の日）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上通則法第四十六条の二又は第四十六条の三の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他文部科学大臣が定める財産とする。
（監査報告の作成）
第一条の二
研究所に係る通則法第十九条第四項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２
監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。
この場合において、役員（監事を除く。第一号並びに第五項第三号及び第四号において同じ。）は、監事の職務の執行のための必要な体制の整備に留意しなければならない。
一
研究所の役員及び職員
二
前項に掲げる者のほか、監事が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３
前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。
４
監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、研究所の他の監事との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。
５
監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一
監事の監査の方法及びその内容
二
研究所の業務が、法令等に従って適正に実施されているかどうか及び中長期目標の着実な達成に向け効果的かつ効率的に実施されているかどうかについての意見
三
研究所の役員の職務の執行が法令等に適合することを確保するための体制その他研究所の業務の適正を確保するための体制の整備及び運用についての意見
四
研究所の役員の職務の遂行に関し、不正の行為又は法令等に違反する重大な事実があったときは、その事実
五
監査のため必要な調査ができなかったときは、その旨及びその理由
六
監査報告を作成した日
（監事の調査の対象となる書類）
第一条の三
研究所に係る通則法第十九条第六項第二号に規定する主務省令で定める書類は、国立研究開発法人理化学研究所法（平成十四年法律第百六十号。以下「研究所法」という。）、国立研究開発法人理化学研究所法施行令（平成十五年政令第四百四十号）及びこの省令の規定に基づき文部科学大臣に提出する書類とする。
（業務方法書に記載すべき事項）
第一条の四
研究所に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める業務方法書に記載すべき事項は、次のとおりとする。
一
研究所法第十六条第一項第一号に規定する試験及び研究に関する事項
二
研究所法第十六条第一項第二号に規定する成果の普及及び成果の活用の促進に関する事項
三
研究所法第十六条第一項第三号に規定する施設及び設備の共用に関する事項
四
研究所法第十六条第一項第四号に規定する研究者及び技術者の養成及び資質の向上に関する事項
五
研究所法第十六条第一項第五号に規定する出資並びに人的及び技術的援助に関する事項
六
研究所法第十六条第一項第六号に規定する附帯業務に関する事項
七
研究所法第十六条第二項に規定する業務に関する事項
八
業務委託の基準
九
競争入札その他契約に関する基本的事項
十
その他研究所の業務の執行に関して必要な事項
（中長期計画の認可申請）
第二条
研究所は、通則法第三十五条の五第一項の規定により中長期計画の認可を受けようとするときは、中長期計画を記載した申請書を、当該中長期計画の最初の事業年度開始三十日前までに（研究所の最初の事業年度の属する中長期計画については、研究所の成立後遅滞なく）、文部科学大臣に提出しなければならない。
２
研究所は、通則法第三十五条の五第一項後段の規定により中長期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
（中長期計画に定める業務運営に関する事項）
第三条
研究所に係る通則法第三十五条の五第二項第八号に規定する主務省令で定める業務運営に関する事項は、次のとおりとする。
一
施設及び設備に関する計画
二
人事に関する計画
三
中長期目標の期間を超える債務負担
四
積立金の使途
（業務実績等報告書）
第三条の二
研究所に係る通則法第三十五条の六第三項に規定する報告書には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。
その際、研究所は、当該報告書が同条第一項の評価の根拠となる情報を提供するために作成されるものであることに留意しつつ、研究所の事務及び事業の性質、内容等に応じて区分して同欄に掲げる事項を記載するものとする。
事業年度における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにした報告書
一　当該事業年度における業務の実績。なお、当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ　中長期計画及び年度計画の実施状況
ロ　当該事業年度における業務運営の状況
ハ　当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該事業年度の属する中長期目標の期間における当該事業年度以前の毎年度の当該指標の数値
ニ　当該事業年度の属する中長期目標の期間における当該事業年度以前の毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報
二　当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について研究所が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ　中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由
ロ　業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策
ハ　過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
中長期目標の期間の終了時に見込まれる中長期目標の期間における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書
一　中長期目標の期間の終了時に見込まれる中長期目標の期間における業務の実績。なお、当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ　中長期目標及び中長期計画の実施状況
ロ　当該期間における業務運営の状況
ハ　当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値
ニ　当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報
二　当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について研究所が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ　中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由
ロ　業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策
ハ　過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
中長期目標の期間における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書
一　中長期目標の期間における業務の実績。なお、当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ　中長期目標及び中長期計画の実施状況
ロ　当該期間における業務運営の状況
ハ　当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値
ニ　当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報
二　当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について研究所が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ　中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由
ロ　業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策
ハ　過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
２
研究所は、前項に規定する報告書を文部科学大臣に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。
（最初の国立研究開発法人の長の任期の終了時における業務実績等報告書）
第三条の三
研究所に係る通則法第三十五条の六第四項に規定する報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
その際、研究所は、当該報告書が同条第二項の評価の根拠となる情報を提供するために作成されるものであることに留意しつつ、研究所の事務及び事業の性質、内容等に応じて区分して次に掲げる事項を記載するものとする。
一
通則法第三十五条の六第二項に規定する最初の国立研究開発法人の長の任命の日を含む事業年度から当該長の任期の末日を含む事業年度の事業年度末までの期間における業務の実績。
なお、当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ
当該期間における中長期計画及び年度計画の実施状況
ロ
当該期間における業務運営の状況
ハ
当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値
ニ
当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報
二
前号に掲げる業務の実績について研究所が評価を行った結果。
なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ
中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由
ロ
業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策
ハ
過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
２
研究所は、前項に規定する報告書を文部科学大臣に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。
（年度計画）
第四条
研究所に係る通則法第三十五条の八において準用する通則法第三十一条第一項に規定する年度計画には、中長期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を記載しなければならない。
２
研究所は、通則法第三十五条の八において準用する通則法第三十一条第一項後段の規定により年度計画の変更をしたときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を文部科学大臣に提出しなければならない。
第五条から第七条まで
削除
（会計の原則）
第八条
研究所の会計については、この省令の定めるところにより、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２
金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。
３
平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（第十一条の三第三項第二号イ及びロにおいて「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。
（会計処理）
第九条
文部科学大臣は、研究所が業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２
前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。
（対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）
第九条の二
文部科学大臣は、研究所が業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）
第九条の三
文部科学大臣は、研究所が通則法第四十六条の二第二項又は第四十六条の三第三項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（対応する収益の獲得が予定されない承継資産）
第九条の四
文部科学大臣は、研究所が承継する棚卸資産について当該棚卸資産から生ずる費用に相当する額（以下「費用相当額」という。）に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その承継までの間に限り、当該棚卸資産を指定することができる。
２
前項の指定を受けた棚卸資産に係る費用相当額については、費用は計上せず、費用相当額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。
（財務諸表）
第十条
研究所に係る通則法第三十八条第一項に規定する主務省令で定める書類は、行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書並びに連結貸借対照表、連結損益計算書、連結純資産変動計算書、連結キャッシュ・フロー計算書及び連結附属明細書とする。
（事業報告書の作成）
第十条の二
研究所に係る通則法第三十八条第二項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２
事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一
研究所の目的及び業務内容
二
国の政策における研究所の位置付け及び役割
三
中長期目標の概要
四
理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五
中長期計画及び年度計画の概要
六
持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七
業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八
業績の適正な評価に資する情報
九
業務の成果及び当該業務に要した資源
十
予算及び決算の概要
十一
財務諸表の要約
十二
財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三
内部統制の運用状況
十四
研究所に関する基礎的な情報
（財務諸表の閲覧期間）
第十一条
研究所に係る通則法第三十八条第三項に規定する主務省令で定める期間は、五年とする。
（通則法第三十八条第四項に規定する主務省令で定める書類）
第十一条の二
研究所に係る通則法第三十八条第四項に規定する主務省令で定める書類は、連結貸借対照表、連結損益計算書、連結純資産変動計算書、連結キャッシュ・フロー計算書及び連結附属明細書とする。
（会計監査報告の作成）
第十一条の三
通則法第三十九条第一項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２
会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。
ただし、会計監査人が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。
一
研究所の役員（監事を除く。）及び職員
二
前号に掲げる者のほか、会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３
会計監査人は、通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表並びに同条第二項に規定する事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。
一
会計監査人の監査の方法及びその内容
二
財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が研究所の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項
イ
無限定適正意見
監査の対象となった財務諸表が独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、研究所の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨
ロ
除外事項を付した限定付適正意見
監査の対象となった財務諸表が除外事項を除き独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、研究所の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨及び除外事項
ハ
不適正意見
監査の対象となった財務諸表が不適正である旨及びその理由
三
前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四
第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と通則法第三十九条第一項に規定する財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五
追記情報
六
前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七
会計監査報告を作成した日
４
前項第五号に規定する「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付する必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。
一
会計方針の変更
二
重要な偶発事象
三
重要な後発事象
（短期借入金の認可の申請）
第十二条
研究所は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の借入れの認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一
借入れ又は借換えを必要とする理由
二
借入れ又は借換えの額
三
借入先又は借換先
四
借入れ又は借換えの利率
五
償還の方法及び期限
六
利息の支払の方法及び期限
七
その他必要な事項
（不要財産に係る民間等出資の払戻しの認可の申請）
第十二条の二
研究所は、通則法第四十六条の三第一項の規定により、民間等出資に係る不要財産について、当該民間等出資に係る不要財産に係る出資者（以下単に「出資者」という。）に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として文部科学大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告することについて認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一
民間等出資に係る不要財産の内容
二
不要財産であると認められる理由
三
当該不要財産の取得の日及び申請の日における不要財産の帳簿価額（現金及び預金にあっては、取得の日及び申請の日におけるその額）
四
当該不要財産の取得に係る出資の内容（通則法第四十六条の三に規定する出資者が複数ある場合にあっては、出資者ごとの当該不要財産の取得の日における帳簿価額に占める出資額の割合）
五
催告の内容
六
当該不要財産により払戻しをする場合には、当該不要財産の評価額
七
通則法第四十六条の三第三項に規定する主務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをする場合には、当該不要財産の譲渡によって得られる収入の見込額並びに譲渡に要する費用の費目、費目ごとの見込額及びその合計額
八
前号の場合における譲渡の方法
九
第七号の場合における譲渡の予定時期
十
その他必要な事項
２
文部科学大臣は、前項の申請に係る払戻しの方法が通則法第四十六条の三第三項に規定する主務大臣が定める基準により算定した金額による払戻しである場合において、同条第一項の認可をしたときは、次に掲げる事項を研究所に通知するものとする。
一
通則法第四十六条の三第一項の規定により、当該不要財産に係る出資額として文部科学大臣が定める額の持分
二
通則法第四十六条の三第三項に規定する主務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをする場合における当該払戻しの見込額
（中長期計画に定めた不要財産の払戻しの催告に係る通知）
第十二条の三
研究所は、通則法第四十四条第三項の中長期計画において通則法第三十五条の五第二項第五号の計画を定めた場合において、通則法第四十六条の三第一項の規定により、民間等出資に係る不要財産について、出資者に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として文部科学大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告しようとするときは、前条第一項各号に掲げる事項を文部科学大臣に通知しなければならない。
２
文部科学大臣は、前項の通知を受けたときは、遅滞なく、財務大臣にその旨を通知するものとする。
（催告の方法）
第十二条の四
通則法第四十六条の三第一項に規定する主務省令で定める催告の方法は、次に掲げる事項を記載した書面の提出又は当該事項の電磁的方法（電子的方法、磁気的方法その他人の知覚によっては認識することができない方法をいう。）による提供とする。
一
民間等出資に係る不要財産の内容
二
通則法第四十六条の三第一項の規定に基づき当該不要財産に係る出資額として文部科学大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨
三
通則法第四十六条の三第一項に規定する払戻しについて、次に掲げる方法のうち何れの方法によるかの別
イ
当該不要財産の払戻しをすること
ロ
通則法第四十六条の三第三項に規定する主務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをすること
四
当該払戻しを行う予定時期
五
第三号ロの方法による払戻しの場合における当該払戻しの見込額
２
前項の規定により催告するに際し、当該不要財産の評価額が当該不要財産の帳簿価額を超えることその他の事情があるため、払戻しの方法が前項第三号イの方法により難い場合には、その旨を当該催告の相手方に対し、通知するものとする。
（民間等出資に係る不要財産の譲渡の報告等）
第十二条の五
研究所は、通則法第四十六条の三第三項の規定により民間等出資に係る不要財産の譲渡を行ったときは、遅滞なく、次に掲げる事項を記載した報告書を文部科学大臣に提出するものとする。
一
当該不要財産の内容
二
譲渡によって得られた収入の額
三
譲渡に要した費用の費目、費目ごとの金額及びその合計額
四
譲渡した時期
五
通則法第四十六条の三第二項の規定により払戻しを請求された持分の額
２
前項の報告書には、同項各号に掲げる事項を証する書類を添付するものとする。
３
文部科学大臣は、第一項の報告書の提出を受けたときは、通則法第四十六条の三第三項の規定により文部科学大臣が定める基準に従い算定した金額（当該算定した金額が第一項第五号の持分の額に満たない場合にあっては、当該持分のうち通則法第四十六条の三第三項の規定により文部科学大臣が定める額の持分を含む。）を研究所に通知するものとする。
４
研究所は、前項の通知を受けたときは、遅滞なく、同項の規定により通知された金額により、第一項第五号の持分（当該通知された金額が当該持分の額に満たない場合にあっては、前項の規定により文部科学大臣から通知された額の持分）を、当該請求をした出資者に払い戻すものとする。
（資本金の減少の報告）
第十二条の六
研究所は、通則法第四十六条の三第四項の規定により資本金を減少したときは、遅滞なく、その旨を文部科学大臣に報告するものとする。
（長期借入金の認可の申請）
第十三条
研究所は、研究所法第十八条第一項の規定により長期借入金の借入れの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一
借入れを必要とする理由
二
借入れの額
三
借入先
四
借入れの利率
五
償還の方法及び期限
六
利息の支払の方法及び期限
七
その他必要な事項
（償還計画の認可の申請）
第十四条
研究所は、研究所法第十八条第二項の規定により償還計画の認可を受けようとするときは、通則法第三十五条の八において準用する通則法第三十一条第一項前段の規定により年度計画を届け出た後遅滞なく、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
ただし、償還計画の変更の認可を受けようとするときは、その都度提出しなければならない。
一
長期借入金の総額及び当該事業年度における借入見込額並びにその借入先
二
長期借入金の償還の方法及び期限
三
その他必要な事項
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産）
第十五条
研究所に係る通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産は、土地及び建物とする。
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）
第十六条
研究所は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一
処分等に係る財産の内容及び評価額
二
処分等の条件
三
処分等の方法
四
研究所の業務運営上支障がない旨及びその理由
（通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する主務省令で定める内部組織）
第十六条の二
研究所に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた研究所の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織として文部科学大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２
直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として文部科学大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。
（通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号に規定する主務省令で定める管理又は監督の地位）
第十六条の三
研究所に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号に規定する管理又は監督の地位として主務省令で定めるものは、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして文部科学大臣が定めるものとする。
（増資の認可の申請）
第十七条
研究所は、研究所法第五条第二項の認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一
増資金額
二
増資の理由
三
募集の方法
四
増資により取得する金額の使途
五
払込みの方法
（積立金の処分に係る申請書の添付書類）
第十八条
研究所に係る独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令第二十一条第三項において準用する同条第二項に規定する文部科学省令で定める書類は、同条第三項において準用する同条第一項に規定する中長期目標の期間の最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表及び当該年度の損益計算書とする。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、公布の日から施行する。
（成立の際の会計処理の特例）
第二条
研究所の成立の際研究所法附則第二条第六項及び第七項の規定により研究所に出資されたものとされる資産のうち償却資産については、第九条第一項の指定があったものとみなす。
（理化学研究所法施行規則及び理化学研究所の財務及び会計に関する省令の廃止）
第三条
次に掲げる省令は、廃止する。
一
理化学研究所法施行規則（昭和三十三年総理府令第八十一号）
二
理化学研究所の財務及び会計に関する省令（昭和三十三年総理府令第八十二号）
附　則
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（以下「通則法改正法」という。）の施行の日（平成二十七年四月一日）から施行する。
（業務実績等報告書の作成に係る経過措置）
第二条
３
通則法改正法附則第八条第一項の規定により旧通則法第二十九条第一項の中期目標が新通則法第三十五条の四第一項の規定により指示した同項の中長期目標とみなされる場合におけるこの省令による改正後の次に掲げる省令の規定の適用については、これらの省令の規定中「当該事業年度における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該項目が通則法第三十五条の四第二項第二号」とあるのは「当該事業年度における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該項目が独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（以下この表において「旧通則法」という。）第二十九条第二項第三号」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第三十五条の四第二項第二号から」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第二号から」と、「期間における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該項目が通則法第三十五条の四第二項第二号」とあるのは「期間における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該項目が旧通則法第二十九条第二項第三号」とする。
一から三まで
略
四
国立研究開発法人理化学研究所に関する省令（平成十五年文部科学省令第四十九号）第三条の二第一項
（業務報告書又は事業報告書の作成に係る経過措置）
第三条
この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、通則法改正法の施行の日以後に開始する事業年度に係る業務報告書又は事業報告書から適用する。
一から十四まで
略
十五
国立研究開発法人理化学研究所に関する省令第十条の二第三項
附　則
この省令は、研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成三十一年一月十七日）から施行する。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、公布の日から施行する。
（財務諸表及び業務報告書又は事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条
この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、平成三十一年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表及び業務報告書又は事業報告書から適用し、同日前に開始する事業年度に係る財務諸表及び業務報告書又は事業報告書については、なお従前の例による。
一から十四まで
略
十五
国立研究開発法人理化学研究所に関する省令第十条及び第十条の二
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は、公布の日から施行する。
（対応する収益の獲得が予定されない承継資産に係る特例）
第二条
３
国立研究開発法人日本原子力研究開発機構法（平成十六年法律第百五十五号）附則第二条第十一項の規定により国立研究開発法人理化学研究所に出資されたものとされる資産のうち棚卸資産については、この省令による改正後の国立研究開発法人理化学研究所に関する省令第九条の四第一項の指定を受けたものとみなす。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は公布の日から施行する。
（財務諸表の作成に係る経過措置）
第二条
この省令による改正後の国立研究開発法人理化学研究所に関する省令第十条の規定は、令和二年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表について適用し、同日前に開始する事業年度に係るものについては、なお従前の例による。
ただし、同年三月三十一日以後最初に終了する事業年度に係るものについては、行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書並びに連結貸借対照表、連結損益計算書、連結キャッシュ・フロー計算書、連結剰余金計算書及び連結附属明細書とする。
附　則
（施行期日）
第一条
この省令は公布の日から施行する。
（財務諸表の作成に係る経過措置）
第二条
この省令による改正後の国立研究開発法人物質・材料研究機構に関する省令第十条及び第十一条の二、国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構の財務及び会計に関する省令第六条及び第七条の二並びに国立研究開発法人理化学研究所に関する省令第十一条の二の規定は、令和二年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表について適用し、同日前に開始する事業年度に係るものについては、なお従前の例による。
附　則
この省令は、公布の日から施行する。