另外位于曼哈顿的纽新航港局过哈德逊河捷运（Port Authority Trans-Hudson, PATH）铁路系统和位于皇后区的肯尼迪国际机场快线（AirTrain JFK）铁路，可以使用纽约地铁的电子收费系统MetroCard，但这两个铁路系统不属于纽约地铁系统，同时也不接受免费换乘