陈洪渊曾先后获得国家自然科学二等奖（2007）和三等奖（1982）各1项，教育部自然科学一等奖（2001，2006）2项，全国科学大会奖（1978）1项，何梁何利科技进步奖（2006）1项，中国侨联科技进步奖（2002）1项，以及其他多项省部级奖励