2002年，中编办《关于交通部长江航务管理局主要职责和人员编制的批复》（中编办复字[2002]7号）明确长航局为交通部派出机构，对长江干线航运行使政府行业管理职能，受交通部委托或法规授权行使长江干线（云南水富--上海长江口，干线航道里程2838公里）航运行政主管部门职责