拥有12个研究部门，包括一个国家重点实验室，一个中国科学院重点实验室中国科学院微生物研究所，中国科学院微生物研究所（Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences）成立于1958年12月3日，由中国科学院应用真菌研究所和中国科学院北京微生物研究室合并而成