根据2016年12月南京水科院官网显示，水利部·交通运输部·国家能源局·南京水利科学研究院设有水文水资源研究所、水工水力学研究所、海洋资源利用研究中心等研究机构和南京瑞迪建设科技有限公司等研发机构