薛己治学极为刻苦，论著很多，除自著的《外科枢要》、《内科摘要》、《女科撮要》、《疠疡机要》、《正体类要》、《口齿类要》之外，还有许多校订书，薛己校订书的特点，选注名著，附以己见，如他校订有《妇人良方大全》、《小儿药证直诀》、《明医杂著》、《外科精要》等数十种