2005年3月，蔡建辉教授被评为吉林省第八批“有突出贡献的中青年专业技术人才”，2006年9月入选“新世纪百千万人才工程”国家级人选，2007年5月入选“吉林省拔尖创新人才工程”人选，2008年1月入选中国科协首批高层次人才库，2009年2月被评为“吉林省高校首批科技领军人才”，2011年3月享受国务院政府特殊津贴