上海九段沙湿地位于长江口外南北槽之间的拦门沙河段，地处东经121°46’～122°15’、北纬31°03’～31°17’之间，东西长46.3公里、南北宽25.9公里，由上沙、中沙、下沙、江亚南沙及附近浅水水域组成，东濒东海，西接长江，西南、西北分别与浦东、横沙岛和浦西隔水相望，总面积约420.2平方公里