学校可溯源至创办于1912年的浙江医学专门学校，1958年8月由浙江医学院从杭州分迁至温州建立，初名“浙江第二医学院”，后以校址所在地定名为“温州医学院”，2013年更名为“温州医科大学”，2015年成为浙江省政府、国家卫生健康委和教育部共建高校