-- DBMS: bigquery
CREATE TABLE `isb-cgc-bq.HTAN_versioned.imaging_channel_metadata_r3`
(
  HTAN_Center STRING OPTIONS(description="Name of HTAN Center e.g. HTAN HTAPP"),
  Imaging_Assay_Type STRING OPTIONS(description="Type of imaging assay"),
  HTAN_Image_File_ID STRING OPTIONS(description="Self-identifier for imaging data file - HTAN ID of this file HTAN ID SOP (eg HTANx_yyy_zzz)"),
  image_synapseID STRING OPTIONS(description="Synapse ID of image entity"),
  image_filename STRING OPTIONS(description="Name of image file"),
  Channel_Metadata_Filename STRING OPTIONS(description="Name of channel metadata file"),
  metadata_synapse_file_path STRING OPTIONS(description="Synapse file path of channel metadata file"),
  metadata_synapseID STRING OPTIONS(description="Synapse ID of channel metadata file"),
  lineNum INT64 OPTIONS(description="Row number of channel metadata file"),
  channel_attributes ARRAY<STRUCT<attributeName STRING OPTIONS(description="Name of channel attribute"), attributeValue STRING OPTIONS(description="Channel attribute value")>>
)
OPTIONS(
  friendly_name="HTAN IMAGING CHANNEL METADATA R3 VERSIONED",
  description="Data was extracted from HTAN Synapse projects in April 2023. This table contains channel metadata information associated with images available on dbGaP/SB-CGC phs002371 as of December 2022.",
  labels=[("access", "open"), ("data_type", "file_metadata"), ("program", "htan"), ("source", "htan"), ("status", "current"), ("category", "metadata")]
);

INSERT INTO `isb-cgc-bq.HTAN_versioned.imaging_channel_metadata_r3` (HTAN_Center, Imaging_Assay_Type, HTAN_Image_File_ID, image_synapseID, image_filename, Channel_Metadata_Filename, metadata_synapse_file_path, metadata_synapseID, lineNum, channel_attributes) VALUES ('HTAN HMS', 't-CyCIF', 'HTA7_1_1001', 'syn25882990', 'imaging_level_2/MEL202106/MEL01-1-3.ome.tif', 'imaging_level_2/MEL202106/ZM-147-PCA19C-16-5.csv', 'imaging_level_2/MEL202106/ZM-147-PCA19C-16-5.csv', 'syn26560282', 1, '[{''attributeName'': ''\ufeffChannel ID'', ''attributeValue'': ''Channel:0:0''}
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