Pese a decretar la libertad religiosa en su Reino en el que la Iglesia Católico-Romana pudo compartir incluso templo con los protestantes en el horario que dispusiera la autoridad civil, la licencia papal a sus súbditos para la desobediencia y ocupación de cualquier territorio gobernado por una reina excomulgada como signo de obediencia al Papa, hicieron imposible la convivencia y finalizó con la prohibición de la religión papal en el Reino de Navarra.