Más complicado es aún realizar un diagnóstico diferencial entre la sensibilidad al gluten no celíaca y el denominado síndrome del intestino irritable (SII), ya que ambas entidades presentan una sintomatología similar, siendo en ambas negativos los marcadores serológicos, genéticos de susceptibilidad, así como los hallazgos de la colonoscopia y gastroscopia, que igualmente son negativos.