En el 2005 volvió al club de sus amores: Universidad de Chile, convirtiéndose en el capitán y líder indiscutido del equipo universitario, con quien llegó a dos finales sin poder ganar el título, en el Torneo de Clausura 2005 contra Universidad Católica, donde caen en definición a penales, y el Torneo de Apertura 2006 contra Colo-Colo, donde nuevamente caen en la definición desde el punto penal.