A partir de estudios biofísicos, se propuso que los canales dispondrían de un mecanismo de "compuerta" ("gating", en inglés) que regularía su permeabilidad al agua, y que cada uno de ellos contendría diez moléculas de agua que se desplazarían "en fila india" para atravesar la membrana, tal y como se muestra en las representaciones estructurales y moleculares de las acuaporinas.