Después de completar su entrenamiento y que los Chozo le concediera su nueva armadura, Samus se alistó en la Federación Galáctica en un momento desconocido después de dejar a los Chozo, pero debido a los desacuerdos con su oficial al mando, Adam Malkovich, Samus comenzó a trabajar como cazarrecompensas independiente, y desde entonces solo trabaja con la Federación Galáctica para ejecutar misiones siendo ella muchas veces escogida "debido a sus habilidades superiores y su sentido de la justicia".