Durante la década de los 90, la organización entró en una espiral de represión y radicalización, destacándose capítulos como el asesinato de su líder Ala Mohieddin, posiblemente por fuerzas del Estado, o los atentados que la organización dirigió contra turistas extranjeros (masacre de Luxor en 1997), que dañaron la imagen y economía del país.