El Municipio de Agua Caliente perteneció de 1824 (12 de junio) a 1833 (13 de mayo) al departamento de San Salvador; de 1833 (13 de mayo) a 1833 (21 de octubre) al departamento de Tejutla; de 1833 (21 de octubre) a 1835 (22 de mayo) al departamento de San Salvador; y de 1835 (22 de mayo) a 1855 (14 de febrero) al departamento de Cuzcatlán.