Aunque el juego fue un poco cambiado en historia, ya que sucede después de los acontecimientos de Wolfentein 2009, aparte que B.J en unas partes del juego menciona cosas como los Laboratorios X, o las Granjas de Wolfenstein 2009, aparte que (Spoiler), al final del juego, Fergus nos libera de una Roca que nos cayó encima, y luego con la carpeta de documentos (donde esta las coordenadas del Complejo de Calavera), al final se ve el aeropuerto militar para prepararse para atacar al Complejo de Calavera (y da inicio a "Wolfenstein: The New Order"), Obviando que debería de dar inicio a Wolfenstein 2009, aparte que el Wesley (Agente Uno) está vivo, cuando debería de estar muerto, y muchos dicen que no es un remake como tal, y si lo es, ya que si B.J hubiera escapado del castillo, al volver (como dicen muchos) lo reconocerian inmediatamente y lo asesinarían, aparte que debería de estar acompañado de otro agente.