El Cantón La Troncal está ubicado en el piso altitudinal S Tropical, con temperaturas que oscilan entre 18 °C y 24 °C, los datos climáticos presentados ratifican la presencia de dos estaciones muy marcadas: Época lluviosa (diciembre - mayo) con una temperatura promedio de 25.3 °C , en la que se registra mayor pluviosidad; y la época seca (junio - noviembre) con una temperatura de 23.9 °C en la que se registran menores pluviosidades.