Utilizando las 5 especies de "Clintonia" ("Clintonia andrewsiana", "Clintonia borealis", "Clintonia umbellulata", "Clintonia uniflora" y "Clintonia udensis"), varios representantes de Liliaceae (tales como "Cardiocrinum cordatum", "Medeola virginiana", "Scoliopus bigelovii" y "Scoliopus hallii") y los datos de las secuencias de los genes cloroplastídicos "rbcL" y "matK", se llegó a la conclusión que "Clintona" es monofilético, que consiste en dos clados, uno de Asia oriental y el otro de Norteamérica, y que el género más estrechamente relacionado es "Medeola".