En 1986, mediante el decreto con fuerza de ley 2 del Ministerio de Educación Pública, se dispuso que el Consejo de Rectores estaría integrado por los rectores de la Universidad de Chile, de la Universidad Católica de Chile, de la Universidad de Concepción, de la Universidad Católica de Valparaíso, de la Universidad Técnica Federico Santa María, de la Universidad de Santiago de Chile, de la Universidad Austral de Chile, de la Universidad del Norte, de la Universidad de Valparaíso, de la Universidad de Antofagasta, de la Universidad de La Serena, de la Universidad de Bío Bío, de la Universidad de La Frontera, de la Universidad de Magallanes, de la Universidad de Talca, de la Universidad de Atacama, de la Universidad de Tarapacá, de la Universidad Arturo Prat, de la Universidad Metropolitana de Ciencias de la Educación, de la Universidad de Playa Ancha, del Instituto Profesional de Santiago, del Instituto Profesional de Chillán, del Instituto Profesional de Valdivia y del Instituto Profesional de Osorno.