No obstante, han surgido nuevas controversias, sobre todo alrededor de dos hipótesis alternativas mutuamente excluyentes que están siendo debatidas en numerosos artículos sobre filogenia y evolución de artrópodos: atelocerados (miriápodos + hexápodos) (Wheeler) (cladograma A) frente a pancrustáceos (crustáceos + hexápodos) (Giribet & Ribera) (cladograma B):