Por su parte, los jesuitas, quienes ya tenían el Colegio de San Borja y querían para sí el Colegio Tridentino se interpusieron a la fundación de la nueva institución ya que no les agradaba que ninguna de las otras órdenes regulares - mercedarios, franciscanos y dominicos o el cabildo catedralicio secular tomaran la iniciativa en cuestiones religiosas y educativas.