Gracias a la UA 313, Dark Samus y los piratas espaciales empezaron a atacar con "Leviatanes" (meteoritos gigantescos repletos de Phazon, como los que aterrizaron en Tallon IV y Aether) los puntos claves de la Federación:la refinería de Bryyo, la base espía de Elysia y el cuartel general de Norion.