No obstante nunca dejó de gravitar sobre la política castellana, tutelando tanto la actividad de su hija como la de su yerno (Felipe el hermoso, cuya temprana muerte hacía el equilibrio aún más complicado), y la declaración de locura de Juana que le hicieron retomar el control, como regente en nombre de la reina incapaz y en espera de la mayoría de edad de su nieto Carlos (futuro Carlos I de España).