El 24 de noviembre de 2008, ya en su puesto de presidente, solicitó su desafiliación del Partido Socialista, luego de que el Congreso de ese partido rechazara el veto presidencial interpuesto a los artículos de la ley de salud sexual y reproductiva (que habilitaban la despenalización del aborto) y por no apoyar directamente la candidatura presidencial Astori-Mujica, que el presidente presentara al Frente Amplio.