Pero la obra tuvo problemas bastante mayores con la Inquisición; fue perseguida a causa de sus teorías sobre la concepción y fue prohibida en Portugal (1581) y en España (1583); figura en el "Index" del año siguiente, si bien circulaban bajo cuerda ediciones clandestinas no autorizadas y en español que venían de Leyden (1591), Amberes (Plantín, 1593 y 1607) y de Ámsterdam (Juan de Ravestein, 1652).