En 1591, tuvieron lugar las Alteraciones de Aragón, producidas cuando el ex secretario del rey, Antonio Pérez, condenado por la muerte del secretario de don Juan de Austria, se refugió en Aragón acogiéndose al Privilegio de Manifestación ante lo que el monarca, por su parte, utilizó la jurisdicción del Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición para apresarlo en la Aljafería, que fue asaltada por milicias zaragozanas, lo que provocó un enfrentamiento entre tropas armadas por la Generalidad y encabezadas por el Justicia Mayor, Juan V de Lanuza, y los Tercios reales.