Si bien algunos autores señalan que el topónimo de Cisneros procede de «Cisne», en relación a las aves acuáticas de La Nava —su origen estaría en el francés antiguo "cisne", y este en el latín vulgar "cicinus"—, la teoría más probable es su procedencia del latín medieval "cinisa", que significa ceniza, y este a su vez del latín clásico "cinis, eris".