Rurrenabaque antes de la llegada de los españoles, estuvo habitada por pueblos selváticos y étnicos Arawak, como los tacanas y araonas que se agruparon numerosamente para enfrentar a los pueblos de tierras altas, quienes se adentraron hasta esa región para intercambiar productos como plumas y cueros para su vestimenta, madera y plantas medicinales.