Durante la Guerra Civil de Guatemala -que duró entre 1960 y 1996- Cotzal se vio seriamente afectado por su cercanía a los municipios de la Franja Transversal del Norte, Chajul y Nebaj, que eran codiciados por ambos bandos en conflicto por la riqueza petrolera de la zona, especialmente en la selva de Ixcán.