En la temporada 1961-62 Atlas finalizó en la posición 11 en el torneo de liga, a pesar de tener una temporada irregular y estar peleando el descenso Atlas logró llegar a la final del torneo de copa de la mano del técnico Brasileño Josó Carlos Bauer, la final la disputó ante el Tampico en el Estadio Olímpico Universitario de la Ciudad de México, la final terminó empatada 3-3 y se tuvo que jugar un partido de desempate, el partido de desempate disputado en el mismo estadio lo ganó Atlas 1-0 y con esto ganó su tercer título de Copa.