En el caso de que el jugador escoja a Sonic, Mecha Sonic le ataca con antiguas máquinas de Robotnik procedentes de los juegos anteriores Sonic the Hedgehog (El robot jefe de "Green Hill Zone") y Sonic the Hedgehog 2 (El robot jefe de "Metropolis Zone"), hasta batirse en un duelo mano a mano en lo más alto del Santuario; cuando se logra derrotar a Mecha Sonic, la parte superior del santuario empieza a derrumbarse, obligando a Sonic a saltar a la última torre del mismo que sigue en pie, y recorrer corriendo una pasarela en espiral construida alrededor de la misma, al mismo tiempo que la propia torre va derrumbándose también, acercándose cada vez más a la altura del Death Egg, hasta que al llegar al final de la torre Sonic salta en dirección al Death Egg, logrando sujetarse de ella y colarse dentro mientras despegan hacia el espacio exterior.