En 2004 se firmó el primer contrato programa para potenciar la Misión entre la Universidad de Barcelona, la Universidad Rovira i Virgili de Tarragona y el Institut Català d'Arqueologia Clàssica, impulsores de la Misión juntamente con el Departamento de Cultura y Medios de Comunicación de la Generalidad de Cataluña, aunque desde 2011 tan solo está financiada por la Universidad de Barcelona, el Ministerio español y la Societat Catalana de Egiptología.