Cuando al poco, Escobedo amenazó a Antonio Pérez con divulgar su confabulación a menos que éste apoyara las pretensiones de don Juan de Austria en los Países Bajos y en su intento de invasión de Inglaterra, Pérez temió ser denunciado de traición ante el Rey y ordenó su asesinato, primero mediante intentos fallidos de envenenamiento y, posteriormente, el 31 de marzo de 1578, incidente que tuvo lugar en la calle de San Juan del antiguo barrio de Santiago de Madrid.