Era hijo del brigadier Juan Francisco García de Zúñiga y de doña Francisca Josefa Warnes (hija de Manuel Antonio Warnes), por lo tanto primo hermano -al mismo tiempo que sobrino- de los patriotas Martín e Ignacio Warnes, de Martina Warnes —mujer del teniente de navío Baltasar Unquera— y de Manuela Warnes, primera dama de Chile por ser cónyuge del general José Joaquín Prieto.