Entre las novedades de este "Mega Man 4" se encuentra una nueva arma principal sustituta de la anterior y llamada Mega Buster, que permite cargar y soltar un disparo más poderoso al normal, y también se incluye a Eddie, un robot nuevo ayudante que aparece a veces en algunas pantallas cuya misión es dar objetos tales como tanques de energía, vidas, etc...