Eugenia fue la segunda hija de don Cipriano Palafox y Portocarrero-Idiaquez, XIII duque de Peñaranda, conde de Montijo y de Teba y grande de España, hijo de Felipe Antonio de Palafox Croy, quien también utilizó el apellido Guzmán por herencia de Doña Inés de Guzmán, condesa de Teba.