Pues sobre la zona que actualmente ocupa Santa Lucía Cotzumalguapa, estaba poblada por los kackchiqueles y el área que actualmente ocupa la cabecera departamental, cuyo antiguo emplazamiento estaba ubicado en lo que hoy es el Ingenio Santa Ana, estaba ocupado por indígenas de la etnia pipil de origen mexica y que habían llegado a la zona por órdenes del emperador mexicano Ahuizotl quien estaba interesado en conquistar la zona.