El el siglo XVI la Orden estaba en decadencia por lo que, a petición del duque de Saboya Manuel Filiberto, ambas Órdenes se fusionaron en 1572 según los términos de la bula "Pro commissa Nobis" del papa Gregorio XIII, justo un año más tarde de la batalla de Lepanto, con el ánimo de seguir la lucha contra los infieles.