Miyazaki estuvo fuertemente involucrado con la animación ilustrada a mano en el filme, preferiendo dibujar el océano y las olas él mismo, disfrutando, también, el experimentar sobre cómo expresar esta importante parte de la película.Los detalles en la animación provocaron que "Gake no ue no Ponyo" cuente con 170.000 imágenes individuales, superando cualquier otra película previa de Miyazaki.El nombre de "Ponyo" es una onomatopeya, basado en la idea de Miyazaki de como suena cuando se toca algo blando y suave.