Cuando Yamauchi, presidente de la compañía desde 1949, se retiró el 24 de mayo de 2002, Iwata lo sucedió en el puesto, con la aprobación de Yamauchi, convirtiéndose así en el cuarto presidente de Nintendo, y el primero no relacionado con la familia Yamauchi ni por parentesco ni por matrimonio desde su fundación en 1889.