En las elecciones del 10 de mayo de 1964, que colocaron en la Presidencia de la República al liberal Marco Aurelio Robles Méndez, Endara salió elegido diputado suplente, aunque luego solicitó y obtuvo la nulidad de sus credenciales como legislador electo en protesta por el fraude del que habían sido objeto otros compañeros de lista del PaPa.