Como gobernador le correspondió iniciar las negociaciones y el alto al fuego con los zapatistas, que encabezó el comisionado federal Manuel Camacho Solís, así como llevar a cabo el proceso electoral en que fue elegido su sucesor, y en el que se enfrentaron Eduardo Robledo Rincón del PRI y Amado Avendaño Figueroa por el PRD, culminando con denuncias de fraude y nuevos conflictos políticos.