Después de su ejecución, el cadáver del almirante Egidio Boccanegra recibió sepultura en la capilla de los Mejías del desaparecido monasterio de San Francisco de Sevilla, que fue saqueado, profanado e incendiado por las tropas francesas durante la Guerra de la Independencia Española y, posteriormente, demolido en el año 1841.