Sin embargo el nacimiento de esta nueva entidad federal tenía adversarios muy poderosos en El Salvador, en especial por el hecho en que el armamento de los estados miembros sería conducido y acantonado en la ciudad de Chinandega, constituida en capital federal y en sede del ejército federal, lo cual para muchos militares salvadoreños ponía en desventaja al país frente a una eventual agresión militar por parte de Guatemala.