El principal repositorio de obras de Pérez de Holguín es la Casa Nacional de Moneda en Potosí, entre las que sobresalen los bustos de Mateo el Evangelista y de san Pedro de Alcántara, los retratos de los santos Bernardo de Claraval, Juan de Dios y Luis Gonzaga, un Pentecostés, la excelente Sagrada Familia con san Luis (Luis IX de Francia) y el Nacimiento (fechado en 1701), un san Francisco de Asís (firmado en 1694, que hace par con otro Pedro de Alcántara), y la serie de los cuatro evangelistas de cuerpo entero, firmada en 1724.