En una segunda etapa artística, fray Alberto comienza a combinar diferentes colores y materiales, utiliza pilastras cajeadas con el fin de lograr un mayor relieve, altera los órdenes clásicos, jugando con ellos y mezclándolos, y abre la puerta a la incorporación de ricos retablos con elementos propios del Barroco pleno como modillones y cartelas al tiempo que consiente que todos los muros sean decorados con pinturas.