En 1999 y 2001, TC-PNC participó en el equipo de gobierno del Ayuntamiento de Burgos, en coalición con el PSOE e IU, siendo nombrado Luis Marcos Teniente de Alcalde y concejal de Cultura, mientras Miguel Ángel Álvarez dirigió la concejalía de Hacienda y Belén Güemes la de Juventud.