Es la segunda universidad pública más grande del país, por detrás de la Universidad Mayor de San Marcos, tuvo como predecesora a la Universidad Real y Pontifica Intra calustra, creada por cédula el 22 de enero de 1714 y a la Academia Lauretana de Ciencias y Artes fundada el 10 de diciembre de 1821, a partir de las cuales nació la Universidad Nacional de San Agustín que fue instalada el 11 de noviembre de 1828 pero según la ley universitaria se reconoce la creación de la universidad el 2 de junio de 1827.