Aunque los judíos que continuaban practicando su religión no fueron objeto de persecución por parte del Santo Oficio, se recelaba de ellos porque se creía que incitaban a los conversos a judaizar: en el proceso del Santo Niño de La Guardia, en 1491, fueron condenados a la hoguera dos judíos y seis conversos por un supuesto crimen ritual de carácter blasfemo.