Después de 1500, con la caída del virrey y su fracaso colonizador, Fonseca y sus hombres de confianza, apoyados por los Reyes, especialmente por Fernando, influyeron decisivamente en hechos como la libertad de navegar bajo exclusivo control monárquico y sin intervención colombina (1499), la creación de la Casa de Contratación de Indias (1503), las juntas de navegantes de Toro (1505) y de Burgos (1508), la creación de gobernaciones al margen de los Colón (Darién y Castilla del Oro), o el debilitamiento de los privilegios colombinos.