Las más significativas son las diferencias de contenido y presentación en sí, realizadas para mantener una determinada calificación por edades en "Kingdom Hearts II": la Hidra del mundo de "Hércules (Disney)" libera sangre verde en Japón, mientras que en el resto del mundo desprende humo púrpura; la mira del francotirador de Xigbar remplazó su cruz original por tres círculos; el mismo personaje no combina sus armas para disparar en la edición, sino que dispara solo una; Axel moría originalmente consumido por las llamas de su ataque suicida, y no deshecho en humo negro como el resto de miembros de la Organización XIII; en una escena del Castillo Disney, Donald recibía una patada en el trasero en lugar de una discusión inaudible por parte de Daisy; cuando Will Turner amenaza con suicidarse sujeta la pistola cerca en lugar de apuntar a su cabeza; los piratas de Port Royal sujetan ballestas y no mosquetones, y no pueden salir ardiendo; en el mismo mundo, la última moneda de oro azteca está ligeramente bañada con sangre en Japón, y no limpia como en el resto de ediciones; también se editó la escena en la que Barbosa hiere de muerte a Jack Sparrow y su diálogo de "agradables mujeres" por "agradables compañías".