Hidrológicamente casi todo el territorio pertenece a la "Región Hidrológica Yucatán Norte (Yucatán)" y a la "Cuenca Quintana Roo" de la misma, sólo dos pequeñas porciones del extremo sur del municipio limítrofes con el de Carrillo Puerto se encuentran en la "Región Hidrológica Yucatán Este (Quintana Roo)" y en las cuencas "Cuencas Cerradas" y "Bahía de Chetumal y otras".