Sus aportaciones en este ámbito están recogidas en los seis libros siguientes: "Contribución a la crítica del marxismo cientificista" (1983), donde defiende el marxismo del método y de la subjetividad, con una clara orientación gramsciana, frente a las pretensiones epistemológicas del marxismo estructuralista y cientificista; "La ilusión del método" (1992), que es una defensa del racionalismo atemperado en el ámbito de la teoría del método y la filosofía de la ciencia: reivindica la consideración teórica de la ciencia de Albert Einstein y prolonga la orientación epistemológica abierta por Otto Neurath; "La gran perturbación" (1996), un estudio de las controversias sobre el choque cultural y la visión del otro en la España del siglo XVI, a partir del descubrimiento y la conquista de América y releyendo la obra de Bartolomé de las Casas como un "empirismo herético".