Juan Diego Flórez es hijo del cantante y guitarrista de música criolla peruana Rubén Flórez Pinedo, acompañante de la célebre cantautora Chabuca Granda, y de María Teresa Salom, hermana de Carlos Salom, integrante de una de las bandas de música experimental más reconocidas del Perú en los años 70, Laghonia, así como de la famosa banda de rock peruano We All Together.