Enrique Torres Belón, puntualiza que, legalmente no existe la Universidad de San Carlos de Puno, como se le ha nombrado, en varios proyectos legislativos, la denominación que tiene vigencia legal es la de Universidad de Puno, por su parte Samuel Frisancho Pineda, afirma que la Universidad tomó como su patrono a San Carlos Borromeo, por designación que hizo el General Alejandro Deustua, y concluye que desde su instalación tuvo el nombre de "San Carlos", denominación que es confirmada por José G.