Alfaro ocupó la presidencia ecuatoriana desde el 17 de enero de 1897 hasta el 31 de agosto de 1901, período conocido como «el primer alfarismo», en la cual se priorizó la construcción del Ferrocarril Andino que debía servir de enlace entre las ciudades de Guayaquil y Quito, el progresivo aislamiento de la Iglesia católica con respecto al poder.