En el municipio de Mérida se registran dos tipos de clima, la zona norte y noroeste registra clima clasificado como "Semiseco muy cálido y cálido", el resto del territorio tiene un clima "Cálido subhúmedo con lluvias en verano"; la temperatura promedio anual del tercio sur del territorio del municipio es superior a los 26 °C, mientras que el resto, centro y norte, registra una temperatura promedio inferior a esta cifra; la precipitación promedio anual en la mayor parte del municipio de Mérida, en su zona centro y sur, es de 1.000 a 1.100 mm, después de esta zona sentido sureste a noroeste, se suceden una serie de bandas que promedios inferiores de precipitación, siendo estos de 800 a 1.000 mm la primera, de 700 a 800 mm la segunda, de 600 a 700 mm el tercero, y de 500 a 600 mm la cuarta y última que ocupa el extremo noroeste del municipio.