Su actitud ante el caso, que provocó desórdenes y revueltas en Córdoba, unida al rigor que demostró en la persecución de los conversos, motivó la orden, en 1506, de Felipe el Hermoso de que se suspendiesen todos los procesos del Santo Oficio que se hallasen en curso y subdelegase su cargo en el obispo de Catania, Diego Ramírez de Guzmán.