Los esmeraldas regresaban a primera división para la temporada 1990-1991, dirigidos por Víctor Manuel Vucetich que debutaba en la máxima categoría y dirigió todo el torneo, cumpliendo con una buena labor, quedando el club en sexto lugar con 41 puntos aunque no calificó por ser tercero del grupo 3, Francisco Uribe y Martín Peña destacaron con 13 y 12 goles.