El transporte de mercancías en la Zona Libre de Colón funciona a través de un sistema de transporte multimodal llamado Plataforma Logística Multimodal del Comercio Mundial que integra los puertos marítimos Manzanillo International Terminal, Colon Container Terminal, Puerto de Cristóbal; el Ferrocarril de Panamá; el Aeropuerto Enrique Adolfo Jiménez y la Autopista Panamá-Colón.