El retorno al absolutismo bajo Fernando VII contempló un intento de reactivar los Colegios Mayores, y Santa Cruz fue reabierto el 22 de diciembre de 1816, pero al final de la década de 1830 los colegios volvieron a clausurarse porque no lograron ni la autogestión de rentas propias ni el sólido establecimiento de antaño en el poder.