Ebadí es co-fundadora de dos organizaciones no gubernamentales: la Asociación de Defensa de los Derechos de la Infancia en 1995, de la que fue principal responsable durante cinco años, y el Centro de Defensores de los Derechos Humanos, establecido en 2001 con el fin, de acuerdo con sus estatutos, de proporcionar "defensa legal gratuita a los perseguidos por motivos de conciencia y políticos" y "apoyo a las familias de presos políticos y de conciencia", así como de "informar sobre los casos de violaciones de los derechos humanos en Irán".