Durante la Guerra de la Independencia Española todos los sepulcros del monasterio fueron profanados por las tropas francesas, que buscaban objetos preciosos, siendo el sepulcro del infante Fernando de la Cerda el único que permaneció intacto, por estar situado delante de él el sepulcro de su hijo, Alfonso de la Cerda, que fue profanado junto con todos los demás.