La historia tiene lugar un año después del derrocamiento del emperador visto en "Star Fox Adventures", cuando , sobrino de Andross decide reconquistar el imperio de su tío reuniendo tropas para iniciar una rebelión; ante la amenaza de Oikonny, el , jefe al mando de las defensas del Sistema Lylat, toma cartas en el asunto y decide llamar al equipo Star Fox para terminar con la amenaza, pero tiempo después se da cuenta de que una raza de extraterrestres llamados Aparoides quieren destruir la vida existente en el sistema Lylat, entonces el equipo Star Fox pone frente ante el problema.