Esta situación duró hasta el año 1581 en el que gracias a la desamortización llevada a cabo por Felipe II, Proaza se independizó de la Iglesia, constituyéndose en ayuntamiento el 16 de julio de dicho año, quedando fuera de dicha jurisdicción los cotos señoriales de Llendelafaya y Llinares que serían incorporados en 1827.