Los principales ríos que la atraviesan son el Aragón, que la separa por el este de las Bardenas Reales, y por el sur de la merindad de Tudela, incorporándosea él más al sur a la altura de Funes el río Arga, que cruza la merindad por su parte occidental; y el río Zidacos, que cruza de norte a sur por el centro, hasta que se junta con el río Aragón en Caparroso, después de recibir en su madre diferentes arroyuelos que nacen en las montañas de la Valdorba.