En cuanto a lo que afectaba al reino de Navarra en ella se disponía que la merindad de Estella pasaría a manos del rey de Castilla por lo que pocos días después de darse a conocer la sentencia dos letrados enviados por las Cortes de Navarra se entrevistaron en San Juan de Luz con el rey Luis XI para protestar porque dividía el reino «contra ley y razón» y porque los poderes del rey no le facultaban para ello, «ni podía hacer paz ni guerra, ni aun tregua con ningún príncipe, ni otro hecho grande sin consejo de los Tres Estados y de los sabios varones, conforme a las leyes dél».