Kioto, como destacada ciudad cultural, posee un gran número de museos y centros culturales, de los cuales los más destacados quizás sean el Museo Nacional de Kioto, el Museo Internacional del Manga, el Museo de la Locomotora de vapor de Umekōji o el Museo de Historia Ryozen, a los que habría que añadir el Zoológico municipal de Kioto (el segundo abierto en Japón después del de Tokio).