Protege parches de bosque primario, bosque secundario, manglar, vegetación de playa, ambientes marinos, islas y una laguna de 14 ha, las especies de flora más características dentro del bosque primario son el guácimo colorado, el pilón, el cedro maría, el guapinol blanco, el surá, el guapinol negro, árbol maderable en peligro de extinción, el lechoso, el cenízaro y la ceiba.