El clima es extremoso típico del desierto de Chihuahua, alcanzado las temperaturas de extremas de 44 °C en verano y -14 °C en invierno, sin embargo en Manuel Benavides se encuentra una de las zonas de riqueza ecológica más importantes del Desierto de Chihuahua, donde debido a la altitud, en el Área de Protección de Flora y Fauna Cañón de Santa Elena se da una transición de el desierto al bosque de encinos en una misma montaña, está región es de reciente descubrimiento y forma un ecosistema único en el desierto y es parte de un gran complejo de áreas proteginas binacional, formado además por el Parque nacional Big Bend en Estados Unidos y el Área de Protección de Flora y Fauna Maderas del Carmen en Coahuila.