Tras una profunda crisis a partir de los principios de los años 90 en el seno de movimiento ecologista español, (marcado por profundas diferencias que dieron lugar a la creación de otros partidos nacionales, como Los Verdes Ecopacifistas en 1988 y Los Verdes - Grupo Verde en 1994) los miembros del partido aprobaron su transformación en una confederación de partidos regionales (congreso de Granada en 1995).