Establecido como un área clave del Sistema Arrecifal Mesoamericano, los Cayos y las aguas circundantes fueron declaradas reserva marina en 1994, con la ayuda de la Institución Smithsonian, con el fin de proteger a toda la flora y fauna marinas y terrestres en un área 460 km ² amenazadas por la contaminación, la pesca indiscriminada y el cambio climático.