Durante ese período sostuvo fuertes y duros enfrentamientos con la Cruzada Civilista, que se oponía al gobierno militar de Noriega, del cual Herrera, por su posición e influencia, fue una colaboradora política; de hecho, para la invasión estadounidense en 1989, el General Noriega fue a refugiarse en la casa de Balbina Herrera, a pesar que ésta no estaba en el país.