Juan Gómez «Juanito» falleció en un accidente de tráfico el 2 de abril de 1992 cuando regresaba a la ciudad extremeña de Mérida donde entrenaba al equipo de la ciudad, poco después de presenciar un Real Madrid-Torino, correspondiente a la Copa de la UEFA, muestra de su gran madridismo y afición por el Real Madrid y que suponía también el regreso al Bernabéu de su ex-compañero y buen amigo Rafael Martín Vázquez, que militaba en el equipo italiano.