Del interior de la iglesia, donde existen muchas e interesantes obras de arte, se pueden destacar el magnífico retablo de plata mexicana realizado en 1682 por el platero José Medina en San Luis de Potosí (México), situado en la Capilla del Sagrario; el retablo barroco del siglo XVI de la Capilla de la Virgen de los Milagros, de la escuela de Pedro Duque Cornejo; la sillería del Coro, atribuida a Juan Bautista Vázquez El Joven, y el baldaquino monumental de estilo neoclásico levantado en el centro del presbiterio a finales del siglo XVIII por el reconocido arquitecto local Torcuato Benjumeda.