Toda la segunda mitad del siglo XIX se refleja en la educación la pugna de la Iglesia y el Estado, ya que si bien el Colegio Civil se creó como alternativa al Seminario Conciliar, donde se formaban Eclesiásticos y Abogados, esto se hizo cercenando al Seminario algunas de sus cátedras y buena parte de su biblioteca así como los Académicos que habían sido fruto de aquellos claustros del Seminario.