A partir del gobierno de Néstor Kirchner y con el auge de los precios agrícolas internacionales, la organización se aproxima al gobierno nacional sin dejar de solicitar la definición de políticas estatales para el sector, pero desde la publicación de la resolución 125/08 sobre el aumento de las retenciones a la exportación toman distancia, la cual se incrementa luego de formar la Mesa de Enlace Agropecuaria que finalmente realizara el Paro agropecuario patronal en Argentina de 2008 contra dicha medida.