Los gobiernos de Honduras, El Salvador y Guatemala firmaron un Tratado de Alianza el 18 de julio de 1856, en el que reconocían la presidencia de Patricio Rivas, y se organizaban para «la defensa de su soberanía e independencia».Las fuerzas totalizaban unos 1300 soldados.Costa Rica, que no abandonó la causa antifilibustera, no pudo atender en ese momento el acuerdo debido al estado maltrecho en que se encontraba el país por la peste del cólera y otros problemas políticos en San José.A lo largo del conflicto, los contingentes serían comandados por Mariano Paredes y José Víctor Zavala (Guatemala), Florencio Xatruch y Juan López (Honduras), y Ramón Belloso (El Salvador), quien fue nombrado como general en jefe por Rivas en la ciudad de León.Esta designación provocó posteriores divergencias entre los otros caudillos, principalmente de José María Estrada y el guatemalteco José Víctor Zavala.Al ejército centroamericano se agregarían posteriormente los costarricenses al mando de José Joaquín Mora y José María Cañas.