La vida operativa del cabeza de serie "Cardenal Cisneros" fue extremadamente corta, puesto que el 28 de octubre de 1905, tan sólo tres años después de su entrada en servicio, se hundió, según la versión oficial, a consecuencia de chocar su casco con una roca no señalada en las cartas cuando salía rumbo a Ferrol de la ría de Noya, en las cercanías de la localidad de Muros, a 35 km de Noya, tras abrírsele en el casco una importante vía de agua que fue imposible achicar.