El 29 de junio de 1840 la artillería rebelde bombardea nuevamente San Juan Bautista y ocupa los barrios de "Esquipulas", "La Punta" y parte del centro de la ciudad, el gobernador centralista José Ignacio Gutiérrez tenía sus atrincheramientos en el Fortín de la Encarnación, la calle del Calvario, "El Principal" y la casa de Gobierno, pero los rebeldes federalistas no pudieron tomar la plaza, pero gran parte del centro de la ciudad resulta destruido y quemado.