Esta forma de energía, en ocasiones, posee problemas medioambientales al necesitar la construcción de grandes embalses en los que acumular el agua, que es sustraída de otros usos, incluso urbanos en algunas ocasiones; sin embargo, otra alternativa utilizada, sobre todo en minihidroeléctricas, son las minicentrales al filo de agua, las cuales consisten en la realización de una obra de toma mediante rejillas, compuertas y una estructura desarenadora, en la que se embalsa el caudal de agua necesario para la operación de las turbinas, dejando correr el caudal restante por el cauce natural del río, afectando así mínimamente el entorno.