Su estilo concilliador provocó choques con el expresidente Correa, quien lo acusó que su gobierno no sigue la línea política de su movimiento además, Moreno y el vicepresidente Jorge Glas tomaron distancia, retirándole todas las funciones a este en agosto del 2017, a causa de que pesan sobre este múltiples acusaciones de corrupción e investigaciones por parte de la Contraloría y la Fiscalía.