En la época del Corregimiento, el territorio de Nicoya continuó despoblándose, y para 1684 solamente quedaban en él 702 familias indígenas, distribuidas en las reducciones de Nicopasaya, Nicoya, San Juan de Indiriá, San Pedro de Cangel, Santa Catalina de Nandayure, Santiago de Chira y Santo Domingo de Cabo Blanco.