El sábado 17 de enero de 2009, se dio a conocer la designación —junto a la de otros varios prelados— de monseñor Aguer, como miembro del Consejo Pontificio para la Cultura, un organismo perteneciente a la Curia Romana, cuyos orígenes (de acuerdo a AICA) fueron en los albores del Concilio Vaticano II, pero que fue creado en 1982 por Juan Pablo II.