Hidrológicamente el territorio municipal se encuentra dividido entre dos cuencas, la zona oeste y norte forma parte de la "Cuenca del Río Lacantún" y la zona este de la "Cuenca del Río Chixoy", ambas forman parte de la "Región hidrológica Grijalva-Usumacinta", que ocupa más del 60% del territorio chiapaneco; las principales corrientes del territorio son dos grandes río, al norte el Río Lacantún, que señala su límite con el municipio de Ocosingo y al que fluyen los ríos Jataté, Tzendales, Perlas y Lacanjá, y al este el río Usumacinta, el más caudaloso de México, y límite internacional con Guatemala.