Su hermano, Johan Afzelius (1753-1837) fue profesor de Química en Upsala; y otro hermano, Pehr von Afzelius (1760-1843; el "von" fue añadido cuando se le concedió la condición de Noble), quien llegó a ser profesor de medicina en la Universidad de Upsala en 1801, se distinguió como profesor médico y en la práctica de la medicina.