El crucero se cubre con bóveda de crucería, al igual que los pequeños ábsides laterales y la Capilla Mayor, con el presbiterio y el ábside, aunque aquí la crucería está muy alterada en épocas posteriores con la incorporación de nervios intermedios, unos prominentes medallones en las claves, una profusa policromía y escudos nobiliarios de la familia Mendoza.