Llama la atención la postura del canónigo ante la Guerra contra la Convención francesa (1793-1795), por cuanto, a diferencia del entusiasmo con que en nuestro país se acogió un conflicto que sería considerado por muchos como una nueva guerra de religión, Huarte manifestará continuamente su rechazo hacia estas actitudes: en "Silvano a su hijo que iba voluntario de campaña", poema escrito en 1795, mostrará su repulsa ante esa pretendida "guerra de religión", ya que es el Fanatismo quien "ha inventado esa voz, desconocida en la más pura edad del cristianismo".