El Monasterio de los Jerónimos quedó así descuidado, hasta que los obispos Francisco Landeira y Diego Alguacil ordenaron su restauración y lo cedieron a la Compañía de Jesús en 1878, que lo habilitó para noviciado, colegio, terceronato y residencia de la Compañía, cuya presencia aquí hasta 1980 lo fue durante un siglo, siendo germen de innumerables religiosos jesuitas salidos de la vecindad del propio Guadalupe, localidad esta donde además quedó establecido el importante panteón de los jesuitas murcianos desde finales del siglo XIX.