En 1887 se firmó un concordato con la Santa Sede, en el cual se le otorgaba a la institución eclesiástica el control del sistema educativo colombiano, privilegio que mantuvo hasta la reforma concordataria de 1973, a la vez que le restituía las tierras y bienes que le fueron substraídos durante la desamortización impulsada por los radicales; el gobierno aristocrático de Rafael Núñez pagaría a la Iglesia católica una altísima indemnización, al tiempo que se acrecentaban los problemas sociales y la lucha intestina entre liberales y conservadores, evento conocido como la Guerra de los mil días.