Tras un mal Inicio de Campeonato del 2016, no consiguiendo un triunfo en 17 fechas (Consiguió su primer triunfo de aquel torneo en la Jornada 18 tras imponerse por 3 goles a 1 a su similar de Santiago Morning).El Cuadro de la Cuarta Región tuvo que pelear el descenso en la última fecha, para no irse a Segunda División Profesional, ganando por 4 goles a dos a costa de Barnechea y de esta manera Coquimbo Unido mantenía la Categoría.