Revisiones profundas y recientes de su clasificación, basadas en métodos moleculares modernos, demuestran que "Blastocystis" efectivamente no es un hongo, sino un protista (un eucarionte que no es ni hongo, ni animal ni planta) del mismo grupo (los apicomplejos) al que pertenecen las especies de Plasmodium, que producen las diversas formas de malaria.