Lo que hoy es el municipio El Nayar era originalmente una subprefectura del Territorio de Tepic, denominada como Subprefectura de La Sierra, siguió como tal al constituirse el estado de Nayarit en 1917, finalmente en 1939 por decreto del gobernador Juventino Espinosa Sánchez se creó el municipio, aunque sería hasta el año de 1944 en que recibió oficialmente el nombre El Nayar y su cabecera municipal se fijó en Jesús María.