Dirigir el adiestramiento, programación y proyección de todas las acciones vinculadas al eventual uso del personal naval para sus principales tareas (defensa del territorio y soberanía nacional, garantizar la seguridad interior e instrumentar el Plan Marina en caso de desastres); vigilar e inspeccionar el cumplimiento de las leyes mexicanas y el Derecho marítimo internacional en el mar territorial y la zona económica exclusiva; dirigir a la armada en caso de guerra; administrar las relaciones y derechos laborales del personal civil y naval que trabajen para ella; encabezar la seguridad marítima en cuanto a salvamento, búsqueda y rescate se trate; dirigir la industria naval del país; inspeccionar la construcción, conservación y disposición de toda la infraestructura naval requerida para el cumplimiento de sus obligaciones, incluyendo el asesoramiento para las vías de comunicación civil que tengan un eventual uso para la defensa; asesorar a otras secretarías cuando, en el ejercicio de sus funciones, este de por medio la seguridad nacional; dirigir los sistemas navales de educación y salud; administrar el sistema de justicia naval; comandar la guardia costera; supervisar y salvaguardar las embarcaciones mercantes y de pasajeros; fomentar e instrumentar trabajos de desarrollo científico o tecnológico vinculados al mar; y vigilar la conservación de las áreas naturales protegidas.