El Centro Nacional de Coordinación Antiterrorista, tuvo una estructura de carácter profesional no política, que dependió orgánicamente del Secretario de Estado de Seguridad del Ministerio del Interior y estuvo formado por miembros del Cuerpo Nacional de Policía (CNP), de la Guardia Civil, funcionarios de Instituciones Penitenciarias, por militares escogidos por su carrera y conocimientos así como por personal del Centro Nacional de Inteligencia (CNI).