Sin embargo, como GCC no proporciona su propia biblioteca C de tiempo de ejecución, el compilador C de MinGW tiene como objetivo la antigua Biblioteca de tiempo de ejecución de C Visual de Microsoft, MSVCRT, que fue lanzado en 1998 y por lo tanto, no incluye soporte para funciones de C99 (menos aún C89); mientras el estar dirigido a MSVCRT supone producir programas tan nativos como es posible, la falta de apoyo de C99 ha causado problemas de portabilidad, particularmente en lo concerniente a los especificadores de conversión de estilo printf.