Debido a la costosa e intermitente guerra contra los araucanos (nombre que dieron los españoles a los mapuches), la Capitanía General de Chile nunca tuvo el control efectivo sobre los territorios australes, pero sí se realizaron fundaciones en la Isla Grande de Chiloé, en 1567 Martín Ruíz de Gamboa la conquistó y fundó Castro en febrero de ese año por orden del gobernador de Chile, Rodrigo de Quiroga.