En marzo de 1840 Morazán deposita el cargo de jefe supremo en el vicejefe José María Silva y se dispone a invadir Guatemala con un ejército compuesto por 1400 hombres, con el cual llegó hasta la propia ciudad de Guatemala donde logró tomarse la plaza pública, sin embargo luego las tropas de Carrera los sitiaron y los obligaron a replegarse hasta el territorio salvadoreño, tras lo cual las tropas del general Francisco Cáscaras se sitúan cerca de la frontera salvadoreña; ante esto y para ya no ocasionarles más problemas al territorio salvadoreño, Morazán decide renunciar por completo al gobierno y embarcarse hacia Sudamérica, e igualmente lo hace Silva el 5 de abril por lo al quedar acéfala la jefatura del estado la municipalidad de San Salvador presidida por el alcalde 1° Rafael Francisco Osejo se hace cargo del gobierno hasta el 15 de abril de ese mismo año en que el concejero Antonio José Cañas (a quién el concejo municipal de San Salvador había designado como jefe supremo provisional) llegó a la capital.