En 1967 ingresó a la Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas de la Universidad de Concepción, donde se convirtió en el primer presidente de la federación de estudiantes de la facultad en militar en el Movimiento de Izquierda Revolucionaria (MIR), al que Goñi ingresó ese mismo año tras participar en el Movimiento Universitario de Izquierda (MUI).