La principal corriente del municipio es el río Conchos, el mayor del estado de Chihuahua, que cruza el municipio de oeste a este, en el límite exacto de San Francisco de Conchos con el municipio de Valle de Zaragoza se encuentra la cortina de la Presa de la Boquilla, la presa más grande del estado de Chihuahua y aguas abajo de ésta, en el centro del municipio se encuentra otra presa que forma el Lago Colina que constituye un balneario; todo el municipio pertenece a la "Región hidrológica Bravo-Conchos y a dos diferentes cuencas, la zona occidental a la "Cuenca río Conchos-Presa de la Colina" y el sector oriental a la "Cuenca río Conchos-Presa El Granero".