Sin embargo, a principios del siglo XIII, el monasterio de San Millán atravesaba un periodo de decadencia de su antiguo esplendor, que el poeta intentó combatir con sus escritos, que fomentaban la devoción, las peregrinaciones y las donaciones en torno a las reliquias de los santos que celebra y que conservaba el monasterio; debió fallecer ya a mediados el siglo XIII, después de 1264.