Entre 1999 y el año 2000, la ciudad se enfrentó a una política de traslado de actividades administrativas y gubernamentales hacia Tarapoto, 80 km al SE; situación que concluyó en un profundo conflicto social con alborotos que dejaron una víctima mortal, varios heridos, pérdidas económicas, destrucción del local del Gobierno Regional en Moyobamba, saqueos, bloqueo de carreteras, y ante el riesgo de desmembramiento de la región en entidades independientes una de la otra; la situación se resolvería en el año 2006 con el retorno de las sedes de entidades estatales a la ciudad.