Este plan nunca fue aprobado, (solo se autorizó la enseñanza de filosofía) y tropezó con la oposición de figuras como Camilo Torres, quien, como asesor de la Audiencia Real, estuvo en desacuerdo con que se autorizara a los franciscanos a abrir universidad en Medellín: esto contravenía la cédula real, que se había limitado a autorizar la apertura de escuela de primeras letras y clases de gramática, y además Torres encontraba los planes de estudio defectuosos, por su carácter escolástico y su espíritu de partido.