Finalmente, durante el movimiento de Independencia, al ser capturado el generalísimo José María Morelos y Pavón y sometido a los juicios eclesiástico, militar y civil, como parte de su sentencia, se le condena a ser fusilado en las afueras de la capital el 22 de diciembre de 1815 en la Casa de Virreyes en San Cristóbal Ecatepec.