Uno de los principales personajes de la masonería centroamericana es el general liberal hondureño [[Francisco Morazán]], a pesar de que él mismo no fue Masón -puesto que murió fusilado en 1842, mientras que la primera logia centroamericana se fundó en 1865.El gobierno liberal que impuso en la Federación Centroamericana se caracterizó por atacar los intereses económicos y políticos de la Iglesia Católica, la cual estaba íntimamente ligada al poder estatal y a los miembros del grupo conservador del [[Clan Aycinena]].