El gobierno de la institución estaba en manos de un Rector (máxima autoridad) y tres Consiliarios, elegidos anualmente por los colegiales reunidos en asamblea o "Capilla"; dada la importancia que para la independencia colegial tenía la buena administración económica, una de sus funciones más importantes era custodiar las cuatro llaves del arca donde se guardaba el dinero y, en definitiva, manejar las rentas.