En 1562, en Alcalá, se cayó por las escaleras persiguiendo a una sirvienta, golpeándose en la cabeza; tras probar muchos tratamientos diferentes, incluyendo el acudir al curandero Pinterete y a poner a los pies de su cama la momia de fray Diego de Alcalá, finalmente Vesalio le realizó una trepanación, operación muy arriesgada que le trajo secuelas, pues se acrecentó su crueldad y sus excentricidades.