Las complicaciones relacionadas con la tiroiditis de Hashimoto normalmente son consecuencia de no realizar un diagnóstico temprano de hipotiroidismo, no ajustar adecuadamente la dosis de levotiroxina, el incumplimiento de la medicación por parte del paciente o no detectar ciertas enfermedades asociadas que dificultan la absorción de la levotiroxina, como la enfermedad celíaca.