La cabecera del departamento es la homónima Mercedes (llamada hasta 1835 por el topónimo guaraní "Pay Ubre" o también "Paiubré", que significa "el que más come de las entrañas" aplicándose al río Corriente se interpretaría por "el que más se alimenta de sus aguas en su mismo interior", esto se debe a que en su último atrincheramiento los guaraníes caracarás, antiguos habitantes de la zona, se agruparon en Rincón de Aguaí, lugar que estaba bañado por el curso de agua que ellos llamaban "Paiubré" una de las tantas divisiones del caudaloso río Corriente.