Sin embargo, Ensenada cuenta en sus terrenos desde los solitarios parajes del Valle de los Cirios hasta el agonizante Cañón de Doña Petra con una gran biodiversidad nativa: murciélagos mula u orejón norteamericano, ardilla de California, serpiente de cascabel, tortuga del desierto, saltamontes, rana pacífica de árbol, culebra ojo de gato, liebre de cola negra de California, caballito del diablo, cormorán de Brandt, rata canguro de Merriand, rata cambalachera, ratón de abazones, ratón de cactus, tiburón ballena.