La causa de las cardiopatías congénitas pueden ser genéticas o alguna alteración ambiental que influye en el desarrollo de los órganos, entre estas últimas se puede citar la infección por el virus de la rubeola durante el embarazo, el consumo de alcohol por la madre, la diabetes materna y ciertos fármacos tomados durante el embarazo como la hidantoína, sales de litio y talidomida.