Sin embargo, los enfrentamientos no cesaron, por lo que el presidente Nicolás Bravo, masón escocés, prohibió por un breve periodo las sociedades secretas, prohibición destinada a las logias yorkinas y del Rito Nacional Mexicano, todas ellas más liberales; pero, debido a un rápido movimiento del Gran Maestro del Rito Yorkino, Lorenzo de Zavala, las logias yorkinas abatieron columnas (se disolvieron) y denunciaron a las escocesas, obligando de esta manera al gobierno a disolverlas; el Rito Nacional Mexicano escapó a esta persecución, y siguió trabajando en secreto.