En mayo de 2016, Bignone fue encontrado autor responsable del delito de asociación ilícita en el marco del denominado “Plan Cóndor” y autor mediato de privación ilegítima de la libertad cometida por funcionario público con abuso de sus funciones o sin las formalidades prescriptas por la ley, por lo que fue condenado a 20 años de prisión e inhabilitación especial por el doble de tiempo de la condena.