Esta institución como su nombre lo indica, imponía tanto al encomendero como al encomendado, deberes mutuos que jamás se cumplieron por parte de aquel, que estaba obligado a alimentar a sus indios, cuidando de su salud y de su educación civil y religiosa; al paso que el último debía ayudar a su señor en las tareas y labores de sus cultivos y granjerías; pero el poblador exigía demasiado de las fuerzas del indio, olvidando su doctrina y su alimento, y éste exasperado o temeroso, se alzaba contra el encomendero, o le abandonaba refugiándose en la aspereza de las montañas; sin que las repetidas instrucciones del monarca, ni las evangélicas amonestaciones de los religiosos, bastasen a contener tamaño mal, traspasando por una y otra parte, los límites que la institución de encomiendas prefijaba, con daño notorio de la nueva colonia.