Han pasado seis años después de los eventos del final de la serie, y los agentes especiales Fox Mulder y Dana Scully están haciendo su vida: el agente Mulder está aislado y sigue buscando recortes o información de ovnis, y la agente Scully se desarrolla totalmente en la medicina y trabaja como doctora en un hospital católico, donde tiene un caso de un niño llamado Christian, postrado con meses de vida que padece de un mal terminal cerebral llamado Enfermedad de Sandhoff, al cual hace lo posible por salvar.