Su primer partido con el club luso fue un amistoso frente al Atlético de Cacém, Mati marcó el segundo de los tres goles del club e inmediatamente comenzó a dar que hablar, fue uno de los mejores en la derrota de su equipo frente al Feyenoord de Holanda, y luego en su debut oficial en Portugal marcó su primer gol, esta vez frente al Vitoria SC en el empate 2-2 cabe destacar que Fernández solamente llevaba 30 segundos en cancha, Paulo Bento su entrenador, le daba la confianza de la titularidad, Matías en tanto se adaptaba rápidamente al fútbol portugués, y el 18 de agosto de 2009 Matías tendría uno de sus mejores partidos en Europa, precisamente frente a la Fiorentina de Italia, en el partido clasificatorio a la fase de grupos de la Champions, fue reconocido por los hinchas quienes se deleitaron con la clase del "14" y aplaudieron cada movimiento entre ellos una tijera y una rabona, pero a pesar de su buen cometido, el encuentro acabaría 2-2 y en el partido de vuelta el club italiano se quedó con la clasificación tras el empate 1-1 por la diferencia de gol.