El 16 de noviembre de 2006 el juez Roberto Timbal lo sometió a proceso y a prisión preventiva junto al ex dictador Juan María Bordaberry por los asesinatos de los legisladores Zelmar Michelini y Héctor Gutiérrez Ruiz y del matrimonio de refugiados políticos, exmilitantes del Movimiento de Liberación Nacional-Tupamaros, Rosario Barredo y William Whitelaw, asesinados en mayo de 1976 en Buenos Aires.