El río sufre por tres fuentes principales de contaminación: los hogares y la eliminación de las aguas residuales municipales; la erosión del suelo resultante de la deforestación para dar paso a la agricultura, junto con el lavado de los derivados químicos de los fertilizantes, herbicidas y pesticidas; y la escorrentía de la actividad comercial y de los polígonos industriales.