Invierno 1999 nuevamente se integró un plantel con jugadores como Samuel Mañez, Christian Morales, José Enrique García, y Martín Rodríguez nombrando a Juan Álvarado Martín como entrenador, en el torneo la trinca de nuevo dominó, obteniendo el segundo lugar general con 35 puntos y registrando 14 juegos invictos; en liguilla se enfrentó de nuevo en cuartos a La Piedad al que derrotó con 1-1 la ida y 2-0 la vuelta; En semifinal ante Zacatecas al que venció en la ida 1-0 y de nuevo aparecía el mal presagio de las dos semifinales pasadas, en la vuelta Irapuato por fin llegó a la final al empatar en sufrido duelo 1-1.