En diciembre de 2007 fue designado para dirigir a Boca Juniors tras la no renovación del contrato de Miguel Ángel Russo, quien dejó el cargo al no querer modificaciones en su cuerpo técnico, a pesar de haber conseguido la Copa Libertadores 2007 en su primer año en el club, y el subcampeonato del mundo en el Mundial de Clubes 2007.