Por su cercanía a la frontera, durante gran parte del conflicto bélico en la región (1966 - 1989), Ondangua fue un importante centro de operaciones militares de las fuerzas sudafricanas, contando con una base aérea así como sirviendo de cuartel general de los batallones 53 y 101 del ejército —el 101 compuesto en su totalidad de nativos ovambo.