Las causas más frecuentes de diarrea no infecciosa incluyen la enfermedad celíaca, la sensibilidad al gluten no celíaca, alergias alimentarias, intolerancias alimentarias (como la intolerancia a la lactosa o a la fructosa), el síndrome del intestino irritable, la enfermedad inflamatoria intestinal, el hipertiroidismo y los efectos secundarios de ciertos medicamentos.