Mientras el Musters es de origen tectónico y tiene una profundidad media de 20m, el lago Colhué Huapi es muy poco profundo (2 m promedio), presenta una muy alta turbidez en sus aguas por una elevada concentración de sedimentos suspendidos, debido fundamentalmente a la acción eólica, y puede considerarse un lago argilotrófico por su nivel de nutrientes y sedimentos inorgánicos.