El instituto edita la serie "Cuadernos Valencianos de Historia de la Medicina y de la Ciencia", en la que se han publicado 52 volúmenes de monografías, textos clásicos y repertorios bibliográficos; la revista "Cronos", especializada en historia de la ciencia; la colección de monografías y textos del Seminario de Estudios sobre la Ciencia; y la serie «Clásicos españoles de la Medicina y la Ciencia» en formato CD.