Siguió un largo período de decadencia, en el que se colocan las excavaciones al cementerio paleocristiano que está alrededor de la basílica con el fin de encontrar los así llamados "Corpi Santi" (reliquias de mártires o presuntos tales), y, en el 1669 se tomaron materiales que fueron usadas en la reestructuración barroca de la catedral.