De regresó a Lima a principios de 1561, como procurador legal de los indios del Perú, continuó luchando contra las pretensiones de los encomenderos de perpetuar el sistema de la encomienda, recorrió durante el año 1562 parte del virreinato peruano desde Lima hasta La Plata asistiendo a numerosas juntas con los caciques para tratar el negocio de la compra de la perpetuidad de las encomiendas junto al Lic.