Hijo de Joaquim Fernándes de Pinto, nacido en España pero de origen portugués, proveniente de una de las familias más antiguas y nobles de Portugal, y de la española Mercedes Díaz de la Puente y Darrigrande, fue un caso especial entre sus coetáneos: provenía de un hogar de padres nacidos en la península ibérica, algo poco común para la época, puesto que la mayoría era descendiente de criollos.