En este intervalo de tiempo, Tomás Cipriano de Mosquera mantuvo su hostilidad hacia la Iglesia Católica, a la que consideraba aliada del gobierno conservador, declarando que serían las autoridades civiles las encargadas de los derechos de tuición, que autorizaba a los gobernantes a nombrar a las autoridades eclesiásticas, expulsó nuevamente a los Jesuitas que habían retornado al país con el apoyo de Mariano Ospina Rodríguez y declaró la expropiación de bienes de manos muertas, quitándole a las autoridades religiosas el manejo de amplias extensiones de la tierra cultivable en el territorio nacional.