La idea, inicio y administración del proyecto de este jardín botánico está a cargo de la Corporación Parque y Centro Cultural Botánico Chagual, que es una Corporación Cultural Municipal sin fines de lucro creada en septiembre de 2002 e integrada por el Ministerio de Vivienda y Urbanismo, el Parque Metropolitano, la Municipalidad de Vitacura (quien la preside), el Instituto de Investigaciones Agropecuarias, la Fundación Chile y la Corporación del Patrimonio Cultural de Chile.