No obstante las necesarias obras de repretensado de las vigas de soporte, recuperación estructural e impermeabilización de la cubierta del edificio, el arquitecto y antiguo director del Museo, Júlio Neves, determinó un cambio en el piso original, que había sido escogido inicialmente por la arquitecta Lina Bo Bardi, además de la instalación de un segundo elevador, la construcción de un tercer subsuelo y la sustitución de los espejos de agua por jardines.