Se convertía el nuevo museo en heredero de un proyecto, iniciado en la segunda década del siglo XX con la puesta en marcha de un museo diocesano en dependencias del Palacio Episcopal, que fue totalmente desalmado víctima de la contienda, parte de cuyo patrimonio logró salvarse gracias a la intervención de la Junta del Tesoro Artístico durante el conflicto y, posteriormente, de los miembros del Cabildo y la Junta de Recuperación.