También consta que, aunque el convento seguía siendo su casa a pesar de la exclaustración, a finales del XIX entre 1888 y 1891, los traslados a Palos fueron más frecuentes y su estancia era más prolongada en el tiempo, todo ello con el consentimiento de la Diputación provincial que era la que tutelaba los destinos de La Rábida en aquella época.