El edificio quedó totalmente destruido a causa de un terremotoocurrido en 797 según Pablo el Diácono.Finalmente y de acuerdo con el relato del historiador Tommaso Fazello, terminó por derrumbarse el 19 de diciembre de 1401.Los vestigios del peristilo se utilizaron para construir una capilla bizantina.Fue el propio Fazello quien redescubrió las ruinas del templo a mediados del siglo XVI.Entre la Edad Media y el siglo XVIII, sus restos fueron parcialmente utilizados como material de construcción para las actuales ciudades de Agrigento y el puerto de la cercana Porto Empedocle.En 1787, Goethe visitó las ruinas del templo y escribió en su diario "Viaje a Italia" la siguiente descripción: