Sisoguichi fue fundado en el año de 1676 por el sacerdote jesuita Antonio Oreña como una misión para evangelizar y asentar a los indígenas tarahumaras o rarámuris que poblaban la región, pronto se convirtió en una de las principales misiones de la zona, dándole el carácter eminentemente religioso que tiene hasta el día de hoy, donde la misión jesuita es parte principal del pueblo.