El gobierno del municipio de Mérida le corresponde al Ayuntamiento, el cual también es denominado "Comuna", estando integrado por un total de 19 regidores, de los cuales el primero ejerce el cargo de Presidente Municipal y el segundo el de Síndico, once regidores son electos por el principio de mayoría relativa y ocho por el de representación proporcional; todos son electos mediante sufragio universal, directo y secreto para un periodo de tres años con posibilidad de reelección por un término más.