Flores Chaviano ha realizado una importante labor como director musical y fundador de diferentes agrupaciones instrumentales y vocales como el Ensemble de Segovia, el grupo Sonido Trece, el Cuarteto Fin de Siglo, la agrupación Trova Lírica Cubana de Madrid y la formación Capilla Musical Esteban Salas, con sede en Madrid e integrada por cantantes y pequeño conjunto instrumental, centrada en rescatar y dar a conocer la música de Esteban Salas y la obra musical colonial hispanoamericana.