Al tratarse de un producto fermentado con microorganismos típicos de las diferentes zonas donde se le prepara, su proceso de fermentación presenta particularidades regionales o étnicas; la fermentación inicia preparando una base de levadura procedente de los residuos de pulques anteriores, y se les deja reposar de ocho a treinta días, en función de la temperatura y de los cambios estacionales, por lo que en esas levaduras se han podido encontrar unos quince microorganismos, entre bacterias y levaduras, en la masa para la fermentación, entre ellos: