Los plásmidos son diseñados para producir un producto proteico en el cual el dominio de unión al ADN (en inglés, "DNA-binding domain" o BD) es fusionado con una de las proteínas mientras que otro plásmido es diseñado para producir un producto proteico en el que el dominio de activación ("activation domain" o AD, en inglés) es fusionado con la otra proteína a estudiar.