El 19 de enero de 1881 fue nombrado jefe político y militar de El Callao, siendo ascendido además a contraalmirante y el 4 de marzo de 1881 se le confirió el gobierno militar y político de la zona de ocupación, administrando los territorios ocupados en el Perú, y también fue nombrado comandante en jefe del ejército chileno de ocupación para manejar las próximas operaciones militares.