Sin embargo, en 1538, ante el alarmante estado en que se encontraba la edificación por lo atrevido de sus bóvedas y la baja calidad de la piedra empleada, se acudió al "más grande maestro que había en Castilla de fama", Diego de Siloé, maestro de la Catedral de Granada, que aconsejó la sustitución de aquellos pilares por unos nuevos soportes (columnas) que serían dibujadas por Jerónimo Quijano, Maestro Mayor del Obispado de Cartagena.