La primera unidad es una proteína transmembranal insoluble en agua que cuenta con hasta ocho tipos diferentes de subunidades y que solubilizada es capaz de hidrolizar el ATP sin sintetizarlo mientras que la segunda unidad es una proteína de membrana periférica soluble en agua, compuesta de cinco tipos diferentes de subunidades, que se disocian fácilmente y reversiblemente a partir de F0 por tratamiento con urea.