El nombre de San Francisco que se dio a este brazo del Jubones, se debió a que Don Francisco Serrano, trabajó el desvío del río frente a la hacienda de Santa Rita, constituyéndose el llamado río San Francisco, que incursionó como un gran lago entre Machala y el Guabo, a costa de muchas haciendas, que fueron arrasadas y suprimidas por el eterno devastador de riquezas agrarias.