En "Batman Eternal", la historia comienza cuando Gordon es engañado para dispararle a un sospechoso desarmado en una estación de tren subterráneo, lo que resulta en un descarrilamiento del tren y la detención de Gordon.Mientras estuvo encarcelado, a Gordon lo visita su hijo,quien hace los arreglos para dejar abierta la celda de su padre y brindarle la oportunidad de escapar de Blackgate, creyendo que las acciones de su padre son el resultado de que él al menos reconoce inconscientemente el, la 'verdad' de que Gotham está más allá de la salvación y sus intentos de ser un héroe no tiene sentido.Sin embargo, a pesar de sus dudas, Gordon decide permanecer en prisión, concluyendo que Gotham todavía vale la pena ahorrar y simplemente está pensando que podría estar envejeciendo y cometió un error.Aunque los villanos como el Pingüino intentan atacar a Gordon mientras están en prisión, Gordon usa el ejemplo de Batman para inspirar temor en sus "compañeros de prisión" con un mínimo esfuerzo hasta que es liberado cuando comienza el asalto final a Gotham, procediendo a reunir a todos los de Gotham para resistir, levántate y recupera su ciudad para ayudar a Batman por todo lo que él ha hecho por ellos.