En la Concacaf Liga Campeones edición 2009, con una plantilla plagada de jóvenes, el Atlante se alzó nuevamente como campeón absoluto del área, en el torneo superó fácilmente la etapa de grupos por encima del Olimpia Hondureño, luego con solvencia y tras un cuatro a uno global eliminó al Houston Dynamo, después al Santos Laguna en una semifinal muy apretada y se alzó con el título ante el Cruz Azul al cual venció a domicilio con un contundente dos a cero, marcador global que sostuvo en la vuelta en casa sin muchos problemas, de modo que en Cancún, nueva casa del Potro, se celebró un nuevo campeonato en menos de dos años.