Durante la Guerra del Pacífico, el palacio fue ocupado por las tropas del ejército chileno que, al mando del contraalmirante Patricio Lynch, irrumpieron en la ciudad de Lima, desde el 17 de enero de 1881 hasta el 23 de octubre de 1883, cuando el gobierno provisorio de Miguel Iglesias, con sede en el norte, firmó el Tratado de Ancón.