CONAHEC se fundó en 1994 en coordinación con las organizaciones nacionales de la educación superior de la región, entre las que destacan la Asociación Nacional de Universidades e Instituciones de Educación Superior (ANUIES) de México, el American Council on Education (ACE), la American Association of Community Colleges (AACC), la Association of Universities and Colleges of Canada (AUCC) y la Association of Canadian Community Colleges (ACCC).