Poco antes de la muerte de su hermano, Anastasio fue elegido presidente por primera vez el 5 de febrero de 1967, derrotando al candidato presidencial de la Unión Nacional Opositora (UNO), Fernando Agüero Rocha (conservador), debido a la Masacre de la avenida Roosevelt de Managua dos semanas antes el 22 de enero, en la cual la GN disparó contra una manifestación de la oposición en la que hubo varios muertos (que hasta hoy no se sabe su número exacto) y él asumió el poder el 1 de mayo de ese mismo año, además de estar a cargo de la jefatura de la Guardia Nacional en diferentes períodos, en el Estadio Nacional General Somoza (hoy es el Estadio Nacional Denis Martínez), bajo estrictas normas de seguridad, debido a la existencia de la guerrilla Frente Sandinista de Liberación Nacional FSLN, fundada en 1961 por Carlos Fonseca Amador, hijo de Agustina Fonseca y Fausto Amador, administrador de los bienes de familia Somoza.