La propia fundación de la Ciudad de los Reyes trajo como consecuencia la caída de la población aborigen, las guerras civiles de los primeros años de la conquista, las enfermedades importadas, la pérdida de tierras y los desplazamientos de población, las reducciones, la construcción y reconstrucción de Lima a raíz de los sismos, los elevados tributos, la imposición de nuevas costumbres, la mala alimentación, etc.