El 16 de junio de 2003 tomó posesión del cargo de Fiscal Jefe de la Corte Penal Internacional, después de haber sido elegido .Realizó investigaciones bajo su dirección concentradas en los abusos cometidos por el Ejército de Resistencia del Señor en Uganda, en la región sudanesa del Darfur y en la República Democrática del Congo, después de la paz que puso término a la Segunda Guerra del Congo.