El auge protestante se ha visto facilitado por el debilitamiento de la religión católica en el país, el cual ha sido un proceso largo que ha sido influenciado principalmente por cuestiones políticas locales: las reformas borbónicas del siglo que iniciaron el debilitamiento del poderío de la iglesia sobre la corona española, las órdenes regulares de la Iglesia católica habían sido expulsadas del territorio centroamericano en 1829 por los liberales comandados por Francisco Morazán, pero retornaron en 1840 luego de la victoria del general Rafael Carrera; el clero secular, por su parte, no fue expulsado, pero se le retiró el diezmo obligatorio, lo que lo debilitó considerablemente.