Su forma activa, el pirofosfato de tiamina o difosfato de tiamina, es sintetizada por la enzima tiamina-pirofosfoquinasa, la cual requiere tiamina libre, magnesio y ATP (trifosfato de adenosina) y actúa como coenzima en el metabolismo de los hidratos de carbono, permitiendo metabolizar el ácido pirúvico o el ácido alfa-cetoglutárico.