Paralelamente, como campeón de torneo de 1999, el club disputó la Copa Libertadores 2000 enfrentando a River Plate, a Atlas y a Atlético Nacional en el grupo 4: la «U» cayó de visita por 1-3 y empató 1-1 con los argentinos como local; empató sin goles en México y derrotó en Chile por 3-2 al cuadro azteca; y goleó en Santiago por 4-0 y perdió afuera por 1-4 frente al club colombiano.