En total comprenden más de 21.000 fondos museográficos, cuyo desglose por secciones es, en orden alfabético: África: 3.800; América: 2.600; antropología física: 4.600; Asia: 1.700; Europa: 2.600; Filipinas y Oceanía: 4.500; y prehistoria: 1.600 (depositados en el Museo Nacional y Centro de Investigación de Altamira).