El Ministerio Público inició en 2016 una investigación —que, dirigida por el fiscal Pablo Gómez, fue formalizada por el Octavo Juzgado de Garantía de Santiago el 19 de octubre de ese año— contra Marco Enríquez-Ominami por su presunta implicancia en el «caso SQM», relativo al financiamiento irregular de la política por parte de la empresa minera Sociedad Química y Minera de Chile (SQM), mediante la emisión de facturas «ideológicamente falsas»; en particular, la acusación de la Fiscalía incluye tres boletas emitidas por el asesor de Enríquez-Ominami, Cristián Warner, por un total de CLP 391 millones.