En la fecha 11 del Torneo Clausura 2006 tras el cese de Hans Westerhof como entrenador del Guadalajara José Manuel de la Torre por fin recibió la oportunidad de poder dirigir a un club, el cual fue el club que lo vio nacer futbolísticamente, se estrenó el sábado 18 de marzo y su debut no pudo ser mejor, al vencer con marcador de 1-0 al Cruz Azul, en ese torneo llevó al equipo hasta la liguilla, siendo eliminados en semifinales por el Pachuca equipo que a la postre sería el campeón de dicho certamen.