La posterior y taxativa negativa del rey a las pretensiones de don Antonio de Mendoza (1550), nombrándole Virrey del Perú, un ascenso envenenado, supone el final de la carrera americana de don Francisco de Mendoza, su hijo, quien aún estará a punto de participar en una armada contra Gonzalo Pizarro (1547), y realizará una relación geográfica del Virreinato del Perú y Cerro del Potosí, hoy perdidas (1552) por la que debería haber pasado a la posteridad como geógrafo de las Indias.