Como líder del FPMR Autónomo, el 21 de octubre de 1988 el «comandante José Miguel» participó directamente de las acciones programadas como inicio de la Guerra Patriótica Nacional, instancia que el mismo había impulsado, y que consistía en las tomas de las localidades rurales de La Mora, Aguas Grandes, Pichipellahuén y Los Queñes.