En 1537, una vez que la nueva ciudad tuvo las condiciones mínimas para que ahí residiera el obispo Garcés, el Cabildo pidió entre otras cosas su traslado, lo que ocurrió el 3 de octubre de 1539 con la anuencia del virrey Antonio de Mendoza, por ello la catedral del obispo ocuparía pequeños y provisionales edificios hasta no haber el definitivo.