Arquitectos como Juan de Castillo y Diogo de Arruda procuraran expresar el poder de la Orden construyendo la iglesia que alcanzarán su máximo esplendor en la portada principal firmada por Juan de Castillo y las dos ventanas de la fachada occidental, la inferior de Arruda y la superior de Castillo, y los claustros , dos de ellos góticos y seis en estilo renacentista de diseño de Juan de Castillo.