No obstante, durante esta época también fueron objeto de sucesivos pogromos por parte de los musulmanes, tanto por la población muladí como por los gobernantes árabes, destacando la Masacre de Granada de 1066, así como las persecuciones durante la dominación de los Almorávides y, sobre todo, los Almohades, las cuales diezmaron considerablemente las juderías y provocaron la huida de numerosas familias hacia territorios cristianos recién conquistados, principalmente al Reino de Toledo.