Finalizada ya la influencia bolivariana y establecido el gobierno de José de La Mar, ante el inminente conflicto con la Gran Colombia fue trasladado a Arequipa, con la misión de organizar la reserva; allí sorprendió una conspiración tramada por los partidarios del presidente de Bolivia Andrés de Santa Cruz para segregar los departamentos del sur, en agosto de 1829, y actuó como fiscal en la causa seguida contra ellos.