Actualmente FNM es una compañía del Estado que se encuentra en proceso de liquidación y controla algunas líneas que no pudieron ser concesionadas o que resultan de importancia para la economía nacional, como el Trans-Istmico, que va de Salina Cruz, Oaxaca a Coatzacoalcos, Veracruz, aunque los trabajos directos los da como contratos a compañías privadas.