Calakmul está situado en el extremo sureste del territorio de Campeche, en la región de la selva y tiene límites con los municipios de Candelaria, Champotón, Escárcega al oeste, Hopelchén al norte, al este con el Estado de Quintana Roo particularmente con los municipios de Bacalar, José María Morelos y Othón P.