Además de otras dos habitaciones, cierra el conjunto de la planta noble la capilla, que es una estancia sin columnas con acceso en forma de dos arcos apuntados; en la paredes hay frescos de Fernando de Villodas, con diversos temas bíblicos ("Presentación de Jesús en el templo", "Adán y Eva", "David", "Salomón", "Jesús entre los doctores", "Abraham e Isaac", "El nacimiento de Jesús" y diversas inscripciones latinas); el altar es de mármol blanco con una imagen de la Virgen de la Azucena; las capillitas situadas en el ábside albergan cuatro estatuas de santos españoles (san Isidoro, santo Toribio, san Genadio y san Ildefonso), obra de Enrique Marín Higuero.