Sin embargo, en 1939 se postuló su candidatura para las elecciones presidenciales de 1940, pero la presión ejercida por el gobierno del Presidente León Cortés Castro en favor del candidato Rafael Ángel Calderón Guardia, junto a la persecución a sus partidarios y el cierre de un órgano de prensa que le era favorable, lo decidieron a retirarse de la contienda.