El 30 de diciembre de 2004, con el grado de teniente coronel, fue pasado al retiro, lo que originó la sublevación de su hermano Antauro Humala que se puso de manifiesto con el asalto a la comisaría de Andahuaylas, episodio conocido como el Andahuaylazo, aunque él ha rechazado cualquier vínculo con dicho incidente.