Incapacitado para obtener empleo mientras se demoraba la esperada respuesta positiva de las instancias partidarias, Kurt Gerstein se instaló en Tubinga y volvió a los estudios, Comenzó la carrera de Teología, pero pronto se orientó hacia la Medicina tropical, que estudió en el Instituto Protestante de Misiones, y que también abandóno, obligado a renunciar, según algunas fuentes, por haber comenzado a tratar a pacientes sin estar cualificado para ello, con negativos resultados.