Una parte de la campaña en su contra pudo venir de sectores religiosos disconformes con sus métodos misionales, pero no fueron las razones religiosas las más importantes y que llevaron a impedir la publicación de su obra, sino políticas, como lo demuestra el hecho de que las tres copias que fray Bernardino hizo del trabajo, acabasen en la biblioteca del Palacio Real (dos de ellas fueron regaladas por los reyes posteriores), y no en archivos religiosos.