Ante el golpe de Estado en Honduras que destituyó al presidente constitucional Manuel Zelaya el 28 de junio de 2009, la presidenta Fernández adoptó una estricta política de condena, y propuso desconocer tanto a las autoridades golpistas, como al gobierno surgido de las elecciones convocadas por el gobierno golpista, reclamando la restitución del presidente depuesto.