La tercera gran peculiaridad de la historia de Puebla de Don Fadrique durante la Edad Moderna es la ausencia de conflictividad: una vez superados los movimientos comuneros, la villa no conoció ni las matanzas y batallas que azotaron al resto de la comarca durante la rebelión morisca, ni los sangrientos bandos y luchas entre familias rivales de la cercana Huéscar.