Otro museo que llama mucho la atencion por su particularidad es el Barco Museo Ayapua, es un barco restaurado hecho museo, donde en el interior de sus salones divididos en compartimentos se exhiben diversos sucesos que marcaron historia en la región Loreto, como lo fueron: el descubrimiento de la época del caucho, Iquitos antiguo, las misiones en la amazonia, etc.