De vuelta a España, en abril de 1616 Hasekura se encontró de nuevo con el rey Felipe III, que declinó firmar el acuerdo comercial, basado en que la misión japonesa ya no aparentaba ser una misión oficial del gobernante japonés Tokugawa Ieyasu, que había promulgado un edicto en enero de 1614 ordenando la expulsión de todos los misioneros del país, y que había empezado la persecución de la fe cristiana en Japón.