Sostuvo una polémica intelectual con el padre franciscano de Zaragoza José de la Torre, cuyos "Aciertos celebrados de la Antigüedad" (1654) intentaban refutar punto por punto los "Errores celebrados" de Zabaleta, reviviendo la querella sobre la preeminencia de los antiguos o de los modernos, en la cual Zabaleta se decantó por estos últimos.