En el año 2006 se volvieron a deteriorar nuevamente las relaciones diplomáticas con Venezuela por discrepancias con respecto al AlCA, la Comunidad Andina y de acusar al Presidente Hugo Chávez de intromisión en los asuntos internos peruanos (específicamente al manifestar su apoyo incondicional al candidato presidencial Ollanta Humala en las elecciones 2006).