Los ligandos de las TCRS son proteínas del complejo mayor de histocompatibilidad Estas se presentan en dos formas: La clase MHC forma un dímero con una molécula llamada beta-2 microglobulina (β2M) e interactúa con el TCR en linfocitos T citotóxicos y las proteínas del MHC clase II tiene dos cadenas (alfa y beta) que interactúan con el TCR en los linfocitos T colaboradores.