Eso permitió a Bundy mantener un contacto continuado con el Presidente Kennedy mientras emprendía la reorganización del CSN y la reestructuración de las agencias de inteligencia, y ofrecerle asesoría en todas las cuestiones estratégicas, como la invasión de Bahía Cochinos, el muro de Berlín, la Crisis de los Misiles, o la implicación militar en el Sudeste Asiático.