En el viven cientos de diferentes especies de flora y fauna que algunos actualmente se encuentra en peligro de extinción, el Centro actualmente se encuentra realizando el enorme esfuerzo para que sea declarado un área natural protegida que sea adecuada para su conservación, dentro de estos esfuerzos se realizó un expediente técnico el cual contiene aspectos generales del medio natural y socio económicos así como tablas y listado de flora y fauna presentes en el Estero, toda esta documentación fue entregada a la SEMARNAT del gobierno del de Colima, para su corrección comentarios y sugerencias para lograr el objetivo planteado.