Durante un viaje de visita al convento de la Aguilera (Burgos) en junio de 1535, tuvo que apearse por malestar en la localidad de Tordómar, donde falleció el 9 de junio de 1535 a las 10 de la mañana, fue enterrado provisionalmente en el convento de Aguilera y trasladado tiempo después a su enterramiento bajo la capilla mayor de la iglesia del convento de Santa María de la Vid, fundada por él.