El segundo paso requería una reestructuración fundamental de las instituciones estatales del sector judicial y de seguridad: la creación de un nuevo cuerpo nacional de policía civil; la modernización y reforma del sistema judicial y del Ministerio Público; el establecimiento de un programa de defensores públicos; la renovación del sistema penitenciario; el desarrollo económico e indemnizaciones a las víctimas, orientados a las comunidades indígenas más afectadas por el conflicto; y la promoción de la reconciliación nacional.