A partir de 2016 esta institución pone en marcha el nuevo modelo de Universidad de El Salvador en línea, una modalidad de educación a distancia la cual, además de facilitar el acceso de la población a carreras universitarias con solo tener una computadora con conexión a Internet, ha ampliado a 16 subsedes de la UES en todo el territorio nacional para la realización de exámenes, laboratorios, tutorías, entre otras actividades en las que, eventualmente, se requiera una modalidad semipresencial.