Tras recibir a los ríos Chacamax y el Potrero, el río cruza los municipios tabasqueños de Emiliano Zapata y Jonuta, y en este último, se divide en tres brazos, el primero es el río Palizada, río que se desliga del Usumacinta antes de llegar a la ciudad de Jonuta para ir a desembocar en la Laguna de Términos; luego el río San Pedro y San Pablo se separa en los Pantanos de Centla para desembocar en el Golfo de México; y finalmente el brazo principal, el Usumacinta continúa su curso al noroeste con un caudal estimado de 1700 m³/s hasta que se divide nuevamente en el brazo principal y el río San Pedrito.