Durante varios días (o algunos meses, según material de partida, condiciones climáticas y otros factores) se mantiene la temperatura alta y disminuye la actividad biológica, se produce la pasteurización del medio, permitiendo la destrucción de bacterias y contaminantes de origen fecal como "Escherichia coli y Salmonella spp." Igualmente, esta fase es importante pues las temperaturas por encima de los 55°C eliminan los quistes y huevos de helminto, esporas de hongos fitopatógenos y semillas de malezas que pueden encontrarse en el material de partida, dando lugar a un producto higienizado.