Hay algunos que suponen que Bagua poseería un origen en el idioma castellano y lo vinculan con valle rodeado de agua (pero en la documentación quinientista se evidencia un origen nativo de la locución), hay otros que afirman que Bagua devendría del vocablo aguaruna wawa (entretanto a la llegada de los españoles en el siglo XVI, no encontraron ninguna entidad aguaruna).