Piotr Węgrzynowicz del Muzeum Ewolucji Instytutu Zoologii PAN de Varsovia descubrieron que el nombre "Syntarsus" ya había sido usado para un escarabajo colydiine descrito en 1869, propusieron el nombre "Megapnosaurus" para el género.​ Algunos paleontólogos no concuerdan con el nombre "Megapnosaurus", que proviene de Griego μεγα = "gran", απνοος = "apnea", "muerte", σαυρος = "lagarto", considerándolo sinónimo de "Coelophysis".