El territorio del municipio de Calkmul hidrológicamente pertenece a la "Región Grijalva-Usumacinta", "Cuenca Laguna de Términos", a la "Región Yuctán-Oeste (Campeche)", "Cuencas cerradas" y la "Región Yucatán-Este (Quintana Roo)", "Cuencas cerradas" y "Cuenca Bahía de Chetumal y otras".