Los tres géneros conocidos, "Prochloron" (simbionte de tunicados), "Prochlorococcus" (unicelular de vida libre), y "Prochlorothrix" (filamentosa de vida libre) no guardan entre sí un parentesco estrecho; ello demuestra que, de alguna forma, la condición “verde” se adquiere fácilmente y ha aparecido independientemente en las tres líneas y en la de los plastos.