Por otro lado, la desventaja que trae el hecho de no tener un único entorno gráfico es que los programadores de clientes X que desean hacer uso de los recursos de los entornos gráficos (botones, barras de deslizamientos, etc) deben elegir un entorno gráfico específico para programar y contar que el usuario tenga por los menos las bibliotecas de dicho entorno gráfico instalado.