En 1993, se instala el subcomité de protección y vigilancia del sistema lagunar Nichupté, órgano de consulta pública en el que están representados los tres niveles de gobierno, colegios de profesionistas, centros de investigación, grupos ciudadanos, ecologistas, cámaras empresariales y medios de comunicación, así mismo se decretó el plan de ordenamiento ecológico del sistema lagunar Nichupté, y se establece para la zona arrecifal de dos de los tres polígonos que conforman actualmente el parque una política de protección sujeta a programa de manejo.