El SIA completo impide el desarrollo del pene y otros órganos masculinos, con lo cual el individuo nace con apariencia femenina, en las otras variantes el grado de ambigüedad sexual varía ampliamente de un individuo a otro, se pueden presentar características masculinas y se asocia con infertilidad y el desarrollo de mamas en los hombres (ginecomastia), incapacidad de uno o ambos testículos para descender al escroto después del nacimiento (criptorquidia) e hipospadias (abertura de la uretra fuera de la punta del pene).