En la agitada primera década de la independencia, que a partir de 1963 conoció el fracaso del marco constitucional unitario con la ruptura política e institucional entre las comunidades griega y turca y el estallido de violencias sectarias, Clerides desempeñó diversas misiones como alto oficial del Estado, representando siempre a la comunidad grecochipriota, como cabeza de delegación en la Conferencia de Londres de 1964.