En 2006, el Náutico volvió a lo más alto, pues, después de la fatídica derrota del día 26 de noviembre de 2005, cuando perdió en casa la oportunidad del ascenso, desperdiciando dos penaltis en aquel partido, el equipo venció al Ituano en casa por 2 la 0, frente a más de 25.000 espectadores, que completaron el Estadio dos Aflitos.