Se esperaba que las bacterias no pudieran desarrollar resistencia a este antibiótico, pero ya se han observado, "in vitro", cepas de enterococos ("Enterococcus faecium" y "Enterococcus faecalis") resistentes a linezolid, y también cepas de "Staphylococcus aureus" resistente a meticilina con susceptibilidad reducida a este antibiótico.