No obstante el tratado contenía también el Protocolo adicional secreto (solo para conocimiento de los jerarcas de ambos gobiernos y no reveladas al público) donde el Tercer Reich y la Unión Soviética definían prácticamente el reparto de la Europa del Este y central fijando los límites de la influencia alemana y soviética mediante mutuo acuerdo, determinando que ambos Estados fijaban pactos para no interferir en sus respectivas zonas de influencia mientras reconocían los intereses de cada uno sobre ciertos territorios de Europa Oriental.