Su mecanismo de funcionamiento es el siguiente: cuando el ribosoma llega a uno de los codones de paro, entra al sitio A ribosomal un factor de terminación (RF1 o RF2 en bacterias, eRF en eucariotas) que impide la entrada de un nuevo ARNt, por lo que al aminoácido anterior ya no se le puede unir ninguno más y se libera, junto con todo el resto del péptido del que forma parte.