Como Senador de la República, fue miembro de la Comisión de Concordia y Pacificación formada por integrantes de ambas cámaras del Congreso Federal , logrando junto a otros destacados actores políticos la firma de los primeros - y hasta ahora únicos - acuerdos entre el gobierno federal y el EZLN, también conocidos como los Acuerdos de San Andrés, en materia de derechos y cultura indígena.