Villa Matamoros tuvo el nombre inicial de San Isidro de las Cuevas y fue una sección municipal del municipio de Allende a cuya jurisdicción perteneció desde tiempos de la colonia, en 1847 fue incorporada al municipio de Hidalgo del Parral, y finalmente el 31 de julio de 1874 fue declarada cabecera municipal del nuevo Municipio de San Isidro de las Cuevas.