En 1862 el santuario seguía privado de cualquier actividad monástica, por lo que fue el clero secular del obispado de Burgos el encargado del mantenimiento del edificio, hasta que en 1880, por virtud de un acuerdo entre la Merindad y el Santuario de Nuestra Señora de Las Caldas del Besaya vuelven los dominicos a Montesclaros, en régimen de de arriendo "ad perpetuum", con una renta de una peseta nual, cuyo pago debe hacerse efectivo todos los 8 de diciembre en la parroquia de San Estaban de Reinosa, al tiempo que un padre dominico predica el sermón ante los alcaldes del valle.