En la liguilla, Atlas enfrentó a Toluca en cuartos de final; la ida, disputada en el Estadio Jalisco, terminó con victoria para los "choriceros" por 1-2, mientras que en la vuelta, realizada en el Estadio Nemesio Díez, los rojinegros lograron alzarse con el triunfo por 0-2 con goles de Héctor López y Juan Pablo Rodríguez, en semifinales a Atlas le tocó de nueva cuenta medirse ante el Necaxa la ida en el Jalisco terminó en un aguerrido empate 0-0, la vuelta jugada en el Estadio Azteca terminó en un entretenido 3-2 en la que de nueva cuenta, Atlas terminó siendo eliminado en semifinales.