El clima que se registra en San Pedro del Gallo se clafica en tres clases, la zona occidente del territorio tiene un clima "Semiseco templado", una zona del centro y noreste del municipio registra clima "Seco templado" y finalmente la zona del sureste tiene un clima "Semisco muy cálido y cálido"; la temperatura media anual del sector sureste de San Pedro del Gallo es de 18 a 20 °C y en el resto del territorio es de 16 a 18 °C; la precipitación pluvial promedio anual de la zona occidente del territorio es de 400 a 500 mm, del extremo sureste de 200 a 300 mm y en el resto de la zona centro del municipio de 300 a 400 mm.