Un proyecto vinculado al Programa Pró-Guaíba posibilitó en la década de 1990 una mejora en la infraestructura del Jardín Botánico, cuando fueron construidos viveros para bromelias, orquídeas, suculentas, lianas y cactos, y fueron realizadas reformas en el centro de visitantes y en los edificios administrativos, además de la creación de un Banco de Semillas.