A fines de 2012, el Cardenal Juan Luis Cipriani Thorne, por entonces Gran Canciller, retiró el mandato canónico para la enseñanza de la Teología Católica en la Universidad, al considerar que esta no cumple con los mínimos de fidelidad doctrinal que la Santa Sede exige para ello, pese a lo cual la Universidad continuó utilizando los títulos de Pontificia y Católica, pues son marca registrada de manera legal en el Perú.