En GameTrailers se señaló que los cortos niveles de las mazmorras y la exploración de estas mismas mediante el sostenimiento del estilete con la mano son «francamente decepcionantes», pero que comparando "Phantom Hourglass" con otros juegos de Nintendo DS, se admite que fue un juego impresionante, pero solamente un buen juego si se le compara con los estándares de "The Legend of Zelda".