En su debut en la Etapa Regional 2012 venció 1 a 0 Juventud La Perla de ida y 4 a 0 de vuelta accediendo a semifinales, tras no poder superar al Cultural Géminis, pasaron a la definición de penales en la cual Municipal venció 4 a 3 al equipo de Comas accediendo a la fase Final.