En la primera temporada en Segunda División B se obtuvo un insuficiente séptimo puesto, pero el desastre vino en la temporada siguiente, la 2006/07, en la que la actitud errática del consejo de administración, que renovó la práctica totalidad de la plantilla para esta temporada y llegó a contar con hasta tres entrenadores, facilitó el peor resultado de la historia, el descenso deportivo a Tercera División.