Debutan en Chiapas contra los Jaguares B y ganan 3-0, los goles lobeznos fueron obra de Jesús Aguilar, Tomás Silva Y Bulmaro Méndez.Esa temporada Lobos no logra la calificación y es entonces cuando la promotora universitaria Comandada por Jorge Ruiz Romero, se hace cargo del club contratando a Víctor Valdelamar Marine como director técnico para el Clausura 2003, donde Lobos realiza una buena campaña, logra calificar a la liguilla y es eliminado en octavos de final por los Delfines de Coatzacoalcos.