Este por medio de una abundante correspondencia le proporcionó ayuda y consejos —como la lectura de la "Censura de Historias Fabulosas" de Nicolás Antonio— para la elaboración de la gran obra de Flórez, la "España Sagrada", aunque finalmente se produjo la ruptura entre ambos a propósito de su distinta interpretación de la Era Hispánica y, sobre todo, de los orígenes del cristianismo en España, ya que Flórez aceptó como históricas la venida a la península de San Pablo y de Santiago, o la tradición de la Virgen del Pilar, porque para Flórez el criterio para probar un hecho histórico era diferente en la historia civil que en la historia eclesiástica.