Milla falleció el 30 de septiembre de 1882, constituyéndose sus funerales en un masivo reconocimiento a sus méritos literarios; de él se dijo: «y hombre tan importante, que vivió en medio de una honradísima pobreza, porque Milla fue siempre probo; y literato tan esclarecido que, a costa de penosísimas vigilias, escribía la grande obra de la "Historia de la América Central"; y maestro desinteresado, benévolo y cariñoso, ha muerto, ha desaparecido para siempre, dejando un gran vacío en los puestos desocupados de las letras centroamericanas, vacío sólo comparable, en su grandeza, a la grandeza de la indecible pena de todos los que sabíamos estimar a José Milla, por su talento, por sus obras, por ser, en fin, el Ilustre Decano de la Literatura Centroamericana».