Los mejores momentos del malaguismo se desarrollan en las temporadas 1949/50, 1971/72, 1972/73, 1973/74, 1983/84, 2002/03, año en el cual, tras ganar la Copa Intertoto, compitió en la Copa de la UEFA, y especialmente las temporadas 2011/12 y 2012/13, cuando obtuvo el pase y disputó por primera vez la Liga de Campeones de la UEFA, alcanzando la fase de cuartos de final del torneo continental.