El lago aloja cerca de 20 especies de peces, seis de las cuales eran nativas –el Schizothorax del Ili ("Schizothorax pseudoksaiensis") y el Schizothorax del Balkhash ("Schizothorax argentatus"), la perca del Balkhash ("Perca schrenkii"), el "Nemachilus strauchi", el "Nemachilus labiatus" y la carpa del Balkhash ("Phoxinus poljakowi").