Bajo la Subsecretaria de Educación Superior (SES), la UABC es miembro de la Dirección General de Educación Superior Universitaria (DGESU), como parte del sistema de educación superior en el país, junto con la Coordinación General de Universidades Tecnológicas (CGUT), la Dirección General de Educación Superior Tecnológica (DGEST), la Dirección General de Educación Superior para Profesionales de la Educación (DGESPE), la Dirección General de Profesiones (DGP), el Instituto Nacional del Autor (INDAUTOR), la Universidad Pedagógica Nacional (UPN) y la Coordinación de Universidades Politécnicas (CUP).