Este elemento le causó graves contratiempos cuando en 1499 fue nombrado jefe de la escuadra de guerra (o "Capitano da Mar") al estallar la Guerra Turco-Veneciana (1499-1503), siendo severamente derrotado en agosto de ese mismo año en la batalla de Zonchio, también conocida como la "batalla de Sapienza" o la "primera batalla de Lepanto", contra el Imperio otomano.