Las operaciones de lucha contra las drogas se centraron principalmente en la destrucción de la marihuana y el cultivo de opio en las regiones de montaña, pero nunca se realizaron operaciones militares a gran escala en centros urbanos, hasta el cambio de régimen en el año 2000, cuando el PAN ganó la presidencia y se comenzaron a hacer ofensivas contra los cárteles en su propio terreno.