La sexta etapa enmarcó una votación a lo interno de la organización, respecto a ir o no a la guerra contra el gobierno mexicano y, luego del “sí” mayoritario, en diciembre de 1993, el EZLN, amparándose en el artículo 39º de la "Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos", planteó inicialmente el derrocamiento del entonces presidente, Carlos Salinas de Gortari, bajo la acusación de que en las elecciones de 1988 "había usurpado el puesto de primer mandatario tras un fraude electoral de enormes proporciones".