La edificación de la ciudad —dividida en dos zonas, la de intramuros y la de extramuros— se debió a la real orden que Felipe II emitió desde el Monasterio de San Lorenzo del Escorial el 3 de julio de 1573, y en la que se planificaba la zona de intramuros al estilo español de la época, con carácter defensivo según planos de Herrera, arquitecto de El Escorial, y dejando extramuros para las aldeas indígenas que más tarde darían lugar a nuevos pueblos y acabarían, con el tiempo, integrando la urbe de Manila.