El nombre de junta se empleó también para designar a una institución de gobierno provisional o de emergencia, resultado de una situación excepcional: durante la Guerra de las Comunidades en el bando sublevado se creó la Junta de Comunidades (en la configuración del actual estado autonómico se ha conservado en nombre en las comunidades de Castilla y León, Castilla la Mancha y en el nombre institucional de la Junta de Extremadura).