Hidrológicamente el territorio forma parte de dos cuencas diferentes, los extremos noroeste y suroeste del territorio forman parte de la "Cuenca de las Lagunas de Mayrán y Viesca" y a la "Región hidrológica Nazas-Aguanaval", todo el resto del municipio pertenece a la "Cuenca del Río Bravo-San Juan" y a la "Región hidrológica Bravo-Conchos", por lo cual el municipio de General Cepeda es dividido por dos vertientes, la de las cuencas interiores y la vertiente del Golfo de México.