Intermedió y consiguió suavizar las disputas que se suscitaron por cuestiones de competencias entre el Cabildo de Lima y el gobernador Cristóbal Vaca de Castro, y consiguió un frágil entendimiento entre éste y el virrey Blasco Núñez Vela, pero por más que lo intentó no pudo impedir la rebelión de Gonzalo Pizarro, ni que éste cometiera tantas arbitrariedades en perjuicio de la Corona y que decapitara al virrey Núñez de Vela.