Es una de las épocas más irregulares que ha tenido el club durante su historia especialmente porque el equipo estuvo cerca del descenso en las temporadas 2001-2002 (se terminó decimo en la tabla general evadiendo el descenso en las instancias finales), 2003-2004 (el Club echó mano de cinco directores técnicos, la institución brumosa vivió la campaña 2003-2004 en medio de una peligrosa tempestad, con un equipo que desde el principio permaneció sumergido en el fondo de la tabla.