En 1982 fue galardonado con el premio Príncipe de Asturias; en 1986 con el Premio Konex en la disciplina "Lógica y Teoría de la Ciencia"; en 2009 el Guggenheim Fellowship; en 2014 fue galardonado con el premio Ludwig von Bertalanffy en Complexity Thinking; y en 2016 recibió su segundo Premio Konex, esta vez en el campo de "Lógica y Filosofía de la Ciencia".