En esta segunda etapa puso en marcha otras tres Fiscalías especializadas, en Menores, Criminalidad Informática y Cooperación Internacional, creó mandos intermedios para organizar internamente las Fiscalías, nombrando Decanos Territoriales y de Especialidades en las Fiscalías Provinciales, constituyó las Juntas Provinciales de Coordinación, potenció la Junta de Fiscales Superiores para garantizar el principio de unidad de actuación del Ministerio Público en todo el territorio nacional y promovió la Fiscalía Europea así como la fundación del Foro Consultivo de Fiscales y Directores Generales de Acción Penal de los Estados miembros de la Unión Europea.