De todas ellas destacan especialmente la capilla de Nuestra Señora de la Majestad, en cuyo retablo se encuentra la imagen de la Virgen de la Majestad, del siglo XII; la Capilla Mayor, en la que se encuentra el retablo de estilo renacentista obra de Gaspar Becerra; y la capilla del retablo de San Miguel, ejemplo del arte hispano-flamenco del siglo XVI.