Si bien los switches comparten el sistema operativo JunOS presente en todos los routers de la compañía, otros equipos presentan sistemas operativos similares aunque distintos: los firewalls Netscreen, ISG y SSG ScreenOS; los compresores WX/WXC usan WXOS, los concentradores de VPN Secure Access usan IVE y los equipos IDP cuentan con un sistema operativo Red Hat linux modificado.