La Universidad Nacional de San Antonio Abad del Cusco cuenta con una regular infraestructura física en la ciudad del Cuzco, así como también cuentan con un nivel de infraestructura regular las sedes de Sicuani, Yauri, Yanaoca, Santo Tomás y Marangani, Andahuaylas y Puerto Maldonado; todas ellas destinadas a las actividades académicas, de investigación, proyección social y a las labores de prestación de servicios y administración.