Parece que la pretensión de Mendieta era detener, en la medida de lo posible, el rumbo que estaba adquiriendo la Conquista y el establecimiento del régimen virreinal, donde se pasaba muchas veces de enseñar al indio a explotarlo, y donde las encomiendas se convertían en sistemas de producción basados prácticamente en una forma de esclavitud, y no en focos de educación cristiana; Mendieta añoraba los tiempos —brevísimos, casi míticos— en que los religiosos tenían el poder y el peso para defender a los creyentes, los nuevos y débiles creyentes que eran los indios.