Su segunda etapa en los Suwon Bluewings fue del 2002 hasta finales del 2010, siendo una de los periodos más éxitos a nivel de títulos conseguidos tanto a nivel loca como internacional, en sus 8 años en el equipo Lee disputo 214 partidos como titular; 203 partidos por liga, 19 partidos por copa, 41 partidos por copa de la liga y más de 20 partidos por torneos internacionales, siendo fundamental en su equipo.