En este periodo y su traslape al momento actual, privan las directrices emanadas del nuevo enfoque normativo aplicable a ciencia y tecnología, derivadas de la Ley de Fomento a la Investigación Científica y Tecnológica (1999), el Programa Especial de Ciencia y Tecnología y la Ley de Ciencia y Tecnología del año 2002 y a su traducción en cambios en la concepción, objetivos, metas y estructura operativa del Conacyt, como cabeza del sector científico y tecnológico de México, en el que se crea también el Foro Consultivo Científico y Tecnológico.