Mohammed Atta, uno de los terroristas, que había sido entrenado como piloto de aviación a tal efecto, tomó el control de la aeronave, y desvió su ruta sin que los controladores de tráfico aéreo se percataran de la situación hasta que advirtieron que el personal de tripulación había dejado de contestar a sus mensajes y que Atta, equivocadamente, transmitiera varios anuncios de tráfico.