En 1800 fue designado Ministro de la Guerra por Napoleón (que había sido su protegido), y sirvió en este cargo en los tiempos de la Batalla de Marengo, pero su sinceras convicciones republicanas no eran coherentes con su puesto, y finalmente se retiró de la vida pública, aunque fue posteriormente hecho Conde por Napoleón como Lazare Nicolas Marguerite, conde de Carnot.