La intransigencia de Barrundia en la defensa de sus ideas personales, su carácter vehemente y su arrogancia lo llevaron incluso a pactar con los enemigos de su causa -tal es el caso de su alianza con Rafael Carrera para derrocar el régimen liberal del doctor Gálvez- o, aún, sacar adelante leyes lesivas a Centroamérica, como sucedió con la aprobación del decreto del 21 de marzo de 1847 que proclamó, por moción de Barrundia, al Estado de Guatemala, una nación soberana, una república libre e independiente, rompiendo Guatemala en esta forma el pacto federal ya casi inexistente, en beneficio del sector conservador.