Gracias a este resultado accedió a la fase de grupos de la Copa, en la cual venció de local a Independiente Medellín y Cerro Porteño, y empató con ambos equipos jugando de visitante; pero perdió ambas veces con Corinthians y a pesar de finalizar segundo en el grupo, no clasificó, ya que los equipos mexicanos excluidos por la gripe A en la copa libertadores 2009 tenían la ventaja de clasificar a la siguiente fase.