La anexión del Partido de Nicoya a Costa Rica también generó problemas limítrofes con Nicaragua, que realizó varios intentos de tener dentro de su jurisdicción territorial a Guanacaste, en 1836, 1847 y 1854, hasta que la firma del Tratado Cañas-Jerez en 1858, que definió la frontera entre ambos países, le dio fundamento de estabilidad jurisdiccional a Costa Rica sobre la provincia.