Las rebeliones indígenas contra las continuas expropiaciones y la explotación por parte de blancos y mestizos continuaron: zapotecos (1839-1853), nahuas de Guerrero (1842-46), huastecos (1879-1882), yaquis (1825-1897) y la llamada Guerra de Castas, rebelión maya que creó un estado independiente en Yucatán.