Cuando tomó posesión el general [[Jorge Ubico Castañeda]] como presidente, nuevamente retiró la autonomía a las facultades; irónicamente, durante el final del gobierno del general [[Lázaro Chacón]] y los gobiernos interinos que le sucedieron luego de que sufriera de un derrame cerebral (entre diciembre de 1930 y febrero de 1931), la universidad estuvo a punto de obtener la autonomía absoluta.