La capacidad interna de combustible inicial de la serie "KC" era de unos 26000 litros, pero a partir de la variante "KC-97E" se añadió un grupo de depósitos en la cubierta superior del fuselaje que con sus 27600 litros, elevaban la cabida total hasta la considerable cifra de 53760 litros, de los que la mayoría podían ser transferidos en vuelo a otros aviones mediante la pértiga patentada por Boeing, accionada por un operador instalado en la sección ventral trasera del fuselaje.