La convivencia entre los diferentes grupos étnicos no fue del todo pacífica, muestra de ello es la rebelión de esclavos africanos acaecida en la Alcaldía Mayor de San Salvador entre noviembre y diciembre de 1624 cuando se desempeñaba como alcalde mayor Pedro Aguilar Lazo de la Vega, la sofocación de la rebelión estuvo a cargo del capitán Juan Ruiz de Villela, el cual logró con éxito su cometido con un ejército conformado por contingentes de indígenas y soldados ladinos; los rebeldes capturados serían ejecutados en San Salvador en 1625.