Los fondos más numerosos son los originarios de los antiguos territorios españoles en el continente: norte de Marruecos, África Occidental Española (Ifni, la zona sur del protectorado español de Marruecos -conocida como Cabo Juby- y el Sáhara español) y Guinea Ecuatorial, a los que se suman piezas de otras zonas procedentes de expediciones científicas y viajes realizados entre finales del siglo XIX y mediados del XX, además de diversas compras y donaciones.