El gobierno de Tres Valles está a cargo de su ayuntamiento, que es electo mediante voto universal, directo y secreto para un periodo de tres años que no son renovables para el periodo inmediato posterior, está integrado por el Presidente Municipal, un Síndico único y el cabildo conformado por cinco regidores, dos electos por mayoría relativa y tres por el principio de representación proporcional.