En 1825, al practicarse la primera la elección presidente de la naciente República Federal, el estado hondureño estaba dividido en 12 partidos, así: Comayagua, Tegucigalpa, Choluteca, Nacaome, Cantarranas (San Juan de Flores), Juticalpa, Gracias, Los Llanos, Santa Bárbara, Trujillo, Yoro y Segovia (hoy Nicaragua).