Desde sus inicios la Ciudad de Jaén perteneció al Virreinato del Perú, estos territorios pasaron a formar parte del recién creado Virreinato de Santa Fe, en 1717 al suprimirse este Virreinato en 1723 Jaén volvió a formar parte del Territorio peruano hasta 1739 junto con la Audiencia de Quito, estos territorios se incorporan al restablecido Virreinato de Santa Fe o Nueva Granada.