La Ciada señaló también las "causas endémicas" las insuficiencias en el despacho del vuelo, la falta de información a los pilotos de las condiciones climáticas, la planificación de una ruta de vuelo afectada por condiciones meteorológicas adversas, falta de ayudas a la navegación para los pilotos debido a que el VOR de Gualeguaychú estaba fuera de servicio, insuficiencias en los avisos Sigmet, referidos a información meteorológica significativa, el ingreso al espacio aéreo uruguayo inadvertido por los pilotos sin comunicarse con la FIR (del inglés "Flight Information Region") Montevideo, la decisión del copiloto de extender los "slats" sin consulta previa con el comandante, la falta de indicaciones en los manuales del avión sobre los límites de uso de los "slats", entre otras.