Su pensamiento y su lección "Oratio de Sinarum philosophica practica" (1721), sobre la filosofía de los chinos, motivó que diversos profesores de Teología y pietistas le acusaran, entre otras cosas, de ateo, por lo que fue destituido (1723) por orden de Federico Guillermo I de Prusia, quien temía que las ideas expuestas por Wolff sirvieran de excusa a los soldados para desertar.