Mientras que la versión NAS basa su historia en el volumen 8 de la manga en adelante, y se centra en el juego de cartas coleccionables Duel Monsters, este anime es una adaptación de los primeros volúmenes, contando los orígenes del Rompecabezas del Milenio de Yugi y los Juegos del Oscuro que él juega.