Se casó dos veces, la primera vez con la aristócrata brasileña Edyala Braga, con quien tuvo a Julio Mario Santo Domingo Braga, y la segunda vez con la samaria Beatrice Dávila (de quien es familiar lejano), con quien tuvo a Alejandro Santo Domingo Dávila, quien continúo la administración de los negocios de su padre, y a Andrés Santo Domingo Dávila, quien se inclinó por las artes y la música.