Esta depresión se produce por parálisis directa de los músculos diafragmáticos, los cuales son muy sensibles a la acción de la tetrodotoxina, sobre todo el diafragma (se considera que con un 4% de la DL ya hay efectos sobre la respiración), debido a la mayor irrigación sanguínea, lo que conlleva a una llegada más rápida y a una mayor proporción de toxina en estos músculos.