Jonathan Pereira empezó en la cantera del Celta de Vigo, donde solo estuvo 2 años de alevines, jugó 4 años en el Santa Mariña de Cabral (Vigo), hasta que con 15 años el Villarreal se lo llevó para que jugara en sus equipos inferiores, con este mismo equipo debutó en primera división el 21 de octubre de 2006 contra el Levante Unión Deportiva con resultado de empate a 1 marcando él mismo el gol al minuto de saltar al campo, convirtiéndose en el jugador debutante que menos tiempo ha tardado en meter un gol.