Finalmente, esta la Mesa Directiva Nacional, quien es la encargada de ejecutar las políticas elaboradas por los órganos e instancias anteriores, teniendo como asistentes en esa labor las Secretarias Nacionales abocadas a temáticas específicas como Diversidad, Inclusión, DDHH, Cultura y Memoria, Medio-Ambiente, Asuntos Electorales, Formación Política, Desarrollo Regional y Local, Economía, Salud, Estudio y Programa, Asuntos Laborales, Indígena, Migración, Internacional; y las Direcciones Nacionales de Educación Superior y de Secundarios; así como la Comisión Nacional de Comunicaciones.