El escándalo en el que vivía la Iglesia, patente en el hecho de que en el año 1045 ocuparan el trono de San Pedro tres papas y que los tres vivieran, confirmó a Gregorio VI en la idea de la necesidad de una profunda reforma, para lo cual se rodeó de importantes colaboradores entre los que destaca el monje Hildebrando de Toscana, el futuro papa Gregorio VII, a quien nombra su secretario.