El 15 de junio de 1813 realiza una pausa en la ciudad de Trujillo, donde dicta su Decreto de "Guerra a Muerte" donde no ofrece cuartel a cualquier español, canario o venezolano que apoye a los realistas, este decreto contrasta con la actitud vacilante y tolerante del gobierno de la Primera República y que según Bolívar en el Manifiesto de Cartagena fue una de las causas de la pérdida de esta.