Vergerio no parecía tener intenciones de apartarse de la Iglesia católica, pero el 3 de diciembre de 1544 fue denunciado en Venecia ante la Inquisición; y aunque después de un examen exhaustivo fue absuelto, el papa Marcello Cervini se aprovechó de que no se hubiera publicado la sentencia para apartarle del concilio para el que había trabajado tanto.