La labor de Ruiz Guiñazú en la Comisión se destacó por la investigación del "CCD" (Centro Clandestino de Detención) de la Escuela de Mecánica de la Armada (ESMA) y sus aportes en la realización del documental televisivo "Nunca Más" y el posterior homónimo libro que reunió todas las pruebas acumuladas por la CONADEP.