Surgidas las primeras desavenencias entre los coaligados, Alejandro evitó decantarse por uno u otro bando; la duda quedó despejada cuando en 1503 Fernando de Andrade y Gonzalo Fernández de Córdoba, el Gran Capitán, derrotaban a los franceses en Seminara, Cerignola y Garellano, inclinando la guerra del lado aragonés; el papa prometió su ayuda una vez fuera tomada Gaeta, pero murió antes de que llegase a ocurrir.