Fue una de las cuatro universidades fundadas en Andalucía en el siglo XVI (junto a Sevilla, Granada y Osuna) en el marco de la plétora de fundaciones universitarias que se produjo en aquella época en toda España, quedando encuadrada en el grupo que suele denominarse de «universidades menores», frente a las «universidades mayores» de Salamanca, Alcalá y Valladolid.