El gobierno del municipio de San Pedro Cholula le corresponde al Ayuntamiento que tiene su sede en la cabecera municipal, Cholula de Rivadavia; el ayuntamiento se encuentra conformado por el Presidente Municipal, un Síndico y el cabildo integrado por 12 regidores, ocho de los cuales son electos por mayoría relativa y los cuatro restantes por mediante el principio de representación proporcional, todos son electos mediante el voto universal, directo y secreto en un proceso electoral celebrado el primer domingo de julio del año de la elección y que asumen sus cargos el 15 de febrero del siguiente año, por un periodo de tres años que no son reeligibles para el inmediato pero si de forma alternada.