A finales del siglo XIII el monasterio de nuestra señora de las Muelas, sin que sepamos el motivo, había quedado deshabitado, por lo que el Abad de Oña, Domingo, acuerda en 1301 con Gonzalo Martínez monje de la localidad burgalesa de Villaizán que restituya allí un abad y un convento y que mantenga las casas, el "corral" y el "molino" que allí había, además de que plante árboles, "salces, manzanos y perales", labre las tierras y otorgue unas rentas a Oña, estipuladas en 140 fanegas de pan limpio, mitad trigo y mitad cevada, por la fiesta de Santa María de Agosto.