Ubicado a 276 msnm, los límites del Distrito de Sepahua están definidos por la divisoria de las Cuencas de los afluentes del río Urubamba en ambas márgenes, desde la desembocadura del río Sepa, inclusive, aguas arriba, hasta la desembocadura del río Mishahua, incluyendo sólo la margen derecha de este río.