Como parte de las acciones navales efectuadas durante el conflicto, la Marina de Guerra del Perú participó con sus unidades enviándolas progresivamente hacia el norte peruano, teniendo como misión inicial efectuar la vigilancia en la zona fronteriza de los Esteros en el Departamento de Tumbes mediante el empleo de las unidades de la Flotilla de Patrulleras, las mismas que también efectuaron la defensa de los puestos fronterizos peruanos y la expulsión de tropas infiltradas ecuatorianas.