Debido a la crisis institucional por la que atravesaba el club, el Torneo de Apertura 2007 encontró a un decano totalmente despotenciado, además recibió una sanción de tres puntos, por no presentar las plantillas de pago, en la fecha estipulada por la ANFP, lo que provocó que acabara en la vigésima posición sobre veintiún equipos.