Después de terminar el mundo 4 Mario y compañía llegan a un pueblo llamado Pueblo Costero, donde la gente actúa raro y todos hablan de un tal Jonathan Jhones, incluso el alcalde actúa raro y te pide que venzas al pirata, Mario va a el navío de Jonathan, pero primero debe cruzar unas cavernas extrañas que todos llaman ¨Sea¨.