Se le suele llamar "reformador", si bien sus escritos de reforma se ciñeron a los "Memoriales" para el Concilio de Trento escritos para el arzobispo de Granada Pedro Guerrero, ya que Juan de Ávila no pudo acompañarle debido a su enfermedad, y a las "Advertencias al Concilio de Toledo" escritas para el obispo de Córdoba Cristóbal de Rojas, que habrían de presidir el Concilio de Toledo (1565) para aplicar los decretos tridentinos.