Según Narváez, cuando en 2005 dos detectives encontraron las fichas de Colonia Dignidad, la reacción de Zepeda sorprendió a todos: "ordenó que los dos detectives quedaran detenidos en el cuartel bajo sospecha de obstrucción a la justicia" e impidió que esos documentos fueran analizados por la Brigada Investigadora de Delitos contra los Derechos Humanos, ordenando en cambio que fueran llevados a la Jefatura de Jipol, de la que dependían los comisarios Carbone y Torres.