La peste de 1649 permitió su revitalización, con la incorporación de nuevos hermanos, pero fue el ingreso de Miguel Mañara, heredero de una acaudalada familia de comerciantes de origen corso, y su elección como hermano mayor en diciembre de 1663, lo que impulsó la conclusión de las obras de la iglesia, a las que se añadió la conversión de un almacén de las Atarazanas en hospicio y la reforma de la propia hermandad, que ahora tendría también como objetivos acoger a los vagabundos y darles de comer en su hospicio, convertido en dispensario de incurables, y recoger a los enfermos abandonados para trasladarlos, a hombros de los hermanos si era necesario, hasta los hospitales donde los atendieran.