El Manta Futbol Club cuenta con su propio centro de entrenamientos situado en la Ciudad de Manta y que lleva por nombre Complejo Deportivo San Juan, el mismo que cuenta con seis canchas reglamentarias de fútbol .El complejo además cuenta con habitaciones para hospedar a 60 personas, comedor, parqueaderos y espacio para la construcción de una cancha sintética de fulbito o una cancha de arena para trabajos físicos diferenciados.