Durante el período colonial español y luego, ya independizada Argentina hasta mediados del siglo XIX se conocía a este curso de fluvial como río o arroyo "de las Conchas" por encontrarse restos paleontológicos de conchas en su cauce y riberas, sin embargo probablemente porque en Argentina la palabra "concha" es un vulgarismo para referirse a la vulva y a la vagina, en 1954 se cambió la denominación por río de la Reconquista, en este caso aludiendo a la Reconquista de territorios hoy pertenecientes a la Argentina y a la República Oriental del Uruguay que habían caído en poder del Reino Unido a inicios del siglo XIX durante las invasiones inglesas.