Leona Vicario es una de las poblaciones más antiguas de lo que hoy es el Municipio de Puerto Morelos, tuvo su origen en la Hacienda de Santa María, localizada donde hoy esta la población moderna y que fue establecida al poco tiempo de la creación del Territorio Federal de Quintana Roo, en el año de 1902, la Hacienda de Santa María fue una concesión otorgada por el gobierno federal al Banco de Londres y México para la explotación del chicle y el palo de tinte, el auge de la producción chiclera atrajo población de varias partes del país, sobre todo de estados del centro como Guanajuato y del sureste como Oaxaca, el establecimiento inicial de la población fue difícil debido a las condiciones climatológicas y al hecho de que muchos grupos mayas aún se encontraban en rebeldía tras la Guerra de Castas y atacaban los campamentos chicleros matando a los trabajadores, considerando que los estaban despojando de sus tierras ancestrales, sin embargo, varios de estos grupos mayas depusieron las armas a raíz del establecimiento de la hacienda y algunos se establecieron en ella como trabajadores de la misma.