En las elecciones del 14 de mayo de 1989 fue electo Presidente de la Nación con el 47,49 % de los votos, superando al candidato de la Unión Cívica Radical, Eduardo Angeloz, y sucediendo entonces al Presidente Raúl Alfonsín, al que debió reemplazar seis meses antes de la finalización de su mandato debido a la crisis provocada por la hiperinflación que afectó al país.