Sin embargo, en el 2001, año que fue sometida a reparaciones por parte del Consejo Nacional para la Cultura y el Arte, el presidente Francisco Flores estipuló que la mansión sirviera de sede para la Academia Salvadoreña de la Lengua y la Academia Salvadoreña de la Historia, por lo que desde entonces se conoce como la «Casa de las Academias».Ambas entidades iniciaron sus funciones el 2004.