A la segunda etapa: corresponde la actividad colonizadora en el área del territorio que se describe; de ahí su nombre, pues la costumbre que establecieron los franciscanos neovizcaínos fue la de denominar San Juan Bautista a sus misiones principales, lo que se puede constatar siguiendo la línea recta que parte de la ciudad de Durango hasta Santa Fe y Nuevo México, con casos similares.