En el refugio se han clasificado 39 especies de mamíferos como por ejemplo: aguara'i, kuatî, carpincho, paca, akutí sa'yju, eíra, lobo pe, taitetu, guasú pyta, venado, tatú (armadillo); 247 especies de aves entre las cuales se encuentran: la piririta, pyku'i pyta, anó, aguapé asó, tero tero, tingasú, chacurru, guyrá yetapa, mbigua; y 21 especies de reptiles, de los cuales los más comunes son: yarará, mboi chini (cascabel), mbói chumbe (coral), yacaré, teyú.