HB decidió participar también en el Parlamento y la Diputación navarros de cara a trabajar para que Navarra entrara en una Comunidad Autónoma junto a los Territorios históricos, mientras que no participará en las Diputaciones Vascas, pese a la defensa de la participación en todas las instituciones por parte de algunos de sus líderes, como Patxi Zabaleta, quedando pues sus escaños vacíos.