En 1986, tras muchas desavenencias con la dirección del PNV en torno a la "Ley de Territorios Históricos", que debía delimitar las competencias del Gobierno Vasco y las de las Diputaciones Forales de los tres territorios históricos, la expulsión de toda la organización navarra o la expulsión en Vitoria del que llegaría a ser primer presidente de EA, Manuel Ibarrondo, se separó del PNV para fundar Eusko Alkartasuna el 17 de septiembre, partido que presidió hasta 1999 y por el que resultó elegido diputado del Parlamento Vasco en las elecciones autonómicas de 1986, de 1990, de 1994 y 1998 (últimas elecciones a las que concurrió como candidato).