Es engañado y obligado a abandonar la corte, siendo apresado la noche del 23 de agosto en Torrelaguna y conducido a la cárcel de la Inquisición en Valladolid, donde da comienzo su proceso, largamente demorado a causa de la conveniencia del rey Felipe II, quien, mientras quedase descubierta la vacante del Arzobispado de Toledo, cobraba las pingües ganancias del mismo.