Los principales grupos son el Centro Israelita Sionista de Costa Rica, de judaísmo ortodoxo, que agrupa a la mayoría de costarricense judíos y que es liderado por el Gran Rabino de San José, Gershon Miletzki, la Congregación B'nei Israel de Costa Rica de judaísmo reformista oficiada por el rabino Rami Pavolotzky junto a su esposa, la Rabina Daniela Szuster, y la ultraortodoxa comunidad Jabad Lubavitch Costa Rica y su rabino Hersch Spaltzer.