De la primera fase de su construcción se cree que es la torre que se ubica a la cabecera de la iglesia, cuya advocación es San Juan Bautista, y es la parroquia de Cornellana; que constituye en elemento más antiguo del complejo del monasterio; algunas estructuras en torno al ábside de la iglesia románica del , que se exhumaron en una intervención realizada en el año 2001, permiten pensar que también son de este periodo inicial.