Las obras más importantes de la restauración han sido reconstituir la estructura dañada por los sismos, limpiar las pinturas originales del techo, recuperar pinturas de murallas que habían sido sobrepintadas, poner amplificación, hacer una nueva iluminación, y remodelar el presbiterio y el entorno arquitectónico para entronizar la imagen de Nuestra Señora del Carmen, Reina y Madre de Chile.