A la semana siguiente, participó en [[Anexo:Masters de Roma 2016 (individual masculino)|Roma]], jugó su primer partido contra el francés [[Stéphane Robert]] y se impone en 2 difíciles sets por doble 7-5, en la siguiente ronda, se encuentra con el mismo jugador que el año anterior en la misma fase de la competición, el brasileño [[Thomaz Bellucci]], le es difícil entrar en el partido y pierde el primer set por 6-0, esta es la primera vez desde su partido contra [[Roger Federer]] en [[Anexo:Masters de Cincinnati 2012 (individual masculino)|Cincinnati 2012]] que recibe un "rosco", terminó su partido ganando en 3 sets por 0-6, 6-3 y 6-2, en cuartos de final se encuentra con su mayor rival el español [[Rafael Nadal]] por 49° vez en su carrera, a pesar del viento, Djokovic se impuso en dos difíciles sets por 7-5, 7-6 en dos horas y 24 minutos logrando su séptimo triunfo seguido contra el español y 11 de los últimos 12, en semifinales juega otro partido duró ante [[Kei Nishikori]] ganando por 2-6, 6-4 y 7-6 en tres horas de partido para llegar a su 42° final de Masters 1000 igualando a [[Roger Federer]] y [[Rafael Nadal]], por segunda vez en una semana, se enfrenta al británico [[Andy Murray|Murray]] y se inclina en dos sets por doble 6-3, acusando el desgaste de los exigentes partidos ante Nadal y Nishikori, más el pésimo estado de la cancha en la que se le vio reclamando al juez de silla varías veces en los descansos, esta es la primera vez desde [[Anexo:Masters de Roma 2004 (individual masculino)|2004]] que un ganador del [[Masters de Roma]] no es el serbio o [[Rafael Nadal]].