Fue llevado preso a la cárcel clerical de la Inquisición en Valladolid (hoy Morelia), Morelos ofreció, desde Coyuca, al virrey Félix María Calleja, mediante un soldado español a quien liberó, la vida de doscientos prisioneros españoles a cambio de la libertad de Matamoros, pero ni así lo pudo recuperar.