Las corrientes de agua que conforman el municipio son: El Río Malila, el Río Chichapan, el Arrollo del Agua Fría, los manantiales de Xochico, El Chorro y Atlapachotl, aparte de cientos de manantiales más en pueblos, rancherías y potreros, el Río Caxhuacán y la laguna de Atezca.