Ante la negativa de San Martín, Francisco Morazán deposita el mando de la federación en el vicepresidente Gregorio Salazar y Castro y se dispuso a marchar con una escolta al territorio salvadoreño, el 12 de marzo se le unió en Ahuachapán una pequeña fuerza al mando de los coroneles Máximo Menéndez y Nicolás Ángulo, y se dispuso a marchar sobre Santa Ana pero de se dio por enterrado que Joaquín de San Martín había enviado a colocarse en la ciudad santaneca una fuerza militar al mando del coronel Fermín Paredes (este llegó a la ciudad santaneca el 21 de marzo), por ello Morazán se dirigió a Metapán donde fue perseguido por milicias salvadoreñas por lo que regresó a Guatemal donde se situó en la población de Mita desde donde logró acordar con San Martín que se llevarían a cabo nuevamente elecciones para elegir al jefe supremo salvadoreño, firmándose tal convenio con representantes de ambos el 6 de abril de ese año; tales elecciones se llevaran a cabo en junio de 1833 en las que resultó ganador nuevamente Joaquín de San Martín.