A partir de noviembre de 1936, la Ciudad Universitaria fue donde tuvo lugar gran parte de la defensa de Madrid, de los ataques de las tropas rebeldes, que llegaron a ocupar los restos que quedaban del Clínico, el Asilo de Santa Cristina, el Instituto de Higiene, las Escuelas de Agrónomos y de Arquitectura, la Casa de Velázquez y el Palacete de la Moncloa.