Zárate fue nombrado por el gobernador del Perú y residente de la Real Audiencia de Lima, Lope García de Castro, como gobernador interino en 1567 con la condición de que lo confirmara por el rey, por lo cual, al año siguiente viajó a ver a Felipe II, entonces el 11 de diciembre de 1568 delegó el mando de la gobernación en Felipe de Cáceres que se encontraba expedicionando por el Chaco Boreal y el Itatín para poder viajar a España, de esta forma delegó en su lugarteniente asunceno Juan de Ortega para que traspasase el mando interino una vez que retornara a la ciudad de Asunción, hecho que acontecería el 1º de enero del siguiente año.