En la actualidad, DIGESA, además de la responsabilidad de formular políticas y dictar normas de calidad sanitaria y protección ambiental, prestaba apoyo en la formulación de proyectos y construcción de sistemas de agua potable y sistemas de disposición de excretas en el medio rural, labor que ejerce de manera coordinada con la Direcciones de Salud (DISA) existentes en cada departamento del país.