En la temporada 2016/17, tras una fantástica campaña —la mejor de su historia— en la que lucha por los puestos de arriba del grupo IV de Segunda División B desde el principio, finalmente termina en 3ª posición con 66 puntos y consigue así clasificarse por segunda vez para los Playoffs de ascenso a la Segunda División pero es eliminado esta vez en semifinales por el Racing de Santander en un mal partido de vuelta disputado en el estadio El Sardinero en el que los locales remontaron el resultado de la ida, 2-0 a favor del Villanovense.