Puerto Cortés no se localiza en la superficie continental de la Península de Baja California, sino en la Isla Santa Margarita, separada de la península por la Bahía Magdalena y la Bahía Las Almejas, Puerto Cortés se encuentra en la costa de la Bahía Las Almejas, en la costa contraria al Océano Pacífico, por lo cual forma un puerto resguardado de las fuertes rompientes marinas; sus coordenadas geográficas son y tiene una altitud de 10 metros sobre el nivel del mar, es la única población permanente de la Isla Santa Margarita, donde además se encuentra una pista de aviación militar, Puerto Cortés es además de una comunidad pesquera, una guarnición naval y militar, así como una estación meteorológica; su origen y fundación fue como una base de la Armada de México.