Tras la prematura muerte de su esposa, José Faustino contrae segundas nupcias con su cuñada, María Mercedes Dueñas, con la cual tuvo tres hijos: Tomás (1822), Juana María de la Expiración (1823) y María Matea de los Dolores (la cual nació tres meses después de su muerte, el 20 de septiembre de 1825).