El municipio de la Unión se encuentra en la región Andina (Cordillera Centro Oriental, ramal del Nudo de los Pastos), corresponde a la Cuenca Alta del Río Patía, bañado por el río Mayo y un Tributario del río Juanambú, (la quebrada Santa Ana); el municipio está cubierto por una completa red hidrográfica compuesta, por quince (15) Microcuencas y catorce (14) Escurrimientos Directos, que se constituyen en el depósito final de las aguas de las quebradas tributarias, consideradas de importancia para el municipio, por sus caudales y recorrido y que además identifican las Microcuencas de la región y Escurrimientos Directos.