Las Alcaldías Mayores de Aguascalientes y Juchipila, se trasforman en Sub-delegaciones y  se quedaron en la Intendencia de Guadalajara, aunque no por mucho tiempo, ya que la Intendencia de Zacatecas insistió en que fueran también parte de su territorio y  logra conseguirlo por orden del Rey Carlos IV en 1804.