Sin embargo, tras el tiroteo en la Asamblea de Armenia el 27 de octubre de 1999, en el que un grupo de sujetos armados con supuestos vínculos golpistas, asesinaron a 8 políticos, entre ellos al Primer ministro Vazgen Sargsián, provocó que Serzh fuese nombrado jefe de Administración presidencial por el nuevo Primer ministro Aram Sargsián, y que más tarde, asumiría la Secretaría del Consejo de Seguridad Nacional.