Documentalmente no hay pruebas de lo consignado en la tradición, cuyos pormenores datan de 1297 —en una bula del papa Bonifacio VIII— y 1299 —una declaración de los Jurados de Zaragoza—, donde por primera vez se atestigua la advocación de «Santa María del Pilar», tras emprender en 1293 el obispo Hugo de Mataplana una rehabilitación del edificio que amenazaba ruina, gracias a las donaciones propiciadas por la mencionada bula papal.