La interpretación de las referencias de los Padres de la Iglesia no es unánime (por ejemplo, Joseph Newbould Sanders pone en duda algunas referencias de los Padres Apostólicos, y Richard Bauckham se opone a la interpretación del «Discípulo Amado» como Juan el Apóstol en Ireneo de Lyon), pero es mayoritaria a favor de la hipótesis que presenta a Juan el Apóstol como el «Discípulo Amado».