En ciencias naturales y medicina también hubo importantes avances: en 1543 Andrés Vesalio publicó "De humani corporis fabrica", un compendio de anatomía con profusas ilustraciones considerado uno de los más influyentes libros científicos de todos los tiempos; Bartolomeo Eustachio descubrió las cápsulas suprarrenales; Ambroise Paré inició la cirugía moderna; Conrad von Gesner inauguró la zoología moderna con una primera clasificación de animales por géneros y familias; Miguel Servet describió la circulación pulmonar, y William Harvey la de la sangre; Gabriele Falloppio estudió la estructura interna del oído; Ulisse Aldrovandi creó el primer jardín botánico en Bolonia; Bernard Palissy fundamentó la paleogeografía; Caspar Bauhin introdujo un primer método de clasificación de las plantas; y Zacharias Janssen inventó el microscopio en 1590.