También le dejó una serie de instrucciones, entre ellas poner las administraciones en manos patriotas, ganar el favor de los indios, y arcabucear al gobernador de Chuquisaca -Vicente Nieto-, al gobernador de Potosí -Francisco de Paula Sanz-, al general José Manuel de Goyeneche y al obispo de La Paz -Remigio La Santa y Ortega-.