ENAIRE invierte en investigación y tecnología de su sector y participa en proyectos de la Unión Europea relacionados con la implantación del Cielo Único Europeo como el grupo A6, y la alianza europa iTEC (con Indra y los proveedores de navegación aérea NATS (Reino Unido), DFS (Alemania), LVNL (Países Bajos), Avinor (Noruega), PANSA (Polonia) y Oro Navigacija (Lituania).