Cabo Rojo posee una gran cantidad de los sistemas naturales presentes en Puerto Rico, tan diversos ecosistemas como el bosque seco subtropical, los manglares, lagunas hipersalinas, charcas de agua dulce, quebradas intermitentes, cuevas, bosques, ríos, ciénagas, montes, estuario, acantilados, formaciones volcánicas y la mayor cantidad en millas de costa que cualquier otro municipio de Puerto Rico.