En 1194 murió su madre y un año después Balduino tomó posesión de un Flandes bastante reducido, pues su tío había cedido el condado de Artois a la hermana de Balduino, la reina Isabel de Henao, en el momento de su matrimonio con Felipe II de Francia, y aunque la reina había muerto en 1190 el rey francés mantenía el condado en nombre del hijo que había tenido con Isabel, el futuro Luis VIII.