Los principales arroyos afluentes del río Uruguay en el departamento son, de norte a sur: Gualeguaycito (límite con el departamento Federación), Ayuí Grande, Ayuí Chico, Mansores, Concordia, Yuquerí Grande, Yuquerí Chico, Yeruá, y Grande o del Pedernal (límite con el departamento Colón).