Nacido en Azpeitia (Guipúzcoa) el 5 de enero de 1747, fue hijo legítimo de José Joaquín de Emparan, nieto en grado decimosexto por línea materna del rey Alfonso XI de Castilla, y XIV señor de la casa de Emparan de Azpeitia, y de María Ana Orbe y Zarauz, sobrina de Andrés de Orbe y Larreátegui a quien el rey Felipe V le otorgó el título de Castilla de marqués de Valde-Espina.