Cuando éste regresó, encerró a su hija de por vida en Tordesillas y gobernó como regente en Castilla, aunque no obstante, se centró en las cuestiones de Italia (tomando parte en la Liga de Cambrai contra Venecia en 1511) y dejó el gobierno de Castilla al cardenal Cisneros (Concordia de Burgos de 1507).