No hay ninguna corriente de agua superficial en el territorio municipal, pero sí subterráneas, característica de toda la región, actualmente hay en Tixkokob un total de 25 cenotes conocidos, pero se considera de que existe un número superior sin precisar, los principales cenotes son el Cenote Yaax-Ha y el Cenote Naj-Turix, este último ubicado en la zona urbana de la cabecera municipal, dentro de una casa particular.