Fue a partir de su gobierno que empezó una serie de secuestros, torturas y asesinatos selectivos ―principalmente en la Capital―, contra intelectuales, sindicalistas, artistas, escritores, estudiantes, docentes y cualesquiera otros opositores políticos, así como de quienes fueran colaboradores o simplemente simpatizantes de los grupos de izquierda; pero la izquierda no se quedó de brazos cruzados: el 1 de abril de 1965, varias personas resultaron heridas y edificios públicos y privadas dañadas luego de varios atentados terroristas de las Fuerzas Armadas Rebeldes mientras Peralta Azurdia presentaba al congreso su informe de los dos años de su gobierno militar.