Tras su paso por la política en las listas electorales del PSOE, Garzón volvió a la Audiencia Nacional, donde sus investigaciones contra el llamado terrorismo de Estado contribuyeron también a denunciar las acciones de José Barrionuevo Peña, ministro de Interior del PSOE, con relación a los Grupos Antiterroristas de Liberación (GAL), la llamada "guerra sucia" contra el terrorismo.