Frente a las costas de Benito Juárez, se encuentra parte del llamado Sistema arrecifal Mesoamericano, de enorme diversidad biológica y que forma el Parque nacional Arrecife de Puerto Morelos, por está situado frente a esta población y del Parque nacional Costa Occidental de Isla Mujeres, Punta Cancún y Punta Nizuc.