Para 1906, Santa Ana se había convertido en refugio de varios guatemaltecos que estaban en contra del gobierno del presidente de Guatemala Manuel Estrada Cabrera cuyos líderes eran los generales José Montufar y Salvador Toledo, los cuales el 27 de mayo invadieron el territorio guatemalteco apoyados por el general Tomás Regalado y se tomaron la población de Asunción Mita (en el departamento guatemalteco de Jutiapa) pero fueron vencidos y se replegaron al territorio salvadoreño volviendo a Santa Ana; posteriormente del 8 al 10 de junio de ese año salen nuevamente de la ciudad santaneca e invaden Guatemala, se apoderaron del Mongoy (en el departamento guatemalteco de Jutiapa) siendo luego desalojados por el gobierno guatemalteco, al siguiente día se reorganizaron y se tomaron Ayuta pero el ejército guatemalteco los desalojó por lo que regresaron a Santa Ana.