El Carmen de Atrato está dividido en 14 barrios: Acueducto, Buenos Aires, Cesar Conto, Corazón de Maria, La Colonia, La Paz, Manizales, Manzanares, Restrepo, Santa Teresa, Sector El Puente, Tonusco, Villa Claret y Villa Merced; un corregimiento, La Mansa y 29 veredas: El Cinco, El Dauro, El Dieciocho, El Diez, El Doce, El Lamento, El Nueve, El Ocho, El Piñón, El Porvenir, El Quince, El Roble, Bocas de Hábita (también conocido como El Siete), El Toro, El Yarumo, Guaduas, Habita, Juangarales, La Arboleda, La Argelia, La Calera, La Clara, La Isla, La Mariela, La Pradera, La Puria, Monteloro, Sabaleta y San Cayetano.