El encajonamiento de la red fluvial, con el río Tajuña como eje principal, ha provocado la erosión de las calizas, de forma que el sistema ha quedado dividido en cuatro subunidades que constituyen acuíferos colgados independientes: Subunidad sur y noroccidental en la margen derecha del Tajuña y Subunidades de Chinchón y Mondéjar en la margen izquierda.