Las especies de aves más importantes de Machu Picchu, ya sea por su rareza o escasez, son: Churrete real ("Cinclodes aricomae"), tijeral cejiblanco ("Leptasthenura xenothorax"), canastero de Junín ("Asthenes virgata"), cucarachero inca ("Thrythorus eisenmanni"), habitante de los bosques de bambú, matorralero del Cusco ("Atlapetes caniceps") y matorralero de Vilcabamba ("Atlapetes terborghi"), tapaculo de Vilcabamba ("Scytalopus urubambense"), hemispingo de Parodi ("Hemispingus parodii"), colicardo de Vilcabamba ("Schizoeaca vilcabambae"), lechuzita peruana ("Glaucidium peruanum") y colaespina de Apurímac ("Sinallaxis courseni"), especies que habitan en los bosques de queñual, pajonales y roqueríos a altas elevaciones.