En 1891, el cardenal Antolín Monescillo realizará una segunda reforma estructural del Seminario valentino, agregando al Seminario el Colegio de San José de Vocaciones eclesiásticas, como institución subsidiaria del Seminario, convirtiéndolo en instituto diocesano bajo la dirección de los Operarios Diocesanos, pero respetando el orden económico y administrativo.