Después de un período de inactividad, el cabildo hace venir en 1549 a Andrés de Vandelvira, pasando el encargo al año siguiente a manos de Hernán Ruiz II, grandes exponentes ambos de la arquitectura renacentista en Andalucía; y luego a Diego de Vergara, maestro formado en Italia, y a su hijo de igual nombre; quienes trabajan en esta catedral hasta casi el final del siglo XVI.