En los primeros análisis, Gunneraceae aparecía como un clado de ramificación temprana dentro del núcleo de las eudicotiledóneas, pero su posición exacta dentro de éstas estaba poco clara (por ejemplo en Chase "et al." 1993; Morgan y Soltis 1993), y posteriormente obtuvieron un alto consenso como hermanas del resto en Senters "et al." (2000, sólo fue incluida Gunneraceae en el análisis), y por Hilu "et al." (2001, con consenso menos fuerte).