Al observar el trato abierto y respetuoso de Marcos Pérez y Benito Juárez, y al escuchar discursos que hablaban de los jóvenes como amigos, y los derechos del hombre, (cosa que no sucedía y tomaba en cuenta en el seminario) Porfirio decidió abandonar el seminario e ingresar en el Instituto de Ciencias y Artes de Oaxaca, entonces considerado herético.