La segunda fase fue una gesta desesperada: refugiado entre los yumbos al lado occidental del Pichincha, levantó a los indios de los Chillos y Latacunga, cayó sobre Quito, persiguió a Benalcázar que se dirigía a Riobamba a conferenciar con Pedro de Alvarado, se atrincheró en las breñas de Pillaro pasó a Quijos, se escondió en los solitarios Llanganates y retrasó en tres meses la segunda entrada de Benalcázar a Quito.