El mantenimiento de la independencia recién restautrada fue mantenido durante veintiocho años, rechazando las sucesivas tentativas de invasión de los ejércitos de Felipe IV de España y vencerlos en batallas como las de las Líneas de Elvas (1659) Villaviciosa (1665), firmando un tratado de paz definitivo en Lisboa (1668), por el que Ceuta quedaría como posesión de los Habsburgo.