El humedal El Yali presenta numerosas amenazas debido a la acción antrópica, la cual modifica el hábitat, como por ejemplo, incendios forestales, extracción y desviación de aguas para uso agrícola, reducción de la vegetación nativa por incendios forestales, construcción de inmuebles, acción de cazadores y pescadores ilegales, ingreso de vehículos de doble tracción de todo tipo a la zona costera del humedal, instalación de cableados eléctricos que causan colisiones con algunas especies de aves acuáticas.