Murió asesinado, por un pelotón del batallón Atlacatl de la Fuerza Armada de El Salvador, bajo las órdenes del coronel René Emilio Ponce, el 16 de noviembre de 1989, junto a otros sacerdotes; Ignacio Ellacuría, Segundo Montes, Juan Ramón Moreno, Amando López, y Joaquín López y López.