Sin la ayuda de las provincias "de abajo", la ciudad altoperuana fue ocupada por el mariscal de campo de los ejércitos realistas José Manuel de Goyeneche -que, al igual que su primo y subordinado Tristán, era criollo arequipeño- a finales del mes de julio, el cual actuó con gran rigor contra los partidarios de la revolución, tanto españoles como criollos e indios: ejecutó prisioneros, encarceló a civiles, embargó propiedades y aplicó tormentos y azotes para con los aborígenes.