En virtud a dicha misión, a la Escuadra se le asignó como área de operaciones, el área marítima Paita-Golfo de Guayaquil bajo las órdenes del Comandante General de la Escuadra, cargo desempeñado en ese entonces por el Capitán de Navío Grimaldo Bravo Arenas; a la Flotilla de Patrulleras de Esteros, el área de los Esteros ubicada sobre la frontera de ambos países, comprendida entre la Boca de Capones y Noblecilla, a la que los ecuatorianos llaman isla Alto Matapalo; y, a la Fuerza Fluvial del Amazonas, se le encargó el área fluvial fronteriza con el Ecuador.