Para el gobierno interior del municipio este se divide en 11 Presidencias Municipales Auxiliares, los titulares de estos cargos son electos mediante voto universal, directo y secreto mediante planillas, durando en su cargo el mismo período que el ayuntamiento en 9 de las juntas; en las dos restantes (San Diego Metepec y San Sebastián Atlahapa) la elección es mediante el sistema de usos y costumbres.