Las campañas del equipo en la primera década del Siglo XXI (2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007 y 2009) fueron desfavorables ya que el equipo cuyabro evitaba salvarse de descender a la Segunda División o jugar la y desde la temporada 2002 la Primera División había aumentado de 16 a 18 equipos y estuvo cerca de clasificar en algunos torneos a los cuadrangulares semifinales tanto así que hasta el Torneo Apertura 2008 consiguió su primera partición en un cuadrangular semifinal de la mano de su técnico el matemático Néstor Otero y con la destacada actuación de Iván Velásquez que se consolidó como Botín de oro.