El 7 de julio de 1803 una real cédula incorporó el gobierno de Guayaquil al Virreinato del Perú separándola de la jurisdicción de Quito: ""Sobre defensa de la ciudad y puerto de Guayaquil (...) debe depender el Gobierno de Guayaquil del Virrey de Lima, y no del de Santa Fe, pues éste no puede darle como aquél en los casos necesarios los precisos auxilios (...)"".