El parque nacional protege especies animales en peligro de extinción, como el yaguareté, el tatú carreta, el oso hormiguero grande, el loro hablador y el chancho quimilero (un raro pecarí identificado en 1974, conocido así por alimentarse del fruto del quimil), el tamandúa u oso melero (un edentado, parecido al oso hormiguero pero más pequeño, vive en los árboles y se alimenta de insectos y de miel), monos, tucanes y guacamayos.