Hizo varias contribuciones a la teoría de aperturas, existe una Variante Makogónov en la Defensa india de rey (1.d4 Cf6 2.c4 g6 3.Cc3 Ag7 4.e4 d6 5.h3) y en la Defensa Grünfeld (1.d4 Cf6 2.c4 g6 3.Cc3 d5 4.Cf3 Ag7 5.e3 0-0 6.b4).