Culminando la cuesta abajo que sufría la entidad, llegó lo más temido y que poco se auguraba al ser uno de los clubes históricos: precisamente en el escenario que había visto al Real Betis coronarse como campeón absoluto español, Santander, vio como el 13 de abril de 1947 los verdiblancos perdían por 4-1 ante el conjunto santanderino y descendió a la Tercera División, entonces la tercera categoría en el sistema de ligas del país.