Yonatan se desempeñaba como comandante de la antigua unidad de Benjamín, el Sayeret Matkal, y murió en acción durante el rescate de los rehenes de terroristas, durante su misión en la operación Entebbe, en la que su unidad rescató a más de 100 rehenes israelíes secuestrados por terroristas y llevados hasta el aeropuerto de Entebbe en Uganda.