Flores, designado prefecto del Departamento del Sur, buscó legitimar su administración mediante un matrimonio con una mujer ecuatoriana, escogiendo a la joven aristócrata y terrateniente otavaleña Mercedes Jijón de Vivanco, que para entonces contaba con apenas 13 años de edad, y era descendiente por línea paterna de los Condes de Casa Jijón, título que llegó a disputar infructuosamente con su primo Francisco Jijón.