La plantilla aumenta hasta los 32 personajes (33 en la versión japonesa), incluyendo un único modo historia en el que recorremos distintas localizaciones de la serie abarcando la historia de Naruto desde el examen de chunin hasta la pelea de los tres Sannin, añadiendo tras esto una historia exclusiva del juego en la que Orochimaru y Kabuto resucitaban al Tercer Hokage, Haku y Zabuza.