Con la vuelta a la democracia Cruz ocuparía, durante el Gobierno del presidente Patricio Aylwin, el cargo de jefe de gabinete del Ministerio de Economía, Fomento y Reconstrucción (en ese entonces encabezado por Carlos Ominami).Durante el ministerio de Ricardo Lagos en Obras Públicas (1994-1998), ocuparía el puesto de coordinador general de Concesiones, liderando la puesta en marcha de emblemáticos proyectos de infraestructura.