El general Carlos Greene tomó posesión del gobierno, sin embargo, los dominguístas atacaron la capital del estado, provocando que las autoridades abandonaran San Juan Bautista debido que protestaban por "fraude electoral" formaron su Congreso y se instalaron en Amatitán, reconociendo a Luis Felipe Domínguez como gobernador constitucional y plantearon ante el Senado de la República, un caso de conflicto de poderes, al existir dos gobernadores y dos Congresos al mismo tiempo.