Mientras el modo de juego opera de manera similar a "Resident Evil", peleando contra monstruos y resolviendo acertijos para desbloquear otras ubicaciones, "Eternal Darkness" mantiene diferencias notables en el estilo del modo de juego, algunos de los cuales lo distinguen de otros juegos de horror/supervivencia de su época, entre las que destacan un mapa que rastrea la trayectoria del jugador y el sistema de inventario que almacena armas y elementos que pueden usarse para resolver los acertijos, algunos de los cuales se pueden combinar con otros objetos e incluso ser encantados con magia para diferentes efectos.