Con la invasión hispana se inicia el periodo colonial, desintegrando la organización política y jurídica de los quechuas y por cierto desarticulando el ejercicio del poder de la clase gobernante o inkas, imponiéndose las llamadas encomiendas, reducciones y corregimientos durante el gobierno del virrey Francisco Toledo e implicando el paulatino abandono de los centros de poder y las principales edificaciones de gobierno.