Sobre los motivos de la renuncia hay distintas versiones: Graciela Fernández Meijide dice que Favaloro envió una carta aduciendo razones anímicas y laborales, al mismo tiempo que remitía una carta de renuncia a Alfonsín en la que se mostraba molesto y decepcionado porque había recibido a Isabel Perón; entre los miembros de la CONADEP la impresión era que había renunciado por la relación que mantenía con algunos militares que desde 1976 habían obtenido aportes monetarios importantes para su Fundación.