El 16 de noviembre de 1989, fue asesinado por un pelotón del batallón Atlacatl de la Fuerza Armada de El Salvador, bajo las órdenes del coronel René Emilio Ponce, junto a Ignacio Ellacuría y otros jesuitas en su residencia ubicada en la UCA, por lo que es considerado uno de los mártires de la UCA.