Convertida en parroquia de un populoso barrio en 1482, su capacidad se hizo insuficiente, lo que dio lugar a su reconstrucción a finales del siglo XVI, bajo un mecenazgo del Obispo de Sigüenza, Fray Mateo de Burgos, y después por el franciscano Fray Manuel de la Vega y Calvo, Comisario General de la Indias, bautizados ambos en esta parroquia.