En 1601 el carpintero Mateo Domínguez se tomó el trabajo de realizar una armadura de listones y vigas para el techo mientras que Hernando Álvarez fue comisionado para que supervisara la fabricación de 30 000 tejas «musleras», la dirección de la obra fue poco después encomendada al arquitecto granadino Ricardo González Merguete quien efectuó diversos planos; las obras cobraron fuerte impulso merced a los arquitectos y jesuitas.