En el verano de 1998 Pohamba fue coadyuvante, y luego solidario a la hora de defender la empresa frente a las duras críticas que recibió desde la sociedad civil y los partidos de la oposición (ya soliviantados por el proyecto reeleccionista de Nujoma), en la decisión de enviar a la República Democrática del Congo un contingente de tropas, en torno a los 2.000 soldados, para ayudar al presidente Laurent Kabila en su lucha contra una poderosa rebelión alentada por Uganda y Rwanda.