Posteriormente, en 1999, los Cañoneros de Cúcuta obtuvieron el subtítulo de la VII Copa Costeñita luego de caer con Sabios de Manizales, y en 2003 lograron de nuevo el segundo lugar en la Copa Invitacional FCB-SALUDCOP-IDRD, al caer frente a Paisas de Medellìn.