La verificación de MINUGUA constató que, hasta fines de 1999, el funcionamiento, estructura e integración de la SAE había vulnerado lo establecido en los Acuerdos de paz y su integración no respetaba el carácter civil de la institución previsto en el Acuerdo, dado que más de la mitad de los funcionarios eran militares y algunos de ellos ocupaban posiciones estratégicas de dirección.