A través de los años se ha arraigado la creencia de que los Skull and Bones han participado en todo tipo de actividades ilegales y han surgido todo tipo de especulaciones en torno a la orden como: la guerra de secesión estadounidense, el tráfico de opio de India a China o que los restos del jefe indio Gerónimo fueron robados de su tumba para llevarlos a la sede de Skull and Bones en Yale, entre otras.