La Iglesia se construyó restaurando una preexistente iglesia franciscana ya presente al menos del 1343, por la voluntad y munificiencia de la condesa Juana Ximenes de Cabrera, al final de celebrar, en el enero de 1481, las bodas de su hija Ana de Cabrera con Fadrique Enríquez, primo del rey de Aragón Fernando el Católico.