Para cumplir tan delicado encargo, se embarcó en dos buques con la gente que llevaba para cumplir aquella misión, en el puerto del Callao y tres meses después desembarcaba en La Serena, y allí Villagra le ordenó que llevara a Concepción la gente que conducía, a pesar de lo cual hizo rumbo a Valparaíso, donde desembarcó con sus soldados, y al día siguiente (17 de junio), al frente de sus fuerzas, marchó sobre Santiago, depuso a Villagra, a quien mandó a Valparaíso y encerró en uno de sus barcos e hizo reconocer a Quiroga como gobernador.