Su declive se produjo años después, entre 1476 y 1479, durante la guerra de Sucesión Castellana al ser defensor de Juana la Beltraneja y de su tío y esposo Alfonso V de Portugal, frente a Isabel de Castilla (hermanastra de Enrique IV de Castilla) y su consorte Fernando II de Aragón, futuros Reyes Católicos.