Carlos IV autorizó a los jesuitas españoles a volver a España en 1797, y Pou regresó a Mallorca, viviendo en Palma, disfrutando desde 1799 de una doble pensión anual concedida por el Rey; posteriormente, ante la postura del Gobierno contra los restos de la Compañía, se retiró a Algaida, su pueblo natal, donde murió el 17 de abril de 1802.