Luego de su despido en Boca Juniors, en diciembre de 2009 Ischia es contratado por el Club Atlas de Guadalajara de México, en el cual tuvo un desastroso arranque en el Torneo Apertura 2010: cuatro derrotas y un empate, obteniendo un punto de 15 posibles y mandando a los rojinegros al sótano de la tabla general de dicho campeonato, lo que llevó a la directiva del club tapatío a destituirlo de su cargo como entrenador en agosto de 2010.