El Malintzin es la mayor elevación del municipio y se encuentra localizado en su extremo noreste, compartido con el municipio de Tepetlaxco de Hidalgo y con el estado de Tlaxcala cuyos límites convergen en la cima del mismo; en las faldas del volcán se encuentra localizadas varias poblaciones siendo la principal San Miguel Canoa, sus estribaciones comienzan al elevarse a 2 200 msnm y culminar en 4 500 en una distancia de veinte kilómetros desde el valle por lo que su elevación es considerada abrupta; al este del territorio y en los límites con Amozoc se encuentran las pequeñas elevaciones que dan inicio a la Sierra de Amozoc y que tienen un sentido noroeste-sureste, las siguientes elevaciones en importancia después de La Malinche son las de la Sierra del Tenzo que forma el límite sur del municipio, en esta serranía la mayor elevación la constituye el Cerro Nanahuachi; al pie de la Sierra del Tenzo se encuentra la cuenca del Valsequillo, la zona más baja de todo el territorio y a través de la cual corre el río Atoyac, y en donde había formado un cañón llamado Balcón del Diablo, siendo aprovechado al ser construida en él la Presa de Valsequillo o Presa Manuel Ávila Camacho, cubriendo su embalse la mayor parte de la extensión de la depresión.