La lealtad de Mayr hacia su comunidad y su aparente afecto por su estilo de vida tranquilo le llevaron a rechazar numerosos nombramientos de prestigio en ciudades más grandes, entre ellos los directorios de los teatros y conciertos imperiales en París (1805, posición posteriormente aceptada por Paer) y de Los teatros italianos de San Petersburgo, Lisboa y Londres (todo en 1807), el puesto de Kapellmeister en Dresde (en sustitución de Paer en 1808), el de maestro di cappella en Novara (1823) y la dirección del Liceo Musicale de Bolonia (1825).