El 1 de agosto de 1794 se casó en Cuges-les-Pins (Bocas del Ródano) con Marie Julie Clary, hija de un comerciante de Marsella, con la que tendría tres hijas: Julia Josefina Bonaparte (1796), que no sobrevivió, Zenaida Leticia Julia (1801-1854) y Carlota Napoleona (1802-1839).