A los pies del altar mayor se encuentra un túnel, que los guías identifican como parte de un sistema de comunicación con la Casa de los Marqueses, aunque se supone que se trataría de una cripta para depósito de los ataúdes de los Marqueses y sus descendientes, quienes tenían el derecho eclesiástico de descansar a los pies del altar, en su carácter de fundadores y benefactores del templo.