Con los Cuatro Guardianes y "Copy X" ya eliminados, Weil no está dispuesto a permitir que los humanos huidos de la ciudad reciban su libertad y envía a su armada de ocho guerreros comandados un reploide comandante llamado Kraft para cazar a los huidos, atacar y destruir el "Área Zero", donde alguna vez se estrelló la colonia Eurasia (evento presente en Mega Man X5), como producto de la falta de intervención humana y reploide, la naturaleza ha vuelto a tomar su curso.