Muchas preparaciones a lo largo de la historia sudamericana han recibido este nombre; sin embargo, los registros más antiguos que se tienen de un plato llamado charquicán datan de los tiempos del Imperio español (siglos XVI y XVII), y se asocia al tránsito de comerciantes entre los yacimientos mineros de Potosí y el puerto de Arica, la antigua ruta inca del Cápac Ñan, la cual fue utilizada también por los conquistadores españoles y los arrieros locales.