Al parecer, la intención de Bolívar habría sido fusilarlo por considerar que el pacto de San Mateo era un acto de traición, pero finalmente, atendiendo diversos consejos, Miranda fue encarcelado bajo el coronel Manuel María de las Casas, comandante militar del puerto, quien en secreto se pasó al bando español, entregando a Miranda a Domingo de Monteverde, junto con los demás refugiados que no habían conseguido zarpar (Simón Bolívar desconocía la traición de Manuel María de las Casas, y se dirigió entonces a Caracas, ya en manos de los realistas, donde gracias a la intercesión de algunas amistades en el bando enemigo, obtuvo un pasaporte de Domingo de Monteverde, de quien se dice que expresó textualmente "Debe satisfacerse el pedido del coronel Bolívar, como recompensa al servicio prestado al rey de España con la entrega de Miranda", tiempo después de salir de Venezuela, Bolívar regresaría a reiniciar la guerra).