Posteriormente como "provincia de Tierra Firme" pasó a ser una dependencia directa del Virreinato del Perú, desde 1550 hasta 1565, año en que se reinstaló la Real Audiencia de Panamá y se desintegró la vecina capitanía general guatemalteca, por lo cual adquirió jurisdicción sobre los territorios de las provincias de Nueva Cartago y Costa Rica, de Nicaragua y de Comayagua u Honduras, hasta el río Ulúa y el golfo de Fonseca, obteniendo así nuevamente autonomía como "presidencia-gobernación de Tierra Firme", pero perdió dichos territorios en el año 1570.