La diócesis fue erigida el 6 de agosto de 2003 por el papa Juan Pablo II por medio de la Constitución Apostólica "Ad Efficacius Providendum", su jurisdicción comprende el municipio de Cota, el territorio completo de la localidad bogotana de Engativá (donde se encuentra la sede) y de la localidad de Suba solo corresponden a la Diócesis las Unidades de Planeamiento Zonal -UPZ- de: "Suba", "Tibabuyes" y "El Rincón", el resto le corresponde a la Arquidiócesis de Bogotá.