El Papa Clemente VII autorizó a Carlos I a vender algunas propiedades de las órdenes militares y Benamejí es vendido al regidor de Burgos Diego de Bernuy, por 19.965.000 maravedíes, el cual, allá por 1549, decide levantar al pueblo de nueva planta, lo dota de Carta Puebla, reparte tierras y da normas para la organización de la villa.