Con la finalidad de cumplir con los objetivos de protección del parque se ha zonificado el área del parque de acuerdo a las actividades permitidas en cada subárea, de tal forma que existen zonas de: uso recreativo semi-intensivo, uso recreativo intensivo, uso educativo e interpretación ambiental, uso recreativo especial, canales de seguridad para natación, canal de navegación en la laguna arrecifal, zona de navegación al exterior de la laguna arrecifal, uso pesquero concecionado, y uso científico.