Tuvo roles juveniles significativos en "Stand By Me" (1986) de Rob Reiner, película que trajo a Phoenix prominencia pública; "The Mosquito Coast" (1986) de Peter Weir, en la cual Phoenix interpretó al hijo del personaje de Harrison Ford; "A Night in the Life of Jimmy Reardon" (1988) y en "Little Nikita", al lado de Sidney Poitier.