Durante la Guerra Civil, mientras se estaba levantando la fachada principal, y el tercer tramo, el templo fue saqueado y se perdieron numerosas obras artísticas, como el Gran Retablo Mayor, barroco, de inicios del siglo XVIII, donde se encontraba la Santísima Virgen de los Llanos; numerosas pinturas del siglo XVI y esculturas atribuidas a Salzillo ("Dolorosa") o a sus seguidores ("Jesús Nazareno", "Beato Andrés Hibernón" y otras).