El riesgo de tromboembolismo varía con diferentes preparaciones; con pastillas de segunda generación (con un contenido de estrógeno menor a 50μg), el riesgo de tromboembolismo es pequeño, con una incidencia aproximada de 15 por cada 100.000 usuarias por año, comparado con 5 por cada 100.000 por año entre las no embarazadas que no toman la pastilla, y 60 por cada 100.000 embarazos.