El municipio de Tlayacapan carece de ríos y arroyos naturales, solo cuenta con las corrientes de las barrancas que descienden de la cordillera neovólcanica como arroyo de caudal temporal, entre las que se pueden mencionar la del Tepanate, Chicotla, Huiconchi (Tlacuiloloapa), la de la "Plaza", "Santiago".