Sin embargo, en esos momentos de convulsión política, decidió dar ayuda espiritual a las tropas libertadoras, uniéndose al ejército del Libertador José de San Martín, y posteriormente en la última campaña por nuestra independencia se unió al ejército del libertador Simón Bolívar, con la dignidad de "Capellán del Ejército Libertador del Perú", además de darle la tarea de cuidar a los heridos de guerra que ocupaban tres hospitales en la ciudad.