De 1996 a 2005 el territorio del distrito era similar al actual y su cabecera era la misma ciudad de Comitán, sin embargo, los municipios que lo integraban eran diferentes, de los actuales formaban parte Comitán de Domínguez, La Independencia, La Trinitaria, Socoltenango y Tzimol; así como los de Amatenango del Valle, Chanal, Las Rosas y Teopisca.