Melo fue el segundo entrenador del Deportivo de la Coruña durante las temporadas 1998-2005 junto con quién fuera su compañero del Atlético Javier Irureta, en esta etapa con el "Euro Depor" ganó una Liga (1999-2000), la primera en la historia del equipo;y además consiguió dos subcampeonatos y dos terceros puestos.