Fue corregimiento de Bolívar, creado por decreto 2755 de 1953 y elevado a la categoría de municipio, por decreto número 0034 de 8 de febrero de 1993, cuando gobernaba el departamento el Doctor Juan Carlos Duarte Torres, y era su secretario de Gobierno Feisal Mustafá Barbosa, quien fuera uno de los promotores de la municipalidad, así dice la norma: "Créase a partir del 11 de marzo de 1993 el municipio de El Peñón en el Departamento de Santander, territorio que se segrega de los municipios de Bolívar y Sucre.