En la siguiente campaña, participó en 24 cotejos; no obstante, la tercera temporada fue la mejor en la carrera de Sagna en Francia pues fue incluido en el equipo de la temporada de la Ligue 1 debido a su gran desenvolvimiento en la banda derecha del Auxerre y además, fue elegido como el mejor zaguero derecho de la liga francesa en la temporada 2006-07.