En el Campeonato Descentralizado 2009, el equipo terminó primero al final de las 30 primeras fechas; debido a esto para la segunda parte del torneo se ubicó en la liguilla de los impares (A); sin embargo desacuerdos entre la directiva y el comando técnico devinieron en la renuncia de Franco Navarro; asumiendo entonces como nuevo entrenador el colombiano Luis Fernando Suárez, terminando 2º en la liguilla A, no pudiendo llegar a jugar el "Play Off" final, pero finalizando 3º en el acumulado general del año con 74 puntos, clasificando a la Copa Libertadores 2010 por segunda vez en su historia.