El rechazo de adhesión a la junta de Guayaquil, Cuenca, Popayán, Pasto, Barbacoa y Panamá así como el débil interés que poseían algunos de sus miembros, entre ellos el presidente, Juan Pío Montufar, ocasionó que el 5 de octubre se declarase una contrarrevolución y que el 24 del mismo mes se firmara la capitulación.