El 9 de septiembre de 1541 murió Pedro de Alvarado y el ayuntamiento nombró en su lugar a su viuda, doña Beatriz de la Cueva como gobernadora; pero solamente pudo ocupar el cargo dos días, porque el 11 de septiembre ocurrió la inundación de la ciudad: fuertes lluvias aflojaron la tierra de las laderas más altas del Volcán de Agua y de allí se produjo un deslave que arrasó con cuanto encontró a su paso.