La hidrografía está formada por los ríos Arauca, Casanare, Bojabá, Ele, Lipa, Cravo Norte, San Ignacio o Tame, Tocoragua, Cusay, Satocá, Tigre, Calafita, San Miguel, Capanaparo, Cinaruco, Limón, Banadía y Tocancia.