Desde el principio, las sospechas recayeron en la organización islamista Hezbolá, con apoyo del gobierno de Irán, pero solo 12 años después del atentado, en octubre de 2006, se lograron reunir las pruebas necesarias para formular oficialmente la acusación contra el Gobierno de Irán como instigador, y contra Hezbolá, como ejecutor, por parte de una unidad fiscal creada al efecto por el Gobierno argentino.