El 17 de junio de 1808 la Junta de Sevilla nombra a Goyeneche su comisionado como representante plenipotenciario del Gobierno legítimo de España en América, ascendiéndolo al rango de brigadier del Ejército el 24 de junio de 1808, con instrucciones de asegurar la proclamación del rey Fernando VII en el Río de la Plata y en el Virreinato del Perú.