La UCEN se estructura en cinco facultades y un instituto, en los cuales se imparten 2 programas de doctorado, 30 programas de maestría, 28 programas de pregrado, 6 programas técnicos de nivel superior y diversos programas de perfeccionamiento y educación continua en las áreas de Administración y Comercio, Arquitectura, Ciencias Sociales, Derecho, Educación, Salud y Tecnología.