Además de centros de enseñanza, eran también el lugar de investigación y producción del saber, y foco de vigorosos debates y polémicas, lo que a veces requirió incluso las intervenciones del poder civil y eclesiástico, a pesar de los fueros de los que estaban dotadas y que las convertían en instituciones independientes, bien dotadas económicamente con una base patrimonial de tierras y edificios.