Algunos institutos de vida consagrada y sociedades de Vida Apostólica de la Iglesia católica llevan su nombre: las Hermanas de la Caridad de San Carlos, fundadas en Nancy, Francia (1652); las Hermanas de la Caridad de San Carlos Borromeo de Maastricht, fundadas en Bélgica (1837); las Hermanas de la Caridad de San Carlos Borromeo de Viena, fundadas en Austria (1845); la Congregación de los Misioneros de San Carlos, fundada por Juan Bautista Scalabrini en Piacenza (1887); las Misioneras de San Carlos Borromeo, del mismo fundador en 1895; las Hermanas de la Caridad de San Carlo Borromeo de Trzbnica, Polonia (1923); las Hermanas enfermeras de San Carlos, fundadas por Giovanni Masciadri en Milán (1932), la Fraternidad Sacerdotal de Misioneros de San Carlos Borromeo, fundada por Massimo Camisasca en Roma (1999).