Al año siguiente, al viajar Alfaro a Guayaquil en julio de 1908, un grupo de soldados y suboficiales ataca la casa de la Gobernación donde se alojaba el Presidente y gracias a los oficiales de guardia que lo defienden heroicamente, éste salva su vida y contraataca, persigue a los sublevados, los apresa y fusila a varios de ellos.