Sin embargo, alejado y mal diseñado, con el presidio alejado cinco kilómetros de la misión, San Sabá era un objetivo fácil y el 16 de marzo de 1758 un ataque de los comanches y sus aliados con unos dos mil guerreros incendió la misión, convenciendo a los apaches de que la ayuda militar de los españoles no era efectiva tan cerca de territorio comanche.