Otra brillante página en la historia del club es la que escribió en la Copa del Rey, competición en la que logró alcanzar los octavos de final en la temporada 2000/2001 cuando militaba en 2.ªB, tras derrotar a equipos de Primera división como el Deportivo Alavés (finalista de la Copa de la UEFA esa temporada) y la Unión Deportiva Las Palmas y poner en apuros al Fútbol Club Barcelona empatando en el Camp Nou 0-0 y quedando eliminada merced a un solitario gol de Rivaldo en El Malecón.