Gómez de Tordoya se incorporó a la conquista americana en Guatemala y militó a las órdenes del caudillo cántabro Alonso de Alvarado, pero al pedir socorros Francisco Pizarro desde el Perú durante la gran rebelión indígena, Gómez de Tordoya se integraba a la conquista peruana como capitán de un pelotón de 200 hombres que, para este auxilio, llegaban desde Panamá.