La depuración de los más conspicuos liberales de la universidad, que se vieron obligados a fundar la Institución Libre de Enseñanza para ejercer su libertad de cátedra, nos indica en qué estado se encontraba el panorama intelectual: radicalizado entre católicos tradicionalistas (Marcelino Menéndez y Pelayo) y librepensadores (Francisco Giner de los Ríos).