La primera villa de San Salvador se fundó a menos de un año de esta expedición, por una misión no documentada al mando de Gonzalo de Alvarado.La primera mención que existe acerca de este asentamiento es una carta del mismo Pedro de Alvarado en Guatemala el 6 de mayo de 1525 haciendo notar que no se podía celebrar un cabildo por la ausencia de Diego de Holguín quien había partido a tomar el puesto de Alcalde ordinario de la villa de San Salvador.