El Consejo Académico es la máxima autoridad académica de la Universidad; está integrado por el Rector, quien lo preside, la Vicerrectora Académica, el Jefe de la división de Planeación, dos representantes de los Decanos, un representante de los profesores, un representante de los estudiantes, ambos elegidos por la comunidad universitaria por una vigencia de dos años; el subsecretario general y tres invitados permanentes que son el Vicerrector de Extensión, la Vicerrectora de Investigaciones y el Jefe de Relaciones Internacionales.