El pueblo de San Rafael de Onoto fue fundado el 9 de mayo en 1726 por los frailes españoles Bartolomé de San Miguel, Salvador de Cádiz y el fraile portugués Antonio de Oporto, hecho ocurrido según lo asentado por el documentalista francés y sacerdote Luis Alfredo María Pratlong, mejor conocido como el hermano Nectario María Pralon; todos ellos en calidad de prefectos o tutores civiles y religiosos de estos llanos.