Las medidas adoptadas por su nuevo gobierno no fueron del agrado de la cúpula militar boliviana en especial la encabezada por el coronel José Ballivián que 5 días después depuso a Blanco, quien con el brazo en cabestrillo fue trasladado prisionero al convento de la Recoleta donde sería asesinado por la guardia que lo custodiaba el 1 de enero de 1829.