Si bien la gran mayoría de los pacientes logra un resultado exitoso con alguna combinación de los tratamientos mencionados, existe un grupo menor con cefalea en racimos refractaria en quienes se han realizado y desarrollado otros tipo de terapias, tales como la cirugía radical (rizotomía sensorial del trigémino), abandonada actualmente, así como el bloqueo o la neuroestimulación del nervio occipital y la estimulación cerebral profunda de la región hipotalámica.