En 1992, pasó a laborar en la iniciativa privada y durante la estancia de Javier Corral Jurado como presidente del Comité Directivo Estatal del PAN en Chihuahua, Fernando se unió al equipo jurídico del PAN en Chihuahua en 1995, siendo después Secretario de Acción Electoral y posteriormente con la llegada de Guillermo Luján Peña al Comité Directivo Estatal, Fernando pasó a ser Secretario de Organización del PAN en Chihuahua.