Casado con la arequipeña María Josefa de la Fuente y Rivero, tuvo cuatro hijos: Francisco Bolognesi de la Fuente, abogado (1839-1878); Rosa Bolognesi de la Fuente (1841-1881); María Trinidad Bolognesi de la Fuente (1843-?); y Margarita Bolognesi de la Fuente (1845-1908).