El año 1999 ha sido uno de los años más importantes y recordados en la historia de la institución, en el torneo Verano 99 Atlas con prácticamente el mismo plantel que el año pasado, Atlas obtuvo resultados muy positivos, terminó el torneo invicto en condición de local y obtuvo victorias importantes ante Monterrey por 3-2, León por 4-0, Necaxa por 2-3, América por 3-2 y ante Pachuca por 3-0, Atlas terminó en segundo lugar general, invicto en condición de local, solo perdiendo 3 partidos de visita, ganando 10 partidos, siendo la segunda mejor ofensiva del torneo y siendo la segunda mejor defensiva del torneo.