Tres semanas más tarde llegaba a Nombre de Dios, en Panamá, continuando su obra organizadora: instaló un hospital para marineros enfermos, cambió la localización de la ciudad y el puerto, que trasladó a un lugar llamado Porto Bello, envió a la península Ibérica a los españoles casados y encerró a los soldados y marineros en actitud de rebeldía.