Si bien sus orígenes fueron como guardameta en el equipo gimnástico, pronto Bernabéu comenzó a alternar la posición de delantero centro con la de interior en el equipo juvenil, puestos que venía desarrollando en su última etapa antes de ingresar en el Madrid Foot-ball Club —actual Real Madrid Club de Fútbol— del que su hermano, Antonio Bernabéu, fue uno de los socios fundadores.