El cerro/volcán Zapaleri forma un nudo en el que entran en contacto los siguientes ramales de la cordillera de los Andes: la cordillera Real, la cordillera de Lípez (por el norte y noreste), el ramal que conecta con el volcán Licancabur hacia el oeste, la sierra de Almeida por el sur, y ya en pleno territorio argentino la sierra del Nevado de San Pedro, también por la vertiente argentina discurre de norte a sur el arroyo llamado río Zapaleri, el que nace del deshielo del volcán Tinte, recorre poco más de 20 km por territorio argentino e ingresa a Chile para desaguar, otros 20 km más al sur en el salar de Tara.