Pero la tensión por el manejo de las relaciones con la Iglesia hizo que la intervención del Papa fuera intensa, y las maneras dictatoriales del presidente (que ordenó el cierre de las sesiones ordinarias del Congreso en abril de 1867) llevaron a la oposición a derrocarlo el 23 de mayo de 1867, día en que una partida del ejército comandada por el coronel Daniel Delgado París ingresó a la casa de gobierno en medio de la noche, lo apresó y permitió la toma del poder del general Santos Acosta, quien se desempeñaba como segundo designado, apoyado por las cámaras legislativas, las asambleas de los estados y un varias municipalidades del país.