Este proyecto fue modificado por Diego de Riaño, quien incluyó las torres en la zona de las hornacinas, idea que aparecerá después en proyectos de Juan de Herrera, que pisa la planta de la colegiata de los cinco maestros y además reutilizó las cimentaciones y embutió lo construido de la colegiata de los cinco maestros en sus fábricas.