A pesar del éxito del sistema, empezó a perder fuerza cuando aparecieron la Sega Mega Drive (Sega Génesis en América) en 1989, y posteriormente la Super Famicom/Super Nintendo en 1991, ambas consolas con procesadores centrales de 16-bits, a diferencia del PC Engine cuyo procesador central es de 8 bits, y sólo el de vídeo es de 16-bits.