El paulatino relleno de la bahía es un proceso complejo en el que se suman la presencia de antiguas balsas de decantación de las actividades mineras en la cuenca del río Miera, la expansión del puerto de Santander y las áreas industriales asociadas, la desecación para aumentar la presencia ganadera y la ocupación del perímetro de la bahía por infraestructuras de comunicación.