Se trasladó a Florencia por la muerte de Lorenzo y volvió a Roma para la elección papal, que resultó en la elevación de Alejandro VI, muy en contra de su voluntad, por lo que permaneció en Florencia desde agosto 1492 hasta la expulsión de los Médicis en 1494, cuando tuvo que huir de su ciudad natal disfrazado de fraile franciscano y viajando por Alemania, Países Bajos y Francia.