Este club empezó en 1999 como “Proyecto 2000” con el objetivo de juntar jugadores Panameños y crear una selección para competir con clubes locales e internacionales, el equipo empezó jugando en La Liga Distritorial de Fútbol de Panamá (Lidifutpa) antes de cambiar su nombre a Chepo FC y así llegar hasta la Primera A (ahora Liga Nacional de Ascenso) en el 2003.