En 1962, a iniciativa de la Facultad y de la Asociación Médica Hondureña se fusionaron las colecciones de libros y revistas de ambas, y se formó la Biblioteca Médica Nacional que funcionó dependiente de la Facultad hasta 1970, año en que pasó a formar parte de la Biblioteca Central de la Universidad o Biblioteca de la Universidad Nacional Autónoma de Honduras.