El golpe militar encabezado por el general Augusto Pinochet, que el 11 de septiembre de 1973 derrocó al presidente Salvador Allende, puso fin a la gestión de Castillo Velasco: los golpistas nombraron rectores delegados en todas las universidades de Chile; particularmente, Castillo Velasco fue reemplazado por el vicealmirante (R) Jorge Swett Madge.