Otras órdenes, como la Compañía de Jesús, mantienen también instituciones de educación superior como lo es la Universidad Alberto Hurtado, al igual que los salesianos que tienen la Universidad Católica Silva Henríquez, los Legionarios de Cristo que poseen la Universidad Finis Terrae y por último la Prelatura Personal del Opus Dei quien mantiene la Universidad de Los Andes; además de la Universidad Santo Tomás que no pertenece a la iglesia, ni a alguna agrupación católica, pero está inspirada en el pensamiento tomista.