Flores Pérez destacó por su fidelidad en la aplicación del modelo neoliberal, cambió la moneda de curso legal del país el colón salvadoreño por el dólar estadounidense como moneda de cambio el 1 de enero de 2001, por medio de la Ley de Integración Monetaria (promovida por su gobierno y aprobada por la Asamblea Legislativa en noviembre de 2000), que implicaba el proceso de dolarización de todas las transacciones económicas y financieras en un plazo de seis meses.