El 11 de julio de 2002 la Gerencia de Urbanismo del Ayuntamiento de Córdoba y la Fundación Pública Municipal Jardín Botánico de Córdoba presentaron a la ciudad las obras de rehabilitación y adaptación museográfica del Molino de la Alegría como nuevo museo de paleobotánica, siendo los autores del proyecto el arquitecto Juan Cuenca y el comisario de exposiciones Roberto Wagner respectivamente.