Entre los años 1993 a 1996 mediante análisis de filogenia molecular realizados por Milinkovitch y colegas, basados en la comparación de genes de varios cetáceos actuales, sugirieron que los cachalotes se encuentran más estrechamente relacionados a los misticetos que a los otros odontocetos dentados, lo cual podría significar que este grupo no es monofilético, o sea que no todos son descendientes de un solo ancestro dentado.