En la década de 2000 ha sufrido su segunda gran transformación con el soterramiento del tramo urbano de Málaga y del aeropuerto; la apertura de estaciones subterráneas como Victoria Kent, Guadalhorce y Aeropuerto; el desdoblamiento de nuevos tramos; la apertura del nuevo apeadero de Plaza Mayor; la remodelación de estaciones subterráneas en el área urbana; la informatización del los sistemas de billetaje y los planes de expansión de la línea a través del Corredor de la Costa del Sol.