El Patronato está formado por representantes del Parlamento Vasco, del Gobierno Vasco, de la Diputación Foral de Vizcaya, de los ayuntamientos afectados, de la Administración del Estado, representantes del programa "Hombre y Biosfera" de la Unesco, de la Universidad del País Vasco, representantes de las asociaciones ecologistas y conservacionistas del ámbito de la Reserva de Urdaibai y de asociaciones de Euskadi con una trayectoria acreditada en el estudio y protección del medio ambiente y el Director Conservador de la Reserva.