Los colegios más prestigiosos de San Francisco de Macorís son: el Colegio La Altagracia, el San Vicente de Paul, Colegio Bilingüe IADIS, Colegio Renacimiento, conocido por su popular banda de música estudiantil, Colegio Santa Rosa De Lima, Colegio Continental, Colegio Arco Iris y el Colegio Pedro Francisco Bono, Propiedad de la Universidad Católica Nordestana, Colegio Evangélico Rev.