Durante la primera etapa de reapertura del hospital se dio a conocer el testamento del empresario y filántropo José Joaquín Vargas quien como propietario de los antiguos territorios de la hacienda El Salitre, certificó por medio de un testamento en 1922 dichos predios a nombre de un conjunto de instituciones de beneficencia siendo el hospital quien sería el propietario de la mayor parte del legado, además de aclarar que los predios correspondientes y el hospital como tal son propiedad de Bogotá y no de Cundinamarca que si bien tenía un rol de administrador con la Fundación San Juan de Dios, (declarada inexistente en 2005 por un fallo del Consejo de Estado) y la Beneficencia de Cundinamarca, no fueron designados como albaceas de dichos terrenos, por lo que cursan investigaciones de control político a la Contraloría General de La Nación, el legado, que corresponde a la Hacienda El Salitre comprende los terrenos desde la Carrera 30 (Av.