En 1657 la obra se reinició, ocupándose de la dirección José de Villarreal, discípulo de Gómez de Mora, quien pudo aprovechar algunas ideas del primitivo proyecto de su maestro, y fue proseguida hasta su terminación en 1669 por Juan de Lobera y Sebastián Herrera Barnuevo, quien proyectó un monumental retablo baldaquino para el arca con las reliquias del santo, realizado finalmente, con mayor modestia, por Lobera.