El distrito escolar que corresponde a San Ysidro es el Distrito Escolar de San Ysidro (que consta de unidades desde Infantil hasta octavo curso) así como el Distrito Escolar de Sweetwater Union, que gestiona la San Ysidro High School, así como el centro de educación de adultos de San Ysidro (San Ysidro Adult Education Center).