Entre ellas destacan el Parque Nacional de los Volcanes, que comprende a tres importantes volcanes de la cordillera Apaneca-Ilamatepec: el Izalco, Santa Ana y Cerro Verde; el Parque nacional Montecristo, parte de la reserva de la biosfera Trifinio; Parque nacional El Imposible; volcán Tecapa, en el que se ubica también la laguna de Alegría; Parque El Boquerón en el volcán de San Salvador; el arrecife Los Cóbanos; complejo Conchagua; el parque nacional San Diego, San Felipe Las Barras, el Parque del Bicentenario, etc.