Sin embargo, al final hubo de cambiarse la estructura del coro y mover enterramientos reales para acomodar el sepulcro según último dictamen del Cabildo, reforzado por la intervención personal en favor del cardenal de los Reyes Católicos y el inestimable hacer de los que Isabel la Católica llamaba "los tres bellos pecados del cardenal" (sus hijos).