Las prisiones militares, que están integradas en el organigrama del Ministerio de Defensa dentro de la Subdsecretaria de Defensa, son instituciones penitenciarias que se rigen, además de por las mismas leyes que las prisiones civiles (Ley orgánica General Penitenciaria y Reglamento Penitenciario) por otro específico de la Jurisdicción Militar, el Reglamento Penitenciario militar.