Si bien es cierto que con la unificación de las coronas hispánicas (que no de los reinos), este papel disminuyó de importancia, el hecho de que continuara siendo una prisión de Estado durante el siglo XVI y que Játiva era la capital de la Gobernación allende el Júcar y la segunda ciudad del Reino, hicieron que el Castillo continuara jugando un papel importante hasta la guerra de Sucesión.