Fue así como ante tan drástica demostración de violencia por parte de Napoleón III, las logias establecidas en Chile que había obtenido carta constitutiva del Gran Oriente francés, se organizaron y desconociendo la autoridad francesa, establecieron en valparaíso la Gran Logia de Chile el 24 de mayo de 1862, ejerciendo como Gran Maestro Juan de Dios Arlegui, creando la Constitución Masónica y el Reglamento general.