El conflicto se intensificó con el ministro porque Escala no deseaba que se entrometiera un civil en el Ejército, además que el todavía planteaba esta guerra como la de Arauco y no hacia caso a la organización provisoria de Sotomayor, que le recomendaba formar divisiones y brigadas (con lo que el general se indignó), y a organizar el aprovisionamiento en el desierto (Escala esperaba una guerra igual a la de la Confederación).