El análisis de los genes de la caja T muestra que la mayoría de sus loci se encuentran distribuidos al azar en los genomas de los cordados, aunque hay algunos casos en los que están agrupados, por ejemplo TBX8 y TBX9 en "Caenorhabditis elegans", TBX2 y TBX4 en cromosoma 11 y TBX3 y TBX5 en cromosoma 5 del ratón.