Sin embargo el 11 de septiembre la Provincia de Buenos Aires se separó de la Confederación, ya que Buenos Aires no aceptó transferir el poder que se le reservaba, sobre todo en lo concerniente a la igualdad de representación en el congreso (dos diputados por provincia y a la nacionalización de la aduana anunciada en el artículo 19 del Pacto de San Nicolás), debido a lo cual no formó parte del congreso.