Según los datos que figuran en las Relaciones ordenadas por Felipe II en 1575, la población podía tener entre 200 y 300 habitantes, concentrándose en un núcleo urbano en torno al Camino Real, Plaza del Altillo y desde estos lugares hacia la iglesia, situada en el extremo norte del pueblo y edificada sobre los restos de una antigua fortificación defensiva de la Orden de San Juan lo cual da origen al nombre de Villa Harta, es decir, apretada, cercada, amurallada para pasar a llamarse Villaharta, Villaarta y con el ayuntamiento constitucional formado tras la Guerra de la Independencia Villarta de la Orden de San Juan, para llegar a nuestros días con la denominación de Villarta de San Juan.