Solid Snake, un agente secreto del gobierno estadounidense en retiro, es "llamado" de vuelta al servicio - lo van a buscar soldados armados -, para infiltrarse en un depósito de armas nucleares en las Islas Fox de Alaska, y detener una insurrección terrorista liderada por Liquid Snake (hermano gemelo de Solid Snake, razón del nombre del juego) que ha dado un plazo de 24 horas al Gobierno de Estados Unidos para entregarle los restos del "Legendario Mercenario" conocido como Big Boss; de no hacerlo lanzará un ataque nuclear.