Como consecuencia de las movilizaciones auspiciadas por Batasuna que en 2006 concluyeron con una convocatoria de huelga general en el País Vasco y Navarra, Barrena fue llamado a declarar por la Audiencia Nacional por más de cien delitos, entre ellos inducción de desórdenes públicos, coacciones y estragos terroristas, quedando en libertad bajo fianza de 200.000 euros.