Todavía en 1547 se nombra a un peñón en el oriente salvadoreño (cuyo nombre no consta) al que el presidente de la real audiencia de Los Confines o de Guatemala Alonso de Maldonado (que ocupaba su segundo mandato en Guatemala y que en esos días se dirigía a Nicaragua) tuvo que apaciguar; el último alzamiento en el área fue en Usulután en 1552 el cual fue controlado por Diego de Holguín (llamado el joven, hijo del primer alcalde de San Salvador) el cual es considerado como el que completo la pacificación en la provincia de San Miguel.