Paralelamente a esa obtención del Campeonato, en abril del 2007 fue convocado por el técnico de la Selección de fútbol de Argentina, Alfio Basile para un amistoso preparativo para la Copa América 2007 contra su par de Chile, jugado en la Provincia de Mendoza el día 18 de ese mes, el resultado fue un empate a cero y Jonathan fue titular de ese equipo.