Desde los inicios del Consejo de Ministros hubo constantes conflictos entre los secretarios de Despacho de este y los secretarios del Consejo de Estado pues en numerosas ocasiones los primeros debían responder ante los segundos, situación que poco después cesó al restablecer el rey, a propuesta del Consejo de Ministros, la estructura meramente consultiva que originalmente tenía el Consejo de Estado.