El área fue conquistada por Pedro Rodríguez de Escobar (que había servido a las órdenes de Pedro de Alvarado), pero el origen de la ciudad de Ixmiquilpan es la fundación por los frailes agustinos españoles del Templo y ex Convento de San Miguel Arcángel entre 1550 y 1560, a un costado de la plaza principal en la actualidad.