Durante el 2007 existieron algunas diferencias entre los miembros del partido que fueron catalogadas por la prensa como "crisis interna del partido"; estas diferencias surgieron a raíz de que el senador Gustavo Petro, entonces miembro del partido, cuestionó la poca firmeza con la que el PDA se refería a la guerrilla de las FARC a raíz del comunicado que el partido emitió en el caso de la muerte de los diputados del Valle del Cauca que habían sido secuestrados por esta guerrilla; esto generó una serie de declaraciones y hechos que causaron roces entre Petro, quien venía de la coalición Polo Democrático Independiente, y Carlos Gaviria Díaz quien fuera el presidente del partido y a quien se considera más cercano a la izquierda tradicional que venía de la coalición Alternativa Democrática.