El Parque se encuentra atravesado por un conjunto de sierras paralelas entre sí de orientación ENE-OSO, que siguen las líneas estructurales de la Cordillera Bética, separadas por profundas depresiones geológicamente notables, con las salvedades de la Sierra del Pinar, de orientación E-O, Sierra Margarita, de orientación N-S, y las de otras elevaciones menores, de orientaciones diversas.