Pese a sus esfuerzos por revitalizar el Studium Generale de Palencia, entrado en una irremediable decadencia y fundado en 1212 por Alfonso VIII de Castilla y trasladado a Salamanca en 1218 por Alfonso IX de León, como no parecía funcionar al nivel universitario que se quería por los escasos recursos de que disponía lo anuló en 1240 y desde este momento Fernando dedicó toda la atención y recursos a la Universidad de Salamanca para que se convirtiera en una de las mejores de Europa.