Luego dirigió al Zamora CF, equipo al que llegó en el año 2011 y que milita en el grupo 1 de la segunda divsión B española y el 27 de abril de 2015 Roberto Aguirre tras haber estado casi 4 años fue destituido como entrenador de Zamora CF y es sustituido por Balta Sánchez en el técnico del Zamora.