Luego de ser operado de la lesión que afectó su tobillo y lo margino de la Copa del Mundo, Matías volvió a jugar un partido oficial por la Fiorentina en la tercera fecha de la Serie A frente al Atalanta en Bérgamo, el 21 de septiembre de 2014, en aquel encuentro asistió en el gol del triunfo a Kurtic, siendo elegido la figura del encuentro, tras esto formó parte del equipo ideal de la tercera fecha del Calcio, en la fecha siguiente solo participó de los últimos 5 minutos en el empate entre la Fiorentina y el Sassuolo 0-0, volvió a jugar los 90 minutos en la quinta fecha ante el Torino en el empate 1-1, nuevamente mostrando mucha dinámica y siendo uno de los mejores de la cancha, en la sexta fecha nuevamente volvió a ser titular absoluto y jugo los 90 minutos ante el Inter de Milán en el triunfo 3 a 0 del conjunto Viola, Fernández fue el autor intelectual del segundo gol tras brillante acción personal, donde trianguló con Babacar y Juan Guillermo Cuadrado lo que terminó en el gol del colombiano, su grán actuación lo llevó a formar parte del equipo ideal de la sexta fecha, reafirmando así su repunte futbolístico en el Calcio, durante las siguientes fechas, Fernández se afianzó en la titularidad de la Viola, siendo el enganche del equipo, guio a la "Fiore" en los triunfos ante el Hellas Verona (1-2), luego anotó su primer "doblete" en Italia al Cagliari (4-0) por la fecha 13 del Calcio, marcando primero de Tiro Libre y luego con un potente disparo raso, lo que le valió ser elegido el jugador del partido, en la fecha 14 ante la Juventus (0-0), nuevamente Fernández fue el mejor de la cancha y recibió nuevamente la distinción al jugador del encuentro, en la fecha 15 participó en los 4 goles de la Fiorentina con los que derrotó al Cesena (4-1) anotándose su undécima asistencia con la camiseta Viola y la segunda de la temporada, nuevamente Fernández fue distingido por los hinchas como el mejor de la jornada.