El Daedalus fue gravemente dañado, en el mismo enfrentamiento en que el Orión fue destruido (llevado a cabo en el borde de la Galaxia Pegasus, en el espacio intergaláctico entre esta última y la Vía Láctea), de modo que tuvo que ser remolcada hasta Atlantis por una Nave Colmena, capturada luego de haberla purgado con el Retrovirus Wraith.