La actividad más prominente de la empresa pública, desde su fundación, es la oferta de viajes para pasajeros, en diferentes regímenes, a través de los trazados cuya titularidad fue transferida por el Estado al Consejo General Vasco durante la Transición, así como por nuevas líneas de construcción posterior.En este campo, Euskotren Trena se encarga de explotar, bajo dicha marca, servicios de cercanías por sus trazados entre Bilbao y San Sebastián (línea E1), Echévarri y Lezama (línea E3), y Bilbao y Bermeo (línea E4).