Esto significó un problema matrimonial cuando Francisco José en contra de los deseos de Sofía resolvió casarse con la duquesa Isabel de Baviera, más conocida como "Sissi" (sobrina de Sofía al ser hija de su hermana Ludovica de Baviera), con quien Sofía siempre mantuvo una pésima relación, pues sus temperamentos y formas de pensar eran completamente distintos.