En estos momentos, una nueva desgracia, como fue el desastre naval de La Herradura del año 1562, en que murió el Capitán General de Galeras de España, su primo don Juan de Mendoza, hijo de su tío y padrino don Bernardino de Mendoza, le supuso por derecho de “sucesión” hacerse acreedor del cargo por delante de figuras de la época como Andrea Doria y como primera misión se le encargó el socorro del Peñón de Vélez de la Gomera, en poder de los españoles pero que estaba sitiado por los turcos.