Santiago de Querétaro colinda al este con el municipio de El Marqués y la localidad queretana de San Isidro de Miranda, al poniente con el municipio de Corregidora y las localidades queretanas de San Pedro Mártir y Tlacote el Bajo; al sur con el municipio Huimilpan y al norte con las localidades queretanas de Juriquilla y El Salitre.