Después ocupó la plaza el cardenal Cisneros; bajo su influencia y patrocinio se hicieron importantes obras (quizás la más importante fue la capilla Mozárabe), realizadas por maestros de la talla de Juan Francés (reja de la capilla mozárabe), Enrique Egas, Juan de Borgoña (pinturas de la capilla mozárabe) y su maestro mayor Pedro de Gumiel.