Tras una irregular temporada 1998, en 1999 bajo la conducción técnica del uruguayo Jorge Luis Siviero, Everton arrancó de gran forma el campeonato y pese a que decayó su rendimiento en el tramo final del torneo, ascendió nuevamente a Primera División tras derrotar a Deportes Iquique en la Liguilla de Promoción por 1 a 0.