Cuenta con 4 salas: La sala general que es donde se expone los quipus, una gran maqueta del palacio, un fardo funerario de un neonato, productos agrícolas y el gran sombrero de plumas del Curaca "Puruchuco"; La sala de textiles que exhibe mantos, vestimentas y herramientas de tejedores prehispánicos; La sala de Metales que exhibe las piezas más representativas de la élite, así como también herramientas que sirvieron para la producción de dichas piezas; y la Sala Temporal que en este momento se la han dedicado a la Embajada de los E.E.U.U ya que a través de ellos se obtuvo el financiamiento para la restauración, curación y conservación de las piezas de las otras colecciones que tiene el Museo y que se han puesto en exhibición para el deleite de todo el público visitante.