Un año más tarde, su tío Jose Mª Rubio Cuenca (Canónigo de la Catedral de Almería), viendo su vocación sacerdotal, le propuso el ingresó en el Seminario Diocesano de Almería, donde estudió Humanidades, Filosofía y Teología desde 1876 hasta 1879 que se trasladó al seminario San Cecilio de Granada, continuando allí sus estudios de Filosofía, cuatro años de Teología y dos de Derecho Canónigo (1879-1886).