Un conflicto con un pequeño grupo disidente causó que Izquierda Republicana no pudiese presentarse como tal a las elecciones al Parlamento Europeo de 2009, como uno de los integrantes de La Izquierda, candidatura liderada por Izquierda Unida, aunque Joaquín Rodero figuró finalmente en el número siete de la lista como independiente y el partido pidió el voto para Izquierda Unida-La Izquierda pese a no formar parte nominal de la candidatura.