La disidencia en asuntos religiosos fue competencia de una institución peculiar: la Inquisición española, posiblemente la única común a toda España, además de la corona, y que al no tener jurisdicción en los reinos europeos (los intentos de sofocar el protestantismo en Flandes mediante su implantación fueron una de las causas del éxito de su revuelta) realmente puede considerársela como una conformadora de la personalidad nacional, extremo en que insistió la propaganda antiespañola conocida como Leyenda Negra.