Esta versión a diferencia de la normal para GameCube, podrá jugarse mediante el Wiimote y Nunchuck, cambiando significativamente el gameplay, al apuntar a la pantalla para poder controlar a tus Pikmin, además muestra mejoras gráficas, pantalla extendida en formato y cambios gráficos, como el silbato de Olimar que en esta versión el "cursor" ahora es giratorio y otorga un mayor alcance para llamar a tus Pikmins, etc.