En la fase final de la batalla, los soldados españoles, italianos y alemanes fueron irremediablemente sometidos al fuego cruzado de dos fuentes: por un lado, el ejército portugués victorioso y por el otro, los cuatro miles de prisioneros portugueses de la guarnición de Évora, que se rebelaron y tomaron las armas de muertos y heridos, atacaron la retaguardia hispánica, masacrando a los soldados españoles como venganza por las muchas humillaciones y afrentas sufridas.