Buquebus también operó en España, haciendo recorridos en el Estrecho de Gibraltar, entre Algeciras y Ceuta y en el Mediterráneo entre Mallorca y la península, hasta que el 19 de septiembre de 2007 fue adquirida (en un 55%) por la naviera Balearia tomando esta su control efectivo, siendo una operación que le permitiría al grupo empresario reestructurar algunos servicios (como entrar en el negocio de los cruceros y cotizar en las bolsas de Buenos Aires y Montevideo).