La Hermnandad tuvo que esperar dos años para hacer la primera Estación de Penitencia debido al lamentable estado de conservación en que se encontraba la imagen elegida como titular de la Hermandad, el conocido como Cristo de la Misericordia que se encontraba en la ermita de San Clemente, a la cual llegó por la ruina del antiguo convento de San Agustín, y que fue titular de la «Antigua y Primitiva Cofradía de las Angustias y Cinco Llagas de Nuestro Señor Jesucristo» durante los siglos XVI, XVII y XVIII, y de la «Cofradía del Santo Cristo de Burgos» en el siglo XVIII, ambas cofradías extinguidas en la actualidad.