Hijo de Pedro Girón de Loaysa, que fue corregidor de Vizcaya y consejero de Carlos I, y de Mencía de Carvajal; era sobrino de García de Loaysa y Mendoza y de Jerónimo de Loayza, arzobispos de Sevilla y Lima respectivamente, y de Juan Suárez de Carvajal, obispo de Lugo.