En cuanto a la hacienda y la economía nacional, el gobierno de Santander fue el primero en empezar a desmontar la estructura fiscal de la Colonia, al eliminar los impuestos de alcabala y los derechos de explotación; si bien se mantuvo el monopolio existente sobre el cultivo del tabaco, se promovió su exportación, así como la de café y algodón, y en menor medida la del resto de productos agrícolas del país.