Los diagnósticos diferenciales de la EHJ incluyen: ataxia espinocerebelosa (SCA) tipo 2 de aparición juvenil (SCA2: 12q) con corea, distonía, y demencia; atrofia dentato-rubro-pálido-luisiana (DRPLA: 12p) con corea y epilepsia mioclónica; SCA 3 (14q)con rigidez, ataxia y distonía y SCA17 (6q) con alteraciones psiquiátricas y demencia.