A Manzanillo le impusieron ese nombre los españoles, ya que cuando llegaron a esta costa, encontraron muchos árboles de manzanilla (Ippomane mancinella), que es un árbol euforbiácea, de fruto venenoso y que cuando se está mucho tiempo cerca de ella produce urticaria; así, al ver la gran cantidad de árboles que había en esta zona y ante la necesidad de bautizar el lugar, los españoles decidieron ponerle Manzanillo; sin embargo, en lengua náhuatl, el nombre de Manzanillo es Cozcatlán, de Cozcatl (collar o gargantilla) y Tlan (lugar), que significa "Lugar de joyas, collares, gargantillas" o también "Donde se hacen collares"; a juzgar por los hallazgos arqueológicos de la región.