En 1996, cuando renunció el alcalde Jorge Oropeza, del partido político UCS, Joaquino fue elegido alcalde por el Concejo Municipal y su éxito en su corta gestión fue la base para su tercera postulación, en 1999, cuando postuló con el Partido Socialista (PS), ganó con el 64 por ciento de los votos y obtuvo nueve concejalías.