Otra línea argumental es la de los cylons humanoides infiltrados dentro de la flota de sobrevivientes, los cuales crean un ambiente de paranoia entre la población sobreviviente; algunos de ellos son fanáticos anti-humanos leales a la causa cylon, pero otros empiezan a dudar de su misión y a cuestionar sus ideas cuando comienzan a sentirse identificados con los humanos y hasta llegan a enamorarse de sus parejas humanas.