Durante su administración, el general Méndez reorganizó el Ejército Nacional y la Guardia Nacional, abolió la leva, la pena de muerte civil y los castigos corporales, otorgó una efectiva libertad de culto, además de decretar la obligatoriedad de la educación primaria, todo bajo un estricto programa liberal fundamentado en la Constitución de 1857, en las Leyes de Reforma y en lo estipulado en el Plan de Tuxtepec.