La exhaustiva búsqueda de El Dorado le provocó fuertes pérdidas económicas, para resarcir las cuales no dudó en permitir el comercio con ingleses y holandeses, especialmente de tabaco, decisión polémica que fue denunciada y el Consejo de Indias decidió proponer al rey la sustitución por el vasco Sancho de Alquiza ex gobernador de la provincia de Venezuela.