El 4 de julio de 2012 fue recuperado el códice por la Brigada de Patrimonio Histórico de la Policía Nacional; este había sido robado por el principal sospechoso, un electricista que había trabajado en la catedral, que también tenía en su poder otros documentos y objetos del templo, entre ellos varios facsímiles del propio códice calixtino y una importante suma de dinero en efectivo que había sido sustraída durante años de las colectas de la propia catedral.