En 1903 Bonilla, es electo diputado representante por Copán, ante el Congreso Nacional de Honduras, mientras Juan Ángel Arias Boquín se encuentra en la administración, pero el 8 de febrero de 1904 es arrestado y puesto en prisión hasta 1906, a su salida viaja con rumbo a El Salvador donde encabeza un movimiento liberal armado que deponé al general Manuel Bonilla como presidente en el Conflicto armado en Honduras de 1907.