Posteriormente, en octubre de 2007, junto al presidente del Gobierno Vasco, Juan José Ibarretxe, a ambos les fue abierto juicio oral por el Tribunal Superior de Justicia del País Vasco, en contra de la opinión del Ministerio Fiscal, acusados de un delito de desobediencia en virtud de los establecido en el artículo 556 del Código Penal, al haberse reunido con la organización ilegal Batasuna.