Por lo que se refiere a esta segunda Biblioteca, también conocida como Biblioteca-hija o Biblioteca del Serapeo, a finales del siglo IV, el emperador Teodosio el Grande, en respuesta a una petición del patriarca de Alejandría, envió un decreto de prohibición contra el paganismo en Egipto: en el año 391, el patriarca Teófilo de Alejandría promovió una revuelta durante la cual el templo de Serapis resultó asaltado pues en él Diocleciano, tras el saqueo de la ciudad, había mandado erigir en su honor una columna conmemorativa en su calidad de dios viviente, y este emperador resultaba la personificación de las persecuciones contra los cristianos, por lo que en el lugar se consagró como iglesia dedicada a San Juan Bautista la cual subsistió hasta la conquista árabe.