La PFK tiene una longitud aproximada de 300 aminoácidos, y los estudios estructurales en las enzimas bacterianas han mostrado que comprende dos lóbulos similares (alfa/beta): uno que se encuentra involucrado en la unión al ATP, y el otro que acoge tanto al sitio de unión al sustrato como el sitio regulador alostérico (el sitio regulador, une al sustrato, pero aunque es diferente al sitio activo, regula la actividad de la enzima)