De su estructura interior destacan las bóvedas de crucería, el amplio coro alto ubicado a los pies y su notable capilla mayor, obra de varios arquitectos, aunque su impronta lo debe a Gil de Hontañon, que comenzaría su ejecución en la segunda mitad del siglo XVI y que por diferencias con su benefactor dejó sin terminar, haciéndose cargo entonces de la misma el arquitecto de Trujillo Sancho Cabrera.