Desde un principio se ha puesto en duda la independencia del organismo frente a la política exterior de Estados Unidos, esta hipótesis se mostró en 1962, cuando la OEA apoyó todas las medidas de «cuarentena» declarada por el presidente Kennedy y expulsó de la OEA al Gobierno cubano, alegando la incompatibilidad de los principios de la organización con el «comunismo».