Las autoridades del gobierno mexicano llevaron entonces un movimiento armado de contrainsurgencia en que se valieron de la desaparición de militantes y simpatizantes de los guerrilleros, quienes fueron retenidos y torturados en bases militares, prisiones secretas del gobierno y en lugares de la extinta Dirección Federal de Seguridad, acciones que de ningún modo fueron documentadas y que representa el mayor obstáculo para la Fiscalía Especial para los Movimientos Sociales y Políticos del Pasado (FEMOSPP); Por otro lado, como parte de las luchas armadas de baja intensidad entre los miembros del ejército de esas fechas, se habla de asesinatos y emboscadas a miembros de las fuerzas armadas, que nunca fueron investigados, para evitar darles publicidad a los cuerpos guerrilleros.