En 1978 comenzó una segunda etapa de desescombro y restauración a iniciativa de la Asociación de Amigos del Monasterio de Aguilar, creada aquel año, la cual aplicó, a diferencia del historicismo que había caracterizado la restauración anterior, un criterio didáctico, arqueológico y eminentemente funcional, ya que se pretendía tanto reconstruir como rehabilitar para dar espacio a nuevos usos seculares.