Después de la guerra, fue condenado a muerte "in absentia" por los Juicios de Núremberg, pero huyó junto con Franz Stangl a Brasil, gracias a la ayuda del Obispo Alois Hudal, Wagner fue admitido como un residente permanente el 12 de abril de 1950, y vivió allí bajo el seudónimo de "Günther Mendel" hasta su detención el 30 de mayo de 1978, gracias a las gestiones de Simon Wiesenthal.