Dejando a un lado sus querellas con el Santo Oficio, de las que largo hablé en otra oportunidad, acusáronlo ante el soberano de haber demorado por quince días la promulgación de una real cédula de Felipe IV, por la que dispuso Su Majestad que la universidad de San Marcos no confiriese grado de bachiller, licenciado o doctor, sin que previamente firmase el aspirante juramento de defender la pureza de la Virgen, concebida sin pecado original.