Contrario a la política anti-clerical de Guzmán Blanco, Rojas Paúl autorizó la creación de las facultades de ciencias eclesiásticas con los colegios nacionales de Maracaibo y Barquisimeto; trajo a las monjas francesas de San José de Tarbes, ayudó a establecer en el país la congregación y las Hermanitas de los Pobres, además, construyó y remodeló numerosas edificaciones religiosas.