El referéndum se hizo el 30 de agosto, y mostró que una clara mayoría de la población (un 78,5%) estaba a favor de la independencia, y que no aceptaba ni siquiera la oferta alternativa de ser una provincia autónoma dentro de Indonesia, que se tenía que conocer con el nombre de Región Autónoma Especial de Timor Oriental (SARET, en las siglas en inglés).