Huamanga comenzó con una iglesia mayor en 1540, de la que dependían tres parroquias: la del Sagrario, que era de españoles, y las de Santa Ana o "Hanan Parroquia," y Santa María Magdalena o "Uray Parroquia" (parroquia de arriba y de abajo, respectivamente) que eran de los llamados "naturales." Después de éstas se instalaron y edificaron templos de los mercedarios que llegaron con la fundación de la ciudad en 1541, y disponían de ocho capellanías en 1586.