Además de combatir los Triceratons, las tortugas también se enfrentan a nuevos enemigos en el espacio exterior como Lord Vraningath Dregg del planeta Sectoide y el cazarrecompensas Armaggon, e incluso tener una aventura con sus homólogos inter dimensionales de 1987 y su enemigo Krang que es un pariente exiliado del Kraang Superior.