Blanco, en el municipio de Calakmul si se logran dar condiciones para la retención superficial de agua, aunque sea en pequeñas corrientes y lagunas, hacia el interior del territorio se encuentra el Río Desempeño y su tributario el Río Pozas, ambas corrientes son mayoritariamente estacionales, incrementadas con las lluvias y tienen una dirección predominante de sur a norte, ambos ríos se diluyen en la selva sin llegar a desembocar, así mismo en el municipio tiene su origen el Río Escondido, de la misma naturaleza que los anteriores y que se dirige de oeste a este, se interna en Quintana Roo donde se une al Río Hondo y finalmente en el extremo sureste del territorio fluye el Río Azul, que proveniente del Guatemala, pasa luego a Quintana Roo donde marca un sector del límite internacional con Belice y luego forma al Río Hondo; así mismo se encuentra tres lagunas principales: la Laguna de Noh, Laguna El Teniente y Laguna de Alvarado.