En el siglo XV pertenecía al sultanato de Brunéi, en el siglo XVI el territorio fue litigado por españoles y portugueses, España logró legitimidad en la posesión de este territorio cuando pasó a ser parte del Sultanato de Joló y tal Sultanato de Joló se integró en las Filipinas, de este modo la soberanía española se ejerció laxamente hasta la irrupción de los ingleses en los vecinos Sarawak y Brunéi (y la Crisis de las Carolinas): en 1761 el representante inglés de la British East India Company (Compañía Británica de la India Oriental), Alexander Dalrymple, firmó con el sultán de Joló un tratado de arrendamiento de bases en Sabah, en 1865 el estadounidense Claude Lee Moses obtuvo del sultán de Brunéi el arrendamiento durante una década de la base y factoría en Kimmis, tras esto el barón von Overbeck cónsul austríaco en Hong Kong obtuvo otros diez años de arrendamiento luego sus derechos fueron transferidos a la British North Borneo Company en 1881 estableciendo su capital en Kudat, de manera que por la Crisis de las Carolinas España cedió por completo Sabah a R.U.