Entre sus medallas y premios figuran además, cronológicamente, el Premio Fauvelle (18 de abril de 1896), concedido por la Société de Biologie de París; Premio Rubio (1897), concedido por la Real Academia de Madrid por su "Manual de Histología", la Gran Cruz de Alfonso XII (20 de junio de 1900) y la Gran Cruz de Isabel la Católica (28 de febrero de 1901), el Premio Martínez y Molina (25 de enero de 1902, de 4000ptas., concedido junto a su hermano Pedro por el trabajo "Centros sensoriales en el hombre y animales"), la Gran Cruz de la Legión de Honor francesa con el grado de Comendador (1914), la Cruz de la orden imperial alemana «"Pour le mérite»" (1915), la Medalla Echegaray, concedida por la Real Academia de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales (7 de mayo de 1922) y la Medalla Plus Ultra (abril de 1926).