La Inquisición sospechó que había elementos heréticos en la doctrina de los alumbrados e inició una investigación que llevó a la detención de sus principales cabecillas –la beata Isabel de la Cruz y Pedro Ruiz de Alcaraz del grupo de Guadalajara fueron encarcelados en abril de 1524 y sentenciados en un auto de fe de julio de 1529- y a la promulgación por el inquisidor general, el erasmista Alonso Manrique, de un "edicto sobre alumbrados" en septiembre de 1525, que incluía una lista de 48 proposiciones consideradas heréticas.