Wagner, tras los intentos fallidos de Leopold Fitzinger y Christoph Gottfried Andreas Giebel, quienes usaron nombres pre-ocupados, nombró en 1861 un género distinto: "Scaphognathus", derivado del griego "skaphe", "bote" o "tubo", y "gnathos", "mandíbula", en referencia a la forma roma de la mandíbula inferior.