La incidencia y prevalencia de la infección por Cyclospora cayetanensis se desconocen, en parte por la baja asistencia a consulta médica de las personas con cuadros diarréicos, la poca sensibilidad de las técnicas de laboratorio disponibles, la baja frecuencia de uso de las técnicas diagnósticas que pueden detectar a este protozoo patógeno y el número reducido de ooquistes que aparece en las heces del paciente.