Una década después de jubilarse, en 1595, a causa de las denuncias de un teólogo, un monje benedictino y un abad, comenzó un nuevo proceso inquisitorial interrumpido esta vez solamente por su muerte: falleció el 5 de diciembre de 1600, aislado en su casa a causa del arresto domiciliario que la Inquisición le había impuesto.