El 20 de diciembre de 2006 se coronó por primera vez campeón del fútbol profesional colombiano en la mejor campaña de toda su historia realizada en el Torneo Finalización, en la cual además consiguió su primera clasificación a la Copa Libertadores de América para la edición 2007 bajo la dirección de Jorge Luis Pinto, que sería el técnico de la Selección Colombia para el año siguiente.