A partir de entonces se cruzaron los caminos de Carlos Queiroz y el representante portugués Jorge Mendes, quien consiguió que el Manchester United confiase en Queiroz como segundo técnico de Alex Ferguson, con el que consiguió proclamarse campeón de la Premier League, finalista de la Copa de la Liga y llegó hasta octavos de Liga de Campeones, donde fueron eliminados por el Real Madrid CF.