Juan Francisco Borges (Santiago del Estero, Imperio Español, 24 de junio de 1766 – Convento de Santo Domingo, Provincia de Santiago del Estero, Argentina, 1 de enero de 1817) fue un militar y político argentino, primer líder federal de su provincia natal, fusilado por orden de Manuel Belgrano en cumplimiento de un decreto del Congreso de Tucumán.