A lo largo de los siglos XVI y XVII, a la iniciativa del arzobispado siguió la de las principales órdenes religiosas, que (financiadas por las principales familias aristocráticas -los Mendoza, los Guzmán-) compitieron por marcar su presencia con destacados edificios (a cargo de arquitectos como Antón y Enrique Egas, Pedro Gumiel, Rodrigo Gil de Hontañón, Alonso de Covarrubias, Francisco de Mora, Fray Alberto de la Madre de Dios, Juan Gómez de Mora, Fray Lorenzo de San Nicolás, Melchor de Bueras o Ventura Rodríguez) en los estilos que se sucedieron desde el estilo Cisneros hasta el final del Barroco, pasando por las distintas épocas del Renacimiento).