Excepto para la asignatura de Medicina Legal, que es común y tiene instalaciones propias, durante el segundo ciclo la docencia de las asignaturas clínicas queda dividida en tres grupos independientes por sorteo entre los tres hospitales de especialidades de la ciudad: el Hospital Universitario Virgen Macarena (conocido en Sevilla como "el hospital Universitario", por haber sido el primero), el Hospital Universitario Virgen del Rocío y el Hospital Universitario Virgen de Valme .