Más tarde, él y Miyazaki se independizaron y fundaron Studio Ghibli en 1985, en la cual Takahata ha dirigido cinco películas: "La tumba de las luciérnagas" (1988), considerada por muchos una de las obras maestras del cine animado japonés), "Recuerdos del ayer" (1991), "Pompoko" (1994), "Mis vecinos los Yamada", (1999) y "El cuento de la princesa Kaguya "(2013), película basada en el cuento popular japonés "El cortador de bambú" ("Taketori Monogatari").