De las 17 naves que participaron en este segundo viaje (tres carracas, dos naos grandes y docecarabelas), solo se conoce el nombre de unas pocas, entre las que se cuentan "la Niña", participante del primer viaje, y la "Marigalante" o "Santa María", homónima de la malograda en el primer viaje, la carabela "Cardera" y la carabela "San Juan", de la que era piloto el roteño Bartolomé Pérez, que en el primer viaje, fuera en "la Niña".