Hubo una pausa en los combates durante la década de 1990 pese a hechos relevantes sucedidos en esta época como los asesinatos de Luis Donaldo Colosio y Paco Stanley, pero la violencia continuó y empeoró en la década del 2000, quedando disminuidas las organizaciones de Tijuana y Juárez, mientras que las del Golfo y Sinaloa se terminaron atomizando para conformar otras estructuras que se siguieron enfrentando entre sí, algunas aún activas como Los Zetas, Jalisco Nueva Generación, Guerreros Unidos y Cártel del Noreste; y otras que fueron eliminadas por acciones de cárteles rivales o de las autoridades como La Familia Michoacana, Caballeros Templarios, Cártel del Milenio y Cártel de los Beltrán Leyva, entre otras.