El triunfo del peronismo agitó la situación interna de las Fuerzas Armadas y el 28 de junio de 1966 se produjo otro golpe de estado pero esta vez de carácter prolongado llamado la Revolución Argentina en la que gobernaron la Argentina primero una Junta Militar y luego tres Generales: Juan Carlos Onganía (1966-1970), que se había destacado en la defensa del peronismo en el enfrentamiento armado entre azules y colorados, Roberto Marcelo Levingston (1970-1971) y Alejandro Agustín Lanusse (1971-1973), por lo que existe la opinión de que el golpe contó con el beneplácito de Juan Domingo Perón, quien veía en Onganía la oportunidad de vencer a sus históricos adversarios radicales.