Últimamente este paraíso natural se ha visto amenazado por el proyecto de un complejo turístico "Cabo Cortés" que consiste en 3,655 cuartos de hotel y más de 7,800 residencias , 3 campos de golf de 18 hoyos y una marina de 490 posiciones en las inmediaciones del Parque; de realizarse este proyecto el arrecife coralino correría gran riesgo ya que la empresa desarrolladora no ha demostrado que no lo dañará.