La región es sin duda reservorio natural de una importante diversidad de recursos genéticos, tanto silvestres como modificados por el hombre (culturas indígenas chiriguanas).Las amenazas más serias sobre el parque provienen principalmente de las actividades hidrocarburiferas; prospección sísmica en los Bañados, perforación petrolera en Ustarez y el Gaseoductos Bolivia – Brasil seguida por la expansión de las fronteras agrícolas y propiedades ganaderas; la caza furtiva con fines comerciales y los desvíos de las aguas del río Parapeto para fines agropecuarios.