El Mac mini trae el sistema operativo de Apple Mac OS Sierra instalado, el cual incluye los siguientes programas: iTunes, Time Machine, Mac App Store, Mission Control, Spotlight, Dashboard, Mail, Facetime, Safari, Agenda, QuickTime, iCal, reproductor de DVD y Photo Booth e iLife, un conjunto de cinco programas diseñados por Apple para crear y manejar vídeos, música, fotos y DVD, y la suite iWord.