La destrucción de los edificios, en su mayoría templos, y el lento crecimiento de la ciudad en esos siglos hizo que gran parte del patrimonio capitalino previo al seísmo desapareciera al resultar seriamente dañadas las iglesias de San Pedro, la Concepción, el Convento de la Merced e incluso monumentos ya desaparecidos, como el Castillo o el Arco de la Estrella.