Sin embargo, su familia declinó con decepción este reconocimiento y desde el Partido Revolucionario Institucional se publicó un desplegado de reclamo como respuesta a la polémica incitada por viejos líderes de la izquierda universitaria, como Raúl Álvarez Garín, que le acusaban contradictoriamente de promover la guerra sucia mientras fue titular de la Segob, siendo que, como se ha señalado, Reyes Heroles sacó adelante la iniciativa de condonación de penas que favoreció a los encarcelados por ese y otros conflictos sociales vividos en aquellos años y sentó las bases, a través del diseño de conductos democráticos, para el fin de la clandestinidad política.