No menos importante debió ser la colección de prehistoria, si tenemos en cuenta la intensa labor realizada por Machado en dicho campo, en el que se le puede considerar uno de los iniciadores y en la que contó con la colaboración de Guillermo MacPherson que incorporó al gabinete en 1874 materiales procedentes de las excavaciones de la Cueva de la Mujer en Alhama de Granada.