Este diagnóstico no debe realizarse si el individuo padece una enfermedad física intersexual pues los individuos con trastorno de la identidad sexual poseen unos genitales normales (en contraste con los genitales ambiguos o el hipogonadismo encontrados en las enfermedades físicas intersexuales, como por ejemplo el síndrome de insensibilidad a los andrógenos o la hiperplasia suprarrenal congénita).