Las diligencias de Goyeneche fueron cortas, pues la Real Audiencia y su presidente Ramón García de León y Pizarro reconocieron la autoridad de la Junta peninsular; y las comunicaciones de la infanta Carlota no pasaron de meras formalidades que se despacharon antes de que el plenipotenciario siguiera camino de Lima, en donde el virrey del Perú, José Fernando de Abascal, lo confirmó en el rango de brigadier y le concedió la presidencia provisoria de la Real Audiencia del Cuzco.