De este modo, Juanfran siguió sumando partidos y así el 3 de noviembre de 2012 disputó su quincuagésimo partido de Liga con la camiseta del Atlético de Madrid, aunque no lo pudo hacer con una victoria al caer derrotado por dos a cero ante el Valencia Club de Fútbol, y el 10 de marzo de 2013 disputó su partido número 250 de Primera División en la derrota por cero a uno ante la Real Sociedad en la vigésimo séptima jornada.