Si no se retira el gluten de manera estricta y mantenida de por vida, la enfermedad celíaca puede provocar complicaciones muy graves, entre las que cabe señalar diversos tipos de cáncer (tanto del aparato digestivo, con un incremento del riesgo del 60%, como de otros órganos), trastornos neurológicos y psiquiátricos, otras enfermedades autoinmunes y osteoporosis.