La relación con las religiones monoteístas (judaísmo y cristianismo) fue mucho más problemática, y terminó en un radical enfrentamiento: las guerras judías, las persecuciones con las que el Estado romano pretendió erradicar el cristianismo y, desde el Edicto de Milán y el Edicto de Tesalónica, la cristianización del Imperio romano, con la consiguiente persecución de las religiones tradicionales, calificadas de paganismo.