Los asentamientos humanos más antiguos de los que se tiene registro en esta ciudad, datan de 1680, cuando los habitantes del pueblo nahuatl conocido con el nombre de "Huimango" y que se encontraba asentado en lo que hoy es el municipio de Cunduacán, huyendo de los constantes ataques piratas, se internaron en el territorio y se asentaron en lo que hoy es la ciudad de Huimanguillo, nombrándola así, como un diminutivo de su antigua población.