Existen tres ríos principales el Río Borracho, que es un alimentador del alto Lerma en la Región Hidrológica N.º12 Lerma-Santiago, que surte de agua tanto a Toluca como al Distrito Federal, mientras en la Región Hidrológica N.º26 Pánuco el Río Santo Desierto, que desde su salida del Parque del Valle de las Monjas, es seriamente contaminado por descargas irregulares de aguas hervidas, de zonas populares y de lujo, hasta llegar al sistema de drenaje profundo en la Presa Mixcoac y el Río Tacubaya que sufre igual suerte que el anterior.