Es probable que Hernán Cortés haya pasado por Juchitepec en su camino a Tenochtitlán, tras la caída del Imperio Mexica la zona de Juchitepec cayó en problemas administrativos y no fue hasta 1603 que por órdenes Gaspar Zúñiga y Acevedo todos los pueblos de la zona se congregaron en la ciudad de Juchitepec, logrando así tener a toda la población congregada en un solo lugar.