En 1923 reemplazó a Pedro Henríquez Ureña como Jefe del Departamento Internacional de la Escuela de Altos Estudios y como Director de la Escuela de Verano de la Universidad Nacional, y en abril de 1924 sumó a esos cargos el de Director del Departamento de Intercambio Universitario; dichos puestos le permitieron participar activamente en la planeación educativa al interior de la Universidad.  Durante este tiempo también impartió clases en la Escuela Nacional de Maestros, y colaboró con Lauro Aguirre en la revista pedagógica "Educación"; en ambos espacios Sáenz aprovechó para difundir nuevas ideas educativas y cuestionar los modelos pedagógicos heredados del porfiriato.