En Cuartos de final Atlas se enfrentaba ante el actual campeón de la Copa Libertadores, el Palmeiras, el partido de ida celebrado en el Estadio Jalisco el club brasileño se llevó la victoria por marcador de 0-2 y dejando a los rojinegros con un pie fuera del torneo, el partido de vuelta celebrado en Sao Paulo, Palmeiras derrotó a Atlas 3-2 en un partidazo el cual fue elegido el mejor partido de esa Copa Libertadores, los goles del conjunto atlista fueron obra de Miguel Zepeda y Hugo Norberto Castillo.