En 1438, estando la corte en Évora, surgió una epidemia de la peste negra y Eduardo, con Leonor que se encontraba otra vez embarazada, y dos de los hijos más pequeños, marcharon a Avis, después a Ponte de Sor y más tarde a Tomar donde falleció, víctima de la peste, igual que sus progenitores, el 9 de septiembre de 1438 con 47 años de edad.