En el año de 1579 la provincia de San Salvador fue elevada al rango de Alcaldía Mayor y al año siguiente se le unió a su jurisdicción las provincias de San Miguel y Choluteca (está última sería separada de esta alcaldía mayor a principios del siglo XVII), conservándose las provincias dentro de la alcaldía mayor, estando Santa Ana en la provincia de San Salvador administrada por los alcaldes ordinarios de San Salvador.