Especialmente notables fueron sus participaciones en la Copa de Oro de la Concacaf (que el combinado mexicano conquistó en 1996 y 1998), en la Copa América 1997 celebrada en Bolivia, donde Hernández mostraba al mundo sus dotes de goleador y gran jugador (competición en la que México ocupó la tercera posición, y de la que Hernández fue máximo goleador con seis anotaciones).