Barrios se encontraba en San Miguel cuando a inicio de junio de 1858, es llamado por el presidente Santín, ya en Cojutepeque este le expresa su deseo de que se hiciera cargo del Poder Ejecutivo mientras él se retiraba al cuido de sus Haciendas; el llamamiento de Barrios se debió a que tanto su suegro como el senador Zepeda no habían aceptado la presidencia, debido a las siguientes causas: 1) lo agotado de las rentas públicas; 2) la necesidad de trasladar la capital de Cojutepeque a San Salvador; 3) elementos del foro y la Universidad, en San Vicente, obstaculizaban las labores del Gobierno.