Una vez que perdió el apoyo de Cortés, Pedrarias al sospechar que Hernández lo había traicionado, fue personalmente comandando unas naves para capturarlo y de esta manera terminó decapitado en la Plaza Mayor de la ciudad de León de Imabite, y en marzo de ese mismo año el gobernador Arias Dávila mandó al capitán Gonzalo de Badajoz para repoblarla, repartiéndose nuevamente las encomiendas, además de conquistar la isla de Chira en el golfo de Nicoya.