De entre los "power-ups" que se incluyen en el juego, destaca la "Morph Ball" —«morfósfera» en español—, la cual le permite a Samus enrollarse en una pequeña pelota y poder adentrarse en los túneles de Zebes, y poder utilizar las bombas; el "Screw Atack" —«ataque espiral»— es un movimiento similar a un salto mortal que puede destruir a los enemigos que interponen en su camino.