Hay que mencionar también que las pestes se propagaron muy rápido, llegaban antes que los ejércitos españoles, así por ejemplo una peste de viruela afectó al Imperio inca en 1524 varios años antes de la llegada de Francisco Pizarro y que las zonas costeras de Colombia se vieron afectadas desde el año 1500, veinte años antes del establecimiento de asentamientos permanentes europeos.