Esta congregación actuó en Roma, en Italia, e incluso fuera de sus fronteras; sus casos más emblemáticos fueron el juicio, condena y ejecución del filósofo Giordano Bruno (1600) y el célebre proceso y condena de Galileo Galilei (1633) por sostener ideas científicas que atentaban, según el Santo Oficio, contra el orden cósmico y ético establecido y aceptado por la Iglesia.