Las primeras señales de que este equilibrio se estaba rompiendo se hizo notar a inicios del siglo XX cuando el río perdió su frescura natural, las aguas se tornaron turbias y se comenzaban a ver desechos circulando por el río, desembocando todos ellos en el río Atoyac, de ahí al lago de Valsequillo, para terminar en el río Balsas que conduce toda esta contaminación al Océano Pacífico.