Para sofocar la rebelión cantonal tomó medidas duras como destituir a los gobernadores civiles, alcaldes y militares que habían apoyado de alguna forma a los cantonalistas y a continuación nombró a generales contrarios a la República Federal como Manuel Pavía o Arsenio Martínez Campos -lo que no le importó porque lo prioritario era restablecer el orden- para que mandaran las expediciones militares a Andalucía y a Valencia, respectivamente.