El jardín botánico junto con la aneja "Estación ecológica" se encuentran al sur del Distrito Federal y tienen como límites, al sureste, la Reserva Ecológica del IBGE; a oeste, la Base Aérea de la Aeronáutica; al noroeste, las cuadras QI 17, 19 y 21 del "Lago Sul"; al norte, la DF-035; a noroeste, la "Escola Fazendária" y, al este y sudeste, la EPCT (DF-001).