Una de las fundaciones de Tompkins se vio envuelta en una controversia en 2014, al conocerse que, luego de donarle al Gobierno de Chile 38 000 hectáreas de la Hacienda, la fundación Yendegaia, le habría dado autorización a Miguel Serka para cazar a los ejemplares de las últimas manadas de caballos salvajes que quedan en el mundo y que corren libremente por aquel sector hace más de 60 años, todo esto, en el contexto de un control de fauna, para evitar la destrucción del ecosistema del lugar y prevenir contagio de enfermedades a otras especies de la zona ocasionados por los animales.