A pesar de la naturaleza andina del país, debido principalmente a que gran parte de la población se concentraba en las regiones de la Sierra y Altiplano, más de la mitad del territorio del Estado Sud-Peruano estaba ocupado por selvas y llanos al norte y nororiente del país, siendo parte de la cuenca del Amazonas, las que por sus condiciones de accesibilidad y recursos se encontraban a comienzos del siglo XIX casi completamente deshabitada, salvo por pequeños grupos aborígenes de la región.