Peña acompañó a Bolívar en la creación de la Gran Colombia (1821), participó en la Convención de Ocaña (1828), de la que se desprenden señalamientos en su contra por haber "conspirado" en contra del Libertador a su regreso de la Convención de Ocaña, pero como acota Ecarri: ""ahí está la carta que dejó Bolívar meses antes de su muerte, pidiéndole encarecidamente a Peña que regrese a la Corte Suprema de Justicia, acepte la embajada colombiana en EE.UU.