No se suprimió ninguna institución aragonesa, pero fueron reformadas: el rey tenía ahora el derecho a nombrar a un virrey no aragonés; la Diputación del Reyno (comité de las Cortes) perdió parte del control sobre los ingresos aragoneses y vigilancia regional, quitándole además el poder de llamar a representantes de las ciudades; la Corona podía retirar de su puesto al Justicia de Aragón y la Corte de Justicia se puso bajo control del rey; y finalmente se modificaron aspectos del sistema legal aragonés.