Al ver las pretensiones de Pedrarías Dávila, Pedro de Alvarado mandó una expedición liderada por su hermano Gonzalo de Alvarado para fundar una villa (aunque el territorio del Señorío de Cuzcatlán aún no estaba plenamente conquistada) que se hizo acompañar por Diego de Holguín, Francisco Díaz y Alonso de Oliveros como capitanes; la villa de San Salvador fue fundada el 1 de abril de 1525 en un sitio desconocido, siendo su primer alcalde Diego de Holguín, esta villa era prácticamente era un fuerte militar con ayuntamiento.