En febrero de 2008, la organización no gubernamental internacional Human Rights Watch publicó un reporte donde critica el desempeño de la CNDH, entre ellos la ausencia de seguimiento de casos, la desinformación a las víctimas, el escaso uso de los tratados internacionales, no promueve reformas legales para prevenir abusos a los derechos humanos, además de que es la Defensoría de Derechos Humanos que más recursos utiliza del mundo.