El 30 de noviembre de 1569 llegaba a Lima el quinto virrey don Francisco Álvarez de Toledo, hombre de ideas firmes, actuación contundente y leal servidor de la Corona de Castilla; éste se abocaba a terminar con el foco rebelde que persistía en Vilcabamba, y a tomar contactos con los nobles descendientes de los Incas que vivían en Cuzco para conocer sus reacciones en cuanto a que alguno de ellos tuviera intenciones de rebelarse contra el dominio hispano, ya que la mayoría de esos aristócratas incaicos solían conspirar en las sombras.