Las principales iglesias de San Fernando son Iglesia Mayor de San Pedro y San Pablo, mayor templo de la ciudad y lugar de la jura de las Cortes de Cádiz; la Iglesia Conventual del Carmen, en la que Fernando VII le concedió al municipio el título de ciudad y el nombre de San Fernando; Iglesia Castrense de San Francisco, construida por la Armada; y la Ermita del Cerro de los Mártires, edificada en honor a los mártires San Servando y San Germán decapitados en el lugar sobre el que se asienta la ermita.