Con la crisis socio-económica de 2001-2002 las obras del subterráneo nuevamente se ralentizaron, aunque nunca llegaron a paralizarse: El 9 de agosto de 2003 se inauguran las dos nuevas estaciones denominadas «Tronador» y «Los Incas» (Línea B); en 2004 se inician las obras para las estaciones «Echeverría» y «Villa Urquiza» (Línea B) y la prolongación de la Línea A desde «Primera Junta» hasta el barrio de Flores, con 4 nuevas estaciones y en 2005 se adjudicó la construcción de las estaciones «Parque Patricios» y «Hospitales» (Línea H), en ambos casos las obras fueron concluidos durante la administración que le siguió.