La suerte cambió para el Villarreal CF al verano siguiente, y Senna y el Villarreal CF ganaron su primer título oficial en Europa al ganar la Copa Intertoto de la UEFA 2003 frente al SC Heerenveen de la Eredivisie de los Países Bajos, lo que le dio la oportunidad de disputar la Copa de la UEFA 2003-04, en la que llegó a semifinales.