A raíz del derrumbe del socialismo real y la desaparición de la Unión Soviética, el PCU (al igual que muchos otros partidos comunistas) vivió una grave crisis, con el alejamiento de Jaime Pérez y numerosos dirigentes del ámbito sindical, como Thelman Borges, Félix Díaz, Óscar Groba, Enrique Pintado, Eduardo Platero, Juan Ángel Toledo, Andrés Toriani, Jorge Silvano, Ruben Villaverde, entre otros.