El departamento cuenta con el Aeropuerto Antonio Nariño, ubicado en el municipio de Chachagüí en la región de Cano, a 35 km de Pasto, el aeropuerto San Luis en el municipio de Ipiales, el aeropuerto La Florida en Tumaco y el pequeño aeropuerto del municipio de Mosquera en la costa del Pacífico.