Durante el régimen del dictador Habib Burgiba, Ben Ali ingresó en la Dirección General de Seguridad en el año 1964, dedicándose a funciones policiales y de contraespionaje, y organizando la "Dirección de seguridad militar" que dirigiría durante diez años, hasta que en 1974 fue enviado como agregado militar a Marruecos y luego a España.