Tras el constante descenso en votos desde su fundación y ante un posible pacto entre Partido Popular y PSE-EE para desbancar al nacionalismo vasco del poder en el País Vasco, decidió concurrir en coalición con el PNV en las elecciones al Parlamento Vasco de 2001, obteniendo la coalición 604.222 (42,72%) votos y 33 diputados, de los cuales 7 correspondían a EA.