El 11 de marzo de 2007 el arzobispo de San Salvador, Fernando Sáenz dio a conocer la sanción de la Congregación para la Doctrina de la Fe, contra Sobrino, la cual implica la prohibición de enseñar en instituciones católicas -Sobrino es profesor de la Universidad Centroamericana de El Salvador- y el retiro del "nihil obstat" (visto bueno eclesial) a sus obras.