Durante la guerra civil en Castilla que comenzó en 1465 fue partidario de la princesa niña Juana la Beltraneja en un principio, aunque a partir de 1473 las gestiones de su hermano el cardenal Mendoza ante el papa Alejandro VI de visita en Castilla y aliado de Fernando e Isabel facilitaron que cambiara de bando para apoyar a los Reyes Católicos tras una entrevista secreta con ellos.