En 2009, Pujols también jugó su partido número 1,000 en la primera base y también conectó su doble número 40 de la temporada, convirtiéndose en el segundo jugador en la historia de las Grandes Ligas en conectar 40 dobles y 40 jonrones en tres temporadas diferentes (2003, 2004, 2009), uniéndose a Lou Gehrig y fue líder de la liga en varias categorías ofensivas.