Durante las dos décadas posteriores, el club tuvo una serie de problemas, tanto financieros como institucionales, entre los que destacaron la renuncia de parte de la directiva de Robinson Álvarez en 1947, quienes al momento de dimitir declararon que el club estaba al borde de la bancarrota, así como el caso de soborno que acabó con la expulsión por parte de la Asociación Central de Fútbol (ACF) del dirigente Luis Orellana en 1951.