Interpuesto Recurso de Casación contra dicha Sentencia de la AN, la Sección Tercera de la Sala de lo Contencioso-Administrativo del Tribunal Supremo dictó Sentencia con fecha de 14 de julio de 1997, parcialmente estimatoria, casando la Sentencia recurrida y limitando la nulidad del Proyecto a "la parte en que afecta a los 500 metros de la zona de protección de las Reservas Naturales RN 9, 10 y 11, por lo que el TS avalaba nuevamente las tesis de los opositores, permitiendo el llenado del pantano solo hasta la cota que respetara la ampliación de esos 500 metros de sobreprotección, lo que en la práctica obligaba a reducir su altura a 25 m de los 125 m proyectados y su capacidad disminuía a unos 9,5 hectómetros cúbicos de agua, cuando inicialmente estaba proyectado para 418 hectómetros cúbicos, haciendo inútil la construcción del "Canal de Navarra" que se abastecía por encima de esa cota, por lo que casi habría que demoler el inútil pantano.