El topónimo «pilcomayo» deriva del quechua: "pishqu" = pájaro, "mayu"= río, es decir «río de los pájaros», la denominación guaraní paraguayo es "Araguay" o -mejor- "Araguaý" que puede significar: "ará": loro, "guaý": río, es decir, «río de los loros», o bien "ara": cielo, "guá": lugar e "y": agua, «Agua del cielo».