El año 1806, empero habiendo, después de la reconquista de Buenos Aires, ocupado la silla del virreinato, Liniers, amigo de Funes y francés ilustrado, se expidieron nuevas órdenes en confirmación de las anteriores, que, aunque fueron eludidas al principio, motivaron la reiteración de ellas en 1807, con encargo al doctor don Ambrosio Funes, hermano del deán, de intimar al gobernador, si a los tres días no estaban ejecutadas, el cese de sus funciones en virtud de la orden escrita que para ello se le acompañaba.