Sin embargo, debido a la inestabilidad política por los conflictos internos, encabezados por Juan Pablo Anaya y Francisco de Sentmanat, que provocaron el derrocamiento de José Víctor Jiménez y el ascenso de nuevos gobernadores, hizo que las autoridades tabasqueñas se olvidaran de sentar las bases de la autoproclamada república, por lo que el proceso quedó inconcluso y aunque el estado continuó separado de México, no se consolidó la creación de la llamada "República de Tabasco".