Hay cinco ecosistemas principales en Cuyabeno: (1) bosques estacionalmente inundados o pantanos recorridos por los ríos de aguas negras con una vegetación dominada por Mauritia flexuosa, (2) bosques inundados por ríos ricos en sedimentos, o várzea de color "café con leche" (Pires y Prance, 1985), (ejemplo: Río Aguirico), (3) los bosques inundados por ríos de aguas negras o igapó (Pires y Prance, 1985); ( 4) Lagos permanentes que rara vez entran en seco, como Zancudo Coche a lo largo del río Aguarico, bosque bien drenado se encuentra en pequeñas colinas y en la cuenca alta, en particular aguas arriba de la entrada del parque en "el puente Cuayabeno"; oscuro sedimento de los pobres ríos, (5) "Café-con=leche" ríos de ricos en, el más grande, siendo el Río Aguarico; (6) Lagos semi-permanentes - el más grande la Laguna Cuyabeno - que la mayoría de los años caen seca y está dominada por los famosos árboles Macrolobium que son los hogares a innumerables epifitas, garzas, guacamayos azul y amarillo y Huatzins.