Modificadas o desaparecidas quedaron el resto, aunque en algunas se puede reconocer la embocadura: seis capillas pequeñas de la girola dieron paso en los siglos XIV y XV a las capillas funerarias de San Ildefonso y Santiago; la del Cristo de la Columna (también llamada de San Bartolomé) se transformó a principios del siglo XVII para dar paso a la del Cristo de los Estudiantes (o Cristo de las Tapaderas); la de Santa Bárbara, la de San Nicolás, la de Santa Isabel y la de la Santísima Trinidad se integraron en otras estructuras aunque algunos detalles permiten reconocer su anterior existencia.