El municipio es atravesado por el río Yautepec, que llega hasta el pueblo de Bonifacio García y de ahí en adelante toma el nombre de Río Verde recogiendo las aguas de los manantiales de las Estacas, aumentando considerable su caudal; este río recibe las aguas del río Dulce, por la parte baja del municipio el río Salado de Temilpa es pequeño en extensión, pues apenas cuenta con dos kilómetros de recorrido, pero es muy grande su caudal.