Al interior del Gobierno se vio enfrentado al ministro de Obras Públicas, Ricardo Lagos, por la negativa de éste a firmar la creación de Punta Peuco, una cárcel construida especialmente para recluir a militares condenados por violaciones a los derechos humanos, cuyos primeros ocupantes fueron el general Manuel Contreras y el brigadier Pedro Espinoza por el asesinato del excanciller Orlando Letelier.