En las versiones nativas de Microsoft Windows, basadas en NT (y este a su vez en OS/2 2.x) (véase Windows NT, 2000, 2003, XP o Vista o Windows 7) MS-DOS desaparece como sistema operativo (propiamente dicho) y entorno base, desde el que se arrancaba el equipo y sus procesos básicos y se procedía a ejecutar y cargar la interfaz gráfica o entorno operativo de Windows.