Desde entonces y hasta la mitad de 2005, la dirección del EZLN ya no se metió a dar órdenes en los asuntos civiles, pero acompañó y apoyó a las autoridades elegidas democráticamente por los pueblos, y, además, vigiló que se informara bien a los pueblos y a la sociedad civil nacional e internacional de los apoyos recibidos y en qué se utilizaron.