La laguna recibe su nombre por estar situada a sus orillas la ciudad de Bacalar, la más antigua población de Quintana Roo, a su vez el nombre de esta proviene del maya "Bakhalal", que significa "Rodeado de carrizos", posteriormente fue refundada por los colonizadores españoles, que para defenderla de los piratas ingleses y de los grupos mayas rebeldes construyeron el Fuerte de San Felipe, que constituye hoy un atractivo turístico.