Milton, activo en política, comenzó a redactar panfletos antiepiscopales —en esta época, política y religión estaban fuertemente enlazadas (el rey es la cabeza de la iglesia anglicana), algo que se puede apreciar en los escritos de Milton: "Of Reformation", sobre la disciplina en las iglesias de Inglaterra; "Animadversions", "Of Prelatical Episcopacy" (que es una defensa de Smectymnuus, una organización protestante liderada por Thomas Young) y "The Reason for Church Government", en la que se sitúa en contra de la prelación (jerarquía) y ataca a la Iglesia alta, especialmente a su líder William Laud, Arzobispo de Canterbury—.