Por tales confrontamientos y del decaimiento de la identidad nacional por causa del federalismo (entre muchas más razones), el presidente Rafael Núñez impuso en 1886 como parte del movimiento de La Regeneración una nueva constitución de corte centralista, en la cual la división político admistrativa impuesta por la constitución de 1863 se mantuvo si bien los "estados" cambian su estatus político a "departamentos" y los territorios nacionales son reintegrados a estos.