La caída de Godoy y la Guerra de la Independencia trastornaron todos estos ambiciosos planes; Clemente intentó nadar entre las dos aguas, la afrancesada y la patriota, pues su talante liberal le aproximaba al gobierno josefino, pero no quería pasar por colaboracionista, como hizo su amigo Mariano Lagasca, que rechazó los cargos que Bonaparte le ofreció en el nuevo gobierno y se alistó en el ejército español como médico.