En el caso de los de origen musulmán, denominados moriscos, su situación demográfica y socioeconómica era completamente distinta, así como su condición étnico-religiosa y su capacidad de resistencia (revueltas moriscas); lo que llevó a intentar todo tipo de soluciones (tolerancia, represión, dispersión) hasta la decisión de expulsarlos a todos entre 1609-1614, cuyo éxito es objeto de debate académico.