Fue bajo la dirección de Ana María Vicent Zaragoza (1959-1987), cuando el museo se instaló definitivamente en su actual sede, el palacio de los Páez de Castillejo, produciéndose un incremento considerable de los fondos conservados tanto en cantidad como en calidad, la creación del servicio de investigación de la Arqueología Urbana de Córdoba, el nacimiento de la biblioteca especializada en arqueología, y la edición de una revista científica, "Corduba Archaeologica".