Se conoce que sus últimos años los pasó en la ciudad de Mendoza, ya que estando su mujer en Santiago de Chile, Hernando Arias de Saavedra fallecía en Mendoza en 1586, después de nombrar a sus albaceas, un tal Alonso de Reinoso y un tal Francisco Sáez de Mena, quienes eran vecinos de la ciudad mendocina.