Las obras corales sacras de Haydn se consideran generalmente como sus más importantes, en las que se incluye la "Missa Hispanica" (que intercambió para su diploma en Estocolmo), una misa en re menor, un Lauda Sion, el "réquiem para el arzobispo Sigmundo" en do menor (que serviría posteriormente de inspiración al réquiem de Mozart), y una colección de graduales, 42 de los cuales fueron reimpresos en el "Ecciesiaslicon" de Anton Diabelli.