En la Cámara de Diputados la reforma fue discutida y aprobada el 22 de marzo de 2007, después de una amplia discusión entre partidarios y opositores a la ley, los mayores señalamientos de la oposición, formada por el PRD, el PT y Convergencia, eran sobre el carácter neoliberal de la reforma, además de que acusaban que con eso se le "entregaba" el instituto a Elba Esther Gordillo, finalmente la reforma fue aprobada por 313 votos a favor, de los diputados del Partido Acción Nacional, Partido Revolucionario Institucional, Partido Verde Ecologista de México, Nueva Alianza y Partido Alternativa Socialdemócrata y Campesina, 146 en contra, del PRD, PT y Convergecia, y dos abstenciones, de los diputados del PRI Beatriz Pagés Rebollar y José Amado Orihuela Trejo.