El alcalde ha mantenido un posición de defensa de la autonomía de Guayaquil desde el inicio, produciendo confrontamientos con todos los gobiernos centrales y participando de las manifestaciones a estos, en particular durante el gobierno de Lucio Gutiérrez, en el cual Nebot convoco a una marcha multitudinaria en repudio al gobierno, siendo esta clave para la caída de Gutiérrez.