La entrada del aporte principal, el Väike Emajogi se realiza por la parte meridional del lago, que va ensanchándose conforme más al norte, la única descarga del lago se sitúa en su extremo noreste a través del Suur Emajogi o simplemente Emajogi, que fluye hasta el Peipus, aunque posee 17 afluentes más, de los cuales los más importantes son el Õhne y el Tänassilma, el Tarvastu, el Rôngu, Purtsi, y el Konguta.