Las alturas sobre el nivel del mar son las siguientes: cabecera municipal, San Sebastián del Sur, 1718 msnm; San Andrés Ixtlán, 1688 msnm; y, en la sierra, las comunidades de El Rodeo, Corralitos, Estancia de Magaña, La Calaverna, entre otros, superan los 2100 msnm.