La huella filogenética (en inglés: "phylogenetic footprinting") es la base del método (bioinformático); parte de la idea de que importantes módulos reguladores durante la evolución están bajo "presión" selectiva y que comparando dos o más genomas se puede identificar la secuencia conservada que, indudablemente, será la que más fácil tenga relevancia biológica y también es parecido al deldo por su forma y tamaño.