La firma del Tratado con Colombia en 1826 responde en gran parte a la estructura interna de la región: históricamente se caracterizó por poseer una oligarquía terrateniente bastante fuerte, clase dominante de pensamiento conservador que se encontraba íntimamente vinculada al capital extranjero y principalmente al Español, y que buscaba mantenerse autónoma dentro de sus provincias respecto del centro político y administrativo de la federación: Guatemala, donde las clases dominantes presentaban una línea de pensamiento más liberal y de menor correlación con la antigua metrópoli; así la firma del Tratado con Colombia busca debilitar a estas clases dominantes y conservadoras al regular y establecer lineamientos generales para el comercio entre las regiones y suscribir la prerrogativa judicial de la extensión de las jurisdicciones de los tribunales marítimos para el control de la actividad del corso que cerraría definitivamente la entrada en sus puertos de las mercancías y las embarcaciones españolas.