Ambos videojuegos incluyen más de ciento treinta nuevos personajes de Pokémon, aunque intercambiando entre versiones solo se puede obtener poco más de doscientos; para tenerlos todos, es obligatorio intercambiar con "Pokémon Colosseum" de la GameCube o con las reediciones de la primera generación que se integraron en la tercera para Game Boy Advance, "Pokémon Rojo Fuego y Verde Hoja".