En lo que respecta al mando supremo, primero fue Supremo Delegado reemplazando interinamente a San Martín cuando éste fue a entrevistarse con Bolívar en Guayaquil, en 1822; luego fue Encargado del Poder Supremo, durante un día, tras el derrocamiento de la Suprema Junta Gubernativa en febrero de 1823; después fue Encargado del Mando Supremo en vísperas de la llegada del Libertador Bolívar, de julio a agosto de 1823; y enseguida fue nombrado por el Congreso como Presidente del Perú, siendo el segundo ciudadano en asumir dicho título (el primero fue José de la Riva Agüero), mientras que Bolívar ejercía el poder militar.