Estas obras de reconstrucción fueron encomendadas al maestro cantero Juan de Escarza hacia la década de 1560 y que probablemente tenía un origen vasco, el cual planteó una reconstrucción total del templo a partir del crucero, transladando y elevando los muros perimetrales, alargando las naves de la iglesia con un tramo más y diseñando unas potentes columnas que debieran soportar las amplísimas bóvedas que se generarían.