Capes tiene 45 responsables por las áreas del conocimiento, quienes componen comisiones que evalúan la productividad científica de los profesores (todos en el postgrado deben ser doctores), la calidad de los trabajos de los estudiantes, su capacidad de inserción en la vida profesional o académica y, desde 2007, el impacto social de los cursos, sea desde el punto de vista del desarrollo económico, sea desde lo de la reducción de la injusticia social.