La tercera temporada de Matías en Villarreal, fue el punto más negro de su carrera hasta ese entonces, la hinchada pedía al goleador que llegó desde Colo - Colo, y a pesar de las grandes habilitaciones de Matías la prensa española comenzó a presionar y Mati cayó en la suplencia total en el club amarillo, fue titular en contados encuentros en donde solo destaca el partido de Champions en el que se enfrentó al Manchester United, ante la falta de minutos Matías cayó en una sequía goleadora, la más larga de su carrera, y las críticas se elevaron como la espuma, Mati trató de seguir rindiendo, puso un centro preciso que terminó en gol ante el Poli Ejido en la Copa del Rey, y aún si el "14" ya había llegado al punto de no retorno, tras varias críticas Matías comenzó a dar síntomas de mejoría, en la jornada 27 de la Liga Fernández le marcó al Atlético de Madrid en la derrota de su escuadra por 2-3 en el estadio colchonero, y la fecha siguiente y tras enorme acción personal en la que se sacó a dos defensas y batió brillantemente a Iraizoz, Mati volvió a marcar, por primera vez en dos fechas consecutivas, pero después vino quizás, uno de los capítulos más duros de la carrera del Crá, Pellegrini lo criticó duramente por su rendimiento en un partido de Champions ante el Arsenal inglés, y luego de los dichos el técnico Chileno se retractó, aun así, era la prueba de que Fernández debía cambiar de aire urgentemente, para no perder la clase de jugador que era, se despidió del club español con un gol de penal marcado al mejor equipo del mundo en ese entonces, el FC Barcelona de Pep Guardiola, en la jornada 35 de Liga, en el partido en que el Villarreal le aguó la fiesta del título al Barcelona en su estadio, el Nou Camp, el último partido de Matías por el Villarreal fue en el 3 a 2 frente al Mallorca en la última jornada de la liga española.