Antes de su matrimonio Vicuña Mackenna tuvo dos hijos con Manuela Villalobos, miembro de una familia aristócrata de Santiago, hijos que fueron arrebatados de su madre; esta presentaba problemas de salud mental y los hijos fueron llevados al fundo de su familia, en Maipú, donde fueron criados por una institutriz, de nombre Francisca Silva, a cuyo nombre fueron inscritos en los registros.