A pesar de que está claro que la acción violenta de los conquistadores, la política de malos tratos impuesta, la exigencia desorbitada de trabajo y tributos, el desplazamiento masivo de comunidades y el desmoronamiento de los sistemas socioeconómicos tradicionales tuvieron una influencia cierta en la caída de la población, sin duda es la «agresión microbiana», que ya habían descrito los cronistas de la época, la causante de la mayor mortandad.