El 2 de diciembre de 2006 por nombramiento del nuevo presidente Felipe Calderón Hinojosa, volvió a ocupar el cargo de Consejero Jurídico de la Presidencia, y el 27 de enero de 2008 el mismo presidente lo nombró Subsecretario de Asuntos Jurídicos y Derechos Humanos de la Secretaría de Gobernación.