Las obras del subterráneo nuevamente se ralentizaron, aunque no llegaron a paralizarse: El 9 de agosto de 2003 se inauguran las dos nuevas estaciones denominadas "Tronador" y "Los Incas" (Línea B); En 2004 se inician las obras para las estaciones "Echeverría" y "Villa Urquiza" (Línea B) y la prolongación de la Línea A desde "Primera Junta" hasta el barrio de Flores, con cuatro nuevas estaciones; en 2005 se adjudicó la construcción de las estaciones "Parque Patricios" y "Hospitales" y en 2006 se iniciaron los trabajos de la estación "Corrientes", todas estas últimas expandirían el servicio de la nueva Línea H, cuyo primer tramo (Once-Caseros) recién sería inaugurado en octubre de 2007.