La alta conflictividad política y social generada por esta dictadura incluyó una famosa fuga de cerebros, puebladas insurreccionales, la aparición de organizaciones guerrilleras y luchas internas que produjeron dos golpes palaciegos por los que se sucedieron en el poder tres dictadores militares: Juan Carlos Onganía (1966-1970), Roberto Marcelo Levingston (1970-1971) y Alejandro Agustín Lanusse (1971-1973).