Edificada sobre el cementerio de la primitiva aldea vascona de Gasteiz (que hoy se puede visitar gracias a las excavaciones), la iglesia de Santa María se derrumbó con el incendio de 1202, y Alfonso VIII de Castilla (que había conquistado la plaza apenas dos años antes), ordenó reconstruir la ciudad y levantar en el sitio de la anterior iglesia una nueva que había de servir dos propósitos bien distintos: salvar almas y guardar armas.