Tras la Independencia de Centroamérica, San Juan Cotzal estuvo originalmente en el departamento de Totonicapán/Huehuetenango; ahora bien, tras la Reforma Liberal de 1871, el presidente de facto provisiorio Miguel García Granados dispuso crear el departamento de Quiché para mejorar la administración territorial de la República dada la enorme extensión del territorio de Totonicapán y de Sololá.