Debido al total repliegue de las naves ecuatorianas hacia Guayaquil, y dado que en el frente marítimo ya no existía ninguna amenaza, la Escuadra se fue replegando progresivamente al Callao, el "Coronel Bolognesi" llegó al primer puerto el 24 de agosto; el "Almirante Villar" el 1° de octubre, seguido por los submarinos "R-3" y "R-4" el 25 del mismo mes; mientras que en diciembre retornaron el "Almirante Guise" y los submarinos "R-1" y "R-2" los días 15, 18 y 23, respectivamente.