Por el LIC y la ZEPA del Alto Tajo están protegidas seis especies de invertebrados: el "Coenagrion mercuriale", un cenagriónido muy común en los ríos del parque natural; la "Apteromantis aptera", una mantis dada en algunos lugares concretos de la península Ibérica; la "Euphydryas aurinia" u onda roja, un ninfálido en peligro de extinción; la "Actias isabelae", una mariposa nocturna amenazada; el ciervo volante, un coleóptero de gran tamaño, y el cangrejo de río ibérico, especie muy escasa y amenazada por la introducción del cangrejo de río americano.