El diagnóstico de la tos ferina no siempre es fácil de realizar porque hay varias afecciones que pueden desencadenar cuadros de tos semejantes; el principal diagnóstico diferencial de esta enfermedad corresponde al síndrome coqueluchoide, que como ya se ha dicho se asocia con un cuadro clínico parecido pero sin compromiso sistémico y además es secundario a la infección por microorganismos distintos de "B.