La Habana resurgió en varias ocasiones de los escombros y cenizas a que la reducían de cuando en cuando los piratas y corsarios franceses durante la primera mitad del siglo XVI, hasta que en 1561 la Corona dispone que la villa sea el lugar de concentración de las naves españolas procedentes de la colonias americanas antes de cruzar juntas el océano, lo que se conoció como Flota de Indias.