Durante todo el siglo XVII, y a partir del reinado de Felipe III la Diputación se vio reducida a una labor de colaboración en armas, hombres y recursos económicos a las demandas acuciantes de la Monarquía Hispánica y al proyecto centralizador de la Unión de Armas, especialmente a partir de 1640 tras la sublevación de Cataluña y Portugal.