En este contexto, se entiende que se fundó la universidad como una organización y funcionamiento de escuelas, que además, tenía los mismos privilegios que la Universidad de Salamanca, entre los que se encontraban, la gobernación propia a través de claustros (juntas de universitarios), y cada uno tendría una función específica, entre los que resaltaban, el del rector, de consiliarios, diputados y el pleno.