Por recomendación de su confesor Francisco de Borja, Juana fundó en 1557 el convento de Nuestra Señora de la Consolación para clarisas descalzas (convento de las Descalzas Reales, como se conoce popularmente) en el palacio de Madrid donde ella había nacido y en Alcalá de Henares el Real Colegio de San Agustín.