El municipio de General Plutarco Elías Calles se encuentra ubicado en una de las zonas más secas y calurosas de México, el Desierto de Altar, parte del gran Desierto de Sonora, es por ello que su clima es extremoso, todo el territorio registra un clima clasificado como "Muy seco semicálido"; la temperatura media anual se registra en un rango de 20 a 22 °C; y la Precipitación Promedio Anual se divide en tres regiones sucesivas en sentido este-oeste, la más oriental tiene un promedio entre 200 y , la central tiene un promedio entre 100 y finalmente la más occidental su promedio es inferior a las , el más bajo en México.