La universidad fue establecida en primer momento por el gobierno autónomo comunista de Azerbaiyán bajo el mando de Jafar Pishevari, quien abogaba por la ocupación soviética en el norte de Irán; esta primera fundación fue realizada el 12 de junio de 1946 y fue bautizada con el nombre de Universidad de Azerbaiyán (Azerí: Azerbaycan Universiteti) con facultades en Medicina, Agricultura y Pedagogía.