Entre 1546 y 1548 el teólogo Benito Arias Montano, durante su primera visita a Sevilla, entabló una amistad con Villegas que continuó durante las visitas que realizó a la ciudad: entre 1556 y 1559, entre 1578 y 1579 y esporádicamente a partir de 1588, cuando fijó su residencia en Alájar.