Mantenía notorias polémicas públicas con los teólogos católicos, como la que mantuvo, en 1628 con el jesuita Veron, pero la última discusión, la que sostuvo con su colega de la Academia de Caen, Huet, tendría, para él, graves consecuencias: debatían ambos, en la Academia de Caen, acerca de la traducción que Huet había realizado de un manuscrito de Orígenes sobre la transubstanciación con la que Brochart no estaba de acuerdo y, en plena sesión, celebrada el 16 de mayo de 1667 Samuel Bochart sufrió una apoplejía que le produjo la muerte.