El 1 de julio de 2011, justo un día después de la victoria de la candidatura que Bautista encabezaba para dirigir de nuevo la SGAE, fue puesto a disposición judicial, junto a otros dos directivos, por apropiación indebida y desvío de fondos en el marco de una operación ordenada por la Fiscalía Anticorrupción en la que la Guardia Civil realizó un registro de la sede de la SGAE a raíz de una denuncia presentada por la Asociación de Internautas, la Asociación de Usuarios de Internet, la Asociación Española de Pequeñas y Medianas Empresas de Informática y Nuevas Tecnologías (APEMIT) y la Asociación Española de Hosteleros Víctimas del Canon (VACHE).