Se le fue concedido a José Joaquín de Olmedo el cargo de Jefe de Gobierno provisional, e inmediatamente se ordenó la organización de las tropas militares leales a la causa emancipadora dentro de la provincia, con el objetivo de asegurar la defensa de Guayaquil sobre eventuales ataques españoles y llevar la independencia a las otras ciudades importantes de la ex-Audiencia: Quito y Cuenca.