Con respecto a la manera en que se produce esta combinación, la teoría más aceptada propone que durante la producción del azul maya las moléculas de índigo se introducen en los canales de la superficie cristalina de la palygorskita, desalojando al agua allí presente y formando enlaces de hidrógeno con la estructura del mineral, creando así un compuesto orgánico/inorgánico extremadamente estable.