Por otra parte, para que se produjera un repoblamiento debió darse antes un abandono de dicha población; pero, como queda asentado en las diferentes crónicas, los pueblos del lado oriente del río San Juan de Dios no se insubordinaron, es más, se menciona por ejemplo, que indios de Atemajac participaron en el sitio de los empeñolados en el Mixtón, a las órdenes del virrey de Mendoza, es decir, ninguno de los pueblos mencionados por Mata Torres, fue arrasado durante la Guerra, por lo que no fueron tampoco repoblados, en todo caso fueron asignados a un encomendero, según las formas de dominio señaladas por la corona española.