En el segundo semestre de 2006, un grupo empresario le compró el cincuenta por ciento de su pase en 6 millones de dólares e Higuaín continuó mejorando sus capacidades tanto en torneos internacionales como la Copa Sudamericana como en los locales, por lo que terminó de ganarse el cariño de la hinchada "rojiblanca" tras anotar dos goles en el superclásico argentino que le valieron contribuyendo en la victoria de su equipo y en llamar la atención de clubes europeos de prestigio como la Lazio, el Manchester United, el Milan y el Real Madrid.