En el caso específico de Llanquihue, las amenazas directas a sus humedales son las especies exóticas invasoras, tales como perros vagos y el loto, el relleno e impermeabilización de humedales, el depósito ilegal de basura y escombros, residuos líquidos industriales y la extracción ilegal de madera, además de la baja apropiación social.