Ahora, Ratchet deberá enfrentarse a misiones de la Guardia, luchar contra Clunk (el clon malvado de Clank) y sabotear el plan de Nefarius, con la ayuda de la Guardia y la Fuerza Q, cada integrante con una habilidad: Qwark (el líder), Helga (la fortaleza), Al (domina la electrónica), Skrunch (el mono con habilidad) y Skidd "La sombra" (nervios de acero).