La versión más extendida considera que Vizcaíno era natural de algún lugar de Extremadura, la región española de la que partieron buena parte de los conquistadores de América, aunque hay otras versiones, como la de que era onubense o incluso vasco, considerando en este último caso que Vizcaíno no era un apellido, sino un gentilicio, que indicaría que el explorador habría nacido en Vizcaya.