Los planteamientos que Sepúlveda utilizó para argumentar que la conquista española era justificada, los escribió en sus publicaciones "Demócrates Alter" o "Diálogo de las justas causas de la guerra"; la apología "pro libro de Justis Belli Causis" o "Defensa de las justas causas de la guerra"; su defensa ante la junta de Valladolid y dos cartas a Melchor Cano, donde afirmó su doctrina tergiversada.