Sin embargo, las mayores polémicas en torno a su figura se han producido en causas por violaciones a los derechos humanos, específicamente detenciones, torturas y muertes en Colonia Dignidad, donde fue duramente criticado incluso por la Agrupación de Familiares de Ejecutados Políticos, como cuando durante años se negó a hacer públicas las fichas de Colonia Dignidad argumentando "razones de Seguridad del Estado".