En el año 2012, con un plantel envidiable que contó, entre otros jugadores, a Nicolás Berardo, Jean Paul Pineda, Braulio Leal, Mauro Díaz, Emiliano Vecchio y Emilio Hernández, además de la imbatible portería de Eduardo Lobos, Unión obtuvo una imponente participación en la Copa Libertadores, en la que llegó, después de dieciocho años, a octavos de final, siendo derrotados por Boca Juniors, que se impuso en ambos cotejos (2-1 en Argentina; y 2-3 en Chile).