Sin embargo existe un halo de misterio en torno a la muerte del obispo: a lo largo de la contienda se puso en duda la muerte de Irurita, con testimonios relatando incluso que habría sido salvado por los anarquistas —según el periodista anarquista Jacinto Toryho fue el propio Buenaventura Durruti quien salvó del linchamiento a Irurita tras el levantamiento militar de julio—, y otros de personas que aseguraban haber visto a Irurita saliendo del Palacio Episcopal de Barcelona dos días después de la entrada del ejército franquista en la ciudad, el 28 de enero de 1939.