A pesar de su reclusión, Cisneros no renunció a su cargo, en el que fue mantenido por el cardenal Gónzalez de Mendoza, aunque el encierro debió de durar poco tiempo según se deduce en algunas biografías, pues poco después, en 1478, Cisneros era capellán mayor de la catedral de Sigüenza y Vicario General de la diócesis.