Desde allí Bonilla Chirinos, inició una lucha armada en contra de la administración de Arias provocando una Guerra civil, el 12 de abril de 1903, el gobierno de Juan Ángel Arias Boquín es derrocado por las fuerzas del general Manuel Bonilla, y este es ratificado como el presidente constituyente de la república el 3 de mayo de 1903 por el Congreso Nacional y al año siguiente 1904 promulga la Constitución de Honduras de 1904 en la que amplía el mandado presidencial a 6 años y sin reelección.