Por varios motivos, algunas de las agencias europeas han variado su sede a lo largo de los años, esto puede deberse normalmente a la existencia de varias sedes y al cambio de importancia con los años (ejemplo de esto es el Centro Común de Investigación, que desde 1994 hasta 2010 tuvo su sede en Sevilla, en el Instituto de Prospectiva Tecnológica, pero su sede principal se cambió de la sede de Sevilla a la de Budapest, sede del Instituto europeo de Innovación y Tecnología durante dos años (2010 a 2012), para más tarde volver a la ciudad española.