Durante su gobierno los pelucones y los pipiolos siguen enfrentándose en la guerra civil de 1829-1830, su bando encabezado por el general José Joaquín Prieto no está conforme con el presidente y Ruiz-Tagle se niega a obedecerle, la situación política se agrava y el primo de Ruiz-Tagle, Diego Portales le recomienda renunciar para que asuma el poder José Tomás Ovalle, más dócil a las peticiones peluconas.