En 2000, fue traspasado del club rojiblanco al Real Club Deportivo de La Coruña, club al que perteneció trece temporadas (2000–2013), alcanzando su cénit futbolístico entre 2001 y 2004, años en los que es reconocido como uno de los mejores centrocampistas europeos y en los que lidera un Deportivo semifinalista en la Liga de Campeones 2003/04 y campeón de la Copa de SM el Rey 2002 y de dos Supercopas de España.