La crítica principal es que la estabilidad de las clasificaciones tampoco se consigue mediante los métodos fenéticos, ya que la elección de los caracteres a ingresar en el análisis es una operación subjetiva (la decisión de "a qué se llama carácter", un mismo carácter puede ser subdividido en caracteres más pequeños, o agrupado, o estar delimitado de forma diferente, o sus estados delimitarse de diferentes formas, o descartado por no corresponderse con los genes, etc.); además si se agregan caracteres de nuevas líneas de evidencia se debe realizar el análisis computacional de nuevo resultando en un fenograma diferente muy probablemente dando como resultado una clasificación diferente.