Trejo inició su carrera en el equipo Toros Neza con quienes tendría un breve paso, después vendría Cruz Azul Hidalgo, después firmó con el Cruz Azul al cual llevaría a la final de la Copa Libertadores 2001 donde enfrentó al Club Atlético Boca Juniors de Argentina, siendo el primer equipo mexicano en conseguir llegar a la final del prestigioso torneo.