Tras un breve espacio de tiempo en su Motrico natal, es llamado por José de Mazarredo para dirigir junto con Joaquín Francisco Fidalgo, como Capitanes de Fragata, una expedición geográfica a América del Sur (1792-95), formada por dos secciones, una de las cuales debía recorrer las islas y costas del golfo mexicano y la otra el resto de las del continente, con el fin de formar el atlas marítimo de la América septentrional.