En abril de 2008 la polémica salpicó a EB-B al abstenerse sus dos concejales (junto con los de PP y EA), en contra de las directrices de la formación, en una moción de censura impulsada por el PSE-EE y el PNV que, con el argumento de ser una "moción ética", pedía la dimisión de la alcaldesa de Mondragón, de Acción Nacionalista Vasca (ANV), partido que se negó a condenar el asesinato a manos de ETA del ex-concejal del lugar Isaías Carrasco.