Durante la Guerra Boshin de 1868 – 1869, algunos "fudai" tales como el del Dominio Ogaki y el del Dominio Tsu combatieron del lado del shogunato en la primera batalla en Toba-Fishimi, sin embargo, después de la derrota muchos clanes "fudai" no participaron ni al lado del shōgun ni en su ejército cuando éste marchó al norte para combatir con la República de Ezo.