La anfotericina B está indicada en el tratamiento de la candidiasis invasiva grave, de micosis sistémicas graves tales como aspergilosis, criptococosis, histoplasmosis, fusariosis, zigomicosis, blastomicosis, coccidioidomicosis y Fungemia por Malassezia spp, además en el tratamiento y profilaxis de la leishmaniasis visceral.