Los trabajos, entre otros motivos, se prolongaron por modificaciones en los planos originales –inclusión del subsuelo, alteraciones en la planta baja y en los cimientos-; durante las excavaciones aparecieron túneles y pozos subterráneos de la época colonial que ideados por los jesuitas comunicaban la Manzana de las Luces con el Cabildo; además, hubo diferencias de interpretación contractual que obligaron a una instancia de arbitraje a cargo del ingeniero Sebastián Ghigliazza.