El tercer momento es ubicado por las autoras desde 1861 hasta la expedición de la Constitución de Rionegro en 1863, en la que se presentaba una itinerante resistencia conservadora al gobierno de Mosquera, que para este momento había reanudado sus hostilidades hacia la iglesia católica, por lo que pensaba era la necesidad de afianzar la soberanía externa del país frente a poderes desestabilizadores externos como los del Vaticano.