Hijo de Álvaro de Zúñiga y Guzmán, II conde de Plasencia, I duque de Arévalo (título revertido a la corona) y luego I duque de Plasencia, I duque de Béjar, I conde de Bañares, y de su segunda esposa Leonor Pimentel y Zúñiga, hija del Juan Alfonso Pimentel Enríquez, I conde de Mayorga, y de su esposa Juana de Zúñiga y Guzmán, su tía.