Federico nació el 3 de junio de 1843 en el Palacio Amarillo de Copenhague como príncipe Federico de Schleswig-Holstein-Sonderburg-Glücksburg, una línea masculina menor de la Casa de Oldemburgo, que descendía de Cristián III de Dinamarca sido Soberanos en Schleswig-Holstein durante ocho generaciones, incluyendo al abuelo de Federico.