Antes, todo eran especulaciones acerca de que si su método era oral, o si fue plagiado y publicado por Juan de Pablo Bonet y Manuel Ramírez de Carrión, teorías estas acreditadas como falsas o improbadas, pues no consta acreditado que Ponce de León enseñara a hablar: solamente está documentado que, primeramente, enseñaba a sus alumnos a escribir mientras les señalaba con el dedo índice de la mano derecha las letras figuradas en su mano izquierda (alfabeto bimanual) y luego los objetos identificados o rotulados con su respectivo nombre; después, les hacía repetir manualmente y por escrito, por este orden, las palabras que correspondían a los objetos.