Por lo que respecta a las obras de "arte mueble", destacan obras como el retablo mayor, obra de mediados del siglo XVII de Jerónimo Velázquez; en escultura, los sepulcros de los Portocarrero, enterramientos labrados en mármol en el siglo XVI, que representan los cuerpos yacentes de 9 personas en tres solideos; el retablo de la Circuncisión del Señor, de Martínez Montañés, procedente del desaparecido convento de San Francisco de Huelva; la Virgen del Amor Hermoso, del siglo XVI; el Niño Jesús de las Lágrimas, del siglo XVIII, obra de La Roldana; el relieve gótico inglés del Ecce Homo, del siglo XV; la Inmaculada Concepción del siglo XVIII; o el Cristo Atado a la Columna, renacentista; en pintura, la decoración pictórica de las puertas del coro, del siglo XV, el mural de San Cristóbal (s.XIV) la Anunciación del siglo XV, la Virgen Franciscana y el Descendimiento de Cristo (s.XVI), la Sagrada Estirpe (s.XVI) o la Dormición de la Virgen y el Bautismo de Cristo, ambos del siglo XVIII; en las artes suntuaras, los libros de coro del siglo XV, el conjunto de dalmáticas de los siglos XVII y XVIII, y otras obras.