Una vez conjurado este peligro, y neutralizada una posible rebelión del general Villavicencio, comenzó a normalizarse la administración pública, asegurando la gobernabilidad de país y enfrentar así la crisis económica que afectaba a El Salvador; Regalado fue confirmado en el poder a través de las elecciones del año 1899 mediante una atronadora victoria, asumiendo como Presidente Constitucional el 1 de marzo de 1898.