Por las estaciones de Astigarraga, Bilbao-Abando, Vitoria y Ezkio-Itsaso pasarían todos los trenes, mientras que en las de San Sebastián-Norte e Irún se haría mediante desvíos, el primero para llegar al centro de la ciudad y el segundo para entrar en Irún y conectarlo con la vía convencional francesa (mismo ancho que la Y vasca).