(En el caso de secuencias de nucleótidos, la hipótesis de reloj molecular en su forma más básica también deja de lado la diferencia en las tasas de aceptación entre mutaciones silenciosas, que no alteran el significado de un determinado codón, y otras mutaciones que resultan en la incorporación de un aminoácido diferente en la proteína.) Métodos con mayor precisión estadística permiten variar el ritmo evolutivo en cada rama del árbol filogenético, produciendo así mejores estimaciones de los tiempos de coalescencia de los genes.