Aun así, Unión Valenciana tendría en su seno minorías nacionalistas, liberales e incluso progresistas que harían cambiar los posicionamientos del partido, especialmente durante la presidencia de Héctor Villalba, que en las elecciones a las Cortes Valencianas de 1999 quedaría fuera del parlamento valenciano después de intentar infructuosamente encontrar un espacio propio para el partido respecto al Partido Popular, principal partido conservador español, y que en la Comunidad Valenciana asumiría el discurso regionalista y anticatalanista del blaverismo, absorbiendo a partir de la segunda mitad de la década de 1990 y durante toda la década de 2000 a muchos cuadros de Unión Valenciana, partido que finalmente sería fagocitado antes de las elecciones a las Cortes Valencianas de 2011.