Hay bastantes canales secundarios que comunican las distintas islas, puertos y localidades del archipiélago, siendo los más importantes: Caucahué, Quicaví, Chauques, Dalcahue, Quinchao, Apiao, Lemuy, Yal, Queilen, Chaiguao, Yelcho, Laitec, San Pedro y Huamblad.