Durante la guerra civil, Villanueva fue leal a la República, cayendo en poder del bando sublevado en julio de 1938 y sufriendo entonces los republicanos una violenta represión por parte de las fuerzas franquistas, cuyas consecuencias aún perduran dado que no se han hallado los cuerpos de los republicanos fusilados y enterrados en algún paraje desconocido próximo a la localidad de Medellín.