Pascual Chávez se ha visto envuelto en controversia debido al presunto encubrimiento de los abusos sexuales realizados por el padre Juan Manzo Cárdenas, a cincuenta menores de edad en la Ciudad del Niño Don Bosco, una escuela-orfanato que los salesianos tienen en la ciudad de León, Guanajuato, así como en las negociaciones entre el Iglesia Católica y el Gobierno de México respecto al asesinato de la menor Itzachel Shantal González López, cometido en la ciudad de San Luis Potosí.