El plan de Lesseps se vio dificultado por la agreste geografía tropical de Panamá, las dificultades climáticas y la fiebre amarilla, además que la diferencia de nivel entre los océanos a conectar exigía la construcción de grandes y costosas esclusas no previstas en el presupuesto, al punto que la obra se reveló mucho más onerosa de lo planeado.