En el segundo semestre continuó el rendimiento irregular del equipo y luego de la derrota como local por 0-2 ante Sucre F.C en la sexta fecha Álvaro de Jesús Gómez fue despedido y reemplazado por Jesús Suárez, con quien el equipo regresó temporalmente a los primeros lugares del campeonato y clasificó a semifinales de la Copa Postobón 2012.