Es el museo más grande de la región con una superficie de 22 mil 750 metros cuadrados, de los cuales más de 4 mil están destinados al área de exposiciones: dos salas de temporales que en sus nombres rinden homenaje a dos importantes creadores guanajuatenses del siglo XX: Luis García Guerrero y Feliciano Peña y la Sala de Cultura Regional, un espacio que hace una revisión crítica de la historia y la cultura de Guanajuato desde el preclásico hasta la segunda mitad del siglo XX.