Al funcionar de forma normal el sistema inmune del receptor es casi seguro que habrá un rechazo del alotrasplante, por lo que después de la operación, se debe llevar un tratamiento inmunosupresor que evite una reacción por parte del sistema inmune del receptor hacia el aloinjerto, previniendo el rechazo, en este sentido se trata con corticoesteroides y se realiza una supresión adicional dependiendo del tipo de aloinjerto y compatibilidad tisular como la ciclosporina en el trasplante de corazón, sin embargo a concentraciones óptimas para una inmunosupresión conlleva a lesiones renales.