La invasión francesa, la Guerra de la Independencia Española y las sucesivas desamortizaciones de la primera mitad del siglo XIX acabaron con la vida monástica en Valdediós, siendo suprimido el 11 de octubre de 1835, tras la desamortización decretada por el ministro liberal Juan Álvarez Mendizábal, si bien tres de los monjes permanecieron en él hasta la muerte del último en 1862.