El indinavir tiene la desventaja de ser un medicamento controlado en los tiempos de administración (800 mg por vía oral, cada 8 h), así como las condiciones para su administración (haber tomado agua 1 o 2 h antes de la administración y sin haber alimento en el estómago), así como la posibilidad de desarrollar resistencia al medicamento, por lo que su uso se ha visto muy reducido.