El río Pauto nace en el Cerro de Romeral o Alto de los Romeros a 3.700 msnm, en el municipio de Socotá (Boyacá), desarrollando su cauce por el flanco este de la cordillera oriental, hasta llegar al piedemonte llanero y la planicie, a una cota de 300 m; de forma que su cuenca se distribuye una parte en la cordillera oriental y otra parte en la región de los llanos Orientales, irrigando parte de los departamentos de Boyacá y Casanare.