Gaizka Mendieta nació en Lequeitio, su padre, Andrés Mendieta, jugaba en el Club Deportivo Castellón y a raíz de eso, Gaizka se formó en la cantera albinegra después de haber jugado en el Club Deportivo Tonín de Castellón y en el Club Deportivo Castalia, en donde ya empezó a recibir reconocimientos y elogios por su gran juego.