Murió de viruela poco antes que su padre, quien ignorando el fallecimiento de su hijo le designó como tal sucesor ante los sacerdotes cuando presintió su propio final; este hecho de la muerte del heredero Ninan Cuyuchi provocó una guerra civil, la guerra de subversión inca entre sus hermanos Atahualpa y Huáscar por la sucesión en el trono inca.