El pensamiento de Varona estuvo muy marcado por las influencias de su época, al principio fue la huella dejada por Félix Varela y José de la Luz y Caballero, los que influenciaron un pensamiento humanista, idealista, con una marcada postura positivista, sin embargo, a medida que avanza el nuevo siglo y más precisamente al abandonar la vicepresidencia de la República en 1921, aparecen en él manifestaciones de pesimismo (ver Nihilismo), y en las que se aprecia la impronta de Nietzsche, algunos estudiosos de su obra lo han catalogado como un «escéptico creador».