La principal preocupación de Felipe II fue que la rebelión de las Alpujarras se transformara en un levantamiento generalizado de todos los moriscos de sus estados, incluidos los de la Corona de Aragón —una preocupación que compartían los cristianos viejos de esos territorios—, concertada con una intervención del Imperio Otomano y de sus aliados del norte de África, lo que pondría en peligro a la propia Monarquía Hispánica, una amenaza que se sintió cercana durante la segunda mitad de 1569 y los inicios de 1570.