Posteriormente, con la fundación en 1553 de la Villa de la Santísima Trinidad de Sonsonate (fundada debido a la problemática que los comerciantes residieran en los pueblos, por lo que dichos mercaderes fueron trasladados y asentados en la nueva villa), se da la ordén -especícamente en el año de 1558- para que las autoridades se trasladen a dicha localidad; desde entonces los alcaldes mayores tendrían autoridad en toda la jurisdicción.