Algunas de las más importantes campañas de COINTELPRO contra el Partido de Trabajadores Socialistas el Ku Klux Klan, la "Nueva Izquierda" (incluyendo varios grupos pacifistas contra la guerra como los Estudiantes para una Sociedad Democrática y el Comité Coordinador Estudiantil No Violenta), grupos de la Liberación Negra (como las Panteras Negras y la República de Nueva África) grupos independistas Puertorriqueños, el Movimiento Amerindio y la organización Weatherman.