Entre los años 1540 y 1541 hubo muchas revueltas e intentos de pacificación de parte de los españoles, sin embargo se libraron muchas batallas, en las que fueron derrotados los españoles, los caxcanes de Juchipila derrotan a Miguel de Ibarra con un destacamento de españoles y decenas de indios aliados,pero y sin duda la batalla más importante fue la batalla del 24 de junio de 1541,donde fue derrotado Pedro de Alvarado con su ejército, cerca de Nochistlan, en la cual salió herido gravemente y el 4 de julio de 1541 muere en la 3er Guadalajara (Tlacotlan) el gran conquistador del imperio Azteca, Pedro de Alvarado, este trágico evento desencadenó que el propio Virrey Antonio de Mendoza, organizara un enorme ejército de más de 50000 hombres, compuesto por cientos de Soldados españoles y miles de indios amigos, entre otros Tlaxcaltecas, Aztecas, purépechas, huexotzincas, chalcas etc., para venir a terminar con la sublevación de los caxcanes ubicados en los peñones de Nochistlan, Juchipila y el más importante el Mixton.