Al frente de estos centros puso a la Compañía de Jesús que se convirtió en uno de sus principales pilares de su labor reformadora, lo que le supuso a la orden ser favorecida con la concesión de numerosos beneficios, destacando entre ellos el apoyo que el papa prestó al Colegio Romano que había sido fundado por Ignacio de Loyola en 1551 y que, en 1584, se ampliaría y cambiaría su sede y su nombre por el de Pontificia Universidad Gregoriana en honor a su protector el papa.