Su último papel decisivo en la historia de la dinastía tuvo lugar cuando, siguiendo la postura de su hijo Manuel II, reconoció como heredero de la dinastía al pretendiente miguelista, Miguel de Braganza, hijo de Miguel I de Portugal, si bien es cierto que la Constitución Portuguesa retiraba sus derechos a los herederos de Miguel, y ya no había monarquía en Portugal y la constitución había sido reemplazada.