El tráfico a través del puerto de Barranquilla (incluyendo el río Magdalena) es regulado por la Capitanía de Puerto de Barranquilla, dependencia de la Dirección General Marítima - Dimar, autoridad marítima nacional, la cual tiene a su cargo la dirección, coordinación y control de las actividades marítimas como de arribos, zarpes, situación de naves, seguridad, trámite de licencias, anuncios, entre otras.