A este consejo le correspondía ejercer y proponer al rey el derecho de presentación de los obispos; dividir y establecer los límites de las diócesis que el papa le encomendaba al rey; revisar las bulas papales destinadas a Indias y si estaban conformes les da "exequatur" o pase regio para que se cumplieran; examinar las disposiciones de la Iglesia en América y los sínodos, ya que estos no se cumplían sin la aprobación del Consejo de Indias.