Desarrolla un amplio programa académico y pedagógico en alianza con las facultades de la Universidad Nacional de Colombia y con la comunidad académica de Colombia y del exterior, así como con otras entidades del sector cultural, tanto públicas como privadas, a través del Programa de Crítica Cultural de la DNDC y desde la Escuela de Guías junto con el Laboratorio Cano y la Maestría Interdisciplinaria en Teatro y Artes Vivas, proyectos pedagógicos que, conjugados con el propósito del Museo de Arte, generan un espacio para reflexionar sobre la obra de arte en la contemporaneidad en participación con los estudiantes adscritos a la Escuela de Artes Plásticas y Visuales de la Universidad Nacional de Colombia.