La campaña 2016 fue una de las peores campañas que ha hecho el Boys, a comienzos de año el Boys tuvo problemas económicos por los cuales no pudo hacer buenas contrataciones, dirigidos por Rivelino Carassa el Boys comienza perdiendo por 1-0 frente a Los Caimanes, luego tuvo una derrota local 2-3 frente al Unión Huaral y después una derrota por 4-1 frente al Alianza Huánuco pusieron a la misilera se ponía en posiciones de descenso, una victoria 3-1 frente a Cienciano hacía creer que iba a cambiar el rumbo pero luego dejó escapar puntos importantes de local y tuvo la reducción de 6 puntos antes de finalizarse la primera rueda.