Candidato a la alcaldía de Belgrado en las elecciones municipales de noviembre de 1996, después de una intensa serie de protestas públicas contra la manipulación de las elecciones por parte del presidente Slobodan Milosevic, Djindjic fue declarado vencedor, siendo el primer alcalde no comunista de la capital desde la Segunda Guerra Mundial, pero las luchas internas dentro del partido precipitaron su salida del cargo en septiembre de 1997.