En una primera etapa, entre 1922 y 1947, el Observatorio Magnético de Huancayo estuvo bajo la administración del Departamento de Magnetismo Terrestre de la Institución Carnegie de Washington y en una segunda, entre 1947 y 1962, como Instituto Geofísico de Huancayo (IGH), siendo este un organismo autónomo del Gobierno del Perú.