Limita al norte con el Mar Caribe, al nordeste con la Diócesis de Montería, al este con la Diócesis de Montelíbano, al sureste con la Arquidiócesis de Santa Fe de Antioquia, al sur con la Diócesis de Quibdó, al suroeste con la Diócesis de Istmina-Tadó, y al noroeste con la Diócesis de Chitré y la Diócesis de Colón-Kuna Yala (ambas en Panamá).