Las últimas décadas de la historia del club se han caracterizado por la irregularidad en la clasificación final de cada liga, con grandes campañas con entrenadores como Javier Clemente, (con quien se llega a la final de la Copa de la UEFA en 1988), y dos descensos a Segunda División en la década de los 90 en un contexto de grave crisis económica, especialmente durante los mandatos de Julio Pardo Padrós y Francisco Perelló, siendo grandes jugadores de la época Tintín Márquez, Ernesto Valverde, Pichi Alonso, John Lauridsen y Thomas N'Kono entre otros.