El gobierno de Aguirre se ha visto envuelto en investigaciones y acusaciones en torno a casos de espionaje presuntamente realizado por empleados de seguridad de la Comunidad de Madrid sobre miembros del mismo gobierno, el vicealcalde de Madrid, Manuel Cobo y el ex vicepresidente y ex consejero regional Alfredo Prada, acusaciones publicadas en "El País".