El retablo fue restaurado y dos de sus tablas fueron sustituidas a principios del siglo XVII por los lienzos que representan, rematadas en pináculos y doseletes dorados, a San Miguel y San Gabriel del maestro Mateo Serrano, el cual realizaría los repintes que ocultaron los escudos primitivos, con las Cinco Llagas y la Granada, pinturas que, respectivamente, aludían al Cardenal Cisneros y a Fernando el Católico.