La orientación, que era la canónica (cabecera al este), se cambió en un momento dado, pues debido a los cambios urbanísticos de la zona, la puerta de los pies había quedado en un callejón y la cabecera daba a la actual calle de San Ignacio, bastante amplia, trasladándose entonces la capilla mayor a la antigua zona de los pies y viceversa, abriéndose las puertas principales a la actual calle de San Ignacio, al este, si bien existía otra puerta lateral a la calle de la Encarnación, al sur, que se observa en el plano de Bentura Seco (de 1738), puerta que según Ventura Pérez se cerró en 1739.