Finalizadas las disputas entre Diego de Almagro y Francisco Pizarro y después de haberse establecido el Virreinato del Perú el Papa Paulo III, teniendo en consideración el crecimiento de la ciudad de Lima, emite una Bula, el 14 de mayo de 1541 creando la diócesis de Lima y elevando la pequeña iglesia a la categoría de catedral la cual se comienza a construir en 1542 durante el gobierno de Cristóbal Vaca de Castro.