Estos acontecimientos no permitían que la población se desarrollara con tranquilidad y a menos de dos décadas de su fundación, San Francisco de Campeche vivió una colonización difícil de prever, protagonizada por piratas ingleses, quienes llegaban buscando explotar el palo de tinte; ocuparon por primera vez la Isla de Tris —más tarde Isla del Carmen— el 26 de octubre de 1558.