Los centros de investigación del Instituto son los siguientes: Centro de Análisis e Investigación Económica (CAIE), Centro de Desarrollo Tecnológico (CDT), Centro de Economía Aplicada y Políticas Públicas (CEAPP), Centro de Estadística Aplicada (CEA), Centro de Estudios Actuariales (CEAct), Centro de Estudios de Competitividad (CEC), Centro de Estudios de Derecho Privado, Centro de Estudios de Derecho Público, Centro de Estudios y Programas Interamericanos, Centro de Evaluación Socioeconómica de Proyectos, Centro Internacional para la Investigación en Pensiones, Centro de Investigación Económica (CIE), Centro de Estudios Alonso Lujambio (CEAL) y Centro de Acceso a la Justicia.