Dentro del término municipal de San Miguel de Allende se encuentra el jardín botánico y reserva natural El Charco del Ingenio, que ocupa una superficie de 70 hectáreas en la cuenca del río Laja, desde el límite con el Parque Landeta hasta la Presa del Obraje, pasando sucesivamente por la Presa Las Colonias y la cañada del Laja.