Bernardo de Irigoyen se casó con Carmen Olascoaga (1831-1893), hermana del coronel Manuel José Olascoaga, el 12 de octubre de 1850, con la cual tuvo 8 hijos: María del Carmen, Bernardo Irigoyen, Elena Juana, Manuel José Fermín, Fermín Francisco, Mercedes Adela, Carlos Alfredo Doroteo e Irene Alcira Irigoyen Olascoaga.