La ciudad de Toniná se asienta sobre un relieve natural boscoso, en el sector norte del valle de Ocosingo, formado por terrenos arcillosos, a unos 75 m de altura de la llanura circundante, aprovechados, en parte, para quedar revestidos en piedra, para constituir una serie de plataformas elevadas y estables, de tipo piramidal, sobre las que se levantaron los templos y palacios de la ciudad.