Este esquema operó por cerca de dos años hasta que el Congreso de la Unión dio marcha atrás a esta iniciativa: por un lado, le otorgó facultades de investigación a una nueva Policía Federal y transformó con una nueva ley orgánica de la PGR, publicada el 29 de mayo de 2009, a la "Policía Federal Investigadora" en la "Policía Federal Ministerial", que hoy conforma a la AFI.