A diferencia de lo sucedido en la I Celam (Río de Janeiro 1956) donde la Santa Sede preparó y realizó en todas sus partes la Conferencia, en Medellín sería el Consejo Episcopal Latinoamericano (CELAM) quien definiría los temas, la mecánica de trabajo y la elección de los conferencistas con la aprobación de la Santa Sede.