Gregorio IX mediante la publicación, en 1231, de la bula "Excommunicamus" estableció formalmente el proceso de investigación y castigo que se haría de los herejes, proceso llamado de la Inquisición haciéndole depender directamente del pontífice, nombrando a los dominicos como inquisidores y estableciendo que los herejes fueran entregados al brazo secular para su castigo.