A pesar de la inquina de sus enemigos y de la oposición sistemática de interesados dignatarios, Villalobos logra en parte lo que se proponía, se toman medidas y se promulgan leyes para suavizar el trato esclavista y beneficiar a los desposeídos americanos (pagarles un jornal a los indios por el trabajo que realicen, conceder a los caciques y a sus familiares iguales prerrogativas que a los hidalgos hispanos, etc.) además de frenar el contrabando, reducir el inmenso poder de la Iglesia y controlar más eficientemente la administración y la milicia de Indias.