El PSE-EE obtuvo peores resultados de los que había obtenido el PSE en 1990, perdiendo diez parlamentarios respecto a los que consiguieron ambas formaciones por separado; lo que provocó que muchos militantes procedentes de EE abandonaran el partido progresivamente, preocupados por el rumbo adquirido por el PSE-EE respecto al «proyecto vasquista», que consideraban que quedaba marginado, así como por su actitud en los casos de corrupción, los fondos reservados del Ministerio del Interior y los GAL.