Una de la funcionalidades de ImageJ es la posibilidad de "retocar" la imagen aplicando filtros como los que se observan en las siguientes imágenes en las cuales hemos aplicado a la imagen base de una radiografía de cráneo (al centro) un filtro que permite suavisar la imagen (Imagen 1) y luego a la misma imagen le hemos aplicado un filtro de reforzamiento de los bordes (Imagen 2).