En este tramo pasa por las localidades de La Nueva Apaya, Güeppí (donde recibe al homónimo río Güeppí), Puerto Leguízamo (donde recibe al Caucayá), Puerto Alegría, Puerto Arturo, El Encanto (donde recibe al Cara Paraná), Puerto Belén, Flor de Agosto, Puerto Tumaco, Pucauro (donde recibe al Algodón), Puerto Arica (donde recibe al Igara Paraná, de 440 km, el más largo de sus afluentes), Puerto Pipa y Yaguas (donde recibe al homónimo río Yaguas).