El guion de la película se basa libremente en dos arcos de la historia de los comic-books de los X-Men, la "Saga del Dark Phoenix" del escritor Chris Claremont y del artista John Byrne, la misteriosa resurrección de Jean Grey y "Dotado" del escritor Joss Whedon y del artista John Cassaday, con una trama que gira en torno a una "cura mutante" que causa graves repercusiones entre mutantes y humanos.