Diego Gutiérrez y Toledo había nacido hacia 1510 en la villa de Madrid de la entonces Castilla la Nueva que formaba parte de la Corona castellana, siendo hijo de Alonso Gutiérrez de Madrid, tesorero del emperador, y de María Rodríguez de Pisa, judioconversos; además de ser hermano de Felipe Gutiérrez y Toledo, gobernador de Veragua.