Cromwell mantuvo apresados a todos los católicos irlandeses responsables de la rebelión de 1641 y manifestó que lidiaría con ellos de acuerdo a sus respectivos méritos, lo que significaba en el peor de los casos sanciones diferentes de ejecución, y también una confiscación parcial de las tierras que llegó a incluir a aquellos que no participaron en las guerras.