Lejos de acabar con sus problemas, su prosperidad (un significativo número de ellos ocuparon altos cargos en la Iglesia y la Haciencia real) les convirtieron en objeto de una creciente discriminación y ataques (revuelta de Pedro Sarmiento en Toledo, 1449, estatutos de limpieza de sangre), expresados en la generalizada acusación de ser "marranos" (practicar ocultamente el judaísmo); lo que condujo a la creación de la Inquisición española y a la pretensión de los Reyes Católicos de cortar todo tipo de lazos con los judíos mediante la expulsión de los judíos de sus reinos en 1492, seguida por la del reino de Portugal en 1497.