Primero, esta iglesia estuvo en el palacio del duque de Frías, hasta que durante la dominación francesa se trasladó a la iglesia de las monjas de Góngora, y más tarde al Hospital de los Flamencos, situándose finalmente en la iglesia del convento de san Hermenegildo, a raíz del abandono del mismo tras la desamortización de Mendizábal.