Como el general estaba impaciente por descubrir todos los secretos de la conspiración que sospechaba, y como, por otra parte, la famosa Ley de 25 de enero de 1862 no permitía demoras, un fiscal militar que había comenzado desde Zapotlán la causa del teniente coronel Flores, la continuó en Colima al día siguiente de llegar el preso, y la continuó con una actividad febril.