A partir de varios estudios publicados desde 1995 por varios grupos de investigación, y consensuados luego gracias al robusto análisis molecular de ADN hecho por Pryer "et al." 2001, se reconoce que la primera línea filogenética que difiere del resto de las monilofitas es la que reúne a Psilotaceae con Ophioglossaceae, relación que se mantuvo en la oscuridad durante mucho tiempo debido a la extrema simplificación presente en el esporófito de las dos familias.