Fernando Queipo era hijo de otro Fernando Queipo de Llano y Lugo, conde de Toreno, caballero de Santiago, corregidor de Burgos y de Murcia, natural de Sevilla, que fue bautizado el 4 de febrero de 1637 y testó en 1699, y de Josefa Jiménez de Arellano Padilla y Vega, su mujer, señora de la casa de Arnedo, que era sobrina nieta del licenciado José González, V señor de Boadilla y fundador del mayorazgo.