Posteriormente se trasladó a Lombardía, donde recibió importantes encargos de Carlos Borromeo: el Colegio Borromeo de Pavía (1564) y, ya en Milán, el patio de la Canónica de los Ordinarios de la Catedral (1565), la iglesia de San Fedele (1569), prototipo de las iglesias contrarreformistas lombardas, el templo octagonal de San Carlos al Lazzaretto (1576-1592) y la iglesia de San Sebastián (1577).