En este marco se pueden entender reformas y leyes que condujeron a la primera y segunda expulsión de la Orden de los Jesuitas del territorio nacional por Tomás Cipriano de Mosquera, la confiscación de bienes y tierras a la Iglesia, la prohibición a que los miembros de la Iglesia ejercieran sus cargos sin autorización del gobierno y, sobre todo, la pérdida del monopolio educativo de manos de la organización Católica.