En 1998, bajo la administración de Arnoldo Alemán (1997-2002), se realizó una reforma del sector a fin de separar las funciones normativas, de formulación de políticas y de prestación de servicios: se creó CONAPAS como ente encargado de la formulación de políticas; se creó ENACAL como proveedor de los servicios, acaparando gran parte del personal y de los activos del INAA; y se creó un nuevo ente regulador que heredó el nombre INAA.