Luego, con las incorporaciones del seleccionado uruguayo Mauricio Victorino y del iquiqueño Edson Puch, el club jugó la Copa Sudamericana 2009 logrando dejar afuera a equipos como Deportivo Cali de Colombia e Internacional de Brasil, cayendo en cuartos de final tras empatar 2-2 como visitante y ser derrotado como local por 0-1 ante Fluminense.