Hacia el sureste del golfo de Nicoya, se ubican varias islas: isla Herradura, localizada en la bahía del mismo nombre; isla Damas, una isla marítimo-fluvial cercana a la ciudad de Quepos, ubicada en la desembocadura del río Paquita; las islas del parque nacional Manuel Antonio (Olocuitas, Gemelas, Verde, Toro Amarillo y Mogote), que son parte de esta área protegida; isla Ballena, en el parque nacional marino Ballena, es sitio de anidación de varias especies de ballenas.