Luego de firmados en 1988 los acuerdos de paz entre Sudáfrica, Angola y Cuba, estos países acordaron que fuera Pienaar el responsable, coordinando junto con el jefe del Grupo de Asistencia de Transición de la Organización de las Naciones Unidas (UNTAG), Martti Ahtisaari, de implementar el cumplimiento de la resolución N 435 del Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas y supervisar el proceso de transición a la independencia del nuevo país de Namibia.