La población mudéjar pasó en poco tiempo de ser tratada con una inicial política de apaciguamiento, como correspondía a las condiciones de la capitulación, dirigida en lo religioso por fray Hernando de Talavera, confesor de la reina y primer arzobispo de la ciudad; a otra de mayor firmeza a partir de la visita del nuevo confesor, el cardenal Cisneros (1499).