La trama tiene lugar en el Japón del año 2030 tras el alza de este país como imperio económico debido al "milagro japonés" —reciclaje de residuos nucleares— y sigue a la organización de fuerzas especiales Sección 9 de Seguridad Pública, en particular a su segunda de a bordo la Mayor Motoko Kusanagi tras Daisuke Aramaki, líder de la sección.