A la llegada de los españoles, se inicia la conquista de Tenochtitlán por Cortés, durante la cual la mayoría de los pueblos indígenas de los alrededores del Valle de México se mantuvieron opuestos a dicha conquista y apoyaron al señor de Texcoco; el cual era apoyado por todas las comunidades de la región incluyendo la de Atenco, sin embargo poco a poco, las comunidades fueron declinando su apoyo al conquistador Cortés y finalmente también Atenco unió a la conquista de Tenochtitlán, la cual fue consumada en el año de 1521.