La zona donde hoy se asienta Bochil estuvo habitado desde tiempos antiguos por grupos indígenas tzotziles, descendientes de los antiguos mayas que poblaban la región, en el año de 1486 estos grupos fueron conquistados por los aztecas al mando de Jitotol, quien conquistó gran parte de los que hoy es Chiapas para los aztecas en tiempos del Huey tlatoani Ahuízotl, los orígenes de la población se dan durante la época de la colonia, cuando en esa zona se fundó una hacienda que fue denominada San Pedro Mártir Bochil, que progresó hasta convertirse en una de las más productivas de la región, como tal atrajo a numerosa población, principalmente tzotziles que se emplearon como peones de la hacienda, que crearon el núcleo poblacional que hoy es Bochil y que fue progresando y aumentando en población a lo largo de toda la época colonial y primeros años de México independiente.