Pero este intento de secesión fue aplastado por el general Rafael Carrera, quien reintegró al Estado de Los Altos al Estado de Guatemala en 1840 y de hecho terminó con la República Federal de Centro América de los criollos liberales, cuando derrotó completamente al presidente de la misma, el general liberal hondureño Francisco Morazán, en la ciudad de Guatemala unos meses después de recuperar a Los Altos.