En 1868, con el establecimiento del gobierno Meiji, se estableció la libertad de culto con ciertas condiciones y conformó un organismo gubernamental que concentró todos los asuntos religiosos y su administración con el fin de hacer cumplir la orden gubernamental de separar el budismo del sintoísmo; posteriormente en 1871, todos los santuarios sintoístas en Japón se convirtieron en propiedad del gobierno central (subordinados al Ministerio del Interior o al Ministerio de Educación).