La ruta atraviesa 15 de los 100 ecosistemas existentes en Sudamérica, 4 de los cuales están en peligro: los yungas peruanos, el bosque seco del Marañón, el matorral chileno y el bosque húmedo invernal, y pasa por uno de los últimos hábitats del oso de anteojos, el cóndor de los Andes y la vicuña.