De ella dice, en su discurso de clausura del Congreso Científico convocado por la Academia de Jurisprudencia, el 18 de agosto de 1895:"proporcionó una explicación definitiva a la ciencia, pero fue impotente para impedir la formación de una nueva metafísica, puesto que hoy el monismo y el agnosticismo científico se disputan el mundo, como antaño el deísmo y el panteísmo… entrambos adversarios quedaron exánimes en el campo de batalla; pero no fué vana la contienda; el positivismo dejó a la razón un fanal clarísimo: el método; y el espiritualismo dejó a la humanidad una lámpara inextinguible: la esperanza."Don Justo Sierra no podía apegarse a ninguna metafísica ni tampoco veía ya en el positivismo verdad alguna, sin embargo no se quedó en un espacio de dudas pues aún contaba con su instinto de historiador; dice Edmundo O’Gorman que fue la fidelidad a la vocación por el estudio del pasado humano que tenía Justo Sierra, lo que le permitió salir del círculo encantado del dogma positivista, pudiendo, con ello, abordar los problemas y preocupaciones filosóficas de su tiempo.