Los primeros 131 episodios están ambientados en la región Hoenn y basados en Pokémon Ruby y Sapphire, los 2 primeros videojuegos de la tercera saga principal de videojuegos de la franquicia Pokémon; mientras que el resto (61 episodios) están basados en la "Batalla de la Frontera" o "Frente de Batalla" del videojuego Pokémon Esmeralda y ambientados en la región Kanto.