Estaba ya en Trento el día de la apertura del Concilio y asistió a toda la primera etapa, interviniendo en las discusiones relativas al canon de la Sagrada Escritura y a la "Vulgata", y, sobre todo, en la sesión VI sobre la justificación y la certeza del estado de gracia; gozó en estas cuestiones de grandísima autoridad por el "Opusculum" que acababa de publicar.