Toribio de Luzuriaga fue el segundo de tres hermanos, hijos del matrimonio formado entre Manuel de Luzuriaga y Larresta, comerciante vasco natural de Tolosa en Guipúzcoa, y de la dama huaracina María Mejía de Estrada y Villavicencio, descendiente de una antigua familia hacendada en el callejón de Huaylas.