Posteriormente, cuando se constituye el Ministerio de Educación Nacional, la depuración entra en una segunda fase; a partir de este momento la depuración se regula por un cuerpo de leyes y normas establecidas como desarrollo del Decreto 108, y el control de la depuración pasa de las manos militares a convertirse en una competencia del Ministerio de Educación, que paulatinamente va estableciendo una serie de organismos estatales, creados específicamente para gestionar el enorme volumen de trabajo administrativo que la depuración estaba creando.