La deficiencia del factor intrínseco puede ser originada por alguna enfermedad en que la mucosa gástrica disminuya y por consiguiente se destruyan las células parietales ubicadas allí, esto produce anemia perniciosa precisamente causada por falta de vitamina B Para que haya una deficiencia de esta vitamina es posible que se requieran varios años después de que deja de producirse el factor intrínseco en el fondo gástrico, ya que el hígado contiene grandes cantidades de esta vitamina.