Su trama se establece poco después de los sucesos del primer juego, además se establece un final para el mismo, Liu Kang fue capaz de derrotar al hechicero Shang Tsung y liberó a la Tierra de ser sometida por Shao Kahn, aunque este último sigue buscando la dominación de la Tierra así que los atrae a su mundo para desarrollar un segundo torneo a lo cual los guerreros de la Tierra guiados por Raiden, no pueden negarse a participar ya que el no hacerlo, permitirá que el emperador de Outworld (el mundo de donde proviene Shang Tsung) podrá dominar el Reino de la Tierra.