Nuevamente en Primera División, las dos siguientes campañas del club no fueron del todo buenas: en el campeonato nacional de 1990, la «U» remató en la undécima posición y en el campeonato nacional de 1991 estuvo a punto de volver a descender, tras terminar en el decimocuarto lugar de la tabla y disputar la Liguilla de Promoción junto a Everton, Deportes Puerto Montt y Deportes Melipilla (en aquel entonces Soinca Bata), asegurando la «U» y Everton su permanencia en la máxima categoría.