Tras la hazaña de haber sido director de la campaña pro Ávila Camacho, que con buenas y malas mañas Alemán había sacado adelante; a nadie sorprendió que el nuevo presidente lo integrara en su gabinete, confiriéndole el cargo de Secretario de Gobernación, que desempeñó cabalmente del 1 de diciembre de 1940 al 18 de junio de 1945.