Siendo así que la consideración del papel de la religión en este periodo, en el que la Confederación Granadina inaugura un periodo particularmente conflictivo en esta materia, demanda abordar por separado lo relacionado con la religión y la Iglesia, puesto que el carácter profunda y mayoritariamente Cristiano-Católico de la población colombiana es innegable, sin embargo, el papel que los diferentes actores le asignan a la Iglesia como institución fue diferente.