Peter von Dusburg se refería a ellos como "Pruteni" en latín, aunque los prusios se denominaban a sí mismos "Prūsai", cuyo significado es debatido: podría derivar de "prūta/prūota" ('astucia', 'inteligencia'), "prūsna" ('rango', 'honor'), "prūsas" ('elevado'), derivado a su vez de la raíz indoeuropea "pūrusah" (hombre, persona); o de un término relacionado con el agua, como era habitual en los pueblos bálticos, por lo que significaría 'tribus del agua' o 'pueblo de los lagos'.