Después de dos años de inactividad, Zepeda regresó al Atlas para el Torneo de Apertura 2009, recuperando poco a poco su nivel, y en el Clausura 2010 tuvo un inicio impresionante anotando 7 goles en 8 partidos, sin embargo el conjunto rojinegro lo dio de baja debido a cuestiones de indisciplina como las que tuvo durante toda su carrera principalmente relacionadas con el consumo de alcohol.