Los jugadores más emblemáticos en dicha época fueron Luis "Chuto" Barra, Tomás Varela, Leoncio "Cholo" Paz, Teodulfo Paliza, Carlos Ñaccha Pérez (el mejor de su época), Jorge Chacon "Maquisapa" arquero, Juan "Chiflas" Aguilar y el "negro" Oswaldo Rubio.Cienciano logró nuevamente demostrar su dominio en la Liga Departamental del Cusco, consiguiendo así campeonar en 1944,1945 y 1948.