Entre 1995 y 1999 pasó a ocupar el puesto de presidente de la Comisión del Sistema Eléctrico Nacional (antecedente de la actual Comisión Nacional de Energía), donde actuó en contra de los privilegios de las compañías eléctricas, oponiéndose a la percepción por parte de estas de los denominados Costes de Transición a la Competencia (CTC), los cuales, aunque fueron finalmente cobrados por las eléctricas, fueron recortados casi a la mitad.