En el año siguiente los quijos realizan su primer levantamiento, pero los españoles logran vencerlos gracias a la intervención de Hacho de Velasco; en el mismo año muere Núñez de Bonilla y lo reemplaza Alonso de Bastidas; en Nochebuena de 1561 Bastidas es sustituido por Melchor Vásquez de Ávila, pero no se posesiona sino hasta el 23 de junio de 1562, y un mes después los quijos se levantan por segunda vez; por este motivo, para controlar a los quijos llega Andrés Contero como Teniente Gobernador.