No obstante, han surgido nuevas controversias, sobre todo alrededor de dos hipótesis alternativas mutuamente excluyentes que están siendo debatidas en numerosos artículos sobre filogenia y evolución de Artrópodos: Atelocerados (Miriápodos + Hexápodos) (Wheeler) (cladograma A) "versus" Pancrustáceos (Crustáceos + Hexápodos) (Giribet & Ribera) (cladograma B):