Los críticos de la homeopatía consideran que las sugestiones en que se ha basado históricamente la formulación de los remedios homeopáticos, guardan aún mucho del pensamiento mágico que encontramos en la antigua teoría de las signaturas, y tienen muy poco que ver con las hipótesis inspiradas por el conocimiento fisiológico, bioquímico o microbiológico, de las que parte la investigación médica moderna.