Entre los numerosos lagos destacan la parte nordeste del lago Victoria, con el golfo de Winam y casi todo el lago Turkana, de 240 km de longitud y 30 km de anchura, además de una serie de lagos, como el lago Bogoria, el lago Baringo, el lago Nakuru o el lago Naivasha, en la cuenca del Rift y cuya superficie puede fluctuar según las estaciones.