Su fundación oficial fue gestada por fray Tomás de San Martín y se concretó el 12 de mayo de 1551 con el decreto del emperador Carlos I de España y V del Sacro Imperio Romano Germánico, en 1571 adquiere el grado de pontificia otorgado por el papa Pío V con lo que termina siendo nombrada como "Real y Pontificia Universidad de la Ciudad de los Reyes de Lima".