La remodelación, que duró hasta 1704, borró casi por completo la primitiva iglesia románica: en 1702 la fachada barroca fue terminada por el arquitecto Pietro Fossati; el pavimento fue sustituido por taracea de mármol; se colocaron pilastras de caliza en lugar de las columnas románicas; en el crucero se levantó la cúpula y las capillas góticas del transepto fueron clausuradas; en su lugar se erigieron los monumentos fúnebres de los arzobispos Machín y La Cabra.