Pero el carácter progresista de Juan de Madrazo le hizo tomar partido en los graves momentos sociales que sacudían entonces España (el Sexenio Democrático o Revolucionario), enfrentándose con el cabildo, el obispo y la sociedad conservadora leonesa, quienes le acusaron de masón, protestante y anticatólico, declarándose él mismo como deísta o ateo.