La mayoría son pequeños y poseen una superficie inferior a los 100 km², que solo dos lagos superan, el lago Peipus, al este, con 3555 km², compartido con Rusia, y el lago Võrtsjärv o Võrtsjärv en el centro, que con una superficie de 270 km² es el segundo mayor lago del país y el mayor que se encuentra dentro de las fronteras nacionales.