En junio de 1863 el ejército francés ocupó el Palacio Nacional y por breve tiempo de 1863 a 1867, nuevamente se le llamará "Palacio Imperial", durante el Segundo Imperio Mexicano de Maximiliano de Habsburgo, aunque no lo usó como residencia, ya que en 1863 el emperador cambió su residencia al Castillo de Chapultepec, dejando al Palacio como un edificio puramente administrativo y de protocolo.