El interior alberga la Colección Eugenio Fontaneda, distribuida en seis salas: Arqueología (destacando una colección de útiles de guerra de la Edad del Bronce y otra de estelas funerarias y miliarios de la época romana); Arte Sacro (incluyendo tallas de los siglos XIII a XV, mobiliario litúrgico y pinturas de los siglos XV a XVIII); Juguetes; Armas y Aparatos Musicales; Farmacia; y Etnografía y Artes Populares.