En consecuencia, el museo exponía objetos procedentes de varios yacimientos clásicos de la arqueología provincial, en un rango de cronología que iba desde la Prehistoria hasta el período islámico: las cuevas con ocupación prehistórica y arte rupestre, como La Pileta y la Victoria; necrópolis del período megalítico, como la de Alcaide; algunos de los primeros objetos fenicios conocidos en la provincia, antes de que se sospechara incluso la magnitud del fenómeno de la colonización fenicia en la costa malagueña; una valiosa colección romana de bustos, esculturas y piezas funerarias, con origen en Cártama y el subsuelo del palacio de la Aduana, entre otros lugares; y notables elementos provenientes de sitios medievales, tales como la Alcazaba de Málaga o Bobastro.