El Nuevo Paradigma y Nexus son los enemigos de El Proyecto durante la campaña, y se les puede ver tanto atacando a las fuerzas del mismo como a bandas de supervivientes (scavengers) a la guerra nuclear, que circulan a sus anchas, y que atacan al jugador con cualquier posible tecnología brutal, tales como camiones con lanzallamas y autobuses escolares armados con cañones.