Sin embargo, a contar de 1897, al crearse la Dirección General de Marina, todas las fuerzas navales, Direcciones Superiores y establecimientos terrestres, pasaron a depender de ésta, terminando la injerencia del Gobierno en el mando de la Escuadra, detentando el Director General de la Armada normalmente el más alto rango entre los oficiales, el de vicealmirante.