Esto conllevó a conflictos entre las diferentes autoridades eclesiásticas pues los franciscanos no aceptaban fácilmente la autoridad del clero secular en sus asuntos, todo el territorio que es hoy los estados de Chihuahua y Nuevo México eran parte de la entonces Diócesis de Durango, con cuyo obispo mantenían una mala relación los franciscanos y se oponían a sus visitas, aunque finalmente se vieron obligados a recibir la visita del obispo Benito Crespo y Monroy en 1725.