Se ganó rápidamente enemigos por sus ideas; fue multado y obligado a abandonar Vergara por practicar con su hijo Fausto la inoculación de la viruela, y fue denunciado a la Inquisición por leer libros prohibidos; además el inquisidor Juan Francisco Torrano le acusó de connivencia con los franceses durante la Guerra de la Convención y la ocupación de Guipúzcoa.