Ya en Segunda División de España, Aranburu pasó a ser el capitán del equipo tras la marcha de Aitor López Rekarte y se echó el equipo a sus espaldas para poder regresar cuanto antes a la Primera División de España, cosa que no se pudo conseguir en la primera temporada en la categoría de plata, donde Mikel jugó 38 partidos y anotó 2 goles.