Las arqueas, por lo general, tienen un único cromosoma circular al igual que las bacterias, que varía en tamaño desde 5.751.492 pares de bases en "Methanosarcina acetivorans", el mayor genoma secuenciado hasta la fecha, hasta 490.885 pares de bases en "Nanoarchaeum equitans", el genoma más pequeño conocido que puede contener sólo 537 genes codificadores de proteínas.