En 1998 el paso del Huracán Mitch por Nicaragua causó desastre total en Estelí, el Río Estelí recuperó su caudal inundando y destruyendo miles de casas a causa de las incesantes lluvias que alimentaban el caudal, la Escuela Normal Mirna Mairena ubicada a más de 200 metros del borde del río fue inundada por las aguas, la destrucción del puente Panamá Soberano que conectaba la zona central y este de la ciudad con la zona oeste fue un hecho que mostró la vulnerabilidad de la ciudad ante los desastres naturales, mientras el temporal lluvioso de 2011 que afectó a toda Centroamérica hizo estragos en Estelí, dejando incomunicada la ciudad ante el derrumbe del cerro conocido como "La Gavilana" sobre la carretera panamericana sur que conecta la ciudad de Estelí con el sur del país, actualmente la ciudad trabaja para hacer frente a los embates naturales.