El Campeonato Descentralizado 2016 se jugaría con una mecánica nueva: se jugarían un Torneo Apertura, un Torneo Clausura y luego 2 liguillas en base al puntaje de los equipos, los cuatro primeros del puntaje acumulado jugarán semifinales y finales de ida y vuelta para definir al Campeón del Campeonato.