El topónimo «San Juan La Laguna» se confirió en honor a San Juan y del hecho de que el poblado está geográficamente próximo al Lago de Atitlán, ya que al igual que los otros municipios que tienen el mismo nombre, a partir de 1643 se llaman así porque el visitador Antonio Lara habría ordenado que todos los apellidos indígenas y los lugares geográficos fueran castellanizados.