En la última jornada de la temporada 2006-07, Chaparro debutó en Primera División con el primer equipo del Real Betis, sustituyendo al entrenador hispano-galo Luis Fernández en el banquillo, y logrando una agónica victoria en El Sardinero por 0-2 (goles de Edu), que supuso que el equipo no se fuera a Segunda División.