Entre los mamíferos se encuentran algunos endemismos: mono machín ("Cebus apella margaritae"), conejo de monte ("Sylvilagus floridanus margaritae"), ardilla ("Sciurus granatensis nesaeus"), venado ("Odocoileus virginianus margaritae"), así como entre las aves está el gonza, el lito margariteño ("Icterus nigrogularis helioeides") y el popular guayamate ("Cardinalis phoenicius").