Para la segunda mitad del siglo XVI debido a las leyes nuevas promulgadas en 1542, la localidad era tratada y considerada como un pueblo de indios y por lo tanto se reconocía la autoridad de los líderes indígenas que eran llamados como: cacique gobernador (quien era el líder y representante de los indígenas de la localidad) y cacique (quien era elegido por el cacique gobernador para que liderara un barrio, parcialidad o pueblo sujeto a la población, en este caso lideraba el cabildo auxiliar de Chacalcingo); la población era encomendada junto a Soyapango, Ilopango y Tonacatepeque a quien la real audiencia designaba o quien había sido escogido por el encomendero anterior como heredero de la encomienda para que la ejerciese en segunda vida (las encomiendas solo duraban dos generaciones llamadas vidas), hasta 1616 la encomienda sería ejercida por María Cerrato.