Misato dirigiría a Shinji en varias operaciones contra los Ángeles Sachiel y Shamshel, y también fue el cerebro en la llamada "Operación Yashima" para derrotar al Ángel Ramiel, así como logró detener (con la ayuda de Shinji) al robot Jet Alone fuera de control, argumentado que su conciencia no le dejaría tranquila si no hiciera algo, dado que el recalentamiento del reactor nuclear de dicho artefacto amenazaba una población cercana.