El sistema TransMilenio ha llegado a ser considerado por muchos usuarios como inseguro por la alta cifra de robos en los buses, principalmente de teléfonos móviles y billeteras, debido en parte a la congestión del sistema, algo que en convenio con la Policía Metropolitana de Bogotá se ha intentado solucionar por distintos medios, cómo la instalación de cámaras de seguridad en las estaciones y portales, pero aún falta por solucionar el problema dentro de los buses.