Aunque el proceso de negociación incluyó a un amplio número de grupos organizados de la sociedad civil, la idea de que los Acuerdos representaban un consenso nacional fue posteriormente cuestionada por ciertos sectores de la sociedad guatemalteca — como el sector privado y algunos partidos políticos—, los cuales se opusieron a ellos o denunciaron que no habían estado bien representados o no se les había consultado suficientemente durante el proceso de negociación.