Sin embargo, se ha sugerido una relación entre la presencia de algunas especies de metanógenos y las infecciones en la boca, y "Nanoarchaeum equitans" podría ser parásito, pues sólo sobrevive y se reproduce dentro de las células del Crenarchaeota "Ignicoccus hospitalis", y parece no ofrecer ningún beneficio a su hospedador.