"Hespérides" está dirigida y a su vez financiada por el Plan Nacional de I+D+I (Investigación, Desarrollo e Innovación), mientras que la responsabilidad de la gestión científica del buque es labor del Ministerio de Ciencia y Tecnología, a través de la Comisión de Coordinación y Seguimiento de las Actividades de Buques Oceanográficos.