ETS nació oficialmente el 2 de septiembre de 2004, en virtud de la Ley 6/2004 aprobada por el Parlamento Vasco, como consecuencia lógica del "Plan Director de Transporte Sostenible", el cual establece entre sus objetivos prioritarios el de impulsar un nuevo equilibrio de los modos de transporte, moderno, eficaz y sostenible, de menor impacto ambiental; especialmente, el sistema ferroviario.