En junio de 2009 la prensa habló sobre una posible relación de la actriz con el cantante Marilyn Manson, relación a la cual Manson puso fin en noviembre para volver con la que era su pareja, la actriz Evan Rachel Wood, en enero de 2010.Finalmente Stoya alegó que la relación que ambos mantenían no era considerada por ninguno de los dos como una relación seria, ya que apenas se veían y no había comunicación.