A partir de 2000, la Misión ha publicado trece informes temáticos de verificación sobre el sistema penitenciario; los compromisos relativos a la tierra; aspectos laborales; los procedimientos de exhumación; los compromisos relativos al desarrollo rural y recursos naturales; la situación de la niñez y la adolescencia; el flagelo de los linchamientos; la situación de conflictividad; la participación de las mujeres guatemaltecas; la situación de la Policía Nacional Civil; el cumplimiento del Pacto fiscal; la política de vivienda; y, los pueblos indígenas y la superación de la discriminación en el marco de los Acuerdos de paz.