El rey Rodolfo II lo arrojó a las mazmorras del castillo de Krivoklát (en Praga): una versión reza que fue para que confesara las estafas cometidas contra dos joyeros de Colonia, otra que fue para que revelase al emperador el secreto en exclusiva de la preparación de su precioso elixir, evitando su huida a Inglaterra (se presentaron incluso las cartas de Burleigh con la petición de la reina); según una tercera versión, más romántica, fue encarcelado en el Castillo de Purglitz, a tres millas de Praga, por haber matado en un duelo a un sirviente del emperador.