Nació en Rionegro el 12 de enero de 1840, hijo del ilustre comandante don José María Botero y Villegas quien fue edecán de Bolívar en el ejército libertador y compañero de armas del Gran General José María Córdova, Juan José Botero también hizo campañas como oficial del General Tomás Cipriano de Mosquera, habiéndose destacado en la batalla de "Cuaspud".