En 1569 se le designaba obispo de Cartagena de Indias, y encontrándose en la Corte para hacerse cargo de su obispado, le asignaron la diócesis metropolitana de Bogotá, de la cual tomaba posesión el 28 de marzo de 1573 En su actuación episcopal destacan cuatro hechos importantes: terminación de la catedral de Bogotá, celebración de un concilio provincial en marzo de 1585, la creación del seminario de San Luis y el establecimiento de la cátedra de lengua chibcha,