Con la ocupación del cargo de presidente de Colombia por el general Rojas Pinilla, el coronel Navas Pardo llegó a comandar al Ejército Nacional y recibió el rango de Brigadier General mediante el decreto 1012 del primero de mayo de 1956, en el que se destacó su brillante comando de la Brigada de Institutos Militares y sus excelentes calidades como oficial.