La Comisión llegó a concluir que entre los factores profundos que determinaron el estallido del conflicto, se encontraba un Estado que se había ido construyendo sobre bases de la exclusión a las grandes mayorías, indígenas y ladinos pobres; de autoritarismo a través del cierre de los espacios políticos y la utilización de la represión; de la discriminación sistemática; de una institucionalidad anti-democrática y de la falta de voluntad de parte del Estado para impulsar un cambio.