José de Anchieta era hijo de Juan de Anchieta Zelayarán (natural de Urrestilla, barrio de la villa de Azpeitia,en la provincia de Guipúzcoa, País Vasco, primo de San Ignacio de Loyola) y de Mencía Díaz de Clavijo y Llerena, descendiente por línea materna de la nobleza canaria, pero al mismo tiempo hija de judío converso.