Durante la dictadura del general Barrientos, que llegó al poder en 1964 tras un golpe de Estado, Barbie fue nombrado gerente general de la compañía marítima estatal, la Compañía Transmarítima Boliviana, creada por Barrientos en 1967 con capitales públicos y privados, que actuaba como tapadera de tráfico de armas al servicio de la dictadura.