En el Digimundo, Craniummon se enfrenta por segunda vez a Marcus y a Agumon, y esta vez parece ser casi invencible gracias a su escudo bendecido por Yggdrasil, pero cuando llegan los demás chicos es derrotado, y aceptando su derrota, los deja pasar al aposento de Yggdrasil, mientras él se dirige al Mundo Real, y toma el lugar de Banchou Leomon, quien mantenía separados al Digimundo y al Mundo Real.