Las limitaciones que tiene la virtualización de escritorios son los riesgos de seguridad que se generan si la red no está bien gestionada, conlleva una pérdida de autonomía y privacidad del usuario, los desafíos en la creación y el mantenimiento de los controladores para las impresoras y otros periféricos, dificultad en la gestión de complejas aplicaciones como las multimedia y problemas de mantenimiento de direcciones de los usuarios de máquinas virtuales en correspondencia con los del centro de datos.