Tras la Independencia de Centroamérica y la Guerra Civil Centroamericana que le siguió, el resto de las órdenes regulares de la Iglesia Católica fue expulsado en 1829 por el general liberal Francisco Morazán, quien también expulsó al arzobispo Ramón Casaus y Torres aunque permitió que se quedaran los curas del clero secular a los que éste dirigía sin el beneficio del diezmo obligatorio.