Como el tratamiento precoz es fundamental para maximizar las posibilidades de supervivencia, también se suele recurrir al diagnóstico etiológico, mediante la búsqueda al microscopio de la ameba en el líquido cefalorraquídeo y su posterior identificación, ya que difiere bastante de la otra ameba parásita que podemos encontrar en el líquido cefalorraquídeo (del género "Acanthamoeba"), tanto en clínica como al microscopio.