Muchos académicos sitúan el origen de los ninja y el ninjutsu entre el 500 y el como una adaptación de los preceptos chinos establecidos en el capítulo 13 del libro "El arte de la guerra" de Sun Tzu, que trata sobre el uso de espías y métodos de espionaje, que posteriormente se transformaron en una filosofía propia así como un código de conducta llamado "ninpo", aunque no fue sino hasta el siglo VI en que las técnicas de espionaje fueron introducidas a Japón cuando el Príncipe Shōtoku utilizó este tipo de sistemas para conocer los motivos reales en disputas civiles.