No obstante el obispo de Vitoria, Mateo Múgica, fue acusado de simpatizar con el nacionalismo y colaborar con los sacerdotes nacionalistas vascos, considerados por la "Junta de Defensa Nacional" como los "principales culpables de este movimiento popular y con su acción positiva antes de entablarse la contienda", por lo que el 25 de septiembre es expulsado de Vitoria y posteriormente 14 sacerdotes vascos son fusilados por las tropas franquistas.