El AGM-88E se diseñó para mejorar la efectividad de las variantes de HARM heredadas contra los sitios de comunicaciones y radares fijos y reubicables, particularmente aquellos que se apagaría para lanzar misiles antirradiación, agregando un nuevo buscador al motor de cohete y sección de ojiva con capacidad Mach 2 existente, agregando un receptor pasivo antirradiación, un sistema de navegación por satélite e inercial, un radar de onda milimétrica para guía de terminales, y la capacidad de transmitir imágenes del objetivo a través de un enlace satelital solo unos segundos antes del impacto.