Sin embargo la contrarreforma en Baviera, que bajo influencia de los jesuitas tuvo su cumbre en Baviera, afectó al trabajo de Lasso, que escribió música litúrgica para el rito romano, un importante número de Magnificats, una colección de piezas del libro de salmos de Ulenberg (1588) , y especialmente el gran ciclo penitencial de madrigales espirituales, "Lágrimas de San Pedro" (1594).