Malpensa es uno de los dos centros de conexión de Alitalia, la aerolínea de bandera de Italia, con más de 21.7 millones de pasajeros en el año 2006 (más de 95 millones si se le suman los correspondientes al Aeropuerto de Milán-Linate, y más de 36 millones con los del Aeropuerto de Bérgamo-Orio al Serio).