Durante esta etapa fue internacional sub-21 en cinco ocasiones, entre 1989 y 1990.Durante varios años fue un objetivo de Johan Cruyff que le quiso fichar para el FC Barcelona, especialmente durante el verano de 1993, aunque nunca se llegó a materializar el traspaso.Finalmente el club vasco traspasó a Rafael Alkorta al Real Madrid, por lo que Garitano permaneció en el equipo bilbaíno.