Para el torneo Apertura 2012, nuevamente llega a la final enfrentándose a su histórico rival Comunicaciones, en el primer partido jugando el 14 de diciembre en el Estadio Mateo Flores cae derrotado 0 a 3, y en el partido de vuelta jugado el 17 de diciembre en el Estadio Cementos Progreso, cae nuevamente con marcador de 0 a 1, con un autogol de Alvizuris, por lo que nuevamente se queda con el subcampeonato.