El clima de Coyhaique es de transición del clima marítimo lluvioso, que se presenta en la costa y fiordos de la región de Aysén, al clima estepárico frío que se encuentra cerca de la frontera con Argentina, según la clasificación climática de Köppen es un clima trasandino con degeneración esteparia (Dfb), que también puede ser clasificado como clima subpolar oceánico ("Cfc").