El templo fue despojado en tres ocasiones de seis de sus más importantes óleos, quedan tan solo unos pocos de verdadero valor artístico como son: La Flagelación, objeto de antiguas peregrinaciones; El Señor del Pensamiento; San Francisco Javier con las viñetas de los Fundadores de El Santuario; La Presentación en el Templo; El Éxtasis de San Francisco de Asís; Nuestra Señora de los Dolores; Santa Lucía; San Roque; La Fuga y la Desesperación de Judas, de artista Quiteño; Santa Rita de Casia y diez cuadros pintados sobre vidrio que representan al Señor y los apóstoles, esta obra que ha sido tenida como una donación del Papa Pío Nono al señor Obispo Valerio Antonio Jiménez.