No obstante, en 1534, ya en la Edad Moderna, la Orden de San Jerónimo decidió trasladar este monasterio a la ciudad de Zamora, siendo bendecida la nueva construcción ya en 1543 por el obispo zamorano, naciendo así el monasterio de los Jerónimos de Zamora, lo que provocó el abandono definitivo del monasterio jerónimo de Montamarta.