Hijo de Manuel José Derqui y García, y Ramona Rodríguez y Orduña, nació en Córdoba el 21 de junio de 1809, siendo bautizado "Santiago Rafael Luis Manuel José María Derqui Rodríguez" en honor a su padre y abuelo, militares de origen gaditano - concretamente de Tarifa - aunque de ascendencia italiana, descendiente de Jacome Derqui (D´Erchi) de Paeta, nacido en 1679 en Génova, banquero y armador de buques.