La JSC se mostró partidaria del NO en el referéndum sobre la permanencia de España en la OTAN celebrado en 1986, y realizó campaña activa por convencer a los ciudadanos de esta opción, circunstancia que ocasionó un conflicto importante con el PSC, que aunque estuvo mayoritariamente por el voto negativo, se vio forzado a hacer campaña por el SÍ por haber sido derrotadas por estrecho margen sus tesis en el anterior Congreso Federal del PSOE.