La percepción del ejército hacia las comunidades indígenas como aliados naturales de las guerrillas contribuyó al aumento de violaciones de los derechos humanos contra ellos, demostrando un racismo agresivo, que derivó en el exterminio consecutivo de comunidades inermes incluyendo -como se comprobaría en exhumaciones posteriores-numerosos niños, mujeres y ancianos; todo esto a pesar de que tanto el ejército como las PAC estaban conformadas por indígenas de otras áreas del país.