El municipio San Joaquín cuenta con 7 kilómetros de costas lacustres enmarcadas dentro de la cuenca hidrográfica del Lago de Valencia, donde son afluentes todos los ríos y riachuelos que corren por el municipio, siendo los principales los ríos Cura y Ereigüe, la ciudad de San Joaquín es atravesada por las quebradas Agua Clara.