Pedrosa tuvo opciones matemáticas al título de 2006 hasta la penúltima carrera y aunque la mayor parte del campeonato se mantuvo entre el segundo y el tercer puesto, finalmente quedó quinto en el campeonato, principalmente debido a un mal final de temporada ya que se lesionó en los entrenamientos del Gran Premio de Malasia y aunque subió al podio en esa carrera, en las siguientes se resintió de la lesión y del esfuerzo realizado.