La Comisión quedó formada el 13 de septiembre de 1999, tras el escándalo y renuncia de la Comisión Santer, que había dañado la reputación de la institución, y sustituyendo a la Comisión Marín, que fue gabinete interino que estuvo al frente de la Comisión Europea en el periodo comprendido entre el 16 de marzo de 1999 y el 12 de septiembre del mismo año.