Desde su fundación, Danubio ha tenido entre sus filas a grandes jugadores tales como Diego Perrone (máximo goleador de Danubio con 72 tantos), Carlos Romero (el que más encuentros disputó en el club, superó los 400 partidos), Juan Burgueño, Ernesto Lazzatti, Raúl Bentancor, Alfonso Auscarriaga, Julio Maceiras, Urbano Rivera, Héctor Argenti, Carlos Correa, Fernando Rodríguez, Néstor Carballo, Héctor Silva, Araquem de Melo, Lorenzo Carras, Sergio Santin, Eliseo Rivero, Nelson Alaguich, Rubén Sosa, Javier Zeoli, Gustavo Dalto, Eber Moas, Rubén Da Silva, Edgar Borges, Julio Rodríguez, Álvaro Recoba, Inti Podesta, Marcelo Zalayeta, Fabián Carini, Ernesto Chevantón, Jadson Viera, Pablo Lima, Edinson Cavani, Ignacio González, Walter Gargano, José María Giménez, Camilo Mayada.