Francisco Pliego Parra empezó en el mundo de los banquillos en la Región de Murcia, primero comenzó su andadura como entrenador en el Club de Fútbol Ciudad de Murcia en la temporada 1999-2000 del que fue destituido por capricho de Quique Pina, después entrenó al Mazarrón Club de Fútbol (2000-2001), Club Deportivo Beniel en la (2001-2002), Lorca Deportiva juvenil en la (2002-2003), Club Deportivo Lumbreras en la (2003-2004), estuvo dos años en el Cartagena Promesas CF en las temporadas (2004-2006), después el Fútbol Club Torrevieja (2006-2007), después al Sangonera Atlético Club de Fútbolen la temporada 2007-2008 y al que ascendió a la Segunda División B, al año siguiente entreno al sangonera en 2b y al año siguiente entreno al Caravaca CF.