Además de su obra pictórica, Schnabel ha escrito y dirigido cinco películas: Basquiat (1996), Antes que anochezca (2000), una adaptación de la novela autobiográfica de Reinaldo Arenas, que también produjo, y una adaptación de las memorias del francés Jean-Dominique Bauby, La escafandra y la mariposa (2007), que lo llevó a ganar el premio como Mejor Director en el Festival de Cannes, el Globo de Oro y el Spirit Award por la misma categoría, y una nominación al Oscar en este mismo rubro, Berlín (2007) y Miral (2010).