En la sexta temporada, descubre que Michael Rivkin, el amante del Mossad de su compañera Ziva David, no es quien dice ser y, temiendo por la seguridad de Ziva, decide enfrentarlo, lo cual conlleva a una gran pelea en la cual Tony mata accidentalmente a Rivkin y pierde la confianza de Ziva, ella decide dejar el equipo y volver a Israel.