Más tarde, en el año de 1987, el gobierno mexicano decidió fusionar los ferrocarriles FCP, SBC y CH-P en una sola entidad y creó una gerencia para cada una de las regiones en que dividió al sistema de FNM: Centro, Sur, Pacífico, Pacífico norte, Sureste y Noreste, que eran supervisadas directamente por la Secretaría de Comunicaciones y Transportes en sus diferentes épocas.