Luego, siendo ya Chile independiente, Manuel Rodríguez ejerció algunos cargos públicos de mediana importancia y dentro del Ejército ofició el grado de coronel, siempre con la simpatía de José de San Martín, y la abyecta antipatía del director supremo, O'Higgins, con lo cual comenzó su rápida declinación en el poder, lo que a la postre le costaría la vida, siendo cobardemente apresado y después asesinado.