A diferencia de la vecina Isla de Coche que posee su propias instituciones y alcaldía, Cubagua es administrada como parte de uno de los municipios (Municipio Tubores) ubicados en la isla principal del estado venezolano de Nueva Esparta (el cual también está conformado por la Isla Margarita y la isla de Coche, la sede del gobierno municipal esta en la localidad margariteña de Punta de Piedras.