Otras agencias bajo el mando del Departamento de Defensa incluyen a la Agencia de Proyectos de Investigación Avanzados de Defensa (DARPA), la Agencia de Logística de la Defensa (DLA), la Agencia de Defensa de Misiles (MDA), la Agencia de Defensa para la Reducción de Amenazas (DTRA) y la Agencia de Fuerzas de Protección del Pentágono (PFPA), todas ellas bajo el mando del Secretario de Defensa.