Al igual que el resto de monasterios peninsulares, su decadencia se produjo a lo largo del siglo XIV, hasta que en el siglo XV, se lleva a cabo una renovación y restauración por los Reyes Católicos, separándose de Cluny y uniéndose a la Observancia de San Benito de Valladolid, y consiguiendo una nueva prosperidad; recupera su rango abacial y los abades vuelven a ser elegidos por la comunidad de monjes cada cuatro años (cuadrienios).