Las consecuencias ambientales han sido numerosas: sedimentación excesiva aguas arriba, erosión aguas abajo, desaparición de especies animales que efectuaban migraciones a lo largo del río, destrucción y salinización del delta del Nilo (la reducción del caudal del río ha causado que las aguas saladas del mar Mediterráneo penetren en el terreno a lo largo de la costa cercana a la desembocadura), disminución de la productividad en las pesquerías, emigración de animales marinos al suprimirse la barrera de la salinidad, subida del nivel freático de las aguas en las vegas cercanas, contaminación del río provocada por los fertilizantes, herbicidas y pesticidas, etc.