En el episodio final de la novena temporada Booth es atacado por ser parte de una conspiración dejándolo muy mal herido y mandándolo a la cárcel por tres meses en la décima temporada Brennan logra hacer que Booth salga de la cárcel después de eso resuelven el caso sobbre la conspiración pero perdiendo a un ser muy querido en el proceso ( a Sweets en el segundo episodio de la décima temporada) después de esto Booth se siente culpable.