La contaminación de aguas tiene dos orígenes: uno directo, por el uso de plaguicidas destinados a la higiene pública (lucha contra larvas de mosquitos en charcas y aguas estancadas, por ejemplo) y otro indirecto, por la movilización de contaminaciones de aire y suelos (deposición de plaguicidas, arrastres por aguas de lluvias y otros mecanismos).