En sus más de 465 años de funcionamiento la Universidad de San Marcos ha pasado por varios locales, de los cuales mantiene y destacan: la "Casona de San Marcos", local histórico de la universidad con más de 400 años de historia —parte del área y de la lista de edificaciones del Centro histórico de Lima que fueron reconocidas como Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO en 1988— y que en la actualidad es sede de las principales actividades culturales y de los otorgamientos de altos grados por parte de la universidad; el actual local de la Facultad de Medicina "San Fernando", inaugurado en 1901 para la primera escuela de medicina del país; y la llamada "Ciudad Universitaria", que desde 1960 es su sede principal, allí se ubican la mayoría de facultades, la biblioteca central, el estadio universitario y el rectorado, y se desarrollan la mayoría de actividades académicas y de investigación.