En Asunción manifestó a su superior y al gobernador sus propósitos de fundar una misión en Itapúa y luego de la aprobación de dicho cometido retornó a Itapúa, y el 25 de marzo de 1615 fundó la misión sobre el río Paraná, que bautizó Nuestra Señora de la Encarnación de Itapúa por la fecha conmemorativa de Nuestra Señora de la Encarnación.