La comunicación por ferrocarril se realiza en el ramal Castejón-Miranda de Ebro del ferrocarril Castejón-Bilbao de ADIF, mediante un apeadero en Agoncillo para viajeros y correo y una estación en el barrio de Recajo para viajeros y mercancías, donde en ambos tiene parada la línea radial R-28 de la Red de Media Distancia de Renfe Operadora, que comunican Agoncillo con Zaragoza, Castejón, Logroño, Miranda de Ebro, Vitoria, Burgos y Valladolid.