Más tarde, el 21 de mayo de 1499, los Reyes Católicos lo nombraron juez pesquisidor para investigar los sucesos acontecidos en la isla de La Española, debido a las quejas continuas sobre la política que estaban ejerciendo Cristóbal Colón y sus hermanos en la isla (actuaciones venales, esclavitud a los indígenas, ocultación de quintos reales de perlas y de oro, la rebelión de Francisco Roldán y por las acusaciones de traición y ataques de sus muchos enemigos).