A la subida al poder del civil Nicolás de Piérola Villena, viene la reorganización del ejército y Leoncio Prado recibe la orden de formar y comandar un cuerpo de guerrilleros para actuar independientemente pero en conexión con la jefatura Suprema, que la ejercía el contralmirante Lizardo Montero, Comandante en Jefe del Ejército del Sur.