Desde 2006 el partido enfrenta el escándalo de la parapolítica que vincula a varios de sus dirigentes con grupos narco-paramilitares pertenecientes a las Autodefensas Unidas de Colombia, esto llevó a que 4 de los 5 congresistas elegidos en 2006 abandonaran sus escaños, incluido Mario Uribe Escobar cuyo proceso ha causado controversias por la cercanía de este con el presidente de la República pues además de ser su primo ha sido su compañero político.