Cuando el entonces virrey de la Nueva España Juan de Mendoza puso la primera piedra, se dice que la construcción llegó a durar aproximadamente 5 años, creando un convento con dos niveles, para luego ser usada poco menos de 100 años debido a que no se le dio el mantenimiento que requería, tristemente en el año de 1705 un terremoto hizo que muros y techos se derrumbaran haciendo un daño terrible a las estructuras y a varios de los monjes que vivían en ese lugar.