Tras ser sometido a una profunda reforma a principios del siglo XXI, que incluyó la restauración de la bóveda pintada por Luca Giordano en la sala central ("Alegoría del Toisón de Oro"), es desde 2009 la sede del "Centro de Estudios del Museo", la llamada "Escuela del Prado", que, siguiendo el modelo de la "École du Louvre", está dedicado a la investigación así como a la formación de especialistas en los diversos campos de la Historia del Arte.