A cambio, obtendría el cargo de comisario del ejército del Emperador en la corte de María de Hungría en Bruselas, donde viviría Bárbara desde 1551.Juan de Austria fue separado de su madre para su crianza primero a cargo de Adrián Du Bois, ayuda de cámara del Emperador, hasta que en 1550 fue trasladado a España a educarse bajo la tutela Ana Medina, casada con Francisco Massy, un tañedor de viola de la capilla imperial.