Durante este período se convirtió en la más eminente autoridad en Inglaterra del sistema geológico werneriano, o neptunismo, y en la cabeza visible de los wernerinos de Escocia, como fundador y presidir la Sociedad Werneriana de Historia Natural desde 1808 a 1850, cuando su salud y el futuro de la Sociedad comenzaron a sufrir un deterioro irreversible.