La influencia directa del pensamiento indígena en el magonismo fueron las enseñanzas de Teodoro Flores, mestizo avecindado entre mazatecos, padre de los Flores Magón, así como la convivencia de otros integrantes del Partido Liberal Mexicano con grupos indígenas durante los periodos de organización e insurrección del Partido Liberal Mexicano entre 1905 y 1910, tales como los popolucas en Veracruz, los yaquis y mayos en Sonora o los cucapás de Baja California.