Desafortunadamente, en 2009 y tras una nueva cancelación de una serie de compromisos (el más notable el rol de Edgardo que cantaría junto con Anna Netrebko en el Met de Nueva York en febrero, cancelado pocas horas antes de la función y sustituido por Piotr Beczala), Villazón entró en mayo a quirófano para que le fuera extirpado un quiste de las cuerdas vocales, por lo que, aconsejado por su médico, canceló todas sus apariciones hasta 2010.