Falleció a los 82 años, dejando en su testamento parte de su herencia científica y literaria al Museu Etnológico Português -que había fundado y dirigido hasta su jubilación en 1929, germen del posterior Museu Nacional de Arqueologia, al que más tarde se dio su nombre-, incluyendo una biblioteca con cerca de ocho mil títulos, además de manuscritos, correspondencia, grabados y fotografías, que se sumaron a las colecciones personales, etnográficas y arqueológicas, con las que medio siglo atrás había arrancado la institución.