WinUAE es una plataforma estable y cerca de la compatibilidad 100 % para la gran mayoría del software pero, comenzó a tener problemas con otros emuladores de plataformas (con proyectos como Wine), porque para algunos juegos antiguos, WinUAE requiere una cuidadosa configuración o problemas de compatibilidad los cuales eran evidentes en las plataformas Amiga original, por ejemplo al código 68000 que causa excepciones en un 68040 emulado, justo como pasaba en Amiga 4000/040