Una vez culminado sus estudios jurídicos en Leipzig, se traslada a Jena (1657) a estudiar Filosofía y Matemática, donde conoció y entabló una gran amistad con Erhard Weigel, gran matemático, astrónomo y filósofo, quien influyó mucho en Pufendorf a desarrollar un espíritu y carácter crítico por el estudio.