Jofefina Cota Cota inició su carrera política coo miembro del Partido Revolucionario Institucional que la llevó a ser regidora del Ayuntamiento de Comondú de 1983 a 1985, ese último año fue designada representante del Programa de la Mujer en el Consejo de Población en el Gobierno del Estado de Baja California Sur; en 1987 fue electa Diputada al Congreso de Baja California Sur en representación del IV Distrito Electoral para el periodo que concluyó en 1991, de 1993 a 1995 fue secretaria general de la Liga de Comunidades Agrarias y Sindicatos Campesinos, sección de la Confederación Nacional Campesina en Baja California Sur y en 1997 fue electa senadora suplente.