Anguita fue reelegido en las III, IV y V Asambleas Federales (1992, 1994 y 1997, respectivamente), si bien a partir de 1992 debió enfrentarse a una corriente crítica organizada denominada «Nueva Izquierda», de ideología socialdemócrata y partidaria de la Tercera Vía, que aglutinaba a una parte de los sectores de IU ajenos al PCE.