Estudios de filogenia molecular indican que los xenofióforos están relacionados con el foraminífero Rhizammina, por lo que clasificaciones recientes ha propuesto rebajarlos a la categoría de superfamilia, es decir, superfamilia Xenophyophoroidea, dentro del suborden Astrorhizina, del orden Astrorhizida y de la subclase Textulariia.