No consiguió ningún título durante su paso por la escuadra italiana, pero su rendimiento fue muy bueno por lo que durante su etapa como jugador de la Sampdoria, Ortega fue un titular indiscutido en la Selección de Fútbol de Argentina, que era dirigida por Daniel Alberto Passarella, con la cual disputó la Copa Mundial de Fútbol 1998, su segunda participación en el certamen, en la cual tuvo un gran nivel y fue una de las máximas figuras de la competencia, anotando 2 goles y sirviendo 3 asistencias durante el torneo.