El Consejo Superior Universitario de la UNE posee un Reglamento de Sesiones, y para el tratamiento y análisis de los temas que llegan a su instancia, tiene constituido las "Comisiones Asesoras Permanentes" que dictaminan en cada caso: Comisión de Asuntos Legales y Reglamentarios, Comisión de Asuntos Académicos, Comisión de Asuntos Administrativos y Financieros, Comisión de Asuntos Estudiantiles y Comisión de Asuntos Honoríficos.