En cuanto a su filiación, la mayoría de los autores considera a los capayanes debido a los rasgos culturales comunes (por ejemplo el uso del idioma "kakán") como una de las parcialidades de los pazioca ("diaguitas"), del mismo modo que lo fueron los calchaquíes, olongastas y quilmes, aunque se habrían diferenciado por el influjo genético y cultural de los vecinos huarpes y luego de 1480 por la presencia de mitimaes deportados hasta la región por los incas.