Al inicio de 1800 es reconstruida completamente por orden del gobernador Fernando Miyares, quien encarga las obras a su hijo el arquitecto Carlos Miyares, el cual la reforma y enriquece en estilo neoclásico, comprendiendo los trabajos el frontispicio, el presbiterio cubierto con bóveda de mampostería, otras obras de mayor importancia, siendo la obra más destacada la construcción de la actual Capilla del Sagrario y del Carmen, devoción tradicional de la familia de Fernando Miyares y de la de su esposa Inés Mancebo Zuloaga.