Pronto estalló un conflicto con Hanoi, donde destacó la agresividad injustificada del KR, ya que consideraban a Vietnam como un «ladrón» puesto que reclamaban el territorio de la Cochinchina, que en el siglo XVIII había pertenecido a la "Kampuchea Krom" –el odio a Vietnam a la larga sería el único justificativo a la resistencia armada de los Jemeres Rojos tras su caída–.