En su doble proceso de desnazificación, primero en Viena y luego en Berlín, se acusó a Furtwängler de apoyar al nazismo al permanecer en Alemania, tocando en actividades del partido nazi y haciendo un comentario antisemita contra el director en parte judío Victor de Sabata que por otra parte, había sido amigo personal de Benito Mussolini, quizás una de las razones por las que tocó en Alemania durante el régimen nazi.