De su mandato destacan la abolición efectiva de la encomienda, la liberación de los indios ilegalmente esclavizados, la urbanización de poblados, la realización de importantes obras públicas, la apertura en 1553 de la Universidad de México y la colonización, pacificación (inaugurada el 25 de enero) y conquista de territorios del norte del virreinato, fundando ciudades como San Miguel el Grande (hoy San Miguel de Allende), Durango (1563), San Felipe de Ixtlahuaca y Nombre de Dios.