Tras un periodo de interrupción de llegada de material archivístico entre 1939 y 1969, debido al incendio de su sede (el Palacio Arzobispal de Alcalá de Henares) que acabó, el 11 de agosto de 1939, con buena parte de los fondos, se redenominó como Archivo General de la Administración, inaugurado en 1972 en un edificio moderno del Paseo de Aguadores en la misma ciudad, continuando sus funciones como archivo intermedio.