En las elecciones del 14 de mayo de 1989 fue electo Presidente de la Nación con el 47 % de los votos, superando al candidato de la Unión Cívica Radical, Eduardo Angeloz (que obtuvo el 32,45 % en la lista de la Unión Cívica Radical más un 4,59 % en la lista de la Confederación Federalista Independiente, que lo llevaba también como candidato, o sea, 37,04 % en total), y sucedió al Presidente Raúl Alfonsín, al que debió reemplazar cinco meses antes de la finalización de su mandato debido a la crisis provocada por la hiperinflación que afectó al país.