En 1959 el CUUN organizó el Primer Congreso Estudiantil Universitario, adoptando los postulados de la Reforma de Córdoba de 1918 y vinculándolos con el apoyo al movimiento sindical y la lucha para derrocar a la dictadura, a través del Frente Estudiantil Revolucionario (FER), creado en 1962, con participación de estudiantes de la Universidad de León, cristianos de la Universidad Centroamericana (UCA) y secundarios.