El 12 de abril de 1829 firmó el Convenio de Capitulación con Morazán y fue enviado a prisión con sus compañeros de gobierno; Morazán, por su parte, anuló el documento el día 20 del mismo mes, pues su principal objetivo era eliminar el poder de los criollos conservadores y la jerarquía de la Iglesia Católica en Guatemala, a quienes los crillos liberales detestaban por haber estado bajo su dominio durante la colonia española.