Después del sorteo realizado en Buenos Aires, Argentina el día 3 de julio de 2013, se conoció que el equipo que enfrentará al Deportivo Pasto en la primera fase de la Copa Sudamericana es FBC Melgar de Arequipa del Perú en el partido de Ida realizado en el estadio Libertad de Pasto el día 31 de julio de 2013 se daría un hecho histórico ya que sería la primera vez que Deportivo Pasto gana en un Torneo Internacional y lo hizo con goleada al ganar por 3-0 con goles de Nicolás Palacios en 2 oportunidades y uno de Luis Carlos Murillo, luego en el partido de vuelta el 6 de agosto de 2013 jugado en Arequipa, Perú en el Estadio Mariano Melgar el Deportivo Pasto perdía por 2-0 pero se clasificó a la segunda fase gracias al global 3-2 y se dio otro hecho histórico por primera vez Deportivo Pasto se clasificaba a la siguiente fase de la Copa Sudamericana.