En 1996, Nebot vuelve a ser candidato a la presidencia, en esta segunda ocasión el periodista Freddy Ehlers entra a la contienda electoral, por el partido creado para esta elección, Pachakutik, así mismo el empresario quiteño Rodrigo Paz por la Democracia Popular, Nebot en la primero vuelta logra obtener 1,035,101 votos, el primer lugar con el 22,87% de los votos de los electores, de un total de nueve candidatos presidenciales, muy seguido por populista Abdalá Bucaram, por el partido Roldosista con 1,001,071 votos, el 22.11%, Ehlers obtuvo 785,124, 17.35%, y Rodrigo Paz 513,464, el 11.35% En la segunda vuelta Nebot perdió la elección ante Abdalá Bucaram por casi nueve puntos porcentuales.