Afecto al nazismo, durante la Guerra Civil el coronel Vallejo-Nájera dirigió los Servicios Psiquiátricos del Ejército franquista y escribió extensamente sobre la degeneración de la raza española, que, según él, habría ocurrido durante la República, postura adoptada también por Juan José López Ibor, Ramón Sarró, José Solé Segarra, Marco Merenciano y otros psiquiatras de su mismo bando.