El 4 de julio de 1924, Pio XI nombró a Duarte Obispo de Botucatu (São Paulo), siendo ordenado ese 8 de diciembre en la catedral de Río por el cardenal Sebastian Leme da Silveira, pero fue apartado de su diocesis por aplicar en su diócesis doctrinas consideradas por Roma como heréticas y cismáticas, y su flagante oposición a la infabilidad pontificia.