Hijo de Pedro de Zúñiga y Avellaneda, II conde de Miranda del Castañar, señor de Avellaneda, Peñaranda de Duero y otras villas más, y de su esposa Catalina de Velasco y Mendoza, hija de Pedro Fernández de Velasco, II conde de Haro, y de su esposa Mencia de Mendoza y de la Vega, hermano menor de Francisco de Zúñiga Avellaneda y Velasco, III conde de Miranda del Castañar y de Juan de Zúñiga Avellaneda y Velasco, comendador mayor de Castilla en la Orden de San Jaime de la Espada.