El resultado final guarda reminiscencencias de los tres dominios que Felipe II había aprendido a amar en su juventud en Valladolid, Milán y Bruselas: la planta rectangular con sus cuatro torres en las esquinas, habitual en los sobrios alcázares castellanos de piedra, la arquitectura clásica italiana en la basílica y las portadas, y los típicos tejados apizarrados flamencos, elaborados en este caso utilizando pizarra de las canteras de Bernardos (Segovia), cuya explotación se inició por orden de Felipe II para la construcción del edificio..