En 1695, partió otra expedición militar, esta vez desde Guatemala, rumbo al lago Petén Itzá; a esta la siguieron misioneros provenientes de Mérida en 1696, y, en 1697, la expedición de Martín de Urzúa, que salió de Yucatán y que resultó en la derrota final de los reinos independientes del centro de Petén y su incorporación en el Imperio español.