El arquitecto Torcuato Cayón de la Vega, por entonces encargado de las obras de la catedral nueva de Cádiz, y figura clave en la transición de la arquitectura barroca al neoclásico en esta zona, fue el encargado de diseñar la nueva iglesia de San juan Bautista de Chiclana, construida a partir de 1776 bajo su dirección y hasta su muerte en 1783, con planta de salón, cripta bajo el presbiterio y tres naves de igual altura sobre pilares cruciformes.