En cada uno de los ecosistemas referidos la fauna es escasa; sin embargo, en determinadas épocas del año abundan las aves y los peces; en menor escala hay quelonios como tortugas, mojinas, guaos, pochitoques e hicoteas; y reptiles como las iguanas y garrobos; pequeños mamíferos como los armadillos y tepezcuintles son preciados por su carne, mientras que cada vez es más difícil ver un manatí remontar la corriente del río Usumacinta.