Como la gran mayoría del territorio de Quintana Roo y la Península de Yucatán, el territorio de Felipe Carrillo Puerto es prácticamente plano, sin relieves notable y constituido por una planicie calcárea que no retiene las corrientes superficiales, por lo que la hidrografía está constituida únicamente por los cenotes, que son afloramientos superficiales de ríos subterráneos y que tuvieron una gran importancia para la cultura maya.