Al estallar esta, en 1808, Elías dejó sus costumbres sedentarias, sus Pandectas, su Digesto y sus Decretales, para militar en las filas de Echevarri y el Empecinado; hizo con el primero toda la campaña de Navarra, y organizó una porción de somatenes en Castilla al pasar Napoleón de vuelta de Madrid.