Los juicios ante estos tribunales militares comenzaron en junio de 2008 con el proceso a Jalid Sheik Mohammed, acusado de ser el cerebro de los ataques del 11 de septiembre de 2001, quien, junto a otros cuatro acusados, se enfrenta a cargos que incluyen 2.973 acusaciones por asesinato -uno por cada persona que murió en los atentados-.