La población indígena disminuyó drásticamente en muy breve período, tanto a causa de las muertes producidas por la conquista como por el contagio de enfermedades —como la viruela— hasta entonces desconocidas en el continente, y por el fuerte costo en vidas humanas de las explotaciones mineras de la región andina; las cifras exactas se desconocen, y es probable que sea imposible establecerlas de manera fiable, pero la mayoría de los estudios concuerdan en sostener que éste fue uno de los rasgos principales de la catástrofe demográfica en América tras la llegada de los europeos, aunque el resto se fue vinculando con el elemento hispano o criollo.