Durante el curso 2009-2010 se cernió la amenaza del cierre del Mayor como parte de un proyecto de la Universidad en el que trazaba un “Campus de Excelencia”, en el que se planteaba transformar el Cisneros en un centro de Encuentros Internacionales y el Nebrija como una residencia para profesores; mientras que también se crearía una nueva sede de la Casa del Estudiante, en un colegio mayor que posiblemente sería el Covarrubias.