Más tarde salieron a la venta modelos idénticos al original, pero con la carcasa translúcida y de distintos colores, además de versiones especiales como la N64 Pikachu Edition, que era amarilla y azul (o una muy rara en naranja) y tenía al mencionado personaje de la saga Pokémon en relieve sobre la carcasa, la cual era algo más ancha que la de la consola original y mostraba algunos detalles del diseño exterior ligeramente cambiados (el botón de reinicio y el de encendido, por ejemplo), la versión especial del "Mario Pack", con una N64 turquesa transparente, y la versión N64 Gold lanzada con motivo del lanzamiento de