Hay varias universidades en Estelí, por ser una ciudad de importancia estratégica en Nicaragua, Estelí atiende a una gran comunidad universitaria local al igual que de otros departamentos del país, en particular los de la zona norte de Nicaragua, la más antigua es la Universidad Católica del Trópico Seco UCATSE que pertenece a la Diócesis de Estelí y está dirigida por Monseñor Juan Abelardo Mata Guevara, Obispo de la Diócesis de Estelí.