La ejecución de las obras de infraestructura de Metro Bilbao son competencia del Gobierno Vasco, a través del Departamento de Transportes y Obras Públicas; primero a través de la empresa Imebisa (solo creada para el metro) que posteriormente se integró en Euskal Trenbide Sarea - Red Ferroviaria Vasca (creada para construir y gestionar todas las líneas ferroviarias vascas).