Las doctrinas origenistas de las que se acusaba a Juan eran: (1) que la figura del Hijo de Dios no ve al Padre; (2) que las almas están confinadas en cuerpos terrenales, como si estuvieran en una prisión; (3) que el diablo puede ser salvado; (4) que las pieles con las que Dios cubrió a Adán y Eva fueron los cuerpos humanos; (5) que el cuerpo tras Resurrección de los muertos carecerá de sexo; (6) que las descripciones del Paraíso son alegóricas: los árboles son ángeles y los ríos virtudes celestiales; (7) que las aguas por encima y por debajo del firmamento son ángeles y demonios; (8) que la imagen de Dios se perdió con la caída del hombre.