Además del estrecho margen, que llevó al candidato opositor Lien Chan, del KMT, a pedir un recuento de votos, las elecciones estuvieron marcadas por la polémica debida al confuso incidente del día anterior a las elecciones, cuando Chen Shui-bian y Annette Lu fueron supuestamente heridos por disparos mientras participaban en un acto de campaña en la ciudad de Tainan.