En la temporada 89/90 se presentaba muy complicada por la unificación de la RFEF y la FEFS, que formarían la actual LNFS, con la remodelaciones de categorías que conllevó, y a pesar de las bajas de algunos jugadores importantes en los esquemas del equipo, se pudo mantener una regularidad durante toda la temporada, y quedar quintos clasificados en la liga.