Tras la expulsión de los judíos en 1492, la judería es ocupada por la nobleza y el área de la sinagoga es concedido por los Reyes Católicos a la Orden de Calatrava, que sitúa allí el priorato de San Benito y la convierte en iglesia privada de la Orden, construyendo al lado norte un archivo para las Órdenes militares de Calatrava y Alcántara.