La Beata fue investigada, junto a otros, por la Santa Inquisición, al relacionarla con la herejía de los "iluminados", aunque finalmente no llegó a ser procesada, al interesarse por ella el mismo rey Don Fernando el Católico y el Cardenal Cisneros que la mandaron llamar a la Corte de Burgos para conocerla personalmente; durante la entrevista cayó en trance y terminó por convencerles de su santidad, lo que evitó que fuera juzgada por el Tribunal del Santo Oficio.