Daniel Delgado había contraído matrimonio en la Iglesia San Victorino de Bogotá el 11 de noviembre de 1864 con María Pérez Silvestre, hija de Lucio Pérez Cháves y María Josefa Silvestre Salgar, con quien tuvo por hijos a Daniel Delgado Pérez, Dolores Delgado Perez, Manuela Delgado Pérez de Corrales, el coronel Pedro Pablo Delgado Pérez y María Raquel Delgado Pérez.