El 1 de diciembre de 1970 el presidente Luis Echeverría Álvarez lo nombró titular de la Secretaría de la Defensa Nacional, siendo el primero Secretario que no había combatido en la Revolución mexicana, durante su mandato reformó profundamente las estructuras del ejército, pasando a retiro a gran número de generales de alta graduación, así mismo ha sido acusado que desde su puesto operó gran parte de la "Guerra Sucia" del régimen contra los opositores políticos y las guerrillas de izquierda, se le responsabiliza de la desaparición forzada de varias personas.