El 26 de noviembre de 1573 arribó con una armada a la isla San Gabriel, una pequeña isla del Río de la Plata, en donde levantó un fortín y viviendas para sus hombres, luego pasaron a tierra firme de la Banda Oriental en busca de provisiones y aunque inicialmente las relaciones con los charrúas fueron buenas, la protección de un desertor español por parte del cacique Zapicán provocó que Zárate capturase a su sobrino, el cacique Abayubá, con el objetivo de usarlo para intercambiar prisioneros, lo que provocó la ira de los aborígenes que buscaron el apoyo del cacique Yamandú con la finalidad de que obstruyese las comunicaciones de los colonos con la ciudad de Asunción.