En el período posclásico temprano (entre 900 y 1200) ocurrió la emigración de los pipiles, los cuales trajeron consigo la influencia de la cultura tolteca; asimismo, tras el colapsó maya del período clásico ocurre un despoblamiento en los valles interiores del país (como donde se ubica la ciudad santaneca) lo cual se mantendrá durante ese período debido a que se prefería habitar en sitios ubicados en lugares altos para tener una mayor defensa.