El 13 de enero, Vasconcelos estableció y organizó su cuartel general en la ciudad santaneca; este estaba conformado por 4 divisiones, siendo el jefe de estado mayor del ejército el general Isidoro Saget; desde Santa Ana, el cuartel general se movilizó a Metapán para combinarse con el ejército hondureño logrando reunir una fuerza de 4500 efectivos.