El gobierno de las antiguas Misiones Jesuíticas existió hasta 1782 cuando fue dividido entre las intendencias de Buenos Aires y Paraguay, fue restablecido en 1803 hasta 1806, año en que su gobernador fue encargado también de la intendencia del Paraguay, para ser nuevamente separado de ésta en 1809 con la parte al sur del río Paraná y habiendo perdido las Misiones Orientales ocupadas por Portugal.