Al curso principal del Salmón se le unen por la izquierda los ríos Yankee Fork, Panther Creek, Salmón Medio y Pequeño Salmón y por la derecha el Salmón Este, Pahsimeroi, Lemhi y Salmón Norte antes de desembocar en el río Snake por la frontera de Oregón-Idaho, al norte de Hells Canyon, 24 kilómetros al sur de Washington y 64 km al sur de Lewiston.