El rey Felipe II sujetó al gobernador a la vigilancia del virrey del Perú, al expresar en una real cédula del 21 de enero de 1589: A partir de dicha norma, los virreyes entendieron que la relación entre ambos era de efectiva dependencia, sin embargo, en algunos casos la relación del gobernador fue directa con el rey y en otras pasó por el virrey del Perú.