Al entrar el siglo XVII, Tlalpan ya era una población con su propio gobierno, una República de Indios con un gobernador y diez alcaldes, quienes desde entonces se encargaron de la organización de las fiestas patronales de Tlalpan dedicadas a San Agustín de Hipona, esas fiestas fueron de una gran importancia en el valle de México al punto de que muchos habitantes de la ciudad de México y otros lugares cercanos y lejanos se trasladaran hasta la población para asistir a ellas, eso en parte era debido a que Tlalpan era uno de los puntos clave en el recorrido de las mercancías de la Nao de China, aunque al ser una población secundaria no disfrutaba del prestigio y embellecimiento que estaba recibiendo Coyoacánen ese momento, por eso el 28 de agosto de 1645 el virrey García Sarmiento de Sotomayor durante las fiestas hizo el nombramiento oficial de la población a Villa y la renombró como Villa de San Agustín de las Cuevas, por lo cual desde ese momento fue cabeza de un territorio que abarcaba hasta la población de Parres El Guardaen el sur, al norte con la Villa Coyoacán en lo que son los "Pedregales", hacia oriente y occidente mantuvo una disputa permanente con Coyoacán y Xochimilco durante todo el virreinato y parte del siglo XIX.