Más adelante en el juego, se le es dada al jugador la posibilidad de capturar a Mewtwo en la cueva Celeste ("Cerulean Cave") —llamada Mazmorra Rara ("Unknown Dungeon") en "Red" y "Blue"—, accesible tras haber derrotado a los jefes finales del videojuego, la , y al rival del jugador.