A lo largo del siglo XX, y especialmente a finales del mismo, el río se ha visto muy afectado por la contaminación provocada por el vertido de escorias mineras y efluentes semicloacales en la zona andina de Bolivia en el departamento de Potosí, afectando las zonas aguas abajo, en especial la zona del Chaco boliviano al sur del país, mientras que las aguas de su curso medio (al sur del 22° S) han desaparecido casi debido a los desvíos artificiales de agua hacia el Chaco Boreal.