El origen más probable de Villamañán se halla documentado en el asentamiento de un Manna o Mannan, de procedencia mozárabe, venido a estas tierras en la época de la primera repoblación, juntamente con otros numerosos inmigrantes de igual origen, que durante el reinado de Ordoño I y especialmente en el de Alfonso III dejaron perpetuada su huella en la amplia comarca ribereña del Esla, en torno al centro monástico de los Santos Justo y Pastor de Ardón.