la Colección Farnesio, compuesta por objetos provenientes de Roma y sus alrededores; las colecciones pompeyanas, con testimonios procedentes de Pompeya, Herculano, Estabia, Boscoreale y otros antiguos recintos arqueológicos del área del Vesubio, pertenecientes mayoritariamente a las colecciones borbónicas; otros objetos pertenecientes a colecciones menores, adquiridas o donadas al museo (por ejemplo, la colección Stefano Borgia, la Santangelo, la Stevens, la Spinelli); objetos provenientes de excavaciones llevadas a cabo por la Dirección General de Arqueología de Nápoles y Caserta (sección Prehistórica, Cumana, Pithecusae, Neapolis), de la que depende el museo.