La mayoría de los ríos y quebradas del municipio forman parte de la cuenca alta del río Lempa y terminan desembocando en el río Suquiapa; mientras que la subcuenca del río Pampe está conformada por infinidad de torrentes y quebradas de menor importancia; en cambio los cursos de agua de la subcuenca Banderas solo son funcionales en época de lluvia, las corrientes de agua propias de esa subcuenca solo surgen en el departamento de Sonsonate.