Francisco Javier Obregón fue inicialmente miembro del Partido Acción Nacional, con el que fue Regidor en los Ayuntamientos de La Paz y Comondú, Diputado al Congreso de Baja California Sur de 1996 a 1999 y Presidente Municipal de Comondú de 1999 a 2001, siendo postulado por el PRD, en 2003 fue electo Diputado Federal por el I Distrito Electoral Federal de Baja California Sur a la LIX Legislatura y en 2006 Senador por Baja California Sur para el periodo que concluye en 2012.