En el primer viaje colombino, cuya partida se produjo el 3 de agosto de 1492 del puerto de Palos, Pedro Alonso fue piloto mayor, en la "Santa María", de la expedición descubridora., jugando un papel fundamental cuando la marinería se revela, tras el paso de los días, por no haber hallado todavía tierra, respaldando la voluntad de Colón de continuar con el viaje.