El patio de ingreso y los tres jardines interiores, cuya área es de 1,237 metros cuadrados; y por los espacios cubiertos: el vestíbulo de introducción, cuyo gran ventanal permite admirar la ciudad indígena como si fuese parte del museo; sus seis salas de exhibición, cuya innovadora figura hexagonal proporciona una visión general de tres salas a la vez y reduce los recorridos del visitante, en comparación con una sala rectangular; la zona administrativa; y el restaurante y los servicios.