El Apertura 2006 bajo la dirección técnica de Luis Fernando Tena parecía cambiar el rumbo del equipo, ya que el club lograba ocupar los primeros lugares nuevamente, ganó 9 partidos, empató 3 y perdió 5, en cuartos se enfrentó al Atlas al cual logró eliminar duramente; en semifinales enfrento a Guadalajara, sin embargo el Rebaño con un global de 2-0 logró acceder a la final.