Tras una dura campaña contra el candidato del partido ARENA, Rodrigo Samayoa, la doctora Menjívar se impuso por escaso margen en las elecciones municipales del 12 de marzo de 2006 y tomó posesión de su cargo el 1 de mayo de 2006, siendo la primera mujer en desempeñarse como Alcaldesa Municipal desde la fundación de San Salvador en 1525.