Seis años más tarde, en el año 1989 en el marco de la "Ofensiva Final" de la guerra civil salvadoreña, el jesuita Ignacio Ellacuría y otros cinco religiosos de la Compañía, murieron a manos de la Fuerza Armada de El Salvador, fueron asesinados por los militares debido a una larga e intensa actividad en defensa de los derechos humanos en ese país.