El problema para la Inquisición era que la Monarquía tenía necesidad de los marranos portugueses porque un grupo de ellos eran grandes financieros que podían conceder préstamos a la deficitaria Hacienda real -ya en 1604-1605 Felipe consiguió del papa el perdón general a los marranos portugueses por delitos anteriores a cambio de un donativo de casi dos millones de ducados-.