En 1998 consiguió su primer ascenso a la Segunda División B, después de acabar segundo en la liguilla de promoción de ascenso tras el Club Deportivo Basconia, pero la condición del Basconia como filial del Bilbao Athletic no les permitió ascender, y el 29 de junio de 2002 consiguió subir por segunda vez a Segunda B tras vencer al Sestao River en La Caseta por un gol a cero;ambos ascensos fueron con José Luis San Miguel como entrenador.En total la Sociedad Deportiva Noja, tras finalizar la temporada 2010-11, ha disputado un total de catorce promociones de ascenso a la Segunda División B.