La laguna San Francisco es una laguna amazónica situada al este del departamento del Beni, en Bolivia, a unos 18 km de la frontera con Brasil, a una altura de 138 metros sobre el nivel del mar, en el municipio Baures de la provincia Iténez, en una zona de humedales, presenta una forma rectangular, con unas dimensiones de 5,20 km de largo por una anchura máxima de 2,60 km de ancho y una superficie de 12,70 km².