La iglesia monástica cuenta con los mismos espacios que una parroquia: una capilla mayor, el lugar donde está el altar y su retablo, con la imagen titular, alabastro gótico del siglo XV, así como los restos del sepulcro de los primeros Condes de Feria y el sepulcro de Garci Laso de la Vega; la nave para los fieles laicos y la sacristía para revestirse los clérigos.