Una vez que se ha instalado en el disco duro de un computador personal, el usuario de PCLinuxOS puede agregar, quitar o actualizar todos los paquetes de software que desee, utilizando la herramienta APT, un sistema de administración de paquetes de la distribución Debian Linux, junto con Synaptic, un programa que recolecta datos desde el usuario, es decir, en una interfaz gráfica de usuario interactúa con él para hacer uso de APT, según las órdenes que sean indicadas.