Al advertir este hecho, el ejército yucateco decidió acabar con el nuevo culto y el 23 de marzo de 1851 atacó y destruyó completamente Chan Santa Cruz, matando a Manuel Nahuat y llevándose las tres cruces originales, pero esto no terminó con la población, debido a la estrategia que establecieron; como en mayo de 1851 y en febrero y mayo de 1852 los mayas la defendieron fuertemente y cuando se vieron derrotados entonces la abandonaban, entrando los yucatecos en una población desierta y sin nada que atacar o llevarse, al retirarse los hostiles yucatecos, los mayas volvían y restablecían sus actividades habituales, la principal defensa de Chan Santa Cruz fue siempre su clima y entorno natural, al comenzar la temporada de lluvias se hacía imposible cualquier tipo de campaña militar yucateca, lo que les permitía a los mayas su desarrollo y preparación para cuando volvieran los ataques, aun así, Chan Santa Cruz se encontraba permanentemente lista para su defensa.