La flora que se encuentra en el municipio de Bácum al norte del río Yaqui es considerada como matorral, donde existen especies como la gobernadora, ocotillo, choya y cardón; al sur del río el territorio se encuentra íntegramente dedicado a la agricultura de riego, siendo una de las zonas más prósperas y ricas de México para tal actividad, el extremo sur, junto la costa, es una zona donde se encuentra vegetación como zacate salado, propia de las marismas.