En mayo de 1946, el presidente Juan Domingo Perón le encargó a Carrillo la organización de la Secretaría de Salud Pública.Con la formulación del Plan analítico de salud pública de 1947, le permitió impulsar la expansión de centros hospitalarios y materno-infantiles, siendo dentro de la ciudad de Buenos Aires, siendo el Elizalde uno de los más beneficiados, duplicándose la cantidad de camas y aumentando la superficie del nosocomio.