Entre sus funciones, el prefecto del Caquetá debía fomentar el poblamiento de las poblaciones ya existentes en el área Mocoa, Sibundoy, San Diego, San Miguel, Aguarico, Yunguillo y Pacayaco, dar amparo a los misioneros, esforzarse para que los indígenas vivieran en poblaciones fijas para lo cual era indispensable aprender los idiomas nativos, y vigilar las fronteras del territorio con los países vecinos.