Los diputados casi de inmediato entraron en roces con la Regencia: el Congreso se autoproclamó único representante de la soberanía de la nación cuando Fagoaga preguntó: «¿La soberanía nacional reside en este Congreso Constituyente?» Acto seguido, y de acuerdo a lo preestablecido, se realizó la división de poderes, el Congreso delegó el Ejecutivo a la Regencia y el Judicial a los tribunales.