Apenas elegido, Marcelo II mostró el sincero ánimo reformador que poseía, pues comenzó suprimiendo los festejos romanos que seguían a la coronación del Papa, excluyó de su entorno a familiares, inició la revisión de gracias y dispensas, dictó normas severas para la provisión de oficios, habló de promulgar por Bula la prohibición de alienar bienes de la Iglesia, se propuso intervenir en el espinoso asunto de la guerra de Siena, incitando a Cosme de Médicis a la mesura; tomó parte en los oficios de la Semana Santa, deplorando la música profana.