En aquel entonces, Morazán ordenó la aprehensión y expulsión del Arzobispo Ramón Casaus y Torres, siendo efectiva la noche del 10 de julio de 1829, así como de 289 frailes, miembros de las órdenes Dominica, Franciscana y Recoleta, ya que estaban bajo sospecha de oponerse a la independencia.