Al unirse los antiguos bolivarianos con el Partido Ministerial (futuro Partido Conservador Colombiano), participó en el gobierno de José Ignacio de Márquez como ministro de guerra; y como tal en 1839 reprimió el levantamiento de Pasto, ocasionado por la clausura de los conventos menores de Pasto, causa a la que se unió José María Obando y que se extendió por todo el país, suscitando la llamada Guerra de los Supremos.