Entre las funciones de índole civil, el Resguardo del Sarapiquí atendía los conflictos que a lo interno de las poblaciones cercanas se suscitasen, mientras que en lo fiscal se encargaba de custodiar el comercio y tráfico en el río San Juan y el Sarapiquí, evitando la introducción o venta clandestina de mercancías prohibidas o sometidas a derechos arancelarios.