Sin embargo los opositores a este moderno sistema educativo continuaron haciendo sus proclamas, apedreando los diferentes edificios a los que la escuela debía mudarse a causa de los daños que esta modalidad de protesta provocaron, teniendo como punto culminante una nota que le enviaron en julio de 1865 en donde le solicitaban la separación de los alumnos varones y que obligó a Manso a hacer un descargo diciendo que su escuela constituía una familia y que ello sería separar a los hijos de su madre; finalmente a causa de las presiones renunció al cargo el 1 de septiembre.