Por sugerencia del Conde-Duque de Olivares y por instrucciones de la Corona, Juan de Palafox, desde Puebla, donde era obispo, se trasladó ocultamente a la Ciudad de México, y reunidas las autoridades en la noche del 9 de junio de 1642, hizo arrestar a López Pacheco y lo condujo preso al convento de Churubusco y después a San Martín Texmelucan, confiscando sus bienes.