Será en el siglo XVI cuando el templo se vincule a la Casa del Sol, al palacio colindante, a través de relaciones de patronazgo, en un primer momento con los propietarios iniciales, el Licenciado Sancho Díaz de Leguizamón y su mujer doña Mencía de Esquivelque, quienes, en 1540, piden permiso para rehacer la capilla mayor del templo, y dedicarla a lugar de enterramiento.