Como varón comprometido con el tiempo no dejó de lado los problemas del día a día, así que dentro del contexto de los problemas abordados por la Escuela de Salamanca, a la que pertenecía, fray Luis intervino en la Polémica "De auxiliis", junto con el jesuita Prudencio de Montemayor, defendiendo la libertad del hombre, lo que le costó la prohibición de enseñar dichas ideas.