Brunel tomó dos decisiones que se convirtieron en temas controvertidos: el uso de una vía ancha de 2,14 m entre los rieles, que ofrecía, según dijo, un mejor rendimiento y mayores velocidades de operación; y su elección de una ruta que, saliendo de Londres por el valle del Támesis, continuó por el norte de los Marlborough Downs, con lo que no pasó por ninguna de las grandes ciudades de la región, aunque se facilitaron ramales a Oxford y a Gloucester.