La ausencia de masas forestales de importancia ha propiciado que, ante las crecidas del río, la vegetación no retenga el agua, lo que da lugar a un arrastre de sedimentos en suspensión, observable en la turbidez del río -principalmente durante los periodos de grandes precipitaciones- y causantes de la colmatación acelerada, junto al lavado del mineral de hierro estraído de las antiguas minas de Peña Cabarga, de la Bahía de Santander (el Miera es el principal aporte de agua dulce de la bahía).