Con la muerte de Pedro de Alvarado en 1541 y la creación el 20 de noviembre de 1542 de la Audiencia de los Confines de Guatemala y Nicaragua —con base en la promulgación de las Leyes Nuevas, y además estableciendo su sede fundacional en Santa María de la Nueva Valladolid pero establecida "de facto" en Gracias a Dios — se suprimió a las gobernaciones existentes al momento de su fundación, Chiapas y Soconusco —junto con Nicaragua, Honduras, Panamá, Veragua, Guatemala, Tabasco, Costa Rica y Yucatán— pasaron a depender administrativamente de esta Audiencia, comenzando de esta forma la incipiente conformación de la Capitanía General de Guatemala, pero es muy probable que el control real de ambas fuese ejercido desde Guatemala hasta 1544.