Jackson defendió el flanco izquierdo —al norte— apoyado en el río Potomac, mientras que Longstreet defendió el derecho —al sur— sobre el Antietam, una línea de unos 6 kilómetros (4 millas) de longitud, aunque los límites se fueron desdibujando conforme la batalla fue transcurriendo y las unidades de Lee fueron cambiando de distribución.