Luego de que Uruguay no clasificara a la Copa Mundial tras perder con Australia en el repechaje, sumado al cambio de entrenador (momento de asumida de Óscar Washington Tabárez en el cargo), Lugano se fue estableciendo como titular indiscutido, siendo designado por "El Maestro" como capitán de su escuadra desde la Copa América 2007 hasta hoy, por lo que sucedió de esta forma a Paolo Montero.