Juan de Zúñiga es reconocido como maestre de la Orden de Alcántara y su padre como administrador de la Orden por los Reyes Católicos, Isabel y Fernando, en las capitulaciones con la Casa de Zúñiga, representada por el duque de Arévalo, Álvaro de Zúñiga y Guzmán, firmadas el 10 de abril de 1476.