La hipótesis fagotrófica postula que la célula eucariota, hace unos dos mil cien millones de años, no surgió por mera mutación genómica -no habría habido tiempo evolutivo suficiente para ello- sino que se originó (eucariogénesis) debido a la capacidad de sus precursores sin núcleo, de ingerir presas consistentes en microorganismos enteros.