Originalmente la cabecera era semicircular, en sintonía con el estilo gótico-renacentista de la construcción del siglo XVI, pero en el siglo XVII ésta se reformó, cerrándola con testero recto y adosándose en el lado de la Epístola la Capilla de la Virgen de Malanca, que vino a sustituir al antiguo eremitorio mozárabe que frecuentaban los peregrinos.