Además, el gobierno de Ecuador retiró a en Bogotá y envió una nota de protesta, en la cual se solicita a Colombia que explique el "indebido proceder de sus fuerzas militares", reiterando el que "ninguna fuerza militar regular o irregular puede actuar en el territorio de Ecuador que, con arreglo a su derecho a la legítima defensa y a la seguridad, repelerá, capturará y someterá a la justicia a quienes ingresen armados al territorio o se establezcan para desarrollar actividades al margen de la ley".