En 1794 las autoridades del virreinato exhumaron nuevamente los restos de Cortés con el fin de cumplir con los deseos del conquistador de México que en una ocasión solicitó ser sepultado en la iglesia contigua al hospital de Jesús Nazareno, así que sacaron la osamenta de Cortés del templo de San Francisco que yacía en su nicho en una urna de madera y cristal con asas de plata y pintado en la cabecera de la urna el escudo de armas de marqués de Oaxaca, sus restos fueron trasladados con gran pompa a lo que se creía sería su última morada, se colocaron blandones de plata sobre el sepulcro y dentro del templo se erigió un zócalo y sobre el zócalo un busto del conquistador, en ese sitio sus restos descansarían mdurante 23 años.