El río Ega la recorre de Oeste a Este hasta la ciudad de Estella y desde allí de Norte a Sur hasta alcanzar el Ebro al Sur de San Adrián, aquel y sus afluentes drenan la mayor parte del territorio; otros ríos y barrancos, menos importantes, van directamente al Ebro, y sólo el Nordeste pertenece a la cuenca hidrográfica del Arga.