La muerte de don Sebastián dejó al país portugués inmerso en un gran desconcierto, en bancarrota y con un vacío político que su sucesor, su tío el cardenal don Enrique, intentó llenar sin conseguirlo, con lo que aconteció la crisis dinástica que solucionó Felipe II al ocupar el país como nuevo rey de Portugal, creándose así nuevamente la unión ibérica en la historia -después de los romanos y visigodos- y dentro de la Monarquía Hispánica.