Ya en América, se convierte en un gran reformador, por ejemplo al ser el primer clérigo en permitir la comunión de los indígenas en 1636; respalda generosamente las obras de caridad que se realizan en distintas partes de su jurisdicción (que comprendía todo el Nuevo Reino de Granada, es decir, Colombia, Venezuela, Ecuador, Panamá y Guyana), por lo que se enfrenta en varias ocasiones con el Presidente de la Real Audiencia de turno.