Desde el punto de vista de su patogenicidad las especies de esta bacteria se pueden clasificar en patógenas —"Neisseria meningitidis" y "Neisseria gonorrhoeae"— y no patógenas —"Neisseria sicca", "Neisseria mucosa", "Neisseria lactamica", etc.— Las especies de "Neisseria" no patógenas forman parte de la flora habitual de las vías respiratorias y en algunas ocasiones se comportan como patógenos.