El Museo cuenta con una buena representación de los principales centros hispánicos del siglo XVI y de los artistas más destacados: Burgos (Felipe Vigarny), Palencia (Juan de Valmaseda, Manuel Álvarez), León, Valladolid (Alonso Berruguete, Juan de Juni, Francisco Giralte, círculo de Gaspar Becerra, Esteban Jordán, Francisco Rincón), Toro (Juan de Montejo), La Rioja (Arnao de Bruselas, Andrés de Araoz) y Navarra (círculo de Juan de Beauves, círculo de Juan de Anchieta).