El nombre de la estación se debe a que originalmente esta estación fue inaugurada bajo el nombre únicamente de La Villa, debido a que está ubicada en la zona conocida como "La Villa de Guadalupe", mientras que Basílica era la estación ahora llamada "Deportivo 18 de marzo" debido a que al ser construida era la más cercana a la Basílica de Guadalupe; fue hasta el 24 de septiembre de 1996, que para evitar confusiones las dos estaciones cambiaron nombre a su nombre actual, juntando el símbolo y el nombre en esta estación, formado así La Villa-Basílica.