Filogenéticamente además existen buenas razones para sospechar que es inverosímil que se pruebe un parentesco con las lenguas caucásicas: el protoeuskera tiene un inventario fonético muy reducido con muchas restricciones mientras que las lenguas caucásicas tienen inventarios consonánticos exuberantes, cualquier intento de relación debería postular inicialmente una reducción del número de fonemas en pre-protoeuskera o un desarrollo secundario en todas las lenguas caucásicas, lo cual parece improbable.