En 2009, en medio de las acusaciones en su contra, fue electo candidato del PAN a diputado federal por el VI Distrito Electoral Federal de Chihuahua, sin embargo, el 30 de mayo del mismo año fue arrestado por agentes estatales e ingresado en el penal de Aquiles Serdán, por las mismas acusaciones, lo que una vez más ha sido rechazado y que ha causado las protestas del PAN demandando su liberación al considerar el arresto como un acto político del gobernador José Reyes Baeza Terrazas; a dichas protestas se sumaron la coordinadora nacional de las campañas para diputados, Josefina Vázquez Mota, y el exsecretario particular del Presidente de la República, César Nava Vázquez, visitando personalmente Vázquez Mota a Blanco en las instalaciones del Centro de Readaptación Social el 1 de junio, y anunciando la bancada panista en la Comisión Permanente del Congreso una denuncia contra el gobernador Reyes Baeza, que negó toda implicación en el proceso contra el candidato.