Durante los 7 años que Serzh estuvo en el cargo de Ministro de Defensa, el gobierno del presidente Kocharián tuvo que afrontar numerosos casos de corrupción, acusaciones de autoritarismo, y de fraude electoral cometido durante las elecciones generales realizadas en 2003, cuya acusación fue realizada y evidenciada por la Organización para la Seguridad y la Cooperación en Europa (OSCE).