El gobierno de las Misiones Guaraníes o gobierno político y militar de Misiones o bien gobierno de los Treinta Pueblos de las Misiones Guaraníes, fue un gobierno político y militar creado por la Corona española para administrar los territorios que dejaron abandonados los jesuitas, al ser expulsados de sus misiones en territorios que formaban parte de la Gobernación del Paraguay y de la Intendencia de Buenos Aires y que hoy forman parte de la Argentina, Brasil, Paraguay y Uruguay.