Una vez estallada la Guerra Civil, Farrás fue nombrado «jefe militar» del Comité Central de Milicias Antifascistas y posteriormente destinado al Frente de Aragón como asesor militar de la columna Durruti, sin llegarse a entender nunca con Durruti, por lo que volvió a Barcelona y pasó el resto de la guerra en cargos burocráticos, como gobernador militar de Tarragona y, posteriormente, de Gerona.