El vestíbulo nuevo se abrió parcialmente para acceder a las vías 1 y 3 en abril de 2007, añadiéndose la puesta en servicio de la vía 2 en julio de 2007, y ya en octubre de 2007 se puso en servicio la estación en su conjunto como la nueva estación central de ferrocarril de San Fernando, cambiando su denominación por San Fernando-Bahía Sur.