Orihuela continuó reforzando su capitalidad, ya que en el ámbito eclesiástico, en el año 1564 obtiene la anhelada Diócesis de Orihuela, independizándose así de la Diócesis de Cartagena gracias al rey Felipe II de España y al papa Pío IV, construyéndose el Seminario en 1762, y en la cuestión cultural, con la creación en 1610 de la Universidad de Orihuela, regentada por los dominicos y que estaría en funcionamiento hasta 1807.