Nueve de las trece líneas son gestionadas por la compañía Tokyo Metro (東京メトロ - Tōkyō Metoro); que también comparte derecho de paso con seis operadores: Tōkyū, Seibu Railway, Ferrocarrilles Tōbu, JR East, Compañía Ferroviaria Yokohama Minato-Mirai, y Ferrocarril Rápido de Tōyō.