Las encomiendas se transformaron en grandes haciendas sobre la cual la Iglesia católica ejercía una fuerte supremacía, que derivó desde la fiscalización evangelizadora de los encomenderos, hasta la posesión en propiedad de una parte sustantiva del territorio marchiguano donde Agustinos, Jesuitas y diocesanos tuvieron una gran supremacía hasta mediados del siglo XVIII, desde cuando fueron siendo adquiridas por privados que dieron origen a las grandes haciendas del siglo XIX.