Según la tesis desarrollada por la teóloga Elaine Pagels en su libro "Beyond Belief: The Secret Gospel of Thomas" (‘Más allá de la fe: el evangelio secreto de Tomás’), muchos de los pasajes del evangelio de Juan pueden entenderse como una refutación de los dichos, ideas, tradiciones y creencias de una comunidad cristiana cuya línea de pensamiento estaría ejemplificada por el "Evangelio de Tomás".