Con la ocupación del cargo de presidente de Colombia por el general Rojas Pinilla, el coronel Navas Pardo llegó a comandar al Ejército Nacional, recibiendo el rango de Brigadier General mediante el decreto 1012 del primero de mayo de 1956, en el que se destacó su brillante comando de la Brigada de Institutos Militares y sus excelentes calidades como oficial.