Los apicomplejos se colocan en Chromalveolata, a veces considerado un reino independiente, y dentro del filo Stramenopiles (= Heterokontophyta), en donde se encuentran entre otros las algas pardas, las diatomeas, Phytophthora (organismo causante de la gran hambruna irlandesa y de la muerte súbita del roble) o los falsos hongos que producen el mildiu.