La Academia de Historia, en una nota del libro "Cortes de los antiguos Reinos de Castilla y León", indica que Villabona fue una población inmediata a Haro si bien no estaba entonces dentro de su jurisdicción puesto que era villa por si y tenía como tal sello propio según consta por algunos documentos de la época, como puede ser la escritura de transacción que Villabona hizo el 2 de septiembre de 1290 sobre términos y montes con el monasterio de Herrera, donde se indicaba