Manaure pertenece a la cuenca del Caribe, donde sus corrientes de agua son en su mayoría arroyos caracterizados por su régimen esporádico o intermitentes: Pero con crecidas más largas y de intensidad media; en general el municipio está rodeado por el mar Caribe y la cabecera municipal es atravesada por el arroyo Limón para luego desembocar a orillas del mar Caribe.