Algunas versiones posteriores del juego muestran ligeras modificaciones en su diseño, tales como la remoción de un segmento musical islámico de la melodía que se escucha en el Templo del Fuego, algunas correcciones de errores en la programación «no previstos» (del término "«glitch»") y el cambio del color de la sangre de Ganondorf de carmesí a verde.