El clima registrado en General Cepeda varía de acuerdo con la orografía y altitud del territorio, siendo uno de los municipios con mayor variedad de climas en el estado de Coahuila, en el extremo sur del territorio se registra clima "Templado húmedo con lluvias escasas todo el año", siendo donde se registra en las altitudes de la Sierra de Patos, este clima continúa hacia la Sierra de Artega, famosa zona boscosa del sur de Coahuila, avanzando hacia el norte le sigue una pequeña franja con clima "Semiseco templado", luego otro sector con clima "Seco semicálido" y el resto del municipio, equivalente aproximadamente a la mitad del territorio registra clima "Muy seco semicálido".