En 2005 fue identificado como uno de los miembros del PRI opositores a una probable candidatura de Roberto Madrazo Pintado, agrupados en el llamado TUCOM (acrónimo de "Todos Unidos Contra Madrazo"), sin embargo Madrazo logró la postulación, y en mayo de 2006 Genaro Borrego anunció junto con otro grupo de exfuncionarios priistas su simpatía con el proyecto del candidato del PAN Felipe de Jesús Calderón Hinojosa, ante lo cual el PRI respondió abriendo un proceso de expulsión en su contra.