Históricamente la presidencia de la Mesa Directiva del IdeE recaía en cualquier miembro del IdeE (personas que ostentaran el nombramiento de académico numerario de cualquiera de las Reales Academias que lo integraban), pudiendo a su vez compatibilizarlo con la dirección o presidencia de cualquiera de las Reales Academias que lo conformaban durante dicho periodo del mandato.