Cerca de cuatro quintas partes del territorio del municipio del Mezquital se encuentra cubiertas por bosque, siendo las principales especies en esta zona el pino y el encino, en lo profundo de las quebradas del oeste y el sur del municipio la temperatura, altitud y precipitación dan como resultado que se encuentre en esta zona selva, y finalmente en los valles del extremo norte se encuentran zonas de matorral, en la zona de transición entre bosque y mayorral hay pequeñas entenciones de pastizal.