El 7 de marzo de 1986 este oficial tuvo fricciones con el Ministro de Defensa, General de División Luis Piñeiros, debido a celos políticos y profesionales de vieja data, posiblemente el Teniente General Vargas aspiraba a ser, el mismo, Ministro de Defensa y General del Aire, ante esta confrontación Vargas acusó a Piñeiros de irregularidades en la compra de un avión Fokker para TAME esperando que el Presidente León Febres-Cordero destituya a Piñeiros pero resultó que el Presidente apoyó a Piñeiros y destituyó a Vargas pasándolo a retiro.