Las del presbiterio representan la invención de la Santa Cruz, las del techo de la sacristía forman un pequeño espacio con perspectiva (trampantojo); a cada lado del presbiterio hay pinturas realizadas por Valdés Leal y su hijo Lucas Valdés: en la del lado derecho se representa a San Fernando entregando la mezquita al Arzobispo y en la del lado izquierdo se muestra a San Fernando ante la Virgen de la Antigua.