Durante esta Legislatura reforzó la actividad de la Fiscalía de la Audiencia Nacional contra el terrorismo islamista como respuesta al atentado del 11 de marzo de 2004 en Atocha, incrementando su plantilla, creando un grupo de fiscales especializados en la materia y fomentando la cooperación internacional para compartir información, consiguiendo que el juicio por dicha matanza se celebrase en un tiempo razonable y con resultado condenatorio de la mayor parte de los acusados.