A este fin, construiremos una matriz cuadrada de, generalmente, 20x20 elementos (por los veinte aminoácidos usualmente contemplados, aunque nada impide contemplar los restantes y ampliar, en consecuencia, el orden de la matriz), donde la formula_1-ésima entrada es igual a la probabilidad de que el formula_2-ésimo aminoácido sea transformado al formula_3-ésimo en una determinada cantidad de tiempo evolutivo (normalmente asumiremos que las sustituciones son simétricas: la probabilidad de sustitución de un aminoácido formula_2 por otro formula_3 será la misma que la probabilidad de sustitución del aminoácido formula_3 por el formula_2, lo que nos resultará en matrices simétricas; no obstante, pueden contemplarse asimetrías si se toman en consideración las direcciones de cambio en un determinado árbol filogenético).