En el ámbito educativo, se creó la Dirección General de Instrucción Pública para el Distrito Federal y Territorios de la Federación, la cual quedaba encargada de regir la educación y administrar las rentas destinadas a este objeto, así como custodiar los monumentos históricos y antigüedades, abrir nuevas escuelas públicas, impulsar el sistema lancasteriano de enseñanza y vigilar el funcionamiento de los colegios a cargo de particulares; fueron cerrados el Colegio de Santa María de Todos los Santos y la Real y Pontificia Universidad de México; se decretó el establecimiento de una biblioteca nacional y la apertura de seis centros especializados de educación superior; se ordenó al representante de México ante el Papa que pidiera la disminución de los días festivos, y el Congreso resolvió que el "Patronato", institución que durante siglos había dado a la corona española la atribución de nombrar curas, obispos y arzobispos, era un derecho de la nación.