La Casa de Miranda fue restaurada en su integridad para acoger las secciones de Prehistoria y Arqueología, que fueron reabiertas al público en 1983, mientras que la adyacente Casa de Íñigo Angulo, contemporánea de la anterior y obra de Juan de Vallejo, adquirida por el Estado en 1986, recibió la Sección de Bellas Artes, mostrada al público desde 1991.