La mecánica principal de juego se basa en la solución de acertijos y rompecabezas con el fin de descubrir secretos u objetos, saltar entre plataformas y disparar a los enemigos mientras se les apunta mediante un sistema de rastreo fijo, en el que Samus puede rodear a la amenaza en cuestión, y poder atacarla mientras se mantiene pulsado el botón «Z».