De forma mucho más intensa, el Real Patronato indiano otorgaba a la Corona Española el poder de controlar los nombramientos, no sólo de los obispos, sino de todos los cargos o dignidades eclesiásticas (párrocos, canónigos, etc.) Se presentaban ternas elaboradas por el Real y Supremo Consejo de Indias cuando quedaba vacante un cargo en el Nuevo Mundo, en el caso de los obispos; o bien los representantes del rey en América (habitualmente los virreyes) presentaban los candidatos al obispo para que éste proceda al nombramiento, en el caso de los párrocos o de los miembros del cabildo catedralicio de cada diócesis.