Expulsado además de la universidad, fue acogido en el Colegio de Presles en 1545 hasta que el sucesor filoprotestante del rey Francisco, Enrique II, anuló tal expulsión en 1547; entonces los jesuitas, bien situados y poderosos en París, consiguieron poner las obras de Ramus en el "Índex librorum prohibitorum" de libros prohibidos.