Deportivamente, durante esta etapa, el equipo se instala en la zona media de la clasificación con la excepción de las temporadas 2002/03 y 2005/06 en las que se roza el descenso y la 2004/05, en la que se acaba a un punto de acceder a la Liga de Campeones de la UEFA, con Miguel Ángel Lotina en el banquillo.