Los últimos seis años de su vida los dedicó a escribir una gran crónica, que tituló Conquista y descubrimiento del Nuevo Reino de Granada de las Indias Occidentales del Mar Océano, y Fundación de la ciudad de Santa fé de Bogotá, primera de este reino donde se fundó la Real Audiencia y Cancillería, siendo la cabeza se hizo su arzobispado, título que muy pronto fue reemplazado por escribanos y lectores por El Carnero.