Su afinidad con España hizo que Inocencio X se negara a reconocer, como su predecesor Urbano VIII, la independencia del reino portugués y a Juan IV como legítimo soberano, negándole además el derecho a aprobar los obispos designados para Portugal, lo que provocó que al fallecer el pontífice sólo existiera un obispo en el reino luso.