El 21 de septiembre de 1813 salió Nariño de la ciudad a la cabeza de la retaguardia del ejército y comenzó el periodo de gobierno de su tío, quien mantuvo con decisión el modelo centralista y la independencia de Cundinamarca incluso después de la derrota y entrega de Nariño a las puertas de Pasto en mayo de 1814.