Después de la desamortización de Mendizábal, pasó a propiedad privada, hasta que Francisco de Alvear y Gómez de la Cortina, VI Conde de la Cortina, gran mecenas local, compró el terreno y el inmueble y terminó la iglesia, conservando la planta del modelo jesuita y entregándola a la Compañía de Jesús, que la abriría al culto en 1944.