En el viaje de vuelta, en 1806, remontaron el río Columbia y el río Snake y luego cruzaron al río Clearwater; atravesaron por tierra el paso Lolo y luego el grupo se dividió: Lewis alcanzó el río Blackfoot y cruzó la divisoria continental por el paso que ahora lleva el nombre de ambos, paso Lewis y Clark ("Lewis and Clark Pass"), aunque en realidad Clark nunca vio esas tierras, (), y llegó a Great Falls, en el curso alto del río Misuri.