La atención a la guerra en el sur contra Ecuador dejó desguarnecida a la capital del país y, en peligro de que ésta cayese en poder de los “Supremos”, el presidente Márquez quien salió a reunirse con los generales Herrán y Mosquera, dejando encargado del poder al vicepresidente general Domingo Caicedo, del 5 de octubre al 19 de noviembre de 1840.