En tiempos prehispánicos su nombre maya era «Noj Petén» (también escrito «Noh Petén») que significa «Isla principal», posteriormente en tiempos coloniales, a comienzos del siglo , se le llamó Tayasal, una castellanización de «Taj Itzá» (o «Tah Itzá») que significa «Lugar de los itzá».