Las dos planicies paralelas que se encuentra en el municipio, están surcadas por los dos principales ríos de la región, ambos tienen sentido sur a norte, el río que discurre por la planicie occidental es el río Santa Clara, que nace en los límites de Namiquipa y Chihuahua y que posteriormente recibirá el nombre de río Del Carmen; la planicie oriental es surcada por el río Santa María que nace en el municipio de Bachíniva, estos dos ríos tienen como caractarística el pertenecer a cuencas cerradas o vertientes interiores que caracterizan al territorio del norte de México, ambos continúan hacia el norte y desembocan formando lagunas en el Desierto de Chihuahua, sin embargo, ambos ríos son represados, el río Santa María forma la Presa El Tintero o "Francisco Villa" en el mismo municipio de Namiquipa, mientras que el río Santa Clara forma la Presa Las Lajas o "Adolfo López Mateos" en el vecino municipio de Buenaventura para ser aprovechados en la agricultura, por lo que ya no llegan a sus lagunas y están prácticamente han desaparecido.