La temporada 2006/07 vuelve a quedar noveno con 52 puntos, y sorprendentemente se planta por primera vez en la final de la Copa del Rey tras eliminar a Xerez CD, Valencia CF, CA Osasuna y FC Barcelona, contra el cual volteó una semifinal que se había complicado mucho en el partido de ida (5-2 en el Camp Nou donde Messi metió un gol considerado copia del gol de oro de Maradona), endosándole un 4-0 en el Coliseum Alfonso Pérez.