La historia continuará mientras que Yūgi y sus amigos se enfrentan a varios contrincantes, para tratar de encontrar las cartas de los "Dioses Egipcios", ya que por medio de estas se podrán recuperar los recuerdos perdidos del faraón Atem (la verdadera identidad de Yami) a través de los "Duelos de Monstruos" que se reflejan en los "Juegos de las Sombras" (pese a que este concepto no estaba presente del todo en la versión original).