En el año 2000 Neal Morse se unió a Mike Portnoy, ex-baterista de Dream Theater, Roine Stolt, guitarrista de The Flower Kings, y Pete Trewavas, bajista de Marillion para formar el grupo Transatlantic con quienes grabó 4 álbumes de estudio, SMPTe (lanzado en el año 2000), Bridge Across Forever (2001), The Whirlwind (octubre, 2009), Kaleidoscope (2014) y dos álbumes en vivo, Live in Europe y Live in America, apoyados en vivo por el guitarrista invitado Daniel Gildenlöw, de Pain of Salvation.