En 1984 fue enviado a El Salvador, para ser catedrático de Filosofía y Teología en la Universidad Centroamericana "José Simeón Cañas", cargo que desempeñó hasta el día de su muerte, junto a Ignacio Ellacuría, asesinados por un pelotón del batallón Atlacatl de la Fuerza Armada de El Salvador, bajo las órdenes del coronel René Emilio Ponce.