Con la desamortización y la supresión de la Universidad en 1835, el gran fondo bibliotecario y archivistico que durante siglos se había gestado pasó al Estado, quien por Real Orden de la reina Isabel II de 17 de diciembre de 1863 puso dicho fondo bajo custodia del Cuerpo de Archiveros, Bibliotecarios y Anticuarios, creándose definitivamente la bilbioteca Pública Fernando de Loazes, siendo la primera Biblioteca de Titularidad Estatal que se creó en España.