Con el despojo de la "Piedra de Scone", trasladada a la Abadía de Westminster por Eduardo I de Inglaterra en 1296, y con el traslado de la capital escocesa a Edimburgo, la abadía fue perdiendo importancia, hasta que durante la Reforma religiosa escocesa iniciada por John Knox fue transformada en propiedad secular y otorgada al Conde de Gowrie, primero, luego al Vizconde de Stormont y al Conde de Mansfield después.