La Inquisición se convirtió en la única institución común a todos los españoles, con excepción de la propia Corona, a quien servía como instrumento del poder real: era un organismo policial interestatal, capaz de actuar a ambos lados de las fronteras entre las coronas de Castilla y Aragón, mientras que los agentes ordinarios de la Corona no podían rebasar los límites jurisdiccionales de sus respectivos reinos.