Tras la renuncia a la presidencia que en 1859 hace don Miguel Santín del Castillo, y el posterior ascenso del general Barrios, Dueñas comprendiendo su situación decide emigrar a Guatemala, regresando en 1860 gracias a una amnistía; pero vuelve a ser exiliado en 1861 cuando es acusado de conspiración por el regimén barrista.