El método FDPB considera a las moléculas y al solvente que los rodea ubicados en una rejilla cúbica, en cada punto de la rejilla se ubica una macromolécula o una molécula del solvente, a cada punto se le asigna una constante dieléctrica, una densidad de carga y la fuerza iónica que son parámetros de la ecuación de P-B, el hecho de que sea de diferencias finitas está en que las rejillas son pequeñas, se puede considerar la constante dieléctrica promediada sobre la molécula o no, puesto que el método no es ni microscópico ni macroscópico.