En total, para la guerra civil, la segunda brigada de infantería contaba con alrededor de 1800 efectivos y tenía organizados 3 batallones de infantería de Contrainsurgencia o de Cazadores (BIC) que eran llamados Pipil, Tazumal y Tecana (este último era semi-BIRI o Batallón de Infantería de Reacción Inmediata); además contaba con una sección secreta (de inteligencia o espionaje) llamada G2; por otro lado a nivel nacional los principales combatientes del lado del ejército eran los Batallones de Infantería de Reacción Inmediata (BIRI, los cuales eran: Atlacatl, Atonal, Eusebio Bracamonte, Ramón Belloso y Manuel José Arce) y los Cuerpos de Seguridad (la Guardia Nacional, Policía Nacional y Policía de Hacienda; todos ellos adscritos a la organización militar); además de todo ello se encontraban los llamados Escuadrones de la Muerte que eran grupos paramilitares dedicados a ejecutar acciones en contra de los opositores del gobierno.