Francisco de Aguirre le recibió muy hospitalariamente en La Serena, pero conociendo el nuevo gobernador los problemas de litigio entre Aguirre y Francisco de Villagra por la gobernación de Chile, no dudó un segundo en tomarlos presos, repitiéndose la misma situación con Villagra que venía llegando a La Serena y los colocó en un barco.