Al lado oriental está la capilla de la Virgen del Perpetuo Socorro (también llamada Santísima Trinidad o San Juan Nepomuceno), la cual fue elaborada en 1630, tiene un altar dórico rodeado con una reja, una estatua de Nuestra Señora en un nicho y 4 cuadros laterales; la nave se complementa con la capilla de la Soledad (Nuestra Señora de los Dolores), elaborada en 1906 y contiene un altar jónico y tres nichos: el izquierdo con la Magdalena, el central con Nuestra Señora y el derecho con San Juan Evangelista, en donde se encuentra la tumba de Juan Martín de Sarratea, superintendente de la Casa de la Moneda, y finalmente hay una puerta que comunica con la Sacristía de los Capellanes del Coro y sobre ella hay un cuadro de la Sepultura del Señor.