En el 2002 Cienciano pasa la Copa Libertadores 2002 en un complicado grupo con Grêmio de Brasil, 12 de octubre de Paraguay, Oriente Petrolero de Bolivia consiguiendo así Cienciano ganar todos los partidos de local y pasando a la siguiente ronda de la Copa Libertadores y siendo eliminado por el América de México a pesar de esto fue una gran campaña, pero logra la clasificación para la Copa Sudamericana 2003.