En el interior de la iglesia, uno de los más suntuosos del barroco madrileño, se conservan los monumentos funerarios de Fernando VI y Bárbara de Braganza, quienes fueron sepultados allí según sus deseos, siendo de los pocos reyes de España que se encuentran fuera de El Escorial (la reina María de las Mercedes de Orleans, cuyo sepulcro se encuentra en la catedral de la Almudena, en Madrid, Felipe V y su segunda esposa, Isabel de Farnesio, que se encuentran en la Granja de San Ildefonso, en Segovia, y los Reyes Católicos, Juana la Loca y Felipe el Hermoso, en Granada).