Tras los éxitos logrados, Necaxa fue invitado a participar en la Copa Merconorte 2001 donde arrollaron a sus rivales sudamericanos al calificar a la segunda fase con una satisfactoria cifra de 5 victorias contra una sola derrota, en total 15 puntos en el grupo A que incluía al América de Cali, Alianza Lima y Aucas, cayendo únicamente con este último equipo en condición de local.