Después de su nombramiento como comandante general de las Provincias Unidas de Tunja, hubo la etapa de la Reconquista por parte de las tropas españolas y en dicha situación, Antonio Baraya emprendió la huida al sur del país ante la persecución de las tropas realistas, aunque finalmente fue apresado por los hombres de Pablo Morillo, y posteriormente fusilado en la plaza Mayor de Santa Fe.