Tras la independencia de México, en el año de 1847 fue constituida en cabecera del municipio del mismo nombre; perdió este carácter al ser suprimido el municipio por 18 de julio de 1931 y quedar integrada en el municipio de Valle de Olivos, el 1 de agosto de 1936 pasó al municipio de El Tule y finalmente el 7 de agosto de 1937 se restituyó el municipio de Huejotitán, recuperándo su condición de cabecera municipal.