Siguiendo a uno de sus profesores, Fischer se convirtió en profesor de química en la Universidad de Múnich en 1875 y en 1881 se mudó a la Universidad de Eerlangen, antes de pasar a la Universidad de Würzburg en 1888, donde se establecería hasta 1892, cuando se trasladó a la Universidad de Berlín, donde permanecería el resto de su vida.