Pero en esta década también aparecieron nuevos retos que comprometían la hegemonía de CASI en el mercado como fueron la entrada en escena de serios competidores en la producción de tomate (Marruecos principalmente) o la extensión de serios problemas fitosanitarios (virus del rizado amarillo sobre todo); una vez más, el modelo de producción y comercialización de la Cooperativa Agrícola y Ganadera San Isidro, tuvo que adaptarse a las circunstancias incidiendo en la calidad y presentación en mercado de sus productos y optando por esmeradas prácticas agrícolas.