Desde Ancón, y luego desde Lima, San Martín envió una serie de campañas para incorporar al Protectorado al resto del Perú, pero algunos triunfos parciales no pudieron evitar que el Virrey se hiciera fuerte en la Sierra y fijara su capital en Cuzco; el Protector no tenía fuerzas para enfrentarlo con probabilidades ciertas de triunfar.