El territorio del actual municipio de Nueva Guinea y adyacente ha estado poblado desde antiguo; en la cuenca del Río Punta Gorda se han descubierto restos, casi destruidos por las lluvias y la selva, de una civilización prehispánica que edificaba estructuras concéntricas, y análisis de cerámica recogida por investigadores del Smithsonian Institute datan ésta en unos 3000 a 4000 años antes de nuestra era, lo que las constituye en uno de los vestigios iniciales de la presencia humana en Nicaragua.