Fue finalmente a mediados de dicho periodo en que el ninjutsu se implantaría definitivamente, cuando el clan Hattori asumió el control de la antigua Provincia de Iga (hoy Prefectura de Mie) y estudiaron las técnicas directamente de los "yamabushi" que vivían en el lugar, mediante las cuales establecieron las bases de la Escuela de Iga de ninjutsu.