El clima del municipio del Mezquital es variado debido principalmente a su accidentada orografía y diferencias de actitud, en todo el territorio se registran ocho diferentes tipos de clima, localizados de la siguiente manera, en toda la zona alta dominada por la Sierra Madre Occidental el clima es "Templado subhúmedo con lluvias en verano", hacia el norte en la zona de los valles, se suceden tres pequeñas zonas con climas "Semisco templado", "Semiseco semicálido" y "Seco semicálido"; hacia el noroeste existen dos zonas aún más elevadas en la sierra en que el clima es "Semifrío subhúmedo con lluvias en verano"; hacia el sur y suroeste, desciendiendo por las cañadas el clima se vuelve más cálido, húmedo y tropical, registrándose climas "Semicálido subhúmedo con lluvias en verano", "Semiseco muy cálido y cálido" y en la zona más baja "Cálido subhúmedo con lluvias en verano".