El Apertura 2004 concluyo como otro mal torneo para las "Águilas", primero se dio la controversial contratación del ex-jugador águila Óscar Ruggeri, que trajo refuerzos que no terminaron funcionando: Sebastian Saja, Djalminha, Horacio Ameli y Claudio López (el único que destacó y permaneció en el club); también se dio la salida de Cuauhtémoc Blanco a los Tiburones Rojos del Veracruz, y la de Ricardo Rojas a la Universidad Católica, después de la jornada 6 Ruggeri se marchó de México, por lo que su lugar fue ocupado por Mario Carrillo, el equipo finalizó en lugar 13.