Al final todo toma un rumbo diferente al llegar el verdadero Madara Uchiha como aliado, este cuestiona a Obito la razón de por que empezar el Proyecto antes de absorber a Gyuki y a Kurama, y por que fue revivido por el Jutsu de Invocación: Resurrección del Mundo Impuro y no por el Camino Externo: Jutsu de la Reencarnación de Samsara como lo había previsto, a lo que responde que Nagato los traicionó.