Está cruzado por varios riachuelos los cuales nacen en peñas, a las cuales se puede llegar y disfrutar de aguas claras y muy frías, hacia el norte del parque se presentan algunos de los nacimientos de agua que inician a dar forma a la cuenca del Lerma, la cual dota de agua en forma natural al Lago de Chapala en el estado de Jalisco y de forma artificial por el Sistema Cutzamala a la ciudad de México.