Entrado el año 1998, con una militancia algo menguada, AUN se reorganizó internamente y mantuvo la actividad con el inicio de una serie de actos de manifestación política (con el lema "¡Recuperemos España!") en distintas localidades vascas y navarras (Vitoria, Bilbao, San Sebastián, Pamplona, Rentería, Irún, Estella, Hernani, Mondragón, Tudela, Ermua, Vergara, Éibar...), otras poblaciones donde el separatismo hacía mella (Treviño, El Vendrell...) y el asalto a la fortaleza de Gibraltar (donde fue sustituida la "Union Jack " británica por una enseña nacional española), sufriendo las prisiones inglesas varios militantes de la organización.