Al triunfo de la República en 1867, el Colegio es restablecido y ocupa como nueva sede parte del Palacio Nacional, luego el ex Convento de Santa Catarina (donde hoy seencuentra la Biblioteca Antonio Caso de la Facultad de Derecho de la UNAM) y después el edificio del Arzobispado en Tacubaya (posteriormente sede del Observatorio Astronómico Nacional y actualmente del Servicio Meteorológico Nacional, el Instituto Panamericano de Geografía e Historia y la Mapoteca Manuel Orozco y Berra).