Durante su gobierno brindó su propia infraestructura a la Universidad Nacional y sostuvo una enérgica postura contra los reclamos del representante británica Frederick Chatfield (que pretendía vulnerar la soberanía salvadoreña); por otro lado durante su mandato regresó del exilio el general Francisco Morazán pero fue rechazado (al ser Juan José Guzmán del partido conservador, mientras que Francisco Morazán era del partido liberal), posteriormente Morazán se retiró del país y se embarcó a Costa Rica, donde se convirtió en presidente.