Hidrográficamente, Macanal (Boyacá) ocupa parte de la Gran Cuenca del río Orinoco, el cual drena sus aguas al Océano Atlántico y a la cual pertenece la cuenca del río Meta junto con la subcuenca del río Upía de la cual es tributaria el embalse de La Esmeralda, que aporta sus aguas a la Hidroeléctrica de Chivor.