En un principio se pensó en el puerto de Arica; sin embargo, fracasadas las conversaciones con el Perú para la cesión del mismo, el gobierno boliviano comisionó al coronel Francisco Burdett O'Connor, quien eligió el puerto de Cobija (antiguo asentamiento chango) por sus condiciones geográficas, su pequeña península y su caleta abrigada a los vientos —el primer asentamiento en el lugar databa de 1578, cuando funcionó como puerto de cabotaje para Charcas—.