Debido a la muerte repentina de Diego de Acevedo y Fonseca, quien preparaba su viaje para hacerse cargo del Virreinato del Perú en reemplazo del Marqués de Cañete, el rey Felipe II lo reemplazó por el Conde de Nieva, despachando el día 15 de diciembre de 1558 las provisiones que lo nombraban como virrey, gobernador y capitán del Perú, así como presidente de la Real Audiencia de Lima.