Durante su gobierno, Garnica dictó normas para la organización de la diócesis, entre ellas el reglamento para la catedral, la cual era el Templo de Santa Bárbara que servía provisionalmente como iglesia catedralicia; creó varias parroquias, y el 18 de abril de 1830 inauguró oficialmente el seminario bajo el patronato de Santo Tomás de Aquino, si bien el establecimiento ya funcionaba desde el 25 de marzo anterior.