Desde la Junta, Flórez-Osorio impulsó la lucha armada contra los franceses tras la batalla de Bailén durante la guerra de la Independencia Española, contribuyó a reformar las Cortes e influyó el debate de un proyecto de la Pepa, como se conoce a la Constitución que sería aprobado más tarde en las Cortes de Cádiz de 1812.