Sus principales afluentes son, por la izquierda, los ríos peruanos Río Gálvez y Río Yavarí-Mirim; y, por la derecha, los ríos brasileños Curuçá (con una longitud de 530 km) e Ituí (una veintena de kilómetros aguas arriba de confluir con el Amazonas, con una longitud de 480 km; tiene como subafluentes los ríos Itaquaí y Quixito).