La educación en el Departamento del Putumayo viene siendo liderada por la Única Institución de Educación Superior patrimonio de los putumayenses como lo es el Instituto Tecnológico del Putumayo (ITP), ofreciendo programas de pregrado por ciclo propedeuticos en el nivel Técnico Profesional, Tecnológico y Profesional, con sedes en Mocoa y Sibundoy; entre otras instituciones aprobadas por la Secretaria de Educación Departamental están La Institución de Educación del Putumayo INESUP, ofreciendo programas Técnicos y de pregrado y postgrado en diversas áreas del conocimiento, en convenio con la Corporación Universitaria Remington; Ecsalud; el SENA también tiene su sede en de la ciudad, ofreciendo algunos programas, EDUPOL ingresa a partir de 2011 con las siguientes Universidades, UAM (Universidad Autónoma de Manizales), UTB (Universidad Tecnológica de Bolívar, UNAB (Universidad Autónoma de Bucaramanga, IBERO (Corporación Universitaria Iberoamericana), aportando al desarrollo de la región con nuevas metodologías de educación a través de la educación POLIMODAL donde Unifica la Educación Presencial, a distancia y virtual en un solo ambiente de aprendizaje ofertando programas en Pregrado y postgrado.