Zumárraga no actuó en este sentido, limitándose a celebrar un auto de fe y condenar a un cacique principal de Texcoco (Carlos Chichimecatecotl) a la hoguera, acción que le valió una posterior reprensión de Manrique, debido a que los indígenas debían ser tratados más como neófitos que como herejes, lo que influyó en la posterior separación de la institución respecto a la jurisdicción de temas sobre los nativos americanos.