El resto de la iglesia es fruto de la transformación llevada a cabo en el siglo XVI por Ambrosio de Vico; posteriormente, los maestros Luis González y Fray Cristóbal de San José levantan la cabecera a modo de gran arco de triunfo dividido en tres arcos a la misma altura; mientras la Sacristía, anexa al templo, la realiza Ginés Martínez de Aranda en el siglo XVII.