Recién retirado el virrey Mendoza, sustituido por Luis de Velasco, y antes de comenzaran los problemas económicos serios del Colegio de Santa Cruz, dos investigadores indígenas, ex-alumnos y profesores del colegio, Martín de la Cruz y Juan Badiano, escribieron en 1552 un manuscrito de botánica y farmacología conocido como el Códice Badiano, «que constituye el único texto médico completo elaborado directamente por dos investigadores nahoas».