En el 2365 se da el enfrentamiento con el terrible Colectivo Borg que buscaba la erradicación de la Federación y de todas las potencias galácticas, el primer contacto oficial con los Q y la Guerra Civil Klingon –en la cual la Federación intervino como mediador de paz.Los Maquis se unieron a la Federación en Star Trek Voyager donde un tripulante de la nave era cardassiano y estaba espiando a la Federación.La nave estelas USS Voyager se perdió en una búsqueda de los Maquis y una criatura los tele transporto al cuadrante Delta a 75000 años luz del cuadrante Alfa.Los Maquis eran un grupo de rebeldes en contra de la unión de la Federación y Cardassia.La tripulante cardassiana de la USS Voyager al estar en el cuadrante Delta se unió con una especie llamada los Kazones que también eran enemigos de la Voyager y la Federación.