Además de padecer una opresión que se remonta a los tiempos coloniales, la población indígena sufrió la mayor parte de la violencia durante el conflicto armado, como confirmó la Comisión para el Esclarecimiento Histórico, la cual concluyó que el 83% de las víctimas identificadas pertenecían a comunidades mayas y que el ejército guatemalteco cometió actos de genocidio contra varios grupos indígenas.