Zarpó de Valparaíso en marzo de 1603 al mando de tres naves: el galeón "Jesús María", de 600 toneladas y 30 cañones; "Nuestra Señora de la Visitación", que había pertenecido al corsario Richard Hawkins, y "Nuestra Señora de las Mercedes", de 400 toneladas, en una expedición encomendada por su primo hermano el virrey del Perú, don Luis de Velasco y Castilla, para reprimir las incursiones de corsarios holandeses en los mares al sur de Chile.