Apoyado por numerosos sectores económicos del país, en las elecciones presidenciales de 2006, a las que los antiguos presidentes Mathieru Kérékou y Nicéphore Soglo no podían presentarse por superar los 70 años de edad, Boni logró la victoria con un 36,6% de los votos en la primera vuelta, celebrada el 5 de marzo de 2006.