En 2005 fue designado por segunda vez Presidente Nacional del PRI para sustituir a Roberto Madrazo Pintado en una forma sumamente controvertida, pues no solamente los estatutos del partido prohíben la segunda elección de un ex dirigente, sino que fue electo por sobre el presunto derecho a la sucesión de la entonces Secretaria General Elba Esther Gordillo, dando comienzo al periodo más fuerte de confrontación entre la ex lideresa magisterial y Madrazo.