Durante la Guerra Civil de Guatemala se vio seriamente afectado cuando un destacamente del Ejército de Guatemala utilizó los antiguos convento y templo dominicos como base para sus enfrentamientos con el Ejército Guerrillero de los Pobres, que tenía su área de operaciones en el departamento de Quiché; tras recuperar las instalaciones para el clero secular en 1983, la Iglesia Católica reportó daños considerables en la estructura y la existencia de algunos cementerios clandestinos en el interior del convento e iglesia.