Ha sido debatido si "The End of Evangelion" pretende ampliar los episodios 25 y 26 de la serie o sustituirlos por un final completamente nuevo, ya que ciertas secuencias de los episodios de televisión evocan secuencias de la película, como una imagen del cadáver de Misato, Ritsuko flotando en LCL, Asuka bajo el agua en la unidad 02 y otra de Shinji encogido y desesperado.