Entre su rica producción está su "Manual de diversas oraciones y espirituales ejercicios" y su "Suma cayetana", obra de casos de conciencia, ambas de 1557; la antología "Compendio de vida cristiana" y el "Tratado de la oración", ambos impresos en 1559 y este último atribuido a San Pedro de Alcántara, quien en realidad habría compendiado el "Libro de la oración y meditación" de fray Luis de Granada.