Luego renuncio y se dedico de lleno a la política, desempeñándose como Jefe de Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires al ser electo por votación directa por los períodos del 7 de agosto de 2000 al 10 de diciembre de 2003 hasta su destitución mediante un juicio político, el 7 de marzo de 2006, habiendo estado suspendido en su cargo desde noviembre de 2005.