Mientras tanto, las tropas hondureñas comandadas por el general Juan Antonio Medina Orellana unidas a las rebeldes de Santiago González Portillo habían llegado hasta la capital salvadoreña, tomándola en una acción bélica relámpago y derrocando al presidente Francisco Dueñas el 12 de abril de 1871, Florencio Xatruch al verse sin apoyo salvadoreño decide irse hacia Nicaragua, llegando victorioso el general José María Medina a la capital hondureña y continuar con su administración.