En el estado se han registrado 457 especies de peces, 38 de ellas correspondientes a elasmobranquios y 419 a teleósteos; a lo largo del territorio yucateco se distribuyen 87 especies de reptiles, 36 de ellas en alguna categoría de riesgo; aunque se tiene pocos estudios relativos a los anfibios se han reconocido 18 especies, representadas en 2 órdenes, 7 familias y 13 géneros; los mamíferos de Yucatán están incluidos en 12 órdenes, 30 familias, 74 géneros y 89 especies, que representan el 17% del total de especies mamíferas en México, por otra parte, los mamíferos acuáticos residentes en los ambientes hidrográficos del estado se distribuyen en cuatro grupos: cetáceos, sirénidos, pinnípedos y mustélidos, sumando alrededor de 30 especies.