Su voluntad era destinar los terrenos, la casona, los muebles y enseres a un "“Museo de Bogotá, Mercedes Sierra de Pérez”", el cual estaría dividido en cuatro secciones: la histórica, la iconográfica, la biblioteca (que reuniría todas las publicaciones que existiesen sobre la ciudad) y la sección de mutación o universal, la cual acogería todo objeto que no pudiera ser clasificado en las otras secciones.