Sustituyó también el tradicional sistema de consejos por una serie de juntas, que abarcaban diversos ramos de la administración pública (Armada, Sal y Minas, Obras y Bosques, Limpieza y Población), o que cumplían otras funciones como la Junta de Reformación, que velaba por la moralidad de la Corte, o la Junta de Ejecución, organismo ejecutivo para la rápida toma de decisiones.