En el año 2011 el Universidad de Chile comenzó el año con Jorge Sampaoli como director técnico, el cual tomó en consideración a Eduardo, y lo hizo debutar en el Torneo de Apertura 2011 ante Deportes la Serena, para luego jugar el Superclásico ante Colo-Colo, válido por una nueva edición de la Copa Gato, partido que terminó 3 - 1 a favor de los azules.