Posteriormente, el 18 de marzo, el coronel Juan Prem ocupó pacíficamente la plaza santaneca y el 28 de marzo fue tomado la plaza de San Salvador por las tropas de Morazán, siendo el jefe supremo Cornejo tomado prisionero junto con la mayor parte del congreso salvadoreño; el 3 de abril, Morazán asumió el mando como jefe supremo estatal y lo ejerció hasta el 13 de mayo cuando se lo entregó al jefe supremo provisorio Joaquín de San Martín quien a su vez lo ocupó hasta el 25 de julio cuando se lo entregó al jefe supremo electo Mariano Prado.