Bonaparte había ordenado el anclaje de la flota en la bahía de Abukir, un fondeadero poco profundo y expuesto, pero había incluido entre sus órdenes la posibilidad de que Brueys navegara a Corfú, en el norte, dejando únicamente los buques de transporte y unos pocos barcos de guerra más ligeros en Alejandría en el caso de que la bahía resultase excesivamente peligrosa.