Además de la oferta de las facultades y departamentos, el año 2006, la Universidad de Hamburgo tenía 6 Centros de Investigación Colaborativa (Sonderforschungsbereiche, SFB), 6 grupos de investigación, 7 Grupos de Entrenamiento a la Investigación (todos financiados por el DFG), 2 escuelas internacionales de investigación Max Planck, 13 grupos de jóvenes científicos (Emmy-Noether-Programme, BMBF, etc.) así como una gran número de proyectos de investigación financiados por el BMBF, DFG, UE, Fundación Volkswagen y otras instituciones.