Al regresar a la ciudad de Asunción en 1549, se enteró que se habían producido grandes disturbios y los rebeldes habían decapitado a Francisco de Mendoza, sumado a que también había sido depuesto de su cargo el año anterior y había tomado el poder Diego de Abreu, autonombrándose teniente de gobernador general de Asunción, y habían obligado al capitán Gonzalo de Mendoza a que se proclamara gobernador interino, pero por mayoría popular Irala fue repuesto el 13 de marzo del corriente.