Fue el portero titular en la Copa América de 2001 en Colombia (Uruguay obtuvo el 4° puesto), jugó un partido de la Eliminatoria previa al mundial de 2002 y empezó como titular en la Eliminatoria previa al mundial de 2006, pero cuando se produjo el cambio de técnico y asumió Jorge Fossati, y luego que los dos primeros partidos terminaron con goleadas en contra, Munúa no volvió más al arco "Celeste".