Siendo "guardián" de la ciudad de Mérida y antes de la llegada del nuevo obispo, el 13 de septiembre de 1561 Diego de Landa fue nombrado "provincial" o máxima autoridad eclesiástica de la península, durante ese tiempo promovió la evangelización de los mayas, sin embargo la tarea fue motivo de controversias, por una parte los encomenderos se quejaron porque los mayas descuidaban las labores asignadas en las encomiendas a causa de asistir a las clases de catecismo, y por otra parte un segmento de la población maya aún se rehusaba a la aceptación de la fe católica negándose a abandonar sus ancestrales rituales religiosos; fueron reportados incidentes de sacrificios o intentos de sacrificios humanos por parte de varios jefes mayas, entre ellos, Lorenzo Tuit y Luis Pech en 1558, Gaspar Che en 1562.