Luego varias instituciones lo ocuparon desde 1905, así el Palacio fue sede del Museo Nacional de Arqueología, Antropología e Historia (en 1905), del Ministerio de Fomento, de la Cámara de Diputados, de la Dirección de Tráfico y Rodaje, del Ministerio de Agricultura, del Jurado Electoral y, finalmente, de la Municipalidad Metropolitana de Lima luego de que su edificio se incendiara el 3 de noviembre de 1923.