Sabiendo Felipe II los grandes progresos que había hecho en Sagrada Teología en la Universidad de Salamanca y siendo sus maestros Pedro Guerrero, que llegó a ser arzobispo de Granada, los Padres Franciscanos Francisco de Vitoria y Domingo de Soto y después en Sigüenza y Toledo, el rey lo elige para que asista al Concilio de Trento en sus sesiones últimas, que se comenzaron a 18 de enero de 1562, y se acabaron el 4 diciembre de 1563, que fueron las sesiones 17 y siguientes, hasta la última, en que se dio fin al Concilio.