Para gestionar todo este dinero y las aportaciones de los patronos, así como el propio Plan Director, surgió en 1999 a iniciativa de la Diputación Foral de Álava, la "Fundación Catedral Santa María", que está formada por la Diputación Foral de Álava, el Ayuntamiento de Vitoria-Gasteiz y el Obispado de Vitoria.