Si bien los lugares a los que Link puede acceder difieren entre una época u otra debido a que Ganondorf conquistó los territorios periféricos de Hyrule, el jugador puede viajar a través del tiempo mediante la ocarina para visitar los distintos escenarios, y con ello, conseguir múltiples objetos como Piezas de Corazón y otros artefactos que le son de utilidad a lo largo de la aventura.