Sobre la identidad de sus padres, entramos de lleno en el terreno de la leyenda: lo más probable es que fuera huérfano, pero se ha apuntado que podría ser hijo de Don Juan Manuel de Portugal, padre del rey Don Sebastián, y una madrigaleña llamada María Pérez o María de Espinosa, doncella de los marqueses de Castañeda o de la infanta Juana, esposa del príncipe Juan; sería Gabriel por tanto hermanastro del rey Sebastián.