La temporada 2003-04 fue muy irregular para su club, en la liga nacional sumó un total de sesenta y nueve puntos para finalmente ubicarse en la tercera posición, durante esta competición Gianluigi disputó treinta y dos encuentros, en la Copa Italia no llegó a estar presente en ningún partido, sin embargo consiguieron el subcampeonato tras ser derrotados en la final 4-2 por la Lazio.