Como dirigente del PNV, tras la toma de Bilbao, y expulsado el Ejército Vasco de Euzkadi, en vez de seguir combatiendo, Ajuriaguerra fue uno de los negociadores del Pacto de Santoña (agosto de 1937), por el que el Ejército Vasco se rendía al ejército italiano bajo una serie de condiciones, sin que haya constancia de que el lehendakari Aguirre diera su beneplácito.