Luego de estos hechos, el cártel pasa a manos de sus sobrinos Amado Carrillo y Vicente Carrillo Fuentes, los cuales logran tomar el control de prácticamente todo el país durante finales de los años 1980 y los 90, haciendo tratos con los más grandes e importantes carteles colombianos de la droga de ese momento: Cartel de Medellín, Cartel de Cali y Cartel del Norte del Valle.