En la ópera, la vasta discografía de Böhm (que incluye, en la práctica, casi todas las obras de Mozart, Wagner y Richard Strauss) ciertamente tiene sus picos en el registro de la Deutsche Grammophon de "La flauta mágica", realizada en Berlín en 1960 con Fritz Wunderlich y Evelyn Lear, en su segunda grabación de "Don Giovanni" ("en vivo" en Salzburgo en 1976 con Sherrill Milnes en el papel principal), en el histórico "Fidelio" de Beethoven, grabado en Dresde en 1969 (protagonizada por Gwyneth Jones, James King y Theo Adam), el "Tristán e Isolda" de 1966 (con Birgit Nilsson, Christa Ludwig y Wolfgang Windgassen), en el "Anillo" de Wagner en Bayreuth 1966-67, y las inigualables interpretaciones de Strauss, especialmente "Ariadne auf Naxos" y "La mujer sin sombra" con Leonie Rysanek, en dos oportunidades (1955-1977) y en el Metropolitan de Nueva York.