En 1655 dos cartas dirigidas a un duque y par de Francia acerca de los métodos confesionales de los jesuitas le costaron la expulsión de la Sorbona, este suceso dio origen a las “Provinciales” de Blaise Pascal aunque sus esfuerzos no dieron resultado porque no pudo salvar a su amigo, en febrero de 1656, Arnauld fue solemnemente degradado.