Bahía de Caráquez era un cuchillo de doble filo para las autoridades coloniales, si se la despoblaba en concreto se corría el riesgo de que los piratas la hagan su alojo y empiecen desde allí su travesía para llegar a descubrir los caminos de la Real Audiencia de Quito o tomarse posesión de esas costas despobladas, mientras que por otra parte era una especie de defecto común si se gastaba dinero en elevarla a categoría de puerto, porque el costo sería un desafío para la corona española, además de la terribles consecuencias que tendría que promoverse al aceptar la rendición de un puerto en dominios netamente españoles.