En enero de 1994, a los 29 años de edad, Castaño reemplazó a su hermano Fidel en la comandancia de las ACCU tras la muerte de este a manos de la guerrilla, sin embargo, Castaño se las arregló para mantener en secreto la muerte de su hermano durante 5 meses mientras lograba la confianza del ejército que este comandaba.