Gracias a solo haber perdido 2 partidos y empatar otros 2 de local en toda la temporada logró el 5° lugar en el Torneo Apertura 2011 y nuevamente el 5° en el Torneo Clausura 2012 para alcanzar la 4° posición en la Tabla Anual y así clasificar por primera vez en su corta historia a la Copa Sudamericana, siendo el primer equipo del Interior en lograrlo, el segundo en clasificar a un torneo importante organizado por la Conmebol, luego de que Rocha FC participara de la Copa Libertadores 2006.