Durante este período, el sintoísmo comienza a tomar divergencia en tres ramas: una muy asociada con las escuelas budistas del Tendaishū (con el Sintoísmo Sanno y el Sintoísmo Sanno Ichijitsu) y Shingon (con el Sintoísmo Ryōbu); una asociada con las tradiciones de santuarios como en el Santuario Kumano Sanzan, el Santuario Iwashimuzu Hachiman y el Santuario Kasuga; y por último, una asociada con los tratados escritos por sacerdotes sintoístas, siguiendo la tradición imperial sintoísta como una reacción a la influencia budista en la fe, tales como el Sintoísmo Watarai del Santuario de Ise y el Sintoísmo Yuiitsu del Santuario Yoshida.