El 6 de enero de 1832, el alcalde de primer voto de la ciudad Valentín Barrientos le da permiso a Francisco Morazán para ocupar la ciudad, por lo que Morazán se establece con su ejército en la ciudad santaneca, en donde recibió un comunicado del congreso salvadoreño pidiéndole que evacuase inmediatamente el territorio del estado, a lo que Morazán se negó y debido a ello el congreso salvadoreño nombró al general Tomás Alfaro jefe de operación y se le ordenó salir con una división hacia Santa Ana.