El 15 de mayo de 1565 se restableció la Real Audiencia de Panamá, por real provisión de 1563, y se le señaló una jurisdicción en el litoral pacífico que abarcaba desde la bahía de Buenaventura en Sudamérica hasta el golfo de Fonseca en Nicaragua, y por la costa caribeña desde el río Ulúa de la provincia de Comayagua u Honduras hasta el río Atrato por el oriente.