Aparte de algunas acciones militares que condujo para mantener los territorios de la Capitanía General libre de las incursiones de los filibusteros ingleses, que no dejaban de asolar los litorales de la península, en busca primordialmente del preciado palo de tinte y de las maderas preciosas de la región, Urzúa y Arizmendi tuvo que enfrentar una dura disputa con el obispo provocada por diversas causas que determinaron que este excoumulgara al gobernador.