Shanahan se desempeñó como entrenador de mariscales de campo y más adelante como coordinador ofensivo de los Denver Broncos bajo la dirección de Dan Reeves en los 80s, y tuvo un breve periodo como el entrenador en jefe de los Los Angeles Raiders entre 1988 y 1989, obteniendo un récord de 8-12 en menos de dos temporadas antes de que fuera despedido y regresara a los Broncos como asistente ofensivo de nuevo bajo el mando de Reeves.