En base al Plan General de Ordenación Urbana, se ha concedido diferente salvaguarda a los elementos que lo componen: así, el Cuartel de Instrucción de Marinería y demás acuartelamientos, las atarazanas, los almacenes, talleres y edificios anexos cuentan con un grado de protección 3, que permite cualquier modificación siempre que no altere su estructura o dimensiones; en cuanto a la puerta del Arsenal y el almacén general, son preservados bajo el grado 2, que consagra sus configuraciones originales limitando las intervenciones a las destinadas a cambios de uso; y por último, el lienzo oeste de la muralla, al formar parte de las murallas de Carlos III declaradas BIC en 1993, debe mantenerse íntegro al situarse dentro del grado 1, el nivel máximo de protección.