En un principio había tres lugares que mantenían sus propias Juntas de Gobierno: la Merindad de Durango, que celebraba Juntas en la Campa Foral de Guerediaga, frente a la ermita de San Salvador y San Clemente de Abadiano; Las Encartaciones, con su propia jurisdicción y gobierno, que celebraban sus Juntas en Avellaneda; y las Juntas de Vizcaya, en Guernica.