El PER fue polémico desde su creación: sus defensores argumentan que contribuye a mejorar las condiciones de vida en el medio rural y a evitar un éxodo de población de este a las ciudades; sus detractores argumentan que evita un verdadero desarrollo de los pueblos y que lleva aparejado diversos tipos de fraude (trabajadores que declaran peonadas falsas para alcanzar el subsidio, o que continúan trabajando ilegalmente mientras lo reciben)