En 1994 pierde las elecciones para Gobernador de Minas Gerais, y en 1998 es elegido Senador; en 2002 su partido pacta una coalición con el Partido de los Trabajadores de Lula da Silva para las elecciones presidenciales y Alencar es proclamado candidato a la Vicepresidencia de Brasil; toman posesión de sus cargos el 1 de enero de 2003.