Más específicamente, dentro del dominio Archaea, existen cuatro filos diferentes: el filo Crenarchaeota, formado por especies marinas y por hipertermófilos, el filo Korarchaeota constituido hasta donde sabemos por termófilos, el filo Nanoarchaeota que comprende una sola especie y el filo Euryarchaeota, donde justamente se encuentran las metanógenas y los halófilos extremos.