Con su ausencia, los soldados españoles iniciaron la represión de los indígenas, que se alzaron en todo el país y sitiaron Cartago en 1566, por lo que se nombró a un nuevo gobernador, Perafán de Rivera, quien liberó Cartago en 1568, y un año después, sometió a encomienda a los indígenas y repartió la tierra entre los conquistadores, iniciando de este modo el periodo colonial.