Hijo de Alonso de Peñafiel y Lorenza de Araujo.Estudió en los colegios jesuitas de Riobamba y Quito.Ingresó a la Compañía de Jesús en el Noviciado de Quito, y luego pasó a Lima, Virreinato del Perú,donde completó sus estudios religiosos en el Colegio Máximo de San Pablo de Lima.Habiéndose ordenado como sacerdote fue profesor durante 16 años de Artes, Latinidad y Teología en el Colegio del Cuzco.Luego fue profesor de similares materias en el Colegio Máximo de San Pablo de Lima.