Sin embargo hubo que hacer frente a las revoluciones, como la encabezada en Oriente por el general José Tadeo Monagas; la de Caracas contra los mantuanos en 1831, y la de Gabante en 1834, y a dificultades de orden político, auspiciadas por militares descontentos: unos por no intervenir directamente en la administración pública, otros por grupos civiles y miembros de la comunidad universitaria, apoyando al médico José María Vargas a pesar de la renuencia de éste a aceptar su postulación.