El museo incluye la "Colección del Fundador" (legadas por Gulbenkian, con arte antiguo, numismática, pintura, escultura y artes decorativas europeas) y la "Colección Moderna" (más de diez mil obras, con una introducción a la historia del arte y a la cultura de Portugal desde principios del siglo XX hasta la actualidad), que se complementan con exposiciones temporales.