A pesar de los esfuerzos de las tortugas, los Triceratons todavía son capaces de recoger las tres piezas del Generador de agujeros negros, sólo para que las tortugas puedan volver a la Tierra y unir fuerzas con sus yo mismos en el pasado para advertir a Splinter antes de ser asesinado por Destructor, detenga el detonador del corazón de la oscuridad, y derrotar a los Triceratons.