Caso aparte el de la elección para gobernador de Amazonas de ese año en la cual resultó vencedor José Bernabé Gutiérrez de AD frente al candidato a gobernador del PPT Liborio Guarulla al cual PUAMA apoyaban, sin embargo, las elecciones fueron repetidas en forma parcial en 2001 por presunto fraude en siete mesas electorales otorgándole el triunfo a Guarulla, siendo la tarjeta de PUAMA el segundo partido en aportar mayor número de votos al gobernador electo.