Luego de la Matanza de Tlatelolco se acrecentó el clima de represión y hostigamiento contra el partido; eso y la parálisis política del instituto derivada de la detención de sus líderes, llevaron a varios cuadros del partido, especialmente de las Juventudes Comunistas, a tomar el camino de la guerrilla tanto rural como urbana, en lo que después desembocaría en la denominada "Guerra sucia" que emprendió el régimen de Luis Echeverría contra los sectores más radicales de la izquierda.