La estructura institucional está conformada por dos tutores, la Delegación de la Comisión Europea con sede en Quito y el Municipio de Guayaquil que controlan, globalmente, su correcta ejecución, su manejo técnico y contable, aprueban el Plan Operativo Global (POG), los Planes Operativos Anuales (POA) y examinan los informes periódicos de la Unidad de Gestión.