Juan Rodríguez Mafra, probablemente ya enfermo, inicia en la "Trinidad" o la "Victoria" un largo periplo de más de seis meses hasta que al fin llegan a Tidore, en las islas de las Especias (las Molucas), el objetivo de todos los descubridores de la época, para su desencanto se dieran cuenta de que ya los portugueses llevaban allí 10 años.