Poco a poco, y en un periodo de aproximadamente veinte años, el conocimiento que se iba acumulando sobre vinculaciones génicas por homología, de un lado, y la identificación de determinadas características comunes (señales funcionales, patrones, periodicidades) en las secuencias codificantes, por otro, permitió (junto con los avances y generalización de los sistemas de tratamiento de la información) ir perfeccionando el análisis automatizado de un determinado genoma.