Los arroyos más importantes del departamento son: el Arroyo Tres Árboles, el Arroyo Grande, el Arroyo Don Esteban, el arroyo Coladeras, el Arroyo Sánchez Grande, el Arroyo Bellaco, el Arroyo González, el Arroyo Gutiérrez Grande, el Arroyo Negro, el Arroyo Averías Grande y el arroyo de las Flores siendo los cuatro primeros afluentes del río Negro.