Tras el fallecimiento del intendente Ulloa, la intendencia estuvo gobernada por intendentes provisionales lo cual permitió a los criollos ejercer diferentes cargos en la intendencia; el primero de estos intendentes provisionales fue José Antonio María de Aguilar quien ocupó por segunda vez ese cargo y ejerció el cargo hasta su fallecimiento acaecido el 15 de septiembre de 1799, siendo sucedido por Bernardo José de Arce (este también fue el padre de Manuel José Arce (primer presidente de Centroamérica) y con él fue también prócer de la independencia centroamericana a través de su participación en los movimientos independentistas que posteriormente sucederían en San Salvador) que estuvo en el cargo hasta 1800.