Posteriormente, el 6 de marzo, las tropas federales tomarían Quezaltepeque preparando el ataque sobre San Salvador que se llevó a cabo el 12 de marzo, pero no podrían tomar la ciudad por lo que asentarían su cuartel general en Mejicanos e iniciarían un asedio sobre la capital que duraría hasta septiembre, cuando las victorias de Francisco Morazán (quién había sido llamado por los liberales salvadoreños) hace que el ejército federal se rinda en la capital (provocando el regreso de Arzú a Guatemala) y el resto que quedó en la zona oriental en la zona oriental salvadoreña se rendiría finalmente el 9 de octubre en la batalla de San Antonio.