En 1835 se vio envuelto en la guerra entre Andrés de Santa Cruz y Felipe Santiago Salaverry apoyando al primero en su proyecto confederacionista pero tras la derrota y fusilamiento de Salaverry, por quien Miller había intercedido para que le fuera perdonada la vida, se exilió del escenario político y militar no tomando parte de la guerra entre la Confederación Perú-Boliviana con Chile, la Confederación Argentina y los restauradores peruanos.