En la confusión de la noche, el "Real Carlos" tomó como enemigo al "San Hermenegildo" y empezó una cruenta batalla que se saldó con la explosión del "Real Carlos" en una primera instancia, para que después las llamas se propagasen sobre el "San Hermenegildo" hundiéndose el buque muriendo su comandante Manuel Antonio de Emparan y Orbe y parte de su tripulación.