Era un juego que utilizaba el mismo motor de Sonic 3 (Esto es así porque, originalmente, Sonic 3 tendría como personaje jugable a Knuckles y todas las fases de Sonic & Knuckles, pero tuvieron que cortar el proyecto en dos por motivos de tiempo), pero la principal innovación, es que fue el primer y único juego que utilizó la tecnología Lock On, la cual servía para "fusionar" dos cartuchos de Sega Genesis para convertirlos en un solo juego.