El clima del municipio de Mapimí es árido y extremoso, se pueden encontrar en el cuatro diferentes tipos de clima, la mitad oriental del municipio tiene un clima "Muy seco semicálido" propio de la zona del bolsón, la zona noroeste registra un clima "Seco semicálido", hacia el sur del territorio se encuentra clima "Seco templado" y finalmente en esta misma zona se encuentran algunos lugares donde el clima es "Semiseco templado", coincidiendo estos dos últimos con la serranías y mayores elevaciones del terreno, mientras que en los valles del norte, plenamente desérticos el clima es más extremoso.