En noviembre de 1856 la universidad se independiza del Seminario de Santa Rosa al mudar sus cátedras, gabinetes y museos al viejo edificio que había ocupado el Convento de San Francisco, hoy llamado Palacio de las Academias, mientras que el Seminario continuó sus labores hasta el 21 de septiembre de 1872 cuando el Presidente Antonio Guzmán Blanco decretó su extinción y lo clausura.