El 22 de junio de 1666 fue promovido al Obispado de Popayán, tomando posesión el 20 de octubre de 1667 como obispo electo, pero la ceremonia oficial tuvo que diferirse pues tardó en llegar las bulas y el palio que acreditaban su investidura, hasta que finalmente aquella pudo realizarse el 24 de julio de 1669.