Para la siguiente temporada la junta directiva resuelve respaldar la gestión del joven técnico aún recibiendo varias críticas por la prensa especializada que lo catalogaba de inexperto, en su primer año de gestión promovió al primer equipo jugadores como Robinson Zapata, Luis Omar Valencia, Kilian Virviescas, Pablo Navarro, Mauricio Romero y Rubén Darío Bustos que junto con grandes nombres lograrían con el primer puesto del Apertura 99 clasificar a la Copa Libertadores y la gran final de temporada ante Atlético Nacional que ganaría el título en definición por penales; sin embargo tan solo ocho días después los "diablos rojos" afrontaban la final de la Copa Merconorte ante Santa Fe que había ganado en la ida y cerraba en el Campin de Bogotá ganó América 1-0 logrando forzar un nuevo desempate por penaltis que favoreció a los escarlatas.