El 12 de noviembre de 2011, logra el histórico ascenso al fútbol profesional y específicamente a la Primera B bajo el nombre de Barnechea FC, por primera vez en sus 82 años de historia, tras su victoria por 3-0 sobre Municipal Mejillones, con goles de Patricio Rubio, Emerson Jorquera y César Reyes, culminando una reñida liguilla final de la Tercera División, en la que logró superar también a fuertes equipos como son Iberia y Fernández Vial.