Al regresar a España se le ordenó retirarse a Salamanca y permanecer confinado en Toro, parece que por sus diferencias en el seno de la orden con el padre Fresneda, obispo de Cuenca y confesor del rey; sin embargo, comprobada su inocencia, volvió a Salamanca en 1573, y entonces tuvo un tropiezo con la Inquisición por sus "Enarrationes" sobre el Evangelio de San Lucas (Salamanca 1574-75); después se le quiso hacer provincial de su Orden, a lo que se negó en redondo.