Se priorizan los caracteres del ADN por sobre los morfológicos para buscar sinapomorfias, porque los caracteres morfológicos para ser moldeados, además de depender del ADN, dependen de la presión de selección natural, por lo que hay una gran cantidad de caracteres análogos (que son morfológicamente similares porque fueron seleccionados por la presión de selección, pero no tienen el mismo origen genético, y no comparten un antecesor común) que dificultan la búsqueda de sinapomorfias.