El complejo consiste en el Palacio propiamente dicho, así como el Recinto Bonifacio (antiguamente la casa para los invitados, fue usada por Corazón Aquino y por Joseph Estrada como su residencia), Kalayaan Hall (construido durante la administración estadounidense), el Mabini Hall (edificio administrativo) y el Nuevo Edificio Ejecutivo, y otros edificios de menor tamaño.