Ante la protesta del virrey, se lo volvió a ordenar el 19 de diciembre de 1680, para finalmente el 30 de noviembre de 1682 pasar a la jurisdicción chilena en los aspectos de gobierno, pero no en los militares, cuyos cargos permanecieron provistos por los virreyes hasta la emisión de la Real Cédula del 17 de septiembre de 1740, fecha en la cual pasó a depender completamente de la Capitanía General de Chile.