Marqués de Comillas fue creada el 28 de julio de 1999, segregando su territorio del de Ocosingo, como resultado la firma en 1996 de los Acuerdos de San Andrés Larráinzar sobre derechos y cultura indígena que proponían la creación de nuevos municipios, en consecuencia el gobernador Roberto Albores Guillén decretó su creación junto a otros nuevos municipios.