En el municipio de Florencia se encuentran importantes Instituciones de Educación Superior: la Universidad de la Amazonia, que tiene convenios con la Universidad Distrital (Ingeniería de Sistemas) y la Universidad del Tolima (Administración Financiera); la Corporación Unificada Nacional de Educación Superior (CUN); la Universidad Nacional Abierta y a Distancia (UNAD), y la Escuela Superior de Administración Pública (ESAP).