Pese a la casi inmediata retirada de las fuerzas salvadoreñas de los territorios ocupados, gracias a la mediación de la Organización de Estados Americanos (OEA), que hubo de crear una zona desmilitarizada, las escaramuzas bélicas persistieron hasta que, el 4 de junio de 1970, los representantes de ambos gobiernos (del hondureño, presidido por López Arellano, y del salvadoreño, por Fidel Sánchez Hernández) firmaron un acuerdo de paz en San José de Costa Rica.