Las montañas Alai, que pertenecen al Pamir, ocupan el sudoeste del país, junto con las sierras de Kok Shaal-Tau, Trans-Alay (Zaalay) y Atbashi, mientras que la parte principal de la cordillera de Tian Shan se extiende hacia el este hasta la frontera entre el sur de Kirguistán y China, antes de seguir por la Región Autónoma Uigur de Sinkiang, en China.