Durante la República, San José de Lourdes perteneció al Distrito de Chirinos hasta el año 1857 y al de San Ignacio hasta el año 1943, el 28 de diciembre de este año la ley regional 9868 creó el Distrito de San José de Lourdes, integrando a la Provincia de Jaén, su capital fue elevada por la misma ley a la categoría de pueblo.