Macross Zero está ambientada en una realidad alterna, entre los años 2007 al 2008, tiempo antes de la primera guerra contra los gigantes Zentradi (eventos relatados en la serie "Macross" original), en el Pacífico Sur, donde nueve años antes cayó una nave alienígena en la tierra, la cual fue reconstruida y bautizada más adelante como SDF-Macross.