Pese a la situación de guerra, el control político del Euzko Gudarostea se mantuvo firmemente en manos del PNV y del gobierno vasco, luchando a la vez por mantener su autonomía operativa respecto del "Ejército del Norte" dirigido por el general Francisco Llano de la Encomienda (que teóricamente unificaba el mando bélico republicano en Asturias, Santander y Euzkadi), al punto que a fines de abril de 1937 el lehendakari José Antonio Aguirre asume personalmente el mando del "Estado Mayor" del Euzko Gudarostea, dejando al general Alberto de Montaud como asesor.