Dado que estaba previsto que el trazado continuase hasta Gargantilla de Lozoya (la sección Puerto de Navacerrada - Los Cotos se denominaba como "Sección nº 1" dentro del proyecto de la ampliación, denominándose el tramo Los Cotos - Gargantilla de Lozoya como "Sección nº 2"), en el Puerto de Los Cotos se inició la construcción de un túnel que permitiría pasar bajo la divisoria del puerto, sin embargo dado que la finalización de la línea hasta Gargantilla de Lozoya se aplazó "sine die" el túnel quedó sin concluir (sólo está abierta una de las bocas), encontrándose actualmente cerrado con unos portones metálicos, dado que se emplea como cocherón para albergar diverso material ferroviario que no cabe en la explanada de Cercedilla.