En 2002, a raíz del análisis del ADN mitocondrial de especímenes procedentes de la cuenca del Orinoco, el río Putumayo (tributario del Amazonas) y de los ríos Tijamuchy e Ipurupuru, en la Amazonia boliviana, se llegó a la conclusión que el género "Inia" estaba dividido en por lo menos dos unidades evolutivas: una de ellas restringida a las cuencas fluviales de Bolivia y la otra distribuida ampliamente en las cuencas del Orinoco y Amazonas; sin embargo, hasta 2009 el asunto permanecía sin resolverse.