Capes fue creada en 1951 por el educador Anisio Teixeira, en el último (y democrático) gobierno Vargas, que tenía una política nacionalista y pretendía el desarrollo de la investigación científica (en el CNPq, que se llamó inicialmente Consejo Nacional de Investigación, o "Conselho Nacional de Pesquisas") y la formación de profesores para la enseñanza superior, que fue la misión de Capes.