Inicialmente, el proyecto, principalmente por parte del Gobierno, era transformar este lugar en un gran mausoleo donde descansaran los restos de los Héroes de la Patria y los chilenos más connotados, a semejanza del Panteón de París, pero la Iglesia, propietaria de los terrenos por donación expresa de su propietaria hasta la década de los 40', se opuso a esta iniciativa y prefirió transformarla en un Santuario, dedicado exclusivamente al culto católico y a la atención espiritual de peregrinos.