Muy pronto se iniciaron los trámites para la elección del Obispado de Goathemala, de modo que sólo diez años después de la llegada de los españoles, el Papa Paulo III lo erigió por la bula del 18 de diciembre de 1534, sufragánea de la Archidiócesis de Sevilla, y nombrando como su primer obispo a Francisco Marroquín, quien al recibir la consagración en México, fue también el primer obispo consagrado en tierras americanas.