Es el primer país de la región en peces (1.497, las vecinas Costa Rica y Nicaragua albergan 1.254 y 1.176 especies respectivamente), en aves (957 especies) y en mamíferos (229 especies, incluyendo el mayor número de primates de la región) con notables endemismos como el mono aullador de la isla de Coiba (Alouatta coibensis), el agutí o ñeque también de Coiba (Dasyprocta coibae) o el perezoso pigmeo de la isla Escudo de Veraguas (Bradypus pygmaeus).