Dos años más tarde abandonó el puesto para hacerse cargo de la secretaría del Consejo Superior de Seguridad Nacional, asumiendo entre otras competencias la jefatura de las negociaciones de Irán en torno a su programa nuclear hasta su reemplazo en septiembre de 2013 por Alí Shamjaní como secretario del Consejo y por el ministro de Exteriores Mohammad Yavad Zarif como negociador nuclear.