Las exposiciones permanentes se han agrupado en tres grandes apartados, uno dedicado a la Historia natural (en el que se muestran diversos aspectos de la evolución biológica, incluida la humana y la relación actual del ser humano con su ambiente); otra sección está dedicada al mar Mediterráneo (abarcando tanto los aspectos biológicos, o ecológicos, como culturales) y una sección que reproduce cómo era el antiguo Real Gabinete de Historia Natural.