El Decreto Supremo No 015-84-AG de creación del Santuario Nacional Lagunas de Mejía, al considerar que el área constituye un refugio único en la región costera del país para las aves migratorias de otros continentes en su ruta migratoria norte-sur, así como un hábitat para las especies endémicas en peligro de extinción y albergue de importantes asociaciones de flora silvestre propias de ecosistemas acuáticos del litoral, declaró como objetivo principal del área la protección, particularmente de la fauna ornitológica migrante y endémica en peligro de extinción, así como las asociaciones de flora silvestre existentes.