Entre sus muchos honores Christoph von Dohnányi ha recibido doctorados honorarios de Música de la Eastman School of Music en Rochester, el Oberlin College of Music, Instituto de Música de Cleveland, Kent State University, Case Western Reserve University, Royal Academy of Music de Londres y del Colegio Hebreo de la Unión - Instituto Judío de Religión, y el Premio Antorcha de la Libertad de la Liga Anti-Difamación.