Ante la frustración producida por su fallido intento para solucionar el problema sucesorio, así como por la desastrosa retirada, tomó drásticas medidas sobre los mandos de su ejército y de su administración: oficiales y civiles que le habían servido desde la época de Zumalacárregui fueron desposeídos del mando, encarcelados, enjuiciados, incluso asesinados.