Los Lagos fue fundada oficialmente en 1891 luego de su traslado desde el valle de Quinchilca al de Collilelfu; sin embargo su historia se remonta al siglo XVI cuando fue fundado el fuerte de Quinchilca por parte de los conquistadores españoles siendo establecida con posterioridad la misión de Quinchilca que fue atendida por misioneros Capuchinos Italianos.