El 1 de mayo de 1811 el rey ordenó nuevamente la división de la comandancia general, pero se retrazó hasta que Salcedo y Salcedo fue remplazado en 1813 por dos comandantes generales: Simón Herrera y Leyva (remplazado ese año por Joaquín de Arredondo) en el Oriente y Bernardo Bonavia y Zapata en el Occidente.