Después de la muerte de Fray Rafael José Verger y a partir de la Independencia, el Obispado se utilizó como fortaleza militar, teniendo un papel destacado en la defensa de la ciudad durante la Invasión Americana (1846), la Intervención Francesa (1864), la Revuelta de la Noria (1871) y la Revolución Mexicana (1913 y 1914).