A lo largo de su historia, el Templo de santo Domingo ha sido escenario de varios sucesos importantes en la historia de México: fue convertido en bodega militar, en establo, cerrado al culto católico en tiempos del laicismo jacobino de los gobiernos emanados de la Guerra de Reforma, y luego devuelto nuevamente a la Iglesia por acuerdo de Porfirio Díaz.