El Instituto Tecnológico de Matamoros, forma parte del Sistema Nacional de Educación Tecnológica que depende de la Secretaría de Educación Pública a través de Subsecretaría de Educación e Investigación Tecnológicas, bajo la coordinación de la Dirección General de Institutos Tecnológicos la cual es el órgano rector que norma a los 74 Institutos Tecnológicos que existen hoy en día, así como a tres Unidades de Extensión, a dos Centros Especializados y a cuatro Centros Regionales de Optimización y Desarrollo de Equipo.