Finalmente Ambrosio es juzgado por el Gran Inquisidor en persona, con un tratamiento ambivalente del tribunal: por una parte justiciero, por otra se informa al lector sobre el horror del tribunal que lo interroga "sufriendo las torturas más dolorosas que hayan sido inventadas por la crueldad humana" para hacerle confesar, además de los crímenes cometidos, otros de los que es inocente.