Sus inicios profesionales como portero los realizó en el Panathinaikos FC, al que llegó en el 1989 procedente del club Anagennisi Artas, y cuyos palos defendía en aquel momento el portero polaco Józef Wandzik, que disfrutaba de la titularidad tanto en su club como en su selección, y que mantuvo la titularidad por encima de Nikopolidis en el equipo entre 1989 y 1997, hasta el punto de que el guardameta griego no disputó ningún partido oficial con el equipo entre 1990 y 1994.