Aun así, temiendo que los aliados del clan Tokugawa intentaran consolidar el poder del shogunato, las fuerzas de Satsuma, Tosa y Chōshū declararon la guerra Boshin, que tuvo una duración de dieciséis meses y terminó en mayo de 1869, y en la que poco a poco las fuerzas antishogunales e imperiales forzaron la rendición de la ciudad de Edo y el arresto de Yoshinobu.