En noviembre de 2006 renunció a su cargo en el gobierno a pedido del presidente Kirchner, tras sostener que la acusación que en ese momento realizó la justicia argentina contra funcionarios iraníes en la causa del ataque terrorista a la AMIA realizado en 1994, se trataba de una pista falsa introducida por los servicios secretos de Estados Unidos e Israel, sin otras pruebas que los informes de los propios servicios de inteligencia.