El municipio tiene una extensión territorial de 1.870,89 km²; abarca en gran medida las marismas nacionales conocidas como Laguna de Agua Brava, Laguna de Mexcaltitán (donde se ubica la Isla del mismo nombre) y el Estero de Cuautla, donde se ubican los centros pesqueros y ostrícolas de Palmar de Cuautla, La Boca del Camichín y Puerta de Palapares.