Hasta 1648 fue médico de la Corte española, año en que, acaso por la caída del Conde Duque de Olivares, protector de los judíos sefardíes, o tal vez escapando de la Inquisición, o las dos cosas, fue a Venecia con su hermano Miguel Cardoso, que también estudió medicina; en la sinagoga de Venecia abrazó la fe mosaica y cambió su nombre de Fernando a Isaac.