En 2000 el PRD lo postuló como su candidato a la gubernatura, luego de su renuncia al PRI y de que a quien se suponía seguro candidato del PRD a la gubernatura, Andrés Manuel López Obrador, decidiera competir por la Jefatura de Gobierno del Distrito Federal, en estas elecciones se enfrentó por primera vez al candidato del PRI Manuel Andrade Díaz, las elecciones dieron el triunfo a Andrade, sin embargo el Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación resolvió la anulación de las elecciones al considerar que el gobierno estatal encabezado por Roberto Madrazo Pintado había favorecido ilegalmente a Andrade, las elecciones se repitieron con los mismos candidatos y Ojeda fue nuevamente derrotado, aunque el volvió a acusar al candidato del PRI de fraude.