Al año siguiente, nuevamente sin José Pérez a la cabeza, por primera vez se disputaría una competición internacional, la Copa Libertadores 1969, donde tras doce partidos jugados se alcanzarían los cuartos de final del torneo destacando la actuación de Alberto Ferrero quien con ocho tantos se consagró goleador del certamen siendo este el primer jugador de un club chileno en serlo.