Posteriormente a inicios de 1864, convoca a una Asamblea Constituyente la cual le legitima para que continué en el cargo hasta las elecciones de 1865 las cuales gana, por lo cual la Asamblea General de la República por medio de decreto fechado el 23 de enero de 1865 lo declara electo para él periodo comprendido entre el 1 de febrero de 1865 al 1 de febrero de 1869, como la Constitución de 1864 permitía una reelección consecutiva, se presentó como candidato para un nuevo período, por lo cual la Asamblea General por decreto de 19 de enero de 1869, lo declara electo para el período comprendido entre el 1 de febrero de 1869 al 1 de febrero de 1873; este último periodo de Dueñas en la presidencia se caracteriza por: