Una vez tomado posesión de su cargo el 14 de noviembre de 1535, ordenó ser informado sobre la situación imperante, de allí que su primer acto fue llamar a México y someter a juicio de residencia al Gobernador del Reino de la Nueva Galicia Nuño Beltrán de Guzmán (que había sido Presidente de la Primera Audiencia), bajo la acusación de corrupción y maltrato a los naturales.