La red de ferrocarril está actualmente centrada en la estación de Besanzón-Viotte que cuenta con un servicio de trenes de alta velocidad que comunica la ciudad con París, Estrasburgo, Lyon y Marsella, un servicio de trenes regionales con las principales ciudades vecinas de Dijon, Dole, Belfort y Montbéliard y Suiza, un servicio de trenes nocturnos y un servicio de tren nacional clásico entre Estrasburgo y Lyon.