Sin embargo, en estos años no faltaron ejemplos de dispersión de las obras que formaban parte del antiguo museo, como las donadas a la Universidad de Palermo en 1838 o la venta de la colección de Leopoldo de Borbón-Dos Sicilias, hermano de Francisco I de las Dos Sicilias, a su yerno Enrique de Orleans para saldar las deudas de juego, que posteriormente se trasladó al Palacio de Chantilly.