Con la llegada del régimen autodenominado Revolución Libertadora se buscó reemplazar la Doctrina de Defensa vigente por una nueva acorde a la visión estadounidense de la Guerra Fría, al tiempo que se inició un retiro compulsivo de al menos quinientos oficiales y miles de suboficiales entre 1955 y 1958 no leales al régimen dictatorial.Este nuevo período fue marcado por un retroceso en el equipamiento de la escuela y la venta de predios adquiridos en la década del 40.