El clima del parque está condicionado por la altura (que va de 1100 a 4500 msnm) y por las corrientes secas provenientes de la vertiente Pacífica y húmeda del Piedemonte Andino Amazónico, lo que determina una climatología que puede estar entre templado y páramo, alcanzando temperaturas que van entre 10 y 17 °C.