Sin embargo, tras una irregular gestión de Borghi que terminó en 3 derrotas consecutivas, Santoro regresó nuevamente y desde el martes 7 de octubre de 2008 y después de una titularidad y cuatro interinatos, vuelve a dirigir por sexta vez a Independiente, período que culmina con una goleada por 4 a 1 frente a Newell's, siendo uno de los pocos técnicos que termina su mandato con un goleada en su favor y todos los aplausos del público.