Esta dictadura cívico militar en la que Massera estuvo como uno de los ideólogos y planificadores provocó la desaparición de una cifra que según un agente de inteligencia chilena estaba documentada por la inteligencia argentina en un listado de unos 22000 personas entre muertos y desaparecidos, cifra que organismos de derechos humanos estiman en 30000, incluyendo sacerdotes y monjas del Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo, pese a lo cual la relación de Massera con la jerarquía de la Iglesia católica fue siempre excelente.