Varios colegios llevan su nombre —uno en Tacna, en Perú, fundado por el SJ Fred Green Fernández y otro, el Instituto Zacatecas Miguel Agustín, en Guadalupe—, así como el Centro de Derechos Humanos 'Miguel Agustín Pro Juárez' (conocido como "Centro Prodh"), fundado por la Compañía de Jesús en 1988.