Los hechos de "Phantom Hourglass", al igual que en "The Wind Waker", ocurren en un escenario muy similar al Gran Mar, aunque en este título la región es conocida como el «Mundo del Rey del Mar», donde el océano es menos vasto que en "The Wind Waker", al poseer sólo cuatro secciones y unas cuantas islas si bien en esta entrega hay una mayor presencia de personajes humanos que en el anteriormente mencionado.