Después de aquellos gloriosos tiempos el Burjassot CF ha militado la mayor parte de su historia en categorías regionales, si bien en la primera década del 2000 militó en Tercera División habiendo disputado la fase de ascenso a Segunda división B la temporada 2001-2002 y habiéndose quedado a las puertas la 2005-2006 y 2006-2007.