En las elecciones del año 1999, gana en la nominaciones internas del PRD la postulación como candidato a la Presidencia de la República y aunque no alcanza el triunfo, consolida su liderazgo con la elección indiscutible como Secretario General del Comité Ejecutivo Nacional (CEN) del PRD, posición que ejerce con dos reelecciones sucesivas en el cargo, durante una década; la organización realiza importantes transformaciones a su plataforma programática, ajustándolas a las nuevas condiciones del país y a la entrega del Canal e integración del territorio nacional.