En 1988 sufrió la primera amenaza electoral seria a nivel federal por parte del Frente Democrático Nacional, una alianza formada por líderes de izquierda y ex miembros del PRI, entre los cuales destacaban Cuauhtémoc Cárdenas, Porfirio Muñoz Ledo e Ifigenia Martínez y que con los años formarían el Partido de la Revolución Democrática (PRD).