El trascoro, obra de Francisco de Bisou realizada en 1767, de estilo rococó francés, está decorado con esculturas de bulto redondo, probablemente del taller de Pascual de Mena, que representa a los santos que se mueven en torno a San Millán: San Braulio, su biógrafo, San Felices, patrón de Haro y su maestro, San Aselo, San Geroncio, San Citonato, San Sofronio, Santa Potamia, discípulos, y Santa Oria.