La Guerra de la Independencia interrumpió su trabajo y Jaime estuvo con su hermano en Cádiz, donde éste fue diputado y él redactor del "Diario de sesiones" hasta 1813, lo que le valió constantes enfrentamientos con los realistas; al volver el absolutismo se retiró al Convento de las Magdalenas en Valencia y se dedicó a la predicación.