Fue elegida alcaldesa de Córdoba en 1999 merced a un pacto con el PSOE (Izquierda Unida obtuvo nueve concejales y el PSOE seis; superando los 14 concejales del Partido Popular), repitiendo en 2003, esta vez ya en solitario al ganar las elecciones municipales con el 41,8% de los votos y 13 concejales (frente a los 12 del Partido Popular y 4 del PSOE).