En 1821, a raíz de la muerte de su tía materna, Manuela decidió regresar al Ecuador, para reclamar su parte de la herencia de su abuelo materno, y viajó con su medio hermano, entonces oficial del batallón Numancia, ya integrado al ejército libertador con el nombre de Voltígeros de la Guardia y bajo las órdenes del general Antonio José de Sucre, que había recibido la orden de trasladarse a Quito.