Variados procesos bioquímicos entran ahora aquí a desempeñar un papel, en parte destruyendo sectores orgánicos, a la vez que los minerales disueltos en la parte acuosa de los sedimentos y que entran por los poros a estos espacios del cuerpo orgánico, cristalizan luego dentro de estas estructuras (huesos del esqueleto, caparazones y conchas, etc).