Adicionalmente se realizan investigaciones en el campus de la Universidad Autónoma de Baja California (UABC): Instituto de Investigaciones Oceanológicas, Instituto de Investigación y Desarrollo Educativo, Facultad de Ciencias Marinas, Facultad de Ciencias (Física Teórica, Biología, Matemáticas y Ciencias Computacionales) El servicio educativo en el municipio de Ensenada se encuentra controlado por las dos instancias de gobierno, el federal (ISEP) que cubre el 55% de la demanda y el Estatal que cubre el 45% (SEBS) restante, estas dos pertenecen al Sistema Educativo Estatal SEE.