En 1832, el jefe supremo Mariano Prado vio que la opinión pública hacia él era desfavorable debido a que no había podido detener la sublevación indígena de los nonoalcos en el departamento de San Vicente comandado por Anastasio Aquino, por ello el 9 de febrero convocó una junta de vecinos notables de San Salvador donde se decidió que Prado dejara el poder en su vicejefe Joaquín de San Martín, en 1833 el congreso federal decretó nuevamente que se trasladara la capital de la federación al estado salvadoreño y debido a ello Joaquín de San Martín declaró al estado salvadoreño independiente de la federación.