De regreso en el Gobierno, Portales se volvió a preocupar de la Iglesia, trabajando para conseguir un obispado en La Serena, además de encumbrar el de Santiago a arzobispado y crear del ministerio de Culto e Instrucción Pública; además, se esforzó por mejorar la marina mercante y la escuadra, consiguiendo la autorización del congreso para ampliarla.