En lo que respecta al nivel superior, cuenta con los siguientes: Universidad Tecnológica de la Huasteca Hidalguense, el Instituto de Ciencias y Estudios Superiores de Huejutla, el Instituto Tecnológico de Huejutla, Universidad Pedagógica Nacional Sede Regional Huejutla, la Universidad Politécnica de Huejutla, y la Escuela Superior de Huejutla dependiente de la Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo (UAEH).