En la década de 1960 la universidad paso a transferir gradualmente las sedes de sus unidades localizadas en la capital para la Ciudad Universitaria Armando de Salles Oliveira, en São Paulo, una estrategia del régimen militar en vigor en el país de desarticular a alumnos y profesores, visto que algunas de las principales organizaciones de oposición al régimen se constituían de miembros de la universidad.