El nacimiento de la UNI se dio en los años 80 del siglo XX cuando se coordinó una comisión integrada por el Decano de Ingeniería de la Universidad Centroamericana (UCA) y el Decano de la Facultad de Ciencias Físico-Matemáticas de la Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua (UNAN) para crear una institución que agrupara la enseñanza de la ingeniería y la arquitectura en Nicaragua.