El juego tiene pocas diferencias, una de ellas es el menú de inicio del juego, luego de que Mario dice: "It's a me, Mario!", aparecía una cara gigante y graciosa de Mario, que el jugador la podía mover con la palanca del control de la consola, pero por alguna extraña razón, esta cara es retirada de esta versión, y fue sustituida por el logo del juego que dice" Super Mario Disk Version" la única diferencia del logo fue la retirada del número "64".