Se le concedió también facultades para reemplazar al marqués-gobernador Francisco Pizarro, en caso de su fallecimiento o cualquier otro accidente; así también, se le encargó la visita de las fortalezas de la isla de La Española y de San Juan, y la reforma de la Audiencia de Panamá, asumiendo su presidencia (real provisión del 9 de setiembre de 1540).