Fue designado Secretario de Gobernación por el nuevo presidente Carlos Salinas de Gortari, desde el cargo Gutiérrez Barrios trató de recomponer las relaciones del gobierno después de las crisis posterior a las elecciones de 1988, cuando se "cayó el sistema" y que daba como ganador de las elecciones presidenciales al ingeniero Cuauhtémoc Cárdenas, por el partido de oposición.