El ministerio Varas fue de corta duración, sin embargo, ya sea a causa de la captura del Transporte “Rimac” por el «"Huáscar"» (como afirma el historiador chileno Gonzalo Bulnes), o por intrigas de Domingo Santa María para organizar su maquinaria electoral (según la versión de Francisco Antonio Encina), por lo que fue reemplazado por un nuevo ministerio que tenía a Santa María en Interior y a Rafael Sotomayor como ministro plenipotenciario en Guerra y Marina, dejando a éste libre para decidir la organización de la guerra, pues Pinto le transmitió su condición de generalísimo.