La primera fase se lleva a cabo entre el invierno de 2002 y la primavera de 2003, consistiendo, principalmente en el desescombro de las dependencias (encontrándose importantes hallazgos, como unas letrinas), el aterrazamiento del patio oriental, la rampa por la que los carros accedían a la bodega, escaleras del claustro reglar, una conducción de agua que recorre el interior de los muros del ala meridional y descubrir la cocina monacal y un aljibe.