Cabe destacar que, al igual que otras historias fantásticas con viajes a través del tiempo en su temática, en este juego se presenta una paradoja respecto a la Canción de la Tormenta, donde siendo Link adulto al dirigirte al molino de Kakarillo Village el hombre de la caja de música te enseña una melodía, aludiendo a que cierto chico hace muchos años se la había mostrado; luego, regresando nuevamente al molino pero como Link niño, el jugador le enseña la misma melodía que el hombre le enseño en el futuro, surgiendo de este modo la clásica paradoja "¿quién le enseñó la canción a quién?".