De hecho resulta difícil reconstruir características comunes, e incluso algunos autores se muestran excépticos sobre el hecho de que las lenguas nilo-sahariana formen una unidad filogenética válida, y en su lugar dividen a estas lenguas en varias familias dentro de las cuales el parentesco es más fácilmente demostrable, dejando como una conjetura posible la unidad de todas las lenguas nilo-saharianas.