Se deben tomar múltiples biopsias duodenales (entre 4-6), de suficiente tamaño, bien orientadas antes de enviarlas para analizar, de las distintas porciones del duodeno (proximales y distales) para evitar errores de muestra, debido a que en la celiaquía normalmente no hay una afectación uniforme del intestino, sino que las lesiones aparecen en zonas aisladas entre sí (parcheadas).