Su aspecto actual es el resultado de las reformas que se acometieron a finales del siglo XVI y principios del XVII, en las que intervinieron Fray Francisco de Alegría, sacristán del mismo, y Juan de la Lastra (en la fachada), en el último tercio del XVI (1589), y Francisco de Mora y Francisco de Praves (hacia 1609 en capilla mayor y crucero).