Ingresó a los 60 minutos, no llevaba ni siquiera uno en cancha y Marchena lo derribó en el área, Penal que cambió por gol Rossi, finalmente Mati cerraría una dorada actuación poniendo un pase entre líneas (con caño incluido), para dejar solo a Santi Cazorla que marcó el 3-0 definitivo, tras soberbias actuaciones era incomprensible la suplencia de Fernández en Villarreal, pero Pellegrini lo seguía dejando en el banco, aun así Matías siguió mostrando gran juego, en la Jornada 3 de la liga frente al Mallorca, Fernández inicio una jugada que terminó en falta sobre el chileno que Nihat cambiaría por gol, y en la jornada 4 ante el Real Murcia en el minuto 90 Matías dio un pase de la muerte para Rossi que batió al portero decretando el 2 a 0, finalmente Pellegrini le otorgó la titularidad a Fernández para la jornada 5, frente al Racing de Santander, y el "14" no falló, inició una jugada y con espectacular calidad individual dejó a dos rivales en el camino y puso un pase para Nihat que quedó solo y cambió por gol, sin embargo a pesar del triunfo Pellegrini volvió a sentar a Fernández lo que causó indignación entre hinchas amarillos ya que Fernández pedía minutos con buenas actuaciones, volvió a la titularidad en la Copa UEFA donde el Villarreal derrotó al BATE Borisov, otra vez Mati dejó en claro su faceta de habilitador con otro pase de gol, tras esa actuación brillante Matías comenzó a ser titular inamovible del Villarreal en la competición europea y el "Crá" no desentono, brillo con luces propias en el triunfo ante el Boleslav por 2 a 1 donde Fernández puso dos brillantes asistencias, y tras estas buenas presentaciones llegaría el segundo gol de Matías con la camiseta amarilla del Villarreal, fue en la Liga en la jornada 12 frente al Sevilla, el partido estaba empatado a dos goles y Fernández recibió un balón en la boca del área engancho y Mosquera lo derribó, tras cartón, Matías cobro el penal, con un furioso remate batió al portero y le dio el triunfo al Villarreal.