Ante el desinterés militar, Junkers desarrolló una versión civil designada Junkers Ju 90, que combinaba las alas, unidades de cola, tren de aterrizaje y motores del Ju 89 con un nuevo fuselaje, de la que se construyeron cuatro prototipos, seguidos por 10 aparatos de preserie Ju 90B-1 equipados como transportes de pasajeros con 38/40 plazas.