El 16 de noviembre de 1989 fue asesinado por un pelotón del batallón Atlácatl de la Fuerza Armada de El Salvador, bajo las órdenes del coronel René Emilio Ponce, en la residencia de la Universidad Centroamericana "José Simeón Cañas", junto con los jesuitas Ignacio Martín Baró, Segundo Montes, Ignacio Ellacuría, Juan Ramón Moreno y Joaquín López y López.