En este nuevo ciclo, Basílico le da un nuevo aire al equipo, logrando ganar la Copa Colombia 2009 contra el Deportivo Pasto en el Estadio El Campín en una definición por penaltis con un 5-4 a favor, luego de presentarse un empate 2-2 en el global, asegurando con esto la participación en la Copa Sudamericana 2010.