El sepulcro en el que reposan sus restos fue abierto en diversas ocasiones: en 1508, cuando por orden del cardenal Cisneros se quiso comprobar la autenticidad de su sepultura; en 1558 con motivo de la inundación del río Jalón; en 1670 cuando el duque de Medinaceli costeó la verja de la capilla; en 1766 al construir el nuevo retablo de la capilla mayor; en 1773 con una nueva inundación del río; en 1865, cuando tal como había dispuesto Joaquín Fernández Cortina, gobernador eclesiástico de Toledo durante la enfermedad del arzobispo Pedro Inguanzo Rivero, se trató de llevar a cabo el traslado del cuerpo a la catedral de Toledo (que finalmente no se llevó a efecto); en 1886, cuando una comisión conjunta de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando y de la Real Academia de la Historia propuso estudiar sus restos; en 1907, a petición del marqués de Cerralbo; en 1947 con motivo del séptimo centenario de su muerte; y finalmente en 1968, en que el Instituto de Conservación y Restauración de Obras de Arte se hizo cargo de su restauración.