A partir de 1835 su iglesia se convierte en parroquia de la localidad y las dependencias monacales no volverán a ser restauradas y ocupadas hasta 1880 en que fueron adquiridas por los jesuitas, instaurando el Colegio Máximo (facultades de teología y filosofía) de los jesuitas en Oña que tenía la función de Colegio y Noviciado de la Compañía de Jesús, quienes permanecieron en ellas hasta 1967 en que proceden el 21 de diciembre a firmar su venta por 24 millones de pesetas a la Diputación Provincial de Burgos, que convierte el complejo monástico en hospital psiquiátrico y granja agrícola.