Además de la destrucción de su hábitat, la contaminación, el crecimiento agrícola y urbano, las especies habitantes de la región del bajo Papaloapan, se enfrentan a otros problemas como: el tráfico ilegal del que son víctimas: loros, pericos, iguanas, entre otras; así como la cacería deportiva y para consumo humano, que principalmente se ejerce sobre tortugas de río (chachagua, chopontíl, tortuga blanca), iguanas y diversas aves.