El 27 de noviembre de 2012, al haberse quedado Bancaja sin su única vía de financiación a través de BFA-Bankia, la entidad se vio obligada a transformarse en una fundación de carácter especial bajo el protectorado de la Generalidad Valenciana, con la intención de mantener la obra social y el patrimonio cultural que venía gestionando hasta ese momento la ya extinta caja.