Los mecanismos por los que la EC provoca estos trastornos no están claros, si bien parece explicarse por el desarrollo de procesos autoinmunes derivados de la exposición al gluten (por la generación de autoanticuerpos que atacan a los órganos y hormonas involucrados en el desarrollo puberal), y/o por la deficiencia de macro o micronutrientes, tales como hierro, ácido fólico y zinc.