El 4 de enero de 2016 el Instituto fue disuelto por un decreto del presidente Mauricio Macri que en sus considerandos se refiere a la "pluralidad ideológica" y afirma que "no es función del Estado promover una visión única de la Historia ni reivindicar corriente historiográfica alguna sino, por el contrario, generar las condiciones para el ejercicio libre e independiente de la investigación sobre el pasado".