De su matrimonio con Concepción Díaz de Bedoya: Ramón Caballero de Bedoya, un diplomático paraguayo en Europa por muchos años; de su unión con Julia Álvarez: Francisco Caballero Álvarez, militar y Ministro de Guerra y Marina, y embajador ante el Reino Unido; y Rigoberto Caballero, político de larga trayectoria, entre otros.