Mitre se puso al frente de la defensa, pero el avance de Urquiza sobre Buenos Aires resultó imparable; gracias a la mediación de Francisco Solano López, hijo del presidente del Paraguay, se logró la renuncia del gobernador Valentín Alsina y la firma del Pacto de San José de Flores, por el cual Buenos Aires se reincorporaba a la Confederación, reservándose el derecho de proponer reformas a la Constitución.