Su denominación (en honor del santo del nombre del rey) fue sucesivamente Real Colegio de Cirugía de San Carlos (hasta el 12 de marzo de 1799), Real Colegio de Cirugía y Medicina de San Carlos o Real Colegio de San Carlos para la Facultad Reunida (hasta el 20 de marzo de 1801), Real Colegio de Cirugía Médica de San Carlos (hasta marzo de 1820), Colegio Nacional de Cirugía de San Carlos (hasta el 11 de julio de 1821), Escuela Especial de la Ciencia del Curar (hasta 1823, cuando se vuelve a la denominación "Real Colegio de Cirugía Médica de San Carlos") y Colegio Nacional de Medicina y Cirugía de San Carlos (desde 1842).