Además de la fauna íntimamente ligada a los ecosistemas acuáticos, en la cuenca del Tajo se encuentran las mejores poblaciones de buitre negro, "Aegypius monachus", de toda España y Europa, también el águila imperial ibérica, "Aquila adalberti", endemismo ibérico con buena representación en la cuenca y por último el lince ibérico, "Lynx pardinus", especie emblemática de la fauna española y endemismo de la península ibérica.