A diferencia de otras organizaciones juveniles políticas que son controladas por partidos políticos o que le sirven como un organismo juvenil, la Juventud Comunista de México es autónoma e independiente en todos los aspectos; solamente mantiene lazos fraternales con el Partido de los Comunistas, que toma como una referencia política, sin que esta organización afecte el funcionamiento de la JCM.