La zona donde se localiza el municipio de Palizada es una de las ricas en recursos hídricos de México, formando parte de las cuencas del río Grijalva y el río Usumacinta, los más caudalosos del país, todos sus ríos son en realidad ramales del río Usumacinta que en la amplia llanura se bifurca varias veces, el principal de estos es el río Palizada, del que toma el nombre el municipio que se separa del Usumacinta en la Boca de Amatitlán y atraviesa en sentido suroeste-noreste el municipio, desembocando en la Laguna de Términos; existen además el río Viejo, el río Limonar y el río Isleño, que desaguan también en la Laguna de Términos, además de numerosas pequeñas corrientes y lagunas formadas por los constantes flujos de las aguas.