Luego de la consolidación de la ciudad, este territorio fue organizado por los españoles como el corregimiento de Coquimbo, mudándose así su cabecera política, desde el valle de Coquimbo a la ciudad de La Serena —también llamada durante la época colonial y parte del siglo XIX como ciudad de Coquimbo—, Los límites del corregimiento fueron similares a los de la época de dominio incaico: Atacama por el norte, anexando esta vez el Choapa por el sur.