Las topoisomerasas pueden resolver los problemas topológicos del ADN, y en base al tipo de mecanismo que utilizan pueden ser separadas en dos grandes grupos en base al número de hebras de ADN que cortan por ronda de acción: ambos tipos de enzimas utilizan un residuo tirosina evolutivamente muy conservado como sitio activo, sin embargo ambos tipos de enzimas son estructural y mecanísticamente diferentes.