En general, todos los linfocitos T reguladores se caracterizan por expresar de forma constitutiva las moléculas CD3, CD4, CD25, CD28, y los receptores TCR, TLR, CTLA-4, GITR; además, los linfocitos T reguladores de humanos expresan FOXP3, considerado el marcado fenotípico más importante, solo este tipo celular presenta una expresión alta y sostenida del mismo, a pesar de manifestarse también en otras poblaciones celulares.