Este espacio botánico se empezó a crear antes de 1999 pero es a partir de este año cuando con la ubicación en la zona del Centro de Educación Ambiental Puente del Perdón, ahora Centro de Visitantes del Parque nacional de la Sierra de Guadarrama, Puente del Perdón que paso a ser gestionado y diseñado por este otorgándole el estatus de arboreto, debido al interés científico que el estudio y seguimiento de sus especies tenía tanto por la adaptación de los ejemplares como por el de interés etnobotánico y ecoproductivo que estas tienen.