Hasta el año 2010, Aena no proporcionaba datos desagregados del beneficio o pérdidas generado por cada aeropuerto de su red, pero según datos proporcionados por la propia Aena a una publicación específica del sector, en el año 2004 el Ebitda de Madrid-Barajas (incluyendo los elevados costes de navegación aérea inherentes al aeropuerto) fue de 173 millones de euros, lo que lo convertía en el que obtenía el mayor margen bruto de explotación.Sin embargo, el aeropuerto registra pérdidas netas, debido al elevado importe que representan las amortizaciones y coste del capital que afrontan los grandes aeropuertos españoles, inmersos históricamente en una permanente crisis de crecimiento.En el año 2009, tanto Barajas como El Prat (Barcelona), registraron incluso pérdidas operativas, aun sin contabilizar amortizaciones y depreciaciones.