En 1991, como parte de la reforma económica dispuesta por el presidente Carlos Menem y llevada a cabo por el ministro Domingo Cavallo, siguiendo los lineamientos desreguladores del Consenso de Washington, por el decreto Nº 2284/91 se disolvió la Junta Nacional de Carnes, junto con otras entidades similares, como la Junta Nacional de Granos, el Instituto Nacional de Vitivinicultura (I.N.V.) y el Instituto Nacional del Algodón.