Juan Pacheco es uno de los nobles señalados por Francisco de Mendoza y Bobadilla por tener ascendencia judía en "El Tizón de la Nobleza española" (1560), ya que un tatarabuelo de su antepasado Diego López Pacheco fue el judío converso Ruy Capón, almojarife de la reina Urraca I de León, antepasado que también compartía su abuelo paterno, Martín Vázquez de Acuña; esta misma «mancha» judía se la atribuye también a su mujer, María Portocarrero, madre de la mayor parte de sus hijos, ya que Alfonso Enríquez, del que ella descendía, habría tenido una madre judía.