En 1598 renunció al arzobispado y a los hábitos y al año contrajo matrimonio (18 de abril de 1599) con su prima hermana Isabel Clara Eugenia, hija de su tío el rey Felipe II de España, éste traspasó la soberanía de los Países Bajos al matrimonio con la cláusula de que si a la muerte de uno de los cónyuges, éstos no tuviesen descendencia, el territorio volvería a la Corona Española, como finalmente sucedió.