En el temporada 2016/17 monarcas empezó en penúltimo lugar de la porcentual solo por arriba del recién ascendido Necaxa, al paso de las jornadas en equipo iba disminuyendo la ventaja que tenía sobre el, pero en la jornada 8 después de una victoria del Necaxa, cae el equipo al último lugar de la tabla porcentual y ésto continuó hasta que en la jornada 15 Monarcas le ganó un juego apretado precisamente al Necaxa 2-1 en el estadio Morelos, después de 7 fechas Monarcas dejó la última posición del porcentaje, el gusto no duró mucho ya que para el final del Apertura 2016, el equipo terminó último solo 2 puntos debajo del Veracruz, esta condición no cambió hasta la jornada 9 del Clausura 2017, cuando se derrota por la mínima a Veracruz con un gol de Raúl Ruidíaz vía penal, se pensó que este sería el parteaguas pero no fue así, ya que después de una racha de no conseguir victorias en a falta de 2 fechas el conjunto michoacano cayó en la última posición del porcentaje a solo un punto de Chiapas y a dos del Veracruz, pero con dos victorias en las últimas jornadas Monarcas logró mantenerse en primera división cuando en la jornada 16, el Pumas visitó en campo del Morelos, para ser goleado 4-0 con un triplete del peruano Raúl Ruidíaz, y otros más del también peruano Andy Polo, así Monarcas llegaba a la última jornada con la permanencia en sus manos, el partido empezó muy difícil para el equipo de Morelia pues al minuto 22´ le es anulado un gol a Monterrey por fuera de lugar, y al 28´ le anulan un segundo gol,siendo marcados los dos por Jonatan Cristaldo, lo que vislumbraba un partido difícil, pero al minuto 30´ después de una carrera de 80 metros de Rodolfo Vilchis centra para Gastón Lezcano, para marcar el 1-0, en todo el partido Monterrey estuvo insistiendo hasta que en el minuto 83 Emanuel Loeschbor comete un penal que al minuto 85 lo convertiría Dorlan Pabón, lo que parecía el descenso del equipo ya que Chiapas iba ganando 0-1 al Atlas, pero al minuto 91´ un gol del peruano Raúl Ruidíaz mantuvo al equipo en primera división.