A diferencia de la mayoría de sus familiares, Francisco no tuvo una participación en las Guerras de Religión de Francia, hasta que en 1587 comenzó su desconfianza en las intenciones del Duque de Guisa, se declaró en contra de la Liga Santa y comenzó a apoyar a su primo, el rey de Navarra Enrique III y a su hermano Enrique de Condé.