En el año 2004 la Universidad Nacional del Comahue junto a la Universidad de Buenos Aires y la Universidad Nacional de Entre Ríos presentaron recursos de amparo para evitar regirse por algunos aspectos de la Comisión Nacional de Evaluación y Acreditación Universitaria en defensa de una universidad pública, gratuita, laica y autónoma al considerarla como parte de una reforma de carácter neoliberal, la Ley de Educación Superior creada en 1995.