El templo sobrevivió varios incidentes de gravedad: un incendio en 1761 que hizo que el templo se rehabilitara recién en 1767; un nuevo incendio en 1772 que obligó al traslado de los religiosos al templo de los jesuitas, abandonado desde la expulsión de los mismos; errores advertidos en la construcción; la muerte de Fray Vicente Muñoz; y la decadencia económica de Salta por la guerra de la Independencia que postergó la definitiva terminación.