Para la época republicana, Santiago Nonualco perteneció al departamento de San Vicente (1824-1836), Distrito Federal (1836-1838), San Vicente (1838-1839), La Paz (1839-1842), San Vicente (1842-1845), La Paz (1845-1847), partido de Olocuilta de San Salvador (1847-1852), y finalmente a La Paz.