En 1824, el primer congreso de la República de Honduras decretó que Tegucigalpa y Comayagua, las dos ciudades principales del país, se alternaran como capital del Estado, hasta que el 30 de octubre de 1880 se trasladó la sede del Gobierno definitivamente a la ciudad de Tegucigalpa como capital del Estado, se decretó que residirán en ella autoridades civiles, excepto la Corte Suprema de Justicia que residirá en Comayagua, trasladando de inmediato las oficinas dependientes del Gobierno Supremo.