El Colegio está integrado por una Dirección General, existen 5 planteles del Colegio de Ciencias y Humanidades, 4 que se encuentran en la Ciudad de México: Azcapotzalco, Vallejo, Oriente y Sur) y 1 en el Estado de México (Naucalpan), y por un Laboratorio Central, cuyas instalaciones están ubicadas en la Ciudad Universitaria de la UNAM.