La fase intermedia y actual del desarrollo histórico de la Facultad está marcado por la existencia de los 9 programas regionales de posgrado; integrados por maestrías académicas y profesionales y por dos programas de doctorado, uno regional en el campo de la Historia y otro interdisciplinario: Gobierno y Políticas Públicas (Escuela de Administración Pública y Escuela de Ciencias Políticas).