Juan José de los Reyes apoyaba la causa independiente, pues en esos tiempos eran rudamente castigados por oponerse al rey Carlos IV (ya no era Carlos IV el rey reinante en España, sino Fernando VII, y este fue en realidad el nombre o grito de viva que el sacerdote Miguel Hidalgo y Costilla pronunció cuando se alzó no contra la corona española, sino contra la invasión francesa en España al depuesto Rey Fernando VII.