Todos los ríos del municipio son afluentes del Tajo y entre ellos destacan el río Alagón, que tras marcar el límite con Ceclavín desemboca en el Tajo cerca del pueblo de Alcántara; el río Erjas, que marca la frontera con Portugal hasta desembocar en el Tajo; y el río Salor, que marca el límite municipal con Salorino y Membrío.