La amígdala envía proyecciones al hipotálamo, encargado de la activación del sistema nervioso autónomo, los núcleos reticulares para incrementar los reflejos de vigilancia, paralización y escape/huida, a los núcleos del nervio trigémino y facial para las expresiones de miedo, al área tegmental ventral, locus coeruleus, y núcleo tegmental laterodorsal para la activación de neurotransmisores de dopamina, glucocorticoides, noradrenalina y adrenalina (notar que muchos de estos neurotransmisores están estrechamente vinculados a las respuestas al estrés y en particular al distrés o estrés que es nocivo al organismo).