Manuel Joaquín Álvarez de Toledo Portugal fue hijo del matrimonio celebrado entre Duarte Fernando Álvarez de Toledo Portugal —VII conde de Oropesa, VI conde de Deleytosa, III marqués de Frechilla y Villarramiel, III marqués de Jarandilla— y Ana Mónica Fernández de Córdoba y de Zúñiga o Ana Mónica de Zúñiga y Fernández de Córdoba —VI condesa de Alcaudete y II marquesa del Villar de Grajanejos— de quienes heredó esos títulos nobiliarios.