Cuando Eslovenia se independizó en 1991, el Olimpija fue uno de los fundadores de la Primera División eslovena y se convirtió en uno de sus rivales más potentes: ganó cuatro ligas consecutivas (1991-92 a 1994-95), cuatro copas (1993, 1996, 2000 y 2003) y la Supercopa de 1995.