Pero lo que le granjeó la persecución de la iglesia luterana fueron sus simpatías por el Pietismo o Iluminismo de Spener y Francke y su defensa del libre matrimonio entre calvinistas y luteranos, por lo que tuvo que huir de Leipzig al ser denunciado en 1690, y se refugió en Berlín primero, donde Federico de Prusia apoyó su proyecto de crear una universidad en Halle (1694), una de cuyas cátedras ocupó y de la que terminó siendo rector.