El municipio cuenta con 193 localidades, siendo las más importantes: Zapotlanejo (cabecera municipal), Santa Fe, la Laja, Matatlán, La Purísima, San José De Las Flores y El Saucillo, (Delegaciones municipales) y La Paz, Tinajeros, Las Liebres, Noxtla, Los Platos, Ojo De Agua, San Juan Bautista, El Asoliadero, Señoritas, El Tepame, Pueblos De La Barranca, Agua Bermeja, La Tapona, El Maestranzo, El mezquite Grande, El mezquite Chico, El Salitre(La Mora), Galápagos, Las Avispas, Las Venadas, Madrigales, Palo Colorado, Partidas, Los Chombos, Zorrillos (San Joaquin).