Durante las clasificatorias rumbo a Corea y Japón 2002, fue muy criticado, debido a que entre fines del 2000 y mediados del 2001, Zamorano no se encontraba en un buen nivel en la selección, e incluso hubo rumores de una "lucha de egos" en el camarín de la selección con su compañero y amigo Marcelo Salas, que provocó la eliminación del equipo chileno del mundial, llegando a ser último lugar en las clasificatorias (10/10) con 12 puntos.