En diciembre de 2006, las UCI perdieron una considerable porción de territorio después de derrotas en las batallas de Baidoa, Bandiradley y Beledweyne, replegándose a la capital, Mogadiscio, que abandonaron el 28 de diciembre sin conflicto, moviéndose desde el sur hacia Kismayo y permitiendo al GTS y a las tropas etíopes asumir el control la ciudad.