Syphon Filter 3 retuvo la mayor parte de la jugabilidad de los videojuegos anteriores, al ambientarse el videojuego en distintas épocas y lugares del mundo el repertorio final de armas aumento notablemente con respecto a las entregas anteriores, el modo multijugador ya visto en Syphon filter 2 se expandio presentando modificaciones de batalla y un panel de selección aumentado (incluidos los personajes fallecidos de la saga), así como nuevos mapas de entregas anteriores que fueron re-hechos para este modo.