El edificio consta de dos secciones principales, una nave principal dedicada al Sagrado Corazón de Jesús, consagración realizada el 25 de marzo de 1874 bajo el gobierno del presidente Gabriel García Moreno, y una más pequeña ubicada inmediatamente posterior a la primera, igualmente con una planta de cruz latina y dedicada al Sagragdo Corazón de María, consagración realizada el 8 de abril de 1892 bajo el gobierno de Luis Cordero Crespo.