En 1625, Felipe IV promovió nuevas obras, confiadas asimismo a los jesuitas, inicialmente encargados de la gestión y explotación del centro, modificando sus anteriores nombres de Casa de los Estudios y Colegio Imperial, como Colegio Imperial de la Compañía de Jesús o Colegio de San Pedro y San Pablo de la Compañía de Jesús en la Corte.