En las siguientes elecciones presidenciales de 1998, el PLRA conformó una alianza con el Partido Encuentro Nacional, que entonces le seguía en importancia en la oposición, postulando la fórmula con Carlos Filizzola como candidato a Vicepresidente, saliendo la alianza derrotada contra el Partido Colorado unido en sus diferentes fracciones, pero obteniendo la dupla Laino-Filizzola el 42,6% de los votos.