El 23 de febrero de 2015 es contratado como director técnico del Querétaro Fútbol Club para el Clausura 2015 en sustitución a Ignacio Ambriz, logrando polémica e inesperadamente un puesto en la final del torneo mexicano, al derrotar al Veracruz en cuartos de final 2-1 en Querétaro y 2-2 en el puerto y posteriormente vencer al cuadro de Club de Fútbol Pachuca en las semifinales.