Ese mismo invierno arrecia la guerra del Alto Karabaj; la pérdida azerí de Shusha (marzo de 1992) lleva al cambio de Mutallibov por Elchibey en la presidencia de Azerbaiyán (junio); pero cuando en la primavera de 1993 los armenios conquistan hasta el 14 % del territorio azerí y hay una rebelión militar, es Elchibey quien tiene que dejar el poder a Heydar Aliyev.