Flourens fue elegido por Cuvier en 1828 para ofrecer un curso de conferencias sobre la historia natural en el Collège de France, y en el mismo año se convirtió, en la sucesión a LAG Bosc, un miembro del Instituto, en la división "rurale Económica." En 1830 se convirtió en el sustituto de Cuvier como profesor de anatomía humana en el Jardin du Roi, y en 1832 fue elegido para el cargo de profesor titular, que dejó vacante la cátedra de anatomía comparada creado para él en el museo del Jardin del mismo año .