El 23 de febrero de 1663, poco antes de cumplir 13 años, fue nombrado Arzobispo de Olomouc, Obispo de Passau y Príncipe-Obispo de Breslavia, sucediendo a su tío Leopoldo Guillermo de Habsburgo, de quien heredó también su patrimonio, su estupenda colección de obras de arte y su título como Gran Maestre de la Orden Teutónica.