El tracto digestivo, en forma de U helicoidal, pasa de la cavidad oral a la parte posterior del cuerpo para luego remontar y acabar en un ano en el costado del animal; algunos grupos (géneros "Aspidosiphon", "Lithacrosiphon" y "Cloeosiphon") poseen una estructura calcificada anal (escudo anal anterior) y una porción calcificada posterior (escudo caudal).