Como físico, Tomás Brody se interesó en una multitud de problemas como la lluvia radioactiva en México, la física nuclear, la computación científica y el análisis numérico, la epistemología de la física y las relaciones ciencia y sociedad; pero fue tal vez en la física nuclear donde realizó sus trabajos más notables, entre los que destaca el cálculo por computadora más ambicioso jamás realizado en México: se trata de la preparación de la Tabla de Paréntesis de Transformaciones en co-autoría con el también físico mexicano Marcos Moshinsky.