Sin embargo, a menos de dos años de la firma de este tratado, el gobierno ecuatoriano del presidente Gabriel García Moreno, luego de derrocar al gobierno de Franco en Guayaquil y unificar el país bajo su mando, procedió a desaprobar el tratado, declarándolo “insubsistente” (1861); solo ratificó lo concerniente a la derogación del convenio con los británicos (1862).