Al momento de llegar a Lecumberri los automóviles pasaron de largo la entrada principal y se desviaron hacia el extremo más apartado de la penitenciaría, Francisco Cárdenas, el hombre encargado de asesinar a Madero, le ordenó: "Baje usted, carajo" y ante la negativa de éste le disparó en la cabeza, muriendo en el asiento del coche.