Un estudio filogenético posterior de Godefroit, "et al.", usando una matriz más inclusiva que aquella de su descripción de "Eosinopteryx brevipenna", también encontró que "Archaeopteryx" es un miembro de Avialae (definido por los autores como el clado más inclusivo que abarca a "Passer domesticus", pero no a "Dromaeosaurus albertensis" o "Troodon formosus"); se encontró que forma un grado evolutivo en la base de Avialae junto con "Xiaotingia", "Anchiornis" y "Aurornis", siendo "Xiaotingia" un pariente más cercano a las aves modernas y los dos últimos taxones mencionados en una relación más distante con respecto a "Archaeopteryx".