El sistema de Lagunas de Guanacache está incluido en las AICAs de Argentina, por su valor para la conservación de las aves ya que se han registrado en algunas pocas ocasiones ejemplares de especies amenazadas como el ñandú ("Rhea americana") y el cardenal amarillo (Gubernatrix cristata) y especies endémicas como el gallito arena ("Teledromas fuscus") y la monterita canela ("Poospiza ornata").