La diócesis fue erigida canónicamente por la bula "Sacri Apostolatus" del papa Clemente VII del 2 de septiembre de 1530, apenas nueve años luego de la caída de México-Tenochtitlán, y fue elevada a arquidiócesis el 12 de febrero de 1546; su primer obispo y arzobispo fue el franciscano fray Juan de Zumárraga.