Con la creación de la Universidad Autónoma de Madrid (UAM), Bernáldez es nombrado catedrático de la misma en 1976 y emprende la creación del Departamento de Ecología, del que más tarde, con la entrada en vigor de la LRU, se convertiría en el Departamento Interuniversitario de Ecología con profesorado de la UCM y, más tarde, de la UAH.