El 18 de enero Vasconcelos renuncia a la presidencia y en su lugar de él gobernó el vicepresidente José Félix Quirós (quien ya ejercía el mando desde que Vasconcelos lo depuso a él para conducir los ejércitos aliados; Quirós gobernó hasta el 8 de mayo de ese año cuando se nombró para el cargo como senador designado a Francisco Dueñas); el 21 de febrero, el presidente guatemalteco Manuel Paredes ordenó a Carrera que regresara a Guatemala porque los aliados deseaban la paz, ese mismo día Carrera dejó la ciudad de Santa Ana y regresó a Guatemala, y el 26 de febrero la asamblea decretó la desmovilización y licenciamiento del ejército, terminando de esa manera ese conflicto.