La segunda final se disputó el 25 de junio de 2006 en la cual se coronó por primera vez campeón el Deportivo Pasto tras ganar en el juego de ida del 2006-I(1-0) contra el Deportivo Cali en condición de visitante y haber empatado en el juego de vuelta(1-1), partido disputado en la ciudad de Pasto.