Durante la época de la Gran Colombia, la existencia del Estado Soberano del Cauca, el Territorio del Caquetá, y la Comisaria del Putumayo, el río Aguarico tenía la importancia por ser la frontera entre Colombia y Ecuador, hasta que se definieron los límites entre ambas naciones por el Tratado Muñoz Vernaza-Suárez de 1916, donde la frontera común pasaron a ser los ríos Putumayo y San Miguel.