Entre los institutos de vida consagrada que trabajan en la diócesis de San Sebastián se encuentran los siguientes institutos religiosos femeninos: las Concepcionistas, las Hermanas Pasionistas de San Pablo de la Cruz, las Hermanas de la Asunción de Nuestra Señora, el Apostolado del Sagrado Corazón y las Hermanas de la Caridad de Santa Ana; y los siguientes institutos religiosos masculinos: Jesuitas, capuchinos, carmelitas descalzos, franciscanos observantes y hospitalarios de San Juan de Dios.