El centro fue suprimido y cerrado en 1829, restableciéndose nuevamente en 1834, hasta que en 1845 se suprimió definitivamente con la publicación del "Plan General de Estudios", conocido como Plan Pidal que en su artículo 67 reducía a 10 las universidades españolas al tiempo que disponía que "las de Canarias, Huesca y Toledo se convertirán en institutos de segunda enseñanza".