Era hijo de Manuel Antonio Warnes -de origen irlandés y belga- y de Ana García de Zúñiga (hija del general Alonso García de Zúñiga), entre algunos de sus hermanos se encuentran el sargento Martín Warnes, Manuela Warnes, primera dama de Chile por ser cónyuge del general José Joaquín Prieto, y Martina Warnes, considerada una de las patricias de Argentina.