La principal corriente del municipio es el Río Papigochi, que lo recorre de sur a norte y nace en los límites del municipio con los de Bocoyna y Carichí, en las inmediaciones de la cabecera municipal, Guerrero, se encuentra represado en la Presa Abraham González, principal fuente de riego agrícola en la región; el río Papigochi recibe en el municipio como afluentes a los ríos Pichachi, Tomochi, Basúchil y Verde, y posteriormente, en el estado de Sonora, forma al Río Yaqui.