La dirección de la Asociación corresponde a la Comisión Permanente, integrada por un presidente (cargo ocupado por el Director de la RAE), un secretario general (que recae en un académico de cualquiera de las academias asociadas, excepto la RAE, elegido por el Congreso), el tesorero designado por la RAE y cuatro vocales de las academias asociadas que se turnan anualmente.