García Goyena estuvo preso en Omoa hasta el 31 marzo de 1787, pues aunque la orden para que fuera trasladado a la ciudad de Guatemala se extendió el 11 de febrero, el mensaje no llegó a Omoa sino hasta esa fecha; García Goyena estaba en el hospital reponiéndose de una enfermedad tropical cuando fue entregado a su custodio que lo llevaría resguardado hasta la Nueva Guatemala de la Asunción.