Esto fue contradicho por Zierdt, quien los reclasificó en el subfilo Apicomplexa (como parte de lo que antes se llamaba esporozoos), basándose en las características de protozoos que presenta "Blastocystis", tales como la presencia de núcleo celular, retículo endoplasmático liso, aparato de Golgi u orgánulos derivados de mitocondrias.