Puerto Morelos ha dado cabida a importantes instituciones de educación e investigación como al internado-escuela Secundaria Técnica Pesquera "Primero de Junio", para jóvenes originarios de diversos puntos de la península de Yucatán, al Centro Regional de Investigaciones Pesqueras del Instituto Nacional de la Pesca, al Centro de Investigaciones de Quintana Roo (CIQRO) conocido actualmente como el Colegio de la Frontera Sur (ECOSUR).