Se había conseguido la confirmación del Privilegio de Villa con fecha 19 de febrero de 1552, en el Capítulo General de la Orden de Santiago, celebrado en Madrid y esto animó a Juan al año siguiente en dejar el cargo de Alcalde a su hijo Miguel, él además estaba cansado, y no muy bien de salud, pero seguiría con algo de actividad asesorando a su hijo en todo momento hasta su muerte, que no hay noticia de su fecha.