Después que el presidente Sebastián Lerdo de Tejada ordenó la construcción de la Rotonda de los Hombres Ilustres en el Panteón Civil de Dolores, San Fernando quedó cerrado y su finalidad era sólo la de conservar los restos de las personas ilustres ya enterradas ahí; así permaneció durante el porfiriato, hasta que en 1900 se planeó su destrucción para construir un monumental “Panteón Nacional”, a espaldas de él, en la actual calle de Héroes, que tomó su nombre de este proyecto.