Defendió firmemente la autoridad y los derechos de la Iglesia, cuando éstos se vieron agraviados por el gobierno civil, en especial por el General Tomás Cipriano de Mosquera, presidente de la Nueva Granada, que el 20 de julio de 1860 dictó el conocido “Decreto de tuición de cultos”, por el cual ningún ministro podía practicar las funciones del culto sin la autorización del poder ejecutivo.