Javier Navarro estudió humanidades, filosofía y teología en el Seminario de Guadalajara y posteriormente en el Seminario Conciliar de México, fue ordenado sacerdote el 23 de diciembre de 1978, después de ocupar diversos cargos de la Arquidiócesis de Guadalajara y en la Conferencia del Episcopado Mexicano, el 15 de abril de 1992 el papa Juan Pablo II lo nombró Obispo titular de Voncaria y auxiliar de Guadalajara, siendo consagrado el 5 de junio de ese mismo año por el Cardenal Juan Jesús Posadas Ocampo, Arzobispo de Guadalajara y por los obispos Manuel Pérez-Gil González de Tlalnepantla y Francisco Villalobos Padilla de Saltillo.