Debido a que el 28 de marzo de 1803 la Junta de Fortificaciones de América lo solicitó, el rey Carlos IV emitió la Real Orden del 7 de julio de 1803, por la cual en lo militar el Gobierno de Guayaquil volvió a depender del Virreinato del Perú, aunque la administración mercantil de la ciudad continuó bajo el Virreinato de Nueva Granada, dependiente de Cartagena de Indias.