La ocupación castellana fue total, tanto la Navarra Continental como la Peninsular, sin embargo, en Baja Navarra, el control militar siempre fue más precario y la conquista de la Alta Navarra no finalizó con la invasión, ya que Catalina de Foix y Juan III de Albret, y posteriormente Enrique II, apoyados por los monarcas franceses, hicieron hasta tres intentos militares de recobrar el reino.