Los FOS han sido considerados suplementos dietarios muy populares en Japón durante muchos años, incluso antes de la década de 1990, cuando el gobierno japonés instauró un "Comité de Estudios Alimentarios Funcional" formado por 22 expertos para comenzar a regular los "alimentos con características nutritivas especiales y alimentos con funciones especiales", entre estos se encuentran por ejemplo las categorías de alimentos fortificados tales como la harina de trigo fortificada con vitaminas, actualmente estos alimentos están cobrando una mayor popularidad en las culturas occidentales por sus efectos prebióticos.