El gobierno de Saddam Husein afirmó que Aflaq se había convertido al Islam antes de morir, pero que se había evitado dar publicidad a este hecho para evitar interpretaciones políticas; no obstante, la familia y entorno de Aflaq dudaron de esta versión alegando que, por el contrario, Aflaq era un decidido partidario del laicismo y rehusaba mezclar sus ideas socialistas con la religión, cualquiera que fuese.