El club interpuso una reclamación al Tribunal Supremo, aunque el 15 de noviembre la LFP tramitó su ficha en sustitución del lesionado Tiko.Finalmente Zubiaurre fue presentado como jugador del Athletic Club el 16 de noviembre de 2006 en San Mamés.El 11 de febrero de 2007 se produjo su debut con el equipo vizcaíno, en el Estadio Vicente Calderón, en un partido ante el Atlético de Madrid (1-0).En la temporada 2007/08 sólo jugó dos partidos, a domicilio, ante Getafe y Hércules.