A Felipe Santiago Salaverry se le envió a Arequipa donde Santa Cruz mandó una comisión para que juzgara a los prisioneros, amparándose en el decreto de "guerra a muerte" suscrito en agosto de 1835 fueron condenados a la pena capital, los prisioneros protestaron contra tal modo de proceder alegando que no debía quitárseles la vida según el acuerdo realizado con Miller, y que aquel decreto quedaba abolido por el acuerdo suscrito tras el canje de prisioneros después de la Batalla de Uchumayo.