En su honor, el presidente Gabriel García Moreno ordenó, mediante decreto ejecutivo expedido el 8 de octubre de 1864, que en todas las provincias del país se celebraran exequias de primera clase en honor al general Flores, que los empleados públicos y militares vistieran de luto riguroso por tres días contando desde la víspera de los funerales que tendrían lugar el 13 de octubre en la Catedral de Quito, que la bandera del Palacio de Carondelet y los edificios públicos permanecería a media asta por el mismo tiempo y, finalmente, que se elaborara un mausoleo de mármol con la inscripción: "Al padre de la Patria, el pueblo agradecido".