Ya en 1865, en el inicio de la Guerra de la Triple Alianza (1864-1870), la Isla del Cerrito fue una de las principales bases navales de los aliados, oponiéndose a las tropas del mariscal Solano López (1827-1870) asentadas en la fortaleza de Itapirú, frente a la isla, motivo por el cual se desataron varias batallas de las que dejaron testimonio numerosos objetos hallados en la misma.