La orientación, en principio estrictamente monástica, así como el exclusivismo y conservación de los dominicos, y la continua disminución de miembros de otras congregaciones dio lugar a que los dominicos perdieran el predominio y generó además una reacción por parte de los profesores laicos; el reclamo de mayor apertura los llevó a solicitar a la Real Audiencia el cumplimiento de la Real Cédula de 1570, que disponía una libre elección del rector por parte de los docentes del claustro.