Todos los ayuntamientos están representados en la Junta General de Accionistas de Aljarafesa, al estar formada por los mismos miembros que integran la propia Mancomunidad de Municipios, presidida igualmente por el Presidente de la Diputación Provincial de Sevilla, siendo el Consejo de Administración el órgano de dirección, administración y gobierno de la Sociedad.