En represalia por aquel escrito fue cesado de su cátedra de Historia crítica y Filosófica de España en la Universidad Central de Madrid, que ocupaba desde 1857, circunstancia que provocó revueltas estudiantiles y de profesores contra su cese, que fueron reprimidas por el Gobierno de forma sangrienta en lo que se denominó la «Noche de San Daniel», el 10 de abril de 1865.