En un comienzo, pretendía que la incorporación se hiciera por voto libre y espontáneo pero, como un grupo de ricos comerciantes querían perpetuarse en el mando (y de no conseguirlo, unirse al Perú), Simón Bolívar asumió todos los poderes y tomó la ciudad de Santiago de Guayaquil bajo la protección de la República de Colombia, encargándose del mando político y militar.