Entre los museos de carácter científico están el Museo Arqueológico - Casa del Marqués de San Jorge que cuenta con cerca de 30.000 piezas de arte precolombino; el Instituto de Ciencias Naturales (UN) (que rige el Museo de Historia Natural de la Universidad Nacional de Colombia, uno de los cuatro mayores museos de ciencias naturales de América Latina); y el Museo Geológico de Ingeominas tiene una colección especializada en Geología y Paleontología.