La entidad, con el nombre original de Museo Arqueológico de Vizcaya y Etnográfico Vasco, abrió sus puertas en 1921 ocupando la planta baja del claustro barroco del antiguo Colegio de San Andrés, que perteneció a los Jesuitas hasta su expulsión de España en 1767; la adyacente iglesia de los Santos Juanes, hoy parroquia de culto regular, es el templo que en su momento perteneció al colegio jesuita.