Hacia finales de los años 90, debido a la profundización del conflicto interno, y en particular después del fracaso del proceso de negociación en 1998-2002 durante el gobierno del Presidente Andrés Pastrana, las Fuerzas Militares entran en un proceso de reorganización y renovación, que se vio impulsado aún más a través de la Política de seguridad democrática del Presidente Álvaro Uribe entre 2002 y 2008 en combinación con la ayuda de los EEUU a través del llamado Plan Colombia que incluyó entre otras cosas el aumento del pie de fuerza, la adquisición de nuevos y modernos equipos, entrenamiento y la profesionalización de una parte significativa de las fuerzas.