El 6 de noviembre de 2018 el Tribunal Europeo de Derechos Humanos sentenció que el juicio realizado en el denominado «caso Bateragune» por el que fue condenado por terrorismo no había sido justo por la falta de imparcialidad de la magistrada que presidía el tribunal de la Audiencia Nacional, en tanto que había un precedente en el que «empleó expresiones que implicaban que ella ya se había formado una opinión desfavorable» acerca de la culpabilidad de Otegi.