Dentro de su colección cabe destacar: Una de las mejores colecciones de animales invertebrados de España, gran variedad de fósiles, asi como dientes de Carcharodon megalodon, dos calamares gigantes, una mandíbula de tiburón tigre, una cola de tiburón zorro, caparazones de tortuga laúd, tortuga verde, tortuga carey y tortuga boba, varios moldes de delfines, un enorme cráneo de ballena, con sus espectaculares vértebras, restos arqueológicos de ánforas, y el puente de mando de un barco a escala real, equipado con una emisora de radio con la que se puede comunicar con los barcos pesqueros que navegan por la bahía.