Es importante mencionar que tanto la Universidad de San Marcos como la Universidad de Santo Tomás de Aquino —y por extensión la Real y Pontificia Universidad de México— comenzaron a funcionar como estudios generales y a entregar títulos en fechas no determinadas antes de oficializarse como universidades, razón por la cual es necesario para los historiadores establecer puntos de partida para el origen de las primeras universidades en América, siendo estos los documentos con los que se autorizó la fundación de cada universidad.