Sin embargo los avances en esta gestión se verían abortados tanto por los nacionalismos exacerbados (provenientes principalmente desde las Fuerzas Armadas de ambos países), las diversas violaciones a los acuerdos limítrofes por barcos en las costas del Beagle, el conflicto en Laguna del Desierto, el derrocamiento de Arturo Umberto Illia en 1966 y la resolución pendiente del arbitraje en Palena.