Las guerrillas reiniciaron pues, los religiosos encabezados por el padre Villota desterrados al declarar la anexión de Pasto al Ecuador, Tomás Cipriano de Mosquera y Pedro Alcántara Herrán entraron en contacto con el presidente de Ecuador Juan José Flores quien ofreció apoyo para sofocar la rebelión, éste fue autorizado por su Congreso para enviar tropas a la Nueva Granada, unos 2.000 soldados ecuatorianos cruzaron la frontera.