La principal corriente del municipio es el río Mocorito, que lo recorre proviendo del municipio del mismo nombre y continúa hacia el de Angostura, donde desemboca en el Océano Pacífico, en Salvador Alvarado el río Mocorito recibe el caudal de pequeños afluentes como los arroyos de la Ciénega, Palmar de los Leal, Del Valle, La Huerta y Comanito; en el límite entre Salvador Alvarado y Mocorito el río es represado en la Presa Eustaquio Buelna.