El 5 de septiembre de 1862, todavía acuartelado en Puebla, el general Zaragoza contrajo tifo y falleció tres días después.Lo sustituyó en el mando del Ejército de Oriente el general Jesús González Ortega, quien se encargaría de la defensa de la ciudad ya que se esperaba el regreso de los franceses, reagrupados y con refuerzos, lo cual sucedió en marzo del siguiente año.