En represalia Morillo puso en marcha tribunales militares de justicia, de tres tipos: Tribunal de «guerra permanente», que dictaba sentencias de muerte contra los patriotas; el «Consejo de Purificación», que juzgaba a los insurgentes no merecedores de la pena capital, y la «Junta de Secuestros» para juzgar, ajusticiar y expropiar a todos aquellos que estuvieran involucrados con la causa de Independencia.