La Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua (UNAN) inauguró en 1979 el Centro Universitario Regional del Norte, ahora llamada Facultad Regional Multidisciplinaria FAREM - Estelí .En el año 2005 se abrió una sede de la Universidad Nacional de Ingeniería (UNI) que se ubicó en la hacienda llamada El Higo, a kilómetro y medio de la ciudad, siendo estas las tres principales universidades del municipio atendiendo una comunidad universitaria de más de 6000 estudiantes en sus diferentes carreras y modalidadades.