Posteriormente, Baker se convirtió en asesor comercial, hasta que, en marzo de 1997, fue nombrado por el secretario general de la Organización de las Naciones Unidas (ONU), el ghanés Kofi Annan, enviado especial de dicho organismo para el conflicto del Sáhara Occidental, iniciando su visita a la región el 22 de abril.