El semi abandono de la Isla llegó a su fin en 1848, un año antes en el pueblo de Tepic, los campesinos mayas cansados de siglos de explotación, se levantaron en armas contra sus explotadores iniciando el 30 de julio de 1847 la mal llamada Guerra de las Castas, en realidad una guerra social campesina, una a una todas las poblaciones cayeron en manos de los rebeldes quienes saqueaban, mataban e incendiaban sin compasión, al caer Valladolid en marzo de 1848, Esas veintiún familias llegadas originalmente tenían un gran sentido de organización y para 1850 contaban con un consejo municipal, Juez de paz y guardia cívica.En los primeros años del siglo XX, con la fundación de la hoy ciudad capital Chetumal, la caída de la capital rebelde de Chan Santa Cruz, hoy Carrillo Puerto y sobre todo la creación del territorio Federal de Quintana Roo en 1902.