Señor Duque del Infantazgo", (1552) que no se reeditarían hasta 1781, y él fue quien en un principio había sido elegido por la Universidad para llevar a cabo la biografía de Cisneros, que al fin sería encomendada a su amigo el maestro Álvar Gómez de Castro, ya que Juan fue acusado de luterano y alumbrado y encarcelado en 1533 por la inquisición de Toledo, arruinando su carrera; sólo recobró su plena libertad en 1547.