Cuando Shadow sigue el camino del mal con Black Doom, en más de una ocasión se lo encontrará en su camino como enemigo, y al final tendremos que enfrentarnos a él (quién usa una maquinaria controlada por él en su interior) y a Sonic, que nos intentará hacer razonar para que no sigamos destruyendo el mundo, pero irremediablemente, también tendremos que derrotarle.