Durante ese periodo se dieron a conocer una serie de irregularidades en el proceso de recolección de firmas, tales como la redacción confusa de la pregunta que sólo le permitía a Álvaro Uribe aspirar a su reelección en 2014, la violación de los topes de financiación autorizados por la ley o la participación de la empresa Transval (propiedad del extraditado David Murcia Guzmán) en el traslado de las firmas.