Como todo espacio abandonado a su suerte la Laguna de Rocha sufrió durante muchas décadas la invasión de plagas y especies exóticas de otros continentes en su predio (Acacia negra, Mora blanca, Paraíso, Ricino, Ligustro, Ligustrina, Fresno, Madreselva, Álamos, Lirio amarillo, etc) que han ido desplazando a la flora nativa, hoy día al ser una Reserva Natural dicha invasión se revierte con el adecuado control y proyectos de restauración del ambiente original.