La gran mayoría del territorio de Namiquipa tiene un clima considerado como "Semisco templado", la altitud influye en los cambios climatológicos, así en la zona más oriental en las alturas de la Sierra del Nido limítrofe con el municipio de Chihuahua y en el extremo occidental en los comienzos de la Sierra Madre Occidental se registra un clima "Semifrío subhúmedo con lluvias en verano", dos pequeñas zonas en el norte del municipio tienen clima "Seco templado"; la temperatura media anual en casi todo el municipio se encuentra en un rango de 10 a 14 °C, dos sectores del norte registran un promedio entre 14 y 16 °C y un sector al noroeste tiene una temperatura promedio inferior a los 10 °C; la precipitación promedio anual se encuentra influenciada por las elevaciones del terreno y sigue prácticamente el mismo patrón de distribución geográfica que los climas, así la mayor parte del municipio tiene un promedio de precipitación de 400 a 500 mm, las zonas más elevadas de los extremos oriental y occidental del municipio tiene un promerio de 500 a 600 mm, mientras que dos zonas del norte, que son más bajas, tienen un promedio de 300 a 400 mm.