La Fundación dispone de tres espacios adicionales: la sala de exposiciones, próxima a la sede; Villa Iris edificio rodeado de jardines construido en 1913, donde se desarrollan los talleres de arte; y el Promontorio, casa familiar de Emilio Botín Sanz de Sautuola construida entre 1915 y 1918 y donada a la Fundación por su hijo Emilio Botín Ríos.