Como su nombre lo indica, vemos el "nacimiento de los asesinos sigilosos" Rikimaru y Ayame, quienes apenas han coseguido convertirse en ninjas Azuma, y junto con su compañero de grupo Tatsumaru (quien se convirtió en el líder del clan y en poseedor de la espada Izayoi por orden del mismo maestro Azuma) deben ir al castillo de Lord Gohda y detener al tío de este: Gohda Motohide, quien, con su propio ejército formado por samurais, se ha rebelado contra su sobrino pues él proclama ser el verdadero heredero del imperio.