Sin embargo los análisis moleculares sugieren su ubicación en Commelinales, y Givnish "et al." (1999, sólo el gen "rbc"L) y Chase "et al." (2005, muchos genes, llegando a un 74 % de apoyo "bootstrap") encontraron a Hanguanaceae como hermana de Commelinaceae (ver también Davis "et al." 2004), pero se desconocen las posibles sinapomorfías de este clado, aunque una de ellas podría ser la presencia de cotiledón no fotosintético (APWeb, enero del 2009).