Debido a varias circunstancias, particularmente la derrota sufrida por España en la guerra contra la Cuádruple Alianza, que recortó de manera sustancial el flujo de recursos económicos entre el Nuevo Mundo y la península, y a la pobre administración que se llevó a cabo en el virreinato neogranadino, este fue suprimido en 1723 volviendo a ser parte del Virreinato del Perú; más tarde en 1739 fue recreado con las mismas condiciones de 1717 y se mantuvo casi sin variaciones hasta 1819, con la salvedad de la segregación en 1777 de la Capitanía General de Venezuela y sus provincias (si bien jurídicamente esta dependía de la Nueva Granada).