El Palacio quedó en ruinas varios años, pero en 1711, bajo las órdenes del virrey Pedro Cebrián, se reinició la reconstrucción, manteniendo la composición básica original de dos patios y dos pisos, pero con acabados más moderno tipo Barroco y almenado, dejando de lado mucho de su aspecto de fortaleza; las aspilleras fueron convertidas en ventanas con rejas de hierro.