El nuevo equipo se inició en Tercera División, que era donde había jugado el Club Deportivo Polvorín la campaña anterior, y se mantuvo en dicha categoría un total de 19 temporadas consecutivas hasta 1972, cuando se vio forzado a disputar la promoción de descenso contra el Club Deportivo Pegaso de Madrid, con el que perdió (0-0 y 3-0) y se vio abocado al descenso a Preferente, dónde solo se mantuvo una temporada volviendo nuevamente a Tercera División en la temporada 1973/74.