Se libró la lucha en las naves del templo, y las fuerzas realistas, para evitar que el destrozo fuera irreparable, se replegaron en el Alcázar, abandonando la torre y catedral, que fue sitiada por los Comuneros, quienes atacaron durante seis meses desde su nueva posición, hasta la triste derrota comunera en Villalar, con la que se puso fin al cerco del Alcázar.