La UGOFE fue formada como sociedad anónima el 7 de enero de 2005 por las empresas Ferrovías, Metrovías y Trenes de Buenos Aires, concesionarias de las otras líneas ferroviarias de pasajeros del Gran Buenos Aires, para hacerse cargo del Ferrocarril San Martín hasta tanto se adjudique la prestación del servicio a un concesionario definitivo.