La sede actual del archivo se encuentra en el número 7 de la calle Capuchinos Alta, junto a la iglesia de San Quirce y ocupa lo que en origen fueron dos viviendas del siglo XVI, convertidas en una única en 1702 por Juan de Ortega Lara y Angulo, caballero de la Orden de Alcántara; el edificio, que se dejó sin terminar por los problemas judiciales del propietario, no fue habitada hasta su regreso, ocurrido en 1721.