De la obra de Naia del Castillo en museos y otras instituciones, destacan las que se encuentran en el Museo de Bellas Artes de Santander, Maison Européene de la Photographie de París, Museum of Fine Arts de Houston, Academia de España en Roma y las fundaciones bancarias: Fundación Bancaixa, Fundación Caja Madrid y Fundació la Caixa.