Sin embargo su ascenso al papado no deja de ser controvertido, por el simple hecho de que alguien que incurriese en tales acciones, no puede ser catalogado como digno de ser el "Representante de Dios en la Tierra", pero, debemos entender que si dicho juicio se emite en contra de Borgia, también deberían ser catalogados exactamente de la misma manera todos los papas del renacimiento, tales como Sixto IV, Julio II, León X o los cardenales Guillaume d'Estouteville, Pedro González de Mendoza (cardenal) quienes incurrieron en las mismas prácticas de Alejandro VI.