Si bien el convento continuó perteneciendo a la "orden dieguina" durante los primeros años del siglo XIX y aún a pesar de la inestabilidad política en que se encontraba el país, fue finalmente que durante la Intervención estadounidense en México, hacia el año de 1847, los frailes de la orden se vieron obligados a desalojar su convento, ya que a los fuertes y resistentes muros del edificio fueron destinados como cuartel del ejército mexicano, lugar de sitio de resistencia, así como de defensa de la ciudad en contra el invasor estadounidense, cuya posición estratégica tenía el fin de cortar el avance a éstas tropas hacia la capital.