Finalmente con la victoria por parte de los conquistadores en la Guerra del Miztón en 1541 la región queda conquistada, y con licencia del entonces virrey, Francisco de Bobadilla, encomendero de Tlaltenango, quien sacó de su encomienda los indios necesarios para repoblar Tzapopan, a fin de tener cerca gente suya que le sirviera y ayudara a la fundación de Guadalajara, la tarea de la repoblación y refundación quedó en manos de fray Antonio de Segovia quien, junto con fray Ángel de Valencia, entregó el 8 de diciembre de 1541 como patrona la imagen de la Concepción de Tzapopan.