Durante los años de 1987 y 1988 la polarización de la sociedad michoacana llegó a varios estallidos de violencia y a pesar de los esfuerzo de Martínez Villicaña el gobierno tuvo que reconocer la victoria de Cárdenas y el FDN en la elección federal en el estado, en donde la candidatura cardenista y sus grupos y principios históricos obtuvieron oficialmente el 60% de los votos, esto le costó el puesto de Gobernador, al que hubo de pedir licencia el 3 de diciembre de 1988 (tres días después del inicio del gobierno de Salinas) con la pantalla de ser nombrado Director General de Caminos y Puentes Federales, permaneció en ese cargo hasta 1993 cuando a su vez fue nombrado Director General de Aeropuertos y Servicios Auxiliares.