En diciembre de 1994 empezó el mayor conflicto armado entre Ecuador y Perú desde 1941, nuevamente en la Cordillera del Cóndor, esta vez sobre la cuenca del río Cenepa, en un incidente que empezó con roces verbales y amenazas entre unidades militares y que escaló rápidamente a intercambios de disparos y concentraciones de tropas, hasta que el 26 de enero fuerzas militares ecuatorianas atacan y dispersan a una patrulla peruana infiltrada en la retaguardia de las líneas de defensa ecuatorianas en un sector que se denominó más tarde Base Norte, las fuerzas peruanas respondieron atacando por aire y tierra iniciando así la fase caliente del conflicto; la FAE, en situación de alerta, movilizó algunos escuadrones a posiciones de despliegue en otras pistas para afrontar un posible conflicto militar de gran escala.