Este tradicional club se encontraba en la peor crisis de su historia, estando último en la tabla de posiciones del Clausura 2013, con solamente 2 puntos en la primera rueda y con serio riesgo de descenso.El "Nano" levantó al equipo, logrando sacarlo de zona de peligro, para realizar una profunda renovación, con 15 jugadores nuevos de cara al Apertura 2013, lo que le da resultados y nuevamente Municipal aparece en los lugares de avanzada, terminando primero junto a Comunicaciones, el archirrival de "los rojos".