Es en esta incursión en territorio salvadoreño cuando Barrios se une a las filas de Morazán, alistándose el 3 de julio de 1828, con tan solo catorce años, como base y luego como soldado (hay que hacer mencionar que como hijo de un terrateniente, Barrios sabía desde pequeño a utilizar armas de fuego y montar a caballo); participando en la Batalla de Gualcho, del 5 de julio de 1828, donde recibió su bautismo de fuego, desde entonces la relación entre Barrios y Morazán se irá estrechando, hasta el fatal desenlace de Morazán en Costa Rica.