El periodo de tranquilidad que vivió el monasterio en los años posteriores a su fundación se vio alterado con el terremoto de Lisboa, cuyos efectos obligaron a intervenir nuevamente en el edificio y muchos de los elementos que se aprecian en la actualidad son fruto de esta intervención: se dispuso el tejado sobre la iglesia, se construyó la cúpula de media naranja en la capilla mayor -que se mantuvo hasta la intervención de Velázquez Bosco a finales del siglo XIX, se reconstruyó el patio de la Hospedería y se levantó el segundo cuerpo del claustro mudéjar.