La bandera fue mandada diseñar por el entonces gobernador tapatío Francisco Medina Asencio en el año de 1967, los colores fueron tomados a partir de las torres de catedral que a mediados del siglo XIX el Arquitecto Manuel Gómez Ibarra construyera empleando piedra pómez para aligerarlas en caso de temblor después de que en mayo de 1818, se derrumbaron las torres originales a causa de un temblor.