El territorio que actualmente ocupa el municipio fue habitado primeramente por gente indígena ópata en la época precolombina, y fue visitado por primera vez en 1639 por conquistadores y exploradores españoles que junto a misioneros jesuitas avanzaron con la colonización de esta zona, ese año en padre portugués Bartolomé Castaño fundó aquí la misión religiosa Nuestra Señora de la Concepción de Baviácora, para evangelizar a los nativos, convirtiéndose años después en un centro de población.