A mediados del siglo XVI se repobló con familias procedentes de Nochistlán; en 1542 se mandó la demarcación del sitio en que debía extenderse como pueblo el villorrio de San Miguel del Ojo de Agua, denominación que hubo de cambiar por la de San Miguel de los Alcalanes antes de tomar su nombre actual, ya que en 1571 unos españoles apellidados Alcalá y dueños de La Calma, obtuvieron de los indios la licencia para establecerse en la parte oriental de la capilla levantada por Fray Miguel de Bolonia.