Sin embargo, las similitudes entre los primeros dos virus VIH tipo 1 (VIH-1) aislados Lai/LAV (conocido anteriormente como LAv y aislado en el instituto Pasteur) y el Lai/IIIB (conocido anteriormente como HTLV-IIIB y supuestamente aislado de un cultivo en el Laboratorio de Biología Celular del instituto del Cáncer), sugerían la contaminación de las muestras utilizadas por Gallo y provocaron la controversia debido a la alta variabilidad que comenzó a encontrarse en las subsiguientes cepas del virus VIH-1 que se aislaba.