Entre los principales ríos que corren y desembocan esta región se tienen: Coco de más de 600km de largo, el más largo de Centro América, Wawa, Kukalaya, Prinzapolka, Bambana, Grande de Matagalpa, Kurinwás, Escondido y sus afluentes Siquia, Mico y Rama, Punta Gorda y San Juan.