Se encuentran catalogadas como especies en peligro crítico de extinción en el Libro Rojo de especies protegidas de Andalucía y protegidas por la legislación nacional el endémico Fartet andaluz que puede todavía localizarse en el río Guadiana, Doñana y varios ríos de la provincia de Cádiz, el fartet de la albufera de Adra, el esturión que tiene sus mejores poblaciones peninsulares en el parque de Doñana, la lamprea, con un área de distribución mayor que las anteriores, y que puebla los ríos Guadalquivir, Guadiaro, Guadalete, Guadiana y Barbate, el fraile de la cuenca del Guadalquivir y mitad occidental de la comunidad; o el endemismo ibérico jarabugo,