Pese a esto, el congreso no apoyó totalmente sus planes de modernización y los limitó por miedo a un poder que los contrapesara y también por el hecho de que el nuevo gobierno se consolidaba lentamente, debido al desorden de tipo político, económico, social y militar, propio al término de una guerra civil, logrando Körner como hito de este período, la reorganización de la Guardia Nacional en septiembre de 1892 y pese a su alto cargo en el Ejército, su amor por la enseñanza lo condujo a continuar con la instrucción de los oficiales y volvió a la Academia de Guerra como profesor, realizando una serie de escritos de temática militar entre los que destaca el “"Estudio sobre Historia Militar"”, realizado en colaboración con Jorge Boonen.