A última hora el gobierno dio contraorden cuando los prisioneros habían realizado más de la mitad del trayecto y era imposible su regreso, de suerte que Alfaro y sus tenientes ingresaron al panóptico de Quito a las doce del día del 28 de enero y poco después eran bárbaramente asesinados y sus cadáveres arrastrados hasta El Ejido, donde se les incineró.