El clima del Cantón es variable y sus cambios se deben a las influencias de la cordillera, de los accidentes del terreno y de las brisas marinas que con facilidad ascienden desde el océano, El Cantón de Montes de Oro por tener un clima tropical lluvioso y ofrecer una temperatura promedio de 27 grados Celsius, con dos estaciones bien definidads, presenta características muy particulares en cuanto a flora y fauna, la cual es muy abundante.