Desde su incipiente comienzo, Mascherano quedó marcado como un «Jugador de selección», formando parte de los Juveniles Argentinos en sus múltiples categorías: Sub 15, Sub-17 (con la que obtuvo un segundo puesto en el Sudamericano sub-17 de 2001 y consiguió un cuarto puesto en el Mundial de Trinidad y Tobago en 2001) y sub-20 (con la que se consagró campeón del Sudamericano Sub-20 de 2003 y obtuvo también un cuarto puesto en el Mundial de Emiratos Árabes de ese mismo año).