Pero a la caída del imperio en 1823 y con el triunfo republicano nacido del Plan de Casamata encabezado por Antonio López de Santa Anna, Filísola se incorpora a este y de facto se vuelve la cabeza del gobierno de las provincias, tras la creación de un nuevo Congreso Constituyente Mexicano, el cual decide entre otras cosas dar un carácter republicano y federalista a la nueva nación, envía invitaciones a los gobiernos estatales para formar gobiernos locales y elegir a sus representantes locales y al Constituyente Federal, lo cual ocurre en la mayoría de los estados excepto en las provincias del sur donde Filísola disuelve primero la Suprema Junta local y luego de una retirada de las fuerzas mexicanas a Tehuantepec lleva a cabo un referéndum del cual se desprende que esas provincias prefieren separarse de México y formar su propia federación.