El 16 de julio de 1827, Arce y su contingente volvieron a ocupar la ciudad y restablecer su cuartel militar en esa población, a la vez el batallón santaneco se replegó a San Salvador, en Santa Ana Arce estableció un batallón para defender ese lugar; en septiembre de ese año debido a que un contingente salvadoreño marcha sobre el contingente federal que estaba en Sonsonate e Izalco, Arce resolvió trasladar su cuartel general a Izalco; el 12 de octubre de 1827 Arce dejó la comandancia del ejército federal para volver a sus funciones como presidente, y en su lugar nombró como comandante del ejército federal al coronel Francisco Cáscaras; mientras que las autoridades de El Salvador nombraron a Rafael Merino (que acababa de llegar de Colombia) como comandante del ejército.