Fue caballero de la Orden de Santiago, y se casó dos veces, la primera con su prima Leonor de Portocarrero, que murió en 1558 de sobreparto, dejándole a su único hijo y heredero, Francisco; después de la segunda, en 1562, con Leonor de Ribera, hija de Ruy López de Ribera y de Catalina de Castilla, familia también del propio don Luis y descendientes ambos del adelantado mayor de Andalucía, a causa de su infidelidad conyugal, o por motivos más oscuros, la Orden de Santiago le impuso el castigo de privación del emblema de la Orden y estuvo preso desde 1566 casi veinte años en duras condiciones que con el tiempo fueron dulcificándose, de forma que pasó del castillo de Segura de la Sierra a Hornachos (1569) y de allí a Valencia de las Torres, cerca de su mujer (que fallecerá en 1570) y su hijo, que estaban en Llerena.