Con respecto a la Iglesia, se prohibió al clero tratar asuntos políticos y vender los bienes que se encontraran en su poder y no tenían alguna utilidad pública beneficiosa o renta económica; los diezmos pasaron a ser voluntarios; desapareció la obligatoriedad civil de los votos eclesiásticos; se suprimieron las sacristías mayores; los edificios jesuitas fueron cedidos a los estados de la Federación, y se ordenó la secularización de todas las misiones de la República; se pusieron en subasta los bienes que detentaban los misioneros de San Camilo, y fue suprimida la censura de prensa en materia religiosa.