Además presentan pigmentos accesorios, los cuales suelen darles a la mayoría de estos organismos su color característico, estos pueden ser  ficobiliproteínas, fucoxantinas, xantofilas y carotenos, sirven para atrapar la energía de la luz y conducirla al pigmento primario, quien se encargará de iniciar las reacciones de fotosíntesis oxigénica.