Tras la Guerra Civil Española pasó a llamarse aeropuerto General Mola (debido a que Mola falleció en un accidente de avión cuando regresaba a dicho aeropuerto de Vitoria), aunque sin actividad aérea; un decreto de 12 de julio de 1946 lo reabrió al tráfico aéreo civil, nacional e internacional de turismo y escalas técnicas del tráfico comercial.