Aunque algunos autores han publicado que colaboró posteriormente con la ocupación francesa José I Bonaparte, atribuyéndole condición de afrancesado, sin embargo la realidad tras la invasión francesa de 1808 es mucho más compleja, tal y como indica Jesús Fernando Cáseda Teresa en su obra ""Martín Fernández de Navarrete y la literatura de su tiempo"" , " "En esta situación Fernández de Navarrete aparece dubitativo y vacilante.