En los primeros cuatro años de la Prva HNL (la liga de fútbol de Croacia), el Hajduk dominó el campeonato nacional por encima de sus rivales de Zagreb, ganando tres títulos de liga (1992, 1994 y 1995), además de llegar a los cuartos de final de la Liga de Campeones de 1994—95, donde fue eliminado por el campeón, el Ajax de Louis van Gaal.