Nació hacia 1478 siendo hijo de Juan Chacón, contador mayor de Castilla, mayordomo mayor de Isabel la Católica y Trece de la Orden de Santiago, y de su mujer Luisa Fajardo y Manrique, IV señora de Molina de Segura, II señora de Cartagena y del adelantado mayor del Reino de Murcia, que sirvió su marido como consorte.