La fundación de Túquerres no es clara debido a la existencia de poblaciones indígenas en el territorio lo que podría dar pie a establecer una fecha de fundación anterior a la conquista -probablemente hacía 1529-; sin embargo, oficialmente se atribuye a Don Miguel Muñoz quien el 17 de diciembre de 1541 gestionaría el reconocimiento de la villa ante la Real Audiencia de Quito.