El municipio es atravesado por los ríos Suchiate, Malá, Mixcum, Muxbal, Shujubal y Salem y los arroyos los Chocoyos, la Perla, Eureka, el Chorro, el Zarco y el Carnicero así como otros recursos acuíferos naturales como la Poza de Muxbal y el manantial el Bolsón.