Boconó se caracteriza por sus esplendorosas montañas, sus cristalinos ríos, y su agradable clima; Aquí se encuentra el pico montañoso más alto del estado Trujillo "La Teta de Niquitao" de 4006 msnm , tiene una vegetación boscosa mayormente, también varias zonas inhabitable para el ser humano en zonas rocosas de montaña, y páramos que llegan a tener una temperatura de -20 °C, su principal río es el río Boconó que atraviesa la ciudad y se une con el segundo río importante de esta localidad conocido como el río Burate, para desembocar en el estado Barinas; Esta ciudad se surte de agua mediante la quebrada Segovia, agua de manantial, sin embargo a pesar del crecimiento poblacional y el crecimiento desenfrenado de la contaminación el gobierno ha tenido la necesidad de involucrar plantas purificadoras, a pesar de esto Boconó es la única ciudad de Venezuela en donde el agua llega a tener una purificación del 99%, en tiempos de sequías las aguas de la quebrada Segovia menguan, y en temporadas lluviosas el servicio de agua se ve en la obligación de suspenderse para evitar la contaminación de esta.