Para el año de 1876, por disposición del presidente de Colombia, Santiago Pérez Manosalva, la aduana es trasladada a Barranquilla debido a la compra del ferrocarril en Bolívar y con el pasar del tiempo, la construcción dejó de cumplir con las funciones para lo cual fue construida, cuando se acometieron y concluyeron las obras del muelle de Puerto Colombia, el cual acaparó todo el movimiento portuario.