Bien puede decirse que desde el punto de vista de su carrera eclesiástica, Carrasquilla mantuvo un “bajo perfil” de profesor –de Teología moral, Metafísica, Historia de la Filosofía y Filosofía del Derecho, todo ello en el Seminario conciliar de Bogotá y por 42 años-, salvo cuando durante la presidencia de Don Miguel Antonio Caro desempeñara el Ministerio de Instrucción Pública (1896-1897).