En su interior podemos apreciar la capilla del baptisterio, en el presbiterio bajo encontramos el altar del Cristo atado a la columna de Luján Pérez, haciendo esquina a este el del altar del Santísimo Sacramento presidido por un Cristo Crucificado de Luján Pérez que sale en procesión el Viernes Santo desde la basílica y recorre diferentes calles al igual que el Cristo Atado a la columna que procesiona el Martes Santo.