Las monjas dominicas intentan que la nueva comunidad concepcionista sea integrada a la familia de la Orden de los Predicadores, pero fray Juan de Tolosa, franciscano, intervino y evitó que la orden de la Inmaculada Concepción desapareciera, pero a raíz de la reforma monástica del cardenal Cisneros, la bula Ex supernae providentia del 19 de agosto de 1494, del papa Alejandro VI impuso que las monjas adoptaran la regla de las clarisas y que quedasen bajo la dirección de los Frayles Menores Observantes.