Los ecosistemas existentes en el Refugio crean las condiciones ideales para la vida animal, entre los que se destacan: mono ("Cebus apella"), kuatí ("Nasua nasua"), zorro ("Cerdocyon thous"), en los humedales se encuentran: carpincho ("Hydrochoerus hydrochaeris"), lobo de agua ("Lutra") y se menciona en forma especial al ciervo de los pantanos ("Blastocerus dichotomus"), animal en serio peligro de extinción, este ciervo aparece con frecuencia en el área, en especial en las orillas de los arroyos, notándose en casi todas las oportunidades su presencia en pareja.