La zona donde se asentó León es muy calurosa y tenía mucha actividad telúrica ocasionada por la continua actividad del volcán Momotombo (en ese tiempo este tenía 5 cráteres), que significaba lanzamiento por los aires de arena, ceniza y lava en estado ígneo, además de temblores violentos y persitentes que culminaron en los terremotos de 1594 y de 1610, este último de mayor intensidad.