Cuando los Jemeres Rojos fueron derrotados, Hun Sen fue nombrado como Ministro de Asuntos Exteriores de la República Popular de Kampuchea (PRK/SOC), instalada por los vietnamitas en 1979 y en 1985 fue nombrado presidente del Consejo de Ministros y Primer Ministro, después de la muerte del presidente Chan Sy hasta 1990 (con una breve interrupción desde 1986 hasta 1987).