Trinity pilotea la nave hasta la ciudad de las máquinas, siguiendo los consejos de Neo, llegan a la ciudad, las máquinas comienzan a disparar sus defensas, todas repelidas por Neo, el Logos poco a poco va dificultando su llegada debido a la resistencia de los centinelas, Neo le pide a Trinity subir al cielo, lo cual logra derrotar a los centinelas y después de muchos años observan el sol y las nubes ocultados por las oscuras nubes del mundo real, pero en el momento en que trataban de mantener en vuelo la nave tienen un aterrizaje brusco, tras el cual Trinity muere aunque le pide como última voluntad a Neo seguir adelante.