La fauna autóctona del Chaco Austral es prácticamente la misma que la existente en todo el Gran Chaco; pero es el sector de toda la gran región chaqueña que más depredación humana ha padecido siendo actualmente rarísimos o han sido extinguidos del Chaco Austral los pecaríes, el aguará guazú, el "tatú carreta", los "yacarés", el "yaguareté" o "tigre", el "tapir" o "anta", el "venado de las pampas", y el "guanaco".