La aparición de endocarditis requiere dos sucesos fisiológicos: el primero es la presencia de una alteración del endocardio (generalmente por una patología previa) o la presencia de un cuerpo extraño en el torrente circulatorio (catéteres generalmente) y el segundo es la entrada de microorganismos al torrente circulatorio a través de alguna rotura de la barrera cutánea o mucosa.