También en 1969 logró nuevamente la Copa Libertadores de América, tras disputar cuatro partidos por ingresar directamente en semifinales como campeón vigente, jugando la final contra Nacional de Montevideo: el 15 de mayo se desarrolló el partido en el Estadio Centenario de Montevideo, que concluyó con un triunfo de Estudiantes por 1-0, con gol de Eduardo Flores; la vuelta, disputada en el Estadio Jorge Luis Hirschi de La Plata, se jugó el 21 de mayo y finalizó con otro triunfo para Estudiantes, esta vez por 2-0, nuevamente con goles de Conigliaro y Flores.