El Torneo Clausura 2012 fue un campeonato atípico para el cuadro cementero, acostumbrado a los triunfos en las instancias finales, y aparte lograr haber permanecido invicto durante las 18 jornadas regulares, tras solo perder un partido ya en instancias de semifinales ante CD FAS 2-0 y reivindicarse en el partido de vuelta 3-0, enfrenta nuevamente en la final a Club Deportivo Águila, quien contra todo pronóstico le arrebató el título con marcador de 2-1, siendo hasta entonces la única final perdida desde el Torneo Apertura 2005 y bajo el ciclo del técnico de Edwin Portillo en la institución.