El territorio de Hopelchén se encuentra dividido en tres regiones hidrológicas y tres cuencas diferentes, el norte del municipio pertenece a la "Región Hidrológica Yucatán Norte (Yucatán)" y a la "Cuenca Yucatán", el este del territorio se encuentra en el "Región Hidrológica Yucatán Este (Quintana Roo)" y la "Cuenca Cuencas Cerradas" y finalmente la oeste y sureste pertenece a la "Región Hidrológica Yucatán Oeste (Campeche)" y a las cuencas "Río Champotón y otros" y "Cuencas Cerradas".