A pesar de todo, el auge del cultivo del cacao no fue duradero, para 1585 la producción de este cultivo había comenzado a decaer, debido principalmente a la apropiación de los españoles del negocio comenzando por la expropiación de las tierras de indígenas, la guerra de conquista y dominación que se expresó en el genocidio, la disminución de la población causada por las enfermedades españolas y a la consiguiente falta de mano de obra.