Los siguientes volúmenes se centran en la cuestión del clero regular y el control regio, con consultas y decretos sobre ello (II/1996), documentos sobre las controversias de los jesuitas con Palafox (II/1987-89), y el conjunto incluso recoge piezas sobre estas cuestiones pero generadas con posterioridad a Palafox, como los II/2000-2001, o II/1997-99.