Así Samus descubre dos instalaciones piratas, los laboratorios principales de Phendrana y las minas de Phazon, cerca del cráter del impacto, instalaciones especialmente construidas para la extracción y experimentación del Phazon, y que los piratas se encuentran realizando experimentos con el Phazon del planeta aplicándolo a estudios varios, interesados especialmente en los Metroids.