Siendo Ministro de Defensa inició el sistema de recompensas a militares por resultados militares que se relacionó en el escándalo de civiles asesinados por miembros del Ejército de Colombia, conocido en ese país como el escándalo de los falsos positivos, El escándalo de los falsos positivos en Colombia es como se conoce a las revelaciones hechas a finales de 2006 sobre el involucramiento de miembros del Ejército de Colombia en el asesinato de civiles inocentes, haciéndolos pasar como guerrilleros muertos en combate dentro del marco del combate a grupos armados irregulares que vive el país.