El Secretariado de las FARC también fue vinculado al caso, entre otros que incluyeron a Pedro Antonio Marín, alias "Manuel Marulanda", Luciano Marín Arango, alias "Iván Márquez", Luis Edgar Devia Silva, alias "Raúl Reyes", Guillermo León Sáenz Vargas, alias "Alfonso Cano", Rodrigo Londoño Echeverry, alias "Timoleón Jiménez", Milton de Jesús Toncel Redondo, alias "Joaquín Gómez", y Ricardo Ovidio Palmera, alias "Simón Trinidad".