El 14 de febrero de 1842, Morazán regresó de su exilio y desembarcó en el puerto de La Unión desde donde luego se trasladó a San Miguel a fines de ese mes, debido a esto el comandante del ejército salvadoreño decide trasladarse a San Miguel; al saber esto Morazán abandona esa ciudad y el 28 de ese mismo mes y año se embarca desde La Unión para desembarcar en Acajutla, en donde se le unió Francisco Ignacio Rascón con miembros de su facción; posteriormente, al saber el movimiento de Morazán, Malespín se traslada primero a San Salvador y luego a la ciudad santaneca, donde instala el cuartel general del ejército (junto con tropas auxiliares provenientes de Guatemala, Honduras y Nicaragua) y en donde mando a ejecutar a Joaquín Portillo (a quién 3 días había mandado a formar una comisión); mientras tanto Morazán, al recibir un trato hostil por parte del gobierno, decide partir primeramente a Mizata y luego a La Unión (donde llega el 21 de marzo) desde donde partiría a Costa Rica junto con varios de sus partidarios entre los cuales estaban Francisco Ignacio Rascón, Gerardo Barrios, Trinidad Cabañas, entre otros.