La PSU comenzó a rendirse desde el año 2003, siendo una prueba transitoria que iba a reemplazar a la fallida SIES, que no pudo aplicarse en ese momento para reemplazar a la Prueba de Aptitud Académica (PAA) como quería el Ministerio de Educación y el DEMRE (Departamento de Medición y Registro Educacional de la Universidad de Chile).