En el siglo IX, Naissus estuvo bajo la dominación de los búlgaros, de los húngaros en el siglo XI, el emperador bizantino Manuel I la reconquistó otra vez más en 1173 y al final del siglo XII la ciudad estuvo en manos del príncipe de Serbia Stefan Nemanja, quien recibió hospitalariamente al emperador alemán Federico I Barbarroja y sus cruzados.