Así, tanto la Universidad de San Marcos como el "Colegio de Derecho y Letras de San Carlos" y el "Colegio de Medicina de San Fernando" —incorporados a ella posteriormente— comenzaron a ser vigilados cuidadosamente por el Virrey, por el hecho de albergar a profesores y alumnos sospechosos de avizorar y gestionar el fin del régimen colonial y el surgimiento de lo que es hoy la República Peruana.