El museo se erigió en conmemoración de los hechos ocurridos en la bahía de San Julián durante el invierno de 1520 (la sublevación de los capitanes españoles, el ajusticiamiento de Quesada por decapitación, el destierro de Cartagena y Sánchez de la Reina, los primeros y conflictivos contactos con los indios supuestamente «gigantes» que Magallanes denominó «patagones» y el consecuente bautizo de toda la región como Patagonia, etc.).