Concedió a la ciudad complutense el "Fuero Nuevo" (1509), pero mucho más trascendente para la ciudad fue su decisión (en 1499) de impulsar los preexistentes "Studia" (fundados en 1293, y de los que pervivían cátedras de gramática y artes -desde 1459 en torno al convento franciscano- en las que posiblemente estudió el cardenal, que pertenecía a esa orden) para transformarlos en la Universidad de Alcalá, que se convirtió en uno de los centros culturales más importantes, a la altura de la Universidad de Salamanca y la de Valladolid.