Luego de tres años en el amateurismo, el equipo fue campeón de la Tercera División de Chile 2006 después de derrotar 5–0 en la liguilla al Club Hossana el 6 de enero de 2007, y posteriormente superar en el cuadrangular final a Iberia e Instituto Nacional, lo que significó la vuelta de la ciudad de Iquique al fútbol profesional después de cuatro años, ahora bajo el alero de "Municipal".