En 1985, la BNE es declarada "la institución bibliotecaria superior del Estado y la cabecera del Sistema Español de Bibliotecas." A finales de la década de 1980 se inician las obras para crear un segundo depósito en Alcalá de Henares (inaugurado en el año 1993) y arranca el sistema de automatización ARIADNA, que empieza a funcionar en 1991.