Durante dicho período inicial, la segunda mitad del siglo XVI y la primera del XVII, la población indígena del actual Chile (estimada en cerca de un millón de personas) se vio muy reducida, principalmente por las pestes traídas por los europeos y para las que los nativos no tenían inmunidad, una de tifus (1554-1557) mató a trecientas mil vidas humanas y otra de viruela (1561-1563) a otras cien mil.