Cuando murió Francisco Pizarro, Juan de la Torre ejercía de alcalde en Arequipa y en cuanto llegó a Lima el pesquisidor real Cristóbal Vaca de Castro para solucionar el conflicto entre almagristas y pizarristas, Juan de la Torre se puso a la orden del enviado regio y lo acompañó hasta que terminó el conflicto en la batalla de Chupas, donde sería ejecutado Diego de Almagro el Mozo, el 16 de septiembre de 1542.