El primer comandante en jefe de las FAR fue el Teniente de Infantería Luis Augusto Turcios Lima, ex-oficial del Ejército de Guatemala, muerto el 2 de octubre de 1966 en un extraño accidente automovilístico Posteriormente pasó a comandarla César Montes, quien poco antes de la ofensiva contrainsurgente iniciada en octubre de 1966 abandonó Guatemala y la dirección guerrillera.