Algunos de los temas centrales a lo largo de la filosofía medieval fueron la relación entre la fe y la razón, la existencia y naturaleza de Dios, la cuestión de la compatibilidad entre atributos divinos, el problema del mal, el problema de la compatibilidad de la omnisciencia divina con el libre albedrío, el problema de los universales, la causalidad, los límites del conocimiento, la lógica aristotélica y la individuación de las sustancias divisibles e indivisibles.