Como científico, Wagensberg hizo aportaciones a la producción de pensamiento científico, en distintos campos, como: termodinámica del no-equilibrio, termodinámica de cultivos microbiológicos, la simulación de Montecarlo, biología teórica, entomología, tafonomía, filosofía de la ciencia y museología científica en revistas especializadas como "Journal of Nonequilibrium Thermodynamics", "Physica A", "American Journal of Physics", "The Journal of Physics and Chemistry of Solids", "Journal of Theoretical Biology", "Bulletin of Mathematical Biology", "Proceedings of the National Academy of Sciences" (PNAS), "Entomologica Scandinavica", "Beiträge zur Entomologie", "Biology and Philosophy", "Biological Theory", "Computer Applications in Biosciences" (CABIOS), "Museum Practice" o "ECSITE News Letters".