Como resultado de los Acuerdos de San Andrés, firmados por el EZLN y el gobierno de México entonces encabezado por Carlos Salinas de Gortari y a cargo de las negociaciones Manuel Camacho Solís, para reconocer constitucionalmente derechos a los pueblos indígenas de ese país, a la COCOPA se le encomendó redactar una propuesta de reforma constitucional que recogiera los principales consensos establecidos en los Acuerdos de San Andrés, firmados durante la presidencia de Jaime Martínez Veloz, actual titular de la Comisión para el diálogo con los Pueblos Indígenas en esta comisión, heredera de la COCOPA.