La Ciudad de Oaxaca permaneció en manos de los franceses durante dos años, en el Istmo los juchitecos leales a la república seguían ofreciendo resistencia, el mariscal Bazaine se encaminó hacia Juchitán con la intención de invadir Chiapas, al mando de dos mil soldados franceses y austriacos que se enfrentaron a una fuerza de 500 soldados juchitecos, que, ayudados por los campesinos de los pueblos vecinos, armados con machetes arremeten contra el ejército francés derrotándolo el 5 de septiembre de 1866.