El museo tiene un gran interés por desarrollar la parte científica del estudio de las aves para tener una visión integral y continuar difundiendo el conocimiento y ser uno de los más completos en América Latina, por lo que tiene asociada una importante colección científica de ejemplares, abierta exclusivamente con fines de investigación, así como una colección de tejidos congelados, como respuesta a los nuevos paradigmas de la investigación en la ciencia.