La iglesia es especialmente conocida por su actividad en defensa de los derechos humanos durante el terrorismo de Estado en Argentina y por ser el lugar en el que se encuentran enterradas las fundadoras de las Madres de Plaza de Mayo, la monja francesa Léonie Duquet y otras activistas de derechos humanos, detenidas-desaparecidas, torturadas y asesinadas, que tenían su base de acción en la Iglesia.