Tras ser prácticamente exterminados en Tracia —principalmente por orden de los emperadores bizantinos— muchos se refugiaron en el país actualmente conocido como Bosnia, donde llegaron a ser la mayoría de la población merced a que su territorio era un área tapón entre la zona de influjo de la Iglesia católica al oeste y la de la llamada Iglesia ortodoxa griega al este, en efecto, los bogomilos bosnios se encontraban entre los croatas católicos y los serbios ortodoxos.Al producirse la invasión turca otomana a la península de los Balcanes en el siglo XV, gran parte de los bogomilos se aliaron con los turcos ante los cristianos.