Fue fundada en 1822 a partir de la reunión en una única institución de las enseñanzas impartidas en distintos centros, entre ellos los Reales Estudios de San Isidro y el Real Museo de Ciencias Naturales de Madrid, a los que unos años más tarde se sumarían la Universidad de Alcalá, el Colegio de Cirugía de San Carlos y el Colegio de Farmacia de San Fernando.