En el ámbito religioso, Sagnier recibió varios encargos de los Salesianos, como el santuario de Santa María Auxiliadora (1889-1901), compuesto por un coro para 300 personas y una iglesia de tres naves, separadas por doble fila de seis columnas; en el diseño, Sagnier se inspiró en la casa central de los Salesianos en Turín.