Tras dos temporadas en Segunda B (2006-07 y 2007-08), el 1 de agosto de 2008 el club sufrió su tercer descenso por impago al no poder saldar la deuda de 409.467 euros contraída con sus jugadores, pero estos acabaron retirando todas las denuncias, por lo que el Logroñés reclamó su permanencia en Segunda B.