El municipio tomó su nombre del santo Millán (evolución al Idioma español del nombre en latín "Æmilianus" o Emiliano), anacoreta que fue alumno de San Felices y vivió del 473 al 574, y creador de la comunidad mixta de eremitas de Suso, que luego daría lugar a uno de los focos culturales más importantes de la época medieval en el sur de Europa.