Para llevar a cabo esta labor, el entonces rey de Portugal José I y el primer ministro, el Marqués de Pompal, comenzaron a juntar lo que quedó de la Real Biblioteca y lo llevaron para organizar, en el "Palácio da Ajuda" (Palacio de Ayuda), una nueva biblioteca que rápidamente se tornó importante por el acervo que recopiló, en 1807, de alrededor 60,000 piezas, entre libros, manuscritos, incunables, mapas, monedas y medallas.