La reserva —que protege la biodiversidad marina de la isla Chañaral, frente a la caleta Chañaral de Aceituno, al sur de la región de Atacama y hasta el sector de isla Damas e isla Choros en la región de Coquimbo- sirve de refugio a gran cantidad de aves marinas migratorias, pingüinos, lobos marinos y chungungos; además, en ella se pueden ver delfines chilenos y nariz de botella junto con ballenas blancas, y rorcuales Minke.