En cuanto a los temas conflictivos del anteproyecto de la Comisión Jurídica Asesora, el proyecto aceptaba la fórmula de la "autonomía" para resolver la "cuestión regional", descartando definitivamente la solución federal, pero defendía la separación radical de la Iglesia y el Estado, en la que la Iglesia Católica no sólo no recibía ningún reconocimiento especial, sino que se establecía en el artículo 24 (26 en la redacción definitiva) la disolución de las órdenes religiosas y la nacionalización de sus bienes.