Hasta el siglo XIX la iglesia sigue perteneciendo a las órdenes militares, apareciendo en la documentación como "ermita de San Benito", extramuros de la ciudad, muy abandonada y en continuo deterioro.La desamortización de 1835 apenas afecta al edificio pero si a los bienes muebles y en 1877 el rey, de conformidad con la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando y a propuesta de la Dirección General de Instrucción Pública, declara la capilla del Tránsito como Monumento Nacional.