La cueva está propuesta como «Lugar de interés geológico español de relevancia internacional» ("Global Geosite") por el Instituto Geológico y Minero de España por su interés paleontológico, con la denominación «VP009: Cueva del Boquete de Zafarraya», dentro del contexto geológico «Yacimientos de vertebrados del Plioceno-Pleistoceno español».