El 12 de octubre de 1647, Juan José se reunió con los ministros del gobierno político, los cuales acordaron que el remedio más eficaz para poner fin a tan dolorosos acontecimientos era, sin duda, la negociación, siempre y cuando se ocupara personalmente de ella el propio Juan José y no el duque de Arcos, todavía virrey, puesto que éste era odiado por el pueblo y despertaba su mayor desconfianza.