Temiendo que pudiera ser víctima de un atentado por parte de los ultranacionalistas —anteriormente ya se había opuesto a la invasión de Manchuria (1931) y a la actual guerra con China—, el ministro Yonai alejó a Yamamoto de Tokio nombrándolo el 30 de agosto de 1939 comandante en jefe de la Flota Combinada, a pesar de que éste insistió en seguir en el Ministerio.