En el Perú hizo estudios en la isla San Lorenzo, riberas del río Rimac (entorno de Lima), el desierto desde Chancay hasta Huara; en la región andina: Huarochirí, Tarma y Jauja, también el Alto Marañon y el Ato Huallaga; además exploró las riberas del río Huancabamba y el Pozuzo y otros lugares más A su vuelta a la Península en 1788, dirigió la oficina de la "Flora Peruviana y Chilensis", con objeto de publicar los materiales acopiados durante la Expedición y publicar la flora de Perú y Chile.