Algún tiempo antes de 1943, Red Skull comenzó a crear una célula Hydra en Japón, fusionando varias sociedades secretas japonesas subterráneas, incluyendo una facción de La Mano, con varios miembros fugitivos de la Alemania Nazi y el Japón Imperial, para convertirse en la moderna Hydra.Esta encarnación de Hydra operó en Japón, dirigida por un militarista japonés llamado Hydra Supremo, y en Alemania, bajo el control de Red Skull y Arnim Zola.