De allí siguió para Salamanca, hasta que el 28 de junio de 1578 fue hecho obispo de Fez y coadjutor del arzobispo de Évora, el cardenal-infante Enrique de Avis, el cual, al ascender al trono a finales de ese año, con el nombre de Enrique I, le cedió el lugar al frente del arzobispado, habiendo Teotónio tomado posesión de la archidiócesis eborense el 7 de diciembre de 1578.