En un inicio aparece en un sueño de Link, más adelante en el juego es revivido por Yuga en el mundo de Lorule por medio de los retratos de los descendientes de los sabios y seguidamente Yuga se fusiona con él, ya que tanto la Princesa Hilda como Yuga anhelaban la trifuerza del poder que Ganon poseía para restaurar Lorule, pero la trifuerza no le permite a Yuga controlar a Ganon, sino que la mente de Ganon se antepone al hechicero.