Poco a poco, Misato va mostrando su verdadero "YO", (en realidad tiene el mismo potencial depresivo que Shinji) luego se entera de la verdad sobre Rei Ayanami gracias a Ritsuko y dirigiría la pelea contra Tabris (Kaworu Nagisa), en el final de la serie, Misato es sometida al "Proyecto de Instrumentalización Humana" junto con los tres niños elegidos y la hacen enfrentarse a sus problemas psicológicos, desafortunadamente nunca se mostró completo su caso, pero aparece en el de Shinji como la maestra de la clase de este y sus amigos.