El hábitat más abundante de la bahía de Vanhankaupunginlahti es el humedal dominado por la caña Phragmites roja, sin embargo en el área de la bahía de Vanhankaupunginlahti y de Viikki hay una gran diversidad de hábitats; hay un mosaico de bosques, pantanos con alisedas, campos de cultivo y prados.