Además de los domínicos y franciscanos, otras órdenes monásticas también se establecerían en el territorio de está alcaldía mayor, siendo estás la orden de Nuestra Señora de la Merced o Mercedarios -cuyo convento fue fundado en 1599- y la orden de San Juan de Dios -que se establecerían en está zona con la fundación en la villa de La Trinidad de Sonsonate del hospital de Nuestra Señora de la O en 1642.