De hecho y al término de la directiva encabezada por Abel Saez, Rodrigo Pizarro y Dante Leoz, en la zona sur de Santiago, particularmente en la comuna de San Miguel se comienza a gestar en este período el denominado Consejo de Enseñanza Media, organización que terminará aliándose fundamentalmente con la Juventud Socialista y la Democracia Cristiana para refundar la FESES en 1991 teniendo como nuevo Presidente al socialista y ex miembro del Movimiento de Izquierda Revolucionaria Mauricio Chamorro y como vicepresidente al democratacristiano Cristian Cuitiño quien desde el año 1993 a 1994 es electo Presidente y cierra definitivamente la aspiración de mantener viva esta histórica organización de estudiantes.En estos últimos años, la FESES llegó a agrupar cerca de 60 colegios y las demandas se centraron fundamentalmente en la lucha contra el servicio militar obligatorio y el apoyo a la reforma educacional que comenzaba a discutirse en los círculos gubernamentales.Posteriormente y al calor de las movilizaciones en favor del "pase escolar" que estallaron en el año 2000 (conocidas como la "revuelta de las mochilas"), se organizó un Frente contras las Alzas que demostró ser mucho más representativo.