En 1934, fue nombrado de nuevo director de la Academia de Música de Budapest, en donde esta vez permaneció hasta el año 1941, cuando dimitió "en protesta por la legislación anti-semítica (de aquel año)" según las notas al programa que el musicólogo húngaro Peter Laki escribió para la edición del CD que grabó Dohnányi y la Orquesta Sinfónica Americana (Bridge 9160).