Puesto que el uso natural del término "acoplamiento" puede sugerir guía a lo largo de una trayectoria, "acoplamiento proteína-proteína" podría ser considerada como una denominación equivocada, de la misma manera que la frecuente ausencia del término "predicción" en su uso puede hacer creer en un enfoque químico y experimental del concepto en lugar del cálculo algorítmico que es.