Entre estos se encontraba el silencio de los documentos históricos sobre el fenómeno en cuestión, particularmente la falta de toda mención por parte del mismísimo Zumárraga, la falta de mención sobre la aparición en todos los documentos nahuas mencionados por los historiadores, la imposibilidad del brote de las flores en el mes de diciembre (aspecto importante de la narrativa, si bien en la narración, dicha imposibilidad sería precisamente el milagro-prueba pedido por el obispo Zumárraga), y la improbabilidad de que “Guadalupe” fuera un nombre náhuatl.