Tenemos también 3 instituciones de nivel medio superior como son Colegio de Bachilleres, un Emsad Educación Media Superior a distancia en la delegación de Tancoyol y asimismo las instituciones de nivel superior son 5, siendo estas, La Universidad Autónoma de Querétaro, Universidad Tecnológica de San Juan del Río Unidad Jalpan, Eneq, Cestec, Universidad Pedagógica Nacional en la que se imparten Maestrías dirigidas a docentes principalmente.