No obstante la vigencia de la resolución legislativa que ordenaba su proscripción, Monteagudo retornó a Perú ingresando por Trujillo y acompañó a Bolívar con el grado de coronel en la campaña final de la guerra de la independencia del Perú, entrando en Lima, después de la victoria en la batalla de Ayacucho del 9 de diciembre de 1824.