Encabezados por los ejidatarios de San Salvador Atenco --cabecera municipal de Atenco--, varios comisariados ejidales se opusieron a la construcción de la terminal aérea en su tierra, y luego lograron --a base de protestas en que salieron a relucir sus machetes campesinos-- que la Secretaría de Comunicaciones y Transportes se desistiera de la construcción del aeropuerto en agosto del 2002, luego que un ejidatario de San Salvador muriera en un enfrentamiento contra la Policía Federal Preventiva.