Para Chile, la guerra también tuvo nefastas consecuencias económicas, ya que significó la pérdida de casi toda su flota mercante y de su hegemonía comercial en el Pacífico (con la destrucción de los Almacenes Fiscales de Valparaíso), aunque con el pasar de los años se recuperó gracias al resurgimiento de los puertos de Valparaíso y San Antonio.