Las grandes críticas al sistema binominal están dadas en que este en la práctica no plasma la decisión de las mayorías, generando exclusión, reduciendo el impacto del voto, fomenta la aparición de caudillos y políticos eternizados en sus cargos y transforma las elecciones parlamentarias en una contienda sin muchas sorpresas, según algunos, el sistema electoral es la "gran traba" para generar cambios estructurales en la legislación del país, ya que genera dos bloques antagonistas, ambos con gran representación parlamentaria, haciendo muchas veces difícil conseguir acuerdos que alcancen el quorum necesario para reformar algunas leyes orgánicas constitucionales, como el mismo sistema binominal.