Por su parte Bahía de Caráquez había quedado olvidada en las manos de las autoridades españolas de la época desde su anulaciòn en 1590 tras su conformaciòn denominada Gobierno de Caráquez, incluso solo los primeros presidentes de la Real Audiencia confiaban en su posición de puerto mientras que para Lima, Bahía era exactamente otra debilidad geográfica española más, muy apetecida por piratas y sus círculos más allegados, por lo que definitivamente se cree que se la iba se despoblar al cabo de las disposiciones que se dieran por los Virreyes, pero estos por descuidos se negaron a cumplirlas teniendo miedo a que no se podrán llevar noticias de embarcaciones hacia Lima desde la ciudad de Panamá o Cartagena de Indias, mientras Coaque y Cabo Pasado se habían convertido simplemente en una especie de puertos de descanso que dejaron solo una pequeña huella de ayuda para saciar las diligencias de las autoridades coloniales cuando traslado se hiciere desde puertos centroamericanos y caribeños hacia ciudades sudamericanas del virreinato.