El museo, sobre todo durante su construcción, recibió numerosas críticas desde diferentes sectores de la cultura vasca ya que los fondos para construirlo salieron exclusivamente de los presupuestos del Departamento de Cultura del Gobierno Vasco, mientras que muchos reclamaban que salieran de otras áreas como Industria, ya que consideraban que, sobre todo, era una inversión de corte empresarial más que cultural; y que dejaba a la cultura vasca desprovista de fondos durante esos años.