Después de realizar labores de reordenación y supervisión de las misiones establecidas en India y Molucas, donde se siente decepcionado con el deterioro sufrido, tal y como demuestra en sus cartas, parte para Japón, junto a sus compañeros Cosme de Torres y Juan Fernández y el traductor Anjirō, el domingo de Ramos de 1549, llegando a tierras niponas el 15 de agosto.