El equipo no consigue buenos resultados en las temporadas 2000 y 2001 por lo que ocupa el último lugar de la reclasificación con 88 puntos en la temporada 2001 con lo cual el equipo desciende a la Primera B al quedar último con 88 Puntos en la lucha con los equipos Atlético Huila 95 Puntos, Real Cartagena 97 Puntos, Deportivo Pereira 101 Puntos y Deportivo Pasto 106 Puntos, sin embargo una modificación en el reglamento para el año 2002 de la Asamblea General de Clubes aprobó que se jugará el Torneo Profesional con 18 equipos, sumándole a los 16 actuales dos de los tres socios que en ese entonces se encontraban participando en el Campeonato de la Categoría Primera B.