Ya desde Cuzco, Gómez de Tordoya y otros capitanes le había enviado aviso a Holguín para que dejara su cometido conquistador en las tierras altoperuanas y volviera para que provisionalmente se hiciera cargo, como capitán general de las tropas leales a la Corona española, que había emitido la real provisión el pasado 9 de setiembre de 1540 por la cual envió al licenciado Cristóbal Vaca de Castro como juez pesquisidor para que visitara las fortalezas de las islas de La Española y de San Juan, y reformara la Real Audiencia de Panamá, asumiendo si fuera necesario su presidencia.