A través de los puertos nacionales se embarca y se recibe el 80% de las exportaciones e importaciones que realiza el país, Durante esta administración se incorporaron al sistema dos nuevos puertos, Altamira y Progreso, y se modernizaron otros trece, destacando Mazatlán, Manzanillo, Guaymas, Lázaro Cárdenas y Coatzacoalcos.