En las movilizaciones y en las medidas precautorias que señalaron los años de 1804 y 1805, así como en la guerra de 1806 que le siguió, Scharnhorst actuó como Jefe del Estado Mayor General (Teniente-Comisario) del Duque de Brunswick, recibiendo una herida superficial en la Batalla de Auerstädt (), y se distinguió por su inflexible decisión durante la retirada del ejército prusiano.