El principal río del municipio es el río Yaqui, que la atraviesa en sentido este-oeste procedente del vecino municipio de Cajeme y continuando hacia los de Guaymas y San Ignacio Río Muerto, el río es ampliamente aprovechado para el desarrollo de la agricultura de riego, encontrándose en una las zonas más ricas del país para el desarrollo de dicha actividad, numerosos canales atraviesan el municipio distribuyendo las aguas del río.