También los trenes mercantes que tienen Madrid como lugar de paso y quieren pasar de la línea Madrid-Irún a la línea Madrid-Levante/Andalucía o Madrid-Extremadura usan el Pasillo Verde Ferroviario fuera del horario de servicio de cercanías (por la noche) mientras que por el día utilizan las vías de contorno entre Pitis y el nudo de Fuencarral por el norte y entre el nudo de Fuencarral y el de Villaverde Bajo por el este.