El pueblo de Guatavita perduró hasta el 15 de septiembre de 1967, cuando se inundó la cabecera para la regulación de volúmenes de agua del río Bogotá, el control de inundaciones sobre la Sabana de Bogotá, entre otros, razón por la cual la cabecera municipal de Guatavita fue trasladada en 1967 al lugar de su actual ubicación, donde se construyó una población moderna de aspecto colonial.