Siguió trabajando como profesor de la Escuela de Derecho de la Universidad de Chile hasta que en 1906 fue elegido Rector, cargo que ocupó hasta 1913, y en el cual se dio amplia cabida a la investigación, siendo obras importantes de su período la creación del Laboratorio de Psicología Experimental y el Servicio Sismológico y la fundación de la Federación de Estudiantes de la Universidad de Chile (FECh), entre otros.