La universidad cuenta con tres centros sanitarios en Madrid, la Clínica Universitaria Odontológica Alfonso X el Sabio, la Policlínica Universitaria Alfonso X el Sabio y el Centro Odontológico de Innovación y Especialidades Avanzadas; así como un hospital veterinario en Villanueva de la Cañada y el Hospital Clínico Veterinario UAX, todos ellos con un doble objetivo docente y asistencial.