Una segunda fase constructiva empezó en 1560, en tiempos del V Conde de Feria, Gomes III Suárez de Figueroa y Córdoba y se prolongó hasta 1590, ya en época ducal, y ella se levantó la nave de la iglesia y la torre quedando pendiente a su finalización el remate de la misma, siendo maestro de la obra al menos desde 1570 el maestro Andrés de Maeda, yerno de Juan García.