También están en depósito seis fragmentos de las pinturas murales de la ermita de San Baudelio de Berlanga que el Metropolitan dejó en depósito indefinido en 1957, a cambio del ábside de la iglesia de San Martín de Fuentidueña, un "San Jerónimo penitente" de el Greco y taller propiedad de la Comunidad de Madrid y tres tondos con alegorías de Goya, "La Agricultura", "El Comercio" y "La Industria", depositados en 1932 por el entonces Ministerio de Marina, en un intercambio de obras con el Museo.