Los órganos de gestión, donde los usuarios del agua tienen un papel preponderante, son: la Junta de Explotación, que tiene como función el coordinar la explotación de las obras hidráulicas y de los recursos de agua de un río o tramo de río o unidad hidrológica; y la Comisión de Desembalse, que delibera y fórmula propuestas sobre el régimen de llenado y vaciado de los embalses de la cuenca.