Por iniciativa del obispo Bernardo Manrique, en 1554 el maestro mayor de la catedral Diego de Vergara dio las instrucciones para comenzar obras de gran envergadura que consistieron en el derribo de la nave mayor desde el arco toral y en la prolongación de la iglesia en doce varas; además, se suprimieron los arcos apuntados por otros de medio punto sobre pilares.