Fue reconocida por sistemas de clasificación modernos como el sistema de clasificación APG III del 2009 y el Angiosperm Phylogeny Website (2001 en adelante), si bien su circunscripción varía con los sistemas de clasificación, hoy está aceptado que para que Potamogetonaceae se mantenga monofilética, "Ruppia" debe ser escindida de esta familia conformando su propia familia Ruppiaceae, mientras que se mantienen en la familia los géneros que en otras clasificaciones fueron ubicados en Zannichelliaceae.