En la temporada 1998/99, Seaman jugó todos los partidos (38) recibiendo solo 17 goles, un récord que aún no ha sido superado, pero la temporada1999/2000 fue la peor de Seaman en el club, ya que sufrió muchas lesiones y no estuvo al 100% de sus condiciones, de todas formas jugó frente al Galatasaray la final de la Copa UEFA del año 2000, donde tras empatar 0-0 el equipo turco venció al Arsenal en los tiros desde los doce pasos.