Los indígenas precolombinos llamaban “Chorotega”, a esta entrada de agua, pero en 1522, el descubridor español Andrés Niño, piloto del conquistador español Gil González Dávila, que buscaba una ruta marítima que comunicara el océano Atlántico y el océano Pacífico, lo bautizó “Fonseca”, en honor al obispo Juan Rodríguez de Fonseca, primer organizador de la política colonial española en las Indias.