Juárez tuvo que huir a Guanajuato, donde fue nombrado presidente oficialmente y trató de organizar su gobierno, integrando en su gabinete en Relaciones y Guerra a Melchor Ocampo, en Justicia a Manuel Ruiz, en Hacienda a Guillermo Prieto, Fomento a León Guzmán, como jefe del ejército a Anastasio Parrodi y poco después nombró a Santos Degollado como ministro de gobernación.