La investigación judicial se realizó mediante dos causas, ambas a cargo del juez Galeano, la llamada "Causa AMIA" (nº 1156) abierta el día del atentado, que tuvo como único detenido a Carlos Alberto Telleldín y la llamada "Causa Brigadas" (nº 1598), abierta en octubre de 1995, en la que estuvieron varios años detenidos los policías bonaerenses Juan José Ribelli, Raúl Edilio Ibarra, Mario Roberto Bareiro, Anastasio Ireneo Leal, Bautista Alberto Huici, Jorge Rago, Alejandro Burguete, José Miguel Arancibia, Oscar Eusebio Basigalupo, Marcelo Gustavo Albarracín, Claudio Araya, Daniel Emilio Quinteros, Víctor Carlos Cruz.