En 2004 pasa ya a la Audiencia Nacional en calidad de magistrado sustituto del juez Baltasar Garzón en el Juzgado Central de Instrucción nº 5, donde se dio a conocer a nivel nacional, ya siendo conocido como instructor en la ciudad de la que es natural, y de la que decidió partir a la capital presionado por las amenazas de la banda terrorista ETA.