Tres ríos de importancia riegan su territorio, el primero es el río Suchiate que sirve de límite fronterizo con Guatemala, además el río Cahuacán y el río Cozalapa, todos estos ríos descienden a la planicie desde la Sierra Madre de Chiapas, y en ocasiones lluvias torrenciales los han hecho desbordar y causar grandes daños a las poblaciones de la llanura, como ocurrió en el año 2005 tras las lluvias provocadas por el Huracán Stan.