Aparte de tal cantidad de obras perdidas, sí conservamos su "Commentarius in Psalmum CXXX", publicado en Lovaina en sus años juveniles; "Parecer del Maestro fray Cipriano sobre el asiento y capitulaciones que su Majestad hizo con Fernando Ochoa sobre la conducción de esclavos a las Indias" (manuscrito del Archivo de Simancas fechado en 1553); "Carta a Don Antonio de Ochoa, ayo del Príncipe don Carlos" (manuscrito del archivo privado de la casa ducal de Cadaval fechado en 1554; otro ejemplar en la Biblioteca de la Real Academia de la Historia.