El principal río del municipio es el río Asunción que recorre el centro del territorio en sentido este a oeste hasta su desembocadura en el Golfo de California, su principal afluente el río Magdalena que se une al Asunción en el extremo este del municipio, son afluentes del Asunción además el Arroyo el Coyote y el Arroyo el Plomo, así como numerosas corrientes menores que descienden de las serranías únicamente en época de lluvias.