Ya para el segundo semestre con la salida de Costas y la llegada del técnico uruguayo Gerardo Pelusso, Seijas toma un rol de líder en la mitad de la cancha, y retoma su mejor nivel y lleva a Santa Fe hasta los cuadrangulares de Liga Águila, la final de la Copa Colombia, donde Santa Fe quedó sub-campeón, y fue figura del conjunto cardenal en la Copa Sudamericana, donde fue fundamental para que Independiente Santa Fe se coronara campeón por primera vez de un torneo continental.