Sin embargo, de todas las provincias de la Capitanía, San Salvador era la que recibía la influencia más directa por parte de la metrópoli guatemalteca, la cual no siempre era beneficiosa.Esto dio lugar a que las relaciones políticas entre ambas provincias fueran tensas, por la existencia de intereses en juego y la presencia de los grupos sociales de más base económica en el Reino.