El protagonista se une al grupo ""Specialized Extracurricular Execution Squad"" (Unidad Extraescolar Especializada en Ejecuciones -de sus misiones-, SEES), y con sus compañeros, lucha contra la amenaza de las sombras, y a la vez que exploran el Tartarus, una extraña y gigantesca torre repleta de peligros en la que se transforma la escuela durante la Dark Hour.