Terminada la guerra el Colegio Militar siguió funcionando hasta el inicio de la Guerra de Reforma en el cerro pero ya sin cuartel militar, es por esto que el bosque se deja semi abandonado, lo que genera una zona de refugio para los delincuentes que atacan a los viajeros que debían ir por el camino que provenía de Tacubaya y pasaba al oriente del cerro, por esta misma época se refuerzan las noticias sobre ataques de bestias salvajes en el bosque y las inmediaciones del mismo, sobre todo al poniente del bosque donde se inician las barrancas de la Sierra de las Cruces, las cuales provenían desde la época virreinal.