El curso y la longitud de este río (que es el segundo mayor afluente del Uruguay) ha sido considerado de dos modos diversos: según la longitud y caudal ó según el valle-falla principal que recorre; en el primero de los casos el "brazo Sur" del Ibicuy nace en el nudo orográfico de Santa Tecla recibiendo primero el nombre de Santa María, luego de Cacequí, mientras que el brazo norte discurre longitudinalmente de Este a Oeste por un valle desde la cumbrera que fue llamada "Montegrande" o "Cuchilla de Santa Ana y Sierra de los Tapes" (sus nacientes se ubican en tal caso a poca distancia al sureste de la Guardia de San Martín) con el nombre de río Ibicuí-Mirim (Ibicuy Menor) cuya desembocadura se ubica en Cacequí; si se considera solo el tramo en donde confluyen el Ibicuí-Mirim y el río Santa María la longitud del Ibicuy es de 290 km; tras el Río Negro este es el mayor afluente del río Uruguay.