Luego de varios años de funcionamiento, el estamento de la UNH, se alzó en protesta por la demora para su institucionalización, hubo toma de local y una marcha multitudinaria hacía la Asamblea Nacional de Rectores en Lima, acto seguido se autorizó el proceso definitivo de institucionalización en un plazo de 100 días, obteniendo de esta manera la autonomía universitaria en el año 2000.