Desde 1965, inició la conformación de las colecciones artísticas, recuperando de científicos y coleccionistas privados, como Luis Felipe Borja, Luis Cordero Dávila, Wilhem Baum, Víctor Mena Caamaño y otros, las más asombrosas obras de arte colonial y republicano, con una existencia de 5.261 obras de escultura, pintura, grabados, muebles, textiles, orfebrería y joyería, porcelana, cristales y más artes decorativas coloniales y republicanas, todo lo cual ha afirmado nuestra identidad mestiza, fruto incomparable del sincretismo europeo-americano.