Don Pedro no dejó sitio al fracaso de su reciente fundación, ya que eligió para el equipo directivo del Colegio a tres expertos de plena confianza: Juan de Marquina, antiguo Rector del San Bartolomé de Salamanca; Diego de Muros, su propio secretario; y Juan de Foncea, su representante ante el Concejo y la Universidad de Valladolid.