En el año 2003 Fernando tiene dificultades para mostrar el nivel del año 2002 pero aun así logra llegar a los cuartos de final de Roland Garros, perdiendo frente al N° 3 del mundo, el español Juan Carlos Ferrero y alcanzaría la final en los torneos de Washington, derrotando a Mario Ancic y a Andre Agassi, pero siendo derrotado por Tim Henman, y en Metz, derrotando a David Ferrer y perdiendo con Arnaud Clément.