El territorio que hoy es el departamento estuvo habitado por la civilización Maya-Chortis en el occidente y norte; y Lenca por el extremo sur, su nombre Copán, es debido al cacique Copán Galel guerrero que defendió sus tierras antes de la colonización española, este territorio fue jurisdicción de la ciudad colonial de Gracias a Dios y hasta el 28 de mayo de 1869, lo fue del departamento de Lempira, en esta fecha fue creado oficialmente del Departamento de Copán y nombrada como cabecera a la ciudad de Santa Rosa de Copán, en la administración del capitán general don José María Medina.