Finalmente en la madrugada del día 22, la alta cúpula militar, ante el rechazo y fracaso en obtener reconocimiento internacional, obligó a Mendoza a renunciar y a apoyar al Vicepresidente Gustavo Noboa y al orden constitucional, por lo que fue posesionado Noboa como Presidente al día siguiente por el Congreso, aduciendo el abandono del poder por parte de Mahuad y dando lugar al arresto de los líderes del golpe, quienes fueron amnistiados por el Congreso durante la administración de Noboa.