En 1793 comenzó una famosa polémica, llamada la polémica sobre el espinozismo, que empieza con una serie de cartas de él a Moses Mendelssohn sobre una conversación que mantuvo con Gotthold Ephraim Lessing, en la que este le confesaba, poco antes de morir, que era espinozista, confesión por la que Jacobi sostenía que toda la Ilustración era, en el fondo, espinozista.