En el interior destaca su claustro de doble arcada sobre columnas, en torno al cual se encuentran: la caja de la escalera (en la que también se halla la antigua cárcel de los estudiantes) y el Paraninfo, de planta cuadrada, con graderío y artesonado de madera, y decorado con cuadros de la Santísima Trinidad, del fundador Rodrigo López, de San Juan de Ávila y de Diego Pérez de Valdivia.