Tres años después, en mayo de 2001, con una coyuntura diferente ya que ETA había vuelto a cometer atentados mortales, Askatasuna sí se presentó a las elecciones autonómicas del País Vasco en los tres territorios que conforman dicha comunidad autónoma, siendo su cabeza de lista por Guipúzcoa Jokin Aranalde Olaondo, encausado posteriormente en 2002 por colaboración con banda terrorista y a fecha de 2009 fugado de la justicia.