El 25 de noviembre de 2000, Juan Pablo II lo nombró prefecto de la Congregación para las Iglesias Orientales y Canciller del Pontificio Instituto Oriental: renunciando al patriarcado y le fue otorgado el título de patriarca ad personam, el 8 de enero de 2001 y pocas semanas después el pontífice romano le elevó a la dignidad cardenalicia.