Dentro de las muchas acusaciones en su contra está la sentencia establecida por el Tribunal Superior de Antioquia, Pedro Antonio Marín junto con la cúpula de las FARC, son responsables del secuestro y muerte del ex ministro de defensa, Gilberto Echeverri Mejía, el ex gobernador de Antioquia, Guillermo Gaviria Correa y de ocho militares.