Sin embargo su construcción se realizó más tarde, entre 1558 y 1570 a expensas de la Condesa de Niebla y regente de los estados de la Casa de Medina Sidonia, Leonor de Sotomayor y Zúñiga, que junto a su esposo, Juan Claros Pérez de Guzmán y Aragón, están enterrados en la capilla mayor del templo.