Tras el estallido de la Segunda Guerra Mundial, Haushofer se unió a la oposición conservadora nucleada en torno al ministro de finanzas prusiano Johannes Popitz; conectó también con Peter Yorck von Wartenburg y Helmuth James, Conde de Moltke del Círculo de oposición de Kreisau, así como con miembros de la Orquesta Roja, cuyos líderes berlineses Arvid Harnack y Harro Schulze-Boysen habían estudiado también en la "Hochschule für Politik".