Debido al incremento y diversidad de asuntos a tratar, en tiempos de los Reyes Católicos se había dividido el Consejo en secciones que se convertirían en Consejos independientes, en 1494 se instituyó el Consejo de Aragón, en 1483 el Consejo de la Inquisición, en 1498 el Consejo de Órdenes, y en 1509 el Consejo de Cruzada, pero sería Carlos I quien dio el impulso al sistema de Consejos.