Tres años más tarde continúan las obras de la capilla central y de gran parte de la cabecera de la iglesia, según parece por otro mandamiento del visitador del año 1546, ordenando "que se haga la capilla del crucero y se cierre con su techo en veniendo março, y que hecha se pasen las tapias más adelante en la dicha capilla con las cuales quedará cerrada toda la iglesia...