En el artículo 54 de la Constitución del 20 de enero de 1939,que había sido emitida principalmente para permitir la reelección presidencial de Maximiliano Hernández Martínez, se dispuso que los establecimientos educativos costeados o subvencionados con fondos públicos serían organizados y controlados directamente por el Órgano Ejecutivo, con lo cual quedaba anulada de nuevo la autonomía universitaria de la UES; si bien las mismas fuentes referidas a la historia de la alma máter citan erróneamente al artículo 155 de esa Ley Fundamental,que realmente se ocupaba de la administración de los fondos públicos.Posteriormente, la misma Asamblea Constituyente que aprobó esa Ley Suprema, en consonancia con dicha disposición constitucional, estableció que el Órgano Ejecutivo asumiría la organización y control de la Universidad de El Salvador, mediante Decreto Legislativo No.