Una vez llegadas a Madrid las noticias sobre la reducción y pacificación de Nápoles, el Rey cursó órdenes para que don Juan ocupara el gobierno de Nápoles, pero éste no aceptó, quizás por orgullo o soberbia, por haber deseado ocupar el cargo desde la marcha de Arcos, o bien por deseo expreso de abandonar la ciudad partenopea.