Del mandato de su padre heredó el problema de las Alteraciones de Aragón –culminación de una serie de desencuentros crecientes entre las instituciones aragonesas y el absolutismo real– durante las cuales Antonio Pérez, exsecretario de Felipe II (I de Aragón), caído en desgracia del rey en circunstancias aún hoy no aclaradas completamente –se le acusó entre otras cosas del asesinato de Escobedo, secretario de Juan de Austria– por su condición juridíca de aragonés se acogió al derecho de Manifestación de los Fueros de Aragón que le permitían ponerse bajo la protección del Justicia, en la cárcel del justiciazgo, donde no podía ser maltratado ni sometido a tortura, en tanto se le sustanciaba un proceso con garantías jurídicas.