Vera se casó tres veces, la primera con Francisca de Hinojosa, con la que tuvo a Martín de Vera; la segunda hacia 1460 con Beatriz de Hinojosa, de familia acomodada y con la que tuvo a Diego Gómez de Vera, Francisco de Vera, Hernando de Vera y Rodrigo de Vera, conquistadores de Gran Canaria, Catalina y Jorge de Vera, canónigo; y la siguiente hacia 1488 con Catalina de Zurita, hija del maestresala de Juan II de Castilla y su embajador en Granada Diego Fernández de Zurita, y viuda del veinticuatro de Sevilla Pedro Fernández Cabeza de Vaca.