El sistema de puntos del Tour de Francia 1905 resultó bastante positivo para reducir las trampas hechas por los ciclistas, por lo que los organizadores decidieron volver a emplear nuevamente en 1906, aunque con algunos cambios: mientras en 1905 las diferencias de tiempo tenían algún efecto en la distribución de los puntos, en 1906 las diferencias de tiempo no eran compatibilizadas, y los puntos sólo se daban con el orden en que finalizaban la etapa los ciclistas.