Las riveras del río Fuerte, desde la época prehispánica y hasta la creación de presas y embalses en su curso, fueron el área que concentró la población de una región de clima muy seco; los centro de población más antiguos de la región se encuentran a uno y otro lado de su cauce: pueblos indígenas como El Máhone, Vivajaqui, Boca de Arroyo, Bateve, San Blas, San Miguel Zapotitlán, entre otros, y la ciudad de El Fuerte de la que toma su nombre.