El disco continúa con la historia de "Mindcrime", que trata sobre Nikki, un adicto a las drogas y asesino político revolucionario antes de su desilusión y posterior arresto por el asesinato de la Sor Mary, una prostituta transformada en monja, al final de Operation: Mindcrime, perdiendo de a poco su cordura ya que desconoce quién mató a Mary y se había encariñado con ella antes de su muerte.