Stan Lee estuvo a cargo de la producción durante los primeros 19 números, que contaban las aventuras de los X-Men luchando contra el grupo de villanos liderados por Magneto denominado Hermandad de Mutantes Diabólicos, que incluía personajes como la Bruja Escarlata y Quicksilver; contra los centinelas (gigantescos robots programados para destruir a todos los mutantes) y su creador Bolívar Trask; y contra el Juggernaut (el hermanastro de Xavier que, adquiriendo poderes gracias a una joya mística, busca venganza contra él).