José Manuel Rivera salió de las fuerzas básicas del Atlas de Guadalajara donde no tuvo mucha suerte, tiempo después perteneció al Club Pachuca donde nunca pudo debutar en la Primera División de México: hasta que en 2006 surgió la posibilidad de emigrar a la Corgoň Liga, la máxima categoría de la liga de fútbol de Eslovaquia con el Spartak Trnava.