Los vitrales de la nave mayor, corresponden, a la izquierda: Papa Pío XII (erigió la Diócesis) y su escudo; el Obispo Arturo Vélez Martínez (Primer Obispo) y su escudo; san Agustín (padre de la Iglesia Latina); a la derecha: san Pío X, el escudo del Papa Juan XXIII, el busto del Papa, el escudo del Seminario Diocesano de Toluca y san Gregorio Magno.