Después de trabajar en varios programas de televisión y producciones de teatro y cine, incluyendo la compañía teatral TheatreSports del Rapid Fire Theatre y en la telenovela improvisada "Die-Nasty", Fillion se trasladó a Nueva York en 1994 y actuó en la telenovela "One Life to Live" como Joey Buchanan, por la que fue nominado en 1996 a un Daytime Emmy Award en la categoría de "Mejor Actor Joven".