Según la segunda fuente, era hijo de Juan Manuel de Villena y Suárez de Figueroa y de Juana de la Vega, casó con Catalina de Rojas y tuvo cuatro hijos: Lorenzo Manuel, Rodrigo Manuel, Pedro Manuel y Aldonza Manuel de Villena de Rojas (el Manuel, pues, se usaba como apellido, no como parte de un nombre compuesto).