La rápida reacción del ejército español con el reclutamiento de un ejército de 30.000 hombres bien pertrechados, entre ellos muchos de los comuneros vencidos en su guerra interna para redimir su pena, y los errores del general Aparrots que se dirigió con el grueso de las tropas a sitiar Logroño sin afianzar la recuperación del reino, llevaron a que en la batalla de Noáin se produjera una derrota de los navarro-gascones y por tanto la pérdida de la independencia de Navarra.