En la guerra civil entre Enrique IV y el infante Don Alfonso (1465-68), el señor de Rute apoyó a este último, por lo que el monarca revocó la donación otorgándola a Diego Fernández de Córdoba, señor de Baena y primer Conde de Cabra, por la ayuda prestada en la toma de Écija, dinastía que ejercería un poder casi absoluto en la localidad a lo largo de la Edad Moderna.