Aún así en muchos lugares los amos se rehusaron a dejar ir a los esclavos de manera pacífica, esto desencadenó en la guerra civil de 1851, en la que explotó la insurrección en el Cauca y Pasto encabezada por líderes conservadores Manuel Ibáñez y Julio Arboleda con el apoyo del gobierno ecuatoriano de tendencia conservadora.