Como magistrado ponente de la Sala Constitucional, Gaona enfrentó a los carteles de narcotraficantes en Colombia, especialmente debido a su posición sobre la constitucionalidad del Tratado de Extradición entre Colombia y los Estados Unidos, de quien muchos consideran el cerebro de su interpretación jurídica, lo que lo enfrentó al capo Pablo Escobar, jefe del Cartel de Medellín.