El río nace a unos 3.512 msnm en los páramos de Veriguaca en donde se le conoce como río Zarzales y al alcanzar la población de Las Tapias pasa a denominarse como río Mocoties, continua su curso hacia el noreste hasta unirse con el río Chama recorriendo unos 120 km de longitud y formando una extenso y poblado valle denominado el Valle del Mocoties.