Fue establecida por decreto presidencial en junio de 1993, y su Primer Programa de Manejo publicado tres años después Su objetivo es “Conservar y proteger los ecosistemas representativos de la región, la biodiversidad, los procesos evolutivos, los hábitats de reproducción, desove, migración y alimentación de especies marinas de importancia ecológica y comercial y, sobre todo, las especies endémicas y/o en peligro de extinción como la vaquita y la totoaba”.