Ese año, EE se integró en el Partido Socialista de Euskadi-PSOE, cuya denominación pasó a ser Partido Socialista de Euskadi-Euskadiko Ezkerra (PSE-EE), por el que Onaindia fue senador por Guipúzcoa en 1996, quinta y sexta legislaturas, y presidente del PSE-EE de Álava hasta su muerte.