Mientras tanto, el Papa se negó a aceptar los requerimientos de Napoleón, ya que no quería convertirse en un títere del gobierno francés: se negó a tocar los 2 millones en ingresos que garantizaban el traspaso de Roma al Imperio, así protestó por la conducta de Napoleón y rechazó aceptar los nombramientos de los obispos hechos por el emperador en Francia.