Desde el comienzo, el gasoducto tuvo que enfrentarse a problemas ambientales, ya que el trazado partiría en dos 160 km del Bosque Seco Chiquitano, considerado como “primario” por el gobierno boliviano, aspecto que generó la oposición de varias organizaciones nacionales e internacionales, por los impactos socioambientales que podría causar a nivel regional, incluyendo la afectación de 100 km de pantanal.