Tras el breve ejercicio de la presidencia por parte del General Guzmán, este la cede al Licenciado José María Peralta, entonces primer designado; este periodo fue un poco turbulento debido a los rumores de una posible invasión de parte de Santín desde Honduras; tanto que el 3 de marzo de 1859 los músicos de la banda militar de San Salvador, encabezados por Antonio Tortola se rebelan, apoderándose del cuartel de Santo Domingo y de los almacenes de guerra; aunque el movimiento fue sofocado, provocó que el General Barrios se desplazara desde San Miguel, y al llegar a San Salvador se le pide que se hiciera cargo de la presidencia, hecho que se hizo efectivo el 12 de ese mes, cuando el licenciado Peralta deposita la presidencia.