Su propia jerarquía está encabezada por el patriarca de Alejandría de los coptos ("Patriarcha Alexandrinus Coptorum") (desde el 18 de enero de 2013 es Abrahán Isaac Sidrak), quien tiene las oficinas de su patriarcado en el suburbio de Saray El Koubbeh en El Cairo, Egipto, aunque la catedral de su eparquía propia ("iglesia de Nuestra Señora de Egipto") se halla en el suburbio de Ciudad Nasr.