Ha sido puesta en cuestión, criticada y desmentida por antropólogos e historiadores, tanto por los argumentos de diferencias raciales que sustentan la hipótesis, como por lo incongruente de identificar a los pueblos prexistentes como miembros de una nacionalidad todavía no constituida , así también por la fuerte impronta y uso político de la hipótesis en el marco de la justificación del genocidio perpetrado por los estados chileno y argentino a finales del siglo XIX, bajo los nombres de "Pacificación de la Araucanía" y "Conquista del Desierto", y el actual conflicto mapuche.