Inmediatamente por debajo del Consejo de Administración se sitúa el consejero gerente, que administra las dos ramas principales del organismo: direcciones (administración y medios, Colecciones Reales, inmuebles y medio natural y actos oficiales y culturales) y delegaciones (El Pardo, San Ildefonso, Aranjuez, San Lorenzo de El Escorial, San Jerónimo de Yuste y Reales Patronatos).