La Cuchilla Grande divide a las cuencas de la laguna Merín y el Río Negro, el río Yaguarón que separa a Cerro Largo de la República Federativa del Brasil, es el río más caudaloso del Departamento en el que se encuentran a sus orillas las ciudades de Río Branco (Uruguay) y Yaguarón (Brasil), sus principales afluentes son el arroyo de las Cañas, el arroyo Sarandí de Barcelo y el arroyo Sarandí.