Las distintas confesiones protestantes españolas vieron estimuladas a constituir conjuntamente esa institución (10 de noviembre de 1992) para posibilitar el diálogo con el Estado español, dado que se consideró al protestantismo como una de las religiones de notorio arraigo, condición que comparte con el islam y el judaísmo (no obstante, cada una de las confesiones tiene que inscribirse separadamente en el Registro de Entidades Religiosas del Ministerio de Justicia).