El gobierno de Marroquín apoyó el tratado pero el senado de Colombia lo rechazó, lo que desató la furia del gobierno estadounidense, el cual decidió apoyar a Panamá en sus intenciones separatistas y proclamó el 3 de noviembre de 1903 la separación del istmo de Panamá, mediante carta de notificación a la cancillería colombiana, ubicando buques de guerra en territorio panameño a fin de evitar una respuesta militar de Colombia.