Su gestión duró solamente dos años, pues renunció a su cargo en 1999 para contender nuevamente por la presidencia de la república en las elecciones del año 2000, compitiendo al interior del PRD con Porfirio Muñoz Ledo, quien al no obtener la candidatura, fue postulado por el PARM declinando al final de la campaña por el candidato Vicente Fox.