En 1999, Kisangani fue el escenario de las primeras escaramuzas entre los dos aliados (en lo que se llamó la "guerra de los 3 días", 15 al 17 de agosto de 1999), que siguieron al final de la coalición anti-gubernemental del Rassemblement congolais pour la Démocratie (RCD) en dos facciones con sede en Kisangani y en Goma.