Durante el intento de destituir al virrey Liniers ocurrido el 1 de enero de 1809 y conocido como asonada de Álzaga, el tercio estuvo entre las unidades que se opusieron al virrey, por lo que al ser dominada la rebelión el Tercio de Miñones fue virtualmente disuelto y desarmado, y sus jefes arrestados.