Si bien es cierto que se inauguró en 1887, su inicio fue pospuesto a causa de la Guerra del Pacífico, ya que durante la ocupación chilena de Lima gran parte de los libros de la Biblioteca Nacional fueron sustraídos y llevados a Chile como botín de guerra; este suceso forzó que Ricardo Palma priorice la reconstrucción de la Biblioteca dejando de lado la idea de inaugurar años antes la APL.