La principal corriente del municipio es el rio de los Perros que cruza por su extremo sur pasando por las afueras de la cabecera municipal, existen además numerosos arroyos que descienden desde las elevaciones del norte de territorio hacia éste mismo río; la gran mayoría del territorio de Asunción Ixtaltepec pertenece a la "Cuenca de la Laguna Superior e Inferior" de la "Región hidrológica Tehuantepec", mientras que su extremo norte forma parte de la "Cuenca del río Coatzacoalcos" de la "Región hidrológica Coatzacoalcos".