Manuel era hijo de José María de Semprún y Álvarez de Velasco, senador electo y vitalicio y vicecónsul de Portugal (además de consejero de la Compañía del Ferrocarril del Norte de España, Comendador de la Real y Distinguida Orden Española de Carlos III, Comendador de la Orden de Nuestra Señora de la Concepción de Villaviciosa y Caballero-Gran Cruz del Cristo de Portugal), y de Carmen Pombo Fernández de Bustamante, ésta descendiente del Marqués de Bustamante y sobrina de Juan Pombo Conejo, I Marqués de Casa-Pombo (su padre Manuel Pombo Conejo era hermano del anterior); y prima, por tanto, de Arturo Pombo de Villameriel, II Marqués de Casa-Pombo, éste hijo del anterior.