Cuenta esta institución con una de las mejores bibliotecas de libros raros en español, (copias únicas y primeras ediciones de obras tan significativas en la historia y en la literatura españolas, como "Tirant lo Blanc", "La Celestina", "El Quijote" y casi toda la obra de Sor Juana Inés de la Cruz), 250 incunables y la colección de manuscritos hispánicos más extensa fuera de España; destaca en especial la literatura novohispana con una extensísima selección de catecismos y diccionarios de las lenguas amerindias; hay además fueros medievales, cartas hológrafas reales y de navegación, biblias iluminadas, libros de horas y documentos históricos y literarios.