Retornó a El Salvador en 1835 donde fue electo como diputado y presidente temporal de la legislatura ordinaria de ese año, pero fue acusado por sus antiguos compañeros liberales de conspirar contra el gobierno, razón por la cual fue capturado y enviado a prisión a Costa Rica desde marzo de 1836 hasta 1838, posteriormente tras su liberación se reintegró al ejército como comandante militar y gobernador de San Miguel siendo luego ascendido a jefe de la División de Oriente, desde ese cargo solicitó su pase de retiro a finales de 1839 para retirarse a su propiedad rural Corlantique.