Tras el derrocamiento de sus dos aliados, y considerando que tenía poco apoyo en el resto del país, retiró su candidatura y estableció una alianza con Domingo Faustino Sarmiento, integrando la fórmula para la presidencia y vicepresidencia de la República, que triunfó en las elecciones de 1868; buena parte de los votos de Sarmiento fueron, en la práctica, aportados por partidarios de Alsina.