Actualmente, con la construcción de la Línea 12 del metro, Zapotitlán cuenta con la estación que lleva el mismo nombre, teniendo como próximas estaciones al poniente a Nopalera y al oriente Tlaltenco, a partir del 12 de marzo de 2014 dicho servicio permaneció parcialmente suspendido del tramo Atlalilco a Tláhuac y reemplazado temporalmente por el servicio de RTP.