Alcaloides: Son bien conocidos los alcaloides isoquinolínicos presentes en la familia: derivados de la berberina, de la tetrahidroberberina, de la protopina y de la benzofenantridina en Papaveroideae, y de la espirobenzilisoquinolina y de la cularina en Fumarioideae, así como de otros grupos que les dan conocidas propiedades farmacológicas: derivados de la aporfina, del morfinano, de la pavina, de la isopavina, de la narceína y de la roeadina.