Bien pronto se ordenó que se levantase un nuevo templo, de proporcionada suntuosidad a la grandeza de la Colonia más, más esta nueva fábrica tropezó con tantos obstáculos para su comienzo, con tantas dificultades para su prosecución, que el templo viejo vio pasar en sus naves estrechas suntuosas ceremonias del virreinato; y solo cuando el hecho que las motivaba revestía gran importancia, preferíase otra iglesia, como la de San Francisco, para levantar en su enorme capilla de San José de los Indios el túmulo para las honras fúnebres de Carlos V.