Entre 2000 y 2002 volvió a La Moneda como director de Coordinación Interministerial y entre 2002 y 2003 como subsecretario general de la Presidencia, participando de la gestión del gobierno y en especial del diseño de las reformas sociales del presidente Lagos como el seguro de desempleo, la reforma de la salud, la reforma laboral, la reforma a las ayudas estudiantiles, el programa Chile Solidario, así como la creación de la nueva institucionalidad cultural.