Como soldado, se enrola en las huestes del navarro Pedro de Ursúa y primeramente participa en la pacificación de los indígenas de la zona y en la fundación de la Pamplona andina; después de esta fundación, Ursúa marchará al territorio de los indios muzos y Juan Esteban le sigue en su periplo y participará en varias acciones como soldado de avanzadilla, interviniendo también en la fundación de Tudela de los Muzos, de efímera vida.