La Junta Consultiva Nacional tuvo actuaciones que han sido polémicas, como la jura de la nueva Constitución sancionada durante el régimen militar con importantes proscripciones políticas (Reforma de 1957) y la convalidación de los fusilamientos de los militares y civiles que participaron en una sublevación contra la dictadura, realizada en 1956 y liderada por el general Juan José Valle.