Eldorado cuenta con todos los niveles educativos, destacándose la Facultad de Ciencias Forestales, de la Universidad Nacional de Misiones, donde se ofrecen las carreras Ingeniería Forestal, Ingeniería Agronómica, Ingeniería en Industrias de la Madera, Profesorado en Biología y Técnico Universitario Guardaparque (esta se cursa en la localidad de San Pedro).