En el año 2000 fue elegido como Científico del Año en California, uno de los más importantes honores concedidos a Marcy y precursor de otros muchos más: Premio Beatrice Tinsley de la American Astronomical Society (2002), selección como miembro de la Academia Nacional de Ciencias de Estados Unidos (abril de 2002), Científico Espacial del Año para Discovery Magazine (2003), Premio Shaw (2005) y elección como integrante de la Academia Estadounidense de las Artes y las Ciencias (2010).