Se casó con Francisco Esteban de Lorena, el futuro Francisco I del Sacro Imperio Romano Germánico, y tuvo con él 16 hijos, entre ellos las reinas María Antonieta de Austria y María Carolina de Austria, la duquesa María Amelia de Habsburgo-Lorena y dos emperadores del Sacro Imperio Romano Germánico: José II y Leopoldo II (ambos cogobernantes de Austria y Bohemia, junto con su madre).