Los nucleosomas asociados con regiones de heterocromatina presentan metilación H3K9 y están hipoacetilados (es decir, presentan pocos grupos acetilo -CO-CH3 asociados), mientras que los nucleosomas de las regiones de eucromatina portan metilación en H3K4 (en lisina4 de la histona H3) y están hiperacetilados.