Mientras Fox se encontraba en Sauria, la ciudad de Corneria estaba siendo atacada por los aparoides, ellos habían colocado nulificadores de radar por toda la ciudad, de manera que Fox tuvo que ir a pie para destruirlos; una vez destruidos llega el equipo Star Wolf para ayudar al equipo Star Fox en la batalla, ellos tienen que enfrentar al General Pepper quien había sido poseído por los aparoides, finalmente logran derrotarlo, el General Pepper casi muere durante el proceso pero Peppy logra salvarlo.