En su tercera patrulla de combate, partió el 2 de octubre de 1939 desde Kiel de nuevo con Bauer al mando con rumbo a las islas Orcadas con instrucciones de transmitir mensajes de radio que dieran la impresión de que el U 47 de Günther Prien había abandonado la zona de Scapa Flow, tras lo cual retornó a Alemania el 19 de octubre de 1939.