El 11 de enero de 2017 fueron eliminados, por tercera vez consecutiva, por el FC Barcelona en Copa.El 19 de febrero, en la derrota por 2-0 ante el Valencia CF, se convirtió en el entrenador que más partidos había dirigido al Athletic Club (290), al superar a Javier Clemente.El 23 de febrero fue eliminado sorprendentemente por el APOEL en dieciseisavos de final de la Liga Europa.El 14 de abril, en la victoria por 5-1 ante la UD Las Palmas, alcanzó su partido número 300 al mando del Athletic Club.