Aparecieron serias disputas por la posesión de las tierras y del ganado, dando lugar a la serie de tres guerras khoikhoi-holandeses: la primera en 1659, la segunda en 1673 y la tercera entre 1674 y 1677, en donde los holandeses tenían superioridad en cuanto al uso de caballos y armas de fuego, y en donde eventualmente los khoikhoi fueron sometidos además de afectados por las enfermedades europeas como el sarampión y la viruela.