El municipio de Baviácora se localiza en la zona centro del estado de Sonora, al oeste de la Sierra Madre Occidental en su paso por ese estado, entre los paralelos 29°25' y 29°48' de latitud norte y los meridianos 109°57' y 110°20' de longitud oeste del meridiano de Greenwich, con una elevación mínima de 500 metros sobre el nivel del mar y una máxima de 1,800.