Desde la Concordia de Villafáfila (27 de junio de 1506) quedó Felipe como gobernante único al ser declarada incapaz Juana y consentir Fernando en retirarse a la Corona de Aragón; pero al poco tiempo murió (25 de septiembre de 1506), y Fernando el Católico retomó el gobierno en la Corona de Castilla y León como regente en nombre de su hija.