Su concentración en la Copa Conmebol Libertadores 2017, le pasó la cuenta al equipo del "Comandante" en el plano local, ya que estaba incluso, en los últimos puestos de la tabla del Clausura, pero terminó recuperando terreno y finalizó en el cuarto lugar del Clausura, aunque se quedó con la tabla acumulada de la temporada 2016-17, pese a que el equipo se reforzó con el delantero uruguayo Santiago "El Tanque" Silva, que llegó para reemplazar al ídolo cruzado Nicolás Castillo, quien emigró a México.