El claustro bajo, que durante siglos sirvió de cementerio, fue construido unos diez años antes que el sobreclaustro y, a pesar de haber sido rebajados sus suelos, es bastante menos esbelto; fue restaurado, según muchos casi reinventado, por Vicente Lampérez, entre 1899 y 1911, que siguiendo los criterios “puristas” de Viollet-le-Duc, rebajó los suelos, repuso las tracerías en sus arcadas, excepto en las de la galería sur que servía de pasaje público paralelo a la calle La Paloma; también colocó ángeles junto a los pilares y vidrieras de mosaicos multicolores, realizadas por Juan B.