Su madre, que había sido enviada a la hacienda Cataguango, propiedad de los Aizpuru, a dar a luz, murió, según unas versiones, al día que nació Manuela o, según otros dos años más tarde por lo cual la niña fue entregada al Convento de las Monjas Conceptas (Real Monasterio de la Limpia e Inmaculada Concepción), en el que pasó sus primeros años bajo la tutela de su superiora, sor Buenaventura.