El año 2016 la «U» arrancó el Torneo Apertura con un triunfo en Ayacucho por 5:2 con "hat-trick" de Diego Guastavino, una de las contrataciones para ese año junto con Diego Manicero, Miguel Trauco, Hernán Rengifo y Adán Balbín, los cremas se llevaron el campeonato venciendo a Sporting Cristal en la fecha 14 y clasificando a la Copa Sudamericana 2017, en el Torneo Clausura tuvo un bajón por la ausencia de jugadores como Raúl Ruidíaz (emigró al fútbol de México), Edison Flores y Juan Diego Gutiérrez (ambos transferidos al fútbol danés), finalizando en el segundo lugar y siendo eliminado.