Tras la victoria del bando isabelino en dicha guerra, San Felices fue entregado por los nuevos monarcas en indemnización a Gracián de Sessé, pero los vecinos, descontentos, se levantaron en armas y pasó a ser un señorío de realengo hasta que la corona se la entregó al duque de Alba, que la gravó con el impuesto de "el noveno".