San Ignacio se localiza al norte de Baja California Sur, a 74 kilómetros al oeste de Santa Rosalía y a 149 kilómetros al sureste de Guerrero Negro; sus coordenadas geográficas son y se encuentra a una altitud de 120 metros sobre el nivel del mar, su principal vía de comunicación es la Carretera Federal 1 que cruza a unos metros al norte del poblado, con que se une mediante una corta desviación; la población se encuentra asentada en el fértil valle del Río San Ignacio que irriga la zona convirtiéndola en un oasis en medio del desierto, el río San Ignacio desciende desde la Sierra de San Francisco y continúa hacia el sur hasta desembocar en la Laguna San Ignacio, una laguna costera en el Océano Pacífico, famosa mundialmente por ser uno de los principales lugares de apareamiento de la Ballena gris en los meses de invierno, San Ignacio es la principal vía de acceso a la laguna, con que la une una carretera secundaria que termina a 58 kilómetros al sur en la pequeña población de Laguna San Ignacio y que forma parte de la Reserva de la Biósfera Desierto de El Vizcaíno.