Como quiera que los dominicos se oponían cada vez con mayor dureza al sistema de las encomiendas, Diego Colón endureció sus posturas y, poco a poco, su conducta se fue haciendo cada vez menos discreta en cuanto a la rigidez e independencia de criterio que mostraba con respecto a la corona española, llegando a formarse un partido real, dirigido por el tesorero Miguel de Pasamonte, y otro del Almirante, y a elevarse peticiones a la Corte para que Diego fuese relevado de su puesto.