Por su parte, el Perú reclamaba el territorio de la antigua Gobernación de Quijos (actual Oriente ecuatoriano), que, al igual que Maynas, había retornado a la jurisdicción del Virreinato del Perú por la Real Cédula de 15 de julio de 1802, territorio que el Ecuador afirmaba haber ocupado desde el inicio de su vida republicana, pero que, según la versión peruana, solo a partir de 1881 empezó esa ocupación, aprovechando que el Perú se debatía en la guerra del Pacífico.