Estamos en el siglo XIII y toda esta comarca va a sufrir un cambio radical, cambio cuyas consecuencias llegan hasta nuestros días; de hecho la Manzanilla que hoy observamos, lo mismo que las localidades próximoas (Chucena, Escacena, etc.) tienen poco que ver con su pasado romano o islámico y más con el proceso que se inicia con la conquista, repartición y organización de este territorio a partir de este siglo XIII llevado a cabo por Fernando III y su hijo Alfonso X el Sabio.