Fue nombrado como nuevo virrey el conde de Miranda, Francisco de Zúñiga y Avellaneda, en agosto de 1521 y en noviembre Carlos I de nuevo ordenó el derribo de las fortalezas que aún quedaban en pie, manteniendo únicamente las de Pamplona, Estella y Puente la Reina, así como la confiscación de bienes, condenas a muerte y destierros de los vencidos.