Paralelamente, en 1987 comenzó la sustitución del material móvil, pues los pequeños y entrañables Pegaso-SAVA 5720 comenzaron a ser sustituidos por los nuevos midibuses Pegaso 5317 con carrocería Unicar U-90, de mayor capacidad y mejores prestaciones, desapareciendo completamente del servicio en 1988, si bien unos pocos quedaron para uso interno de la EMT.