En esta iglesia, construida a instancias del arzobispo Fernando Niño de Guevara cuyo escudo se representa en la portada lateral del templo, trabajan arquitectos importantes de la talla de Juan de Marquina y Diego de Siloé, por lo que en el edificio se conjugan elementos de estilos distintos y de transición entre el inicial gótico-mudéjar y el posterior renacentista, especialmente a través de las intervenciones de Siloé.