Cuando Belgrano fue nombrado general en jefe del Ejército Auxiliar del Perú —o Ejército del Norte— luego de crear la Bandera Nacional en Rosario, María Josefa partió a su encuentro, producido en los primeros días de mayo de 1811 en San Salvador de Jujuy, luego de 45 días de viaje, permaneciendo a su lado durante tres meses allí y posteriormente en el Éxodo Jujeño, combate de Las Piedras y batalla de Tucumán.