Luego de su renuncia, Arce fue a la ciudad santaneca en donde vivió en una finca de su propiedad hasta el 4 de diciembre cuando el jefe supremo salvadoreño Mariano Prado ordenó su expulsión del territorio salvadoreño debido a su vínculo con el lado contrario en la guerra y le dio instrucciones al jefe político (forma en que se nombraba el cargo de gobernador de un departamento antes de la disolución de la federación) del departamento de Sonsonate y prócer de la independencia Juan Manuel Rodríguez para que cumpliera con tal cometido.