Los ríos principales del Istmo spn el Tehuantepec que tiene agua todo el año y el Tequisistlan;las aguas de estos ríos se unen y son aprovechadas para la Agricultura mediante la presa Benito Juárez, otros ríos son el Ostuta, Niltepec, de los Perros y Chicapa, que atraviesan las ciudades, de Ixtepec, Ixtaltepec, Espinal y Juchitan.