Sin embargo, en 1958 se empiezan a vislumbrar tensiones en el interior de la asociación siendo expulsados de EGI los cabecillas de Ekin por cuestiones metodológicas y de carácter ideológico, ya que Ekin era laicista y propugnaba una estrategia de «acción directa» y actuar así como un movimiento de resistencia vasco, en una época en que abundaban las luchas de liberación nacional en el tercer mundo, como la Guerra de Vietnam o la descolonización de Argelia.