Las 56 áreas que integran el sistema se distribuyen territorialmente del siguiente modo: en la Región Andina, 25 (2 en el Nudo de los Pastos, 4 en la Cordillera Occidental, 6 en la Central y 13 en la Oriental); en la Región Caribe, 9; en la Orinoquía, 2; en la Amazonía, 10; en la Costa Pacífica, 6; y en las Islas de altamar, 3.