Finalmente, en diciembre, los "azules" disputaron la Liguilla Pre-Libertadores 1998, habiendo derrotado en semifinales por 3-1, en la ida, y por 1-0, en la vuelta, a Deportes Concepción; no obstante, tanto en la final de ida como en la de vuelta, empataron 0-0 con Universidad Católica: la llave del "Clásico Universitario" se definió a penales, cayendo el cuadro laico por 2-4, lo que significó perder su opción de clasificar a la Copa Libertadores 1999.