Con el regreso de Jupp Heynckes en octubre, el jugador navarro regresó al centro del campo después de haber jugado como defensa en las anteriores temporadas.El 25 de noviembre, en un partido frente al Borussia Mönchengladbach, fue capitán por primera vez del equipo bávaro, convirtiéndose en el primer capitán español de la historia del club.El 7 de abril se proclamó, por sexta vez consecutiva, campeón de la Bundesliga.