La fauna del Parque Nacional Ñacunday, está representado por diversas especies de mamíferos, aves, roedores y reptiles; como el área protege un tramo del Río Ñacunday, y se trata de un curso hídrico de importancia por su extensión y caudal, existe una rica y variada fauna ictícola, especialmente en la desembocadura con el Paraná.