El caso le fue encomendado por su antiguo profesor en el Real Colegio de San Carlos, el doctor Melchor Fernández, que acusó al obispo de no cumplir con las reglas canónicas, presionar a los tribunales civiles contra el clero —incluso quitándoles propiedades— o manejar a la Iglesia según su particular interés, con vejámenes y arbitrariedades.