Pero la situación cambió con la llegada a Castilla de un gran número de judeoconversos "portugueses" –en realidad eran judíos castellanos que habían marchado a Portugal en 1492 y que en 1497 habían sido obligados a convertirse- tras la implantación definitiva de la Inquisición portuguesa en 1547 –entre 1547 y 1580 en los tres tribunales de Lisboa, Évora y Coimbra hubo 34 autos de fe, con 169 ejecuciones en persona y 51 en efigie y 1.998 penitentes- y sobre todo tras la incorporación por Felipe II del reino de Portugal a la Monarquía Hispánica en 1580, que supuso que la Inquisición portuguesa intensificara la persecución de los que judaizaban –entre 1581 y 1600 hubo en los tres tribunales portugueses 50 autos de fe, en los que fueron ejecutados 162 condenados en persona y 59 en efigie y hubo 2.979 penitenciados-.