El Museo ha dado un protagonismo esencial a las exposiciones temporales a lo largo de su historia, con exposiciones de referencia como "París pese a todo: Artistas extranjeros (1944-1968)", comisariada por Serge Guilbaut; "Atlas: cómo llevar el mundo a cuestas", comsiariada por Georges Didi-Huberman; "Los Esquizos de Madrid", comisariada por Ivan L.