El 6 de abril de 2013, el Bayern de Heynckes ganó la Bundesliga 2012/13.El 1 de mayo de 2013, tras eliminar al Fútbol Club Barcelona con un global de 0-7, logró clasificar al Bayern por segundo año consecutivo a la final de la Liga de Campeones que se disputó el 25 de mayo de 2013 en Wembley ante otro equipo alemán, el Borussia Dortmund, al que finalmente derrotó por 2-1.