Luego ficharía en 1991 por el cuadro en donde se hizo famoso: el Borussia Dortmund, en donde ganó todo: dos veces la Bundesliga, una Supercopa alemana y nada menos que la ansiada Liga de Campeones en 1997, venciendo en la final 3-1 a la favorita Juventus, ese mismo año en diciembre logró la Copa Intercontinental en un año inolvidable para la historia de Chapuisat y del Borussia Dortmund.