Era hijo del conquistador español capitán Sebastián Garcilaso de la Vega, de la nobleza extremeña, y de la ñusta o princesa inca Isabel Chimpu Ocllo, nieta del Inca Túpac Yupanqui y sobrina del Inca Huayna Cápac, emperador del "reino de las cuatro partes o suyos" o Tahuantinsuyo (nombre del Imperio incaico en su lengua nativa quechua).