Las objeciones al gradualismo se concentraron en dos cuestiones fundamentales: desde la paleontología, se señaló la ausencia de formas intermedias en el registro fósil, mientras que otros autores como Lyell y George Jackson Mivart insistieron en las dificultades asociadas a la evolución gradual de órganos complejos, arguyendo la inviabilidad de las etapas incipientes de estructuras que solo al haber alcanzado un alto grado de complejidad podrían resultar útiles.