La antigua región de las Misiones había desaparecido virtualmente para cuando Ferré asumió como gobernador; las Misiones Orientales se habían repartido entre el Brasil, que en 1801 tomó posesión de los "Siete Pueblos", y la Banda Oriental, mientras que la región septentrional se había integrado en territorio paraguayo en tiempos del dictador Gaspar Rodríguez de Francia.