Además de tener que someter a los pueblos indígenas: entre 1556 y 1558 a los caetés de Alagoas, 1558-1559 a los tupiniquim de Espírito Santo (guerra de Ilhéus) y de Minas Gerais (guerra de Paraguaçu), en 1575 a los tamoios de Río de Janeiro y a los indios de las misiones jesuitas de Sergipe (guerra de Aperipe), en 1584-1587 a los potiguares de Paraíba y en 1597 a los de Río Grande del Norte, en 1603-1604 a los nativos de Ceará, 1663-1664 a los amazónicos del río Urubu, en 1665 a los tapajós, en 1671 a los anicuns de Goiás, en 1683-1715 a los carirí de Bahía y Piauí, en 1709-1710 a los cambebas del río Amazonas, 1723-1728 a los manaos del río Negro, 1737-1738 a los muras del Madeira-Purus y la Guerra Guaranítica.