Los análisis moleculares de ADN muestran que las pteridofitas son un grupo parafilético compuesto por dos grupos monofiléticos distintos: Lycophyta, que contiene a las pteridofitas más antiguas con microfilos, y Monilophyta, que reúne a las pteridofitas con megafilos y a las que perdieron sus megafilos luego de haberlos adquirido.