Algunas fueron de tipo religioso como el "Entierro de Cristo", la "Oración en el Huerto" y una segunda versión del "Martirio de San Lorenzo" para el monasterio de El Escorial, otras de corte mitológico como las "Poesías" a que se refiere en sus cartas o una serie de "Venus" y otras composiciones de carácter patriótico como "Felipe II ofrece al cielo al infante don Fernando", encargada por el rey en 1571 en conmemoración de la victoria de Lepanto, y "La Religión socorrida por España" (ambas en el Museo del Prado).