Filogenéticamente se puede dividir en dos gruposː Ophioglossidae (ofioglosales y psilotales) y el grupo conocido popularmente como de los "helechos verdaderos" (maratiales y polipódidos) que hoy en día luego de los análisis moleculares de ADN consensuados se determinó que forman un clado (grupo monofilético según la escuela cladista).