Durante la época del gobernador Tomás Garrido Canabal entre 1928 y 1934 se inició la campaña antirreligiosa en el estado, sin embargo la iglesia no pudo ser destruida debido a la solidez de su construcción por lo que fue convertida en caballeriza primero, y luego en cuartel militar, y muchas de sus imágenes fueron llevadas por los habitantes hacia la sierra donde fueron escondidas en cuevas.