Luego de eso el Pillar of Autumn fue plagado por los Flood pero el Covenant llegó hasta allí y comenzó a luchar contra esos parásitos, finalmente en medio de una tenaz batalla entre el Covenant y los Flood, Jefe Maestro destruye los reactores de fusión y escapó, en un , de Halo antes de que este estallase por la explosión del Pillar of Autumn.