Posteriormente, durante el desarrollo de la historia, se dan varios enfrentamientos entre el protagonista y las copias de Genesis, creadas por Hollander, científico que anteriormente trabajaba en experimentos para SHINRA, aunque cerca del final (Crisis Core), Sephiroth se entera de la verdad de su procedencia, Genesis habla con él diciéndole que sólo son monstruos y que Sephirot es la unión de todos los monstruos juntos, Sephirot entra en confusión y corre a la mansión Shinra donde encontrará los documentos que le harán volverse contra la humanidad argumentando que él fue creado para limpiar el planeta, ya que poseía los genes de Jenova, un ser superior, a partir de ese momento las historias se separan, ya que después de causar un incendio en Nibbleheim, Sephiroth desaparece, dejando a Zack Fair tras la pista de Genesis, al cual encuentra en una cueva subterránea en Banora, sin embargo, Genesis siempre supo la verdad sobre el LOVELESS, tras lo cual le revela a Zack un secreto para posteriormente fusionar la energía del Lifestream en su cuerpo y transformarse en una gigantesca criatura.