San Gil por su altura de 1117 msnm posee una temperatura media de 24 ℃, una máxima de 32 ℃ en las regiones bajas, aledañas a los ríos Chicamocha, Suárez y Sogamoso y una mínima de 15 ℃; el régimen de lluvias oscila entre 600 a 1800 milímetros al año con promedio de 1200 milímetros, siendo las épocas de mayor precipitación los meses de abril y mayo en el primer semestre o de cosecha principal, y los meses de septiembre y octubre para las siembras de mitaca.