En el 2000 volvió al Barcelona, tomando al equipo en un mal momento, donde estuvo a punto de descender, pero salvó la categoría y además lo clasificó para jugar la Copa Libertadores, en el 2002 pasa a dirigir a San Lorenzo de Almagro, club de sus amores donde reemplazó a Manuel Pellegrini, consagrándose campeón de la Copa Sudamericana 2002.