Cuando llegó el Virrey Martín Henríquez, en 1581, siendo Arzobispo de Lima, Toribio de Mogrovejo, dispuso que se hiciera una nueva catedral y en 1585 el arquitecto Francisco Becerra (nacido en Trujillo -España-, fallecido en Lima en 1605), que había hecho los planos de varias edificaciones en México y Quito, fue llamado desde el Cusco, donde, a la sazón, estaba trabajando, y se encargó de la construcción de la tercera catedral.