En 1999, 36 años luego de su creación y aportes a la comunidad, las Unidades Tecnológicas de Santander afrontaron su peor dificultad y estuvieron a punto de ser cerradas debido fundamentalmente a la crisis financiera que vivió el Departamento de Santander y a múltiples factores endógenos que la hacían inviable; de ese año a la fecha, las UTS empezaron a reescribir su historia y bajo la dirección del Rector, Dr.