Condenado por los sínodos de Roma celebrados en el 374 y 377, de Alejandría en el 378, de Antioquía en el 379 y en el Primer Concilio de Constantinopla en el 381, Apolinar constituyó en Antioquía una comunidad con una jerarquía eclesiástica propia pero el emperador Teodosio I le condenó al exilio en el 388.