Durante el Tercer Horizonte o Tahuantinsuyo, los incas al mando de Túpac Yupanqui conquistan el macro grupo étnico de los chachapoya pero no ocuparon Bagua, al menos no de una manera estable, como lo atestiguan la falta de construcciones incas en la zona; tal vez los incas pasaran por Bagua al ingresar en la cuenca del Utcubamba durante la campaña de conquista, pero la resistencia de los naturales no acostumbrados a ser dominados ni a pagar tributos, así como lo agreste de la selva impidieron la ocupación efectiva, a causa de esto muchos chachapoya migran a Bagua huyendo de la conquista inca; en toda esta zona los incas solo pudieron establecer huamanis (provincias incas) en Tabaconas, Huambos (Jaén‑Cutervo) y Chachapoyas.