El museo ha reforzado su interés por la Barcelona contemporánea y ha crecido en red con la puesta en marcha del Centro de Conservación y Restauración (que incluye el Archivo Arqueológico, 2006) y la renovación o incorporación de nuevos centros patrimoniales distribuidos por barrios y distritos de Barcelona, tales como: el Monasterio de Pedralbes (vinculado al MUHBA entre 1999 y 2012), la Casa del Guarda del Parque Güell (2002), el Refugio 307 (2003), Santa Caterina (2007), MUHBA El Call (2008), Domus de Sant Honorat (2010), Turó de la Rovira (2011), y Casa de las aguas (2011).