La elección del presidente de la unión era indirecta: cada uno de los nueve estados (Panamá, Antioquia, Magdalena, Bolívar, Santander, Boyacá, Cundinamarca, Tolima y Cauca) elegía al candidato de su preferencia siguiendo los procedimientos electorales particulares de cada estado; luego, cada estado depositaba un voto para elegir el presidente de la unión (este voto se adjudicaba según el ganador en cada estado).