Entre las críticas más difundidas contra la Iglesia están aquellas que acusan algunas prácticas de la Inquisición por los asesinatos, torturas y crímenes relacionados con esta institución, por la cual se ajusticiaba y se entregaba al "brazo secular" a las personas que cayeran en herejía, es decir, la creencias contrarias a la doctrina oficial y ortodoxa según la Iglesia.