Durante el movimiento estudiantil surgido en 2011, fue uno de los miembros del Consejo de Rectores de las Universidades Chilenas (CRUCH) más críticos respecto a las respuestas gubernamentales dadas a las demandas de los estudiantes, lo que incluso le valió la reprobación de algunos ministros por la supuesta influencia que habría tenido Pérez en los demás rectores del CRUCH.