La erupción del Chichonal en 1982 obligó a la evacuación de la gran mayoría de la población del municipio, que en los años que siguieron comenzó a regresar y a repoblar las comunidades que habían quedado abandonadas, en 2005 el conteo de población llevado a cabo por el Instituto Nacional de Estadística y Geografía dio como resultado que en Francisco León había un total de 6,454 habitantes, de estos 3,229 son hombres y 3,225 son mujeres; por lo cual el 50.0% de la población es de sexo masculino, la tasa de crecimiento poblacional anual de 2000 a 2005 ha sido del 3.8%, el 41.7% de los habitantes son menores de 15 años edad, mientras que el 48.8% se encuentran entre esa edad y los 64, no existen localidades que superen los 2,500 habitantes, siendo por tanto todas de carácter rural, finalmente, el 75.6% de los pobladores mayores de cinco años de edad son hablantes de alguna lengua indígena.