El río San Juan que aguas arriba se le conoce como río Grande, es el segundo en importancia; fluye de noreste a sur y tiene por afluentes las quebradas El Roble, El Caulote y San Blas; el río Magdalena, el río Santa Cruz o Río Fraile que nace en Colomoncagua y la quebrada de La Caridad; esta tiene por afluente la quebrada Honda que sirve de línea divisoria entre los municipios de Magdalena - Camasca y Magdalena – Colomoncagua.