El sector secundario es testimonial en Sahagún, situación provocada sin duda por la carencia de una red de comunicaciones eficaz hasta la inauguración en 2003 de la autovía Camino de Santiago y por la escasa capacidad emprendedora de sus habitantes, no obstante en el pasado el sector tuvo mayor importancia, pues se encontraban presentes en Sahagún dos fábricas de harinas con sus respectivos molinos harineros, bodegas cooperativas que desaparecieron con el arranque de las viñas (alentado por las primas para el descepe de los Híbridos Productores Directos) varias empresas cerámicas, una fábrica de galletas, un alambique y hasta una papelera llamada "Celulosas de Castilla S.A.