Siete meses después de su dimisión como entrenador de la primera plantilla del Real Zaragoza, Garitano regresó al club aragonés, haciéndose cargo del Juvenil A.En diciembre de 2009, subió a entrenar al Real Zaragoza "B" tras el salto de José Aurelio Gay al primer equipo.Tras dirigir al filial durante la temporada 2009-2010, al terminar la misma fue sustituido por Emilio Larraz tras no conseguir clasificar al filial para la fase de ascenso a Segunda División B, pasando Ander Garitano a ejercer otras funciones dentro del club.