El 24 de noviembre de 2006, el Presidente Felipe Calderón Hinojosa anunció su nombramiento como Secretario de Agricultura, Ganadería, Desarrollo Rural, Pesca y Alimentación SAGARPA, cargo que ocupa desde el 1 de diciembre, en 2009 reasumió la Senaduría por Jalisco, y fue sustituido en la secretaria por Francisco Mayorga Castañeda.