La temporada 2012/13 es de las más prósperas del club en la Copa del Rey, ya que consiguió eliminar a la Real Balompédica Linense y al Constancia de Inca, y en Dieciseisavos de Final se enfrentó al Levante UD en el que el partido de ida en el Municipal Álvarez Claro ganó 1-0 al equipo de Juan Ignacio Martínez y en la vuelta perdió 4-1.