Se reportan 11 especies de peces agrupadas en 8 familias, se encuentran especies nativas de las familias Trymycteridae, Characidae y Astroblepus, menguadas sus poblaciones en casi todas las fuentes de aguas templadas del departamento, la trucha colonizó la mayoría de las corrientes de agua fría, siendo la causante de la desaparición de los negritos en ellas, e inclusive se le atribuye en parte de la extinción local del pato de los torrentes (Merganeta Armata).