Megatron y sus Decepticons no fueron destruidos y una vez más han vuelto para continuar sus envíos de energías a Cybertron, a la vez consigue encontrar el Corazón de Cybertron que servía para propulsar su antigua nave, el Nemesis; armado con esta busca destruir a los Autobots, sin embargo la piedra es finalmente destruida por los Autobots Perceptor, Brawn y Bumblebee; sin embargo ese es solo una de las muchas oportunidades que consigue Megatron para lograr sus planes y además destruir a los Autobots, ya sea a través de aliados humanos como Sean Berger, construcción de bases militares, búsqueda de nuevos aliados como los Stunticons, los combaticons o los nuevos Seekers y Triplechangers.´