Allí se conservó hasta la entrada de los españoles en el Perú; pues entonces, temiendo los indios algún desacató contra los restos de su Inca, los escondieron y tuvieron ocultos por largos años: descubiertos después, fueron conducidos a Lima, y el arzobispo Loaysa los mandó sepultar en uno de los patios del hospital de San Andrés.