A continuación el ministro Gálvez, consciente de los méritos de Saavedra y tras consulta a Carlos III, lo nombró comisionado de la Corona en La Habana con plenos poderes para coordinar y dirigir desde allí todas las operaciones militares en la zona en el contexto de la Guerra anglo-española (1779-1783): Sus planes consistían en la reconquista de Jamaica, las campañas en Guatemala y la expulsión de los ingleses del Golfo de México, especialmente la recuperación de Pensacola —al mando de Bernardo de Gálvez—, así como coordinar con las fuerzas francesas la intervención en la Guerra de Independencia de las trece colonias americanas.