Mientras en las Antillas se suprimía la piratería, Porter invadió la ciudad de Fajardo, Puerto Rico (una colonia española) para vengar el encarcelamiento de un oficial de su flota, y es este acto por lo que la Marina estadounidense decidió inhabilitarlo 1 año en un juicio militar, por lo que él consideraba un fallo injusto, decidió pasar al servicio de la Armada de México, que en aquellos días se empeñaba en rechazar a los buques españoles en las aguas de Cuba y que al tomar esta decisión, él dejó a su familia en Estados Unidos.