Destacan cuatro grandes lagos: el Titicaca, el más grande del país; el lago Poopó, que recibe aportes del lago Titicaca, este tiene 2.337 km² y es el segundo más grande del país; el lago Coipasa, con 806 km², el tercer lago más grande situado dentro del salar homónimo; y el Uru Uru, de 260 km², situado al norte del Poopó y conectado con éste.