El museo tiene una construcción con forma de pirámide, y dentro de él se exhibe piezas de origen prehispánico y colonial localizadas en la zona, placas explicativas de la leyenda de los cinco soles, una representación del calendario prehispánico, reproducciones de códices y mapas de Culhuacán e Iztapalapa de 1580, maquetas de la Ceremonia del Fuego Nuevo y de la antigua región de los lagos.