El sistema CoalHMM, no tiene en cuenta factores como la variación en las poblaciones de individuos a lo largo de la evolución (tiene en cuenta una cantidad constante), o el intercambio entre poblaciones que quedaron aisladas, además estudios genéticos de la evolución en humanos indican una incidencia de mutaciones menor a 10 mutaciones por pares de bases por año, por estos motivos, se introduce una tasa de mutaciones de 0.5-0.6 * 10 mutaciones por pares de bases por año, obteniendo como resultado que T= 8.5-12 Millones de años y T= 5,5-7 millones de años, que coinciden con los registros fósiles que sitúan la T= 12-15 millones de años.