Al municipio de Guanaja, descubierto por Cristóbal Colón el 30 de junio de 1502, se le dio la categoría de municipio "por acuerdo de la Gobernación Política Departamental, fechado el 25 de agosto de 1887, en representación del Supremo Poder Ejecutivo, se estableció definitivamente el Municipio de Guanaja, con jurisdicción propiamente en la Isla de Guanaja y los cayos vecinos que en forma de media luna se extienden desde Cayo Suroeste, hasta East End, que por su orden son: Cayo Suroeste, Cayo Hog, Cayo Pond, Cayo Flower Pot, Cayo Catherinne, Cayo Medialuna, Cayo Channel, Cayo Crown, Cayo Clark, Cayo Stuart, Cayo Joash, Cayo Jones, Cayo Hendricks, Cayo George y Cayo Noreste." Este municipio tiene una extensión territorial de 55,4 km².