El NAAEC, además, estableció tres organismos: la Comisión para la Cooperación Ambiental de América del Norte (NACEC), un mecanismo para discutir sobre temas ambientales trinacionales, el Banco de Desarrollo Norteamericano (NADB), el cual financia los proyectos para la reducción de la contaminación industrial, y la Comisión para la Cooperación Ambiental Fronteriza (BECC).