Cada grupo de misiones tenía un padre superior subordinado al provincial, las misiones del Paraná y del Uruguay tuvieron cada una un superior hasta principios del siglo XVIII (el superior del Guayrá desapareció al trasladarse su misión); desde entonces las treinta reducciones quedaron bajo un sólo superior residente en Nuestra Señora de la Candelaria, estableciéndose un padre vice-superior para las reducciones del Paraná y otro para las del Uruguay, que además regían su propia reducción, contando cada uno con un consultor ordinario y otro extraordinario además de un admonitor.