El origen de este lugar sagrado es anterior al siglo X, porque se tiene constancia de su donación a la basílica ovetense de San Salvador en los años 827 y 857; la altomedieval placa conmemorativa del lateral contiene un texto explicativo: el presbítero Pelayo, descendiente de García, remozó el templo con la colaboración vecinal y lo puso bajo la advocación de San Juan, santo del que la localidad recibe su nombre (del latín Sancti Johannis).