A comienzos del Torneo de Apertura 2011, Sebastián fue "cortado" del plantel profesional por el técnico interino, Luis Pérez, medida que después continuó Américo Gallego, los rumores de indisciplina fueron creciendo, sus salidas a la discoteca fueron siendo más constantes y desgarros continuos fueron apartándole de la titularidad, que luego ganó Nelson Cabrera, Toro no volvió a jugar más en ese campeonato, algunas veces fue citado al banco, pero no jugó más, los rumores de que saldría del club fueron aumentando, hasta que el propio jugador confirmó que habló con el técnico Américo Gallego, y que tendrá una segunda oportunidad para el Clausura 2011, el 25 de junio de ese año regresó en el primer partido de la Copa Chile ante Universidad Católica en el Estadio Monumental David Arellano, el resultado fue 0-3, Universidad Católica se presentó con juveniles y Colo-Colo con equipo mixto, entre ellos, Toro, quien no cuajó una buena actuación.