Posteriormente a su inauguración, el monumento lamentablemente sufrió un estado de abandono y el interior del lugar sirvió como refugio para bandas delictivas y como cárcel clandestina durante 25 años, pero en el año 2000 el recinto fue rescatado y restaurado para convertirse en museo, el proyecto museográfico estuvo a cargo del Taller de Arte e Ideología que fue coordinado por Alberto Híjar, cuyo trabajo se prolongo por varios meses y requirió una fuerte inversión económica, finalmente fue re inaugurado por la jefa de gobierno del Distrito federal Rosario Robles, sin embargo, fue nuevamente cerrado en septiembre de ese mismo año, para corregir algunos detalles, tales como el cambio de la escalera metálica por una de madera, la colocación de placas en los muros y piso de duela así como la ampliación del vestíbulo donde ahora se puede leer en letras de gran formato la historia de la cabeza de Juárez.