En los Octavos de final superó 5-0 en el global al Once Caldas, en Cuartos derrotó al Atlético Junior por el global de 6-2 y en semifinales superó en el global 3-1 al Atlético Bucaramanga que venía de eliminar en cuartos al América de Cali y en la final cayó a manos del Atlético Nacional; en la ida, jugada en el Estadio Departamental Libertad el día miércoles 31 de octubre de 2012, quedó 0-0 y en la vuelta, jugada en el Estadio Atanasio Girardot el día miércoles 7 de noviembre de 2012, el Deportivo Pasto cayó 2-0 quedando de subcampeón por segunda oportunidad.