Fue el segundo hijo de Vasco de Gama y de Catalina de Ataíde, hermano de Cristóvão da Gama, y llevaba el nombre de su abuelo paterno, Estevão da Gama y de su tío, Estevão da Gama, el hermano mayor de su padre (muerto en el célebre viaje de regreso de la India de 1497-99 que dirigió su padre).