El otro afluente del río Chamán es el río San José, que se origina de la confluencia de las quebradas Pozo Verde y Caramut, sigue en orientación Norte suroeste y en su recorrido confluye sucesivamente, por su margen izquierda, con las quebradas El Higuerón, Agua del Medio, Agua de la Correa y Carrizo, para luego configurar un cauce abierto y con dirección al Norte, confluyendo con la quebrada San Gregorio.