La defensa recusó argumentando que existía una guerra secreta entre España y Francia, pero Álvaro de Bazán no admitió tal justificación y dio por falsas las patentes que presentaban los prisioneros y ateniéndose a las instrucciones que había recibido de Felipe II y de Enrique III de Francia, quien había accedido a que todo pirata, aunque fuera de origen francés, fuera condenado a muerte, firmó la sentencia a muerte por la que los prisioneros morirían: degollados los señores y caballeros y ahorcados los marineros y soldados.