El gobierno del municipio de Progreso está investido en un Ayuntamiento, el cual en el estado de Yucatán también recibe el nombre de "Comuna"; estando integrado por un cuerpo colegiado denominado "Cabildo", con un total de once regidores, de los cuales el primero ejerce el cargo de Presidente Municipal y el segundo el de Síndico, los regidores son electos por el principio de mayoría relativa.