El segundo acto transcurre en el interior mismo de la pirámide, en el que Sonic y Knuckles no solo deben evadir a los Badniks, sino también a los fantasmas que aparecen a medida que la luz de las catacumbas se apagan (se pueden volver a encender con una agarradera que al colgarse de ella se encienden las luces de la pirámide).