De cara al Torneo Apertura 2004 y tras los problemas administrativos surguidos el torneo pasado, los directivos se vieron en la necesidad de vender a los jugadores con mejores sueldos del equipo como lo eran Jared Borgetti, Sixto Peralta, Cristian Lucchetti, Johan Rodríguez, José Antonio Noriega, Joaquín Reyes y Héctor López; tras esta desmantelación, el equipo tuvo un irregular torneo y no logró clasificar a la liguilla.