La Segunda División Venezolana 2012/13 dio inicio con el Torneo Apertura 2012, donde el equipo universitario no tuvo la misma regularidad competitiva de los anteriores torneos, sólo logró 4 victorias en todo el semestre, y terminó ubicado noveno en el Grupo Occidental, con 18 puntos, teniendo que jugarse su permanencia en la categoría en el siguiente torneo de la temporada.