El momento de mayor conflictividad entre el Estado Argentino y la Iglesia se produjo en la segunda presidencia de Juan Perón (1952-1955), que se tradujo en actos de violencia por partidarios de Perón, la expulsión del país de representantes de la Santa Sede, la consecuente excomunión de Perón y la participación de la jerarquía católica en el derrocamiento de Perón.