Para ese momento Cortés ya había decidido dejar el gobierno de Coyoacán en manos de Hernando Cetochtzin hijo de Cuauhpopoca quien había sido muerto por hoguera en lo que hoy es la Plaza de la Constitución en la ciudad de México, durante su gobierno entre 1521 a 1525, Coyoacán fue sede del gobierno de la Nueva España y en ella se formó el segundo ayuntamiento al estilo español en México en 1521, para lo cual se construyó el Antiguo Palacio del Ayuntamiento de Coyoacán (hoy sede delegacional), también por 1523 o 1524 se formó en ese mismo lugar el Ayuntamiento de México que fue trasladado hasta 1529 a su sede en la ciudad de México.