La ciudad de Ancud está construida principalmente sobre varias colinas y planicies en el lado sur de la boca del golfo de Quetalmahue y tiene al sureste el estuario del río Pudeto, zona de interés geológico que comprende el denominado «Complejo volcánico Ancud» con una superficie de 728 ha cuya edad ronda el Oligoceno Superior-Mioceno Inferior.