El Presidente controló de cerca el desarrollo de la guerra e interfirió con resultados no siempre brillantes, en las operaciones del general al mando de los diversos ejércitos; no fue nombrado un comandante en jefe con plenos poderes hasta enero de 1865, cuando por fin, en una situación comprometida, se le asignó la tarea al general Robert Edward Lee (Lee fue designado formalmente general en jefe por una ley del Congreso (23 de enero de 1865) y sirvió en esta capacidad desde el 31 de enero hasta el 9 de abril de 1865).