La universidad nace como un proyecto de la comunidad jesuita de llevar a la enseñanza superior los trabajos de investigación que realizaban desde mediados de los años sesenta la Compañía de Jesús a través del Instituto Latinoamericano de Doctrina y Estudios Sociales (ILADES), el Centro de Investigación y Desarrollo de la Educación (CIDE) y la Fundación Educacional Roberto Bellarmino.