También mantuvo su oposición al sistema federal que venia desde la Constitución de Rionegro de 1863 (Nuñez era el representante del Estado Soberano de Panamá en la redacción de la constitución de 1863 y fue el único que se opuso al carácter extremista de la misma) Luego fue candidato por el Partido Liberal a la presidencia en 1880 y ganó esa elección, aún con la oposición de muchos líderes de su propio partido.