Muchas instituciones han criticado que el museo no tiene espacio suficiente para exponer las obras, que parecen estar "apiladas" más que expuestas (el museo contaba en su apertura con 12 000 piezas y actualmente tiene 150 000) y es por ello que está en construcción el Gran Museo Egipcio, que pretende recoger la mayor parte de la colección del museo, con una tecnología y una arquitectura mucho más moderna.