Además de sus madrigales, Morley escribió música instrumental, incluyendo música para teclado, parte de la cual se ha conservado en el "Fitzwilliam Virginal Book (Libro de virginal Fitzwilliam)", y música para el conjunto típicamente inglés de dos violines, flauta, laúd, "cittern" (en castellano, cistro, parecido a la bandurria) y bandora, notablemente como se publicó en 1599 en "The First Booke of Consort Lessons, made by diuers exquisite Authors, for six Instruments to play together, the Treble Lute, the Pandora, the Cittern, the Base-Violl, the Flute & Treble-Violl".