Originalmente presentaba un altar mayor de madera y no contaba con ábside, en 1889 fue retirado el altar mayor original y sustituido por otro elaborado en cantera y diseñado por Luis Long, el cual a su vez fue sustituido por el actual en 1902, elaborado en mármol italiano de Carrara, granito de Tennessee y bronce dorado; fue diseñado por Ernesto Brunel, además ensanchó el arco del presbiterio, le agregó el ábside y una nueva cúpula.