La enorme mayoría de los hablantes de lengua indígena, 71.738, son hablantes de maya yucateco, las restantes lenguas indígenas habladas en el municipio son numerosas, pero con muy pocos hablantes, siendo después de la maya las más numerosas el idioma chol con 413 hablantes, el idioma tzeltal con 256 hablantes y las lenguas zapotecas con 185 hablantes; existen además un total de 5.516 personas que declarando hablar una lengua indígena no especifican cuál.