En el siglo XVI, desaparecidos los frailes del monasterio de San Salvador y San Miguel Arcángel, Izalzu se convierte en villa y se integra en la Mancomunidad del Valle de Salazar; sin embargo el monasterio de Leyre conservaría todavía bajo su poder la parroquia de Izalzu hasta la Desamortización de Mendizábal en el siglo XIX.