En 1527, Pedro de Alvarado viajó a España y se entrevistó con Carlos V, entonces el emperador lo nombró gobernador, capitán general y adelantado de Guatemala (nombramientos que nunca obtuvo Hernán Cortés con Nueva España), pero al regresar a América en 1529, el gobernador de la Nueva España lo encarceló y lo procesó; pudo librarse del cautiverio por la intervención de Hernán Cortés.