En "Neon Genesis Evangelion", Kaworu es enviado directamente por a como piloto para la unidad Eva-02, en reemplazo de Asuka Langley Sōryū, quien cayó por debajo del umbral mínimo de sincronización con la unidad luego del ataque del ángel Arael.Es asimismo nombrado como el "Quinto Niño", al ser el quinto piloto de un Eva.