Sus padres fueron el médico Emilio Chuayffet Chuayffet y Ruth Chemor ambos de Toluca, su esposa Olga Soto de Chuayffet y su hija Carolina Chuayffet Soto, casada en el 2009 con Jorge Lira Quirarte, hijo de Armando Lira Lechuga que fuera Subdirector de Registro y Control de Activos de la Agencia Estatal de Seguridad.