La aprobación de una tímida tolerancia religiosa (la base segunda del proyecto, después de establecer que la nación se obligaba a sostener «el culto y los ministros de la religión católica que profesan los españoles», decía que nadie sería perseguido «por sus opiniones y creencias religiosas, mientras no las manifieste por actos públicos contrarios contra la religión») provocó las protestas de los obispos españoles y la ruptura de relaciones con el Vaticano, que se agravaron todavía más cuando se aprobó la "Ley de desamortización general civil y eclesiástica", más conocida como la Desamortización de Madoz, por el nombre del ministro que la promovió.