El clima de Topia se clasifica en dos tipos y está determinado por la altitud, en lo alto de las montañas de la sierra el clima es "Templado subhúmedo con lluvias en verano", y en lo profundo de las quebradas es "Semicálido, subhúmedo con lluvias en verano"; de la misma manera, la temperatura media anual en la zona alta es de 12 a 16 °C y en las zonas bajas de 20 a 24 °C; la precipitación media anual de la zona central y sur del municipio es la más elevada, siendo superior a las 1,200 mm, las zonas oeste y este, así como el extremo norte el promedio es de 1,000 a 1,200 msnm y una banda horizontal en sentido oeste-este es de 800 a 1,000 msnm.