Luego en el siglo XVI, al realizar Carlos I la enajenación de villas y lugares de las órdenes militares, Yebra quedó por él, y el pueblo entregó a las arcas reales la cantidad de 2500 ducados para no ser puesto en venta a ningún particular, con lo cual la villa continuó siendo de realengo y comprendida en la gobernación de Zorita.