Sin embargo, la mayoría de los partidos políticos y diputados a través de la Diputación Permanente desconocieron la legalidad de un Gobierno en el exilio en julio de 1939, poniendo en cuestión la gestión del Servicio de Evacuación y creando una Junta de Auxilio a los Refugiados, cuya actuación ha sido objeto de fuertes críticas.