Puinawai se ubica entre 1° 43' 14" y 2° 58' 22" Norte y entre 68° 41' 4" y 69° 55' 56" Oeste, incluida en su totalidad en el departamento Guainía, en jurisdicción del municipio de Inírida y de los corregimientos departamentales de Morichal, Puerto Colombia y Pana-Pana, siendo la localidad más cercana esta última por encontrarse dentro de la reserva.