La Pública Real Biblioteca se estableció en el interior del edificio que ocupaba la Universidad, en el segundo piso, sobre el salón general de actos, a pesar del esfuerzo de Manuel Ignacio Beye de Cisneros, la cantidad de libros era poca, aun con donaciones y la compra de libros por parte del rector, sin embargo, después de la expulsión de la Compañía de Jesús de los territorios hispánicos, incluida Nueva España, el rey Carlos III dictó la "Colección general de Providencias", en las que se explicaba qué se debía de hacer con los bienes de los jesuitas, y señala explícitamente que “donde quiera que huviere universidades podrá ser útil agregar a ella los libros que hallaren en las casas de la Compañía situadas en los mismos pueblos”.