En 1517 y 1518 ocurrieron los primeros enfrentamientos con los expedicionarios españoles, pero las campañas militares para la conquista de Yucatán iniciaron de forma organizada en 1527 terminando en 1547 en la península y en 1697 en el lago Petén Itzá, además de las bajas provocadas durante los enfrentamientos bélicos, durante el siglo XVI se reportaron epidemias de viruela y sarampión, estas enfermedades provocaron un descenso demográfico en la población maya, los porcentajes de este fenómeno variaron del 60 al 90%, y quedaron registrados en las listas de tributarios de los encomenderos.