En las elecciones de mayo de 2003, y tras ser la inhabilitación a Jesús Gil ratificada por el Tribunal Supremo, Muñoz se presenta como número uno y candidato a la alcaldía por el GIL, consiguiendo la mayoría absoluta —15 de los 27 miembros de la Corporación— con el 47,09% de los votos y siendo reinvestido Alcalde de Marbella el 14 de junio.