En enero de 2013, tras más de dos años de su retiro, dentro de la indagación adelantado en contra de Eufemiano Fuentes a raíz de la Operación Puerto, este declaró que mientras hacía parte del equipo Phonak, Botero fue cliente dentro de un programa de dopaje que comprendía transfusiones homólogas y substancias como EPO, hormonas de crecimiento y anabolizantes.