A raíz de estas acciones Cepeda fue víctima de nuevas amenazas en su contra y se exilió en Francia desde el año 2000, allí recibió el título de Magíster en Derechos Humanos de la Universidad de Lyon; regresó a Colombia en el año 2003 para reemprender su tarea en defensa de las víctimas de los paramilitares y de miembros del Estado.