Tras su retirada como futbolista, Conti siguió ligado a la Roma como director deportivo del club, en la temporada 2004-05, con la marcha del entrenador Luigi Delneri, Conti asumió el cargo de entrenador, llevando a la Roma a la final de la Copa de Italia y clasificándola para la Copa de la UEFA, tras esa temporada, Conti volvió a su antiguo puesto.