Allí se consagró campeón de la Copa Libertadores 2007, el título más destacado de su carrera como entrenador, logrando lo que sus antecesores Juan Carlos Lorenzo y Carlos Bianchi habían conseguido en el club en los años anteriores.El equipo se destacó por su gran juego ofensivo, comandado por Juan Román Riquelme, quien salió mejor jugador de esa Copa Libertadores.