Con tres títulos más de liga en 1998, 2001 y 2003, el siglo XXI parecía ser prometedor para los intereses de los "Hoppers", pero tras el rotundo dominio los últimos años por parte del FC Basel en la liga y los fallidos intentos por campeonar de nuevo, el club atraviesaría un período de diez años sin cosechar título alguno, que acabaría con la victoria en la final de la Copa de Suiza en 2013 ante el club basiliense.