En la Selva Lacandona se encuentran muchas especies endémicas de las selvas húmedas mesoamericanas de las cuales varias están amenazadas o en peligro de extinción, como el jaguar ("Panthera onca"), el águila arpía ("Harpia harpyja"), el guacamayo escarlata ("Ara macao"), el tucán pico de iris ("Ramphastos sulfuratus") y otros animales, además de una infinidad de especies de anfibios como la rana de ojos rojos ("Agalychnis callidryas").