En febrero de 2017 la gestión de la Unidad AMIA fue cuestionada por la asociación de familiares de víctimas de la AMIA Memoria Activa, y por la diputada de Cambiemos Elisa Carrió, imputándole al ministro Germán Garavano haber dejado caer la acusación contra dos exfuncionarios acusados de encubrir el atentado terrorista de 1994 en el juicio AMIA 2.