El 2001, Fernando no comenzaría de la mejor forma, perdiendo en primera ronda en el Torneo de Chennai y en el Abierto de Australia, llega febrero y disputa el Torneo de Viña del Mar donde gana en primera ronda al español Tommy Robredo y perdería con el también español Francisco Clavet, después de esto, disputa el Torneo de Memphis y los Challengers de Salinas y Bermuda, donde en los tres quedaría en segunda ronda.