El municipio de Aquitania cuenta con diversidad de plantas nativas como el frailejon, el Arrayán, el Mortiño la Curuba y Pega-Pega, y otras plantas muy reconocidas en la región, también cuenta con especies exoticos como cerezo, pino, eucalipto, aliso la fauna esta representadas por varias especies de aves, peces como el pez graso (extinto) especies introducidas como la Trucha Arco Iris y animales nocturnos.