La seguridad aeroportuaria de Palonegro estuvo en discusión en varias oportunidades, pues fue precisamente desde este aeropuerto que se originó el vuelo en que fue secuestrado el Fokker F-50 de Avianca por personal armado en 1999 y luego otro avión B1900 de Aerotaca en el 2000, en un vuelo que también se originó en este terminal aéreo.