Durante los últimos años la ciudad ha experimentado un auge significativo en el sector de la investigación, al contar con centros como el Centro Nacional de Investigación sobre la Evolución Humana (CENIEH), el Área Burgalesa de Investigación, el Centro de Referencia Estatal de Atención a Personas con Enfermedades Raras y sus Familias de Burgos (CREER) y el Instituto Tecnológico de Castilla y León (ITCL), entre otros.