Hidrológicamente el territorio de Chenalhó se encuentra completamente dentro de la "Cuenca Río Grijalva-Villahermosa" de la "Región Hidrológica Grijalva-Usumacinta" la de mayor precipitación en el país; las principales corrientes son los ríos San Pedro, Osilhucum y Tzajalhucum, así como varios arroyos menores.