El 28 de noviembre de 2016, Filipe, equipo técnico y compañeros de equipo del Chapecoense se dirigían desde Santa Cruz de la Sierra, Bolivia a Medellín, Colombia para disputar la final de la Copa Sudamericana 2016, cuando de pronto, la aeronave del vuelo 2933 de LaMia se estrelló a las 22:15 (03:00 UTC) en el municipio de La Unión en Colombia, a pocos minutos de su destino.