La irregularidad reinante provocó una reestructuración de las áreas directivas y se trazó un proyecto firme a largo plazo con la contratación del técnico José Mourinho, vigente campeón de Europa, quien propició algunos de los mayores y más disputados encuentros que se recuerdan en la rivalidad con los barcelonistas, para ser el Real Madrid casi el único club en doblegarles como dominadores del momento.