Además de la onomástica, otras ciencias utilizan el concepto de toponimia con significaciones específicas: en anatomía se utiliza el término "topónimo" para hacer referencia al nombre de una región del cuerpo, en cuanto es distinta del nombre de un órgano; en biología el término "toponimia" es sinónimo del de "nombre biológico"; en etnología el término "topónimo" hace referencia a un nombre derivado de un lugar o región.