La población de Bocoyna fue fundada en el año de 1702 por misioneros de la Compañía de Jesús, que realzaban su labor misional en toda la región de la sierra y le dieron el nombre de Misión de Nuestra Señora de Guadalupe de Bocoyna, tomando este último nombre del arroyo junto al cual fue asentado la población, dependiendo de la cercana misión de Sisoguichi, uno de los principales centros jesuitas de la región.