La investigación es un elemento fundamental en el quehacer de la Universidad de Oriente: se destaca el Grupo de Energías Renovables Aplicadas (Gera), el Centro de Estudios de Reconocimiento de Patrones y Minería de Datos (CERPAMID), de Biofísica Médica y de Electromagnetismo Aplicado; los Centros de Estudio de Biotecnología Industrial, Informática y Tecnologías de la Información (CORPUS), el Centro de Estudios de Eficiencia Energética (CEEFE), los de Educación Superior, Energético, Economía Azucarera entre otros.