Este estatus se mantiene hasta el cinco de agosto de 1994, fecha en que se dictamina por el Honorable Consejo General Universitario el Centro Universitario de la Costa Sur, con sede en la Ciudad de Autlán de la Grana, integrando en su estructura las divisiones de Estudios sociales y Económicos con los departamentos de Ciencias de la Administración, Contaduría Publica y Estudios Jurídicos, y de Desarrollo Regional con los departamentos de Estudios Turísticos, Ingenierías y Producción Agrícola, a los que se les suma en 1996, el Departamento de Ecología y Recursos Naturales que integra en su base académica al Instituto Manantlán; integrándose a su vez, como el quinto departamento de esta división, el Departamento de Estudios para el Desarrollo Sustentable de Zonas Costeras en el año de 1998.