Los principales temas de la filosofía de Luis Villoro son los siguientes: la comprensión metafísica de la alteridad, los límites y alcances de la razón, el vínculo entre el conocimiento y el poder, la búsqueda de la comunión con los otros, la reflexión ética sobre la injusticia, la defensa del respeto a las diferencias culturales, y la dimensión crítica del pensamiento filosófico.