Disfrutando de libertad de movimientos en el país, Magaia pudo incrementar los ataques de sus fuerzas hasta llegar a formar grupos de 100 hombres, Sin embargo, el 10 o el 11 de octubre de 1966, mientras volvía a Tanzania después de haber inspeccionado el frente, Magaia fue muerto por un disparo efectuado por Lourenço Matola, un guerrillero del FRELIMO que se dijo había sido contratado por los portugueses.