El duque de Uceda y fray Luis Aliaga, que obtuvo el cargo de Inquisidor general, llevaron conjuntamente el gobierno de la Monarquía, el duque de Uceda de la ascendencia sobre el Monarca y Aliaga sobre el funcionamiento de los Consejos, sin embargo, su poder fue más reducido ya que el Rey dedicó más interés en los asuntos de Estado.