Sin embargo, cuando este último apoyó las aspiraciones reeleccionistas de Carlos Menem en contra de Eduardo Duhalde en 1999, Balestrini se alía a Duhalde y derrota en la interna justicialista al por aquel entonces intendente de La Matanza y hombre de Pierri, Hector Cozzi que en junio de 1999 con su suspensión en el cargo.Por primera vez en la historia del partido, el justicialismo veía en peligro su continuidad en la jefatura del ejecutivo de La Matanza.