Confiado en que era la única alternativa para continuar con el desarrollo de "Twilight Princess", aunque preocupado por el efecto que ocasionaría en los consumidores anunciar la transición a Wii cuando ya ellos anticipaban un lanzamiento para GameCube, Aonuma decidió desarrollar dos versiones en forma paralela; originalmente, se planteó la idea de que producir dos versiones retrasaría el lanzamiento anunciado para 2005, sin embargo Satoru Iwata lo convenció al percibir que dos versiones diferentes vendrían a satisfacer a la totalidad de usuarios, más allá de la problemática que conllevara el retraso en su lanzamiento.