Juan Hormaechea estuvo involucrado en varios procesos judiciales, y el Tribunal consideró probada su participación en hechos como mandar la fabricación de los carteles que anunciaban las obras financiadas por la comunidad autónoma a la empresa de un amigo, denominada Oyprocansa, sin publicidad, justificación ni consulta previa a otros empresarios, y por encargar con otras irregularidades un estudio sobre la situación socioeconómica de los ayuntamientos de la región.