El profesor Jiménez Díaz fue académico de número en la Nacional de Medicina y de honor de diversas Academias; Doctor honoris causa por las universidades de Coimbra y de Navarra; miembro fundador de la Sociedad Internacional de Medicina Interna —que presidiría entre los años 1960-64— de las de Alergia, Cardiología y otras varias; premio Juan March; medalla Sahli, etc.