Posteriormente, a lo largo de 2007, tanto Jubalandia, como la mayor parte de los territorios controlados por la Unión de Cortes Islámicas, así como Galmudug, pasaron progresivamente a manos del Gobierno Federal de Transición de Somalia, quedando el estado autoproclamado de Somalilandia, y en menor medida el estado «autónomo» de Puntland, como principales escollos para la reunificación total de la antigua Somalia, junto a las acciones armadas de los restos de la UCI.