A diferencia de su predecesor, el E46 M3 comparten muy pocas partes con el resto de la saga E46: el exterior de los dos automóviles sólo comparten las puertas, el techo, y el tronco mientras que el M3 se distingue por las defensas más amplias de estilo "M", los faldones laterales, los espejos, las colas de escape, las tomas de aire laterales, y otros detalles.