Fresnillo de las Dueñas está situada al borde del río Duero y al límite con Aranda de Duero, aunque se tiene constancia de que en los primeros momentos del pueblo su emplazamiento estaba situado más al este, sin embargo los vecinos, por lo que fuera, se trasladaron junto a las dependencias de las monjas premotatenses, instalados en la Ribera por los monjes de La Vid.