En el mundial de Sudáfrica, su selección nacional obtuvo el primer puesto del grupo F al enfrentar a Italia (1-1), Eslovaquia (2-0) y Nueva Zelanda (0-0) donde Villar solo recibió un gol por parte de Daniele De Rossi consiguiendo el pase a octavos de final donde Paraguay venció en penales a Japón (5-3) luego de empatar en cero en tiempo suplementario.