El conflicto tuvo como resultado la victoria del Partido Conservador, la devastación económica de la nación, más de cien mil muertos, la desaparición del Partido Nacional y el estado en que quedó el país tras el conflicto se constituyó en la cima para que se diesen algunas de las condiciones necesarias para la posterior separación de Panamá (que en ese entonces era uno de los departamentos de Colombia) en noviembre de 1903.