Por decreto número 832, publicado el 19 de diciembre de 1898, se erigió Juanacatlán en municipio, es entonces cuando el progreso parece llegar en forma de factorías: un pequeño ingenio y una fábrica de harina, las cuales se encontraban al lado opuesto de Juanacatlán en la hacienda de Jesús María cuyo origen se remonta hacia el 1818.