No obstante, Universidad de Chile volvió a tener un desempeño irregular, puesto que inició su participación en el Torneo de Apertura 2016 con una derrota por 0-1 ante Santiago Wanderers, un empate 1-1 ante Deportes Antofagasta y luego dos victorias ante San Luis (4-2) y Universidad de Concepción (3-1).