Este Museo lleva varios años en litigios emprendidos por el Gobierno de Aragón y el Ayuntamiento de Villanueva de Sijena que exige que esas pinturas murales, depositadas allí en 1936 pero de las que el museo carece de título de propiedad, vuelvan de nuevo al lugar de donde, según los expertos, nunca debieron ser arrancadas, pero las malas condiciones de entonces, obligaron llevarlas al museo para su conservación.