A partir de 1995 se inicia un proceso de reforma universitaria que condujo a la elaboración del Proyecto Educativo de la UNAN-León considerando la redefinición de la Misión institucional, de los principios y valores institucionales; el diseño de nuevos planes de estudio enfocados en la pertinencia social de los mismos, en las metodologías activas y constructivista del aprendizaje, la práctica profesional, la consejería a los estudiantes, las experiencias no cognoscitivas y comunitarias, la integración de la docencia-investigación-extensión, para la formación integral y humanista de los estudiantes, fundamentada en los avances científicos y tecnológicos, la conciencia social, el desarrollo de la democracia, respeto a los derechos humanos, la ética y la moral.