De forma general la vegetación de la cuenca es la siguiente; en las altas sierras calcáreas, Serranía de Cuenca y Alto Tajo, tienen una densa cubierta vegetal de bosques aciculifolios dominados por "Pinus nigra" y "Pinus sylvestris", puros o en mezcla, cuando las condiciones climáticas se extreman, el pinar es sustituido por vegetación de paramera o bien de sabinares albares de "Juniperus thurifera".