Para el Torneo Apertura 2006 José Manuel volvió a meter a su equipo a la liguilla, enfrentándose en la final del torneo al Deportivo Toluca dirigido en ese entonces por el argentino Américo Gallego, en esa final suscitada la vuelta en el Estadio Nemesio Díez las Chivas lograron su undécimo campeonato de liga y el "Chepo" obtuvo su primer título como entrenador.