El gobierno del presidente Francisco Menéndez, una vez que suprimió la autonomía universitaria, intervino de lleno en la vida académica de la UES cuando creó laboratorios de medicina, química, farmacia y mineralogía; fundó los museos zoológico y mineralógico de antigüedades; estableció la biblioteca del rectorado; y cuando organizó varias expediciones científicas; entre otras actividades.El 9 de diciembre de 1871, el gobierno del presidente Santiago González decidió donar la Biblioteca Nacional a la UES;pero esa situación llegó a su fin cuando el gobierno del presidente Francisco Menéndez ordenó que la misma fuera separada de la alma máter, mediante Acuerdo Ejecutivo del 21 de septiembre de 1887, publicado en el Diario Oficial No.