En 1646 es nombrado como alcalde mayor Juan Remírez de Arellano, durante su mandato el 20 de octubre de 1648 por real cédula del rey Felipe IV se ordenaba que los alcaldes mayores nombrados por el rey podían ostentar el título de teniente de capitán general si la situación así lo requería (antes de eso, dicho título -y la comandancia del ejército de la jurisdicción que el título conllevaba- solo había sido llevado por los alcaldes mayores designados por la real audiencia, debido a la problemática de la piratería todos los alcaldes mayores a partir de entonces llevarían ese título); Arrellano ejercería el cargo hasta el año de 1652, entre ese año y 1674 se sucedieron los gobiernos de Gaspar de Balcarcel y Vazquez, Jerónimo de Figueroa y Córdova, Francisco de Valdez, Felipe Maraver y Francisco de Ibañéz.