Se entiende que para que el claustro estuviese terminado en esas fechas su construcción debió de comenzar muy pronto y apunta que incluso una vez que Isabel la Católica falleciese las obras en San Juan siguieron su curso gracias al patronazgo tanto de su marido Fernando como su hija Juana, aunque bien es cierto que el nuevo impulso constructivo se considera que empieza con la implicación de Carlos I en el proyecto.