Durante su largo episcopado, su actitud provocó fricciones por su tibieza con la banda terrorista ETA: tras el asesinato del socialista Enrique Casas no permitió que su funeral se celebrase en la catedral, mientras que durante la tregua de 1998 fueron muy conflictivas sus cartas pastorales, en las que llegó a manifestar que la Constitución española de 1978 debía recoger el derecho a la autodeterminación del pueblo vasco.