Tras el alzamiento en 1936 de parte del ejército apoyado por los partidos del espectro político de la derecha y del centro, se inicia la guerra civil y los territorios vascos y navarros quedaron divididos entre los dos bandos; Álava y Navarra permanecen adscritas a los insurgentes y Guipúzcoa y Vizcaya fieles a la legalidad republicana aunque muchos pobladores de las mismas, adscritos ideológicamente al tradicionalismo carlista y a la monarquía, se suman al bando de los alzados, por lo que hubo vascos y navarros en los dos bandos de la Guerra Civil, aunque la mayoría de la población permaneció leal a la República.