La iglesia ortodoxa estaba dirigida por un sacerdote de bajo rango con el título ya mencionado de Gran Protopapas que gobernaba la iglesia durante 5 años; en 1555 la elección del gran Protopapas pasó al clero y a 30 miembros del consejo de la ciudad; tenía un cuerpo de ayudantes (20 miembros desde 1474), conocidos como la «Banda Sagrada», los privilegios de los cuales habían sido ratificados por los venecianos; el Gran Protopapas tenía jurisdicción total sobre los sacerdotes de la isla y decidía en casamientos, divorcio y otros sacramentos; dependía directamente del Patriarca de Constantinopla, pero no podía ser contrario a los decretos del dux.