Cerca de un año después, el 22 de junio de 1941, comenzó la invasión alemana a la Unión Soviética, durante esta campaña Chisináu fue atacada por cañoneros y bombardeos aéreos a gran escala por parte de las fuerzas alemanas, hasta que la resistencia del Ejército Rojo cesó y la ciudad finalmente cayó ante el ejército alemán el 17 de julio de 1941.