Estos protestantes también tenían sus propias ideas religiosas, sintieron sus vidas amenazadas y escaparon de la ciudad; el más famoso de estos refugiados fue Sebastián Castellion que desde el extranjero denunció a Calvino por la muerte de Servet defendiendo la tolerancia religiosa y el derecho del hombre a tener sus propias opiniones; Castellion es considerado el padre de la libertad de pensamiento en Europa.