El Congreso Extraordinario «Zelmar Michelini» del Frente Amplio, llevado a cabo los días 13 y 14 de diciembre de 2008, además de resolver el programa de gobierno de cara a un nuevo período, lo proclamó como el candidato oficial del Frente Amplio para las elecciones internas del año 2009, aunque habilitó a los otros cuatro candidatos propuestos (Danilo Astori, Daniel Martínez, Marcos Carámbula y Enrique Rubio) para participar en esta misma instancia en igualdad de condiciones.