El territorio municipal es atravesado por los ríos Magdalena, Tuspac, Nibisnupac, Susnubac, Suspac y Opac, todos ellos afluente del Río Grijalva, hidrológicamente casi la totalidad del territorio pertenece a la "Cuenca Río Grijalva - Villahermosa" y un pequeño sector del extremo sur forma parte de la "Cuenca Río Grijalva - Tuxtla Gutiérrez", ambas cuencas forman parte de la "Región Hidrológica Grijalva - Usumacinta".