Desde entonces nunca más volvieron los bucaneros, quienes estuvieron en posesión de la isla por cerca de 200 años, explotando sus recursos y atacando navíos españoles y las costas de Tabasco, en donde obligaron a las autoridades coloniales a cambiar en dos ocasiones la capital de la provincia de Tabasco, de Santa María de la Victoria a Villahermosa de San Juan Bautista en 1641, y de ahí a Tacotalpa de la Real Corona en 1677.