El gobierno del municipio de General Cepeda le corresponde al Ayuntamiento el cual es formado por el Presidente Municipal, el Síndico y un cabildo integrado por seis regidores, de los cuales cuatro son electos por mayoría relativa y dos mediante representación proporcional, todos son electos para un periodo de cuatro años no renovable para el periodo inmediato pero si de manera intercalada.