Carrasquilla ingresó en 1881, a sus 24 años, al Seminario Conciliar de Bogotá -dirigido a la sazón por su futuro arzobispo, Bernardo Herrera Restrepo-, fue admitido directamente a los cursos de teología sagrada y en menos de dos años se ordenó sacerdote, el 8 de septiembre de 1883.