Sin embargo la buena salud del club se vio afectada por el profesionalismo y su conflictivo comienzo denominado por la prensa como «amateurismo marrón», tras lo cual el club comenzó su decadencia deportiva, que se vio afectada por un ambicioso proyecto al trasladar la sede social al barrio de Vallecas junto con la construcción de un nuevo estadio, el Estadio Puente de Vallecas, que supuso un endeudamiento que agravaría mucho su situación.