Pero el volumen de la compañía y la gran extensión de su red no hacían recomendables su traspaso al organismo de Explotación de Ferrocarriles por el Estado, por lo que se transfirió su administración a la compañía pública de los Ferrocarriles del Oeste; Ésta gestionaría las líneas andaluzas de forma poco eficiente durante las escasas semanas antes del estallido la Guerra Civil Española.