Aunque había dejado de ser definitivamente el centro del poder político nipón, la ciudad experimentó una lenta recuperación con la inauguración de una nueva Universidad en 1889, la finalización de las obras del Canal del Lago Biwa en 1890, la llegada del ferrocarril en 1889 (quedando conectada con las ciudades de Osaka y Tokio) o la construcción del nuevo Santuario Heian en 1895, en conmemoración por el 1100º aniversario de la fundación de la ciudad.