El Archivo fue considerado parte del "Tesoro Nacional" y, como tal, fue protegido, junto con las obras de arte de máximo valor del Museo del Prado, en la Sede de la Sociedad de Naciones, en Ginebra, durante los años de la Guerra Civil, que Ramón Menéndez Pidal transmitió testamentariamente a su nieto Diego Catalán, que posteriormente enriqueció con otros materiales archivísticos, y ha transmitido reunidos en: