Murió el año de 1865, víctima del cólera que diezmó la población de Santander; y es de advertir que ni este espantoso azote pudo doblar aquel rígido carácter antes de romperle, puesto que don Bernabé fue a cátedra invadido ya por la enfermedad, salió a la hora reglamentaria, y sólo se metió en el lecho para rendir cristianamente el alma a Dios.