La Junta de Valladolid también fue parte de la más extensa polémica sobre los justos títulos del dominio de la Corona de Castilla sobre América, que se remonta a finales del siglo XV, con las Bulas Alejandrinas y el Tratado de Tordesillas acordado con el Reino de Portugal, y a los recelos con que ambos documentos fueron recibidos en otras cortes europeas.