Sin embargo, ya en 1583, Garcerán de Borja, tras unas disputas internas por la sucesión del Gran Maestre, supo congraciarse con el Rey y negoció con Felipe II la incorporación a la corona de la última Orden que se mantenía independiente el 8 de diciembre de 1587, gracias a una bula del papa Sixto V expedida en Roma.