Aunque en el siglo XVI las rentas aumentan, llegando a duplicarse a finales de este siglo, no es hasta la venta por una considerable suma, de la villa de Villanueva de Valdueza a un particular, en 1588, por el Rey Felipe II, cuando el monasterio puede hacer frente, a las necesarias reformas tras centurias de ruinas sucesivas en la fábrica del Monasterio, realizándose, además, ampliaciones.