Todo el territorio de El Nayar se encuentra cubierto por el extremo meridional de la Sierra Madre Occidental por lo que su superficie es completamente accidentada y le da además su principal característica, pues sus serranías han definido la relación del municipio con el resto del estado de Nayarit, las montañas representan el 81.77% de la superficie del municipio, mientras que valles son únicamente el 13.49% del territorio, el resto lo forman lomeríos y cañadas; la mayor elevación del municipio es el Cerro Dolores que alcanza 2,460 metros sobre el nivel del mar, que lo hacen el tercero más elevado de Nayarit, además se encuentra la Sierra Los Huicholes con 2,400 msnm y la Sierra El Nayar con 2,200 msnm.