No obstante, se mantuvo como un reino separado, con leyes e instituciones propias (Fueros de Navarra, Consejo de Navarra, Cortes de Navarra, Cámara de Comptos) y una amplísima autonomía en sus asuntos internos, que incluso sometía a revisión las órdenes o leyes emitidas por el rey (derecho de sobrecarta o pase foral), que era representado por un virrey.