Otro mecanismo que controla este equilibrio está dado por una retroalimentación negativa o negative feedback en la participan los genes y proteínas kinasa CLAVATA 1,2 y 3 (CLV1, 2 y 3) al suprimir la transcripción de WUS; consistente con este modelo, se ha observado que en mutantes "clv" el tamaño de SAM se incrementa considerablemente, mientras que en mutantes "sus" la sobreexpresión de CLV3 suprime la actividad de WUS y por tanto el meristema se pierde.