El proceso  de activación mediante el  Mg2+  induce sólo pequeños cambios conformacionales, la unión de ligandos bisfosforilados, promueve la transición a un estado abierto a uno cerrado en la RuBisCO activa como inactiva, esto implica el reordenamiento de  4 lazos del dominio N-terminal de la subunidad grande, finalmente, es importante mencionar que  la RuBisCO activada recupera su conformación abierta, lo que permite la liberación del producto de la reacción de carboxilación.