Enfrentados al desafío de ensamblar el mucho más largo genoma de la mosca de la fruta Drosophila melanogaster en el año 2000, así como el genoma humano sólo un año después, los científicos desarrollaron montadores como el Celera Assembler (el primero desarrollado por una compañía privada) y Arachne, capaces de manejar genomas de 100-300 millones de pares de bases.