Esta nueva capilla catedralicia (dentro de la antigua mezquita) será impulsada por el obispo Íñigo Manrique (1486-1496), quien promueve la construcción de una nave con formulación arquitectónica gótica y algunas modificaciones en los accesos, que continuaron los prelados siguientes: Juan Rodríguez de Fonseca (1499-1505), Juan Daza (1505-1510), Martín (1510-1516).