El obispo Flores fallece en 1857 y asumió su lugar el vicario de Comayagua, fray Miguel del Cid quien estaba enemistado con el General Guardiola, por lo que lo excomulgó y se produjo la rebelión, conocida como "La Guerra de los Padres"; Más tarde el papa Pio IX levantó la excomunión y nombró como nuevo Obispo de Honduras a Fray Juan de Jesús Zepeda y Zepeda.