La microcuenca del río Apía está conformada por las quebradas La Mecenia, La Negra, Agua Bonita, La Samaria, Campo Alegre, Sonadora, La Nubia, Lucero, Cajones, La Cristalina, La Cruceta, Muñetón, Ceci, La Soledad, La María, El Lolo, Agua Linda, La Popa, Hospital, Magdalena, La Pradera, La Bruja, Farallona, El Tapón, La Clara, Mellizas y Risaralda.