Esta proximidad al monarca hizo posible que en su viaje a Aragón, en la llamada "Jornada de Tarazona", Felipe II pasará por Dueñas junto con sus hijos, la infanta Isabel Clara Eugenia y el príncipe heredero, los días 26, 27 y 28 de agosto de 1592, en la que realizan una visita a la abadía de San Isidro, como describe el humanista holandés Enrique Cock en su obra “La jornada de Tarazona”: