Los imperialistas permanecieron en Jonuta, en donde se desarrollaron varios e intensos combates entre 1863 y 1866, destacando el "sitio de Jonuta" entre el 15 de abril y el 4 de septiembre de 1866, hasta que los intervensionistas se retiraron definitivamente de Tabasco a finales de agosto y principios de septiembre, ante el empuje de las fuerzas tabasqueñas encabezadas por los coroneles Gregorio Méndez y Narciso Sáenz.