Hopper se casó varias veces, y sus esposas fueron: Ella Gardiner (divorciados); la actriz Ida Mosher (divorciados); la actriz Edna Wallace Hopper (casados en 1893-divorciados en 1898); la actriz Nella Bergen (casados en 1898-divorciados en 1913); la actriz Elda Furry-Hedda Hopper (casados en 1913-divorciados en 1924), que posteriormente fue conocida como una de las más temidas columnistas de la prensa del corazón de Hollywood; y la cantante y actriz Lulu Glaser (casados en 1925), cuyo matrimonio duró hasta el fallecimiento de él.