Sus recursos hidrológicos son proporcionados por las siguientes corrientes: río Teocuitatlán; los arroyos de caudal permanente: Citala, Los Laureles y Bembérica; el arroyo de temporal San Miguel del Frijol; los manantiales termales: Atotonilco, San José de Tula, San Joaquín, y las presas: El Saucito, El Bejarano, Huejotitlán y Santa Rosa, y la Laguna de Sayula.