Tiempo después, en 2007, abandonó la Compañía de Jesús, a petición propia, según sus propias declaraciones "por higiene mental", tras más de veinticinco años luchando con la censura eclesiástica y jesuítica, habiendo soportado numerosos conflictos con la jerarquía que lo señalaba como uno de los líderes de la contestación en la Iglesia a la línea impuesta por el papa San Juan Pablo II.