Siendo capitán y ayudante mayor de la Asamblea de Infantería de Buenos Aires —nombrado por el rey Carlos III de España— y sobre la base de estos antecedentes, el virrey Juan José de Vértiz y Salcedo el 13 de diciembre de 1774 lo nombró teniente de gobernador del departamento de Yapeyú que formaba parte del Gobierno de las Misiones Guaraníes, por fallecimiento en funciones del capitán Francisco Pérez de Saravia, pero San Martín recién ocuparía el cargo el 6 de abril de 1775.