Cabe resaltar que la idea originalmente fue de Micaela Villegas la Perricholi, quien era devota del Señor de los Milagros, y un buen día visitó la ermita y al verla en lamentable estado, decidió levantarle un templo digno para su culto, e hizo las coordinaciones con su pareja sentimental el virrey Amat y se ejecutó la obra, con recursos propios y del pueblo limeño.