Las indicaciones médicas comúnmente aceptadas para el uso de las fórmulas de soja son: intolerancia comprobada (primaria o secundaria) a la lactosa, galactosemia, y en la alergia a las proteínas de leche de vaca, en mayores de 6 meses de edad, como una alternativa a las fórmulas (hidrolizadas) específicamente desarrolladas para esta situación.