También este año sufre la derrota más dolorosa de su carrera como fue la final del Torneo Clausura 2012 (Chile) que después de haber clasificado a playoffs con un gol de Rodrigo Gattas en el último minuto del último partido frente a Cobreloa logra eliminar sucesiva y claramente a los principales favoritos Universidad de Chile y Colo Colo para enfrentarse en la final a Huachipato, el partido de Ida fue amplio para los dirigidos del Coto por un marcador de 3 a 1, lo que auguraba la consagración con un título en el partido de Vuelta en Talcahuano, más aún si se pone en ventaja al minuto 28 con gol de Dagoberto Currimilla, después viene una reacción de Huachipato que logra desnivelar el marcador a su favor y a un minuto de que se cumpla el tiempo reglamentario y conseguir su primer título como entrenador y séptimo para su club, Huachipato marca el 3-1 con que iguala la serie y obliga a la tanda de penales que le dará a Huachipato su segundo título