En el Clausura 2012 queda en quinto lugar de la tabla general y pasa a cuartos de final, se enfrenta al equipo de Toros Neza; de Local Lobos obtiene una ventaja mínima de un gol, quedando Lobos BUAP 1 - 0 Toros Neza; en el partido de ida quedan empatados 0-0 y con un global de 1-0 pasa a semifinal.