Cuando los árabes se apoderaron de la ciudad de Toledo pactaron con los cristianos una cierta tolerancia religiosa pero la basílica de Santa María quedó convertida en mezquita mayor y permanecieron para el culto cristiano nueve iglesias parroquiales repartidas por la ciudad entre ellas ésta de Santa María de Alfizén que fue utilizada como sede episcopal y parroquia durante toda la dominación musulmana y más tarde en tiempos de Alfonso VI, cuando se impuso el rito romano, fue el lugar escogido por los mozárabes para sus funciones litúrgicas de rito hispano-mozárabe.