En ese momento la Junta estaba dividida en cinco comarcas: Arteaga (valles de Erro, Uraúl y Salazar), Miluce (cuenca de Pamplona), Irache (merindad de Estella), la Ribera (zona de Tudela, ribera del Arga, Cidacos y Aragón y Obanos (Valdizarbe, Valdorba y Aibar).