Métodos de análisis representativos de conjuntos de genes incluyen el GSEA (método de análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes) que estima la significación de conjuntos de genes basado en la permutación de etiquetas de la muestra, y GAGE que pone a prueba la significación de conjuntos de genes basado en la permutación de etiquetas de genes o una distribución paramétrica.