Frei Betto brindó su apoyo y se unió a la amplia lista de prominentes figuras de la América Latina que han manifestado su apoyo a la independencia de Puerto Rico a través de su adhesión a la Proclama de Panamá aprobada por unanimidad en el Congreso Latinoamericano y Caribeño por la Independencia de Puerto Rico celebrado en Panamá el 18 y 19 de noviembre de 2006.