La República estuvo oficialmente activa hasta la captura y arresto de Emilio Aguinaldo por las fuerzas estadounidenses el 23 de marzo de 1901 en Palanan, Isabela, disolviéndose efectivamente la Primera República, aunque Macario Sakay asumió la presidencia y continuó la resistencia contra Estados Unidos hasta 1907, cuando fue capturado y ejecutado.