Desde 1968, cuando el General Juan Velasco Alvarado da el golpe de estado que destituyó al Presidente Fernando Belaúnde Terry, quien era aliado de Luis Bedoya Reyes (y del partido Demócrata Cristiano), El PPC no apoyó de ninguna manera al régimen militar y pese a que en algún momento algunos de sus miembros sugirieron unirse al gobierno militar, fue uno de sus más férreos opositores junto con Acción Popular y el Partido Aprista aún cuando este último fue ilegalizado, como lo había sido en años anteriores por otros regímenes militares, anteriores al régimen de Velasco.