Briseño atribuye a este incremento la necesidad de realizar un nuevo cambio de locación, y si bien la orden del cambio se conoce desde el 17 de abril de 1839, ya que aparece explícitamente mencionada en el Decreto con Fuerza de Ley que da fin a la Universidad de San Felipe, no es hasta junio de 1843, y bajo la dirección de Francisco García-Huidobro, cuando se traslada nuevamente la Biblioteca Nacional a una nueva ubicación, en un edificio de dos pisos, construido en adobe, más amplio y compartido con el Museo de Historia Natural, ubicado en la esquina de la calle Bandera con Catedral.