La flora principal del municipio está constituida por Coníferas en los bosques de las zonas altas, y plantas como yuca, agave, palma, cactáceas y mezquite en las zonas más bajas y secas; la gran mayoría del territorio se encuentra cubierta por bosque, sin embargo una zona central, en los alrededores de las poblaciones de Guerrero y La Junta, se encuentra una importante zona dedicada a la agricultura, siendo principalmente cultivados árboles frutales como el manzano, además de cebada, papas, trigo y avena, entre otros.