Tras el derrocamiento de Federico I, los Colonna entraron al servicio de España, participando en la guerra contra los franceses bajo las órdenes de Gonzalo Fernández de Córdoba; en este nuevo conflicto Fabricio participó en las batallas de Ruvo y Ceriñola, combatió a las fuerzas de Yves d'Allegre en el Abruzzo junto con Diego García de Paredes y tomó parte también en la decisiva batalla del Garellano.