Entre los canales secundarios se pueden mencionar los numerosos pasos y canales que separan la isla Grande de Chiloé de las islas adyacentes a su costa oriental: Caucahué, Quicaví, Chauques, Dalcahue, Quinchao, Apiao, Lemuy, De Yal, Queilen, Chiguao, Yelcho, Laitec, San Pedro y Huamblad.