Realizó numerosas composiciones, incluyendo algunos de sus trabajos más admirados: la ópera "La flauta mágica" ("Die Zauberflöte", KV 620), el último concierto para piano y orquesta ("n.º 27 en si bemol mayor", KV 595), el "Concierto para clarinete en la mayor" KV 622, el último de su gran serie de quintetos de cuerda (KV 614 en mi bemol mayor), el motete "Ave verum corpus" KV 618 y el inacabado "Réquiem en re menor" KV 626.