El origen data de los tiempos del rey Alfonso V el Noble que tras el paso de Almanzor hizo levantar de nuevo la iglesia con pobres materiales y la dotó de dos cementerios, uno en la cabecera y otro en los pies ("in occidentali parte"), como un atrio sin cubrir, dedicándolo a enterramiento regio; allí depositó los cuerpos de sus padres Bermudo II y Elvira.