La ilegalización de Batasuna (organización en la que se había refundado EH en junio de 2001) y las presiones del gobierno central en manos del PP hicieron que los últimos años de ese gobierno fueran difíciles ya que aún siendo mayoritario (alcanzaba los 36 escaños) no tenía la mayoría absoluta (38 escaños) del Parlamento.