En La Rioja, Peñaloza impidió el avance de las tropas porteñas y de sus aliados, iniciando una complicada guerra civil en esa provincia y las vecinas que duró tres meses, hasta que –tras el sitio de San Luis por las fuerzas del Chacho– se firmó la Paz de la Banderita, del 4 de junio, por la cual Peñaloza reconoció la autoridad nacional de Mitre.