La segunda etapa, vinculada a la regencia posterior al fallecimiento del rey, ya no le supuso un tiempo de tranquilidad, pues la inestabilidad política y las luchas internas en la real familia, acabó por repercutir en la entidad musical que él dirigía, teniendo que participar en depuraciones del personal músico que mermaba la calidad de la capilla por los enfrentamientos entre liberales y carlistas.