Durante la historia su compañero Axl va a Giga City porque escucha que puede encontrar alguna información sobre su habilidad de copiar reploids, mientras Zero viaja solo se reencuentra con X al final de una misión, Zero al comienzo rehúsa a unirse con X porque siente desconfianza ya que Shadow los traicionó al comienzo de la misión en Giga City, después Zero se une a la batalla con X cuando Spider se defiende a Zero de Shadow.