La trama en sí se envuelve alrededor de Serge, quien luego de un extraño evento viaja a una dimensión paralela y ahora debe buscar una forma de regresar a su mundo (y sin saberlo, liberar a Schala del "Devorador del Tiempo" ("Time Devourer"): una fusión de "Lavos", el último enemigo de Chrono Trigger con la capacidad de destruir el planeta, y Schala, la princesa del mágico reino de "Zeal" y hermana de "Magus" con inmenso poder mágico que había desaparecido dentro de la "Oscuridad Más Allá del Tiempo" debido a un accidente).