El Covenant tuvo que afrontar muchos problemas durante su historia, como la anexión de los Hunters, debido a que estas especie se resistió en ser anexada, por lo que tuvieron que librar una larga guerra contra ellos; o la "Rebelión Unggoy", cuando los Grunts se revelaron debido a que eran oprimidos y despreciados por las demás especies del Covenant.