El estonio no está emparentado con las lenguas autóctonas de los otros dos estados bálticos, letón (Letonia) y lituano (Lituania), las cuales son lenguas bálticas (también llamadas baltoeslavas), sino con las lenguas del grupo fínico, sobre todo con el finés, hablado al otro lado del golfo de Finlandia, o en menor medida con las lenguas saami de Laponia, el komi, el udmurto o las lenguas autóctonas de Mordovia, así como, muy lejanamente, con el grupo ugárico, cuyo principal miembro es el húngaro.