Esta separación tiene vastas consecuencias, si se considera que los ciudadanos y los sujetos políticos pueden recurrir de las decisiones del Consejo Nacional Electoral y sus órganos desconcentrados ante el Tribunal del Contencioso Electoral, es decir, que el Tribunal podrá juzgar y sancionar a estos órganos cuando sus decisiones sean impugnadas judicialmente; proporcionando, de esta manera al ciudadano una instancia jurisdiccional imparcial, independiente y especializada en materia electoral.