En la capital destacan también otras universidades como el Instituto Tecnológico de Mérida, la Universidad Tecnológica Metropolitana, la Universidad Marista de Mérida, la Universidad Anáhuac Mayab, la Universidad Modelo y la Universidad Mesoamericana de San Agustín, mientras que en el interior del estado sobresalen el Instituto Tecnológico de Conkal, la Universidad de Oriente y el Instituto Tecnológico de Tizimín, todas ellas consideradas entre las 360 mejores universidades del país.