La desaparición de Nefertiti coincide con un cúmulo de hechos que sacudieron la familia real entera: la desaparición de la "otra" esposa de Akenatón, Kiya, el ascenso de la princesa Meritatón a gran esposa real y la aparición de la fantasmal figura de Semenejkara, el nuevo corregente del faraón.