A pesar de que podemos decir sin rodeos que Milton es claramente protestante, también muestra conocimientos en otras teorías políticas que lo separan de los cristianismos más ortodoxos; un ejemplo de esto puede ser el rechazo que profesa al concepto de la Santísima Trinidad al considerar que el hijo era subordinado al padre, una doctrina conocida como Arrianismo y que a su vez está muy relacionada con el Socinianismo (la creencia de que Jesús no tiene naturaleza divina, que hoy se puede encontrar en el Unitarismo).