Por su muy baja altitud la ciudad portuaria debería tener un clima cálido, sin embargo, debido a las aguas frías del mar de la Corriente de Humboldt se forman nubes estrato; esto hace que El Callao tenga un clima templado, húmedo y muy nuboso en invierno, cálido en verano, y semicálido en primavera, similar al de la ciudad de Lima.