Los orígenes del equipo se remontan hasta la década de los años 1920, pero fue empezado a llamar como "Los Millonarios" en el año de 1932 cuando su nombre era el "Club Deportivo Municipal"; oficialmente fue fundado el 18 de junio de 1946 bajo el nombre de "Club Deportivo Los Millonarios" y, posteriormente, como "Millonarios Fútbol Club" el 20 de abril de 2011 cuando fue reconstituido como Sociedad Anónima.