La traducción y publicación clandestina (al parecer el 15 de diciembre de 1793) de la «Declaración de los Derechos del Hombre», incendiario documento originado en Francia y cuya circulación había sido prohibida en las colonias españolas por el Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición, lo llevó a prisión en Santafé (29 de agosto de 1794) y posteriormente al exilio como reo de alta traición (30 de octubre de 1795).