Acongojado por las calumnias que tuvo que soportar, Hernando de Zafra enfermó y moría en Tunja el 12 de abril de 1572, estando embarazada su esposa, doña Juana Taborda, la cual tuvo como hija póstuma a Juana Centeno, que se casó en Santafé de Antioquia con Juan Jaramillo de Andrade.