Con la mirada complaciente de sus autoridades y el descuido gubernamental, en la década de 1990 y en los primeros años de la década de 2000 el Liceo cayó en un abandono innegable, no solo en sus infraestructuras sino en la calidad de sus profesores y estudiantes, de modo que poco a poco fue perdiendo el renombre que gozara en otrora, no fue sino hasta el 15 de julio de 2006, cuando el Gobierno del Presidente Hugo Chávez reinauguro la institución.