El sistema federal le daba gran independencia a los Estados por lo que al tratar de interferir en un problema entre estos, Núñez se enfrentó a la guerra civil de 1885 debido a la sublevación compuesta por Antioquia, Bolívar, Boyacá, Panamá y Tolima, Núñez se aleja del Partido Liberal luego de no recibir el respaldo de los radicales y tuvo que pedir apoyo a los conservadores.