Según José María Jimeno Jurio, consultando la documentación medieval existente donde se nombra a Murillo el Cuende, la localidad y el municipio recibió las siguientes denominaciones a lo largo de la historia: "Moriello el Cuende" (siglos XIV-XV); "Murello Comitis" (1277-1280); "Muriello de Conde" ("el Conde; del Cuende; el Cuende") (siglos XIV-XV); "Murieyllo del Conde" (del Cuende) (1257, 1268, 1366); "Murillo del Cuende" (1280).