Esta entidad fue creada en varios momentos de la historia colombiana: primero en 1910 por medio del decreto 1131 del 15 de diciembre de dicho año, que la segregó del antiguo territorio del Caquetá con el nombre de "Comisaría Especial" y con un territorio similar al que hoy corresponde a los departamentos del Vaupés, Guainía y Guaviare (por lo cual se le denominó Gran Vaupés), abarcando aproximadamente 179.833 km², siendo una de los más extensas divisiones territoriales que han existido en el país; en ese entonces tenía como capital la población de Miraflores.