Como hijo de Juan II intervino de forma activa en la guerra civil de Navarra, con la introducción de tropas castellanas en el interior del Reino de Navarra, hasta que en 1512 y en apoyo del bando beamontés realizó de forma abierta la definitiva incorporación o conquista de Navarra con tropas vascas y castellanas, al mando del II duque de Alba de Tormes, Fadrique Álvarez de Toledo y Enríquez.