El 28 de octubre de 1838, Carrera invade el Estado de El Salvador, tomando las ciudades de Santa Ana y Ahuachapán, después se retira a Guatemala siendo perseguidos por las tropas de Francisco Morazán hasta que Morazán los vence en Chiquimulilla, sin embargo esto no detuvo a Carrera por lo que este ampliaría cada vez más su influencia, a la vez la federación paulatinamente se estaba despedazando tras empezar a independizarse cada uno de los estados que la componían los cuales estaban nuevamente en guerra civil viendo el estado salvadoreño invadido varias veces además de Guatemala por Hunduras y Nicaragua.