Tras la abjuración el papa conmuta la prisión por arresto domiciliario de por vida.Se le permitió iniciar su pena como invitado de su amigo el arzobispo de Siena y luego continuarlo en su villa de Arcetri, cerca de Florencia, próximo al convento donde residían sus hijas: la hermana María Celeste y la hermana Arcángela.