En el 2008 se realizó su XIII Congreso Nacional "En la lucha por la paz democrática, está la juventud de Colombia", cuyas principales apuestas giraron en torno al fortalecimiento el clamor por la salida negociada al conflicto armado en Colombia.En la actualidad, la JUCO se rige por los derroteros que arrojó su XIV Congreso Nacional, realizado en diciembre de 2011, en Bogotá, y cuya síntesis se encuentra en su consigna "Unidad en las calles: por la esperanza, la paz y el socialismo".