Durante el mandato del director de ópera Alexander Pereira, Dohnanyi apareció regularmente en la Ópera de Zurich dirigiendo nuevas producciones de Die Schweigsame Frau de Strauss, Ariadne auf Naxos, Salomé, Elektra, Die Frau ohne Schatten, Oedipus Rex de Stravinsky, Idomeneo de Mozart, Wozzeck de Berg, Moisés y Aron de Schoenberg y El holandés errante de Wagner.