Eduardo Obregón fue un opositor a la dictadura franquista, militando primero en la Hermandad Obrera de Acción Católica (HOAC) y posteriormente en Cristianos por el Socialismo y en el Frente de Liberación Popular, destacando un artículo suyo en la Hoja del Lunes de Santander contra el golpe de Estado que derrocó al presidente chileno Salvador Allende y que le valió una reprimenda por parte del gobernador civil de la Provincia de Santander.El 21 de abril de 1968, fue detenido junto a catorce personas por la policía al salir de la sede de HOAC en Santander tras la celebración de un seminario sobre "ateísmo marxista", que el propio Obregón dirigía; finalmente pasó la noche en comisaría y fue puesto en libertad tras ser interrogado y acusado de reunión ilegal.En las elecciones generales de 1977 fue candidato al Senado, por la circunscripción de Cantabria, como independiente dentro de la candidatura de Senadores por la Democracia,finalmente no fue elegido senador.