Al volverse a anular la autonomía misionera el 20 de octubre del mismo año, perdería definitivamente a favor de los paraguayos autónomos la orilla derecha del río Paraná que formaba también parte del de Candelaria, además de perder el departamento de Santiago que englobaba cinco pueblos, y con lo restante se conformarían dos protectorados, pasando a la custodia del Paraguay, muy a pesar de su población, el de Candelaria y su entonces territorio jurisdiccional conformado por los ocho pueblos del margen izquierdo, y desde 1814, luego de una invasión, se le sumaría también el gran departamento de Concepción que englobaba los siete restantes de la Misiones mesopotámica (incluidos los de San Carlos y Mártires).