Poco a poco Kokkalis fue resucitando al equipo: primero eligiendo como entrenador al exitoso Dušan Bajević en 1996, quien acababa de dejar el AEK Atenas y tras ello, fichando en la misma temporada a todos los jóvenes talentos que pudo encontrar en el mercado griego, como Predrag Đorđević, Grigorios Georgatos, Stelios Giannakopoulos, Georgios Anatolakis, Dimitris Mavrogenidis, Alexandros Alexandris, Giorgos Amanatidis, Andreas Niniadis, quienes continuaron jugando para el Olympiakos por al menos cinco años llegando a ser jugadores reconocidos dentro del club.