La situación política en la Nueva Granada entre los años 1839 y 1842 fue de gran convulsión, ya que el General José María Obando se había rebelado al presidente neogranadino José Ignacio de Márquez en Pasto desencadenando un conflicto civil en todo el país demoninado la Guerra de los Supremos, siendo este conflicto una de las causas principales de la secesión panameña.