Tal situación continuó a lo largo de las primeras décadas de la independencia de México, hasta que en 1847 estalla en toda la península la Guerra de Castas, en la cual los mayas se rebelan contra los mestizos debido a los abusos sufridos, desde las poblaciones orientales de Tepich y Tihosuco, donde se inició el levantamiento, este pronto se extiende al centro de la península y a los Chenes; en mayo de 1848 un grupo maya liderado por Juan de Dios May atacó Hopelchén, sufriendo tanto atacantes como atacados grandes bajas.