También durante esta época, Barandiarán conocerá las dificultades que la politización de su trabajo le va a acarrear, encontrando una fuerte oposición de sus superiores eclesiásticos, y por otra parte de los medios anticlericales, lo que no fue obstáculo para que su trabajo fuera reconocido en los ámbitos académicos y fuera nombrado patrono regional del Museo del Pueblo Español de Madrid en el año 1930 y en 1934 miembro del Consejo Permanente de los Congresos Internacionales de Antropología y Etnología de Londres.