Jean de la Valette cometió una grave falta de previsión, al empezar con retraso las medidas defensivas más elementales: reclutar soldados en Italia, acumular víveres y acelerar los trabajos de reparación y reestructuración en los fuertes de San Ángel, San Miguel y San Telmo, evacuar a los civiles y llevar a cabo una estrategia de "tierra quemada" en Malta y Gozo, complicando el avituallamiento enemigo.