Siendo ya papa tuvo otros dos hijos de madre desconocida: Juan de Borja, duque de Nepi, legitimado en 1501 primero como hijo de César Borja, y Rodrigo de Borja, nacido hacia 1503, abad de Ciciano di Nola tras ser dispensado de ilegitimidad por León X que lo decía «de romano pontifice genitus et soluta» (nacido de romano pontífice y de mujer no casada).