El 6 de diciembre la escuadra de Tamandaré bloquea la ciudad de Paysandú y, casi al mismo tiempo, Menna Barreto, que inicialmente al frente de cinco mil soldados (que luego, al pasar el tiempo llegarían a contar con 16.000 solados), y al mando de Flores que llegó a contar inicialmente con un contingente militar compuesto por 1.500 soldados (que llegarían a contabilizar, en el transcurso del tiempo cuatro mil soldados), iniciaron el Sitio de Paysandú.