En 2007, la Audiencia Provincial de Madrid lo condenó, junto a su secretario Juan de Justo, a un año, seis meses y un día de prisión y cuatro de inhabilitación por otro delito de malversación de caudales públicos en el conocido como "caso de los maletines", por haber ordenado que más de 206 millones de pesetas procedentes de los fondos reservados se utilizaran para "compensar la disminución de ingresos" que supuso para los expolicías José Amedo y Michel Domínguez su entrada en prisión por el "caso GAL", y para garantizar que guardaran silencio en este asunto.