Existen ciertas dudas sobre si las lenguas cushitas constituyen una rama o varias, algunos autores Orel y Ostolva (1995), que propusieron una de las reconstrucciones más completas del proto-afroasiático desestiman la existencia de un proto-cushita y en su lugar proponen que las diferentes ramas cuchitas tienen orígenes independientes y sólo son un agrupación tipológica dentro del afroasiático.