En la madrugada del tres de agosto de 1936 un bombardero "Fokker" F-VII del ejército republicano español, volando a baja altura, lanzó cuatro bombas sobre la ciudad; una de ellas cayó en las calles de Zaragoza, fuera del templo; otra cayó en la misma plaza del Pilar, frente a la calle Alfonso,-“marcando una cruz en el suelo y levantando cinco adoquines”- relataba la prensa de los rebeldes al día siguiente; otra atravesó el techo del templo y la última cayó en el mismo marco dorado del mural de Goya en el Coreto.