En la formación del museo fueron importantes las decisiones de la Junta de Museos de Sevilla (creada en 1835), que se hacía cargo de los objetos de arte de los conventos que fueron desamortizados, y también de la Comisión de Monumentos Históricos y Artísticos de la Provincia de Sevilla (creada en 1844), que sustituyó a la anterior a partir de su creación y efectuó una cuidada labor de búsqueda y adquisición de hallazgos procedentes del término provincial, ya fueran por excavaciones promocionadas por el Estado, de descubrimientos casuales, o por solicitud a los particulares de los objetos que tuvieran entre sus pertenencias.