Al ser pariente cercano del valido del rey Felipe III, Francisco Gómez de Sandoval, más conocido como duque de Lerma, Bernardo obtuvo el título de marqués de Denia y, a propuesta de Felipe II, fue designado obispo de Ciudad Rodrigo (1586-1588), de Pamplona (1588-1596) y de Jaén (1596-1599), siendo después nombrado cardenal y arzobispo de Toledo (1599-1618) primado de España por el papa Clemente VIII.