Fue un autor muy prolífico y en vida publicó: "Naturaleza, Historia, Dios" (1944) que es una recopilación de artículos publicados en revistas; "Sobre la Esencia" (1963) donde expone su concepción metafísica de la realidad centrada en la idea de sustantividad; y los tres tomos de "Inteligencia Sentiente" ("Inteligencia y Realidad" - 1980; "Inteligencia y Logos" - 1982, "Inteligencia y Razón" - 1983) en la que Zubiri describe su idea de lo que es la intelección del hombre.