La más importante influencia de Cliff en el álbum es la séptima canción, el instrumental «Orion», canción compuesta casi enteramente por Cliff, donde ejecuta solos; sin embargo, la composición más destacada es la canción que le da el título al álbum, «Master of Puppets», que, como Cliff Burton declaró en una entrevista de 1986, era su canción favorita de Metallica hasta la fecha.