Al comienzo de su reinado, Juan Vatatzés tuvo que hacer frente a los movimientos autonomistas e insurrecciones en sus provincias orientales y occidentales, como la rebelión de Manuel Maurozomes y la rebelión de los hermanos Andrónico e Isaac Nestongos, y tomó medidas para garantizar su estricto control sobre la aristocracia en la corte y los gobernadores provinciales.