El gestor de paquetes de PC-BSD tomó un enfoque diferente en cuanto a la instalación de software que tenían otros sistemas operativos tipo-Unix; hasta su versión 8.2 instalaba paquetes a través del sitio web pbiDIR en lugar de usar el árbol de ports de FreeBSD directamente (aunque permaneció disponible), PC-BSD uso archivos con extensiones .pbi que al hacer doble clic generaba un asistente para instalar el programa.