Con sede en Ciudad Alemán Cosamalopan, Veracruz, la cobertura de la comisión incluía alrededor de 46,000 km² de los estados de Oaxaca, Veracruz y Puebla, siendo sus límites no los administrativos, sino los hidrológicos propios de la cuenca, y el trabajo de este organismo constituyó una verdadera obra de investigación, planeación y desarrollo en su jurisdicción, por lo que jugó un papel clave en el aspecto actual de la región.