La institución inicia labores, aún sin estar concluida su edificación, el 1 de febrero de 1810 y opera con normalidad hasta agosto pues no escapa al torbellino de la guerra de Independencia, ya que durante la contienda el brigadier José de la Cruz instala allí la "Ciudadela" de Guadalajara, con sus correspondientes soldados y animales de carga.