No todos los cambios han sido aclarados o demostrados, una hipótesis afirma que la degeneración de las neuronas espinosas de mediano tamaño aparece en la enfermedad de Huntington como consecuencia de una neurotoxicidad mediada por aminoácidos excitadores como el ácido glutámico, aspartato, o por metabolitos endógenos del triptófano como el ácido quinolínico.