Finalmente, el independiente Juan Hormaechea, que había encabezado la lista de Alianza Popular, fue elegido presidente con la abstención de Centro Democrático y Social y la oposición del Partido Socialista de Cantabria y del PRC.Obregón fue nombrado presidente de la Asamblea con los votos de los partidos de la oposición,pero a finales de diciembre de 1990 se vio obligado a dimitir tras ser condenado e inhabilitado de ejercer un cargo público durante seis años y un día por el Tribunal Superior de Justicia de Cantabria por un delito de prevaricación;previamente, el 12 de marzo de 1988, se comprometió a dimitir si se demostraba que la acusación hecha por Hormaechea acusándole de grabar las conversaciones privadas que los diputados mantenían en la Asamblea eran ciertas, esto se debe a que al presidente de Cantabria se le olvidó apagar el micrófono de su escaño tras una intervención y quedaron recogidos los insultos proferidos a un diputado del CDS.Esta sentencia se debió a que Obregón retiró a José Luis Vallines su condición de diputado, al ser este condenado por la Audiencia de Huesca a suspensión del derecho al ejercicio de cargo público por un delito de carácter social, en vez de suspenderle por el tiempo previsto en la sentencia, entonces Vallines presentó una querella criminal.Fue sucedido, en febrero de 1990, como presidente de la Asamblea por Adolfo Pajares.En abril de 1992, el Tribunal Supremo le absolvió del delito de prevaricación al considerar la actuación de Obregón como una irregularidad no penalizable.