Los estudios de Posgrado en la ENAH han crecido y se han diversificado, hoy en día se cuenta con cinco Posgrados que ofrecen el nivel maestría y el nivel doctoral en las especialidades de Antropología Social, Antropología Física, Arqueología/Estudios Arqueológicos, Lingüística (antes Ciencias del Lenguaje) e Historia y Etnohistoria.