Cuando a finales del siglo XVI se renovó completamente el presbiterio de la catedral de Burgos y se colocó el actual retablo mayor, el sepulcro del infante Juan fue retirado y permaneció más de diez años fuera de su emplazamiento original, y las lápidas y efigies que había allí quedaron a «ras de suelo» y los sepulcros «soterrados», lo que provocó que el sepulcro del infante, según algunos autores, fuera acortado por falta de espacio y le cortaran los pies «por más arriba del tobillo», aunque otros historiadores no mencionan nada sobre esa mutilación.