La situación administrativa de Peñaflor ha ido cambiando a lo largo del tiempo, en 1280 Peñaflor era Arciprestazgo del Obispado de Zaragoza, en 1488 Sobreculilla, Barrio de Zaragoza en 1609 y Villa en 1785, en 1834 se convirtió en Ayuntamiento y en 1897 volvió a ser Barrio de Zaragoza, hasta la actualidad.