Dimitió de su puesto en el Congreso el 2 de enero de 1950 y, en una nueva ironía del destino, fue encarcelado en la Prisión de Danbury, junto con Lester Cole y Ring Lardner Jr., ambos miembros de los Diez de Hollywood, que cumplían condena a causa de las indagaciones de Thomas en la industria del cine.