En 1569, el rey Felipe II de España volvió a erigir Fernandina en ducado a favor de García Álvarez de Toledo Osorio, uno de los principales caudillos navales de su tiempo, virrey de Cataluña y de Sicilia, que ostentó el mando supremo de la flota del Mar Mediterráneo como capitán general del Mar, entre 1564 y 1568.