En 1757, tras la muerte del reverendo Aaron Burr, quien cinco años antes había contraído matrimonio con la hija de Edwards, Esther, y que sería además el padre del futuro vicepresidente de Estados Unidos Aaron Burr Junior, reemplazó, con cierto recelo, a éste en el cargo de presidente de la Universidad de Nueva Jersey (hoy, Universidad de Princeton), donde se estableció el 16 de febrero de 1758.