Las guerrillas pastusas dejaron de representar una amenaza a mediados de 1824, con la captura de sus principales líderes, aunque entre mayo y octubre de 1825 subsistió una partida irregular en Juanambú al mando del clérigo José Benavides con apoyo de los indios del Nariño y los negros de Patía, aniquilada finalmente por Flores.