Después del 2 de julio de 2006, el candidato presidencial por la Coalición por el Bien de Todos, Andrés Manuel López Obrador, inició una protesta por los resultados electorales, alegando que hubo un fraude electoral en los comicios, que benefició al candidato de la derecha Felipe Calderón Hinojosa, así mismo presentó algunas pruebas ante los medios de comunicación de supuestas irregularidades; Como actas de casillas con cientos de votos a favor del Partido Acción Nacional que superaban incluso el número de electores en el padrón nominal registrado (es decir, que presentaban una gran cantidad de votos de más).