Durante la IX Legislatura, correspondía al Ministerio de Medio Ambiente, y Medio Rural y Marino el ejercicio de las competencias que, hasta 2008, les estaban atribuidas al Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación, al Ministerio de Medio Ambiente y al Ministerio de Fomento (solo las competencias en materia de protección en el mar) de la VIII Legislatura.