Para concluirla, el 20 de noviembre de 1542, el rey Carlos I de España firmó en Barcelona por Real Cédula las llamadas "Leyes Nuevas", un conjunto legislativo para las Indias entre las cuales dispuso la creación del Virreinato del Perú en reemplazo de las antiguas gobernaciones de Nueva Castilla y Nueva León, al tiempo que la sede de la Real Audiencia de Panamá fue trasladada a la Ciudad de los Reyes o Lima, capital del nuevo virreinato.