Al fundarse el Estado de México, el 29 de marzo de 1824, Coyoacán queda como capital de la tercera prefectura quedando bajo su mando todo el sur y sur poniente del Distrito de México Oeste, lo cual no agrada a varios pueblos como Xochimilco, por eso y los varios cambios que existen entre los regímenes federal y centralista durante la primera mitad del siglo XIX hacen muy difícil saber el verdadero alcance de su administración, lo cierto es que los pueblos siguen asistiendo a Coyoacán como capital local, evitando así tener que asistir a la ciudad de Toluca, cuando San Martín de las Cuevas es designada como capital del estado de México la municipalidad recae en esa ciudad y se le llama Municipalidad de Tlalpan pero tiene una breve existencia y regresa al viejo orden.