Tras la confirmación por parte de la Corte Suprema de Justicia de la condena a prisión perpetua que dictó en 2008 el Tribunal Oral Federal de Tucumán, Menéndez fue dado de baja del Ejército, lo cual implicó la pérdida de su rango y su condición de militar, a través de una resolución del Ministro de Defensa Arturo Puricelli el 27 de mayo de 2011.