Su obra más célebre, que es citada por Miguel de Cervantes en el sexto capítulo de la primera parte del "Quijote" censurando su excesiva credulidad en disparates y fantasías, es el "Jardín de flores curiosas, en que se tratan algunas materias de humanidad, philosophia, theologia y geographia, con otras curiosas y apacibles" (Salamanca, "en casa de Iuan Baptista de Terranova", 1570), editada de forma póstuma, un año después de su muerte, por sus hijos Luis de Torquemada y Jerónimo de los Ríos, que se divide en seis tratados en forma de diálogo pertenecientes al género de la miscelánea donde se comentan fenómenos sobrenaturales y monstruosos: seres prodigiosos, como pigmeos, amazonas, sátiros, cinocéfalos, ...; propiedades de ríos, fuentes, lagos, el Paraíso terrenal, y sus cuatro ríos; fantasmas, visiones, trasgos, encantadores, hechiceros, brujas, saludadores; astrología.