Además, se fueron instalando diversos órganos administrativos de alto grado, como los ministerios de Guerra y Exteriores y el de Marina y Ultramar; los Consejos de Estado y de Hacienda, el Consejo Supremo Militar, el Archivo Militar, las Mesas de Despachos de Palacio y de Conciencia y Orden; la «Casa de Suplicación» (especie de Tribunal Supremo), la División Militar de la Guardia Real de Policía, el Banco de Brasil, la Real Junta de Comercio, Agricultura, Fábricas y Navegación y la Administración General de Correos, y colocó a brasileños en los cuadros administrativos y funcionales, lo que contribuyó a disminuir las tensiones entre nativos y portugueses.