Debido a estas acusaciones fue destituido y requerido para presentar su defensa ante el Consejo de Indias, sin embargo el proceso quedó inconcluso debido a que "el Adelantado" murió en su natal Salamanca, el 8 de septiembre de 1553, muy lejos de todas las otras Salamancas con que su afán de conquistador y colonizador fue salpicando las costas de Yucatán y los ríos de Tabasco.