La novela creó tanta controversia que sólo algunos días después de su primer regreso a Filipinas (1887), el gobernador general Emilio Terrero y Perinat lo recibió en el Palacio de Malacañán para informarle de que su novela era considerada subversiva; pese a que Rizal logró aplacar al gobernador, masón practicante, anticlerical y de ideas liberales (combinación de ideas de origen francófono y desarrollo anglosajón), éste le avisó que no podría resistir la presión de la Iglesia católica contra el libro: había recibido un dictamen de la Universidad de Santo Tomás de Manila en el que se calificaba la novela de "herética, impía y escandalosa en el orden religioso, y antipatriótica, subversiva del orden público, injuriosa al gobierno de España y a su proceder en estas islas en el orden político"; y avisaba que si circulara libremente por el archipiélago "causaría gravísimos daños a la fe y a la moral, amortiguaría o extinguiría el amor de esos indígenas a España y, perturbando el corazón y las pasiones de los habitantes de este país, podría ocasionar días más tristes para la Madre Patria".