Por otra parte si el fluoróforo se encuentra unido a una proteína de gran tamaño formando un par de unión con otra proteína, la diferencia en la polarización entre la forma unida y la no unida, puede ser menor (debido a que la proteína que lo contiene ya es lo suficientemente estable y gira demasiado lento como para ser un buen punto de partida), por lo que la medición puede ser menos precisa.