El municipio cuenta con 35 localidades, las cuales dependen directamente del municipio, siendo las más importantes: Acuitzio del Canje (cabecera municipal), Ziparapio el Alto, San Andrés, Paramo, Cutzaro, La Palma, Huajumbo, El Ciprés, El Auxilio, Arroyo Hondo, La Angostura y Los Aguacates.