Si bien Nasser era un sincero musulmán, no titubeó en perseguir a los clérigos islámicos que cuestionaban la «revolución del socialismo árabe»; esto le llevó a una pugna con los sectores más radicales del islam como los Hermanos Musulmanes, a los cuales Nasser percibió como «saboteadores retrógrados» que «buscaban retornar al viejo orden», y que fueron perseguidos desde 1953.