Dado que es una zona naturalmente inundable y que la dinámica de sus aguas está altamente influenciada por las mareas, el Delta podría sufrir los efectos de la elevación del nivel del mar causada por el actual efecto invernadero, si el nivel del agua en el estuario del Río de la Plata subiera tan solo 10 centímetros el régimen de las corrientes hídricas cambiaría afluyendo agua desde el mar que frenaría el avance del delta o incluso lo erosionaría haciéndole retroceder.