La administración francesa se mantiene con los tres departamentos que ahora nominalmente formaban parte del Gran Ducado de Toscana; el gobernador de Ombrone no fue cambiado, Arno fue nombrado el 15 de marzo de 1809 Jean Antoine Joseph Fauchet (que el 4 de junio de 1810 fue nombrado barón de Fauchet); en el Departamento del Mediterráneo el gobernador fue sustituido en 1810 siendo nombrado Michel Augustin de Goyon; los tres gobernadores estuvieron al frente de sus gobiernos hasta febrero de 1814.