Durante su mandato como Virrey del Perú, que comenzó desde el 21 de diciembre de 1607 fomentó la flota, mandó confeccionar el primer censo de Lima, construyó el Puente de Piedra sobre el río Rímac y la Alameda de los Descalzos, y se hizo conocido por su protección de los indios, por la denuncia ante el Rey de las excesivas riquezas que atesoraban las órdenes religiosas, así como por la institución del primer tribunal mayor de cuentas del virreinato.