El comienzo de la temporada de Chevantón en el Sevilla empezó con una lesión en la espalda que lo dejó apartado las primeras semanas, pero él anotó cuatro goles para el Sevilla en la copa de la UEFA ante el Sporting Clube de Braga, AZ Alkmaar, FK Shajtar Donetsk y Grasshopper-Club Zürich, y anotó su primer gol de la Primera División de España 2006/07 a través de una chilena con estilo en casa ante el Real Madrid el 9 de diciembre de 2006, que condujo a la victoria 2-1 del equipo local (celebró el gol simulando que se pegaba un tiro en la cabeza).