El 15 de mayo de 1844, Malespín envió desde Santa Ana al teniente coronel Juan Mayorga con una comunicación dirigida al general Carrera para buscar una salida pacífica del conflicto, pero el ejército guatemalteco persiguieron a Mayorga y por lo tanto la comunicación no llegó a su destino; por lo que el 20 de mayo Malespín junto con su ejército cruza la frontera guatemalteca e invade Jutiapa estableciendo su cuartel general en esa población mientras que el general Trinidad Cabañas al mando de su división se apoderó de Chiquimula a fines de mayo; en Jutiapa se cruzaron comunicaciones entre los ejércitos salvadoreños y guatemaltecos para la restauración de la paz; el 17 de junio, debido a que noticias de inteligencia le informaban a Malespín que Carrera quería atacarlo por la retaguardia y por que había información de que Saget quería derrocarlo (lo cual fue impedido por el general Trinidad Cabañas), el presidente Malespín decide hacer retrocer el ejército al territorio salvadoreño, por lo que el 18 de junio Malespín volvió a ocupar la presidencia.