En la actualidad, la Universidad Católica Fu Jen es administrada concertadamente por tres entidades: el Congreso de Obispos Chinos tiene a su cargo las Facultades de Artes Liberales, Bellas Artes y Medicina; los Misioneros del Verbo Divino las de Lenguas Extranjeras, Ciencias e Ingeniería y Ciencias de la Vida; y la Compañía de Jesús las Facultades de Derecho y de Administración.