El 27 de junio de 2012 marca el gol de Boca en el partido de ida de la Final de la Copa Libertadores 2012, luego ya que finaliza su contrato el 30 de este mismo mes Facundo firma una prorroga para poder disputar la final de la Copa, pero la dirigencia al no pagarle un seguro por lesión ( ya que le ofrecen uno que era una "cargada" porque era un seguro de vida) hace que el jugador pierda la chance de jugar la final, porque al no tener firmado un contrato con otro club y el pase en su poder si se lesionaba (como le ocurrió a Orion), nadie se hacía cargo y podía quedar parado unos meses y sin club.