El argumento de la mayoría fue que la ley es, en esencia, más allá de la terminología utilizada en su texto, una ley de amnistía, instituto admitido constitucionalmente, y que la intervención del Poder Ejecutivo no viola la autonomía del Poder Judicial, ya que los titulares de la pretensión punitiva del Estado, a la que la ley declara caducada, no son los jueces, sino los fiscales (Ministerio Público), que forman parte del Poder Ejecutivo: