Durante sus años de instituto, Thompson coincidió con el entrenador Tom Labella, quien en palabras del propio Corny fue "probablemente el entrenador que más le influyó en su carrera", y bajo cuyas órdenes consiguió varios récords individuales que todavía a día de hoy siguen vigentes en su instituto y que le llevaron junto al resto de sus compañeros del Middletown a conseguir una impresionante racha de 76 triunfos consecutivos convirtiéndose en uno de los mejores high school de los Estados Unidos en lo que a baloncesto se refiere y consiguiendo 3 campeonatos estatales consecutivos.