Su territorio está conformado por 12 municipios del departamento del Putumayo (Colón, La Hormiga, Mocoa, Orito, Puerto Asís, Puerto Caicedo, Puerto Guzmán, San Francisco, San Miguel, Santiago, Sibundoy y Villagarzón), y del departamento del Cauca el municipio del Piamonte y el corregimiento de San Juan de Villalobos del municipio de Santa Rosa (cuya cabecera pertenece a la arquidiócesis de Popayan).