También, durante el curso del videojuego, se lucha con diferentes enemigos de razas diferentes que se presentan repetidamente, como lo son las Skulltulas –enemigos en forma de araña–, los Octorok –criaturas que se asemejan a pulpos y que arrojan rocas–, los peces voladores, ratones, guerreros Zora, los Keese –criaturas en forma de murciélagos–, los Monstruos Ojo –pequeños ojos con alas que aparecen primordialmente por el sureste y noreste– y los espectros –guerreros que tienen ojos espectrales que les ayudan a divisar algún intruso–.