Posteriormente, las divisiones se profundizaron con la llamada "Cuestión del Sacristán" (1856-1857), en la cual se llegó a usar el recurso de fuerza en contra de una decisión del arzobispo de Santiago; una ley interpretativa del artículo 5.º de la Constitución de 1833, que estableció una relativa libertad de culto (1865); y la aprobación de las llamadas "leyes laicas" (1883-1884), que establecieron los cementerios laicos, el matrimonio civil y el registro civil.