Sus nuevas características fueron entre otras, la posibilidad de criar pokémon a partir de huevos en la guardería y las primeras pre-evoluciones de algún pokémon (como Pichu criado de un Pikachu hembra y un Pikachu macho); equipar a los pokémon con objetos (ítems) para recuperarse en combate, entre otras funciones; la atenuación del día y la noche, según la hora que fuese; la torre de batalla (añadida en "Pokémon Cristal" por primera vez); la recolecta de bayas; la separación entre Ataque Especial y Defensa Especial; la aparición de los tipos Acero y Siniestro; entre otras.