Maldonado le levantó 289 capítulos por diferentes cargos, entre los que se cuentan contravenciones a las leyes, apropiación de fondos que entraban a la Caja Real por las penas de Cámara, envío fuera del país de oro sin quintar, nepotismo en el otorgamiento de cargos y encomiendas, entorpecimiento en las deliberaciones del cabildo, y maltrato a indios y caciques por haberlos aperreado y quemado vivos.