En la herpetofauna se registraron 36 especies de anfibios y 17 de reptiles, entre las cuales 7 registradas en categoría de conservación como las ranas "venenosas" "Ameerega simulans" y "Ameerega macero", el caimán "Paleosuchus trigonatus" y la boa esmeralda "Corallus canina" y especies emblemáticas como la serpiente venenosa más grande de América del Sur, la shushupe ("Lachesis muta").