Ante las primeras resistencias a la influencias del Partido Comunista de la Unión Soviética (PCUS) en la política checoslovaca Gottwald instigó una serie de purgas, primero cesando a los dirigentes no comunistas y más tarde a importantes dirigentes del KSC como su Secretario General, Rudolf Slansky, o el Ministro de Asuntos Exteriores, Vlado Clementis, ejecutados tras los Juicios de Praga de 1951.