Durante este período, el equipo también ganó tres copas de Eslovenia y en la temporada 1999-00, dirigido por el entrenador Bojan Prašnikar, consiguió derrotadar al Racing Genk belga (5-1, 0-3) y Olympique Lyonnais (1-0, 2-0) y clasificarse para la fase de grupos de la Liga de Campeones de la UEFA 1999-00 por primera vez en su historia.