Su más conocida obra son los "Comentarios Reales de los Incas" (dividida en dos partes, la primera conocida bajo el mismo nombre, publicada en 1609 y la segunda llamada "Historia General del Perú" publicada un año después de su muerte, en 1617), crónica en la que ofrece, del mismo modo que Guaman Poma una mirada sobre la historia del pasado andino, aunque Garcilaso se centra claramente en una exaltación y visión utópica del período de gobierno de los Incas (a cuya nobleza pertenecía, por el lado materno).