La principal corriente del municipio es el Arroyo Los Cedros, que procedente del municipio de Álamos recorre el municipio primero en sentido sur a norte y luego tuerce hacia el oeste y desciende hacia el río Mayo, a él se unen otras pequeñas corrientes que drenan el resto del territorio municipal; prácticamente todo el territorio de Quiriego pertenece a la "Cuenca del río Mayo", únicamente su sector más occidental, junto a los límites con Cajeme, forma parte de la "Cuenca del río Yaqui", ambas a su vez integran la "Región hidrológica Sonora Sur".