En el templo gótico y en la cubierta artesonada fueron realizadas algunas reformas en los siglos XV y XVI, hasta que en el año 1596 fue quemado por la escuadra anglo-holandesa comandada por el almirante Charles Howard y Robert Devereux, 2.º conde de Essex, que atacó, invadió y saqueó Cádiz hasta que, incendiada, la abandonó, quedando este templo casi destruido.