Históricamente, el ISFAS el heredero de todas aquellas políticas de prevención y seguro social para los militares, que se remontan al siglo XIII y que fueron afianzándose, sobre todo desde el siglo XVIII: Sanidad Militar, Cuerpo de Inválidos, Montepíos Militares, Colegios de Huérfanos y Benemérito Cuerpo de Mutilados.