La laguna de Bacalar es uno de los pocos cuerpos de agua superficial permanente de la península de Yucatán, cuyo suelo calcáreo no permite la retención superficial del líquido, formando así corriente subterráneas y cenotes, a excepción de la región de Bacalar y el sur de Quintana Roo, donde la Laguna forma parte de un gran sistema junto a otras lagunas menores, como la Laguna Guerrero o Laguna Milagros, que se encuentran ocasionalmente unidas durante las épocas de lluvia a través de aguadas y pantanos con el Río Hondo y la Bahía de Chetumal.