En el juicio ante el obispo y clero guatemalteco, el tribunal del santo oficio de la inquisición del santo lo encontró culpable por cargos de apostasía y herejía, por lo que fue excomulgado, condenado a prisión y sus bienes confiscados (dicha noticia se daría a conocer en la parroquia de la vila de la Trinidad el 20 de enero de ese mismo año por el vicario Juan Núñez de Villavicencio); tras ello -y debido a que era protegido de la orden de los dominicos- Xuárez de Toledo se trasladó a un convento dominico en ciudad de México donde falleció pocos tiempo después; posteriormente en 1574 se declaró que los cargos por los que fue condenado eran falsos y que por lo tanto el juicio que se le hizo fue injusto por lo que se ordenó la revitalización de su memoría.