Después de la Declaración de Independencia el , Houston se unió a su ejército de voluntarios en Gonzáles, pero pronto fue forzado a batirse en retirada frente a las fuerzas del general y dictador mexicano Antonio López de Santa Anna, cuyo ejército mató a todos los defensores de la Misión del Álamo durante la batalla de El Álamo el 6 de marzo, días después, varios de sus oficiales y representantes del gobierno anglo-estadounidense en el estado, lo acusaban de cobarde y en un principio, se le responsabilizaba de la muerte de los defensores de la misión.