En 1419 los Padres Mercedarios abandonaron el pequeño convento fundado cerca del Hospital de San Lázaro por San Pedro Nolasco hacia 1272 y, con la ayuda de algunas ricas familias burgalesas y en particular del obispo de la ciudad, Alfonso de Cartagena, se instalaron en un lugar más céntrico, junto a la ribera izquierda del río Arlanzón, cerca del puente y el Arco de Santa María.