Estonia y España han suscrito los siguientes acuerdos: en 1997 el Acuerdo sobre el transporte internacional por carretera; en 1998 el Convenio para la protección de las inversiones; en 1999 el Protocolo de cooperación entre los Ministerios de Defensa; en 2000 el Acuerdo sobre la supresión recíproca de visados, el Acuerdo para la readmisión de personas y el Acuerdo para la extradición de delincuentes; en 2005 el Convenio para evitar la doble imposición; y en 2007 el Acuerdo para la protección de información clasificada y el Acuerdo para la cooperación en cultura y educación.