En 2010, grupos ambientalistas y ecologistas manifestaron su preocupación cuando el gobierno del vecino país de Nicaragua inició labores de dragado en el río San Juan, las cuales señalaron podrían poner en riesgo la conservación de parte del humedal del refugio en especial en la zona de Isla Calero, al depositarse sedimentos del lado costarricense y talarse un área de 197 hectáreas de bosque también del lado costarricense.