Entre las diversas entidades clinicoanatomopatológicas en las que la microscopia electrónica de transmisión es la única herramienta diagnóstica útil se destacan patologías genéticas clásicas que afectan las membranas basales como el síndrome de Alport y la nefropatía por membrana basal delgada, enfermedades caracterizadas por la presencia de depósitos extracelulares de diversa localización y naturaleza bioquímica como la enfermedad por depósitos densos, la glomerulopatía fibrilar/inmunotactoide, la gomerulopatía colagenofibrótica (una enfermedad rara caracterizada por el depósito de colágeno de tipo III (por lo general inexistente en el glomérulo) a nivel de la matriz mesangial y del espacio subendotelial.