Como la sede de la capitanía General de Guatemala, y capital del Reino de Guatemala, estaba en Santiago de los Caballeros de Guatemala, el capitán general Alonso López Cerrato solicitó que el tribunal se trasladara a esa ciudad, lo que fue autorizado por la corona en 1549; luego, el 8 de septiembre de 1563 se suprimió la Audiencia de Guatemala, y sus miembros trasladaron a la restablecida Audiencia de Panamá.