Marcos dirigió a seis diferentes equipos en la Copa Libertadores de América: Universitario de Deportes (1965, 1966, 1967, 1968, 1986), Defensor Arica (1970), Sporting Cristal (1973, 1980, 1981), Alianza Lima (1976), Deportivo Municipal (1982) y Deportivo Táchira (1983).