Si bien es cierto que a los evangelizadores no les faltaban valor y arrestos para cruzar selvas y montañas en busca de almas por encarrilar en el cristianismo, sin más recursos que ellos mismos, también es verdad que los apoyaba la estructura política que se había creado en el Virreinato, y que a los idólatras indígenas pertinaces o muy abiertos se los persiguió sin tregua, y al principio se los llegó a castigar cruelmente (aunque casi en seguida quedaron fuera de la jurisdicción inquisitorial).