La mayoría de los usuarios utilizan LilyPond interactuando de forma visual con la partitura a través de algún tipo de entorno amigable como el editor Frescobaldi, que resalta la sintaxis, llama al ejecutable lilypond sobre el documento actual al pulsar una sola tecla y presenta el resultado en PDF sobre un panel de vista previa con funcionalidad de "apuntar y pulsar" directa e inversa.