La represión no fue sangrienta, aunque sí hubo depuraciones, procesos judiciales y multas pecuniarias; dirigidas contra los que fueron culpados de las más espectaculares acciones comuneras: la expulsión del vicario y los funcionarios del Arzobispo (en su lugar Alcalá había sido gobernada por diputados "del común" que juraron fidelidad a las Comunidades), la requisa de sus depósitos de grano, y la destrucción de las casas de Pedro de Tapia, aicaide de Santorcaz.