En años posteriores (1517-18) debió conocer en Sevilla a Magallanes, que preparaba su viaje con el objetivo de encontrar un paso que le permitiera salvar el continente americano para llegar a tierras asiáticas por occidente, convenciéndole el portugués de que lo acompañara, para lo cual tuvo interesantes razones: una real cédula ofrecía conceder a los pilotos y maestres de naos que acompañaran a Magallanes privilegios de Caballería, y otra similar aumentaba en 6.000 maravedíes el sueldo anual de Juan Rodríguez Mafra, el tiempo que estuviera embarcado.