Como ministro de Relaciones Exteriores, debió enfrentarse a la espinosa situación del conflicto por la posesión de la Patagonia, llegando a un retroceso cuando el presidente Avellaneda repudia el acuerdo Tejedor-Blest Gana, que se acercaba a una solución, por lo que se envía a una nueva misión diplomática encabezada por Diego Barros Arana, que tampoco llegaría a una solución definitiva.