Con el establecimiento del presidio la población se consolidó y en 1814 fue una de las poblaciones sonorenses con derecho a elegir ayuntamiento de acuerdo con la Constitución de Cádiz, tras la independencia de México y con el establecimiento del estado de Sonora, Fronteras fue cabecera de uno de los municipios originales del estado de Sonora, dicho municipio fue siendo reducido en territorio con el tiempo, y en 1930 Fronteras perdió el carácter de cabecera municipal al ser suprimido el municipio e incorporado al de Agua Prieta, pero un año después, en 1931 fue restablecido y Fronteras volvió a ser su cabecera.