Por otra parte, AICLE se encuentra con diversas dificultades e interrogantes como la de decidir qué contenidos enseñar en la lengua extranjera, cómo integrarlos en el currículo, cómo mejorar la relación entre las áreas lingüísticas y no lingüísticas y cómo beneficiarse del uso de las TIC en la enseñanza bilingüe, entre otras.