Las corrientes y depósitos de agua subterránea han originado numerosos manantiales al pie de las montañas e incluso afloramientos de agua en el piso de los valles de la cuenca, lo que en parte ha sido aprovechado para crear pozos artesianos por todos los valles, haciéndolo un área muy buena para la agricultura de regadío, aunque por la diferencia entre la descarga y la recarga de estas fuentes se producen hundimientos del suelo, los cuales son más notables en la ciudad de México.