Durante una exploración, y después de haber logrado conseguir, difícilmente, un valioso Refractor en una ruina sobre el mar, su nave llamada "Flutter" tiene serios inconvenientes en su motor y deben hacer un difícil aterrizaje en una isla llamada "Kattelox Island" (Isla Kattelox) y es allí en donde las aventuras de Mega Man y compañía comienzan.