El rey le encomendó viajar a los Países Bajos para reequipar la flota lusa, pero tres años después, en noviembre de 1644, fue detenido en Lisboa acusado falsamente de ser el inductor de un oscuro homicidio y pasó once años prisionero en condiciones bastante indulgentes (tenía criados, recibía visitas y disponía de todo tipo de libros) hasta 1655; esta prisión pudo deberse seguramente a alguna venganza política orquestada en las alturas.