Pasaron los siglos XVII y XVIII y Santoña y toda la bahía seguían en la misma situación de desprotección militar, pues aunque hubo planteamiento en varias ocasiones de hacer obras de fortificación, nunca se llevaban a cabo, con gran preocupación de la población civil que veía la facilidad con que su ciudad era invadida y arrasada una y otra vez por la Armada francesa.