Posteriormente fue nombrado general de la Confederación que fue formada por los rebeldes con el propósito de coordinar su esfuerzo de guerra; no obstante, el condado de Cork insistió en elegir un general propio, lo que debilitó considerablemente a su ejército, y fue derrotado por el conde de Ormonde en la Batalla de Kilrush, en las cercanías de Athy, el 10 de abril de 1642.