El reducido tamaño del término municipal unido a la orografía fundamentalmente plana, hacen que Benetússer no cuente con ningún cauce fluvial en su territorio, aunque a pocos kilómetros discurren los cauces del río Turia y de la Rambla del Poyo, gracias a lo cual su término municipal es regado por los diferentes brazos de la acequia de Favara que, atravesando por debajo el núcleo urbano (actualmente edificado por completo), abocan el agua en la Albufera de Valencia.