Gómez Pereira estudió filosofía natural en la Universidad de Salamanca con el profesor Juan Martínez Silíceo (luego arzobispo de Toledo entre 1545 y 1557); allí, al parecer, intervino activamente en las disputas entre realistas y nominalistas, inclinándose por estos últimos al rechazar la autoridad de los viejos maestros frente al conocimiento que proporciona la experiencia y la razón.