Fue el bloqueo de la solución reformista o autonomista la que abrió paso a otra independentista y revolucionaria, encarnada por el Katipunan, una sociedad secreta fundada por Andrés Bonifacio en 1892 que, aparte del componente revolucionario, mostraba un acusado anticlericalismo, fruto de la preeminencia que las órdenes regulares, los «frailes», habían tenido en la administración y la vida económica de la colonia.