Su padre, José Eliseo Alegría Lynch, natural de Huamachuco, fue un joven intelectual de raices irlandesas y Quechuas, lector del anarquista peruano Manuel González Prada, que desafió la autoridad del abuelo del novelista, Don Teodoro Alegría, casándose con la hija del capataz de la hacienda (María Herminia Bazán Lynch), quien es la prima lejana de aquel, intentando una pequeña reforma agraria entre los campesinos de Marcabal Grande.