Con su prima María de Ulloa, señora de Cambados, tuvo dos hijos: Diego de Acevedo Fonseca y Ulloa, señor de Babilafuente, casado con su prima y pariente de su tío por afinidad Francisca de Zúñiga y Ulloa, II condesa de Monterrey, fallecida en 1526, y Alonso de Fonseca y Ulloa, señor de Cambados, arzobispo de Toledo, Primado de las Españas.