Al poco tiempo, Lerma consiguió que fuera nombrado confesor real, cargo que hasta entonces venía siendo cubierto por los franciscanos (el último, Diego Mardones, fue nombrado obispo de Córdoba y alejado de la Corte), en lo que se interpreta como un movimiento para aumentar su propio control sobre la figura del rey, dado que Aliaga no era ni un teólogo reputado ni un miembro prominente del clero.