A la vez ocurrió una depuración de los órganos contralores del Estado: el fiscal general, Carlos de León, fue separado del cargo; el contralor general de Cuentas, Óscar Dubón Palma, fue capturado en Nicaragua tras un fallido escape y luego recibió condena por desviar fondos públicos para financiar las campañas de políticos opositores y, tras meses de permanecer escondido, el superintendente de Administración Tributaria, Marco Tulio Abadío, fue capturado y permanece en prisión a la espera del juicio público.