En la Conferencia Episcopal Española ha sido presidente de las comisiones episcopales para la Doctrina de la Fe (1993-2002) y de Relaciones Interconfesionales (2002-2005), y fue elegido presidente en marzo de 2005, cargo que ocupó hasta marzo de 2008, cuando pasó a ser vicepresidente durante dos trienos, y para el que volvió a ser elegido el 12 de marzo de 2014.