En el curso de los años, sin embargo, la colección fue trasladada a varios palacios de la ciudad hasta el final de la Segunda Guerra Mundial, cuando se decidió una reorganización de los museos napolitanos: las estatuas permanecieron en el Museo Arqueológico Nacional, mientras que las pinturas se trasladaron de nuevo al Palacio Real de Capodimonte, restaurando así la antigua galería farnesiana.