Hidrográficamente el río principal es formado por el río Tinjacá o Funza que recoge las aguas de más de 127 microcuencas, entre ellas Arrayanes, Siativa, Santa Bárbara, Negra, Cucharero, el Guamo y Roa, esta última es lindero natural con el vecino municipio de Ráquira; también se encuentra el río Ráquira que atraviesa parte de la vereda de Funza y se une con el río Tinjacá en el costado sur del municipio, dando origen más adelante al río Sutamarchán.