Un poco antes en 1861 el presidente Benito Juárez había dado la concesión para una línea cuya traza seria "México – Tacubaya – Mixcoac – San Ángel – Tlalpan – Coyoacán – Xochimilco - Chalco", esa línea debía ser completada en ocho meses y debía costar cerca de dos millones de pesos de entonces, pero en 1868 aún no se concluía a pesar que los trabajos no se habían interrumpido durante la Intervención, la vía y el servicio hasta Mixcoac fue inaugurada por Maximiliano en 1865, esta obra llegó a la ciudad en 1872 dos años después de que llegara el tren que corría por la Calzada de Tlalpan y cuyos patios de depósito y maniobra se pusieron al oriente de la población, hoy en día solo queda el edificio de la estación, esta última línea fue convertida a Tracción de Sangre (Tranvía de Mulitas) en 1880 ya que el costo de mantenimiento de los trenes era muy alto, en cuanto a lo político en 1861, Tlalpan fue convertida en cabecera de una Prefectura por lo que perdió a su presidente municipal.