El clima que se registra en todo el territorio de Frontera Comalapa es "Cálido subhúmedo con lluvias en verano", la temperatura media anual registrada en la mayor parte del territorio fluctúa entre los 24 y 26°C, la zona sur del territorio, ocupada por la Sierra Madre de Chiapas, registra una temperatura media de 26 a 28°C; la precipitación media anual se encuentra entre los 2,000 y los 1,000 mm.