En cuanto a sus competencias, tenía suprema jurisdicción en todo lo relativo a mar y tierra del Nuevo Mundo, en lo militar y lo político, en la paz y en la guerra, en lo civil y criminal; supervisaba el funcionamiento de la Casa de Contratación de Indias, en Sevilla; proponía los puestos de virreyes, generales de armadas y flotas, arzobispados y obispados en Indias; era tribunal de apelación y regulaba los asuntos de de materia eclesiástica según el patronato regio.