Kanu vivió su época más exitosa en el Ajax Ámsterdam, entrenado por ese entonces por el técnico holandés Louis van Gaal, consiguiendo un total de 6 títulos nacionales: 3 Eredivisie y 3 Supercopas de los Países Bajos; así como la obtención de 3 títulos internacionales, la Liga de Campeones 1994-95, Supercopa de Europa (venciendo por un marcador global 4-3 al Real Zaragoza de España) y la Copa Intercontinental (venciendo 4-0 en la tanda de penales a Grêmio de Porto Alegre de Brasil).