La construcción tanto de la iglesia como del convento fueron auspiciadas por el arzobispo de la ciudad, Fernando Arias de Ugarte, quien realizó las gestiones pertinentes para fundar en la ciudad de Santa Fe el tercer convento femenino y el cuarto de clarisas del Nuevo Reino de Granada, esto con el fin de albergar en su recinto a las doncellas y viudas santafereñas bien fueran criollas o venidas de la península ibérica.