En los siglos XVII y XVIII sufrió modificaciones estéticas por parte de Juan de Náveda y Joaquín de Churriguera, elementos que provocaron daños al edificio y fueron retirados en el siglo XIX por Matías Laviña, Juan Madrazo, Demetrio de los Ríos, Juan Bautista Lázaro y Juan Crisóstomo Torbado, muchos de los cuales llevaron a cabo la intensa restauración decimonónica que salvó el templo de la ruina, además de devolverle su esencia gótica original.