A nivel superior oficial cuenta con la Universidad Tecnológica de la Mixteca (que ha estado funcionando desde 1991), la escuela de enfermería de la UABJO y la escuela Normal Experimental de Huajuapan, se cuenta también con instituciones como la Escuela de Derecho de la UABJO, existen cinco instituciones universitarias privadas: Instituto de Gastronomía de la Mixteca, Instituto Bernal Díaz del Castillo, Centro Universitario Luis Donaldo Colosio Murrieta, IDHAE.