Normalmente el rector ejerce sus funciones a través de los Vicerrectores —Académico, de Investigación y Desarrollo Tecnológico, de Asuntos Económicos y Administrativo, y de Sede Coquimbo—, nombrados por el gran canciller previa propuesta suya, y cuya permanencia en los cargos se mantiene mientras cuenten con la confianza del rector y, en todo caso, cesan con la designación de uno nuevo.