Ese mismo año de 1944, soportó varios ataques submarinos pero no recibió daño alguno, sin embargo, el 9 de diciembre de ese año fue atacado por tres submarinos americanos y tocado por al menos un torpedo que le provocó inundaciones y escoramiento de hasta 16°; el "Jun'yō" a pesar de las inundaciones consiguió eludir la acción escapando a aguas someras.