La oferta universitaria de la ciudad se encuentra organizada en el Campus Bahía de Algeciras con titulaciones propias de la Universidad de Cádiz (UCA) y centros adscritos creados por la Fundación Municipal Universitaria (FMU) donde destaca la Escuela Politécnica Superior de Algeciras, la facultad de enfermería y la Escuela Universitaria de Estudios Jurídicos y Económicos "Francisco Tomás y Valiente" (EUEJE).