Pero Holguín estuvo confundido al principio, ya que se tomó en serio lo de su nombramiento como capitán general, y después de que considerara desconocer la autoridad de Vaca de Castro, de indisponerse con Alonso de Alvarado, Gómez de Tordoya y su primo Lorenzo de Aldana, al fin se convenció de que Vaca de Castro no estaba usurpando el poder sino que se le había dado por disposición real en forma provisional y circunstancialmente.