La actividad analgésica del clonixinato de lisina se debe fundamentalmente a la inhibición de la ciclooxigenasa, enzima responsable de la producción de prostaglandinas, las que, ya sea por su acción directa sobre las terminaciones nerviosas que transmiten el impulso doloroso o porque modulan la acción de otros mensajeros químicos como bradicininas, histamina, sistema del complemento, etc., generan la respuesta dolorosa e inflamatoria.