En la siguiente temporada fichó por el Deportivo de La Coruña donde permaneció 7 temporadas y con el que se proclamó campeón de Liga en la temporada 1999/00 y de la Copa del Rey en la temporada 2001/02; títulos a los que habría que añadir las Supercopas de España 2000/2001 y 2002/2003, además de las semifinales de la Champions League en la temporada 2003-04, en la que cayó eliminados por el que sería campeón esa temporada, el Oporto de José Mourinho.