El Aguapey tiene varios afluentes, que nacen de los esteros que hay en la zona; por la margen derecha se destacan los arroyos Itá Paso y Santo Tomás, procedentes de los antiguos pediplanos y pedimentos muy erosionados de la región central de la provincia y los arroyos Yua, Santani, Yurucuá, Yacaré y Ayayay.