Además todas estas combinaciones incluyen entre sus componentes análogos de nucleósidos, que tienen efectos secundarios a largo plazo como la insuficiencia renal, posible toxicidad ósea o aumento del riesgo cardiovascular; por ello se están estudiando combinaciones sin tenofovir o abacavir (pej: LPV/r+3TC ó ATV/r+3TC) o incluso totalmente libres de análogos de nucleósidos (pej: DRV/r+RAL; ATV/r+RAL; ATV/r+MVC, etc).