En noviembre del 2016 se jugaron las últimas dos fechas 11 y 12 del año donde en la undécima fecha los paraguayos no pudieron mantener el ritmo de los anteriores partidos y fueron goleados en Asunción 1-4 ante Perú donde comenzaron ganando los locales con gol de Cristian Riveros y luego para la visita marcaron Christian Ramos, Edison Flores, Christian Cueva y un autogol de Edgar Benitez y en la fecha 12 los Guaraníes viajaron a la altura de La Paz para enfrentarse contra Bolivia donde caerían por la mínima diferencia 1-0 con un gol del delantero boliviano Marcelo Martins cerrando el año con 15 puntos en la séptima casilla.