Tras un exitoso paso por el instituto, baloncestísticamente hablando, Battier se matriculó en la Universidad de Duke, donde permaneció 4 años, llevando en dos de ellos a su equipo a la Final Four de la NCAA, en 1999 y 2001, perdiendo en la primera ocasión contra la Universidad de Connecticut y ganando 2 años después a los "Wildcats" de la Universidad de Arizona.