En 1996, estando ya en el Gobierno Eduardo Frei Ruiz-Tagle, entró en conflicto con el ministro de Hacienda de la época, Eduardo Aninat, quien no coincidía con Zahler en cuanto a que el déficit de la cuenta corriente de la balanza de pagos debía ser acotado.Comenzaron entonces a producirse importantes roces con el ministro, quien tampoco era partidario de mantener el encaje.No obstante, el punto que desencadenó su salida fue la discordia con el Consejo (integrado además por Pablo Piñera, Jorge Marshall, Alfonso Serrano y María Elena Ovalle) respecto al monto con que el Banco de Chile debía compensar al Central las pérdidas que generaron al instituto emisor las anticipadas capitalizaciones de dividendos de abril de 1995.Así, mientras el equipo del BC dedicado a este tema estimaba que la indemnización debía ser de 70 millones de dólares, un informe encargado por Marshall y Piñera a un equipo externo compuesto por José Cox, Sergio de la Cuadra y Joaquín Vial señalaba que la suma era de 14 millones.Zahler intentó ganar adeptos para su postura, pero Hacienda y la mayoría de los consejeros se cuadraron con la segunda cifra, por lo que presentó su renuncia el 27 de junio.