Aunque la autonomía de la Institución está claramente establecida tanto en la Constitución Política con en su propia ley constitutiva, no se ha avanzado en el compromiso de garantizar su plena vigencia, ya que la Junta Directiva no tiene ni la plena independencia anunciada ni una composición equilibrada, ya que la representación de trabajadores y empleadores es notoriamente minoritaria y la norma reglamentaria faculta al Presidente de la República a nombrar al Gerente y Subgerente de la institución en forma directa.