En efecto, Canisio fue nombrado Provincial de Alemania y animó la fundación de colegios y universidades que difundieron la doctrina tridentina, reconquistando para el catolicismo regiones protestantes como Baviera en el sur de Alemania y los actuales estados de Renania del Norte-Westfalia, Renania-Palatinado y Sarre; Polonia, Hungría, Austria, y el sur de Holanda.