Volvió a la presidencia en 1894, en unas cuestionadas elecciones, que provocaron en su contra la formación de la Coalición Nacional, integrada por los demócratas y civilistas, encabezados por Nicolás de Piérola; se desató una sangrienta guerra civil que culminó con el asalto de los coaligados a Lima, ante lo cual Cáceres renunció y partió al exilio, en 1895.