En su vertiente religiosa, el papado de Juan XIII es recordado por la evangelización de los húngaros y polacos; por los intentos de reorganización de la Iglesia que le llevaron a la creación del Arzobispado de Magdeburgo y otros de rito latino en el sur de Italia, lo que redujo la influencia del Imperio bizantino y su Iglesia ortodoxa en esa región; y por la costumbre de bendecir y dar nombre a las campanas de las iglesias.