Al poco tiempo, el 26 de diciembre de 1525 el joven arzobispo le reclamó a Fonseca diez millones de maravedís como indemnización por los daños sufridos en los castillos y casas pertenecientes a la mitra compostelana durante los gobiernos de Alonso II de Fonseca y del propio Alonso III; estos daños fueron consecuencia de las revueltas irmandiñas, y de los enfrentamientos de Alonso II con sus enemigos señoriales y el posterior descuido de los dos Fonsecas al no arreglar lo dañado a diferencia de lo que sí habían hecho muchos señores gallegos en esas fechas.