Barrios estaba convencido de que la [[Iglesia católica en Guatemala|Iglesia católica]] había sido responsable por la caída del gobierno liberal de [[Francisco Morazán]] y que había dado su apoyo total al gobierno de [[Rafael Carrera]]; por esta razón, decidió que esto no podría ocurrir nuevamente en Guatemala nunca más y se empeñó en minar el poderío económico de la iglesia.