Cinco Jefes de la Misión dirigieron competentemente la MINUGUA a lo largo de los años: Leonardo Franco (Argentina) de 1994 a 1996, David Stephen (Reino Unido de Gran Bretaña e Irlanda del Norte) de 1996 a 1997, Jean Arnault (Francia) de 1997 a 2000, Gerd Merrem (Alemania) de 2000 a 2002, y Tom Koenigs (Alemania) de 2002 a 2004.