A pesar de ello, el alfoz de Dueñas sufrirá una rápida disgregación y disminución en el siglo XII, sobre todo bajo los reinados de Alfonso VII (1126-1157) y Alfonso VIII (1158-1214), debido tanto al crecimiento de Palencia a partir del siglo XI tras la restauración de su diócesis por Sancho III en 1034, como por la formación de un amplio coto con jurisdicción independiente en torno al Monasterio de San Isidro de Dueñas.