La respiración holotrópica está contraindicada para ciertas condiciones físicas, como el embarazo, la epilepsia, la hipertensión, las enfermedades cardíacas y los accidentes cerebrovasculares, y puede no ser adecuada para las personas con antecedentes de psicosis o trastornos graves de la personalidad, ya que la rápida aparición de material reprimido puede abrumar fácilmente tales personas.