El núcleo más importante lo componen las obras adquiridas a lo largo de la historia de la institución, desde "La Anunciación" de Fra Angelico, que el entonces director del Prado, Federico de Madrazo, consiguió en 1861 que el Monasterio de las Descalzas Reales cediera al museo a cambio de una copia ejecutada por él mismo; hasta las incorporadas en fechas recientes.