El clima de la Junta es Templado subhumedo, las precipitaciones anuales son entre 500 y 600mm, en invierno es común la caída de nieve, las temperaturas varían ampliamente entre el verano y el invierno, pudiéndose registrar valores cercanos a los 35 °C en junio y julio y en invierno registrándose heladas de hasta -20 °C