De vuelta a España, Felipe II lo nombró su capellán en 1566 y le encomendó la ingente obra de la Biblia Políglota de Amberes, conocida como «Biblia Regia», de cuya impresión se encargó Cristóbal Plantino, miembro de la Familia Caritatis, a la que atrajo al propio Arias Montano.