Detenido por las Autoridades de Ocupación Estadounidenses, Ishii y los 20.000 miembros de la Unidad 731 recibieron inmunidad judicial por los crímenes de guerra ante el Tribunal Penal Militar Internacional para el Lejano Oriente en el año 1948, a cambio de los datos de guerra bacteriológica sobre la base de la investigación en seres humanos.