Los principales afluentes del río Chulyshmán son, por la izquierda, los ríos Bashkaus (Башкаус) (con una longitud de 219 km y una cuenca de 7.770 km²) y Bogoyash (Богояш); y, por la derecha, los ríos Usunoyuk (Узуноюк), Shavla (Шавла) y Chulchá (Чульча).