Sin embargo, no tuvo mucha suerte ya que en aquel entonces su DT no lo contempló a lo largo de esa temporada y fue transferido en préstamo al Club Pachuca para el torneo Clausura 2006, Núñez fue figura en aquella temporada con los Tuzos del Pachuca, donde logró el campeonato, anotando el penal que le daría el título a este equipo ante el San Luis.