La línea de ferrocarril Madrid-Zaragoza-Barcelona-Francia (a través de Portbou) recorre la provincia de Guadalajara en dirección SO-NE, con estaciones en los siguientes municipios de la provincia: Azuqueca de Henares, Guadalajara, Fontanar, Yunquera de Henares, Humanes, Espinosa de Henares, Carrascosa de Henares (pedanía de Espinosa de Henares), Jadraque, Matillas, Baides, Sigüenza y Alcuneza (pedanía de Sigüenza).