Su hidrografía se basa en lagunas o albuferas (Laguna Flamenco, Laguna Zoní, Laguna de Cornelio, Laguna de Molino, entre otras), bahías (Ensenada Honda [dentro de la misma: Ensenada del Coronel, Ensenada Fulladoza, Ensenada del Cementerio, Ensenada Dákity, Bahía Mosquito y Ensenada Malena], Puerto Manglar, Bahía de Tamarindo, entre otras) y pequeñas quebradas.