El clima de Ostuacán está clasificado como "Cálido húmedo con lluvias todo el año", o Af(m), lo cual conlleva a que las temperaturas medias anuales que se registran en la mayor parte de su territorio sea de 24 a 26 °C, excepto de un pequeño sector del noreste del territorio en que los registron varían entre 20 y 24 °C; la precipitación promedio anual de la gran mayoría del territorio es de 4,000 a 3,000 mm, uno de los más altos del país, aunque un sector del este del municipio registra aún más, entre 4,500 y 4,000 mm al año.