Con posterioridad a la toma de Lima y la rendición del Callao, algunos problemas entre Cochrane y San Martín se hicieron presentes, tanto porque Bernardo de Monteagudo y el propio San Martín querían "peruanizar" la escuadra chilena, como porque Cochrane resentía disciplinarse a "un intelecto militar inferior como el de San Martín" y porque no se habían pagado sueldos como se había acordado antes de que saliera la expedición de Chile.