La cabecera municipal se encuentra enclavada en un plano inclinado sobre la parte alta de la sabana de Túquerres perteneciente al altiplano de Tuquerres e Ipiales, atravesado por los ríos Sapuyes y Guáitara que a su vez es la altiplanicie más alta del país con un promedio de alturas superior a los 2.900 msnm.