La Secretaría se divide en tres secciones: la Sección de Asuntos Generales (Santa Sede del Ministerio del Interior), llamada también Primera Sección, a la que toca el desarrollo de los asuntos de la Iglesia universal y las relaciones con los dicasterios de la Curia Romana; la Sección de Relaciones con los Estados (Santa Sede del Ministerio de Asuntos Exteriores), conocida como Segunda Sección, que debe velar por las relaciones con los gobiernos civiles y demás sujetos de derecho internacional; y la Sección para el Personal de planta diplomático de la Santa Sede, conocida como Tercera Sección, que ocupa de las cuestiones relativas al personal del servicio diplomático de la Santa Sede.