En reconocimiento al trabajo de «los que han construido la historia de Radio 3 y han abierto el camino incluso a los que vendrán» y a la continuidad de programas «centrados en la actualidad musical alejada de las listas de éxitos», en 2009 se le concedió a Radio 3 la Medalla de Oro al Mérito en las Bellas Artes que otorga el Ministerio de Cultura español.