A partir de 1973 la actividad docente de Aragüés está ligada al Conservatorio de San Sebastián, primero como titular de la Cátedra de Solfeo y Teoría de la Música y posteriormente como Catedrático de Dirección de Orquesta, asumiendo la dirección de la Orquesta del Conservatorio y colaborando como Profesor de Composición, hasta su jubilación en el año 2000.