Los Marlins tienen la distinción de haber ganado el campeonato de la Serie Mundial en ambas ocasiones en las cuales calificaron para la post-temporada haciéndolo en 1997 y en el 2003, en ambas ocasiones como "wild card" (comodín) de la Liga Nacional, dado que nunca han ganado su división, y han avanzado a los playoffs llegando a ser campeones y de ahí a la Serie Mundial.