Los brazos del transepto desembocan en dos capillas: la capilla de la Inmaculada, antiguamente conocida con el nombre de las Ánimas, que se prolonga paralela a la nave central, y en el brazo opuestola capilla-enterramiento de los Ortiz, con bóveda nervada estrellada; en ella hoy se ubican las imágenes de la Virgen de Palomares y el retablo del siglo XVII de Jesús de Medinaceli.