Su origen geológico fue una depresión que evolucionó a causa de la acción diapírica; pero la progresiva erosión facilitó la entrada del mar hasta confundirse con la desembocadura del río Asón, que a su vez se transformó en la ría (ría de Treto) formando un estuario cuyos sedimentos de abundantes limos y materia orgánica formaron el ecosistema de la marisma santoñesa.