Cronológicamente, la película se encuentra situada antes (mientras Mewtwo estaba con Giovanni) y después (resto de sucesos ocurridos en la película) de la llegada de Ash Ketchum al gimnasio de Ciudad Verde para conseguir su última medalla para participar en la "Liga Pokémon" de la región Kanto, la cual aparece en las dos primeras generaciones de videojuegos y en el anime.