Esguerra Ortiz es el padre de Carlos Esguerra Gaitán (médico, presidente de la Academia Colombiana de Medicina entre 1914 y 1916); abuelo de Alfonso Esguerra Gómez (médico fisiólogo, miembro de la Academia Colombiana de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales) y Gonzalo Esguerra Gómez (médico radiólogo, miembro de la Academia Colombiana de Medicina, decano de la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional de Colombia y caballero de la Orden de l'Etoile Noire), bisabuelo del jurista y presidente de la Corte Suprema de Justicia, José María Esguerra Samper y tatarabuelo del dos veces ministro (primero de Defensa y luego de Justicia), Juan Carlos Esguerra Portocarrero.