La corona entiende el peligro real de este "movimiento autonomista de la Nueva España" y es el propio rey en comunicación a su Secretario Juan Vázquez de Molina de 26 de febrero de 1549 quien le dice "Y porque se ha entendido que Don Antonio de Mendoza ha tenido fin a esto dejando lo de la Nueva España a Don Francisco, su hijo, lo cual en ninguna manera concederíamos por muchas causas y razones que hay".