A destacar que en la historia del ST Online han aparecido un gran número de nuevos y peligrosos enemigos y otros viejos han reaparecido, los Breen, los Borg con su fuerza de Invasión, los Tholianos, los Devidians, y ahora llegan los míticos y muy antiguos Iconians, otrora dominadores de toda la Galaxia.