El 13 de septiembre de 1939, "U 3" deja Wilhelmshaven bajo el mando del Teniente Capitán Joachim Schepke, para las operaciones en el Golfo de Heligoland, y regresando a Wilhelmshaven el 24 de septiembre de 1939, después de 1 semana y media (12 días) en patrullaje.