Como número dos del Consejo de Seguridad Nacional, Gates tuvo un papel activo en las decisiones del Gobierno respecto a temas trascendentales de la política exterior como la intervención militar en Panamá, la unificación de Alemania, la configuración de un nuevo tipo de relación con la ya crepuscular URSS, o la respuesta diplomática y militar a Irak tras la invasión de Kuwait.