Durante la presidencia interina de Eduardo Duhalde, luego del estallido económico, político y social conocido como crisis de diciembre de 2001 el cual provocó la renuncia del entonces presidente Fernando de la Rúa; Sergio es designado al frente del organismo gracias a la recomendación de su suegro, Fernando "Pato" Galmarini, quien era el asesor de Eduardo Duhalde.