Sin embargo, la débil dependencia del gobierno del Nuevo Reino de Granada en Santafé de Bogotá, con el del virreinato del Perú en Lima, la lentitud de las comunicaciones entre las dos ciudades, sumados a los constantes conflictos desde el año 1582, entre el gobierno de los presidentes de la Real Audiencia de Santafé de Bogotá y el arzobispado de Santafé.