Pese a que debutó en el fútbol profesional en 1996, Lee ya había comenzado su carrera deportiva en la universidad en 1991, y para 1992 con 19 años de edad ya hacia parte del equipo sub-23 de Corea del Sur con el que disputo los Juegos Olímpicos de Barcelona de 1992, dejó de ser convocado como sub-23 en 1996 disputando un total de 16 partidos, para el año 2000; Lee fue convocado nuevamente para el equipo sub-23 para disputar los Juegos Olímpicos de Sidney del 2000, en esa época contaba con 27 años de edad solo participó en 9 partidos en su segunda y última etapa en la selección sub-23.