Así, el Protocolo de Río, lejos de terminar con la vieja disputa entre ambas naciones, inauguraba un nuevo período de tensiones ecuatoriano-peruanas, caracterizado fundamentalmente por la desconfianza y el resentimiento, sentimientos que enraizaron más en Ecuador que en Perú, país que intentaba cerrar un frente de potenciales conflictos para concentrarse en el peligro que se consideraba como más inmediato para su seguridad nacional, las diferencias y tensiones con la República de Chile.