Ante el ofrecimiento de terminar sus estudios en México para ordenarse sacerdote, Felipe se embarcó con otros frailes, pero una tormenta desvió el barco hacia Japón, donde los franciscanos se dedicaron a hacer misión, la cual tuvo al principio mucho éxito, pero al poco tiempo se desencadenó la persecución de Toyotomi Hideyoshi “"Taikōsama"” contra los cristianos.