La sentencia fue cuestionada por las organizaciones de derechos humanos y un amplio espectro de organizaciones y personalidades nacionales e internacionales, que la consideraron un acto de impunidad, asociándola con las llamadas leyes de impunidad, sancionadas durante los gobiernos de Raúl Alfonsín y Carlos Menem, desencadenando varias denuncias penales contra sus autores y pedidos de juicio político.