Las bases de operación de Aerocondor serán los aeródromos de Las Dunas (Ica), Nasca (Aeropuerto María Reiche Neuman) (Ica), Arequipa (Arequipa), Cusco (Cusco), Trujillo (La Libertad), Chiclayo (Lambayeque), Juliaca (Puno) y Chivay (Arequipa).