El 15 de mayo de 1843, por orden del presidente Juan José Guzmán, el doctor Eugenio Aguilar fue nombrado rector de la Universidad de El Salvador y catedrático de filosofía, quien desempeñaría sus labores dentro de la UES hasta finales de 1845; y aunque se había anunciado la apertura de sus clases para el 1 de julio de 1843, éstas solo comenzaron a ser impartidas por él a partir del 11 de agosto de 1843, contando con la asistencia diaria de 23 alumnos.Posteriormente Eugenio Aguilar llegaría a ocupar la silla presidencial entre 1846 y 1848.