El tren de aterrizaje principal se guardaba en pequeños contenedores bajo las alas, en forma similar al anterior diseño del bombardero Túpolev Tu-16, lo que aumentaba la presión sobre las alas a velocidades supersónicas y durante el aterrizaje, aumentando el costo de mantenimiento y limitando su vida operativa, esto fue cambiado en el diseño posterior del bombardero Tu-22M, para guardar el tren de aterrizaje bajo el fuselaje central.