Ya en su curso medio, desemboca el río Vergara en las cercanías de Nacimiento, drenando gran parte meridional de la cuenca al recibir aguas de ríos como el Malleco y el Renaico, que constituyen una red de drenaje paralela al Biobío en sentido noroeste de gran parte de la zona cordillerana septentrional de la Región de la Araucanía.