La Inquisición, que había recibido la denuncias contra él y Gaspar de Grajal del helenista León de Castro, enemigo no ya de fray Luis de León sino de todos sus amigos, las consideraba heréticas; Gudiel murió en prisión a los pocos meses después sin haberse aclarado el asunto, lo que impresionó fuertemente a Malón de Echaide, habida cuenta de las dificultades que había sufrido también su maestro fray Luis, y se achaca a este incidente la renuencia a publicar sus obras, de las cuales dos quedaron inéditas, y el hecho de que pasase por orden de sus superiores desde la provincia de Castilla a la de Aragón para prevenir males futuros.