Al estallar la Revolución de febrero de 1936, Gaona ocupa un puesto de vanguardia en la reorganización sindical de la posguerra y se convierte en "el principal propulsor de la creación de la Confederación Nacional de Trabajadores (CNT) creada el 13 de marzo de 1936", primera central unitaria de trabajadores del Paraguay y es elegido Secretario General.