De las naves que tomaron parte en la expedición, tan solo regresaron dos, ya que la nave "São Rafael" había sido quemada por la imposibilidad de maniobrarla, a consecuencia del reducido número de su tripulación debido a la muerte de gran parte de la tripulación por enfermedades como el escorbuto que se hizo sentir con fuerza durante la travesía del océano Índico.