La vegetación dominante del Parque Nacional Ñacunday es un Bosque Intermedio, compuesto de árboles que generalmente varían entre 15 y 20 metros, con abundancia de especies de las familias Meliaceae como el cedro ("Cedrela fissilis"), Katigua Pytâ ("Trichilia catigua") familia Palmae que lo compone el palmito ("Euterpe edulis") y de la Familia Myrtaceae conformado por ñangapiry ("Eugenia uniflora"), yvaporaity ("Myrciaria rivularis") seguida por el bosque alto con árboles, compuestos exclusivamente de especies latifoliadas.