Las contradicciones entre los integrantes del CEU partidarios de una visión de izquierda democrática y sectores del mismo movimiento con una visión más "radical", llevaron a que el CEU como forma de organización dejará de existir oficialmente para la Universidad dentro del marco contextual del conflicto universitario ocurrido en 1999 y 2000, durante el cual se dio una larga y compleja huelga estudiantil dirigida por el llamado "Consejo General de Huelga" (CGH), la cual duró casi un año y que terminó con la entrada de la policía federal al campus universitario.