En tanto, en el Torneo de Apertura 2009, en el que se eliminó la modalidad de grupos, la «U» tuvo un buen arranque en la , clasificando a "play offs" luego de obtener el segundo lugar en la tabla general, con 31 puntos y detrás de Unión Española, además de acceder a la disputa con Universidad de Concepción del cupo «Chile 2» para la Copa Sudamericana 2009.