Recibió muchos otros cargos y beneficios, favorecido por su relación familiar con el papa: tras la muerte de Hipólito de Médicis, Farnesio le sucedió en la vicecancillería papal, en el título de San Lorenzo en Damaso, en el arzobispado de Aviñón en Francia y el de Monreale en Sicilia, y tras la de Esteban Gabriel Merino le fue asignada la administración de Jaén que mantuvo poco tiempo por las protestas de Carlos I.