Algunas de las exhibiciones más grandes de su trabajo incluyen: Kitakyushu Municipal Museum of Art en Fukuoka, Japón (1987); Centro de las Artes Internacionales Contemporáneas en Nueva York (1989); "Amor para Siempre: Yayoi Kusama,1958–1969", Museo de Arte del Condado de Los Ángeles en 1998; de 1998-1999 viajaría hacia el Museo de Arte moderno de Nueva York, al Walker Art Center, en Minnesota y al Museo de Arte Contemporáneo, en Tokyo; Le Consortium, Dijon, en el 2000 viajó a la Casa de la Cultura de Japón en París; Kunsthallen Brandts, Odense, en Dinamarca; Les Abattoirs, Toulouse; Kunsthalle, en Vienna; y el Centro Artsonje, en Seúl del 2001 al 2003); "KUSAMATRIX", Mori Art Museum, en Tokyo, 2004 (Viajó al Art Park Museum of Contemporary Art, Sapporo Art Park, en Hokkaido); "Eternidad-Modernidad", National Museum of Modern Art en Tokyo (haciendo un recorrido por Japón), 2004–2005; y "Los Años Espejeados", en el Museum Boijmans Van Beuningen, en el 2008 (viajó al Museum of Contemporary Art, en Sydney, y a la City Gallery, en Wellington, Nueva Zelanda en el 2009).