Sus padres fueron ciudadanos muy respetados, Manuel Alfaro y González, republicano español natural de Cervera del Río Alhama (La Rioja), nacido el 18 de diciembre de 1796, quien llegó a Ecuador en calidad de exiliado político (hijo de Antonio Alfaro Colmenares y de su esposa Leandra González Larrañaga y nieto paterno de Antonio Alfaro y de su esposa María Manuela Colmenares), y su esposa María de la Natividad Delgado López, nacida en Montecristi el 8 de septiembre de 1808, hija de Rafael de la Cruz Delgado, que fue en repetidas ocasiones regidor del Cabildo de Montecristi, y de su mujer María de la Cruz López, mestiza.