Villa Pehuenia se encuentra en el medio de la costa norte del lago Aluminé, rodeada por cordilleras: al oeste el cordón principal —o axial— de la cordillera de los Andes, que allí tienen una altura promedio de 2500 msnm, y al norte las ramificaciones de la cordillera de los Andes teniendo por cúspide al cerro Batea Mahuida, cerro de 1706 msnm que casi se encuentra inmediatamente al norte de la población de Villa Pehuenia.