Durante el reinado común con Fernando se produjeron hechos de gran trascendencia para el futuro del reino, como el establecimiento de la Santa Inquisición (1480), la creación de la Santa Hermandad, la incorporación del Reino nazarí de Granada, así como la unificación religiosa de la Corona hispánica, basada en la conversión obligada de los judíos, so pena de muerte o expulsión (Edicto de Granada, 1492) y más tarde de los musulmanes.