De acuerdo a la Comisión para el Esclarecimiento Histórico, los Tribunales de Fuero Especial fueron el elemento de represión urbano que se implementó dentro del proyecto contrainsurgente del ejército; esto fue necesario porque desde 1976, los partidos políticos de izquierda que estaban proscritos ―como el Partido Guatemalteco del Trabajo― se habían infiltrado en sindicatos, organizaciones populares e incluso en las asociaciones estudiantiles y las autoridad de la Universidad de San Carlos.