En Cozumel hay varias especies de animales endémicos como el mapache enano ("Procon pygmaeus"), el tejón de Cozumel "(Nasua nelsoni"), el ave saltapared de Cozumel ("Troglodytes beani"), el pinto de Cozumel ("Spindalis zena"), y el pez de Cozumel ("Sanopus splendidus"), y también se encuentran especies bajo algún estado de protección como las tortugas marinas (verde, caguama y carey), el caracol reina y el coral negro.