Tras la conquista del Petén en 1697, su nombre en castellano era originalmente «Nuestra Señora de Los Remedios», pero cambió en 1831, tras la independencia del Reino de Guatemala en homenaje a Cirilo Flores Estrada, médico y vicejefe liberal del Estado de Guatemala que, además, participó en 1813 en la Conspiración de Belén y que en 1826 había asumido la Jefatura del Estado de Guatemala en la Federación Centroamericana de manera interina.