Pronto traicionó a este y, con el apoyo de los alzados del cuartelazo y el Plan de Jalapa del 4 de diciembre de 1829, lideró un golpe de estado, entró a la capital rodeado de tropas el 31 de diciembre tomando posesión de la presidencia al día siguiente ocasionando un conflicto con los diputados ya que legalmente el presidente seguía siendo Vicente Guerrero y en su ausencia José María Bocanegra debía asumir las funciones como vicepresidente por lo que Bustamante estaba usurpando el puesto.