A diferencia de sus predecesores no le sigue una continuación a los eventos del Naruto Shippuden: GNT Ex3, pero, por ciertas características y habilidades de algunos personajes así como el Susano'o de Itachi y el Modo Sabio de Naruto y Jiraiya e incluso la aparición de Namikaze Minato, se pierde el hilo de la historia ya que hace falta la aparición de Pain (quien es el responsable de hacer que Naruto vengara a su maestro aprendiendo el modo sabio para combatir contra él), Konan, la falta del equipo Hebi/Taka de Sasuke y la nueva aparición del Raikage.