Se han decretado varias áreas naturales protegidas en el estado, abarcando en conjunto una superficie de más de 40,000 hectáreas, entre las que destacan los Parques nacionales Barranca de Cupatitzio, Bosencheve, Cerro de Garnica, Insurgente José María Morelos,Lago de Camécuaro, Pico de Tancítaro y Rayón, y la Reserva de la Biosfera Mariposa Monarca.