Los nuevos Virreyes llegaron a América con órdenes expresas de que se cumplieran estas leyes, lo contrario que había pasado con las anteriores, llegando a haber una guerra en Perú entre los encomenderos y los leales al rey en 1544 capitaneada por Gonzalo Pizarro y otra en 1553 capitaneada por Francisco Hernández Gijón.