Durante la década de 1990 y la década de 2000, los hechos importantes también han sido cubiertos por el periódico: el desastroso año de 1997 en la región, con una sequía que duró 2 años, las inundaciones debido al fenómeno de El Niño, y el terremoto del 15 de octubre; la construcción del Embalse Puclaro (1999); la inauguración de la Cruz del Tercer Milenio, en Coquimbo (2000); la muerte del Papa Juan Pablo II, en donde diario El Día publicó una portada muy simple y precisa, que titulaba “A Dios”, reflejando la emoción del momento (2005), siendo uno de los titulares reconocidos incluso internacionalmente; la ascensión del Papa Benedicto XVI (2005); y las elecciones presidenciales de 1993, 1999 y 2005; parlamentarias de 1993, 1997, 2001 y 2005; y municipales de 1992, 1996, 2000 y 2004; más las segundas vueltas electorales, donde resultaron electos don Ricardo Lagos (2000) y Michelle Bachelet (2006); y el fallecimiento del ex gobernante Augusto Pinochet, el 10 de diciembre de 2006, donde destacó la edición del día siguiente del periódico, donde titulaba, junto a una foto del general (R), la frase "El fin de una era".