El topónimo «San Antonio Huista» proviene entonces de «San Antonio de Padua» y de la voz náhuatl «Huitztlán», la cual a su vez se origina de los términos «Huíztli» (español: «espina») y «tlan» (español: «abundancia»), por lo que quiere decir «Lugar de donde abundan espinas» o «Paraje espinoso».