Desde el año de 1680 Francisco Vásquez de Campos se desempeñó como alcalde mayor y tuvo que hacerle frente al problema de la piratería, uno de esos casos se da el 27 de agosto de 1681 cuando desembarcó en el puerto de Acajutla el barco Nuestra Señora del Buen Viaje que era capitaneado por el capitán de fragata Juan de Pantoja y que había salido de Guayaquil el 12 de julio de ese mismo año; Pantoja aviso que el navío La Trinidad había en caído en manos de piratas (probablemente corsarios ingleses) y que por ello tuvieron que huir por indefensos siendo después arrastrados por una tormenta hasta cerca de la costa del bálsamo y luego otra los llevó a donde podían divisar los volcanes de Guatemala pero el viento los arrastró hasta Acajutla; debido a estos casos se mantuvo la vigilancia en el puerto.