A pesar de disfrutar de una libertad intelectual completa, el instituto cuenta con dos órganos de supervisión: El Comité Político y de Seguridad del Consejo es su interlocutor político, mientras que la junta de administración, presidida por el Alto Representante para la Política Exterior y de Seguridad Común, se ocupa de los presupuestos y de la administración.