En agosto de 2006, Barthez anunció su marcha del Mónaco aunque planeaba seguir al menos dos años jugando en el fútbol profesional, pero en octubre de 2006, Barthez anunció su retirada del mundo del fútbol, debido al fracaso en las negociaciones para su regreso al Toulouse, Barthez comentó: "«El único club al que realmente quería ir no me quería, pasó y debo aceptarlo»".