En un momento dado, ambos samuráis luchan y es entonces cuando se descubre la razón de la reaparición de Saito en la vida de Kenshin: un antiguo Hitokiri el cual reemplazó a Kenshin en los asesinatos a políticos en secreto después de que éste se retiró y cuyo nombre es Makoto Shishio, prepara un golpe de Estado para hacerse con el control del país a modo de vengarse del Gobierno Meiji después que este lo traicionara quemándolo vivo puesto que su existencia era demasiado peligrosa debido a la gravedad de los magnicidios que cometió y por temor a que los sacara a la luz, con la consecuente caída del Gobierno.