Tras la muerte de su padre en enero de 1492, se enfrenta a problemas con su hermano Bernardino Fernández de Velasco y Mendoza por la herencia de su padre, ya que Bernardino se apoderó del testamento antes de que fuese sellado por el escribano, alterando algunas partes que dejaban a sus hermanos sin la legítima y los bienes de libre disposición que les había asignado su padre.