La historia contemporánea de la Cartuja se ve alterada por sucesivos abandonos y regresos, el primer abandono se produjo en 1706 durante la guerra de sucesión, por el temor a las represalias que pudiera tomar contra ellos Felipe de Borbón, tras la marcha a Valencia, dado que el prior José Tomás Ferrer había prestado obediencia al archiduque Carlos, los monjes abandonaron la Cartuja volviendo pasado aproximadamente medio año después.