Fernando de Zárate quien fuera nuevo gobernador de Nueva Andalucía del Río de la Plata, y también del Tucumán, el 3 de enero de 1594 lo volvió a designar como teniente de gobernador del Guayrá y cuando llegó a Ciudad Real, el ciudadano influyente Diego de Zúñiga acompañado de gran parte de los vecinos, por instigación de aquel y por imputación del procurador general Pedro Montañez quien fuera archienemigo de Guzmán, lo hizo apresar y lo encerró en prisión durante tres meses, ya que había juzgado desacertado el traslado de la ciudad, además de acusarlo de "arrogante y ambicioso".