En su interior merecen destacar la sillería del "coro de Padres", magnífica obra de talla de madera finalizada en 1550; la sustitución del antiguo retablo de estilo flamenco por el ejecutado por los mejores artífices de la época: Alejandro de Saavedra, José de Arce y Francisco de Zurbarán, así como el conjunto de tablas pintadas por éste para las paredes del Sagrario, hoy en gran parte en el Museo de Cádiz.